Overview of predicted results
Overview of the results
| Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CP012211 | Campylobacter jejuni strain CJ031CC45, complete genome | 1 crisprs | DEDDh,WYL,cas2,cas1,cas9,csa3 | 0 | 3 | 1 | 0 |
1. CP012211
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0
| CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CP012211_2 | 1371928-1372094 | TypeII |
NA
Consensus repeat of CP012211_2
|
2 spacers
spacers of CP012211_2
>2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder TGATTTATTAGTAACCCATCAAGTTGGCTTG >2.2|1372029|31|CP012211|CRISPRCasFinder CTTTTAAGATTTTATATACACCTGAGCTCAG |
cas2,cas1,cas9 |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around CP012211_2
The CRISPR arrays of CP012211_2 >merge|CP012211|2|1371928-1372094|CRISPRCasFinder TTTTAGTCCCTTTTTAAATTTCTTTATGGTAAAATTGATTTATTAGTAACCCATCAAGTTGGCTTGTTTTAGTCCCTTTTTAAATTTCTTTATGGTAAAATCTTTTAAGATTTTATATACACCTGAGCTCAGTTTTAGTCCCTTTTTAAATTTCTTTATGGTAAAAT >CP012211|2|2|1371928-1372094|CRISPRCasFinder TTTTAGTCCCTTTTTAAATTTCTTTATGGTAAAAT TGATTTATTAGTAACCCATCAAGTTGGCTTG TTTTAGTCCCTTTTTAAATTTCTTTATGGTAAAAT CTTTTAAGATTTTATATACACCTGAGCTCAG TTTTAGTCCCTTTTTAAATTTCTTTATGGTAAAAT
>CP012211.1|AXL32696.1|1370620_1371811_+|molybdenum-cofactor-biosynthesis-protein-MoaA MLMSYEESLKILHSHIKTYEKIEKIALTECLGRILAQDIKAPKNQPEFPTSAMDGYAIKFEDQDKPLKILGLTPAGTMPQFSVQNGTCVKTFTGSLMSEGSDTLVPVENVRVENDTLFIEKKVPQAFAVRAVGENYKKDEILLKKGTKLNYSEIALLAELGFFHISVFIKPIVGVLSSGSEIKDLGEALENPAQIRSSNHIAIANLAKNLNCDTRVFPLLKDDEKATFSTLESALQSCDILITTGGVSMGDFDFLKKAVKEYEIIIDKADIKPGRHIKIAKANEKFIIALPGFPYSAMVMFNLYAREILNSWLLQPKDYICKAFLQGSYKKKTPYLEFVACNVEFKNGRILANLEGKKEGSSAIINNLNNKAALMVVPKECEILENESLVDIIFMP >CP012211.1|AXL32695.1|1370170_1370617_+|molybdenum-cofactor-biosynthesis-protein-MoaE MKHFTLYQGSLDIPKIYSQWYEFAKDKNCGALLTFCGIVREEGGIEALSFDIYEPLLKKWFDEWQKRVDFDDISLLFAHSIGDVAVHESSYFAGILSKQRKLGLKLLNEFVEDFKASAPIWKYDVINKERIYAKERSTKLCGAGLLKG >CP012211.1|AXL32694.1|1369948_1370170_+|molybdenum-cofactor-biosynthesis-protein-MoaD MIKVEFLGPINKENLELEVKNLKELKEILQKDESLKEWLELCAVSLNDEIIFDENTKLKDGDKIALLPPVCGG >CP012211.1|AXL32693.1|1368405_1369947_+|bilirubin-oxidase MNRRNFLKFNALTLASMGVAYANPMHDMHSMHKNHSINHDLDTSFINFAPKNLKLLDPKQFPQGEILKALPLLKNESKEKNIFRATLEIKENHIELIKGKKTLFYTYNGLVPAPKIEVFEGDKLEILVKNKLKEATTIHWHGVPVPPDQDGSPHDPILAGKERIYHFEIPQDSAGTYWYHPHPHYTTSKQVFMGLAGAFVIKAKKDALSHLKEKDLMISDLRLDENAQIPNNNLNDWLNGREGEFVLINGQFKPKIKLATNERIRIYNATAARYLNLRIQGAKFILVGTDGGLIEKAIYKEELFLSPASRVEVLIDAPKDGNFKLESAYYDRDKMMVKEEPNTLFLANISLKKENVELPKNLKIFKPSEEPKEFKEIIMSEDHMQMHGMMGKSESELKIALASMFLINGKSYDLKRIDLSSKLGVVEDWIVINKSHMDHPFHIHGTQFELISSKLNGKVQKAEFRALRDTINVRPNEELRLRMKQDFKGLRMYHCHILEHEDLGMMGNLEVKE >CP012211.1|AXL32692.1|1367133_1368282_-|carboxynorspermidine-decarboxylase MFYEKIQTPAYILEEDKLRKNCELLASVGEKSGAKVLLALKGFAFSGAMKIVGEYLKGCTCSGLWEAKFAKEYMDKEIHTYSPAFKEDEIGEIASLSHHIVFNSLAQFHKFQSKTQKNSLGLRCNVEFSLAPKELYNPCGRYSRLGIRAKDFENVDLNAIEGLHFHALCEESADALEAVLKVFKEKFGKWIGQMKWVNFGGGHHITKKGYDVEKLIALCKNFSDKYGVQVYLEPGEAVGWQTGNLVASVVDIIENEKQIAILDTSSEAHMPDTIIMPYTSEVLNARILATRENEKISDLKENEFAYLLTGNTCLAGDVMGEYAFDKKLKIGDKIVFLDQIHYTIVKNTTFNGIRLPNLMLLDHKNELQMIREFSYKDYSLRN >CP012211.1|AXL32691.1|1366116_1366818_-|hypothetical-protein MDLEKLRLARSLYYQCLGELFVFSFSEERLSKLQEYLKTMQECLFDENLKSNFDILLKHLDDENSIQAFFKEYDLLFLSLKNSIPTTFSYIEEGFENSNPLLCVRQILVKSKIRRNEKFFKESEDSVGFCLLLMSEFLRQNEDDLAKELFEKVINKSIDEFLGDVFMNKNANLYKEIASIAMAFMEFERLCFEVEKPAKINSKKVQNDLSRSEFLRREANKQRRTREKSQGIS >CP012211.1|AXL32690.1|1365950_1366142_-|Tat-pathway-signal-protein MKNRREFLKKSAFALGAAGVLGSTTLALAKDEERKDLVKGKSKKKEVLFQRSANWENYYIKAE >CP012211.1|AXL32689.1|1365408_1365951_-|formate-dehydrogenase MSSVGENIKLTRRSFLKMAALSSLATPLLARSETLREASADELKEAYEGSKKVKTVCTACSVGCGIIAEVQNGVWVRQEIAQDHPVSSGGHCCKGSDMIDMVRSHVRLKYPMKKENGEWKRISYEQALSEIGEKLAAYRKENPESVMFLGSAKMSNEQAYYVRKFAAFFGTNNVDHQARI >CP012211.1|AXL32688.1|1363146_1365360_-|formate-dehydrogenase MTNHLGDIQRSKCIIIIGANPAVNHPVGFRHFLKAKEKGAKLIVVDPRFTKSAAKADIYARIRPGTDIAFMYGMLKIIFDEGLEDTKYLDERVFGIDKIREEAAKWTAEEVENVTGISKELLVQITHEVAKNKPTTLIWAMGLTQHTVGTSNTRLAPIVQMVLGNIGKFGGGVNILRGHDNVQGASDMACLSENLPGYYPLNEATWRYYAKIWGVDYEWLLGNFVSKDWMHKTGLSLARWWAAALNGKDGNDAIDNAGTPLKALVVMGNGITSTAQQVKVKEGLEALELLVLADPFVNEAGIIAERKDGIYLLPAATQFETSGSVTATNRSGQWRFKVVDPLYESMEDQEILFELAKKLGFYEDFTKTLRDEKGEIVWPENATREIAKAVRSIGLNGWSPERLKKHTLYWDKFDEVTLEGKDEVAGEYYGLPWPCWSDKHPGSPVLYNTDIEVAKGGMGFRNNFGLEYEGESLLAKNAPLNSPIDTGYPQITKDNIEKVLGITLSAQEKEKMGSTWSYDDSNIIATKCIEKGIVPYGNAKARAVVWTFKDKIPLHREPLHSPRNDLVQKYPSFEDQKALYRVDTKFVSVQQAKDYSKEFPLNLVTARLVNLNGAGMENRASMYLTRLTPEMFCEINPELAKEQDIKAGDMIWVHSPEGTKIHVRVKVNPGVAKDMIFLPFHFTGVMQGVDLTHNFPKGTKPYASGESANTVTNYGYDIMCQIPETKGGLCRISKDGK >CP012211.1|AXL32687.1|1362508_1363150_-|formate-dehydrogenase MSKVNFANLEKERLKFFCDNERCIDCNGCAVACDEAHELPIHIRRRRVITLNEGIQGKEVSTSISCMHCDDAPCSIVCPVDCFYIRADGIVLHDKEICIGCGYCLYACPFGAPQFPKDSVFGNKGIMDKCTMCAGGPEATNSEKERELYGQNRIAEGKVPVCAAMCSTKALLVGESSKIEEIYHNRLMNRNYGIPNPSESLEWKIAYTGKERL >CP012211.1|AXL32697.1|1372239_1372671_-|CRISPR-associated-protein-Cas2 MIEDKFMRVLLMFDVPTKSKKEQKLASKFRNNLIKLGYFMLQFSVYMRICKGLSSAKSSIENVKKILPPYGNVRALIITEKQFDKMELLLGGIVFNEKVNNETNLTLFDIDSHGEFKYKNSNNEEIQLNKKQEKYHQQNLFEF >CP012211.1|AXL32698.1|1372663_1373554_-|CRISPR-associated-protein-Cas1 MSYDEAFKTLLISSNAKLNLELNHLVIKQDENIAKLFLKDINIIVLESLQVSLSSALFNAFARHKIILLTCDETHSINGVFTPFLGHFQSAKIAKEQMNVSAQKKAILWQKIIKNKILNQAFVLKKHNKIGQSNELINLAKKVSLNDSKNIEAVAAALYFKTLFGVSFSRDELCFENSALNYGYAIIRACIIRAVCISGLLPWLGIKHDNIYNSFALCDDLIEVFRASVDDCVLKLKGESEFLSKDDKRALIGNLQSKINFDGQNYPLNRAINHYVANFKNALLYEDELKIVKFDD >CP012211.1|AXL32699.1|1373550_1376505_-|CRISPR-associated-protein MARILAFDIGISSIGWAFSENDELKDCGVRIFTKAENPKTGESLALPRRLARSARKRLARRKARLNHLKHLIANEFKLNYEDYQSFDESLAKAYKGSLISPYELRFRALNELLSKQDFARVILHIAKRRGYDDIKNNGDEEKSEILKAIKQNEEKLVNYQSVGEYLYKEYFQKFKENSKEFINVRNKKESYERCITQSFLKDELKLIFQKQREFGFSFSKKFEEEVLSVAFYKRALKDFSHLVGNCSFFTDEKRAPKNSPLAFMFVALTRIINILNNLKNTEGILYTKDDLNALLNEVLKNGTLTYKQTKKLLGLSDDYEFKGEKGTYFIEFKKYKEFIKALGEHNLSQDDLNEIAKDITLIKDEIKLKKALAKYDLNQNQIDSLSKLEFKDHLNISFKALKLITPLMLEGKKYDEACNELNLKVAINEDKKDFLPAFNETYYKDEVTNPVVLRAIKEYRKILNALLKKYGKVHKINIELAREVGKNHSQRAKIEKEQNENYKAKKDAEIECEKLGLKINSKNILKLRLFKEQKEFCAYSGEKIKLSDLQDEKMLEIDHIYPYSRSFDDSYMNKVLVFTKQNQEKLNKTPFEAFGNDSTKWQKIEVLAKNLPEKKQKRILDKNYKDKEQKDFKDRNLNDTRYIARLVLNYTKDYLDFLPLSDDENTKLNDTQKGSKVHVEAKSGMLTSALRHTWGFSAKDRNNHLHHAIDAAIIAYANNSIVKAFSDFKKEQESNSVELYAKKISELDYKNKRKFFEPFSGFRQKVLDKIDEIFVSKPERKKPSGALHEETFRKEEEFYQSYGGKEGVLKALELGKIRKVNGKIVKNGDMFRVDIFKHKKTNKFYAVPIYTMDFALKVLPNKAVARSKKGEIKDWILMDENYEFCFSLYKDSLILIQTKDMQEPELVYFNAFTSSTVSLIVSKHDNKFETLSKNQKILFKNANEKEVIAKSIGIQNLKVFEKYIVSALGEVTKAEFRQREDFKK >CP012211.1|AXL32700.1|1376711_1378169_+|C4-dicarboxylate-ABC-transporter MPIFMICSTLLAVIVVAYYILKKYNPIFVFFLSGIILLIFAFYITGTPIPKAPSREHASFLNVLLDSYAFITATFKSQLSGVGLIIMSVAGFAAYMKHINASAKLAFLANKPLGKIKNKYLILSGTFVVGMALKIVISSYAGLLLLLLACIYPVLISLKIRPITAVCVLSLIALDYGPKDGNSINMADMVGQSDNVVGLFLNYQIYSVIAYVVVIAILIPFYFAWIDKRDKEKGVLNDEVEIPQIIDPRCPTFYILFPWLPVVFLFTAYFFTIKLDVVTANFVSISLVFLVEFARHRNARKLGEDMMVILKAMAEIFISVVSIIIAAGVFAEGIKALGGVNILANAVSNLGTGNFAWFGILLSIAILSFLVYFATVIMGSGIAAFNAFGKLAPDIATKLGVAPITLVLPIEIASCLGRAASPIAGGIIALAGFAKVAPMDIIKRTTPLLLIAMLVNVLVAFYLAQTNPLPKEQNTTKIAVSLNNK >CP012211.1|AXL32701.1|1378193_1379171_-|hypothetical-protein MKNIVFHSDGFGDLLVCFKALYAIKQLYPEYKLFLLTNGLMESDFLEKIPFIDEVLIYKDDFLEKIQSKNPVIFITTRRQGLYFKKLKFLNVQKCIVFPHLISIISKNLTTPLPFFRAKKHMSEIVLKLVRMINTRHFDKNFNQIDFSKIKNLLPYDARLSDNFFKQIDTKYEKIIGINAFSNNSEYRGFNFFIKDWIGLARQLSLKYPKFLFILLNFSTNSIQYNIDQNANLKVFCNNKNIASLVSISQKLDFLITVDTGNLHLCDILQIPTLAFTSSLAAYRFGGGSYGGRFDKLIVKPAWQKEYRKIYEIFTKKAENNLENL >CP012211.1|AXL32702.1|1379230_1380220_-|phosphoribosylformylglycinamidine-cyclo-ligase MKISYEDAGVSIDNGNAFVEAIKPLVKETFNDNVVGGIGSFAGAFRMPSGFKKPVILGATDGVGTKLRLAIDAKKYDTIGQDLVAMCVNDLICNFATPLFFLDYYATVKLEVEVAKAVVSGIAKGCKMANCALIGGETAEMPGMYAKDDFDLAGFAVGMAEEDEIDRSKFVKNGDILLALPSSGLHSNGYSLARKVLFESLKLKFDDKIEGKNLIDILLEPTRIYVRDFLTLKPYISALAHITGGGLVENLPRVLPSGMGATIRKHHLKTPEIFYTIGQAVEESEMYRSFNMGVGLVMVVDPSNVSKVLENSDAFIIGEICINEGIVLE >CP012211.1|AXL32703.1|1380280_1380886_+|dephospho-CoA-kinase MKNAFFVTASIACGKSTFIEIANSLGFKSISADKIAHEILDENALELEKIFSPFSLKNLLTKEKKIDRKILGEIVFNNKEAKKILENFTHPKIRAKILEQMQILDKENKAFFVEIPLFFESGAYENLGKVIVIYTPKELSLKRIMQRDKLSLEAAKARLDSQIDIEEKLKKADFIIKNTNSYADFRQECVKVIQEISKGKM >CP012211.1|AXL32704.1|1380882_1381632_+|diaminopimelate-epimerase MKFYKYCASGNDFVITNADRKEDRSALAKELCNRYEGIGADGFIVILPHEKYDFEWEFYNNDGSRAAMCGNGSRAAAHFVHHINKINPNMSFLTGAGVIKAKVNQDKVEVSLGKIKSVQNTFEELGKTWQLCNTGVPHLVHFCQNLDEFDTMLCQKMRQKYNANVNFVKILDENHLKVRTYERGVEDETLACGTGMGACFYLAFLNKKVQNKVKITPKSGEEVGFAYKNEELFFEGKVKYCFEANYNFS >CP012211.1|AXL32705.1|1381606_1382341_+|mannosyl-glycoprotein-endo-beta-N-acetylglucosamidase MKPIIIFLSLFLIPLFAADDLKSGFGEEYYKLDIDQKRQIFFTKMNEMFDQSFKKIEQERAFIEAFFKDAYKTGFRTSNQINLEKLITIKNKYRIENLYDFAEYKKRIQKIPKSMGIAQALVESATGTSRFAREANNLFGEWTWGEKGLIPDLRHPDKKHKIKIFDSLQDSVDSYVLNLNRHFAYEKFRDARAKFESEGKEITGLEAIKTLDSYSERKGYYINLITKIIKRYNLEKYDTNSNNT >CP012211.1|AXL32706.1|1382337_1383375_-|DNA-binding-protein MKVLNFFYENHPKFEVSYERKNQISKPNIIIKGPRFCGKKTLIFNFLSQFKASEILFLDLYDTRFEKQSLERLADFLNENLQIKILCLYNLDFIPNLEKIKIPIILSTNIKDLNINGFEELELDYFDFEEFISVSKKNLPINNLVGLFLQSGRSKFGEKNILLRQSFTLLELEILKYLALNLGQQISISKIFIELKKRLKTSKDSVYQAIKKLENTYVIYTLKHDEKKLQKIYFKDFGLRNNLCISKDFSHLFENLVLSELFKFKEEFFYNKYFNFYSQISKIAYISSPTLDIDLIKLRAKKILPKALELGIFHVIFITLSSEDNFFEQGVKFEVISFDKFSLGF |
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| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CP012211_2 | 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder | 1371963-1371993 | 31 | NZ_CP014746 | Campylobacter jejuni strain OD267 plasmid pCJDM67 S, complete sequence | 12709-12739 | 0 | 1.0 |
| CP012211_2 | 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder | 1371963-1371993 | 31 | CP013734 | Campylobacter coli strain OR12 plasmid pOR12Vir, complete sequence | 5197-5227 | 1 | 0.968 |
| CP012211_2 | 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder | 1371963-1371993 | 31 | NZ_CP007184 | Campylobacter coli RM1875 plasmid pRM1875_35kb, complete sequence | 13126-13156 | 2 | 0.935 |
| CP012211_2 | 2.2|1372029|31|CP012211|CRISPRCasFinder | 1372029-1372059 | 31 | MN530981 | Campylobacter phage DA10, complete genome | 20070-20100 | 2 | 0.935 |
| CP012211_2 | 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder | 1371963-1371993 | 31 | NC_008770 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 plasmid pVir, complete sequence | 4559-4589 | 3 | 0.903 |
| CP012211_2 | 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder | 1371963-1371993 | 31 | NZ_CP010074 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni strain 01-1512 plasmid pCj2, complete sequence | 10105-10135 | 3 | 0.903 |
| CP012211_2 | 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder | 1371963-1371993 | 31 | NC_017284 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni IA3902 plasmid pVir, complete sequence | 4556-4586 | 4 | 0.871 |
| CP012211_1 | 1.1|1268934|34|CP012211|CRISPRCasFinder | 1268934-1268967 | 34 | MH752385 | Bacillus phage Ray17, complete genome | 8509-8542 | 10 | 0.706 |
1. spacer 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014746 (Campylobacter jejuni strain OD267 plasmid pCJDM67 S, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0
tgatttattagtaacccatcaagttggcttg CRISPR spacer tgatttattagtaacccatcaagttggcttg Protospacer *******************************
2. spacer 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder matches to CP013734 (Campylobacter coli strain OR12 plasmid pOR12Vir, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.968
tgatttattagtaacccatcaagttggcttg CRISPR spacer tgatttattagtaacccatcaagttggctta Protospacer ******************************.
3. spacer 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP007184 (Campylobacter coli RM1875 plasmid pRM1875_35kb, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.935
tgatttattagtaacccatcaagttggcttg CRISPR spacer tgatttattagtaacacatcaagttggctta Protospacer *************** **************.
4. spacer 2.2|1372029|31|CP012211|CRISPRCasFinder matches to MN530981 (Campylobacter phage DA10, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.935
cttttaagattttatatacacctgagctcag CRISPR spacer cttttaagattttatatatacctgagctaag Protospacer ******************.********* **
5. spacer 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder matches to NC_008770 (Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 plasmid pVir, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.903
tgatttattagtaacccatcaagttggcttg CRISPR spacer tgatttattagtaacacatcaagttgggtta Protospacer *************** *********** **.
6. spacer 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010074 (Campylobacter jejuni subsp. jejuni strain 01-1512 plasmid pCj2, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.903
tgatttattagtaacccatcaagttggcttg CRISPR spacer tgatttattagtaacacatcaagttgggtta Protospacer *************** *********** **.
7. spacer 2.1|1371963|31|CP012211|CRISPRCasFinder matches to NC_017284 (Campylobacter jejuni subsp. jejuni IA3902 plasmid pVir, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.871
tgatttattagtaacccatcaagttggcttg CRISPR spacer tgatttattagtaacacatcaagttgggcta Protospacer *************** *********** .*.
8. spacer 1.1|1268934|34|CP012211|CRISPRCasFinder matches to MH752385 (Bacillus phage Ray17, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.706
ttttttagctttatactcagccttactcatataa CRISPR spacer cttacaagctttatactcagccttattgatcgtt Protospacer .** . *******************.* **
| Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| DBSCAN-SWA_1 |
1413203 : 1444438
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >CP012211|1413203:1444438|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1 >CP012211|1413203:1444438|1438655_1439087_-|AXL32774.1|DBSCAN-SWA MKSVKINNTYILAETIKSFRIFQDENFVVLEIFNGEQYTQCFEIFQSKEVEYHYLFGVKQNSKTIKILNDIDISMQKLCGVIGNNLLETLAFLESRKKEDIVFRLDNEITQILEKSELVENINKLVKEYENEQSNKGFFKKFF >CP012211|1413203:1444438|1419267_1419498_+|AXL32744.1|DBSCAN-SWA MKKIDNAFNAKIIFLKNFKIVFKAFLTLGIFVAFMLSFLSDDYLAGFVNITSFFVLFSLILYIATFIYCFFKLKHS >CP012211|1413203:1444438|1430460_1430787_+|AXL33017.1|DBSCAN-SWA MLALTLKELALMKRAQQNLANIDEITREVVAKAAKDADDICKNKDIADFIWEDFAYIRIKIYLKIVLDDEDKILLDNALKRIENAPLIDKEGNLSSLRLKIMQRKDRF >CP012211|1413203:1444438|1423617_1424649_-|AXL32751.1|tail|DBSCAN-SWA MAKSEYYTILTKIGIAKFIAARASGNGINLKSFKLSSKVILPSEEMQSLEEIVYEANISSKSVDESNPNYVNLMCHVPSNVGGFEVNAVGIYDEAGDLLAVGNVPRTYKPILKEGSAKELMIKIVMELSNAEEVILKLDPSVIMASRDYVDAIKVELNLKIDALMQKYDAEFKKVWDEFAKYLLENKFNTEIAKYVTLATNQTITGAKDFTKLPTSSIKATNDNQFVNLATLKEQAPSLMGGLGVNQAWQNVSRAFDVTYTNNTGKPIAAKFQVNASASGGVSFSCSEQFVVSMFQTSLSNGGVSRTYFGFGIIPPNGQYRLNTPEHSGFYPSKSIVSFMELR 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MKLQDFDFRIWNNETERHETNKCLISLLMIDVLTRVAHLNGNKFEIELWTGYFDKNGNKIYENDIIKNESLEEIYYITRDNTYKMFKIIIYDKDCNENLYRKKNPADINLLKMLVSDKNMSVIGNIHENPELLKC >CP012211|1413203:1444438|1431538_1431880_+|AXL32763.1|DBSCAN-SWA MFSFILSRFLSPSKIAFFVLIALCGFLYLKNNALALENENLKLKALHFSNEINVFKDKLAQQNKAIDKLKLDLKPKETLKEVLKVDKVFIKDKSCQSELKAYKELFNILGAKK >CP012211|1413203:1444438|1419605_1419842_-|AXL32745.1|DBSCAN-SWA MSKIIKLSNGNEVKFNPPTAGMLRRSMDMQKGEGSRAFYMIGECTNMSLEELDNLSLEDITLLSNELNNYQTPSGSTE >CP012211|1413203:1444438|1413203_1413833_+|AXL32735.1|DBSCAN-SWA MQMQEVIEKLKDILASEGKRDLKTKDIAKELGINPDTFNSMKFRNSIPYPQILNFLNERNISINYFFYGSSPKDQLECENKYKILKLYKTNASLGGGGINDLIDCSELIMDEKLLNFFGSKECEFITCYGESMEPLIKDGSICVIDRNKTFKNKSICVINTRDGLFIKQVLKQDDGVILHSLNPLYEDIFYKNGDFLLIGVVIGELSKM >CP012211|1413203:1444438|1415751_1416720_-|AXL32740.1|tail|DBSCAN-SWA MVNHPSFKIKANDKDITQKISLNLINLSFDDKAKDESDEISISLNGLYARAPFGDKLELWLGFDEKLFKCGTFSINSFSKNYSSKTTDIKATAINFASNIKNKKSRTWENTNLADIALKIAGENNLKAKTNNANKAYIKHELQNNVSDIEFIYTLCAKYGFLACIKEQTLIIIEQKEAAQEGVKGGGKQEGGIKYTLDISELSDLNISIKNRNDYTGVKLTYQDIEQGIVKSVLSGNDKGCVYELKVAGVKNDSEALNLANAKLNALNKGSFEGSFSMIGKNIKAGANLEIKGIDEKVIFSIKDVKHDFSLSGYTISVNFEG >CP012211|1413203:1444438|1424648_1425269_-|AXL32752.1|tail|DBSCAN-SWA MNTLILNHHPKQSKAIDLSAKTRFEDLNLASITNLALNCDERLLPILANAYDVSIDGLETKEARKLISKALLLDRYNGTTWAIKEALRAVFPTAVVKEWFNYGGKPYFFKVKVSTTNVSFDERTLNTLERLIYDFKNVRSVLEAIEIEIKSKNDSFNANAQISGETIEILPFQTTFLENEIKSTKNVFGIFMCEITRTNIDFKGVY >CP012211|1413203:1444438|1440520_1440952_-|AXL32779.1|DBSCAN-SWA MQLSYYCFKDRKKRKMPLDTPLNTKNFKLKDKLGLNIKEQIEICNKYGITHKLYVKRKEKGWSLKEILETPKGDKRFKYIIIDDIRRNKQAVSLNSHSKFGRNVLHLGNMSKKANLHFKYSKLDHLALQNNLYQDKNGVIKAY >CP012211|1413203:1444438|1414517_1414805_+|AXL32738.1|DBSCAN-SWA MSKVIVDIKKGFSKTFINAICNHNNELVLEYLKNGMSATKECMGEEPMFYAITHNNFGAILLLLKYGAILDKEYLEESNKDFSKEALKFLSSLLK >CP012211|1413203:1444438|1416897_1417272_-|AXL32742.1|tail|DBSCAN-SWA MIFCLGEFEFEALNVDELEKNYEYGIRSIERINNHNALISVAKANESIKISGKTLPLSKDKNTYLDTLKQMASQNKSYAMCSASGVYFGKFAILSISEKQSAFLEGSGFLTQNFELNLQRDFDE >CP012211|1413203:1444438|1434163_1435546_+|AXL32767.1|DBSCAN-SWA MRILNKTARKSVASSVDFDSIIAALNSENFSELISIYDYFKRFDPQIASEVMKRRFKMCSFPMFITCKDETQRIFLQNYISKSDFRKFVFEMSAAVVYGFAAFLLEWKVKDLNVFPKLKYISPRFFSMDDKERLFIYNESKKLFVDECDDIFLHLHPSDSGSFIEQSLFYNVVSIAVLKQLAMSKNISYLDNLSVPPIIAKTTNANSDKEIEELLMQLSNLRSASVGIFNKDDMVELLNSGLSTSTFTDFLRYCDEAISKLISGQVLAGNAVQNGTQALGNVHEEVRLNVGEMDTLFLSKSIQKLLEQILKLNFAKPAEFEFVFDTNKEVDEQYLAGVYSTISSMGYEIPAEFLAKTFRIEGLKKKEVSTENYAFNSLMLEKNNRLSKDKIELNSSAEDEISDEIYEKIKAFWEECQSYEELEERIFKEYPNISFEKLKESLDKKIALASMQALLDTGNE >CP012211|1413203:1444438|1430167_1430437_+|AXL32760.1|DBSCAN-SWA MDNIVSANKLRNQNAILNPKENDDQKALFLKEKQEFEKEKALFLKEKQEFEKEKALFLKEKQKTLEENEETIINESLKNKETKKGKQDK >CP012211|1413203:1444438|1427016_1427649_-|AXL32756.1|plate|DBSCAN-SWA MNELGIICDIKEGKAKVAIGDMVTDFLSVFQSLANSYAVSFSPLRIGEQVLVIPVRGDLNSGVILRGLYQEKHRAKNTDENTFNIDFEDGTHLEYNSKSSTLKLDVVKDINITCVDKTTHNQNNTLNTKNHTTNANTITLNAPSINLNGNTQIAGAISTSGEGGASGTFSIKGNLNLIGNLQVSGNISDSKGDLTNHTHSCTCGATASPR >CP012211|1413203:1444438|1437276_1437468_-|AXL32770.1|DBSCAN-SWA MICPRCTNEKTKVLKTIKSDTNERFRRCLKCGYTFMSIELIKVDNWAKYYIKETQKGLFDEAL >CP012211|1413203:1444438|1422703_1423090_-|AXL32749.1|DBSCAN-SWA MTKTELKRVCVKPYDKDRFEVISDYAFSLPNYKGIVPQGFKTDGASIPRLFWSLFPPFKSEYFSACVVHDFLCEKANSRTDYRTADLALKEAMTLLGCSKFKIFVFYHSCNLYHAIKCVFKSIKKELK >CP012211|1413203:1444438|1439427_1439913_-|AXL32776.1|DBSCAN-SWA MQINSFEDVNLALKKVAELSVKIEKINGEVTLACNEIKEARAGEIKVLSDELGYIEQCITTFCENNKHEFAEKRSKEFTFGKIGYRLSKSVSLPRVKEKLENLIKAFKSYNLNECIIYKEELNKDAIVELDDTTLVKLGLKRVVKDNFRIEPKIESLEIQN >CP012211|1413203:1444438|1427645_1428110_-|AXL32757.1|DBSCAN-SWA MSKKELAKSLFIQGKSIKDICVLTGLSRQGIYCMKKDDFSKGIDWESLKLAALRDEKDLENKEAMFLNALIGEFERFLESASKNELDIDTLEALNKYAKTYWTIKAPQKVDVKALNLQTCKKTIDSIIELASTNEIVCEWLSDNSDLIISKVLK >CP012211|1413203:1444438|1437944_1438124_-|AXL32772.1|DBSCAN-SWA MSKRNGALRAFKTLLKDVLNDENGFYKHKNGKVNIAKLSRVSGLSRSFLKKELYIRGLL >CP012211|1413203:1444438|1442323_1444438_-|AXL32783.1|integrase|DBSCAN-SWA MWINANIFCDNNSIGLRNLQKKSKKAIESNEKILHIDTKIFSYRYTQGKGHGGKTLQIWSKPLSKEEAKLVEQGFNIEDISNTTITPKTTQEFLSKALNDDVLLKNSKALQVQNTNKTKLSENQIQINKDSLSLFAKASSKKQNLALQKAAVVKEWLHAKGKISTNDFINYINAKKIYEFKLTQNKLFAWQKEYLANGLDALIDKRENKKDDAISALGIKELFINTLLAQKGRLNASNIHRVLNYELAKNGKLDLKDFLGKKDEFISYECVLRSMKKYLKENKLIKNIILHGEDGAISRHLPALGVSNWKVSTINEIVEIDASPLDAICKVDFINETYGLKGDECSWHKRYTIISLIDTYSGVASFYLGFSEDSLSIARAIAKYISTYGVPKCIHSDNGKAFLSKNVKALLERLNIDYKAMPAYSGWSKPYVENKFKDLQNSLTANLVGYIGSNVKERQAIEFFYSKKERRLKKGYKTNQRRLKTLEYMRECIDDYSAYFMNNKWLDRLGATPKESFEAKIEDAITIDELSLSMYLGGELKLRKVLNKGLSLNGTLFYNPKLYTHEEVFVCENLNNQNEIFCFDKQKELICVANNLDLELGVSIEEAKVARKLVNRAIKANKDKIDEQRMILEKNMEKYLALGKEKLEKVKSPKTKASNNAKKELEFSKALVSNGDFEHLSTKVIKDTKCKIPKWENAAKKAGY >CP012211|1413203:1444438|1441377_1442235_-|AXL32782.1|bacteriocin|DBSCAN-SWA 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>CP012211|1413203:1444438|1430783_1431149_+|AXL32761.1|DBSCAN-SWA MTLDSVSKDLLKHFNAIGIANYEDVKQGGLYLMLESLTSINHHKDSVNFSLIFSSHTFNKDKDSLIKKIDELRLKLFEFDTSKKLLSSIESGFISSSLFAYRLKFNIEIFSKPEGEEENEK >CP012211|1413203:1444438|1413913_1414234_+|AXL32736.1|DBSCAN-SWA MKDIKNYTDKELKEKIIQDLESEFRILYKKLLKEKDYLARDNILELMTIYNMGINSYSIAKRFEMNEDKSLIQVPLFERYIIGRKFVVKYNDEKQRYELKSTFCEF >CP012211|1413203:1444438|1435538_1436672_+|AXL32768.1|DBSCAN-SWA MSNIFNKSVDEAYSYLENKGLKISFKYHEIKKQAHDRAFSAAGIMKTDVLNDLHEELKKAMKEGRNFNEFKNNLKELLTSKGWYGKKEITNPKTGEKRTININANRLKTIYHTNMQSAYAKARAKQLSTYSYKTYWVYKCALLEDSRSEHKKMHNCAIHRDDPFWKTSFPPNDYNCKCKVIAVSEKEARAKYKILENPKSIASKNFAYDKRENSQIPKETRISLDESLENLPKIQNYENLSDKELIDKVYEAFNVKKGDLLVDKIGDVISLDDDFFYDKKKQTTKIKKQNRHFYLDYFPKLINDPDEIRLSMDADPRFKGFTKKTYIKYFYDNGVKALVMVLNQKGNQINNKTMFLSEDNSYFKEILNQGKTIYKKQ >CP012211|1413203:1444438|1425366_1426533_-|AXL32753.1|plate|DBSCAN-SWA MSELLSANDSYFKQSFLKDIPYPQIIEEQDYEKLLKAYEELFKSFLKDNVELLESDPFKAILEALAYREMIIRARINESIKATYLHYAKGSDLDNVVANGYLIQRLKGVKPTAKVEFELNTLLTYDVIIPKGAIFSNEKADLATLKEEVIIKKGQNKAQGILELDEFIQSKESKTEFLQTPLPFVAKIKQLEFFKGGASEEGDEALRERAVMSVHRFSTAGSEKGYIYHALSASAKVASIKALNNGAGKVRVIIKSEDELSVDVVKEYLSADERRPLTDEVSVELAKKREFIVDAKLLLLELSRANEISEKINALQKDFDLSVDLALGFIYKCLHQDGVYKSEILSIKEKIINEEEQELKDLPLENIIIADDEFATLSFSLSYEKAVL >CP012211|1413203:1444438|1426816_1427008_-|AXL32755.1|DBSCAN-SWA MKELFLLLFSLVFFMLFCMGAFYAFLNLNFFIKSIFIGFFIAFMFLGFSQILENIFEFYKGLK >CP012211|1413203:1444438|1416713_1416905_-|AXL32741.1|tail|DBSCAN-SWA MSEIYIAKNNERLDSVVYRHYGTLLYFDQVLLANPKLEPLLKTGDKVILPNIEIQENKEETLW >CP012211|1413203:1444438|1428240_1429281_+|AXL32758.1|DBSCAN-SWA 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MKLEDIFVYMVLMIVSFIAGLVGIVTKNKLSKALNLKGKFTLFLKGMLGSMFVAYLVFEIVNYLNFGIKLSVAVGGFAAYMGTDALLKIEQLVEKLINKKLDKL >CP012211|1413203:1444438|1426529_1426820_-|AXL32754.1|plate|DBSCAN-SWA MNYLVSIEESIKDILITSLGSRVMRPEYGSLLYTLIDRKIDDDFKIKLTRYTAEAISKWEKRVKLKGVRLNECKDNKLSITLLFENYGDLTMELGK >CP012211|1413203:1444438|1431138_1431528_+|AXL32762.1|DBSCAN-SWA MKNNPYFKESEFKCKCGKCELPQNVPSDELIDILCEIKEHYNAPIIINSGYRCKEHNAEIGGAPKSQHTIGSAADFVVKGVKTEEVHQYVLNTYGERGLGIAIKHNFNDPYAGFVHLDTRGKKARWTYP >CP012211|1413203:1444438|1439083_1439356_-|AXL32775.1|DBSCAN-SWA MYVNVSIDASDLEDFYAHDLAELFEDLSTKEQEEFFGIIHKDIKPLERIRAILSNLSNDEVLKLLKELNNEFKSDEEWQKTIKSINGDNK >CP012211|1413203:1444438|1441189_1441381_-|AXL32781.1|DBSCAN-SWA MSFEEIAKELNLSVTRVHQIYTEALRKLKSPKNKDKWMAIFETIDLIKKEKVKKENLIQGEKK >CP012211|1413203:1444438|1439899_1440112_-|AXL32777.1|DBSCAN-SWA MTSQCGKATFCDKELHSLNPPEGSATLREKKGLRIVKKRAKHAVLLRYGVILWDYQINKFNLKGDLNANK >CP012211|1413203:1444438|1421699_1422707_-|AXL32748.1|DBSCAN-SWA MKDYGISFIPDINQGSKEPSEPIVSDKLNAQKVNELIDKKLKLFKEELINKEELKSLIEEILQDQNFQNTNIKISKTPPNYNTQAKVGEIWAVVESKKQLFICTANDNDFTSWVDLLGDGSNDIAPKEKIIITFDNTTTGGQYGGCMSDLRLGFENGFATPNKVQDEYENAKFTMTKDGNGLNRSDFTIDSNPTPTDNQIVGTIKTSGIYQETYHKIAHVFKKYNGGADECCLWSSSGSREVSIELENTPMPNKLFARGNGYYGQTEITNVRVKKSIFIGEQEIQSEDFNVEKLEASSDTYGDYAFLFEISKQDQIVMKKELNLNPKKTKKYKKM |
50 | Campylobacter_phage(52.0%) | integrase,plate,bacteriocin,tail,head | attL 1433090:1433107|attR 1444604:1444621 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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