CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP006957	Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-184 chromosome, complete genome	3 crisprs	DEDDh,WYL,DinG,cas2,cas1,cas4,cas7,cas8c,cas5,cas3,PD-DExK	1	7	8	1

1. NZ_CP006957

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP006957_1

• CRISPR_ID: NZ_CP006957_1
• CRISPR_location: 536841-536946
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP006957_1

Consensus_repeat	Method
TGTAGAAGATCAAACCTAATCTGACAGT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP006957_1

>1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder
TCCCGTTTAAAATTATAGTGCCTGTCAGATTAATTTGAGCTTAAATGCTT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP006957_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP006957_1

>merge|NZ_CP006957|1|536841-536946|CRISPRCasFinder
TGTAGAAGATCAAACCTAATCTGACAGTTCCCGTTTAAAATTATAGTGCCTGTCAGATTAATTTGAGCTTAAATGCTTTGTAGAAGATCAAACCTAATCTGACAGT

>NZ_CP006957|1|1|536841-536946|CRISPRCasFinder
TGTAGAAGATCAAACCTAATCTGACAGT	TCCCGTTTAAAATTATAGTGCCTGTCAGATTAATTTGAGCTTAAATGCTT
TGTAGAAGATCAAACCTAATCTGACAGT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP006957.2|WP_006250388.1|528634_529993_+|Na(+)-translocating-NADH-quinone-reductase-subunit-A	unknown	unknown	gnl|CDD|235426
NZ_CP006957.2|WP_040080635.1|539557_543274_+|methionine-synthase	unknown	unknown	gnl|CDD|236539
NZ_CP006957.2|WP_006253678.1|547601_548237_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP006957.2|WP_006250389.1|529995_531231_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-B	unknown	unknown	gnl|CDD|235425
NZ_CP006957.2|WP_020831139.1|545483_546851_+|restriction-endonuclease-subunit-S	unknown	unknown	gnl|CDD|341135
NZ_CP006957.2|WP_006249329.1|548504_549242_-|ABC-transporter-ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224045
NZ_CP006957.2|WP_006249330.1|549238_550207_-|iron-ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|376439
NZ_CP006957.2|WP_006250878.1|531223_531997_+|Na(+)-translocating-NADH-quinone-reductase-subunit-C	unknown	unknown	gnl|CDD|235423
NZ_CP006957.2|WP_006249042.1|550706_551030_+|putative-addiction-module-antidote-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|188241
NZ_CP006957.2|WP_006251873.1|546864_547599_+|restriction-endonuclease-subunit-S	unknown	unknown	gnl|CDD|341131
NZ_CP006957.2|WP_006250042.1|543381_545385_+|N-6-DNA-methylase	unknown	unknown	gnl|CDD|372640
NZ_CP006957.2|WP_006250395.1|534999_535293_+|nucleotidyltransferase-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|143393
NZ_CP006957.2|WP_006250393.1|533231_534461_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-F	unknown	unknown	gnl|CDD|235481
NZ_CP006957.2|WP_020824242.1|535341_536376_+|FAD:protein-FMN-transferase	unknown	unknown	gnl|CDD|224394
NZ_CP006957.2|WP_040080633.1|534572_535007_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378048
NZ_CP006957.2|WP_006253677.1|550387_550723_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin	unknown	unknown	gnl|CDD|162974
NZ_CP006957.2|WP_040080634.1|538099_539392_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|341039
NZ_CP006957.2|WP_006250397.1|536388_536634_+|(Na+)-NQR-maturation-NqrM	unknown	unknown	gnl|CDD|225538
NZ_CP006957.2|WP_020824243.1|532624_533221_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-E	unknown	unknown	gnl|CDD|235074
NZ_CP006957.2|WP_006250391.1|531996_532623_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-D	unknown	unknown	gnl|CDD|236457

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP006957.2|WP_006250388.1|528634_529993_+|Na(+)-translocating-NADH-quinone-reductase-subunit-A	gnl|CDD|235426	PRK05352, PRK05352, Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A; Provisional.	0
NZ_CP006957.2|WP_040080635.1|539557_543274_+|methionine-synthase	gnl|CDD|236539	PRK09490, metH, B12-dependent methionine synthase; Provisional.	0
NZ_CP006957.2|WP_006253677.1|550387_550723_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin	gnl|CDD|162974	TIGR02683, Uncharacterized_protein_HI_1419, putative addiction module killer protein. Members of this strictly bacterial protein family are small, at roughly 100 amino acids. The gene is almost invariably the upstream member of a gene pair, where the downstream member is a predicted DNA-binding protein from a clade within Pfam helix-turn-helix family pfam01381. These gene pairs, when found on the bacterial chromosome, often are located with prophage regions, but also in both integrated plasmid regions and near housekeeping genes. Analysis suggests that the gene pair may serve as an addiction module.	2.10807e-39
NZ_CP006957.2|WP_006250389.1|529995_531231_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-B	gnl|CDD|235425	PRK05349, PRK05349, Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B; Provisional.	0
NZ_CP006957.2|WP_020831139.1|545483_546851_+|restriction-endonuclease-subunit-S	gnl|CDD|341135	cd17246, RMtype1_S_SonII-TRD2-CR2_like, Type I restriction-modification system specificity (S) subunit Target Recognition Domain-ConseRved domain (TRD-CR), similar to Shewanella oneidensis MR-1 S subunit (S.SonII) TRD2-CR2. This model contains Shewanella oneidensis MR-1 S subunit (S.SonII) TRD2-CR2 and similar TRD-CR's. S.SonII recognizes 5'... GTCANNNNNNRTCA ... 3'. The restriction-modification (RM) system S subunit consists of two variable target recognition domains (TRD1 and 2) and two conserved regions (CR1 and CR2) which separate the TRDs. The TRDs each bind to different specific sequences in the DNA. RM systems protect a bacterial cell against invasion of foreign DNA by endonucleolytic cleavage of DNA that lacks a site specific modification. The host genome is protected from cleavage by methylation of specific nucleotides in the target sites. In type I systems, both restriction and modification activities are present in one enzyme complex composed of one DNA specificity (S) subunit (this family), two modification (M) subunits and two restriction (R) subunits. This model contains both TRD1-CR1 and TRD2-CR2. It may also include TRD-CR-like sequence-recognition domains of various type II restriction enzymes and methyltransferases and type I DNA methyltransferases. S.SonII TRD1-CR1 does not belong to this subfamily.	1.93625e-27
NZ_CP006957.2|WP_006249329.1|548504_549242_-|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|224045	COG1120, FepC, ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, ATPase components [Inorganic ion transport and metabolism / Coenzyme metabolism].	2.80129e-76
NZ_CP006957.2|WP_006249330.1|549238_550207_-|iron-ABC-transporter-permease	gnl|CDD|376439	pfam01032, FecCD, FecCD transport family. This is a sub-family of bacterial binding protein-dependent transport systems family. This Pfam entry contains the inner components of this multicomponent transport system.	9.60442e-60
NZ_CP006957.2|WP_006250878.1|531223_531997_+|Na(+)-translocating-NADH-quinone-reductase-subunit-C	gnl|CDD|235423	PRK05346, PRK05346, Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C; Provisional.	1.35443e-143
NZ_CP006957.2|WP_006249042.1|550706_551030_+|putative-addiction-module-antidote-protein	gnl|CDD|188241	TIGR02684, conserved_hypothetical_protein, probable addiction module antidote protein. Members of this strictly bacterial protein family are small, at roughly 100 amino acids. The gene is almost invariably the downstream member of a gene pair. It is a predicted DNA-binding protein from a clade within Pfam helix-turn-helix family pfam01381. These gene pairs, when found on the bacterial chromosome, are located often with prophage regions, but also both in integrated plasmid regions and in housekeeping gene regions. Analysis suggests that the gene pair may serve as an addiction module. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	1.60595e-27
NZ_CP006957.2|WP_006251873.1|546864_547599_+|restriction-endonuclease-subunit-S	gnl|CDD|341131	cd16961, RMtype1_S_TRD-CR_like, Type I restriction-modification system specificity (S) subunit Target Recognition Domain-ConseRved domain (TRD-CR) and similar domains. The restriction-modification (RM) system S subunit generally consists of two variable target recognition domains (TRD1 and 2) and two conserved regions (CR1 and CR2) which separate the TRDs. The TRDs each bind to different specific sequences in the DNA. RM systems protect a bacterial cell against invasion of foreign DNA by endonucleolytic cleavage of DNA that lacks a site specific modification. The host genome is protected from cleavage by methylation of specific nucleotides in the target sites. In type I systems, both restriction and modification activities are present in one heteromeric enzyme complex composed of one DNA specificity (S) subunit (this family), two modification (M) subunits and two restriction (R) subunits. This superfamily represents a single TRD-CR unit; in addition to type I TRD-CR units, it includes RMtype1_S_TRD-CR_like domains of various putative Helicobacter type II restriction enzymes and methyltransferases, such as Hci611ORFHP and HfeORF12890P, as well as TRD-CR-like sequence-recognition domains of the M subunit of putative type I DNA methyltransferase such as M2.CinURNWORF2828P and M.Mae7806ORF3969P.	3.31224e-23
NZ_CP006957.2|WP_006250042.1|543381_545385_+|N-6-DNA-methylase	gnl|CDD|372640	pfam13588, HSDR_N_2, Type I restriction enzyme R protein N-terminus (HSDR_N). This family consists of a number of N terminal regions found in type I restriction enzyme R (HSDR) proteins. Restriction and modification (R/M) systems are found in a wide variety of prokaryotes and are thought to protect the host bacterium from the uptake of foreign DNA. Type I restriction and modification systems are encoded by three genes: hsdR, hsdM, and hsdS. The three polypeptides, HsdR, HsdM, and HsdS, often assemble to give an enzyme (R2M2S1) that modifies hemimethylated DNA and restricts unmethylated DNA.	7.44155e-37
NZ_CP006957.2|WP_006250395.1|534999_535293_+|nucleotidyltransferase-domain-containing-protein	gnl|CDD|143393	cd05403, NT_KNTase_like, Nucleotidyltransferase (NT) domain of Staphylococcus aureus kanamycin nucleotidyltransferase, and similar proteins. S. aureus KNTase is a plasmid encoded enzyme which confers resistance to a wide range of aminoglycoside antibiotics which have a 4'- or 4''-hydroxyl group in the equatorial position, such as kanamycin A. This enzyme transfers a nucleoside monophosphate group from a nucleotide (ATP,GTP, or UTP) to the 4'-hydroxyl group of kanamycin A. This enzyme is a homodimer, having two NT active sites. The nucleotide and antibiotic binding sites of each active site include residues from each monomer. Included in this subgroup is Escherichia coli AadA5 which confers resistance to the antibiotic spectinomycin and is a putative aminoglycoside-3'-adenylyltransferase. It is part of the aadA5 cassette of a class 1 integron. This subgroup also includes Haemophilus influenzae HI0073 which forms a 2:2 heterotetramer with an unrelated protein HI0074. Structurally HI0074 is related to the substrate-binding domain of S. aureus KNTase. The genes encoding HI0073 and HI0074 form an operon. Little is known about the substrate specificity or function of two-component NTs. The characterized members of this subgroup may not be representive of the function of this subgroup. This subgroup belongs to the Pol beta-like NT superfamily. In the majority of enzymes in this superfamily, two carboxylates, Dx[D/E], together with a third more distal carboxylate, co-ordinate two divalent metal cations involved in a two-metal ion mechanism of nucleotide addition. These carboxylate residues are conserved in this subgroup.	1.17974e-11
NZ_CP006957.2|WP_006250393.1|533231_534461_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-F	gnl|CDD|235481	PRK05464, PRK05464, Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F; Provisional.	0
NZ_CP006957.2|WP_020824242.1|535341_536376_+|FAD:protein-FMN-transferase	gnl|CDD|224394	COG1477, ApbE, Membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis [Coenzyme metabolism].	1.20967e-126
NZ_CP006957.2|WP_040080633.1|534572_535007_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|378048	pfam08780, NTase_sub_bind, Nucleotidyltransferase substrate binding protein like. Nucleotidyltransferases (EC 2.7.7) comprise a large enzyme family with diverse roles in polynucleotide synthesis and modification. This domain is structurally related to kanamycin nucleotidyltransferase (KNTase) and forms a complex with HI0073, a sequence homolog of the nucleotide-binding domain of this nucleotidyltransferase superfamily.	2.42618e-37
NZ_CP006957.2|WP_040080634.1|538099_539392_-|MFS-transporter	gnl|CDD|341039	cd17486, MFS_AmpG_like, AmpG and similar transporters of the Major Facilitator Superfamily. AmpG acts as an inner membrane permease in the beta-lactamase induction system and in peptidoglycan recycling. It transports meuropeptide from the periplasm into the cytosol in gram-negative bacteria, which is essential for the induction of the ampC encoding beta-lactamase. The AmpG family belongs to the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins, which are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	8.52795e-127
NZ_CP006957.2|WP_006250397.1|536388_536634_+|(Na+)-NQR-maturation-NqrM	gnl|CDD|225538	COG2991, COG2991, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	7.16881e-29
NZ_CP006957.2|WP_020824243.1|532624_533221_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-E	gnl|CDD|235074	PRK02830, PRK02830, Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E; Provisional.	4.0318e-125
NZ_CP006957.2|WP_006250391.1|531996_532623_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-D	gnl|CDD|236457	PRK09292, PRK09292, Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D; Validated.	8.22874e-139

Protein sequences

>NZ_CP006957.2|WP_006250397.1|536388_536634_+|(Na+)-NQR-maturation-NqrM
METVLLTFGFFVAVIFAMSIGFIVKGKTIKGSCGGITALGMKKMCDCEEPCDNLKSKIADGTADPEEVARFNKEPQFYEVK
>NZ_CP006957.2|WP_020824242.1|535341_536376_+|FAD:protein-FMN-transferase
MKKFFLLLIAFFTLSACEKAPEQITLSGKTMGTTYTVKYIDNGEVENLISPEKMKNELDGLLIEVNNQMSTYQQDSEISRFNQAKQANQAVEISQDFAKVVQEAIRLNKVTEGALDVTVGPLVNLWGFGPDKRLNKVPSDEQIAERSAYVGIDKILLEMSSKPKLTKSAANLYLDLSSIAKGFGVDKLAEHLETIGVSNYLVEIGGELRGKGKNLQGLDWRIAIEQPVMTQGQAAQITVPLHNLAMATSGNYRNYFEDEKGNRLSHIIDPKQLRPVNHNLASITVFAPTTMTADGLSTGLFVLGAEKALAVAEREKLAIFLIVKNGDKFETQMSSEFSKLIQSQ
>NZ_CP006957.2|WP_006250395.1|534999_535293_+|nucleotidyltransferase-domain-containing-protein
MIDLTESQRQQVLDIFKKYLPDTPVWVFGSRIKGTAKAYSDLDLALITKQPLTIRQQTELELAFTDSDLPFTVDLIDWASCNESFKQIILQRYEVLI
>NZ_CP006957.2|WP_040080633.1|534572_535007_+|hypothetical-protein
MEQLDITALENAFNSLEKTIVSLDNQAWFNRQEAIIQDTLIAGAIQKFEFVYELSIKMLKRQLKNIESNDTDIDSTEFRDILRMAAQYGLIESPEVWLDYRKMRNITSHTYDQNKAQQVYNGISNFLESTYFLVKQLQKRNSYD
>NZ_CP006957.2|WP_006250393.1|533231_534461_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-F
MDSNFIFGIIAFTALVLVLAVIILFAKSKLVDSGDITISINNDPEKGITLPAGGKLLGALASKGIFVSSACGGGGSCGQCKVQVKSGGGEILPTELSHISKKEAKEGWRLACQVNVKSSMDVELPEEIFGVKKWECTVISNDNKATFIKELKLQIPEGEEVPFRAGGYIQIEAEPHTVHYKDFDIPKEYHEDWDKFDLWRYTSKVDEHIIRAYSMASYPEEKGIIMLNVRIATPPPRNPDVPPGQMSSYIWSLKPGDKVTISGPFGEFFAKDTDAEMVFIGGGAGMAPMRSHIFDQLKRLKSKRKMSFWYGARSEREMFYVEDFDGLQAENDNFKWYVALSDPLPGDREDYFRGFIHNVLYENYLKNHEAPEDCEYYMCGPPVMNAAVIGMLKSLGVEDENILLDDFGG
>NZ_CP006957.2|WP_020824243.1|532624_533221_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-E
MEHLLSIFVKSVFIENMALSFFLGMCTFLAVSKKVSTAFGLGIAVIVVLGIAVPANQLVYTHVLKEGALVEGVDLSFLNFITFIGVIAALVQILEMILDKFFPALYSALGIFLPLITVNCAIFGGVSFMVQREYNFVESVVYGVGAGTGWMLAIVALAGLTEKMKYSDVPAGLRGLGITFITVGLMALGFMSFSGIQL
>NZ_CP006957.2|WP_006250391.1|531996_532623_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-D
MADNNNLKKLLLSPIVDNNPIALQILGICSALAVTTQLQTAVVMAIAVSLVTAFSSMFISMIRNYIPNSIRIIVQMAIIASLVILVDQILRAYAYDLSKQLSVFVGLIITNCIVMGRAEAFAMKSGPVESFVDGIGNGLGYGAMLIIVAFLRELIGSGKIFGITILETVQNGGWYQANGLFLLAPSAFFIIGFVIWAIRTWKPEQVEK
>NZ_CP006957.2|WP_006250878.1|531223_531997_+|Na(+)-translocating-NADH-quinone-reductase-subunit-C
MAKFNKDSVGGTLTVVVLLSLICSLIVAGAAVMLKPTQDIQKQLDKQKNILQAAGLLQKDTNVQETYTKFIEPKIVDLATGDYVEGVTGFDARAAAKDPAQNVVIAPEDDKANIKTRAKYAEVYLVKDESGKTTQVVLPMHGNGLWSIMYGFVAVQPDANTVNGITYYEQGETAGLGGEIVNPNWQKNFVGKKLYNEQNQVALRVGKGASADKDHGVDGLSGATLTSNGVDGSFKYWFGQNGFGPYLAKFKAAAGAN
>NZ_CP006957.2|WP_006250389.1|529995_531231_+|NADH:ubiquinone-reductase-(Na(+)-transporting)-subunit-B
MGLKNLFEKMEPAFHKGGKYEKWYTLFEAAYTIFYTPGTVTRKDAHVRDAIDSKRMMLIVWLALFPAMFYGMYNVGAQGILAALKMGTLTDLVANNWHYSLADSLGSVADAGWGTKMLLGATYFLPIYLTVFAVGGFWEVVFAMVRKHEINEGFFVTSILLALIVPPTLPLWQAALATTFGVVVAKEVFGGVGKNFMNPALAGRAFLFFAYPGQISGDAVWVAADGFSGATALSQWAVGGQGALQHVATGETITWMDAFLGNIPGSIGETSTLMLIIGAAIIVFARIASWRIIAGVMIGMAATATLFNVIGSDTNPLFSMPWHWHLVLGGFAIGMFFMATDPVSAAFTNKGKWAYGILIGFMCVLIRVVNPAYPEGMMLAILFANLFAPIFDYLVVQGNIKRRLARVANNG
>NZ_CP006957.2|WP_006250388.1|528634_529993_+|Na(+)-translocating-NADH-quinone-reductase-subunit-A
MITIKKGLDLPIAGKPEQVIHNGNTVTEVAMLGEEYVGMRPSMKVREGDVVKKGQVLFEDKKNPGVVFTAPASGTVTAINRGEKRVLQSVVIKVEGDEQITFARYEASQLASLTSEQVKQNLVESGLWTAFRTRPFSKVPALDAEPSSIFVNAMDTNPLAANPEVIIAEHQQAFFDGLTVLSRLFESKKVIHLCGSADSNILNAAQSRQINNVETNRFKGPHPAGLSGTHIHFIDPVGATKQVWYLNYQDVIAIGKLFTTGELFTDRVVALAGPQVKNPRLVRTRLGANLSQLTANELNAGENRVISGSVLSGAIATGVHDYLGRYALQVSALLEGREKAFFGMIAPYSDKYSITRTTLGHFAKKLFNFTTAVHGSERAMVPTGAYERVMPLDIIPTLLLRDLAAGDTDSAQALGCLELDEEDLALCTFVCSGKNNWGPLLRQALDKIEKDG
>NZ_CP006957.2|WP_040080634.1|538099_539392_-|MFS-transporter
MTACHEPKRSIWQQIFTKNMLLCVYTGFCSGLPLFVLIQLMPAWLTSANLDIKTIAAFTLTSLPYTWKFLWAALLDRYFPPFLGRRKSWIFISQIGLLVILASFGLFNPVQDISIIVTLSVLLAFLSATQDIVVDAFRREILSDNELGLGNSIHVNAYRIAGLIPGGLSLFLADHYAWDTVFLITAAFLVPCLFVTLIIAAEPNHKPIDRSKPFYMAFVDPFKEFFTRKGVAGAIGLILFIFLYKLGDSLATTLQTKFILDMGFTKSHIAGIVKITSLWCSIGGGIIGGVAMLKLGVNRALWLFGFVQLITILGFAYLASFEHFPTESIGAAELWKLGLVMASEYLGVGLGTAAFVAFMARETNPAYTAMQLAIFTSLAALPSKMLGAYTGNLVEMMGYYQFFWLCFFIGIPGMLMLFKVAPWGHVEDQT
>NZ_CP006957.2|WP_040080635.1|539557_543274_+|methionine-synthase
MNTQHRTELLQNALTERILILDGAMGTMIQKYKLTESDFRGERFKNSTIDLKGNNDLLTLTQPLLISAIHEKYLAAGADIIETNTFSATTIAQADYELESIAYGLNLVGAKLARLAADKFSTPEKPRFVAGILGPTNRTCSISPDVNDPGFRNITFMQLVEAYAEATRGLIEGGADLIMIETIFDTLNAKAAVFAIETVFDELGVKLPIMISGTITDASGRTLSGQTTEAFYNSLRHAKPLTFGLNCALGPKELRPYVEMMSKISETFVSVHPNAGLPNAFGGYDLGAEEMATYIKEWAELGWLNIVGGCCGTTPEHIQAFAEATKGVAPRKLPEIPTAMRLSGLEPLTIDDNSLFVNVGERNNVTGSAKFKKLIKEEKFAEAIEIAISQVENGAQVIDVNMDEALLDSKKCMTRFLNILATEPEAAKVPIMIDSSKWEVIEAGLQTVQGKPIVNSISLKEGEEKFIHQAKLCRRYGAAVVVMAFDEVGQADTEERKVEICTRAYRILVDQLGFPPEDIIFDPNIFAIATGIEEHNNYGVDFIQACERIKRDLPHAKISGGVSNVSFSFRGNNVVREAIHAVFLYYAIKAGMDMGIVNAGQLAIYDDLDPELREAIEDAVLNHRHDATDRLLEISEKYRGVKVESADESAAEWRNLPVAERLKHALVKGITTYIIEDTEEARQQFASPLEVIEGPLMAGMDVVGDLFGDGKMFLPQVVKSARVMKQSVAYLEPYINATKQKGSSNGKMVIATVKGDVHDIGKNIVSVVLQCNNFEVIDLGVMVPADVIIETAIREKADLIGLSGLITPSLDEMEYFLGEMNRLKLDIPVLIGGATTSKEHTAIKLYPKYNYPVVYTANASRCVTVCATLMNPEAKAEFWEKTKAEYEEIQRKFAVRKPLRNGLSIEEARANRFDGFSGEWADYVPPTPKQTGIIEYKNVPIATLRKFIDWSPFFMLWGLMGGYPDAFDYPEGGEEARRVYNDAQRVLDEFEQNGKLNPSGIMGIFPAVREGDDIAILNEDRTACIGKSYHLRQQSERGKNSKSPYNLCLSDFIADRESGQQDWFGMFAVCAGIEEHYLVESYKAAGDDYNAILLQAVGDRLAEAMAEYLHFELRTKVWGYTVEDEDNGRLIREEYIGIRPAPGYPSCPEHTEKQIIWDLLEVEQRIGMKLTESYAMWPAASVCGWYFTHPTSNYFTLGKIDEDQVLDYAKRKGWDELTAKKWLSVAMKQDVKSQAENI
>NZ_CP006957.2|WP_006250042.1|543381_545385_+|N-6-DNA-methylase
MIEKQNYHLVQLLKDSNYQLTQFSPAYIKKLEESIFLKSGKNGDIPHIQCLVRKKDIKLTPEEAVRQLYLMNLHYEYDYPFERMELEYSVVFGREKKRADIVIFDRDNPNAVYIMVELKKPKLKDGKEQLKSYCNATGAPIGVWTNGESISYYNRRDPNYFKDIPDIPNAQQKLSDLLQERWTIQDLIDNDKIAKQRKSLKDLVIEMEDEVLANAGVDVFEELFQLIFTKLYDEMESTRNKSRYLEFRNYGDTESELKAKIQSLFDRAKNKWEGVFAESAKINLSPSHLAICVSSLEEVKLFNSNLDVVDEAFEYLINKSSKGEKGQYFTPRYVIDMCVKMLDPKPEETVIDTAAGSCGFPVHSIFHVWEKQLKARGLERSHLFTAEEKLPEQTDYVKEKVFAIDFDEKAVRVARTLNLIAGDGQTNVLHLNTLDYERWEDFTKEEEWNDVYGEGWKKLRKLRKTKNENRDFQFDVLMANPPFAGDIKETRILARYELGKNSKGKQQSKVGRDILFIERNLDFLKDGGRMAIVLPQGRFNNSSDKYIRDFIAERCRILAVVGLHGNVFKPHTGTKTSVLFVQKWHDELCPKVEDYPIFFATMQKSSKDNSGDKIYVKNADGTLKLDNHQHLIVEHDLFNHDNSTQDGIAEAFIEFAKKEKLSFVGKD
>NZ_CP006957.2|WP_020831139.1|545483_546851_+|restriction-endonuclease-subunit-S
MDSTFFLKKYLNHPSFNFPLSLNEVSLIKSGTTPTDRDDNLKEGVVLLKTNDIRNNLLNKYSSVDYFISEDINEKMISSQLKEGDVLVNIVGATLEVVGRVAYVSSTFPKANITQAMSFVRLKSKYNKELLPTYLFAFLQSSYGKIQINRNARPTGQYNLNNEELGAIKVPLIDLETQKQVDKIIKQSNDFVQKSTQSYQEAETLLLENLGLRAFQADSNPVNVKSLKESFLQTGRLDAEYYQTKYEQYWNLIQSQDYVFIRDEYLHITQKPDWTKPMYQYIEIGDVNIGDGSYQTNWIETQELPANAKTQAQTGDILISTVRPYRGAVTIIGENDQDLVVSGAFTVLRRKENSVFNNEVLKVLLRSELYKDWLLQFNVGTSYPVIKDNDILNLPIPKISGEIQEKIAEYIRQSNDLRQQAQNLLAQAKNNVEFEIENNSFNINELEVRGGGRSC
>NZ_CP006957.2|WP_006251873.1|546864_547599_+|restriction-endonuclease-subunit-S
MARSSYFARLAEWTLLEHLLVKQPENISVCSFGQSFGTSGRLDAEYYQPKFASLFAQLANFKTMKLGEIVNLQKSVEPGSEAYQTEGIPFVRVSDLSKFGISQTDKYLHPKDFGNVVRPKKDSILLTKDGTVGIAYRVPQDLNVITSGAIVHLELKTDEVLPDYLALALNSPAVQLQAERDAGGSIIQHWKPSEILDVVIPVLPKNIQQTISDKVQQSFALRVESEVLLEKAKILVEQEIENMR
>NZ_CP006957.2|WP_006253678.1|547601_548237_+|hypothetical-protein
MPNHNQDLKKEWFNKARIDYHSPFLMLWLSCNSWYNFHYSLGKDRTHIDRIKSDTSNQNKLYKEFERIFTSGKIKEKTNLWNNIEQLHFALVQAELKYSGSNIPSEYSKFNLENVLIDFPNKTNSVAYQNLVIHNAKTRAGKLKTQYANAHDLGNLVLVEDIQKIFSGLLEIIYQVRCHLVHGSLSPTPENHEVVKYCYLILWDCLKGFCD
>NZ_CP006957.2|WP_006249329.1|548504_549242_-|ABC-transporter-ATP-binding-protein
MIKIENLTLAHGIQHLSCYLPKGKLIGIMGANGAGKSSLLKAIAGILRPTSGEIWLENCKLHALSAVERSRQFAYLAQQLNVAWQLSVYDVIALGLPAPLPPEQERQKVRSVAEQLAISHLLDNTYQQLSGGEQTRVQLARCLMKQAPILLADEPIAALDPYYQIDIMQQLKALTPTQTCVVVIHHLPLAYRFCDEIILLKNGNLLVSGNTQAVLNAENIATAFGVKAEMDWEKREMWGIEKLEV
>NZ_CP006957.2|WP_006249330.1|549238_550207_-|iron-ABC-transporter-permease
MKKLNIVLGSLLLLIVSNAAFYQLSDFALLKNAEGVLSDLRWLVLGEIRLPRIGLAVLTGASLALAGNAMQGVFKNPLASPGLLGSSSGATAVSVFLLYYFSAPMGWLLFGGVAGALGAFLLVWLISFRHGTTMMILSGVAVNVLLGAAVTLLLSNAESPWALAELYRWLQGSLVWATAEAVCWALPLILLGIVCLYRERRYLDLLTFGEETAATMGINLQRSFFTVSIGVALLVGATIPQTGTIGFIGLIAPHLARIWLKKPPSQLYLTSALIGALLLLIADLAVQYVPFFARIYIGTLTAILGVPFLIWILFTQQWRLAQ
>NZ_CP006957.2|WP_006253677.1|550387_550723_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin
MYHIERTEIFDQWLENLKDPLAVVTIARRIERAESGNFGDTKYIAEGISEMRLNVSKGYRLYYAQKGSIIYILLNGGHKGTQQADIDKAKMLWAEIKQHMAEQEKKNERII
>NZ_CP006957.2|WP_006249042.1|550706_551030_+|putative-addiction-module-antidote-protein
MNELYDAPIPQATREKFGIQPFDAAEYLANDELIALYLAETLKDGTDEEFIQALNTVARAKGMNELAKKAGIGRESLYQSLSSSKPRFETIRKIISALNLELSVVKA

Crispr_ID: NZ_CP006957_2

• CRISPR_ID: NZ_CP006957_2
• CRISPR_location: 1476165-1476995
• CRISPR_type: TypeI
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 12 spacers
• Cas_protein_info: cas2,cas1,cas4,cas7,cas8c,cas5,cas3

Consensus repeat of NZ_CP006957_2

Consensus_repeat	Method
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	PILER-CR
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CRISPRCasFinder
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CRT

spacers of NZ_CP006957_2

>2.1|1476197|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
CAGGGACGACAATTAGTGGTAATACAATCACGGGGG
>2.2|1476265|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
CATTGCTTGCCCAGAAAATCATTTTTCTTTCAGAAA
>2.3|1476333|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
CACGGCACGGCGTTGGAAAGCGGCTGCTGAAAA
>2.4|1476398|35|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
TATCTTTTTAAATCACGGACTAAACACCACAGCGG
>2.5|1476465|35|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
TAAACCTGTACCAATCTCTTTGCTCCCGTGATAAG
>2.6|1476532|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
ACACATCAAAACAAACAACGCCACAGACAAAGGG
>2.7|1476598|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
AAGGATTGTACAGGCTCAATGTCGAGAGGGCGGA
>2.8|1476664|37|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
TCGTTTCGTGGTTGGCTCGCCCTATTCTCTATTTAAT
>2.9|1476733|35|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
AGCGTACTTAACCGAGTTTTAAGCACCAAAGGCTG
>2.10|1476800|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
GAGGAGAGGTTATCCCACGCTCGTTTATGCAAT
>2.11|1476865|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
CGATTGCGGACGTCATTTACCGTAAAGGAGCGGA
>2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
GACCACCAAGTACAAGGGTATACAGTTGATGAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP006957_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP006957_2

>merge|NZ_CP006957|2|1476165-1476995|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT
GTTTCAATACACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCCAGGGACGACAATTAGTGGTAATACAATCACGGGGGGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCCATTGCTTGCCCAGAAAATCATTTTTCTTTCAGAAAGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCCACGGCACGGCGTTGGAAAGCGGCTGCTGAAAAGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCTATCTTTTTAAATCACGGACTAAACACCACAGCGGGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCTAAACCTGTACCAATCTCTTTGCTCCCGTGATAAGGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCACACATCAAAACAAACAACGCCACAGACAAAGGGGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCAAGGATTGTACAGGCTCAATGTCGAGAGGGCGGAGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCTCGTTTCGTGGTTGGCTCGCCCTATTCTCTATTTAATGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCAGCGTACTTAACCGAGTTTTAAGCACCAAAGGCTGGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCGAGGAGAGGTTATCCCACGCTCGTTTATGCAATGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCCGATTGCGGACGTCATTTACCGTAAAGGAGCGGAGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGCGACCACCAAGTACAAGGGTATACAGTTGATGAAGTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC

>NZ_CP006957|2|1|1476165-1476995|PILER-CR
GTTTCAATACACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CAGGGACGACAATTAGTGGTAATACAATCACGGGGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CATTGCTTGCCCAGAAAATCATTTTTCTTTCAGAAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CACGGCACGGCGTTGGAAAGCGGCTGCTGAAAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TATCTTTTTAAATCACGGACTAAACACCACAGCGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TAAACCTGTACCAATCTCTTTGCTCCCGTGATAAG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	ACACATCAAAACAAACAACGCCACAGACAAAGGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	AAGGATTGTACAGGCTCAATGTCGAGAGGGCGGA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TCGTTTCGTGGTTGGCTCGCCCTATTCTCTATTTAAT
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	AGCGTACTTAACCGAGTTTTAAGCACCAAAGGCTG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	GAGGAGAGGTTATCCCACGCTCGTTTATGCAAT
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CGATTGCGGACGTCATTTACCGTAAAGGAGCGGA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	GACCACCAAGTACAAGGGTATACAGTTGATGAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC

>NZ_CP006957|2|2|1476165-1476995|CRISPRCasFinder
GTTTCAATACACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CAGGGACGACAATTAGTGGTAATACAATCACGGGGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CATTGCTTGCCCAGAAAATCATTTTTCTTTCAGAAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CACGGCACGGCGTTGGAAAGCGGCTGCTGAAAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TATCTTTTTAAATCACGGACTAAACACCACAGCGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TAAACCTGTACCAATCTCTTTGCTCCCGTGATAAG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	ACACATCAAAACAAACAACGCCACAGACAAAGGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	AAGGATTGTACAGGCTCAATGTCGAGAGGGCGGA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TCGTTTCGTGGTTGGCTCGCCCTATTCTCTATTTAAT
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	AGCGTACTTAACCGAGTTTTAAGCACCAAAGGCTG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	GAGGAGAGGTTATCCCACGCTCGTTTATGCAAT
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CGATTGCGGACGTCATTTACCGTAAAGGAGCGGA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	GACCACCAAGTACAAGGGTATACAGTTGATGAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC

>NZ_CP006957|2|1|1476165-1476995|CRT
GTTTCAATACACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CAGGGACGACAATTAGTGGTAATACAATCACGGGGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CATTGCTTGCCCAGAAAATCATTTTTCTTTCAGAAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CACGGCACGGCGTTGGAAAGCGGCTGCTGAAAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TATCTTTTTAAATCACGGACTAAACACCACAGCGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TAAACCTGTACCAATCTCTTTGCTCCCGTGATAAG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	ACACATCAAAACAAACAACGCCACAGACAAAGGG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	AAGGATTGTACAGGCTCAATGTCGAGAGGGCGGA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	TCGTTTCGTGGTTGGCTCGCCCTATTCTCTATTTAAT
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	AGCGTACTTAACCGAGTTTTAAGCACCAAAGGCTG
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	GAGGAGAGGTTATCCCACGCTCGTTTATGCAAT
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	CGATTGCGGACGTCATTTACCGTAAAGGAGCGGA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC	GACCACCAAGTACAAGGGTATACAGTTGATGAA
GTTTCAATTCACAGCCACGCGTAGGTGGCTGC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP006957.2|WP_006248815.1|1469805_1470645_+|formyltetrahydrofolate-deformylase	unknown	unknown	gnl|CDD|235676
NZ_CP006957.2|WP_006248812.1|1471632_1472706_+|homoserine-O-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|234678
NZ_CP006957.2|WP_006250673.1|1478676_1479357_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP006957.2|WP_040080917.1|1483691_1485443_-|DUF87-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223510
NZ_CP006957.2|WP_006250678.1|1469325_1469736_+|H-NS-histone-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|182380
NZ_CP006957.2|WP_006250681.1|1465176_1466367_-|tryptophan-synthase-subunit-beta	unknown	unknown	gnl|CDD|235288
NZ_CP006957.2|WP_040080918.1|1486618_1488907_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|350688
NZ_CP006957.2|WP_006250671.1|1480123_1480987_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	cd09689_cas7_CAS-I-C	gnl|CDD|377458
NZ_CP006957.2|WP_020824138.1|1464368_1465175_-|tryptophan-synthase-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|161792
NZ_CP006957.2|WP_006252734.1|1482777_1483455_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	gnl|CDD|187534
NZ_CP006957.2|WP_006248114.1|1477185_1477479_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	gnl|CDD|187856
NZ_CP006957.2|WP_006250674.1|1477545_1478559_-|type-I-C-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09721_cas1_CAS-I-C	gnl|CDD|188360
NZ_CP006957.2|WP_006250680.1|1466378_1467131_-|SDR-family-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|187604
NZ_CP006957.2|WP_006250679.1|1467356_1468889_-|Na+/H+-antiporter-NhaC-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224671
NZ_CP006957.2|WP_006250677.1|1470681_1471365_-|DUF218-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225500
NZ_CP006957.2|WP_040080916.1|1480996_1482781_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	cd09757_cas8c_CAS-I-C	gnl|CDD|187887
NZ_CP006957.2|WP_006250672.1|1479458_1480124_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	cd09637_cas4_CAS-I:CAS-II:CAS-V	gnl|CDD|273040
NZ_CP006957.2|WP_020824140.1|1485432_1486488_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238697
NZ_CP006957.2|WP_006248118.1|1474439_1475915_-|ribonuclease-G	unknown	unknown	gnl|CDD|183285
NZ_CP006957.2|WP_006250676.1|1472783_1474286_-|lysine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234778

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP006957.2|WP_006250672.1|1479458_1480124_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	cd09637_cas4_CAS-I:CAS-II:CAS-V	1.5e-40	134.0	0.0
NZ_CP006957.2|WP_006250674.1|1477545_1478559_-|type-I-C-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09721_cas1_CAS-I-C	2.6e-147	485.0	0.0
NZ_CP006957.2|WP_006250671.1|1480123_1480987_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	cd09689_cas7_CAS-I-C	6e-123	404.2	0.1
NZ_CP006957.2|WP_006252734.1|1482777_1483455_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	3.3e-87	286.2	0.1
NZ_CP006957.2|WP_006248114.1|1477185_1477479_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	3.2e-27	89.3	0.0
NZ_CP006957.2|WP_040080916.1|1480996_1482781_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	cd09757_cas8c_CAS-I-C	1.5e-188	622.5	0.0
NZ_CP006957.2|WP_040080918.1|1486618_1488907_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	2.2e-56	186.2	0.0

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP006957.2|WP_006248815.1|1469805_1470645_+|formyltetrahydrofolate-deformylase	gnl|CDD|235676	PRK06027, purU, formyltetrahydrofolate deformylase; Reviewed.	2.87146e-173
NZ_CP006957.2|WP_006248812.1|1471632_1472706_+|homoserine-O-acetyltransferase	gnl|CDD|234678	PRK00175, metX, homoserine O-acetyltransferase; Provisional.	0
NZ_CP006957.2|WP_040080917.1|1483691_1485443_-|DUF87-domain-containing-protein	gnl|CDD|223510	COG0433, COG0433, HerA helicase [Replication, recombination, and repair].	3.69928e-29
NZ_CP006957.2|WP_006250678.1|1469325_1469736_+|H-NS-histone-family-protein	gnl|CDD|182380	PRK10328, PRK10328, DNA-binding protein StpA.	1.90925e-33
NZ_CP006957.2|WP_006250681.1|1465176_1466367_-|tryptophan-synthase-subunit-beta	gnl|CDD|235288	PRK04346, PRK04346, tryptophan synthase subunit beta; Validated.	0
NZ_CP006957.2|WP_040080918.1|1486618_1488907_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|350688	cd17930, DEXHc_cas3, DEXH/Q-box helicase domain of Cas3. CRISPR-associated (Cas) 3 is a nuclease-helicase responsible for degradation of dsDNA. The two enzymatic units of Cas3, a histidine-aspartate (HD) nuclease and a Superfamily 2 (SF2) helicase, may be expressed from separate genes as Cas3' (SF2 helicase) and Cas3'' (HD nuclease) or may be fused as a single HD-SF2 polypeptide. The nucleolytic activity of most Cas3 enzymes is transition metal ion-dependent. Cas3 is a member of the DEAD-like helicase superfamily, a diverse family of proteins involved in ATP-dependent RNA or DNA unwinding. This domain contains the ATP-binding region.	8.57048e-57
NZ_CP006957.2|WP_006250671.1|1480123_1480987_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	gnl|CDD|377458	pfam05107, Cas_Cas7, CRISPR-associated protein Cas7. CRISPR-associated protein Cas7 is one of the components of the type I-B cascade-like antiviral defense complex. In Haloferax volcanii, Cas5, Cas6 and Cas7 form a small complex that aids the stability of CRISPR-derived RNA.	6.00618e-155
NZ_CP006957.2|WP_020824138.1|1464368_1465175_-|tryptophan-synthase-subunit-alpha	gnl|CDD|161792	TIGR00262, Tryptophan_synthase_alpha_chain, tryptophan synthase, alpha subunit. Tryptophan synthase catalyzes the last step in the biosynthesis of tryptophan. The alpha chain is responsible for the aldol cleavage of indoleglycerol phosphate to indole and glyceraldehyde 3-phosphate. In bacteria and plants each domain is found on a separate subunit (alpha and beta chains), while in fungi the two domains are fused together on a single multifunctional protein. The signature pattern for trpA contains three conserved acidic residues. [LIVM]-E-[LIVM]-G-x(2)-[FYC]-[ST]-[DE]-[PA]-[LIVMY]-[AGLI]-[DE]-G and this is located between residues 43-58 of the model. The Sulfolobus solfataricus trpA is known to be quite divergent from other known trpA sequences. [Amino acid biosynthesis, Aromatic amino acid family].	2.62732e-123
NZ_CP006957.2|WP_006252734.1|1482777_1483455_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|187534	cd09752, Cas5_I-C, CRISPR/Cas system-associated RAMP superfamily protein Cas5. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas5 is a RAMP superfamily protein; Subunit of the Cascade complex; in subtype I-C this protein might be the endoribonuclease that generates crRNAs; also known as DevS family.	2.03798e-113
NZ_CP006957.2|WP_006248114.1|1477185_1477479_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|187856	cd09725, Cas2_I_II_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas2. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas2 is present in majority of CRISPR/Cas systems along with Cas1; RNAse specific to U-rich regions; Possesses an RRM/ferredoxin fold.	8.20021e-33
NZ_CP006957.2|WP_006250674.1|1477545_1478559_-|type-I-C-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|188360	TIGR03640, cas1_DVULG, CRISPR-associated endonuclease Cas1, subtype I-C/DVULG. The CRISPR-associated protein Cas1 is virtually universal to CRISPR systems. CRISPR, an acronym for Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, is prokaryotic immunity system for foreign DNA, mostly from phage. CRISPR systems belong to different subtypes, distinguished by both nature of the repeats, the makeup of the cohort of associated Cas proteins, and by molecular phylogeny within the more universal Cas proteins such as this one. This model is of type EXCEPTION and provides more specific information than the EQUIVALOG model TIGR00287. It describes the Cas1 protein particular to the DVULG subtype of CRISPR/Cas system.	0
NZ_CP006957.2|WP_006250680.1|1466378_1467131_-|SDR-family-oxidoreductase	gnl|CDD|187604	cd05346, SDR_c5, classical (c) SDR, subgroup 5. These proteins are members of the classical SDR family, with a canonical active site tetrad and a typical Gly-rich NAD-binding motif. SDRs are a functionally diverse family of oxidoreductases that have a single domain with a structurally conserved Rossmann fold (alpha/beta folding pattern with a central beta-sheet), an NAD(P)(H)-binding region, and a structurally diverse C-terminal region. Classical SDRs are typically about 250 residues long, while extended SDRs are approximately 350 residues. Sequence identity between different SDR enzymes are typically in the 15-30% range, but the enzymes share the Rossmann fold NAD-binding motif and characteristic NAD-binding and catalytic sequence patterns. These enzymes catalyze a wide range of activities including the metabolism of steroids, cofactors, carbohydrates, lipids, aromatic compounds, and amino acids, and act in redox sensing. Classical SDRs have an TGXXX[AG]XG cofactor binding motif and a YXXXK active site motif, with the Tyr residue of the active site motif serving as a critical catalytic residue (Tyr-151, human 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH) numbering). In addition to the Tyr and Lys, there is often an upstream Ser (Ser-138, 15-PGDH numbering) and/or an Asn (Asn-107, 15-PGDH numbering) contributing to the active site; while substrate binding is in the C-terminal region, which determines specificity. The standard reaction mechanism is a 4-pro-S hydride transfer and proton relay involving the conserved Tyr and Lys, a water molecule stabilized by Asn, and nicotinamide. Extended SDRs have additional elements in the C-terminal region, and typically have a TGXXGXXG cofactor binding motif. Complex (multidomain) SDRs such as ketoreductase domains of fatty acid synthase have a GGXGXXG NAD(P)-binding motif and an altered active site motif (YXXXN). Fungal type ketoacyl reductases have a TGXXXGX(1-2)G NAD(P)-binding motif. Some atypical SDRs have lost catalytic activity and/or have an unusual NAD(P)-binding motif and missing or unusual active site residues. Reactions catalyzed within the SDR family include isomerization, decarboxylation, epimerization, C=N bond reduction, dehydratase activity, dehalogenation, Enoyl-CoA reduction, and carbonyl-alcohol oxidoreduction.	4.41499e-146
NZ_CP006957.2|WP_006250679.1|1467356_1468889_-|Na+/H+-antiporter-NhaC-family-protein	gnl|CDD|224671	COG1757, NhaC, Na+/H+ antiporter [Energy production and conversion].	4.15788e-96
NZ_CP006957.2|WP_006250677.1|1470681_1471365_-|DUF218-domain-containing-protein	gnl|CDD|225500	COG2949, SanA, Uncharacterized membrane protein [Function unknown].	3.48782e-75
NZ_CP006957.2|WP_040080916.1|1480996_1482781_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	gnl|CDD|187887	cd09757, Cas8c_I-C, CRISPR/Cas system-associated protein Cas8c. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Zn-finger domain containing protein, distant homologs of Cas8 proteins; signature gene for I-C subtype; also known as Csd1 family.	0
NZ_CP006957.2|WP_006250672.1|1479458_1480124_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	gnl|CDD|273040	TIGR00372, conserved_hypothetical_protein, CRISPR-associated protein Cas4. This model represents a family of proteins associated with CRISPR repeats in a wide set of prokaryotic genomes. This scope of this model has been broadened since it was first built to describe an archaeal subset only. The function of the protein is undefined. Distantly related proteins, excluded from this model, include ORFs from Mycobacteriophage D29 and Sulfolobus islandicus filamentous virus and a region of the Schizosaccharomyces pombe DNA replication helicase Dna2p.	5.92936e-41
NZ_CP006957.2|WP_020824140.1|1485432_1486488_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|238697	cd01406, SIR2-like, Sir2-like: Prokaryotic group of uncharacterized Sir2-like proteins which lack certain key catalytic residues and conserved zinc binding cysteines; and are members of the SIR2 superfamily of proteins, silent information regulator 2 (Sir2) enzymes which catalyze NAD+-dependent protein/histone deacetylation.	1.63776e-08
NZ_CP006957.2|WP_006248118.1|1474439_1475915_-|ribonuclease-G	gnl|CDD|183285	PRK11712, PRK11712, ribonuclease G; Provisional.	0
NZ_CP006957.2|WP_006250676.1|1472783_1474286_-|lysine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234778	PRK00484, lysS, lysyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0

Protein sequences

>NZ_CP006957.2|WP_006248118.1|1474439_1475915_-|ribonuclease-G
MSSTELLVNVTPSETRVALVENGILKELHIEREAKRGIVGNIYKGRVTRVLPGMQSAFVDIGLEKAAFLHASDIVSHTECVDENEKKQFLVKDISELVREGQDIVVQVVKDPIGTKGARLTTDITLPSRYLVFMPENSHVGVSQRIESEEERARLKSLVEPYCDELGGFIVRTAAEEATEESLKQDVEFLKRLWRKVLERKGKYSAKSMLYGELALAQRVLRDFIGTHINSVRIDSKLTYEQVREFLAEFMPELTDCVTLYTGQQTLFDAYGVEKAIQKALDKRVDLKSGGYLIIEQTEAMTTIDINTGAFVGHRNLAHTIFNTNIEAIQAIAHQLQLRNLGGIIIIDFIDMQEEEHRERVLQSLQEALKGDRVKTNVNGFTQLGLVEMTRKRTRESLERILCCDCQACQGRGTVKTVETVCYEIMREIVRVHHLFKTENIHVYAAKDVAEYLINEESHALLAELQAFIGKKIEIKLEPYYHQEQFDVVVM
>NZ_CP006957.2|WP_006250676.1|1472783_1474286_-|lysine--tRNA-ligase
MSEVENQELDLNGEMLARREKLNKIREQGNAFPNTFRRDALAKDLHAQYDAVEGETLKEQNIQVKVAGRIMLKRVMGKASFFTIQDVSGAIQLYVARDNLSDSVYEEKVSLWDLGDIVGVEGALFKTKTGELTVRCSEVQLLTKSLRPLPDKHHGLTDLETRYRQRYLDLISNEESRRTFMIRSQVVSGIRKFFLERDFIEVETPMLQVIPGGAAAKPFITHHNALDVDMYLRIAPELYLKRLVVGGFERVFELNRNFRNEGVSVRHNPEFTMIEYYQAYADYHDLMDNTEELLRQLALDILGTTDVPYGDYVFDFGKPFERITMHDAIVKYGNGIQREDLDSFEKSVEIAKGLGIEIQKSWGLGSVVNAIFEEVAEHQLIQPTFLMAHPAEISPLARRNDENPEVTDRFELFIGGREIGNGFSELNDAEDQAERFDAQVAAKDAGDDEAMFKDEDFIVALEHGLPPTAGEGLGIDRLAMIFANAPSIRDVILFPAMRQK
>NZ_CP006957.2|WP_006248812.1|1471632_1472706_+|homoserine-O-acetyltransferase
MAQQITLFEDVPLPLTLGGELSPITVAYQTYGRLNAEKSNAVLLCHALTGDAKPYYDSPTEKGWWQDFIGKGLAFDTDKYFFICSNVLGGCKGTTGPASINPKTNKPYGSLFPIITVQDIVNVQKALLDYLEIPQLHAVVGGSFGGMQATQWGISYPDKVRNIINLCSSLTLSAEAIGFNHVMRQAIINDPHFNGGNYYDGIAPDNGLKIARMLGMLTYRTDIQLAKAFGRETKQQGQIWGDHFQVESYLSYQGTKFLGRFDANTYLRLLRALDLYDPALGYENEETALKRIKANYTFVAVTSDQLFKQVDVYKSKQKLEQAGVNLEFHEFHSDFGHDAFLVDYDFFEPMIKAGLAK
>NZ_CP006957.2|WP_006250677.1|1470681_1471365_-|DUF218-domain-containing-protein
MNQTRDRLEKLPLFHKMQQFIIKALKIIAIFPLLGIAILLLVDSLTSYIVRDKIYTDSKQIPYREYAVVLGTAKFYSKDVINQYYKYRLEAAKQLVQEGKVNQLLLSGDNKTPYYNEPKTMTSDLLKMGIATSKIKQDYAGYTTFDSIIRAKKVYKLPPFTIISQKFHCERALFIAKFRDIDAICYAATYPEGAYQVRMREILARSAMVFSLLIGKEPESLEDIRSK
>NZ_CP006957.2|WP_006248815.1|1469805_1470645_+|formyltetrahydrofolate-deformylase
MLQQHKILLTECPDDTGLVAKITNICYKHQLNIIKNSEFVENETKRFFMRTELNGIFNDETLLTDLKFTLPEGSSYKLLPKQRKRIVILVTKEAHCLGDLLMKNYYGGLDVEIAAVIGNHETLKSLVERFDIPFHLVSHENLTRVEHDKLLAEKIDEYSPDYIVLAKYMRVLNPEFVARYPNRVVNIHHSFLPAFIGAKPYHRAYERGVKIIGATAHFVNDELDEGPIIMQNVINVDHTYTAEAMMRAGRDVEKTVLSQALELVLADKVFVYKNKTIIL
>NZ_CP006957.2|WP_006250678.1|1469325_1469736_+|H-NS-histone-family-protein
MSALKSLLNIRSLRALAKDLALEQLKSISEKLDIIIAEKEEEMKQEELEKLKQLESLNKYREMLKQDGLSIDELAELLADKVIKTRKARKALSPRPAKYKFVDANGNEKTWTGQGRTPKALQDALDSGKKLEDFAI
>NZ_CP006957.2|WP_006250679.1|1467356_1468889_-|Na+/H+-antiporter-NhaC-family-protein
MNLVDYSTSLWSVLPALIALILAIVTRKVIISLSIGILFGAFMLTNSNFLDALTYIKNSVVSLVYKGAEEGLNSNNVNIILFLLLLGVLTSLLSISGSNQAFANWAQKKVKGKRGAKLMAAGLVFFTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFRVSRAKLAYILDSTAAPMCVLMPISSWGAYIITLIAGLLATHSITGYSPLGAFMTMSAMNFYAIFAMIMVFFVAYFSFDIGSMARFERQAAHLAELDDEQIETKGHVRDLILPIIALIVATVSMMMKTGADALAESGASFSILGAFENTTVGISLVVGGVAGLIVATICIITSGNISFKNYVRAYGLGVKMMSGAITILFFAWTINGVVSDMQTGKYLSGLVAESIGAEFLPAILFVLAAAMAFSTGTSWGTFGIMLPIGASMAVHSDPALIIPCLSAVMAGAVCGDHCSPVSDTTILSSTGAQCNHMDHVISQLPYALLVATASIVGYLVVGFTQSAVLGFIATAIVMAILILLFKEKKH
>NZ_CP006957.2|WP_006250680.1|1466378_1467131_-|SDR-family-oxidoreductase
MKIALVTGVTAGFGLAICKLLLQSGYKVIGTGRRAERLEELHLQFGDKFLPLAFDIQQPDEVEKALNSRPKAWQQIDLLVNNAGLALGLEPAQKADLNDWYQMIDTNIKGLVTMTRLVLPEMVERNSGHIINIGSIAGTYPYPGGNVYGGTKAFVKQFSLNLRADLAGTKVRVSNVEPGLCGGTEFSNVRFKGDDEKAAKVYENVQFVRPEDVANIVLWLNQQPEHVNINRVEVMPVAQTSSALNVARNI
>NZ_CP006957.2|WP_006250681.1|1465176_1466367_-|tryptophan-synthase-subunit-beta
MSDTLLNPYFGEFGGMYVPEILVPVLKELEQAFVDAQQDPTFQAEFADLLKNYAGRPTALTLCRNLTKGSKTKLYLKREDLLHGGAHKTNQVLGQILLAKRMGKTRIIAETGAGQHGVATALACAMLGMPCVVYMGAKDVERQSPNVFRMRLMGAEVIPVQKGSCSLKDACCEAMRDWAANYDTTHYLIGTAAGPHPFPTMVREFQKMIGEETKRQILAKEDRLPDAVIAAVGGGSNAIGMFADFIEEQSVKLIGVEPAGKGIETGEHGAPLKHGTTGIYFGMKSPIMQDKDGQIEESYSISAGLDFPSVGPQHAYLNATGRAEYVSITDAEALEAFQALAKNEGIIPALESSHALAYALKMIKQNPEKEQLLVVNLSGRGDKDIFTVDKILNGGE
>NZ_CP006957.2|WP_020824138.1|1464368_1465175_-|tryptophan-synthase-subunit-alpha
MSRFDTLFTALKAKNEGAFVPFVTLCDPGFERSFEIIDTMIKNGADALELGFPFSDPLLDGPVIQAANKRALDGGYSTDSCFELIAKIRAKYPDIPIGLLLCANLIFVPIAEVFFQRCQQSGVDAVLIADLPVFAAQEFVPTAEKYGIQPVFICPPNADQNTIERIAQLTQGYTYLVSRAGVTSAENQAHASNLDNLVESLKQTGAAPILQGFGIAKPEQVKEALRLGADGAISGSAIVKIIERNLSNQANLLKELAEFVQVMKAATK
>NZ_CP006957.2|WP_006248114.1|1477185_1477479_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2
MLMLITYDISFDDPEGQARLRRIAKHCLDYGVRAQYSVFECDVTPAQWVTLKNKLLATYNPDCDSLRFYHLGSKWRNKVEHHGAKPSVDIFKDTLIL
>NZ_CP006957.2|WP_006250674.1|1477545_1478559_-|type-I-C-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1
MRKLQNTLYITSQGSYLHKERETLVVEQDRKKVAQLPIHSIGHIFCFGNVLVSPFLMGFCGENNVNLAFFTENGRYLGRLQGRQSGNVLLRRAQYKKSETNPVPVARNIIAAKIQASKRVLQRQIRNHGENADIQLAITALNYSLQQLKIADNLNLIRGIEGDAAARYFGMFSHLIKENSGFHFDGRNRRPPRDGVNALLSFLYSILGKDISGALQGVGLDPQIGFLHADRPGRDSLAQDILEEFRAWWVDRMVLSLINRGQVKPDDFVTEASGAVTLKPEARKLLFQTLQAKKQEKIIHPFLEEEVEIGLLPYIQAMLLARHLRGDLAEYPPFLMR
>NZ_CP006957.2|WP_006250673.1|1478676_1479357_+|hypothetical-protein
MKRRFLFKNYGPDDQTIIQAIQHSVEISRKNNNSNIHIVFPRKSDFESTNLGKIIDQILGAGSAKKLTKGESIGSLDLLLPSRINSSNSSGTILAVYCTSHDMHLIDSNSSADDIIFVSWLPDEANHWENTWHNHGLIIMKGETSLNIPQIPEEIVQSLTNLTAIINLSTGLSHPSDKKHAEQIFKELSQKGYKADEEQIASWAIAHGWNASHLSDLKKLVRRYLS
>NZ_CP006957.2|WP_006250672.1|1479458_1480124_-|CRISPR-associated-protein-Cas4
MDDLQNSTEILPLVQPKFGYDKRSISLSALQHYAFCPRQCALIHNEQVWAENYLTAQGQVLHERVDSGEPETRKGIRFERTVHVAAEKLGISGILDLVERDLKTGELKPVEYKRGKPKPEPMDEIQLCAQALCLEEMTGQTINEGALWYMQTRHRLPITFSTELRTKTLATISEVRSLLNSGTTPLPKYSKRCKACSLIDLCQPQLLDRDRSERYVEEIFK
>NZ_CP006957.2|WP_006250671.1|1480123_1480987_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2
MSIQNRYEFVFFFDVTNGNPNGDPDAGNMPRLDPETSKGLVTDVCLKRKIRNFIEMSYENEAGYEIYVKEKSVLNLQNKRAYEALGIESEAKKLPKEEAKAREITAWMCKNFFDIRTFGAVMTTEVNSGQVRGPVQLAFAQSIDPIIPLEVSITRMAVTNEKDLEKERTMGRKYIVPYALYRVHGFISAKLAEKTGFSDEDVQKLWQALQLMFEHDRSAARGEMAARKLIVFKHDSELGNQPAHKLFDSVKVERINGEKDTPAKDYDDYRISVQAEGLTGVTVEELL
>NZ_CP006957.2|WP_040080916.1|1480996_1482781_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1
MILSALTRYYYRLAAQEDRLTGESKVPSYGFSEEKIGWVLELDSKGNLVNVISNLTEDKKPKPKLMSVPRPEKRTSGIKPNFLWDKTAYVLGIESNPDKATAKDQPINFAEKTFEAFKQYHLDLLADSNDEGLMAIRNFLQQWQPTHFAESICPREILDANVVFKLVGTSGYIHQREAAQTLWTSLLINQSDNAEKGLCLISGKLSPIQRTHPPIKGVFGGQSSGGSIISFNKESFTSFGKEQGSNAPVSEQAAFAYTTALNYLLRTEKHRLTIGDASTVFWAEADNTTQAEAAEGFFAALMTPPDDEQENQKIFEELQKISKGRPLAEISPELSENTRFYVLGLAPNAARISVRFWLDTTFGQLAKNLSEHWQDLALEPCAWKTPPSIWRLLLQTASLGKSENISPVLAGEMARAVISGHLYPMSLLSQLVTRIRADGDINGLRVALMKAVLQRKFRKGFIKEGVPMSLNKESDNQAYLLGRLFAVLERIQTQALGELNAGIADRYYGSASAVPFSVFPRLLSGAKHHLSRLRKDKGGMAVNLDKDLGEIIASLPENFPRHLSIDEQGRFAIGYYHQKQSYFAKKEITESIEN
>NZ_CP006957.2|WP_006252734.1|1482777_1483455_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5
MPNKIRLHIWGDYACFTRPEMKVERVSYDVITPSAARGILAAVHWKPAIRWVIDKIYVLQPIQFESVRRNELGSKISASKISGAMKRKTVADLYTVIEDDRQQRAATVLKNVGYVIEAHAVLTKMAGEAETVTKHIEMFKRRAKKGQCFQQPCMGVREFAANFALIDDDEPLPECFLAENDRDRDLGWMLHDIDFEHGNQPRFFRAEMKNGVIDVPPFYAEEVKS
>NZ_CP006957.2|WP_040080917.1|1483691_1485443_-|DUF87-domain-containing-protein
MANETLNFKDNARLGRVVTVDTSRVLISVEEHQQMTSIAVGNLIAIQGRTASEYLIGIIERVTRSISEKLLLEEISNEGEIPLGESQDDFIKAVLIGTYKAVDGSLSNTFKRGADCFPQIDRDCFHISGSNLQLFMNLLSANVKENERLTLGHFMADETAVAIANGDKFFQRHAAILGSTGSGKSWSVALILERAAALKAANLIVFDMHGEYSTLCEGKNAIAQQYRIAGPGDLDGSDERSLFIPYWLLNREEMLALILDRSDDNAPNQAARFTERVRALKEQTLNKEEINDVLETFTVDSPIPYSIELLLARLDKDNSEMVPKEGGSGTKQGPWYSKLSRFMGRMKAKIDDRRCGFMFQPPVECNSYGWLENMLSKLFSASESEKGIKIIDFSEVPSDVLPIVTGVLARLLYNIQFWMDKDSRHPLTIICDEAHLYLPVRDSAEAAEKRALEAFERIAKEGRKYGVSLLVVSQRPSDVSRTILSQCNNFLVLRLTNDQDQSVVKRLLPESMVGITDILPLLDLGEALLLGDSILLPTRIKLAKPHIAPESATRQFWSDWANQEPKPNAVSNAVEALRRQVRS
>NZ_CP006957.2|WP_020824140.1|1485432_1486488_-|hypothetical-protein
MREPLLDEDELKKWLQTIFTDNLVIIVGSGLSCAEGLPGMGALADRLKERMPECLDDIDKVTWNTISDCLDSEGLEGALLKHQANETIEAAIIKITAEYVLSEEQKAINKCIAENQKLKFSYLLPHISASNPKIARVITTNYDRLIEFAAEYENWGIDSMMVGRYWGKHNPDLSRKLQIRDIRVKGKCPKLVYRDHIKIFKPHGSLDWFMAGDVPMTSCIGKVEEPLIITPGVGKYKKGYGQPFDAHREKANEAIDSASSILCIGYGFNDDHLQTHLTGKIKSGVKTLLLTRGLSENARNVVKEAPNCKALIFDGDKAGTRVVSKQEETFIPNVHWWDVEFFVKEILENGK
>NZ_CP006957.2|WP_040080918.1|1486618_1488907_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3
MEEHTIQSFYAHSGKLSDHSDWQTLLSHANNVGLLAAEFAAPFASQEIARCTGLLHDLGKYSERYQKRLHGGERVNHSTAGAKIAVERWGPLGKMMAFCIAGHHAGLANGSGEGKNRSTLTQRLQEQFGYGHKDLPVLDAIWQQELNLPEKLPLPPLKPSKNEPFFSYAFFIRMLYSCLVDADFLDTEAFYANLEKRPLERGNYPNLTALHQQFNQFIAQFRERIATQTPNTQEAQRKAEVNRLRSEILDYAVSQAKQETGLFSLTVPTGGGKTFTSMAFALEHAKQYGLCRIIYVIPFTSIIEQNAAEFRKAFGELGTEAVLEHHSTFDHDSLPDKSSRDKLKLASENWDAPVVVTTAVQFFESLFADRSSRCRKLHNIAGSVIILDEAQMLPLNLLRPIMAAIDELARNYQCSVVLCTATQPAIHQANGFYKGFENVREIAPNPTALFEKLKRTTVKHIGIQTDVELQSKLADNPQMLIIVNNRRHARALYDSAKQLEGAYHLTMLMCAKHRSQTLTEIRLRLKQNLPCRVIATSLIEAGVDVDFPLVMRAEAGLDSVAQAAGRCNREGKRLSVESNVWVFQPEEQWKAPPELGLLSGCMRSTVQVHADDLLNPKAINHYFQAVYEAKGKELDKPNILKACHDAGQSLNFPFQKIAEDFRMITSHLIPVIIPFDQEAENLIDRLRYADQVGGILRKLQPYTVQVPEKALAELYNAGRVETINETNFGKQFYCLIGMDLYDEVAGLSWENVDFLESEKLVL

Crispr_ID: NZ_CP006957_3

• CRISPR_ID: NZ_CP006957_3
• CRISPR_location: 2005040-2005125
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP006957_3

Consensus_repeat	Method
GTGAAACCGCTGACCCATTACCT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP006957_3

>3.1|2005063|40|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder
GAATACACAGGAGACATTGAGCATTCAGAAAAAGGATCGG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP006957_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP006957_3

>merge|NZ_CP006957|3|2005040-2005125|CRISPRCasFinder
GTGAAACCGCTGACCCATTACCTGAATACACAGGAGACATTGAGCATTCAGAAAAAGGATCGGGTGAAACCGCTGAGCCATTACCT

>NZ_CP006957|3|3|2005040-2005125|CRISPRCasFinder
GTGAAACCGCTGACCCATTACCT	GAATACACAGGAGACATTGAGCATTCAGAAAAAGGATCGG
GTGAAACCGCTGAGCCATTACCT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
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NZ_CP006957.2|WP_040081108.1|1998079_1998991_+|lysine-exporter-LysO-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225287
NZ_CP006957.2|WP_006249693.1|2012600_2013236_-|phospholipid-binding-protein-MlaC	unknown	unknown	gnl|CDD|237912
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NZ_CP006957.2|WP_040081110.1|1999145_2000912_+|aspartate--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234775
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NZ_CP006957.2|WP_006249691.1|2011972_2012233_-|BolA/IbaG-family-iron-sulfur-metabolism-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|227340
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NZ_CP006957.2|WP_006249689.1|2009938_2010517_+|crossover-junction-endodeoxyribonuclease-RuvC	unknown	unknown	gnl|CDD|234587
NZ_CP006957.2|WP_006249687.1|2008474_2009215_+|YebC/PmpR-family-DNA-binding-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|234640
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NZ_CP006957.2|WP_006251788.1|2010582_2011863_-|UDP-N-acetylglucosamine-1-carboxyvinyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|236486
NZ_CP006957.2|WP_006251801.1|1990688_1991714_-|virulence-RhuM-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379118
NZ_CP006957.2|WP_040081102.1|1987525_1989592_-|oligopeptidase-A	unknown	unknown	gnl|CDD|182832
NZ_CP006957.2|WP_006251802.1|1989699_1990440_-|pyruvate-formate-lyase-1-activating-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|182994
NZ_CP006957.2|WP_006249692.1|2012265_2012589_-|STAS-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225655

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP006957.2|WP_006249685.1|2007010_2007886_+|DMT-family-transporter	gnl|CDD|274527	TIGR03340, phn_DUF6, phosphonate utilization associated putative membrane protein. This family of hydrophobic proteins has some homology to families of integral membrane proteins such as (pfam00892) and may be a permease. It occurs in the vicinity of various types of operons for the catabolism of phosphonates in Vibrio, Pseudomonas, Polaromonas and Thiomicrospira.	1.60254e-05
NZ_CP006957.2|WP_006249684.1|2006066_2006903_-|DUF72-domain-containing-protein	gnl|CDD|224714	COG1801, COG1801, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	1.89627e-57
NZ_CP006957.2|WP_040081108.1|1998079_1998991_+|lysine-exporter-LysO-family-protein	gnl|CDD|225287	COG2431, COG2431, Predicted membrane protein [Function unknown].	2.45408e-82
NZ_CP006957.2|WP_006249693.1|2012600_2013236_-|phospholipid-binding-protein-MlaC	gnl|CDD|237912	PRK15117, PRK15117, phospholipid-binding protein MlaC.	2.98733e-87
NZ_CP006957.2|WP_006251800.1|1991948_1994273_-|formate-C-acetyltransferase	gnl|CDD|153087	cd01678, PFL1, Pyruvate formate lyase 1. Pyruvate formate lyase catalyzes a key step in anaerobic glycolysis, the conversion of pyruvate and CoenzymeA to formate and acetylCoA. The PFL mechanism involves an unusual radical cleavage of pyruvate in which two cysteines and one glycine form radicals that are required for catalysis. PFL has a ten-stranded alpha/beta barrel domain that is structurally similar to those of all three ribonucleotide reductase (RNR) classes as well as benzylsuccinate synthase and B12-independent glycerol dehydratase.	0
NZ_CP006957.2|WP_040081110.1|1999145_2000912_+|aspartate--tRNA-ligase	gnl|CDD|234775	PRK00476, aspS, aspartyl-tRNA synthetase; Validated.	0
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NZ_CP006957.2|WP_040081105.1|1995935_1996805_-|protease-HtpX	gnl|CDD|235478	PRK05457, PRK05457, protease HtpX.	3.21745e-172
NZ_CP006957.2|WP_006249691.1|2011972_2012233_-|BolA/IbaG-family-iron-sulfur-metabolism-protein	gnl|CDD|227340	COG5007, COG5007, Predicted transcriptional regulator, BolA superfamily [Transcription].	6.49573e-28
NZ_CP006957.2|WP_006249689.1|2009938_2010517_+|crossover-junction-endodeoxyribonuclease-RuvC	gnl|CDD|234587	PRK00039, ruvC, Holliday junction resolvase; Reviewed.	1.48253e-90
NZ_CP006957.2|WP_006249687.1|2008474_2009215_+|YebC/PmpR-family-DNA-binding-transcriptional-regulator	gnl|CDD|234640	PRK00110, PRK00110, YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator.	8.68737e-158
NZ_CP006957.2|WP_006251799.1|1994362_1995187_-|formate-transporter-FocA	gnl|CDD|274951	TIGR04060, formate_focA, formate transporter FocA. FocA (formate channel A) forms a pentameric formate-selective channel through the plasma membrane. The focA gene is largely restricted to Proteobacteria and occurs adjacent to genes for pyruvate formate lyase (PFL) and the PFL activase, a radical SAM protein. FocA is homologous to a nitrite transport protein, NirC. [Transport and binding proteins, Carbohydrates, organic alcohols, and acids].	3.08333e-146
NZ_CP006957.2|WP_006253683.1|1995387_1995882_+|DedA-family-protein	gnl|CDD|224159	COG1238, COG1238, Predicted membrane protein [Function unknown].	1.17995e-25
NZ_CP006957.2|WP_040081106.1|1996892_1997957_-|DNA-polymerase-IV	gnl|CDD|235035	PRK02406, PRK02406, DNA polymerase IV; Validated.	0
NZ_CP006957.2|WP_006251788.1|2010582_2011863_-|UDP-N-acetylglucosamine-1-carboxyvinyltransferase	gnl|CDD|236486	PRK09369, PRK09369, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase; Validated.	0
NZ_CP006957.2|WP_006251801.1|1990688_1991714_-|virulence-RhuM-family-protein	gnl|CDD|379118	pfam13310, Virulence_RhuM, Virulence protein RhuM family. There are currently no experimental data for members of this group or their homologs. However, these proteins are implicated in virulence/pathogenicity because RhuM is encoded in the SPI-3 pathogenicity island in Salmonella typhimurium.	1.70637e-158
NZ_CP006957.2|WP_040081102.1|1987525_1989592_-|oligopeptidase-A	gnl|CDD|182832	PRK10911, PRK10911, oligopeptidase A; Provisional.	0
NZ_CP006957.2|WP_006251802.1|1989699_1990440_-|pyruvate-formate-lyase-1-activating-protein	gnl|CDD|182994	PRK11145, pflA, pyruvate formate lyase 1-activating protein.	0
NZ_CP006957.2|WP_006249692.1|2012265_2012589_-|STAS-domain-containing-protein	gnl|CDD|225655	COG3113, COG3113, Predicted NTP binding protein (contains STAS domain) [General function prediction only].	1.00834e-21

Protein sequences

>NZ_CP006957.2|WP_040081110.1|1999145_2000912_+|aspartate--tRNA-ligase
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>NZ_CP006957.2|WP_040081108.1|1998079_1998991_+|lysine-exporter-LysO-family-protein
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>NZ_CP006957.2|WP_040081106.1|1996892_1997957_-|DNA-polymerase-IV
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>NZ_CP006957.2|WP_040081105.1|1995935_1996805_-|protease-HtpX
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>NZ_CP006957.2|WP_006253683.1|1995387_1995882_+|DedA-family-protein
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>NZ_CP006957.2|WP_006251799.1|1994362_1995187_-|formate-transporter-FocA
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>NZ_CP006957.2|WP_006251800.1|1991948_1994273_-|formate-C-acetyltransferase
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>NZ_CP006957.2|WP_006251801.1|1990688_1991714_-|virulence-RhuM-family-protein
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>NZ_CP006957.2|WP_006251802.1|1989699_1990440_-|pyruvate-formate-lyase-1-activating-protein
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>NZ_CP006957.2|WP_040081102.1|1987525_1989592_-|oligopeptidase-A
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>NZ_CP006957.2|WP_006249687.1|2008474_2009215_+|YebC/PmpR-family-DNA-binding-transcriptional-regulator
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Self-targeting detection

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NZ_CP006957_1	1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder	536869-536918	50	NZ_CP006957.2	1400738-1400787	1	0.98
NZ_CP006957_1	1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder	536869-536918	50	NZ_CP006957.2	1151332-1151381	1	0.98

1. spacer 1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder matches to position: 1400738-1400787, mismatch: 1, identity: 0.98

tcccgtttaaaattatagtgcctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	CRISPR spacer
tcccgtttaaaattatagtgtctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	Protospacer
********************.*****************************

2. spacer 1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder matches to position: 1151332-1151381, mismatch: 1, identity: 0.98

tcccgtttaaaattatagtgcctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	CRISPR spacer
tcccgtttaaaattatagtgtctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	Protospacer
********************.*****************************

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP006957_2	2.3|1476333|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476333-1476365	33	NC_028766	Mannheimia phage vB_MhM_3927AP2, complete genome	11573-11605	0	1.0
NZ_CP006957_2	2.4|1476398|35|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476398-1476432	35	NC_028766	Mannheimia phage vB_MhM_3927AP2, complete genome	12446-12480	0	1.0
NZ_CP006957_2	2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476931-1476963	33	NC_028853	Mannheimia phage vB_MhS_535AP2, complete genome	31746-31778	0	1.0
NZ_CP006957_2	2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476931-1476963	33	NC_028743	Mannheimia phage vB_MhS_587AP2, complete genome	32721-32753	0	1.0
NZ_CP006957_1	1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder	536869-536918	50	NC_007800	Bibersteinia trehalosi plasmid pCCK13698, complete sequence	913-962	1	0.98
NZ_CP006957_2	2.2|1476265|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476265-1476300	36	NC_028743	Mannheimia phage vB_MhS_587AP2, complete genome	33087-33122	1	0.972
NZ_CP006957_2	2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476931-1476963	33	KP137439	Mannheimia phage vB_MhS_3927AP1, complete genome	33702-33734	1	0.97
NZ_CP006957_2	2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476931-1476963	33	NC_028956	Mannheimia phage vB_MhS_1152AP2, complete genome	33809-33841	1	0.97
NZ_CP006957_1	1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder	536869-536918	50	NZ_CP018033	Glaesserella parasuis D74 plasmid pD74, complete sequence	6036-6085	2	0.96
NZ_CP006957_1	1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder	536869-536918	50	NZ_CP054196	Glaesserella parasuis strain YHP170504 plasmid unnamed2, complete sequence	1676-1725	2	0.96
NZ_CP006957_1	1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder	536869-536918	50	NC_006829	Haemophilus parasuis plasmid pHS-Rec, complete sequence	8881-8930	2	0.96
NZ_CP006957_2	2.6|1476532|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476532-1476565	34	NC_028853	Mannheimia phage vB_MhS_535AP2, complete genome	37650-37683	2	0.941
NZ_CP006957_2	2.6|1476532|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476532-1476565	34	KP137439	Mannheimia phage vB_MhS_3927AP1, complete genome	39606-39639	2	0.941
NZ_CP006957_2	2.6|1476532|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476532-1476565	34	NC_028956	Mannheimia phage vB_MhS_1152AP2, complete genome	39713-39746	2	0.941
NZ_CP006957_2	2.1|1476197|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476197-1476232	36	KP137439	Mannheimia phage vB_MhS_3927AP1, complete genome	24113-24148	6	0.833
NZ_CP006957_2	2.1|1476197|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476197-1476232	36	NC_028956	Mannheimia phage vB_MhS_1152AP2, complete genome	24220-24255	6	0.833
NZ_CP006957_2	2.3|1476333|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476333-1476365	33	NC_020489	Rhodobacter phage RcapNL, complete genome	23186-23218	8	0.758
NZ_CP006957_2	2.3|1476333|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT	1476333-1476365	33	JF974309	Rhodobacter phage RcNL1, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 5 unordered pieces	23160-23192	8	0.758

1. spacer 2.3|1476333|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028766 (Mannheimia phage vB_MhM_3927AP2, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

cacggcacggcgttggaaagcggctgctgaaaa	CRISPR spacer
cacggcacggcgttggaaagcggctgctgaaaa	Protospacer
*********************************

2. spacer 2.4|1476398|35|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028766 (Mannheimia phage vB_MhM_3927AP2, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

tatctttttaaatcacggactaaacaccacagcgg	CRISPR spacer
tatctttttaaatcacggactaaacaccacagcgg	Protospacer
***********************************

3. spacer 2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028853 (Mannheimia phage vB_MhS_535AP2, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

gaccaccaagtacaagggtatacagttgatgaa	CRISPR spacer
gaccaccaagtacaagggtatacagttgatgaa	Protospacer
*********************************

4. spacer 2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028743 (Mannheimia phage vB_MhS_587AP2, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

gaccaccaagtacaagggtatacagttgatgaa	CRISPR spacer
gaccaccaagtacaagggtatacagttgatgaa	Protospacer
*********************************

5. spacer 1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder matches to NC_007800 (Bibersteinia trehalosi plasmid pCCK13698, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

tcccgtttaaaattatagtgcctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	CRISPR spacer
tcccgtttaaaattatagtgtctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	Protospacer
********************.*****************************

6. spacer 2.2|1476265|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028743 (Mannheimia phage vB_MhS_587AP2, complete genome) position: , mismatch: 1, identity: 0.972

cattgcttgcccagaaaatcatttttctttcagaaa	CRISPR spacer
cattgctcgcccagaaaatcatttttctttcagaaa	Protospacer
*******.****************************

7. spacer 2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to KP137439 (Mannheimia phage vB_MhS_3927AP1, complete genome) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

gaccaccaagtacaagggtatacagttgatgaa	CRISPR spacer
gaccaccaagtacaagggtatacagttgctgaa	Protospacer
**************************** ****

8. spacer 2.12|1476931|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028956 (Mannheimia phage vB_MhS_1152AP2, complete genome) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

gaccaccaagtacaagggtatacagttgatgaa	CRISPR spacer
gaccaccaagtacaagggtatacagttgctgaa	Protospacer
**************************** ****

9. spacer 1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP018033 (Glaesserella parasuis D74 plasmid pD74, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.96

tcccgtttaaaattatagtgcctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	CRISPR spacer
tcccgtttaaaattatagtgtctgtcagattaatttgagcttaaatactt	Protospacer
********************.*************************.***

10. spacer 1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP054196 (Glaesserella parasuis strain YHP170504 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.96

tcccgtttaaaattatagtgcctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	CRISPR spacer
tcccgtttaaaattatagtgtctgtcagattaatttgagcttaaatactt	Protospacer
********************.*************************.***

11. spacer 1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder matches to NC_006829 (Haemophilus parasuis plasmid pHS-Rec, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.96

tcccgtttaaaattatagtgcctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	CRISPR spacer
tcccgtttaaaattatagtgtctgtcagattaatttgagcttaaatactt	Protospacer
********************.*************************.***

12. spacer 2.6|1476532|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028853 (Mannheimia phage vB_MhS_535AP2, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

acacatcaaaacaaacaacgccacagacaaaggg	CRISPR spacer
acccatcaaaacaaacaacgccacagacaaagag	Protospacer
** *****************************.*

13. spacer 2.6|1476532|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to KP137439 (Mannheimia phage vB_MhS_3927AP1, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

acacatcaaaacaaacaacgccacagacaaaggg	CRISPR spacer
acccatcaaaacaaacaacgccacagacaaagag	Protospacer
** *****************************.*

14. spacer 2.6|1476532|34|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028956 (Mannheimia phage vB_MhS_1152AP2, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

acacatcaaaacaaacaacgccacagacaaaggg	CRISPR spacer
acccatcaaaacaaacaacgccacagacaaagag	Protospacer
** *****************************.*

15. spacer 2.1|1476197|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to KP137439 (Mannheimia phage vB_MhS_3927AP1, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.833

cagggacgacaattagtggtaatacaatcacggggg	CRISPR spacer
caggtacgacaattactggtaatacaattagtggcg	Protospacer
**** ********** ************.*  ** *

16. spacer 2.1|1476197|36|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_028956 (Mannheimia phage vB_MhS_1152AP2, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.833

cagggacgacaattagtggtaatacaatcacggggg	CRISPR spacer
caggtacgacaattactggtaatacaattagtggcg	Protospacer
**** ********** ************.*  ** *

17. spacer 2.3|1476333|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020489 (Rhodobacter phage RcapNL, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.758

cacggca----cggcgttggaaagcggctgctgaaaa	CRISPR spacer
----gcaaatttggcgtcgaaaagcggctgctgaaat	Protospacer
    ***    .*****.*.**************** 

18. spacer 2.3|1476333|33|NZ_CP006957|PILER-CR,CRISPRCasFinder,CRT matches to JF974309 (Rhodobacter phage RcNL1, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 5 unordered pieces) position: , mismatch: 8, identity: 0.758

cacggca----cggcgttggaaagcggctgctgaaaa	CRISPR spacer
----gcaaatttggcgtcgaaaagcggctgctgaaat	Protospacer
    ***    .*****.*.**************** 

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	803503 : 864078	74	Mannheimia_phage(17.95%)	tail,head,plate,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_2	965570 : 972354	9	Mycobacterium_phage(16.67%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_3	995547 : 1010860	14	Mannheimia_phage(36.36%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	1127865 : 1217631	51	Mannheimia_phage(45.45%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_5	1325293 : 1399039	59	uncultured_Mediterranean_phage(10.53%)	integrase,transposase,protease,tRNA	attL 1344043:1344058|attR 1402003:1402018
DBSCAN-SWA_6	1405693 : 1450244	53	Mannheimia_phage(46.67%)	head,transposase,terminase,holin	NA
DBSCAN-SWA_7	1453631 : 1462720	17	Mannheimia_phage(66.67%)	integrase	attL 1453399:1453413|attR 1469746:1469760
DBSCAN-SWA_8	1907689 : 2000912	97	Mannheimia_phage(63.46%)	plate,protease,transposase,head,portal,tRNA,tail,capsid,terminase,holin	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP006957|803503:864078|DBSCAN-SWA
ATCATTCTTCTAGCCGTAATGCTCTTGAAAAACTTTGTAAGCCGGTGGAGTTGCCACTTTTTGCCATTGCTTGTAACGCTTGGGTTGGGGCGTGTAGTAACTGGTTGGTGAGTTTGTAGCTTAGCTCACTTAATACTTTTTGGCTGTCTTGCCCTTGACTGATTGCTTGTAGGGCTTTCTCCAACAATTCTTGGCGGGTTTGCTCCGCATCTTGACGATAGCGTTTGATTAAATCGCTAGACTGCTGTTGTTTTAACCATTCAAAAAATGCTTTGCTTTCCTCTTTGACGATTTCAGCGGCTTGTTTGGCGGCTTCTTCACGCTGAGCCATATTGCGTTGGATAATATTTTGTAAATCATCAACACTATAAGCGTAAACGCCCTCTAAGTCGCCGGCTTTTTCGTCAATATCACGAGGAACGGCAATATCAATCAGCAAAAGTGGGTCAAATTGGCGTTGTTTTTGCGCAATTTCCACCATTTCTTTACTGATTAGGGTATCAGGGCTACCGGTGGAGCTAATAACTACATCAGCTTGGTTTAAACCGAGTTGCAAAGCACTTAACGACAGAATTTGCATTGGAGCGTTTAGTTTTTCCGCCAACATTTCCGCCCGAATATGGGTGCGGTTTGCCAACATTATATTTTTCGCCCCGTGTTGAATTAAATAGCGGGCGACTAATTCAATGGTTTCGCCTGCCCCTACCAGCAAAAAGCGTAACTTGCCAAAATTATCGAAAATTTGACGGGCTAAACCGCAAGCTGCATAAGCAACTGACACCGCTTGGCTGCCGATTTCGGTTTCGGAACGTACTCGTTTTGCGGTGGCAAAGGTGCGTTGGAACAAGCGTGATAGCTTGGTGAACATCGCTTTTTGCTGATGTTGGTAGAAATCTTCGCTATATTGATAGGCTTGTTTAACCTGCCCTAAAATTTGTGGTTCGCCTAAAATTAGTGAATCTAATCCGCTTGCCACTTTCATTAAGTGGTTAGCGGCTTCTAAATTTTGTTTAAAATATAAACATTCACGCAACTCGCTTTCATCAAGTTGATGAATTTGGGCAAACCAGCGGAAACATTGTTCACGCCATTGGATATTTTCCTCGCTCTCTTCACGGGGAGAAATATTAGGCTGGTGGAAGTAGAGCTCGGTGCGGTTGCAGGTAGAGAGAATGACCACGCTTTCAGCCAATCCGCTCGTTTGGATTTGTTCAAGAGCCAGTTTACGTTTGTCATCTACAAACGCCACTTTCTCTCTTAAACCCACAGAGGCGGTTTTATGGTTGATTCCTAAAGCTAAAATTGTCATTGCTACCCACAAAAATAAAGATCAAAATAAAAACGCAAGTATTTTAATCAAGAGCGTGAAGTCGTGCAAATGATTGTGTTGATAGGTTTGATTTATCACAAGGTTGCTACCTCTTAAGGAGTAAAGAGGATAAGATAACTTGGATTAAATTTTCGATTAGGGGTAAATTTTTTCTGAATTTCCACGTATAATAAAACTCCATTTTAAGCTGTACAAGCGGTCTAATTTCCACAAAAATTTACAAGGAGGCCTTATGGTAGCAATTCGTTATTCCCATCAACTTGAACCGAATAATTTTGAGTTGTCGAGTTGGTGTGCAAGCCTGAATATGTCTCCTGTGACTTTTGAGCAGATTCACAATGCGTGGAGTTATGCACAGGAAAAACTGGATACCGACTATAGTCTGATGTGGTATGGCATTGAGATGGTTGAAGTATTGCACGGCTTGAATATGGACGATGACAGCTTAGTTGCCGCAATGCTTTTTCCTCTGGTAAAACACAATGTGATCGACTTGGTGCAATTAAAAGAAGATTTCAGTAACGACATCAAAAACTTAGTTAAAGGCGTACTCGAAATGGAGAATATCCGCCAGCTTAGTGCCAATAATGTGTCGGATCTGCAAATCGACAATATCCGTCGCATGTTGTTGGCGATGGTGGACGATTTCCGCTGTGTGGTGATTAAACTTGCCGAACGAATTGCCTACCTGCGTGATAGTAACCACCATTCCGAAGAAGATACCGTTCTCGCCGCTAAAGAATGTTCTCACGTTTATGCACCGCTTGCCAATCGATTGGGTATCGGGCAGCTCAAATGGGAGCTGGAAGATTACTGTTTCCGCATTTTACACCCTGTCTCTTACACTCAAATTGCTAAATTTGAATTGGGCGAACGCCGTGTGGATCGTGAGCGTTATATTGCAAATTTTGTAGCAGATCTGACCGCTTGTTTAAGTCCTGAAATCAAGAATGTGCAGATTTATGGACGCCCGAAACATATCTACAGCATTTGGAAGAAAATGCAGAAAAAACGGTTGAGATTTAATCAGCTTTTCGATATTCGGGCAGTGCGGGTAATAGTGCCAACACTAGAAGATTGCTACACGGCATTAGGCATTATTCACACCAAATATACCCATTTGCCGGAACATTTTGATGATTATATTGCTAACCCGAAACCTAACGGCTATCAATCATTACACACCGTTGTATTAGGCGAGGGCGATAAAACCATCGAAGTGCAAATTCGCACCCAGCAAATGCACGATGATGCCGAGCTTGGGGTGGCGGCTCACTGGAAATACAAAGAGGGAGCAACCGCAGGGCGTTCGGGCTACGAAGAAAAAATTGTCTGGTTGCGTAAACTCCTTGAGTGGCAAAATGATCTTGCCGATTCGGGCGATATGGTGGCGGAAATGCGGTCGCAAATTTTTGATGATCGTGTTTATGTTTTTACCCCGAGAGGTGAGGTGATCGATTTACCGCAAAAAGCTACGCCGCTTGATTTTGCTTATGCAATTCATAGTGAAATCGGGCATCGTTGCATTGGAGCAAAAGTGGCAGGGCGGATTGTGCCATTCACTTATCATCTGCAAATGGGCGATCAGGTTGAAATTATCACCCAAAAAGAGCCGAACCCAAGCCGAGATTGGCTCAATCCGAATACCGGTTTTGTGAATACAGGCAAAGCTCGCTCAAAAATTATTGCGTGGTTTAAAAAATTAGACCGAGAGAAAAATATTCCAATCGGCAAAGAGGCCCTTGAAGCCGAAATGGAAAAATTCGGTTTTACGCTCAAGCAAATTGAAGAATATGCTCTGCCTCGCTATAACTTAAAACAGTTTGATGATCTCTATGCCGGTATTGGCGGTGGCGATATTCGTCTTCATCAGTTAATGCACTTCTTGCAATCAAAATTAATTAAACCGACCGCCGAACAAGAAGACGAAGCGGTACTTAAACAGGTGAATAAAAACACCAATCAGCCGAAGCCAAGCAAAGGCTATGTGATTGTAGAGGGCGTAGGGAACTTAATGCATTCCATTGCCCGTTGCTGCCAGCCGATTCCGGGTGATGAAATCGTGGGTTACATCACACAAGGCAGAGGGATTTCGATTCACCGTGCAGATTGTGAGCAACTGTTTGAATTACAAAGTCTCAACCCAGAACGAGTTGTGGAGGCGGATTGGGGCGAAGGCTATACCTCTGGTTTAAGCTTAACCATTCGAGTGATTGCCAATGACCGCAACGGCTTACTGCGAGATGTCAGTGCAATTATGGCAAATGAAAAAGTAAACGTGTTAGGCGTTTCCAGCCGAACCGATGTGAAACGTAGCCTTGCCACCATTGATATGGAAATTCAGCTTAACAACGTTGAAATTTTGAATAAATTATTGGCTCGTATCGCTCAATTAGATGATGTTATCGAAGCAAAACGGCTTTCGAGTTAATCTACAAGCGGTTGTTTTTGCTAAACAATTTACAAACAACGAATGAGTATCCGCATAATTACGGCGTAGGGGCGAAAAATCTTTCGCCCTTATCAGTCATTAGATAAAGAGAAACAAAATGAAAAAATTAGTGATTTTAGGTTCAACAGGTTCTATCGGTAAAAGCACTTTATCGGTAGTTGAGCATAACCCAAACCAATATGAGGTGTTTGCGTTAGTTGGTGGAAAGAATGTTGAATTAATGCTGGAGCAATGTCGTCAATATCAGCCGACTTTTGTGGCAATGGATGATGAAAAATCCGCACAAGCATTAAAAACGGCATTGGCAACTTTGGGGTCTAAAACTGAAGTGTTAGCCGGTCAAGCAGCTATTTGTGAGCTTGCTGCACATTCCGAAGTGGATATGGTAATGGCTGCTATTGTAGGAGCAGCAGGGTTATTACCGACACTTTCTGCGGTGAAAGCGGGTAAAACCGTATTGTTGGCAAATAAAGAATCGCTGGTAACCTGTGGGCAAATTTTTATTGATGAGGCTCGTAAATCCGGTGCGAAGCTCTTACCGGTAGATAGTGAACACAATGCGATTTTCCAATCGCTTCCACCGGAGGCACAGCAAAAAGTCGGGTTTTGTCCACTCGCTGAACTGGGTGTCAGTAAAATTATTTTAACAGGATCGGGTGGACCGTTCCGTACTAAGCCATTAAATGAATTTGATGCGATTACACCGGCTCAAGCAGTTGCTCACCCCAATTGGTCTATGGGTAAGAAAATTTCAGTCGATTCAGCCACAATGATGAACAAAGGCTTGGAGTATATTGAAGCCCGCTGGTTGTTTAATGCAACAGCCGAGGAAATGGATATCATCATTCACCCACAATCAATTATTCATTCGATGGTGCGTTATATTGATGGCTCGGTGATTGCTCAAATGGGCAACCCGGATATGTGTACGCCGATTGCTCACACGATGGCATATCCAAACCGAATTAATGCTGGTGTGCCACCATTAGATTTCTTTAAATTAAAAGAGCTAACCTTTATCGAGCCGGATTTTGCCCGTTACCCGAACTTAAAATTAGCGATTGAGGCTTTTGCAGAAGGACAGTATGCGACAACAGCGATGAATGTCGCCAATGAAATTGCCGTTGAGGCGTTTTTAAACGAGCAAATCCGCTTTACGGATATTGTGAACGTGAATAGAACGGTGGTGGAAAATATTGCTCCAATTCAAGTCAGTGA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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_006249641.1|826693_827230_-|plate	phage baseplate assembly protein V	NA	NA	NA	NA
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WP_040080718.1|832122_832425_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_006249658.1|839633_840911_-|head	phage head morphogenesis protein	J9STS2	Pseudomonas_phage	1.3e-55	48.6
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WP_006249661.1|842476_844033_-	hypothetical protein	A0A2I7S9C5	Vibrio_phage	1.4e-160	60.2
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WP_006249667.1|845780_846050_-	DUF2644 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_006249668.1|846052_846562_-	glycoside hydrolase family 108 protein	A0A0M3LSH2	Mannheimia_phage	1.1e-56	66.2
WP_006249669.1|846697_847057_-	transcriptional regulator	Q6QIE8	Burkholderia_phage	1.1e-23	45.1
WP_040080726.1|847221_847764_-	hypothetical protein	F6MIJ5	Haemophilus_phage	1.0e-41	54.8
WP_040080728.1|847750_848296_-	DUF1018 domain-containing protein	A0A2I7S9B8	Vibrio_phage	2.0e-16	33.7
WP_040080729.1|848438_848738_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_021279591.1|848759_848942_-	hypothetical protein	A0A0M3LSN0	Mannheimia_phage	2.0e-18	76.7
WP_040080733.1|849144_849342_-	ANR family transcriptional regulator	A0A0M3LSH0	Mannheimia_phage	1.3e-10	80.0
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WP_040080735.1|849641_850169_-	host-nuclease inhibitor protein Gam	F6MIJ0	Haemophilus_phage	7.6e-50	61.3
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WP_040080739.1|850611_850923_-	hypothetical protein	F6MII9	Haemophilus_phage	2.7e-26	57.9
WP_040080740.1|850925_851843_-	AAA family ATPase	M4M9P4	Vibrio_phage	5.4e-67	45.2
WP_040080741.1|851899_853924_-	endonuclease	A0A2P9JZG7	Alteromonadaceae_phage	1.7e-126	43.7
WP_006252464.1|853937_854201_-	HTH domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_006252465.1|854324_855131_+	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_006251064.1|855887_856085_+	hypothetical protein	Q9JMN3	Wolbachia_phage	6.2e-05	51.1
WP_032844913.1|856171_856639_+	thioredoxin-dependent thiol peroxidase	NA	NA	NA	NA
WP_006251062.1|856638_857187_+	D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_006251061.1|857191_858031_+	NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF	A0A2I7SAX1	Vibrio_phage	3.3e-39	37.8
WP_006251060.1|858222_859356_+	anhydro-N-acetylmuramic acid kinase	NA	NA	NA	NA
WP_040080742.1|859352_860411_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_006248303.1|860493_860955_+	nuclear transport factor 2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006251360.1|860967_861861_+	N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase	NA	NA	NA	NA
WP_006251359.1|861946_862891_-	50S ribosomal protein L3 N(5)-glutamine methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_006248307.1|862983_863529_+	endonuclease SmrB	NA	NA	NA	NA
WP_006251356.1|863592_864078_+|tRNA	YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP006957|965570:972354|DBSCAN-SWA
TATGACAGAAAAATCGCAGTTAAACTTTAATTACCAACCTTCGAATAATCATGCTAATGCTCAGACGATGATCTTCTTACATGGATTGTTTGGAGATTTAAATAACCTAGGCGCAATAGCAAAACCGTTCGCAGAACGTTACTCCATTTTAATGGTTGATCTCAGAAATCACGGGCGATCTTTTCATTCAGACGAAATGAATTATGCTTTGATTGCACAAGATTTAGCACAATTACTCACAGAATTAAATATCCAAAATGCTATTGTGGTTGGGCATTCAATGGGCGGAAAAAGTGCGATGGCATTGGCTGCATTTGCTCCTGAACTGGTGGAGAAATTGGTAGTGATTGATATTGCCCCGGTCACTTATACCCAAAATCGGCATCAGCAGGTTATGGCAGCCTTATTTGCGGTGAAAGAAGCTAAACCCCAGAATCGTCAGCAAGCTAAAGCGATAATGGCTGAATATATTCGAGATGAAGGCGTGCAACAGTTTATGTTGAAATCTTTTGATGCCCAAAGCGAGCAATCTTTCCGTTTTAATTTACAGGCGCTAAAAGATAATTATCAGAATGTGATGGGGTGGCAGCAGGTATTTGTGGATAAACCGACCTTGTTTATTAAAGGTGCATTATCGGATTATATTCAAGCAGAGCATACACAAACGATTTTGGCACAATTTCCGCAGGCCAAATCTTTCATTGTGGCAAACGCTGATCACTGGGTTCACGCAGAAAAAACAGAAACTGTTGTGAGAGCAATCAATAAATTTTTAGAAAAATAAGGGAGAAAAATGCAAAGAGATACATTATTTTCCGCTCCGATTGAGAAATTGGGCGATTTTACTTTTGATGAATCGGTTGCTGAAGTGTTTTCGGATATGATCCAACGCTCCGTGCCGGGCTATTCCAATATTATTACTGCTATTGGAATGTTGGCGGAGCGTTTTGTCACAGATAATTCAAATGTTTATGATTTAGGTTGTTCACGAGGCGCAGGGATTTTATCTATTCGCCGTAATGTGAATGCGAAGAATGTGCAGATTATCGGGGTAGATAATTCTCAGCCGATGGTTGAGCGTTGTAAAACCCATTTAAGTGCTTATCACTCTGAGATCCCGGTGACGATTTTACTTGATGATATTCGCCACATTGAAATTAAAAATGCTTCAATGGTGGTACTTAATTTCACCTTGCAATTTTTACCAAGAGAAGATCGCCTAGCATTATTACAGAAGATTTATCAAGGATTAAATGCCAATGGCATTTTAGTGTTATCGGAAAAATTTACCTTTGAGAGTGAGGAAATGAACGAGCTATTGATCGACCTTCATCACACATTCAAACGAGCAAATGGCTACAGTGAATTGGAAGTCAGCCAAAAGCGTAATGCTTTGGAAAATGTGATGCGAACAGATAGTATTGAAACCCATAAAAAACGTCTGCAAGAAGCTGGTTTTACACAAGTTGAACTTTGGTTTCAATGCTTTAATTTTGGCTCAATGATTGCAATTAAAGCCTAACAAGCGGTGATATTTGTAAAATTTTTTGCAAATTCTTGATAAAAAGCAACCGCTTGCATTCTATCTATTTCTTTATAATAAAAGTCAGTTAGAATCAGTTATAATGCACCACTACTTATTTAGGAGGAAAAAGGTATGGCAACGATAAAAGATGTCGCAAAATATGCTGGTGTATCGACTACAACGGTTTCTCACGTTATAAACAAAACTCGCTTTGTAGCAGAGGACACTACAAAAGCAGTTTGGGAGGCTATTAAAGCGCTGAACTATTCTCCTAGTGCTGTAGCGCGGAGTTTGAAAATTAATACGACTAAATCTATCGGTATGATCATTACAACCAGCGAATCACCGTTTTTCGCTGAAATTGTGTTAGCGGTAGAGGAATTTTGCTATAGCAAAGGGTATTCACTATTTTTGTGCAATACTCAAAACAAACTTGAGAAAATTCAAAATCATTTAGATATGCTCATCAAAAAACGGGTTGATGGCATTTTGGTGATGTGCTCCGAATATACAGCTAATTCATTTGATATCTTTGAAAACAGCAATCTCCCAATAGTGATTATGGATTGGGGACGAAGTGATGAACGCAGTGATATTATTTTAGATCACGGTGTTGAAGGCGGCTATATTGCGACTCAGCATTTAATTGAAAACGGGCATCAAGATATTGCTGTAATTACCGGCAATAGAGATAAAGAAATTTCAAGAACCCGTTTTGAAGGTTTTAAAAAAGCGCTATCTGAGGCGGGTTTGTCTATTCGTGAAGAATGGATTCAAGAAGGCGATTTTGAACCTGAGGGGGGGTATGAGTGTATGAATAATTTGCTTAAGAGCAGTGAAAAATTACCAACCGCGGTTTTTTGTTTTAATGACTCAATGGCACTAGGGGCAATTTCAGCTATTACCGAAAAAGGGCTGAATGTGCCGCAAGATATTTCAGTGATCGGGTATGATAACGTGCATAGCTCACGCTTTTATGCACCGCCTCTTACGACAATCCATCAGTCAAAATCTCGCTTAGGCTCGGCAGCATTAGAATTATTATTAGAACGTATTGAAGATAACGAAAACGCAAAAGAGCCTAAAGTATTAGAGTTCTTTCCTGAATTGGTCAAACGTAAATCGGTTCGGAATTTAAACATTAAGGAGTAATATGGAAACGTTGATTGAATTTTTTAGTAGCTATGGTTATTGGGCTGTTTTTCTTGTGCTACTTGCCTGTGGTTTCGGTGTGCCGATTCCTGAAGATATTACGTTAGTATCCGGTGGTGTTATTTCAGGATTAGGCTACACCAATGTGCATTGGATGCTGGTTGTTAGTATGTTAGGAGTATTAGTTGGCGATAGCACAATGTACTGGCTAGGTAGAATCTATGGCGAAAAAATTCTCAAATTTCCATTAATCAGGAATGTTGCGACACCTGAACGTTTTGCAACCGTGCAAGAACGTTTTGAAAAACAAGGATGGAAACTACTTTTTATGGCTCGTTTTTTACCTGGCTTGCGCGCGGTGGTTTACTTAGTTTCAGGTATTACCAGAAAAGTCAGCTTCGTAAAATTTTTATTAGTTGATTTCTGTGCCGCTATTATCTCTGTGCCAATTTGGGTTTATTTAGGCGACTATGGGGCATCTAATTTGGATTGGCTAAAAGAACAAGTAGCTAATGGGCAGCACCTCATTTTTGCCATTTTAGGCATTGTTATTCTATTTTTAGGCTGGAAATGGTATAAAAATAAAAAGCAGTATAAAAAGTGAAACAAAAGACGAGCATTTCATCTTAAAAAGATATAATAGCAAAACAGTTGGTAAGAATAATTATAAATATCCATTACCAACTGTTTTTTTGAACTATATTTTAACTTAAAAAATTAGGTTTAACTGTGTCACTTTTTCTTGAAGAAGAACGAAATAACAGTAAGTACTAAAAAGACAAAAAAGAGAATTTTGGCAATTTCAGTAGCACTTCCCGCAATACCACCAAATCCTAATAGCGCTGCGATTATAGCGATGACAAAAAATACGACTGCATAATGTAACATAGTTATACTCCTTACTGTGTAATAAACTGATTAAAAACTAACATAGTTAATGTATGATTGCAAGGCATGTACTATATTAATCTTGATTAATCCGACTTGAAATGGCACTTTGCTGGTTCTTATATTTTGCATCTTTTCGCGCATTATAGGGTTTTGCAGCATCACCACTTAAAATCTCAAAGCTTAATGCGCCAATTGCCATATTAGGGCGTAAAGCTAGGGGTAATTTTCCTGCATTAAAAAATTCCAATACAATTTTGCCTTCCCAACCTGGGTCGATTCTGTGGGCGGTAACGTGTACCATTAAGCCTAATCTAGCAAGTGACGAACGACCATCTAACCATCCAACAATATTGGCTGGTAAGGAAACTGATTCAAGGGTTGTTGCGAGTGCAAGGTCACCGGGATGAAGGAAAAATGCTTCATCATCACCGATGATAATTTCATCACTCATCACTTTATTTAACTGGGCGGCAACTTCTTCTCGAGGGCCACTTAAATCAATATAGGGCGTTTTATGTTCACGAAATACACGAAACGAATTACCTAAACGCACATCTGCAGTGGCGCCAGAAATTTTATCGTCTGAAGGTCGAGGCGTTATGGCAATAATACCTTCATCTAAGTAACGTTTAATATCTGTATCACATAAACGCATATTTAGCTCCTATTTTATTTTAGTAATTGCTTAATTTGTGCTTTAAGAATATCAATGGCAATACGGTTTTTGCCACCTTTTGGCACAATAATATCAGCATATTGTTTAGAGGGTTCGATAAATTGTAAGAACATTGGGCGAACGGTTTTGCGATATTGACTAATCACTGATTCCATCGAACGTCCACGTTCCACCATATCACGTTGTAATCGGCGGATAAAGCAGATGTCCAGAGGAGCATCTACGAAAATAGAAACATTAATTTCATTGCGAATATTCTCATCTGTCAGCAATAAAATACCTTCTAAAATAATGATTTTCTTTGGTTCAAAGTGCTTCGTGGTCGTTTTACGATTATGTTCGGTATAGTCATATTCTGGAATTTCAATCGCATTACCTTGTTTTAATTGGCGTAAATGTTCAACCAATAAATGATGATCCATTGAATTAGGGTGATCGTAATTGGTTTTAATCCGTTCTTCCATTGTTAGATGAGATTGATCTCTATAATAAGCATCTTCGGAAATAATACCGATATTATCTGTTCCCAATTCATTTTTGAGTTCTTTATAGATGGTTGAGGCAATCAGGCTCTTACCTGAGGCAGATGCGCCGGCAATCGCAATGACAACGCAAGATGAAGTCTGGCTAGTATCAGTCATAAAAAATTTCCTATTCAGTCAAAAGAGTATTCGATAAATTATACCGAAGTTTTGCAAAATTTTCTGTATAATTGACCGCTTGTTATGCGATTTTGGAGAAAAAATGGATATTTTCATTCAAGGATTTATAGTGTGTTTTGGCTTAATTGTCTCTATTGGCGCACAAAATGCCTTTTTATTAAAGCAAGGGATTTTAAAACAACACATATTTTGGATTGCATTGCTCTGTTTTTTAGGTGATGTATTTTTAATGACGATAGGTGTGCTAGGCTTAGGCACGTTAATTGCGGAATTGCCTGTTGTAAGTTTCATTATTTCGCTTTTAGGGGCCATTTTTCTATTAAGCTACGGTAGCCGTTCATTTATCAGCGTATTTAAAAGTGGTGAATACCTTGTGGCAAGTGGAGAGAATGCAACGAGCTTAAAAAAGGCTTTACTGATTACCTTTGCGATTACATTCTTAAATCCTCACGTTTATATTGATACGGTTGTGATTGTAGGCAGTATCGGTGGGAAATTAGATTTTAACGGTAAAATATACTTTTTAGCAGGTGCATTACTTTGCTCATTTATTTGGTTTTTTGGCATAGGTTATGGAGCAAGCTTACTTTCCCCTTATTTTGCAAAGCGAAGAACTTGGCAAATTTTAGATGCTGTTACCGGGCTAATTATGTACTTTATCGCTTTTAGTTTACTGATTTATACTTATCAACTTGCTCTGCAAATTTTCTAGTGGAGTTTAAATTTTTTCATTGATGAATGACGGGCTTTTTTGCTATATTAGTAGCAATGTTCGAACTATAAAATGTGCTTATTTTTGAATAATTTTATTTTAACGGATTCTTTTATGTTTAAAAAATTTTTAGGATTATTTTCAAACGATCTTTCTATCGATCTCGGGACAGCAAATACACTGGTTTATGTTAAAGGTCAAGGTATTGTGCTAGATGAACCCTCAGTGGTTGCTGTACGTCAAGATCGTATGGGATCGCTAAAAAGTATTGCGGCGGTAGGCTCACATGCAAAATTAATGCTAGGCCGTACACCAAAAAGCATAATGGCGATTCGTCCAATGAAAGATGGTGTCATTGCGGATTTTTTTGTAACAGAAAAAATGTTGCAACACTTTATTAAACAAGTACATAGTAATAACTTTATGCGCCCAAGCCCTCGTGTATTAGTGTGCGTGCCAGCAGGTGCAACACAAGTGGAACGCCGTGCAATTAAAGAATCTGCAATTGGAGCAGGAGCGCGTGAAGTCTATTTAATTGAAGAGCCAATGGCGGCTGCAATCGGTGCAGGTTTGCCGGTTCACGAAGCAATGGGGTCAATGGTAATTGACATTGGTGGCGGTACAACCGAAGTGGCAGTGCTTTCTTTAAACGGCATTGTGTATTCAACTTCTGTGCGTATTGGTGGTGATAAGTTAGATGAAGCTATTATTGCTTATGTACGTCGTCATTTTGGTTCTGCTATTGGTGAAGCAACGGCAGAGCGAATTAAACAAGAAATTGCTAGTGCTAAGATTGAATCCGATGATGATGTTAAAACAATGGAAGTACACGGACACAATTTAGCTGAAGGCGCTCCTCGTACTTTCGAGCTTAACTCAAGACATGTATTAGAAGCAATTGAACAACCATTAAATGGTATTGTAGAGGCAGTTAAATCAGTCTTAGAGCAATGCCCACCTGAATTGGCAGCAGACATTTTTGAGCGCGGTATGGTGTTAACAGGAGGTGGTGCATTATTACATAATTTAGATCGTTTACTTTCTGATTCAACTGGCGTGCAAGTCGTAGTAGCAGAAGATCCATTAACTTGTGTAGCTCGTGGTGGTGGTAAAGCATTAGAAATGATCGATATGCACGGTGGTGATGTATTTAGTATTGATGATTAA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP006957|965570:972354|968247_968850_+|WP_006248950.1|DBSCAN-SWA
METLIEFFSSYGYWAVFLVLLACGFGVPIPEDITLVSGGVISGLGYTNVHWMLVVSMLGVLVGDSTMYWLGRIYGEKILKFPLIRNVATPERFATVQERFEKQGWKLLFMARFLPGLRAVVYLVSGITRKVSFVKFLLVDFCAAIISVPIWVYLGDYGASNLDWLKEQVANGQHLIFAILGIVILFLGWKWYKNKKQYKK
>NZ_CP006957|965570:972354|967226_968246_+|WP_040080774.1|DBSCAN-SWA
MATIKDVAKYAGVSTTTVSHVINKTRFVAEDTTKAVWEAIKALNYSPSAVARSLKINTTKSIGMIITTSESPFFAEIVLAVEEFCYSKGYSLFLCNTQNKLEKIQNHLDMLIKKRVDGILVMCSEYTANSFDIFENSNLPIVIMDWGRSDERSDIILDHGVEGGYIATQHLIENGHQDIAVITGNRDKEISRTRFEGFKKALSEAGLSIREEWIQEGDFEPEGGYECMNNLLKSSEKLPTAVFCFNDSMALGAISAITEKGLNVPQDISVIGYDNVHSSRFYAPPLTTIHQSKSRLGSAALELLLERIEDNENAKEPKVLEFFPELVKRKSVRNLNIKE
>NZ_CP006957|965570:972354|965570_966353_+|WP_031200389.1|DBSCAN-SWA
MTEKSQLNFNYQPSNNHANAQTMIFLHGLFGDLNNLGAIAKPFAERYSILMVDLRNHGRSFHSDEMNYALIAQDLAQLLTELNIQNAIVVGHSMGGKSAMALAAFAPELVEKLVVIDIAPVTYTQNRHQQVMAALFAVKEAKPQNRQQAKAIMAEYIRDEGVQQFMLKSFDAQSEQSFRFNLQALKDNYQNVMGWQQVFVDKPTLFIKGALSDYIQAEHTQTILAQFPQAKSFIVANADHWVHAEKTETVVRAINKFLEK
>NZ_CP006957|965570:972354|969210_969792_-|WP_006248952.1|DBSCAN-SWA
MRLCDTDIKRYLDEGIIAITPRPSDDKISGATADVRLGNSFRVFREHKTPYIDLSGPREEVAAQLNKVMSDEIIIGDDEAFFLHPGDLALATTLESVSLPANIVGWLDGRSSLARLGLMVHVTAHRIDPGWEGKIVLEFFNAGKLPLALRPNMAIGALSFEILSGDAAKPYNARKDAKYKNQQSAISSRINQD
>NZ_CP006957|965570:972354|968978_969134_-|WP_032844580.1|DBSCAN-SWA
MLHYAVVFFVIAIIAALLGFGGIAGSATEIAKILFFVFLVLTVISFFFKKK
>NZ_CP006957|965570:972354|971301_972354_+|WP_006248955.1|DBSCAN-SWA
MFKKFLGLFSNDLSIDLGTANTLVYVKGQGIVLDEPSVVAVRQDRMGSLKSIAAVGSHAKLMLGRTPKSIMAIRPMKDGVIADFFVTEKMLQHFIKQVHSNNFMRPSPRVLVCVPAGATQVERRAIKESAIGAGAREVYLIEEPMAAAIGAGLPVHEAMGSMVIDIGGGTTEVAVLSLNGIVYSTSVRIGGDKLDEAIIAYVRRHFGSAIGEATAERIKQEIASAKIESDDDVKTMEVHGHNLAEGAPRTFELNSRHVLEAIEQPLNGIVEAVKSVLEQCPPELAADIFERGMVLTGGGALLHNLDRLLSDSTGVQVVVAEDPLTCVARGGGKALEMIDMHGGDVFSIDD
>NZ_CP006957|965570:972354|970557_971187_+|WP_006248954.1|DBSCAN-SWA
MDIFIQGFIVCFGLIVSIGAQNAFLLKQGILKQHIFWIALLCFLGDVFLMTIGVLGLGTLIAELPVVSFIISLLGAIFLLSYGSRSFISVFKSGEYLVASGENATSLKKALLITFAITFLNPHVYIDTVVIVGSIGGKLDFNGKIYFLAGALLCSFIWFFGIGYGASLLSPYFAKRRTWQILDAVTGLIMYFIAFSLLIYTYQLALQIF
>NZ_CP006957|965570:972354|966362_967091_+|WP_006252001.1|DBSCAN-SWA
MQRDTLFSAPIEKLGDFTFDESVAEVFSDMIQRSVPGYSNIITAIGMLAERFVTDNSNVYDLGCSRGAGILSIRRNVNAKNVQIIGVDNSQPMVERCKTHLSAYHSEIPVTILLDDIRHIEIKNASMVVLNFTLQFLPREDRLALLQKIYQGLNANGILVLSEKFTFESEEMNELLIDLHHTFKRANGYSELEVSQKRNALENVMRTDSIETHKKRLQEAGFTQVELWFQCFNFGSMIAIKA
>NZ_CP006957|965570:972354|969806_970454_-|WP_006248953.1|DBSCAN-SWA
MTDTSQTSSCVVIAIAGASASGKSLIASTIYKELKNELGTDNIGIISEDAYYRDQSHLTMEERIKTNYDHPNSMDHHLLVEHLRQLKQGNAIEIPEYDYTEHNRKTTTKHFEPKKIIILEGILLLTDENIRNEINVSIFVDAPLDICFIRRLQRDMVERGRSMESVISQYRKTVRPMFLQFIEPSKQYADIIVPKGGKNRIAIDILKAQIKQLLK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_031200389.1|965570_966353_+	alpha/beta fold hydrolase	G1DB77	Mycobacterium_phage	1.3e-05	36.4
WP_006252001.1|966362_967091_+	carboxy-S-adenosyl-L-methionine synthase CmoA	H9YRL8	environmental_Halophage	1.2e-21	29.1
WP_040080774.1|967226_968246_+	HTH-type transcriptional repressor PurR	C6ZCU4	Enterobacteria_phage	7.4e-33	32.6
WP_006248950.1|968247_968850_+	DedA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_032844580.1|968978_969134_-	DUF1328 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_006248952.1|969210_969792_-	dCTP deaminase	I4AZP2	Saccharomonospora_phage	5.9e-27	38.4
WP_006248953.1|969806_970454_-	uridine kinase	A0A1V0SAA3	Catovirus	4.7e-33	36.6
WP_006248954.1|970557_971187_+	amino acid transporter	NA	NA	NA	NA
WP_006248955.1|971301_972354_+	rod shape-determining protein	F2Y2E1	Organic_Lake_phycodnavirus	1.2e-06	22.1

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP006957|995547:1010860|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_040080780.1|998445_999153_+	hypothetical protein	A0A1X9SFH6	Acinetobacter_phage	1.8e-33	45.5
WP_132303704.1|999155_999452_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006252060.1|999451_1000339_+	hypothetical protein	A0A220NQG9	Acinetobacter_phage	3.3e-45	35.8
WP_006252669.1|1000328_1000991_+	hypothetical protein	A0A2R3UAK1	Myoviridae_environmental_samples	2.1e-36	42.0
WP_006252062.1|1000994_1001345_+	hypothetical protein	A0A2R3UAP1	Myoviridae_environmental_samples	1.7e-13	39.5
WP_040080782.1|1001341_1002538_+	bacteriophage protein	K4I3B4	Acinetobacter_phage	1.4e-62	36.6
WP_040080783.1|1002534_1003155_+	DUF2612 domain-containing protein	A0A220NQG4	Acinetobacter_phage	4.8e-27	37.2
WP_052437186.1|1003227_1006176_+	hypothetical protein	A0A0M3LS19	Mannheimia_phage	0.0e+00	99.1
WP_040080784.1|1006176_1006812_+	DUF4376 domain-containing protein	A0A0M3LRX2	Mannheimia_phage	4.2e-119	99.5
WP_040080785.1|1006780_1007047_+	hypothetical protein	A0A0M3LNN9	Mannheimia_phage	9.2e-36	84.3
WP_006247813.1|1008001_1010860_+	DNA polymerase I	A0A218MKQ4	uncultured_virus	8.0e-69	30.6

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP006957|1127865:1217631|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_031200289.1|1132824_1135107_+	DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2	NA	NA	NA	NA
WP_006252583.1|1135119_1135428_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_096877062.1|1154538_1154751_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_096877063.1|1154751_1155231_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_021280516.1|1157244_1158534_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_006248589.1|1161422_1163693_+	ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	I3UMG3	Colwellia_phage	2.8e-298	66.8
WP_006251591.1|1163719_1164850_+	ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta	G9IAA3	Pseudomonas_phage	1.1e-167	76.5
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WP_040080826.1|1168474_1169515_-|transposase	IS481 family transposase	A0A0M3LS26	Mannheimia_phage	1.2e-200	99.4
WP_006248581.1|1171087_1171984_+	acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_040080827.1|1171993_1173295_+	bifunctional tetrahydrofolate synthase/dihydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_021280365.1|1173401_1174598_-	aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_040080828.1|1174699_1176667_-|tRNA	tRNA(Met) cytidine acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_040080829.1|1176748_1177231_-	rRNA maturation RNase YbeY	NA	NA	NA	NA
WP_040080830.1|1177248_1177704_-	molybdopterin synthase catalytic subunit MoaE	NA	NA	NA	NA
WP_006248610.1|1177705_1177951_-	molybdopterin synthase sulfur carrier subunit	NA	NA	NA	NA
WP_006248611.1|1177943_1178420_-	cyclic pyranopterin monophosphate synthase MoaC	NA	NA	NA	NA
WP_006248612.1|1178920_1179946_-	GTP 3',8-cyclase MoaA	NA	NA	NA	NA
WP_040080831.1|1180254_1182006_+	ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_040080832.1|1182147_1183263_+	nitrate reductase	NA	NA	NA	NA
WP_015484638.1|1183480_1185967_+	trimethylamine-N-oxide reductase TorA	NA	NA	NA	NA
WP_061888629.1|1186107_1186332_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_040080833.1|1188038_1189079_-|transposase	IS481 family transposase	A0A0M3LS26	Mannheimia_phage	3.0e-199	99.1
WP_040081421.1|1189242_1189392_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006252261.1|1190580_1190874_-	YfcZ/YiiS family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_006248320.1|1192700_1192970_-	DUF1040 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006248319.1|1193056_1194151_+	molybdenum cofactor guanylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_040080835.1|1194205_1198402_-	autotransporter domain-containing protein	Q9LA58	Enterobacterial_phage	8.1e-94	43.0
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_006250932.1|1326506_1326647_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006250931.1|1326740_1327313_+	DUF1439 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_006250930.1|1327414_1327633_+	cold shock domain-containing protein CspD	A0A1X9IGI9	Lactococcus_phage	3.6e-14	58.5
WP_006250929.1|1327723_1328638_+	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_040080863.1|1328752_1329613_+	arabinose operon transcriptional regulator AraC	NA	NA	NA	NA
WP_040080864.1|1329799_1330789_+	substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_040080515.1|1330810_1331464_+|transposase	IS1595 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_006249432.1|1331551_1333042_+	sugar ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	5.0e-14	26.3
WP_006249433.1|1333025_1333985_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_006250925.1|1333987_1334938_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_040080865.1|1334950_1336546_+	FGGY-family carbohydrate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_006249436.1|1338013_1338283_+	sulfurtransferase-like selenium metabolism protein YedF	NA	NA	NA	NA
WP_006249437.1|1338382_1338727_+	VanZ family protein	NA	NA	NA	NA
WP_040080866.1|1338789_1339737_-	nitronate monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_040080867.1|1339919_1344083_+	membrane protein	A0A2H4PQV1	Staphylococcus_phage	1.3e-35	29.5
1344043:1344058	attL	NA	NA	NA	NA
WP_080762673.1|1344802_1344949_+	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_006249443.1|1345022_1345472_-	transcriptional regulator NrdR	NA	NA	NA	NA
WP_006249444.1|1345471_1345783_-	YcgL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_006250701.1|1345766_1347230_-	replicative DNA helicase	O80281	Escherichia_phage	1.6e-169	67.5
WP_020824052.1|1347403_1347568_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_040080869.1|1347528_1348299_+	siderophore ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_006250703.1|1348392_1349361_+	iron chelate uptake ABC transporter family permease subunit	A0A2H4IY97	uncultured_Caudovirales_phage	2.2e-63	41.8
WP_040080870.1|1349353_1350292_+	iron chelate uptake ABC transporter family permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_006250705.1|1350311_1351070_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	W5SAS9	Pithovirus	1.7e-13	28.5
WP_040080871.1|1351246_1353814_-	bifunctional uridylyltransferase/uridylyl-removing protein GlnD	NA	NA	NA	NA
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WP_006249451.1|1354959_1356042_-	3-phosphoserine/phosphohydroxythreonine transaminase	M1Q1P2	Streptococcus_phage	8.8e-85	46.6
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WP_006249463.1|1367015_1368380_+	bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU	A0A2K9L821	Tupanvirus	6.6e-29	32.0
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WP_006250500.1|1378836_1379787_-	ribose-phosphate pyrophosphokinase	A0A2K9L8D8	Tupanvirus	6.2e-42	38.0
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WP_006253494.1|1386765_1387563_-	ABC transporter ATP-binding protein	A0A285PWH2	Cedratvirus	1.8e-10	26.5
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WP_006250511.1|1390563_1393392_-	excinuclease ABC subunit UvrA	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	1.9e-304	56.0
WP_006253491.1|1393546_1394062_+	single-stranded DNA-binding protein	F8TUL2	EBPR_podovirus	1.3e-38	63.0
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1402003:1402018	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP006957|1405693:1450244|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_040080885.1|1408720_1409476_-	malonyl-ACP O-methyltransferase BioC	NA	NA	NA	NA
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WP_040081432.1|1411283_1412585_-	adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate transaminase	A0A1V0SKB7	Klosneuvirus	1.5e-17	26.7
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WP_040080890.1|1421174_1421948_+	TIGR03759 family integrating conjugative element protein	NA	NA	NA	NA
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WP_040080511.1|1422814_1423855_+|transposase	IS481 family transposase	A0A0M3LR35	Mannheimia_phage	4.6e-200	99.7
WP_040080891.1|1423928_1426619_-	peptidoglycan-binding protein LysM	I2GUF1	Acinetobacter_phage	6.0e-74	38.9
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WP_006252051.1|1427263_1427785_-	phage antirepressor N-terminal domain-containing protein	A0A0M3LR56	Mannheimia_phage	4.4e-34	53.5
WP_006252050.1|1427919_1428363_-	hypothetical protein	Q8HAQ5	Burkholderia_phage	4.5e-11	35.1
WP_040080893.1|1428420_1429899_-	DUF3383 domain-containing protein	K4PB47	Acinetobacter_phage	3.0e-99	41.3
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WP_006252044.1|1432102_1432534_-	DUF4054 domain-containing protein	A0A0S1WH65	Pseudomonas_phage	2.8e-26	45.9
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WP_040081436.1|1434643_1435915_-	DUF2213 domain-containing protein	Q6IWU4	Burkholderia_phage	4.1e-41	40.9
WP_040080895.1|1437658_1438489_-|head	phage head protein	H9C0V1	Aeromonas_phage	1.1e-18	28.4
WP_040080896.1|1438463_1439975_-	DUF1073 domain-containing protein	I7B6L5	Escherichia_phage	3.3e-114	48.7
WP_020824115.1|1440042_1441422_-|terminase	phage terminase large subunit	A0A0D4DCE6	Acinetobacter_phage	4.5e-150	60.9
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WP_162839428.1|1442311_1442545_-	hypothetical protein	A0A0M3LNX0	Mannheimia_phage	1.6e-31	87.8
WP_040080898.1|1442510_1442840_-	DUF2570 domain-containing protein	A0A0M3LPB1	Mannheimia_phage	7.9e-21	91.7
WP_020824120.1|1442840_1443437_-	glycoside hydrolase family 19 protein	A0A0M3LPP0	Mannheimia_phage	8.2e-93	84.3
WP_006251970.1|1443451_1443895_-|holin	phage holin, lambda family	A0A0M3ULK9	Salmonella_phage	2.4e-12	36.4
WP_006251969.1|1443946_1444420_-	hypothetical protein	A0A0M3LPW4	Mannheimia_phage	1.7e-80	96.2
WP_040080899.1|1444409_1444979_-	recombination protein NinG	A0A0M3LTG3	Mannheimia_phage	1.6e-82	83.6
WP_040080900.1|1445169_1445475_+	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	A0A222YWE2	Escherichia_phage	2.4e-19	56.0
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WP_040080511.1|1446385_1447426_-|transposase	IS481 family transposase	A0A0M3LR35	Mannheimia_phage	4.6e-200	99.7
WP_020824123.1|1447560_1448022_-	DUF1367 family protein	A0A0M3LPN2	Mannheimia_phage	1.4e-31	45.8
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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP006957|1453631:1462720|DBSCAN-SWA
TATGTCATTTGTATTGCATAAGATACTCACTCCAATGAGGTATTTGAAAATATCTCATAAAGAGAAATTGTTATTTGATTATATCTTACCGGCAATATGTGCAGCGCTGTTTATTGTCATTAACGAGTTTTTATTGCCCTACCCTCTTAAATTTTTAGGAGATAACAGTATAGTGTCGGTAGTAAATGGCATATTGCAAATGTTGTCCGGTTTTTATATTGCATCACTCGCAGCGATTGCAACATTTAATCGGCCAGAAATTGATGAGGTAATGCTAAATGCTCCAAGACTCAATAACAGAAAAGTTACTCGCAGAATTTTTCTAACACATCTTTTTGGGTACTTAGCATTTATGAGTATTCTCACCTACTTTATCGGTGGGTTCGCTCAAATTTCACAAGACAATATAGTATTACTGACAAGCTATAATTTTTATCCAATTATTAACTACCTAGCAATGGGATTATACTCTTTCATTATGTTTAATCTTGTTTTTGTAACGCTACTAGGATTATTCTTTATGATAGACCGCATTCATCACGATTAACGATAAAGCCCGCTATCAGCGGGCTTTTTCTTATCTCAACCCCAAATACACAAAATCCATTATTCCTTTTAACTCGATAACTTCCGGCACTTGGTAAAGACTCATTTCCGCCACATAGTCCCGATACCGCTCTGCTGAGCGTTCAAAACTCTCATAAGGCGTAGGGTGTATATTCAGGTTCATCTTGGCAATCGCCACATCATAGGCGGTATAATCTTGTTTGATGATTGCCTTTACATCAGCCTCATTACAATCGTAATAATGAGAAATTTGCTCTAATTTTGCCTTGTTGCGCTCTACCCACCACTTCATTCGCTCAATGCCACGCACTTTAAACAGCAGGATAATCATCTTTTCTGTAATAGCAAAATCTTGCGGTAGCTGGCGGTGCAATGTAATTAATACCAGCAAACGGAAACGTGGTGGTAAAAGCTGAAATAATGCCATTAGCAGAACAAGCCGAGGCAACCACTCAACAAGCGGCAATACTCCGCCTTGTTGAAGAAACTTTGCTTGCTCTCTACCCCACTATTCAAGACTTCGAACTCAAACAACAAATCTTTGAATGGTTCAACTCATAATAATAAGCCCCGTAAGGGGCTTTTCATCCTTGCCGCTCAAAAAACAAGCAATTAATACATTTTGTGCGTGCTTTAACTCTATTTGCATTGATTTATATTTAACACATATTGTATTATTACCCCATCAAAACGAGCTACGGCTCAATGCTCTTTAACAATCTAGACAAAACCGCTTTAAGACTAATGGTGAAAGGTAGGAAGACGAAAGTCGGAGGCAGCCCTTAAAACGCCCACTACTTCAAAGCGTTATGCCCTTTGGTGCAAGCAAAGGAATACAAGCATATACCCTTATAGCGGTTTAGGTGAAATCTGGGCGTGTACATTGAGACACAAGGGAGTAACCGAAATTCAAATTGTGCAAACGCAGCTCTAAAATTGCGTGACAGCTCGGAGAGACGGCATTTCAAATTCCAAAGCATATTTGAGAAAGTGTGTTTTGGAATATTAATAACAGGAGAACAAAATGAGTAATCAGGAATTTGTTAAATTAGACAGCGTTGAACCTTCAACGATTGATGAATTACAGAAAGAAGATATTAGGCAGGCAATATTAAAATCCGTCTCTATAACGCCATATTATGTGGGGCTGGAAATAGCGGTTTGCCAAGCAATATCAGCCATCAATAAATTTAGTGATGGCTGTATTACAGAAGAGCTTTTAGATACGAAAAATGGTGATAAATACCGAAAAAATAACTAATCAATAACACCAAAGTGATTTCATTTTTTCGGCATTAGCCCTAGATGTTGCCCAAGTATTATATTCCTCGAAGTTGTGGCAAACAAGAGGACTTGGCCCGGTGGCTCACAAGTATAAAAAAGAGCCACCATCTCTAACAGCTCTCAACAAAGAGTGAGACAAATAACCCCGTTTTAGTTTTAATGTTTTCTAAAGTCGGCGTTAGGCAGCGAAACGAATGTACTAGAGAGTTGTTAGAGATGGTGAAAGCCATCCTCCTTAGATTGAAGTAAACCCTGCCGTTGGGGTTAAGCAACGGTACTTTGACCGCATAGTTCAGTGGATAGAGCAGCTGCCTTCTAAGCAGTGGGTCGAGAGTTCGAATCTCTCTGCGGTCGCCATCCAAAACCGCTTTACGCACATCATCGATGACGGGCCTACGAAGTGGAAACCTACCGTGTAGAGCGGTTTTGAATGGCTAATAAAACAATGTGAGGTATCAAATGCTTATTAAGTTAAAAAGCCCTGAACAAGCAGGGCAAGAAGAAATCTGGGAAGTTAGCGATGATTGGATTGCTCCTCAAGAATTAAATCCGCCATCAGAAACATCTCCTTAATATAACGCCTGTAGAGTTGCTCAAGCTGTAAAACATTTCCTTGTTGAGCTTGAGCCTCAATCCAAAGCTCTTGAATTTTTTCTTTTGGCAAAACTTGCGTTGCTAATTGCAATGCTTGAAATTTCGTTAATTTATCCATTGTAAAGCTCCTTCGTTGAGTGGTTAAAAATTGTAACTGTCACTTGCGATCATATCACGAAGCAAAGGAGCTTCCCAATGGTTAAAATGTTTGACACCGCCCCCAATTCACGCTATTATCTCCGCACTTTCAACAGAAAGTCGGGATTGGTCTCCCGAATATCTGGCGGTAGAGAATAGCCGCATACAAGCGGTTTTTTTGTACCCAAAATTTGCAAAAAAACTTTTCAATAAATTTATTGAAAAGCCCCAATGATGGGCTAGGCGGGAGATCGCAAGATCGCCGTTCGCTAGATTCGGTAAGACCAATTCTGCTTAGCTCATCACCAATGATTGGTCTCTGCGGTGATGATTGTTTTAAAAATCAATCTAGCAGGTGTCAAAATGACAAATTCAAGTCTAATTACCGTTTTCAACGGTTCAATCTCTAATCAAACTGTTCAACTTGCCAATGCTCGTGATCTTCATTCTTTCCTTGAGAGCAGTCAAGATTTCTCCAATTGGATTTCAAACCGCATTTCTGAATATGGTTTTATTCAAGATGAAGATTACATTACTCTTGAAATAAAAACTCGTGGCAGACCACGCAAGGAATACCATATCACCCTTGATATGGGCAAAGAACTCGCAATGGTGGAACGCAACGAAAAAGCCGCAAATACTTCATCGAATGCGAACGCAAGATGAAAGAGCTTTTGCAAAATAATCAACAAATCGCACCGCTTGCCTTGCCGGAAAAACCTCGCAAAATTCAAGGCACAACCCGAGCAGCAGAGGGTGAATATCTCTACACCAGAGAATTTTCCGCAATGGAAATCGACCACCTAGCCAAACTTTGGGACATCGCCGAAGAACAGCACAAATTCATCGAAAGTCTCACGCCATTGTTTGAGACAATGCAGTCTGAACAATGGTTTAAAAAGCATAGCAGAGCATTAAACTGCTTTAACCACCACAACTATTCCTATCATATCCTCAGTGAAATCTGCGAGGACGTTGAGGAATGGACAGGCATTATGCCTTCCATTCGTGCCGTAAAAATGAAAGGAAAATATTACAGCCGATTCTAATTCTCCTTTCCCCTCCGCAACTCACTTTGCGTAATCACTCCGTAATTCCTGCGGAGGGGCTTTTTACACCTAAAATTCAGATTTTTGACTAAAAAAGGAACGATATTATGCCAACCTTTATGCAATTTACCATAGGCCGACAAGCCCTACGAGCTGAATTACTTAACCTTGAGCAACGCAAACAGAAGCAAGACGGAATACTTGAGGTGATTGAGTATCGTATTAGCCAAATCAAGGAGTTACTGAAATGAAACGCAATAAAGTAGAAAGCTATACTATCCGCTTATTAAAAAATAATCATACAAAACGCTACTTCGGAGAAGTTATATTAAACGGCATAAAAGAAATCAGCGCGGCAGAGATGATGTCTGAAATTAACGCTATTAAGGCATTAAATAAGCGTATTGAAGCTCTGAATAAAACCAAAGCCGTTAATTTGCCTAATTATCCTGAAATCAGGGGTCATCAGCCTATTATGTACAATTACAATTTTGAACAAATTGAGGAAGATCCTGAACAGGTTAAGCCTAAACCATCAAAACCAAAACGCAAGCCATTCATACCTTATGGGCTAAACGGCTACTTTGTGGATAGCAATGGTAATATTCGCTTACATCTAGACAGACGAGCAAGTGCCGAAACAATTACCCTTGAAACTGATTTCTTCAACGCTCTTGCCGAAATGGTAAAACGTACACAAGAGGCAAACAATGCTAAACATGCTTAGACAATGGATTAAATACGGCTTATACGCCCTGCTTTTTATGGTTGCCATCACCCTCCTAATGCAATGCAGCGAGGGCGAAGAGCTTATCCCTGAAAGCACCTGCAAGCCTGAAATTTAAAGTAACGGAGAAAGTGTGATGATAGGCTACGAAAAAAGCAAACAATCTCTTGATAAAACTATTGATAGTTTAACCGCTCAACTGTCGCAAGTTCGCACAATGCAACTTACGCTTGCCAAAGAGCATATCAAAAACGCCTTGAAATGCGTTGAGTTGCACGAGCTTATCGAGCTTGCCAATGACATCTACGCCGAGCAGTTCGCACAAGGCGCAATTGACACTTACCACACTACTCAACAACAGGAGAAAATCAATGAAACTCTACAAAATTAGCGAAAACTACCGCAACGTTGTCGACTTACTCACCAGTCCTGAGTTGGCTGAAAACCCCGATGTTATCGGCGCATTGGAGGCGATTGAAGATGAATTCAACAATAAAGCAGTGAATACTGTTAAAGCGATTAAGATTGCGGAAGGAGATATTGAAACCATCGACAACGAAATCAAACGCCTACAGACGATGAAGAAAGTCCGCCAAAACGCTCTTGATAGGGTGAAAGACTACCTCAAACGCAATATGGCA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7

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MIGYEKSKQSLDKTIDSLTAQLSQVRTMQLTLAKEHIKNALKCVELHELIELANDIYAEQFAQGAIDTYHTTQQQEKINETLQN

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_157757213.1|1454617_1454758_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_040080907.1|1455221_1455458_+	hypothetical protein	A0A0M3LPU3	Mannheimia_phage	2.4e-35	98.7
WP_032849170.1|1455995_1456193_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052437195.1|1456576_1456879_+	antA/AntB antirepressor family protein	A0A0M3LQ72	Mannheimia_phage	1.5e-29	73.0
WP_040080908.1|1456875_1457262_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157757214.1|1457369_1457513_+	hypothetical protein	A0A0M3LSX3	Mannheimia_phage	1.3e-12	87.0
WP_040080909.1|1457509_1457989_+	hypothetical protein	A0A0M3LSK4	Mannheimia_phage	6.0e-78	98.1
WP_040080910.1|1458125_1458380_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_040080911.1|1458360_1458861_+	siphovirus Gp157 family protein	A0A1B0Y2S7	Lactobacillus_phage	8.6e-11	34.1
WP_040080912.1|1459194_1460037_+	transporter	Q7Y5X0	Haemophilus_phage	6.5e-35	62.8
WP_006247825.1|1460289_1460466_+	hypothetical protein	A0A0M3LR16	Mannheimia_phage	2.8e-25	100.0
WP_050418750.1|1460553_1460928_+	hypothetical protein	A0A0M3LPT1	Mannheimia_phage	4.9e-67	98.4
WP_040081447.1|1460935_1461409_+	DNA cytosine methyltransferase	Q6V7R9	Burkholderia_virus	8.3e-56	68.0
WP_040080913.1|1461429_1461705_+	DUF4224 domain-containing protein	A0A0M3LNT7	Mannheimia_phage	2.9e-45	97.8
WP_040080914.1|1461664_1462720_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A0M3LS39	Mannheimia_phage	6.2e-176	87.7
1469746:1469760	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP006957|1907689:2000912|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_040081036.1|1907689_1909621_+|tRNA	threonine--tRNA ligase	A0A2K9L297	Tupanvirus	1.4e-128	37.3
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WP_006252119.1|1910957_1911641_-	lipoprotein-releasing ABC transporter ATP-binding protein LolD	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.1e-36	40.0
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WP_040081039.1|1912934_1913882_-	2-hydroxyacid dehydrogenase	M1I636	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	2.3e-28	32.6
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WP_040081044.1|1915920_1916787_-	peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_006249582.1|1917500_1918583_-	peptide chain release factor 1	W8EDB3	Pseudomonas_phage	3.5e-09	43.4
WP_006249583.1|1918679_1919264_-	anthranilate synthase component II	A0A0P0IKJ1	Acinetobacter_phage	1.9e-25	35.4
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WP_040081476.1|1921119_1922094_+	aminodeoxychorismate synthase component I	NA	NA	NA	NA
WP_006249586.1|1922071_1922692_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006249587.1|1922792_1923899_+	recombinase RecA	A0A0S2MVG1	Bacillus_phage	3.6e-110	61.8
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WP_006249590.1|1924747_1925284_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_040081050.1|1925276_1925831_+|tRNA	tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein RimN	S4VW33	Pandoravirus	1.7e-07	25.0
WP_040081052.1|1925837_1926662_+	shikimate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_040081054.1|1927373_1929572_-	DNA helicase II	A7KV33	Bacillus_phage	1.4e-108	35.9
WP_040081056.1|1929616_1930513_-	TIGR01777 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_020824233.1|1930562_1931024_-	transcriptional regulator ArgR	NA	NA	NA	NA
WP_006249596.1|1931219_1932188_+	malate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_006249597.1|1932264_1932561_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006252102.1|1932608_1932785_-	DUF5363 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005705342.1|1935094_1935313_+	translation initiation factor IF-1	NA	NA	NA	NA
WP_006249603.1|1935383_1936577_-	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_006252985.1|1936576_1936945_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_040081061.1|1937064_1938360_-	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	3.4e-67	37.0
WP_006250416.1|1938456_1939443_-	oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_006250415.1|1939683_1939959_+	LexA regulated protein	NA	NA	NA	NA
WP_006250414.1|1939964_1940489_+	flavodoxin FldA	NA	NA	NA	NA
WP_006250413.1|1940524_1940965_+	ferric iron uptake transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_040081062.1|1941047_1943714_+	MCE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006252093.1|1943731_1944241_+	S-ribosylhomocysteine lyase	NA	NA	NA	NA
WP_040081479.1|1944308_1946156_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	9.9e-36	28.5
WP_040081064.1|1946354_1947692_+	chromosomal replication initiator protein DnaA	NA	NA	NA	NA
WP_006250407.1|1947710_1948814_+	DNA polymerase III subunit beta	B4UTW9	Rhizobium_phage	4.8e-46	32.7
WP_006250406.1|1948876_1949497_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_006253752.1|1949506_1950778_-|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A2K9L6G5	Tupanvirus	1.4e-20	22.4
WP_006250404.1|1950783_1951896_-	flavodoxin-dependent (E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_020824237.1|1951998_1952997_-	DUF4115 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_040081066.1|1953164_1954544_-	argininosuccinate lyase	NA	NA	NA	NA
WP_020824238.1|1954660_1955824_-|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_006250399.1|1955934_1956246_-	nucleotidyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_040081482.1|1956549_1957302_+|transposase	IS481 family transposase	A0A0M3LS26	Mannheimia_phage	1.6e-133	94.8
WP_040080511.1|1957406_1958447_+|transposase	IS481 family transposase	A0A0M3LR35	Mannheimia_phage	4.6e-200	99.7
WP_040081069.1|1958528_1959776_-	phage late control D family protein	A0A0M3LPR9	Mannheimia_phage	5.0e-209	96.6
WP_040081071.1|1959775_1960213_-|tail	phage tail protein	A0A0M3LQ18	Mannheimia_phage	1.3e-71	93.8
WP_006250974.1|1960212_1960599_-	hypothetical protein	A0A0M3LPZ9	Mannheimia_phage	2.0e-63	100.0
WP_075271713.1|1960659_1960776_-|tail	GpE family phage tail protein	R9QCM4	Mannheimia_phage	7.3e-14	92.1
WP_006248177.1|1960799_1961114_-|tail	phage tail assembly protein	Q19UP7	Mannheimia_phage	3.8e-49	100.0
WP_006250976.1|1961194_1961701_-|tail	phage major tail tube protein	A0A0M3LP31	Mannheimia_phage	3.5e-92	100.0
WP_040081074.1|1961709_1962891_-|tail	phage tail sheath protein	A0A0M3LPE9	Mannheimia_phage	7.6e-223	99.0
WP_040081076.1|1962991_1963255_-	hypothetical protein	A0A0M3LNN9	Mannheimia_phage	2.8e-45	97.7
WP_040080784.1|1963223_1963859_-	DUF4376 domain-containing protein	A0A0M3LRX2	Mannheimia_phage	4.2e-119	99.5
WP_040081078.1|1963859_1966874_-	hypothetical protein	A0A0M3LS19	Mannheimia_phage	0.0e+00	99.7
WP_040081080.1|1966876_1967416_-|tail	phage tail protein I	A0A0M3LQW2	Mannheimia_phage	1.5e-96	98.3
WP_040081082.1|1967402_1968320_-|plate	baseplate assembly protein	A0A0M3LPQ9	Mannheimia_phage	9.5e-165	99.3
WP_006250780.1|1968316_1968652_-	hypothetical protein	A0A0M3LQ08	Mannheimia_phage	5.9e-56	100.0
WP_006248188.1|1968651_1969257_-|plate	phage baseplate assembly protein V	A0A0M3LPY9	Mannheimia_phage	9.3e-84	100.0
WP_006250779.1|1969385_1969673_-	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	Q19UQ8	Mannheimia_phage	1.6e-46	100.0
WP_006250778.1|1969665_1969845_-	hypothetical protein	A0A0M3LP21	Mannheimia_phage	7.5e-26	100.0
WP_006250777.1|1969906_1972840_-|tail	phage tail tape measure protein	Q19UR0	Mannheimia_phage	5.1e-87	31.8
WP_006250776.1|1972885_1973128_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_006250775.1|1973166_1973631_-	phage virion morphogenesis protein	A0A0M3LNN0	Mannheimia_phage	3.5e-75	94.7
WP_040081084.1|1973623_1974109_-|tail	phage tail protein	A0A0M3LRW0	Mannheimia_phage	1.0e-88	99.4
WP_006248194.1|1974105_1974327_-	TraR/DksA family transcriptional regulator	A0A0M3LS11	Mannheimia_phage	3.4e-36	100.0
WP_006248210.1|1974475_1974931_-	hypothetical protein	A0A0M3LQV2	Mannheimia_phage	1.4e-71	100.0
WP_040081087.1|1974927_1975494_-	lysozyme	A0A0M3LPQ1	Mannheimia_phage	4.4e-104	98.9
WP_006250772.1|1975486_1975693_-|holin	holin	Q19UR7	Mannheimia_phage	7.6e-30	100.0
WP_006250771.1|1975698_1975911_-|tail	tail protein	A0A0M3LPY0	Mannheimia_phage	2.0e-33	100.0
WP_040081090.1|1975907_1976423_-|head	head completion/stabilization protein	A0A0M3LNL8	Mannheimia_phage	7.4e-90	99.4
WP_040081092.1|1976534_1977224_-|terminase	terminase endonuclease subunit	Q19US0	Mannheimia_phage	6.3e-121	99.6
WP_006250769.1|1977233_1978262_-|capsid	phage major capsid protein, P2 family	A0A0M3LPD2	Mannheimia_phage	3.5e-192	100.0
WP_040081094.1|1978275_1979103_-|capsid	GPO family capsid scaffolding protein	Q19UT4	Mannheimia_phage	6.9e-138	91.6
WP_052437198.1|1979252_1981055_+|terminase	terminase ATPase subunit family protein	Q19UT5	Mannheimia_phage	0.0e+00	97.5
WP_040081096.1|1981063_1982104_+|portal	phage portal protein	A0A0M3LQ03	Mannheimia_phage	2.7e-200	100.0
WP_006251862.1|1983054_1983699_+	adenylate kinase	A0A1B4XWI3	Tenacibaculum_phage	1.5e-10	36.6
WP_157757216.1|1983898_1984930_+|transposase	IS481 family transposase	A0A0M3LQ52	Mannheimia_phage	1.0e-191	99.7
WP_020831136.1|1984964_1985783_-	dihydroorotate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_006251804.1|1985972_1986188_+	YdcH family protein	NA	NA	NA	NA
WP_006250033.1|1986246_1987404_-	chorismate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_040081102.1|1987525_1989592_-	oligopeptidase A	A0A1V0SD92	Indivirus	2.7e-50	24.0
WP_006251802.1|1989699_1990440_-	pyruvate formate lyase 1-activating protein	A0A2P0VNQ0	Tetraselmis_virus	3.3e-22	25.7
WP_006251801.1|1990688_1991714_-	virulence RhuM family protein	Q9JMN3	Wolbachia_phage	1.0e-90	54.3
WP_006251800.1|1991948_1994273_-	formate C-acetyltransferase	A0A2P0VNR5	Tetraselmis_virus	1.4e-159	41.4
WP_006251799.1|1994362_1995187_-	formate transporter FocA	NA	NA	NA	NA
WP_006253683.1|1995387_1995882_+	DedA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_040081105.1|1995935_1996805_-|protease	protease HtpX	NA	NA	NA	NA
WP_040081106.1|1996892_1997957_-	DNA polymerase IV	NA	NA	NA	NA
WP_040081108.1|1998079_1998991_+	lysine exporter LysO family protein	NA	NA	NA	NA
WP_040081110.1|1999145_2000912_+|tRNA	aspartate--tRNA ligase	A0A2K9L3L6	Tupanvirus	1.0e-13	25.5

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_CP006957.2|WP_096877062.1|1154538_1154751_+|hypothetical-protein	1154538_1154751_+	70 aa aa	NA	NA	NA	1127865-1217631	yes

Protein sequences of NZ_CP006957.2|WP_096877062.1|1154538_1154751_+|hypothetical-protein

>NZ_CP006957.2|WP_096877062.1|1154538_1154751_+|hypothetical-protein
MYCWEHRRLSLAAKELNWSQKQFNDYVNARPERFRLENMSENRSHKNEMPGKDNIEPIIRDMKKFEKGNK

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP006957_1	Orphan	1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder	536869-536918	50	1151332-1151381	1

1. spacer 1.1|536869|50|NZ_CP006957|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP006957 position: 1151332-1151381, mismatch: 1

tcccgtttaaaattatagtgcctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	CRISPR spacer
tcccgtttaaaattatagtgtctgtcagattaatttgagcttaaatgctt	Protospacer
********************.*****************************