CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_010793	Orientia tsutsugamushi str. Ikeda, complete genome	5 crisprs	RT,DEDDh	5	2	18	1

1. NC_010793

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_010793_1

• CRISPR_ID: NC_010793_1
• CRISPR_location: 124013-124107
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers
• Cas_protein_info: RT

Consensus repeat of NC_010793_1

Consensus_repeat	Method
CTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTA	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010793_1

>1.1|124036|49|NC_010793|CRISPRCasFinder
CCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTTAATCTCACCGAGCTTTATGC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010793_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010793_1

>merge|NC_010793|1|124013-124107|CRISPRCasFinder
AATCTTTTTTTGCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTTAATCTCACCGAGCTTTATGCCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTA

>NC_010793|1|1|124013-124107|CRISPRCasFinder
AATCTTTTTTTGCTTCAGCTTTA	CCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTTAATCTCACCGAGCTTTATGC
CTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010793.1|WP_012460855.1|128797_129937_+|reverse-transcriptase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|275209
NC_010793.1|WP_012460845.1|119301_122739_+|response-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|271357
NC_010793.1|WP_012460852.1|127586_127868_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_148141062.1|106159_108577_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012460832.1|105091_105421_+|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NC_010793.1|WP_012460849.1|125597_126092_-|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|214643
NC_010793.1|WP_012460851.1|127071_127545_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|223715
NC_010793.1|WP_012460858.1|132922_134014_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012460834.1|109257_110124_+|IS630-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NC_010793.1|WP_012460838.1|112273_113257_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|368098
NC_010793.1|WP_012460843.1|117945_118230_+|tetratricopeptide-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|276809
NC_010793.1|WP_012460848.1|124968_125556_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NC_010793.1|WP_012460842.1|117166_117622_+|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890
NC_010793.1|WP_012460856.1|131026_131971_-|TraU-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377717
NC_010793.1|WP_080503970.1|111217_112264_+|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NC_010793.1|WP_012460857.1|132008_132623_-|conjugative-transfer-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274276
NC_010793.1|WP_080946937.1|127996_128173_-|ATP-binding-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_050731378.1|126110_126578_-|sensor-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|236848
NC_010793.1|WP_080503896.1|113308_114412_-|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274285
NC_010793.1|WP_155367766.1|117705_117849_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NC_010793.1|WP_012460855.1|128797_129937_+|reverse-transcriptase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	4.8e-42	138.7	0.1

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010793.1|WP_012460855.1|128797_129937_+|reverse-transcriptase	gnl|CDD|275209	TIGR04416, hypothetical_protein, group II intron reverse transcriptase/maturase. Members of this protein family are multifunctional proteins encoded in most examples of bacterial group II introns. These group II introns are mobile selfish genetic elements, often with multiple highly identical copies per genome. Member proteins have an N-terminal reverse transcriptase (RNA-directed DNA polymerase) domain (pfam00078) followed by an RNA-binding maturase domain (pfam08388). Some members of this family may have an additional C-terminal DNA endonuclease domain that this model does not cover. A region of the group II intron ribozyme structure should be detectable nearby on the genome by Rfam model RF00029. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	6.31326e-86
NC_010793.1|WP_012460832.1|105091_105421_+|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	4.33485e-27
NC_010793.1|WP_012460845.1|119301_122739_+|response-regulator	gnl|CDD|271357	cd10322, SLC5sbd, Solute carrier 5 family, sodium/glucose transporters and related proteins; solute-binding domain. This family represents the solute-binding domain of SLC5 proteins (also called the sodium/glucose cotransporter family or solute sodium symporter family) that co-transport Na+ with sugars, amino acids, inorganic ions or vitamins. Family members include: the human glucose (SGLT1, 2, 4, 5), chiro-inositol (SGLT5), myo-inositol (SMIT), choline (CHT), iodide (NIS), multivitamin (SMVT), and monocarboxylate (SMCT) cotransporters, as well as Vibrio parahaemolyticus glucose/galactose (vSGLT), and Escherichia coli proline (PutP) and pantothenate (PutF) cotransporters. Vibrio parahaemolyticus Na(+)/galactose cotransporter (vSGLT) has 13 transmembrane helices (TMs): TM-1, an inverted topology repeat: TMs1-5 and TMs6-10, and TMs 11-12 (TMs numbered to conform to the solute carrier 6 family Aquifex aeolicus LeuT). One member of this family, human SGLT3, has been characterized as a glucose sensor and not a transporter. Members of this family are important in human physiology and disease.	6.34502e-90
NC_010793.1|WP_012460851.1|127071_127545_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	gnl|CDD|223715	COG0642, BaeS, Signal transduction histidine kinase [Signal transduction mechanisms].	3.87206e-07
NC_010793.1|WP_080503896.1|113308_114412_-|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|274285	TIGR02760, conjugative_transfer_relaxase_protein_TraI, conjugative transfer relaxase protein TraI. This protein is a component of the relaxosome complex. In the process of conjugative plasmid transfer the realaxosome binds to the plasmid at the oriT (origin of transfer) site. The relaxase protein TraI mediates the single-strand nicking and ATP-dependent unwinding (relaxation, helicase activity) of the plasmid molecule. These two activities reside in separate domains of the protein.	6.45667e-13
NC_010793.1|WP_012460849.1|125597_126092_-|ATP-binding-protein	gnl|CDD|214643	smart00387, HATPase_c, Histidine kinase-like ATPases. Histidine kinase-, DNA gyrase B-, phytochrome-like ATPases.	1.01851e-08
NC_010793.1|WP_012460834.1|109257_110124_+|IS630-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.76944e-48
NC_010793.1|WP_012460838.1|112273_113257_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|368098	pfam04754, Transposase_31, Putative transposase, YhgA-like. This family of putative transposases includes the YhgA sequence from Escherichia coli and several prokaryotic homologs.	3.66274e-63
NC_010793.1|WP_012460843.1|117945_118230_+|tetratricopeptide-repeat-protein	gnl|CDD|276809	sd00006, TPR, Tetratricopeptide repeat. The Tetratricopeptide repeat (TPR) typically contains 34 amino acids and is found in a variety of organisms including bacteria, cyanobacteria, yeast, fungi, plants, and humans. It is present in a variety of proteins including those involved in chaperone, cell-cycle, transcription, and protein transport complexes. The number of TPR motifs varies among proteins. Those containing 5-6 tandem repeats generate a right-handed helical structure with an amphipathic channel that is thought to accommodate an alpha-helix of a target protein. It has been proposed that TPR proteins preferentially interact with WD-40 repeat proteins, but in many instances several TPR-proteins seem to aggregate to multi-protein complexes.	3.59133e-14
NC_010793.1|WP_012460848.1|124968_125556_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	8.05174e-32
NC_010793.1|WP_012460842.1|117166_117622_+|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	1.03328e-15
NC_010793.1|WP_012460856.1|131026_131971_-|TraU-family-protein	gnl|CDD|377717	pfam06834, TraU, TraU protein. This family consists of several bacterial TraU proteins. TraU appears to be more essential to conjugal DNA transfer than to assembly of pilus filaments.	5.92036e-118
NC_010793.1|WP_080503970.1|111217_112264_+|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	2.44842e-150
NC_010793.1|WP_012460857.1|132008_132623_-|conjugative-transfer-protein	gnl|CDD|274276	TIGR02743, hypothetical_protein, type-F conjugative transfer system protein TraW. This protein is an essential component of the F-type conjugative transfer sytem for plasmid DNA transfer and has been shown to be localized to the periplasm.	3.44324e-53
NC_010793.1|WP_050731378.1|126110_126578_-|sensor-histidine-kinase	gnl|CDD|236848	PRK11107, PRK11107, hybrid sensory histidine kinase BarA; Provisional.	2.60407e-09

Protein sequences

>NC_010793.1|WP_012460845.1|119301_122739_+|response-regulator
MPALNIDIILVGLFLISNLAIGLWYGKEVKSVRDYALGGRNFSTSALTATLIATWIGGGTFSFRLYEIYSIGILAVLSIIGQIFGLLLCAYVLIPRMQEFFGKLSAAEAMGDLYGKHIRIITAICSIIRSSTAIAMQIKVFSTMFNHFLGIDSMYATLISSMVVIIYSAFGGIRAVVFTDVFQSLAFGAFIPTLAILIWGMFGSWKSIANTLTTNPIFDPAILLDYHNINTLKYYGVFFYCIMPCFNPAMFHRVLMARSTVQAANAFKSMTLMYLLFCIFSGFIGLTLLSSHQHIEASNLVPYIIDSYAYPGFKGLVVIGISAMLMSTADSYINSASIIFVNDLCRPLGLFQNNEKLEFKAVRIFAVFIGVVGLYMALLQKNLLDVLLFGASFDTPIIGIPLMFTILGFRTTTRVIVSGMIAGISTTFIWNKYFNAALPIGDLMPATIANFVVMMIMHYCLGEPGGWVGPSDRRPLNVLKEKRKQQINSISSFFKSLYHSFSWDNICAYCNNETFRGRHYYIEYSVITAVSLMVMSLCGQVEHNIASAWLVTKVSVILLGLVMTTALLYNNKWNADFRTKYLGLIWHITIFYTLVFSNTLLTMIGGSSPILLMCFISNLVVAGILLQWHTALFMILLGVPVGARVFNILASWRGYLADYNEIDNNLGMYVIWALALLTGILLFIRLRQNQFVDNTRSMLELKNDVDVLNLRLNTKSQKMEILLNTEKHILNNLSHEIKSPLSVVRTTINLLSKFLPKYYKDTEMILKEKERVLTMVTLANSGIERLVAYSNNLFDLSKFAQGQMIFDIELNNFQLMLKEIIAECNKVNVAEKHIISLNYVPQAETMFEFDHTRIKKVMLNLISNAIQYSQSGLILITVKPYRSGVEVSIEDEGVGIPENELEAIFVPFEESSRTKSKACGRGLGLTLAKEIILAHHGEIWAENRPNNIGSKFTFRLPLRQPEGGFNKAVYSKSEVFGKIYKDRIAKLLKGFGYECNSINSLKELENHIRVNKRILIVDDDQNVLDAISLDIYAEQYTPEPVNNAFEAVKLIKENPLQYSLVLLDMVMPEKSGEQVVQEIYTVTKMYGIPIIIISGYSQTYETKNLLYSMGVVAFIEKPYTYNELRNVINHYLKQTIIPLPYSYLP
>NC_010793.1|WP_012460843.1|117945_118230_+|tetratricopeptide-repeat-protein
MLTDKYFNKGNSFFKLRKYQEAIKNYDLAIKYKPDFSDTYNNKGIALNKLGRHQEAMESYNLAIKYDPDNVYAYQLANEFAKKIKKSNLSIITD
>NC_010793.1|WP_155367766.1|117705_117849_+|hypothetical-protein
MVIIKKIKNFDKISDSVKNKAVKKKSCNSTFDLAIITANQKFKGEFL
>NC_010793.1|WP_012460842.1|117166_117622_+|conjugal-transfer-protein-TraD
MANLMQQKITLQQKRAKLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLLAKAELDHLPTNTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKIASEPDENTKRHIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYKLELVS
>NC_010793.1|WP_080503896.1|113308_114412_-|toprim-domain-containing-protein
MTVIAEGAETALSLQQSGIKGNIIASAGISNLTNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITNNTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQTCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIAKQNDITNVKELYNKSSSLYYFKQEEEAKVETIVVNKFLENHTGIYSAKIFNNSNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNEAGEITGAKILTLNSKTCNKADIPEKSVGTISGSFAEIAQQNPKYSPVIIITKDIETALTIQQARVEGKILCAIEAENLQNYNPGPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKEAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQPGLCPKH
>NC_010793.1|WP_012460838.1|112273_113257_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MTKKLKHDSLAKTIMSDPVAAQEFLEYYLPTDFKSLIDLSQIKVEQESYIEESLKKKYSDIVYKVATKKHGNAFIYILIEAQSTVDYWTALRLWRYTLLLCERHKKEKTKLPLVYNLVIYNGKEVYNAPRNLWDLFTDSMIAKQLMTSDYQLVDLQSMSNDEIVRKKHIGMLEYMLKHIHQRDMLKLWEEFLIKFKHVLILDKEKGYVYLRSFLWYTDTKLLESQQPELEQVLAKYLSEEEKGNIMRTIAEKYIDEGIEIGETKGIAKGRAEGIEIGEIKGIAKGRAEAARGLARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVINLKNNIEY
>NC_010793.1|WP_080503970.1|111217_112264_+|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein
MWRSKCDKLLNPFEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTHKIDDFFTKNAELVLSEALKLYQDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSNSNETGWLFITANPNQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECASMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVMPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVCEYKLLKKLKLVEY
>NC_010793.1|WP_012460834.1|109257_110124_+|IS630-family-transposase
MARRYSYDLRMKIFKEVDDGLSIVKACKIFNISRNTIYRWKHLKRETGDIKAKPYGPAKGYNAKKDLKEFEELIINHHDKTSKELSIILGNRLQSTRINYYRKLLGYTYKKTNLHSKRDIVLRNEFIEKVKQISKENLVFIDELGIEDNACREYGWSIKGTRCYGNKAYQHKSRVSMIAGLCNNQIIAPVIFEGNCNKAIFTTYVETILIKELRPGQIVIMDNINFHKNTIIKVLIESVGCSILFLPTYSPDLNPIEHYWFKIKNEIRKVTAQFKDISIAVEHVMKFI
>NC_010793.1|WP_148141062.1|106159_108577_+|hypothetical-protein
MKKRNTNKYNKVIQIKKQDIATTQQQLMKITPIYENHVRWIYQDSTVIISVLAHLVKTKNSELSQIIESQIHNIKQNCVAFESIIESMLIRANVNLNLVENQFIVTLLEKLAPFTLENIFDKKKEYCSFLDYILASAFENKNKELLSLVIKNHSEKINMDMALDMAVQYNFSSAIAMLPQDKITKTAMTKAIADSKRLNYAAVAKALGCTINVKKKSETLHTQYKITSKQHAKIVKWVDKEVLDDALFSYNNYDALISDCFKVMHSCNKHEINNFIDECIAYLTSKNNNDERNAYTKYAIICLIKISHAFILTTSTAERIVEVVSPILEQNEYWYPLVSLYINKHDIDSLRKAVEATVKMSKTEEETNRNKLLGILKCKVLTQPQNWHEYLDKFPDTIKKLSTTIYRTLTTSVLCEKIASLLSQNNKEDACKYIKDLPEKSLVQDLLQLEYNLKFDSSFDYTIPNAVTTIETIIDRIDDKKTHPMSKPTIYLILYRILNHYYEYYSSLNNCEQYNNTLKIIKILKSYTKSEQKVCLSKYTDNMLSLIDDVVKKSIIISTKDKINYENNLSQEEMALKQKANKDCTISSQDLLDNENIHNIDTEKHSDNLFAHTLDNKHDLIEFYKESASINKEHKTLFTQHRKHQHIHWHIKNQTYCAFDDDIKQVVWHNKIYYCTIDKDLKLDRKYNDFLKALDKGFALSETGKSGIKYLKTSKMFELKVAGKDYRLVADEIHENIKNNSFIIFNKELNHKEVSKMIQNNNTANSSICLSHMVCNDCNDGVDNNSLMLKDFNKCCIGEILDTLE
>NC_010793.1|WP_012460832.1|105091_105421_+|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA
MIISIVFFTAQGKKTIIKAKIRGADFVGYKKNGLAKMLKSAKKASKICFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGAFTDRFFDSKR
>NC_010793.1|WP_012460848.1|124968_125556_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MLAFLNCEHINKLLDKLDLINHSFDKRINLDKVEKAIFYVKKYHGNQKRDTGEPYYMHPLEVARMVADYSLKTDTIITAILHDVIEDTKLTKEKIAMEFNNNIAEQVVALTRNIGGKKTSSMKMIQTLVNQDKVELLLIKLLDRLDNIKTIFIKPAKRRQEIILETQQEFIPLAEYLKLPKIAIELNKYCELYAT
>NC_010793.1|WP_012460849.1|125597_126092_-|ATP-binding-protein
MSHTIKSGDFGIQAKVNNTIRALKPFTENKGINLSCNFKNDIKDLIIVNSFQIQAVLILLIGNATNSQCREISVEVDLLPSANQKTNYRILQLIVFDNGIGISAEKVKKINNELRNLHIKSYAVLGSELQLVKRFIHDITGKIKLESNQDQYTAFTCSIPIEVR
>NC_010793.1|WP_050731378.1|126110_126578_-|sensor-histidine-kinase
MKDTISSLKEMAEDKEISLSYNVQDNINDIVIGDSCLLQTILSQLISGAIRVNKSCQVDVIVMLFIAPYRKENEKDKILRFIVRDNGKGISQDKLQEINAKFSDLNSALEYPEILNSSLGFANYIVNKLSGKLEIKSEANKFTAITCDIPVQLFN
>NC_010793.1|WP_012460851.1|127071_127545_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase
MLNGTIAAIRLIAEDENIELREKIGNDIYDIITGDRFRIRAVLSQLAESAIMHSTNSKVRVSIDFLPPQNEQSNSKDRILQFVVHSVGAGISKNKLQEMNSELKNPHLIKHQALDSGLAFIKHLTYQMKGSIKIDSKEGHYTKFLVSIPIQTSNLNS
>NC_010793.1|WP_012460852.1|127586_127868_-|hypothetical-protein
MENNNIEEKEKQTNLCSRLEAGKLARINCIDSIQYIRHIVNASTVSKLNIEAKVRDKGLNSDSEITKVLTDTSMLVDNLRDHLNDIIFYLDKP
>NC_010793.1|WP_080946937.1|127996_128173_-|ATP-binding-protein
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>NC_010793.1|WP_012460855.1|128797_129937_+|reverse-transcriptase
MAVHSIDRNTWLTKLERIKLLSSKNQDIKFNNLGHIIDLKMLEEQYKELDSKKAIGIDGITKEDYGKKLKANLLSLLTRVRKGQYQAKPARIVKIPKEDGGKRPLVISCFEDKIIESTVSKILNSVFEPIFLKYSYGFRPKLNAHDALRELNRLTYNFNKGAIVEIDITKCFNTIKHCELMEFLRKRISDKKFLRLVMKLIETPIIENDTIVTNKEGCRQGSIVSPILANVFLHYVIDSWFAKISEENLIGQTGMVRYCDDMVFVFEREADAKRFYDVLPKRLNKYGLNINEAKSQMIKSGRDHAANLAKQGKKIASYNFLGFTCYWGKSRFGTTWRLKYTSRRDRFTEKLKGLRKYLRSQLNKQDKTQTLSQVIRVIR
>NC_010793.1|WP_012460856.1|131026_131971_-|TraU-family-protein
MYITANNCHAAAGCVGRFVNPITDVCWKCLFPITIAGFKVVSSSMPDTNGSGRLICLCPKPGIPIPVPGIPVGFWEPVRLVDVTKSPMCMVSLGGLSFGSATQKGMKDEAEGSAFYHIHLYVYHVIYWLEILLDFICLEMAAVDIAYLTEFDPLWSDDAKSAILNPETLLFQNVAAYQACIADCMSCSAGLLASDYAFWCAECQGMLYPFTGTAAAHNGGVGTSVLMVSKFMARMHRQLMLWGYYGYKGLCGKYPMPIMKKSQYRLQMTYPIPETKSCKSIGQTEAIWQAGREFPVNGEDFGYLIWRKRDCCLQ
>NC_010793.1|WP_012460857.1|132008_132623_-|conjugative-transfer-protein
MKRVITIISSALFAYQVSQAATIKDYGTRGHVFPIIEESLLEVIMAKLNAASKSGLLNQMQLEFQEKVRQKIMRPVPVKNLSKATENKTRIYDSTYVQKDDIKTKNGIIIVKGGTKINPLEMINWGEPLILIDGDDEDQVSWAKSRPGKIVLVNGNPIELSNLLGRHVFFDQLSFLSTKFKIQAVPAIIEQQNNVLKISEVSTL
>NC_010793.1|WP_012460858.1|132922_134014_-|hypothetical-protein
MFKPNRIIEYKIDHALKTPSPDTEDYFTRKWDKEVVGYKYEDGSTVLHKVPQVINSLERQIEVLNRLSTMKGINIISAAKNNDGHTFLDLIKDDITKDTVKEILFGPKIVSEHLKSNIILCMQKFIYNTSSKDNNTLVIWPITSRYEFSHTCFELGNEGGKETLCKEAVSSEKDMTMSGDFVRCVIANNALFGFKDIAVQSDILKRILADKVYRDDDIQEKHGTLIIINLNNTESNTSNIVEALNKEYHIAAHLIKLQVHEENKTQNQSQLFASISKVTSDPRGVAMCKSSHEPFDLPSSTNEEIPVAESRFTHKIIGGYDSSNQEYTANDLYENIRVASLEEFITADDIDNVGISCCIGDVV

Crispr_ID: NC_010793_2

• CRISPR_ID: NC_010793_2
• CRISPR_location: 420562-420699
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NC_010793_2

Consensus_repeat	Method
AGCTGAAGGCAGAGCTGA	CRT

spacers of NC_010793_2

>2.1|420580|18|NC_010793|CRT
AGGCAGAGCTGAAGGCAG
>2.2|420616|30|NC_010793|CRT
AGGTATAGAGATTGGTGAGACTAAGGGCAA
>2.3|420664|18|NC_010793|CRT
AGGCAGAGCTGAAGGCAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010793_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010793_2

>merge|NC_010793|2|420562-420699|CRT
AGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGTATAGAGATTGGTGAGACTAAGGGCAAAGCTGAAGGCAAAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGA

>NC_010793|2|1|420562-420699|CRT
AGCTGAAGGCAGAGCTGA	AGGCAGAGCTGAAGGCAG
AGCTGAAGGCAGAGCTGA	AGGTATAGAGATTGGTGAGACTAAGGGCAA
AGCTGAAGGCAAAGCTGA	AGGCAGAGCTGAAGGCAG
AGCTGAAGGCAGAGCTGA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010793.1|WP_012461070.1|401241_401970_-|F0F1-ATP-synthase-subunit-A	unknown	unknown	gnl|CDD|235617
NC_010793.1|WP_080503910.1|408472_408559_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NC_010793.1|WP_012461075.1|415995_416820_+|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372578
NC_010793.1|WP_012460896.1|413235_413691_-|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890
NC_010793.1|WP_012461082.1|427298_427634_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NC_010793.1|WP_012460921.1|431320_431641_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	unknown	unknown	gnl|CDD|370610
NC_010793.1|WP_012460827.1|426159_427128_-|IS110-like-element-ISOt5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|226077
NC_010793.1|WP_173024092.1|432773_433814_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|222939
NC_010793.1|WP_012461083.1|427633_428935_-|conjugal-transfer-protein-TraH	unknown	unknown	gnl|CDD|368759
NC_010793.1|WP_012461077.1|418664_419783_+|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274285
NC_010793.1|WP_011944645.1|400961_401186_-|F0F1-ATP-synthase-subunit-C	unknown	unknown	gnl|CDD|181027
NC_010793.1|WP_012461081.1|423749_426077_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NC_010793.1|WP_012461071.1|403316_403991_+|queuosine-precursor-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|376842
NC_010793.1|WP_012460897.1|412408_413194_+|exodeoxyribonuclease-III	unknown	unknown	gnl|CDD|197320
NC_010793.1|WP_012461080.1|422601_423741_-|tetratricopeptide-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274350
NC_010793.1|WP_012461079.1|420841_422596_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NC_010793.1|WP_012461089.1|435299_436628_-|conjugal-transfer-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|319756
NC_010793.1|WP_012461088.1|434979_435300_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012461072.1|405183_407889_-|pyruvate,-phosphate-dikinase	unknown	unknown	gnl|CDD|236446
NC_010793.1|WP_148141071.1|416848_418516_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|222984

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010793.1|WP_012461070.1|401241_401970_-|F0F1-ATP-synthase-subunit-A	gnl|CDD|235617	PRK05815, PRK05815, F0F1 ATP synthase subunit A; Validated.	2.29032e-52
NC_010793.1|WP_080503910.1|408472_408559_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	0.00055546
NC_010793.1|WP_012461075.1|415995_416820_+|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|372578	pfam13362, Toprim_3, Toprim domain. The toprim domain is found in a wide variety of enzymes involved in nucleic acid manipulation.	0.000119225
NC_010793.1|WP_012460896.1|413235_413691_-|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	7.67186e-18
NC_010793.1|WP_012461082.1|427298_427634_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	3.68784e-08
NC_010793.1|WP_012460921.1|431320_431641_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	gnl|CDD|370610	pfam09673, TrbC_Ftype, Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein. This entry represents TrbC, a protein that is an essential component of the F-type conjugative pilus assembly system for the transfer of plasmid DNA. The N-terminal portion of these proteins is heterogeneous.	4.84233e-22
NC_010793.1|WP_012460827.1|426159_427128_-|IS110-like-element-ISOt5-family-transposase	gnl|CDD|226077	COG3547, COG3547, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	4.85149e-33
NC_010793.1|WP_173024092.1|432773_433814_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|222939	PHA02878, PHA02878, ankyrin repeat protein; Provisional.	2.32891e-37
NC_010793.1|WP_012461083.1|427633_428935_-|conjugal-transfer-protein-TraH	gnl|CDD|368759	pfam06122, TraH, Conjugative relaxosome accessory transposon protein. The TraH protein is thought to be a relaxosome accessory component, also necessary for transfer but not for H-pilus synthesis within the conjugative transposon.	2.96966e-66
NC_010793.1|WP_012461077.1|418664_419783_+|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|274285	TIGR02760, conjugative_transfer_relaxase_protein_TraI, conjugative transfer relaxase protein TraI. This protein is a component of the relaxosome complex. In the process of conjugative plasmid transfer the realaxosome binds to the plasmid at the oriT (origin of transfer) site. The relaxase protein TraI mediates the single-strand nicking and ATP-dependent unwinding (relaxation, helicase activity) of the plasmid molecule. These two activities reside in separate domains of the protein.	2.24687e-12
NC_010793.1|WP_011944645.1|400961_401186_-|F0F1-ATP-synthase-subunit-C	gnl|CDD|181027	PRK07558, PRK07558, F0F1 ATP synthase subunit C; Validated.	3.44535e-19
NC_010793.1|WP_012461081.1|423749_426077_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	2.62148e-25
NC_010793.1|WP_012461071.1|403316_403991_+|queuosine-precursor-transporter	gnl|CDD|376842	pfam02592, Vut_1, Putative vitamin uptake transporter.	6.75683e-31
NC_010793.1|WP_012460897.1|412408_413194_+|exodeoxyribonuclease-III	gnl|CDD|197320	cd09086, ExoIII-like_AP-endo, Escherichia coli exonuclease III (ExoIII) and Neisseria meningitides NExo-like subfamily of the ExoIII family purinic/apyrimidinic (AP) endonucleases. This subfamily includes Escherichia coli ExoIII, Neisseria meningitides NExo,and related proteins. These are ExoIII family AP endonucleases and they belong to the large EEP (exonuclease/endonuclease/phosphatase) superfamily that contains functionally diverse enzymes that share a common catalytic mechanism of cleaving phosphodiester bonds. AP endonucleases participate in the DNA base excision repair (BER) pathway. AP sites are one of the most common lesions in cellular DNA. During BER, the damaged DNA is first recognized by DNA glycosylase. AP endonucleases then catalyze the hydrolytic cleavage of the phosphodiester bond 5' to the AP site, and this is followed by the coordinated actions of DNA polymerase, deoxyribose phosphatase, and DNA ligase. If left unrepaired, AP sites block DNA replication, and have both mutagenic and cytotoxic effects. AP endonucleases can carry out a variety of excision and incision reactions on DNA, including 3'-5' exonuclease, 3'-deoxyribose phosphodiesterase, 3'-phosphatase, and occasionally, nonspecific DNase activities. Different AP endonuclease enzymes catalyze the different reactions with different efficiencies. Many organisms have two AP endonucleases, usually one is the dominant AP endonuclease, the other has weak AP endonuclease activity. For example, Neisseria meningitides Nape and NExo, and exonuclease III (ExoIII) and endonuclease IV (EndoIV) in Escherichia coli. NExo and ExoIII are found in this subfamily. NExo is the non-dominant AP endonuclease. It exhibits strong 3'-5' exonuclease and 3'-deoxyribose phosphodiesterase activities. Escherichia coli ExoIII is an active AP endonuclease, and in addition, it exhibits double strand (ds)-specific 3'-5' exonuclease, exonucleolytic RNase H, 3'-phosphomonoesterase and 3'-phosphodiesterase activities, all catalyzed by a single active site. Class II AP endonucleases have been classified into two families, designated ExoIII and EndoIV, based on their homology to the Escherichia coli enzymes ExoIII and endonuclease IV (EndoIV). This subfamily belongs to the ExoIII family; the EndoIV family belongs to a different superfamily.	1.30325e-100
NC_010793.1|WP_012461080.1|422601_423741_-|tetratricopeptide-repeat-protein	gnl|CDD|274350	TIGR02917, TPR_domain_protein, putative PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein. This protein family occurs in strictly within a subset of Gram-negative bacterial species with the proposed PEP-CTERM/exosortase system, analogous to the LPXTG/sortase system common in Gram-positive bacteria. This protein occurs in a species if and only if a transmembrane histidine kinase (TIGR02916) and a DNA-binding response regulator (TIGR02915) also occur. The present of tetratricopeptide repeats (TPR) suggests protein-protein interaction, possibly for the regulation of PEP-CTERM protein expression, since many PEP-CTERM proteins in these genomes are preceded by a proposed DNA binding site for the response regulator.	1.10327e-17
NC_010793.1|WP_012461079.1|420841_422596_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	1.55313e-180
NC_010793.1|WP_012461089.1|435299_436628_-|conjugal-transfer-protein	gnl|CDD|319756	cd16430, TraB, TraB is a homolog of VirB10 which forms part of core complex in Type IV secretion system (T4SS). This family contains TraB (VirB10 homolog) and a component of the type IV secretion system (T4SS), and similar proteins. T4S system is employed by pathogenic bacteria to export virulence DNAs and/or proteins directly from the bacterial cytoplasm into the host cell. It forms a large multiprotein complex consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB10, interacts with VirB7 and VirB9, forming the membrane-spanning 'core complex' (CC), around which all other components assemble. The CC is inserted in both the outer and inner membranes, playing a fundamental role as a scaffold for the rest of the T4SS components and actively participating in T4S substrate transfer through the bacterial envelope via conformational changes regulating channel opening and closing. TraB is localized similarly to related proteins in other systems, but unlike in other systems, Neisseria gonorrhoeae TraB does not require the presence of other T4SS components for proper localization. It has been shown to be expressed with TraK (VirB9 homolog) at low levels in wild-type cells, suggesting that gonococcal T4SS may be present in single copy per cell and the small amounts of these proteins are sufficient for DNA secretion.	7.50954e-70
NC_010793.1|WP_012461072.1|405183_407889_-|pyruvate,-phosphate-dikinase	gnl|CDD|236446	PRK09279, PRK09279, pyruvate phosphate dikinase; Provisional.	0
NC_010793.1|WP_148141071.1|416848_418516_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|222984	PHA03100, PHA03100, ankyrin repeat protein; Provisional.	5.63876e-28

Protein sequences

>NC_010793.1|WP_012461077.1|418664_419783_+|toprim-domain-containing-protein
MRMTLITIIAEGAETALSLQQAGIKGNIIASAGISNLRNYSPFPGEKIIIAADNDSKNSITNNTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQSCGYQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIEKQNNITNVKELYNKSSSLYYFKQEEEAKVETIVVNKYLENHTEIYSAKIFNNSNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNEAGEITGAKILTLNSKTCNKADVAEKSVGTISGSFAEIAQQNSKYSPVTIITKDIETALTIRQAGVEGKILCAIEAENLQNYNPGPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKEAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQPGLCLKI
>NC_010793.1|WP_148141071.1|416848_418516_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MTKFMKNWLSWLYSVVQKLKMFFSKSIDLQDAVISGDIKYVKCFFSQDNTIINLQDEDNYTALHYAVICNQIEIIKIILEYNPNINLQDNLGNTALHYAAACGYTSIVELLLQYDPNCINLCDQNQWTALHYAAANGRIKSIKLLLQYNPDSGLQNNLGNTALHYIATYGYADIVELLLKHSSDVINLLNQNKCTALHYAALHGNIGSVKLLLKYNSKISNLQDIWGNTALHYAAECGNTKIIKFLLKHNPGVINLLDEDKWTALHYAAAHGNIGSIKLLLKYNSKISNLQDIWGNTALHYAAARSHMESVKLLLSHNLEIELQDYLYIDIINNNELNTYEKEVVELFITHAVKLRHFSKDINSKIVTRNTDFIQNSPNLNELAQRCEQEIQKMKNIKIGSSDKTIYSMYLLPNNTNVLARYANNLEVLDWYKNSKQEFPLYGPEVARTIENGTNRKKLLEGVCKEKISIILNQQYHIVPNNPLSRTQYSKTLDEESHKSITFSQLNNYDTHKIYEYLDNPVLKELQHEYKTIDVNDKKCFFCSLSGEEVVNIET
>NC_010793.1|WP_012461075.1|415995_416820_+|toprim-domain-containing-protein
MHNGVSNISSSYVAMTRHIKSLKLYCNNEATKSINSLINQLSRPNEKSASITLKTAHDFEKERTKPTVFSKVENWFKSIINDINDRSHVNEEYYHFTAKPEEEAKVEKVQQENSIKQCTTKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNDKQNKEYASTINKAAKALKSKGAITSIVVPSEGEDFNEMLKNKGAIAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQVVKTDIAPKIGFRR
>NC_010793.1|WP_012460896.1|413235_413691_-|conjugal-transfer-protein-TraD
MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKANLDHLSANTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDEDTKRYIRLHGLKWNSFRQEWCGNVKDIESLKNGLLNVQYKLELVS
>NC_010793.1|WP_012460897.1|412408_413194_+|exodeoxyribonuclease-III
MKIITWNINSIRIRIPLLQKLVHLYNPDIIALQETKVEDKLFPVTECINLGYKYITYSGQKSYNGVAILSRISFESTFAINLYNDEKRHIAINIGELSIHNFYVPSGGDIPDANVNIKFKHKLCYVDFMNAWFLNNKSKKDKIILLGDLNIAPLESDVWSSYQLRNVVSHTDIERKKLMHNITSFDWIDAVRFFSGKHEKLYSWWSYRNVDWSKSDRGRRLDHIWISHHLESKIKSCIIIKDARGWDMPSDHVPVMLEIET
>NC_010793.1|WP_080503910.1|408472_408559_+|hypothetical-protein
MIEKDKHILEYLPPYSPDLSSIEKIVSS
>NC_010793.1|WP_012461072.1|405183_407889_-|pyruvate,-phosphate-dikinase
MTKWIYRFSSTSANLPHINSVDQSCNIMKDNLQSLLGNKGVTLAQMFSQKLPIPHGFIISTKLYHYYQQNNDSLPSDFISDLKSSILDLEHQTGKNFGDYNNPLLVAVRSSAAVSMPGIMNTILNLGINDIIVEGLSTVTGNRIFALDTYMRFIQTYGQVVMGVSPAEFELALNQFKTLNNITSQEQLTSEHLHNLITIFKQIIHKETKQKFPQDVNIQLHQAIQAVLKSWMNHHAITYRKLNNISGNIGTAIIVQTMVFGNMGSDSATGVVFTRNPLTGDNKLYGEFLINAQGDNVVSGASIPNSILSDNKDQKCTLKYAMHKMYEELLQHCKQLEQHYCNIQDIEFTIEKQKLYILQTRSAKCTALATIKALVDMVASGLITKKEAIAKINPMSLNQLLHSYIDESENYKVITQGLPSTPGAVTGVIALSVAAAEKLSNQHHKVIFICSNISPEDIKAMHISSGILTSGGNTTSHAAILSRALGKPHICAAKDVIIDQQNGLIKIGDISLYQGSKITIDGNSGKVFVGDVRLLQPEFSKECQLFMEWADEIKTVEVKANADTSDDVKLALRLGATSIGLCRTEHMLLEDNKISLVQETIIADNDQCRLNALKRLFLLHKADFKELFAATMQIPINIRLLDAPLHEFLPTTFTTAHNRIIDNLNISQETFNARINTLKEVNPMLGHRGCRIGISFPEIYEMQVRAIFEAAAEILLELKVMPKIEVTIPLISHKKELQLLKRIIYKIVEKVEQQKLLKYRCKFDYTIGTMIELPRAALQAYELAQEVDFFCFGTNDLTQTTYGISRDDSTSFINQYIENDIFTADPFTTLDCEAVGELIQIAIERGRTAKKHLKIGICGEHAADSNSVEFFHKVKVDSISCSPYKIPIARLAAAQAALKNN
>NC_010793.1|WP_012461071.1|403316_403991_+|queuosine-precursor-transporter
MRQKNILILTDQNKLYIALCVLFSVLVITNNMVYQKFVYLPFFGLHIFELSVGAILYPINFLITDIIAEFYGKNHARYCIRMAILMNILVAVIIKVFSLLNATSWSKIDNNLFNQMFSMYHIAFVGSLLASYTSQIVDINIYLGLKSLTKGKYLLVRNNVSTAISLFIDTCIVVGFLCIFKILPIQIAFNLIFNSYTFKLLFTILSTPLFYLAVTILTRVQYKE
>NC_010793.1|WP_012461070.1|401241_401970_-|F0F1-ATP-synthase-subunit-A
MLANPLSQFLIKPIIPLEALGYNISITNSAVAMIFVSIAASMLLITAFVNSKLVPSRWQAFGEILYESNIKLVHSIIGPQGKKFFPLILTLFLFISLGNILGMVPHAFTFTSHIIVTFSLAMIVFTTTLVYGIYRHKLGFFSLFLPKNIPLWLAPIMVIIELCVFISKPISLSLRLTANMVAGHILLKIIAWSIVSLTWLFKPLPIALVIVLIGFELFISILQAYIFTILSCVYLRDVVNLH
>NC_010793.1|WP_011944645.1|400961_401186_-|F0F1-ATP-synthase-subunit-C
MDPISFKYIAIAFMAFGMAGAALGVASIFNALMNSIARNPSAIEDLQKAALIGAGLAEAMGLFSFILAILLMFT
>NC_010793.1|WP_012461079.1|420841_422596_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein
MNFQNQGNFTRGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFIIGLGLSIFWIICRLYQKVFLSSLYYFVIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAQDFLHEFYTSQHGFKIQQLLEFLINSALLEGLIVFAIGVIISIVFFTAQGKNTIIKAKIRGADFVECKCLSKMLKSAKKASKICFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGAFTDRFFDSKCDKLLNPLEKNSEQWLPWNDCFEAANFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYQDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSNSNETGWLFITATPSQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAVLQNIHQLEAIYGAAECASMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVMPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVCEYKLLKKLKLVEY
>NC_010793.1|WP_012461080.1|422601_423741_-|tetratricopeptide-repeat-protein
MKNVCKNLAIILSLILLNTPAVAAEQSIQQNLIQDRTVLAKEYFNIASSFLKLKKYQEAIENFDIAIKYDSSYASAYNGKGMALDDLGKLLEAVENYDLAIKYNPHFAEAYNNKAVSYRKFGKNKEAIILCDLAIQYKPYFVGAYNNKGASLARLGQYEDAMENYDIAIKYEPNNPEAYYNKGIALMNLGYIQEAIENYDIAIRYRPNYSEAYHNKGLTLAILGQLQSAIEHFDLAIKYDPNDLNAYCNKSYVLNLLKRYSEAMESCNIAIKIDPNCADSYYIKGMIFEKLGKHQDAIKNYDIAAKYNPNFAKNYLEKGISLVSLGQYSKAKENFKLAIKYMPNFIAEYEATIKRLTELENFTIAKEFEQKLQILKKYS
>NC_010793.1|WP_012461081.1|423749_426077_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein
MFASLSSQTSYFVSKMLENHLLPAYEGLSSRKTGIMFGAKAVAKIRDVQIHDPVTLTNTKEFLRQCFMKPYIIGNILGKKAAAQQTNDIIGFIEQNIPNNFGIYYREPSNLGISFKTCRQATPLIKAAIHKELNEGLLTKFAAAIGVQSDQSHMLSQRLKVMTGDTLKYLQREQQDIHEWMKQAMLLNANRESYDDWREKFSLSRIYPNLVSMHAIRGLFQKSFSYLVAGEMAAHMMPILQSVFFALVVSMIFIVFPMGLLPGGYNILKTWILLIIWVSSWPVFFTIIHCLGMISLSSKSGAFGSDYGLNMLSQGSFAEMILYSYATFQMLASSIPMLSWAVIKACAHATANLASQFSPIQVASSLGSNIVDNNLSMDNYSIGNRTISQQNLAPSLDMTASIINYGSYKIITGNNGEQFVIQTVDSLGNNFRSSALLQTGYQNQFVSSQSMLNSLTQKEANLISTGNSMAIDICRRLTHDEALSIGLTESEYQALQKVSSDSESFSQHTGSSHSKSSGTSASAGGGSFFAKVEVSGGRRHNNEQGNSVNQQQSYNEAVSKIQSAVQEGKFSSTNSEVQSLSENLNANLSEQQSIGQEIAKTKQEMEQLSYSMNYVSQNSITIDRNINELVLNEIIAQNPEIRSKEQAARWIINHSAEAEKIAFEVAKINNEVPKNLNDHINDGNFSTKKDLQSDFYKNVEQLEAIYDKSNQTHSQNIEQAFVDNEKVENLDQISVNIKNKAQEIQKEFDNTSNSAVILTGKEVLKAVKNLNGTKD
>NC_010793.1|WP_012460827.1|426159_427128_-|IS110-like-element-ISOt5-family-transposase
MIMNSIIVGIDVSKETFDAAVLINNKVQTRKFNNNSEGFNKLVTWLKSRGTGHVCMEATGIYWKNLAKYLYDYGYKVSVVNPARIKGFAMSKLSRTKTDKADSVLIADFCKAMKPEAWYPQPLYIQELQQLVNRLNVLIKHKTQETNRLEGASKAIANNIQMHIEFLETQIKEIEQLINDHIKNNKDLHNKAMLLESIPGIGAKTQAVVLAFLADIEKFSSAKQVVAFVGLNPKHRQSGSSVRGASRISRTGNSDLRKSFYMPAMSALRHNCIIKQFSQRLSDTGKPKMLILIAAMRKLLHIIYGVLKHNSPFNPNVLINQK
>NC_010793.1|WP_012461082.1|427298_427634_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein
MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGIVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKATVWLKDEVSMSAPVKVDNIPCMIKISEIAIK
>NC_010793.1|WP_012461083.1|427633_428935_-|conjugal-transfer-protein-TraH
MSIRIRVYVIAALFSLQAPVSLAWNIENVFQGMSVNVTRSGSYQDQAAGYYAAGGLSARTSQTSFQPFAITSPSLNMSCSGIDAYLGSFSVISGEELVQLMKNIGSQAKVYAFSLGLKTFAPQIENALKDLRNLAMEMNQFAKGDCELTKALFATALPKNWAMREAVCRDIQSQSGFDYFAAGKKCRNYLDQKQALRQAQNKDSELMLDDYNIFTKAAAKVGIPSDMRDSIMSMTGTIVVTNNNVHFYDSLAQDEKSWISHLKGGESASIYSCDSVSCLHPSRQRNITISPEQSYGGRAKQKLTDLKIKFDNNYEFTNSEIGFLSSIGDIFPIYDYITLEAISGVTILDSSSELIASYTLVQHLKEVITEIRRAVTSLGAKQVSNEHLERYLKELNRVQLFANEKWTSLQTDASRIDKRARLIEQHLIAKEKS
>NC_010793.1|WP_012460921.1|431320_431641_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC
MDQQKTFIFVSFSMSDEALKSYFADSQKAGAQLVMRGLINNSFTQTKNKTMELGISFDIDPSLFEQYKIDVVPVIVIDDKKRGLTKKLTGHIPLASALEIMNENTP
>NC_010793.1|WP_173024092.1|432773_433814_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MMMTVLHKAAKRGDIQAVKLILIEQHGVDYINLGDMTGTTALHYAIRAESLEVTELLLIHGANPNIQNLYGHTASHYAVNVKKRIEFIKLLLAHGANPNIQDKYCSTPLHCAAHYCDIVTIKLLLKKGANLNVLDVTHSTPFADAYRMFMVDQETNKGVMQLLVTEIVKLEHLGIKISGSDLEGVNLNKQLINESKQLKELEQQCHKEIKKMKSICVSKNDSSFFDIFVLQKDINTLARCANNSDIVKYQNKFSMYSSFIEKSIKEGKARAKMLQGAVESIDEIFESNQDANQESQISWLHLPPEVRMMILENLSNTDLTKLQHNDTAEAEAEAELEGAYAIYEGE
>NC_010793.1|WP_012461088.1|434979_435300_-|hypothetical-protein
MKFLLLLLGCMSLTSFFFESTFDCKIPKGLKCKSLYEIKNMVAQGAFDIDNLETSKIKSKRRCILCYRQAKAVQGVDVVNKLPKKPKKYLINLFKSKQSQGERKHK
>NC_010793.1|WP_012461089.1|435299_436628_-|conjugal-transfer-protein
MQQDNSDNNNTKEEDLELNDKLKAESGVRSNSKLSELASIIRLKQVIALIFISITIMLVSYFLSESGKTEDSIAFTENSESRKAISGVEQVVDLRAKWTEEILSKVKTLKDRFESVIDSRYLEITAQINNFNQKLEILENQPKQSLYNNDSDEFSSDLNHHILNSPHDNKTEQAPVVVKPYVNLRRAGSEPKKNVENYVTSGSSARAVLLIEVVVGTGTNSSSSPEPIVLQLLDTAILYDEYKTDQIKKAILIGSCNGEMSSERAKCRIETLSVVNNQGDIIEKKVEGWLIGEDGRSGIKGIVVDKSSNIAGMAALNGVFSSIAKFLQSKAIKPDMLPTLNLVAGGQQQEFQIGDALQSGAYAGASNAFDKLADFAIKRADSMSPVVLIASGRVIDVVFKKGFDLCEHKKKPHNLTYSPSTSHEKVNLHNKFDQSQKLEEHL

Crispr_ID: NC_010793_3

• CRISPR_ID: NC_010793_3
• CRISPR_location: 853026-853104
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010793_3

Consensus_repeat	Method
CAAACTTCATTGTAATTGACTATA	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010793_3

>3.1|853050|31|NC_010793|CRISPRCasFinder
AAATTGCGGCTAATCAAAAGCTAAAACATCT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010793_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010793_3

>merge|NC_010793|3|853026-853104|CRISPRCasFinder
CAAACTTCATTGTAATTGACTATAAAATTGCGGCTAATCAAAAGCTAAAACATCTCAAACTTCATTGTAATTGACTATA

>NC_010793|3|2|853026-853104|CRISPRCasFinder
CAAACTTCATTGTAATTGACTATA	AAATTGCGGCTAATCAAAAGCTAAAACATCT
CAAACTTCATTGTAATTGACTATA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010793.1|WP_158296920.1|867599_867809_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012461415.1|849422_850766_+|DUF2748-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|371278
NC_010793.1|WP_012461416.1|850999_852109_-|tRNA-2-thiouridine(34)-synthase-MnmA	unknown	unknown	gnl|CDD|234664
NC_010793.1|WP_041621794.1|864971_867377_+|DNA-topoisomerase-(ATP-hydrolyzing)-subunit-B	unknown	unknown	gnl|CDD|237860
NC_010793.1|WP_012461409.1|841425_841941_+|50S-ribosomal-protein-L9	unknown	unknown	gnl|CDD|234659
NC_010793.1|WP_012461406.1|839630_840380_-|winged-helix-turn-helix-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|131209
NC_010793.1|WP_076611195.1|856365_857233_+|IS630-like-element-ISOt3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NC_010793.1|WP_012461430.1|863094_863424_-|monovalent-cation/H(+)-antiporter-subunit-G	unknown	unknown	gnl|CDD|183669
NC_010793.1|WP_158296919.1|846086_846224_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012461431.1|863976_864837_-|TIGR01459-family-HAD-type-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|319827
NC_010793.1|WP_012461427.1|861673_862075_-|cation:proton-antiporter-subunit-C	unknown	unknown	gnl|CDD|236004
NC_010793.1|WP_012461407.1|840672_841029_+|30S-ribosomal-protein-S6	unknown	unknown	gnl|CDD|179034
NC_010793.1|WP_012461429.1|862507_863098_-|DUF4040-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|237121
NC_010793.1|WP_041621791.1|841110_841383_+|30S-ribosomal-protein-S18	unknown	unknown	gnl|CDD|178997
NC_010793.1|WP_012461426.1|860190_861681_-|cation:proton-antiporter	unknown	unknown	gnl|CDD|235837
NC_010793.1|WP_012461412.1|845427_845853_-|tyrosine-type-recombinase/integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|271177
NC_010793.1|WP_012461428.1|862052_862487_-|Na(+)/H(+)-antiporter-subunit-B	unknown	unknown	gnl|CDD|237121
NC_010793.1|WP_012461411.1|844948_845419_-|peroxiredoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|224146
NC_010793.1|WP_012461425.1|858708_860181_-|2-hydroxyacid-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|235835
NC_010793.1|WP_012461410.1|842107_843583_+|NTP/NDP-exchange-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|367401

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010793.1|WP_012461415.1|849422_850766_+|DUF2748-family-protein	gnl|CDD|371278	pfam10871, DUF2748, Protein of unknown function (DUF2748). This is a bacterial family of proteins with unknown function.	6.36847e-168
NC_010793.1|WP_012461416.1|850999_852109_-|tRNA-2-thiouridine(34)-synthase-MnmA	gnl|CDD|234664	PRK00143, mnmA, tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA; Reviewed.	0
NC_010793.1|WP_012461409.1|841425_841941_+|50S-ribosomal-protein-L9	gnl|CDD|234659	PRK00137, rplI, 50S ribosomal protein L9; Reviewed.	2.54483e-50
NC_010793.1|WP_012461406.1|839630_840380_-|winged-helix-turn-helix-domain-containing-protein	gnl|CDD|131209	TIGR02154, PhoB, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB. PhoB is a DNA-binding response regulator protein acting with PhoR in a 2-component system responding to phosphate ion. PhoB acts as a positive regulator of gene expression for phosphate-related genes such as phoA, phoS, phoE and ugpAB as well as itself. It is often found proximal to genes for the high-affinity phosphate ABC transporter (pstSCAB; GenProp0190) and presumably regulates these as well. [Regulatory functions, DNA interactions, Signal transduction, Two-component systems].	7.17088e-36
NC_010793.1|WP_076611195.1|856365_857233_+|IS630-like-element-ISOt3-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	2.41653e-50
NC_010793.1|WP_041621794.1|864971_867377_+|DNA-topoisomerase-(ATP-hydrolyzing)-subunit-B	gnl|CDD|237860	PRK14939, gyrB, DNA gyrase subunit B; Provisional.	0
NC_010793.1|WP_012461427.1|861673_862075_-|cation:proton-antiporter-subunit-C	gnl|CDD|236004	PRK07375, PRK07375, Na+/H+ antiporter subunit C.	8.90236e-26
NC_010793.1|WP_012461431.1|863976_864837_-|TIGR01459-family-HAD-type-hydrolase	gnl|CDD|319827	cd07525, HAD_like, uncharacterized family of the haloacid dehalogenase-like (HAD) hydrolase superfamily. The haloacid dehalogenase-like (HAD) hydrolases are a large superfamily of diverse enzymes that catalyze carbon or phosphoryl group transfer reactions on a range of substrates, using an active site aspartate in nucleophilic catalysis. Members include 2-L-haloalkanoic acid dehalogenase (C-Cl bond hydrolysis), azetidine hydrolase (C-N bond hydrolysis); phosphonoacetaldehyde hydrolase (C-P bond hydrolysis), phosphoserine phosphatase and phosphomannomutase (CO-P bond hydrolysis), P-type ATPases (PO-P bond hydrolysis) and many others. Members are found in all three kingdoms of life, and most genomes are predicted to contain multiple HAD-like proteins. Members possess a highly conserved alpha/beta core domain, and many also possess a small cap domain, the fold and function of which is variable. HAD hydrolases are sometimes referred to as belonging to the DDDD superfamily of phosphohydrolases.	2.22671e-64
NC_010793.1|WP_012461429.1|862507_863098_-|DUF4040-domain-containing-protein	gnl|CDD|237121	PRK12507, PRK12507, putative monovalent cation/H+ antiporter subunit B; Reviewed.	1.02553e-55
NC_010793.1|WP_012461407.1|840672_841029_+|30S-ribosomal-protein-S6	gnl|CDD|179034	PRK00453, rpsF, 30S ribosomal protein S6; Reviewed.	3.17807e-31
NC_010793.1|WP_012461430.1|863094_863424_-|monovalent-cation/H(+)-antiporter-subunit-G	gnl|CDD|183669	PRK12670, PRK12670, putative monovalent cation/H+ antiporter subunit G; Reviewed.	9.93787e-20
NC_010793.1|WP_041621791.1|841110_841383_+|30S-ribosomal-protein-S18	gnl|CDD|178997	PRK00391, rpsR, 30S ribosomal protein S18; Reviewed.	5.74727e-28
NC_010793.1|WP_012461426.1|860190_861681_-|cation:proton-antiporter	gnl|CDD|235837	PRK06591, PRK06591, putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D; Reviewed.	1.84305e-168
NC_010793.1|WP_012461412.1|845427_845853_-|tyrosine-type-recombinase/integrase	gnl|CDD|271177	cd00796, INT_Rci_Hp1_C, Shufflon-specific DNA recombinase Rci and Bacteriophage Hp1_like integrase, C-terminal catalytic domain. Rci protein is a tyrosine recombinase specifically involved in Shufflon type of DNA rearrangement in bacteria. The shufflon of plasmid R64 consists of four invertible DNA segments which are separated and flanked by seven 19-bp repeat sequences. RCI recombinase facilitates the site-specific recombination between any inverted repeats results in an inversion of the DNA segment(s) either independently or in groups. HP1 integrase promotes site-specific recombination of the HP1 genome into that of Haemophilus influenza. Bacteriophage Hp1_like integrases are tyrosine based site specific recombinases. They belong to the superfamily of DNA breaking-rejoining enzymes, which share the same fold in their catalytic domain and the overall reaction mechanism. The catalytic domain contains six conserved active site residues. Their overall reaction mechanism is essentially identical and involves cleavage of a single strand of a DNA duplex by nucleophilic attack of a conserved tyrosine to give a 3' phosphotyrosyl protein-DNA adduct. In the second rejoining step, a terminal 5' hydroxyl attacks the covalent adduct to release the enzyme and generate duplex DNA.	4.80888e-21
NC_010793.1|WP_012461410.1|842107_843583_+|NTP/NDP-exchange-transporter	gnl|CDD|367401	pfam03219, TLC, TLC ATP/ADP transporter.	0
NC_010793.1|WP_012461428.1|862052_862487_-|Na(+)/H(+)-antiporter-subunit-B	gnl|CDD|237121	PRK12507, PRK12507, putative monovalent cation/H+ antiporter subunit B; Reviewed.	3.67364e-35
NC_010793.1|WP_012461411.1|844948_845419_-|peroxiredoxin	gnl|CDD|224146	COG1225, Bcp, Peroxiredoxin [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	2.27306e-58
NC_010793.1|WP_012461425.1|858708_860181_-|2-hydroxyacid-dehydrogenase	gnl|CDD|235835	PRK06589, PRK06589, putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D; Reviewed.	5.0216e-66

Protein sequences

>NC_010793.1|WP_012461416.1|850999_852109_-|tRNA-2-thiouridine(34)-synthase-MnmA
MLNLKVAKEQATIVVAMSGGVDSSTVAAILKEDGYNVIGITMQLYNHDTAINRKGACCAGQDIYDAKFVANQLQIPHYVLNYKDKFKKSVIDNFIESYINGETPLPCVQCNQSVKFHDLLNFAKDLQADALVTGHYVRRIDTANGIELHKAVDSKKDQSYFLFATTKSQLQYLHFPLGNMTKDETRYHANRYGLHIADKPDSQDICFVADGSYHNVVARLKPNAKKPGKIVHIDGYILGEHQGIINFTIGQRRRIGISFSDPLYVINIDAQQNIVYVGPESKLFKTTFMIHSLNWLGPGNMLVEPLDVEVKVRSTHSAVQAKLYPYSNSMVKVILNEPEKAIAPGQACVIYKGDLVLGGGWIAKEQTQS
>NC_010793.1|WP_012461415.1|849422_850766_+|DUF2748-family-protein
MSNLYHILHKLPAIEHEDMMVEYENLAQSLVQSGKLRVDAEPKINFVRLSEPSLNVNIAISNEELNDPKLQHHTKAMLINIYKKIIEKDKVIHKVNQIVSVLQKKMAMQLAVEQDLLLKLARLFVQSAHPIVIHWLLLERVEVFISYSNQIGDVMDIATWKYAGQNSGMQSINGNNIAIYVSCGGNPFFFTQRYQEQSIYGDGWPAIARLQIIAAQELGHYADIYRDINANIVGRHSVNSSFTKAKPNVLHARRSDLSRCYKILQDLEYIGLNSLITYEKSVKFYRKNKVKGIKLLWARLLSFFYKQKLYFMIKQEDFIFVKVYKNEQYSGLMLKAMILDMISNLEPKAEVYKRDDPDAEEAIACVEALARVPQQVIKWGHITTMSIMQDLYYIYYKQVIPSLIDRYQYITGKTYMRNLNYVSQTLKYRIKKLWPFFKKTSLPSREV
>NC_010793.1|WP_158296919.1|846086_846224_-|hypothetical-protein
MCGGTKTLYLGITIKGVYRKIKLWDFPNISVNNARKSVDFKGANC
>NC_010793.1|WP_012461412.1|845427_845853_-|tyrosine-type-recombinase/integrase
MRWQNIKLKEGVLYISKTKNCESQTVPLINLLIEKLKQYPYSLESEWVFPGQRENSRHLKNINVAWKKAHKRARLKNLRIHDLRRTVGSWMANFEISITIIGKVLNHNDSQSTKFYTHLNTYVVRYAIQKFANEIDKCSNL
>NC_010793.1|WP_012461411.1|844948_845419_-|peroxiredoxin
MKNLTINDDAPDFNMITTSNSIINLGHYEGKNLVLYFYPKDNTPGCTIEAQKFNEAISEFNKLNTIILGVSKDNIASHQKFKDKLCLKFELGYDETGKIFEDYGVLKEKSMFKNTFLAISRTTFLINQKAKIAAIWPKVNITQHSDEVLNMVKNTI
>NC_010793.1|WP_012461410.1|842107_843583_+|NTP/NDP-exchange-transporter
MNTNQTFNKLRQIFWPIEYHENKKFLPMALMMFFILFNYSALRSIKDSLVITSIGPEVISFLKTYIVLPSAIIAMLIYTKLCNVMNVTKVFYTITSFFLGYLILFVIVLYPNTQLVHPAPETIVKLSTNYPNFQWFIKIIGQWSYASFYAIAELWGSVMLTLLFWQFANQITKTEEAKRFYSMFGLLGNFSLLLTGYMLEHFLSENSIINAELKYTPVITTCIIAGVFIILTYAYINNYVLSDPKLYNPSIQKTTKKKAKLSMLESIKLIFSSKYLGLIVILVLSYGISINLVEGVWKAKARELYPTPEAYGMFMGNFQKWQGTVAILFMIVGSNILRQVSWYTAAIFTPLMILITGLAFFGFIFLGDSISLYVTGIAPLSIAVAIGTMQNVLSKATKYSLFDSTKEMAYIPLDHELKTKGKAAVDIIGGRLGKSGGGVIQSTFFMLLPSFSFVEASPYFGAIFFLVVILWIYSVAMLNRKYTEAIAISSN
>NC_010793.1|WP_012461409.1|841425_841941_+|50S-ribosomal-protein-L9
MKLILIKPVKKLGKIMDIVDVANGFGRNYLLPRNYAIRATNANLEIVKSTVQQLNEKNQKGIDAAQAVMQKIDRSFITFICQTSDDGKLFGSITAKEIIKKLQISSDIKAYIDIKPIKTAGIHEVEVSLHAEVHCKIFINVARSNTEAQEYLKKFNAALQNTNNNVLVEKN
>NC_010793.1|WP_041621791.1|841110_841383_+|30S-ribosomal-protein-S18
MKHKTLKRTANRANKEVFFRRRKGCPLSAPDGTAPIITYKDPDLLSKFISECGRVLPARVTNVCRSKQRELTKAIKIARELALLPFVYHQ
>NC_010793.1|WP_012461407.1|840672_841029_+|30S-ribosomal-protein-S6
MRLYELVLIVRPELSSTEIDKLTDELTSIISNYEGKLVKHEYWGMRSLAYKINRNQRAHYIMLAISANNNILQKLKNKIKNNLEIIRSRFIKVKEISQTTSPILKNQSLEQTAIDVTS
>NC_010793.1|WP_012461406.1|839630_840380_-|winged-helix-turn-helix-domain-containing-protein
MSASEKLPPQILVIELDEIQRIAICNIIERSLFNVIRLSNINDIETSSINAVLIFAPNVIIVSTSIKEVVPIDTFIQKLRTTAQKSHRIEIPIIIILNQNDNVENYQKFDNGLIEIVQYPYTDSEIILAVKSLLRRSRPILKNRLLRYKDLTMDLSNYKVYRGNKPIRLGPTEFKILQLLLESPKVILSREKIIDYVWGHGHKIELRTVDVHVNRLRNVIKNSKFEPALIKTVRASGYCLKLPGESDYA
>NC_010793.1|WP_076611195.1|856365_857233_+|IS630-like-element-ISOt3-family-transposase
MARSYSYDLRMKLFKALDEGLSIVKACKIFNISRNTIYRWKHLKRETGDIKAKPYGPAKGYNAKIDLKEFEELIINHHDKTAKELSTILGNRLQRTRINYYRKLLGYTYKKTHFHPKRDIVLRNEFIEKVKQISKENLVFIDESGIEDNACREYGWSIKGTRCYGNKAYQHKSRVSMIAGLCNNQIIAPVIFEGNCNKEIFTTYVETILIKELHPGQIVIMDNINFHKNNTIKVLIESVGCSILFLPTYSPDLNPIEHYWFKIKNEIRKVTPQFKDISMAVAHVMQFI
>NC_010793.1|WP_012461425.1|858708_860181_-|2-hydroxyacid-dehydrogenase
MLKNIILLYNDMICYIPFTIIGIIGIWNLIIPFLIRKNFIKEILMLAISILHAINAILLYFSYKAGYEHYTTIFSIGAFDFSLRLSLLGSNILLLIAILWPISIIYTIGFLKAHSEPNQAKFLLCTNLCILISNYIVCSANFFTMLICYELLTFATIPLIRHVTSHRTSKVLSKYTQGLYLPSLLFLMPTLVVLQYQYSTTDFVEIANILQSRTLLQVSPVILALCILCGTAKAAIVPFHSWLPPAMIAPYPVSAILHAVAVVNVGIFCLITGILSVLGKETWLLNYIQYFIGYGIVYTSIKALFQTNIKRILAYSTISNLGIIALTAFMNSHESLLATITHIIAHSIGKITVFYSAGCLYTISKCTNVEDLTSMSYKAPIITSCLTIGSLSLIGIPPLAGFFSKHHIILEAANEHNYLVIAITVFSGITSCLYLSKIIKTAYSKIDNKFNINSTNNIHSEQMIPKHMLYSTVSCASLVVLIPIINALIM
>NC_010793.1|WP_012461426.1|860190_861681_-|cation:proton-antiporter
MSNIFQAVKDHLVILEVLIPFFGSLIVVLYKKVESALIVSRLCAILGIILGIYGVLSMINSPPYFYAIGNWQAPIGIEYRVDQVNQIIIVFSYFILFLLLTFNSQLIKTNLLSSLNPSRSHLLYSILLLLHTGFCGIILSNDLFNIYVFIEIASLASYTLVSQGVDKRALIGSINYLILGTIGATFILIAIGFILSNTGSLNITDIISMLPQQHTKTLIAAIMFYITGCLLKVAMFPMSSWLISTYKYTSSVILSYFAPISCMVGFYILLYFVYQIIGTTNINTLHSYYVINALGLAGAIFCSCYAVQQSNLKSIMAYSVLAETSYISLMAFNIQSSTIGAQIIVILLTSCILKSIIYSLISRIEVYYHDSELKHIAGIGSTYPVFGILFTLALISNLGLPLTIGFVNKLNIFLTVLQSLGYFGIIILAISSCMSFNYHYKIFHYLYSTQQTSHSSFTLNGNNSVAIILTIISYLMLIFYNHLLVYLQPFFLPKIM
>NC_010793.1|WP_012461427.1|861673_862075_-|cation:proton-antiporter-subunit-C
MIMILTSKLIYFCSAALLSLGLYIILSSYNYVKKTIGLAVFQNAVLIFYIALAKAKEGIVPIDQCFNQLSQHCSSITYSSPVSHVLMLTAIVVGIATMSVSLSIIRQIYQSFNSCNENDILLELQKMELKPDE
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MQNNNIIVASIIAKIITPYILLFALYIQINGEVSPGGGFQAGAILASAVIGYDIIYPQQLIKYKLAILPLSIIGALGVMIYGLTGLLALFYGKNYLNYYVITCTKYSQSLGIFIVELGVGIAVTASLLIIYYVFVINNDYDTNK
>NC_010793.1|WP_012461429.1|862507_863098_-|DUF4040-domain-containing-protein
MMLSANYFPNLPLEFNIANIFLYIFCFLLIVVNIYLALSYNLLKSILLMSLSSLIICVCYLLMDAPDVAMTEASLGACLSTAILLKIAKKLQLSFNSAEKLPVYKNILCSLVCILFAVCFMLVCYDLPDFGQLSTPMHQHISKYYINNTTEQIGIPSFVAAILASYRGYDTLGETTVILCAGISVILIFANKKTNQ
>NC_010793.1|WP_012461430.1|863094_863424_-|monovalent-cation/H(+)-antiporter-subunit-G
MLHILINSCGFFFLFCGLFFIISSVVGLSRFHDFYAKVHAAGVADSCGIPMSLIGLTIINYQSISIFKILILITLIYILGPTAAHILLKTWYNCNSQSESTKINTDSNT
>NC_010793.1|WP_012461431.1|863976_864837_-|TIGR01459-family-HAD-type-hydrolase
MYEYEIPINLSDIVKNYEVILFDIYGVLLENNIPYTKTIEVVNNLSKSTKICFVSNTPQPVQHSSNRLNIYGINATPQNVYTSGEIAREILKNSSKNLNIDNPIVFHLGPDFKKTVLEDLPIKTTEKIHDANILLLTAFEDYEEKLDQYNSIFQTAIANKAVCLCANPDVINPFENKNRYCAGYFSAVYKSMGGKVVYSGKPHSEIFQAVLNTLALNVKKEKILMIGDTLETDILGANNIGIDSALVLTGNAFRIAKASNVHDQINILKNAFKLKNIYPKYIINII
>NC_010793.1|WP_041621794.1|864971_867377_+|DNA-topoisomerase-(ATP-hydrolyzing)-subunit-B
MPTNTKLDQYNADSIKILRGLEAVRVRPGMYIGDISNGSGLHQLIYEVLDNSTDESLAGGCNKIEVTLNKNGSVTVRDNGRGIPVDIHQEEGVSAAQVIMTQLHAGGKFDQNAYKVSGGLHGVGVSVVNALSDWLELRIWKNNQEHFMRFNNGEPQNPLSIVGEAPNKQGTEITFYPSIAIFTSVEFSFSELEHRLRELAFLNSSVEFSLTDERSSEVKDVKFFYTGGVESYVQYIDKAKAALHSTISFHQTDSHGATLELAMQWNDSFYENIVCFTNNIRQRDGGSHLQGYRSAVTRAITKYTKDHFPKNNINYNGDDIREGLSCVLSLKLPDPKFASQTKDKLVSPEARAIVEGIVYEKLVEWLEHRPSEGKKIIAKITESALAREAARKARELTRRKSALGVANLPGKLADCQQRAPEKSELFIVEGDSAGGTAKQGRNRKFQAILPLRGKVLNVERARFDKMLQSDQIGTLITALGTGIGSDDFAIDKIRYHKVVIMTDADVDGSHIRALLLTFFYRYMPTVIEKGYLYIAQPPLYKIKRGANELYLKNDQALYDYLLKIAIDEIDVIKSSGDRISNAELTTIVASIRKLTVVLNKVGNKLNKYIAEVLAITRNLSADTFNSIYQDKLSSLIQQMLPTQTLDKTNWQVEVHDDYMQFYCFVRGIKKAQSLFKSQLESPEFVSLIRLGQELSELFENRLTLKHKSEEINISLPSALLDKLLAIGKHGMSIQRFKGLGEMNSDQLWETTLDPENRTLLQVKITDFDEAEEVFSTLMSNIVEPRREFIQANALNVNNLDV
>NC_010793.1|WP_158296920.1|867599_867809_+|hypothetical-protein
MVTIAELIKLLIGNDNANFLSRILNRFVLQNSDMVIAADEPINKILMLYQFKARLPNTHNIAILIALAV

Crispr_ID: NC_010793_4

• CRISPR_ID: NC_010793_4
• CRISPR_location: 1357483-1357553
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010793_4

Consensus_repeat	Method
GATGAAGGTATAGAGATTGGTGA	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010793_4

>4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder
AACTAAAGGCATAGCTAAAGGCAGA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010793_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010793_4

>merge|NC_010793|4|1357483-1357553|CRISPRCasFinder
GATGAAGGTATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGCTAAAGGCAGAGCTGAAGGTATAGAGATTGGTGA

>NC_010793|4|3|1357483-1357553|CRISPRCasFinder
GATGAAGGTATAGAGATTGGTGA	AACTAAAGGCATAGCTAAAGGCAGA
GCTGAAGGTATAGAGATTGGTGA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010793.1|WP_012461833.1|1349134_1349629_-|ribosome-maturation-factor-RimM	unknown	unknown	gnl|CDD|234650
NC_010793.1|WP_012461848.1|1366918_1367464_+|demethoxyubiquinone-hydroxylase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|153101
NC_010793.1|WP_148141114.1|1355574_1356669_+|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274285
NC_010793.1|WP_012461842.1|1360632_1361217_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012461845.1|1363631_1363925_+|preprotein-translocase-subunit-SecG	unknown	unknown	gnl|CDD|235881
NC_010793.1|WP_012461834.1|1349797_1352329_+|AsmA-like-C-terminal-region-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379224
NC_010793.1|WP_012461844.1|1362876_1363626_+|triose-phosphate-isomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|238190
NC_010793.1|WP_012461830.1|1344114_1345500_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012461849.1|1367564_1368257_+|phosphatidylserine-decarboxylase	unknown	unknown	gnl|CDD|235400
NC_010793.1|WP_012461847.1|1366407_1366956_+|disulfide-bond-formation-protein-B	unknown	unknown	gnl|CDD|376848
NC_010793.1|WP_148141120.1|1360183_1360411_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NC_010793.1|WP_012461832.1|1347958_1348915_-|malate-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|133424
NC_010793.1|WP_012461836.1|1353463_1354009_-|peptide-deformylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234668
NC_010793.1|WP_012461846.1|1364688_1366269_-|lysine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234829
NC_010793.1|WP_012461843.1|1361243_1362797_-|SurA-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|182731
NC_010793.1|WP_012461828.1|1342261_1343278_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|223566
NC_010793.1|WP_012461829.1|1343274_1344180_+|bifunctional-5,10-methylenetetrahydrofolate-dehydrogenase/5,10-methenyltetrahydrofolate-cyclohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223268
NC_010793.1|WP_012461831.1|1345499_1347866_-|type-I-DNA-topoisomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|235840
NC_010793.1|WP_012461840.1|1358959_1359985_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_041621667.1|1352543_1353467_-|methionyl-tRNA-formyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|234567

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010793.1|WP_012461833.1|1349134_1349629_-|ribosome-maturation-factor-RimM	gnl|CDD|234650	PRK00122, rimM, 16S rRNA-processing protein RimM; Provisional.	4.8533e-51
NC_010793.1|WP_012461848.1|1366918_1367464_+|demethoxyubiquinone-hydroxylase-family-protein	gnl|CDD|153101	cd01042, DMQH, Demethoxyubiquinone hydroxylase, ferritin-like diiron-binding domain. Demethoxyubiquinone hydroxylases (DMQH) are members of the ferritin-like, diiron-carboxylate family which are present in eukaryotes (the CLK-1/CAT5 family) and prokaryotes (the Coq7 family). DMQH participates in one of the last steps of ubiquinone biosysnthesis and is responsible for DMQ hydroxylation, resulting in the formation of hydroxyubiquinone, a precursor of ubiquinone. CLK-1 is a mitochondrial inner membrane protein and Coq7 is a proposed interfacial integral membrane protein. Mutations in the Caenorhabditis elegans gene clk-1 affect biological timing and extend longevity. The conserved residues of a diiron center are present in this domain.	2.3054e-66
NC_010793.1|WP_148141114.1|1355574_1356669_+|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|274285	TIGR02760, conjugative_transfer_relaxase_protein_TraI, conjugative transfer relaxase protein TraI. This protein is a component of the relaxosome complex. In the process of conjugative plasmid transfer the realaxosome binds to the plasmid at the oriT (origin of transfer) site. The relaxase protein TraI mediates the single-strand nicking and ATP-dependent unwinding (relaxation, helicase activity) of the plasmid molecule. These two activities reside in separate domains of the protein.	6.76338e-13
NC_010793.1|WP_012461845.1|1363631_1363925_+|preprotein-translocase-subunit-SecG	gnl|CDD|235881	PRK06870, secG, preprotein translocase subunit SecG; Reviewed.	1.48642e-12
NC_010793.1|WP_012461834.1|1349797_1352329_+|AsmA-like-C-terminal-region-containing-protein	gnl|CDD|379224	pfam13502, AsmA_2, AsmA-like C-terminal region. This family is similar to the C-terminal of the AsmA protein of E. coli.	5.75418e-16
NC_010793.1|WP_012461844.1|1362876_1363626_+|triose-phosphate-isomerase	gnl|CDD|238190	cd00311, TIM, Triosephosphate isomerase (TIM) is a glycolytic enzyme that catalyzes the interconversion of dihydroxyacetone phosphate and D-glyceraldehyde-3-phosphate. The reaction is very efficient and requires neither cofactors nor metal ions. TIM, usually homodimeric, but in some organisms tetrameric, is ubiqitous and conserved in function across eukaryotes, bacteria and archaea.	3.5547e-77
NC_010793.1|WP_012461849.1|1367564_1368257_+|phosphatidylserine-decarboxylase	gnl|CDD|235400	PRK05305, PRK05305, phosphatidylserine decarboxylase family protein.	3.49435e-111
NC_010793.1|WP_012461847.1|1366407_1366956_+|disulfide-bond-formation-protein-B	gnl|CDD|376848	pfam02600, DsbB, Disulfide bond formation protein DsbB. This family consists of disulfide bond formation protein DsbB from bacteria. The DsbB protein oxidizes the periplasmic protein DsbA which in turn oxidizes cysteines in other periplasmic proteins in order to make disulfide bonds. DsbB acts as a redox potential transducer across the cytoplasmic membrane and is an integral membrane protein. DsbB posses six cysteines four of which are necessary for it proper function in vivo.	1.07088e-28
NC_010793.1|WP_148141120.1|1360183_1360411_+|transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	8.22304e-12
NC_010793.1|WP_012461832.1|1347958_1348915_-|malate-dehydrogenase	gnl|CDD|133424	cd01339, LDH-like_MDH, L-lactate dehydrogenase-like malate dehydrogenase proteins. Members of this subfamily have an LDH-like structure and an MDH enzymatic activity. Some members, like MJ0490 from Methanococcus jannaschii, exhibit both MDH and LDH activities. Tetrameric MDHs, including those from phototrophic bacteria, are more similar to LDHs than to other MDHs. LDH catalyzes the last step of glycolysis in which pyruvate is converted to L-lactate. MDH is one of the key enzymes in the citric acid cycle, facilitating both the conversion of malate to oxaloacetate and replenishing levels of oxalacetate by reductive carboxylation of pyruvate. The LDH-like MDHs are part of the NAD(P)-binding Rossmann fold superfamily, which includes a wide variety of protein families including the NAD(P)-binding domains of alcohol dehydrogenases, tyrosine-dependent oxidoreductases, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases, formate/glycerate dehydrogenases, siroheme synthases, 6-phosphogluconate dehydrogenases, aminoacid dehydrogenases, repressor rex, and NAD-binding potassium channel domains, among others.	8.02821e-174
NC_010793.1|WP_012461836.1|1353463_1354009_-|peptide-deformylase	gnl|CDD|234668	PRK00150, def, peptide deformylase; Reviewed.	1.8151e-73
NC_010793.1|WP_012461846.1|1364688_1366269_-|lysine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234829	PRK00750, lysK, lysyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NC_010793.1|WP_012461843.1|1361243_1362797_-|SurA-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|182731	PRK10788, PRK10788, periplasmic folding chaperone; Provisional.	1.95298e-26
NC_010793.1|WP_012461828.1|1342261_1343278_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|223566	COG0492, TrxB, Thioredoxin reductase [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	7.21448e-63
NC_010793.1|WP_012461829.1|1343274_1344180_+|bifunctional-5,10-methylenetetrahydrofolate-dehydrogenase/5,10-methenyltetrahydrofolate-cyclohydrolase	gnl|CDD|223268	COG0190, FolD, 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/Methenyl tetrahydrofolate cyclohydrolase [Coenzyme metabolism].	1.32975e-115
NC_010793.1|WP_012461831.1|1345499_1347866_-|type-I-DNA-topoisomerase	gnl|CDD|235840	PRK06599, PRK06599, DNA topoisomerase I; Validated.	0
NC_010793.1|WP_041621667.1|1352543_1353467_-|methionyl-tRNA-formyltransferase	gnl|CDD|234567	PRK00005, fmt, methionyl-tRNA formyltransferase; Reviewed.	3.14599e-153

Protein sequences

>NC_010793.1|WP_148141114.1|1355574_1356669_+|toprim-domain-containing-protein
MAEGAETALSLQQSGIEGNIIASAGISNLTNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITNNTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQTCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIAKQNDITNVKELYNKSSSLYYFKQEEEAKVETIVVNKFLENHTGIYSAKIFNNSNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNEAGEITGAKILTLNSKTCNKADIPEKSVGTISGSFAEIAQQNPKYSPVIIITKDIETALTIQQARVEGKILCAIEAENLQNYNPGPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKEAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQPGLCPKH
>NC_010793.1|WP_012461836.1|1353463_1354009_-|peptide-deformylase
MSILSLITAPDPILKKVASPVDTVNDSIRQLMDDMLETMYHNHGVGLAAPQVAVSKRIIVLDLSKVDIKEDNITNSEYKYPLFMVNPIVKAISNQTATAKEGCLSLPKQAIEVSRYHEIQVTYLDYYNKLTTLNAEGWLARAIQHEVDHLDGILLVDYLSNLKKEAALNTLSKIKDAAYDK
>NC_010793.1|WP_041621667.1|1352543_1353467_-|methionyl-tRNA-formyltransferase
MKIIFMGSPEFAIPALKELALSKHNVIAVFTSKPKKRDRYLNIQRSPIHKLASALSIPVYTPDSLKTNDVQNLIATLDADVIVVAAYGLIIPKAILKMKKYGCINIHPSMLPKYRGAAPIQRTIINGEKETAVCIIQMDQGVDTGDIILCQKFHLAKNICFSELHDQCAKVGAKLLVKAINYIHTLPRIPQSQDRASYAHKLSKSESKINWYESAYTIDCKIRGMNPWPGTFFTYNNCNIKVLKAKIVNNSHNLQPGTVKIVNNNKLLVACQEHFLELLSLQLPGRKELSSSQFLCGYHILPDTVLQ
>NC_010793.1|WP_012461834.1|1349797_1352329_+|AsmA-like-C-terminal-region-containing-protein
MRKKIYFFTIALLLFIGSILSIYLFNYNRLSKQVQQFVLSNKKLSFNTNLEFKNFPLPQVCVDNLSVDNKHFLIKKVKIYFSPLSLLIFRPVISHLVIEDANIMIDRPRFDYMVNLIDSIYEFLPGSYDIQMKNVNCVNSNSNIIRTVNELSANLVSDHYQIQGVFDGIHKVKGVLPCENQQEINLDFSSVNYAFTFKGVLNKHQLPVGNCKLLVKDLSSFINSYYYDIDSILTKFNTNEHVEIIFDTEITDQMMSIKNLKINSDSIEAVGTLTFFNDTHTADVISIAFNKLIMNQLFSGNGSSNIAGFQSKKTMSIPTTDSNIAITAKEVIIYDEKFTNISFVSEVRDQIMNISNFSGVINSGGNFQMVGTVKQNQYRSLFEGQVKLEHRNINDLLSLLNLKNIAVNEVQPMLFESNVRSTIIDHQLYDINMQIGKARVQGSMYNKSIGNNLSRIYTRLTLFDFNFNKSNYPLISSLLDYYQSLGTGIEEHNYLMKFVPLNTINYNACFFLNFKSVTFKGRETPNKLAVLVYLSPGQINVDNFYYGDEKNHLIGKVSLYTKDIKPRIDIAIDKGELYLNTDNSQLFDNMKKIINKLKYNKVVVNLNANLQKFSYNDKLIQDFISKFSVQDSIVHVKDINCRIDNGEFQAKGSILMSPLAMTLVYAYNSFYIPTFSFILQDKESFLPKGFASMQGTITTNGENLADIMNNFNVTAKFVAKDVEITDISLDYLIDRVTQNNYVYDNLKKDINIAANHGKTIFQTVEGDFKLHKNAWQFSNYKLNTKQLNGEGTGLVRLDQSKLEFNSYLNINSTKNRNNLSNQKLYLKVNGSYDKPIKTIQFYH
>NC_010793.1|WP_012461833.1|1349134_1349629_-|ribosome-maturation-factor-RimM
MSSESKLILIGIISSPYGIRGQVAIKSFTDPASNILNYELKDYRKNIIKIHSAKILSKKIICNIDQIVTRTAAEQLTRTKLYIYKHELPQLPDSEYYVANLNGIKVKNLEGEIIGKINNICNYNAGDIIEVVYNDGKKIMYPFTNEIFPQITEDFVVIVPPEFI
>NC_010793.1|WP_012461832.1|1347958_1348915_-|malate-dehydrogenase
MSYKAKISIIGAGNVGATLAHLIAVKELGDVVIVDKTKAVAQGKALDISQSMGIGKSCINITGTNNYQEIQDSNVVIVTAGIARKPGMSRNDLVNTNAQIMIDIATQIKYYSSNALVIVVTNPLDAMVWVMQKNLSFDHQKVIGMAGVLDSIRFKYFLSQEFGVSINNVNAMVLGGHGDTMIPLVKYSTIAGIPIMELVKMGWSTKERIDQIVQRTRDGGKEIVSLLQKSSAYYAPAAATMTMVESYLKDQKQILACSVYVENYYSIKSEGLYIGMPVVIGKNGVEKIIKLELTEIEQHAFTQSVNAVRELITTVQEL
>NC_010793.1|WP_012461831.1|1345499_1347866_-|type-I-DNA-topoisomerase
MKLLIVESPAKAKTINKYLGSDFQVVASYGHVRDLLAKAGSVLPEQDFLIKYEINPKSTRHIKTICDLAKKSECIYLATDPDREGESISWHIVEVLKEKKIFANFKRIIFNEITKKAIGDALQQPRDINLNLVNAQQARRSLDYLVGFSLSPLLWRKLPGCKSAGRVQSVGLRLICEREEEISKFISQEYWNIHIDMISNKDEIVTAKLIEFDGNKLEKFSITNQSQAQDIVKNIENQQFKVIDITRKQRKKSPPPPFITSSLQQEAAGKLGFTAKKTMTIAQKLYEGIDLNNESTALITYMRTDSVMLSKDFIDETRNFISSSFGSNYLPKQIRAFKSKVKNAQEAHEAIRPININLTPELLLNKIEKDYLKLYELIWQRTVACQMENVILNLESINFASFNQLHVAKATGSTIAFDGFYKVYKEINDEEENKKLLPNLSQNEVMQVKNILPKQHFTEPPPRYSEATLVKTLEDLGIGRPSTYATIISVLQERDYVILDQKRFIPQNKGRLVTAFLTAFFKKYVEYDFTAKLEDQLDSIAKGMIEWQEILKNFWTGFNNNVQEIEQYKITDIIPQIETLLSNFLFPAQNDETDHKLCTLCKVGKLSLKLSKYGAFLACDNYPSCNFTRNIAAAFENNDNLPKGKNNKAIGYSDDMQKTIYLKEGPFGWYIQAGEDSTNKNDKPKRVPISVISSSPQDITLETAVKLLALPKVIGLNPNTNKEITVAVGRYGPYLKHDGKFISIPKNYDYLNLSINDCIKIITSSSSQLRKAKKDAPTNSDKVAKSKS
>NC_010793.1|WP_012461830.1|1344114_1345500_-|hypothetical-protein
MRIKLVNNSAYIKQLGIVIIIAKIIYSTILFCVEMPFLSPLFINKDIFNYASVECNHLPIMLSLLTSCILAINISNSVPKRYHLIKILQYLALIGIICIIFPQIYSTQVILNNYIPIINNLIFILGLSCFGVAIILLHLVTINIYNLTSITLTLIIFIVFISFTCSYYSLQTIIIKYPIDLPFFYEAIFWSGSNIMNVFFTQTLMVAWVYLTQSLLHIKFNGKIVFIYTVLILLNTVVAISGLLGHLIHDMESPYFREFYINYTQYFVSIAPIFFALTALHQLLTIKFYKSNYYHNFNKTNFSLENINLTPNTNTEKDFQIFPNRYWQQITPSSQKIIYHGLLSSIILFITVHIIGLLVKCINSIVYYASTISIALIFMTISYYIANNKYVINNKLAILQLWLYCISCLLNLIDFDHINSTLNLVKIITNVACYSKIITILTQVFFIIIIYNARINKFSSS
>NC_010793.1|WP_012461829.1|1343274_1344180_+|bifunctional-5,10-methylenetetrahydrofolate-dehydrogenase/5,10-methenyltetrahydrofolate-cyclohydrolase
MTVIMDGKKLAELRLVETKNDLLALKDKYQITVKLVIILVGNNDASLIYVNNKVAKAKAIGMDSEIIRLFEFIEEKKLLSVIDDLNCDSTVHGIIVQLPLPPHIDALKIFARIDSRKDVDGLNPINIGYLNIGANHGLIPCTALGCIDLLQYYVTDLKGKHVVVIGKSNIVGKPLSALLLRHSCTVTICHSATVDLALHTRTADIVISAVGKANFLTNKHFSGNLAFIDVGISHIYDLQTHKRKLVGDGDFLKIKDLVKFITPVPGGVGPMTVAYLLKNTLTAAKLIYASIIDNDDEKHLC
>NC_010793.1|WP_012461828.1|1342261_1343278_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase
MLSKNVHTTDVVIVGAGPVGLFAVFQAGMLEMKCHVVDALDCIGGQCVTLYPDKPIYDIPAYPVITAAELIEQLKQQSAPFDTVYHLGQQVIGCKIDNDMITITTSAEQVICAKSLIIAAGCGAFKYKRLTLDNIEAFENKTVFYSVKDKNKFINKKVVIAGGGDSAIDWTLLLSDVAEVIYLVHRRENFRCAPHSLNQIKKLAECGKVQMIVPYQLAKLTGENGLLQEVLVTNFDGGAQTLPADYLLAFFGLAADLGPIHKWGLKTDLRRIEVNSITYETTIPGIYAIGDVASYPGKLKLILTGFAEAATAMSHCYQRVFGKKMHFQYSTVKGVLRS
>NC_010793.1|WP_012461840.1|1358959_1359985_+|hypothetical-protein
MKNFTDLIQHLSHTQEDCILVKSKEQLPTNIAYNSDSHSLGLPQYNICNQIFIKLQSYLYQLSQCIWSAPSNESNSTVYSMDCSEAFGFSVNNDTKIDIDDEKYALRLISPEANEWIKKNACETIKNCTLNALDAISGEIIAYNKEAANEKYEPSILHNAQYAIIGASVVSVGLAICGAKYCITKYQEYRRNKQQIDLISHVSKDYDDNAEREPCISSASERNIFNTSKTDSFSEAKAFNLNAEPGSAHAIELIIHKSSQTNDFSTAVNLALQELRWSEDNDNYNDITTYTSLFDNVIKKAKHITTHADIHHSEVINSFELSTNVVGDIEENIYELLDNIS
>NC_010793.1|WP_148141120.1|1360183_1360411_+|transposase
MHQKKTNVIGALVDKLLLTISIFDCNVNTAIFNCWIEQDLIPKLPNNSVVVMDNASFHKSLHLKTMIENDIHILS
>NC_010793.1|WP_012461842.1|1360632_1361217_+|hypothetical-protein
MFKRLRKALRLNTTQFRPATSPAVAEAHESKEIRENQKVQQQNENSSGGADSKVPQFEKHVSFSNDVQVKIRTPSPISPISPSFNLESGFIFPKPPDEQSHPISSSAILTRYYASSESTATSPETQHNPKSGIFNGKPLEQRMKMLCEASLVSQGILPKPDNTDDQVENSNQCSCEEFSVDVTGACGGYDSDTN
>NC_010793.1|WP_012461843.1|1361243_1362797_-|SurA-N-terminal-domain-containing-protein
MLNKLRTASHSIAFKILILILILASVFWSIGTMFHSSNNSSDIVTFTKAKNITKSEFMQALKLAMHQIPQNSDQNLLTQNNIRELVLSNLISTHVLEQLAHEYNLTLSTAAVFKFIQNSKAFNNNQNFDINIFRNILKNLHISEPQYFDQAAKQQLSEILLRQFINNNYVPSILTKNIINLSAETRNIQLVSIDLQNEQLQSTLDSPSSEQLQEFYNNNQSKFEKPEQRHISYIVLDNNYFKNKVIVDNKSLEEFYRTHSDQFSEKNSFTKNIAEVREKYVNHQVDKLFNDTITLLEDEVASGSNSSEIAKMLNVKLLTLNNVTKQKLANNKILSNVTDAIFALEEHETSYPLDVSSKMLIIVSIQKIIPTAVEKFDNVLNQVQEEWKKNTIRERNIELLNKFQQTTNADNFIADAKKYKLTVKPNVIVTRLNNNTVELPKEFVEQLLTLKKREVSNVYISTSNQHAYVALISAITTDRDLTTKFLSLTEDIKGSFKNLVYHELVTYLYNLYKGEVK
>NC_010793.1|WP_012461844.1|1362876_1363626_+|triose-phosphate-isomerase
MESIVVSNWKMHFSFSEACNYLNLITSLNSNLNLAKMIFAVPNLYLSGLKLKFNDTYHFSAQDVSMITESSGPYTGEISASMLKNLNVNYAIVGHSERRLLFYEDANTIALKVRNCINNAIVPIVCIGEPIEARKNKTYLQYLAQQLSSISFSFTKNVIIAYEPIWSIGSDMIPTIDDIYEVVTMIREIQNRYIPHNIENSVKIVYGGSVSANNIHQILTAGVDGVLIGKASLKLESLTTIIKTVQGLD
>NC_010793.1|WP_012461845.1|1363631_1363925_+|preprotein-translocase-subunit-SecG
MMNILLFIHIVISVLLVTAILLHKTGADSLSGLSGRNEGIGIVTSKASTSFLTRIIVILATCFFINAIILANLSSKKNTSITDKLQLQESNTVPLAK
>NC_010793.1|WP_012461846.1|1364688_1366269_-|lysine--tRNA-ligase
MLEFLNHAMQSKAWPFIEAQKILNKLNYKVPSKGYVLFETGYGPSGLPHIGTFSEVARTVMVIEAFKQLSNIPTKLICFSDDMDGLRKVPTNLPNQDMLKKHLDKPLTSIPDPFNEAKSYGDYMNGKLIQFLNTFNFTYEFYSATKCYNSGMFDKMLLKVLANYEKIMEIMLPTLREERQATYCPFLPVCPETGKILQIPAIKVNKDAGTITFQNHNTGKIFETEVTKGRCKLQWKPDFAMRWAALEVDYEIYGKDHMINQHIYSKICQVLDGIPPIQFFYEFFLDDTGDKISKSKGNSITVEQWLTYAPMESMLLFIYQSPTKAKRLHFNVIPKNVDDYLAFIKKYHQTDDQVAKLANPVYHIHLGKVPNIDTYNLNFSLLLNLASVCNPENKSVLWGFINKYAPDASAISCPYLDQLIEFAIRYYNDYVKVQKKYLIPSIQQRTILEQIDLTLTDLYEADAETIQSAIYKIGINNGYDGNLRCYFQELYQILLGQLDGPRLGSFIKLFGIDNTKALIKEKLINN
>NC_010793.1|WP_012461847.1|1366407_1366956_+|disulfide-bond-formation-protein-B
MIDTILKGLILNSYRRFFIVLAIVPVVSLSFAYYVEYILEVAPCTLCTYQRWPYYMLFFLSILGISFSRLSNILHKVIILNFVISALISGYHYGIEKEIFSEPKTCKVNTIMSENLSVKERIKLLETIPVVKSCKAVPFKIMNMSMAVMNFLWSILLLLFCCIVNLYYCKYAKANICSRSSC
>NC_010793.1|WP_012461848.1|1366918_1367464_+|demethoxyubiquinone-hydroxylase-family-protein
MPRPIFVQDRHAKIAEMIRVNYAGEYGACRIYKGQINFINNKTCKAQIISMLEHEEEHCAFFAQQIQNRKIRPTCFMPLWHAFGYISGAITAITGPKFAMLYTEAVENAIDQHYQDQIRQLELIFAEREKKLTIAIKRFHQEEIEHKIIAKTYYNELSKIGIVFKNLVESICNVAICLSKK
>NC_010793.1|WP_012461849.1|1367564_1368257_+|phosphatidylserine-decarboxylase
MPIQDFSKIIHKEGYIFIVISAAVTFLLGSFSAALGWMGALVTIFCVYFFRNPNRVVPKESGLVISPADGRIQSILHAMPPPELGLLEEEMLKISIFLSVLDVHVNRIPADGKIVSLNYNPGKFINASFDKASLHNERQSVVMETTDKQTIVFVQIAGFIARRIVCDLEEGNEVSAGDRFGIIRFGSRVDIYLPKKTVPLVAVGQSCIGGETILADFKSKRIAPSKYDTK

Crispr_ID: NC_010793_5

• CRISPR_ID: NC_010793_5
• CRISPR_location: 1746144-1746238
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010793_5

Consensus_repeat	Method
CCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTT	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010793_5

>5.1|1746167|49|NC_010793|CRISPRCasFinder
ACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010793_5

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010793_5

>merge|NC_010793|5|1746144-1746238|CRISPRCasFinder
GCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATTCCTTCAGCTTTACCTTCGGCTTT

>NC_010793|5|4|1746144-1746238|CRISPRCasFinder
GCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTT	ACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATT
CCTTCAGCTTTACCTTCGGCTTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010793.1|WP_012461942.1|1747112_1747688_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NC_010793.1|WP_012462144.1|1737603_1738302_+|conjugal-transfer-protein-TraF	unknown	unknown	gnl|CDD|372692
NC_010793.1|WP_012462151.1|1750584_1751133_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012462153.1|1752042_1753479_-|replicative-DNA-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|181676
NC_010793.1|WP_012461082.1|1740567_1740903_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NC_010793.1|WP_012460821.1|1730789_1731119_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012462141.1|1734535_1735513_+|TraU-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377717
NC_010793.1|WP_012462142.1|1735535_1735919_+|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	unknown	unknown	gnl|CDD|370610
NC_010793.1|WP_148141103.1|1751180_1751774_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NC_010793.1|WP_012460827.1|1741073_1742042_+|IS110-like-element-ISOt5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|226077
NC_010793.1|WP_012462150.1|1749771_1750581_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146
NC_010793.1|WP_012462143.1|1735915_1737607_+|conjugal-transfer-protein-TraN	unknown	unknown	gnl|CDD|369160
NC_010793.1|WP_076611195.1|1739378_1740246_+|IS630-like-element-ISOt3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NC_010793.1|WP_012462140.1|1733585_1734245_+|conjugative-transfer-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274276
NC_010793.1|WP_012461299.1|1747788_1748646_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|223715
NC_010793.1|WP_012462155.1|1754756_1755452_-|conjugal-transfer-protein-TraH	unknown	unknown	gnl|CDD|368759
NC_010793.1|WP_012461300.1|1748667_1749396_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|223715
NC_010793.1|WP_012462157.1|1755630_1756023_-|DUF4102-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379139
NC_010793.1|WP_148141126.1|1753487_1754591_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010793.1|WP_012460825.1|1734331_1734535_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010793.1|WP_012462153.1|1752042_1753479_-|replicative-DNA-helicase	gnl|CDD|181676	PRK09165, PRK09165, replicative DNA helicase; Provisional.	0
NC_010793.1|WP_012461942.1|1747112_1747688_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	2.02468e-37
NC_010793.1|WP_012461082.1|1740567_1740903_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	3.68784e-08
NC_010793.1|WP_012462155.1|1754756_1755452_-|conjugal-transfer-protein-TraH	gnl|CDD|368759	pfam06122, TraH, Conjugative relaxosome accessory transposon protein. The TraH protein is thought to be a relaxosome accessory component, also necessary for transfer but not for H-pilus synthesis within the conjugative transposon.	3.72391e-52
NC_010793.1|WP_012462141.1|1734535_1735513_+|TraU-family-protein	gnl|CDD|377717	pfam06834, TraU, TraU protein. This family consists of several bacterial TraU proteins. TraU appears to be more essential to conjugal DNA transfer than to assembly of pilus filaments.	5.54992e-121
NC_010793.1|WP_012462142.1|1735535_1735919_+|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	gnl|CDD|370610	pfam09673, TrbC_Ftype, Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein. This entry represents TrbC, a protein that is an essential component of the F-type conjugative pilus assembly system for the transfer of plasmid DNA. The N-terminal portion of these proteins is heterogeneous.	1.7898e-20
NC_010793.1|WP_148141103.1|1751180_1751774_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	5.16079e-23
NC_010793.1|WP_012460827.1|1741073_1742042_+|IS110-like-element-ISOt5-family-transposase	gnl|CDD|226077	COG3547, COG3547, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	4.85149e-33
NC_010793.1|WP_012462150.1|1749771_1750581_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	1.84486e-50
NC_010793.1|WP_076611195.1|1739378_1740246_+|IS630-like-element-ISOt3-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	2.41653e-50
NC_010793.1|WP_012462140.1|1733585_1734245_+|conjugative-transfer-protein	gnl|CDD|274276	TIGR02743, hypothetical_protein, type-F conjugative transfer system protein TraW. This protein is an essential component of the F-type conjugative transfer sytem for plasmid DNA transfer and has been shown to be localized to the periplasm.	4.28964e-55
NC_010793.1|WP_012461299.1|1747788_1748646_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	gnl|CDD|223715	COG0642, BaeS, Signal transduction histidine kinase [Signal transduction mechanisms].	2.00656e-11
NC_010793.1|WP_012461300.1|1748667_1749396_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	gnl|CDD|223715	COG0642, BaeS, Signal transduction histidine kinase [Signal transduction mechanisms].	2.49595e-09
NC_010793.1|WP_012462144.1|1737603_1738302_+|conjugal-transfer-protein-TraF	gnl|CDD|372692	pfam13728, TraF, F plasmid transfer operon protein. TraF protein undergoes proteolytic processing associated with export. The 19 amino acids at the amino terminus of the polypeptides appear to constitute a typical membrane leader peptide - not included in this family, while the remainder of the molecule is predicted to be primarily hydrophilic in character. F plasmid TraF and TraH are required for F pilus assembly and F plasmid transfer, and they are both localized to the outer membrane in the presence of the complete F transfer region, especially TraV, the putative anchor.	2.61193e-54
NC_010793.1|WP_012462157.1|1755630_1756023_-|DUF4102-domain-containing-protein	gnl|CDD|379139	pfam13356, Arm-DNA-bind_3, Arm DNA-binding domain. This DNA-binding domain is found at the N-terminus of a wide variety of phage integrase proteins.	8.34612e-07
NC_010793.1|WP_012462143.1|1735915_1737607_+|conjugal-transfer-protein-TraN	gnl|CDD|369160	pfam06986, TraN, Type-1V conjugative transfer system mating pair stabilisation. TraN is a large cysteine-rich outer membrane protein involved in the mating-pair stabilisation (adhesin) component of the F-type conjugative plasmid transfer system. TraN is believed to interact with the core type IV secretion system apparatus through the TraV protein.	1.65492e-105

Protein sequences

>NC_010793.1|WP_012460827.1|1741073_1742042_+|IS110-like-element-ISOt5-family-transposase
MIMNSIIVGIDVSKETFDAAVLINNKVQTRKFNNNSEGFNKLVTWLKSRGTGHVCMEATGIYWKNLAKYLYDYGYKVSVVNPARIKGFAMSKLSRTKTDKADSVLIADFCKAMKPEAWYPQPLYIQELQQLVNRLNVLIKHKTQETNRLEGASKAIANNIQMHIEFLETQIKEIEQLINDHIKNNKDLHNKAMLLESIPGIGAKTQAVVLAFLADIEKFSSAKQVVAFVGLNPKHRQSGSSVRGASRISRTGNSDLRKSFYMPAMSALRHNCIIKQFSQRLSDTGKPKMLILIAAMRKLLHIIYGVLKHNSPFNPNVLINQK
>NC_010793.1|WP_012461082.1|1740567_1740903_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein
MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGIVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKATVWLKDEVSMSAPVKVDNIPCMIKISEIAIK
>NC_010793.1|WP_076611195.1|1739378_1740246_+|IS630-like-element-ISOt3-family-transposase
MARSYSYDLRMKLFKALDEGLSIVKACKIFNISRNTIYRWKHLKRETGDIKAKPYGPAKGYNAKIDLKEFEELIINHHDKTAKELSTILGNRLQRTRINYYRKLLGYTYKKTHFHPKRDIVLRNEFIEKVKQISKENLVFIDESGIEDNACREYGWSIKGTRCYGNKAYQHKSRVSMIAGLCNNQIIAPVIFEGNCNKEIFTTYVETILIKELHPGQIVIMDNINFHKNNTIKVLIESVGCSILFLPTYSPDLNPIEHYWFKIKNEIRKVTPQFKDISMAVAHVMQFI
>NC_010793.1|WP_012462144.1|1737603_1738302_+|conjugal-transfer-protein-TraF
MSRLLMVIILISQLSTVVASPTGFLWYNDKHGHEPNDSTSKLMSIAHDQRIEELKEQFNRAQRIALDNPTLENVITAQRLQKQIMEKAHKFATMWQLATLLDYQLINANEPANSLHRKLYQEKSEQENDSKLKNIAKNWGLILQVKQDCLLCKAFLPVVQSFVNKYAFQLLAVSKNNELLNKLNPEHIVPVLYLIAANGKKIYSVARGIISEDKIIDNILAIDRHYHKLETA
>NC_010793.1|WP_012462143.1|1735915_1737607_+|conjugal-transfer-protein-TraN
MRLLSILTLITLNISSCIASMQSSYNEAKNYNVNLGNSSNTQELFHQGSNVNYPNNDEDLTYHGRNQLGTESGAMLFQAENSKNNALTQHNINDQNYMIANSMRIESDPLSALDSSNFVTQTSTTNTEIIQSCTEGSKFNIELIRELNVECRLENVWLPWQSRQMEFAKKEIVKNHSNWLKSRSDVYDKSGAQIYCLVDDPEAIERQMKMAIANRLGVSTQHIGRNFLLHEMKKICILEYDYRDKTQELREVAEYWKVLNPELEQLTESNECYEVNRINYDGGDRVFFDKFKVNRPYWKQKIVFSCTSDPKDGCKHLKIQNCELKNSTCQKSVANICLLWQHDYSYSTEKQTMLHSSLRNNSIFCLGGNCNTPTIIPNRDIAKVAHLAMLNQMSKDIKTNPVSVFSGKPRKCKKDVFSFLNCCSSMTGWGRDIGLSQCKSKEQELALYRKKGYCYYIGTYCSSRIPILGICLARKSTYCCFQSKLARIFQEEARKQLKIDFGTPECPKCRGLTVDELQKVDFTKINMDELFGDILTKAQNSMNKDIIAGIKDKVHRMQQSNSK
>NC_010793.1|WP_012462142.1|1735535_1735919_+|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC
MVIRVMMLMVLLFVNNANAFFLDKQKTFIFVSFSMSDEALKSYFAESQKAGAQLVMRGLINNSFTQTKNKTMELDISFDIDPSLFEQYKIDVVPVIVIDDKKRGLTKKLTGHIPLASALEIMNENTP
>NC_010793.1|WP_012462141.1|1734535_1735513_+|TraU-family-protein
MKELVILFAIVMSITANNCYAAAGCVGRFVNPITDVCWKCLFPITIAGFKVVSSSMPDTNASGRLICLCPKPGIPVPVPGIPVGFWEPVRLVDVTKSPMCMVSLGGLSFGSATQKGMKDEAEGNAFYHIHWYVYPVIYWLEILLDFICLEMAAVDIAYLTEFDPLWSDDAKSAILNPETLLFQNVAAYQACIADCMGCSAGLLASDYAFWCAECQGMLYPFTGTAAAHNGGVGTSVLMVSKFMAKMHRQLMLWGYYGYKGLCGKYPMPIIKKSQYRLQMTYPIPETKSCKSIGQTEATWQAGREFPVNGEDFGYLIWRKRDCCLL
>NC_010793.1|WP_012460825.1|1734331_1734535_+|hypothetical-protein
MKSWKLQQLEQDLVKIVNNTLRGEIQEIVNPGGETLYLVPGVKDIENTASKFRKYKKKEVYIIKKSW
>NC_010793.1|WP_012462140.1|1733585_1734245_+|conjugative-transfer-protein
MKHGAVIGIGTFFALFAVAYQVSDIRANLLNADIGIEIKNYGTRGHVFPIIEESLLEVIMAKLNAASKSGLLNQMQLEFQEKVRQKIMRPVPVKNLSKATENKTRIYDSTYVQKDNIKTKNGIIIVKGGTKINPLEMINWGEPLILIDGDDEDQVAWAKSRPGKIVLVNGNPIELSNLLGRHVFFDQLGFLSMKFKIQAVPAIIEQQNKVLKISEISTY
>NC_010793.1|WP_012460821.1|1730789_1731119_+|hypothetical-protein
MKFLLLLLGCMSLTSFFYRSTFDCKIPKGLKCKSLYEIKNMVAQGAFDIDNLEKVETSKTKSKRRCILCYRQAKAIQSVAVVNKSPKKPKKYLINLFKSKQSQGERKHT
>NC_010793.1|WP_012461942.1|1747112_1747688_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLLNKLFETNVRFNTKIDLDKVERAIFYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIGQEFGHNIAEQVSDLTRIKDNKKISSREMIQTFYRQNKTELLLIKLFDRFHNIQTIHIKPYEKRQEIILETQQEFIPLAEYLKLPEIAIELNKYCELYAS
>NC_010793.1|WP_012461299.1|1747788_1748646_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase
MKEKKKTINQWMVQIPPIPITLMNGESENIDEYMEIITKLRKAKYQVEAAESLKEYCTDLIQEIKYRFNIATSEIVRLASEIMLNDWENKDKLKTILNRSANLQEYCNDVVYTLRSEIEHENLCLKKFSIQKLVKNAVRRLEDIAKEKDIKINCNFQYKMKDIVIENSDHLQAILSQLIGSIIRFNQSCQVIITVHLFTVKNYIKSDNILQFRIHDTGSGISKEKLGNIKAKLADFELVRDYPLMLESGLWFVNYLVNQLNGEMEIESEKDKFTTITCNIPVQLF
>NC_010793.1|WP_012461300.1|1748667_1749396_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase
MPIQDEGQNKINKLTEKLSTEGINSTTIKLIDTELQKLYCQLEESEQVSINCIEWIQYFRLIVNNYDRKKVNIIASLNGMIFLFRQYIASTNVRIETFNIELLINNTVIRMREHFENENINLNVQNDIKPILIGDSFRIKAVISQLIGSAIINSSKNSKITINIKQYSEILQFTVQNIGLSTSKEKLERINAELENTNLVMYQELGEGLAFIKHLTHQMKGNLRVKERNNYVTFSFDVPTIV
>NC_010793.1|WP_012462150.1|1749771_1750581_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase
MSVAVANKSKPFLHWIGSKRRIVNKLIEHLPQGPHYNYYEPFLGGGALFFQVRHLFKQCFLSDINLDLITSYNAVKNNPNEVNRLLSLYHKHHSKDYYYKVKNKYSNNPNEITAKFIYLNKYSFRGIYRVYKNGQSAQTFSGECYIKLHIASRINQCSNLLHGVSIYATDFSFIEPQQNDFVYFDPPYHKSGERFYTRLPFDEKDQIRLRDFVYELHNKGVKIMISNNNTAFIRDLYKDFNINTVTVVYSINEQRNPVNELIITNYKTC
>NC_010793.1|WP_012462151.1|1750584_1751133_-|hypothetical-protein
MNVLKSILQPCYAVILAFVVLSSPSICTANNNVNFNAFKDSIDTSQFYIKFSTGIATNYDTLEAGIGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFVQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLESAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDGVGTTINLSRDTYLDIECSTIANYRPLPIHIRFGLRVHI
>NC_010793.1|WP_148141103.1|1751180_1751774_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MFRSKVQQLINKDSTLVNSKYKDGTTALSVALKYKNLPIAKILLNNGANVNAKNNDGYTALHLVVDTIQVYYEFFEKYPVYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAVECKCVEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAIRNKIIDIIQLLIDYGADIDAKDDNGMTTIDYAAKSGNADIFNFLTEQWVPWY
>NC_010793.1|WP_012462153.1|1752042_1753479_-|replicative-DNA-helicase
MEKDLAKIAPSNIQAEQMILGAILINNRALYNINEFLLPEHFYEPLHGKIYKSINLIISKGISATVISLKNMLSNEPAFDEIGGVDYLAKLTTLALSIVNVNEYGKIVYDLALRRYLIEIGEKIVTNAYSSTLADLAISQIETAESQLYDLGSRGTLSKGFTKLQTSIEESWTSISSAIKNKNSINGISSGLLDLDSKLGGFKNSDLIILAGRPSMGKTALGVNLAINACKYFLTQKNTKDNVVPSVGFFSLEMSSQQISTRILSIESEINSSALFNGKIGEQDIDKLKTVQDEIQKWNFFIDDAPAISISAIRSLARRLKRTHNLAILFVDYLQLIKIDNRRSQYNRVQEISEISQSLKALAKELNIPVIALSQLSRAVEQRSDKKPILSDLRESGSIEQDADIVMLIYREEYYLSRSEPHPDSMEYEEWFIKQNKCYNTAEIIVAKHRNGPVGTVNLHYDNRYSKFGNIVKNSQQG
>NC_010793.1|WP_148141126.1|1753487_1754591_-|hypothetical-protein
MENDQNKNEDQQQNLKFKYTESDDFIEIELVGNEKEDQQQQQNLNFYELSDVSNKKLSNKNYEQNSELATSAITKDSEVEKNECCPKRKRLADYYPLTPEDAIILQRMSSRSFNIYFINQLLLKLSNKYLLRHFENKTAVLNYMAKALANELLTTDQANSGNFRFNDVGRFKEQYLANVESGTDRSMKAQLKRKIAGVFKADIAYQILTSCDFVAAVKNKYYIKLLKNITLTECDRSKILQAVQDVYGYEIQELQVKPFEQLKTVSQKQINEEKYLLNLSKQLGSNSIWYKVRESLTKRYGQTIDKKYFSELNIINEDNVSKKIFIKAKTGFADSYITSNHMENLAHAFKAQGFSFELVKFSNFNKI
>NC_010793.1|WP_012462155.1|1754756_1755452_-|conjugal-transfer-protein-TraH
MSVNVTRSGSYQDQAAGYYAAGGLSARTSQTSFQPFAITPPSLNMSCNGIDAYLGSFSVISGEELVQLMKNIGSQAKVYAFSLGLKTFAPQIENALKDLRNLAMEMNQFAKGDCELTKALFATALPRNSAMREAVCRDIQSQSGFDYFAAGKKCRNDLAQKQALRQAQNKDSELMLDDYNIFTKAAAKVVIPSNMRDSIMSMTGTIVGTFQCLRVLCYYKPFRVLNVEYSY
>NC_010793.1|WP_012462157.1|1755630_1756023_-|DUF4102-domain-containing-protein
MPVTVFKFTQSALNKIKVPTKEENIIQFRNTKERNLLLIISYTGFRRFYLVINIGGIYYKIKIGTSPDLTVKEARKKVMKLKKDIAKGINPMDERRKINKERREKREKRLKLKNELTLGHVHEKYTEFSS

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
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61. spacer 2.1|420580|18|NC_010793|CRT matches to position: 1937486-1937503, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

62. spacer 2.2|420616|30|NC_010793|CRT matches to position: 1470545-1470574, mismatch: 2, identity: 0.933

aggtatagagattggtgagactaagggcaa	CRISPR spacer
aggtataaagcttggtgagactaagggcaa	Protospacer
*******.** *******************

63. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 112401-112418, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

64. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 112449-112466, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

65. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 915072-915089, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

66. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 1122770-1122787, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

67. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 1357560-1357577, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

68. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 1642992-1643009, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

69. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 1865362-1865379, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

70. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to position: 1937486-1937503, mismatch: 2, identity: 0.889

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NZ_CP046704	Nostoc sp. ATCC 53789 plasmid pNsp_a, complete sequence	22540-22564	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	MF448557	Lactococcus phage 37201, complete genome	28743-28767	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_013155	Lactococcus phage CB13, complete genome	29780-29804	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	28706-28730	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	28718-28742	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	29758-29782	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	29770-29794	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049401	Lactococcus phage 38503, complete genome	26133-26157	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	MF448556	Lactococcus phage 30804, complete genome	27183-27207	3	0.88
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	MN693058	Marine virus AFVG_25M517, complete genome	17500-17524	4	0.84
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	MF448557	Lactococcus phage 37201, complete genome	28731-28755	4	0.84
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	28694-28718	4	0.84
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	29746-29770	4	0.84
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	NC_049401	Lactococcus phage 38503, complete genome	26121-26145	4	0.84
NC_010793_4	4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder	1357506-1357530	25	MF448556	Lactococcus phage 30804, complete genome	27171-27195	4	0.84
NC_010793_3	3.1|853050|31|NC_010793|CRISPRCasFinder	853050-853080	31	MN694638	Marine virus AFVG_250M1093, complete genome	6247-6277	8	0.742
NC_010793_3	3.1|853050|31|NC_010793|CRISPRCasFinder	853050-853080	31	MN694344	Marine virus AFVG_250M1167, complete genome	37690-37720	9	0.71
NC_010793_3	3.1|853050|31|NC_010793|CRISPRCasFinder	853050-853080	31	MN693686	Marine virus AFVG_250M1168, complete genome	6759-6789	9	0.71

1. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP046704 (Nostoc sp. ATCC 53789 plasmid pNsp_a, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
aactaaaggcataggtaaaggaaca	Protospacer
************** ****** * *

2. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MF448557 (Lactococcus phage 37201, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

3. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_013155 (Lactococcus phage CB13, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

4. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

5. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

6. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

7. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

8. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049401 (Lactococcus phage 38503, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

9. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MF448556 (Lactococcus phage 30804, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.88

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
*.********* ***********.*

10. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MN693058 (Marine virus AFVG_25M517, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.84

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcatagctgaaggcaag	Protospacer
*.**************.******..

11. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MF448557 (Lactococcus phage 37201, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.84

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaag	Protospacer
*.********* ***********..

12. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.84

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaag	Protospacer
*.********* ***********..

13. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.84

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaag	Protospacer
*.********* ***********..

14. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to NC_049401 (Lactococcus phage 38503, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.84

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaag	Protospacer
*.********* ***********..

15. spacer 4.1|1357506|25|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MF448556 (Lactococcus phage 30804, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.84

aactaaaggcatagctaaaggcaga	CRISPR spacer
agctaaaggcaaagctaaaggcaag	Protospacer
*.********* ***********..

16. spacer 3.1|853050|31|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MN694638 (Marine virus AFVG_250M1093, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.742

aaattgcggctaatcaaaagctaaaacatct	CRISPR spacer
tagctgcggaaaatcaaaagctaaaacaata	Protospacer
 *..*****  ***************** . 

17. spacer 3.1|853050|31|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MN694344 (Marine virus AFVG_250M1167, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.71

aaattgcggctaatcaaaagctaaaacatct	CRISPR spacer
ttgctgcggaaaatcaaaagctaaaacaata	Protospacer
  ..*****  ***************** . 

18. spacer 3.1|853050|31|NC_010793|CRISPRCasFinder matches to MN693686 (Marine virus AFVG_250M1168, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.71

aaattgcggctaatcaaaagctaaaacatct	CRISPR spacer
ttgctgcggaaaatcaaaagctaaaacaata	Protospacer
  ..*****  ***************** . 

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	10342 : 64986	43	Thermus_phage(25.0%)	protease,integrase,tRNA,transposase	attL 50943:50968|attR 66288:66313
DBSCAN-SWA_2	102141 : 183085	49	Salmonella_phage(18.18%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	284983 : 336482	39	Streptococcus_phage(16.67%)	integrase,transposase	attL 286993:287052|attR 350632:350704
DBSCAN-SWA_4	350128 : 427128	47	Thermus_phage(21.43%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_5	440440 : 516367	55	uncultured_Mediterranean_phage(18.75%)	integrase,portal,tRNA,transposase	attL 477587:477605|attR 516091:516109
DBSCAN-SWA_6	559782 : 639855	58	Bodo_saltans_virus(23.53%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	645408 : 690458	32	Thermus_phage(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_8	795293 : 891633	58	Bacillus_phage(14.29%)	integrase,tRNA,transposase	attL 794116:794175|attR 871142:871246
DBSCAN-SWA_9	901888 : 969005	53	Thermus_phage(18.18%)	capsid,head,tRNA,transposase,tail,protease	NA
DBSCAN-SWA_10	975376 : 1052641	60	Moraxella_phage(12.5%)	integrase,tRNA,transposase	attL 999639:999678|attR 1053722:1053761
DBSCAN-SWA_11	1158987 : 1219569	45	Wolbachia_phage(14.29%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_12	1226251 : 1290645	47	Orpheovirus(22.22%)	terminase,integrase,tRNA,transposase	attL 1261989:1262008|attR 1304431:1304450
DBSCAN-SWA_13	1307769 : 1382316	48	Synechococcus_phage(14.29%)	holin,protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_14	1398343 : 1480066	60	Thermus_phage(13.33%)	integrase,tRNA,transposase	attL 1398271:1398330|attR 1472048:1473302
DBSCAN-SWA_15	1501321 : 1582480	50	Bodo_saltans_virus(25.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_16	1631108 : 1693191	50	Moraxella_phage(25.0%)	integrase,tRNA,transposase	attL 1647912:1647947|attR 1693563:1693598
DBSCAN-SWA_17	1700850 : 1746991	32	Moraxella_phage(28.57%)	integrase,transposase	attL 1723317:1723334|attR 1735592:1735609
DBSCAN-SWA_18	1865231 : 1932573	45	Wolbachia_phage(15.38%)	tRNA,transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_010793|10342:64986|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012460730.1|10342_11644_+|tRNA	proline--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012460731.1|11871_13125_-|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	2.0e-120	53.6
WP_012460732.1|13330_13900_+	elongation factor P	NA	NA	NA	NA
WP_012460733.1|13896_14682_+	extragenic suppressor protein SuhB	NA	NA	NA	NA
WP_041621705.1|14701_15403_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
WP_012460736.1|16646_17726_+	peptide chain release factor 1	NA	NA	NA	NA
WP_012460737.1|17929_18949_+	FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_012460738.1|18945_19866_+	GTPase Era	NA	NA	NA	NA
WP_012460739.1|20253_20619_-	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460740.1|20715_20922_+	50S ribosomal protein L32	NA	NA	NA	NA
WP_012460741.1|21204_21732_-	cytochrome c oxidase assembly protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460742.1|22156_22960_+	amino acid ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460743.1|22966_23818_+	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase	NA	NA	NA	NA
WP_012460744.1|23881_24373_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460745.1|24385_27853_+	UvrD-helicase domain-containing protein	A7KV33	Bacillus_phage	1.1e-06	24.6
WP_012460746.1|28030_29230_+	dicarboxylate/amino acid:cation symporter	NA	NA	NA	NA
WP_012460747.1|29282_30491_+|tRNA	CCA tRNA nucleotidyltransferase	K4JS34	Caulobacter_phage	6.1e-34	30.9
WP_012460748.1|30487_31384_+	zinc ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460749.1|31919_32228_+	HU family DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460750.1|32410_33286_+	SurA N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460751.1|33414_34236_+	16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))- dimethyltransferase RsmA	NA	NA	NA	NA
WP_148141108.1|34305_35646_+	DNA recombination protein RmuC	NA	NA	NA	NA
WP_012460753.1|35755_36817_+|protease	site-2 protease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460754.1|36829_39148_+	outer membrane protein assembly factor BamA	NA	NA	NA	NA
WP_012460755.1|39170_39497_+	thioredoxin	A0A1J0GW78	Streptomyces_phage	5.8e-16	45.5
WP_011944475.1|40729_40855_+	50S ribosomal protein L36	NA	NA	NA	NA
WP_155367736.1|43411_43555_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460759.1|44401_44929_+	PRANC domain-containing protein	A0A1V0QGP6	Shearwaterpox_virus	2.7e-10	28.5
WP_080503920.1|45884_46067_-	conjugal transfer protein TraB	NA	NA	NA	NA
WP_012460762.1|46096_46414_-	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621571.1|46413_46749_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158296904.1|47923_48100_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460766.1|50400_50523_+	DNA helicase	NA	NA	NA	NA
50943:50968	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012460767.1|51564_52014_-	ribose 5-phosphate isomerase B	NA	NA	NA	NA
WP_012460768.1|52307_52847_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460772.1|54829_55864_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A068EGQ7	Pigeonpox_virus	2.4e-07	26.6
WP_012460827.1|56556_57525_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460775.1|57735_58197_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012460776.1|58206_59799_-	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_041621572.1|62400_62706_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460783.1|62758_63145_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|63411_64380_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460784.1|64395_64986_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
66288:66313	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_010793|102141:183085|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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MGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFTIGLELLILWIICRLYQKVFLSSLYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWIHLNAQDFLHEFYTGKHGFKIQ
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MNSTIIMDNIISAKAHIGYMAECAKSLGNKYVFKHVTECIIFTMKYIHSGVYKIQPKLLCGTNPNSEDKLFESANTTLTMQSGEYMPADIVKTLPECELHDIFAYTNNTASCNMITNTSFCFTKCKISNCINYLTEISEKLFANNVDSNENTVGLQDSKENSYIHSLLARVGVVEIFGFCVITAMVLIVRLAYKTKLEINNLDIKKGDSVVELSNVEVQTIDNNTHEHIYAHANEHIYETIQPKGEIMIQTAEVIEVI
>NC_010793|102141:183085|127996_128173_-|WP_080946937.1|DBSCAN-SWA
MQKMNSELSNSNLTKHQELGQGLVFIKQLTHQMKGNLKIDQGSNYISSSFEVPIQLYT

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_162465509.1|104716_105031_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012460832.1|105091_105421_+	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_148141062.1|106159_108577_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460834.1|109257_110124_+|transposase	IS630 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	1.1e-21	28.8
WP_080503970.1|111217_112264_+	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460838.1|112273_113257_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080503896.1|113308_114412_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460842.1|117166_117622_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_155367766.1|117705_117849_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460843.1|117945_118230_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460845.1|119301_122739_+	response regulator	Q8QKV7	Ectocarpus_siliculosus_virus	1.0e-09	22.7
WP_012460847.1|123908_124847_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	6.5e-84	63.7
WP_012460848.1|124968_125556_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	J9Q7H7	Salmonella_phage	1.1e-07	34.1
WP_012460849.1|125597_126092_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_050731378.1|126110_126578_-	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012460851.1|127071_127545_-	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012460852.1|127586_127868_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080946937.1|127996_128173_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460855.1|128797_129937_+	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012460856.1|131026_131971_-	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460857.1|132008_132623_-	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460858.1|132922_134014_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621579.1|134166_136143_-	TraC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460860.1|136123_136453_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460861.1|136452_136635_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460862.1|136664_136982_-	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460863.1|137624_138764_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012460866.1|140644_141232_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	J9Q7H7	Salmonella_phage	5.8e-06	32.6
WP_041621580.1|142834_143611_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621581.1|144026_144209_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460871.1|144256_144901_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	1.1e-13	30.8
WP_012460872.1|144938_145490_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	3.4e-08	33.8
WP_012460879.1|150403_151798_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141109.1|151905_152127_-	HNH endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_012460880.1|152845_156073_+	hybrid sensor histidine kinase/response regulator	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.9e-22	27.5
WP_012460882.1|158056_159064_+|tRNA	tryptophan--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012460884.1|160183_161632_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	1.8e-72	36.7
WP_080503973.1|161640_162138_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_050731337.1|163892_164084_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109455804.1|164257_164776_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460888.1|166061_166856_-	outer membrane protein assembly factor BamD	NA	NA	NA	NA
WP_012460889.1|167150_167657_+	lipoprotein signal peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_158296906.1|168480_168759_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460896.1|173875_174331_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012460897.1|174372_175158_-	exodeoxyribonuclease III	E3T4M6	Cafeteria_roenbergensis_virus	2.0e-17	29.5
WP_012460899.1|178714_179137_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_148141111.1|179741_181364_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_050731379.1|182374_183085_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_010793|284983:336482|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012460992.1|291137_292586_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	1.3e-70	35.7
WP_012460994.1|294485_296513_-	Rne/Rng family ribonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_041621593.1|297284_301553_+	(p)ppGpp synthetase	NA	NA	NA	NA
WP_012460996.1|301993_303985_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460997.1|304276_304579_+	2-oxo acid dehydrogenase subunit E2	NA	NA	NA	NA
WP_012460998.1|304679_305744_+	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460999.1|305750_306602_+	rod shape-determining protein MreC	NA	NA	NA	NA
WP_012461000.1|307355_308624_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2H4X242	Flamingopox_virus	1.9e-17	36.1
WP_012461001.1|309140_309386_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080503904.1|310371_310566_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461002.1|310741_312502_-	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461003.1|312609_314079_-	sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012461004.1|314219_315797_-	GHKL domain-containing protein	W8CYF6	Bacillus_phage	1.6e-05	24.4
WP_012461005.1|316463_318512_-	ComEC/Rec2 family competence protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141068.1|318668_319445_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461007.1|320344_320842_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460783.1|322561_322948_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
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WP_080503905.1|324228_324714_+	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012461013.1|326646_328083_+	replicative DNA helicase	A0A218KST2	Xenohaliotis_phage	1.6e-70	37.3
WP_041621594.1|328316_328892_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	2.3e-07	29.8
WP_012461015.1|329026_329575_+	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	8.3e-15	34.7
WP_012461016.1|329621_330170_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461017.1|330173_330983_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	2.2e-19	26.7
WP_012461018.1|331349_331628_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461019.1|331692_332394_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012460852.1|332522_332804_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460851.1|332845_333319_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_050731378.1|333812_334280_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012460849.1|334298_334793_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460848.1|334834_335422_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	J9Q7H7	Salmonella_phage	1.1e-07	34.1
WP_012460847.1|335543_336482_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	6.5e-84	63.7
350632:350704	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NC_010793|350128:427128|DBSCAN-SWA
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MSYQYVYVMKGLSKVINGKPILKETWLSFIPGAKIGIIGPNGAGKSTLLKIMAGLDKEFDGEAWAANGLKIGYLAQEPPLDLNKNVGENISDGLKEKTDLLNQFTSISSKFAEEMTDDEMSDLLAKQAELQEKIDAIDAWNLDREIDIAMEALRCPSKDAKIDQISGGEKRRVALCKLLLEKPDILLLDEPTNHLDAESVSWLENYLKAYKGTVVSITHDRYFLDNVAQWILEIDRGVCVPWQSNYSQWLDLKEKKLATEEKEESNIRKYLKKELEWINQSPKARQSKSKARITAYNDLVNQQNEKKVGPAQIIIPNGPRLGDLVIEGNNISKSFNSRVLLQDFSFKIPPGAIVGIIGPNGAGKSTLLNMIVGKDTADSGTIKIGSTVKLGYVDQSRDHLDDNKTVWEEISGGLDEMQLGNIIVKSRAYCAAFNFRGSDQQKKVGQLSGGERNRVHLAKLLRWGANVILLDEPSNDLDVETLRALEEAILDFAGCVIVVTHDRWFLDRIATHIIAFDQSSNATWFEGNYQDYHNYMTKICGHDTKNPKYKHKKFV
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MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGRVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKATVWLKDEVSMSAPVKVDNIPCMIKISEIAIK
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>NC_010793|350128:427128|405183_407889_-|WP_012461072.1|DBSCAN-SWA
MTKWIYRFSSTSANLPHINSVDQSCNIMKDNLQSLLGNKGVTLAQMFSQKLPIPHGFIISTKLYHYYQQNNDSLPSDFISDLKSSILDLEHQTGKNFGDYNNPLLVAVRSSAAVSMPGIMNTILNLGINDIIVEGLSTVTGNRIFALDTYMRFIQTYGQVVMGVSPAEFELALNQFKTLNNITSQEQLTSEHLHNLITIFKQIIHKETKQKFPQDVNIQLHQAIQAVLKSWMNHHAITYRKLNNISGNIGTAIIVQTMVFGNMGSDSATGVVFTRNPLTGDNKLYGEFLINAQGDNVVSGASIPNSILSDNKDQKCTLKYAMHKMYEELLQHCKQLEQHYCNIQDIEFTIEKQKLYILQTRSAKCTALATIKALVDMVASGLITKKEAIAKINPMSLNQLLHSYIDESENYKVITQGLPSTPGAVTGVIALSVAAAEKLSNQHHKVIFICSNISPEDIKAMHISSGILTSGGNTTSHAAILSRALGKPHICAAKDVIIDQQNGLIKIGDISLYQGSKITIDGNSGKVFVGDVRLLQPEFSKECQLFMEWADEIKTVEVKANADTSDDVKLALRLGATSIGLCRTEHMLLEDNKISLVQETIIADNDQCRLNALKRLFLLHKADFKELFAATMQIPINIRLLDAPLHEFLPTTFTTAHNRIIDNLNISQETFNARINTLKEVNPMLGHRGCRIGISFPEIYEMQVRAIFEAAAEILLELKVMPKIEVTIPLISHKKELQLLKRIIYKIVEKVEQQKLLKYRCKFDYTIGTMIELPRAALQAYELAQEVDFFCFGTNDLTQTTYGISRDDSTSFINQYIENDIFTADPFTTLDCEAVGELIQIAIERGRTAKKHLKIGICGEHAADSNSVEFFHKVKVDSISCSPYKIPIARLAAAQAALKNN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012461028.1|350128_350689_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|350704_351673_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460914.1|351843_352179_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460863.1|353893_355033_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012461030.1|355572_355854_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461031.1|355857_356670_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	3.6e-30	30.3
WP_012461032.1|357140_359009_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461034.1|359694_360441_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012461035.1|360445_360844_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461036.1|360864_361443_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	B3FJI5	Pseudomonas_phage	5.7e-06	40.0
WP_148141070.1|361505_362373_+|transposase	IS630 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	1.4e-21	29.4
WP_012461039.1|362528_363467_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.3e-84	60.6
WP_012461040.1|363534_363990_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_158296908.1|367146_367305_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461051.1|372385_373846_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatB	NA	NA	NA	NA
WP_012461052.1|373848_375327_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatA	NA	NA	NA	NA
WP_012461053.1|375326_375626_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatC	NA	NA	NA	NA
WP_050731342.1|375708_377445_-	ribonuclease J	NA	NA	NA	NA
WP_012461055.1|377559_378297_-	response regulator transcription factor	A0A0K0PVG9	Roseobacter_phage	1.5e-14	57.7
WP_158296909.1|381678_381813_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621747.1|384849_385644_+	type I methionyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_011944867.1|387625_388246_+|protease	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	A0A223W000	Agrobacterium_phage	1.3e-59	59.3
WP_080503907.1|389133_389319_+	HNH endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_012461061.1|389630_390506_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080503908.1|390526_390766_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461062.1|391150_391984_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461063.1|392118_393786_+	energy-dependent translational throttle protein EttA	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	4.7e-45	28.3
WP_012461064.1|393818_394190_+	DUF2672 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461065.1|394280_396569_+	DNA translocase FtsK 4TM domain-containing protein	A0A218M9A2	Mycobacterium_phage	3.9e-74	43.0
WP_012460827.1|397179_398148_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012461068.1|399979_400444_-	ATP synthase B chain precursor	NA	NA	NA	NA
WP_012461069.1|400456_400954_-	ATP synthase subunit B	NA	NA	NA	NA
WP_011944645.1|400961_401186_-	F0F1 ATP synthase subunit C	NA	NA	NA	NA
WP_012461070.1|401241_401970_-	F0F1 ATP synthase subunit A	NA	NA	NA	NA
WP_012461071.1|403316_403991_+	queuosine precursor transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012461072.1|405183_407889_-	pyruvate, phosphate dikinase	H8YJB7	Vibrio_phage	6.0e-58	32.7
WP_080503910.1|408472_408559_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460897.1|412408_413194_+	exodeoxyribonuclease III	E3T4M6	Cafeteria_roenbergensis_virus	2.0e-17	29.5
WP_012460896.1|413235_413691_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012461075.1|415995_416820_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141071.1|416848_418516_-	ankyrin repeat domain-containing protein	Q6VZY0	Canarypox_virus	2.8e-05	28.9
WP_012461077.1|418664_419783_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461078.1|419767_420832_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461079.1|420841_422596_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461080.1|422601_423741_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461081.1|423749_426077_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|426159_427128_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NC_010793|440440:516367|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012461103.1|446792_448325_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461104.1|448377_451047_+	DNA mismatch repair protein MutS	A0A1V0SDQ0	Indivirus	1.1e-24	23.7
WP_012461105.1|451125_452052_+	protein translocase subunit SecF	A0A1B1IVP7	uncultured_Mediterranean_phage	1.7e-36	37.9
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WP_012461135.1|488518_490306_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_076611195.1|495139_496006_+|transposase	IS630-like element ISOt3 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	5.0e-22	29.0
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WP_012460817.1|502334_502637_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_173024091.1|502921_503080_+	conjugal transfer protein TraB	NA	NA	NA	NA
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WP_012460821.1|503311_503641_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461150.1|503621_505409_+	TraC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_173024092.1|505322_506363_-	ankyrin repeat domain-containing protein	Q6VZX8	Canarypox_virus	7.6e-09	31.8
WP_012460921.1|507495_507816_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_012461083.1|510201_511503_+	conjugal transfer protein TraH	NA	NA	NA	NA
WP_012461082.1|511502_511838_+	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|512008_512977_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460784.1|512992_513583_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
WP_041621607.1|514490_515081_+	phospholipase D family protein	A0A1B2LRT6	Wolbachia_phage	1.3e-26	48.9
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WP_012461153.1|516166_516367_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
516091:516109	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NC_010793|559782:639855|DBSCAN-SWA
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MLNQILAKFKEEISNINEKKALNDLKLSYLGKSGIITLQFKKIVELNVENRKEYSSRVNLVKNEIETLIAAKLAKIYKQEMTALLDNEKVDVTLPSRKKFYGSIHPISQVTEELLSIFSMFNLTAVEGPNIENDWYNFSALNIGSNHAARQMHDTFYLNNSDTSLLRTHTSTIQIRAMEQQKPPIYLVAPGRVYRSDFDSTHTPMFHQIEGLIVDKNIHMGHLKHIIINFIKMFFERQDIEIMFRPSFFPFTEPSAEVDIKCWINNKWLEVLGCGIVHPNVLRNVNIDPDEYQGLAFGLGVERLAMLKYGITDLRKFFENDQRWLQHYSFSAFNIPTILHGLSR
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MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRCLIEMGGLVAKAKLDHLSANTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDENTKRYIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKYIESLKNGLLNVQYSIELVV
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MSTISSVTISELLDAGIHYGHKASRWNPKMAPYIYGKRDDVHIINLDYTASQIDVVSKVIYKEIKEKNGRILFVDTRRHRDIVAQYAENCGQYYVTHRWLGGMLTNWVTVSKAINKLDQLEKKLADPEKIAGYTKREILSMQRMRDNLQRSFGGIRNMGGKPTLLIVMDINKDHIAVKEARREKIPIIAIVDTNSDPDLVDYPIPGNDDAIRSIRLYCKIFSDAVLLAIEHMLAASGVDLGAINDDSPSERLKAAKKITKMKPSKKVTKINVGQDQNKLEKDNKDL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_041621612.1|561720_562200_+	tryptophan-rich sensory protein	A0A1V0S976	Catovirus	1.5e-15	37.4
WP_050731349.1|563266_563797_+	ester cyclase	NA	NA	NA	NA
WP_012461198.1|563875_564589_+	dienelactone hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461199.1|564557_565460_-	phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461203.1|570503_570959_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012461204.1|571026_571953_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.5e-85	61.1
WP_012461205.1|572073_572229_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461119.1|572268_572661_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	6.6e-06	37.5
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WP_012461207.1|573215_573677_-	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012461208.1|573737_574148_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461209.1|574155_574644_-	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012461211.1|575307_575862_+	EF-hand domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461212.1|576003_576777_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461214.1|577960_579676_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_173024094.1|581414_581756_-	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461219.1|581775_583629_-	Fe-S protein assembly chaperone HscA	A0A2P1ELQ7	Moumouvirus	1.1e-69	34.0
WP_012461220.1|583615_584119_-	co-chaperone HscB	NA	NA	NA	NA
WP_012461221.1|584131_584506_-	iron-sulfur cluster assembly accessory protein	A0A1B1IT29	uncultured_Mediterranean_phage	3.8e-11	33.3
WP_012461222.1|584515_584941_-	Fe-S cluster assembly scaffold IscU	A0A218MKD1	uncultured_virus	2.4e-46	73.8
WP_012461223.1|584980_586252_-	IscS subfamily cysteine desulfurase	H7BUW1	unidentified_phage	1.0e-36	39.3
WP_012461224.1|586266_587553_-	cysteine desulfurase	H7BUW1	unidentified_phage	1.9e-30	37.8
WP_012461225.1|587564_588011_-	Rrf2 family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012461226.1|588214_588916_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012461227.1|589209_590457_+	cell division protein FtsA	NA	NA	NA	NA
WP_012461228.1|590435_591746_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461229.1|591730_593482_+	glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_173024088.1|594358_594496_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141078.1|595504_596833_-	malate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012461233.1|596825_597752_-	AEC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012461234.1|598060_598660_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461235.1|598788_599100_+	citrate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012461236.1|599096_599852_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461238.1|600209_600614_-	F0F1 ATP synthase subunit epsilon	NA	NA	NA	NA
WP_012461239.1|600610_602047_-	F0F1 ATP synthase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_041621614.1|602392_603544_-	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461241.1|603567_604335_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012461242.1|604731_606729_-	lytic transglycosylase domain-containing protein	A0A0S2SXL7	Bacillus_phage	9.8e-05	33.3
WP_012461243.1|606770_607709_+	ACP S-malonyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461246.1|612351_613386_+|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit alpha	A0A2H4UW22	Bodo_saltans_virus	2.4e-31	40.7
WP_012461247.1|613382_615824_+|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_012461248.1|615910_616840_-	translation elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_041621781.1|616836_617697_-	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
WP_012461250.1|618041_618893_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_012461251.1|618876_620529_-	leucyl aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	4.2e-46	34.8
WP_080503912.1|620723_620870_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461252.1|621329_622814_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A1V0S7Q4	Shearwaterpox_virus	3.7e-09	27.2
WP_012460827.1|624368_625337_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012461254.1|625824_627336_+	YifB family Mg chelatase-like AAA ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_076611195.1|628913_629781_-|transposase	IS630-like element ISOt3 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	5.0e-22	29.0
WP_012461259.1|631069_631432_-	30S ribosome-binding factor RbfA	NA	NA	NA	NA
WP_012461260.1|631462_634003_-	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	8.0e-28	27.6
WP_012461261.1|634252_635755_-	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_012461262.1|635773_636256_-	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_012461263.1|636793_637567_+	bifunctional demethylmenaquinone methyltransferase/2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase UbiE	NA	NA	NA	NA
WP_012461264.1|637563_638952_+	2-polyprenylphenol 6-hydroxylase	A0A0R6PKQ6	Moraxella_phage	2.9e-32	25.9
WP_148141079.1|639033_639855_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NC_010793|645408:690458|DBSCAN-SWA
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>NC_010793|645408:690458|660921_661260_+|WP_012461277.1|DBSCAN-SWA
MISSYNLGVLAEWLIIARYSVRLYSFIAHRMRNSAGEIDIICTKGQVIVFIEVKARRSNFDNTICNYQQITKIRKSAELYLYYNRQYSNFDVRFDLAIVRPMQWPLIIENAW

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012461269.1|648275_650138_-	heme lyase CcmF/NrfE family subunit	NA	NA	NA	NA
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WP_155367740.1|652656_652827_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461272.1|652926_653568_+	superoxide dismutase	Q56AR7	Bacillus_thuringiensis_phage	1.2e-25	30.7
WP_012461273.1|653608_656500_+	2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component	NA	NA	NA	NA
WP_012461274.1|656499_657777_+	2-oxoglutarate dehydrogenase complex dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461275.1|657782_659261_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461276.1|659553_660855_+	MFS transporter	Q6JIH2	Burkholderia_virus	5.0e-34	27.7
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WP_012461278.1|661648_662473_-	cytochrome c oxidase subunit 3	NA	NA	NA	NA
WP_012461279.1|662654_663632_-	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	A0A127AWE7	Bacillus_phage	1.6e-05	25.7
WP_012461280.1|663631_664249_-	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_012461281.1|664492_666634_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461282.1|667001_668207_-	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_041621616.1|668608_668788_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158296912.1|668848_669019_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|669034_670003_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_158296913.1|670225_670507_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461283.1|670925_674363_+	response regulator	Q8QKV7	Ectocarpus_siliculosus_virus	3.0e-09	22.4
WP_012461148.1|676831_677971_+	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012460862.1|678612_678930_+	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460861.1|678959_679142_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460860.1|679141_679471_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|682780_683749_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012461290.1|684527_685319_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461291.1|685428_686022_+	DUF4065 domain-containing protein	I6R0L8	Salmonella_phage	2.6e-22	39.7
WP_012460827.1|686192_687161_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460909.1|687176_687737_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461292.1|687788_688907_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_076611195.1|689591_690458_+|transposase	IS630-like element ISOt3 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	5.0e-22	29.0

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NC_010793|795293:891633|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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794116:794175	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_012461397.1|827205_827529_+	30S ribosomal protein S16	NA	NA	NA	NA
WP_158296917.1|828451_828604_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080503925.1|828803_828977_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461400.1|831454_831820_-	50S ribosomal protein L20	NA	NA	NA	NA
WP_012461401.1|831839_832046_-	50S ribosomal protein L35	NA	NA	NA	NA
WP_012461402.1|832487_834380_+	molecular chaperone HtpG	A0A1B1ISV4	uncultured_Mediterranean_phage	1.8e-88	30.8
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WP_012461404.1|835862_837332_+	trigger factor	NA	NA	NA	NA
WP_158296918.1|837462_837726_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461405.1|837854_839525_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	1.2e-45	30.5
WP_012461406.1|839630_840380_-	winged helix-turn-helix domain-containing protein	W8CYM9	Bacillus_phage	3.4e-11	28.4
WP_012461407.1|840672_841029_+	30S ribosomal protein S6	NA	NA	NA	NA
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WP_012461409.1|841425_841941_+	50S ribosomal protein L9	NA	NA	NA	NA
WP_012461410.1|842107_843583_+	NTP/NDP exchange transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012461411.1|844948_845419_-	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_012461412.1|845427_845853_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	1.2e-05	27.1
WP_158296919.1|846086_846224_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461415.1|849422_850766_+	DUF2748 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461416.1|850999_852109_-|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_076611195.1|856365_857232_+|transposase	IS630-like element ISOt3 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	5.0e-22	29.0
WP_012461425.1|858708_860181_-	2-hydroxyacid dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012461426.1|860190_861681_-	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_012461427.1|861673_862075_-	cation:proton antiporter subunit C	NA	NA	NA	NA
WP_012461428.1|862052_862487_-	Na(+)/H(+) antiporter subunit B	NA	NA	NA	NA
WP_012461429.1|862507_863098_-	DUF4040 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461430.1|863094_863424_-	monovalent cation/H(+) antiporter subunit G	NA	NA	NA	NA
WP_012461431.1|863976_864837_-	TIGR01459 family HAD-type hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_041621794.1|864971_867377_+	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit B	G3M9Z3	Bacillus_virus	1.6e-110	34.0
WP_158296920.1|867599_867809_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461434.1|868245_869664_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_012461436.1|872574_874278_+	membrane protein insertase YidC	NA	NA	NA	NA
871142:871246	attR	NA	NA	NA	NA
WP_012461437.1|874274_874898_+	YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461438.1|874845_875787_+	acetylglutamate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012461442.1|880279_880945_-	guanylate kinase	A0A223FN12	Murmansk_poxvirus	6.5e-14	31.2
WP_012461443.1|881161_881926_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461444.1|882684_883041_-	divalent-cation tolerance protein CutA	NA	NA	NA	NA
WP_012461445.1|883098_884451_-	signal recognition particle protein	D6PHS7	uncultured_phage	3.9e-05	26.8
WP_011944757.1|885540_885822_-	ETC complex I subunit	NA	NA	NA	NA
WP_011944758.1|885875_886115_+	exodeoxyribonuclease VII small subunit	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_9

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MLKSAKKASKICFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGAFTDRFFDSKCDKLLNPLEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYKDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKKWFSNSNEIEWLFITANPNQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECASMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVMPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVCEYKLLKKLKLVEY

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012461457.1|907524_908223_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_012461461.1|910730_911870_+	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_158296931.1|913687_914935_+	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_012461467.1|914944_915370_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|915580_916549_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460909.1|916564_917125_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_148141071.1|918443_920111_+	ankyrin repeat domain-containing protein	Q6VZY0	Canarypox_virus	2.8e-05	28.9
WP_012461075.1|920139_920964_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461470.1|923261_923717_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012461471.1|923784_924831_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.5e-84	64.1
WP_012461118.1|924952_925108_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461472.1|925147_925540_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	1.1e-05	37.5
WP_012460849.1|925581_926076_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012461475.1|928483_930148_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461476.1|930236_931670_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	4.3e-71	36.5
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WP_012461483.1|937911_938295_-	glutaredoxin family protein	A0A223FNA2	NY_014_poxvirus	1.2e-09	41.2
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WP_148141083.1|939028_939841_-	DUF2163 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461486.1|939844_940447_-	DUF2460 domain-containing protein	A0A1W6DWM9	Sphingobium_phage	8.0e-19	33.5
WP_012461487.1|940439_940865_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461488.1|940864_941206_-|head,tail	head-tail adaptor protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461489.1|941207_941753_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461490.1|941786_942902_-|capsid	phage major capsid protein	B0VK33	Azospirillum_phage	1.7e-54	40.3
WP_011944605.1|942913_943468_-|head,protease	HK97 family phage prohead protease	I6S2W2	Marinomonas_phage	1.7e-23	44.6
WP_012461491.1|944139_945096_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461492.1|945178_946531_-	cell division protein FtsZ	NA	NA	NA	NA
WP_012461493.1|946735_948001_-	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_109455771.1|948819_949521_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461495.1|951097_951943_-	YihY/virulence factor BrkB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461497.1|954102_954333_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011944976.1|954537_954909_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit A	NA	NA	NA	NA
WP_011944977.1|954921_955437_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit B	NA	NA	NA	NA
WP_012461498.1|955447_956038_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit C	NA	NA	NA	NA
WP_012461499.1|956049_957240_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit D	NA	NA	NA	NA
WP_012461500.1|957236_957791_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoE	NA	NA	NA	NA
WP_012461501.1|957808_959077_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoF	NA	NA	NA	NA
WP_050731353.1|959380_960094_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461505.1|961865_963365_+	NTP/NDP exchange transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012461506.1|963610_963967_+	TrbC/VirB2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141084.1|964027_964384_+	TrbC/VirB2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461508.1|964531_965011_+	crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC	NA	NA	NA	NA
WP_012461509.1|965067_966030_+|tRNA	tRNA dihydrouridine synthase DusB	NA	NA	NA	NA
WP_012461510.1|966064_966403_-	DUF167 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461511.1|966558_967299_+	bifunctional 2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase/3-demethylubiquinol 3-O-methyltransferase UbiG	NA	NA	NA	NA
WP_012461512.1|967285_968152_-	peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461513.1|968153_969005_-|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NC_010793|975376:1052641|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_10

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MTTFLNINQIRTTFIEFFKKYGHHHASSSSLVPGNDPSLFFVNAGIVQFKDYVRAPETSKYSRVVTCQKCVRAGGKHNDLESVGYTARHHTFFEMLGNFSFGEDNAKADFMQLIWNFLTKELFIDEDRLIVTVYHTDHETAKLWRSIAGLDDSRIIRIKTDDNFWSMGPVGPCGPCTEIFYDHGDKIPGGLPGTKDENGGRYVEIWNIVFMQYEQLNESTRVELAKRCIDTGAGLERIATVLQGVYDNYDIDLFKNLIANIEHLTKIKSVGEANFSHRIIADHLRASAFLIADGVMPSNDGRGYVLRRIMRRAMNQIHQLGCKEPVMHLLVQGLINEMGDFYKELRVRQELITYLLKNEEEKFKTTLSKGLKLLEEESKNLTSGSQLSGHIAFKLYDTYGFPFDLTQDILKKRSISINKTEFDQNMLEQQNRARQLWKGQGSNKEQLLWEKLKEEFRATEFVGYSLCQAEGIVVSLIQDNQYVEYIDINQVDDNNKEFWLITNQTPFYGQSGGQIGDIGIIKNNECTIHVTDTIKLFGCTHVHICKIVSGKINLNAVVHMAIDKQYRTQLQIHHSATHILHAALREILGNHIIQKGSLVAYDYLRFDVSHPTSISKDLLTKIENRVNEIILNNTAVKLRIMPFDQAIAHGAVALFEEKYGDEVRAISIGETSDARYYSFELCGGTHVKYTGDIGAFRILSESAIAAGVRRIEAIAGKHVIKQARQNSELLDLIAEKFSVTKQTIMSKIDGIIEENNLLKKQLHQLKYNQLILCEKDIQNMADNIGKIKLVYKNIEDYDLQIVRKAVSNTTKNIQNLVMVVISNNDKKSTIIIGVSDNITNKIQANNLVKEIINYIGGSGGGSATLAQIGCQYTSKLLDLKNIICKLLAT
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012461534.1|994546_995359_+	FtsQ-type POTRA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141087.1|995364_996516_+	DNA replication/repair protein RecF	NA	NA	NA	NA
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999639:999678	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_012461543.1|1002398_1004615_+	AAA family ATPase	A0A2R8FE73	Brazilian_cedratvirus	2.9e-10	24.5
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WP_012461553.1|1017113_1017746_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621634.1|1017747_1019361_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461555.1|1019493_1022163_+|tRNA	alanine--tRNA ligase	A0A2K9L3D8	Tupanvirus	1.2e-69	37.5
WP_041621635.1|1022362_1023787_+|tRNA	glutamate--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012461557.1|1023795_1024140_-	iron-sulfur cluster assembly accessory protein	A0A2H4N7M3	Lake_Baikal_phage	3.4e-14	34.3
WP_012461558.1|1024305_1026078_+|tRNA	arginine--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012461559.1|1026089_1026821_+	SPOR domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_080503986.1|1028694_1030044_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461013.1|1030052_1031489_+	replicative DNA helicase	A0A218KST2	Xenohaliotis_phage	1.6e-70	37.3
WP_041621594.1|1031722_1032298_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	2.3e-07	29.8
WP_012461015.1|1032432_1032981_+	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	8.3e-15	34.7
WP_012461016.1|1033027_1033576_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461017.1|1033579_1034389_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	2.2e-19	26.7
WP_012461018.1|1034755_1035034_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461019.1|1035098_1035800_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012460852.1|1035928_1036210_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460851.1|1036251_1036725_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_050731378.1|1037218_1037686_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012461206.1|1037704_1038199_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461119.1|1038240_1038633_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	6.6e-06	37.5
WP_012461205.1|1038672_1038828_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461564.1|1038948_1039947_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	4.8e-85	64.5
WP_012461203.1|1040014_1040470_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_080503937.1|1043879_1044983_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461028.1|1045034_1045595_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|1045610_1046579_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_148141088.1|1047172_1047742_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461568.1|1047994_1048987_-	NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012461569.1|1049049_1050321_-|tRNA	tRNA (N(6)-L-threonylcarbamoyladenosine(37)-C(2))- methylthiotransferase MtaB	NA	NA	NA	NA
WP_012461572.1|1052194_1052641_+|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	9.4e-09	31.9
1053722:1053761	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NC_010793|1158987:1219569|DBSCAN-SWA
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MSIRILRFIIGFIALVNVNNIYAVEYELEADNLLKLEISDSGPTRINLKDEKINDILMYSQNTVEVVVHESGFLFIAPREEENKVYLTVIGEYKTIQFKI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012461674.1|1160636_1161029_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621649.1|1161070_1161559_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461676.1|1161617_1162073_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_173024089.1|1162349_1162766_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_173024097.1|1163432_1165196_+	AAA family ATPase	A0A291LA07	Bordetella_phage	1.4e-10	26.1
WP_080503987.1|1167018_1168137_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461680.1|1168121_1169114_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461079.1|1169123_1170878_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461681.1|1170883_1172029_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461682.1|1172044_1174396_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|1174478_1175447_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460914.1|1175617_1175953_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461457.1|1177252_1177951_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_012460935.1|1179635_1179956_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_012461684.1|1180782_1181793_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A0M3ZHR3	Turkeypox_virus	2.6e-14	33.3
WP_080503939.1|1181691_1183494_-	TraC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460821.1|1183474_1183804_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462300.1|1183803_1183986_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_173024091.1|1184035_1184194_-	conjugal transfer protein TraB	NA	NA	NA	NA
WP_012460817.1|1184478_1184781_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080503940.1|1186732_1186951_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461688.1|1188174_1188354_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158296922.1|1189192_1189330_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011945032.1|1190716_1191097_+	preprotein translocase subunit YajC	A0A1B1IVR5	uncultured_Mediterranean_phage	8.9e-08	33.0
WP_012461690.1|1191093_1192656_+	protein translocase subunit SecD	NA	NA	NA	NA
WP_012461691.1|1193052_1194192_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012461696.1|1196037_1196475_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_041621653.1|1196486_1196690_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461697.1|1197281_1198484_-	pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461698.1|1198590_1199628_+	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461699.1|1199687_1200521_+	VacJ family lipoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_012461700.1|1200517_1201108_+	ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461701.1|1201135_1202338_+	coproporphyrinogen III oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_012461702.1|1202378_1202891_+	hypothetical protein	A0A067XRB3	Caulobacter_phage	2.4e-32	47.7
WP_012461703.1|1202950_1203676_+	DNA repair protein RecO	NA	NA	NA	NA
WP_012461709.1|1206650_1206974_-	DUF721 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461710.1|1207011_1207692_-	DNA repair protein RadC	NA	NA	NA	NA
WP_012461711.1|1207940_1208312_+	30S ribosomal protein S12	NA	NA	NA	NA
WP_012461712.1|1208336_1208858_+	30S ribosomal protein S7	NA	NA	NA	NA
WP_012461713.1|1208861_1210982_+	elongation factor G	A0A1S5SF82	Streptococcus_phage	2.5e-59	27.7
WP_012461714.1|1211232_1212708_+	S1 RNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011945048.1|1216319_1216541_-	cold-shock protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461717.1|1218258_1219125_+	folate-binding protein YgfZ	NA	NA	NA	NA
WP_080503941.1|1219302_1219569_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NC_010793|1226251:1290645|DBSCAN-SWA
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MSIKLQPVKGSKDLLPEEFGKHDYIVSVSRNLSQLYGFQPISTPIIEYTEIFNRTLGKDSDVLSKEMYVFLDKGNRSVSLRPEFTASIMRAVIYNNLQNKKLPLKYFSSGPAFRYDNPQAGRQRQFHQINLECIGDDSPFSDAEIVLLAHDILKTLNLVDKVNLEINSLGCMESRAKYQQALVEYFSKYRTELSQDSQSRLIENPLRILDSKNLHDKKISASAPSIHDYYTIKSRCYFDKVLEYLEFCGIKYTINANLVRGLDYYCHTVFEYTSTQIGAQSTVLGGGRYDGLFEQMGGKLASGKKTLPAIGFAAGIERLALLTNYTPVDVRPIVIIPVDEEHHQHGIMLLQKLRNNNITTVIDLQDSISKRLNRANYIKASKVIFIGAIEVREQSYRIKDLDTSNECVIIHNELLSYLQNNCS
>NC_010793|1226251:1290645|1271865_1273005_-|WP_012461757.1|DBSCAN-SWA
MAVHSIDRNTWLTKLERIKLLSSKNQDIKFNNLGHIIDLKMLEEQYKELDSKKAIGMDGITKEDYGKKLKANLLSLLTRIRKGQYQAKPARIVKIPKEDGGKRPLVISCFEDKIIESTVSKILNSVFEPIFLKYSYGFHPKLNAHDALRKLNRLTYNFNKGAIVEIDITKCFNTIKHCELMEFLRKRISDKKFLRLVMKLIETPIIENDTIVTNKEGCRQGSIVSPILANIFLHYVIDSWFAKISKENLIGQTGMVRYCNDMVFVFESEADAKRFYDVLPKRLNKYGLNINEAKSQMIKSGRDHAANLAKQGKKIASYNFLGFTCYWGKSRFGTTWRLKYTSRRDRFTEKLKGLRKYLRSQLNKQDKTQTLSQVIRVIR
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MRNLMLQLMLKVIMQNQKLCWTLSRPLKYMGLSIDEWGVVLAGVAPGIVLLNSRHAKLGLAFMVGGIALCYCFKKFKKVSENFLLKSFLVAKGLLPAPLGYSRLLGKKVGK
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MDVRLGFMCHNNYRDNFVQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSVFNGDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDIECSTIANYRPLPIHIRFGWRVHI
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MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKANLDHLSANTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDEDTKRYIRLHGLKWNSFRQEWCGNVKDIESLKNGLLNVQYKLELVS
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MKKINYEELIDQSMLNVVKQALKFASTNCNFEDNYFYISFCTTFPGVKISEHLRVKYLEQMTIVLQHQFSDLVIESDFFSVCLSFSGKIEKIVVPWKSIIMFIDPEAQLRIKLFYYVNKYKQQLYKNVDGIVEDSNKENKNQYCDQLVATNEKLKNMKDIVGNKVVSLDSFRKKI
>NC_010793|1226251:1290645|1229197_1230298_+|WP_012461726.1|DBSCAN-SWA
MELRYGIVGLPNVGKSTLFNALTATQSANVGNYPFCTIEPNIGIVAVPDHRLQKLADIAGSQSIIPTYVKFVDIAGLVKGASSGEGLGNKFLSHIREVDAIIHVLRCFDISDITHVYGSIDPVRDAEIIELELILADLESIEKRLPALEKKSRGDDQKAKEEIELLYHAQQILRNDQPVRKLPLYREKSQKFDQLQLLTTKPVIYVCNVLEHEAISGNALCKAVQESDILGQSDMIIISSSIESEIASLSTLEEKKDYLNIWGLQETGLNKIIKSCYRLFDLNSYFTVGPKEARAWTIVKGTLAPQAAGIIHTDFERGFIKAEVISYEDYIKYNGESKAKEHGRLRIEGKDYVVQDGDVIHFRFNV

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012461723.1|1226251_1227673_-|terminase	phage terminase large subunit	A0A088FB00	Idiomarinaceae_phage	1.7e-56	34.2
WP_012461724.1|1228004_1228628_+	50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc	NA	NA	NA	NA
WP_012461725.1|1228627_1229188_+|tRNA	aminoacyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012461726.1|1229197_1230298_+	redox-regulated ATPase YchF	NA	NA	NA	NA
WP_012461727.1|1231668_1232463_+	exodeoxyribonuclease III	NA	NA	NA	NA
WP_012461729.1|1234053_1235193_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012461030.1|1235732_1236014_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461301.1|1236017_1236830_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	2.0e-28	29.5
WP_012461731.1|1238584_1238908_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
WP_041621655.1|1238953_1239289_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461734.1|1239838_1240165_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158296923.1|1241791_1241929_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461738.1|1243045_1247572_+	autotransporter domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461740.1|1248990_1249197_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
WP_155367757.1|1249193_1249337_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461744.1|1253199_1253775_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	2.1e-08	32.1
WP_012461745.1|1254513_1256664_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461746.1|1257315_1258101_+	exodeoxyribonuclease III	E3T4M6	Cafeteria_roenbergensis_virus	3.3e-17	28.7
WP_012460896.1|1258142_1258598_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_148141092.1|1258875_1259850_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461748.1|1259954_1260425_-	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_012461749.1|1260427_1261567_-|integrase	site-specific integrase	A0A0U4JNS1	Bacillus_phage	2.6e-18	27.3
1261989:1262008	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012461750.1|1261998_1262265_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461751.1|1263070_1266508_+	response regulator	Q8QKV7	Ectocarpus_siliculosus_virus	3.0e-09	22.3
WP_012461753.1|1268107_1269037_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461755.1|1269700_1270840_+	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_158296924.1|1271137_1271311_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461757.1|1271865_1273005_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012461758.1|1273545_1273827_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461764.1|1277676_1278345_+	glutathione S-transferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461765.1|1278930_1279419_-	transcription antitermination factor NusB	NA	NA	NA	NA
WP_012461766.1|1279430_1280702_-|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A2I2L577	Orpheovirus	7.8e-24	22.4
WP_012461767.1|1280704_1281190_-	outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD	NA	NA	NA	NA
WP_012461768.1|1281194_1281557_-	NADH ubiquinone oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_012461769.1|1281528_1282035_-	ribonuclease HI	J9Q745	Salmonella_phage	2.4e-32	48.5
WP_012461770.1|1282034_1282562_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461771.1|1282690_1283515_-	DsbA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461772.1|1283643_1283964_-	ferredoxin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461773.1|1283969_1284680_-	cytochrome c biogenesis protein CcsA	NA	NA	NA	NA
WP_012461774.1|1284672_1285404_-	peptidoglycan editing factor PgeF	NA	NA	NA	NA
WP_148141093.1|1285381_1286233_+	glutamine synthetase	NA	NA	NA	NA
WP_012461777.1|1287876_1288104_+	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461778.1|1288150_1288312_+|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
WP_012461748.1|1288314_1288785_+	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_012462136.1|1288852_1289188_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461780.1|1289187_1289580_+	conjugal transfer protein TraE	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|1289676_1290645_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
1304431:1304450	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NC_010793|1307769:1382316|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_13

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MLIKSLGSLGGYIGKSLGGGMLSTIGRFTGRTIGNYLESEKVHQNHEEHNKKVFEYYHIGKQIHSLQTAPEAYGDYIPLIFGTVKLHGTIIWIGNFNIKKEATSITKQSSTHNYEHNINYVSIGFALCEGPITKIGKIWHNNQVINDLGYEYTLYYGTETQEPDPLITAAQNNSNCTPAFRGLAYIVFKNINLNDFNNKIPIFSFEVTRNPNITLDCHTTLQNANSYNTADMIQSIVIIPGSGEFTLDTQIQYKYNSNSKSTSVAVNCHNNFNLANSVVSLNQLLNTCNNIKWTAPVVCWFGTNLDANKCKIIPKVEYHNYGPNWQVADYIRDNAQLVSRDLTGNLKYGGSIDDQSLLRYLALLKNKKLKIMLYPIIMMDTNGKPWRGNIHVPQYSASALNLDNIIATFFRGGKEYTAINPKKGSYNYFILHYANLAAGKVDAFIIGSELKKLTSTYNRFSNNAVEKFPAVSELIELAKAVKSILGKQVLVSYAADWSEYHHIDTNDGYYYHLDPLWACDTIDFVGIDAYFPLTHTQDSNITIEEIKHGWESGEGYDYYFDNNQLKQFNNIDLAWKNIKHWWSKYHTNSDGKQTMWIPKMKPIWFTEFGVPSVDKATNQPNIFFAPDSKDQQYPKYSTGAVDFLIQSKAIKASLEYWQQYSNMVENIFLWAWDARPYPIWPTNPYWKDRELWPTGHWINGKLTSINLAAMILELCTKSGIDSSKVDVTSIDDEVAGLLITKNHKTIDVINMLRCCYFFDIKTSAINKISFMKRNHKTNLHLSARQCIIESNQASVNHTIIAKNQILNNINLKFIDSNNSYCIASFNYTLEQENYSQQYNLNLPIVTSLQNVQNICQTILKNANAENILFSFILPISYAYLEVSDIITLIIEDMKFIIRITNIKYSQLIIIIAAVTSNIVSTAAKTSK
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_076611195.1|1307769_1308637_-|transposase	IS630-like element ISOt3 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	5.0e-22	29.0
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WP_012461801.1|1309684_1310563_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461804.1|1313304_1313784_+	transcription elongation factor GreA	NA	NA	NA	NA
WP_012461805.1|1313830_1314730_+	RNA polymerase sigma factor RpoH	G8CLC7	Synechococcus_phage	3.5e-10	26.7
WP_109455661.1|1315419_1315974_-	copper chaperone PCu(A)C	NA	NA	NA	NA
WP_012461809.1|1318891_1320379_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A0M3ZHP2	Turkeypox_virus	6.4e-09	32.7
WP_012460976.1|1323891_1325031_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012461817.1|1328135_1328612_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461818.1|1329544_1330093_-	cytochrome c family protein	NA	NA	NA	NA
WP_108883954.1|1330352_1331300_+	paraslipin	S4VT23	Pandoravirus	3.7e-10	26.1
WP_012461822.1|1333628_1334645_-	P-loop NTPase	NA	NA	NA	NA
WP_012461823.1|1334824_1335880_+|protease	FtsH protease activity modulator HflK	NA	NA	NA	NA
WP_012461824.1|1335903_1336770_+|protease	protease modulator HflC	NA	NA	NA	NA
WP_012461825.1|1336787_1338188_+|protease	DegP-like serine protease TSA47	W5SAB9	Pithovirus	1.2e-06	31.1
WP_012461826.1|1338401_1339016_+	peptidoglycan-associated lipoprotein Pal	NA	NA	NA	NA
WP_012461827.1|1339279_1342063_-	glycoside hydrolase TIM-barrel-like domain-containing protein	A0A0B5A7K5	Paracoccus_phage	7.5e-96	28.4
WP_012461828.1|1342261_1343278_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	G3MA85	Bacillus_virus	1.1e-17	27.1
WP_012461829.1|1343274_1344180_+	bifunctional 5,10-methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/5,10-methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase	A0A249XZQ2	Enterococcus_phage	8.8e-30	38.7
WP_012461830.1|1344114_1345500_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461831.1|1345499_1347866_-	type I DNA topoisomerase	A0A1V0SCS0	Indivirus	1.1e-90	33.8
WP_012461832.1|1347958_1348915_-	malate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012461833.1|1349134_1349629_-	ribosome maturation factor RimM	NA	NA	NA	NA
WP_012461834.1|1349797_1352329_+	AsmA-like C-terminal region-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621667.1|1352543_1353467_-|tRNA	methionyl-tRNA formyltransferase	E3SNR5	Prochlorococcus_phage	1.5e-08	28.3
WP_012461836.1|1353463_1354009_-	peptide deformylase	E3SLL2	Synechococcus_phage	3.8e-20	41.7
WP_148141114.1|1355574_1356669_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461838.1|1356720_1357740_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461840.1|1358959_1359985_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141120.1|1360183_1360411_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461842.1|1360632_1361217_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461843.1|1361243_1362797_-	SurA N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461844.1|1362876_1363626_+	triose-phosphate isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_012461845.1|1363631_1363925_+	preprotein translocase subunit SecG	NA	NA	NA	NA
WP_012461846.1|1364688_1366269_-|tRNA	lysine--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012461847.1|1366407_1366956_+	disulfide bond formation protein B	NA	NA	NA	NA
WP_012461848.1|1366918_1367464_+	demethoxyubiquinone hydroxylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461849.1|1367564_1368257_+	phosphatidylserine decarboxylase	A0A1V0SDU9	Indivirus	8.6e-17	34.1
WP_012461850.1|1368308_1369082_+|holin	phosphatidylcholine/phosphatidylserine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012461851.1|1369131_1369617_+	Na+/H+ antiporter subunit E	NA	NA	NA	NA
WP_041621668.1|1369613_1369868_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461852.1|1369896_1372737_+	PD-(D/E)XK nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461853.1|1372928_1374602_-	NADH dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012461854.1|1374670_1375549_-	succinate--CoA ligase subunit alpha	A0A2K9L1S3	Tupanvirus	3.3e-21	31.9
WP_012461855.1|1375563_1376724_-	ADP-forming succinate--CoA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_012461856.1|1376780_1378043_-	FAD-dependent monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_012461857.1|1378397_1378985_-	DUF1013 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461858.1|1379112_1382316_-|tRNA	isoleucine--tRNA ligase	A0A2I2L3Y0	Orpheovirus	4.1e-178	34.5

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NC_010793|1398343:1480066|DBSCAN-SWA
ATTATTTCTGATTGATTAAAACATTAGGATTAAAAGGAGAATTATGCTTTAAAACACCATAAATGATATGTAATAACTTACGCATAGCGGCAATAAGGATAAGCATTTTGGGTTTGCCAGTATCAGACAAACGTTGAGAAAATTGCTTGATAATACAATTATGTCTTAAGGCAGACATAGCAGGCATATAAAAAGACTTACGTAGATCTGAATTACCAGTTCTAGAGATTCTACTAGCACCCCGCACGGAACTGCCAGATTGACGATGCTTAGGATTAAGACCTACAAAAGCTACAACTTGTTTAGCAGAACTAAATTTCTCAATATCTGCTAAAAAAGCAAGAACTACAGCCTGTGTTTTTGCTCCTATGCCTGGTATTGACTCAAGTAACATAGCCTTATTATGAAGATCTTTGTTATTTTTAATATGGTCATTGATTAGTTGTTCAATTTCTTTAATTTGTGTTTCAAGAAATTCAATATGCATTTGAATATTATTAGCAATTGCTTTAGAAGCTCCTTCTAATCTATTTGTTTCTTGTGTTTTATGCTTAATTAAAACATTCAGGCGATTAACTAGCTGCTGTAGTTCTTGAATATAAAGAGGCTGTGGATACCATGCTTCCGGTTTCATTGCTTTGCAAAAATCTGCTATTAATACACTGTCTGCTTTATCTGTTTTTGTACGACTAAGTTTACTCATTGCAAAACCTTTAATACGGGCAGGATTTACTACGCTTACTTTATAACCATAATCGTACAGATATTTAGCTAAATTTTTCCAGTAGATACCTGTTGCTTCCATACAAACATGTCCAGTTCCTCTGCTTTTTAACCATGTTACTAATTTGTTAAACCCTTCAGAATTATTATTAAATTTTCTTGTTTGAACTTTATTATTAATTAACACAGCTGCATCAAATGTCTCTTTAGAAACGTCAATTCCTACAATTATACTATTCATAATCACCAAATTTTATGTTAAATATCTCAAAACCAACCTTGTAAATACAGGCTTTTTGCCTAAGAATACCGTCCGGTTTTTAATTAAAAAAGCTAGTTACTTATCTATAGAACAGGCTATTAGCCTTAGGAACGCTACTGTATACTAGCTTTCTTTTGTGCTATTGCTATAATCTTTTATTTTATTGCAATTTCACTTATTTTTATCATACAAGGAATGTTATCAACCTTCACTGGCGCACTCATTGATACCTCATCCTTCAGCCAAACAGTAGCTTTGGGAGCAAATAATAGCGTAAAAATAAATATCGATGGAAAAAACCATTCCATAGCAAAAATGCCGATATTTCCTCTAAAAATAGCCCTAGTAGCAGCCCATATGCCACCAATAGTCAAGGCTAAGTGTCCTACTGGAGTGAAGTATTCGCTATTTGAAGCAAAGACTCTTCCTATGCCGTTAAACACATGCCACAATAAGTCTCCACCACCAAATGTGTATATTACGTAATCCATTAACTTTTCTCCTTCGCTATTAAATGCTGCTCTATTAATCTAGCCCTTTTATCTATTCGATTTGCATCTGTTTGTAGGCTAGTCCATTTCTCATTTGCAAACAGTTGAACTCGATTCAATTCCTTCAAATATCTTTCTAAATGTTCATTCGAAACTTGCTTAGCACCTAGTGAAGTAACGGCTCTACGTATTTCTGTGATCACTTCCTTCAAATGCTGAACTAATGTATAGCTAGCTATTAATTCTGATGAGCTATCTAAAATTGTGACTCCAGAAATATATTCTAATATGATATAATCATAAATCGGAAATATATCTCCAATCGAAGATAAAAAGGCTATTTCATGGTTACTAAATTCAGTATTATAATCAAACTTATTTTTTAGATTAGTCAATTGTTGTTTAGCTTTACCTGCATAAGACTGCTCTGGTGATATTGTGATATTTCGTCGCAAGCGTTGAATGCAAGCAACTGACATTATCACAACTGTAAATCGAGGCTGATTCTCCGCCTTTTAAATGACTAATCCAACTTTTTTCGTCCTGAGCTAAGGAGTCATAAAAGTGTACATTATTGTTTGTAACCACGATAGTGCCAGTCATAGACATGATTGAATCATGCATATTTGATGGTATTCCAACCTTTGCTGCTGCTTTAGTGAAGATGTTATAATCATTCTAGCATTAACTCTGAATCCTTATTTTGTGCTTGTCGCAGAGCTTGTTTTTGATCTAAATAATTACGACATTTTTTACCAGCTGCAAAATAATCAAACCCGCTTTGTGACTGTATATCACGGCAAACAGCTTCTCTCATAGCCCAGTTCTTTGGTAAAGCTGTAGCAAATAATGCTTTTGTTAATTCGCAATCTCCTTTGGCAAATTGATTCATCTCCATTGCTAGATTACGTAAGTCCTTAAGAGCATTTTCGATCTGTGGAGCAAATGTTTTTAATCCTAATGAAAATGCATAAACTTTAGCTTGAGAACCAATGTTTTTCATTAGTTGAACTAATTCTTCTCCAGAAATAACAGAGAAGCTACCAAGATATGCGTCAATACCGCTACAGCTCATGTTTAAAGATGGTGAAGTTATAGCAAATGGCTGAAAGGATGTTTGGCTTGTTCGAGCAGACAATCCACCAGCTGCATAATATCCAGCCGCTTGATCTTGATATGATCCAGATCTGGTAACATTAACACTCATTCCTTGAAATACGTTTTCGATATTCCAAGCTAGTGATACTGGAGCTTGTAGCGAAAATAATGCTGCAATAACATAAACTCTGATTCTTATGCTCATGTAGTCTCCAACTTATGATAATATCTATCGATTGCTAGAATATTGTCGATAATTTTATTCTCAGAGATTATGCCTCTAGCTAAGGTACATGATTGTACTAATGGTAATTTCAAGAAAATCTACTAGCTTTCAATAGATTGCAAAGAAATTATACAAAAAGTTAATAACCTTCGTAGACGTATTTATAGTGTAAATTGCTTGAGGCATATGCTGACTAATTCACTCGTACTGTTTTTTTTGTGAGGAAAAGCGCTTCCAGCGCTTGCCTACATACTAGCTAATAGTAGTTTTAGTTGCTTTTTTATGTGATTTTTTATTTTTTCTATTTTTTAATATTAAACTACAGTTGTAATACTTACTCTTTTTGCAGTTTGGAACGTTCATTCATTATATCAAACTCGTGTTAATATCTAATATTAAAGTTTGGATTACAATAAGAGCTACAGAATAGTAAAGAATGATGTATCCTTTAATTATGTATTTTTGGCTTCTTACCATATATAACTCTAAATTATTTTTAGAATTTTATAGAATGTTTAATAAAAATACTAGACTTAGATAAAAATATTTGCTATAAGTGTACATAATGCAATTCCTCGGTAGCTCAGTGGTAGAGCAAACGGCTGTTAACCGTTTGGTCGCTGGTTCGAGTCCAGCCCGGGGAGCCATGCGTTACTCATGTTACTTAAAATAAGTAATACACAAGGTTAATTAGTTAACATGAAAAATAATTACAGTTTATTATAAATGCATAATAATTGAATTATGGCTAAAACAGAGCCTATTATAGTTACTGGCGAAGTTATTAAAGTTTTGCCTAAGGAAGCTAAATTTAAAGTAAAGTTGTCTGACAGTGAGCACGTTATTACTGCGTATATTAGTGGCAAGATAAGAATGCATCACATTAAGATTATAAGAGGTGATAAGGTAGATGTTGAAATGACACCTTATGATTTAAATATGGGAAGGATTACACATCGTCACAAATAATTTTAATAGTCAATAATATACTTGGTATATTCTATGGATTTAATGCCTATTATACTAGCATCTCAATCTGAGTCTAGGTTGAAACTGCTAAAAAGAATTAACATCGTACCATCTCAAATTATTCCAGCTAATATTGATGAGTCAAGTTTGCCTGCAGAATTACCAAAAAATTTAGCTTTAAGATTGGCTATACAAAAGGCAGATAAAATAGCCCAAAATATAGAAGATGGATATGTTATTGCTGCTGATACAGTAGTAGCAGTAGGAAGACGTATATTACCAAAAACTATTACAGATTTTGATGTTGAATATTGTTTAAAGATGTTATCTGGCAGAAGGCATAGAGTTTTTACTGGAGTAAAAATTACAAAAGTTAAACATAATAATATTATTGCTTTTAATACACGAACAGTTGAATCTATTGTAAAAGTAAAAAGATTAACGATGCAAGAAATAGCAGCATATGTTGCAACTAAACAAGGATTAAATAAAGCTGGCGGACATTCTATAGAAGGAATGTGGGAGTGCTTTATTCAATTTATGCGTGGCTCTTACTCTAATATAATGGGGCTACCTCTATTTGAAACGAGAAATATGCTTTTCTCTTTAGGATTCGATTGCATTAGAAGTAATCAATAAGAATAATTCTCTTTTAAAATTTTGGATTTTAATGTACGATACATAATAAATTGTTATAGTTACAAGCATATTCTCAAGTTGGTTAAATAATATATTTTTAATGAGTTTACTATTGTATTAATAATAATGGCAGGTCACTCAAAGTTTAAAAATATTCAGCATCGTAAGGGTGCACAGGATAAAAAGAAAGCTAAGCTATTTGCCAGCTTAGTAAGAGAAATATCTCTTAGTGCTAAATCTGGAGCAGATATTCAATATAATCCTAGATTAAGAGCTGCTATTTCAGCAGCTAAATTTAATAACTTGCCTAAAGATAGAATTGAAAAAGCTATTGCACATGCTAACAACAAAGATAATTATGAAAATTATTTTGAAATAACCTACGAAGGCATTATATTCGATGGAATTGCAATTATAGTTGAAGCTTTAACAGATAATACTAACCGTACTGCAGCAAATGTTAGGGCTATTTTTAGTAAATACGGCGGTAATTTAGTCGGAACTGGTAATGCTAGCTTTTTATTTGATCGTTTAGGAATTATAAAGTTTGAATCAAAAGTTAGTACTAGCGAAGAGTTATTTGATGCTGCTA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MLKRLKEIFRKFIPQPTDRVIHLINTILHSWTNYFRISNSSCHFRFRYYFCK
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MTIIAEGAETALSLQQSGIKGNIIASAGISNLRNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITNNTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQSCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIAKQNDITNVKELYNKSSSLYYLKQEEEAKVEAIVVNKFLENHTGIYSAKIFNNSNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNEAGEITGAKILTLNSKTCNKADIPEKSVGTISGSFAEIAQQNSKYSPVTIITKDIETALTIRQAGVEGKILCAIEAENLQNYNPGPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKEAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQQRLCQKH
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MLILSYNTPIYPNAPKAWQMYFQPQVTEAMSSIRGLHDFVLIVLAMVVLIVLGLLIYICINFNSKSHPKPMQFSANYKLEAIWTLIPALLLVIIAVPSFKILYNIETIPPIEMNIKVVGYQWYWHYQYPDHDNIGFNSNILDDSELKPGDLRLLEVDNRLVIPENTWVRFIITAGDAIHSFAVPAFGTKVDAVPGRINETWIKVQKKGVYYGQCSELCGVNHGFMPIAIEVVSKEEFTDWLKTAKQKFAE

Homologous phage analysis in the prophage region

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1398271:1398330	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_012461878.1|1402876_1403626_+	YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012461879.1|1403727_1406445_+	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit A	A0A172JHV7	Bacillus_phage	4.3e-104	32.6
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WP_158296925.1|1416147_1416303_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461887.1|1416849_1417482_-	3'-5' exonuclease	U3REX6	uncultured_virus	2.2e-11	31.7
WP_011944369.1|1417488_1417788_-	septum formation initiator family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461888.1|1417795_1418446_-	phosphatidate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461889.1|1418448_1419144_-	di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase	R9W0U9	Flavobacterium_phage	1.0e-17	43.0
WP_012461890.1|1419319_1421125_+	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	5.3e-42	29.0
WP_012461891.1|1421442_1425147_-	DNA polymerase III subunit alpha	A0A0K1Y8T6	Streptomyces_phage	5.3e-129	30.9
WP_012461892.1|1425136_1427701_-|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A2K9L2Y7	Tupanvirus	1.9e-247	50.7
WP_012461893.1|1427732_1428608_+	4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_148141095.1|1428875_1429661_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461895.1|1430002_1431001_+	LD-carboxypeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_080503948.1|1432348_1432654_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
WP_012461899.1|1433787_1434048_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155729606.1|1434041_1434203_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621841.1|1434579_1435332_-	cytochrome c oxidase subunit II	NA	NA	NA	NA
WP_012461901.1|1435486_1435963_-	RDD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461902.1|1437128_1439345_+	type IV secretion system protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461903.1|1440464_1440689_-	hypothetical protein	I6R0L8	Salmonella_phage	1.3e-06	53.1
WP_041621843.1|1440889_1441273_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461905.1|1441637_1444511_-	excinuclease ABC subunit UvrA	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	2.4e-307	54.6
WP_012461906.1|1445028_1445271_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461907.1|1445504_1446368_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
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WP_012461914.1|1451789_1453193_+	sodium:pantothenate symporter	NA	NA	NA	NA
WP_109455691.1|1454465_1454645_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155367747.1|1455672_1455843_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011944522.1|1456747_1457047_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461920.1|1457940_1459086_-	zinc-binding dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012461921.1|1459396_1459789_+	cytochrome c maturation protein CcmE	NA	NA	NA	NA
WP_012461922.1|1459822_1460737_+	DUF1189 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461923.1|1460733_1461207_+	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_012461924.1|1461220_1462984_+	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	3.6e-59	30.3
WP_012461925.1|1463292_1464048_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	1.6e-21	34.0
WP_148141121.1|1464076_1464865_-	MlaE family lipid ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_012461927.1|1464981_1465773_-	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461928.1|1465899_1466523_+	30S ribosomal protein S4	NA	NA	NA	NA
WP_109456073.1|1467144_1467312_+	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461935.1|1468848_1470384_+	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_012461936.1|1470393_1470855_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|1471065_1472034_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460909.1|1472049_1472610_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080503990.1|1472661_1473765_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
1472048:1473302	attR	NA	NA	NA	NA
WP_041621676.1|1474564_1475335_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461939.1|1475435_1478240_-	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	6.6e-07	23.4
WP_012461940.1|1478533_1478989_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012461941.1|1479067_1480066_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.4e-84	64.1

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NC_010793|1501321:1582480|DBSCAN-SWA
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>NC_010793|1501321:1582480|1519991_1520327_-|WP_012460914.1|DBSCAN-SWA
MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGRVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKATVWLKDEVSMSAPVKVDNIPCMIKISEIAIK
>NC_010793|1501321:1582480|1521626_1522325_-|WP_012461457.1|DBSCAN-SWA
MSRLLMVMILISQLSTVDASPTGFLWYNDKHDHELNNSSSKLMSGTHDHRIEELKEQFNRAQRIALDNPTLENVITAQRLQKQIMEKAHKFATMWQLATLLDYQLINANEPSNSLHRKLYQEKSEQKNDSKLKNIAKNWGLILQVKQDCLLCKAFIPIVQSFANKYAFQLLAVSKNNELLNKLNPKHVVPVLYSVASDGKKIYAVARGIISENKIIDNILAIDRYYHKLETR
>NC_010793|1501321:1582480|1527849_1528179_-|WP_012460821.1|DBSCAN-SWA
MKFLLLLLGCMSLTSFFYRSTFDCKIPKGLKCKSLYEIKNMVAQGAFDIDNLEKVETSKTKSKRRCILCYRQAKAIQSVAVVNKSPKKPKKYLINLFKSKQSQGERKHT
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MLYLPLLQLLQHVIVDNALVVNKSNIHQKSQLQTTISSQHHKIQHTPIEQVNVFKHAFPSDKNTGIYVSQFSDYGITGYAIDEFPENEDNRNHYTQRKQDTPIKYLIMHYTVGNFASTAQEFTVNKPLLGQVSSHIVITEAEEGKTPAGILISFVPENKIAYHAGVSAWQNDTNLNSMSIGIEHVNRGFNTVNAKKEWFCYDKHQIATSGIVSSGIIRRYNIKPIHVLGHSDIAYNRKSDPGPLFPWGQLYHEYNVGAWLTDAELNSQYIKEKYNPKISDPDKIDDITFLKLLQEYGYHIPDNVDLNKTDNPKQTVALCAPLILAFKAHFSANQHPELCDNAQITSTDKYWIWALTAKYQSQINQ
>NC_010793|1501321:1582480|1571001_1572513_+|WP_045916150.1|DBSCAN-SWA
MKKISIVWLRRNLRLEDNKPFAEALKSSKKIIPIFIFDTTILQNFSNPLDRRLSFLANTIYNLNSELQELEGNLLVLYGNSVEIIPKLIEKLNIQTIYADEEYDPENVIRDQKITNLLEFNGKSKLELVCDHLLLKPGSIVTHKKQYYMRYNPYNTAFKQYLRKNCSCIERSNYRLDHRLVSLESIDLSSLNLKIINLNHGASEILNQIGYTYQKDNIWQPIKAKNILNNFIQNNITSYRTNNTNQNLLYLNNSSTISPYLRFGLVSIRECFSKAIAADSKALITDEAIGKTEKEKGWIDGLIHREFYASLLFRFPNTVSEEFQDKYRNNIPWEKDLEIYCKFTEGKTGYPMIDASIKQLLRDGWMHNLARTIVANFFTKYLLLDWRLGEHFFSQYLMDYELASNVGSWQWAASCGTDMEHFVRMFCPFAQGRKFDHEAKYIKKYLPNLENVSAKVIHDVHFSKKYPNYLTPIIDYQLSKDKSSNFFKQIKKLKNQHQTLLSK
>NC_010793|1501321:1582480|1566411_1567200_-|WP_012462005.1|DBSCAN-SWA
MKMRKFWLAIALSLPCSVPAVVAYDLSDLKKLEELEQLEKLQRLQQLQQEENKPSYYVKLYAGRSSCVPSELDFSGLDNDPNLRILTEMINVANEYAHSPIFGLSLGMYCTRSLMLELSLSYMQHMIFGCDVSMNTPRGLIKFTNLPMGAFVKAIADLTESSFPSTSAAGKLYWDMCSGKLGSLFVTGGLCIQYVQMQEKVFLPGGIVGVGAAINITESVSLNGEINCTYLSGSFSSLLSNDSFKIESWYGYNMLLGIKYNF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_076611195.1|1501321_1502189_-|transposase	IS630-like element ISOt3 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	5.0e-22	29.0
WP_148141122.1|1502343_1502757_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461967.1|1505349_1506078_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461968.1|1506131_1506587_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012461970.1|1508973_1510758_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080503954.1|1511359_1512475_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461972.1|1512459_1513488_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461079.1|1513497_1515252_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461681.1|1515257_1516403_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461682.1|1516418_1518770_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|1518852_1519821_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012460914.1|1519991_1520327_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461457.1|1521626_1522325_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_012461973.1|1524009_1524393_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_012461684.1|1525157_1526168_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A0M3ZHR3	Turkeypox_virus	2.6e-14	33.3
WP_012462301.1|1526066_1527869_-	TraC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460821.1|1527849_1528179_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080503900.1|1529347_1529530_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460926.1|1529547_1529877_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460927.1|1530241_1530718_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460928.1|1530714_1531266_-	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461976.1|1531265_1531601_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141086.1|1532789_1532954_-	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461978.1|1533354_1533837_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012461979.1|1533944_1535111_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461980.1|1535129_1536386_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141096.1|1537385_1537568_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461981.1|1538556_1539654_-	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	NA	NA	NA	NA
WP_012461982.1|1540329_1542075_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_050731364.1|1544253_1544640_+	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461986.1|1545217_1546111_+	lipase LipB	NA	NA	NA	NA
WP_080503991.1|1548913_1549288_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461990.1|1549360_1549852_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461992.1|1550820_1551489_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461993.1|1551686_1552484_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461996.1|1554139_1554604_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012461997.1|1554607_1556173_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462003.1|1560447_1561383_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|1561629_1562598_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_148141097.1|1565137_1565428_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462005.1|1566411_1567200_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461461.1|1568940_1570080_+	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_045916150.1|1571001_1572513_+	deoxyribodipyrimidine photo-lyase	A0A2H4UV63	Bodo_saltans_virus	3.4e-50	30.2
WP_012462008.1|1572533_1573496_-	thioredoxin-disulfide reductase	A0A2K9L162	Tupanvirus	3.8e-55	40.5
WP_012462009.1|1573625_1574549_-	AEC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012462010.1|1574724_1576086_-	Tol-Pal system protein TolB	NA	NA	NA	NA
WP_012462011.1|1576419_1577847_-	dihydrolipoyl dehydrogenase	A0A2K5B2C5	Erysipelothrix_phage	8.2e-38	28.5
WP_012462012.1|1577938_1578742_-	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462013.1|1578917_1579526_+	major outer membrane protein TSA22	NA	NA	NA	NA
WP_012462018.1|1581601_1582480_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	E9P639	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage	1.6e-84	57.7

Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

>NC_010793|1631108:1693191|DBSCAN-SWA
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>NC_010793|1631108:1693191|1654660_1657012_-|WP_050731391.1|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012460921.1|1637462_1637783_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_012462063.1|1637779_1639471_+	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
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WP_158296927.1|1641546_1641747_+	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_080503957.1|1641752_1642820_+	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_041621687.1|1643432_1644284_-	2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase	NA	NA	NA	NA
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1647912:1647947	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_080503958.1|1649267_1649903_-|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	1.8e-13	28.3
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WP_012462081.1|1653946_1654597_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012462085.1|1661148_1662918_-	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012462092.1|1675399_1676518_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462093.1|1676801_1677626_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462096.1|1679899_1680355_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_041621649.1|1680413_1680902_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461674.1|1680943_1681336_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462097.1|1681747_1682362_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	1.7e-08	33.8
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WP_012462101.1|1684283_1684700_+	conjugal transfer protein TraE	NA	NA	NA	NA
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WP_012461119.1|1691483_1691876_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	6.6e-06	37.5
WP_012461118.1|1691915_1692071_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462107.1|1692192_1693191_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.1e-84	64.1
1693563:1693598	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

>NC_010793|1700850:1746991|DBSCAN-SWA
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MSRLLMVIILISQLSTVVASPTGFLWYNDKHGHEPNDSTSKLMSIAHDQRIEELKEQFNRAQRIALDNPTLENVITAQRLQKQIMEKAHKFATMWQLATLLDYQLINANEPANSLHRKLYQEKSEQENDSKLKNIAKNWGLILQVKQDCLLCKAFLPVVQSFVNKYAFQLLAVSKNNELLNKLNPEHIVPVLYLIAANGKKIYSVARGIISEDKIIDNILAIDRHYHKLETA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012462117.1|1700850_1701498_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080503899.1|1701549_1702653_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462118.1|1702950_1704699_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_012462095.1|1704740_1705757_-	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462119.1|1706034_1706490_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_041621690.1|1706587_1707124_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462122.1|1707901_1709041_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
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WP_173024100.1|1712764_1713511_-	rhodanese domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462127.1|1713624_1714260_-	Tim44 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141101.1|1715273_1716434_-	SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012462133.1|1720303_1721443_+	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012460990.1|1721876_1722521_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	1.4e-13	32.4
1723317:1723334	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012462134.1|1723364_1724801_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	9.6e-71	36.0
WP_080503960.1|1724809_1725559_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462135.1|1726047_1727247_+|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	1.2e-26	25.9
WP_012462136.1|1727367_1727703_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462137.1|1727702_1728254_+	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460927.1|1728250_1728727_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460926.1|1729091_1729421_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080503900.1|1729438_1729621_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460821.1|1730789_1731119_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462140.1|1733585_1734245_+	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460825.1|1734331_1734535_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462141.1|1734535_1735513_+	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462142.1|1735535_1735919_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
1735592:1735609	attR	NA	NA	NA	NA
WP_012462143.1|1735915_1737607_+	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_012462144.1|1737603_1738302_+	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_076611195.1|1739378_1740245_+|transposase	IS630-like element ISOt3 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	5.0e-22	29.0
WP_012461082.1|1740567_1740903_+	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|1741073_1742042_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_012462149.1|1746028_1746991_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.3e-84	64.1

Sequences of DBSCAN-SWA_18

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_18

>NC_010793|1865231:1932573|DBSCAN-SWA
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MSELDYYQVLGVSRTASQEEIKRAYRKLVLKYHPDHNPGDKNAEQKIKNINEAYDILKDEKKRSAYDQLGHQTFKNSGGGNYQQHHGFTGGIDPNDIFENIFGDFMGARRSSKTAFSKKAGANLKYDISLTLEEAFYGVTKIISFKTALTCEACTGKGSLDNNSTSSCPTCRGSGVTRSQQGFFFFENTCQTCRGAGHVIKNPCTKCYGEGRYINTRNLEVKIPAGVKEGSRIKLTGEGEAGSRGGKTGDLYVCITLIPHNTFSVDGNDLHCQLDINCTTAALGGEVEVTDITGSKLKLKIPAGTQNNHKLKLSGKGMQILHSDRCGNMIVHVNIKVPKSLTKSQRELMIKLDKELNEASEEGFLSKVRNFWTSGSE
>NC_010793|1865231:1932573|1883247_1883895_-|WP_012462259.1|DBSCAN-SWA
MIFKSKTKKYALHSAIQDGDIEKVQQLINKDSTLVNSKYKDGTTALSVALKYKNLPIAEILLNNGANVNAKNNDWHTALHLAVDRIQVYYEFFEKYPTYCNDHIALLLKYNADVNIEDNQGNTPLSDAVECKCVEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNKIIAVIQLLIDYGADIDAKDDNGMTPIDYAAKSGNIDVFNLLTEQLVPWH
>NC_010793|1865231:1932573|1912465_1913875_-|WP_012462280.1|DBSCAN-SWA
MKCNIWSAADLTAALGVPVNVNVNGIVQFNSKDIQPGDLFIALQSENGGDGHQFVKDALARGADAVIVSKLIDNNTNDKIILVNNTMSALSQLANYRRQQLKNTTFIGITGSVGKTSTKEIMFKVFSTHYKTFASRKNFNNLLGMLLNLASVPINTEYAIFELCTRSPGELQKLVKILPLNIAVLTNINSAHTEFFNSLEHLTEAKCEIFNGLVNKGIAVINSDSMFFTKQLEYINKLGINNVFTFGTHQLSNSRILNYYYDADNQKSVININCNGYDLQFYTQILGYGQAFNIAAVMLVSNICKINLNKVTEVINTLRNYEGRGKIYLLNFHSNSSFIIDDCYNANPASMKNALDLLDQIKAKRKVAILGDMLELGNNTKEHHLNLVTYIKKYNIHVISIGSLMKNVYELLPAELKLSHYNNINELTVDQLLPLLHDKDYVLIKGSNRMRLWQVVENLLESGMLKDAI
>NC_010793|1865231:1932573|1895799_1896117_-|WP_012462268.1|transposase|DBSCAN-SWA
MNWQEFYRMVFKCKLHIFINHHGDIVSFFTLTSDNVNDRIVVEYLVCKLKGWLFADHGFISKKLVVSLTNQGLKLITKIRSNMKEKVIHPIKFSLLNKRYIIETI
>NC_010793|1865231:1932573|1899376_1899808_-|WP_012462272.1|DBSCAN-SWA
MSKIILPKGYKPSEEEEYMSPNQLEYFKQKLEKWKEELIQESLDTIDHLKDGHLKEPDLNYQASREADTAIELKTRSRYKKLIDKIETALKKIELKQYGYCEESGEKIGLKRLEARPIATLCIESQERHEKYEKQHNDDYDAE
>NC_010793|1865231:1932573|1924189_1925329_-|WP_012462289.1|DBSCAN-SWA
MAVHSIDRNTWLTKLERIKLLSSKNQDIKFNNLGHIIDLKMLEEQYKELDSKKAIGMDGITKEDYGKKLKANLLSLLTRIRKGQYQAKPARIVKIPKEDGGKRPLVISCFEDKIIESAVSKILNSVFEPIFLKYSYGFRPKLNAHDALRELNRLTYNFNKGAIVEIDITKCFNTIKHCELMEFLRKRISDKKFLRLIMKLIETPIIENGTIVTNKEGCRQGSIVSPILANVFLHYVIDSWFAKISKENLIGQTGMVRYCDDMVFVFEMKADAKRFYDVLPKRLNKYGLNINEAKSQMIKSGRDHAANLAKQGKKIASYNFLGFTCYWGKSRFGTTWRLKYTSRRDRFTEKLKGLRKYLRSQLNKQDRTQTLSQVIRVIR
>NC_010793|1865231:1932573|1910404_1911157_-|WP_012462278.1|DBSCAN-SWA
MNNLRYNRLLIKLSGAALKGDSNTDNFDIKKLKYIAQEILAIKNMGIEVALVTGGGNIFRGNSAEYWKIERAEADNVGMLGTIINALMLKAALEKESNYKVRVMSAIKIEAVAEPFIRSRALSHLDKGYLIILAAGIGQPFITTDYTAAQRALELRCDAMLVAKHGVNGVFDSNPKEDNNARQYCTLAYDDFLINQLNIMDHSAVLLAKQHNLPIHIFNFDQKLAAKDICLGKNIGTYISSNTKMQFSNE
>NC_010793|1865231:1932573|1917382_1917691_-|WP_012462283.1|DBSCAN-SWA
MNSKIMLNIINCAIVIMIFIVGYYLFAIKNDVNNLNYQLTQIDKQIREEVNNINIIKAELSHLTAPDRLRKLSTNHLHLRNIHTSQMIDDLLSTEEAINKDS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012462246.1|1865231_1866251_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080503987.1|1866235_1867354_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462248.1|1872299_1872755_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_012462249.1|1872822_1873737_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.7e-84	56.2
WP_012462252.1|1876109_1877228_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141104.1|1878311_1879178_+|transposase	IS630 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	1.3e-22	29.3
WP_012462257.1|1881821_1882634_+	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	1.8e-29	31.0
WP_012462258.1|1882637_1883147_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462259.1|1883247_1883895_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	1.8e-13	31.9
WP_012462260.1|1883932_1884508_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A291L9W9	Bordetella_phage	5.7e-06	31.3
WP_012462261.1|1884741_1886178_-	replicative DNA helicase	A0A218KST2	Xenohaliotis_phage	5.1e-72	37.8
WP_012462264.1|1888078_1888957_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462265.1|1889358_1890219_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080503996.1|1892075_1892219_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462266.1|1893426_1894326_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148141105.1|1894514_1895375_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155367734.1|1895358_1895520_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462268.1|1895799_1896117_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012462269.1|1896945_1897884_-	RluA family pseudouridine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012462270.1|1897867_1898740_-	DNA polymerase III subunit delta'	NA	NA	NA	NA
WP_012462271.1|1898763_1899291_-	inorganic diphosphatase	A0A2H4J8U1	uncultured_Caudovirales_phage	1.6e-39	49.7
WP_012462272.1|1899376_1899808_-	RNA polymerase-binding protein DksA	NA	NA	NA	NA
WP_012462273.1|1899842_1900781_-	tyrosine recombinase XerC	A0A0K0N6I5	Gordonia_phage	1.1e-11	35.5
WP_012462274.1|1900806_1902150_-|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis GTPase MnmE	NA	NA	NA	NA
WP_012462275.1|1902231_1907157_+	NAD-glutamate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012462277.1|1908573_1910355_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	4.7e-27	24.7
WP_012462278.1|1910404_1911157_-	UMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012462279.1|1911384_1912476_-	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase	NA	NA	NA	NA
WP_012462280.1|1912465_1913875_-	UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012462281.1|1913871_1915341_-	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012462282.1|1915327_1917079_-	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_012462283.1|1917382_1917691_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462284.1|1917683_1918622_-	16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase RsmH	NA	NA	NA	NA
WP_012462285.1|1918690_1919824_-	molecular chaperone DnaJ	Q8QNB4	Ectocarpus_siliculosus_virus	5.1e-27	25.5
WP_012462286.1|1919912_1921841_-	molecular chaperone DnaK	A0A2P1EIW2	Megavirus	4.5e-140	46.7
WP_012462287.1|1922221_1922509_-	BolA family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012462288.1|1922715_1923513_+	enoyl-ACP reductase	NA	NA	NA	NA
WP_012462289.1|1924189_1925329_-	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_012462290.1|1925868_1926150_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462150.1|1926153_1926963_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	9.1e-18	26.4
WP_012461300.1|1927338_1928067_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012461299.1|1928088_1928946_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012460976.1|1929717_1930857_+	reverse transcriptase	NA	NA	NA	NA
WP_148141106.1|1931117_1931549_+	HD domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462293.1|1931670_1932573_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.5e-87	63.1

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NC_010793.1|WP_155367734.1|1895358_1895520_+|hypothetical-protein	1895358_1895520_+	53 aa aa	NA	NA	NA	1865231-1932573	yes

Protein sequences of NC_010793.1|WP_155367734.1|1895358_1895520_+|hypothetical-protein

>NC_010793.1|WP_155367734.1|1895358_1895520_+|hypothetical-protein
MEKNYDYARNYAEANTDFMFLEEEEATSGHIFEQMSANVDYTGGSIFNDDVEE

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NC_010793_2	Orphan	2.1|420580|18|NC_010793|CRT	420580-420597	18	1865379-1865362	2
NC_010793_2	Orphan	2.3|420664|18|NC_010793|CRT	420664-420681	18	1865379-1865362	2

1. spacer 2.1|420580|18|NC_010793|CRT matches to NC_010793 position: 1865379-1865362, mismatch: 2

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******

2. spacer 2.3|420664|18|NC_010793|CRT matches to NC_010793 position: 1865379-1865362, mismatch: 2

aggcagagctgaaggcag	CRISPR spacer
aggcatagctaaaggcag	Protospacer
***** ****.*******