CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_010080	Lactobacillus helveticus DPC 4571, complete sequence	4 crisprs	Cas14u_CAS-V,cas14j,cas3,DEDDh,DinG,cas14k,cas2,cas1,cas4,cas7,cas8c,cas5,csa3	1	4	15	1

1. NC_010080

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_010080_1

• CRISPR_ID: NC_010080_1
• CRISPR_location: 566505-566687
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NC_010080_1

Consensus_repeat	Method
CACGCGTGGGTTCAAATCCCACAT	PILER-CR

spacers of NC_010080_1

>1.1|566529|60|NC_010080|PILER-CR
CCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGAT
>1.2|566613|55|NC_010080|PILER-CR
GGACCGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010080_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010080_1

>merge|NC_010080|1|566505-566687|PILER-CR
CGCGCGTGGGTTCAAATCCCACATCCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCGTGGGTTCAAATCCCACATGGACCGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAGCATGCGTGGGTTCGAATCCCACAT

>NC_010080|1|1|566505-566687|PILER-CR
CGCGCGTGGGTTCAAATCCCACAT	CCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGAT
CGTGGGTTCAAATCCCACATGGAC	CGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAGCATG
CGTGGGTTCGAATCCCACAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010080.1|WP_003626886.1|556623_557415_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|143607
NC_010080.1|WP_012211524.1|561312_562269_-|IS30-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
NC_010080.1|WP_012211526.1|563623_563824_-|cold-shock-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224197
NC_010080.1|WP_012211531.1|571414_572620_-|multidrug-efflux-MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340949
NC_010080.1|WP_012211528.1|567759_569088_-|uracil-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|236744
NC_010080.1|WP_003633074.1|559811_560159_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224609
NC_010080.1|WP_003633113.1|572746_573829_+|M42-family-peptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|349906
NC_010080.1|WP_012211530.1|569921_571391_+|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|341045
NC_010080.1|WP_003633076.1|560204_560456_+|PspC-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377200
NC_010080.1|WP_012211534.1|576516_577185_+|type-1-glutamine-amidotransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|153212
NC_010080.1|WP_003633063.1|555424_556603_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|181219
NC_010080.1|WP_003633078.1|560637_561195_+|YdhK-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369427
NC_010080.1|WP_012211529.1|569100_569631_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	unknown	unknown	gnl|CDD|235365
NC_010080.1|WP_003633072.1|559276_559738_+|DUF4097-family-beta-strand-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372574
NC_010080.1|WP_023190958.1|564086_564476_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010080.1|WP_012211536.1|578186_578648_+|MarR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|378956
NC_010080.1|WP_012211532.1|573933_575556_+|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|237894
NC_010080.1|WP_012211527.1|565840_566338_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|366181
NC_010080.1|WP_012211533.1|575712_576504_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010080.1|WP_012211535.1|577227_578046_-|transporter-substrate-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|270407

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010080.1|WP_003626886.1|556623_557415_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase	gnl|CDD|143607	cd07583, nitrilase_5, Uncharacterized subgroup of the nitrilase superfamily (putative class 13 nitrilases). The nitrilase superfamily is comprised of nitrile- or amide-hydrolyzing enzymes and amide-condensing enzymes, which depend on a Glu-Lys-Cys catalytic triad. This superfamily has been classified in the literature based on global and structure based sequence analysis into thirteen different enzyme classes (referred to as 1-13). Class 13 represents proteins that at the time were difficult to place in a distinct similarity group; this subgroup represents either a new class or one that was included previously in class 13. Members of this superfamily generally form homomeric complexes, the basic building block of which is a homodimer.	1.29822e-143
NC_010080.1|WP_012211524.1|561312_562269_-|IS30-family-transposase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	1.18527e-69
NC_010080.1|WP_012211526.1|563623_563824_-|cold-shock-protein	gnl|CDD|224197	COG1278, CspC, Cold shock proteins [Transcription].	3.71751e-34
NC_010080.1|WP_012211531.1|571414_572620_-|multidrug-efflux-MFS-transporter	gnl|CDD|340949	cd17391, MFS_MdtG_MDR_like, Multidrug resistance protein MdtG and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of Escherichia coli multidrug resistance protein MdtG, Streptococcus pneumoniae multidrug resistance efflux pump PmrA, and similar multidrug resistance (MDR) transporters from bacteria. MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. MdtG confers resistance to fosfomycin and deoxycholate. PmrA serves as an efflux pump for various substrates and is associated with fluoroquinolone resistance. MdtG-like MDR transporters belong to the bacterial MdtG-like and eukaryotic solute carrier 18 (SLC18) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.05065e-155
NC_010080.1|WP_012211528.1|567759_569088_-|uracil-transporter	gnl|CDD|236744	PRK10720, PRK10720, uracil transporter; Provisional.	3.61297e-144
NC_010080.1|WP_003633074.1|559811_560159_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224609	COG1695, COG1695, Predicted transcriptional regulators [Transcription].	1.2106e-16
NC_010080.1|WP_012211530.1|569921_571391_+|MFS-transporter	gnl|CDD|341045	cd17502, MFS_Azr1_MDR_like, Saccharomyces cerevisiae Azole resistance protein 1 (Azr1p), and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of multidrug resistance (MDR) transporters including various Saccharomyces cerevisiae proteins such as azole resistance protein 1 (Azr1p), vacuolar basic amino acid transporter 1 (Vba1p), vacuolar basic amino acid transporter 5 (Vba5p), and Sge1p (also known as Nor1p, 10-N-nonyl acridine orange resistance protein, and crystal violet resistance protein). MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. This subfamily belongs to the Methylenomycin A resistance protein (also called MMR peptide) and similar multidrug resistance (MDR) transporters (MMR-like MDR transporter) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	5.21532e-47
NC_010080.1|WP_003633076.1|560204_560456_+|PspC-domain-containing-protein	gnl|CDD|377200	pfam04024, PspC, PspC domain. This family includes Phage shock protein C (PspC) that is thought to be a transcriptional regulator. The presumed domain is 60 amino acid residues in length.	8.8979e-16
NC_010080.1|WP_012211534.1|576516_577185_+|type-1-glutamine-amidotransferase	gnl|CDD|153212	cd01741, GATase1_1, Subgroup of proteins having the Type 1 glutamine amidotransferase (GATase1) domain. This group contains a subgroup of proteins having the Type 1 glutamine amidotransferase (GATase1) domain. GATase activity catalyses the transfer of ammonia from the amide side chain of glutamine to an acceptor substrate. Glutamine amidotransferases (GATase) includes the triad family of amidotransferases which have a conserved Cys-His-Glu catalytic triad in the glutaminase active site. In this subgroup this triad is conserved. GATase activity can be found in a range of biosynthetic enzymes, including: glutamine amidotransferase, formylglycinamide ribonucleotide, GMP synthetase , anthranilate synthase component II, glutamine-dependent carbamoyl phosphate synthase, cytidine triphosphate synthetase, gamma-glutamyl hydrolase, imidazole glycerol phosphate synthase and, cobyric acid synthase. Glutamine amidotransferase (GATase) domains can occur either as single polypeptides, as in glutamine amidotransferases, or as domains in a much larger multifunctional synthase protein, such as CPSase.	1.45219e-56
NC_010080.1|WP_003633063.1|555424_556603_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase	gnl|CDD|181219	PRK08068, PRK08068, transaminase; Reviewed.	0
NC_010080.1|WP_003633078.1|560637_561195_+|YdhK-family-protein	gnl|CDD|369427	pfam07563, DUF1541, Protein of unknown function (DUF1541). This family consists of several hypothetical bacterial and occurs as a tandem repeat.	4.07677e-19
NC_010080.1|WP_012211529.1|569100_569631_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	gnl|CDD|235365	PRK05205, PRK05205, bifunctional pyr operon transcriptional regulator/uracil phosphoribosyltransferase PyrR.	5.76938e-99
NC_010080.1|WP_003633072.1|559276_559738_+|DUF4097-family-beta-strand-repeat-protein	gnl|CDD|372574	pfam13349, DUF4097, Putative adhesin. This has a putative all-beta structure with a twenty-residue repeat with a highly conserved repeating GD, gly-asp, motif. It may form part of a bacterial adhesin.	1.26015e-10
NC_010080.1|WP_003633113.1|572746_573829_+|M42-family-peptidase	gnl|CDD|349906	cd05656, M42_Frv, M42 Peptidase, endoglucanases. Peptidase M42 family, Frv (Frv Operon Protein; Endo-1 4-Beta-Glucanase; Cellulase Protein; Endoglucanase; Endo-1 4-Beta-Glucanase Homolog; Glucanase; EC. 3.2.1.4) subfamily. Frv is a co-catalytic metallopeptidase, found in archaea and bacteria, including Pyrococcus horikoshii tetrahedral shaped phTET1 (DAPPh1; FrvX; PhDAP aminopeptidase; PhTET aminopeptidase; deblocking aminopeptidase), phTET2 (DAPPh2) and phTET3 (DAPPh3), Haloarcula marismortui TET (HmTET) as well as Bacillus subtilis YsdC. All of these exhibit aminopeptidase and deblocking activities. The HmTET is a broad substrate aminopeptidase capable of degrading large peptides. PhTET2, which shares 24% identity with HmTET, is a cobalt-activated peptidase and possibly a deblocking aminopeptidase, assembled as a 12-subunit tetrahedral dodecamer, while PhTET1 can be alternatively assembled as a tetrahedral dodecamer or as an octahedral tetracosameric structure. The active site in such a self-compartmentalized complex is located on the inside such that substrate sizes are limited, indicating function as possible peptide scavengers. PhTET2 cleaves polypeptides by a nonprocessive mechanism, preferring N-terminal hydrophobic or uncharged polar amino acids. Streptococcus pneumoniae PepA (SpPepA) also forms dodecamer with tetrahedral architecture, and exhibits selective substrate specificity to acidic amino acids with the preference to glutamic acid, with the substrate binding S1 pocket containing an Arg allows electrostatic interactions with the N-terminal acidic residue in the substrate. The YsdC gene is conserved in a number of thermophiles, archaea and pathogenic bacterial species; the closest structural homolog is Thermotoga maritima FrwX (34% identity), which is annotated as either a cellulase or an endoglucanase, and is possibly involved in polysaccharide biosynthesis or degradation.	2.57949e-100
NC_010080.1|WP_012211536.1|578186_578648_+|MarR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|378956	pfam12802, MarR_2, MarR family. The Mar proteins are involved in the multiple antibiotic resistance, a non-specific resistance system. The expression of the mar operon is controlled by a repressor, MarR. A large number of compounds induce transcription of the mar operon. This is thought to be due to the compound binding to MarR, and the resulting complex stops MarR binding to the DNA. With the MarR repression lost, transcription of the operon proceeds. The structure of MarR is known and shows MarR as a dimer with each subunit containing a winged-helix DNA binding motif.	7.51419e-07
NC_010080.1|WP_012211532.1|573933_575556_+|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	gnl|CDD|237894	PRK15064, PRK15064, ABC transporter ATP-binding protein; Provisional.	0
NC_010080.1|WP_012211527.1|565840_566338_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	gnl|CDD|366181	pfam00583, Acetyltransf_1, Acetyltransferase (GNAT) family. This family contains proteins with N-acetyltransferase functions such as Elp3-related proteins.	1.05312e-12
NC_010080.1|WP_012211535.1|577227_578046_-|transporter-substrate-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|270407	cd13689, PBP2_BsGlnH, Substrate binding domain of ABC glutamine transporter from Bacillus subtilis; the type 2 periplasmic-bindig protein fold. This group includes periplasmic glutamine-binding domain GlnP from Bacillus subtilis and its related proteins. The GlnP domain belongs to the type 2 periplasmic binding protein fold superfamily (PBP2), whose many members are involved in chemotaxis and uptake of nutrients and other small molecules from the extracellular space as a primary receptor. The PBP2 proteins are typically comprised of two globular subdomains connected by a flexible hinge and bind their ligand in the cleft between these domains in a manner resembling a Venus flytrap. After binding their specific ligand with high affinity, they can interact with a cognate membrane transport complex comprised of two integral membrane domains and two receptor cytoplasmically-located ATPase domains. This interaction triggers the ligand translocation across the cytoplasmic membrane energized by ATP hydrolysis.	8.57494e-76

Protein sequences

>NC_010080.1|WP_012211527.1|565840_566338_+|GNAT-family-N-acetyltransferase
MIIKPLISEDEAKETSRLFQKLANTYKDILPDVFLDNIPENAWGKRLNESGRHNLIFIDDDNKIRAAVSYGRPRDTRMLGCGELMALYVEPDFQGFNIGKTLLNAAENELKKMGYGKIYLWCIDGDENARQFFEHFGWVNNATEKFVEIAGKEYKYLLYQKNLHD
>NC_010080.1|WP_023190958.1|564086_564476_+|hypothetical-protein
MLTVNYRSVIENDLVNYTQGIESYFRNERLTLRDKINKFIEELPESYRELLSEHVGNTDDWIGKLVSTRVFLTHGDRENMAVSNPYKLVQMTKIFGFMVRIFILQKLGITIDKPKILNKFKNVLTTHYY
>NC_010080.1|WP_012211526.1|563623_563824_-|cold-shock-protein
MQTGTVKWFNADKGFGFITGSDNKDVFVHFSAIKTDGFKSLEEGQKVSYDVEQGSRGPQATNVVPQ
>NC_010080.1|WP_012211524.1|561312_562269_-|IS30-family-transposase
MKWAVSNSKWESLIPRAVVVPKPLCHEKLNATAVGGAYSAVKAQQNYQQRRLKSRRLRVLENLKLRDFVLHCILQRQWSPEQIAGRLSLENSNWHISYNTIYRGIERNNLGVKRKRHGARGFARKLRHRGKTRKVKGTVNERRGRFNNVPSVHERPVSCENRTRFGHWEGDTVRGKIGRSGLVSLVDRKSRYLLSERVPKVNAKNVTQAMIDLLHTVTPKRVRTLTPDRGTEFAGYREVGKELGISVYFPDLHAPQQRGTNENTNGLIREYFSKGNDLDELTDQDIAKFVKDLNNRPHKVLVWKTPSEVFFGKKLHLI
>NC_010080.1|WP_003633078.1|560637_561195_+|YdhK-family-protein
MKKLVWYVCAVVAMLFLVAGCSSNSTQKEGSSTHSHSSEKTEMHEHTGSKKVHGLKKAEQPKYKAGTKVKLTADHMKGMKDANATIVNAYDSKLYAVDYKSTSDKKMVKDHKWVTINEIEGNRKEYKKGDKVTLKADHMAGMKNSSATIVEIQKGPAYMVNYQPTNGGKQVTNHKWVAEDEIEKR
>NC_010080.1|WP_003633076.1|560204_560456_+|PspC-domain-containing-protein
MTKKKLTKSSDKIVSGVFGGIAEYFGWDKAIVRIIGAFLIIFPGNIIGGAILYAVTALVMTDPTQGDHCDDGDSVIKGEFREK
>NC_010080.1|WP_003633074.1|559811_560159_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MKIQVTADLLDGLVLALLNREDYYGYALTQEMQKAISISESTMYPVLRRLKKEGYLTTYDQPFQGRNRRYYQITSDGEQHLEQVYKMWTDYKESLDQVFIPDKEHDLTHKNDIEA
>NC_010080.1|WP_003633072.1|559276_559738_+|DUF4097-family-beta-strand-repeat-protein
MQGLSIANLEALGSEGSLKLDNMNIDTTNIEMRDGDDISLENTNLLSGLVAVEDSDLSVRNGTLCNVEIQQDNGDIRMHNVALDSGKVDVSDGDVNIAESTVTNGYSLTTSDGDNLLTNVKAGGFDVTSSDGDNHVLVKLMKAAGSIVVQRRM
>NC_010080.1|WP_003626886.1|556623_557415_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase
MQMKIKVALAQFNIQFADPDKNQQRVAELTSIAAKAGADVIVFPEMWNIGYALNQLDRLADDGGRTTTKLFYRLARQYQISIVGGSVAVKEGGHFYNRTLIVDPLGQVVGKYDKVHLFRLMNEHRYLTAGNQENYFRLAGVPSASFICYDLRFPEWIRTVARHGSAVLYFPAEWPAVRIPQWTTMLKARAIENQAFVVAVNRVGDDPDNHYNGHSLAIDPLGNVIADAGENDGITYAELDLTQLATVRGAIPVFVDRRPDLYK
>NC_010080.1|WP_003633063.1|555424_556603_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase
MEFQQSKLLGRLPKQFFASLVAKVNHKIESGVDVINLGQGNPDKPTPEYIVKATQKWVADPATHKYSPFQGLPEFKQAAADFYAEKYGAPFDPEKEVAILGGSKIGLVELPWALMNPGDTYLLPDPGYPDYFSGAALGGVKFETVPLLAKNNFLPDLKAIPEAVAQRAKFFYLNYPNNPTGAVATKKFYEELVSWAKKYHVGIISDFAYGALGFDGQAPRSFMQTPGAKDVGIELYTFSKTFNMAGWRIAFAVGNQDIIGALNLIQDHLFVSLFPALQRAAIDALQGSQRDAEIAKIVGRYEERRNAFVDAAEKIGWHAFVPKGTFYAWMPVPAGYTSESFADLLLDKAGVAVAPGNGFGKHGEGYVRIGLLIEPARLKEAVARIAKLHLFD
>NC_010080.1|WP_012211528.1|567759_569088_-|uracil-transporter
MSKKENFRNPDAILDVYEKPEFGQGVLLSLQHMFAMFGSTVLVPILIGINPSIALLSSGIGTLVHMILTHFKIPAYLGSSFAFVATMQALMKADGYPAVAQGAIASGLVYVIVALIIAKVGSGWVNKVLPPIVVGPIIIVIGLSLATTAANDAMMNNQKYDLTYFGVAIFTLVMTLVFQMCFKGFTSLVSIMLGIICGYVLACFLGIVDFSGVEKAAWFSIPSLDVMGISYHFKWYPAAILAMAPIAFVTMTEHMGHIMVLNSLTKRNFFKNPGLHKTMMGDGISTIIAGFIGGPPTTSYGENIGVLAMTKVHSVWVLAGAAVCAIIFSFVGKLAALIESIPMPVIGGISFLLFGTIASNGLKILVDDKVDFGEKRNMLIASVILVIGIGGAYLQLGNFQLTSVALSTIIGMILNWVLPKKAASEKALEEKNKQKQDGKIYQ
>NC_010080.1|WP_012211529.1|569100_569631_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR
MAKEIIDAIGMKRALMRMTYEIVERNKGTENLVLVGIKTRGLYLAQRIAANLKKLEDVEISVGAIDVSQYRDDLPESKKEKMIHNQQLDFDITDKNVVLVDDVLFTGRTIRAALDALMDQGRPAKINLAILVDRGHRELPIRPDFIGKNIPTAMNEEVKVSMTEVDDKDSIELINK
>NC_010080.1|WP_012211530.1|569921_571391_+|MFS-transporter
MNKKQLFMVTLALLLANIMSGLDATIINTAIPAIVSDLHGIQYMGWIVACFLLGMSVSVPIWGKLGERMGNKFAFELSLALFILGSLLEGIAPDIYFFLIARILMGVGAGGMGSLPYVIVGYIYPNIKRRTVILGYIAASFSAASIAGPLVGGWIVDTLSWHWVFYINVPLGLIAIILSFVYYKGIRKPNKNTQFDKLGAFTLIAGLTSFLIGIQLLGMVSLPVVLGFIILGILLLVVFIRAERKAKSPVVPLSVFTNKALVGDFLIFALAWGSYIAVNTYLPMWAQAILGASALVGGMTLIPNSIVDIVGSQTAPYFLRHVNNYRLLIANLTIMAITAVGLILAPISTPYQILALIAAFSGFGVGSIFVILQIKVQVDASEKDMAPATSLSFLIRILALTIMAAIYGVIMNLALGRGIAGHPGITMTMMNKLIDAESAKSLPVQLLPTMRKIFYGGIREIMIVSLVLLVAAYVVNYLYNRHEEKIMAE
>NC_010080.1|WP_012211531.1|571414_572620_-|multidrug-efflux-MFS-transporter
MKEKPIWKKNLFVLSIAVFIAGIAFSEVMPFLPLYIDTLGKFSHQQLNFWSGFIYSGTYLVSALISPCWGKLADKKGRKPMTLRASLGMAIVIGCMGLVTNVYQLFILRMLQGVFAGFVSNSNALIATETPKEKSGQALGTMASSFTAGNLLGPFIGGALASIFSYRVTFFITGGLLLISFFLSLFFVHETDFKPVTEKKLDKASGIIKELRSPQLIFGLLLTTLIIQAANNSINPIVSLYVKQLMANHGNVVFISGVIAALPGIATFLAASRFGALGDRIGTHKIIVGGFIGATILFFLTAFVQNTVELGILRFLVGFTDACLFPQVQTLLTKNTPAKITGRIFSWNQSAMYVGNIFGPLLGSTISGLTSYSMVFIVTAIIVVFNLILFKFNVINNLRQK
>NC_010080.1|WP_003633113.1|572746_573829_+|M42-family-peptidase
MQKEQEIQMLKEFSDANSTSGFEEEFVKLFTSYAEKTANIEVDGMLNVYASKKENKGDRPVIQLDAHSDAVGFITQAVRPNGLIKFVPLGGWVKYNIPALKVKVRNRDGEYIPGVVATKPPHFMTAAERNNVPDVVDMSIDVGSSSREETIKDYKIDTGCPIFVDVKCEYHEKSGLFFGKDFDDRFGAGAMIDVLDNLKGEETNFDVVAALSSQEEVGLRGAYVTARKVKPDLCLVLESCPADDTFTPDWLSQTGLKRGPMLRDMDTTFLPNPKFQQYACDLADKNNIPYTRSVRTGGGQDGAAIYYENGAPTIVIGIPVRYEHSPYCFSSYKDFKASVDLATAIIRDITQEKLDSFKKF
>NC_010080.1|WP_012211532.1|573933_575556_+|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein
MITVSDLSLKFGGRTLYEDVNLKFTPGNCYGVIGANGAGKSTFLKLLEGKLEPTTGSISIDPNERMSSLNQDHFAFEDFTVMDTVIQGHKELYQVMKEKDALYAKPDFGDEDGVKAAELESKFAELDGWNAEANASKLLQSLDIPESEHQMLMKELPESEKVKVLLAQALFGNPDILLLDEPTNGLDVHTVEWLENFLADYPNIVIVVSHDRHFLNQVCTEMCDVDRGKIQLYVGNYDFWYESSKLANELVANKNDKKEEKIKQLQEFIARFSANASKSRQATSRKKQLDKITLDDIKPSSRKYPFVKFEMHRDLGNDLVKVENVSYSVDGEKILDNVSFIVRPGDKVAFLSRNALAATALLDIIAGKIKPDTGTVTWGQTTAFNYMSRDLNANFNNDDLTILDWLRQYATKEQDDNTFLRGFLGRMLFSGEEIEKKIKVLSGGEKVRCQLSRMMLEPANVLIMDDPTNHLDLESITALNDALVAYPGSILFTSHDHEFIQTIANHIIEVGPKGIVSRQDTTYDEFLDKESIQDQVEKIY
>NC_010080.1|WP_012211533.1|575712_576504_+|hypothetical-protein
MKEQIIFEDFIQDREVRMYDKHFSDTDNKVEYDVYVQVFTMDNLPFSSVTGKLDNIPFNYDHAGTKEVVVNNVIGDYFNPVTKKYEVSDHTFVVGHIKDSNLDQDIAIEQMQQAAMNIINELNKRQMPPHMVMPHLLTDVEKAKQVVTDDDVKISQLSKETGISEEILSDYRENPATLKKASNSTIERLITKYYEKYFNRNEIEKFRFMLIKTVMAYLKENKKDEIDYDPVYELYKLCQQADWHRLARMEEIWRAFYTVDNQH
>NC_010080.1|WP_012211534.1|576516_577185_+|type-1-glutamine-amidotransferase
MRVNVLQHAPNEGPGSIQDWCHEHNHEMFVYHPTDFGILPTIDETDLLVILGSPNSPNDKLDWIKNERVLIKQMLKANKPILGICFGSQQIAKTLGYEVLDAPAKEVGWAPVYLQDHTIENIPKKLTALHWHQQMSEIPEDAKLLFSSDLVKNQGYLLGNNVIGLQFHFEPKEDNVREIAINDGAYALENNDLHQTPQEIIAHGVPKENKDVMFVLLDYITK
>NC_010080.1|WP_012211535.1|577227_578046_-|transporter-substrate-binding-domain-containing-protein
MKKRFFLPTLLIGIALFTLSACSQNKKQIVYQTVKSTKTINWGVKADTPLFGSMNIKTGKINGFEIDLAKALTKEMLSNNAKANFVTTTANTKIQLLKNRNVDAVIAAMTITPEREKQVDFSKPYFPAGQSITVAKNSKIKNVKDLNNKKVLVVKGTTAADAVKKFAPKAEILQFDDYGQAFAALKAGQGDAFVTDNGILVGILRDSSGYKLVGGNFTNQPYGIAVNKGQTEMDKQINLALTKLEKDGTYNRLLKKWFGNIPGFNVKTAEKY
>NC_010080.1|WP_012211536.1|578186_578648_+|MarR-family-transcriptional-regulator
MKISESEKLNMAIVHGNRAYQQWDQDHELSDYLSVILYELLLRKKLTQKQLVGLTDLPKQSINKGIKILHDSGYLAMSVDPHDKRVRFCELTAAGNKYAKQKMQSLFRLEEQTAQKLGSEKMQLLTDLLTEWSNTFWDFLNEERSKECKHSKS

Crispr_ID: NC_010080_2

• CRISPR_ID: NC_010080_2
• CRISPR_location: 1349781-1349901
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010080_2

Consensus_repeat	Method
AGAAAAAGAACCAAACAGCCTTTTAATGACTGCTTGATTCT	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010080_2

>2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder
ATTCATTTACTCTCTATCAACAGGATTTGACAAAGAGCC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010080_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010080_2

>merge|NC_010080|2|1349781-1349901|CRISPRCasFinder
AGAAAAAGAACCAAACAGCCTTTTAATGACTGCTTGATTCTATTCATTTACTCTCTATCAACAGGATTTGACAAAGAGCCAGAAAAAGAACCAAACAGCCTTTTAATGACTGCCTGATTCT

>NC_010080|2|1|1349781-1349901|CRISPRCasFinder
AGAAAAAGAACCAAACAGCCTTTTAATGACTGCTTGATTCT	ATTCATTTACTCTCTATCAACAGGATTTGACAAAGAGCC
AGAAAAAGAACCAAACAGCCTTTTAATGACTGCCTGATTCT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010080.1|WP_012212007.1|1339896_1340454_-|ribosome-recycling-factor	unknown	unknown	gnl|CDD|178850
NC_010080.1|WP_012211454.1|1352947_1354354_+|ISLre2-like-element-ISLhe10-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|284250
NC_010080.1|WP_012212013.1|1350672_1351299_+|transcriptional-repressor-LexA	unknown	unknown	gnl|CDD|234688
NC_010080.1|WP_003627529.1|1341317_1342343_-|elongation-factor-Ts	unknown	unknown	gnl|CDD|236491
NC_010080.1|WP_003629021.1|1343311_1344343_-|GIY-YIG-nuclease-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226608
NC_010080.1|WP_012212009.1|1346321_1348265_-|M13-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|341056
NC_010080.1|WP_003627547.1|1355220_1355940_-|tRNA-(guanosine(37)-N1)-methyltransferase-TrmD	unknown	unknown	gnl|CDD|234581
NC_010080.1|WP_012212006.1|1337076_1338333_-|RIP-metalloprotease-RseP	unknown	unknown	gnl|CDD|272878
NC_010080.1|WP_003629020.1|1340453_1341179_-|UMP-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234735
NC_010080.1|WP_012212015.1|1352105_1352765_-|uracil-DNA-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|381680
NC_010080.1|WP_003629022.1|1344408_1345023_+|1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate-acyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|223282
NC_010080.1|WP_003629074.1|1355929_1356445_-|ribosome-maturation-factor-RimM	unknown	unknown	gnl|CDD|234650
NC_010080.1|WP_012212014.1|1351327_1352113_-|SGNH/GDSL-hydrolase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238141
NC_010080.1|WP_012212008.1|1345082_1346264_+|class-I-SAM-dependent-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|225139
NC_010080.1|WP_012212012.1|1350258_1350522_-|DUF896-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|368690
NC_010080.1|WP_003627530.1|1342376_1343150_-|30S-ribosomal-protein-S2	unknown	unknown	gnl|CDD|235396
NC_010080.1|WP_003629071.1|1354760_1355108_-|50S-ribosomal-protein-L19	unknown	unknown	gnl|CDD|235418
NC_010080.1|WP_003627524.1|1339159_1339894_-|isoprenyl-transferase	unknown	unknown	gnl|CDD|184840
NC_010080.1|WP_003627549.1|1356513_1356786_-|30S-ribosomal-protein-S16	unknown	unknown	gnl|CDD|234588
NC_010080.1|WP_012212011.1|1349977_1350196_-|YneF-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367606

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010080.1|WP_012212007.1|1339896_1340454_-|ribosome-recycling-factor	gnl|CDD|178850	PRK00083, frr, ribosome recycling factor; Reviewed.	5.06556e-96
NC_010080.1|WP_012211454.1|1352947_1354354_+|ISLre2-like-element-ISLhe10-family-transposase	gnl|CDD|284250	pfam06782, UPF0236, Uncharacterized protein family (UPF0236).	4.09724e-27
NC_010080.1|WP_012212013.1|1350672_1351299_+|transcriptional-repressor-LexA	gnl|CDD|234688	PRK00215, PRK00215, transcriptional repressor LexA.	1.80734e-106
NC_010080.1|WP_003627529.1|1341317_1342343_-|elongation-factor-Ts	gnl|CDD|236491	PRK09377, tsf, elongation factor Ts; Provisional.	2.78075e-137
NC_010080.1|WP_003629021.1|1343311_1344343_-|GIY-YIG-nuclease-family-protein	gnl|CDD|226608	COG4123, COG4123, Predicted O-methyltransferase [General function prediction only].	1.68244e-59
NC_010080.1|WP_012212009.1|1346321_1348265_-|M13-family-metallopeptidase	gnl|CDD|341056	cd08662, M13, Peptidase family M13 includes neprilysin and endothelin-converting enzyme I. The M13 family of metallopeptidases includes neprilysin (neutral endopeptidase, NEP, enkephalinase, CD10, CALLA, EC 3.4.24.11), endothelin-converting enzyme I (ECE-1, EC 3.4.24.71), erythrocyte surface antigen KELL (ECE-3), phosphate-regulating gene on the X chromosome (PHEX), soluble secreted endopeptidase (SEP), and damage-induced neuronal endopeptidase (DINE)/X-converting enzyme (XCE). Proteins in this family fulfill a broad range of physiological roles due to the greater variation in the active site's S2' subsite allowing substrate specificity. NEP is expressed in a variety of tissues including kidney and brain, and is involved in many physiological and pathological processes, including blood pressure and inflammatory response. It degrades a wide array of substrates such as substance P, enkephalins, cholecystokinin, neurotensin and somatostatin. It is an important enzyme in the regulation of amyloid-beta (Abeta) protein that forms amyloid plaques that are associated with Alzeimers disease (AD). ECE-1 catalyzes the final rate-limiting step in the biosynthesis of endothelins via post-translational conversion of the biologically inactive big endothelins. Like NEP, it also hydrolyzes bradykinin, substance P, neurotensin, and Abeta. Endothelin-1 overproduction has been implicated in various diseases including stroke, asthma, hypertension, and cardiac and renal failure. Kell is a homolog of NEP and constitutes a major antigen on human erythrocytes; it preferentially cleaves big endothelin-3 to produce bioactive endothelin-3, but is also known to cleave substance P and neurokinin A. PHEX forms a complex interaction with fibroblast growth factor 23 (FGF23) and matrix extracellular phosphoglycoprotein, causing bone mineralization. A loss-of-function mutation in PHEX disrupts this interaction leading to hypophosphatemic rickets; X-linked hypophosphatemic (XLH) rickets is the most common form of metabolic rickets. ECEL1 is a brain metalloprotease which plays a critical role in the nervous regulation of the respiratory system, while DINE is abundantly expressed in the hypothalamus and its expression responds to nerve injury. A majority of these M13 proteases are prime therapeutic targets for selective inhibition.	0
NC_010080.1|WP_003627547.1|1355220_1355940_-|tRNA-(guanosine(37)-N1)-methyltransferase-TrmD	gnl|CDD|234581	PRK00026, trmD, tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase; Reviewed.	8.15189e-156
NC_010080.1|WP_012212006.1|1337076_1338333_-|RIP-metalloprotease-RseP	gnl|CDD|272878	TIGR00054, Putative_zinc_metalloprotease_slr1821, RIP metalloprotease RseP. Members of this nearly universal bacterial protein family are regulated intramembrane proteolysis (RIP) proteases. Older and synonymous gene symbols include yaeL in E. coli, mmpA in Caulobacter crescentus, etc. This family includes a region that hits the PDZ domain, found in a number of proteins targeted to the membrane by binding to a peptide ligand. The N-terminal region of this family contains a perfectly conserved motif HEXGH as found in a number of metalloproteinases, where the Glu is the active site and the His residues coordinate the metal cation. Membership in this family is determined by a match to the full length of the seed alignment; the model also detects fragments as well matches a number of members of the PEPTIDASE FAMILY S2C. The region of match appears not to overlap the active site domain. [Protein fate, Degradation of proteins, peptides, and glycopeptides].	6.23368e-69
NC_010080.1|WP_003629020.1|1340453_1341179_-|UMP-kinase	gnl|CDD|234735	PRK00358, pyrH, uridylate kinase; Provisional.	1.32854e-138
NC_010080.1|WP_012212015.1|1352105_1352765_-|uracil-DNA-glycosylase	gnl|CDD|381680	cd10030, UDG-F4_TTUDGA_SPO1dp_like, Uracil DNA glycosylase family 4, includes Thermotoga maritima TTUDGA, Bacillus phage SPO1 DNA polymerase, and similar proteins. Uracil DNA glycosylase family 4 includes Thermotoga maritima TTUDGA, a robust uracil DNA glycosylase that shares narrow substrate specificity and high catalytic efficiency with family 1, acting on double-stranded and single-stranded uracil-containing DNA. Members of this family possess four conserved cysteine residues required to coordinate the [4Fe-4S] iron-sulfur cluster. This family also includes the N-terminal domain of Bacillus phage SPO1 DNA polymerase. Bacteriophage SPO1 is one of a group of large, lytic, tailed bacteriophages of Bacillus subtilis, and contains hydroxymethyluracil (hmUra) in place of thymine in their DNA. It has been speculated that this UDG domain may help discriminate between hmUra containing SPO1 DNA and thymine-containing host DNA. Uracil-DNA glycosylases (UDGs) initiate repair of uracils in DNA. Uracil in DNA can arise as a result of mis-incorporation of dUMP residues by DNA polymerase or via deamination of cytosine. Uracil in DNA mispaired with guanine is one of the major pro-mutagenic events, causing G:C->A:T mutations. Thus, UDG is an essential enzyme for maintaining the integrity of genetic information. UDGs have been classified into various families on the basis of their substrate specificity, conserved motifs, and structural similarities. Although these families demonstrate different substrate specificities, often the function of one enzyme can be complemented by the other.	5.12429e-58
NC_010080.1|WP_003629022.1|1344408_1345023_+|1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate-acyltransferase	gnl|CDD|223282	COG0204, PlsC, 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase [Lipid metabolism].	2.65346e-30
NC_010080.1|WP_003629074.1|1355929_1356445_-|ribosome-maturation-factor-RimM	gnl|CDD|234650	PRK00122, rimM, 16S rRNA-processing protein RimM; Provisional.	1.89151e-62
NC_010080.1|WP_012212014.1|1351327_1352113_-|SGNH/GDSL-hydrolase-family-protein	gnl|CDD|238141	cd00229, SGNH_hydrolase, SGNH_hydrolase, or GDSL_hydrolase, is a diverse family of lipases and esterases. The tertiary fold of the enzyme is substantially different from that of the alpha/beta hydrolase family and unique among all known hydrolases; its active site closely resembles the typical Ser-His-Asp(Glu) triad from other serine hydrolases, but may lack the carboxlic acid.	9.4609e-14
NC_010080.1|WP_012212008.1|1345082_1346264_+|class-I-SAM-dependent-methyltransferase	gnl|CDD|225139	COG2230, Cfa, Cyclopropane fatty acid synthase and related methyltransferases [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	2.09573e-122
NC_010080.1|WP_012212012.1|1350258_1350522_-|DUF896-domain-containing-protein	gnl|CDD|368690	pfam05979, DUF896, Bacterial protein of unknown function (DUF896). In B. subtilis, one small SOS response operon under the control of LexA, the yneA operon, is comprised of three genes: yneA, yneB, and ynzC. This family consists of several short, hypothetical bacterial proteins of unknown function. These proteins are mainly found in gram-positive firmicutes. Structures show that the N-terminus is composed of two alpha helices forming a helix-loop-helix motif. The structure of ynzC from B. subtilis forms a trimeric complex. Structural modelling suggests this domain may bind nucleic acids. This family is also known as UPF0291.	5.00072e-19
NC_010080.1|WP_003627530.1|1342376_1343150_-|30S-ribosomal-protein-S2	gnl|CDD|235396	PRK05299, rpsB, 30S ribosomal protein S2; Provisional.	3.70462e-173
NC_010080.1|WP_003629071.1|1354760_1355108_-|50S-ribosomal-protein-L19	gnl|CDD|235418	PRK05338, rplS, 50S ribosomal protein L19; Provisional.	8.62762e-64
NC_010080.1|WP_003627524.1|1339159_1339894_-|isoprenyl-transferase	gnl|CDD|184840	PRK14830, PRK14830, undecaprenyl pyrophosphate synthase; Provisional.	8.49223e-160
NC_010080.1|WP_003627549.1|1356513_1356786_-|30S-ribosomal-protein-S16	gnl|CDD|234588	PRK00040, rpsP, 30S ribosomal protein S16; Reviewed.	3.24901e-45
NC_010080.1|WP_012212011.1|1349977_1350196_-|YneF-family-protein	gnl|CDD|367606	pfam03672, UPF0154, Uncharacterized protein family (UPF0154). This family contains a set of short bacterial proteins of unknown function.	1.01974e-23

Protein sequences

>NC_010080.1|WP_012212009.1|1346321_1348265_-|M13-family-metallopeptidase
MRRYLAVRGGAGDVAEPDLNAKPQDNLYLAVNSEWLSKAEIPADQTSAGVNTELDIKIEKRMMKDFADIASGKEKMPDIRDFDKAIALYKIAKNFDKRDAEKANPIQNDLQKILDLTNFDKFKDNATELFMGPYALPFVFDIDADMKNTDVNVLHFGGPSTFLPDTTTYKTPEAKKLLDILEKQSINLLEMAGIGKEEARVYVQNALAFDQKLSKVVKSTEEWSDYAAIYNPVSLTEFLAKFKSFDMADFLKTILPEKVERVIVMEPRFLDHADELINPANFDEIKGWMLVKYINSVAKYLSQDFRAAAFPFNQAISGTPELPSQIKQAYRLANGAFDEVVGIFYGKKYFGEEAKHDVEDMIHNMLKVYEQRINDNNWLSEDTKKKAIIKLRALVLKIGYPEKIEKIYDLLQIDPERSLYENEAQMATVRTKYMLDKLTQPVDRSVWLMPGNLNNACYDPQRNDLTFPAGILQAPFYDIHQSRGANYGGIGATIGHEVSHAFDNSGAKFDEHGNMNNWWTDEDFAEFNKRVGQMVDIFDGLQYGPAKINGKQVVGENIADLAGLACAVQAGKNDNVDLKDLFENYARSWMQKQRPEAIKTEVQVDVHAPQPTRVNIPVQCQDDFYTAFDVKPDDGMWLDPEDRITIW
>NC_010080.1|WP_012212008.1|1345082_1346264_+|class-I-SAM-dependent-methyltransferase
MLEKAFYKMMLSKSFPFPIKVTYWDGKSEVYGNGTPEIEIVFNEKIPMGDITRNASLALGEAYMDKKIEIHGSIQKLIDGVYESADSFMRSSKFRKFLPKTKHTEKQSEEDVQSHYDIGNDFYEQWLDPTLTYSCAYFTDDNKDDLEQAQIAKVHHILNKLHPQKGKTLLDIGCGWGTLMLTAAKEYGLKVTGVTLSEEQYKLVQKKIYAENLQDVAEVKLADYRKLGDQQWDYVTSVGMFEHVGSENLGEYFNDVAKYLKTDGVALIHGITRQQGGATNAWINKYIFPGGYIPGLVEIISRIEEAHLQISDVEMLRRHYQRTLEIWDKNFNNARPEIEKKMGERFCRMWDMYLQACAASFESGNIDVVQYLLTKGLSGKNLPMTRDYMLNNK
>NC_010080.1|WP_003629022.1|1344408_1345023_+|1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate-acyltransferase
MFYKIIRPIARFIVWVLNGHLHIHHKNRLPKGSYILVAPHRTWWEPILFALGASPMEFMSMAKIELFKNPVLHFILDHVHAFPVDRKKPGPSALKIPVKGLRKGELSLIIFPSGTRHSAELKGGALLISKMSQKPMVPVVYQGPLSFKGLLKRKGLEVNFGDPITIDRKTKLTHENEKIIYQQLEDAWKKLDDELDPNFHYVAK
>NC_010080.1|WP_003629021.1|1343311_1344343_-|GIY-YIG-nuclease-family-protein
MVELKDNERIDYMYSDDLRIIQDKTAFSFSMDTLLLAYWAKNQIRDRDKVADLCAGNCAATIYMAYFNRAHYDAIEIQDEIYSQAKRSIELNRMENRIAVHKDNVLNAAKFLRKDSYDVVTVNPPYFKVPEGHEVNPDRKKAIARHELLINLEQIIEVASGLLKMKGKMFMVHRPERLGEICYYCMKHDLSVKLVQPFVSHRGDDANLIIVEAVKHTGTDGTELRDAIEVHYKNDEFKPLIQRIVRETPEDKAKHDAYDKYYFYVLLCNDGSFYGGFTNDLDHRLKMHNSGKGAKYTKSRRPVRMIYHEQFDDKRLALKREYWFKHHSRSWKEKFLREHNIDF
>NC_010080.1|WP_003627530.1|1342376_1343150_-|30S-ribosomal-protein-S2
MADVVTMKQLLEAGVHFGHQTRRWNPKMAPYIFTQRNGIYIIDLQKTIKMLDDAYNFMKTVAEDGGVFLFVGTKKQAQDSIAEEATRAGQYYVNQRWLGGTLTNWTTIQSRVKRLKQLKEMSQDGTFDVLPKKEVALLTKEMDKLERFLGGIEDMPRIPDVLFVVDPKKEKIAVHEANILGIPVVAMVDTNTDPDPIDVVIPSNDDAIRAIRLIAGAMADAIVEGKQGQDDESVEVDFKKNADGSEEIVSAEENPED
>NC_010080.1|WP_003627529.1|1341317_1342343_-|elongation-factor-Ts
MAQITAKLVKELRERTGAGVMDAKKALVEVDGDMDKAIQYLRDKGMAKAAKKADRVAAEGLTGVYVNGNVAAITEVNSETDFVSSNDKFVNLVKDATKTIAEGQPADMEAAKKLKMDDGSTLDQAFVNATATIGEKIVLRRFALEKKNDDQEFGAYQHNGGQIGVITVLEGADAATAKHLAMHIAAMKPKVISPEELDDQFITDQLAVMNHKIDQDNESRALVHKKPLPHLVYGSEKQLTDDVLAKAKEDIKAELKEEGKPEKIWDRIIPGKMQRFIDDNTQVDKHFAVLSQDYIMDDSKTVGEFLKEKGAKLVAFQRFEVGEGIEKKQEDFAAEVREQMK
>NC_010080.1|WP_003629020.1|1340453_1341179_-|UMP-kinase
MSQVKYKRIILKISGEALAGDKGNGINPTVIGHLAKEIKSVYDLCVGIGIVCGGGNMWRGETGAKLGMERAQADYMGMLATIMNGLALQDGLEKVGVPTRMQTSIEMRQIAEPYIRRRALRHLEKGRVVIFGGGTGNPYFSTDTTAALRAAEIGADVILMAKNGVDGVYSADPKTDPTATKFTELTQLDLISKNLKVMDRTASSLSMDTEIPLIVFNVNTPGNIKKVVVGENIGTVIRGDK
>NC_010080.1|WP_012212007.1|1339896_1340454_-|ribosome-recycling-factor
MNNETIKKAQDNMDKSIKVYQKRLASIRAGVANAALLDNVQVEYYGAPTPLTQMSSITIPEPRVLLITPYDQNSLDDIEHALLASNLGLTPANDGKVIRLVIPQLTGERREEIAKEVGKYAEDAKIAVRNVRREAMDALKKEQKDGNITEDEQRNLEKQVQKITDDSTKKIDQLADEKRKEITQG
>NC_010080.1|WP_003627524.1|1339159_1339894_-|isoprenyl-transferase
MSKTDNELNHLAIIMDGNGRWAKKRHKPRFVGHREGMDNVERITLAADKLGIKVLTLYAFSTENWARPKEEVAYLMNLPVRFFDKYMPTLMENNVKVNIMGYLDELPEKTYQIVQRAMSETANNTGLILNFAFNYGSRREITTAMQELGGMIEAGALKSEDITEKMISQYLMTKNFGKYQDPDLLIRTSGEQRISNFLLWQLAYSELAFSDKNWPDFDEDDLRKFVDDYKHRNRRFGKVDESDS
>NC_010080.1|WP_012212006.1|1337076_1338333_-|RIP-metalloprotease-RseP
MKGILIFLIVFGLLVFVHEFGHFIVAKKSGILVQEFSIGMGPKLFQIRRNPTIYTIRWLPLGGYVRLAGSDDESKLDPGMTVILQLNDQDEVVRIDASESDMSIEGIPVQVTKADLVDDLIIEGYENGDENKPVTYHVNHDATIIEKNGTELIIAPRDTQFNEAKVWQKLATNFAGPFMNILLGFVVFLIWTFTVPGPATTTIQSTTNGSPAQIAKIKSGDRIVVINGQKINNFEQVTEKVNQSKGKSLKFELSKDGSTRTVVIKPKAHLVQKQKVYQIGIVAKSNENAGMKLKRGWDTAVSTTGLIFNTVGNLFRHFSLNKLSGPVGIYSQTSQVSQMGFTYVLAFLAMISINLGIVNLIPIPGLDGGKLLLNLIELVRGKPISEEHEAIVELIGFGLLLVLIIAVTGNDIYRYFIK
>NC_010080.1|WP_012212011.1|1349977_1350196_-|YneF-family-protein
MNLGLAIFLIIIALLVGAVAGFYGARAYMKKYFKENPPISEDMIVAMMSQMGQKPSNKKVHQVMNMMKHQQK
>NC_010080.1|WP_012212012.1|1350258_1350522_-|DUF896-domain-containing-protein
MNKDAMSKEEEKKVTDRINELYHKKEKEGLTPEEEQERKELHKKFLTNFRATFKQDVENMVIIDKNGKEVTSERAKRAQRKKGLRKD
>NC_010080.1|WP_012212013.1|1350672_1351299_+|transcriptional-repressor-LexA
MSKKNSDTKQLEILRYIYDTVDHRGFPPTVREICAAVKLSSTSTVHGHLARLERKGLLIKDATKPRALEITDEGKKELGIKPKRIPVIGVVAAGHPILAVQDIDEYFPLPPDLENDAGELFMLKIHGESMINAGILNGDNVIVKKQNTANNGEIVVAMTDENEATVKRFYKEKDHYRLQPENDTMAPIILPEVTILGKVVGLYRNNID
>NC_010080.1|WP_012212014.1|1351327_1352113_-|SGNH/GDSL-hydrolase-family-protein
MSNETFLIPIRQNNDLSDIALNELRMDLDEHPLHQRAYTELAYLTGNSRKYSLNNVKTIDSPLRNKKILFLGSSVTFGFGALGESFVDYLWKKDGIAAIKDAENGTTLVDQETSYHGDSCVARFKENLKTPIDMLLLQLSTNDARTNQKLGKVSDDDHFDTQTIIGAMEYIISQAQATWHCPIMIYTNPYFENKLYEQMVKAAHQLAQKWNIEVLDLYNNPDFKDQLALYMADEIHPTRAGYLEKWLPVFEDELTKILAKK
>NC_010080.1|WP_012212015.1|1352105_1352765_-|uracil-DNA-glycosylase
MDYPKKLLEEVKERSKGMRLEGINSGSGPKHPLLMIVGEAPGRNEIVNNIPFSGDAGKELDKSLKQIGLSRDQVYITSAVRSRPFSVKKVFSKRENKEVIKRPNRKPTKKEVLAHAPFLDYEISYTDPQIIVALGNTGLERLLGPGHKISAEHGKVIDNTPILELNTAKDGYVWSKKKYTVIPEYHPAAVFYNRKLSDDIVKDWEVIKPYIDKERESNE
>NC_010080.1|WP_012211454.1|1352947_1354354_+|ISLre2-like-element-ISLhe10-family-transposase
MESIIADIVKIIKSENNVIAREKALMCYFFDLIRELMTAALEEVDAGLVEETKKQGYQIEKKNKRSVVTAFGEISYWRRRYVCPGKKAQYPLDKLMGYDKYKRYSVLAVKDVLQVSAVATYRNTALAVNTLSCFKISHSQVGKLIVQAGKQIKAQQQSEERYDGITQKKKVPVLYLEGDGVVIKGTKKRLEFHRYQVCEDIINLSKTRRKRVQAKEFVSLSRLDALQEIKAYLANAYDLSDTLIISNADGGAGYAKKDFDEIVGYCRQHEHFLDVFHLNKKIKDRLGFMPAMQSKLISAVEFKYDRHLTDVILDTIESNLVDELNTPENHENLRRLRSYLHRRWVDIKPFKMRHLSVIKAIGCCESNHRKYTYRVKGQGKYWSEDGAEGILRVLTCIKNNELEYWLSSEFAGGQLDIGDQEDLKGAVRASLRKTHGVHLGIHHGAIESLTAGHSYLDDFSRKINQINI
>NC_010080.1|WP_003629071.1|1354760_1355108_-|50S-ribosomal-protein-L19
MDPLIQELTKEQIRDDIPAFRAGDTVTVHVRVVEGTHERIQLFEGVVIKKKGTGIGATYTVRKIASGVGVERTFPVNDPRVAKVEVKRHGRVRRAKLYYLRERHGKSARIAEARR
>NC_010080.1|WP_003627547.1|1355220_1355940_-|tRNA-(guanosine(37)-N1)-methyltransferase-TrmD
MKINVLTLFPDMFTPLQVSMLGRGLEDGKWDLNLVNFRDFTTDVHHHVDDTPYGGGAGMVLQIMPIKKALDSLPSTGKVIITAPQGKTFNEQMAQDWAKEDELTFICGHYEGFDQRVYDLADETVSIGDYVLTGGELPTMSMIDATVRLLPGILGNAASPVEESFSHGLLEYPQYTRPADFEGQKVPEVLTSGNHQKIAEWRHKEALKATYLHRPDMLEDRQLTNEEKKMLEEIKSELD
>NC_010080.1|WP_003629074.1|1355929_1356445_-|ribosome-maturation-factor-RimM
MEYFDVARILTTHGLNGEVKVNVITDFPEERFAEGMHLSLRSDTNRTLTVEKSRPFKQFWLIQFKEITDIDQAEKLRGQILVVSEEDRGELPDGVYYYKDIFDCDVIDEETGKRIGKIVDIQSPGANDIWLVREDDGKEYWIPNIADVVKKVDVAAKKVYVELMEGLRDED
>NC_010080.1|WP_003627549.1|1356513_1356786_-|30S-ribosomal-protein-S16
MSVKIRMHRAGAKRKPFYRIVVADSRMPRDGRFIEQVGYYNPVSQPKELKLDEDKIFDWLQKGAQPSDTVRSLLSGAGLMTKLHDAKYNK

Crispr_ID: NC_010080_3

• CRISPR_ID: NC_010080_3
• CRISPR_location: 1448503-1448593
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-B,III-A,III-B
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010080_3

Consensus_repeat	Method
TAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010080_3

>3.1|1448533|31|NC_010080|CRISPRCasFinder
TTAATTACTCTCATTGTAACCTGAGTTATCT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010080_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010080_3

>merge|NC_010080|3|1448503-1448593|CRISPRCasFinder
TAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACTTAATTACTCTCATTGTAACCTGAGTTATCTTAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

>NC_010080|3|2|1448503-1448593|CRISPRCasFinder
TAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TTAATTACTCTCATTGTAACCTGAGTTATCT
TAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010080.1|WP_012212055.1|1444750_1445413_+|serine-dehydratase	unknown	unknown	gnl|CDD|129802
NC_010080.1|WP_023191369.1|1442551_1443787_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340913
NC_010080.1|WP_041810724.1|1449933_1450341_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010080.1|WP_012212067.1|1464832_1465339_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010080.1|WP_012212065.1|1459856_1463069_-|type-I-restriction-modification-system-endonuclease	unknown	unknown	gnl|CDD|236912
NC_010080.1|WP_012212412.1|1434914_1435838_-|dihydroorotate-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|235982
NC_010080.1|WP_003629217.1|1436092_1436797_+|orotidine-5'-phosphate-decarboxylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234695
NC_010080.1|WP_193327839.1|1439858_1442495_+|cation-translocating-P-type-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|319781
NC_010080.1|WP_003627631.1|1436798_1437422_+|orotate-phosphoribosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|234771
NC_010080.1|WP_012212061.1|1452568_1453753_-|SLAP-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367400
NC_010080.1|WP_035514433.1|1446313_1446640_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	unknown	unknown	gnl|CDD|225062
NC_010080.1|WP_012212064.1|1458381_1459836_-|N-6-DNA-methylase	unknown	unknown	gnl|CDD|280533
NC_010080.1|WP_041810725.1|1450280_1450901_+|C39-family-peptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|227323
NC_010080.1|WP_012212054.1|1443921_1444218_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010080.1|WP_012212056.1|1445427_1446312_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|129801
NC_010080.1|WP_012212062.1|1453992_1455237_-|DUF3883-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379021
NC_010080.1|WP_012212068.1|1466614_1467892_-|ISL3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225995
NC_010080.1|WP_012212063.1|1455319_1455934_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010080.1|WP_023191373.1|1437646_1437925_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|274102
NC_010080.1|WP_012212066.1|1463200_1464652_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379084

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010080.1|WP_012212055.1|1444750_1445413_+|serine-dehydratase	gnl|CDD|129802	TIGR00719, Probable_L-serine_dehydratase_beta_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit. This enzyme is also called serine deaminase. This model describes the beta chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, as in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of beta chains from the homologous region of single chain forms such as found in E. coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	7.68833e-43
NC_010080.1|WP_023191369.1|1442551_1443787_-|MFS-transporter	gnl|CDD|340913	cd17355, MFS_YcxA_like, MFS-type transporter YcxA and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This group is composed of uncharacterized bacterial MFS-type transporters including Bacillus subtilis YcxA and YbfB. YcxA has been shown to facilitate the export of surfactin in B. subtilis. The YcxA-like group belongs to the Monocarboxylate transporter -like (MCT-like) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	9.06221e-46
NC_010080.1|WP_012212068.1|1466614_1467892_-|ISL3-family-transposase	gnl|CDD|225995	COG3464, COG3464, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	3.79794e-49
NC_010080.1|WP_012212065.1|1459856_1463069_-|type-I-restriction-modification-system-endonuclease	gnl|CDD|236912	PRK11448, hsdR, type I restriction enzyme EcoKI subunit R; Provisional.	0
NC_010080.1|WP_012212412.1|1434914_1435838_-|dihydroorotate-dehydrogenase	gnl|CDD|235982	PRK07259, PRK07259, dihydroorotate dehydrogenase.	8.27839e-167
NC_010080.1|WP_003629217.1|1436092_1436797_+|orotidine-5'-phosphate-decarboxylase	gnl|CDD|234695	PRK00230, PRK00230, orotidine-5'-phosphate decarboxylase.	5.60797e-122
NC_010080.1|WP_193327839.1|1439858_1442495_+|cation-translocating-P-type-ATPase	gnl|CDD|319781	cd02089, P-type_ATPase_Ca_prok, prokaryotic P-type Ca(2+)-ATPase similar to Synechococcus elongatus sp. strain PCC 7942 PacL and Listeria monocytogenes LMCA1. Ca(2+) transport ATPase is a plasma membrane protein which pumps Ca(2+) ion out of the cytoplasm. This prokaryotic subfamily includes the Ca(2+)-ATPase Synechococcus elongatus PacL, Listeria monocytogenes Ca(2+)-ATPase 1 (LMCA1) which has a low Ca(2+) affinity and a high pH optimum (pH about 9) and may remove Ca(2+) from the microorganism in environmental conditions when e.g. stressed by high Ca(2+) and alkaline pH, and the Bacillus subtilis putative P-type Ca(2+)-transport ATPase encoded by the yloB gene, which is expressed during sporulation. This subfamily belongs to the P-type ATPases, a large family of integral membrane transporters that are of critical importance in all kingdoms of life. They generate and maintain (electro-) chemical gradients across cellular membranes, by translocating cations, heavy metals and lipids, and are distinguished from other main classes of transport ATPases (F- , V- , and ABC- type) by the formation of a phosphorylated (P-) intermediate state in the catalytic cycle.	0
NC_010080.1|WP_003627631.1|1436798_1437422_+|orotate-phosphoribosyltransferase	gnl|CDD|234771	PRK00455, pyrE, orotate phosphoribosyltransferase; Validated.	4.1514e-71
NC_010080.1|WP_012212061.1|1452568_1453753_-|SLAP-domain-containing-protein	gnl|CDD|367400	pfam03217, SLAP, SLAP domain. This short domain is found in a variety of bacterial cell surface proteins. The domain is about 60 residues in length (although previously defined as 2 copies of this domain). It usually occurs in tandem pairs. It may be distantly related to the SH3 domain.	0.00213456
NC_010080.1|WP_035514433.1|1446313_1446640_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	gnl|CDD|225062	COG2151, PaaD, Predicted metal-sulfur cluster biosynthetic enzyme [General function prediction only].	1.69042e-34
NC_010080.1|WP_041810725.1|1450280_1450901_+|C39-family-peptidase	gnl|CDD|227323	COG4990, COG4990, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	1.39667e-30
NC_010080.1|WP_012212064.1|1458381_1459836_-|N-6-DNA-methylase	gnl|CDD|280533	pfam02384, N6_Mtase, N-6 DNA Methylase. Restriction-modification (R-M) systems protect a bacterial cell against invasion of foreign DNA by endonucleolytic cleavage of DNA that lacks a site specific modification. The R-M system is a complex containing three polypeptides: M (this family), S (pfam01420), and R. This family consists of N-6 adenine-specific DNA methylase EC:2.1.1.72 from Type I and Type IC restriction systems. These methylases have the same sequence specificity as their corresponding restriction enzymes.	3.17389e-65
NC_010080.1|WP_012212056.1|1445427_1446312_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	gnl|CDD|129801	TIGR00718, Probable_L-serine_dehydratase_alpha_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit. This enzyme is also called serine deaminase. L-serine dehydratase converts serine into pyruvate in the gluconeogenesis pathway from serine. This model describes the alpha chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, found in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of alpha chains from the homologous region of single chain forms such as found in Escherichia coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	5.68583e-106
NC_010080.1|WP_012212062.1|1453992_1455237_-|DUF3883-domain-containing-protein	gnl|CDD|379021	pfam13020, DUF3883, Domain of unknown function (DUF3883). This is a domain is uncharacterized. It is found on restriction endonucleases.	4.42838e-17
NC_010080.1|WP_023191373.1|1437646_1437925_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	gnl|CDD|274102	TIGR02384, Putative_antitoxin_RelB, addiction module antitoxin, RelB/DinJ family. Plasmids may be maintained stably in bacterial populations through the action of addiction modules, in which a toxin and antidote are encoded in a cassette on the plasmid. In any daughter cell that lacks the plasmid, the toxin persists and is lethal after the antidote protein is depleted. Toxin/antitoxin pairs are also found on main chromosomes, and likely represent selfish DNA. Sequences in the seed for this alignment all were found adjacent to toxin genes. The resulting model appears to describe a narrower set of proteins than pfam04221, although many in the scope of this model are not obviously paired with toxin proteins. Several toxin/antitoxin pairs may occur in a single species. [Cellular processes, Toxin production and resistance, Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	9.19411e-12
NC_010080.1|WP_012212066.1|1463200_1464652_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	gnl|CDD|379084	pfam13240, zinc_ribbon_2, zinc-ribbon domain. This family consists of a single zinc ribbon domain, ie half of a pair as in family DZR. pfam12773.	9.78308e-06

Protein sequences

>NC_010080.1|WP_035514433.1|1446313_1446640_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor
MRDGETIKNDIINQLATVIDPELNVDVVNLGLIYEIDLDKDEICLINMTLTTPACPLTGYLIDSITQAVKKVPEVKNVDVEFVWYPVWTPNRMSDVAKKYFNIDEKQD
>NC_010080.1|WP_012212056.1|1445427_1446312_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha
MYNHIKEIVADSEKQQKPISELIIEQECKLSGLPRQKVWNRMKHNLATMRAAVERGKSGAGIFSKTGLTGGEAVKIKKYRQTHHTLSGDTIIAAVQNAVATNEVNASMGVICATPTAGSSGTLPGVLFLLEKRMDLSEEQMIRSLFTAGGFGLVIANNAEIAGATGGCQAEVGSASAMGAAAAVEAAGGSAEQSAQAMSIAMSNLLGLVCDPIAGLVEVPCVKRNAIGAGNALISADIALAGCTSVIPADECIDAMKKVGHQMPASLRETGIGGLAGTPTGQAIKAKIFGKDAG
>NC_010080.1|WP_012212055.1|1444750_1445413_+|serine-dehydratase
MTNRYKSVFDIIGPVMVGPSSSHTAGAVAIGRAGNKLFGGVPRKLTVHYYGSFAQTHRGHGTDYAIAAGILGFDTDDLRVPNAPEIAKKRGIDIRFVEEDGPSPIDHPNTAILDMSSGTKKAQISGCSIGGGSIEIRHLVIHDTEITPTGSLPIIIWLDYEKEILNEQNLTSLLQEKAPFSKKRIFHTKDCNIYEYDVENYLKPALVKELKEKFENIICL
>NC_010080.1|WP_012212054.1|1443921_1444218_-|hypothetical-protein
MTDKEILQKIEQKVKDSENWSVYHHLTDNLGSSAIMLREANTNADRLGVNIDVFKGYAYLFLDNGTPAEPGKPFSVQTLSSLNALTELLDIVKPYIKR
>NC_010080.1|WP_023191369.1|1442551_1443787_-|MFS-transporter
MTHKKSFFSWWIFIVCCFISMIGFGLLVNTIGLFFGPISQEFNVGRANVALMTTFQNAAAAIALLFAGKIMEKVNLRWLLTACFALITVSMLSLTFANSLVHFYLAWTIIGICQPIAITLSIPVLLSKWFNQKLGTVMGISLGLSALGGTIFNPTIAEVIKQFGWRGGFVGEAMLIGLILVPLAISIKPEPTTQYPAYGKAMRSSKKVALTGLSLKQALKMPVFYAVAFAMLALQFVSGSVQHISGHITNIGISPITAATVVSGVMIGAAIGKISIGYFLDKFNAKLVLAVYSLFGVIGWGGQAMLRESNLLILAAVILGLGQGVCLVALPYLIRQIFGEKDYSNILSVINMIGAFAMSASVYLIGLFFDQTGSYNLGWMINVSAFALSFIVIMITLGKKESANSDLERVE
>NC_010080.1|WP_193327839.1|1439858_1442495_+|cation-translocating-P-type-ATPase
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>NC_010080.1|WP_012212065.1|1459856_1463069_-|type-I-restriction-modification-system-endonuclease
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>NC_010080.1|WP_012212066.1|1463200_1464652_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein
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>NC_010080.1|WP_012212067.1|1464832_1465339_+|hypothetical-protein
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Crispr_ID: NC_010080_4

• CRISPR_ID: NC_010080_4
• CRISPR_location: 1587513-1589020
• CRISPR_type: TypeV
• Repeat_type: I-C
• Spacer_info: 22 spacers
• Cas_protein_info: cas14k,cas2,cas1,cas4,cas7,cas8c,cas5,cas3

Consensus repeat of NC_010080_4

Consensus_repeat	Method
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CRT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	PILER-CR
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010080_4

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TGCAAAGCCATTTAAGCGTCCATAGGCTGTATATT
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CACATAGATTGGGTGACCATCACCATATATTACATA
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TGTCATCTTTAGCTAAAGTACCTTTAATCTTGTAA
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TCTTAGATTGGTCGTGCCGTTAGCGTAGCCATTAA
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AGCAAGCGCTGGTAGTGCTTGATTTGGTCATAGTA
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ATCTTTTTTCTGCTGTATCCTGCGAATCTCTGCA
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GTAGCCGAATGGTTGATTTGTCGTCACCTAGTTTT
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TTTTTTGAATCGAACAAGGAACAAGGATAACAAAA
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TGCCCTTGTGTACAATATTAACAGCAGACATAAATAA
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AATATGATAGTATAAAAATGTAAGCTAGTTAAAA
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GCTTATAAGGCTATTGCTTAGTTCTTGCTATGCGA
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CAGTGTACGAATTAAGTACGTACTCTGTATGGAGT
>4.19|1588750|37|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTCACCCGTTTGCATGTTTTGGTATATAGTACAAGT
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GTCAATTGTTAAAGCGACTGTTGCAGTCTTGTCAAT
>4.21|1588887|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGATACGCCCTGCGATACTGCTACAATCACGATCA
>4.22|1588954|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATATAAGTACAGTTAGGTTATATCAAGTTATAAAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010080_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010080_4

>merge|NC_010080|4|1587513-1589020|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TACACCCACAAGTGCATCACAAGGAGTGCGACACGACTTCACTGGCAAGAGCGCAATGGACCTAAAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACCCGAAAACTTCAAACACAGTACCGTCAATATCCTTATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTCTAGGGTCAATACCGTTCACTACTTCCCAATTAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTGCAAAGCCATTTAAGCGTCCATAGGCTGTATATTATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACCACATAGATTGGGTGACCATCACCATATATTACATAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTGTCATCTTTAGCTAAAGTACCTTTAATCTTGTAAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACATTGTTTTGAATAATATTGACACTAGTCCTGATAAAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTCTTAGATTGGTCGTGCCGTTAGCGTAGCCATTAAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACAGCAAGCGCTGGTAGTGCTTGATTTGGTCATAGTAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACATCTTTTTTCTGCTGTATCCTGCGAATCTCTGCAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACGTAGCCGAATGGTTGATTTGTCGTCACCTAGTTTTATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTTTTTTGAATCGAACAAGGAACAAGGATAACAAAAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTTGCTATATGTAGCTGTAAACACCATCGTGATCTTATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTGCCCTTGTGTACAATATTAACAGCAGACATAAATAAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACTTTAAGGCTGTTTTGATTCGCGCCCCGATCAACTATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACAATATGATAGTATAAAAATGTAAGCTAGTTAAAAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACGCTTATAAGGCTATTGCTTAGTTCTTGCTATGCGAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACCAGTGTACGAATTAAGTACGTACTCTGTATGGAGTATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACGTTCACCCGTTTGCATGTTTTGGTATATAGTACAAGTATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACGTCAATTGTTAAAGCGACTGTTGCAGTCTTGTCAATATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACGGATACGCCCTGCGATACTGCTACAATCACGATCAATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGACATATAAGTACAGTTAGGTTATATCAAGTTATAAATATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC

>NC_010080|4|1|1587513-1589020|CRT
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ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CCGAAAACTTCAAACACAGTACCGTCAATATCCTT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TCTAGGGTCAATACCGTTCACTACTTCCCAATTA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGCAAAGCCATTTAAGCGTCCATAGGCTGTATATT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CACATAGATTGGGTGACCATCACCATATATTACATA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGTCATCTTTAGCTAAAGTACCTTTAATCTTGTAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATTGTTTTGAATAATATTGACACTAGTCCTGATAAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TCTTAGATTGGTCGTGCCGTTAGCGTAGCCATTAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	AGCAAGCGCTGGTAGTGCTTGATTTGGTCATAGTA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATCTTTTTTCTGCTGTATCCTGCGAATCTCTGCA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	GTAGCCGAATGGTTGATTTGTCGTCACCTAGTTTT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TTTTTTGAATCGAACAAGGAACAAGGATAACAAAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TTGCTATATGTAGCTGTAAACACCATCGTGATCTT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGCCCTTGTGTACAATATTAACAGCAGACATAAATAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TTTAAGGCTGTTTTGATTCGCGCCCCGATCAACT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	AATATGATAGTATAAAAATGTAAGCTAGTTAAAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	GCTTATAAGGCTATTGCTTAGTTCTTGCTATGCGA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CAGTGTACGAATTAAGTACGTACTCTGTATGGAGT
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ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	GTCAATTGTTAAAGCGACTGTTGCAGTCTTGTCAAT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	GGATACGCCCTGCGATACTGCTACAATCACGATCA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATATAAGTACAGTTAGGTTATATCAAGTTATAAAT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC

>NC_010080|4|2|1587579-1589020|PILER-CR
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CCGAAAACTTCAAACACAGTACCGTCAATATCCTT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TCTAGGGTCAATACCGTTCACTACTTCCCAATTA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGCAAAGCCATTTAAGCGTCCATAGGCTGTATATT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CACATAGATTGGGTGACCATCACCATATATTACATA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGTCATCTTTAGCTAAAGTACCTTTAATCTTGTAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATTGTTTTGAATAATATTGACACTAGTCCTGATAAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TCTTAGATTGGTCGTGCCGTTAGCGTAGCCATTAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	AGCAAGCGCTGGTAGTGCTTGATTTGGTCATAGTA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATCTTTTTTCTGCTGTATCCTGCGAATCTCTGCA
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ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TTTTTTGAATCGAACAAGGAACAAGGATAACAAAA
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ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGCCCTTGTGTACAATATTAACAGCAGACATAAATAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TTTAAGGCTGTTTTGATTCGCGCCCCGATCAACT
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ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CAGTGTACGAATTAAGTACGTACTCTGTATGGAGT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	GTTCACCCGTTTGCATGTTTTGGTATATAGTACAAGT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	GTCAATTGTTAAAGCGACTGTTGCAGTCTTGTCAAT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	GGATACGCCCTGCGATACTGCTACAATCACGATCA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATATAAGTACAGTTAGGTTATATCAAGTTATAAAT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC

>NC_010080|4|3|1587579-1589020|CRISPRCasFinder
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CCGAAAACTTCAAACACAGTACCGTCAATATCCTT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TCTAGGGTCAATACCGTTCACTACTTCCCAATTA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGCAAAGCCATTTAAGCGTCCATAGGCTGTATATT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	CACATAGATTGGGTGACCATCACCATATATTACATA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	TGTCATCTTTAGCTAAAGTACCTTTAATCTTGTAA
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATTGTTTTGAATAATATTGACACTAGTCCTGATAAA
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ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC	ATATAAGTACAGTTAGGTTATATCAAGTTATAAAT
ATTTCAATCCACGCACTCACAAGGAGTGCGAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010080.1|WP_012212126.1|1575682_1576291_-|IS607-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|239738
NC_010080.1|WP_012212134.1|1591168_1592020_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	COG3649_cas7_CAS-I-C	gnl|CDD|187820
NC_010080.1|WP_003627138.1|1582342_1582810_-|transcriptional-repressor-NrdR	unknown	unknown	gnl|CDD|234774
NC_010080.1|WP_041810730.1|1576481_1577012_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010080.1|WP_012212132.1|1589481_1590513_-|type-I-C-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09721_cas1_CAS-I-C	gnl|CDD|188360
NC_010080.1|WP_014563208.1|1589181_1589472_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	gnl|CDD|187856
NC_010080.1|WP_012212130.1|1580068_1580977_-|primosomal-protein-DnaI	unknown	unknown	gnl|CDD|236353
NC_010080.1|WP_012212137.1|1594753_1597288_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|224124
NC_010080.1|WP_012212129.1|1577843_1579778_-|threonine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234752
NC_010080.1|WP_012212141.1|1602382_1603360_-|class-III-bacteriocin	unknown	unknown	gnl|CDD|375122
NC_010080.1|WP_012212135.1|1592022_1593996_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	pfam09709_cas8c_CAS-I-C	gnl|CDD|378245
NC_010080.1|WP_012212131.1|1584250_1586914_-|DNA-polymerase-I	unknown	unknown	gnl|CDD|235591
NC_010080.1|WP_012212125.1|1574327_1575653_-|IS200/IS605-family-accessory-protein-TnpB-related-protein	cas14k	-	gnl|CDD|223747
NC_010080.1|WP_003627142.1|1583411_1584242_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234899
NC_010080.1|WP_003627136.1|1581008_1582340_-|DnaD-domain-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226138
NC_010080.1|WP_012212139.1|1600762_1601644_-|SPFH-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|366488
NC_010080.1|WP_012212140.1|1601661_1601976_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|274102
NC_010080.1|WP_012212136.1|1593995_1594739_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	gnl|CDD|273847
NC_010080.1|WP_003627139.1|1582812_1583415_-|dephospho-CoA-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234620
NC_010080.1|WP_012212133.1|1590509_1591166_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	gnl|CDD|273040

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NC_010080.1|WP_012212135.1|1592022_1593996_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	pfam09709_cas8c_CAS-I-C	8.5e-100	329.5	0.0
NC_010080.1|WP_012212125.1|1574327_1575653_-|IS200/IS605-family-accessory-protein-TnpB-related-protein	cas14k	-	4.5e-27	89.3	8.3
NC_010080.1|WP_012212132.1|1589481_1590513_-|type-I-C-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09721_cas1_CAS-I-C	2.6e-136	448.8	0.0
NC_010080.1|WP_012212133.1|1590509_1591166_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	5.5e-35	115.6	1.8
NC_010080.1|WP_014563208.1|1589181_1589472_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	3.4e-26	86.0	1.4
NC_010080.1|WP_012212134.1|1591168_1592020_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	COG3649_cas7_CAS-I-C	2.6e-104	343.2	1.7
NC_010080.1|WP_012212137.1|1594753_1597288_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	3.2e-72	238.6	23.8
NC_010080.1|WP_012212136.1|1593995_1594739_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	1.6e-59	195.8	0.0

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010080.1|WP_012212126.1|1575682_1576291_-|IS607-family-transposase	gnl|CDD|239738	cd03769, SR_IS607_transposase_like, Serine Recombinase (SR) family, IS607-like transposase subfamily, catalytic domain; members contain a DNA binding domain with homology to MerR/SoxR located N-terminal to the catalytic domain. Serine recombinases catalyze site-specific recombination of DNA molecules by a concerted, four-strand cleavage and rejoining mechanism which involves a transient phosphoserine linkage between DNA and the enzyme. They are functionally versatile and include resolvases, invertases, integrases, and transposases. This subfamily is composed of proteins that catalyze the transposition of insertion sequence (IS) elements such as IS607 from Helicobacter and IS1535 from Mycobacterium, and similar proteins from other bacteria and several archaeal species. IS elements are DNA segments that move to new sites in prokaryotic and eukaryotic genomes causing insertion mutations and gene rearrangements.	1.15975e-49
NC_010080.1|WP_012212134.1|1591168_1592020_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	gnl|CDD|187820	cd09689, Cas7_I-C, CRISPR/Cas system-associated RAMP superfamily protein Cas7. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas7 is a RAMP superfamily protein; Subunit of the Cascade complex; also known as Csd2 family.	6.96291e-109
NC_010080.1|WP_003627138.1|1582342_1582810_-|transcriptional-repressor-NrdR	gnl|CDD|234774	PRK00464, nrdR, transcriptional repressor NrdR.	6.49925e-87
NC_010080.1|WP_012212141.1|1602382_1603360_-|class-III-bacteriocin	gnl|CDD|375122	pfam17312, Helveticin_J, Bacteriocin helveticin-J. Bacteriocins are biologically active proteins or protein complexes that display a bactericidal mode of action towards closely related species. Bacteriocins produced by lactic acid bacteria are grouped into different classes. Class III of bacteriocins includes large heat liable proteins. Lactobacillus helveticus 481 produces a 37-kDa bacteriocin called helveticin J which is a representative for Clas III bacteriocins.	6.12683e-129
NC_010080.1|WP_012212132.1|1589481_1590513_-|type-I-C-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|188360	TIGR03640, cas1_DVULG, CRISPR-associated endonuclease Cas1, subtype I-C/DVULG. The CRISPR-associated protein Cas1 is virtually universal to CRISPR systems. CRISPR, an acronym for Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, is prokaryotic immunity system for foreign DNA, mostly from phage. CRISPR systems belong to different subtypes, distinguished by both nature of the repeats, the makeup of the cohort of associated Cas proteins, and by molecular phylogeny within the more universal Cas proteins such as this one. This model is of type EXCEPTION and provides more specific information than the EQUIVALOG model TIGR00287. It describes the Cas1 protein particular to the DVULG subtype of CRISPR/Cas system.	1.58902e-173
NC_010080.1|WP_014563208.1|1589181_1589472_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|187856	cd09725, Cas2_I_II_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas2. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas2 is present in majority of CRISPR/Cas systems along with Cas1; RNAse specific to U-rich regions; Possesses an RRM/ferredoxin fold.	3.68589e-27
NC_010080.1|WP_012212130.1|1580068_1580977_-|primosomal-protein-DnaI	gnl|CDD|236353	PRK08939, PRK08939, primosomal protein DnaI; Reviewed.	8.40514e-153
NC_010080.1|WP_012212137.1|1594753_1597288_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|224124	COG1203, COG1203, CRISPR-associated helicase Cas3 [Defense mechanisms].	9.72263e-59
NC_010080.1|WP_012212129.1|1577843_1579778_-|threonine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234752	PRK00413, thrS, threonyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NC_010080.1|WP_012212135.1|1592022_1593996_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	gnl|CDD|378245	pfam09709, Cas_Csd1, CRISPR-associated protein (Cas_Csd1). CRISPR loci appear to be mobile elements with a wide host range. This entry represents proteins that tend to be found near CRISPR repeats. The species range, so far, is exclusively bacterial and mesophilic, although CRISPR loci are particularly common among the archaea and thermophilic bacteria. Clusters of short DNA repeats with nonhomologous spacers, which are found at regular intervals in the genomes of phylogenetically distinct prokaryotic species, comprise a family with recognisable features. This family is known as CRISPR (short for Clustered, Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins.	2.97564e-90
NC_010080.1|WP_012212131.1|1584250_1586914_-|DNA-polymerase-I	gnl|CDD|235591	PRK05755, PRK05755, DNA polymerase I; Provisional.	0
NC_010080.1|WP_012212125.1|1574327_1575653_-|IS200/IS605-family-accessory-protein-TnpB-related-protein	gnl|CDD|223747	COG0675, COG0675, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	8.12845e-19
NC_010080.1|WP_003627142.1|1583411_1584242_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	gnl|CDD|234899	PRK01103, PRK01103, bifunctional DNA-formamidopyrimidine glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase.	2.51e-156
NC_010080.1|WP_003627136.1|1581008_1582340_-|DnaD-domain-protein	gnl|CDD|226138	COG3611, DnaB, Replication initiation/membrane attachment protein [DNA replication, recombination, and repair].	3.13715e-34
NC_010080.1|WP_012212139.1|1600762_1601644_-|SPFH-domain-containing-protein	gnl|CDD|366488	pfam01145, Band_7, SPFH domain / Band 7 family. This family has been called SPFH, Band 7 or PHB domain. Recent phylogenetic analysis has shown this domain to be a slipin or Stomatin-like integral membrane domain conserved from protozoa to mammals.	3.5817e-34
NC_010080.1|WP_012212140.1|1601661_1601976_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	gnl|CDD|274102	TIGR02384, Putative_antitoxin_RelB, addiction module antitoxin, RelB/DinJ family. Plasmids may be maintained stably in bacterial populations through the action of addiction modules, in which a toxin and antidote are encoded in a cassette on the plasmid. In any daughter cell that lacks the plasmid, the toxin persists and is lethal after the antidote protein is depleted. Toxin/antitoxin pairs are also found on main chromosomes, and likely represent selfish DNA. Sequences in the seed for this alignment all were found adjacent to toxin genes. The resulting model appears to describe a narrower set of proteins than pfam04221, although many in the scope of this model are not obviously paired with toxin proteins. Several toxin/antitoxin pairs may occur in a single species. [Cellular processes, Toxin production and resistance, Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	9.23975e-10
NC_010080.1|WP_012212136.1|1593995_1594739_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273847	TIGR01876, cas_Cas5d, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-C/DVULG. CRISPR is a term for Clustered, Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins. This small Cas family is represented by CT1134 of Chlorobium tepidum. This family belongs to a set of several Cas protein families, one each for a number of different CRISPR/Cas subtypes, that share a region of N-terminal sequence similarity modeled by TIGR02593. This family represents the Dvulg subtype of CRISPR/Cas locus.	2.66247e-86
NC_010080.1|WP_003627139.1|1582812_1583415_-|dephospho-CoA-kinase	gnl|CDD|234620	PRK00081, coaE, dephospho-CoA kinase; Reviewed.	9.20087e-84
NC_010080.1|WP_012212133.1|1590509_1591166_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	gnl|CDD|273040	TIGR00372, conserved_hypothetical_protein, CRISPR-associated protein Cas4. This model represents a family of proteins associated with CRISPR repeats in a wide set of prokaryotic genomes. This scope of this model has been broadened since it was first built to describe an archaeal subset only. The function of the protein is undefined. Distantly related proteins, excluded from this model, include ORFs from Mycobacteriophage D29 and Sulfolobus islandicus filamentous virus and a region of the Schizosaccharomyces pombe DNA replication helicase Dna2p.	6.87674e-27

Protein sequences

>NC_010080.1|WP_012212131.1|1584250_1586914_-|DNA-polymerase-I
MADEKLLLIDGNSVAFRAFYALYRQLESFKSPDGLHTNAIYAFKNMLDVLLKDVDPTHVLVAFDAGKVTFRTKMYGEYKGGRAKTPEELLEQMPYIQEMLHDLGIKTYELKNYEADDIIGTFAAKGEKAGFTTTIVTGDRDLTQLASDKTTVEVTKSGVSKLEAYTPEHMKEVNGVTPSEFIDMKALMGDNSDNYPGVEGIGPKTASNLIQEYGSVENLYDHIDEMKKSKRKERLIRDKEKAFLAKKLATIDRDSPVTLDIDDIKRQPVDYEKLRQFYEKMNFRKFLADLNASGAGQDSTEVEKVEYIVLNDDNVKDVKATEADTIEFYLEMLGANYHLAPFVGFSLKINDKIYVSRDVELLEEDNIKHILEDEKIKKNVFDLKRTMVAAHRLGIHTHGLDYDMLLASYLINNENNSNDLGEIAHLYGDYSVKTDLEVYGKGKSEHIPDDDDELFNHLASKVNAIESLKKTLLEKLKDHEQDALFDTIEIPTARVLARMEMNGMKVEASTLIQLQNEFAVKLKKLEDKIYGQAGEKFNLNSPKQLGHILFEKLGLPVIKKTKTGYSTSVEVLDQLKTQSPIVSKILDYRQIAKIQSTYVKGLLDVIQPDGRVHTRYLQTLTATGRLSSVDPNLQNIPTRTEEGKQIRKAFVPSEPDGYIFSCDYSQVELRVLAHVSGDQNMQEAFKTGYDIHSHTAMKIFHLESPDEVTPLMRRHAKAVNFGIVYGISDYGLSKNLGISRKRAQEFIDNYFEQYPQIKDYMNKAVQEARDKGYAETIMHRRRYLPDIHAKKYTVRAFAERTAINSPIQGSAADIIKIAMINMQKKLDELHLKTKMVIQVHDELIFDVPKDELETIKKIVPEVMQSAVKLDVPLIADSGWGHNWYDAK
>NC_010080.1|WP_003627142.1|1583411_1584242_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase
MPEMPEVETVRRTLIPLIKGKTIEKVILWYPKIVATDHEKFLSELPGKKIIDIDRYAKYLLIRLSDNLTIVSHLRMEGKYHLTTSDAPKDKHDHVEFIFTDGTALRYNDVRKFGRMQLILTGTERQTTGIGKLGYEPNSSEFTSEYLVNGLKRKKKNIKNTLLDQSVVAGLGNIYVDEVLWRTKIHPLSQANKIPAEKVMELHDQINQIITEAIKLQGTTVHSFLNANGQVGGFQSKLQVYGHVGEPCPVCGTKFEKIKVNGRGTTFCPHCQVIYK
>NC_010080.1|WP_003627139.1|1582812_1583415_-|dephospho-CoA-kinase
MSYVLALTGGIATGKSTADDFFRKKNIPIIDCDQIARELMEPGNASWQAIKDHFGMEYLNSDQTINRKKLGQLVFSNKQALSELNQVTHPLIFDKTVAKIKEYRDFALVILDAPVYFEAGLDKKHVANGVLVITLPEQLQIERLKKRNNLTDQEAINRINSQMPLVEKEKMADFVVANTGTIKELENKLKQVLIKIREEE
>NC_010080.1|WP_003627138.1|1582342_1582810_-|transcriptional-repressor-NrdR
MECPNCHQNASRVIDSRPSDENRAIRRRRECENCGFRFTTFERIETAPLLVIKNDGTREPFNRKKILHGVMAAGQKRPISSDQFEQLVDHVENKVRKQGISEISSKKIGQYVMDELADLDDVAYIRFASIYREFKDMSSFMKTMEDMMAKKGKGN
>NC_010080.1|WP_003627136.1|1581008_1582340_-|DnaD-domain-protein
MFETADPKHLYYVANRIRLFPEDEKVLIKLYQPLVGAVAVALYQTLIQNYDPYGIISDSKGIYSLQEQLDCSLKQLFNSLHKLEAVGLVQTFLSDNVFNNVLVFKLLQVPAADKFFATPLLASLLKEKVGVPTFHDLSHAFAQEAKLKEKPIKNAKDVSANFFDVFRLPGDEAITPSSDVVQAAQENKVHEVEIAKVNDHDSIDWDFIKQEYSRYQIPASEIDLNKEQIRGLIQTYGLSEKEFVDESLPCLHGSYSLNMRDISNTLAENYKRTNTRENVQTQLNEGRKKALATIKDMDDNDKKLLKAANESSPAEFLYKLKTQKGGITSANEKQIINNLHTQYGLPEDLINILTYTCLTYDTVVSSNLAYKIANDWLQHGVATAVQALQYVKKRRNSFGKKRPVRTYQKRVEKGTDWSKKKADRDAGISTEQLKNLFKDLNNK
>NC_010080.1|WP_012212130.1|1580068_1580977_-|primosomal-protein-DnaI
MEPIDKVIKKIVKERNLGDAQSLISQALHDPDVQAFLTANANKIDQKMVQNSMSNLYEYYSQKHTANKVMAGYAPQLFLNGKVIDIRYVPTKAKLAQDRKQAAERRLQLIDVPTRLHDVSLSEIDVNDDRKQVLTLIYDFLRKYKQDPHVQGLYLSGDYGVGKTYILAGLANYVVTNMNKNVVFLHVPTFIAGLASHFDDNSLQSEIRRLSECDLLILDDIGAESLSQWSRDDVLGVILQARMDNVLPTFFSSNLDMEALESHFEETRNATDPVKARRLMQRVRFLAKEVVVSGPDRRNSLH
>NC_010080.1|WP_012212129.1|1577843_1579778_-|threonine--tRNA-ligase
MSFSITLPDGSKKDFEESLTIADLAQNIATSLGKAAVAGKVNGELKPLDYKLDSDSEVAIITNKDEEGLDVLRATAAFVFEAVAKCEYPELRLGEHVADEGGFYVDTDKDDQIKVGELPKLEKAMQKVIKNGEKIEHVQIAKSELEELYKNDKFKSELLAKVEGDTVDAYKLGDFVDFGFDALLPNTGKIKQFKLLSVAGAYWLGKSSNPMLQRIFGTAFFKEADLKADLKRRQEIKERDHRTIGRDLDLFFVDPKVGAGLPYWMPKGATIRRAVERYIIDREVADGYQHVYTPVLMNLDAYKTSGHWAHYRDDMFPPMDMGDGEMLELRPMNCPSHIQIFKHHIRSYRDLPLRVAELGMMHRYEKSGALSGLQRVREMTLNDGHTFVALDQVQTEFAKILKLIMEVYKDFDITDYYFRLSYRDPKNTDKYFANDEMWEKSQKMLKGAMDDLGLDYVEAEGEAAFYGPKLDIQTKTALGNDETMSTIQLDFMLPDRFGLTYVGKDGEEHRPVMIHRGIVGTMERFIAYLTEIYKGAFPTWLAPVQAEIIPVNNEAHGEYAEKVRAELAKRGFRVEVDDRNEKMGYKIRESQTQKVPYTLVLGDEEMKSGKVNLRRYGTDEEISKSLDDFINEIDADVKSYSREN
>NC_010080.1|WP_041810730.1|1576481_1577012_-|hypothetical-protein
MKKKLLLFLGAILLILGFAKLSSVNADAATIKATDWGAKKVFTTPKKTRGVWYYKEGKKVKKFKITAHTIDGVKLYKELNGKTSDRWVNKLIKADKKSGYKLADKVGESAWACHTIKYHKIIGFNADGWLAGSGDGFYYVPVKKNVKGKKVNALRVGEGAGNYLSYYAYKSRKLVK
>NC_010080.1|WP_012212126.1|1575682_1576291_-|IS607-family-transposase
MKAGKVMDLLQISRSTLKRYREKGILEAKKLPTGQYDFDDDSVFLLKNKHSKRLTVLYGRVSTYKQKADLANQMQELSDFAQSKGFQANDSFQDIASGISFKNRKQFFKMLDLILAGKVKRVIITHKDRLSRVGFELFEYLFQNYGTEIDVISDEMNPKTDEQELFEEIISLLHCFSMREYSHRRAERKLFEATLNQKEKTK
>NC_010080.1|WP_012212125.1|1574327_1575653_-|IS200/IS605-family-accessory-protein-TnpB-related-protein
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MMVVVSYDINTESKSGQRRLRHVAKICLDYGQRVQNSVFECKVNSMQLELMKERLLDEIDDSQDSLYFFNLGKNYKNRIKSYGIKEVINLESPVIF
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>NC_010080.1|WP_012212133.1|1590509_1591166_-|CRISPR-associated-protein-Cas4
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>NC_010080.1|WP_012212134.1|1591168_1592020_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2
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>NC_010080.1|WP_012212135.1|1592022_1593996_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1
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>NC_010080.1|WP_012212136.1|1593995_1594739_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5
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>NC_010080.1|WP_012212137.1|1594753_1597288_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3
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>NC_010080.1|WP_012212140.1|1601661_1601976_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin
MAEKTTGLYVRMNPEKKEKAEAILKKLGLNSATAINMFYDQIILHNGIPFRVEIPNAWDNLDQMNKYEYAKLLDERLNTLNGREDLLGDIAKRLDAEKNEKKDN
>NC_010080.1|WP_012212141.1|1602382_1603360_-|class-III-bacteriocin
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Self-targeting detection

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NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	22093-22131	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	33563-33601	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	342240-342278	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	376757-376795	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	436236-436274	0	1.0
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NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	1078091-1078129	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	1466572-1466610	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	1614293-1614331	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	1893196-1893234	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	1912829-1912867	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_010080.1	1762542-1762580	2	0.949

1. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 11682-11720, mismatch: 0, identity: 1.0

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2. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 22093-22131, mismatch: 0, identity: 1.0

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3. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 33563-33601, mismatch: 0, identity: 1.0

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4. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 342240-342278, mismatch: 0, identity: 1.0

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7. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 962289-962327, mismatch: 0, identity: 1.0

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8. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 1078091-1078129, mismatch: 0, identity: 1.0

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9. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 1466572-1466610, mismatch: 0, identity: 1.0

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10. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 1614293-1614331, mismatch: 0, identity: 1.0

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11. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 1893196-1893234, mismatch: 0, identity: 1.0

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12. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 1912829-1912867, mismatch: 0, identity: 1.0

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13. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to position: 1762542-1762580, mismatch: 2, identity: 0.949

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************ .*************************

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_015598	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence	35281-35319	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_015598	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence	184269-184307	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_015598	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence	20549-20587	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP035016	Lactobacillus plantarum strain 12_3 plasmid pldD, complete sequence	20990-21028	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP027191	Lactobacillus sp. CBA3605 plasmid pCBA3605-1, complete sequence	22928-22966	0	1.0
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NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP019723	Lactobacillus plantarum strain CLP0611 plasmid pUnnamed, complete sequence	9387-9425	0	1.0
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NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP035021	Lactobacillus plantarum strain 13_3 plasmid plsm_LP12_3_pA	77237-77275	0	1.0
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NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP032467	Lactobacillus plantarum strain ATG-K8 plasmid pK8, complete sequence	31603-31641	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP046661	Lactobacillus plantarum strain 83-18 plasmid p83-18.1, complete sequence	64577-64615	0	1.0
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_015598	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence	193308-193346	1	0.974
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NC_002102	Lactobacillus helveticus DSM 20075 plasmid pLH1, complete sequence	6585-6623	1	0.974
NC_010080_4	4.11|1588214|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1588214-1588248	35	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	35786-35820	2	0.943
NC_010080_4	4.21|1588887|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1588887-1588921	35	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	21150-21184	2	0.943
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP018612	Lactobacillus delbrueckii subsp. indicus strain JCM 15610 plasmid pLD01, complete sequence	37823-37861	3	0.923
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP012291	Pediococcus damnosus strain TMW 2.1535 plasmid pL21535-3, complete sequence	126639-126677	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP037431	Lactobacillus plantarum strain EM plasmid pEM2, complete sequence	4098-4136	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP021933	Lactobacillus plantarum strain TMW 1.1478 plasmid pL11478-1, complete sequence	36253-36291	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP018212	Lactobacillus plantarum strain BLS41 plasmid pLPBLS41_3, complete sequence	46905-46943	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP035145	Lactobacillus plantarum strain SRCM103357 plasmid unnamed2	20177-20215	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP028242	Lactobacillus plantarum strain SRCM101518 plasmid unnamed1, complete sequence	68192-68230	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP035574	Lactobacillus plantarum strain SRCM103303 plasmid unnamed3	14267-14305	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP032634	Lactobacillus sakei strain ZFM220 plasmid unnamed1, complete sequence	27798-27836	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP012278	Pediococcus damnosus strain TMW 2.1533 plasmid pL21533-3, complete sequence	54777-54815	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP014626	Lactobacillus backii strain TMW 1.1988 plasmid L11988-2, complete sequence	30366-30404	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_LT960789	Lactobacillus sakei strain MFPB16A1401 plasmid 2, complete sequence	33954-33992	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP032636	Lactobacillus sakei strain ZFM225 plasmid unnamed1, complete sequence	32242-32280	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_LT960782	Lactobacillus sakei strain J64 plasmid 2, complete sequence	41146-41184	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP032653	Lactobacillus sakei strain LZ217 plasmid unnamed1, complete sequence	32264-32302	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP022710	Lactobacillus sakei strain WiKim0063 plasmid pLBS01, complete sequence	68793-68831	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP025137	Lactobacillus sakei strain WiKim0072 plasmid pLSW72_1, complete sequence	3071-3109	8	0.795
NC_010080_2	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	NZ_CP032641	Lactobacillus sakei strain ZFM229 plasmid unnamed1, complete sequence	25735-25773	8	0.795
NC_010080_4	4.18|1588683|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1588683-1588717	35	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	36144-36178	9	0.743

1. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NC_015598 (Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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2. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NC_015598 (Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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3. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NC_015598 (Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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4. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035016 (Lactobacillus plantarum strain 12_3 plasmid pldD, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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5. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP027191 (Lactobacillus sp. CBA3605 plasmid pCBA3605-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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6. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014934 (Pediococcus claussenii strain TMW 2.53 plasmid pL253-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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7. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032465 (Lactobacillus plantarum strain ATG-K6 plasmid pK6, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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8. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032465 (Lactobacillus plantarum strain ATG-K6 plasmid pK6, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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9. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP019723 (Lactobacillus plantarum strain CLP0611 plasmid pUnnamed, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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10. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014937 (Pediococcus claussenii strain TMW 2.54 plasmid pL254-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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11. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053913 (Lactobacillus plantarum subsp. plantarum strain G1 plasmid p1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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12. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014891 (Lactobacillus backii strain TMW 1.1992 plasmid pL11992-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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13. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014891 (Lactobacillus backii strain TMW 1.1992 plasmid pL11992-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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14. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012291 (Pediococcus damnosus strain TMW 2.1535 plasmid pL21535-3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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15. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP031319 (Lactobacillus plantarum strain DR7 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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16. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP029350 (Lactobacillus plantarum strain HAC01 plasmid pLP-HAC01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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17. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014932 (Lactobacillus paracollinoides strain TMW 1.1995 plasmid pL11995-8, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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18. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035021 (Lactobacillus plantarum strain 13_3 plasmid plsm_LP12_3_pA) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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19. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035021 (Lactobacillus plantarum strain 13_3 plasmid plsm_LP12_3_pA) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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20. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035021 (Lactobacillus plantarum strain 13_3 plasmid plsm_LP12_3_pA) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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21. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012657 (Lactobacillus plantarum strain HFC8 isolate Lactobacillus plantarum plasmid pMK01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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22. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012657 (Lactobacillus plantarum strain HFC8 isolate Lactobacillus plantarum plasmid pMK01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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23. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012657 (Lactobacillus plantarum strain HFC8 isolate Lactobacillus plantarum plasmid pMK01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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24. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032467 (Lactobacillus plantarum strain ATG-K8 plasmid pK8, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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25. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP046661 (Lactobacillus plantarum strain 83-18 plasmid p83-18.1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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26. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NC_015598 (Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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**************************************.

27. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NC_002102 (Lactobacillus helveticus DSM 20075 plasmid pLH1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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 **************************************

28. spacer 4.11|1588214|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.943

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******.******************.*********

29. spacer 4.21|1588887|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.943

ggatacgccctgcgatactgctacaatcacgatca	CRISPR spacer
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******************************.**.*

30. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP018612 (Lactobacillus delbrueckii subsp. indicus strain JCM 15610 plasmid pLD01, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.923

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* ***********..************************

31. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012291 (Pediococcus damnosus strain TMW 2.1535 plasmid pL21535-3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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     *.*     *** ********************.******

32. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP037431 (Lactobacillus plantarum strain EM plasmid pEM2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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 * .*   .** ***************************

33. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP021933 (Lactobacillus plantarum strain TMW 1.1478 plasmid pL11478-1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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 * .*   .** ***************************

34. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP018212 (Lactobacillus plantarum strain BLS41 plasmid pLPBLS41_3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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35. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035145 (Lactobacillus plantarum strain SRCM103357 plasmid unnamed2) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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 * .*   .** ***************************

36. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP028242 (Lactobacillus plantarum strain SRCM101518 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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 * .*   .** ***************************

37. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035574 (Lactobacillus plantarum strain SRCM103303 plasmid unnamed3) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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     *.*     *** ********************.******

38. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032634 (Lactobacillus sakei strain ZFM220 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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     *.*     *** ********************.******

39. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012278 (Pediococcus damnosus strain TMW 2.1533 plasmid pL21533-3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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     *.*     *** ********************.******

40. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014626 (Lactobacillus backii strain TMW 1.1988 plasmid L11988-2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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     *.*     *** ********************.******

41. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_LT960789 (Lactobacillus sakei strain MFPB16A1401 plasmid 2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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     *.*     *** ********************.******

42. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032636 (Lactobacillus sakei strain ZFM225 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

attcattt-----actctctatcaacaggatttgacaaagagcc	CRISPR spacer
-----tctgtaagactatctatcaacaggatttgacagagagcc	Protospacer
     *.*     *** ********************.******

43. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_LT960782 (Lactobacillus sakei strain J64 plasmid 2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

attcattt-----actctctatcaacaggatttgacaaagagcc	CRISPR spacer
-----tctgtaaaactatctatcaacaggatttgacagagagcc	Protospacer
     *.*     *** ********************.******

44. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032653 (Lactobacillus sakei strain LZ217 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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-----tctgtaagactatctatcaacaggatttgacagagagcc	Protospacer
     *.*     *** ********************.******

45. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP022710 (Lactobacillus sakei strain WiKim0063 plasmid pLBS01, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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-----tctgtaagactatctatcaacaggatttgacagagagcc	Protospacer
     *.*     *** ********************.******

46. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP025137 (Lactobacillus sakei strain WiKim0072 plasmid pLSW72_1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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-----tctgtaagactatctatcaacaggatttgacagagagcc	Protospacer
     *.*     *** ********************.******

47. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032641 (Lactobacillus sakei strain ZFM229 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

attcattt-----actctctatcaacaggatttgacaaagagcc	CRISPR spacer
-----tctgtaagactatctatcaacaggatttgacagagagcc	Protospacer
     *.*     *** ********************.******

48. spacer 4.18|1588683|35|NC_010080|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.743

cagtgtacgaattaagtacgtactctgtatggagt	CRISPR spacer
ttgagtacgaattgagtacgtactctgtacgcccg	Protospacer
. * *********.***************.*    

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	10423 : 40834	21	Lysinibacillus_phage(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	150572 : 214556	52	Lactobacillus_phage(12.5%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_3	228682 : 285576	48	Lactobacillus_virus(15.38%)	protease,transposase,tRNA,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_4	304091 : 363045	60	Phaeocystis_globosa_virus(14.29%)	protease,transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_5	376799 : 509308	108	Streptococcus_phage(13.16%)	transposase,holin,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_6	595371 : 709334	95	Streptococcus_phage(16.67%)	protease,transposase,tRNA,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_7	713931 : 724480	8	Streptococcus_phage(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_8	823176 : 948911	100	Bacillus_virus(19.23%)	protease,transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_9	992274 : 1063164	59	Staphylococcus_phage(15.0%)	integrase,protease,transposase,tRNA	attL 1000759:1000818|attR 1080943:1081004
DBSCAN-SWA_10	1132436 : 1194290	49	Staphylococcus_phage(21.43%)	integrase,transposase	attL 1138216:1138241|attR 1140448:1140473
DBSCAN-SWA_11	1282622 : 1354354	59	Streptococcus_phage(10.53%)	protease,transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_12	1504663 : 1514970	9	Prochlorococcus_phage(16.67%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_13	1542731 : 1614288	60	Bacillus_phage(28.57%)	protease,transposase,tRNA,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_14	1723142 : 1843473	110	Bacillus_phage(16.13%)	protease,transposase,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_15	1866226 : 1919961	43	Lactococcus_phage(18.18%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_010080|10423:40834|DBSCAN-SWA
TATGTCCTCTTTTAATAATTGTATTAAATTTGATCTTGATATTAAAGAAAAAAATATTGTTTTCAAAGACTATTTCTACAAAATGGTCCAGATGAAAAAGCACAAAATCTATGAAGCAGAATTGATCCAGCCTGCTTGTCCTTACTGTGGCTCCTTGGCTCTTCTGCATAATGGACATCTGATTACCAACATTCGCTATTTAACAGCTAATGCCAGCCATCCAGCAACTATTAGACTGGCTAAGCAGCGAGTTAGATGCCGTGATTGCAGTCGCTGGTCAATGGCCCAATCAGAATTGGCAAGCAAGTACTGTTCTATTTCTAATGCCTCTAAGCTAAAAATCTTGTCTGCGTTAACTGAAGATCGTTCGATGACCAGCATTGCCAGAGAAAACAATGTTTCGATCAATACCGTCCAGAGAGTGCTGGGCAACTGTTCACACCGATTTATTGACAGCTACGAATATTTGCCAGCTCATCTAGCTTTTGATGAGTTCAAAGGAGTCGACCGCCAGCTGCACTTTATCTGCTTGGATGGCGATAATCATCAAGTCGTGCAGATTCTTAGAACTCGCTACAAGAAGACGCTGCTTAAGTATTTTGGACGTTTTTCGCCCCAAGCTAGAGCTAACGTTAAGACGGTCACGATGGATCTTAATTTTTACTATCAAAATATCGTCAGAGCTTGTTTTCCTAATGTTCAGATTGTCATCGATCGCTTTCACATGATTCAAATGCTTACTCGTTCTTTTAACTCGCTCAGAGTTAAAGTCATGAATAAAAGATCCAGACAGTATCAGCTGCTCAAATTTCCCTGGAAGCTATACTTGATGGAAAAAGTTCATCCTCGCTACAACTGGCACTATAAAGACTGCTTAACACAAGCTCAAGTAGTCATGGAAGGCATCAGTGCCAATACTGCTTTAGAGAACTCATATAACCTGATGCAGAGTTTTATTCAAGCAATTGAAATAAACAACACTCAAGAGCTTAAATCATTGATTACCAGCAAAGATTCAATTGGAACCCTAATGCATAAGACGCTGCTAACTTTTAAATACAATCTAAAAGCGGTGCTTAACGGTGCGGCGCTGCCTTATTCTAATGGCTGTCTTGAAGGCTTCAACCGCAAAATCAAGCAAATCGAACGAACAGCTTTCGGCTATTCTAATTTTATCAATCTATTAACCAGAATTCGTTTAGAGGAAAATCAATATACAGAAAAAGAACCAAACAGCCTTTTAATGACTGCCTGATTCTATTCATTTACTCTCTATCAACAGGATTTGACAAAGAGCCAAAAAACAATAAATCTTGTATAAATTGTAATAAAATCTTAAAAACAGAAGCCATCAATTAGGGCTTCTGTTTCACTTAATTTAAAGTATTCTAGCCATGATATTTACTTCTTTTATACCCGGGAGTTTGACAGTTTAAAAACTTAAAATTTGGCCTTAGCCTTGTCGCTAAGCCTTTTTCTTTGTCAATCTTTTATTATTTTGGACAAGAAAAGATGATCAAGAAATTCTCAGCTGCCAAGTTGACCCCCTAAAAATAAGCAGCGCGTCTTCAATGTCAGCTATCTTTTCTTGCAGGAAATTTTCACCCAACTCGAATTAAAAAAGACCTGCCAGGATACTCAAGCTAAAACCAATACTCATTATGATTTATATGAAATACCAGCTTGACTGATGAATTACATGAAAAGTTAGACAATGAGCTGATTACACAGAAAAAGATCAAAAAAATTTTGAAGCAAACCAAAAAAGAGAAAAAGTACGCAGAAAAATTAGACTTAAAAAAGCCCCAAAAAACTTAATATAATAAACTTTAGGAGGCTTTTTTTATTTCTAAACTGTCAAACTCAGGATTGTACCTTAACTAGGATTTTATTTCTAATTTTTTCGGACTCTTTTTGATGAATATCACTTAGTGTCTAAATTAATAACTTGATCAAATTTTTGTTTATCTTCAATACTCATTATATGTTCAATCTCAATAATTGTTTGAGGAAGACTTTGTAATAGAGCGAAAATTTGTTTGCGACTGTTATCATCAAGACCTGATAAACCTTCATCAACAAGTAAAAAGTCCTTTTTATTCAATAATGCACGAGCAATTTCTACTTTTCGTTTCTCTCCACCAGATAAAGATAATCCTTTATCACCAATTTGTGTGTCTAAATAATTTTTATTTGCTAAATATTCTAACTTAACTTTTTTCAAAACTTTAATTAGACGAGAAGAAGGAATATCTTTTCCTAAAGTCAGATTGAAACGTAATGATTCTGAAAAAATATAGGTATCTTGCCCAACAATTCCAAAATTAGAAAGGAAATTATTTTTATTTAACTGCTTATCAATTAAAATTTTACCTTTAATCAAATTTTACCTTTAATCAAAGGTAATTCATTTAACAAACTTTTAAATAAAGTTGACTTGCCAATTCCAGATCTTCCAGTTATTAAAACTTTATCTCCTTCAAAAATTTCAAAATTAATATTCTTTAATATAGCATGATTATTATATCCAAGAGTACAATGATCAAAGATAATCTTTTTTTTGTCAGAAAGATTTACAAACGATAGGTTATCGTATTGTCTTGGCTCTGGCTTTTGTAATACTGTATTTTCTAATAAAGGGCGAACCGAATTCAACTGATTAGTAATATTTACTATTGAAATAATTGGGCTAGTTAAGCGATCAGATGCTAGAAAAAGTGAAATTAACCCTCCAACAAGTATTTGCCCCTTGACTACAAAAAATGATCCTACTGCTAAAGAGATAACCATAGAAAAAGTATATGAAACTTGAGCAAAAAAGTTAGAAGTATTACGACGAAAGTTCATAAAAAAATACTTTCTTTCCTCCATTAGCAACGCATTTTTAATAAATAATTTTAATCTTGTATAAGCATTAGCATGTCTAATAGTATTAAAACCATGTACAGCATCACTTATCTTTAAATTGTAAATTTCATAGCTCTGATTCCAGCTTTTAGTTCCATCTTGAATCCAATTTCTTGTGAGTCTAGGAACTGCTGCAGGTAATAAACCACAAAATAGGAAAACTAAAGCTGCAATACCATTTATATTTAGAATATATATAAGCGAGACAATAGTTTGATCAATACAATAAATCAAGGTAATGACTGAATCAATACATTGATTCTCAATTTGTTTAACATTGACATTAATGAAGTTCAATGTATTTGCCATTTTACTTTCACTAGGAGAATAGGTGAAAGTATTAAAAGCTCTTGAACGTAAAAATTGATTACTAGATTTGATAATTTTTCCCCAACAAAATTGCCAAAGATAAAAACTTATATTCAAAAAAAGCATTAAAACAAGGTATAATATGAGAATTCTAGGAATATCATTGAAATTTTTTTGAGAGAGTGTGTTAGTTATTTTTCCAATTATGTAAGGGGAGATAATCCCATCTAAGGATGCAAATGCACTAGTTGTTATCAACGTAAAAAATAAAAATTTGTTTTTAATTAGTAATTTTTTAAAGAATGAAGTAATAGTCATGGTGAACACCTTTATTCATTTCTAAGGTAATTGCAGATAGAATACCAAGCGTTCCAGCACCTATATCATCTGAAATAAAGGCTTGCCCGTCTGATGGCCATCCAGAATGTTTTTTGGAATTTATAAAGCTAGAAAATAAATGATTATTGTAGTAATCATTTAAATGCTTTAGTTTTGTGTAAAGACGCTTAGGAATCTTTTTTCGCGATCTTAGTATAGTTTTAATAACAAGCAATATACCAGCAGTTCCATTATTCATTCCATAGTTATACGTAAAAGGTAAGTCTAAGGAATCAATATATCTATCTAACAAATCCCAGTTTACATTATCGGTTAAACAATAATACTTAAACAAAATAAAAACTAAACCAGCAGATCCGTTCATTAAATAAGGAGATCTAATATTGGGCCATTTCTTTGAATTATACGAAATCCCTGTAAATGGATCTTCATTTCCAAAAATAGCCATTATTTTTTAATCTTCACTTAATATTGTTAATATTATGCTCATAATACGCCCCAAAAATTAGATTGTAAATATATTTTTTAATTTTTTGTCAGTACTTTTAATTACATTTTCATCAGCAAGTATGAATTATATATTTTTATCATTAGTAAAATTGTTATAGGCTCTACGCGTGATGCTAGTTAAATCATTCTAGACAATATGCCATATTGTAGGCCAAAACTACAATTTCAAGTCGTTCCTAAAACCCTGTTAGGTTTCGAGCACGATTGTTTTCAGCGTTGTAGTAGCTAAGCAGGGAAAAGTCACTCTCAATGGTTCTTCTGATAGCCATTAGCTGATGATCGTTATGCTCTTTAGCACCTTGCATGTTTTTGCGATATGACGTCCAAAGCTTATAGCCCATTTGTTTTAGCTGGAAAGCTAAATCTTTGCCGGGTAGCCTTCATCGCCTAAAAGATAATGGTTAGCAGGATGGGCATTGGTCATCAGCTCTGCAGTTTCCTTGGCATCATGCACTGATGCTTTAGTAACTGCATAATCAAGCAAGTAGCCGTCATCACTTACAATGGCATGAACCTTAAAGCCATAATAGTAGACTTTTTTCGTTGCTTTGTAACCAATATCAGCTATATCGCGAAGGATTTTAACGCGATAATTGCGAACAGGCTAACAGACCGAGACTGGAAAGCTGTCAATAATTATATCTTGCATGAAAGATATAATTATTGGTTCAAAACATGACGAAGCAAGTAGATCAAAGGCAAAGCTGACGAGCTCTGCGATTAAATCGGGAATGCGATAATCCTACAAAGAACTTACAAAATCTTCTTTGCGATTCAATTCCTAATTCTGCTTGCCAGATGAGCATAGCTAATATCGAACTGTCAGATAACTTAGTCTGATCAGTATTTCTGCGATGCTTCAGGAAATCCGGTGCATACAGTTTGTACCAGGAACGACAGATTACGTTTAAACGAGTAAAGCTAACTTGTAAATG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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012211200.1|16223_16832_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211201.1|16939_18961_+	DHH family phosphoesterase	NA	NA	NA	NA
WP_012211202.1|18972_19428_+	50S ribosomal protein L9	NA	NA	NA	NA
WP_012211203.1|19458_20853_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	3.2e-119	50.1
WP_012211204.1|21089_22019_+	phosphate/phosphite/phosphonate ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211205.1|22135_23413_-|transposase	ISL3-like element ISLhe2 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.4e-12	21.7
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WP_035514160.1|24638_25490_+	ROK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003631748.1|25641_25812_+	CsbD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191122.1|25862_26123_+	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211208.1|26183_27413_-	DUF2974 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211209.1|27496_28201_-	MgtC/SapB family protein	G3MA03	Bacillus_virus	2.1e-18	43.6
WP_041810668.1|28683_30516_+	site-specific DNA-methyltransferase	A0A2K5B2C1	Erysipelothrix_phage	6.2e-99	37.1
WP_012211211.1|30518_33530_+	DEAD/DEAH box helicase family protein	A0A2K5B2C2	Erysipelothrix_phage	3.7e-157	35.7
WP_012211212.1|33822_35052_-|transposase	IS110-like element ISLhe4 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	2.6e-64	37.9
WP_012211213.1|35289_36549_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.5e-11	21.3
WP_012211214.1|36787_38089_+	restriction endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_012212409.1|38667_39318_+|transposase	IS607-like element ISLhe9 family transposase	A0A7Q0	Microcystis_virus	3.6e-41	45.7
WP_023062123.1|39271_40834_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_010080|150572:214556|DBSCAN-SWA
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MMINLYDLGQVYIVCGRTDMRRGIDGLAAIVKDEFDLDPFSGRVFIFCGGSRDRFKALYWDGQGYWLLYKRFENGKMIWPNNQDEVKALSKEQVDWLMKGFSIEPGIKATNARNFY
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MERVWATLIGYVFGNFLTAMVVGKIFLKINPTEYGSHNPGTANMGAVFGKKWGILTCLGDLLKSLIALFIVYFAFPVHINIAYAGLGLTLGHCFPIWDHFKGGKGVAVAAQVAVFYNWRIGFATLLVALVLTAIMQNLTMPPIVFMLLFSVYAFWHNQQAGIVFLVITLIMIFKFWHDIIDFFTGHGKKVDILYSTKKKLGIKSK
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MQKNSITFKSIKNQYTLSFDNTNPCIHKRISDSLQHNDILSRITHRYHESISWSCPLNSHKTGSMIFNTDFYKPTDALISFNFKHVIDEIIHDWHYIYICHVAREHDLWFLRDEHGYFYGRAMRNRQNY
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MNETRIFRCPWGDVQDATVRNYHDHEWGKLNLDDQYLYEMLVLELFQSGLSWATILHKRENFRKAFKDFDAEKMAQMIDYDVGLLMQDKGIIRNHIKINAAIKNAKAILAVKKEYGSFAKYLQNFIPSPIVHHPDTIDEVPTTSDIAKQIAMQMKKDGFFFVGPVIIYSYLQGIGLINDHLEDCYFKNNG
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MKLLKHTKGIVDKIIGARKRSAMNKDGELLDPMQKYTTIGEYHVDAEDGTPDGKKFVLTVYQDKDGVLRQALSSESTTELAPEYVRKYSDELGRFRAFHNKKTGRRYLVEDYLDDYVSEVKKHIRDGKNSVNLGVITDTHFKDKDSVDFYGWNGLQHVQEFSYLEKFGLLDLKAHLGDWIDGSDAGLIGESELIKLKDSFKSDKVPYLNIKGNHDENDKFDEHHDLKASFPENEFENIMWPDMYRQKGIHYVSRQHGVAYFDIDDVRVVSVNTSDVPYILDNKGHKRYDNKITLAVREDQIEEIIEILTKSSNKKIVFMSHANPINRKGSNALKYNGRSLHELLVAFNQREKGRMHASEGEPAEFRLSNYFDFTKVKNARIIAYFCGHRHREDQYRINGIQYILFNCSALMGPNHSLTTKYNKNLNRKIDHNNEFAGYIVNIDLKRHRIQSFGYGAASRRRVYFI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211282.1|150572_151850_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
WP_012211283.1|152023_155041_-	alpha-glucosidase	NA	NA	NA	NA
WP_012211284.1|155538_156015_-	nucleoside 2-deoxyribosyltransferase	A0A0A7DMT2	Lactobacillus_phage	1.3e-51	63.6
WP_012211285.1|156130_156628_+	PTS sugar transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_003629999.1|156646_157450_-	tyrosine-protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_003625468.1|157600_158092_+	universal stress protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211286.1|158438_159374_+	phosphate/phosphite/phosphonate ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003625472.1|159403_160177_+	phosphonate ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	6.6e-26	37.6
WP_012211287.1|160176_160974_+	phosphonate ABC transporter, permease protein PhnE	NA	NA	NA	NA
WP_012211288.1|160973_161786_+	phosphonate ABC transporter, permease protein PhnE	NA	NA	NA	NA
WP_012211289.1|161829_162402_-	DNA-3-methyladenine glycosylase I	NA	NA	NA	NA
WP_012211290.1|162556_163042_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211291.1|163095_164493_+	metallophosphoesterase	NA	NA	NA	NA
WP_012211292.1|164608_166558_+	asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)	L7RC73	Acanthamoeba_polyphaga_moumouvirus	4.0e-27	31.0
WP_012211293.1|166580_167864_+	carboxylate--amine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_003625480.1|168138_168300_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211294.1|168514_170734_+	anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase	A0A0C5KKX3	Enterococcus_phage	1.9e-251	64.3
WP_012211295.1|170726_171440_+	anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein	A0A0C5K925	Enterococcus_phage	1.0e-49	55.8
WP_012211296.1|171491_172061_+	DUF59 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003625486.1|172053_173247_+	DUF438 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211297.1|173346_174564_+	MFS transporter	A0A2H4PQR6	Staphylococcus_phage	1.4e-51	32.8
WP_003625492.1|174653_176585_+	peptidase M13	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.3e-67	30.2
WP_012211298.1|178231_180253_-	KUP/HAK/KT family potassium transporter	M1IAJ4	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	4.2e-64	34.4
WP_012211299.1|180517_180952_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080668570.1|181231_181312_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211300.1|181606_182848_+|transposase	transposase	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	1.3e-119	57.5
WP_012211301.1|184297_184738_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211302.1|184974_185190_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810676.1|186021_187353_+	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627959.1|187588_188926_-|transposase	IS66 family transposase	S5VTD3	Leptospira_phage	7.4e-49	34.4
WP_003627958.1|188900_189131_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_143441508.1|189170_189521_-	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_003633334.1|189514_189691_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014918132.1|189769_189931_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212415.1|190619_191009_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211304.1|191623_192847_+	SLAP domain-containing protein	S5M9Y4	Brevibacillus_phage	1.6e-13	36.9
WP_012211305.1|192865_193957_+	SLAP domain-containing protein	A0A2H4JAS1	uncultured_Caudovirales_phage	1.3e-19	26.9
WP_003630530.1|194060_195896_+	monovalent cation:proton antiporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211306.1|196013_196748_+	DUF4065 domain-containing protein	Q9AZG0	Lactococcus_phage	6.5e-31	31.6
WP_003630533.1|197093_198059_-	Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_035513470.1|198068_198860_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211308.1|201306_201999_+	2,3-diphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_012211309.1|202221_202824_+	pyroglutamyl-peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_003625545.1|202887_203448_+	aldose 1-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_012211310.1|203549_204659_+	LCP family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211311.1|204658_205276_+	glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211312.1|205311_208302_+	LTA synthase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211313.1|208387_209773_+	fibronectin type III domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211314.1|210026_211289_+|tRNA	tyrosine--tRNA ligase	K4F5T3	Cronobacter_phage	3.0e-84	42.1
WP_003630682.1|211710_212067_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212409.1|212389_213040_+|transposase	IS607-like element ISLhe9 family transposase	A0A7Q0	Microcystis_virus	3.6e-41	45.7
WP_023062123.1|212993_214556_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_010080|228682:285576|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

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MAKEILLTGDRPTGNLHIGHYIGSLKNRVKLQNSGKYDPYIMIADTQALTDNARNPEKIRNSLIQVALDYLAVGIDPSKSTIYVQSQIPALFELTSYYMDLVTVARLERNPTVKTEIKQKDFKDSIPVGFLNYPVSQAADITAFKATIVPVGDDQEPMLEQTREIVRTFNRVYNTDILVEPKGYFPPKGSGRLPGLDGNAKMSKSLGNCIYLSDDAKTVQKKVMSMYTDPNHIHVEDPGKVEGNTVFTYLDVFDPDKDKVAELKAEYQKGGLGDVKIKRYLNKVLEAELAPIRERREKYAQDEDAIYEMLLEGSKKANTVANETLEQVRDAIGLNYFKNR
>NC_010080|228682:285576|239565_239823_+|WP_003625575.1|DBSCAN-SWA
MPTSIITIKHKLDSHLGDTLTVVAQAGRKKVTKRRGILRETFPAVFVVDLDQHQNNFKHVSYSYTDLLTKNIALKFDDEAEEAEA
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MGLDKFKDKNRDELSMIEVAQAILEDNGKRMAFADIVNAVQKYLNKSDEEIRECLPQFYTDMNTDGEFISMGENVWALRTWFPYESVDEEVNHPEDEEEDDARKHHKKVNAFLASATGDDDIIIDYDNDDPEDDDLDATADDSDDDYGDDDSEYDEDNDDTDDVLPDGIEGQLSQLNDDDDEEDN
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MATIQNLKQSINRNVEAIMPQDDQKEEFTQALEEYYQKIAENQEQTEEFQKGIFRDFLEKVIPNKFINTSKRIDLAIYNGETSKSKVGVIVEYKRLLGNESEMMSKEHLNVKAFRELVAYYLRERIVNGNLEVKKGIVTNGYDFFVIDSNELEKYFYKNKKLVDLFNKFEARQLSSTKTDFLFDEVIAPAIDKALTKPIKIGYFDLRDFLKANSNKFKKQDITRLYRFFSTENLLNEMVFADSNSLNKNFYNELLYIMGLHEEKKSGNKVISRFKEGKRQDASLIENTIEQLDINDVPESQQFDIAMQLNVVWINRILFLKLLESSLVSFNHSEDYKFLNSKKITSFDDLNELFFLVMAKKVEDRRDRIKEKFPYVPYMNSSLFERTELESSKEGININGLREGEIEVYSKTKLRDANGKKLTGKIQVLDYLFKFLNSYDFTSAVDAKNKKSQDQLINASVLGLIFEKINGYKDGSFFTPGKITMYMAKRAVRQAVLTKINETLKTDAKSITELGYITRDYHFSVENRKKISDAIDELKVLDPAVGSGHFLVSVLNELIAIKASLRVLFDADGNLLNDISCTVANDELIIQDEYGNNYSYNANKPNSLRVQKALFQQKKTIIENCLYGVDLNPNSVNICRLRLWIELLKNAYYSEGDNGERYLTTLPNIDINIKVGDSLIHRYDLTDKFDLRKKDFKQYVELVKQYKDTSDKGIKSEINGQINSIKSTFVNSWRSPEAETYDRALAELAGTTNLFDQKVDNEKIAELRQKVKEAKESFENRKGDPLYNNALEWRLEFPEVLNQDGNFVGFDIVIANPPYIFARNQSFDDKTKQYYLSHYEVDEYQANTYTLFMELGYNLLKKNGTFAYIVPNNMLTIQSNQKIRNFLLNKSGSLVIINSLDKIFADANVDNCLVFLKKEKSDEVTVGELKKGDFETIGTVDKDFFGKDNPIFSISMVKYRDAIGAYWKVNDSKNVLNSPNISIVKSGIEAYEVGKGKPKQSKKDKDNRIYHSKKKEDDTYRPYIDGNNVSRYKLSWNGEYIKYGQNLAAMRDPILFEGKRILVRQIPSKKVYSIEAMVTNADLINDRNSMIIKDFNKIKPLALLGILNSKIETLWFLMHFDKFQRRLFPQFKVNELAQFPVPDLNSEEQDKIADKVSVIMSKAQSKQDYSKENLEVDELVMEAYGLTEEEKQEVRDFTFKN
>NC_010080|228682:285576|246027_247002_+|WP_012211338.1|DBSCAN-SWA
MSYKDDMMIFALNSNVPLAQKIADRVGVPLSKSSVERFSDGEIQINIDETVRGKDVYLIQSTSDPVNDNLMELLIMIDAVRRASASTINIVMPYYGYARQDRKTRAREPITAKLVADMLQTAGANRILSLDLHAPQIQGFFDIPVDNLMGAPLLADYFLRNNLEEGAVVVSPDHGGVNRARKLAEFLDCPIAIVDKRRPKANVAEVMNIIGDVKGKRAIIIDDMIDTAGTITLAAQALIDAGATEVYASATHAVLSGPAIKRLNDSPIKNLVLTDSINQPAEKKLDKMLLVSVGPLMGDAIKCIQEHKALSPLFNTRYEADKNK
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MNDFTKNIAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NC_010080|228682:285576|252684_253980_+|WP_012211342.1|DBSCAN-SWA
MKQMIIHGGKPLQGDVWIGGAKNSTVALIPASILSRTPVTLEGVPRIADVANLMDLLSEMDVHCDFGETTLRIDPENIKMSPLPAGKIKSLRASYYFMGALLGRFGKAVVGFPGGDDIGPRPIDQHIKGFEALGASVKNENDQIIITAPEDGLHGAKIHLKMPSVGATMNIIMASVTAQGQTIIENAAKEPEIIDLATFLNNMGAVIRGAGTDSIRIEGVDMLKAQIPHTIIPDRIEAGTYVSLAACIGNGIRIHNIIEEHLDSYLAKVEEMGVVIDADEDSLYVYPAGELKMVQVKTNVYPGFATDLQQPITPLLLTAKSGEGIVIDNIYPKRNGHIPQLQKMGADIKVEDNIILAHPTKQLHGAEVTAGEIRAGACLMIAGLMASGTTVIDKAGNILRGYDRVQEKLRQLGADVTIKDDPSEPGILDNI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211324.1|228682_229345_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_012211325.1|229505_230105_-	SOS response-associated peptidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211326.1|230229_231252_+|tRNA	tryptophan--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_003625568.1|231276_231756_+	hypothetical protein	A7KUY9	Bacillus_phage	5.2e-37	59.0
WP_023061528.1|231745_232354_+	TPM domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211328.1|232651_235240_+	magnesium-translocating P-type ATPase	M1HXH2	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	6.2e-36	25.2
WP_012211329.1|235332_237309_+|tRNA	methionine--tRNA ligase	A0A1V0SHR2	Klosneuvirus	2.3e-99	39.2
WP_012211330.1|237308_238076_+	TatD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211331.1|238062_238629_+	ribonuclease M5	NA	NA	NA	NA
WP_012211332.1|238618_239503_+	16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))- dimethyltransferase RsmA	NA	NA	NA	NA
WP_003625575.1|239565_239823_+	Veg family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211334.1|239941_240772_+	pur operon repressor	NA	NA	NA	NA
WP_012211335.1|240818_242204_+	bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU	A0A0G2Y8M0	Acanthamoeba_polyphaga_mimivirus	1.0e-29	34.0
WP_012211336.1|242435_243041_+	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211337.1|243126_244257_+	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810677.1|244392_245787_+	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211338.1|246027_247002_+	ribose-phosphate diphosphokinase	A0A2K9L2G2	Tupanvirus	8.6e-47	36.8
WP_012211339.1|248031_248307_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211340.1|248334_249699_-	HD domain-containing protein	A0A1B1ISR1	uncultured_Mediterranean_phage	1.1e-31	32.6
WP_003625587.1|249812_250214_+	DUF1934 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190547.1|250260_250818_+	DNA-directed RNA polymerase subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_003625589.1|250935_252555_+	CTP synthase	A0A1J0FA14	Only_Syngen_Nebraska_virus	5.6e-136	47.2
WP_012211342.1|252684_253980_+	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_072749096.1|254334_254724_+	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211344.1|254779_256204_-	C69 family dipeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_012211345.1|256284_257109_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211346.1|257208_258483_-	purine permease	Q9KX94	Enterobacteria_phage	1.4e-28	27.9
WP_012211347.1|258486_259065_-	xanthine phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_035504367.1|259338_259941_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080516407.1|260223_261483_+|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.1e-122	57.4
WP_035514015.1|261981_262275_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190992.1|262317_262470_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_193327842.1|262682_264260_+	glutamine-hydrolyzing GMP synthase	A0A1V0SH76	Hokovirus	6.3e-23	34.1
WP_012211351.1|264430_265639_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211352.1|265652_269258_+	N-6 DNA methylase	A0A2R2ZGH5	Clostridioides_phage	3.1e-09	24.8
WP_041810680.1|270600_271017_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810681.1|271016_271259_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211353.1|271379_272558_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_148201619.1|272698_272956_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211354.1|272955_273768_+	cell division protein FtsK	NA	NA	NA	NA
WP_172987699.1|273901_274654_+	replicative protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211356.1|276413_277691_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	3.8e-10	20.3
WP_148201628.1|279634_280489_-	Rgg/GadR/MutR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|280552_281731_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_158298619.1|281947_282238_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158298620.1|282176_282887_+|bacteriocin	bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_003625723.1|282976_284053_+	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_080516408.1|284322_285576_+|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	8.0e-122	58.5

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NC_010080|304091:363045|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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MTDLKITLIRSAAHSLPEQRKTVKALGLGRVNSTVVLPDNAATRGALLKIAHLISVEEINK
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MKAKDIRALTTDQMLEKEKQYKEELFNLRFQQATGQLENTARLSKVRKNIARIKTILSEKALENN
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MENSYSKSANQVLEIAREQAQEFHHRLIGTEHVLLAMVIETEGEAGKILRSWGLTPTAVREEIERYTGYGSAAKSSYMEMSPRLSLALDYAKRQADQGGYKEIETNHVLLGITASEQVLSAMILKNLNVDIGRLRQDINDSLDQEQDFGDSASWLGNSNTATSQKKRKNSTTPTLDKVAVNLNQRTREGGIDPVIGREKEIKRVIQILSRRTKNNPILVGEPGVGKTAVAEAIATEIVNKKVPEGLLDKRVMALNMGSLVAGTKYRGEFEDRMKKILDEIAKDGKVILFVDEMHTLIGAGGAEGAIDASNILKPSLARGDIQMIGATTFDEYQKYIEKDQALARRFQQVRLNEPTKKDTLAILKGLRPKYEKFHHVTISDASLEDAVDLSSRYITNRFLPDKAIDLVDEASAAVKIRTNVGSNKDLVQINEKIKNIIEQKNEAAASQNFVKAAQLQEAQNNLQMQREEMENALQVKASAEAVVGPEDIAEVVSDWTGVPVTQMKRDESRQLANLESILHKRVIGQDKAVSAVARAIHRSRSGIKDERRPIGSFLFLGPTGVGKTELAKSVAAAMFGSEDNLIRLDMSEYMDQIASSKLIGSAPGYVGYEEGGQLSEQVRRHPYSVVLLDEVEKAHPDVFNLLLQVLDEGFLTDSKGRKVDFRNTIIIMTSNLGSRTLFDSKAVGFNADKVDQAKVRQVKVQQAIKQFFRPEFLNRIDETIIFDELTKKQLRDIVTLLTHKLVVRLQKKGITLRISRAALDKIVKDGYDPENGARPLRRAIQNDIEDKLAEMLITGEVKANDTLKIGSQHGHLKFDVVPEKKLVKTK
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MRKLFLLRGAPGSGKSSFIVRHHLMPYAISRDQIRLLLANLTVYYQEDADVLHQVIPRHVTVRTEQMVDHLVEHKMEHGETVIVDGTHIVPSAIEHFKPWVDKYHYECFVVDFMQHNTLENLLKRNQTRMHYDWVKPEVVKQMYRSYEAHPEVPYWAHKIIPNQMDHALSQRESNLDRYAHVIAVPDQVEEEDFPHVHISNFYFSFNEKFTEKYGTYRNVVSIAKTEDEAVKQFKLPYFVFKFHHKHFLISAYPIRNEMLDPIRKVKGVWTYSTGLYNVADFIKKFPENSKQHVHQFNLSKLDPTRLLHIW
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MAEQISSAKAEARTVRIAPRKARLVVDLIRGKSVAEALAILEFTPRAASPIVEKVLRSAIANAEHNYDLESANLYVSEAYVNEGATLKRFRPRAKGMASPINKRTSHVVVVVSEKND

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_023190458.1|305132_306683_+|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A2K9L3L6	Tupanvirus	1.5e-82	35.6
WP_003625767.1|307875_308331_+	GAF domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211371.1|308435_310916_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	H6X3M6	Enterobacteria_phage	1.5e-119	37.3
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WP_012211373.1|314795_318449_+	DNA-directed RNA polymerase subunit beta'	R4TQM7	Phaeocystis_globosa_virus	2.8e-66	24.7
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WP_012211375.1|320856_321264_+	30S ribosomal protein S12	NA	NA	NA	NA
WP_003625773.1|321279_321750_+	30S ribosomal protein S7	NA	NA	NA	NA
WP_012211376.1|321784_323878_+	elongation factor G	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	5.5e-67	27.9
WP_003549023.1|324197_324506_+	30S ribosomal protein S10	NA	NA	NA	NA
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WP_003625788.1|327276_327630_+	50S ribosomal protein L22	NA	NA	NA	NA
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WP_003625794.1|328747_328945_+	50S ribosomal protein L29	NA	NA	NA	NA
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WP_012211380.1|329261_329630_+	50S ribosomal protein L14	NA	NA	NA	NA
WP_012211381.1|329649_329883_+	50S ribosomal protein L24	NA	NA	NA	NA
WP_012211382.1|329897_330440_+	50S ribosomal protein L5	NA	NA	NA	NA
WP_003549037.1|330452_330638_+	type Z 30S ribosomal protein S14	NA	NA	NA	NA
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WP_014563006.1|331641_332001_+	50S ribosomal protein L18	NA	NA	NA	NA
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WP_003625811.1|333190_334486_+	preprotein translocase subunit SecY	NA	NA	NA	NA
WP_003625812.1|334496_335153_+	adenylate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_002878178.1|335224_335446_+	translation initiation factor IF-1	NA	NA	NA	NA
WP_005721621.1|335462_335579_+	50S ribosomal protein L36	NA	NA	NA	NA
WP_012211385.1|335606_335957_+	30S ribosomal protein S13	NA	NA	NA	NA
WP_003625817.1|335981_336371_+	30S ribosomal protein S11	NA	NA	NA	NA
WP_012211387.1|336416_337355_+	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_012211388.1|337381_337765_+	50S ribosomal protein L17	NA	NA	NA	NA
WP_012211389.1|337949_338801_+	energy-coupling factor transporter ATPase	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.3e-19	32.2
WP_012211390.1|338776_339634_+	energy-coupling factor transporter ATPase	G3M9Y6	Bacillus_virus	3.9e-19	30.2
WP_025283272.1|339626_340424_+	energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT	NA	NA	NA	NA
WP_003625828.1|340426_341218_+|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
WP_003625830.1|341318_341762_+	50S ribosomal protein L13	NA	NA	NA	NA
WP_003625832.1|341777_342173_+	30S ribosomal protein S9	NA	NA	NA	NA
WP_012211392.1|342499_343729_-|transposase	IS110-like element ISLhe4 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.5e-64	37.9
WP_012211393.1|343966_345226_-|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	6.4e-10	22.1
WP_012211394.1|345371_345782_-	DUF805 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211395.1|345871_346456_-	DJ-1/PfpI family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211396.1|347230_347989_+	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003631352.1|348027_348708_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211397.1|348770_349670_+	cation transporter	A0A1V0SED0	Indivirus	6.3e-12	34.8
WP_012211398.1|349874_350555_+	2,3-diphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_003631355.1|350658_351594_+	AAA family ATPase	I7CCW4	Staphylococcus_virus	9.5e-11	25.7
WP_012211358.1|351802_352981_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_023190834.1|354816_357495_+	magnesium-translocating P-type ATPase	M1HJQ2	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	4.9e-44	24.4
WP_012211401.1|358146_358989_-	sugar transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211402.1|359132_360482_-	aminopeptidase C	R4TV59	Phaeocystis_globosa_virus	4.8e-72	35.5
WP_012212171.1|360691_361549_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_193327843.1|361785_363045_-|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	5.9e-125	58.5

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NC_010080|376799:509308|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211416.1|376799_378077_-|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	1.3e-10	22.9
WP_012211417.1|379158_380025_+	phosphate ABC transporter substrate-binding protein	M1PR58	Cyanophage	4.2e-05	22.6
WP_003625892.1|380028_381024_+	phosphate ABC transporter permease subunit PstC	NA	NA	NA	NA
WP_003625895.1|381025_381913_+	phosphate ABC transporter permease PstA	NA	NA	NA	NA
WP_003625897.1|381923_382718_+	phosphate ABC transporter ATP-binding protein	F2Y302	Organic_Lake_phycodnavirus	1.0e-13	33.5
WP_012211419.1|382719_383475_+	phosphate ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	3.9e-15	27.5
WP_003625900.1|383491_384169_+	phosphate signaling complex protein PhoU	NA	NA	NA	NA
WP_003625908.1|385763_386276_+	50S ribosomal protein L10	NA	NA	NA	NA
WP_003625909.1|386326_386689_+	50S ribosomal protein L7/L12	NA	NA	NA	NA
WP_012211420.1|387590_388220_+	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211421.1|388209_388716_+	nucleoside deaminase	S4VYZ2	Pandoravirus	9.1e-08	39.5
WP_012211422.1|388910_390698_+	DNA polymerase III subunit gamma/tau	A0A1U9WR94	Streptococcus_virus	2.0e-49	39.7
WP_003625916.1|390730_391066_+	YbaB/EbfC family nucleoid-associated protein	NA	NA	NA	NA
WP_003631534.1|391066_391666_+	recombination protein RecR	NA	NA	NA	NA
WP_012211423.1|391665_391911_+	YaaL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003631536.1|392014_392653_+	dTMP kinase	M1PSC7	Streptococcus_phage	3.6e-54	51.0
WP_003625920.1|392664_392985_+	cyclic-di-AMP receptor	NA	NA	NA	NA
WP_003625921.1|392985_393843_+	DNA polymerase III subunit delta	M1NSC1	Streptococcus_phage	3.9e-19	29.2
WP_012211424.1|393853_394204_+	DNA replication initiation control protein YabA	NA	NA	NA	NA
WP_003625923.1|394205_395060_+	16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase	M1PLC5	Streptococcus_phage	2.3e-64	47.7
WP_012211425.1|395062_395797_+	acyl-ACP thioesterase	NA	NA	NA	NA
WP_012211426.1|395839_396358_+	folate family ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_012211427.1|396382_397117_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
WP_012211428.1|397100_397673_+	ribosomal protein S18-alanine N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_023061461.1|397723_398773_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD	A0A0R6PI74	Moraxella_phage	1.1e-50	35.2
WP_012211430.1|398841_400119_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
WP_012211431.1|400296_402210_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	6.0e-60	31.4
WP_003625963.1|402383_403031_+	redox-sensing transcriptional repressor Rex	NA	NA	NA	NA
WP_012211433.1|403170_403629_+	LytTR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211434.1|403625_404372_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812609.1|405786_406317_+	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_012211436.1|406460_406754_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023061469.1|406897_406990_-|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
WP_012211437.1|407287_407818_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627770.1|408033_408318_+	co-chaperone GroES	A0A221S304	uncultured_virus	1.2e-12	40.7
WP_012211438.1|408371_409994_+	chaperonin GroEL	A0A240F766	uncultured_virus	4.4e-157	54.0
WP_041810687.1|410153_412751_+	DNA mismatch repair protein MutS	F2QAF7	Pyramimonas_orientalis_virus	4.6e-39	25.2
WP_012211440.1|412750_414661_+	DNA mismatch repair endonuclease MutL	A0A1B2LRQ5	Wolbachia_phage	5.8e-55	29.7
WP_012211441.1|414661_415252_+	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_003627765.1|415300_416317_+	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	B3GAM6	uncultured_virus	7.4e-09	32.5
WP_012211443.1|416375_416801_+	preprotein translocase subunit YajC	NA	NA	NA	NA
WP_012211444.1|416936_418388_+	glucose-6-phosphate dehydrogenase	M4SIY3	Cyanophage	3.3e-63	32.4
WP_023190286.1|418380_419502_+	DNA polymerase IV	A0A1P8CWP4	Bacillus_phage	3.1e-16	24.5
WP_012211446.1|419561_420518_+	bifunctional oligoribonuclease/PAP phosphatase NrnA	NA	NA	NA	NA
WP_012211447.1|420510_421872_+	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	4.4e-49	32.2
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WP_012211450.1|423204_425844_+|tRNA	alanine--tRNA ligase	A0A1V0SK38	Klosneuvirus	6.1e-63	33.0
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WP_012211451.1|426161_426590_+	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
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WP_012211453.1|426966_429324_+	endonuclease MutS2	Q94M10	Lactobacillus_phage	9.7e-20	48.7
WP_012211454.1|429462_430869_+|transposase	ISLre2-like element ISLhe10 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211455.1|431031_431343_+	thioredoxin	A0A1J0GW78	Streptomyces_phage	3.8e-17	42.7
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WP_012211457.1|431830_432688_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_079227881.1|432756_434022_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
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WP_012211459.1|436495_437725_-|transposase	IS110-like element ISLhe4 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.2e-64	37.9
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WP_012211465.1|442507_443509_+	substrate-binding domain-containing protein	C6ZCU4	Enterobacteria_phage	1.1e-20	26.3
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WP_012211467.1|445397_446789_+	bifunctional metallophosphatase/5'-nucleotidase	S4W5J5	Pandoravirus	4.7e-06	22.4
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WP_072749066.1|449452_450406_-	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	A0A2K9L162	Tupanvirus	1.0e-15	25.8
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WP_012211472.1|460221_461265_+	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211474.1|462362_464420_+	LTA synthase family protein	W6LM83	Streptococcus_phage	1.3e-142	45.7
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WP_012211475.1|464794_467134_+	ribonuclease R	Q0GXV6	Lactococcus_phage	9.5e-84	35.8
WP_003627921.1|467146_467605_+	SsrA-binding protein SmpB	W5RAM5	Staphylococcus_phage	2.1e-43	57.4
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WP_012211480.1|478756_479677_+	PTS mannose/fructose/sorbose transporter family subunit IID	NA	NA	NA	NA
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WP_012211484.1|486996_488808_+	glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)	Q76DQ7	Chlorella_virus	8.1e-91	37.2
WP_012211485.1|488881_489175_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080516411.1|489358_489472_-|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
WP_012211486.1|489685_490288_-	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_012211487.1|490269_490737_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211488.1|490690_491227_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810783.1|491310_491793_+	LPXTG cell wall anchor domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003632732.1|494230_494458_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626977.1|494618_495032_+	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_080516412.1|496796_498047_+|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.0e-117	56.2
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WP_012211492.1|501530_502937_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003626963.1|503949_504663_+	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211493.1|504679_505834_+	N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_012211494.1|506108_507350_+|transposase	transposase	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	9.7e-120	57.5
WP_012211495.1|507556_509308_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	2.0e-86	36.6

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NC_010080|595371:709334|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211549.1|595371_596778_-|transposase	ISLre2-like element ISLhe13 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_012211551.1|598775_599702_+	ribokinase	A0A2H4N7X4	Lake_Baikal_phage	6.3e-07	37.5
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WP_012211563.1|613304_613628_+	metal-sulfur cluster assembly factor	NA	NA	NA	NA
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WP_012211430.1|617644_618922_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
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WP_012211569.1|624629_625115_+	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_012211570.1|625240_625513_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211571.1|626327_627689_+	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_023190478.1|627795_628365_+	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	A0A2K9L634	Tupanvirus	4.9e-10	27.6
WP_012211573.1|629701_630406_+	lysozyme	NA	NA	NA	NA
WP_003633288.1|630405_631638_+	DEAD/DEAH box helicase	A0A1B1IS59	uncultured_Mediterranean_phage	1.2e-34	28.5
WP_012211574.1|631634_632963_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_014919182.1|633130_633319_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211575.1|633426_634569_+	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)	A0A0N9R0B2	Chrysochromulina_ericina_virus	4.2e-29	30.6
WP_012211576.1|634592_635132_-	GtrA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626773.1|635124_635571_-	flavodoxin	NA	NA	NA	NA
WP_003633294.1|635713_636541_+	type I methionyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_012211577.1|636549_637473_+	YihY/virulence factor BrkB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626768.1|637534_638434_+	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	6.4e-73	48.1
WP_003633307.1|640920_642081_+	thiolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211578.1|642080_643292_+	hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative	NA	NA	NA	NA
WP_012211579.1|643291_644455_+	hydroxymethylglutaryl-CoA synthase	NA	NA	NA	NA
WP_003626759.1|644493_644778_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211580.1|646256_647435_-|transposase	IS256-like element IS1201 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003626750.1|647851_650716_+	AMP-binding protein	A0A2K9L3I8	Tupanvirus	1.9e-33	27.0
WP_003627959.1|651307_652645_-|transposase	IS66 family transposase	S5VTD3	Leptospira_phage	7.4e-49	34.4
WP_003627958.1|652619_652850_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_143441508.1|652889_653240_-	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_003633334.1|653233_653410_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810691.1|653474_654563_-|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I5Z0	Streptococcus_phage	1.1e-50	38.2
WP_003627796.1|654916_655186_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211582.1|655189_655645_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003627794.1|655693_656278_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003627793.1|656989_658372_-	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	A0A2K5B251	Erysipelothrix_phage	3.9e-69	33.2
WP_012211583.1|658493_659309_+	recombination regulator RecX	NA	NA	NA	NA
WP_003627790.1|659318_659801_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190318.1|659802_660264_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211584.1|660369_661242_+	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003627787.1|661241_662813_+	peptide chain release factor 3	A0A1S5SF82	Streptococcus_phage	5.5e-35	26.2
WP_012211585.1|662880_663162_-	DUF1827 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211586.1|663313_665503_-|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	A0A1C3S747	Escherichia_phage	8.8e-124	40.5
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WP_012211588.1|668137_668320_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211589.1|668432_668699_+	phosphocarrier protein HPr	NA	NA	NA	NA
WP_012211590.1|668698_670432_+	phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211591.1|670663_671062_+	transcriptional regulator Spx	NA	NA	NA	NA
WP_012211592.1|671153_671894_+	adaptor protein MecA	NA	NA	NA	NA
WP_012211593.1|671972_672821_+	competence protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211594.1|672829_673447_-	DsbA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633400.1|673525_674140_-	CYTH domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627775.1|674263_674896_+	GTP pyrophosphokinase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211596.1|675688_676585_+	RluA family pseudouridine synthase	A0A2H4UV25	Bodo_saltans_virus	2.3e-06	30.5
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WP_012211598.1|679303_680332_-	lactonase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211599.1|680484_683241_+	cation-transporting P-type ATPase	A0A1J0FA34	Only_Syngen_Nebraska_virus	1.1e-75	29.6
WP_012211600.1|683709_684909_+	AI-2E family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003625990.1|684959_685520_+|tRNA	tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003625992.1|685519_685909_+	DUF1149 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211601.1|685929_688347_+	DNA translocase FtsK	Q853W3	Mycobacterium_phage	1.7e-83	48.0
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WP_003625998.1|689544_690801_+	insulinase family protein	A0A2P1EIE5	Megavirus	1.0e-12	28.1
WP_003633413.1|690801_691530_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_012211603.1|691597_692716_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211604.1|692738_693299_+	CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211605.1|693482_694580_+	recombinase RecA	A0A0S2MVG1	Bacillus_phage	7.2e-119	61.8
WP_012211606.1|694698_696330_+	ribonuclease Y	NA	NA	NA	NA
WP_012211607.1|696437_697595_+	undecaprenyl/decaprenyl-phosphate alpha-N-acetylglucosaminyl 1-phosphate transferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211608.1|697621_698284_-	YigZ family protein	A0A1X9I5T8	Streptococcus_phage	3.4e-39	43.8
WP_012211609.1|698328_699615_+	DEAD/DEAH box helicase family protein	A0A1X9I5S6	Streptococcus_phage	2.9e-82	43.8
WP_012211610.1|699611_700307_+	ComF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211611.1|700387_700933_+	ribosome-associated translation inhibitor RaiA	NA	NA	NA	NA
WP_012211612.1|701072_703472_+	preprotein translocase subunit SecA	NA	NA	NA	NA
WP_101511653.1|703539_704655_+	peptide chain release factor 2	NA	NA	NA	NA
WP_012211613.1|704663_704942_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211614.1|704958_705927_+	HPr kinase/phosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_012211615.1|705919_706759_+	prolipoprotein diacylglyceryl transferase	NA	NA	NA	NA
WP_003626023.1|706800_707820_+	NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_080516416.1|708110_709334_+|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.4e-115	56.4

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NC_010080|713931:724480|DBSCAN-SWA
AATGGTAAATGATAAGATCGTTATTCGTGGTGCACGAGAACATAATTTAAAAGATATCGATGTAACTATTCCTAAAAATAAATTAGTAGTAGTTACTGGTCTATCGGGATCTGGTAAGAGTTCTTTAGCCTTTGATACCTTATATGCCGAAGGTAGAAGGCGTTATGTGCAATCACTTTCTAGTTATGCTAGACAATTCTTGGGTCAAATGGATAAGCCAGATGTTGATTCAATTGATGGATTAAATCCTGCTATTTCAATTGATCAAAAAACTACCTCACATAATCCGCGTTCAACTGTAGGAACGGTAACGGAAATCAATGACTATTTGCGTCTTTTGTGGGCTCGTGTAGGTCATCCTATTTGTCCTAATGATGGAACTTTAATTGAACGACAATCAGTTGATCAAATGGTAGATCGCATCATGGCTTTACCAGAAAGAACGAAAATTCAATTATTAGCCCCCGTTATTCGAGCTAAACGTGGTGAACATAAGGATGTTTTTAAGCGAGTACAACGTGCAGGCTATGTCCGTGTTATTGTCGATGGCGAGATGCATGAAATTGGCGAAGAATTTAATTTAGCTAAAAATAAGCGTCATAACATTGATATTGTGGTAGATCGCTTGATCATGAAAGACAGCATTAAATCTCGTTTGTTTGACTCAATTGAATCAGCACTTCGTTTATCCGATGGCTACATGAATGTTGATGTCATTGGCGACGAGATGCTTAACTTTTCCGAATATTACGCTTGTCCTAAGTGTGGCTTTACAGTAGGAGAAATGGAACCAAGACTCTTCTCATTTAATGCGCCATTTGGTGCTTGTCCTGATTGTGATGGATTAGGGATGAATTTAGCAGTTGATAAAGATTTGGTTGTGCCTGATAAGAGTAAAACTTTAGCAGAAGGTGCATTAGCTCCTTGGAAGACGTCCAATTATTATACTGAAATGTTGGAGCAAGCCTGTGCAGCACTCGATATTCCAATGAATAAGCCTTTTAATAAATTGACTAAAAAGCAAAGAGAGACAATTCTTCACGGTTCAACTAAGCCGGTTAAATTCCATGTTACCGGTGATTTTGGCGTCAATGATACAACCCAGCCATTTGAAGGAGTAATGGATAATGTCGAAAGACGTTATAAGCATCCAATGTCTAAATTCATGCGTGATGTAATGGGTAAGTATATGACAGAACTGACTTGTTCAACTTGTCACGGTAAACGATTGAATGAAAAAGCTCTGGCTGTAAAAGTGATGGGTAAGGATATCGCTGAAGCTTCTGAACTTTCAATTAGTAAATCTTTGGATTTCTTTAAGAGCGTCAAATTAAGCGAACAAGAAACTGTGATTGCTAAGCCGATTTTGAAAGAAGTATGTGATCGTCTTTCATTCTTGGATAGTGTAGGATTAGATTATTTAACTCTTTCTCGTTCTGCTAATACTTTATCTGGTGGGGAAGCTCAACGTATTCGTTTGGCTACTCAAATTGGTTCTAACTTGTCAGGAGTTATGTATGTTTTAGATGAACCTTCAATTGGACTTCATCAACGTGATAATGATCGATTAATTGCTTCACTTAAGAGAATGCGGGACTTAGGCAACTCCTTGATTGTGGTTGAACATGATAATGAGACCATGCGTCAAGCCGATTATCTGATTGATATGGGACCAGGTGCCGGTGTATATGGCGGTAAGATAATGGTTCAAGGTACGCCAGAAGAAGTAGAAAAGAATCCTAAATCATTAACTGGGCAATATTTGTCTGGTAAAAAATTTGTTCCTGTTCCATTGAAGCGGCGTAAGGGCAATGGTAAGAAGATCACTATTACTGGTGCACAAGAAAACAACTTGAAGAATATCAACGTTGATTTTCCTTTAGGAAAATTTATCGTAGTTAGTGGTGTTTCAGGTTCAGGTAAATCAACCCTGGTTAACATGATTTTGAAGCGAGTATTGGCTCAGAAATTAAATCATAATTCAACTAAGCCAGGCAAATATAAGTCGATTCGTGGGTATAAGAATATTGAAAAAATAATCGATATTGATCAAAGTCCTATTGGACGTACTCCACGCAGTAACCCAGCTACTTATACCAGTGTATTTGATGATATTCGTACGCTCTTTGCCCAAACAAATGAAGCTAAGATGAGAGGCTATACTAAAGCGCGTTTTTCATTTAACGTTAAAGGCGGCCGGTGCGAAGCATGTCATGGTGACGGAATTATTAAGATCGAAATGAACTTCTTGCCAGATGTGTATGTTCCATGTGAGGTTTGTCACGGCAGCCGTTATAATTCAGAAACTTTGGAAGTAACTTATCGTGAAAAGAATATTGCTCAAGTGCTTGATATGACAATTAATGAAGCATGCAAGTTCTTTGAAAATATTCCTAAAATTGCACGTAAACTGCAAACCATTGTCGATGTAGGGTTAGGCTATGTTAAATTAGGTCAATCTGCTACAACTTTATCTGGTGGAGAAGCCCAAAGAATGAAGTTAGCGGCAGAGTTACAAAAACTGTCAACTGGTAAGAATTTCTATATTTTGGATGAACCAACGACAGGTTTGCATACTGACGACATTAAACGTTTGCTTGAAGTTCTGCAGCGTTTAGTTGATGAAGGAAATACCGTTTTAGTAATTGAACATAATTTAGACGTGATTAAAAATGCCGATTGGATTATTGATTTAGGACCTGAAGGCGGTGAAGGTGGCGGCAATGTTGTTGCTACAGGAACGCCTGAAGAAATAGCTGAGGTAAAAGAGAGCTATACTGGTCAATATTTAAAGCCAGTTTTAAAGCGTGATACTAAATTAACTAGGGATGCAGAAAAATAAAAAGTAGAGTGTAAGTGTTTCTGTCCTTGAATAAGTGTAAAATAGGCACCAAGGAGGACGAATAATGGACATTTTTTCAAGTTCTAGAGATAATCGCGGCTTCGATTGGGGCGCCTTTATCGCTGGTGTATTAATGGTTGTTGTTGCTTTTTTGCTACTTAGACATCCAGCTAAGGGATTGCACGTATTTGTGCTAATCTTTGGTATTTTGTCAATTTTGCAAGGTTTAGTATGGCTAGCTGGTTATTCACGTTTCCGTGCTTTCTTTGCACGTAGTTGGGTAGCACTTATTTCAGGTATCTTAGATATCATCGTGGGTATTTTGTTCTTATGCTCATATGATATTGGTGGATTAACTATTGCATATTTATTTGCAATTTGGTTCTTTGTTGACTCAGCTGTCGGAATTGCCTTTTCATGGCACTTGCGTGACTTTTCAACAGGTTACTTTATCTTTAACTTAGTTTTGAATATCTTAAGTTTAGTTATTGCTATTTTCTTGATCTTTAACCCACTTTTTGCGGCATTAAGCTTAGTATGGTTAGTTGCATTTTGGTTGTTGGTATTTGGTATCAACGAAATAGTCGTTGCATTTATGCACCGTTAATAATTATGAAAAAGAGGCCATGATGGTCTCTTTTTTGCACTATAATAGAACACCCGGTATGATATAATTTACAGAAGGAGGGTCAACAATGGCTGATGATAAGAAACAATTATTAATTGTTACAGGAATGAGTGGGGCAGGTAAGACTGTTGTGGCTCATGATTTAGAAGATATGGGCTACTTCGTAGTTGATAACTTGCCACCAACATTATTGGGAAGTTTTTGGGATTATAATTCAAACGACTTCCACAAGGTAGCAGTAGTAATTGATTTACGTGTTAAAACTTTTTATACAGATTTATTAGATGAGGTAAATTCACTAGAAGATAATGGCAACGTTCAAGCAACCATTCTATTCTTGGATGCCTCAGATGATGTATTAGTGGCACGTTATAAAGAAACTAGACGACTTCCACCGTTAGCTAATAATGGCAAGGGACGTCTATTAGATGGCATTCAAGAAGAACGTCGTATTTTGATGCCAATAAAGAATCGTTCAAATTACATCATTAATACGTCTAATTTATCAACTAAAGATTTAAAACAGAAGTTAATTAATACGTTTAGTGATCGCAAGCGTCAACCATTTTCAATTGAAGTAATGTCATTCGGTTTTAAATATGGCATGCCAATTGATGCGGATATTGTAATGGATGTGCGTTTTTTGCCTAACCCATTTTATATTCCAGAGTTGCGCCCATTTACAGGATTAGATAAGCGTGTCTTTGATTATGTAATGAATAAGAAAGAGACGCAGGTTTTCTACCAAAAATTATTGGATTTATTGGAAACTGCCATTCCTGGTTATATTAAAGAAGGAAAAGAAAAATTAACAATTGCAATTGGTTGTACTGGTGGTCAACATCGTAGCGTATCAATTGCACAACAACTTGCTCGTGACTTATCTAAAAAATATCCAGTCGATATTACTCACCGTGAGGTAAGTCGCTACATTAGAAAGTAGGTATATCGCGATGTCATATGGAGAAACGCGAATTGTGCGCGTAATTAAAGGTAGACGTCCGCGGGTAGTAGTTATCGGTGGTGGTACTGGCTTACCAGTTATTTTGAATGCGCTGAAAGATCAAAATGCGGAAATTACTGCCATTGTTACAGTATCCGATGATGGTGGTTCATCTGGTTCTATTCGGAATTTTATAAACGTTGTTCCACCAGGTGATATTAGAAACGTGTTGGTTTCTTTGAGTGATTTGCCACAAGAAGAAAAAGATATTTTCCAATATCGTTTTGATTCATCTGATGCATTCTTCTCGGGCCATGCCATTGGTAATTTGATTATCGCCGCATTAAATGAAATGCAGGGCAATATTTTTGATGCTGTTCAATCTTTATCTAAAATGATGAAAGTAGACGGCCATGTATTCCCCGCCTCTAATGAGCCTTTAACTTTAAATGCTGAATTTGTGGATGCGACAACAGAAGCAGGAGAAACAGAAATCACATCTAAAGACAAACGAATTAAACGTGTTTGGGTAACTGATACTAATTCAAAAGCTACGCCTAAAGCTGTTTTGCCAGTATTGGCTTCAATTATGCAGGCAGATGCTGTAGTATTAGGGCCCGGCAGTTTATTCACTTCGATTTTGCCTAATTTAATGATTTCGAACTTAGGTGAAGCAGTTCGAGAAACTGAAGCTGAAGTAATTTATATTTGCAATATCATGACTCAACGTGGAGAAACGGATCACTTTAGCGATGCAGAACACGTTGAAGTGATCAATCGTCATTTAGGAGGAAATTATATCAACACAGCTTTGGTCAACGGGGCAAAAATTGATATGAGCAAGTTCCATCCTGAAGATTATGATGCTTATCTTGAACCGGTTAAGAATGATTTTAATGGATTAAGAGTACAAGAGTGTCGAGTAATTACTGATGATTTTATTGATCAACGTCACGGCTTGGTCTTTCATGATGGAGAAAAAGTAGCAAAAGAAATAATGAATTTGGCATTTGAGGCAATGTCACGTAAAAGAATGAAGGAAAATAATGGCTAGTTATGCTAGTGAAGTCAAAAAGGAGCTAACTTCGCTTGAGGTGCATCCGGAACATGCTAAAGCGGAGTTAGCTGCTTTTTTGCGGATGAATGGAGTTTTAAATCTTCATGATCATCAATTTAGTTTAGATATCACTACAGAAAATCCCGCTATTGCACGTCGAATTTTCAAATTAATTAAAGTGGCATATGGAATTGAACCATTGTTAATTGTTTCTCGTAAGATGAAATTAAAAAAGAATAACCAATATTTGGTTCGGCTTAATCGCGATGTGCAAAAGATATTAGAAAATTTAAATATTTGGGATCCAGCTAAAGGATTGGTTACCAGAATTCCTCAAAGGATTATGAAATCCAGTGAAGGTGCGATGTCGTATCTTAGAGGCGCATTTTTAGCTGGCGGCAGTGTTAATAATCCTGAAACTAGTAGATATCACTTAGAAATTTATTCAACTTATGAAGATCATAATGAAGATTTAGCTAAGTTAATGAATGAGTATTTTTATTTGAATGCTAAGATGACTAAACGTCGGCGAGGCTATATCGTTTATCTTAAAGAAGCAGCTAAGATTGGTGATTTTTTGCATGTGGTGGGTGCATTAAATGCTATGCTCAATTTTGAAGATTTACGAATTATGCGTGATATGCGCAACTCAGTTAATCGTTTGGTCAATTGCGATACAGCTAATATGAAAAAAACAGCTTCGGCTTCAGCCAAGCAGGTTGAAGATATTCAGTTGATTCAAAAAGAAAAGGGAATTGACAGCTTACCAGAAAAACTACAGATTTTAGCACGTTTTAGATTAGCTCATCCAGAACTAACTTTAAAAGAAGTAGCGGACCAAATTCCAGACGGACCAATTTCAAAATCTGGTGTTAATCACCGATTTAAAAAGCTACATGAATTAGCTGAAACTTTAAAAGAATAGAAAAAGAGGATTTGCAAAATGCAAATCCTCTTTTTTAAATATAATTAATGATTACTTCTTCTTGTTAGCCATAATTTCATCGATCAAACCATATTCCTTAGCTTCTTCAGCAGTTAAGTAGTTATCACGTTCAGTATCCTTTTGGATCTTTTCTAATGGTTGACCAGTGGTTTCGTGTAAGATTTCGTTAATCTTCTTACGACTCTTTAAAATTTCGTTAGCTGCAATTTGGATGTCAGTTTGTTGACCTTGAGCACCACCTAAAGGTTGGTGGATAAGGACAGTTGAGTTAGGCAATGCAAAACGCTTGCCCTTAGTACCACTAGTCAAAAGAATAGAAGCCATTGAAGCAGCCATACCAATTGCAATAGTTGATACGTCTGACTTAATGAAGTTCATAGTATCCATGATTGCAAGGCCAGAAGTAATAACACCACCTGGTGAGTTGATGTAAAGTGAAATATCCTTAGTGTTGTCTTGTGCATCAAGGAAAAGCAATTGAGCAATAATCGAGTTAGCCATTTGATCGTTAATTTCGCCGCTCAACATAATAATTCTATCTTTTAATAAGCGTGAGTAAATGTCGTAAGCGCGTTCGCCACGAGCAGTTTGTTCAATAACTGTAGGTACTAGCATATGTTTGCCTCCTAAATTTATTTCTTAATTAAATTAGCACTCTTTTAAGTACTGTGCTAATTAAATCACTTCGTAATAAAAGTGTCAAATAAAGAGATCTACTTGTATTCAAATTGTATTTTTGAGAATATTATTTATATATTATAATAATGTAAATTACTGTTGTAATATTGTAGGAGGACAAGCTTGAAGTATAAGAATAAGATTTTAACTGCAACATCAGCTGTTGCACTTAGTGTTGGTTTATTAATGGGTTATTCTAATCCTGTTTTTGCTACTAATTCTAAGACAACTGCTAAAGCAGACAAGACTAAAGATAGTTCAACCGATAAAAAAGAACCAGTTCAAACCAGTACTTCTTACGATTTGATGGTTAAAGTAGGTAGTAACAGAAATTATGGTGTTTATAAGAGCATTAAGAATGGTAAGCCTGTAAAGAAACTTGCCAGTGCTAGTGATTATCAATATGCTCATATTCAATCAGATCAACGAATTAAAACCCAACATGGTACTTATTGGCGTATTTATGTTAATGGCCGTAAGGTAGGATATGTTAACCAAAACTGGTTTACTAGAAATAAAATTGCTGTACCTAAGACCGTAAGCTTAGTAAGAAATAGTCATTCTGATTTTGCTCCAGAAGATGCTGTTAGTTACGTAACTAACCACATGGGAACTGTAATTCCAACTCAAGATATTACAATTTCTGAAGATGCAATTGATTGTTCCGAACCTGGCACTTATAAAGTGAAGTATAGCTATGGTAGTGCTAAGGCCACTGTTAAGGTTACTGTAAGAAAGAGCACCAAAGAAGGTGTAGCTGATGCAGATAGCGTGCAAGCTAAGCCATTTAGTGGTGATTTGAAGTCTTGGAAGACTTACTACGGTAGTTCTTCTAACTATGTAACTAAGACCGACTTTGCTCCAGATAAGTCAAAGCATAGTTACACTACTGATAACAGTAATATGACTTTCAAGACTCGCTACTTCCAACCAATTTTGCTTAGCGTTGCTAGAGATATTAAAGACGACGATTACATTAATCGTGTAGGTCATATTCCAGAAGGTATTGCCATATCAGATGGTTGGCTTTACAGTAGTTTGCTCAGCAGCACTAAGATTTCTAATGGTCACATCGTTGGCTATAATTTGAACCATTTAACTAATGCATTTAATGGTCAATACTTGCTTGATATGTCTCAAAAGGAGTTTAATTCTTACGTTAAGAACATTAAGGTAAGTCCATATATTCCAATCGGCCACGGTCAAGCTATGGGTGCAACTGATAAGTATATTTATGTAGTTAACTATGATAACAAGACATTATATAAGAGCAACAGATCAGAAGAATTACTTCAAATCCGTAAGAGTGATATGTGCATTAACAAGATTTGGACATTTAAAAGCTGGAATGGTAGTGACTCAGAAGGTCGTTACTTCCGTAATGGTGTCGTTGTAGATGATCATAAGATGTACACTACTCTTTACAATAAGCAAAAAGACCAAACTGAATACTGGAAATTCAACCGTAAAGGTGATAACTGGTACCCAACTATGTTAGGTGCAACTAAGACTGGTATTGTTTCAAATACTTATACTCAAGGTTTCGCATATGATCCTAAGAATGGCAACTTCTATCTTGCATTTAACGATGTAATTGCTAAGATTGCTCGTGATGGTGAAGTTAAGGATACTTATCAATTCCACACTGGTCGTGAAATTGAAGGTATTGCTGTTTCAAACAATAGACTTTACATGAATTTAGCTCAACGTGCTGAATTACTTGAAAGTACAGAAAAGTTAACTAAATAATTTATTCATTAAAAAGGTGTCTGGGAAATAACCAACCCTTAGATACCGAAAAACGATCAATTCAACTCTTAATTTGAGTTTGATTGGTCGTTTTTTCTCTCTATTTTTATTTTTGAACAAAGAAAATTGGTCTTTTGACCATCTTCTGTTCCAATATTTGCTTAAATTCATCATCATGAAGGCTATGCCAACATCAGTTTCAACCTTCTTTTTGCCTCTTAAATGAGTTCGACGCATGCCAAAAACGTTCTTCAAATGTACAAAAATTGGCTCCACATCATACTTTCTCATGCTGTAGATGTGCCTGCCTTCAGGACTCTGAAGAACTTCTTTGGCTTTTTCCTTTAAATACTGCCAGTTAGGATTATAGCGTACTTGGCGTTGACGACCACTTTTGGTTTTGGCTAGGCGTTCTAATTCTGGCGTTAGTTGGAATTCATCTGCTTCATAGACCTTAAAATCACGAACCTGACCAGTCGAGTGGTCTTTACGCTGACTATAATACTTAAAGTTGAACCTGACGCCATTTTGATCAAGATAGTAATCATCTTTTTCATCATAGAACCAGTTAGCCAGCTTAGTCGGATCGTTGCGATATTTTCTGGTCTTTTCCTTTTCATACATAGTGTAGGGAATATAGTACTTCTTGTCTGGATATTCTTTCTCCAGCATAGAATAGTTGTACTCGCTGCCATAACCAGCATCGGCGACAATCTTATCGAACTTATCTAATATTGGCATCTGCTTTAAAAATGGTTCTAATGTCTTAAAGTCAGTTGGGTTAGGGTACAAGGCAAAGCCGACTACATATTGATCCGTTGTAGCGGCTTGAATATTGTAGCCTGGCTTCAGCTGACCATTCTTCATATGGTCTTCCTTCATATGCATAAAAGTCGCATCATGATCAGTCTTGGAATAGCTGTTGCGTCCAGCAAAGATTTCTTCTGCTTCTTCATATTTCTTCATGCGAGGAACATAGTCTTTTTTTAGCCTATGAAGCAGCTTTTTAAGACCACGTCTTCTTGCTTTTCTAAGCGAGCCGCCAGGAATTGCCTTAGGTTCTTGCTCAATTTCTTTAGTCAGCTTTTCAATCTCATCTTCTGTTTCTTGCGCTAGTTCTTCTAAGCCTTGACTGGTTTGTACCTTTTCTTGAGCCA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7

>NC_010080|713931:724480|721147_722773_+|WP_012211626.1|DBSCAN-SWA
MKYKNKILTATSAVALSVGLLMGYSNPVFATNSKTTAKADKTKDSSTDKKEPVQTSTSYDLMVKVGSNRNYGVYKSIKNGKPVKKLASASDYQYAHIQSDQRIKTQHGTYWRIYVNGRKVGYVNQNWFTRNKIAVPKTVSLVRNSHSDFAPEDAVSYVTNHMGTVIPTQDITISEDAIDCSEPGTYKVKYSYGSAKATVKVTVRKSTKEGVADADSVQAKPFSGDLKSWKTYYGSSSNYVTKTDFAPDKSKHSYTTDNSNMTFKTRYFQPILLSVARDIKDDDYINRVGHIPEGIAISDGWLYSSLLSSTKISNGHIVGYNLNHLTNAFNGQYLLDMSQKEFNSYVKNIKVSPYIPIGHGQAMGATDKYIYVVNYDNKTLYKSNRSEELLQIRKSDMCINKIWTFKSWNGSDSEGRYFRNGVVVDDHKMYTTLYNKQKDQTEYWKFNRKGDNWYPTMLGATKTGIVSNTYTQGFAYDPKNGNFYLAFNDVIAKIARDGEVKDTYQFHTGREIEGIAVSNNRLYMNLAQRAELLESTEKLTK
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MYQNYTTGQTALTLNLDFTIPNNHLANTISCFVDSIPEDVLLGDTAKTGRPAYHPAMMLKILLFAYSRRVFSGRKIELMLEENLPMMVLAEHQKISYHTINNFRSSDHANELVKKSFLYFTNLLEAEGLINEGAIFIDGTKIEADANRYTFVWRKAAEKFHEKLKGQAVELYDELIAKEVVKAMAQEKVQTSQGLEELAQETEDEIEKLTKEIEQEPKAIPGGSLRKARRRGLKKLLHRLKKDYVPRMKKYEEAEEIFAGRNSYSKTDHDATFMHMKEDHMKNGQLKPGYNIQAATTDQYVVGFALYPNPTDFKTLEPFLKQMPILDKFDKIVADAGYGSEYNYSMLEKEYPDKKYYIPYTMYEKEKTRKYRNDPTKLANWFYDEKDDYYLDQNGVRFNFKYYSQRKDHSTGQVRDFKVYEADEFQLTPELERLAKTKSGRQRQVRYNPNWQYLKEKAKEVLQSPEGRHIYSMRKYDVEPIFVHLKNVFGMRRTHLRGKKKVETDVGIAFMMMNLSKYWNRRWSKDQFSLFKNKNREKKRPIKLKLRVELIVFRYLRVGYFPDTFLMNKLFS
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MASYASEVKKELTSLEVHPEHAKAELAAFLRMNGVLNLHDHQFSLDITTENPAIARRIFKLIKVAYGIEPLLIVSRKMKLKKNNQYLVRLNRDVQKILENLNIWDPAKGLVTRIPQRIMKSSEGAMSYLRGAFLAGGSVNNPETSRYHLEIYSTYEDHNEDLAKLMNEYFYLNAKMTKRRRGYIVYLKEAAKIGDFLHVVGALNAMLNFEDLRIMRDMRNSVNRLVNCDTANMKKTASASAKQVEDIQLIQKEKGIDSLPEKLQILARFRLAHPELTLKEVADQIPDGPISKSGVNHRFKKLHELAETLKE
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012211624.1|719389_720325_+	DNA-binding protein WhiA	Q7AWZ3	Streptococcus_phage	1.4e-46	35.2
WP_012211625.1|720376_720961_-	ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP	A0A223W000	Agrobacterium_phage	3.7e-53	54.9
WP_012211626.1|721147_722773_+	SH3-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810693.1|722761_724480_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	2.6e-86	36.6

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NC_010080|823176:948911|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012211694.1|830423_831428_+	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211696.1|832324_832864_+	rod shape-determining protein MreD	NA	NA	NA	NA
WP_003627675.1|832904_833039_-	DUF4044 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628051.1|833133_833466_+	DUF3397 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|833666_834845_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003627673.1|835040_835472_+	division/cell wall cluster transcriptional repressor MraZ	NA	NA	NA	NA
WP_012211697.1|835476_836424_+	16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase RsmH	NA	NA	NA	NA
WP_003628054.1|836437_836800_+	cell division protein FtsL	NA	NA	NA	NA
WP_003627667.1|838954_839923_+	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase	NA	NA	NA	NA
WP_003627666.1|839932_841312_+	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine--D-glutamate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012211698.1|841313_842420_+	undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211699.1|842436_843294_+	FtsQ-type POTRA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211700.1|843356_844715_+	cell division protein FtsA	NA	NA	NA	NA
WP_012211701.1|844729_846049_+	cell division protein FtsZ	NA	NA	NA	NA
WP_012211702.1|846066_846504_+	cell division protein SepF	NA	NA	NA	NA
WP_003627655.1|846503_846806_+	YggT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627654.1|846805_847606_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211703.1|847581_848379_+	DivIVA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211704.1|848599_851383_+|tRNA	isoleucine--tRNA ligase	A0A2K9L260	Tupanvirus	1.2e-88	27.9
WP_003627651.1|851382_851586_+	cold shock domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211705.1|851605_852175_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003627649.1|852177_852486_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211706.1|852503_853199_+	5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase	NA	NA	NA	NA
WP_023190853.1|853200_854358_+	cysteine desulfurase	H7BUW1	unidentified_phage	1.8e-27	35.6
WP_012211708.1|854753_855881_+|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_012211709.1|855956_857234_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.8e-12	21.7
WP_012211710.1|857442_858102_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211711.1|858101_858746_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211712.1|858745_861097_+	ATP-dependent RecD-like DNA helicase	A0A0K2FLP8	Brevibacillus_phage	2.1e-59	27.0
WP_041810698.1|862139_863819_-	ribonuclease J	NA	NA	NA	NA
WP_003627933.1|863825_864047_-	DNA-dependent RNA polymerase auxiliary subunit epsilon family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211714.1|864214_865621_-|transposase	ISLre2-like element ISLhe10 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003628072.1|866004_866559_-	peptide deformylase	E3SLL2	Synechococcus_phage	3.6e-10	39.7
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WP_012211746.1|921291_922014_-	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211747.1|922764_924006_+|transposase	transposase	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	9.7e-120	57.5
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WP_012211748.1|925105_926488_-	glycoside hydrolase family 1 protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211750.1|928969_930256_-	phosphopyruvate hydratase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	2.3e-108	51.7
WP_012211751.1|931296_933033_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	2.6e-86	36.6
WP_012211752.1|933177_933753_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|935028_936207_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211753.1|936450_936819_-	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	A0A0A7S1E5	Clostridium_phage	9.2e-10	38.9
WP_079227905.1|936840_936912_-	type II toxin-antitoxin system HicA family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_012211754.1|937316_938705_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_003626673.1|938846_939803_+	thymidylate synthase	A0A0N9SH48	Staphylococcus_phage	3.6e-114	60.5
WP_012211755.1|939817_940336_+	dihydrofolate reductase	G3MBI7	Bacillus_virus	2.2e-25	39.5
WP_023190625.1|940455_940659_+	hypothetical protein	Q9AZG0	Lactococcus_phage	5.6e-09	50.0
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WP_012211756.1|940953_943371_+	HAD-IC family P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-17	20.2
WP_012211757.1|943721_944582_+	MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211758.1|944594_945656_+	methionine ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.1e-30	35.6
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WP_012211760.1|946676_947855_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_049751267.1|948113_948911_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NC_010080|992274:1063164|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_9

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MKEMINYRELAYDKNGIPIAKSLVRPILLIMRNNKLWKTSEVIEQLANKINLSQEIRHLRSDTATH
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MSYSEQLLDSIQNHDFSQSKHLLKEALDKDDPEILSSLAENLTDLGFTNLAKEVYRALIAKFPQEDLFKVYLAEIMLNDGDEDDGLSLLYGVSKESSAYLDGLLVQADYYQTNGLIETAKDKLLQALKLAPKEDAIKFGLAELDYLSGNYEQALALYEDLIQRQKTFGEVNLNQRLIATNAKLGNYEAAAKIIREHSSSLLDIDSKYEAGLVMLAVGDDDQAIKLLDEVIDQSPDYVNAYPLLAQAYEHKHDNEQVLRTVQAGLAYNELDETLYSMGARAAANLNQLDTAADLLEKGLKKAPDNSELRMQLSNLYLHRHQDKQNIVLFKDFDNENIDAQAHWNMALSYERLDDTEKAQSEFLLAYPDFKENPDFLHQMIMFFSVQNNPDITKQLLQKYLELVPEDMEMQDLYNNL
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MDYTIENNMITVVISDIGAEIQSVKSVHTGEEFMWQADPKIWGRHAPILFPIVGRLKSDEYTYKGKTYHLGQHGFARNSKFEVENHTQESITFLLKDNEETRKVYPFKFEFRVNYNLMNNLLEENFSVVNKSDDTMIFGVGGHPGFNLPIKEDEKKEDYFFDMHPSVARVQIPLKNASLDWDSRSLASTDSFISLSDELFKNDALIYELHGHDNKVSLRTDKSKFHINVWTRNAPFVGIWSQYPKTADYVCIEPWWGIADRDDADGQLEHKYGMDHLEPNKEFQAGFSMTFHSDADSEE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211788.1|992274_992712_+|tRNA	D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_012211789.1|993019_994306_+|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A2K9L0H9	Tupanvirus	1.8e-20	25.3
WP_012211790.1|994311_996165_+|tRNA	aspartate--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	2.2e-11	24.4
WP_012211791.1|996253_997438_-	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_012211792.1|997566_998973_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211793.1|999477_1000671_+	bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase CoaBC	Q9HH70	Methanothermobacter_phage	1.7e-41	32.4
1000759:1000818	attL	NA	NA	NA	NA
WP_023191208.1|1002222_1003059_+	aldo/keto reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	1.5e-36	36.3
WP_012211795.1|1005007_1006393_-	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_023191213.1|1006499_1007096_-	DedA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211798.1|1008291_1009227_+	restriction endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_012211799.1|1009937_1010453_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211800.1|1010749_1012504_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	3.1e-87	36.7
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WP_041810702.1|1013572_1013932_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211801.1|1013945_1014308_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211803.1|1015335_1017138_+	excinuclease ABC subunit UvrC	NA	NA	NA	NA
WP_003626551.1|1017216_1018521_+	GTPase ObgE	NA	NA	NA	NA
WP_172619747.1|1018535_1020455_+	acetyltransferase	A0A1R3Y5Q6	Salmonella_virus	2.5e-26	29.4
WP_012211805.1|1020473_1021412_+	ribonuclease Z	NA	NA	NA	NA
WP_012211806.1|1021408_1022203_+	SDR family oxidoreductase	Q06VL0	Trichoplusia_ni_ascovirus	2.1e-06	30.1
WP_012211807.1|1022209_1022461_+	DUF1049 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003547064.1|1022562_1022751_+	50S ribosomal protein L32	NA	NA	NA	NA
WP_012211808.1|1022809_1024372_+	bifunctional metallophosphatase/5'-nucleotidase	NA	NA	NA	NA
WP_003626540.1|1024430_1024649_-	YjzD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211809.1|1024765_1027873_+	DNA polymerase III subunit alpha	A0A0K1Y9G6	Streptomyces_phage	1.2e-134	32.5
WP_012211810.1|1028040_1029003_+	6-phosphofructokinase	H8ZJH0	Ostreococcus_tauri_virus	2.1e-05	28.6
WP_012211811.1|1029036_1030806_+	pyruvate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012211812.1|1030933_1031827_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626532.1|1031813_1032719_+	site-specific tyrosine recombinase XerD	S5W9T9	Leptospira_phage	9.8e-21	26.9
WP_003626531.1|1032729_1033086_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211813.1|1033078_1033819_+	segregation/condensation protein A	NA	NA	NA	NA
WP_012211814.1|1033808_1034402_+	SMC-Scp complex subunit ScpB	NA	NA	NA	NA
WP_003626528.1|1034402_1035119_+	rRNA pseudouridine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012211815.1|1035341_1036031_+	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_041810705.1|1037943_1038411_+	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626524.1|1038463_1039138_+	(d)CMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012211818.1|1039209_1040421_+	30S ribosomal protein S1	NA	NA	NA	NA
WP_003626522.1|1040490_1041798_+	ribosome biogenesis GTPase Der	NA	NA	NA	NA
WP_003626521.1|1041972_1042248_+	HU family DNA-binding protein	A7KV42	Bacillus_phage	1.7e-24	65.2
WP_012211819.1|1042331_1043579_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211820.1|1043619_1044507_-	YitT family protein	M1Q1P6	Streptococcus_phage	4.4e-50	37.2
WP_012211821.1|1044591_1045791_+|tRNA	CCA tRNA nucleotidyltransferase	H7BUW3	unidentified_phage	8.6e-49	34.1
WP_003628329.1|1045829_1046522_-	hemolysin III family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626512.1|1046638_1047469_+	DegV family protein	A0A0N9SI50	Staphylococcus_phage	5.3e-21	45.9
WP_003626511.1|1047471_1047702_+	YozE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211823.1|1047749_1049342_+	sodium:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211824.1|1049365_1050217_+	ribosome biogenesis GTPase YlqF	NA	NA	NA	NA
WP_012211825.1|1050206_1050959_+	ribonuclease HII	G4YAY0	Emiliania_huxleyi_virus	1.3e-26	38.6
WP_003628334.1|1051019_1051868_+	DNA-protecting protein DprA	S6BFL3	Thermus_phage	4.9e-30	36.8
WP_012211826.1|1051939_1054054_+	type I DNA topoisomerase	E3T4K4	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.5e-96	37.2
WP_012211827.1|1054087_1055311_+|tRNA	methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil(54)- C(5))-methyltransferase (FADH(2)-oxidizing) TrmFO	NA	NA	NA	NA
WP_041810706.1|1055468_1056302_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A1P8DJJ6	Virus_Rctr41k	4.8e-14	25.9
WP_003628338.1|1056310_1056835_+	HslU--HslV peptidase proteolytic subunit	NA	NA	NA	NA
WP_012211830.1|1056845_1058249_+|protease	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU	A0A1B2IB03	Erwinia_phage	5.8e-28	24.9
WP_012211831.1|1058401_1059301_+	aldose 1-epimerase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211833.1|1060367_1061183_-|integrase	site-specific integrase	NA	NA	NA	NA
WP_003628344.1|1061463_1061847_+	CrcB family protein	A0A2H4PQR0	Staphylococcus_phage	3.1e-08	36.5
WP_003628346.1|1061848_1062226_+	fluoride efflux transporter CrcB	NA	NA	NA	NA
WP_012211835.1|1062306_1063164_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
1080943:1081004	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NC_010080|1132436:1194290|DBSCAN-SWA
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MFDIILKRKEGTNVLKGIKLRLYPNRTQQNQLEQMFGNDRFVWNQMLAMMNERYQNNKALPFLGKFKLNYLLKPLKKEYPFLKNSDSSSLQVVNEFLTQSWKNFFQDKTGQIGKPRFHSRKYLKKSYTGKSIIKTAGKRYLKIPKLGYVKTSKTGVLQNTKIKRYTVVLEPTGKYYLSLQVEISEPEKYSLTGKQVGIDVGIADLAILSNGLKYPSFNSSYFEKKAKIWQKKYSRRRHLVKLLVLQDRNKRVLCPRSLESFTNWQKAQKSKAKYQAKAANQRRDYLHKLTTHLVKQYDVIAIEDLKTKNLQKNHHLAKSIANASWRMFRQMLEYKCEWYGKKLIAVDPKNTSRICSKCGYNSGAKPLEIREWTCSKCQTKHDRDINAAVNILHKGSTKLTGQGLAMVTS
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MSEFEKYYPKISNLSTKFLDNPELGFKEYQTSKLIEDEIKSISPSIKVEHYLGTGLKVIFDNHKPKTIGIIAEMDALYQPKHFKANPETGAAHACGHYTQVGIALAMINEIVKAERLKEFGTNLAFIFTPAEEFVDLDWRQEQKAKHKLDYFGGKQEAIKQGLFDHINYCVSVHAIGEEFKQRTVEINCDLAGFNFKYFDFYGEASHAAFAPESGVNAQSIATLFTTALALQRQQIKNPNRIRFNPVVIGENTESINVIPDHVKMGSDLRFFDIKYVQSLMKKFDQAAQGCASALGGKAKITTQVGYLPLHSNREMNALVKDTFLQEDRIPGLIENRGYTMAAGDIGDVGFIMPTIQIGYGGWTGTIHGSDFKLIDPEFVLKIFPEFVFNSTLNISNHLEKIDEYHHTKREYLKALKKMEG
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MELPITITQVAQQPKILPLNKIIKSSDFTIKQLSQNAFISKEDENIRPTEVGTIVDYLSRYVLLADEHAFDVANAKAKQDLIHGIIPVKEYKKLLDQEERLRYLVKDLSDVDSLSDEAIYLATDICAWEDAFRSGRYVEPKVHPDKSTTEHIKMMIQRVEEFFEEFGWPIRDAFFAKTENGFVSGDGDYLLKHTLLDLKVSVKTTMQISWVRQLLLYYTLGFYNHFNKEDIERLMIFNARTNTVFFIDIANIDQSVFEFVYDAAEKQSKINERELRKYVN
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MNLIIRPVTQDDLDAIVAIESDSFNMGKDMTRKDMIGRIANYPDTFLVAEIDHQVVGHVFGPAFNHRYIRDELYFKNHPNRKDDQYQTVLSLAVSPKFRKQGIATKLLDELSNVAKKQNRVAVTLTCLPKLFSFYEKRGFVNEGKTNEDIPDPKDVSSYNIVKEL
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MFLLAQNQTLSNSLRELEADGLITRHDDHQVPPSVTYHLTSLGKDLAMTMNQLFDWGQELYSKKEKMLEH
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MKRFIKDFTLRGLVAAGFGPLILVIIYYVYQLTENVTSRPMTEVNINILSCLVMAFIAGGIGAIFKVEKIPLGVATLIDAIVIYVDYLFFYLINNWIPIMVTPLLVFTVIYIIGYVIIWLIIYKKVKSQVQKVNQKL
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MPINDCLVVGVAWLGYAAADVKKKQPLNIKELAEESTKKPALKKLVKEYYGLKGNQYFIYNRQGKLVKKLKLKKEKVFMIRGHRIVKDQYMYQIGKNQYTPSLSFRWVIKK
>NC_010080|1132436:1194290|1164555_1164786_+|WP_041810719.1|DBSCAN-SWA
MNKDIPKFKKGIEYPEQQNGIPQAFFHNPKYKKLSTDARYLYMIFTLKMTKSPNNGWVDSDGNMYIIYPDKDLMDV

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_193327838.1|1132436_1133666_+|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	6.9e-126	58.5
WP_012211876.1|1133784_1134156_+	ASCH domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211877.1|1134209_1135118_+	restriction endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_012211878.1|1135118_1135961_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211879.1|1136096_1137752_+	type I restriction-modification system subunit M	A0A2H4PQP4	Staphylococcus_phage	2.0e-112	46.0
WP_012211880.1|1137744_1138815_+	restriction endonuclease subunit S	A0A2H4PQP5	Staphylococcus_phage	5.4e-26	29.0
1138216:1138241	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012211881.1|1138880_1139810_+|integrase	site-specific integrase	A8ATM2	Listeria_phage	1.8e-86	51.0
WP_080516425.1|1139840_1140962_-	restriction endonuclease subunit S	A0A2H4PQP5	Staphylococcus_phage	3.5e-12	25.6
1140448:1140473	attR	NA	NA	NA	NA
WP_012211883.1|1141001_1144025_+	type I restriction endonuclease subunit R	A0A220A398	Liberibacter_phage	2.4e-15	22.3
WP_012211884.1|1145297_1146563_+	M20/M25/M40 family metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211885.1|1146565_1147384_+	DUF3100 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211886.1|1147376_1147868_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211889.1|1152697_1154644_-	M13 family metallopeptidase	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.8e-59	29.3
WP_003628612.1|1154839_1155205_+	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_035509473.1|1155479_1156826_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_012211891.1|1156857_1158045_+	amidohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_041810796.1|1158385_1159288_+	homocysteine S-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211893.1|1160752_1162000_+	DUF2075 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211895.1|1163858_1164392_+	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_041810719.1|1164555_1164786_+	replication initiator protein A	NA	NA	NA	NA
WP_012211896.1|1164920_1165472_+	metal-dependent hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_148201621.1|1165585_1166815_+|transposase	transposase	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	6.9e-126	59.0
WP_012211898.1|1167003_1167243_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190890.1|1168270_1168606_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628653.1|1168988_1170368_+	branched-chain amino acid transport system II carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211900.1|1170437_1171673_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	1.6e-53	46.1
WP_012211901.1|1171726_1173130_-	dipeptidase PepV	NA	NA	NA	NA
WP_012211902.1|1173331_1174345_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211903.1|1174457_1177196_+	phosphoenolpyruvate carboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_035513343.1|1177231_1177444_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_181414337.1|1177707_1178994_+	ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_012211905.1|1178997_1179495_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_035513345.1|1179530_1179944_-	DUF3021 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211907.1|1179945_1180383_-	LytTR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003628700.1|1180560_1180836_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211908.1|1180821_1182534_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	3.0e-87	36.7
WP_012211909.1|1182705_1183359_-	endonuclease III	NA	NA	NA	NA
WP_003614991.1|1183800_1184151_+	dihydroneopterin aldolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211910.1|1184147_1185221_+	GTP cyclohydrolase I FolE	A0A0P0HSD2	Acinetobacter_phage	4.7e-38	42.3
WP_023190383.1|1185204_1186542_+	tetrahydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012211912.1|1186531_1187623_+	dihydropteroate synthase	A0A0B5J4J5	Pandoravirus	1.4e-05	23.1
WP_012211913.1|1187634_1188171_+	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_158298621.1|1188427_1188562_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211914.1|1188759_1189128_-	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211915.1|1189502_1190162_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_003626333.1|1190142_1190817_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_003628728.1|1190826_1191567_+	amino acid ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	4.1e-33	35.2
WP_003613446.1|1191578_1192439_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190387.1|1193258_1194290_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0C5AC89	Paenibacillus_phage	1.8e-34	39.2

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NC_010080|1282622:1354354|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012211988.1|1303707_1305981_+	HAD-IC family P-type ATPase	A7IUR5	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.6e-43	25.3
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WP_003627502.1|1314823_1315513_-	class A sortase	NA	NA	NA	NA
WP_012211994.1|1315515_1317354_-	elongation factor 4	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	4.0e-21	24.1
WP_158298622.1|1317747_1317924_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211996.1|1320033_1321860_-	molecular chaperone DnaK	A0A0N9QXN8	Chrysochromulina_ericina_virus	1.8e-143	49.5
WP_014563432.1|1321877_1322459_-	nucleotide exchange factor GrpE	NA	NA	NA	NA
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WP_012211997.1|1323693_1324656_-	riboflavin biosynthesis protein RibF	A0A1V0SD03	Indivirus	6.1e-05	30.1
WP_012211998.1|1324661_1325555_-|tRNA	tRNA pseudouridine(55) synthase TruB	NA	NA	NA	NA
WP_012211999.1|1325606_1325972_-	ribosome-binding factor A	NA	NA	NA	NA
WP_012212000.1|1325991_1328604_-	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	9.7e-21	24.5
WP_003627514.1|1328608_1328920_-	ribosomal L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212001.1|1328922_1329219_-	YlxR family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212002.1|1329227_1330409_-	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_012212003.1|1330428_1330905_-	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_012212004.1|1331014_1335331_-	PolC-type DNA polymerase III	A0A0A7RWA3	Clostridium_phage	1.2e-18	34.1
WP_012212005.1|1335336_1337034_-|tRNA	proline--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212006.1|1337076_1338333_-|protease	RIP metalloprotease RseP	NA	NA	NA	NA
WP_003627524.1|1339159_1339894_-	isoprenyl transferase	R9W0U9	Flavobacterium_phage	2.5e-22	39.0
WP_012212007.1|1339896_1340454_-	ribosome recycling factor	NA	NA	NA	NA
WP_003629020.1|1340453_1341179_-	UMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_003627529.1|1341317_1342343_-	elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_003627530.1|1342376_1343150_-	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
WP_003629021.1|1343311_1344343_-	GIY-YIG nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003629022.1|1344408_1345023_+	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212008.1|1345082_1346264_+	class I SAM-dependent methyltransferase	A0A2K9L4K8	Tupanvirus	4.7e-47	36.1
WP_012212009.1|1346321_1348265_-	M13 family metallopeptidase	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	2.7e-60	28.2
WP_012212010.1|1348539_1349817_+|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	4.5e-11	23.7
WP_012212011.1|1349977_1350196_-	YneF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212012.1|1350258_1350522_-	DUF896 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212013.1|1350672_1351299_+	transcriptional repressor LexA	A0A1B2APZ1	Phage_Wrath	8.9e-13	53.6
WP_012212014.1|1351327_1352113_-	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212015.1|1352105_1352765_-	uracil-DNA glycosylase	A0A218MKQ4	uncultured_virus	2.8e-09	30.9
WP_012211454.1|1352947_1354354_+|transposase	ISLre2-like element ISLhe10 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NC_010080|1504663:1514970|DBSCAN-SWA
ATTAATGTCTGAAATGTCTATAACCAGTAAAGACCATTGCAATGCCATATTTATTAGCAGCTTCGATTGACTCTTGATCACGAACAGAGCCACCTGGTTGAACAATCGCCTTAATCCCATGTTTACCAGCATATTCAACACAATCACCAAATGGGAAAAATGCATCAGAAGACATTACCGCTGTATTGTCTATCGCCTCACCCGCATGCTTCACCGCAATCTTAGCTGAATCAATTCGATTAGGCTGGCCAGCTCCAACACCTAAAGTTCGTTCATTATTTGCTACAACAATTGCATTTGACTTGGTATGTTTTACTGCCTTTAAAGCAAACATCATTGTCTTAAGTTGCTGCTCAGTTGGCTTAACATCAGTTACGCATTTCCAGTCTGCAACATTTTCATTTAAAACATCTTGTTCTTGCATTAACAAACCACCCATTACCGATACAGTTTCGTAACGTACTGGTTCATTTTCGTGTGAAAAATCTAGTTGCAAAAGACGAATATTCTTTTTCTTTTCTAAAACCGCAAGAGCATCATCATCAAAGCCTGGTGCGATCACAATTTCTAGAAAAATCTTATGCATCTTTTTTGCAGTTGCAAGATCAACTTTACGATTCAATGCAATTACTCCACCAAAGATAGAAATCGAATCAGCCTCATATGCTCTATCCCATGCTTCTTCAAGTGTTTTCCCTCGACCAATACCACATGGATTCATATGCTTCATAGCTACTACAGTAGGTTCAGCTTGAAACTCACGAATAGCACGTAGTGCTTCATCAGCGTCTTTGATATTATTATAAGACAATTTCTTACCATGTAGTTGTTCAGCTTGTAAAATAGAAAACTTCTTTGGTAATGCGTCTTCATAAAGCCACGCTTTTTGGTGAGAGTTTTCACCATAACGCATCCTTTGTTTTAAGTCATACGTTAAGGTCAGTTTTTCAGGATCTTCTAATCCGGTCTGCTTAGTCAAATATTCAGCAATCAAAGCATCATAAGCTGCCGTAGTTCTAAATACTTTAGCAGCAAGTTCTGCTCTAGTTTTTAAGTTAGTATCACCATTTTCGGTAATTTCTTTAAGTACTCGATCATAATCAGCTTGATCTGTGACTACCGTTACACTAGCATAATTTTTTGAAGCTGCTCTAAGTAAACTTGGTCCACCAATATCAATGTTTTCAATAGCATCAGCTAATTCAACATTAGGCTTCTCGATAGTTTGCTTAAATGGATACAGGTTAACACAAACCAGATCAATGGTATGAATGTTGAGCTTCTCCAATGTTTTCATATGTTCAGGTTTATCTCTTTCAGCTAAAAGTCCACCATGGATGTATGGATTTAAAGTTTTAACCCGACCATCTAAAATTTCAGGAAAACCAGTTATTTCTTCAACACTAATTGTTTTAATGCCTGCTTCATCAAGCTTTTTCTTAGTACCACCAGTTGAAATAATCTCATAATGGTTTTCGACTAATCCTTTTACAAAAGGAACTAAATTTGTCTTATCACTAACACTAACCAATGCACGTTTCACTTTATTGCCTCGTTTCATTCTTTTTTGAATAACTTCACTAACTGCCATTGGAAAAAGCTCATGCTCTGTTTCATGAACCCTCGTCTCTAATGTTTCTTCTGTGTCATCTGGATAAATAGGAACTGCTTTTTGAGCAATAATCGGGCCATGATCAAGACGTGCATCAATAAAATGAACGGTTACTCCCGTCTTATCAATTAACCCCCTTTGATAATCTTCAAAAGCTCTCGCAATGGAATTTAATCCTGGATATTTAGGCAAAAGAGCAGGATGAAGATTCACAATTGAGTCAGGATATTCATTCAAAATAGTTGAACCAACAACTCTTAAATAACCAGAAAGAATAATGAAATCAATCTTGTATTCTTTTAAAACTTTAAGAAGACGAGATTCATAAGCTTGCTTACTACCGCATTCTTTTACTGAAAATGTTTCATAAGGAATACCTAGTCTTTGTGCTCTTTTAATTACAGGAGCATTAGGATGGTTACAAAACATTAATGCTTCAGTTCCAGGAATTTCTCCTGCTTGAAATTTTTTAGTTAAAACTTCAAAATTGGTTCCATTTCCTGAAGCTAAAATTGCAATTTTCATTTGAAGCTCCCATTAAAAACAATTTTTTTCTCTCCAATTGGTCTCTTTCTTAATTTCCCAATTTCATAATATTGTTCATTTTTTTGTTTTAGTTGCTCTTTTACTTGTAAGACATTTGCTTTTGGTACAAGCAACACTAAACCGATACCCATATTGAAGGTATTTAAACAATCCTGCTCTTTAAGCTGCCCTTTATTTTGTAAATATCTAAAAATTGCTTGCACTGGCCAAGCTCCTAAATTCACTTCAGCTTGTAAGTCATCATTATATGTCCTAGGTAAATTTTCAATTAGACCACCACCGGTAATATGAGCAATACCATGTAATAAATGCCTTTTAACTAATGATAAAACTGCTTGAACATATATCTTAGTTGGAGTTAGTAATATTTCTCCGATGCTTTTACCTTCTAATGCTTCTGGACGATCTGTTACTTTTAAGTGATGATCCTTAAATAAAACCTGTCTAATTAAGCTAAAACCATTAGAATGTACTCCTGATGAAGGTAACCCAATTAATATATCTCCTTCCTTAGCCAAATCTTGGGTAAGAATATCTTCCTTATTAGCAATTCCAGTTGAAAAACCAGCTAAATCGTATTCATTTTTAGGATACATGTCTGGCATTTCTGCAGTTTCTCCACCAATTAAGGCAGAACCACTTTGCCTGCACCCTTCAGCTACACCATGAACCACTTGTGCCAACTTAGCAGGATCATTGTGACCAGTCGCAATATAATCTAAGAAAAACAACGGTTCAGCACCTTGAGCTAGAACATCATTCACGCACATGGCTACACAATCGATGCCAATCGTATCATTAATTCCCATCTCTTGTGCAATCATTAACTTTGTACCAACTCCATCTGTTCCAGAAACTAAAACTGGATGTTGGTAGCCAAGTTTTTCCAAATCAAACATGCCACCAAAACTGCCAATAGTTCCACTGGTTTCTGGACGACTAGTAGCTGCAATATCCTTTTTTATTCTTTTAACCAAATCATAGCCGGCTTCAACATCAACTCCAGCATCTTTATATCGATTCATTTTATTTTTATCCTAGTTCTAGTTCTAACTTCTATTGTTCATTTAATGAGGCTAGGTAACCCTGTTCATAATCATCCAGTTTAGTTGGATATTGACCATTGAAATAGGCTACAGTTAAACCACCATAAGGTGATTCACCAGCATCTGGAATATCAATTGCTTTGATCAAACTTTCTACACTTAAAAATCTCAAACTATCGACACCTAATATTTTTTGCATTTCTTCAACTGAATGATGAGCTGCAATTAATTCTGTTCTCGTAGAAATATCAATCCCATAAAAACAAGGAAACCTAAATGCTGGACTAGCAATTCGTAGATGTATTTCTTTAGCACCAGCTTTTTTTAACATCCTACAAATTTGTTTAGATGTTGTTCCACGCACAATTGAATCATCAACTACAGCGATTTTTTTACCTTGTACTACACCGCGAACTGCAGAAAGTTTTAATTTAACCGCATTTTCCCGTAATTCTTTAGTTGGCTCAATAAAAGTACGTGCCACATATTGATTTTTAACTAATCCCATCTCATAAGGAAGACCTAGCTCTTCAGCATAACCAGATGCCGCAGATAAAGATGAATTTGGCACGCCAATAACGATATCTACATCTGCTGGCTGCTCCTGAGCCAATAATTTACCCATCCGTTTTCTAGCATTATGAACGGTTACGCCATGAATAATAGAATCTGGTCTAGCAAAATAAACATATTCCATCGAACATACAGCTAACTGTGTTTGGGTGGTGAAATGATCAATATGCATTCCTTCTTGATCAAAAATTATCAATTCTCCTGGCTGTACATCCCTTACAAATTCAGCTTGAACAATATCTAATGCACATGTTTCACTGGCTACAACATAAGCACCATTTGTTAATCTACCAATACATAAAGGTCTAATCCCATTCGGATCAAGTGCCGCAATCATGCGATCTTTTTGTAAAAGTAAGAAAGCAAAACCGCCATGTACCTCGTTCAAACTCTTTTTTAAGGCAGGAATAAAACCATCTTCAATATGATTACGAATTAAATGAATCAAAATTTCTGTATCAGAATCAGATTGAAAAATAGCTCCATGCTTTTCTAAGCGATTCCTTAAAGAACTAGCATTTACCAAATTACCATTATGCGCTAGTGCAACATCCCCATCTAGAAAGTGGTACAAAAATGGTTGAACATTCTGAATTGAATTACGGCCAGTCGTACTATAACGCACATGTCCAATTGCACTATCACCAATCAATTTTTTTAAATCATTTGGATCTGCAAATGCTTCTGAAAGTAAACCACGATCTCGATGTTGGTACAGCTGTCGTCCATCGCTAGACACGATTCCAGCTCCCTCTTGACCACGATGCTGTAAATTATGAAGACCTAAATAAGTTAACTGACTAGCATTTTCTGAATTATATATTCCAAAAATTCCGCATTCTTCATTTAAGCTTTTGATTTCATTAAACAAGGAATACTCTCCTTCCAGATTTTTTCTAAACTAGCCACGTCAGTATTTAATTCATCGTTAGCTAATTTAATAGACAATTTTCTCTGATCAGTAACTCGACCAATTTCTTGAACAGCAGATCCTAAAAGACTTTCAAAAGCACTCTTATTTTCTGGCTTAACTGAAACAATCAATCTTCCTGGTGTTTCACTAAAAAGCAGAGTTTTGTCGAATTCACTTAAATTAATATTCAGACCAAATTCAGTGTCAAAAACACTTTCAGCGAGGCTAACAGCTAAGCCACCTTCACTTAAATCGTGCGCGCTTGTTACAAGTCCTTGAGTCATAGCTTTATGCAAGTTCTTTAAATAATCATGAATCAACTCTAAATTAGGTGCTTCTGGTAAACCGCTAATCTTACCTTGCAACATTTTTTGAACTTCAGATCCAGCAAAATCCGCAGTGGTTTTACCTACTAAGTAAACAATGTCGTCAGCTTCTTGCACGTGCATCGGAATAACATAATCAGTATTCTTAATTAAACCAACCATCCCGATCATTGGTGAAGGATAAATAGCTTGACCATCGTTTTCGTTATAAAGGGATACGTTCCCTGACACGACGGGCGTCTCAAATATGCGACAAGCATCTGCAATTCCTTGACAAGATTCACGCAAACTCCAAAAAATTTCTGGATCATTGGGATCACCATAGTTAAGACAGTCAGTAATAGCTAAGGGTTTTGCACCACTAGCCACGATATTGCATACACTTTCAATAACTGATCTCTGGCCGCCAATTTTGGGATTTAAATAAACAAAACGTCCATTAGTGTCAGTGCACATTGCAATAGCTTTTTTAGTATGTCGAATTCGCAACACACCTGCATCTGAACCAGGTTTAACAATTGTATTACTTCTAACTTGAGAATCATATTGTTGGGTGATAAATTGATCATTAGCAATCGTTGGTTGATTTAATAATCGCTTCAAAATTTCACCAGATGATTCAAAACTAGGTCGCCATGCTGGCATCTTTTCCGCATCAATAATATATTGTGGCTTAATTTCTTTGCTAGGTTCTTCGAGCACATCCTCAGTTAATGATCGAACCGGAATATCACAAACTTTTTCTCCTTCATGATAAAGAACATAGTTTTCACCTTCAATAACGCGACCAATGGTTACTGCGTCAAGATTGTAGTCCTTAAAGATTTTCTTAACATCTTCTTCATGTCCTTTTTTAACGCAGAGCAACATTCTTTCCTGTGATTCACTCAACATGATCTCATAAGCTGACATATTAGGTTCTCTTTGTGGGACTAAATCGAGATTGAGTTCCATTCCTGCATTGCCTTCAGTCGCCATTTCAGCACTTGAAGATACGATACCAGCTGCTCCCATGTCTTGAATACCAACTAACCAATCGCGGTGTTTTAAAATTAGTTCTAAACATGCCTCCATTAATAATTTTTCCATAAATGGGTCGCCCACTTGAACCGCTGAGCGCTGAGTTTCATGTTCTTTTGAAAAGTCAGCTGAAGCGAAAGTTGCCCCATGAATACCATCACGTCCAGTTTTGGCACCAACGTACATGATTGAATTACCTAATCCAACGGCTTTACCATGTTCCATATCCTTAATGTTCATTAAGCCAACACACATAGCATTAAGCAAAATATTTCCATTATAGCAAGAATCAAAAGTGGTTTCACCACCCAAATTAGGAATTCCTATACAGTTACCATAATCTCCAACTCCACGAATGGTTTCTTCCATCTTGTAGCGCATGGTTGGATTATTTTTTAATTCACCAAAATGAAGAGAATCAAGAATTGCGACTGGGCGAGCTCCCATACTAAAAACATCACGCAGAATACCGCCAACTCCGGTAGCTGCTCCTTGATATGGTTCAACAGTTGTAGGATGATTGTGGCTTTCTGCTTTAAACACAACTGCTTGCCCGTCATCAATGTCAACTACCCCTGCACCTTCACCAGGACCTTGAACAACGCGCTTTCCTTTTGTCGGAAATAGTCGTAAAACTGGCTTTGATTTTTTATAAGAACAATGTTCGCTCCACATTGCTGAAAAAAGACCAATTTCAGTGTAATTGGGTAATCTCTTTAATAACTTGTCACAAATATAATCATATTCATGTTCAGTTAAGCTCCAATCAAGATATGGCTTTTTTTCTTTAATTTCTTCTGGCGTCATTGCTTGTTTCATGCAAGTACTCCTAATTTCAAAAATGATTTAAATAATGGCAATCCATCAGTTCCACCTAGAACTTCTTCAACAGCTCTTTCTGGGTGAGGCATCATCCCTAAAACATTGCCTTCTTTGTTACAAATACCAGCAATATTTTTGACGCTCCCATTAGGATTGTGTTGGTAGTATTCAAAAACAATTTGATTATTTTTCTCTAATTCGGCTAAAGTAGCATCATCTGCATAATAATTGCCTTCACCATGAGCAATTGGAATATCAATAATTTGATCTTGATCATATTCAGTGGTAAAAGGTATTTGATTGTTTTTAACCTGCAACTTTACTGTCTCACAAATAAATTGCAAGCTATTATTTCGCTTTAAAGCTCCAGGTAAAAGCCCCATTTCAGTTAAAATTTGAAATCCATTGCAGACGCCAAGAACTAGTTTGCCATCCTGCGCCATCTTTCTAATAGCTGGAATCACTGGAGCAAACCGTGCAATTGCACCAGCTCTTAAGTAATCACCATAAGAAAATCCACCAGGTAAAATTACTGCATCAAAGCCATCTAATTTCTTTGTCCGATATGAAACATATTCTGCTTCAGCATGACATACTGTATTGAGCGCTTCATACATGTCAATATCACAATTAGATCCGGGGAAAACAACAATCGCAATTTTCATTAATTTTCCTCCAAAACTTTAAGGCGATATGTTTCCATATTGAAGTTAACCAACAAGGCTTCTGCAATTTCTTTTACGTCTTGCTTAGCCTTGTCTTGATCGTCCTCATCAAGTTTAATATCAAAGAATTTACCAACAACGATATTTTTAACTTCTTGATGACCTAATGAATTAACAGAATCAGTAATTGCAGCACCTTGTGGATCAAAAACAGATGGCTTGTAGGTAACGTAGATTCTAATAGTCGTCATTAATCTTCCTCCAAGACTTCTTCAATTCTTGCCAGTACTTTTTTATAGACGGCAGTTAAGTCACCAATATCGCGACGATATACATCTTTGTCCATATGAGATTTTGTTTTCTTATCCCACAAGCGACAGTTATCTGGTGAAAATTCATCAGCTAAGACTATTTGACCATTATGGAGTTTTCCAAATTCAAGTTTAAAATCAACTAGATCCATGCCAGCTTCGTCAAATAAATTAATCAATAATTGGTTGACTTGACGGGACAAGCTCCACATCTGTTCTTGCTCTGACTTGGTCGCAACATTTAAAGCAACAGCATCAGATGAGTTCAAAATTGGATCATCTAGTTCATCGCTTTTGAAAAATAATTCTTCAACTGGGATGGCGAATCTCATCCCTTCATCCAAGCCATATCTACTTGAAAAATGCCCAGCAGCAATATTTCTGGTAACAACTTCAAGCGGAAACATTTCACACTTTTTAACCAACTCTTCTTTGTCGGAAATTTTTTTAATGAAGTGAGTTGGAACGCCATTCTTTTCCAAATACTGAAAAATCAAAGTAGAAATTTGATTGTTTAATTCTGCCTTGTCTTTGAAATTGTCTTTCTTTTCTCCATTACCGGCAGTTGCCTGATCGGTATAAACAACTCGTAAAACTTCAGGGTCATTAGTTGACCACATTTGCTTAACTTTACCGGTATATAAGAGCTTTTCCATTCTGTTTCTCCTTATTTGCTAAAAGACGAACAATTATTAACTCGCTAGTGATATTTGTTCACTAATTGAGTATAATTATAGCAAGCAATGTTCAGTAAATGTCACCATAATTTAAAAAATACTTCAAAAATTGTTAGGTTCTAATCAGTTAAATCCGAAAAATGCAAAAGAAAGGCAGACTGATTGTCTGGCCCTTCTATCATCTATCCCCAAATGTGCGTTGCATTAATATCGCTAATTGTTTAAGCAATATTATCAGTTAAAATCGTTACATGACCCATTTTTCGATTATGACGTATTTCAGCTTTACCATAATCATGGAAATGCCAGCCACGCTTTTCCGCAATAATTTTATGAATCCCAGCAACATGCTGCCCTAAGACGTTTACCATCACAACTTTAGACATGAGTTTGATTTTTGGCAAAGGCCAATTACAAATAGCACGATCATGTAAATCAAATTGACTGAAATTGCATGCTTCAATCGAATAGTGTCCTGAATTATGAGGTCGCGGTGCTAATTCATTAATATAAATTTCACCATTATTCAGTATGAACATCTCTACGCCCAAAATACCTCGCAAATCAATCGCTTCAGCAATCTGCACAGCGATTTTTTGTGCTTTTTGATATACATCAGGTGAAATTCTTGCTGGTACGATACTCATATGTAAAATTTCATCTTTATTATAATTTTCACTAACAGGAAAGACCGATACTTCTCCCATTGCATTACGAGCAACCATCACAGAAGCTTCAACCTTAAACGGCACCCAGCCTTCTAAAATACAGTCACCTGTTGACAGAATTTGTTTAATGTGGTCATTGGTCAGATCAGCATCTGAATGCAAAACTTCTTGACCATGGCCATCATAGCCGCCTTCACAAGTTTTAAGAACACAGTTGTAACCTATTGTCTTTACAGCTGCTTGTAAATCTGACTTATTTTTAACCGGAATATATGGCGCAGTTTGACAGCCAGCAGAACGCAAAAAGTCCTTTTCTCTAATTCGATGCTTAGTAATATAAAGCAGCTTAGTTCCTTGAGGAATAGCAACTTTATCTTTAACATCTTCTAGAGCTTTTAAATCAACATTTTCAAATTCATAGGTTAATACATCACTGCGTTCTGCTAGCTCCTCAATTGCAGAAGTATCAGAATAATTAGCTACAATCTGATCATCAGCTACTTGACCACAAGGGCAATTAGGTGTGGGATCTAATGTAATTACCTTCATGCCTGAGTATTTAGCTGAAATAGCCATCATTTGCCCTAATTGACCACCGCCGATAATACCAATTGTTTTTCCTTGTCCAATAAAGTCCGTTCTACTCAAGTTCTCCACTGCTTTCTTTTGCTAAATCATGTAATTTTTGACGATAATTCTTCAGGCGACCACGTAATTTTTCATCATTCGTGCCTAAAATTTCTAATGCAAGTAAAGCTGCATTGCTTGCACCAGCATTTCCTATTGCCGTCGTTGCCACAGGAATGCCCGTTGGCATTTGTACAATGGACAATAGTGAATCCATACCACCTAAGGCTTTAGTTTGTCCCGGTACACCAATCACTGGTAAAACTGTATTTGCGGCTGTCATCCCAGGTAAATGTGCGGCCATCCCAGCACCAGCAATAATAACCCTAATTCCGCGTTCTTCTGCTTTTTGAGCAAAATCATACATTTCTGTTGGCATTCGATGAGCAGAAATCACATGTTTTTCATAACCAACATTAAATTGATCAAGCAAATCACACGCATGTTTCATCGTTGGCCAATCAGACTTACTTCCCATAATTACTGCAATCTTGACTGTCAT

Protein sequences of DBSCAN-SWA_12

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MNRYKDAGVDVEAGYDLVKRIKKDIAATSRPETSGTIGSFGGMFDLEKLGYQHPVLVSGTDGVGTKLMIAQEMGINDTIGIDCVAMCVNDVLAQGAEPLFFLDYIATGHNDPAKLAQVVHGVAEGCRQSGSALIGGETAEMPDMYPKNEYDLAGFSTGIANKEDILTQDLAKEGDILIGLPSSGVHSNGFSLIRQVLFKDHHLKVTDRPEALEGKSIGEILLTPTKIYVQAVLSLVKRHLLHGIAHITGGGLIENLPRTYNDDLQAEVNLGAWPVQAIFRYLQNKGQLKEQDCLNTFNMGIGLVLLVPKANVLQVKEQLKQKNEQYYEIGKLRKRPIGEKKIVFNGSFK
>NC_010080|1504663:1514970|1509285_1511517_-|WP_012212086.1|DBSCAN-SWA
MKQAMTPEEIKEKKPYLDWSLTEHEYDYICDKLLKRLPNYTEIGLFSAMWSEHCSYKKSKPVLRLFPTKGKRVVQGPGEGAGVVDIDDGQAVVFKAESHNHPTTVEPYQGAATGVGGILRDVFSMGARPVAILDSLHFGELKNNPTMRYKMEETIRGVGDYGNCIGIPNLGGETTFDSCYNGNILLNAMCVGLMNIKDMEHGKAVGLGNSIMYVGAKTGRDGIHGATFASADFSKEHETQRSAVQVGDPFMEKLLMEACLELILKHRDWLVGIQDMGAAGIVSSSAEMATEGNAGMELNLDLVPQREPNMSAYEIMLSESQERMLLCVKKGHEEDVKKIFKDYNLDAVTIGRVIEGENYVLYHEGEKVCDIPVRSLTEDVLEEPSKEIKPQYIIDAEKMPAWRPSFESSGEILKRLLNQPTIANDQFITQQYDSQVRSNTIVKPGSDAGVLRIRHTKKAIAMCTDTNGRFVYLNPKIGGQRSVIESVCNIVASGAKPLAITDCLNYGDPNDPEIFWSLRESCQGIADACRIFETPVVSGNVSLYNENDGQAIYPSPMIGMVGLIKNTDYVIPMHVQEADDIVYLVGKTTADFAGSEVQKMLQGKISGLPEAPNLELIHDYLKNLHKAMTQGLVTSAHDLSEGGLAVSLAESVFDTEFGLNINLSEFDKTLLFSETPGRLIVSVKPENKSAFESLLGSAVQEIGRVTDQRKLSIKLANDELNTDVASLEKIWKESIPCLMKSKA
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MSRTDFIGQGKTIGIIGGGQLGQMMAISAKYSGMKVITLDPTPNCPCGQVADDQIVANYSDTSAIEELAERSDVLTYEFENVDLKALEDVKDKVAIPQGTKLLYITKHRIREKDFLRSAGCQTAPYIPVKNKSDLQAAVKTIGYNCVLKTCEGGYDGHGQEVLHSDADLTNDHIKQILSTGDCILEGWVPFKVEASVMVARNAMGEVSVFPVSENYNKDEILHMSIVPARISPDVYQKAQKIAVQIAEAIDLRGILGVEMFILNNGEIYINELAPRPHNSGHYSIEACNFSQFDLHDRAICNWPLPKIKLMSKVVMVNVLGQHVAGIHKIIAEKRGWHFHDYGKAEIRHNRKMGHVTILTDNIA
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MEKLLYTGKVKQMWSTNDPEVLRVVYTDQATAGNGEKKDNFKDKAELNNQISTLIFQYLEKNGVPTHFIKKISDKEELVKKCEMFPLEVVTRNIAAGHFSSRYGLDEGMRFAIPVEELFFKSDELDDPILNSSDAVALNVATKSEQEQMWSLSRQVNQLLINLFDEAGMDLVDFKLEFGKLHNGQIVLADEFSPDNCRLWDKKTKSHMDKDVYRRDIGDLTAVYKKVLARIEEVLEED
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MKIAILASGNGTNFEVLTKKFQAGEIPGTEALMFCNHPNAPVIKRAQRLGIPYETFSVKECGSKQAYESRLLKVLKEYKIDFIILSGYLRVVGSTILNEYPDSIVNLHPALLPKYPGLNSIARAFEDYQRGLIDKTGVTVHFIDARLDHGPIIAQKAVPIYPDDTEETLETRVHETEHELFPMAVSEVIQKRMKRGNKVKRALVSVSDKTNLVPFVKGLVENHYEIISTGGTKKKLDEAGIKTISVEEITGFPEILDGRVKTLNPYIHGGLLAERDKPEHMKTLEKLNIHTIDLVCVNLYPFKQTIEKPNVELADAIENIDIGGPSLLRAASKNYASVTVVTDQADYDRVLKEITENGDTNLKTRAELAAKVFRTTAAYDALIAEYLTKQTGLEDPEKLTLTYDLKQRMRYGENSHQKAWLYEDALPKKFSILQAEQLHGKKLSYNNIKDADEALRAIREFQAEPTVVAMKHMNPCGIGRGKTLEEAWDRAYEADSISIFGGVIALNRKVDLATAKKMHKIFLEIVIAPGFDDDALAVLEKKKNIRLLQLDFSHENEPVRYETVSVMGGLLMQEQDVLNENVADWKCVTDVKPTEQQLKTMMFALKAVKHTKSNAIVVANNERTLGVGAGQPNRIDSAKIAVKHAGEAIDNTAVMSSDAFFPFGDCVEYAGKHGIKAIVQPGGSVRDQESIEAANKYGIAMVFTGYRHFRH
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MKIAIVVFPGSNCDIDMYEALNTVCHAEAEYVSYRTKKLDGFDAVILPGGFSYGDYLRAGAIARFAPVIPAIRKMAQDGKLVLGVCNGFQILTEMGLLPGALKRNNSLQFICETVKLQVKNNQIPFTTEYDQDQIIDIPIAHGEGNYYADDATLAELEKNNQIVFEYYQHNPNGSVKNIAGICNKEGNVLGMMPHPERAVEEVLGGTDGLPLFKSFLKLGVLA
>NC_010080|1504663:1514970|1512184_1512436_-|WP_003627027.1|DBSCAN-SWA
MTTIRIYVTYKPSVFDPQGAAITDSVNSLGHQEVKNIVVGKFFDIKLDEDDQDKAKQDVKEIAEALLVNFNMETYRLKVLEEN
>NC_010080|1504663:1514970|1507876_1509310_-|WP_003627024.1|DBSCAN-SWA
MFNEIKSLNEECGIFGIYNSENASQLTYLGLHNLQHRGQEGAGIVSSDGRQLYQHRDRGLLSEAFADPNDLKKLIGDSAIGHVRYSTTGRNSIQNVQPFLYHFLDGDVALAHNGNLVNASSLRNRLEKHGAIFQSDSDTEILIHLIRNHIEDGFIPALKKSLNEVHGGFAFLLLQKDRMIAALDPNGIRPLCIGRLTNGAYVVASETCALDIVQAEFVRDVQPGELIIFDQEGMHIDHFTTQTQLAVCSMEYVYFARPDSIIHGVTVHNARKRMGKLLAQEQPADVDIVIGVPNSSLSAASGYAEELGLPYEMGLVKNQYVARTFIEPTKELRENAVKLKLSAVRGVVQGKKIAVVDDSIVRGTTSKQICRMLKKAGAKEIHLRIASPAFRFPCFYGIDISTRTELIAAHHSVEEMQKILGVDSLRFLSVESLIKAIDIPDAGESPYGGLTVAYFNGQYPTKLDDYEQGYLASLNEQ
>NC_010080|1504663:1514970|1514481_1514970_-|WP_003627031.1|DBSCAN-SWA
MTVKIAVIMGSKSDWPTMKHACDLLDQFNVGYEKHVISAHRMPTEMYDFAQKAEERGIRVIIAGAGMAAHLPGMTAANTVLPVIGVPGQTKALGGMDSLLSIVQMPTGIPVATTAIGNAGASNAALLALEILGTNDEKLRGRLKNYRQKLHDLAKESSGELE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012212085.1|1504663_1506799_-	bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase	Q58MG4	Prochlorococcus_phage	5.6e-75	46.3
WP_003627023.1|1506795_1507845_-	phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	A0A0E3F0L1	Synechococcus_phage	9.2e-63	43.9
WP_003627024.1|1507876_1509310_-	amidophosphoribosyltransferase	A0A0M3SGR2	Mollivirus	5.3e-61	35.1
WP_012212086.1|1509285_1511517_-	phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurL	A6N228	Microbacterium_phage	7.8e-144	38.9
WP_003627026.1|1511513_1512185_-	phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurQ	NA	NA	NA	NA
WP_003627027.1|1512184_1512436_-	phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS	NA	NA	NA	NA
WP_012212087.1|1512435_1513152_-	phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase	A0A1D7SPE1	Cyanophage	9.7e-40	39.1
WP_012212088.1|1513394_1514489_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase	NA	NA	NA	NA
WP_003627031.1|1514481_1514970_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase	A0A2P0VNU7	Tetraselmis_virus	4.8e-22	45.1

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NC_010080|1542731:1614288|DBSCAN-SWA
TTTAAAAGCTAATAACCATTCCTGTTCTAACAGTCCATACTATATAAACAATCAAAACAGCTCCCGCTAAAACGCGCCATTTAGGATTATATGTCCGCATTACGCGATCGCCCAAGATGATAGCCAATAAGAAACCAGTTATTAAGCCACCGATATGACCCCAAATATCAATACCAGGTACAAAAATATCAAGTGCTAGGTTAATCAATGCTAAAACCAAAGCTTGTCTTCCTAAAAAGCTAATCATCGGATTATGTAGATTACGCAAGCCGATAGCAACCATCGCTCCAAAGAGTCCAAATAAAGCTGTTGAAGCCCCCGCACTTAAGCCGCGATCGGAACTAAAAGCCAAGCTAAATAAGTTACCACCTATTCCGGCTAATAAGTACGTAACTAAAAAGCGGACATGTCCCATAATTGGTTCCATATATTGTCCCATGTAATAAATGATAATGGCATTAGAAACCAAATGCATGACACCAATATGCAAAAATTGAGCAGCAAATAAGCGCCACCATTGATGACCAGCGACAACTGCATAATTGTTCATCGCTCCCATTTTCATTAAAACATTAATATTCTCAGAACCGCCTAAAAAGACTTCAATTAAAAAGACTATTAATAAACCTATTAAAATTCCTAAAGTCACAAATGATTGTGAGAGGTTAATTTTTTGCTTCATTCCAGCCTCCCTTAAAGTAATTAATATGTTTCAGTAGTTATAAGTGTCTGAACTGGCACATCTGTTTTTTCAACTGGCCATTCAGCATGTTGAAATTGCATCTTAGAGTTTACTAATGACACAGTTGTAGGATTATATTTTGCCAAAAATCGATCATAATATCCACCGCCAAAGCCTAAGCGAACATGGGAATCCTGTGCAAATGCTAATCCAGGAACGATCACTAAGTCTAAGTGATTATTAATCTTGGCATCTGTATCAACAATTTCTTCTACGCCAAAACTAGATTTTTTTAATTTACTCATATATGTGTAATGCAAAAAATTTAAAGTATGATTTTGATCGTTCTCAGCTTTAGCTAAATATACTTCCTTGCCCTCATCCCATAGATGGGCAATTATTTCAGAGGTATCTATCTCTAAAGGCAATGAAGCAGTTATCCCAATAGTCTGACTATTTTTGATTAAATCTGTTGCCATTAGCTTTTTAAGCAAAATTGTATCTTCTAATTTTTTATCTTTAGTTTTAGCAAAACATTTTAATTTTTCGATTTGTATTTTTCTTAATTCTGATTTTTTCATTTTTTGCCTACAAAAAATAGCAGGCACACAACCTGCTACTTTGATTTATTACTTAGTTTCACGGTGAAGTGTTGCGCGTCTTTCAACTGGGCAATACTTCTTCAACGATAAACGTTCCGGATGCTTACGCTTGTTCTTCTTAGATAAGTAACTTCTATCGCCACATTCTGTGCATTCTAAAATGATGTTATCTGCCATTTTTTTCACCACCTACACTTTTATTCTGCCTGTACTAGAATAGCATTTTTCAAACAATTTGACCAGTGTTAATTATTTATTTTGTTGAATGAAGTTTAAAATAATCCTGAATCATTGCTTTAGCTACCTGCAAAGTATACTTCCCTTCCATGTCTGGATCAAGTCCTGGGAACACTACAGCTACGGCTAGTTTTGGATTTTTAGATGGAGCATATCCAATGAAAGTAGCGTTAATCAACTCAATATTATGCTTTCTATTAGGGTGTTCAGCATCATAGTAGAAAGTTTGAGCAGTACCAGTTTTACCTGAAACTGATGGCTTAACATCCTTCAAGTAGTGAGCAGTACCCCAGCCGTTAGTACCATGTACTACACGCCAGAAACCTTCTCTAACTACGTTCAATTCATCTGAAGTCCATGGAATAGACTGTTGAACATTAGGTTTCTTATTGTAGTTAATATAAATCTTCTTTCCGTCTTTGCCTGTCTTACCAACAGACTGCACAATATATGGCTGCATTCTATAACCACCATTAGCAATCGTAGATACATATTGAACAAGCTGAATTGGCGTATAAGCATCATAGTTACCATAAGCCAAGTCAAGTACTGAACCAGAAAGAATATTTCCTTTTGAATTGAAAGATTTACCTTCAATTCCGGCCACTTCACCAGGAAGGTCAACACCAGTCTTTTGACCTAGACCAAACATTGCAAAGTTTCTTCTTAAAGTATTAAAAGCAGTGTCTGGCATATGGATGTAAGTCTTAGGTACATATTTTGCGCCAACCCAATTCATAGCTAAGTGCATCATGTAAATGTTACTTGAAACTTCCAAGGCAGTCTTAGCATCCAATGAACTGAAAGTTCCGACTGGATATACAGATTTCTTAACTGGTGAACCTGGAAGATAGATTGGCGTATCAGGCAAAGTATTGTTAGTAGGAGTAATAACCTTATTAATCAAACCACCAGAAACTGTAGCACCCTTAACTACGGATCCCATAACGAATGATTGATTAATTACACCTAAAGCATTATCGGTTACCTTGCCTGTATTCGTATTACGATTAAGCCCAGCCGTTGCTAACAATGCACCAGTATTTGGATTCATTGCAACAGCATAGGCACCATTAGAATAACGAGCTGCTCCTGCACCAATAGCTGAACTATAAATTCGCTTCAAAGATGCTTGAACTTCTTTTTGATACTTAGCGTCAATTGTCAACATTAAGCTGGCACCAGCCTGCCCATCATAAACAGTCTTAGTCTGTTGAATATTGCCGTTAGACTTAGTAGTTACCTTGCTGGTTGACTTAGTTCCCTTTAATAGAGGCTCATATTCTTCTTCTAGATATGAAGTACCTACTCGATCATTACGAGAATAGCCATTTCTCAAATAGTATTGCAAGTTGTCACTAGGCAATCCAGATTTTTCAGTAGAAACTGAACCAATAATACTTTGGATAGAAGAGCCGTTTGGATATGATCTTTGCCAATCGGTTCCGATACCAACACCTGGCAATTCTGATAGGTGTTCACCTACTTGAGCGATTTCCTTATCAGTTAAACCTTTATTTTTGATATAAATAGTTGATAAAGTATAAGCACCTGAAATCTTATTAAAGATCAATGCCGCTGTTTTTTGCTTTTCAGTTAACTTAGGATTCAGTTTTTCAACATAAGCAATCGCTGCTTGGTAAACCTCAGAATTAGTTTTCTTGTTACCATTTGCATCTACTTTAGCTGATTTAGGCAATTTAGCTGTAATCTTGGTATTGTTATCACCATCTGCTAAATAATAATCAGCAACCATTTGCTTTGTCGGCTTTTCATCTGTAATCTTAATGTAGTTGCTTAATGCATTCGAAATTTGATATATCTGCGTAGTAGTGGTTGATGTACTCTTAGTATAGGTGATCGCATTAGTAGCCTTATTCCCTACCAATACATGTCCTTCAGCATCATACATCACACCACGAGGCACTTGATTTGAAACAACTGTCGAATCAGATTGTTGTACTTCTGCTTTAAAGCGAGATCCATATACCAGCTGTAAATAAGCTAGTTGTCCGATCAACATCGCAAAAAGCACAAGAATAACCCCTACAATGATTCGCATTCTTATTGGAGTAGAAGACTGCTTATTTGAACCAGTCCCACTATTTTTTCTAAAATAATCCACGTATATCGTCCCTCACTAAAACTGTATGTATTTTAACAAAAACTGAACGTTAATTCTACGATTGAGAACGGAGCTTAGCTAAATTTTAAGATGAATAATTATTTTAATATCCATAAATTATTTACTACTAAAAAAAATCTTCTTTTTTTATTAAGTTTTATTTTAGCTGGTTTGATTTTCTTCAGCTACTTCTTCTATACAAAAAATGGCGTTTTAACAGTAGACCTAGGTCAACAATATGTTGATTTTTTAGCTTTTTTGAGACACAACTTATTCTCACATCCCCTTCGTCTAATTTATTCTTTTTCAAATGGCCTAGGTGGATCAATGCTAGCTACGGACGCCTATTATCTTTTCAGTCCATTTAATCTATTATTATTTTTATTCCCACAGAATTTCTTGGCTCAAGCCATTTTAGTAATTATTGGATTAAAAATCGCTGCGGGTGGTCTAACTAGTTATTACTACTGGCAGCAAAAAACAGCTAAGCCCTTCTATGCCTTAGCTGCAAGTAGCGCCTACGCATTATCTGGATATGTTATCGCCAACCACTTCAACTTAATGTGGTTAGATTCAGTAATACTTTTGCCTCTTTTAATTAACGAAATTGATCATATTTTAATGCAAAAGAAGAACCATTTAGTTTTAATCACATTTCTGTTATGGTTTACCAACTTTTACACTGCATTTATGGCACTAGCATTCGGCTTTCTATATTTACTGACTAAAATTTTCTTTTTTAATAGAAAAAAACAATGGACTATTTTTAAATCATATCTAGCAAAAAGTATTTTAGGCTCTTTTTTAGATGCTTTTATGCTATTGCCAGTTTTTGTAGAGATGTTGCAAGGGAAGGCTGCTTCTTCCGCAAATTGGTCATGGGGATTTCAATTTATTCCATATAATCAAATAGCAAAGTTAGCTGACGGTGCTTACAATTTTCACGAAATGCAAGAAGGGATGCCAAACATCTTCATCCCTCTCCCATTTTTATTGCTAACTTTTTTTTATTTTCTAAGCAAAAAAATTAATTGGAAACCCAAGCTAGCTAATGGCTTATTGCTCTTATTTTTAATTGCTTCATTATTTTGGACACCACTAGTTTTATTATGGCATCTAGGCCAATTTCCTGTTTGGTATCCTGGTCGCTTTAGTTTTGTCTTGATCTTCTTAGCTTTAAACTTAGCAATTACTGCATTAAACCAGCAAGAAAATGTGAAATTATGGCAAATAGCACCATTAGCGCTTATTGCTTTAGGACTGATCCTTTTTGTCACATTTAATGATCAATCATTTGATTTCTTAAACGAAACCGCTCAAATTGCTACAGGTGCTTTTTTAGCTCTAGGATTAT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MAEKTTGLYVRMNPEKKEKAEAILKKLGLNSATAINMFYDQIILHNGIPFRVEIPNAWDNLDQMNKYEYAKLLDERLNTLNGREDLLGDIAKRLDAEKNEKKDN

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_003627138.1|1582342_1582810_-	transcriptional repressor NrdR	NA	NA	NA	NA
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WP_012212131.1|1584250_1586914_-	DNA polymerase I	F8WQ35	Bacillus_phage	2.2e-60	31.0
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WP_012212134.1|1591168_1592020_-	type I-C CRISPR-associated protein Cas7/Csd2	NA	NA	NA	NA
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WP_012212137.1|1594753_1597288_-	CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3	A0A2R2ZGW0	Clostridioides_phage	2.6e-10	20.8
WP_012212139.1|1600762_1601644_-	SPFH domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212140.1|1601661_1601976_-	type II toxin-antitoxin system RelB/DinJ family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_012212141.1|1602382_1603360_-|bacteriocin	class III bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_003627172.1|1603497_1605012_+	M1 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_012211430.1|1605089_1606367_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
WP_003627174.1|1606569_1607547_+	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212142.1|1607601_1608915_-	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_101812619.1|1609069_1609504_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191291.1|1609475_1609643_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810731.1|1610094_1610727_+	hypothetical protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	4.1e-18	62.2
WP_003629734.1|1610761_1611406_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212092.1|1611461_1612697_+|transposase	IS3-like element ISLhe6 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	2.2e-55	46.9
WP_012212145.1|1613010_1614288_+|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	1.3e-10	23.4

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NC_010080|1723142:1843473|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012212211.1|1724564_1724972_-	DUF3290 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212212.1|1725059_1725800_-	nicotinamide mononucleotide transporter	A0A0A7NTY4	Lactobacillus_phage	6.8e-121	83.1
WP_012212213.1|1726649_1728254_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	1.3e-15	23.3
WP_012212214.1|1728374_1729289_+	prolyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_012212215.1|1729378_1730380_+	adenosine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_012212216.1|1730427_1730931_+	nucleoside 2-deoxyribosyltransferase	C1KFI2	Lactobacillus_virus	1.2e-12	31.2
WP_162465573.1|1731081_1731249_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041810806.1|1731345_1731750_+	PepSY domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212217.1|1731933_1733235_+	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212218.1|1733287_1733860_-	elongation factor P	NA	NA	NA	NA
WP_012212219.1|1733894_1734809_-	type I pantothenate kinase	A0A1B1ISL9	uncultured_Mediterranean_phage	3.6e-31	33.2
WP_012212220.1|1734867_1735428_+	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212221.1|1736970_1739277_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_012212222.1|1739426_1740113_+|protease	matrixin family metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_003627817.1|1740173_1740824_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212223.1|1741040_1742840_-	FtsX-like permease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212224.1|1742852_1743602_-	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	3.7e-34	39.5
WP_012212225.1|1743748_1745020_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212226.1|1745108_1745780_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627805.1|1745975_1746113_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212227.1|1746203_1747208_-	asparaginase	NA	NA	NA	NA
WP_148201625.1|1747979_1748459_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148201630.1|1748524_1748800_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212228.1|1749272_1749779_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812858.1|1749795_1750191_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212231.1|1750971_1751847_-	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	7.1e-77	50.3
WP_012212232.1|1752011_1754117_-	putative ornithine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_012212233.1|1754341_1755793_+	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1756381_1757560_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012212234.1|1757644_1758664_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	4.2e-44	34.9
WP_012212235.1|1761256_1762537_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.0e-10	20.7
WP_080516439.1|1762887_1763724_-	glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212237.1|1764655_1765768_-	UDP-galactopyranose mutase	E4ZFQ1	Streptococcus_phage	2.8e-163	74.0
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WP_012212239.1|1766727_1768185_-	flippase	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NC_010080|1866226:1919961|DBSCAN-SWA
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>NC_010080|1866226:1919961|1895754_1896525_-|WP_012212318.1|DBSCAN-SWA
MVNKTAYQRVQGARRKDKISIAELIHGLTTDFFELHGDRLEADDHALIGGVGLLNNRPITVVGIQKGADTDENIDRHFGSSTPQGYRKALRLMKQAEKFHRPILALVNTPGAWPDVESEYHGQGSAVAQCIIQGMQLKVPYISIIVGEGGSGGALALACGDRVLMFEDSIYSVLSPEGYASIMWKDSSKVQQAAEELGLTPESLLKDGIINQIIHEYKPGDDLSDLRDFLDKQFTELENLPMSELIEQRQRRFRNY
>NC_010080|1866226:1919961|1893283_1893826_-|WP_003625260.1|DBSCAN-SWA
MKITEIVQTALITATIIILGMIPPLPLGFIPVPIVMQNLGIMLAAVILGPKKGTLAIFGFLLLALIGFPVLSGGQAGPAFFVGPTGGYLLGWLLTPLMIGYGLSRPFINRRWSRLSIIWFAGVLLVDVIGSVWLWLVSPISLIGSLVLNLAFIPADTLKAVAVYLVAERMRIWNKETTRL
>NC_010080|1866226:1919961|1866226_1867936_+|WP_012212302.1|transposase|DBSCAN-SWA
MYQNYTTGQTALTLNLDFTIPNNHLANTISCFVDSIPEDVLLGDTAKTGRPAYHPAMMLKILLFAYSRRVFSGRKIELMLEENLPMMVLAEKQKISYHTINNFRSGDHANELVKKSFLYFTNLLEQEGLINEGAIFIDGTKIEADANRYTFVWRKAAEKFHEKLKGQADELYDELIAKEVVKAMAQEKVQTSQGLEELAQETEDEIEKLTKEIEQEPKAIPGGSLRKARRRGLKKLLHRLKKDYVPRMKKYEEAEEIFAGRNSYSKTDHDATFMHMKEDHMKNGQLKPGCNIQAATTDQYVVGFALYPNPTDFKTLEPFLKQMPILDKFDKIVADAGYGSEYNYSMLEKEYPDKKYYIPYTMYEKEKTRKYRNDPTKLANWFYDEKDDYYLDQNGVRFNFKYYSQRKDRSTGQVRDFKVYEADEFQLTPELECLAKTKSGRQRQVRYNPNWQYLKEKAKEVLQSPEGRHIYSMRKYDVEPIFGHLKNVFGMRRTHLRGKKKVETDVGIAFMMMNLSKYWNRRWSKDQFSLFKNKNREKKRPIKLKLRVELIVFQYLRVGYFPDTFLLLN
>NC_010080|1866226:1919961|1918734_1919961_-|WP_012212329.1|transposase|DBSCAN-SWA
MSQLDNTLKLLGIKDTNIQVFGTREEFHGRGSGRKKYLVIQAELTYTLRRYPSCGYNTLHPNGHKLTHVHIAGPMDRPVILELNKQRWRCSNCHSTCTAATPVVSTNHAIGHGLATHMLKLASKSLPAKTIASLTGISTNSVQRILTANIHPHLPINLCFDEFRSTHGSMSFICIDADTHKSVKVLSDRLNRTIKQFFLSQYSTAERAAVQRVIMDMNASYQAFMHELFPNAELIIDRFHIIQLMGRTMDTIHTQCLKQLDKHSREYKVLKSLWRLFHKANPDAQKSRYLFGLNEYSTEQNAIDIGTDTFPAFKTAYETYIDLHDALMGRHADELKNIITNYQPNGTPLDTAMHTLRKNLNGVINAAKLSYSNGPIEGINRMIKELKRACYGFSNQANMFTRVYQLIA
>NC_010080|1866226:1919961|1885049_1885523_+|WP_012212313.1|DBSCAN-SWA
MAKVESFTLDHTKVKAPYVRLITEETGKKGDVISNYDLRLVQPNTNAIPTAGLHTIEHLLAGLLRDRLDGVIDCSPFGCRTGFHLITWGKHSTTEVAKALKGSLEAIANDIEWKDVQGTDKYSCGNYRDHSLFSAKEWSKEILSQGISDQPFERHVI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012212302.1|1866226_1867936_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	3.9e-87	36.6
WP_023190551.1|1867932_1870101_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A0A0D3MSW9	Lactococcus_phage	1.1e-171	47.6
WP_005720082.1|1870093_1870519_-	class Ib ribonucleoside-diphosphate reductase assembly flavoprotein NrdI	J9PTY0	Bacillus_phage	1.1e-11	38.3
WP_023190550.1|1870499_1871507_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta	A0A160DHK0	Gordonia_phage	2.7e-96	53.7
WP_012212305.1|1871770_1872949_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080516447.1|1873150_1873504_-	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_003630326.1|1873811_1874369_-	serine acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003627923.1|1874334_1875519_-	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_012212307.1|1875540_1876452_-	cysteine synthase family protein	A0A1W6JIM2	Lactococcus_phage	2.8e-60	41.7
WP_035514011.1|1877727_1877946_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211580.1|1879226_1880405_+|transposase	IS256-like element IS1201 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012212310.1|1880425_1881157_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012212311.1|1881268_1882543_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_023190988.1|1882638_1883487_+	Rgg/GadR/MutR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_080516448.1|1884262_1884565_-	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212313.1|1885049_1885523_+	S-ribosylhomocysteine lyase	NA	NA	NA	NA
WP_003625266.1|1885676_1887962_+	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_080516443.1|1887939_1888845_+	methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]	NA	NA	NA	NA
WP_003625262.1|1890084_1891161_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212314.1|1891163_1891721_+	adenine phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003625260.1|1893283_1893826_-	biotin transporter BioY	NA	NA	NA	NA
WP_012212316.1|1893899_1894889_-	biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212317.1|1894936_1895695_-	enoyl-ACP reductase FabI	NA	NA	NA	NA
WP_012212318.1|1895754_1896525_-	acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_003630373.1|1896517_1897360_-	acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_012212319.1|1897340_1898720_-	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit	NA	NA	NA	NA
WP_003625250.1|1898733_1899150_-	beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_012212320.1|1899154_1899625_-	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212321.1|1899628_1900858_-	beta-ketoacyl-ACP synthase II	NA	NA	NA	NA
WP_012212322.1|1900879_1901611_-	3-oxoacyl-ACP reductase FabG	Q06VL0	Trichoplusia_ni_ascovirus	2.1e-13	30.0
WP_012212323.1|1901610_1902528_-	ACP S-malonyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003625239.1|1902537_1902780_-	acyl carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_003625237.1|1902838_1903822_-	ketoacyl-ACP synthase III	NA	NA	NA	NA
WP_003625235.1|1903818_1904286_-	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003625233.1|1904315_1904762_-	3-hydroxyacyl-ACP dehydratase FabZ	NA	NA	NA	NA
WP_002831196.1|1906485_1906734_-	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212324.1|1907406_1908732_-	IS200/IS605 family accessory protein TnpB-related protein	G3MB42	Bacillus_virus	2.1e-56	36.3
WP_012212126.1|1908761_1909370_-|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	4.0e-34	43.2
WP_012212325.1|1911931_1912819_+	EamA family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012212326.1|1912871_1914149_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	2.6e-11	20.9
WP_041810760.1|1915161_1917408_-	cadmium-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-59	30.1
WP_012212328.1|1917872_1918391_-	N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212329.1|1918734_1919961_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	1.8e-38	29.3

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NC_010080.1|WP_014919460.1|1816360_1816552_-|hypothetical-protein	1816360_1816552_-	63 aa aa	NA	NA	NA	1723142-1843473	yes

Protein sequences of NC_010080.1|WP_014919460.1|1816360_1816552_-|hypothetical-protein

>NC_010080.1|WP_014919460.1|1816360_1816552_-|hypothetical-protein
MMYLLYILIGLLIVLGVNLAITAFWAVHDMYVHRDREDQDLTTFKKYFVKNNNIPTKMSDIFN

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NC_010080_2	Orphan	2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder	1349822-1349860	39	1762542-1762580	2

1. spacer 2.1|1349822|39|NC_010080|CRISPRCasFinder matches to NC_010080 position: 1762542-1762580, mismatch: 2

attcatttactctctatcaacaggatttgacaaagagcc	CRISPR spacer
attcatttactcattatcaacaggatttgacaaagagcc	Protospacer
************ .*************************