Overview of predicted results
Overview of the results
| Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_012563 | Clostridium botulinum A2 str. Kyoto, complete genome | 5 crisprs | DEDDh,csa3,DinG,WYL,cas3 | 1 | 9 | 7 | 3 |
1. NC_012563
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0
| CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_012563_1 | 1179524-1179875 | Orphan |
III-B
Consensus repeat of NC_012563_1
|
5 spacers
spacers of NC_012563_1
>1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT CAAGGGTATTTAAAAGCAATATAGAAGTAATATTATAGA >1.2|1179619|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT ATATGATTTCTTAGTAGATATGCAAACGGGAGATGC >1.3|1179683|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT TAATCAAGATTTAACCATTCTTTAGCTTCTCGTAGT >1.4|1179747|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT TTGGAAAGCTTACTAGATTTCTTACCTATATCGGGT >1.5|1179811|37|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT AAGTTAATTCTTTTGAATTTAATATCATCTGTTACAC |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_012563_1
The CRISPR arrays of NC_012563_1 >merge|NC_012563|1|1179524-1179875|CRISPRCasFinder,CRT TGAACATTAACATGAGATGTATTTAAATCAAGGGTATTTAAAAGCAATATAGAAGTAATATTATAGATGAACATTAACATGAGATGTATTTAAATATATGATTTCTTAGTAGATATGCAAACGGGAGATGCTGAACATTAACATGAGATGTATTTAAATTAATCAAGATTTAACCATTCTTTAGCTTCTCGTAGTTGAACATTAACATAGGATGTATTTAAATTTGGAAAGCTTACTAGATTTCTTACCTATATCGGGTTGAACAATAACATGAGATGCATTTAAATAAGTTAATTCTTTTGAATTTAATATCATCTGTTACACTGAACAATAACATAAGATGTATTATTAA >NC_012563|1|1|1179524-1179875|CRISPRCasFinder TGAACATTAACATGAGATGTATTTAAAT CAAGGGTATTTAAAAGCAATATAGAAGTAATATTATAGA TGAACATTAACATGAGATGTATTTAAAT ATATGATTTCTTAGTAGATATGCAAACGGGAGATGC TGAACATTAACATGAGATGTATTTAAAT TAATCAAGATTTAACCATTCTTTAGCTTCTCGTAGT TGAACATTAACATAGGATGTATTTAAAT TTGGAAAGCTTACTAGATTTCTTACCTATATCGGGT TGAACAATAACATGAGATGCATTTAAAT AAGTTAATTCTTTTGAATTTAATATCATCTGTTACAC TGAACAATAACATAAGATGTATTATTAA >NC_012563|1|1|1179524-1179875|CRT TGAACATTAACATGAGATGTATTTAAAT CAAGGGTATTTAAAAGCAATATAGAAGTAATATTATAGA TGAACATTAACATGAGATGTATTTAAAT ATATGATTTCTTAGTAGATATGCAAACGGGAGATGC TGAACATTAACATGAGATGTATTTAAAT TAATCAAGATTTAACCATTCTTTAGCTTCTCGTAGT TGAACATTAACATAGGATGTATTTAAAT TTGGAAAGCTTACTAGATTTCTTACCTATATCGGGT TGAACAATAACATGAGATGCATTTAAAT AAGTTAATTCTTTTGAATTTAATATCATCTGTTACAC TGAACAATAACATAAGATGTATTATTAA
>NC_012563.1|WP_012704951.1|1177891_1178746_+|GNAT-family-N-acetyltransferase MFIYDTLENIGIETLHETFLNAFSDYQVKMDLPLFKFQHMLQRRGYVPKVSIGAFNDDILVGFVLNGVRNWDGKLTAYDTGTGIIEAYRKQGITSNMLLNVRRLFQQMGVEQYLLEVIQSNTSALQLYKKQGFKILRDFECFHLDKNKYNPITTYKVEHVDMINSNDWRELTEFWDFAPSWQNSIDSINAVSDSFIYSIVRFDDNIVGYGVIDKKTGDIPQIAVNKNYRCKGIARSILTDLIKNTESYNINVINVDGRSKSMKDFLLKLGFECGVSQYEMILKL >NC_012563.1|WP_011948666.1|1177522_1177846_+|TfoX/Sxy-family-protein MASNIEFVEYVCDQISGAGDITYKKMFGDYGVYCNEKIIGLICDNQFFLKITKAGKDLLHEAIEAPAYKGAKPSFLIESLDNREYLAKIVSATYKELPMPKPKKTKK >NC_012563.1|WP_012703775.1|1176575_1177421_+|aldo/keto-reductase MQDIKSYTILNNGVKMPWLGFGTYKVENGDTVIQSVKEALKIGYGHIDTASYYGNEEGVGTAIKESRIPREDIFLVSKVWNSEQGYDKTLKSFEDSIKKLGTDYLDLYLIHWPQPLSKETWKALEKLYKEGRVKAIGVSNFLVDHLKWLLEDAEIMPMVNQVEFHPQLIQKDLIEFCSKNNIQLEAWSPLMRGKVFEIQLLQDIARKYGKTISQIVLRWDLQMGVVTIPKSINPSRIKENADIFDFEISKEDMDKIQQLDKGLRVGSDPNKVYPCQSISNK >NC_012563.1|WP_012705719.1|1176254_1176458_+|DUF3788-family-protein MYGKKEIEQFESRRDEFSDYMKGIFNETKHYHDGKWLLIRIQNDKYINELIEMIKIKKKSKKNILHK >NC_012563.1|WP_003356862.1|1175597_1176191_+|DUF1349-domain-containing-protein MFRFNTKEAKWFFEPKNYLIKEDKVEIITEPNTDFWQRTYYGFRNDNAHVLYVTTDEKYFSFTVRTDFNSTALFDQCGLAIYQNSENWAKACIEFHDNNTSWLGSVVTNHGYSDWATMDIGSSVKSMWYRLSRRGSDYCFENSFDGVNFKQMRIFHLFEGAKEINFGLLACSPSKNSFKATFTEMKITDCLWEEHKA >NC_012563.1|WP_012704500.1|1175001_1175445_+|GNAT-family-N-acetyltransferase MEIKIIKDNKRSFLDLLLLADEQESMIDKYLNRGEMFALYDGDLKSICVVTNEEEGIYEIKNLATYEKYQGQGYGSRLIKFIFEYYKDNCKTMLVGTGDSPLTIPFYKHCGFKVSHRIKNFFTDNYDHPIYESGIQLIDMVYLKKHF >NC_012563.1|WP_012704042.1|1174330_1174795_+|GNAT-family-N-acetyltransferase MNIRMYQSEDCREIVELFYNTVHSINSRDYNNAQLDVWASKEIDIDSWDKSFSQHYSIVAEESDIIIGFGDLDATGYLDTLYVHKDYQGIGVATTIANELENYAQENHISIVTTNASITAKSFFKRQGYEVVKEQFIERNGQFLKNFIMKKILG >NC_012563.1|WP_012704467.1|1172847_1173885_-|helix-turn-helix-domain-containing-protein MIKENLNLDKVIDFKKWIKLQESLALVTKAAIIIVDYKGNPVTEHSRCNRFCKAVRSNPNLVKYCQKCDSRGGLEAVRLNKPYIYLCHYNIVDIAIPIIIDGKYIGAIMAGQIKLSDNKDSDFLEQIVITPKNSMARHALEEFKEYYDEIPVLSLKEVQEIANMLFSLCNYLVEEALNKNLISEIYQKTVTPKSEIDLNILTGYTMKNIENAKKEMSNVLLDSYVKENLSSDSLDVSVSNTLKPAIEYIYNHKSENITAKKLAEVCHISPSYFSRLFSKETGKSFSSFISNLKIDWAKSLLEETDMHINEISDELGFNETGYFIKIFKKYEGVTPFVYRKYCKKN >NC_012563.1|WP_003356404.1|1171196_1172327_-|glycerol-dehydrogenase MRKAFICPTKYVQGEDEILNLGYFVKSFGESALLIAHKDDIERVKDKLDSTAKKFGITFVESAFCGECSREEVARLQEIAKNNKCACTIGLGGGKAIDTAKCVAKGNSLIIVPTIAATDAPTSHSAVLYTPDGAFDDYAYFWQSPTVILIDTTVIANAPTRFLVSGMGDALSTYFEARATSNSFSNVNAGLPCGVREGLCAPAKGTNTALTLAKACYKTLLEDGVKAKIASDCNLVTQALENIIETNILLSGLGFESAGLAAAHAIHDGLTILEGTHKYFHGEKVAFGTIAQLVLENAPKEEIDEVINFCLEIGLPVCLEDIGVDSITDEELMEVAKKSCIEEESIHSMPFKVTPEAVAAAIITADTLGKKYKSNK >NC_012563.1|WP_012703941.1|1169425_1171186_-|dihydroxyacetone-kinase-subunit-DhaK MKKIINRPETVVMEMCNGIAMAHPELEFVRKYKVMKKKNINKNKVSLISGGGSGHEPAHAGFIGKGMLDAAVCGDIFASPSQIQVYKAIKATASEKGTLLIIKNYSGDIMNFKNAAHLASEDGIKVDYVKVDDDIAVEDSLYTVGRRGVAGTVLVHKIAGAAAELGFSLEKVKSIAEKAVSNVRSLGFAFSSCTVPAKRTPTFQLAEDEMEFGVGIHGEPGIVREKVATADELAKKIVDSILKDMKIDGSNNEEVALLINGFGATPLQELYLFNNSVTAELAKKNIKINRTFVGNYMTSIDMEGASVSIMKLDDELKELLSKESDTPAFKVSGPVESVEYISLEDNNDIENEVSFDLETCDCHSEIKDKKITLDNMIYIIDKMSEVIIANEVHFCELDSHAGDGDFGMSVAKGFKQLKREWKHLLKEDNMNIGKFLNECSLVIMEHCGGASGPIWGSAFRAAGKQVGDKKELSVSDFAEMMQAAVKGIQSTGERSFGRGAVVGDKTLIDALVPCADLWSESANNNTSIHEAFQKGAAAAVKGAKMTEEIVARMGRAGTVGERSIGYPDAGAYGLGVIFTEISNSLK >NC_012563.1|WP_012704767.1|1180488_1181457_+|SH3-domain-containing-protein MKKKTTILSIFLAVFMALAMNVGQVKAAATGQDIVNYAKQFQGVPYVWGGTSPSGFDCSGFVQYVYRNAAGIELPRDTYGQITKGTPVSQSNLQPGDLVFPHTGHVGIYVGNGQIIHSPQTGDVVKISPIWKFYAARRIINKPQSYINIDGGGTLACNGTSGMNLIIRDYSSDVVRAFGWVDSDPSCSWAFDVTPPNSNYTKLYKGTNKVINLRNNGSPFTPGGNYKLTVKGYDKNGKVVCERSINLKVPNGIANSSAKPIFPGSYTVTAQTVAREYPRSNGAVTGNLKKGQEVGVFAEYGNWYLVARGTPQWVEKQYLTNK >NC_012563.1|WP_012704336.1|1182461_1183469_-|adenosine-deaminase MNFKKLPKIELHCHLDGSLRVDTILDIAKKDNIPLPSYNKKELINYVSIMDDCNSLDEYLNKFFIPNKVMQTKENLKRIAFELLEDVAADNVKYIEVRFAPLLHVEKGLNIEEIIESVLEGIKEAEKLYDIKGNLILGCMRNMDIPSAFEVVKKGSKFIGKGVVAIDLCAGEEPHFPGKYIEVLKLAKECGYRITIHAGEAGVGENVLEAITLLNAERIGHGIYIKNCAEAYKLVKEKNIPLEVCPTSNLHTKAFESYETHPFMDFLKDGIKVTINTDNMTVSNTTITKELEMLNKFCGLSIEDYKILYLNAVEASFASPETKEILKSYANEITA >NC_012563.1|WP_012704000.1|1184365_1186534_+|YhgE/Pip-domain-containing-protein MNRFKNIIKVYKRDIKSLNKNFIAIIIILGVCVLPSLYAWVNIKACWDPYENTSTVPIAVINNDKGTDFGGKELNVGNEMVKKLKSNDKIGWKFTNKKEADMGVIDGTYYASIEIPKDFSADIVSVLSDNPKHPEIIYKVDTKENPVAAKITGMAKNTLINEITTTFITTVNKTVFSSINEIGRNLEKNKNEIIKLKESIISMNRNMDLILAGLESVNTNSKNLNEYLSVVRTTFPEITKGLENINSKSSNTNETINQTNNIFNNSLNNINVILKQAISTNNRVQSVLDNLIVLNNESSNNEANSSIANLIMDIDSANKNIDSMIEFLEKINNTKPNTEVSKFIVSLNNVKGALNEEKQKLIKIQEIASNSSKVNENSINELKRNISNTNKQIESVMNVFNSNTRQELSTIINNFKNSIQDASKLIKAGNGLNTQIENLLATSTKGADLSAKLSKELIDKLTEYKGIIGQLSKKLELVSNDDLIQIISVLQNNPMLMSQTAAYPFNIKEEAVYTIPNYGSAMTPVYSVLALWVGTLILVSLLKTEVVDFEGSENITIRQKYFGKMLTFITLAAMQGFIVAVGNKAILGVYTVSFPLMLAFSVVSSIVFAIITYTLVAIFGKFGNALAIVFMILQLAGSGGTYPIQVDPLIFRILQPFFPFTYSIGGFREAIGGPLVSSVILDFIMLILMGGIFVLIGFFLKSPLHHKISKFDEDFKASGISE >NC_012563.1|WP_012705171.1|1186559_1188719_+|YhgE/Pip-domain-containing-protein MKKVFRIFSRDLKNIVKHPAAIIVVLGLCFIPSLYAWINIEACWDPYANTGNLPIAIVNKDEGMMVRGKYTNVGNGIIESLKGNKKMGWVFVDEWQANYGLNEGKYYALIEIPSNFTSGLASLKTTDPQKPNIIYRVNEKSNAIATKITNAAKGSLAKEIQTNFVYTVNKEAFKLLNNTGGQLEKNKSKILGIKSTLELGNKSIGEVKNIIDDASKDSESLKQYFNDTKDKLPLITDQINNLQKATEASKNLVNETERDLNGIAKNINNDMIYRESTNSKINSILTNLKEYNNVSNNSEMIKLVDEASKLCDSINSNIDGTIKSLEIVNILKPNKIIEELINSLKNLQEKVNGEKNKLTELKNKISTSNNNKQNINQVVESILLLNDEINKNMRNTSNIFYNQTTMIIENTAKGLNNRLDTANDILDTTKLVIPQLKALGDFGVGTSDAALKDGKKINNKLAEFKKTINKLEEKTSSLTEDNLDKIINLTQKNPEQMASFISSPINIKEEEIYNTGIFGVGLTPFYTVLAIWVGVLLMSSLISVEAEEFEGEKKLTHLQVYFGKLLLFLSIAIIQGVIVTLGDVFILGIKPASMGLLMVFTIVTAITFTFIIYTLVSIFGNLGKAIAVVIMVFQIAGAGGIYPIQTNPKIFGVLQPLWPFTYAIAGFREAIAGPVRAAVIKNLGALFIFSIGSLLLVVLKKPLHKVTEYMNDKFIETGL >NC_012563.1|WP_003356333.1|1189131_1189434_-|hypothetical-protein MKKKPSVKSSANLLAIVSLIMSIIVILPILNWLFKITPWQKLEGLPLFFGLLISPFGFLLGILSIKIQSNKLGKIGVIINTLLFLLPFIYMTLGVLIFGP >NC_012563.1|WP_012705268.1|1189639_1190395_+|DUF4184-family-protein MPFTFSHPAIVLPLEKKWNKYFSFTALILGSMSPDFEYFIRFKPMATIGHGLIGFFLYNLPLCFILAYLFHKIIKKPLIAHGPKPIDSWYYNTALKPWRINSLTQVLVFSYSAIIGMITHVLWDSFTHKGGKFVILFEGLRKNIEILNYDIPVYKTLQHGSTLLGVIFIILYIYSKRNKHINWKTINRIPAINNKEKVSYFTTIFCTALIVLFVYISLLKVNFSIKNVGSFVVTFINGLFIGTIIASVKYR >NC_012563.1|WP_012704784.1|1190638_1192768_+|DNA-helicase-RecQ MLEDAKDLLKKHFGYNEFRKAQEKVIESIIKKEDTVAIMPTGAGKSICYQIPALIFEGVTVVISPLISLMKDQVDSLKEVGIEATYINSSLNNLEIEKRIFNAREGIYKLIYIAPERLESDSFVRSLNNLNIALVAVDEAHCVSQWGHDFRPSYTKISNFIRKLSKRPIVTAFTATATETVRRDILNSLELQNPKVFVTGFDRENLSFSVIKGEDKEKFIFAYLGNNIGKVGIIYTSTRKEAESLYNKINKKGYKVGVYHAGLNDEERKKTQEDFSFDNIEIIVATNAFGMGIDKSNVRFVIHHNIPKNMEAYYQEAGRAGRDGEESECILLFSPNDIRLQKYFIDESFLSPERKNNEYNKLRAMVDYCYTSKCLRSYILEYFGEDALEEKCNNCSTCNDNREEKDITLEAQKIFSCVYRMKERFGVNMVADVLRGSKNKKLLSLDLDGISTYGIMEEFTQKDIVALMNKLIADDYMVTTDDKFPVVRLRPKSYDVLKGKETVSIKVSKIEKKVKVDNELFEILKQLRKAISQEESVPPFMIFPDATLKELSEYMPTKEEDLLKIKGIGERKAKVYGERFIEAITEYMNEKGIDINNMDNYESTKSNKESKIKTHILSYNLYKEGKTIKEIAEERNLKAITIQEHLFKCLSEGMEVDLDNFIKKDYEKLILDTIKKVGGTKLKPVKDELPPEVDYMCIKSVWYKYKDII >NC_012563.1|WP_003356022.1|1192878_1193310_+|hypothetical-protein MDELDIINENQLGIAAENEKIKTDLEGQFRAETGEVGLYIAMARVAQRQGFPEIAEVLKVIAKEEAEHAARYAELNGKVSDCTKENLQKMLQGEIGSNKMKKSLAVKAKEENIDEVHDFIDEASRDEARHAKMLKGLLDRYFQ >NC_012563.1|WP_003356810.1|1193593_1194139_-|phosphodiesterase MKLFFMSDIHGSAYYLEKALHIFEEEKADYLIILGDELYHGARNPLPKGYDPKKVTEILNSYKDKIIAVRGNCESEVDQMVLNYPIMSDYSIVLYNGKRLFLTHGHIFNKDNMPNISDGDALIYGHTHIPLAEKINNIFVINPGSITFPKENTPHCYGILSDNLFKIKTLEGNTFKEISLI >NC_012563.1|WP_003355968.1|1194774_1195158_+|response-regulator MSSSQKNILVIDDSASIRSFVRNILEKANYKVYEACDGEEGIEVYKKCGNIDLVMTDIYMPKKSGLEVVVELQNKYKGTQIIVFSDGGKENFTNDSGVCEALGAAYFIRKDLIKDKLLDLVNIIFSK |
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| CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_012563_2 | 2455808-2456100 | Orphan |
III-B
Consensus repeat of NC_012563_2
|
4 spacers
spacers of NC_012563_2
>2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT TACTTGTGATTTTAAAATAAAGAACATTAGGTAGT >2.2|2455903|37|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR AGGTTAAGTCAGTAATGATACCTTACTTAGAAGATTA >2.3|2455970|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR TCAAGTATCGGGAATCTATAGTTAAGCCCTTCTATT >2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR CAAAACAATAAGTAATTCATAATTCAAAAATGAGG |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_012563_2
The CRISPR arrays of NC_012563_2 >merge|NC_012563|2|2455808-2456100|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR GTTTAAATATATCTTATGTTAATGTTTAACTACTTGTGATTTTAAAATAAAGAACATTAGGTAGTATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAACAGGTTAAGTCAGTAATGATACCTTACTTAGAAGATTAATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAACTCAAGTATCGGGAATCTATAGTTAAGCCCTTCTATTATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAACCAAAACAATAAGTAATTCATAATTCAAAAATGAGGATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC >NC_012563|2|2|2455808-2456100|CRISPRCasFinder GTTTAAATATATCTTATGTTAATGTTTAAC TACTTGTGATTTTAAAATAAAGAACATTAGGTAGT ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC AGGTTAAGTCAGTAATGATACCTTACTTAGAAGATTA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC TCAAGTATCGGGAATCTATAGTTAAGCCCTTCTATT ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC CAAAACAATAAGTAATTCATAATTCAAAAATGAGG ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC >NC_012563|2|2|2455808-2456100|CRT GTTTAAATATATCTTATGTTAATGTTTAAC TACTTGTGATTTTAAAATAAAGAACATTAGGTAGT ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC AGGTTAAGTCAGTAATGATACCTTACTTAGAAGATTA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC TCAAGTATCGGGAATCTATAGTTAAGCCCTTCTATT ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC CAAAACAATAAGTAATTCATAATTCAAAAATGAGG ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC >NC_012563|2|1|2455873-2456100|PILER-CR ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC AGGTTAAGTCAGTAATGATACCTTACTTAGAAGATTA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC TCAAGTATCGGGAATCTATAGTTAAGCCCTTCTATT ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC CAAAACAATAAGTAATTCATAATTCAAAAATGAGG ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC
>NC_012563.1|WP_012704223.1|2454995_2455187_-|hypothetical-protein MGKTLRFEIVSNIIKNKEVENDLNYNTYAYFYDNVRKAMYGKEYCIKKNKNTLIHKPILKFYI >NC_012563.1|WP_101526868.1|2454855_2454996_-|hypothetical-protein MLRVGFCYVFTRIKVFRDFYLICYKIHILYNHLDGFRYIINIKRYT >NC_012563.1|WP_012705753.1|2454548_2454842_-|hypothetical-protein MSFFTLNILIGAMAFIINKINNISQNIDSFEAFNDIQKSLEEIDNEKVTNFVNGLINASMSNPSIGYFFMFLVYMTPVLNLLLLIKGIVNYFNRAAG >NC_012563.1|WP_012703796.1|2453702_2454500_-|MerR-family-transcriptional-regulator MRYSITDLAEILGCTTSAIHYFEKEHLIKVEKGKNGHRYYNVVDVFRLLSYTKYRSMEIPMKTIIAQFGGEENNYKLIEEREAMYQLEALKRAQYYMNLADAIGEHLVSIRRIEELLNKYEFAKSPEVTIMCDDECGWLSKKRSSQRIIHEWVKAMPTVQLGVFDSRMGISNFGYLVKTKKREELELPLGLYTKQLKSTSCIHTIVMADEDFTQHPQKVFKKASEFAIKKGLEIGEIAWGKILLVEVEKGAKLHPYIELWISIKI >NC_012563.1|WP_012704237.1|2451608_2453606_-|FAD-dependent-oxidoreductase MKDKYKVLYDPIKIGKLEIKNRYVLAPMGPGGMCNADGSFNKRGIEFYVERAKGGTGLIMTGVTMVENNIEKCALPSMPCPTINPLNFITTGNEMTERVHAYGSKIFLQLSAGFGRVSIPSIVGKVAVAPSKIPHRFLPGVTCRELTTEEVKEYVKAFGESAEIAKKAGFDGVEIHAVHEGYLLDQFAISFFNHRTDEYGGSLENRLRFACEVVQEIKKRCGQDFPVSLRYSIKSFIKDWCKGGLPDEEFEEKGRDIPEGIEAAKILVAAGYDALNGDVGSYDSWYWSHPPMYQKKGLYLPYNEILKKVVDVPIITAGRMEDPELSSDAILSGKTDMIALGRPLLADAEIPNKIFEDKYDKVRPCLSCQEGCMGRLQNFATVSCAVNPACGREKEYGLKKAEQIKKVLVVGGGVAGMEAARVAAIRGHKVTLIEKNGYLGGNIVPGGVPDFKDDDRALVKWYEGILKDLDVEIKLNVDASRENIKEFGADEVLLATGSSPRILTIEGADDVYSAEYVLMERKNVGEKVIVIGGGLVGCETALWLKQQGKEVTIVEMQNDILQVGGPLCHANHDMLNDLIKFNKINVKTGSYISKKTDKGFVLNTNGQESIINADSAVVAIGYLSEKDLYNEVRFDIPNARLIGDANKVQNIMYAIWSAYEVAKNI >NC_012563.1|WP_012704314.1|2450976_2451498_+|DUF4825-domain-containing-protein MKNKLKVLVPVIIILSLNLIGCGVNSEKKSKENIKNSSKVETYDLIKYKGTYVGDNSSVGSIIKNLPANEYSAGFSLQTTKEPYEITVNYKTNENLGEENYNKFWKDKKVEELLEKNSVVLLYLIPNAKIIKFNVENIGEESYKYDRKNLEQKYGNLKSLFKDNDSLNKFLNN >NC_012563.1|WP_012704753.1|2449785_2450676_-|AraC-family-transcriptional-regulator MNYRKDIENCIEYIEEHIKEPLTVNQITKEIGYSSYHFCRVFSFLKGMPLMEYVRKRKLSLSTIDLLEDQKIIDVAFKWGFETPSSFARAFRKEFGCSPTQYIKKMKSYYKSENNLILGKFMNDPYIVKKHGFKVAGYGIKTNAADSKYTKDVASFWSNYNGENLESKLYKILSPLKHGEVGLCIPCSDSGDVTYLLGVVVEDFSKVTSDMITVEVPKAQYAVFTTNPVNTVDSKDQREFAKIIKESWKYIFDEWFKNNDYEYDEEKLDFEFYDERCHLRSDTVMDIYVPIKKLGR >NC_012563.1|WP_012704151.1|2449038_2449779_-|class-I-SAM-dependent-methyltransferase MINYYGSLCTVMYELLHPHAPEDELQFYLQYAKKEMKILEPLCGSGRFLVPFLERSFNITGFDMSEEMLKELYKKAPKAKVFQSSIEEFSPKEKYDYIFITSGSFSLFLDEDIAFNVLVKMKEALAPKGKFVFAAETTANIIPDREEYLENCHVKTKEGYDIIFKSKSFYDKHKKILSTPSLYELYDGGNLLDKEEMDFRIKLYDFGELDKLILKAGFKGSHVFSDFNRRESIDKNSETFLYECYI >NC_012563.1|WP_012704625.1|2447528_2448935_+|peptide-MFS-transporter MSEKKQKHPIGLWLVNISIALQSYAAYAVVSILILFLTADVSKNGLGLSVPKAAAIIGLYQGINYMGSLVGGYITDKWLGIQKSLILGCFLTACGYLALFFAKPNIGSVWLGLIILIVAGAFFKAQISSLVGELYGKNELSKKDAAYSIFYMFINIGAFFGPIIAGLISDKWFAKVAADGEIAAYGYKYIFLMCTLIMIFIGIFIWIVSPKWLGEIGKYPASKDKKTSTESVSTKSTEKAKAQPLTQLEKNRIKAMIVMFVFVIIFWSAWDQTATSFSLLANKLVNRTIGGFTMPVPWLTSINAIFCVVLSPIIANIWLKLGNSKKGDLSVPTKMGLGMILTGIAFLTLILGISTLGGVLDGSKQMNILFIIVAYFLLTIGELCLSPIGMAMFNKLAPAKYGSLAMGAWYLSFFFSSIISGKLAGFTDTLGYTQIFGLISGIVIVFGVILILLRNGLLKLMSLDELDK >NC_012563.1|WP_021106877.1|2446844_2447198_+|Xaa-Pro-aminopeptidase MHLFINENKLNDEIKSNLKENGALFIHSYNKIYKEVKKFTNSDVVLVHPDRMNYALYNNIDKEVITEISSSNKLDTFPAEQGRFIRLSFKPISSFGEHATIVTCILLMENSFMIVTV >NC_012563.1|WP_012705563.1|2456641_2457577_-|PhzF-family-phenazine-biosynthesis-protein MRKFEYTLVDVFTNQVFGGNQLAVFKDAEKLSSEEMQSIARELNLSETTFVTDIGPNHKKLRIFTPKTELPMAGHPTIGTAFVLADEGAVETREGINKLIFEEGVGEIAVSIHVEGGRIRSIEMEQPMPVFGQVFEDIRTAAELLSLDIADIDTTSPIQTVSTGVPFLYIPLKSLDAISKIKLRLDTWEKFFSASEDTKHIFAFTRETLHAGSTIHSRMFAPAMGIAEDPATGGASGPLGAYLVEHGLVAHGLVAHGYDGKYMIINEQGIEMGRPSFINITVSKTYNNFSEIKIGGTCVKFGAGLIELPTL >NC_012563.1|WP_012703885.1|2457901_2459395_+|PLP-dependent-aminotransferase-family-protein MNIKIDKTSLITITQQLVHYFSDRIMSGFIKAGQKLPSIRSLAKELGISPMTIIKAYNNLEQNGLVTTIQGKGTYVNERNSTVKSNNITEKDSFQWQMSVPDYLSRSQFRYNPNLSYSNDYYNLSVASLNHKLLPTKTILKDSLGLIQNDIKLLSQYPPAQGDYEFRNIMSQYLRSKEIATSPENILVTSGSQQGISLIASTFIGPGDIVVMEAPTYPGAIDLFKCRGAVILTVPVDSEGMRTDILMNLCDKHSPKLIYTIPNFHNPTGYSMSSKRKAELLDIARYNDILIVEDDPWNEISYKREKIKTIKSIDTDGHVVYIKSLSKILGPSYRLAVIISESSILSRLIAAKANHDLGTSVLIQKTIINFIQSNKITYYIESLNKQLVKRRDKVISLLKSHAPSGMKWAIPEGGINIWITLPKNFNVEKLLSYSITTKNISFLPGTICYPNEVEFNNLRICFTYLDEEFIEDTIIELCNLIKLLYTTKNITDYRPII >NC_012563.1|WP_012704637.1|2460444_2460897_+|hypothetical-protein MSKLNPEKLSVEFRDGVTNTEPILGGRYTLTHSDITAELFLTIGLTYAYDKIDAMRDEVLGEWIEKEKNCLFHVYLHVDGNNPIVTGVRNHIFRRELPLALEAIRYGDRKFFSFHPKLDNSPIIVHFISSYPSFNRIEKWGTFSDYFLKK >NC_012563.1|WP_012705096.1|2460978_2461425_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator MSLGEKLLYLRKKAGLSQEDVAEKLSVSRQTVSKWETDQTVPELNKAKLLSELYNVSYDYLIGESHISGDVTGIEMIVDEIDWTGAWSKKYPILASYPGIKGINTYSEKISELYDSFKNDFGFNDTDTVLVLKDILYQKYKMGKKKTK >NC_012563.1|WP_072587439.1|2461592_2462639_-|alpha/beta-hydrolase MEVNEVKKVIKVGSVILIILVIAGFFIIKNLTETKDDKLNMYVAANLQLYKILNPKSLNSKSIEETRGALNKQSTRWSNKPIPFSNIKNLHIKMNNEKIPVRIYTPEKGSNFPIIIYSHGGFWIGGNVDTIDGVCRKLSQNTKAIVISVNYRLAPENPFPAGLNDVYNVLQWTYKNGKSINGDEKHIAVVGDSAGGNLSAAVSSMSRDKNGPPITCQVLIYPSTNISELNSKSWSYFSNSFNVSTEDMEKYISIYAPKKEDRKDPYGSPLLSKDLSKLPDTLVVTAEIDPLRDEGEAYANKLKESGVKAEVTRYKGITHGFITMDKITNKADEALNQISLYIQKEFQK >NC_012563.1|WP_012705596.1|2462889_2464242_-|amidohydrolase MNQILIKNGYIITMDSSKKIFEKSDILVEDSKIITIGNVESELIKSSVEIIDANGKIIMPGLVNTHVHLSQQLARGLADDVDLLTWLRKRIWPYESNMDLEDSYISSLACCTELIRSGVTTFCEAGGQEVDGMGKAVEQAGLRGILCRSTMDCGDGLPLKWQETTEESLEKQVELLEKWNGKGDGRIKYWFGLRTIFNTTDKLITKTKELADKYKVGIHMHVAEIEEEVRYAEATRGETTVQHLAKLGVLDKNFLAVHTVWLTEQEIDLFKLHNVKVSHNPGAAMKVVLGFARIPEMLEKGINVSIGTDGAPSNNRMDMFDEMHLTSLIHKGRRLNPKVVPADEVLEMATMNGAKCALWEDEIGSLEVGKKADLIIINPKSIGSLPMHDPIGNIVYSMHSSDVESSMCNGKWLMKNKVLLTINEEDIIREVQERATALVKKAGIVLPKRF >NC_012563.1|WP_012704006.1|2464317_2465661_-|purine-permease MKNTKDTNLIVGIDEKISLRYAFFLGLQHVFAMDLYIVPIILAGILSLDAQNTAYFIQMSFIAAGIATLIQTGLCMRLPIMQGPSYIPIGALAAIGSKLGLQAMVGSLIPGSLFLMILGYPLRFLSKIISKFIPHIVGGTVIVIVGISLMPVAMTNIFTAPGNLKINCILALISSALLVSCMMIGRKSNKFGKAVRLTSVMISLIGGTIAASLLGVVDFTPVTKAAWFSFPKLLPFGKPVFDLKAILTMLFIYAVILVETSGTWFAVSAVTGSELTDEGLNRGAVGEGIGCFVGALFGGTPMTGYSTNAGIIAVTGVGSRMAIIAGGIILVALGMLPKLMNVIACIPSAVVSGVFAVVCVIIAMNGFKSIQHEEFDERNMLLIGLPILLALGTTVLPKDILNSLPSLANYIFSSGITVGVLAAVILNILLPKAPVEVSKSQEYEEAV >NC_012563.1|WP_012704678.1|2466098_2466998_+|hypothetical-protein MSNKRNLQSIRSFYLCILIFNIVYSSIFHLNNKGFNIKLFGDLTMRSVVLFTLNSILFLCVVIAVEKKININEEIKTQVSMKIRPLYLVDIFFITYILVCIFLLKNLDVILSSFVMEIIYIGILILTKKIMTLELTDRQLQWQNTCGYIDENCEKSSFLWRFKIWYSPHINVPFKNRWKDPSRLLYDLALVYGIFISKGTLFSLLLLILLFPDVLSWIEGLLGLQTSLTGMCTGITEHHSKNSHVIYHKVYVTDYKNKREITFYVDGPLFIHENSNMTVVHGTFSKRVLYVEGLNLDIR >NC_012563.1|WP_012704772.1|2467337_2468660_+|APC-family-permease MLEKKYGLWTTVSMVIGIVIGSGVFFKADNILMASGGNVKTALLAWLVGAISMIFGALVFAECANRFERSNGIVDYAEGMLSEKFAYLIGWFNGIIYYPAIAAVLAWAAGNYTAILFNKDGNFVWIMAAIYMIGIYILNYISPILSGKFQIASTAIKLVPLMLIAILGTFQGLNNGILIENFSKVSTIGDSGSGFAAAVLGAAFAYEGWIIATTINGEIKDAKNTLPKALVFGSLVIVIIYILYFLGIVGMIPTETILKQGDNTVNVAARTVFGNFGASILTTFIIVSCLGTLNGLILGGSRSFYSLAIRGQGIKPEAFSKLDSKTNIPTNSTIANFILICIYLVVWYMNFKGIFPNKMFVDISELPIALIYGIYIIIYIAYMMKMKDLSFIKRFVIPSLALMGALIVVYGGLSKPSVIIDLGISVFVFLSGLLFYNKKK >NC_012563.1|WP_012705326.1|2468727_2469462_-|protein-kinase-family-protein MVIKFFKRDTKYLPEQKIHGYTVLKILGEGRFGICYLVQSNNKQYILKQLKTKMLKKIGSKVIYEQEILKNINHNCIPKFIKTLQFKKFFGYVLEYKEGKTFEEIICEDEYVFKREEIYDICIQIIEILKYLHKSGIVHRDIRIPNTIYYKKKVNLVDFGLARWINNKRYIENVDFSYLGDFLLHLYYTSFQCKTFKGKPWYEELDLFSEEMNFLKRLLEIEKKYKNIEEVERDFLLLKSNYNK |
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| CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_012563_3 | 2459891-2460115 | Orphan |
III-B
Consensus repeat of NC_012563_3
|
3 spacers
spacers of NC_012563_3
>3.1|2459921|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder GCAGATACTCTTAAACAAATAAAATCATATCATAA >3.2|2459986|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder GAGGACAGATGGCGTGGTTCTTATGAGAATTTAGC >3.3|2460051|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder AGAAACCCTTGTGGATGTGGTTCTAATGTTTTTCA >3.4|2459912|44|NC_012563|CRT ATGTTCAACGCAGATACTCTTAAACAAATAAAATCATATCATAA >3.5|2459977|44|NC_012563|CRT ATGTTCAACGAGGACAGATGGCGTGGTTCTTATGAGAATTTAGC >3.6|2460042|44|NC_012563|CRT TTGTTCAACAGAAACCCTTGTGGATGTGGTTCTAATGTTTTTCA |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_012563_3
The CRISPR arrays of NC_012563_3 >merge|NC_012563|3|2459891-2460115|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT ATTTGAATACATCTCATGTTAATGTTCAACGCAGATACTCTTAAACAAATAAAATCATATCATAAATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAACGAGGACAGATGGCGTGGTTCTTATGAGAATTTAGCATTTAAATACATCTCATGTTATTGTTCAACAGAAACCCTTGTGGATGTGGTTCTAATGTTTTTCAATTTAAATACATCTCATCTTATTGTTCAAC >NC_012563|3|2|2459891-2460115|PILER-CR ATTTGAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC GCAGATACTCTTAAACAAATAAAATCATATCATAA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC GAGGACAGATGGCGTGGTTCTTATGAGAATTTAGC ATTTAAATACATCTCATGTTATTGTTCAAC AGAAACCCTTGTGGATGTGGTTCTAATGTTTTTCA ATTTAAATACATCTCATCTTATTGTTCAAC >NC_012563|3|3|2459891-2460115|CRISPRCasFinder ATTTGAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC GCAGATACTCTTAAACAAATAAAATCATATCATAA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC GAGGACAGATGGCGTGGTTCTTATGAGAATTTAGC ATTTAAATACATCTCATGTTATTGTTCAAC AGAAACCCTTGTGGATGTGGTTCTAATGTTTTTCA ATTTAAATACATCTCATCTTATTGTTCAAC >NC_012563|3|3|2459891-2460106|CRT ATTTGAATACATCTCATGTTA ATGTTCAACGCAGATACTCTTAAACAAATAAAATCATATCATAA ATTTAAATACATCTCATGTTA ATGTTCAACGAGGACAGATGGCGTGGTTCTTATGAGAATTTAGC ATTTAAATACATCTCATGTTA TTGTTCAACAGAAACCCTTGTGGATGTGGTTCTAATGTTTTTCA ATTTAAATACATCTCATCTTA
>NC_012563.1|WP_012703885.1|2457901_2459395_+|PLP-dependent-aminotransferase-family-protein MNIKIDKTSLITITQQLVHYFSDRIMSGFIKAGQKLPSIRSLAKELGISPMTIIKAYNNLEQNGLVTTIQGKGTYVNERNSTVKSNNITEKDSFQWQMSVPDYLSRSQFRYNPNLSYSNDYYNLSVASLNHKLLPTKTILKDSLGLIQNDIKLLSQYPPAQGDYEFRNIMSQYLRSKEIATSPENILVTSGSQQGISLIASTFIGPGDIVVMEAPTYPGAIDLFKCRGAVILTVPVDSEGMRTDILMNLCDKHSPKLIYTIPNFHNPTGYSMSSKRKAELLDIARYNDILIVEDDPWNEISYKREKIKTIKSIDTDGHVVYIKSLSKILGPSYRLAVIISESSILSRLIAAKANHDLGTSVLIQKTIINFIQSNKITYYIESLNKQLVKRRDKVISLLKSHAPSGMKWAIPEGGINIWITLPKNFNVEKLLSYSITTKNISFLPGTICYPNEVEFNNLRICFTYLDEEFIEDTIIELCNLIKLLYTTKNITDYRPII >NC_012563.1|WP_012705563.1|2456641_2457577_-|PhzF-family-phenazine-biosynthesis-protein MRKFEYTLVDVFTNQVFGGNQLAVFKDAEKLSSEEMQSIARELNLSETTFVTDIGPNHKKLRIFTPKTELPMAGHPTIGTAFVLADEGAVETREGINKLIFEEGVGEIAVSIHVEGGRIRSIEMEQPMPVFGQVFEDIRTAAELLSLDIADIDTTSPIQTVSTGVPFLYIPLKSLDAISKIKLRLDTWEKFFSASEDTKHIFAFTRETLHAGSTIHSRMFAPAMGIAEDPATGGASGPLGAYLVEHGLVAHGLVAHGYDGKYMIINEQGIEMGRPSFINITVSKTYNNFSEIKIGGTCVKFGAGLIELPTL >NC_012563.1|WP_012704223.1|2454995_2455187_-|hypothetical-protein MGKTLRFEIVSNIIKNKEVENDLNYNTYAYFYDNVRKAMYGKEYCIKKNKNTLIHKPILKFYI >NC_012563.1|WP_101526868.1|2454855_2454996_-|hypothetical-protein MLRVGFCYVFTRIKVFRDFYLICYKIHILYNHLDGFRYIINIKRYT >NC_012563.1|WP_012705753.1|2454548_2454842_-|hypothetical-protein MSFFTLNILIGAMAFIINKINNISQNIDSFEAFNDIQKSLEEIDNEKVTNFVNGLINASMSNPSIGYFFMFLVYMTPVLNLLLLIKGIVNYFNRAAG >NC_012563.1|WP_012703796.1|2453702_2454500_-|MerR-family-transcriptional-regulator MRYSITDLAEILGCTTSAIHYFEKEHLIKVEKGKNGHRYYNVVDVFRLLSYTKYRSMEIPMKTIIAQFGGEENNYKLIEEREAMYQLEALKRAQYYMNLADAIGEHLVSIRRIEELLNKYEFAKSPEVTIMCDDECGWLSKKRSSQRIIHEWVKAMPTVQLGVFDSRMGISNFGYLVKTKKREELELPLGLYTKQLKSTSCIHTIVMADEDFTQHPQKVFKKASEFAIKKGLEIGEIAWGKILLVEVEKGAKLHPYIELWISIKI >NC_012563.1|WP_012704237.1|2451608_2453606_-|FAD-dependent-oxidoreductase MKDKYKVLYDPIKIGKLEIKNRYVLAPMGPGGMCNADGSFNKRGIEFYVERAKGGTGLIMTGVTMVENNIEKCALPSMPCPTINPLNFITTGNEMTERVHAYGSKIFLQLSAGFGRVSIPSIVGKVAVAPSKIPHRFLPGVTCRELTTEEVKEYVKAFGESAEIAKKAGFDGVEIHAVHEGYLLDQFAISFFNHRTDEYGGSLENRLRFACEVVQEIKKRCGQDFPVSLRYSIKSFIKDWCKGGLPDEEFEEKGRDIPEGIEAAKILVAAGYDALNGDVGSYDSWYWSHPPMYQKKGLYLPYNEILKKVVDVPIITAGRMEDPELSSDAILSGKTDMIALGRPLLADAEIPNKIFEDKYDKVRPCLSCQEGCMGRLQNFATVSCAVNPACGREKEYGLKKAEQIKKVLVVGGGVAGMEAARVAAIRGHKVTLIEKNGYLGGNIVPGGVPDFKDDDRALVKWYEGILKDLDVEIKLNVDASRENIKEFGADEVLLATGSSPRILTIEGADDVYSAEYVLMERKNVGEKVIVIGGGLVGCETALWLKQQGKEVTIVEMQNDILQVGGPLCHANHDMLNDLIKFNKINVKTGSYISKKTDKGFVLNTNGQESIINADSAVVAIGYLSEKDLYNEVRFDIPNARLIGDANKVQNIMYAIWSAYEVAKNI >NC_012563.1|WP_012704314.1|2450976_2451498_+|DUF4825-domain-containing-protein MKNKLKVLVPVIIILSLNLIGCGVNSEKKSKENIKNSSKVETYDLIKYKGTYVGDNSSVGSIIKNLPANEYSAGFSLQTTKEPYEITVNYKTNENLGEENYNKFWKDKKVEELLEKNSVVLLYLIPNAKIIKFNVENIGEESYKYDRKNLEQKYGNLKSLFKDNDSLNKFLNN >NC_012563.1|WP_012704753.1|2449785_2450676_-|AraC-family-transcriptional-regulator MNYRKDIENCIEYIEEHIKEPLTVNQITKEIGYSSYHFCRVFSFLKGMPLMEYVRKRKLSLSTIDLLEDQKIIDVAFKWGFETPSSFARAFRKEFGCSPTQYIKKMKSYYKSENNLILGKFMNDPYIVKKHGFKVAGYGIKTNAADSKYTKDVASFWSNYNGENLESKLYKILSPLKHGEVGLCIPCSDSGDVTYLLGVVVEDFSKVTSDMITVEVPKAQYAVFTTNPVNTVDSKDQREFAKIIKESWKYIFDEWFKNNDYEYDEEKLDFEFYDERCHLRSDTVMDIYVPIKKLGR >NC_012563.1|WP_012704151.1|2449038_2449779_-|class-I-SAM-dependent-methyltransferase MINYYGSLCTVMYELLHPHAPEDELQFYLQYAKKEMKILEPLCGSGRFLVPFLERSFNITGFDMSEEMLKELYKKAPKAKVFQSSIEEFSPKEKYDYIFITSGSFSLFLDEDIAFNVLVKMKEALAPKGKFVFAAETTANIIPDREEYLENCHVKTKEGYDIIFKSKSFYDKHKKILSTPSLYELYDGGNLLDKEEMDFRIKLYDFGELDKLILKAGFKGSHVFSDFNRRESIDKNSETFLYECYI >NC_012563.1|WP_012704637.1|2460444_2460897_+|hypothetical-protein MSKLNPEKLSVEFRDGVTNTEPILGGRYTLTHSDITAELFLTIGLTYAYDKIDAMRDEVLGEWIEKEKNCLFHVYLHVDGNNPIVTGVRNHIFRRELPLALEAIRYGDRKFFSFHPKLDNSPIIVHFISSYPSFNRIEKWGTFSDYFLKK >NC_012563.1|WP_012705096.1|2460978_2461425_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator MSLGEKLLYLRKKAGLSQEDVAEKLSVSRQTVSKWETDQTVPELNKAKLLSELYNVSYDYLIGESHISGDVTGIEMIVDEIDWTGAWSKKYPILASYPGIKGINTYSEKISELYDSFKNDFGFNDTDTVLVLKDILYQKYKMGKKKTK >NC_012563.1|WP_072587439.1|2461592_2462639_-|alpha/beta-hydrolase MEVNEVKKVIKVGSVILIILVIAGFFIIKNLTETKDDKLNMYVAANLQLYKILNPKSLNSKSIEETRGALNKQSTRWSNKPIPFSNIKNLHIKMNNEKIPVRIYTPEKGSNFPIIIYSHGGFWIGGNVDTIDGVCRKLSQNTKAIVISVNYRLAPENPFPAGLNDVYNVLQWTYKNGKSINGDEKHIAVVGDSAGGNLSAAVSSMSRDKNGPPITCQVLIYPSTNISELNSKSWSYFSNSFNVSTEDMEKYISIYAPKKEDRKDPYGSPLLSKDLSKLPDTLVVTAEIDPLRDEGEAYANKLKESGVKAEVTRYKGITHGFITMDKITNKADEALNQISLYIQKEFQK >NC_012563.1|WP_012705596.1|2462889_2464242_-|amidohydrolase MNQILIKNGYIITMDSSKKIFEKSDILVEDSKIITIGNVESELIKSSVEIIDANGKIIMPGLVNTHVHLSQQLARGLADDVDLLTWLRKRIWPYESNMDLEDSYISSLACCTELIRSGVTTFCEAGGQEVDGMGKAVEQAGLRGILCRSTMDCGDGLPLKWQETTEESLEKQVELLEKWNGKGDGRIKYWFGLRTIFNTTDKLITKTKELADKYKVGIHMHVAEIEEEVRYAEATRGETTVQHLAKLGVLDKNFLAVHTVWLTEQEIDLFKLHNVKVSHNPGAAMKVVLGFARIPEMLEKGINVSIGTDGAPSNNRMDMFDEMHLTSLIHKGRRLNPKVVPADEVLEMATMNGAKCALWEDEIGSLEVGKKADLIIINPKSIGSLPMHDPIGNIVYSMHSSDVESSMCNGKWLMKNKVLLTINEEDIIREVQERATALVKKAGIVLPKRF >NC_012563.1|WP_012704006.1|2464317_2465661_-|purine-permease MKNTKDTNLIVGIDEKISLRYAFFLGLQHVFAMDLYIVPIILAGILSLDAQNTAYFIQMSFIAAGIATLIQTGLCMRLPIMQGPSYIPIGALAAIGSKLGLQAMVGSLIPGSLFLMILGYPLRFLSKIISKFIPHIVGGTVIVIVGISLMPVAMTNIFTAPGNLKINCILALISSALLVSCMMIGRKSNKFGKAVRLTSVMISLIGGTIAASLLGVVDFTPVTKAAWFSFPKLLPFGKPVFDLKAILTMLFIYAVILVETSGTWFAVSAVTGSELTDEGLNRGAVGEGIGCFVGALFGGTPMTGYSTNAGIIAVTGVGSRMAIIAGGIILVALGMLPKLMNVIACIPSAVVSGVFAVVCVIIAMNGFKSIQHEEFDERNMLLIGLPILLALGTTVLPKDILNSLPSLANYIFSSGITVGVLAAVILNILLPKAPVEVSKSQEYEEAV >NC_012563.1|WP_012704678.1|2466098_2466998_+|hypothetical-protein MSNKRNLQSIRSFYLCILIFNIVYSSIFHLNNKGFNIKLFGDLTMRSVVLFTLNSILFLCVVIAVEKKININEEIKTQVSMKIRPLYLVDIFFITYILVCIFLLKNLDVILSSFVMEIIYIGILILTKKIMTLELTDRQLQWQNTCGYIDENCEKSSFLWRFKIWYSPHINVPFKNRWKDPSRLLYDLALVYGIFISKGTLFSLLLLILLFPDVLSWIEGLLGLQTSLTGMCTGITEHHSKNSHVIYHKVYVTDYKNKREITFYVDGPLFIHENSNMTVVHGTFSKRVLYVEGLNLDIR >NC_012563.1|WP_012704772.1|2467337_2468660_+|APC-family-permease MLEKKYGLWTTVSMVIGIVIGSGVFFKADNILMASGGNVKTALLAWLVGAISMIFGALVFAECANRFERSNGIVDYAEGMLSEKFAYLIGWFNGIIYYPAIAAVLAWAAGNYTAILFNKDGNFVWIMAAIYMIGIYILNYISPILSGKFQIASTAIKLVPLMLIAILGTFQGLNNGILIENFSKVSTIGDSGSGFAAAVLGAAFAYEGWIIATTINGEIKDAKNTLPKALVFGSLVIVIIYILYFLGIVGMIPTETILKQGDNTVNVAARTVFGNFGASILTTFIIVSCLGTLNGLILGGSRSFYSLAIRGQGIKPEAFSKLDSKTNIPTNSTIANFILICIYLVVWYMNFKGIFPNKMFVDISELPIALIYGIYIIIYIAYMMKMKDLSFIKRFVIPSLALMGALIVVYGGLSKPSVIIDLGISVFVFLSGLLFYNKKK >NC_012563.1|WP_012705326.1|2468727_2469462_-|protein-kinase-family-protein 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III-B
Consensus repeat of NC_012563_4
|
7 spacers
spacers of NC_012563_4
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CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_012563_4
The CRISPR arrays of NC_012563_4 >merge|NC_012563|4|2563318-2563804|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR TTAATAATACATCTCATGTTAATGTTCAACTAACATTATAGTTTTAGAAGATTTTCAAGGTTTTAAATTTAAATACATCTTATGTTATTGTTCAACATATTGTAGTAAATGCACAAGTAAAATAAGCAAAAATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAACTTTAATGAATTATTACTACAATACTATAAAGAATATTTAAATACGTCTTATGTTAATGTTCAACTGACTTCTCTATTTAGGGAATTAATGATTAAGTATAATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAACTCACAAAAGAGTAATACTAATGTTCAACAATTAGGATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAACGAATTTTTGGTTAAGAACTCTCGAGGATATTAACTAATTTAAATACATCATATGTTATTGTTCAACAAAATAGGTGTAGAATATGAACCAATTTTAACTACATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC >NC_012563|4|4|2563318-2563804|CRISPRCasFinder TTAATAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC TAACATTATAGTTTTAGAAGATTTTCAAGGTTTTAA ATTTAAATACATCTTATGTTATTGTTCAAC ATATTGTAGTAAATGCACAAGTAAAATAAGCAAAA ATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAAC TTTAATGAATTATTACTACAATACTATAAAGAAT ATTTAAATACGTCTTATGTTAATGTTCAAC TGACTTCTCTATTTAGGGAATTAATGATTAAGTATA ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC TCACAAAAGAGTAATACTAATGTTCAACAATTAGG ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC GAATTTTTGGTTAAGAACTCTCGAGGATATTAACTA ATTTAAATACATCATATGTTATTGTTCAAC AAAATAGGTGTAGAATATGAACCAATTTTAACTAC ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC >NC_012563|4|4|2563318-2563804|CRT TTAATAATACATCTCATGTTAATGTTCAAC TAACATTATAGTTTTAGAAGATTTTCAAGGTTTTAA ATTTAAATACATCTTATGTTATTGTTCAAC ATATTGTAGTAAATGCACAAGTAAAATAAGCAAAA ATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAAC TTTAATGAATTATTACTACAATACTATAAAGAAT ATTTAAATACGTCTTATGTTAATGTTCAAC TGACTTCTCTATTTAGGGAATTAATGATTAAGTATA ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC TCACAAAAGAGTAATACTAATGTTCAACAATTAGG ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC GAATTTTTGGTTAAGAACTCTCGAGGATATTAACTA ATTTAAATACATCATATGTTATTGTTCAAC AAAATAGGTGTAGAATATGAACCAATTTTAACTAC ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC >NC_012563|4|3|2563579-2563804|PILER-CR ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC TCACAAAAGAGTAATACTAATGTTCAACAATTAGG ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC GAATTTTTGGTTAAGAACTCTCGAGGATATTAACTA ATTTAAATACATCATATGTTATTGTTCAAC AAAATAGGTGTAGAATATGAACCAATTTTAACTAC ATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAAC
>NC_012563.1|WP_012704359.1|2562526_2563075_+|hypothetical-protein MIDNIINSQRYLNINNKKNTIEQNDQPEDNKFEKYLSDYIPKYTGDEGISKKCNYKEMTVFEKRIFDHYMQTDFLYGVSYEDFKKTLCGFPPVDAPKSIIEAYQNTISKYPENQRKKIMGELSYLESPNDNLDMGTIIKNAIEHCKLVEIITGQSQKHRENLYEDFLNEFNKVNTIDDSHNA >NC_012563.1|WP_087943615.1|2561915_2562116_-|helix-turn-helix-domain-containing-protein MVKNRLKEIRMREYLMDQKAFAEMLGIKKSTYNTIELNKVQGNAETLLTIAKALNRKVEDIWYLED >NC_012563.1|WP_078983345.1|2561558_2561729_-|hypothetical-protein MLAERLRVVLEFKKSDLDELQLYGKLLKFSNPAAVVKDILKGTLPIKILYEEELKK >NC_012563.1|WP_012704064.1|2560794_2561199_-|hypothetical-protein MKICVIYSNTKVEDFKNKQRIKYNSNMELVAKHINTDNKLKRQAVFVLGSLFYVQDVVSAASDLGKIDKAGNTILGIVRKIGYWICIVGCIIDIIKSLMQGDTKSIAKIMMKYALAFAALYIFPWMLDLIKGIF >NC_012563.1|WP_012704661.1|2560545_2560782_-|hypothetical-protein MEWVQKFIERGQYNAPQDTFVFRSKLLDVLSTNAYWICMFVGIGGILAYLCGYKKGGKLTKFSVVIYWVVAAICSTGK >NC_012563.1|WP_012704654.1|2557851_2558202_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator MDLALKLGLNEKQGRYIIKDYETRGLYPPPELSIKLAKIFNLNTKYFYDEYYGFLDMDYPNIIKNYRLENNLSKTKLAKLLSTTYETIIRWEKGENISRQYYKKLNKLMQLTTKEP >NC_012563.1|WP_012705016.1|2557021_2557210_+|hypothetical-protein MSNCEKMQTHVHEFLDSTRLAEIQTEPHNHRFAGVSGQAIRRGSSHEFIFATLINSPISQEA >NC_012563.1|WP_003384483.1|2556005_2556209_-|hypothetical-protein MGVENPTCHVRILNDETKESVYHWRKEINIVEIEAIKISKKVYCNNQYYDIKTLVFNYDNLTLEIII >NC_012563.1|WP_004440302.1|2555824_2555953_-|hypothetical-protein MKLTQKQKVFDDYYIETGNAKKQLLKLDIVKRQQYLFYNNIF >NC_012563.1|WP_072587444.1|2555428_2555692_-|hypothetical-protein MCNQDLFEFSDFDGCCDRERDRDRDCERRCRRRCRRECERERERRCRRECERRCRRECERRCRRECERRCRRRCRRREERITLFCIF >NC_012563.1|WP_012703837.1|2564258_2564489_-|hypothetical-protein MKKIVISLLTALILGVNVSSAYAAESCPRCGATVGRGENHKCCDYLGHDFKPLHDFHGKLVCMACRNCGYTIPYNN >NC_012563.1|WP_041173633.1|2564846_2565395_-|hypothetical-protein MTGKKEVLINFLERWGVLISVILTLIVTLYFKFEINKLKHYEQLFSNTITFVSILIGVLMSLMGFLLGFSDEKVVIRIKENNGDKILIKYFIKPIIAGIIIVIMSLVLEMIYGQNISNISQRVYILISVIWSVLCVLFLSSTFRVSLLMYLILTKIFDEADNKGINTNEKGNVTFDNPEDIY >NC_012563.1|WP_012705094.1|2565406_2566396_-|hypothetical-protein MVNKKPKFKQRFFNVDFLRLYIKKNNHDESEPYNLSKQLSEIEKIDTKERVIFYNGDTVRLQSIERLTETFDNLENCKDLWKLTFIRLKDSELLGVADEEGNYDEEKLKDALEDKQHLASPTPCIYDGEKNIFIIARNREGVFPTAILQFLSKMLKDILGDNGLHFAIIPNEKGLKVDDTIIYKNVEITIDNIKKYTDEQNKLLKKHAGTIYSMINSGKGFGINKVKVRLSASLKKEDSMDKLLVSNELTGLNELRDTPGLGFENIKNLEVDVKESSGTKIETIDLINNKIRDNFSIKFEKGDTIKVREVYTRLLGSYSNKFKIISAKI >NC_012563.1|WP_012704593.1|2566643_2567405_-|SH3-domain-containing-protein MKIGIDCGHTMSGADYGAVGIKAESNLTREVGTKVISKLQALGHTVIKCYKDSCSGLNDSLSYRTNAANNNNVDLYVSIHFNCFNGSAYGTEVFTYGGKELLEARRVLNNICALGYTNRGLKDGSSLYVLKHTKAKAMLIECCFCDNAGDMNRYNAENMANAIVKGLVGKTTSNSTPSKPTSNNDSWINLDGKTGTINTPSGVNIREKKSTSSRILGALPNGAKVNLYRKEGDWMHIYYPPHGGYVYAKYIRY >NC_012563.1|WP_012705426.1|2567442_2567637_-|hypothetical-protein MKFLEQFLQIKKIIALLTTIVFCILSAKGNLSSTEFLSVFTLIIGFYFGQSSARQAVKESKEQE >NC_012563.1|WP_012705558.1|2567653_2567908_-|membrane-protein MELKICEEKHKRIEEKINVHDIRLNDHSKRIDKIEQSQSRTDAKIENLCDQLKQLVGIMKWYVGLTVGGLVSFFLYAIQHNIFK >NC_012563.1|WP_012703739.1|2568175_2568472_-|hypothetical-protein MKRGSLIIYDNTGKIWINTGDAEGDVLPHTLPDGLPYIITEFGELNNKIVKGIDVETKELITEDIPHIETQEERLKREKQELENQLMLQADNNIGGIL >NC_012563.1|WP_012705275.1|2568487_2569654_-|tail-fiber-protein MAEKFYTLLTEIGKAKIANSAGFGSKINFVKMKVGDGGGSYYNPREDQEDLINTVWEGNITHVAIDEKNPNWINVEMMIPANVGGFMIREYGVFDEDNNMLAIAKCAESYKPLAEDGSTKELIMKMVLTVSNTENITLKIDPTIIFAKKSEIEILENKIKNIKIPVTSVNSKTGAIELKASDIKTEDGKTIESQLDDITTDNKRLTKDKTITGAINELFTSANNGKKLISDVVGNPLLATDTFQQQHDKIQILKNTFVTNLSKKEQGASSTENLQDLINKINNINVGKKWAEGTGKARESSNKEVCMSVTDLDFSPKTVIINTRSDTYREPYIAIDCTLFKYKTQGWYSGGYIILDDGYVHKNNRGFDFYASNGHISKDTTFQWIAFE >NC_012563.1|WP_012705217.1|2569656_2570292_-|YmfQ-family-protein MIKSKKGKEMITYVSPIYEQSKVIQSIFEAIGYEWDTAGLLANDILKQFFPQTATWGLIYWEEAVNVVNNPTEEIERRRRKVIAKLQSRYAINPKRMALILKNYTGADILITEDIAPYTFEVKLTGREGFPKSLEDLYKEVKKIKPSHLSVKYKLISLTESNLYIGATSFSGETITVYPWTPNNIETTGNIEIALAQNAGLETITTYPKEG >NC_012563.1|WP_012704534.1|2570288_2571419_-|baseplate-J/gp47-family-protein MERDLLIPEFLQEDASTIHERMLEKAPPNVSTIEGDFYWDNTRPTAEEKASLMQVQLQNMLRLAFPQTSYGVWLEYLGECKGVFKNLPTKSIGVIKVIGRKGTNIYKDKLIGTIATDDSESVVFKFTENKVIDETGVAYVKAECTKAGTIGNVLKNTITVLMDRINGIESITNEEEFTGGTDLEDEEHYRERVLEEYKNEATSGNNEHYKKWAKEVDGVGYAYVIEEWNGPGTVKVLILDKNNKTATKELIDKVQNYIYEIVPKEENRGGKAPIGAIATIDTPITLVIDIKANFKFKEDFNSEVVLNSLKENLSKYLSGIPIGGTILYTAIHTIVGSMILTGEGIEDFKNLTVNGITENIKLIDQVAVIGEVTNIQ |
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CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_012563_5
The CRISPR arrays of NC_012563_5 >merge|NC_012563|5|2655984-2656343|CRISPRCasFinder,CRT TTAATAATACATCTTATGTTATTGTTCAACAGCCTTACACAGAAAATGCTGTTATAATAATTAGACTATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAACAATTATGGCTAATGGATTTGATACTACACAATTAGAATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAATAGAAGCTCATAACGATACAAGACCACTAAAAAAGAATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAATTAACAGTGAAAGTTCTATAACATCAAATGTAAAGAAATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAATTAATACATTAAAAAAATACAAAGCATATCTAAATGGATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAT >NC_012563|5|5|2655984-2656343|CRISPRCasFinder TTAATAATACATCTTATGTTATTGTTCAAC AGCCTTACACAGAAAATGCTGTTATAATAATTAGACT ATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAAC AATTATGGCTAATGGATTTGATACTACACAATTAGA ATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAAT AGAAGCTCATAACGATACAAGACCACTAAAAAAGA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAT TAACAGTGAAAGTTCTATAACATCAAATGTAAAGAA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAT TAATACATTAAAAAAATACAAAGCATATCTAAATGG ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAAT >NC_012563|5|5|2655984-2656342|CRT TTAATAATACATCTTATGTTATTGTTCAA CAGCCTTACACAGAAAATGCTGTTATAATAATTAGACT ATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAA CAATTATGGCTAATGGATTTGATACTACACAATTAGA ATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAA TAGAAGCTCATAACGATACAAGACCACTAAAAAAGA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAA TTAACAGTGAAAGTTCTATAACATCAAATGTAAAGAA ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAA TTAATACATTAAAAAAATACAAAGCATATCTAAATGG ATTTAAATACATCTCATGTTAATGTTCAA
>NC_012563.1|WP_012705030.1|2655205_2655619_+|HicB-family-protein MYKENYIFPAIITKLAETDYNVSFPDFDEIITYGESVEEAYIMAEDALSLELFDLWEDKKEISEPTNVDNLTLENNETLILVKLNLKDVLKKYDNKAVKKTLTIPSWLNKMAEENKVNFSQILQAGLMEYLNINEKR >NC_012563.1|WP_012703909.1|2654967_2655147_+|type-II-toxin-antitoxin-system-HicA-family-toxin MNAKDVIKQAQNIGWEIKTQRGSHVKLVKDNSTVIIPHHGSKDIPIGTLNKILKQLGLK >NC_012563.1|WP_012704367.1|2654320_2654569_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator MVFKDRLKGLREDRDLTQDQIANILKITRSAVANYENGIREPDISLLVKIADYFNISLDYLLCRTNKMEPFYKSHSNNLKIK >NC_012563.1|WP_004440762.1|2652775_2653585_-|hypothetical-protein MTLKTSINRIMEEIKNQRENGLGINHQNLNYKEIENVRDSYKEVCNKCGGSTWITNIDKEGRIYCRRCSCYEMQRAKDMWNLAGINTEQSKHTFSNYKPYNETTELAKNTAIQYYKNFDEIKNTRQNSIAFIGQVGSGKTHLSIALAVNFLRNKQISVIYMPYRNTITKIKQNMIDEKYYSKVLSKYQKAKILLIDDLFKGKINESDTNIMFEIINYRYINYLPMIVSSEFTVERLLDFDEAIGSRIIEMAKDYTVEIVGKENNYRLKI >NC_012563.1|WP_033049616.1|2652658_2652769_-|YvrJ-family-protein MSIVGFPVTISVYLLARIEKKFDDLIKAFNDYTKES >NC_012563.1|WP_004440579.1|2651874_2652417_-|DUF4342-domain-containing-protein MERNEMIEIIIEKANITREEAIEVLEKCNWDIIDSIIYLEKNGKIGNNQTTTIIEVKEEEQQQDKKKNSKKHEEKYGGIGEMVGRMFKFIGKLIRKGNENYFEIKKENEKPMRISLTISILLLIFLSVPTIVLLIIGLFCGYKYSLSGAHNNYDDVNNVFEKASESADNVKNDFKKGCAK >NC_012563.1|WP_004440641.1|2651184_2651724_-|hypothetical-protein MDKLKLVDKLREKANVSYEEAKTALENSDWDMLDAVLYLEENEKVKRPSVNIFYTNEARYSGKSEESGKNQENKYEKSNKFQGIFEVICKYIDTCNNIFLEIKKKDKMFVKIPLTVIIIFSFFAFWMIIPLMVTSLFFDIELYIYSKSVDTGKANKILQSISNHVKIIKEKFKKADKNG >NC_012563.1|WP_003396522.1|2650511_2651192_-|response-regulator-transcription-factor MVKILIVEDEEKLSRFIELELKHEGYEIVKANNGRTGLEIAEKGEADLVLLDIMLPEINGLEVLRRLRRTSDIPIIMLTARDAVMDKVSGLDAGADDYITKPFAIEELLARIRTALKKRIVTVKKDEDIIRCGLLSLDKMRRKVMYDSTEIELTNREFNLLQILMENKNIVLTRSILMEKVCGYDYLGETNVIDVYIRFLRTKIDDAFKVKIITTVRGVGYVIKDE >NC_012563.1|WP_012705224.1|2649268_2650519_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase MSRKNKTKNVISIAIKLNSVFVRSLFLKFLILDICIIAGFIGVWCIENEINFYGEIVRNAQRSFEFYPIETANYKVIWDNGKVMIKEASTFLNIFIKVISAIGIIEGIMLLMQMIFGTAKNRRILKPLNEIAEAASRLSDIAFDEQKFQSLEDAISKISPATSDERIHIKDSELQGLEEAINNLLDRMRDSYRQQARFVSDASHELRTPISVIQGYANMLDRWGKDDEEVLEESIAAIKSESENMKNLIEQLLFLARGINGKTQLKVMEFSLNDMMKEVLEESKMIDKDHIYRYIDSENINVYGDISLLKQTARILIENAAKYTDKGEDIILRTGKNNKNEPYFSIQDNGIGMDENDVLHMFERFFRADTARVRKNGGTGLGLSIAKWIIDSHKGYFSVLSRKEIGTRITVFLPKR >NC_012563.1|WP_012705645.1|2648539_2649226_+|membrane-protein MSYSNDDAEKAAIKGMGDPKATGKMLDSVHPPTIDWIQIIALIMITLTLQILKMLSELGGSDFSSITPIDILRILGIFLSAYALIWIGIEKYSDLPFFYGKSQRGGSNANGVFICSLAIVMMSHSLLQTIILLLIFALIIAIERSIIESKRIKKEQKFLWQQGIAYEDFNYKGKAIFNNSPQKVYSQNEPIKKGDPIIITKIDGFNLVVKNKIFIIITNILIIYKFDI >NC_012563.1|WP_012704557.1|2656558_2657320_-|SH3-domain-containing-protein MKVGIDCGHTLSGDDYGAVGIKAESNLTREVGTRVISKLQALGHTVIKCYKDSCSSLNDSLSYRTNTANNNNVDLYVSIHFNCYNGSAYGTEVFTYGGKELQQARVVLNNICSLGYTNRGLKDGSNLYVLRHTKAKAMLIECCFCDNAGDMNRYNAENMANAIVKGLVGKTTSNSTPSEPTNNNNSWINLDGRTGTINTPSGVNVREKKSTSSRILGALPNSSKVNLYRKEGDWIHIYYPPHGGYVYAKYVRY >NC_012563.1|WP_003399453.1|2657361_2657556_-|hypothetical-protein MKFLEQFLQIKKIIALLTTIVFCILALKTNISSTEFLSVFTLIIGFYFGQSSARQAVKESKEQD >NC_012563.1|WP_012705552.1|2657572_2657827_-|membrane-protein MELKVCEEKHKRIEEKINVHDIRLNDHSKRIDKIEQNQSRTDAKMENLCDQLKQLVSVLKWYVGLTVGALVSFFFYTIQHNLFK >NC_012563.1|WP_012705470.1|2657930_2658641_-|hypothetical-protein MKILNKYFELIFVGAITAILYFLTYTYQLGYFSYYNIPSIFIEISPSIIVDKLAWFFLIAIFSITTLRGIFIFIGENRSEQVQDEIKGVLLLLSMSYYFWVINPIFCYISIAFLILVGIDIIRISLDKLRKKEFKNFISYNKINMFYIGMSLELHDILRYLFITVLMASIAYSIGIYKAANDPEKTEIAINNRKAIVVSEYKSKLIIKYKKDKYDKLEDGFSIVDINGDYKIISKK >NC_012563.1|WP_012704845.1|2658864_2659332_-|hypothetical-protein MKIFKKVSTMVMALTMCLMIFGGDVVFAKTNWGDKFEDPVTIYRHGGGSANVMVPIDNVNDNDWYLIDNSSGSTFSFGVFLTPPPGINYDMQIVRVDENGAITRSTYVDDNGPGNLDGFGTGIEAGCKIYVRVMSHGRNDYDRNRPYELKFIKYD >NC_012563.1|WP_012704282.1|2659996_2660386_-|hypothetical-protein MRKKKIIFLLSACIISNLALGSIVSAKTVQAEESSVKTVQVKENTTVLNEDEYRSTRAAMGPMLEFLAGYIASKAIDGFIANYQDLYRWSQRDPSGYNRWVNAVNAGKNHCYNMCPIHSKFIDPRDYGY >NC_012563.1|WP_012705342.1|2660507_2660717_-|hypothetical-protein MILYDLLKNLINNNYYEKEDMNNKLNVFYTFNQINLEQYSELMAKVTPVNKEEEKDLNKEDTKEKVVIQ >NC_012563.1|WP_012704076.1|2660732_2661038_-|hypothetical-protein MKRGSLIIYDNSGKVWVNTGDAEGCIPPHTPPDGLPYIITEFGEFNDKIIKGIDVTVTPHKLITEDIPHIETEEEKLKKELLKAQSEVVNLKYKEVLNNIK >NC_012563.1|WP_012704615.1|2661053_2662298_-|phage-tail-protein MAEKFYTILTKVGKAKIANATALGNKVNFTTLKVGDGGGKYYNPTEEQEDLVNEVWQGNINSIRVDENNPNWVVIEVIIPSSVGGFMVREAGVFDDENNMLAIGKYPETYKPQAQDGSTKDLVIRTNLEISNTSSVTLKVDPTVILATQKDIQILDDKIKNIKVPVTKVNEKIGDIVLTASDIKTENGQTIDEQLADITTLTGNKDNLKTTNKTNLVSAINEVFTSGNNVKINTVDALLQLDKSLQITKESKWEDIIKNISKISTGKKWAQGTANVNYYGPEVGIFMESNYPLSSASVNTNCGFKPSIVILTTIGITPRKNPDDYFRSDDRYSEPRIELYIYNELLQVKITFKTKSGYSSDIAYDREYSIEKINSIGNTIYTSLHIMRYSVRVEKGTSTAERYMFDKVNWYAYE >NC_012563.1|WP_012704050.1|2662301_2662928_-|DUF2313-domain-containing-protein MKKKLIDFLPPQISDIEEFKNIMATENIELELIEKGQERILKENFIDTATDYGIKHKEQLFKIRADLVNDTLEFRKLRIKNRKMDKMPITHRSLEYKLKTLFGEGNYKVEVLNDEYVLKVEINTFDWSMFNEIIDNFRYIIPCNMMLSSTLVQKINTNIYFASAITSGEEITVYPWMPKDIASNGKVNIAMGSNTGVENITVYPRKEA |
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| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_012563_5 | 5.2|2656081|36|NC_012563|CRISPRCasFinder | 2656081-2656116 | 36 | NC_012563.1 | 1708437-1708472 | 1 | 0.972 |
1. spacer 5.2|2656081|36|NC_012563|CRISPRCasFinder matches to position: 1708437-1708472, mismatch: 1, identity: 0.972
aattatggctaatggatttgatactacacaattaga CRISPR spacer aattatggctaatggatttaatactacacaattaga Protospacer *******************.****************
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_012563_3 | 3.3|2460051|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder | 2460051-2460085 | 35 | NZ_CP013700 | Clostridium botulinum strain AM1195 plasmid pRSJ11_1, complete sequence | 121453-121487 | 1 | 0.971 |
| NC_012563_3 | 3.3|2460051|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder | 2460051-2460085 | 35 | NZ_CP006909 | Clostridium botulinum CDC_1436 plasmid pCBG, complete sequence | 164047-164081 | 1 | 0.971 |
| NC_012563_3 | 3.3|2460051|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder | 2460051-2460085 | 35 | NZ_CP013684 | Clostridium botulinum strain AM282 plasmid pRSJ10_1, complete sequence | 52651-52685 | 1 | 0.971 |
| NC_012563_4 | 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2563609-2563643 | 35 | NZ_CP031100 | Clostridium botulinum strain CFSAN034202 plasmid p1_CFSAN034202, complete sequence | 1221-1255 | 1 | 0.971 |
| NC_012563_4 | 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2563609-2563643 | 35 | NZ_CP014173 | Clostridium botulinum strain B609 plasmid pRSJ22_2, complete sequence | 21192-21226 | 1 | 0.971 |
| NC_012563_4 | 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2563609-2563643 | 35 | NZ_CP014218 | Clostridium botulinum strain B515 plasmid pRSJ21_3, complete sequence | 30043-30077 | 1 | 0.971 |
| NC_012563_1 | 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 1179552-1179590 | 39 | NZ_CP014218 | Clostridium botulinum strain B515 plasmid pRSJ21_3, complete sequence | 44654-44692 | 2 | 0.949 |
| NC_012563_4 | 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2563609-2563643 | 35 | NZ_CP014147 | Clostridium botulinum strain CDC_67190 plasmid pNPD12_2, complete sequence | 35933-35967 | 2 | 0.943 |
| NC_012563_1 | 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 1179552-1179590 | 39 | NZ_CP014173 | Clostridium botulinum strain B609 plasmid pRSJ22_2, complete sequence | 6458-6496 | 3 | 0.923 |
| NC_012563_1 | 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 1179552-1179590 | 39 | NZ_CP014147 | Clostridium botulinum strain CDC_67190 plasmid pNPD12_2, complete sequence | 48962-49000 | 3 | 0.923 |
| NC_012563_1 | 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 1179552-1179590 | 39 | NZ_CP031100 | Clostridium botulinum strain CFSAN034202 plasmid p1_CFSAN034202, complete sequence | 45867-45905 | 3 | 0.923 |
| NC_012563_2 | 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 2455838-2455872 | 35 | NZ_CP013709 | Clostridium botulinum strain F634 plasmid pRSJ2_2, complete sequence | 138413-138447 | 3 | 0.914 |
| NC_012563_2 | 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 2455838-2455872 | 35 | NZ_CP013682 | Clostridium botulinum strain 1169 plasmid pRSJ8_1, complete sequence | 141490-141524 | 3 | 0.914 |
| NC_012563_2 | 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 2455838-2455872 | 35 | NZ_CP013295 | Clostridium botulinum strain CDC_54064 plasmid pNPD1_1, complete sequence | 152206-152240 | 3 | 0.914 |
| NC_012563_2 | 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 2455838-2455872 | 35 | NZ_CP013844 | Clostridium botulinum strain A634 plasmid pRSJ19_2, complete sequence | 183850-183884 | 3 | 0.914 |
| NC_012563_4 | 4.4|2563543|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 2563543-2563578 | 36 | KM983327 | Clostridium phage phiCT453A, complete genome | 27142-27177 | 5 | 0.861 |
| NC_012563_4 | 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2563609-2563643 | 35 | MH319752 | Marine virus AG-345-F15 Ga0172271_14 genomic sequence | 2573-2607 | 6 | 0.829 |
| NC_012563_3 | 3.6|2460042|44|NC_012563|CRT | 2460042-2460085 | 44 | NZ_CP006909 | Clostridium botulinum CDC_1436 plasmid pCBG, complete sequence | 164038-164081 | 8 | 0.818 |
| NC_012563_3 | 3.6|2460042|44|NC_012563|CRT | 2460042-2460085 | 44 | NZ_CP013684 | Clostridium botulinum strain AM282 plasmid pRSJ10_1, complete sequence | 52642-52685 | 8 | 0.818 |
| NC_012563_3 | 3.6|2460042|44|NC_012563|CRT | 2460042-2460085 | 44 | NZ_CP013700 | Clostridium botulinum strain AM1195 plasmid pRSJ11_1, complete sequence | 121453-121496 | 8 | 0.818 |
| NC_012563_4 | 4.1|2563348|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT | 2563348-2563383 | 36 | NC_010180 | Bacillus mycoides KBAB4 plasmid pBWB401, complete sequence | 393605-393640 | 8 | 0.778 |
| NC_012563_2 | 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2456036-2456070 | 35 | MN693317 | Marine virus AFVG_25M47, complete genome | 27582-27616 | 9 | 0.743 |
| NC_012563_4 | 4.7|2563740|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2563740-2563774 | 35 | NC_041878 | Pectobacterium phage CBB, complete genome | 110155-110189 | 9 | 0.743 |
| NC_012563_2 | 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2456036-2456070 | 35 | MH586730 | Salmonella phage Solent, complete genome | 12186-12220 | 10 | 0.714 |
| NC_012563_2 | 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2456036-2456070 | 35 | NC_047786 | Salmonella phage vB_SenS_Sasha, complete genome | 9067-9101 | 10 | 0.714 |
| NC_012563_2 | 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR | 2456036-2456070 | 35 | KY002061 | Salmonella phage vB_SenS_Sergei, complete genome | 11999-12033 | 10 | 0.714 |
1. spacer 3.3|2460051|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013700 (Clostridium botulinum strain AM1195 plasmid pRSJ11_1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971
agaaacccttgtggatgtggttctaatgtttttca CRISPR spacer agaaacccttgtggatgtggttctaatatttttca Protospacer ***************************.*******
2. spacer 3.3|2460051|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP006909 (Clostridium botulinum CDC_1436 plasmid pCBG, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971
agaaacccttgtggatgtggttctaatgtttttca CRISPR spacer agaaacccttgtggatgtggttctaatatttttca Protospacer ***************************.*******
3. spacer 3.3|2460051|35|NC_012563|PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013684 (Clostridium botulinum strain AM282 plasmid pRSJ10_1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971
agaaacccttgtggatgtggttctaatgtttttca CRISPR spacer agaaacccttgtggatgtggttctaatatttttca Protospacer ***************************.*******
4. spacer 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP031100 (Clostridium botulinum strain CFSAN034202 plasmid p1_CFSAN034202, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971
tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaattagg CRISPR spacer tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaactagg Protospacer ******************************.****
5. spacer 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP014173 (Clostridium botulinum strain B609 plasmid pRSJ22_2, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971
tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaattagg CRISPR spacer tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaactagg Protospacer ******************************.****
6. spacer 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP014218 (Clostridium botulinum strain B515 plasmid pRSJ21_3, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971
tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaattagg CRISPR spacer tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaactagg Protospacer ******************************.****
7. spacer 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP014218 (Clostridium botulinum strain B515 plasmid pRSJ21_3, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.949
caagggtatttaaaagcaatatagaagtaatattataga CRISPR spacer caagggtatttaaaagcaatatagaagtaatattataat Protospacer *************************************.
8. spacer 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP014147 (Clostridium botulinum strain CDC_67190 plasmid pNPD12_2, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.943
tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaattagg CRISPR spacer tctcaaaagagtaacactaatgttcaacaattagg Protospacer ** ***********.********************
9. spacer 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP014173 (Clostridium botulinum strain B609 plasmid pRSJ22_2, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.923
caagggtatttaaaagcaatatagaagtaatattataga CRISPR spacer caagggtatttaaaagcaatatagaagtaatattattat Protospacer ************************************ .
10. spacer 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP014147 (Clostridium botulinum strain CDC_67190 plasmid pNPD12_2, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.923
caagggtatttaaaagcaatatagaagtaatattataga CRISPR spacer caagggtatttaaaaacaatatagaagtaatattataat Protospacer ***************.*********************.
11. spacer 1.1|1179552|39|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP031100 (Clostridium botulinum strain CFSAN034202 plasmid p1_CFSAN034202, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.923
caagggtatttaaaagcaatatagaagtaatattataga CRISPR spacer caagggtatttaaaaacaatatagaagtaatattataat Protospacer ***************.*********************.
12. spacer 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013709 (Clostridium botulinum strain F634 plasmid pRSJ2_2, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.914
tacttgtgattttaaaataaagaacattaggtagt CRISPR spacer tacttgtgattttaaaataaaaaatattaggtaga Protospacer *********************.**.*********
13. spacer 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013682 (Clostridium botulinum strain 1169 plasmid pRSJ8_1, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.914
tacttgtgattttaaaataaagaacattaggtagt CRISPR spacer tacttgtgattttaaaataaaaaatattaggtaga Protospacer *********************.**.*********
14. spacer 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013295 (Clostridium botulinum strain CDC_54064 plasmid pNPD1_1, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.914
tacttgtgattttaaaataaagaacattaggtagt CRISPR spacer tacttgtgattttaaaataaaaaatattaggtaga Protospacer *********************.**.*********
15. spacer 2.1|2455838|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013844 (Clostridium botulinum strain A634 plasmid pRSJ19_2, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.914
tacttgtgattttaaaataaagaacattaggtagt CRISPR spacer tacttgtgattttaaaataaaaaatattaggtaga Protospacer *********************.**.*********
16. spacer 4.4|2563543|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to KM983327 (Clostridium phage phiCT453A, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.861
tgacttctctatttagggaattaatgattaagtata CRISPR spacer ctacttctctatttagggaattaatgcttaaataca Protospacer . ************************ ****.**.*
17. spacer 4.5|2563609|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MH319752 (Marine virus AG-345-F15 Ga0172271_14 genomic sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.829
tcacaaaagagtaatactaatgttcaacaattagg- CRISPR spacer tcacaaaatagtaatactaaggttcca-actcaggc Protospacer ******** *********** **** * * *.***
18. spacer 3.6|2460042|44|NC_012563|CRT matches to NZ_CP006909 (Clostridium botulinum CDC_1436 plasmid pCBG, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.818
ttgttcaacagaaacccttgtggatgtggttctaatgtttttca CRISPR spacer aaagggaaaagaaacccttgtggatgtggttctaatatttttca Protospacer . ** ***************************.*******
19. spacer 3.6|2460042|44|NC_012563|CRT matches to NZ_CP013684 (Clostridium botulinum strain AM282 plasmid pRSJ10_1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.818
ttgttcaacagaaacccttgtggatgtggttctaatgtttttca CRISPR spacer aaagggaaaagaaacccttgtggatgtggttctaatatttttca Protospacer . ** ***************************.*******
20. spacer 3.6|2460042|44|NC_012563|CRT matches to NZ_CP013700 (Clostridium botulinum strain AM1195 plasmid pRSJ11_1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.818
ttgttcaacagaaacccttgtggatgtggttctaatgtttttca CRISPR spacer aaagggaaaagaaacccttgtggatgtggttctaatatttttca Protospacer . ** ***************************.*******
21. spacer 4.1|2563348|36|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_010180 (Bacillus mycoides KBAB4 plasmid pBWB401, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778
taacattatagttttagaagattttcaaggttttaa CRISPR spacer atagaagatagttttagaaggttttcaaggatttta Protospacer * * *************.********* *** *
22. spacer 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MN693317 (Marine virus AFVG_25M47, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.743
caaaacaataagtaattcataattcaaaaatgagg CRISPR spacer caaaacaataagtaatttattattcccgcatgcaa Protospacer *****************.** **** . *** ..
23. spacer 4.7|2563740|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_041878 (Pectobacterium phage CBB, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.743
aaaataggtgtagaatatgaaccaattttaactac CRISPR spacer cagttaggtgtagaatatgaaccatgtttgccaag Protospacer *. ******************** ***. * *
24. spacer 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MH586730 (Salmonella phage Solent, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.714
caaaacaataagtaattcataattcaaaaatgagg CRISPR spacer ttcaataataagttattcataattcaaaaacctct Protospacer . **.******* ****************.
25. spacer 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_047786 (Salmonella phage vB_SenS_Sasha, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.714
caaaacaataagtaattcataattcaaaaatgagg CRISPR spacer ttcaataataagttattcataattcaaaaacctct Protospacer . **.******* ****************.
26. spacer 2.4|2456036|35|NC_012563|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to KY002061 (Salmonella phage vB_SenS_Sergei, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.714
caaaacaataagtaattcataattcaaaaatgagg CRISPR spacer ttcaataataagttattcataattcaaaaacctct Protospacer . **.******* ****************.
| Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| DBSCAN-SWA_1 |
1685562 : 1722671
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NC_012563|1685562:1722671|DBSCAN-SWA ACTAATATAATTTATCTAATTCTTTAGCTACCTCAGTGTGTTTGTTTGGGTACAAGTGTGAATATGTATTTAATGTAGTTTCAATGTTTTCATGTCCAAGCCTTTCAGATATTAAAAGCGGAGTAAATCCTAATTCTATTAAAAGCGAAGCGTGGGAATGTCTTAAATCATGCAGACGTATTTTTTTAATACCACTTTTTTTACAAGTTCTATTAAGTTGTGCATTAATATTTTGTTTAGCTATGGTAAAAATTCTTTCGTTTTCATTTAAGTTGTATATCTTATTTTTATATTCTTTAATATCTTCACAAAGGAAATCAGATATAGTAACTTCTCTTTTACTCTTCAAAGTTTTAGGCGGGTTTATTATATCCTTTTTATTTATTCTTGCATAGTTCTTATTTATATTTATAATCTTTCTATCTAAATCTATATCTTTATATGTTAAGGCTAATAATTCACCACTTCTTATACCTGTCCAGAACAAAATTTTAAAAGCTAATTTATAAATTGGCTTCTTAACATATTCTATAAATGTTTTAAATTCTTCTACTGTCCAAAACTGCATTACGTCAGCGTTCTTTTTACCCATAGGACCAGCTTTAACCACTGGGTTGCTAGATAAATTATAATATCTAATAGCAAAGTTAAATATGGCACTAAGTTGATTATTAATAGTTCTTAAATATGTATCACTATAATCATTTTCCATTATTTTGTTTTGCCATTTCCTAATATGATTTGGGGTTATATTATTTAAATTTATATCTTTAAAGTAAGGGGCTATCTTTAAATCTACTATAAGCTTCTTTTGTCTAAATGTAGTAAATCTTATTTTATTTTTAATATCATCTAAATATATATTAACTAAATTCTCGAAATTAATACCTGGATCATTCTTTTGCTTATTTAAAAAATCTCTTTCATAGTCTTTAGCATCTTTTTGTCTTTTAAAACCTTCTTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTACCTGTCCAATCAGTGTAATAAAAAGTACAAAAATAAGTTCCTCTTTCTTCATTTTTATAAACAGCCATTTCTTTTTCCTTTCCTTTCTTCTTTCAATAATATTTCTAAAAGCTTTACAGGATGAACTTGTAAAGCGCGAGATAATTTTTTTAATTTCCCTATTGTCATAAATTCTATTTCGCCATTTTCTAATCTGCTTATATAAGGTTGCTCTACTCCAATTCTTTCTCCTAGAGTTTCTTGCGTGTACCCTAGTTTCGTCCTTAGTTTCCTCAATTCGACATCACCCTTTATAATTGTACAATATTCAACAAAAAAGTAACGTGGAAAATGTCGGAAATATAACTACTGGTTATATTATTTGTGCTAACATTATCCATAGAGAGGGGGATTCAAATGGACGAAACTATGGGAAAAACTATAGAGGAAACTATACTAAAATTATTAGATTTACAAGGTGATTTATTTTTGTTCTGCCATCTTCAATTTTAAATTTATTTCTAGCTCTAAAGATGTCCATATAAGTTTTTTCACTTCATCACTTATAGGGGCATCTTCTTTTATTTGCCCTTTTTTTATTAAACTATCTATCACCATATTTGTAGTTTCTAGTGTAGATAGTTTTTGTATTTTCTCTTTCCCAATCAATTCACTTATAGGCTTTTTAAAATATTTGCTTAATTTTTTAGATGTATCTATAGAAGGTTCTCTACCTCTTTCCAAATGTGATAAAGTACCTCTAGTTATGCCAACTAATTCAGCATATTGTTCTTGTGTCATTTCTTTTTGCTTTCTATCGTTTTTTAAAATATCTTTTAATTCCATTGTTATTCCTCTCTTTCTTGTTACATGGTAGCACATTGGAGAACAAAGCGCAAATTATAATATATGGAATTACGAGTAAATATCTAAAATACCAAGTAATATGTAGCATAAGCTAGCTATTTCCCTTATTTACTACATTTTACTATTTTGCGCTTTTGCGCTATCATTCGCTTGCATATATAATTAAATCATAGCAAGGGCAAAACAAAGCGCCTTGAAGGTTCTTTGAAAATTGAATATAGAAAACCAAAGAGAAACTTACAAAAGAAGGGTGGAGAAGTTAAGCATTAAGCGAACCAAGCCCAAGTAATGTAGCCGCGAAAGTGACAGTCCCAAGCCTGTGTAAATACAGAGGGTAAAGAAATTTAAAGGGGGATATATATGGAAAAAATAATATCAATTTTGTTGGAAATAGAAAACAAAATAAAGGGAGGAGAATACAAAGATGACAATAAGTAAGACATTGAAGTATGAAAGACTTAAAAGAGGAATGACACAAAAACAATTTGCTGAATTATTAGAAACTGACAGGGGGTCAATCGCGCATTATGAAAATGGAAGAGTACCATTACCACCAACTTTAAAAAAATTTAGTGATAAATTAGATGTTGACTTAGCAAAAGCACTTATGGAAGGGGATATGTAAATGAAAGAATTGCAAGTATTAAACAATAAAAACTTAACTTTAGAAAGCATAGAAGTTACTAGGATGCTAGGAAAAGAACACAAACAATTATTAAGAGAAATTAGAGATATTTCAAATATTTTGGAGAGTGAAAATTTTTCACCATCAAAGTATTTTATAGAAAGTGAATATATAACTGCTCAAAATAAAAAGCACCCATGTTATTTAGTTACTAAAATGGGATGCGAATTATTAGGTAATAAATTACAAGGAGCAAAAGGAACAATATTTACAGCTGAGTATGTAGAAAGATTTAACCAAATGGAAAATATAAAAATACCAAAGCTTAGTAAAGAGGTACAAGCAATATTCACACTAGATAATAGAACAATGGAGATAGAAGAAAAGGTAACTAACTTAGAAAACAATATCCCACTTTTTAATGTGGAGTGTAAAGAGTTACAAGCTTTAGTAAGAAAAGTAGGAATTAAAACATTGGGAGGTTACAAAACATCAGCCTATAATGATAGATCATTACGTACCAAAGTATATTCAGATATTCAAGGACAACTTAGAAGAGAATTCGGCGTAACTAGATATGAAGCAATAAAAAGAAAACAATTAAATAAAGCCAAAGAAATATTAGAAAATTACACAGTCCCAGTTTATTTAAAAGAAGAAATATTTAGTACAAACAATCAAGAAGAATGGAGATGTATATAAATGTTTTATACAGTTGACCAAATAACAGAAATGTTACAAATAAGCAAATCTAAGGCTTATAAGATAACAGCCAGCCTTAATAAGGAATTAAAAAAAATGGGTTATATAACCATAGCTGGTAGAGTTCCTAAAAAATTCTTTGAAGAAAAATATTATATGTAAGGAGTGTCATGTATGAACAAAGAAAAATGTGTTTCCATAATAGGCTTAGCAGGTATAGGACTAATAGCTGGTACAGTTCCAGCGTGGATAATAAGTGGTTTAGGTATGGTTTGCATATTAACTATGAAAGAGAAAAAGGGAGAGGATAAATAATTATGATTAGTATAGCTAATTTAGATAAAAGGATATGCGACATTGAAGAATGTGAAAATACTCAAACTTATCGGGAATTTATTAGAGAAAGTGAAAAAGAATTTGGTATATATCCGTATCCTTTAGACCAAGAACATGTCACAGATGAAATATTAAAAGATTATGTATATTTTTTAGATGAATTATGGTGCAAATAAGGAGGAAAACAAATAATGAAAAAGTATAGAGTTAAAAAAGAATTTATATATGATAACACTCAATTAGAATACACAGATTTATATCAACAGGCTTGTAATCTAGGTTACGCATTTGTAAAGGATGGAAATGATTATAGAATGATTACAATTAATGAATATAAAACTAAGCCTAGCTTACTTCAAGTAGATTTAGTTAATTTAGAAATCATTTAGGGAGGTGAAGCAAATGACACCATATGAGCAACTTATAAAACAAATAGAAGAAAGCTTTAACTACAGTAATGCAGATGCAGAGGAATACGGTAAAAAGCTAAAACACTTATCCTTAGTAGCATTAGAAGAAATAGAAGAGGAATTTAAAAATGCTTAGGCTAGGCGAAATTATATTAGCCATATACAGCTTAGTAATACTTTTAGCTTTTATAGGTGTAGATATTAAGCAACTAAAAAAGATTAAGGATACTGGATGGATTACAGTAATATTTATACCTATAATAATATTCCTATTAAACATTATTTGGAGGTGTTAAAGATGGATAAAAACTGGTGTACGTTATTAATAGCGATATTGAGAGAAAAACCATGCACCAGAGAACATGCGGCAGAACTTTATGACAAGGGGACATTATTTAGAAATAAAAGACCTAAAGAGGATATAGAAGAAATGATTAGACTAAGAAAACAAGGTCTTAAATTTAAAGAAATAGCAGAAATATTTTGTTTGGATCCAAGCACAGTATGTACTTTAGTAAATAAAAAAAAAGCTTCCTGCAAGAAGCTAAAAATTTAATAAATTAAACATTAAATATATTTTATACAAGATTAGGAGATTTGTAAAGTGCGAGTTATTAAAGGGTGTAAAGGCTGTACACATTATGTATTACAAGTAGTGATAAGCAATACAGGGAATAGAACAAAATTATTATGGAAACCAGCTTGCATGGCAATTCAATGTATTAAAGGGGGAAAAATTAAAAATGAGCCAAAAGAAAATATTTGAACTAAACATTTTAAATACAATGGATATTACAACAATAAAAGAATGTGAGGGAATGAAGAAAGGTATTCACTCTAAAGAACAAGTACATCATTTAAAATTTTACAAGAATGGGAGAACCATAACTGCGGTAATGACTGATAAAACTGGAATGATTAAAGGAGTAGGTGTAGCTAAATGTAATCCAAAAGATACATTTGATATCAAAACAGGGTTGGTACTAGCTGAAATGAGGGCTAGAGAAGATTTTTATAAAAGTACAGCTAATCGTTTTTTATGGGAGGAATTTTAATGGCGAAGCAATTTGTAGAAGGTAATAAATATGTTTTTAGTGC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64 | Clostridium_phage(56.67%) | terminase,portal,integrase,head,bacteriocin,protease,plate,tail,capsid | attL 1683921:1683937|attR 1701645:1701661 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| DBSCAN-SWA_2 |
2060348 : 2144395
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NC_012563|2060348:2144395|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2 >NC_012563|2060348:2144395|2063454_2064156_+|WP_012704847.1|DBSCAN-SWA MKLDSFKLKIIAMILMVLDHLPKAFNNTPIWFGWLGRLVAPIFFFFVAEGFFHTRSKSKYLIRLFGWGAIMFAGSSILNYALPGKEPLQNNIFLSLGLSVLLMCIIDYTRKSKNYKFGIPLAIIVSIVSLFTEASFDGVLMTLVFYFFREDKIKLSIGYILISLFEFIMVSGEGLTYLNLFVLNYQWLMIFALPLILMYNGERGLNNKFIKYMFYAFYPIHLWIITIISHFLK >NC_012563|2060348:2144395|2060797_2062213_-|WP_003359027.1|DBSCAN-SWA MGKIITIDPITRISGFLEIKVKVEDNIIVDGETSGLLFRGFEKMLEGRPPLDSIYFTERICGICSTAHATASTLALENALNITPSINDIYIRDMMHGFEFIQNHLRQFYCFTVPSYVNLPNIRPIYPQEYSDFRLPKKLNERISSHYEEGIKYSRLAHEALAVLGGKAPHSHGIFVGGVTVNIDSYKLTKIQSILKAIKKFVNIYMLEDMNIIAQYYPEYFNLGNTYGNFMSFGVFDKYKDKNISYVKPGVIINNKLENFDRDKITENIRYAWYVSDTIIENPIMNNEYTVDLKKEGAYSFVKAPRYADLPMEVGPLARLKIAGEYTGGNSSMDRNIARVLETKKIINILYNISEKIQLLSNNQSAYNIPEGAFGEGLIDTTRGALSHFIKIENKTIKYYNIITPTAWNISPKDSKGTRGVGEKSLIGSKIDNIEKPVEIGRIIRSFDPCISCATHLVSNNNEPVKVEVLV >NC_012563|2060348:2144395|2141783_2142467_-|WP_012705233.1|DBSCAN-SWA 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82 | Clostridium_phage(56.25%) | terminase,portal,head,integrase,protease,tail,capsid | attL 2102248:2102307|attR 2144535:2144632 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| DBSCAN-SWA_3 |
2561915 : 2613317
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NC_012563|2561915:2613317|DBSCAN-SWA CCTAATCTTCTAGGTACCAAATATCCTCTACCTTTCGATTAAGTGCTTTAGCTATAGTTAATAATGTTTCCGCATTACCTTGAACTTTATTTAATTCTATTGTGTTATAAGTGCTTTTTTTAATTCCAAGCATTTCTGCAAATGCTTTTTGATCCATCAGATATTCTCTCATTCTTATTTCTTTAAGCCGATTTTTAACCACATATACCACCTCATTCCAGTATATGTAATTATTCTTCAAAAGATCTAAATTTCCTTTTTTAGCTTGTATATATCTATTTAGATAATTAGGTATATAACTATTAGCTATATTTTTACTATACATAAATAGATAGTGTAACTAATTATTCATAAAGCTATATATAATGTTGTTTATGTTATATTTGAATATATAACTATGTTTAAAAGAACACCCAACTAAAAATAAGTAGATAACTTTATAGAAAATAAAATATTGTAAAAATAAAAATAACTTTTGATAATAAAATGGTACTCTTTTTATTATCAAGTTAAAGTAACTTCAATCGATTATGAAATTAAAGAATAGTTTATAATTTTATCCATATAAAACTTATATTAGCATCAAAATTTTGATTAGATTGGAGTGGAATTATGATAGATAATATTATCAATTCTCAACGATATTTAAATATTAACAATAAAAAAAATACTATAGAACAGAATGATCAACCTGAAGATAATAAATTTGAAAAATATCTTTCTGATTATATACCAAAATATACGGGCGACGAAGGTATATCAAAAAAATGTAATTATAAAGAAATGACGGTTTTTGAAAAACGTATATTTGATCACTATATGCAAACTGATTTTTTATATGGAGTTTCTTATGAGGATTTCAAAAAAACTCTTTGTGGATTTCCTCCTGTTGATGCTCCAAAATCCATAATAGAAGCTTATCAAAATACTATATCAAAATATCCTGAAAATCAACGTAAAAAAATTATGGGTGAACTTAGTTATTTAGAATCACCAAATGATAATTTAGATATGGGAACTATCATAAAAAATGCTATAGAACATTGTAAATTAGTTGAAATCATAACAGGCCAAAGCCAAAAACATAGGGAAAACTTATATGAAGATTTTTTAAATGAGTTCAACAAAGTTAACACTATAGATGATTCTCATAATGCTTAACTTATGTAACAACTTTATGTGTGATTAAATTTATTATATCTGGATATAATAAAAACAGCCCAAGACACTATACCAATATATATAAATCCACGCAAAAAGAACCCCGTTTATTGGGGTTCTTTTGTATTTTGGAGAAGGTCAATACCTTATAGAAAATCTTATATTTAGTATTCTACAAATGTAAAAAATTCCTTTGAATAATAAAAAAATAATAACTATAGCATAGGCTACAATTACTATTTTTAATAATACATCTCATGTTAATGTTCAACTAACATTATAGTTTTAGAAGATTTTCAAGGTTTTAAATTTAAATACATCTTATGTTATTGTTCAACATATTGTAGTAAATGCACAAGTAAAATAAGCAAAAATTTAAATACATCCTATGTTAATGTTCAACTTTAATGAATTATTACTACAATACTATAAAGAATATTTAAATACGTCTTATGTTAATGTTCAACTGACTTCTCTATTTAGGGAATTAATGATTAAGTATAATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAACTCACAAAAGAGTAATACTAATGTTCAACAATTAGGATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAACGAATTTTTGGTTAAGAACTCTCGAGGATATTAACTAATTTAAATACATCATATGTTATTGTTCAACAAAATAGGTGTAGAATATGAACCAATTTTAACTACATTTAAATACATCATATGTTACTGTTCAACCATAGTAAAATAGCCATTCCTTATTTTTAAGGATAACATAGAAGTATTGATTTTACAAGATTCTAAAGAAAATTTTCCAACCAATTGAGATAATTTAAAATTTATATAGAAAACCTACCCTAAAGCATTGTATAGCAATGACTAAGATAGGTTTTAAAATTAAAGTAGGTTGGAAAAATAAAAGGTATTTCCATGAAGGAAAATACCTCTAAAACTTAATATCTTATATATTTCTGATTGATTAATTTTTCTACATCTGGATGTAATAAAAATAAGCCAATATACAGCACCAATACAAAAAGAACCTCATTTATTGGGGTTCTTTTGTTTAAATAAGTACATTTATATTTAACCTATTAGGAAGCATTGTATTTAATATTCTACAAATGTAAAAAATTCCTTTGAATAATAAAAAAATAATCTTTTTTCTTTTATCTAGTAATCGTTATTAAAATCAATTATTATATGGTATGGTATAACCACAATTGCGACACGCCATACACACTAGTTTGCCATGGAAATCATGCAATGGCTTAAAATCATGACCTAAATAATCGCAACATTTATGATTTTCTCCTCGCCCAACCGTAGCACCACATCTTGGGCAACTTTCTGCTGCATAAGCACTAGATACATTTACCCCAAGTATCAATGCTGTTAAAAGACTAATTACAATTTTTTTCATTTAGTCATCCCCCTTTATATTATTTTATCTGTTAAATCATTTTAAATTAACAGATTCTTATTATATAATTTCTACATTTATACAATTTTCCCTTTATAATTTTTACCAAATATTCATACATTTTACATCATTTTTCAATGAAATAATACAAAAGTGGTACTACCAAAACATAACACCAATATAGAAAATTCCATAATAAAAAGAACCCTAATAAGCAGGGTTCTTTTGTTACTGTTTTGTATACTATTTATTTTTATAAGAAACTCTAAAGTTTAAACTTAAAGTTTCTAGATATTACTTATATAAGCTTTAGCATAATGTTAGTATTTATATGAGTAAAATAAGGTACTGGATATTTTAATAAATATCTTCTGGATTATCAAACGTTACATTTCCCTTTTCATTAGTATTTATTCCTTTATTATCAGCTTCATCAAATATTTTTGTTAGTATTAAATACATAAGCAAACTTACTCTAAAAGTTGAAGATAAAAATAGAACACATAGAACAGACCATATAACTGATATAAGAATATATACTCTTTGTGAAATATTAGAAATATTTTGCCCATATATCATTTCCAAGACTAAAGACATAATAACAATAATAATTCCTGCTATTATAGGTTTTATAAAATACTTAATTAATATTTTGTCTCCATTATTTTCTTTAATTCTTATAACTACTTTTTCATCAGAAAATCCCAATAAAAATCCCATCAACGACATTAATACCCCTATTAGAATGGAAACAAAAGTTATTGTGTTGGAAAAAAGTTGTTCATAATGTTTTAATTTGTTTATCTCAAATTTAAAATATAATGTAACTATTAAAGTTAATATAACACTAATTAACACACCCCAACGTTCCAGAAAATTAATCAGTACCTCCTTTTTACCAGTCATACTATCACCTCTTAAATTTTTGCAGAAATAATTTTAAATTTATTCGAATATGATCCTAACAATCTTGTATATACTTCTCTTACTTTAATTGTATCACCTTTTTCAAATTTTATGCTAAAATTATCCCTAATTTTATTATTTATTAAATCAATAGTTTCAATTTTGGTCCCTGAAGATTCTTTAACATCAACTTCCAAATTTTTTATATTTTCAAATCCTAAGCCCGGGGTATCTCTTAATTCATTTAATCCTGTTAGTTCATTAGAAACTAATAATTTATCCATAGAATCCTCTTTTTTTAAGCTTGCGGATAATCTAACTTTTACCTTATTAATACCAAAACCTTTACCAGAGTTAATCATACTATATATAGTTCCAGCATGTTTTTTTAAAAGTTTATTTTGTTCATCTGTATATTTCTTAATGTTATCTATTGTAATTTCTACATTTTTATAAATAATCGTATCATCTACTTTTAAACCTTTTTCATTTGGTATTATAGCAAAATGTAATCCATTATCTCCAAGAATATCTTTAAGCATCTTAGATAGAAATTGTAAAATAGCAGTTGGAAATACACCCTCTCTATTTCTAGCTATTATAAATATATTTTTTTCTCCATCATAAATGCATGGTGTAGGAGAAGCTAAATGTTGTTTATCTTCAAGTGCATCTTTTAGCTTTTCTTCATCATAATTTCCTTCTTCATCAGCGACTCCAAGCAATTCACTATCTTTTAATCTAATAAAAGTAAGCTTCCATAGATCTTTGCAATTTTCTAGATTATCGAATGTTTCGGTCAATCTTTCAATACTTTGTAATCTTACTGTATCTCCGTTATAAAAAATAACTCTTTCCTTTGTGTCAATTTTTTCAATTTCGCTCAACTGCTTAGATAGATTATATGGTTCGCTTTCATCATGATTATTTTTTTTAATATACAACCTTAAAAAATCTACATTAAAAAATCTTTGTTTAAATTTTGGTTTTTTATTTACCATTTTATATCTCCCCTTGTAATTTTATTCTTGCATTTTCAATAAAATCACCTTATACTAGAGGTAATTAGAATTAAATATGCTTTTGTTATTAGAACTATTGCTGACCTCTAAATCTACAATAGTTTCTTTTTATATATCAAATGTTAATATTTTCATCTTTTGTATGTTATTCTACAAATTATTATAAATTCCTTCAAAAAATAAAAAAATAGGTAACTATAGCATAAAACTACAGTTACCTTTAAAATTAATATCTTATATATTTAGCATATACATATCCACCATGTGGAGGATAATAAATATGCATCCAATCTCCTTCTTTACGATATAAATTAACCTTGGCACCATTAGGTAAAGCACCTAATATTCTACTAGATGTAGATTTCTTTTCTCTAATATTTACACCACTCGGTGTATTTATTGTACCTGTTTTACCATCTAAATTAATCCAACTATCATTATTACTTGTTGGTTTGCTTGGTGTGCTATTGCTTGTAGTTTTCCCTACTAGTCCTTTA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75 | uncultured_Caudovirales_phage(35.29%) | terminase,portal,integrase,tail,plate,capsid | attL 2588983:2589000|attR 2610398:2610415 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| DBSCAN-SWA_4 |
2657572 : 2697336
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NC_012563|2657572:2697336|DBSCAN-SWA TCTATTTAAATAAATTGTGCTGAATTGTATAAAAAAAGAAGCTTACTAAAGCTCCTACTGTTAATCCTACATACCATTTCAAAACAGATACAAGTTGCTTTAATTGATCACAAAGATTCTCCATTTTAGCATCTGTCCTGGATTGGTTTTGTTCTATTTTATCAATTCTCTTTGAATGGTCATTAAGCCTAATATCATGAACATTAATTTTTTCCTCTATCCTTTTATGTTTTTCTTCGCAGACTTTTAATTCCACATTACACCTCCAGTAATTAAAATTATGCAAAATAATAAAGAACCTATATTGAATAAGTTCTTCATTCATGCTACACTTACAAAATAATATTAAATAAATGTATCTATTTTTTTGATATTATTTTATAATCACCATTTATATCTACAATACTAAATCCATCTTCAAGTTTATCATATTTATCTTTTTTATATTTTATAATTAACTTTGATTTATATTCTGAAACTACAATGGCTTTTCTGTTATTTATAGCAATCTCAGTCTTTTCTGGATCATTAGCTGCTTTATATATGCCGATACTATAAGCTATAGATGCCATGAGTACTGTTATAAACAAATATCTCAGTATATCATGCAATTCAAGAGACATTCCTATATAAAACATATTAATTTTATTATATGAAATGAAATTTTTAAATTCTTTTTTTCGGAGTTTATCCAAGGATATTCTAATTATATCAATACCAACCAAAATTAGAAAAGCGATAGATATATAACAAAAAATTGGGTTAATGACCCAGAAATAATATGACATAGATAAAAGTAATAATACTCCTTTTATTTCATCTTGAACTTGCTCAGATCTATTTTCACCTATAAATATAAAAATTCCTCTTAATGTTGTTATACTAAAAATTGCAATTAAAAAAAACCATGCTAATTTATCTACTATAATAGATGGGCTTATTTCTATAAATATACTTGGAATATTATAATATGAAAAATATCCCAATTGATATGTGTATGTTAAAAAATATAATATAGCTGTAATTGCTCCAACGAAAATTAGTTCAAAATATTTATTTAAAATTTTCATACTGTCATCTCCATAGGTATATAGTTTTATTTTTTCAACTTTCATAATACTAAATTTTGTTTAATAATACAATATGTCCTATAAAAATAGGCAAAATAAAAAGACCTACTATGGTCCTTACTTTGCCTTTATAAATTATTTAATTGTGTCGCTTTAGTTATCTATTGTAAAAAAAATAGCTTAGCATTTGCCAAGCTATTTTACCTACACTAATTTTTTGGATTTAGTCATACTTTATAAATTTTAATTCATATGGTCTGTTACGATCATAATCATTTCTGCCATGAGACATAACTCTTACATATATTTTACAACCTGCCTCAATTCCTGTACCAAAACCATCCAAATTACCTGGACCATTATCATCTACATAGGTACTACGTGTAATAGCACCATTTTCATCCACTCTTACAATTTGCATATCATAATTAATACCTGGAGGTGGAGTTAAGAAAACACCGAAGCTAAATGTAGAACCTGAAGAATTGTCAATTAAATACCAATCATTATCATTTACATTATCTATTGGTACCATTACATTAGCTGAACCTCCACCATGTCGATATATTGTTACTGGATCCTCAAATTTATCTCCCCAATTAGTTTTAGCAAATACAACATCACCACCAAAAATCATCAAGCACATTGTAAGAGCCATTACCATTGTAGAAACTTTTTTAAAAATTTTCATAATAACACCCCTTTTGTATATATTCATTTAAATGGACAGGCTATATAAATTATATAATACACTTAACTATATGTTTTGTCAAATTTATTACATTTTTTCATAATATTAACATATATTTTAGTTACTAAGATTGCTTATTAACTGCCTATGTAGTGCTAAACTTCTGGAGTTAAATCTATTGTTTAACAACATCTATTTATCACGATATAGGAGTAAAATCCCTTTTAAATTTTTTTGAAAATAAAATCTACTTATATCAATGCCTACTGGTATTACTTGTCGAATCCAAGTTCATCTTTTATTTCCTTATTTTTGTTAGATTTACTTATCAAATTTAATGCTGATTTTTGTGCATCAGGATAAATTGTATGTGCTAAAACCTTAGTGTTAATTAATGATATTAAAACAAAAATAATAATACTTAATTTTAATAACTTTTTTTAAAATTCATAACTACAACTCAAGTTAAAAAAATTATAATAAATTCTAGTTATGCTGCTAATCTCAAATAATAAACCATAGATCTTTAATTATGCATGAAAACAAGCCATTATATAAGAGTTCAAGTAAAAGTTTTACTTGAACTCATTTAATGACTTATAATGACTTAATTTCTGATATTAATAACTACCTTGTTTATATACATATATAGTATTTTAGAATTTTAATAGCCATAATCTCTTGGGTCTATAAACTTAGAATGAATTGGACACATATTATAACAATGATTTTTTCCTGCATTAACTGCATTGACCCATCTGTTATATCCAGATGGATCTCTTTGTGACCATCTATATAAATCTTGGTAATTAGCTATAAATCCATCTATTGCTTTTGATGCTATGTAGCCAGCCAAAAATTCAAGCATCGGACCCATTGCAGCCCTTGTTGATCTGTATTCATCCTCGTTTAAAACAGTAGTATTCTCTTTAACTTGTACTGTTTTTACACTACTTTCTTCAGCTTGTACTGTTTTTGCACTAACAATTGAACCTAAAGCCAAATTACTAATAATACATGCAGATAACAAAAAAATAATTTTTTTCTTACGCATTGTAACACCTTCCTTTCAAAATTGTAATTAATTGTAATTAATTACAATTTTTATTATACAGACGATTAACTTTAATTTCAAGAGCTCATTCGATTGTTTACAATTATTTCATTAAAATTATCTACTGTATAACAACTTTTTCTTTAGTATCTTCTTTATTTAAATCCTTTTCCTCTTCCTTATTTACTGGTGTTACTTTAGCCATTAATTCACTATACTGTTCTAAATTAATCTGGTTAAAAGTATAAAATACATTTAGTTTATTATTCATGTCCTCTTTTTCATAGTAATTATTATTAATTAAATTTTTTAATAAATCATATAGTATCATAATATCATTTCCTTTCTATTTTATATTATTTAACACTTCTTTATATTTTAAATTAACTACTTCTGATTGTGCTTTTAACAATTCTTTTTTTAGTTTTTCTTCTTCTGTTTCTATATGTGGAATATCTTCTGTTATTAATTTATGTGGTGTAACTGTTACATCTATGCCTTTAATTATTTTATCATTAAATTCTCCAAATTCAGTAATTATATAAGGTAATCCATCTGGTGGTGTATGTGGAGGAATACATCCCTCTGCATCACCAGTATTAACCCATACTTTACCTGAGTTATCATATATAATTAAGCTCCCTCTTTTCATATAATCATCTCCTCTCTATTCATATGCATACCAATTTACTTTATCGAACATATATCGTTCTGCTGTGCTAGTCCCTTTTTCTACACGTACACTATAACGCATAATATGAAGAGATGTATAAATTGTATTACCAATGGAATTTATTTTCTCAATACTATACTCACGATCATAAGCAATATCGCTACTGTATCCGCTTTTAGTTTTAAATGTAATTTTTACTTGTAATAATTCATTATAAATATATAATTCTATTCTTGGTTCTGAGTACCTATCATCAGAGCGAAAATAATCGTCTGGGTTTTTTCGTGGGGTTATTCCTATTGTTGTTAAAATCACGATAGATGGCTTAAATCCACAATTTGTATTTACACTTGCAGAAGATAAAGGATAATTTGATTCCATAAATATTCCTACTTCAGGACCATAATAGTTAACATTTGCTGTACCCTGTGCCCATTTTTTACCTGTGCTAATTTTACTAATGTTTTTTATAATATCTTCCCATTTGCTTTCTTTTGTAATCTGTAGACTTTTATCTAATTGCAATAATGCGTCTACAGTATTAATTTTTACATTATTGCCAGAAGTAAAAACCTCATTAATTGCACTTACTAAATTTGTTTTATTGGTAGTTTTTAAGTTATCTTTATTACCTGTTAGTGTCGTAATATCAGCCAATTGTTCATCAATCGTTTGTCCATTCTCTGTTTTAATATCACTGGCCGTTAATACTATATCTCCTATTTTTTCATTAACCTTTGTTACTGGAACTTTAATATTTTTTATTTTATCATCAAGTATCTGTATATCTTTCTGTGTAGCCAATATAACTGTTGGATCTACTTTTAAAGTTACACTAGATGTATTGCTAATTTCTAAGTTTGTTCTTATAACCAAATCTTTTGTACTTCCATCTTGAGCCTGTGGTTTATATGTTTCTGGATATTTACCTATGGCTAGCATATTATTTTCATCATCAAAAACTCCAGCTTCACGTACCATAAAACCACCAACGGAACTTGGTATTATAACTTCTATAACTACCCAGTTAGGATTGTTTTCATCTACCCTAATAGAATTTATATTACCTTGCCATACTTCATTGACTAAATCCTCTTGTTCTTCTGTTGGGTTATAATATTTTCCTCCACCATCTCCAACCTTAAGAGTTGTAAAATTAACTTTGTTTCCTAATGCAGTTGCATTAGCGATTTTAGCTTTTCCCACTTTAGTTAGTATTGTATAAAATTTTTCTGCCATTAATTAAGCCTCCTTTCTAGGATATACTGTTATATTTTCTACTCCTGTATTACTACCCATAGCTATATTAACCTTACCATTAGACGCTATATCTTTAGGCATCCATGGGTATACAGTTATTTCCTCACCACTTGTTATAGCACTGGCAAAATAAATGTTAGTATTTATTTTCTGGACTAAAGTAGAACTTAACATCATATTACATGGAATAATATATCTAAAGTTATCTATTATTTCATTAAACATACTCCAATCAAAAGTATTTATTTCAAC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48 | Clostridium_phage(83.33%) | portal,terminase,plate,tail | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| DBSCAN-SWA_5 |
2874599 : 2967887
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NC_012563|2874599:2967887|DBSCAN-SWA 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90 | Clostridium_phage(48.39%) | terminase,tRNA,portal,bacteriocin,head,integrase,protease,tail,capsid | attL 2927985:2928044|attR 2967949:2968028 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| DBSCAN-SWA_6 |
3293762 : 3303198
Sequences of DBSCAN-SWA_6
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6 >NC_012563|3293762:3303198|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_6 >NC_012563|3293762:3303198|3293762_3295262_-|WP_012705771.1|DBSCAN-SWA MIKRALISVFDKTGILDLAKFLESRDVEIISTGGTYKHLKENGVKVIDIEEVTGFPEMLDGRVKTLNPLIHGGILAIRDNEEHMKVIEEKGINPIDMVVVNLYPFFNKVEENLSFDEKVEFIDIGGPTMIRAAAKNFKDVVVLTDTKDYENVINEIKENNQVNTQTRKKLAGKVFNLMSAYDAAISNFLLEEEYPEYLTLSYKKNMDLRYGENPHQTAAYYTSTVGKYPMKNFEKLNGKELSYNNIKDMDIAWKTVCEFEEVACCALKHNTPCGVAIGDTVQEAYTKAYECDPISIFGGIVAFNRKVDKETAENLAKIFLEIVVAPDFDEDALEVLKNKKNLRVIKCEEKSTEGKDMAKVDGGILVQKSDNKLLENTKVVTEKSPTEQEMKDLIFGMKVVKYVKSNAIVVVKDGMAKGIGGGQVNRIWAAKEALDRAGDGVVLASDAFFPFGDVAEEAAKWGIKAIIQPGGSIRDEESIKVCNEKGISMVFTGIRHFKH >NC_012563|3293762:3303198|3296219_3297215_-|WP_012099415.1|DBSCAN-SWA MVSYKEAGVNIEEGYKSVDLIKKHASKTFTKGVLNNLGSFAGMFELPKYKNPVLVSGTDGVGTKLDIAFRMKKYNTVGIDCVAMCINDILCHGAKPLFFLDYIACGKLEAEVAAQLVEGVSNGCIQSECALIGGETAEMPGFYRDGEYDIAGFAVGIAEKDEIIDGSKIEDGDILIGIASSGPHSNGYSLIRKLVEDLHKDFEGNKIGNTLLTPTKIYVKPVMKLLEKYNIKGMAHVTGGGFYENIPRMFKEDFTAVINKKSYPLPNIFSHLISLGIEEDHMYNTFNMGIGFVLCVNEKDGENIIKDLIEMGEKGYKIGYVKKGDKSVELI >NC_012563|3293762:3303198|3295475_3296093_-|WP_012705191.1|DBSCAN-SWA MFKIAVLVSGGGSNLQSIIDKIEEGYIKNCKIEMVIGDRSNIYGIERAEKKGIKTLTLDRKIYKSNLSNKICECLYGNVDLIVLAGWLSILNGDLVNKFENKIINIHPSLIPSFCGDGMYGIKVHQKALEYGVKVSGCTVHFVDEGTDSGPIIIQKSVPVFAEDTAEILQKRVLEKEHEALPEAIKLISEEKVKLQGRKVFIKTY >NC_012563|3293762:3303198|3299519_3299999_-|WP_012705495.1|DBSCAN-SWA MKVAIIFGSKSDTDKMKGAAKALKEFSIEYKAYILSAHRVPEKLMETIEDLEKEGYECIIAGAGLAAHLPGVIASHTVLPVIGVPIEAAVGGMDSLLSIVQMPKSIPVATVGINNSYNAGMLAVQILSLKYEKLREKLIEYRKNMKEKFINDNKEGVEL >NC_012563|3293762:3303198|3298815_3299520_-|WP_012047943.1|DBSCAN-SWA MEKKDMLYEGKAKKIFRTDDKDTVVVYYKDDATAFNGEKKGTIEDKGVMNNSITAMLFELLEKKGVKTHFIEKINEREQLCKKVEIVPLEVIVRNIAAGSMAKRLGLSEGRKLDTTVFEISYKNDDLNDPLINDYHAVAIGLTTFEELKEMYSIAEKVNNTLKEFFDEQGINLVDFKIEIGRFNGELLLADEISPDTCRLWDKSTGEKLDKDRFRRDMGNVKEAYMEILKRVNK >NC_012563|3293762:3303198|3297275_3298724_-|WP_003385256.1|DBSCAN-SWA MSMCYMLDDLNENMPFDLEGDKFKEECGVFGVFSKDNESKSAEITYYGLYALQHRGQESAGIVVSDGEKFKYHKGMGLVSDVFSKETIEGLIGNSAIGHVRYSTTGASKSDNAQPIVGTYKLGSIAIAHNGNLVNAAVIRELLEDGGCIFQTSIDTEVLLNLIARSAKKGIDKAVVDAIQAIKGSYAIVILTEDKLIGARDPHGIRPMCLGKIGDDYLLSSESCAFDCVGGEFIRDIEPGEIVIIDESGINSIKFTEKTKCHTCAFEYIYFARPDSTMDGINVYESRVRAGRKLYEEYPVEADIVIGVPDSGIPAAVGYAEASGIPYGIGFIKNKYVGRTFIAPSQELREKAVSVKLNPLKINVEGKRVVIIDDSIVRGTTSKRLVQILRKAGAKEVHFRVSSPVVKYPCYFGIDTPYRKDLIGAHSEVEEIREKIGADSLAYISMEGLVETLNKDKGFCLGCFNGVYPISAPIEMPKDSLE >NC_012563|3293762:3303198|3300627_3303198_-|WP_078983280.1|DBSCAN-SWA MGVINVYEFILNERNVSVSEDINLLEYLRDNEDLTSVKNGCAEGACGACMILVNGKALRACICTTAKVNGKDVKTVEGLTEFEKDVFTWAFSKAGAVQCGYCIPGMIISAKALLDKNLNPNKKEIKTAIRGNVCRCTGYVKIIKAIEMAAEAFRNGKLPFAKEYKGKIGENIPRIDAKDKILGIGKYVDDMKIEGMVYGSALRSKYPRALVKSIDISEALKHPEVEAILTAEDVPGNRLIGHIVKDWPAMIAVGEETRYVGDAVALVAAKSKKTLKEILNLIKVEYEELEPISNPNIAIAEDAPKIHPKGNILTVEKVNRGDVDEAIANSKYVVTNHYSTPFTEHAFLEPESALAMPDGDGVIIYTGSQGIYDEQREISELLGLPKEKVRTISKYVGGGFGGKEDMSVQHHAALLAWTIKKPVKITLSRKESIKIHPKRHAMEMTITTACDEKGNLTAFKADIISDTGAYASLGGPVLQRACTHAAGPYKCPNVKIKGTAVYTNNPPGGAFRGFGVTQSVFGSECNLNLLAEKVGISPWEIRFKNAVEPGDALPNGQIADKGTAIKETILAVKDVYKKSKCAGIACCMKNSGVGVGIPDIGRCNLIVIDGKVHIRTSAACIGQGLGTILTQIICETIGLLPEQIILDLPDTKFAPDSGTTTASRQTVFTGEATRMASLKLKEKLLTTSLEECEGEEFYGEYESITDPINSDKKNPVSHVAYGYATQVVILDDDGKVEKVVAAHDVGKAINLTNVEGQIEGGIVMGLGYAFTEDYPLNKSIPTAKFGTLGLFRATDIPEIETTIIEKNTNDLAYGAKGIGEITTIPTAPAAQGAYYKFDGNFRKKLPLEDTAYRRKK |
7 | Synechococcus_phage(42.86%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| DBSCAN-SWA_7 |
3452705 : 3475565
Sequences of DBSCAN-SWA_7
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7 >NC_012563|3452705:3475565|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7 >NC_012563|3452705:3475565|3468673_3469195_-|WP_012704555.1|DBSCAN-SWA MLDKKLYIKTEERLYRYFRSKKELSKLKNRIKHLSNRIEIIMDKIKNNNVTLEEESRSRTYDEIVQTSSNGTSYAERELIRQIERLEIELGEKIKKKGKVEYKIREIEEEISVMEDNLSSLNEENKKFIRLKYGENKSVDWIAVEMFGRARSTAYRKKNELVEHVAQLNNLIV >NC_012563|3452705:3475565|3469684_3470533_-|WP_072587365.1|DBSCAN-SWA MRQVGEALEKTLKSRELDYNIAGENERVEICSVCGEAIEKITYIPGLNRCIKGPVMCKCKREALMAKEKEEINKEKQLRLKKIIKNSLIDEKFRNSKLKNWDFTKGNDKMYKIANKYTKKFENMKKESVGLLLYGSPGNGKTYTVACIANFLIEKMLPVICVNADSLLNRIKDTYKKSGKEVEEDILRGLDNADLLIINDLGTEQDTEWTRTKIYNILDSRYRNGLPLIITTNLSLIELKNRYEKRTYYRILEMCTPILNDGKNIREEKAKEKTEILKELLK >NC_012563|3452705:3475565|3462882_3463317_-|WP_012704056.1|DBSCAN-SWA MDLNRIKDFKVDLLYEDRKNTGGVITNYKPPRPAYFRKGIRTVQGYTYFEKSVKSDCIIEFTVAFNIKGENDEKTQSNITKFLNFRKNYSGRFIFIDEFGIQYKGYLQNKFEIDTPIEGDIYYINLELLCNHEASGWVKDNDKV >NC_012563|3452705:3475565|3465257_3465674_-|WP_003357967.1|DBSCAN-SWA MDLKVTNIEDLKKVAQGEVIQLPQFGQGIPFNARVKRVSLLNLVRKGVVPNKLLSAAEELFYGKQSSKENVDLTQMTDVMYIMAENALVEPSIEDLKSVELELTDEQIVALFNYTQEGVSELDSFREESENTECNINK >NC_012563|3452705:3475565|3461810_3462896_-|WP_012705384.1|DBSCAN-SWA MTKCKVEFYKKNGYQAFENGDANKITLEHCLVSVKINRNLTTPTAEATITAQYENLPTAIFAGGTQGIIDNFAQVKIYIEDVLQFTGVIKKYDYNTLDKTIEMTCHDMYYRMLNLCDKELKFYNKTAADIISTVVSDAKCSFQRSGGNNYTVPKLECEIGTMYNDIISNLVETMYARIRANKNGAIILEEQYPAYNESNHEANHHDYVLSVDTNLSSETASRDSSLMRNILKICCNDKYSIFESKAMTSYLNGERWVDIIDNPLASTSLLKQKVAGYKFLDMWRESTALNVVPVAGIPNIDLGQVVKLVNNQRGNGWYLIVGISTEINADTYVDTLQLQGMRDKTKVYDQCIQIGSGRLKQ >NC_012563|3452705:3475565|3463329_3464871_-|WP_012705047.1|DBSCAN-SWA MAVNVGEAVAHLTLDTSEFKKALNGAGKDLEIFVHKVEKEKTRIEKLQEALAKEAGTLSKIGKSMEKPSAAAQNLLKTGMKNTLAEEAKSKNPKKGPANIAKGNYDKIQKDIQASIKKVQDSFAQLQTSIVKQLIPIFNNQLVPILNNKLIPIFTKLANKAVELMNSFNKLPNPVKNAIAIIIVSIAGVAKTFTVLSKLVGTINNVIGIFGKLKKAGGIFGLLKTIITSKTLLILVAIAAIGLIVYEVIKHWDTLKKYATRFGNFIANIFKGIGRVINSIIQGAIHAFQGFIRILQWVGGMVHNIINGCIAIFRGVGTILHGIVQGWINIFRGLGNLAGALFNIGRNIVEGLINGIRAMFGRVGQVIGNLASEISSRFKKMLGINSPSRVFADYGNFIGEGLIHGIDNQESAINNKFKGIANKIKGLGNVRPNFNGLNNMSLSGAYGGTYASPYGPNNMNKSMGLTQDIKMYVTIPNADKEGANKIANEFKQMTESSMKNVMTGLFMNDVLRD >NC_012563|3452705:3475565|3452705_3453488_-|WP_012705457.1|DBSCAN-SWA MNAYYLNPNDRGTVQLSNNNRSVTSVLTSWQGVRSTLPVNKTQKQKIYIEIYINSFNANNSIIALAKKDASLTNYNIGNSYWSDGNGYGEAWKIGDTIGILYDSTINNGTLEFYKNGISEGVRSTNLNNSELYLEILVFKGSKLQELIVNFGEKPFKYNKPNGYDKLNINSLFLIKQKSNYYTIKSEFYKNGQVVPINKLEGKETLTKTDFEAYGIDDLNLLTKPMDAQDVKGTDKGSLGNGKLFEILFSNDFLSIGEVK >NC_012563|3452705:3475565|3453578_3454664_-|WP_012704814.1|DBSCAN-SWA MSEFFNVTLDKDIILDDSVISNKTGWSSEKIQKEIIDKRITKFEELEDVDVTNKKNKQLVAYSEETGKFTTIDGIDAGEIVGAGMKQISKMGIVGSAETPRSVNIPVNTVDFKVPRVNVLRYDTENTQDLISVKNEFTNDESNDFIDDNMMIFDGKAHLETNHISDFEVVQDTESSTEYSVNVDKTLFKKIEGFETFEDGVIQKLKTTAIPFDRLLIPKGDMNLSNVDHIDYFRLTANGNNITIVCSVDSGNTWKTFSGEKWKNVNLTVDDVRKSGMNIATFNAINDVFWNELVTTKKIRFAYLFSMDSITDIEEIDKLDLQYDGVGRWRQVKEDLYEVIYASNTLLQVECKFSGDIKINY >NC_012563|3452705:3475565|3460092_3461442_-|WP_012704658.1|DBSCAN-SWA MGLPSYVVNFDELSDLIKDYLQNGVKVDIGNINFSTKDMENLLSEIKDKIQGVDYNDLINALNALGVKLDNLSGNLGISGTQKIYGKMLEIPAVKGQHIIEFKGNGQITGITYSQSSWRFEDSWDLQVGNDKLFESVRTKEYGEHKFLNVFYPINGTVKFIYNNISGTSKILWVDFNILENSNLPTPTTPTIPTTSEKNYRFLAIGESEYTLQGANNLMGCTYDADNMSNLFKEHKESAKFTKNIVAKNKTKSEALNLIKSTFQDAQDNDISYLFWSGHGTVYEDKFALVAKDNIITVYELQTILDDIKGTKVIFIDTCHSGLAIDKNFAYTLAVVEEKLRSIDKTLNKQGYKVLTASAGSETSGDLSAGYNGNPNPSGAFTWALTQSIKTKKSDKDKNRIVTLEELYQSVLHFYDEFNIKNPYLKITQTAQVYPRNDTSSIFEYKEGA >NC_012563|3452705:3475565|3465688_3466576_-|WP_012704139.1|DBSCAN-SWA MISGKTLVNVVKVNFIDEVTNTKHTIETSNEIDIEPINSKGKRDILRIKNKIYGINETDDIVIGYKLKMKDNLFNIETMALIDGGTIQDNKYCGTEVGIAVERHPFTMEIFTEEKDYSRTTGYVKFVYKHCKGKPAKYKIQDGKFLVSSYEAESIPFRNEKPVEIEFINKLEENDNGEKPGESTPIEDIGVEGGEVENNNPDVGVSITNRVVWSFSNQINQDDVNLENFIIKRKSDNSRVNGNVTIDDTKKIVTFVPDSLAIDTVYIAEAKEINKLDGSGKTTALSTEFKTIKIR >NC_012563|3452705:3475565|3459113_3460091_-|WP_012703835.1|DBSCAN-SWA MSLPKYIINFEELTEDLKNHLLSLIDDNIRINYPEINTNNIQNLLQQLKDLLPSVQYEGLKKKIDTFIYRKIEGIQKVKGILLDIPAIQNDYKEQIKFDKDIYITGLHFNQTGWKKDDRYSLEVNKIKIIDNATTKEIGEHKYFNTFYKVNANTLISFIFHNLSGNSRQTMIDLEYIDGEDSNIPIEPPGIEDIDNEWDIAVVMNWEENTDADIDLHGEIDGKKVWYGNKSYDGFYLNFDYTSHKTNKNPEIISVKGYKNKKLLISIKNFNGVELKEPVTLEIYQYRPYGNKLLKKFNVNLDTNRDLKDIFIMDLNTLKITNLNK >NC_012563|3452705:3475565|3465055_3465223_-|WP_012704573.1|DBSCAN-SWA MTNDYEAFCFDEACVYILNEISKEDARDPKFIDGDRTNKTNNEDVIQWLNANNKS >NC_012563|3452705:3475565|3471473_3471707_-|WP_078983288.1|DBSCAN-SWA MLRRNPQVTVIKTKEYRIIRNLSISKLSCKSKIARSYITELEEGKYGNPGLKVICNLCKALQITPNELIDQELWKWW >NC_012563|3452705:3475565|3472860_3473010_+|WP_012705276.1|DBSCAN-SWA MFNFSGVLSIKKEGEIIYEKKDTFTLNRKKTSCKKSSKDKIQLVHKVNT >NC_012563|3452705:3475565|3455685_3455940_-|WP_003360052.1|DBSCAN-SWA MLTSTIDFKKTRQKMWGILKNKTLAQLPYGHETDKNGSEITSYATNCYEDALEEAHTLLANGIGTKDIQIVEFVPYDYIMQPRV >NC_012563|3452705:3475565|3467357_3467723_-|WP_003357709.1|DBSCAN-SWA MANMNRGKISKKIYEQLEKKDLLREIKILRIGKNAFDEKLDEVYVCTIKGYYYRNNSNIITTSMEGLEFNNLYNDKLLIIYNDISSKIQKDDYFILDGTKYEIVDTGNIQNLVFDMILNRV >NC_012563|3452705:3475565|3454675_3455674_-|WP_012705721.1|DBSCAN-SWA MKLIQVKNGLLEAENFFLASSFADFAGESNITRDIKTGKLKLISNNKIERKFDYKEFVIEVEKENFNDIKDMDYSMLYLGNSDHIFGIKDLKSNEQNRYWKILKKDNYIQAYSSNDGKNYTNMGGMEFAEPLTKQGFMKYSDEDFILNNYKVYANPYVTIQNFPENTLCELYDLDNNLIKTRLFNSDMECKVFIDSKISGYFTFKDRDGKVIYTSDALQLQYGDMWVFSPYNFEIIYHGNVVTNVSPAMLQDLEELITIKNIGDKDYNNIKIGTETPSNDLIQLSFDGINYADSLTIDSIRQSESKGIYVKITKNAENHNFVVRDFHLVISE >NC_012563|3452705:3475565|3472148_3472559_+|WP_003360073.1|DBSCAN-SWA MAEIKDRLKCERLRKDLNQTELAKFLNVSKQTVSNWENGNRIPDTLTLSKLADFFNCSVDYILGRSENRNGIISKANIDGSNYEFELDKSIFPNGITREQMINYIKELEERNKELEKEAEISRKLKEAGFDFNPDK >NC_012563|3452705:3475565|3470474_3471380_-|WP_012705580.1|DBSCAN-SWA MDKKESGDMLAEVKWIKITTNMFDDEKIKLIDAMPERDTVHYIWMRLLVQAGKTNANGYIFLNDNVPYTEEMLSTIFNRPLNSLRFALKVLRDFGMIQIQEDKLIKITNWSKHQNIEGMEKVRQQTRERVAKHRAKKKELLEETKKQSCKNNDNKKNVMLHETLSNGRDIDIEDIDIEIKEDRKSDIRKNLDKINEAYFNTFYRQISATYLNQVLKVMAKEDYTDLLIYALNITKRREQEQGKIKGFKYTMSILESWINKGYKLPQDVKKNEISKKWREGEVYETSRRSFGEDLKKQGIGL >NC_012563|3452705:3475565|3461456_3461798_-|WP_012705004.1|DBSCAN-SWA MAHMGYKNFREPVVYILDQELRKRNFKNQINTNEDSKYIGELPEYPCRIIRDSNNKAYKFIYANGTDMQWQEELIRNAEGKVYRIKTTYPNNTNKTIQLIKDNHGKLEIIDYV >NC_012563|3452705:3475565|3457855_3459091_-|WP_012703961.1|DBSCAN-SWA MATDNFYFVEGNTSVKNLVKTLATEITQNSGIYKWDLVYPDSMDKIGSTGEESTINLITDDSKTDKVDTVFTVGSQNDKCIIKVITTYGKEFYVKIDREKADLNKEEKKALVDFKSLHRYSTASGYGTRTDAQVLEVMAGISDRWSKSGDYNAYVSAMTKSNSINNIKLQISDKLNADKTDLGISKNIQAEYNYRLAWYRKLQPEIKDFLPVQYWINITKDSINLVLRGDPSADVHPYENYLTSYAYIGALKPVEDSAYTDDKYNFGITVSSDIEPNYSKFYGERTATGVTDMCMIANKIGMPYQPHYPAFYATNPFMDKCNVEGSRYNHKKHQFSDITLVHPVDMERGKMINVLVGDASAINDTDRLAYKKDTEEEEYYKKFKITAPYCFLNNSANINYCVAIRCYKTTK >NC_012563|3452705:3475565|3471747_3471957_-|WP_012704308.1|DBSCAN-SWA MTTAKKLKAYRCLKGAKQEDIARLIGVSLNTYNFKENGKKSFTLNEAKIISDFFDTTIDELFFRRNGKL >NC_012563|3452705:3475565|3467005_3467353_-|WP_012704384.1|DBSCAN-SWA MREFEVNIDSVIDGLSEFEMQSKTAISGYADIAAKKLEEDAKKNAPWKDQSGKDIETIKGGKQWEGDKCNIYISGNKDYYSSLELCNDKKYAILKPTIDKLSPQILKGMSNLFGK >NC_012563|3452705:3475565|3469307_3469628_-|WP_012704130.1|DBSCAN-SWA MSTILVKEIENKVFEEIGSFREENAVLKILLKEYVKKSIDYEKLLKESINLLDKHQEALEFLRVAKNSWTDEVVKHYFTIKDLQKALDIVGKEIMIYELNKNNKEM >NC_012563|3452705:3475565|3474077_3475565_+|WP_012704213.1|DBSCAN-SWA MLFNSMHFLLFFPIVTFIYFFIPHKFRYIWLLITSYYFYMSWNPKYALLIGISTIITYLSGILIEKSNKITDKQKSKFFKKLWVFLSLFINLSILFLFKYCNFFTYTLTKIFSLINITIKVPSFDFILPVGISFYTFQALSYTIDVYRGNIKFEKNLGKYALFVSFFPQLVAGPIEKSKDLLNQFNEKHIFDYNRVKNGLVLMLWGFFQKVFVSDRLAILVDTVFNNPSNYKGLEIIVASVFFAIQIYCDFSSYSNIARGAAEVMGFDLSLNFKQPYFSKSIQEFWRRWHITLGAWFKDYLYIPLGGNKCSKWRRYFNNMVVFLISGLWHGAAINFIIWGGLHGFYIIIGDMLKPLKEKIISNLKIKTNVFSFKLFQTLFTFILVDFSWIFFRANSFSEAKLLIKNMFYFNPWIFTYGSIYKLGLDQKDFKMSILGILIVFIIDSIARNKDVRVELSNQNIVFRWAIYLSAIFFVLILGIYGAGYDANQFIYFQF >NC_012563|3452705:3475565|3466580_3467000_-|WP_012704829.1|DBSCAN-SWA MSKFNYKVPGDSIQQDIINNAIPETLWQKVYLYLKKLGYNVYAPGQKRNKCTESYVVIRENGVHALVGNISGYKLFDIIVYRPMDQYSTMEFYVENLKEALKKIEDLRPTGNETPSIIDYDVQAYTTSIEYQQFKSLRR >NC_012563|3452705:3475565|3455945_3457841_-|WP_012704958.1|DBSCAN-SWA MPLHKIPLCSFEYVGDNAFSSGTFIYDTTEKVLKTTEKLFYKETTIEIDKVKENKLFYKQLKDNIGKEKNKYLFKEVADIKKQFEKELKLRNKEINKNNTISLDKIKYISINRITSKELDVRKNTDISICYNNKLLGREILQLNKANNLINLSIDRENLQLNKSKDIYTDSIVEKEIFKDESLQKLKLGKYINIEKGVGYYFNRSYCKEIDIDKFKFVKKHGNKNINKNKYRFIDRSNLKEVAKISNKTMLNKDIIIGIDIDTSINNLKILDLKDIDRNYKTMLMYNIALKYMEKYRIKNALNKIAHKEICKDHNKKYFYKDVFKFIDKSVNGYLDRQAIRSIFKYNNRYLDREYTTNIFKHNEKYFGNNPIINIYKQIERDLLNLSIWQIYRQSNKYLNNEAIKQIYVPNKNKFIEITKRWWWLKPTNATDRLIVPNKDYIYNNDLLNNLDYEYLRFNNHPIEWGKDWGVDYKIPPMTISIEIMLDLTNILIMIWHKNTQSWLSCTGKESIQFIMELIYDWYTLDTSSPNIDYIRAYRWIKWEAEKVYFLDAKNGLQAIGLLIANLIDYLKQHHFNLVPIWHNPKAMDIERKFNKIATNGDIIKDLDKLKGKRNYMIETQNFEKKNIFGR >NC_012563|3452705:3475565|3467722_3468007_-|WP_003357791.1|DBSCAN-SWA MRTPLEILKFNLQEKQYPYFEDKELELLLEINNNDVEKSSYKGCILKAIADDGIEVAGVKLQSNRAYWLTLAEHFKEEQKILKNQISVERVDEH |
28 | Clostridium_phage(81.82%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
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| Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_012563.1|WP_012704391.1|1688717_1688879_+|hypothetical-protein |
1688717_1688879_+
Protein sequences of NC_012563.1|WP_012704391.1|1688717_1688879_+|hypothetical-protein>NC_012563.1|WP_012704391.1|1688717_1688879_+|hypothetical-protein MFYTVDQITEMLQISKSKAYKITASLNKELKKMGYITIAGRVPKKFFEEKYYM |
53 aa aa | NA | NA | NA | 1685562-1722671 |
yes
Self-targetings in the prophage
1. spacer 5.2|2656081|36|NC_012563|CRISPRCasFinder matches to NC_012563 position: 1708437-1708472, mismatch: 1 aattatggctaatggatttgatactacacaattaga CRISPR spacer aattatggctaatggatttaatactacacaattaga Protospacer *******************.**************** |
||||||||||||||
| NC_012563.1|WP_012705376.1|1689034_1689229_+|hypothetical-protein |
1689034_1689229_+
Protein sequences of NC_012563.1|WP_012705376.1|1689034_1689229_+|hypothetical-protein>NC_012563.1|WP_012705376.1|1689034_1689229_+|hypothetical-protein MISIANLDKRICDIEECENTQTYREFIRESEKEFGIYPYPLDQEHVTDEILKDYVYFLDELWCK |
64 aa aa | NA | NA | NA | 1685562-1722671 |
yes
Self-targetings in the prophage
1. spacer 5.2|2656081|36|NC_012563|CRISPRCasFinder matches to NC_012563 position: 1708437-1708472, mismatch: 1 aattatggctaatggatttgatactacacaattaga CRISPR spacer aattatggctaatggatttaatactacacaattaga Protospacer *******************.**************** |
||||||||||||||
| NC_012563.1|WP_012705140.1|1689244_1689442_+|hypothetical-protein |
1689244_1689442_+
Protein sequences of NC_012563.1|WP_012705140.1|1689244_1689442_+|hypothetical-protein>NC_012563.1|WP_012705140.1|1689244_1689442_+|hypothetical-protein MKKYRVKKEFIYDNTQLEYTDLYQQACNLGYAFVKDGNDYRMITINEYKTKPSLLQVDLVNLEII |
65 aa aa | NA | NA | NA | 1685562-1722671 |
yes
Self-targetings in the prophage
1. spacer 5.2|2656081|36|NC_012563|CRISPRCasFinder matches to NC_012563 position: 1708437-1708472, mismatch: 1 aattatggctaatggatttgatactacacaattaga CRISPR spacer aattatggctaatggatttaatactacacaattaga Protospacer *******************.**************** |