CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_017560	Rickettsia prowazekii str. Rp22, complete sequence	0 crisprs	DEDDh	0	0	1	0

1. NC_017560

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	848958 : 894617	30	Klosneuvirus(10.0%)	tRNA,holin,transposase,protease	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_017560|848958:894617|DBSCAN-SWA
ACTAGTTAAACTTTGGAAAAATTATACTAGGCTCTAAAATATTACTACCTGCTTTTAAAGCATGATCACGTACTAGATGTTTAAATAATCTCTCTTCTTTAGATACTCCTAACTGATCTAACATTTTATTTGCTGAATTTGGTACAAAAGGCTGAAGCATTATTGCAATATAACGTAGTACTTCTAACAGAGAATATAACACCTCTAACATCTTATCAGGATCAGTTGTTTTTAAATTCCAAGGCGCTTCATTAGTAATATAGATATTTGCATCTTCAGCCAAATTAATAATATTTTCAAGAATTTTATTAATCTCTGTTTTATCCATCAATAAAATATTCTCTTGAGCAAATTTAATTGCGGTTTTTAAAATCGGGAGCTCATATATTTTATCTATAACACCTGACTTAATCAAAGGAACTTTAGCATCATTATTCTTATAAACAAAAGATACAATACGATGTAATAAATTACCTATTTTATTTGAAAGTTCACTATTAATACGTGTAATTAAATTATTACGAGCAAAATTAGCATCTGCCCCAAAAATGACTTCACGCATAAGAAAATACCTAACCTGATCAACACCAAATTCATCGATTAATGTAATCGGATCAATGGTATTACCCAGAGATTTAGAAATCTTCTGTCCCTCATTAGTCCACCAACCATGTACCATAATTGCCTTTGGCAGTGGAATTTCCGCAGCCATTAAGAAAGCAGGCCAATATACAGCATGAAAACGCAATATATCCTTACCTACTATTTGTAAATTAGCAGGCCAAAACTTGGCATAATTACTTTGTTTATCAGGATAACCAAGTGCTGAAATATAATTAACAAGTGCATCTAGCCAAACATAAATTACATGTTTTCTATTATTTGGTACTTTGATTCCCCAATGAAAAGTAGTGCGTGATATGGATAAATCTTTTAGACCTGATTTAATAAAGCTAATTACTTCATTACGCCTTGATATTGGTCTGACAAAATCAGGGTTTAGCTCATAAAACTCAAGTAATTTATCTTGCCATTTTGCAAGATTAAAGAAATAGCTTGGTTCTTTAACCCATTCAACAGGCGCTCCAGTTGGTGCTAATTTATCTTCATTTATCTCTGATTCATCATAAAAAGCCTCATCACGCACTGAATACCAACCCTCATAAAATCCTTCATAGATTGCACCATTATCTAGTAATTTCTTCCAAAAAACGGCTACAGCTTTTTTGTGTCTATTTTCAGTTGTTCTAATAAAATCATCATTAGAAATATTCATTGCAACCATAAGATCACGAAAATTTTGTGACGTCTTATCAGTAAATGTTTGAGGATCAATATTTTGATTAATAGCTGCTTTTTCTACTTTTTGTCCATGTTCATCAGTACCTGTTAGAAACATTACATCCTTACCGCAAAAACGCATAAAACGGGCAATAACATCACTTGCAACACTAGTATAAGCGTGACCGATATGGGCAACATCATTAACATAATATATAGGGGTAGTAATATAGTAAGTATTTTTCATAAATGCTTTTGTATTAACTCATGTACTTCAAGTGGGCTTAAATGTGAAGCTTTAATTGTTTTAATTCTCTCAGGAAATCTATTACTTAATTCTTTAAAGCAAGTATAGATTTTTTTATAAAAATCTATACTTCTTATATCAAATTTATTACTCATATTCCGTGCATTCACTCTCTTAATAGCAGTATGCGGTTCTACATCAATAAAAAACGTAATATCTGGCATAAGAGAAGGCATCAAAGTTTTGTGCAAACTATACACTAAATCTATACCATTTTCTAGCTCTAATCCTTGATAACATGCAGTTGAATCAATAAACCTATCACATATTACTATATATCCATCTTTTAGTGCAGGAATAATCTTACGTGCCATATGATCATAACGTGCTGCCATAGCTTGTAATAACTCAGACATCGGTAATAATTCCTCATTCACTAAAATTTCACGCATTTTTTCAGCAACAGTAGTACCACCAACTTCACGAGTTAAAATAACAGGAATTTTTTGAGATTTTAAATATTCATAGAGCATTTTAGATTGGGTAGATTTGCCTATCCCATCCACTCCCTCAAAGGTAATAAACTTGCCTTGTGTTAATTTGTTCATTAAAAATTGCAATTTTAAAAACTAAAGCATAATCATATCTTTAAAAAAAATATTTACTATTATTTTTTTATTGCATGATATACTTACTTGAATAACCACTTAATTATTAGCAAATACTTTACTTTAAAATCTACAATAAATATAGATTTAAATAATGATATTATCATGAATATGGTAAAAGAAACAATATACAATAAAATATTACAGGAAAAAATTAAATGTAGAATCAATCAAAATCTGAGAAGAATAAGCAAAAGGCTTAGATATATCTTCTCCTGATCAAGAATTACATTTAAAACTTAATTTTTGATTTTTAAAACTTTTGCTAAATCATTTTGATAAAGAACGCTTAATTATGTATAAAATAAACGAGGTAAAGTATAATAAAGGCACAAACGTATTAATTATAAGACTACGGTATTGCATATTATTTATTACTTTTCTTTAAAAAATTACTTGAATAAAATTAATATTTAGCACTGCAATTATTTATTATTACGAAGTTAAGTTTAGAACATACTAAAACACATGGTGATCTATTTAAATGAGCAATTCGTTAAGCAAAAGGGATTTTTCCATCATAATCGGTAATGCTATGGATCATTTCGATACTGCACTTTATGGATTTCTAGCACCACTACTTGCAAGTTTTTTTTTCCCGAATCATGATAAAGTTGTGGCCTTAATTCTTACCTATAGTGTACTTGCTACGTCTTTATTTACACGGCCTATAGGTTCTTATTTCTTTGGCGTTATTGCTAAAAAATATGGAAGTATTTTTGCTTTATCTCATTCATTAATCGGAATTGCGTACACTACTGTTTTGATAGGCTTAATACCATCTCATGCACAAATAGGATGGTTTGCTCCGCTATTATTAGTAGTGCTTAGAATATTACAAGGAATATATTCTGAAGGCGAATGCGCAATTGCTCAATTAGTTATTTTAGAGAATAAAGAAGAAAAAAAAGCGTTTAAAGCTTCATACCTTTATCAAACCTCAACTATGTTAGGTATTATTCTTGCTTCATTTATCAGTAGCATAGTTTTAAATCTGGAATATAATGAATATTGGAGATTATGTTTTATATTCGGCGGTCTTACAGGATTTATAGGTGCTTTTCTAAGAAAGAGTGAGACAATGGTATTCAACGACTTGGTTACAGAACCTAGCAAATCACTCAATAATCTAGATCTCGTGATCAAACAACGTGATAATATTATGGTAATGTGTACTTTTGCAGAAATGAAATTTTTAAATGATCTAACTACAATTTGGAACAACAAACTAAGTATCTTACGTATTAGTGTTGCTGTAGGGTTCTCATATATGAGCTACAGCGTACCTTTCGTTTTTATGAATAGTTTTATTCCACTTATTACAAATATATCTATTGCAAAAATGATGGAATTTAATACTGAATTTCTGATTTTTGATATGGTTATGATTCCAATAATAGGTCATCTCACAAAAAAATTAAATTATCATAAAATACTAAATGGTACTCTTATTATAATGAGTTTAAGCATAATTCCTTTATGGTTATTCTTGAATAATGCATCTATATGGTACGTTCATTTTGTACGTATTTGGATTATAATACTTGGTGTCAGCTTCTTAGCGCCTTTAAACTGCTGGCTCAATAATCTATTTAAAACTAACGACAAATACATGTTAGTAGGTATCGGAAGCAGTATCGGTGCTTCACTAATAGGACGCCTTACATCATCAATTTGCCTAATGCTATGGCATATAACCAACAATTCCTTATCAATTGGAATTTATATAGCGATAGTCTCAATGATAACCTTATGTGCAGTTAAAAGAGTAGTTACAACATCCTGCATGACAAAGCAATAATCCAATAAAACATATAAAATTCACAATCAGAATTTAACAAAACGCCATAATTAAAAGGACACCTACATAATTATTAGCGCTAAATCTTTTTATACAATTCACAGGATTTTTGATATCAAGAGTTGCTATTTGCAATATTAGTAAAATTAAAGCAGCTAAAACAGGTAAATAATCGATATTAAAATTAGCAATTTTTGTTGCTAGAATAAATAACAATATAAAACCTATATAACATATATAAAGCCAAAACTTAGGATTCTTATTCTCTAAATATATGCTTAAAGATTTTACTCCTATTTTCTTATCATCTTTTATATCCATATATCCGTAAATCGTATCATATCCAATCGCCCAAAAGCAACATGCTAAATACATAATAATTGCTTCTGTATCAAGTTTATCCTGCACTGCTCCATAAGCTACTAATACTCCTAGTTTAAATGTAAAACCTAGAAAGATTTGCGGGAAGTAAGTAATACGTTTCATTAATGGGTATAGAATAATCATTATTACTGCAAAGAATCCAGTATATATGGCTGTTTTGTTTAAAAGTAGCAAAATACTAAGCGAGATAATACTAAGAATCAATAGTATAAAAATAGCATAAAATACAGATACAGCACCACTGGCCAAAGGTCGTTTTTTAGTCCTCTCAACATACTTATCAAATTTTCGATCAAATATATCGTTAATAATACATCCGCTACTTCTAGCTGTTATACTACCGAAAATAAATAACGGTAATAAATAAGCTAATTCCATGTTAGAAGGATTTGCCAGCAATAATCCAAATAAAGCAGGAAAAAAAACTAGCAAATAAGCTACCGGCTTATCTGCACGCATTAATTTAAAGATAATTAAAAGTTTATTTAGCATTAACATATTAAGTTTAAATAAATACAGATAATTTAAATAAAATACGCAACAAAAATAAATCTACTAGATTTTTATAGCTAAAAACTCAAGCATGATTAATTAGTAAAAATAATAATGACAGTCAAAT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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_004596363.1|848958_850485_-|tRNA	methionine--tRNA ligase	A0A1V0SHR2	Klosneuvirus	2.7e-103	38.7
WP_004596365.1|850481_851093_-	dTMP kinase	M1PSC7	Streptococcus_phage	7.5e-25	35.2
WP_010886345.1|851637_852954_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_004596372.1|852987_853836_-	4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_004599517.1|854717_857162_+|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A2K9KZB8	Tupanvirus	2.8e-264	56.4
WP_010886346.1|857124_858018_+	LicD family protein	A0A1V0SD50	Indivirus	1.5e-21	35.1
WP_014411755.1|858060_858861_+|holin	phosphorylcholine transferase LicD	A0A1V0SAS8	Catovirus	1.9e-23	33.8
WP_010886348.1|858925_860206_+	DNA recombination protein RmuC	NA	NA	NA	NA
WP_010886349.1|861196_863167_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004598091.1|864642_865920_-|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	4.2e-126	56.8
WP_010886350.1|866034_866586_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_004598086.1|866582_867266_-	7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC	A0A0E3JPW6	Enterobacteria_phage	3.3e-21	30.0
WP_010886351.1|867831_869562_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	W8CYL7	Bacillus_phage	1.6e-51	29.8
WP_004598082.1|869806_870055_+	DUF2673 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004598885.1|870583_871759_+	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_004598076.1|871871_873119_+	lipoprotein-releasing ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_004598073.1|873111_873777_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	8.8e-27	33.9
WP_004598071.1|873991_874951_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004598888.1|875901_877176_+	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_004598889.1|877168_879181_+	heme lyase CcmF/NrfE family subunit	NA	NA	NA	NA
WP_004598891.1|881091_886023_-	autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004598892.1|887390_888335_-	glycoside hydrolase family 3 protein	NA	NA	NA	NA
WP_010886354.1|888379_888853_-	palindromic element RPE3 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_010886355.1|889047_889335_-	HU family DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_004598899.1|892232_892529_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004598054.1|893397_893604_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_187145827.1|893512_893758_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080508511.1|893786_894137_-|transposase	transposase	A0A218MNI5	uncultured_virus	4.5e-06	55.6
WP_004598050.1|894167_894293_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014411759.1|894344_894617_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA