Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
---|---|---|---|---|---|---|---|
NZ_CP012190 | Lacticaseibacillus paracasei strain CAUH35 plasmid unnamed3, complete sequence | 0 crisprs | NA | 0 | 0 | 7 | 0 |
NZ_CP012191 | Lacticaseibacillus paracasei strain CAUH35 plasmid unnamed4, complete sequence | 0 crisprs | NA | 0 | 0 | 0 | 0 |
NZ_CP012189 | Lacticaseibacillus paracasei strain CAUH35 plasmid unnamed2, complete sequence | 1 crisprs | NA | 0 | 1 | 5 | 0 |
NZ_CP012187 | Lacticaseibacillus paracasei strain CAUH35 chromosome, complete genome | 0 crisprs | DinG,WYL,DEDDh,csa3,cas3 | 0 | 0 | 10 | 0 |
NZ_CP012188 | Lacticaseibacillus paracasei strain CAUH35 plasmid unnamed1, complete sequence | 0 crisprs | NA | 0 | 0 | 1 | 0 |
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
DBSCAN-SWA_1 |
0 : 1100
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP012190|0:1100|DBSCAN-SWA
Protein sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP012190|0:1100|884_1100_-|WP_032760944.1|transposase|DBSCAN-SWA MINLYKQGESAAQLAREYGIGYSTVHKWIQGQAKTQSGKSPDEIKAMEKRLASLSEENEILKKALGFLAQK |
1 | Lactobacillus_phage(100.0%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DBSCAN-SWA_2 |
4794 : 5478
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP012190|4794:5478|DBSCAN-SWA GTTATGCAGCTAACAATGCTTCTAATTCGTCCACGACTGAGAACCCGATGAGACTTAACTCTCGTCGGGTTCTTTTGCGTATTGCGTGAACAATTTCCACACCGCTCAACGTTGCACTAGCGGTTCGAATGCTTTGAAAGCTTGCTGAGCGGACACGATGACGTTTAATGAATCGGTGGTCCTGTTCAATCAAATTATTTCGATATTTGGAACATTGGTGGGCTGATTTGCTCAAATAGTCTTGCTTTATCAGGTGCTTCACTGCTTTCAGTTTTGCCCGATATTGATCAGTGACTAATCGATCAGGCCGACCATTGGTCGTCAAGAGACGCTTCAAAAAGTGATAGGATGCGGTATAATCGCGGTGTTTTCGTAGCTCAAAATCCATGGTCAAACCGTTACTGTCAATAGCGCGATACAAATAGGCCCAACGGCCTTTAACTCGAATATAGGTCTCATCGATTCGCCAACTTTTAGCGTGAGCTGTTTGATGCCGACGCCATAGAGCCTTAAAGATGGGGCCATAGTGATGAACCCAACGCATGACCGTGGTGTGATGAACAGTGATACCCCGATCCCGAAGCAATTCAACGATGTCACGATAGCTGAGACTGAATCTGAAATAGTAGCCAACGGCTACTAAGATGATGTCCTTTTGAAAGTGGCGTCCCTTAAAGTAATTCAT
Protein sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP012190|4794:5478|4794_5478_-|WP_050894583.1|transposase|DBSCAN-SWA MNYFKGRHFQKDIILVAVGYYFRFSLSYRDIVELLRDRGITVHHTTVMRWVHHYGPIFKALWRRHQTAHAKSWRIDETYIRVKGRWAYLYRAIDSNGLTMDFELRKHRDYTASYHFLKRLLTTNGRPDRLVTDQYRAKLKAVKHLIKQDYLSKSAHQCSKYRNNLIEQDHRFIKRHRVRSASFQSIRTASATLSGVEIVHAIRKRTRRELSLIGFSVVDELEALLAA |
1 | Staphylococcus_phage(100.0%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DBSCAN-SWA_3 |
10950 : 11898
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP012190|10950:11898|DBSCAN-SWA CTTAATCCAGAATCGTTTGCACCGTGTAGCGCGGGCGATGTTTAACTTCGGTGGTGAGCTTGCCGATGTATTCACCAATCACCCCGAGGCTGATCATTTGGATGCCGCCAAGGAACCACAGCGACACCATCAACGACGACCAGCCGTGCACGATGAGCCCCAGCATTTTCATGACAATGGCGTAAACCACCATGCCCACCGCCAGTAGGCAAGACAAGGTACCCAGAATGAGAATGAGCCGCACCGGCGCAATCGTTAGGCTGGTGATGCCGTCCCAGGCAAAAGCCAGCATCTTTTTCAGCGGGTACTTGGATTCGCCGGCCATGCGCGGCGTGCGCTTGTAGAAGACTTCGGCAGTTTTGAAGCCGAGCTTAGGAATCAGGCCGCGAATGAAAATGTTGCGTTCTGGATACTGCAGGAAGGTTTCAACGGCGCGCTTGGACATCAGGCGGAAGTCGGCGTGATTGGGCACGAGTTCGACGCCCAGCAGCTTGAGTGTCTTGTAGTAGCCTTGGGCCGTGGTGCGCTTGAACCAGCTGTCGGTTTCCCGGTTGTTCCGGACGCCGTAGACGATGTCGGCGCCATCCGCATAGGCATCCACCATGTCGCCGATTTTGTCGGGATCATCTTGGAGGTCGGCATCGATGGTGACAATCATATCGGCGGTTTTCACGGCTTCACTCATGCCGGCGATCAGCGCCGACTGGTGGCCGAAGTTGCGGGAAAAACGCAGTCCGCGCACGCGAGAATTCATGGCGTGCAGTTTTTCGATGATGTCCCAGGTGTGATCCATGGAACCATCATCGACGATCAGGATGTCGGCACGCTGACCGAGGACGGTTTGCGCGGCGATTTGGTCTTCAACGGCCAGTAATTTTTGCACCGAGGACGTCAGCACCTCTTCTTCATTGTAAGCAGGAACAACAATCGTTAATTTTGATGTGGCCAT
Protein sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP012190|10950:11898|10950_11898_-|WP_003600582.1|DBSCAN-SWA MATSKLTIVVPAYNEEEVLTSSVQKLLAVEDQIAAQTVLGQRADILIVDDGSMDHTWDIIEKLHAMNSRVRGLRFSRNFGHQSALIAGMSEAVKTADMIVTIDADLQDDPDKIGDMVDAYADGADIVYGVRNNRETDSWFKRTTAQGYYKTLKLLGVELVPNHADFRLMSKRAVETFLQYPERNIFIRGLIPKLGFKTAEVFYKRTPRMAGESKYPLKKMLAFAWDGITSLTIAPVRLILILGTLSCLLAVGMVVYAIVMKMLGLIVHGWSSLMVSLWFLGGIQMISLGVIGEYIGKLTTEVKHRPRYTVQTILD |
1 | Salmonella_phage(100.0%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DBSCAN-SWA_4 |
18426 : 20233
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP012190|18426:20233|DBSCAN-SWA AATGGCTAAAATTGGTTATGCGCGTGTGAGTTCCAAAGAGCAACATTTAGATCGACAGCTAGCGGCCTTAAAAGGCGTTGATAAATTATTTATGGATAAATTAAGTGGAGCTAACACTAATCGGCCAGAACTGCAAAAAATGCTGGCCTATATTCGTGAGGGAGATATTGTCCTGGTCACTGAATTAGATCGCTTAGGCAGAAACAACCAGGATTTAACTAAGATCATGAACACCATTCAAAGTAAGGGTGCCACCCTAGATGTGTTAAATTTGCCGTCCATGACAGGGATTGCTGACCCAAATTTACGTCAACTGATGACCAACTTGATTATTGAACTCTATAAGTATCAGGCCGAAAGTGAACGTAAGCGAATCATTGAGCGCCAGCAGCAAGGGATTGCCTTAGCTAAGCAGCAGGGTAAATATCATGGGCGCAAACCCCAATACACCCAAGATGATCCCCGCTTGCAACATGCTTTTAAGCTTTATCGAGCTGGCATGAGTGACATTGATGTGTCCCGAAATACAGGTATTAAACGGACGACCTTTATTCGATACCGTGTGAAATACGGTATTAAAAGAAAATAGGGCCCCCTTTTGGTTAGCACATGTTAACTGAAAGGGTCCCTATTTTCTTTACTTAATAAGTCTAATTAAATTAGTAAGTTTACTCAGGCCTTTTCTGGGTGTAAATAGTTAATTGAGATTCCAGCAATGACAATGATGGCTACTACGAACAAAGCCAAATACCAAGTTACTTGAATCCCCGGAGGAAGATTAGGCGCAGTCAAATTAATCAAAGTTGATCCTATGGTAGATTGTAAAATCCCTTTCCCTCTTTTTAATGTCCTCATGGTAACGCGGCTTAGTTGCGAACAGGTAACAGAAGCGTAGCGTTTTGGTAACTTTTTTAATAACTTGAGAAAAATGGTGTGAAATGTTACCAGTCGCCTCACGTCTGACTTACGGAAAATTAGTAGAATCAATCGCAAGTTAATGGGGAATATGGTACATTAAATCCAGCAAAAATTAATATCTGATGGAGCTGAAGCAAGCATTGTTACACTTTTTGGGTCAATTGTACGGACCGTTCTTTGATCTCCATAATTGGGAAACCGTGATTACCTCAGGCGACGATTGGCTGATTATCTTTTCATTGGTCTTAATTGAGTGCCTTTTGTCAGTTGATAATGCCGTGGTTCTAGCCGCGCAAACGCAGTCACTACCTACTCGTGAACAGCAGGAAAAGTCGTTGTTTTATGGTATTTGGGGGGCTTACTTTTTCCGGTTTGTTATCATTGGATTGGGAACGTATTTGATTCATTTCTGGGAAATTAAAGTCATTGGTGCATTATACCTATTGTACTTGGTCTTTCAATTCTTTACCCGGACGCGAGTCAAGCATACCCGTAAGTTAGCTTCAGAAAAGAAACATCGATGGTTGCCCTTGTTTTGGGCCGTCGTGCTTCAAATTGAAATGATGGATATTATTTTCTCGGTGGATTCAGTCTTAGCAGCGTTAGCTATTTCGTCTAATCCAGTCATTGTGCTAATCGGGGGACTGATTGGGATTCTGGCCATGCGGGGAGTCGCCGAAGTTATTATGCGCCTCATGCAGAAGATTCCGGAGTTGGAACCAATGGCCTACATCTTAATTGCCTTGATTGCTGTGAAGCTCTTTATTTCAATTCCAGCGATTGATATTGAGATTCCAGCCACCTTGTTTGGGTTGCTGGTAGTGGGAGCGATTATTGTGACGTTAATTATTCACTTGATCCGCCGGCGCACAACAACTAAAAAAAATTAA
Protein sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP012190|18426:20233|19465_20233_+|WP_050894594.1|DBSCAN-SWA MELKQALLHFLGQLYGPFFDLHNWETVITSGDDWLIIFSLVLIECLLSVDNAVVLAAQTQSLPTREQQEKSLFYGIWGAYFFRFVIIGLGTYLIHFWEIKVIGALYLLYLVFQFFTRTRVKHTRKLASEKKHRWLPLFWAVVLQIEMMDIIFSVDSVLAALAISSNPVIVLIGGLIGILAMRGVAEVIMRLMQKIPELEPMAYILIALIAVKLFISIPAIDIEIPATLFGLLVVGAIIVTLIIHLIRRRTTTKKN >NZ_CP012190|18426:20233|18426_19014_+|WP_050894593.1|DBSCAN-SWA MAKIGYARVSSKEQHLDRQLAALKGVDKLFMDKLSGANTNRPELQKMLAYIREGDIVLVTELDRLGRNNQDLTKIMNTIQSKGATLDVLNLPSMTGIADPNLRQLMTNLIIELYKYQAESERKRIIERQQQGIALAKQQGKYHGRKPQYTQDDPRLQHAFKLYRAGMSDIDVSRNTGIKRTTFIRYRVKYGIKRK |
2 | Clostridium_phage(50.0%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DBSCAN-SWA_5 |
26125 : 26377
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP012190|26125:26377|DBSCAN-SWA CATGCCAACTCGTTACGACAAAGAATTCAAACAAAACATTATCAACCTATATAAGCAAGGCGAATCAGCTGCCCAACTGGCCAGAGAATATGGCATTGGCTATTCAACAGTTCATAAGTGGATCCAGGGCCAGGCCAAAACTCAATCCGGTAAATCGCCAGACGAAATCAAAGCGATGGAAAAGCGACTGGCTTCGCTGTCTGAGGAGAACGAAATCCTAAAAAAAGCCCTGGGCTTCCTTGCGCAGAAGTAA
Protein sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP012190|26125:26377|26125_26377_+|WP_002816285.1|transposase|DBSCAN-SWA MPTRYDKEFKQNIINLYKQGESAAQLAREYGIGYSTVHKWIQGQAKTQSGKSPDEIKAMEKRLASLSEENEILKKALGFLAQK |
1 | Lactobacillus_phage(100.0%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DBSCAN-SWA_6 |
35196 : 40347
Sequences of DBSCAN-SWA_6
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6 >NZ_CP012190|35196:40347|DBSCAN-SWA GTTATGCAGCTAACAATGCTTCTAATTCGTCCACGACTGAGAACCCGATGAGACTTAACTCTCGTCGGGTTCTTTTGCGTATTGCGTGAACAATTTCCACACCGCTCAACGTTGCACTAGCGGTTCGAATGCTTTGAAAGCTTGCTGAGCGGACACGATGACGTTTAATGAATCGGTGGTCCTGTTCAATCAAATTATTTCGATATTTGGAACATTGGTGGGCTGATTTGCTCAAATAGTCTTGCTTTATCAGGTGCTTCACTGCTTTCAGTGTTGCCCGATATTGATCAGTGACTAATCGATCAGGCCGACCATTGGTCGTCAAGAGACGCTTCAAAAAGTGATAGGATGCGGTATAATCGCGGTGTTTTCGTAGCTCAAAATCCATGGTCAAACCGTTACTGTCAATAGCGCGATACAAATAGGCCCAACGGCCTTTAACTCGAATATAGGTCTCATCGATTCGCCAACTTTTAGCGTGAGCTGTTTGATGCCGACGCCATAGAGCCTTAAAGATGGGGCCATAGTGATGAACCCAACGCATGACCGTGGTGTGATGAACAGTGATACCCCGATCCCGAAGCAATTCAACGATGTCACGATAGCTGAGACTGAATCTGAAATAGTAGCCAACGGCTACTAAGATGATGTCCTTTTGAAAGTGGCGTCCCTTAAAGTGATTCATGCGCGCAATTCCTCGTTTCTTGGCACCCAGTATACTAAAATCAAGTCAGCGAGGAAAATTTGCACCAGAACCCCCCCAATATCTATAATGTGGATGTTGGGGGTTATTTGTTTTTATATGGTATAAATGACTTCTCTTATTCGTCATTTTTTCGATACCTTTTGGAACGATTTTGACCAGGAAATAAACGATCATGCGATCCGACTCGAATGCCAATTAAGACTAGTTCATCTTTATCAATCGTATAAACCACCAGGACATCGTTAGTTTCGCTTGGTGTTTTGTTTTTCGGGGTATCTCGTAAGTGAAATTCATTATAACCGCTCATTCGCCGATTAAGCTCATGATCTTCAAATTCTGGTGGTAATTGTTGTTGCTCAAGCAACAGGTCAATGGCTGCTCGAACCTCATCAATAATAGATTTGTCTAAACTGGCTAACCGTTTTAGATCAGCATTAAAGGTTGCACGTGGTTTAAATCTTAGTTTTTTCATTATTTAAACTGACCCCAATAATCATCATTTGATTCAACAATTTCATCATCAGGTAAAACATGTCGTTTAATTAACTGATCACGCGCAATTGCATATTCTAACGAACCTTCTTTCGCTTTTAATGCTCTTTCTAGCCAGTCCATTTTTTCTTGTGAAACGATGGCCACTGCGCGACTGTTTGAACGAGCAATATAAACGGTTTCATCTTCGTCATTAACTTGATCTAAATATTTTTTTAGGTTAGCGCGAAAATCGCTCTGTGTTAGTGCTAATGTCATATTTACCACTCTTTCATTGTACTTAATATTGTACTTTAACTTGTACTAAAAATCAATTTTTTAAGGAGCTAAAACTATGCAACAAGTTGTCTTACCCATCAAAGATTCAAACGTTCTCAAAGAGGTGCAAGAGGATCTGGTGCAAACAGTGTGAGAGATGACCATCTAACCAGCTATTGATCCTATGTTGAAGGGTTATGCAGCTAACAATGCTTCTAATTCGTCCACGACTGAGAACCCGATGAGACTTAACTCTCGTCGGGTTCTTTTGCGTATTGCGTGAACAATTTCCACACCGCTCAACGTTGCACTAGCGGTTCGAATGCTTTGAAAGCTTGCTGAGCGGACACGATGACGTTTAATGAATCGGTGGTCCTGTTCAATCAAATTATTTCGATATTTGGACCCCAGTTTACAATTCAAGTGCAACACCCTGACGACTAGACCATAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTGTTAGTGCTAGCTAAACAAGAAAGCAGGAATCTTCATGACCCACTCTCAGACTAACACCCACAAGCATTACCAACAACTCAGTTTTAGCGACCGTGCTACAATTCAGGCCCTTCAGGCTGCTGGTGACACCGCGACCGTGATTGCACAGAAGCTTCATCGCAGTAAAGCGACAATCTCACGAGAAATCACGCGTGGATCTGTAACTCAGCTCGACTCGAAGCGTCACTCGCATCAAGTCTATCTTGCGGATACTGCCCAAGCCATGCACGACCGTAAACGCGATAGAACCGGTCACTACGCCTTTCTTAAGACCGGCCGTGCGTTCTTCAAGGCTCTCGCCAGGGAGCTTACTCGTAAGCCGCGCGTACACAGCGTTGATAGCTTCGTACACTTCTATCGCGACCAGGGCAAGGCTTGCCCTTCAACGACAACTGTGTATCGCTACATCGACGCCGGACTGCTTGAGCTAGACAACATGACACTTCCCAAGAAGCTCCGACGCCGCATCAAAGGCTATAAGAACGCCCACAAGCGCAAGAATAAGAAGATATACGGCGACTCAATCGAGTTGCGTCCTGCGGCCGTGAATGACCGCACAGGCGTGGGACATTGGGAAGGCGACTTGGTCAAAGGTATTCGCTTAGCTGATGAGCCAGCATTAATGACGCTCACAGAACGGTACAGCCGGACTGAGATCATCGTCAAGATTCCTGACTATCATGCGGGCACCTGCCTTAAAGCCTTGCAGGACACGATCGACGACTACGGGGCCAAGGAATTTGAGAGTATCACTTTTGACAATGGTTCCGAGTTTGCCAAGTTATCAGAGATTGTTGGAACCCAGATTTACTTCGCACATCCGTACTCGCCTTGGGAGCGTGGCACAAACGAGAACGCCAATGGACTGCTTAGAGAATTCTTCCCGAAAGGGAAGTCTCTCAGAGCAGTTACCCTGGTTGAAATTCAAGCAGTCCAATCCGCACTGAACCATCGTCCCAGACGTATTCTGAACTATCTTCGCCCATGCGATTACTACCGATGCATGGCGTAACAGCCTAGACCACTATCAAGAATTCGTTATCATCGTTGCACTTGACTTGAAAATTGAGGTTTCGATATTTGGAACATTGGTGGGCTGATTTGCTCAAATAGTCTTGCTTTATCAGGTGCTTCACTGCTTTCAGTGTTGCCCGATATTGATCAGTGACTAATCGATCAGGCCGACCATTGGTCGTCAAGAGACGCTTCAAAAAGTGATAGGATGCGGTATAATCGCGGTGTTTTCGTAGCTCAAAATCCATGGTCAAACCGTTACTGTCAATAGCGCGATACAAATAGGCCCAACGGCCTTTAACTCGAATATAGGTCTCATCGATTCGCCAACTTTTAGCGTGAGCTGTTTGATGCCGACGCCATAGAGCCTTAAAGATGGGGCCATAGTGATGAACCCAACGCATGACCGTGGTGTGATGAACAGTGATACCCCGATCCCGAAGCAATTCAACGATGTCACGATAGCTGAGACTGAATCTGAAATAGTAGCCAACGGCTACTAAGATGATGTCCTTTTGAAAGTGGCGTCCCTTAAAGTGATTCATGCGCGCAATCCCTCGTTTCTTGGCACCCAGTATACTAAAATCAAGTCAGCGAGGAAAATTTGCACCAGAACCGTAAGGATCAGTCAGCTAAGGATTCAAATACGAGGCCTAAAGACCATAGTCTTCTGCCAAGTACAGGTGAACGCGTGATGACGGGAATTTCTGTTCTAGGGGTAGTTTTAATAGCTTGTGTGACTATATTATATATTCGGAAAAAAGGACGCAGCTTTTAATTAGTCTCTGCGTAAACTGGCGTTAAAAACTAGATTGCAGTAATAAAGTTACCACCTGGAAAGAGGCATGCTCATTGCTTGCAAGGGTGTCGACGTGTAATAGAAAAGTTGGACAATATCGATTTCGAATCATATAGCCATGGCTTGATCTCAGTGTTCTATCGGGATCAAGCCATTTTTGTCTCTAAAAATTCTGGCATTATTGAACCAGTCAACGTAACCATTTACTAAATTACGTAGATCAGTGAGGTCGTCACTCTTAGAGTCTGTTTAAAGTCTTTTGAGCATGAAACTGAAGTATAGCTCAAAAGGGGCGTGACTACAAAAGTAGCTGATCACATCAGTGATGATTTGAGAGGAATTTTAGAATGAAGATATTAAGGTATAAGGTATATATTAGCTTTCGTGTATAACTTATACCTTAATATCTATAATACAGACGCCTGTTTTCCAGGGATTTTTTAATATTAAAAAGTATAAGTTATACCTTTTAATGGAAAGTATAACTTATACTTTACTATCTTCAAAAATAAGGTATATTTTAATTGGAGAAAAAAGGAGGTAGCTTGAATGCTAGCAAAAACTTTTACCGTTGGTAATTTTAAGGGCGGTGTCGGGAAGACAAAAATCACTACAATGTTGGCTTATGATAATGCTAGGATTAACAAAAAGAAAACCTTAGTTATTGATATTGACCCGCAAGCCAATGCGAGTGATGCATTGGCGCGAACTGCAAACTTGGATCATATTGATAAGACAATTGTAGATGGATTGAATGACGGAGATTTGACAACTTGTATTACTTCGATTTTACCTAACCTTGATTTAATTGCTTGTAACACGCAGTTTACAAGTTTTGATAAGTATGTAATTGAAGGCTTTACTGATGAAAAGGATCGGGTTTCAGTTCTGGCAAAGTTGATTAAACCTTTGAAACCCTTATACGAAACAATCTATATTGACGTGCCACCGACAATATCAGTCTATTCCGATAATGCGATGGCGGCCTCGGATTATTCAATCATTGCTTTTCAAACGGTTGAAGAATCTTTGTCAGGTGTTCGAAAGTATGTCGGGTATCAAAATTTTATGGTTGAAGCGTATGGAATCAACTTGCAAGTAATTGATATACTGCCCTGCATGTTGACAGCAGATGATAAGTTGGACTATGAGATCTTAGACGAAGCCCGGAAAGAATTTGGTGATGCGGTTTCAGCCACGGTGATCAACTTTCAGAAACGTTTGAAACGTTATTCGCGAGATGGTATTTCTTTAAAAAGGCACAAAAACGGTAATATTGATCAGTGGGATTACAAAGCACATGAAAAGTTTATTGATATTCTCCACGAGATTGAATCGCGTGATGCGTACATCAATAGTTCGGTAGGATAA
Protein sequences of DBSCAN-SWA_6 >NZ_CP012190|35196:40347|35196_35880_-|WP_002816607.1|transposase|DBSCAN-SWA MNHFKGRHFQKDIILVAVGYYFRFSLSYRDIVELLRDRGITVHHTTVMRWVHHYGPIFKALWRRHQTAHAKSWRIDETYIRVKGRWAYLYRAIDSNGLTMDFELRKHRDYTASYHFLKRLLTTNGRPDRLVTDQYRATLKAVKHLIKQDYLSKSAHQCSKYRNNLIEQDHRFIKRHRVRSASFQSIRTASATLSGVEIVHAIRKRTRRELSLIGFSVVDELEALLAA >NZ_CP012190|35196:40347|36016_36373_-|WP_002834562.1|DBSCAN-SWA MKKLRFKPRATFNADLKRLASLDKSIIDEVRAAIDLLLEQQQLPPEFEDHELNRRMSGYNEFHLRDTPKNKTPSETNDVLVVYTIDKDELVLIGIRVGSHDRLFPGQNRSKRYRKNDE >NZ_CP012190|35196:40347|39525_40347_+|WP_050894603.1|DBSCAN-SWA MLAKTFTVGNFKGGVGKTKITTMLAYDNARINKKKTLVIDIDPQANASDALARTANLDHIDKTIVDGLNDGDLTTCITSILPNLDLIACNTQFTSFDKYVIEGFTDEKDRVSVLAKLIKPLKPLYETIYIDVPPTISVYSDNAMAASDYSIIAFQTVEESLSGVRKYVGYQNFMVEAYGINLQVIDILPCMLTADDKLDYEILDEARKEFGDAVSATVINFQKRLKRYSRDGISLKRHKNGNIDQWDYKAHEKFIDILHEIESRDAYINSSVG >NZ_CP012190|35196:40347|36372_36651_-|WP_002834561.1|DBSCAN-SWA MTLALTQSDFRANLKKYLDQVNDEDETVYIARSNSRAVAIVSQEKMDWLERALKAKEGSLEYAIARDQLIKRHVLPDDEIVESNDDYWGQFK >NZ_CP012190|35196:40347|37158_38175_+|WP_016370698.1|transposase|DBSCAN-SWA MTHSQTNTHKHYQQLSFSDRATIQALQAAGDTATVIAQKLHRSKATISREITRGSVTQLDSKRHSHQVYLADTAQAMHDRKRDRTGHYAFLKTGRAFFKALARELTRKPRVHSVDSFVHFYRDQGKACPSTTTVYRYIDAGLLELDNMTLPKKLRRRIKGYKNAHKRKNKKIYGDSIELRPAAVNDRTGVGHWEGDLVKGIRLADEPALMTLTERYSRTEIIVKIPDYHAGTCLKALQDTIDDYGAKEFESITFDNGSEFAKLSEIVGTQIYFAHPYSPWERGTNENANGLLREFFPKGKSLRAVTLVEIQAVQSALNHRPRRILNYLRPCDYYRCMA |
5 | Staphylococcus_phage(33.33%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DBSCAN-SWA_7 |
50042 : 50267
Sequences of DBSCAN-SWA_7
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7 >NZ_CP012190|50042:50267|DBSCAN-SWA CTCAGCAAAACATCTTTTGTAGATACCCTTTTTTAAGTTCTTGGAGTTTTTCAAGCTTACGCTGATGAAGAGTTATAAGGTGATCAAGTTGTTGGAAAAATGAGCCAATTTTTTGTTGTTCCTCTTCAACTGGTACCATAATTTTGGCGTCTTTAATATCGTTTGAATTGATACTTTCAAATGTTGAACCTGTGCTGTAACGAGTCCAATATCCGGTTAATTTCAT
Protein sequences of DBSCAN-SWA_7 >NZ_CP012190|50042:50267|50042_50267_-|WP_050894608.1|DBSCAN-SWA MKLTGYWTRYSTGSTFESINSNDIKDAKIMVPVEEEQQKIGSFFQQLDHLITLHQRKLEKLQELKKGYLQKMFC |
1 | Staphylococcus_phage(100.0%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
---|
CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NZ_CP012189_1 | 18299-18392 | Orphan |
NA
Consensus repeat of NZ_CP012189_1
|
1 spacers
spacers of NZ_CP012189_1
>1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder ACACATTTGTACATTTACATATATGTAAATGTGTAAAAATATCCGCAT |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP012189_1
The CRISPR arrays of NZ_CP012189_1 >merge|NZ_CP012189|1|18299-18392|CRISPRCasFinder CGAATTTGCACATTTGCACATTTACACATTTGTACATTTACATATATGTAAATGTGTAAAAATATCCGCATACCTTTTACACATTTACACATTT >NZ_CP012189|1|1|18299-18392|CRISPRCasFinder CGAATTTGCACATTTGCACATTT ACACATTTGTACATTTACATATATGTAAATGTGTAAAAATATCCGCAT ACCTTTTACACATTTACACATTT
>NZ_CP012189.1|WP_050894569.1|16377_17853_-|primase-C-terminal-domain-containing-protein MDVLGAANLSEAAIVAILHHGLARSKYKHSQLRPEDRQGARPTGAIFLTRTKDDLREAIGFVATSQEAVLDNETCSHWTPNIFRFGTYADRRCHVLKGHSEDNLKQINTFVVDADFGSGKPSYDTALLNKFILNQNDQQELWPTLVLETPHGYQAYYVLDRPVFVRRTGDQLPAVTAAKRVSEALRAAVAKDLPQVDVGANHFGFFRKPSEENVCFFEPALTHDFGDLQDWTKLQHLTFHHDNKAHYPVKQTDQPWFIALTHAQVPRGDGMLGRNNTLLTLCLAGYSSGWSAEDAYDFADQWNTDQREPLSDQEVRRIIRSAFSGKYQGASAAYIAELTATYTPDAPKTTGPQVWHKHAKPRTERKYSHLQEWAGDLVAYVVERAGQAVDQIKVTTRELRDQLGISSQVLTKVLAYVADYGLLKVVKQYGRHGGLYLTTRQMLGRQLQLDRRAQAISWHDFVTGQLRGQAQKEVVNGQVSLLPETLTRSGP >NZ_CP012189.1|WP_155467371.1|15449_16237_-|IS5-family-transposase MADYPSNISRAQFALIQPDLENFRKHTRPRRYDLYDVFNAILYSLTTGCQWRELPHDFPEWHTVYRYYDMWRDKPDPTADSLLERLLKKPVASYRFAQGRSARTSFVIVDAQSVKTTDLTKNSGYDGGKKISGIKRHMAVDINGLPQAILVTRANVSDRSGALAMFSLASQNLELVQHVMVDGGYTGNDFADQVKLILNAKTTVAKRNELHTFTVLPQRWIIERSWSWLDKCRRLWKNCERALNSSLQMVVLAFLKIVLKRY >NZ_CP012189.1|WP_002819873.1|14537_14819_-|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin MAVKEKKRVQVKIDKDLADDTEAVLSELGLNPTTAINMFYKRIVANGALPFNASLSEEERANLRFLKATEGTPVTEFKDAKEVADWLNDPDED >NZ_CP012189.1|WP_050894567.1|14083_14548_-|hypothetical-protein MRTNELVSLYVSFVETNGGKSRPVLIRRVSEQTVEAFKITSQYEKKSAYIKQQYYPIQDWQSAGLKKPSWVDLGNIYRFPKAGLNFKEIGHLSKLDQNKISDFTLDLKSKRRGKGQKIIQQRSSKRKHKESKAELTQRIQKQLKDFAKKLSKIS >NZ_CP012189.1|WP_003603786.1|11881_12790_-|magnesium-transporter-CorA-family-protein MIKPEKTINGTKWIETIQINAEERATLEDQYGIDENIIEYVTDNDESTNYVYDINEDDQLFIFLAPYALDKDALRYITQPFGMLLHKGVLFTFNQSHIPEVNTALYSALDNPEVKSVDAFILETLFTVVDSFIPISRGITKKRNYLDKMLNRKTKNSDLVSLSYLQQTLTFLSSAVQTNLSELDRLPKTHFGVGADQDKIDLFEDVQIEGEQVQRMFEIETQVVDRIDHTFNSLANNNLNDTMKFLTIWSLTMAVPTIITGFYGMNVKLPLAGMQYAWMLTLGISVALIVAMLIMLKVWRKM >NZ_CP012189.1|WP_094515910.1|10543_11331_+|IS5-family-transposase MPDYPSNISRAQFALIQPDLENFRKHTRPRRYDLYDVFNAILYSLTTGCQWRELPHDFPEWHTVYRYYDMWRDKPDPTADSLLERLLKKPVASYRFAQGRSARTSFVIVDAQSVKTTDLTKNSGYDGGKKISGIKRHMAVDINGLPQAILVTRANVSDRSGALAMFSLASQNLELVQHVMVDGGYTGNDFADQVKLILNAKTTVAKRNELHMFTVLPQRWIVERSWSWLDKCRRLWKNCERALNSSLQMVVLAFLKIVLKRY >NZ_CP012189.1|WP_033615047.1|9549_9828_+|hypothetical-protein MSNQYEKLVEQQARLKQKIEREDFKLRQSKYYENRQARKARSRRLIQKGALLEKYFQADNLSVEQTEELLKTFADYVNAHKPNKLKNDQPNN >NZ_CP012189.1|WP_080633844.1|9299_9527_+|hypothetical-protein MIGGIVMSQSNLEKQEAKLKALNQKIKDEKNKIEQRLGKQIISQSNLDYANLSNDQIKLLAKQFSEFLKVKSVDH >NZ_CP012189.1|WP_050894564.1|6988_9049_-|MobA/MobL-family-protein MAIFHMSFSNISAGKGRSAIASAAYRSGEKLFDDKEGRRYFYARSVIPESFILTPKNAPSWASDREKLWNEVEKNDRKSNSRYAKEFNVALPVELSESEQKELLTKYVQENFVDQGMVADVAIHRDHPHNPHAHVMLTNRPFNPDGSWGLKAKTQYIKDENGKQLLTKSGFPKQRKIWLVDWDKKEKINEWRHNWATSVNQFLAQKNIPDRISEKSFVDQGIRETPTQHEGINSQRKNRKAFNQQVSAQRSAQAKYHNLDEKIRNHEHFDALTDELSFSEKHTISHLSQQLKTYVDLEHLDDKQRMLFNWKNSLLIKHAIGEDVTKQLLTIDQQTTSLAQDNQLLNKVVERATKKLYPELNFEQTTAAERRELIKETNSEQTIFKGSELNERLMNIRNDLLTQQLLTFTKRPYTSWQLVNQQAQTIEKQLTTVLAKHGHQLDDLKHTDRGMLAAYQPSELEFISKAVKDLRVMREVKAVVQTQYDSILTTAFPDSDLDKLETIDKEQIYTAVVYYDPELKPLSANDLSQLQQQPPVVFTSQQHQAGLNYLLGKMELKDIQDHRLQRVLKHDGTRQLFIGECGQDPKLDHKQIEMVQTRLKQQTTRFDQYKQAQVKDYRAINYHPTSPKNYLMNILDEALITILYAKNTDYLRKQQLRGLKENEWEMTKKQRQHQTRNRHEDGGMHL >NZ_CP012189.1|WP_050894563.1|5767_6697_-|IS30-like-element-ISLpl1-family-transposase MSSITYSERIKIETFCELGLSNIQMGVRLNRSPSTISYELSRCQPYQAELAQTDAEYKRSRCGRKTKLSDELKQKILNHLRLSWSPGMIAHEFKLATKSIYNWLNQGRIGFSLNDLPEHGVRQRRNVDQRSKYNQSLGRSIEQRPMMINQRNRIGDFELDTVVGPRGHSKAVLLTLIDRKSRFLWACRLKDRTTATVNEALTKFLTTFNGPVHSFTVDRGTEFSGLVSLESQYGIKAYYCHAYTPAERGSNERFNRNLRYFYPKGTRFEHISAQDLTTTLLQINQRPLKILDWQTPYQVMLTNLSKNSD >NZ_CP012189.1|WP_003582592.1|18566_19448_+|AAA-family-ATPase MQSKLNLKRPLTITVANAKGGVGKTTITRYLPYDLAERGYKVLVIDADPQANLTKSMGITKQQHDPDNIFTIDKSMMAAVRDGSFKGAVLEIVPNLYELPSQIDFRGFETFLSKKYGVAEKGDPEYLSVESKKVSLLKGLIEPIKADYDFVFIDTPPTAGQYVRNATFASDYVIIAFQTQSDSLDGAIQFISDDLTELVETFGARTDVLGILPNQVSKSGAIDQVVIKDAIARFGQQNLFDHIIPFARRIQAAPRMGLSRQGYWNQKLFDDIVDPLTDDFLQRLKIVGEVTNG >NZ_CP012189.1|WP_003582590.1|19440_19827_+|hypothetical-protein MADTKKNTIGFFNKEKKHSPDMAYKEDIPVKETYKGSGLKAFDPSAEKKTTPVTHKVKDARRTIRIPRQQYYELLALLELSPNKYVYELIAELVDRAVKEISTDRPDELRLYQQAIERIKATDERRSR >NZ_CP012189.1|WP_155467374.1|20134_20922_-|IS5-family-transposase MADYPSNISRAQFALIQPDLENFRKHTRPRRYDLYDVFNAILYSLTTGCQWRELPHDFPEWHTVYRYYDMWRDKPDPTADSLLERLLKKPVASYRFAQGRSARTSFVIVDAQSVKTTDLTKNSGYDGGKKISGIKRHMAVDINGLPQAILVTRANVSDRPGALAMFSLASQNLELVQHVMVDGGYTGNDFADQVKLILNAKTTVAKRNELHMFTVLPQRWIVERSWSWLDKCRRLWKNCERALNSSLQMVVLAFLKIVLKRY >NZ_CP012189.1|WP_003567312.1|21268_21826_-|hypothetical-protein MAEKYTAEIVPLNAEKIGTAPHGAATFTIDGAQMKIHIDMFDTPANVQHWEHFHGFPDGKPAEIATAAQDANGDGFVDLPETEPVSGTTMVPFDAEPAKMHVPNDSYPVADAEGHYAYDKLVDLKELQTAFKAAFGSDDLQLDKRVIYIHGVPDTLKLPATVQGTVMNYDAHVTLPIAVGKIIKA >NZ_CP012189.1|WP_050894570.1|21920_22790_-|DUF2075-domain-containing-protein MKPTPFINAYRKAGKRADVVLIDEGHLLLTTPDPYNKFRGHNQLADILQLARVVVLVFDFHQLVKLKSFWTPALLKRVTRDYAVTYYHLTEQMRGGDAAVNDWIDHFVRGKVLPLPHPQHFDFQVFSDGQPMYDLIQRCNAETGLSRMIATADYPFTVLDGKTWYVQAGSLRLPWDKLNFTDRPWAQRPETLHEVGSIYTIQGFDLNYAGVILGPSLGYDPSKYRLTVDLAQYQDKEAFKKRPDLADTTDAKAAIIMNAINILLKRAKHGLYLYAADPALRQRLLQLAK >NZ_CP012189.1|WP_050894571.1|22889_23819_+|IS30-like-element-ISLpl1-family-transposase MSSITYSERIKIETFCELGLSNIQMGVRLNRSLSTISYELSRCQPYQAELAQTDAEYKRSRCGRKTKLSDELKQKILNHLRLSWSPGMIAHEFKLATKSIYNWLNQGRIGFSLNDLPEHGVRQRRNVDQRSKYNQSLGRSIEQRPMMINQRNRIGDFELDTVVGPRGHSKAVLLTLIDRKSRFLWAYRLKDRTTATVNEALTKFLTTFNGPVHSFTVDRGTEFSGLVSLESQYGIKTYYCHAYTPAERGSNERFNRNLRYFYPKGTRFEHISAQDLTTTLLQINQRPLKILDWQTPYQVMLTNLSKNSD >NZ_CP012189.1|WP_003600616.1|23940_24450_+|DUF308-domain-containing-protein MNKLLDRFDPFMFVVGILSIFVAVISLRNPLATFSAVVVIAAITAILSGIYKLTVLRGALENSGWVVFNAVVDIIIGILMLFNGEFGILFVAISFAIMFLMDSIISLWLSNIIKLVNEKYFMVDVILSVIGIILGVLLLIYPAFSILSIYYLVGLFFMITGISAIIHSI >NZ_CP012189.1|WP_155467377.1|24650_25571_-|IS30-family-transposase MAIITLIERSQIELMQHHTIQYIAATLGRSRISIRHELHRCPEGDYCAIIAQDHADTCRHRCGRHSILTPKLKRMVTEKLNLGWSPEMVGYAVHCAPHTIYHWIYQRQVDFQPSQLFDHGKRYKRRQDLRSRYNQAVGTSIEIRSESANRRTEKGHLEMDTVRGGRGSKAAVLTIVDRVTRLMATTKLENLSQNAVLKGFARLMVDFPGPVRSVTVDHGKEFSCDQALTKRYRIPVYFCHAYHPNERGTNERFNRELRYYFPKGTQFDQVSETDIQQATALINNKPRKCLRWQTPVQAVSKPLSRW >NZ_CP012189.1|WP_003600772.1|25684_26860_-|IS256-family-transposase MNELTTEIIAALAQKQDLDEVFRHHLEIAINQLLQTELAEFLGYERYSYAGINTGNNRNGSYERSFDTKYGQLDLTIPRDRNGRFENHTLPAYGRHSDNLETTVIQLYTRGITTAEIAELIEKMYGAHYSKATVSNMTKAVNEQVQAFQQRRLASQYAAIFLDATYLPLKRDTVQKEAVHIAIGIRPDGTKEVLNYQVAPTESTGIWTELLGTLIKQGVKDVLLFVADGLVGLDEGLNRHFPKAKRQRCLVHVGRNLMNKVRVKDRKAVISDFKQVHRAANREAAELKLNEFANNWHQTYPKLIKDLLKMPNLLTFMDFPPAIRQSLYSTNLIENFNKHLKRTTHHKEQFPTEDSLDRFLVSQFNVYNEKSLKRIHRGFKGLQDPLEASFI >NZ_CP012189.1|WP_003592282.1|28963_29914_-|LacI-family-DNA-binding-transcriptional-regulator MITLADVAKESHVSTMTVSRVLHHPEQVSDEVRQAVQQAISKLGYKPSRVGQALSQQRQFAIQFLILEDIQQVDPYYAKLLLYIADYLREQGYTLEISHDLTDHSSQVDGTFVSGARQQDLPLLTKSSDPIVSYGQLDQTIKYVDIDNFQGTYQMTHYLAKCGYQNLLYFGLDLNEAFAISREEGYLQAMTELNKMPTIFRIDNTEQAAANLIEQLIITDNSVIVAATDRIAIGALQQLLHLGIKIPADVGVTGFDGVFINQISLQHLTTVQQPLKKIAQSMVELLLGMIEKRPGKSTLIPPQLSIAQTTRALEEK |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NZ_CP012189_1 | 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder | 18322-18369 | 48 | NZ_CP044366 | Lactobacillus paracasei strain TD 062 plasmid unnamed5, complete sequence | 6480-6527 | 0 | 1.0 |
NZ_CP012189_1 | 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder | 18322-18369 | 48 | NZ_CP017266 | Lactobacillus paracasei strain FAM18149 plasmid pFAM18149.25, complete sequence | 28722-28769 | 0 | 1.0 |
NZ_CP012189_1 | 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder | 18322-18369 | 48 | NZ_CP012189 | Lactobacillus paracasei strain CAUH35 plasmid unnamed2, complete sequence | 18322-18369 | 0 | 1.0 |
NZ_CP012189_1 | 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder | 18322-18369 | 48 | NZ_CP014986 | Lactobacillus paracasei strain IIA plasmid unnamed1, complete sequence | 9096-9143 | 1 | 0.979 |
NZ_CP012189_1 | 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder | 18322-18369 | 48 | NZ_CP031786 | Lactobacillus paracasei strain 10266 plasmid pLP10266, complete sequence | 17784-17831 | 1 | 0.979 |
NZ_CP012189_1 | 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder | 18322-18369 | 48 | NZ_CP039709 | Lactobacillus paracasei strain Lp02 plasmid pLp02-2, complete sequence | 42802-42849 | 1 | 0.979 |
1. spacer 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP044366 (Lactobacillus paracasei strain TD 062 plasmid unnamed5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0
acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat CRISPR spacer acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat Protospacer ************************************************
2. spacer 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017266 (Lactobacillus paracasei strain FAM18149 plasmid pFAM18149.25, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0
acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat CRISPR spacer acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat Protospacer ************************************************
3. spacer 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012189 (Lactobacillus paracasei strain CAUH35 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0
acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat CRISPR spacer acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat Protospacer ************************************************
4. spacer 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014986 (Lactobacillus paracasei strain IIA plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.979
acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat CRISPR spacer acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcag Protospacer ***********************************************
5. spacer 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP031786 (Lactobacillus paracasei strain 10266 plasmid pLP10266, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.979
acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat CRISPR spacer acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcag Protospacer ***********************************************
6. spacer 1.1|18322|48|NZ_CP012189|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039709 (Lactobacillus paracasei strain Lp02 plasmid pLp02-2, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.979
acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcat CRISPR spacer acacatttgtacatttacatatatgtaaatgtgtaaaaatatccgcag Protospacer ***********************************************
Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
0 : 6697
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP012189|0:6697|DBSCAN-SWA
Protein sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP012189|0:6697|5767_6697_-|WP_050894563.1|transposase|DBSCAN-SWA MSSITYSERIKIETFCELGLSNIQMGVRLNRSPSTISYELSRCQPYQAELAQTDAEYKRSRCGRKTKLSDELKQKILNHLRLSWSPGMIAHEFKLATKSIYNWLNQGRIGFSLNDLPEHGVRQRRNVDQRSKYNQSLGRSIEQRPMMINQRNRIGDFELDTVVGPRGHSKAVLLTLIDRKSRFLWACRLKDRTTATVNEALTKFLTTFNGPVHSFTVDRGTEFSGLVSLESQYGIKAYYCHAYTPAERGSNERFNRNLRYFYPKGTRFEHISAQDLTTTLLQINQRPLKILDWQTPYQVMLTNLSKNSD >NZ_CP012189|0:6697|4244_5156_-|WP_003603806.1|DBSCAN-SWA MLIHSISELIGHTPLIDLQINIPNHSHIYAKLEMFNPGGSIKDRLGQYMIQDAINRGQVTEGVTTIIEPTAGNTGIGVALAAQQHHLSTILVVPEKFSFEKQQLMKALGAKLINTPSDQGIKGAIEKAEALHDQTPNSFVPMQFKNPANPDTYYHTLAPELLDDLNDPIDAFVAGAGSGGTFAGVARYLKEQNPATQTIVVEPEGSILNGGPAHPHRTEGIGVEFVPPFFKDVQIDKTLTIADADAFHQVKELAKKQGLFIGSSSGAALAASLKVAKALPENSTIVTIFPDSSERYMSENIYD >NZ_CP012189|0:6697|984_1515_-|WP_016386160.1|DBSCAN-SWA MKTLYHEYAHSQLHGLKSAFKDRPRAYQETQAEAVAYVAMQNIGVDTSNYSLGYVATWAKDKAVIHSALSEIQQVSNKVIELSDGLTKQLGLQEAPKEPEHDLKKLSAHDLNKSYQGLQQQVQQATNPQQKSELQNKLNDVHHEISNRTQKQLKAFSEQNPAIKQPEHNAAKTLKR >NZ_CP012189|0:6697|3038_4223_-|WP_003586331.1|DBSCAN-SWA MEFDTKLIHGGISEDKATGAVSVPIYMASTFHQQKIGENQYEYSRSGNPTREAVEKLIAELEGGTAGFAFASGSAAIDTVFSMFSAGDHFVIGNDVYGGTFRLIDAVLKRFGMTFTVVDTRDLAAVEEAITPNTKAIYLETPTNPLLRVTDIAAVAKIAKSHQILSIIDNTFSSPYVQRPLEQGVDIVLHSASKYLGGHSDVIAGLVVTKDDQLAEKIGYLQNAIGGILAPQESWLLQRGIKTLSLRMRAHLANAEAVFNYLSNQPLVSKIYYPGDPNNPDYEVAKKQMHGFGAMISFELQDGLDPKQFVEQLHVITLAESLGALESLIEIPALMTHGSIPRDIRLKNGIKDELIRLSVGVEDQKDLLADLERGFNELKRSKKNVSDSKVHSQA >NZ_CP012189|0:6697|2515_3073_-|WP_003586333.1|DBSCAN-SWA MFQTARSILKRDPAAHSLLEVLLTYPGIRALFWYRIAHFMAFHRLYTIAGFLSQHAAKVTGISISPEAKIGKRVFIDHGIGVVIGATAVIEDDVTILHGVTLGARRAVEGRRHPYVKKGAFIGANAQLLGTITIGAFSKVGAGAIVLNNVADKTTVVGNPARTVNKLPAKVINVTFTTNTSTTKN |
5 | Lactococcus_phage(50.0%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
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DBSCAN-SWA_2 |
18566 : 19448
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP012189|18566:19448|DBSCAN-SWA AATGCAATCCAAGCTAAATCTCAAACGCCCGCTAACAATAACCGTTGCCAACGCTAAGGGAGGAGTTGGAAAGACGACCATCACGCGCTATCTTCCTTATGATTTGGCAGAACGTGGTTACAAGGTTCTCGTGATCGATGCTGACCCCCAAGCTAATTTGACGAAATCCATGGGGATCACCAAACAACAACATGATCCAGACAACATCTTTACAATTGATAAGTCAATGATGGCTGCTGTGCGTGACGGAAGCTTTAAAGGCGCTGTTCTTGAAATCGTACCTAATCTTTACGAATTACCATCTCAAATTGACTTTAGAGGTTTTGAAACCTTCCTTAGTAAGAAATACGGTGTTGCAGAAAAAGGTGATCCCGAATATCTTTCCGTTGAATCCAAAAAAGTTTCTCTCCTTAAGGGGCTTATCGAACCTATCAAAGCTGATTATGACTTTGTCTTCATTGACACACCACCAACTGCCGGACAATATGTTCGAAATGCGACATTTGCTAGTGATTATGTCATTATTGCTTTTCAAACTCAGTCTGATAGCCTTGATGGCGCTATTCAATTCATAAGCGATGACTTGACCGAACTTGTAGAAACCTTTGGGGCTAGAACTGACGTTCTTGGAATCCTTCCTAATCAAGTTTCTAAAAGTGGGGCAATCGATCAAGTAGTCATTAAAGACGCTATTGCCCGTTTTGGCCAACAAAATCTATTCGATCACATCATTCCCTTTGCACGTCGTATTCAAGCCGCTCCGAGAATGGGCCTCTCTCGGCAGGGATACTGGAACCAGAAATTGTTTGATGACATCGTAGATCCACTAACAGACGACTTTCTTCAAAGACTAAAGATTGTAGGTGAAGTAACCAATGGCTGA
Protein sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP012189|18566:19448|18566_19448_+|WP_003582592.1|DBSCAN-SWA MQSKLNLKRPLTITVANAKGGVGKTTITRYLPYDLAERGYKVLVIDADPQANLTKSMGITKQQHDPDNIFTIDKSMMAAVRDGSFKGAVLEIVPNLYELPSQIDFRGFETFLSKKYGVAEKGDPEYLSVESKKVSLLKGLIEPIKADYDFVFIDTPPTAGQYVRNATFASDYVIIAFQTQSDSLDGAIQFISDDLTELVETFGARTDVLGILPNQVSKSGAIDQVVIKDAIARFGQQNLFDHIIPFARRIQAAPRMGLSRQGYWNQKLFDDIVDPLTDDFLQRLKIVGEVTNG |
1 | Enterococcus_phage(100.0%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
22889 : 26860
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP012189|22889:26860|DBSCAN-SWA TTTGTCTAGTATAACCTATTCCGAACGAATTAAAATCGAAACCTTTTGTGAACTAGGGCTGTCCAATATCCAAATGGGCGTTCGGCTGAACCGATCACTGTCAACAATTTCTTATGAATTATCTCGATGTCAACCTTATCAGGCTGAATTAGCACAAACAGATGCCGAATACAAGCGATCACGATGTGGTCGGAAAACTAAGCTGAGCGATGAGTTAAAGCAAAAAATTCTCAACCATTTACGTCTAAGCTGGTCACCAGGAATGATTGCTCACGAATTTAAACTAGCTACTAAATCTATTTATAATTGGCTAAATCAGGGGAGAATTGGTTTCTCCTTGAATGATCTACCTGAACATGGCGTACGCCAACGGCGTAACGTTGACCAACGATCCAAATATAATCAATCTTTGGGGCGATCAATTGAACAGCGTCCCATGATGATTAATCAACGTAATCGCATCGGCGATTTTGAACTAGATACAGTCGTTGGTCCTCGTGGGCATAGTAAGGCAGTTTTATTAACTTTAATCGATCGAAAATCACGGTTCCTTTGGGCATACCGGTTAAAAGATCGGACGACAGCGACTGTTAATGAAGCACTAACTAAGTTCCTAACCACTTTTAATGGTCCGGTGCACAGCTTTACTGTGGACCGTGGCACTGAGTTTAGTGGGCTAGTATCACTTGAATCACAATATGGTATTAAGACCTATTACTGCCATGCTTATACGCCAGCTGAACGTGGTAGTAATGAACGCTTTAATCGGAATTTACGTTATTTTTATCCTAAAGGGACTCGTTTTGAGCACATTAGTGCTCAAGATTTAACGACGACGTTACTCCAAATTAACCAGCGACCGCTTAAAATACTCGACTGGCAAACACCGTATCAGGTTATGCTGACAAATTTGTCCAAAAATTCGGATTAAATTTGCAACCTACCACCCACAAATGTAAAATTACACCGAAATCAATTTTTATAGCATTATTTAATTTACGACCAACAATCTGATGTCTATAAAAGCTGTACATTATTGGGAGGAATTTTATATGAATAAGTTATTGGACAGATTTGACCCATTTATGTTTGTCGTCGGGATCTTAAGTATTTTCGTTGCGGTCATTTCTTTAAGAAATCCCCTAGCAACCTTCAGTGCGGTAGTCGTTATTGCAGCAATTACCGCAATTTTGTCCGGGATTTACAAGTTAACCGTTCTTAGAGGTGCTTTAGAAAATTCTGGATGGGTCGTTTTTAACGCGGTCGTTGACATTATTATCGGAATTTTAATGTTGTTCAACGGAGAGTTTGGCATTCTATTTGTTGCAATTTCGTTTGCAATTATGTTCTTGATGGATTCAATAATATCGTTATGGCTTTCGAACATTATCAAGTTAGTTAACGAAAAGTATTTTATGGTTGACGTGATTTTATCCGTAATTGGCATTATTTTAGGTGTTCTTTTATTGATTTATCCCGCCTTTTCAATCTTATCAATCTATTACCTAGTAGGATTATTCTTTATGATTACTGGGATTAGTGCGATTATTCACTCAATTTAATTTACTAAATTAAATGCCGCTTCCCGTTCTGGTGACTAGACGCAGTTCGATTCTGTGTACGGGAATAAGTCCAAACATTGATGACTTTAAAAGCTAAGTCGTTTTAGGAGATGAGTTTTTGGGAGTGTCAAGAAGTTTGTGTAAATGAAATGCCTTCGTACATATAATATGTATCTAACTCCTAGATTGCAATAATAAAGTTACCACCTAGAAAGAGGCTTGCTCACTGCTTGAACTGGGGTTTGCCAACGGAGACATTTTCTAGGTTTGTTATTGATAAGCGCTGTGGCTTGTTGAATATCGGTCTCTGAAACCTGATCAAACTGTGTTCCCTTCGGGAAATAGTAGCGAAGTTCTCGATTGAACCGTTCATTTGTGCCCCGTTCATTCGGGTGATAGGCGTGGCAAAAGTAAACCGGTATCCGATAGCGCTTTGTAAGCGCCTGATCGCAGGAAAACTCTTTACCGTGATCAACCGTCACTGATCGAACCGGACCCGGAAAGTCCACCATCAGTCTTGCAAATCCCTTAAGAACAGCATTTTGTGATAAGTTTTCAAGCTTAGTTGTCGCCATTAAACGTGTCACCCGATCGACAATGGTCAAAACAGCAGCCTTTGACCCGCGACCACCGCGAACTGTATCCATCTCTAAATGTCCTTTTTCGGTTCGCCGATTAGCTGACTCACTGCGAATCTCAATTGAGGTGCCTACTGCTTGGTTATAGCGCGACCGAAGGTCTTGTCTTCTTTTATAACGTTTACCGTGATCAAAGAGTTGGCTTGGCTGAAAATCGACTTGTCTTTGATAAATCCAGTGGTAAATCGTGTGTGGCGCACAGTGAACGGCATAACCGACCATTTCAGGGGACCAACCTAGGTTTAGCTTCTCAGTTACCATCCGCTTCAACTTAGGCGTTAAAATCGAGTGCCGACCACAACGATGCCGACAAGTATCGGCATGATCCTGAGCTATAATGGCGCAGTAATCACCTTCAGGGCAACGGTGAAGCTCATGCCTAATAGAAATACGAGAGCGGCCTAAGGTCGCGGCGATGTATTGAATCGTGTGGTGTTGCATCAGTTCTATCTGAGATCGTTCAATTAAGGTTATAATGGCCATGGGACCTGTCCTTCTCTCTAGATGGTATGTTATGCAAACACCATTTTAGCAAGAACGGACAGGTCTTTTTTCACATTTTCTGGGTGGTAACTTTAATTATGCAATCTAGGAACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGGGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAATCTTCCGTTGGAAATTGTTCTTTGTGGTGGGTGGTGCGCTTGAGATGCTTATTAAAGTTCTCAATCAGGTTAGTGGAGTATAGTGATTGCCGGATAGCTGGTGGAAAGTCCATGAAAGTGAGTAAATTCGGCATTTTAAGCAGATCTTTGATTAATTTGGGATAGGTCTGATGCCAGTTGTTGGCGAACTCATTCAGTTTCAGTTCGGCTGCTTCACGGTTGGCGGCCCGATGAACTTGTTTAAAGTCACTGATCACGGCCTTGCGGTCTTTTACGCGAACTTTGTTCATCAGATTCCGCCCAACATGAACCAGACAACGTTGTCGTTTGGCTTTAGGGAAATGCCGATTCAAGCCTTCATCCAAACCAACTAACCCATCGGCCACAAACAACAGCACATCTTTAACGCCCTGCTTGATCAAGGTTCCCAGCAGTTCAGTCCAGATTCCAGTCGATTCCGTTGGCGCCACTTGGTAGTTCAGCACTTCTTTCGTACCATCTGGACGAATGCCAATCGCAATATGAACGGCTTCTTTTTGAACGGTATCCCGCTTTAACGGCAAGTAAGTGGCATCTAAGAAGATGGCCGCATATTGTGAAGCCAGTCGACGTTGCTGGAAAGCTTGAACCTGTTCATTGACGGCTTTAGTCATGTTGGAAACCGTGGCTTTGGAGTAGTGAGCACCGTACATTTTCTCAATGAGTTCGGCAATTTCAGCAGTGGTAATTCCCCTGGTATACAACTGAATGACCGTTGTTTCTAAATTATCACTGTGCCGACCGTAGGCTGGCAAGGTATGATTTTCAAACCGGCCATTGCGATCTCGAGGAATGGTTAAGTCAAGTTGGCCGTACTTCGTATCAAACGAGCGCTCATAACTGCCGTTGCGGTTATTACCAGTGTTAATCCCAGCGTATGAGTAGCGTTCGTAACCCAAAAACTCTGCCAATTCGGTTTGAAGCAGCTGGTTAATCGCAATTTCGAGGTGGTGACGAAAAACTTCGTCCAAATCTTGCTTTTGGGCTAGTGCAGCGATAATTTCTGTGGTAAGTTCATTCAT
Protein sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP012189|22889:26860|22889_23819_+|WP_050894571.1|transposase|DBSCAN-SWA MSSITYSERIKIETFCELGLSNIQMGVRLNRSLSTISYELSRCQPYQAELAQTDAEYKRSRCGRKTKLSDELKQKILNHLRLSWSPGMIAHEFKLATKSIYNWLNQGRIGFSLNDLPEHGVRQRRNVDQRSKYNQSLGRSIEQRPMMINQRNRIGDFELDTVVGPRGHSKAVLLTLIDRKSRFLWAYRLKDRTTATVNEALTKFLTTFNGPVHSFTVDRGTEFSGLVSLESQYGIKTYYCHAYTPAERGSNERFNRNLRYFYPKGTRFEHISAQDLTTTLLQINQRPLKILDWQTPYQVMLTNLSKNSD >NZ_CP012189|22889:26860|23940_24450_+|WP_003600616.1|DBSCAN-SWA MNKLLDRFDPFMFVVGILSIFVAVISLRNPLATFSAVVVIAAITAILSGIYKLTVLRGALENSGWVVFNAVVDIIIGILMLFNGEFGILFVAISFAIMFLMDSIISLWLSNIIKLVNEKYFMVDVILSVIGIILGVLLLIYPAFSILSIYYLVGLFFMITGISAIIHSI >NZ_CP012189|22889:26860|24650_25571_-|WP_155467377.1|transposase|DBSCAN-SWA MAIITLIERSQIELMQHHTIQYIAATLGRSRISIRHELHRCPEGDYCAIIAQDHADTCRHRCGRHSILTPKLKRMVTEKLNLGWSPEMVGYAVHCAPHTIYHWIYQRQVDFQPSQLFDHGKRYKRRQDLRSRYNQAVGTSIEIRSESANRRTEKGHLEMDTVRGGRGSKAAVLTIVDRVTRLMATTKLENLSQNAVLKGFARLMVDFPGPVRSVTVDHGKEFSCDQALTKRYRIPVYFCHAYHPNERGTNERFNRELRYYFPKGTQFDQVSETDIQQATALINNKPRKCLRWQTPVQAVSKPLSRW >NZ_CP012189|22889:26860|25684_26860_-|WP_003600772.1|transposase|DBSCAN-SWA MNELTTEIIAALAQKQDLDEVFRHHLEIAINQLLQTELAEFLGYERYSYAGINTGNNRNGSYERSFDTKYGQLDLTIPRDRNGRFENHTLPAYGRHSDNLETTVIQLYTRGITTAEIAELIEKMYGAHYSKATVSNMTKAVNEQVQAFQQRRLASQYAAIFLDATYLPLKRDTVQKEAVHIAIGIRPDGTKEVLNYQVAPTESTGIWTELLGTLIKQGVKDVLLFVADGLVGLDEGLNRHFPKAKRQRCLVHVGRNLMNKVRVKDRKAVISDFKQVHRAANREAAELKLNEFANNWHQTYPKLIKDLLKMPNLLTFMDFPPAIRQSLYSTNLIENFNKHLKRTTHHKEQFPTEDSLDRFLVSQFNVYNEKSLKRIHRGFKGLQDPLEASFI |
4 | unidentified_phage(33.33%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
33511 : 37502
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP012189|33511:37502|DBSCAN-SWA AATGACCTATTCACGCAATCGCTACGACCAAGATTTTAAGAAAAATGCGGTACGTTTGAGTTTTAACTCTTCCAAACCAGTTAAAATCATTGCCTCCGAACTTGGTGTTCCTGAAAGTGCCCTGTATCGTTGGCGGAAGCTATATACCGAAGATGGAAAGCAAACGCCGCTTGCTTCTTTAGAAGCTGAGAACCGTGCCTTAAAACGTGAAAATGCCGAATTAGCATTGGAGCGTGATATGTTAAAAAAAGCCGCTGCCTACTTTGCCAGTCTCCAGAAGTAACCCCCAGCGATAAGTATGCTTTTATGTTGGGGGAAACCTCTGTTTCTGTGGTAAGGTGGGCGCGTTTGTTAGACGTATCAACGAGTGGTTATTATGCTTGGCGGAGAGCTTTGCCAAAGCGAAACGCCAAAGAAAGGCAATATCGTCAACGAATCAAACACTTTTTTGATCAAGGACAGGGCACTTACGGGCCCAAACGCATCTGCGGTTTATTGCGTAAAAATGGTAATAAAGCTTCCTATCACCGAGTTGCCCGTCTGATGGCTGATGGCGGTCTGTATTCAACGCTACGTTGTCGTCATCCGAAGAGTTTGACCGATAGCCGCCTTGCTCGTCAAGGTGATTATCCCAATCTAGTGAAACACCAATCTTTTAAGCCGTTTGAAGCCTTATCAAGTGACATTACACAGACGACAACATCAGAAGGAAAAGCTTACATTTGCCAAATAAGGGATTTGAACAGCAACCTAGTGTTAGCTCATCAAATATCCAATCATATGGACACGGATTTAGTCTTAGCGACACTTAAACAAGCCCACCAAAGGTGGGCTTTGCCAGAAACGTGTATTTTTCATAGTGACCGTGGTAGCCAATACACGGCCAAAGCAGTGACAAAGTTGGTCAACCAATATCATTGGCAACGTAGCTTCTCAGCATTGGGAAAACCGGGTGATAACGCTTGGAGCGAAAGCTTCTTTGCCATCATGAAGAAAGAGCTCATTTATCAGATACAATTTAAAGATATCAATGATCTGAGAGCGCAAGTCTTCGCTTACATCGAGACCTTTTACAACCGCGTAAGGGTACAAGCACGCTTAGACTATCTTGCACCAGTAGCATGGCTTTCCTTGTATGACCAAGCTTCACAAAAAGTCGCTTAGCAAACTGTCCGAAAAAGTGTTGACTTCCCCTTTGCAATCGCCTGATCGGTCAAGGTGAACATGACCCGGTGAGTTTCGTCTTGCTTCGTCATCTCAAAAACCTCCTAAATGGTGATGATGAACGGTCGCCTGGCAAACAAACACGACGTTAAAATTGCGTCACGTTGCCGGACGATTTTTGGTAAACAGTTACAACGACCCTGGTCAAAACGTGACCGTTTTTCTCCAGGTAAAAGATCAAAATAAATTGAGTTGTGATCCAATCCATCTCAAAAATCGGTTTGGCTGGATCGGGGACTTTCTAAGGCTGTTTGGAACGCACTTAAAATCAAGCAAGAGCATAAGGCAAAACTGACCCCAAAATTGGGGTAAACCGCAGTGCGGTTTGGTTTGTCGTGATAGCACGCTGGGGTCAAAATGTTGAATATTGATGCGAAATCCAACATTAGCAAAATGGGCGATGTTGGATTTTAGGGAAATATTCGACATTTGGCAATAGGGTCAAACCCTTAGTGCCAGTTGCCGTACAGAATTCAGTGTTGAATATTTTTATAATATCCAACATTTAACAAAAATGGCACCTGTCCGATCGAATGAGCACGTTTTTGGCGTTGCAGCGTACACAGCTCTATAGTGGTTTGTATGCAACACGAGATGCGTATAGCGAGTTACTCGAATTGAAGCATAGATGCTGCTTTAACAGAGACTATCGAGATGCCTGTAACGCAACAAAATATTGAATTAACCGCAACTTTAAAGTCACACAAATATCAACGGAGATGTTTCTTAAATGCAACTCATATATTACATGATATTCAACTTGATTGAAACGCTCAATGCAAGGACATGGCAACATCATGTGCAACATCGTGCGAAGGTCAGCGAAAAGATGTCGTCAGGTGCTGTTTGAATTTTGGTTTTGAAGGGGGCGACTCATCCTCCTTAAAAATAACAGGGGGATTGGGGGCACGCCCCCAAACAAAATTGACGATCAGCTGCGCTGATCGTCAATTTCCTGCAAAAAGGGTACCCTCTTGCAAATCTCGCGACAGTAGAAAATCGTTAAAAAAGCAAAATCGGTGAATTGCTGATTTTGCTTTTGGTTTAGACCACGGCTTCAAATCTGTGGCGCTAAAACATAACGTTTTTATGAAATATAGTGCGAGCAACTTATTGCTTTGGGCGTCAACTGTTTCTAAACTGTTTGAGCACTTCTTGCTTGGCTCATTTAAGGTCGCTTTCACTTCCAATGATTATCAAGACAATTAGAACTCTTCTATTTTGTCCAAATTATCTTCGGTCTTTTCATTTCGCTCAGTTTTAATATAGTCCTTCGATTTAACAGGGTATACAATCACTTTTTTGCCCTTATTATACTTTTTTGTAGATTGCGTAGACTCTTTAGATTTATAAGCGGTTACATAAGTGGTGCCATTTTTTATATCTGAAATTACATTTTCGCGCGAACGAGTTCTTCCAGAACTCAATTTATCTCCCTCATCATCAAAAATCTTCAAAGTATTAATAACTTTGTTTGCTTTACTATTAGAATAATGAACAGCAACAATAACTTCATCGGCCCACTTTTCCATGAAATCCCTCCTAAGATAAGTAAACACACTGGTAACACCAATTTTCACATTGATAATACAACAATTAGCTAAATAAAAAAATTTTTCGCTGATAATCCCACTTAGAAACAATCTCACACACAACTTACTTCACTTGCTGATCATCGCTATCCGTATTCATCAACTCACCATTTTCGGTGGAAACCGATTTTGCGTATTGCGTGAACAATTTCCACACCGTTTAGTGTTGCACTAGCGGTTCGGATACTTTGAAAGCTTGCGGATCGGACACGATGTCGTTTAACGAATCGATGGTCCTGCTCAATCAAATTATTTCGATATTTGGAACATTGGTGTGCTGATTTGCTCAAATAGTCTTGCTTTATCAGATGCTTCACTGCTTTCAGTGTTGCCCGATATTGGTCAGTGACTAATCGCTCAGGGCGACCGTTGGTCGTCAAGAGACGCTTCAAAAAGTGGTAGGCGGCTGCATAATCTCGATGCTTTCGTAGTTCGAAGTCTAGCATCAGACCGTTGCTATCGATAGCACGGTACAAGTAAGTCCAATGACCTTTCACGTTGATGTAAGTTTCGTTCATCCGCCAACTTTTAGTGTGATCCGTTTGATGCCGCCGCCATAGAGCTTTGAAGATTGGGCCATAATGATGAACCCAACGCATGACGGTGGTGTGATGCACACTAACACCGCGATCACGTAGCAATTCAACAATGTCACGATAGCTGAGACTGAATCTAAAATAGTAACCAACGACTACTAAGATGATGTCCTTTTGAAAGTGGCGTCCCTTAAAGTGATTCATGCGCGCAATCCCTCGTTTCTTGTCACCCAGTGTACTAGAATGAAGTCAACGAAGAAATTTTGCACCAGAACCATTAATATCAAGATAGTGGGGTAATCACATGACAAAACACAAATGTTTCATATCATTCAAGGTTGAAGATAAAGCATATAAAGAAAAAATACAAGCAAATAAAAATATTGATATGATAGATAAATCATTAAATGAACCAATTGATTCTGATAATCCAGATTACGTTATGCAAAAAATACGAGATGATAATTTAAAAGATTCAAGTGTTACTATTTTTTTAATTGGTAGTGTTAGTGCAGAAATAATCGGTAAAAAAGAACAATACTATATAGTGGCTGTTGAACTAGGCCACCATATCTTCGACCCTTGTAGTAAATTTATAGCGAATTTGATAGGCCTCACCCTCGAATTTAGCCAAAATTAA
Protein sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP012189|33511:37502|35939_36266_-|WP_050894574.1|DBSCAN-SWA MEKWADEVIVAVHYSNSKANKVINTLKIFDDEGDKLSSGRTRSRENVISDIKNGTTYVTAYKSKESTQSTKKYNKGKKVIVYPVKSKDYIKTERNEKTEDNLDKIEEF >NZ_CP012189|33511:37502|37166_37502_+|WP_080988372.1|DBSCAN-SWA MTKHKCFISFKVEDKAYKEKIQANKNIDMIDKSLNEPIDSDNPDYVMQKIRDDNLKDSSVTIFLIGSVSAEIIGKKEQYYIVAVELGHHIFDPCSKFIANLIGLTLEFSQN >NZ_CP012189|33511:37502|33511_34673_+|WP_155467384.1|transposase|DBSCAN-SWA MTYSRNRYDQDFKKNAVRLSFNSSKPVKIIASELGVPESALYRWRKLYTEDGKQTPLASLEAENRALKRENAELALERDMFKKSRCLLCQSPEVTPSDKYAFMLGETSVSVVRWARLLDVSTSGYYAWRRALPKRNAKERQYRQRIKHFFDQGQGTYGPKRICGLLRKNGNKASYHRVARLMADGGLYSTLRCRHPKSLTDSRLARQGDYPNLVKHQSFKPFEALSSDITQTTTSEGKAYICQIRDLNSNLVLAHQISNHMDTDLVLATLKQAHQRWALPETCIFHSDRGSQYTAKAVTKLVNQYHWQRSFSALGKPGDNAWSESFFAIMKKELIYQIQFKDINDLRAQVFAYIETFYNRVRVQARLDYLAPVAWLSLYDQASQKVA >NZ_CP012189|33511:37502|36430_37066_-|WP_050894575.1|transposase|DBSCAN-SWA MNHFKGRHFQKDIILVVVGYYFRFSLSYRDIVELLRDRGVSVHHTTVMRWVHHYGPIFKALWRRHQTDHTKSWRMNETYINVKGHWTYLYRAIDSNGLMLDFELRKHRDYAAAYHFLKRLLTTNGRPERLVTDQYRATLKAVKHLIKQDYLSKSAHQCSKYRNNLIEQDHRFVKRHRVRSASFQSIRTASATLNGVEIVHAIRKIGFHRKW |
4 | Acinetobacter_phage(33.33%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
45065 : 45749
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP012189|45065:45749|DBSCAN-SWA GTTATGCAGCTAACAATGCTTCTAATTCGTCCACGACTGAGAACCCGATGAGACTTAACTCTCGTCGGGTTCTTTTGCGTATTGCGTGAACAATTTCCACACCGCTCAACGTTGCACTAGCGGTTCGAATGCTTTGAAAGCTTGCTGAGCGGACACGATGACGTTTAATGAATCGGTGGTCCTGTTCAATCAAATTATTTCGATATTTGGAACATTGGTGGGCTGATTTGCTCAAATAGTCTTGCTTTATCAGGTGCTTCACTGCTTTCAGTGTTGCCCGATATTGATCAGTGACTAATCGATCAGGCCGACCATTGGTCGTCAAGAGACGCTTCAAAAAGTGATAGGATGCGGTATAATCGGGGTGTTTTCGTAGCTCAAAATCCATGGTCAAACCGTTACTGTCAATAGCGCGATACAAATAGGCCCAACGGCCTTTAACTCGAATATAGGTCTCATCGATTCGCCAACTTTTAGCGTGAGCTGTTTGATGCCGACGCCATAGAGCCTTAAAGATGGGGCCATAGTGATGAACCCAACGCATGACCGTGGTGTGATGAACAGTGATACCCCGATCCCGAAGCAATTCAACGATGTCACGATAGCTGAGACTGAATCTGAAATAGTAGCCAACGGCTACTAAGATGATGTCCTTTTGAAAGTGGCGTCCCTTAAAGTGATTCAT
Protein sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP012189|45065:45749|45065_45749_-|WP_050894580.1|transposase|DBSCAN-SWA MNHFKGRHFQKDIILVAVGYYFRFSLSYRDIVELLRDRGITVHHTTVMRWVHHYGPIFKALWRRHQTAHAKSWRIDETYIRVKGRWAYLYRAIDSNGLTMDFELRKHPDYTASYHFLKRLLTTNGRPDRLVTDQYRATLKAVKHLIKQDYLSKSAHQCSKYRNNLIEQDHRFIKRHRVRSASFQSIRTASATLSGVEIVHAIRKRTRRELSLIGFSVVDELEALLAA |
1 | Staphylococcus_phage(100.0%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
15908 : 43792
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP012187|15908:43792|DBSCAN-SWA 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27 | unidentified_phage(20.0%) | bacteriocin,protease,transposase,holin | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
64326 : 131999
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP012187|64326:131999|DBSCAN-SWA 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52 | Faecalibacterium_phage(21.43%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
299552 : 336777
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP012187|299552:336777|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP012187|299552:336777|319875_320718_+|WP_050893539.1|DBSCAN-SWA MLIGLTISVLNDTTRNTSAASKPSDNNPVSDTQTKIKNNLTRYLASVTSNGNVAVDFYNLSPVSGSQAAQESNAAVYTEGSLAVSFNGTQRMIAASTYKLYITAWLFHEIEVGAITWTDNDEDGFQRMIINSDNDYSEAILDQYGAKVLNKYYATLGTGYVFKSSGATTTSNDLMTILKAIQKGTGPFDNASLRKKLLTAMENQVYRDGIPAAAEQVASGSTVQDKVGWIGSTDNDAGIVTTPKGDRYLLVIMTDNGNYQDFSQIEKITSKIQTIVYGKQ >NZ_CP012187|299552:336777|306079_307366_+|WP_003661526.1|DBSCAN-SWA MVVVNFIIQNILTQAAITIALIAMLGLLLQRKSFGAVLTGTFKTLLGFQVLSAGSAIIVTALTYFGKIFQHGFHLKGVVPSIEAINGQAMNTLGLGNEIALTFLGIFIVNIIIARFSPWKYIFLTGQALLWMSTMTVVGGKIAGFNSVVTIAVGSVIGGIFAVAMPAIAQPFVRKITKGDAIALGHFCTIGYMVEAGAAWIFGERGEKKHSIEDIKLPKYMEFLQDTYLSVAVVMVPLFMITAAFAGPKYAGNGTSLNYIMNAFMMGIQFVVGVYVLLAGVRLLLGEIVPAFRGIAMKLVPNAKPALDCPVLFPFSPNAVILGFITTTIGTVIGMFLMPVFGLAVILPGMLTNFFAGGTAGIFGNVVGGRRGAIIGGIIHGLFITLLPALLVTALTSFGFVNASATDSDTIVAMLMYAWILTPILKAV >NZ_CP012187|299552:336777|335082_335751_+|WP_050893543.1|DBSCAN-SWA 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31 | unidentified_phage(50.0%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
383155 : 456569
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP012187|383155:456569|DBSCAN-SWA 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45 | Staphylococcus_phage(23.08%) | transposase,holin | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
465935 : 510125
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP012187|465935:510125|DBSCAN-SWA 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62 | Lactobacillus_phage(86.0%) | capsid,integrase,holin,head,portal,tail,protease,terminase | attL 467850:467868|attR 510263:510281 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_6 |
909771 : 1029374
Sequences of DBSCAN-SWA_6
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6 >NZ_CP012187|909771:1029374|DBSCAN-SWA 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117 | Staphylococcus_phage(12.9%) | transposase,tRNA,integrase,head,portal,tail,protease,terminase | attL 921164:921180|attR 960165:960181 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_7 |
1743640 : 1814879
Sequences of DBSCAN-SWA_7
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7 >NZ_CP012187|1743640:1814879|DBSCAN-SWA 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79 | Lactobacillus_phage(81.82%) | capsid,tRNA,integrase,holin,head,portal,terminase,tail,protease,transposase | attL 1748415:1748439|attR 1820220:1820244 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_8 |
1858193 : 1935173
Sequences of DBSCAN-SWA_8
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8 >NZ_CP012187|1858193:1935173|DBSCAN-SWA 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55 | unidentified_phage(18.18%) | protease,transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_9 |
2167782 : 2246811
Sequences of DBSCAN-SWA_9
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9 >NZ_CP012187|2167782:2246811|DBSCAN-SWA 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95 | Lactobacillus_phage(76.36%) | capsid,tRNA,integrase,holin,head,portal,tail,protease,terminase | attL 2207651:2207666|attR 2252488:2252503 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_10 |
2285190 : 2351783
Sequences of DBSCAN-SWA_10
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10 >NZ_CP012187|2285190:2351783|DBSCAN-SWA 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59 | Bacillus_phage(27.27%) | bacteriocin,protease,tRNA,transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
17681 : 50645
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP012188|17681:50645|DBSCAN-SWA 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35 | Clostridium_phage(20.0%) | transposase,holin | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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