Overview of predicted results
Overview of the results
| Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_017364 | Helicobacter pylori Gambia94/24 plasmid, complete sequence | 0 crisprs | NA | 0 | 0 | 0 | 0 |
| NC_017371 | Helicobacter pylori Gambia94/24, complete genome | 2 crisprs | DEDDh | 0 | 2 | 1 | 0 |
1. NC_017371
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0
| CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_017371_1 | 565683-565762 | Orphan |
NA
Consensus repeat of NC_017371_1
|
1 spacers
spacers of NC_017371_1
>1.1|565706|34|NC_017371|CRISPRCasFinder GGTTAATAAAAAGAAAACAGGACAAGTAGCTAGC |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017371_1
The CRISPR arrays of NC_017371_1 >merge|NC_017371|1|565683-565762|CRISPRCasFinder CCTGAAGAACCCATTTATGCTCAGGTTAATAAAAAGAAAACAGGACAAGTAGCTAGCCCTGAAGAACCCATTTATGCTCA >NC_017371|1|1|565683-565762|CRISPRCasFinder CCTGAAGAACCCATTTATGCTCA GGTTAATAAAAAGAAAACAGGACAAGTAGCTAGC CCTGAAGAACCCATTTATGCTCA
>NC_017371.1|WP_000428893.1|562334_562562_-|hypothetical-protein MENKSIGQIFKESLKKSFFSGLWSCLKWSFILTLISLGLFLLVFRFQPETIKKYIKDPKDLQFYDDLRKKNGWDK >NC_017371.1|WP_000668139.1|561844_562192_-|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-protein-CagC MKFFTRITDSYKKVVVTLGLAVTTNPLMAVSSPAAGITETKTLVIQIISVLAIVGGCALGVKGIADIWKISDDIKRGQATVFAYAQPIAMLAVAGGIIYLSTKFGFNIGEGGGAS >NC_017371.1|WP_000607090.1|561219_561843_-|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-protein-CagD MINHNSNKKLRGFFLKVLLSLVVFSSYGSANDDKEAKKEALEKEKNTPNGRVYTNLDFDSFKATIKNLKDKKVTFKEVNPDIIKDEVFDFVIVNRVLKKIKDLKHYDPIIEKIFDEKGKEMGLNVELQINPEVKDFFTFKSISTTNKQRCFLSLRGETREILCDDKLYNVLLAVFNSYDPNDLLKHISTIESLKKIFYTITCEAVYL >NC_017371.1|WP_000495993.1|558259_561211_-|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-ATPase-CagE MFVASKQADEQKKLVIEQEVQKRQFQKIEELKADMQKGINPFFKVLFDGGNRLFGFPETFIYSSIFILFVTIVLSVILFQAYEPVLIVAIVIVLVALGFKKDYRLYQRMERAMKFKKPFLFKGVKNKAFMSIFSMKPSKEMANDIHLNPNREDRLVSAANSYLANNYECFLDDGVILTNNYSLLGTIKLGGIDFLTTSKKDLIELHASIYSVFRNFVTPEFKFYFHTIKKKIVIDETNRDYGLIFSNDFMRAYNEKQKRESFYDISFYLTIEQDLLDTLNEPVMNKKHFADNNFEEFQRIIRAKLENFKDRIELIEELLSKYHPTRLKEYTKDGVIYSKQCEFYNFLVGMNEAPFICNRKDLYLKEKMHGGVKEVYFANKHGKILNDDLSEKYFSAIEISEYAPKSQSDLFDKINALDSEFIFMHAYSPKNSQVLKDKLAFTSRRIIISGGSKEQGMTLGCLSELVGNGDITLGSYGNSLVLFADSFEKMKQSVKECVSSLNAKGFLANAATFSMENYFFAKHCSFITLPFIFDVTSNNFADFIAMRAMSFDGREENNAWGNSVMTLKSEINSPFYLNFHMPTDFGSASAGHTLILGSTGSGKTVFMSMTLNAMGQFAYHFPANVSKDKQKLTMVYMDKDYGAYGNIVAMGGEYVKIELGTDTGLNPFAWAAYVQKTDATMEQKQTAISVVKELVKNLATKSDEKDENGNSVSFSLADSNTLAAAVTNLITGDMNLDYPITQLINAFGKDHNDPNGLVARLAPFCKSTNGEFQWLFDNKATDRLDFSKTIIGVDGSSFLDNNDVSPFICFYLFARIQEAMDGRRFVLDIDEAWKYLGDPKVAYFVRDMLKTARKRNAIVRLATQSITDLLACPIADTIREQCPTKIFLRNDGGNLSDYQRLANVTEKEFEIITKGLDRKILYKQDGSPSVIASFNLRGIPKEYLKILSTDTVFVKEIDKIIQNHSIIDKYQALRQMYQQIKEY >NC_017371.1|WP_000814269.1|557451_558258_-|type-IV-secretion-system-chaperone-CagF MKQSLREQKLLKILENDVLTILDSFSNYLFELREELDFIEEEMEGEITEQNLTALYDFSNFLEDHVNVFYENVLNIDDVKTEHLYSGLIDSLNANLHFVKSFLSNQDLDFRFFKEINEGQDPQKTLSRLIPLQSGKNDASSFKANNSFVSLVYVYAYFMLETIRQSYRILRLLEKPINNNISEDMQSDIENFFVQANFLEYYVQNKIYPTNHAYDFTHLIMDSIIPNWIQTDMSVEAKKKELFEKYFQNIDEVTNKMLDQENQNKNSD >NC_017371.1|WP_000855886.1|556968_557397_-|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-translocation-protein-CagG MKTNFYKIKLLFAWCLIIGMFNAPLNADQNTDIKDISPEDMALNSVGLVSRDQLKIEIPKETLEQKVAILNDYNDKNVNIKFDDISLGSFQPNDNLGINAMWGIQNLLMSQMMSDYGPNNSFMYGYAPTYSDSSFLPPILGY >NC_017371.1|WP_001950918.1|555840_556953_-|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-translocation-protein-CagH MAGTQAIYESSSAGFLSQVSSIISSTSGVAGPFAGIVAGAMTAAIIPIVVGFTNPQMTAIMTQYNQSIAEAVSVPMKAANQQYNQLYQGFNDQSMAVGNNILNISKLTGEFNAQGSTQGAQIGAVNSQIASILASNTTPKNPSAIEAYATNQIAVPSVPTTVEMMSGILGNITSAAPKYALALQEQLRSQASNSSMNDTADSLDSCTALGALVGSSKVFFSCMQISMTPMSVSMPTVYAKYQALATNALTSGVNPMTTPACPIGDKVLAVYCYAEKVAEILREYYIEFVKNNTNLLQNASQMILGQSGLATSTYDTQAISNISSLYNYNIVANKSFLKSHLTYLDYIKDKLKGQKDSYLTERVQTKIIVK >NC_017371.1|WP_000649586.1|554684_555830_-|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-translocation-protein-CagI MKCFLSIFSFLTFCGLSLNGAGAVITLEPALKAIQADAQAKQKTAQAELKAIEAQSSAKEKAIQVQIEGELRTQLATMSAMLKGANGVINGVNGMTGGFFAGSDILLGVMEGYSSALSALGGNVKIIVEKQKINTQTEIQNMQIALQKNNEIIKLKMNQQNALLEALKNSFEPSVTLKTQMEMLSQALGSSSDNAKYIAYNTIGIKAFEETLEGFETWLKEAMKKATLIDYNSLTGQALFQSAIYAPALSFFSSMGTPFGIIETFTLAPTKCPYLDGLKISACLMGQVIQNYRMIVALIQNKLSDADFQNIAYLNGINEEIKTLKGSVDLNALIEAAILNAENHLNYIENLEKKADLWEEQLKLERETTARNIANSKVIVK >NC_017371.1|WP_000855312.1|553974_554688_-|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-associated-adhesin-CagL MKTLVKNTIYSFLLLSVLMAEDITSGLKQLDSTYQETNQQVLKNLDEIFSTTSPSANDKMGEEDALNIKKAAMALRGDLALLKANFEANELFFISEDVIFKTYMSSPELLLTYMKINPLDQKTAEQQCGISDKILVLYCGGKLKIEQEKQNIRERLETSLKAYQSNIGGTASLITASQTLVESLKNKNFIKGIRKLMLAHNKVFLNYLEELDALERSLEQSKRQYLQERQSSKIIVK >NC_017371.1|WP_000835507.1|552972_553893_+|cag-pathogenicity-island-type-IV-secretion-system-protein-CagN MKSIFKKLGSVALYSLVIYGGLNAINTALLPSEYKELVALGFKKIKTLYQRHDDKEITKEEKEFATNALREKLRNDRARAEQIQKNIEAFEKKNNSSVQKKAAKHRGLQELNETNANPLNDNPNGNSSTETKSNKDDNFDEMINKVNEAFVKPAAPLVPDEWRTPEIEIVINKCIISSNDYDGLRKCLIKDIKDQKILAPLLEKIQEIETENNKFSRQHLSGLKLALNNSDNRTFLIASCAICEKRKKEMEQENNYQDTTNASEFGATDTKENEAKDATFSNNRSKSELPNSVINQIEQSIAHGKK >NC_017371.1|WP_080005438.1|566958_567333_+|hypothetical-protein MIELLEQIDRALNQRKIRKTIGIITPYNAQKRHLRSEVEKCGFKNFDEIKIDTVDAFQGEEADIIIYSTVKTCGNLSFLLDSKRLNVAISRAKENLIFMGKKSFFENLRSDKNNIFSAILQVYR >NC_017371.1|WP_000690362.1|567495_568263_-|glutamate-racemase MKIGVFDSGVGGFSVLKSLLKARLFDEIIYYGDSARVPYGTKDPTTIKQFGLEALDFFKPHEIELLIVACNTASALALEEMQKHSKIPIVGVIEPSILAIKQQVKDKNAPILVLGTKATIQSNAYDNALKQQGYLNVSHLATSLFVPLIEESILEGELLETCMRYYFTPLKILPKVIILGCTHFPLIAQKIEGYFMGHFALPTPPLLIHSGDAIVEYLQQKYALKKNAHAFPKVEFHASGDVIWLEKQAKEWLKL >NC_017371.1|WP_001004701.1|568302_569619_-|transcription-termination-factor-Rho MNENAPTHKSSHKVKTHTPVSGYHIEDLRAYPTEKLLEIANKLKVENPQEFKRQDLMFEILKTQVTQGGYILFTGILEIMPDGYGFLRGFDGSFSDGHNDTYVSPSQIRRFALRNGDIVTGQVRSPKDQEKYYALLKVEAINYSPSDEIRNRPLFDNLTPLFPDEQIKLEYESTKVTGRMLDLFSPVGKGQRALIVAPPRTGKTELMKELAQGITSNHPEVELIILLVDERPEEVTDMQRSVKGQVFSSTFDLPANNHIRIAELVLERAKRRVEMGKDVVVLLDSITRLARAYNAVTPSSGKVLSGGVDANALHRPKRFFGAARNIEEGGSLTIIATALIETGSRMDEVIFEEFKGTGNSEIVLARNIADRRIYPAFDILKSGTRKDNILLGKDRLTKVWVLRNVMQQMDDIEALSFVYSKMQQTKDNEEFLNLMNEK >NC_017371.1|WP_000715278.1|569883_570087_+|50S-ribosomal-protein-L31 MKKGIHPEYIPCKVTCVTSGKEIEVLSTKPEMRIDISSFCHPFYTGSDKIADTAGRVEKFKQRYNLK >NC_017371.1|WP_001149440.1|570993_571677_+|23S-rRNA-(guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase-RlmB MQAVVYGKQVIMHILNSHHEKLQEIYLSKEIDKKLFFALKKACPNIIKVDNKKAQSLAKGGNHQGVLAKVELPLAASLKEIKKAQKLLVLCGITDVGNIGGIFRSAYCLGMDGVILDFAREFAYEGIVRSSLGLMYDLPFSVMPNTLDLINELKTSGFLCLGASMQGSSQAENLSLKKCALFLGSEHEGLSKKILAKMDMVLSVKMRRDFDSLNVSVAAGILMNKIN >NC_017371.1|WP_000437284.1|571689_572655_+|hypothetical-protein MEQNKKSLENLDLSDVQNISKDISGTALEELSLKNLDKNLQILKEVGVAEICKATKIASKNIHSILEKRYESLSRVHARGFIQILEREYKIDLSAWVKEFDKVCVFKEGVGEEQKQETSPEETAKKPLKVELDYSINQANTSLSKKSSKWKPIVIVLGVVVIILVVVIIQNSSSLKEEREQESAIKSDTKNSPFNEVSPTEEKKLEPTPKLEEKHKEQDKQGKEAIKENPNTIYIIPKRDIWVEVIDLDEKKNSFQKVFKKSYPLEAKNHRLLLRFGHGHLILKNNHQEQDYNDSKTRRFLYEPNKGLTLINEAQYKAFQQ >NC_017371.1|WP_001037152.1|572651_573473_+|hypothetical-protein MNKLFLAFIVGGMLLNADALNDKIENLMGERSYHMNKLFLERLFKNRKDFYVMGRLDSLKLLNTLKENGLLSFNFDKPSVLKITFKASSNPLAFAKSINNSLNMMGYSYVLPIKMQSSSGENVFSYELKTEYVLDPNILIETMKRHGFDFMDIRRVSLKEWEYDFALQKIKLPNARALVLSSDPVEFKEASGKYWLSVNQNAYLKISSNNPLWQPKIIFYDENLKIIQIIAKENRQQEIALNLLNGVRFIHITDAKNPIILKNGISVVFDAMP >NC_017371.1|WP_000234648.1|573543_573981_-|hypothetical-protein MVIHEKIKSRFSRNWSLRNRGRHFASSSVYFFSLLVITAVNGSSAVAWLLMPEHLIGWFLISFSGEFVADMAFGKKSKIFKTRFGISIVSGVSLLLGALPAHLFFVWFGFINWWAVFFIEAGADLLVGCVIQKIFFGKYWVDRYY >NC_017371.1|WP_001029400.1|574457_575396_-|acetyl-CoA-carboxylase-carboxyl-transferase-subunit-alpha MAIYLDFENHIKEIQNEIELALIRGDEDAKEILEKRLDKEVKTIYSNLTDFQKLQLARHPDRPYAMDYIDLILKDKYEVFGDRHYNDDKAIVCFIGKIDNVPVVVIGEEKGRGTKNKLLRNFGMPNPCGYRKALKMAKFAEKFNLPILMLVDTAGAYPGIGAEERGQSEAIAKNLQEFASLKVPTISIIIGEGGSGGALAIAVADKLAMMEYSIFSVISPEGCAAILWDDPSKTEVAIKAMKITPRDLKEAGLIDDIILEPSKGAHRDKFSAANTIKEYFLDALRTIQQDPHFLDNRYQKLMSLGSFVEGMN >NC_017371.1|WP_014535953.1|575417_576656_-|beta-ketoacyl-ACP-synthase-II MRRIVVTGMGMINSLGLNKEDSFLAIAKGECGIKMIESFDASAFPVRIAGEITDFDPTEVMNPKDVKKAGRFIQLALKATKEAMKDSGILDAHNRCPEELANRMGVSSGSGIGGLGNIEANSIFCFEKGPRKVNPFFITSALVNMIGGFTSIEFGIKGPNLSSVTACAAGTHAIIEAVKTILLNGADRMLVVGAESTICPVGIGGFASIKALSTRNDEPKKASRPFDKDRNGFVMGEGAGALVLEEYESAKKRGAKIYAEFAGYGESGDANHITAPAPEGEGAFRAMKMALEMAKVEVGYVNAHGTSTHYNDWYESIALKNVFGSKEKVPPVSSTKGQIGHCLGAAGALEAVISIMAMNQGILPPTINQETPDPECDLDYIPNAAREKQVDAVMSNSFGFGGTNGVVIFKKA |
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| CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_017371_2 | 965771-965970 | Orphan |
I-B
Consensus repeat of NC_017371_2
|
3 spacers
spacers of NC_017371_2
>2.1|965800|31|NC_017371|CRT ACAGCGCAAGTTCAAGCTTTGGTAATAGTAA >2.2|965860|28|NC_017371|CRT GTGCCCAATCCACTTTTGAAAACAGCAG >2.3|965917|25|NC_017371|CRT ACAGCGTAAGCTTTAATAATAACAC |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017371_2
The CRISPR arrays of NC_017371_2 >merge|NC_017371|2|965771-965970|CRT CTTCAATCAAGGCACTTATAATTTTAGTAACAGCGCAAGTTCAAGCTTTGGTAATAGTAACTTCAATCAAGGCACTTATCATTTTAACAGTGCCCAATCCACTTTTGAAAACAGCAGTTTCAATCAAGGGACTTATAATTTTAATGACAGCGTAAGCTTTAATAATAACACCTTCAATCAAGGCGCTTATAATTTTAATA >NC_017371|2|1|965771-965970|CRT CTTCAATCAAGGCACTTATAATTTTAGTA ACAGCGCAAGTTCAAGCTTTGGTAATAGTAA CTTCAATCAAGGCACTTATCATTTTAACA GTGCCCAATCCACTTTTGAAAACAGCAG TTTCAATCAAGGGACTTATAATTTTAATG ACAGCGTAAGCTTTAATAATAACAC CTTCAATCAAGGCGCTTATAATTTTAATA
>NC_017371.1|WP_000688573.1|963912_964911_+|type-I-glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase MKIFINGFGRIGRCVLRAILERNDTNPNLEVVGINDPANWEILAYLLEHDSTHGLLPKEARYSNGKLIIGSLEIPVFNSIKDLKGVGVIIECSGKFLEPKTLENYLLLGAKKVLLSAPFMGEYDEKQYPTLVYGVNHFLYQNQAIVSNASCTTNAIAPICAILDKAFNIKEGMLTTIHSYTSDQKLIDLAHPLDKRRSRAAASNIIPTTTKAALALHKVLPNLKNKMHGHSVRVPSLDVSMIDLSLFLEKKAFKEPINDLLITASKGTLKGVLEIDLKERVSSDFISNPSSVIIALDLTFTLENMVKIMGWYDNEWGYSNRLVDMAQFMYHY >NC_017371.1|WP_001240288.1|963074_963767_-|Bax-inhibitor-1/YccA-family-protein MALYDRANSRNAYAEDSVLHESELVSFVKTTYKFFAGSLLLATIGALLGLMNFQAVVQYKWVFFIAEIVAFFGLMFSKSKPGLNLFMLFAFTSLSGVTLVPLLGMVIAKAGLGAVWQALGMTTIVFGLMSVYALKTKNDLANMGKMLFIALIVVVVCSLINLFLGSPMFQVVIAGASAILFSLYIAYDTQNIVKGMYDSPIDAAVSLYLDFLNVFISILQIIGIFSDRDK >NC_017371.1|WP_001126600.1|959720_962978_-|carbamoyl-phosphate-synthase-large-subunit MPKRTDISNVLLIGSGPIVIGQACEFDYSGTQSCKTLKSLGYRVILINSNPATVMTDPEFSHQTYIQPITPENIAAIIKKEKIDAILPTMGGQTALNAVMQMHQRGMLEGVELLGAKIEAIKKGEDRQAFKEAMLKIGMDLPKGRYAYTELEALEAINEIGFPAIIRASFTLAGGGSGVAYNIEEFQELAKNALDASPINEILIEESLLGWKEYEMEVIRDSKDNCIIVCCIENIDPMGVHTGDSITIAPSLTLTDKEYQRMRDASFAILREIGVDTGGSNVQFAIHPETLRMVVIEMNPRVSRSSALASKATGFPIAKVATMLAVGFSLDEIKNDITNTPASFEPSLDYIVVKIPRFAFEKFAGVSSTLGTSMKSIGEVMAIGGNFLEALQKALCSLENNWLGFESLSKDLEVIKKEIRRPNPKRLLYIADAFRLGVSVDEVFELCQIDRWFLSQIQKLVKAEEGINSSVLTDAKKLRGLKNLGFSDARIAAKIKENENLEVSPFEVELARSNLQIVPNFEEVDTCAAEFLSLTPYLYSTYAPNPLPPVGNKQEKQEKKILIIGSGPNRIGQGIEFDYCCVHASFALKDLNVKSVMLNCNPETVSTDYDTSDTLYFEPIHFECVKSIIQRERVDGIIVHFGGQTPLKLAKDLAKMQAPIIGTPFKVIDIAEDREKFSLFLKELDIKQPENGMAKSVDEAYSIANVIGFPIIVRPSYVLGGQHMQILENIEELHHYLESVTHSLEISPKNPLLIDKFLEKAVELDVDAICDKKEVYIAGILQHIEEAGIHSGDSACFIPSNLSPEILDEIERVSAKIALHLGVVGLLNIQFAVYQNSLYLIEVNPRASRTVPFLSKALGVPLAKVATRVMVLEDLKEALKFYDKKNIVEYSNGVYKPKMPHFVALKEAVFPFNKLYGSDLILGPEMKSTGEVMGIAKSLGLAFFKAQTACFNPIRNKGLIFVSIKDKDKEEACVLMKRLVELGFELCATEGTHKALEKAGVKSLKVLKISEGRPNIMDLMMNGEISMAINTSDHKSQDDAKLIRASVLKNHVSYFTTLSAIEVLLLALEESSQKDELLALQDYLK >NC_017371.1|WP_001229967.1|959284_959716_-|hypothetical-protein MALVYLAQSDTTIGLLSKDSEKLNALKNRPKNQSVLIESADFSTLKSLARAPNAFKNLIRRSVKTTFIYPNSKAVRVVKGRHGDFLKRFKTLYSTSANLTQCAYDKEIASSLADVIVSDERGLFESASSKIFRLYKHKKVRIR >NC_017371.1|WP_014535985.1|954754_956299_-|outer-membrane-beta-barrel-protein-HofG MKQEKYFLTSSLSLLSFLLCPVEAFDYRFSGRVENFSKIGFNNSQINTKKGIYPTESFIDIVTLAQVKVNLLPKGTENHRLSVSLGGAIAAIPYDKTKYYINQANGKIFGSIVENFIGGYHGYFFNKYLGPAYAGTSQSASYHARPYVVDTAFLRYDYKDVFGFKAGRYEANIDFMSGSNQGWEVYYQPYKTETQRLRFWWWSSFGRGLAFNSWIYEFFATVPYLKKGGNPSNSNDFINYGWHGITATYSYKGLDAQFFYYFAPKTYNAPGFKLVYDTNRNFENVGFRSQSMIMTTFPLYYRGWYNPETNTYSLEDSTPHGSLLGRNGVTLNIRQVFWWDNFNWSIGFYNTFGNSDAFLGSHTMPRGNNTSYIGNEISVTTRHAGMIGYDFWDNTAYDGLADAITNANTFTFYTSVGGIHKRFAWHVFGRVSHANKNALGQVGRANEYSLQFNASYAFTESVLLNFRITYYGARINKGYQAGYFGAPKFNNPDGDFSANYQDRSYMMTNLTLKF >NC_017371.1|WP_000812572.1|952599_954183_+|Hop-family-adhesin-AlpB MKQNLKPFKMIKENLMTQSQKVRFLAPLSLALSLSFNPVGAEEDGGFMTFGYELGQVVQQVKNPGKIKAEELAGLLNSTTTNNTNINIAGTGGNVAGTLGNLFMNQLGNLIDLYPTLNTSNLHQCGSTNSGNSTTAAAATNNSPCFQGNLALYNEMVSSIKTLRQNISNNIFQGNNNTTSANLSNQLSELNTASVYLTYMNSFLNANNQAGGIFQNNTDKIYGNGVTAQQIAYVLKQASITMGPSGDSGAAGAFLDAALAQHVFNSANAGNDLSAKEFTSLVQNIVSNSQNALTLANNANISNSTGYQVSYGGNIDQTRSTQLLNNTTNTLAKVTALNNELKANPWLGNFAAGNSSQVNAFNGFITKIGYKQFFGENKNVGLRYYGFFSYNGAGVGNGPTYNQVNLLTYGVGTDVLYNVFSRSFGSRSLNAGFFGGIQLAGDTYISTLRNSPQLASRPTATKFQFLFDLGLRMNFGILKKDLKSHNQHSIEIGVQIPTIYNTYYKAGGAEVKYFRPYSVYWVYGYAF >NC_017371.1|WP_000592430.1|951009_952578_+|Hop-family-adhesin-AlpA MIKKNRTLFLSLALCASISYAEDDGGFFTVGYQLGQVMQDVQNPGGAKSDELARELNADVTNNILNNNTGGNVAGALSNAFSQYLYSLLGAYPTKLNGNDVSANALLQGAVGSGTCAAAGTANSSSLDNSQSACTAAGYYWLPSLTDRILSTIGSQTNYGTNTNFPNMQQQLTYLNAGNVFFNAMNKALEAKNGTTTTSGANGTSGATGSDGQTYSQQAIQYLQGQQNILNNAANLLKQDELLLEAFNSAVAANIGNKEFNSAVFTGLVQGIIDQSQAVYNELTKNTISGSAVNNAGINSNQANAVNTRASQLPNALYNAQVTLDKINALNNQVRSMPYLPQFRAGNSRATNIMNGFYTKIGYKQFFGKKRNIGLRYYGFFSYNGANVGFRSTQNSVGLYTYGVGTDVLYNIFSRSYQNRSVDMGFFSGIQLAGETVQSTLRDDPNVKLHGKINNTHFQFLFDFGMRMNFGKLDGKSNRHNQHTVEFGVVVPTIYNTYYKSAGTTVKYFRPYSVYWSYGYSF >NC_017371.1|WP_080005485.1|946683_947817_+|class-I-SAM-dependent-methyltransferase MNKWDIKTLGQVFTPKNIVDFMLTLKHNHGSVLEPSAGDGSFLKRLKKAVGIEIDPKICPKNALCMDFFDYPLENQFDTIIGNPPYVKHKDIAPSTKEKLHYSLFDERSNLYLFFIEKAIKHLKPKGELIFITPRDFLKSTSSVKLNEWIYKEGTITHFFELGDQKIFPNAMPNCVIFRFCKGDFSRIANDGLQFVCKKGILYFLNQSYTQKLSEVFKVKVGAVSGCDKIFKNETYGNLEFVTSITKRTNVLEKMVFVNKPNDYLLQHKDSLMQRKIKKFNENNWFEWGRMHHISPKKRIYVNAKTRQKNPFFIHQCPNYDGSILALFPYDQNLDLQNLCDKLNAINWQELGFVCDGRFLFSQRSLENALLPKDFFN >NC_017371.1|WP_000249294.1|946067_946691_+|hypothetical-protein MVPTQLNEIAEFLKTNPYSLSQPLQDGRLNSSVNEEEILNTIKDYFPIQLPRAGEWWDFSFEENDIFYPVNIKTTTTKTADNLNGKLGIYYALCGLVPEFNNEIAWEKYFHKLHKDLGTNTNRDYYFLIINKNDPKDVFINSLKGIQTLQPNGNNLPFQCKWDNNRKIVQRSFIESKNFILSALAKSVKLRANIYLTFKECFGEFFE >NC_017371.1|WP_001000280.1|944198_946016_+|flagellar-hook-protein-FlgE MNDTLLNAYSGIKTHQFGIDSLSNNIANVNTLGYRSNDPEFKTLFSSHLDALNAKSVVANDRNYGVTGSGNVLSNKDGEYMPSEGEFHMAYQGKGWFVIGPNKNGEMTINKDGFSKKQDNFLTRAGNFARDADGYLVTPEGYYVYGIDLKKIKDGTLNSTARDEDIEKLHGNTLSPLQIPQDLTYQPVLSTKVNISVNLNPKDHLKGVQDFFLNDKGEIIKERFLNQDINALANDDNEPIDAITNRKLNVSIQKENGKKEDFVFTYGDAEKGENQFKTLGDLQKLLKEKTGLDLNLIKSEKDAKSPPLLLEIANPSETPITFSLSGGIADKLGLNANGMELKKGISRDSVAIKIPYYSTEVDIYDKAGDKYLLQSEYYMTNSNDPTSSPTSKRKNQTWEVKSYIVDPKNKTPINDPTWEIVGFDSATHKMKSAPMTLDFKGNKLTYSLDKSENHDSSDLSYQDSKLLEASQDGKPRGIFRDMRIEENGVISLAFSNGVVEPVARIGILAFTNDQGLRKIGGNLYEMQEGTINGENRPLSGNPILGWDEEGKLKFGKIRHKYLETSNVNAGNALTNLILMQRGYSMNARAFGAGDDMIKEAISLKK >NC_017371.1|WP_001160400.1|972633_973740_+|Hop-family-outer-membrane-protein-HopJ/HopK MQFQKTLFPLSLSLLFLSFGIAEENGAYASVGFEYSISHAVEHNNPFLNQERIQTISNAQNKIYKLNQVKNEIHNMPNTFNYINNALKNNAKLTPTEKQAEQYYLQSTLQNIEKIVTLSGGVASNLKLAQALEKMQEPITNPLELAENLKNLELQFTQSQNRMLSSLSSQIAQISNSLNALDPSSYSKNVSSMYGVGLSVGYKHFFTKKKNQGFRYYLFYDYGYTNFGFVGNGFDGLGKMNNHLYGLGIDYLFNFIDNAKKHSSVGFYVGFALAGSSWVGSGLGMWVSQMDFINNYLTGYQAKMHTSFFQIPLNFGVRVNVDRHNGFEMGLKIPLAVNSFYETHGKGLNTSLFFKRLVMFNVSYVYSF >NC_017371.1|WP_001115880.1|973810_974017_-|4-oxalocrotonate-tautomerase-family-protein MPFINIKLVPENGGPTNEQKQQLIEGVSDLMVKVLNKNKASIVVIIDEVDSNNYGLGGESIHHLRQKN >NC_017371.1|WP_001099610.1|974151_974733_+|recombination-protein-RecR MNTYKNSLNHFLNLVDCLEKIPNVGKKSAFKMAYHLGLENPYLALKITHALENALENLKTCASCNALSESEVCEICSDESRQNSQLCMVLHPRDVFILEDLKDFLGRYYVLNSIEEVDFNALEKRLVGENIKEIIFAFPPTLANDSLMLYIEDKLQHLHLTFTKIAQGVPTGVNFENIDSVSLSRAFNSRIKA >NC_017371.1|WP_001052379.1|974729_975875_+|tRNA-pseudouridine(13)-synthase-TruD MNLNFMPLLHAYNHASIDFHFNSSARDFCVHEVPLYEFSNTGEHAVIQVRKSGLSTLEMLQIFSQILGVKIAELGYAGLKDKNALTTQFISLPKKYAPLLEKNTSNFQERNLKILSLNYHHNKIKLGHLKGNRFFMRFKKMTPLNAQKIEQVLEQIAQFGMPNYFGSQRFGKFNDNHKEGLKILQNKTKFAHQKLNAFLISSYQSYLFNSLLSKRLEISKIISAFSVKENLEFFKQKNLSVHSNALKALKNQAHPFKILEGDVMRHYPYGKFFDALELEKESERFLNKEAVPTGLLDGKKALYAKNLSFEIEKEFQHNLLSGHAKTLGSRRFFWVFAENITSQYIKEKAQFELGFYLPKGSYASALLKEIKHEKGENDDEF >NC_017371.1|WP_080005448.1|975813_976794_+|zinc-metalloprotease-HtpX MRARCSKKSSMRKEKMMTNFEKIIAQNRLKTNAVLTTYCAIFSFIGLLVDAIRINANDLGIALFKLITFQIFPTITIVMFVVAFVIILVCIQNFSSIMLSGDEYKLIDPSKVLSSKENQIHRLLLELLEEAKLHFEPKLYIINAPYMNAFASGWDESNSLIALTSALIEKLDRDELKAVIAHELSHIRHNDIRLTMCVGILSNIMLLVANFSVYFFMGNRKNSGANLARMILWVLQIILPFLTLLLQMYLSRTREYMADSGAAFLMHDNKPMIRALQKISNDYTNNDYKEIDKNSTRSAAYLFNAEMFSTHPSVKNRIQSLRKRVI >NC_017371.1|WP_000426968.1|976794_977337_+|GTP-cyclohydrolase-I-FolE MENFFNQFFENIGEDKNREGLKETPKRVQELWKFLYKGYKEDPRVALKSAYFQGVCDEMIVAQNIEFYSTCEHHLLPFFGNISVGYIPKEKIVGISAIAKLIEIYSKRLQIQERLTTQIAETFDEIIEPRGVIVVCEAKHLCMSMQGVQKQNAIIKTSVLRGLFKKDPKTRAEFMQLLKS >NC_017371.1|WP_000070296.1|977352_978264_+|polyprenyl-synthetase-family-protein MSNPNLSFYCNECERFESFLKNHHLHLEGFHPYLEKAFFEMVLNGGKRFRPKLFLAVLCALVGKKDYLNQQTEYFKIALSIECLHTYSLIHDDLPCMDNAILRRNHPTLHAKYDETTAVLIGDALNTYSFELLSNALLESRIIVELVKILSANGGIKGMILGQALDCYFENTPLNLEQLTFLHEHKTAKLISASLMMGLVASGINDEELLKWLQAFGLKMGLCFQVLDDIIDVTQDEKESGKTTHLDGAKNSFVNLLGLEKASGYAQTLKTEVLNDLNALEPTYPSLQENLNALLNTLFKGKT >NC_017371.1|WP_000722465.1|978260_979064_+|5'/3'-nucleotidase-SurE MKKILLTNDDGYHAKGIKALEQALEEMAEIYVVAPKHEKSACSQCITITAPLRAEKIKGKEGRHYRIDDGTPSDCVYLAINELFKHVCFDLVISGINLGSNMGEDTIYSGTVAGAIEGTIQGVPSIAISQILSNRNKNTPFSFDLAQKIIQDLVQNVFTKGYPLKGRKLLNVNVPNCSLQEYKGERITPKGYRLYKKEVHKRTDPKNESYFWLGLHPLEWQKRENEDRLSDFDAIASNHASITPLNLDLTSYDDLKSLESWHEGMLK >NC_017371.1|WP_001034745.1|979060_979720_+|hypothetical-protein MNKKHRLAFLGLIVGVLFFFSACQHRLHMGYYSEVTGDYLFNYNSTIVVAYDRSDAMTSYYINVIVYELQKLGFYNVFTQAEFPLDKAKNVIYARIVRNISAVPFYQYNYQLIDQVNKPCYFLGGQFYCSQTPTDYYAINGFSEQILMSANSHFILDWYDVVLQKRVLYVDGSVSGRTCGYQMLYRDLIKSTIKRIDFNRPERYYYNLRLPLYQPCYRQ >NC_017371.1|WP_000236837.1|979721_980324_+|6-pyruvoyl-tetrahydropterin-synthase-family-protein MVIRRLYKFCASHVVRNCSSLRCAQNIHGHNYEVEIFIETNRLDNANMALDFGLMQQEMQTFIDSFDHAHHFWDKESPEFQRFIENHCVRYVKCSFNLSAESYALMFLYYLTKILQKSVFSNNEGELKVSSVRVHETKNGYAESFLKDLENPHFKSLVHQNCVSFSQGIQSLWHDKDFFHKIINDEEKCFFHAKPLHQIL |
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| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NC_017371_2 | 2.3|965917|25|NC_017371|CRT | 965917-965941 | 25 | MT741944 | Acinetobacter phage vB_AbaP_APK81, complete genome | 9820-9844 | 2 | 0.92 |
| NC_017371_2 | 2.2|965860|28|NC_017371|CRT | 965860-965887 | 28 | MK448589 | Streptococcus satellite phage Javan632, complete genome | 4594-4621 | 5 | 0.821 |
1. spacer 2.3|965917|25|NC_017371|CRT matches to MT741944 (Acinetobacter phage vB_AbaP_APK81, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.92
acagcgtaagctttaataataacac CRISPR spacer acagtgtaagctttagtaataacac Protospacer ****.**********.*********
2. spacer 2.2|965860|28|NC_017371|CRT matches to MK448589 (Streptococcus satellite phage Javan632, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.821
-gtgcccaatccacttttgaaaacagcag CRISPR spacer cgta-ccaatcgccttttgaaaacagcaa Protospacer **. ****** ***************.
| Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| DBSCAN-SWA_1 |
203559 : 219928
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NC_017371|203559:219928|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1 >NC_017371|203559:219928|217968_218292_-|WP_014535928.1|DBSCAN-SWA MIVLIKIIIRVQNGLIIANYRSFIDNADAIFTDNNNLIAFKQINGYAVVVEQAVNKKNELVLKTMYKNNGSYKNNDVYKEFSSTSLDANAKVHHGLSSHGGARKNNT >NC_017371|203559:219928|207053_207599_-|WP_000281640.1|DBSCAN-SWA MYLVLLERKHDLRPLVRKDKKESGMLGSFRVFESTHDQGLSDQAIIKHYEKKDALFSCFSLENSGEPTDTPNLDKPIVARDYELAWSDTSCTVPKEYQNKKCDNKRHEVLQLVDPNNKDFKNRKILIHVGNSAHDTLGCVLLGMQHDEEMIYKSNEAVKKFFDFVKDKGVNHFLVKIVDKA >NC_017371|203559:219928|203559_204405_-|WP_000180577.1|DBSCAN-SWA MTNEKTQSEIFEEQLKSLYQPLEQPQQKANESGNDQGLEKLETNQNLANESVKDLEANEPSYLSTGIAYLDNKIKNRSITAFDYYMAKKFLGMDLNVNLNGNLNLKTENKTRLASINKATQDIFDDIKALDLGNDLIQKAQEHSGLINQIKLWINHKTRGLKGVDYDLAKTDNARISYANRVAKTMAQGGQVTQKLRDEAKQMTEWGARSKEENTARIAQTQEMILNSLKKNIQMLESLGGNVSPLVLAKIKEYQDKANYVNETSGKIDLKKYKTLRNESQ >NC_017371|203559:219928|205355_205682_-|WP_001146288.1|DBSCAN-SWA MPYGLIFRAFRGIMPYLIIVILLGLSANLKTKLALANVRLTTNEAHLIKQNEAIQKLELESQQYKANKLLEITKTKDKYHKIVIKDHTCEAKLESLEALINAFKRNKP 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>NC_017371|203559:219928|214163_215303_-|WP_000890565.1|DBSCAN-SWA MLEKLNNINFNNISNNPNLGIEVGREIQNASWVKSPFFSITGTGADRGIRLFSVANQQPFRPRIKAQLTGSGVSGNTDFEANYDNLEILSQTIYPDAFGNSLRSKIKAYSELERIDFIKESVDSLTTWMNEERDKRIVASLTNDFTNYLYNPTMSVATIRKAIFHARNGLKENNAKAFPIKPVRASAQSVGNVIVQNTSYIIFLDSYQANQLKADSEFKELRKLYAFAGEDKGMLYSGLLGVIDNCPVIDAGVWNKLNVGMPNSTVSDSDFSRYVNKANVSNIVTPSQLKEALKTAKKQNAENKEISIGCLIGASAVLLAGSKETRFYIDETVDAGRKSLVGVDCLLGVSKAKYQSTDGVLTPYDNQDFAVIGLVSNME >NC_017371|203559:219928|204421_205303_-|WP_000780660.1|DBSCAN-SWA MKLYDKIQELINESETLKQKNNEVLELARNELSDLVKEKANENLESLKNTFKGYLNGELVEMPLAVKKNVKELVNKQALTNEIRNELLSQFDKQAITNDLKLELKNEIKTTLREILQDRELQNTLQQAKNEIITETTNETTNALTSKILGILETKLNAITESVIKNLDFSFLSAQPKAFYSVINENLKEMFLKELESEVLNNFIKETIDNALNEAEKLKTLKLAELKALSYLQVTIESDKVKLLQNALMLEAENINNKLKIENEIAYNLKRKELIQEGKLEDEAFKKNIFKVI >NC_017371|203559:219928|207866_208862_-|WP_000366668.1|DBSCAN-SWA 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>NC_017371|203559:219928|211391_213203_-|WP_000348082.1|DBSCAN-SWA MDFTTLENDFSNDYQKALIANAEFLEAKKYYNGNQLPQDVLNIILDRGQTPIVENMFKVIVNKILGYKIESISEIRLSPKQEEDRALSDLLNSLLQVFIQQENYDKAMIERDKNLLIGGLGVIQLWVNEDKEKNVEIDIKALKPESFVIDYFSTDKNALDARRFHKMLEITEQEALLLFGESVMVNYSSANHERIASVIESWYKEYNQNSQSYEWNRYLWSRSAGIYKSELKPFKSGACPFIVSKLYTDELNNYYGLFRDIKPMQDFINYAENRMGNMMGSFKAMFEEDAVVDVAEFVETMSLDNAIAKVRPNALKDHKIQFMNNQADLSALSQKAEQKRQLLRLLAGLNDESLGMAVNRQSGVAIAQRKESGLMGLQTFLKATDEMDRLIFKLAVSFICEYFTKEQVFKIVDRKVGDRYFKINSSDDNKIRPLKFDLILKSQLKTESRDEKWYNWNELLKILAPIRPDLVPNLVPLMLNDMDSPITNDVLEAIQSANALQEQNAQANAPYNEQIQALQIQKLQAEILELQAKAHKYTEQGALSQTTNESEKINQAVAISEMQQENANNANNAKTSANKPNKKLKTSDKTTWRKYPSAQNLDY >NC_017371|203559:219928|219514_219928_+|WP_000813752.1|DBSCAN-SWA MKQRTLSIIKPDALKKKVVGKIIDRFESNGLEVVAMKRLHLSVKDAENFYAIHRERPFFKDLIEFMVSGPVVVMVLEGKDAVAKNRELMGATDPKLAQKGTIRADFAESIDANAVHGSDSLENAHNEIAFFFAAREF >NC_017371|203559:219928|215312_215864_-|WP_000511469.1|DBSCAN-SWA MGIKEKEIELETLKREIAQAEASLEQDFIKHMVDKTNEKVEDLFFSNKPEFYRFVFTEQNNYLREKLTDKVGRAMDLSDEIQRDRENEEIEKDKEAFLKKHPEIDLNELLEFYNEEIPNRIKKQIDKLEGEAFFEAVLDYFNALLSKPEEGQKEEKNNLPKEALGNGVSGVGYANNENIMTRY |
24 | Helicobacter_phage(91.67%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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| Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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