CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_018069	Solibacillus silvestris StLB046 plasmid pSSIL1, complete sequence	0 crisprs	csa3	0	0	0	0
NC_018065	Solibacillus silvestris StLB046, complete genome	1 crisprs	cas3,DEDDh,csa3,DinG,WYL	0	1	4	0

1. NC_018065

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_018065_1

• CRISPR_ID: NC_018065_1
• CRISPR_location: 328223-328363
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NC_018065_1

Consensus_repeat	Method
TTTTTTTGTACAACTTTATTTTT	CRISPRCasFinder

spacers of NC_018065_1

>1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder
TCCAAAGAATATAATTGAATTTAATTTCGT
>1.2|328299|42|NC_018065|CRISPRCasFinder
CGAGTAAAATTTACGCTGTTGTAATAGCAAGGTTTTTAAACC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_018065_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_018065_1

>merge|NC_018065|1|328223-328363|CRISPRCasFinder
TTTTTTTGTACAACTTTATTTTTTCCAAAGAATATAATTGAATTTAATTTCGTTGTTTTTGTACAACTTTATTTTTCGAGTAAAATTTACGCTGTTGTAATAGCAAGGTTTTTAAACCGAAAATTGTACAACTTTATTTTC

>NC_018065|1|1|328223-328363|CRISPRCasFinder
TTTTTTTGTACAACTTTATTTTT	TCCAAAGAATATAATTGAATTTAATTTCGT
TGTTTTTGTACAACTTTATTTTT	CGAGTAAAATTTACGCTGTTGTAATAGCAAGGTTTTTAAACC
GAAAATTGTACAACTTTATTTTC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_018065.1|WP_014822444.1|322384_322921_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018065.1|WP_014822450.1|332564_333278_+|class-I-SAM-dependent-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|379312
NC_018065.1|WP_014822439.1|317554_318412_-|Rgg/GadR/MutR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|273772
NC_018065.1|WP_008405943.1|334395_334851_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018065.1|WP_014822445.1|323319_323664_+|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224572
NC_018065.1|WP_148271489.1|320678_321599_+|IS3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|222853
NC_018065.1|WP_041865676.1|324189_324498_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274982
NC_018065.1|WP_008405955.1|328677_329790_+|ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|223650
NC_018065.1|WP_014822446.1|325266_325830_-|signal-peptidase-I	unknown	unknown	gnl|CDD|274044
NC_018065.1|WP_014822449.1|331400_332324_+|phosphotransferase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225714
NC_018065.1|WP_041865679.1|333634_333964_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018065.1|WP_014822453.1|334858_336067_+|glutathionylspermidine-synthase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367631
NC_018065.1|WP_014822442.1|320211_320682_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225511
NC_018065.1|WP_008405950.1|332358_332568_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|130585
NC_018065.1|WP_014822452.1|333979_334378_+|DUF350-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226289
NC_018065.1|WP_014822440.1|318608_319352_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018065.1|WP_014822447.1|326136_327195_-|S-layer-homology-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|306825
NC_018065.1|WP_014822448.1|329790_330468_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224059
NC_018065.1|WP_014822441.1|319495_319891_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NC_018065.1|WP_008405952.1|330585_331299_+|ZIP-family-metal-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|308248

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_018065.1|WP_008405950.1|332358_332568_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|130585	TIGR01522, ATPase-IIA2_Ca, golgi membrane calcium-translocating P-type ATPase. This model describes the P-type ATPase responsible for translocating calcium ions across the golgi membrane of fungi and animals, and is of particular importance in the sarcoplasmic reticulum of skeletal and cardiac muscle in vertebrates. The calcium P-type ATPases have been characterized as Type IIA based on a phylogenetic analysis which distinguishes this group from the Type IIB PMCA calcium pump modelled by TIGR01517. A separate analysis divides Type IIA into sub-types, SERCA and PMR1, the former of which is modelled by TIGR01116.	0.00700878
NC_018065.1|WP_014822450.1|332564_333278_+|class-I-SAM-dependent-methyltransferase	gnl|CDD|379312	pfam13649, Methyltransf_25, Methyltransferase domain. This family appears to be a methyltransferase domain.	3.29411e-21
NC_018065.1|WP_014822439.1|317554_318412_-|Rgg/GadR/MutR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|273772	TIGR01716, HTH-type_transcriptional_regulator_rgg, transcriptional activator, Rgg/GadR/MutR family, C-terminal domain. This model describes the whole, except for a 60 residue N-terminal helix-turn-helix DNA-binding domain (pfam01381) of the family of proteins related to the transcriptional regulator Rgg, also called RopB. Rgg is required for secretion of several proteins, including a cysteine proteinase associated with virulence. GadR is a positive regulator of a glutamate-dependent acid resistance mechanism. MutR is a transcriptional activator for mutacin biosynthesis genes in Streptococcus mutans. This family appears restricted to the low-GC Gram-positive bacteria, including at least eight members in Lactococcus lactis. [Regulatory functions, DNA interactions].	2.74215e-05
NC_018065.1|WP_014822445.1|323319_323664_+|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|224572	COG1658, COG1658, Small primase-like proteins (Toprim domain) [DNA replication, recombination, and repair].	7.43286e-14
NC_018065.1|WP_148271489.1|320678_321599_+|IS3-family-transposase	gnl|CDD|222853	PHA02517, PHA02517, putative transposase OrfB; Reviewed.	3.34843e-41
NC_018065.1|WP_041865676.1|324189_324498_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|274982	TIGR04104, hypothetical_protein, cxxc_20_cxxc protein. This small, uncommon, poorly conserved protein is found primarily in the Firmicutes. It features are pair of CxxC motifs separated by about 20 amino acids, followed by a highly hydrophobic region of about 45 amino acids. It has no conserved gene neighborhood, and its function is unknown.	7.7791e-08
NC_018065.1|WP_008405955.1|328677_329790_+|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|223650	COG0577, SalY, ABC-type antimicrobial peptide transport system, permease component [Defense mechanisms].	3.45355e-12
NC_018065.1|WP_014822446.1|325266_325830_-|signal-peptidase-I	gnl|CDD|274044	TIGR02227, Inactive_signal_peptidase_IA., signal peptidase I, bacterial type. This model represents signal peptidase I from most bacteria. Eukaryotic sequences are likely organellar. Several bacteria have multiple paralogs, but these represent isozymes of signal peptidase I. Virtually all known bacteria may be presumed to A related model finds a simlar protein in many archaea and a few bacteria, as well as a microsomal (endoplasmic reticulum) protein in eukaryotes. [Protein fate, Protein and peptide secretion and trafficking].	3.82292e-50
NC_018065.1|WP_014822449.1|331400_332324_+|phosphotransferase-family-protein	gnl|CDD|225714	COG3173, COG3173, Predicted aminoglycoside phosphotransferase [General function prediction only].	1.81079e-55
NC_018065.1|WP_014822453.1|334858_336067_+|glutathionylspermidine-synthase-family-protein	gnl|CDD|367631	pfam03738, GSP_synth, Glutathionylspermidine synthase preATP-grasp. This region contains the Glutathionylspermidine synthase enzymatic activity EC:6.3.1.8. This is the C-terminal region in bi-enzymes. Glutathionylspermidine (GSP) synthetases of Trypanosomatidae and Escherichia coli couple hydrolysis of ATP (to ADP and Pi) with formation of an amide bond between spermidine and the glycine carboxylate of glutathione (gamma-Glu-Cys-Gly). In the pathogenic trypanosomatids, this reaction is the penultimate step in the biosynthesis of the antioxidant metabolite, trypanothione (N1,N8-bis-(glutathionyl)spermidine), and is a target for drug design. This region, the pre-ATP grasp region, probably carries the substrate-binding site.	4.11064e-80
NC_018065.1|WP_014822442.1|320211_320682_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein	gnl|CDD|225511	COG2963, COG2963, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	6.67746e-11
NC_018065.1|WP_014822452.1|333979_334378_+|DUF350-domain-containing-protein	gnl|CDD|226289	COG3766, COG3766, Predicted membrane protein [Function unknown].	2.29794e-22
NC_018065.1|WP_014822447.1|326136_327195_-|S-layer-homology-domain-containing-protein	gnl|CDD|306825	pfam00395, SLH, S-layer homology domain.	3.02321e-08
NC_018065.1|WP_014822448.1|329790_330468_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|224059	COG1136, SalX, ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component [Defense mechanisms].	9.32103e-100
NC_018065.1|WP_008405952.1|330585_331299_+|ZIP-family-metal-transporter	gnl|CDD|308248	pfam02535, Zip, ZIP Zinc transporter. The ZIP family consists of zinc transport proteins and many putative metal transporters. The main contribution to this family is from the Arabidopsis thaliana ZIP protein family these proteins are responsible for zinc uptake in the plant. Also found within this family are C. elegans proteins of unknown function which are annotated as being similar to human growth arrest inducible gene product, although this protein in not found within this family.	9.62495e-10

Protein sequences

>NC_018065.1|WP_014822447.1|326136_327195_-|S-layer-homology-domain-containing-protein
MKKTLITAGLATGLFFTSMMGTGADASASSVHYKDVKTSDNFYSAVESLIEQKAISRTNEKFRPYENVTRGQASSIIAKVLELEIENVKDPKFKDVPKSHQFYKYIAALENAGLVKGKGNGIFGINDPLTRGQMSSILVKGFEIPLIGGHDIGLNGFVDTTDYVGGGENSAVENGDTLLTLEGQFSQAIETMHYYNFVSGYKTGETYKDRGELLEFRQGEALKRSQLALMINSMQKGTQYEYLYFKDFDITNRSVGKVATGGWVHDKAEIDDSSVVSIKEISNYETTAFLRGTGVEQTLDNVYAILEPKKVGKTFARFENGGGTGKEKVLEITVTGTKGNFEVSYKDVIPEK
>NC_018065.1|WP_014822446.1|325266_325830_-|signal-peptidase-I
MEKSKKKELLDWFIAIAVAVVFVIAIRTFIFSPIVVDGSSMMPTYEDGDRVIINKFSKQISGIDRFEVIVFEAPIGEDYIKRVVGLPGDSISYENDILYINGEALEEPYLDEYKEKLTDHAPLTYNFNLESLTGYKEIPEGYLFVLGDNRRKTTDSRDPNVGLVPMDKVLGTAKVRFYPFGNLGIVR
>NC_018065.1|WP_041865676.1|324189_324498_+|hypothetical-protein
MQKCIKCNSQFGWRKIFKSYKWTYGPLECNYCGTIHKITIFGRFTVTFLTMLPFLITQFFLIPSDNIFLTICGAALIAMTVFYSRHMLSDTKRDCKEIISIA
>NC_018065.1|WP_014822445.1|323319_323664_+|toprim-domain-containing-protein
MLGFVVEGFYDEMKLKQVVPDAFFVITRGTRVDNRVRMSINQAFNLCHEVYLITDPDDEGEVLAKKLLNEFPSLKQIKLDATECECYKNHRKQIGLEHAHTEYIESVLKEYGVE
>NC_018065.1|WP_014822444.1|322384_322921_-|hypothetical-protein
MINDNKNEKSLVSPLNKLTKRIWFVSFAVGTVGMMLRYKYPFTEMFWVISISTLILVFTCVVIILIRDIKIVERLIYLFATIALLIHSPEWLDIPAYLKNDYKVAEGVPTVFEIRSGRNNPERWEVVVDNIKFSMPIDIQENSYDNWFVINYLPRSRYIVDYKILSEQETKGKINYSN
>NC_018065.1|WP_148271489.1|320678_321599_+|IS3-family-transposase
MVEGFSGESRCLPRKAQAAIAFELKQEGFRLKDILIQVDIPEATYHYHIKLMRQEDPDLEWKALILKTFEQHKGRYGYRRIHAELRVQGHTINHKKVQRIMKNLGLKCVKFVRKSRYKSYKGTVGKVAKNLLNRRFRTSYALQKLVTDVTEFKCTDDEKLYLSPIMDLYNGEIIGFSMSKRPSLDFVLDSLRQALPIIQKRAVYRTTIHSDQGWHYQHNTWVRTLRQNRIFQSMSRKATCADNAAMENFFSLLKQEMYYGEQIISYEALQKKINEYINYYNNVRIKQKLAGMSPVNYRKHASQLAA
>NC_018065.1|WP_014822442.1|320211_320682_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein
MTKYNEEFKLMVVQEYLSGSLGYRAIAKKYGVGATPLRKWVRAYKEFGCSGLSVKKTKQFYSVQFKLDVLSYMKRTGASHQDTAIHFNLNDPTLVASWYHRFLKEGIEGLQRKPKGRPSMSKKQISTVNNQEKTMSREEQLERENELLRLEVAYLK
>NC_018065.1|WP_014822441.1|319495_319891_+|hypothetical-protein
MKKIFVILPILAGILLLAGCQSDEENLNFYGSSDNWTAEIITEIIDGSEKNEIILKYNGDGAGTISKFNYLVENNSNNQSFGANDVSLKEDGTYTNANLASNSASTTKDDQIEVTIDWNDQTESIILKKKE
>NC_018065.1|WP_014822440.1|318608_319352_+|hypothetical-protein
MKKITSTALALTLALSIGAQTSLAAGKEDKIPVENPGLEQLQGKDIYTIIEENQDFLTQEDIDLSLLIIKIKDENPLISTEEIIGLVQSDFSDISALSFESAGKTWTNLTAAEKKLVVLFPADALLVKAAQSKTDKLTSERYPKWKDGDKGNAFRHALWNAIMSKDIGKYLAEQFATAHEDHGVTDAVLKKEVWNGFNGVQHKNMDLHNNQMGRDCFYWYDLLPFDTTLADRVDEKIKNGEAKILVK
>NC_018065.1|WP_014822439.1|317554_318412_-|Rgg/GadR/MutR-family-transcriptional-regulator
MSNYGITIKSIRKNKGYTQKEVAANLFTQATYSNFEAAKTDILSFSFMHLLSQLQISSEELRFIHNGYQYDDEIEIAERFFNLPYNDREGILGILKLIEDYYLKGNSNIILNELKIICEALLIVESSGDLLVAREKVNKVWERISRFDQWYLVDIRIMNVVLYFFDCDVVIYITDKLVERLKVYQGFEDAKRLKKTLTINLSLILIKNGLITEALNRLEDFLRTHLSDLSYKALAVCFNRIAICYSHISKEKEKEYIKKIHSLLEIYEDESFKEILLLEYNKYCF
>NC_018065.1|WP_008405955.1|328677_329790_+|ABC-transporter-permease
MFLAIKEMKHAKKRFMMIGAIIMLIAWLVFILSGLGNGLSSLAAATMKNIDGDLFIYEEGSAATMMKTKVTGTIADDVEGQFGVKEAAKFGQSTVIVKSPDAKEKVDVAFLGIEPGKFIEPKVVAGKQMAAEDKMGVIIDETLQEKGYEIGDTIEVTSSSIELTVVGITKGETFNHLPSVFVNVDVWQSYAFAAPGSDNGLESPVAMVALQGANIDADKIENNYDEIETFTKSEAVMGMPGYKEESGTIYMMLAFLFIISAVIIAVFFYVFILQKTQQFGVMKAIGASNSFIKKSIISQVFVLSLISIIAGIVLTYLTALVFPEGMPFNLDFKMVLLYALVLLIVSVLGSVISARQVTKIDPLTAIGRVE
>NC_018065.1|WP_014822448.1|329790_330468_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein
MTGLVIKNVTKSFKEGDSTVDALKNVSLTVNPGEFIAIIGPSGSGKSTLLSIAGALLQPSTGEVLVNGTNIGKMKEKDLSAFRLTDVGFILQTSNLIPYLTVLDQLLLVRKMKGKVSTEDTKFAKTLLTELGLGDKFNKFPNELSGGERQRVAIARAFVNNSNIILADEPTASLDSKRAFEVVKQIRKEVKERNKAAVMVTHDERMLEFCDKVYRMEDGLLTLEG
>NC_018065.1|WP_008405952.1|330585_331299_+|ZIP-family-metal-transporter
MWLLGFLWTSSGIFIGGMIAWLFKGIKQRANIIYALCTGVILGLISFEILPEAIESGGWLSTIIGFVIGMMVFTVLHGSSHFKQGKESYSKEKYYIRTGLLLMLSFAVHNFPIGITLGANQEPVLTKALLQTLLFHSIPEGIILFIPLILAGLNIFTVLLISFLVSVPVALGVFIGSFFSIVHPLLNTAFMSFAMGMIFIVTVSEILYPALNNSSVFKILCCTLIGFGVIGYYLHLL
>NC_018065.1|WP_014822449.1|331400_332324_+|phosphotransferase-family-protein
MFDIKNYDTFKKIEAINKGWSDDKKFYIETVTNGKLLLRICDMAEYDKKKSEYEIIKRLADRGLPVSRPVDFGVCDNGKSVYSIFVWCDGEDAEKVLPNLTEVEQYSLGVKSGQILKEIHSIPAPAEQEDWGSHFNRKADSKIRLYQDCDVKIEGDDKIIRYIEENRHLLEGREQSFHHGDYHVGNMVISPQKELYVIDFNRSDFGDPWEEFNRIVWSATASPSFATGQLNGYFNGTPPMEFFSLLAFYISSNMLSSIPWAANYSEHDLNIMKNQAKNVLQWFDGMNNPVPTWYRRELNSVDLQRKS
>NC_018065.1|WP_008405950.1|332358_332568_+|hypothetical-protein
MGKEFWIPLLASFATIAVLYFIGYVANLDFLIFKISLSYTEIALLPIFVGAAVGIITERMLKRKAGEVK
>NC_018065.1|WP_014822450.1|332564_333278_+|class-I-SAM-dependent-methyltransferase
MIAYYYDQLHTWGKEDEYFMELLQLSKAKKIADLGCGTGRVTIELAKTGYEVTGIDPNEEAVHRAQSKENAELVSWIIGDSKSLTINSYDAVIMTANVAQVFITEESWSNVLQDVFTALKPGGQFIFDARNPQARAWEEWQKDETVEQLQDIYTLDLLLYWDEYEGLDRNVFTFYEKIKNVNTGITHEAKVQLIFRSLEEISSALKKAGFTTVNAYEDFTFQTATNQAKSFIFHCIK
>NC_018065.1|WP_041865679.1|333634_333964_+|hypothetical-protein
MEKTKKLMAGVSATALTLSLAGCGTSSSLPPKPTDQSCRDWDWSEEEGVWRCDESRSGHYGAYYYGGRYFNNRSALNSDSSYINYKNSDSFKAAKTSSGFGSGAKSFGG
>NC_018065.1|WP_014822452.1|333979_334378_+|DUF350-domain-containing-protein
MNGYLNFLSYLGVSLGLLIIGMVLFALSTPKIKEFQLIAQRNVAAAMLMGGKVVGLAIVLGAAAEYSISLMDMAIWGVIGIVAQVIVFFLAEILTIRFSIQKAIEEDNRAVGTMLLSLSIAVGLIVAKCISY
>NC_018065.1|WP_008405943.1|334395_334851_+|hypothetical-protein
MKRLIYYVEKGNGHYEPFYEYTETNVGIDEFYARQLCTYFIMRGTQYELVSNEMEEDVEVLVLKEMGRNLSGEDEKNFRERGIHIEFRSPNERENYRLLSRIPCDTHFEVIRYLLKNVVDIPSIGQMLVTSTEIDEDRGVYVIYVTEMKVS
>NC_018065.1|WP_014822453.1|334858_336067_+|glutathionylspermidine-synthase-family-protein
MTNSERRKFYASIDRFWADLYNEEYALYDVYEVTEEEVEKIRIATECTGKIFFKTAHLLRNLPDEALIEMGYPEETIPILRLKTLEAESVIARFDFIAHNGGYKCIEMNADTPTFIKELFVVNGQICKAFGMENPNNEMEEMLKSMVRKSVAQSIFSPDAHIVFTAHDDNIEDYYTTLYIMQFVPGAKFTPLHQLQIQKGVGLFDEDGKRIDLLYRPTFPIENLIQDEDDAQNRIGLWLMELVEQDLLTILNPPSAFLLQNKAVQAIIWGLHEERNAFFTTEEHEWIAEYFLPTYLEDSLFIEKGIRYVKKPVFGREGDTVEIFDEDGQLIKEDIQKSYHHYPKVYQQFIEQPKTTFRSEKGRQTGELLVGSFLISGKPAAIGLRVGGMITNNLSYYLPIGM

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NC_007581	Clostridium phage c-st, complete genome	41268-41297	7	0.767
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	AP008983	Clostridium phage c-st genomic DNA, complete genome	41268-41297	7	0.767
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NZ_CP013615	Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838A, complete sequence	353828-353857	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NZ_CP053974	Bacillus thuringiensis strain FDAARGOS_796 plasmid unnamed5, complete sequence	238-267	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NZ_CP031075	Bacillus mycoides strain BPN401 plasmid pl37, complete sequence	9233-9262	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	CP024688	Bacillus wiedmannii bv. thuringiensis strain FCC41 plasmid pFCC41-4-144K, complete sequence	52172-52201	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NZ_CP009346	Bacillus thuringiensis HD1002 plasmid 5, complete sequence	2014-2043	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NZ_CP045027	Bacillus thuringiensis strain JW-1 plasmid p5, complete sequence	2012-2041	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NC_005258	Bacillus phage Bam35c, complete genome	12893-12922	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	MN694088	Marine virus AFVG_250M454, complete genome	18600-18629	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	MN694007	Marine virus AFVG_250M456, complete genome	18630-18659	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	AY257527	Bacillus thuringiensis bacteriophage Bam35c, complete genome	12893-12922	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	AJ536073	Bacillus phage pGIL01, complete genome	12891-12920	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	CP013282	Bacillus phage pGIL02, complete sequence	2014-2043	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	MN694027	Marine virus AFVG_250M455, complete genome	33493-33522	8	0.733
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	CP037991	Bacillus mycoides strain TH26 plasmid unnamed1, complete sequence	324687-324716	9	0.7
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	NC_014023	Bacillus megaterium QM B1551 plasmid pBM700, complete sequence	144489-144518	9	0.7
NC_018065_1	1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder	328246-328275	30	MN694161	Marine virus AFVG_250M528, complete genome	35623-35652	9	0.7

1. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NC_007581 (Clostridium phage c-st, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

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    *..***    ****** *************

2. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to AP008983 (Clostridium phage c-st genomic DNA, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

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    *..***    ****** *************

3. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013615 (Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838A, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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   ******** **** *********   *

4. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053974 (Bacillus thuringiensis strain FDAARGOS_796 plasmid unnamed5, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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5. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP031075 (Bacillus mycoides strain BPN401 plasmid pl37, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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 *  ****** *** ************ . 

6. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to CP024688 (Bacillus wiedmannii bv. thuringiensis strain FCC41 plasmid pFCC41-4-144K, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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 *  ****** *** ************ . 

7. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP009346 (Bacillus thuringiensis HD1002 plasmid 5, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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. .  *.***************** * ***

8. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045027 (Bacillus thuringiensis strain JW-1 plasmid p5, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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. .  *.***************** * ***

9. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NC_005258 (Bacillus phage Bam35c, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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. .  *.***************** * ***

10. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to MN694088 (Marine virus AFVG_250M454, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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 ..*** ******* ***********. *.

11. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to MN694007 (Marine virus AFVG_250M456, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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 ..*** ******* ***********. *.

12. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to AY257527 (Bacillus thuringiensis bacteriophage Bam35c, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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. .  *.***************** * ***

13. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to AJ536073 (Bacillus phage pGIL01, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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. .  *.***************** * ***

14. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to CP013282 (Bacillus phage pGIL02, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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. .  *.***************** * ***

15. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to MN694027 (Marine virus AFVG_250M455, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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 ..*** ******* ***********. *.

16. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to CP037991 (Bacillus mycoides strain TH26 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

tccaaagaatataattgaatttaatttcgt	CRISPR spacer
ctgttggaatattattgaatttattttcgg	Protospacer
..   .****** ********** ***** 

17. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to NC_014023 (Bacillus megaterium QM B1551 plasmid pBM700, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

tccaaagaatataattgaatttaatttcgt	CRISPR spacer
ataaaagaatatatttgaatttaaagatat	Protospacer
 . ********** **********   ..*

18. spacer 1.1|328246|30|NC_018065|CRISPRCasFinder matches to MN694161 (Marine virus AFVG_250M528, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

tccaaagaatataattgaatttaatttcgt	CRISPR spacer
gcatcttgatataattgaattaaatttcgg	Protospacer
 *     .************* ******* 

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	842532 : 860216	18	Acinetobacter_phage(60.0%)	transposase,coat	NA
DBSCAN-SWA_2	1202321 : 1211163	10	Staphylococcus_phage(85.71%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	1490013 : 1569484	111	Bacillus_phage(36.59%)	tRNA,portal,capsid,transposase,terminase,integrase,tail,head,protease,plate	attL 1492990:1493007|attR 1576318:1576335
DBSCAN-SWA_4	1977233 : 2020757	48	Bacillus_phage(45.45%)	transposase,protease,integrase	attL 2010108:2010126|attR 2023079:2023097

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_018065|842532:860216|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_014822793.1|846607_846841_+	glutaredoxin family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014822792.1|854811_855114_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081483418.1|855110_856001_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.4e-48	35.7
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WP_014822800.1|857426_858842_+	DHA2 family efflux MFS transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_081483418.1|859325_860216_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.4e-48	35.7

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_018065|1202321:1211163|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_018065|1202321:1211163|1206436_1206904_+|WP_014823065.1|DBSCAN-SWA
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MEKNNVYVSVANLTCNLHPGSSYEFVLKMEPQKARVFMKLFNQMQHLEASNAFRAHMPFIPYHLDRLNHEIDHRLKKVYALIHEFGDEEAKKFVEQLPYFTR
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MSLPIVLIIILTIMGIFAFSIILLARKNSVSLKQTDDSKPIRTYKNGEQKQQ
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>NC_018065|1202321:1211163|1205490_1205934_+|WP_014823063.1|DBSCAN-SWA
MAKKQLNTQLNDLVATWSVMYTKLHNYHWYVNGPSFFTLHVKFEELYNEVTLNLDEIAERILTKGGKPVATLKEHLELSLIEEASGKEETEEMVSKLIEDFKTIMGALNKAMETASEEGDDRTEDLLNAQFQSLEKHTWMLNAYLGN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_014823060.1|1202321_1203758_+	o-succinylbenzoate--CoA ligase	A0A2H4PQM9	Staphylococcus_phage	5.1e-64	31.6
WP_014823061.1|1203810_1204797_-	zinc ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_051032358.1|1204853_1205132_-	membrane protein insertion efficiency factor YidD	A0A2H4PQM5	Staphylococcus_phage	1.6e-22	64.8
WP_014823062.1|1205128_1205287_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823063.1|1205490_1205934_+	DNA starvation/stationary phase protection protein	A0A0A7RTZ1	Clostridium_phage	1.5e-38	54.9
WP_014823064.1|1206062_1206371_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014823065.1|1206436_1206904_+	NUDIX domain-containing protein	A0A2H4PQM4	Staphylococcus_phage	1.2e-14	31.5
WP_014823066.1|1206887_1207691_+	S9 family peptidase	A0A2H4PQM6	Staphylococcus_phage	1.5e-33	37.3
WP_008408153.1|1207801_1209388_-	phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)	A0A2H4PQN1	Staphylococcus_phage	1.7e-193	64.4
WP_008408155.1|1209966_1211163_+	methionine adenosyltransferase	A0A2H4PQS6	Staphylococcus_phage	1.4e-160	74.6

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_018065|1490013:1569484|DBSCAN-SWA
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MAEYTELHLEGLSIVEKRLVKAYATSIMGGVRTIESVQPEKLKPYVELEIAEREIAALT

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_169797430.1|1491542_1493885_+	endopeptidase La	A0A0R6PGP8	Moraxella_phage	6.2e-176	42.5
1492990:1493007	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_014823250.1|1494589_1494763_+	YjfB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823251.1|1494903_1496601_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041865712.1|1496678_1498112_+	S-layer homology domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823252.1|1498124_1501085_+	VWA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_008405180.1|1501431_1502787_+|tRNA	glutamyl-tRNA reductase	NA	NA	NA	NA
WP_008405182.1|1502926_1503754_+	cytochrome c biogenesis protein CcsA	NA	NA	NA	NA
WP_014823253.1|1503777_1504710_+	hydroxymethylbilane synthase	NA	NA	NA	NA
WP_014823254.1|1504699_1505443_+	uroporphyrinogen-III synthase	NA	NA	NA	NA
WP_014823255.1|1505439_1506420_+	porphobilinogen synthase	NA	NA	NA	NA
WP_008405189.1|1506421_1507711_+	glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase	NA	NA	NA	NA
WP_008405190.1|1507766_1508375_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823256.1|1508418_1508610_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823257.1|1509150_1511793_+|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A1V0S951	Catovirus	5.9e-159	41.9
WP_014823258.1|1511887_1513159_+	bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_014823259.1|1513155_1514403_+	bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_014823260.1|1514671_1515763_-|integrase	site-specific integrase	H0UST3	Bacillus_phage	2.0e-84	48.6
WP_014823261.1|1515969_1516185_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014823262.1|1516158_1516302_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081483427.1|1516298_1516817_-	helix-turn-helix domain-containing protein	A0A1B2LRR8	Wolbachia_phage	7.1e-08	28.4
WP_014823264.1|1516873_1517110_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0B5A7F0	Streptococcus_phage	2.3e-06	42.6
WP_041865852.1|1517129_1517336_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014823266.1|1517325_1517466_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823267.1|1517480_1517753_+	AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein	A0A2I7SC16	Paenibacillus_phage	3.5e-14	63.5
WP_014823268.1|1517753_1518194_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823269.1|1518183_1518441_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823270.1|1518517_1518724_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823271.1|1518707_1518893_+	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014823272.1|1518966_1519641_+	hypothetical protein	A0A2H4JB05	uncultured_Caudovirales_phage	4.9e-41	44.2
WP_014823273.1|1519640_1520129_+	siphovirus Gp157 family protein	A0A2H4J2J6	uncultured_Caudovirales_phage	6.2e-22	35.8
WP_014823274.1|1520160_1520556_+	2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_148271503.1|1520552_1520813_+	hypothetical protein	A0A1B1P7N6	Bacillus_phage	1.5e-14	45.9
WP_014823276.1|1520812_1521511_+	AAA family ATPase	A0A1B2AQ06	Phage_Wrath	6.9e-99	78.9
WP_014823277.1|1521510_1521984_+	DUF669 domain-containing protein	A0A2H4J986	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-68	80.9
WP_041865853.1|1522070_1522328_+	DUF1599 domain-containing protein	A0A142F1S9	Bacillus_phage	1.2e-16	53.7
WP_014823279.1|1522333_1524724_+	primase	A0A1B2AQ05	Phage_Wrath	0.0e+00	68.6
WP_041865854.1|1525041_1525476_+	hypothetical protein	A0A2H4JFQ6	uncultured_Caudovirales_phage	2.5e-22	40.1
WP_014823280.1|1525476_1525689_+	hypothetical protein	A0A142F1S0	Bacillus_phage	1.2e-14	65.0
WP_014823281.1|1525692_1526241_+	ERCC4 domain-containing protein	A0A2H4J819	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-38	45.6
WP_014823282.1|1526241_1526487_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823283.1|1526496_1526697_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823284.1|1526693_1527554_+	DNA cytosine methyltransferase	A0A286QMX8	Streptococcus_phage	2.5e-82	55.6
WP_014823285.1|1527597_1527744_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823286.1|1527786_1528086_+	pyrophosphatase	D2IZR4	Enterococcus_phage	2.0e-31	71.7
WP_014823287.1|1528113_1528311_+	hypothetical protein	A8ASN5	Listeria_phage	5.1e-07	49.1
WP_014823289.1|1528557_1528953_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823290.1|1529073_1529361_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823291.1|1529375_1529792_+	DUF722 domain-containing protein	G4KNP7	Staphylococcus_phage	1.3e-12	31.2
WP_014823292.1|1530222_1530390_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823293.1|1530386_1530725_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823294.1|1530727_1531057_+	HNH endonuclease	A0A1S5SFB3	Streptococcus_phage	2.0e-16	49.5
WP_014823295.1|1531184_1531532_+	membrane protein	D2XR14	Bacillus_phage	5.4e-12	41.3
WP_014823296.1|1531528_1533214_+|terminase	terminase large subunit	D2XR15	Bacillus_phage	8.3e-223	67.7
WP_081483468.1|1533319_1534381_+|portal	phage portal protein	A0A0U4IIQ9	Bacillus_phage	1.3e-117	60.9
WP_014823298.1|1534370_1535108_+|protease	Clp protease ClpP	A0A2H4JC91	uncultured_Caudovirales_phage	1.2e-93	69.9
WP_014823299.1|1535132_1536290_+|capsid	phage major capsid protein	A0A0U4JIF4	Bacillus_phage	2.4e-173	81.7
WP_014823300.1|1536334_1536517_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823301.1|1536529_1536847_+	hypothetical protein	A0A0U4K528	Bacillus_phage	2.1e-23	60.2
WP_014823302.1|1536812_1537169_+|head	phage head closure protein	A0A0H4A748	Pseudoalteromonas_phage	8.6e-05	29.0
WP_014823303.1|1537168_1537582_+	HK97 gp10 family phage protein	NA	NA	NA	NA
WP_158310111.1|1537647_1538034_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051032384.1|1538036_1539101_+|tail	phage tail sheath subtilisin-like domain-containing protein	A0A0A8WJL8	Clostridium_phage	4.0e-74	46.6
WP_014823305.1|1539116_1539566_+|tail	phage tail tube protein	A0A090DCP2	Clostridium_phage	4.7e-16	34.0
WP_014823306.1|1539625_1540048_+	alcohol dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_014823307.1|1540273_1541068_+|tail	phage tail tape measure protein	A0A0S2SXL7	Bacillus_phage	1.7e-37	41.8
WP_014823308.1|1541242_1542526_+	hypothetical protein	A0A0S2SXL7	Bacillus_phage	1.3e-21	42.2
WP_014823309.1|1542542_1542959_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823310.1|1542958_1543897_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823311.1|1543897_1544323_+	DUF2577 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823312.1|1544322_1544775_+	DUF2634 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823313.1|1544774_1545818_+|plate	baseplate J/gp47 family protein	A0A0A7RUN3	Clostridium_phage	7.5e-41	32.6
WP_014823314.1|1545814_1546162_+	hypothetical protein	A0A1B1INQ1	uncultured_Mediterranean_phage	7.6e-06	33.0
WP_014823315.1|1546172_1546988_+	DUF2313 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823316.1|1546987_1547806_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823317.1|1547810_1547999_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823318.1|1548000_1548180_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823319.1|1548325_1548502_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823320.1|1548583_1548964_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823321.1|1548947_1549268_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823322.1|1549282_1549534_+	PTS mannose transporter subunit IID	Q4ZD59	Staphylococcus_phage	2.4e-17	53.8
WP_014823323.1|1549535_1550315_+	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	I1TLF9	Bacillus_phage	4.6e-19	35.2
WP_158310112.1|1550404_1550809_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823325.1|1550890_1551100_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823326.1|1551187_1551694_-	hypothetical protein	D2XR34	Bacillus_phage	2.5e-13	48.8
WP_014823327.1|1551763_1552342_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_070099549.1|1552356_1552902_-	replication-relaxation family protein	A0A1S5QTS6	Bacillus_phage	4.1e-46	48.9
WP_014823329.1|1552888_1554187_-	cell division protein FtsK	A0A1S5QTS4	Bacillus_phage	2.0e-139	59.1
WP_014823330.1|1554448_1554661_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_008405194.1|1554889_1555486_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823332.1|1555591_1556185_+	septum formation protein Maf	NA	NA	NA	NA
WP_173364542.1|1556214_1556895_+	DNA repair protein RadC	NA	NA	NA	NA
WP_008405197.1|1557422_1558439_+	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823333.1|1558451_1559369_+	rod shape-determining protein MreC	NA	NA	NA	NA
WP_008405199.1|1559368_1559887_+	rod shape-determining protein MreD	NA	NA	NA	NA
WP_014823334.1|1559978_1560647_+	septum site-determining protein MinC	NA	NA	NA	NA
WP_039966703.1|1560734_1561532_+	septum site-determining protein MinD	NA	NA	NA	NA
WP_014823335.1|1561651_1562191_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_008405204.1|1562191_1562803_+	M50 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_008405205.1|1562940_1563249_+	50S ribosomal protein L21	NA	NA	NA	NA
WP_008405207.1|1563265_1563607_+|protease	ribosomal-processing cysteine protease Prp	NA	NA	NA	NA
WP_008405208.1|1563620_1563917_+	50S ribosomal protein L27	NA	NA	NA	NA
WP_008405211.1|1564106_1564622_+	Spo0B domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823336.1|1564634_1565924_+	GTPase ObgE	NA	NA	NA	NA
WP_008405215.1|1565941_1566397_+	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014823337.1|1566570_1567443_+	prephenate dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_008405219.1|1567453_1567843_+	thiol-disulfide oxidoreductase DCC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_081483428.1|1568292_1568946_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	4.7e-41	42.8
WP_081483429.1|1568828_1569185_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014822792.1|1569181_1569484_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
1576318:1576335	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NC_018065|1977233:2020757|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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