CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_017579	Shewanella baltica OS117, complete sequence	2 crisprs	csa3,DEDDh,PD-DExK,cas3,WYL,DinG,RT,TnsE_C	0	1	15	0
NC_017577	Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11701, complete sequence	4 crisprs	NA	1	6	0	0
NC_017578	Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11703, complete sequence	0 crisprs	RT	0	0	1	0
NC_017580	Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11702, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NC_017579

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_017579_1

• CRISPR_ID: NC_017579_1
• CRISPR_location: 1719663-1719769
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_017579_1

Consensus_repeat	Method
ATCAATTGCTGGAGCATTGTGATGTTAGTT	CRISPRCasFinder

spacers of NC_017579_1

>1.1|1719693|47|NC_017579|CRISPRCasFinder
TAAATCGCTTGATTTTCTGTTGTTGTAAAAACCACAGCGCCGCGCCA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017579_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_017579_1

>merge|NC_017579|1|1719663-1719769|CRISPRCasFinder
ATCAATTGCTGGAGCATTGTGATGTTAGTTTAAATCGCTTGATTTTCTGTTGTTGTAAAAACCACAGCGCCGCGCCAATCAATTGCTGGAGCATTGTAATGTTAGTT

>NC_017579|1|1|1719663-1719769|CRISPRCasFinder
ATCAATTGCTGGAGCATTGTGATGTTAGTT	TAAATCGCTTGATTTTCTGTTGTTGTAAAAACCACAGCGCCGCGCCA
ATCAATTGCTGGAGCATTGTAATGTTAGTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_017579.1|WP_011846309.1|1710002_1711208_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340968
NC_017579.1|WP_006080938.1|1729326_1730112_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017579.1|WP_011846308.1|1706976_1709196_+|TonB-dependent-receptor	unknown	unknown	gnl|CDD|273807
NC_017579.1|WP_011846310.1|1711437_1712076_+|MarR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|197670
NC_017579.1|WP_011846316.1|1722446_1723421_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|380381
NC_017579.1|WP_011846313.1|1716887_1719620_-|carbohydate-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|119337
NC_017579.1|WP_006080925.1|1712239_1713253_+|succinylglutamate-desuccinylase/aspartoacylase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|349469
NC_017579.1|WP_011846311.1|1713395_1715423_-|methyl-accepting-chemotaxis-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223910
NC_017579.1|WP_011846307.1|1705924_1706638_-|DUF2461-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274138
NC_017579.1|WP_011846320.1|1731007_1732330_+|IS4-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|379017
NC_017579.1|WP_006085199.1|1730266_1730689_+|DUF3224-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|371584
NC_017579.1|WP_011846319.1|1727984_1729112_+|polysaccharide-deacetylase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|200570
NC_017579.1|WP_011846321.1|1732485_1733040_-|BON-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225379
NC_017579.1|WP_006080922.1|1709331_1709895_+|PhnA-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377140
NC_017579.1|WP_011846322.1|1733371_1733827_-|glutamyl-tRNA-reductase	unknown	unknown	unknown
NC_017579.1|WP_011846318.1|1725003_1727640_-|TonB-dependent-receptor	unknown	unknown	gnl|CDD|273804
NC_017579.1|WP_014620668.1|1720608_1721907_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340952
NC_017579.1|WP_006085186.1|1715631_1716258_+|fumarylacetoacetate-hydrolase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223257
NC_017579.1|WP_011846317.1|1723430_1724936_-|tryptophan-7-halogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|368139
NC_017579.1|WP_006080930.1|1716394_1716637_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_017579.1|WP_011846309.1|1710002_1711208_-|MFS-transporter	gnl|CDD|340968	cd17410, MFS_CynX_like, Cyanate transport protein CynX and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This subfamily is composed of Escherichia coli cyanate transport protein CynX and similar proteins. CynX is part of an active transport system that transports exogenous cyanate into E. coli cells. The gene encoding CynX is part of the cyn operon that also includes cynS, encoding cynase, which catalyzes the reaction of cyanate with bicarbonate to give ammonia and carbon dioxide, and cynT, which encodes a carbonic anhydrase. The CynX-like subfamily belongs to the 2-nitroimidazole and cyanate transporters like (NIMT/CynX-like) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	6.96027e-104
NC_017579.1|WP_011846321.1|1732485_1733040_-|BON-domain-containing-protein	gnl|CDD|225379	COG2823, OsmY, Predicted periplasmic or secreted lipoprotein [General function prediction only].	3.28378e-16
NC_017579.1|WP_011846308.1|1706976_1709196_+|TonB-dependent-receptor	gnl|CDD|273807	TIGR01785, Heme/hemopexin_utilization_protein_C, TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein. This model represents the TonB-dependent outer membrane heme/hemoglobin receptor/transporter found in bacteria which live in contact with animals (which contain hemoglobin or other heme-bearing globins) or legumes (which contain leghemoglobin). Some species having hits to this model such as Nostoc, Caulobacter and Chlorobium do not have an obvious source of hemoglobin-like proteins in their biological niche and so the possibility exists that they act on some other substance. [Transport and binding proteins, Cations and iron carrying compounds, Transport and binding proteins, Porins].	1.20462e-83
NC_017579.1|WP_011846310.1|1711437_1712076_+|MarR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|197670	smart00347, HTH_MARR, helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein.	9.32517e-23
NC_017579.1|WP_011846316.1|1722446_1723421_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein	gnl|CDD|380381	cd06976, cupin_MtlR-like_N, AraC/XylS family transcriptional regulators similar to MtlR, N-terminal cupin domain. MtlR is a Pseudomonas fluorescens protein that acts as a transcriptional regulator of the mannitol utilization genes. It has an N-terminal cupin domain (represented by this alignment) and a C-terminal AraC/XylS family helix-turn-helix (HTH) DNA-binding domain. Proteins in this family belong to the cupin superfamily with a conserved "jelly roll-like" beta-barrel fold.	2.90862e-26
NC_017579.1|WP_011846313.1|1716887_1719620_-|carbohydate-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|119337	cd06569, GH20_Sm-chitobiase-like, The chitobiase of Serratia marcescens is a beta-N-1,4-acetylhexosaminidase with a glycosyl hydrolase family 20 (GH20) domain that hydrolyzes the beta-1,4-glycosidic linkages in oligomers derived from chitin. Chitin is degraded by a two step process: i) a chitinase hydrolyzes the chitin to oligosaccharides and disaccharides such as di-N-acetyl-D-glucosamine and chitobiose, ii) chitobiase then further degrades these oligomers into monomers. The GH20 hexosaminidases are thought to act via a catalytic mechanism in which the catalytic nucleophile is not provided by solvent or the enzyme, but by the substrate itself.	0
NC_017579.1|WP_006080925.1|1712239_1713253_+|succinylglutamate-desuccinylase/aspartoacylase-family-protein	gnl|CDD|349469	cd06251, M14_ASTE_ASPA-like, Peptidase M14 Succinylglutamate desuccinylase (ASTE)/aspartoacylase (ASPA)-like; uncharacterized subgroup. A functionally uncharacterized subgroup of the Succinylglutamate desuccinylase (ASTE)/aspartoacylase (ASPA) subfamily which is part of the M14 family of metallocarboxypeptidases. ASTE catalyzes the fifth and last step in arginine catabolism by the arginine succinyltransferase pathway, and aspartoacylase (ASPA, also known as aminoacylase 2, and ACY-2; EC:3.5.1.15) cleaves N-acetyl L-aspartic acid (NAA) into aspartate and acetate. NAA is abundant in the brain, and hydrolysis of NAA by ASPA may help maintain white matter. ASPA is an NAA scavenger in other tissues. Mutations in the gene encoding ASPA cause Canavan disease (CD), a fatal progressive neurodegenerative disorder involving dysmyelination and spongiform degeneration of white matter in children. This enzyme binds zinc which is necessary for activity. Measurement of elevated NAA levels in urine is used in the diagnosis of CD.	9.2669e-95
NC_017579.1|WP_006085186.1|1715631_1716258_+|fumarylacetoacetate-hydrolase-family-protein	gnl|CDD|223257	COG0179, MhpD, 2-keto-4-pentenoate hydratase/2-oxohepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase (catechol pathway) [Secondary metabolites biosynthesis, transport, and catabolism].	8.48915e-47
NC_017579.1|WP_011846307.1|1705924_1706638_-|DUF2461-domain-containing-protein	gnl|CDD|274138	TIGR02453, conserved_hypothetical_protein, TIGR02453 family protein. Members of this family are widely (though sparsely) distributed bacterial proteins about 230 residues in length. All members have a motif RxxRDxRFxxx[DN]KxxY. The function of this protein family is unknown. In several fungi, this model identifies a conserved region of a longer protein. Therefore, it may be incorrect to speculate that all members share a common function.	1.02e-99
NC_017579.1|WP_011846320.1|1731007_1732330_+|IS4-family-transposase	gnl|CDD|379017	pfam13006, Nterm_IS4, Insertion element 4 transposase N-terminal. This family represents the N-terminal region of proteins carrying the transposase enzyme, DDE_Tnp_1 (that was Transposase_11), pfam01609, at the C-terminus. The full-length members are Insertion Element 4, IS4. Within the collection of E.coli strains, ECOR, the number of IS4 elements varies from zero to 14, with an average of 5 copies/strain.	5.16724e-35
NC_017579.1|WP_006085199.1|1730266_1730689_+|DUF3224-domain-containing-protein	gnl|CDD|371584	pfam11528, DUF3224, Protein of unknown function (DUF3224). This bacterial family of proteins has no known function.	7.63003e-49
NC_017579.1|WP_006080922.1|1709331_1709895_+|PhnA-domain-containing-protein	gnl|CDD|377140	pfam03831, PhnA, PhnA domain.	7.23349e-31
NC_017579.1|WP_011846318.1|1725003_1727640_-|TonB-dependent-receptor	gnl|CDD|273804	TIGR01782, TonB-dependent_receptor, TonB-dependent receptor. This model represents a family of TonB-dependent outer-membrane receptors which are found mainly in Xanthomonas and Caulobacter. These appear to represent the expansion of a paralogous family in that the 22 X. axonopodis (21 in X. campestris) and 18 C. crescentus sequences are more closely related to each other than any of the many TonB-dependent receptors found in other species. In fact, the Crescentus and Xanthomonas sequences are inseparable on a phylogenetic tree using a PAM-weighted neighbor-joining method, indicating that one of the two genuses may have acquired this set of receptors from the other. The mechanism by which this family is shared between Xanthomonas, a gamma proteobacterial plant pathogen and Caulobacter, an alpha proteobacterial aquatic organism is unclear. [Transport and binding proteins, Porins].	0
NC_017579.1|WP_014620668.1|1720608_1721907_-|MFS-transporter	gnl|CDD|340952	cd17394, MFS_FucP_like, Fucose permease and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This subfamily is composed of L-fucose permease (also called L-fucose-proton symporter) and similar proteins such as glucose/galactose transporter and N-acetyl glucosamine transporter NagP. L-fucose permease facilitates the uptake of L-fucose across the boundary membrane with the concomitant transport of protons into the cell; it can also transport L-galactose and D-arabinose. Glucose/galactose transporter functions in the uptake of of glucose and galactose. The FucP-like subfamily belongs to the bacterial fucose permease, eukaryotic Major facilitator superfamily domain-containing protein 4 (FucP/MFSD4) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	3.80052e-79
NC_017579.1|WP_011846311.1|1713395_1715423_-|methyl-accepting-chemotaxis-protein	gnl|CDD|223910	COG0840, Tar, Methyl-accepting chemotaxis protein [Cell motility and secretion / Signal transduction mechanisms].	1.42754e-56
NC_017579.1|WP_011846317.1|1723430_1724936_-|tryptophan-7-halogenase	gnl|CDD|368139	pfam04820, Trp_halogenase, Tryptophan halogenase. Tryptophan halogenase catalyzes the chlorination of tryptophan to form 7-chlorotryptophan. This is the first step in the biosynthesis of pyrrolnitrin, an antibiotic with broad-spectrum anti-fungal activity. Tryptophan halogenase is NADH-dependent.	2.94554e-120
NC_017579.1|WP_011846319.1|1727984_1729112_+|polysaccharide-deacetylase-family-protein	gnl|CDD|200570	cd10946, CE4_Mll8295_like, Putative catalytic NodB homology domain of uncharacterized Mll8295 protein encoded from Rhizobium loti and its bacterial homologs. This family is represented by a putative polysaccharide deacetylase Mll8295 encoded from Rhizobium loti. Although its biological function still remains unknown, Mll8295 shows high sequence homology to the catalytic domain of Streptococcus pneumoniae polysaccharide deacetylase PgdA (SpPgdA), which is an extracellular metal-dependent polysaccharide deacetylase with de-N-acetylase activity toward a hexamer of chitooligosaccharide N-acetylglucosamine, but not shorter chitooligosaccharides or a synthetic peptidoglycan tetrasaccharide. Both Mll8295 and SpPgdA belong to the carbohydrate esterase 4 (CE4) superfamily. This family also includes many uncharacterized bacterial polysaccharide deacetylases.	3.72485e-91

Protein sequences

>NC_017579.1|WP_011846313.1|1716887_1719620_-|carbohydate-binding-domain-containing-protein
MKGLIKKKGKIKWQRIKTALVSGIMAVLPAMPVLSILVMPSVQAANAVQEANHVALNQLADKLQLNYQLTASYLETCPAKETQCYRSAIELTLPTQLSNEELNHGDWQIYFSQLSPVYFVDAGDFNIEHINGDLHKIVPKASFKGFVANQFYRIEFYSQGSQITRSEFMPNFFVAMGDKAQLIKSTQTQRNKETGLPEQAYLAPFNADQQFLLAKNDATPFADGQYLAEQYQALAANANKATDISDKLIPTPLHSQSLDSAPLSLAKGYRLTADAVDFKGRQAAFDYLASLGFAAKDKGTPLLLQLDTQAPKVASTEAHDSEMKTSEAYQLTITAEQISIRAGTEAGLFYGLQSLAGLISLSDDQLVAIEIQDQPRYAFRGLHIDLARNFHSLDFIKRIIPQLAAYKINKLHLHLADDEGWRLAIPGLPELTDVGAKRCFDLTEQSCLLPQLGSGIADVKPVDGYLTVAQYQEILQLADAHHIEVIPSLDMPGHSRAAIKSMEARYHNYLAKGDKAKAEEFLLTEFADKTQYSSLQYYHDNTLNVCLASTYHFIDTVIDEVKKMHQAVGIPLVHYHIGADETAGAWVDSPACITMKKQKADELTGLHSLNGYFIERVANMLADKGIIAAGWNDGMGEVRPENMPAQVQSNAWSLISDNGHQIAHKQVNLGWKVVLSTPEVTYFDFPYASHPDERGNHWAARAIDSFKVFSFMPDNLPAHAERWRNSLNQPFIADDSHSQLKPGHRFYGLQGHLWSEMVQSDEQAEYMLFPRMIALAERAWHKASWELAYDYQGKIYSQQTQHFASQLNGQAEQVLKQDWQTFAAVYANKVQPKLAKAGVFYRIAPPGIRIENQLLVLNSLYPNAELEYQLDSGPWLTYRQAFKLNDVKHIRARVKDGTRYSRPSTWQSSL
>NC_017579.1|WP_006080930.1|1716394_1716637_-|hypothetical-protein
MTTASTSPFAVLNQTTATSFNEQKNLIKRVFKGKPVQCPSCKQTLKVILPEQAKAEQAAGIYCAKGCTDIELDMEAVAGL
>NC_017579.1|WP_006085186.1|1715631_1716258_+|fumarylacetoacetate-hydrolase-family-protein
MKSVVLGEKRIVPTKIVCIGRNYVDHIHELGNDIPDDMVVFLKPNSAMSTVLLAEHQGEALHYETELCFMFQDGRFSSVAIGLDLTKRDLQSKLKAKGLPWERAKAFDGAALFSPFVAIDDAEAPLHFTLSINDNLVQEGHIDLMIYKPQTILSELQAFISLDEGDIVMTGTPKGVGVIPAKSVFNVTLSRGLQASAEPLLEWQWQVS
>NC_017579.1|WP_011846311.1|1713395_1715423_-|methyl-accepting-chemotaxis-protein
MLTLTIKQKIIFSFSAIGALLIAGSSFFYYSLSQVQTAYQNIETLAVPVQKQSNSLQLVLLKMSRLATLAHSQQDTAALTKSQQAFTALQKKYQSIENELTERVADQSKMQTSLHEAQARYQAYLQQSQAMFSAKLANEQAKQQYQQLFQRFNDAKTNASNAMIDLETLSIPDNPTLLEEIIGTGTRIDDMLYTLTNTMGELIHTQSLEVIQSHQQDVSILLGNLTTNFTFLKQQTDGLDTLGLLQTFEQQYAIINTLLAAPAELYKTQQAVVEAQLQAEQHYLDADKEFNANNLALDKLITLADRRFSSLQTIASNAIEQGQTLAIVLALVFIVMVSFISFFTSKAMLNPLALVNGALASIARGDLSKRIHKRHDDEFGTLIDNMNTLSDDLAKLLTNISQNAHSLDSSATQTNEQGQRIANAATAQISRVDETKALAEQMFTSSNLVTEQASESAKQISQASKYGNQVKQIADDNRNKIAELSARLSSSVEIMSRLSIQSDNIGNILTTISSIAEQTNLLALNAAIEAARAGEHGRGFAVVADEVRSLASRTQAATAEIQTMITALQKETSTAASAITTGQNQANECVGQSQTLQDAIAHIESTLHTLNDMSLEITHAAHEQLDYSQRIESSMSEAAQAADQNANEAMDMAKRSNEVTTLAHSLTSSVERFKL
>NC_017579.1|WP_006080925.1|1712239_1713253_+|succinylglutamate-desuccinylase/aspartoacylase-family-protein
MVKRREAFELAGKRVTAGTQLGIKLAAAKLYTDTQLDIHVEVFHGAKPGPTLLVCAAIHGDELNGIEICRRLLARVNPKNLTGTLIVVPIVNVFGFIQQSRYLPDRRDLNRCFPGSSKGALASRLANLFATQLLVHATHVIDLHTGAIHRDNLPQIRCDTSDETMLAMANAFGAPLIMHSKARSVSMRGYANQQGIPCILYEAGEALRFSELSIKSGLKGVLNVMRSLGMLKGRVSNKGSSVSAIRSYWVRSESDGLVNMKLKLGQRVTKGYIIAHIVSPHGGDSVAIRAPTDGIIIGISNIPVTNEGEGMFHIAQFEGDEIEMANEQLDEFLMEYA
>NC_017579.1|WP_011846310.1|1711437_1712076_+|MarR-family-transcriptional-regulator
MTAKMTLTHASPADTNASSADKNASSADKNASLADKDQAASNTKADGLESEDGLDSIVGQWQQQGVTDDLIPMAVLGRIARLTKYIEVVLLQCHAEFGLGQGEFDVLATLRRSGEPFTLSPSQLYLSMMLSSGAMTSRLDRLENKGLIERAHSKEDRRAVHVSLTAEGKALIDKALPQHIQCQSALLAGVSVEDRPMLLQILKSWLNQFEPQ
>NC_017579.1|WP_011846309.1|1710002_1711208_-|MFS-transporter
MRSPQSEKANLLLLGIAFILIGLNLRPILASVGPLLPSIQEDISLSFTLASMLTLLPVLAMGLGCFAGFSIAKRLGFNTVMTGSLLLLIVATAMRFWAMDASWLICSALLAGVGIALIQTIMPAMIKLNFGERVPLMMGLYVTAIMGGAALAASSAPFIGMNLGWRAGLGHWTWLGVVALALWLMVKHNAALPNQTAEQTVQLSFWRFRRSWLLAIFFALGTSCYVCVLAWLAPYAVELGYSQTQSGLVLGFLTSMEVIAGLVFPWLASKSTDRRAIIALLCLLQLIGFMGLALAPQVSLFLWAGLAGLGIGGIFPLGLIVTMDHQQNPMLAGKLTAFVQGVGYTIAAISPWIAGLIRDNFNSFNSAWLLLGGLSLMAWILSWQFNPQGYARQYQVTRCVS
>NC_017579.1|WP_006080922.1|1709331_1709895_+|PhnA-domain-containing-protein
MTENELLSRCGGKCELCGSEIELSIYDLPASDGRDNEIMICETCSGQIAAPDTMDMNHWRCLNDSMWSPVPAVQVMSYRMLKRLNGESWAQDLLDMLYLEDDVKAWGDAEVAAAGDDTTPTLDSNGAVINAGDTVVIIKDLNVKGTSFVAKRGTAVRNIALTNNPEHIEGRVNGTRIVILTCFVKKS
>NC_017579.1|WP_011846308.1|1706976_1709196_+|TonB-dependent-receptor
MGCLPKFGKWKANRNLSLMGLCLLPSMPLYANEVLGEPKVEPIEILQVHGQQYRRAITVAKPGEAIISMEQIEEMQATTFAEVIDDMAGAHIDGGTRSGGERINIWGFGETEDFNVYVDNAPVGFEQYRYGSFFLDPDLIKRVEVIKGAHDVRSGNGGFGGAMYVVTKSADDFLKYDQAIGARVKTSYASNNDAAGYTGTVYGRVNPHLSGLLHLTRRDAGDVTLANGDEFEYSGYEQDNYLGKIDYEQGDHQLALSVTHYLDEGRKPWANRRGPMPAISDYNIKKYGSYEQALYATTAYNTYEDNTWSANYRYSPSNPLIDTQVVISHSANARHWVRPDIAWEKMTVSVGNFGHESWLDYKRDYIDINNLSLIGDHEITTGLQYRSLDRTSLVFNKSYEKNPEKNFGWYTPYYQPEGRQDTYAVYVRDAIHLTNDLTVTPSLRYDFIYSIGRPNIAPDYNDISAGHDYSSTHHSGFSPRLGIDYQLTNYARLNFDYAYSLQAPVVDEIYAVQYARASITGTSRDIDVERLHAFKLGLMTQHQHLLANDDALTTQLTLFANLGRDDIAQRRGAKSDKTQLIQSGYTNLDGYHIYGADFEAQYRYQDVFSDLAVSWLQGQHNGSLRDSQDDDEYLANMAPLDIRLRLGMYITDDISVAWQGAWYDAQTNVPHGDIFNAESPSENYFLQNLYLAYEPQASLKGLSVRLMVKNLTNLQVVPFLSDGIPAAGRDVRLSLAYEF
>NC_017579.1|WP_011846307.1|1705924_1706638_-|DUF2461-domain-containing-protein
MATLTTKIPIATGATFSAASLQFLNQLAQNNSRDWFKAHQAEYEETVRTPALQFIEQMQPSILALSPRLTAVPKKVGGSLMRPQRDSRFSKDKTPYKTNVGIQFRHFQGKDVHAPGLYLHIAEDGCFIAAGIWHPESKALNAIRTCIDENPNGYKKALQTLQSHGFNMDGDSLTRPPKGFDKNHPMLAELKRKDFIAVKNITFEELCRPDAASFCAEQFAHCTQLMAYLCFALDLDF
>NC_017579.1|WP_014620668.1|1720608_1721907_-|MFS-transporter
MKHKLIILFVLCTFFVISLMTNSMGPIFPALIDSYAIGLTLAGLFPFAFFIAYGVTSIPAGILVDKYGERRVIILAFSLAFIGAVTFVCLPSFSIAMFSLFCIGTGMSLLQVAVNPLLRQAAGPEHFAFFSVLAQLAFGGAATLAPLVYQHFVALDQASAASANYVQQLLPENMSWLAMYWLFAVVALAMVLFASLVKMPKVDKLADESAGALETHLHLFKDKTVLKFFFAIAAYVALEQGLANSISVFLSQYHGLDTLSVGANVVSDFWFYMTLGCLLGLLLLKLIDSQILLLSFSLSSLVCFLVAIWGPSQLALICFPLVGFFISIMWSVIFSLALNSRAQDHGSFAGILCTGIIGGAFISPIIGVISELSGELRFGMLVLLIPMAYIGYVALTARPLIKNTTLFSTKAASKDDGSKQMATTNTRGNKLL
>NC_017579.1|WP_011846316.1|1722446_1723421_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein
MKPLCEKVIPDENSSWRYFRYEWDHMDLNWHYHPEYEICLTLNSYGMRYVGDHIARYGDYDLVIIGPDMPHGWQSEANLDISPDEVSKDDGLKGGTSTAVNLKEPALKGSASKSRVPEVVYVAQIPAAWLHQIVNDQRELASLHSLLTHAKRGVLFSEETARKAHSVFIAMEMANPFKRYILLLELLALLQQDSQQELLSSTLFTHGSKLDFTVKKLDKVIEHIYDNYTQALSAQDLAKLAHMSTNHFHRFFKKRTEKTLTEFINQLRIAKACKLLLSNQSPISTISDQCGFNNLSNFNRRFIQFKGVTPSRFRQRFSSKQRAI
>NC_017579.1|WP_011846317.1|1723430_1724936_-|tryptophan-7-halogenase
MKVKQAIRKIIILGGGTAGWMAAAALANNPVFAAIELCLVESDNIGTIGVGEGSTPHLKRFMDNLGISEKDWMELCHASYKTGIDFINWNGDGQQYFHPFYFQMDVKPAEVFFINANARRRGHGNAVKPDAFFSSGVLAKRNLSPRPNKALPCTNEYGYHFDATELANYLKDYACKRGVRQIIADVVEVSTTQHQQIETLILANGERLSADFFIDASGFSAKLIHKALGVPFQSFADELLNDSAVTVPVPALMDSTQTQQAKYHTRATALSAGWLWQIPLTHRLGNGYVYSSRHLSANAAAKELLHSINLPESTQVRFLKMRVGVSDKAWHNNVLAIGLAQSFIEPLEATSIMMTQFTLERFMSLFERYQLNKQAETLSRQTLNQAVMQLVLGIKDYIQAHYVTSQRSEAYWVAARKVAISQRLTQLLKAWYQGEDFDLLLYQYDQQLAYFRPSWYALLAGMDYRDPKLKRPFEPISAEITAQAISYCQTLVEQYFQPKHS
>NC_017579.1|WP_011846318.1|1725003_1727640_-|TonB-dependent-receptor
MSEGQLFKSSLLALCIANALFGMSSTAVAAEQQEATAENMEVIQVRGIRRSIEASLNTKRFADSTVDAITSEDIGKFPDKNIGDALQRISGVTVDRQYGEVSGVTIRGTAPEQSRILLNGQTVASTSWYDLGPATRTFNMELLSAEQVNAVEVHKTPTARLEEGALGGTVDLKTRKPLDLDAHTYQVAGELSQSSLYDETDPSGSFLGSWKNDDEKFGILGAYSVEKITSGRQVLESLSGYYEYFAADPAQNQESTVGAWGIGSQAFRAERERTSAQVTLQFAPTDNTEFTLDYFNFELDIPHVNHNFLTVGARGSGSTNVVNNAQGGTASATILPAYASIIYNPVVRHAVNMKSDVLNLTGKYVGDSFTVSGVIGQSTSDGGTQGGSSSWWIPATDQGGKIGDPAFPNGQGSVDGGFSYDATGPYQVVLTSLDANDASQFKHAQEANYETTVQDHKVTYAQTDFEYQLDHDFINKIAVGIKYNTSDFERNAFNRNPAEILGFVPNGNLANWSDGVLSGLHSQSGGNVLDSYAKLDEDKWWAFISEKYANGELVEVADLGNTFTVEEDMLALYAQADFSGEFYRGNFGVRYVNTDQTSTGFADGKPYNESVNYDNWLPSINVAFDLKEDLILRASASSVMARNNYSDLKPGLAIAKNFGTATGGNPNLKPYKANQADLGIEWYFTESSMLSAALFYKDIDNVVFVTESTQYIEGCGASESEWDKCRVIAPANGGSGSVTGLEIQLQHNFESGFGFLTNYTYVDSKSTRPDGTEQMIEGVSENSFNGSLFYEDDLFSARIAYNWRSEYLGVGNIQNVLNDSYQQVDASIIWHAMENLDVSLEGVNLTNEVVQSYDVKYGLTQNTIEFGSRYFVGASYKF
>NC_017579.1|WP_011846319.1|1727984_1729112_+|polysaccharide-deacetylase-family-protein
MKLKSIAAAVGLCLASLSVAHASDKTIYLTFDDGPIDATLGLLDALKDANIKATFFINAFHMYGEGDENEALAAVALQRLLDDGHILANHSYDHMLHNCTDGVQSGAVYCNQVGLWPVKSYQDAATDFTYFVTNTAKVVEIIPNAASYPNNKMTKLARLPYTNGWRVSSKLKGDGLCATSDTVPPWDPAFACTAETSTNSSQVAVQIQNMLAESDYKIFGWDFDWGPEDWGVAFPAESMADGVELVDKINQVINTCAGTTMNPLNSRTQNLDCSDGLHDGKVVILTHDFLFENAHRGQGATINLPKIKRFVEEAQRQGYRFDTLDNYAPAWQDQHDYQQPDFVSYQDKIYSLVQAHFSQSNWQPNQTPALWKNEK
>NC_017579.1|WP_006080938.1|1729326_1730112_+|hypothetical-protein
MSTFVKLTLAGTLVILAILAAGIYRFNMTNDDIYMVMEDGKVMQYDEAMAQEKTQAQTNEVEVVTPLEVKPVANASEVMLKLFSLNTANPFEITLPEGGKSVALTHFIKIKQTEFAMGDYQDGEVKGRVLLDYLRITPLNFDPALEPDTQSNAPIQDDPKMQTMPFVAPFIVTTQGSGAFWYLGLFSLDFEHNNLKHLGSVMLGDRIEVDSIEPVYPFEAPFKIAVTYRDRAPDQPMSESPEIVKTLEVTVSETGITNINQ
>NC_017579.1|WP_006085199.1|1730266_1730689_+|DUF3224-domain-containing-protein
MQVSKITGKFDVKLTPDSTYATGVGGVTLGRMGLDKTFYGELEGRSQGEMLSAMTSVKGSAGYVAIEQVVGKLCGKQGSFVLQHFGIMTDGQNRLILEVVPHSGAGELQGLTGTMAISIENGQHFYEFQFGFEASAEPAF
>NC_017579.1|WP_011846320.1|1731007_1732330_+|IS4-family-transposase
MQLSEALARTHITRLTEFTCLADVLEPELIQSCLDSQGVATLRRRKLPMDAMIWAVIGMALFRGESVRSLINKLDIVLPQEIDYVARSAVTQARKRLGSEVIREVFSRSANTWHARAEHPHWCGLNLYGVDGVVWRTPDSVQNQAAFARTANASGEAAYPQIRMVCLMELSSHLLVNSAFDSVAENEMNLASQLIPSIPNHSLTLFDRGFYSLGLLHAWQQAQPDSHWLLPLKKGTQYEVVRTLGKHDQWVKLTTTPLARKKWPQLPDTLEARLLTKTVKGKSVAILTSLTDPMRYPSEDIVDLYGHRWEIELGYREMKQHLLESRFTLRSQLPELVTQELWGVLLAYNLIRYKMLLMAKSLPSVHPNQLSFRDAASYIIFKLTQLPSQTPGNVPRDVLDIERNARQFKLDGKRERAYPRVLKMSKNKFPVRPKKNAVHS
>NC_017579.1|WP_011846321.1|1732485_1733040_-|BON-domain-containing-protein
MKTTTASVLATLLVGSISLNVAAAQDWKDGAKDAWIDGKAETTLLLNTNLNSFDIITDVKEGNVTLTGKVESSVDKALATELIKSLDGVKDVDNQLIVMNEKEGTSEVVATLTDSKVATVVKTRLLFSTDVSGTQINVDVANGIVTLKGEVASDAERQLALKIAENTDDVKKVVDEIKVVKKAS
>NC_017579.1|WP_011846322.1|1733371_1733827_-|glutamyl-tRNA-reductase
MKSNVVQHQTDIRADIMLIDEMITLNQEGLTFYNQAMTYVEDYNLKRIFSTKANIHQRMLRRFEQLRPLSSEPLHGLSHTIPVTYTQATKLLHQCHISQAMAALVVIEQQVLTQMKQAVRQAHQPQLANQLAEGAAWLQISCDGMSSLNPG

Crispr_ID: NC_017579_2

• CRISPR_ID: NC_017579_2
• CRISPR_location: 5176896-5176971
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_017579_2

Consensus_repeat	Method
TGTACAAACTTTATTATTCCAAAA	CRISPRCasFinder

spacers of NC_017579_2

>2.1|5176920|28|NC_017579|CRISPRCasFinder
TAAACTTATGTACAAACTTTACTGTTTA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017579_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_017579_2

>merge|NC_017579|2|5176896-5176971|CRISPRCasFinder
TGTACAAACTTTATTATTCCAAAATAAACTTATGTACAAACTTTACTGTTTATGTACAAACTTTATTATGCCAAAA

>NC_017579|2|2|5176896-5176971|CRISPRCasFinder
TGTACAAACTTTATTATTCCAAAA	TAAACTTATGTACAAACTTTACTGTTTA
TGTACAAACTTTATTATGCCAAAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_017579.1|WP_011848272.1|5183576_5184782_+|S41-family-peptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|223864
NC_017579.1|WP_011845885.1|5167699_5169202_-|IS21-like-element-ISSba11-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|366234
NC_017579.1|WP_011848268.1|5178351_5179368_-|NAD(P)H-dependent-glycerol-3-phosphate-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|234629
NC_017579.1|WP_006083784.1|5185524_5185980_-|Rrf2-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|236820
NC_017579.1|WP_011848269.1|5179372_5179858_-|protein-export-chaperone-SecB	unknown	unknown	gnl|CDD|180234
NC_017579.1|WP_014620909.1|5182410_5183544_+|peptidoglycan-DD-metalloendopeptidase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236942
NC_017579.1|WP_049793080.1|5172215_5173088_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017579.1|WP_011848261.1|5165939_5166311_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017579.1|WP_011848273.1|5184794_5185550_+|divergent-polysaccharide-deacetylase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377404
NC_017579.1|WP_086011359.1|5173208_5174764_+|IS3-like-element-ISSba13-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|366234
NC_017579.1|WP_006084808.1|5180855_5182400_+|2,3-bisphosphoglycerate-independent-phosphoglycerate-mutase	unknown	unknown	gnl|CDD|235463
NC_017579.1|WP_086011359.1|5161450_5163006_+|IS3-like-element-ISSba13-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|366234
NC_017579.1|WP_011848259.1|5164862_5165192_+|IS66-family-insertion-sequence-hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017579.1|WP_011848262.1|5169335_5170769_-|TniQ-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379756
NC_017579.1|WP_011848263.1|5170779_5172216_-|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379165
NC_017579.1|WP_006083779.1|5180153_5180588_-|rhodanese-like-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238089
NC_017579.1|WP_006084804.1|5186002_5186257_-|YkgJ-family-cysteine-cluster-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223799
NC_017579.1|WP_011848266.1|5176023_5176851_-|heteromeric-transposase-endonuclease-subunit-TnsA	unknown	unknown	gnl|CDD|378037
NC_017579.1|WP_011848260.1|5165185_5165404_+|IS66-family-insertion-sequence-element-accessory-protein-TnpB	unknown	unknown	gnl|CDD|377551
NC_017579.1|WP_011848267.1|5176976_5178161_-|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|367519

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_017579.1|WP_011848272.1|5183576_5184782_+|S41-family-peptidase	gnl|CDD|223864	COG0793, Prc, Periplasmic protease [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	1.20277e-101
NC_017579.1|WP_011845885.1|5167699_5169202_-|IS21-like-element-ISSba11-family-transposase	gnl|CDD|366234	pfam00665, rve, Integrase core domain. Integrase mediates integration of a DNA copy of the viral genome into the host chromosome. Integrase is composed of three domains. The amino-terminal domain is a zinc binding domain pfam02022. This domain is the central catalytic domain. The carboxyl terminal domain that is a non-specific DNA binding domain pfam00552. The catalytic domain acts as an endonuclease when two nucleotides are removed from the 3' ends of the blunt-ended viral DNA made by reverse transcription. This domain also catalyzes the DNA strand transfer reaction of the 3' ends of the viral DNA to the 5' ends of the integration site.	5.57854e-10
NC_017579.1|WP_006083784.1|5185524_5185980_-|Rrf2-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|236820	PRK11014, PRK11014, HTH-type transcriptional repressor NsrR.	2.51749e-53
NC_017579.1|WP_011848269.1|5179372_5179858_-|protein-export-chaperone-SecB	gnl|CDD|180234	PRK05751, PRK05751, preprotein translocase subunit SecB; Validated.	7.92192e-87
NC_017579.1|WP_014620909.1|5182410_5183544_+|peptidoglycan-DD-metalloendopeptidase-family-protein	gnl|CDD|236942	PRK11637, PRK11637, AmiB activator; Provisional.	2.21358e-83
NC_017579.1|WP_011848268.1|5178351_5179368_-|NAD(P)H-dependent-glycerol-3-phosphate-dehydrogenase	gnl|CDD|234629	PRK00094, gpsA, NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase.	0
NC_017579.1|WP_011848273.1|5184794_5185550_+|divergent-polysaccharide-deacetylase-family-protein	gnl|CDD|377404	pfam04748, Polysacc_deac_2, Divergent polysaccharide deacetylase. This family is divergently related to pfam01522 (personal obs:Yeats C).	7.999e-88
NC_017579.1|WP_086011359.1|5173208_5174764_+|IS3-like-element-ISSba13-family-transposase	gnl|CDD|366234	pfam00665, rve, Integrase core domain. Integrase mediates integration of a DNA copy of the viral genome into the host chromosome. Integrase is composed of three domains. The amino-terminal domain is a zinc binding domain pfam02022. This domain is the central catalytic domain. The carboxyl terminal domain that is a non-specific DNA binding domain pfam00552. The catalytic domain acts as an endonuclease when two nucleotides are removed from the 3' ends of the blunt-ended viral DNA made by reverse transcription. This domain also catalyzes the DNA strand transfer reaction of the 3' ends of the viral DNA to the 5' ends of the integration site.	1.11665e-25
NC_017579.1|WP_006084808.1|5180855_5182400_+|2,3-bisphosphoglycerate-independent-phosphoglycerate-mutase	gnl|CDD|235463	PRK05434, PRK05434, 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase.	0
NC_017579.1|WP_086011359.1|5161450_5163006_+|IS3-like-element-ISSba13-family-transposase	gnl|CDD|366234	pfam00665, rve, Integrase core domain. Integrase mediates integration of a DNA copy of the viral genome into the host chromosome. Integrase is composed of three domains. The amino-terminal domain is a zinc binding domain pfam02022. This domain is the central catalytic domain. The carboxyl terminal domain that is a non-specific DNA binding domain pfam00552. The catalytic domain acts as an endonuclease when two nucleotides are removed from the 3' ends of the blunt-ended viral DNA made by reverse transcription. This domain also catalyzes the DNA strand transfer reaction of the 3' ends of the viral DNA to the 5' ends of the integration site.	1.11665e-25
NC_017579.1|WP_011848267.1|5176976_5178161_-|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|367519	pfam03486, HI0933_like, HI0933-like protein.	0
NC_017579.1|WP_011848262.1|5169335_5170769_-|TniQ-family-protein	gnl|CDD|379756	pfam15978, TnsD, Tn7-like transposition protein D. TnsD is a family of putative Tn7-like transposition proteins type D.	9.15653e-16
NC_017579.1|WP_011848263.1|5170779_5172216_-|ATP-binding-protein	gnl|CDD|379165	pfam13401, AAA_22, AAA domain.	1.42584e-12
NC_017579.1|WP_006083779.1|5180153_5180588_-|rhodanese-like-domain-containing-protein	gnl|CDD|238089	cd00158, RHOD, Rhodanese Homology Domain (RHOD); an alpha beta fold domain found duplicated in the rhodanese protein. The cysteine containing enzymatically active version of the domain is also found in the Cdc25 class of protein phosphatases and a variety of proteins such as sulfide dehydrogenases and certain stress proteins such as senesence specific protein 1 in plants, PspE and GlpE in bacteria and cyanide and arsenate resistance proteins. Inactive versions (no active site cysteine) are also seen in dual specificity phosphatases, ubiquitin hydrolases from yeast and in sulfuryltransferases, where they are believed to play a regulatory role in multidomain proteins.	8.09423e-32
NC_017579.1|WP_006084804.1|5186002_5186257_-|YkgJ-family-cysteine-cluster-protein	gnl|CDD|223799	COG0727, COG0727, Predicted Fe-S-cluster oxidoreductase [General function prediction only].	7.69755e-05
NC_017579.1|WP_011848266.1|5176023_5176851_-|heteromeric-transposase-endonuclease-subunit-TnsA	gnl|CDD|378037	pfam08722, Tn7_Tnp_TnsA_N, TnsA endonuclease N terminal. The Tn7 transposase is composed of proteins TnsA and TnsB. DNA breakage at the 5' end of the transposon is carried out by TnsA, and breakage and joining at the 3' end is carried out by TnsB. The N terminal domain of TnsA is catalytic.	9.69692e-23
NC_017579.1|WP_011848260.1|5165185_5165404_+|IS66-family-insertion-sequence-element-accessory-protein-TnpB	gnl|CDD|377551	pfam05717, TnpB_IS66, IS66 Orf2 like protein. This protein is found in insertion sequences related to IS66. The function of these proteins is uncertain, but they are probably essential for transposition.	7.02787e-33

Protein sequences

>NC_017579.1|WP_011848266.1|5176023_5176851_-|heteromeric-transposase-endonuclease-subunit-TnsA
MGRFRKLETLEDYQRALKNNYGLGEADTYMPWLRVQDVNSAGNSGKIDGIKSNRVHHTLSEQESCFFYLVEFCDPVIDIREQFPLLPLDLSVRLAKTLDVDHPINPMTKEKCFNVMTTDFLLTLTDGTKTWYEAISVKPADDLKDKRTAEKLDIERVWWQLQGVVFHIFSMTEQSQIQSRNIQWFTSPYRQGSNFQNDIIEKAKSIVKLGTNLIEDLCNEFIRELNVEHDDALVLLKVLLATKQIRVDLTKPIAESGILQVVKVARQVGEQQNAS
>NC_017579.1|WP_086011359.1|5173208_5174764_+|IS3-like-element-ISSba13-family-transposase
MARYSPERKEAILKKLLPPHNLTVAEVAREEGIAVQTLYHWRDIARKEGRPVPGKTLTADDWSAEAKFAVLIETAPLSEAEISQYCREKGLYREQVQQWKLECLSGFQTSEVQTKTIKQQAKADKAEIKSLQRELRYKEKALAEAAALLVLRKKPQCALGGRQRGELTPLPERIALIALIQEAYTQGARLYKACAETGLSKRTYRRWYREGQVQADLRPTAARPEPANKLEEHERQQILSVCNQAEYASLPPSQIVPTLLDNGIYIASESSFYRVLNAHGQLNHRGRTQATVNRSKPLSYRADGPNQVWSWDITYLASTVKGQFYYLYLFEDIYSRKIVGYEVHEQENGEYAAALIQRSLLREQCFNTPLVLHSDNGAPMKSLTMKAKLEELGITASLSRPRVSNDNPFSESLFKTLKYRPQWPASGFSCLATAREWVEKFVSWYNDEHKHSQLNFVSPGQRHALQDGAILAKRKKVLEAAKERKPMRWSTEIRNCEAVGAVTLNPDKAPVEGVINAA
>NC_017579.1|WP_049793080.1|5172215_5173088_-|hypothetical-protein
MLNKRLNHELQGTTLGRPSTRGDRDPRADAIFTLKEVTTLLIDEVLSLNRQYLDSLGGQSRLFIESGNKPCPLNYWNFHLDKHLHALNKVNEAEVRSRLLPVETVSMTSKGIRLNDDMYYECDRPEFEDWKTIARSGARWSMEARIDQDNSSFIYVRLQKMEGFTRCTLMLQSSSLEGLHRADVLFFEDWKKLEKIRAKPDTKSVEQHQRRKAIVKHAQGEAKNAPPLSSKVERTRGMKERRREVIEEARLSSSSAKVERKNEETNYVEQWSEERNKKVVSLLKRKKDND
>NC_017579.1|WP_011848263.1|5170779_5172216_-|ATP-binding-protein
MYVENACYQKAILPEHVGNALIESLPKKLTDEELVDKLANYPKCLTEDTQNDPEIRAEYLTRIKRLRQPQLVYFDVFRAVEIAIKDGYSAKNPLSPTTMNYLHYSLEDRPIIEPNTGFFKPKGCGITIIGESGVGKTSMLEQVLSIYPDVIKHQSYSGMSLPLTQVVWLKVDCPDDSSVKGLCHRILDEIDRKLDIKDTKPQNTIALLIKQIEAKMKSNYLGILVIDEMQNLNTAKAGGAERLLGFLHNLMNNLGIPILFCANPPFDKLLSKTLKAARRAESGGYFDIGLLKNSEDEWGLFVDELWKLQWTNVQTPLTQDLSDRLFNLSVGNMDLAVRIFYASQRAVIGSLNERITTDVLDKGASIAIRASKSTTDELRLSLLKRKNESKKETPNNEASEEAKVITESKGKFVTIPGDLSRPHHPEFAERITELQYEDDLHALIEDPALIQRASEEEHPLDMLKSAGLFCEDPLKTFG
>NC_017579.1|WP_011848262.1|5169335_5170769_-|TniQ-family-protein
MLLPPLLPDELLLGRLIRYLAISGDEVGAFCEKAFGSNRISLHPLLTAGIEHLSHAVGESPEELLNQQTLAPLFLFYLPGHASNLKKYLLANEGAKALRESQLPSYGHGGSVCLKWCQLCAKQDIQSYGMTYWHRAHQIPGVIACYKHQVLLGNIALEERKHRFDAGLPPLRNEVTRTALDIEYRVAKFSQQLTLVLMKAPPVIELSSVYRWRLADLGFITSGGRVRRQLLMRQFITWVGSYHSGPDTPLPNDIKDYRYLSELLNPKTSHHPFRHLLFASWLFSHPNEIFKQKQSEPNVALVKPSLIKTKAQQLENKCLKLLEENRSMAEVSRLTGKSRCYLKRIALQHGIKLNLKPRQLTSELKSKIVHLALSGMHRELISERCGIGIGSIEQVISSVSGLVDWRKKCHFESVRRRYRLEIQRYMLENHDAIRRDIKSDCNSAFFWLYLYDRHWLDSALPSPAKPIGHGEYVLNSD
>NC_017579.1|WP_011845885.1|5167699_5169202_-|IS21-like-element-ISSba11-family-transposase
MPGHRITDQQIRLFMSKRKDHLQVTAASKAGISERSARRIESGQRQLGPSKPRNYRTRTDPLELVWDPVVLPLLQLSDTITPVGVFDYLCEEYSDVFAVTLRRTLERRIQKWRQINGQDKEVIFRQVKEFGQLGIMDFTWADFIVTIRGTTLKHRFFNYRLPASGWSYVQVVYGGESFVAVATGLQNAFEQSNGVPQEVRTDSLSAAYKNHSNETLFTERFSELSIHYGFKPSKNNTGIAHENGAIESANNHLKNQIRQALAIRGSSDFDSIDEYETFIDDVVQRRNRRIMALLIDEQRQLQPLPKFESVNYEIYPVKVSSTSTFQLKRVTYSVPSRLVGATLRVHLFDKKLDIYCHGVHTATLTRVHASANNRGHQINYRHLIGALMKKPRAFRGGQWRDQLLPNEDYRQIWKNVDALLSADEASLYMVRLLNIASKSDREEAVGRFVLEGINLGQRPNIVDCEERFLKDEEWEFNLKVQQHSLASYQQILDEVNEYVS
>NC_017579.1|WP_011848261.1|5165939_5166311_-|hypothetical-protein
MPEIDSNEPRAVSVGIRAVLKILEKWSCDQQQVKALLKLPENYNDLDFEHENFSLEQVERVRCILNIHASLRTLFTNPENVYGFMSMVNHNSPFNGSTPLNFILNDKAYNFQLVIKHLESQLY
>NC_017579.1|WP_011848260.1|5165185_5165404_+|IS66-family-insertion-sequence-element-accessory-protein-TnpB
MLMFRELPNVYLHRAPVDFRQSINGLAVIVEQQLSLSATDGSVFVFCNKARDKLKILYWDNTGFALWYKRLE
>NC_017579.1|WP_011848259.1|5164862_5165192_+|IS66-family-insertion-sequence-hypothetical-protein
MAKRSHEDWAALIQQQPASGLTITAFCRQYKLSLSGFYARKADMTKTSSPKVTPFVQATVTSPTAMTTQAQPGPPQQSICLQHQTGLWTFPCSLPATYLLDIIKGLQAC
>NC_017579.1|WP_086011359.1|5161450_5163006_+|IS3-like-element-ISSba13-family-transposase
MARYSPERKEAILKKLLPPHNLTVAEVAREEGIAVQTLYHWRDIARKEGRPVPGKTLTADDWSAEAKFAVLIETAPLSEAEISQYCREKGLYREQVQQWKLECLSGFQTSEVQTKTIKQQAKADKAEIKSLQRELRYKEKALAEAAALLVLRKKPQCALGGRQRGELTPLPERIALIALIQEAYTQGARLYKACAETGLSKRTYRRWYREGQVQADLRPTAARPEPANKLEEHERQQILSVCNQAEYASLPPSQIVPTLLDNGIYIASESSFYRVLNAHGQLNHRGRTQATVNRSKPLSYRADGPNQVWSWDITYLASTVKGQFYYLYLFEDIYSRKIVGYEVHEQENGEYAAALIQRSLLREQCFNTPLVLHSDNGAPMKSLTMKAKLEELGITASLSRPRVSNDNPFSESLFKTLKYRPQWPASGFSCLATAREWVEKFVSWYNDEHKHSQLNFVSPGQRHALQDGAILAKRKKVLEAAKERKPMRWSTEIRNCEAVGAVTLNPDKAPVEGVINAA
>NC_017579.1|WP_011848267.1|5176976_5178161_-|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase
MKHHDVIIIGAGAAGLMCAATAGYRGRDVLVLDNAKQAGRKILISGGGRCNFTNLKVEPANFLCGNPHFVKSALARYPSQQFIELVERHGIEYHERDHGQLFCNDSAKEIVTMLLTECEWAGVTIKLRTDILAVKKTEAGRFELNTSNGELSCDSLVIATGGLSMPKLGATPYGYQLAEQFGLKVLTTHAGLVPFTWHSEDKIRFEPLSGIAVPSRITAKDGTAFSEALLFTHRGLSGPAILQISNYWKAGETIEIDLLPNMDLAQLLEQQLTAHPKQSLRNTLSQWLPKRLVEVLFDEALLNKALNQLVHAERAKLVDDLHRWTLLMNGTEGYRTAEVTLGGIDSNELSSKTMEASKVAGLYFIGEVMDVSGWLGGFNFQWAWASGVAAGQAV
>NC_017579.1|WP_011848268.1|5178351_5179368_-|NAD(P)H-dependent-glycerol-3-phosphate-dehydrogenase
MKNSADITVLGAGSYGTALAISLASNGHKTLLWGHDPVHMQTLAQDKCNQAFLPGIAFPDCLQIEADLAKALAASNNVLVVVPSHVFGTVLEQAKPLLRSDARIVWATKGLEPETGRLLQDVARDVLGEQYPLAVLSGPTFAKELAMGLPTAISVAGTCPTFTNYLVELLHSPKRLRVYANDDFTGLQLGGAVKNVIAIGAGMSDGIGFGANARTALITRGLVELTRLGEALGANAATFMGMAGLGDLVLTCTDNQSRNRRFGLALGKGCDVMTAQAEIGQVVEGYRNTKEVFTLAKRLGVEMPITEQIYQVLYQGKSPVDAAKELLSREKKSETPAQ
>NC_017579.1|WP_011848269.1|5179372_5179858_-|protein-export-chaperone-SecB
MAEVANNEQQAPQFNIQRVYTKDVSFETPNSPAVFQKEWNPEVKLDLDTRSAKLADDVYEVVLSLTVTAQNGGDTAFLCEVQQAGIFSITGLTEPQLAHSLGAYCPNFLFPYARETVGSLVGRGTFPQLNLAPVNFDALFAQYVQQRQAAATAPAAEEANA
>NC_017579.1|WP_006083779.1|5180153_5180588_-|rhodanese-like-domain-containing-protein
MQEYIEFFKAHSMLSLAWVGLFVVLVASIIKSSMSKIKSISHQELTIMVNRQDAKVVDVRSNDEFRKGHIVDAINVTLADIKNNQISALEKFKASPIILVCNAGMTSSQAAQLLSQQGFENLYNLKGGMGEWQAANMPVSKSKR
>NC_017579.1|WP_006084808.1|5180855_5182400_+|2,3-bisphosphoglycerate-independent-phosphoglycerate-mutase
MTTAKRPLALLILDGWGYRENTHNNAIFHANTPVLDRLNAQYPHSLISGSGLDVGLPDGQMGNSEVGHINLGSGRVVYQELTRISKAIADHEFEQNPALCDAVDSAIKAGGAVHIMGLLSAGGVHSHEEHIEAMCRMAVARGATKVYLHAFLDGRDTPPRSAKSSLSHFDDLFTTLGHGRIASIIGRYFAMDRDNRWDRVSQAYDLITQGKSKFQYDNAVTALEAAYERNENDEFVSSSAITDADGQVATLQDGDALIFMNFRADRARQITRSFINPDFDGFERAVVPKMHFVTLTEYAGDIKAPIAYPSENLVNTLGEVLQKQGRTQLRISETEKYAHVTFFFNGGKEEPFEGEDRILINSPKVATYDLQPEMSSAELTDKLVAAIESTKYDVIICNYPNGDMVGHTGNFDAAVKACEAVDACIGRVVDALAKVGGECIITADHGNAEQMTDETTGQAHTAHTSELVPFVFVGRNATIDEGGKLSDVAPTILTLIGEAIPAEMTGKPLIHIKE
>NC_017579.1|WP_014620909.1|5182410_5183544_+|peptidoglycan-DD-metalloendopeptidase-family-protein
MSTRLLVKASILAGFMMLSFSANASDLEKRQSELKSIQTQINQQQSALKNTSKQREKLLSLLRSDEEAIASAAKKVNSTKNSLAQIDTKLIELKQRQDELETLKVSQQQTLSKQLSSAYLAGNHDYTKMMLNQQSPATIERMLAYYQYLNKARMKSINELKQTLTELDEIKVSQTSKQKQLTKLVAEQQVQAKRLSQEQDQRQLTIKELQRTLNSKGAELEQLQIEEASLKRVVEQALRAMKDNPSMEGFGKQSGKLKWPTKGRVSANFGSQRSGQVVWKGTMLSAPEGQNIRAVSGGKVIYADWLRGFGLVMVIDHGKGYMSLYGHAQTLLKSPGDMVKSGEAIALVGRSGGQSEAGLYFEIRHKGQAVDPAKYCR
>NC_017579.1|WP_011848272.1|5183576_5184782_+|S41-family-peptidase
MKHMIRYISCVGLGLTLGLSISLSSQENAKSYRSDFDYPLLQDVLETVETYYVKTVSKEELVQAAIKGIFEHLDPYSSFLNHQELLDLKDSNRGEYFGFGFEVATQNDHINIIAPFAHSPAEQAGIRAGDIIVKLNDTLATETNLANILAEIKKHSLSNQSIKLVLKHSNDDATFEVSLKPSTITIESVTTQLLDGNIGYVRLSSFQENSTEDMVRSLSQWQNKPLAGLILDLRNNPGGLLDQAVKIADLFLAKGRIVSTSGRFFDANSDYYASPQTMLTNVPMLVLINKGSASASEVLAAALQENGRAKLLGETSFGKGTVQSLIPILEDGNAIKLTIAQYNTPRGENIHNIGIVPDIKIAAETGSGAGNLAIIDALSAHASLAQDHQVTSAIAWIQHHD
>NC_017579.1|WP_011848273.1|5184794_5185550_+|divergent-polysaccharide-deacetylase-family-protein
MRLLYSLALLALSISQSHAAQIALIIDDIGYRHTDQAVLALPSTVTLSVLPHTPLGEELANAGHKKGHEIMLHLPMQALNGKALGLGGLTNTMTEAQIRASVVDAINSVPFAKGANNHMGSLLTQLDDPMLWIMETLKQKHLYFIDSMTTRFTKAGETADQLGVPLLKRQLFLDNDTSAKALERQFNLMISQAHTQGNLVAIAHPYPETMRFLKANLQRLKTEGIDLVPASSLLPIGIAHKNGTNPAVTLR
>NC_017579.1|WP_006083784.1|5185524_5185980_-|Rrf2-family-transcriptional-regulator
MQLTRYTDFGVRTLMYLAVQPDRTTLFRIAEITQVFDLSPNHVSKIVHHLGKMGYLETIRGKMGGFRLGKPASEINLGQLVRVLENSLAPIDCSKPYCRFTPACKLKGVLAQAVEAYLNVLDQYTLLDIVSNRDELLALLPDMSISVLQLD
>NC_017579.1|WP_006084804.1|5186002_5186257_-|YkgJ-family-cysteine-cluster-protein
MNCRLGCGACCIAPSISSSIPGMPNGKAAGERCVQLSDANLCLIFGSPDRPAVCSDFDASEDVCGHSNEEALWLITQLEAQTSH

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NC_017579_2	2.1|5176920|28|NC_017579|CRISPRCasFinder	5176920-5176947	28	NC_014841	Pantoea sp. At-9b plasmid pPAT9B04, complete sequence	246254-246281	6	0.786

1. spacer 2.1|5176920|28|NC_017579|CRISPRCasFinder matches to NC_014841 (Pantoea sp. At-9b plasmid pPAT9B04, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.786

taaacttatgtacaaactttactgttta	CRISPR spacer
gaaacatttgtacaaactttactgtgcc	Protospacer
 **** * ***************** . 

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	197026 : 210763	9	Bacillus_phage(42.86%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_2	1338425 : 1415914	51	Cyanophage(23.08%)	transposase,integrase	attL 1368414:1368473|attR 1419843:1421513
DBSCAN-SWA_3	1547775 : 1613210	69	Pseudoalteromonas_phage(54.84%)	plate,head,terminase,holin,transposase,portal,tail,capsid	NA
DBSCAN-SWA_4	1939434 : 2021436	58	Enterobacteria_phage(12.5%)	transposase,tRNA,integrase,protease	attL 1938637:1938696|attR 2019136:2021530
DBSCAN-SWA_5	2425313 : 2497117	52	Acinetobacter_phage(15.38%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	2515971 : 2586965	55	uncultured_Caudovirales_phage(15.38%)	transposase,tRNA,protease	NA
DBSCAN-SWA_7	2599376 : 2610925	12	uncultured_Caudovirales_phage(28.57%)	tRNA	NA
DBSCAN-SWA_8	2874999 : 2883651	11	Yellowstone_lake_phycodnavirus(16.67%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_9	3150361 : 3222861	46	Acinetobacter_phage(20.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_10	3743078 : 3754504	8	uncultured_Mediterranean_phage(33.33%)	tRNA	NA
DBSCAN-SWA_11	3790736 : 3798332	7	Staphylococcus_phage(50.0%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_12	4185833 : 4333168	118	Vibrio_phage(18.42%)	tRNA,terminase,transposase,portal,integrase,tail,protease	attL 4187729:4187743|attR 4341449:4342684
DBSCAN-SWA_13	4374098 : 4418266	43	Bacillus_virus(25.0%)	transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_14	4439367 : 4521049	51	Enterobacteria_phage(25.0%)	transposase,integrase	attL 4450347:4450364|attR 4512925:4512942
DBSCAN-SWA_15	5142928 : 5204708	43	Shigella_phage(16.67%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_017579|197026:210763|DBSCAN-SWA
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MKLGLTLALIACLLASFGSMAGNDRQNDRNQGAKNEQRRLAVNSPDQAVAMVQRQYQGKVLSVQSSGSGYRVKLLNNDGQVFSVSVDAATGRVSRN

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012588852.1|199081_199372_-	PepSY domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620508.1|199730_200687_+	choice-of-anchor H family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006079504.1|200767_201241_+	peroxiredoxin	M1I839	Pelagibacter_phage	5.5e-23	47.4
WP_014620509.1|201318_203301_-	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	3.5e-15	40.0
WP_014620510.1|203430_204747_-	two-component system sensor histidine kinase EnvZ	W8CYF6	Bacillus_phage	8.7e-10	24.0
WP_006079507.1|204789_205515_-	two-component system response regulator OmpR	W8CYM9	Bacillus_phage	1.7e-31	34.7
WP_014620511.1|205873_210763_+	PAS domain S-box protein	A0A1V0SGX0	Hokovirus	3.3e-70	31.4

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_017579|1338425:1415914|DBSCAN-SWA
GTCAACCCAAACTGGACACTTTTAGTTGAGAATTTTCAAACTCTACAGGTGACAGATCACCATTAGCAGAATGAAGTCGCTCCAAGTTGTAATATTTCATGTAAGCAGTCACATCTTGCTTCATAAACTCCCTTGTTGGTTGATTAACTTTAAAAATCCAATCGTGTTTTAAGCTGCCAAAGAATCGCTCAACAACGGCATTATCCCAACACGCTCCCACATCACCCATGCTGGCTCGGATACCATAGCTCAATAGCAGCCTACCGAATTGCTTACTGGTATATTGCGAGCCTCGGTCACTGTGAAATACCAGCCCTCTGGCCGGTTGGCGCAGGTTGTAGGCTTTTATTAATGCCTTAGATATCAAATCCGTGGTCATGCGTTTGTCTATGTGCCATCCCACAATCCGGCGTGAATATAAATCCATCACCACAGCTAAATACATCCAGCCCTCACCCGTCTTTAAATAGGTCACGTCACCCGCCCAAACCTCATTAGCCGATACGGGGTTAAAGTTCATGTTTAGCAGGTTATCTGCCACTGCATCTGAGTGTTTTCGCTGTGTCGTCACCTTGTAAGCGCGTCGCTGGGTTGCTTTGAGTCGAAGGCGGTGCATAATTTTACGAACGAGATAGCGACCAACCTGGTAGCCTTCCTTGCGCAATTTCTTCACCATTTCACGATTTCCTAAGCTGCCTCGACTTTGCTTAAATAGCTGTCTAACAAGGCGATAAAGCTTCAGTGTTTCAAGGCTTATCACGTTTGCAGGGCGTTTATGCCAATCGTAATAGCCTGACTTACTGACACTCATTACTCGGCATAACAGTGTTATAGGAAACAGGTTAGATTGCTGTTTGATGAAACGAAATCTTACTTCATTTCTCTCGCAAAGAAGGCGCTTGCCTTTTTTAGAATTTCTTTCTCCATGCGTAATTCTTTGTTTTCTCTACGCAATCGTTTCAACTCATCACGCTCAGATTCTTCTAAGGTGATACCTTGTTTCAGGGCTTCGTGTTTTTCCTTCCAGTTGTAAAGCAGGCTCGTGCTAACTCCAAGAGACTTTGCCGCATCGGCAACGCTATAACCTTGTTCTAGCACCATCAAGACGGCTTCATCTTTAAATGCCTGCGGATAACTCTTATGTGATTTCTTCAGACTCATATAGACCTCTTAATTTATTGACCATACTGTCTCAAAATTAAGTGTCCGATGGGATTAGACCAGAACACTGTTGCATTTGAACAAGAGCGTGAGCGTTCCGCTATTGCTGCAACATTCCAGTATGCGCCATCTGATTCATTAAACTTTGTGTTTAACGCGATGGACATGCAAATGGCCGCGGACAACACCAACTACGCATTATGGTTTACGCAAGCTGACACCTCATGGTCAGGAGCTCCAGGTTCTGGTGCTTGGGATAACACGGAATGGTTAGGTGGCTGCGGTTTATGTGGTGGTGATAAGCCAGATGCATCACAGTCAGGTTCTCAAGTTGCAGGCCCTGTTAACTTAGCATATTGGCAAGCTCGCCCTCGTGAAGCGACAATGAAGTCTCAAGTTTTCGACCTGAAGATGGAATATAGCGGCGATGGATACCAGTTTACGACTCAAATCGGTGATACAAGCTCTACTGGTGGTACCGATTTTGAAATGGTTGTTGAAGATGGTCTGGGTGGCACAGCATTAAATGGTGCGACTTACGACTTTACCAATGGTCATCAAACTTGGGATTTGAATGGTTTTGATACAGCTACTTATGATCCTGGTTCACTTGTAATGGGTACTGGCAGTAACTTTAATAAAACACCCAAAACGGATGATGAAACTTATATTCAAGCCGATATTAAGTTTGATGTAGATCTAGGTGTGGTTAATGCCATTAAAACGGGTCTGAAATATGCGAAGCATAATACAACGAGTCGCCGTTTTGACTTTGTACAAGCCGATGACTTTAATCCCGTCATATCAACAGCAGGCTTAAATACTGGTACTTTTGCTGTAGGAACAAGTGAATACGATATTATTCGTTTTGATCCAGATGCACTAAAAGATTGGGCCAAATCGAGCATCATAGGTGAGACAGAAGATTTTGGTTCATACCGTGAAATTGACGAAGATAACTATGCTGCTTATGTGATGGCTAACTTTGCATCAGAAGGTGTACGAGGTAACTTTGGCGTGCGTTATGCGGGTACTGAAGCAACTTCAACTTACTATGTTGATGGCAAGAAAACCGATTCTTCGGCTAATTATGGGGAATGGTTACCAAGCTTGAACGTTGCATTCGACTTAGCACCAGATCTCATATTGCGCGCATCTGCAGCTCGAGTTATGGCTCGTCCACAGTATGATGACATGTATGTTAACCCTAACGTTTTAGGTGCGAATGATGATGTGCCTAATAACCAAAAATGGGTTGTTGGCAATATCGGGTTAAAACCATTTATTGCTAATCAAATAGACTTAGGTATTGAATGGTATTTCAATGAAGAGTCATTACTTTCTGCGGCTTTGTTTATGAAGGATGTTAAAAACTTCGTAACCTTTAGCGAGTATCATGCAGATAGCGCCGATATCCCATTTACTGGCACGTTAAAGCCTGATGAAGTTGCTGGTGGTTGGACTGTGCAAGAGAAAGCCAATGGCGAGTCTGCGACAATCCAAGGTCTAGAACTGCAATATCAACAAGACTTTGGTAACGGCTTCGGCTCAATTGTTAACTACACTTATACTGATAGTGAAACGAGTGAAAATACATATACAGATCGCAACCCGTTCTTAAGCGATAGTTCAAAGCATTCATATAACTTAACTGGTTATTTTGAAAACGATTTGTTCCAAGTTCGTTTAGCATATAACTGGCGTAGTGAGTATATGATCCGTGAAACTGGTTCATACGGTAATCGTTTACACGATGCATTTGGTAGCTTGGACTTGAGCGCAATTTGGCATGTTACTGATTATATGGATATAAAGCTTGATGGTAATAACCTGTTAGAACCAGAATTCAGATAATAACTGCGACACTCTAATCGAGGTGTAGAAGAAGCCAACTGCTGAAAAGTGGTACGCTTTATCTCGCCAAAGTAAAAGAGTATCACCATGAATTATCAACAGTTGACCGAAGCAAGACGATACCAGATTTCCGTGCTGTTAGAACAGGGCTTTTCGATAGCACACATAGCTAAATGCATTGATTGTCATCGCTCTAGTGTCTATAGGGAAGTTAAACGATGCCAAGGGCAATCACGCTATCAGCCTGATATTGCACACAAGCAGGCTGTCACAATGAGGCGTCAGTCGAGTAAATATGCGATACCCTCACAGCGAATAGAGAGCATCATCCTTTTGCTGCAATTGGATTGGAGCCCGGAGCAAATTTCGCAGGTGTTGCGTCTGGTGAAGGAGCCCGTCAGTTACGAGTGGATTTATCGCTATATTGCACGCGATAAACGCCGTGGTGGCAAACTTTATCGTCATTTACGTCAAGGACATAAGCGTTATCGGCGCGGTAAAGTAGAGCAAGCTCCTACCATAAAAAACGCCGTATCCATTGACGACAGACCAGCCATTGTTGATAGCCGAGAGCGATTTGGTGACTGGGAAATCGACACCGTATTGGGGCTGCATGGAACGGGTTCGATTGTAACCCTATTAGAGCGTAAGACTCGGTTTTATTTGATAAAGAAAGTCAATTCGAAGTCAGCGGCAGATGTAACGAAAGCGACGATTGAGTTACTGATGCCCTATAAGGCGCATGTGCTGACAATCACGGCAGATAATGGACGCGAATTTGCTCACCACCAAGAGATAGCAGAGGCGCTAGATACACAGGTGTATTTTGCGCACCCTTATCGTTCTTGTGAACGAGGAGCGAATGAAAACGCCAATGGATTACTGCGGCAGTACGTCAAAAAAGGGGTTGATTTGAGGCTAGTGAGTGATGAATTAATCGAATTTGCTCAGAATAGAATTAACTATCGACCCAAAAAGTGTTTGAAGTTTAAGCAGCCTGCGGTGGTATTTCACCAATTAGCTGCTTAATTGTCGAGTGTCGCACTTCGGAGTTGAATTCGGGGAAGAAGGTTCACGTCAGTTTGGTAACAATCAGTTCCAATCTAATCTAAGTGGCTTTACGGATGGCTTCCCTGTATTTGAATACAATATGGCCCGCCGAATTACATTAGGTGCTAGCGTACGATTCTAATCTTGGTTTAACTCATGTATAAATGAAAAAGGGAGCTTGCTCCCTTTTTTTATATCTCAATAATATTCAATCAGAAGAAGCCCTCAAGGAGCTCATATGACTAATTCTATCACCCCGCTTGACTCAGCAAAACATGCGCACCTTAAAGTGACTCCTACCACTTATGAGCATGTAGCTGAGCAACATTTACTACCCATTTCAATTTATGAGTTTGCTTATGCAGCTGTAGATTCACCTGTTGTTTTTGTTAAGAATAGTGAAACAGGAGAATATCAGTCCGTAATTATGCTTGGATTAAAACCTGGACAGAATTTGAAGCAAAAAGATGGCAAATGGTTAGGGCTGTATATTCCAAATGTACTTAAAAACTATCCGTTTGGGTTAATACTGAGTGCTGAACAACAGGATAAAGTATGGGTTGGGATACGTGAAGAAAGCGCTCATGTGACTACTGACGAGGGAAATGCATTATTTGAAGGAGGAGAGGAAACGGCGTTTTTAAGATTGCGTAAAGAAAGTATTATAAAAAACTTTGAACAAGAACAAATGAGTAAGGCAATTATTGCATTTTTTGCTCAAAAAGAATTATTTTCTCCCCAAAGTCTTACCGTTGACATCAAAGGCGAAAAACGCGGCATTAATGGTATCTATTTCATCGATGAAGCTAAGTTAAATCAACTCAGCTCAGATGAGTTCTTAGATATCAAGCAACGAGGCCTTTTAGCTCCAATTTACAGCCATTTGAACTCATTGTATCAAATTAATCGCCTAGCGAAAGAAGAAATCGAGTTGA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MKTLALKVQIGLAAAIFMIVSVLFGASYWLASDKLAASETEFEDNTVANLQVTMVQPIFTYDYEQIQAVLSVMLKSAQIYHIVVSDHRGKVLAESQQAQTVADEYLVKREIHFADQGNPTGQLAIQFSMLPIRAQLSDLLLGYFLQALLILGGSLFVIFIILKRLVINPLENVVRAMEEIASGDGDLCHRLPVESQDEIGQLAKAFNGFVEQIHGTISRVHETSGQLLGDAKALGSLSQTNNDRVQTQLKETEAAVTAVTQLSASANEVAINAKRTADAASQADKAVDDSQRQFDSGLDITRKLASELARSALSVSQLQQETQKIDEVVVVINSIAEQTNLLALNAAIEAARAGEQGRGFAVVADEVRTLASRTQQATGEIQKMIQQVQSRVAETVTVMQASQALSTQGVNRSEEIKLVLTKVTDLVSNISNMNIEVSHAAQEQTCVTEAISRTLNDLANVSGSASLDSEHLAHSSERLFHQGERLRTLVTSFRL
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MSAIAHAGSYYAASANDKVERPRLEESIEADVCVIGAGYTGLSAALHLLESGFSVVVLEAARIGWGASGRNGGQIVNSFSRDIDTIEKTVGKEQGKLFGQMAFEGGKIIRDRIAKYNIQCDLKDGGVFAAMNEKQMGHLRHQKQLWESHGHVNQLELLDAKGIRGVVNTERYVGGLLDKSGGHIHPLNLALGEARAVESLGGKIYEDSAVLSVDEGDSPVVHTAQGSVKAKFVVVAGNAYLGKLMPELQAKSMPCGTQVITTEPLSDDLAASLLPQDYCVEDCNYLLDYFRLSGDKRMIYGGGVVYGARDPADIKSIIIPNMLKTFPQLKDVKIDYAWTGNFLLTLSRLPQVGRIGKNIYYSQGCSGHGVTYTHLAGKLLAEMLNGQATRFDAFAALPHYPFPGGHALRVPFSAIGAWYYTLRDKLGL
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MASKPPVHSEQYPHSYYVDTAKEIYAHPQLEGNISADVCIVGGGFSGINTAIELAQRGMSVVLLEAKRIGWGASGRNGGELIRGIGHDPSQFHSEIGTEGVQAIQQMGFEAVEIVRNRIQEHSIDCDLQMGYCDLAVKPRHMDELEEEFSALKAMGYQQEIKLLTKPQLGEVIGSDFYQGALVDMGSGHLHPLNLALGEARVARNLGVQLFEYSAAEKIIQGAKPKVMTAKGEVTCQYLVLAGNAYIGHKLNSFVGGKVLPAGSYLLATEPLTEAQCASIIPQNMAFADMRIALDYFHLSADRRLLFGGLCTYSGKDPKDIEAALRPNLEKVFPQLKGVRIDYEWGGMIGIGANRMPQIGRLPDANNIFYAQAYAGHGVNATHMAAKLLAEAICQQAGYFDVFAKIKHMTFPGGPTFRSPMLAAGMLYHRFKDLF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_086011358.1|1338425_1339585_-|transposase	IS3-like element ISSba3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.9e-49	35.9
WP_011846255.1|1341526_1342468_+|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011846094.1|1342727_1343432_+	SapC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846095.1|1343452_1344994_+	tryptophan 7-halogenase	A0A1Z1LWL6	Synechococcus_phage	7.7e-66	35.9
WP_011846096.1|1345048_1346575_-	tryptophan 7-halogenase	M4SKV1	Cyanophage	1.6e-52	31.3
WP_011846097.1|1346589_1347507_-	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846098.1|1348003_1349077_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846099.1|1349076_1350564_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	3.5e-31	27.6
WP_011846100.1|1353613_1354549_+	ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_006084998.1|1354566_1355565_+	SIS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846101.1|1355740_1356877_+	N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_011846102.1|1357055_1358219_+	DUF5009 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011846104.1|1359937_1360660_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006085005.1|1360843_1361209_-	cupin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846105.1|1361239_1362730_-	CoA-acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011846106.1|1362799_1364164_-	aspartate aminotransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846107.1|1364443_1365940_+	aldehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011846108.1|1366650_1367574_+|transposase	IS5 family transposase	A0A1V0E8E1	Vibrio_phage	6.9e-147	81.1
WP_041408871.1|1368120_1368444_+	DUF2971 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
1368414:1368473	attL	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|1368488_1370043_+|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011846109.1|1370040_1370448_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846110.1|1371368_1371782_+	septal ring lytic transglycosylase RlpA family protein	F5B3X9	Synechococcus_phage	1.5e-16	55.0
WP_011846113.1|1372959_1373472_+	DUF2937 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846114.1|1373728_1375036_-	FAD-binding oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_006080693.1|1375272_1375821_+	cupin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846116.1|1376534_1377296_+	gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006080696.1|1377298_1378654_+	glutamine synthetase	NA	NA	NA	NA
WP_006085019.1|1379254_1380355_+	polyamine ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_006080699.1|1380533_1381670_+	polyamine ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	1.4e-27	36.6
WP_006080701.1|1381666_1382572_+	ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_006080702.1|1382568_1383384_+	ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_006085020.1|1383646_1384933_+	FAD-binding oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_011846117.1|1384983_1386432_+	NADP-dependent succinate-semialdehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011846118.1|1386464_1387742_+	4-aminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase	A0A1V0SKB7	Klosneuvirus	5.2e-28	28.4
WP_011846119.1|1387891_1388899_-	LLM class flavin-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_014620635.1|1389711_1391265_-	peptide MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_086011368.1|1391410_1392570_-|transposase	IS3-like element ISSba3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	7.6e-50	35.9
WP_011846123.1|1392744_1393518_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846124.1|1393527_1395039_-	tryptophan 7-halogenase	M4SKV1	Cyanophage	3.4e-58	31.2
WP_011846125.1|1395059_1396079_-	cupin-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846126.1|1396093_1396816_-	SapC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846127.1|1396874_1398506_-	tryptophan 7-halogenase	A0A1D7SF58	Cyanophage	2.4e-54	29.8
WP_014620637.1|1398752_1401749_-	TonB-dependent receptor	NA	NA	NA	NA
WP_011846129.1|1402436_1403441_-	LacI family DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011846130.1|1403499_1404825_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_011846131.1|1404835_1406191_-	beta-glucosidase	A0A0B5JD41	Pandoravirus	2.2e-64	34.5
WP_011846132.1|1406458_1407754_+	sugar MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_011846133.1|1407836_1410497_+	exo 1,3/1,4-beta-D-glucan glucohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_011846134.1|1410698_1411595_+	fructokinase	NA	NA	NA	NA
WP_011846135.1|1414372_1415914_+|integrase	site-specific integrase	A0A076G7B8	Sinorhizobium_phage	1.6e-10	42.7
1419843:1421513	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_017579|1547775:1613210|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_011846205.1|1553264_1554074_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|1554070_1555626_-|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_011847251.1|1556444_1557392_+|transposase	IS30-like element ISSba17 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.2e-42	36.3
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WP_011845808.1|1558095_1559037_+|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011846209.1|1559072_1559774_-	phage repressor protein CI	A0A1D9C9M6	Salinivibrio_phage	8.7e-17	29.1
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WP_011846217.1|1562229_1564461_+	replication endonuclease	A0A2P1CKY6	Pseudoalteromonas_phage	9.0e-76	42.3
WP_014620656.1|1565259_1565400_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014620657.1|1565717_1565987_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620658.1|1566223_1566478_+	prevent-host-death protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846219.1|1566488_1566845_+	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	NA	NA	NA	NA
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WP_011846222.1|1569903_1570830_+|capsid	GPO family capsid scaffolding protein	A5X9H4	Aeromonas_virus	3.2e-35	42.3
WP_011846223.1|1570879_1571923_+|capsid	phage major capsid protein, P2 family	A0A1L5C2B0	Pseudoalteromonas_phage	2.3e-130	69.1
WP_011846224.1|1572000_1572591_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080514410.1|1572632_1573283_+	hypothetical protein	A0A1L5C2B7	Pseudoalteromonas_phage	5.7e-71	72.1
WP_011846226.1|1573438_1573900_+|head	head completion/stabilization protein	A0A1L5C2A5	Pseudoalteromonas_phage	2.3e-50	69.3
WP_011846227.1|1573896_1574385_+|tail	phage tail protein	A0A1L5C2C9	Pseudoalteromonas_phage	6.0e-57	68.2
WP_011846228.1|1574381_1575044_+	hypothetical protein	A0A1L5C2C4	Pseudoalteromonas_phage	6.6e-75	65.9
WP_011846229.1|1575046_1576153_+	DUF2586 family protein	A0A1L5C2B3	Pseudoalteromonas_phage	1.2e-158	76.8
WP_011846230.1|1576165_1576615_+	DUF2597 family protein	A0A1L5C2D0	Pseudoalteromonas_phage	2.7e-64	81.9
WP_011846231.1|1576628_1576832_+	TraR/DksA C4-type zinc finger protein	D9I650	Acinetobacter_virus	6.4e-05	52.4
WP_011846232.1|1576833_1577325_+	lysozyme	A0A1S5R1I9	Pseudomonas_phage	1.1e-45	59.1
WP_011846233.1|1577308_1577866_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846234.1|1577916_1578207_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846235.1|1578203_1578470_+	hypothetical protein	A0A1L5C2C7	Pseudoalteromonas_phage	1.6e-24	62.5
WP_011846237.1|1578672_1580445_+|tail	phage tail tape measure protein	A0A1L5C2B2	Pseudoalteromonas_phage	1.1e-185	61.4
WP_011846238.1|1580441_1580774_+	DUF2590 family protein	A0A1L5C2D6	Pseudoalteromonas_phage	1.0e-36	75.2
WP_011846239.1|1580773_1581976_+|plate	baseplate J/gp47 family protein	A0A1L5C2D1	Pseudoalteromonas_phage	5.2e-171	75.4
WP_011846240.1|1581972_1582605_+	hypothetical protein	A0A1L5C2C5	Pseudoalteromonas_phage	1.9e-63	66.5
WP_011846241.1|1582622_1584929_+|tail	phage tail protein	A0A1L5C2D7	Pseudoalteromonas_phage	7.1e-100	61.0
WP_041409088.1|1584932_1585427_+	hypothetical protein	A0A1L5C2B6	Pseudoalteromonas_phage	8.7e-48	66.9
WP_041409090.1|1585429_1586119_+	hypothetical protein	A0A2I7RNK1	Vibrio_phage	3.8e-73	51.3
WP_006080832.1|1587956_1588448_-	SsrA-binding protein SmpB	NA	NA	NA	NA
WP_006080833.1|1588726_1589164_+	ubiquinone-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_006080834.1|1589153_1589486_+	RnfH family protein	NA	NA	NA	NA
WP_037390996.1|1589600_1590125_-	outer membrane protein assembly factor BamE	NA	NA	NA	NA
WP_011846247.1|1590521_1591313_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846248.1|1591372_1591588_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846249.1|1591636_1593382_+	GGDEF domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846250.1|1593716_1595486_+	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_011846251.1|1595614_1598080_-	TonB-dependent receptor	NA	NA	NA	NA
WP_011846252.1|1598939_1600589_+	malate synthase A	NA	NA	NA	NA
WP_011846253.1|1600729_1602055_+	isocitrate lyase	NA	NA	NA	NA
WP_006080843.1|1602858_1603227_+	acyl-CoA thioesterase	A0A292GK23	Xanthomonas_phage	5.5e-31	54.7
WP_006080844.1|1603307_1603514_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_011846456.1|1961030_1963181_-	MtrB/PioB family decaheme-associated outer membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846457.1|1963194_1964160_-	DmsE family decaheme c-type cytochrome	NA	NA	NA	NA
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WP_011846458.1|1964827_1967122_+	Fe(2+) transporter permease subunit FeoB	NA	NA	NA	NA
WP_011846459.1|1967337_1969008_+|tRNA	glutamine--tRNA ligase	A0A222YZ70	Escherichia_phage	5.5e-243	73.3
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WP_011846460.1|1970084_1970855_+|tRNA	tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase	NA	NA	NA	NA
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WP_011839978.1|2019197_2019944_-	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	5.7e-43	40.9
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2019136:2021530	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NC_017579|2425313:2497117|DBSCAN-SWA
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MSKILLVDDDPLFSVWLADALGTQGHQVACAENGVDGLACIESFAPDIIVLDLVMPQMNGFELLKARECSTPVLMISARDNEDDRITGYELGADDFLSKPFSIKELFVRLRALERRLCSRQSQSPQIATVAAKVINFDDMSHRITIGTRYVDLTQTEFKLFKYLFERKGQVITKQELQRSVLQKDLGRFDRNLDMHISNTRRKLANISLPRNLINTVRGQGYSFMA

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_086011358.1|2427032_2428192_-|transposase	IS3-like element ISSba3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.9e-49	35.9
WP_011846733.1|2429393_2430359_+	sensor domain-containing diguanylate cyclase	NA	NA	NA	NA
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WP_041409120.1|2434897_2436085_+	porin	NA	NA	NA	NA
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WP_011846738.1|2436763_2437564_+	PepSY domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846739.1|2437937_2438195_+	prevent-host-death protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011839978.1|2438908_2439655_-	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	5.7e-43	40.9
WP_011839977.1|2439644_2441147_-|transposase	IS21-like element ISSba11 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011846759.1|2443502_2444183_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	3.8e-25	33.8
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WP_011846761.1|2445548_2445866_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846762.1|2445862_2446144_+	DUF1315 family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011846764.1|2447551_2449399_-	signal peptide peptidase SppA	K4HZZ6	Acidithiobacillus_phage	3.3e-15	29.9
WP_011846765.1|2449564_2451583_+	NADPH-dependent 2,4-dienoyl-CoA reductase	NA	NA	NA	NA
WP_011846766.1|2451882_2452305_-	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein	G9IAA2	Pseudomonas_phage	1.9e-11	45.3
WP_011846767.1|2452342_2453473_-	ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta	G9IAA3	Pseudomonas_phage	7.4e-159	72.5
WP_006081730.1|2453556_2455845_-	ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	I3UMG3	Colwellia_phage	1.1e-310	67.9
WP_011846768.1|2456371_2457043_-	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_006086768.1|2457044_2457755_-	bifunctional 3-demethylubiquinone 3-O-methyltransferase/2-octaprenyl-6-hydroxy phenol methylase	NA	NA	NA	NA
WP_006086767.1|2458140_2460891_+	DNA gyrase subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	6.5e-108	32.0
WP_011846769.1|2461027_2462119_+	3-phosphoserine/phosphohydroxythreonine transaminase	M1Q1P2	Streptococcus_phage	2.4e-82	44.9
WP_011846770.1|2462533_2463454_+	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011846771.1|2463450_2464353_-	YjjW family glycine radical enzyme activase	NA	NA	NA	NA
WP_011846772.1|2464324_2465875_-	YjjI family glycine radical enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_011846773.1|2466251_2467442_-	aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011846774.1|2467877_2469158_+	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_006081720.1|2469344_2470037_+	(d)CMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_006081719.1|2470138_2471806_+	30S ribosomal protein S1	NA	NA	NA	NA
WP_006081718.1|2471879_2472167_+	integration host factor subunit beta	G3M9Y0	Bacillus_virus	7.9e-09	37.2
WP_006081717.1|2472289_2472565_+	DUF1049 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846775.1|2472566_2473727_+	lipopolysaccharide assembly protein LapB	NA	NA	NA	NA
WP_011846776.1|2473770_2474466_+	orotidine-5'-phosphate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_011846777.1|2474641_2475463_+	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_011846778.1|2475533_2476076_+	DUF2058 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846779.1|2476297_2478055_+	acyl-CoA dehydrogenase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846780.1|2478162_2479671_-	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase/D-alanyl-D-alanine-endopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_011846781.1|2479738_2479915_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006081709.1|2480390_2480723_+	DUF1904 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846782.1|2480734_2482048_+	CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011846847.1|2482126_2485111_-|transposase	Tn3-like element ISSba14 family transposase	A0A1B0V7H9	Salmonella_phage	2.5e-299	53.4
WP_011839983.1|2485271_2485862_+	recombinase family protein	A0A0A7NPV4	Enterobacteria_phage	1.8e-23	37.2
WP_011846785.1|2486079_2487312_-	multidrug efflux MFS transporter EmrD	NA	NA	NA	NA
WP_011846786.1|2487721_2488906_-	class C beta-lactamase	NA	NA	NA	NA
WP_011846787.1|2489304_2490069_+	DTW domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846788.1|2490232_2492290_-	PhoX family phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|2492881_2494436_+|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011839977.1|2495614_2497117_+|transposase	IS21-like element ISSba11 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NC_017579|2515971:2586965|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_080514418.1|2517053_2518124_+	SpoIIE family protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_011846804.1|2518127_2518493_+	response regulator	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	3.6e-14	40.2
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WP_006086733.1|2520218_2520731_+	chemotaxis protein CheW	NA	NA	NA	NA
WP_011846807.1|2520736_2522710_+	PAS domain-containing protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	2.6e-10	39.0
WP_011846808.1|2522710_2523556_+	chemotaxis protein CheR	NA	NA	NA	NA
WP_011846809.1|2523542_2524163_+	chemoreceptor glutamine deamidase CheD	NA	NA	NA	NA
WP_011846810.1|2524166_2525216_+	chemotaxis response regulator protein-glutamate methylesterase	NA	NA	NA	NA
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WP_011846812.1|2527346_2528027_+	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011846813.1|2528016_2529078_+	HNH endonuclease	A0A2H4IZY3	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-10	37.6
WP_011846814.1|2529145_2530042_+	NERD domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846815.1|2530160_2531771_-	ABC-F family ATPase	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	2.5e-51	27.4
WP_011846816.1|2532500_2533085_+	VF530 family DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846817.1|2534134_2534527_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014620726.1|2535080_2536049_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011846819.1|2536045_2537254_+	EAL domain-containing response regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011846820.1|2537243_2537555_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846821.1|2537544_2539503_+	response regulator	Q8QKV7	Ectocarpus_siliculosus_virus	4.3e-13	21.0
WP_011846822.1|2539690_2540722_+	sensor domain-containing diguanylate cyclase	G3MA91	Bacillus_virus	9.2e-15	30.4
WP_011846823.1|2540991_2541780_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014620727.1|2545216_2546386_+	PepSY domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_006081665.1|2546385_2546856_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846826.1|2547159_2549328_+	TonB-dependent siderophore receptor	NA	NA	NA	NA
WP_014620728.1|2549677_2550136_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_006081661.1|2552337_2552496_+	DUF3309 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011839978.1|2552802_2553549_-	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	5.7e-43	40.9
WP_011839977.1|2553538_2555041_-|transposase	IS21-like element ISSba11 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011846743.1|2555815_2557768_+	bifunctional hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_014620729.1|2557760_2558672_+	HesA/MoeB/ThiF family protein	A0A1V0SCZ9	Indivirus	1.1e-06	32.7
WP_006081758.1|2558688_2558892_+	sulfur carrier protein ThiS	NA	NA	NA	NA
WP_006081757.1|2558893_2559658_+	thiazole synthase	NA	NA	NA	NA
WP_011846745.1|2559654_2560770_+	2-iminoacetate synthase ThiH	NA	NA	NA	NA
WP_011846746.1|2560872_2561136_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846747.1|2561141_2563643_+	protein-glutamate methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_006081753.1|2563820_2564729_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014620730.1|2564932_2566795_-	peptidase M3	NA	NA	NA	NA
WP_011846749.1|2566769_2567714_-	alpha-L-glutamate ligase-like protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846750.1|2567716_2569222_-	inactive transglutaminase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011846751.1|2569563_2570307_-|protease	ATP-dependent zinc protease	NA	NA	NA	NA
WP_011846752.1|2570341_2571337_-|tRNA	tRNA 5-methoxyuridine(34)/uridine 5-oxyacetic acid(34) synthase CmoB	NA	NA	NA	NA
WP_006081747.1|2571333_2572065_-	carboxy-S-adenosyl-L-methionine synthase CmoA	NA	NA	NA	NA
WP_014620732.1|2572215_2575026_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	G3MA91	Bacillus_virus	3.4e-19	31.5
WP_011846754.1|2575210_2576989_+|tRNA	aspartate--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	5.3e-10	27.6
WP_011846755.1|2577296_2578043_+	YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_006081743.1|2578163_2578685_+	crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC	NA	NA	NA	NA
WP_006081742.1|2578681_2579299_+	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_011846756.1|2579346_2580351_+	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	B3GAM6	uncultured_virus	8.1e-08	33.3
WP_011845808.1|2580879_2581821_+|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011839978.1|2584726_2585473_-	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	5.7e-43	40.9
WP_011839977.1|2585462_2586965_-|transposase	IS21-like element ISSba11 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NC_017579|2599376:2610925|DBSCAN-SWA
TTTGTCTCAAGGAAATAGTGTACGCACGCTCACTGGCCTGCAACGTCTGCTGGAAGGCGGACTCATCATTTGTTGTGTCCTCGCCACTTATATTTTGCTCGCATTGACGAGTTTTAGTCCGTCTGATCCTGGTTGGAGTCAGTCGCATTTTCAAGGCGATATTAAAAACTGGACCGGAGCAGTAGGGGCTTGGATAGCCGATATTCTGTTATATTTCTTCGGCGTCACGGCTTACATCATGCCAATCATTGTCGCGTCGACCGGCTGGCTGCTGTTCAAACGCGCCCATCATTTGCTCGAAGTTGATTACTTTTCAGTGGCCCTGAGATTGATTGGATTTTTGCTGATCATCCTTGGGTTTTCTGCGTTGGCGAGTATGAACGCTAACAACATCTACGAGTTTTCGGCAGGCGGAGTGGCGGGCGATGTGATCGGCCAAGCCATGCTGCCGTATTTTAATAAACTCGGCACCACCTTATTGCTACTGTGCTTCTTAGGTTCAGGCTTTACCCTGTTGACGGGGATCAGCTGGCTGACCGTGGTCGAGAAAATAGGCTTAATCTCTATTTGGATTTATAAGAAACTTAAATTATTACCGCAAGCGATGAAACGTGAGCGTGAAACCGAAGATACCCGTGGTTTTATGTCTGTGGTTGATAAGTTTAAACAGCGCCGCGAATCACAATACGTGCTTGAAAAGCCGCCAGTCGTTGCAACGCCAAAGGTGCGTGAACGTCATATTGGCCGCAGAGCCGAAATAACCCCAACCCTGTCTACTGCCGCAGATGAAGGGTTTATTACCGAAAGCATCAATACTGAAGAAGTTGCGCCGCAAAAAACCAAGCTATCGGCCCTTGCAAAAATTTTGAGTTTGAATGGCAGTAAAAGCAAAAATGCACAAAGGGTTGAGCCTCAAATCGATCAAGATGATTTTGCCGCCCATGGCAATTTTGAAGCGCCACCTTGGTTAGCCGAACCTCAACATGCAAGAAATGATGAGCAAGAAAGAGCCGATTTCAATTCGCATTCATTCGATCGCGACGACGATGAACCTGTGTTTAACAGCCAAACCTTGGCGGAAGATGACGATGAAAGCTTAGGCTTTACCGATGATGACGTCATTGATTTTGATACAAAAGCCTCAACGGGCGCCGTGAATCAAGCCCAGCGTAAGAAGCAAGATCAAAAAGCGAAGATTGTGGATGGCATTGTGGTGTTACCGGGACAAGAAGATAAACCTGCTCCGAAGAAACCAATGGACCCGTTACCCAGCATCAATTTGCTTGATGTGCCAGATCGTAAGAAAAACCCGATCAGCCCAGAAGAGTTGGATCAAGTCGCTCGTTTGGTTGAGGTGAAGTTAGCCGATTTCAACATTATCGCCAATGTGGTGGGTGTGTATCCAGGTCCTGTGATCACGCGCTTCGAATTAGAATTAGCGCCTGGCGTTAAAGCGTCAAAAATCTCTAATCTGTCGAAGGATTTAGCCCGTTCACTGCTGGCTGAAAGTGTTCGCGTGGTTGAAGTTATCCCAGGCAAGGCTTATGTCGGACTCGAACTGCCGAATAAATTCCGTGAAACCGTGTTTATGCGCGATGTGTTAGATTGCGCCGCCTTTACCGACAGTAAATCCAACTTAACTATGGTGTTAGGTCAAGATATTGCCGGCGATCCTGTGGTGGTTGACCTTGGTAAAATGCCGCATTTGTTAGTTGCGGGTACCACAGGTTCTGGTAAGTCTGTGGGCGTAAACGTGATGATCACCAGCTTACTGTATAAGTCTGGCCCAGAAGATGTGCGCTTTATAATGATCGATCCCAAAATGTTGGAATTGTCTGTCTATGAAGGTATTCCGCATTTGCTCTGTGAAGTCGTCACCGATATGAAAGAAGCCGCCAATGCACTGCGTTGGTGTGTGGGCGAGATGGAACGCCGCTACAAGCTGATGTCAATGATGGGCGTGCGTAACATCAAGGGCTATAACGCCAAAATTGCTGAGGCGAAAGCCAATGGCGAAGTGATTTTAGATCCTATGTGGAAGTCATCCGACAGCATGGAGCCTGAAGCGCCTGCGTTAGATAAGCTGCCATCGATTGTTGTCGTGGTCGATGAATTTGCTGACATGATGATGATTGTCGGTAAGAAAGTTGAAGAGTTGATTGCCCGTATCGCGCAAAAGGCCCGCGCTGCAGGCATACATTTGATCCTAGCAACCCAAAGACCGTCAGTAGATGTGATTACTGGCTTGATTAAAGCTAACATTCCGACACGTATGGCGTTCCAAGTGTCATCGCGTATCGATTCGCGCACCATTTTAGATCAACAGGGTGCTGAAACCTTACTCGGTATGGGGGATATGTTGTTCTTGCCACCGGGTACTGCGGTTCCAAACCGTGTCCATGGCGCCTTTGTTGATGACCATGAAGTTCACCGCGTTGTTGCCGATTGGTGCGCCCGTGGTAAACCGCAATATATCGATGAAATTCTCAATGGTGCCAGCGATGGTGAGCAAGTCTTACTTCCGGGTGAAACTGCAGAAACCGATGAAGAATACGATCCACTCTACGATGAAGCCGTCGCCTTTGTGACTGAAACCCGTCGTGGCTCGATTTCAAGCGTACAGCGTAAATTTAAGATTGGTTATAACCGTGCAGCGCGCATTATCGAACAGATGGAAGCCCAAGGTATCGTTTCGGCTCAAGGCCACAACGGTAACCGTGAGGTCTTAGCGCCGCCGGCACCAAAACATTATTAAGCCGCGCTAAGGCGTGGCTTTGATACACCCAAGGGTTTTACCGGGTAAGGAATAAAATGAAAAAACGATTATGCGCTGTGTTGTTAGCTTCACCTTTGCTATTTAGCGCGGCTGTGTTTGCCGATGATGCACAGCAGCTCAGAGACAAACTGATTGGTACTGCATCACTAAAAGCCGATTTCAAACAAACCGTGACTGACGTCAATAAAAAGGTCATTCAGACGGGTTCTGGTATCTTTGCCTTGGCGTATCCAAATCAGTTTTATTGGCATTTAACTCAGCCCGATGAATCGCAAATTGTCGCCGATGGTAAAGATTTATGGATCTACAATCCCTTCGCCGAAGAAGTGGTCATCATGGATTTTGCCGAGGCAATCAATGCTTCGCCTATCGCCTTGTTAGTCCACCGCGACGATGCCACTTGGTCACAGTATTCAGTCACTAAGCAACAAGACTGCTATGAGATCAAACCTAAGGCGATTGATTCGGGCATATTGTCCGTCAAGGTGTGTTTCAAAAATGCCCAGTTAGCCAACTTTAATGTTGCCGATGACAAAGGTAACTTGAGCCAATTTGATTTGAGCAATCAGCAAGCGATTACTGATAAAGACAAAGCGCTGTTCAGCTTTGTGCTGCCTGACAATGTCGATGTTGATGATCAACGTCGTAAAACAGCGCACTAGGCGATAGCGTGAGCAGTTTATCCTTTAATTTCGCCCCAGACTTTCGTCCCTTGGCCGCACGCATGCGGCCAAGAACGATCGCCGAGTACATAGGCCAAGCCCATTTACTGGGTGAAGGCCAGCCGCTACGCAAAGCATTGGAAGCGGGACGCGCCCATTCCATGATGTTGTGGGGGCCGCCGGGCACAGGTAAAACGACCTTAGCCGAATTAATCGCACATTATTCAAATGCGCACGTTGAACGCATCTCTGCGGTCACCTCTGGCGTCAAAGACATTCGCGCGGCGATTGAGCAAGCGAAAGCCGTGGCTGAATCCCGTGGTCAACGCACGTTATTGTTTGTCGATGAAGTCCACCGATTCAATAAAAGCCAGCAGGATGCCTTTCTGCCATTTATTGAAGATGGCACTGTGATTTTTATCGGTGCGACCACTGAAAACCCGTCGTTTGAAATCAACAATGCGCTGCTCTCGCGGGCACGTGTCTATCTTATCAAGCGCTTAAGCCATGATGAGATAGCCCACATAGTAACTCAAGCCTTAAGCGATACCGAGCGCGGCTTAGGCCAACGCCAATTTGTGATGCCAACCGATGTGCTCACCACACTGGCGCAACTTTGTGATGGTGATGCCCGTAAAGCTTTAAATCTTATTGAGTTGATGGGCGATATGCTCGCCGATGGTGGCACCTTTACCACTGAGATGTTGATCCAAGTGGCGGGGCACCAAGTTGCCGGATTCGATAAGAACGGCGATCAGTTTTACGATTTAATCTCAGCCGTCCATAAATCAATCCGTGGCTCAGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTTTTGTCGAATATTAGAAGGCGGCGGCGATCCGCTGTATGTCGCAAGGCGCTTACTGGCGATTGCCTCTGAAGATGTGGGCAATGCCGATCCTGCGGCGATGACCATCGCGCTTAATGCCTGGGATTGTTTTCACCGTGTTGGCCCAGCCGAAGGTGAGCGAGCAATAGCACAAGCCATTGTTTATCTTGCCAGCGCGCCTAAGAGCAACGCTGTCTATACCGCATTTAAGGCCGCGCGTGAGTTAGCTCGCGATACTGGGCAAGTCGAAGTGCCGCACCATTTACGCAATGCACCGACTCAGTTAATGAAAGACATTGGCATGGGAGCAGGGTATCGATATGCCCACGATGAAGCCAATGCCTATGCCAGTGGTGAAAATTATTTCCCCGAATCCCTGCAAACAGCGCAGTTTTATTTTCCGACTGAGCGAGGGTTCGAGAAGCGAATCAAAGATAAGTTGGCGCAATTAGCCCTGTTAGATCAAGCCAGCGAGCACAAAAGATATGAATAATCTCTTACTTGTGGCGCTAGGTGGTTCAATTGGGGCTGTTTTTCGCTATCTTATTTCAATATTCATGATCCAGGTATTTGGCAGCAGTTTTCCTTTTGGTACACTGTTGGTTAATGTCCTCGGTTCATTTTTAATGGGCGTAATTTACGCACTGGGGCAAATGAGTCATATCAGCCCAGAATTCAAAGCGCTGATCGGTATCGGCCTGTTGGGCGCTTTGACAACGTTTTCGACTTTCTCTAATGAAACCTTATTGCTGCTGCAAGAAGGGGATTGGCTGAAGGCGACTTTGAATGTGGTGTTGAATCTAAGTCTATGTTTATTCATGGTGTACTTAGGTCAGCAACTGGTTTTTTCTCGCATTTAACTATTAAGAATATATCACATGTTAGATCCTAAATTTTTGCGTAACGAATTAGAAGTTACCGCTGAGCGACTGGCCACCCGTGGCTTTATTTTAGACATAGCTCACCTCACTCAATTAGAAGAAAAGCGTAAGTCACTGCAAGTGGCTACCGAAGAATTACAAGCGTCGCGTAATGCCATCTCCAAATCCATTGGCCAAGCTAAAGCCCGTGGTGAAGATGTTGACGCGATCATGGCGCAAGTGGGCGATTTAGGTTCACAGCTGGATGCCAAAAAGATTGAACTGGCGGCCGTGCTTGAAGAAGTCAATGCCATTGCCATGTCAATGCCCAACCTGCCAGACGAATCCGCGCCAATCGGTGCCGATGAAACGGAGAATGTTGAAGTTCGCCGCTGGGGTACGCCACGCACGTTTGATTTCCCAATTAAAGATCATATCGATTTAGGCGAAGGCCTAAACGGTTTAGATTTTAAAAATGCAGTGAAAATCACTGGCTCACGTTTTATCGTGATGAAAGGCCAAGTTGCCCGCTTAAACCGCGCCATTGGTCAGTTCATGCTGGACTTGCACACCACAGAGCACGGTTATACCGAAGCCTATGTGCCGTTACTGGTTAACGAAGCAAGCTTACTGGGCACAGGTCAACTGCCTAAGTTTGGTGAAGACTTGTTCCACACTAAACCTGCCACCGAAGAAGGTCAGGGTTTGAGCTTGATCCCAACGGCCGAAGTGCCATTAACCAACTTAGTGCGCGATAGCATTGTTGATGAAGACGAGCTGCCGATTAAATTAACCGCGCATACCGCATGTTTCCGCAGCGAAGCGGGCTCATACGGCAAAGATACTCGCGGTCTGATCCGTCAGCATCAGTTCGATAAAGTTGAAATGGTGCAAATCGTTAAGCCGGAAGATTCAATGGCGGCGCTCGAAGCGCTAACAGGTCATGCTGAAACTGTATTGCAACGTTTAGGTCTGCCATACCGTACTGTTATTTTATGTACTGGTGATATGGGCTTTGGCTCAAGCAAAACCTACGACATCGAAGTCTGGTTACCGGCACAAAACACTTATCGTGAAATTTCTTCTTGCTCAAACATGAAGGATTTCCAAGCCCGTCGTATGCAAGCACGTTACCGCGTGAAAGCTGATAATAAGCCCGCGTTACTGCATACCTTAAACGGTTCCGGTTTAGCTGTGGGTCGTACCTTAGTGGCTATTTTAGAAAACTATCAAAATGCCGATGGCAGTATCACAATCCCAGAAGTGCTGCGTCCCTACATGGGCGGCTTGACTAAAATAGGCTAATGGAACGCAAAATAATACTATGGATAAAGGCCAGCGCTATCTCCGTTGGCTTTCCTATACCGCTGTCATTGCAGTATTTTTTGCGGTGATGTTGGCGACCATAGGCAAAGCCGTCTGGGTTGTGTTAGAAAACGTCAAATAACCCTATTAACTTTGTTCAAGTAAAAAGAAAGGCATGTTTCCCAAGGGAACATGCCTTTTTGTTTGTGCCATATTGATGTTTAATGCTCACATTTGACGCTTACGTTCGATATTGAGTTAAGTGTGATGACTTAACCCTATACGATTAAATGCATTTAGCTGGCTTTGGCAGGCCTGCAATTTTGGTCGCTTGTTTTGCTGGGCCAATAGGGAACAAGGTATATAAGTACTTGGAATTGCCTTTGTCTGGCCCTAAAGCTTGGCCAATAGCTTTGACTAATACGCGAATAGCAGGGCTCGTTTTGTATTCAAGATAAAAATCGCGAACAAAGTTAATCACTTCCCAATGGGCTGGCGTAAGCACGATTTGCTCTTCTGCCGCCAATAGTAAAGCCATGTCCGGTTGCCAATCGTTGAGATCTTTTAAATAACCTTGATGGTCACGGGCGATTTCTGCGCCATTAAATTGCAATGGATTTACCACGTTATCACCTTGTCATGGAGTAATGATTGAGCCACAAACTCATTGTAATCGATAAGCGTCACGTTCTTTAAACGCTCAGATAGGCCGCGAGCGACGACATCGTCTTTTAAGACCATGAGCTTGAAGGGCGATAATGCCATTGCCCATTGACGCAGCAGTAACGCGTTCACGCCATCGCTCGATAGTAGAATCGCATCTTCCTTACAGGCGTAACGTAAGCAGAGTTTCAACGCACTATCTCGGCTGGGAGATGTTTGAATATGATGTAAAATCATCAGAATACTAAGACCTCATCAACCTGTTTTAAATGGGCAGCGATGGCCTCATCGTTGACCACAGTAACAGGAACTGACAGTAAGCCATGGCTTAAGCCGTAGTCGGCTAAGGATTGCTTACAGACAAATACCGATTCGATATCGTACAGCGGCAGTGCTTTAAAGGTGGAGATGTAATCTTTAGCGCCGATAAGCTCAGGCTGTTGATCTTTAATCAAATGCAGCACACCTTCATCGACAAAGACTAAACTTACTTCTTGCTCAAAGCTGGCGCTCAGCAGGGCGAGATCTAAACCTTCGCGGCCACGAACAGTACCGTGTGGCGAACAGCGAAATAGGATACAAAATTTTTTCATAGTCACCCTGAGAGTTAAAAACTGATCAAACGATCGGCCGATTCAATGCCGGTGACAAGCTCGCCTAAACCGCCCATGATAAATGACTCGCCCACATTCCAGTGGCTTAGGCCATTCTCGCTGGCATCTTGCTTGCTTACAATCCCACGGCGCTGCGCTGCTGAAACGCAATTGACTAACGGGAGCTGATGGGATTGCGCGAGCTGTTTCCAGTCACTGATCACATCGTTTTCATCGGAGGCGGGTAAGCTTAAATCTGTGGAGTTATACACGCCGTCTTGATAAAAAAACACACAGATAATCTGATGCCCAGCCAAAAGTGCAGCTTGGGAAAAGCGTAAGGCGTTAACACTCGCCGACGTGCCATAAGCGGGCCCGTTCACTTGGATAATAAATTTGCTCATTTAAAATAAAAATGGCCCTAAAAGTAGGGCCATTCTAACGCAAGTTAAGCTAAAAATCGCTAACTAGGATTAGTCATCGTTGCCTATGCCCATAAGGTGCAACAGCGCGATGAAGAGGTTTAAGAAATCTAAGTATAATGAGATAGTTGCGCGAATGTAGTTCGTCTCGCCACCGTTCACAATACGGCTAGTATCAAACAGGATAAAACCTGTCATCAATAATGCAATACCGGCGTTAATCGCCATAAAGGCAATGCTGTTACCCATAAAGATGTTAATTACGGCAGCGGCAATCACCACAATCAAGCCAGCAAACAAGAATCCACGTAGAAAAGAGAAATCTTTCTTAGTGGTCACCGCATAGGCTGATAAGGCAACGAAAATCACTGACGTTAACCCCAGTGCTTGCATGATCAGCTGTGGACCGTTTGCCATGCCTACGTAGTGATTCAGCATGTAGCCCAGTGACGCGCCTTCCATACCAGTAAAGGCAAATACCCAGAAGATACCCGCTGCAGACTCGGCTTTACGTAAGGTTACAAACAACAGCACTAGGCCACCAATGGATAAGCCAATGGAGAGTAATGGACTGATATTTAATGCCATTGCCAAGCCAGCGCACAGGGCAGAGAAGGCCAATGTCATAGACAACAGCATATAAGTGTTTTTAAGAAGTTTGTTCACTTCCAGTGTTGACGCACTTGTCGAATATAAGGTTTCTTGGGTCATGTTGATCTCCGTTGACACATTTCCAAACTGATCATTTTGATTTTTTACAGCACACTAAGTTCCCGTAAAATCCTAAAACGAACTTAACTGCATTCATGATACCGTACCTGAGATACGGGTGAAAGTCATAGAACCATGAATAACAAATTGTTAATCTTAAAAATTTTGCCTCATCTCACATATCAATTTAAGTGCTAAGCGCTGAGGATTGAGATGGCTGCATCCGTATCTTTATCCACTAAGCACATGAATGCTTGGTTAAAACTTAATTGGCTTGATAAATAGGCTTGCTGAACTTAGGTGCACTTACAGCCAATTCCAAGTTCAATGTTAATTTCAATGCCTATTTCAAAGACAAGTCCAATGCTAATTTCAATGCCAAGTATAAGGACTAGATCAACATATTGAGTTTAAACCAAGCTTAAGCCAGCCACTCTTTATGCAATTTTTCAGTATCGCCCAGATATTCCAGCACCCAAGCGAGCGCAGGCGACATCTTGTCGGCATTCCACGCGAGACAGCATGGACTGGTCTGCTTAGGATTTTCTAGCTGTTTCTCAACCAGCGCACCCGCTTTAATAAACACACTTGCTAAGTGCACTGGCATATAACCAACGCCTAAACCTTCGCGGAAACAGTTAATGGCGCGGATCCAATCGGGTACAACGAGGCGACGTTGATTTTCGAGCAACCAGGTCATACGTTTTGGAATTTCCCTTGAGGTGTCTTCTAGGCAAATCGAGGGGAAAGGGCGCAGCTCATCGTCGCTTAGCGGACGGTCAATATTGGCTAATGGATGATTTTTGCTGACTAAAAATGCCCACTCAATATCGCCCATGTCTTTATATTGGTACACGCCGCCGACCGGAATTGCGGTTGTTGCACCAATTGCAATGTCACTGCGGCCCGTGGCAAGTGCTTCCCAAACGCCGTTAAAGACCTCAATGCGAATAATCAATTCAATATCATGGAAATGACGGTAGAAGTCAGCAATCAATACACTGATCCTATCGGCACGGACGATATTATCCAGCGCGATGGACAAGGTCGGTTGCCAACCGTTTGCTACGCGCTGCGTGCCACGCTTCATCTCGTCCATCTGCGTAAGCAAGGTTCTGGCTTGCTTAACAAAATGTTCACCCGCAGGGGTTAAGGTTACGC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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7

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MKKFCILFRCSPHGTVRGREGLDLALLSASFEQEVSLVFVDEGVLHLIKDQQPELIGAKDYISTFKALPLYDIESVFVCKQSLADYGLSHGLLSVPVTVVNDEAIAAHLKQVDEVLVF
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>NC_017579|2599376:2610925|2604145_2604520_+|WP_011846839.1|DBSCAN-SWA
MNNLLLVALGGSIGAVFRYLISIFMIQVFGSSFPFGTLLVNVLGSFLMGVIYALGQMSHISPEFKALIGIGLLGALTTFSTFSNETLLLLQEGDWLKATLNVVLNLSLCLFMVYLGQQLVFSRI
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MSQGNSVRTLTGLQRLLEGGLIICCVLATYILLALTSFSPSDPGWSQSHFQGDIKNWTGAVGAWIADILLYFFGVTAYIMPIIVASTGWLLFKRAHHLLEVDYFSVALRLIGFLLIILGFSALASMNANNIYEFSAGGVAGDVIGQAMLPYFNKLGTTLLLLCFLGSGFTLLTGISWLTVVEKIGLISIWIYKKLKLLPQAMKRERETEDTRGFMSVVDKFKQRRESQYVLEKPPVVATPKVRERHIGRRAEITPTLSTAADEGFITESINTEEVAPQKTKLSALAKILSLNGSKSKNAQRVEPQIDQDDFAAHGNFEAPPWLAEPQHARNDEQERADFNSHSFDRDDDEPVFNSQTLAEDDDESLGFTDDDVIDFDTKASTGAVNQAQRKKQDQKAKIVDGIVVLPGQEDKPAPKKPMDPLPSINLLDVPDRKKNPISPEELDQVARLVEVKLADFNIIANVVGVYPGPVITRFELELAPGVKASKISNLSKDLARSLLAESVRVVEVIPGKAYVGLELPNKFRETVFMRDVLDCAAFTDSKSNLTMVLGQDIAGDPVVVDLGKMPHLLVAGTTGSGKSVGVNVMITSLLYKSGPEDVRFIMIDPKMLELSVYEGIPHLLCEVVTDMKEAANALRWCVGEMERRYKLMSMMGVRNIKGYNAKIAEAKANGEVILDPMWKSSDSMEPEAPALDKLPSIVVVVDEFADMMMIVGKKVEELIARIAQKARAAGIHLILATQRPSVDVITGLIKANIPTRMAFQVSSRIDSRTILDQQGAETLLGMGDMLFLPPGTAVPNRVHGAFVDDHEVHRVVADWCARGKPQYIDEILNGASDGEQVLLPGETAETDEEYDPLYDEAVAFVTETRRGSISSVQRKFKIGYNRAARIIEQMEAQGIVSAQGHNGNREVLAPPAPKHY
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MKKRLCAVLLASPLLFSAAVFADDAQQLRDKLIGTASLKADFKQTVTDVNKKVIQTGSGIFALAYPNQFYWHLTQPDESQIVADGKDLWIYNPFAEEVVIMDFAEAINASPIALLVHRDDATWSQYSVTKQQDCYEIKPKAIDSGILSVKVCFKNAQLANFNVADDKGNLSQFDLSNQQAITDKDKALFSFVLPDNVDVDDQRRKTAH
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MKTSSNTFVNIKFFMFLFYLAMLSMLGFIATDMYLPAFKAIEGSLNSTPSQVAMSLTCFLAGLALGQLLYGPLVNKIGKRWALIFGLVLFAVASVFIANSDSILMLNTARFFQAIGACSAGVIWQAIVVEQYDADKAQGIFSNIMPLVALSPALAPILGAYILNELGWRAIFISLCVIAFLLILMTLYFVPGKRQHTHTEHAAVSYGQILKNTRYLGNVVIFGACSGAFFAYLTVWPIVMEMHGYLPTEIGLSFIPQTIMFIVGGYASKLLIKRIGGHQTLNILLSIFAACVISIIMFTLIFPASTIFPLLISFSILAAANGAIYPIVVNSALQQFSQNAAKAAGLQNFLQISIAFGASSLVAMWASLGEVAIGWGILCCAILVVVGYVLKSQQGWGDFAKHFTKPDPARVGIVADVKQNPAD
>NC_017579|2599376:2610925|2607095_2607485_-|WP_006081639.1|DBSCAN-SWA
MSKFIIQVNGPAYGTSASVNALRFSQAALLAGHQIICVFFYQDGVYNSTDLSLPASDENDVISDWKQLAQSHQLPLVNCVSAAQRRGIVSKQDASENGLSHWNVGESFIMGGLGELVTGIESADRLISF
>NC_017579|2599376:2610925|2607554_2608214_-|WP_011846841.1|DBSCAN-SWA
MTQETLYSTSASTLEVNKLLKNTYMLLSMTLAFSALCAGLAMALNISPLLSIGLSIGGLVLLFVTLRKAESAAGIFWVFAFTGMEGASLGYMLNHYVGMANGPQLIMQALGLTSVIFVALSAYAVTTKKDFSFLRGFLFAGLIVVIAAAVINIFMGNSIAFMAINAGIALLMTGFILFDTSRIVNGGETNYIRATISLYLDFLNLFIALLHLMGIGNDD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_011846836.1|2599376_2602130_+	DNA translocase FtsK	S5VNE3	Mycobacterium_phage	1.9e-83	48.5
WP_011846837.1|2602186_2602813_+	outer membrane lipoprotein chaperone LolA	NA	NA	NA	NA
WP_011846838.1|2602821_2604153_+	replication-associated recombination protein A	G3MBE0	Bacillus_virus	5.8e-78	38.8
WP_011846839.1|2604145_2604520_+	fluoride efflux transporter CrcB	A0A2H4PQR0	Staphylococcus_phage	1.8e-08	36.5
WP_011846840.1|2604538_2605825_+|tRNA	serine--tRNA ligase	A0A1B1IVT2	uncultured_Mediterranean_phage	5.2e-100	46.0
WP_006081642.1|2606111_2606450_-	TusE/DsrC/DsvC family sulfur relay protein	NA	NA	NA	NA
WP_006081641.1|2606443_2606725_-	sulfurtransferase complex subunit TusB	NA	NA	NA	NA
WP_006081640.1|2606724_2607081_-	sulfurtransferase complex subunit TusC	NA	NA	NA	NA
WP_006081639.1|2607095_2607485_-	sulfurtransferase complex subunit TusD	A0A2H4JA39	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-18	39.4
WP_011846841.1|2607554_2608214_-	Bax inhibitor-1/YccA family protein	A0A2H4JFM9	uncultured_Caudovirales_phage	3.3e-34	43.9
WP_011846842.1|2608635_2609538_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011846843.1|2609653_2610925_+	Bcr/CflA family multidrug efflux MFS transporter	S4TR35	Salmonella_phage	5.1e-15	24.6

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NC_017579|2874999:2883651|DBSCAN-SWA
CATGGAGATGTTATCCGGCGCCAGCATGATAGTGCGTTCTTTGATCGATGAAGGCGTAAAGCACATTTTTGGCTATCCTGGCGGTTCAGTTTTAGATATCTACGACGCCCTGCACGTTATCCCCGGTATTGAACACATACTCGTTCGCCACGAACAAGCCGCCGTACACATGGCCGATGGCTACGCCCGTGCCACGGGTAAAGTGGGCGTGGTATTAGTCACCTCAGGCCCAGGCGCGACCAACGCGATTACCGGTATTGCCACCGCTTACATGGATTCTATCCCCCTTGTGGTGTTATCGGGTCAAGTCCCGAGCAATCTTATCGGTAACGATGCCTTCCAAGAATGCGACATGATAGGTATCTCTCGCCCTGTAGTGAAACACAGCTTTTTAGTTAAAGATCCGACTGAAATTCCTGAAATTATTAAAAAGGCTTTTTACATTGCCTCTACTGGCCGTCCCGGTCCTGTGGTTGTCGATCTGCCAAAAGATTGTTTAAACCCCGCCCTGCTGCACGAATATTGCTACCCAGAAAGCGTCAAAATGCGCTCGTACAATCCAACGACATCAGGCCATAAAGGTCAGATCCGCCGTGGTCTTCAAGCCCTGTTAGCCGCAAAAAAACCGGTACTTTATGTCGGTGGCGGCGCAATTATCTCAGGTTGTGATAAGCAAATTCTGCAATTAGCTGAGAGATTAAACATTCCCGTCGTCAGCACGTTGATGGGGCTTGGCGCCTTTCCAAGCACCCACAAAAACAGTTTAGGCATGCTTGGGATGCACGGTCGCTACGAAGCCAACATGACAATGCATAACTGCGATTTGATCTTCGGTATTGGTGTACGCTTCGACGATAGAACCACCAATAATGTGGAAAAATACTGTCCGAACGCGACCATTTTGCACATAGATATCGATCCCTCTTCTATTTCGAAAACTATCCACGTGGATATTCCTATCGTGGGGTCAGCCGACAGTATTTTAGACAGCATGTTGGCACAGTTAGATGAATCGAACGAACACAACGACAACGATGCTATTGCTACTTGGTGGAATGACATTGAACAATGGCGCAGTCGCGATTGTCTGGCCTATGACAAAAACAGTGGCCGCATCAAACCACAGCAAGTGATTGAAACCTTGTATAAGCTGACCAATGGCGATGCCTATGTCGCATCAGATGTTGGCCAGCACCAAATGTTTGCCGCCTTGTACTATCCGTTCGATAAGCCGCGCCGCTGGATCAACTCAGGTGGCCTAGGGACAATGGGATTCGGCCTGCCCGCCGCGATGGGCGTAAAAATGGCCATGCCTGATGCTACTGTTGTGTGTGTCACGGGTGATGGTTCCATCCAGATGAACATTCAAGAGCTTTCGACCGCGCTGCAATATGATACGCCGGTTAAAATCATCAACTTAAACAATCGTTTCCTTGGCATGGTAAAACAATGGCAGGACATGATTTACTCTGGCCGTCACTCACATTCCTATATGGATTCAGTGCCAAATTTTGCCAAAATTGCCGAGGCCTATGGTCATGTTGGCATGACGATCAGCGATCCCGCCGAACTTGAGTCAAAAATGGCTGAAGCGCTGGCGATGAAAGACAGACTGGTCTTTATCGATATCATGGTGGATGAAACTGAGCACGTGTACCCCATGTTGATCCGCGGTGGTGCGATGAATGAAATGTGGCTGACCAAGACGGAGAAATGCTAATGCGTCGAATTATATCTGTATTATTAGAAAACCAATCCGGCGCCCTGTCTCGTGTGGTCGGTTTGTTTTCACAGCGCGGTTATAACATTGAAAGTTTAACAGTGGCGCCAACGGACGATATCACCCTGTCGCGGCTTAATATCACAGTTGTTGCCGATGAAATGGTGTTAGAGCAGATAGAGAAGCAGCTACATAAGTTAATCGATGTGTTAAAAGTATCGAATATTACTGAGTCTGCTTATATTGAACGTGAGCTTGCCCTTGTTAAGGTCCGTGCCCAAGGCGAATTTAGGGAAGAAGTGAAACGTATGGCGGATATTTTCCGCGGTCAGATTGTCGATGTCACCGCCAATTTATACACCATCCAAATGGTGGGCACGTCAGATAAACTCGATGCGTTTATTCATGCGCTGGGAGAAGTCACCAAACTGGTCGAAGTCTCACGCTCCGGCGTGGTGGGTTTGGCCCGCGGCGAAAAGGCCATGAAAGCCTAGTTTTCCCTCGGAAATCTCGCGGACATTTTCGCATAAGCACAAAAACATCAAGGGGAGCATAATGCTCCCCTTGTTTTTAAGCGGTTATCACAGCGTCAATTATGACTGGCTGTCTAACAAGCGCGATGAGGTGATCTCAATTTTGCGTGGTTTCAATGCTTCAGGAATTTCACGCACTAAATCAACATTGAGTAAGCCATTTTCTAAACTTGCACCAAGCACAGTAACATAGTCTGCCAGCTGGAAAGTACGCTCAAAACCGCGTTCAGCTATGCCTTGATACAGGTATTTACGCTCGGTTTGGCTTTCGGCTTTATTGCCTTTCACCAGTAATTTTTCACCTTCACTGCTGATCTCAAGTTCATCCATAGAGAATCCGGCTACGGCCATCGTTATGCGATAACGATTTTCGCCGAGTAATTCGATGTTATATGGAGGATAACCTGAGTTACCATTATTGGCGGCGGCATGTTCTGCCAATTGCGCTAAACGGTCAAAACCTATGGCACTGCGGTAAAGTGGTGTTAAATCATAAGTACGCATATTCATATCCTTGTCTTAAGCAATATGGAGAATTGGCGGACTGTTTTCAGGATGAAAACGTTTGTAGAGTCTGCCGAATTAAATCTTCTGTCCTTACGGCACAGAATTCACACTAGGACCCTCATCGAGCGATCCTGAAATAGATATAAGGACGGGAGAGAAAATTTCAAGCAAGAAAATTAAAAAAAATGTGCAGAACTTTAAAAGACCAATAAAAACAAACGCTAATTCAACTTTAAAACGGTGAAGCGAGACGTGATTGGTATCGCTGCATTAGATTCATTGCGCACGGCAAGCAGTATTCGCTAAATTGCAGCCAATAAAAAAGGAGCCTAGGGCTCCTTTTTCAGTCTTAGCATCGAATTAACGAGTGCGTGGACACAGTTCTTCAGCGCTGAAGAAGTAAGCAATTTCACGAGCAGCAGATTCAACAGCATCAGAGCCGTGAGCCGCGTTTTCGTCAATGCTTTCAGCGAAATCAGCACGGATAGTACCAGGAGCCGCTTGAGCTGGGTTAGTTGCACCTAAAATTTCACGGTGAGCTAAAACAGCGTTTTCGCCTTCTAATACTTGGACCATGATAGGACCAGAAGTCATGAATGCAACCAGAGCACCGAAGAAGCCGCGCTCGCTATGCTCAGCATAGAAACCTTCAGCTTGTTCTTTAGTCAGGTGTAACATTTTTGATGCAACGATCTTAAGACCAGCAGTTTCAAAACGATTGTAGATAGCACCGATGTGGTTTTTTGCAACAGCATCAGGTTTGATAATAGAAAATGTGCGTTCGATCGCCATAACTAGCTTCCTTTGTCAGCAAGTTTAAAAAAATTCGCGCGGATTATACGAAATTTAAAAGCTAAATCCTATCTTTATAGCAAATTAGTCTGAGATATTGCGCACATTCGCTTTATTCGTAATCAGCTTGATCACGCAAAAGACCCCGCTAGAAGGATAAATCCTTAGCAGGGTTAATTAACTCATTAAAAAATGGGATTATTTTCTATTTTTTGCCCAAATACCTGCCCAAGCAATCAAAGCGACTAAAATGACTGCGGGAGCAAGATCTAACAAGTGGTGGAATAAACCGACACCGCCATGCCCTGGATGAGCCCAAGCCATTGAAGGGACAAGCATACATAACAATACAAGCAAAAGTTTCATGTGAACATCCTTGCAGTTGCGATAACAAAGTTAAGCCATTTAAATGCCTTAACCAATATACAACAAGGTACGATATCCGCTAAAAATGAACTTGACTGTGATCAAACTCTCGCCAAATATTCTCTGCGCCGCTGCAAATGCGTGAGGTAAATCACCTTAGTTAAACGTCAAAAGGACAAGATGCCTCACATAAAAAGCCGTATCACCACTGTGTTCACTACTTTTCATCAATCCAACACTGCTGAATCGCTTCCAGTATTTTTTCATTACAGTGCTTGGGATCATCGGCAAAATCATCCAAGGCTAACACCCACTCATACAATTGGGTGAAATGCAGCTGAGTAGGATTCACCTCTGGGTGTGCTTCGAGTAATTCCAACGCAATATCTAACGAATCTATCCAGGTTAATGTCATCGTTTTCCCCTATTCGGTTCGCTTTAATGGGTAAGTTCTTGCTAAACGGCGTTACCCATAAGGAGGTGAATCAAGTGTTGATATTCCGTAGTCAATACTCGACAGCAAGGGCACTAACCCTGTGCTTGCGTCACCTTTTTCACTTTAATTGCATTTTTTTCAACAAAATCAATAATAGCACCCGCCACATCTTTCGTGGTGGCGCCTTCAATTCCTTCAAGCCCTGGTGAAGAGTTCACTTCCATGATGACAGGACCGTGGTTTGAGCGTAGCAAGTCAACGCCAGCGACATTGAGCCCCATGGTCTTAGCCGCACGAATGGCGACTGAGCGTTCCTCTGGGGTTAATTTGACTAAACTTGCCGTGCCACCACGGTGCAAGTTAGAGCGGAACTCACCGGGCATAGCTTGACGCTTCATGGCGGCAATCACTTTATCGCCGAGCACAAAGCAGCGAATGTCTGCGCCATTGGCTTCTTTAATATATTCCTGCACCATGATGTTGGCTTTAAGGCCCATAAAGGCTTCAATCACGCTCTCAGCCGCTTTACGGGTCTCGGCTAATACCACGCCGATACCTTGGGTGCCTTCGAGTAATTTAATCACCAGAGGCGCGCCACCCACCATATCAATCAAGTCGGGGATATCACTCGGTTTATTGGCAAAACCAGTAATGGGCAAGCCAATACCGCGGCGTGACATCAACTGCATAGAACGCAATTTGTCACGTGAGCGCGAGATCCCAACAGAATCATTTAAAGCATATACGCCCATCATCTCAAACTGACGCAAAACCGCAGAGCCATAAAAGGTAATCGACGCCCCTATACGGGGGATCACAGCATCAAATGCGGGTAACTCTCGCCCACCAATGTGGATACTCGATTGCCGCATATTGATATTCATATAACATTCAAGGGGATTGATTACGTGTACTTCATGACCACGTAATTGAGCCGCTTCAACGAGTCGCTTCGTTGAATATAACTCAGGCCCTTGCGATAAGATCGCTATTCTCATTCTGGTCTCCGGCAACCATTAATTTTGAGCGCATAATACGCCTGCGCAGGGATAAATCAAACAACAAGAGGCATAGACAAGATTAGTTGCACAAATGCTCAACGCCAAAAGCAAAAAAACCAGTCACGTGGACTGGTTTTAACAATTATCGCGGCAGCATTAATTGCCTTCGCTGACCATGTTAACCGTGTATTTAGGGATCTCAATCACCATGTCAGTGTCGACCACTTTCGCCTGACAAGATAGACGGCTTTCGGGCTCAAGTCCCCAAGCTTTGTCTAACATGTCATCTTCCAGCTCATCACTTGGCTCAAGATCATTAAAGCCTTCACGCACGATACAGTGACACGTCGTGCAAGCACAGGACTTTTCACATGCATGCTCGATATTGATGCCATTACGCAGCGCAACATCAAGAATGGTCTCACCAACATTCGCCTCAAGCACTGCACCATCTGGGCACAACTCGGCATGGGGAAGAAAGACTAATTGGGGCATTACATCACCTATATGTTGTCGATCGACTGGCCTTTGAATGCCACTCGAATAGAATTGTCCATACGTCTGGCAGCAAAATCTTGGGTTTGCTCATCCAGTTTTTCAATCGCGAGCTTAATCGCATCGGCATCATCGCCCGCGGCAACTTGCGCCACATTGACCATAGTGGCATCGATTTGTCCACGCTCATCGGCATTCAGCAAGTCGCCATCTTTCGCTAACGCGGCATGTAAAGACTCGAGTACCCTCGCCGCCTCCACTTGCTGCTCGGCCAGCATACGACGACCGATATCGTCTTTGGCATACTTCATCGAATCTTTCAGCATAGTGGCAATTTCAGTATCCGATAAACCAAAAGATGGCTTAACTTGAATGCTAGATTGCACGCCGGTGGATTTCTCCATCGCGGTCACGCTGAGTAAACCATCGGCATCCACTTGGAAAGTCACACGAATGTGCGCAGCGCCTGCAGCTAACGGCGGAATACCTTTTAGCGTAAAACGCGCCAGTGAGCGGCAATCGGCAACGAGCTCACGCTCGCCCTGCACCACATGAAATGCCATGGCCGTTTGACCATCTTTAAAGGTGGTAAATTCCTGTGCTCGCGCAACCGGAATCGTCGTATTACGCGACACCACTTTTTCCACTAAACCGCCCATGGTCTCTATGCCTAATGACAAAGGGATCACATCGAGGAGCAGCAAATCAGATTCAGGTTTATTACCCACTAAAATGTCGGCTTGAATAGCTGCACCAATGGCGACAACACGATCGGGATCGATAGACGTCAGTGGTGGTTTACCGAAGAAAGCTTCAACCTGTTCACGCACTAATGGCACGCGCGTTGAACCGCCAACCATCACAGTTTCAAGCACTTCATCCGTCGTCACGCCCGCATCACGCAGGGTACGGCGACAGCTAGCAATGGTCTTCTTAACCAACGCCGCAATCATGGCATCAAATTCAGCTTTAGAAACGATTTGCGTGAGTTCAGTCCCATCGGCAAGGATCACTTTTGCTTCAGTTTCTGCGGCATCCGTTAAGGCTTCTTTGACTCGACGCGATTCAATCAACAGTTGACGGCTTAATTGTGAGTCGATGTCGCTAAGCTGCCACACTTGCTGCATATGTGCTTGCAGTAAATGATCGAAATCATCGCCACCAAGCGCTGAATCACCACCAGTGGCTAACACTTCGAATACACCGCGATTCAAACGCAAAATAGAAATATCGAAGGTACCGCCGCCTAAGTCATAGATGGCAATCACGCCCTCTTGCTTAGAGTCTAAGCCGTAGGCAATCGCAGCAGCTGTCGGTTCATTCAACAGACGTAGCACTTTAACACCCAGCAAAGCTGCGGCATCTTTCGTGCCTTGGCGCTGGGCATCATCAAAATAAGCCGGTACGGTTATCACGACACCTTGCAGCTCGCCGCCTAAGGTTTTTTCAGCACGGGCAATCAGCGGACGTAAAATCTCCGCAGACACTTGCACGGGATTCACTTGGCCTTGGGGAGTCACGAATAAAGGTAAACCGTTTTCGCTTTCGGCAAACTCGTAGGGGAATGATTGCTCGCCGGCTTTGATATCAGCCAGGCTGCGGCCCATAAAACGCTTAACCGAAACGATCGTGTTTTGCGGATCCTGCGCCGAACTCAACGCCGCAAGGGCGCCGACTTCGACTGAATCTTGGGTATAACGCACGATAGAAGGTAATGAATGCTGTCCAAGTTCGTCCGGCAGGGTTGCCGTCTCTCCACTTCGAACAGCCGCCACCAAAGAATTGGTCGTACCTAAATCGATGCCAACGGCAAGTCTATGTTGGTGCGGCGCGGCACTTTGACCGGGCTCAGCTATCTGCAAAAGGGCCATATATATCCAACTTAGTAATGCCAACTCAAGCGTGCTTGAGTCAGCAAAGTAACATAAACACGGAAAATCAATCTAACAGAGCGTCTTCGACTCTGGTCAACTCGTCGTGTAATTTTGCCATAAATTTGAGTTTGCGAACTTGATCCGCCGCTAACAATGCATCTTCAGCCTGCTCACTGGTTAACAGTTGAGTCAATTGCTGAGTGAGTTGCGCGCGGTACTCTGCAAACGATTGATATAACGCGTCAATACTCGCTTGAGGATCGGCACTATCGCGTATGTCTTCCAACGCTTCACGCCATTCCATTTGCTGCATCAAGAAGCCAGTATCTTTCACTGTCGTGGTTTCATGGCTTAATTCAATGCCACGCAGCGACAACATATGCTCGGCACGGCGAATGGGATCTTTTAAGGTTTGAAAACCATCATTGACTTGCGCCGTGCGCTGCACCGACAGCAATTTTTGCTGCTCAGTATCATTGGCAAATTTATCGGGATGAACCGCCCGTTGCAGTTCGCGATAGCGTTCTGCAAGTAAGGCGGTATCAATATCGAAGGCAGGGGAAAATTTAAACAGCTCGAAATAATTCATGCGTCAACTTTAGCGGTTAAACAGTGAAACTCTCACCGCAACCACACTCACCTTTTGCGTTAGGATTGTTAAATTGGAAGCCTTCATTCAGCCCTTCTTTAACAAAATCCAGCTCGATCCCTTGAAGATAGATGAGGCTCTTAGCATCGATGATGATTTTCACATCTTCGATATCAAACACTTCATCGTCATCATTTAAAGAATCAACGAACTCAAGTACATAAGCCATACCAGAACAGCCTGATGTTCTTAAGCCGAGACGCAGGCCTACACCTTTGCCTCGGTTAACTAAGAAAGATCTGACACGATCGGCTGCCGCTGGGGTCATTGTAATCGCCAT

Protein sequences of DBSCAN-SWA_8

>NC_017579|2874999:2883651|2880856_2882719_-|WP_011846945.1|DBSCAN-SWA
MALLQIAEPGQSAAPHQHRLAVGIDLGTTNSLVAAVRSGETATLPDELGQHSLPSIVRYTQDSVEVGALAALSSAQDPQNTIVSVKRFMGRSLADIKAGEQSFPYEFAESENGLPLFVTPQGQVNPVQVSAEILRPLIARAEKTLGGELQGVVITVPAYFDDAQRQGTKDAAALLGVKVLRLLNEPTAAAIAYGLDSKQEGVIAIYDLGGGTFDISILRLNRGVFEVLATGGDSALGGDDFDHLLQAHMQQVWQLSDIDSQLSRQLLIESRRVKEALTDAAETEAKVILADGTELTQIVSKAEFDAMIAALVKKTIASCRRTLRDAGVTTDEVLETVMVGGSTRVPLVREQVEAFFGKPPLTSIDPDRVVAIGAAIQADILVGNKPESDLLLLDVIPLSLGIETMGGLVEKVVSRNTTIPVARAQEFTTFKDGQTAMAFHVVQGERELVADCRSLARFTLKGIPPLAAGAAHIRVTFQVDADGLLSVTAMEKSTGVQSSIQVKPSFGLSDTEIATMLKDSMKYAKDDIGRRMLAEQQVEAARVLESLHAALAKDGDLLNADERGQIDATMVNVAQVAAGDDADAIKLAIEKLDEQTQDFAARRMDNSIRVAFKGQSIDNI
>NC_017579|2874999:2883651|2883327_2883651_-|WP_006081855.1|DBSCAN-SWA
MAITMTPAAADRVRSFLVNRGKGVGLRLGLRTSGCSGMAYVLEFVDSLNDDDEVFDIEDVKIIIDAKSLIYLQGIELDFVKEGLNEGFQFNNPNAKGECGCGESFTV
>NC_017579|2874999:2883651|2878118_2878550_-|WP_006081848.1|DBSCAN-SWA
MAIERTFSIIKPDAVAKNHIGAIYNRFETAGLKIVASKMLHLTKEQAEGFYAEHSERGFFGALVAFMTSGPIMVQVLEGENAVLAHREILGATNPAQAAPGTIRADFAESIDENAAHGSDAVESAAREIAYFFSAEELCPRTR
>NC_017579|2874999:2883651|2874999_2876718_+|WP_011846944.1|DBSCAN-SWA
MEMLSGASMIVRSLIDEGVKHIFGYPGGSVLDIYDALHVIPGIEHILVRHEQAAVHMADGYARATGKVGVVLVTSGPGATNAITGIATAYMDSIPLVVLSGQVPSNLIGNDAFQECDMIGISRPVVKHSFLVKDPTEIPEIIKKAFYIASTGRPGPVVVDLPKDCLNPALLHEYCYPESVKMRSYNPTTSGHKGQIRRGLQALLAAKKPVLYVGGGAIISGCDKQILQLAERLNIPVVSTLMGLGAFPSTHKNSLGMLGMHGRYEANMTMHNCDLIFGIGVRFDDRTTNNVEKYCPNATILHIDIDPSSISKTIHVDIPIVGSADSILDSMLAQLDESNEHNDNDAIATWWNDIEQWRSRDCLAYDKNSGRIKPQQVIETLYKLTNGDAYVASDVGQHQMFAALYYPFDKPRRWINSGGLGTMGFGLPAAMGVKMAMPDATVVCVTGDGSIQMNIQELSTALQYDTPVKIINLNNRFLGMVKQWQDMIYSGRHSHSYMDSVPNFAKIAEAYGHVGMTISDPAELESKMAEALAMKDRLVFIDIMVDETEHVYPMLIRGGAMNEMWLTKTEKC
>NC_017579|2874999:2883651|2879444_2880350_-|WP_006081851.1|DBSCAN-SWA
MRIAILSQGPELYSTKRLVEAAQLRGHEVHVINPLECYMNINMRQSSIHIGGRELPAFDAVIPRIGASITFYGSAVLRQFEMMGVYALNDSVGISRSRDKLRSMQLMSRRGIGLPITGFANKPSDIPDLIDMVGGAPLVIKLLEGTQGIGVVLAETRKAAESVIEAFMGLKANIMVQEYIKEANGADIRCFVLGDKVIAAMKRQAMPGEFRSNLHRGGTASLVKLTPEERSVAIRAAKTMGLNVAGVDLLRSNHGPVIMEVNSSPGLEGIEGATTKDVAGAIIDFVEKNAIKVKKVTQAQG
>NC_017579|2874999:2883651|2876717_2877212_+|WP_006081846.1|DBSCAN-SWA
MRRIISVLLENQSGALSRVVGLFSQRGYNIESLTVAPTDDITLSRLNITVVADEMVLEQIEKQLHKLIDVLKVSNITESAYIERELALVKVRAQGEFREEVKRMADIFRGQIVDVTANLYTIQMVGTSDKLDAFIHALGEVTKLVEVSRSGVVGLARGEKAMKA
>NC_017579|2874999:2883651|2880509_2880848_-|WP_006081852.1|DBSCAN-SWA
MPQLVFLPHAELCPDGAVLEANVGETILDVALRNGINIEHACEKSCACTTCHCIVREGFNDLEPSDELEDDMLDKAWGLEPESRLSCQAKVVDTDMVIEIPKYTVNMVSEGN
>NC_017579|2874999:2883651|2879133_2879331_-|WP_006081850.1|DBSCAN-SWA
MTLTWIDSLDIALELLEAHPEVNPTQLHFTQLYEWVLALDDFADDPKHCNEKILEAIQQCWIDEK
>NC_017579|2874999:2883651|2878748_2878916_-|WP_006081849.1|DBSCAN-SWA
MKLLLVLLCMLVPSMAWAHPGHGGVGLFHHLLDLAPAVILVALIAWAGIWAKNRK
>NC_017579|2874999:2883651|2877311_2877755_-|WP_006081847.1|DBSCAN-SWA
MRTYDLTPLYRSAIGFDRLAQLAEHAAANNGNSGYPPYNIELLGENRYRITMAVAGFSMDELEISSEGEKLLVKGNKAESQTERKYLYQGIAERGFERTFQLADYVTVLGASLENGLLNVDLVREIPEALKPRKIEITSSRLLDSQS
>NC_017579|2874999:2883651|2882786_2883311_-|WP_011846946.1|DBSCAN-SWA
MNYFELFKFSPAFDIDTALLAERYRELQRAVHPDKFANDTEQQKLLSVQRTAQVNDGFQTLKDPIRRAEHMLSLRGIELSHETTTVKDTGFLMQQMEWREALEDIRDSADPQASIDALYQSFAEYRAQLTQQLTQLLTSEQAEDALLAADQVRKLKFMAKLHDELTRVEDALLD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_011846944.1|2874999_2876718_+	acetolactate synthase 3 large subunit	A0A0P0YLY7	Yellowstone_lake_phycodnavirus	1.2e-56	29.0
WP_006081846.1|2876717_2877212_+	acetolactate synthase small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_006081847.1|2877311_2877755_-	Hsp20 family protein	A0A2L0V0Y9	Agrobacterium_phage	3.7e-21	51.5
WP_006081848.1|2878118_2878550_-	nucleoside-diphosphate kinase	K7YW26	Megavirus	1.1e-17	40.2
WP_006081849.1|2878748_2878916_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006081850.1|2879133_2879331_-	Fe-S cluster assembly protein IscX	NA	NA	NA	NA
WP_006081851.1|2879444_2880350_-	30S ribosomal protein S6--L-glutamate ligase	I3ULC9	Synechococcus_phage	9.4e-40	33.6
WP_006081852.1|2880509_2880848_-	ISC system 2Fe-2S type ferredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_011846945.1|2880856_2882719_-	Fe-S protein assembly chaperone HscA	A0A0N9QXN8	Chrysochromulina_ericina_virus	2.8e-102	38.2
WP_011846946.1|2882786_2883311_-	co-chaperone HscB	NA	NA	NA	NA
WP_006081855.1|2883327_2883651_-	iron-sulfur cluster assembly protein IscA	A0A2H4N7N5	Lake_Baikal_phage	1.8e-22	46.3

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NC_017579|3150361:3222861|DBSCAN-SWA
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MEDLQLVLFVLGAIAIVAVLVHGFWSIRRQQPKSLKDSPMGNFYKKQAEKGESSPKRIDAEGFDADGIGAVRVRKAGELAPNNETPAANPYLKQEVKLETKPQELTSPEFKQGLKPELKVEAKHEPIPAQPDFSLQPPVAKEQHRGPKVSRHEPVLSTQANTHTNVHTSTPAPQMGQSHAAIVAQKAAEQEQALRAAPQQSALFEENEHQADHQEEAFVEQAAEDELGEPRDVLVLHVVAKDGQQLNGAELLPCFLTLNFKYGDMNIFHRHVDNAGNGKVLFSIANMLKPGVFDPDNMEQFSTQGVVFFMTLPCYGDALMNFSIMLNSARQLADDIDAVVLDGQRLPWGEFTKQDYLHRIRANA
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MRQLILAFASSMSDISASAWNAVMGEANPFCRHEFLLALEQSHSACAATGWTPRHLCVFDVGDTLSDVVSTDKSLSPLAAGALISQQAAKHFNPLSLVAVMPLYQKSHSYGEYVFDWAWAEAYDRHGLDYYPKWVNAIPFTPVQGRRMGIHPAFDSVEQLRVAELLLLTLNRRLTSELFASEPCALEKGDSVFDESELDEPVVDESDLDGSVQSAKEQGDSPISSWHSLFVTPSQTPLFEGSPNPLLKRLGTQFHWHNRGYRDFDDFLAGFSSRKRKNILKERAQLQPFNLKFHFVEGEHITASQWQTFIQCYQLTYLKRSGHRGYLTPTFFQQLGAQLAAQVLLLVVEDAKGEMVAGALYLKGENTQGQKCLYGRYWGTTVELDGLHFEACYYQGIQYCIEHGFQMFNAGAQGEHKVLRGFEPVEMYSYHNIAHLGFRAAIADFVEQEAQQMQQYMAQMRAVLPYKKEP
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MANVKAENGAVKSSVALVGCGWFGFALAKQLVHEGYRVTGCKRSAEELSALTEVGIEAYPLQLGSEAPSAPDAQALSGLFQTDYLVVNIPPRLKRGNAAYLEELQQLIALTQGWQYQQIVFISTTGVYPAKDKVMTEADALAESSDSQVLLDAEALFQVLPHACIVRFAGLVGPKRHPGRFLAGKTDVSGANVAVNLVHLSDCVSAVSRILAATGSGLSVAPIYNLCAPTHPTKAEFYQAAAESLGLVAPEFNQQSMPSKVIQGDAIVTDLGFRYQYASPQDMLAAC
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MRPTRPFRPLILAIAMALPLLSSPSLLAEESSIFSQMATAQPVWAKHGMVASQETLASRTGVEILKQGGNAVDAAVAVAFSLAVTLPRAGNIGGGGFMLVHIAKENKTIAIDYREMAPSKAKKDIFLDENGDAVEKLSREHGLAVGVPGTVMGMSLALEKYGTMTLAQVAAPAIKMAQEGISVTPDLAESLAGLKRRMTQWPTTAAIFYKADGSDYQVDDILKQPELAHSLSLIAEKGTKGFYEGETATKLINAVKDAGGIMTLDDLKNYKVVEREPVRGEYRGYEVVSMPPPSSGGVHIIEMLNVLQQFPIDKLGHNTAQTIHLMAETMKHAYSDRSEYLGDPDFYKVPVKALTSKDYAQKIASQIAMNKTTPSAEIKPGKLAPYESDQTTHFSVVDKWGNAVSNTYTLNFSYGSGLVAKGTGILLNNEMDDFSAKPGVPNGYGLVGGDANAVEGNKRPLSSMSPTIVMKDGKPFLVTGSPGGSRIITTTLQIIMNVIDHGLNIAEASNAARVHHQWLPDELRVESSLNRDTISLLEAKGHKVKVQSAMGSTQSIMVTEQGIFGASDPRHSGSEAIGY
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MVESKGTEIKQTEKQKMLAGQPYKAWDDELLAERMRAKSVCHQFNLAEPTQLDARMDHLRGLLDIQHCAHIEPNFFCDYGYNIHIGKQFYANHNLTILDVCSVSIGDNVMFGPHVMISTATHPIDPIARQTTEYGAPIQIGNNVWLGGNVSVLPGVTIGDNCVIGAGSVVNKSIPANCVAAGNPCKVIKPINVA
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MSRRCHEVDYEIIGHSMQLVELELDPNETVVAEAGAMNYLEQDISFEAKMGDGSEPESGFFGKLMVAGKRALTGESIFMTHFTNQGNQKRKVAFAAPYPGTILAIDLAEYGGELICQKDSFLAAALGTRVTMKFNRRLGTGFFGGEGFILQSLQGDGMTFIHAGGTLVKKELRGETLRVDTGCLVGFTPGIDYDIERAGSLKSMVFGGEGLFLATLKGHGTVWLQSLPFSRMADRIIAHAPSSGGSDRGEGSVLGGLGRMLDGR
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MLNKKILAVMITAALGVSACNSDDDKVVQADLRVLETTDLHTNIMDFNYYSGKDDPTIGLARTASLIHAARNEAKNSVLVDNGDLLQGSPMGDYMAKVGLQMGDVHPAYKAMNLLDYEVGNIGNHEFNYGLDFLNKSISGADFPYINSNVYCADENGCWKEVKKGEHLFTPYIIKQKIIIDSEGNNQTINIGYIGFVPPQILLWDKQNLTGKVTVEDIVTTAKKYVPEMKAKGADIIIAIPHSGIGSTENPGDPMAENATYALTYVDGIDAILFGHSHSIFPDAKYADLPNTDVTKGLLNGVPAVMPGRWGDNLGVVDFKLERRDDKWHVLSAKTQARPIYNGATKEELVSQDPAIKDAVAAEHQGTLAFVDEPIGVAAADMYSFLTLVQDDPTVQIVSDAQIANVKAKLPAALKGLPVLSASAPFKAGGRHGTTSDADQFVQVDKGPLTFKNAADLYLYPNTMVAVKATGAELKDWLECSANQFNQIDPAKTTPQELINWDGHPTYNFDVLDGLTYKIDVTQPNKFDRDCAVVNANANRIVDLSYKDENGKVITGEEFAAKEFIVASNNYRAFGGKFAGTGSDHVVLELPDTNREALAAYITAQSQYNETTGKYEGMVNPSADYNWDFKTITTNVTLDVRFQTQDSDKAAAFIEANKQREMKKISKDELGFAVYSINLTK
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MSLKKSHKSYPQAFKDEAVLMVLEQGYSVADAAKSLGVSTSLLYNWKEKHEALKQGITLEESERDELKRLRRENKELRMEKEIPKKGKRLLCERNEVRFRFIKQQSNLFPITLLCRVMSVSKSGYYDWHKRPANVISLETLKLYRLVRQLFKQSRGSLGNREMVKKLRKEGYQVGRYLVRKIMHRLRLKATQRRAYKVTTQRKHSDAVADNLLNMNFNPVSANEVWAGDVTYLKTGEGWMYLAVVMDLYSRRIVGWHIDKRMTTDLISKALIKAYNLRQPARGLVFHSDRGSQYTSKQFGRLLLSYGIRASMGDVGACWDNAVVERFFGSLKHDWIFKVNQPTREFMKQDVTAYMKYYNLERLHSANGDLSPVEFENSQLKVSSLG
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MSVFNRVRPIAALACGLMLSASFALQAASFEEGKDYVTVAGITEAQKPVLREFFSYNCPHCYKQEPLMDLTVQLLGKDVAFERTPVGAGRPAWELSQLAYYVAQKLKMTKQTHGAIFKQIHEKGEQFTAPEQVKAFFVAQGAKVDDVDAAMNSVDAKFTLMNYDSQAELAGIKGVPSLLVNGRYMLTSTAHTPEELAALVKFLAAK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_011846606.1|3150361_3151285_-|transposase	IS5 family transposase	A0A1V0E8E1	Vibrio_phage	2.1e-148	81.8
WP_011847088.1|3151720_3152995_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847089.1|3153142_3153937_-	TIGR00266 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847090.1|3154240_3155155_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011847091.1|3155369_3156530_+	homogentisate 1,2-dioxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_011847092.1|3156627_3157668_+	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_011847093.1|3157790_3158375_-	sugar O-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_006082123.1|3158733_3159357_+	LysE family translocator	NA	NA	NA	NA
WP_011847095.1|3159516_3160929_-	N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_006086156.1|3161037_3162777_+	gamma-glutamyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011847096.1|3163443_3164037_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847097.1|3164039_3164687_-	DUF5343 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|3166338_3167894_-|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011847100.1|3169175_3171380_+	M3 family metallopeptidase	A0A1V0SID3	Klosneuvirus	6.2e-45	25.3
WP_014620774.1|3171863_3172340_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041409145.1|3173099_3173483_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847102.1|3173696_3175841_-	M3 family metallopeptidase	A0A1V0SD92	Indivirus	3.6e-29	22.6
WP_011847103.1|3176548_3178594_+	bifunctional 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase	NA	NA	NA	NA
WP_011847104.1|3178799_3179558_+	DUF2057 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847105.1|3186115_3186664_-	D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_006082136.1|3187132_3187804_+	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_006082137.1|3187895_3188963_+	ketoacyl-ACP synthase III	NA	NA	NA	NA
WP_011847106.1|3189050_3189647_-	lecithin retinol acyltransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006085386.1|3189880_3190567_-	DNA polymerase III subunit epsilon	NA	NA	NA	NA
WP_011847107.1|3190568_3192416_-	cyclic nucleotide-binding/CBS domain-containing protein	A0A2I6B2H4	Macacine_betaherpesvirus	6.7e-08	30.7
WP_006082141.1|3192631_3194368_-	cation acetate symporter	NA	NA	NA	NA
WP_006082142.1|3194379_3194646_-	DUF4212 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847108.1|3195288_3195909_-	thiol:disulfide interchange protein DsbA/DsbL	NA	NA	NA	NA
WP_011847109.1|3196031_3196895_-	NAD-dependent dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_006082145.1|3196951_3198157_-	HD-GYP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620776.1|3198382_3198868_-	DUF2919 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847111.1|3199253_3200090_+	DUF1837 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011845808.1|3200086_3201028_-|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011847114.1|3201026_3201830_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_086011358.1|3201844_3203003_+|transposase	IS3-like element ISSba3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.9e-49	35.9
WP_011847116.1|3203569_3205516_-	DNA ligase	W8W1V3	Invertebrate_iridescent_virus	7.2e-37	25.4
WP_011847118.1|3206241_3207336_-	cell division protein ZipA	NA	NA	NA	NA
WP_011847119.1|3207359_3210776_-	chromosome segregation protein SMC	NA	NA	NA	NA
WP_011847120.1|3210997_3211777_+	sulfate transporter CysZ	NA	NA	NA	NA
WP_086011368.1|3212632_3213791_+|transposase	IS3-like element ISSba3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	7.6e-50	35.9
WP_011847121.1|3214305_3215544_-	RDD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847122.1|3215795_3216764_+	cysteine synthase A	C3U2M1	Lactococcus_phage	2.8e-66	49.1
WP_011847123.1|3218193_3219192_+	TDT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_011847124.1|3219884_3220115_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011839978.1|3220123_3220870_-	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	5.7e-43	40.9
WP_014620410.1|3221298_3222861_-|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	3.2e-43	28.5

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NC_017579|3743078:3754504|DBSCAN-SWA
CTTAAGCTAGACGCTCAGTAATCCAAGGTAATACTTGAGCCAATGCCGCATCCAGATTTTCTGGCTGGCTACCGCCCGCTTGAGCCATATCAGGACGACCGCCGCCTTTACCGCCCACTTGCGCAGCGACCATAGCGACTAGCTCACCCGCTTTGACTTTGCCGATCAGATCGTTACTCACACCAGCGATCAGGTTAACTTTCCCTTCCTGCGCGGTGCCAAGAACGATAATGGCCGATTTCAATTTTTGTTTTAATTCATCTTGTAGACCGCGTAATGAGCTTGCCTCAACGCCGTCTAACTTTTTGATCAGTACGTTAACGCCATTAACCACAACGGCATCGCCCACTAAATCAGCACTGGCTGCAGCCGCGAGTTTATCTTTCAACTGCGCCATTTCTTTTTCGAGTTGCTTCATCTTATCGAGCTGGGCTTTTAACTTAGCGACAACTGAGTTGGCATCGCCTTTCAATAAGGCTGCAGCTTCTTCCAGTTCAGCTTGTTGCTGCGCCACATAGGCCATAGCCGCAGCGCCAGTAACGGCTTCGATACGACGAACACCCGCAGCAATACCCGCTTCAGAGGTGATTTTGAATAAGCCAATATCGCCCGTGCGGCCCACATGGGTACCACCACACAATTCGATAGAGAAATCGCCCATAGTCACAACACGCACTTGTGAGTCATATTTCTCACCAAAGAGCGCCATTGCGCCTTTCTCTTTGGCTTCGTCTATACCCATTTCAGCGGTTTTCAGCTCATGGTTACGACGAATTTGAGTGTTAACTAATTCTTCAACTTCTTTTAATTCCGCGGCTTTTACACCTTCGAAATGGGAGAAGTCAAAACGCAAACGCTCAGGATCAACCAAAGAACCTTTTTGCGAAACGTGAGTACCGAGCACTTGACGCAGTGCGGCATGCAGTAAATGCGTAACAGAATGGTTTAACTGAGTACGGTGACGCAGTTTTTTGTCGACTTTTGCTTCAACAACTTGGCCAACACTCAAGTTACCTGTAGCTAAAACACCTTGATGGCCCGTTGCTTGACCGTACTTTTGTGTGTCGTTAACCGTAAACTCAACACCGCTCGCAACCAGTTGGCCTTTATCGCCCACTTGACCGCCAGATTCCGCGTAGAAAGGTGTCACGTCGAGTACAACAACCGCTTCGTCACCCGCTTTGATCGCCGTCACTGACTCACCGTTTTGATAAATCGCAGTGATCTTAGCTTGGCCCGCTAATTCGGTGTAACCACTGAATGCGGTTTCGGCATCAATTTTCAGCGCCGCGTTATAATCTGCACCAAAGTTACCGGCAGCTTGTGCGCGGCTACGTTGTTCAGCCATGGCGACTTCGAAACCTGCTTCATCGACAATAATGTTGCGCTCACGACACACGTCAGCAGTTAAATCCATTGGGAAGCCATAGGTGTCATACAGCTTAAATACCGTTTCACCGTCTAAGGTAGTACCTTTTAACTCGTTTAAGGCCGTATCTAAAATGCCTAAACCACGTTCAAGCGTCCGGGCAAATTGCTCTTCTTCCGCTTTCAGTGCTTTTTCAACAATCGCTTGAGTCTCAGCTAACCCTTTGGCCGCATCGCCCATCACCGCAATCAAAGACGGAACCAGCTTATAGAAGAAAGCTTCGGTCGCGCCTAACTTGTTACCATGGCGAACGGCGCGACGAATAATGCGGCGCAGCACATAACCGCGGCCTTCGTTCGACGGCATAACACCATCGGCAATAAGGAATGCACATGAACGGATATGGTCGGCAATGACGCGCAGTGACTTCTCGGTTAAATCGCTTACGCCGATGATTTCTGCCGCTTTAGCGATCAACGTACGGAATATGTCGATTTCGTAGTTAGAATGTACGCCTTGCATAATCGCGGCAATACGCTCAATCCCCATGCCGGTATCAACCGATGGCTTAGGCAAAGGCAACATTTCACCCGATGCTTGACGGTTGTACTGCATGAACACTATGTTCCAGATTTCGATGAAACGGTCGCCATCTTCTTCAGGACTGCCAGGACGGCCGCCCCAAATGTGATCGCCATGGTCATAGAAAATCTCAGAACATGGGCCGCAAGGACCGGTATCACCCATTTGCCAGAAGTTATCTGACGCATAAGCAGCACCTTTGTTGTCGCCGATACGGATAATGTTCTCGGCAGCAACACCAATCTTTTTATTCCAGATTTCAAAGGCTTCATCATCTGTTTGATAAATAGTGACACACAGACGTTCTTTCGGCAGCTTTAAAGTTTCAGTTAAGAAAGTCCAGCCAAAGCGAATCGCTTCTTCTTTGAAATAATCACCAAAACTGAAGTTACCCAGCATTTCGAAAAAGGTGTGATGACGTGCTGTATAACCGACGTTATCTAAATCGTTATGCTTACCACCGGCGCGTACACAACGTTGAGCAGTGGTCGCACGCGTATAATTGCGTTTGTCCATGCCAAGAAACACGTCCTTGAACTGGTTCATGCCTGCATTGGTAAATAAAAGTGTGGGATCGTTGCCTGGCACTAATGAACTACTGTCCACAACTTGATGACCATTGCTGCGGAAAAATTCGAGGAAAGCGCTTCTAAGCTCTGCTGTAGTTTGATACATGAAATCATCCTGAATTGGGTAAGCATTACCAGCTACGCCTTAGGCTAGCCGTATTTCTATTTGCCCAGCATTATAAGCAGACTGAGGAAGGACGACCAGCCTTGATTGGTGATATATACCCAAACAACCTCAAGATACAGGATTCAGCGGAGATTTAACGTACTTTAGGCAAGACGGTTATTTGTAGACCTAGTGGGCTAAGTTAAGAATAACCAACACTGCATAAAGTGCGTTAAAGCCCGCCGGGACGGAGCGCCTAGGGCACTTCACTTCCGTGTTGCATCAACTCAAAAGGTGGTCCACATTCTTTCATTGATGCGCCTAGAATTGAAGCACCCTAAGCGCTCTGAAACTCGTATATTGAGGTGGCTTGGGTATGCACATCAGGAATTTAATATTTTAGCGTGAATCGCCCACATAAGAGTGGCTAGAGGCCAAACAGCAATAATAAAGGACAATGACAGACTCTGCGGGTTAGGTGCAAAAAGTACAGTATTTGAGCAAGTGGGTAAAGTGTCGGGAACGAAAGCAACAAAGCCCATTTGATGACATTTTAGAAGAAATTTTCTGAGGGCTTGTTAAAGAAGCTTTTACAGTCTTAAGGTTACATCGCAATCGATGAATTGAGGCGATTAATAATCGTCGTCGAGATCATTGGGATCTGAATCTAACGCATAAGTGATTTGATCGTAGCTAAAGCCTTGGCCCATTAAAAACCGCACTCGTTTAGCCTTTTCCTGCGCGATGAGATCCCGGGCTGTAGAGCCCTTCACTTCTGTTACGCGAGGAATTCCATATTTTTTAGTGGCTTTATCTTTTGCTAGCTCAAACCAGTCACAATCACTATTGGTTATCGCCGCTTCAATGCAATCTTTAGACAGGCCTTTTTGCGCTATCGCTTGGCGAATGCGGATGGCACCGTGGCCTCGACTAATGTGGCTACGGACCAACAGTTCAGCATAGCGATTATCATTGATAAAACCGGAGGATTCGCAAGCATCGAGCACAGGTTCGATATCATTCAGTTCGAAACCTTTTTCGAGCAATTTATCGCGGATTTGTAGGCGGGAATAATCGCGGCGCGCTAACAGCGCGACCGCGATTTGACGGGCTGACTGACTCAGAATACTTCGCCTGTTTCTAAATCAACATTATCTTCCGTGCTAGCATCAGCTTTGGCAGCCAGTGCACTAGGATTGCTCAAAAGTAACTCACGTAATGTCTTGTCAATTTCAGTAGCAATAGCTGGGTTTTCAGTCAAATATTTACCTGCATTAGCACGGCCTTGACCGATTTTATCGCCTTTATAACTGTACCAAGCACCCGCTTTTTCAATCAACTTATGGGCTACGCCTAAGTCAACTAACTCACCAGTACGGTTAATACCTTGGCCATAAAGGATTTGGAATTCGGCTTGCTTGAACGGTGCTGCAACCTTGTTTTTCACCACTTTAACGCGAGTTTCGTTACCGACAACTTCATCGCCGTCTTTAATGGCACCAGTACGACGAATGTCTAAACGAACAGAAGCATAGAACTTCAGCGCGTTACCACCGGTTGTCGTTTCTGGGTTACCAAACATCACACCAATCTTCATCCGGATTTGGTTGATGAAGATAAGTAAGGTGTTAGATTGCTTTAAGTTACCCGCAAGTTTACGCATGGCTTGGCTCATCATACGTGCCGCTAGGCCCATGTGAGAATCACCAATTTCACCTTCGATTTCAGCTTTAGGCGTTAATGCCGCCACTGAGTCGACAACGATAACGTCAACAGCGCCTGAGCGAGTTAATGCATCACAAATCTCAAGCGCTTGCTCGCCGGTATCTGGTTGTGAACACAGCAGGTTATCAATATCTACGCCCAATTTTTTAGCATAAATAGGGTCGAGTGCATGCTCAGCATCGATAAAGGCACAGGTTTTACCTTCACGTTGCGCTGCGGCAATCACTTCTAAAGTCAGTGTCGTTTTACCTGATGATTCAGGACCGTAGATCTCAACGATACGACCCATTGGCAAACCGCCAGCACCTAAAGCAACGTCCAGAGACAGAGAACCGGTAGAAATGGTCTCAACATCCATAGAGCGATCTTCGCCCAGCTTCATGATGGAGCCTTTACCAAATTGTTTCTCAATTTGGATCAATACCGCAGCAAGTGCTTTCTCTTTATTTGGATCGACCTTCATTCCAGTTCCCTCATCAAGACAAGCCTTAAGCTGTCAAAAGTAATATTCAATTTACAAACGGGTAATTCAAAAAGCCGCGCTTTTTGTCTTAATTCTGCTGACTAGTATACTGTACAATCATACAGTATCAAGACCTGTGACTGAATTATTTTTAGCTTATGGGATTTTTTAATATGGCCAAGGTTT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Protein sequences of DBSCAN-SWA_10

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_011847432.1|3746823_3747891_-	recombinase RecA	A0A2D1GPX2	Mycobacterium_phage	2.4e-111	61.9
WP_011847433.1|3748275_3750846_+	DNA mismatch repair protein MutS	A0A1V0SC35	Catovirus	5.1e-30	23.1
WP_011847434.1|3751064_3752045_-	RNA polymerase sigma factor RpoS	M4SMP8	Cyanophage	3.8e-34	32.7
WP_011847435.1|3752125_3753022_-	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006082610.1|3753122_3753758_-	protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase	A0A1B1IU40	uncultured_Mediterranean_phage	5.4e-34	49.4
WP_006086855.1|3753754_3754504_-	5'/3'-nucleotidase SurE	A0A1B1ITZ2	uncultured_Mediterranean_phage	1.3e-71	52.2

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NC_017579|3790736:3798332|DBSCAN-SWA
ACTATAACAACTGTTGTTCAAGTTCTTGCAGAACATTGACCATTTCAAGCAGACTTAAAGCAGCTTCGCCGCCTTTGTTACCCGCTTTGGTACCTGAACGTTCAATAGCTTGTTCAATGGTATCTGTGGTCAAAACACCGAAAGCAACAGGCAGATCAAATTCTAAAGCAACTTGAGCTAGACCTTTATTACATTCGCCTGCAACAAAATCAAAATGAGGAGTACCACCACGGATCACCGCACCTAATGCGATAATACCGTCGAATTTACCACTGGCAGCTACGCGACGCGCAGCTAGCGGCAACTCAACCGCACCTGGTACACGGACAACAGTGATATTGTCGTCGCTGACTTGGCCAAAACGTTTCAGCGTGTCAAGTGCACCTTCAAGCAAGCTCTCAACTAAAAAGCTGTTGAAACGCGAAATTACAATCGCAACTTTGGCATTTTTCGCTTCGATATTACCTTGAACTACGTTCATTATCTTACCTAATTTAGCTAAAGCACCCAGCTCGGGGCGAAAAGTGGCGACATGATATCACAGCCAATTGCCCAGAGCCCTATGCAAATTATCAGAAATTGTTAATTTTACTTCAGTGTAACTTTGGGTTTTAGTCCGCCACATACTCAGTCACTTCAAGGCCAAAGCCCGAAAGTGAATGGTAACGTTTAGGCGAGCTGAGCAGGCGCATCTTAGTCACGCCAAGGCTAGCGAGGATTTGCGAACCCACACCCACACGGCGCGACGTTCCCTGCCATTTTGCAGAAGCAGGCGCTTGGCCTTGATCTTCGGCTTCAAAGGCTTTCACCTTAGAGAGGATTTCACAGGGATGTTCTTGATTCCCTAGTAAAACCAATACGCCACCTTCTGCTGAAATACGCTCCATCGCCTTTTCGAGTGGCCAGCTGCGTTGCTGATCGCGCTCTGAATGGAGTAAATCGTTGAAGGTGTTTTGCAGATGCACGCGCACCAAACAATCACTCTTCACCTCACCTTTGACTAAGGCAAAATGCAGTTGATTGTCGATAGTGTCTCTGAAAGTCACCATATCGAACTCGCCGAAACGGGTCGGTAGTTTGCATTTAGCTTCACGCACAACCGTGGTTTCTTTAGTGTTGCGATACTCGATCAATGCCGCGATAGTGCCGATTTTGATACCGTGCAACTCGGAGAAAATCTCTAAATCTGGGCGGCGTGCCATAGTGCCGTCTTCGTTCAAAATCTCAACGATAACGCCCGATGGCTCAAGTCCCGCAAGACGGGCTAAATCACAACCAGCTTCAGTGTGGCCTGCGCGGGTTAATACGCCGCCGTCCTGTGCCATTAACGGGAAGATATGCCCAGGTTGCACTAAATCAGACGCTTTAGCCTCTTTAGCCACGGCCGCTTTTACCGTTACCGCGCGGTCGTGGGCCGAAATACCGGTAGTCACGCCTTCGGCTGCTTCAATAGAAACCGTAAAGTTAGTCGAGAACTGGGCGTTGTTATTCGTCACCATTAAGGGCAGATTTAACTGCTGACAACGGGCTTTGGTCATGGTCTGGCAAATGAGTCCACGGCCATATTTCGCCATAAAGTTAATCGCTTCTGGCGTTACCATTTCGGCCGCCATGATCAAATCACCTTCGTTTTCTCTGTCTTCGTCATCCATCAAAATAACCATTTTGCCTTGACGAATATCTTCGATGATCTCTTCTATACTGTGCAGCGCCATTGTAGGACCTTATGATTTTGCTGTTGTTATGAAATTCTATACCTTAGCAGTACGATTACCAGTGCACTAACGCACAAAGCCGGCACGGGCTAACATTTCCATGGTGACACCACCGCTCTTGCTGTCTTTGCCATCATAATTCATCAAGCGTTCAAGATAACGGGCGATTAAATCCACTTCGATATTCACCTTATCGCCCGCTTGCAGGTCGATTAACGTGGTTTCACCTGCGGTATGCGGCACTATGGTCAGGCGGAATCGACTACCGTCCACTTCGTTAACCGTCAAACTCACGCCATCAATGGTGATGGAACCTTTATGGGCAATGTAACGCCCAAGCTCTGCAGGTGCGGCTAACCAAAACTCGATAGCTTGACCACGCACTAGGCGTTGCTCAACCATAGCAATACCGTCTACATGGCCGCTGACCATGTGTCCGCCTAAGCGTGTGGTTGGGGTGACGGCTTTTTCAAGATTCACCTTAGTGCCCACTTTGTAGTTAGCAAAACCGGTTAGACTCACGGTTTCGGCAGAGACATCAGCCACATAACCGTCGGCTAATTGCTGCACAACCGTTAAGCACACACCGTTGGTGGCAATACTGTCGCCTAAACGCACATCGTTTAAATCCAGTTTGCCGCTCGCCACGGTAAGACGAATATCATCGCCTTTACGCTCCAGTTTGCGCAGGGTGCCAACGGCTTCAATAATCCCAGTAAACATGGTTAACTCACTTAATTAATTAAAGAAGTATCAAGCATAACGCTCAAGATTAAACGGGTATCTGGCCCTAATTTGCGCTCATCGACCAACATTAATGCAGGAATTTGCGCCATGGTTTGATAATCGGGTAGCTGCAATAGATTACGCCCTTGCCCACCGAGGATTTTCATCGCTTGGTACAGCACTAATTCATCGGCCAGCCCCTGCGCTAAAAAAGCGCCCGCTAAGGTTGCACCCGCTTCCACTAGCACGTGATTACAGCTTTGGCCTAAATAGCTTAATAGTTCAGGTAAGGATACGCGACCTGCAATCGCAGGTAACACGAGGCAACTCACATGGGAGGGCAATTGTGCTTGAAACTTTGCGGGATAAGCCACGGTCGAGACCAAGAGTATCGGCGATACGACAGCCAAACAGGCAGCCGATAACGGCAAACGGGCGCGACTGTCGAGTATGACTCTTAATGGCTGCAGTAATTGCGCTTCGGTTACGCTGTCTTTTATGCCGCCAAGTTCTTGATATCGCACATTGAGCGAGGGATCGTCCACCAGTATGGTTTCAATCCCTGTCACCAACGCGCAGGAACGTAAGCGTAAGCGCTGCACGTCGCGGCGAGATTCAGGCCCAGTAATCCATTTAGACACACCGTTAGACAGCGCGGTTTTACCATCGAGACTCGCAGCTAATTTGACTGTAACTCTGGGTAAACCTGATTCCATCCGCTTCATAAAGCCTAAATTCAAGGCATAAGCTTCATCGCGGTGTAACCCCACATCCACTTCAATACCGGCGTCGCGCAGCATTTGAATACCGCGACCAGCCACTTGCGGATTAGGATCTTCAACCGCTACCACCACACGTTTAACGCCAATATTGATCAGCGCCAAGGCGCAGGGCGGCGTGCGGCCATAATGGCTGCATGGCTCTAAGGTGACATAGGCCGTTGCGCCACGGGCGTGTTCGCCAGCCATGCGTAGCGCATGCACTTCGGCGTGGGGCTCACCCGCTTTTTGATGATAACCTTCGCCGACGATCTGATTATCTTTAACAATAACGCAGCCCACACTGGGATTGGGTCTGGTGGTATAAAAACCTTTGCGCGCCAATTGAATCGCGCGGCTCATCATTTGGGTATCGAGTACGGACCAACTTATGTTCAAGCTCATGTTCAACCCTGTTGTTAAAGGTTTCGGCTTTCACCAGTCTTGTAAATCTGTGTTTAAAACCTGTCTTGCAGAAGCTATTAATCAAAAGCCTCTTTTAAAGCTAGCGCAACCAGAAGACTGAACGACAGGCCACAAAAATCGAATAACTACTTTTGCAGTTTAGCGATGGCTTCACCAAATTCAGACACATCTTCAAAGGCGCGGTACACAGAAGCAAAACGTATGTAGGCGACTTTATCGAGACTCATCAATTGCTCCATCATCAAGTTACCGACCATTTCTGAGGGCACTTCCCGCTCGCCAGTGGCGCGTAGGGTAGATTTGATTTTGCTAAGCGCTTGCTCGATTTCATCCATAGACACGGGGCGTTTTTCAACCGCGCGCAGCATGCCACCTTGGAGTTTTTCTTCATCGAAGGGTTGGCGTGAACCATCACGTTTAATCACCCTAGGCATGACTAACTCGGCGCCTTCGAAGGTGGTAAATCTTTCATGGCATTCGGTACATTCTCGGCGACGGCGCACTTGATGGCCTTCCGCCACTAATCGAGAATCGATGACTTTAGTATCTGTCGCGCTGCAAAATGGACAATGCATTGAGCCTCCTGCCAGTGAATGCGAGTAAAGCGTTAATGGCTTTACCTGTTAAATCTCAGCTAAACGCAATGGATTTAAGCCTAAGATTTTACCAATAAAAATGGCCGCTTGATGCGGCCATGGGATTTTATCCTATTTATGGGCTGAGGTTAACTACCGGATGCTAAGTACCTGATGTAAGTAACTGATGTAAGTACCTCATGTAATTACCTAGTCAGCAAGCGATCACTCTCAGCCAATCATCTACGTAAGCACATACGTACTTAAACCTAGATGCGTCAGCAAATTAGCCGTAAACAGGGAAACGTGCACACAGTGCCAATACTTGGCCCTTAACACGCTCAATCACAGCAGGATTGCTTGCATCATCAAGGATGTCACAAATCCAGCCAGTCAGCTCTTTCGATTCCACTTCTTTAAAGCCGCGGCGCGTAATGGCTGGCGTACCGATACGCACACCTGAGGTCACAAAAGGTGAACGTGGGTCGTTTGGCACTGAGTTTTTGTTCACGGTAATGTTAGCGCTACCTAAAGCGGCATCGGCTTCTTTACCGGTCAAGTCACGACCAATCAGGTCAACTAGCATTAAGTGGTTGCTGGTTCCGCCAGAGACGATTTTGTAACCGCGCTCAAGGAACACTTCAACCATAGCTTTAGCGTTATTAACTACTTGCTGTTGGTACACTTTAAATTCTGGCTCTAGTGCTTCTTTGAACGCAACCGCTTTACCAGCGATAACGTGCATTAATGGGCCACCTTGACCGCCTGGGAATACCGCTGAATTCAACTTCTTATACAAGTCTTCATCATCAGCAGCAGACAGGATCACGCCACCACGAGGACCGGCTAAAGTTTTATGGGTCGTTGATGTCACAACGTGCGCGTGTGGAACTGGGTTTGGATAAACACCCGCAGCGATAAGACCGGCAACGTGCGCCATATCGACAAATAGGTAAGCACCTATTTTGTCTGCGATTTCACGCATTTTTGCCCAGTCAACGATACCAGAATAGGCAGAGAAACCGCCGATCATCATTTTAGGCTTATGTTCTACGGCCAGACGTTCCATTTCGTCGTAGTCAATTTTACCTGACTCGTCGATACCGTAAGGAATGATATTGTACAGTTTGCCAGAGAAGTTAACGGGTGAACCGTGGGTCAAGTGACCACCGTGGGCTAAGTTCATGCCCAGTACGGTATCGCCAGGTTTTAACAATGCCATGTAAACAGCGCTGTTTGCCTGTGAACCTGAATGAGGTTGTACGTTAGCGTAAGTTGCGCCAAACAATTCTTTAGCACGTTCAATCGCTAAGGTTTCAACTACGTCCACATACTCACAACCACCGTAGTAACGCTTGCCTGGATAGCCTTCAGCGTACTTATTGGTTAACTGTGAACCTTGCGCTTCCATCACGCGTGGACTGGTGTAGTTTTCAGAAGCAATCAGCTCAATATGCTCTTCTTGACGCAGAGTTTCATTCTGAATTGCCTTAAACAGTTCCGGATCATAATCTGCGATATTCATATCTTTTTTCAGCATTGCTTACTCCAGCTGCCAATTCTTATAGGTAGGGTTGCGCGGTATTCTACTCGGAACGCGACCACAATCCCAGTATTTGAAACATGAAATTCCTGTGGATAGTGCTTGAACTTGGCTCATTGTCGAGTTGAGTTCGGCGCGCAATCGAGTAGAATTAGCCGCATCATTAGTCACTTAAGATAGAGAAAAATGGCTCAGTTTGTTTACAGCATGCTGCGGGTGGGTAAAATTGTTCCGCCTAAGAAGCAGATCCTTAAAGATATTTCTTTAAGCTTTTTCCCCGGCGCCAAAATTGGCGTACTCGGCCTCAACGGTTCAGGTAAGTCGACACTACTGCGCATTATGGCGGGTATCGACACCGAAATTGAAGGTGAAGCGCGCCCAATGCCGGGATTGAAAATCGGTTACCTGCCGCAGGAACCTAAACTCGATCCGAATCAAACCGTGCGTGAAGCGATTGAAGAAGCGGTTGCAGAGGCAAAAAATGCCCTGACTCGCCTCGATGCCGTTTATGCTGCCTACGCCGAGCCGGATGCCGATTTCGACGCCCTTGCGAAAGAGCAAGGCGAACTCGAAGCGATTATCCAAGCCCAAGATGCCCATAACTTAGAGTACGTCCTTGAGCGCGCCGCTAACGCCCTGCGTCTGCCGGATTGGGATGAAAAAATTGAAGTGTTATCCGGTGGTGAACGTCGCCGCGTAGCGATTTGTCGTTTGCTGCTTGAAAAGCCAGAAATGCTGTTACTGGACGAACCAACCAACCACTTGGATGCTGAATCTGTGGCGTGGCTTGAGCACTTTTTGCAGGAATATGCCGGTACTGTGGTCGCGATTACCCATGACAGATACTTCCTCGACAATGCCGCTGGCTGGATTTTAGAACTCGACCGCGGTGAAGGTATTCCGTGGGAAGGTAACTATTCTTCATGGCTTGAGCAGAAAGACGCCCGTCTGAAACAAGAATCTGCCACCGAAAGTGCTCGCCAAAAAACCATTGCCAAGGAATTGGAATGGGTACGCCAAGGTCCGAAAGGCCGTCAGTCTAAGGGTAAAGCCCGTATGGCACGCTTTGAAGAACTGAACACTAACGATTACCAAAAACGTAACGAAACCAACGAGCTGTTTATTCCGCCCGGACCACGTTTAGGTGACAAGGTTATTGAAGTAAATAACCTGACCAAGTCTTACGGTGACCGCGTACTCATCGACAACCTGTCGTTCTCTGTGCCTAAGGGCGCGATCGTCGGTATTATCGGTGCCAACGGCGCGGGTAAATCGACCCTGTTCCGCATGTTATCCGGCGCTGAAACACCAGACAGCGGCACGATTGAGCTGGGTGATACTGTGCAATTAGCATCGGTTGAGCAGTTCCGCGATTCGATGAATGATAAGAACACCATTTGGGAAGAAATCTCCGGTGGTCAAGACATCATGCGTATCAACAACATGGAAATCCCGAGCCGCGCCTATGTGGGCCGCTTCAACTTCCGTGGTGGCGATCAGCAAAAAGTTATCGGCACCTTGTCTGGTGGTGAGCGTAACCGGGTGCATTTAGCCAAACTGCTGCAAGCGGGCGGTAACGTCTTATTACTCGATGAACCCACCAACGACTTAGACGTTGAAACCCTGCGTGCACTGGAAGAAGCGATTCTGGAATTCCCAGGTTGCGCTATGGTGATTTCGCATGACCGTTGGTTCCTCGACCGTATAGCGACCCACATTCTGGATTACCGTGACGAAGGCCAAGTGAACTTCTACGAAGGTAACTACACAGAATACTCGGCATGGTTGAAAAACACCTATGGCGCCGATGTGGTTGAGCCACACCGCTTGAAATACAAGCGCATGATTAAGTAG

Protein sequences of DBSCAN-SWA_11

>NC_017579|3790736:3798332|3795221_3796475_-|WP_011847461.1|DBSCAN-SWA
MLKKDMNIADYDPELFKAIQNETLRQEEHIELIASENYTSPRVMEAQGSQLTNKYAEGYPGKRYYGGCEYVDVVETLAIERAKELFGATYANVQPHSGSQANSAVYMALLKPGDTVLGMNLAHGGHLTHGSPVNFSGKLYNIIPYGIDESGKIDYDEMERLAVEHKPKMMIGGFSAYSGIVDWAKMREIADKIGAYLFVDMAHVAGLIAAGVYPNPVPHAHVVTSTTHKTLAGPRGGVILSAADDEDLYKKLNSAVFPGGQGGPLMHVIAGKAVAFKEALEPEFKVYQQQVVNNAKAMVEVFLERGYKIVSGGTSNHLMLVDLIGRDLTGKEADAALGSANITVNKNSVPNDPRSPFVTSGVRIGTPAITRRGFKEVESKELTGWICDILDDASNPAVIERVKGQVLALCARFPVYG
>NC_017579|3790736:3798332|3796664_3798332_+|WP_011847462.1|DBSCAN-SWA
MAQFVYSMLRVGKIVPPKKQILKDISLSFFPGAKIGVLGLNGSGKSTLLRIMAGIDTEIEGEARPMPGLKIGYLPQEPKLDPNQTVREAIEEAVAEAKNALTRLDAVYAAYAEPDADFDALAKEQGELEAIIQAQDAHNLEYVLERAANALRLPDWDEKIEVLSGGERRRVAICRLLLEKPEMLLLDEPTNHLDAESVAWLEHFLQEYAGTVVAITHDRYFLDNAAGWILELDRGEGIPWEGNYSSWLEQKDARLKQESATESARQKTIAKELEWVRQGPKGRQSKGKARMARFEELNTNDYQKRNETNELFIPPGPRLGDKVIEVNNLTKSYGDRVLIDNLSFSVPKGAIVGIIGANGAGKSTLFRMLSGAETPDSGTIELGDTVQLASVEQFRDSMNDKNTIWEEISGGQDIMRINNMEIPSRAYVGRFNFRGGDQQKVIGTLSGGERNRVHLAKLLQAGGNVLLLDEPTNDLDVETLRALEEAILEFPGCAMVISHDRWFLDRIATHILDYRDEGQVNFYEGNYTEYSAWLKNTYGADVVEPHRLKYKRMIK
>NC_017579|3790736:3798332|3791346_3792450_-|WP_006082640.1|DBSCAN-SWA
MALHSIEEIIEDIRQGKMVILMDDEDRENEGDLIMAAEMVTPEAINFMAKYGRGLICQTMTKARCQQLNLPLMVTNNNAQFSTNFTVSIEAAEGVTTGISAHDRAVTVKAAVAKEAKASDLVQPGHIFPLMAQDGGVLTRAGHTEAGCDLARLAGLEPSGVIVEILNEDGTMARRPDLEIFSELHGIKIGTIAALIEYRNTKETTVVREAKCKLPTRFGEFDMVTFRDTIDNQLHFALVKGEVKSDCLVRVHLQNTFNDLLHSERDQQRSWPLEKAMERISAEGGVLVLLGNQEHPCEILSKVKAFEAEDQGQAPASAKWQGTSRRVGVGSQILASLGVTKMRLLSSPKRYHSLSGFGLEVTEYVAD
>NC_017579|3790736:3798332|3790736_3791216_-|WP_006082639.1|DBSCAN-SWA
MNVVQGNIEAKNAKVAIVISRFNSFLVESLLEGALDTLKRFGQVSDDNITVVRVPGAVELPLAARRVAASGKFDGIIALGAVIRGGTPHFDFVAGECNKGLAQVALEFDLPVAFGVLTTDTIEQAIERSGTKAGNKGGEAALSLLEMVNVLQELEQQLL
>NC_017579|3790736:3798332|3792516_3793173_-|WP_006082641.1|DBSCAN-SWA
MFTGIIEAVGTLRKLERKGDDIRLTVASGKLDLNDVRLGDSIATNGVCLTVVQQLADGYVADVSAETVSLTGFANYKVGTKVNLEKAVTPTTRLGGHMVSGHVDGIAMVEQRLVRGQAIEFWLAAPAELGRYIAHKGSITIDGVSLTVNEVDGSRFRLTIVPHTAGETTLIDLQAGDKVNIEVDLIARYLERLMNYDGKDSKSGGVTMEMLARAGFVR
>NC_017579|3790736:3798332|3794485_3794935_-|WP_006082643.1|DBSCAN-SWA
MHCPFCSATDTKVIDSRLVAEGHQVRRRRECTECHERFTTFEGAELVMPRVIKRDGSRQPFDEEKLQGGMLRAVEKRPVSMDEIEQALSKIKSTLRATGEREVPSEMVGNLMMEQLMSLDKVAYIRFASVYRAFEDVSEFGEAIAKLQK
>NC_017579|3790736:3798332|3793184_3794339_-|WP_011847460.1|DBSCAN-SWA
MSLNISWSVLDTQMMSRAIQLARKGFYTTRPNPSVGCVIVKDNQIVGEGYHQKAGEPHAEVHALRMAGEHARGATAYVTLEPCSHYGRTPPCALALINIGVKRVVVAVEDPNPQVAGRGIQMLRDAGIEVDVGLHRDEAYALNLGFMKRMESGLPRVTVKLAASLDGKTALSNGVSKWITGPESRRDVQRLRLRSCALVTGIETILVDDPSLNVRYQELGGIKDSVTEAQLLQPLRVILDSRARLPLSAACLAVVSPILLVSTVAYPAKFQAQLPSHVSCLVLPAIAGRVSLPELLSYLGQSCNHVLVEAGATLAGAFLAQGLADELVLYQAMKILGGQGRNLLQLPDYQTMAQIPALMLVDERKLGPDTRLILSVMLDTSLIN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_006082639.1|3790736_3791216_-	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase	A0A2H4PQS3	Staphylococcus_phage	2.7e-30	47.0
WP_006082640.1|3791346_3792450_-	bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II	A0A2H4PQS2	Staphylococcus_phage	4.5e-68	39.7
WP_006082641.1|3792516_3793173_-	riboflavin synthase	A0A2H4PQS5	Staphylococcus_phage	8.7e-27	34.0
WP_011847460.1|3793184_3794339_-	bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase RibD	A0A1V0SE20	Indivirus	1.8e-51	36.0
WP_006082643.1|3794485_3794935_-	transcriptional regulator NrdR	NA	NA	NA	NA
WP_011847461.1|3795221_3796475_-	serine hydroxymethyltransferase	A0A219Y950	Aeromonas_phage	9.2e-102	54.3
WP_011847462.1|3796664_3798332_+	energy-dependent translational throttle protein EttA	A0A1V0SKJ1	Klosneuvirus	3.9e-39	28.0

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NC_017579|4185833:4333168|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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4187729:4187743	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_011847703.1|4192724_4194215_+	curlin	NA	NA	NA	NA
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WP_011847706.1|4197585_4198548_+|tRNA	tRNA-modifying protein YgfZ	NA	NA	NA	NA
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WP_011847724.1|4243100_4244378_+	alkaline phosphatase	NA	NA	NA	NA
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WP_011847727.1|4248595_4249738_+|protease	site-2 protease family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011847733.1|4257836_4258922_+	molybdenum ABC transporter ATP-binding protein ModC	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.5e-20	31.0
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WP_011839977.1|4262774_4264277_+|transposase	IS21-like element ISSba11 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_011839978.1|4264266_4265013_+	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	5.7e-43	40.9
4263494:4263508	attR	NA	NA	NA	NA
WP_086011358.1|4265341_4266500_+|transposase	IS3-like element ISSba3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.9e-49	35.9
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WP_011845808.1|4272325_4273267_+|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_011847744.1|4275569_4276889_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847745.1|4277025_4277961_+|integrase	site-specific integrase	A0A1P8DJJ6	Virus_Rctr41k	7.5e-08	25.6
WP_011847746.1|4277957_4279991_+	AAA family ATPase	A0A1C9EGA6	Acidianus_two-tailed_virus	4.3e-08	34.3
WP_011847747.1|4280033_4280540_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847748.1|4280608_4281052_+	DNA repair protein RadC	NA	NA	NA	NA
WP_011847749.1|4281071_4281476_+	DUF2787 family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011847771.1|4319645_4319969_-	DUF2190 family protein	Q9EYD5	Enterobacteria_phage	2.3e-09	42.1
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WP_014620852.1|4332418_4333168_-	helix-turn-helix domain-containing protein	Q8HA96	Salmonella_phage	5.4e-33	45.7
4341449:4342684	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NC_017579|4374098:4418266|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_13

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MPVDNSENDHTGHSLDQLNQALSSGMFVHVRNMLQKMAASDIALILESSPPSARQVLWQLIDQEQIGDILDELSEELKDPLIRSMSPERVAKATASMDTDDLAYILRSLPDAVYKQVLQSMTEQNRQRVEQALSYPDETAGSLMNTDTVTLRPDVNIDVVLRYLRQRGNLPDTTDTLYVVDKQDKVLGGVRLADLLTCAPSTTIRNIMDPDIQSIPVSMSDSEVAQKFERNDWVSAPVVDSDGKLLGRITIDDVVDVIREDAEHSMMGMAGMDDDEDTFGPVLKSTLRRSLWLTINLFAALLASSVSNMFEGTIEQFATIAILMTIVPSMGGVAGNQTLALVIRGIALGHIGQSNARWLIGKELSIGFLNGLMWSILVFIAVLLWKDNMALAGLIGSAMLINMTVAGLAGASIPLILKRLKIDPALAGGMVLTTVTDVVGLFAFLGLATLYLMH
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MKQNNVLLASLMLIMSMSAFAKVDDLKQEVKIKAVSQTADIKNNQIIFFGPVEVTQGSIKIHADQLRAFSAEGENSKILVATGNPATYSQVLDDGRPASASAKEIRYDMASRTLTLKGKASLDQAGSQVTGNLIRYNIIQQKLIAESTGSGDDRVITIIQPESYQDDAKPDAPADKPVKKQDSK
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MDKLTIQASPPLAGDVIISGAKNAALPILMAGVLAETDFVVSNVPNLRDVTTSCKLLRCLGAEVTELGDGQIRISTTNLNEFCAPYDLVKTMRASILILGPLLARYGTADVSLPGGCAIGARPVNLHLHGLEMMGAKIEVKEGYIKARVDGRLKGAHIFMDMVSVGATENLLMAAALADGETVIENAAREPEVIDLANCLIAMGAKITGVGSATLRIQGVERLQGCNYRVMPDRIETGSFLVAAAVTRGRIRCLKADPASLESVIAKLEDAGAKITTGEDWIELDMQGKRPKAVNIKTAPYPGFPTDMQAQFCVLNALAQGTATITETIFENRFMHVPELIRMGATMELEGNTCIIQGIESLSGAQVMATDLRASASLVIAGLVADGKTIVDRIYHLDRGYEHIENKFQGLGAQVVRTQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_006086073.1|4384670_4385402_+	LPS export ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	3.2e-22	27.8
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WP_006083071.1|4387306_4387750_+	PTS IIA-like nitrogen regulatory protein PtsN	NA	NA	NA	NA
WP_011847823.1|4387746_4388601_+	RNase adapter RapZ	A0A0R8VB27	Thermobifida_phage	1.4e-08	33.1
WP_006083073.1|4388587_4388863_+	HPr family phosphocarrier protein	NA	NA	NA	NA
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WP_162096847.1|4391795_4392485_-	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_006083079.1|4394157_4395018_-	RIO-like kinase	NA	NA	NA	NA
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WP_011847827.1|4395850_4396399_+	DUF2799 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847828.1|4396475_4397237_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847829.1|4397461_4399414_+	EAL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|4399441_4400996_+|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_011845808.1|4403833_4404775_+|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011847831.1|4404881_4405712_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011847834.1|4407893_4408622_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847835.1|4408824_4410462_-	alkaline phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_011847836.1|4410502_4411999_-	alkaline phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_011847837.1|4413443_4415438_+	diguanylate cyclase	G3MA91	Bacillus_virus	2.2e-25	38.5
WP_011847838.1|4415441_4416404_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620410.1|4416703_4418266_-|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	3.2e-43	28.5

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NC_017579|4439367:4521049|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_011847857.1|4445816_4447100_-	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_011847858.1|4447092_4448175_-	DUF1016 family protein	Q9JMP5	Wolbachia_phage	1.7e-40	32.9
WP_014620872.1|4448167_4451230_-	type I restriction endonuclease subunit R	NA	NA	NA	NA
4450347:4450364	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_011847862.1|4454237_4457327_+	efflux RND transporter permease subunit	S5VL66	Leptospira_phage	2.2e-24	22.5
WP_011847863.1|4457523_4458060_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847864.1|4458186_4458795_-	FxsA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847865.1|4459046_4459370_+	divalent-cation tolerance protein CutA	NA	NA	NA	NA
WP_011847866.1|4459366_4461226_+	protein-disulfide reductase DsbD	NA	NA	NA	NA
WP_011847867.1|4461407_4463063_+	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_006086123.1|4463358_4464504_+	galactokinase	NA	NA	NA	NA
WP_011847868.1|4464664_4465699_+	galactose mutarotase	NA	NA	NA	NA
WP_006083132.1|4465868_4466273_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847869.1|4466772_4467774_-	zinc-binding dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011847870.1|4468249_4471375_+	collagenase	NA	NA	NA	NA
WP_011847871.1|4471541_4473359_-	sel1 repeat family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011847872.1|4473552_4476630_-	efflux RND transporter permease subunit	S5VTK5	Leptospira_phage	6.9e-50	22.2
WP_011847873.1|4476629_4477862_-	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_011847874.1|4478156_4479512_-	serine/threonine-protein kinase	NA	NA	NA	NA
WP_011847875.1|4479743_4481195_+	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011845808.1|4482363_4483305_-|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_011847879.1|4485617_4488335_+	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_011847880.1|4488488_4491293_-	insulinase family protein	A0A2P1EL85	Moumouvirus	2.8e-13	28.2
WP_011847881.1|4491941_4493207_+	gamma subclass chorismate mutase AroQ	NA	NA	NA	NA
WP_011847882.1|4493431_4494502_-	L-asparaginase 2	NA	NA	NA	NA
WP_011845808.1|4494577_4495519_+|transposase	IS30-like element ISSba16 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011847883.1|4496125_4497565_+	aspartate ammonia-lyase	NA	NA	NA	NA
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WP_011847889.1|4511467_4513390_+	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	5.8e-63	35.3
4512925:4512942	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_011839977.1|4519546_4521049_-|transposase	IS21-like element ISSba11 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NC_017579|5142928:5204708|DBSCAN-SWA
GTCAAGTAAAATTGGCCACGGTTTTAGAGTCATTCCAATATAAACGTTCTGACTCATTTGGCGTTAACCCACCATTATATTGATGGGGTCTGGTCTCACTGTAATATCCAGTGATGTAATTTGTGATCTCTTTATCTGCTTCTGTAAAATTCCCATAACCACTGGCGGGTATCCACTCAGATTTCAAACTTCTAAAGAAACGCTCCATTGGTGCGTTATCCCAACAATTCCCGCGACGACTCATACTTTGCTCAATCTGAAGACGCCATATTAATTGTCTGAATTTCAAGCTTGTGTAATGCGAACCTTGATCGCTGTGATATATCACATTCTCAGGCTTACCCCTTAACTCAAATGCCATTTTCAAAGCTTTACAGGTCAGCTCACTATCTGGTGATAATGACAAAGCCCATCCAACAGGTTTGCGGGAAAATAAGTCTAAAACAACGGCTAGATAGGCCCAACGATTACCGACCCAAACATACGTCACGTCGCCACACCACACTTGATCTGGTTGAGTTACTGCAAACTGTCGATTAAGCGTATTGGGGATTGCAACATGCTCTTGTGTCGCTTTTCTATAAGAATGCTTAGGCTGCTGACAGCTTAATAACCCAAGCTTTTTCATTAGATTACGGGCTCGATAACGACTGAGACCAATCCCTTTGTTAGTCACTAATTGCGCTATCGTTCGCGCACCGGCAGAGCCATGACTAATACGATGTGCAGCCTTCACTTCACTGCATAAAATAGTAAAGTCTGCATCAATATGTTCTTTTCTTTTTAGCCAATACTTATAGCTACTTCGATGCACTTTGAATGCATTACAAATTGTGAGAATAGAGTGGCTCTGCTTGAGTGCGCTGATTAGCGTAAATTGTTCATCGAGTCTGACATCAAGAGAGCGGTAGCCTTTTTTAGGATAAGATTGTGCTCCTCAAGACGAGCTATTTGCTTCTTCAGCTCACGGATTTCAATTTGTTCAGGGGTAATCGGAGATGCTTTTGGTGTGCCACCCTGGCGTTCTAGTTTTAACTGTCTCACCCATTTATCCATAGTGGACTTACCTACGTTCATCGCCTTTGCAGCTTCGATGATGCTATGGTTTTTATCGAGGACTAATTGGGCTGCTTCAAGTTTGAATTCAGCACTAAATGTTTTTCTGGTTGTCGATCTCATGTGTTCACCTAAAGTCATCTACGAGGTAATAATATCACCTCTATTTAGGTGGCCAAAATTAGTGTGCCACTACAATTCAGCAAGCATTGGATGAAGAAGCATCCCAACCTGCTGAAGGAAGAGGGACTACACGATGCCGAGCATGTACTGGTCAGCGATATTACCTATCTCGAATCAGACCAAGGCGTGCACTATTTGTCACTAGTGACCGATGCCGCGTCACGTAAGATAGTCGGTCATCACTTGAGTACGGACATGAAAGCAGAAAGCGTAGTGAAAGCACTGAAAATGGCGGTCAAAGATAAGCGCTATAGCGCTAATGCGGTCCATCACTCAGACCGAGGTTCGCAATACTGCTCAGCCGTTTATCAAGATGAACTGCAGGCCAACCATATTCAGCCGTCGATGACAGACGGTTATGATTGCTATCAAAATGCCTTAGCAGAAAGAGTAAACGGGATCCTGAAGCAGGAGTTTTTACTCTACCGGTGTAAAACGCTGGAAGAGCTGAAGAGACTTGTTAGAGAATCGATAGCGATATACAACGAAATGAGACCGCATCTGAGTTTGGATATGGAAACACCCAATCAGGTGCATAATAGAAAAGGCCAGCTACTGGAGCTGGCCTAGAAACTGTCAACCTATCTTAGGACGGGACAAAGATGTAGCGATTAGCAGCTCTTACCGAGACGTAATTCATAGCCCAAGACTTCCGCATGCACGGCGTCACTAACAAACATTTGCGCCGCTTTGCGGCCCTTCTGCTCAGAGTATTGATAGACGGTCGTTAACGGCGGATTTGAACGTGTGCCTTCATCTATACCATCAAAGCCCACTACTCGCACATCTTCAGGAACACTCAGCCCCATGGCCTGCGCCTCACCGAGCACACTCAAGGCGATTAAGTCACTCATGCATAAAAATACATTCGGCCGTGGAGTCGAATTCAACGCTTCTTTTGCCGCTATCGCCGCATAGTCGGCATTGCTCTCGGGGATATTCCAAATGCGGTCCTGCCCCAGTACAACGCCCACTTCTTCAATCGCTTGCAAGTAACCCTGTAATCTTTGATGGGCAACAGAGGTGTCGATTTCTAACAAATTCAAATCATACACACGGCAAGTTAAGTGGGTATCGAGCAAACGTAGCCCCAAAATGGCCACATTGTCCGCGGGCGACTGCAATGCCAGTTTCGCTACTTCATAGGCAGCTAACTTATTGTCTATGCTCACAGATGCATTGCGGTGGATATCAAAATCGACCGTGACGACCTTTTTCTTAACCTGCTTTAACTGCTCGGCTAACAGGGCATTGCGCGGGCGACCATAACAAATAAAACCATCCACAAAGTCGGCCACCGCATTCACGCTGTCTGAGCTGCCCGAAAACAGCAGCAAATTGAGCTTTTCTTGCTCCAAGACAGAGGCCACGCCCTTCATAAATTTACTGGCGACGGGATCGGACACCATGTATTCCACGCTGTCCGACAATACCAAGGCGACAGTATCGAACTTGCCCTTACGTAAGGATTGAGCCGCTTTATTTGGCCCGAAATATCCCAACTTAGTGCAGGCAGCTAAAATGTCGTTACGACGTTTTTCCGATAATTGGTCGGGGCGATTAAACGCGTTAGAAACAGTGGCATTAGAGACACCCAACTCGTTGGCTATGCTCTTTAGGGTCCAGTGTTTTGTTGTTGTCATGCTTATGTCCTGGAATCGAATAAGGCCACAAAAATACGGCTCAGCGCAAATAGTACACGGCTTAAATGGGTCGCGCACCTGCAAATCTTGGCTTAATGCGCAGTTTCGCTATCGTGATCTTTTAATGCCGTTGCAGGGGATAAAAAACCGACTATCGCGGCACACAATGCCACACCCGCAGCGGCCATAAATCCATATTGGAAGGCGTGATGCACTACCTCTGTCGGCAATGTTTTAATCGCAGCGATGCCAAGCTCTGAACCCGTGAGTGGCAACAGACTATAAAGCAGCACGCTAAACAGCGCAGTACCAATAGCAGCGCCCATAGAACGACACAGTGACACCATAGCCGTGATCTGGCTGAGTCGCGCCTTGCCCGACACGCTCTGCACCACGAGCTGCACACTCGGCATAACAGTGCCTAGCCCAATCCCGACCAACACACCTAAACCGCCGATTACATTGGCATTAGGCGGCACAAAGCTAATCAATAACAAGCCGATGAAAGCTAAGCCCATGCCAAAGGTCGGCAACCACTTAGGCGCGACCTCTTTACTTAACAGTCGGCCCGCAATCGTCGAGCCAGTGACAATACCGAAGGTCATAGGCAAGAGCAGCAAACCGGTTTTGGCGGGATTGGTGTGTAAACCCACCTGCAGATAAATCGGCAGGAAGAAAATCATCGCAAACAAACAGGCCGCAAACAGCGCCGCCGTTAGTAGTGGCATATACACGGCCTTCTTCGCCAGTAAATCTAACGGCAGAAACGGGCTCGCCAATCGCCGCTCCCACAATAACAAGCCTAAAATCCCAACCACCACAAAGACGGCAAAGCCTAAGCTGGTCGCAGAAAGCCAAGCAAACTCTTGCCCCGCAACAGATAACCAATATAACAGTGCCGTGATAATGGTCGGAAACAAGACCACGCCCACTAAATCAAACTTGCCGTTGCGTACGGGTTTAACGCTGCGCTTATGCAGCCCATTGAGTCGCCATACCGCTAGCATAGCCAGTGGAATATTCGCCCAAAATAGCCAATGCCACGAATAAGCGTGCACCACAATACCGCCAATGACAGGGCCGCCAACACTCGCGAGGGTAAACATAGCGGCAAAATAGCCTTGGAAACGCGCCCGCTGCCGAATGGGAACTAACTCACCAATCAAAGATTGAGACAAACTCATCAAGCCGCCACCGCCCATGCCCTGCAAGATACGTCCGGCGATCATGTGATCCATAGTGCCCGCACTCGCCGAAACGATGGAACCCAGCGCAAAAATCACTATGGCGATCATCAGGATTTTCGCGCGACCGAAGTTATCCCCTAACCAGCCATAAATCGGCACAGAAGCGGCCATCGCCAGCATATAACCGATAGTGATCCACGAGGCTTGGCGCAGGCCGCCAAGATCTTCAACTATGGCTGGTGTTGCCGTTGCGAGTAAGGTTTGATCGACCGCCGCCAAAAACATGGGCAAGAATACGGCCGAGAAAATGGCGAGAAAAACAGAAGTCGGTAAAGGGTCACTCTGGGATAACGCAGGCTCTAAGGACATATTGTCTCCGCTAACTCATCAGCCCAAGTGCATAAAAGAAAGTGCATAAAGAAGATGTGCTAAATTCGCCGTGCATTCCAATACTTAGACGCCCAATAACTGTTATGCAGGCTCGAAATCTTCACCCCTTGGCTAGTGGAAACATGGAGAAAATTATCGTCTCCCACATAAATGCCGACATGGTGCGTGCTCCAACCTGTCTTGAAAAATACCAAGTCGCCCTTGCGCAGTTGATTTCTCGGCACGGGTTTCCCTAGGGCTTGCTGTTCTTCAACCGTGCGCGGCAAGGTCATACCCAACATCTTCTGATAGGCAACCGACACAAAGGCCGAGCAATCTATGCCCCGCTTAGTGCCACCGCCTAAACGATAGGGCACACCGCGCCACTCAGAATGCAGTTCGGAGATATTGCTATCGTTCCAAACCGTGGCGGGTTCAACTTGCTTTACCACAGGCTTAGGTTCTGGCGCGCTAGCACAAGCGCCAAGGCCTAAGGCTAAGATAATTATCAGTAATCGTTTCATAGCTTCAAACTCATTGCAGGCAGATTTCACAGTAACGT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>NC_017579|5142928:5204708|5202578_5203169_-|WP_158306866.1|DBSCAN-SWA
MNTEPYHSLLPHPVFKNNDYLGVTTILTQGGWEKKPIKQIATLNYGKALKAEVRIPGPFPVYGSSGEVGSHEKALVKGPGIVVGRKGNVGSIFWVNTDFYPIDTVYFISAEESSLFLYHALQNVQFINTDVAVPGLNRDMAYSREILIPDHKNYQRFLSEVQPIQKQINNLQDYNNKLAQARDLLLPKLMSGELTV
>NC_017579|5142928:5204708|5165939_5166311_-|WP_011848261.1|DBSCAN-SWA
MPEIDSNEPRAVSVGIRAVLKILEKWSCDQQQVKALLKLPENYNDLDFEHENFSLEQVERVRCILNIHASLRTLFTNPENVYGFMSMVNHNSPFNGSTPLNFILNDKAYNFQLVIKHLESQLY
>NC_017579|5142928:5204708|5142928_5144106_-|WP_086010626.1|transposase|DBSCAN-SWA
MRSTTRKTFSAEFKLEAAQLVLDKNHSIIEAAKAMNVGKSTMDKWVRQLKLERQGGTPKASPITPEQIEIRELKKQIARLEEHNLIPKKGYRSLDVRLDEQFTLISALKQSHSILTICNAFKVHRSSYKYWLKRKEHIDADFTILCSEVKAAHRISHGSAGARTIAQLVTNKGIGLSRYRARNLMKKLGLLSCQQPKHSYRKATQEHVAIPNTLNRQFAVTQPDQVWCGDVTYVWVGNRWAYLAVVLDLFSRKPVGWALSLSPDSELTCKALKMAFELRGKPENVIYHSDQGSHYTSLKFRQLIWRLQIEQSMSRRGNCWDNAPMERFFRSLKSEWIPASGYGNFTEADKEITNYITGYYSETRPHQYNGGLTPNESERLYWNDSKTVANFT
>NC_017579|5142928:5204708|5164862_5165192_+|WP_011848259.1|DBSCAN-SWA
MAKRSHEDWAALIQQQPASGLTITAFCRQYKLSLSGFYARKADMTKTSSPKVTPFVQATVTSPTAMTTQAQPGPPQQSICLQHQTGLWTFPCSLPATYLLDIIKGLQAC
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MTTAKRPLALLILDGWGYRENTHNNAIFHANTPVLDRLNAQYPHSLISGSGLDVGLPDGQMGNSEVGHINLGSGRVVYQELTRISKAIADHEFEQNPALCDAVDSAIKAGGAVHIMGLLSAGGVHSHEEHIEAMCRMAVARGATKVYLHAFLDGRDTPPRSAKSSLSHFDDLFTTLGHGRIASIIGRYFAMDRDNRWDRVSQAYDLITQGKSKFQYDNAVTALEAAYERNENDEFVSSSAITDADGQVATLQDGDALIFMNFRADRARQITRSFINPDFDGFERAVVPKMHFVTLTEYAGDIKAPIAYPSENLVNTLGEVLQKQGRTQLRISETEKYAHVTFFFNGGKEEPFEGEDRILINSPKVATYDLQPEMSSAELTDKLVAAIESTKYDVIICNYPNGDMVGHTGNFDAAVKACEAVDACIGRVVDALAKVGGECIITADHGNAEQMTDETTGQAHTAHTSELVPFVFVGRNATIDEGGKLSDVAPTILTLIGEAIPAEMTGKPLIHIKE
>NC_017579|5142928:5204708|5173208_5174763_+|WP_086011359.1|transposase|DBSCAN-SWA
MARYSPERKEAILKKLLPPHNLTVAEVAREEGIAVQTLYHWRDIARKEGRPVPGKTLTADDWSAEAKFAVLIETAPLSEAEISQYCREKGLYREQVQQWKLECLSGFQTSEVQTKTIKQQAKADKAEIKSLQRELRYKEKALAEAAALLVLRKKPQCALGGRQRGELTPLPERIALIALIQEAYTQGARLYKACAETGLSKRTYRRWYREGQVQADLRPTAARPEPANKLEEHERQQILSVCNQAEYASLPPSQIVPTLLDNGIYIASESSFYRVLNAHGQLNHRGRTQATVNRSKPLSYRADGPNQVWSWDITYLASTVKGQFYYLYLFEDIYSRKIVGYEVHEQENGEYAAALIQRSLLREQCFNTPLVLHSDNGAPMKSLTMKAKLEELGITASLSRPRVSNDNPFSESLFKTLKYRPQWPASGFSCLATAREWVEKFVSWYNDEHKHSQLNFVSPGQRHALQDGAILAKRKKVLEAAKERKPMRWSTEIRNCEAVGAVTLNPDKAPVEGVINAA
>NC_017579|5142928:5204708|5156854_5158219_+|WP_011848254.1|DBSCAN-SWA
MVQWHPSVTAIEHKANPGKKLIGAPPFILSVSFALLIILGTCLLKLPIATESSITWLQSLFTATSAVTVTGLVVVDTGTVFTPFGQIVIALLIQCGGLGLMTFAIVTLIALGGKIGFLQQTVAKEAFNQTDTSTLVSTAKAVFVFSLLVEAVGMLILSVHWSHELGWQTSLFHGFFYTISAFNNAGFALSADSLMPYVADPVINLTITGLFIIGGLGFSVWIDLRRNKRWSKLSVYSRMMITGTIIINAVAVIAIYFIEYNNPNTLAPLSELGKWLASWFQAVTPRTAGFNTLAIDQLEDASTLLILVLMFIGGGSLSTASGIKVVTFMVLILATYGYLRRDEAIYVFKREIPKDTVSKALALTIISLVVSWLAIFILVLSEKAPLIDIVFEAISALGTVGLSRGLTGNLTSLGQAIIIFMMFMGRLGPLMLAYFLANPRVKKLRYAETKLAIG

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_086010626.1|5142928_5144106_-|transposase	IS3-like element ISSba5 family transposase	Q716C2	Shigella_phage	2.0e-119	65.5
WP_011848244.1|5144777_5145809_-	LacI family DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011848245.1|5145901_5147365_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_014620907.1|5147424_5147889_-	C40 family peptidase	A0A1V0DZX6	Clostridioides_phage	7.8e-14	40.2
WP_006084819.1|5148025_5148763_-	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011848247.1|5148897_5150142_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_011848248.1|5150249_5150981_-	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_011848249.1|5150974_5152648_-	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_011848250.1|5153173_5154097_+	pirin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011848251.1|5154367_5155414_+	PAS domain-containing sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_011848252.1|5155414_5156104_+	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_011848253.1|5156154_5156853_+	TrkA family potassium uptake protein	NA	NA	NA	NA
WP_011848254.1|5156854_5158219_+	Ktr system potassium transporter B	NA	NA	NA	NA
WP_011848255.1|5159060_5160917_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|5161450_5163005_+|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011848259.1|5164862_5165192_+	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011848260.1|5165185_5165404_+	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	S5VXZ8	Leptospira_phage	5.2e-13	55.6
WP_011848261.1|5165939_5166311_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011845885.1|5167699_5169202_-|transposase	IS21-like element ISSba11 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011848262.1|5169335_5170769_-	TniQ family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011848263.1|5170779_5172216_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_049793080.1|5172215_5173088_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|5173208_5174763_+|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011848266.1|5176023_5176851_-|transposase	heteromeric transposase endonuclease subunit TnsA	NA	NA	NA	NA
WP_011848267.1|5176976_5178161_-	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_011848268.1|5178351_5179368_-	NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011848269.1|5179372_5179858_-	protein-export chaperone SecB	NA	NA	NA	NA
WP_006083779.1|5180153_5180588_-	rhodanese-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_006084808.1|5180855_5182400_+	2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_014620909.1|5182410_5183544_+	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011848272.1|5183576_5184782_+	S41 family peptidase	A0A0R6PIZ1	Moraxella_phage	1.8e-14	33.1
WP_011848273.1|5184794_5185550_+	divergent polysaccharide deacetylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006083784.1|5185524_5185980_-	Rrf2 family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_006084804.1|5186002_5186257_-	YkgJ family cysteine cluster protein	NA	NA	NA	NA
WP_011848274.1|5192361_5193789_-	cytochrome c oxidase accessory protein CcoG	NA	NA	NA	NA
WP_006079351.1|5193880_5194231_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006084758.1|5194355_5195261_+	1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase	NA	NA	NA	NA
WP_006079349.1|5195446_5195650_+	DUF2061 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620910.1|5195894_5199140_-	type I restriction endonuclease subunit R	A0A220A398	Liberibacter_phage	2.1e-65	29.5
WP_011848277.1|5199152_5200466_-	DNA-protecting protein DprA	NA	NA	NA	NA
WP_011848278.1|5200462_5202562_-	RecQ family ATP-dependent DNA helicase	A0A0G2Y8K9	Acanthamoeba_polyphaga_mimivirus	9.5e-35	34.1
WP_158306866.1|5202578_5203169_-	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_086011359.1|5203153_5204708_+|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	NA	NA	NA	NA

2. NC_017577

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_017577_1

• CRISPR_ID: NC_017577_1
• CRISPR_location: 37093-37232
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_017577_1

Consensus_repeat	Method
TTTTTAAGCGTTAATACCCGACAGTTTTTAAG	CRISPRCasFinder

spacers of NC_017577_1

>1.1|37125|75|NC_017577|CRISPRCasFinder
TGTTGATTGAATTAATGACTATTTTTAAGAAAATTATACATGGTTATCTTTTGTTGCATTCGTATTTGACCACCT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017577_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_017577_1

>merge|NC_017577|1|37093-37232|CRISPRCasFinder
TTTTTAAGTGCCAATACACTACAGTTTTTAAGTGTTGATTGAATTAATGACTATTTTTAAGAAAATTATACATGGTTATCTTTTGTTGCATTCGTATTTGACCACCTTTTTTAAGTGTAAATACACGACAGTTTTTAAGT

>NC_017577|1|1|37093-37232|CRISPRCasFinder
TTTTTAAGTGCCAATACACTACAGTTTTTAAG	TGTTGATTGAATTAATGACTATTTTTAAGAAAATTATACATGGTTATCTTTTGTTGCATTCGTATTTGACCACCT
TTTTTAAGTGTAAATACACGACAGTTTTTAAGT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_017577.1|WP_148258318.1|37645_38791_-|replication-initiation-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376444
NC_017577.1|WP_014620338.1|28668_29421_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620354.1|42189_42489_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620346.1|35538_36492_+|DNA-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224117
NC_017577.1|WP_014620356.1|43323_43986_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_158306869.1|32768_32915_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258319.1|39461_39977_+|single-stranded-DNA-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|273179
NC_017577.1|WP_148258328.1|45323_46445_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620344.1|32991_34029_-|ParB-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|319252
NC_017577.1|WP_014620351.1|40924_41341_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|197775
NC_017577.1|WP_014620342.1|31664_32285_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620337.1|27939_28473_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620349.1|40214_40619_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620355.1|42687_42912_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620345.1|34031_35240_-|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|224113
NC_017577.1|WP_014620340.1|30709_31057_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620352.1|41647_41911_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin	unknown	unknown	gnl|CDD|224937
NC_017577.1|WP_041409227.1|31156_31600_+|dCMP-deaminase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238613
NC_017577.1|WP_014620339.1|29524_30160_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|319756

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_017577.1|WP_148258318.1|37645_38791_-|replication-initiation-protein	gnl|CDD|376444	pfam01051, Rep_3, Initiator Replication protein. This protein is an initiator of plasmid replication. RepB possesses nicking-closing (topoisomerase I) like activity. It is also able to perform a strand transfer reaction on ssDNA that contains its target. This family also includes RepA which is an E.coli protein involved in plasmid replication. The RepA protein binds to DNA repeats that flank the repA gene.	7.76635e-18
NC_017577.1|WP_014620346.1|35538_36492_+|DNA-binding-protein	gnl|CDD|224117	COG1196, Smc, Chromosome segregation ATPases [Cell division and chromosome partitioning].	0.000353936
NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein	gnl|CDD|319756	cd16430, TraB, TraB is a homolog of VirB10 which forms part of core complex in Type IV secretion system (T4SS). This family contains TraB (VirB10 homolog) and a component of the type IV secretion system (T4SS), and similar proteins. T4S system is employed by pathogenic bacteria to export virulence DNAs and/or proteins directly from the bacterial cytoplasm into the host cell. It forms a large multiprotein complex consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB10, interacts with VirB7 and VirB9, forming the membrane-spanning 'core complex' (CC), around which all other components assemble. The CC is inserted in both the outer and inner membranes, playing a fundamental role as a scaffold for the rest of the T4SS components and actively participating in T4S substrate transfer through the bacterial envelope via conformational changes regulating channel opening and closing. TraB is localized similarly to related proteins in other systems, but unlike in other systems, Neisseria gonorrhoeae TraB does not require the presence of other T4SS components for proper localization. It has been shown to be expressed with TraK (VirB9 homolog) at low levels in wild-type cells, suggesting that gonococcal T4SS may be present in single copy per cell and the small amounts of these proteins are sufficient for DNA secretion.	2.41309e-67
NC_017577.1|WP_014620345.1|34031_35240_-|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|224113	COG1192, Soj, ATPases involved in chromosome partitioning [Cell division and chromosome partitioning].	2.00175e-34
NC_017577.1|WP_148258319.1|39461_39977_+|single-stranded-DNA-binding-protein	gnl|CDD|273179	TIGR00621, Single-stranded_DNA-binding_protein, single stranded DNA-binding protein (ssb). All proteins in this family for which functions are known are single-stranded DNA binding proteins that function in many processes including transcription, repair, replication and recombination. Members encoded between genes for ribosomal proteins S6 and S18 should be annotated as primosomal protein N (PriB). Forms in gamma-protoeobacteria are much shorter and poorly recognized by this model. Additional members of this family include phage proteins. Eukaryotic members are organellar proteins. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	6.93615e-45
NC_017577.1|WP_014620352.1|41647_41911_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin	gnl|CDD|224937	COG2026, RelE, Cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system [Translation, ribosomal structure and biogenesis / Cell division and chromosome partitioning].	6.82394e-07
NC_017577.1|WP_041409227.1|31156_31600_+|dCMP-deaminase-family-protein	gnl|CDD|238613	cd01286, deoxycytidylate_deaminase, Deoxycytidylate deaminase domain. Deoxycytidylate deaminase catalyzes the deamination of dCMP to dUMP, providing the nucleotide substrate for thymidylate synthase. The enzyme binds Zn++, which is required for catalytic activity. The activity of the enzyme is allosterically regulated by the ratio of dCTP to dTTP not only in eukaryotic cells but also in T-even phage-infected Escherichia coli, with dCTP acting as an activator and dTTP as an inhibitor.	4.29987e-38
NC_017577.1|WP_014620344.1|32991_34029_-|ParB-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|319252	cd16394, sopB_N, N-terminal domain of sopB protein, which promotes proper partitioning of F1 plasmid. Escherichia coli SopB acts in the equitable partitioning of the F plasmid in the SopABC system. SopA binds to the sopAB promoter, while SopB binds SopC and helps stimulate polymerization of SopA in the presence of ATP and Mg(II). Mutation of SopA inhibits proper plasmid segregation. This N-terminal domain is related to the ParB N-terminal domain of bacterial and plasmid parABS partitioning systems, which binds parA.	2.9662e-06
NC_017577.1|WP_014620351.1|40924_41341_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|197775	smart00530, HTH_XRE, Helix-turn-helix XRE-family like proteins.	4.12978e-06

Protein sequences

>NC_017577.1|WP_014620346.1|35538_36492_+|DNA-binding-protein
MKEQSSVSFEQVSKAATNMLNNGITPSVRNLLGVTGGRTETVSQHLRDYNDKRSAEVLKMADELGSSAIAKLLASEVQTVVDRKTDKLSTLLAEMKDQRDELVELISELEQNASHRIEIAEAKATHAINDANNKIGSAVEDARKAEVKVAEYAKIAELAKLDAEGLVRMAETKSQLLIENAKSEAESLVNAANIRADKAEQETIILREQIGLLSVDQAKRQIEQALHQQTLESHQKAVAELADERTKNTRLQIQLENQVTNIQRLTSENQDFRSDSKNLASLQGQYIELQKQFTQSQHSLSQSERERESLSVALRSK
>NC_017577.1|WP_014620345.1|34031_35240_-|AAA-family-ATPase
MSEKQFTKKMIAIADRARKVLTSMSESVSNQKVEFETDTFHQRYSKGAVGNLPLLTRKIVEKSMHEMEAEGYQFSKKMNGSVEVYDLPISQVIDIYKHRKITPLCKRFERGLVLFICNLKGGVSKTVSTVNIAHSLRCHPNLLQHDLRILILDGDPQSSASMFLNHKHAIGTIDNTTIQAILADLTREELLEHFVLPTQIQGVDMIPASIADGFIAEQWVQLCKEQFGDNVNPWELFKKNVTERLINDYDLIMIDCGPHLDSILKSTLCATDILITPLPPTTVDLHSTFQYIERLPQIIDDLERSGAEINILGHLAYMTRFSQTEQDNDSSMIANAVFGEDLMLTNIPELSAFKRCAETFDTVISVHPDNYTGDSRSLKKARTAIDAFSLTLFQHISRLRGI
>NC_017577.1|WP_014620344.1|32991_34029_-|ParB-N-terminal-domain-containing-protein
MAGKGLFKTVGRVNSMIERMDLNSDESAKLNTNVQDSMVIHLSSGRVVTFFRDQVAAENVQTKTHVHQHNPRPNVDITPLSLQKIVASIAQMQFANVLATKDKNGYAIFDGQRRREAAIIAGANLNVSYTNEVLSKSEILEIIQYVKTDAQQSLRDAGLLFDKLILESEIAAKNDGTGQTKPLSFRMLARQFDVSYSYVQRALKSIKIPTEVIALLPSPSAINSTQVDTLFKITNMQMDLSELLTPSVMADINEIIAYVPPHKDSAGIYDINVNRNELIINVLKAASKSETKNAPKARLAENAERDSWVTMRTHKNKTNVEIVKLNEDEIQQLKDFLINLVSNKH
>NC_017577.1|WP_158306869.1|32768_32915_-|hypothetical-protein
MSAERMLALAIAINNALSNKIPLTLPAMKMRELCEIQRICVELNATKK
>NC_017577.1|WP_014620342.1|31664_32285_+|hypothetical-protein
MPYDYPTKSLDIQTRLISLGLQPTHLMMIGSFITVYGLFETTLERSLWTLREIKVEGERPFTEKMNTEAQFKMLGDGSSKLTDKCNAILKIAADAARDLNEYRNSLVHGYLLSFGPDCVPSFMKNPRWHGEDRKKAVGDAYIDEPFQDLVLIAAWNLFLLMSNIEKVFTDTEAQKAIEAMKDDVDRAKSYANEARHLRSLMNHEKY
>NC_017577.1|WP_041409227.1|31156_31600_+|dCMP-deaminase-family-protein
MRKWDERFCLLAKHVSEWSKDKTKVGAVLFSRKGGDITIGYNGFPMGVEDLAERLEDTEQKLELVVHAEVNAIIAAGSRSRGATLYVWGKPICSRCAGPIIQAGIKKIYALEPTKNSPSKWDKSGVTAETMFKEARIEINYYSVKES
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MVTKNPKGSQEKLEHEDFIVHPEYKLPSTYKKNHKLIFSRVSLTTHEQNLFALFLIQLQNIDWRPDARLEIKIPAHKLSEWLNIESKNISTTIKVIAKRLQSRVIAIENAADSTEFESHTLFPSVKYADRQLSIIPNYELREFFVDTSKGYASINVMKLLRFNGRYTKTMYDILSRFKNPENRMFKIDMETLKGIFGIIDGNGEPVSGKSTLMDNTKFIEKVLVSSIAEIEQLCSEELIFFAGKDQTSRAPRQGITINRVGKLITSVTFEYLWIDQFIKQHPMDENTATDYALHTENRERTKKEQITQEELEKLAVAYYVIVTENPEDANSEKLRAQCVKIFERVFAFYRQKAGARSLDVDVEPEKANLAKLSKLTQLLDL
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>NC_017577.1|WP_014620349.1|40214_40619_+|hypothetical-protein
MNLNITMLVAFIVPFCCLAGTRGIEQTKSYTERQCSENKPASVDVLLSDLKEDDRIRFETYFPFGGIHREFGLVSNFNSSRMQVAEYFYVQKGKSKARYYEAIAKFDTKKGSGSVKLYCVDVTRLYEFPKLPAG
>NC_017577.1|WP_014620351.1|40924_41341_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MIQFIRDNNNHAQFAIVPIEIYERLKDLINEEDSPLDDFLMNVKEEDADELDADMLSGIQPSGGEYTPHAVVKLIELDNMTPAAAWRTYRGFSQSEAAIALNIGQPTLSRMESRGANTRPASKRKMAQLYQCSIEQLA
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>NC_017577.1|WP_014620354.1|42189_42489_-|hypothetical-protein
MRISRLQSDVLVALAALESRNITSVSRTDLLNIINSVRETPVFAVALRASMETLRRHGLTRTTKNMKTNKLSYSITGEGRALGIDITVQREREKAVENE
>NC_017577.1|WP_014620355.1|42687_42912_-|hypothetical-protein
MEILRNPEYDEQFRAEEIAAESRDFSRMIKELLSDTDSDYPTNKVWLGTVLINGVETQIQIVATQERSFFIDEN
>NC_017577.1|WP_014620356.1|43323_43986_-|hypothetical-protein
MTTKNSEDIDHNADVASQTEPHFKSDVTSSEGTEAPVINEQSVNDIATRDAKTKTEPVDSDSTIAKRVNEQGLSAPKLIATMVGMVFLFGLLKVGMGIMGSPETTIDVSNKYVSNPDTQKIAVVDVKEMFAEWSKEAVLEGEMSTAAQELGQLYFDMGYLVLDANMVVRTPAAFKMNIPPVSVLISTKAIREQYVSEGKAPPKAEKLIEMALAMQNQENP
>NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein
MEQLDKLRAQWLALPANYRTIGIVVLLAAPAFFIAEAVFPSAPVNKPEATPVRSKPIFMSSMGSERLELTQTSGQLIAMRKKIQEREKAIDAQYTEQKAGEKRIQSQVDTLQMSQMDMTKRLETISHQMQMLVDSEVKAPRNQVGGAVQQAQPSNIAAATDNNFTLDPMASLKSSDVSIGPPPSKRLTMNRGELSIGKPAIESAEPVIAQQTNAQVVAKKSISQSDSGSNSKAEQVQDTWLSAGTVLPMTLLTGQHVPTSTSAQTNPAPVLLKIVDVGMMPNGFTIDLVGCMVVGSARGSASTSRVEIRAESISCIDQQGRAIEQPFVASAQGQDGHAGIPAKLVTRYGESIKQSFWAGIYGTGADTLTNMTNNKSNGGVYDSNYYKDSTGSAMAGGASSAFDKIADFYLELADEARPYLEMNGGIEGVDFIVQRGMGLKFKG
>NC_017577.1|WP_148258328.1|45323_46445_-|hypothetical-protein
MYALPTDLLPTEQVTPQRVPVAGTDFNTLEQQVIAEQGKNHVSDPQMNQIIDDATKVATIPKAENAEYGGASPVNPVAISPQNAGAVVSRRDDSMDYLRKQYKSHQVISLKAGGTTTLPISLSTTNRIATSFKHAKFTSSVPSDAALIYSEGGFVYVTPGINAGAVDVIIEEDGAPETAVSMYLVPLNVPPVLVEMSVTYNTAQRQSAERAIATYNENETQEIELAKQDERERIATNQPTANSHIDEVMNLLEIVAKAEVPAGYELLEGDNIPAEIRFPCDIRQMLPLYHEVKQRLIGARLVIDIMEVRNDVNGLRSFRDEACMGLGREDVMAVGVLDKATLAPTESAEVYILRDRTYWERQLKVPRRARVGG

Crispr_ID: NC_017577_2

• CRISPR_ID: NC_017577_2
• CRISPR_location: 37336-37618
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NC_017577_2

Consensus_repeat	Method
TTTTTAAGCGTTAATACCCGACAGTTTTTAAG	CRISPRCasFinder

spacers of NC_017577_2

>2.1|37368|75|NC_017577|CRISPRCasFinder
TGTTGACTGTATTAAAGCTATTTTTAGAAGAAGTTACACATAAACCGATACCGTATAATTCTAGTTTAACCACCT
>2.2|37475|40|NC_017577|CRISPRCasFinder
TGTCGATACACGACAGTTTTTAAGTGTCGATACACAACAG
>2.3|37547|40|NC_017577|CRISPRCasFinder
CGTCAATACACGACAGTTTTTAAGTGTCGATACCCGACAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017577_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_017577_2

>merge|NC_017577|2|37336-37618|CRISPRCasFinder
TTTTTAAGTGTATATATACGACAGTTTTTAAGTGTTGACTGTATTAAAGCTATTTTTAGAAGAAGTTACACATAAACCGATACCGTATAATTCTAGTTTAACCACCTTTTTTAAGCGTTAATACCCGACAGTTTTTAAGTGTCGATACACGACAGTTTTTAAGTGTCGATACACAACAGTTTTTAAGCGTTAATACCCGACAGTTTTTAAGCGTCAATACACGACAGTTTTTAAGTGTCGATACCCGACAGTTTTTAAGTGTCGATACACGACAGTTTTTAAG

>NC_017577|2|2|37336-37618|CRISPRCasFinder
TTTTTAAGTGTATATATACGACAGTTTTTAAG	TGTTGACTGTATTAAAGCTATTTTTAGAAGAAGTTACACATAAACCGATACCGTATAATTCTAGTTTAACCACCT
TTTTTAAGCGTTAATACCCGACAGTTTTTAAG	TGTCGATACACGACAGTTTTTAAGTGTCGATACACAACAG
TTTTTAAGCGTTAATACCCGACAGTTTTTAAG	CGTCAATACACGACAGTTTTTAAGTGTCGATACCCGACAG
TTTTTAAGTGTCGATACACGACAGTTTTTAAG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_017577.1|WP_148258318.1|37645_38791_-|replication-initiation-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376444
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NC_017577.1|WP_014620354.1|42189_42489_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620346.1|35538_36492_+|DNA-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224117
NC_017577.1|WP_014620356.1|43323_43986_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_158306869.1|32768_32915_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258319.1|39461_39977_+|single-stranded-DNA-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|273179
NC_017577.1|WP_148258328.1|45323_46445_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620344.1|32991_34029_-|ParB-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|319252
NC_017577.1|WP_014620351.1|40924_41341_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|197775
NC_017577.1|WP_014620342.1|31664_32285_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620337.1|27939_28473_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620349.1|40214_40619_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620355.1|42687_42912_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620345.1|34031_35240_-|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|224113
NC_017577.1|WP_014620340.1|30709_31057_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620352.1|41647_41911_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin	unknown	unknown	gnl|CDD|224937
NC_017577.1|WP_041409227.1|31156_31600_+|dCMP-deaminase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238613
NC_017577.1|WP_014620339.1|29524_30160_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|319756

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_017577.1|WP_148258318.1|37645_38791_-|replication-initiation-protein	gnl|CDD|376444	pfam01051, Rep_3, Initiator Replication protein. This protein is an initiator of plasmid replication. RepB possesses nicking-closing (topoisomerase I) like activity. It is also able to perform a strand transfer reaction on ssDNA that contains its target. This family also includes RepA which is an E.coli protein involved in plasmid replication. The RepA protein binds to DNA repeats that flank the repA gene.	7.76635e-18
NC_017577.1|WP_014620346.1|35538_36492_+|DNA-binding-protein	gnl|CDD|224117	COG1196, Smc, Chromosome segregation ATPases [Cell division and chromosome partitioning].	0.000353936
NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein	gnl|CDD|319756	cd16430, TraB, TraB is a homolog of VirB10 which forms part of core complex in Type IV secretion system (T4SS). This family contains TraB (VirB10 homolog) and a component of the type IV secretion system (T4SS), and similar proteins. T4S system is employed by pathogenic bacteria to export virulence DNAs and/or proteins directly from the bacterial cytoplasm into the host cell. It forms a large multiprotein complex consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB10, interacts with VirB7 and VirB9, forming the membrane-spanning 'core complex' (CC), around which all other components assemble. The CC is inserted in both the outer and inner membranes, playing a fundamental role as a scaffold for the rest of the T4SS components and actively participating in T4S substrate transfer through the bacterial envelope via conformational changes regulating channel opening and closing. TraB is localized similarly to related proteins in other systems, but unlike in other systems, Neisseria gonorrhoeae TraB does not require the presence of other T4SS components for proper localization. It has been shown to be expressed with TraK (VirB9 homolog) at low levels in wild-type cells, suggesting that gonococcal T4SS may be present in single copy per cell and the small amounts of these proteins are sufficient for DNA secretion.	2.41309e-67
NC_017577.1|WP_014620345.1|34031_35240_-|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|224113	COG1192, Soj, ATPases involved in chromosome partitioning [Cell division and chromosome partitioning].	2.00175e-34
NC_017577.1|WP_148258319.1|39461_39977_+|single-stranded-DNA-binding-protein	gnl|CDD|273179	TIGR00621, Single-stranded_DNA-binding_protein, single stranded DNA-binding protein (ssb). All proteins in this family for which functions are known are single-stranded DNA binding proteins that function in many processes including transcription, repair, replication and recombination. Members encoded between genes for ribosomal proteins S6 and S18 should be annotated as primosomal protein N (PriB). Forms in gamma-protoeobacteria are much shorter and poorly recognized by this model. Additional members of this family include phage proteins. Eukaryotic members are organellar proteins. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	6.93615e-45
NC_017577.1|WP_014620352.1|41647_41911_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin	gnl|CDD|224937	COG2026, RelE, Cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system [Translation, ribosomal structure and biogenesis / Cell division and chromosome partitioning].	6.82394e-07
NC_017577.1|WP_041409227.1|31156_31600_+|dCMP-deaminase-family-protein	gnl|CDD|238613	cd01286, deoxycytidylate_deaminase, Deoxycytidylate deaminase domain. Deoxycytidylate deaminase catalyzes the deamination of dCMP to dUMP, providing the nucleotide substrate for thymidylate synthase. The enzyme binds Zn++, which is required for catalytic activity. The activity of the enzyme is allosterically regulated by the ratio of dCTP to dTTP not only in eukaryotic cells but also in T-even phage-infected Escherichia coli, with dCTP acting as an activator and dTTP as an inhibitor.	4.29987e-38
NC_017577.1|WP_014620344.1|32991_34029_-|ParB-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|319252	cd16394, sopB_N, N-terminal domain of sopB protein, which promotes proper partitioning of F1 plasmid. Escherichia coli SopB acts in the equitable partitioning of the F plasmid in the SopABC system. SopA binds to the sopAB promoter, while SopB binds SopC and helps stimulate polymerization of SopA in the presence of ATP and Mg(II). Mutation of SopA inhibits proper plasmid segregation. This N-terminal domain is related to the ParB N-terminal domain of bacterial and plasmid parABS partitioning systems, which binds parA.	2.9662e-06
NC_017577.1|WP_014620351.1|40924_41341_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|197775	smart00530, HTH_XRE, Helix-turn-helix XRE-family like proteins.	4.12978e-06

Protein sequences

>NC_017577.1|WP_014620346.1|35538_36492_+|DNA-binding-protein
MKEQSSVSFEQVSKAATNMLNNGITPSVRNLLGVTGGRTETVSQHLRDYNDKRSAEVLKMADELGSSAIAKLLASEVQTVVDRKTDKLSTLLAEMKDQRDELVELISELEQNASHRIEIAEAKATHAINDANNKIGSAVEDARKAEVKVAEYAKIAELAKLDAEGLVRMAETKSQLLIENAKSEAESLVNAANIRADKAEQETIILREQIGLLSVDQAKRQIEQALHQQTLESHQKAVAELADERTKNTRLQIQLENQVTNIQRLTSENQDFRSDSKNLASLQGQYIELQKQFTQSQHSLSQSERERESLSVALRSK
>NC_017577.1|WP_014620345.1|34031_35240_-|AAA-family-ATPase
MSEKQFTKKMIAIADRARKVLTSMSESVSNQKVEFETDTFHQRYSKGAVGNLPLLTRKIVEKSMHEMEAEGYQFSKKMNGSVEVYDLPISQVIDIYKHRKITPLCKRFERGLVLFICNLKGGVSKTVSTVNIAHSLRCHPNLLQHDLRILILDGDPQSSASMFLNHKHAIGTIDNTTIQAILADLTREELLEHFVLPTQIQGVDMIPASIADGFIAEQWVQLCKEQFGDNVNPWELFKKNVTERLINDYDLIMIDCGPHLDSILKSTLCATDILITPLPPTTVDLHSTFQYIERLPQIIDDLERSGAEINILGHLAYMTRFSQTEQDNDSSMIANAVFGEDLMLTNIPELSAFKRCAETFDTVISVHPDNYTGDSRSLKKARTAIDAFSLTLFQHISRLRGI
>NC_017577.1|WP_014620344.1|32991_34029_-|ParB-N-terminal-domain-containing-protein
MAGKGLFKTVGRVNSMIERMDLNSDESAKLNTNVQDSMVIHLSSGRVVTFFRDQVAAENVQTKTHVHQHNPRPNVDITPLSLQKIVASIAQMQFANVLATKDKNGYAIFDGQRRREAAIIAGANLNVSYTNEVLSKSEILEIIQYVKTDAQQSLRDAGLLFDKLILESEIAAKNDGTGQTKPLSFRMLARQFDVSYSYVQRALKSIKIPTEVIALLPSPSAINSTQVDTLFKITNMQMDLSELLTPSVMADINEIIAYVPPHKDSAGIYDINVNRNELIINVLKAASKSETKNAPKARLAENAERDSWVTMRTHKNKTNVEIVKLNEDEIQQLKDFLINLVSNKH
>NC_017577.1|WP_158306869.1|32768_32915_-|hypothetical-protein
MSAERMLALAIAINNALSNKIPLTLPAMKMRELCEIQRICVELNATKK
>NC_017577.1|WP_014620342.1|31664_32285_+|hypothetical-protein
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MRISRLQSDVLVALAALESRNITSVSRTDLLNIINSVRETPVFAVALRASMETLRRHGLTRTTKNMKTNKLSYSITGEGRALGIDITVQREREKAVENE
>NC_017577.1|WP_014620355.1|42687_42912_-|hypothetical-protein
MEILRNPEYDEQFRAEEIAAESRDFSRMIKELLSDTDSDYPTNKVWLGTVLINGVETQIQIVATQERSFFIDEN
>NC_017577.1|WP_014620356.1|43323_43986_-|hypothetical-protein
MTTKNSEDIDHNADVASQTEPHFKSDVTSSEGTEAPVINEQSVNDIATRDAKTKTEPVDSDSTIAKRVNEQGLSAPKLIATMVGMVFLFGLLKVGMGIMGSPETTIDVSNKYVSNPDTQKIAVVDVKEMFAEWSKEAVLEGEMSTAAQELGQLYFDMGYLVLDANMVVRTPAAFKMNIPPVSVLISTKAIREQYVSEGKAPPKAEKLIEMALAMQNQENP
>NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein
MEQLDKLRAQWLALPANYRTIGIVVLLAAPAFFIAEAVFPSAPVNKPEATPVRSKPIFMSSMGSERLELTQTSGQLIAMRKKIQEREKAIDAQYTEQKAGEKRIQSQVDTLQMSQMDMTKRLETISHQMQMLVDSEVKAPRNQVGGAVQQAQPSNIAAATDNNFTLDPMASLKSSDVSIGPPPSKRLTMNRGELSIGKPAIESAEPVIAQQTNAQVVAKKSISQSDSGSNSKAEQVQDTWLSAGTVLPMTLLTGQHVPTSTSAQTNPAPVLLKIVDVGMMPNGFTIDLVGCMVVGSARGSASTSRVEIRAESISCIDQQGRAIEQPFVASAQGQDGHAGIPAKLVTRYGESIKQSFWAGIYGTGADTLTNMTNNKSNGGVYDSNYYKDSTGSAMAGGASSAFDKIADFYLELADEARPYLEMNGGIEGVDFIVQRGMGLKFKG
>NC_017577.1|WP_148258328.1|45323_46445_-|hypothetical-protein
MYALPTDLLPTEQVTPQRVPVAGTDFNTLEQQVIAEQGKNHVSDPQMNQIIDDATKVATIPKAENAEYGGASPVNPVAISPQNAGAVVSRRDDSMDYLRKQYKSHQVISLKAGGTTTLPISLSTTNRIATSFKHAKFTSSVPSDAALIYSEGGFVYVTPGINAGAVDVIIEEDGAPETAVSMYLVPLNVPPVLVEMSVTYNTAQRQSAERAIATYNENETQEIELAKQDERERIATNQPTANSHIDEVMNLLEIVAKAEVPAGYELLEGDNIPAEIRFPCDIRQMLPLYHEVKQRLIGARLVIDIMEVRNDVNGLRSFRDEACMGLGREDVMAVGVLDKATLAPTESAEVYILRDRTYWERQLKVPRRARVGG

Crispr_ID: NC_017577_3

• CRISPR_ID: NC_017577_3
• CRISPR_location: 51001-51095
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_017577_3

Consensus_repeat	Method
AGTGTTCATCGTTGTTAGTTACTGACTGAGAA	CRISPRCasFinder

spacers of NC_017577_3

>3.1|51033|31|NC_017577|CRISPRCasFinder
ACTAAGTCATCCTGAGTTCGGATTTCGCTAC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017577_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_017577_3

>merge|NC_017577|3|51001-51095|CRISPRCasFinder
AGTGTTCATCGTTGTTAGTTACTGACTGAGAAACTAAGTCATCCTGAGTTCGGATTTCGCTACAGTGTTCATCGTTGTTAGTTACTGACTGAGAA

>NC_017577|3|3|51001-51095|CRISPRCasFinder
AGTGTTCATCGTTGTTAGTTACTGACTGAGAA	ACTAAGTCATCCTGAGTTCGGATTTCGCTAC
AGTGTTCATCGTTGTTAGTTACTGACTGAGAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_017577.1|WP_148258332.1|56990_57956_+|conjugal-transfer-protein-TraF	unknown	unknown	gnl|CDD|274275
NC_017577.1|WP_148258321.1|66069_66978_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379711
NC_017577.1|WP_014620372.1|64564_65500_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258320.1|56545_56863_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620361.1|47566_47962_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258331.1|54234_54654_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620356.1|43323_43986_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620367.1|55458_56532_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274757
NC_017577.1|WP_014620363.1|48765_50640_-|conjugative-transfer-system-coupling-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|274760
NC_017577.1|WP_014620373.1|65510_66056_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258328.1|45323_46445_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620359.1|46528_47185_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377500
NC_017577.1|WP_014620370.1|57955_59350_+|conjugal-transfer-protein-TraH	unknown	unknown	gnl|CDD|368759
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NC_017577.1|WP_014620355.1|42687_42912_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
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NC_017577.1|WP_014620371.1|59352_64431_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NC_017577.1|WP_014620362.1|48118_48754_-|DUF4400-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379573
NC_017577.1|WP_014620360.1|47195_47480_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|319756

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_017577.1|WP_148258332.1|56990_57956_+|conjugal-transfer-protein-TraF	gnl|CDD|274275	TIGR02740, putative_pilus_assembly_and_synthesis_protein, TraF-like protein. This protein is related to the F-type conjugation system pilus assembly proteins TraF (TIGR02739)and TrbB (TIGR02738) both of which exhibit a thioredoxin fold. The protein represented by this model has the same length and architecture as TraF, but lacks the CXXC-motif found in TrbB and believed to be responsible for the disulfide isomerase activity of that protein.	1.48467e-58
NC_017577.1|WP_148258321.1|66069_66978_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|379711	pfam14882, PHINT_rpt, Phage-integrase repeat unit. This repeat family is found on phage-integrase proteins in up to 15 copies. The function is not known.	0.00184137
NC_017577.1|WP_014620370.1|57955_59350_+|conjugal-transfer-protein-TraH	gnl|CDD|368759	pfam06122, TraH, Conjugative relaxosome accessory transposon protein. The TraH protein is thought to be a relaxosome accessory component, also necessary for transfer but not for H-pilus synthesis within the conjugative transposon.	1.06896e-31
NC_017577.1|WP_014620371.1|59352_64431_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	1.97421e-17
NC_017577.1|WP_014620362.1|48118_48754_-|DUF4400-domain-containing-protein	gnl|CDD|379573	pfam14348, DUF4400, Domain of unknown function (DUF4400). This family of proteins is functionally uncharacterized. This family of proteins is found in bacteria. Proteins in this family are typically between 209 and 249 amino acids in length. There is a single completely conserved residue P that may be functionally important.	1.3542e-06
NC_017577.1|WP_014620367.1|55458_56532_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|274757	TIGR03739, PRTRC_D, PRTRC system protein D. A novel genetic system characterized by six major proteins, included a ParB homolog and a ThiF homolog, is designated PRTRC, or ParB-Related,ThiF-Related Cassette. It is often found on plasmids. This protein family is designated PRTRC system protein D. The gray zone, between trusted and noise, includes proteins found in the same genomes as other proteins of the PRTRC systems, but not in the same contiguous gene region.	1.20291e-56
NC_017577.1|WP_014620359.1|46528_47185_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|377500	pfam05309, TraE, TraE protein. This family consists of several bacterial sex pilus assembly and synthesis proteins (TraE). Conjugal transfer of plasmids from donor to recipient cells is a complex process in which a cell-to-cell contact plays a key role. Many genes encoded by self-transmissible plasmids are required for various processes of conjugation, including pilus formation, stabilisation of mating pairs, conjugative DNA metabolism, surface exclusion and regulation of transfer gene expression. The exact function of the TraE protein is unknown.	3.17238e-12
NC_017577.1|WP_014620363.1|48765_50640_-|conjugative-transfer-system-coupling-protein-TraD	gnl|CDD|274760	TIGR03743, SXT_TraD, conjugative coupling factor TraD, SXT/TOL subfamily. Members of this protein family are the putative conjugative coupling factor, TraD (or TraG), rather distantly related to the well-characterized TraD of the F plasmid. Members are associated with conjugative-transposon-like mobile genetic elements of the class that includes SXT, an antibiotic resistance transfer element in some Vibrio cholerae strains. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	0
NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein	gnl|CDD|319756	cd16430, TraB, TraB is a homolog of VirB10 which forms part of core complex in Type IV secretion system (T4SS). This family contains TraB (VirB10 homolog) and a component of the type IV secretion system (T4SS), and similar proteins. T4S system is employed by pathogenic bacteria to export virulence DNAs and/or proteins directly from the bacterial cytoplasm into the host cell. It forms a large multiprotein complex consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB10, interacts with VirB7 and VirB9, forming the membrane-spanning 'core complex' (CC), around which all other components assemble. The CC is inserted in both the outer and inner membranes, playing a fundamental role as a scaffold for the rest of the T4SS components and actively participating in T4S substrate transfer through the bacterial envelope via conformational changes regulating channel opening and closing. TraB is localized similarly to related proteins in other systems, but unlike in other systems, Neisseria gonorrhoeae TraB does not require the presence of other T4SS components for proper localization. It has been shown to be expressed with TraK (VirB9 homolog) at low levels in wild-type cells, suggesting that gonococcal T4SS may be present in single copy per cell and the small amounts of these proteins are sufficient for DNA secretion.	2.41309e-67

Protein sequences

>NC_017577.1|WP_014620363.1|48765_50640_-|conjugative-transfer-system-coupling-protein-TraD
MSSKGQTNGLYMENMYRPIYELNSAYAWSGASTFTIGAWAFQGASGHSVSIVALSVIAATAGMSVKRLRDALPQIRRQIKLVYNYHYHIKAEALWELAKTRLDKAFFGRGFEWTITEANRAYQLNGTRPEHAKGFLPWAVRRALKKTEEETKRLEGRPWIQGCGDEKDLWLDSSLFWSHSFYTGLPGSGKTTMLTLNSVGALYRGNSVLVLDPKNDHFWKTRLQAEAKRIGVPFYYFNIAEPSKSVRIDPLVNFSVTTEIASRLANVLEKGTGSSEGFRSYAWDSFYVTAEALRFTGRRPSIKLVADYMLNRKSELATEALSIIMAKHYGNEWHTKMASQIIEEGRGSLLAGLIMRYQQVLIPDDKGEDAVSSFIGFVTHDQSHQSKMLATTKPMLTKLTASPLDKMLSPDPNDTEDERPIIDIKKFIDTGGVLYIATDSSGNADISSAVSKLIMEDTCASAASRYNYEQGKGTRVSVFGDEIHSALSEGLINLAAMGRGAGFELHLSTQGVPDLIDKAGEAVANRILSLTANWFCLRARDDITREKFAALLPEYPIKTKQWQLSSNTDSTSNLHEFSGSVGERIMEADKPAFPLSLMSELPKLQYVARLANGKTYQCRIPILM
>NC_017577.1|WP_014620362.1|48118_48754_-|DUF4400-domain-containing-protein
MSDTTKNKSLHRRLIAAVGILITIYVLIFMDTAEHSVMLKREIGNIENVISLDATKIVVLRAKNWYDITMMKSGVSGFIDQFNQDTGLNGESLWRNPLTRIINNIKSLWYQTLIRISLMLFWFWMAIGMIGAAVVDGLMQRKIRQHEFTSPSTGYFRVAMWSSTLVILMLEVYCIVPAYFASQIFPLFPLLSAVIIAWLVKVTLSNSAKNM
>NC_017577.1|WP_014620361.1|47566_47962_-|hypothetical-protein
MTNIQKEKKNIFQLFKESSFTVRAVFTVIIVFIAVLMLYGGDANAVSASGATLHTFFDTMWDEVKGLMTGAPAKAIMGLSILGTIAFSMIKPNLIGFLSSVVVILVLANAPATIDGSLTVTVEALKAGLAK
>NC_017577.1|WP_014620360.1|47195_47480_-|hypothetical-protein
MNQARFPKRCNGAIKIGKVHFDSIKLAVIVMVFALASSNINIGVILAVISVSIVESMYKKFGRGVLKHMLWINGFWITSGKQAILTPAIRRLIK
>NC_017577.1|WP_014620359.1|46528_47185_-|hypothetical-protein
MFWKSKIKESYDNLNVSNKNIGRSNLGLTVAVVFLTLMVMNKETEIIVMPNDFKEPIIMNGNQITQEYKIQWGLMIATILGNVTPKNSKFVIDRITKMVPLELNPDEAEALMVSTIEEMTLRGVSEKFVPSDAIYSSITDYVWVVGEKTTTSLKTGAADSGSYTYELKIGVRNGSPMILDIQQYPHAVNPALRERELLQSKNSKASIDNDTVVKFKAG
>NC_017577.1|WP_148258328.1|45323_46445_-|hypothetical-protein
MYALPTDLLPTEQVTPQRVPVAGTDFNTLEQQVIAEQGKNHVSDPQMNQIIDDATKVATIPKAENAEYGGASPVNPVAISPQNAGAVVSRRDDSMDYLRKQYKSHQVISLKAGGTTTLPISLSTTNRIATSFKHAKFTSSVPSDAALIYSEGGFVYVTPGINAGAVDVIIEEDGAPETAVSMYLVPLNVPPVLVEMSVTYNTAQRQSAERAIATYNENETQEIELAKQDERERIATNQPTANSHIDEVMNLLEIVAKAEVPAGYELLEGDNIPAEIRFPCDIRQMLPLYHEVKQRLIGARLVIDIMEVRNDVNGLRSFRDEACMGLGREDVMAVGVLDKATLAPTESAEVYILRDRTYWERQLKVPRRARVGG
>NC_017577.1|WP_014620357.1|43990_45322_-|TraB/VirB10-family-protein
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MASTAVVAEQASTQSSDNFYKQRERGWYWHELPPKEDIPEKVEPPKPSPVQAEAQTDEPQNSVEAMSVKWFQENLPKAKELALNTGRPEDVKRYLYIQRAAIDRANQFAATYISEQMFDPYLDESLRRPENDVSLQAFKGTQSENQWKLIESIGKKATLIYFFSSNCPYCAKQTPYLIRLAKEYGWTIMPVSIDGGKVPNDDFHVFGDYRVANSEMAQRFDVLATPTLYVTNNTGDYFLLSSGLVGMDSLGERIIALASKEKIISESELNNVKQVRAVYMTDAEAKVNTERVYDDPDYLINKMRNFMLGKPDADTATEDVK
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MRRIALITLLTLPLSTVEAGGLSSIWDEMLSASSGINQYSGARRNGISLGSASVRIKTVNEQVLAARAPYLQASCKGIDFFGGSLSLIKREELVQMARSIAAAAPMYAFQLAMGMLCPDCNAILADLAKRLNSLNEYISKDCEEWVDLAEKEAPSLQVKSDRKMWQNYSESSSSWFDSKASARAEVSAINSHSKAANMTNTTSKSQYNSVYQAFMDGGVTMPLLSSDKTVVAQMIMSVFGTNIYKFDSSLTASETDGSDAINTSIAPQIRLRDLYIAEAPDVPVAKKMVVCVTAASTDPNCLSAAVKDVSPNDPRYLDSFYRLYGDAICGLMDSSKRDSSIVAIYARKGTYSAQQDIIMRGMNDTFSNILENASNANMLNNSNCKFISEYLALTATLQLIEDLRIAASNMKDSNTTQRSAYLANILDKIKDMSQEKADIESKITTLNAAMVTQFGYISAMKTGQ
>NC_017577.1|WP_014620371.1|59352_64431_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein
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MSKVSILVILPIVLNAIALPVFGVSMDTYSATEHGVWSVSYLRETAIEFPQKTFSEFKNQLIQSAVKKAIYNQFMPQNQQALLVKSSVNDGSVTVDVIGASSFMFSVNKADFTYKPSGSNLAVSVNVTVSIKGIDETKSLKQLESDVHLAAQNKRQWTPINGRIQAERSDHILGTPNSLFVLEGNNLASEPYDYNSSYIDEFVSYWQLRFKVMLLSAYAEKGLVYDHKWDGYMLAQLDTAVVGIERSFSDVLSHNRGQKITYPYDYFKKHLNQFVFVFSARKRWYDYSELADFRVDSQDANGVTVNIKDKL
>NC_017577.1|WP_014620373.1|65510_66056_+|hypothetical-protein
MNKLLCTASLVFSMFTLPVIAGDNDYRGYGMSRIVLSGSDYADSLAHRASINAVQYALYDALSRSERNISDLWAVVMVLNLYPFEVQDSDLVYELGVIEGQTEHEPVLRMVASSVLTLRGGDIDKAWIKVNELKNNQEFKNAFNRYSVAMNTKGSGGVGELVESLKVVEAIGNITYTLYPQ
>NC_017577.1|WP_148258321.1|66069_66978_-|hypothetical-protein
MMKSNVLKFPASDSTLSDTDTNNVKSPSVLSSERMIRTRKGEQFLCYTDWVEYMRALGITNRASWLKYIKQPNRPEFIPASPPLFYGNRKQWQGWGALDPFAKVVKQSSALDIKSRGGVWASYETASNFAQNAGIKTMAEWVAYLENNEKPRNIPTDPRSFYSRKKMWQSWNHFLGTPEPYDYKQKGGLDKVKLWFLENNITTSTQFFELANSKQLPDFVPSSPTLMYNLKFKDFLVKHNKYMTFAKARRTVKSWGCANMLEFRAKHRDLKANGDSDAAQIPSAPERVYKDKWEGWSNFLRK

Crispr_ID: NC_017577_4

• CRISPR_ID: NC_017577_4
• CRISPR_location: 63720-63818
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_017577_4

Consensus_repeat	Method
GGCGCCAAGTGGTTCGGCTTCGAC	CRISPRCasFinder

spacers of NC_017577_4

>4.1|63744|51|NC_017577|CRISPRCasFinder
ACCAATGGCCGAGGCGGGTAATTCAGCACCGGCTACCAATGGTCCTGCAGT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_017577_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_017577_4

>merge|NC_017577|4|63720-63818|CRISPRCasFinder
GGCGCCAAGTGGTTCGGCTTCGACACCAATGGCCGAGGCGGGTAATTCAGCACCGGCTACCAATGGTCCTGCAGTGGCGCCAAGTGGTTCGGCTTCGGC

>NC_017577|4|4|63720-63818|CRISPRCasFinder
GGCGCCAAGTGGTTCGGCTTCGAC	ACCAATGGCCGAGGCGGGTAATTCAGCACCGGCTACCAATGGTCCTGCAGT
GGCGCCAAGTGGTTCGGCTTCGGC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_017577.1|WP_148258332.1|56990_57956_+|conjugal-transfer-protein-TraF	unknown	unknown	gnl|CDD|274275
NC_017577.1|WP_014620364.1|50632_53473_-|TraI-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377859
NC_017577.1|WP_014620372.1|64564_65500_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620375.1|67115_67985_-|site-binding-protein-DNA-replication-region	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620381.1|70957_73339_+|Ig-like-domain-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372704
NC_017577.1|WP_148258320.1|56545_56863_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258331.1|54234_54654_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258321.1|66069_66978_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379711
NC_017577.1|WP_014620367.1|55458_56532_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274757
NC_017577.1|WP_041409219.1|70035_70554_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620377.1|68909_69644_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620363.1|48765_50640_-|conjugative-transfer-system-coupling-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|274760
NC_017577.1|WP_041409220.1|70562_70874_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620370.1|57955_59350_+|conjugal-transfer-protein-TraH	unknown	unknown	gnl|CDD|368759
NC_017577.1|WP_148258330.1|53472_54162_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620362.1|48118_48754_-|DUF4400-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379573
NC_017577.1|WP_014620373.1|65510_66056_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_148258322.1|69708_70011_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_017577.1|WP_014620376.1|68076_68802_+|OmpA-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|143586
NC_017577.1|WP_014620361.1|47566_47962_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_017577.1|WP_148258332.1|56990_57956_+|conjugal-transfer-protein-TraF	gnl|CDD|274275	TIGR02740, putative_pilus_assembly_and_synthesis_protein, TraF-like protein. This protein is related to the F-type conjugation system pilus assembly proteins TraF (TIGR02739)and TrbB (TIGR02738) both of which exhibit a thioredoxin fold. The protein represented by this model has the same length and architecture as TraF, but lacks the CXXC-motif found in TrbB and believed to be responsible for the disulfide isomerase activity of that protein.	1.48467e-58
NC_017577.1|WP_014620364.1|50632_53473_-|TraI-domain-containing-protein	gnl|CDD|377859	pfam07514, TraI_2, Putative helicase. Some members of this family have been annotated as helicases.	1.32113e-44
NC_017577.1|WP_014620370.1|57955_59350_+|conjugal-transfer-protein-TraH	gnl|CDD|368759	pfam06122, TraH, Conjugative relaxosome accessory transposon protein. The TraH protein is thought to be a relaxosome accessory component, also necessary for transfer but not for H-pilus synthesis within the conjugative transposon.	1.06896e-31
NC_017577.1|WP_014620376.1|68076_68802_+|OmpA-family-protein	gnl|CDD|143586	cd07185, OmpA_C-like, Peptidoglycan binding domains similar to the C-terminal domain of outer-membrane protein OmpA. OmpA-like domains (named after the C-terminal domain of Escherichia coli OmpA protein) have been shown to non-covalently associate with peptidoglycan, a network of glycan chains composed of disaccharides, which are crosslinked via short peptide bridges. Well-studied members of this family include the Escherichia coli outer membrane protein OmpA, the Escherichia coli lipoprotein PAL, Neisseria meningitdis RmpM, which interact with the outer membrane, as well as the Escherichia coli motor protein MotB, and the Vibrio flagellar motor proteins PomB and MotY, which interact with the inner membrane.	3.41312e-21
NC_017577.1|WP_014620362.1|48118_48754_-|DUF4400-domain-containing-protein	gnl|CDD|379573	pfam14348, DUF4400, Domain of unknown function (DUF4400). This family of proteins is functionally uncharacterized. This family of proteins is found in bacteria. Proteins in this family are typically between 209 and 249 amino acids in length. There is a single completely conserved residue P that may be functionally important.	1.3542e-06
NC_017577.1|WP_148258321.1|66069_66978_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|379711	pfam14882, PHINT_rpt, Phage-integrase repeat unit. This repeat family is found on phage-integrase proteins in up to 15 copies. The function is not known.	0.00184137
NC_017577.1|WP_014620367.1|55458_56532_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|274757	TIGR03739, PRTRC_D, PRTRC system protein D. A novel genetic system characterized by six major proteins, included a ParB homolog and a ThiF homolog, is designated PRTRC, or ParB-Related,ThiF-Related Cassette. It is often found on plasmids. This protein family is designated PRTRC system protein D. The gray zone, between trusted and noise, includes proteins found in the same genomes as other proteins of the PRTRC systems, but not in the same contiguous gene region.	1.20291e-56
NC_017577.1|WP_014620381.1|70957_73339_+|Ig-like-domain-repeat-protein	gnl|CDD|372704	pfam13750, Big_3_3, Bacterial Ig-like domain (group 3). This family consists of bacterial domains with an Ig-like fold. Members of this family are found in a variety of bacterial surface proteins.	1.15708e-54
NC_017577.1|WP_014620363.1|48765_50640_-|conjugative-transfer-system-coupling-protein-TraD	gnl|CDD|274760	TIGR03743, SXT_TraD, conjugative coupling factor TraD, SXT/TOL subfamily. Members of this protein family are the putative conjugative coupling factor, TraD (or TraG), rather distantly related to the well-characterized TraD of the F plasmid. Members are associated with conjugative-transposon-like mobile genetic elements of the class that includes SXT, an antibiotic resistance transfer element in some Vibrio cholerae strains. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	0

Protein sequences

>NC_017577.1|WP_014620370.1|57955_59350_+|conjugal-transfer-protein-TraH
MRRIALITLLTLPLSTVEAGGLSSIWDEMLSASSGINQYSGARRNGISLGSASVRIKTVNEQVLAARAPYLQASCKGIDFFGGSLSLIKREELVQMARSIAAAAPMYAFQLAMGMLCPDCNAILADLAKRLNSLNEYISKDCEEWVDLAEKEAPSLQVKSDRKMWQNYSESSSSWFDSKASARAEVSAINSHSKAANMTNTTSKSQYNSVYQAFMDGGVTMPLLSSDKTVVAQMIMSVFGTNIYKFDSSLTASETDGSDAINTSIAPQIRLRDLYIAEAPDVPVAKKMVVCVTAASTDPNCLSAAVKDVSPNDPRYLDSFYRLYGDAICGLMDSSKRDSSIVAIYARKGTYSAQQDIIMRGMNDTFSNILENASNANMLNNSNCKFISEYLALTATLQLIEDLRIAASNMKDSNTTQRSAYLANILDKIKDMSQEKADIESKITTLNAAMVTQFGYISAMKTGQ
>NC_017577.1|WP_148258332.1|56990_57956_+|conjugal-transfer-protein-TraF
MASTAVVAEQASTQSSDNFYKQRERGWYWHELPPKEDIPEKVEPPKPSPVQAEAQTDEPQNSVEAMSVKWFQENLPKAKELALNTGRPEDVKRYLYIQRAAIDRANQFAATYISEQMFDPYLDESLRRPENDVSLQAFKGTQSENQWKLIESIGKKATLIYFFSSNCPYCAKQTPYLIRLAKEYGWTIMPVSIDGGKVPNDDFHVFGDYRVANSEMAQRFDVLATPTLYVTNNTGDYFLLSSGLVGMDSLGERIIALASKEKIISESELNNVKQVRAVYMTDAEAKVNTERVYDDPDYLINKMRNFMLGKPDADTATEDVK
>NC_017577.1|WP_148258320.1|56545_56863_+|hypothetical-protein
MARLIERHIRISSDSSPRLCDYLSSFNPKALTREILLLMEFGLLIRQQNFSAMNSIQLNPLNEQHADLKSVAELSSESNKEPHEVPINSMDDDFDIGSDRDFLMD
>NC_017577.1|WP_014620367.1|55458_56532_+|hypothetical-protein
MSSQVIVTVDVGYGTTTSVHKNATGEYEIKTFPSVPIPVKSDINLGISGEERDVVTVDVNGITYEIGADVTASSARNVRVLNTESFLTSDRYKALLLGSLSFIGSGDLVIDVLVLGLPVSVLSRKNELIKIYTGTHDISGSGKRKISIKSVLVFEQPLGALMSYLREGGTERYMACKNLNILVIDPGYLTLDFITSTGIKVNKNRSGDSETGMSKVISAVELSLKTQLSEKFNLKSISSELIDQAFITGSLKLYGTTMAFPVCEHQFDVTSAITATCDEAITSVVNVVGDGQDIDLILVSGGAASVYLGAIKKAFPHHKIEVVIDPLTSVARGLQTAGEQYIKGALARGEFNQRRVN
>NC_017577.1|WP_148258331.1|54234_54654_-|hypothetical-protein
MSDTLRVVSSQIEAAHFQAKVLVDDYWLKWRSSNRALRTEGGTFTGGEIAPRACIKSDKIYLIWTRYRPGRVGNVGKSWGDDIKPTGRGYTVEQLTRKSPDWERRMIEQTETRLAPLREVLDCLHDAKVKLKRIERKQS
>NC_017577.1|WP_148258330.1|53472_54162_-|hypothetical-protein
MRVPRTQTVRAQQPRKFISKNVQLKSNTVQQLFSNEVRQNNIKMSISRIAGLFVLTSNNKEVRDRLDTWFGAEQEEVARRCTLIEQVYSNETEGNYGANDDMTVITPDTFSVTFQVEHPIYWRVIDAITKTDTAISQIENLWLSGELSESMSNSTRGIAINTMQRFFGRLRTVATDSANRKGGIYSLEDYNKIMQALRVVSESNAEDEFSDTDGGITPDAEATKIAVGE
>NC_017577.1|WP_014620364.1|50632_53473_-|TraI-domain-containing-protein
MGKIAKLLSLAVRSFLLDGKYPSRDSVRMVTGESKKPAPNVDVLVDTFYPPIADGVVIVSAERIIKANDDLIDMTVRELGLTDIHRANFNPANLSDYNKIYNSQTLVINVIANFLSYVHLLPASENHHHAAVGGLARHSLEVALFSLRHMASVDIKETKFTDELHSKKIRWYYASWVVGLVHDIGKSLHDMSVRCGDSVWNPQIENIFEWATRCKAQRYEVTWNYADRHGKHIGLASSMLNQILTKEAKQYLFNTQDDLQVIIYETLSGSMEINNPIKAGLKKAEARSVHKDMLWQWDRLTGARKMPLEAAFIKRLQMLRRMWKTNEEKADIWCLGAEDVYVSYPSSFNKVMASLQADGYSVPMQVGKMLEMLVDRQLFEPLFEDYTTGHLWPESIGNAQVGPIKVAKPKWAGIVYGEDISPRGGHGRISLTRDDSLMIHYAPTGLISLTDTRKTKEDEKLDANEEVAIETNTNNSASSIHHEPEQQAEKDKPADTEQGNDGVKAKAKTKAKPSTAPKGKAKSVNSEQNNTDTQAETSPETKKQATSNNDVSTKQSNEVPTPSCEDDLIPPAEALPKKPDHKGVVFKNFSAHNENEAAIKSPVAKAEIDSEIKPETALLPPSVESALPHTKTTMDILVDTLLSHTNIERHRMKVAKDILDLDVTVLPEIESSLDIAGLKVPDMIKALMDEKLFITDAETPRKIINVVKKVKVYQIKLTLEQSLRLTEESTSKEGDLAIHPSNTLMPGENISLIMPDIYPPHSAADNGSLEIEEETENTHYQSESEYGNWDEYSSQSVTNNDEHCSEIRTQDDLVSQSVTNNDEHYGEIRTQDDLDTTPAFAGGSTSLQGLKNSTGNTSPKAESKYDRALQSFIGWAMSSSGKAGIDHRQGQLRVQSFVLTAYAQEIELTNKDANYLKRQAGDSATIDTDAKQTVWMVFDTAGITYE
>NC_017577.1|WP_014620363.1|48765_50640_-|conjugative-transfer-system-coupling-protein-TraD
MSSKGQTNGLYMENMYRPIYELNSAYAWSGASTFTIGAWAFQGASGHSVSIVALSVIAATAGMSVKRLRDALPQIRRQIKLVYNYHYHIKAEALWELAKTRLDKAFFGRGFEWTITEANRAYQLNGTRPEHAKGFLPWAVRRALKKTEEETKRLEGRPWIQGCGDEKDLWLDSSLFWSHSFYTGLPGSGKTTMLTLNSVGALYRGNSVLVLDPKNDHFWKTRLQAEAKRIGVPFYYFNIAEPSKSVRIDPLVNFSVTTEIASRLANVLEKGTGSSEGFRSYAWDSFYVTAEALRFTGRRPSIKLVADYMLNRKSELATEALSIIMAKHYGNEWHTKMASQIIEEGRGSLLAGLIMRYQQVLIPDDKGEDAVSSFIGFVTHDQSHQSKMLATTKPMLTKLTASPLDKMLSPDPNDTEDERPIIDIKKFIDTGGVLYIATDSSGNADISSAVSKLIMEDTCASAASRYNYEQGKGTRVSVFGDEIHSALSEGLINLAAMGRGAGFELHLSTQGVPDLIDKAGEAVANRILSLTANWFCLRARDDITREKFAALLPEYPIKTKQWQLSSNTDSTSNLHEFSGSVGERIMEADKPAFPLSLMSELPKLQYVARLANGKTYQCRIPILM
>NC_017577.1|WP_014620362.1|48118_48754_-|DUF4400-domain-containing-protein
MSDTTKNKSLHRRLIAAVGILITIYVLIFMDTAEHSVMLKREIGNIENVISLDATKIVVLRAKNWYDITMMKSGVSGFIDQFNQDTGLNGESLWRNPLTRIINNIKSLWYQTLIRISLMLFWFWMAIGMIGAAVVDGLMQRKIRQHEFTSPSTGYFRVAMWSSTLVILMLEVYCIVPAYFASQIFPLFPLLSAVIIAWLVKVTLSNSAKNM
>NC_017577.1|WP_014620361.1|47566_47962_-|hypothetical-protein
MTNIQKEKKNIFQLFKESSFTVRAVFTVIIVFIAVLMLYGGDANAVSASGATLHTFFDTMWDEVKGLMTGAPAKAIMGLSILGTIAFSMIKPNLIGFLSSVVVILVLANAPATIDGSLTVTVEALKAGLAK
>NC_017577.1|WP_014620372.1|64564_65500_+|hypothetical-protein
MSKVSILVILPIVLNAIALPVFGVSMDTYSATEHGVWSVSYLRETAIEFPQKTFSEFKNQLIQSAVKKAIYNQFMPQNQQALLVKSSVNDGSVTVDVIGASSFMFSVNKADFTYKPSGSNLAVSVNVTVSIKGIDETKSLKQLESDVHLAAQNKRQWTPINGRIQAERSDHILGTPNSLFVLEGNNLASEPYDYNSSYIDEFVSYWQLRFKVMLLSAYAEKGLVYDHKWDGYMLAQLDTAVVGIERSFSDVLSHNRGQKITYPYDYFKKHLNQFVFVFSARKRWYDYSELADFRVDSQDANGVTVNIKDKL
>NC_017577.1|WP_014620373.1|65510_66056_+|hypothetical-protein
MNKLLCTASLVFSMFTLPVIAGDNDYRGYGMSRIVLSGSDYADSLAHRASINAVQYALYDALSRSERNISDLWAVVMVLNLYPFEVQDSDLVYELGVIEGQTEHEPVLRMVASSVLTLRGGDIDKAWIKVNELKNNQEFKNAFNRYSVAMNTKGSGGVGELVESLKVVEAIGNITYTLYPQ
>NC_017577.1|WP_148258321.1|66069_66978_-|hypothetical-protein
MMKSNVLKFPASDSTLSDTDTNNVKSPSVLSSERMIRTRKGEQFLCYTDWVEYMRALGITNRASWLKYIKQPNRPEFIPASPPLFYGNRKQWQGWGALDPFAKVVKQSSALDIKSRGGVWASYETASNFAQNAGIKTMAEWVAYLENNEKPRNIPTDPRSFYSRKKMWQSWNHFLGTPEPYDYKQKGGLDKVKLWFLENNITTSTQFFELANSKQLPDFVPSSPTLMYNLKFKDFLVKHNKYMTFAKARRTVKSWGCANMLEFRAKHRDLKANGDSDAAQIPSAPERVYKDKWEGWSNFLRK
>NC_017577.1|WP_014620375.1|67115_67985_-|site-binding-protein-DNA-replication-region
MWDSKSNISSFERLYIQLSNQLFSLAEYILNVQSLQAYYYHIKTAGDNHEVTPIVFKNKKARGWISAALMETTTREKSTGRTAIFPGILVLKMSDHPKCIQLISDVNLTKEQIQSLTANVDKSQLRTILDNHNPLCSLVMLTRKVHSIVCEKDSTISASWNMRSGMRVLSEKNFQTRVTSAKQANIITAECAAKYKKIFEDKKEICQFKVKRNVIPTTVYNIWSIEDSKKKLQISGQTPLLIFSDSKINVKHLQSISEPKQRAKRLDATPEKDLLIPELNIYMSKINKK
>NC_017577.1|WP_014620376.1|68076_68802_+|OmpA-family-protein
MQIRLVIIIVPFLLSSCTLFDTDDAPINVVNTGASAAVAACNTDSVCTSNLININDVLSHPPRAMKTADLAYKLEFSRDAAVNDGRIEFLNYYRDVYRKVVLQAYGESLPAAPLLAVREPNNFDKQAQIIINQPADRTLYFNFDSDLFEFNPDALALIAIHGKYLRHTNARVMIAGFTDSVGSASYNIELGRLRAERVKQELINYGVSDHQISVVSYGSNYTPALDSVAELALWRKTVFYY
>NC_017577.1|WP_014620377.1|68909_69644_+|hypothetical-protein
MQASQYNQQSERSQLSPSHYARSSQANHGVQPPARNNVDYSLSPLSQYQGADYDHYASNVAPTHHPQAPVSSEPVQHLEHQGQELKSVEFERGVKIHGTKAALTIIGSTTKRGVHTLNIEGANALGGGSKQFAWKDKTILQITAAEYRHFLAVLFGFMSSLEFKSHGVQKNKSLVIKRQLNGFFFSLNEGGKQSKAVPVSFDDAYLLGMYALDVYARNYPNVDSMALLRCVQIYAGMSLSPPQA
>NC_017577.1|WP_148258322.1|69708_70011_-|hypothetical-protein
MIVTLDEMVRECSDMLANEEPAVLIIQILHAQNQSTGYSLKLAKIADTQDSIIILYDLQIMTDNPSTAQIWVNKFRNLHRHVPIYTAGAISTHPLPIPNL
>NC_017577.1|WP_041409219.1|70035_70554_+|hypothetical-protein
MSVEVAGIIHANRSFKKWSGVMINVIKTYPNNKSVVVWFGTSFTPYPNWVFWSLVAVAVFSFFSLYSNYFHGLTPWIGMYVVGVVAAILVGLRKCVFVSYKDPSACLVCLSFFGVKLRSRIYDLNTLKTEVKTIQSGYLIVLDDKKILYTNSLKLAQQVNSKLTYLIQEFIC
>NC_017577.1|WP_041409220.1|70562_70874_-|hypothetical-protein
MQYNNRGELMRKIGVLRLALIMISGGVAFNCVSNDTPAARASNQNITDSFTMGYYENILKSGKVSDVSVSSWEQKTHEITKGKATESMDIWKVETVIITKSKE
>NC_017577.1|WP_014620381.1|70957_73339_+|Ig-like-domain-repeat-protein
MKVIKSKLPLVTGVLLLVPNIAYAEIEGFAFASAMQEQSLITAANGSALNPKLSQPMNVFISAGLDRKIRLYWLSNGVKINEVTTGIIGVSDRISSFGKDFYGKTISIKAPSLDGSYTLKSELLSADGTIVGGWSMSIVIDTVGPNADASNISYSMTAYGGSVSSYSPANFGSLKLSNITDGGSGLASAKYIVKSDSTGIDISSLAAQANILDSSVFTSSLPASLFPEQRNWYRAGFRVYDAAGNYNDVTARSFIDKGGYTSPVLSDIWNPTTSTWMPYNPGMLVGNNPIKVRYRMLFRETKTANGDWGWLSYHYREGDYVYLDHTLTYPMAEGYWVSQTPSGYYTVSYFSGFNVTLADGVDRNPIKQAQTVEWFAEDGSTGGSSISVASRTTIVRIRLHSEAMKYEQLAILHSFGSCVIPIGQTFCDLSISHVFSSGVGYAPYTYEVKSSVNGVVDGRFSAHFTYWYTYWDFIPPTIESIEVTGDTVIASVYDTNTTSDWRKGMWFTNVFRLKSSFGVELEPESWVTTDTGKHRAVFKLNKLPSGMQNISFYAQDSYGNRTEKTVVPNYLNDTTPPVLKLQSPTGAPIINGSEINGLESLRIKMTDDSPATIITVVLSGGAANDTVFVSTNELGGGLYDLNYPRLFPSLEANETYTITVKAADSAGNASTIKSSFLYLPPNLLRVGNLNTLAVNKQLQSSDGKPISFISTGVLRTSQGQLAAGPQQAFITLRSDAGIAVNLLQTTLMPGETKEVTITPDIHGEVMIPVYSASAGIKGTASFMIDIPQITSNN

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NC_017577_2	2.2|37475|40|NC_017577|CRISPRCasFinder	37475-37514	40	NC_017577.1	37595-37634	1	0.975

1. spacer 2.2|37475|40|NC_017577|CRISPRCasFinder matches to position: 37595-37634, mismatch: 1, identity: 0.975

tgtcgatacacgacagtttttaagtgtcgatacacaacag	CRISPR spacer
tgtcgatacacgacagtttttaagtgtcgatacacgacag	Protospacer
***********************************.****

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NC_017577_2	2.2|37475|40|NC_017577|CRISPRCasFinder	37475-37514	40	NC_017577	Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11701, complete sequence	37475-37514	0	1.0
NC_017577_2	2.3|37547|40|NC_017577|CRISPRCasFinder	37547-37586	40	NC_017577	Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11701, complete sequence	37547-37586	0	1.0
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.**..**** *************************.****

11. spacer 2.3|37547|40|NC_017577|CRISPRCasFinder matches to NC_017577 (Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11701, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.725

cgtcaatacacgacagtttttaagtgtcgat--acccgacag	CRISPR spacer
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.*.******** ***************.***  * ...*.  

12. spacer 1.1|37125|75|NC_017577|CRISPRCasFinder matches to NC_017577 (Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11701, complete sequence) position: , mismatch: 15, identity: 0.8

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************************************************************

13. spacer 2.1|37368|75|NC_017577|CRISPRCasFinder matches to NC_017577 (Shewanella baltica OS117 plasmid pSBAL11701, complete sequence) position: , mismatch: 15, identity: 0.8

tgttgactgtattaaagctatttttagaagaagttacacataaaccgataccgtataatt	CRISPR spacer
tgttgactgtattaaagctatttttagaagaagttacacataaaccgataccgtataatt	Protospacer
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3. NC_017578

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	1011 : 41815	35	Acidithiobacillus_phage(15.38%)	integrase,transposase	attL 7384:7398|attR 22861:22875

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_017578|1011:41815|DBSCAN-SWA
TATGCCACGGCGACAGATACTAAGCAGTGAAGAACAGAAGCGCTTACTGGTTATACCAGATGATGAAATTATTCTGACCCGAATGTGTTTTTTGAATGAGCGTGATATTGCGCTCATAAATAAGCACAGACGGCCAGCGAATCGCCTGGGCTTTGCCGTTTTACTCTGCTATCTGCGTGGCTCCGGATTTATTCCGGACAAAAATACCTCGCCTCACTGTGGCGTCGTATCCAGAGTCGCTTCCCGATTGAAACTTCAGCCTGATTTATGGCATGAATATGCATCCAGAGAGCAAACTCGCTGGGAACATCTGACCGAACTTTATCGTTACCTGAAATTATCCCCATTCAGCCGAACACTGCAAAAAGACTGCATCCGGCATCTGCACCCCTATGCCATGCGAACTGACAAAGGGTTTATGTTGGCGGAAGAAATGCTCAGCTGGCTACATAACAATAATGTTATTTTCCCTTCTGTTGATGTGATCGAGCGGACGATTGCCGAAATCGTCACGCTGTCTGACAGAGCCGTATTTTCGGCACTTACCGCGCAACTGGAAAATCATCATAAATCAGCACTCGACAGCCTGCTCATATCAGAGAGTGACCAACCTTCCCGTCTGGCGTGGTTACTTCAGCCATCGGGTAAAATCAACGGTAAAAATGTGCTGCAACATATCGACCGGCTTAATTCCATTACTGCGCTGGGATTGCCTGATGGTATTGCGCTTTCCGTTCACCAGAACAGGTTGCTTAAGCTAGCGCGTGAGGGACGAAAAATGAGCAGCAGAGATCTGGCAAAATTCACCGATGTCAGACGTTACGCTACGATGATTTGTATAATAACAGAGGCCCGGGCCACCCTAACAGACGAAGTGATTGATCTACACGAGCGTATTCTGGGCAGTCTGTTCAGCAGGGCAAAACGAACGCAGTCCGAACGACTCCAGCAAACGGGAAAGCTTATTCAGAGCAAGCTAAAGCAGTACGTTACCGTCGGTCAGGCGTTACTTAACGCCAGAGAATCCGGCGAAGATCCCTGGACCGCAATAGAAGACGTCCTTCCATGGCAGGAATTCATCAACAGTGTGGAGGAAACGCGGGTTCTGTCCCGTAAGGGCAATTTCGACCCACTTCACCTGATCACCGAAAAATACAGCACGCTGCGTAAATACGCCCCGCGTATGCTGTCAGCATTGCAGTTCACGGCGGCGCCTGCAGCTCAGATGCTCAGCGATGCACTGGACACCATAACTGAAATGTACCGTAAGCAACTTCGTCAAGTTCCGCCGGCAGCGCCAACAGGATTTATCCCTGAAAGCTGGCGAAAACTGGTGCTCACACCATCCGGGATCGACCGCAAATACTACGAGTTTTGCGTACTGAATGAACTCAAAGGGGCGTTACGTTCCGGTGATATCTGGGTAAAAGGATCACGTCGCTACAGAAATTTTGATGATTATCTCATCACGGCTGCTGAGTTTGAGAAATTCCGCCATAATGATCAGTTACAGTTGGCCGTTCAGACCGATTGCCGGGCATACCTTCAGGCTCGTATGACCCTTCTTGCATCGCGTCTGGAAGAAGTTAACGCGATGGCGCTTGCTGGTGATTTGCCCGATGTTGATATCTCAGATAAAGGCGTAAAAATAACCCCGTTGGAGAACAGCGTTCCTTCGGGTGTCTCGCCCTTTGCCGATTTGGTTTATGGCATGCTTCCCCATCCGAAAATTACGGAGATACTGGAAGAAGTGGATAACTGGACTGGGTTTACGCGTCACTTCACGCACCTCAAAAATAATAACGTCAGACCAAAAGACGGAAGACCGTTGCTGACCACCATTTTGGCTGACGGCATCAATCTGGGGCTGACAAAAATGGCGGAGTCCTGCCCGGGGGCAACAAAATCGACACTCGAAGGTATTCAGGCATGGTACATCAGAGATGAAACTTATTCAGCAGCACTTGTTGAGTTGGTCAATGCCCAGAAAGCGCGCCCGCTAGCCGCATTCTGGGGTGATGGTACAACATCGTCGTCAGACGGACAGAACTTTCGGGTAGGCAGTCACGGACGTTATGCCGGTCAGGTCAATCTTAAATATGGTCAAGAACCGGGCGTGCAGATTTATACGCATATCTCAGATCAATACAGTCCGTACTACGCCAAAGTGATCACTCGGGTGCGCGACTCAACTCACGTGCTTGATGGCCTTCTGTACCATGAAAGCGACTTGGAAATTACCGAGCATTACACCGATACAGCAGGCTTTACAGAACATGTTTTTGCCCTGATGCATCTGCTGGGATTCACTTTTGCGCCAAGGATCCGGGATCTTCATGACAAGCGGTTGTTTATTCAAGGAAATAACTGGGATTATCCGGGGCTTCAGTCCGTTATATCAACAACCCGCCTGAATCTCAAAGACATTGAGGCGCACTGGGATGAAGTATTACGGCTAGCAACTTCGATAAAGCAGGGGACAGTCACCGCATCGCTGATGATGAAAAAGTTAGCCAGTTATCCAAAACAGAACGGACTTGCCAAAGCGCTGAGAGAGATAGGTCGAATAGAGCGGACACTGTTTATGCTGGACTGGTTTCGAGATCCGGGTCTGCGGCAACGGGTACAGGCTGGGCTGAATAAGGGTGAGGCCCGTAATGCCCTTGCGCGTGCGGTTTTTATGCATCGTCTGGGTGAAATCAGAGATCGGGGGCTGGAAAATCAGAGTTACCGTGCCAGCGGACTGACGTTACTGACAGCGGCGATCACGTTATGGAACACGGTATATATAGAAAGAGCCATTGAGTCACTGAAACGAAAAGGTGTCCCTATTAATGAACAACTAGTTGCTCATCTTTCTCCCCTGGGCTGGGAACATATTAATCTGAGTGGCGATTACGTTTGGCGCCATAATGTAAAGCTGGGGTCCGGAAAATATCGGCCATTACGTACAGTCAATACTGAATTGTACAAAAAACAGTCTTAGCGTGGGATATTTTCCGTTTTCCAAGCGGACCCCTAGACGATTTCCTCAGTTTTAAAATGTGAGGAAACGGTACAGAAAAGATTTTGAAAAGTACTGATTAGAAACGCCGAAAAAAGATTTTTCTAAACGACGTTTTATTTTTTTAGATTTGCTATGATGTAAGGTTTAGAAAAAACGAAAGTCACATCCGTGAAACGTCTCACCCCTTAACGTTTGCGTTAACCCGTTTGATCAGCGCTTTAGGCAAGACGATTTTTTTACACACACTTGAAAAATAACTGGGGACGCAATAATCCTCACTGAAAACAAAGAGAACCTTTGGGCACTCATTTCTTTTCATAGCCGCCCATCCCTCATCATTTGTATTTCTGACAATGACAACATCGCCGTTCACTTGCTCTGCGTTCGCCTCAAAGAACGTAAGAATAGTTAATAAAAAAAGCCTTCACCGCAATGGCAAAGGCTTTCGTTGTTTGAGTACTGGTTAGGTCAGATTATTTAGCTAAAGCACTAAGCCAAGCAAGCACGCTATCTTTTAGATAAAAACTTACCACCGCAGCAACAATTAACCACTGCAGATTACTCAGTGTTTTAACGACTGATTTAATTTCAGTTTTTACCTCAGAAATATCCTGTTTAAGTTCAGTTCTTAGCTCAGAGATCTCTTGCTTCACTTCAGCAATATCTTGCTTGAGTTCAATTCTTAAAACAGATATATCCTGCTTTAGTTCTTGACGAGCAGACGTAAGCTCTTCTCGCGTAACAGAATGTTGTGACGCATTCAGCAAAAGTTGCAGTACATCTTTTTGAGTTAATGTCTCGTTATCGCTCATCGATGCCATCCTTTGTTCTCCCATATTTGCAGTATAACAAAACAGGAGTACCAAACCAAATGGCAGGATAGCTCCTGCCATTGAAAAGTTAACCGTTAATCAAGCCCTAATTCAAAAATGCGTACATCACATTGACCATAATTAAACGCAGTTCGTAAATATTTCGGCATTGCCGATAGCTGATGAGTTATGTCATCGATAATAGTGAGCAACTTTTTGTGATTACATTCAAAGTAACACGCAAAATCACTCAACACATTGTCGAATTTCATACCTGCATAAAACGAATCACTCCATGCTGTATTTGCAATATCTTCGTCATCCTCACAATCTATCAAGGCAAACTTCGCTTTTGCAACGGCAAGTGTGAGTTCTATTTCACTTAATGCAATTAACATCTCGGTTGACGTTTTCATACTCATTCCTCTCAAAACCACAAAGAGGAACGCCACTCGGGGACGAATCCCCGGTGGGTTAGTTAACAAATATTAAATGGTTACATTGATCGCCACATTGAATACAGAACATCTGCAAATTCGATTTCGCTTAGTGTACCAACAACTAAATCAACCATTGCATCCGATAATTCATCATACTCAGTGTTTATTTCGTAATCATTGAGTGACAAATACTCTAAACACAAGGCAAGCCCTGTGCGCTTGTTTGCATCTGAAAAAGCGTGTGCCATAGCGACTGAAGTCGCATATTTAGCCGCAATTAAAAACACATCATCCAAGCCTTCATAAGCAATAGCATTGTCGATCCGCGATAACGCACCCGACAATCTGCCGATATCATATTCACCGCGAAAACCTGGTTCATTCAACAGAATGGCCTGATTGATTTCAACGACTCGTTCAGCAGGAAACTGAATGAAATTCATTACATATCAGCCAGTTTGCGAAAAGTATTTTTATGCGTTCGTAAAACAAGTTTTGTTTCGCTATGCACAATCTGCTTACCGCAACCACCAGTCAAATCAAGCTTTTTATTGGCTTTCACATGTGGACGCTCTACGATGTTTACACCGTATTTCTTTGTTTCATTTAACATTTTAATAGTCCTCGCGTTAACACTCACCTTGATTTTATAAGCTAAATATAAATCACTTATAAAACAAAAACAAAGTGCCACAAAGGTCCTTAGTAAAAAGCCCTATCACTCGAAAGTAAAAGGGCTCA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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_011839986.1|5325_5712_-	type II toxin-antitoxin system death-on-curing family toxin	A0A222YZ88	Escherichia_phage	9.6e-10	31.9
WP_011839987.1|5711_5882_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011839988.1|6015_6447_-	DUF3577 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620441.1|6751_8875_-	DNA topoisomerase III	A0A1X9I6W8	Streptococcus_phage	2.9e-39	28.9
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WP_148258346.1|14133_14409_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011839997.1|14423_14678_-	Txe/YoeB family addiction module toxin	NA	NA	NA	NA
WP_011839998.1|14674_14926_-	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_011839999.1|15189_15639_+	helix-turn-helix domain-containing protein	K4ICM4	Acidithiobacillus_phage	6.5e-34	47.9
WP_011840000.1|15638_16208_+	PIN domain-containing protein	K4HZX4	Acidithiobacillus_phage	3.1e-49	50.5
WP_014620445.1|16270_17476_-|transposase	IS256-like element ISSod5 family transposase	A0A218MNI5	uncultured_virus	2.0e-77	75.0
WP_014620446.1|17696_20696_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011839978.1|21549_22296_-	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	5.7e-43	40.9
WP_086011359.1|23147_24702_+|transposase	IS3-like element ISSba13 family transposase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	5.8e-05	27.3
22861:22875	attR	NA	NA	NA	NA
WP_011840009.1|26044_26965_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_086011358.1|28328_29488_-|transposase	IS3-like element ISSba3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.9e-49	35.9
WP_011840013.1|30759_31083_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011840014.1|31125_31761_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_014620447.1|32024_32636_+	recombinase family protein	A0A0A8WJD4	Clostridium_phage	3.2e-07	29.3
WP_006087348.1|32853_33264_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620448.1|33260_34202_+	nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014620449.1|34209_36801_+	type I restriction-modification system subunit M	A0A2H4PQP4	Staphylococcus_phage	2.0e-87	39.9
WP_014620450.1|36802_37969_+	restriction endonuclease subunit S	A0A2H4PQP5	Staphylococcus_phage	3.3e-05	26.2
WP_014620451.1|37982_41168_+	type I restriction endonuclease subunit R	A0A220A398	Liberibacter_phage	5.5e-10	21.7
WP_011839953.1|41470_41815_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA