Overview of predicted results
Overview of the results
| Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| LR134500 | Campylobacter jejuni strain NCTC13261 genome assembly, chromosome: 1 | 0 crisprs | DEDDh,WYL,cas14j,cas2,cas1,cas9,csa3 | 0 | 0 | 2 | 0 |
1. LR134500
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0
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| DBSCAN-SWA_1 |
893870 : 907611
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >LR134500|893870:907611|DBSCAN-SWA AATGAATATAAGAGAATTTTTATTAGAAAAACCACAAGAAAATAACATTATTTCATTTTTGCAAGATGGAGCAAGTCAAAGTGAAAATCAAAATACAAGTGAATATTTATCAAATTTAAAAAATGAAGTAATAAATGATTTTTATAAAAATAAAGATAAATATGCTAAAGAATATGAAAAATATAATTTCAAAGACCAAAATTTAACAAATCCTATGGGCAATATTAGTGAATATAAAAGGGATTTATATGATTATAATAAAAATCCATCCATGAATGCTGATGATTTAAGTAATTATATTTTAGATAAGCAATCTAAATTTAATGCTTCTAAACCTATTTTTGCTGATGATAATGAAGTAGCAAGAAAAAGTAATCAGTTTATGAGAGATTTAGGCGATGAGTTGCAAAAATCAGGGCGTGGAAGATTATTGCAAGATGATGATGGATCTTATTGGGTGCAAGATAATAACGGAAATTATTCTAAAGTGCAAGGTAGCACAATGGGTGATTTATATCGTGGATTAAGAGATAATGGTGCTAGTATGGCTTTAGGAACAGCAGGTGCAATTGGCGGTACAATGCTAGGCGGCGGAGTTGGTATGGTTGCAGGTGGTGCATTAGGTGCATCTTTAGGGGCAGGATATGATTACTACGGAAATACAAAAGATACAAATCAAGATATGAATTTAAAAGAGGCCATTATGCTTATGGGCGAAAATGCAGGACTTTCTTTAATAGGAGATGCGGCTTTTGCAGGAGTTGCCAAAGGAGCAAGAGCTTTAAAAAATACCTATAATATGGCAAAAACAGGTGCACAAGCTGGTAAAGATATGATAGATGGCATGGCTGTAAAAGGTGGTAATTTAGGTAATAGGGTTATAGATAAAATAAGTAAAACAGATATACCTGTGGTGGGTAAATTTACAGATGGTGGTTTGCAAAATGCAGAAACAATTTTTAATAATCTTACAAAAAATGTAGAGAATAAAAAACAAATAGATGAACTTATAGCAAAAGAAAATCCAACATACCTAGAAAATGGAAAACCTACAATAGAAATATTAAAAAACATTGTAGAGCAAGGACTTAATAAAAATAATCCACAATTTATACAAGATAGCGCTAAAAGGACAAGTGCTATTTTAAAAAATATTTCTAATAGTTTACAAGGAGTTCCTACTACACAAAGAAGAGAAGTATTATTAAAAGCAGCACAAGCTTATCCAGAAATAGGAAGTTTTTTAGATGATGTTTTAAAGGCTGATAAGGATGCTAGTATTTCTTTTTTAAATATGATTAAAGGACAAGATGAAGTATTTAAAAACAAAACAGGTTTAAATGGTGAGTTTGATTATAAGGCTTGGCAAAAAGATAATCACGCTTATGAGAATAGAATAAACCAAGAGTATGGCAGTGCTATAAGTAAATTAGATCAGCTTAATAATGGAAACATAGTATTAACTAGTGAAGATTTAGCAAAGCTTGAAAATTTTAAAAATAATAATTTTTTAGAGCAAGATGTAAAAAATAACATACAAAGCTATTTAGATGAAATAAAAGGAAAAGAAGTAAGTGCGGAGCAAATCTTTGGATTAAGAACAGCTATAAATAAGCAATTAAACACAGGAAACAAAACATATAATACAAAACAAGCTTATGGAATAGTAAAAGAAATTTTAGATGATGCGTTGATAAGAAATGCTAGCAATAAGGTATTAGCAAAAGAAATACTAGATAATGCAAATAAAAATTTTGCTTTAAAGGAAAATTTTAAAGAAAGTTATTTAGGCATGATGAAACCTCAAGAAACAAAAGAAGGGCTGACCGATAGATTGGTTAAAGGGCTTAGAAATATAAATGAAGATAAGAATTTAGAAAATGCTTTTAAAGGAATGAATGAACAAGAAAGATTAGCTAATGAAACTCATGTGATGAATTCTTTATTAGAAAAACATAGGATCGAAGGTGTGGGGTATGATTTTAAATCCTTAGCAAAAGATTTAGAAGATGTCAATTTTTCAAGCAAAAAAATAAAAGATGCTAAAGATGTTATTAATACATACGCTTTGATATATAACAATAATAGAGATTTGATAATGACAGCTTTAGCCAGTAGTGGTAAAAAGACAAACTCTTCAATAGCTACAACAATACATGGTGTTTTTGATAGAATATTAATAAGTGGTATTTTTGCTAGATTACACGCTTTAGCTCCTTTTATGAAAAGTGCAAAAGAACAAGCATTAAGAAATCAAATACTAGATGCTATAAAACTTGCTAAAACCAATAAAGAAGTTATATCTAATCTTAAAAACATAAAAATAGCAGATCAAGAACAAAGTAGAATTTTTAAAGATGCTTTGGATAATTATATTAAAGTAGATAAAGAACAAAATAAAATATTAAAAGATGCACTAATAAAAGAAGGTGTTATCAAAGGCGACAACTTCTTCATGGATAAGGCTGATCCTAAAGATAATTCTTTAAGATTTATAGGCAAAAATGACAAAGAGTATACTATAAATAAAGATGTTAGAAATGAATGGATGAAAACTTTCAATCTTAAAAATATCGACGATGAATATATCCCTAATATACCAAAAGAAGCAAAGATAGCTTTAAAAGATAGAGAAATAAAACTTACAAAAGGAAGTTTACTAAAGCTGATCGAAAAAGATAGAATTAAATACATACCACATATCAAAGAAACTTTAGAAAGCCCACAGGCAATCTTAAAAGATAAAGATGATTTTATTTTTATTAAAAATATAGATAATCAAACTTATTTTACAAGTATAGGCAAAGACTATGAAACGCACTTGACTATAATTAGCAATTCACCAAAGAAACAAAATAATATAAGAAATAAAATTAAGAATGCTGAGGTAGTGTATTATAATAATGCGAGAGCCTTACCGACATCTAGGGCATCTTCAGAGACAAATCAAGTGTCGTTCTCTGATAAACATTCTACCCAAGCTAAACATAAAGAAAGCTTAGAAAAATACAATAGAAATTTTTATTTAAAACATTATAAAGACTTTATAGATAAAAGCGAGAATAAAAAGATTTTTTTTAAATATAATTTTGGAGATTTTCTAGACATAAAAAAACTAGAAAAAAGTCTTGAAAAATATAAAGAAAGCAAACCTCAAGAAATCAAGTATAAAGAGTTAAAAAGAGGTTATATTTTAGATGATTTACTTAATGTAGATGAAGATGTAAGTTATGCGGTTGTCAATAAAGACGATTTAAAACCTTCTTTGACAAGAAGTTTATCGCAATTTAGAAATAAACATTCTAATTCCACAATTAGCGATATAAGAAATTCTTTTAATGAAAGGGAGCATTTTAAAGAAAGTTCAAATTTTGATGGAATACCAACCATAACTAAGGACGGACTTGTTATTGCTGGAAATCATAGAACCACCGCTATAAGAGATTTAAAAGGAGAAAACTTAGCAAGATATATCAAACAAGCTAAAAGGGTTTATGGAGAAGATGTATTTAAAGGTTTTGATGAAAATAAAGCTATGATAGTAAGAATTTTAGATAAAAATGATGATGATACAATTATAAGACTTTCAAAACTTTCAAATGATGGTAGATTGAGCGATGAGAGTGAAAAGCTTCAAGCTTTAGGAGCTAAATATAAAGAAAAACTTTTAAAAATAGAAAATTCAAAAATTAATACAGAAAAAGAACTAATGAATTTTTTAGGTTCAAGAGATATTTTAGAAAGTAAAAGAGCTTTGTTAGATCATTTAATGCCTAATATTAATGACGCTTTACTCTCGTGGGAAAGAAGAAGTGGGGGAGATACTGAATTTAGTAAAATACTTAATGATAATGCCTTAAATTTATTACATTTAAAACAAGCTCTTAATAAAAATAAAGTATTCAAAGATAATGGAAATAACTTTTTTTCTCTTTTTAAAAGAGCTATTGAAAGCATAAACCAAAGTAATGTTTATAAAAATAATAATGAGCTCTATGATATTATTAAAAAATATACAGAACCAAGTTTAAATTTTGAAAAAGAATTTATATCAAGCAATAAAGATTTACAAGCTGATATTTTAGGTTTTATTATTAAATACAATGACACTCTTACAAATCCTAGCGAAGCTTTTGGTAATAAGATTAAAAAAGCTATAGAATTTATTTATGATAATGATAGTTTTTCTTTGTTTAATAATATAAAACTAAGTAATTATGATGTTTTAAATCAAATGCTTAATATAAACATTACAAATAGTATAAAATATCAAGAACTTTTAAATAAAGCAATTGATAATTTGTCTGATGAAAAAAATATAATAAAAAAGTTAAATGAGAATATTAAAAATAAAAAAAGCGTAAAACAAAGACTTGATGAAAAAATACAAGATGATAAAAAAGCTAGAGAAGATATTCTAAAAAGATATGATAATTTTCTAAAAGAAAATAAAGACAATAAACTTGATTTTTTAGATAAGATGAATTTAAATACTATTGAATACAACCTAACTAGACAGATGATAGTCAATGCTAAAGAAAGCACAAATAAAGGGGTAAAAAAAGATATTCCAAGTGATTTAAGGGGTAAAATAGAAAAAGAATTAAACATACAACCTTTAAAAGAATTTGGCGAAAATTATACAGAATATTATCACGATGGAAAAGGTGCTTTACAAAAACTACTCATTGAAAAACAAGGACAGGTAGCAGGTGCTTTTCATAGAAAAGATTTAGGGGATATTGATTTGGTTTGGGGAGAGGTAACAGATAAGATAAAACATAAAGGTTATGGTTTAGCTCATATTATCGATAAGCATCCTGAGTTGGACTTGAAATTAATTAGCGATATTGTCGATAAGGGGAAATTAAATAACCAAAACAACATAAGATATAGAATAGAATATAAAAATTATATTATAGGTTTAAGCAGTGAATATAAAGGAAATAAAAGAACTTTTATAATTACAGCTTTTGAAAGATACAAAGGATAAAAACAAC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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1 >LR134500|893870:907611|903963_904599_+|VEI86573.1|DBSCAN-SWA MFYDLKNKSLKYDDIFLKDVKIQNEEGEIDAQDTYFLSACDDKLLKELGFAKVKEEEIPSFNEKIEELRQIQTYDEENNLYIISYEIKEKALEELKELKLEELKAIKEEKLLFMPFKNTIFQIDTEAKINISGKVSEIMLANLNNTPLENIAWIDKDNKITTFNKEEFLEFGVGIAKYTESIIFKNDELRNKVKNATSLEELNLIAWESEK >LR134500|893870:907611|907191_907611_+|VEI86583.1|DBSCAN-SWA MINLLFGNAKLYIALALMAILTGYFYLRLDSTKAKLEKSQSDLALALKVNENNQEKLKELNQIHKTELKALNEANNQKNQVQERVQYVKEYIYKSNENNITKLFNDVVDRLWDANSTSSNQNRNSKSKNSARTTNIKSS >LR134500|893870:907611|899241_900276_+|VEI86559.1|DBSCAN-SWA MALPSMGHTSPATENVKLKQSIYETIIKIGATETPILNKIGTSKVTNPLTHSWITDTFEEPKKNANLELSKFVGETKNTAQKTTNAIQIFITEAMVSKALLKANQYGGNEMEYQIGKKTKEHKMDMEYALFGLGRDSDVKKSVFKDYVQAQEAISGEMAGLFHYIAKGKDSFSDGKRGNVLAFDETGDWSGTATELTEDKLNQILQTIWNSGVTPKDVFLGADLKGAINKFATRILGNETKLAGQVVSLETDFGTVNFHMHRLLSPKYGLGDVLIAGDFEYIKHGLYIPTMIEDVSTDITAKAKRFYTQSTLEVRNADAFAIGVGLTSGNNAKAKAVLKAAKGA >LR134500|893870:907611|905342_906623_+|VEI86579.1|DBSCAN-SWA 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12 | Campylobacter_phage(80.0%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
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| DBSCAN-SWA_2 |
1383448 : 1397875
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >LR134500|1383448:1397875|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2 >LR134500|1383448:1397875|1390000_1390636_-|VEI87642.1|DBSCAN-SWA MKILSHRGYWKNKQEKNSIAAFDRSFLNLYGLEIDLRDVGGGIVVSHDMASENCLKLEDFFKLYKKYNTNLPLALNIKADGLQNLLKKLIEKYEITNYFIFDMSVPDALLYIDLNFNVFTRQSEYEKEPSFYDKACGVWMDEFYSHWIDKNIIKKHINNGKLICIVSPELHKREFKKEWKEYKQIEKDLQIQEQLMICTDYPDEARRFFNN >LR134500|1383448:1397875|1392596_1393202_-|VEI87650.1|DBSCAN-SWA MENLNSYIKEHFQESILVKEQILKDENLITLIKNASLEVIKAYRNGNKTLLAGNGGSAADAQHIAGEFVSRFYFDRPGIASIALTTDTSILTAIGNDYGYENLFARQVQAQGVKGDVFIGISTSGNSKNILKALDLCRQKGITSIGLSGASGGAMNELCDYCIKVPSTCTPRIQEAHILIGHIICAIVEEELFGKGFSCKQ >LR134500|1383448:1397875|1397329_1397875_-|VEI87660.1|DBSCAN-SWA MAIEFDIQESKILKGVYIITPNKFRDLRGEIWTAFTSEAVDKLLPNGLKFIHDKFIHSKHNVIRGIHGDVKTYKLATCVYGEVHQVVVDCRKDSPTYLKHERFIINQDNQKIILVPAGFGNAHYVSSETAVYYYKCAYLGEYMDAPDQFTYAWNDERIGIDWPTNSPILSERDILAMSRDK >LR134500|1383448:1397875|1383448_1384033_-|VEI87620.1|DBSCAN-SWA MIFSLPNMEKWLENKFTNCLNFEHTIFLSENILEFLLQKHKFKIIQKQYFKEHSIFYHVCKDESINTQNIVLKNEYEKNKKLFLDMKKYYQEKILYLNEILENTTKKVYLFGAHLFGQYLIFQGLNIKKIINILDNNPSKQEKRLYGTKFIVKSPKILKDQDNSLVILNAGVYNDEIEKDILENINNKVQIIRF >LR134500|1383448:1397875|1391940_1392609_-|VEI87648.1|DBSCAN-SWA MQAIILCGGLGTRLKSIIKDIPKPMAPINDKPFLEFIFEYLKKQGIKEVILAVSYKYEVMQEYFKDEFLGIKIKYSIEKEPLGTGGAIKEALKFIKNEAYVLNGDTFFDIDLSKLKLNRSKICLALKQMNDFDRYGTVNVNEQGFVISFEEKIFKNQGLINGGIYLLDKDIFKDFALQEKFSFEEFLQENYEKLKAKAHIFDDYFIDIGVPEDYRFFYNSQI >LR134500|1383448:1397875|1388437_1388662_-|VEI87634.1|DBSCAN-SWA MLKKLTEKYINAFNKKDIKEVANLLNENFVLEDPVVKRIEGKEECLKAIENIFKNCNKLSFSAKNIFQDKIQLL >LR134500|1383448:1397875|1390734_1390899_+|VEI87644.1|DBSCAN-SWA MHCPLCQSENNQKELFKTVNAFTSSGKLDKNPTQIKTTITTNDGGGGIVKETIL >LR134500|1383448:1397875|1388892_1389378_-|VEI87638.1|DBSCAN-SWA MLNIVAPIAGKSYFFDNEKDGFPKPFIEICGKTMLEHFVKNYENVKNKRFIFILKEEDVKRYHLDDAINVLTNNQSKIIILKNETQGMVCSVLMAIDEINLNDSLLIVNMDQIFEYDLNEVISELSLNDASVLSFESVHPRWAYVKCDENHCVLEAFEKNL >LR134500|1383448:1397875|1387995_1388325_-|VEI87632.1|DBSCAN-SWA MKNYKLDEMIRGWFVGNFDPSVFKTNDVEVGVKEYKKGDTEEKHHHKIATEITVIISGKVRMNDKIYSKGDIVMIYPGEATDFEALEDTTNVVVKLPGVNNDKYLGECQ >LR134500|1383448:1397875|1385300_1386824_-|VEI87626.1|DBSCAN-SWA MILITSAKYSFSDFTLEFGKIPPSFLPLGNKRLYEYQIELFKNFNQKFFLSLPSDFKLSKFDEKKLKELNIEILFVPNNLSLGESVVYCLNVCCAFDEKLYILHGDTFFKELVFKENSLQVAKVKENYDWAYLDNEFNILSKTLEDDLILAGAYSFSHPQFLIKCIVESSYSFVDGMKSYSKAYPFDIIKNDTWLDFGLITSYFHSKKAVSTQRNFNNIDISNGYIKKSSSWQEKIKAEINWFDNLPKKLFIYTPKVIAYEDSYEIEYLCNNTLAELYVFGKLPSYVWKRIFKSLKEFLDKLHSFKSNDKDINFNYKEKTLKRLQEFNKQSGIDLHKNIVINSKSYLSILTLVDKLDFYMNDMNEFSLIHGDFCFSNIMYDFRAGAIKTFDPRGFDFNGKITPYGDKKYDFAKLVHSVFGLYDFIIAGFFECKVNNDNIEFFIEEDKNILDIQKEFLNIFNIDDNIKALTLHLFLSMLPLHNDFKEKQMAFLANAFILYDKFFKESK >LR134500|1383448:1397875|1384572_1385304_-|VEI87624.1|DBSCAN-SWA 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>LR134500|1383448:1397875|1387273_1387999_-|VEI87630.1|DBSCAN-SWA MNIVIPMTGLGSRFAKAGFDKPKPFIDVLDKPMIVRVLENLKYKDARYILIARKEHLTKEKKLVDEIKNNFNVEFIPIDKLAEGTACTVLYARKYINNDMPLMIANSDQIVDINIADFINDSFKRGLDGSILTFIDKEKNPKWSFAKLNNDLVVEVKEKEAITEFATVGIYFFNKGKIFVESAIDMIIENDRVNNEFYTCPVYNYAIKSGAKIGIYNIDFSKMHGIGTPEDLEIFKAINKL >LR134500|1383448:1397875|1394284_1395223_-|VEI87654.1|DBSCAN-SWA MSKKVLITGGAGYIGSVLTPILLEKGYEVCVIDNLMFDQISLLSCSHNKNFTFINGDAMDENLIKQEVAKADIIIPLAALVGAPLCKRNPKLAKMINYEAVKMISDFASPSQIFIYPNTNSGYGIGEKDAMCTEESPLRPISEYGIDKVHAEQYLLDKGNCVTFRLATVFGISPRMRLDLLVNDFTYRAYKDKFIVLFEEHFRRNYIHVRDVVKGFIHGIENYDKMKGQAYNMGLSSANLTKRQLAETIKKYIPDFYIHSASIGEDPDKRDYLVSNAKLEATGWKPDNTLEDGIEELLRAFKMMKVNRFANV >LR134500|1383448:1397875|1391015_1391933_+|VEI87646.1|DBSCAN-SWA MSNNIKTIKDKCLKYINKNSTCLEVAPGSGDMVNALIRNVKFMYTVDPSLVSLEMENINNLKHIHGFFNFNILKDRLEHKIDFIIFRHLLEHINTPLDFLKDVAKLLENNGIVYIEVPNIEEFIEYRRFYEIFNDHCGYYQKNVLINTLQSLGCEFIDEIFLYREQHMGLFFRKNTNICDINKLNFKLFDKNIYTLFQENIRKLNNLLHDYKNIAIYGSGAHGNTIITFIDNPEKIKKCFDLDVRKQGMYLQNSSIIIQEPNIKNFKDLEAIIIAAPLYEKEIIRSLREKGYKEDIITTEKELKK >LR134500|1383448:1397875|1393189_1394209_-|VEI87652.1|DBSCAN-SWA MKTIRTQTPLRLGLAGGGTDINLYCDKYTGYVLNATISLYIHCTLIEREDGKIIFDSPDTNSYSEYESKEHLENDGKLDIFKSIYNRIVKDFTKKPLSFSLHTYSDVPSGSGLGGSSTLVVGVIKAFSEWLNLPLGEYEIAKLAYEIEREDLGIVGGAQDQYAATFGGFNFMEFYENKRVIVNPLRIKNWIASELEARTVLYFTNITREAKDIEEHKKGKLGDEKSLEAMHAIKQDAIKMKEALFKADFDTLAQILGKSWQSKKIISEIVSNDELERIYKLAIDNGAYSGKTSGAGAGGFMFFFVDPTKKYNLIKALNKEQGYVQDFSFTKEGVKSWRI |
21 | Synechococcus_phage(35.71%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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