Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
---|---|---|---|---|---|---|---|
LR134322 | Lactobacillus rhamnosus strain NCTC13710 genome assembly, chromosome: 1 | 1 crisprs | DinG,WYL,DEDDh,csa3,c2c9_V-U4,cas3,cas14j | 0 | 0 | 2 | 0 |
CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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LR134322_1 | 968869-969014 | Orphan |
NA
Consensus repeat of LR134322_1
|
1 spacers
spacers of LR134322_1
>1.1|968912|60|LR134322|CRISPRCasFinder CGCAGACTTCTGCGCTGGGGAGCGCGTTATGGGCGTAAACCAGAATATAAGCGGCCTTAA |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around LR134322_1
The CRISPR arrays of LR134322_1 >merge|LR134322|1|968869-969014|CRISPRCasFinder GCGTGATGGCCGGTCTTTGGCCATTGCGCCCAAGGTCCTTACACGCAGACTTCTGCGCTGGGGAGCGCGTTATGGGCGTAAACCAGAATATAAGCGGCCTTAAGCGTGATGACCGGTCTTTGGCCATTGCGCCCAAGGTCCTTACA >LR134322|1|1|968869-969014|CRISPRCasFinder GCGTGATGGCCGGTCTTTGGCCATTGCGCCCAAGGTCCTTACA CGCAGACTTCTGCGCTGGGGAGCGCGTTATGGGCGTAAACCAGAATATAAGCGGCCTTAA GCGTGATGACCGGTCTTTGGCCATTGCGCCCAAGGTCCTTACA
>LR134322.1|VEF29101.1|968226_968766_+|acid-resistance-membrane-protein MLNRKSFGFDWGQFITGILFLIAAFVVLRYPLATLKTVTFIFAVVAIIRGIAILAGYSTLRQFTGKLAWISLLMGIFDLVIGLVFLLNAGFGMATITMMFAIWFLVDSVGSLFNVGHLRIAGTGWFILYLILDILAVIVSLMLFMQPVVAAVTLVTLLAMFFVLFGIECIVIAFARRNI >LR134322.1|VEF29100.1|965130_968025_+|excinuclease-ABC-subunit-A MANDKIVIHGARAHNLKNIDVTIPRNKLVVMTGLSGSGKSSLAFDTLYAEGQRRYVESLSAYARQFLGQMEKPDVDSIDGLSPAISIDQKTTSKNPRSTVGTVTEINDYLRLLWARVGHPICPNDGTPITSQSVEQMVDRVLALPEKSRIQILSPIVRRKKGSHKKVFAKIMREGYVRMRVDGEVMDATADYELDKNKAHDIDIVIDRIVVKPEARSRLFDSFEAALRLSEGYANVDVIGGDTLRFSEHFACPICGFTIGEMEPRLFSFNAPFGACPECDGLGVKLTVDMDLVVPDPSMTLAQGAIAPWNPISSQYYPELLAQAATAFKVRMDVPFKKLTKRERNVVLNGSDGKPFHFHYENDFGGVRDVDVPFEGVLTNISRRYAETNSDFTRQQMRGYMTALPCPVCHGKRLNRQALAVKISGRDIAEVSDLAIKDALPFFKQVHLSEAETVIAQPIVKEVVDRLTFLVNVGLGYLTLSRSAGTLSGGEAQRIRLATQIGSNLSGVMYVLDEPSIGLHQRDNDRLIASLKKMRDLGNTLIVVEHDEDTMRAADYLIDVGPGAGEHGGRIMASGTPKQVARVRKSITGQYLSGRKFIPVPLKRRPGNGKVIRLEGASDHNLKHINVDFPLGKFIVVSGVSGSGKSTLVNSILRRALAQKLNHNSEKPGPYDKILGYKNIEKLINIDQSPIGRTPRSNPATYTSVFDDIRGLFAETNEAKLRGYKKGRFSFNIKGGRCENCKGDGIIKIEMNFLPDVYVPCEVCHGKRYNSETLEVTYKGKNIAEVLDMTVEEATAFFKNIPKIRRKLQTIVDVGLGYVKLGQSATTLSGGEAQRMKLASELQKLSTGKNFYILDEPTTGLHTDDIKRLLEVLERLVDEGNTVLVIEHNLDVVKTADWVIDLGPEGGDGGGQVIATGTPEEVAEVADSYTGQYLKPVLIRDTKRTKEAAAGSSKQAKATKTSTK >LR134322.1|VEF29099.1|962934_964950_+|excinuclease-ABC-subunit-B MIERIADRKFDLVSPYKPAGDQPQAIAKLTKGFEEGKKAQILLGATGTGKTFTMSNIIANLNKPTLILSHNKTLAGQLYGEFKEFFPHNAVEYFVSYYDYYQPEAYVPSTDTYIEKDSAINDEIDKLRHSATSALLERNDVIVVASVSSIFGLGDPHEYKNHVLSLRTGMTIDRNTLLRQLVDIQFDRNDIDFQRGRFRVRGDVVEIFPASRDDHAIRVEFFGDEIDRITEVDALTGEVIGTRDHVAIFPATHFMTSDEQMERAIKSISAELEDRLKVLRGENKLLEAQRLEQRTNYDIEMMREMGFTSGIENYSRHMDGRKPGEPPYTLLDFFPKDFTIMVDESHVTMPQVKGMYNGDRARKQMLINYGFRLPSALDNRPLKIDEFEKHVKRILYVSATPGPYELSRVPKEDIAEQIIRPTGLLDPKIEVRPVMGQIDDLVGEINKRIDAHERVFITTLTKKMAEDLTDYLKDMGIKVRYLHSDIKTLERTQIIRDLRLGKFDVLIGINLLREGIDVPEVSLIAILDADKEGFLRAERSLIQTIGRASRNEHGKVIMYADKVTDSMKAAIDETRRRRAIQEKFNEEHHIQPKTIIKPIRAAISTYEQSDDEKADAKKTFAEVDYEDMSKADKKELVANLRSQMQAAAKKLDFEQAASLRDTILELQADMS >LR134322.1|VEF29098.1|961894_962542_+|HD-superfamily-hydrolase MGMHQFIQGLSNLETLRRAPGFFKYQEHSVAAHSFKVAEIAQMLGDVEELAGNKVNWQMLYEKSLNHDYTERFIGDIKTPVKYATPTLRQMLADVEATMTENFIKNEIPHDFQDRYRRRLSEGKDETLEGQILSVADKIDLLYEGFGEIEKGNPEQVFLDIYSESLSTILQFKNRPSVRYFLDEVLPDMLDEKFASRDQLAKLTKETMAEHETGK >LR134322.1|VEF29097.1|959841_961308_+|FtsX-like-permease-family MLAFPAFLIGIGMGIGGLAVAFHILNQRFIVQGNTFRLFLVIDWWPIFLGAIFMFLVTLVAAWRPAHRAASVSPIAAVQMLPESVKISRRSRRLSPIERLLRSPTAKLAYKQYRRLGWSKLTMIATLSLSLMIFIGLTGFFRSVLTLNNETFTQQADVTIASTAAVDAIPWTFEPSEDAGIKQATVTGTKQMQLAHAPKAFGDKINIIVVSDRLFQTAFQNQPTVLTSSQLVVNSKTGQREQRWQLPRDFSGTLQLINRRGEKQFTQSIRVVTKTTAALGKWQFGDQSGLVLSRDRYLKLLKALAINDRELDYSIQTQLTQAKFHDSVAKILRKMVPQGALNDQIANRAQESSFGLAIQVMVYGFLTLLTLVSLANIVNHIFANLLQRRRSLAMLQSVGMTPRQITSMIGLENGFLFGTSLVIGSILGTGLTWLLYRVANTGIAFNYRVPWQEILIAGGMLMLIWAVFTGVSHQILKHQDLDQLIWLS >LR134322.1|VEF29096.1|958938_959835_+|FtsX-like-permease-family MMGIVGHLTKEQLLGQKARTVTTILAMAVAATLTLATLIGIYSARHSMYQKNIQSTGGMQFAISQLDRQTAKAIGKDSAIAKSVVYQRQGTVDIKEPGVAKTMASPLLTLPKAAMQRLVKPVVLAGRLPKQPNEAILAQDLVTKQYRIGQIIQSRQQGKNIQLRIVGSYRGYAGLLPPDGVLTLGTVTGSKDYTVAAAFRDYSNFYGKLHALTSQHRVHSRQLAINNMALERAGESRDVKLRVMFALLVVVILSVIGFVSLALIYTSINLSVRSQTQRYGLLRSIGATPKQLRRLVYS >LR134322.1|VEF29095.1|958271_958937_+|ABC-transporter-family-protein MAILTARQLTKQYAGEAHPALDHANLTIEQGEFVAIVGPSGSGKSTLLHLLGGIDQPTSGEVRLYDTDIYALNQTQLAIFRRRQVGLIYQFYNLIPNLTVAENITLPADLDGRSIKEAVLTEMLTTLGLVEKASALPNQLSGGQQQRVAIGRALINHPAVILADEPTGNLDRRNSQDVMTLLRQANIKQGQTLVVITHDPDIASQADRIVRIDDGVVSGGR >LR134322.1|VEF29094.1|957161_958172_+|histidine-kinase-,-DNA-gyrase-B-,-and-HSP90-like-ATPase-family-protein MVKHAYWTMPETRQVFQLTAILIGILWTVLLLTSITVPDMRIWLVLVGGLATGISVWLTWCWARKFSYHFDQALLQLDMTKETEDNYLIDRNDEGLFSDFNNRLYHYARQMQAEREAIKRDRDHLNEAITDIAHQLRTPLAANSNLLEMMTESNWKTTRLALQAQQQHQAQLIEQLILLAKVDTHTLSQRREIVVLTDLGKAALSPFLRQIADKEITVDWQVPPALTINVNSVLVKEAFANVFKNAVAHTPVGGRMSVRGIGDPVRTRLMIMNTGQPIAAQDLPHLFERFYRGQYATANNVGIGLAIAAGITTANDGRLTAANTANGVQMTFEFFR >LR134322.1|VEF29093.1|956521_957169_+|transcriptional-regulatory,-C-terminal-family-protein MTYLIIEDEPALGKTLQTYFSRDEEVWLAATLAKATTIVKTEHPALIILDLGMPDGDGLAWLKRWRAYLTAKVIVLTANDDESTTIAGLDLADDYVVKPVSLKVLKARIAKQLPGESQQFGAVALNLRTGQVTKNGKPVRLTSAEQRLLAYFFVNPNQILTREQLLAALWDTREQFVADNTLTVTIKRLREKLEDDPAKPTLIRTVRGMGYFIDG >LR134322.1|VEF29092.1|954531_956259_+|phosphoglucomutase MSYRDTYQQWVDEPTLDPELKTDLKKMADDETTKEEAFAEPMAFGTAGMRGVLGAGIGRMNIYTVRQATEGLARFMDTLTDETKARGVAISYDSRYMSQEFAYQSAGVLGAHGIKSYVFDQLRPTPELSFAVRHLKTYAGIMITASHNPKQYNGYKIYGPDGGQMPPEESDKITKYARSADDLFAIKALNVHELRAKDLMQPIGEDVDEAYYAEVATVTINHDLIKTVGKNMSLVYSPLHGTGRIPAQMVLRNAGFENFRLVAKQSVADPEFATTPFPNPEFAQVFDLPIELGKKIGADVLIATDPDADRLGTAVKVGDHYQLLTGNQIASVLLHYILEARKQAGTLPKNGAVVKSIVSTELATAIAKDYGVDMINVLTGFKFIGDQIKHFQATGEHEFLFGFEESYGYLIKPFVRDKDAIQSTVLLAEVAAYYQSQGKTLWDGVQELYKKYGYYAEKTVGVDFEGVDGPKQMANLMTKFREEQPDDFAGVKIAKVEDFLSQEAKSADGTVEKLTMPSSNVLKYILADGTWIAIRPSGTEPKVKFYVGTKADTDAKAQEKLDAFEKALDAFRKEA >LR134322.1|VEF29102.1|969162_970050_+|putative-P-loop-containing-kinase MTESLDLVIITGMSGAGKTVAMQAFEDLGYFCVDNMPPALLPKFWELVKESGKISKVALVVDLRSRAFYDQIIDMLANLDNNAYVHSRILFLDATDEELVSRYKETRRSHPLAMEGRLMDGIKKERVLLTELRNRAQVVIDTTTLSPRQLREKIFLNFKENNSQPAFHIEVMSFGFKYGLPIDADIVMDVRFLPNPFYIKAYRPKTGLDPDVYDYVMDNEDAESFYNKFYALLAEIMPKYKAEGKTSVTIAIGCTGGQHRSVAFAERIGKAFSDAYAVDITHRDIKKHKETVNRS >LR134322.1|VEF29103.1|970046_971075_+|Uncharacterized-UPF0052-family-protein MSRETKFIRVIRGRRPKVVVIGGGTGLPVILHSLHEQDADVTAIVTVADDGGSSGTIRNYINVVPPGDIRNVLVALSELPSLYLDIFQYRFNTTDAFFAGHAIGNLIIAALSEMKGGIFPAVQQLSEMMQVDGHVYPASNTPLTLNAEFTDGTKLSGEAEITAAGKNIKHISVSETDPANGEPKAVQEVIDAIMDADVVVLGPGSLFTSILPNLMIGNLGDAVKKTKAEVIYIVNIMTQKGETQNFTDADHVRVLNEQMGENFVDTVLVNIEPVPDNYLDHQKYNEILTPVKHNYQGLRDMGCRVISEDFLKLRDRGVFHDGDKVAKEILNLAFQVSAKTRR >LR134322.1|VEF29104.1|971079_972027_+|Sporulation-transcription-regulator-WhiA MASFASIVKKELTQLEVHPEHAKAELSALIRMNGSLTLMAHRFVLNIQTENPAIARRIYSLIRQVYHHEANLVVHRKMKLKKNYQYIVRLTEGVNDILSDLAILDPTTMAISTTVPASVLKEPQRMRSYLRGAFLASGSVNNPETSRYHLEIYSLYADHNAGILKMMNHFHLNARTVERRSGYIVYLKEAEKIADFLQVIGATNAMLKFEDIRIVRDMRNSVNRLVNCETANMNKTIDAAQKQIENINYLKDHVGLDNLPTKLREIAVLRLAHPDVSLQELGAMVPGGTISKSGVNHRLRKLNQIAEGYQQPEDA >LR134322.1|VEF29105.1|972317_972566_+|transcriptional-regulator MVKPITLDEQLCFAIYKAQKQYNHFYAQALAPFKLTYPQYITLLSLYEHGTMSVKQVGQTLELDSGTLTPLMKRLDQSQTLN >LR134322.1|VEF29106.1|972585_972759_+|transcriptional-regulator MSLTKKALDARDQIFEHVGSCMKLMNLPQSEYDHIKSEVARVDEHLSAIADNAYPEA >LR134322.1|VEF29107.1|972878_973469_+|ATP-dependent-Clp-protease-proteolytic-subunit MLVPTVVEQTSRGERAYDIYSRLLKDRIIMLSGEVNDQMANSVIAQLLFLDAQDSEKDIYLYINSPGGVITSGLAMLDTMNFIKSDVQTIAIGMAASMASVLLAGGTKGKRFALPNSTILIHQPSGGAQGQQTEIEIAAEEILKTRKKMNQILADATGQTVEQIKKDTERDHYMSAQEAKDYGLIDDILVNKNNQK >LR134322.1|VEF29108.1|974664_975702_+|central-glycolytic-genes-regulator MHTELAWLKAIAPDLMGVVTKRYQVLQFINWMAPVGRRTLAEQMKISERALRTETDFLRGQGLLESSKSGMVLTAKGLETFHGLDHLMNQLLGIKDDEKRLATHLEIDHCLVVSGDADQSSRVLDELGKTLNSTLQLLLPPGHLTIAVMGGTTMAHLASQLTFQLSAGRELSFVPARGGLGEAVTIQANSIAAAMAEATDSKYRALYVPENLSSESYESLIKEPSVKEVLTLIDKAQVVIHSVGDALVMAKRRGMSPDTIRMLKAKHAVAEAFGVFYDAEGKVVYKIPQIGLQLADLDHIPYVFAVAAGKSKAKAIAAYMQHAPSRTWLLTDVGATNSILTGATR >LR134322.1|VEF29109.1|975738_976761_+|glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase MTVKIGINGFGRIGRLAFRRIYELGAKSNDIQVVAINDLTSPTMLAHLLKYDSTHGTFPGEVSATDNGIVVDGKEYRVYAEPQAQNIPWVKNDGVDYVLECTGFYTSAEKSQAHLDAGAKRVLISAPAGKIKTIVYNVNDDTLNADDKIVSAGSCTTNCLAPMAYFLNQEFGIEVGTMTTVHAYTSTQMLLDGPVRGGNLRAARSAAANTIPHSTGAAKAIGLVIPELNGKLQGHAQRVSVVDGSLTELVSILKTKNVTADQVNEAIKKHTENNPSFGWNEDEIVSSDVIGTTYGSIFDPTQTEVTTAGDYQLVKTVAWYDNEYGFTCQMIRTLLKFATL >LR134322.1|VEF29110.1|976943_978134_+|phosphoglycerate-kinase MAKLIVSDLDVKDKKVLIRVDFNVPIKDGVIGDDNRIVAALPTIQYVIDHGGKAILLSHLGRVKTEEDKAKLTLKPVAERLSELLKKPVTFVPATRGKELEDAIAKLNDGDVLLMENTRFEDLDGKKESGNDPELGKYWASLGDLFVNDAFGTAHRKHASNVGIASNMKQTAAGFLMEKEIKFLGDAVDNPKHPFIAILGGAKVSDKIGVIENLVPKADKILIGGGMTYTFYAAKGMSIGNSLVEKDKIDLAKKIMDQAGDKLLLPVDSVVAPEFSNDAPHKVVEGDIPDGYMALDIGPKTIQEFKDALKGAKTVVWNGPMGVFEMSNYAEGTLEVGRALGDLKDATTIIGGGDSTAAAKQLGIAPKITHISTGGGASLEYLEGKTLPGIAAISDK >LR134322.1|VEF29111.1|978211_978967_+|triosephosphate-isomerase MRTPFIAGNWKMNKNPKETQAFLDAVKGKLPDASKVETVIGAPAIDLTTLVAGAEGTPLKTAAENCYFEDEGAFTGETSPKALKEMGVDYVIIGHSERRGYFHETDEDINKKAKAIFKNNLLPIICCGESLAQREAGQTEDWVASQIEAALAGLSADQVKVSVLAYEPIWAIGTGKTATADQAQEVVAHIRATVEKLYNKDTADAVRILYGGSVKPANVKELMAKPDIDGGLVGGASMDPDSFIALANYQD |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
837461 : 891495
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >LR134322|837461:891495|DBSCAN-SWA 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65 | Lactobacillus_phage(86.67%) | terminase,portal,tRNA,integrase,head,transposase,tail | attL 817058:817117|attR 880591:880666 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
1046947 : 1059518
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >LR134322|1046947:1059518|DBSCAN-SWA 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18 | uncultured_Caudovirales_phage(28.57%) | terminase,portal,integrase,head,protease,tail | attL 1040463:1040476|attR 1049169:1049182 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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