CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_018010	Belliella baltica DSM 15883, complete sequence	2 crisprs	PD-DExK,csa3,WYL,cas3,DEDDh,cas6,PrimPol,cas2,cas1,cas9,Cas9_archaeal	0	8	13	0

1. NC_018010

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_018010_1

• CRISPR_ID: NC_018010_1
• CRISPR_location: 2735686-2735794
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NC_018010_1

Consensus_repeat	Method
TTTACAATTAAACTAGCTCACTTAATAA	CRISPRCasFinder

spacers of NC_018010_1

>1.1|2735714|53|NC_018010|CRISPRCasFinder
CCAGTTAACCAGTTAACCAATTAACCACCTTTAACCTTTTAACCCTCTAATCA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_018010_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_018010_1

>merge|NC_018010|1|2735686-2735794|CRISPRCasFinder
TTTACAATTAAACTAGCTCACTTAATAACCAGTTAACCAGTTAACCAATTAACCACCTTTAACCTTTTAACCCTCTAATCATTTACAATTAAACTATCTCACTTAATAA

>NC_018010|1|1|2735686-2735794|CRISPRCasFinder
TTTACAATTAAACTAGCTCACTTAATAA	CCAGTTAACCAGTTAACCAATTAACCACCTTTAACCTTTTAACCCTCTAATCA
TTTACAATTAAACTATCTCACTTAATAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_018010.1|WP_014773062.1|2733853_2734426_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018010.1|WP_014773055.1|2724348_2724615_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|197775
NC_018010.1|WP_014773063.1|2734431_2735628_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018010.1|WP_014773068.1|2742583_2743066_+|histidine-phosphatase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224973
NC_018010.1|WP_014773056.1|2725297_2725783_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018010.1|WP_014773073.1|2748171_2749020_-|aldo/keto-reductase	unknown	unknown	gnl|CDD|381359
NC_018010.1|WP_041779662.1|2747422_2748154_-|carboxymuconolactone-decarboxylase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223672
NC_018010.1|WP_014773060.1|2729342_2730194_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018010.1|WP_041779660.1|2727574_2727817_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018010.1|WP_014773053.1|2723829_2724000_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018010.1|WP_014773058.1|2727065_2727572_-|DUF2335-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|370814
NC_018010.1|WP_014773066.1|2738810_2739992_-|carboxypeptidase-like-regulatory-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372685
NC_018010.1|WP_014773064.1|2736773_2738330_-|IS21-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|226950
NC_018010.1|WP_014773052.1|2721467_2723090_-|TlpA-family-protein-disulfide-reductase	unknown	unknown	gnl|CDD|239264
NC_018010.1|WP_014773061.1|2730201_2733870_-|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378817
NC_018010.1|WP_041779175.1|2736014_2736764_-|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|366760
NC_018010.1|WP_014773074.1|2749305_2750412_+|alpha/beta-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|214009
NC_018010.1|WP_014773067.1|2740110_2742429_-|type-I-DNA-topoisomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|236048
NC_018010.1|WP_014773069.1|2743195_2744293_+|agmatinase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|212539
NC_018010.1|WP_014773071.1|2746349_2747411_-|alpha/beta-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223999

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_018010.1|WP_041779175.1|2736014_2736764_-|ATP-binding-protein	gnl|CDD|366760	pfam01695, IstB_IS21, IstB-like ATP binding protein. This protein contains an ATP/GTP binding P-loop motif. It is found associated with IS21 family insertion sequences. The function of this protein is unknown, but it may perform a transposase function.	7.72346e-67
NC_018010.1|WP_014773071.1|2746349_2747411_-|alpha/beta-hydrolase	gnl|CDD|223999	COG1073, COG1073, Hydrolases of the alpha/beta superfamily [General function prediction only].	6.81884e-29
NC_018010.1|WP_014773068.1|2742583_2743066_+|histidine-phosphatase-family-protein	gnl|CDD|224973	COG2062, SixA, Phosphohistidine phosphatase SixA [Signal transduction mechanisms].	9.96062e-26
NC_018010.1|WP_014773073.1|2748171_2749020_-|aldo/keto-reductase	gnl|CDD|381359	cd19133, AKR_AKR5F1, the AKR5F family of aldo-keto reductase (AKR). Klebsiella sp. 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase (2,5-DKG reductase) is a founding member of aldo-keto reductase family 5 member F1 (AKR5F1). It catalyzes the reduction of 2,5-diketo-D-gluconic acid (25DKG) to 2-keto-L-gulonic acid (2KLG).	1.02277e-163
NC_018010.1|WP_041779662.1|2747422_2748154_-|carboxymuconolactone-decarboxylase-family-protein	gnl|CDD|223672	COG0599, COG0599, Uncharacterized homolog of gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit [Function unknown].	2.27077e-08
NC_018010.1|WP_014773061.1|2730201_2733870_-|ATP-binding-protein	gnl|CDD|378817	pfam12128, DUF3584, Protein of unknown function (DUF3584). This protein is found in bacteria and eukaryotes. Proteins in this family are typically between 943 to 1234 amino acids in length. This family contains a P-loop motif suggesting it is a nucleotide binding protein. It may be involved in replication.	4.30792e-37
NC_018010.1|WP_014773058.1|2727065_2727572_-|DUF2335-domain-containing-protein	gnl|CDD|370814	pfam10097, DUF2335, Predicted membrane protein (DUF2335). Members of this family of hypothetical bacterial proteins have no known function.	9.60318e-18
NC_018010.1|WP_014773066.1|2738810_2739992_-|carboxypeptidase-like-regulatory-domain-containing-protein	gnl|CDD|372685	pfam13715, CarbopepD_reg_2, CarboxypepD_reg-like domain. This domain family is found in bacteria, archaea and eukaryotes, and is approximately 90 amino acids in length. The family is found in association with pfam07715 and pfam00593.	8.52281e-17
NC_018010.1|WP_014773064.1|2736773_2738330_-|IS21-family-transposase	gnl|CDD|226950	COG4584, COG4584, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	1.32345e-26
NC_018010.1|WP_014773074.1|2749305_2750412_+|alpha/beta-hydrolase	gnl|CDD|214009	cd12810, Esterase_713_like-3, Uncharacterized enzymes similar to novel bacterial esterase that cleaves esters on halogenated cyclic compounds. This family contains uncharacterized proteins similar to a novel bacterial esterase (Alcaligenes esterase 713) with the alpha/beta hydrolase fold but does not contain the GXSXXG pentapeptide around the active site serine residue as commonly seen in other enzymes of this class. Esterase 713 shows negligible sequence homology to other esterase and lipase enzymes. It is active as a dimer and cleaves esters on halogenated cyclic compounds though its natural substrate is unknown.	0
NC_018010.1|WP_014773052.1|2721467_2723090_-|TlpA-family-protein-disulfide-reductase	gnl|CDD|239264	cd02966, TlpA_like_family, TlpA-like family; composed of TlpA, ResA, DsbE and similar proteins. TlpA, ResA and DsbE are bacterial protein disulfide reductases with important roles in cytochrome maturation. They are membrane-anchored proteins with a soluble TRX domain containing a CXXC motif located in the periplasm. The TRX domains of this family contain an insert, approximately 25 residues in length, which correspond to an extra alpha helix and a beta strand when compared with TRX. TlpA catalyzes an essential reaction in the biogenesis of cytochrome aa3, while ResA and DsbE are essential proteins in cytochrome c maturation. Also included in this family are proteins containing a TlpA-like TRX domain with domain architectures similar to E. coli DipZ protein, and the N-terminal TRX domain of PilB protein from Neisseria which acts as a disulfide reductase that can recylce methionine sulfoxide reductases.	1.00779e-16
NC_018010.1|WP_014773055.1|2724348_2724615_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|197775	smart00530, HTH_XRE, Helix-turn-helix XRE-family like proteins.	6.64679e-06
NC_018010.1|WP_014773067.1|2740110_2742429_-|type-I-DNA-topoisomerase	gnl|CDD|236048	PRK07561, PRK07561, DNA topoisomerase I subunit omega; Validated.	0
NC_018010.1|WP_014773069.1|2743195_2744293_+|agmatinase-family-protein	gnl|CDD|212539	cd11593, Agmatinase-like_2, Agmatinase and related proteins. This family includes known and predicted bacterial and archaeal agmatinase (agmatine ureohydrolase; AUH; SpeB; EC=3.5.3.11), a binuclear manganese metalloenzyme that belongs to the ureohydrolase superfamily. It is a key enzyme in the synthesis of polyamine putrescine; it catalyzes hydrolysis of agmatine to yield urea and putrescine, the precursor for biosynthesis of higher polyamines, spermidine, and spermine. As compared to E. coli where two paths to putrescine exist, via decarboxylation of an amino acid, ornithine or arginine, a single path is found in Bacillus subtilis, where polyamine synthesis starts with agmatine; the speE and speB encode spermidine synthase and agmatinase, respectively. The level of agmatinase synthesis is very low, allowing strict control on the synthesis of putrescine and therefore, of all polyamines, consistent with polyamine levels in the cell. This subfamily belongs to the ureohydrolase superfamily, which includes arginase, agmatinase, proclavaminate amidinohydrolase, and formiminoglutamase.	5.23921e-98

Protein sequences

>NC_018010.1|WP_014773063.1|2734431_2735628_-|hypothetical-protein
MNTFSNIKELLSTLHREEKLLSEMFKRRKTTDYKFEYALELVEDNENKIQYLIDRSVIRQNGNTLEIDDLYLHFFEQVLEANEEINTSYINENLEKVKQNINYYFNEQNEQRKYEYLRIIKNTFRKIGIITLRNVVDLKRNIENTFKTEPNYKNKRSKLINLDNKRRDITKLIEQTEHLITEDDITFFKTATDEELSRIIVQLKLQLQKCTHNLIEIEKQVIAFLNQIQLQSGIVEKLRQIKYLKDQFILESTTDLKQVLAINRHVVFEPNPSYPLKLSLENLQTDEGAFKSIQKIAIRLKSGVKHKQPVADKISDEYLETQIEEEVQINLEEVKNGFVAGSNNLFDFVISYNFSKDVSFEERVTIYCQMVSQYESIFEITDQFSEKGKIEFAMIFPK
>NC_018010.1|WP_014773062.1|2733853_2734426_-|hypothetical-protein
MEVPIQTADIFKILSKGQFISSNSSDKIIRNLYTVMEDDYHFENLYAYFTNINFVLEKGDEYFYFSRPETRVDLEKKIEKAFEWIDILDFFKTFDNAFTAGYRFTSADILVRINTDAELEAKLDSLKKHTDKIKHQDILDKILKKLIDDTFIELENEITHQFKILTSFKYLEQLILAINIPDEVKDEIPE
>NC_018010.1|WP_014773061.1|2730201_2733870_-|ATP-binding-protein
MRYLSKIVFINSADKSLKYGEVDLDGNVHFIGTQGVGKSTLLRAILFFYNADTQKLGIPREKKNYNEYYFPYQNSYIIYEVQTEAGKYCVVSFKALGRVAFRFFNAEYNKDFFIDKEGKAFETWDKIRETLGKIDSTRIVSSYEEFRNILYGNNKGLQNEFRKYALIESRQYQNIPRTIANVFLNAKLDAEFVKGTIIKSLNEDDVKIDLTTYSQTHLRDFETDLNDIRKWTDGKIEKQAEKVASTYAALRYLDQKKKDLAFQLGFALDNVKEKQPKVQLLLNAEESKRDRENGKLKDHDTVFEKKKGEVQRQIGVVLEKLKEIKNKRDAYQTLNIEIIINRVSKKALLDLEKKNLIEEKDILTSKFLEIQQRYEAQLRQLENQLQAFLNNKGSMKNQKERDLNLFEKDLNKQYDLIYEGIHKQQKETLETANTNVKEKESLITNNRIKLSEVRVKRFYEIEIDNVKVEIEIIKSNILKEDRNSKQAKDEISTLQRQWEFDEKNLKAVTERKIEKLIEDQEKYNKEINAREIKIENSKDSLYGWLNEHVPDWDKTIGKVVDEDNVLFLKGLNPKIVADTNISFYGISLDTSEIKKRVKTVADLQKEQEGYKNRILAIKKNISKTNSDLNDELEKLKRKFQPKIREQKELIQQSQYNIEKSQSKLEELSVRLSEWGNKAKNEQKLEIEKIEFTLSKLSEEKTLAEEQVQKIEQTISKTIEIKKKEKETKIKEESRKLSEFFKEMDEQIREQEKVLSLKVEKIKINQKDELDTKGANIERIAQIELRLSEIDSELGYIDNNRDTVIEYYKDKRELFDKEGEFKSKKSLLDKQLETEAARYLQQKNKFVQQIALHKAEISALNDTKNAFEADLLAFDNFTKSEIYPDVEHFINSYTRDHKTDLTCVTLTNDLQTTDNTLTKRYVELQEAINKFAGNFQEKNLFTFKVKFTDRSEYFEFADMLKEFVDENKIAEYKQRVEERFTHIIRQIGKETNSLIEKEGEISKIISEINNDFISRNFVGAIKSMELKTIESKNKIFTLLVEIKNFNTEYSFDLGKPNLFSSNRQSNNNEKAISLLIQLVKEMNASKEKEITLSDSFELLFKIVENDNDTGWVEKLTNVGSEGTDVLVKAMINIMLLNVFKEKASKKQKDEFRLHCMMDEIGKLHPNNVKGILKFANDRNILLINSSPTSLNATDYRYTYLLSKDSRNITNIKRLVRKIVKLEQ
>NC_018010.1|WP_014773060.1|2729342_2730194_-|hypothetical-protein
MKIPIHIAQKLLQLLEGSTIPASMAKHSLIEELVSESIIERNGRIQKKLKLRNRLALFHYLQNKFGVTDLEKYIEISQKENVQRNELVAISSDSKLINVRTFKGFLINSYLPLAARIDDRAIVLNFSSGIFQFIFDYANFLPDPSVIIVGIENPENFRYIERQKHLFKDIQPLFVSRYPQNQSRDLIKWLQSISNKYLHFGDFDFAGIGIYINEYKKYLGDKASFFIPNDIERLIEKKGNAIRYNTQKINFSLENIQEKNLIELIGVIHKNKKGLDQEIFIKQ
>NC_018010.1|WP_041779660.1|2727574_2727817_-|hypothetical-protein
MSKKKEKYRTDFLLPRNNFLVGMGSVLNIAGSYFDYNYSKSEKEADFKAMVSDWQNVGNDFRQSNEKFEKENKAKLCLDF
>NC_018010.1|WP_014773058.1|2727065_2727572_-|DUF2335-domain-containing-protein
MAKQEIEKKISQSENNNRSDELIELEQELTTINPRIFQGVTPKKKEEILKSISVTMIQERSHSGPLPDADTLIRYNSVIPEGADRIMKMAERQQEHRMSLETKVVNSQSKQSGLGQWFGLIIGLVGIGCGTFLAYSGETTVGGIIAGGTVVSLVSVFVIGKSLQKSQN
>NC_018010.1|WP_014773056.1|2725297_2725783_+|hypothetical-protein
MAENVKFTKQEIENAIDVFKKLSILFEENNELFLEFKSKPIRFLRESGLAIMKYINNQNQDFFLNRFSYGLRNILRFKDFFDRCSWCKIMALTIIYALCGKARLTIDAFWGLLSSIIEAIESILNISNEMARNLLNYLNSINDRLSPFGLARLICEQSGHC
>NC_018010.1|WP_014773055.1|2724348_2724615_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MGQFKNIEFLKLVGSRIESIRKSKNLTHEILAERMDLNDVRQIGRVINAETNFSTSEIYRFSMALGVQPKELFDFEIDLKTDFNKTSE
>NC_018010.1|WP_014773053.1|2723829_2724000_-|hypothetical-protein
MEQKKTTSFIQKNPKTGRLKDIFSVLIDRIQLDAISISGCPSPFDILFERKPKNPI
>NC_018010.1|WP_014773052.1|2721467_2723090_-|TlpA-family-protein-disulfide-reductase
MKKIITILLLVLVAGRIAVAQSIQGMAFEDAIPDGQDMEKSALVYFKYIKYSDREPDTLKVSIWDYYFGQLASTEGQVSKRIPLRKGSMLEGLFPSSDRVITVNISDLQGPSYISLSLSSNETFNKYLIFPGDSIKIYSQPFRNILTFGGPSAPLFECQRALNNHRQAYSFQRAARYTHRSQSSLEEFLEKNDNRLIYEQALQNFGEVLSLPILDESYLALLQSEAEQIPIEKSLLILDSYQSQLSKDVYEILLANEIGLLYNRLVLDWSQIYIHSKKVGNQSLVEKLEEFYFNEIGNLNFEFEEETIKRAIYYQEFLINQSKAISQLKQQPLFVSLANYQENVRDFLIGRYIIGNYRTLSNGSEVLEKALSSIEEPNIRPYLEKLYHRQGAGQPIENFEFENLNGEKVKLEDFEGKTVLLDFWFTGCKACINFYEAHLHKVEKHFEGSEDFVLISISMDSDYEKWKKSVEGGRYSSPTGINLYTNGEGFDHSFLKQYNIVGAPHQLLIDGEGRMVQSGGLQLMPEELVEILEEVLAEGC
>NC_018010.1|WP_041779175.1|2736014_2736764_-|ATP-binding-protein
MPMIQETIEKMRKMKLYGMSRSFSHATESGSLSSLTPDELISLLVENEWDDRQNRRMDRSLRGARFRYKATVEELDFRPGRELDKNQLLRLADGAYIHKGENILMTGSTGTGKSYLACALGNQACSKGHKVLYANTTKLLTQLKMAKADGSSIKEMLKLEKLDVLILDDFGIQPLDVQSRMLLMEIIEDRHGKKSTIITSQLPVSAWYEIIGDQTLADAILDRIVHDAHRIELKGESLRRKRNINPEKQ
>NC_018010.1|WP_014773064.1|2736773_2738330_-|IS21-family-transposase
MANRTLTMNKIKQILRGHFEGHGSKQLSKLTGVSRNTVKSYLKRFQQTGLSFEEVNQLSDEGLAELILGPPAPVQQSDRLEVLLPLLPGIVKKLRIKGMTRQRLWEEYRQKHPDGFQASQFRKHIRQYVGKQGLTMHFEHLAGDKVFIDYAGKKLYVTDPDTGEHFPVEVFVATLGCTQYTYVEATYTQKKPDFIGSCTRMLEFFGGVPRVIVPDNLRSAVTKGSKYSPVLNETFETFAEHYNTTIIPARPRQPREKSLVEGAVRLVYQRIYVALQGKVFLSLESLNEALVPLVSNYNDYALRGEESRREQFETLERNSLLALPELPYQLMSVKVCTVMKNTHICLGEDKHYYSVPHQYMGKKVKVLFNDDRLEVFYKYHPIAKHKRDKRKHKYTTLRDHLAGNQKYVSDWSYEFFVSEGNKISKEVGKFLSSLMESIPHPEQGYRSCSGILHLARKVGSQRITGACKRASEYGVYTYPMIEQILSKNLDAISFSDEQLEESSQMPKHHNIRGNRYFS
>NC_018010.1|WP_014773066.1|2738810_2739992_-|carboxypeptidase-like-regulatory-domain-containing-protein
MKFRISLLLFFILLNAGKSYSQVTLRGIVENENNNTPIPYAMIFLSNTSIGTLSDSLGHFNLTLNEGKHELIIKSLGFTTLNFELEQSEIQNRLYRFKLATDDLELTEVEVVSKRDQLWYGNLEVFKGFFLGNSTNSLKSKLVNPNILILDDQSIPRTLLAKANQDLIIENPNLGYTIRYLLHTFEYSLAEKKIFYGGYSYFTEYDGLSKRKKKQIETNRKKAYEGSSMHLLRAIYNNKVEEEGFLVRRLRKIPNINRPSEEHLDSIAQNIRLGRPTPYTIEEFARLKKLPKTIDQLEKNPIDLYQYITKEDAGKITLHFEDYLQVIYTKAKPDANYILPYKAENQESLIHFLNGKIEIYENGSFSPPYDLLFEGYMGWLKTGDLLPLDYKPL
>NC_018010.1|WP_014773067.1|2740110_2742429_-|type-I-DNA-topoisomerase
MSKNLVIVESPAKAKTIEGYLGKDFKVASSYGHVRDLPKGDKAIDIQNKFKPTYEVTADKKEVIKQLKNLVKDAEMVYLASDDDREGEAISWHLKEVLKLKDENSKRIVFREITKNAITKAIENPRTIDYDLVNAQQARRILDRLVGFELSPILWKKIKAGLSAGRVQSVAVRLIVEREREVEKFNSKSSYRITALFDVEGKTLSAELPKKFETQEEAEDFLKKCLGADFSIKSLEKKPGKKTPSAPFTTSTLQQEASRKLSFSVAQTMSVAQKLYEAGKITYMRTDSTNLSDDAMAAAKNEITSAYGPEFHKSRKYTTKSEGAQEAHEAIRPTDFSKHDTSGDRNEQRLYELIWKRAIASQMADAELEKTNVSIAISTLPQTLSASGEVIKFEGFLKVYLESTDDEEEDEESTEKGLLPPLTVGQTLKLTEMKGRETFSRPAPRYTEASLVKKLEEMGIGRPSTYAPTISTIQKRNYVIKESRDGNERKYVEMKIAKGEFKKESKTEIAGADKNKLFPTNIAMVVNDFLVEHFPNVIDFTFTARVEKEFDEIAHGTQNWEDMIQNFYGAFHTRVEETSNVAREDINTSREIGIDPKSGKKIIARLGKFGPLVQIGDQEDEEKQFASLKKGQFIENISLEDALELFKLPRDVGNFEDKKIVAAIGRFGPYLRHDSKFVSLGKEHDPLSINEEEAIELIKAKRKADAEKHIKTFEENEEIQILNGRWGPYIKFGKNNFKIPKDKDAAELSYAETIEIIENQPEKKKGRFTKKK
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MNSNKILVILRHGEADFNVGRGTDYDRELSNIGKSQLTRLKSLFEKTGIFVNRVISSSAKRTRQTTEIICSNFESSIIEYKNDFYDAEFPSIQKVLESVDKDDQCVMVVGHNPGVSALVSYIADQGYLSIQPGMMVIIELTIDDWKHLGSGTGIVREVLQ
>NC_018010.1|WP_014773069.1|2743195_2744293_+|agmatinase-family-protein
MSLKHQIIDSFDPNGVSTYNSLFGLPFDEITAELIIIPVPWEVTVSYSPGTADGPEAILNASMQVDLFQDDIKDAWKMGIHMLTIPEEIANKSSNFRILAKNYIDWLEKGAPEVELERFAAVPDLINKASAEMNDWVYEQAKKYRSQGKMVALLGGDHSTPLGLIKALADDHDNFGILQIDAHADLRVAYENFEYSHASIAYNALKFPQISKLVQVGIRDYCEAEAIMAKENNRITTFYDKEIKKESYEGKAWKIICDEIVEQLPQEVYVTIDIDGFDPKLCPNTGTPVAGGFELDQIMYLVREVVKSGRRLIGFDLVEVAPGPEGDEWDGNVGARILYRMANLYGASQGRLNLKYLNLIGTLHL
>NC_018010.1|WP_014773071.1|2746349_2747411_-|alpha/beta-hydrolase
MKKILLITSLLIPMLAINLSNAQTAQMQPKKNPYSLVYQGAIAENIKGKVNIDPVTYKIKDIAIVANVYIPANFDASQKYPTIVIAHPNGGVKEQVAGLYAQRLAENGFITITADAAYQGGSGGTPRNVDKPSNRIEDIHAMADFISQYPGVDTSRLGLLGICGGGGYALKAAQSDKRFKVIATLSMFNSGLVRRNGFMNSQFSTIQERLQEASDARAQEAAGGEILYLGDAQPTDAQIAALPFDLYREGFEYYGKTHAHPNSTFKYTKSSLLELMTFDASTNMDLINQPLLMIAGSKADSYYMTDEAFHKATNAKNKELFLIDGATHIQTYWEPEYVDQAVNKLFSYFQTNL
>NC_018010.1|WP_041779662.1|2747422_2748154_-|carboxymuconolactone-decarboxylase-family-protein
MRQLKTVTLIFITVSISLSVNFAKAQKLHTTQNLSPKQKSIISIASLTAKGDLINLKPALESGLESGLTVNETKEVLVHLYAYCGFPRSLRGLQTFMEVLEERKIRGVIDELGREASPIQEDGNKYERGKKIIGELTQIPQPDSLTGYSAFAPVIDTFLKKHLFADIFERDVLAYPERQLVTISVLSTVGRVEPMLRSHLAICLNVGLTSDQLNEFISEIKPILGRKKTKAAKAVLDEVLNRQ
>NC_018010.1|WP_014773073.1|2748171_2749020_-|aldo/keto-reductase
MENIILNNGIEMPLLGFGVFQIPGTKECEQAVNDAIEIGYRLIDTASSYKNEQAVGNAIKSSNVPREDFFITSKLWVQDTGYEKTKAAFYKTLDLLQLDFLDLYLIHQPMGDIYGSWRAMQDLINEGKIKAIGVANFHPDRIMDLKINSGLTPAVNQIETHPFLQQVDTQKFLGENNIQIQSWGPFAEGKNNLFQNGVLAAIGNKYNKTVAQIVLRWLMQRGVVAIPKSVRKERMLENFDIFNFELAADDLEVIATLDRGASLFFDHRDPNMVRWLSEHKID
>NC_018010.1|WP_014773074.1|2749305_2750412_+|alpha/beta-hydrolase
MIRNTVKRQLFTLFLTLTIGVSLYAQNTNKSKPIVIEDQGSFTVGGTVIKESGTFDPIKHGAFNPADQVSEGQTLHGDHAYVFYQVPKKAKKLPLVFWHGYGQYSKTWETTPDGREGFQNIFLRKKYPVYLIDQPRRGRAARSTVPGVISAKPDDQLWFGIFRLGTSSEFYPNVQFPKDPKALDQFFRQITPDTGPIDFEVNTEAISALFDKIGDGILVTHSHSGGQGWLTALKNSNIKGIVSYEPGSNFLFPEGNVPDPISYVGGTLRALEVPQEDFLRLTKIPIIIYYGDFIPTEPVENPGQEQWRAALSMAKLWRDAVNQAGGDVTLIHLPEIGIKGNTHFPFSDLNNLEIAELMAEWLKEKRLD

Crispr_ID: NC_018010_2

• CRISPR_ID: NC_018010_2
• CRISPR_location: 3440925-3443134
• CRISPR_type: TypeII
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 25 spacers
• Cas_protein_info: cas6,cas2,cas1,cas9

Consensus repeat of NC_018010_2

Consensus_repeat	Method
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GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	PILER-CR
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	PILER-CR

spacers of NC_018010_2

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CATTACCATAAGTAACGCCAAGCACGTCAGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
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TAGTTTTTAGGCCTTTGTTTAAACATTGTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
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AATATATATATTATAAAACCTACTACTTTA
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AAGTAAAGAGTGTGGAGATGCAAAAGGTACGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
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GGATGAATATGAATTCATTCTTTGATTAGTGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
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CTTTGCCATTCATAAAATCCTTCAGGTGTG
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GGAGGATTATTTTTTAATTGGTAACATGTAGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
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GGGTTGGAACGGTCAACTAGACTTCGGACC
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GGCAAAAATCAAGTATTCCGCTTTAGTTTC
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TGCGACCATTCAAACTCAGATTGAAATACA
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TGCAGATATTCTGCCCTGGACAATGAAGC
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AATGGTGCGATATATAATACCAGGTTAATA
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CTTCAGAAGTTAAAAACAAAGTATTTGTG
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AAGTTGCTCCTGAGAGTCAGGACAAAGCTG
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TGCCTCGTCTAAGATGCCTTCAAATTCTT
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CATTTCTTTGAATACGATTGCGAAGAAGTG
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ATATTTGGGGTATGGCTGGAGGAAGACCTA
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TTTCGGAGTATCTTCAAAGATTTTAGCAA
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TTAATTGATGCTGACAAGCGAGTCTACAGG
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TTCTTATTTGAGCTAATTTTATCAGCTTCT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_018010_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_018010_2

>merge|NC_018010|2|3440925-3443134|CRISPRCasFinder,PILER-CR,PILER-CR
TATGTTCGAATTAACCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCATTACCATAAGTAACGCCAAGCACGTCAGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAATAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTAGTTTTTAGGCCTTTGTTTAAACATTGTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAATAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCAATATATATATTATAAAACCTACTACTTTAGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCAAGTAAAGAGTGTGGAGATGCAAAAGGTACGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAATAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCGGATGAATATGAATTCATTCTTTGATTAGTGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAATAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCTTTGCCATTCATAAAATCCTTCAGGTGTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCGGAGGATTATTTTTTAATTGGTAACATGTAGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAATAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCGGGTTGGAACGGTCAACTAGACTTCGGACCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCGGCAAAAATCAAGTATTCCGCTTTAGTTTCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTGCGACCATTCAAACTCAGATTGAAATACAGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTGCAGATATTCTGCCCTGGACAATGAAGCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCAAGACGTCCATCATGATATCTAAATCATGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCAATGGTGCGATATATAATACCAGGTTAATAGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCATAAAGAAATGATGAAAAATTGGAGACCTCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCTTCAGAAGTTAAAAACAAAGTATTTGTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCGCAGCTTGGAAATTAGCACTGACAACACCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCAAGTTGCTCCTGAGAGTCAGGACAAAGCTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTGCCTCGTCTAAGATGCCTTCAAATTCTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTCTTTGCACTTGCTTTTAGTATATCTTGTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCATTTCTTTGAATACGATTGCGAAGAAGTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCATATTTGGGGTATGGCTGGAGGAAGACCTAGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCGATTTCAGGAGTTATCAAGGCTTGGTAAAGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTTTCGGAGTATCTTCAAAGATTTTAGCAAGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTTAATTGATGCTGACAAGCGAGTCTACAGGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTTCTTATTTGAGCTAATTTTATCAGCTTCTGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC

>NC_018010|2|2|3440925-3443134|CRISPRCasFinder
TATGTTCGAATTAACCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CATTACCATAAGTAACGCCAAGCACGTCAGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
TAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TAGTTTTTAGGCCTTTGTTTAAACATTGTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
TAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	AATATATATATTATAAAACCTACTACTTTA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	AAGTAAAGAGTGTGGAGATGCAAAAGGTACGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
TAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GGATGAATATGAATTCATTCTTTGATTAGTGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
TAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CTTTGCCATTCATAAAATCCTTCAGGTGTG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GGAGGATTATTTTTTAATTGGTAACATGTAGTTGTGAATTGCTTTCAAATCGACCATAGGGAGATTCATGAACTCCTTTGAAAA
TAATCAAAACGTGAATAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GGGTTGGAACGGTCAACTAGACTTCGGACC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GGCAAAAATCAAGTATTCCGCTTTAGTTTC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TGCGACCATTCAAACTCAGATTGAAATACA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TGCAGATATTCTGCCCTGGACAATGAAGC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CAAGACGTCCATCATGATATCTAAATCAT
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	AATGGTGCGATATATAATACCAGGTTAATA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	ATAAAGAAATGATGAAAAATTGGAGACCTC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CTTCAGAAGTTAAAAACAAAGTATTTGTG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CGCAGCTTGGAAATTAGCACTGACAACACC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	AAGTTGCTCCTGAGAGTCAGGACAAAGCTG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TGCCTCGTCTAAGATGCCTTCAAATTCTT
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TCTTTGCACTTGCTTTTAGTATATCTTGTT
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CATTTCTTTGAATACGATTGCGAAGAAGTG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	ATATTTGGGGTATGGCTGGAGGAAGACCTA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GATTTCAGGAGTTATCAAGGCTTGGTAAAG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTTCGGAGTATCTTCAAAGATTTTAGCAA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTAATTGATGCTGACAAGCGAGTCTACAGG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTCTTATTTGAGCTAATTTTATCAGCTTCT
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC

>NC_018010|2|1|3441802-3442225|PILER-CR
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GGCAAAAATCAAGTATTCCGCTTTAGTTTC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TGCGACCATTCAAACTCAGATTGAAATACA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TGCAGATATTCTGCCCTGGACAATGAAGC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CAAGACGTCCATCATGATATCTAAATCAT
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	AATGGTGCGATATATAATACCAGGTTAATA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCATAAAGAAATGATGAAAAATTGGAGACCTCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCTTCAGAAGTTAAAAACAAAGTATTTGTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCGCAGCTTGGAAATTAGCACTGACAACACCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCAAGTTGCTCCTGAGAGTCAGGACAAAGCTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTGCCTCGTCTAAGATGCCTTCAAATTCTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTCTTTGCACTTGCTTTTAGTATATCTTGTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CATTTCTTTGAATACGATTGCGAAGAAGTG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	ATATTTGGGGTATGGCTGGAGGAAGACCTA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GATTTCAGGAGTTATCAAGGCTTGGTAAAG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTTCGGAGTATCTTCAAAGATTTTAGCAA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTAATTGATGCTGACAAGCGAGTCTACAGG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTCTTATTTGAGCTAATTTTATCAGCTTCT


>NC_018010|2|2|3442634-3443134|PILER-CR
	GGCAAAAATCAAGTATTCCGCTTTAGTTTC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TGCGACCATTCAAACTCAGATTGAAATACA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TGCAGATATTCTGCCCTGGACAATGAAGC
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CAAGACGTCCATCATGATATCTAAATCAT
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	AATGGTGCGATATATAATACCAGGTTAATA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCATAAAGAAATGATGAAAAATTGGAGACCTCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCTTCAGAAGTTAAAAACAAAGTATTTGTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCCGCAGCTTGGAAATTAGCACTGACAACACCGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCAAGTTGCTCCTGAGAGTCAGGACAAAGCTGGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTGCCTCGTCTAAGATGCCTTCAAATTCTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGCTCTTTGCACTTGCTTTTAGTATATCTTGTTGTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	CATTTCTTTGAATACGATTGCGAAGAAGTG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	ATATTTGGGGTATGGCTGGAGGAAGACCTA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	GATTTCAGGAGTTATCAAGGCTTGGTAAAG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTTCGGAGTATCTTCAAAGATTTTAGCAA
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTAATTGATGCTGACAAGCGAGTCTACAGG
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC	TTCTTATTTGAGCTAATTTTATCAGCTTCT
GTTGTGAATTGCTTTCAAATTGATATCTTCCCAAGGGAATCACAGC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_018010.1|WP_014773645.1|3435652_3436993_-|carboxyl-terminal-processing-protease	unknown	unknown	gnl|CDD|143477
NC_018010.1|WP_014773641.1|3431289_3433416_+|tetratricopeptide-repeat-containing-sensor-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|223715
NC_018010.1|WP_157466190.1|3429713_3431105_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018010.1|WP_014773649.1|3439997_3440777_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	pfam01881_cas6_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|187783
NC_018010.1|WP_041779720.1|3437610_3438924_+|glycosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|340825
NC_018010.1|WP_157466107.1|3449722_3450298_+|peptidylprolyl-isomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|365914
NC_018010.1|WP_014773650.1|3443281_3443629_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	COG3512_cas2_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|226043
NC_018010.1|WP_014773653.1|3445310_3449369_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	cas9	cd09643_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|375967
NC_018010.1|WP_014773655.1|3450397_3451363_+|VWA-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238744
NC_018010.1|WP_041779410.1|3451383_3452238_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|237177
NC_018010.1|WP_014773652.1|3444570_3445149_-|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|224854
NC_018010.1|WP_014773658.1|3454980_3455937_+|phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide-synthase	unknown	unknown	gnl|CDD|183621
NC_018010.1|WP_014773646.1|3437050_3437440_-|Dabb-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|214884
NC_018010.1|WP_014773657.1|3453795_3454923_+|toxin-antitoxin-system-YwqK-family-antitoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|225405
NC_018010.1|WP_014773648.1|3438898_3439996_+|DegT/DnrJ/EryC1/StrS-family-aminotransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|99740
NC_018010.1|WP_014773642.1|3433469_3433694_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|381096
NC_018010.1|WP_014773643.1|3433820_3434231_-|DUF4174-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379363
NC_018010.1|WP_014773656.1|3452479_3453658_+|acetyl-CoA-C-acyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|215347
NC_018010.1|WP_014773651.1|3443621_3444518_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09720_cas1_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|274694
NC_018010.1|WP_014773644.1|3434267_3435518_-|metallophosphoesterase	unknown	unknown	gnl|CDD|277331

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NC_018010.1|WP_014773650.1|3443281_3443629_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	COG3512_cas2_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	2e-32	106.6	0.1
NC_018010.1|WP_014773653.1|3445310_3449369_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	cas9	cd09643_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	8.6e-79	260.6	39.6
NC_018010.1|WP_014773649.1|3439997_3440777_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	pfam01881_cas6_CAS-I:CAS-III	1.1e-24	82.3	0.5
NC_018010.1|WP_014773651.1|3443621_3444518_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09720_cas1_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	3e-84	277.1	0.0

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_018010.1|WP_014773645.1|3435652_3436993_-|carboxyl-terminal-processing-protease	gnl|CDD|143477	cd07561, Peptidase_S41_CPP_like, C-terminal processing peptidase-like; serine protease family S41. Bacterial protease homologs of the S41 family related to C-terminal processing peptidase (CPP). CPP-1 is believed to be important for the degradation of incorrectly synthesized proteins as well as protection from thermal and osmotic stresses. CPP is synthesized with an extension on its carboxyl-terminus and specifically recognizes a C-terminal tripeptide, but cleaves at variable distance from the C-terminus. The CPP active site consists of a serine/lysine catalytic dyad. Conservation of these residues is seen in the CPP-like proteins of this group. CPP proteins contain a PDZ domain that promotes protein-protein interactions and is important for substrate recognition however, most of CPP-like proteins only have an internal fragment or lack the PDZ domain.	2.47145e-62
NC_018010.1|WP_014773641.1|3431289_3433416_+|tetratricopeptide-repeat-containing-sensor-histidine-kinase	gnl|CDD|223715	COG0642, BaeS, Signal transduction histidine kinase [Signal transduction mechanisms].	4.90846e-35
NC_018010.1|WP_014773649.1|3439997_3440777_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	gnl|CDD|187783	cd09652, Cas6-I-III, CRISPR/Cas system-associated RAMP superfamily protein Cas6. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas6 is an endoribonuclease that generates crRNAs, predicted subunit of Cascade complex; RAMP superfamily protein; Possesses double RRM/ferredoxin fold.	2.57844e-14
NC_018010.1|WP_041779720.1|3437610_3438924_+|glycosyltransferase	gnl|CDD|340825	cd03794, GT4_WbuB-like, Escherichia coli WbuB and similar proteins. This family is most closely related to the GT1 family of glycosyltransferases. WbuB in E. coli is involved in the biosynthesis of the O26 O-antigen. It has been proposed to function as an N-acetyl-L-fucosamine (L-FucNAc) transferase.	3.09999e-43
NC_018010.1|WP_157466107.1|3449722_3450298_+|peptidylprolyl-isomerase	gnl|CDD|365914	pfam00160, Pro_isomerase, Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD. The peptidyl-prolyl cis-trans isomerases, also known as cyclophilins, share this domain of about 109 amino acids. Cyclophilins have been found in all organisms studied so far and catalyze peptidyl-prolyl isomerisation during which the peptide bond preceding proline (the peptidyl-prolyl bond) is stabilized in the cis conformation. Mammalian cyclophilin A (CypA) is a major cellular target for the immunosuppressive drug cyclosporin A (CsA). Other roles for cyclophilins may include chaperone and cell signalling function.	3.802e-43
NC_018010.1|WP_014773650.1|3443281_3443629_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|226043	COG3512, COG3512, CRISPR-associated protein, Cas2 homolog [Defense mechanisms].	9.21048e-28
NC_018010.1|WP_014773653.1|3445310_3449369_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	gnl|CDD|375967	pfam18541, RuvC_III, RuvC endonuclease subdomain 3. Cas9 proteins are abundant across the bacterial kingdom, but vary widely in both sequence and size. All known Cas9 enzymes contain an HNH domain that cleaves the DNA strand complementary to the guide RNA sequence (target strand), and a RuvC nuclease domain required for cleaving the noncomplementary strand (non-target strand), yielding double-strand DNA breaks (DSBs). The crystal structures of type II-A and II-C Cas9 proteins highlight the features in Cas9 enzymes that support their function as RNA-guided endonucleases. Cas9 enzymes adopt a bilobed architecture composed of a nuclease lobe containing juxtaposed RuvC and HNH nuclease domains and a variable alpha-helical lobe likely to be involved in nucleic acid binding. The RuvC domain forms the structural core of the nuclease lobe, a six-stranded beta sheet surrounded by four alpha helices, with all three conserved subdomains (I, II, III) contributing catalytic residues to the active site.	5.13264e-52
NC_018010.1|WP_014773655.1|3450397_3451363_+|VWA-domain-containing-protein	gnl|CDD|238744	cd01467, vWA_BatA_type, VWA BatA type: Von Willebrand factor type A (vWA) domain was originally found in the blood coagulation protein von Willebrand factor (vWF). Typically, the vWA domain is made up of approximately 200 amino acid residues folded into a classic a/b para-rossmann type of fold. The vWA domain, since its discovery, has drawn great interest because of its widespread occurrence and its involvement in a wide variety of important cellular functions. These include basal membrane formation, cell migration, cell differentiation, adhesion, haemostasis, signaling, chromosomal stability, malignant transformation and in immune defenses. In integrins these domains form heterodimers while in vWF it forms multimers. There are different interaction surfaces of this domain as seen by the various molecules it complexes with. Ligand binding in most cases is mediated by the presence of a metal ion dependent adhesion site termed as the MIDAS motif that is a characteristic feature of most, if not all A domains. Members of this subgroup are bacterial in origin. They are typified by the presence of a MIDAS motif.	7.6154e-29
NC_018010.1|WP_041779410.1|3451383_3452238_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|237177	PRK12704, PRK12704, phosphodiesterase; Provisional.	0.000193148
NC_018010.1|WP_014773652.1|3444570_3445149_-|transposase	gnl|CDD|224854	COG1943, COG1943, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	2.64162e-05
NC_018010.1|WP_014773658.1|3454980_3455937_+|phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide-synthase	gnl|CDD|183621	PRK12607, PRK12607, phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase; Provisional.	0
NC_018010.1|WP_014773646.1|3437050_3437440_-|Dabb-family-protein	gnl|CDD|214884	smart00886, Dabb, Stress responsive A/B Barrel Domain. The function of this domain is unknown, but it is upregulated in response to salt stress in Populus balsamifera (balsam poplar). It is also found at the C-terminus of a fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Hydrogenophilus thermoluteolus.It is found in the pA01 plasmid, which encodes genes for molybdopterin uptake and degradation of plant alkaloid nicotine. The structure of one has been solved and the domain forms an alpha-beta barrel dimer. Although there is a clear duplication within the domain it is not obviously detectable in the sequence.	4.64436e-14
NC_018010.1|WP_014773657.1|3453795_3454923_+|toxin-antitoxin-system-YwqK-family-antitoxin	gnl|CDD|225405	COG2849, COG2849, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	9.65633e-28
NC_018010.1|WP_014773648.1|3438898_3439996_+|DegT/DnrJ/EryC1/StrS-family-aminotransferase	gnl|CDD|99740	cd00616, AHBA_syn, 3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthase family (AHBA_syn). AHBA_syn family belongs to pyridoxal phosphate (PLP)-dependent aspartate aminotransferase superfamily (fold I). The members of this CD are involved in various biosynthetic pathways for secondary metabolites. Some well studied proteins in this CD are AHBA_synthase, protein product of pleiotropic regulatory gene degT, Arnb aminotransferase and pilin glycosylation protein. The prototype of this family, the AHBA_synthase, is a dimeric PLP dependent enzyme. AHBA_syn is the terminal enzyme of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA) formation which is involved in the biosynthesis of ansamycin antibiotics, including rifamycin B. Some members of this CD are involved in 4-amino-6-deoxy-monosaccharide D-perosamine synthesis. Perosamine is an important element in the glycosylation of several cell products, such as antibiotics and lipopolysaccharides of gram-positive and gram-negative bacteria. The pilin glycosylation protein encoded by gene pglA, is a galactosyltransferase involved in pilin glycosylation. Additionally, this CD consists of ArnB (PmrH) aminotransferase, a 4-amino-4-deoxy-L-arabinose lipopolysaccharide-modifying enzyme. This CD also consists of several predicted pyridoxal phosphate-dependent enzymes apparently involved in regulation of cell wall biogenesis. The catalytic lysine which is present in all characterized PLP dependent enzymes is replaced by histidine in some members of this CD.	3.82286e-117
NC_018010.1|WP_014773642.1|3433469_3433694_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|381096	cd17541, REC_CheB-like, phosphoacceptor receiver (REC) domain of chemotaxis response regulator protein-glutamate methylesterase CheB and similar chemotaxis proteins. Methylesterase CheB is a chemotaxis response regulator with an N-terminal REC domain and a C-terminal methylesterase domain. Chemotaxis is a behavior known in motile bacteria that directs their movement in response to chemical gradients. CheB is a phosphorylation-activated response regulator involved in the reversible modification of bacterial chemotaxis receptors. It catalyzes the demethylation of specific methylglutamate residues introduced into the chemoreceptors (methyl-accepting chemotaxis proteins) by CheR. The CheB REC domain packs against the active site of the C-terminal domain and inhibits methylesterase activity by directly restricting access to the active site. Also included in this family is chemotaxis response regulator CheY, which contains a stand-alone REC domain, and an uncharacterized subfamily composed of proteins containing an N-terminal REC domain and a C-terminal CheY-P phosphatase (CheC) domain. REC domains function as phosphorylation-mediated switches within response regulators, but some also transfer phosphoryl groups in multistep phosphorelays.	0.00131681
NC_018010.1|WP_014773643.1|3433820_3434231_-|DUF4174-domain-containing-protein	gnl|CDD|379363	pfam13778, DUF4174, Domain of unknown function (DUF4174). This domain of unknown function is found in a putative tumor suppressor gene and in a ligand for the the urokinase-type plasminogen activator receptor, which plays a role in cellular migration and adhesion.	1.04796e-24
NC_018010.1|WP_014773656.1|3452479_3453658_+|acetyl-CoA-C-acyltransferase	gnl|CDD|215347	PLN02644, PLN02644, acetyl-CoA C-acetyltransferase.	0
NC_018010.1|WP_014773651.1|3443621_3444518_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|274694	TIGR03639, cas1_NMENI, CRISPR-associated endonuclease Cas1, subtype II/NMENI. The CRISPR-associated protein Cas1 is virtually universal to CRISPR systems. CRISPR, an acronym for Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, is a prokaryotic immunity system for foreign DNA, mostly from phage. CRISPR systems belong to different subtypes, distinguished by both nature of the repeats, the makeup of the cohort of associated Cas proteins, and by molecular phylogeny within the more universal Cas proteins such as this one. This model is of type EXCEPTION and provides more specific information than the EQUIVALOG model TIGR00287. It describes the Cas1 variant of the NMENI subtype of CRISPR/Cas system.	1.05867e-100
NC_018010.1|WP_014773644.1|3434267_3435518_-|metallophosphoesterase	gnl|CDD|277331	cd07385, MPP_YkuE_C, Bacillus subtilis YkuE and related proteins, C-terminal metallophosphatase domain. YkuE is an uncharacterized Bacillus subtilis protein with a C-terminal metallophosphatase domain and an N-terminal twin-arginine (RR) motif. An RR-signal peptide derived from the Bacillus subtilis YkuE protein can direct Tat-dependent secretion of agarase in Streptomyces lividans. This is an indication that YkuE is transported by the Bacillus subtilis Tat (Twin-arginine translocation) pathway machinery. YkuE belongs to the metallophosphatase (MPP) superfamily. MPPs are functionally diverse, but all share a conserved domain with an active site consisting of two metal ions (usually manganese, iron, or zinc) coordinated with octahedral geometry by a cage of histidine, aspartate, and asparagine residues. The MPP superfamily includes: Mre11/SbcD-like exonucleases, Dbr1-like RNA lariat debranching enzymes, YfcE-like phosphodiesterases, purple acid phosphatases (PAPs), YbbF-like UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolases, and acid sphingomyelinases (ASMases). The conserved domain is a double beta-sheet sandwich with a di-metal active site made up of residues located at the C-terminal side of the sheets. This domain is thought to allow for productive metal coordination.	9.02156e-53

Protein sequences

>NC_018010.1|WP_014773649.1|3439997_3440777_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6
MQFLIKLKRESEACQFALNYQYQLSAALEGILEKADFSKLHLFLNDKEEFVRYIPFTFSHLDLDQIKIIEEKGSLVHLGEEGTLDIRILLEDDAIDYLYQLIYGKSIRFNSGESFVDYKIVDLEVIPPPVFKSEMVYSAVTPVFLYDQSQSGGFEFISPSHDRYSELFKNDLLKRFVSVIPELKSITELEKYCPEIEFQPISQAEEEEIVLNMYQYELVHLKGFKYDFKLKASPLLQEFGYYAGFGAQNSLGFGCVNVK
>NC_018010.1|WP_014773648.1|3438898_3439996_+|DegT/DnrJ/EryC1/StrS-family-aminotransferase
MPAKIPFLDLSRFPKKLQTELKNKFSELLEKGIFSGSEEVEILEAELKKYLGAPFLSVCSNGTDALEIALRALNIGQGDDVIVPALSWVSTAEVVLLCGARPVFIDTNSEGLIDLSLLDQVYTSKTKAIIPVHLYGNLVDMPTLIDWAKIKQVKVIEDAAQAFGAFQGNCSAGLFGDIGCFSFYPTKNFGALGEAGALTCKDEELARKLKALINHGQIKRDHHILVGRNARIDTLQAGFLNTILPYFEPWQKQRKFLAHVYLEELKHLEWLKLPRDIEKSTHNAHLFTVQCRERDQLKSYLEEKGVGTSIHYPRIIPKMKPYLFDQNFTASEQLVSHVLSLPLNPFLSQQEVLHICKLIKNFKLK
>NC_018010.1|WP_041779720.1|3437610_3438924_+|glycosyltransferase
MIEASEKIKRKVLIITYYWPPSAGSGVQRWLKFAKYLPEFGWEPLIFTPENPDFDLKDESLLKEINHNMEVLKFPIWEPYALFRSLKKEKIKDTSKVLEKKKKSLIDKIGIWARANLLIPDPRVFWVKPSVGFLEKIIVNNQVEAIITTGPPHSLHMIGRALKRKTNIFWLADFRDPWSQWEFLDTLPMTTLVRKKHEQLEQTVLQEADVITTISPTFQEDLSKIAGKDISLLTNGFDPDDLPNNWSSQNDGNGTIEIVYTGVIDAIRNPIPFIEAFKSVFEEKEKKANLRFVGKVSSSVENLVSKDQWLKKHVHFEGYVSHQEVFEYYKRANLLLLILTDTKNAKGNIPGKIFEYIATSRPVLALGDPNGDSAQILKSSTRNAVFKHNDQEGIESFLSNFKPGLSSNDTADSEIYSRKNLTKKLAKLLDASKDSLS
>NC_018010.1|WP_014773646.1|3437050_3437440_-|Dabb-family-protein
MKSRRNFIKKVAIAGVTSSLPTSLLARQSSSGKMIHQVFFWLNDGVDVSAFKKEASKLGLCPTVDQFYIGEPAATEEREVVDASYQVACTLFFDSLNDQNKYQVDPLHLEFIEKNSMKWNKVKVYDFVI
>NC_018010.1|WP_014773645.1|3435652_3436993_-|carboxyl-terminal-processing-protease
MNINLLSRFFVLVFAFIAIISCNPEEENPDPTKVEDAVKEAIVTSMRNWYFWNTELPSNIDVTAYNTNEELLDDIIFKPLDRFSYLTTREAFNAAFTGQASGVHGFGFSLDAQENMFVSFVYDLSPAGQDGWQRGWQVIEINGRPIADYKTSSGGFNFQLGPNEVGVSNTFKMKLPDGTERTTTIQKAAFQTNSVLYKDVIEQEGKKIGYWVYQSFRQTPGLSNPTRSQEVEDSFNYFIGEGINEMIIDLRYNGGGSVEVTEQVLNYLVPSNAASSVMYTNRHNADRSNNNRTVNFKKTGDLNLSKVIFITSRGSASASELLINSLTPYMEVVLVGDNTFGKPVGSFPLGFDSRTLRDNNVEVVPITFAIDNAEGNADYFDGFPADILAPDSPSQNWGSLEEVRFQAALEFIRTGNMGGRILSDYFKPKWNMIDDFKGLEQEFPVY
>NC_018010.1|WP_014773644.1|3434267_3435518_-|metallophosphoesterase
MNQIGGIIFLLVIFLFSTFLNWYVFQALKTLMTDVESEKIKAYAFGTYWLVFVGITLWVVFTFYRIFQEREISTENQQVLNVFLTVLVTQLVCVVFLFGEDLVRNAQAGFSFIFNGKESTSFPSRAKWLSILALTVSLIPFTSFVYGVTKGKYNFKVQKEIIYFKDLPESFDGFTITQISDIHSGSFTNFEAVQKGVDLAISQNSDLFVFTGDLVNHHAEEIEPMIDIFNKIKAPYGQFSIIGNHDYGDYVSWNSAAEKEANFKKFKDQHRKLGYRLLLDEHVKIKKDGQEITLIGVENWGVGFQSKGDLSKALKGTTSDDFKILLSHDPSHWDKEVKNNPNKIHLTLSGHTHGMQFGIDTPLFKWSPVQYRYPNWAGLVEEAGRFLYVNKGFGYHAFSGRVGIWPEITVIELRKK
>NC_018010.1|WP_014773643.1|3433820_3434231_-|DUF4174-domain-containing-protein
MNILFISLLLNFMSIQDTVERLDHLKWKNRLVLYFPQNKKSRFDFSDSLKAEIQERKVAYFIFQGKDIVSNLPIRFSDSYQESILKRYKMGSKTDCLVLIGLDGGVKLKKELGLDWKLILKAIDSMPMRASEIKDN
>NC_018010.1|WP_014773642.1|3433469_3433694_-|hypothetical-protein
MKFFYLSSVLNADGFYQVHERDCTNIPDPLERDYLGPFNNGEEALRKAKSMNPDAITCSECCTKKGIHSKTDKK
>NC_018010.1|WP_014773641.1|3431289_3433416_+|tetratricopeptide-repeat-containing-sensor-histidine-kinase
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>NC_018010.1|WP_157466190.1|3429713_3431105_+|hypothetical-protein
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MKIKAALTLICLMFLNCSFGQKTNPIGLIETSYGNIYIKLFEETPKHKASFISLAQSGYWDSLTFNRVIPNFVAQAGCPDTEEGFNDPEYLLEPEFVKGITHVYGAVGAGRDDNPGKLSARCQFYIVQNKNGLNRLDNDYTVFGQVIKGMNIVDKIVIQKTDADDEPLTDISMKISIVQMTNIEIEKLQEN
>NC_018010.1|WP_014773655.1|3450397_3451363_+|VWA-domain-containing-protein
MIWAYPDGSLLTWLAVIFILLYTIYLYRFYLINRKLQVKKHRIFIKVMLRTSYFVLFLIALSGPSVGTSMKEIKEEGKDIFIAIDLSQSMNATDIGPSRLQRVKFELKNLTKSFAGDRIGLIIFSSEAFVQCPLTFDQNVLQLHIDGLNTGLVPSQGTDINAPLQMALSKFQTDERPETNSRSVILVSDGEDFGDNFRPIIDELTNSGIKVFSLGVGTSQGSTIPRGNNLIIDPKTNQPAITKLETTNLKFLAAQTEGAYFELSDENQEIPDLIAAIEREEGAVTGSRMVEASANKYFYFLIIGLCLAFIDMIFPLRTINL
>NC_018010.1|WP_041779410.1|3451383_3452238_+|hypothetical-protein
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>NC_018010.1|WP_014773656.1|3452479_3453658_+|acetyl-CoA-C-acyltransferase
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>NC_018010.1|WP_014773657.1|3453795_3454923_+|toxin-antitoxin-system-YwqK-family-antitoxin
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>NC_018010.1|WP_014773658.1|3454980_3455937_+|phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide-synthase
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MGE targeting detection<

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1. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_LT635894 (Buchnera aphidicola (Cinara pseudotaxifoliae) strain BCipseudotaxifoliae isolate 3056 plasmid pLeu) position: , mismatch: 3, identity: 0.897

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2. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NC_048080 (Acinetobacter phage vB_AbaM_B09_Aci05, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.867

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 ****. * *********.************

3. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MT623546 (Acinetobacter phage Ab_121, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.867

-ctttgccattcataaaatccttcaggtgtg	CRISPR spacer
tctttaac-ttcataaaacccttcaggtgtg	Protospacer
 ****. * *********.************

4. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MK170160 (Acinetobacter phage TAC1, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.867

-ctttgccattcataaaatccttcaggtgtg	CRISPR spacer
tctttaac-ttcataaaacccttcaggtgtg	Protospacer
 ****. * *********.************

5. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NC_048074 (Acinetobacter phage vB_AbaM_B09_Aci01-1, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.867

-ctttgccattcataaaatccttcaggtgtg	CRISPR spacer
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 ****. * *********.************

6. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MH800199 (Acinetobacter phage vB_AbaM_B09_Aci02-2, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.867

-ctttgccattcataaaatccttcaggtgtg	CRISPR spacer
tctttaac-ttcataaaacccttcaggtgtg	Protospacer
 ****. * *********.************

7. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015335 (Borrelia hermsii HS1 isolate Browne Mountain plasmid cp6.5, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

ctttgccattcataaaatccttcaggtgtg-	CRISPR spacer
ttttcccattcataatatccttca-ttgtag	Protospacer
.*** ********** ********  ***. 

8. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP040783 (Bacillus thuringiensis strain HM-311 plasmid p1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.793

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg	CRISPR spacer
attcagaagttaaagacaaagtttctttt	Protospacer
 *************.******* *.* * 

9. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP020005 (Bacillus thuringiensis strain Bacillus thuringiensis L-7601 plasmid unnamed3, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.793

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg	CRISPR spacer
attcagaagttaaagacaaagtttctttt	Protospacer
 *************.******* *.* * 

10. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to CP053591 (Aquimarina sp. TRL1 plasmid unnamed, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.793

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg	CRISPR spacer
cttcagaagtaaaaaacaaagaaccaggg	Protospacer
********** ********** *.. * *

11. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MK448685 (Streptococcus phage Javan155, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.793

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg-	CRISPR spacer
attcacaagttgaaaacaaagta-tcgcgc	Protospacer
 **** *****.*********** *.*.* 

12. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MK448853 (Streptococcus phage Javan144, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.793

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg-	CRISPR spacer
attcacaagttgaaaacaaagta-tcgcgc	Protospacer
 **** *****.*********** *.*.* 

13. spacer 2.19|3442604|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NC_018688 (Bacillus thuringiensis MC28 plasmid pMC319, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

tctttgcacttgcttttagtatatcttgtt	CRISPR spacer
ttactccactttcttttactatatcttgtt	Protospacer
*. .* ***** ****** ***********

14. spacer 2.19|3442604|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP008877 (Terribacillus goriensis strain MP602 plasmid pT1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

tctttgcacttgcttttagtatatcttgtt	CRISPR spacer
tacttgcactttctttttgtatatcttcct	Protospacer
* .******** ***** ********* .*

15. spacer 2.20|3442680|30|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to NZ_CP013523 (Rhizobium phaseoli strain R744 plasmid pRphaR744a, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

catttctttgaatacgattgcgaagaagtg	CRISPR spacer
tccttctttgaatacgattgtgaagacgtt	Protospacer
. .*****************.***** ** 

16. spacer 2.20|3442680|30|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to NZ_LR135205 (Enterococcus faecium isolate E7171 plasmid 3) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

catttctttgaatacgattgcgaagaagtg	CRISPR spacer
taattctttgaatccaattgcgaagaattc	Protospacer
.* ********** *.*********** * 

17. spacer 2.23|3442908|29|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to MK448912 (Streptococcus phage Javan340, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.793

tttcggagtatcttcaaagattttagcaa	CRISPR spacer
ctctggagtaactccaaagattttagcag	Protospacer
.*..****** **.**************.

18. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP046807 (Vibrio alginolyticus strain 2439-01 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

ctttgccattcataaaatccttcaggtgtg	CRISPR spacer
cattgccattcataaactctttcagcagga	Protospacer
* ************** **.*****  * .

19. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013238 (Clostridium butyricum strain CDC_51208 plasmid pNPD4_2, complete sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

ataaagaaatgatgaaaaattggagacctc	CRISPR spacer
ctgaagatatgatgaaaaattggatagata	Protospacer
 *.**** **************** *  * 

20. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to LC494302 (Escherichia phage SP27 DNA, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg	CRISPR spacer
cagcagaacttaaaaacaaactattttca	Protospacer
*  ***** *********** ***** ..

21. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MK817115 (Escherichia phage vB_EcoM_phAPEC6, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg	CRISPR spacer
cagcagaacttaaaaacaaactattttca	Protospacer
*  ***** *********** ***** ..

22. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NC_027364 (Escherichia phage PBECO 4, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg	CRISPR spacer
cagcagaacttaaaaacaaactattttca	Protospacer
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23. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MH383160 (Escherichia phage UB, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

cttcagaagttaaaaacaaagtatttgtg	CRISPR spacer
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*  ***** *********** ***** ..

24. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MK327931 (Escherichia phage vB_EcoM_G17, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

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25. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to LT603033 (Escherichia phage vB_Eco_slurp01 genome assembly, chromosome: I) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

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*  ***** *********** ***** ..

26. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MH617043 (Microviridae sp. isolate ctcc151, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

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27. spacer 2.15|3442302|29|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to KM507819 (Escherichia phage 121Q, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.759

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28. spacer 2.25|3443059|30|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to KX712143 (Sulfolobus islandicus rudivirus 3 isolate SIRV3, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

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29. spacer 2.25|3443059|30|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to AJ344259 (Sulfolobus virus SIRV-2 genomic DNA) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

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30. spacer 2.25|3443059|30|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to NZ_CP038614 (Arsenophonus nasoniae strain FIN plasmid pArsFIN2, complete sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

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  .*********.*********** . ***

31. spacer 2.25|3443059|30|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to NZ_CP033045 (Bacillus foraminis strain Bac44 plasmid unnamed, complete sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

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*   .*** ************* ***** *

32. spacer 2.6|3441566|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MF417901 (Uncultured Caudovirales phage clone 9S_1, partial genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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************* *******. *. *   

33. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NC_010844 (Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 (Paris)' plasmid p74, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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   .***************** **** *  

34. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NC_010846 (Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 (Ames)' plasmid p74, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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   .***************** **** *  

35. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP022447 (Bacillus cereus C1L plasmid pC1L69, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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  **************.*****.** *.  

36. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to AP013360 (Uncultured Mediterranean phage uvMED DNA, complete genome, group G1, isolate: uvMED-CGR-U-MedDCM-OCT-S40-C16) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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*.***********.*****.*****     

37. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to MH617623 (Microviridae sp. isolate ctca762, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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 *. . *** ********* *********.

38. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP028104 (Fusobacterium varium ATCC 27725 plasmid pFvar_27725, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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. .******************. ***   .

39. spacer 2.14|3442226|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NC_018502 (Bacillus thuringiensis HD-771 plasmid p05, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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...****** *********** ****.  .

40. spacer 2.19|3442604|30|NC_018010|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP040345 (Bacillus albus strain DLOU-Yingkou plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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.    *************** *****   *

41. spacer 2.21|3442756|30|NC_018010|CRISPRCasFinder,PILER-CR matches to NZ_CP015739 (Shinella sp. HZN7 plasmid pShin-03, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.667

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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	162519 : 187468	24	Tupanvirus(16.67%)	transposase,tRNA,integrase	attL 177519:177578|attR 189400:190441
DBSCAN-SWA_2	326286 : 370608	43	Synechococcus_phage(13.33%)	protease,transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_3	558638 : 635594	57	Brevibacillus_phage(10.0%)	transposase,integrase,tRNA	attL 554498:554513|attR 581411:581426
DBSCAN-SWA_4	988016 : 1092737	91	Leptospira_phage(23.08%)	protease,transposase,tRNA,integrase	attL 1045883:1045900|attR 1101391:1101408
DBSCAN-SWA_5	1113718 : 1155744	41	Leptospira_phage(33.33%)	transposase,holin	NA
DBSCAN-SWA_6	1655603 : 1711379	44	Acidithiobacillus_phage(57.14%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	2018026 : 2094670	55	Moumouvirus(11.11%)	protease,transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_8	2173540 : 2194505	20	Shigella_phage(25.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	2277083 : 2408016	108	Shigella_phage(12.5%)	transposase,integrase,tRNA,bacteriocin,protease	attL 2277013:2277031|attR 2350347:2350365
DBSCAN-SWA_10	2543310 : 2549613	8	Synechococcus_phage(50.0%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_11	2671615 : 2738330	57	Staphylococcus_phage(15.38%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_12	2931494 : 2989612	59	Leptospira_phage(15.38%)	transposase,tRNA,integrase	attL 2950634:2950650|attR 2976284:2976300
DBSCAN-SWA_13	3143686 : 3196670	38	Emiliania_huxleyi_virus(25.0%)	transposase,protease,integrase	attL 3178489:3178548|attR 3201825:3202291

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_018010|162519:187468|DBSCAN-SWA
TTTAATAGGCCCTTGCAAATAGCACTCTTCCTTTGGAAGGGTTGCCAGTAAGGATACATTTTCCTGATTCTTCTTTTTGATCTAAAGGAATACATCTGATTGTCGCCTTGGTCAACTCTTTGATTTTTTCTTCAGTCTCAGAAGTCCCATCCCAATGCGCTGAGAGGAATCCTCCTTTTGTTTCAATTAAATCAAGGAATTCATCCCAAGTATTTACCTCTGTAGTCATTTCTGCTCTGAAGTCAAATGCTTTCTGATAAATTGTCTTTTGGATTAATTCGAGCATTTCAGAAACATAATCTTCAATCTGAATTAGAGCTAAATCTACAGTCTCTTTGGTCAAGGTATCTCTTCGCGCTACTTCTATCGTATTGTTTTCTAAATCTCGCGGCCCCATAGCTATCCTTAAAGGCACTCCCTTCAGTTCATATTCAGCAAATTTCCATCCTGGCTTATGCGTGTCTCTTTTATCGAAATGAACGGAAATTCCTTTTGATTTAAGTTTAGCGATTATTTCTTTAGCTTTTTCTGCTATTTGATCAAACTCTTCGTCAGTCTTATAAATAGGTATGATTACAACCTGTATTGGAGCAAGCTTTGGAGGCAAAACCAAACCATTATCATCAGAATGTGCCATGATTAAAGCACCCATCAGACGCGTACTTACTCCCCATGATGTTCCCCATACATGTTCCAAACCTCCTTCTTTAGTAGCAAACTTCACATCAAAAGCTTTTGCGAAATTTTGTCCTAAGAAATGCGATGTTCCAGCTTGGAGCGCTTTCCCATCTTGCATCATTGCTTCAATACAATAGGTATCCTCAGCACCGGCAAATCTTTCGTTGGCACTTTTCACTCCCTTTACTACTGGAACGGCCATAAAAGTTTCAGCAAATTCTGCATAAACATTTAGCATTTGGACTGTTTCATCTATGGCTTCTTGTCTCGTAGCATGAGCCGTATGACCTTCTTGCCAAAGAAACTCAGTTGTTCTTAAAAACAGTCTGGTTCTCATTTCCCATCTTACTACATTTGCCCATTGATTGACTAAAAGAGGCAGATCTCTATAAGATTGAATCCAGTTTTTATAGGTACTCCATATCACTGTTTCTGATGTAGGTCTGACGATTAACTCTTCCTCCAGCTTCGCCTCTGGATCTACGATTACGCTTTTTCCATCTTCCGAATTCTTGAGTCTATAATGTGTAACCACAGCACACTCTTTTGCAAACCCTTCAACGTGGCTCGCTTCTTTAGAAAGGAATGATTTGGGGATAAATAATGGGAAGTATGCGTTTGAATGTCCTGTTTCCTTAAACATCAAATCAAGCTGAGCTTGCATTTTTTCCCAAATGGAATATCCATAAGGTTTGATGACCATGCATCCTCTAACAGCTGAATTTTCTGCTAGGTCAGCTCTTTTAACTAGTTCGTTGTACCACAAGGAATAATCTTCACTACGTTTAGGCAATCCTTTGCTCATGATTTATTTGTTGATATCAAAATTCTATTTATATTCGTTGTCATCTCTTGATGGGCAAATATAAACCAAAATATTATAACCCTCTTAGAGATCACACGTATATAAGTACGGGAGATAGTAAACAACAAAAAAATGAAACGATTAAACGCATTCTTAACAATTGGTGCAAGTAGTCTTCTGATACTTTCGTCATGTAGCACTAGCTATAATGCCATGCGAGGAGAGACTGATGATTTGTACTTCATGGCTTCTGACGCAAGAATAGCGACAGAATATGCTGTGAATAACAACAATCCTAGCAACTTTCAAACGCTTAATCAGACTACTCAGGATGAATTTCAGCAAGAAAATTTTTCTGCACGAAATGTGAATCCTGAATATATAGCAAGATATCAAGCAGAATCAAATGTAGGAGATACAGGCACTGTATATTTTGATGATAACGAGGTTGCTACTGACAATCCAAATATTAATGTTTACAATAACTATTACAGCAATGCTGGAAATAATTTTAATACAGGATTTGGAAATCCTTTCTTCAATCCAATGATGATGGGAGGCTTTTCTCCTTGGGGCATGGGTGGATTTTCGCCATGGGGAATGGGTATGTATGACCCTTTCTGGGGCGGAGGTTTCGGAATGATGCCAGGAATGGGATTCGGATTTAGACCTGGATTTAACTTATCGATCGGAATGGGATTCGGATTTGGAAACCGTTGGATGCGTCCAGGATTTGGATGGGGAGGTGGATTTTATGATCCCTTCTTTGATCCTTTCTTCCCAAGATATGGACTCGGTTTTGGAGGGTTCTATTCAGGTTTAGGCTATGGAGGTTTTGGAAGACCAATATATATCTTACCTGGTGGGTCTGAGTTCAACAACAGACAAATAGTAAGAGGTGCTAGACCAACAAGAGGTTCCTCCTTAGGAGCTGCAGGTTCTAGATCAAGTACAATTGCTGCTCCATCCAACTCAAGAGCATCAGCTAGAAGAGATGCTACATCTTCAGGAAGAACATTGACTTCTACGCCTTCTAGTAGAAATGCTAGAACAGATTTTGGTGCTTCGCAAAACGACTATTACAATAGTGCAAATAGTAGAACTGCCACAAGTACAAGATCAGCTCTCCCTTCATCAAGAAACATAGGTTCTCCAGCAATGGACAGAGGGTCTAGTAGGGTTGGGAGTAGAAGCGCAGCACCTTCTTACAGAAGTGTAGCTCCAAATACAAGGAATTCAAGACCAACTTACAGTACCACGCCTTCTGGTAGAACTTCATCTCCAAGTTATAATAGAAGCGCTAGTCCATCATATAATAGTAGAACAGCTCCTTCTAGAGGTTCATATTCTGCTCCAAGCAGAACTTCGACTCCAACAAGAAGCACTTATTCTCCACCTAGTAGAAGCTCTGGCGGAAGTATTGGTGGTGGTAGTGTTGGCGGTGGTAGCCGAAGCAGTGGATCAAGTTCAGGAGGTTCAAGAGGAGGTAGAGGAGGTTGATTTATTTCTCTCTATTACAAATAAAAATACCTAGGCCAAAAATGGTCTAGGTATTTTTATTTGTGGTTAATTTTAAATTTTTGCCAAACCTTATTATCTTTTTTTCTATTCTTACGTTAATAAAAACAATGTATAAGTATCATATTTGCAGGATACTTTAATGATCAACCAAAAATGAATCTATGACTTTGATAAAAAAATTGTTGTTATGTGGGATGATCACCTCGGGACTATGTTTAAATAATACTTTTGGTCAGACAAGTTTTGTTGAGGATGCTCAGCTTTTCAGTCAGTTCAGATCAACAGGTTCAGCGAGAATCAATGCCATTGGAGGCGCTCAAATGTCCTTAGGAGGAGATATATCAAACATTCATTCCAATGCCGCTGGCCTTGGCTTTTTTAGAAGATCTGAGTTTTCAATTACACCATCATTTGGAGCAAACCAAGCTCAATCTACATACTTAGGACAAAGACAGGACGATAGAACGCCCAATTTTTCTCTCCCTAACTTAAGTTTAGTCATCAGTAGACCAAAAGGTGAATTGCAACCTGGATCATTTCGAGGAGGCTCTTTTGGAATCAGCTTTAATAGAATAGCAGACTTCAACAATCAATTTGGTTATTTCTCGGAAGTTCAAAATGAAAATTCTTTATTAGATTTCTATATCAACCAATATACTGCTTTTGGAGAACCTCCTTTAAGAGCGACTGATGGGTTGGTGCTAGATATTGAGCTTGTTCAAGGGAATCAAGCCTCTGGATATATCAGAGATCCTGAATACACAATTGGAGAACCATTTTCTGATGAAACAATCATAACAGAAGGAGGAATTACACAAACTTCTTTTTCCTACGGGGCAAACTTTGAAAATAAACTTTTTATAGGCGCTGGGTTAGGAATTCAATCTGTGAATTTTTTCCAAAATAGAATTTATGGAGAAGAGTTCTTTTATGATAATGGGGTCACCTCTTCAATTTATTCCATTGAAGATAATACTAGAATAAATGGATTTGGAGCAAGCTTAAATATAGGAGTTATTTACAAACCAATTGAAACTGTAAATTTTGGATTGAATTTCCAAAGTCCCACTTGGTATAGGCTGAATAAAGAAGTAGATGCAAATATTGTGGGTGAATTCTTCAATCAACAAGGTGTAATACAATTTGGTGGAGCTGTAAGTGAAAATAGCGACTTTTTCACAAGTACTTCAAATCTGAGTACTCCTTTGATTCTAAGTGCTGGAGGAACCTTTTTTGTGGGTAAAAATGGATTTATAACTGCTGACGTTGATTATGTAGATTATAGTCAAAACAGAATTAACTCCAGAGATTTTGACACTTCTTTTGATAATAATGATATCAATTCACTTTTAGGAAGTACGCTCAATTACCGTGTAGGTGGCGAATATAGATTTGATATCTGGAGGTTGAGAGCTGGCTATGCCTATTATGGCGACCCAACGACAGACGAGTCCTTTGATAGAAGCACACAACGAATTTCTGGTGGCATTGGAGTAAAATTGAGGAATATATATGTTGACTTTGCTTTAATCAATTCCATCTCAGATAGACTTTATAATTCTTATTCTATCTTTAATAGCGCAAACCAAAATATTGGTCCATTTACAGAAGTACGTAACACGATGACTCAGGGGATGTTGACAGTTGGATTTAATTTTTAAAAAAACTCATCAATTCAGAAATCAAAAGCTCAGTGGAAGGATCTTCTCCACTGAGCTTTATTTTTGCCTGATCATAATACGAGCCTCTTATGGCCATCATATCTTTCAGTTTGAGGGTAATCTCTCCCGTATTCATACCAAAAAATAAAGGCCTTTGACTCGCAGAATCTTTTGTCAATCTTTTTTGCAATTCTTCCAAAGGCACATCCAAAAAAACAGAAATACCTTTTTCATTTATCAAATCCATGTTATCATTGAAGCAGGGTGTTCCTCCTCCTGTGGAGAGAACAAAACCCTCCACATTATCCAAAGCTTGATTGAGATAGTAAGTCTCC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MKNQVNWDVSQNYFFMNWIFILPIIYLTQILMLIGEIPFKFIGYIVFSEFIVFTPALTFATERKLI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_014770843.1|164133_165501_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770844.1|165683_167183_+	outer membrane protein transport protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770845.1|167172_167703_-	shikimate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_014770846.1|167706_168801_-	DoxX family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770847.1|168793_169339_-	DUF1599 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770848.1|169354_170239_+	dihydropteroate synthase	A0A0B5J4J5	Pandoravirus	1.1e-16	27.3
WP_014770849.1|170235_171111_+	TIGR00159 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770850.1|171375_172572_-	glycine C-acetyltransferase	V5LQ39	Emiliania_huxleyi_virus	4.3e-24	27.7
WP_014770851.1|172722_173676_+	NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770852.1|174269_175508_-|transposase	IS256 family transposase	A0A218MNI5	uncultured_virus	5.2e-41	43.8
WP_014770853.1|175551_175974_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_083833680.1|175960_177184_-	DUF4221 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_169315097.1|177295_177472_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
177519:177578	attL	NA	NA	NA	NA
WP_014770856.1|177524_178445_-|transposase	IS1595-like element ISBeba1 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014770857.1|178613_179534_-|transposase	IS1595 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014770858.1|179731_180418_+	protein kinase	A0A1Q1PNS5	Noumeavirus	1.1e-13	33.9
WP_014770859.1|181013_181616_-	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_083833681.1|181872_182343_-|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	Q716C2	Shigella_phage	1.9e-12	31.7
WP_014770860.1|182706_183000_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014770861.1|183207_183597_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466038.1|184407_184608_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770863.1|184958_185993_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770864.1|186004_187468_-|transposase	IS66 family transposase	NA	NA	NA	NA
189400:190441	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_018010|326286:370608|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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MKLRNLFLIGLSILAFSSCSVEKDYLIKIETRHGDMYALLFDETPKHKSNFIELAENGRFDSTQFHRVIENFMVQGGDVFGKENLPRDEWYTIPEEINPELIHGKGMIAAARMGNNVNPERASSGSQFYIVQGKVYDKLELVTDMRLLGQKFNQYISLESNKELRENYYQLYQAQELDSMNKVMLSTKTLLEDFYNINLDKKMTPQQIETYTTDGGTPHLDNEYTVFGKIIKGLDVMETIAKEKTGLQDKPLEPVYIKVSVSHINKKKITKEFGYTYE
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MRNLLFLSILALMISSCTVVRQGEVGVKRKFGKLNSNISDAGLISYNPFTTTVIKVPVRTVNQEVKLNLPSKEGLTIESEISILYSIEKDKVPFILEDVGTNYERVLIMNVFRSAAADVTAQYMAKDMHSGMRGQIENQIKDRMHESLLERGFVIEKVLMKSIQLPVELSRAIERKLQAEQEAQQMQYVLDRERQEAERRRIEAEGTRNAQMILAEGLVREIIELRSIEAFRELANSPNTKIIITDGKTPYLINSQKD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_014770992.1|326714_327623_+	30S ribosomal protein S6--L-glutamate ligase	A0A1D7SA11	Synechococcus_phage	5.4e-43	37.2
WP_041779180.1|327619_328558_+	hydroxymethylbilane synthase	NA	NA	NA	NA
WP_014770994.1|328554_329391_+	peptidylprolyl isomerase	A0A076FI46	Aureococcus_anophage	1.8e-08	38.8
WP_014770995.1|329383_330313_+	SDR family oxidoreductase	A0A291LA50	Escherichia_phage	1.2e-21	29.6
WP_014770996.1|330352_331753_+	sodium-dependent transporter	NA	NA	NA	NA
WP_041779181.1|331888_332260_+	response regulator	Q8QKV7	Ectocarpus_siliculosus_virus	5.6e-07	29.2
WP_014770998.1|332355_332940_+	PorT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770999.1|332996_334136_-	galactokinase	NA	NA	NA	NA
WP_014771000.1|334147_335221_-	galactose mutarotase	NA	NA	NA	NA
WP_014771001.1|335334_336360_-	LacI family DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014771002.1|336379_337360_-	M28 family peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_041779182.1|337349_338846_-|tRNA	cysteine--tRNA ligase	M1PG92	Moumouvirus	8.0e-44	28.5
WP_014771004.1|338961_339294_-	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_014771005.1|339283_339484_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771006.1|339700_341227_-	bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase	Q58MG4	Prochlorococcus_phage	3.1e-59	42.2
WP_014771007.1|341337_341895_-	phosphoribosylglycinamide formyltransferase	M4QRX9	Synechococcus_phage	8.7e-20	35.7
WP_014771008.1|342028_342805_+	prohibitin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771010.1|343205_344063_-	geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_014771011.1|344529_346665_-	DNA helicase RecQ	A0A1V0SBK0	Catovirus	8.6e-92	37.5
WP_014771012.1|346914_347118_+	CsbD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771013.1|347271_348435_+	homogentisate 1,2-dioxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_014771014.1|348690_348921_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771015.1|349121_351059_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466043.1|351312_351462_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771017.1|351704_352796_-	ADP-ribosylglycohydrolase family protein	A0A1I9SA26	Rhodococcus_phage	3.2e-18	31.4
WP_014771018.1|352847_353759_-	metallophosphoesterase	V9QL63	Rhizobium_phage	8.1e-07	30.5
WP_014771019.1|353856_354426_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771020.1|354462_355095_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771021.1|355187_356087_+	WYL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771022.1|356204_356504_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771023.1|356582_359606_-	type I restriction endonuclease subunit R	A0A220A398	Liberibacter_phage	4.1e-15	21.9
WP_014771024.1|359615_359852_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771025.1|359844_361320_-	putative transcriptional regulator with HTH domain	NA	NA	NA	NA
WP_014771026.1|361316_362639_-	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_014771027.1|362625_363624_-	DUF1016 domain-containing protein	Q9JMP5	Wolbachia_phage	2.5e-49	35.2
WP_014771028.1|363623_365432_-	SAM-dependent DNA methyltransferase	A0A220A2U5	Liberibacter_phage	3.2e-15	23.8
WP_014771029.1|365521_365953_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771030.1|366022_367486_-|transposase	IS66 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014771031.1|368033_368870_-|transposase	IS3 family transposase	Q716C2	Shigella_phage	2.4e-21	30.1
WP_014770860.1|368866_369160_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014771032.1|369265_369664_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014771033.1|369660_370608_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B3AZE5	Gordonia_phage	5.6e-11	32.0

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_018010|558638:635594|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
554498:554513	attL	NA	NA	NA	NA
WP_041779196.1|558638_559523_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A0K2CP59	Brevibacillus_phage	9.5e-29	28.8
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WP_014771208.1|560069_561617_-|transposase	IS1182 family transposase	Q9MBP7	Staphylococcus_prophage	6.7e-70	33.8
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WP_014771211.1|563477_564188_-	ATP-binding protein	K4HZD4	Acidithiobacillus_phage	4.3e-48	41.9
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WP_014771216.1|569603_570800_-	chromate efflux transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_014771221.1|575093_576389_-	pseudouridine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_041779198.1|576484_577291_-	N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase	NA	NA	NA	NA
WP_014771223.1|577271_578126_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771224.1|578130_578358_-	cytochrome b5	NA	NA	NA	NA
WP_014771225.1|578359_579511_-	formimidoylglutamase	NA	NA	NA	NA
WP_014771226.1|579598_580903_-	NADH:ubiquinone reductase (Na(+)-transporting) subunit F	NA	NA	NA	NA
WP_014771227.1|581044_581887_-	acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta	NA	NA	NA	NA
581411:581426	attR	NA	NA	NA	NA
WP_014771228.1|582153_583779_+	carbon starvation protein A	NA	NA	NA	NA
WP_014771229.1|583798_584911_-	transporter	NA	NA	NA	NA
WP_014771230.1|585244_585784_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771231.1|586085_589064_-	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	1.9e-20	25.0
WP_014771232.1|589131_590379_-	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_014771233.1|590384_590855_-	ribosome assembly cofactor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_014771234.1|591275_592304_+	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771235.1|592310_593150_+	rod shape-determining protein MreC	NA	NA	NA	NA
WP_014771236.1|593136_593658_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771237.1|593657_595457_+	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_014771238.1|595458_596733_+	rod shape-determining protein RodA	NA	NA	NA	NA
WP_014771239.1|596952_599682_-	peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_014771240.1|599925_601035_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771241.1|601071_601398_+	(2Fe-2S)-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771242.1|601580_602165_+	thymidine kinase	G3MBK1	Bacillus_virus	2.3e-31	42.5
WP_014771243.1|602177_604430_+	T9SS type A sorting domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771244.1|604429_605119_+	DNA repair protein RecO	NA	NA	NA	NA
WP_014771245.1|605312_607106_+	transcription termination factor Rho	NA	NA	NA	NA
WP_014771246.1|607357_608791_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771247.1|608787_610248_+	DUF11 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771248.1|610366_611572_-|transposase	IS256 family transposase	A0A0K2CZ57	Paenibacillus_phage	2.8e-31	25.3
WP_014771249.1|611835_613158_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771250.1|613707_614454_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014770964.1|616049_616442_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771252.1|616444_617458_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.2e-22	34.5
WP_014771253.1|618141_618501_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014771254.1|618502_618901_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014771255.1|618984_619635_+	DUF4433 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771256.1|619634_620690_+	macro domain-containing protein	A0A0B4N0V6	Escherichia_phage	1.2e-17	39.3
WP_014771257.1|621047_621923_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771258.1|622127_622328_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771260.1|622944_623460_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771261.1|623521_623809_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014771264.1|625822_630565_-	caspase family protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NC_018010|988016:1092737|DBSCAN-SWA
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MSYSLNSLYEVVGVSKQAVHQAKKRQEAFDLEVSELVILADKLKEEHPGCGVEKMYYTLRPSFMGRDQFCEIFMELGYGVKRVSNYHRTTYSGAYIYPNLIEGMGIKRPFQVIQSDITYFHLNGEHYYLVFIIDVYTRLVVGYAVNENLRTEGNIAAMKMALKIMNYQSWGLIHHSDRGSQYSSKEYTCLLKENHIHISMGTVAWENPYAERINGIIKNEYLKRWQIKDLKDLKKKVGKAVEHYNTKRLHRAFKMKFTPMGFYQKLVHLSAQERPTVIVYTEGKKNFEGASSPYEVCPREEPLAHDCPMEILNEC
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MQNNLIYLDNNSTTPLDPRVLESMMPYLTTTFGNASSNHIAGVMANRAVNSAREKVANLINSDPHEIIFTSGATEAINLAIKGIVEQNQDKGNHIVTVSTEHPAVLDTSKYLESKDVEITYLPVDKFGLVDLAEVEKAIRKDTILVSVMLVNNETGVIQPIKEIAELAHQKGAFFMTDATQAVGKMKVSVNEMGIDIMAFSGHKFYGPKGVGGLYLRSRRPYKVKLESLIHGGGHERGVRSGTLNVPGIVGLGVAAEISMKEMEADQERIGDLRDQLEKTFLGMPDTFLNGHPKKRLYNVSNICFKGADADAIIAGLENIAVSNGSACSSIKVEPSHVLTAMGLSESEAYSSLRLSLGRFTNYSNIDISKTKIIKEIHTIKNFSSFLE
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MKKSKFTEAQILKVLKTQEEGKKVSEICREFGISEPTFYNWKSRYGGMTLSELQRVKELEAENARLKRLVADLSLDNQVLKEINSKKW

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_014771599.1|992487_993588_-	hypothetical protein	Q7Y4B3	Escherichia_virus	7.4e-47	34.8
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WP_041779237.1|1019907_1020096_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771621.1|1020163_1020385_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014771635.1|1035146_1036370_-	gliding motility lipoprotein GldJ	A0A075BSL8	Microcystis_phage	6.6e-12	26.5
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WP_014771637.1|1040050_1040659_+	cytochrome c oxidase subunit 3	NA	NA	NA	NA
WP_014771638.1|1040842_1041820_+|protease	FtsH protease activity modulator HflK	NA	NA	NA	NA
WP_014771639.1|1041816_1042755_+|protease	protease modulator HflC	NA	NA	NA	NA
WP_014771640.1|1042883_1043321_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771641.1|1043322_1043793_-	transcriptional repressor	NA	NA	NA	NA
WP_014771642.1|1044001_1045258_+|protease	aspartyl protease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771643.1|1045438_1048714_+	PAS domain S-box protein	NA	NA	NA	NA
1045883:1045900	attL	NA	NA	NA	NA
WP_014771644.1|1048831_1049422_+	LemA family protein	A0A1X9IGG1	Lactococcus_phage	4.0e-15	32.8
WP_014771645.1|1049432_1049867_+	TPM domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771646.1|1049873_1050674_+	TPM domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771647.1|1050772_1051405_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466148.1|1051536_1052028_+	CIA30 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466149.1|1052226_1052892_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771650.1|1053518_1054214_-	ComF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771651.1|1054296_1054653_+	carboxymuconolactone decarboxylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771652.1|1054645_1055008_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771653.1|1055020_1055779_+	exodeoxyribonuclease III	A0A0N9QXX6	Chrysochromulina_ericina_virus	2.2e-34	37.5
WP_014771654.1|1055823_1056225_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771655.1|1056226_1056652_+	rRNA maturation RNase YbeY	NA	NA	NA	NA
WP_014771656.1|1056727_1058593_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_014771657.1|1058594_1059491_+	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_157466150.1|1059562_1061212_+	Ig-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771659.1|1061720_1063475_+	long-chain fatty acid--CoA ligase	A0A1V0SBX8	Catovirus	6.9e-55	27.9
WP_041779525.1|1063769_1064246_+	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014771661.1|1064260_1066666_+	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/enoyl-CoA hydratase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771662.1|1066769_1067141_+	four helix bundle protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771663.1|1067237_1068413_+	acetyl-CoA C-acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_041779241.1|1068641_1070441_+	acyl-CoA dehydrogenase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_041779526.1|1070919_1072017_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	S5W9T9	Leptospira_phage	1.2e-28	33.3
WP_041779527.1|1072254_1073382_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771667.1|1073610_1074942_+	putative DNA binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771669.1|1075266_1077660_+	DEAD/DEAH box helicase family protein	I6NQU5	Burkholderia_phage	2.2e-11	23.9
WP_014771670.1|1077659_1079096_+	N-6 DNA methylase	J7I0U9	Acinetobacter_phage	2.8e-30	32.4
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

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>NC_018010|1113718:1155744|1148278_1148944_-|WP_014771732.1|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_014771524.1|1154907_1155744_+|transposase	IS3 family transposase	Q716C2	Shigella_phage	2.4e-21	30.1

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NC_018010|1655603:1711379|DBSCAN-SWA
ACTACTCAGGTTGTAAATTAGCTATATGATTTAGATTTTCTAAGATATTTCCCGAACGTTTGATCAGGGTATCCACGACGGATCTTATAACACAGAAGTTTTCAGCTCCATTGTTGGATTTGAACTGTCCTGATATTTTTTGTTTCACCTTGATGTTGCGTATGGCTCTTTCAGAGGCATTGTTATCCGGTGGTACTTTTTGGTGATAGAGAAAAGTAAAAAGTGACTTTCTGTATTTCAGGAGTCTTTTTTGTAGGGATACTGCTTCTTTATGTTTTGACTCTACAGGTTGGGCGAGTAGGTTATCCATCTTCTCTTCAATGGAAGCAATACTCCTGCTATTCTCTGGATCTGGTAGTTTTTTGAGTTTTCTCTTCAGTGAGATAGCTTCCCTGAACAGGGCCCTAAGGCTGTCAGCCCATTTAGATTTATAGCGTTCAACAATGTAGTTGAGCTCCCTAAGCAGATGTGCACAACAGAGCTGGTGCAGGTTTTCCGAATAGTTGAAGTATGCCCTCCATGCATCGTGGCACAATACTGCCTTTCCGAACCCATCGGGAAAATGTGTATTCATCGCCTTAAGTCCACGTGATTCAGATATAGCTAACAGGGTGAGTTCCTCGGTCTGATAAGTCCAGACCCACTGTTTGTTTCCATCCACTTTAGCCCCAGTCTCGTCAGCTCCTATCACAGGACTTTTAGAGACTGCCGTCTTTATCTTTGCATATATTGGTGCAGACTTGCGGGCAAACCTACCGATAATGTTATCGATACTCCCCTCGCTGAGATTAATACCGAAGCAGTCCCTGAGAAGTTCTTTCATCCTTCTATAGGGAACATACTGTCTGGCATGCAGATAACCGACAATGGTTTCAACACCGCTCCCGTACTGTATGGGGGCATTGATATTGTCAGGGAATGACCCACTGATCTTTTCTCCACAGGAACAGTTTTTGGAAAAGATTCTATGCTCGGTACATACCACTTTAATCACAGGAAGATCCAGGACCTGTCTTTTGGAGGACAGTTCTGCTGGAACCGCCGACAGATCACCACCACAGCAGGTACAGAATAAAGGGATGTGGTTTTCTATTATGTCCGGGGAGGATGTCATTTCAAGGGTATGGCCTTTGTGTCCAGGCTGACCGCCGGTTTTGCGCCCTGTATCCTGACGGAGACTCTGATTTTTTTTGGGGCGGTTCTCGTCTTTTGAAGGGGGAACCGAGCTGTTGCGGCTGTTTTTTGGATTACGGTAACGGGCAAGCTCATTTTCCAAATCGGATACCCTAGATTTTAAAGACTTGACCTGCTCCATAAGCTGGAGGTTCATCTTGATCAGTTCCTGAATAAGCGTATCCCTGTGGTCCAATATACTATAGAAATGTTTCCTGAATATCAGCACATAATCCCATGAATACCAATAATCCACGCTGTTTTTCCCCACAAAAAAATGTGGATAAACCAACTTTAAAGCTGATTTTCGTACATTCACATACAAATACGCATCAATACACCACAGAGGGCAACAAGACTCCAAATACTTGAATATCGGTCAGTAAATAATGTACCTGAGTAGTTACAAACACTCTATTTTATTAGCCCTTTTCTTGGTTTTTTCCCTGTCTTCTTGTGATGTGGAGGATGTATTTAAGGTATTTAAATGGAGTGTAGATAGTTTCATTGGAGAAGGCTTTTTGCCTTCTGAGGAAATAATTGCTTTAGGAGCTTTTCAACGAACTGAAGTGAATGTTCAGCAGAAAACAGAAAATGGTGAATCAGCCGGAACCATTGAATTGAAGCTTTATAATGGAAATTCTGAAGCACTGAGACTCAATGAAGAAGGAACAGCGAGAAAATGTGCTGAACTTTATGCAGAAGGCTTTTCAAAAATAGAAGATTATCAAAAAATCATGATCTATTTTATTCAAACAGACCCCAATAATCCTGATAATATAGCGATTACCGAATATGCATTTGAAGTCAAAGATTTCCTTTAATTAAAAGTTATGTAACTACTCAGGTTGTAAATTAGCTATATGATTTAGATTTTCTAAGATATTTCCCGAACGTTTGATCAGGGTATCCACGACGGATCTTATAACACTGAAGTTTTCAGCTCCATTGTTGGATTTGAACTGTCCTGATATTTTTTGTTTCACCTTGATGTTGCGTATGGCTCTTTCAGAGGCATTGTTATCCGGTGGTACTTTTTGGTGATAGAGAAAAGTAAAAAGTGACTTTCTGTATTTCAGGAGTCTTTTTTGTAGGGATACTGCTTCTTTATGTTTTGACTCTACAGGTTGGGCGAGTAGGTTATCCATCTTCTCTTCAATGGAAGCAATACTCCTGCTATTCTCTGGATCTGGTAGTTTTTTGAGTTTTCTCTTCAGTGAGATAGCTTCCCTGAACAGGGCCCTAAGGCTGTCAGCCCATTTAGATTTATAGCGTTCAACAATGTAGTTGAGCTCCCTAAGCAGATGTGCACAACAGAGCTGGTGCAGGTTTTCCGAATAGTTGAAGTATGCCCTCCATGCATCGTGGCACAATACTGCCTTTCCGAACCCATCGGGAAAATGTGTATTCATCGCCTTAAGTCCACGTGATTCAGATATAGCTAACAGGGTGAGTTCCTCGGTCTGATAAGTCCAGACCCACTGTTTGTTTCCATCCACTTTAGCCCCAGTCTCGTCAGCTCCTATCACAGGACTTTTAGAGACTGCCGTCTTTATCTTTGCATATATTGGTGCAGACTTGCGGGCAAACCTACCGATAATGTTATCGATACTCCCCTCGCTGAGATTAATACCGAAGCAGTCCCTGAGAAGTTCTTTCATCCTTCTATAGGGAACATACTGTCTGGCATGCAGATAACCGACAATGGTTTCAACACCGCTCCCGTACTGTATGGGGGCATTGATATTGTCAGGGAATGACCCACTGATCTTTCTCCACAGGAACAGTTTTTGGAAAAGATTCTATGCTCGGTACATACCACTTTAATCACAGGAAGATCCAGGACCTGTCTTTTGGAGGACAGTTCTGCTGGAACCGCCGACAGATCACCACCACAGCAGGTACAGAATAAAGGGATGTGGTTTTCTATTATGTCCGGGGAGGATGTCATTTCAAGGGTATGGCCTTTGTGTCCAGGCTGACCGCCGGTTTTGCGCCCTGTATCCTGACGGAGACTCTGATTTTTTTTGGGGCGGTTCTCGTCTTTTGAAGGGGGAACCGAGCTGTTGCGGCTGTTTTTGGGATTACGGTAACGGGCAAGCTCATTTTCCAAATCGGATACCCTAGATTTTAAAGACTTGACCTGCTCCATAAGCTGGAGGTTCATCTTGATCAGTTCCTGAATAAGCGTATCCCTGTGGTCCAATATACTATAGAAATGTTTCCTGAATATCAGCACATAATCCCATGAATACCAATAATCCACGCTGTTTTTCCCCACAAAAAAATGTGGATAAACCAACTTTAAAGCTGATTTTCGTACATTCACATACAAATACGCATCAATACACCACAGAGGGCAACAAGACTCCAAATACTTGAATATCGGTCAGTAAATAATGTACCTGAGTAGTTACGAAAATTTAAATTTGAAAAGTCAAATTTTAGAAACAAAACGTAATAATTAATATATAAGATTTTTTTGTGACTTTTCTGATAAACTAATTAACTCTGATCCACTTTAGAATCTTATAAAAAAAATCAAACTAACTATTGCGTATAATAATAATAATAATAATATTGCAAAAGCTCTTAGGCGAGAGTTGACTTTGGCCAAAGTTTTTTATTTATTTTACTTTAGTGAATTATGAAAAAGTACACATTATTAATGGCGATTCTTGGAGTTTTTGCATTTTATTCGAACCCTGTGGTAGGTCAAGAAGAAGTGCCGGATGATGAATATGAGTGGTGTCAATTTATTGATAGACCAGATAGACCTGAAATAGATGGTTGTAAAGTTGCTTATTTCGATCATATTTGTCCTTGCGAATAATTTCTTTAGCCCACTTCAATCATTTTTGAAGTGGGCTTTATTAATTAAAAAACAAAAATATGTATTTAAAAAAAAAATTGATACCGGTAATTTTCATTTTCATTTTCTCATGTAATGATCAAGATTATGGAAAATTTATTTTAAAGGAATTGGATGAGATTGTTGTCCCTGTTAATGATTTCGCATTATCCAATCCAGGAATGATTAGTATTTACGACTCAGACTCTGGAGAACATGTAATGATTTACAATCATGTAATCAACAAACTGCAGATTTCAGAATTTCCATCTGGAAAATTGAAATTAAATATTCCATTAGAGTTTGAGAGCGAGAAAAGAACTAAGCGATTTACAGGAGGAACTCTGATTGCTGAAGATTCGATTTTTGTGACATTTTATCCTCCTTCACTTGGAATGATAAATTTTAAAGGTGATTTAACCTTTGAACAAAAATTACCTGAATCTAATTATAGAGTTTCACATATCGGGAATGGGAGCATGATCCCACTTTTCAAATCGAATGGTAGAATTTATGGTGCTCAGCCATTCCTAATGGATCATCATAGAATGTCAAAGGAAGATGTTCAAAAACAGCAGTTGGTTTACAGTGTGAGTTTGGAGGAAGATGGTGCGGCCTGGCATGAAGTTTTTTATAGTCCGACTTATTGGGATGAAGGGAAAAAGCTTTCCTATTTTTCTTGGGCAAAGCGTGGTGATTTGATTTATATTTCTCCATTTTACGATCATCAAATTCAGGTTTTTGATACCAAAACAAATCAAGTTGTAAATGTCAAAACCGTCAAGTCAAGTCAAGTGGATAATTTCAATGTGGTGAATCAAATGCCTGAAAACGAAAGTAAATCAGTAATCGCTACCTTGGAGTCAGGTCAATATGAGACTTTTTTATATGATAAATATAGAGATGTTTTTTATAGAGTTTTCCTCCCACCTTATCCGATCGAAAAGCAGTATGAAATAGAGGAACTTAGATTAAT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MPMIQETIEKMRKMKLYGMSRSFSHATESGSLSSLTPDELISLLVENEWDDRQNRRMDRSLRGARFRYKATVEELDFRPGRELDKNQLLRLADGAYIHKGENILMTGSTGTGKSYLACALGNQACSKGHKVLYANTTKLLTQLKMAKADGSSIKEMLKLEKLDVLILDDFGIQPLDVQSRMLLMEIIEDRHGKKSTIITSQLPVSAWYEIIGDQTLADAILDRIVHDAHRIELKGESLRRKRNINPEKQ

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_041779175.1|1661303_1662053_-	ATP-binding protein	K4HZD4	Acidithiobacillus_phage	8.3e-50	40.8
WP_014771937.1|1662062_1663619_-|transposase	IS21 family transposase	K4I413	Acidithiobacillus_phage	2.4e-75	34.0
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WP_014772168.1|1668384_1669593_+	glycosyl hydrolase 53 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772169.1|1669589_1672181_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772170.1|1672228_1675174_+	TonB-dependent receptor	NA	NA	NA	NA
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WP_014772175.1|1682078_1683635_+|transposase	IS21 family transposase	K4I413	Acidithiobacillus_phage	6.3e-76	34.2
WP_041779175.1|1683644_1684394_+	ATP-binding protein	K4HZD4	Acidithiobacillus_phage	8.3e-50	40.8
WP_083833694.1|1684533_1684749_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_085931049.1|1685769_1686363_+	glycoside hydrolase	Q7Y5V0	Haemophilus_phage	5.1e-18	36.2
WP_014772177.1|1686373_1686781_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772179.1|1687242_1687923_-	DUF2461 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_041779285.1|1698214_1699459_-	3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase	NA	NA	NA	NA
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WP_014772191.1|1700641_1701127_+	low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_014772192.1|1701119_1701992_+	fructosamine kinase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772193.1|1701988_1703257_-	aspartate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_014772194.1|1703313_1704339_+	class 1 fructose-bisphosphatase	A0A1V0SKX4	Klosneuvirus	2.4e-68	46.3
WP_014772195.1|1704356_1704656_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772196.1|1704740_1705175_-	DUF5606 domain-containg protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772197.1|1705232_1705841_-	YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772198.1|1706021_1706744_+	bifunctional demethylmenaquinone methyltransferase/2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase UbiE	NA	NA	NA	NA
WP_014772199.1|1706692_1707469_+	PorT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466163.1|1707558_1708683_-	DUF2183 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772201.1|1708794_1709859_+	23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase RlmN	NA	NA	NA	NA
WP_014772202.1|1709975_1710446_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772203.1|1710449_1711379_-|protease	rhomboid family intramembrane serine protease	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NC_018010|2018026:2094670|DBSCAN-SWA
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MKSSFNILYITLGLILLSCSSPKVEISNPITEPETTSPAPDKKLILFFGNSLTAGYGIEAEDSFPGLVAARIDSLDLEYRVINGGLSGETTASGLSRLDWFLEEKPSVFVLELGGNDGLRGIDLSETKKNLKAIIQLVRSKYPETKILLAGMQIPPNMGQDYTMEFQKLYPQVAEEEDVELIPFLLEGVAGNPDLNLPDGIHPTEEGHLIVFENIWPFIEEMIER
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MNKLQLILHHAFRYVWNALFILSYPVLATFGLLFIGVTYTFSGLSKLLTKLRSEQTPGIPQKSDWEVLSNTNNLLEAKIHKQIMFGPTCFQLRRKDGVPSVLQDFYFGGKVRIMEEGILLEKWNATDSKQLPDFDICLYFPDEDRLKSLTNIKCFDWHLSEIEEQSLSFKWFDGIQGGEVKVAL

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_014772475.1|2022300_2022762_+	biopolymer transporter ExbD	NA	NA	NA	NA
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WP_014772491.1|2050214_2050673_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772492.1|2050733_2051843_+	lipid-A-disaccharide synthase	NA	NA	NA	NA
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WP_014772496.1|2055514_2057740_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	6.6e-10	35.3
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WP_014772501.1|2068592_2069135_+	bifunctional pyr operon transcriptional regulator/uracil phosphoribosyltransferase PyrR	NA	NA	NA	NA
WP_014772502.1|2069143_2070067_+	aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit	M1HWF9	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.5e-29	31.7
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WP_014772506.1|2075005_2075293_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014772508.1|2076127_2076334_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014772510.1|2079719_2079971_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772511.1|2080039_2081401_-|protease	serine protease	NA	NA	NA	NA
WP_014772512.1|2081615_2082794_+	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772513.1|2083012_2083567_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014772516.1|2085901_2086483_+	DUF2911 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772517.1|2086631_2087801_-	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_014772518.1|2088293_2088854_-|tRNA	aminoacyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_014772519.1|2088966_2089539_-	50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc	NA	NA	NA	NA
WP_014772520.1|2089582_2090509_-	ribose-phosphate pyrophosphokinase	A0A1V0SHF7	Hokovirus	9.3e-43	33.6
WP_014772521.1|2090612_2091341_-	2-phosphosulfolactate phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_014772522.1|2091390_2092485_-	glycine cleavage system aminomethyltransferase GcvT	NA	NA	NA	NA
WP_014772524.1|2093122_2094670_-|transposase	IS1182 family transposase	Q9MBP7	Staphylococcus_prophage	8.8e-70	33.8

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NC_018010|2173540:2194505|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_014771031.1|2173830_2174667_+|transposase	IS3 family transposase	Q716C2	Shigella_phage	2.4e-21	30.1
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WP_014772597.1|2177434_2177890_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772598.1|2177895_2178921_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_014771252.1|2179047_2180061_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.2e-22	34.5
WP_014770964.1|2180063_2180456_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014772601.1|2183814_2184222_+	putative toxin-antitoxin system toxin component, PIN family	NA	NA	NA	NA
WP_083833698.1|2184523_2184709_+	ORF6N domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014772603.1|2186664_2187390_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014772605.1|2188268_2189270_+	nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772606.1|2189331_2190225_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771736.1|2190547_2191753_-|transposase	IS256 family transposase	A0A0K2CZ57	Paenibacillus_phage	7.4e-32	25.6
WP_014772607.1|2191991_2193278_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014771625.1|2193429_2193696_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_041779522.1|2193728_2194505_+|transposase	IS3 family transposase	S5WIU1	Leptospira_phage	1.7e-37	35.5

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NC_018010|2277083:2408016|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NC_018010|2543310:2549613|DBSCAN-SWA
CATGATTATCAAATCCATCTCTTTAGATAATTTCAGATCTAAATCTAAACTCCAATTAGAGCTTGGAAGGAGACTGACTATTCTCATCGGAGAGAATGGTTCAGGCAAGACGAGTGTTCTCGATGGCTTAGCAATAGGTTTAGGGTCAATTTTAACTTATCTTCCTGGTGTTTCTGGAATTTCATTCAAGAACACGGATATCCGTCAAATCAAAAATCAAAAAACTCCATATACAAGGGTTCGTATAGAAACCGACGAAGGGCTTATTTGGGATAGAACGGAAAGAAGGGATAAAAGCAAATCTACTTCTAGGCAAATTCCACCTGCTGTTGGACTTCAACACCTTCGTAAATACCTCGATAATCAAATACTTGATCCCTTTAACGATTCCAAAAAGGTGGAGCTCCCTATATTTTCCTATTATGGAGTATCTAGAGCCTTATTGGATGTACCACTTCGCAGGAGAGGTTTTCCAAAAGCTCATGCCAGATTTGAAGCATTGGAAGGAGCATTAGTTGCAGATAGCCGTTTCCGATCCGCTTTTGTTTGGTTTTACAACAAAGAAAATGAAGAGCAACGTAAACAGCGTGAGTTAAAAGATTTTGACTTTCAACTTCCCGAACTAGCTGCTGTGAGAAGCGCAATCATAAGTATTTTCCCAGGGATATCTAATCCTCATATTACCTTGAATCCTCTCAAGTTTGTGGTGAATAAAGACGACGAGACTTTGGATATCATGCAGCTAAGTGACGGATACAAGACTCTTCTATCTTTGGTGATTGATTTGGCTATTAGAATGGCCCTAGCCAATCCCGAATCTGAAAGGCCTCTGGAATCAGGGGCTGTGGTATTGATAGATGAAGTAGATTTACACCTTCATCCCGAATGGCAACGTAGGGTGGTAGGAGACTTGCTTCGTACTTTCCCGAACACACAGTTTTTGTTAACTACTCATAGTCCATATATTATTGAGTCGATCAATAACCACTTGCAACGATATCATATCCATAATATCCCAACCAAGGATCAGGATATCTTAGACATTCAACCGATTTCCCCGGGTGAAGTAAAAGCCTATTTTATTGAGGAAAATAAGGAAACCAATCTTATTGATTCTGAAGTTCAGCTGTTGGATGATCAATTGATACATCCATTCAACTCAATCGCAAAGCTGTACGATCGGATGAGAGATTTACAGTGGGAAAAGCCGATTCATGATTGATTTAGGAAATTTTGAAGCCTGTGTTTGTCAAAGGTCAGGTCAGCCCTCTGAATCCTGTGCTGATCGTCTGGTGCTTCAAGAAAAGGGTAAGAAAATCACGCTCAAACCTAGGTCAGGAGAATCTGCAAAACTTTTAATTCTGGATGGTTGTGTCCTAAAAGATAATTCCCCAAAGTGTGATGGAGTTTTCTTCTATGAAAAAAGAAATACGAGTTATATAATTTTAGTTGAGCTTAAAGGAGGAGATATTGACCATGCATTTGAGCAAATCAAATACACCAGAGAACAGCGCACAGAATATACTAGCCTAAAAAATCATTTTAGACAAAATCGATCAGGTAGTATAATTGAATCCGCATTTGTGATATCAAACCACCGCATCGATAGAGTGACGCATCAGAAACTTGAAAAAGCTCATGGATTACGGCTTAAAGCAATATTACATTCAGAAGCAACGACACCTTTGCAGGACTTGAGAACATGGTTGTAAATCGATAACTTTTTTAGAATGAAATTTCCTTATCGACTGTCATAAATGAAAAATCTAGGGTTAAACCTATAACCTTCTCCCAAAAAAAATCAATAGCGCACTCTGCAACTTTGCAAACTTAGCGAGAGCCCCTAAACTTTAATCTTCTATGAAAAAAGCCATTATCGTCTCCGGTTACTTCAACCCCATACATAAAGGTCATATCGAATACTTTAACCATGCCAAAGCAGCAGGTGATGTACTAATTGTCATCGTAAACAATGACCATCAAAGAGCCTTAAAAGGCTCAAAAGAGTTTCAATTAGAAGATGAACGGGTGTTTATTGTTTCCAATATCAAAAGCGTAGATCAAGTATTTTTATCTATCGATCAAGACAGGACAGTATGCGAAACCATCAGAGAGATTCATAAACAACTGGGGAAATCATTCCAATTAGCTTTTGCAAACGGAGGCGATCAAAATAACCAATCCATACCAGAAGTCCCTGTATGTGAGGAGCTAGGAATAGAACTCATCGACGGCCTAGGAGACAAAATCCAATCAAGTAGTTGGTTGTTGAAAAAATAAAATGTTAAACGTTAATTGTTAAGCGTTAAGAAGAATAAATTTAGTAAAGTCACATTTAACAGCTTGTCCGCCGTGGCGGATTTAACGCTTAACCCTTAACCCTAAATCTCTGTGAAACACTGTGATTCCACAGCGTAACTCAGTGGACCCAAAAAATGAACAAAACGACTAAAATCTACATCGCCGGCCATCGCGGCATGGTTGGTTCCGCAATTTGGAGAGCCTTAGAAACCAAAGGCTATAACAACTTAATTGGTCAATCTTCCAAAGAACTGGACTTAAGAAATCAACAAGCAGTCCATGATTTTTTCGATAATGAAAAACCAGAAGTTGTAATTGATGCAGCAGCTAGGGTAGGAGGGATTCTGGCTAACAATGATTTTCCTTATCAGTTTTTGATGGAAAACATGCAGATACAGAATAATCTCATAAACGCATCACTCAAAGCAGATGTGAAAAAGTTTATTTTCCTAGGTTCTTCCTGTATTTACCCAAAATTGGCACCTCAACCTTTAAAAGAAGATTACTTGTTAACTTCCTCTTTAGAGCCCACAAATGAATGGTATGCCATTGCGAAAATTACAGGAGTCAAAGCATGTGAGGCAATTAGAAAGCAATATGGGAAGGATTACATTTCATTGATGCCTACAAACCTATATGGCTCATTTGATAATTTCGATCTAAAGACTTCTCACGTATTGCCAGCCATGATCCGCAAATTCCATGATGCAAAACATTCAACAGTCAACGGTCAACAGGCTCCCGTTACGCTATGGGGATCTGGAACGCCTATGCGAGAATTCTTACATGTGGATGATATGGCTGATGCAGTAGTTTTCGCCTTAGAAAATCAATTCCAAGACAACCTTTACAATGTAGGAACAGGAACAGACCTCACTATCAAGGAACTCGCTGAAATGATTCAAAGGATAGTAGGTCACGAAGGAGATATCATCTGGGATAGCAGCAAACCCGACGGTACCCCAAGAAAACTCATGGACGTATCCAAAATGACTTCGGCAGGCTGGCAAGCCAAGATCGGACTAGAAGAAGGAATAAAAGGCACCTACCAATGGTTCCTCGAAAACCAAGACTCTTTCAAGGAAGTAAAAATGTGAAGGTCCACTGGGTAACTCAGGGTAAAACACCGTGTAACACTGTAAAAATATTGCTATATAAAAGCGAAGTTATGAAAACAGTAAATCTTTTGAAAGATCTCAATAAAAGAAAAACCCCTATAGTTAAAATTGATACGTCACTAAATCACTTTGATGGGAATGTTATTGCTTCCGGTAAACTTGATAAGGCCAATAAAGCTTTGGAAACATTGGGTCTCCCAAAGTAATTTTTTGAAAGTATTTTTGATGATCCACTGGGTAACTCAGAGTTCAACACAGTGTAACACTGTGGAATTAAAAAAATGGAGGTAAACGAAATTACAGGTAAAATTTTAACCGCAGCCTATAAAGTTCACACAGCTTTAGGCCCAGGACTCTTAGAATCTTCTTATCAGGCATGTCTGAAGTACGAATTAGTGAAAGCAGGTTTACAAGTAGAGGTTGAAAAGTCCTTACCTTTAGTTTATGAAGAAGTGAAACTTGAGTGTGGTTACAGATTAGATATGCTAGTTGAAAATCAAGTAATAGTGGAGTTAAAGACCGTTGAAAGCTTTGCTGATGTTCATATAGCACAAATATTAACCTATCTTAAATTATCCAATAAGAAGATAGGCTTGCTTCTTAATTTCAATACCAAAAGCTTAAAGAACGGAATTAAAAGAATTATTTTATAAAAAATCACGGTGTAACACAGTGCCTAACTCAGTGTAACACCGTGGACCCAAAAAATATGAAAGTCGCATTAATAACAGGAATAACTGGCCAAGACGGCTCCTATCTCGCCGAATTACTTTTAGAAAAAGGTTACATGGTTCACGGCATTAAACGTAGAGCTTCTTCCTTCAACACCCAAAGAGTAGATCACTTATATGAGGATCAGCATGAAGACAATGTAAGACTCAAACTCCATTACGGTGACTTAACAGACTCGACGAACCTCATTAGAATTATTCAAGAAACTCAGCCAGATGAAATCTATAACTTGGGCGCCATGTCCCATGTCAAAGTTTCTTTCGACTCTCCTGAATATGTAGCGAATGTAGATGGAATTGGTACATTGAGGATTTTGGAAGCGGTGAGGATATTGGGATTAGAAAAGAAAACGAGAATATACCAAGCTTCAACTTCTGAACTTTATGGAGGGATGCCTGAGAACAAAAATGAAAAAGGATTCTACGACGAAAACTCACCGTTTTATCCACGTTCTCCATACGGTGCAGCAAAGATCTACGGCTTTTGGATTACCAAAAATTATCGTGAGGCGTACAACATGTTTGCATGTAATGGCATACTTTTCAATCACGAGTCGCCTCGAAGAGGGGAAACATTCGTAACTAGAAAAATCACCAGAGCAGTTGCTAAAATTGCTTTAGGTTTACAGAAAGAACTCTACATGGGTAACCTTGATGCCAAACGAGATTGGGGACATGCTAAGGATTATGTAAAAGCCATGTGGCTAATTCTACAACAAGACGTTGCAGAAGACTTCGTAATAGCCACAGGTGTCACCACAAAAGTCCGTGACTTCATCCAAATGGCCTTTGCTCATGTCGGCTTTAACATTAGATTCGAAGGCGAAGGAGTAAACGAAGTTGGAATCCTTAATTCAGTCGATCAAGTGATTTATGAAAAGGCAACTGGCTTAACGATTAACTCCTTAACCCTTAACGCCGGAGACACTTTACTAAAAATCGATCCCATCTACTTCCGTCCAACCGAAGTCGATCTTCTTCTCGGAGATCCAACGAAATCTAAAACAAAACTAGGCTGGGAACCTGAATATGACCTTCAAGGGTTAGTGGAAGATATGATGGTATCGGATATTCAATTGTCCCGCAGAGAACACTTTATGGTCTAGTCAGGGCAGAGGGTGTTGTATCAGAATTAGTAGTTAAGAGTTAATTATTAGTTATTTCGGATTAACACTCAATCATTTCTTTAAGTTATTGATTCGTTATTTTCACTATTCTTTTAATGCTGTATTATTTTCAATTTACTGATTTGAATTATATTTTGTTTCACTTTCTCCAAAAATTATAGTAGTTGGGGATCATAAATTGTTATAGGATTCATTTATTAATATGTTTTCAATAAAAATTATTAATTTAAGGAAAGATAAAATTAAAAGAGAATTGATGCTTTCGCAGCTAGTTGATCTTAATTTGTTGAAGTGTTCTCAAGTAATTGATGCTGTATATGGAAATGAATTAGATAATAGCATAAAGAATTTCATAAATTTAAAGCGTAAACCATTTTTACCGACAAAATTTAATAGACCATTAACAGCTGGAGAAATAGGGTGCTCGATGAGCCATCAAGCAATCTATAAAAGGATGAAATCTAATGATATTTGCTTAATAATTGAAGATGACGTTGTTATATCTCGAGATTTAATTGATTTCATAGATTTAATTGAGAAATTACCTTCAAGTTGGGAACTTGTATTGTTAGGACATCAGGTAGCAAGAGTTAGAGGAGCTCGTATAAGTGTTTGGGGAAGGAAAAGATTAGGTAAGTTTACGATAGGTAAGCCTGTTGAGATGGCTTTTGGTTGTTATGGCTACTTAATTAATTACAAAGGTGCAAGAAAATTAATCAATGCTGCGAAAAAAATGGACGCTCCAATTGATCATTACACAGGTGTATCTGACTTTGTAAACCTTTATGCAATCAAACATCCAATCATTCATTTTTCTAAAGAGCTAACAGTGTATAGTAATATCGCTGTTGAACGGGAATTGGTTAGTGCCCAAGCGACTAAAGCTTTAGAAAATAAAGCTTTCAGTAAATTTAAAGAATTTGTTAAGTCATCGTTTTTTTATCATCCAATAAGGTTTTTGATTAGGTTAGTAAGATGGTGTACAGGTAATTTAAGAACTCTTAAAATTATACGTTCATATCGATAG

Protein sequences of DBSCAN-SWA_10

>NC_018010|2543310:2549613|2544523_2545021_+|WP_014772900.1|DBSCAN-SWA
MIDLGNFEACVCQRSGQPSESCADRLVLQEKGKKITLKPRSGESAKLLILDGCVLKDNSPKCDGVFFYEKRNTSYIILVELKGGDIDHAFEQIKYTREQRTEYTSLKNHFRQNRSGSIIESAFVISNHRIDRVTHQKLEKAHGLRLKAILHSEATTPLQDLRTWL
>NC_018010|2543310:2549613|2543310_2544531_+|WP_014772899.1|DBSCAN-SWA
MIIKSISLDNFRSKSKLQLELGRRLTILIGENGSGKTSVLDGLAIGLGSILTYLPGVSGISFKNTDIRQIKNQKTPYTRVRIETDEGLIWDRTERRDKSKSTSRQIPPAVGLQHLRKYLDNQILDPFNDSKKVELPIFSYYGVSRALLDVPLRRRGFPKAHARFEALEGALVADSRFRSAFVWFYNKENEEQRKQRELKDFDFQLPELAAVRSAIISIFPGISNPHITLNPLKFVVNKDDETLDIMQLSDGYKTLLSLVIDLAIRMALANPESERPLESGAVVLIDEVDLHLHPEWQRRVVGDLLRTFPNTQFLLTTHSPYIIESINNHLQRYHIHNIPTKDQDILDIQPISPGEVKAYFIEENKETNLIDSEVQLLDDQLIHPFNSIAKLYDRMRDLQWEKPIHD
>NC_018010|2543310:2549613|2547437_2548565_+|WP_014772905.1|DBSCAN-SWA
MKVALITGITGQDGSYLAELLLEKGYMVHGIKRRASSFNTQRVDHLYEDQHEDNVRLKLHYGDLTDSTNLIRIIQETQPDEIYNLGAMSHVKVSFDSPEYVANVDGIGTLRILEAVRILGLEKKTRIYQASTSELYGGMPENKNEKGFYDENSPFYPRSPYGAAKIYGFWITKNYREAYNMFACNGILFNHESPRRGETFVTRKITRAVAKIALGLQKELYMGNLDAKRDWGHAKDYVKAMWLILQQDVAEDFVIATGVTTKVRDFIQMAFAHVGFNIRFEGEGVNEVGILNSVDQVIYEKATGLTINSLTLNAGDTLLKIDPIYFRPTEVDLLLGDPTKSKTKLGWEPEYDLQGLVEDMMVSDIQLSRREHFMV
>NC_018010|2543310:2549613|2548788_2549613_+|WP_041779342.1|DBSCAN-SWA
MFSIKIINLRKDKIKRELMLSQLVDLNLLKCSQVIDAVYGNELDNSIKNFINLKRKPFLPTKFNRPLTAGEIGCSMSHQAIYKRMKSNDICLIIEDDVVISRDLIDFIDLIEKLPSSWELVLLGHQVARVRGARISVWGRKRLGKFTIGKPVEMAFGCYGYLINYKGARKLINAAKKMDAPIDHYTGVSDFVNLYAIKHPIIHFSKELTVYSNIAVERELVSAQATKALENKAFSKFKEFVKSSFFYHPIRFLIRLVRWCTGNLRTLKIIRSYR
>NC_018010|2543310:2549613|2547009_2547381_+|WP_014772904.1|DBSCAN-SWA
MEVNEITGKILTAAYKVHTALGPGLLESSYQACLKYELVKAGLQVEVEKSLPLVYEEVKLECGYRLDMLVENQVIVELKTVESFADVHIAQILTYLKLSNKKIGLLLNFNTKSLKNGIKRIIL
>NC_018010|2543310:2549613|2546778_2546934_+|WP_169315103.1|DBSCAN-SWA
MKTVNLLKDLNKRKTPIVKIDTSLNHFDGNVIASGKLDKANKALETLGLPK
>NC_018010|2543310:2549613|2545744_2546707_+|WP_014772902.1|DBSCAN-SWA
MNKTTKIYIAGHRGMVGSAIWRALETKGYNNLIGQSSKELDLRNQQAVHDFFDNEKPEVVIDAAARVGGILANNDFPYQFLMENMQIQNNLINASLKADVKKFIFLGSSCIYPKLAPQPLKEDYLLTSSLEPTNEWYAIAKITGVKACEAIRKQYGKDYISLMPTNLYGSFDNFDLKTSHVLPAMIRKFHDAKHSTVNGQQAPVTLWGSGTPMREFLHVDDMADAVVFALENQFQDNLYNVGTGTDLTIKELAEMIQRIVGHEGDIIWDSSKPDGTPRKLMDVSKMTSAGWQAKIGLEEGIKGTYQWFLENQDSFKEVKM
>NC_018010|2543310:2549613|2545169_2545589_+|WP_014772901.1|DBSCAN-SWA
MKKAIIVSGYFNPIHKGHIEYFNHAKAAGDVLIVIVNNDHQRALKGSKEFQLEDERVFIVSNIKSVDQVFLSIDQDRTVCETIREIHKQLGKSFQLAFANGGDQNNQSIPEVPVCEELGIELIDGLGDKIQSSSWLLKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_014772899.1|2543310_2544531_+	AAA family ATPase	C7BGE8	Burkholderia_phage	1.6e-10	38.8
WP_014772900.1|2544523_2545021_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772901.1|2545169_2545589_+	adenylyltransferase/cytidyltransferase family protein	E3SLA3	Synechococcus_phage	5.5e-11	33.8
WP_014772902.1|2545744_2546707_+	GDP-L-fucose synthase	M4R1H4	Synechococcus_phage	1.7e-95	53.5
WP_169315103.1|2546778_2546934_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014772904.1|2547009_2547381_+	GxxExxY protein	A0A0P0YNF4	Yellowstone_lake_phycodnavirus	1.1e-07	34.7
WP_014772905.1|2547437_2548565_+	GDP-mannose 4,6-dehydratase	M4QRT5	Synechococcus_phage	1.2e-124	61.5
WP_041779342.1|2548788_2549613_+	glycosyltransferase family 25 protein	L7RC20	Acanthamoeba_polyphaga_moumouvirus	1.5e-07	26.7

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NC_018010|2671615:2738330|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_11

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MKVAISQSNYIPWKGYFDLINSVDHFIFYDDIQYTKRDWRNRNIINTSNGSQWLTIPVSVKGKYEQKISETTTVDNLWKQKHLSTLLHAYKKAPFFGEIYQLLRPLYEDQETNLSKINQRLILSICAYLGINTKLSSSSEYVFQGNKTEKLINIIKQVGGKTYLTGPAARSYIDESLFQAENITLRYFEYGPYPIYDQLNDEFNHQVSIVDLLFFKGPNSGAYIFKK
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MEQKKTTSFIQKNPKTGRLKDIFSVLIDRIQLDAISISGCPSPFDILFERKPKNPI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_169315106.1|2711154_2711829_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773045.1|2713027_2715484_-	S8 family peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_014773046.1|2715488_2716481_-	ATP-binding protein	A0A1B2RW50	Lymphocystis_disease_virus	5.2e-07	26.6
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WP_014773048.1|2717301_2717730_-	response regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_014773064.1|2736773_2738330_-|transposase	IS21 family transposase	K4I413	Acidithiobacillus_phage	4.1e-75	34.0

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NC_018010|2931494:2989612|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_014773218.1|2933272_2934607_-	amidohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_014773219.1|2934697_2935660_+	alpha/beta fold hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_014773220.1|2935761_2938803_+	N-6 DNA methylase	A0A2R2ZGH5	Clostridioides_phage	1.0e-106	30.9
WP_157466180.1|2938954_2939260_+	antibiotic biosynthesis monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_014773223.1|2940076_2940553_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_083833707.1|2940792_2941125_+	carboxypeptidase-like regulatory domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466096.1|2941105_2941300_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_169315095.1|2941217_2941397_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773224.1|2941402_2942602_-	L-2-hydroxyglutarate oxidase	NA	NA	NA	NA
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WP_014773226.1|2944005_2945955_+|tRNA	threonine--tRNA ligase	A0A2K9L297	Tupanvirus	3.7e-134	39.3
WP_014773227.1|2946047_2946599_+	translation initiation factor IF-3	A0A2L0UZ54	Agrobacterium_phage	3.9e-12	37.3
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WP_014773229.1|2946921_2947266_+	50S ribosomal protein L20	NA	NA	NA	NA
WP_014773230.1|2947740_2948136_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773231.1|2948215_2950042_+	YjgP/YjgQ family permease	NA	NA	NA	NA
WP_014773232.1|2950085_2950361_+	30S ribosomal protein S15	NA	NA	NA	NA
WP_014773233.1|2950466_2952608_+	polyribonucleotide nucleotidyltransferase	NA	NA	NA	NA
2950634:2950650	attL	NA	NA	NA	NA
WP_014773234.1|2952701_2953565_+	RNA polymerase sigma factor RpoD/SigA	M4SMP8	Cyanophage	1.1e-34	33.0
WP_014773235.1|2953882_2954821_+	thioredoxin-disulfide reductase	A0A2I2L5E1	Orpheovirus	1.0e-76	47.0
WP_014773236.1|2954839_2955874_+	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein	A0A7K9	Microcystis_virus	3.0e-18	48.5
WP_014773237.1|2955923_2956640_+	bacillithiol biosynthesis deacetylase BshB1	NA	NA	NA	NA
WP_014773238.1|2956679_2957315_-	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_014773239.1|2957468_2958038_+	YqgE/AlgH family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773240.1|2958089_2959940_+	DUF349 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773241.1|2960311_2960953_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466097.1|2961131_2961566_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773243.1|2962367_2963414_-	LLM class flavin-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_014773244.1|2963422_2964055_-	NAD(P)H-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773245.1|2964093_2964969_-	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_014773246.1|2965002_2965419_-	DoxX family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773247.1|2965507_2965852_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014773249.1|2966938_2967664_-	restriction endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_014773250.1|2967660_2967912_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773251.1|2967914_2968634_-	ATP-binding protein	A0A059NT77	Lactococcus_phage	3.1e-17	27.4
WP_014773252.1|2968646_2970230_-|transposase	IS21 family transposase	K4I413	Acidithiobacillus_phage	1.3e-76	35.1
WP_014773254.1|2970600_2971470_+	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_041779375.1|2971515_2971722_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_052307613.1|2971878_2972670_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	S5W9T9	Leptospira_phage	5.7e-25	28.7
WP_014771681.1|2972659_2973814_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_083833708.1|2974045_2974678_+	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_014773255.1|2974761_2975115_+	nuclear transport factor 2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773256.1|2975086_2975572_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773257.1|2975683_2976061_+	DoxX family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773258.1|2976060_2976726_+	NAD(P)H-binding protein	NA	NA	NA	NA
2976284:2976300	attR	NA	NA	NA	NA
WP_041779376.1|2976783_2977692_+	dioxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_014773260.1|2977705_2978194_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773261.1|2978246_2978678_+	PaaI family thioesterase	NA	NA	NA	NA
WP_103923945.1|2978847_2979423_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_103923946.1|2979494_2980529_+	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_014773264.1|2980533_2983608_+	efflux RND transporter permease subunit	S5VTK5	Leptospira_phage	1.5e-41	20.4
WP_014773265.1|2983619_2984990_+	TolC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014773266.1|2985076_2985943_+	patatin-like phospholipase family protein	A0A1V0SCG0	Catovirus	1.8e-11	26.2
WP_014773267.1|2985953_2986184_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_103923947.1|2987786_2987987_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052307635.1|2988063_2988288_-	ParA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_157466182.1|2988434_2989394_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	3.2e-46	36.8
WP_014773271.1|2989294_2989612_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NC_018010|3143686:3196670|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_014773426.1|3157180_3158773_+	ATP-dependent DNA ligase	V5LRQ9	Emiliania_huxleyi_virus	1.0e-17	25.5
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WP_052307613.1|3195878_3196670_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	S5W9T9	Leptospira_phage	5.7e-25	28.7
3201825:3202291	attR	NA	NA	NA	NA