Overview of predicted results
Overview of the results
| Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NZ_CP007774 | Campylobacter volucris LMG 24379 chromosome, complete genome | 0 crisprs | DEDDh | 0 | 0 | 2 | 0 |
1. NZ_CP007774
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0
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| DBSCAN-SWA_1 |
778211 : 816547
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP007774|778211:816547|DBSCAN-SWA ATTACAAAATTTCTCTTTGCCCTTTGGCATCAGGTTCGCTCAAAACTCCCATTTGGGTTAATTGCTCTATGATATTTGCTGCACGGTTATAGCCAATTTTCAAGCGTCTTTGTATATAAGAAATACTTGTTTTTCTATCTTCTAAAACTATAGCTTTAGCTTCTTCATACAACTCATCTAAATCACCATCATCAAAATCATTTTTTCTAAAATTTAAATCAGAATTATCATCTTTTAAAAAGCTCTCATCGTATTCTACAACCTGTTGTGCTTTTAAAAATTCCACTATATTTTCTATTTCATTTTCACTTGCAAATGGAGCATGTAAACGTACTAATGAACTCATACCAGGAGGAGTAAATAAACAATCTCCTCTTCCTAATAAACTCTCAGCCCCCATAGCATCTAAAATCACTTTAGAATCAATTTTTTGCCCTACTTTGTAAGAAATCCTACTTGGCAAATTCGCTTTTACAACCCCTGTTACAACATCCACAGATGGTCTTTGTGTAGCGACAATTAAATGTATCCCACTTGCTCTTGCCATTTGAGCTAAGCGACCTATATAAAATTCCACATCTTTTCCGGCAGTCATCATCAAATCAGCCAATTCATCGATAATCACAACTATAAAAGGTAAAATTTCTCCACCTTGTTCTTTGATTTTTTCATTATAATTTTCTATATTTTTAGTTTTTGCTTCGGCCATCAAGCGATATCTTCTTTCCATTTCTGCTACCATATTTGATAAAGCATTTACAGCCTTTTTAGGATCAGTAATAACTGGAGTTAGTAAATGAGGTATATCATTATATATACTAAATTCAAGCATTTTTGGGTCTATCATCATTAATCTTAGTGTTTTTGGTGAATTTCTATAAAGCAAAGATAAAAGCATAGAATTTATACCCACACTTTTACCACTTCCTGTGGTTCCTGCTATTAAAAGATGAGGAAGTTTTTTAAGATCGGTTACAAAAGGATCACCAACTATATCCTTACCTAAAGCTATGGTTAATGGCGAACTTGAATTTTTAAACACCTCACTTTCTAAAATTTCTCTTAGATAAATTGTGTCGATTTTTTCATTTGGAACTTCTATACCTACTACATCTTTTCCAGGAATTGGAGCTTGAATTCTTATAGTTTGAGCTTTTAAAGCCATAGCTAAATCATCTTGTAAAGATAAAATCTTACTTACCTTTACATCAGCTGCTGGTCTAAATTCAAATGTAGTTACCACAGGCCCTGTATAGGTTCTAACTACATCTCCACCAATTTTAAAGCGTCTTAATTTTTCCAATAAATCATATATTTTTCTATCAATTTCTTCTTCGTTGATTTCATTTTTACCTTCTTTTGGCATAGATAAAAAATCCAATGGTGGCAAAACAAAGTCTTTTGGTTTTTCAAAATCACCAAATTCAAGCTCTTTAAGCAAGGCTTTATTTTCACTAATTTCATCTGTGATAGAATGATGGTATTGATTTTCTTGTGGTGTTTGAGTGATTTCTTCGATGATAAATTCTTTTTGCTCAAATATTTTTTCTTCTACCATAAAAGAAGTATCTTCATTTTTTTTAGCTCTTAGCTCATTAATACTTACAGGTTTTACAAAAGCTTCTTCATTAAAATCAAGTTCTTTAACTTCATCTTGTGGTAAAAAATCCTCATCTTTTAATTCTTTTGCTAAATTCGCCCCTAAAAAGCTAGTTTTATCTTGAAATTTTTTAAATTCAGCTTCTTTTTGAGCTTCGATAGCATTTAATTCTTCGATTTTTTTAAAATCTTCGTTTAACTCTTCTAAAATTTTTTCTTTTTGTAAAGCCTTATACTCTTCAAGTAACCTAGCCTTTTTAAGCATTTCTTCTCTTTGTTTTAATTCTTTAGCAAAAAAAGAATCTTCTTGAATTTCTTTATCATCATCTACATCTATATTGCGTCTTTTATAACTTGGTTCATCTAAATTTTTGCTTTTTAAAGTTTGAGTGTATATATCTTCGCTGTTATTTTTGTATTTTGATAAATATTCTTCAGGCGTCACTTCATCTTCCTTTGTATTTATTTTACTCGCTTTTTGTGCAAAATTTGCAACTGGTTCTGAAAGTTCATGGATAAAACTAGCTCCTAGTTTTTTCTCATCTTCATTGATGATTATTTCTTCTAAATTTTGATTTTTTAGCTCTTCTAAAGTAAATTTTTTCTCTTCAACTAATTCTTCTTTTTCTTCTTTAATTTCTTCTTGGTGTTTATTTTCTTTTATCAAAAGCTCTTGTTTGAGCTTTTCTTGTTCTTCTTTGGTTTCACTTTGATATTTATCTCCACCAAAAAAACCAAAAATTTTATTTTTAATCAAAGTTTCAAGTTTGATGTAAAAATCAAAATCTATTTCTATTTTAAAAAATTCTTTCATAAAATTTGGAAAAGTGATGCTAAAAGCAAAAGCTATAAGCAATATAATTAAAATAGAGCTCCCAACTTGCCCAAAAAGTCCATTTAATATCAAAAACATTGCAGAAGCTATATAGCCTTTATCTTCTAAAAACATTGCGCTAAAAATCAATGCTGATAAAACACAACAAACAAGTGCTACTATGTATCTTCTTTCTACAAAATCAAATTTATAATCATTCTTATATAATAAATAATTAAACCAAAAAAATGCAAAAGGATAAACTTTTGTTAAAGATCCAAATAAAGCATAACTTAGCTCAGCCAAAGAATACCCTATAATGCTCACTAAAGAACGCTCAGGAATCAAAGCACTAAGACAAAAATAAAAAATTATGAGATTAAAAATGACAAAAATAGCTTCTTTTTTTATAATATATCCTTTATAAAGAAAAAAGCTATTATATCAAAAATTACATGTAGTTTAACAAACTCATTTGAGAAATTTTAGAAGTTGCTGAAAGCATTGCTTGATATGAAACCATAGTTTGCATAAATTGCATATAAGTTTGCCCATAATCAGCATCTGTAACAGTGCTTTTAATACTAGAAACATTTAAATTTAAAAATGTCATTCTTTTGTTAGTTTCTTCTATAGAATTAGTATAAGCACCTATTGTAGTTTGAAGTTTTCTTACATGATCTTGCAAATGATCAATTCTTTCTAAGGCACCTTGCAAGCCTGTATTTCTAGGATCACTTCCTTCAGAATCAGCTCTCATATTTCCACTTAATACTGCATCTATCATTTGATCTAAATCTTTGATTAAATCCACATTTGGTTCATCTATAGTCAAAGAATTATTTGCACTAAATACAAAATTTGATCCCGTTGTAACCTCTCCTGGTCTTGGAAAACCTGCATTTGAATTAGCATCTTTTATAGTTAAACCGATATTTGTATTGGTAGAGAATTTATCAGTGATACTAATACGACCTTTATAGTCCATATTTACTTCTACAGAATCTTTAGAATTAGAAATATTTTGTTGTATAGTTTGAAAATCGTCATTATTAATAGTTCCATTAGCATTCGGATTTATATCAGCAGTAGGAACATTACCACTAGCAAACATACCTATAATATCATTTAATTGACCATAGGTAATATCCTCAGGCCTTGTTTGCACCCCACTTGCGGTTCCAGTTGCTTCATTGTATTGAGAATGAGTTATAGGGAAATCTATAGTTTGACCAGGATTGTTTGGATCTGGATAACTCACCATAGAATTTTCTAAATCAATAGTCACATTATAAGTTTGACCATTTTTAGAAGTAATTTCCATTTGCAGACTTTGTCCTGCCATACTTCCATTTGAATTTGCTATTACTTCACTAAGTTTAGTGCTTTCTGTAGCATACTCACTAGTGCCTTTTATCATTTGTGAAACATTTCCAGTTACAGTATTACCATCTTTTTCAAAAGCTACATCATAATCAGCACCATTGGTTTTATTACCATTGATATTACTTTTAATGAAATCTGTCTTATAAATATCTACTGTAAAATCTTGTCCATTTACTTGTATAGTTACAGGACTTCTAGTATTATTTAAATTTCCATTATGAGCTGCTTCCATGATACGATTAGTTACCTCATTCATATCAATGCCTTCTTCTTTTGCTGCAGCAGCTATTTCCTTGATTTGTTCTTCGTCTCTCATTTGTGGAGTCATAGCAACAGCATGAAAATCCAAAGAACTATTACCATCTTTTAAATTTTTTATTTCAATCTGCCCACTATCATTCATAGTAACTTCTACTACTTTATTACCCTCAGTATTACCATATAATTTACCTATATTTTCTAATACATCTCCTATTTTATCATCAGGGCCAACATTTAGGGTTGCTTTAAAACTCGTTCCATCTGGTCTTACACCTTGGATATACATCGCAGTTGATGGAAAAGGAAGTTTATCGTCATAACCATCGTCAAAATTTTTATTCGGATCAAGTTTGCCATTTTGAACATAGTTTTGCCCTATAAGATGTGAAAATTTAGATTCTTCTGTTAAAGGTTTTCTTAATTCTGGGTTATTTTTAGGATCATAACGATTATCCACAAAAGAAACATTGGTAGATATAACCTTATTTTCATTAGTATCAGGTTTAAAAAACAAATCCCAGCCAGGCACATTATAAGGTATTTGAGTTCCTGAACCACTCACAACAAAGATGTTGTCTTTATTTCCTGTATAATTGCCATATTTATCAAAAGGTTTTACCCCTGTGTTTGAACCTGCAAATAGATATTGTCCATTTATACTAGTATTAGCGATATTTACTATAGATTCTTTTATGAGTTTTAATTCTTTAGCTATAGCTTCTCTTGATGTTTGAGAATTTCCATCACTAGCTGCCTTTGTCAAAAGAACTTTAAATTTTTCCAAAAGCTCGGTGATATTTTTTAAAGCTGTATCAGTATTTTTAGCCATTTCTTGTGCAGATTGTGTTCCTTGCATGATTTGATTAATATTTGCTATTTCATACTCTAATCTTGAACCATTTATATAAATGTTTGCATTTTCAAAAGAATGCTGTATAAG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43 | Campylobacter_phage(86.11%) | capsid,head,portal,terminase,integrase,tail | attL 783523:783544|attR 818446:818467 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DBSCAN-SWA_2 |
899203 : 906742
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP007774|899203:906742|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP007774|899203:906742|904095_905304_-|WP_039665683.1|DBSCAN-SWA MIKLNQIYQAKQKISDFILKTPFVHSSFLSDFLQTEIFLKCENLQKTGAYKIRGAYNAIANLTQEQRQLGVIAASAGNHAQGVAISAKKFDIKAVIVMPEATPLLKVSATKNLGAQVILHGDNFDEAYSFALNYAKEQDLNFIHPFENEQIIAGQGTIMLEMLDEINDLDMILAPVGGGGLISGIASVAKQINPDIKVVGVSAKGAPAMFESFYNKNIINSKFVRTIADGIAVRDVNKINFDIILECVDEFIQVDDEEIANAVLYLLEKHKMIVEGAGACAVGALLHKKVNLKGHKKVGVVLSGGNIDVQMLNIIIEKGLFKSFRKMCINVTLVDKPGALMALSDAIKEANANIVKIDYDRFSTKLDYGDAMIFITLETKGKEHQELVRKILFEKGFNFNEI >NZ_CP007774|899203:906742|905300_905732_-|WP_052243177.1|DBSCAN-SWA MRSVFKTQRLNLGNVEKILNSMKNIAIIGLSPDENKASNFVAKFLQNKGFKIYPIYPKEEFILKEKVYKDLKDIPFSIDTVVMFRKASYANEIFESLLEKNVKNFWMQLGIINDEICKKCEKFHIICVQDKCIKIELQSKENK >NZ_CP007774|899203:906742|905701_906742_-|WP_039665685.1|tRNA|DBSCAN-SWA MNFEEKIALNKALFSSFFDEKVECFDSPLIAYRTRAEFSIYHGKNDEIDYAMYENGKKTPIKKFDIADEKIQHFMPILLESLNKNLKHKLFGVEFLATRLDLSITLLYHKNIDLIYDELFHLASFLKVKLIARSRGKKHIFNGENLKQVLYVKNKEIFYEFNNDCFIQPNTYINEKMIEWTLSCIDKDVKKDLLELYCGYGNFTIALANKFNKILATEISKKNIEFALKNCTLNDISNINFTRLSSEELSQALKKQRQFNRLKHINLDEFKITHVLVDPPRSGLDESVIEFIKNFENIIYISCNPITLKENLEKLCNTHKIFKFAFFDQFANTSHLECGVYLKRKG >NZ_CP007774|899203:906742|902987_903479_-|WP_039665681.1|DBSCAN-SWA MSKEKVLTSDVLITSKTNLRGEIIYANDDFLKYSDYSIEEILYKPHSLMRHPDMPRTVFKFLWDYIQEGKEIFAFVKNKTKYNDYYWVFANVTASHDINDNVINYYSVRRKPKQEAIATMEKIYRKLIEKEKDHGIKAGVEELQKIVKSYGMTYNQLMMEIQK >NZ_CP007774|899203:906742|903582_904074_-|WP_039665682.1|DBSCAN-SWA MSKEIILEANTLITSKTDLKGDIIYANDDFLKYAGYSMKEILYKPHSIVRHPDMPKTVFKCLWDYIQEGKEIFAFVKNKTKYNDYYWVFTNVTASYDENGNIINYYSVRRKPKQEAIATIEKVYQILLEAEKNGGIKAGIEELMKIVTSYNMNYNQLILALQK >NZ_CP007774|899203:906742|901596_902973_-|WP_039665680.1|DBSCAN-SWA MARNVLYIGLLVSIIGCLVGVLFAEYISAGIFGLVFLVFLASIYINKSDEDFNDKILHLSKELKNGNFDERVIYIKCRNKKLKEIADNLNNTIDGLEAYLREINTSIACSQKGEYYRRAIPEGLKGIFVHNINFINESLDDIEKTGKSVFKNALSRELMDLSLSNQNKNLNDLSTSLNKIIKLMREVFSDIRIISDTAQKNGIEIGGLQESISSMMQVADESKNAVNTFASNAQNINSIVEVIRDIADQTNLLALNAAIEAARAGEHGRGFAVVADEVRQLAEKTQKATGEITLAIQVMNQEIGSIQENSEKVYVIANSSDSKIADFSEAFRELEDKSSHLGKEFTNFASDLTLSAMKIDHILYKSDVYLTLNGSQDKLHNLDPISTLCKDEDAQSIFCPLITPHELDIKSEHLQRRANKAVELSQNEVIDKSAYDAIVNDIRELEKESKAIMDKLEA >NZ_CP007774|899203:906742|899203_901582_+|WP_039665679.1|DBSCAN-SWA MKLDNNQNYPTQLPVIIEDELFLYPFMITPIFLSDTQNIKALDLAIQNETMIFVAPSKIEGGRSFDDIYDCGVIGNVMRKVPLPDGRIKILFQGYAKAKIINQLSNEPLCALVDLIHQEPLCSTKKEAIMEVLREKAKALSTVSHYFPPDLLRTIEEDNEPSRICDLILNSIKIKKHQAYEFFIETNLETKLLNLIDYLAKEIEANKIQKEIKNKVHSKIDKVNKEYFLKEQLKQIQRELGSDIQKESEVEEYNKKLEKKKAFMYEDAYKEIKKQIQKYERIHQDNSEASMVQTYIETVLDIPFESSSKKKLNLSDVIKQLNTDHYALEKPKERIEEYFAVKELLEKRKIKDKDGAKVILCLVGPPGVGKTSLANSVAKALKRELVRIALGGLEDVNELRGHRRTYIGAMPGRIIQGLIEAKQSNPVVVLDEIDKLSHNHRGDPSAVLLEILDPEQNTKFRDYYLNFNIDLSKIIFIATANDASLIPAALKDRMEFIELSSYTPQEKFQIAKDYLIPDEIKKHGLKKEEITFDKKAIELIISDYTRESGVRNLRRKIAEICRKCVKKLLLNKEFKTIKITTKNLKDFLDKKVFEIEKHEKENKIGQVNGLAWTAVGGDVLKIEAIKIKGKGELTLTGSLGDVMKESAKISQSLIKNLIDQNIIKVPKNLIYKEDESVYNLYNLHIHVPDGATPKDGPSAGITITTAIASIFSNKKVRSDVAMTGEIDLMGNVLPIGGLKEKLIAAYKAEISTAIIPHKNYERDLKDIPQEVIDNMKIIGVKNLAEVLKIVLV |
7 | Salmonella_phage(33.33%) | tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
| Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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