CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
CP027805	Lactobacillus reuteri strain WHH1689 chromosome, complete genome	1 crisprs	RT,cas3,DEDDh,cas14j,DinG,cas9,csa3	0	1	17	0

1. CP027805

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: CP027805_1

• CRISPR_ID: CP027805_1
• CRISPR_location: 1183430-1183591
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers
• Cas_protein_info: RT,cas9

Consensus repeat of CP027805_1

Consensus_repeat	Method
AGTTCTAAACATTATTGATTTGAAGTACAT	CRISPRCasFinder

spacers of CP027805_1

>1.1|1183460|36|CP027805|CRISPRCasFinder
CTAAAACACTCGAGGTGTATTTATGTTTGAAAAATT
>1.2|1183526|36|CP027805|CRISPRCasFinder
CTAAAACTGATGATCTGCAAACACAAACAGCTTAGG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around CP027805_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of CP027805_1

>merge|CP027805|1|1183430-1183591|CRISPRCasFinder
TATTCTAATCATCATTGATTTGAAGTACATCTAAAACACTCGAGGTGTATTTATGTTTGAAAAATTAGTTCTAAACATTATTGATTTGAAGTACATCTAAAACTGATGATCTGCAAACACAAACAGCTTAGGAGTTCTAAACATTATTGATTTGAAGTACAT

>CP027805|1|1|1183430-1183591|CRISPRCasFinder
TATTCTAATCATCATTGATTTGAAGTACAT	CTAAAACACTCGAGGTGTATTTATGTTTGAAAAATT
AGTTCTAAACATTATTGATTTGAAGTACAT	CTAAAACTGATGATCTGCAAACACAAACAGCTTAGG
AGTTCTAAACATTATTGATTTGAAGTACAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
CP027805.1|AWD62561.1|1172263_1173487_+|multidrug-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340949
CP027805.1|AWD62571.1|1184599_1186267_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|273840
CP027805.1|AWD62560.1|1171254_1172106_-|metallophosphoesterase	unknown	unknown	gnl|CDD|378975
CP027805.1|AWD62576.1|1190295_1191528_+|IS116/IS110/IS902-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|376773
CP027805.1|AWD62566.1|1178161_1180180_-|beta-galactosidase	unknown	unknown	gnl|CDD|367090
CP027805.1|AWD62563.1|1174290_1175673_-|RNA-directed-DNA-polymerase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|275209
CP027805.1|AWD62579.1|1192893_1193010_-|integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
CP027805.1|AWD62562.1|1173507_1174215_+|ubiquinone/menaquinone-biosynthesis-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|234689
CP027805.1|AWD62574.1|1188688_1189054_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
CP027805.1|AWD62570.1|1183692_1184616_+|integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
CP027805.1|AWD62569.1|1182269_1183289_-|LacI-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|380486
CP027805.1|AWD62572.1|1186524_1187610_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|374653
CP027805.1|AWD62565.1|1177134_1178115_+|farnesyl-pyrophosphate-synthetase	unknown	unknown	gnl|CDD|173833
CP027805.1|AWD62575.1|1189105_1189933_-|exodeoxyribonuclease	unknown	unknown	gnl|CDD|197321
CP027805.1|AWD62564.1|1176154_1177054_-|1,4-dihydroxy-2-naphthoate-prenyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|235695
CP027805.1|AWD62568.1|1180923_1182111_-|PTS-sugar-transporter-subunit-IIA	unknown	unknown	gnl|CDD|273270
CP027805.1|AWD62567.1|1180189_1180873_-|PTS-sugar-transporter-subunit-IIA	unknown	unknown	gnl|CDD|376324
CP027805.1|AWD62573.1|1187734_1188448_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|187774
CP027805.1|AWD62578.1|1192675_1192795_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
CP027805.1|AWD62577.1|1191641_1191989_-|DNA-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|212147

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
CP027805.1|AWD62571.1|1184599_1186267_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	1.1e-230	763.6	23.1
CP027805.1|AWD62572.1|1186524_1187610_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	4.3e-162	536.3	16.4
CP027805.1|AWD62573.1|1187734_1188448_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	3.9e-110	364.1	0.7
CP027805.1|AWD62563.1|1174290_1175673_-|RNA-directed-DNA-polymerase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	1.4e-55	182.9	0.1

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
CP027805.1|AWD62561.1|1172263_1173487_+|multidrug-transporter	gnl|CDD|340949	cd17391, MFS_MdtG_MDR_like, Multidrug resistance protein MdtG and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of Escherichia coli multidrug resistance protein MdtG, Streptococcus pneumoniae multidrug resistance efflux pump PmrA, and similar multidrug resistance (MDR) transporters from bacteria. MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. MdtG confers resistance to fosfomycin and deoxycholate. PmrA serves as an efflux pump for various substrates and is associated with fluoroquinolone resistance. MdtG-like MDR transporters belong to the bacterial MdtG-like and eukaryotic solute carrier 18 (SLC18) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	2.49957e-137
CP027805.1|AWD62571.1|1184599_1186267_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|273840	TIGR01865, conserved_hypothetical_protein, CRISPR subtype II/NMENI RNA-guided endonuclease Cas9/Csn1. CRISPR loci appear to be mobile elements with a wide host range. This model represents a protein found only in CRISPR-containing species, near other CRISPR-associated proteins (cas), as part of the NMENI subtype of CRISPR/Cas locus. The species range so far for this protein is animal pathogens and commensals only.	1.92678e-61
CP027805.1|AWD62560.1|1171254_1172106_-|metallophosphoesterase	gnl|CDD|378975	pfam12850, Metallophos_2, Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain. Members of this family are part of the Calcineurin-like phosphoesterase superfamily.	1.0382e-11
CP027805.1|AWD62576.1|1190295_1191528_+|IS116/IS110/IS902-family-transposase	gnl|CDD|376773	pfam02371, Transposase_20, Transposase IS116/IS110/IS902 family. Transposases are needed for efficient transposition of the insertion sequence or transposon DNA. This family includes transposases for IS116, IS110 and IS902. This region is often found with pfam01548. The exact function of this region is uncertain. This family contains a HHH motif suggesting a DNA-binding function.	3.8589e-27
CP027805.1|AWD62566.1|1178161_1180180_-|beta-galactosidase	gnl|CDD|367090	pfam02449, Glyco_hydro_42, Beta-galactosidase. This group of beta-galactosidase enzymes belong to the glycosyl hydrolase 42 family. The enzyme catalyzes the hydrolysis of terminal, non-reducing terminal beta-D-galactosidase residues.	0
CP027805.1|AWD62563.1|1174290_1175673_-|RNA-directed-DNA-polymerase	gnl|CDD|275209	TIGR04416, hypothetical_protein, group II intron reverse transcriptase/maturase. Members of this protein family are multifunctional proteins encoded in most examples of bacterial group II introns. These group II introns are mobile selfish genetic elements, often with multiple highly identical copies per genome. Member proteins have an N-terminal reverse transcriptase (RNA-directed DNA polymerase) domain (pfam00078) followed by an RNA-binding maturase domain (pfam08388). Some members of this family may have an additional C-terminal DNA endonuclease domain that this model does not cover. A region of the group II intron ribozyme structure should be detectable nearby on the genome by Rfam model RF00029. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	1.0543e-173
CP027805.1|AWD62579.1|1192893_1193010_-|integrase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	1.05408e-05
CP027805.1|AWD62562.1|1173507_1174215_+|ubiquinone/menaquinone-biosynthesis-methyltransferase	gnl|CDD|234689	PRK00216, ubiE, bifunctional demethylmenaquinone methyltransferase/2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase UbiE.	6.417e-111
CP027805.1|AWD62570.1|1183692_1184616_+|integrase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	2.43266e-75
CP027805.1|AWD62569.1|1182269_1183289_-|LacI-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|380486	cd01544, PBP1_GalR, ligand-binding domain of DNA transcription repressor GalR which is one of two regulatory proteins involved in galactose transport and metabolism. Ligand-binding domain of DNA transcription repressor GalR which is one of two regulatory proteins involved in galactose transport and metabolism. Transcription of the galactose regulon genes is regulated by Gal iso-repressor (GalS) and Gal repressor (GalR) in different ways, but both repressors recognize the same DNA binding site in the absence of D-galactose. GalR is a dimeric protein like GalS and is exclusively involved in the regulation of galactose permease, the low-affinity galactose transporter. GalS is involved in regulating expression of the high-affinity galactose transporter encoded by the mgl operon. GalS and GalR are members of the LacI-GalR family of transcription regulators and both contain the type 1 periplasmic binding protein-like fold. Hence, they are structurally homologous to the periplasmic sugar binding of ABC-type transport systems.	3.76882e-85
CP027805.1|AWD62572.1|1186524_1187610_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|374653	pfam16592, Cas9_REC, REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9. The REC lobe of Cas9 - the CRISPR-associated endonuclease Cas9 - includes the REC1 and REC2 domains. REC1 forms an elongated, alpha-helical structure consisting of 25 alpha helices and two beta-sheets, whereas REC2 inserted within REC1 adopts a six-helix bundle structure. The REC lobe and the NUC lobe of Cas9 fold to present a positively charged groove at their interface which accommodates the negatively charged sgRNA:target DNA heteroduplex. CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)-Cas system occurs naturally in bacteria as a defense against invasion by phages or other mobile genetic elements. Cas9 is targeted to specific genomic locations by sgRNAs or single guide RNAs, in order to complex with invading DNA in order to cleave it and render it inactive.	1.0021e-102
CP027805.1|AWD62565.1|1177134_1178115_+|farnesyl-pyrophosphate-synthetase	gnl|CDD|173833	cd00685, Trans_IPPS_HT, Trans-Isoprenyl Diphosphate Synthases, head-to-tail. These trans-Isoprenyl Diphosphate Synthases (Trans_IPPS) catalyze head-to-tail (HT) (1'-4) condensation reactions. This CD includes all-trans (E)-isoprenyl diphosphate synthases which synthesize various chain length (C10, C15, C20, C25, C30, C35, C40, C45, and C50) linear isoprenyl diphosphates from precursors, isopentenyl diphosphate (IPP) and dimethylallyl diphosphate (DMAPP). They catalyze the successive 1'-4 condensation of the 5-carbon IPP to allylic substrates geranyl-, farnesyl-, or geranylgeranyl-diphosphate. Isoprenoid chain elongation reactions proceed via electrophilic alkylations in which a new carbon-carbon single bond is generated through interaction between a highly reactive electron-deficient allylic carbocation and an electron-rich carbon-carbon double bond. The catalytic site consists of a large central cavity formed by mostly antiparallel alpha helices with two aspartate-rich regions (DDXX(XX)D) located on opposite walls. These residues mediate binding of prenyl phosphates via bridging Mg2+ ions, inducing proposed conformational changes that close the active site to solvent, protecting and stabilizing reactive carbocation intermediates. Farnesyl diphosphate synthases produce the precursors of steroids, cholesterol, sesquiterpenes, farnsylated proteins, heme, and vitamin K12; and geranylgeranyl diphosphate and longer chain synthases produce the precursors of carotenoids, retinoids, diterpenes, geranylgeranylated chlorophylls, ubiquinone, and archaeal ether linked lipids. Isoprenyl diphosphate synthases are widely distributed among archaea, bacteria, and eukareya.	1.09161e-73
CP027805.1|AWD62575.1|1189105_1189933_-|exodeoxyribonuclease	gnl|CDD|197321	cd09087, Ape1-like_AP-endo, Human Ape1-like subfamily of the ExoIII family apurinic/apyrimidinic (AP) endonucleases. This subfamily includes human Ape1 (also known as Apex, Hap1, or Ref-1) and related proteins. These are Escherichia coli exonuclease III (ExoIII)-like AP endonucleases and they belong to the large EEP (exonuclease/endonuclease/phosphatase) superfamily that contains functionally diverse enzymes that share a common catalytic mechanism of cleaving phosphodiester bonds. AP endonucleases participate in the DNA base excision repair (BER) pathway. AP sites are one of the most common lesions in cellular DNA. During BER, the damaged DNA is first recognized by DNA glycosylase. AP endonucleases then catalyze the hydrolytic cleavage of the phosphodiester bond 5' to the AP site, and this is followed by the coordinated actions of DNA polymerase, deoxyribose phosphatase, and DNA ligase. If left unrepaired, AP sites block DNA replication, and have both mutagenic and cytotoxic effects. AP endonucleases can carry out a variety of excision and incision reactions on DNA, including 3'-5' exonuclease, 3'-deoxyribose phosphodiesterase, 3'-phosphatase, and occasionally, nonspecific DNase activities. Different AP endonuclease enzymes catalyze the different reactions with different efficiences. Many organisms have two AP endonucleases, usually one is the dominant AP endonuclease, the other has weak AP endonuclease activity; for example, Ape1 and Ape2 in humans. Ape1 is found in this subfamily, it exhibits strong AP-endonuclease activity but shows weak 3'-5' exonuclease and 3'-phosphodiesterase activities. Class II AP endonucleases have been classified into two families, designated ExoIII and EndoIV, based on their homology to the Escherichia coli enzymes exonuclease III (ExoIII) and endonuclease IV (EndoIV). This subfamily belongs to the ExoIII family; the EndoIV family belongs to a different superfamily.	1.07807e-120
CP027805.1|AWD62564.1|1176154_1177054_-|1,4-dihydroxy-2-naphthoate-prenyltransferase	gnl|CDD|235695	PRK06080, PRK06080, 1,4-dihydroxy-2-naphthoate octaprenyltransferase; Validated.	1.19116e-101
CP027805.1|AWD62568.1|1180923_1182111_-|PTS-sugar-transporter-subunit-IIA	gnl|CDD|273270	TIGR00792, Melibiose_carrier_protein, sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter. The Glycoside-Pentoside-Hexuronide (GPH):Cation Symporter Family (TC 2.A.2) GPH:cation symporters catalyze uptake of sugars in symport with a monovalent cation (H+ or Na+). Members of this family includes transporters for melibiose, lactose, raffinose, glucuronides, pentosides and isoprimeverose. Mutants of two groups of these symporters (the melibiose permeases of enteric bacteria, and the lactose permease of Streptococcus thermophilus) have been isolated in which altered cation specificity is observed or in which sugar transport is uncoupled from cation symport (i.e., uniport is catalyzed). The various members of the family can use Na+, H+ or Li, Na+ or Li+, H+ or Li+, or only H+ as the symported cation. All of these proteins possess twelve putative transmembrane a-helical spanners. [Transport and binding proteins, Carbohydrates, organic alcohols, and acids].	7.58577e-100
CP027805.1|AWD62567.1|1180189_1180873_-|PTS-sugar-transporter-subunit-IIA	gnl|CDD|376324	pfam00358, PTS_EIIA_1, phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1.	8.50126e-47
CP027805.1|AWD62573.1|1187734_1188448_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|187774	cd09643, Csn1, CRISPR/Cas system-associated protein Cas9. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Very large protein containing McrA/HNH-nuclease related domain and a RuvC-like nuclease domain; signature gene for type II.	2.59257e-24
CP027805.1|AWD62577.1|1191641_1191989_-|DNA-binding-protein	gnl|CDD|212147	cd11540, NTP-PPase_u3, Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase (EC 3.6.1.8) MazG-like domain found in a group of uncharacterized proteins from bacteria and archaea. This family corresponds to a group of uncharacterized hypothetical proteins from bacteria and archaea, showing a high sequence similarity to the dimeric 2-deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (dUTP pyrophosphatase or dUTPase) and NTP-PPase MazG proteins. However, unlike typical tandem-domain MazG proteins, members in this family consist of a single MazG-like domain that contains a well conserved divalent ion-binding motif EXX[E/D].	8.61884e-28

Protein sequences

>CP027805.1|AWD62569.1|1182269_1183289_-|LacI-family-transcriptional-regulator
MATIKEIAEKSGYSPATVSRLLNNDQNLSISPSTRNKIMTVANELGYWNDHKKNSQQQPIRPNLALLYRVSGKEQLQDEYFTFLRNAIIKEVDEAGAQVEIFSNIKDLIAVADQFQGFIGVGADRVTQDQLIELHQYLPHGVFVDINPMPQLFDSVQPNLELTIQDALHRLTKAGYERIGFIGGKGLNLNNVQQADAREIAFREFTGMQGIKEAPLYVDGPFNVKNGYQLGKRVLEQSGDNLPEAFIIASDTLSVGVLQAFNEAGVIVPRDTVVISINNSEVAKYVSPPLTSYNINQETLSRMAISLLQDLITHPQRPHVHLTVNTDIVFRKSFPKENK
>CP027805.1|AWD62568.1|1180923_1182111_-|PTS-sugar-transporter-subunit-IIA
MTHSHKLTGKQLISRASFCFGNLGHSAFYGVMSTYFIIFVTSGMFAGLSKTVANKLIGLITGLIVSVRILELLIDPLLGNIVDNTKTRWGKFKPWILMGNIVSAILLLILFTGIFGLAKYNWVLFAILFVIIFITFDIFYSFSDVSYWGMVPALSEDSEERGVYTALGAFAGTLGWNGLTIIVVPIVTTFTYLATGQHRQGPAGWFAFAAIISALAVICALVVCVGTKENYNVIRKSAQDKTTIREVFSAIFHNDQILWPSLAYLLYSCAYVVTNGVLFYLYKFVIGKPGEFWIVGVIATIIGFCTSPLYPILNKFIPRKWLFIGGQVCMSLAYLIFIFARSNVLMMDFGLVLFNINFAQLVTVLTLTDAIEYGQLKSGQRNEAVVLAMRPMIDN
>CP027805.1|AWD62567.1|1180189_1180873_-|PTS-sugar-transporter-subunit-IIA
MTGSATAADMTGHDIRTFDSMAFYIPLVLAVLSIFVFLFKVKLSEEAHAEVVEELKDKLAQGELTSEASPSSTSLKEETIYAPTDGELVAMKAVVDRDGQPFPGKGFAIKPTSDKLYAPFDGKINFTFGTRHAFGITSDKGLEIIVHIGVGTVNMCGEGFNAHYNDGQIVKKGQLLFDFDRELIKQSGYEDWVITFFAQPHNIEAANGFTPGKTVKHGDKVVTVEFK
>CP027805.1|AWD62566.1|1178161_1180180_-|beta-galactosidase
MIKRELPHFLYGGDYNPEQWPEETWAEDIKVFKQADINSATINVFSWALLEPQEKKYDFTKLDKIIKELTAADFDIVLATSTAAMPAWMFKKYPGVARVDYQGRRHVFGARHNFCPSSKNYWRLAKNLVEQLAKRYGDNPHIVAWHVNNEYGGNCYCEECQIEFQQWLKARYQTLDNLNHAWNMNVWSHKIYDWDEIVVPNDLGDAWGPEGSETIFAGLSVDYLRFQSTQMLDLFKMEKQIIEKYDPTTLVTTNFHSLPNKMIDYQQWASAQDIISYDSYPAYDAPVYQPAFLYDLMRSLKHQPFMLMESTPSQVNWQPYSPLKRPGQMAATELQAVAHGADTVQFFQLKQALGGSEKFHGAVISHANRTDTRAFKEVANLGQDLKKVGPVIKNSQTKARVALIFDWSNFWSFEYVDGITQDLKYVPIILDYYRQFYELNIPTDVISVDDDFSQYDLVVAPVLYMVKDGLGKKITDYVANGGNFITSFMSGMVNESDNIYPGGYPGPLKDVMGLLVEESDAILPDKDVKLAMTTGDELTGHLIADLIRLNGAHILAKYASEFYAGTPAVTENTYSKGKAWYVGSHLDHASLRKIIMHIVDDMHLSALAKEPTELEITKRQNSAGQDIYFVLNMGKGKQRLPVEFQKGYRDLLTDTSPETMLDSWDVEILVQE
>CP027805.1|AWD62565.1|1177134_1178115_+|farnesyl-pyrophosphate-synthetase
MKQHFFHTYPAINNALGKVNQTINDRIAIKNPQLRDALQQMASNGGKYLRPAFFLLFANINHQTATEQEKLIKIASSLEVLHMATLIHDDIIDDSPKRRGAVSVQAAFGKDTAVYTGDFLFTIFFDLLVETMTGSPYLTRNAQTMRKILTGELGQMDNRFDLDQSLLDYYRNVNGKTAAIFSLAAEEGAYFGHADHRTINLAKRIGQNIGISFQILDDILDYSGDERLNKPVLEDLATGVYSLPLLLTLQNNRHELEPLLAKKRQMTIEDMEKVQKIVVTHGGVKQAQEIATKFTQKAQIEIDELADQHTRKMLKLVANKLLTRVN
>CP027805.1|AWD62564.1|1176154_1177054_-|1,4-dihydroxy-2-naphthoate-prenyltransferase
MSLNIFLELVEIKAKTASILPMFLGICLSVYYYHSLNLMNSFLFFIAMLLFNMAVDMMDNYNDYNHAIDTVDYKKNTNIIGRENISPRLVLGLLLAFSIVAGLIGIYLVTRVGLPLLWMGIFCFAIGILYSSGPFPLSGLPVGEFASGFTMGFMITLISVFINVGPQFTWSWANIGVVFLVALPDELWISNLLLANNICDAGEDEDNRRHTVIHFIGQKNGLYAFAIKNVLAFLAIIFAAVLRFTPWTVLLTLLIIPFVVKQTRMLFAKQVKKETFPCAVKILLIGSLVQVVTFAIGLI
>CP027805.1|AWD62563.1|1174290_1175673_-|RNA-directed-DNA-polymerase
MRQSQKTEQQADRLSRIGLENRKYTRARSTGYGEGKGMSVTVQDLVLDRNNLNQAYLRVKRNKGAAGVDDMTVNDLLPYLRENKTELIASLREGKYKPAPVKRVEIPKPNGGVRRLGIPTVVDRMVQQAVAQILTPIFERVFSDNSFGFRPHRGAHDAISKVVDLYNQGYRRVVDLDLKAYFDNVNHDLMIKYLQQYIDDPWTLRLIRKFLTSGVLDHGLFAKSEKGTPQGGPLSPLLANIYLNELDKELTRRGHHFVRYADDCNIYVKSQRAGERVMRSITQFLEKRLKVKVNPDKTKVGSPLRLKFLGFSLGVDHNGAYARPAKQSQQRVMKALKLLTKRNRGISLTRMFEEIHRKMRGWLQYYSIGKLTNFIQRLDKWLRVRIRQYIWKQWKKFKTKVTNLQKLGLSQHDAYVFASTRKGYWRTAHSKTLSYSLTNRKLEQLGLMNMSKTLQSIQCD
>CP027805.1|AWD62562.1|1173507_1174215_+|ubiquinone/menaquinone-biosynthesis-methyltransferase
MVQTNKLLNEYEVNNLFSRVAPRYDLLNNVISLGTQKIWRHEIFNQLQIKPTDNALDVCCGTGGLAIALAKRISAGRVTGLDFNKEMLEIAKEKTKMIGNLFLVQGDAMALPFDDNSFDIVTIGFGLRNVPDADKALSEIYRVLKPGRQFVSLEMSQPTNPIIKVGWKAYFTAFPLMASLAGGHYRDYQYLKETSQQFVSAHQLARMMKAVGFKEVHYQPLNFGAAALHFGNKIE
>CP027805.1|AWD62561.1|1172263_1173487_+|multidrug-transporter
MDSEVARGKVPHGWHRTFYTLWLGAFITGMGYSMTMPFISLFIAELGNFTRFQLNIYSGLAFGATFISQAIVSPFWGSLADRKGRKMMCMRASGVMACTICAIGFAQSVWMIIGMRFLQGVFSGYINNATALMAEETPHNKSGWVMSAMTTAGVAGNLVGPLLGGFLSGLFGYRIPFFITGALMFCVFLSTWLLTVEHFTPIKKEAMKPMKEIIHNLDNPPLIFVMFLTTMIVTSSTMSIDPIISLYVRQLMGGHGNIAFVAGIVAATPGLGTLLAASKVGHTMDRIGPEKVLQIGILTAFILFIPMTITKSPWALAFWRFLLGLANAALMPATQTVLTLDVPTEAFGRIFSYNQSFQAAGAVLGSILGSFISGISSYEMVFVITGLTLLLNFILVMLVRPKKQLTE
>CP027805.1|AWD62560.1|1171254_1172106_-|metallophosphoesterase
MKKRIAVFSDTHGNLTALQAMYRDSIAQHVDEYWFIGDLLMPGPSVKPIWEILQELTPTVIVRGNWDDLVVRGARGMMDMERPSHIYFARLAQYVAEHAPDGMVDKIASWPMHVTKRVGPLNFGISHNLPWLNMGQDLFPTQASENFDKLFNVAGEPVDIAIYAHVHHDLLRYGSDERMVLNPGAIGEPFNHWQPLQRDLRAHYLILEVDDIGLAETSFRHIGYSRDQEKQIADKSDLPYRDLYKKMMVTGRAYTHDDELLTKYNNQYNYADEYRKYAKKLNG
>CP027805.1|AWD62570.1|1183692_1184616_+|integrase
MGTTILSFQNRIVIETLHNEGRSLRYIANYLGFSKTTVFNELHRLNGEYQAELAQTDFERKVSQRGRKSSLTKSLKHLIEEKIQVQKWSPEQVAHVVGIAYKMVYNWIDQGWLDVQLPDLPDHGIRRHRAKEKRGTFSHGRSIEERPHKVETRQEFGHFEADTVLSGKRKGQAMVTFVERKSRLTIVKRLHGRDSQSMTQAVLELASQLQDKLKTLTVDHGKEFANYQAIEQLTGTQVYFAHAYSPHERGSNENRNRVLRRFIPKGQAIEELSDRQLVQINWYLNSRPLKCLNWHTPIEIFLLNLRH
>CP027805.1|AWD62571.1|1184599_1186267_-|hypothetical-protein
MEIQSRPEFAEQITNENQDKLTEDNYEDVLANAYTSPQNKKAIRQVIKVVDDIVKAAGKVPKFISLEFARSDERSDRTKSRKTQIQKIYETTAKELLKDDQLIKELGSVSDLSDRLYLYFTQLGRDMYTGKPINIDEISTMYDIDHILPQAFLKDDSLDNRILVRRKDNNAKSDTVPALKFGKMKPFWNKLQKHGLISKRKLNNLQTNPESIDKFKAVGFVNRQLVETRQVIKLAANILASRYPDSKIIEVKASLTHQMRESFNLIKNRDVNDYHHAVDAYLSAFIGQYLYNRYPKLQPYFVYGQFKKFDKQSTRIGMKTNHFNFLYDLEPEGKNVKIRKPTKIINKETGEIIGDRDELVAKLNRGYNFKYMLISQEVYTRSGALFDQTIYPANSGKKLIPLKQNKTTAIYGGYSGSKAAYMSIIRLRNKKGETYRIVGIPVRAVNKLNQAKKKSNEKYLAELKAVIEPQIAKTKKDRKTGQRVLVPQEFDVIIPEVMYRQLIVDGDQKFTLGSSTYQYNARQLVLDSESLVTLSKNFIERQIARNNLNEFSDVD
>CP027805.1|AWD62572.1|1186524_1187610_-|hypothetical-protein
MKIEADDKSKWKLNFSSADIDDKLPNLISELDESQESILNIILSLYSRLTLNGIVPSGMSLSEAMIDKYDTHKEHLDLLKKYVKILPIKNRKEIAETYAQYVGNSLKKSGHISQEEFYKAVKKNLDKSETTQKILGLISEEKFMPKQRTNQNGVIPYQLHQKELDQIIVNQSQYYPWLAELNPVKEHKDAKYKLDELIAFRVPYYVGPLIDPKTTPQTEQGNKNASFAWMVRKENGQITPWNFDKKVDRISSANNFIKRMITKDTYLIGEDVLPAHSLIYERFKVLNELNMIRVNGKKLSVSVKQNLYNDLFKHQKKINRKKLANYLQANLGIPERPQITGLSDPEKFNSQLSSYIDLQKY
>CP027805.1|AWD62573.1|1187734_1188448_-|hypothetical-protein
MIKKDYNLGLDIGATSVGFAGIDEQYDPIKLKGKTVVGVNLFEEGQTAADRRGFRTTRQRLNRRKWRLSLLEEFFDPYITPVDPTFFARLKESNLSPKDNNKNFSGSLLFPDITDQKFSEEYPTIYHLRYALMTENKKFDLRAIFLAIHHMIKYRGNFLNSTPVAHFDTSKIDFAGDFNELNNLCLNEDPNNIFEINLQNVKEISDILLDHSIKKFDKQKQVAKLLLTSQDNKELDK
>CP027805.1|AWD62574.1|1188688_1189054_+|hypothetical-protein
MTKEKNDLANRYIADYLGNCQQYEQNDKTFKGFSSIKDITYSRDNKIKIDVNNDIYQLSKAHRSLLIQDLQNGVYGTLADNDLKKLSEKDIQKGCPTTVYLNGKVIGHTAKNDNHHIIWNK
>CP027805.1|AWD62575.1|1189105_1189933_-|exodeoxyribonuclease
MKFISWNIDSINAALTGTSVRAGETREVLQKIAAMKPDVIAIQETKLSKNGPTKKHLTVLQELFPNYEVAWRSSVEPARKGYAGTMYLYLAQYEPKVTYPKINAPEPMDDEGRIITLEFPDFYVTEVYTPNSGNGLKRLDERQTWDDCYRDYLHELDQQKPVIASGDFNVAHEEIDLAHPATNHHSAGFTDEERTHFSKLLAAGFTDSFRHLHPDEKGVYSWWAQRVITSKQNNSGWRIDYWLVSDRLADKITEAGMIDSGERRDHTPIILEIDL
>CP027805.1|AWD62576.1|1190295_1191528_+|IS116/IS110/IS902-family-transposase
MKLFVGIDVSSKDLVTSMISEETCDVVFQGNFVNDLKGATELKAIIINTANSNHLDQVVIGMEATSIYSFHPAMFFQEDADLKKLNTQSVVIDPKKTKRYHDVFAEDKNDQIDAFYIADFLRVGRYSTGIVRQENYIALQRLTRSRYELVQSLVRAKQHFIENLYYKLNKLVISDELNTSVFGSTMMSLLTEDMTTDDLLNISINDLADYLNEHGRGRFANPEALAKTIQKAVRTSYRLDKVIANSVDTVLSVYAEEIKAFQKMIKDLDKAIEEVTKVIGKEEEVLRSIPGIGPVYAAGILAEIGQIDRFDNEAKLAKYAGLSWREKQSGGYASDNTPLKRTGNAYLRYYLVEAANRVRIQDPVLGEYYQRKYKEVKHTPSKRALVLTARKLIRVIFFLLKNHQIYQEKR
>CP027805.1|AWD62577.1|1191641_1191989_-|DNA-binding-protein
MNYEDLFQKIDEWAHERGIDHADPRVEFMKMAEELGELSSAYNKENQTKLIDSIGDLQIALLIFCKLVGVDHQQALAAAYQEIAKRTGKTTTDGVFIKESDLKSRNKKSCGNKSR
>CP027805.1|AWD62578.1|1192675_1192795_+|hypothetical-protein
MHWCIFIIIVPNGLVKQLLHFVKVAIKKALKRLIEELLG
>CP027805.1|AWD62579.1|1192893_1193010_-|integrase
MVTQLMSKRNNLPRKSLGYRTPYEVFMSYVTDEQLFSF

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
CP027805_1	1.2|1183526|36|CP027805|CRISPRCasFinder	1183526-1183561	36	NC_021496	Lactobacillus reuteri I5007 plasmid pLRI02, complete sequence	17882-17917	6	0.833

1. spacer 1.2|1183526|36|CP027805|CRISPRCasFinder matches to NC_021496 (Lactobacillus reuteri I5007 plasmid pLRI02, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.833

ctaaaactgatgatctgcaaacacaaacagcttagg	CRISPR spacer
gttttattgatgatctgcaaacgcaaacagcttagg	Protospacer
 *   *.***************.*************

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	16050 : 47974	38	Bacillus_phage(27.27%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	85012 : 123171	38	Paenibacillus_phage(30.0%)	tRNA,integrase,transposase	attL 96873:96892|attR 105453:105472
DBSCAN-SWA_3	282360 : 321938	36	Pseudomonas_phage(16.67%)	tRNA,integrase,transposase	attL 277548:277563|attR 330738:330753
DBSCAN-SWA_4	454493 : 499345	47	unidentified_phage(21.43%)	integrase,protease,transposase	attL 464137:464196|attR 499387:499487
DBSCAN-SWA_5	512702 : 558928	49	Paenibacillus_phage(36.36%)	integrase,transposase	attL 558540:558599|attR 568052:568172
DBSCAN-SWA_6	668072 : 715426	45	unidentified_phage(20.0%)	tRNA,integrase,transposase	attL 670969:671028|attR 725712:725811
DBSCAN-SWA_7	739042 : 767090	30	Paenibacillus_phage(36.36%)	integrase,protease,transposase	attL 738614:738641|attR 769420:769447
DBSCAN-SWA_8	845649 : 895417	48	Staphylococcus_phage(11.76%)	tRNA,integrase,transposase	attL 861447:861461|attR 880027:880041
DBSCAN-SWA_9	964072 : 1055110	97	Bacillus_phage(14.81%)	integrase,holin,transposase	attL 1017454:1017477|attR 1055513:1055536
DBSCAN-SWA_10	1072068 : 1128346	53	Bacillus_phage(30.77%)	integrase,transposase	attL 1119007:1119030|attR 1129589:1129612
DBSCAN-SWA_11	1132325 : 1184616	54	Streptococcus_phage(23.08%)	integrase,transposase	attL 1140485:1140501|attR 1186142:1186158
DBSCAN-SWA_12	1337235 : 1542939	220	Erysipelothrix_phage(23.29%)	tail,integrase,capsid,protease,holin,terminase,tRNA,portal,head,transposase	attL 1423086:1423145|attR 1546831:1546844
DBSCAN-SWA_13	1557982 : 1590022	32	Paenibacillus_phage(33.33%)	integrase,protease,transposase	attL 1562403:1562419|attR 1582168:1582184
DBSCAN-SWA_14	1610037 : 1730916	129	Paenibacillus_phage(24.0%)	tRNA,integrase,transposase	attL 1635787:1635817|attR 1728693:1728793
DBSCAN-SWA_15	1808560 : 1854751	49	Bacillus_phage(23.08%)	tRNA,integrase,transposase	attL 1831979:1831995|attR 1861886:1861902
DBSCAN-SWA_16	1858627 : 1960987	114	Streptococcus_phage(25.71%)	tRNA,integrase,transposase	attL 1850916:1850975|attR 1968865:1969021
DBSCAN-SWA_17	1969242 : 2013694	55	Streptococcus_phage(18.75%)	tRNA,integrase,transposase	attL 1968766:1968794|attR 2010759:2010787

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>CP027805|16050:47974|DBSCAN-SWA
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MPATKEEILSRLNNNFAKLTPGGIREFDYQVNSIPGIIKLTLGEPDFNVPAAMKQAAIDSINANDSHYAAGNGTFALRQVIAHFMQDRYQLDYDPEN

Homologous phage analysis in the prophage region

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AWD61384.1|16564_16939_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61385.1|17294_17729_+	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD61386.1|17816_18860_+	ABC transporter permease	W8CYL7	Bacillus_phage	3.1e-26	60.8
AWD61387.1|19201_19909_+	PhoP family transcriptional regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	2.5e-40	39.6
AWD61388.1|19922_21788_+	sensor histidine kinase	W8CYF6	Bacillus_phage	3.2e-34	34.7
AWD61389.1|21765_23061_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61390.1|23073_23916_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61391.1|23933_24740_+	metallo-hydrolase	A0A0C5AJ83	Bacteriophage	3.3e-36	35.1
AWD61392.1|24842_26120_+|protease	serine protease	A0A1B1IT49	uncultured_Mediterranean_phage	2.1e-21	29.6
AWD61393.1|26224_26722_+	phosphatidylglycerophosphatase	A0A291I9Q0	Lactobacillus_phage	8.0e-41	51.9
AWD61394.1|27404_28787_+	RNA-directed DNA polymerase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	3.6e-30	27.2
AWD61395.1|28940_29327_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD61396.1|29488_29842_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD61397.1|30280_30790_+	50S rRNA methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61398.1|30954_31152_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61399.1|31225_31762_+	NADPH-dependent FMN reductase	NA	NA	NA	NA
AWD61400.1|31980_33153_+	1,3-propanediol dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
AWD61401.1|33225_34002_-	sulfurtransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61402.1|34003_34309_-	pyrroline-5-carboxylate reductase	NA	NA	NA	NA
AWD61403.1|34462_34834_+|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	9.8e-28	52.2
AWD61404.1|34806_35238_+|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD61405.1|35230_35671_-	pyrroline-5-carboxylate reductase	NA	NA	NA	NA
AWD61406.1|35971_36670_+	succinate-semialdehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
AWD61407.1|36856_38251_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61408.1|38264_38363_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61409.1|38373_38529_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61410.1|38540_39179_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61411.1|39209_39389_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61412.1|39515_39845_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61413.1|39852_40527_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61414.1|40711_41140_-	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
AWD61415.1|41207_42203_-	lactate dehydrogenase	A0A1J0F959	Only_Syngen_Nebraska_virus	1.9e-33	31.2
AWD61416.1|42214_42664_-	aspartate aminotransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61417.1|43099_43393_-	aromatic amino acid aminotransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61418.1|43899_44121_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61419.1|44238_46476_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding protein	H6X3M6	Enterobacteria_phage	2.1e-120	38.6
AWD61420.1|46642_47974_-|transposase	transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	5.1e-50	31.4

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>CP027805|85012:123171|DBSCAN-SWA
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MDIRKINTLNRIKEGFITVLDTKKLSECTTNDIVNSAEISKKTFYNYYQNKQDLLHEIENDLLEGLKEALVIDREELKVVKHLPGADEIKELAEVAFNHTLAFCNENKHALSNLLSSNGDMQFYQMIVEVANNEFDARVPYLFGDINIKEANVKSPLPFSFIKTLYINTIVNLLMLWGAAPESGV

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
AWD61451.1|85012_85384_+|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	1.5e-28	53.1
AWD61452.1|85356_85788_+|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD61453.1|86370_86928_+	TetR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD61454.1|87031_88219_+|transposase	transposase	A0A0K2CZ57	Paenibacillus_phage	5.2e-38	29.3
AWD61455.1|88231_88378_+	TetR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD61456.1|88443_88848_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61457.1|88986_90528_+	poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61458.1|90529_92032_+	poly(glycerol-phosphate) alpha-glucosyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61459.1|92146_94081_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61460.1|94241_94643_+	oligo-1,6-glucosidase	NA	NA	NA	NA
AWD61461.1|94587_95934_+	oligo-1,6-glucosidase	NA	NA	NA	NA
AWD61462.1|95951_97337_+	major facilitator transporter	NA	NA	NA	NA
96873:96892	attL	NA	NA	NA	NA
AWD61463.1|97859_98549_+	RNA-directed DNA polymerase	A0A0C5K882	ANMV-1_virus	2.2e-09	26.4
AWD61464.1|98558_99242_+	RNA-directed DNA polymerase	NA	NA	NA	NA
AWD61465.1|99327_102498_-	carbamoyl phosphate synthase large subunit	NA	NA	NA	NA
AWD61466.1|102490_103579_-	carbamoylphosphate synthase small subunit	NA	NA	NA	NA
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105453:105472	attR	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>CP027805|282360:321938|DBSCAN-SWA
CGTGGCCAGTTCGGCTTCGATGTCCGTTCGAGGTAAGCGGCACCCGAATGGCTATGTCGAGCGCCGCGGGAAGGCTGGCCAATTGGGGCGAAGTATTCACGAGCGTGCCAAGGACTTTCCGCACTATGCCACTGAATTTGGGCACCTTGAAGCTGATACCGTCCAAGGCAAAAAGCACCAAGGGGCGGTAATGACCCTGACCGAACGCCAATCGAAGGTCGAAATTGTACTCAATGTGCACGAAAAGACGGCTGATGCGATTAACCAACACTTAAGTCAGTGGCTTCGGAAATTCCCGCGGTACTTCTTCAAATCGATTACCTTTGACAACGGAAAAGAATTCGCCGGCTAGCGCGAGATTGCCAATCAATTTGACCTTCACACTTACTTTGCCGAGGTTGGTGCTCCCAATCAACGAGGGCTGAACGAAAACAACAACGGTCTTTTACGCCGGGATGGCTTAACGAAACAGCTAGATTTCCGCAATCTTCCTGATGAATTGGTAACCCAACTGATGAGTAAGCGAAATAACCTGCCCCGTAAATCACTAGGCTATCGAACTCCATATGAAGTATTCATGTCTTACGTCACTGATGAGCAACTATTTTCTTTCTAACTTAAATTGGTCCCCTGTCAATAAAATAGACAATTTAAATAGAGACTTTTTTGTCCTATGCCACGACTAAATTTTGAATTTGAGTTTGATACTCATCTTCAAGTTGCTTTGGTGATTTGAATCCACAATGACTGTGAATTCTAACTGTGTTGTAAAACGTTTCAATGTACTGAAAAACTAGTCGTTTAGCTTCGGAGTATGAATGGATTTTAAACCGATTTATCCATTCACGCTTAATCAAGGCATGAAACGACTCAATGCAGGCATTATCCCAAGGATAAGCTTTCTTTGAATAGCTTAATGTCATGTTAGCTGTAACTTGATTGTAAGCTTCAGACGTAAACTGACTACCACGATCACTGTGCATGATTAATGGCTTGCTAATATGGCGACTGTGCTTAGTCTTTTCAATAAGTGGGATGACATTCGATACCTCCAAGGTTTCAGATAAGTCCCAACCAATGATCCGTCGGGAGTACAAGTCCATAATACTGGTTAAATAAACGAATCCGTCATGAACTGGAATATAAGTGGTGTCAATGCACCAAACGGCGTTTGGTCGCAATGGATTGAACTGCTCGTCTAAAATATTTATTAGCTGTTTATCAAACTTAGAATTGCGAGTGGTAGTCGTCCAAGGGGTTAGGTAAACGGCGTGAATGCCAAGGTCACGCATATACTTACCAACAGTTCGTTCAGCGATCTTATATCCTTTTGAGCGAAGTTCTTGGGTGATTTTGCCGGCACCGTAAATACAAAGGCTTTTGAGCCAAATTGCTTTAATTTCACCTTGAATAAACTTCTTCCGAAGCTTTCGCGGTGATTGGTGATTATGACGCTTTTCTCGTTGATAGTAACCACTTCTTGAGATTCCAACATAATCACACATACCATTGATGGAAGGGTGGGATTCCAAAGCGTGCTGAACGTCCATTTCTTGGTATACCTTTTCGGTAGTTACTTGCTCAGAATCCCGATTGATTTTTTTAATACTTCGATCGCTCCTTCAGCGTCACGAAGTTGACGCTTTAGTCGTGCAATCTCCTTGTCCTTATCGCTGGCAAAATTACCAGAGCCACGGCCAAACTCCCCAGTCTCAGTAAACAGCTTAATCCATTTATGTAATGTACTAGCCCCAATACCTAGATTCTTACTTATTTCATTCATGGTCATGTGATCCTTGTTATCTAAGTAATACTGAACGGCCTGTTCCTTAAATTCCTTGTCATAACTGTGCTTCGTCATTATTTGATCCTCCAATTTACTTCCTTAATTATACTAAATCAGAGTCTCTATTTAACTTGTATACTTTTTATTCTAGGCCCAAATTGACATTTCGGGTATGCAAAACTCAATGATGGTGACATCACAGAGTCTTGCTAACTTAGGAGCAGTCTTGGCAAATGATGGAATTAAACCTTGGGATAATGAGCGTTTTATTAGCCATGAAGATAACGAGTTGGTAAAGAAATTGCTAACAACAGTTGGTTCGTTTGAAGAATCAAAAGAATACACAATTAAAATTGAACTCCCTATTAAAAGTGGTACTGGCGGCAGCTTATTGGCTTGTGCCCCGCAAAAATGTGGTATTGGTATTTTTAGTCCAGCTCTTGATCAACATGGCAATAGTTTGGCAGGAATGAGTTTATTACAAGATGTTGTTGATCAATTAGAATTAGTAGTTTAATAAAAGCGAGACCCGAAGAAAATTCTTCAAGTCTCGCTTTTTGTTAATGTAATTTTTCTTGGAATTTCTGTAAATTACCAGGAGTTGGGGTTAAATTAGTCCATTCTGGTGAAAGGAACTTACTATTGATTTGGTAATGTGGTTGCGGTTGCTTGTTAGAAATAAAACTATTAGTAGCTTTATCAACTTTTACCCAACCAGCCCAACCGATATGAATAGTATCTTCCATAAATCCAGGCTTATCACCATCATGAGAAAGATCCAAAATGTGATTGAACCCTTGTTGGCGAAGCTGAAATTTGATTTTTTCAACAGATTGGTAATACATATTCATGTCCATCCCCGTGTACTTTTCCCACTTTGAATTAACCGGTGGGATGATAAAGAGGACGTTTGAATTGGTATTCTTAAACTGATTCAAAACTACTTCCAAATCGCCATATTCTGGTGACTTAGTATAATTGAAATTCCGTTGTGATCCCTTTATTTTCGCTAAGTTTTTCTTTACACGCTGGGTGTAGAAGCTGTTTTTGATACCGAAACGGTTGTTATTAGTATCACGTGCGGCTTCGTTCATTGCATCATCATAAAGCTCATTGTAATTGTAACGCGGAGGAAGTTTCTTAACGTTTGGGAGGATATGCTTGCCATAGTTATTATTTAATTGAAAACCTGAGAAAATGGCATCTTCATGAACAAGCATGTTAAGTCGGAAGCGGATAACTCCCATATCGAAACTGCTCAGGGATTTTCCTTCGGCGATTTTTTTAGCATACGAAGAAACAGTCCCATCTTTACCAAGCATTGCAATTAATCGCGTTGCAATGTAGCGATCGTATGGTGATTTAGGATTAGCGTGTTGAAGCCAGTTAAGGTTAGCGAGTTCACCATTGTAGTACTTGAAAGCTGGTGGTTGAACCCCCTGCTTAGTAAACCATTGTGGTGAAATGATATAGACGGCCTTATTATCTCTCATCTGCGTTTCCATTGAATTAATGTTAAAGAATTGCGGAAGAGATTGGGTACCCCGTGAACCGAAGAGGAAGGGGGTATAGTTATGATAACGAGCAGCCATTACAGAAGGATGGAAACGATCCATTCGCCGTAATTCACTAGAACCAAAGAATGGAACATAGTGGGTATGCTTATCACTGAGCGCTTGTTGTTTAATTGATTGATTCTTAAAAACAACAGGGCTTAGCGATATTGCAGCTTTATGTTCAATCGCCGCTGAGTGCTTTTTACTAATCGGCAGTGAAAACAAAAGAACTACTAATAGACAAGCGACAATCAGCGGGCCAAAGATTGACCACAGCTTTTTGCCATTATGCATTTTGGAGCTCCTTTACCCGTTCTTCAATCTTTTCAATAGTGTCCCATTGGCTACGATCAAATTCTGAAACTGGTACTTGAACGCCAAAAGCATCTTGTAAACCAAGAAGAAGGCTAACAGTTGCCATTGAGTCTAAAAGACCACTTTCAAAAAGGTTTTGACTTGCATCACTAAAGTCTGCAGTGTCCCGACCAGTTGCATCAGCTAAAATATTAATAATTTGTTCTTGCATAATTAAAATCCTCCTAAAATTATTTGAATAGATAAGTATCTAAGAACCCACTGAAGATCAAGAAAGTAAACATTACAAAGTTAAATGTGACAAAAATAGCAACTCCAGTAGTGAACTTATTATGTGGTAGCTGTTTTAAGTTTTTGCGCTTGAAATGCAGCCACCAGTCATTAACTACTAGGCCTAGACCTTGGAGAAAACCATAGAGAATATAGTACCAGGTAATTCCATGCCAAAAGCCCATTAGTAACATATTAAGCATATATGCGGTTGATGACAAGGCATTTCGATTCTTAAACCATCGTTCTTTGGTGGCAAGAAAGACGAACCGCATAAAGATATAATCACGGAACCAGAACGAAAGGCTGATGTGCCAACGATTCCAGAACTCTTTAAGATTTTTCGATTTGAACGGTTGCTTAAAGTTCATTGGGGTACGTACACCCATAAAGTAACTAATAGCAACTGCAAACAATGAATAACCAGCAAAGTCAAAGAATAAGTAAAGTCCGTAAGTGTACATGACACCGACTAAGTTCCAAGAAGGGAATGATGGATCAGCCAAGGCCGCTTTTTCAAAGAAGGGGTAAAAACGCTGACCAAAGAAATAGCCGATGACAAACTTGTACAAGAAACCAAGGAATAAGTAGAAAATTCCGGTGTTAACAAGATTTAAATATTCCTCGCGGGTCGGAACCTTTTTATAATCCTTCTCAAAACGTCGGTAACGATCAATTGGTCCAGAAGTAATGGTTGGCATGAACAGGATGAAACGAATGAACTTCCATGGGGAAATCTCTTTGATCATTCCGTCACGCGTTTCAATTACTGTTCCGACTGCCCGGAAAGTTAAATAACTAATTCCCAAGAACCCAAGGAGGGAGTTATGACCAACCATTGCTGGTGAAAGCTTAACAATTACAAGCGGCAAAATTGATAGGGCGGTAGTAAAGTAAAAAACACCACTCGAATTATTATTTTGCCGGTAGCAATGATAAGCCATCACAATAATTGTCTGGTAAATAACATAAGCAATTAATGAAATTCCTTGTTGCCAGCTTGAACCATCGAACATTAAGAAGATAAAAATGAAACTAATTAATGCTTCATACCAGCTAAATCTCTTCCCAAA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MAIEVGAKVSGKVSGITNFGAFVDLDDNQTGLVHISQISDKYIKDVHDVLAVGDEVTAKVTRIGDDGKIALSIKAAAPREHQDHHENNHHRENNHRDFHHERNNNFRGHNDNFRGGFSGRHHNSHQHEDFNDMLAGYLKESESRLSTLKRQTDGKRGGRGGRRS
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MDNDTRTLLNLTDPHLNFPHHWLKYKTIKKVRVAQISCTLSYTPRACPNCGVINRGQILKYGFYQAKHKYGQFRAQPLMLLVKIQRFQCPDCHTTFNATSYLFEHQRTISRDLKHEIILQLTRIQTIKDIAHDLFISEASVQRVLLDLADQYKPNLNYLPETLCIDEFKSMRSAKGKMSFIAVDGDRSCLFELLEDRRLRSLFKHYQQFTRRARCRVKYLVMDMNAAYDQLVKTVFPCAQIIYDRFHIAKHLNDTMNHVRIHVFNRLRKGDSAEQKQARRLKHYWRLFLQDREKLSTKLYYEGRYFNRVVNSMIILDLMLGYDQELRATYNFIQSLKHAYNQRDFTTFFQLLKLRPDSVSHYTIHRCQVLARYKEGIKRGFETKFSNGRTEGINNRIKTIKRVACGYRYFTAFKTRIYLIIGHQIQAN
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MQEQIINILADATGRDTADFSDASQNLFESGLLDSMATVSLLLGLQDAFGVQVPVSEFDRSQWDTIEKIEERVKELQNA
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MSQELDQMRVRREKMEELKEAGIEPFGRRFKRDHLAQDLHDKFDQYDKEELNEMGAKVIIAGRMTRKRSSGKAGFADFVDRTGKIQVYARKDMVGDEPYHVFKRSDIGDFLGIEGDVIKTDTGELTVRAHKITFLSKALRPLPNKWDGVTDPETIYRQRYLDLISNPESFKRFHQRTAIIKAVRKYMDDNGFTEVETPILNTQAGGANARPFITHHNALDIDMYLRIATELYLKRLIVGGFERVYELGRIFRNEGMDPHHNPEFTTMETYAAYFDFQDVMDETEGIVKAAAKVVSDDGKITYQGHEIDLGGNFKRITMADAVKEKTGIDFSDELMTDEDAKKLADEHKVEYKSYWTKGHILNAFFEEFVEDTLIQPTFVYEFPVEVSPLAKRNADNPAMTDRFELYVDGSELANAFSELNDPIDQKERFEMQAKEKANGNDEAEPVDLDYVQALEYGMPPTGGLGIGIDRLVMLLTDAKSIRDVILFPTMRPEKEAKNDSKKKKK
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MKGQSDSKISQLNTPYARQVSNQKTYNRHVHKRRCQRIIAVFLVIFLIFGIQIFQSKRTLADINGNIRQAQSQLTKQKQKNQQLQRQIKMLHNPEYIQQVIRAKYNYSKKGETIYNLN
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MTKRKVKRGDIYYADLSPVIGSEQGGVRPVLILQNDVGNHYSPTVIIAAITAQMQKKKMPTHVQLKGKSLPLTHDSVILLEQLRTIDKQRLKDRIAHLSPETMAKVDKALTISVGLNAAYDENK
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MIDWISNLPNFSAYGTPVYFFYLLLAILPLGIGLYFGKRFSWYEALISFIFIFLMFDGSSWQQGISLIAYVIYQTIIVMAYHCYRQNNNSSGVFYFTTALSILPLVIVKLSPAMVGHNSLLGFLGISYLTFRAVGTVIETRDGMIKEISPWKFIRFILFMPTITSGPIDRYRRFEKDYKKVPTREEYLNLVNTGIFYLFLGFLYKFVIGYFFGQRFYPFFEKAALADPSFPSWNLVGVMYTYGLYLFFDFAGYSLFAVAISYFMGVRTPMNFKQPFKSKNLKEFWNRWHISLSFWFRDYIFMRFVFLATKERWFKNRNALSSTAYMLNMLLMGFWHGITWYYILYGFLQGLGLVVNDWWLHFKRKNLKQLPHNKFTTGVAIFVTFNFVMFTFLIFSGFLDTYLFK
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MTKHSYDKEFKEQAVQYYLDNKDHMTMNEISKNLGIGASTLHKWIKLFTETGEFGRGSGNFASDKDKEIARLKRQLRDAEGAIEVLKKSIGILSK
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MNNDIERVLYSEEMLGKRMDELATDLTKDYKDKRPIIISVLSGAVLFTVDMIERLDIMAQIDFIDVSSYFGGLGSTGKVKLIHDLKTDVKDRHVLIMEDIVDTGRTLKYLMDLLADRGAKSIKVCSLLNKPEGRKVDVEPDYVGFTVPKEFLVGYGLDYKGFYRNLPYVGILKPSVYQND
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MNLNIRILNKLTEQHYKLLLEADPNKKLISKYLKRSFCFEATYNNELLGVLILLPTHPETLEVVNIAVISTQRNKGIGHQLLIFAEKYARNNNCKCLEIGTGTTSFGQLYLYQKCGFRVVGVDQNFFTIHYDKEITENGLVLKDMIRLRKVLK
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MNNNRKKNNFTHNVLFYAVMFLCIMGIAYFFFGGNTSTGQSKTVSQSEFISELKSNKVKSVQLQPNGGVYKVTGTYRKPQSNNDNSANNTGFALTPQRNNKVTQFQSSVLESDVTVSQLQNYANRHNVKISTRAEESNSVWMNLLLTVLPLVIMIFFFYMMMGQAGQGGGGRGVMSFGKTKAKPSDAKKNKVRFSDVAGEEEEKQELVEIVEFLKNPKKFTKLGARIPSGVLLEGPPGTGKTLLAKAVAGESGVPFFSISGSDFVEMFVGVGASRVRDLFDQAKKAAPAIIFIDEIDAVGRRRGNGMGGGHDEREQTLNQLLVEMDGFQGDEGIIVMAATNRSDVLDPALLRPGRFDRKILVGRPDVKGREAILRVHAKNKPMASDVDLKEIAKQTPGFVGADLANLLNEAALLAARRNKTEIDAADLDEAEDRVIAGPAKHNRVQSEQERKTVAYHEAGHTIVGLVLNDARVVHKVTIVPRGRAGGYAIMLPREDQMLMSKKNAMEQIAGLMGGRAAEELVFKSQSSGASNDFEQATQIARSMVTQYGMSDKIGPVELQSSGQVFTGQGYDQSPYSEKTAALVDEEVRRILTEGHETALHIIETHREQHKQIAEALLKYETLDEKQILSLYKTGKVPDKDVAAEDEEARAQTFEESKRELERLENERHDEAKDNQNDLSDTKSDNSNDSQSSDDSDNSEDK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
277548:277563	attL	NA	NA	NA	NA
AWD61648.1|282360_282711_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD61649.1|282858_282975_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD61650.1|283030_283909_-|integrase	putative integrase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	2.0e-42	36.4
AWD61651.1|283932_284220_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61652.1|284317_284662_+	glutaminase	NA	NA	NA	NA
AWD61653.1|284705_285995_-	DltD domain protein	NA	NA	NA	NA
AWD61654.1|285987_286227_-	cytochrome C552	NA	NA	NA	NA
AWD61655.1|286246_287464_-	alanine transporter	A0A125RNP0	Pseudomonas_phage	1.1e-22	29.7
AWD61656.1|287463_288990_-	D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase	A0A2K9KZV5	Tupanvirus	5.5e-40	27.3
AWD61657.1|289011_289152_-	cytochrome C554	NA	NA	NA	NA
AWD61658.1|289482_289845_+	4'-phosphopantetheinyl transferase	NA	NA	NA	NA
AWD61659.1|289845_290973_+	alanine racemase	A0A0P0YM39	Yellowstone_lake_mimivirus	1.1e-29	27.9
AWD61660.1|290991_291366_+	growth inhibitor PemK	A0A291I9M9	Lactobacillus_phage	2.1e-09	36.0
AWD61661.1|291557_291911_+	cytochrome C oxidase subunit III	NA	NA	NA	NA
AWD61662.1|291950_292934_+	cytochrome C oxidase subunit III	NA	NA	NA	NA
AWD61663.1|292924_294163_+	cytosine deaminase	NA	NA	NA	NA
AWD61664.1|294547_295339_+	2-keto-4-pentenoate hydratase	NA	NA	NA	NA
AWD61665.1|295447_296086_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61666.1|296291_296852_+|tRNA	peptidyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
AWD61667.1|296870_300410_+	transcription-repair coupling factor	NA	NA	NA	NA
AWD61668.1|300406_300679_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61669.1|300779_301136_+	septation inhibitor protein	NA	NA	NA	NA
AWD61670.1|301334_301829_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD61671.1|301830_303225_+|tRNA	tRNA(Ile)-lysidine synthetase	A0A0N7G7K4	Chrysochromulina_ericina_virus	2.8e-14	27.1
AWD61672.1|303217_303760_+	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	A0A218MMB5	uncultured_virus	1.6e-10	28.6
AWD61673.1|303993_306102_+	cell division protein FtsH	H8ZJI5	Ostreococcus_tauri_virus	4.6e-106	48.4
AWD61674.1|306192_307113_+	heat shock protein Hsp33	NA	NA	NA	NA
AWD61675.1|307220_308222_+|tRNA	tRNA-dihydrouridine synthase	NA	NA	NA	NA
AWD61676.1|308242_309760_+|tRNA	lysyl-tRNA synthetase	A0A2K9KZX5	Tupanvirus	2.0e-90	42.1
AWD61677.1|310297_310609_+	RNA-directed DNA polymerase	NA	NA	NA	NA
AWD61678.1|310656_311679_+	RNA-directed DNA polymerase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.7e-19	25.4
AWD61679.1|317772_319059_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD61680.1|319292_319505_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61681.1|319562_320024_+	GNAT family acetyltransferase	E9LUK4	Lactobacillus_phage	2.2e-77	94.8
AWD61682.1|320229_321390_+|transposase	transposase IS4 family protein	A0ZS58	Staphylococcus_virus	8.3e-65	38.3
AWD61683.1|321536_321938_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
330738:330753	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>CP027805|454493:499345|DBSCAN-SWA
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MSNNVVVLGSINVDTTYHVDRFPQPGETISAVSKSSAPGGKGANQAVAAARSGAKTAFIGAVGSDKEGAYMLESLADDHIDTHHIMTDELHGTGSAAITLDANGQNDIMVYGGANQAMTTDVLAGIDDVLEDADFLISQFETPQEVALDAFKQAKKHGVTTLLNPAPAHEILTELLKYTDVITPNESECALLTGIEITDEESMLKSADYFRERGVKHLLITLGSKGVFYSTPTAHGLVSAFKVKAVDTTAAGDTFLGALSSQLEKDLSNVDKALVYAQRASSLTVQQMGAMPSIPNHDAVIKALAEN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
AWD61817.1|454493_455417_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	1.9e-32	31.0
AWD61818.1|455616_456585_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD61819.1|456750_456921_+	major facilitator superfamily MFS_1	NA	NA	NA	NA
AWD61820.1|456917_457190_+	glycerol-3-phosphatase transporter	NA	NA	NA	NA
AWD61821.1|457162_457627_+	glycerol-3-phosphatase transporter	NA	NA	NA	NA
AWD61822.1|457626_458091_+	major facilitator superfamily MFS_1	NA	NA	NA	NA
AWD61823.1|458286_458880_+|protease	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	A0A223W000	Agrobacterium_phage	8.0e-56	54.3
AWD61824.1|459383_460391_+	glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
AWD61825.1|460481_461687_+	phosphoglycerate kinase	NA	NA	NA	NA
AWD61826.1|461805_462555_+	triosephosphate isomerase	NA	NA	NA	NA
AWD61827.1|462645_463968_+	enolase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	8.9e-172	69.9
464137:464196	attL	NA	NA	NA	NA
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AWD61830.1|466722_468273_+	ATP synthase F0 subunit A	NA	NA	NA	NA
AWD61831.1|468339_468579_+	preprotein translocase subunit SecG	NA	NA	NA	NA
AWD61832.1|468657_469434_+	carboxylesterase	NA	NA	NA	NA
AWD61833.1|469420_471820_+	exoribonuclease R	Q0GXV6	Lactococcus_phage	2.6e-89	38.5
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AWD61835.1|472367_472952_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61836.1|473102_473792_+	uracil-DNA glycosylase	A0A0A8IL23	Epstein-Barr_virus	1.7e-41	48.7
AWD61837.1|473852_474827_+	phosphotransacetylase	NA	NA	NA	NA
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AWD61839.1|475404_475914_+	GCN5 family acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61840.1|475945_476368_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61841.1|476379_476916_-	DNA polymerase III subunit alpha	A0A0K2SUJ2	Clostridium_phage	2.8e-07	26.4
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AWD61843.1|478272_479196_+	ribokinase	NA	NA	NA	NA
AWD61844.1|479207_479603_+	ribose pyranase	NA	NA	NA	NA
AWD61845.1|479623_480979_+	sugar:proton symporter	NA	NA	NA	NA
AWD61846.1|481138_481990_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD61847.1|481973_482870_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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AWD61849.1|484461_486282_+	glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase	Q76DQ7	Chlorella_virus	1.4e-90	36.5
AWD61850.1|486542_486854_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61851.1|486915_488781_+	acyltransferase 3	C6ZR20	Salmonella_phage	1.4e-21	27.8
AWD61852.1|488791_489247_+	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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AWD61854.1|490380_490983_+	peptidoglycan-binding protein LysM	A0A249XZV3	Enterococcus_phage	1.1e-28	54.7
AWD61855.1|491603_492323_+	PhoP family transcriptional regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	7.2e-35	36.8
AWD61856.1|492322_493810_+	signal transduction histidine kinase	W8CYF6	Bacillus_phage	5.7e-34	32.6
AWD61857.1|493978_494839_+	sugar transporter	NA	NA	NA	NA
AWD61858.1|494870_495485_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD61859.1|495450_495825_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61860.1|495977_496592_-	acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61861.1|496772_498131_+	glucose-6-phosphate isomerase	NA	NA	NA	NA
AWD61862.1|498207_498438_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61863.1|498421_499345_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	1.5e-32	31.0
499387:499487	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>CP027805|512702:558928|DBSCAN-SWA
ATTAGAAAAAAGGTGAAAGTTGTTCTTCTGTGACATGACTCAAGAATACTTCTAATGGTGTACGATAATTAAGAGATTTTCGTGGGATATTGTTGCGACGATGCATTAGCTGAGTGACTAGTTCGTCTGGTAAATCGCGAAAATCTAGCTTTTTACTAAGACCATCACGACGCAAGAGGCCGTTATTATTTTCGTTTAGCCCTCGTTGATTGGGAGCACCGACTTCCGCAAAATAGGTGTGAAGATCATACTTATTGGCTATTTCTCGCCATCCAGCAAATTCTTTCCCGTTATCAAAAGTAATTGATTTAACAAAGTGACGTGGCAGTTTAGCGAGCCATTGATCAAGCTGGCAATTCACTGCTTCGTCTGTTTTATGATGAATATTAAGGACAATCATTACTTTGGATTGTCGCTCTACTAGCGTCATTACCGCTCCGCGGTGAGCTTTACCTTGAACTGTATCAGCTTCAAAGTGCCCAAATTCATGTTGGTAATGCGGAAAATCACGATATCGTTGATAGATACTGCGTCCTAATTGGCCAGCTTTACCACGACGTTCCACATAGCCATTGGGATGGCGTTTTCCTTTCATCGGTAGCTGTTTAACGGAAAAGCCATACTGATTGCGGGCAAACATGCGATAAAGGGTGCGCATACTGCAGCTAATTGGGTGTTCATGACGACCAATAATAGTATCAGGAGTCCAACCCGCCTTGATTTGCGCATGGATATAGTTAACTTCGATAGTTGGCAGTTGGGTCTGCTTCCGACCACAACGACGCTTATGACGCTGATAAGTCTGAAGATATTGGTCGATGGTTTTACCGTCATTGAGGAAACGATAAACACGATAGATGGTTTCTTGACTACGCTGAAGTAATTTAGCAGCCCGATAAGCTTTAGTACCTTGATACCAAAAATCAGCTATGAGAGTTAATTCACGTGTGGTAAGATGTTTAGAGGTCATTTGTGATTGCCTTTCTTTTGATTAGGGATATTCAAAAGTCTATCACAAATGGCTTTTTATTTTTTCTAACTTAATTTTACAAACGACGAAAAATATATTCCCAAATAATTTATCAGTATTGAAATAAGAATGAAGTATATTATACTCAATACTAAATAATAGTTATCGAATTATAAAAGTCTTTAAGGGGGAGAAAAAAGATGCTTGATACAGATGAGATCAAAAAAATGAGGTACTTGGTGTTGAGCTTGCCCCGGTTGAAACTGTTGGCGGACAAGTAAAATTAGGGGAGAAATCTGCCTCAAGCGTTGCTTCACTCAATAGAACGCCATTATTGGAAAAAATGCTTAAAGCAGCGCCAAATTTTGCGGCTCAACAACAAAAATTGAACGGCCAAGAACCGGTAATAAAAAATAATCCAGCATTAGGTGAATATCAACTAATTGATGATTTAGGTGGCTTAATGCATGGGACTTACTTACAGGCAACTAATAGTGAAAGCCATGCTAAAGATCGTTCGCTTGTAAGTCGTAATTCAATGAGTGAAACGGCATCATTAGTTAATTATCGCGCAGCTACTGATTTTAGTGGATATGGTCATTTAAAAAATAATACAGAAACTACCAAATCAGTTGAAGTTGTCTATACGCTGCCTACATTTGAAGGAAAGCAAGGAACGGCACAAGTTGTACTTGATGGGGCGCGGATTAATGAATTCGACGGTCTTGAATACAAGAATGAAAAGGGAAATGTAATTCCTGGATTTGATATTACCTATGGTTATCAAGGACACGAAGGAGAGTATTCGACGATTGATACTCTTAAGCAGCGTGATGACTTTAGTTGGGAAAAAGTAACAGCGATTATGGTATTTGGTTCTTTATTACCAAACAGTTCTTACCGTGTTGAATTTCCTTTTAAGATTATAAATCTAGAAAATATTAATACTCAAGAGCAATTTAATTTAAATGAATATGCCTTTTACGATTTAACAGTTAATAAGCACACAACGTCACAATTAAATTTCCGCTTAAGCACGCCTGTTTTTGATCATGATGCCTATCAAAATATCCCATTCATGGCACTTAGCCGAACTGAAGACGGTGATGAGGTATTTTCAGAAGATGTTAAAGGAATGATGCCAACTTTGGGTGAAGTACCATATGCAATCAGTGACTTTAACGATGAAGTTTCATTTGAGATTGATGAGGATAATGTAATGTGGCAAGGCGGTCAATACTTCTTTAAGCTGGTCGCTATTCAAAGTGCGATTCAAGAAAAAGGATTTTCAGTCGATGTTGATAAGACAGGGAGAAAGTTAATGGAGGCCTCTGCCTTTATGGTTCAACCTACTTATCTTGATTTTGAAAGTTTTGACTTCATTCCTTATGTTGTCATTCATCAACTTCTTATTACTAAATCATTTACGCTTAAGGCAGAGGCAAAAGATGATTGGAATTCATTTGGCGGGATTGAAGAAGTTTGCGGTCTCTCCTCAACTAATGAGGAACTTCCGGTTAGTCCTGAGCAAACATTTATTGTGGATGATTCTGAATTAGTCGATGCAACCCCTGGTGATTATAATGTCATTATTGGTTATTTCCTTAACGGGAGTGAGGATAATGATATATTAATCACTTCACCGGCAAAGGTAAGGATGGTTGAAAATAAACAGACAATTAATGTTTACTATGTTGACTTGGTTAATATCCCCGATAAACCCAAAGCTGATTTACAACCAAGTGACGGAAAGATTCTCGAAAATCAACCCCAAACTTTTACCGGTCAAGGTGATGAAGCTTATCATAACCAACTCTGGGGTGAAGAAAACGGCTTTGAGATTTATAAATACGAAGAAGGTGCTAAATTAGGAACCTATGTCGGTGGACAACCAACTAAGGATTATTATGTTTACCTTATTCATAAAATTGAAAAAATCGATGAAGATCATCAAGTAACACGGACAATCACTTTTAATATGCCAGATGGATCCAAGCAGATCATTAAGCAAACTGGAAAAATTCAGCGTTTTGGAATTACTGATAAAACGACTAATGAAAAAACATGGAGTGATTGGATTAAAGCTACTCTCCCCGCAGTTACTGCGCCCCATGTTCCTGGATATACGGGTAAAAACGTTGACGCTGAACCAATTTCATTAACGTCAAAAGATAGCAATATTAATGTTATCTACCATCCAAAGCAAGTTAGTGTCAAGATTAAATATGTTGATGAAACTGGGGATGTAATTGATGAACAAATAGTTTCTGGGCTTGCTGGCGACTTGATCAGTCATAAGTCAACAGTTGAAACAGACCGTCTTGCTGATGAAGGATATGTGATTGTTGATAATGAATTGCCGCAAAATGCTCGTTTAATGGCTGAAGACAGTGATCAAGAAAAAGAATATAAGGTTTTTATTAGTAAACAAGATTTACAGACACAACAAATTACCGTCTTTTATGTTGATGTCCCTGATAATCGATTACCAATTGTCAAGCCTTCTTCTGGGCGGATTATTGATAATCGGACCCAAAGATTAAATGTTACAGAAGGACAAACATATAGTAATGAACTATGGAATTTTGAAGATGACGGGTATGAATTGTTTAAGGCTGACAAAGGGGCATTAAAGGGTAAGTACTTTGCTGGTAGTCCAGAACAACAATATTATGTTTACCTCACTCACCAAACTACTCCCCTAAAGAAGGAACATCACGTAACGCGAACTATCCAGATTACAATGCCTGATAAAACACAACAAGTTGTAACTCAGGAAGCAATTGCTACTCGTTTTGGCGTTCATGATGAAGTGCTTGGTAGTGACATTTGGCAAGAGTGGAGCAAAGGAGTGATCCCTGAATATATTCCAGCACCAATCGCGGGGTATGATACACCTGCTATTCCAGCTGAACAGGTTGATGAAAATGCGAGCGATCGAAAGTAAAAGATCAGTTACACTCCACAACCAGCTAAAATTCTGGTTAAATTTATTGACCAAACTGGTGCAGAATTAACATCCGAGGAACTTACTGGGGTAACCGGTGAAGAATTTAACTACGATCCAACTCCACAAATTAAGTCATTTGAAGATGAGGGATATGTGCTTGATGAGAATAGTTTCCCTGCCGATCATCATTTTGCGGCCGGAGAACAGACCTATACTATTACCTTAAAGAAGTTAGTAGCAGTAACCCCTCATGGCAACGGTGAGACAGAATCAATAATCGAACAAATTAAGTCGAACGATGATGAGAAAACTGAAAATAAAAAGGGAATCTTTGCTGCATTTAAAGGGCACTATGTCCCGTCAAGTATACAGATCAAATAGATAAAAATTTTAGGAGGCTTGATTGCGGAATTGTTCCGCGGTCAAGCCGTTTTTGCTTGTGTAAGCGCGTTTGGTATTAAAGTATTCAATGGCTCCTTTGACGAGCTGTTCTAGCTCTGCTAGCGTCTTAGGACGATTATGTTTGTTAATCCAGATTAGCTTGAAGTCATTCCACCAACGCTCTATGGGGGAGTTTTCCCAAGGATGACCGGGGTGTGACATACTATGAATACAATTTTTAGAGGCTAAGTAGTCGTTGAACATACTTGAGCAGTAAGCTGATCCGCGGTCAGTATGGACCATTGGTTGCGCATCAGGTTCAACCGTAAAAGCACGATTAAAGGTTTCAATTACTGCTGATGAAGTTTCTGTGTCTGAAATATTGTAGCTTAAAGCGTAACGACCATATAAATCTAAAATAACGTGTACTCGTACTTTATGAAGTGTGTGTTCGCCGTAGGCAACTTCCGTTGTGTCGGTAACCCACACTTCATTTTTAGTTTCACGGTCGAATTGTCCCTGCAATAAGTTGTCATTGATGTATTCTTCATGGCGTTGAATTCGATTGCGCTTCTTCTTCCTAATATTTGCTCTAATTCCATGCTTACGCATGCAATTAGTTATTCGTTTTAATCCAGCGGTAAAGCTTAAACGGTTTTCAAAGCTTAACTGTGTAGTCATCGCTAAATATCCCAGCGT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MNYGKKSPQLWAAIENEEQRQQDTIELIASENIVSDAVREAQGSVLTNKYAEGYPNKRYYGGCEFIDQVEQLAIDYAKKLFNAAYVNVQPHSGSQANMAVYQALLKPGDVILGMGMDAGGHLTHGATVNFSGKLYKTYGYGLNPDTEELDYDEIMDLAKKVKPQLIVAGASAYSRIIDWQAFRKTADEVGAYLMVDMAHIAGLVATGAHPSPLPIADVVTTTTHKTLRGPRGGMILSKSTELGRKINSAVFPGIQGGPLEHVIAGKAQAFYEDLQPEYAEYIQQVVKNAQAMEKVFNTSKQIRVVSGKTENHLLVLDLTKTGLTGKDAQNLLDRVHITTNKEAIPNDPRSPFITSGLRIGTPAITSRGFKEEDAQKVAELISTALTNPTDEECLQEVAKGVHELTTKYPIN
>CP027805|512702:558928|531366_531942_+|AWD61901.1|DBSCAN-SWA
MAQLFFKYGAMNSGKSIDILKVAHNYEEQGKQVVLMTSGVDDRSGRGIIASRIGLERKVKPIMDDTNIYDYVNKMDRKIYCVLIDEAQFLKKEHVLQLIKIVDELNIPVMAFGLKNDFRNELFEGSKYLLIYADKIEEMKTICWFCPHKATMNLRIHDGKPVYEGEQVQIGGNESYYPVCRKHYFHPQLKQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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AWD61883.1|514005_516618_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61884.1|516774_517002_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61885.1|517011_517830_-	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	8.0e-22	32.1
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AWD61887.1|518735_519335_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61888.1|519586_520360_+|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	2.1e-27	35.2
AWD61889.1|520389_521208_+	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	8.0e-22	32.1
AWD61890.1|521284_522046_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61891.1|522144_522666_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61892.1|522781_523801_+	beta-lactamase	NA	NA	NA	NA
AWD61893.1|524009_525242_+	arginine deiminase	NA	NA	NA	NA
AWD61894.1|525352_525814_+	arginine repressor	NA	NA	NA	NA
AWD61895.1|525834_527256_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
AWD61896.1|527313_528711_+	putative arginine/ornithine antiporter	NA	NA	NA	NA
AWD61897.1|528775_528925_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61898.1|528946_529072_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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AWD61903.1|533038_533905_+	N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61904.1|533910_534939_+	translation factor Sua5	S4VW33	Pandoravirus	1.5e-54	39.8
AWD61905.1|535052_536288_+	serine hydroxymethyltransferase	A0A219Y950	Aeromonas_phage	6.1e-98	53.6
AWD61906.1|536381_537017_+	uracil phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61907.1|537146_538874_+	phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61908.1|538976_540092_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD61909.1|540088_540862_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD61910.1|541020_542292_+	uracil transporter	Q9KX94	Enterobacteria_phage	4.4e-67	36.5
AWD61911.1|542605_543313_+	ATP synthase subunit A	NA	NA	NA	NA
AWD61912.1|543337_543556_+	F0F1 ATP synthase subunit C	NA	NA	NA	NA
AWD61913.1|543598_544117_+	F0F1 ATP synthase subunit B	NA	NA	NA	NA
AWD61914.1|544106_544649_+	F0F1 ATP synthase subunit delta	NA	NA	NA	NA
AWD61915.1|544680_546210_+	F0F1 ATP synthase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
AWD61916.1|546245_547190_+	F0F1 ATP synthase subunit gamma	NA	NA	NA	NA
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AWD61919.1|549363_550287_+|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	1.9e-32	31.0
AWD61920.1|550382_550613_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61921.1|550631_551948_+	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD61922.1|552054_553038_+	rod shape-determining protein MreB	NA	NA	NA	NA
AWD61923.1|553313_553538_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD61924.1|553586_554780_+	cell division protein FtsW	NA	NA	NA	NA
AWD61925.1|554792_555086_+	glycine cleavage system protein H	NA	NA	NA	NA
AWD61926.1|555574_555886_+	RNA-directed DNA polymerase	NA	NA	NA	NA
AWD61927.1|555933_556956_+	RNA-directed DNA polymerase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.7e-19	25.4
AWD61928.1|557128_558265_+	D-alanine--D-alanine ligase	NA	NA	NA	NA
558540:558599	attL	NA	NA	NA	NA
AWD61929.1|558540_558657_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD61930.1|558661_558928_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
568052:568172	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>CP027805|668072:715426|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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AWD62043.1|670013_670628_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62044.1|670593_670968_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
670969:671028	attL	NA	NA	NA	NA
AWD62045.1|671140_671794_+	GTP pyrophosphokinase	NA	NA	NA	NA
AWD62046.1|671797_672610_+	inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62047.1|672609_673515_+	23S rRNA pseudouridine synthase	NA	NA	NA	NA
AWD62048.1|679652_680372_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62049.1|680378_680543_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62050.1|680829_681858_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62051.1|681972_682830_+	23S rRNA methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62052.1|683002_683512_+	RNA methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62053.1|683533_685864_+	cell division protein FtsK	S5VNE3	Mycobacterium_phage	7.2e-84	48.7
AWD62054.1|685925_686045_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62055.1|686170_686527_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62056.1|686671_687100_+	cell division protein MraZ	NA	NA	NA	NA
AWD62057.1|687115_688072_+	16S rRNA methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62058.1|688068_688209_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62059.1|688079_688451_+	cell division protein FtsL	NA	NA	NA	NA
AWD62060.1|688450_690610_+	penicillin-binding protein 2B	NA	NA	NA	NA
AWD62061.1|690634_691606_+	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase	NA	NA	NA	NA
AWD62062.1|691618_692989_+	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase	NA	NA	NA	NA
AWD62063.1|692990_694103_+	UDP-diphospho-muramoylpentapeptide beta-N- acetylglucosaminyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62064.1|694130_694979_+	cell division protein FtsQ	NA	NA	NA	NA
AWD62065.1|695099_696473_+	cell division protein FtsA	NA	NA	NA	NA
AWD62066.1|696490_697738_+	cell division protein FtsZ	NA	NA	NA	NA
AWD62067.1|697807_698224_+	cell division protein SepF	NA	NA	NA	NA
AWD62068.1|698242_698503_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD62069.1|698525_699311_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD62070.1|699332_700076_+	cell division protein DivIVA	NA	NA	NA	NA
AWD62071.1|700316_703172_+|tRNA	isoleucyl-tRNA synthetase	A0A2I2L3Y0	Orpheovirus	6.8e-84	26.1
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AWD62073.1|703498_704050_+	ADP-ribose pyrophosphatase	NA	NA	NA	NA
AWD62074.1|704042_704312_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62075.1|704327_705023_+	5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase	NA	NA	NA	NA
AWD62076.1|705043_706198_+	cysteine desulfurase	NA	NA	NA	NA
AWD62077.1|706184_706538_+	cysteine desulfurase	NA	NA	NA	NA
AWD62078.1|706645_707779_+	thiouridylase	NA	NA	NA	NA
AWD62079.1|707915_708572_+	phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
AWD62080.1|708584_709268_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62081.1|709289_711785_+	hypothetical protein	A0A1P8DII4	Virus_Rctr197k	1.5e-47	27.8
AWD62082.1|711854_712829_+	ribose-phosphate pyrophosphokinase	A0A1V0SHF7	Hokovirus	7.3e-38	33.7
AWD62083.1|713021_713153_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62084.1|713229_714198_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD62085.1|714235_715426_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
725712:725811	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>CP027805|739042:767090|DBSCAN-SWA
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MCKNGYKTVNCLGPELHFKPTIWSIKKQKYICKASSSCPEVITKLAAVRDINYHDLISLAIKQRAMMLLTKNESQSDLAKELNVSDWTIRRVITNLDQFFKPNYHWLPRHIAFDDFKSGRFAPSGMSMILMNIENKRTLDIILSRKNSYLRNYFLRYDRSARLAVQTVTVDLYTPYRHLIHELFPHAIIIADHFHIVAQAYRALNKIRIQVMNRAGAATHEWRALKHFWKLLLTPANELKYNNYWPRRNFSYAQLTDVEVIHRLLSFDNELKKAYEYYQDLIMAIAHRSKKELKNLLVIKWTQLPQALQKVQRTLRSHKQEIYNSFKYDTYTNGPVEGTNNKIKVIKRTAYGFRNFFNFRIRILLALPNTYIAITWRNKQTAHAKVQAQAA
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MKTRDDIRNIAIIAHVDHGKTTLVNEMLKQSDTLPEHFSIEDRAMDTNAIERERGITILSKNTAVKYDNHQINILDTPGHADFGGEVERVMKMVDGVLLVVDAFEGTMPQTRFVLKKALEQHLTPIVVINKVDRKGARPEEVVDEVLDLFIELGADEDQLDFPVVYTSAMNGTSSYDSDVSTQEHTMKPLFDTIIKTIPAPVDNADEPLQFQVAILDYNDFVGRIGIGRVFRGKIKVGDNVTLMKLDGSKKNFRVTKLFGFFGLKRLEINEAKAGDLIAVSGMEDINVGETVTDPEHPEAITPLRIDPPTLQMTFRTNDSPFAGREGKFVTARQLEDRLKREMQTDVSLKVEDTDDPGAWTVSGRGELHLSILIETLRREGYELSVSRPQVIYREIDGVMSEPFEEVQIDTPDEYTGAVIDSLSKRKGEMKNMEPGENGQTRLIFLAPSRGLIGYSTEFMTMTRGYGIMSHTFEKYAPVIKNWNPGRQKGTLVSMNAGKATTYAMMGIESRGQLLIDPGTEVYEGMIVGENSRENDITVNITKGKNLTNVRAAGSDEMAHIKTPTHFSLEESLEFLNEDEYCEVTPENIRLRKKTLNTNAREKEAKRRRAASRK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
738614:738641	attL	NA	NA	NA	NA
AWD62110.1|739042_739657_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62111.1|739827_740109_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62112.1|740111_740885_+	fructose-1 6-bisphosphatase	NA	NA	NA	NA
AWD62113.1|740991_742836_+	GTP-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD62114.1|742930_744154_+	cell division protein FtsW	NA	NA	NA	NA
AWD62115.1|744146_744431_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62116.1|744427_744991_+	rRNA methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62117.1|744990_745512_+	phosphopantetheine adenylyltransferase	A0A1B1IVQ3	uncultured_Mediterranean_phage	1.4e-24	36.6
AWD62118.1|745495_746548_+	peptidase	NA	NA	NA	NA
AWD62119.1|746643_747276_+	competence protein ComEA	NA	NA	NA	NA
AWD62120.1|747339_747825_+	competence protein ComE	A7KUY9	Bacillus_phage	4.9e-35	59.2
AWD62121.1|748110_750102_+	DNA internalization-related competence protein ComEC	Q332C0	Clostridium_botulinum_C_phage	1.0e-30	33.7
AWD62122.1|750071_751109_+	DNA polymerase III subunit delta	NA	NA	NA	NA
AWD62123.1|751166_751955_+|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	2.1e-27	35.2
AWD62124.1|751984_752614_+|integrase	integrase	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	9.5e-15	33.3
AWD62125.1|752850_753729_-|integrase	putative integrase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	2.0e-42	36.4
AWD62126.1|753752_754040_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62127.1|754253_754508_-	30S ribosomal protein S20	NA	NA	NA	NA
AWD62128.1|754770_755040_+	30S ribosomal protein S15	NA	NA	NA	NA
AWD62129.1|755220_756981_+	Zn-dependent hydrolase	NA	NA	NA	NA
AWD62130.1|757116_758022_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62131.1|758200_759391_+	elongation factor Tu	A0A1V0SGC3	Hokovirus	1.5e-32	27.6
AWD62132.1|759488_760664_-|transposase	transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	1.7e-44	31.5
AWD62133.1|760822_761674_+|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	2.3e-27	35.2
AWD62134.1|761703_762522_+	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	8.0e-22	32.1
AWD62135.1|762641_763370_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62136.1|763468_763990_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62137.1|764000_764120_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62138.1|764351_765662_+	trigger factor	NA	NA	NA	NA
AWD62139.1|765839_767090_+|protease	ATP-dependent protease	G3M9Z9	Bacillus_virus	1.8e-137	59.2
769420:769447	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>CP027805|845649:895417|DBSCAN-SWA
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>CP027805|845649:895417|856461_857712_+|AWD62227.1|DBSCAN-SWA
MIEKKYEGLLPRFLKYVKTETRSNPDSKTIPSDPKETAFLNELKAELISLGLSDVHINPQSSYLVATIPSNIDKNVPTVGFIAHIDTADFNAHNVNPQIVEDYDGESDIKLDKDGQYVLTTTEFPSLKKYQGNTLITTDGSTLLGADDKSGVAEIVTMAAYLMAHPEIKHGTIKIGLGPDEEIGAGADHFDVKDFGADFAYTVDGGPLGELEYETFNAAQAEIEIQGKDVHTGVAKGTMINAIQVAIDLQNSLPAHDRAERTDGRQGFYHLYKFDGTVDHASMTYLIRDHDKQTFIERKRLLERVVAGLNDELGADLVTMNLYDQYYNLKDALKDHMEVVEIAKEAMENLDIKPDIYPVRGGTDGSTISYKGLPTPNLFAGGENMHSRYEYVSLQTMERALDTLLEIVRLTAEEDK
>CP027805|845649:895417|864055_864949_+|AWD62232.1|integrase|DBSCAN-SWA
MNNEVAAFLAFLKDERQLSDNTLMSYQRDLEQTVTYLEDRGIADWQQVDHYLLIDLLNSLRQQGKANSTINRVISSLRQFYKYMIRHRNLTMNPMEMIDHQYTFNQPPVPVILTEKEIEQLLAVPDVSTPIGLRDRALLEIMDATGMRVSEVIALDLTALHLDVKLLQLTGKNERERMIPLSQPAVKWLTDYLGHGRPRLLRDDHETRVFLNAHGYPLTRQGIWKKMKEWVDEAKIKKEVTPQTMRYSFAVHLIENGADVQLIQEILGYNAMKALQPYLQVSPQQLSANYMKYHPRA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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AWD62220.1|846637_848713_+|tRNA	glycine-tRNA synthetase subunit beta	NA	NA	NA	NA
AWD62221.1|848847_850713_+	DNA primase	I6P4U6	Helicobacter_phage	4.6e-49	34.2
AWD62222.1|850714_851857_+	RNA polymerase sigma factor RpoD	A0A2I7SAT0	Vibrio_phage	1.5e-37	36.6
AWD62223.1|852057_853242_+	amino acid aminotransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62224.1|853380_854799_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62225.1|854918_855626_+	SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62226.1|855612_856437_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62227.1|856461_857712_+	peptidase T	NA	NA	NA	NA
AWD62228.1|857753_857957_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62229.1|858078_861426_+	DNA polymerase III DnaE	R4TB75	Streptomyces_phage	6.6e-147	33.0
861447:861461	attL	NA	NA	NA	NA
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AWD62231.1|863174_864056_+	S1 RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
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AWD62233.1|864963_865320_+	reductase	NA	NA	NA	NA
AWD62234.1|865312_866104_+	segregation and condensation protein A	NA	NA	NA	NA
AWD62235.1|866066_866672_+	segregation protein A	A0A1B1IVT7	uncultured_Mediterranean_phage	1.1e-12	30.3
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AWD62237.1|867777_868356_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
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AWD62239.1|868964_869861_+|integrase	integrase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.3e-35	34.2
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AWD62241.1|870998_872438_+	ATP-dependent DNA helicase RecQ	F2NZ48	Diadromus_pulchellus_ascovirus	2.8e-62	39.5
AWD62242.1|872522_873095_+	peptidoglycan-binding protein LysM	NA	NA	NA	NA
AWD62243.1|873168_873855_+	cytidylate kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62244.1|873927_875178_+	30S ribosomal protein S1	NA	NA	NA	NA
AWD62245.1|875407_876721_+	GTP-binding protein Der	NA	NA	NA	NA
AWD62246.1|876930_877206_+	transcriptional regulator	A0A0H3UZA0	Geobacillus_virus	2.6e-25	68.5
AWD62247.1|877206_877518_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62248.1|877664_878825_-|transposase	transposase IS4 family protein	A0ZS58	Staphylococcus_virus	1.9e-64	38.3
AWD62249.1|879001_879970_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD62250.1|880186_881452_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
880027:880041	attR	NA	NA	NA	NA
AWD62251.1|881577_882789_+|tRNA	tRNA CCA-pyrophosphorylase	G3MAR3	Bacillus_virus	5.0e-36	39.7
AWD62252.1|882790_884701_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	9.8e-55	29.8
AWD62253.1|884718_885681_+	thymidylate synthase	A0A0N9SH48	Staphylococcus_phage	1.0e-113	60.6
AWD62254.1|885696_886185_+	diacylglycerol kinase	A0A1B2IBQ4	Erwinia_phage	4.8e-22	38.4
AWD62255.1|886173_886818_-	hemolysin III	NA	NA	NA	NA
AWD62256.1|886997_887840_+	hypothetical protein	A0A0N9SI50	Staphylococcus_phage	1.0e-16	34.1
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AWD62258.1|888942_889545_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62259.1|889563_889785_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62260.1|889805_890678_+	ribosome biogenesis GTPase A	NA	NA	NA	NA
AWD62261.1|890670_891462_+	ribonuclease HII	G4YAY0	Emiliania_huxleyi_virus	1.3e-21	36.1
AWD62262.1|891539_891866_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62263.1|891819_892494_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62264.1|892568_893402_+	DNA processing protein DprA	NA	NA	NA	NA
AWD62265.1|893642_894893_-|transposase	IS605 family transposase OrfB	A0A288TXV8	Enterococcus_phage	9.3e-54	38.1
AWD62266.1|894967_895417_+|transposase	transposase	A0A0P0IQC6	Lactobacillus_phage	1.0e-31	50.8

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>CP027805|964072:1055110|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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AWD62343.1|964840_965815_+	lactate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
AWD62344.1|965889_966768_-	fructokinase	NA	NA	NA	NA
AWD62345.1|966889_967909_-	LacI family transcription regulator	NA	NA	NA	NA
AWD62346.1|968072_970262_+	alpha-galactosidase	NA	NA	NA	NA
AWD62347.1|970308_970797_-	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD62348.1|970857_971901_-	isopentenyl pyrophosphate isomerase	NA	NA	NA	NA
AWD62349.1|971919_973047_-	phosphomevalonate kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62350.1|973074_974046_-	diphosphomevalonate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
AWD62351.1|974045_974996_-	mevalonate kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62352.1|975176_976559_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62353.1|976789_979654_+	XRE family transcriptional regulator	A0A1X9I5C8	Streptococcus_phage	7.3e-62	35.3
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AWD62355.1|980349_981054_+	DNA replication protein DnaD	A0T2N5	Geobacillus_phage	2.0e-05	32.3
AWD62356.1|981076_981994_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD62357.1|982070_984335_-	penicillin-binding protein 1A	NA	NA	NA	NA
AWD62358.1|984346_984961_-	recombination protein RecU	A0A1C8E9C3	Bacillus_phage	2.0e-25	36.0
AWD62359.1|985078_985651_+	UPF0398 protein ypsA	NA	NA	NA	NA
AWD62360.1|985722_986085_+	cell division protein GpsB	NA	NA	NA	NA
AWD62361.1|986793_986994_+	NrdI family protein	NA	NA	NA	NA
AWD62362.1|986990_987269_+	NrdI family protein	NA	NA	NA	NA
AWD62363.1|987419_988574_+	RNA methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62364.1|988758_989154_-	ribonuclease HI	A0A1C3S7E2	Escherichia_phage	7.3e-05	29.5
AWD62365.1|989193_989586_+	VPDSG-CTERM exosortase interaction domain protein	NA	NA	NA	NA
AWD62366.1|989586_990033_+	lipoprotein signal peptidase	NA	NA	NA	NA
AWD62367.1|990036_990948_+	RNA pseudouridine synthase	A0A2H4UV25	Bodo_saltans_virus	2.4e-11	29.0
AWD62368.1|991024_992110_+	carbamoyl phosphate synthase small subunit	NA	NA	NA	NA
AWD62369.1|992106_994584_+	carbamoyl-phosphate synthase large subunit	NA	NA	NA	NA
AWD62370.1|994632_996315_-	Fibronectin-binding A domain protein	M1I5P2	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.2e-08	38.0
AWD62371.1|996524_997322_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62372.1|997420_997942_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62373.1|998108_998987_+	degV family protein	A0A0N9SI50	Staphylococcus_phage	1.0e-14	40.5
AWD62374.1|998950_999625_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62375.1|1000117_1001500_+	RNA-directed DNA polymerase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.7e-30	27.0
AWD62376.1|1001924_1002209_+|transposase	transposase IS200-family protein	A0A1P8BMC0	Lactococcus_phage	7.6e-12	43.9
AWD62377.1|1002344_1003001_-	phosphohydrolase	S4W232	Pandoravirus	1.4e-05	25.6
AWD62378.1|1003099_1003948_+	glycosyl transferase	NA	NA	NA	NA
AWD62379.1|1003921_1004767_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
AWD62380.1|1004926_1005451_+	GNAT family acetyltransferase	M1PSC3	Streptococcus_phage	4.3e-13	31.6
AWD62381.1|1005505_1006849_-	UPF0210 protein	NA	NA	NA	NA
AWD62382.1|1006873_1007140_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62383.1|1007278_1008169_-	MFS transporter	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	6.4e-57	43.1
AWD62384.1|1008226_1008760_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62385.1|1008806_1009181_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62386.1|1009764_1010184_+	cupin	NA	NA	NA	NA
AWD62387.1|1010255_1010711_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD62388.1|1011003_1011708_-|transposase	transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	2.1e-42	39.1
AWD62389.1|1011737_1012223_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62390.1|1012475_1012754_-	putative permease	NA	NA	NA	NA
AWD62391.1|1012772_1013858_-	DSBA oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
AWD62392.1|1014012_1014441_+	uracil phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62393.1|1014500_1015862_-	hemolysin	NA	NA	NA	NA
AWD62394.1|1016026_1016458_-|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD62395.1|1016430_1016802_-|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	9.8e-28	52.2
AWD62396.1|1016895_1017462_+	2-octaprenylphenol hydroxylase	C7U092	Ostreococcus_tauri_virus	8.8e-20	40.9
1017454:1017477	attL	NA	NA	NA	NA
AWD62397.1|1017538_1018507_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD62398.1|1018571_1019672_+	2-octaprenylphenol hydroxylase	NA	NA	NA	NA
AWD62399.1|1019675_1020491_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62400.1|1020542_1020935_-	glyoxalase	NA	NA	NA	NA
AWD62401.1|1021042_1021420_+	camphor resistance protein CrcB	NA	NA	NA	NA
AWD62402.1|1021412_1021751_+	camphor resistance protein CrcB	A0A2H4PQR0	Staphylococcus_phage	1.9e-09	35.0
AWD62403.1|1021766_1024280_+	excinuclease ABC subunit A	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	3.4e-132	31.7
AWD62404.1|1024343_1025036_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62405.1|1025038_1026289_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62406.1|1026456_1028232_+	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase	NA	NA	NA	NA
AWD62407.1|1028360_1029170_+	cell wall anchor	NA	NA	NA	NA
AWD62408.1|1029456_1030848_+	D-alanine/D-serine/glycine permease	NA	NA	NA	NA
AWD62409.1|1030957_1031812_+	DNA-entry nuclease	NA	NA	NA	NA
AWD62410.1|1031992_1034317_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62411.1|1034357_1034627_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62412.1|1034745_1035189_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62413.1|1035198_1035837_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD62414.1|1035911_1036775_+	hydrolase	NA	NA	NA	NA
AWD62415.1|1036776_1036932_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62416.1|1037078_1037957_-|integrase	putative integrase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	1.3e-41	36.1
AWD62417.1|1037980_1038268_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62418.1|1038410_1038815_+	nucleoside deoxyribosyltransferase	A0A0A7DMT2	Lactobacillus_phage	6.0e-47	63.6
AWD62419.1|1038890_1040273_-	RNA-directed DNA polymerase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	1.2e-30	27.2
AWD62420.1|1040787_1041606_-	HAD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
AWD62421.1|1041626_1041989_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62422.1|1042159_1043083_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	2.5e-32	31.0
AWD62423.1|1043622_1044258_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62424.1|1044476_1045010_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62425.1|1045009_1045906_+|integrase	integrase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.3e-35	34.2
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AWD62427.1|1046803_1047649_+|integrase	integrase catalytic subunit	Q8W6R2	Burkholderia_virus	3.4e-07	23.8
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AWD62429.1|1048211_1049069_-	alpha/beta hydrolase	A0A088FQA2	Mycobacterium_phage	3.2e-13	28.6
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AWD62431.1|1050093_1050558_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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AWD62433.1|1051486_1051774_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62434.1|1051959_1052076_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62435.1|1052096_1052834_-	IstB ATP binding domain-containing protein	A0A059NT77	Lactococcus_phage	1.6e-53	46.7
AWD62436.1|1052835_1054056_-|integrase	integrase catalytic subunit	A0A059NT83	Lactococcus_phage	2.6e-85	44.0
AWD62437.1|1054235_1054352_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62438.1|1054474_1055110_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
1055513:1055536	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>CP027805|1072068:1128346|DBSCAN-SWA
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MTKKTHLAREMSARHIQMIALGGVIGTGLFLSSGYTIHQAGPLGTVIAYLLGALIVYAVMLCLGELSVAMPYTGAFHVYAKNLIGPAAGFTVAILYWLTWTIAMGSEFTAAGLIIKRWFPQIPVWWWSLLFIIIILLSNIFTVKSFAESEFWFAVIKVVAICAFILLGALAVIGLIPIQGYHHAPLLNNFTKDGLFPGGFSGLFMTMLTVNFAFSGTELIAITAGETKHPEKALPKAIHTTLWRLVIFFVGSMIVMASLIPYQKAGVTQSPFVYVFSQLGIPYAADLMNFVVLTAIISAANSGLYASTRMLWSLANEGTIPAVIAKTNRRGIPVFALILSMLGGVLALLSSIYAAGTVYLVLVSVSGLAVVFVWIAISLCELIFRRRFLAAGHQLSELKYRTPWYPVVPWFAFIASSLSCILIWFDSQQRIALYCTITFVIVCYAAYYLQTLWCKYTTKKKVSTVVK
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MEVEIRQTTDKAEVVIINDDTSQKLTFSNGGVDGEFEIIVTDKKPVPELFQPVGTLPDGKYTIKGNYAGQDYREIKLNGAYEVYGNPEDGNVMITKRDGGN
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MKILVTKNKEEASQKAFKLLQTDIINGAQVLGLATGSSPLGLYQKMTSSSVDYSSLISINLDEYIGLKPTDPQSYHYFMEHHLFAQKPFAKSFIPDGSNLNATEVINHYNQILATYPIDTQILGIGNNGHIGFNEPGTPFDSQTHKVKLTLATINANARFFTSSKDVPTEAYTMGIGSILQAKHIILLAFGEQKADAINKMVNGKITTAVPASALQKHPNVTVILDEQAASKLA
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MGTTILSFQNRIVIETLHNEGRSLRYIANYLGFSKTTVFNELHRLNGEYQAELAQTDFERKVSQRGRKSSLTKSLKHLIEEKIQVQKWSPEQVAHVVGIAYKTVYNWIDQGWLDVQLPDLPDHGIRRHRAKEKRGTFSHGRSIEERPHKVETPQEFGHFEADTVLSGKRKGQAVATFVERKSRLTIVKRLHGRDSQSMTQAVLELASQLQDKLKTLTVDHGKEFANYQAIEQLTGTQVYFAHAYSPHERGSNENRNRVLRRFIPKGQAIEELSDRQLVQINWYLNSRPLKCLNWHTPIEIFLLNLRH
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MIQRQIDWSLIDRVRAKNPIVLNLANLVTIDKVADAVSAVGASPIMPVEPAEADEMVMLAMPFLSILERLMSIRQYKLERFCELPRHSSPSF
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>CP027805|1072068:1128346|1114219_1114462_+|AWD62494.1|DBSCAN-SWA
MTVKLRQVGNSRTLTVPSGIKVTGKEYTVKNVGKTIVFTPVAKRKNIFATKYWKEYDYQKDIENDPALQPIKQVGREVID
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MVMVDLHCHLLPGIDDGSKSMEISLRLAKEATENGVTHALLTPHHMNGHYVNHKQDVLARTKEFQEELEKNNIPLTVFPGQEVRINGQLIEALDNDDILFADESRKYMMLEFPDNDVPHYTNQMIFNLQQRGITPVVVHPERNTKIMAEPDLLYQMLEKGCLSQITASSYVGTFGKKVEKFSKNLIAAGQGYVFASDAHDLPGRKYEMRQAFDKLSRELGADVAQEYQDNARAIINGDEIGRHQIKKVQQRKKLFGLF
>CP027805|1072068:1128346|1127467_1128346_-|AWD62511.1|integrase|DBSCAN-SWA
MDVQHALESHPSINGMCDYVGISRSGYYQREKRHNHQSPRKLRKKFIQGEIKAIWLKSLCIYGAGKITQELRSKGYKIAERTVGKYMRELGIHAVYLTPWTTTTRNSKFDKQLINILDEQFNPLRPNAVWCIDTTYIPVHDGFVYLTSIMDLYSRRIIGWDLSETLEVSNVIPLIEKTKHSRNISKPLIMHSDRGSQFTSEAYNQVTANMTLSYSKKAYPWDNACIESFHALIKREWINRFKIHSYSEAKRLVFQYIETFYNTVRIHSHCGFKSPKQLEDEYQTQIQNLVVA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
AWD62459.1|1072068_1072947_+|integrase	putative integrase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	2.0e-42	36.4
AWD62460.1|1072969_1073326_+	hydrolase	NA	NA	NA	NA
AWD62461.1|1073342_1073990_+|integrase	integrase	D2XR58	Bacillus_phage	2.5e-18	30.7
AWD62462.1|1074214_1074535_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62463.1|1074500_1075115_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62464.1|1075189_1075870_+	Crp/Fnr family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD62465.1|1076039_1077938_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62466.1|1077938_1078244_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62467.1|1078523_1078802_+	hydroxyethylthiazole kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62468.1|1079008_1079332_+	hydroxyethylthiazole kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62469.1|1079370_1080144_+	phosphomethylpyrimidine kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62470.1|1080140_1080788_+	thiamine-phosphate pyrophosphorylase	NA	NA	NA	NA
AWD62471.1|1080850_1082110_-	chloride channel protein	NA	NA	NA	NA
AWD62472.1|1082267_1084574_-	alpha-glucosidase	NA	NA	NA	NA
AWD62473.1|1084717_1085359_+	phosphoesterase	NA	NA	NA	NA
AWD62474.1|1085455_1086412_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62475.1|1086547_1086655_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62476.1|1092646_1093654_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62477.1|1093841_1094123_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62478.1|1094238_1094487_-	phosphoglycerate kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62479.1|1094668_1095373_+	glucosamine-6-phosphate deaminase	NA	NA	NA	NA
AWD62480.1|1095369_1095939_-	cell filamentation protein Fic	S4TP71	Salmonella_phage	1.5e-06	28.0
AWD62481.1|1095931_1096345_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62482.1|1096475_1097399_+|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	7.4e-32	30.7
AWD62483.1|1097513_1099772_-	5'-nucleotidase	NA	NA	NA	NA
AWD62484.1|1099975_1100638_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62485.1|1101048_1101285_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62486.1|1101274_1104373_-	chromosome segregation protein SMC	A0A0E3HXG6	Synechococcus_phage	8.9e-05	25.3
AWD62487.1|1104376_1105495_-	exonuclease SbcD subunit D	J9PM68	Bacillus_phage	2.5e-05	25.1
AWD62488.1|1105648_1105816_-	glycoside hydrolase family 25	A0A0A1ERA5	Lactobacillus_phage	2.5e-15	67.3
AWD62489.1|1105847_1106552_-	glycoside hydrolase family 25	A0A0A1ERA5	Lactobacillus_phage	7.3e-72	54.6
AWD62490.1|1106735_1107659_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	5.1e-33	31.3
AWD62491.1|1107763_1108540_-	tyrosine protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
AWD62492.1|1108636_1112122_-	DEAD/DEAH box helicase	Q9YNZ9	Choristoneura_fumiferana_nuclear_polyhedrosis_virus	6.9e-38	27.5
AWD62493.1|1112186_1114037_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62494.1|1114219_1114462_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62495.1|1114461_1114836_+	MazF family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD62496.1|1114946_1115204_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62497.1|1115282_1116686_-	amino acid transporter	NA	NA	NA	NA
AWD62498.1|1116678_1117611_-	homocysteine S-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62499.1|1118151_1118415_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62500.1|1118529_1118961_-	GepA protein	NA	NA	NA	NA
1119007:1119030	attL	NA	NA	NA	NA
AWD62501.1|1119091_1120060_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD62502.1|1120061_1120319_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62503.1|1120579_1121962_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62504.1|1122001_1122775_+|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	2.1e-27	35.2
AWD62505.1|1122804_1123623_+	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	8.0e-22	32.1
AWD62506.1|1123820_1124291_+|transposase	transposase IS66	NA	NA	NA	NA
AWD62507.1|1124306_1124813_-	ATP-dependent endonuclease	NA	NA	NA	NA
AWD62508.1|1125094_1125634_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62509.1|1125646_1126831_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62510.1|1126814_1127375_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62511.1|1127467_1128346_-|integrase	putative integrase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	1.3e-41	36.1
1129589:1129612	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>CP027805|1132325:1184616|DBSCAN-SWA
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MGNKLTACTSILIGKDASIDGTIMIGRNEDAKAAWPKHMVVHQRGEMPKHFISKDTRLELDLPEESARYTATPEWTDKDGLFEEDGINEYDVAMSATESAYSNALVLGYDPLVENGLNEEAMITVVLPYVKTAREGVQRLGNLIAKYGTGETNGVLFADNDEAWYFETGAGHYWVAQRIPDDSYAVVANQLAIQEIDFNDSANFMSHPGIQEFVEKHDLNPDPSTFNFRKIFGTADRSDAIYSEPRVWAGHQMFSPRQATDETPESTELPFIMKPDHKLSIFDAQNYLSNHYEGTEFDPLGHGEYAHKYRPISLAKTQESHILQMNRPGANIHWLAMGVAAESTYVPFFNGITDTPAPYKRGKLPAQLNSAYWIFKHASVLVDSHLHDFLPLLRDVQKERNAAAIKMIAETDRRLPNLKGEARATFLTRQSDDYVTDTLNAYKKLSLELITKMTDYCELNFNTDENL
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MNYKKISDGLTFLMSDKRITIVHGVLKSLGISPRRDDYDDFVQDASIIFAQAYADFLQETDEVENERDLMCFAYQRMRWRLLDRLRRHQLESFLFNYTLDNEEDEHDYDETMVDHTATVPFAHLENSDFLNYLYHHCLRVQQRYLIAKLNHHLSDRQIADEYQVSRAAVSQWRRGVITRAHQLRAKMKGEF
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MVVKYRRKVINDEISEYLKHRFVVVGQSYGINLQEWNHDIDHVHVLFRATPHTEMAKFLNAYKSSSSRMVKKLFPQIKHQLWKSAFWTQSYCLISTGGAPLEVVKKYIESQGRK
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MEKHEIDHQAKWLHIKYDGEDRDDECINELSIYQNADESELQMLVSNIDFDNISHDNTFALTKEDARVLIEYLKDWIN
>CP027805|1132325:1184616|1132325_1133027_-|AWD62517.1|transposase|DBSCAN-SWA
MFHYYNTRAGKTVGQILGQQYSGVIMCDGYGGYSDRLYPQAKFGSCLVHIRREFYRITCLLKKEQLKNSKAYQVLQLMRPVFHEEKQLAYHTHKEKLVQRRLHVKPLMDKFYAYLENINFPQGRLRAAINNALKLKTRVYRIFEDGRVPLTNNPVERAIRPSTLIRKNSLFAKSTAGAQANAIFYTLVATANQNHLNIYKYFKYLFDHLPNRKDEGLEAYLPWSKEVQTECHK
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MLEKSIVSHYKDYDLDPVLDASNTYVTRKMISTTAPAITVKSTDSSDGLTRTYDVTVASDYIGFRKDTGIGLINWRPKNLSGVLPPANIKDPNADQIFIKGYYQGVALKDTALQNYLEQHPWKLTVTNEQGQELVNQEAGYYLQSYVYRNDTTRDCLKTKNSGII
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MQQLSLLIVILATLIIPIIMARFKVSSIPTAIAEILTGIILGKSFFNIVNPNWTLNFLSSLGVIMLMFLSGMEINFDLFRKTPGKKRDGKSPVIMASQAFGLIVVSSFVIALIISRLHLFSDVLLATIIFSTVALGVVIATLKEKDILQKPVGQTLLLTAVLGEVIPMLALTFYASINGGNAKRLGLIVFLFLAAFFLLRRFKQPFIWFNKISKSTTQLDIRLAFFLIFALVTIAETVGAENILGAFLAGMVMKLLEPSEATEDRLNSIGYGFLIPFFFIMTGDRLDLKNLFANRQALALIPILVIGFLLAKLPTMFIYRRRFKPRNSFGGSFLVATTITLVLPTLQVARNLHAITSAQSDAFTLAAVIVCIIAPIVFNSMYKLEKSDLIKQKVNFIGTNTLTVPISQQLYKNWYDVRMVTDNENNFKTYNSQVKHLEYLPKLDAEALEQGGYFDCDIVVVGFLNDHKSARLAQIAKEHGVKRVIASQNNPRLDPKDINALREKGIEIFNSFNVQSSVLRALIESPLILRMLTDTEAGLYEATVLNSRYTGRELHTLPFVNDITISRIFRKRKPIDPHGDTIIEYGDHILFTGDRKAAEEVREALRGIN
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MKGIILAGGSGTRLYPITRGISKQLIPVYDKPMIYYPLSTLMLAGIRDILVISTPEYMPLFQDLLGDGTNLGLSFSYKVQEKPNGLAEAFILGEDFIGDDSVCLILGDNIYYGAGLSELVQSAAQKTDGATVFGYHVNDPERFGVVDFDNQMHALSIEEKPTHPKSNYAVTGLYFYDNQVVDIAKNIKPSARGELEITDVNKEYLRQGKLDVKLMGRGYAWLDTGTHDSMLEAANFIATIEKRQNLKVASLEEIAYRMGYINKEQLVELAQPLKKNDYGQYLLRLAQQD
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MGTTILSFQNRIVIETLHNEGRSLRYIANYLGFSKTTVFNELHRLNGEYQAELAQTDFERKVSQRGRKSSLTKSLKHLIEEKIQVQKWSPEQVAHVVGIAYKMVYNWIDQGWLDVQLPDLPDHGIRRHRAKEKRGTFSHGRSIEERPHKVETRQEFGHFEADTVLSGKRKGQAMVTFVERKSRLTIVKRLHGRDSQSMTQAVLELASQLQDKLKTLTVDHGKEFANYQAIEQLTGTQVYFAHAYSPHERGSNENRNRVLRRFIPKGQAIEELSDRQLVQINWYLNSRPLKCLNWHTPIEIFLLNLRH
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MAEQHLYDLIIVGAGPAGLSAGLYAGRATLDTLILEGDTVGGQVTTTSVVYNYPAVEKVDGTQLMNQMQSQVASFGVEIQHDAIEKFDLTGEVKTLIGKSGQKYTARSVIIATGANPKKVGFPGENEFRGRGIAYCSTCDGELFTGLQVFVVGGGYAAAEEADYLSRFAKHVTVLVRGDHFACPVLTAKRALDNPKVNVEYNTEVKEVSGDDYLTTATLVNNKTGEETVYHVDDGDQTFGMFIYIGTQPATKALANILDLDDRGYIMTDENGKTNIDGVYAAGDVIHKNLRQIVTAASDGAVASTAAERYIILQKEKQGIPIHAETNKKPAKTVGQTSELSQQENTTPHEGNWLPAEIDQQLQPIFARLTKDIKLQVLTNGTELSNQLVSFVEEFASIDKHLQMETKPAPADVKYLPQLRLLDADGNDTDLHYAGIPTGHELNSLVLGVYNVAGPGQTIAPEMVERIKKLAPTKIRIGVSLTCHFCPDVVAACQRMASLNTGITATMIDLQHFPELRKEKKIMSVPATMIDDDPVIFGSQSLEELVTAVEKHHQN
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MVRKTIDMTMLDKLKIDGEVANYLVQWDNTLLLTAYDQNRTFVLTADGEQLLIRERLKDVLSRFAQANLIYP
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MTTPKRYELEDAQWDRIKGYFPPYRTGRPSSLDNRTALNAILWLMRSGAPWRDLPERYGSWKTVYSRFRAWVSSNLFEQVFLKLIDDPDMENLSLDSTIVRAHQKATGAKKTPNVWSKIKLLD
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MPLVHIDLIEGRTDEQLKALVKDVTAAISKNANVPAERVHIVLNEMRKDRYSVAGKMVSDK
>CP027805|1132325:1184616|1169233_1169896_-|AWD62557.1|DBSCAN-SWA
MKNNYKSVFDIIGPVMIGPSSSHTAGAVKIGRVANKLFGMVPPKVTVHYYGSFAQTHRGHGTDYAIAAGLLGFSPDDSRVPSAPMIARQRGIDLRFVEEEGESPIHHPNTAILQMTGDKTRLTVAGCSIGGGIIEIRAISLDGVDILPAGPLPIVIFRDYSKQMANALAINTDLEEKAPFTRRQVLRADDCDIYVYDIKKPMQPATIAYFEKKYPAAICL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
AWD62517.1|1132325_1133027_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62518.1|1133209_1134430_+|integrase	integrase catalytic subunit	A0A059NT83	Lactococcus_phage	2.6e-85	44.0
AWD62519.1|1134431_1135169_+	IstB ATP binding domain-containing protein	A0A059NT77	Lactococcus_phage	1.6e-53	46.7
AWD62520.1|1135212_1136001_-|transposase	transposase IS66	NA	NA	NA	NA
AWD62521.1|1136071_1136428_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62522.1|1136417_1136606_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62523.1|1136770_1137889_-	UDP-galactopuranose mutase	E4ZFQ1	Streptococcus_phage	2.3e-168	77.0
AWD62524.1|1137891_1139283_-	heteropolysaccharide repeat unit export protein	NA	NA	NA	NA
AWD62525.1|1139300_1140581_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
1140485:1140501	attL	NA	NA	NA	NA
AWD62526.1|1140599_1141592_-	glycosyl transferase family 2	NA	NA	NA	NA
AWD62527.1|1141581_1142577_-	glycosyl transferase family 2	NA	NA	NA	NA
AWD62528.1|1142579_1143662_-	Glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62529.1|1143737_1144778_-	dTDP-glucose 4,6-dehydratase	A0A1D7XFE8	Escherichia_phage	8.5e-61	39.3
AWD62530.1|1144789_1145371_-	dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase	A0A1D8EQH2	Escherichia_phage	2.5e-33	41.7
AWD62531.1|1145384_1146254_-	glucose-1-phosphate thymidylyltransferase	I7I009	Enterobacteria_phage	1.3e-102	60.4
AWD62532.1|1146265_1146916_-	multidrug MFS transporter	NA	NA	NA	NA
AWD62533.1|1146938_1147685_-	exopolysaccharide biosynthesis protein	A0A1X9I5D6	Streptococcus_phage	3.3e-22	34.7
AWD62534.1|1147697_1148573_-	exopolysaccharide biosynthesis protein	NA	NA	NA	NA
AWD62535.1|1148592_1149588_-	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD62536.1|1150163_1150562_-	HxlR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD62537.1|1150667_1151192_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62538.1|1151328_1152504_-|transposase	transposase IS605	A0A0P0ICY9	Lactobacillus_phage	1.4e-112	54.3
AWD62539.1|1152503_1152848_-	hypothetical protein	A0A286QN76	Streptococcus_phage	9.7e-38	62.3
AWD62540.1|1152992_1153211_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62541.1|1153427_1154003_+	RNA polymerase sigma24 factor	NA	NA	NA	NA
AWD62542.1|1154012_1154249_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62543.1|1154290_1154794_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62544.1|1154847_1156350_-	glycerol kinase	NA	NA	NA	NA
AWD62545.1|1156483_1156669_-	4-oxalocrotonate tautomerase	NA	NA	NA	NA
AWD62546.1|1156749_1158579_-	potassium transporter	NA	NA	NA	NA
AWD62547.1|1158716_1160120_+	peptidase U34	NA	NA	NA	NA
AWD62548.1|1160139_1161540_-	cell wall protein	NA	NA	NA	NA
AWD62549.1|1161651_1162788_-	LPXTG-motif cell wall anchor domain protein	NA	NA	NA	NA
AWD62550.1|1162759_1163191_-|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD62551.1|1163163_1163535_-|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	9.8e-28	52.2
AWD62552.1|1163559_1164057_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62553.1|1164096_1164873_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62554.1|1165996_1167664_-	thioredoxin reductase	A0A2I2L5E1	Orpheovirus	8.0e-53	41.7
AWD62555.1|1167677_1168241_-	alkyl hydroperoxide reductase	NA	NA	NA	NA
AWD62556.1|1168340_1169222_-	serine dehydratase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
AWD62557.1|1169233_1169896_-	serine dehydratase	NA	NA	NA	NA
AWD62558.1|1169967_1170606_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62559.1|1170839_1171109_-	30S ribosomal protein S14	NA	NA	NA	NA
AWD62560.1|1171254_1172106_-	metallophosphoesterase	NA	NA	NA	NA
AWD62561.1|1172263_1173487_+	multidrug transporter	NA	NA	NA	NA
AWD62562.1|1173507_1174215_+	ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62563.1|1174290_1175673_-	RNA-directed DNA polymerase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	7.2e-31	27.2
AWD62564.1|1176154_1177054_-	1,4-dihydroxy-2-naphthoate prenyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD62565.1|1177134_1178115_+	farnesyl pyrophosphate synthetase	NA	NA	NA	NA
AWD62566.1|1178161_1180180_-	beta-galactosidase	NA	NA	NA	NA
AWD62567.1|1180189_1180873_-	PTS sugar transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
AWD62568.1|1180923_1182111_-	PTS sugar transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
AWD62569.1|1182269_1183289_-	LacI family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD62570.1|1183692_1184616_+|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	7.4e-32	30.7
1186142:1186158	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>CP027805|1337235:1542939|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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AWD62749.1|1340537_1341941_-	dipeptidase PepV	NA	NA	NA	NA
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AWD62756.1|1349754_1351194_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
AWD62757.1|1351317_1351773_+	Fur family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD62758.1|1351804_1353151_-	alanine glycine permease	NA	NA	NA	NA
AWD62759.1|1353287_1353854_+	teicoplanin resistance protein VanZ	NA	NA	NA	NA
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AWD62761.1|1354201_1354726_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD62762.1|1354749_1355193_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62763.1|1355192_1356695_-	LytTR family transcriptional regulator	Q6DMX4	Streptococcus_phage	4.4e-34	27.4
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AWD62766.1|1359295_1360144_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62767.1|1360248_1360632_-	dihydropyrimidine dehydrogenase subunit B	NA	NA	NA	NA
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AWD62814.1|1406479_1408057_+	peptide chain release factor 3	A0A1B0RXH7	Streptococcus_phage	4.8e-31	26.1
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AWD62819.1|1413124_1413556_+|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
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1423086:1423145	attL	NA	NA	NA	NA
AWD62829.1|1423523_1424600_-	polysaccharide biosynthesis protein	NA	NA	NA	NA
1423086:1423145	attL	NA	NA	NA	NA
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AWD62845.1|1440481_1441729_+|transposase	transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	6.7e-12	23.9
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AWD62848.1|1443853_1444285_-|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD62849.1|1444257_1444629_-|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	1.5e-28	53.1
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AWD62894.1|1481448_1481703_-	hydrophobic protein	NA	NA	NA	NA
AWD62895.1|1481715_1482018_-	hydrophobic protein	NA	NA	NA	NA
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AWD62897.1|1482761_1483685_+|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	9.6e-32	30.7
AWD62898.1|1483831_1485157_-	pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase	A0A2K5B2C5	Erysipelothrix_phage	2.9e-29	27.0
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AWD62901.1|1487245_1487797_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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AWD62907.1|1490258_1490726_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62908.1|1491018_1491993_-	riboflavin biosynthesis protein RibD	NA	NA	NA	NA
AWD62909.1|1492164_1493229_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62910.1|1493361_1493673_-|transposase	transposase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	1.7e-17	45.7
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1493644:1494035	attR	NA	NA	NA	NA
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AWD62916.1|1497257_1499144_+	hypothetical protein	A0A1X9I6B6	Streptococcus_phage	2.6e-169	48.7
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AWD62918.1|1499970_1501323_+	DEAD/DEAH box helicase	A0A2K5B273	Erysipelothrix_phage	2.0e-150	64.7
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AWD62920.1|1501942_1502101_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62921.1|1502430_1502973_+|terminase	terminase	A0A2K5B277	Erysipelothrix_phage	1.3e-57	59.9
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AWD62924.1|1504894_1505101_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62925.1|1505168_1506767_+|terminase	terminase	A0A2K5B285	Erysipelothrix_phage	6.0e-247	76.9
AWD62926.1|1506795_1508061_+|portal	portal protein	A0A2K5B287	Erysipelothrix_phage	2.6e-152	62.7
AWD62927.1|1508057_1508729_+	peptidase	E4ZFM4	Streptococcus_phage	1.5e-58	51.3
AWD62928.1|1508748_1509927_+|capsid	capsid protein	A0A2I4R671	Erysipelothrix_phage	2.3e-126	58.0
AWD62929.1|1509943_1510222_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62930.1|1510221_1510467_+|head,tail	head-tail adaptor	NA	NA	NA	NA
AWD62931.1|1510598_1511012_+	primase	A0A2K5B2A2	Erysipelothrix_phage	1.7e-41	64.2
AWD62932.1|1511008_1511308_+	1,4-beta-N-acetylmuramidase	A0A2K9V3I9	Faecalibacterium_phage	4.8e-09	38.8
AWD62933.1|1511358_1511730_+|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	1.5e-28	53.1
AWD62934.1|1511702_1512134_+|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD62935.1|1512220_1512742_+	1,4-beta-N-acetylmuramidase	A0A2K5B2A3	Erysipelothrix_phage	2.1e-20	40.0
AWD62936.1|1512834_1513068_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62937.1|1513103_1513703_+	serine recombinase	D0R0F3	Streptococcus_phage	1.9e-44	48.2
AWD62938.1|1513715_1514720_+	serine recombinase	A0A2K5B2B2	Erysipelothrix_phage	1.9e-41	31.3
AWD62939.1|1514712_1516290_+	serine recombinase	A0A2K5B2B4	Erysipelothrix_phage	8.8e-134	50.5
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AWD62941.1|1517623_1517764_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD62942.1|1517878_1519255_-	RNA methyltransferase	A0A2K5B251	Erysipelothrix_phage	1.6e-136	53.3
AWD62943.1|1519351_1520359_-	lipid kinase	A0A1V0SBJ0	Catovirus	4.6e-19	27.0
AWD62944.1|1520376_1521801_-|tRNA	aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit B	NA	NA	NA	NA
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AWD62953.1|1532675_1533302_-	N-acetylmuramidase	S5M633	Brevibacillus_phage	4.0e-29	48.3
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AWD62959.1|1537675_1538389_-|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	1.9e-27	35.2
AWD62960.1|1538567_1539332_-|tRNA	tRNA pseudouridine synthase A	NA	NA	NA	NA
AWD62961.1|1539352_1540156_-	cobalt ABC transporter ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD62962.1|1540148_1541015_-	cobalt ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.5e-21	33.6
AWD62963.1|1540990_1541818_-	cobalt ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	5.6e-23	33.1
AWD62964.1|1541970_1542939_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
1546831:1546844	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>CP027805|1557982:1590022|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_13

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MANKREYPLTKTRNIGIMAHIDAGKTTATERILYYTGKIHKIGETHDGASQMDWMDEEKERGITITSAATTAVWNDHRINIIDTPGHVDFTVEVERSLRVLDGAVTVLDAQAGVEPQTETVWRQADDFDVPRIVFANKMDKVGANFDYSVQTIKDRLNVTPLPIQMPIGAEDDFVGLVDLVKMVAYVYDEDKLGTNWDTVEIPDDMKEEAQKRHDEMVETLADIDDNLMEKYLEGEEISVDEIKAAIRKGTLEEKIFPVLAGSAYKDKGIQMMLDAVIDYLPSPLDVKPFVAHDAEGNEVELTAGDNKPFAALAFKIATDPFVGRLTFLRVYTGSLQSGSYVLNATKDKRERVGRLLQMHSNQQQEIPEVFSGDIAAAIGLKNTTTGDSLTDPDNPLQLESMDFPEPVIQVSVEPKSKADQDKMDKGLQKLAEEDPTFKAETNPETGETLIAGMGELHLDIIVERLRREFHAEVTVGKPQVSYREAFTKQASAQGKFVRQSGGKGQYGDVWIEFTPLKEGEGFEFEDAIAGGVVPREFIPAVEQGLKEAMQNGVLAGYPLVDMHAKLYDGSYHEVDSSEAAFKVAASLALKNAAKKADPVILEPIVKVDIVVPQDNMGDVMGQVTARRGTIDGMEERGNAQLIHSFVPLSEMFGYATALRSATQGRGTFTMTFDHYSAVPKSVQEDIIKKNGGNN
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MIAEGYSVSELTKAAGITRQAYYKWLKHKPSKREIEESEIHQLIKQLENEISKVLAMTR
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MLFLSFLFGASVASFITSCSYRLGNNHSLTIPQRSYCDNCHSILRWWHLIPIFSFIILRGQCFYCKQKISLYLPVIEFLSGVAFTTFIIYEPIHDLIIILFLTSLIFLISTDLFSHVIYSYSLLGLFPIALLSIPQNYFYNFIFACILAVSLLLFATFTKTLGIGDIEFLFVICLIWGWYQTLLIIQWSSLIMLFLFLFTRKNKLPFIPALAFTTILCLFIQGC

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
AWD62995.1|1557982_1558420_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD62996.1|1558426_1558669_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD62997.1|1558819_1559098_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD62998.1|1559094_1559274_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD62999.1|1559270_1559621_-|transposase	transposase putative transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	1.2e-14	44.7
AWD63000.1|1560214_1562302_-	elongation factor P	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	7.4e-64	27.1
1562403:1562419	attL	NA	NA	NA	NA
AWD63001.1|1562441_1562912_-	30S ribosomal protein S7	NA	NA	NA	NA
AWD63002.1|1562932_1563352_-	30S ribosomal protein S12	NA	NA	NA	NA
AWD63003.1|1563620_1564295_+	peptidase A24A	NA	NA	NA	NA
AWD63004.1|1564334_1565510_-	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
AWD63005.1|1565619_1565994_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63006.1|1565959_1566574_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63007.1|1566644_1570280_-	DNA-directed RNA polymerase subunit beta'	R4TQM7	Phaeocystis_globosa_virus	1.1e-65	24.5
AWD63008.1|1570323_1573932_-	DNA-directed RNA polymerase subunit beta	A0A1B1ISA9	uncultured_Mediterranean_phage	1.5e-51	24.2
AWD63009.1|1574167_1574770_-	TetR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63010.1|1575042_1577535_-|protease	Clp protease ClpX	A0A2C9CXH0	Yersinia_phage	3.8e-123	39.4
AWD63011.1|1577549_1578017_-	CtsR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63012.1|1578190_1579219_-	alcohol dehydrogenase	A0A2K9L7I1	Tupanvirus	2.9e-29	29.4
AWD63013.1|1579505_1579733_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD63014.1|1579686_1579932_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD63015.1|1579928_1580447_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD63016.1|1580461_1581430_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD63017.1|1581530_1581662_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63018.1|1581778_1581916_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63019.1|1582399_1582591_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
1582168:1582184	attR	NA	NA	NA	NA
AWD63020.1|1582750_1582960_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63021.1|1583168_1584047_-	homoserine kinase	NA	NA	NA	NA
AWD63022.1|1584055_1585330_-	homoserine dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
AWD63023.1|1585427_1586921_+	threonine synthase	NA	NA	NA	NA
AWD63024.1|1587636_1588278_-	deoxyadenosine kinase	C1KFI3	Lactobacillus_virus	1.3e-56	50.0
AWD63025.1|1588400_1589219_-	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	1.4e-21	32.1
AWD63026.1|1589248_1590022_-|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	2.1e-27	35.2

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>CP027805|1610037:1730916|DBSCAN-SWA
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>CP027805|1610037:1730916|1621781_1621967_-|AWD63058.1|DBSCAN-SWA
MAEKFQPLSVSKLDNDYDVIVIGSGGTGLSAAIQANELGMKTVVLEKEEELGEIPTELLQE
>CP027805|1610037:1730916|1675060_1676026_+|AWD63108.1|DBSCAN-SWA
MTYTHLTTNELTIIAHSFVQKLKAYRVAQMTKRCAKTVYRVYRYLETGASIADYQDHYMRNKQRCGRKRTQLSLAELTYINDKIAQGWTPDTIIGRAERPISCNRRTLYRMFERGQFGFDVRSLPMRGKRHPNGYVERRGKAGQLGRSIHERAKDFPYYATEFGHLEADTVQGKKHQGAVMTLTERQSKVEIVLNVHEKTADAINQHLSQWLRKFPRYFFKSITFDNGKEFAGWREIANQFDLHTYFAEVGAPNQRGLNENNNGLLRRDGLTKQLDFRNLPDELVTQLMSKRNNLPRKSLGYRTPYEVFMSYVTDEQLFSF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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AWD63057.1|1620573_1621785_-	cytochrome C	A0A2P0ZL82	Lactobacillus_phage	4.6e-50	35.5
AWD63058.1|1621781_1621967_-	cytochrome C	NA	NA	NA	NA
AWD63059.1|1622088_1623477_-	fumarate hydratase	NA	NA	NA	NA
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AWD63065.1|1629927_1631466_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63066.1|1631702_1632863_+|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.9e-146	66.9
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AWD63068.1|1634538_1635492_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
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1635787:1635817	attL	NA	NA	NA	NA
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1635787:1635817	attL	NA	NA	NA	NA
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AWD63091.1|1657846_1658761_-	cysteine synthase	A0A1X9I5K7	Streptococcus_phage	1.5e-61	41.8
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AWD63093.1|1659653_1660025_-|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	9.8e-28	52.2
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1712532:1712562	attR	NA	NA	NA	NA
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1712532:1712562	attR	NA	NA	NA	NA
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AWD63160.1|1718888_1719431_-	N-acetyltransferase GCN5	M1PSC3	Streptococcus_phage	6.7e-09	27.6
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AWD63162.1|1720082_1720592_+	Mg2 transporter protein CorA family protein	NA	NA	NA	NA
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AWD63164.1|1721418_1722237_+	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	8.0e-22	32.5
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AWD63167.1|1723674_1723860_-	peptidoglycan-binding protein LysM	NA	NA	NA	NA
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AWD63169.1|1725497_1725995_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63170.1|1726021_1726900_-|integrase	putative integrase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	2.0e-42	36.4
AWD63171.1|1726923_1727211_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63172.1|1727278_1727578_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63173.1|1727727_1728651_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	5.1e-33	31.3
AWD63174.1|1728678_1728837_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63175.1|1728969_1729842_-	rRNA methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD63176.1|1730140_1730512_+|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	9.8e-28	52.2
AWD63177.1|1730484_1730916_+|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>CP027805|1808560:1854751|DBSCAN-SWA
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MDKLEEYQRWQNNLARVRFPRWKELPTLGLYVDQVVAIVNEQLNHLRIEPLTKSMVNNYVKKKVIQAPIKKKYAVNQLVDLLLIGLLKSNFSLDDIRAGIAQVTMNSYPQAAYDRFVEILNALLAGEEIPSNNVINPQNDRLITLALKSVLARMDAAQLLTAMQKVAQPAPLENN
>CP027805|1808560:1854751|1808560_1809067_+|AWD63257.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MSKKNKKSKMKKTQVEQILDKNNISYEQAEFPTHQDGDVRSMSVDHTGIDEHIIYKTLVLTGNVTGPLVGVIPVDTHLDEKKLAKVSGNKKVNMVPLKNLLKTTGYVHGANTPVGIYEKFQYPIFIDNEAKEQGEIYVSSGKIGRSVKLNAEDLAGLVHATFADLEQK
>CP027805|1808560:1854751|1844895_1846017_-|AWD63294.1|DBSCAN-SWA
MNEQEQHIDQFLTSSNYHQLSANQQKHAQDILTRFNNQMASDQHLTDTAWTPEAVKAVMVGEFIADPALTNQFGIAVVPVLRAYQEFLKVENLAEVVKAMEEQRTKMNECRKAHKTWAQLHGDAENEETEATPVQASPAKKEITWTPEKFKDLLANVQQAIKSASQFNNLELDDVELNYVVQEFLELMVQECNEYPGQWTFSNLQRVLGMMMPLDPHISIKQIHNIVPSAQALFEYLKQNDYINMDQYKLGLKAIANMQPSEDMLASLNRDERENQLVLSFINSNGIDTDDADVAEAWMDDHKQEVADFMRGLLNPWGEYERKRLLKRQREMQQKQQVAKNNDNQVDSQLKRKKKSLQGIKFSKRARRKLRRH

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
AWD63257.1|1808560_1809067_+|tRNA	aminoacyl-tRNA deacylase	NA	NA	NA	NA
AWD63258.1|1809154_1810591_+	peptidase U34 dipeptidase	NA	NA	NA	NA
AWD63259.1|1810647_1812471_-	multidrug ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	1.7e-56	30.0
AWD63260.1|1812463_1814206_-	ABC transporter-like protein	W8CYL7	Bacillus_phage	7.4e-41	26.4
AWD63261.1|1814375_1815380_+	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding protein	M1H502	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.0e-50	34.2
AWD63262.1|1815448_1816156_-	glycerol transporter	M1HWZ0	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	2.2e-28	30.1
AWD63263.1|1816435_1817359_+|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	1.9e-32	31.0
AWD63264.1|1817365_1817605_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63265.1|1817990_1818296_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63266.1|1818389_1819235_+	Xylose isomerase domain protein TIM barrel	NA	NA	NA	NA
AWD63267.1|1819231_1820371_+	transporter	NA	NA	NA	NA
AWD63268.1|1820428_1821394_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63269.1|1821467_1822193_-|tRNA	tRNA synthetase subunit beta	NA	NA	NA	NA
AWD63270.1|1822216_1822669_-	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63271.1|1822736_1823264_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63272.1|1823280_1823805_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63273.1|1823822_1824686_-	multidrug ABC transporter ATPase	NA	NA	NA	NA
AWD63274.1|1824858_1826187_+	hemolysin	NA	NA	NA	NA
AWD63275.1|1826298_1826766_+	ribonucleotide reductase	NA	NA	NA	NA
AWD63276.1|1826814_1827240_-	3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD63277.1|1827415_1828585_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
AWD63278.1|1828873_1830355_+	glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase	M4SP85	Cyanophage	1.3e-75	36.7
AWD63279.1|1830498_1831935_+	6-phosphogluconate dehydrogenase	E3SPS4	Prochlorococcus_phage	8.2e-30	31.1
1831979:1831995	attL	NA	NA	NA	NA
AWD63280.1|1832059_1832311_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63281.1|1832433_1834386_+	PTS sugar transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
AWD63282.1|1834615_1835080_-	universal stress protein UspA	NA	NA	NA	NA
AWD63283.1|1835293_1835764_+	AsnC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63284.1|1835804_1837118_-	proton glutamate symport protein	NA	NA	NA	NA
AWD63285.1|1837367_1837979_+	alkaline phosphatase	NA	NA	NA	NA
AWD63286.1|1838047_1839040_-	LacI family transcriptional regulator	C6ZCU4	Enterobacteria_phage	1.2e-11	23.6
AWD63287.1|1839077_1840529_-	peptidase S24	NA	NA	NA	NA
AWD63288.1|1840555_1841734_-	galactokinase	NA	NA	NA	NA
AWD63289.1|1841928_1842897_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63290.1|1842926_1843709_+	protein tyrosine/serine phosphatase	NA	NA	NA	NA
AWD63291.1|1843744_1844251_+	PEBP family protein	NA	NA	NA	NA
AWD63292.1|1844264_1844489_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63293.1|1844545_1844872_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63294.1|1844895_1846017_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63295.1|1846123_1846621_+	transcription elongation factor GreA	NA	NA	NA	NA
AWD63296.1|1846871_1847624_+	membrane protein	A0A2H4PB74	Lactobacillus_phage	4.7e-93	70.6
AWD63297.1|1848334_1848937_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63298.1|1848951_1849848_-|integrase	integrase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	1.5e-34	33.8
AWD63299.1|1849847_1850378_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63300.1|1850483_1850915_-|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD63301.1|1850887_1851259_-|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	9.8e-28	52.2
AWD63302.1|1851263_1851887_+	cysteine synthase A	A0A1X9I5K7	Streptococcus_phage	1.6e-54	58.2
AWD63303.1|1851944_1852910_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63304.1|1853044_1853275_+	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63305.1|1853827_1854751_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	1.9e-32	31.0
1861886:1861902	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

>CP027805|1858627:1960987|DBSCAN-SWA
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MELKIERIYTKPVDLDGYRILVDRIWPRGISKENAHLDKWLKEVGPSTELRKWFGHDVARYPEFKERYLAELTNNPVYYNSLKAIVQSQLPSQNVILLYGAKDEEHNQAVIIADKLRKDLQLI
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
1850916:1850975	attL	NA	NA	NA	NA
AWD63310.1|1858627_1859161_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
1850916:1850975	attL	NA	NA	NA	NA
AWD63311.1|1859160_1860057_+|integrase	integrase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.3e-35	34.2
AWD63312.1|1860071_1860341_-	XRE family transcriptional regulator	A0A0S2MVM8	Bacillus_phage	8.2e-08	40.0
AWD63313.1|1860507_1860837_-|transposase	transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	3.2e-06	46.2
AWD63314.1|1860839_1861838_-|transposase	transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	2.5e-33	29.8
AWD63315.1|1861984_1863889_-	peptidase M13	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	3.6e-73	30.9
AWD63316.1|1863962_1864256_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63317.1|1864259_1865552_-	peptidase	A0A172JHT2	Bacillus_phage	1.5e-27	26.0
AWD63318.1|1865548_1866694_-	ATPase	A0A097PAJ8	Delftia_phage	3.1e-11	28.0
AWD63319.1|1866697_1867123_-	3-methyladenine DNA glycosylase	NA	NA	NA	NA
AWD63320.1|1867272_1867704_-|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA
AWD63321.1|1867676_1868048_-|transposase	transposase putative transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	3.7e-27	51.3
AWD63322.1|1868098_1868185_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63323.1|1868247_1868619_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63324.1|1868909_1869083_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63325.1|1869085_1869769_-	NAD(P)H dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
AWD63326.1|1869774_1870095_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63327.1|1870125_1871085_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63328.1|1871189_1871294_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63329.1|1871322_1872291_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD63330.1|1872367_1873270_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63331.1|1873496_1873781_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63332.1|1873863_1875219_-	amino acid transport protein	NA	NA	NA	NA
AWD63333.1|1875221_1876130_-	proline iminopeptidase	NA	NA	NA	NA
AWD63334.1|1876429_1877509_-	phosphoesterase	NA	NA	NA	NA
AWD63335.1|1877644_1878880_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63336.1|1879235_1880621_+	branched-chain amino acid transporter II carrier protein	NA	NA	NA	NA
AWD63337.1|1880693_1881287_-	mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase	S5M633	Brevibacillus_phage	9.9e-30	49.0
AWD63338.1|1881363_1882143_-	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD63339.1|1882183_1883725_-	ABC transporter ATP-binding protein	Q6DMX7	Streptococcus_phage	1.3e-41	25.9
AWD63340.1|1883932_1884367_+	XRE family transcriptional regulator	A0A1B0T6A7	Bacillus_phage	2.0e-08	38.2
AWD63341.1|1884363_1885116_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63342.1|1885521_1885746_+	DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD63343.1|1885714_1885855_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63344.1|1885886_1886582_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63345.1|1886591_1887410_-	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	8.0e-22	32.1
AWD63346.1|1887439_1888153_-|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	1.9e-27	35.2
AWD63347.1|1888239_1888737_-	acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD63348.1|1888796_1889219_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63349.1|1889226_1889706_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63350.1|1889859_1890198_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63351.1|1890519_1890744_-	patatin family protein	NA	NA	NA	NA
AWD63352.1|1891140_1892166_+	peptidase P60	NA	NA	NA	NA
AWD63353.1|1892540_1893536_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
AWD63354.1|1893532_1894432_+	branched-chain amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
AWD63355.1|1894424_1895189_+	phosphonate ABC transporter ATP-binding protein	A0A1V0SE00	Indivirus	2.3e-10	30.2
AWD63356.1|1895254_1895818_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD63357.1|1895865_1896195_+	ArsR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63358.1|1896260_1897091_-	Gram-positive signal peptide protein, YSIRK family	NA	NA	NA	NA
AWD63359.1|1897109_1897451_-	AraC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63360.1|1897729_1899466_+	hypothetical protein	A0ZS58	Staphylococcus_virus	9.8e-94	39.2
AWD63361.1|1899666_1900281_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63362.1|1900277_1901123_+	Transposase, IS3 family	NA	NA	NA	NA
AWD63363.1|1901208_1902111_-	membrane protein	M1Q1P6	Streptococcus_phage	9.1e-51	39.6
AWD63364.1|1902292_1903216_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	7.4e-32	30.7
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AWD63366.1|1904187_1905051_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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1910813:1911220	attR	NA	NA	NA	NA
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AWD63411.1|1947646_1948879_+|transposase	IS116/IS110/IS902 family transposase	M1NSC9	Streptococcus_phage	6.1e-82	48.2
AWD63412.1|1949104_1950028_-|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	1.9e-32	31.0
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AWD63416.1|1953167_1954364_-	MFS transporter	A0A2H4PQR6	Staphylococcus_phage	4.4e-53	35.5
AWD63417.1|1954365_1954986_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63418.1|1955211_1955397_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63419.1|1955528_1956473_-	LacI family transcription regulator	C6ZCU4	Enterobacteria_phage	3.8e-15	26.5
AWD63420.1|1956899_1958612_+	mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase	A0A249Y0X5	Enterococcus_phage	5.6e-25	40.9
AWD63421.1|1958775_1959093_+	ArsR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63422.1|1959197_1959434_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63423.1|1959766_1960987_-|transposase	transposase, IS116/IS110/IS902 family	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.4e-70	37.0
1968865:1969021	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

>CP027805|1969242:2013694|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_17

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MSGLAESPWLMEKDNLLIMKITLSAMMKLVINGGISPL
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MAEKKFTRDELAKYNGDGEKPHYMAIDGLVYDITDAPKKGISIKS
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MEVVFGRSKEKDEILKKLTVVGKLAD
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MAKLERFYNTFQPDHYNVFIDINRAEKTINGKTTITGNANDPQIAINQKNLQVTSVQADGQELDFNIDNDAEAVRITLPQTGKVTFTVTYNTKLTDSMMGIYPSYYEVDGEKKQIIGTQFETTFARQAFPCVDEPEAKATFSLAIKFDEHPGETIIANMPEDHVENGIHYFEPTVRMSTYLVAFAFGELQSKITETKGGVKVGVFATKAHQPKELDFALDIAKRAIEFYEDFYQTPYPLPHSWQLALPDFSAGAMENWGLVTYREAYLLLDPDNTSLEMKQLVATVITHELAHQWFGDLVTMKWWDDLWLNESFANMMEYVAVDALQPDWHIWELFQTSEAPMALQRDATDGVQSVHVDVNNPAEIDALFDGAIVYAKGSRMLVMVRALLGDKALREGLKNYFAAHKYSNATGADLWKALGDASGFNIGKIMNSWLEQPGYPVVTAKINDNGDLVLSQKQFFIGDGKDVDRQWQIPLNSNYDEAPQIMAEQELNLGNYQALRDKNSQPFRLNLGNNSHFIVKYDDTLLNDILDHADELDPITQRQLLQDLRLLAQGQQVSYASLIPLLKQFKDSTSAIVNAELYQIANSLKMFAKPDSPAEQELRQFFDLLSRDQVKRLGWLPKNGESNDDQLTRPYILSASLFARNNDSITQAHQIFTENQDKLESLSADIRGLVLKNEVQNFGNAELFDRLIKAYQQTADASFKQDLRMAIPNTTDTALIAKVVSYFENADIIKPQDLRAWYRGLLANQAGQQAAWNWLRDEWQWLNDTVGGDMEFATFITVTAGVFHTPERLNEFKDFFEPKLNTPGLTREIKMDISVIESKVNLINKEQTAVNDAIAQQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
1968766:1968794	attL	NA	NA	NA	NA
AWD63431.1|1969242_1969821_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63432.1|1970074_1970998_+|integrase	integrase	H7BVY4	unidentified_phage	1.9e-32	31.0
AWD63433.1|1971474_1973085_+	manganese transporter	NA	NA	NA	NA
AWD63434.1|1973348_1974023_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63435.1|1974358_1976164_+|tRNA	threonyl-tRNA synthase	A0A2K9L6B6	Tupanvirus	1.6e-86	32.8
AWD63436.1|1976423_1976558_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63437.1|1976846_1977302_-|transposase	transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	6.4e-29	41.4
AWD63438.1|1977324_1978068_-|transposase	transposase	A0A1X9I5Z0	Streptococcus_phage	3.8e-31	36.2
AWD63439.1|1978321_1979278_-	2-dehydropantoate 2-reductase	NA	NA	NA	NA
AWD63440.1|1979425_1979542_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63441.1|1979726_1980431_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD63442.1|1980521_1980695_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
AWD63443.1|1981117_1982254_+	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase	A0A218MNE0	uncultured_virus	2.4e-85	46.3
AWD63444.1|1982307_1982553_-	cytochrome B5	NA	NA	NA	NA
AWD63445.1|1982565_1982646_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63446.1|1982645_1982783_-	cytochrome B5	NA	NA	NA	NA
AWD63447.1|1982918_1983152_-	cytochrome B5	NA	NA	NA	NA
AWD63448.1|1983280_1983718_-	GCN5 family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
AWD63449.1|1983896_1984190_-	NAD-dependent dehydratase	NA	NA	NA	NA
AWD63450.1|1984183_1984552_-	NAD-dependent dehydratase	NA	NA	NA	NA
AWD63451.1|1984679_1984991_-	HxlR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63452.1|1985088_1985691_+	nitroreductase	NA	NA	NA	NA
AWD63453.1|1985755_1986208_+	HxlR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63454.1|1986200_1987544_-	membrane protein	NA	NA	NA	NA
AWD63455.1|1987524_1988700_-	MFS transporter permease	NA	NA	NA	NA
AWD63456.1|1988849_1990172_-	aminopeptidase	R4TV59	Phaeocystis_globosa_virus	2.9e-66	31.3
AWD63457.1|1990388_1991030_+	NAD-dependent dehydratase	NA	NA	NA	NA
AWD63458.1|1991282_1992632_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63459.1|1992755_1995287_+	peptidase	A0A0P0IY26	Acinetobacter_phage	1.5e-63	25.6
AWD63460.1|1995505_1996459_+	membrane protein	A0A1X9I6I8	Streptococcus_phage	1.1e-19	39.0
AWD63461.1|1996835_1997846_+	asparagine synthase	A0A1C9C5F0	Heterosigma_akashiwo_virus	7.2e-65	43.1
AWD63462.1|1997865_1999164_+|tRNA	asparagine--tRNA ligase	A0A2P1EMB4	Moumouvirus	1.6e-56	31.7
AWD63463.1|1999224_1999923_-	diguanylate phosphodiesterase	NA	NA	NA	NA
AWD63464.1|1999938_2000325_-	diguanylate cyclase	NA	NA	NA	NA
AWD63465.1|2000687_2001221_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63466.1|2001220_2002117_+|integrase	integrase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.3e-35	34.2
AWD63467.1|2002285_2002399_+	diguanylate phosphodiesterase	NA	NA	NA	NA
AWD63468.1|2002471_2003125_-	glutamine amidotransferase	NA	NA	NA	NA
AWD63469.1|2003226_2003589_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63470.1|2003661_2004540_-	2,5-diketo-D-gluconic acid reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	1.5e-50	39.5
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AWD63472.1|2004952_2005726_+|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	2.1e-27	35.2
AWD63473.1|2005755_2006574_+	hypothetical protein	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	2.3e-21	31.6
AWD63474.1|2006600_2007242_+	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
AWD63475.1|2007227_2007761_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
AWD63476.1|2007806_2008181_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63477.1|2008349_2009339_+	asparaginase	NA	NA	NA	NA
AWD63478.1|2009398_2010400_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
AWD63479.1|2010848_2011142_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
2010759:2010787	attR	NA	NA	NA	NA
AWD63480.1|2011129_2011270_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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AWD63482.1|2011800_2012253_-	histidine kinase	NA	NA	NA	NA
AWD63483.1|2012249_2012915_-	PhoB family transcriptional regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	2.0e-26	33.2
AWD63484.1|2012919_2013330_+|transposase	transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	2.9e-28	54.1
AWD63485.1|2013346_2013694_+|transposase	putative transposase for insertion sequence element IS6501	NA	NA	NA	NA