CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP012416	Piscirickettsia salmonis strain PM15972A1 plasmid pPSA1-3, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP012413	Piscirickettsia salmonis strain PM15972A1 chromosome, complete genome	3 crisprs	RT,DinG,DEDDh,cas3,csa3	1	2	32	12
NZ_CP012415	Piscirickettsia salmonis strain PM15972A1 plasmid pPSA1-2, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP012414	Piscirickettsia salmonis strain PM15972A1 plasmid pPSA1-1, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP012417	Piscirickettsia salmonis strain PM15972A1 plasmid pPSA1-4, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0

1. NZ_CP012413

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP012413_1

• CRISPR_ID: NZ_CP012413_1
• CRISPR_location: 1349300-1349406
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP012413_1

Consensus_repeat	Method
GCGCTTGATAATCTCCCTTTGTTTATTAAAATGCAAGA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP012413_1

>1.1|1349338|31|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder
CCTAGGATTAAGTCAGAATCGTATTGAAAAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP012413_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP012413_1

>merge|NZ_CP012413|1|1349300-1349406|CRISPRCasFinder
GCGCTTGATAATCTCCCTTTGTTTATTAAAATGCAAGACCTAGGATTAAGTCAGAATCGTATTGAAAAAGCGCTTAATAATCTCCCTTTGTTTATTAAAATGCAAGA

>NZ_CP012413|1|1|1349300-1349406|CRISPRCasFinder
GCGCTTGATAATCTCCCTTTGTTTATTAAAATGCAAGA	CCTAGGATTAAGTCAGAATCGTATTGAAAAA
GCGCTTAATAATCTCCCTTTGTTTATTAAAATGCAAGA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP012413.1|WP_051307365.1|1346968_1347229_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016210752.1|1337150_1337948_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|368573
NZ_CP012413.1|WP_016210799.1|1355595_1356549_+|chemotaxis-protein-CheV	unknown	unknown	gnl|CDD|223905
NZ_CP012413.1|WP_016212185.1|1342033_1343023_+|rhodanese-related-sulfurtransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|223982
NZ_CP012413.1|WP_016210751.1|1334861_1336667_-|DEAD/DEAH-box-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|236941
NZ_CP012413.1|WP_098082828.1|1350110_1350368_+|transposase	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016211834.1|1346396_1346711_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016210749.1|1338117_1338579_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_129556641.1|1333511_1334774_+|cation:dicarboxylase-symporter-family-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|224736
NZ_CP012413.1|WP_054300338.1|1351399_1352965_-|APC-family-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|223605
NZ_CP012413.1|WP_075273540.1|1354365_1354977_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016210800.1|1353171_1353999_-|thioredoxin-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|239321
NZ_CP012413.1|WP_054300334.1|1347248_1347737_+|protein-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|270916
NZ_CP012413.1|WP_129556527.1|1355161_1355422_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016210795.1|1358458_1359430_-|ABC-transporter-substrate-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|270361
NZ_CP012413.1|WP_016212182.1|1341514_1341700_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016210748.1|1338877_1340833_-|transglycosylase-SLT-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|183236
NZ_CP012413.1|WP_052104738.1|1357546_1358353_+|methyltransferase-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226472
NZ_CP012413.1|WP_036779544.1|1350367_1351375_+|IS3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|366234
NZ_CP012413.1|WP_016210791.1|1356971_1357172_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP012413.1|WP_016210752.1|1337150_1337948_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|368573	pfam05708, Peptidase_C92, Permuted papain-like amidase enzyme, YaeF/YiiX, C92 family. Amidase_YiiX is a family of permuted papain-like amidases. It has amidase specificity for the amide bond between a lipid and an amino acid (or peptide). From the structure, a tetramer, each monomer is made up of a layered alpha-beta fold with a central, 6-stranded, antiparallel beta-sheet that is protected by helices on either side. The catalytic Cys154 in UniProtKB:Q74NK7, Structure 3kw0, is located on the N-terminus of helix alphaF. The two additional helices located above Cys154 contribute to the formation of the active site, where the lysine ligand is bound.	2.13986e-06
NZ_CP012413.1|WP_016212185.1|1342033_1343023_+|rhodanese-related-sulfurtransferase	gnl|CDD|223982	COG1054, COG1054, Predicted sulfurtransferase [General function prediction only].	3.74089e-160
NZ_CP012413.1|WP_016210751.1|1334861_1336667_-|DEAD/DEAH-box-helicase	gnl|CDD|236941	PRK11634, PRK11634, ATP-dependent RNA helicase DeaD; Provisional.	0
NZ_CP012413.1|WP_016210795.1|1358458_1359430_-|ABC-transporter-substrate-binding-protein	gnl|CDD|270361	cd13643, PBP2_BCP_2, Substrate-binding domain of osmoregulatory ABC-type glycine betaine/choline/L-proline transport system-like; the type 2 periplasmic-binding protein fold. This subfamily is part of a high affinity multicomponent binding-protein-dependent transport system specific to certain quaternary ammonium compounds for osmoregulation. The periplasmic substrate-binding domain, which is often fused to the permease component of the ATP-binding cassette transporter complex, is involved in uptake of osmoprotectants (also termed compatible solutes) such as glycine betaine, proline betaine, choline, and carnitine. Many microorganisms accumulate these compatible solutes in response to high osmolarity to offset the loss of cell water. This domain belongs to the type 2 periplasmic binding fold protein superfamily (PBP2). The PBP2 proteins are typically comprised of two globular subdomains connected by a flexible hinge and bind their ligand in the cleft between these domains in a manner resembling a Venus flytrap.	1.06046e-118
NZ_CP012413.1|WP_129556641.1|1333511_1334774_+|cation:dicarboxylase-symporter-family-transporter	gnl|CDD|224736	COG1823, COG1823, Predicted Na+/dicarboxylate symporter [General function prediction only].	2.59319e-84
NZ_CP012413.1|WP_054300338.1|1351399_1352965_-|APC-family-permease	gnl|CDD|223605	COG0531, PotE, Amino acid transporters [Amino acid transport and metabolism].	2.08501e-34
NZ_CP012413.1|WP_016210800.1|1353171_1353999_-|thioredoxin-domain-containing-protein	gnl|CDD|239321	cd03023, DsbA_Com1_like, DsbA family, Com1-like subfamily; composed of proteins similar to Com1, a 27-kDa outer membrane-associated immunoreactive protein originally found in both acute and chronic disease strains of the pathogenic bacteria Coxiella burnetti. It contains a CXXC motif, assumed to be imbedded in a DsbA-like structure. Its homology to DsbA suggests that the protein is a protein disulfide oxidoreductase. The role of such a protein in pathogenesis is unknown.	1.60773e-43
NZ_CP012413.1|WP_054300334.1|1347248_1347737_+|protein-kinase	gnl|CDD|270916	cd14014, STKc_PknB_like, Catalytic domain of bacterial Serine/Threonine kinases, PknB and similar proteins. STKs catalyze the transfer of the gamma-phosphoryl group from ATP to serine/threonine residues on protein substrates. This subfamily includes many bacterial eukaryotic-type STKs including Staphylococcus aureus PknB (also called PrkC or Stk1), Bacillus subtilis PrkC, and Mycobacterium tuberculosis Pkn proteins (PknB, PknD, PknE, PknF, PknL, and PknH), among others. S. aureus PknB is the only eukaryotic-type STK present in this species, although many microorganisms encode for several such proteins. It is important for the survival and pathogenesis of S. aureus as it is involved in the regulation of purine and pyrimidine biosynthesis, cell wall metabolism, autolysis, virulence, and antibiotic resistance. M. tuberculosis PknB is essential for growth and it acts on diverse substrates including proteins involved in peptidoglycan synthesis, cell division, transcription, stress responses, and metabolic regulation. B. subtilis PrkC is located at the inner membrane of endospores and functions to trigger spore germination. Bacterial STKs in this subfamily show varied domain architectures. The well-characterized members such as S. aureus and M. tuberculosis PknB, and B. subtilis PrkC, contain an N-terminal cytosolic kinase domain, a transmembrane (TM) segment, and mutliple C-terminal extracellular PASTA domains. The PknB subfamily is part of a larger superfamily that includes the catalytic domains of other protein STKs, protein tyrosine kinases, RIO kinases, aminoglycoside phosphotransferase, choline kinase, and phosphoinositide 3-kinase.	6.10209e-13
NZ_CP012413.1|WP_016210799.1|1355595_1356549_+|chemotaxis-protein-CheV	gnl|CDD|223905	COG0835, CheW, Chemotaxis signal transduction protein [Cell motility and secretion / Signal transduction mechanisms].	4.08417e-34
NZ_CP012413.1|WP_016210748.1|1338877_1340833_-|transglycosylase-SLT-domain-containing-protein	gnl|CDD|183236	PRK11619, PRK11619, lytic murein transglycosylase; Provisional.	1.01987e-91
NZ_CP012413.1|WP_052104738.1|1357546_1358353_+|methyltransferase-domain-containing-protein	gnl|CDD|226472	COG3963, COG3963, Phospholipid N-methyltransferase [Lipid metabolism].	1.28417e-38
NZ_CP012413.1|WP_036779544.1|1350367_1351375_+|IS3-family-transposase	gnl|CDD|366234	pfam00665, rve, Integrase core domain. Integrase mediates integration of a DNA copy of the viral genome into the host chromosome. Integrase is composed of three domains. The amino-terminal domain is a zinc binding domain pfam02022. This domain is the central catalytic domain. The carboxyl terminal domain that is a non-specific DNA binding domain pfam00552. The catalytic domain acts as an endonuclease when two nucleotides are removed from the 3' ends of the blunt-ended viral DNA made by reverse transcription. This domain also catalyzes the DNA strand transfer reaction of the 3' ends of the viral DNA to the 5' ends of the integration site.	8.8404e-24

Protein sequences

>NZ_CP012413.1|WP_054300334.1|1347248_1347737_+|protein-kinase
MPFFPGDSFNAALTKDPDSVDEIILAVALELQRIHQSGVIHGDIRSDNIIIEEKNGIFNAKFIDFGWAYEYPSDDNVIVTKCSYFAPERAKIDLKAHPSQDIYSFGWMLGIAHDLVKEIPEKFYGFLIGANEEDPVLRPELRLLIKANLCPTLGECYTQLVK
>NZ_CP012413.1|WP_051307365.1|1346968_1347229_+|hypothetical-protein
MPILEYQRPRSGSVIERRLESGVVESYQSIRDLGQGGNGSVRLFASKTALERYAVKRPLEVQRHSLDYLKLEERLSKRRSFIFSNF
>NZ_CP012413.1|WP_016211834.1|1346396_1346711_-|hypothetical-protein
MNQDTELSLSEEKEQKNFESLCDMLYECTIKTINQHTASFNEDELIFKQPIFMHINAAAQVLNAMINDAGDVLAEQHNEVTPELAVNELKKLTHSILFGDDHSH
>NZ_CP012413.1|WP_016212185.1|1342033_1343023_+|rhodanese-related-sulfurtransferase
MNQVVVAAMYKFARLPDYKDIQPKLLAFCKAQGIKGTLLLAQEGINGTVSGSRQAIDNLLNFLKSDSRLRALEHKESYLDAAEVPFYRMRVKLKKEIVTLGVDGIDPNEIVGHYVKAQNWNALISDPDVIVVDTRNDYEYDIGTFKRAENPNTETFREFPEYVEKNLDPKKHKKVAMFCTGGIRCEKSTAYMLKQGFEEVYHLEGGILKYLEEVPKEESLWEGECFVFDNRVSVNHDLEKGQYDQCHGCRYPITEQEKASSLYIEGVSCPYCYNNLSDEQKARFSERQRQMALAKHRGHQHIGDSIELAKQVKRQKRKAQVEACQTKQK
>NZ_CP012413.1|WP_016212182.1|1341514_1341700_+|hypothetical-protein
MKSMKKHSKLEAEIAIEPADVIEMTMTELSTRRAEAMEAIESGKFIQIVKHKKPIGMLVPF
>NZ_CP012413.1|WP_016210748.1|1338877_1340833_-|transglycosylase-SLT-domain-containing-protein
MPYYTFIYLIALMVSLFITQSFYAANYLNHSLDKQRIFFHQAEQHLKKSRLQSFKKELKKLTHYPLYPYLRYQELIRQLQLGFLPNNKIKHFLNQYQNTIFHDRLHRQWMIHLYNKKWWKTLIKYYQPATKSTAMQCRYLWARYQLNYQQQSLHAFKKVWLQGRSLPKVCDRLISALRKHKQLTNSLAWQRITLAMQKRNYQLAGYLARFLSSQDKKALTLWRILRRHPEKMTKTSLIRAAGNKANYIANDTLLQLAKRKPEYAITIWPRLKSKFSLTKQQKIAITKSIALHLALKKSSKTSHWMEKVPDQDQSLTLTSWNIRTALYQQRWQHALTLINTLPPNEYDSHLWQYWKARALEQLGQITQAKKVYKRLAKHRDYYGFLASNKLQQPYQLNRKAVNISKHILSNVSKKPGIRRAYEFKKTGHPGLARSEWVYAINQFTETEKLAAAKLAHDWGWYNLSVLTTTKTKHRDDLKLRFPMAHYRAILRNAKRYEISPAWVFSVARQESIFHEHAYSPVGARGIMQLMPTTARYIAGKIQIRHYTSKLLDANHNIALGTAYLKRLLERYDNRLILALAAYNAGISRVNQWLPERNPIAADLWIETIPYKETRSYIKNILAYTVVYNARLGHTTKMAQQLVNVPTLKQIS
>NZ_CP012413.1|WP_016210749.1|1338117_1338579_+|hypothetical-protein
MSKIKSLKPFVHEITVDVHFSKKQAMHIRKLGQNLDLRVITPKAMVRLGEQLFTAKLISAIDLMSLLQPGFNQNYGEVAAQMGVQLKQPPALMNAIQFYYESWQKKIRQKGVNSQQRLLARREYHLMLALQKSLGLPVDGKMIQAKKTVIEDL
>NZ_CP012413.1|WP_016210752.1|1337150_1337948_-|hypothetical-protein
MQLLNRPLVKWLLKEEPPPSTPLCDYERICYEIRPCDVLLVEGRSRLSDVIQVITRSPWSHSALYIGRSQDIENLHIRQFIEDNYDGSPQDQLVIEGYLGQGTVINLLDDYKYSHIRICRPRGLSRKDVQQVIAYAASKVGSAYNVRQIFDLFRLLLPWTILPRSWRSSLFHHNLGDPTRTVCSTMIAEAFNVVDFPILPDLHTSEDGKMALHIRNPRLFTPRDFDYSPYFEIIKYPFISIDDHMPAYKNLPWQKGRPQDLPTEK
>NZ_CP012413.1|WP_016210751.1|1334861_1336667_-|DEAD/DEAH-box-helicase
MSSTIGFDKLGINDNILNSISELGYETPSPIQEQSIPVLLNQQDILAQAQTGTGKTAAFALPILTQLSLKHNQPQALVLAPTRELAIQIAEAFQRYAKYLPGFHVLPIYGGQEFRSQLRALKRGVHIVVGTPGRIMDHMRRETLPLESLKTVVLDEADEMLKMGFIDDVKWILQQIPTEHQTALFSATLPPSIKGIASQHLVEPVHIQIKSTTNTVSTIEQSYMITSKHHKLEALTRYLELEEFDAVIVFARTKIATTELAERLEARGYSAAAMNGDMNQASREQVIKRIKNGAIDIVIATDVAARGIDVNRITHVVNFDIPHDPESYVHRIGRTGRAGRDGKALLFVSPRERRLLKDLERVTRQPIKAITPPTANEITEKREESFKKQIINTINETTDLDYYRNLIESLLPLSEKSELDIAAALAYMAQKQKPLQMQKEDPKALSFESPHDRGGRHEPSQRERRTRQAIQTAEHGMSRCRLEVGHRHRIQPSDIVGVLANEGNITHKAIGRIHIFDDYSLVDLTSKVTNQVIELTHQCRVKGHPIKIKPATDKDNQEGQSNNHGRRSHSRDRDSGFKRRRSNSSHNGQSQSQSRTRKKIS
>NZ_CP012413.1|WP_129556641.1|1333511_1334774_+|cation:dicarboxylase-symporter-family-transporter
MKFNGLVLIALITGVGLGALARFSLVSDHFAMADLNSVFHLVGEGYIDLLKMLVIPLVFTSLVSALLSLSDKGAANFRLSAIRFVVMLLVLTGISAGIGMLMGMAFNLGTGLVIPGVDLQPGHHYTGVVDTILGMLPTNPIAAMASGNAAALALFSIFIGAAALVVKKSKIADIKPFEGFIQSTFEISKQLARFVVALTPYGVLALIANVASATGASSLLSVLSYLVAIYVAMALVFALHLVILAAQGISPTYYLKHAYKALLVAFTTRSSFGTLPVTEETLRQKFKIHPDLATFAPTIGSSIGFNACAGVFPAMLVVMAMTIMHEPVTWQIIVMVMFINAIASLGISGIPGTASIAAAVTLSTLGLPYAVIAIVQGVDPIVDMGRTATNVNGVMASALTVDKYLATEETQARSIKAEAL
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>NZ_CP012413.1|WP_036779544.1|1350367_1351375_+|IS3-family-transposase
MDEINKLSKEKNVTAIALCKAVSMPRATYYRQQKKGTLEKKPAFKPSNAIDNQEKDQIIELLHSERFIDSTPYQTFYTLLDEGHYYCSIRTMYRLLTEHSGTKDRRIQRNHRNAIKPELIATTPNQVWSWDITKLLSTKRLVYYHLYVILDIFSRYAVGWLIADRECQDLAYQLIEATALRQGVQKGSLTLHADNGPSMTSGTVGDLLENAGIIKSHNRPYTSNDNPFSESQFKTLKYCPQFPKRFDNIKEAELFSQDFFKWYNSMHYHSGRCFLTPESVHYGLSDGILDKRHDTLMSAYIENPSRFNNKPPVRKILKPAYINPPQTVIIQGVQK
>NZ_CP012413.1|WP_054300338.1|1351399_1352965_-|APC-family-permease
MIGSGWLFSSYYAAKITGAAACLSWITTSVVILLLGLCLAEIATLYPKRGLMARLLTLSHNKEFAFICTISTWLGLTAVIATEAEGSVQYISSLSDSFGPMIFNNQIHQLTSLGLIIAIVMILSFGLINFWGIKILSKSNVALTTCKIAIPLVTGLSVMFAAFHHQNFHNDHAPLLNYGPSSVFIAMIGAGMIYSFNGFQNILSFSSEARQPTRDIPLAIIFSILITLAIYLVLQIAFIGALSPHILEQGWQSLNFTSPFVQLTALLNLNFITIILYADSVISPSGTGLIYTGSTTRLLTAMSQDGQMPRFFNKIGAYNFSRRSLMFTVGFSIIFLLLFRSWSALVSFLSLFYVISYMSIPLSLSKLHQQNLVGKFRAPLPKLLLPVIFAFLSLLFIFSKFPYTGDVALFTVIAYAAYLLSQFKLATDLNHFKKTVKHSSLMVIYIIILAALSSIGPKEYGGYNLLSKLQFFPSVIFVSFIMYRLSLAWIRDKATETQVIKISPTLQRNVSGEMRQNYRFS
>NZ_CP012413.1|WP_016210800.1|1353171_1353999_-|thioredoxin-domain-containing-protein
MKKYLFASLSLVTPFVLSNAFAANTTTFTAAQQEKIGEIAAQYIINHPEVLIQAGQKLQQQQMKAQEKQQITAVLHAKKQLLSDPKTPTVGPSNAKVAVVEFFDYQCVFCSKVAPAIEKIMKDNPKVKFVFKDFPIFGQRWPTSTYAAEVGLVAYKQGGAKMYMNYHNGIYATGKDEGKLTNKDVDMVAKKAGVDLTKDKTLLSAGKTPPPSIQANFQLAGEALGLRGTPALVIMPTSGANEKNVTVFAGYPANPQGGTAAAVTAIQQAIDKASQ
>NZ_CP012413.1|WP_075273540.1|1354365_1354977_+|hypothetical-protein
MSKVIAICPLLVGCTFLCSTSAESESDPSVSQDAQFITEVARSVMQDDISQSIVTECKSMNTESQSALIAEKNHYVPTKKAIQHMETAILEYGSNLADHYEREHPSTMLVTYRGWITSKQCINKLKETVMRAAQALICLGKEQNAVRDSAQLLLIDTVEAVAMKQDYGVSEDQEDQPCAIGWSSTMTYYGLKALDQALVTSKH
>NZ_CP012413.1|WP_129556527.1|1355161_1355422_+|hypothetical-protein
MSANSNSKIDVIALTVSGQVEKKIRVECNSLATDHVTDDLASKTNRDRAWQIYSSSYERCMAEALDMMRQDLLAVSIQPQLRPEIN
>NZ_CP012413.1|WP_016210799.1|1355595_1356549_+|chemotaxis-protein-CheV
MRANLLENIDSRTKLVGRNRFEALVFSIHGRQYAINVFKVREVLHLPELTVLPESHPAVLGVVHIRNQSLAVIDTCQAIFAKKTLDPLSGILIVTEYNHSVQGFLVHEIHHIINATWENVIAAPEATGKDKYITSVLKINEEGATSLIQVIDVEKVIYEIHPAQYDIKVSTNTLENVVIEQAPHYTALVVDDSLIARKQVKKALDTIGVKSILMRNGREALDYLINVLPGAGGDITQKYLMVIADVEMPEIDGYAFIKACREHPGLKNLFIILNTSITGVFNENDIQQTGCNEFIGKVNPQKIIECARMQILNRASQ
>NZ_CP012413.1|WP_016210791.1|1356971_1357172_-|hypothetical-protein
MPGDEKKKAAKTSTRENQSSLIDSEASSLPPTLLFYTDSLSLIDQGQDIPIGSKKESSCPTCCLVM
>NZ_CP012413.1|WP_052104738.1|1357546_1358353_+|methyltransferase-domain-containing-protein
MKLGEGSLKEKMVFIERATDQSIPTPWQLFSRLIYRYWFLKYPWQMSKFLGRQSKRLWLWFWLSSCNRSSGLKKVDNSIKNTLEKYGLTLGFFKAAIANPRATGAVLPSSRFLVREMVTHVVQMPERYVVELGAGTGVITQELLSSGVSPGQLIAIEYDKNLARKLAARFPDILVICGNAVELERLLGEKNGCVSTVISGLPLRSLPNQAVVHILQQIPSVLVSGGSYIQFTYDFKKKEEYYPGDIELSLSKKIWLNIPPAKVDVFTK
>NZ_CP012413.1|WP_016210795.1|1358458_1359430_-|ABC-transporter-substrate-binding-protein
MFKSKLIVLTLSIWATCFYGNVVAQTKTSTNNNTKIARVLVNDWTSQIVLSKITAHILASINYQVTFVQSTSNRQWYKLKSNLADIQVEVWQGTMADKYNQLIKSGDIVDAGNHVAKTREDWWYPEYVEKQCPGLPDWKALRKCYKIFATPKTAPKGMYLGGPWEKPDRARIRALNMNFKVIQVKNGDALWIELEKAVKQKRPIVLFNWTPNWIESKYKGKFIEFPHYSAECENNPKWGLNSKFPWDCGNPKDGWLKKIARSQFQKEQPCAFELLKNINFTNTMIANITAAVDADKMSYDEAAQDWLNQNKALWHSWIPSSCK

Crispr_ID: NZ_CP012413_2

• CRISPR_ID: NZ_CP012413_2
• CRISPR_location: 2545809-2545929
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP012413_2

Consensus_repeat	Method
TTGATTAAGTCCAAGGGCTGCTAACCATTGATAAGCT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP012413_2

>2.1|2545846|47|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder
CGCTCAAATCGTTTAGGGTCAGTAAGTACGTGCTGGACATACTTTGC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP012413_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP012413_2

>merge|NZ_CP012413|2|2545809-2545929|CRISPRCasFinder
TTGATTAAGTCCAAGGGCTGCTAACCATTGATAAGCTCGCTCAAATCGTTTAGGGTCAGTAAGTACGTGCTGGACATACTTTGCTTGATTAAGTCCAAGGGCTACTAACCATTGATAAGCT

>NZ_CP012413|2|2|2545809-2545929|CRISPRCasFinder
TTGATTAAGTCCAAGGGCTGCTAACCATTGATAAGCT	CGCTCAAATCGTTTAGGGTCAGTAAGTACGTGCTGGACATACTTTGC
TTGATTAAGTCCAAGGGCTACTAACCATTGATAAGCT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP012413.1|WP_016211759.1|2551212_2552400_+|S-methyl-5-thioribose-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|236561
NZ_CP012413.1|WP_016212268.1|2554628_2555213_+|recombinase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|239737
NZ_CP012413.1|WP_075275117.1|2544941_2545364_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_054300492.1|2541627_2542638_+|protein-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|270916
NZ_CP012413.1|WP_017375910.1|2552731_2553460_+|IS6-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225853
NZ_CP012413.1|WP_016211905.1|2544287_2544698_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016211756.1|2550241_2550967_-|M15-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|350618
NZ_CP012413.1|WP_032126362.1|2543070_2543436_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379154
NZ_CP012413.1|WP_016210672.1|2535530_2536913_-|UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl--meso-diaminopimelate-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|130153
NZ_CP012413.1|WP_017375910.1|2555369_2556098_-|IS6-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225853
NZ_CP012413.1|WP_036778297.1|2536921_2537395_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_155046943.1|2545396_2545537_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_032126312.1|2549268_2550063_-|M48-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|307807
NZ_CP012413.1|WP_016212269.1|2553941_2554625_+|Fic-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376885
NZ_CP012413.1|WP_155046942.1|2556483_2557370_+|IS630-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NZ_CP012413.1|WP_129556590.1|2548876_2549272_+|SEC-C-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|380015
NZ_CP012413.1|WP_016210671.1|2537527_2538787_+|6-phosphofructokinase	unknown	unknown	gnl|CDD|237600
NZ_CP012413.1|WP_075273327.1|2543381_2543957_+|IS630-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NZ_CP012413.1|WP_129556490.1|2547306_2548193_-|IS630-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NZ_CP012413.1|WP_016210676.1|2539242_2541324_+|kinase-domain-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|270918

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP012413.1|WP_016211759.1|2551212_2552400_+|S-methyl-5-thioribose-kinase	gnl|CDD|236561	PRK09550, mtnK, methylthioribose kinase; Reviewed.	0
NZ_CP012413.1|WP_016212268.1|2554628_2555213_+|recombinase-family-protein	gnl|CDD|239737	cd03768, SR_ResInv, Serine Recombinase (SR) family, Resolvase and Invertase subfamily, catalytic domain; members contain a C-terminal DNA binding domain. Serine recombinases catalyze site-specific recombination of DNA molecules by a concerted, four-strand cleavage and rejoining mechanism which involves a transient phosphoserine linkage between DNA and the enzyme. They are functionally versatile and include resolvases, invertases, integrases, and transposases. Resolvases and invertases affect resolution or inversion and comprise a major phylogenic group. Resolvases (e.g. Tn3, gamma-delta, and Tn5044) normally recombine two sites in direct repeat causing deletion of the DNA between the sites. Invertases (e.g. Gin and Hin) recombine sites in inverted repeat to invert the DNA between the sites. Cointegrate resolution with gamma-delta resolvase requires the formation of a synaptosome of three resolvase dimers bound to each of two res sites on the DNA. Also included in this subfamily are some putative integrases including a sequence from bacteriophage phi-FC1.	6.73823e-57
NZ_CP012413.1|WP_129556590.1|2548876_2549272_+|SEC-C-domain-containing-protein	gnl|CDD|380015	pfam17775, UPF0225, UPF0225 domain. This entry represents an NTF2-like domain found in bacterial proteins.	6.66662e-47
NZ_CP012413.1|WP_054300492.1|2541627_2542638_+|protein-kinase	gnl|CDD|270916	cd14014, STKc_PknB_like, Catalytic domain of bacterial Serine/Threonine kinases, PknB and similar proteins. STKs catalyze the transfer of the gamma-phosphoryl group from ATP to serine/threonine residues on protein substrates. This subfamily includes many bacterial eukaryotic-type STKs including Staphylococcus aureus PknB (also called PrkC or Stk1), Bacillus subtilis PrkC, and Mycobacterium tuberculosis Pkn proteins (PknB, PknD, PknE, PknF, PknL, and PknH), among others. S. aureus PknB is the only eukaryotic-type STK present in this species, although many microorganisms encode for several such proteins. It is important for the survival and pathogenesis of S. aureus as it is involved in the regulation of purine and pyrimidine biosynthesis, cell wall metabolism, autolysis, virulence, and antibiotic resistance. M. tuberculosis PknB is essential for growth and it acts on diverse substrates including proteins involved in peptidoglycan synthesis, cell division, transcription, stress responses, and metabolic regulation. B. subtilis PrkC is located at the inner membrane of endospores and functions to trigger spore germination. Bacterial STKs in this subfamily show varied domain architectures. The well-characterized members such as S. aureus and M. tuberculosis PknB, and B. subtilis PrkC, contain an N-terminal cytosolic kinase domain, a transmembrane (TM) segment, and mutliple C-terminal extracellular PASTA domains. The PknB subfamily is part of a larger superfamily that includes the catalytic domains of other protein STKs, protein tyrosine kinases, RIO kinases, aminoglycoside phosphotransferase, choline kinase, and phosphoinositide 3-kinase.	6.53e-14
NZ_CP012413.1|WP_017375910.1|2552731_2553460_+|IS6-family-transposase	gnl|CDD|225853	COG3316, COG3316, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	2.26977e-51
NZ_CP012413.1|WP_016211756.1|2550241_2550967_-|M15-family-metallopeptidase	gnl|CDD|350618	cd14843, D-Ala-D-Ala_dipeptidase_like, D-Ala-D-Ala dipeptidase, includes uncharacterized enzymes. This subfamily of D-Ala-D-Ala dipeptidase (also known as D-alanyl-D-alanine dipeptidase vanX; VanX; EC 3.4.13.22) also includes several uncharacterized proteins. This is a Zn2+-dependent enzyme that mediates resistance to the antibiotic vancomycin in Enterococci and other bacteria (both Gram-positive and Gram-negative). It is part of a gene cluster that affects cell-wall biosynthesis. The operon triggers the termination of peptidoglycan precursors by D-Ala-(R)-lactate instead of D-Ala-D-Ala dipeptides. The enzyme is stereospecific, as L-Ala-L-Ala, D-Ala-L-Ala and L-Ala-D-Ala are not substrates. It belongs in the MEROPS peptidase family M15, subfamily D.	1.11944e-66
NZ_CP012413.1|WP_032126362.1|2543070_2543436_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein	gnl|CDD|379154	pfam13384, HTH_23, Homeodomain-like domain.	9.56809e-08
NZ_CP012413.1|WP_016210672.1|2535530_2536913_-|UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl--meso-diaminopimelate-ligase	gnl|CDD|130153	TIGR01081, mpl, UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase. Alternate name: murein tripeptide ligase [Cell envelope, Biosynthesis and degradation of murein sacculus and peptidoglycan].	0
NZ_CP012413.1|WP_017375910.1|2555369_2556098_-|IS6-family-transposase	gnl|CDD|225853	COG3316, COG3316, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	2.26977e-51
NZ_CP012413.1|WP_016212269.1|2553941_2554625_+|Fic-family-protein	gnl|CDD|376885	pfam02661, Fic, Fic/DOC family. This family consists of the Fic (filamentation induced by cAMP) protein and doc (death on curing). The Fic protein is involved in cell division and is suggested to be involved in the synthesis of PAB or folate, indicating that the Fic protein and cAMP are involved in a regulatory mechanism of cell division via folate metabolism. This family contains a central conserved motif HPFXXGNG in most members. The exact molecular function of these proteins is uncertain. P1 lysogens of Escherichia coli carry the prophage as a stable low copy number plasmid. The frequency with which viable cells cured of prophage are produced is about 10(-5) per cell per generation. A significant part of this remarkable stability can be attributed to a plasmid-encoded mechanism that causes death of cells that have lost P1. In other words, the lysogenic cells appear to be addicted to the presence of the prophage. The plasmid withdrawal response depends on a gene named doc (death on curing) that is represented by this family. Doc induces a reversible growth arrest of E. coli cells by targetting the protein synthesis machinery. Doc hosts the C-terminal domain of its antitoxin partner Phd (prevents host death) through fold complementation, a domain that is intrinsically disordered in solution but that folds into an alpha-helix on binding to Doc.This domain forms complexes with Phd antitoxins containing pfam02604.	5.41399e-08
NZ_CP012413.1|WP_155046942.1|2556483_2557370_+|IS630-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	2.30804e-44
NZ_CP012413.1|WP_032126312.1|2549268_2550063_-|M48-family-metallopeptidase	gnl|CDD|307807	pfam01863, DUF45, Protein of unknown function DUF45. This protein has no known function. Members are found in some archaebacteria, as well as Helicobacter pylori. The proteins are 190-240 amino acids long, with the C-terminus being the most conserved region, containing three conserved histidines. This motif is similar to that found in Zinc proteases, suggesting that this family may also be proteases.	1.59691e-55
NZ_CP012413.1|WP_016210676.1|2539242_2541324_+|kinase-domain-protein	gnl|CDD|270918	cd14016, STKc_CK1, Catalytic domain of the Serine/Threonine protein kinase, Casein Kinase 1. STKs catalyze the transfer of the gamma-phosphoryl group from ATP to serine/threonine residues on protein substrates. CK1 phosphorylates a variety of substrates including enzymes, transcription and splice factors, cytoskeletal proteins, viral oncogenes, receptors, and membrane-associated proteins. There are mutliple isoforms of CK1 and in mammals, seven isoforms (alpha, beta, gamma1-3, delta, and epsilon) have been characterized. These isoforms differ mainly in the length and structure of their C-terminal non-catalytic region. Some isoforms have several splice variants such as the long (L) and short (S) variants of CK1alpha. CK1 proteins are involved in the regulation of many cellular processes including membrane transport processes, circadian rhythm, cell division, apoptosis, and the development of cancer and neurodegenerative diseases. The CK1 subfamily is part of a larger superfamily that includes the catalytic domains of other protein STKs, protein tyrosine kinases, RIO kinases, aminoglycoside phosphotransferase, choline kinase, and phosphoinositide 3-kinase.	1.187e-09
NZ_CP012413.1|WP_075273327.1|2543381_2543957_+|IS630-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	2.58738e-46
NZ_CP012413.1|WP_129556490.1|2547306_2548193_-|IS630-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	2.49003e-44
NZ_CP012413.1|WP_016210671.1|2537527_2538787_+|6-phosphofructokinase	gnl|CDD|237600	PRK14072, PRK14072, diphosphate--fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase.	0

Protein sequences

>NZ_CP012413.1|WP_155046943.1|2545396_2545537_+|hypothetical-protein
MIEDPPALRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRCVP
>NZ_CP012413.1|WP_075275117.1|2544941_2545364_-|hypothetical-protein
MQLSYLELNSVEYIQKVLANITLLDQDACALNKLRVVYSKITQQIESGQLKVHGLGGGSAITFKGERTKVPEGISKIWYEITDMQGNFRWMDNVSAVLNKVKVEANNRSGYRGLTAIGLFFGSYRDAQTKDLYSKISQAL
>NZ_CP012413.1|WP_016211905.1|2544287_2544698_+|hypothetical-protein
MKLNTKETFTRFMGLFIAVDCLYYLIGLTIFSAIPSGNLIAFVNIFTSFCGLVTGILLFIKIYDKWYTPFVAIEFFTCIYWFFLTLGETVSNTQYASLSKVITSLNYDLFSCFMGVIACLLWLKFAFSFKANKLAN
>NZ_CP012413.1|WP_075273327.1|2543381_2543957_+|IS630-family-transposase
MRLYQKKKSFRYQERDALKRKAFLEKVEKIDNDKIVYMDEAGMDDTERYAYGHSAKGKRCYAEKPGKKSIRINFIGGLRGKQFIAPMMVEGYCNANVCQAYIDQCLIPCLSPGETVIMDNASFHKSKGVKEAIEDAGCHLLFLPPYSPDLNPIEHVWSPLKNRVRMKLDQDEINLETALSQVMKSMSETIR
>NZ_CP012413.1|WP_032126362.1|2543070_2543436_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein
MPSPYSYDLRIRALKMIDEGIPITQISKLLKISRDTLHRWKNRRDHTGDVKARFGYQTGYNHKISDMKEFQKFIDQNPGKTHQQLADLYPVEMSAKTMGVWIKKLGYTRKKRASDTKNVMH
>NZ_CP012413.1|WP_054300492.1|2541627_2542638_+|protein-kinase
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>NZ_CP012413.1|WP_016210676.1|2539242_2541324_+|kinase-domain-protein
MPKVIWLAQENRTAEQQQAAEWRIAKKHLTGKPPGTQLNPQSGKKVKAYEDPETGEKITLTHRYLIGHEGEIFVKFNGQALGQGICGEVTFGQTEDGHMWAIKESSEKPKNSQEGKIAVDLGKAKNYFKYQGKHYQVYYFLGTPLDKYLKEAKQSLTQAQQYDLAIKMARVIYHLHTGKYSKEKTSYAHLDLKPENFCIDDSGELHLIDYGLSEILPGKLDNEIKGSPAYLPFSVAEASKEELDIIALLRSLYLPLCFKGLGKVRNRGPAAQQLNTQWVFSSTILSQNSTLSQLLDTTKGEVVNLSALDIACQLILLKYGLHSSENLEKVTANPQQFEQDSQLLESLGLNQAAYLKCMLEQRDLVSVFKEYTDKFLILNQFDLNQPIYIKKVLANLEQFSQDYQYLESLGLNQAAYLKCLLEQRESIDLLKEHANKFLTLNQYELNQSIYIGKVLANPEQFNQDYQYLKSFGLNQAAYLKYTLDQHDQFAYNCQRLKDLKLNSRNYIEEIINNPERFEQNYQHLETLGLNQEIYIRPMLNNPQRFGEYCQQLKDLGLNQASDLARALDHPQRFQDDLPSLLKLRKIYDDLSNEIASDRLKVRGLFAGGITVNCQGQSKLVPRGIGSIWLEIIDKQGNFYWMKDVSAALTKSTDQARLRSSSQQQAEGQNSNLFFATYRDPKTQAVYDRISQLP
>NZ_CP012413.1|WP_016210671.1|2537527_2538787_+|6-phosphofructokinase
MNNSKNLFYAQSGGATAVINTTACGVIETARQKEEINNVFVGHDGIIGALAEELIDTSLESAETIRQLYHTPGSAFGSCRYKLPPIGQNDEVYQRLFSVFEAHDIHYFLYNGGGDSQDTTNKVSIMSKKLGYPLKCIGLPKTIDNDLMHTDNCPGFGSAAKYIATSIKEAALDVAGMARTSTKVFLMEIMGRNAGWLAAAAGLAAEQDGDAPHIILFPEIAFNEKRFLQRVKEVVQTHGACTIAISEGLRDEHGDLLIKSSSIDAFGHVQLGGIASKVAALIKHNLGYKYHWALPDYLQRAGRHLGSKADVEQAYAIGQAAVEAVIAEKDNIMLAIERTSNSPYQWQVGEVCLNDIANHEKFMPKEFISEDGYHITEACRDYMSPLIAGECIPPFKNGLPVYARLKKQTIPPKLSPFEI
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MVKRKRFKKNQPFKWKHYSGEIILWLVRWYGRYALSYRDLKEIAAERGLEIERSTICRWVHEYGSQIAKRLRPHFRQTCASWRLDETLVKIKGRWYYLYRAIDKYGNTLDWMLSRQQNAKAAMRFFKKAIAQPYVKSPRVVNVDKHASFPPAHQKAKDEGLFSSQCKLRRVKYLNNCIENDHKAVKRKSRFRQWYQSLSTARPTIDIMEAMRMVQKGQLRYIKKQNICAQNQLIDKLFGLAA
>NZ_CP012413.1|WP_016212269.1|2553941_2554625_+|Fic-family-protein
MDITQIKPNQKKSIFFAKRQLAELVYDAVNLEGINYTLPEVQTLLDGITVGGHKLTDQTIALNQAEAWKYLFTSIETNKFNLSKEFAFSLHNIAAKEEALEWGKFRSGSVTIAGTDYMPPKADQLDGLWGKMIDGSNKINNIYDRAIYIFLEMARNQFFYDVNKRMGRFMMNGILLSQGYPAINLPAKRQLEFNTLMLEFYASGDHVAMTEFMKSCLSADIIQAMEE
>NZ_CP012413.1|WP_016212268.1|2554628_2555213_+|recombinase-family-protein
MAVVGYARVSSSGQNLKSQLDKLNAYGCDKIFQEKISGIDQDRPELKSCLNYLREGDTLVITKLDRLARSAVHLGQIIDRLQSESISFVVIDQQIDTTTPAGKLLFHMLSAFSEFEHGIRKERQADGIKSALDKGVRFGRPKKTNTKLEMDVICDKRNGMTLSKLKSKYGISQTTIYRILSKHKDNNRFCRNLI
>NZ_CP012413.1|WP_017375910.1|2555369_2556098_-|IS6-family-transposase
MVKRKRFKKNQPFKWKHYSGEIILWLVRWYGRYALSYRDLKEIAAERGLEIERSTICRWVHEYGSQIAKRLRPHFRQTCASWRLDETLVKIKGRWYYLYRAIDKYGNTLDWMLSRQQNAKAAMRFFKKAIAQPYVKSPRVVNVDKHASFPPAHQKAKDEGLFSSQCKLRRVKYLNNCIENDHKAVKRKSRFRQWYQSLSTARPTIDIMEAMRMVQKGQLRYIKKQNICAQNQLIDKLFGLAA
>NZ_CP012413.1|WP_155046942.1|2556483_2557370_+|IS630-family-transposase
MPSPYSYDLRIRALKMIDEGILITQVSKLLKISRDTLHRWKNRRDHTGDVKARFGYQTGYNHKISDMKEFQKFIDQNPGKTHQQLADLYPVEMSAKTMGVWIKKLLYQKKKSFRYQERDALKRKAFLEKVEKIDNDKIVYMDEAGMDDTERYAYGHSAKGKRCYAEKPGKKSIRINFIGGLRGKQFIAPMMVEGYCNANVCQAYIDQCLIPCLSPGETVIMDNASFHKSKGVKEAIEDAGCHLLFLPPYSPDLNPIEHVWSPLKNRVRMKLDQDEINLETALSQVMKSMSETIR

Crispr_ID: NZ_CP012413_3

• CRISPR_ID: NZ_CP012413_3
• CRISPR_location: 2710756-2710885
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP012413_3

Consensus_repeat	Method
TTAAAAAATACAATAAAGAAAAACGATGCCTTCTCCTTACAGTTAT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP012413_3

>3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder
AGCGCTGGATTAACAGTTTCTGACATAATATCAGTAGG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP012413_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP012413_3

>merge|NZ_CP012413|3|2710756-2710885|CRISPRCasFinder
TTAAAAAATACAATAAAGAAAAACGATGCCTTCTCCTTACAGTTATAGCGCTGGATTAACAGTTTCTGACATAATATCAGTAGGTTAAAAAATACAATAAGGAAAAACGATGCCTTCTCCTTACAGTTAT

>NZ_CP012413|3|3|2710756-2710885|CRISPRCasFinder
TTAAAAAATACAATAAAGAAAAACGATGCCTTCTCCTTACAGTTAT	AGCGCTGGATTAACAGTTTCTGACATAATATCAGTAGG
TTAAAAAATACAATAAGGAAAAACGATGCCTTCTCCTTACAGTTAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP012413.1|WP_016211272.1|2701751_2702120_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226131
NZ_CP012413.1|WP_155046938.1|2711175_2711751_+|IS630-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NZ_CP012413.1|WP_054300518.1|2707917_2708763_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016212010.1|2708886_2709183_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_036794771.1|2716318_2717305_-|APC-family-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|223605
NZ_CP012413.1|WP_016211268.1|2704290_2705475_-|fatty-acid-desaturase	unknown	unknown	gnl|CDD|224316
NZ_CP012413.1|WP_054300520.1|2711791_2712106_+|helix-turn-helix-domain-containing-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_075273359.1|2712051_2712627_+|IS630-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NZ_CP012413.1|WP_016212044.1|2718027_2718282_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236153
NZ_CP012413.1|WP_032126227.1|2709935_2710226_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016211797.1|2712677_2714081_-|aldehyde-dehydrogenase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|143424
NZ_CP012413.1|WP_016211795.1|2715986_2716181_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_155049101.1|2720349_2721591_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_016210130.1|2721902_2722193_-|PAAR-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|269827
NZ_CP012413.1|WP_016211271.1|2703327_2704272_+|L,D-transpeptidase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|182341
NZ_CP012413.1|WP_054300516.1|2705590_2706424_+|bifunctional-DNA-formamidopyrimidine-glycosylase/DNA-(apurinic-or-apyrimidinic-site)-lyase	unknown	unknown	gnl|CDD|234899
NZ_CP012413.1|WP_016211269.1|2702237_2703023_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274640
NZ_CP012413.1|WP_054300521.1|2714242_2715301_-|acyl-CoA/acyl-ACP-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|224871
NZ_CP012413.1|WP_016212008.1|2709199_2709898_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP012413.1|WP_075273619.1|2706481_2707057_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP012413.1|WP_016211272.1|2701751_2702120_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|226131	COG3603, COG3603, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	2.57105e-07
NZ_CP012413.1|WP_155046938.1|2711175_2711751_+|IS630-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	6.44996e-46
NZ_CP012413.1|WP_016210130.1|2721902_2722193_-|PAAR-domain-containing-protein	gnl|CDD|269827	cd14742, PAAR_RHS, proline-alanine-alanine-arginine (PAAR) domain, also containing C-terminal Rearrangement hotspot (Rhs) extensions. This PAAR (proline-alanine-alanine-arginine) repeat subfamily, which forms a sharp conical extension on the VgrG spike, a trimeric protein complex of the bacterial type VI secretion system (T6SS), contains C- and N-terminal domain extensions. These include Rearrangement hotspot (Rhs) protein repeats and conserved Rhs repeat-associated unique core sequences at the C-terminal, and various predicted functions at N- and C-terminal extensions. However, these terminal domains are exposed to solution, and do not distort the binding site of VgrG. Rhs and related YD-peptide repeat proteins are widely distributed in bacteria. Rhs shares similar architecture with distantly related WapA proteins of Bacillus and Listeria species, suggesting intercellular growth inhibition as its primary function. Additionally, a plasmid-encoded Rhs protein has been implicated in bacteriocin production in Pseudomonas savastanoi. The pointed tip of the PAAR domain is stabilized by a zinc atom positioned close to the cone's vertex and is likely to be important for its integrity during penetration of the target cell envelope. VgrG proteins are orthologous to the central baseplate spikes of bacteriophages with contractile tails, and genes encoding proteins with PAAR motifs have been frequently found immediately downstream from vgrG-like genes.	1.43521e-17
NZ_CP012413.1|WP_036794771.1|2716318_2717305_-|APC-family-permease	gnl|CDD|223605	COG0531, PotE, Amino acid transporters [Amino acid transport and metabolism].	3.69328e-17
NZ_CP012413.1|WP_016211268.1|2704290_2705475_-|fatty-acid-desaturase	gnl|CDD|224316	COG1398, OLE1, Fatty-acid desaturase [Lipid metabolism].	2.7962e-82
NZ_CP012413.1|WP_075273359.1|2712051_2712627_+|IS630-family-transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	6.00312e-45
NZ_CP012413.1|WP_054300521.1|2714242_2715301_-|acyl-CoA/acyl-ACP-dehydrogenase	gnl|CDD|224871	COG1960, CaiA, Acyl-CoA dehydrogenases [Lipid metabolism].	1.22796e-09
NZ_CP012413.1|WP_016211797.1|2712677_2714081_-|aldehyde-dehydrogenase-family-protein	gnl|CDD|143424	cd07106, ALDH_AldA-AAD23400, Streptomyces aureofaciens putative aldehyde dehydrogenase AldA (AAD23400)-like. Putative aldehyde dehydrogenase, AldA, from Streptomyces aureofaciens (locus AAD23400) and other similar sequences are present in this CD.	0
NZ_CP012413.1|WP_016212044.1|2718027_2718282_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|236153	PRK08116, PRK08116, hypothetical protein; Validated.	0.00575708
NZ_CP012413.1|WP_016211271.1|2703327_2704272_+|L,D-transpeptidase-family-protein	gnl|CDD|182341	PRK10260, PRK10260, L,D-transpeptidase; Provisional.	3.41097e-37
NZ_CP012413.1|WP_054300516.1|2705590_2706424_+|bifunctional-DNA-formamidopyrimidine-glycosylase/DNA-(apurinic-or-apyrimidinic-site)-lyase	gnl|CDD|234899	PRK01103, PRK01103, bifunctional DNA-formamidopyrimidine glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase.	2.70834e-151
NZ_CP012413.1|WP_016211269.1|2702237_2703023_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|274640	TIGR03545, TIGR03545, TIGR03545 family protein. This model represents a relatively rare but broadly distributed uncharacterized protein family, distributed in 1-2 percent of bacterial genomes, all of which have outer membranes. In many of these genomes, it is part of a two-gene pair.	0.0067305

Protein sequences

>NZ_CP012413.1|WP_032126227.1|2709935_2710226_-|hypothetical-protein
MGRLFNKENPADLKSSGYFSTEPRGQSHHSVIVIVMAMISIFVMTRVICSIITWMIHSAPLTFIFTMLISFFAAPYVFIVIIIVAFFIGILVKTPS
>NZ_CP012413.1|WP_016212008.1|2709199_2709898_-|hypothetical-protein
MLKKNKSTSFVIGLALSLSFACYANALTEAEFKATKLPYSVMAYSNQYAHEYGLDASKAIDLPKGLEAIKLILYKEHIKGDEVLLPQDIYRCSAELYVDKSLSLYWPGNYPKVDKVGDRGLQKAQVSTVQLKRKGEYWVPGPYASMLYDSYDQTIKPNLAKINLGFFGCNYIPSRYTAVKDGLAIWLERKGGHNYAAIGQSEAEISSKDFYIFKLPQKLVNNYLPYARMAAN
>NZ_CP012413.1|WP_016212010.1|2708886_2709183_-|hypothetical-protein
MVQLTLSDFAFLANDVYLNPGLELALPRENSQRCQRLLNNTETVINSDPHGPKANGFFARVYKYKQGNKMSLIVAYRGTSNVEDYLIDAELASGQAIE
>NZ_CP012413.1|WP_054300518.1|2707917_2708763_-|hypothetical-protein
MLTVDYSQLFGIKPTAFRTVTFNPPGMQGVDPNGRAPHYAEIAHTISQHKIASGKLAAAMVSVAPEVSLVGATAGVEVVVKKIMELLNYQTAIKNRSIALRMGQGALIFLWDLLMPDRNGLSVDKEINNPYPHIYNISSRYDLVHCSGNPGGNLINYDIDPLGKITNGDDDRRAKFKYQFLENYFEARQHYLKHGVNSAKMKSKYEQLSKADNWALYFENPGKEGVHLPTAKDWENYFKDVRNIPEYQQSARKTDRVMQYYTGTLSRCEPWSAKHGVSRPR
>NZ_CP012413.1|WP_075273619.1|2706481_2707057_-|hypothetical-protein
MANYSQAYCVAQGFNVNANIHRRFGYINYLRIGDLELSADIDVEVPVEGVKSKHVGVISDLFWQETAKVQPITIDFRLSVSNQQQLAHYIEQNNFNSDVLIEFASYDYDANAQAFYSSFNTDKETIEGDLEILAADSQLAIYVGKEQETDVQSPVNYFVSLSMVSTAKAQQLISATSARIKRVLPWGVTVA
>NZ_CP012413.1|WP_054300516.1|2705590_2706424_+|bifunctional-DNA-formamidopyrimidine-glycosylase/DNA-(apurinic-or-apyrimidinic-site)-lyase
MPELPEVETSCRGIAPHIQNQKIQRVTIRQQQLRYPVSVQITTKKLKQQQVTQVSRRGKYILLELDHSAWLMIHLGMSGNLRILEDTTPAGKHDHIEIQFANQKILRLNDPRRFGCFLWTNDLANHKLLKHLGIEPLTRQFNANYLYQAAQSRKIAIKTLLMDSQVVVGVGNIYANEALFQTGIHPSTYCHVLTTNQCAELTRIIKAILKQAIKAGGTSLKDFTNSDGKPGYFKQKLFVYGRSKEPCLTCQEDIQQFRQNQRSSFFCPCCQPEPKTM
>NZ_CP012413.1|WP_016211268.1|2704290_2705475_-|fatty-acid-desaturase
MLSFYGLLNLPWWGYIIAVLLLTHVTIVAVTVFLHRHQAHRALDLHPVVSHFFRLWLWLTTGMVTKEWVAVHRKHHAHCETAEDPHSPKTYGIKTVLWEGADLYRHAIQTQPEMMEKFGHATPNDTLERHLYSRFRYLGIIIMLILDIVLLGVPGIAVWAIQMMWIPFFAAGVINGIGHYVGYRNFEAADASTNVSPWGILIGGEELHNNHHAYASSAKFSVKPWEFDVGWMYIRLLEVCQLAHVKKRIPRGACVAGKSEVDNATLKAVIQNRLQLLSKYQKDVLQPTFKAERARQGESVLNSTASKLLKRDQRFFSHADHQALEQVLISSKALDLVYQFRAKLQAIWTQKASNQKDVLDALKQWCSQAEASGEQRLQEFVSYLRGYVLTTQSH
>NZ_CP012413.1|WP_016211271.1|2703327_2704272_+|L,D-transpeptidase-family-protein
MGIITQRHNTVAGIALFTSSIFCTSAATAFTLPISSHNTNDVVGWQVITYSKAGDTPLKIAQRHSISIQRLQALNSKVRHWQKQRIYLPYQVILPQLIQQQQSKITVNLAEKRLYYFNAKSQVLSVYPVSIGREHWRTPTPTKTTYIIHKKKHPTWNVPASIQRYYRAQGKSLPKQVPPGPENPLGTRALYLGITGILIHGTNQPASIGTASSSGCIRLYTNDIEHLYKQAGVNTPVKLIYQPYKVGFNENVLYIEAHPVISDYDKNNQQRQIIIEKLQNMTNNSKQLQVNWSLVDKAINEAAGIPVPIGKLFY
>NZ_CP012413.1|WP_016211269.1|2702237_2703023_-|hypothetical-protein
MAKKIFYSLIIVILLLVVGSYFLFSHMDSILRSAVEKIGSKTTGTTVTLGSLKTSLKEGQVSLSRLTMSNPAGFSQANAISFKDIMVNLDPSSATQQTIVLNKVIIKDPYLLYEMKEGSSRSNLQQIQKNIQSYFASKQAKNNESNQRNSGVTQQEPSQAKVAAKNQKKFIIKELEILAGQVKVISPLLKSKEKTLSLPNIRLTNIGTGGSGLTPDQVTEQIINVLVANSGQAVAQAGLDRVKTKLKEKASGLLNNLLGNP
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MKIHCLPTHFSVCRFKVGTPLPALKNLSFYSLSSDSEGLRLVLKEQDMPKRIRGVDHGWCALHFTDEDDNSEQCLNLLCSRLNSEQIESFVAPTYEMNFLFVQQHNLEAALDVIEDLEYQWA
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>NZ_CP012413.1|WP_075273359.1|2712051_2712627_+|IS630-family-transposase
MRLYQKKKSFRYQERDALKRKAFLEKVEKIDNDKIVYMDEAGMDDTERYAYGHSAKGKRCYAEKPGKKSIRINFIGGLRGKQFIAPMMVEGYCNANVCQAYIDQCLIPCLSPGETVIMDNASFHKSKGVKEAIEGAGCHLLFLPPYSPDLNSIEHVWSPLKNRVRMKLDQDEINLETALSQVMKSMSETVR
>NZ_CP012413.1|WP_016211797.1|2712677_2714081_-|aldehyde-dehydrogenase-family-protein
MSSYAMLINGQLHSGIDSFAVVNPATEAVIAECPIASVELLEQAVNAAKIALIDGTGTLEQRRELLRACADKIEAYQEELSQLLTKEQGKPISQAQNEVSWAIGLLRKQCELDIPKKVLRDDTQAQVTVTRKPLGVVAGITPWNFPFYIAVNKMAEAIYSGNSIIIKPSPYTPLTTLKLGELIQDVIPAGLVNIISGDNEIGALLVKHPKISAISFTGSVATGKHIATAAAADLKRVVLELGGNDAAIVLNDVDVKEVAEKIFWNAFSNCGQVCVAVKRLYVQRAIYHDVLDEMVRIAKTVKVGNGLDSEVTMGPLNNVMQYERIIELLNDAKAQGATVHCGGVAQEGLGYFFPPTIISGIEEGVRLIDEEQFGPLLPVLAFDDVNEVIQRVNNSSMGLSAYVWSKDNDLAVQIANRLEVGIVRVNTSTTEASLTPFGGMKQSGIGREGGVWGIEAMTDAQTLSVKY
>NZ_CP012413.1|WP_054300521.1|2714242_2715301_-|acyl-CoA/acyl-ACP-dehydrogenase
MLLEQLDTFLISRVDPYANQLDIDSMILKSRFSELGEKKLLAIKVASEFNGIAADRALNHDYFARLARSSYALAFLTAQHESCASLLQKGNNQELKADLLPEMVQGKFRAGVGIYHLRSHTRRAMIMAKKVAGGYRVSGRLDWISGFDIFDYIALGFIIDIGNSQENHEVVGLVPFKVQQYLSGEINIGPKQEVTAISSTNTVAIEFNDWFIRDKDIMIDQPGRAIEQRSILSITHATMLMGIFQAALNIIGNSKSILKKNTVVLSQFNQLNNQCLLLRNQLIHTNTQEEVQKMRAQIHKYTRDCIYLAAALSGGRSVLADHPVQRLNRELLQATIAGVNSLFIHNLCIDIN
>NZ_CP012413.1|WP_016211795.1|2715986_2716181_+|hypothetical-protein
MKLKTKKISNACKGNTFLCVNFAKSKRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP012413.1|WP_036794771.1|2716318_2717305_-|APC-family-permease
MAMSGNQALQENVGFLGALVFAVSLVLGSGVLVLPGVIYHSIGELAIFTWLADALLMVPLVIIFASFGSKYPGSGGVAGFIEQAFPYLSGGSAYLLLGQCSICFAIVAITGILYSFALLLPNFHASHMLVAGISLALMFIVFFISFLGNHRVIWLQKLIIIPLLLFLLVLIFLSINHPDAATSSVTYWPKHFDTGLITQGMILAFFAFGGWESFASMTGEIKKPARTVPFVIFVGFLLTVGLYVGLSIAIQKIFFEKNMMTGSSFLLDLVQVNHLGQFSVAICFFIVFVVVISNLNGVIWSGSRTLVTLGQKGWAPAFAASHGVLSTG
>NZ_CP012413.1|WP_016212044.1|2718027_2718282_-|hypothetical-protein
MNHIISCPFCGVSTEHEMSYGLQSYVCEACHNLIAAGMDDCCLFFSHDLACLCQRENEKKMEREREEKEEEEALLCPSLRKWSS
>NZ_CP012413.1|WP_155049101.1|2720349_2721591_+|hypothetical-protein
MQHLINHVYKYDDEEFAVWLFTVLYKQKIHFPHAKETFKIDFLDTSLRVNALQCLVYSGFFKLALCLSEAGIIDKASSTRYKGERRQVAACGFLITAIVKEGISQEKLDLLVALANGHDIATSQHLISIYRGLYVSAIQNQGGNELEKLIRLIDTLAKLSVINIYKQDSAAILPFYMHPALAYQGIIQEYQQQLSHTRTMRNPHAISQYRVGEALGWLTMLKLAIHCTICHKSVQAGDRARQTRQLLQALSNLKKRNLSLEPLRTSLMLVDGVSMCFQPLRVFHPTHIMEIFAHQLLQLSEKGNCDNFAQIIDLIQQQVLTALKGTEFEALQNAKKHVATIFSLIPPSQPIHANNLPQTPEISATQSTTDEIKPARKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRCVP
>NZ_CP012413.1|WP_016210130.1|2721902_2722193_-|PAAR-domain-containing-protein
MGQVRPAARKGDSTTANVANIGVIGGHLIGGSPDVFINKQPAARVQDAGQYCIAVINQVTEGAQTVFINGKPAAKKTSSMSLSGQVTSGSADVFLG

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
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MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
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8. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038924 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-011 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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9. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038924 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-011 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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10. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038924 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-011 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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11. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038924 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-011 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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12. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038953 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-040 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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13. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038958 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-041 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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14. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039196 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-161 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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15. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039196 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-161 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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16. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038812 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-001 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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17. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038812 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-001 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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18. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038812 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-001 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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19. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038812 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-001 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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20. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013769 (Piscirickettsia salmonis strain PM23019A plasmid p1PS3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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21. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013769 (Piscirickettsia salmonis strain PM23019A plasmid p1PS3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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22. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033938 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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23. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033938 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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24. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033940 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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25. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033940 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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26. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033940 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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27. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033940 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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28. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033942 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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29. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033942 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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30. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033942 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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31. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033942 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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32. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033942 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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33. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033942 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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34. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033943 (Piscirickettsia salmonis strain EM-90 plasmid pPSEM90-6, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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35. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013763 (Piscirickettsia salmonis strain PM21567A plasmid p1PS2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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36. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013763 (Piscirickettsia salmonis strain PM21567A plasmid p1PS2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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37. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013761 (Piscirickettsia salmonis strain AY6492A plasmid p4PS1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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38. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013761 (Piscirickettsia salmonis strain AY6492A plasmid p4PS1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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39. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013774 (Piscirickettsia salmonis strain PM37984A plasmid p1PS4, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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40. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013774 (Piscirickettsia salmonis strain PM37984A plasmid p1PS4, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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41. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013779 (Piscirickettsia salmonis strain PM51819A plasmid p1PS5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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42. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013779 (Piscirickettsia salmonis strain PM51819A plasmid p1PS5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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43. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013779 (Piscirickettsia salmonis strain PM51819A plasmid p1PS5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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44. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013779 (Piscirickettsia salmonis strain PM51819A plasmid p1PS5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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45. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013780 (Piscirickettsia salmonis strain PM51819A plasmid p2PS5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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46. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP050943 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-2192A plasmid Ps2192A-p5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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47. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP050946 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-2192A plasmid Ps2192A-p8, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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48. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP050947 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-2192A plasmid Ps2192A-p9, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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49. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038892 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-005 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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50. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038892 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-005 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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51. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038892 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-005 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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52. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038892 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-005 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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53. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038968 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-068 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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54. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038968 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-068 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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55. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038968 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-068 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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56. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038968 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-068 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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57. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039202 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-163 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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58. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039202 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-163 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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59. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039205 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-182 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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60. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039205 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-182 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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61. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039205 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-182 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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62. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039041 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-072 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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63. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039041 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-072 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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64. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039041 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-072 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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65. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039041 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-072 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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66. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039042 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-072 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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67. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039182 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-158 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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68. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039182 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-158 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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69. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039187 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-159 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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70. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039187 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-159 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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71. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038948 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-028 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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73. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038933 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-025 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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78. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038973 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-069 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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79. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038973 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-069 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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82. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039066 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-107 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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86. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039215 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-104a plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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87. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039215 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-104a plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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88. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038909 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-009 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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89. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038909 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-009 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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90. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038912 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-009 plasmid unnamed4, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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91. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038938 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-026 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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92. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038963 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-051 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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93. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038877 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-002 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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94. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038877 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-002 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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95. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038877 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-002 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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96. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038877 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-002 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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97. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038882 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-003 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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98. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP048070 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-8079A plasmid Ps8079A-p4, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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99. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039033 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-070 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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100. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038925 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-011 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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101. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038813 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-001 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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102. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP050945 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-2192A plasmid Ps2192A-p7, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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103. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038914 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-010a plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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104. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038915 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-010a plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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105. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039207 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-182 plasmid unnamed3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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106. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038934 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-025 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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107. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038974 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-069 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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108. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038888 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-004 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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109. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039216 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-104a plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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110. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038878 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-002 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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111. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038924 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-011 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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112. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039196 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-161 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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113. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038812 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-001 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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116. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013779 (Piscirickettsia salmonis strain PM51819A plasmid p1PS5, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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117. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038892 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-005 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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118. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038968 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-068 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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119. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039202 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-163 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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120. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039187 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-159 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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121. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038933 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-025 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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122. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038973 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-069 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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124. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038887 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-004 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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125. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039215 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-104a plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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126. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038938 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-026 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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127. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038877 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-002 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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128. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038882 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-003 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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129. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039033 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-070 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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130. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP038914 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-010a plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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131. spacer 1.1|1349338|31|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP054613 (Paenibacillus cellulosilyticus strain KACC 14175 plasmid unnamed4, complete sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.774

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132. spacer 1.1|1349338|31|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP016317 (Bacillus cereus strain M3 plasmid pBCM301, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.742

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133. spacer 1.1|1349338|31|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to CP020755 (Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid pLDW-16, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.742

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134. spacer 1.1|1349338|31|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP021062 (Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid poh1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.742

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135. spacer 1.1|1349338|31|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NC_020385 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-328, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.742

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136. spacer 1.1|1349338|31|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NC_018492 (Bacillus cereus FRI-35 plasmid p01, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.742

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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	3076 : 55138	55	Staphylococcus_phage(36.36%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	73728 : 154515	79	Staphylococcus_phage(28.57%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	336106 : 350743	13	Staphylococcus_phage(100.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	353920 : 390249	37	Erwinia_phage(20.0%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_5	420315 : 472525	52	Staphylococcus_phage(22.22%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	475737 : 523290	53	Escherichia_phage(47.06%)	protease,transposase,integrase	attL 500616:500675|attR 513351:513610
DBSCAN-SWA_7	527786 : 570228	47	Synechococcus_phage(50.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_8	591698 : 694137	107	Prochlorococcus_phage(16.67%)	tRNA,protease,transposase,plate	NA
DBSCAN-SWA_9	729507 : 774962	34	Staphylococcus_phage(42.86%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_10	791643 : 840511	40	unidentified_phage(15.38%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_11	853501 : 895968	47	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage(16.67%)	transposase,integrase	attL 853197:853212|attR 870428:870443
DBSCAN-SWA_12	916829 : 982240	60	uncultured_Mediterranean_phage(11.11%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_13	997074 : 1051220	56	Bacillus_phage(20.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_14	1054382 : 1102477	43	Staphylococcus_phage(16.67%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_15	1146988 : 1165770	17	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage(50.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_16	1210174 : 1253947	42	Escherichia_phage(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_17	1257875 : 1323601	55	Bacillus_thuringiensis_phage(33.33%)	tRNA,transposase,plate	NA
DBSCAN-SWA_18	1350110 : 1393249	42	Staphylococcus_phage(100.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_19	1404078 : 1459689	52	Staphylococcus_phage(18.75%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_20	1466381 : 1529740	57	Acinetobacter_phage(12.5%)	tRNA,transposase,integrase	attL 1454192:1454251|attR 1521490:1522502
DBSCAN-SWA_21	1535714 : 1573869	37	Staphylococcus_phage(50.0%)	protease,transposase,integrase	attL 1545309:1545368|attR 1571969:1572258
DBSCAN-SWA_22	1752104 : 1812164	51	Wolbachia_phage(25.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_23	1848741 : 1972129	104	uncultured_Mediterranean_phage(20.83%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_24	1978646 : 2024748	49	Bacillus_phage(20.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_25	2054682 : 2096920	45	Bacillus_thuringiensis_phage(16.67%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_26	2100299 : 2220529	116	Staphylococcus_phage(23.81%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_27	2260836 : 2322333	59	Planktothrix_phage(20.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_28	2410583 : 2501792	87	Escherichia_phage(39.29%)	tRNA,transposase,integrase	attL 2437511:2437570|attR 2501252:2501860
DBSCAN-SWA_29	2505847 : 2627479	113	Escherichia_phage(30.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_30	2711175 : 2839135	116	Acinetobacter_phage(35.71%)	tRNA,transposase,tail	NA
DBSCAN-SWA_31	2860877 : 2907425	52	Ostreococcus_lucimarinus_virus(50.0%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_32	2972026 : 3005067	33	Streptococcus_phage(20.0%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP012413|3076:55138|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP012413|3076:55138|43625_44321_-|WP_016211790.1|DBSCAN-SWA
MKRFIPLFIIIVTIIIFFSLGLQKYLSFSTLQEHNQFLQQFTHNHLILAILMFCLLYIISVTLSIPGATLLTITAGLLFGSILGTVCVVISATIGASLLFLAVRTSFGELLHTKAGPRIKQLEAGFQKNNFNYLLTLRLIPIFPFWLLNIAPALLKMPLQPYILATLLGIIPGSFVYVSLGNGLEHLLSLGKTPNLSIIFQPKILIPLIGLAILALLPIFYREIKHRQNKS
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MSQTHKTDLCIIGAGSGGLSVASAAVQMGAQVTLIEQDKMGGDCLNYGCVPSKALIATAKHIKLVSDSAAFGIRVPNFTIDHQALHDHIHERISHIAPHDSIERFESLGVNVVLGTAQFTSPKLLQVGNITIQARRFIIASGSKASIPNIPGLESTPYFTNETIFNLTHAPDHLAVIGGGPIGLEIACAYAYLGVKVTLIARSYILPKEDQKLVGIVRNDLKNKNQLEILEKTNIKNITYESNNSILINTENQPIQASHLLIATGRTPTLNALNLSAADIYYTDKGITVDNRLRTTNKKIYAIGDVIGKEQFTHTANYHAGIVIRNILFHLPAKATALIPRITYTLPEIGYIGLTEQQAKEQYSSDKIQCLNWPFTRNDRAITDRQTTGLTKVIVNNKGKILGAGIVHPHASDLLTPWLLAINNNLNIKHIAGLVHPYPTLGEANKYAAASFYTPKLFSNKMKFIVKFLMKLNRY
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MTATTVNHAHHEEHHHDDGSKSLFGFWTFILSDCVMFAALFACYIVLKDQTYGNIGIAQIASPGYVFLTTLFLLACSFTYGIGSTAAQAGSRCRVLLWLVVTAILGVIFVFMTLHEFAVLLHNHHTWQQSAFLSAFFSLVGIHMIHVAVAVLWALVLVVQFLMQGMTTVMKTRLACMGMFFHFLNLVWVFIFIVVYMMGIA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_016209326.1|3076_4456_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis GTPase MnmE	NA	NA	NA	NA
WP_016209346.1|4570_6463_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_036776463.1|6510_7137_+	16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase RsmG	NA	NA	NA	NA
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WP_016209328.1|10351_10756_+	F0F1 ATP synthase subunit C	NA	NA	NA	NA
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WP_016209322.1|13403_14264_+	F0F1 ATP synthase subunit gamma	NA	NA	NA	NA
WP_016209339.1|14294_15686_+	F0F1 ATP synthase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_016209335.1|15710_16139_+	F0F1 ATP synthase subunit epsilon	NA	NA	NA	NA
WP_016209325.1|16232_17597_+	bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU	A0A0N7G7I9	Chrysochromulina_ericina_virus	6.6e-37	40.5
WP_036776458.1|17652_19488_+	glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)	A7IW18	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	3.3e-124	44.0
WP_155047007.1|19646_20252_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_075273393.1|20316_21024_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_075273395.1|21168_21351_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_075273397.1|21670_22066_-|transposase	transposase zinc-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211851.1|22754_23411_-	2OG-Fe dioxygenase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273625.1|23607_24360_-	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211852.1|24418_25132_-	AAA family ATPase	A0A222YXS3	Escherichia_phage	1.7e-28	36.0
WP_129556614.1|25717_25870_+	CBS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_122942409.1|26007_26439_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016211923.1|27112_28084_-|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_157883632.1|28002_28248_-|transposase	transposase zinc-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212448.1|28766_29546_+	O-methyltransferase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016211297.1|37635_38472_+	protoheme IX farnesyltransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_054300271.1|40865_41840_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_016211791.1|41912_42176_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211793.1|42201_43629_-	FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_016211790.1|43625_44321_-	TVP38/TMEM64 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300144.1|45625_45991_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_155047004.1|46005_46512_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_016212335.1|47580_47919_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155049176.1|48100_48247_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|49013_49988_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_032126148.1|50591_50774_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212051.1|51315_52089_-	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_032126637.1|53696_53990_+|transposase	transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	8.3e-06	36.5
WP_081006999.1|54766_55138_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	3.4e-20	52.2

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP012413|73728:154515|DBSCAN-SWA
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MFDPKLFDDMAKKIAEAMPSGLKSVQEDLERNMKTVLQSSFQKMDLVTREEFDIQSAVLAKTRLMVEALEQRVDELEAQLPTDQQQKELKNSE

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016211232.1|77624_78023_+	DUF3135 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_129556608.1|78249_78960_-	VUT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126349.1|79242_79737_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126698.1|80012_80321_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211866.1|80770_81073_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126699.1|81724_82261_-	carboxymuconolactone decarboxylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036776841.1|82345_82885_-	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_054300148.1|83324_84386_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016212371.1|84363_84996_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212372.1|85111_85333_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155047003.1|85518_86405_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_075273401.1|88263_88716_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046757.1|88860_89016_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300152.1|89072_89438_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_172673404.1|89464_90001_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_054300153.1|89981_90218_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|90261_91236_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_016209719.1|91367_91655_+	trp operon repressor	NA	NA	NA	NA
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WP_016209697.1|93164_93743_+	aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component II	A0A0P0IKJ1	Acinetobacter_phage	2.8e-45	45.0
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WP_032126362.1|124193_124559_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016211610.1|135206_137537_-	penicillin-binding protein 1A	NA	NA	NA	NA
WP_032126362.1|137801_138167_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273327.1|138112_138688_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_129556668.1|141030_142269_+	type IV pilus secretin PilQ	G4WZN6	Enterobacteria_phage	6.0e-13	24.1
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Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP012413|336106:350743|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP012413|353920:390249|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_032126276.1|357425_358793_+|protease	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU	A0A173GFL6	Erwinia_phage	9.5e-44	30.1
WP_032126279.1|358943_359183_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210582.1|359241_359985_+	bifunctional demethylmenaquinone methyltransferase/2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase UbiE	NA	NA	NA	NA
WP_016210581.1|359984_360629_+	SCP2 sterol-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036777781.1|360625_362290_+	ubiquinone biosynthesis regulatory protein kinase UbiB	E5ERK4	Ostreococcus_lucimarinus_virus	5.4e-33	28.5
WP_016210576.1|362317_362653_+	histidine triad nucleotide-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_036777784.1|362783_364382_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	1.5e-08	64.3
WP_016210577.1|364447_364738_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081007004.1|364752_365208_-|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081007005.1|365167_365503_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_129556663.1|365844_366210_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210376.1|366272_368753_+|tRNA	leucine--tRNA ligase	A0A2H4PQS0	Staphylococcus_phage	4.1e-194	44.3
WP_016210384.1|368836_369316_+	LPS-assembly family protein	NA	NA	NA	NA
WP_129556597.1|369312_370329_+	DNA polymerase III subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_032126282.1|370325_370982_+	nicotinate (nicotinamide) nucleotide adenylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016210374.1|370994_371330_+	ribosome silencing factor	NA	NA	NA	NA
WP_016210381.1|371366_371837_+	23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH	NA	NA	NA	NA
WP_036777788.1|371879_373715_+	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_016210377.1|373711_374848_+	rod shape-determining protein RodA	NA	NA	NA	NA
WP_054300183.1|374869_375931_+	lytic murein transglycosylase B	NA	NA	NA	NA
WP_016210373.1|376009_376525_+	SPOR domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210380.1|376565_377843_+	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase	B6DZZ7	Stx2-converting_phage	2.8e-66	39.0
WP_036779767.1|377857_378709_+	D-amino acid aminotransferase	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

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MFDLIELWSGNVQPELESKSYPRAINPSSVTAKFDAKTSQSSFEFTDGSPTVVFVSDKKTLHPVNRYRDLPTIELTDSERRAVAKKLRQLAENPKFYDGKQMVITAALYDPGTNTMYMEAKQVPYSVLATLRSREFAQESELYKLTLFQTGVLSPLVTKDDCLVLMERSQFGLMSQPGGFLEPVKGRLNFSRGDLVVRTAIAEITQEIAGIAGSCENRLLFTLPTISAVSIRMTEGRGMGTIEFIAPVYVNAHSHYLQQVIADNLAVDRDEHTGKSMVVSLDERDRGVLVDQVLTGSAVPPGQPLYLPMLISAARLVNPGNSVPRALPSSHSMAIPVSAMTPAVERPLPLTLFQHFEEKTGQIPDRSQAALSSEM
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MDMSNSKTKKLKTGVIIAGAAAALMLAGCVGPGTKPASQSGPVKCSGINSCKGTSECATAKSACKGQNKCKGTGWVFAKSADLCKKKGGVVLSAGASNSSLAAVDASENLASLDDNKAYRR
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MSVKKIVDGEEIKVLSENDPRKKGEWFKEFVKNLVRNLFGNNSKEVKKLSESTTSLFKDALSNHHKEPLQPVPGSVVVMAC
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MVASSSEADKTSATDSSSSLTASSPSLVASSGSLASSGAGFDEVDKADSASHLGSKSSLAASNSSLASSVNFGEELEGVMNNPFQCKESATLSFMRSNEGTRYSQTVRLALRLMILDRVRRESHQAPFTSEMFDEMKDNLEKVKNINFPEVGKVEFAKKVGYLVTFSVGSAVFKYAALEDSKAKVKIGPVEMDPGSFFGTSSAVLGAMALDKAYELFHIMYPFWNISGQELERVVVEQMGDGPESEQKSGCLAKVACLTEVPYVELDIPEVELGTPVSGCSPCLFMAVKGQGASNDVAGNKDNSNGTREEREELQMVTSL
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MRALRDIKKDKGINQALDRSCGGFSTKVHILTEGLGYPVDFVLTRGQAHDAPQAQGLLTSVAFDQIIADKAYDDIKIRELVVKKGAKCIIPSKSNRINKFDHDQHVYKERHLIECCIGKLKQFRRVFSRFEKRACRYLSFLKIASTILWLR
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_032126291.1|423121_423631_+	lipoprotein signal peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_016210766.1|423634_424078_+	FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase	NA	NA	NA	NA
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WP_075273426.1|424804_425380_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_032126362.1|425325_425691_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211782.1|425752_425935_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016211783.1|428092_428458_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211784.1|428449_429172_-	aquaporin family protein	M1HH19	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	1.6e-26	35.8
WP_054300148.1|429725_430787_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_054300188.1|431032_432592_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A1B0V854	Salmonella_phage	9.9e-37	50.4
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WP_016210177.1|433620_433986_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016210164.1|434957_435737_+	putative DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_162034448.1|435812_436421_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_129556592.1|436656_437187_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016210178.1|438937_439405_+	DoxX family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016210172.1|440024_440549_-	inorganic diphosphatase	A0A2H4J8U1	uncultured_Caudovirales_phage	6.9e-51	59.6
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WP_016210181.1|446827_448012_+	phosphoglycerate kinase	NA	NA	NA	NA
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WP_054300192.1|454699_454921_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_054300271.1|455415_456390_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
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WP_016211965.1|456881_457532_-	isoprenoid biosynthesis glyoxalase ElbB	NA	NA	NA	NA
WP_016211963.1|457633_458293_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212030.1|459366_459612_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212033.1|459703_460366_+	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016212032.1|460489_461617_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052104666.1|462204_462663_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300193.1|462827_463034_+	chemotaxis protein CheW	NA	NA	NA	NA
WP_032126304.1|464079_464424_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210983.1|464661_466845_+	protein kinase family protein	A0A1S5XZ05	Kurlavirus	1.1e-06	34.9
WP_016210981.1|466860_467499_-	ribonuclease T	NA	NA	NA	NA
WP_016210987.1|467528_468728_-	Bcr/CflA family efflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_098082804.1|468965_470063_+	peptide chain release factor 2	A0A0S4KWG0	Pseudomonas_phage	1.1e-05	43.1
WP_036778253.1|470175_471714_+|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	3.5e-87	36.5
WP_059372279.1|471774_472110_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081007004.1|472069_472525_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP012413|475737:523290|DBSCAN-SWA
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MSPQQEKLFWKKFERELGFDSGEAALSHLSAGRPIYYGDDRYSDAVIKEYPDGTKQLVRFDDNDNEIIIEEL

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016211642.1|509556_509910_+	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	NA	NA	NA	NA
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513351:513610	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_016211238.1|518054_519548_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_129556456.1|519749_520499_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP012413|527786:570228|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_081007066.1|569889_570228_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP012413|591698:694137|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_8

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_032126189.1|591698_593006_-|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssK	NA	NA	NA	NA
WP_016209510.1|593098_593536_-	type VI secretion system lipoprotein TssJ	NA	NA	NA	NA
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WP_036778935.1|595314_596541_+	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209528.1|596534_597563_+	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209514.1|597540_598233_+	DUF3540 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209516.1|598237_599707_+	type VI secretion system domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036778941.1|599699_600188_+	type VI secretion system contractile sheath small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_051307310.1|600193_601666_+	type VI secretion system contractile sheath large subunit	NA	NA	NA	NA
WP_032126187.1|601665_602064_+|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssE	NA	NA	NA	NA
WP_016209524.1|602060_603749_+|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssF	NA	NA	NA	NA
WP_016209506.1|603730_604687_+|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssG	NA	NA	NA	NA
WP_016209515.1|604729_605245_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209526.1|605349_606282_-	chemotaxis protein CheV	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	1.2e-21	25.8
WP_016209534.1|606501_606888_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_164997271.1|606904_607552_-	2-polyprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_016209504.1|607729_608569_+	carbon-nitrogen hydrolase family protein	M1I6H3	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	2.0e-15	28.8
WP_016209502.1|608644_609247_+	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_016209512.1|609247_610102_-	RNase adapter RapZ	NA	NA	NA	NA
WP_016209537.1|610458_610770_-	ribosome-associated translation inhibitor RaiA	NA	NA	NA	NA
WP_016209519.1|610794_612186_-	RNA polymerase factor sigma-54	NA	NA	NA	NA
WP_016209538.1|612341_613073_-	LPS export ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	1.3e-20	30.7
WP_054300558.1|613069_613597_-	lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA	NA	NA	NA	NA
WP_016209499.1|613628_614186_-	LPS export ABC transporter periplasmic protein LptC	NA	NA	NA	NA
WP_016209498.1|614191_615172_-	KpsF/GutQ family sugar-phosphate isomerase	A0A2P0VNK5	Tetraselmis_virus	6.0e-32	30.4
WP_016209539.1|615311_616112_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	7.6e-25	32.7
WP_036780687.1|616115_616883_+	lipid asymmetry maintenance ABC transporter permease subunit MlaE	NA	NA	NA	NA
WP_016209535.1|616879_617344_+	outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD	NA	NA	NA	NA
WP_016209507.1|617366_618020_+	ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209517.1|618023_618371_+	STAS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209505.1|618404_618656_+	BolA/IbaG family iron-sulfur metabolism protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209518.1|618731_620000_+	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016209527.1|620002_620761_+	Nif3-like dinuclear metal center hexameric protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209508.1|620822_621713_+	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209511.1|621763_622447_+	uracil-DNA glycosylase	A0A0R5YU95	Harp_seal_herpesvirus	2.3e-46	49.5
WP_075273445.1|622532_622790_-	DUF4286 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300217.1|623062_625216_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210408.1|625207_626080_-	DNA replication terminus site-binding family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210409.1|626247_628077_+	class I poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase	NA	NA	NA	NA
WP_016210411.1|628239_628881_-	BON domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273448.1|629122_629653_+	DUF177 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210404.1|629670_629844_+	50S ribosomal protein L32	NA	NA	NA	NA
WP_016210402.1|629902_630952_+	phosphate acyltransferase PlsX	NA	NA	NA	NA
WP_016210405.1|630958_631909_+	ketoacyl-ACP synthase III	NA	NA	NA	NA
WP_016210406.1|631962_632907_+	ACP S-malonyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016210415.1|632934_633672_+	3-oxoacyl-ACP reductase FabG	NA	NA	NA	NA
WP_016210413.1|633760_634003_+	acyl carrier protein	A0A1P8VVJ5	Erythrobacter_phage	2.0e-05	39.7
WP_016210403.1|634077_635301_+	beta-ketoacyl-ACP synthase II	NA	NA	NA	NA
WP_016210400.1|635332_636181_+	aminodeoxychorismate lyase	NA	NA	NA	NA
WP_016210401.1|636177_637230_+	endolytic transglycosylase MltG	NA	NA	NA	NA
WP_032126181.1|637350_637971_+	dTMP kinase	A0A1L2BX49	Bacteriophage	4.2e-39	44.2
WP_054300218.1|637986_639018_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|639061_640036_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_081007004.1|640189_640645_-|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_059372279.1|640604_640940_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP012413|729507:774962|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016211684.1|795278_795854_+	CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_016209658.1|811451_812807_+	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
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WP_032126160.1|813770_814649_-	bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD	A0A249XZQ2	Enterococcus_phage	1.5e-34	39.7
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WP_016209643.1|823543_824428_+	lipid A biosynthesis acyltransferase	A0A1W6JP29	Morganella_phage	2.4e-40	35.3
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WP_016209662.1|825259_827407_+	EAL domain-containing protein	G3MA91	Bacillus_virus	1.8e-25	36.7
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WP_016209642.1|828724_830845_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	F2Y1V5	Organic_Lake_phycodnavirus	2.0e-16	28.1
WP_016209656.1|830841_832545_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	W8CYL7	Bacillus_phage	2.8e-21	24.8
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WP_054300251.1|835025_836540_+	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_059372266.1|836629_837115_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046988.1|837447_837816_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046987.1|837831_838515_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_032126790.1|839605_840511_+|transposase	IS481 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP012413|853501:895968|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP012413|916829:982240|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_12

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MNLTFHPSEKKIPKIIIIALISSIIILLIRCTYAAISTQSINIAGHTLSYNKAGKGKNVLLLLHGYLANKEQWNSVITNLENNSYIKKNYTIVAPDLPGYGHSKSFPAPAYRLDTVTGLSQTQVLYQFLHALHLSKQPIHLVGNSMGGLIQVLLTKRYPTLNIRSITFIGSPAGVALPSAIMNHAYNQGYNLFLPSSKKQFDTEIRGLVYHAQAIINTVTPAQINALINDYAKNYKSYSLVWEQLNSEPYATYFTKPTGFQKPVAIFWGKQDRLYPIKNKAILTAAFNNIPINDSINESGHLMMLEKPEIISYVSQRFADFLKTISSKENIISNNKIKHK
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MNNTLQKLLPKIPTSKSDITGHLSKNLKQLMLQADVDSSELSQHTNLTISTINRLRSGSSSVNPTVTTLIPIANYFGVSIESLI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016211043.1|944247_944697_-	GatB/YqeY domain-containing protein	A0A292GL36	Xanthomonas_phage	4.1e-20	44.2
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WP_075273501.1|963843_965061_+	imidazolonepropionase	NA	NA	NA	NA
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WP_016211474.1|976332_977682_+	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	E4ZFI6	Streptococcus_phage	5.7e-33	27.6
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WP_016211478.1|979982_980798_+	nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_032126519.1|980777_981497_-	TIGR00730 family Rossman fold protein	A0A1D8KUT5	Synechococcus_phage	1.9e-19	34.8
WP_075273327.1|981664_982240_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_CP012413|997074:1051220|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_13

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MKASQYLITTLKETPAEAELISHQLMLRAGLIRRLASGLYTWMPLGLRVLRKVEHIVREEMNKAGAIEMLMTCSQPAELWQESGRWEKYGAELLRMKDRHERDFCFGPTHEEVITDLIRRELSSYKELPLTLYQIQTKFRDEIRPRFGIMRSREFIMKDAYSFHLDHQSLEATYQSMYTAYSNIFTQLGLKYRAVIADNGSIGGSASHEFHVLADAGEDLIAYSDQSDYAANVEKAVALAPTTERPHAGTELILIDTPTQRSIKEVCELLECKPAQTVKTLLVQGSEENTFIALVIRGDHELNEIKAEHLPEVASPLTLATEQQVISAMGAEVGFIGPVNSNVPVIVDADAAQLADFICGANQNGKHYQGVNWQRDAKYHTIADLRTVMVGDASPDGQGTLQMARGIEVGHIFQLGNSYSQAMQATVLDENGKQKVLEMGCYGIGVSRIVAAAIEQNHDEQGIIWPEAMAPFQVIIIGVNYNKSAEVKDAADALYQTMQEQGIEVILDDRKERPGVLFADADLTGIPHRLVIGDRGLKNNQIEYKSRATGNSEEIQLDQAMPFIQDKLN
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MSDSASEKDPFDGAKEDKDPVLQWVTFRLAEETYGINVMQVQEVLRYTEIAPVPGAPGYVIGIINLRGNVVTVIDTRKRFGLESQETTDNTRIVIIEAEKQVIGILVDSVAEVVYLRASEIETAPSVGNEESARFIQGVSNREDELLILVDLNKLLSDEEWEEMNSGSTGANA
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MAANFFGQWLLERGLITPEALIDAVEYQKKHNISLGEVAIEKSWLTENQVASINAEQQRSDRKFGEIATDLKLINDEQVQELLNTQKARRIFFGEALLALGHIQQDVLDKEIQAHKKAQEEHEELLKANLDNIPEAITVKAMLDHTLKMFLRIAREMVKITEVSTEANAISTDQNHYTFAQEITGEKNFYYALTMPEALVINVAGKLLMDDNHNEITPLSLDAASEYVNIIIGHGCGKLGTLDCMVHANPPFAYKKSEEKNPDCKHQVTVELASAHGDLMVEFLFKK
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MGLQWIALKGLVYRELERCFRIWPQTLLPPIINMALYFIIFGTILGDKIGQVQGYSYIQYIIPGLVMMSMLLNSYNNVVSSLFSARFQGFIEEMLVSPMKPSMMLLGYLIGGIARGTVVGFLVLIVALFFTSIKVHHIGLTVLVAILATTLFATAGFINAVFARKFDDVTIIPTFVIMPLTYLGGVFYSISHLPESLRWLCYMDPIYYVVNVFRYAILDVHEVNFWLNMSILSLFSILFIIISYYLLIKGRVHAL
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MAKRKNRQLDDEICALNSKPNLRSPHYLKQIKALTHSQESLFKAWNSGNEVMIAHGSAGTGKTYLATYLALKALLEYDSPYSRIAFFRSTVPAREQGYLKGDLEDKEAPYKQVFIDAVNELLDMKNPWSTYSKYGLLEFYSTSFQRGTNYHDTLLIVDECQNMGLEELDMIMTRVGNHSRIIFCGDTEQDDLRYRHSDSSGFCDFIHIINQMQRSQIIEFTIEDIVRSYIVKDYLYAKSGAYKGQTPPPKKTAKEDNLIHYPFTPTT
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MNKELLDIYSDYLISQNHYATATGLSDLLEGSISHDKVTRFLNKNHFGSKELWSYVKKHVRQYEEEVGGVLSLDDTVEEKPYTDENDVVCWHYSHSKSAHVKGINILTSMVTYKKTSVPIGYETVLKDIKFTDLKDRKEKRKSNISKNEYFRNLINRAINNQVKFDYAVADNWFSSKENMNYIHAKLNKLFILGIKSNRTVACSLDDKVNRNYQPVKSLDLKDGEAIDVYLQGINFPVRLMKKIFTNEDGSTGHLYLITNDLETDGDGLYKIYRCEPWSAKHGVSRPR
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MLEFLSHNCKEKASFFLIVFFNLLIVCQKLLIERYNVCQAYIDQCLIPCLSPGETVIMDNASFHKSKGVKEAIEDAGCHLLFLPPYSPDLNPIEHVWSPLKNRVRMKLDQDEINLETALSQVMKSMSETIR
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MLNKAILYYLQQDQFVGELAESSHTVKVYLGRPEADCFVLSLQHDSNHVTAIRFLAQGSPVLIASCAYVSEQLHEGALELLNTLDSKQLVAYFSLDNKDISKAVLVENALKQLYRQLAL
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MGQTNFIELFLHASVIVQAVLIILLLASILSWTFIFQRAFFLRRATKRLRIFESEFWSGIDLGQLYDRMRTEVASDGLASIFKSGFQEFARLSRQENIAADAIMEGTNRAMRIALSKETDKLENHLPILATIGSVSPYIGLFGTVWGIMSSFQALGAVEQATLSMVAPGISEALVATAIGLFAAIPAVIGYNRFTNRVDRLLSHYDNFQEEFASILHREAYARIKKSDNAAPEE
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MKIWTVANQKGGVGKTTTAVTLGGILASQGKRVLLLDLDPHGSLTSYLGYSPDKVEKGAYELFLQKGRMSAVLGDQIIKRTNFADLWLIPASITLATLDRQLGTQEGMGLLITKALKKLRVRYDYVIIDCPPILGVLMVNALAACEKVIIPAQTEFLALKGLERMIDTLAMVKKTKSFNFSTVILPTMFDRRTSAALGSLKILEEQYKKWLWRLPVPVDTKLREASQLGVPISQLYPQSRGLYVYQQFLDYLLESGAGSEMAQPLMSDPGVFV
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MPSPYSYDLRVRALKMIDEGILITQVSKLLKISRDTLHRWKNRRDHTGDVKARFGYQTGYNHKISDMEEFQKFIDQNPGKTHQQLADLYPVEMSAKTMGVWIKKLGYTRKKRASDTKNVMH
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MNTAVFIKIETDQVGRRIDNFLLLQLKGVPKTHVYRILRKGEVRVNKKRIKAHYRLEEGDIIRIPPIRIAERSPTRPLNINSINHLESAILFEDDDLLIINKPSKMPVHGGSGLSYGIIEALRQLRPNAHFLELVHRLDRETSGCLIIAKKRRSLKALHEQFQNNQVSKHYHALVSGHWPKRCQQIALPLKKYTRHSGERIVRVHQEEGKASQTYFKCLEYFKQASLIEARPRTGRTHQIRVHTQSQGHAILGDDKYTRHEENNWAKQQLNLNRLFLHAISLQFTHPTSQKNFMVTAPYPKELNNCLKRLKHLEQLQS
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MTVILGIDPGSRVTGFGVIRFKQHRCEYLASGCIRMGTVSLAERLQTIFQGIQEVIRLYQPTQVGIEKVFVGRNIDSALKLGHARGAAILAVAESTLSVCEYSARQVKRSVVGFGGADKNQVQQMVSALLKLSKVPSQDAADALAIAICHAQMQQGLRHIQKGNKLVKGRIRE
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MMGLMIQGSFLAVLLLLLGVLCYLWRSIKHYRQQLCELQGHCHVFMSSSIGIGQRLALLERYLGRDLYKELGHDAFPEKEENLYRQAAKLAALGMGKKELAEGFDLTDTEAELLELMSTQSLNSPMASKKMAQPKKTVQKAQSQQHLNHPAIKRYKSHQQD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_081007013.1|997074_997374_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155049809.1|997377_998673_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300276.1|998847_999822_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	4.0e-28	32.3
WP_016209411.1|1000027_1000822_-	inositol monophosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_016209421.1|1000984_1001773_+|tRNA	tRNA (cytosine(32)/uridine(32)-2'-O)-methyltransferase TrmJ	NA	NA	NA	NA
WP_016209447.1|1001769_1002981_+	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_032126508.1|1002970_1003330_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209444.1|1003424_1003853_+	nucleoside-diphosphate kinase	A0A167REB2	Powai_lake_megavirus	1.1e-17	39.4
WP_129556555.1|1003983_1005114_+	23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase RlmN	NA	NA	NA	NA
WP_016209436.1|1005110_1005839_+	type IV pilus biogenesis/stability protein PilW	NA	NA	NA	NA
WP_016209412.1|1005896_1006784_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209433.1|1006868_1007243_+	rhodanese-like domain protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209424.1|1007342_1008620_+|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A2I2L577	Orpheovirus	6.6e-23	25.1
WP_016209402.1|1008634_1009363_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209446.1|1009376_1010600_+	outer membrane protein assembly factor BamB	NA	NA	NA	NA
WP_016209427.1|1010693_1012097_+	ribosome biogenesis GTPase Der	NA	NA	NA	NA
WP_016209408.1|1012250_1012421_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209406.1|1012735_1013557_+	ParA family protein	Q8JL10	Natrialba_phage	5.0e-16	32.2
WP_016209405.1|1013553_1014447_+	chemotaxis protein CheW	NA	NA	NA	NA
WP_016209443.1|1014492_1015014_+	chemotaxis protein CheW	NA	NA	NA	NA
WP_016209413.1|1015088_1015574_+	DUF2802 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209416.1|1015862_1016648_+	DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209404.1|1016637_1017501_-	chemotaxis protein CheX	NA	NA	NA	NA
WP_016209435.1|1017527_1017899_-	response regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	1.1e-05	29.4
WP_016209445.1|1017999_1018956_-	23S rRNA pseudouridine(955/2504/2580) synthase RluC	NA	NA	NA	NA
WP_054300277.1|1019438_1022120_+	Rne/Rng family ribonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_016209439.1|1022200_1022827_+	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_129556553.1|1022990_1024583_+	glutamate--cysteine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_016209434.1|1024672_1026094_+|tRNA	glutamate--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_016209437.1|1026124_1026646_+	crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC	G3MA90	Bacillus_virus	2.0e-10	34.2
WP_016209438.1|1026642_1027242_+	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_016209440.1|1027319_1028330_+	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	B3GAM6	uncultured_virus	1.5e-06	29.9
WP_016209415.1|1028442_1029147_+	protein TolQ	NA	NA	NA	NA
WP_016209407.1|1029183_1029615_+	protein TolR	NA	NA	NA	NA
WP_016209428.1|1029617_1030712_+	cell envelope integrity protein TolA	NA	NA	NA	NA
WP_016209441.1|1030762_1032115_+	Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB	NA	NA	NA	NA
WP_016209425.1|1032150_1032792_+	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036776589.1|1032834_1033764_+	tol-pal system protein YbgF	NA	NA	NA	NA
WP_016209451.1|1033766_1034414_+	7-carboxy-7-deazaguanine synthase QueE	J9PV61	Bacillus_phage	1.2e-36	37.9
WP_032126506.1|1034464_1035268_-	PhoH family protein	A0A0E3G5H5	Synechococcus_phage	8.9e-42	43.1
WP_016209417.1|1035449_1035662_+	SlyX family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209423.1|1035665_1035899_-	exodeoxyribonuclease VII small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_016209422.1|1035960_1037541_-	exodeoxyribonuclease VII large subunit	NA	NA	NA	NA
WP_036776584.1|1037742_1038672_+	ABC transporter ATP-binding protein	W5SAS9	Pithovirus	7.0e-14	31.9
WP_036776581.1|1038673_1039441_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_032126509.1|1039845_1040562_+	gamma-glutamylcyclotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016209442.1|1040599_1040962_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209432.1|1041133_1042843_-|tRNA	proline--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_054300278.1|1043100_1044432_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300279.1|1044873_1046346_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300152.1|1047061_1047427_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273508.1|1047667_1048534_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_075273512.1|1049046_1049391_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036776562.1|1049543_1049735_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081007014.1|1049978_1050374_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_105962625.1|1050334_1051220_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_CP012413|1054382:1102477|DBSCAN-SWA
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MKVNVCQAYIDQCLIPCLSPGETVIMDNASFHKSKGVKEAIEDAGCHLLFYPLILLI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_054300293.1|1100778_1101144_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NZ_CP012413|1146988:1165770|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP012413|1146988:1165770|1150136_1150793_+|WP_016212246.1|DBSCAN-SWA
MEEEKDIQVAAAAKSTKKTTTKRGRPAKAAGTAAKKTTKKVAVKKVAEKTATKKTTVKKSATKGVALKKRGRPKLPTVSSTEITALDKEITKLTATIEKLTKDLTSDKKSIAAARSALKKSNTKTNANKLVKVKDSQDATTAKLREAKDELKLARSERAQVVALEKERIQEEMRQERALEQLEVAVEKYREKLVRQFEREKERRAKILEKKRTRARRK

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_054300162.1|1150896_1151979_-|transposase	IS481 family transposase	E9P643	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage	8.4e-144	72.1
WP_054300271.1|1152318_1153293_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
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WP_036779544.1|1155042_1156050_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_098082828.1|1156049_1156307_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|1156671_1157646_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_075273524.1|1157686_1158652_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016212058.1|1158807_1160358_+	glycosyltransferase family 39 protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300299.1|1162559_1163642_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046981.1|1163731_1163908_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046980.1|1163897_1164197_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046696.1|1164186_1164351_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300189.1|1164407_1164773_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126540.1|1164906_1165770_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

>NZ_CP012413|1210174:1253947|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP012413|1210174:1253947|1211164_1212310_-|WP_016211947.1|DBSCAN-SWA
MHKAIELTCELIRRPSITPDDQGCQTLLANRLKPLGFYIESMPFADTQNLWAKIGNNNGPNLLFAGHTDVVATGPLSAWRSPPFSPTLTADGMLYGRGAADMKSGLAAMIIATENFLSQHSNFNGSLSFLITSDEEGPATHGTQQVLQELIKKRGENIDYCILGEPSSTESAGDTIKHGRRGSLSGQITIYGKQGHVAYPHLANNPLHQCLNALQQLSTQHWDTASADFPATSLQITRIHGGESQTRNVIPAHVYIDFNLRFSNQITGKQIQEKVYSILDTNNLNYAIDWQINGQPFLTTDTSFINKIKDAVTQTTGIPPQLSTAGGTSDGRFIAPYGISVVELGVPNKTIHQVNECVHSQDIIMLSAIYEAVLEKILAKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_129556643.1|1215979_1217344_-	histidine kinase	NA	NA	NA	NA
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WP_054300311.1|1228492_1228969_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211942.1|1229289_1230549_+	DUF4804 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_054300313.1|1233633_1235316_-	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	1.6e-32	33.7
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WP_016211347.1|1236508_1237492_+	UDP-glucose 4-epimerase GalE	A0A2K9L5H6	Tupanvirus	2.1e-53	38.7
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WP_016211346.1|1237733_1238375_+	RluA family pseudouridine synthase	A0A2H4UV25	Bodo_saltans_virus	7.4e-07	28.8
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WP_172673412.1|1240117_1240258_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_105962625.1|1242244_1243130_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_016211316.1|1247027_1247678_-	porin family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_032126786.1|1249280_1252361_+	efflux RND transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_081007021.1|1252659_1253226_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_054300202.1|1253218_1253947_-|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.5e-43	41.8

Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

>NZ_CP012413|1257875:1323601|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016211465.1|1293930_1294914_+	chemotaxis protein CheV	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	2.9e-34	32.7
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WP_016211749.1|1301773_1302967_+	fatty acid desaturase	NA	NA	NA	NA
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WP_016212446.1|1307804_1308566_+|transposase	IS3 family transposase	S5WIU1	Leptospira_phage	1.2e-48	42.1
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WP_075273534.1|1316670_1317552_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_016212459.1|1319566_1319947_+	glycine-zipper containing OmpA-like membrane domain protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_18

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_18

>NZ_CP012413|1350110:1393249|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_19

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_19

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_19

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MVYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFRQISEEAKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHDIQVSESTIYRYIYDDREQGGELYKNLPHSGKPYKKKVNRGDQIKIPNRVGIEHRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEISDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYCSPNHVFLEYLMAA
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MPSPYSYDLRIRALKMIDEGIPITQISKLLKISRDTLHRWKNRRDHTGDVKARFGYQTGYNHKISDMKEFQKFIDQNPGKTHQQLADLYPVEMSAKTMGVWIKKLGYTRKKRASDTKNVMH
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MLNHKNKLKLGITMASISALLVGCSTITKISNSVNPVQKQKKLRNSDSDKEKKSQVNTIPLAPVTLYLTKNDHNNQAPYIKTFQYMTPVYTSKKPSLTISKIRFAATTGDPIAELQLGTLYHDGYWLKKNQQHAFFWFYQAALNQVATAQYRLGLAYLHGKGVIQNTVTAFAWFQLAANHELPQSQQKIDQLIARLSPKQLQNAAKTINDIKSKIAGLNNKKTKQRYQLHALNKKNAGII
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>NZ_CP012413|1404078:1459689|1422184_1424209_+|WP_036776682.1|DBSCAN-SWA
MALDPDDEILQDFLIEAGEILESLSEQLVELESRPDDADLLNAIFRGFHTVKGGAGFLALDNLVEVCHIAENVFDILRQGERQVDADLMDVMLQALDTVNAMFEQIRSFEDPDAAEPELLKSLNALVSGDSGSETVEDSAAVEEQAPVEPEEKAGAAQKEKPAGDEITEDEFDQLLDELHGSGVPGVKSEGSETKVEDKKDEGSSIKKAAAGDEITEEEFEGLLDELYGEGKGPTLEADTGTEEKSVEKPVKEAAKAVEKKPEPQKKAAPAAAAKKEDAAKAEASVRVDTSLLDDIMNLVGELVLVRNRLKTLDMNAEVTDEGMTKAIANLDMVTADLQTSVMKTRMQPIKKVFGRFPRLVRDLARSLGKEIDLKLVGEETDLDKNLVEALADPLVHLVRNSCDHGVEMPDLREERGKTRKGTITLSAEQAGDHILIYIEDDGNGMNADVLREKAIEKGLMDRESAERLTEKECYNLIFMPGFSTKAEISDISGRGVGMDVVKTKITQLNGRLEIDSTLGTGSRVTIKVPLTLAILPTLMVIVQDQRFAFPLTAVSEIFHLDLTKLNIVDGQETVIIRNKALPLFFLNHWLIKDSPKERPDSGHVVIISAGSQRMGFVVDQLVGQEEVVIKPLGGLLQSTTPGMAGATITGEGQIALILEIADLIRHYAKRVIA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_054300343.1|1404947_1405175_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_105962625.1|1405178_1406065_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081007031.1|1406152_1406425_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209794.1|1407055_1407679_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300344.1|1407724_1409668_-	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	A0A1U9WQS3	Geobacillus_phage	1.1e-05	23.9
WP_016209788.1|1409789_1410542_+	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_161625457.1|1410746_1411052_+	flagellar basal body-associated FliL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_129556639.1|1411347_1411758_+	flagellar basal body-associated FliL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209775.1|1411774_1412230_+	flagellar motor switch protein FliN	NA	NA	NA	NA
WP_016209797.1|1412226_1412718_+	flagellar biosynthetic protein FliO	NA	NA	NA	NA
WP_080664822.1|1412714_1413464_+	flagellar type III secretion system pore protein FliP	NA	NA	NA	NA
WP_016209776.1|1413493_1413763_+	flagellar biosynthesis protein FliQ	NA	NA	NA	NA
WP_016209787.1|1413778_1414564_+	flagellar biosynthetic protein FliR	NA	NA	NA	NA
WP_016209786.1|1414577_1415711_+	flagellar biosynthesis protein FlhB	NA	NA	NA	NA
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WP_016209767.1|1417869_1419330_+	flagellar biosynthesis protein FlhF	NA	NA	NA	NA
WP_032126438.1|1419355_1420198_+	MinD/ParA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209784.1|1420194_1420917_+	RNA polymerase sigma factor FliA	A0A1B1P7V3	Bacillus_phage	2.7e-05	24.1
WP_017377132.1|1421003_1421387_+	chemotaxis protein CheY	NA	NA	NA	NA
WP_016209769.1|1421428_1422172_+	protein phosphatase CheZ	NA	NA	NA	NA
WP_036776682.1|1422184_1424209_+	chemotaxis protein CheA	NA	NA	NA	NA
WP_051307317.1|1424270_1424564_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209791.1|1424700_1425423_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209771.1|1425587_1426310_-	sel1 repeat family protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126436.1|1427016_1427472_+	SUF system Fe-S cluster assembly regulator	NA	NA	NA	NA
WP_016209793.1|1427487_1428936_+	Fe-S cluster assembly protein SufB	NA	NA	NA	NA
WP_016209795.1|1428976_1429732_+	Fe-S cluster assembly ATPase SufC	A0A285PWH2	Cedratvirus	1.3e-10	24.6
WP_016209780.1|1429736_1431113_+	Fe-S cluster assembly protein SufD	NA	NA	NA	NA
WP_016209796.1|1431136_1432354_+	cysteine desulfurase	Q2XUY6	environmental_halophage	2.9e-92	42.0
WP_016209778.1|1432384_1432759_+	iron-sulfur cluster assembly accessory protein	A0A218MM00	uncultured_virus	1.7e-11	38.5
WP_016209772.1|1432777_1433329_+	putative Fe-S cluster assembly protein SufT	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|1434610_1435585_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_054300148.1|1435682_1436744_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|1437298_1438273_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_075273327.1|1438963_1439539_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_032126362.1|1439484_1439850_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300345.1|1439986_1441066_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_054300162.1|1441147_1442230_+|transposase	IS481 family transposase	E9P643	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage	8.4e-144	72.1
WP_054300346.1|1442376_1443252_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126678.1|1443262_1444273_-	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	1.2e-22	40.6
WP_016211554.1|1444599_1445226_+	uridine kinase	A0A1V0SAA3	Catovirus	1.6e-33	41.3
WP_016211557.1|1445271_1446501_+	na+ dependent nucleoside transporter family protein	B2YG43	Musca_hytrovirus	2.0e-08	22.0
WP_032126677.1|1446695_1447259_-	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211555.1|1447333_1448692_+	dGTPase	NA	NA	NA	NA
WP_016211664.1|1448942_1449671_-	single-stranded DNA-binding protein	A0A2I7QWB5	Vibrio_phage	6.2e-42	65.6
WP_016211666.1|1450043_1452863_+	excinuclease ABC subunit UvrA	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	1.0e-311	55.2
WP_016211669.1|1453017_1453368_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_162034419.1|1453729_1453876_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|1454192_1455167_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_129556522.1|1456477_1457710_+	MFS transporter	S4TR35	Salmonella_phage	9.0e-17	23.2
WP_016211405.1|1457916_1459689_+|tRNA	aspartate--tRNA ligase	A0A2K9L0E9	Tupanvirus	4.9e-08	41.9

Sequences of DBSCAN-SWA_20

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_20

>NZ_CP012413|1466381:1529740|DBSCAN-SWA
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MNTVIDQDLLYTLSAQAAALPRKRTHLNFHTDSHAQCHRLLIAIEPGSYVRPHYHADHEKDETLLILKGHLGLLYFDKSGTVTDTFILNPNNIIGTTIPHGQLHSVIVLTPGTVFFESKAGPYHPPQPHEIAHFAPAENTPEADSYLQALSQLFDNQHLA
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MAEFKDEIKTKEKEVNELHRQLGKRTAELEWAAKKLKSLDYETRKCLIESEPKNIPVTRQCELINFNRSNCYYSAQRIVSDIDFIT
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MPKLLEQKQWDKIYLFLKDFPGIYCGSERKCRLFIEAVIWILRTGSQWRYLPEDYGYWNSVYKRFSRWDNRGVWDALFTSVQTPELDSGMVDSTVIRAHACSAGYKKRQRD

Homologous phage analysis in the prophage region

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1454192:1454251	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_075273327.1|1491216_1491792_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016210103.1|1492144_1493503_-	replication-associated recombination protein A	G3MBE0	Bacillus_virus	7.7e-70	37.2
WP_016210115.1|1493577_1493751_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210117.1|1493784_1494144_-	aspartate 1-decarboxylase	NA	NA	NA	NA
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WP_016210111.1|1495559_1497194_+	CTP synthase	A0A1J0FA14	Only_Syngen_Nebraska_virus	9.7e-144	49.9
WP_017377579.1|1497200_1498037_+	3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase	E3T537	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.7e-51	41.3
WP_016210099.1|1498058_1499336_+	phosphopyruvate hydratase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	2.5e-139	60.9
WP_016210105.1|1499419_1499740_+	cell division protein FtsB	NA	NA	NA	NA
WP_016210106.1|1499759_1500851_+|tRNA	tRNA pseudouridine(13) synthase TruD	NA	NA	NA	NA
WP_036777611.1|1501033_1502623_+	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_016210110.1|1502683_1503439_+	5'/3'-nucleotidase SurE	A0A1B1ITZ2	uncultured_Mediterranean_phage	5.4e-65	52.0
WP_016210113.1|1503626_1504676_+	RNA polymerase sigma factor RpoS	M4SMP8	Cyanophage	7.9e-30	31.5
WP_032126689.1|1506342_1507803_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210107.1|1508092_1508365_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210114.1|1508436_1509696_-	calcineurin-like phosphoesterase	NA	NA	NA	NA
WP_016210108.1|1509788_1511054_-	sodium:proton antiporter	A0A2H4J178	uncultured_Caudovirales_phage	9.1e-49	42.8
WP_122943012.1|1511239_1511695_+	DUF4442 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210112.1|1511811_1513239_+	YdiU family protein	A0A075BSJ0	Microcystis_phage	2.5e-55	35.0
WP_075273549.1|1513932_1514415_-	WbuC family cupin fold metalloprotein	NA	NA	NA	NA
WP_054300353.1|1520459_1520687_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046967.1|1520737_1521352_+|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	S5WIU1	Leptospira_phage	1.5e-33	40.1
WP_054300271.1|1521490_1522465_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_172673403.1|1522537_1522798_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
1521490:1522502	attR	NA	NA	NA	NA
WP_032126362.1|1522878_1523244_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273327.1|1523189_1523765_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_054300355.1|1523754_1523940_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016211563.1|1524150_1524312_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211564.1|1524344_1525220_-	ParA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_052104693.1|1525385_1529252_+	ATP-dependent RNA helicase HrpA	A0A1V0SBU4	Catovirus	1.9e-49	26.2
WP_080728343.1|1529333_1529474_-	hypothetical protein	A0A0U2RK18	Escherichia_phage	1.6e-07	69.0
WP_081007034.1|1529455_1529740_-|transposase	IS1 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_21

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_21

>NZ_CP012413|1535714:1573869|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_21

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MKNYPHIDDIIDQVAKEFDCDRNRMAYEAFATDVKELIENEDFDCQTEEQARLELAKRGPHIINLYMEGLDGEDWLSQDYLPADINVTVVREFYKFVVNEEKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_016212012.1|1536732_1537410_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_016212013.1|1537425_1537809_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212011.1|1538030_1539152_-	calcium:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_054300357.1|1539385_1540261_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016211974.1|1540543_1541665_+	alanine dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_075273551.1|1541764_1542067_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_129556638.1|1542066_1542747_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126362.1|1543325_1543691_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_081377865.1|1545050_1545335_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
1545309:1545368	attL	NA	NA	NA	NA
WP_172673413.1|1545693_1547469_-	protein-disulfide reductase DsbD	NA	NA	NA	NA
WP_054300359.1|1547779_1548352_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273651.1|1548710_1549748_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081007035.1|1550573_1551239_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_054300271.1|1551278_1552253_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.8e-28	32.3
WP_016211144.1|1552809_1553439_+	MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036779218.1|1553422_1553845_+	biopolymer transporter ExbD	NA	NA	NA	NA
WP_016211145.1|1553851_1555591_+	lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA	W8CYL7	Bacillus_phage	8.4e-53	30.8
WP_016211153.1|1555591_1556656_+	tetraacyldisaccharide 4'-kinase	NA	NA	NA	NA
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WP_016211146.1|1557125_1558082_+	ferrochelatase	NA	NA	NA	NA
WP_016211151.1|1558091_1558403_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211143.1|1558418_1558988_+|protease	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	A0A223W000	Agrobacterium_phage	7.3e-30	39.5
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WP_036778955.1|1563327_1565898_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126340.1|1566063_1566825_+	DUF4402 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_122941824.1|1566905_1568642_-	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_016210844.1|1568826_1569954_-	Fic family protein	D7RWK9	Brochothrix_phage	5.7e-10	23.2
WP_016210843.1|1570040_1570271_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_164997261.1|1572611_1572761_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300363.1|1573000_1573348_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046964.1|1573293_1573869_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_22

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_22

>NZ_CP012413|1752104:1812164|DBSCAN-SWA
CTCAACGAATAGTTTCTGACATTGACTTCATTACTTGACTAAGCGCTGTCTCTAAATTTATTTCATCTTGATCAAGCTTCATGCGAACCCTATTTTTAAGCGGTGACCATACATGCTCGATCGGGTTTAAATCAGGAGAATAAGGGGGTAAAAATAATAAGTGACAACCCGCATCTTCAATCGCTTCCTTAACCCCTTTTGATTTGTGAAAAGAGGCATTATCCATGATTACAGTCTCTCCAGGAGATAAACAGGGAATTAAGCACTGATCGATATAAGCCTGACAAACGTTAGCATTGCAATAACCTTCAACCATCATTGGTGCCATAAATTGCTTGCCGCGCAAACCACCTATAAAGTTAATTCGTATTGATTTTTTACCGGGCTTCTCTGCATAGCACCGTTTACCTTTAGCAGAGTGACCATAAGCGTAACGCTCAGTATCATCCATACCCGCTTCGTCCATATAAACAATTTTGTCGTTATCGATTTTCTCGACTTTTTCCAGGAAGGCTTTCCGCTTTAATGCATCACGTTCTTGGTATCTGAAGCTCTTTTTTTTCTAGTATAGCCTAGTTTTTTAATCCACACTCCCATGGTTTTTGCACTCATTTCTACAGGGTAAAGATCAGCGAGTTGTTGATGATTTTTACCCGGATTCTGATCAATAAATTTTTGAAATTCTTTCATATCACTGATTTTATGGTTATAGCCCGTTTGGTAGCCAAATCTTGCTTTGACGTCTCCTGTATGATCACGCCTATTTTTCCAACGATGCAGAGTGTCTCGACTGATTTTTAAGAGCTTGGAAATTTGTGTAATAGGTATCCCTTCATCAATCATTTTTAGTGCTCGAATTCTTAAGTCATAACTGTAAGGAGAAGGCATCGTTTTTCCTTATTGTATTTTTTAACCTACTGATAGTATGTCAGAAACTGTTGATCGAGCGCTATACAATATTTTTTTCTGGTGGCCACACTACATTAGTAGTTAGTATACTGATCACAGCCTCTTTAGTCTTAACACACTCAAATATCTCATAAAATTAAAAACAAGATAAAAAACAATTGACAACTCACCTTACGCACAGGTCATAAACATTTTAATCGCCTAAGCTCTTCAAAAGCTATTTGATTTGACCGCACAAGTAATTTATATTTGAGTGCAAAGTGGTTAAGTTGTGCTTTTACACTCAATGTTTCTAGTTTACAAAATGCCACGATTGATGCAAAAATATGATTGCATTGTGACCGAACAGTTTTAGTTGGTGATTTTGCTAAACTTGCATTTTGTTTAATCGACTTATGATATTCTTCAATTTTCCATCGTTTTTGATAGATTTTGTAAAGCCCATCACCATCCGTCTCTAAATCATTTGTTATTAAATAGAGGTGACCTGTTGACCCGTCTTCGTTTGTGAAGATCTTTTTCATTAATCGCACTGGGAAATTAATTCCCTGAAGATATACATCTATGGCCTCACCATCTTTTAAATCAAGAGATTTGACTGGCTGGTAATTTCTATTGATTTTATCATCTAAACTGCAAGCAACTGTTCGATTAGATTTTATTCCTAAAATAAACAACTTATTTAACTTGGCATGAATATAATTCATGTTTTCTTTTGAACTGAACCAGTTATCTGCAACAGTATAATCAAATTTAACCTGGTTATTAATTGCATGATTTATAAGGTTACGAAAGTACTCATTCTTCGATATATTAGATTTTCTCTCGCTGCGAGCCATGGAGTGCTAAGCACGGGGTGAGTAGGCCGAGGTAGGTTCGGGTTTTTAGCAGAGCGGAGTTGCGAAAGGCCGTTAGGTCTGTAGCAAGCGTAACGAGTGTCTAAAAATCTATACGAACCGTAGAGTCATGTGAGAGCACAGTAGTGGAGTGTGCCGATTCAAGGCACGTAACGCTGTGTGACGCGGACAGCCGAGGGTTTATAGTCGTCGCGTTTTGCTCGGCGATTTTGCATCATTGGATGTGCAAAATACCTACCGAGGTAGCGACGCTTACGTTTCTTTTCGGTCCTTTAAATCAGTAAACTTGATGTCTTTTAATACAGTTTCATAACCAATAGGTACGGACGTTTTCTTGTAAGTCACCATACTTGTCAAAATATTAATTCCCTTTACATGAGCGCTTTTGCTGTGTGAATAATGCCAACAAACCACATCATTCTCATCTGTATAAGGCTTTTCTTCCACGGTATCATCCAGACTTAAAACGCCTCCAACTTCTTCTTCATACTGACGAACATGCTTTTTAACATAGCTCCAGAGCTCTTTTGATCCAAAGTGGTTTTTATTTAAAAAGCGTGTGACTTTATCATGGCTGATACTTCCTTCCAGTAAATCTGAAAGTCCTGTTGCCGTTGCATAATGGTTCTGGCTAATTAAATAGTCGCTATAAATATCCAGTAGCTCTTTATTCATTCCTGATGAAATCCCTGTATCTATCAGATTTCATTATACATTGTTTATCATGTCAGTGCGTAAGGTGAGTTGACAATAAAAAACAAATTAAACTAATCTATCGTTATCATTAAAATAACTTTAAACAAATAAAAAATTTATAAACATAAATATCATAGTTAAAAAACGATCTATTTTTACAAATCACTATAGGGAGCCAACGAATACCTATCCCTATCAGCAACAACCATTAATTGATTAAACACCTGATAAAAGTATGGGGAAAACACTATGCCAAAAACTAGACTCGACATCCTTCAAAAAATAGAAAAAGCAAACGCCAACTCTCAAAGCCATATAAGTTTGCGTAATTGGGACCTTAGTGGTTTAGATTTATCAGGCTTATATTTAAGTCATGTTGATTTATATGGAGCAAATTTAGAAGGAGCGAATTTAGCTGGAACCTATTTAAAAGGTGCGAATCTTAGTTGTGCTAATTTAAAAAATACAAACTTATCAGGTGCATATTTGCAGGGAGCAAACCTACAGTTCTCTAATTTAGAAGACACCAACTTTTGTCATGCGGACTTGCGTAAAGTTGACTTTAGAGACGTACAGACATTCAATGGCGCAAGGTTTAAAGGGTCTTGTGCCATCGGTGCATGGTTTGGCACTGGTGATTTAAGAAATACAGATATTCACCACAGTAATTTTTACTATGAGTATTTAAGCCTAGAGTTGCAAGAAGCAATGAAGGACTTAGATGACGACCCTCTCTTTACAAACCGCGATGAAAACCCACAATTTGAAAGCCAAGACTTTTTACCCAGTGACTTTAATAATCTTAAAAATAAAATACTTGAAAAGTGTATCCATTTTCAAGAAATTGATCGGGATGCCACGTTTACTGTCCCTAACTTTATTCGATATCTGACTGAAGAGCAACGAACAAAGTTCCTCGATGAAAGGGATAGATTAATCGATTGCAGTATCAACCTCGAAGAGATAAGCGTTCCTGTTCATATTGCTGGAGAATCAGCAAACTATAATCGCGATGCATTCCAAGACTATTTAGCTAACAGTGAAGTTTCACCGTTTACAGGTCAAGCTATCCACGAAGATAGCATTCAAAATGACTATAGCCCACAAACTTACATTGACTATCATCTCCTTGTTGAGGAGATGGCAAAATGTCTTCCCGCAGATGAACTTGCTGAATTAAATCAACAACAAGTACCAGCAGCTCCGCCAGCTTTAGCCAGGCATCAAGAAGCAGATATAGATCCCAATCTACTTTTAATCATATATTTAACGTTAGATAAATATGGCCTCTCAAATGCTAAAAATCTAGAAAAAGCACTCAAAAACCCGGCAAGATTTTTAGAACAGTACAACGAGTTAAAACAACAGCAATTCTGTAAAGCTGTATACCTTCAAGAAGTACTTGATGCCCCGAATTTATATAACCCATTCACAGGACATGTTAGGCTATTTAAATCACTTTCAGATCTAGACCTTGCTTCACCAAATAATATCCAGCGTCTACTCAAAGCTCCTCTCGACACTACGCTTATTAAAATATTAATAGAATCAGGTTTAGATGAATCAATTAAAGACTGCAAGCAAAGGAACAGTACAGAAAAGCTTAAACTCTCAGAGTTTTTTAAATATCACCTACAATCAGAAACAGAGCTTGCGGGATTAAAAAGTATTCTTAACGGTGCAGCTTCAGCACTTAACCACAGAAGGCATGCCTTCAATATCTTCTCCACAGCACACTCTTATAAAGCTGCTGAACCATACTTTAACAAAGCTCGGAAGTTAGCTAACATCAGTGACCGATATTGGGAAATCGCCCTATCACGACATTATTGGACTAATAGCTGGCAAGAACAAGCTAATCACTACTATGAAAATACTTCTAGGATTCCGGTAACAGCTCCGATACCAACAGTAGTTCCTACTCCTACCACCGCAGCCCCACAGCCAACAGCACAACCAACTGCTGTTACAATGAATAACGTAACCATTACTCCAGCTATGAGAGCAACTACCACTCCGGCACCTATCACTCCAGCAGGCACTACTACCTCACCAGTACCGGCAGACTCAACAACAGCCCCCAATATCACCCCTACAAGTACTGGCGCTCTAACTCTAACCCGTACTCCAGCTTTAAATCATCCTCTTGCTCCAGCCATGGAAGCAACTGCCACTCCACTACCTGCGACTACGCAGCCAGCACCTATCGCTCCAACAGCTACTACAGAGACTATTACAGATCCTGCTAAAAAAATAACAGACATAATTGATACCAATAATCGATTTATAGATGCTTTAATAAAAGATTATACGGGTAAAAGCCCAGCTCAAACAACTGCAGCGAAAACTCCAACAGCACCATCTAGCACTGTAACCACAAGCTCAAATACTACCTCTACGTGCAAAGGCAAGTATGTTGTCATTGCTCCACCAACTAGCGCCCCAGATACAGCTCCAACGACTGCACCTATATCTACAAGCCGCACTCTATTACCTGCATTAAGAGTTACACCAACTGTTGCTCCACCAGCCCCGCTA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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_23

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_23

>NZ_CP012413|1848741:1972129|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016209810.1|1950484_1952398_-	molecular chaperone HtpG	A0A1B1ISV4	uncultured_Mediterranean_phage	6.9e-117	38.3
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WP_036777933.1|1953237_1954362_-	2-hydroxyacid dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_016209800.1|1954358_1954955_-	recombination protein RecR	NA	NA	NA	NA
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WP_016209812.1|1955407_1957231_-	DNA polymerase III subunit gamma/tau	A0A1L2BWV7	Bacteriophage	9.7e-44	40.5
WP_054300409.1|1957677_1959390_-	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	4.3e-25	30.2
WP_016209815.1|1959707_1960247_+	DUF2975 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016209801.1|1964187_1966242_-	VWA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016209808.1|1968257_1968626_+	cell division topological specificity factor MinE	NA	NA	NA	NA
WP_016212343.1|1969930_1970737_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	W8CYX9	Bacillus_phage	7.7e-09	42.9
WP_129556499.1|1970975_1972129_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.5e-58	44.2

Sequences of DBSCAN-SWA_24

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_24

>NZ_CP012413|1978646:2024748|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_052047048.1|2024247_2024748_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_25

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_25

>NZ_CP012413|2054682:2096920|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_26

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_26

>NZ_CP012413|2100299:2220529|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_27

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_27

>NZ_CP012413|2260836:2322333|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP012413|2260836:2322333|2265314_2266325_+|WP_016209553.1|DBSCAN-SWA
MANLKYFYGSLLVTIAGLIAAFFVGHEHPLTAVYITAVLALLEISLSFDNAVINARVLADMPMFWRKLFIYIGLPIAVFGMRLIFPILLVDMTTQLSFIDVFHLATSDPHAYHEALLQGMPMISAFGGAFLLKVFLGFFFDKEKDVHWVPFLEANRAIKAASNLPGVSLLLSLLAGMLLIYYTKDWHVAFAYLSGIILHELLSVMGLLFNQPASSGQTLVRNGLISFIYLEFLDASFSFDGVIGAFAISTNIFIIMIGLGIGAMFVRSLTIFLVEKKTLSSFPYLEHGAHYAIGFLACVMFIKMFHHVPEAITGTVGIGLIIIACLHSYIERRIKS
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MHGREKSISNAFDKQAVFISKQLTIPRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRCVP
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MPSPYSYDLRIRALKMIDEGIPITQISKLLKISRDTLHRWKNRRDHTGDVKARFGYQTGYNHKISDMKEFQKFIDQNPGKTHQQLADLYPVEMSAKTMGVWIKKLGYTRKKRASDTKNVMH
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MIEIYTDGGCRGNPGPGGWGVVIIDAKGGTTELNGYEAQTTNNRMELTAAIKALETLTLGTRACLTTDSNYVKQGISQWVQQWKKNGWKTAQKKQVLNQDLWQQLEALNQSLNIEWQWVKGHSGHAHNERCDELANLAMDGQVAQPLKANHVVAEHNTNNNHSQVESNLEERLARVEDKLDAILQRLAELS
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MQLTQFTDYSLRVLIFLACKKGSSSSIDEISRNYNLSINHLRKVIHKLGQLGYIETSRGKGGGIKLAECPQKINLGVVIRQLEPHFDLVECFTNAKPGCKIAAACRLKGVLAEALNSFLAVFDGYHLADVLGGQQEELVQLFGFSLS
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MKKIALPDSLPKDTIGLDPIRGSDYTYPTRDDMELHTLTDNSTSEDKQVNILPLSFDFKYELAGKISEEAALLFLEEMTRSSIAPDACKETISFIPE
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MIKFSEPGADLFIPGGGSIANALSRTSHLAIAAHQDDIEILAFHGIAECYQQAERGFCGVVVTDGAGSPRAGDYAEYTDKKMQEVRAEEQRAAAKLGEYSAQFQLAYPSHQVKNTSALPLVDELEEILIKTQPEVVYLHNPMDKHDTHVAVFLKSLAALRRLPEKIRPKVVYACEVWRDLDWVCDKEKIALKSDEPRELALALLQVFDSQVSGGKRYDQAVLGRRLAHATFSHSHAVDDVKGVTYAIDVMPLLENPMLTVEDYVRGFVERFAHSLTTTLTALSQD
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MRLYQKKKSFRYQERDALKRKAFLEKVEKIDNDKIVYMDEAGMDDTERYAYGHSAKGKRCYAEKPGKKSIRINFIGGLRGKQFIAPMMVEGYCNANVCQAYIDQCLIPCLSPGETVIMDNASFHKSKGVKEAIEDAGCHLLFLPPYSPDLNPIEHVWSPLKNRVRMKLDQDEINLETALSQVMKSMSETIR
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MSAWGFLFLGGLLEISGIICLKLSDGFKKRLPTLLMVIQMGLSLYVLSHVFGVIPVGTAYAVWTGIGAVGIALVGMVYFNESKDWPRLVCIALIISGVIGLKLTS
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MKIFLVGGAVRDELINYPTEDKDWVVVGSTPEKMIKQGYHPVGKDFPVFLHPQTKEEYALARTERKTAQGYHGFTIHADPSVTLEEDLMRRDLTINAMAKDHHSKIIDPYHGQHDIKNKLLRHVSPAFSEDPVRILRIARFLARYHHLGFTIAAETRTLMAQMVQAGEVNTLVPERVWQELSKALHEKSPSAFFSTLEQCGALKILFPEIAALINQVKDTAWEPQCNLWSHFLNCLDQQEKPQIRFASALKTSYYSKQSNLKSLIQRLRIPKSFSSVMLTTAQLHPIYYSLPKQNAAQILDLLNQLSAFKNTQQLNNFADSCNLNLNLNQLSDHKEKLQHYIKIVESINPDEFIQQGLQGAQIGTAIQEKRLALIKGSRKK
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MVKNYTEIKVHIFFNALLLCALSILLIMAFYFQLTHNELPCPLCLLQRVCFIGLGSIALLNIIYGPRPSHYGLMLLTTLLGFSISVRQIFLHIQPRDLGYGHPVFGIHFYTWGAILFFLVAIFIGIGLLLEHIKTNDINKNSVQQLTITGKIISIVFLILIILNLVSVLFECGLSQCPDNPLNYL
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MSYPALIQQIDKLSKKYGFERHKMRFISGITDAETLAAERKLSHADAEGLIQQHGINGIWLAWLTDDGLLIEDECFKYIDELLAMPSYAEEWFDLVNGHEEIQKKEAQGLDK
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MLKAMDKMMAPYFGLSRDIYIIALTEFVLALGRFVFPFLSLLLTQKLGLTIAQAGVWIAVTGLNSLLGSLIGGKLSDHCRRRSIIIVGQACSVMVMFVGGFCTTGLAILPLIFIASFTMGVAMPAVRALLTDLSTPDNRDAVAASHGVLSTG
>NZ_CP012413|2260836:2322333|2296703_2297627_-|WP_016211371.1|DBSCAN-SWA
MSKRCYISVDGGGTSTRARVYNDEGGVLGESVQGASNISICVDQAMQALILAINQAKSQAGFAKSDQLPIGIGIAGLEIPKARHSFLEQVSRLGSDVVVQSDAHTACLGGHDGDDGAILILGTGCIGWLIDKEEVQHVGGYGFPLDDRAGGAGIGLAALQVTLRFLDGRQSCSYLLERLAEKFDQNIARLAEFGVSASKTEFARFAPDVFDAFDHGDVYAKQIIEAAVSDIEMMIGRLYQGNNEALPLCLLGGLAHKFKPLLSYAIQERLVEPCGDALWGGYKMIKNYVELGDSTVIGLLGIEHDKI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_016209560.1|2260836_2261511_+|tRNA	tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase TrmH	NA	NA	NA	NA
WP_017376619.1|2261539_2261944_+	RidA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036777168.1|2261968_2262928_-	response regulator	NA	NA	NA	NA
WP_016209567.1|2263059_2263677_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_155046949.1|2263747_2263918_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126712.1|2264111_2264570_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016209553.1|2265314_2266325_+	DUF475 domain-containing protein	A0A172Q0Y5	Acinetobacter_phage	2.9e-58	42.2
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WP_016209545.1|2268046_2271541_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209551.1|2271578_2272418_-	16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase	M1PLC5	Streptococcus_phage	1.8e-45	45.0
WP_036777155.1|2272604_2272820_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209547.1|2272868_2273444_-	ribonuclease HI	V9M0C8	Vibrio_phage	1.3e-29	46.6
WP_016209540.1|2273440_2273779_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209568.1|2273947_2274937_-	murein tripeptide/oligopeptide ABC transporter ATP binding protein OppF	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.7e-18	32.7
WP_016209572.1|2274937_2275900_-	oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein OppD	G9BWD6	Planktothrix_phage	7.7e-16	32.1
WP_016209559.1|2275909_2276812_-	ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
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WP_032126362.1|2277192_2277558_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273298.1|2277503_2278079_+|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016212572.1|2278136_2278529_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_075273327.1|2279480_2280056_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_032126362.1|2280001_2280367_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075273331.1|2280492_2280792_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_172673414.1|2280927_2281068_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126774.1|2281688_2282024_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051307356.1|2282183_2283716_-	apolipoprotein N-acyltransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_016211411.1|2284584_2285082_-	rRNA maturation RNase YbeY	NA	NA	NA	NA
WP_016211412.1|2285085_2286078_-	PhoH family protein	A0A0S0MVD6	Pseudomonas_phage	9.3e-49	45.1
WP_016211408.1|2286192_2287539_-|tRNA	tRNA (N6-isopentenyl adenosine(37)-C2)-methylthiotransferase MiaB	NA	NA	NA	NA
WP_054300173.1|2287762_2288824_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016212287.1|2288902_2290048_+|tRNA	multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'-cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/2'phosphatase	A0A0F6YPT7	Sinorhizobium_phage	2.7e-60	41.7
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WP_016211371.1|2296703_2297627_-	badF/BadG/BcrA/BcrD ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_016211368.1|2297823_2299215_+	sugar porter family MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016211369.1|2299261_2300305_+	SIS domain-containing protein	F2Y1G4	Organic_Lake_phycodnavirus	5.2e-18	28.4
WP_016211370.1|2300347_2300791_-	Rrf2 family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_016211374.1|2300923_2302114_+	NO-inducible flavohemoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_016211373.1|2302168_2302315_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212140.1|2302865_2303783_-	EamA family transporter RarD	NA	NA	NA	NA
WP_036794860.1|2304050_2304344_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080664878.1|2304420_2304615_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300462.1|2305633_2306551_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210876.1|2307016_2307859_-	isopenicillin N synthase family oxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_016210873.1|2307926_2308577_-	phosphoribosylglycinamide formyltransferase	M4QRX9	Synechococcus_phage	4.1e-21	36.6
WP_032126665.1|2308591_2309650_-	phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	Q58MH8	Prochlorococcus_phage	1.5e-68	44.0
WP_036794016.1|2309769_2310840_+	DUF2066 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210872.1|2310866_2311976_+	AI-2E family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016210871.1|2311992_2312310_-	multidrug efflux SMR transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016210879.1|2312306_2312666_-	multidrug efflux SMR transporter	NA	NA	NA	NA
WP_054300463.1|2312768_2315498_-	kinase	NA	NA	NA	NA
WP_016210881.1|2315998_2316814_-	LD-carboxypeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_054300173.1|2317024_2318086_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016212048.1|2318849_2319407_+	disulfide bond formation protein B	NA	NA	NA	NA
WP_032126664.1|2319600_2320284_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126663.1|2321002_2321245_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300464.1|2321271_2322333_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_28

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_28

>NZ_CP012413|2410583:2501792|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP012413|2410583:2501792|2467377_2468280_-|WP_129556587.1|DBSCAN-SWA
MPLYLIIILGFVAAKRLDITKESIANLLIYIVNPVVMFIGTYRVHLSFGNLALPFVIFFLCVTSSMLFYFIASAFWQDTRRNLVALAAGCANSGYFGLPVVTAVFGVSALGLAVVGNFGFLLFEITIGVFLMARGHYGVMDSLWVMLKMPAIYTFAAGILCNGLQIPLAASIGHVADLFIGAYSVLGMLMVGFGMAHIGRSSFDVKLVSILLFAKFIFWPVSAGVIVVLNRHVLHLLSIHSEHILLLMSLVPLAANTVALAIRFRIIPDKAAMVVVLSTLIALFYIPLVLSGLLPLFKLI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_054300202.1|2410583_2411312_-|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.5e-43	41.8
WP_016210945.1|2412999_2413590_+	16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase RsmD	NA	NA	NA	NA
WP_016210946.1|2413716_2415102_+	L-serine ammonia-lyase	NA	NA	NA	NA
WP_016210947.1|2415196_2415394_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_032126574.1|2416812_2417190_+	sel1 repeat family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210948.1|2417202_2417439_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210951.1|2417438_2417645_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036779389.1|2417827_2418547_+|tRNA	tRNA (guanosine(46)-N7)-methyltransferase TrmB	NA	NA	NA	NA
WP_016210954.1|2418635_2420420_+	SLC13 family permease	NA	NA	NA	NA
WP_036779399.1|2420518_2420773_+	DUF2282 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_144019244.1|2421129_2421741_+	amidohydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300202.1|2422228_2422957_+|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.5e-43	41.8
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WP_054300202.1|2425699_2426428_-|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.5e-43	41.8
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2437511:2437570	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_016210617.1|2462790_2464215_+	bifunctional D-glycero-beta-D-manno-heptose-7-phosphate kinase/D-glycero-beta-D-manno-heptose 1-phosphate adenylyltransferase HldE	M4QSA2	Synechococcus_phage	1.4e-16	42.3
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WP_054300201.1|2477594_2478323_+|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	9.6e-43	41.4
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WP_081007056.1|2493122_2493332_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016212679.1|2494692_2495073_+|transposase	transposase zinc-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_087910645.1|2495130_2496283_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	8.9e-59	44.2
WP_016212230.1|2496339_2497788_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126389.1|2499321_2499510_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046946.1|2500911_2501187_+|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	NA	NA	NA	NA
WP_054300489.1|2501189_2501792_-|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	6.5e-37	46.2
2501252:2501860	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_29

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_29

>NZ_CP012413|2505847:2627479|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016210054.1|2510138_2510660_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_036778088.1|2510644_2511727_-	alanine racemase	A0A0P0YM39	Yellowstone_lake_mimivirus	2.0e-20	27.5
WP_036777829.1|2511967_2512372_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210073.1|2512796_2513528_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210076.1|2513784_2515086_+	inosine/guanosine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_016210066.1|2515227_2515896_+	Bax inhibitor-1 family protein	A0A2H4JFM9	uncultured_Caudovirales_phage	3.6e-28	44.1
WP_032126425.1|2516339_2516936_-	outer membrane beta-barrel protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210052.1|2516956_2518153_-|tRNA	tyrosine--tRNA ligase	A0A2I2L594	Orpheovirus	8.2e-07	24.4
WP_016210064.1|2518277_2519642_+	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein	A0A088FRM7	Mycobacterium_phage	2.6e-17	52.2
WP_016210075.1|2519638_2520730_+	anhydro-N-acetylmuramic acid kinase	NA	NA	NA	NA
WP_016210065.1|2520983_2521643_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210057.1|2521783_2522293_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126424.1|2522301_2523126_-	23S rRNA pseudouridine(2605) synthase RluB	NA	NA	NA	NA
WP_016210061.1|2523138_2523783_-	SMC-Scp complex subunit ScpB	A0A1B1IVT7	uncultured_Mediterranean_phage	3.8e-19	33.5
WP_036778098.1|2523772_2524612_-	segregation/condensation protein A	A0A1B1IVW1	uncultured_Mediterranean_phage	1.4e-08	23.3
WP_016210074.1|2524617_2525244_-	threonylcarbamoyl-AMP synthase	NA	NA	NA	NA
WP_016210053.1|2525405_2525948_+	septation protein A	NA	NA	NA	NA
WP_016210060.1|2526031_2526334_+	YciI family protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126423.1|2526330_2526594_+	BolA family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_30

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_30

>NZ_CP012413|2711175:2839135|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_31

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_31

>NZ_CP012413|2860877:2907425|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_31

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>NZ_CP012413|2860877:2907425|2907125_2907425_-|WP_081007013.1|transposase|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_081007013.1|2907125_2907425_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_32

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_32

>NZ_CP012413|2972026:3005067|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_075273383.1|2973394_2973967_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_016211245.1|2976170_2976902_-	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_016211248.1|2980038_2981253_+	aromatic amino acid transport family protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126486.1|2981382_2981613_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300173.1|2981662_2982724_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016211108.1|2982718_2983087_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126370.1|2983416_2984241_-	pyrroline-5-carboxylate reductase	A0A1X9I6T5	Streptococcus_phage	5.4e-26	35.5
WP_016211103.1|2984251_2984950_-	YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_016211109.1|2984992_2985739_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211105.1|2985731_2986154_-	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_032126371.1|2986280_2986832_-	YqgE/AlgH family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211100.1|2986887_2987838_-	TonB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126369.1|2987838_2988066_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036777711.1|2988255_2989065_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211097.1|2989044_2989887_-	shikimate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_016211099.1|2989883_2991128_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210706.1|2991266_2992355_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase	NA	NA	NA	NA
WP_016210697.1|2992372_2992873_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase	A0A2P0VNU7	Tetraselmis_virus	1.0e-19	41.2
WP_032126484.1|2993060_2993660_+	RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_016210700.1|2993665_2994829_+	radical SAM family heme chaperone HemW	NA	NA	NA	NA
WP_016210703.1|2994860_2995814_+	glutathione synthase	NA	NA	NA	NA
WP_016210701.1|2996169_2997234_+	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_016210702.1|2997230_3000293_+	efflux RND transporter permease subunit	S5VTK5	Leptospira_phage	1.2e-62	22.9
WP_017377700.1|3003788_3004082_+|transposase	transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	6.4e-06	36.5
WP_081007062.1|3004198_3004528_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	7.7e-08	40.0
WP_075273327.1|3004491_3005067_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_CP012413.1|WP_054300283.1|1053272_1053914_-|hypothetical-protein	1053272_1053914_-	213 aa aa	NA	HTH_38	NA	No	NA
NZ_CP012413.1|WP_098082828.1|1097293_1097551_+|transposase	1097293_1097551_+	85 aa aa	NA	HTH_21	NA	1054382-1102477	yes
NZ_CP012413.1|WP_162034419.1|1453729_1453876_-|hypothetical-protein	1453729_1453876_-	48 aa aa	NA	HTH_38	NA	1404078-1459689	yes
NZ_CP012413.1|WP_155046729.1|1483184_1484231_+|hypothetical-protein	1483184_1484231_+	348 aa aa	NA	HTH_21	NA	1466381-1529740	yes
NZ_CP012413.1|WP_054300400.1|1865287_1865530_+|hypothetical-protein	1865287_1865530_+	80 aa aa	NA	HTH_38	NA	1848741-1972129	yes
NZ_CP012413.1|WP_032126179.1|1938809_1939061_-|TSUP-family-transporter	1938809_1939061_-	83 aa aa	NA	HTH_38	NA	1848741-1972129	yes
NZ_CP012413.1|WP_016211126.1|2015296_2015686_+|lipoprotein	2015296_2015686_+	129 aa aa	NA	HTH_38	NA	1978646-2024748	yes
NZ_CP012413.1|WP_016211504.1|2188491_2188776_+|hypothetical-protein	2188491_2188776_+	94 aa aa	NA	HTH_ARSR	NA	2100299-2220529	yes
NZ_CP012413.1|WP_017375841.1|2492611_2492821_-|hypothetical-protein	2492611_2492821_-	69 aa aa	NA	HTH_21	NA	2410583-2501792	yes
NZ_CP012413.1|WP_155046935.1|2792538_2792961_-|hypothetical-protein	2792538_2792961_-	140 aa aa	NA	HTH_21	NA	2711175-2839135	yes
NZ_CP012413.1|WP_162034402.1|2796828_2796966_+|hypothetical-protein	2796828_2796966_+	45 aa aa	NA	HTH_21	NA	2711175-2839135	yes
NZ_CP012413.1|WP_155046934.1|2797114_2797285_-|hypothetical-protein	2797114_2797285_-	56 aa aa	NA	HTH_21	NA	2711175-2839135	yes

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_054300283.1|1053272_1053914_-|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_054300283.1|1053272_1053914_-|hypothetical-protein
MPQAYPTSNNEQQSNNFPPPSSTTSSSATASNLPLEQIKTQPASKTVKNLGDSITYDQLLHLIKQETQKSIFILAKKIKNAKLPFSTLFEDTSGRKTGIQVLEEFIKDILSHSNQGHPHQPLTQALGELVHERVKSFYEDDGKMKGRRKTETISMLFSEIKRMFQNITYANAAVSRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRCVP

HTH_38 HTH domain information

• Identity: 0.6046511627906976
• Hit_domain_coverage: 0.9772727272727273

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_098082828.1|1097293_1097551_+|transposase

>NZ_CP012413.1|WP_098082828.1|1097293_1097551_+|transposase
MARGELLRKEGLYSSRISTWKKERETGKLGGKYKNKSDKKMKLLSQENIRLKKKLAQAEAIIDLQKKVSDLLGEHILPTELSESN

HTH_21 HTH domain information

• Identity: 0.4406779661016949
• Hit_domain_coverage: 1.0

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	1093616-1093579	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 1093616-1093579, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_162034419.1|1453729_1453876_-|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_162034419.1|1453729_1453876_-|hypothetical-protein
MRENGQRLKPRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP

HTH_38 HTH domain information

• Identity: 0.6046511627906976
• Hit_domain_coverage: 0.9772727272727273

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	1439913-1439876	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 1439913-1439876, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_155046729.1|1483184_1484231_+|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_155046729.1|1483184_1484231_+|hypothetical-protein
MALGPGGIILTIAMCGFDVLNMAAKAYTKMRKMNRIIAHVNKEIKEICTGLGLAYSADIEALHANIEKREQELIELIASRVSGQSNPDLALVDGIQKEQAAIEKIKDLVDIKERILLKKAYLEYDQFIGIGTSIGFLVGLALILTGPIGTAIGASLILITCGIQYWLNHYFLPKKEIQLATDPLELLHLKLDSHIDAQIAKFTKALDQLGEGSEKAQTELKLQTYMAAKAELESWQTMPDRNSHSDKLHQAMSLAMDASKICRRGNGAPSSYKALKAELKYFTVDWQDRYKQTQIKFNPLLKDFLSSSKIKPSAENDRMTSLIFQDSFIADGAVSGASGVFSAPASLV

HTH_21 HTH domain information

• Identity: 0.4406779661016949
• Hit_domain_coverage: 1.0

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	1488766-1488729	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	1490843-1490880	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	1522816-1522853	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 1488766-1488729, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

2. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 1490843-1490880, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

3. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 1522816-1522853, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_054300400.1|1865287_1865530_+|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_054300400.1|1865287_1865530_+|hypothetical-protein
MLSTPWLAAKARFGYQTGYNHKISDMKEFQKFIDQNPGKTHQQLADLYPVEMSAKTMGVWIKKLGYTRKKRASDTKNVMH

HTH_38 HTH domain information

• Identity: 0.6046511627906976
• Hit_domain_coverage: 0.9772727272727273

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	1940581-1940618	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 1940581-1940618, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_032126179.1|1938809_1939061_-|TSUP-family-transporter

>NZ_CP012413.1|WP_032126179.1|1938809_1939061_-|TSUP-family-transporter
MSTALAFPMGLFALTSLLVASAGMAGLPSGSVGYLYLPALIGLLIGSFLGSPLGVWMVKRVSEQTSVWLFRIVLLAVIMQMIH

HTH_38 HTH domain information

• Identity: 0.6046511627906976
• Hit_domain_coverage: 0.9772727272727273

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	1940581-1940618	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 1940581-1940618, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_016211126.1|2015296_2015686_+|lipoprotein

>NZ_CP012413.1|WP_016211126.1|2015296_2015686_+|lipoprotein
MKIFVVLFTLILLSGCATTAKYRAQVERWKGHDVNDLIQAWGPPDTTFKMPNGNLYYSYRVNNINRLPSYYVPGNTTVSDRDGKTYITTSGGYQTGGGTIKSNCTTSFQVNKKDIIIGTHFQGNACVSN

HTH_38 HTH domain information

• Identity: 0.6046511627906976
• Hit_domain_coverage: 0.9772727272727273

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2019789-2019752	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2019789-2019752, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_016211504.1|2188491_2188776_+|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_016211504.1|2188491_2188776_+|hypothetical-protein
MLQYFKFETVFIKTAFIAIISLIFAVTNFVHASEFTFQQDDGLINDDWVRLVQPSLPLGTQINSLALTQAGDTLYINTQSVGSFLCQGDIALNE

HTH_ARSR HTH domain information

• Identity: 0.46774193548387094
• Hit_domain_coverage: 0.7948717948717948

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2189715-2189678	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2211860-2211823	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2189715-2189678, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

2. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2211860-2211823, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_017375841.1|2492611_2492821_-|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_017375841.1|2492611_2492821_-|hypothetical-protein
MCREGFIFYKPATLETILTKDREYNPQHVITELEMESSFQRISTTTGMPLEEVKEKGLQAFDLEKTFIN

HTH_21 HTH domain information

• Identity: 0.423728813559322
• Hit_domain_coverage: 1.0

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2459491-2459528	1

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2459491-2459528, mismatch: 1

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacaatttctgacataatatcagtagg	Protospacer
***************.**********************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_155046935.1|2792538_2792961_-|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_155046935.1|2792538_2792961_-|hypothetical-protein
MLEDFKSDLLAKSEISDVKAECFLRAATFQDVSYVAVKQQKWSPKSTTSSGRNMCTILNTEQKYEKFFALVRADDGKVHFRNLRRCAADCLQDDTRDKHNEKFFSYSKDKTALMFLESYFCAQNQKHPAQYPGARVTIEP

HTH_21 HTH domain information

• Identity: 0.4406779661016949
• Hit_domain_coverage: 1.0

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2774608-2774645	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2807359-2807322	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2838186-2838223	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2774608-2774645, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

2. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2807359-2807322, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

3. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2838186-2838223, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_162034402.1|2796828_2796966_+|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_162034402.1|2796828_2796966_+|hypothetical-protein
MKPNQHKRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRCVP

HTH_21 HTH domain information

• Identity: 0.4406779661016949
• Hit_domain_coverage: 1.0

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2774608-2774645	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2807359-2807322	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2838186-2838223	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2774608-2774645, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

2. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2807359-2807322, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

3. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2838186-2838223, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

Protein sequences of NZ_CP012413.1|WP_155046934.1|2797114_2797285_-|hypothetical-protein

>NZ_CP012413.1|WP_155046934.1|2797114_2797285_-|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYGFHPKTYVEVEALPTWHDEQAQLNGLVLHTLRAMEC

HTH_21 HTH domain information

• Identity: 0.4406779661016949
• Hit_domain_coverage: 1.0

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2774608-2774645	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2807359-2807322	0
NZ_CP012413_3	Orphan	3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder	2710802-2710839	38	2838186-2838223	0

1. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2774608-2774645, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

2. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2807359-2807322, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

3. spacer 3.1|2710802|38|NZ_CP012413|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012413 position: 2838186-2838223, mismatch: 0

agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	CRISPR spacer
agcgctggattaacagtttctgacataatatcagtagg	Protospacer
**************************************

2. NZ_CP012417

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	1711 : 7132	8	Staphylococcus_phage(33.33%)	transposase,tail,head	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP012417|1711:7132|DBSCAN-SWA
ATCATAGTTTTTGTTTTTTCAGCGCGAGGGTTAATGCATTTTTAAAAATATCGATGGATGTTTGCGCGTTATCATTCAGCGCCGGGCGAATAAACGGCCGTGCCGGTTGGTGACTGCTGCCATATTCTTGCTCGATAGCGTATTGAATTTTACGTGCAGGCCCCACCGTCACATTAACAATGGTTCGGCGGCCTTTGCCTTTTTTAGAACGCCGTTTAATTGACTCAGCTAAAGCGCCTGACTTTTGCGGTGCATTCGCTTTCATTTGTGCCTCAACCGGTTCCGCGGCTTTACGCAGGGCGCGACGGTTTAGGTTTCTTATTTTTTTCGGTTCTAAGGTTTTAAGTTTCTGCTCTAATTCACGTAAACCCTCAACAGAAAAACTCATTTTAGGCATGCAGCCACTCCCGACAGGCTAAAATAAGCTCACGATTACGCTCATCTGGATTAATCACACTTAAAATCTCCAAATAACGACCATCAAAAACAAGGCGCAACGACGGGGTAATATCAGATCGATAACGCAGGGTCACCGTTTGAGTAATTTCATGATAAAACTGTTGGGCGCTAAAGAGTTCCCGGCCTGCACTCGGACTGACCCGTGCCCAGACGGTAGTAATATCCTGCCAATAATCGACGGCTTCACCATAATTATTGGCACCGATTAAATTATTTTGTAAAGTCACGCGATGGCGTAACAAACTCGCTCTCATGCGCTTAAATGCCGATGTGGATTGAGTAAAAAATGGGTACTCATCGGCACCTCTTTCACCGTTAAAGTACTCGTTGATTCACGGTTTTCATAAAAGTGACCGGCAGACATTAAGATGGCAATTTCTATCGATTTATTAATTAACACACTGTTTTCAATCGTTTCTAAGTCATTTGTATTATTTACAATTGCACGGTCTAGATAGTCCTCGGCGGCTTGTAGGGCAGCGGCAAGAATAAACGCTAAATAATCATCTTCGTTATTATCTTCGATGCGTAGATGGCTTTTTAGGCGTGCTAAATCGATCATTTTGGTTTTTTCTTCGATGTTTTAACGTTAACTGCCTCAGCATCACCGTGCTTCATCATGGCTTTTGCGGTTTTGTCGGGTAAATCAATAATATCGCCGATATTATAAGAAATATTTATCCCGGCCCGAGGCACTAAGATTTTAACTTTCATAAAGTCCCTTTTACTTTTAAATTTGATTTAAATGTGAATTAAAACGATTTAAATGATGCTGCTGAAGCTTCTGCTGCCAGAGGGGGTGCTTCCTCCGCTCTGTCATAAAATAACAAGCTTGCTTCTCCTTGGCTGCGACTGACAAAATCATCGACTGCTTTATAAGCAGCCGCTTTTTGCGCATCACTATAAAAAGAAGGATCCGCACCTTCTTTTTTTATCCATTGGATTAAGGCTGTACATTTTTCATTTTGAGATATTGGGCGAGACCTAATGTTCCTTATTTCAAAAAGATTCATCTGTGGTAGAGTTTCAAATTTATAATATTCTTCTGGTACAACATCTGTACTGAGTAACCCTTCAGTTGTTTTTGTAATATGATTTCTATAACCCCAAAGATTTTTAAAGGAAGACGTTCCTCGAACTATAGGTGCTAACTGCAATGCTCGATTAAAAATTTCTTGTAAATCGGTATTACTAATGTCCATATATTTTTGGATAGCAAAGTCCAAACTATCTATTAGTGCTTGATAGCTCTTACCTTTTCGATTACTAGAGCTAGAATACCAATCACTCGATTTTGAAGCTATTCTTTCAATAAATAGCTTAAGGTCTTTCAACTGCCCCCATCGTTTGCTATCACAAATTAGATTAGTATCGATAGAGTTACGTCTACGACCTTGGGTAGAATATGTCTCTTTAGTAAAGAGCTTTCTGCTCTCTTCTTGGTAAGCTAGATTAAAATCCCTTAACAGTCTTTTTTCTGCGATTTTTATAGGTTGAGTTGTACCAAACGCTTCAGAATAGCCTTCTGTTTTAATTTCACCATCAAAACACTCTTCAAGATCAAACTGTTTTCCAAATTCTTTTGCATAGTTTATATGGCTTTTATAATTGGAAAGTTTGGTTGCCTTATAAATCCAGGTATCAACGATAATTGCATTTTCTAGTTCTGTTTTCTCACTAAGCTCTTTTATATTATCAGAAATATAAACATTTGATTTTGTTTGTTGGTGCAAACTTGATGATTGATGAATTAAGCAAAAGGCATGAAGAGGAGTTTTAATTACTGATATATAAACAGGTGCTTCAAATTTATTTAACATTGAGCCTAAGAAAGTACTAACTTCACTTAGTTCACTACAAAAACCAACTCTATGATCTAATGCTCTTTTTGCGTATGCTGAGGGAGCTTGCTCATCAATTTTACCACTAGTAGCATTAATCCCTTCTCTAATCGAGTATACTTTTTTATATCTTTCATCAAAAAAAGAATTTCCTGTCAACAAATAAAGGTTTTCTGAATATTTAATATTTCGGCGAACTGCTGTGACTAAGGCAGCACCAATTGCGAGTAACTGATTTGCATTCATGGCAATAATACCTTAAATGTATTAATGCCATGGTAATATTTTATAAATAAAAATAGTATATTAATTAATTATATAAAGTTTATTTATTAATAAATAAAGCATCTAATTTTTATTAATTTTTTAAGATACAGCTGTTTTAAGTTGTTTAATTGCCTCTGTCTCAAGCAATAAGGCATCCACACGCAACCACATTAAATAACCAACTTCACCGGTTTCAGCATAAAGCTCGTTCAATCGACGCAGCGAAATACCCCCACGATCAGCAATAATAAAATTAGAAAAATCACCGAACAAGGCGGCACATTTCCCGGCGGCGAGGGTGTCCATAAAGTCCGAGGTATTCACACGTTTACCGCCCTCCGTCATCTGAAGTGCAACACTCAGTAGAGAGTTCATATTCATACAGATAAACTCTCTAGTTCGCCTTTTGACTTAGAGGGTAGAGATGGTTTATCGGCACTTAAATGAAAAAGATCGTTTTTATATCGAACAACGGTTATCAGAGGGAGACTCGCTCAGATCAATTGCTAGAGCACTTGGCTTTTCTCCTAGCACGATTAGCCGTGAGATTAAACGGCACACCCCAATCGATTTTAAAGGTCTTTATTGTCACCGGCTTACTTCTCGCTGTGCACAAGAAAAACGAGCTAACGCTAAGCAAGGTCAAGCTTTTCGACAAATTTCAGAGGAGGCAAAAATGTTGATCCATCAACGGTTAAGCACCCATACATCCCCCGATGTTATCAGTCAGGAACTTATACGAGAGCATGATATCCAGGTGAGTGAAAGCACGATTTACCGTTATATTTATGATGATAGAGAGCAGGGCGGAGAGCTTTACAAAAACCTGCCTCATTCGGGAAAACCTTATAAGAAAAAGGTGAATCGTGGTGATCAAATAAAAATACCTAATCGCGTTGGTATTGAACACCGGCCTGCTATTGCTGATGAAAAGACAGAGTTTGGTCATTTTGAAATTGATACGGTTGTGGGTCGCGATCACCAATCTTATTTATTAACACTGGTCGATAAGGCGAATAAAATGTGTTGTATAAGGAAAATGCCTAACAAACAAGCCAAGACTGTTATAGCGCTCGATCAACAGTTTCTGACATACTATCAGTAGGTTAAAAAATACAATAAGGAAAAACGATGCCTTCTCCTTACAGTTATGACTTAAGAATTCGAGCACTAAAAATGATTGATGAAGGGATACTTATTACACAAGTTTCCAAGCTCTTAAAAATCAGTCGAGATACCCTGCATCGTTGGAAAAATAGGCGTGATCATACAGGAGACGTCAAAGCAAGGTTTGGCTACCAAACGGGCTATAACCATAAAATCAGTGATATGAAAGAATTTCAAAAATTTATTGATCAGAATCCGGGTAAAACTCATCAACAACTCGCTGATCTTTACCCTGTAGAAATGAGTGCAAAAACCATGGGAGTGTGGATTAAAAAATTAGGCTATACCAGAAAAAAAAGAGCTTCAGATACCAAGAACGTGATGCATTAAAGCGGAAAGCTTTCCTGGAAAAAGTCGAGAAAATCGATAACGACAAAATTGTTTATATGGACGAAGCGGGTATGGATGATACTGAGCGTTACGCTTATGGCCACTCTGCTAAAGGTAAACGGTGCTATGCAGAGAAGCCAGGTAAAAAATCAATACGAATTAACTTTATAGGTGGTTTGCGCGGCAAGCAATTTATCGCACCAATGATGGTTGAAGGTTATTGCAATGCTAACGTTTGTCAGGCTTATATCGATCAGTGCTTAATTCCCTGTTTATCTCCTGGAGAGACTGTAATCATGGATAATGCCTCTTTTCACAAATCAAAAGGGGTTAAGGAAGCGATTGAAGATGCGGGTTGTCACTTATTATTTTTACCCCCTTATTCTCCTGATTTAAACCCGATCGAGCATGTATGGTCACCGCTTAAAAATAGGGTTCGCATGAAGCTTGATCAAGATGAAATAAATTTAGAGACAGCGCTTAGTCAAGTAATGAAGTCAATGTCAGAAACTATTCGTTGAGCGCTATATCAATACATTCATGAATGTGGTTGGCTCAACTTTCTTTGATTTTAAAACCATCACCTCTGACAATGGAACAGAGTTTGCGGGTCATGAGGCCATTTCAAAGATCACTGAAGCAGACTTTTACTTTGCTAGACCTTATCGTTCTTGTGATAGAGGTCTAAATGAGCACACAAATGGTTTGATAAGGCGTTTTCTACCTAAAGGGACAGATTTTAATGAAATTAGTGACAAAGAAATAGCAAAAATAGAGCATACATTGAACACCAGAAGAAGAGCGAGTTTGAATTATTGCTCACCTAATCATGTTTTTTTAGAGTATTTGATGGCGGCTTAGTATAGAGTAGTGTTGCACTTCAGATGACGGAGGGCGTTCTTAGTACCCTTATTATTTAGTAGGGGGCTTTTTACCGCTAGCTGCTTTACTGCTAACAGCTTGCCCACTCGCAGCTCATCTCCTTCTTGCTCAGCACCTTGGGCCGTTTTAGTTGGTTGACTAACATCTGTATGGGTAGAAGAGGACAAATAAGCATCTGCAAGCGCTTTCGTCTCAAAGACAAGGTAATCATAGCCCGATATTTTTCCATTTTCGCGCTCTGAAATAAGTAAAATATATCCCGCCTCTTTTAACTCCTTCAGAGTAGAATTAACTGAGGTCGGCCCATCCTGAGATATTTTTGCAAGATGTGATCTCGACACTTTCCAATCGTCAGGCAAAGACAACAAATAAGACAACACCCCTTTAGCACGAAAAGATAAACCTTCGTCATTTAAAAACTGTTTATCAAGTACAACAAAATCTTTCTCTTTTCTATGAATTCGAACAATGGACAT

Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP012417|1711:7132|5408_6294_+|WP_155046942.1|transposase|DBSCAN-SWA
MPSPYSYDLRIRALKMIDEGILITQVSKLLKISRDTLHRWKNRRDHTGDVKARFGYQTGYNHKISDMKEFQKFIDQNPGKTHQQLADLYPVEMSAKTMGVWIKKLLYQKKKSFRYQERDALKRKAFLEKVEKIDNDKIVYMDEAGMDDTERYAYGHSAKGKRCYAEKPGKKSIRINFIGGLRGKQFIAPMMVEGYCNANVCQAYIDQCLIPCLSPGETVIMDNASFHKSKGVKEAIEDAGCHLLFLPPYSPDLNPIEHVWSPLKNRVRMKLDQDEINLETALSQVMKSMSETIR
>NZ_CP012417|1711:7132|4701_5382_+|WP_054300680.1|transposase|DBSCAN-SWA
MVYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFRQISEEAKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHDIQVSESTIYRYIYDDREQGGELYKNLPHSGKPYKKKVNRGDQIKIPNRVGIEHRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVIALDQQFLTYYQ
>NZ_CP012417|1711:7132|2727_2883_-|WP_016211131.1|DBSCAN-SWA
MKVKILVPRAGINISYNIGDIIDLPDKTAKAMMKHGDAEAVNVKTSKKKPK
>NZ_CP012417|1711:7132|2419_2731_-|WP_016211137.1|head,tail|DBSCAN-SWA
MIDLARLKSHLRIEDNNEDDYLAFILAAALQAAEDYLDRAIVNNTNDLETIENSVLINKSIEIAILMSAGHFYENRESTSTLTVKEVPMSTHFLLNPHRHLSA
>NZ_CP012417|1711:7132|2921_4256_-|WP_016211133.1|DBSCAN-SWA
MNANQLLAIGAALVTAVRRNIKYSENLYLLTGNSFFDERYKKVYSIREGINATSGKIDEQAPSAYAKRALDHRVGFCSELSEVSTFLGSMLNKFEAPVYISVIKTPLHAFCLIHQSSSLHQQTKSNVYISDNIKELSEKTELENAIIVDTWIYKATKLSNYKSHINYAKEFGKQFDLEECFDGEIKTEGYSEAFGTTQPIKIAEKRLLRDFNLAYQEESRKLFTKETYSTQGRRRNSIDTNLICDSKRWGQLKDLKLFIERIASKSSDWYSSSSNRKGKSYQALIDSLDFAIQKYMDISNTDLQEIFNRALQLAPIVRGTSSFKNLWGYRNHITKTTEGLLSTDVVPEEYYKFETLPQMNLFEIRNIRSRPISQNEKCTALIQWIKKEGADPSFYSDAQKAAAYKAVDDFVSRSQGEASLLFYDRAEEAPPLAAEASAASFKSF
>NZ_CP012417|1711:7132|6631_7132_-|WP_054300681.1|DBSCAN-SWA
MSIVRIHRKEKDFVVLDKQFLNDEGLSFRAKGVLSYLLSLPDDWKVSRSHLAKISQDGPTSVNSTLKELKEAGYILLISERENGKISGYDYLVFETKALADAYLSSSTHTDVSQPTKTAQGAEQEGDELRVGKLLAVKQLAVKSPLLNNKGTKNALRHLKCNTTLY
>NZ_CP012417|1711:7132|1711_2107_-|WP_016211139.1|DBSCAN-SWA
MPKMSFSVEGLRELEQKLKTLEPKKIRNLNRRALRKAAEPVEAQMKANAPQKSGALAESIKRRSKKGKGRRTIVNVTVGPARKIQYAIEQEYGSSHQPARPFIRPALNDNAQTSIDIFKNALTLALKKQKL
>NZ_CP012417|1711:7132|2099_2423_-|WP_016211132.1|head|DBSCAN-SWA
MRASLLRHRVTLQNNLIGANNYGEAVDYWQDITTVWARVSPSAGRELFSAQQFYHEITQTVTLRYRSDITPSLRLVFDGRYLEILSVINPDERNRELILACREWLHA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_016211139.1|1711_2107_-	HK97 gp10 family phage protein	Q7Y404	Yersinia_phage	2.1e-07	40.7
WP_016211132.1|2099_2423_-|head	phage head closure protein	A0A1W6JP44	Morganella_phage	5.0e-12	39.8
WP_016211137.1|2419_2731_-|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	A0A2H4J711	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-08	34.7
WP_016211131.1|2727_2883_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211133.1|2921_4256_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_054300680.1|4701_5382_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.0e-09	31.0
WP_155046942.1|5408_6294_+|transposase	IS630 family transposase	A0A1V0SDF3	Indivirus	2.6e-10	22.8
WP_054300681.1|6631_7132_-	hypothetical protein	A0A1W6JQ30	Staphylococcus_phage	8.1e-17	42.7