CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_010830	Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2, complete sequence	7 crisprs	cas3,csa3,WYL	1	1	9	1

1. NC_010830

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_010830_1

• CRISPR_ID: NC_010830_1
• CRISPR_location: 441669-441752
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010830_1

Consensus_repeat	Method
ACAAGCTGCTTTCTTTCCTTTTCTTTT	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010830_1

>1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder
AATTTATCAGTTAGCTCTTTTCCTTTTGCG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010830_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010830_1

>merge|NC_010830|1|441669-441752|CRISPRCasFinder
ACAAGCTGCTTTCTTTCCTTTTCTTTTAATTTATCAGTTAGCTCTTTTCCTTTTGCGACAAGCTGCTTTCTTTCCTTTCCTTTT

>NC_010830|1|1|441669-441752|CRISPRCasFinder
ACAAGCTGCTTTCTTTCCTTTTCTTTT	AATTTATCAGTTAGCTCTTTTCCTTTTGCG
ACAAGCTGCTTTCTTTCCTTTCCTTTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010830.1|WP_012472549.1|433940_434516_-|GNAT-family-N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|224584
NC_010830.1|WP_076612132.1|453478_454271_-|IS5-like-element-ISCaa8-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|379129
NC_010830.1|WP_044282742.1|443910_445455_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|273258
NC_010830.1|WP_012472553.1|438666_439950_-|aspartate-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|239776
NC_010830.1|WP_012472547.1|424353_425844_-|glycine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|235240
NC_010830.1|WP_012472560.1|450124_451198_-|M20/M25/M40-family-metallo-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|349906
NC_010830.1|WP_187146283.1|442156_442639_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_187146282.1|423566_424226_-|TIGR02453-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378166
NC_010830.1|WP_012472548.1|427183_433699_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NC_010830.1|WP_187146284.1|443637_443799_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472554.1|440045_441041_+|class-1-fructose-bisphosphatase	unknown	unknown	gnl|CDD|236458
NC_010830.1|WP_012472552.1|438409_438631_+|DUF2795-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378655
NC_010830.1|WP_012472561.1|451291_452440_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472346.1|436854_437679_+|IS982-like-element-ISCaa5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NC_010830.1|WP_012472550.1|435429_436653_-|ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|226957
NC_010830.1|WP_012472559.1|446881_449689_-|50S-ribosome-binding-GTPase	unknown	unknown	gnl|CDD|319366
NC_010830.1|WP_012472557.1|443301_443556_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_148204900.1|446111_446791_+|IS1-like-element-ISCaa4-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|224576
NC_010830.1|WP_012472545.1|422156_423185_+|alpha/beta-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|308197
NC_010830.1|WP_012472562.1|452660_453188_-|ferritin	unknown	unknown	gnl|CDD|153113

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010830.1|WP_012472549.1|433940_434516_-|GNAT-family-N-acetyltransferase	gnl|CDD|224584	COG1670, RimL, Acetyltransferases, including N-acetylases of ribosomal proteins [Translation, ribosomal structure and biogenesis].	2.04834e-22
NC_010830.1|WP_012472553.1|438666_439950_-|aspartate-kinase	gnl|CDD|239776	cd04243, AAK_AK-HSDH-like, AAK_AK-HSDH-like: Amino Acid Kinase Superfamily (AAK), AK-HSDH-like; this family includes the N-terminal catalytic domain of aspartokinase (AK) of the bifunctional enzyme AK- homoserine dehydrogenase (HSDH). These aspartokinases are found in such bacteria as E. coli (AKI-HSDHI, ThrA and AKII-HSDHII, MetL) and in higher plants (Z. mays AK-HSDH). AK and HSDH are the first and third enzymes in the biosynthetic pathway of the aspartate family of amino acids. AK catalyzes the phosphorylation of Asp to P-aspartyl phosphate. HSDH catalyzes the NADPH-dependent conversion of Asp 3-semialdehyde to homoserine. ThrA and MetL are involved in threonine and methionine biosynthesis, respectively. In E. coli, ThrA is subject to allosteric regulation by the end product L-threonine and the native enzyme is reported to be tetrameric. As with bacteria, plant AK and HSDH are feedback inhibited by pathway end products. Maize AK-HSDH is a Thr-sensitive 180-kD enzyme. Arabidopsis AK-HSDH is an alanine-activated, threonine-sensitive enzyme whose ACT domains, located C-terminal to the AK catalytic domain, were shown to be involved in allosteric activation. Also included in this CD is the catalytic domain of the aspartokinase (AK) of the lysine-sensitive aspartokinase isoenzyme AKIII, a monofunctional class enzyme (LysC) found in some bacteria such as E. coli. In E. coli, LysC is reported to be a homodimer of 50 kD subunits. Also included in this CD is the catalytic domain of aspartokinase (AK) of the bifunctional enzyme AK - DAP decarboxylase (DapDC) found in some bacteria. DapDC, which is the lysA gene product, catalyzes the decarboxylation of DAP to lysine.	3.844e-82
NC_010830.1|WP_012472547.1|424353_425844_-|glycine--tRNA-ligase	gnl|CDD|235240	PRK04173, PRK04173, glycyl-tRNA synthetase; Provisional.	0
NC_010830.1|WP_076612132.1|453478_454271_-|IS5-like-element-ISCaa8-family-transposase	gnl|CDD|379129	pfam13340, DUF4096, Putative transposase of IS4/5 family (DUF4096).	6.16033e-23
NC_010830.1|WP_187146282.1|423566_424226_-|TIGR02453-family-protein	gnl|CDD|378166	pfam09365, DUF2461, Conserved hypothetical protein (DUF2461). Members of this family are widely (though sparsely) distributed bacterial proteins, about 230 residues in length. All members have a motif RxxRDxRFxxx[DN]KxxY. The function of this protein family is unknown.	4.69367e-97
NC_010830.1|WP_044282742.1|443910_445455_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|273258	TIGR00763, Lon_protease, endopeptidase La. This protein, the ATP-dependent serine endopeptidase La, is induced by heat shock and other stresses in E. coli, B. subtilis, and other species. The yeast member, designated PIM1, is located in the mitochondrial matrix, required for mitochondrial function, and also induced by heat shock. [Protein fate, Degradation of proteins, peptides, and glycopeptides].	1.07106e-11
NC_010830.1|WP_012472548.1|427183_433699_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	3.16584e-34
NC_010830.1|WP_012472552.1|438409_438631_+|DUF2795-domain-containing-protein	gnl|CDD|378655	pfam11387, DUF2795, Protein of unknown function (DUF2795). This family of proteins has no known function.	2.58118e-12
NC_010830.1|WP_012472346.1|436854_437679_+|IS982-like-element-ISCaa5-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	9.55522e-14
NC_010830.1|WP_012472550.1|435429_436653_-|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|226957	COG4591, LolE, ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	4.47896e-48
NC_010830.1|WP_012472559.1|446881_449689_-|50S-ribosome-binding-GTPase	gnl|CDD|319366	cd16452, SP-RING_like, A group of variants of RING finger including SP-RING finger, SPL-RING finger, dRING finger, and RING-like Rtf2 domain. The family corresponds to a group of proteins with variants of RING fingers that are characterized by lacking the second, fifth, and sixth Zn2+ ion-coordinating residues compared with the classic C3H2C3-/C3HC4-type RING fingers. They include SP-RING finger found in the Siz/PIAS RING (SP-RING) family of SUMO E3 ligases, SPL-RING finger found in E3 SUMO-protein ligase NSE2, degenerated RING (dRING) finger found in Saccharomyces cerevisiae required for meiotic nuclear division protein 5 (Rmd5p) and homologs, and RING-like Rtf2 domain found in the replication termination factor 2 (Rtf2) protein family. The SP-RING family includes PIAS (protein inhibitor of activated STAT) proteins, Zmiz proteins, and Siz proteins from plants and fungi. The PIAS (protein inhibitor of activated STAT) protein family modulates the activity of several transcription factors and acts as an E3 ubiquitin ligase in the sumoylation pathway. NSE2, also known as MMS21 homolog (MMS21) or non-structural maintenance of chromosomes element 2 homolog (Non-SMC element 2 homolog, NSMCE2), is an autosumoylating small ubiquitin-like modifier (SUMO) ligase required for the response to DNA damage. It regulates sumoylation and nuclear-to-cytoplasmic translocation of skeletal and heart muscle-specific variant of the alpha subunit of nascent polypeptide associated complex (skNAC)-Smyd1 in myogenesis. It is also required for resisting extrinsically induced genotoxic stress. Rmd5p, also known as glucose-induced degradation protein 2 (Gid2) or sporulation protein RMD5, is an E3 ubiquitin ligase that forms the heterodimeric E3 ligase unit of the glucose induced degradation deficient (GID) complex with Gid9 (also known as Fyv10), which has a degenerated RING finger as well. The GID complex triggers polyubiquitylation and subsequent proteasomal degradation of the gluconeogenic enzymes fructose-1, 6-bisphosphate by fructose-1, 6-bisphosphatase (FBPase), phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK), and cytoplasmic malate dehydrogenase (c-MDH). The Rtf2 protein family includes a group of conserved proteins found in eukaryotes ranging from fission yeast to humans. The defining member of the family is Schizosaccharomyces pombe Rtf2 (SpRtf2), which is a proliferating cell nuclear antigen-interacting protein that functions as a key requirement for efficient replication termination at the site-specific replication barrier RTS1. It promotes termination at RTS1 by preventing replication restart. The RING-like Rtf2 domain in fission yeast is required to stabilize a paused DNA replication fork during imprinting at the mating type locus, possibly by facilitating sumoylation of PCNA. The family also includes Arabidopsis RTF2 (AtRTF2), an essential nuclear protein required for both normal embryo development and for proper expression of the GFP reporter gene. It plays a critical role in splicing the GFP pre-mRNA, and may also have a more transient regulatory role during the spliceosome cycle. The biological function of Rtf2 homologs found in eumetazoa remains unclear.	1.31195e-16
NC_010830.1|WP_012472560.1|450124_451198_-|M20/M25/M40-family-metallo-hydrolase	gnl|CDD|349906	cd05656, M42_Frv, M42 Peptidase, endoglucanases. Peptidase M42 family, Frv (Frv Operon Protein; Endo-1 4-Beta-Glucanase; Cellulase Protein; Endoglucanase; Endo-1 4-Beta-Glucanase Homolog; Glucanase; EC. 3.2.1.4) subfamily. Frv is a co-catalytic metallopeptidase, found in archaea and bacteria, including Pyrococcus horikoshii tetrahedral shaped phTET1 (DAPPh1; FrvX; PhDAP aminopeptidase; PhTET aminopeptidase; deblocking aminopeptidase), phTET2 (DAPPh2) and phTET3 (DAPPh3), Haloarcula marismortui TET (HmTET) as well as Bacillus subtilis YsdC. All of these exhibit aminopeptidase and deblocking activities. The HmTET is a broad substrate aminopeptidase capable of degrading large peptides. PhTET2, which shares 24% identity with HmTET, is a cobalt-activated peptidase and possibly a deblocking aminopeptidase, assembled as a 12-subunit tetrahedral dodecamer, while PhTET1 can be alternatively assembled as a tetrahedral dodecamer or as an octahedral tetracosameric structure. The active site in such a self-compartmentalized complex is located on the inside such that substrate sizes are limited, indicating function as possible peptide scavengers. PhTET2 cleaves polypeptides by a nonprocessive mechanism, preferring N-terminal hydrophobic or uncharged polar amino acids. Streptococcus pneumoniae PepA (SpPepA) also forms dodecamer with tetrahedral architecture, and exhibits selective substrate specificity to acidic amino acids with the preference to glutamic acid, with the substrate binding S1 pocket containing an Arg allows electrostatic interactions with the N-terminal acidic residue in the substrate. The YsdC gene is conserved in a number of thermophiles, archaea and pathogenic bacterial species; the closest structural homolog is Thermotoga maritima FrwX (34% identity), which is annotated as either a cellulase or an endoglucanase, and is possibly involved in polysaccharide biosynthesis or degradation.	1.95879e-120
NC_010830.1|WP_148204900.1|446111_446791_+|IS1-like-element-ISCaa4-family-transposase	gnl|CDD|224576	COG1662, InsB, Transposase and inactivated derivatives, IS1 family [DNA replication, recombination, and repair].	4.75737e-32
NC_010830.1|WP_012472554.1|440045_441041_+|class-1-fructose-bisphosphatase	gnl|CDD|236458	PRK09293, PRK09293, class 1 fructose-bisphosphatase.	1.55026e-134
NC_010830.1|WP_012472545.1|422156_423185_+|alpha/beta-hydrolase	gnl|CDD|308197	pfam02450, LCAT, Lecithin:cholesterol acyltransferase. Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) is involved in extracellular metabolism of plasma lipoproteins, including cholesterol.	0.00017601
NC_010830.1|WP_012472562.1|452660_453188_-|ferritin	gnl|CDD|153113	cd01055, Nonheme_Ferritin, nonheme-containing ferritins. Nonheme Ferritin domain, found in archaea and bacteria, is a member of a broad superfamily of ferritin-like diiron-carboxylate proteins. The ferritin protein shell is composed of 24 protein subunits arranged in 432 symmetry. Each protein subunit, a four-helix bundle with a fifth short terminal helix, contains a dinuclear ferroxidase center (H type). Unique to this group of proteins is a third metal site in the ferroxidase center. Iron storage involves the uptake of iron (II) at the protein shell, its oxidation by molecular oxygen at the ferroxidase centers, and the movement of iron (III) into the cavity for deposition as ferrihydrite.	1.39094e-67

Protein sequences

>NC_010830.1|WP_012472554.1|440045_441041_+|class-1-fructose-bisphosphatase
MPESQDIISQSIPSLTQFLGEEQARFPNIPTAIPIIIQAMATSARFISKAVVQSMIDKDVSFTESLNCSGDTQQKLDIVAQSFFLEALEATHEVCAVISEEADSVVPLRNKNARYIVALDPLDGSSNINVNSPIGTLFSIYQRISPSETPIQDADVLIPGKQQLAAGYMLYSTVNTLVYATIYGVHGFTYDPTVNQFFLTHPALRMPENGITYAINHSYLHTFPHYIQNYIAYCRRQELTSRYTGALVADFHRHLLEGGIYLYPPTYKRPKGKLRLMFECNVLAFIAEQAGGLATDGKQPILNIIPRHIHQCVPFYIGSKTMVKNLLNCVG
>NC_010830.1|WP_012472553.1|438666_439950_-|aspartate-kinase
MEIFKFGGASLQNPVAIRQLAKIINKYSGQSLVIVVSAMGKITQSLEKILEQYLHNQAYESAIEEVYLFHKNIIQALLEDTCSPLETALQTWRQQLIQDLTTTNLPEELEKLYSKVVAWGEILSSKIVYHYLIHVGIHLTWVDARQYIKTKPGFINAQLDEPYTKALVQNKLKPMLAQGKFILTQGFIGSDQSGETTTLGKEGSDFTGAILAAALEASSLTIWKDVPGIMNADPKVFKNTTQFQELSYETMAKMSFYGAQVVHPKTIYPLAAQDIPLYIRPFYNHQAVGTIVNSKVQAPIDIPIYILRKEQVLIKVSVGDFIFFEEKHLSMLCEELDKLALRINFLEKTPYDVSICLNNESIKIDKILAILQNGFNIAIQTPVQILTVIGQIQPADLNFLQEKNILTKQYNSSVYQVVFLVNGTDLY
>NC_010830.1|WP_012472552.1|438409_438631_+|DUF2795-domain-containing-protein
MYWTLELASYLDDAPWPATKEQLIDFADRIGAPIEVIENLEELEDDDHPYDSIEEIWPEYPTKEDFLFNEDEY
>NC_010830.1|WP_012472346.1|436854_437679_+|IS982-like-element-ISCaa5-family-transposase
MIEKSIAIYSFIDTLLKYLHHQEDKKRKLSDAEVLTTAIISALYFGGHLDKARSFMHSTKLIPNMLDKSRYNRRLHAIGEEITSLFLEIGTLIKQVATCKDFVLDSFPVPVCDNIRISRCKLLQSEAYRGYKASMRRYFYGIKVQLITTDCGIPVEFSIVAGSQADVKGLHQLPFSMPAGSALYADSAYTNYHLEDMLADDRIKLYSQRKSNAHRKDTPSLAYLKERMRKVIETSISGIKGLFLRKIHAVTFQGFLIKILLFLLAFQINKAFLN
>NC_010830.1|WP_012472550.1|435429_436653_-|ABC-transporter-permease
MHTAFFIAKRYFSTKSKGNLIYRMSLIACLSVALGTMALLVVLSIFNGLEGVVRRLFYAFDPDIKIELKQGKYFSISPELIHKIESVSEVTKVVEVIEENVLFTYHGHQLVAKLKGVSRNFVQDCPLATHIIQGKLELEQDGHNFALVGAGIQYALSIRLNNIFEELQVFYPKNNKLSALTAQNLYQTGWIKPGAIFAIEKHFDENYVIVPLNFATNLLGNSDKRTALEVQVMQGSSIAKVQKALQTFLPQEFKVLNRDEQQMTLMQTIRIERMLVFMTFAFIVIVASLNIFFILSMLVLAKRPDIAILYSLGATSRTIRNIFLLNGLLIGLSGALAGMLLAWFLTWLQQKFGIISMGMQTSLIEAYPVKRQISDFIYVGIGVFLTTLVASYRPALLASRINIREHL
>NC_010830.1|WP_012472549.1|433940_434516_-|GNAT-family-N-acetyltransferase
MSIYNLQEIVTPRIILRPVQVGDEIALNAAVNRSLESLQKWMPWAKNSSLAATQNFVHASAIGWKNKTGNSFPMAVIYKETQQIIGTSGFNEDSIIAAGIYTIGYWLDIAFQGQGLVTEFVNGLTRYALDGLKAKAVHIQIDTANHKSIAVANRLGFISTLPTDQEQASNTILFKRVNTCLLPPMHVTWHK
>NC_010830.1|WP_012472548.1|427183_433699_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MQLTYSKSQRLIAHILLLSISLQSCKNSPIPMPPPEQEAIESTSTSSKHSTSPQNQFTKKRENVAIISQSIPLTHLPKLSSNPTDALTHHISSDNGKKSLQADLLDELPMRSIELTPATLNSTHAGASTTTVSSRYSSRYSFTKQLQVDNTKKTSSLPLPFFQKTHAYRKQHTSPTNQLPQHLQHKQAEMLEEKFEKSHVDRSASSSDETDTEEQTSQSLIKAFIEKTSCYTVAEGYEVKFIRQGRDWSALVKDNCIPGFVRKMYLPVHQGPGIGPKDAAKYGTIWHQSHIHAYPPEKDKQGNGYVYLGGAGLKGGGETTLHQAIELGNIKEAMQIIMDASPNVTLEIVHAQDDAGNTPLHKAADKGYIKLVEKLVELGADIDLKDNYGNTALHQAAGKGCIKLVEKLVELGADIDLKDNYGNTALHQAAGKGYIKLVEKLVKLDADINVKNNNGRTPLHQAVSGKRIRTATQLIELGAQINLKDNRGSTSLMIAKKLGNNKIIKCLEEAQLRINQNLISAAKVGGHQEIITCINRGADINTTDKLGRTPLILAVIQRSEEIVHLLINKGADINKSDNEKGYNPLIWAALIDYIDITHILIEKGANLNIRDRDGNTALMIAEKLGNNKIIGCLKAAQRYINQHLISAAETGNYQEIITCINRGADVNTKDKARNTALIWAALKGYVHIGRILIKKGADINMINYFCKSALQIAINRYDIAFIRMLLMEEGLDLREEIGRSALLTATHEGYEDIVLMLIRNGVNIEARNGILDTPLMMALAKGHINIAQILIENGANVKVRNRFGRTPLMYASQWGHLDIAQILIEKGANINEQDNIGETALMNAAREGHKELVELLIDGGAAINAQDHLGQTALIYATIYGHVDIIDSLLKKKADFTQQDSRGNTALMYAVVCNQLKAVKVLVTKKKSLKLKNNAGYTALMLAAERGYTHIVKRLIKSGADINDCNKIGINSLLLAAEGGHLNTINFLIKNDAKLDGNIADPAFLRIVMDKGYTQIVKILSEAGIDVDATCSDKKPALVVAAEEGQEDIVDIFIEKRADLDKQDKDGQTALMLAIINGNVRIAEKLILAGASTTIKDYENNNAVLLVEERKYDDLLELINTPRPNYLINTIAYVPCNDRDLEGDSSGEEITDEFEEHMFEFDPEDAETLPFKIKSSGNQKTPQPIVGTVSTEDIKPRTVRKGREVKSSVIQPFLEKLSQGAFYKPNSPELQRVAVSFALNRPRSLSTRRNNCLSRELSAKVNSAIPHKKFATFWNYPWYDQEDNPIDYNTVRSFYKQLKRYDKEHGTNQAEFFREVNEDNVKHHVPYQSLRERLKIHRNTKTLARQYKKNNSIAPIYFSIIDSDVINFNGIYTSYDQIYLDSKLFSTTLPIVMTTGYEFPAKAEELPENFDSRIKKMVLPLKFASQLDRVTRIATASVIPLGVYYPEPNLCILLPKNKSTLPESFEGKDSKEKGKGNLESAILLRQVKNRSGINEDSFIFSDKPPLITTIPDRAARSNHGYGDYLSFSDSFQEGQYHRISINDIEKLIMISQSHTEMLSWAGNLYVNRVVSLNGMKYRTFRGKVGKFYASVHPLFSKDIRKMKREIKAILTQERVLQVKDNQGLLAEGDRVRVEDAIKETIIATSELLSKLKIINLFDNYNYETAITQDNTPSGPCSINITELISSTETQISSLRELVQDNHISLSPKKLKEFENLLQGLEDSIEEMKNPPLFSFPINPYDPYPNRQFAPQEEPDSKGVFKVPTPILGKRKRVTSKDDEDATKKETDVSQPMDVASVQNPISPYQENRNKQVRFTQPQRLNAEEGNNNSSSAFGKLHEQRASVNSVNNKKRPQPSHPSSRKKLRTTSERSEDYEEGETTHNKKSNSSLSNTQNSAVQPFNQPYLVHEEEDPLQEFYCSDLGILTRVDMGNNLPIAKEPLRIVEDGSDTYQINGKEFRRQNVSGEGMDCFFNAAGLEREEQIARLKKHKDNETVRAMIANEIISAAKSSHELPEEVKEVINYTLYESQIDQINRLKEDRNRQLAAQSVKSEEQDLDKLPSVLQNIDRKEEKVLAALRQRASTVEAYIAFINHHIGKLEMMVSLHDVKGDDPQNKDRNYTSIDAIAYINQLGIKIYQPENGELRLIHQFFPTNAAKIVYLYHSGIHFQALIPE
>NC_010830.1|WP_012472547.1|424353_425844_-|glycine--tRNA-ligase
MSDTHSSSLLAIVSHAKEYGFIYPSSEIYEGLQAVYDYGPYGAALKRNVQNLWWQSMTQLHSNIVGMDAAILMHPRTWKASGHVDSFEDLMVDNKDSKKRYRIDVLIENHAAELSAQGEKTRAQELLEKLQALLQAEELAGLHTLLLQEKIVCPISRTANWTEVHRFNLMFATKVGAQEENADTIYLRPETAQGIFVNFLNVQKTARMKVPFGIAQIGKAFRNEIVARQFIFRMREFEQMEMQFFIQPGSEEKWFNYWQQARWQWHIALGLTEEKLRIKPHAQLAHYAKAAVDIEYQFPFGYKEIEGIHARSDFDLKNHEVASRKKLQYFDPELNQNYLPHVIETSLGSDRLILMLLCEAFTEETITEEESAKTRTYLKLHPALAPIKAAIFPLVKKDNLPQKAQEIFKSLKYDFPLIYEENQSIGKRYARQDLIGTPYCITIDHQTLEDDTVTLRERDSMQQERVHVNILRDFLLEKVSFKSILAKLPTIDSVLI
>NC_010830.1|WP_187146282.1|423566_424226_-|TIGR02453-family-protein
MQILRFLDQLQQNNNRSWMEANKAVYQESRHTLLQVTEQLIQGIGKFDHDIALLTPANCIFRINRDIRFTKDKSPYKSNMGAYFAKGGKTGGYAGYYLHLQPNNQSFIAGGMYEPSAEALKKIRQEIDYNGDKLELIVEDKRFKELFGKLQGESLQRPPKGYNADHPHIDWLKLKTFIAVHPVTDVIVANQDFIDYTLKLFEALVPLNQFLNAALDDLE
>NC_010830.1|WP_012472545.1|422156_423185_+|alpha/beta-hydrolase
MSLTLNSCDLFGSGSPRGPRKQVRSAAASDAKKIIVILNGLWQNSETYNVTILNLVAAFEAEGLMVEVRSLVEVATSKKTIDQQAREAFEELKQQLAGDKYEIILVGHSQGGLRGSRILTLNKREGSPLDIRGLVTLGTPWEGAPGAAITKSSIQSFLNKKPVTYLFEGVNHVHPIDEAFSINAISNVFDRYFPTHDPGVRDMVPKSEFLQTTAASLFNNDIPILSVAGVNAEAKSFFYYDAGNANYMRYIQKIPPIVFNSLYARILAGGWYSKHDMLVPLDSQLAKNISKSNTFETYTVKGAIHDLLPGMKIPPDKVIYNHIETIRCIVEFTKHNCAFGVI
>NC_010830.1|WP_187146283.1|442156_442639_-|hypothetical-protein
MLVGILVVSCSCEKDKENDEQQLIVEEPKFNNNETELQQIKREEEVLTENLKIYFKAQAWKDDIEVGIIERRGNKEAIDHHISYLENVLGELNKIQDSTIDESALRRFNEFMNHIEGIAIPLDSRELVKDQQNIVKAKQIVNLTLQLYKNLKKQAELENN
>NC_010830.1|WP_012472557.1|443301_443556_-|hypothetical-protein
MLKTVNKWLRGEDIEVNMGEELENHAGSLKDVTEEMPVNEVFNKVKSALEDTLKLLKNLKRQAELKSSTPKGKNTGTATPKIKK
>NC_010830.1|WP_187146284.1|443637_443799_-|hypothetical-protein
MDHGYSALLSFLLINILVTNCGCGDKKDKELKELAAEEKTLTETLKKHFKEEA
>NC_010830.1|WP_044282742.1|443910_445455_+|AAA-family-ATPase
MQLLSSWEKKCTVTIIILTILFFRVSGHVHAFTAINLIAFNPCHIITCNIETDKEVKFSSVSAKRTATITSKTAKKRSHRLDPFKKEQGKELLRASTQMGLGVVLIGSIGYLIGGTQAISASTFMGPLISGMLTKPLGNIGNKLCTLFTPYLASPALRRAMDYKSRYERRRHKLTKSMRVFLHTTISKYTNLVENWNYELKECEKGIEEILEFPLVPKPINPQLAPITEFIKNYPEEVRINIGDFTITAITDSKFEKLEKKAVPLMFVGPPGTGKTYLARQIGNLLGLPVQIIDVAKYKSVNGHSFWSSNSEPGIIVDVLLGGKTKKGNFSNKILVLDEIDKALARDENGRFLHEAGPEVMSLLHALLETQETTARLHRYDGATYDISHLKIILVGNRTFTEVLGKESAAALDSRVNLVKFNSFTDDQKLAIAREHIKKVCLAHSILYEQVDQKVVEEIIKTDTKVGNQGVRVMLKVIDQYLRILEKGTLIGEVAGLPAVTFDITKAYVKEQAE
>NC_010830.1|WP_148204900.1|446111_446791_+|IS1-like-element-ISCaa4-family-transposase
MNCPRCNNTQSCKDGIVRGRQRYQCKSCRFPYTVSHKSDVKPVSTKRKALQLYLEGLGFRAIGRILNISYGTVYQWVKACGDQVSLPERQDQVDIVEMDEIHTYVGFKKVYCWIWIAVDRLSKRFISYVCGDRSTQTGLKLWERVKDIGKLYCSDYWKSYQQFIPKDKHRQSKSETYTVEGYNSLMRHYLARFKRKGKCYSKQVHMIEKSLNLLMAKLNNQLPILI
>NC_010830.1|WP_012472559.1|446881_449689_-|50S-ribosome-binding-GTPase
MYVNNNKKLVAQLLLAAFILESCHSNIPVITEPKTRTKTKSLILSHSPAPILLYTSTKVIDDKNGGTNQDLYMPMQPTAQQAYAQPLNTSNTNRATNLEKVTSNTLEHWQILPIKQKAPDTRRVNNSRQLNANHTMISRLINQVCIANGGYQVAFQKKENSRLQAIVEDKYTTGSTRQILPVYIQPGINYSEIAIKNPIWQKLCIHIIKGCVYVGHIGLLGGDEDKISHTKKESEHKIEQIQAFIGEAAKNAEKAKSKDIVLVLGNTGVGKSTAVNYLLGTKIKFDTNDEGDRIAVTRNPQEERAKIGRNNFESETFFPDVYYNSAAASYVYCDTPGFNDTRTEEEQLNATIATQLIISCAEAVRAIIVVIDIQDLTTGKGKGMRELSLTLSRLLKSDIAPNSILFVFNDKNGSEINLDNIHKKIESLKKTEIAKLEKLQKSIETGGKAMLKEYKRLQQTLPLLEILSSSKDNTFKINLFDDFKSKQCIEKLIQNTQSTPKDKFNFSDYDEVRAKFNKQLAGVLDNITCKLCEFVNAHKDIDLLNNTMESCNERIVFYKDQLRPLNLQQKIQEEGQIPILEKKIKNYEENIEVLTRKRQPPRVKVNSLENEKADLEKDREILYKETRIIYCNEFVYNGPPFTRVKILEGKIPGTGLPAFEPRLRSEFIDKKNGIYRANLAIFSPYAHPGIRKMESYFAGTHKVLIYIQARNHPDNRARIQQIERILAEEGEKIAAFNREIMDLESSRDITLKLLETYKSNIQKQKKQLEDKRKSLEVNLGRIQRENQKAIAQKDKQEKIRQEAEKYLTERGTTIAAIYNLIAHGITSNEVNEIEKFKEYYQHYQSILDQGPNYIASLHKIDYPDHLICPLTQELFLDPVVTPCGHSFSHQELLKWLNTQKSCPNCREPVNPKRLCPNVSLRQVIEKLLSSREDKN
>NC_010830.1|WP_012472560.1|450124_451198_-|M20/M25/M40-family-metallo-hydrolase
MEQTSQNFLFKYLNNSSPTGYEASGQKIWLEYLYPYVDDIVTDVYGNAIGVINPQAEYKVVIEAHADEISWYVNYISKEGYIYVIRNGGSDYEITPSMRAKIHVGNKTIPAVFGWPAIHVREDKKSGKTPDIETAILDCGCHSDKEVQELGIHVGSVVTFDADLITLNEKYLVGRGLDNRIGGFMIAQVARKLYENKIRLPFGLYITNAVQEEVGLRGAAMVANRIKPDLAIVTDVTHDTQTPHYNKVKQGDIACGKGPVLTHAPAVQHKALKLLVDAAKNHNIPIQWQASSRSTGTDTDAFAYCGAGIPSALISLPLKYMHTTVEMVHKNDIEQIIELFYQLLTNLQPNHSFSYFD
>NC_010830.1|WP_012472561.1|451291_452440_-|hypothetical-protein
MPHKLLKYLGVTLLIISTSQCLSKCSKNLPYNTVDIDLKWEQEPQTIALNNLDIEDVFGLTCHVPSENATYFLNAKDGNVWEFTPEGENGLTTKSITNVGNFSPDNSFVFAAGSTEEQALFFGNISETTIDIYKLESETWNQVIATQDLDTWFPDANVDTSKFIAACTVEIDGEKKGCIIVSLVSTNNDTQQLGCLLFTPSTSGLKSINIKSAYNTSIAPFSHFTGMVEVEKGKIFLGKGYENGTIDRYDLLSINDDNTLTVLSLDNPNLFTVHNRPTDDKRPTWNIFPLLLEGEFPIYKPIFTIFNDTDKERIICKLDGQSQYDFQKMALIPDPENEILGKPNLIIPFHNALYLLTTITAEDDTVEAVTYKAKLVIASNKP
>NC_010830.1|WP_012472562.1|452660_453188_-|ferritin
MINEIIQRPTACLKQGTEVLLNQQVVIEGKSSAAYLAMASWCDIKGYKNSADFLYEQAEEERGHMLKIFHYINDAGGRAFQPEITGIQQDFTSLREIFELMLQQEIKVTHTVHRMVAHCWDNQDLATFNFLQWFVNEQIEEEVTARKILDLFDVIGETGVGLYMIDKEIGALKDK
>NC_010830.1|WP_076612132.1|453478_454271_-|IS5-like-element-ISCaa8-family-transposase
MTQEYSTNINREQFEVIRPILEAARKKTKPRQVDLYEVFSGLLYLLKTGCQWRMLPKDFPKWRTVHAYFQIWSEKQENGISFLEEVLKNMVARLRKQAGKAAQTSLIIVDAQSIKNTDTAKEKGYDGAKKINGIKRHIAVDSQGLPHGIYVTRASETDRDGAVTMLKDHKEQLAKVKKVLVDGGYSGEVFANQVKEVLQGAEVEVAKRSELHRFKVIPKRWIVERSFGWLEKCRRLWKNCERRLTTSLQMVVLAFLRICLQRL

Crispr_ID: NC_010830_2

• CRISPR_ID: NC_010830_2
• CRISPR_location: 705919-706071
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010830_2

Consensus_repeat	Method
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATACTAG	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010830_2

>2.1|705970|51|NC_010830|CRISPRCasFinder
TGATAGTTTTAAGGATTTTTGTGATAAGAGTTCAGCTAATGTCTCAGCTAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010830_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010830_2

>merge|NC_010830|2|705919-706071|CRISPRCasFinder
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATACTAGTGATAGTTTTAAGGATTTTTGTGATAAGAGTTCAGCTAATGTCTCAGCTATGTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATTCTAG

>NC_010830|2|2|705919-706071|CRISPRCasFinder
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATACTAG	TGATAGTTTTAAGGATTTTTGTGATAAGAGTTCAGCTAATGTCTCAGCTAT
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATTCTAG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010830.1|WP_012472726.1|713976_717753_-|baseplate-J/gp47-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274051
NC_010830.1|WP_148204996.1|682203_683030_-|IS5-like-element-ISCaa3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372577
NC_010830.1|WP_012472715.1|696180_696741_-|recombinase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|239737
NC_010830.1|WP_012472725.1|713228_713972_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_083758811.1|684605_684824_-|F-box-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372399
NC_010830.1|WP_012472723.1|711425_712370_-|IS481-like-element-ISCaa11-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|366234
NC_010830.1|WP_148204928.1|690877_692398_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238064
NC_010830.1|WP_012472714.1|692468_695873_-|SEL1-like-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|276807
NC_010830.1|WP_012472707.1|679204_681577_+|ribonucleoside-diphosphate-reductase-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|178056
NC_010830.1|WP_012472727.1|717921_718518_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472724.1|712998_713166_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_148204927.1|683618_684497_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472718.1|709176_709440_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472719.1|709453_709711_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472720.1|709736_710129_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_083758813.1|696931_703834_-|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|226415
NC_010830.1|WP_083758812.1|688010_689957_-|SEL1-like-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|276807
NC_010830.1|WP_187146292.1|685783_687376_+|NAD(P)-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|109787
NC_010830.1|WP_012472728.1|718613_720548_+|threonine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234752
NC_010830.1|WP_012472722.1|710521_711340_+|IS5/IS1182-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372577

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010830.1|WP_012472728.1|718613_720548_+|threonine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234752	PRK00413, thrS, threonyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NC_010830.1|WP_148204996.1|682203_683030_-|IS5-like-element-ISCaa3-family-transposase	gnl|CDD|372577	pfam13359, DDE_Tnp_4, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.7739e-22
NC_010830.1|WP_012472715.1|696180_696741_-|recombinase-family-protein	gnl|CDD|239737	cd03768, SR_ResInv, Serine Recombinase (SR) family, Resolvase and Invertase subfamily, catalytic domain; members contain a C-terminal DNA binding domain. Serine recombinases catalyze site-specific recombination of DNA molecules by a concerted, four-strand cleavage and rejoining mechanism which involves a transient phosphoserine linkage between DNA and the enzyme. They are functionally versatile and include resolvases, invertases, integrases, and transposases. Resolvases and invertases affect resolution or inversion and comprise a major phylogenic group. Resolvases (e.g. Tn3, gamma-delta, and Tn5044) normally recombine two sites in direct repeat causing deletion of the DNA between the sites. Invertases (e.g. Gin and Hin) recombine sites in inverted repeat to invert the DNA between the sites. Cointegrate resolution with gamma-delta resolvase requires the formation of a synaptosome of three resolvase dimers bound to each of two res sites on the DNA. Also included in this subfamily are some putative integrases including a sequence from bacteriophage phi-FC1.	1.38081e-45
NC_010830.1|WP_083758811.1|684605_684824_-|F-box-protein	gnl|CDD|372399	pfam12937, F-box-like, F-box-like. This is an F-box-like family.	5.39395e-11
NC_010830.1|WP_012472723.1|711425_712370_-|IS481-like-element-ISCaa11-family-transposase	gnl|CDD|366234	pfam00665, rve, Integrase core domain. Integrase mediates integration of a DNA copy of the viral genome into the host chromosome. Integrase is composed of three domains. The amino-terminal domain is a zinc binding domain pfam02022. This domain is the central catalytic domain. The carboxyl terminal domain that is a non-specific DNA binding domain pfam00552. The catalytic domain acts as an endonuclease when two nucleotides are removed from the 3' ends of the blunt-ended viral DNA made by reverse transcription. This domain also catalyzes the DNA strand transfer reaction of the 3' ends of the viral DNA to the 5' ends of the integration site.	2.13999e-20
NC_010830.1|WP_012472714.1|692468_695873_-|SEL1-like-repeat-protein	gnl|CDD|276807	sd00010, SLR, Sel1-like repeat. Sel1-like repeats (SLRs) share similar alpha-helical conformations with Tetratricopeptide repeats (TPRs), but with different consensus sequence lengths and superhelical topologies. SLRs contain 36 to 44 amino acids and are present in bacteria and eukaryotes but not in archaea. SLR proteins are involved in a variety of functions, and many serve as adaptor proteins for the assembly of macromolecular complexes. The SLR family was named after the Caenorhabditis elegans Sel1 protein which is predicted to fold into 11 SLRs, a transmembrane domain, and an N-terminal signal sequence. The human Sel1L protein contains an additional fibronectin type-II domain and an N-terminal PEST sequence. Its downregulation is associated with the development of breast and pancreatic carcinomas.	1.08558e-35
NC_010830.1|WP_012472707.1|679204_681577_+|ribonucleoside-diphosphate-reductase-subunit-alpha	gnl|CDD|178056	PLN02437, PLN02437, ribonucleoside--diphosphate reductase large subunit.	0
NC_010830.1|WP_148204928.1|690877_692398_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|238064	cd00116, LRR_RI, Leucine-rich repeats (LRRs), ribonuclease inhibitor (RI)-like subfamily. LRRs are 20-29 residue sequence motifs present in many proteins that participate in protein-protein interactions and have different functions and cellular locations. LRRs correspond to structural units consisting of a beta strand (LxxLxLxxN/CxL conserved pattern) and an alpha helix. This alignment contains 12 strands corresponding to 11 full repeats, consistent with the extent observed in the subfamily acting as Ran GTPase Activating Proteins (RanGAP1).	1.02253e-17
NC_010830.1|WP_012472726.1|713976_717753_-|baseplate-J/gp47-family-protein	gnl|CDD|274051	TIGR02243, hypothetical_protein_SCD8A.17c, putative baseplate assembly protein. This family consists of a large, conserved hypothetical protein in phage tail-like regions of at least six bacterial genomes: Gloeobacter violaceus PCC 7421, Geobacter sulfurreducens PCA, Streptomyces coelicolor A3(2), Streptomyces avermitilis MA-4680, Mesorhizobium loti, and Myxococcus xanthus. The C-terminal region is identified by the broader model pfam04865 as related to baseplate protein J from phage P2, but that relationship is not observed directly. [Mobile and extrachromosomal element functions, Prophage functions].	6.4562e-08
NC_010830.1|WP_083758813.1|696931_703834_-|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|226415	COG3899, COG3899, Predicted ATPase [General function prediction only].	1.1957e-153
NC_010830.1|WP_083758812.1|688010_689957_-|SEL1-like-repeat-protein	gnl|CDD|276807	sd00010, SLR, Sel1-like repeat. Sel1-like repeats (SLRs) share similar alpha-helical conformations with Tetratricopeptide repeats (TPRs), but with different consensus sequence lengths and superhelical topologies. SLRs contain 36 to 44 amino acids and are present in bacteria and eukaryotes but not in archaea. SLR proteins are involved in a variety of functions, and many serve as adaptor proteins for the assembly of macromolecular complexes. The SLR family was named after the Caenorhabditis elegans Sel1 protein which is predicted to fold into 11 SLRs, a transmembrane domain, and an N-terminal signal sequence. The human Sel1L protein contains an additional fibronectin type-II domain and an N-terminal PEST sequence. Its downregulation is associated with the development of breast and pancreatic carcinomas.	2.98908e-32
NC_010830.1|WP_187146292.1|685783_687376_+|NAD(P)-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|109787	pfam00743, FMO-like, Flavin-binding monooxygenase-like. This family includes FMO proteins, cyclohexanone mono-oxygenase and a number of different mono-oxygenases.	1.85713e-71
NC_010830.1|WP_012472722.1|710521_711340_+|IS5/IS1182-family-transposase	gnl|CDD|372577	pfam13359, DDE_Tnp_4, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	4.93117e-27

Protein sequences

>NC_010830.1|WP_083758813.1|696931_703834_-|AAA-family-ATPase
MKNNHHFGQSLMGCVFLASLILQSCVNLTNSPIPIKKGQTDHTQEIIPQIAIRSIVDIEFTTKGGHLITFYEKTGRLQAEVIEQNEGLSKVHMLPVYIEEGMDIAQVAQLNEAAQKRFIHINLPKRKDSGSIWIGHAGLKGGSNTGKNKGKEKLKDDQYQALEEKKLIAQAGQLISSKQEINHLKAKGEGNSPSEFNKTYDLSVPVEKELHATSSIKEEQKQLIHANLAKSEQTGYLQVGGMELKRENHLVLPGYKLLHCLHEGTSSNIYRAVRLSDECPVVIKVSTQKVLTEKKAQRFRREFELGQQVHSPYVVRYLELKQDAAYGMAIVMEDDQAVELNAILPPTGFSNQEFLEIAIQIVEGLQAIHAANIIHSDLKLNNILIQPTTNLIKIIDFNRSSTLRQERPPTMPMMVGTLTYISPEQTGRVNRSVDYRTDFYSLGVTFYRLLCGEPPFTAKDALGLIHQHLARQPIPAHQHKPTVALSLSRMVMKLLEKEAENRYQSCEGILHDLIVCLSAFKETGAIPEFELGQQDFSSKLTLSQNLYGREKEIKTLEKAFERVSEGRCEALMVAGEPGVGKTMLIQEIQKPIALQHGYFITGKFDQLNKNVAYSAFAQAFNSLVQQWLTEDQTSIMQWKIRLMESLGTQASLLIKVIPSLALLIDEQPETAIADMSQAKNVLNWIFQEFIKFCTTPSHPLVIFLDDLQWADQASLELMTYLMTQPSIKHLLWIGAYRDTEVTPSHPALQSITALQEASITVQTLTLAPLQLKNLCQWITDSLHKSIMDAQPLVELIFQKTAGNPFFVKLFLQSLYDEQLLTFAPQSHWQWDLDKIRQHPATENVITLMTYQIQQLPVSTQQALSIASCIGHRLVLSTLQTAMACSHQELEKSLQPALNSGILIQTDHEIYFAHDRVQEAAYHLLPETIKTRTHLMIGRRLLVSPTSEEKLLSDIVAQFNRCCSLVTDSQERLHIARLNLKSGQKAKQSTAYGVALDYLHTIPKWIDTEILWQSDYPLAFTFHKELAEVEYLGGYMDTSQAIIADMQPRLQSNLDKVDIYHLLIIQKTLQGHYQEAIALGHKTLQLLGIWLPLDNLTEFIQKATDDIKQKLHNIPLSSLLNAPLVVEPEKKALLKILESLVAACYFAGSELLTAATLMSIDLALTYGHAPESCLGYTVYGSLLCNRFEEHALGYEFGQLSIQLAKKLQAPAQHCKSLLIMLALISPWSKSIQQLPALLTDGYKVGLACGELEYAGHCVSMKAQLLFYQGMSLAKVQQEILPLLQFTYNTKNQVAINTIQTVQRLVVNLIGNTLDEWNFDADAITEARFKKSCQQASSFYSLCLYQILKAQTFYLYGHFKQAFGQLALVKQHLVLILSQYATALFNWYDSLVRLALYPTSSIADQQIYLQQVIKNQQQMQKWQASCPANFAHKYALVEAEIFKLQENYQQAEAYYDQAIELADRHGFIQEKALAAELAAKYWLTRGKTLSAQGYLNTAFNGYKQWGAKRKLMQFKTQYEYLLKDLVPPSLSYLTVNQETTLSSNTLRYLDLSSILKASQTISSEIELPKLLRNMMQIIIENAGAQQGAVLFVEAGDTVVVQAEYASDNTITTLQKIPLADWEHGAHTVIQYVKRLHQSVVLDNATIHEQFKIDPYINRTQAKSILCIPLLKQTELRAILYLENNLMTHAFTPEHMQTVLILTAQIAISLENARYVAEQLALTQQLAEQSTRRKIAEESLHVVTHDLKLALEASQAGTWSWWIDSNKVVWDATMYALFGLTPDTFRGTFEEVRERVHPEDKEQFEKNIDNCVKQSTPHSIDYRVIWPDGSQHMITAHGQVYRDTTSGSPIKMTGVCLDITERKKLEQDRLEALQQAKEKEQQRADEAERYFKQQEEFINTVCHEIRNPMNGISNTVVFLEEKITSLKKLKESLPGSFQPELKELLPTLEEDIQTIQHCVNHQLVVINGVLNLSRLEAGKEKLLLKPFKPKTIIEESILLFTSQLKTKQLNLIIDLPKQAIAIQGDPERFKMILINLISNAIKFTEKGHIKISFQTQAVDSTHVELVIRVEDTGIGMTPEEQSCLFQRFSRPLSSQYEGSGLGLAISKKLLDLMGGTIQVDSVKGQGSTFTIHLTCEMVDIGEKLIYQKPPAPLPILPPIAVKHILIVEDNIVNQKILRRQLEAAGYTCMVADNGQKAIEAIGAIEEVETLEQWNLAAFDLILMDLEMPVMGGIEATGWIRKKEQQLGVPSIPIIGLSAYAEEIYGETAKKAGMDAYNTKPYRKEELLKTIQSLLSRPLEPASE
>NC_010830.1|WP_012472715.1|696180_696741_-|recombinase-family-protein
MRTFGYARVSTSQQSLDIQIKALEEAGAQAHRIFTDKSTGSNTEREGLQLLRLKIEKGDLILVKKLDRLGRDTLDMVQLVKEFDGIGVAIRFLDDGISTEGAMGKMVVTILAAVAQAERQRILERTNEGRLEAKANNIRFGRKRSVDREKVIGLYKAGVGATQIARQTNVGRSTVYKLLSETSTSL
>NC_010830.1|WP_012472714.1|692468_695873_-|SEL1-like-repeat-protein
MKQERPLINRLGTHILVSAILLFLVIGFLEGCSESYNHIIPNSKRSKDSKSKSVTQPPSSNNTEASKGAYLQADKKYDSYFNKLPAEILQEGQLHPNNTSTNQYKVTFFDSPTDSFIENEDDTSNIVEPSFEKDQQLVSKTPINQNKGFLAKDLLSNQHREAKKQAMQEKEVQLINKIFGVQGGYIVRFYKERNIWKAEVTDDASTKFHLIANLGEDEELIENINRLLTIDNYQPDKPPSKLIQVVFPTASQAGVVYIGGLLGGSRKKIKRITVSSSSSSGEGEKGQEENKQEQARKELENKLKNILSQLDKLDSKKDKAKYNNAKEFLLSFPWEQYKQYLGNQETTEQGSELLEWATIYYKKIAKTKNSTAAKALIKLRALGLYVPNNLDKHAIEWYQQAVESAIQGTELNFGEFQASAKKEFKLSIEDLERRKKKRTTSEPSWQGPMRISDLIVMDLDVNKAPGEVAWGGNYDSFKEANADMIFGPLFEYANTRKYEDAIMTIDPSGKGTDETAYCVAKRCGDYYYIMDVGGMAGSYARENLESEDEENPKHSLGNSPEVLKKLILIAQEYGVSRIIVENNNDKSFVKLLEKEMLELESSKDVKFRVIKFDSVHQGKNKEKRILETLRPLLINHQIVINREALKNDFESKPQDNLYYKFFYQLMSIVKNKAHSTSYFDGRKPLHDDRVDAVADAIRYLKDRKDNLDNTKEDLKKLKDRSRKGNIDAQFELARRYKDGIGVSENFEAAIGLYELIAGNKNIEKKKDKYTEALFNLAQLYQIKWKEQQIQIEQEKQKKGKEKNKSEEYSLEQISEFYRRAADQGHAGARYELGRLYEKGLVKQKAHKGKGENKTNASIAINMFEIAVDKGHAKAAYRLGKIYQNGLLELEKNPIKAMKYYTTAANMGNMKAKLYLANMYYEGKGIEQDYKKAKKYYKGAAEFGYLEAQIRLADMYYEDQEGQNYIKAFKWYQEAAIQGSQEAQYRLGKMYENAWGIKRKDLEQALRWYKAAAEQEHIDAQFEVGRLYENMDDYIEASEWYEKVASQGHAEACFKLGNLLLGDKLGEMDETRAIELFETAADQGHANAKLRLALMYSLGKGVEKDEAKALEYYESDDVLPTELLENIVKRERADS
>NC_010830.1|WP_148204928.1|690877_692398_-|hypothetical-protein
MSKHSSFLKVLFLICSITIFLQSCNLENLPPAIAQQKVTTHQAAKRTFIRKAKRNYSNAKTNMPLVPKDGTKVIVIEDDSTSKVAFLKKEEVNALKIPDEKERSSASLMQPAKRKREQIIDLTATEEETSITASESIDTDGPLKKKTRQGKLNFLDLPTELLEEVVSYLSYKEAMITRELNHHFYSLITGYEQVGKVGVDNKPDRSIPQAKWSSIKQLDFKKYTNKLSSMPSFIFYQFLREVKNLPPIYWPYLADTQVHTVNLSLNKIGCEGVALLGKCLQSSKVRAVLLWSNLIKAKGAQAFAKSLAVNKTIRKIDLSSNQLQAAGAAALTKHLPKQIKTIHLTSNQIKDEGAIEVAKNIKLIELDEMNLERNRIGDKGIIGIIENIQSSLLKRIYLGGNEITDKGIIEMSDKLKNTILEEISLVSNKITNKGALALIKGCQGTNIQKINLSHNKGITDEGILEVAKELEGTQLEEIGLKPINLLKRETQALLREQYPHIKWIFS
>NC_010830.1|WP_083758812.1|688010_689957_-|SEL1-like-repeat-protein
MMYNSFRQNTKVVIHLLLILLLLESCKENNIPRPNTEEKKNKTSLEPNIVPIDGTTPNESVALISFHNINSSPPIAYNKYSNTSSVHLECDQSPSNYCYPKQNLSAVQKEEKHITEKELYEQYITGIRYYNTKDYQEAYEIFKEVAEQGYAKAQHKIGIMYMDGEYVEKDATIALGYLKKASEQGDKYAKESLWLLKYTLKEEKIRKNRAIAEHNYKLGMQFYYDDQEKDEAKAAECFTIAAKKGHNKAQYELGLLFFKGEGVSKNNQKAMKWLRRASKQGNREAKEKLHILALLVNLTINSSQDSWKKLFVNIGASEYWRMLLINPCKIDINSDMLKYSGFYSIETPDNIMAGIFHYINCHQLSMRSLHLQGRDIRLAPYINQCTSLEELSLTFNNLSRLPAYFSTLLTGLKKLNLSNNKFEEFPVCIERLTNLCELDLSCNRITFLPYSIDKLKHLRKLDISSNRLQTLPSSILNNDVSLKISVTQNPWLTKKELCPISLLAAKNIMYSKLPYSLQTLCANTILLYIKKSKADLRLSRPRKMWQDIINKLLCIEEDQLTIPSFVEEEIYTKLPKELSPRELPVLIKKEYEKKIDPLIIFFEKMNDQEVPFYVSNIMCTPSDINRVFEQYKKRDLPLFYLQKYLKSK
>NC_010830.1|WP_187146292.1|685783_687376_+|NAD(P)-binding-domain-containing-protein
MVLILASYKSPQKKQVLIIGGGPSGLVAAKSALECGLEPIVLEKDNVIGGAWKPHKGLMWNSMTTNSSRYTTMFSDFPWQPGTADFPNQRDVHNYLVAYADKFGITKHIHLESEVLHVKRSQKKWQVTWKEVGKKKQQKFDFVIVATGMFSKPYMPHLKGMEEFKGKIIHSKDYKSPEAFEHKRVVIVGGAYSGSQIATDISKNVSYVLNVISRPMYILQRYIKAHPNGSEMPVDFTFYNREEKINELNLTVQEKNRRAHKFYSELCHNQANICKLLAIDPNTGSSPYVTISDTYLEDIQAGRVEVTLNKIARLDKEGIVFNNGERQPADVIIFCTGYQLDLSFLDPVIQKELTFSPEDRLQPVLLHKNVLHPKLPNMAFVGIYRGTYWGVMELQARWANMIFGEMLPLPSTKTMLEGISHELVIRTQKPRPQFPHDTYAELLEDLGKEIGVLPNMNALKLEDPQLYEEMMKTPIIPAHYRLTGFGKNPAVARQIIDELYQFMQKDNVHKQAEVFPTAGNTDNIEGAINL
>NC_010830.1|WP_083758811.1|684605_684824_-|F-box-protein
MYKSVVIFFVMSLVLASCRTKLNSPAMKDSVEHDASKDIEETIELPDEVMLQVFSELSVKDILQASQVCKRW
>NC_010830.1|WP_148204927.1|683618_684497_-|hypothetical-protein
MHINTLSDLTTINQLVYKHKLSEQHPFCTYRELLMERYDWWKPGIIEEYAAQGNEKRIGNIIHKLSYGKKYSCYEEDPEAAMNVNELLVERGNQRAIQRKIRGFVYGNYIYEKQPKAAVSFINSLVKQGNQQAILWKIDGLTKGEYGYDKSPKAAAKFINSLVEQGNQKAIKQQIKSLLYSKWRYYKRNRSTFIALNDLLVTQGNESAIQRKIEGLVYGRYGYKKNLQFAITFNDSLVDKGNEQAVKRKIEGFTDGKYNYEGDSETAALNDSLVEQGNEQAIKRKIGGACLW
>NC_010830.1|WP_148204996.1|682203_683030_-|IS5-like-element-ISCaa3-family-transposase
MENSHLKTLKPEEFRRLTGVKAETFAKMLAIIQKAIQTKKAKVGRPNKLSCEQMFLMTLEYLRGYRTYFHISKSYGISESNCYYTIRFIEEALIKSGQFTLPGRKALLKSDMEYAVILIDATESPIERPKKKQRYYYSGKKKRHTLKTQLVVDKQTRAIICSSFSNGKRHDFRLFKESKVHISQHSQAIVDTGYQGLKRLHDKSLMPKKRSKKHPLTKADKRSNQQLASQRVLSEHIIGMLKRFKILAERYRNRRKRFGLRFNLIAGIYNYELLC
>NC_010830.1|WP_012472707.1|679204_681577_+|ribonucleoside-diphosphate-reductase-subunit-alpha
MLVVKRDGRYESVKFDKITARIEKLCTGLNTDYINPVDIAMKVIAGIYDKVTTVELDNLAAEIAASMATKHPDYTVLAARIAVSNLHKVTSESFSNTMKWLYTYIDPKTGENASLIASDVYKVIREHAALLDKTIVYKRDYDYDYFGFKTLERSYLLKINGKIVERPQHMLMRVAVGIHKEDIEAAIQTYHLLSERWFTHATPTLFNAGTPKPQLSSCFLLTMKEDSIEGIYDTLKQCAQISQSAGGIGLSIHNIRATGSYIKGTNGISNGIVPMLRNFDMTARYVDQGGGRRKGSFAIYLEPWHSDIFEFLDLRKNHGKEELRARDLFYALWIPDLFMQRVENNEEWSLFCPNESPGLADCYGEEFERLYKKYEREGKARKSVKAQELWFAILEAQIETGMPFMLYKDSANRKSNQQNLGTIKSSNLCTEIIEFTSPEEVAVCNLASIALPKFINQAGKFDHQKLYEITYVITKNLNKIIDINHYPVPEARTSNFRHRPIGIGVQGLADTFLRLRMPFDSPEARGLNKDIFETIYFAAMTASKDLAKQYGPYETFKGSPISKGIFQFDMWGVEPSSGRWDWETLRKEVQLHGVRNSLLLAPMPTASTSQILGNNECFEPYTSNIYTRRVLSGEFIVVNKHLLTDLINLGLWDENMKNELIAANGSVQRIDRIPQHIKELHRTVWEIPQKAIIDMAADRGAFICQSQSMNIHLLDANFAKLTSMHFYAWKKGLKTGLYYLRTRPAADAIKFTLQKEQALNDIPVPQKKVEQQVSMVCDAEDSEDCLVCGS
>NC_010830.1|WP_012472718.1|709176_709440_+|hypothetical-protein
MIDIKKSEKTADRYKWYIYEVIEQLKEAYEETNEYLKSSSFENDNEKMFISGIGMGYYHALEKFRNQAEIFSIHLKEIGLEEEIKIS
>NC_010830.1|WP_012472719.1|709453_709711_+|hypothetical-protein
MKEINYSFKGACPDQFKEFLQQKGWKIEKLKKDKPGFKAINPTNTSDIIKIIEVDPSKLKDGTDIISVKKVHILKEAIKNGSEFL
>NC_010830.1|WP_012472720.1|709736_710129_+|hypothetical-protein
MLTNFQKHVFEEIEETGEYTFILLIPYFLEIEKGNKLLANGNGIGAYPQNYYINDSDFIILKNQVTKLFSNYNLGIYRYIGFEIAGRESSEWEDSHVLLSKDETNRILNNKEKWIYKQGAPSYLLAEKVE
>NC_010830.1|WP_012472722.1|710521_711340_+|IS5/IS1182-family-transposase
MHLTYTRISKYPYNFRRITGLRLETFEQLVLKVRPLFEELESSKLRQGRMSHLPTMEDKLLCVLMYYRTYISHVFLGYLFNLHNSNICRLLRKMEPLLAKKISIKKDCSLTSDKVLRILADVSEQPTQRPTKKQKKSYSGKKKRHTIKTEIVMGEDGKILSVSKSHKGKEHDFKIRKGEKLLPKESLKLADSGYQGWQKIQSNVMIPYKKSRKRPLTKEQREHNRKLSSIRMKVEHKIREIKVFKIIYRNFENKYNLRFNIIAGMINFKHAF
>NC_010830.1|WP_012472723.1|711425_712370_-|IS481-like-element-ISCaa11-family-transposase
MGQLLHKCARTTEKTRREIQLSKESIATLARGYGVNRKTVAKWKNRTTCQDAAMGPKVRRSKVLTQQEEGVIIAFRKLTQLPLDDCLYTLQETIPHLSRSTLHRCFQRHGCPKLEKVQTKEKVAKKHFKAYPIGYFHIDIAQVQTAQGKLYLFVAIDRTSKFCYARLYPFASKSAAVGFLQDLIAFVPYNIDKILTDNGVQFTNRKEGELGLEHMFDRICEQEGIVHRRTQLAHPWTNGQVERMNRTIKEATVQSYYYSSHQQLERHLNDFLLAYNFARTLKALKGKTPWQLIEEQWQKNLTFFIKILIPSLRD
>NC_010830.1|WP_012472724.1|712998_713166_-|hypothetical-protein
MATIELRLDINEVNVIIKALSDRPFKEVYELLGKIHAQSNAQLSQNTAEGKNGKG
>NC_010830.1|WP_012472725.1|713228_713972_-|hypothetical-protein
MSIASRVQLKKAFEKGAIPTEQDFSNLIDSMIHKQEDGLISEDEGLRLSPKGSDRRLLTFFDNLNGFKPSWAIEQYPKNSSEFGLNLVDQQGESKLFIRYDGNVGIGTLNPTNKLEVNGNMSMHGRRGTYMSGQVPGDGSWYTITPKLSQCHAFEIIAKVSKAGRGLHAMLHAFALSTFKGSKSPITKTHAYYNSFRDKIDIRWAGTNFNYALQIKTKRNYGAGNMISYYITNLWWEEGEESVKESK
>NC_010830.1|WP_012472726.1|713976_717753_-|baseplate-J/gp47-family-protein
MNIEDKKQSLLFKRGGTCQEERLLQGLLNNDRLIDSKGLDEYIVFTYLYSDLLKFYENQNESVNYNAWRSFIEFDDTTIHSLILHTQLNKLKEPISNYFLALKRIKSIELDNKHLKGLLSTLEEILLLFNYWHENLSEESVVKLEIYNLIRYELNGDITFLYNLLKQESNRGLTNPPIPFFKFIESLWDKHEIWERNLTGLDEGLDAVTMHQQVQNTLNDLFDSIFNGMANLQKLAGENYTSTLISQQHRPQAALIIAFLRLLEYAIVHMNHIPQRHLDYYYREVLKFSEEPVKPDKVYVHFLLKENKKNFLLAKGLQLTAGKDEAGQDIIFETDKSLVVSQAKISRIHTFNLLTQTHDSDESFPKIDLDVATYEPEAIYQQKKYLNLFSNDTSAQITTLGPIGFLIASPILYLKEGKRKITLGFKFEKKTFEALVQSVKEGDTVASNEVYDKLASRFNETITVQATTEEGWTSIPQNSVSTTVKSEKSYLEITLMLMPDILPIVKFSSELHGELDRIEAPSLRILLHPESPLAYIFLFKEVALERLTINVDVTDYRGLVLQNDLGLIDTSQPFQPFGPFPKLHSNFYIGSDEIFYKDLTNFKINITWVGLPTMDNGFKKYYEAYPGKITNQDFQINVSYLKHRQWNPFYPENRQKIALFEVEKKLANTVENLKEKRTIGEIDFDKLGLLRQIYALNPPVWTAKTLTGFLKLELDGPDMAFGHTIYPTVLAQTTILNDKNKHKKQVDVPILNEPYTPVIKSLSVDYSAQDQIYLKKAHEPANQNSLKRYIKLMPFGYKAEFPKATKDFAHTINADTGECFFTLGIQNLNASIMRLHIQVDEGGINPDSEFTKPTWSYLSDNNWVNFKENEIIADETMGLTKSGIIVFIIPTAANDSNTLMSTGLIWIRGNFPPNSSSLPKILGMYTQAVSATRKIDTSKNSEQPTRLPAYTIQGILGSSIAIESVVQPFPSFGGKPAETQTKLYTRISERLRHKDRAISAWDYERIVLERFPEIFRVKCINHSRKNQPFVLQPGRVTLVVIPTIKEAILGKNSLPQASKQLLESIKQELQKSASPFVSIEVINPVYEEVRVNLEVKFKRGYEKGIYSNELQRAIKSFLSPWLFNKSEDIRLGVIIPSSKIMDFISKRYYVEAIGNFSILKYTGSNITKITDYDNQLMSTYSWSVMFSSDNHRITVVDNIDPNSNLRYGGVDDMSVEDDFIIGPWKSNSEQKWIEEVQEEEIQESLEEYYLITKKYIKH
>NC_010830.1|WP_012472727.1|717921_718518_+|hypothetical-protein
MRKTILYIISLCFIGAITGSNNVYARITPTLYTYNLLAVLDESAEKADKNADVTTQASDRKEKKLKTLIEGEAKRQGLMTGIMSGIIFLYSSISDLLLHPVLTIVLSTLTLGLIALGIFIIVVLRREDFSALSKLVSFGILYFLLYIDLLFIIYEQRRITMMFFRLDKDILLVVLATIVGYFVGRYSSRKVFEEKVLP
>NC_010830.1|WP_012472728.1|718613_720548_+|threonine--tRNA-ligase
MHNHTVNIALPDGTIKSFAKGVTSLEIAQSISERLSQQILASLVNGEVWDITRPITEDAAVKLLTWQDEDGKKAFWHSSAHLMAEALESLYPGIKLGIGPAIANGFYYDIDFGDYDFDATHLPRIEEKMLELARQNNLYQGIVVNKPAAISFFQKKGDPYKVELLEGLQDGSITFYKHGNFTDLCRGPHIPHTGFIKAVKLLNISGAYWRGNEKNKQLTRIYGITFPQQKELKAYLELLEEAQKRNHQKIGKELKLFTFSEKVGIGLPLWLPRGTVLREQLEQFLRRAQVKAGYQPVVTPHIGHKELYMTSGHYDKYGEDSFQPIRTPHEGEEFFLKPMNCPHHCEIYKHEPRSYRDLPVRLAEFGTVYRYEQHGELHGLVRTRGFTQDDAHIFCRNDQVREEFAKVIDLVTYVFSALGFSDYTARLSFRDPEQLHKYIGDQEDWDKAEEAIEEVAKLRKLNTTKALGEAAFYGPKLDFMVKDALGRNWQLGTVQLDYQLPVRFDLSYTGADNKKHRPVMIHRAPFGSLERFIAILLEHTAGKLPLWLAPEQVAILPISEKFAAYAEEVNQNLRNKDIRCFIDHRDEKIGKKIREAELSKIPYMFIIGEKEQLERTVSVRKQGAGDQGSFPIDKLVQEIVEDIS

Crispr_ID: NC_010830_3

• CRISPR_ID: NC_010830_3
• CRISPR_location: 764804-764927
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010830_3

Consensus_repeat	Method
TACTTGGAATATCAGTTACTGTAGCCGTTAGGCTAAC	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010830_3

>3.1|764841|50|NC_010830|CRISPRCasFinder
CTCTACGTTTGTCTTTTCTGCTTTATTATTGCTTGCTTCTATATCTACAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010830_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010830_3

>merge|NC_010830|3|764804-764927|CRISPRCasFinder
TACTTGGAATATCAGTTACTGTAGCCGTTAGGCTAACCTCTACGTTTGTCTTTTCTGCTTTATTATTGCTTGCTTCTATATCTACAGTACTTGGAATATCAGGTACTGTAGCCGTTAGGCTAAC

>NC_010830|3|3|764804-764927|CRISPRCasFinder
TACTTGGAATATCAGTTACTGTAGCCGTTAGGCTAAC	CTCTACGTTTGTCTTTTCTGCTTTATTATTGCTTGCTTCTATATCTACAG
TACTTGGAATATCAGGTACTGTAGCCGTTAGGCTAAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010830.1|WP_012472757.1|759642_760701_+|M42-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|349906
NC_010830.1|WP_012472755.1|756073_757612_-|YifB-family-Mg-chelatase-like-AAA-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|223679
NC_010830.1|WP_012472758.1|760997_763328_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_044282770.1|776323_776821_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472752.1|752116_752845_+|SAM-dependent-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|381176
NC_010830.1|WP_012472751.1|751032_751734_+|outer-membrane-beta-barrel-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372635
NC_010830.1|WP_012472754.1|754778_756062_+|tyrosine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|235645
NC_010830.1|WP_148204931.1|748372_749749_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|235549
NC_010830.1|WP_012472769.1|781272_781641_-|preprotein-translocase-subunit-SecG	unknown	unknown	gnl|CDD|377143
NC_010830.1|WP_083758814.1|747071_748007_-|DMT-family-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|223769
NC_010830.1|WP_012472763.1|772902_773259_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472760.1|768707_769229_-|16S-rRNA-processing-protein-RimM	unknown	unknown	gnl|CDD|234650
NC_010830.1|WP_044282983.1|757853_759152_-|DUF2851-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378539
NC_010830.1|WP_012472766.1|777218_779009_+|arginine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|223097
NC_010830.1|WP_187146307.1|769323_770784_-|UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,-6-diaminopimelate-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234660
NC_010830.1|WP_012472762.1|770787_772902_-|transpeptidase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223839
NC_010830.1|WP_012472768.1|780060_781071_-|bifunctional-oligoribonuclease/PAP-phosphatase-NrnA	unknown	unknown	gnl|CDD|223691
NC_010830.1|WP_012472753.1|753612_754440_+|IS5-like-element-ISCaa6-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372577
NC_010830.1|WP_187146296.1|779081_780050_-|FKBP-type-peptidyl-prolyl-cis-trans-isomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|223619
NC_010830.1|WP_012472764.1|773454_776292_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010830.1|WP_012472757.1|759642_760701_+|M42-family-metallopeptidase	gnl|CDD|349906	cd05656, M42_Frv, M42 Peptidase, endoglucanases. Peptidase M42 family, Frv (Frv Operon Protein; Endo-1 4-Beta-Glucanase; Cellulase Protein; Endoglucanase; Endo-1 4-Beta-Glucanase Homolog; Glucanase; EC. 3.2.1.4) subfamily. Frv is a co-catalytic metallopeptidase, found in archaea and bacteria, including Pyrococcus horikoshii tetrahedral shaped phTET1 (DAPPh1; FrvX; PhDAP aminopeptidase; PhTET aminopeptidase; deblocking aminopeptidase), phTET2 (DAPPh2) and phTET3 (DAPPh3), Haloarcula marismortui TET (HmTET) as well as Bacillus subtilis YsdC. All of these exhibit aminopeptidase and deblocking activities. The HmTET is a broad substrate aminopeptidase capable of degrading large peptides. PhTET2, which shares 24% identity with HmTET, is a cobalt-activated peptidase and possibly a deblocking aminopeptidase, assembled as a 12-subunit tetrahedral dodecamer, while PhTET1 can be alternatively assembled as a tetrahedral dodecamer or as an octahedral tetracosameric structure. The active site in such a self-compartmentalized complex is located on the inside such that substrate sizes are limited, indicating function as possible peptide scavengers. PhTET2 cleaves polypeptides by a nonprocessive mechanism, preferring N-terminal hydrophobic or uncharged polar amino acids. Streptococcus pneumoniae PepA (SpPepA) also forms dodecamer with tetrahedral architecture, and exhibits selective substrate specificity to acidic amino acids with the preference to glutamic acid, with the substrate binding S1 pocket containing an Arg allows electrostatic interactions with the N-terminal acidic residue in the substrate. The YsdC gene is conserved in a number of thermophiles, archaea and pathogenic bacterial species; the closest structural homolog is Thermotoga maritima FrwX (34% identity), which is annotated as either a cellulase or an endoglucanase, and is possibly involved in polysaccharide biosynthesis or degradation.	4.47315e-125
NC_010830.1|WP_012472755.1|756073_757612_-|YifB-family-Mg-chelatase-like-AAA-ATPase	gnl|CDD|223679	COG0606, COG0606, Predicted ATPase with chaperone activity [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	0
NC_010830.1|WP_012472752.1|752116_752845_+|SAM-dependent-methyltransferase	gnl|CDD|381176	cd11649, RsmI_like, uncharacterized subfamily of the tetrapyrrole methylase family similar to Ribosomal RNA small subunit methyltransferase I (RsmI). RsmI, also known as rRNA (cytidine-2'-O-)-methyltransferase, is an S-AdoMet (S-adenosyl-L-methionine or SAM)-dependent methyltransferase responsible for the 2'-O-methylation of cytidine 1402 (C1402) at the P site of bacterial 16S rRNA. Another S-AdoMet-dependent methyltransferase, RsmH (not included in this family), is responsible for N4-methylation at C1402. These methylation reactions may occur at a late step during 30S assembly in the cell. The dimethyl modification is believed to be conserved in bacteria, may play a role in fine-tuning the shape and functions of the P-site to increase the translation fidelity, and has been shown for Staphylococcus aureus, to contribute to virulence in host animals by conferring resistance to oxidative stress.	5.23015e-133
NC_010830.1|WP_012472751.1|751032_751734_+|outer-membrane-beta-barrel-protein	gnl|CDD|372635	pfam13568, OMP_b-brl_2, Outer membrane protein beta-barrel domain. This domain is found in a wide range of outer membrane proteins. This domain assumes a membrane bound beta-barrel fold.	0.000125767
NC_010830.1|WP_012472754.1|754778_756062_+|tyrosine--tRNA-ligase	gnl|CDD|235645	PRK05912, PRK05912, tyrosyl-tRNA synthetase; Validated.	0
NC_010830.1|WP_148204931.1|748372_749749_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|235549	PRK05658, PRK05658, RNA polymerase sigma factor RpoD; Validated.	0.0076434
NC_010830.1|WP_012472769.1|781272_781641_-|preprotein-translocase-subunit-SecG	gnl|CDD|377143	pfam03840, SecG, Preprotein translocase SecG subunit.	1.21266e-10
NC_010830.1|WP_083758814.1|747071_748007_-|DMT-family-transporter	gnl|CDD|223769	COG0697, RhaT, Permeases of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily [Carbohydrate transport and metabolism / Amino acid transport and metabolism / General function prediction only].	8.30364e-16
NC_010830.1|WP_012472760.1|768707_769229_-|16S-rRNA-processing-protein-RimM	gnl|CDD|234650	PRK00122, rimM, 16S rRNA-processing protein RimM; Provisional.	4.14673e-22
NC_010830.1|WP_044282983.1|757853_759152_-|DUF2851-family-protein	gnl|CDD|378539	pfam11013, DUF2851, Protein of unknown function (DUF2851). This bacterial family of proteins has no known function.	0
NC_010830.1|WP_012472766.1|777218_779009_+|arginine--tRNA-ligase	gnl|CDD|223097	COG0018, ArgS, Arginyl-tRNA synthetase [Translation, ribosomal structure and biogenesis].	7.74637e-129
NC_010830.1|WP_187146307.1|769323_770784_-|UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,-6-diaminopimelate-ligase	gnl|CDD|234660	PRK00139, murE, UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase; Provisional.	0
NC_010830.1|WP_012472762.1|770787_772902_-|transpeptidase-family-protein	gnl|CDD|223839	COG0768, FtsI, Cell division protein FtsI/penicillin-binding protein 2 [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	1.61789e-104
NC_010830.1|WP_012472768.1|780060_781071_-|bifunctional-oligoribonuclease/PAP-phosphatase-NrnA	gnl|CDD|223691	COG0618, COG0618, Exopolyphosphatase-related proteins [General function prediction only].	1.97904e-48
NC_010830.1|WP_012472753.1|753612_754440_+|IS5-like-element-ISCaa6-family-transposase	gnl|CDD|372577	pfam13359, DDE_Tnp_4, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	9.83625e-29
NC_010830.1|WP_187146296.1|779081_780050_-|FKBP-type-peptidyl-prolyl-cis-trans-isomerase	gnl|CDD|223619	COG0545, FkpA, FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerases 1 [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	1.88598e-30

Protein sequences

>NC_010830.1|WP_012472758.1|760997_763328_-|hypothetical-protein
MHEKLQKIKGKVATGSLQLDADGLGSAPLAKQLKQAFGNTLKLKIKDNSLQEGADYIQFQATADSLLGIYYQNINIVFYIYQEDIACLIAAVLPKIWNFSWAYPDLPPYTPMMPEAKTTASFFNRLSFVEPIQALFSSHDFPEGHTPHGKLKLVNVNPDLYENKRIYSGINYLCILDLYSLPLLSANLLQFMNISGSLSTYFYGHVEQQEEDHAQLQLIADLSLEKELDIFKFAINQLKLYTSTSVYDIRPFSGVSLLGEISIEDQQSQSMELVWPIGSTSLMFQNDQSIPFPGFATFKEYFPKDYARFPIELKGDELAIHELKLTLSLISPAISHIFLSIGTHENWKRLSLIQDIISIENLDLQWDITPGNNKNTQFYILSDFNVGGGIVEVSAGLPDFVFYGDLGLYQTVNFSQLFTHFFPQAHLPEVEVLDLSVEADIQQKTYNFEIEIADGWELALQGAKGAKPLPLKNMSMQLEHDSYSTFATITSVLYIAEVPIKLVAMKDSQESNKGWEFTGSTGLYQEISINKLLKYMAKQFGLSDSDFPQVLEGLTFSNLELYFETLVQAFRFTGEAQFEIEEDNAIDITVQIDLKKNELGAYEKTFSGFLTIGDLVFDIEFSKNLQDSILIATHSYLEVQKIHIQKLVEKVSPSVAKVLSISEYPMETKDIILGVDRSTTHTSHRSESATSSDSPTTFFFGLDVVGKSSPTGQNVQADKNIPVFITSQEIESTQAQKFNQLIKQRQLNLPKNGIPQGIMPMLEDSKGREPANQPAP
>NC_010830.1|WP_012472757.1|759642_760701_+|M42-family-metallopeptidase
MQLNLPLFKKVSETPGAPGFEQRIRQLIIEEIRTFVDHVEVDHMGNLIAVKYGVQQPSHEKKVMVAAHMDELGLIVKYIDQEGFIRFHTLGGFDPRSLIGQRVIIHGKQDLVGVIGIKAIHFMTEEERKRPLEISDLYIDIGRTQQQAATYISIGDSITRERSLIELGNCITGKSLDNRTGVFVLIEALRTLQEVPYDVYAVFTVQEEVGLRGAQVAAHHIEPYFSLALDTSTSLDVPNVQPHDRVARLGDGAGIKIMDGHTICDCRMVDYLKTIATQHNIAWQTDIKAVGGTDTAPLQRMPKKGSIAGALSIPIRYAHQVVEVVHQADAISAIQLLQQALVGLDTYSWEQV
>NC_010830.1|WP_044282983.1|757853_759152_-|DUF2851-family-protein
MQEEYLHYIWKFQYFDKQNLTTCQGEKLIILSPGISNDHAGPDFLNAHVILNDISWHGHIELHVEASAWQAHKHHLDPAYENVILHVVWDNDKTIQHKDNTILPTLSLKNRTSPTLLQQYQELIQVPRTIPCENQIHQVADIVKTSMLDKALFQRLTNKNSLVYQLLANNQGDWEETAYQLLAYNFGFKINSAAMLELSLTLPLKIIKKHRNQPLQLEALLLGQAGLLTTNNKEIPDSYRASLVQEYTYLSHKYQLNTAKLSKIHWKFFRLRPANFPTIRISQLAQILHQQEHLLDWLIHTRPEILRNELCIIQSSYWQQHYTFEKSSTRKVPGLGVSSIENIFINTVVPLLVAYGKSHDQSSYIDGAIALLQSLPPEHNNITHKWKKLGMQVENAFDSQALIELFNNFCTQKKCLNCNIGITLLKAPLTSK
>NC_010830.1|WP_012472755.1|756073_757612_-|YifB-family-Mg-chelatase-like-AAA-ATPase
MITSTFGGAVYGVSASLISIEVNIVQGTHLYMVGLPDNAIKESQHRIESVLKHIGCEMPRQRVIVNLAPADIRKEGAAYDLPIALCILQASKQYALRQLGEYVIMGELALDGTLRSIKGALPIAIEARAKKFKGFVLPQENAHEAAIVNNLDIIPVKNIQETLAFFSGSQHIEPLTIDTREIFAEKVQSYALDFADVQGQENIKRALEIAAAGGHNVIMVGPPGAGKTMLAKRIPSILPSFNLHEALETTKVYSVVGKLGKQGTLMTSRPFRSPHHTISDVALVGGGTIPQPGEISLAHNGVLFLDELPEFKRSVLEVMRQPLEERKVTVARAKISVDFPANFMLIASMNPCPCGYYNHPSKECVCPPSAVQRYLNKVSGPLLDRIDLHIEVTPVPFDEMTAKRKVEDSAAIQARVIEARNIQQERFKKHSGIYTNAMMPSAMVKDICCISKLGQNLLKTAMERLGLSARAYDRILKVSRTIADLANSETIGENHLAEAIHYRSLDRQTWGS
>NC_010830.1|WP_012472754.1|754778_756062_+|tyrosine--tRNA-ligase
MYDFIANLRWRGMIHDITPGLEAQLQKEMITGYIGFDPTAPSLHVGNLATIMLLKHFQLAGHKPIAVVGGATGMIGDPSFKSTERKFLSEEELLHNQSCIMKQLKCFLDFSSSANTAELLNNIDWFKDFGFLRFLREVGKHISINYMMAKESVKRRLEDGISFTEFSYQLLQGYDFYYLYNTKGVKLQMGGADQWGNLTTGIELIRRKTGEEAFALTAPLITKADGTKFGKSEQGNIWLDSTMTSPYEFYQFWLNCTDEDACRLIKVFTLLSKEEIDNLIELHVQAPHQRILQKQIAKELTIRVHSETDYMQARKTSELLFGHATAEDLWELSEKDFKVIFKSIPEVHITLTQLTEAEHMLDLVASTGFGIMFNSKGEVRRAIQEGSLSVNKEKITDPLQKPNLKLLQDKYLLVQRGKKHHYLIKVS
>NC_010830.1|WP_012472753.1|753612_754440_+|IS5-like-element-ISCaa6-family-transposase
MHLTYTRISKYPYNFRRITGLRLETFDKLVQKVRPVFEKLEASKLRHGRRSHLPTLEDKLLCVLVYYRTYISHVFLGYLFNLHNANICRLLRKMEPLLAKKISIKKDRTLTPDKVLRILADVSEQPTQRPSKKQKKSYSGKKKRHTIKTEIVIREDGRILSVSKSHKGRVHDFKIRKGEKPLPKESLKLADSGYQGWQKLQSNVMIPYKKSRKRPLTKEQKDHNRKLASIRMKVEHKIREIKVFKIMAEVYRNFQKKYNLRFNIISGLINFKYAF
>NC_010830.1|WP_012472752.1|752116_752845_+|SAM-dependent-methyltransferase
MNSTSSGNLYLIPVPIVANTYNQVLPEYNRYIVQQIEHFLVEDVSSARKHIKAIGHAKPIAELHFNCLDKHNPMQDIRSFMQPLQEGKDIGVLAEAGCPGIADPGAWVVQYAHKNGITVIPLVGPCSILLALMASGFNGQNFAFHGYLPIDKVGRKQAIKKLEMAAWQSGQTQIFIETPYRNDIILEILLETCRPSTWLCIGKNITDPKGWIKSNTIQNWKEDKHMLHKVPTVFLLARQEQF
>NC_010830.1|WP_012472751.1|751032_751734_+|outer-membrane-beta-barrel-protein
MKRILLALASAFTITLSASTYAAAPLSFGIKLSGVNSTIAGLKEAKNPFAGNESNFLNIGGAGLAYVEYAFNDNLGLGLEAGYFFGKIGSFTQKTDKKNTYNITAHGVKLFPAIKIYPMGREDENGILKINVGGDLFMPLGLEGKASSADKADVADKGKDLTTLGMGAFVGVGYEFPFGLELDLRGSYAFTNVFKEESDFKKTYLGITNKDHKTNLMNINLTAGYNFAVLLEE
>NC_010830.1|WP_148204931.1|748372_749749_-|hypothetical-protein
MISLSTTYAMHTADNTSIKKESIASVIDKTKEPVEKEFDKIRKYHSYDPATNIWSRIEEFKTVEILEDTSIHRDEHYIYHSFWAYDSQQKKWKRVDIRDYGYRYGKYIPTVQSSTEAITAEEGNKEEKEDNDKKKKKGFWQNLGLTFAVGGGATYFHYQAKDLDLWIKRGENKYYLQSSNSSDTKQDKAHSIEWFDRRYKKGLTFKQPDTVVHDDRSLIHIPNKGNLYFQAWGVNIPITLGLHYTFFNRLRIGAGSNLGIHYVKHVKLKGDASGYADYEAPNPWFYNGNIFGTLAYKVFQKDKNAIVIDTQIGAAFDLGTEPWKNLTDWVRGPGLYGSLGIAHERKLNNYFKFFYRLAIDWKQYKDKVVDFHPTNSSVDIYQPAVHLEIGTILNFGRDTDDEDDDNSSDDSSSDMLGKVGQTVNEAEDKLRKAEETKRKAEEAKRKAQNTKSRLKGLF
>NC_010830.1|WP_083758814.1|747071_748007_-|DMT-family-transporter
MRNQTRIPNNRIIAWVLLITLSCIWGSSYILMKKALCFFKPQEIAYLRICSAAIVLLPYSLPQLKKLTFRHYKLLALVGVVGTLLPLFCFATAQLHINSGVHGVLNSLTPVFVLMVGIIFFKKRLFKNEILGVSLGILGTVLLVIIESRFFAGSFNYYILLSLLGSCLYGNTTNLIKYYLNDIKSTTIVSVSLLLIAIISGIYLATHPNIFIKMDTSIESYQALAYVLFAGIVNLGIANIILTELVKITSPVFTSTEALLAPIVSLSWGLVDGEQLLWEHYVGATIILLGVYFINKPKKEIPKQPVFNAEV
>NC_010830.1|WP_012472760.1|768707_769229_-|16S-rRNA-processing-protein-RimM
MNKNCVEVGKITQARGLKGCVVARIEPILESFDPINYIFIKIGHTLVPYQVEEITGQAQQVFIKFQHISDRDSVRELIGSSIWLSQEILDKLVVQEEPYIDIIGYQVTDKYQGELGIIKDIEQFPLHVCLVVDYLDKELLIPYEPALIQDLDHEQKKIIVELPMGFLEAMGCK
>NC_010830.1|WP_187146307.1|769323_770784_-|UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,-6-diaminopimelate-ligase
MILQELLNKVSVQQIIGDTNLPIKSICLDSREAEKDSLFIALPGSQVDGHQYIADAIALGSKAIICEKYPEHLATHVTYIQVSNVTQALGTIASNFYKNPSTKLKLVAVTGTSGKTSTVHLLYRLFRQLGYSVGMLSTIHNQINDQAFPSTLTTPNAIDINKALAQMVTAGCQFCFMEASSHAIVQNRLAGLELAGALFLNISHDHLDYHLTFDAYIQAKKKLFDELTANAFVLYNIDDKRGKIMIQNTRATTYSMAIQRPADFTAQVLANTWQGLELRIGGQNVWFQLLGTFNASNLLAAYATACLLGQPSQDILVALSSIKPITGRFQHIHTPKKPDVIIDYAHKPEALEKILLSIQQIRESAKQQGKIITIIGCGGNRDTQKRPMMARIAYKLSDQLILTSDNPRYEDPKAIIEEMKQGLRSAEQLKTITIIDRAEAIQAAYQMAQPADIILIAGKGHENYQEIAGIKYPLSDEEIVSKLMAV
>NC_010830.1|WP_012472762.1|770787_772902_-|transpeptidase-family-protein
MDAKQTILLRTRIAFLGLFVFAVAVVAKLIHIQFVQGKKWTKLAQVATLEYRPIQPSRGNIYAQDGNLLATSLPFYKVAIDPCIADNELFESNIKLLSTLLAEFYQDKPAQAYYELLCEARRNRKRYLLLNNKQITHHDKRKMSEWPIFREGRFRGGVIFEKTEKRFKPFRELAARTLGFVNKNGNGVGLECSFDQILRGVEGGAVYQKLTGGSWKMIQSSNTKKPINGYDLITTLDINLQDVAHTSLLKVLQQSQANYGAVVVMEVATGEIKAMVNLGSVAPGQYQEIYNYAAGSQGTTEPGSIFKLVSMLALLEESNLELTDTVDTGEGKYKFHNLTMSDVKRGGHGIITVQEAFEQSSNIGIAKLIDNTFSEKPQKFIDYIRQLGLDKPLGIQLQGEGIPFIKHPKHRAWTKVTLPWMSMGYEVKLAPLQLLTVYNAIANQGKMLKPILVKEIRYANRTIETYTSTVLNKKICSDQTLKKLQTMLEGVVERGTAKKFKHGFYKIAGKSGTSNKIKNGKYSDATYASFVGYFPADKPRYSCIVVIDDPQGTEYHYGGQVAAPVVKEIANKLSAKDLVSAPYIRPIHSTEWHTPLPKFRVAYKDDWQVTIQTLGINFPSPLNSDEWLQVIQQEEETIWKPYSNFSTSQVPRVVGMPLRDALFLLESRGLQVTLQGYTDGYVKAQSLTPGTQVKPGQTITLELN
>NC_010830.1|WP_012472763.1|772902_773259_-|hypothetical-protein
MAKNAYKARKKKSGLFAYLERSLPFERLFMDGLPSRYIPVIAYSFLLGLIYVGNTHYYERTARKVDKLEQDIGALRMEFTSLKSSYMLDSKQSVVAQRVAPLGIHESNQPPFKIKLNQ
>NC_010830.1|WP_012472764.1|773454_776292_+|hypothetical-protein
MHHTSVLKKLLFIFALLLVALTSIGYFYYSRWQREVNQSSTIPYILESAALVCDVGAVGKQWNNFSTTTIGRDFATLPLFCDIQANLECLNQAGLNRNSLDELPLIVSIHGLSEEEIGYVLYLDIRTPATISLLAFLDNQKKANKYKVENRSYAGYTITTISQTTSRNTKTLHMLKQGSYVMVSFSELLIEDIVRGLADKKPSAFLSLRKSSHKQGSLYINFPKLSSLLRIFVKQEYSCKLASYLLNLAPAAQLELKLSNHYLLLTGLVNEVASSVDSCYWVSALSKAESSLFSLSSYIPSNSSVVQCYSFKDTGAFINGMYAYQSKQPNTQVPVTDDISTPSNLSLLNSLFKNDIALCTIGSDMRDQLLFIGTNDSGSAISILEESQLIVSPYEQQINQWSTVYTINPTVFKNWLPYIVFPEFEPRLLTIVDNYIIFANNFSTLKQLQRSYAQGNTWASQQSGANRFLASTLAYANYSMFANLQYAWPLIAQKLKPVWKALLDKHTINFQKCGYASFQFVNNTQSTQQPCYINLLFAHMAESELAKQVKSDTISAVKYFQTAAPIITKPIFVTTHKKVAPHLLVQDALSQLYFVDDIGRLIWKKKLEAPILSDISVIDLYKNNKCQYLFATSEAIHLIDYTGQEVSPYPQKLPHSGKGVGVNIIDYNQDKNYRILITDARGNIYLRDMHYRPLPGWNPKPLHIPFAVTPFHIRLDKDYFLSLQINGTLHALNRRGQSYAGFPINIKEPVCNPLIVQKGNYSTTTQLIVLTEEGTLNSYNLKGALQHSIQLEKTDYTVKFTLCSALEGSQSYAIFRQDLDKIAILDEQGKLLFEKEYESERALGCQYYVFGEYKFYVITDPIKKRTYIYNSGGKIINNSTPIHNNGQQVVLSFSEADQQILVYTSFNKSILKYQLAIEETLENRGGSVQDLFDTSKNFSNEGLEH
>NC_010830.1|WP_044282770.1|776323_776821_+|hypothetical-protein
MLHRFLKKAGVLYLVTTLAMLQMVCLPESSKEIEKARNGDNKKIELEEKKSNLITNLSSTKAEIEDIKGKGSDDETRNKQITAVCIKFLKEHYMPYIQVEKEYFAHLAKYEENISERKKYKVILECQSADIRRAEILLQKANSYNRLDNNEIYIFVLDLFKKAGI
>NC_010830.1|WP_012472766.1|777218_779009_+|arginine--tRNA-ligase
MNIDLVLREAIQNAFQSVFELSIPLADVNLQPTRKEFEGTHTLIVFPFTTTCKVSPEVIANKIGDWMQTNTQAIASYNVVKGFLNLSIKDTIWLASFNQMYQNKHFGYLPSNRQKIVVEYSSPNTNKPLHLGHLRNNFLGHAVSEILQAAGYEVYKVNLVNDRGIHICKSMVAYQHWGRGETPESRGLKGDQLVGKYYVKFDQVYKEQVAALTQTLGDAEQAAKQAPLLQEAQVMLKQWEAGNEEVLALWRKMNGWVYDGFDITYQKLGITFDKVYYESQTYLLGKEVVAEGLAKGTFYKKQDGSVWIDLTQEGLDEKLLLRADGTSVYITQDLGTADLRYQDFKPNKLVYVVGNEQDYHFEVLAKIMARLGRPYATDLYHLSYGMVDLPTGKMKSREGTVVDADMLIDEMIETAEEHTRELGKIDGFSKEEAKDLYHILAMGALKYFLLRVDAKKRLLFDPQASIDFQGDTGPFIQYTHARIAAVLRKVQQADIAFNDIVEQENFVLHPLEREVIVELAAFPKKLQESALAYAPAILAQHVLEIAKAYNRMYAELSILHEQDTKVQLFRIQLSVLVAQVIKTVMHLLGIVVPERM
>NC_010830.1|WP_187146296.1|779081_780050_-|FKBP-type-peptidyl-prolyl-cis-trans-isomerase
MLPTKLKKYTYAFIMAGILMNILISCDQCFYKTTSTGLQYRIEKKGEGPKPKNGELLLIDIVYKTKDRKVVLDYTNSDSPVIVRYSDSDSNLQADGGIYEAISMLKKGDRFIFKLPAKKALGRQFSEAATKHQLEENTLLYTHVYLKDIVNEKQLEQLQKEQFKAMLEKRKEHIAKQLPKDLEIINNYLDKKQIKASSTNSGLKYTIDKPGKGAHPQPGNTVKVHYVGKTLEGQVFDTSIAEVAQQHNMYDARRHYEPLEFRIGEGSMIEGFEEGIKLLKRHAKAHLFLPSVLAYGEAEFLPYIKAHSNLIFEVELVDILTQ
>NC_010830.1|WP_012472768.1|780060_781071_-|bifunctional-oligoribonuclease/PAP-phosphatase-NrnA
MDIIPAIEKEILSQPKRIVITMHTNPDADALGASLGLAAFLKKKNHHVSVIAPTAYPEFLDWLPGIDEVIIYEKNNQQLSFELIASADIIFCVDFAILNRINELASAVKQTKATKIVIDHHLDTEDFADVMLWNPKATAAAELVYELIEALGETDCIDKSIAECLYVGILTDTVSFKTPNTTPHVHRIVANLLEFGVEVAKINKLVYDSNSLNKLKFLSFILSNRLTVLPDYKTAYIAIKSADAKQFNLNTGDTEGLVNYALSIKGIVLAALIKEKYDRVCISLRSVGDFAVNTFAKEYFHGGGHKNAAGGMTNLSLEETINIFETLVKNNQDLLN
>NC_010830.1|WP_012472769.1|781272_781641_-|preprotein-translocase-subunit-SecG
MFTLLITFILITAILLILVTALQSSKKEGVGNSLGSMGAHQIIGVKKTSDLLEQITWGLLTSLFVLSLGTSLWLKKRNIGLPISPNLERIQQEYSLIEPSQDQQEAASTQVQQDTNTDTASK

Crispr_ID: NC_010830_4

• CRISPR_ID: NC_010830_4
• CRISPR_location: 872778-872930
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_010830_4

Consensus_repeat	Method
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATACTAG	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010830_4

>4.1|872829|51|NC_010830|CRISPRCasFinder
TGATAGTTTTAAGGATTTTTGTGATAAGAGTTCAGCTAATGTCTCAGCTAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010830_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010830_4

>merge|NC_010830|4|872778-872930|CRISPRCasFinder
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATACTAGTGATAGTTTTAAGGATTTTTGTGATAAGAGTTCAGCTAATGTCTCAGCTATGTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATTCTAG

>NC_010830|4|4|872778-872930|CRISPRCasFinder
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATACTAG	TGATAGTTTTAAGGATTTTTGTGATAAGAGTTCAGCTAATGTCTCAGCTAT
GTTATCTTCTGCAGGTATAAAGCATGATACCCATAGCACTTCCCATTCTAG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010830.1|WP_012472848.1|880621_881107_+|polymer-forming-cytoskeletal-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377376
NC_010830.1|WP_187146300.1|869394_869610_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379049
NC_010830.1|WP_012472844.1|876543_876867_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472842.1|873925_874510_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_148204938.1|875384_876002_+|glycoside-hydrolase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|381599
NC_010830.1|WP_012472847.1|879685_880579_+|M23-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|366703
NC_010830.1|WP_083758819.1|864870_865047_+|DUF4111-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379178
NC_010830.1|WP_012472850.1|881861_882266_-|host-attachment-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|370820
NC_010830.1|WP_012472837.1|865623_867447_+|thioredoxin-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224250
NC_010830.1|WP_187146302.1|881138_881327_+|AtpZ/AtpI-family-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_044282785.1|876051_876522_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_148204999.1|870107_870239_+|DUF4143-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379306
NC_010830.1|WP_012472839.1|870597_871014_+|TraR/DksA-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224648
NC_010830.1|WP_148204939.1|877740_878420_+|IS1-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|224576
NC_010830.1|WP_012472845.1|877140_877716_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472840.1|871367_872342_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_148204937.1|869646_869841_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|379049
NC_010830.1|WP_187146301.1|870308_870461_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472836.1|865409_865601_+|DUF255-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367384
NC_010830.1|WP_012472838.1|867531_869277_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224055

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010830.1|WP_012472838.1|867531_869277_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|224055	COG1132, MdlB, ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease components [Defense mechanisms].	8.27931e-121
NC_010830.1|WP_187146300.1|869394_869610_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|379049	pfam13173, AAA_14, AAA domain. This family of domains contain a P-loop motif that is characteristic of the AAA superfamily.	1.58074e-06
NC_010830.1|WP_148204938.1|875384_876002_+|glycoside-hydrolase-family-protein	gnl|CDD|381599	cd00737, lyz_endolysin_autolysin, endolysin and autolysin. The dsDNA phages of eubacteria use endolysins or muralytic enzymes in conjunction with hollin, a small membrane protein, to degrade the peptidoglycan found in bacterial cell walls. Similarly, bacteria produce autolysins to facilitate the biosynthesis of its cell wall heteropolymer peptidoglycan and cell division. Endolysins and autolysins are found in viruses and bacteria, respectively. Both endolysin and autolysin enzymes cleave the glycosidic beta 1,4-bonds between the N-acetylmuramic acid and the N-acetylglucosamine of the peptidoglycan.	3.34416e-53
NC_010830.1|WP_083758819.1|864870_865047_+|DUF4111-domain-containing-protein	gnl|CDD|379178	pfam13427, DUF4111, Domain of unknown function (DUF4111). Although the exact function of this domain is not known it frequently appears downstream of the family Nucleotidyltransferase, pfam01909. It is also found in species associated with methicillin-resistant bacteria.	0.000360302
NC_010830.1|WP_012472850.1|881861_882266_-|host-attachment-protein	gnl|CDD|370820	pfam10116, Host_attach, Protein required for attachment to host cells. Members of this family of bacterial proteins are required for the attachment of the bacterium to host cells.	1.19332e-30
NC_010830.1|WP_012472837.1|865623_867447_+|thioredoxin-domain-containing-protein	gnl|CDD|224250	COG1331, COG1331, Highly conserved protein containing a thioredoxin domain [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	2.28912e-159
NC_010830.1|WP_148204999.1|870107_870239_+|DUF4143-domain-containing-protein	gnl|CDD|379306	pfam13635, DUF4143, Domain of unknown function (DUF4143). This domain is almost always found C-terminal to an ATPase core family.	1.90994e-08
NC_010830.1|WP_012472839.1|870597_871014_+|TraR/DksA-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224648	COG1734, DksA, DnaK suppressor protein [Signal transduction mechanisms].	8.73791e-16
NC_010830.1|WP_148204939.1|877740_878420_+|IS1-family-transposase	gnl|CDD|224576	COG1662, InsB, Transposase and inactivated derivatives, IS1 family [DNA replication, recombination, and repair].	1.02344e-32
NC_010830.1|WP_012472848.1|880621_881107_+|polymer-forming-cytoskeletal-protein	gnl|CDD|377376	pfam04519, Bactofilin, Polymer-forming cytoskeletal. This is a family of bactofilins, a functionally diverse class of cytoskeletal, polymer-forming, proteins that is widely conserved among bacteria. In the example species C. crescentus, two bactofilins assemble into a membrane-associated laminar structure that shows cell-cycle-dependent polar localization and acts as a platform for the recruitment of a cell wall biosynthetic enzyme involved in polar morphogenesis. Bactofilins display distinct subcellular distributions and dynamics in different bacterial species, suggesting that they are versatile structural elements that have adopted a range of different cellular functions.	1.54796e-30
NC_010830.1|WP_148204937.1|869646_869841_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|379049	pfam13173, AAA_14, AAA domain. This family of domains contain a P-loop motif that is characteristic of the AAA superfamily.	1.54311e-10
NC_010830.1|WP_012472836.1|865409_865601_+|DUF255-domain-containing-protein	gnl|CDD|367384	pfam03190, Thioredox_DsbH, Protein of unknown function, DUF255.	5.6008e-40
NC_010830.1|WP_012472847.1|879685_880579_+|M23-family-metallopeptidase	gnl|CDD|366703	pfam01551, Peptidase_M23, Peptidase family M23. Members of this family are zinc metallopeptidases with a range of specificities. The peptidase family M23 is included in this family, these are Gly-Gly endopeptidases. Peptidase family M23 are also endopeptidases. This family also includes some bacterial lipoproteins for which no proteolytic activity has been demonstrated. This family also includes leukocyte cell-derived chemotaxin 2 (LECT2) proteins. LECT2 is a liver-specific protein which is thought to be linked to hepatocyte growth although the exact function of this protein is unknown.	2.43832e-36

Protein sequences

>NC_010830.1|WP_012472840.1|871367_872342_+|hypothetical-protein
MYSTNKRITAAILLCSQLLTITSCNNYPNIPTQPKVVRTEKGINKKPSKDDSILPLVDSLVITIADGKKLDLKYKNENWQAALITEDGVEQILTIVLEPGYSIAKLITAKEEEQRELVRLVASKKETLNAAYVYIGKQACTEQSITSQVQTKSSTKLSDDASASSRMLITSTAHTKIPISTLSKHIKEEQKLASKQGNSIIVNPIVDNIKQAIIKKDLPVSVLRNQGSILSPSIKPTYKDQQPKNNSPSITLIRGKALELHKKEAQDKREQAKPYNQADIAASITDSNGIAEQLTEEQAIPRFNSKRRPSSISNRCRRQVDGNC
>NC_010830.1|WP_012472839.1|870597_871014_+|TraR/DksA-family-transcriptional-regulator
MDNTNISNGLSPNYDPLQDPTYMSDNMVAYFKQKLNKKLEDLIKEEELIAINKADGPRREAEYVENSQIEELSLEENLPLQNEDFLKREVEDALYRINLGTYGYCEETGDPIGVRRLLAFPMARYTTEVQKQKDALLR
>NC_010830.1|WP_187146301.1|870308_870461_+|hypothetical-protein
MDYLIEHQGKILPIEIKSTQTLTSFPTSNFKKLVNLMGEHAVDPYIVYGG
>NC_010830.1|WP_148204999.1|870107_870239_+|DUF4143-domain-containing-protein
MKSPKLYFYDTRLTCMLLDITDPNLLAWHPLQGSLFKNIVIIE
>NC_010830.1|WP_148204937.1|869646_869841_+|AAA-family-ATPase
MSYIQGMLDERGQNVQFILTGSGNLLLSEKINQSLAGRAYICNLLPLSLEELQTSTSHNYMHMI
>NC_010830.1|WP_187146300.1|869394_869610_+|hypothetical-protein
MSGHMIYRTLQDRLSQIVHQFPVITITGPRQLGKITLAKHIFPNHTYINLELHNNRDFAITDPKVFFCVFL
>NC_010830.1|WP_012472838.1|867531_869277_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein
MTKSYKFILDVLKPYWLHLFFLGFIELFWAIDLSLRPYLVKVMLDRLEGYTGEIIYSLLLYPAAAYIAFSIGNAFIFRLSDFIYLKAIPIFRNQLILKSLTKIHQHPYSYFQKHFGGAIATRIGEMVDSAETLISVFIYRLLAHSLAFIIACYTIGRAVHAHLAFILIIYATIFVYISYLLSRKPYRLSKNYLERYALLMGKLIDSINNSLSVILFGRRKYERAYIAKQARLEAEMSQELQWAVLVNQALTSLFLAFLIASVLVYLIYLRRWGLVTVGDFSLTLTLSLALVKNLQDIVSDFLKFSQHLGKCALAIEFIDAPPMVHKSLNAPKLNVKEGKIEFHEVYFGYEPNKLLFDNLSLVIKPQQKIGLVGYSGSGKTTFVNLIMGIFPLYSGKILIDGQDISEVNQDSLHQAISFIPQEPLLFNRSILENIAYGNLPASEEDILNAAKQAYADEFIERLPDKYHTIVGERGMKLSGGQRQRIAIARALLKNTRIFIFDEISSVLDPLTESYLQKSLDKIIQQKTVITIAHRLSTLMRMDSLLVFDKGKIVEQGTHSELLLKGGIYSQLWKTQASAFGV
>NC_010830.1|WP_012472837.1|865623_867447_+|thioredoxin-domain-containing-protein
MNSHFINIKVDREENPDVDQVAIAAMQAMGIQVGWPLHVFLMPNQQPFYGCTYLPTVAWKQLLNSVVNAFKEHRLQLLESSFYFTKTLQEDDIQYYRDVSSNSNLTQTAIQQIFQKIYKNLDPYQGGIQGGPKFPLPSISMLLLQYYLTYHDKGALQQLGLTLIKMAYGGIYDQLGGGFYRYTTDEAWKIPHFEKMLYDNAQLVSLYAHAYMATKDPLYKHIIKETVAFVLREMLDESGGFFSSIDADSQGQEGAFYTWTYQEIEGLLQEDTDLFTTYFSVTPNGNWHSGLNILYRNAEELTNELGYQTAITEEKLNQAKGILYNTRETTHIKPSLDTKVIASWNGMMLQALIDAYYALEDMHYLELALQNAACMEKYLMKGNQVWHSYSQGKHGRVGYLEDYAWLANAFISLYEATLQDYWIYKAEGLVQYVLHHFTHEHNNLFYFTDVKEPVFIKRTQEILDQVIPSSNAVMAHNLYRLGNLLKRESYTILFHKMLCEVARTLQHDPLYMTYWANLQLLKLRNIPVVVIIGSHSTTWASIIKRHYTEILLAGATCQPTIPWLTKYKMQEDKTTVYICDDTACYAPLYSLEEVLKWLSTWRSKQTT
>NC_010830.1|WP_012472836.1|865409_865601_+|DUF255-domain-containing-protein
MPLPNRLSTTTSTYLLQHAHNPIDWYPWGEEALSRANQEDKPILLSIGYAACHWCHVMGIRVL
>NC_010830.1|WP_083758819.1|864870_865047_+|DUF4111-domain-containing-protein
MDSVCLDDSQYQAYIILNLCRILYSIMQRTTGSKTAAASWVWLTMEICDRSSRTMALW
>NC_010830.1|WP_012472842.1|873925_874510_+|hypothetical-protein
MKNINALADLPSSKHSLNELEKLSVQVEAALDKERYNAVVGEIKQVLDTRIETINRLQEEEADPVIIIATAREIKPHVEAAIKHLEEFSTKQDKSSSIENLKEAKSQLEAVIRDYSHRKILLDKYKAVFRQAAKHISKRIEQEQEELAKSVGKPVGKPEITITNKPGITIAQLEEMFGDDQSNTCDLQKLLEAV
>NC_010830.1|WP_148204938.1|875384_876002_+|glycoside-hydrolase-family-protein
MSVNFPAAEETSSNPEEGANTEETKREEIRRGKEREKPEEGEGEQNQEGATDISQAGLNLIASYEGCSLKVYKDVAGIETIGYGHVVRTGENFSKEITHKKALELLHQDAEEAIRGVRSQVKVPLLQHQFDALGSFTFNVGVGALEISHLLELVNTGNKEGKEEILEAFLRYRKARINGVLTDVQGLINRRKKEAKLFLEGVYEQ
>NC_010830.1|WP_044282785.1|876051_876522_+|hypothetical-protein
MTRYLIMLVITFILISCGDPYKVIYGRWQIYKYESAPISALTDEEATGLLGEEFTFSKDYIIIGGIKIEHPSYKFREEKANDYFYINYRMPKEFICIEQEIIKILELGIDKSKLIDYKRGKHRKDNLILYIPRLIFYENELIFYFDGVFFYLKKIK
>NC_010830.1|WP_012472844.1|876543_876867_+|hypothetical-protein
MDISVNFPAAEETSSNPEEGASTKETKREEIRRGKEREKPEEEERQQEKSYSMKVDGRELNPDNYVLSNPHMAENIISLYKALAEELKHHPNPKLRNFQFKVTGGDI
>NC_010830.1|WP_012472845.1|877140_877716_+|hypothetical-protein
MRYFFISILIILTAYLPAHKMLCNCSTDPLLQELDQLAKSNGMEFVIGSKFPVINPYDSYGSTYVFDFIFEPEKNSVDNSVLFLCRKRDYVREHEGPALDLVHNYRYFLVYATKMKHENKFQIQNIISNAGLKGMSLYYGHLDIDLSKFRQIDNEAIAGPKGVRVNFVNGCVPIVISCESSTQIFGIVKLG
>NC_010830.1|WP_148204939.1|877740_878420_+|IS1-family-transposase
MNCPRCNNTQSCKDGIVRGRQRYQCKSCRFPYTVSHKSDVKPLSTKRKALQLYLEGLGFRAIGRILNISYGTVYQWVKACGDQVSLPESQDQVDIVEMDEIHTYVGFKKVYCWIWIAVDRLSKRFISYVCGDRSTQTGLKLWERVKDIGKLYCSDYWKSYQQFIPKDKHRQSKSETYTVEGYNSLIRHYLARFKRKGKCYSKQVHMIEKSLNLLMAKLNNQLPILI
>NC_010830.1|WP_012472847.1|879685_880579_+|M23-family-metallopeptidase
MKRRKTFTNWLITRHQVVIRNEENLAEKTTFSFSYAKLITLGCFTLILFVSLSLALSRTILGKWLNPAYIEQENNNKLIQLYTALEKLEERNTQQDKFIKLFQGIIEEKGNVVYKLDDSDTSKQFNSSNPTKLEPKDILESVEVDDVFAPLHNQAEEENTSYLAATSYKVATSLPELFLFTPLEGVITTPFDPKIEHYGLDIVGKENEPIKCIADGMVILSTWTVETGWIIIVQHSKNLVSVYKHNATLFKKAGNFVKSGEVIAIMGNSGEFSTGPHLHFELWYDGNAVNPQDFIPF
>NC_010830.1|WP_012472848.1|880621_881107_+|polymer-forming-cytoskeletal-protein
MFSKSKKEMQTVEINNSSNIIGKGTTLEGSLTTAGNIRIEGKLIGSVNTKAKLVLGTTSWVKGNIVAQNAEVAGEVHGTIEVSGLLILKPTAVIQGDIITNKLVFEEGAKFNGKCKMDTAEQSANTKDTAATWKSNGSFFSKKSESQPVENVAKEPQQASS
>NC_010830.1|WP_187146302.1|881138_881327_+|AtpZ/AtpI-family-protein
MVVVMGVSTWIGLRLDKYLELSFPIFLCLFSVGSTVLTMYITIKKLLCHISKHKEKVEQENK
>NC_010830.1|WP_012472850.1|881861_882266_-|host-attachment-protein
MDRKLVIVADAAKAYFAVGEQKRLHRIILEMVNEDLDTHEPDPKRNGRTIGGLNFYDPHTDLKESESQAFVKKIMDTLNHFMEEQHYESLILVATPKMLGLIRKKLKPHWNVVHSLALEATQMSLQELERKVFS

Crispr_ID: NC_010830_5

• CRISPR_ID: NC_010830_5
• CRISPR_location: 1072716-1072868
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers
• Cas_protein_info: WYL

Consensus repeat of NC_010830_5

Consensus_repeat	Method
CTAGAATGGGAAGTGCTATGGGTATCATGCTTTATACCTGCAGAAGATAAC	CRISPRCasFinder

spacers of NC_010830_5

>5.1|1072767|51|NC_010830|CRISPRCasFinder
ATAGCTGAGACATTAGCTGAACTCTTATCACAAAAATCCTTAAAACTATCA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010830_5

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010830_5

>merge|NC_010830|5|1072716-1072868|CRISPRCasFinder
CTAGAATGGGAAGTGCTATGGGTATCATGCTTTATACCTGCAGAAGATAACATAGCTGAGACATTAGCTGAACTCTTATCACAAAAATCCTTAAAACTATCACTAGTATGGGAAGTGCTATGGGTATCATGCTTTATACCTGCAGAAGATAAC

>NC_010830|5|5|1072716-1072868|CRISPRCasFinder
CTAGAATGGGAAGTGCTATGGGTATCATGCTTTATACCTGCAGAAGATAAC	ATAGCTGAGACATTAGCTGAACTCTTATCACAAAAATCCTTAAAACTATCA
CTAGTATGGGAAGTGCTATGGGTATCATGCTTTATACCTGCAGAAGATAAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010830.1|WP_012472976.1|1062016_1062433_-|DUF1761-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369962
NC_010830.1|WP_148204954.1|1081030_1083367_+|SEL1-like-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223861
NC_010830.1|WP_012472995.1|1089605_1090580_+|pyridoxal-phosphate-dependent-enzyme	unknown	unknown	gnl|CDD|225313
NC_010830.1|WP_044282808.1|1067364_1067961_+|ribonuclease-HII	unknown	unknown	gnl|CDD|260003
NC_010830.1|WP_187146237.1|1088462_1088648_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472985.1|1070100_1071720_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236545
NC_010830.1|WP_012472996.1|1090738_1092535_-|excinuclease-ABC-subunit-C	unknown	unknown	gnl|CDD|234792
NC_010830.1|WP_012472994.1|1088887_1089352_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_044282809.1|1068088_1068424_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472984.1|1069665_1070100_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472979.1|1064040_1067358_+|HD-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|271357
NC_010830.1|WP_012472987.1|1074103_1074307_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472975.1|1061571_1061985_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226851
NC_010830.1|WP_012472992.1|1084708_1086763_+|sel1-repeat-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223861
NC_010830.1|WP_012472983.1|1069192_1069678_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472989.1|1075077_1077249_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|165207
NC_010830.1|WP_012472982.1|1068639_1068930_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012472977.1|1062508_1063198_-|YafY-family-transcriptional-regulator	WYL	COG2378_WYL_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|225253
NC_010830.1|WP_012472993.1|1086792_1088007_+|site-specific-integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|271185
NC_010830.1|WP_012472990.1|1078069_1080955_+|SEL1-like-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223861

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NC_010830.1|WP_012472977.1|1062508_1063198_-|YafY-family-transcriptional-regulator	WYL	COG2378_WYL_CAS-I:CAS-III	5.7e-53	175.1	1.2

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010830.1|WP_012472976.1|1062016_1062433_-|DUF1761-domain-containing-protein	gnl|CDD|369962	pfam08570, DUF1761, Protein of unknown function (DUF1761). Family of conserved fungal and bacterial membrane proteins with unknown function.	4.17151e-18
NC_010830.1|WP_148204954.1|1081030_1083367_+|SEL1-like-repeat-protein	gnl|CDD|223861	COG0790, COG0790, FOG: TPR repeat, SEL1 subfamily [General function prediction only].	5.16493e-55
NC_010830.1|WP_044282808.1|1067364_1067961_+|ribonuclease-HII	gnl|CDD|260003	cd07182, RNase_HII_bacteria_HII_like, Bacterial Ribonuclease HII-like. This family includes mostly bacterial type 2 RNases H, with some eukaryotic members. Bacterial RNase HII has a role in primer removal based on its involvement in ribonucleotide-specific catalytic activity in the presence of RNA/DNA hybrid substrates. Several bacteria, such as Bacillus subtilis, have two different type II RNases H, RNases HII and HIII; double deletion of these leads to cellular lethality. It appears that type I and type II RNases H also have overlapping functions in cells, as over-expression of Escherichia coli RNase HII can complement an RNase HI deletion phenotype. In Leishmania mitochondria, of the four distinct RNase H genes (H1, HIIA, HIIB, HIIC), HIIC is essential for the survival of the parasite and thus can be a potential target for anti-leishmanial chemotherapy. Ribonuclease H (RNase H) is classified into two families, type I (prokaryotic RNase HI, eukaryotic RNase H1 and viral RNase H) and type II (prokaryotic RNase HII and HIII, and eukaryotic RNase H2). RNase H endonucleolytically hydrolyzes an RNA strand when it is annealed to a complementary DNA strand in the presence of divalent cations, in DNA replication and repair.	2.36787e-105
NC_010830.1|WP_012472985.1|1070100_1071720_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|236545	PRK09510, tolA, cell envelope integrity inner membrane protein TolA; Provisional.	0.00104399
NC_010830.1|WP_012472989.1|1075077_1077249_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|165207	PHA02876, PHA02876, ankyrin repeat protein; Provisional.	1.72581e-35
NC_010830.1|WP_012472979.1|1064040_1067358_+|HD-domain-containing-protein	gnl|CDD|271357	cd10322, SLC5sbd, Solute carrier 5 family, sodium/glucose transporters and related proteins; solute-binding domain. This family represents the solute-binding domain of SLC5 proteins (also called the sodium/glucose cotransporter family or solute sodium symporter family) that co-transport Na+ with sugars, amino acids, inorganic ions or vitamins. Family members include: the human glucose (SGLT1, 2, 4, 5), chiro-inositol (SGLT5), myo-inositol (SMIT), choline (CHT), iodide (NIS), multivitamin (SMVT), and monocarboxylate (SMCT) cotransporters, as well as Vibrio parahaemolyticus glucose/galactose (vSGLT), and Escherichia coli proline (PutP) and pantothenate (PutF) cotransporters. Vibrio parahaemolyticus Na(+)/galactose cotransporter (vSGLT) has 13 transmembrane helices (TMs): TM-1, an inverted topology repeat: TMs1-5 and TMs6-10, and TMs 11-12 (TMs numbered to conform to the solute carrier 6 family Aquifex aeolicus LeuT). One member of this family, human SGLT3, has been characterized as a glucose sensor and not a transporter. Members of this family are important in human physiology and disease.	1.89847e-90
NC_010830.1|WP_012472996.1|1090738_1092535_-|excinuclease-ABC-subunit-C	gnl|CDD|234792	PRK00558, uvrC, excinuclease ABC subunit UvrC.	0
NC_010830.1|WP_012472975.1|1061571_1061985_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|226851	COG4430, COG4430, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	4.86845e-26
NC_010830.1|WP_012472992.1|1084708_1086763_+|sel1-repeat-family-protein	gnl|CDD|223861	COG0790, COG0790, FOG: TPR repeat, SEL1 subfamily [General function prediction only].	7.64276e-61
NC_010830.1|WP_012472995.1|1089605_1090580_+|pyridoxal-phosphate-dependent-enzyme	gnl|CDD|225313	COG2515, Acd, 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase [Amino acid transport and metabolism].	1.96369e-22
NC_010830.1|WP_012472977.1|1062508_1063198_-|YafY-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|225253	COG2378, COG2378, Predicted transcriptional regulator [Transcription].	5.04641e-49
NC_010830.1|WP_012472993.1|1086792_1088007_+|site-specific-integrase	gnl|CDD|271185	cd01185, INTN1_C_like, Integrase IntN1 of Bacteroides mobilizable transposon NBU1 and similar proteins, C-terminal catalytic domain. IntN1 is a tyrosine recombinase for the integration and excision of Bacteroides mobilizable transposon NBU1 from the host chromosome. IntN1 does not require strict homology between the recombining sites seen with other tyrosine recombinases. This family belongs to the superfamily of DNA breaking-rejoining enzymes, which share the same fold in their catalytic domain and the overall reaction mechanism. The catalytic domain contains six conserved active site residues. Their overall reaction mechanism involves cleavage of a single strand of a DNA duplex by nucleophilic attack of a conserved tyrosine to give a 3' phosphotyrosyl protein-DNA adduct. In the second rejoining step, a terminal 5' hydroxyl attacks the covalent adduct to release the enzyme and generate duplex DNA.	2.57917e-37
NC_010830.1|WP_012472990.1|1078069_1080955_+|SEL1-like-repeat-protein	gnl|CDD|223861	COG0790, COG0790, FOG: TPR repeat, SEL1 subfamily [General function prediction only].	2.86125e-53

Protein sequences

>NC_010830.1|WP_012472985.1|1070100_1071720_-|hypothetical-protein
MKNINALADLPSSKHSLNELEKLSVQVEAALDKERYNAVVGEIKQVLDTRIETINRLQEEEADPVIIIATAREIKPHVEAAIKHLEEFSTKQDKSSSIENLKEAKSQLEGVIRDYTHRKVLWDKYKSAFSYAAKHVSKRIEQEQEELAKSIGKSVEKPEITITNKSGITIAQLEEIFPEDSSNNFNLQKLIDTLDITVNFPAAEENANSSEEDEEEERQGVEEHLEREAKYEKTVSQKEEQERASSQAGINEKEKESAAKRQARKEQRRANQKARRKEASPKKAHEKELIKIGQAKEQLKSLVKDQVKSCVEDAEFTNCRVVLLMIDEKLKKEPNNKSLQALRVKQLEKFQSHPLYSQVIALGIEVMALCQQAELKADERHIRATILPHIILPLEINQSREFRQESEEIEATILNSLRDLLCCSHRPSGLRRTAEGIKGFVESFYDTGKLFLVDVPVLLDNLGMKGIESLVKWEDKLGMKQGWANLGEFCKKLFDETKQAWEDPEAYKARMQAAHEIKRREALYRRAFDAENYHLGQDK
>NC_010830.1|WP_012472984.1|1069665_1070100_-|hypothetical-protein
MGYIPAEAVQIIFGGQIIKGARKGVIKGVQFIKRVQQGTKVGEGVVEGAKLARGVVKGGSNLSIRTDIVLSGGRSGQLVKTLTGPANSVVKGSQGRIFITDNAEKVIWDITKDRAKSVIPGQGFGPKVTPTQEHLNLLKQVWGN
>NC_010830.1|WP_012472983.1|1069192_1069678_-|hypothetical-protein
MGKLIMSNNWKISVSELLDIFREVLLAVIPWLEKAKIKWKEGEAYDDWDNIAEALYKNIVCSSLTGEVAFKYTIAKYNFNYDDYASIDFIEVRSKDNSEKKFAFVSFQSSFSPLDSVKVAELNKTDKVVGYTSLKFDSLGFFFVKNINGKKEFIDNIDVEL
>NC_010830.1|WP_012472982.1|1068639_1068930_-|hypothetical-protein
MKVKIDDIEKVTSLLLSKLKESKGNEIELNNDFYWDISEEELYNPYQDPKNITLDQLSDDLEEIQRLIKSDDAITYDLKRLASILKALSIENRTAF
>NC_010830.1|WP_044282809.1|1068088_1068424_-|hypothetical-protein
MQLNRKLLLSEERLLDFLVKKSKSRLPANWKDNLLVRPMNDGKMGSLLLFPYDITKNDRMFGKQISECQFKDKDGIDVIASLYIDDKGNLFELDIWKVDFSPLLDIPQKFK
>NC_010830.1|WP_044282808.1|1067364_1067961_+|ribonuclease-HII
MFMKETFNQLVAGCDEVGRGCLAGPVVAAAVILPLQYYYFLLKDSKKLTPKQRIEIAAIIKKEAIDWAIGCATPEEIDQVNISNATHLAMHRAINKLIVKPELLLIDGNKFLPYPNIEHECIVKGDKKVNSIAAASIIDKVYRDEYMQELAEREPGYNWEINMGYPTKEHYQAIYELGMSFHHRKSFSLVAKHLQPSL
>NC_010830.1|WP_012472979.1|1064040_1067358_+|HD-domain-containing-protein
MIDIIIFIVFLLLNLIIGILYRGKQQSFKEYAIGNKNFSTAALIATLVATQASGSMFLNGLEQTYTNGLYYVLASVIGSFLGLLITGYIIGPRLGNFLNCVSIADIMSSVYGKGVQLITAICTVLATIGYIAIQFKVISRILEALFNYQGPEVTVIAATIIIIYSAFGGIKSVTFTDVIQFITFGTLLPVLALAIWHHIPNISQVIHTLSENPNFNFEHVISWSPQFIGTLAFMFVLIVPGLPPEIFQRMAMARNTSQIKRAIAYAAVLWVLIQLFIVWIAVLLLSDNPHLTTNQVVGYMIKTYTYTGLKGFLGVGVIALAMSTADSALNSCAVLVANDILPPLKITKQASVQAAAIATFAIGFLAVLLTLSIQNILQIILLFSNFSLPILTIPMLLTIFGFRTSRRVIYIGMGAGFVMTALLLLYFKNVNSFFPGMMANLIFLVGSHYLLKEEGGWIKQETEAGIEAITWKDRWTQLKSFNLPAYLEKNLPEQEYYYPLLAFYSLIATYVSLYHLPHVIEQEYLMLYRTIQYSVLVITTSLLGFQIWPAPLKNKRLLAWVWPLLIFYTLFFVGGMIVIMSGFQSSQILIFMLSLVMIALFTYLPLALTLAIAGIIVAAGVFKWVTGQDISPNQAIPISFHFSHGLLLFSSLLIALFRFKQSKETLQKKNAYLMTLNNQSKEEMQEVLRYREEILKDLTKEDTLLFDETMAAYMRQAIYRMTDYMRLDVKRISMEELISEVRETIKLSDFPQMPDLLIQNKSKQPTIEVDRERIKQMLANSITYLYQSSNATRPITIALEDAKLGYSVAHMQNYARESNAIRIVLTIEKSLPKIQPIYNLNHNSIVDQVARDRNRRMLLQNARIVDAHYGYAELDSHIITHLYVIPVNLREVRGKVMEIIREPAVVDPAELNHPLSIKVEEELKNKLTAKGIDFKPISKALNVIKRYHAGVKRKSGEPFFTHPIAAALILLEYCQDPDAVIAALLHDTVEDTGLSLIQIKIMFGETVAFLVQKVTNLEENRKRLMLEDHENIARLINYEDKRAAYVKLADRMHNMRTISGHSSLAKQKHIASETLNFFVPLAKNLELTTVSQELEILSLEVLKKK
>NC_010830.1|WP_012472977.1|1062508_1063198_-|YafY-family-transcriptional-regulator
MDYTDTKRISRLTAILTQLQTKRLLTASELASKFSVSIRTIYRDIRTLEQAGIPIITEEGKGYTLMEHYRLPPIMFTESQANALILAEQLVLKNKDASLIKEYSEVIDKIKAVLRHDVKSKVNLLTERTRFTQSFNNERTSNNLSDLQFALTNFFLTKIEYTNGAKQSTQRILEPFALLSTANWLLIAWCRLRNEFRFFRLDRIIKLEVLTETFTPHNMTLQEYFDKYH
>NC_010830.1|WP_012472976.1|1062016_1062433_-|DUF1761-domain-containing-protein
MINLFSAINWISVLIAFVAYFLLGALWFTLLFKKQYAHSLGKENDTLQNSSPIFFIGPAVCSLVITITSAILIDALGIDSYGKAIEFAFVIGIGYLFTNTVNIAINPNIPKPILYGIISGMFHLIGILIVSVVIVAMR
>NC_010830.1|WP_012472975.1|1061571_1061985_-|hypothetical-protein
MSVKEIESFYPSNRQQWREWLQENHAKKQSIWLIHYKIKSSMPTISWSEAVDEALCFGWIDSKAKPIDEEKYMQFFSKRRAISTWSKVNKEKVQKLIDGGTMTKAGLESIEIAKQNGSWTILDEVEALIIPNDLEAV
>NC_010830.1|WP_012472987.1|1074103_1074307_+|hypothetical-protein
MSIILLRAKQHARAFDNRVIFIRMLFDLILFTLLFKQPPIGINFYFEKKEEEKPEKLVKRKRKKRLV
>NC_010830.1|WP_012472989.1|1075077_1077249_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MLQQYITYVLLISLCLQSCTGLDNLPLRGEERTIGPSHQLRNLLPIPSIEDQQLTAHGGHSVTFYEQAGALKADVVMNTPPGFSKNYKSLEVRVEPGMELPRLFNSDRRTQENCIYLQLAKRAEPAKVKIYNGSGLAGGMLEGEEEQTQEEYEANNESIPDECFCPITQEIMKDPVIVQDGHTYERTAIEQWFSTGKCTSPKTGLNLLSTKLTPNYTMRSLIQELKESIPNLARHKVNLEEARQKIYQLEQQLAEGKQKNFSATLSDVDIAELASQAKEGNLEALIKILDLSKNHHTHAQYQLGIMYKTGRGVEKDYKKAVEWLQKAAEKGDARAQRDLIAIHTDRGSTNKVDKQVVKPVQKNEGKISKLYLAVQKGHTEAVKRLLTQETNINVNERDKNGMSTVHLTSGMGNIEILKLLLEYKADVNTKNINGCSPLYLAIQEEYIAIINLLLKHKANVNLADKSNRSPLYVAIRKGSLEMVNILLDYKANINCKDIHGFSPLHLAAGMNHLEIVGLLIDRGANIEAKNKDGRSALYVAVDEGNLEMVRLLLEKGADINTQDEKYIPLLHWAVIKGNLQLVKILLDYKAGINLKDKNGLSPLHIAVRNGHLGIASILLAKGHVVDAKDKLRNSPLHVAALMGDLNTTRLLLKRGADVNSRDHRNFSPLHWAASKGHLNIVKLLIEEGANVYAKGEKDYTPLYVAHSNNQMEVSKYLIEIEKN
>NC_010830.1|WP_012472990.1|1078069_1080955_+|SEL1-like-repeat-protein
MKRNSSPFQVYIACILLISFFLQNCCGEFNNNPLISTQEKQTASIQTHSQLILTPRADIGSLAGQGLKAQGGHAVTFYQEAGELRANVEMNVPERFSKTYEGLLVTLEQGAEVTRLPQLSEQAQERRIQLQLAKGNQPAKVVIYKGAGLVGGMQEGEEKADESIPNECLCPITHELMEEPVIARDGHTYERAAIERWFSMGKRTSPVTGAKIGSTKLIPNYAIRSLIKSLKTHNSSLAKPILGMQTARQQSLSVPSGACFFVSDSVIDVLFSQSIRGDVVALSKLLNLSENYHVHAQYKVGVMCAEGRGIAKNAAKAVEWYEKAAKQGHAVAQSNLGWMYADGRGVAQNYAKAIKWFQKAANQGHASAQYKLGWMYAEGLGVVKDARKAIEWYERAAKQGDASAQSNLGVSYANGWGVAKDARKAIKWFQKAADQGHATSQYNLAWMYADGQGVVKDTRKAVEWFQKAANQGYVKAQYNLGWMYAEGRGVDKDARKAIEWYKKAAKQGHADAQLKLGARYFKGEGIAKDYAKAKEWYEKTADQGHAHAQYNLGYMYEKGLGVAKDYVKAIAWYKQAANQGHAKSQYALGVIYIEGQGVAKDVRKAIEWYEKAANQGHADVQLKLAARYFKGEGIAKDYAKAIEWFQKTANQGHANAQYNLGYVHEKGLGVAKDYVKAIEWYEKAANQEHAKSQYALGVIYESGEGVEKDEKKAIEWYEKAANQGHARAQFSLGVMYGEGEGVEKDERKAVEWYEKAANQGHARAQFKLGWMYGEGRGVSQDYAKAIEWSEKAANQGHARAQYNLGWIYENWKGVAKDYAKAVEWFQKAANQGYARAQYNLARMYDHGQGVVQNYQEAVKWYEKSVGQGNNYAKAYLGRLYYHGFGAEKNLLQASKLIEEAIIHMKSKAEEGCIEAQYIVGWMYQYGLGVMQDHVEAAVWYKKSANTYPAAQKALDELNHAG
>NC_010830.1|WP_148204954.1|1081030_1083367_+|SEL1-like-repeat-protein
MKINYTLAQQLIARFLLISLFLQSCGGGFSSNPIISAGEEQTVSIQTNTQTILSQADIQPLVDQMLIAQGGHAVTFYEEAGELRANVKMNAPRGFSKTYEGLSVTLEQGAEVTRLPQLSEQAQQRRIQLQLAKDNQAPTVVIYKGAGLAGGMQEGEEKADQSIPNECLCPITHELMEEPVIARDGHTYERTAIERWFSMGKRTSPVTGAKVSSTKLIPNYAIRSLIKSLKTRNSSIAKPTLGMQSARQQSLPSEACFFVSDSVIDKLFSQAKRGDFAALSKLLNLSENHHAHAQYKVGVMYEKGQGVAKDARNAVEWYQKAANQGHARAQFELGMMYDYGKGVEKDTSKAIEWYEKAANQGHADAQLKVGAKYFNGEGVAQDYIKAVEWFQKAANQGNLDAQYNLGVMYGNGKGVEKDARKELEWYERAARKGDASAQYNLGQIYANGQGVAKDYVKAIEWYEKAANQGDASAQFNLGVMYGKGRGVEKDEKKAVEWYKKAADQGYAPAQYSLGCMYANVQRVVKNDKKAIEWYKKAANQRHAEAQSNLGIMYANGRGIAKDEKKAVKWYKKAADQGNAKAQFYLGVRYENGRGVAKDEKKAVEWYEKAAEQGHTGAQNNLGDMYENGKGVAKDYVKAVEWFEKVANQGHALAQYNLARMYDYGQGVVQNYQEAVKWYEKSAGQGNNYAKAYLGRMYYHGFGVEKNLLQASKLIQEAISHMKSKAEEGCIEAQYIVGWMYQYGQGVMQDHVEAAVWYKKSANAYPAAQKALDESNHAG
>NC_010830.1|WP_012472992.1|1084708_1086763_+|sel1-repeat-family-protein
MKRHYTINLKLIAYILLISLCLQSCGGLNNSIIPIEEEKDPQIQTDTQQQLIPHTQTSIQSLVEQTVTVQGGNAVTFYEYKGELQASVEPLYEKHKVYNGIPVYIEKGIKIETLFCLDKKTQERRIHLQKEKGRPSYVAIYEPWLMGGGNILGYQTEGLPQQLQKAEQGDARAQFNLGVMYFNGEGVEKDARKAVEWFQKAAEQGVAGAQFNLGLMYSKGKGVEKDARKAVEWYEKAAEQGHAGAQFNLGLMYSNGEGVEKDARKELGWYEKAANQGNVDAQFNLGVMYAKGEGVEKDARKAVEWYQKAANQGNARAQFNLGVMYAKGEGVEKDARKAVEWYQKAANQGNARAQFNLGVMYSKGEGVEKDARKAVEWYEKAANQGNVEAQFNLGVMYANGEGVEKDARKAVEWYEKAAEQGDATAQFNLGLMYSKGKGVEKDARKAVEWYQKAANQGNARAQFNLGVMYSNGEGVEKDARKAVEWYEKAAEQGDATAQFNLGVMYSNGEGVEKDAKKELEWYKKAAEQGDATAQFNLGVMYSKGLGVEKDAKKELEWYKKAAAQGNASAQFNLGVRYGEGLGVEKDAKKELEWYEKAAEQGHVKAQHNLAWMYANGEGTAQNYTKAIEWYGKAAEKEDADAQFNLGQMYEKGEGVAKDCAKAAEWYQKAAEKGDLDAQERLKNM
>NC_010830.1|WP_012472993.1|1086792_1088007_+|site-specific-integrase
MKISIILYKSKTLADGSHPLMVRISQLKAKKYFSTSLSCQASLWDFDKHTPKRSHPDRKLLEAILAQKKASYHTKLLELESEQKTLSLQQLVQAIEEPRQTSQELFPFLSEVCENLVQSGKIGRARLYKRLLTSLKEFTGTKQLSFSDIDMPFLNSYEAFLYKQGLVENSIGTYFQVLRALLNKAIQAKRMKKEHYPFDNFSLGKFSTLTQKRAMSREDLQQIIALPLAADSKLQVARDYFLFSYYGQGMNFRDMATLKWKQIIKDCVVYTRLKTGKMMQFKLMSPALEILDRYKEHPSGHLDDFVFPILSKNEHVTPQQISNRINRVLRQVNASLKELAEAAKVPVHLTTYVARHTYATVLKQSGISTGVISEALGHKGEKITQTYLKSFSNEVIDEANSFLL
>NC_010830.1|WP_187146237.1|1088462_1088648_+|hypothetical-protein
MSTIKRKKKTRIKQGESISCMHNKLKTGGLYMALCTNRPAMGKDKRPLTSPIRHSRTNSQK
>NC_010830.1|WP_012472994.1|1088887_1089352_+|hypothetical-protein
MLKSKKTITFMGCLLLPILLLSCGPRKSGLKGVGLTKNELLLEERKLIEKLKEQIELTPKQVDQFKVSLEKQKNEESVEDISNAITELETFKEMLELKDKDSQQAGLSGLNNYLQEYIPKLYTIRCRKKARRIIASQILLLENIKQQALSKYTR
>NC_010830.1|WP_012472995.1|1089605_1090580_+|pyridoxal-phosphate-dependent-enzyme
MLHSRIHPLKFITKPAAQIYIKRDDELGFGVTGTKLRKYQSLLHYIKTQAIKHAVLIGGAYSNNIVSLSQLLIEQGVVPHLFLRGDKPPAHKGNFLLTSLLVPTKHIYWIKRDEWEDVENRAKAFAEKLPEASLVIPEGACMVESLPGALSLGTDILRNEQEHDLLFDHIFIEAGTGLAAIGLILGFKIYRKTVQIHILLLAGHEAEFLKKLESFHQYLFFNYQVKIEWDELIQGLHFYHPNTAVSFGTTNKQVFDAIIQIARHDGILTDPIYSAKLLMMAKHTILTSDIVGNILIIHSGGGLALMGFQEQLASQLQCIIEKSS
>NC_010830.1|WP_012472996.1|1090738_1092535_-|excinuclease-ABC-subunit-C
METKKYLPNDVRLLPDQPGIYLFYNKKDEIIYVGKSINLRKRVSSYFSKSQIKKATPKTQRMVADIQAISFTIVDSEYDALVLENNLIKSIRPEYNILLKYGKGYSYICITNDRFPKVITTRQVNTKLGRYYGPFNNLYYMYQMMDLIQRVYGPRTCNYNLSKQNIKKHKFRVCLLYHIRKCKGPCQGLQTEDAYKLDIAQIDHLLRGNLNKVKKDFKERMQQAALRLAYKEAHDYKMKLASLEAYQAKSLVANPNLGNLDVFGIVSDEEVAFISYLQVKNGATNFAQTIQVKKKLGEADTDILPLIILNFREMYNGTAPEALVNVVPLIKLDKLTLTSPKIGDKKKLVDLAIKNALFLKKEYLLKKEENQNRPYKTLQLLQQDLQLKSLLLHIEYFNNASIQENNTAAALVVFKNGKPAKREYQNFNIRTVVEPIDLTSVHEIVSRRYKRLIEEKSTLPDLIIIDGETTQLNVAVQALQEIGIYGQVPIISIAKRLEEIYYPGDTYPTCLSKQSPSLKLLQQVRNEAHRFAIGIHHSQFSNISLISQLQNIPGIGNKTVDKLVQQFQSVDNIKAASLETLAEYVGTSRATQLKAYLQ

Crispr_ID: NC_010830_6

• CRISPR_ID: NC_010830_6
• CRISPR_location: 1306972-1307217
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NC_010830_6

Consensus_repeat	Method
GGTATATATCAATAGCTGAAAAGTTAATAGATAAATTACCT	PILER-CR

spacers of NC_010830_6

>6.1|1307013|64|NC_010830|PILER-CR
GCAGAACAATTAGGTATAGCAGACGCAGGCGATAATACTCTTTTGTACTTTGTAATGCTGGGTC
>6.2|1307118|64|NC_010830|PILER-CR
CCAGATCAGTTAATGGTACAATATAAAGGAGACGATTCTCTTTTGGATTTTGCTATTGTCGTGG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010830_6

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010830_6

>merge|NC_010830|6|1306972-1307217|PILER-CR
ATAGCAATAGCTGAAAAGTTAACACAAAAACTACCTGCAGAACAATTAGGTATAGCAGACGCAGGCGATAATACTCTTTTGTACTTTGTAATGCTGGGTCGGTATACATCAATAGCTGAAAAATTAATAGATAAATTACCTCCAGATCAGTTAATGGTACAATATAAAGGAGACGATTCTCTTTTGGATTTTGCTATTGTCGTGGGGTATATATCAATAGCTGAAAAGTTAATAGATAAATTACTT

>NC_010830|6|1|1306972-1307217|PILER-CR
ATAGCAATAGCTGAAAAGTTAACACAAAAACTACCTGCAGA	ACAATTAGGTATAGCAGACGCAGGCGATAATACTCTTTTGTACTTTGTAATGCTGGGTCGGTAT
ACATCAATAGCTGAAAAATTAATAGATAAATTACCTCCAGA	TCAGTTAATGGTACAATATAAAGGAGACGATTCTCTTTTGGATTTTGCTATTGTCGTGGGGTAT
ATATCAATAGCTGAAAAGTTAATAGATAAATTACTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010830.1|WP_012473115.1|1295778_1297122_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NC_010830.1|WP_148205005.1|1317880_1320040_-|DUF2974-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|366799
NC_010830.1|WP_012473114.1|1294439_1295678_+|cysteine-desulfurase	unknown	unknown	gnl|CDD|99746
NC_010830.1|WP_012473129.1|1320385_1322248_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_187146248.1|1317576_1317744_+|NUDIX-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|239645
NC_010830.1|WP_012473123.1|1309840_1310296_+|thioredoxin-dependent-thiol-peroxidase	unknown	unknown	gnl|CDD|224146
NC_010830.1|WP_044283041.1|1309377_1309794_+|BrxA/BrxB-family-bacilliredoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|377667
NC_010830.1|WP_012473118.1|1298411_1305230_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|226415
NC_010830.1|WP_044283042.1|1316579_1317485_+|1,4-dihydroxy-2-naphthoate-octaprenyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|235695
NC_010830.1|WP_012473121.1|1307689_1309225_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NC_010830.1|WP_083758836.1|1291414_1292242_-|transposase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372577
NC_010830.1|WP_012473116.1|1297164_1297587_+|SufE-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376883
NC_010830.1|WP_187146247.1|1293111_1293258_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_148204964.1|1314793_1315798_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_148204963.1|1290705_1291131_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012473113.1|1293431_1293776_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012473112.1|1292277_1293060_-|IS5/IS1182-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372577
NC_010830.1|WP_012473124.1|1311225_1314576_+|HD-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|271357
NC_010830.1|WP_012473117.1|1297588_1297915_+|DUF59-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|131990
NC_010830.1|WP_012473126.1|1315936_1316449_+|DNA-3-methyladenine-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234840

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010830.1|WP_012473115.1|1295778_1297122_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	5.99239e-26
NC_010830.1|WP_148205005.1|1317880_1320040_-|DUF2974-domain-containing-protein	gnl|CDD|366799	pfam01764, Lipase_3, Lipase (class 3).	0.000157886
NC_010830.1|WP_012473114.1|1294439_1295678_+|cysteine-desulfurase	gnl|CDD|99746	cd06453, SufS_like, Cysteine desulfurase (SufS)-like. This family belongs to the pyridoxal phosphate (PLP)-dependent aspartate aminotransferase superfamily (fold I). The major groups in this CD correspond to cysteine desulfurase (SufS) and selenocysteine lyase. SufS catalyzes the removal of elemental sulfur and selenium atoms from L-cysteine, L-cystine, L-selenocysteine, and L-selenocystine to produce L-alanine; and selenocysteine lyase catalyzes the decomposition of L-selenocysteine.	0
NC_010830.1|WP_044283041.1|1309377_1309794_+|BrxA/BrxB-family-bacilliredoxin	gnl|CDD|377667	pfam06491, Disulph_isomer, Disulphide isomerase. This family of proteins has disulphide isomerase activity, EC:5.3.4.1. It has a similar fold to thioredoxin, with an alpha-beta-alpha-beta-alpha-beta-beta-alpha topology. It has a conserved CGC motif in the loop immediately downstream of the first beta strand. This motif is essential for activity.	5.88369e-74
NC_010830.1|WP_012473118.1|1298411_1305230_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|226415	COG3899, COG3899, Predicted ATPase [General function prediction only].	4.84351e-153
NC_010830.1|WP_044283042.1|1316579_1317485_+|1,4-dihydroxy-2-naphthoate-octaprenyltransferase	gnl|CDD|235695	PRK06080, PRK06080, 1,4-dihydroxy-2-naphthoate octaprenyltransferase; Validated.	4.47857e-82
NC_010830.1|WP_012473124.1|1311225_1314576_+|HD-domain-containing-protein	gnl|CDD|271357	cd10322, SLC5sbd, Solute carrier 5 family, sodium/glucose transporters and related proteins; solute-binding domain. This family represents the solute-binding domain of SLC5 proteins (also called the sodium/glucose cotransporter family or solute sodium symporter family) that co-transport Na+ with sugars, amino acids, inorganic ions or vitamins. Family members include: the human glucose (SGLT1, 2, 4, 5), chiro-inositol (SGLT5), myo-inositol (SMIT), choline (CHT), iodide (NIS), multivitamin (SMVT), and monocarboxylate (SMCT) cotransporters, as well as Vibrio parahaemolyticus glucose/galactose (vSGLT), and Escherichia coli proline (PutP) and pantothenate (PutF) cotransporters. Vibrio parahaemolyticus Na(+)/galactose cotransporter (vSGLT) has 13 transmembrane helices (TMs): TM-1, an inverted topology repeat: TMs1-5 and TMs6-10, and TMs 11-12 (TMs numbered to conform to the solute carrier 6 family Aquifex aeolicus LeuT). One member of this family, human SGLT3, has been characterized as a glucose sensor and not a transporter. Members of this family are important in human physiology and disease.	1.92316e-88
NC_010830.1|WP_083758836.1|1291414_1292242_-|transposase-family-protein	gnl|CDD|372577	pfam13359, DDE_Tnp_4, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.03506e-28
NC_010830.1|WP_012473116.1|1297164_1297587_+|SufE-family-protein	gnl|CDD|376883	pfam02657, SufE, Fe-S metabolism associated domain. This family consists of the SufE-related proteins. These have been implicated in Fe-S metabolism and export).	2.81443e-50
NC_010830.1|WP_012473121.1|1307689_1309225_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	2.16007e-25
NC_010830.1|WP_012473123.1|1309840_1310296_+|thioredoxin-dependent-thiol-peroxidase	gnl|CDD|224146	COG1225, Bcp, Peroxiredoxin [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	1.43099e-64
NC_010830.1|WP_012473112.1|1292277_1293060_-|IS5/IS1182-family-transposase	gnl|CDD|372577	pfam13359, DDE_Tnp_4, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	2.41619e-29
NC_010830.1|WP_187146248.1|1317576_1317744_+|NUDIX-domain-containing-protein	gnl|CDD|239645	cd03673, Ap6A_hydrolase, Diadenosine hexaphosphate (Ap6A) hydrolase is a member of the Nudix hydrolase superfamily. Ap6A hydrolase specifically hydrolyzes diadenosine polyphosphates, but not ATP or diadenosine triphosphate, and it generates ATP as the product. Ap6A, the most preferred substrate, hydrolyzes to produce two ATP molecules, which is a novel hydrolysis mode for Ap6A. These results indicate that Ap6A hydrolase is a diadenosine polyphosphate hydrolase. It requires the presence of a divalent cation, such as Mn2+, Mg2+, Zn2+, and Co2+, for activity. Members of the Nudix superfamily are recognized by a highly conserved 23-residue nudix motif (GX5EX7REUXEEXGU, where U = I, L or V), which forms a structural motif that functions as a metal binding and catalytic site.	1.45399e-06
NC_010830.1|WP_012473117.1|1297588_1297915_+|DUF59-domain-containing-protein	gnl|CDD|131990	TIGR02945, SUF_assoc, FeS assembly SUF system protein. Members of this family belong to the broader pfam01883, or Domain of Unknown Function DUF59. Many members of DUF59 are candidate ring hydroxylating complex subunits. However, members of the narrower family defined here all are found in genomes that carry the FeS assembly SUF system. For 70 % of these species, the member of this protein family is found as part of the SUF locus, usually immediately downstream of the sufS gene. [Biosynthesis of cofactors, prosthetic groups, and carriers, Other].	3.66839e-48
NC_010830.1|WP_012473126.1|1315936_1316449_+|DNA-3-methyladenine-glycosylase	gnl|CDD|234840	PRK00802, PRK00802, DNA-3-methyladenine glycosylase.	6.8863e-79

Protein sequences

>NC_010830.1|WP_012473118.1|1298411_1305230_+|AAA-family-ATPase
MKNNANLVQQLVGCIFLLSLVLQSCSNLTNPPIPIEKGQTNNSRELTNQITIKQLFDKEFTAKGGHLVTFYQHDGQLQADVAVSAPAGFSKTYTRLQVNIAKDINLTQIPRLNKEAQKRLIHFNLPQLGQPGSIAVYRPGLMGGSDTGKDKGKEKIIEEEEREGESENEDHDDNAEEYEEQVAALNEEEQKQLIQVDLLNNEQLGYVGGMLAIPGYKLLNCLHTGISSNIYRAVRLSDECPVVIKVSTQKVLTEKKVQRFRQEFELGQQVHSPYVIRYLELKQDSAYGMVLVMEDDQAVELTSAMPPSGFSIREFLEIAIQIVEGLQAIHAVNIIHNDLKLSNILIQPITKAIKIIDFNRASTLRQERHPAIPMMVGTLAYISPEQTGRVNRSVDYRTDFYSLGITFYQLLCGQLPFIAQDALGLIHQHLAKQPLPPHQHKPTIALPLSQLVMKLLEKEAENRYQSCEGILYDLRVCLADLQEKGAISTFELCQQDFSSKLTLSQHLYGREREIKTLVSAFERVSAGKCEGMMVAGQPGVGKTMLIQEIQKPIVLKQGYFITGKFDQLNKNVAYSAVNQAFDSLIKQLLTEDEACITQWKARLLAALGMHAQFIVKVVPTLALLIGEQPPISIVDINQAKNVFNLAFQEFVNVCATATHPLVIFLDDLQWADNASLELMTYLMRQPKISHLLWIGAYRDTEVNPSHPALQAIDMLQEASIRVQTLTLTPLSLASLCQWIADSLHKSLTDIQPLAELIFQKTGGNPFFVKLFLQSLYDQQLLTFAPQTHWQWDLAKIRQHPATENVITLMTYQIQQLPAATQAVLSTASCLGHRLSLSTLQVAMAEPKDAICQALQPALNSGIMLQVNNELHFAHDRVQEAAYHLLAEAMQSHTHLTIGQRLLASPGGEKRLLFEVVAQFNRSRLLVSEPKERLRIARLNLKAAQKAKQATAYAAALDYLYAGQKWIDIKTLWQTDYTLAFNFHKELAEVEYLSGHFETSEALIKDMQPYLQSVLDKVDIFYLLILQKVVQGLYQEAINLSHQTLQLLGSGLPLDNPTEFIKKTAADIKQKLRDRPLSSLLDSPIVVDPEKQALFKILASIYGATYLVGTDLLPAATMMAINLSLTHGITLEACNNYAAYGFLLCDRFEEYALGYEFGNLALQLAEKLQSPVDRCRSSVFLFAHTCPWSKPIRELPSILTSNFEACLACGEIEYAGYSALHKIKLLFYQGIPLVKVQQEALPLLQFAQSTKNPLPNYTIQAVQRVIANLRGETQDEWSFVIDGVNETKFEADCQQTNSLYVLCLYHIQKSLVFYLYGHFEEALSTLTLAKGNLAFIPGHYAKAIFNWYDSLTHLALYPTASLENQQAYLQQVIQNQQQMQRWQASCLENFAHKYLLVEAELARIKGDYAQAEVHYDQAIELADRHGFIHEWALAAELATKYWLARGKILYAQGHLNTAFNGYKQWGAKRKLIQFKAQYADLLKALAPPSLSKLAINQETTLSSNTLRLLDLSSILKASQTISSEIELPKLLHGMLQIIIENVGAQKGAVLFVEADDSLSVQAEYATDGTITILQQIPLEDWTHGAHIVIHHVKRFHQWIVIDDATKDELFKADPYISQAQAKSILCIPLMSHMELKAILYVENNLMTHAFTPERAQTALILTAQMAISLQNARYFAEQMALTQQLAEQSARRQLAEESLHTVTHDLKLALEASRAGTWNWWFDTNRITWDATHCALFGMTPDEFKGTYDAFLERVHPKDRERLKQTLEQCKEHDSFHDLEYQIIWPDSSQRMMAAHGRVYRDLKTGRPIKMAGVCLDITERKKLEQERMEAFEQAEKKERQRADEAERYFKQQAEFVNTVCHEVRNPMNGISNTVSFMEEKLTSLKAYKKSLPTSLPVLEELVQTLEEDIKTIQQCVNHQIAVINGVLNWSRLEAGKEELISKPFKPRTIIEEMIPLFTAQLKTKHLDLLVVLPEEAIAIKGDPERFKIVLINLISNAIKFTEKGHIKISLQNQAVDASHVQLTICMEDTGIGMTPEEQSHLFQQFSRPLSSQYEGSGLGLAISKKLLGLMGGTIQVDSVKGQGSVFTIHLTCEIVGIEETISPLIERKLPSPYPLLSSVAKHILVVEDNIVNQKILRRQLEAAGYTCTVADNGQKAIEAIGALEEVETSEQWNLAAFDLILMDLEMPVMGGLEATEWIRKKEKQLDVAPIPIIGLSAYAEEVCGGKAKQAGMDAYQTKPYRREELFRTIQSLISSPEPPSEQLAQATIIPHK
>NC_010830.1|WP_012473117.1|1297588_1297915_+|DUF59-domain-containing-protein
MTEQTPNIELKEEQVIEAIKQVHDPEIPVNIYELGLIYEINIYPVNNVHILMTLTSPSCPAAELIPGQVESSVRAIEGVNDVQVELTFDPPYSTDRMTEAAKLTLGFL
>NC_010830.1|WP_012473116.1|1297164_1297587_+|SufE-family-protein
MDCIQEQIVQEFQFLEGDREAMLHYLIEIGEKLPPLEDIHKTEQNRIPGCMSAVWLTYKRQDNRLFFEADSNTSITKGLISLLLRVLSGQSIEAILATNLYFVEKIGMHQLIGSQRSSGFANMVKQIRMVAMSHQSIDSV
>NC_010830.1|WP_012473115.1|1295778_1297122_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MCLFKKIQAYLYVYGIGLLCLAVSCTCNNNSDSNGKPSAPDQEKPSQQSELSIGEKWIQKAKDKGHKILAAALAKLEKGEAVDINYDILAEAVTLDDADIFSKLIASGGREDIQNQLDYTLLHQAAKDGSIEIAKILIQNLPIEYLNKQDHWGATPLYWAAIRNEIEVVKLLLDKNVDVSIQECNGDMALHAAIKNNMVELSKILIERMSLEDLNKKGFYGRTPLHFASEKEDPEIAQKLIDRKVNINVQDIYDSTPLHWASASGSTETVKNLIDAGADITIKNEYGWTSLHWASIKGKTAVVQILVSKLDANQLCITDKRGNTPLHSALENESIDIAKILVDKNVDLNQQNNDGNGLLHLSILHGLTEIATVLIDKNVDIIMPNKDVDTPLHLASKKGNTEIAEKLIKKGLDQGQDIKNIKNKSQNNAYYYAKTEEMRELLNPVTH
>NC_010830.1|WP_012473114.1|1294439_1295678_+|cysteine-desulfurase
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>NC_010830.1|WP_044283042.1|1316579_1317485_+|1,4-dihydroxy-2-naphthoate-octaprenyltransferase
MPSIKTWVIVVRLPTIILSISSIIMGTALAVWSGKWDISVGILAGITASLLQIIANLANDYGDFLHGAGVGARVNNTQAVSQGSVNLKQIRVAIFCLVGLTIVCGIILLHLADLPKNTFIQFILLGVIAIIAAITYTMGPKPYAYIGLGDVSLFIFFGLVGVLGTAYLHTKIWNTAYLLPALTCGCFSVAVLNLNNIRDIDEDAPIGKKTLVVRIGRKAALYYQWALLVMGILGAIIFTAQHYHRPIQWIFLAALPQLVQSGMLTMRLPVNQLDPLLQRLVMAQLSFVLLFSIGLVLSCDC
>NC_010830.1|WP_187146248.1|1317576_1317744_+|NUDIX-domain-containing-protein
MVVKLREAGKWDIPAGKRKPLPGELASKTAERETWEEAGIRFQMEAGDSICSYLT
>NC_010830.1|WP_148205005.1|1317880_1320040_-|DUF2974-domain-containing-protein
MQQAVLSFQGTQVESIVKILDNKDLKEDLASILANKITKQQALAYKATKNAVNYAKGKGLSLSFTGHSLGGYLAELGVAFCYLDAELDYREVKAVVFDSPGSGEKINLLKSNSTEFDIQKLPIVTYLSAPNIVNSCNGHPGEICIVHPELKLKDWAIKYIEAVKSWPLVGKNMVSIAKCLLSLTGHSLNTILASFDPKTGKPFKYIRIGDWPKFDLKRLNHKSYLGNKGRVGGAIVSKLARIINIPMGGFIGFQAGAFIENKIDERLCLLSSIIGFLLDYKKIDGKQLLQTLEELDENYNKPEDETAENAFRLKYIGHYKESGLKLNQYKVHKHKNKSVDWYLYKLRKYARDKSVIDRLSNGDFTIRVLQNILKDYDIVTISESQYIELNTEQGDIEVLRAKMRRNLEILTAKEIEHAMHSIRTLTAKRLSVRRKADSFARVKNGHEQAKPTHEMNKIVNKSLKRQNFCDRQIDYPHKEEKQYDLKKIIILSIFIFFLLSLPILAYIFHLTLRQNHVEKSENESIIEHWQNHNLTENVQNNYNVLQEIGGSTVNSSYNNEDAEWAASIVQDIRAKQLDTVYLHIAADLTPKRAAVLGRNLQGTQVHTVRLNHIVNGDNIITALAKNLEGTQVHTIVIVSSDIGFGYINDFFNVRAAEFAQNLRGTQVHTIAIVSSDIGNRWAIEFVKNLEGTQVHTVDFSDSIISDKEEGRYLIEWVFD
>NC_010830.1|WP_012473129.1|1320385_1322248_-|hypothetical-protein
MNESYTKAQKLIAHILLISLCLQSCKNPPHPIMQKEQMSETSKGPKPKALNFSTDLELAHKANSKSLSIANVNASKQVIKKIEESIIKSLSQPTINHEQTHKSQPENKINALHASQSKVKKLGSAPVVSETFVAQSSHKVHYYKRGGKLQAKAVESQNLEKSNEKSKQLQDLEFIINNEYQYEDNDIQAILTARLRNLPTNSKPIHVLAAVDNIVPDQLKKRLEQDRVHNNGDRILLIPCNLGSYHWVGILLEVSANGKVIRAEYTDSLNTSNNISIDFQQQLNKIYPNCILQSHSLLKQDDVTSCGAYTIENLLLALQSRTSTSEITTKNIRKSHLARLKKHNLNFYNKFYPRQRDNLSTTADISQQLGYHKAPKISKQELSAILRIHKYLLSINNESVKNKLWQAFRSNEAQEDNHKLHLNTIRTNLINASKELSNEQDQEALYNIIEILFGCLCNGETIDMINEVDYRLGYNIILTITQNNNLKVDQIDVIQNELDEHIKEDEEYARKLQEKLWNKKDKKQLKEKKILSSDNVISLPTLRNLAFDKAVELLSLVEIEELDKMFSPTKKDHTDLLGELKQAIQKQKLPCNYKQALQLLKSNNPKVKVIDLNQENLSKK

Crispr_ID: NC_010830_7

• CRISPR_ID: NC_010830_7
• CRISPR_location: 1554772-1555024
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NC_010830_7

Consensus_repeat	Method
TTTAGCATTGACATCAGCTCCTGATTCTATTAACAGTTTAGCTACTTCTAGGTGC	PILER-CR

spacers of NC_010830_7

>7.1|1554827|44|NC_010830|PILER-CR
TCCTCCTCAGCAGCCACATACAAAGGGGTTATTCCATTATTGCC
>7.2|1554926|44|NC_010830|PILER-CR
CCCTCCTCAGCAGCCCAATGCAAAGGCGTATCACCATGAATATT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_010830_7

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_010830_7

>merge|NC_010830|7|1554772-1555024|PILER-CR
TTTAGCATTGACATCAGCTCCTGATTCTATTAACAGTTTAGCTACTTCTAGGTGTTCCTCCTCAGCAGCCACATACAAAGGGGTTATTCCATTATTGCCTTTAGCATTGACATCAGCTCCTGATTCTATTAACAGTTTAGCTACTTCTAGGTGCCCCTCCTCAGCAGCCCAATGCAAAGGCGTATCACCATGAATATTTTTAGCATTGACATCAGCCCCTGATTCTATTAACAGTTTAGCTACTTCTAGGTGC

>NC_010830|7|2|1554772-1555024|PILER-CR
TTTAGCATTGACATCAGCTCCTGATTCTATTAACAGTTTAGCTACTTCTAGGTGT	TCCTCCTCAGCAGCCACATACAAAGGGGTTATTCCATTATTGCC
TTTAGCATTGACATCAGCTCCTGATTCTATTAACAGTTTAGCTACTTCTAGGTGC	CCCTCCTCAGCAGCCCAATGCAAAGGCGTATCACCATGAATATT
TTTAGCATTGACATCAGCCCCTGATTCTATTAACAGTTTAGCTACTTCTAGGTGC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_010830.1|WP_012473307.1|1566174_1567467_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238064
NC_010830.1|WP_012473302.1|1559129_1559546_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NC_010830.1|WP_148204978.1|1565096_1565987_-|F-box-like-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372399
NC_010830.1|WP_012473298.1|1551265_1551763_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379036
NC_010830.1|WP_083758876.1|1545293_1545461_-|DUF433-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225291
NC_010830.1|WP_148205007.1|1545695_1546850_-|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|224292
NC_010830.1|WP_083758851.1|1551674_1551899_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|375110
NC_010830.1|WP_083758850.1|1551168_1551339_-|tyrosine-type-recombinase/integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|271185
NC_010830.1|WP_012473300.1|1556590_1558249_-|SEL1-like-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223861
NC_010830.1|WP_012473301.1|1558214_1558688_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012473303.1|1559613_1561032_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|222984
NC_010830.1|WP_012473295.1|1550191_1550569_-|PIN-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|350250
NC_010830.1|WP_012473309.1|1568696_1572446_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|222984
NC_010830.1|WP_012473308.1|1568071_1568401_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NC_010830.1|WP_012473291.1|1545118_1545286_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|375906
NC_010830.1|WP_012473296.1|1550565_1550814_-|AbrB/MazE/SpoVT-family-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012473305.1|1564106_1564931_+|IS982-like-element-ISCaa5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NC_010830.1|WP_012473304.1|1562263_1563568_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_010830.1|WP_012473293.1|1547515_1548430_-|sel1-repeat-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|276807
NC_010830.1|WP_012473294.1|1548987_1550079_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_010830.1|WP_148205007.1|1545695_1546850_-|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|224292	COG1373, COG1373, Predicted ATPase (AAA+ superfamily) [General function prediction only].	2.33415e-35
NC_010830.1|WP_012473307.1|1566174_1567467_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|238064	cd00116, LRR_RI, Leucine-rich repeats (LRRs), ribonuclease inhibitor (RI)-like subfamily. LRRs are 20-29 residue sequence motifs present in many proteins that participate in protein-protein interactions and have different functions and cellular locations. LRRs correspond to structural units consisting of a beta strand (LxxLxLxxN/CxL conserved pattern) and an alpha helix. This alignment contains 12 strands corresponding to 11 full repeats, consistent with the extent observed in the subfamily acting as Ran GTPase Activating Proteins (RanGAP1).	5.61054e-22
NC_010830.1|WP_148204978.1|1565096_1565987_-|F-box-like-domain-containing-protein	gnl|CDD|372399	pfam12937, F-box-like, F-box-like. This is an F-box-like family.	1.1855e-05
NC_010830.1|WP_012473298.1|1551265_1551763_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|379036	pfam13102, Phage_int_SAM_5, Phage integrase SAM-like domain. A family of uncharacterized proteins found by clustering human gut metagenomic sequences. This family appears related to the N-terminal domain of phage integrases.	0.000185483
NC_010830.1|WP_083758876.1|1545293_1545461_-|DUF433-domain-containing-protein	gnl|CDD|225291	COG2442, COG2442, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	2.92729e-10
NC_010830.1|WP_012473302.1|1559129_1559546_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	4.28335e-34
NC_010830.1|WP_083758851.1|1551674_1551899_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|375110	pfam17293, Arm-DNA-bind_5, Arm DNA-binding domain. This domain is the N-terminal Arm DNA-binding domain found in various tyrosine recombinases.	2.69971e-11
NC_010830.1|WP_083758850.1|1551168_1551339_-|tyrosine-type-recombinase/integrase	gnl|CDD|271185	cd01185, INTN1_C_like, Integrase IntN1 of Bacteroides mobilizable transposon NBU1 and similar proteins, C-terminal catalytic domain. IntN1 is a tyrosine recombinase for the integration and excision of Bacteroides mobilizable transposon NBU1 from the host chromosome. IntN1 does not require strict homology between the recombining sites seen with other tyrosine recombinases. This family belongs to the superfamily of DNA breaking-rejoining enzymes, which share the same fold in their catalytic domain and the overall reaction mechanism. The catalytic domain contains six conserved active site residues. Their overall reaction mechanism involves cleavage of a single strand of a DNA duplex by nucleophilic attack of a conserved tyrosine to give a 3' phosphotyrosyl protein-DNA adduct. In the second rejoining step, a terminal 5' hydroxyl attacks the covalent adduct to release the enzyme and generate duplex DNA.	2.73775e-11
NC_010830.1|WP_012473300.1|1556590_1558249_-|SEL1-like-repeat-protein	gnl|CDD|223861	COG0790, COG0790, FOG: TPR repeat, SEL1 subfamily [General function prediction only].	7.49544e-45
NC_010830.1|WP_012473295.1|1550191_1550569_-|PIN-domain-containing-protein	gnl|CDD|350250	cd18683, PIN_VapC-like, Uncharacterized subfamily of the VapC (virulence-associated protein C)-like family of the PIN domain superfamily. VapC is the PIN-domain ribonuclease toxin from prokaryotic VapBC toxin-antitoxin (TA) systems. VapB is a transcription factor-like protein antitoxin acting as an inhibitor. Other members of the VapC-like nuclease family include FitB toxin of the FitAB TA system, eukaryotic ribonucleases such as Smg6, ribosome assembly factor NOB1, exosome subunit Rrp44 endoribonuclease and rRNA-processing protein Fcf1. The PIN domain belongs to a large nuclease superfamily. The structural properties of the PIN (PilT N terminus) domain indicate its active center, consisting of three highly conserved catalytic residues which coordinate metal ions, in some members, additional metal coordinating residues can be found. Some members of the superfamily lack several of these key catalytic residues. The PIN active site is geometrically similar in the active center of structure-specific 5' nucleases, PIN-domain ribonucleases of eukaryotic rRNA editing proteins, and bacterial toxins of toxin-antitoxin (TA) operons.	3.66844e-14
NC_010830.1|WP_012473308.1|1568071_1568401_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	1.76588e-24
NC_010830.1|WP_012473291.1|1545118_1545286_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|375906	pfam18480, DUF5615, Domain of unknown function (DUF5615). This is a domain of unknown function found in potential toxin-antitoxin system component.	0.000273325
NC_010830.1|WP_012473303.1|1559613_1561032_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|222984	PHA03100, PHA03100, ankyrin repeat protein; Provisional.	1.57643e-36
NC_010830.1|WP_012473309.1|1568696_1572446_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|222984	PHA03100, PHA03100, ankyrin repeat protein; Provisional.	5.23465e-38
NC_010830.1|WP_012473293.1|1547515_1548430_-|sel1-repeat-family-protein	gnl|CDD|276807	sd00010, SLR, Sel1-like repeat. Sel1-like repeats (SLRs) share similar alpha-helical conformations with Tetratricopeptide repeats (TPRs), but with different consensus sequence lengths and superhelical topologies. SLRs contain 36 to 44 amino acids and are present in bacteria and eukaryotes but not in archaea. SLR proteins are involved in a variety of functions, and many serve as adaptor proteins for the assembly of macromolecular complexes. The SLR family was named after the Caenorhabditis elegans Sel1 protein which is predicted to fold into 11 SLRs, a transmembrane domain, and an N-terminal signal sequence. The human Sel1L protein contains an additional fibronectin type-II domain and an N-terminal PEST sequence. Its downregulation is associated with the development of breast and pancreatic carcinomas.	3.6464e-52
NC_010830.1|WP_012473305.1|1564106_1564931_+|IS982-like-element-ISCaa5-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.07017e-13

Protein sequences

>NC_010830.1|WP_083758851.1|1551674_1551899_-|hypothetical-protein
MKISIILYKSKALADGSHPLMVRISQLKAKKYFSTGLSCPSELWDFDKHTPRQETLRSYPCAKESYLSYEAFRT
>NC_010830.1|WP_012473298.1|1551265_1551763_-|hypothetical-protein
MISIPLDRKLLEAILAQKKATYHTKLLELESEQKSLSLQQLVQAIEEPKQASGELFPFLSEVCQNLTQSGKIGRARLYKRLLTSLKEFTGSKQFCFSDKDDFVFPILNKNEHTTPQQISNRINRVLRGVNDALKELAQAAILDDLCSASYLCNGLKAKCHLNGGD
>NC_010830.1|WP_083758850.1|1551168_1551339_-|tyrosine-type-recombinase/integrase
MTTYVARHTYATVLKQSVISTGVISEALGHKGEKITEIYLKSFSNEVIDEANNVLL
>NC_010830.1|WP_012473296.1|1550565_1550814_-|AbrB/MazE/SpoVT-family-DNA-binding-domain-containing-protein
MYINTLTISSKGQLVLPKKVRDKLKSNLVSVEVNEHNQILITAVHDVGGALASYQKDTPLTFEAIRNKAWEDSISITEKGSK
>NC_010830.1|WP_012473295.1|1550191_1550569_-|PIN-domain-containing-protein
MKYLCDTNFILRYLLADNPQMFTKAKEIFDQAKTGKIILMIEQAVFTEVIFVLSSFYKVPKDTITQILSDLLTYKGISSEKEVFALALDYYSKYNIHVVDCLLLAKNKLTSIPVLTFDEQLNDYL
>NC_010830.1|WP_012473294.1|1548987_1550079_+|hypothetical-protein
MKLKYSLFEKFAAYILLVISLFLQSCNSPNVQPIAPQSPNISTEEQMISFYQEAGQLKAIVKQGHGSLSASYTLPVYISSDVSLAQLVTLTQEGQKQLIHINLPKEGQHGYVCVGHGDLRDKEDKQEYAAIVGDSNQKEKEKEGQVSEKVAYRKISTEDAEGEEKFLKVQELEDRIIQHINRAKDEAIIKSINYTLESFSPNGKWSAKVILDAFREKKEILDFGHVAFHERDFELISNHPFFREKAKGIKFSNLDNLAIGGGRGKFIRSLATSLQSTNIIEVELSNSNLKAESISLFVTNLKGAQVKRVNFKYNQVGNEIQQWLSSNYLANTTIEEINLKHNKVETSIQQLLIEKYNHIHWIF
>NC_010830.1|WP_012473293.1|1547515_1548430_-|sel1-repeat-family-protein
MKKASLPQQYIAFVLLGSLFLQNCRGSSNLPIQEVGNITETVEQEGVVRKGIEKGKIELTKEQGIRGVDDEEGEPTYKEWLKHERRGKSKNEEKGQLQTGRKEQEQQSHSVEIDKTYVESSIVVLAEKAAEQGNVVAQRDMGFIYQNGRSGLPQDDKKAIEWFKKSAIQGYVYGQTNLAWMYYNGKGTARNYHEAFKWYQKATAQGHPNAQCRLGWMYQTGRGVRRDYIKAREWYEKAAAQGNAQAQFNLGETYQNGWGVKKDYAKALEWFQKAAEQGNVGAQHKLGEMYYYGQGIQKNYTRTK
>NC_010830.1|WP_148205007.1|1545695_1546850_-|AAA-family-ATPase
MLFLAGPRQVGKTTLLWSSKNANSNFNYYNWDNIDDREILLKGYSHLTAGANLDVASYQKPILALDEIHKYKHWKTFLKGLYDGYKNDLTIVVSGSAKLDIYRQGGDSLMGRYFLYRIHPISLGELVRTKPTADLLAKPTYISEEQVKNLFELGGFPEPFLAQNMSFYNRWQALRERQMIFEDIRALSHIHDLAQLQVLAKLLKHQVGNTVKYSELAKKVRVSQPTIQAWLEVLSHFYYCFMIRPWTQNVSRSLLKEPKVYLWDWSCIPDHGARVENFVASHLLKSIHYWTDTGKGRYELYFLRTKDQKEIDFIVTQNDKPWLVIEVKSSKNAGLNPHLIEFKEALGAPHAFQLAFDMPYMEIDALSLTRPQIIPMVSFISQLI
>NC_010830.1|WP_083758876.1|1545293_1545461_-|DUF433-domain-containing-protein
MRITVKTILNYLALGGTFDNILGVYPQLSKEDIQARLHSAARILERKVHAFELTS
>NC_010830.1|WP_012473291.1|1545118_1545286_-|hypothetical-protein
MHFLVDVNLPKHFSFFNYPNFVHLVDINPCMIDGQIWNYALEKKSREIIDATMWL
>NC_010830.1|WP_012473300.1|1556590_1558249_-|SEL1-like-repeat-protein
MEEGEEEAAEDKLSDENIPDECFCPITQEIMEDPVIAQDSHSYERSAIQRWFDVGKRVSPMTGKRLLSTELIANYTMRSLIQDIKAQVPVLTRHKLDIRNIEAAIKLREEEIEEKLIQKGHLVEKESQERLSLEEKLQQKEIELQQHKRKLEEKTAQLHIMEKRIGLLKEQVNSFIERDKQMRTTMQECILQMQQYMVQPGPPVSSSSSSVSAFQQKVKEGVLEGNHNNKAEQDYPAVSEQKLRYFLDSKRLKGKVLDEQEAIKHCKEGATIGHMYAQYVLGNKYRSGRQGLKRNYAKAKRWYEKAAEQGYAEAQYKLGAMYDNGEGVTIDFIEAKKCYEKAACQGVAVAQARLASLYYYGRGVQLNRAEAERLCLQIREKIAIDAQKGDADCQLSLGWMYYHGCGIRRNYSRAMAWYLKSANQGCAAAQNNLGVMYAYDWFGAIKKDYTKAREWYQKAAEQGYAHAQSNLGGLYYSGQGVEKDDRKACEWYQKAAEQGYAHAQYSLGIMYRNGFGVGKDNIKAIEWFRKAAEKGYEDAQIILNSVVIHFSS
>NC_010830.1|WP_012473301.1|1558214_1558688_-|hypothetical-protein
MKRSYNLFQQYIAYVLLISLFLQGCNRLNSPLLPIQEEEIASIQTYTQQQLTPQLQANIQPLVDQTVTAEGGHAVTFYEYKGELQASVEPLDEKHSVYNGLPVEIKDETDLASLPHLPKKIQQNRILIQLAQGKQPFKEGGRASGRNGRRRRGSSRR
>NC_010830.1|WP_012473302.1|1559129_1559546_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MINLGADVDASNNNGYTPLCYAVQDGYLEIVKLLLERGAKLNVVTDKGNSPLHLAALQGHLEVARLLIKQGLDIELKNTTNYTPLHIAAGKGHIEVVKLLIEKGAKLNVRTSNGNTPLHLAAYQGRLDVAKLLIQKKL
>NC_010830.1|WP_012473303.1|1559613_1561032_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MKINYSVAQQFIARLILIGLCLQSCGGGFDNNPLIPTGEEQVASIQTTTQAILPRADIQPMVDKQLTAQGGHVVNFYMEAGDLRANVVMNVPEGFSKTYEGVEVLLEQGAELSDLPRLGQQAQQRRIHLQPAHVGKPAKIVIYKGAGLMGGGNPDSDEQKEGSEEEEEEAQSDVQIQVSNTQQLTSVASLHAATEEGDIKRIRGLIQAGIDVNTKNNNNWTPLHIAAQRGHLEAANNLLAAGANINTTDNNGLTPLYLAALLGHLELVKLLIEHRADVNIANTKGCTPLYMAAMKGNLEVVKTLAFSGGANINIQNNEGFTPSYIAVQRGHLEVVKYLVGAGTDVNIRDNNALTPLYISVLKGHIDIAKQLVALGADVQDPLYGAVKKGNLEVVKQLIQLGAYINAKDDNGYTSLHVAVKKGHVEVVKLLLENGGNLHCKDSAGSSLLHIAVRKDHIELVKFLLVQGVSPKF
>NC_010830.1|WP_012473304.1|1562263_1563568_-|hypothetical-protein
MNFNSFQQLIARLLLISLFLQSCGGGFDNNPLIPTGEEQVASIQTTTQAILPRADIQPLTGQVLTAEGGHAVTFYKEAGELKANVAMDVPEGFSKTYEGVEVLLEQGAELSDLPRLSEQAQQRRIYLQPAQGNQPAKVVIYKGVGLMGGGSSEDEGEEEGTYQLVVESGEKEAEEIEQEKEKLQIIRHTKRGVAEAHYHYNLWREDFLKLQPLTSVRIQPEKVPMQELMKLFEIKEGEFLEKQVKEVLEDADGIIPEPEPEPFNKRHKIYGQFIICEQTLPADDGGYPGNLPDFKKRTRVGFNGDGLLYQNNSILDSSEQALWALNPKGKMCIFFRDRHPDIPSQVHHTFFFKTSGIGKPVACSGIIRVCKGKIVSIDNDSGRYQPSVTQLLLAAKYLFNKGILDPTISVNDVVRDKSFTLKEMLIFAHSLDLT
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>NC_010830.1|WP_148204978.1|1565096_1565987_-|F-box-like-domain-containing-protein
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>NC_010830.1|WP_012473307.1|1566174_1567467_-|hypothetical-protein
MQRNYKISHTFIASILIVSLFLQSCGGSSNLPLQGEEDPSATTTIEQEEGQGKRKRARIEGPEQEQRLIEQGQEISYFDIFSSEIRQEIFSYLKLEDILPARAVNKDWNELITGYRQAGIVGVENKPSHINDTRGWVIKKEINFRNSKLRILTPKTIPCFAFYHLMGKVVNLPRTFWPYLQEARVHTVYLSGNKIGDQGVEGFVKNLQGTQVHTVDLSVNEIGDQGVEGLAKHLQGTRVHTVNLSGNYIGDQGAEGFAKHLQGTRVHTVDLSENEIGAQGAVGLAKYLQGTNVHTVDLSANQIGAQGAESFARLLQGTRVHTVDLSRNEIGAQGAVGLAKYLQGTNVHTVDLSNNEIGDQGAEGFSKHLQGTRVHTVDLSYNEIGDQGAEALAKHLQGTRVHTVNLRSNNIGPDVQRLLVEQYPHIKWVF
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MVEFLLAHGASVNAHDEGHITPLQEAVMEGHTEIAKILLKYEADMNEQERHGYSSLQLAAWYNKVEVLNLLTEKGTDLSARTADGNTPLHIAAIEGHTEIIKILFRRQR
>NC_010830.1|WP_012473309.1|1568696_1572446_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MKNNYTLTQQLIARLLLIGLCLQSCGEGFDNHPLISTQEEQIDQVQVTAKQLADTTFIPKEDHQIDLDQEANELQPAASQGDSSLLNKYQKVGGQGNNIVVIQEQDRKDKPIKRNEKVGVVHYSNNKLTIRDSRPATKQPYTSPANKTTQSIAGQQQLVVNNSMKALLTNQVCITKEGYQLKFEQKGAGTLEAIVENRFPTGFTKQRLPVVIDGGLSCTEAAVGNIAWQKQFIHVSDQYVYVGQNGLLGGGKDKGLVSEEEQEEANEKEPLGTEINLSKEAIKSLWQIGQEVGEEKYRDRALGLLALEALNKGGVYTTRYLKKLNQLGTIPIIVGNQSALPAAWQGKTPDELQAVLHTLYLQALEGKERHLSTLAKAEQAAEQLAILELKYHFQKLLEPTSLEKEGLVKDIQKGIDRLGILPMSELISLRKSYLSYLVREALTMDLATNTAHVKKFIEKVGELAQKGKSKAKHSQTEREALNAFSGKLYRQLGGLSKKLSQNSHEAVKSIEWQRSYYLKATKLKDAVAYYQLGLLYGDSNSTYYDMHEAKEALEESARLGYVLAFYALSEHYEKEGDTELALYWQEQAAKKGHPQALYKLSRASEQEARLNYLEQAGFSGDSQAQYALGNYYWGQGDYATAIEWYNKAAYQGVQASYAYLGIAARKGLGCPKDIQAALGYYLRSEKAGEDNAIARYGRARLYEKGEGVKADLGTALSLYTQASELGHAKASYHAGKLHLSGQVEGCNIQAGYALLEKAGKAGIYQACLLLGKLYEHGWGRLPDPTAALHWYSQAAINSSKAKRMSDLAQLALLHKLDNDIGIEEEKKLSLLDQASLVEKNKYMRLEEAYQEAQKAKVAGEEMLQFLRDRNRKYKLDLVEKSRALEQLKGHNEAEKGKLYQQLQENEEQVKKLTEKLCLYEQENSLAKKNAALLHHQLTDKEQAYQALNKQEVNLRRQLAEKEEAYKKLMQEKYLQQKTNKELAQLLINKEKYLLHAAVENGQLAVVKMFLKKGANIQAKDVEGKSPLHLAARAGHLEIAKLLLEKGADTEARNSYGNSPLHSATKNGQLEIAKLLLESGADIEAKGEYDISPLGYAVHYNHPEVAKLLIEHGAYFDIKGKNRIFNGVNMLFWVARCGYLEIAKLLLEHGADVNVKDERGNSLLTSLCASQKPHIDTAKFLIEKGADVNAKDGLGNTPLYKAVEQGYLELARLLIDKGADLLATNNQGLTPLQVVTQKNHTALVELLTKK

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NC_010830_7	7.1|1554827|44|NC_010830|PILER-CR	1554827-1554870	44	NC_010830.1	1554728-1554771	0	1.0

1. spacer 7.1|1554827|44|NC_010830|PILER-CR matches to position: 1554728-1554771, mismatch: 0, identity: 1.0

tcctcctcagcagccacatacaaaggggttattccattattgcc	CRISPR spacer
tcctcctcagcagccacatacaaaggggttattccattattgcc	Protospacer
********************************************

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
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NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	KX190834	Bacillus phage BMBtpLA3, complete genome	26163-26192	7	0.767
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NC_011645	Bacillus phage TP21-L, complete genome	9100-9129	7	0.767
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	KF296717	Bacillus phage proCM3, complete genome	27345-27374	7	0.767
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	JX887877	Bacillus phage vB_BtS_BMBtp2, complete genome	32799-32828	7	0.767
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NZ_CP045730	Lactobacillus gastricus strain LG045 plasmid unnamed1, complete sequence	2103-2132	8	0.733
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NC_006530	Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pSF118-44, complete sequence	8286-8315	8	0.733
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NC_011352	Lactobacillus paracasei plasmid plca36, complete sequence	35513-35542	8	0.733
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	CP002035	Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN1, complete sequence	8587-8616	8	0.733
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NC_022876	Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0231, complete sequence	47878-47907	8	0.733
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NZ_CP015254	Bacillus thuringiensis Bt18247 plasmid p81952, complete sequence	19244-19273	8	0.733
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NZ_CP008840	Lactobacillus gasseri DSM 14869 plasmid pEB01-2, complete sequence	10984-11013	8	0.733
NC_010830_1	1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder	441696-441725	30	NZ_CP021437	Bacillus thuringiensis strain C15 plasmid pBMB240, complete sequence	129147-129176	8	0.733

1. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to CP011076 (Brevibacillus laterosporus strain B9 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
aacgaatcagttaggtcttttctttttgta	Protospacer
**.  ********* *******.*****..

2. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to KX190834 (Bacillus phage BMBtpLA3, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
tctttatcagttagctttttcccttcagct	Protospacer
  **************.***.****. ** 

3. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NC_011645 (Bacillus phage TP21-L, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
tctttatcagttagctttttcccttcagct	Protospacer
  **************.***.****. ** 

4. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to KF296717 (Bacillus phage proCM3, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
tctttatcagttagctttttcccttcagct	Protospacer
  **************.***.****. ** 

5. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to JX887877 (Bacillus phage vB_BtS_BMBtp2, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
tctttatcagttagctttttcccttcagct	Protospacer
  **************.***.****. ** 

6. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045730 (Lactobacillus gastricus strain LG045 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
ctagaagcagttagctcttttcctttagca	Protospacer
     * ******************* **.

7. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NC_006530 (Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pSF118-44, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
ctagaagcagttagctcttttcctttagca	Protospacer
     * ******************* **.

8. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NC_011352 (Lactobacillus paracasei plasmid plca36, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
ctagaagcagttagctcttttcctttagca	Protospacer
     * ******************* **.

9. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to CP002035 (Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
ctagaagcagttagctcttttcctttagca	Protospacer
     * ******************* **.

10. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NC_022876 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0231, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
tttttatcacttagctcttttcccttaaaa	Protospacer
  ******* *************.** . .

11. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015254 (Bacillus thuringiensis Bt18247 plasmid p81952, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
tttttatcacttagctcttttcccttataa	Protospacer
  ******* *************.**   .

12. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP008840 (Lactobacillus gasseri DSM 14869 plasmid pEB01-2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
ctagaagcagttagctcttttcctttagca	Protospacer
     * ******************* **.

13. spacer 1.1|441696|30|NC_010830|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP021437 (Bacillus thuringiensis strain C15 plasmid pBMB240, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

aatttatcagttagctcttttccttttgcg	CRISPR spacer
tttttatcacttagctcttttcccttaaaa	Protospacer
  ******* *************.** . .

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	35558 : 169517	108	Bacillus_phage(20.0%)	tRNA,protease,transposase,integrase	attL 103614:103632|attR 181549:181567
DBSCAN-SWA_2	348280 : 437679	50	uncultured_virus(14.29%)	tRNA,protease,transposase,integrase	attL 383996:384055|attR 446739:447470
DBSCAN-SWA_3	511495 : 577253	32	Acinetobacter_phage(20.0%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	585002 : 683030	55	Tupanvirus(12.5%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_5	1011322 : 1104940	60	Staphylococcus_phage(13.33%)	tRNA,protease,transposase,integrase	attL 1024178:1024195|attR 1107099:1107116
DBSCAN-SWA_6	1110671 : 1171619	40	Clostridium_botulinum_C_phage(20.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	1386460 : 1453468	56	Synechococcus_phage(18.18%)	tail,transposase	NA
DBSCAN-SWA_8	1465569 : 1538625	47	Acanthamoeba_polyphaga_mimivirus(10.0%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	1551168 : 1638599	52	Chrysochromulina_ericina_virus(12.5%)	tRNA,transposase,integrase	attL 1548032:1548052|attR 1645259:1645279

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_010830|35558:169517|DBSCAN-SWA
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MANHQSARKRIRANEAKHLHNRYQLKTCRTAIKQLKQVKDKEQAVTLFKTVVAMLDKSAKRHIIHKNKAANTKSKLAQHINRL

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012472257.1|37867_40612_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472258.1|40677_41922_+	2-oxo acid dehydrogenase subunit E2	NA	NA	NA	NA
WP_012472259.1|42028_42568_+|protease	ATP-dependent protease subunit HslV	NA	NA	NA	NA
WP_083758782.1|43373_43571_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_083758867.1|43687_43807_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_148204898.1|43963_44789_+|transposase	IS5-like element ISCaa2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472262.1|44883_47175_-	sel1 repeat family protein	A0A2P1EKD8	Megavirus	2.5e-12	35.8
WP_012472264.1|47623_48952_-	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012472265.1|48995_49622_-	DUF4290 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472266.1|49678_51952_-	UvrD-helicase domain-containing protein	A7KV33	Bacillus_phage	1.5e-113	36.5
WP_012472267.1|52142_53936_-	SurA N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472268.1|54869_58199_+	HD domain-containing protein	B3FJI5	Pseudomonas_phage	4.1e-08	37.5
WP_052290779.1|58468_58714_-|transposase	IS110 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_083758783.1|58744_58981_+	hypothetical protein	F2Y2Q2	Organic_Lake_phycodnavirus	9.4e-08	43.2
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WP_187146271.1|62476_63223_+	50S ribosome-binding GTPase	NA	NA	NA	NA
WP_012472272.1|64243_66004_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	1.3e-53	28.7
WP_012472273.1|66036_66798_-|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
WP_012472274.1|67132_67966_-	elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
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WP_012472276.1|69153_69540_-	30S ribosomal protein S9	NA	NA	NA	NA
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WP_012472278.1|70419_71127_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146272.1|71129_71468_-	biopolymer transporter ExbD	NA	NA	NA	NA
WP_044282680.1|71508_72192_-	MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472281.1|72250_73063_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472282.1|73224_73815_-	DNA-3-methyladenine glycosylase I	NA	NA	NA	NA
WP_012472283.1|73928_74735_+	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_148204900.1|75132_75811_+|transposase	IS1-like element ISCaa4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_012472286.1|77698_77944_+	ATP synthase F0 subunit C	NA	NA	NA	NA
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WP_012472289.1|79133_80732_+	F0F1 ATP synthase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
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WP_012472291.1|83225_84704_-	ADP/ATP carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472294.1|86064_86706_-	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_148204990.1|86883_87710_-|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_012472297.1|88954_90172_-	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_044282685.1|90465_90951_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472298.1|91050_91485_+	dUTP diphosphatase	A0A1S5XYX0	Kurlavirus	2.2e-47	65.5
WP_148204991.1|91527_92517_+	nucleotidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_044282687.1|92883_93528_+	DUF4292 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472301.1|93514_94774_+	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204901.1|95177_95645_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204992.1|96653_97480_-|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472304.1|97706_98741_-	LD-carboxypeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_012472305.1|99024_100392_+|protease	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	A0A1B1P7R7	Bacillus_phage	7.1e-07	23.7
WP_187146273.1|101888_103580_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
103614:103632	attL	NA	NA	NA	NA
WP_083758785.1|103696_104524_+|transposase	IS5-like element ISCaa6 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_148204902.1|104578_104791_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472310.1|105016_105718_-	CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012472311.1|106021_109009_+	protein translocase subunit SecDF	A0A1B1IVP7	uncultured_Mediterranean_phage	1.7e-37	37.9
WP_187146274.1|109295_110321_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A068EEM9	Penguinpox_virus	3.5e-06	34.5
WP_012472313.1|110823_111273_+	hypothetical protein	A0A0B5IXN2	Pandoravirus	2.3e-10	40.5
WP_148204903.1|111483_112005_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472314.1|112436_112994_+	recombinase family protein	Q1MVP4	Enterobacteria_phage	2.6e-64	70.2
WP_012472315.1|113050_113815_+	DUF1624 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472316.1|114439_115393_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472317.1|115646_116999_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472318.1|117110_117362_+	30S ribosomal protein S20	NA	NA	NA	NA
WP_012472319.1|117462_118194_+	DNA repair protein RadC	NA	NA	NA	NA
WP_012472320.1|118281_120702_+|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_012472321.1|120711_121002_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472322.1|121008_121293_+	cell division protein ZapA	NA	NA	NA	NA
WP_012472323.1|121285_122032_-	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase	W8CYX9	Bacillus_phage	1.6e-08	43.6
WP_148204904.1|122542_125842_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472325.1|126093_126405_+	50S ribosomal protein L21	NA	NA	NA	NA
WP_012472326.1|126412_126676_+	50S ribosomal protein L27	NA	NA	NA	NA
WP_012472327.1|126749_127109_+	30S ribosomal protein S16	NA	NA	NA	NA
WP_012472329.1|128467_128656_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_083758868.1|129019_130531_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472331.1|131516_132764_-	Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase	S4VYP3	Pandoravirus	2.3e-36	28.2
WP_012472332.1|132817_134587_-	thiamine pyrophosphate-binding protein	E5ERI2	Ostreococcus_lucimarinus_virus	1.3e-21	24.5
WP_187146275.1|134651_135668_-	3-oxoacyl-ACP synthase	NA	NA	NA	NA
WP_044282698.1|135744_136377_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472337.1|138187_139276_-	mannose-1-phosphate guanylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012472338.1|139578_141204_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472339.1|141349_141802_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE	NA	NA	NA	NA
WP_083758787.1|142253_144674_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472342.1|144986_145292_-	30S ribosomal protein S10	NA	NA	NA	NA
WP_012472343.1|145297_147427_-	elongation factor G	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	1.4e-54	26.6
WP_012472344.1|147429_147897_-	30S ribosomal protein S7	NA	NA	NA	NA
WP_012472345.1|147925_148333_-	30S ribosomal protein S12	NA	NA	NA	NA
WP_012472346.1|148684_149509_-|transposase	IS982-like element ISCaa5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472347.1|150050_150329_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472348.1|150397_150994_+	phospholipase D family protein	A0A1B2LRT6	Wolbachia_phage	8.1e-24	38.9
WP_012472349.1|151357_151711_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472350.1|152647_153001_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472346.1|153100_153925_+|transposase	IS982-like element ISCaa5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472351.1|153921_156114_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472352.1|156651_157410_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472353.1|157793_158519_+	3'-5' exonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_012472354.1|158678_159914_+	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_012472355.1|159928_162655_+	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	4.0e-25	24.4
WP_012472356.1|162789_163008_+	membrane protein insertion efficiency factor YidD	A0A2H4PQM5	Staphylococcus_phage	2.3e-13	50.0
WP_012472357.1|163218_163413_+	30S ribosomal protein S21	NA	NA	NA	NA
WP_012472358.1|163657_164536_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A1B1IQT7	uncultured_Mediterranean_phage	9.5e-21	27.3
WP_012472359.1|164786_165308_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204907.1|165975_166224_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472361.1|166351_166495_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_083758788.1|166537_166699_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146276.1|166701_167640_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472362.1|167768_169517_-|tRNA	aspartate--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
181549:181567	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_010830|348280:437679|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012472506.1|352257_353148_-	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	S5VSZ7	Leptospira_phage	7.4e-13	37.7
WP_012472507.1|353159_353948_-	ParA family protein	H7BUL8	unidentified_phage	1.4e-18	29.6
WP_012472508.1|354467_356102_-	chaperonin GroEL	A0A240F779	uncultured_virus	6.0e-194	66.1
WP_012472509.1|356164_356443_-	co-chaperone GroES	A0A221S3C8	uncultured_virus	1.7e-24	61.3
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WP_012472512.1|360383_362342_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146279.1|363327_365073_+	glycoside hydrolase family protein	A0A1J0MH64	Acinetobacter_phage	3.2e-20	41.1
WP_044282730.1|365113_365593_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146280.1|366083_366230_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012472519.1|369839_370790_-	acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_012472520.1|371609_372554_+	polysaccharide deacetylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472521.1|372556_375367_+	DNA polymerase I	F8WQ35	Bacillus_phage	8.2e-66	30.3
WP_012472522.1|375544_377923_-	transketolase	NA	NA	NA	NA
WP_012472523.1|378240_379716_+|protease	serine protease	NA	NA	NA	NA
WP_083758797.1|380363_380858_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012472524.1|380973_382443_-	sodium:solute symporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472525.1|382983_383769_-	enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein	NA	NA	NA	NA
383996:384055	attL	NA	NA	NA	NA
WP_148204900.1|384002_384682_-|transposase	IS1-like element ISCaa4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_012472527.1|386567_388457_+	DNA polymerase III subunit gamma/tau	A0A1U9WR94	Streptococcus_virus	1.2e-49	43.3
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WP_044282734.1|393566_393884_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012472531.1|401399_403961_-	DUF2974 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_052290786.1|409016_409241_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012472541.1|416212_419548_+	HD domain-containing protein	A0A291L9W9	Bordetella_phage	6.8e-11	37.7
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WP_187146282.1|423566_424226_-	TIGR02453 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472547.1|424353_425844_-|tRNA	glycine--tRNA ligase	A0A2I2L3K8	Orpheovirus	3.1e-48	32.3
WP_012472548.1|427183_433699_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A1J0FA54	Only_Syngen_Nebraska_virus	3.0e-10	24.8
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WP_012472346.1|436854_437679_+|transposase	IS982-like element ISCaa5 family transposase	NA	NA	NA	NA
446739:447470	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_010830|511495:577253|DBSCAN-SWA
TTTACTGTCCAGCAGTGTCTAGTTTTACATTTATTTGTAACACATAATTGTCTATTTCTACTTGCTCACCTTTTGTTAAGCTTTCTAATACAGTAAACTGTAAAGCTTGTGTCTCCTGGCAAATATACGTTTGGTATACTGTAACTGCTTCTTTTACAAAGTCTTCTTGAGAAGCTATAGCGAGCTGTATCTTATCCTGTACTTCTAAGCCCATAGACTTACGCATGTTCTGTATCCTATTTATTACGTCTCTGGCAACACCTTCTTGTCGTAGTGCATCTGTAACAGTTATATCTAGTGCAACTGTAATGCTTTCCTGGCTGGCTACAGACCAACCAGGAATATCTTCCGAAATAATCATTACATCTTCCAAAGAAAGTCTGATCATATCTTTACCTATATTGAGCATTAATTCTTGATGCGCTTCCAATAAGAGAATATCTTCTTGAGTAAGCGTAGTAAGGGCTTCTGTTATAGGCTTAATCTGTGCTTTGTAACGTTGGCCTAATTGTTTAAAGTTGGGCTTTACCTTTTTAGCAACTAGCTCACTGGTATGGGCTATGTATGTAATCTGTTTGATGTTTGTTTCAGCTAAGATAAGGTCAGCAACAGCTTCTATTTGTGCTTGCATAGCCTCGTTTGTAACAGGGACAATTAGCTTAGTAAGTGGTTGTCTAACTTTAAGATTATGCTTTTTTCTCAACGAATGCACTAAAGATACAATGGTTTGTGCTTGTTGCATCTTAGCTTCTAAAGCTAAATTAATAGCTGAAGTATTTACAACAGGCCAGTCGCTTAAATGTATAGAGGAAGTTTTATCTTCTTGTTGTACTAATTGTAAATCTTTGTACATGCGCTCGGTATAAAATGGTGCAATAGGTGATGCTAACTGTACAACCGTTGTTAAGCAGGTATATAATGTTTGGTAAGCTGCTGTTTTATCTTGAGTTTGTTCACTTTTCCAAAAACGTTTCCTATTGAGCCGTACGTACCAGTTGCTTAAATCATCAACTACAAAGTCTTGTATAGCGCGGCAAGCTCTAGTAGGCTCATACGCATCAAGCTCTGTTGTAACAAACTGAATGAGACTATGTAGTCGTGAAAGGATCCAGCGGTCAATCTCTGGCCGTCCCTTAAGAGGTATGTTGGACTGTTTATTAAAGAAAAAGTCATCTAGGTTGGCATATAACGCAAAGAAGCTATAAGTGTTCTGCAAAGTAGAAAAGAATTTACGTGTTACTTCTACCAGGCCCTCTGTGTCAAACTTAAGGTTATCCCAAGGGTTCGCATTGCTAATCATATACCAGCGCAGTGCGTCAGGGCCATGCTGTTGCATAATTTGGAAAGGGTCAATAGAATTACCCAACCGCTTAGACATCTTATTCCCGATTTTATCCAGAATTAACCCATTTGAAACTACATTTTTAAAAGCCACGCTATCGAATAACATAACCGCAATAGCATGGAGCGTAAAGAACCAACCTCGTGTTTGGTCAACACCTTCGGCAATAAAATCTGCTGGAAAGCTTTGTTGAAAAGTTTCTTTATTCTCAAAAGGGTAATGCCATTGTGCGTAAGGCATAGCACCAGAGTCAAACCAGACATCAATTAAGTCGGTTGTCCGATGCATTTCTTTCCCTGAAGGGCTTGCCAGTACAATGTTATCTACATAAGGACGATGTAGATCAAAATCTATAGGAAGCGGATGTTCCATAAAACCTGCTGCTATGGATTTTTCTACTTCTTGGTTGAGTTCTTGTATAGAACCAATGCAAAGCTCTTCCTGCCCGTCTTCAGTACGCCAGATGGGTAATGGAGTACCCCAAAATCGATCACGACTCAAATTCCAGTCCACTAGATTTTCTAGCCAGTTTTCAAAGCGGCCTGTGCCCGTAGAGGCGGGCTTCCAATTGATTGTTTTATTGAGTGCTATCAGTCGATCTTTATAAGCTGTAGTACGGATAAACCAGGCATCCAATGGATAATATAAAATCGGTTTATCGGTACGCCAACAGTGCGGGTAGTTATGCTCGTATTTTGCTACGAGGAAAGCTTTATTTTCTTGCTTAAGTTTGATTGCAATGAGTACGTCTGCTGATTTATATTCTGGTTGGTTACGGATATTTTCAGGTTCATAATCTTCTTTTACATATTTGCCTGCCCAATCTGTAATCTCTTCTACAAAGCGCCCTTGCTTATCCACAATGGGTACAGCTTTACCATCACGTTCAACTGTGATAGCTGGTATATTCGATTTTTGTGCAAGGCGCATATCATCGGCTCCAAACGTAGGGGCTATATGTACAATACCAGTTCCTTCATCCGTAGTAACAAAGTCGCCCGATACAATCCTAAAAGTATGGTTCACAGGTTGTACATAAGGCAGCAGTTGCTCATATTCAAGCCCTACTAAATCTTTACCCTGATATTTTGCTATTATTTCCCATGGTATAGTAGATGCGCCTGGTTGGTAATGGGCCACTGCTTCCCTATCAGGAGATGTAGTAAAATAGCGTGCTAAGGCTGCTTCAGCCAAGATGACTTGTACTAGTTGATGTGTATAAGGGTTATAAGTACGTACCTTTACATAAGTTATGTTTTCTCCTATGGCCAATGCGCTGTTGGCTGGTAGTGTCCAGGGGGTTGTTGTCCAAGCTAGTACATAGTCTTGCTCAGCATTTTTAAGCTTAAATTGTGCTACTACAGTAACATCTTTGACCGACCTATAGCAACCAGGTTGATTAAGTTCATGCGAGCTTAATCCTGTGCCTGCAGCAGGTGAATAGGGTTGGATACTATATCCTTTGTAAAGAAGTCCTTTACTATAAAGCTGTTTCAATAAATACCAAACAGACTCAATATACTGGCGATCATAAGTAATATACGGATTTTCTGTGTCTAGCCAATACCCTAGCTCGGTCGTTAGCTTTTCCCATTGGTCAGTATAACGCATCACTGTTTGACGACAATGTGCATTGTACTCTTCAATACTAATTCTTTTGCCAATCTCTTCTTTCGTGATACCTAAAGATTTCTCTACTTGCAGTTCTACAGGAAGTCCGTGTGTATCCCAGCCACTTTTACGTTTCACCTGGTAACCCTGTAAAGTTTTATAACGACAAAACAAGTCCTTAAGTGCTCTAGATAGCACATGATGGATGCCTGGTTCTCCATTGGCAGAAGGCGGCCCTTCGTAAAAAGTAAAGCTAGGCTTTCCCTCACGATTTTTAATAGATTCAAGAAATATATCGTGGTTTTGCCAAAATTCATTTATTTCTTGTGCTACTTGAACTAAATCTAGTTGTTTGTATTCAGGATATTTTTTCATGGAAAGGTTCCTTACAAAAAAAAGTTTTTGTTAGTTGAGATTACGACTAAATAGCTAATCTCTAAGATTTGCTAAATTACTGATTAAGCCAGTATGTAACAAGTAAAGTTGAAAATGGTATATCTTGTATTATGTCAATAGATCCATAATTCTTCATGCTTTTATGAATTAGGGTTAGTTCATAATATATTTTAGAGATAATTTTAGGTAAACGTTATTTCGATTATCAGCATGGTTCTTTTTGTTGCACATTGAAGATCAAACGGTATTTGTAATTTTCTCTTTGGTCCTATATGAAAATTTTTAGAACAGTAAATGGCAGTACCTCTTCCCGTTATGTTATCAATAATAAAAATATACAAGCAAGCTGATTAAAATGTGCTCTATTTGTACTAATATATTGTTGGTCGGTAAGAAAAAGCCCTACTATAACCCTAAAAAGGTTATATAGAAATAGATATGCTTTTTAATAACCTCTCTATTAAGTAAGTTTGATAAATTTTTATAAACTAATAGAGGATTGGGTTACCAAACATCTTGTTATAAAACACATATTTAAAAATATGTATTTGCACATTGTTAAGGGTAATTCCTGATACTAAAAAAGATTATTTTAACTCTTTTGGATCTACTAAGTTAACACGAGGATTATCTTTTCTAATAATGATTTCTTCTAGTTGAAATTCAACTTTTAATTCTTCCAATGTTGTTTCGTAATAGTAGCTTTGATAGAAAGAATCCTCAAAGACCTTCTGTCTGTTATGTACAATTGAAGTTAACTCTATTTTGCTTCTATATATCATATTTGAGAATTGTACAACAATACTCTTTTCATTTACTTTTAATACACGTGCTAAGACATATCCAAATTGTTTTTTGTCATTTAAAATTAGGAAATCCCCTGTTTGAACTAAATCCTTGTTAGCTCTAATCTCATACATCTCCTTTCTTTTACTTTTCTCGTTAGCTTTGCCATCGAAAGAGATGACGCCAGTAAGGATATACAAAGCAATAAGACATAACATGATAAGCCCACCTATATAACTTAAAATAGGTGTTTTGAATACAGAAAGATTAACTCCTTTTGCTAAATTTTCTACCTTATCATTGGAGATAGTGGAATGGCAGTTTAAGCATGTTAGTAAAAATATTTTTTCCGTGGGTATAAATGGGATCCACCAAATATGACCATAACGTTGAATTCCATGTAAAACAAATTTTGTATTCCCACAAGCATTACAAGATGGTCCTTCGACAGCTATTTGCTGCCTCATACTCATAGAAGATGTTCCCCAAATTAGCATAGTAGTAAATAGATTTGTGCCCTGTTATGGCATATATTATAGAATAAAATTGAAATTTTTTGATATAATAAGAATACTATAGATGTTTATGATGCAAATTTAAAACCTCTTATTCTACTTACCAATACTTTTATATTTTTAATCATTATAAAAGCTATTTTCTGAGTATACCCTTATAATCTTACAGGTAAGCATCGATTAGTGTTATAATTATAATAATATATAAGCTTTGTAATAGTATTTAATATGTCTTAAAGGAAAAGGATATACTTTAAAAACATGTATAAATATAATGATTCTACTGGTTGTACAATTAGGATACTAGTTTAGTGAATAAGAAAAACAACTTATTATTTAGATGTTTGGTC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MKKVIHIYKLLLPYLWDGKQAKIATLSTLLLIGLDIMATTYFPYIWKNLISTSIQTKPTTWFLEHTILLFVIWLFVKNAFNLREISFFPVTNQAIKKIRLKTLLKVHTVNLRNLEKYNVQEIISATSRISQSIRGFMRVSFISIFPSTAKIISLSIALFTADKLCLGIIGTSYTGLLAASFCLKYYTRAKYKAWHLTDNVTTAMGQNLYNTATIRFNPKEYNLKIKKLFDLEANAWQLHNILFYLLYLIQDCIFYLGAGIVFCLLMLDYSRGIIGLDKVVLVYGLISAMRNPLVEITRNLTRFFGGIIDINKTLDILNLPSENKPLQLTNFTSQPIQLQQISFNYTTSRNLLEDINLTITPGDKIGIFGPSGSGKSTLCQIIAGLIEPDSGSVMYSNLPITQINPISLGKVLRYIPQIQHMQELAEEEHKYGINLKKQAFSGGEYQRHLLQEALQSNPQIIILDETINALDEPSAKQILTEILYNVPTVVMVSHSHALLRNMKRIFELKDGHLVEIISNP

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012472615.1|511495_514822_-|tRNA	isoleucine--tRNA ligase	A0A2I2L3Y0	Orpheovirus	1.8e-168	33.1
WP_012472616.1|515430_516096_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204919.1|516594_517274_-|transposase	IS1 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472618.1|518183_518708_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472619.1|519035_519311_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472620.1|519429_520410_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472621.1|520538_520946_+	VOC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472622.1|521132_522695_-	ABC transporter ATP-binding protein	A0A076FI99	Aureococcus_anophage	1.3e-07	25.9
WP_012472623.1|522922_523432_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012472624.1|523721_525902_+	sodium:solute symporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472625.1|526009_526414_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472626.1|526439_527267_+|transposase	IS5/IS1182 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472627.1|527485_530866_+	HD domain-containing protein	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	2.9e-09	32.5
WP_012472628.1|531041_533162_+	ComEC family competence protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472629.1|533738_536954_+	50S ribosome-binding GTPase	NA	NA	NA	NA
WP_148204920.1|538127_542390_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472631.1|542661_545571_+	PD-(D/E)XK nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472632.1|545920_549145_+	SEL1-like repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472634.1|549537_550878_+	peptide MFS transporter	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	3.3e-65	32.6
WP_052290793.1|550987_551596_+	WbqC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472636.1|551652_553374_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	H6X3M6	Enterobacteria_phage	1.5e-65	45.6
WP_012472631.1|554952_557862_+	PD-(D/E)XK nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472632.1|558211_561436_+	SEL1-like repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472634.1|561828_563169_+	peptide MFS transporter	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	3.3e-65	32.6
WP_052290793.1|563278_563887_+	WbqC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472638.1|563943_566472_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	7.2e-122	39.1
WP_052290821.1|567008_567644_+	16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase RsmG	NA	NA	NA	NA
WP_012472640.1|567816_569997_+	hypothetical protein	R4TVC0	Phaeocystis_globosa_virus	6.2e-13	31.7
WP_012472641.1|570286_571795_+	GH3 auxin-responsive promoter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472642.1|571893_573210_+|protease	RIP metalloprotease RseP	NA	NA	NA	NA
WP_012472643.1|573336_575820_+	endopeptidase La	A0A0R6PGP8	Moraxella_phage	2.1e-142	38.2
WP_012472644.1|575861_577253_+|protease	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU	A0A191ZC11	Erwinia_phage	1.3e-40	28.7

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NC_010830|585002:683030|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012472648.1|585002_586028_-|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit alpha	A0A2K9L3A8	Tupanvirus	7.2e-28	36.0
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WP_012472652.1|590161_591862_+	DNA polymerase/3'-5' exonuclease PolX	NA	NA	NA	NA
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WP_012472654.1|593212_595111_+	molecular chaperone DnaK	G8DDB7	Micromonas_pusilla_virus	6.4e-139	48.0
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WP_012472661.1|602846_604496_+	glycosyltransferase family 39 protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012472666.1|609651_614097_+	sel1 repeat family protein	A0A076YJ70	Mesorhizobium_phage	4.2e-16	28.1
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WP_012472670.1|616412_617450_-	pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component subunit alpha	NA	NA	NA	NA
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WP_044282968.1|631130_632900_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	2.0e-49	31.2
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WP_012472688.1|660171_661008_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146290.1|661373_662219_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282759.1|662244_664104_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472692.1|664338_665358_-	23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase RlmN	NA	NA	NA	NA
WP_012472694.1|665976_667725_+	amino acid ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012472695.1|667861_670360_+	primosomal protein N'	NA	NA	NA	NA
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WP_012472697.1|671222_672341_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146291.1|673077_673176_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012472699.1|673322_673646_+	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_044282762.1|674129_674726_+	YdeI/OmpD-associated family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012472705.1|676448_677717_-	insulinase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282973.1|678170_679166_+	ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta	Q8QN14	Cowpox_virus	3.2e-134	72.5
WP_012472707.1|679204_681577_+	ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	Q8JLF2	Ectromelia_virus	4.5e-299	64.3
WP_148204996.1|682203_683030_-|transposase	IS5-like element ISCaa3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NC_010830|1011322:1104940|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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1107099:1107116	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NC_010830|1110671:1171619|DBSCAN-SWA
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MVLLLAGLLVAVLGVMMVVASNKNKEVSTIFGEVKVKPEKERSEGPRLSNYETNK
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MNDIVDFILPTCAGVPDAMWIVVSAMLQVMLKMCWKAFGTLMMIKLLWEGFMDISSGTLDLRTHIKTLSHALLVALFLTHYKFIIMYFDSFISAFCIDQKDLATQIGSYLKGSAEQYEQEFQAYSEGKSWFTVIKSFLKVIFDFVPKMLAMVSHGGAVRLMHAIKVMILIPTIILGPISAVLSFLPGPFKKSFSNWSKSYINITSWAITLHIFSVLAKFYGISSFWMKTGSNASLAGEAVGHIILSIGLFIAILLTPTFTSKLLGSAIVANVGQALNMASSKMGLARRLSKHMTKIK
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MRRIFTLLTVMLVISYHPSYAGRLARKANIKLEEAKEAIGERIDEKINFSGRLKYGVKSMLNKFPGGGFFTSIFDGGGMEAKVDRIDKRQKTSLDRIREIAHEALHTKKKVEEMYYFKKRSQDQATFLAKGLKKGSFKKFLGALVENGLQIPINPAEYIPNIPSFKNLKQSLELDLSLEKNVLGQGKHLLSNTRASMLSSNLLQTSPKQFDKQ

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012473011.1|1113775_1114168_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204956.1|1114245_1114809_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282814.1|1114810_1115590_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282815.1|1115640_1118262_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_083758831.1|1118279_1118717_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_052290807.1|1118801_1119371_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_187146240.1|1123799_1123967_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282811.1|1123990_1124434_-|transposase	IS200/IS605-like element ISCaa10 family transposase	Q331U4	Clostridium_botulinum_C_phage	2.0e-19	40.9
WP_012473019.1|1124515_1125139_+	conjugative transposon protein TraM	NA	NA	NA	NA
WP_148204948.1|1125352_1126178_+|transposase	IS5-like element ISCaa3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473022.1|1130164_1135798_+	SEL1-like repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473023.1|1135966_1136359_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473024.1|1136431_1137358_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	Q2A0A7	Sodalis_phage	5.9e-21	27.9
WP_012473025.1|1137797_1142279_+	SEL1-like repeat protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012473028.1|1143393_1144026_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473030.1|1144644_1145403_+	lasso peptide biosynthesis B2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473031.1|1145399_1147211_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148205002.1|1147242_1148877_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	W8CYL7	Bacillus_phage	6.9e-33	28.3
WP_052290808.1|1149103_1149286_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473033.1|1149512_1150337_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473027.1|1150503_1151211_-|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	3.5e-82	61.7
WP_148204959.1|1151427_1152300_-	RepB family plasmid replication initiator protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473037.1|1152384_1153308_+|transposase	IS3 family transposase	Q8W6R2	Burkholderia_virus	1.1e-14	34.0
WP_012473039.1|1154262_1155195_+	16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase RsmH	NA	NA	NA	NA
WP_012473040.1|1155616_1158214_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146241.1|1159430_1162223_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473043.1|1162751_1164674_+	DNA primase	A0A1S5RFR1	Helicobacter_phage	6.7e-43	30.3
WP_012473044.1|1164913_1167166_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473045.1|1168076_1170818_-	UvrD-helicase domain-containing protein	A0A1V0SDG5	Indivirus	3.2e-06	29.2
WP_148204960.1|1170941_1171619_+|transposase	IS1 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NC_010830|1386460:1453468|DBSCAN-SWA
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MNTYSHIIMRQRLTIDIPDKSYQQEVQDKVKRILEQKLNEILEKSFAANVPKDVVITLDQVNINLADTTPDSLEENILQQIYHKLPTVIKEQVDLAIKDPLKRRITPLPHAKLQAVKHYLLYGYFAWWMPAHNEKIIENLYTEIYHKTPTAIKELWVELSDKPPAIQRFIEQFSDTIIQKSILLLSPSQAQHVLNISEDFSKLQPILLKITPPSAQKKLHTATKYTVLTQSIQYLSISKNFNEINFIKICLQQIAKEFNTSYPALITNLSRELSKQALPFNLTSKLASHIIRLYDTEVAINNSNSTPPAKLSMLIRKLDGLLAQKKDINKRQLSNTINEVFAQVKSPAARSTLAGYLTSISHTRQLTQYLSTKDFIKLIEVLQPAIQNAFTIIKQVWQAVMPPEKKSHQLIEQLTVKYLNKKTSNQQEPHAYISYLIGKLHSYVDNNLEKWAPFIKENVATLEKKYTNELTKVLLSNLPAHNAQSPSQVQSILSISSLDEFFIETINKIQEHPAFTSDHALTILLGNLYQDLSFFIQGNKPLSLASEKKLLNNVENIFKHVITDNEQLHCATKQFIPWIKQQANKAEPYNLGNSVQIFQNKLADLLSKQDSSKEYQNDVVAKSEHITVSLIKEFFTHQLLPPGYVHQSALMSNIIRQLVYIPGFQDELYDLLQQQGIRKQLVKNITPAAKSMLLNTVVPMSIDTRQTYEQILFKADILRADTSIDKQALLEDIFLESATQSLETSEEDFIQHSLLILSYNAQLPKQEVYRRIHLSAQKHPPTISLTHKLQQLYPLFETAAPAIADVLDRAFLPIYNLLKSFLDPQILTPVLYAQLLAFMKNIIENRLTTAVTDKELYQQIHKLFPMLPAHQKQHFFESIKKKLQEVAAKQLQTLQATWLHFLHTGELLEEYKSATELFNNLLLGIASKNKNTNNNLATTPLIHNLPDSDIRQTTISLITTLQTPHTRKRLVASLSTQDLEKVVQLVAKEKSKIVLNYIHNIYEIWNYTGFFNISSQESKLAWWEATLPTLVNTNTSAFSEKDWLAESLSEFATLLELPFTTVLSSLTTYAKASSKPFKLVKGNIEELNKILIDIEQEWLKTVKQEAKKAWPTQATFQELHQLFNIGYSSFNKHTSTSLDALDQQVSNLINQQLSSVKKFLYTYPKPAILSQQIAYYFSTPLIKQLIYCLDTKAHPFIQQYIEFSNLHQPDFYETQGIDTFNWCKYSEVATLSYLLEKKDTAFDKQKYLLHILEIYQKHIKQDIQSVLESLVTYHTQYKRTTAYDEVIQQLQNIFVTNSGLTAAIQKPIEKQEEENTATASITSQQNKSRFQDYQKEQPSKEIKLYIKNSGLVFLWPFIEGLLEKQDLLKNQVFFGNLERSNAIHTLQYLVTEQLSTPDWRIILNKLLCGMAYNDIPFAGYYLWDESDFAKRVIEEQEKALAQADNQGTRRKHKKRSNKTPVIELPEEIVLLKNNTEELLTKILTEWKSLKKLEKFEPFKQGFGIQDFKKYILQRDGILQYIDQGDKGGYWHLTITWEEYDAEITKTPWPINKIYLPFMKEELVVFWTPS
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MKLTLQDLIAVWGPIGGLFGFMWYHFSTRFEKIDGRFDKIDTKFEKTDTRFDKIDKRFDEVDIRFAQIDTRFREIDIRFTQINTHLIQIHKSFEEIDKGFGETKVKFKELDLSFTSMQKHLSDVDSNLNNRIDDLEKRISEKVERSNIMLNEKIEHVTKQLSEKIDSVDKKLSEKIENTDKKLSEKIDNVDKRLGEKIDLVRDRVSRIEGQLIPTKIVPFEEIRPKKKA
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MKFEEAEEYRKPIEDKLRKRPKEIHEENEGKEASTSYTSASKSQTQKGPYRYILSLSGGGIRGVLEAYALSHIEKTLAAKILDYFTDPDAPAPTVRLGECFDLIVGTSTGGIISLAMRVLDPSTNRPLYDMETILEIYKDNGNKIFSATNVLKKKIRQALYHIYNPKAFESVLTDYFKEATLKDVMSPVLITAYDANKNKPYFLKSPEAKDDSSKNFYLKDVARATSAATTYFPPANIKSMDGTKYCFVDGGQASVNDPTFEAYKYAKDSLYKKSHFHIIFLGTGIVSQRKSLASAAQWGGLLMGAPAVINMLLASSGEAAEDNVRSMICERNNDTFTRLNFEIDHQALDEMDNATPENLDKLLNYAAKTIEEEKDGSLKIILDRLEEYYAQREYYVFHKLVKEVRNQLQNGNQKVNLSNAYLQKLAMPYVCERAIWEISHALSTLPLSMLTYLDLSGNKLIAKDRSLIYLKNLHSLTYLLLNDTDLTIDGLERLKEANLSLDILQARNNPALEQFIIGDNKVANMSTFFVFFDWSDEIWKSISRRAIAKAIKY
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MPENLKTPGVYIVEKDTGANAVVQVATAVPVFIGFTERAEINGKSFHMKPVHINSLSEFEIFYGKAPVPVFTVKPAEKGGGDLNMNGQMYTLQQSPYSKFYLYNSLKLFFDNGGADCYIISIGQYGKDPQLLAITPDTFKKAIDTLAGEEVPTMLLMPDSLLLDEEDSSYYSVQTYALQHCGKYMDKVALFDIWGSGEELPLGEDKNKYVTRFRENIGLDNLTYGAAYYPWVKTNIISINDIGYENFNLDSLESLINEAHKPILHNIKTATSEKEKKYWDAGLKNASKEYKLLRKTIADRLNVLPAAPAMAGLYTRTDRSRGVWIAPANQNLNSVIEPAIKITHEDQETLNVDAISGKSINAIRAFRGRGSAIVWGARTLAGNNVEWRYINVRRLFILIEQSIKQASFSVVFQPNVSITWAIVKGSIGNFLTNLWRQGALVGNTPSEAFTVSCGLGETMTQEDINEGIMRIKVQAAASRPAEFIVITFEQKMGGQEGS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012473179.1|1388641_1389088_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012473182.1|1389820_1390954_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473183.1|1391820_1393620_+	type VI secretion system tip protein VgrG	NA	NA	NA	NA
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WP_012473185.1|1394003_1394399_+	GPW/gp25 family protein	A0A0E3FJY3	Synechococcus_phage	6.6e-06	33.0
WP_012473186.1|1394410_1396906_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204969.1|1396912_1401622_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204970.1|1401840_1402008_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146308.1|1402086_1402807_-|transposase	IS5 family transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	1.4e-17	44.5
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WP_187146254.1|1404310_1404790_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit A	NA	NA	NA	NA
WP_148204972.1|1404929_1405481_-	SEL1-like repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282856.1|1405491_1406151_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473194.1|1407655_1407937_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146255.1|1408279_1409323_+	endolytic transglycosylase MltG	NA	NA	NA	NA
WP_012473196.1|1409390_1410278_+	YihY/virulence factor BrkB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473197.1|1410455_1411658_+	amidohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012473198.1|1411964_1412558_+	MarC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473199.1|1412563_1413022_+	ribonuclease HI	A0A2I7QI15	Vibrio_phage	1.3e-26	40.5
WP_012473200.1|1413075_1414086_-	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473201.1|1414091_1414415_-	YbaB/EbfC family nucleoid-associated protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473202.1|1414855_1415545_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473203.1|1415687_1416218_+	HIT family protein	X4YGS3	Lactococcus_phage	4.4e-05	31.2
WP_012473204.1|1416539_1417943_-	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012473205.1|1417963_1419058_-	undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_187146256.1|1419273_1421754_-	SEL1-like repeat protein	A0A2K9V9H4	Bandra_megavirus	1.3e-19	23.4
WP_012473208.1|1422595_1425403_-	sel1 repeat family protein	A0A2P1EKA7	Megavirus	3.6e-13	21.2
WP_012473209.1|1426835_1428791_-	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit B	G3M9Z3	Bacillus_virus	4.0e-136	44.0
WP_148204973.1|1428952_1429225_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204974.1|1429205_1429532_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473212.1|1430423_1430912_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473213.1|1430875_1431274_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473214.1|1431286_1432951_+	patatin-like phospholipase family protein	A0A1B2LRS3	Wolbachia_phage	2.4e-28	31.1
WP_012472753.1|1433029_1433857_+|transposase	IS5-like element ISCaa6 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473215.1|1433970_1434960_+	sel1 repeat family protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146309.1|1435592_1437503_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473217.1|1439318_1439612_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473218.1|1439908_1440490_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_076611288.1|1440980_1441807_-|transposase	IS5-like element ISCaa3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_076611597.1|1442180_1443007_-|transposase	IS5-like element ISCaa2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473223.1|1444198_1445035_+	peptidoglycan editing factor PgeF	NA	NA	NA	NA
WP_012473224.1|1445105_1445324_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473225.1|1445477_1445987_+	CvpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282861.1|1447079_1447916_+	FAD-binding oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_148204975.1|1447878_1448705_-|transposase	IS5-like element ISCaa3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_052290810.1|1448792_1449515_+	FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_012473228.1|1449585_1450200_-	protein-L-isoaspartate O-methyltransferase	A0A1B1IU40	uncultured_Mediterranean_phage	1.6e-14	35.8
WP_044282811.1|1450519_1450963_-|transposase	IS200/IS605-like element ISCaa10 family transposase	Q331U4	Clostridium_botulinum_C_phage	2.0e-19	40.9
WP_012473229.1|1451133_1451535_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473230.1|1451886_1452498_+	LysE family translocator	NA	NA	NA	NA
WP_148204975.1|1452641_1453468_-|transposase	IS5-like element ISCaa3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NC_010830|1465569:1538625|DBSCAN-SWA
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MYLSAEFSKGDHVQLLHTDKIGEIIAVDKGQAIIKFDYVTLRLPLQEVKHLPKNYSTLKAISLTSSVASTKTNTLDMHKFIAFQPELDLHGLCVSGALHILDKWIDQALLAGHRYLRIIHGKGKGVLREQVHNYLKTNELVTKVTTNHNLPGGSGVTLIEL
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MLEANEMDEQGNTPLEQLILAFSKKPFNAINLKRMIDAWMKQGAQLTPNKASKLLEELVKSSTFDLKKYTDIVGFLTKQGAQLLPDKASEWLEKLIEAPTFFSETYVERINFFIKQGATLKNNTKVTALLQEAVKREDKKLYASLLRLGADPNIEVTHPYMGEMPFLHMLYGGLDKVEEELFQELIKDSKVNINITNQKGLTLAMDIAYKHNPLTRVMENLLQRKDLDMVLLN
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MVSNNIMLLDKIHLQKYIYLLGLFVSNQIDISSFEDLFLKIRREDNYWLSGLFNNKIGKVLDSLFLDVDEYTPDCLFDPNNKFTINETELKKRASESLNTLKKII

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_148204952.1|1465569_1466362_-|transposase	IS5-like element ISCaa8 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473239.1|1466817_1467135_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473240.1|1467800_1470143_-	type I DNA topoisomerase	A0A0G2YA05	Acanthamoeba_polyphaga_mimivirus	6.3e-136	37.9
WP_012473241.1|1470390_1471434_+	agmatinase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473242.1|1471505_1472525_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473243.1|1473061_1475497_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282865.1|1475568_1476327_-	polyprenol monophosphomannose synthase	A0A0N7A8R9	Sulfolobus_monocaudavirus	4.5e-27	37.1
WP_012473245.1|1476488_1477184_+	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473246.1|1477161_1478058_-	DUF3822 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473247.1|1478349_1478694_+	DUF4296 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_044282868.1|1478700_1479186_+	Smr/MutS family protein	NA	NA	NA	NA
WP_148205006.1|1482054_1488732_+	AAA family ATPase	Q6XLV6	Feldmannia_irregularis_virus	3.2e-36	25.4
WP_012473250.1|1489620_1490445_+|transposase	IS982-like element ISCaa5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473251.1|1491318_1492059_+	23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB	NA	NA	NA	NA
WP_012473252.1|1492183_1494358_+	DNA helicase RecQ	A0A2K9L021	Tupanvirus	1.4e-86	38.3
WP_012473253.1|1494487_1494973_+	gliding motility lipoprotein GldH	NA	NA	NA	NA
WP_012473254.1|1495001_1495484_+	RecX family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012473255.1|1495480_1496872_+	DNA repair protein RadA	NA	NA	NA	NA
WP_012473256.1|1496952_1498254_+	ribosome biogenesis GTPase Der	NA	NA	NA	NA
WP_012473257.1|1498444_1499890_+	Fe-S cluster assembly protein SufB	NA	NA	NA	NA
WP_012473258.1|1499985_1500966_-	lipoate--protein ligase	A0A2H4UVX5	Bodo_saltans_virus	2.1e-13	28.1
WP_012473259.1|1501639_1503028_+|transposase	IS1182-like element ISCaa15 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_044283067.1|1503038_1506032_+	DUF2723 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473261.1|1506103_1507990_+	DNA mismatch repair endonuclease MutL	A0A1B2LRQ5	Wolbachia_phage	1.1e-71	29.4
WP_083758847.1|1508512_1509340_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_148204919.1|1510496_1511175_+|transposase	IS1 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473265.1|1513251_1514463_-|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	2.3e-110	52.0
WP_012473266.1|1514465_1515140_-|protease	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	A0A223W000	Agrobacterium_phage	7.0e-40	45.7
WP_012473267.1|1515181_1516579_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473268.1|1517014_1518289_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012473269.1|1518581_1519910_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012472753.1|1520083_1520911_-|transposase	IS5-like element ISCaa6 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473271.1|1521091_1521676_-	ribonuclease HII	A0A0N9QYD4	Chrysochromulina_ericina_virus	7.7e-35	44.2
WP_187146257.1|1521694_1523698_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit L	NA	NA	NA	NA
WP_148204952.1|1524267_1525059_+|transposase	IS5-like element ISCaa8 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473274.1|1525408_1526110_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148204977.1|1526101_1526781_-|transposase	IS1 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012473275.1|1526990_1527158_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_187146258.1|1528158_1528314_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473276.1|1528885_1530220_-	dicarboxylate/amino acid:cation symporter	NA	NA	NA	NA
WP_012473277.1|1530697_1531027_-	DNA-directed RNA polymerase subunit omega	NA	NA	NA	NA
WP_012473278.1|1531032_1531836_-	outer membrane protein assembly factor BamD	NA	NA	NA	NA
WP_187146259.1|1531893_1533441_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012473280.1|1533617_1534982_+|tRNA	tRNA lysidine(34) synthetase TilS	R4TVK3	Phaeocystis_globosa_virus	3.6e-11	22.0
WP_012473281.1|1534991_1535849_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012473282.1|1535878_1537009_-|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_012473283.1|1537257_1538625_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis GTPase MnmE	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NC_010830|1551168:1638599|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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1645259:1645279	attR	NA	NA	NA	NA

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NC_010830.1|WP_012473338.1|1618871_1619051_+|hypothetical-protein	1618871_1619051_+	59 aa aa	NA	NA	NA	1551168-1638599	yes

Protein sequences of NC_010830.1|WP_012473338.1|1618871_1619051_+|hypothetical-protein

>NC_010830.1|WP_012473338.1|1618871_1619051_+|hypothetical-protein
MAVTRLERKVKRNRMNAIKRQNRIKQLLKKPVIKNVDIEAIKASFANNTVVSNTSSTES

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NC_010830_7	Orphan	7.1|1554827|44|NC_010830|PILER-CR	1554827-1554870	44	1554728-1554771	0

1. spacer 7.1|1554827|44|NC_010830|PILER-CR matches to NC_010830 position: 1554728-1554771, mismatch: 0

tcctcctcagcagccacatacaaaggggttattccattattgcc	CRISPR spacer
tcctcctcagcagccacatacaaaggggttattccattattgcc	Protospacer
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