Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
---|---|---|---|---|---|---|---|
NC_021025 | Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. Gladysdale, complete sequence | 2 crisprs | NA | 0 | 2 | 9 | 0 |
CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NC_021025_1 | 996482-996618 | Orphan |
NA
Consensus repeat of NC_021025_1
|
2 spacers
spacers of NC_021025_1
>1.1|996505|34|NC_021025|PILER-CR TAACAAAAATAACAATTATCATAATCAGTACTAT >1.2|996562|37|NC_021025|PILER-CR ATATAGTGATTATGATGATGACAGATATTATGATCAA |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_021025_1
The CRISPR arrays of NC_021025_1 >merge|NC_021025|1|996482-996618|PILER-CR GATAGATATTATCAAAATGATAACAAAAATAACAATTATCATAATCAGTACTATGATAATAGATATGATCAAAATCAATATAGTGATTATGATGATGACAGATATTATGATCAAGATTATAGATATGATCAAAATTA >NC_021025|1|1|996482-996618|PILER-CR GATAGATATTATCAAAATGATAA CAAAAATAACAATTATCATAATCAGTACTATGAT AATAGATATGATCAAAATCAATA TAGTGATTATGATGATGACAGATATTATGATCAAGAT TATAGATATGATCAAAATTA
>NC_021025.1|WP_015545520.1|993306_996135_-|magnesium-translocating-P-type-ATPase MFLFKKRKFSPKKITRHKKKTHFANERFIKQVSNLEQNEVLEIMQLQHFGLTNEQYESRLKKYGTNELKKKRFNLIAEFLHAFFGPFNIVLLLISLYNFISYATNGFYQDTSSSDSKFELVGALIILVMVLASGLASFIQSLRSHLVTKKISSIVKSTTNIIRHKNDEDVEDYLKITKRNQLDLIRLGEEIDVKQLVPGDLIYLSSGDMLPADVRIIQSTDLFINQSSLTGESIPVEKHANNKKNTNNILDLENICYTGTSVVSGSALAVVLATANDTYFSTISKAILEKRPDSSFTKGIKQVTRMLLIFMLVMVPTVYLAKSIIGTISSGGSFDSIKDNPWFQAIFFAVAVAVGLTPEMLPMIVTTNLANGASKMSKQKVVVKQLEAIQSLGAIDVLCTDKTGTLTNDKIELVDYLRVDKKADPLLLKYLYINSYYQTGLKNPMDKAIVDYVNKHNHNFSIQDITKIDEIPFDFNRRKLTIIFDDENEKRFMVTKGSVEEILNSCTRVIQDDKVVNLTDTFKRQIIAYYETINQQGKRLLGVAYKKIRDNQAKFSPKDEESLIFMGFASFLDTPKPSTKQTIRLLKKYGVDLKILTGDSEPITRAICKMVNLDIKGLVTGEEIDAASEYELKKIVEDNNIFVKLNPLQKVKIIQVLKQNNHVVGYMGDGINDAPVLRQSDVAISVNNATEIAKDASDIILLEKSLLVLEKGIIQGRTIFGNILKYIKITTASNFGNALSVLIGTVWLPFSPMAPAQILLQNLIYDFSQFGVALDRVDATFLTSPQRWQSKDLLPFTTINGTISTFFDLITFAIAGYYFGYINSYNSAIAQNDSLLAAQSLARFHACWFIIGLLSQTFVFQILRTEQLPVIQSRSTWPVYVIGALATIMAFSIVYISQIGSLVQLQSPGLIYIPISIAIIFSYCLTAQLTKVGYKKVFKKWL >NC_021025.1|WP_011167021.1|992282_992447_-|hypothetical-protein MGIINGSSEKQFLKDSINGAYRLLNVCLIIAVAVGIGWILKESPYPRIICWISF >NC_021025.1|WP_107326326.1|991915_992251_-|membrane-arginine-transporter MLLIMFIFFIPLSFLIASTSGFATAVFPLLGGVVIKNNIDILASGSITTFSFTSGLVNLITPTSGIVMCSIAVARMDYAKFIKSMAPYMLILTTSSLALLLIGAAIRKTIV >NC_021025.1|WP_011167032.1|990997_991903_-|carbamate-kinase MSKIVIAIGGNALGNSPTEQLEIVKKTAKSLVDFIVQGNDIVIVHGNGPQVGMINSAFDIANKNETKSPILDFPECGSMSQGYIGYHLQQTIDNELKQRNINKPTVALVTQTLIDKNDAAFLKPTKPIGSFLSETEAKKLAKENDWNIVEDAGRGWRRVIASPKPIDIIEKDAILQLVNNSFIVIAGGGGGIPVYLKDDKLVGIAAVIDKDFAAAKIAEIIDAESLIILTAIDKVMINYKKENQQALDQITLAQAQEYIDQNQFAPGSMLPKVQAVMSFVKKTNGKPAYIGSLEQAPTFPT >NC_021025.1|WP_162465406.1|989232_990834_-|IS1634-like-element-IS1634-family-transposase 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>NC_021025.1|WP_011167029.1|986918_987893_+|serine-hydrolase MEFVNIEKTINSFIDKKYFKNAAIRIAKDKKIIYSKQFGYNDQNNTILLKGDEIYQAYSMTKPITTLAALLLIDKKLISLDDDLSKYIPSFKNKNIKIWNLLTMTSGLTYSGNKSNTQLQIKKVLDDWKINNYTLEQLCDELSKVDLLFVPSTNWYYGLSLDVLSRVIEVVSNKSYRDFVKEEIFNKLNMNDSDYYLFDKKRKANVFRWTYKDDQNQLDQVENFDFLFQSIDKLPVCNLGGSGLFTTADDYLKFLNVLIDGKLEDSSQLISLDLLNQMKSDQLTKNNLKQFFNWNLNEDYSYGFGGRVRIKNHNDNNVIITSRT >NC_021025.1|WP_039275770.1|986632_986824_+|hypothetical-protein MKKPKATRTKSTKAKSSVSKSTKSTSKSSSKLTKSTSSKAKSSSSKPKTTKAKSTSSKTKTTK >NC_021025.1|WP_011167016.1|984624_986655_+|PTS-transporter-subunit-EIIC MFKSSFKDKLKAFAANIMPTLSKLSKAFLLPIALLPIAGVFLGVGAAIAANTPEQSTLWFIGKVMGNMGDVCFGNLPVLFCISVALAYTKDSGVAAITAVVGFLVFNGVQAPLFIAPATKTNDKVFEYSLLWYKHVSNSLTGSNMGILSLNTGVLGGIFVGAIAAKCYNKFHQTQLPTAISFFSGTKLVPIITFVAVIPLSFIFMMAWPVIGLGLNKFGQVSGTLPYGTDSLIFEIVERSLVPFGLHHVFYAPLWWTSAGGSIAEGFNTLNTQSEEVKKAFVDSYNKLHGTNHNNLKAIIDIVKAKDALWGAVGDQIISQRVIGHLNILNFTDVEKLGINLGRFQSGKFGFMLLGLPSAALAMWLAAPKENRQQVFGIYFSAAFTCFLTGITEPIEYTFLFVAPWLFYGVHMPLASIAFWATGALQTHITQTVSGGIIDYIVFGIIPFISGAMKPISAFGVLGVAVVLAPIYFCAFYFLIKLFNVKTPGRDGNAEAKLYTKADFKASKGLNVDGSKMSSSADDKEQARLAKAAAIIEYLGGEENIVDVDSCASRLRLTVVDAKKADIDGIKSLGGTTGALVKGNNIQIVYGGEQEAIKPRMQKLLEQQRHEKMMSHSEMKSEEMKSENMGMTCESNQACDKKDEACSCEKDCMCEEPNKVEEQPVSEMKVEKTKSN >NC_021025.1|WP_162465407.1|997649_999251_-|IS1634-family-transposase 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MEFVNIEKTINSFIDKKYFKNAAIRIAKDKKIIYSKQFGYNDQNNTILLKGDEIYQAYSMTKPITTLAALLLIDKKLISLDDDLSKYIPSFKNKNIKIWNLLTMTSGLTYSGNKSNTQLQIKKVLDDWKINNYTLEQLCDELSKVDLLFVPSTNWYYGLSLDVLSRVIEVVSNKSYRDFVKEEIFNKLNMNDSDYYLFDKKRKANVFRWTYKDDQNQLDQVENFDFLFQSIDKLPVCNLGGSGLFTTADDYLKFLNVLIDGKLEDSSQLISLDLLNQMKSDQLTKNNLKQFFNWNLNKDYSYGFGGRVRIKNHNDNNVIITSRT >NC_021025.1|WP_162465408.1|1003382_1004984_-|IS1634-family-transposase MSIGVPRPDNKGFVYRLGYGYLHELKQYHDDPLAIIKAIIANFPLSWTKEQARTKLDEIFKEKKETKKEVLERFKGYEVVEKLFDYFNIFNDCSPTKSTTLKDVVLQLIYQRIKNPISVFNTYKTAKKEKIDTHSKKSFYRSLDYIAKNKDKILRNLNAKICANTNRKIDVLWFDATTTYFETFSREGYKKPGYSKDGKFKEDQIVIGMATDENGIPLHYKIFPGNVADPNTLIPFMLEIADIYEVNSVTIIADKGMSVNRNIRFLESKNWKYIISYRMKAGSKQFKEYVLDEKDYINDGGLIYKTRDIASSYNKKRINGHFRRQIISFSQKRATKDKNNRDILIQNFTKKMNKDNLVSCDDLAGSKKYRFFKPINKGAFYELDIEKIQEDQKYDGYYVYETNRTDLSVKEVINLYSKQWQIESNFKTLKGKLSLRPMYLSTWNHIVGYICLCFISLVFLNYIIYILNSKLGLTGKSKITEHKVINVIKEVKEIEVFVNKQKIETIQVYNDELQESWQTYQILLELLTKEKVT >NC_021025.1|WP_011167018.1|1005267_1006053_+|ROK-family-protein 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>NC_021025.1|WP_011167037.1|1014709_1015009_-|hypothetical-protein MGIKLKILTPNGTFVENKEVDIINLKTIDGDIGVLANMAPFVTALRNDTLNFKIKNTYTYIHVDQGLVVISKNQCKIITENLYLVDKQDRELPTPLKLT >NC_021025.1|WP_015545389.1|1015008_1016436_-|F0F1-ATP-synthase-subunit-beta MVSKNTTDKKKNQSIGKVIQVLGPVVDVKFSENSIPKIYDALIVDNNGKKLVLEVEQNIGDEIVRTIAMGPTEGLKRGLDVINTNSPITAPTGMEVLGRMFNVLGDPIDEKPDLDVKREPIHKDAPKYEELVTTTEILETGIKVIDLMIPFTKGGKVGLFGGAGVGKTILIQELINNIAKAHNGVSVFAGVGERTREGNDLYHEFIEAGVLNKTCLVFGQMNEPPGARMRVALTGLTIAEYFRDQKNMDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRMPSAVGYQPTLSTEMGSLQERITSTKNGSITSVQAVYVPADDLTDPAPATTFTHLDARIVLDRSIASLGIYPAVDPLASSSRVLDPEIVGQEHYDIALRVQIALQKYQDLQSIIAILGMDELSEEDKLIVQRARKIRNFLSQSFFVGEKFTGRPGVFVKVNDTVRSFKSILDGEVDYIPETYFLYSSIIDDVIEKYNKDKDK |
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CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NC_021025_2 | 1011648-1011784 | Orphan |
NA
Consensus repeat of NC_021025_2
|
2 spacers
spacers of NC_021025_2
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CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_021025_2
The CRISPR arrays of NC_021025_2 >merge|NC_021025|2|1011648-1011784|PILER-CR GATAGATATTATCAAAATGATAACAAAAATAACAATTATCATAATCAGTACTATGATAATAGATATGATCAAAATCAATATAGTGATTATGATGATGACAGATATTATGATCAAGATTATAGATATGATCAAAATTA >NC_021025|2|2|1011648-1011784|PILER-CR GATAGATATTATCAAAATGATAA CAAAAATAACAATTATCATAATCAGTACTATGAT AATAGATATGATCAAAATCAATA TAGTGATTATGATGATGACAGATATTATGATCAAGAT TATAGATATGATCAAAATTA
>NC_021025.1|WP_011167019.1|1006120_1007053_-|carbamate-kinase MSKIVIAIGGNALGNSPTEQLEIVKKTAKSLVDFIVQGNDIVIVHGNGPQVGMINSAFDIANKNETKSPILDFPECGSMSQGYIGYHLQQAIDNELKQRNINKPTVALVTQTLVDKNDAAFLKPTKPIGSFLSETEAKKLAKENDWNIVEDAGRGWRRVIASPKPIDIIEKDAILQLVNNSFIVIAGGGGGIPVYLKDDKLVGIAAVIDKDFAAAKIAEIIDAESLIILTAIDKVMINYKKENQQALDQITLAQAQEYIDQNQFAPGSMLPKVQAVMSFVKKTNGKPAYIGSLEQADKVLQNLSGTKFVK >NC_021025.1|WP_011167018.1|1005267_1006053_+|ROK-family-protein MLVGITAPGFVDHNKGIVVMAPNIENGWFNYDLKTEAEFLFKKPVYVINDVNAAALGEYRKGSGLVYKSGLFYWLGTGIGGAIICDGKLISGSHGFAGEFGHGGSNNHNLKCNCGLNNCIEKVCSATTIPNSLLTILKNKYSEFYNKHFSNIKDLDMKLLFEIYNNLNKPIELKNSLLEIYDELFNHISLLIHALDPEVVVIGGGGSLAGNNLLELFQLGIKNKLTDSYKDIVDFKLALLKNDAGMIGAAFYALEQSLKTN >NC_021025.1|WP_162465408.1|1003382_1004984_-|IS1634-family-transposase 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>NC_021025.1|WP_011167045.1|1021214_1021595_-|MG406-family-protein MLKQTFLDKQLKKALIFNTIWWLILIIIFIVFSVIKTLNWINLISLVIAYFCSYIAIFLLFLTKLLIIKYQNPYLIYLMFLLRIGIYVIPLFIALLLSDENIFSYLGILIGYSSNLVIPFFIHKRL |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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NC_021025_2 | 2.1|1011671|34|NC_021025|PILER-CR | 1011671-1011704 | 34 | AJ400629 | Streptococcus pneumoniae bacteriophage MM1 attachment site attP | 78-111 | 7 | 0.794 |
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NC_021025_2 | 2.1|1011671|34|NC_021025|PILER-CR | 1011671-1011704 | 34 | NC_022791 | Streptococcus phage phiBHN167 complete genome | 30134-30167 | 7 | 0.794 |
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Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
16997 : 81546
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NC_021025|16997:81546|DBSCAN-SWA 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47 | Bacillus_phage(14.29%) | protease,transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
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DBSCAN-SWA_2 |
88745 : 173278
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NC_021025|88745:173278|DBSCAN-SWA 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59 | Bacillus_phage(23.08%) | transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
204882 : 284511
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NC_021025|204882:284511|DBSCAN-SWA 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58 | Bacillus_phage(18.75%) | transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
355873 : 444392
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NC_021025|355873:444392|DBSCAN-SWA 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58 | Tupanvirus(16.67%) | transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
622326 : 699526
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NC_021025|622326:699526|DBSCAN-SWA 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57 | Bodo_saltans_virus(20.0%) | protease,transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_6 |
710302 : 801769
Sequences of DBSCAN-SWA_6
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6 >NC_021025|710302:801769|DBSCAN-SWA 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50 | Bacillus_phage(57.14%) | transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_7 |
867250 : 925115
Sequences of DBSCAN-SWA_7
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7 >NC_021025|867250:925115|DBSCAN-SWA 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38 | Planktothrix_phage(40.0%) | protease,transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_8 |
928732 : 1014417
Sequences of DBSCAN-SWA_8
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8 >NC_021025|928732:1014417|DBSCAN-SWA 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59 | Lactococcus_phage(16.67%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_9 |
1051503 : 1135417
Sequences of DBSCAN-SWA_9
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9 >NC_021025|1051503:1135417|DBSCAN-SWA 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53 | Bacillus_virus(18.18%) | transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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