CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP013057	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-2, complete sequence	0 crisprs	csa3	0	0	1	0
NZ_CP013056	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence	2 crisprs	RT,cas7,cas8c,cas5,cas3,csa3,cas14j	1	20	2	0
NZ_CP013060	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-5, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	6
NZ_CP013055	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 chromosome, complete genome	1 crisprs	RT,cas3,c2c9_V-U4,DEDDh,cas14j,csa3,WYL,cas14k,DinG	1	0	14	0
NZ_CP013059	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-4, complete sequence	0 crisprs	RT	0	0	1	0
NZ_CP013058	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-3, complete sequence	0 crisprs	csa3	0	0	0	0
NZ_CP013061	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-6, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NZ_CP013055

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP013055_1

• CRISPR_ID: NZ_CP013055_1
• CRISPR_location: 603485-603635
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NZ_CP013055_1

Consensus_repeat	Method
CGCCGATATATTTTGAAAATCGCTGATATAA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP013055_1

>1.1|603516|29|NZ_CP013055|CRISPRCasFinder
TCTGAGTTACGCCGATATATTTTGAAAAT
>1.2|603576|29|NZ_CP013055|CRISPRCasFinder
TTTGAAAATCGCTGATATAATCTGAGTTA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP013055_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP013055_1

>merge|NZ_CP013055|1|603485-603635|CRISPRCasFinder
TTTTAGCAATTATTGAAAATCGCTGATATAATCTGAGTTACGCCGATATATTTTGAAAATCGCTGATATAATCTGAGTTACGCCGATATATTTTGAAAATCGCTGATATAATCTGAGTTACGCCGATATATTTTGAAAATCGCTGATATAA

>NZ_CP013055|1|1|603485-603635|CRISPRCasFinder
TTTTAGCAATTATTGAAAATCGCTGATATAA	TCTGAGTTACGCCGATATATTTTGAAAAT
CGCTGATATAATCTGAGTTACGCCGATATAT	TTTGAAAATCGCTGATATAATCTGAGTTA
CGCCGATATATTTTGAAAATCGCTGATATAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP013055.1|WP_000597152.1|606492_607230_-|polysaccharide-deacetylase	unknown	unknown	gnl|CDD|200569
NZ_CP013055.1|WP_000820970.1|603712_606388_-|sigma-54-dependent-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|226443
NZ_CP013055.1|WP_000378321.1|607429_608503_-|undecaprenyl/decaprenyl-phosphate-alpha-N-acetylglucosaminyl-1-phosphate-transferase	unknown	unknown	gnl|CDD|133463
NZ_CP013055.1|WP_000989059.1|599201_599525_+|PTS-lactose/cellobiose-transporter-subunit-IIA	unknown	unknown	gnl|CDD|238133
NZ_CP013055.1|WP_000207046.1|603015_603429_+|CHRD-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|214804
NZ_CP013055.1|WP_000593487.1|600903_601608_+|chitin-disaccharide-deacetylase	unknown	unknown	gnl|CDD|235007
NZ_CP013055.1|WP_000617782.1|595418_596720_+|PTS-cellobiose-transporter-subunit-IIC	unknown	unknown	gnl|CDD|273034
NZ_CP013055.1|WP_001168848.1|597712_599020_+|PTS-cellobiose-transporter-subunit-IIC	unknown	unknown	gnl|CDD|224372
NZ_CP013055.1|WP_000392787.1|611588_612713_-|LCP-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224235
NZ_CP013055.1|WP_000140145.1|610435_611551_+|UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase-(non-hydrolyzing)	unknown	unknown	gnl|CDD|223458
NZ_CP013055.1|WP_000704918.1|609035_610361_+|UDP-glucose/GDP-mannose-dehydrogenase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223936
NZ_CP013055.1|WP_000400857.1|614682_614997_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224647
NZ_CP013055.1|WP_000499473.1|615145_616558_+|C40-family-peptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|366353
NZ_CP013055.1|WP_000926665.1|612795_613431_-|YigZ-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|129359
NZ_CP013055.1|WP_000856213.1|601646_602828_-|chromate-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|273350
NZ_CP013055.1|WP_001023567.1|597393_597696_+|PTS-sugar-transporter-subunit-IIB	unknown	unknown	gnl|CDD|99906
NZ_CP013055.1|WP_002101558.1|613667_614510_+|DegV-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|273257
NZ_CP013055.1|WP_000145762.1|599528_600854_+|6-phospho-beta-glucosidase	unknown	unknown	gnl|CDD|133432
NZ_CP013055.1|WP_000379645.1|596729_597047_+|PTS-lactose/cellobiose-transporter-subunit-IIA	unknown	unknown	gnl|CDD|376749
NZ_CP013055.1|WP_001023554.1|595101_595404_+|PTS-sugar-transporter-subunit-IIB	unknown	unknown	gnl|CDD|99906

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP013055.1|WP_000597152.1|606492_607230_-|polysaccharide-deacetylase	gnl|CDD|200569	cd10944, CE4_SmPgdA_like, Catalytic NodB homology domain of Streptococcus mutans polysaccharide deacetylase PgdA, Bacillus subtilis YheN, and similar proteins. This family is represented by a putative polysaccharide deacetylase PgdA from the oral pathogen Streptococcus mutans (SmPgdA) and Bacillus subtilis YheN (BsYheN), which are members of the carbohydrate esterase 4 (CE4) superfamily. SmPgdA is an extracellular metal-dependent polysaccharide deacetylase with a typical CE4 fold, with metal bound to a His-His-Asp triad. It possesses de-N-acetylase activity toward a hexamer of chitooligosaccharide N-acetylglucosamine, but not shorter chitooligosaccharides or a synthetic peptidoglycan tetrasaccharide. SmPgdA plays a role in tuning cell surface properties and in interactions with (salivary) agglutinin, an essential component of the innate immune system, most likely through deacetylation of an as-yet-unidentified polysaccharide. SmPgdA shows significant homology to the catalytic domains of peptidoglycan deacetylases from Streptococcus pneumoniae (SpPgdA) and Listeria monocytogenes (LmPgdA), both of which are involved in the bacterial defense mechanism against human mucosal lysozyme. The Bacillus subtilis genome contains six polysaccharide deacetylase gene homologs: pdaA, pdaB (previously known as ybaN), yheN, yjeA, yxkH and ylxY. The biological function of BsYheN is still unknown. This family also includes many uncharacterized polysaccharide deacetylases mainly found in bacteria.	3.79782e-82
NZ_CP013055.1|WP_000820970.1|603712_606388_-|sigma-54-dependent-transcriptional-regulator	gnl|CDD|226443	COG3933, COG3933, Transcriptional antiterminator [Transcription].	3.72519e-94
NZ_CP013055.1|WP_000378321.1|607429_608503_-|undecaprenyl/decaprenyl-phosphate-alpha-N-acetylglucosaminyl-1-phosphate-transferase	gnl|CDD|133463	cd06853, GT_WecA_like, This subfamily contains Escherichia coli WecA, Bacillus subtilis TagO and related proteins. WecA is an UDP-N-acetylglucosamine (GlcNAc):undecaprenyl-phosphate (Und-P) GlcNAc-1-phosphate transferase that catalyzes the formation of a phosphodiester bond between a membrane-associated undecaprenyl-phosphate molecule and N-acetylglucosamine 1-phosphate, which is usually donated by a soluble UDP-N-acetylglucosamine precursor. WecA participates in the biosynthesis of O antigen LPS in many enteric bacteria and is also involved in the biosynthesis of enterobacterial common antigen. A conserved short sequence motif and a conserved arginine at a cytosolic loop of this integral membrane protein were shown to be critical in recognition of substrate UDP-N-acetylglucosamine.	9.38398e-90
NZ_CP013055.1|WP_000989059.1|599201_599525_+|PTS-lactose/cellobiose-transporter-subunit-IIA	gnl|CDD|238133	cd00215, PTS_IIA_lac, PTS_IIA, PTS system, lactose/cellobiose specific IIA subunit. The bacterial phosphoenolpyruvate: sugar phosphotransferase system (PTS) is a multi-protein system involved in the regulation of a variety of metabolic and transcriptional processes. This family is one of four structurally and functionally distinct group IIA PTS system cytoplasmic enzymes, necessary for the uptake of carbohydrates across the cytoplasmic membrane and their phosphorylation. This family of proteins normally function as a homotrimer, stabilized by a centrally located metal ion. Separation into subunits is thought to occur after phosphorylation.	4.71348e-39
NZ_CP013055.1|WP_000207046.1|603015_603429_+|CHRD-domain-containing-protein	gnl|CDD|214804	smart00754, CHRD, A domain in the BMP inhibitor chordin and in microbial proteins.	3.88884e-32
NZ_CP013055.1|WP_000593487.1|600903_601608_+|chitin-disaccharide-deacetylase	gnl|CDD|235007	PRK02134, PRK02134, chitin disaccharide deacetylase.	1.41761e-133
NZ_CP013055.1|WP_000617782.1|595418_596720_+|PTS-cellobiose-transporter-subunit-IIC	gnl|CDD|273034	TIGR00359, NN'-diacetylchitobiose_permease_IIC_component, phosphotransferase system, cellobiose specific, IIC component. The family consists of the cellobiose specific form of the phosphotransferase system (PTS), IIC component. [Transport and binding proteins, Carbohydrates, organic alcohols, and acids, Signal transduction, PTS].	1.85092e-180
NZ_CP013055.1|WP_001168848.1|597712_599020_+|PTS-cellobiose-transporter-subunit-IIC	gnl|CDD|224372	COG1455, CelB, Phosphotransferase system cellobiose-specific component IIC [Carbohydrate transport and metabolism].	1.81788e-164
NZ_CP013055.1|WP_000392787.1|611588_612713_-|LCP-family-protein	gnl|CDD|224235	COG1316, LytR, Transcriptional regulator [Transcription].	2.50941e-86
NZ_CP013055.1|WP_000140145.1|610435_611551_+|UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase-(non-hydrolyzing)	gnl|CDD|223458	COG0381, WecB, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	0
NZ_CP013055.1|WP_000704918.1|609035_610361_+|UDP-glucose/GDP-mannose-dehydrogenase-family-protein	gnl|CDD|223936	COG1004, Ugd, Predicted UDP-glucose 6-dehydrogenase [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	0
NZ_CP013055.1|WP_000400857.1|614682_614997_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224647	COG1733, COG1733, Predicted transcriptional regulators [Transcription].	9.54836e-36
NZ_CP013055.1|WP_000499473.1|615145_616558_+|C40-family-peptidase	gnl|CDD|366353	pfam00877, NLPC_P60, NlpC/P60 family. The function of this domain is unknown. It is found in several lipoproteins.	1.46388e-34
NZ_CP013055.1|WP_000926665.1|612795_613431_-|YigZ-family-protein	gnl|CDD|129359	TIGR00257, IMPACT_family_member_HI_0722, uncharacterized protein, YigZ family. This uncharacterized protein family includes YigZ, which has been crystallized, from E. coli. YigZ is homologous to the protein product of the mouse IMPACT gene. Crystallography shows a two-domain stucture, and the C-terminal domain is suggested to bind nucleic acids. The function is unknown. Note that the ortholog from E. coli was shown fused to the pepQ gene in GenBank entry X54687. This caused occasional misidentification of this protein as pepQ; this family is found in a number of species that lack pepQ. [Unknown function, General].	2.89702e-83
NZ_CP013055.1|WP_000856213.1|601646_602828_-|chromate-transporter	gnl|CDD|273350	TIGR00937, Chromate_transport_protein, chromate transporter, chromate ion transporter (CHR) family. Members of this family probably act as chromate transporters, and are found in Pseudomonas aeruginosa, Alcaligenes eutrophus, Vibrio cholerae, Bacillus subtilis, Ochrobactrum tritici, cyanobacteria and archaea. The protein reduces chromate accumulation and is essential for chromate resistance. [Transport and binding proteins, Anions].	5.64932e-141
NZ_CP013055.1|WP_001023567.1|597393_597696_+|PTS-sugar-transporter-subunit-IIB	gnl|CDD|99906	cd05564, PTS_IIB_chitobiose_lichenan, PTS_IIB_chitobiose_lichenan: subunit IIB of enzyme II (EII) of the N,N-diacetylchitobiose-specific and lichenan-specific phosphoenolpyruvate:carbohydrate phosphotransferase system (PTS). In these systems, EII is either a lichenan- or an N,N-diacetylchitobiose-specific permease with two cytoplasmic domains (IIA and IIB) and a transmembrane channel IIC domain. In the chitobiose system, these subunits are expressed as separate proteins from chbA, chbB, and chbC of the chb operon (formerly the cel (cellulose) operon). In the lichenan system, these subunits are expressed from licA, licB, and licC of the lic operon. The lic operon of Bacillus subtilis is required for the transport and degradation of oligomeric beta-glucosides, which are produced by extracellular enzymes on substrates such as lichenan or barley glucan. The lic operon is transcribed from a gammaA-dependent promoter and is inducible by lichenan, lichenan hydrolysate, and cellobiose. The IIB domain fold includes a central four-stranded parallel open twisted beta-sheet flanked by alpha-helices on both sides. The seven major PTS systems with this IIB fold include chitobiose/lichenan, ascorbate, lactose, galactitol, mannitol, fructose, and a sensory system with similarity to the bacterial bgl system.	4.90006e-47
NZ_CP013055.1|WP_002101558.1|613667_614510_+|DegV-family-protein	gnl|CDD|273257	TIGR00762, DegV, EDD domain protein, DegV family. This family of proteins is related to DegV of Bacillus subtilis and includes paralogous sets in several species (B. subtilis, Deinococcus radiodurans, Mycoplasma pneumoniae) that are closer in percent identity to each than to most homologs from other species. This suggests both recent paralogy and diversity of function. DegV itself is encoded immediately downstream of DegU, a transcriptional regulator of degradation, but is itself uncharacterized. Crystallography suggested a lipid-binding site, while comparison of the crystal structure to dihydroxyacetone kinase and to a mannose transporter EIIA domain suggests a conserved domain, EDD, with phosphotransferase activity. [Unknown function, General].	2.05797e-131
NZ_CP013055.1|WP_000145762.1|599528_600854_+|6-phospho-beta-glucosidase	gnl|CDD|133432	cd05296, GH4_P_beta_glucosidase, Glycoside Hydrolases Family 4; Phospho-beta-glucosidase. Some bacteria simultaneously translocate and phosphorylate disaccharides via the phosphoenolpyruvate-dependent phosphotransferase system (PEP-PTS). After translocation, these phospho-disaccharides may be hydrolyzed by the GH4 glycoside hydrolases such as the phospho-beta-glucosidases. Other organisms (such as archaea and Thermotoga maritima ) lack the PEP-PTS system, but have several enzymes normally associated with the PEP-PTS operon. The 6-phospho-beta-glucosidase from Thermotoga maritima hydrolylzes cellobiose 6-phosphate (6P) into glucose-6P and glucose, in an NAD+ and Mn2+ dependent fashion. The Escherichia coli 6-phospho-beta-glucosidase (also called celF) hydrolyzes a variety of phospho-beta-glucosides including cellobiose-6P, salicin-6P, arbutin-6P, and gentobiose-6P. Phospho-beta-glucosidases are part of the NAD(P)-binding Rossmann fold superfamily, which includes a wide variety of protein families including the NAD(P)-binding domains of alcohol dehydrogenases, tyrosine-dependent oxidoreductases, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases, formate/glycerate dehydrogenases, siroheme synthases, 6-phosphogluconate dehydrogenases, aminoacid dehydrogenases, repressor rex, and NAD-binding potassium channel domains, among others.	0
NZ_CP013055.1|WP_000379645.1|596729_597047_+|PTS-lactose/cellobiose-transporter-subunit-IIA	gnl|CDD|376749	pfam02255, PTS_IIA, PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit. The bacterial phosphoenolpyruvate: sugar phosphotransferase system (PTS) is a multi-protein system involved in the regulation of a variety of metabolic and transcriptional processes. The lactose/cellobiose-specific family are one of four structurally and functionally distinct group IIA PTS system enzymes. This family of proteins normally function as a homotrimer, stabilized by a centrally located metal ion. Separation into subunits is thought to occur after phosphorylation.	1.48527e-43
NZ_CP013055.1|WP_001023554.1|595101_595404_+|PTS-sugar-transporter-subunit-IIB	gnl|CDD|99906	cd05564, PTS_IIB_chitobiose_lichenan, PTS_IIB_chitobiose_lichenan: subunit IIB of enzyme II (EII) of the N,N-diacetylchitobiose-specific and lichenan-specific phosphoenolpyruvate:carbohydrate phosphotransferase system (PTS). In these systems, EII is either a lichenan- or an N,N-diacetylchitobiose-specific permease with two cytoplasmic domains (IIA and IIB) and a transmembrane channel IIC domain. In the chitobiose system, these subunits are expressed as separate proteins from chbA, chbB, and chbC of the chb operon (formerly the cel (cellulose) operon). In the lichenan system, these subunits are expressed from licA, licB, and licC of the lic operon. The lic operon of Bacillus subtilis is required for the transport and degradation of oligomeric beta-glucosides, which are produced by extracellular enzymes on substrates such as lichenan or barley glucan. The lic operon is transcribed from a gammaA-dependent promoter and is inducible by lichenan, lichenan hydrolysate, and cellobiose. The IIB domain fold includes a central four-stranded parallel open twisted beta-sheet flanked by alpha-helices on both sides. The seven major PTS systems with this IIB fold include chitobiose/lichenan, ascorbate, lactose, galactitol, mannitol, fructose, and a sensory system with similarity to the bacterial bgl system.	2.00226e-45

Protein sequences

>NZ_CP013055.1|WP_000207046.1|603015_603429_+|CHRD-domain-containing-protein
MTTHFFARLTGKREVPPVNTEAFGVAEFIFSDDLTKLHYRVILKNIEKVTSCQIHLGKSTQIGPVVLYLYGPLEQGISLNEGSITGVVNVEDFEGPLQGKSFVHLLQEIIQANVYVNVHTKSQKRGEIRGRVRKVKK
>NZ_CP013055.1|WP_000856213.1|601646_602828_-|chromate-transporter
MKTNKYTFHTLLEIFLVSFKLGLTSFGGPVAHLGYFHHEYVQKRKWMDERSYGDLVALCQFLPGPASSQVGMGVGLLRGGLLGAIISWIGFTLPSVLVLVFFASFLNQFDLGSAGWIHGLKLVAVAIVAHAIWGMARKLTPDRNRATIAIVTAAIALLWPSSWTQVILIIICGFIGWFLYRNQPISQSQNIRVPISKKIAVSCLVLFFGLLLLLPILRPFSYYIALFDSFYRSGALVFGGGHVVLPLLEGEFVQNGMMTKEQFLAGYGLTQAVPGPLFTFASYIGAVLNGTLGAIIATIAIFLPAFLLVIGVLPFWNNVRKISFIQGALLGVNAAVVGILIAAFYDPIWTSTIINASDFVFASLLFCLLAFWKAPPWVIVILGAFGGYILSIL
>NZ_CP013055.1|WP_000593487.1|600903_601608_+|chitin-disaccharide-deacetylase
MIKLIVNADDFGLTEGTNYGIIDGHINGLVNSTTMMMNMPGTEHAVRLAKEYNLLGVGVHLVLTAGEPLLGDVPSLVGSDGSFHKQSVVREGNINPEEVEREWTAQIEKFLSYGLTPTHLDSHHHVHGLPILHDVLERLAAKYNVPIRRCGEDRAVHPFSDVFYSDFYADGVTEDYFMKLKERVQGEQTVEIMVHPAYIDPELVKRSSYVMDRVKELRILTESELPEGIELVKF
>NZ_CP013055.1|WP_000145762.1|599528_600854_+|6-phospho-beta-glucosidase
MTGIKIATIGGGSSYTPELIEGFIKRYDELPVREIWLVDIEAGKEKLEIVGNLAKRMVKKSGLPIEVHLTLDRREALKDADFVTTQLRVGLLEARAKDEAIPLKYDVIGQETNGPGGLFKALRTIPVILDICKDMEELCPNAWLINFANPAGMVTEAVLRYTNIQRVVGLCNVPIGIRMGLARLLEVDASRVHVDFAGLNHMVYGLDVYLDGVSVMDRVLELVTDPEKQITMENIAALNWEPDFIRGLRAIPCPYHRYYYKTREMLEEEKEASVEKGTRAEVVKQLENDLFELYKDPNLDIKPPQLEKRGGAYYSDAACSLITSIYNNKGDIQPVNTRNNGTIASLPHDSAVEVNCIITKEGPKPIAVGDLPVPVRGLVQQIKSFERTTIEAAVTGDYHKALLAMTINPLVPSDKVAKQILDEMLEAHKEYLPQFFKKVEK
>NZ_CP013055.1|WP_000989059.1|599201_599525_+|PTS-lactose/cellobiose-transporter-subunit-IIA
MMTTAEQIPFQLILNSGNARSFAMEALQFAKQGKMVEADEAMVKAKEAINEAHHFQTELIQSEARGEKTEVSVLLIHAQDHLMNAITVKELAAEFIDLYKKLEAKGE
>NZ_CP013055.1|WP_001168848.1|597712_599020_+|PTS-cellobiose-transporter-subunit-IIC
MQKFIAFMEKYLVPVAGRIGSQRHLVAIRDGFIAVMPLILVGSFAVLINNLPIDAFQNFMKGTFGDAWKDVGGGMWTGSFAILALIVAVGISYNLAKSYGVDALSAAIITFGALIIISPTTPKEGGIDLAWTGAQGLFVSIIVALLVTEVFRFFVQRDITIKMPDGVPPAVMKSFAALVPAFVILIVTAGIQLAVKLAGTSIHKMVFETIQLPLQGLAGTLPSAIIIALLIHVLWFFGLHGPNIIGGIIDPIYLPALEKNMKLFNDGMSAYDVPHIFTKPFFDVYVYIGGSGATLAFLVAVMLVAKSAQLRGVGRVSIGPGFFNINEPVIFGTPIVLNPTLIIPFVLTPVVLVITSYTAITLGWVPKTVALVPWTMPPIFSGYLVSGGSIAGAALQVVNFAIAVVIYYPFVLMCDRTYVQAAKAETKGSDNSVSL
>NZ_CP013055.1|WP_001023567.1|597393_597696_+|PTS-sugar-transporter-subunit-IIB
MNILLCCSAGMSTSLLVTKMEAAAKARGLEGKIWAVSGDAVKTNIDQADVLLLGPQVRYMLSSMKTLADEKNVGIDVINPMHYGMMNGEAVLDHALTLKK
>NZ_CP013055.1|WP_000379645.1|596729_597047_+|PTS-lactose/cellobiose-transporter-subunit-IIA
MDTIETKAFHLILHGGNARSCSMEAIDCAKRGEFTEAEAKLQEALEELKEAHRVQTELIQKEAGGEKTEVTLLMVHAQDHLMNAITVKELASEFVELYRKMSVDE
>NZ_CP013055.1|WP_000617782.1|595418_596720_+|PTS-cellobiose-transporter-subunit-IIC
MIRFLEKYVMPVAGKVAEQRHLQAIRDGIILTMPFLIIGSFFLIISALPIPGYNDFMAGLFGENWQRALGYPVSATFNIMALIAVFGIAYRLGEYYKVDALASGALSLVTFLLATPFQVAYIIPSTKESVLVEGAIPAALMGSQGLFVAMIIALISTELYRFIVQKKIIIKMPETVPPAVTRSFAALVPGFIVVTVIWILRLIIENTSFGSIHNIVGQILQEPLSVLGASLWGAIIAVILVHVLWSCGIHGATIVGGVMSPVWLSLMDQNRVAFQAGQDVPNTITAQFFDLWIYMGGSGATLALVVGMLLFARSQQLKSLGRLSIAPGIFNINEMVTFGMPIVMNPLLLIPFILVPVVLTIVSYFAMEWGWVARPSGAAVPWTTPILFSGYLGSGGKISGVILQLVNFALAFFIYLPFLKIWDKQKLAEEKGE
>NZ_CP013055.1|WP_001023554.1|595101_595404_+|PTS-sugar-transporter-subunit-IIB
MNILLCCAAGMSSSLIVTKMEKAAEARGIEVTIWAVSGSEVNSHIDKADVLLLGPQVRYLLPKMKELCKDKGIPVDVIQSVHYGLCNGEAILQAALLMKP
>NZ_CP013055.1|WP_000820970.1|603712_606388_-|sigma-54-dependent-transcriptional-regulator
MKRIDLIFNAIQKGNYTEGVTASELATFLQLDRANVSSDLNKLVKDKRLLKTNTRPVRFYIETNTSLETHSKDITSLDTFAIENTSLKIAIEKAKASILYPPNGMHTLLLGETGVGKSMFASLMHEYAIEVEQLPKDAPFIVFNCADYANNPQLLLGQLFGIKKGAYTGASDQKGLIEKAHEGILFLDEVHRLPPEGQEMLFTFIDRGVYRRLGETENERKAQVLIITATTEEPNSFLLKTFTRRIPMTVTLPPLRERTHKERFALLQRFFTNEAIRLRKDIHVSPNAMRAFVFYNCPNNIGQLKTDVQIACAKAYSDLVTKKRDSVYVSSSDLPWYMKEGLFIERKSRHLYQIPNETFVFTGEEGWSNHKTEDEKRSSIYDYIDYKYEELQARGIEEEELELLIENDVQSFFVQYFNQISKKTSHENVFKIVDRNIVSVCEKIAELAEKHLSKTFDEKVFLALSLHVQTTLQRLQSGKQIHHPQLNQIRTKYKEAFSVAMQCIQLLEEELQITMPIDEAGFLTMFFVVDPIPASQTEVKVLILAHGNGIATEMANVANELLGIEEVTGIDMPLHESPKDFLERVKVYMKTLQNVNGLLLLVDMGSLAYIGDILETEFKIPVRVLSMTSTPHALEAARKAQLGYSLDALYETVKNLTPFYLNVQEEKKKPLSPMKSVILTACLTGEGSALAIQKMLENYLRFDKDLIEIIPISIVHEKDLTKMIENIKKERNIICIVTNFDVQVPCLTYHFQDIVNYTAIQPIQELITYEETYAKMADILEQQMQRNDGALLIKTIRYALNTIQELISLQLTPDSLMGVILHMSCMVDRLQKGESLLPHPDKEKRRQDEYWMYMKVKKALQPIENTFEIQIPDDEVFYVMDFFIKNQPVKN
>NZ_CP013055.1|WP_000597152.1|606492_607230_-|polysaccharide-deacetylase
MIKRVFQCIILFLTITMYVSSNTEATTVIPAEYHPNTETTSPTQKIAYLTFDDGPNKYTTQILNILKEKNGKATFFVIGGKVPHYTKTMQRLIKEGHYIGLHSMSHDVKRLYTGDPSTLIAEMEQTQSIVQQVTKLNTHLVRVPYGSMPYLKKNYRDALVSAQYKMWDWTIDTYDWKSYDNPSAILERVRNQSDEQVEVILMHDSSVTVQILPKVIDYLQSQGYKLLPYNPSSHLKVNFWKDTRL
>NZ_CP013055.1|WP_000378321.1|607429_608503_-|undecaprenyl/decaprenyl-phosphate-alpha-N-acetylglucosaminyl-1-phosphate-transferase
MDSQVIYAILASFITVLVVTPLVIKLAFKIGATDKPNARKVHQKIMPRLGGLAIFIGVAVGFVVGGLYEQRMLSITLGAIIIVIIGILDDMYELSARVKFGGQLLVAMMIVKSGLLVQVLYIPFLGDTELGWLAYPITVFWLVGITNAINLIDGLDGLSAGISSIVLATLAYMAFTSPWGTGTAIILPLALIILASTIGFLFYNFHPAKIFMGDTGALFLGYCISVISLLGLYKSVTLFSFIVPIIILGVPIFDTIFAIIRRIVNKKPISAPDKSHLHHRLLAMGFSHRKTVLIIYAFGIFFSVNAIIFTSATLWLSIILLFALIFFTEIIAEIIGLVHERYKPIISFYKKVKKRED
>NZ_CP013055.1|WP_000704918.1|609035_610361_+|UDP-glucose/GDP-mannose-dehydrogenase-family-protein
MKITIVGTGYVGLITGVGLAKLGHSVTCFDIDDEKIERIKQGDLPIYEARLHELINYAYENNALTFTSNKEEAFDDVEFIFIAVGTPPLLDGTADLTYIQSACNDIGLYATNDIIVVTKSTVPVGTNDVMKGWIEEKLKGRHTVHIVSNPEFLREGSGIYDFFHGDRIVIGADSEEVARRVESLYSELCLETYVTDIKSAEMIKYASNAFLATKISFINEISNICEKVGANVLDVAKGMGMDKRIGASFLNAGIGYGGSCFPKDTKALVQIAGNVAHDFRLLKAVIEVNNKQQLLLIEKAKKVMNMNKKRIAVLGASFKPNTDDIREASSLIIIEALINIGADIVLYDPKAIQYVKNIFGDAIQYSRCIDESIRDASAVFIVTEWGDIQTYPLEKYVQLMREPILFDGRNCYTDEDVKKQKIDYYSVGRKSICNRKVSVMR
>NZ_CP013055.1|WP_000140145.1|610435_611551_+|UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase-(non-hydrolyzing)
MTERLKVMTIFGTRPEAIKMAPLVLELQKHPEKIESIVTVTAQHRQMLDQVLSIFGITPDFDLNIMKDRQTLIDVTTRGLEGLDKVMKEAKPDIVLVHGDTTTTFIASLAAFYNQIPVGHVEAGLRTWDKYSPYPEEMNRQLTGVMADLHFSPTAKSATNLQKENKDESRIFITGNTAIDALQTTVKETYSHPVLEKLGNDRLVLMTAHRRENLGEPMRNMFRAIKRLVDKHEDVQVVYPVHMNPVVREIANEILGEHNRIHLIEPLDVIDFHNVAARSYLMLTDSGGVQEEAPSLGVPVLVLRDTTERPEGIEAGTLKLAGTDEETIFGLADELLSDKEAHDKMAKASNPYGDGRASERIVEAILQHFNK
>NZ_CP013055.1|WP_000392787.1|611588_612713_-|LCP-family-protein
MEERYYHLQNSRIKKKRRRKLFFFLIFAFLFGSIGVYVLNSYSSLMGMYSGFTREKSDLRNEDVEITKEPFTILIMGIEDYATDGQNGRTDSLMFATVNPKTKKVSLMSIPRDSRVPIVGKGKEDKINAAHAYGGEEMAIKTVEGFLKVPVDHYIKIDFQGFKGIVDAVGGVTVDVPFDFWERSDVDYYKKIQFKQGQQNLNGEEALAYVRMRKQDPNGDYGRAARQRQLLAAVAQKLNSTSTVFKIKDLTTVVGKYIKTDIPISDGLALYNKLSGFDPSTIQTLKLEGEDKKIGGIYYFLPDPISVETVRNEIEKELGEKAKNPTTKNNSNPDSNSSSNSNEQTKKATNQNKTPTDPPPSTNAHAEWIMRNQP
>NZ_CP013055.1|WP_000926665.1|612795_613431_-|YigZ-family-protein
MLLQYFTIKDYGEHEIVIQKSRFICYISRATTEEEAQEFIQKIKKQHWNATHNCSAYLIGEQDHIQKANDDGEPSGTAGVPMLEVLKKRGLKDTVVVVTRYFGGIKLGAGGLIRAYGKCTSEGINHVGVVQRKLMRVMQTEIDYTLLGKVENELRNSKYAIKDIHYLENVTFDTYVEEDGKQAFTDWMIELTNGKCTITEGDMLYLEQDVI
>NZ_CP013055.1|WP_002101558.1|613667_614510_+|DegV-family-protein
MKIAIVTDSTAYIPKQIRDELNIYMIPLNVVFGTESYQEEAEISADDFYVKVREQEELPKTSQPAIGKFVELYEELAKDYDAVISIHLSSGISGTYQTSTTAGQMVEGIDVYTYDSEISCEVQGFYVREGAKLASEGKNPKEIIARFDEMKKTMDAYFVVDDLHHLQRGGRLNSAQAFIGSLLQVKPVLYFRDKIIIAFEKIRTRKKALKRIIEIFDEQASKGVPMEAVIIHAQREEEANEWKKELEAKYPHVTIRTGYFGAVIGTHLGEGALGLGWYTK
>NZ_CP013055.1|WP_000400857.1|614682_614997_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MEHNSCLCPKFESAFTLLSKKWTGLIIKSLLEESKRFREIADIIPNMSDRMLSERLKELESEGIVVRNVYPEVPVRIEYGLTDKGKALESVMDEVQNWAEKWMK
>NZ_CP013055.1|WP_000499473.1|615145_616558_+|C40-family-peptidase
MFYKNVTLAKKIPNYGINFIGYIRKKKKESGVKNKMKKLKMASCALVAGLMFSGLTPNVFAEDKISDVKSQINTQNDTLHKQQQERDELQKQMNDLNKTIQGLDKSVQENAAKLDETMKKVSDTEQLIEKKNKDIAELQTKIAKREELLRKRLVALQEQPNTNVVTEVLVNSKNVADLVDRLTSVSKILESDEDIMKTQQEDQASVKKDVATVKEKQKELKEAQAQIETAKKELDAEKEKKATAVNDLSGKMDTVVTSMTSTEGQLKELEKQALQLQRIAEEEAQAKAAQEAAAQKQAEQAAKAAQAQPAQAPAEQAAPANNGGQAQKEEPKKEEPKKEEPKKEAPKQEEKKPAPNVGGVIGKAQSYLGLPYVWGSASPSNGGFDCSGFISYIFGVGRQDVRGYWNSVSKVDSPQPGDLVFFQGTYKAGPSHIGIYVGNGQMIHASDKGIAYGDINSSYNQKHFLGYGRF

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP013055_1	1.1|603516|29|NZ_CP013055|CRISPRCasFinder	603516-603544	29	NZ_CP013055.1	603636-603664	2	0.931
NZ_CP013055_1	1.1|603516|29|NZ_CP013055|CRISPRCasFinder	603516-603544	29	NZ_CP013055.1	1181080-1181108	2	0.931

1. spacer 1.1|603516|29|NZ_CP013055|CRISPRCasFinder matches to position: 603636-603664, mismatch: 2, identity: 0.931

tctgagttacgccgatatattttgaaaat	CRISPR spacer
tctgggttgcgccgatatattttgaaaat	Protospacer
****.***.********************

2. spacer 1.1|603516|29|NZ_CP013055|CRISPRCasFinder matches to position: 1181080-1181108, mismatch: 2, identity: 0.931

tctgagttacgccgatatattttgaaaat	CRISPR spacer
tccgagttacgccgatatattttgataat	Protospacer
**.********************** ***

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	2898 : 41107	58	Bacillus_phage(64.1%)	tail,portal,terminase,protease,capsid,head,integrase	attL 25079:25096|attR 38009:38026
DBSCAN-SWA_2	650638 : 727004	98	Bacillus_phage(50.0%)	tail,transposase,portal,terminase,protease,holin,capsid,head,integrase	attL 666907:666927|attR 709447:709467
DBSCAN-SWA_3	858563 : 952481	102	Bacillus_phage(79.69%)	tail,transposase,tRNA,portal,terminase,protease,holin,coat,capsid,head,integrase	attL 871149:871168|attR 957936:957955
DBSCAN-SWA_4	1302324 : 1310010	10	Bacillus_phage(33.33%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_5	1342325 : 1403632	57	Klosneuvirus(22.22%)	protease,coat,transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_6	3610853 : 3663295	36	Orpheovirus(25.0%)	bacteriocin,transposase,tRNA,integrase	attL 3635893:3635909|attR 3661847:3661863
DBSCAN-SWA_7	3767951 : 3829223	72	Bacillus_phage(90.57%)	tail,transposase,bacteriocin,portal,terminase,protease,capsid,head,integrase	attL 3767590:3767608|attR 3814502:3814520
DBSCAN-SWA_8	3843034 : 3903148	60	Bacillus_phage(23.53%)	protease,coat,transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	3923109 : 3931260	7	Bacillus_phage(66.67%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_10	4594201 : 4669269	88	Bacillus_phage(47.17%)	tail,transposase,tRNA,portal,terminase,protease,holin,capsid,head	NA
DBSCAN-SWA_11	5140993 : 5195369	64	Bacillus_phage(92.98%)	tail,transposase,portal,terminase,protease,capsid,head,integrase	attL 5143610:5143628|attR 5185604:5185622
DBSCAN-SWA_12	5466286 : 5564519	111	Bacillus_phage(62.5%)	tail,transposase,tRNA,portal,terminase,protease,capsid,head,integrase	attL 5515272:5515300|attR 5563158:5563186
DBSCAN-SWA_13	5601974 : 5610350	8	Synechococcus_phage(50.0%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_14	5656459 : 5670259	10	Bacillus_phage(87.5%)	holin,transposase,tail	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP013055|2898:41107|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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38009:38026	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_000745326.1|40357_41107_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP013055|650638:727004|DBSCAN-SWA
AATGAGATGGATTGTATCACTTCTTGTAAATAGCGTTGTGTTAATCGCTGTATCGGGACTTTTAAAAGGGATTGCACCAGATGCATTTTACGTAGCAAATATACAAACTGCAATTATTGCGAGTATTATATTGGCGGTTTTAAATGTGTTCGTAAAGCCATTTTTAATTTTAATTACGCTACCAATTACTGTTGTAACTTTCGGCTTCTTCTTAATTGTTATTAATGCGATTACGTTAAAAATAGCAGATTCATTATTAGGAGATGCTTTTAATATATCAGGATTTGGTGTAGCGATTGTTGCGGCAATTTGTATTTCAATTTTTAATATGATAATTGAAAAGGCAATTGTTGAGCCTCTATATGAAAAAAAGAGAAAGTGACAAAAAGAAAAACATTTCATTATTCGTATGAAATGTTTTTTTCTATTTATTAGAAACCGTATTTCTTGTTTTCAGAAAAAAATGGTACAATATCCGATAGAATGGAATTTTACATCAAACGAGACTGAACCCGCAGCGGAGTGGAGGTTTATACATATGCCGAAAGTAAGAACAAAAGATTTAATTGAACAATTTCAATTGGAGTTAATCAGTGGTGAAGAAGGCATTCATCGTCCGATTGATACAAGTGATTTATCACGACCTGGAATTGAAATGGCAGGATTTTTTACATACTATCCAGCAGATCGTGTGCAGCTTCTTGGTAAAACGGAGCTTACTTTCTTTGACACGTTAACGTCAGAGCAAAAACAAGAGAGAATGAAAGCGCTTTGTACTGAGGAGACGCCATGTATTATTGTAACTCGTAATCAAGATGTACCAGATGAGTTATTACAAGCATCACGTGAATCAGGTATGCCTTTATTACGTTCTTCTCAAACGACAACGAGATTATCAAGTCGTTTAACAAACTATTTAGAAGGTAAGTTAGCACCAACAACAGCTGTGCATGGTGTGTTAGTAGATATTTACGGCGTTGGTGTTTTAATTACAGGTCAAAGTGGTGTTGGTAAAAGTGAGACAGCTCTTGAGCTTGTAAAGCGTGGTCACCGTCTTGTTGCGGATGATAGTGTGGAAATTCGTCAAGAAGATGAAGACATGTTAGTCGGAAGTTCACCAGATTTAATCGAGCATTTATTAGAAATTCGTGGTCTAGGTATTATTAACGTTATGACGTTATTCGGTGCAGGGGCAGTACGAAATTATAAGCGTATTACACTTGTTATTAATCTTGAAATTTGGGATCAAAAGAAAAATTACGATCGCTTAGGTCTTGATGAAGAGAAGATGAAAATTATTGATACAGAACTTACGAAGATTACACTTCCAGTTCGTCCTGGTCGAAACTTGGCTGTTATTATTGAAGTAGCAGCGATGAACTTCCGTTTGAAACGTATGGGAGTCAATGCAGCACAGCAGTTCTCTGAACGATTAATGAGTGCAATTGAGTTAGGAAATCAGGAGTAAACTTTGGAGAGGGAGGTCATATACATATGCTGTTAGCTTCTGTACCACAGCTTGACCGTGTAGCTATCCAACTTGGGCCGTTTCCTGTGTATTGGTACGGGATTATTATCGGTACAGGTGTACTATTAGGTCTTTGGCTGGCAACTCGCGAGGGAGAAAGGCTAGGTATTCCAAAAGATACATTTGTTGACCTTGTATTAATTGCAGTACCGATCGCTATTCTTTTTGCGAGAATGTACTATGTTATTTTTGAATGGGAATATTACGCACAAAATCCGAGTCAAATTATTAATATTCGTCAAGGTGGTTTGGCGATTCACGGTGGTTTAATCGGGGCTGTTATTACAGGTGTTCTTTTTGCGAAACGACGCGGGGTTTCCTTCTGGAAGCTGGCTGATATTGCTGCACCAAGTATTTTACTAGGACAAGCAATTGGCCGATGGGGAAACTTTATGAACCAAGAGGCGCATGGTGATGAAGTAACGAGACAGTTTTTAGAAGGTCTTCATTTACCGGATTTCATTATTAATCAAATGTATATTGAGGGTGTGTACTATCATCCGACGTTTTTATATGAATCATTATGGAATTTTGCAGGCGTAATTTTACTACTTGCATTAAGAAAAGTGAATTTACGTCGCGGGGAGTTATTCTTCACATATTTAATTTGGTATTCAGTAGGACGCTTCTTCGTAGAAGGCTTACGTACAGATAGTTTAATGCTAGGACCACTTCGTATTGCACAAGTAATGTCAATTGGACTTGTTGTTATTTCTATTATTTTCATTATTGTGAGACGAAAAATGGGGCAAGCTGATAAAAGATATTTAGAAAATTAGAGACAAGTAGCATCTTATTATAAGATGCTGCTTCTTTCATATTCAGGAAGGCGAAAGGACTAAGGCGATGAGAATAAATACCGTGTTATTTGATTTAGATGGAACTTTAATTAATACAAATGAACTTATTATTTCTTCGTTTTTACATACTTTAAATACATATTATCCAAATCAATATAAGCGTGAAGATGTGTTGCCATTTATCGGTCCATCTTTGCATGATACTTTCAGCAAGATTGATGAAAGTAAGGTTGAAGAGATGATTACTAGCTATCGGAAATTTAACCATGATCATCATGATGAATTAGTAGAAGAATATGAAACTGTATATGAAACAGTTCGAGAGTTGAAGAAGCAAGGTTATAAAGTTGGTATTGTTACAACGAAAGCGAGACAAACCGTTGAGATGGGATTACAGTTGTCAAAGCTTGATGAATTTTTTGATGTTGTCGTGACAATTGATGATGTAGAGCATGTGAAACCACATCCGGAGCCACTTCAAAAAGCGCTTGAATTATTAGATGCAAAACCAGAAGAGGCATTGATGGTTGGGGATAATCATCATGATATTGTCGGTGGTCAAAATGCGGGGACGAAAACAGCTGCGGTTTCATGGACGTTGAAAGGTAGAGCGTATTTAGAGGCTTACAAGCCGGACTTTATGCTAGATAAAATGAGTGATTTGCTACCGATTTTGTCTAACATGAACCGTTCATAAAGGTTCAAGTAAGTTAGTAGAGGAGCGAGCTAAGTGCGACGGACAACGCGCTATCCTGTTTCAGGAGAAAATTCGTTATGGAATGTGTATAAAACAGTGTCTTTTTGGAAGGTAATGAAAAACTTTATTATTATCCAAATTGCGCGTTACACGCCATTTTTATCCGTAAAAAATTGGTTGTACCGCACTTTTTTACGGATGAAAGTAGGAAAGAAAACATCATTTGCGCTTATGGTAATGCCGGATATTATGTTCCCAGAAAAGATAACTGTGGGAGAGAATTCGATTATTGGCTATAACACAACGCTTTTAGCACATGAATATTTAATTCGTGAATATCGACTTGGCGAAATCGTCATTGGAAATGAAGTAATGATTGGAGCGAATGTAACAATATTACCAGGTGTGAACATTGGAGACGGTGCGACTGTCTCAGCTGGCACACTTGTTCATAGAGATGTACCGAGCGGTGCTTTCGTAGGTGGAAATCCAATGCGTATTATTTATACGAAAGAGCAAATGACCGCAAGAGAAGGTTCATGGTGAAAATGTAACATTTCTCCTCTTTTTTTATGAATAAAAAGGAAATAATTGAGTATAATATACTGTTTTGTTTTTTACGGAATCGTTTATACTTATAGATAGAAGAATGTGTGAACGAAGAAAACAAAAAACTGGAGGATATATGGGGAAAAATCAAAGGATATATAAGGAGAACGGACAAGTTATCTCTTTTAATCAATTAGCGGACTTCTTTTATAAAAAAGGGATGAGAGCTTACAAAGGACAAAAATTGCAAGATGCAATTAAATATTTTCGAAGAGCGGCACAAAGTGAGAAGGAGCCGTTTATTTTATGTCAATTAGCATCAGTATTATCTGAGGCTGGTGAATATCAAGAATCGAATCAAATCTTCTTAAAGTTAGTTAGATCTAATCCAGAACTTGAACAGTGCTATTATTTTATTGCAAATAATTATGCATATATGGGGTTATTTCAACAGGCGAAGAAATATGCAGATCGTTATTTAGAAGTTGCAAAAGAGAAGGAATTCGTAGAAGATACGTTAGAACTTCTTGAGATTATGGAAGAAGAAGCAATGGGTGCGGAAGAGATTGAAGATGAAGATGATTTAATTGTTATGCAGGAAGAAGCGAATCGCTATATTCGTAATGGACAATTGGAAGAAGCAATTGCTACATTAGAAATTGTTACGAAAGATTATCCGGAATTTTGGTCAGGTCATAATAATTTAGCCATTGCACATTTTCAATCTGGTAATGTAGACAAAGCACTGAAGTTAACAGAAATGATTTTAGAGAAAAATCCTGGCAATATACATGCGCTTTGTAATACGCTTATTTTTCTATATTCAATTGGAGAGCATAAACAAGTAGAGGCATTAGCGGGACAGCTAGTTTCGGTATATCCGATTTCATTTGAACATCGTTTGAAACTGGGAACTACACTCGCAACAATTGGTTATTTCGAGCATGCATATAAGTGGTTCAAACTATTAAAGCGTCAAGGATATGAGGGAGACGTTAGTTTTTATTATTGGTTTGCATATTCTGCGTATATGGTGAAAGACCAGCAACTAGCTGAAAAAATGTGGCAATATGTCGTGGAATTACATCCTGATAAAAAGGGAAAAGAACCGTGGAATGCGCTGAATTTAGCAGATGAAGGGCAAAATGTGTTATTTGAAGAATTACGAAAATCATTTCAGCAAAGTGCGACGCTAGAAGAACAAATGCTAGCTTTATATTTAATGAATGAATTGTCAACGCCGGAGAAGGTTGGATTCTTCTTTGATATAACGCAAGCGAAGAACGGTGTTCCCATCGTATCGCAACTTGCAAAGTACTTCTTTTTACTTAATAGTCATAAGAGTATTCCAGCTGATTTACAGCAATTTGAGCAGTGCGCGAGAATTGCGGATGCATTATACAATTATACGAAAAAAGATGATGAA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Homologous phage analysis in the prophage region

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709447:709467	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_000078304.1|720166_720859_+	LrgB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_000557264.1|720953_721187_+	preprotein translocase subunit SecG	NA	NA	NA	NA
WP_000761976.1|721348_722089_+	carboxylesterase	NA	NA	NA	NA
WP_000391097.1|722231_724670_+	ribonuclease R	Q0GXV6	Lactococcus_phage	1.7e-91	40.6
WP_001123919.1|724796_725264_+	SsrA-binding protein	W5RAM5	Staphylococcus_phage	5.4e-47	63.2
WP_000915084.1|726071_727004_-|holin	choline-binding protein A	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP013055|858563:952481|DBSCAN-SWA
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MKLTLLIKEEKKIFHLPEFIPARLIRQAPELADIPNNPGPEDMDKMVQYVVKVYGEQFTLDQYWDGVDARKFLSTTSDVINAIINETVGAAGGTPGTGEETNPNA

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_015382488.1|906163_910087_+|tail	phage tail tape measure protein	I3WTY6	Bacillus_phage	0.0e+00	99.3
WP_000517105.1|910101_911583_+|tail	phage tail protein	W8CYY9	Bacillus_phage	5.4e-295	99.6
WP_001260185.1|911579_915605_+	hypothetical protein	H0USX5	Bacillus_phage	0.0e+00	93.6
WP_000373903.1|916029_916455_+|holin	phage holin family protein	H0USX7	Bacillus_phage	7.0e-70	97.2
WP_000405777.1|916454_917156_+	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	W8CZ46	Bacillus_phage	6.4e-121	89.8
WP_000119484.1|919132_919471_-	hypothetical protein	A0A1B1P7R0	Bacillus_phage	4.6e-48	92.9
WP_000043398.1|919524_920103_-	type IV secretory system conjugative DNA transfer family protein	H0USX9	Bacillus_phage	2.2e-95	88.5
WP_001137905.1|920108_920288_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000649833.1|920296_920494_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A288WG80	Bacillus_phage	3.4e-19	76.2
WP_001257569.1|920676_920994_+	hypothetical protein	H0USY0	Bacillus_phage	6.4e-52	98.1
WP_000170777.1|920990_921173_+	hypothetical protein	Q2I8E2	Bacillus_phage	1.4e-22	90.0
WP_000891535.1|921288_922470_+	cell division protein FtsK	H0USY1	Bacillus_phage	9.0e-216	94.4
WP_000551103.1|922411_923032_+	hypothetical protein	H0USY2	Bacillus_phage	6.5e-109	93.2
WP_000710530.1|923041_923869_-	hypothetical protein	A0A2H4J6G7	uncultured_Caudovirales_phage	1.8e-101	69.5
WP_000635484.1|924191_924653_-	DUF523 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_000535259.1|924732_925614_+	decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_000391942.1|925631_926879_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_000902159.1|927044_927524_-	AraC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_000815771.1|927994_937966_+	DUF11 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_000829788.1|938078_939068_-	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	Q9JRK7	Streptococcus_phage	3.0e-31	52.4
WP_000856612.1|939529_940738_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_000415321.1|940861_941368_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_000027016.1|941364_941682_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000920098.1|941768_942395_+	3D domain-containing protein	A0A0H3UZG2	Geobacillus_virus	6.1e-14	42.1
WP_000487942.1|942554_944039_+	cytosol aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	8.7e-59	36.9
WP_000545253.1|944213_944819_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_001104221.1|944962_946687_+	phospho-sugar mutase	A0A1X9I671	Streptococcus_phage	1.6e-176	53.5
WP_002097988.1|946794_947682_+	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	7.0e-80	54.1
WP_001252163.1|947727_948321_-	biotin transporter BioY	NA	NA	NA	NA
WP_000810336.1|948371_949115_-	DUF3298 and DUF4163 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_001140612.1|949210_949594_+	hotdog fold thioesterase	NA	NA	NA	NA
WP_087942833.1|949648_950991_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	6.3e-32	37.3
WP_000287147.1|951104_952481_-|tRNA	glycine--tRNA ligase	A0A1V0SIF1	Klosneuvirus	5.8e-49	27.9
957936:957955	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP013055|1302324:1310010|DBSCAN-SWA
AATGAATAAAAAAACTTGGAGTTTCCTCATTGTTACTGCATTGCTTATTGTTATGACATCATTGTCAGCGATGAAAGGTAGTTTAGAAGTAGGTATTGTTGAACTTGTACAAGGGATATTTACAGGTGGAAATGAAGATGTTGAAGTCATTAAAGATTTACGTTTTCCGCGTATTATTATTGCGTTGTTCACTGGAGCGGCTCTCGCTGTTTCAGGTGTGCTTTTTCAAGCTGTTATGAAAAATCCACTCGCTGATGCTGGGGTAATCGGTATATCTTCAGGAGCAAGTTTTATGACACTCGTTATTATTACGTTGTTCCCGCAATTCTTTTTCTGGACACCCGTATTCGCCTTTTTAGGTGGTGCGCTTGCATGTTATCTCGTTTATTCGTTTTCATGGAAATCAGGATTAAGCCCGCTTCGCATTATTTTAATTGGTATTGCCATTAATGCAATGTTTACTGGATTAAATGAATCATTCGTTACGATTTGTGGATATTTTATTAAGAGTATTAAGCAAACGACGACTTCTAACATAACAATGAAGACGTGGGGCGATGTAGAAATAATGGTGACTTATGGAACGATTGGTCTTATTCTTGCTCTGTTCGTAGGAGCTTGGTGTAACTTATTATCGCTACAAGATAAGACTGCGAAAAACTTAGGCTTGCACGTGACGAGAGTTCGTCTTATTATTTCTGCCATTGCAGTACTCTTAGCGGCAGTATCAACAGCGATTGCAGGTGTTATTGCTTTTGTAGGATTACTAGTTCCGCATATTTCAAGACAATTAGTCGGTTCAGACCATAAAGTATTAATTCCATTTTCTGCTCTTGCAGGGGCGTTATTAATTTTGACGGCAGATACGATTGGAAGGTTAATTGTGCCACCTAACGAAATTCCAGCAGCAACAATTATGGCGGTTATTGGTGGTCCATTCTTAATATTCTTGCTTGGAAAGAGTGATAAAGTTCATGGAAATTAAAAATGTAACCTTTTCATACGATAACGTAACAAATCGATTAAAGTCTGTTAGTAGTGAAATAGAAATTGGGAAAATTACAACAATCATTGGACCGAATGGATGTGGGAAATCAACATTACTTAGTGTCATGTCTAGAAACCACGCTCCTAGCAGTGGAGAAGTAATACTTGATGGGAAAGCGATTAGTGAATATAAACCGAAAGAGTTTGCTAGAAAACTAGCGGTTGTCCATCAACAAAATGAGGCTCCAGCAGATATTACAGTGGAAAAGCTAATAAGCTTCGGGCGTATGCCATATAAAAATATATTCTCTCCGCAAACAGATGAAGATAGAGAAGCGATTGAGCGTGCGCTAGTATGTACGAATTTACAAAGTAAGCGTGATAAGCCAATTTATGCTTTATCTGGTGGAGAGAGGCAGCGAGTTTGGATCGCAATGACATTAGCTCAAAATACACCAATGCTCTTCTTAGATGAGCCGACCACATATTTAGATATTTACTATCAGCTAGAAATATTAGAGTTAGTGAAAGAGTTAAATGAAGTGCATGGACTAACGATTGTAATGGTATTACATGATATTAATCAAGCCATTCGTTATAGCGACCATATTATCGTTATGAAAGATGGAGAAATCATTACGAAAGGTAATCCTAATGATGTAATAACAGAAGAAATGATTAAAGCAATATATGGTGTAGATGTCATTGTAAAGCAGGATGAAGATACCGGATTGTACATGGTACCTATGGGAATCTAAAGGCTGAGCATAATCCGTTTTGAGGTGATAATTTGAATAGTAAGAAAGGACGGAAAAAGAATTCTTTTTTTCAACGCATACTTACAATTGTGTTTTTAGGAATCTTTTTCTATTCAATGTATGAGTTGGGCGGGATTTTCATGGATTATTATGAAAATCGTAAAGTAATGGCTGAGGCACAACATATTTATAAAAGAAGTCCAATGGAAGAAAAATCAGAAGATGGAGAGGTACGTAAACAGTTTCAGGATCTCCAGAAAATTAATCCAGAGATAGTCGGATGGATTACGATGGATGATACACAAATTAATTATCCAATCGTTCAAGCAAAAGATAATGATTACTATTTATTTCGTAATTATAAAGGTGAAGATATGAGAGCGGGAAGCATTTTTATGGACCATCGTAATGATGTGAAATCTCAAAATCGAAATACGATTTTATATGGCCATCGTATGAAAGACGGTTCTATGTTTGGTAGTTTAAAAAAGATGTTGGATGAAGACTTTTTTATGTCTCATCGTAAATTATATTACGATACATTATTTGAAGGATACGACGTGGAAGTTTTTTCAGTATACACGACAACAACGGACTTTTATTACATTGAAACGGATTTTGAAAATGATGCAGCATATACATCGTTCTTAAAGGAAATTCAAGAAAAATCACTGTACAAAACGGATACGGAATTGACGGCTAATGATGAAATCGTAACACTTTCTACTTGTGACTATGCGCTTGATCCAGAGGCTGGAAGGCTAGTTGTACACGCAAAATTAATAAAAAGAAATTAAAGAAAAAAGTATAGAATATGAGAAGTGATAGATAACGCTTCTCATATTCTATACTTTAAAAAAGGACTGTTTTTACTGTGCTGCAGCCATTGGCATACGTACAACTTTTACATCATAGTAAGCAATTTTATTATCAAGAATATATTCTGGCATTCCGCCTTGATGTGAGTGAGCATCTTTAAATGCAGCGCTCTTTGTCCAACCTTGGAAATCTTCTTTTGCATTCCAGCGAGTGCTAATTGTTACTTCATCATAATCAACTGTATTTTGCGTTAAAAGAACTTCTAGACCTAAAAAGCCTGGCATCGTTTCAACTTTACCTACTTTATTAAAACGCTCAATTAATTTATATCCATTTCCCTTTGTAATTTTAGCTGTATTTGTAACGATAATCATGTTTATTCCTCCTATAAATATAGCCTTTATTTTCGAGAACTCATATACATTAAATGATAATGAAAATCATTATCATTGTCAATGCTAAATGTGAAATATAAAAGTTTTTTATATTATATTGGACAGTAAGATTTCCAGTTCAAAATGTAGTAAATATGTGGCAGTTAAGCGAGAGAATGAGCGAGTTGTACTAGCAAAGCAATAATATGGTATAGTGAAACGAGGCTGTTTTTTCAGTCTCGTTTTTTAAATGCTTCCTGTAGAGAAAGCATGCAAATGGAAAGGAAGTTATTATATGCGATCAGAAGTAACTGTAAAAATAAAACCGAAATTTATAAAAGAAATTAAAAGTGGATATCCGCTTATTTTAAAAGATGCGATTCAAAATTTAAATGATGTTCGTGAAGAAGGAACAATCATTAAAGTAGTAGATGAGAAGAACCAATTTATCGGAAAAGGCTATTATGGAAAACAAAATAAAGGGTACGGCTGGATTTTAACGAGAAAAGAGAGTGAACAAATTAATCAATCTTTCTTTGAAAGTAAAATCAAATCTGCCTTACATAAACGAAAGCAATTTTACAAATCAAGTGATACGACAGCATTCCGTGTGGTGAATGGTGAAGGTGATGGTCTTGGAGGACTAATTATCGATTATTATGATGGCTATTATGTAGTAAGTTGGTATAGTGAAGGGATTTATACTTTCAGAGATGAGATTATAGCCGCTCTTCAAAAAGTAGCAAACTTTAAAGGTATTTATGAGAAAAAGCGTTTTGATACGAAAGGGAAATATATTGAGGGGGATGATTTCGTAGCAGGAGAGCGCGGCGAGTTCCCACTTATCGTAAAAGAAAATGGTGTAAACTTTGCGGTGTATTTAAATGATGGGGCAATGGTTGGGGTATTTTTAGATCAACGTAACGTTCGAAAACAAATTCGTGATAAATATGCAAAAGGAAGAACAGTGTTAAATATGTTCTCTTATACAGGTGCTTTCTCTGTATTTGCAGCGCTTGGCGGAGCGAGTAAAACGACGAGTGTTGACCTTGCAAATCGTAGTTTAAGTAAAACGATTGAGCAGTTTAGTGTAAATGAAGTTGATTATGAAGCGCAAGATATTATTGTAGAAGATGTATTTCTTTACTTCAAATATGCAGCGAAGAAAAAAATGAAATTTGATATGGTCGTACTTGACCCTCCAAGCTTTGCACGCTCAAAAAAATATACATTTAGTGCAGCAAAAGATTATAAAAATTTATTAAAAGAAACAATTGCTATTACAGAAAATAACGGTATTATCGTTGCTTCTACAAATTGTAGCGCATTCGATATGAAAAAGTTTAAAGGCTTTATCGATACAGCCTTTAAAGAAATGAATGGCAAATATAAAATATTAGAAGAACATTCTTTACCAGAAGATTTCCGTACCATTGATCAATTTAAAGAAGGAGACTACTTAAAAGTAGTTTTCATCGAGAAAATTAAAGGTTAATAAAGAAAAGGAGCTCGAGTTTACTTGAGCTCCTTTTCTTATTGAACGATATTTTGTACTCTACCGACTTGCCCGTCCTGCAATCGCACTTTAATGCCATGCGGATGGGAAGGGGAGTTTGTTAAAATATCTTTTACAATTCCACGTGTTAATTTGCCTGTTCGTTGATCTTGTTTTAATACAATATCAACTTCAAGACCGGGGGCGATATTAGAACGTTTTTGTCCGTTCATTTATACACCTGTACGTCTACGTTGGTTGTTTGTTTTCTTTGTTTGTTGGTTTTGTAATTTTTTTGTTTCTTGGCTTTGATTTTTTGCATTTTGACCATTTCCATTTCCTTGCTTTTTCTTAGCAAGTTGTTCACGCATTAAATCAGCTAAGCTTACTTTTTTGTTTTCTGACATGATAAGTCTCCTTTATATAAAGTTAATTATGAACAATCGTAGTGAATTTCATCATATCATTGTTAAGGAAGGAAGGGAAGTTGGTTTGAAAATTCATATAATTGTTTCCAGTCTGTAGTAGTTACGATACAATTGGATTGTTAACGTTTGTAAAAAGGGGATAGACATATGTCACATCATATTTTATTAGTTGAAGATGATATCTCAATTCAAGAGATGGTGGAAAAGTATTTAATAAAGGAAGGCTTTCAAGTTACGATTGCGTCTGATGGAGAAGAAGGCGTGAACACATATTTAAAAGGTTCATTTGATTTGATTATCCTTGACATTATGATGCCAAAGCTAGATGGCTTAGAGGTTGTACGAATCATTCGAGAAAAAAGTGCAGTTCCGATTTTAATGATGTCGGCAAAAGATACAGATGTTGATAAAGCTGTTGGATTAGGACTTGGAGCAGATGATTACATTTGTAAGCCGTTTTCTATGATTGAATTGGCTGCACGTGTAAAAGCAGGTATTCGGAGGTCTACGAAATACTCGGCTACAGAAACAATAGAAAAAATGATTCAAATTGGTGATTTAACAATTGATCCAATTAATTTTACTGTAGAAAAAAACGGGAAGCCTCTCAAACTTACTTTAAAAGAATTTGAGATTTTAAAGCTATTCGTAAAGAACCAAAATCGTGTATTTACGAAAGCGCAAATATATACGTTAGTTTGGAATGAAGAGTATTACGGTGACGATAACGTTATTAATGTTCATATGAGAAGATTGCGTGAGAAAATCGAAAGTGATCCATCTAATCCAGAATATATTAAAACGCTATGGGGCATCGGCTATAAGCTGGAAGTGATGTAATATGATCAATTTGTTAATAGGTATTATTTTTATATTGTTATGTGTTATTTATATGCAATATAAAATGAGAAAAAATAGTAGTAAAAATTTACGATACACATATGAAAAGTTAGAAAGTATTGTAAATGAAAAAACAGGTGAGACGTTACTCGTTATGACAGATGATCTAGAATTGCAAAAATTATTAGTGGCGATTAATCAATTATTAGATGCAAAACAGAAAACGAATGCAGATCATGCAAAAGTAGAAATTTCGATGAGAAAAATGCTTTCAAATATTTCGCATGACTTGAAAACACCACTAACAGTTATTCTTGGATATACAGAAATGTTAAATAAGGATAAAACGATAAATAAAGAAGAACAACAAATATTACTTGAGAAAGTGCATACGAAAACACTAGAAGTGATGGAATTAATTCATAAGTTTTTTGATTTAGCGAAATTAGAATCTGGTGACAAAGCAATTGAAATGACAAAAATAAATATGAATGAAGTTTGCCGCGAGAAGATTTTATCATTTTATGATTTAGTGACGACGAAAGGTTTTCAGGTTCATATTGATATACCAGAAAGAAATATATATGCACTTGGAAATGTAGAAGTATTAGGTAGGGTATTGAATAATTTAATATCAAATGCAATTACATATGGAGACGATGGAAAGGCACTCGGTATGACGTTAAGAGATGATGACACGGGCGTGTATATAGATGTATGGGATAAAGGAAAAGGGATTGATGAATCTCATATTGATAAAGTGTTTGAGCGTATGTACACACTTGAAGATTCAAGAAATAGATTGTACCAAGGAAGCGGTCTAGGATTAACGATTACGAAACGGCTTGTGGAAGCGATGGACGGAAAAATTCATCTTTCTAGTAAACCGTATGAAAAAACAATTTTTACAATTGCATTAATAAAGATACAGTTTTAGCTTGTAGAGCAGTAGATTCTACAAGCTTTTTTTCAGCGTAAGGAATTTGTAAGAAACGGGTAAGAAAAAAGAGATTTCCGTTGTCTATTATAGAAATATAGAGTATTGCGAAAGGGGAAAGTAACATGACATATATATTAAAAACAAACCAGTTAACGAAGGTGTTTAAAGGGAAAGAAGTTATTTCCGGTGTTAACATGCATGTGAAAAAAGGAGAAATTTACGGTTTTTTAGGACCAAACGGTGCTGGTAAAACAACGATTATGAAAATGATTACAAATTTAATAAAACCGACGAGTGGTGATATTGAAATCTTCGGTGAGAAATTAACAGATACATCTTATGAAGTATTAAAAAGAATGGGGACAATTATTGAATACCCAATCTTTTATGATAAATTAACGGCGAAAGAAAACTTAGACCTACATTGTGAATACATGGGCTACTACGATAAAAATGCAATTGACCATGCTTTACATTTAGTGAAACTACAAGGGGTAGATAATAAAAAAGTAAAAGATTTTTCATTAGGAATGAAACAACGACTCGGTATTGCAAGAGCAATCGTGACAAAGCCAGAATTGCTCATTTTAGATGAACCAATTAACGGTTTAGATCCAATTGGTATTAAAGAGTTACGAGACTTATTTAAAATGCTCTGCAAAGAATATGGCATTACATTATTAGTTTCTAGTCATATTTTAGGTGAAATGGAACTAATGGCCGATACAATTGGTGTGATTCAAAATGGAAAACTAATAAAAGAAGTTTCAATGAAGAGTATTAACGGAAAACAAACAGAGTACATTGAAATCACTGTTCCTGATGTGAAACGTGCAGCTTATATTTTAGAAGATAAACTTGGTATAAAAAACTACAAAATAATGAGTGGAACCATGATTCGTGTGTATGATACGTTAGCGTCTCAGCAGGCCATTTCAAAAGCACTTATTATGAACGATGTGGAAATTGAAAGTATTAATAAGAAACATAGTTCCTTAGAAGAATATTTCTTAAATGTAATGGATGGAGAGGGCATTCATGCTTAA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP013055|1302324:1310010|1303297_1304068_+|WP_000403760.1|DBSCAN-SWA
MEIKNVTFSYDNVTNRLKSVSSEIEIGKITTIIGPNGCGKSTLLSVMSRNHAPSSGEVILDGKAISEYKPKEFARKLAVVHQQNEAPADITVEKLISFGRMPYKNIFSPQTDEDREAIERALVCTNLQSKRDKPIYALSGGERQRVWIAMTLAQNTPMLFLDEPTTYLDIYYQLEILELVKELNEVHGLTIVMVLHDINQAIRYSDHIIVMKDGEIITKGNPNDVITEEMIKAIYGVDVIVKQDEDTGLYMVPMGI
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1307331_1308024_+|WP_000018029.1|DBSCAN-SWA
MSHHILLVEDDISIQEMVEKYLIKEGFQVTIASDGEEGVNTYLKGSFDLIILDIMMPKLDGLEVVRIIREKSAVPILMMSAKDTDVDKAVGLGLGADDYICKPFSMIELAARVKAGIRRSTKYSATETIEKMIQIGDLTIDPINFTVEKNGKPLKLTLKEFEILKLFVKNQNRVFTKAQIYTLVWNEEYYGDDNVINVHMRRLREKIESDPSNPEYIKTLWGIGYKLEVM
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1306989_1307163_-|WP_001293578.1|DBSCAN-SWA
MSENKKVSLADLMREQLAKKKQGNGNGQNAKNQSQETKKLQNQQTKKTNNQRRRTGV
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1305556_1306756_+|WP_001255971.1|DBSCAN-SWA
MRSEVTVKIKPKFIKEIKSGYPLILKDAIQNLNDVREEGTIIKVVDEKNQFIGKGYYGKQNKGYGWILTRKESEQINQSFFESKIKSALHKRKQFYKSSDTTAFRVVNGEGDGLGGLIIDYYDGYYVVSWYSEGIYTFRDEIIAALQKVANFKGIYEKKRFDTKGKYIEGDDFVAGERGEFPLIVKENGVNFAVYLNDGAMVGVFLDQRNVRKQIRDKYAKGRTVLNMFSYTGAFSVFAALGGASKTTSVDLANRSLSKTIEQFSVNEVDYEAQDIIVEDVFLYFKYAAKKKMKFDMVVLDPPSFARSKKYTFSAAKDYKNLLKETIAITENNGIIVASTNCSAFDMKKFKGFIDTAFKEMNGKYKILEEHSLPEDFRTIDQFKEGDYLKVVFIEKIKG
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1304100_1304865_+|WP_001086121.1|DBSCAN-SWA
MNSKKGRKKNSFFQRILTIVFLGIFFYSMYELGGIFMDYYENRKVMAEAQHIYKRSPMEEKSEDGEVRKQFQDLQKINPEIVGWITMDDTQINYPIVQAKDNDYYLFRNYKGEDMRAGSIFMDHRNDVKSQNRNTILYGHRMKDGSMFGSLKKMLDEDFFMSHRKLYYDTLFEGYDVEVFSVYTTTTDFYYIETDFENDAAYTSFLKEIQEKSLYKTDTELTANDEIVTLSTCDYALDPEAGRLVVHAKLIKRN
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1302324_1303308_+|WP_001036847.1|DBSCAN-SWA
MNKKTWSFLIVTALLIVMTSLSAMKGSLEVGIVELVQGIFTGGNEDVEVIKDLRFPRIIIALFTGAALAVSGVLFQAVMKNPLADAGVIGISSGASFMTLVIITLFPQFFFWTPVFAFLGGALACYLVYSFSWKSGLSPLRIILIGIAINAMFTGLNESFVTICGYFIKSIKQTTTSNITMKTWGDVEIMVTYGTIGLILALFVGAWCNLLSLQDKTAKNLGLHVTRVRLIISAIAVLLAAVSTAIAGVIAFVGLLVPHISRQLVGSDHKVLIPFSALAGALLILTADTIGRLIVPPNEIPAATIMAVIGGPFLIFLLGKSDKVHGN
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1306794_1306989_-|WP_001014310.1|DBSCAN-SWA
MNGQKRSNIAPGLEVDIVLKQDQRTGKLTRGIVKDILTNSPSHPHGIKVRLQDGQVGRVQNIVQ
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1308025_1308961_+|WP_000609140.1|DBSCAN-SWA
MINLLIGIIFILLCVIYMQYKMRKNSSKNLRYTYEKLESIVNEKTGETLLVMTDDLELQKLLVAINQLLDAKQKTNADHAKVEISMRKMLSNISHDLKTPLTVILGYTEMLNKDKTINKEEQQILLEKVHTKTLEVMELIHKFFDLAKLESGDKAIEMTKINMNEVCREKILSFYDLVTTKGFQVHIDIPERNIYALGNVEVLGRVLNNLISNAITYGDDGKALGMTLRDDDTGVYIDVWDKGKGIDESHIDKVFERMYTLEDSRNRLYQGSGLGLTITKRLVEAMDGKIHLSSKPYEKTIFTIALIKIQF
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1309086_1310010_+|WP_000221066.1|DBSCAN-SWA
MTYILKTNQLTKVFKGKEVISGVNMHVKKGEIYGFLGPNGAGKTTIMKMITNLIKPTSGDIEIFGEKLTDTSYEVLKRMGTIIEYPIFYDKLTAKENLDLHCEYMGYYDKNAIDHALHLVKLQGVDNKKVKDFSLGMKQRLGIARAIVTKPELLILDEPINGLDPIGIKELRDLFKMLCKEYGITLLVSSHILGEMELMADTIGVIQNGKLIKEVSMKSINGKQTEYIEITVPDVKRAAYILEDKLGIKNYKIMSGTMIRVYDTLASQQAISKALIMNDVEIESINKKHSSLEEYFLNVMDGEGIHA
>NZ_CP013055|1302324:1310010|1304937_1305261_-|WP_000587826.1|DBSCAN-SWA
MIIVTNTAKITKGNGYKLIERFNKVGKVETMPGFLGLEVLLTQNTVDYDEVTISTRWNAKEDFQGWTKSAAFKDAHSHQGGMPEYILDNKIAYYDVKVVRMPMAAAQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_001036847.1|1302324_1303308_+	iron ABC transporter permease	A0A2H4IY97	uncultured_Caudovirales_phage	2.5e-17	27.2
WP_000403760.1|1303297_1304068_+	ABC transporter ATP-binding protein	W6JKT0	Anomala_cuprea_entomopoxvirus	7.6e-14	28.6
WP_001086121.1|1304100_1304865_+	class B sortase	NA	NA	NA	NA
WP_000587826.1|1304937_1305261_-	heme oxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_001255971.1|1305556_1306756_+	class I SAM-dependent rRNA methyltransferase	W6LLI2	Streptococcus_phage	1.6e-71	41.2
WP_001014310.1|1306794_1306989_-	YwbE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_001293578.1|1306989_1307163_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000018029.1|1307331_1308024_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	3.7e-36	38.2
WP_000609140.1|1308025_1308961_+	HAMP domain-containing histidine kinase	W8CYF6	Bacillus_phage	9.2e-22	24.8
WP_000221066.1|1309086_1310010_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	1.5e-45	43.5

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP013055|1342325:1403632|DBSCAN-SWA
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MEWLFGIIGTCSVVLLFFVPSGILSSTTSLFFLSLFACTMLIIMFLMKRSKPIFYFSMIVMAIIVLQIITLVIYPTIIKAFH

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_000855488.1|1383302_1384691_+	Rne/Rng family ribonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_000270907.1|1384860_1385169_+	50S ribosomal protein L21	NA	NA	NA	NA
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WP_000812272.1|1396148_1396691_-	transcription repressor NadR	NA	NA	NA	NA
WP_000973772.1|1396690_1397833_-	IscS subfamily cysteine desulfurase	A0A1X7QGF3	Faustovirus	5.0e-30	29.2
WP_001138529.1|1397985_1399515_+	L-aspartate oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_001092208.1|1399534_1400368_+	carboxylating nicotinate-nucleotide diphosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_000025344.1|1400398_1401505_+	quinolinate synthase NadA	NA	NA	NA	NA
WP_038413747.1|1401730_1403632_+|coat	spore coat assembly protein ExsA	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP013055|3610853:3663295|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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3661847:3661863	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP013055|3767951:3829223|DBSCAN-SWA
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MLYHLIKLGEALESEVKQSEGRLYFDSVNFGVWVSKSILYIEKYHKDSFIVNQMKQSYKEIDYTNNYTFYKLMLSTLKVIQEEENEEKEEAKA

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_000936291.1|3811429_3812650_-	hypothetical protein	A0A0U3TNF6	Bacillus_phage	2.2e-108	49.5
WP_000237493.1|3813389_3814481_+|integrase	site-specific integrase	A0A0S2GLI2	Bacillus_phage	8.1e-163	79.8
WP_001166434.1|3814812_3815403_-	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
3814502:3814520	attR	NA	NA	NA	NA
WP_002004921.1|3815492_3816647_-	stage II sporulation protein P	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

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MYQAYYESEVGLLEITANQEGITSVIFVDERQEENKNEMIEQCINELDEYFKGKRKEFTVPLSAEGTAFQKNVWDALYTIPYGVSASYLDIAEKVGNTKAVRAIGGANSRNPISIIVPCHRVIGKSGKLVGYAGGLWRKEWLLKHEGILK
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MYIKLDIQTEFEVKSLSDLPNFKKLMGNLKMKINKSQLARELNVDRRTIDKYLNGFTPKGTKNKTSKIDTYYEVIAALLSSDSKQIFYYKRVLWQYLTDNHGLKCSQSAFRAYINRKPEFRTYFDEGKRILSGHSVGVRYETPPGEQAQLDWKESIRFETKSGEIVYVNVAVLLLSYSRFKVFHLNISKSQSVLMSFMTEAFEMFGGVPKVIVTDNMKTVMDEARTEHFTGTINNKFAQFAQDFGFKVQPCIAGRPNTKGKVEAPMKLLDEIHAYQGRFTFEELHEFVQKLCARINQTFHQGTGKIPVFALKQEKNLLQPLPKSAIRDSYMIKHKLVKVNTSGMISYKSNQYSVPAEYQGKTVGLQVYDNQIYVYHNMKLIVQHKISQSKLNYKEEHYKKALAKSLPKYPNIDNLAKQNLSVIGEVYRNEE

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_000283913.1|3849299_3849752_-	methylated-DNA--[protein]-cysteine S-methyltransferase	M1PFU9	Streptococcus_phage	1.1e-25	41.0
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WP_001287305.1|3890098_3890713_+	amino acid transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_000275580.1|3897261_3898557_+|transposase	IS21-like element IS232 family transposase	A0A2L1IVA1	Escherichia_phage	5.3e-12	28.8
WP_000798699.1|3898546_3899299_+	ATP-binding protein	A0A059NT77	Lactococcus_phage	7.0e-57	47.3
WP_001163356.1|3900025_3901834_-	Petrobactin biosynthesis protein AsbA	NA	NA	NA	NA
WP_000710470.1|3901990_3903148_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q331V1	Clostridium_botulinum_C_phage	1.8e-123	59.0

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP013055|3923109:3931260|DBSCAN-SWA
ATTAATACATCGATGTACTATCTTTCGGCAAAGCTTTCACATGTTTTAAATAGTTCGTCACTTTATCATCCTCATCTTGCGGATATTGATATTCATATGTGTTAGCGATTTCGTTCGCCACTTCCCTAAATAAATCACCCATGACAAAGAATGACTCCCATATGTTTTCATATTCTGCATTAGAAAATGTCCTTTTAAATTGCTCCCACATATCTTCTTCAATATATTGCTCGAAATGCTTTCCAAACTTCCCTGTATTAACTGTAAAGTCTGTTTTCATACCAATATGCCATTCTAGCATTACGATGAACATATCTCGCACTGGTCCTTCAAGCATTCCTTTTGCATAAGAAAGCTCTTCTCTCCATAGCCCTTTTGCCACATTCGTACTACACCACCAAAATTCATTACAGCAATCCAAAAACTCTTTTTCTGTAGGCTTTTTTATTAAGTAATCTTTATCGCTTGCTGGCGGGAATCCTTCCATACAATTATCTTTATCAAGAAGCAGTTTACTTAAACTATCTTGTCCAACGAACTTTTTTATTAACTCAACTGGAACTAGCGTTAAATCAATCCGATTCCCATCCATGAACTGCATTAAATATGGAAACTTCCCATCTTCATCTGGTTGAACTAACGACATTTCTTCTGGCATTTGTACTATCATTATTTCTCCAAATCTATGAACCCAATTATGATTAGACGTAAAAGATTGTATATCATTTACAACATACATAATATCATAGTCTTGAAAACAATCTCTTTTCACATTTGGATTTACACGCGATCCATTCATGATAACTGCTCGAATTCTTTCATCCTCTTTTGCTATATTTATAATTACGTCTAACATTTCTTTTTCAGTTCTCATCTACTTATATCCTCCAATTTTTTAATATATAATATAGTGTTATGTATATTGGAGGTCCACGAGCTAATCTCGTTATACACGATACATGTTATAATTTTTGAAACTTCTTTTTCATCCCTTTTTCCTCCTTACATCACTCTTTTACAACTGCCATCCCTTTCAATTTCCCAATGCTTTCTACCATTCACTTTTAATTATACCGAAAATTCTGTCTCGAATACAAAAAATAAAGAAGGGACATCTACCCCTTACAGAATAGATATCCCTTCTTTTAAAGTTAAATTTAATTCCTATGGATTAGTAGACCAAAGCCCAGCAGATTTAATAAATGTACGTTTATTTAATTTCAGCTGCGCTACGATAAATTCTGCAATATCTTCTGCTTGCATTACTTTATCAGGGTTTCCATCAGTTAATCCTAAATCTACAGCCATATCAGTTGCTACTGTACTTGGAGTTAAAGCTGTTACACGAATGTTATGTTTGCGAACTTCCATCGCTAACGATTCTGTTAAGCCAAGGACACCAAATTTAGAAGCACTATATGCACTTGTTACAGGTGCACCTTTTTGTCCTGCTGTAGATGAAATGTTAATGATATCACCAGATTGTTGTTCAATCATGCTCGGTAAAGCTGCACGAGTTGCATAGTATACACCCATTAAGTTTACTTGAATGATTTTTTCCCAATCAGCAACGTCTAGTTCTAAAAACTTACCGAATTTAGAAATACCAGCGTTATTAATTAAAATATCGATAGATCCTAAACCATTTTTTAACGTTTCAATCGCAGTTGTTACTTCTTCGCATGAAGAAACATCAGCAGTTGCGATAACAGCTTTTACACCTTCTGCTTCTACTTCTTTTGCTACAGCTTTTAAGTTTTCTTCTGAACGAGCTAATAAGCCTACATTTACGCCTTCTTTCGCTAATGCGATTGCTACAGCGCGACCAATCCCTCTACCTGCTCCTGTAATTAAAGCATTTTTACCTTGTAATAATTCTGCCAAGTATAACACTCCTTAATCATCTCAGTTATGTATTATATTAAAATTGTATCTATGTTTATGTAAAAAGGCAATGATGCACTTTCATGTGCGTAGGTTACTTGTAGGTAACTATAGAAAGTTTTTATTTATAAGTTTCATTTTTTTACCATTATTCATGTAAAATAAAAACAAATCCAGCATAGGGGAGTGTATGAGTATGAAAAGCGAAGGAAAAGCTTTTCAATATAATTGCAGTAACAGTAAATGCATTTTTAAAGAGAAATAGTGTTAGAAGGTTCTCCTTCTAACACTATTTCTCTTCATGATTCGGCATACGCACAATAAATTCAGTACCTTTTCCTTCCTCACTCTCCACTTTTATCTCTCCTTGATGAAGGTCAAGTACTTTCTTTACAATAGCTAAACCTAAGCCACTTCCTCCATAGGCACGATTTCGTGAAGAATCCGCTTTATAAAAACGCTCAAAAATATGTTGTTTCTGTTCTTCTGATATACCAATTCCTGAATCACGGATACGCACTTCCACTACTGTCTCATGTTCCTTTAACTGAATAGTAATCGTACCACCGCTTGGAGTAAATTTAATACTATTATGAATTAAATTAATCCACACTTGACTCATACTTTCTTGGTCAGCAATAACATATACTTTTTCTAAATCTAGTTCTAACTCAATTTCTTTTTCAGCCCAGAGTGGTTCACTATTTAACACAATTTGCTTTAATTGTTGATCTAATCGATAGCTCACTCTTTCTGGTGTATACTCTTCTGATTCTAAAAGAGTTAGCTTTAGTAAATTTTGACTTAGTTTAGATAATCTCGTTGTTTCAGTTTCAATAATGGTAAGATAATGCTTTCTTTTTTCCTCAGAAAGATTATCGTCTTGTAGTGCTCTAGCAAATCCTTTTATAGAAGTTAACGGTGACTGTATTTCATGAGAAACATTCGATACAAACTCTTGTCTCATTTTCTCCATCGTATTCAGTTCATCTGTCATATCATTTATACTTTTTACGAGCACGCCAATTTCACCATCATACTTTTCTTCATTTCTTATTTTTACGGAGAAGTCTCCTTTTGCAATTTTTTGTATCGGTTCAATAATAGTCCAAATCATCGCCTCTCGTTTTGGTCTCATTAATATTCCAATCAATGTCCAAATAAGAATAATAAAGACAAAACCGACCATATCACTAATTAGAAAAGCAACAAACGGCGATACGTTTACGTCAAAAGCATTCAATATACTAGTTGCTACATAAAATGCGATAGACCAAATTATAGTAAGAAAAGAAAAGAGCGCTAATACCGCTCCAAATACTTTCAGCATCTTCAACTTACTCATTCGTTTTCTTTTTCTCATTTACTTACCTCTAAGCGATACCCTAATCCTCTTATTGTTTTAATACTAAATTTCGACTGCTCTTCTTGAAACTTCTCACGTAACCGATTAATATGAACGTCTAGTGTACGTTCATTCCCTTCAAAATCATATCCCCATATTTCTTCAATTAATTGCTCTCTCGAACAAGTTCTTCCCGATTTAGACCCTAAAGTAAAGAGCAGCTCAAATTCTTTTAACGGTAATGTAACCGTTTGTTCTCCAGATGTAACTTCGAATGTTTTACGATTTAATAATACATTTCCAACTTGAATCGATTGGGAAACTGTAATTTGGTAACGTTTCAATAATGCCTTTACTCTCACTACTAATTCTATAGGGTCAAATGGTTTTACAAGATAATCATCTGTCCCAAGGTGAAATCCTTTTACTTTTTGTGATGTTTCCCCTTTGGCAGTTAGCATCAGAACCGGGATATCATAGTATTTTCTTAATTCAAAACATACATCAAATCCATCCATATTTGGCATCATGATATCAAGAATAACCATATCGACTTTTACGTCATCCATTTTCTGAAGTGCATCTACTCCATCAATTGCCTCATATGTTTGAAAACCTTCTCGTTCTAAAAATACAGAAACGAGTTCTCTAATGTGTGGATCGTCATCTACTATTAAAATTTTAGGTATCAAAGGAACCATTTCCTTTCTACTTAGCATCTAATATATTGTTTAAAAATGAATCATCAGTGGAGTAAAATCCCACTGATGATTCATTTTATAATGCACCCTCTTTAATTTTCAATTGCTGCGTTGCAAACTCACGATACATATCATGCGTCTGTAATAATTCATCATGCGTACCACTACCTGTAAGATTCCCTTTTTCAATAAAGACAATTTTATCTGCATCTACAACAGTAGAAAGTCTATGCGCAATCACTAACGTTGTTCTGCCTTTCATTAAGTTATTTAACGCTTTTTGAACGACAGACTCAGATTTACTATCTAAGCTTGAAGTCGCCTCATCTAGCATAAGAATTTGCGGATTTCGAAGTAACGCTCGGGCAATGGCAATTCGCTGTCTTTGTCCCCCAGAAAGCTTCACACCGCGTTCTCCAACTTCTGTTGCATAACCGTTTGGTAAGTCATGAATAAATGCATCAACATATGCCATTGCTGCTACTTTTTCAATTTCTTCATCCGTTACTTCGCCCTCGACGCCATAACAAATATTATCACGAATTGTTCCATCAATTAACGGACTATCTTGTGATACGTAACCGATTTGACGTCGCCATGACTGTAATGAATAACTCGTAATTGATTCTTCCCCTAATTTAATGGCGCCACTAGTTGGCTCATAAAAACGTTCCAATAATGAGAATAAAGTTGTTTTCCCACTACCACTTGGTCCTACAATCGCTGTCACTTTTCCAGATTCAATTGTGAAATCAATATTTTTCAAAACTTGCTCTTCTTCGTTATACTCAAAATGTACATTTTCAAGAACGATCGGTTGCTTAGCATTTGTCACTTTCACACCAGTTTCATGATCTTCTACTTCATATTCTAAAATCGTACTAATTCTTTCCGTTGCACCAATTGCCTTTTGGAATTGTGTAAAGAACATAGATAATTGACTCATTGGCATTACAATTTGAACTAAATACAAAATAAACGCTACAAGTTCACCGGTTGTTAATGCACCGCTAGAAACTCGCATCCCGCCATACCCTACGATAATAACAAGTAGTGCCATTAAAACAAAC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Protein sequences of DBSCAN-SWA_9

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>NZ_CP013055|3923109:3931260|3924272_3924992_-|WP_000818979.1|DBSCAN-SWA
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MEVRNEIKKKGSWRQFLRLIQDTNPPKGILVFALLMSLLSTGASLFIPMLTKGLVDNFSLSSISAGQIVGLIAFFVMQTIAAGLSIYLLNYIGQKIVAGLRERLWKKVLILPVSYYDQNRTGDTISRMTNDTGVVKTLISEHLSNLLTGGISIVGSLIVLFVLDWKMTALLLTVIPLSVLILVPLGRKMYKISKALQDETASFTSVLTQVLSEIRLVKSSNTEKREYETGNTGIQKLLQFGLKEGKVQALISPVMSFVLMALLVIIVGYGGMRVSSGALTTGELVAFILYLVQIVMPMSQLSMFFTQFQKAIGATERISTILEYEVEDHETGVKVTNAKQPIVLENVHFEYNEEEQVLKNIDFTIESGKVTAIVGPSGSGKTTLFSLLERFYEPTSGAIKLGEESITSYSLQSWRRQIGYVSQDSPLIDGTIRDNICYGVEGEVTDEEIEKVAAMAYVDAFIHDLPNGYATEVGERGVKLSGGQRQRIAIARALLRNPQILMLDEATSSLDSKSESVVQKALNNLMKGRTTLVIAHRLSTVVDADKIVFIEKGNLTGSGTHDELLQTHDMYREFATQQLKIKEGAL

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_000453861.1|3927114_3928875_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	2.4e-273	98.0
WP_001194306.1|3929115_3929880_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_000755525.1|3929979_3931260_-	C40 family peptidase	A0A1V0DZX6	Clostridioides_phage	3.4e-11	31.5

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP013055|4594201:4669269|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP013055|5140993:5195369|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_11

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP013055|5466286:5564519|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_000599501.1|5503830_5505357_+	alkyl hydroperoxide reductase subunit F	A0A1W6JNB4	Lactococcus_phage	1.2e-18	30.8
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WP_000217543.1|5511537_5512233_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000233735.1|5512433_5513141_-	M48 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_001251702.1|5513236_5513755_-	DUF1456 family protein	Q9EYF4	Enterobacteria_phage	4.3e-21	36.5
WP_000566707.1|5514105_5515095_-|tRNA	tRNA-dihydrouridine synthase	NA	NA	NA	NA
5515272:5515300	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_000247457.1|5518850_5519255_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000349585.1|5519323_5520115_-	sulfotransferase family 2 domain-containing protein	A0A288WG17	Bacillus_phage	6.8e-103	68.4
WP_000027993.1|5520155_5520929_-	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_000794364.1|5521017_5521806_-	sulfotransferase family 2 domain-containing protein	A0A288WG17	Bacillus_phage	2.8e-64	51.4
WP_002133890.1|5522102_5522411_+	YolD-like family protein	NA	NA	NA	NA
WP_000542507.1|5522455_5523274_-	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	A0A0S2GLD4	Bacillus_phage	1.6e-158	95.6
WP_000159646.1|5523273_5523480_-	hypothetical protein	D2XR32	Bacillus_phage	1.3e-32	97.1
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Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

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GTTAGTTAACAGTTGATTCTTTCACAGACTGAACAATTTGATTCACTGTATTTACGTATAATTTATGTTCAACTTGTTGAATTTTCTTTTGTAAGCTTTCTCTCGTATCCCCTTCAGAAACAACCACTGCTTCTTGTGCAATAATTGGCCCTGTATCCATACCTGCATCTACATAATGAATTGTTACTCCAGTTACTTTCACACCTGCTTCTAACGCTTGACCGACAGCATCTTTACCCGGAAAGCTCGGTAGTAATGATGGATGAATATTAATAATCTTCCCGCCGTATGCTTCTAGTAACGTCGGCCCGATTAAACGCATATATCCAGCTAAAATAACATAATCAATTTCATATTCTTCTAGCTTCTTTAATATCTCTTTTTCAAACGCTTCTTTTGACTCATATGCTTTCGCTGAAAAAGCAAAACACGGAATATGATGATAATTTGCCCGTCCAACAGCTCGTGCTTCTGGTTTATCACATACTAATAAACTAATTTCTGCATCCAATCTTTTTTCTTCTACCGCATTAACGAGAGATTGAAAGTTAGATCCACTTCCAGAAGCAAAAACTGCTAATCTACTCATAGTGCTGTGCCCCCATTAAAAGTAACGCCAGCTCCTTGTATAGTACGTCCAATAATACGAGCCATTTCTCCTTGCTCTTCAAGAAGACGAACAACATCTTTTGCATCTTCTTCCTTCACTGCTACTACCATACCAATACCCATGTTAAAAATATTGAACATTTCTTTCTCTTCCAGTTTTCCAACTTCTTGAAGCAAACTAAAGATCGGCTGAATTTCCCAAGATCCTAGTTCAATCTCAGCACCGATTCCTTCTGGCAACATGCGTGGAATATTTTCAATAAATCCACCACCTGTAATATGCGCCATACCGTATACTTCATGTTTCTTCAATAGTTCTAAAATAGGTTTGACATAAATTTTCGTTGGTTTTAATAATTCTTCACCAAGAGGTAGTTCTAAGCGGCCATAAATACGCTCTAAAGATAGTTCCCCATCTTCTAATAACACTTTTCGTACTAAAGAGTAACCATTGCTATGAATACCGCTAGATGCTAAGCCAATTAGCACGTGACCAGCTTCAATCTTTTCACCTGTTACAATTTTCTTTTTATCAACAATCCCAACTGTAAAACCAGCTAAATCATATTCTTCCGTAGAATACATTCCTGGCATTTCAGCTGTTTCTCCACCGATTAATGCACAACCAGCTTGGCGACAGCCCTCTGATATACCTTTGACGATGTTTTCAATTTTACTAGGTTCAGCTTTACCACAAGCAATATAATCAAGGAAGAAAAGCGGCTCTGCTCCTTGGACAACAATATCATTTACACACATTGCTACTGCATCAATACCAATTGTGTCATGTTTATCTGCCATAAAAGCGAGCATCAATTTCGTTCCCACGCCATCTGTTCCAGATACTAATACAGGTTCTTCTAATGCAAATTTTGATAGATCAAACATACCTCCAAAACCGCCTAAACCGCCTAGTACTTCTTTTCTCATAGTTGTTTGTACGTGTTTTTTCATGCGAGATACCGCTTCATATCCAGCTTCAATATCTACTCCTGCTTGCTTATATGCATTCGCCATCGTTATTTACACCTCGTCTTTTAATTTCTCCCCATCCAGGGCGGGCTATTTTAAGAAAGGATCTAGCTCCTACATCAAAAGAAGTAGAAGCTTTTCTCACTTTTCTTATTTCATACTTTCTAAAAGCTCTTGCTCATAATCATAAAGAGCTGTTGGATAGTCCCCATTAAAGTAAGCCATGCATAGGCCGCCATATTTCCCTTCATATGGACGCCCAATTGCATCTACTAATCCATCTTCGCTTAAAAATGTTAAAGAATCTGCTCCGATCATTTCACGGATTTCTTCTACTGTATGATTTGCTGCAATTAATTCTTTTCTCGTTTGAATATCAATGCCATAGAAACATGGATATTTCAGAGGTGGTGAAGCAATTCTTACGTGAACTTCTGTCGCTCCAGCCTCACGAAGCATACGAACAATTCGTTTACTTGTCGTTCCTCTTACGATAGAGTCATCAATCATAACAACTCGTTTCCCTTCAACTACACCTCTTACTGCGGAAAGCTTCATCTTAACCCCTTGCTCGCGCAGTTCTTGAGAAGGTTGAATAAACGTACGTCCAACGTAACGATTTTTAATTAATCCTAACTCATATGGAATACCTGTCGCCTCCGCATAGCCAATCGCAGCTGAAATACTAGAGTCTGGTACACCAGTAACAACATCTGCTTCAATAGGAGCTTCTGCCGCTAAACGTTTCCCCATATTCTTACGTGCTGCATGGACGTTAACACCAGCAATATTAGAATCTGGTCGTGCAAAGTAAATATATTCCATACTACAAATTGCATGTTCTACATCGTTTGTGAAACGATCTACGTGAATTCCTTCATCATTAATGATAAGTAATTCACCCGGTTCTACATCGCGAATGTATGTTGCACCTACTACATCAAAAGCACATGTTTCAGATGCTACAACGTAAGCATCCCCCATCTTTCCAATTGAAAGCGGACGGAACCCATTCGGATCTAATGCAACGATCATTTCATTTCCAGTTAGTAAAAGATACGCAAACGCACCTTTCACTTTATTTAAAGCCTCTTTTACACTTTCAATTAAAGAATCTTTCGTGCTACGTTTAATAAGATGTAAAAGTACTTCTGTATCTGAACTAGTTTGAAAAATACTGCCCTCTGCTTCTAATTCACGACGAAGCATTTTTGCGTTAATTAAATTTCCGTTATGAGCTAACGCCATACTATGATCGGAAAAACGGAACAACAATGGTTGAACGTTAGCAACTTCACTTCCACCAGCTGTTGCATATCGTACATGTCCGATTGCTGATTTTCCATTTAATCCTTCTAGCTCACCTCTTGAAAACACTTCTGATATTAAACCTAACCCCTTGTGACCGACGATTTTTTCCCCATTATTTACGACAATGCCTGCGCCTTCTTGCCCACGATGCTGTAAACTGTGCAATCCGTAGTATGAAACTTGTGCTGCATTTTCATGCCCCCAAATTCCGAAAACGCCACATTCTTCGTTTAACCCCTTTATTTCAGCAAGCATGGGATTGCCCCTTTCCAAGCCTTTCTCATTTCATCTACATTTGCTGTAAGTAATACTTCATTTTCTTCATTATGAATTGTTACTTCATTTGTACTTGTTACTTCTCCAACTTGGATTGCTTCTACTGCTTTCTCAAACGCCTCTTTATTTTCACGTTTTACAGTTATCACGAAGCGAGACTGTGATTCAGCGAATAATGCTGCTGTTGCTTCTCCATCTAATTTCACAGTAGCACCTAAGCCTTTAGCACCAATTGCACTTTCTGAAATCGCAACTGCTAAACCACCTTCAGCAACATCATGTGCAGATTGAACAAGACCAGCTTGAATTGCTTCTAATACTTGTTTTTGGCGTTTTAATTCTACATCTAAATCGATACTTGGTGATTGACCGAAAATTTTGCCGTGAATCATTTTCTGTAATTCACTTCCGCCAAACTCAGCTTTCGTCTCACCAATTACATACACTAAATCACCAGCTTGCTTAAACTCTTGTGTTGTTACATGTTTTAAGTCATGCACAAGTCCGACCATCCCAACAGTTGGTGTTGGATATACAGCTTCACCACTACGCTCGTTATACATCGATACGTTTCCGCCGATAACTGGTGTTTGTAATGTGCGACAAGCTTCACTCATACCGTCTACTGATTTCTCAATCTGCCAGAAGATTTCTGGTTTTTCTGGGTTACCGAAGTTTAAGCAATCTGTAATTGCAAGTGGCTCTCCGCCAGAACATACGATATTACGCGCTGCCTCTGCTACTGCAATTTTACCGCCCATCTCTGGGTCTAGATAAATGTAGCGAGAGTTACAATCTGTCGTCATTGCTAATCCTTTTTCTGTACCGCGTACACGTACAACTGCAGCATCTGAACCTGGCGTAACAACTGTGCTTGTGCGAACTTGGTAATCGTATTGATCGTATACCCACTCTTTACTTGCAATTGTTGGTTGCTGTAATAAAGCGAATAACGTTTCTTTATAATTTTCTACTTTTGGCGTTTCCATTTTCATTGCTTGGAATTCAGCAAAGTATGCTGCTTCTTTTGATGGCTTATGATAAATTGGTGCTTCTTCTGCTAAAGCATCTGCTGGAACTTCAGCTACCTTTTCACCTTTATGGAATAAACGAAGCATTTTATCTTCTGTTACTTTCCCCATCGTAACCGCTGCAAGACCATACTTCTCAAATAAATCTACTATTTCTTGTTCTCTACCTTTTTTCACGACAATTAACATACGCTCTTGTGATTCAGATAGCATCATTTCATATGGTGTCATTCCTGTTTCACGCTGTGGTACATCATCTAAGTACATTTCAATACCCATTCCTGCTTTACTTGCCATTTCTGCAGATGATGATGTTAAACCAGCCGCACCCATATCTTGAATTCCAACAAGTGCATCGGATTGAATTAATTCTAAACACGCTTCAATAAGAAGCTTTTCCATAAATGGATCCCCTACTTGAACCGCTGGACGTTTCGCTTCTGAGCTTTCAGATAGTTCTTCCGACGCGAATGTTGCACCGTGAATACCGTCACGACCAGTTGATGCTCCTACGTACATTACTGTGTTACCAGCACCGTGCGCTTGCCCTTTTTTAATGTCTTCGTGGTTAATCAAACCTACGCACATTGCATTTACAAGTGGATTTCCTTCATAACATGGATCAAATTGTACTTCGCCGCCAACAGTCGGAATACCGATACAGTTACCGTATCCTGCAATTCCTGCTACTACTTCTTCGAATAAATATTTCACACGTGGTGACTGTAATTCACCGAAACGAAGTGAGTTTAATAGAGCTACCGGACGTGCTCCCATAGAGAATACGTCACGAATGATACC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Protein sequences of DBSCAN-SWA_13

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_CP013055|5656459:5670259|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_14

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MLTKSQYERFAADKQCIERALTMWKEWMCKKKTYTDELAAQGTMYVVNHMKLRDHQVSVIFDFFDEYLTLLDHGEEQAEAFYKTIMRM
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MAATENTTKGKEKALEEALKKIEKDFGKGAVMKLGERPEQKISVVSSGSVGLDNALGVGGYPKGRITEIFGPESSGKTTLALHAIAEVQKQGGTAAFIDAEHALDPVYAEKLGVNIDELFVSQPNTGEEALEIAEALVRSSAVEIIVVDSVAALVPQAEIDGDMGASHVGLQARLMGQALRKISGAVSKNGVIAIFLNQLREKVGVSFGNPETTPGGRALKFYSTVRLEVRRSEQLKQGSDIVGNKTKVKVVKNKVAPPFRNLEFDIMYGEGISLEGELVDIGVGLDIVQKSGSWYSYKEERLGQGRDNAKQFLKENENIRNSVRNEIYEYYSPKEESIIVEEELIKENEPITLKESE
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MDINYMMPFQEGETLPYMGRIVDVKRTETGVFIQVPADMLDNAGVSNDTSKVEVWREMSDGTIGFRVLTKCELCGCGAKLYELNLGVAKRNICANDYFKLTGEYPPQETLTIENTTQIGQP
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MEIKKMLVPESRYSVLCPYPMNPTEITFHNTYNDATALNERNNVANNSTGTSFHIAVDDKEAIQLIPFNRNAWHAGDGNGPGNRNSIGIEICYSMSGGERYRKAELNAAQVIRQLMDMFNIPISKVKTHQERNGKYCPHRMINEGRVQWFKQQLVSGGEIQIPETPQIPQPPITSGTGIVYITGQNVNLRKGPGTQYDSIRKLNAPENYKVWGRSGGWLNLGGDQWVYENSEWLHFEADGQSSTTSQPSNDGLGVVTITADVLRVRTGPGTNYGVVKNVHQSERYQSWGYRDGWYNVGGDQWVSGEYVKFEK
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MCKLKEYDLAYICYYSERIEFSAIAAGFSQPVSTKVIHHIVQELNNQGLFDFYKSTYEEMLEE
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MDRIDILMKAFIATFGGFCGYFLGGWDATLKILVTMAVIDYLTGMIAAGYNGELKSKVGFKGIAKKVVLFLLVGASAQLDSALGSNSAIREATIFFFMGNELLSLLENAGRMGIPLPSALTNAVEILGGKQKQEEKKGDVQ
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MSSFEFNGERKSYIHIERGWNPPTWAPLRRNFLKTPGYPGARLLSTDTETRPLSVPVGIIVPNGTNLETLKEEIAEWLITENPAELIFDVMPDRTYMAVIDEDFDIDKFVDIGQGTLKFICPMPYKLGNEQTVDFENDGRGLIANVKNKGSVHSNPIIEIDIKKPNTFLDVWFEDKYSKEPDYFRIGVPLKMEQLPVERNQRLIWDDMSTTVGWSKVSSMEDGNPVGEMKTDSYQFYCSDYGSSNGWHGASVKKSIPGGPVQDFIMQAHVTCKSKKINEMGRVEIAILDENSKVLSKIAMNDLYWQAEQNFGTMVIGYDNKPGKIGLIYESGDYPNTWNQYYGRLWIARTGNDWEAYISKFLPGTEKDDSERFARWTDKDNKHMEKAAQIQISIMQWQDVPPVEAMSVSDLKFWKVNLNNQNTPPYIFDVGDKVVIDTESSHVSIEGKNAINIKDIFSNFPVINKGINTLEIIPSDIGTAKVKYRERFR

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_000741567.1|5656459_5657536_-	recombinase RecA	A0A0S2MVG1	Bacillus_phage	1.2e-171	86.6
WP_002134199.1|5657877_5658069_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000956437.1|5658084_5658351_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000579579.1|5659354_5660605_-|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	2.7e-69	41.9
WP_000403436.1|5661056_5661995_-	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	A0A0S2MV84	Bacillus_phage	3.3e-136	94.7
WP_000373855.1|5661994_5662420_-|holin	phage holin family protein	A0A1B1P787	Bacillus_phage	4.8e-71	97.2
WP_000390477.1|5662495_5662720_-	hypothetical protein	A0A1B1P780	Bacillus_phage	1.1e-26	89.2
WP_015382147.1|5662846_5663212_-	hypothetical protein	A0A0S2MVE0	Bacillus_phage	3.7e-35	59.0
WP_015382146.1|5663228_5668793_-	hypothetical protein	A0A0S2MVB4	Bacillus_phage	0.0e+00	64.1
WP_000093847.1|5668789_5670259_-|tail	phage tail protein	A0A0S2MV63	Bacillus_phage	1.1e-231	78.3

2. NZ_CP013057

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	7941 : 59444	48	Lactococcus_phage(26.67%)	integrase,transposase	attL 54621:54637|attR 60046:60062

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP013057|7941:59444|DBSCAN-SWA
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MKYPICPYCASEQKIRNGVLLPKCDFCGADLRDKNTGCLRLVSDKGERFNFQKMKTNIFEEHAMQSVEILKTYHSFDLYILLKEIREKRELLYMGYEIFLKAAKQDIEFEKNAEKELLVFNDWTRRMYVIENILIERQGYFPSNITDKVLQYMWDQMKHSKQNKMIVHKNNCNEPNHINTDCV
>NZ_CP013057|7941:59444|44059_44434_-|WP_012008600.1|DBSCAN-SWA
MKKFIYITSILIGGLLGSYISLTYAKDATLFEKAGMYFLIFPTIINSCTKLFHKAITGKGEKNETLFVPTVHCAICWTTLLFYINIKLNFHFVLTLVLIVNIIVWVILTITVWKRKQEKLIAIK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_000275580.1|7941_9237_+|transposase	IS21-like element IS232 family transposase	A0A059NT83	Lactococcus_phage	1.0e-42	31.0
WP_000798699.1|9226_9979_+	ATP-binding protein	A0A059NT77	Lactococcus_phage	7.0e-57	47.3
WP_000412868.1|10644_11064_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008613.1|11469_12036_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000230191.1|12096_13368_-	ParM/StbA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_001200537.1|13593_14013_-	type II toxin-antitoxin system VapC family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_016097290.1|14028_14322_-	AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090467.1|14877_15420_-	recombinase family protein	A0A219YA40	Aeromonas_phage	4.5e-13	31.5
WP_142388634.1|16070_17861_-	collagen-like protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090232.1|19032_19629_+	DUF421 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090231.1|19907_20318_-	Lrp/AsnC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_016090230.1|20447_21209_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_016090229.1|21336_21723_-	DUF202 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090228.1|21755_22568_-	prolipoprotein diacylglyceryl transferase	NA	NA	NA	NA
WP_016090227.1|22884_23430_+	recombinase family protein	M9Q1K0	Clostridium_phage	1.1e-30	41.0
WP_016090226.1|23472_26421_+|transposase	Tn3 family transposase	A0A1B0V7H9	Salmonella_phage	6.1e-80	26.6
WP_002133690.1|27117_27369_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_044157363.1|27914_29168_+|transposase	IS21-like element IS232 family transposase	A0A059NT83	Lactococcus_phage	9.7e-43	31.0
WP_000798699.1|29199_29952_+	ATP-binding protein	A0A059NT77	Lactococcus_phage	7.0e-57	47.3
WP_001224533.1|30203_30827_-	recombinase family protein	Q1MVP4	Enterobacteria_phage	4.4e-12	33.7
WP_001025593.1|31077_34149_+|transposase	Tn3 family transposase	Q1MVP5	Enterobacteria_phage	4.3e-44	22.3
WP_000190466.1|34258_34675_-	hypothetical protein	A0A2H4J4V0	uncultured_Caudovirales_phage	5.9e-29	44.9
WP_016097345.1|34694_35852_-	WXG100 family type VII secretion target	A0A2H4J389	uncultured_Caudovirales_phage	2.9e-142	65.8
WP_012008607.1|36284_37817_-	replication protein ori43	NA	NA	NA	NA
WP_012008606.1|38593_39292_+	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_012008605.1|39403_40048_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008604.1|40194_40377_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003272553.1|40404_40671_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000217377.1|40862_41177_-	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_000876891.1|41258_41810_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008603.1|42769_43063_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_040120061.1|43121_43445_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008601.1|43605_43977_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008600.1|44059_44434_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008599.1|44480_45095_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008598.1|45161_45431_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_001004369.1|45474_45807_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000651963.1|46040_46226_+	RNA chaperone Hfq	NA	NA	NA	NA
WP_000751784.1|46900_47035_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000287770.1|47031_48144_-	tetratricopeptide repeat protein	A0A2H4J8G3	uncultured_Caudovirales_phage	3.4e-92	47.8
WP_016097343.1|48361_48796_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000382147.1|48957_49812_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	S5M9V8	Brevibacillus_phage	4.4e-23	26.4
WP_000538375.1|49830_52794_+|transposase	Tn3 family transposase	A0A1B0V7H9	Salmonella_phage	4.1e-201	39.2
WP_001053969.1|52986_54423_-|transposase	IS4-like element IS231C family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016099920.1|54400_54874_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
54621:54637	attL	NA	NA	NA	NA
WP_000946495.1|54888_55263_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012008596.1|55310_57965_-	type IA DNA topoisomerase	NA	NA	NA	NA
WP_000432938.1|58517_59444_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	S5M9V8	Brevibacillus_phage	2.2e-36	34.2
60046:60062	attR	NA	NA	NA	NA

3. NZ_CP013059

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	13430 : 39320	22	Bacillus_phage(25.0%)	integrase,transposase,protease	attL 30257:30294|attR 39618:39655

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP013059|13430:39320|DBSCAN-SWA
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MYVVDEVRDGNRIMDRRFRLTEEEELEFQEFIKSDQFAEALAISWRYGCKRATYFSIRNKRKDVPIRFCELIVGSNSVSHFSRKKEDKIDFWHTLINLRHPFYKMILEMGWTSIQEKNRIFPQGEFNEKVFVSTYIKLSHDLMVLTEKRKNRSYIRPRLRIHGSEDVLSNINRILYQELGVGVKKLQTDHKIPQAKVISFQSKKEIPCILEFAGAMESLDKFHSLRLGYIDNLKTGEKLEF
>NZ_CP013059|13430:39320|36248_39320_+|WP_001025593.1|transposase|DBSCAN-SWA
MNIQKRLTILTTDEINQLYSRPLFTTKERVQYFSLSQMETELLYTLRSIKSKIYFILQLGYFKSKHLFFQFNLCEVEEDIQYILKVHFNNADFSDFGSIDKKTRLNQQQLILKRFNYYLCDSQSRLDLKEQARRAAAISGKPIFIFRELINYLTTKRIIIPGYSFIQEVIGNAITYEQNRLIRVIQKQLSEADKQHLKELLYNPSGLYKITRIKHEPKDFSMNEIKREIEYGKEMYPLFQLANSILPQLKISNESIKYYASLVEYYSVYKLKRFNESLVNLYLLCFIFHRYQRMNDNLINSFIYKMRKYNDDILSFAKDQVYNYYTENQEDFKKVGNILQVIIDENISEHTVFKDIQRRVFSILDRPKLTELANQILNTSKIDEKAFRWERIDTLALQFKRQIRPIFMTIDFVTTDIEDPLMDAIHFLKEVFMKRKALLKYDIENIPQTFIQNGAKRYLYTKDDAHSKRLLIDRYEFLIYHSLWYRLQSGDVFCRDSIQYRSFEDDLVDEDTWVHKESMIQDFNLTKLQQPIEQHLKELENKLEARIISINKRITSGKNKYVQVKKHKNHHSWTLPYTRSSSLINHSFFDVLPQVDMRSILYFVNQQCNFLDNFEHILGRYANQKAKDYTLIPCLIAWGTNMGLYRMGEVSDIDFSKLATTSANFIRLETLKDVNDCISNATSKLPIFPYFNIDDFIHSSSDGQKYETQIHTLQSRHSSKYFGMNKGITSYTMVANHIPIQARIIGANEHESHYVFDILYNNTTNIKPTIHSTDTHGTNEVNFAILDLFGYQFAPRYKDIQATISRNLYGFQHPSHYEELLIKPVRKINTDLIVKEWDNIKRIMVSLALKTTTQNVIVRKLSSYARKNQTKRALWEYDNIIKSLYFLEYIDSLSLRQNVQKSLNRGESYHKLRRSVSYANFGKLRFKTEQDQHIWNECSRLLSNCVVYYNASILSNLLIKSKDTGFEMKMLQYISPIAWQHINFYGRYEFSKSPTVVNIEEILESINKDDILTSLTREDSLEE
>NZ_CP013059|13430:39320|14266_15265_-|WP_016097325.1|integrase|DBSCAN-SWA
MKIGGIKINNITRKNQDTIQGFSSYLLNKGRKPSTIKRYIYDVESCIQWLHQSGRFSDSEEMNWESLYKKDFEAFFNYLIEERQYSDKTVHRIYIVLNRLYEYLDLPSPIEGVVHIAPPDRALRTEDFISIQEEERLKQVSASLEGLTEKQRTSRPMILERNLSIIILLLDYGLSLHELVALRMKHVHFENNTLSIPEDTKINRTIQLKEVDKLHLYHYYKTIPEPVRPRYHSDDPLFVAFHFRLGTYLWSYDNDAPKFLTDMSVQKMIRLEIKRANLRKGISAQHFRNTFILKMIQQQYTAEDIVKQVGFKTDVSLKRYYTYYEKTNENKG
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MSLLKREQPKDPKITEAADVTREVEEHTPSSQTIAEATNQQKKQVGSQNRKNIKVSPDTFSLIENICTLRSLKKYEVIDELLANFIKNELTEREQKLLQTLSSKEDI
>NZ_CP013059|13430:39320|29519_30293_+|WP_016097342.1|DBSCAN-SWA
MGKNYPIDRDSRGRYRHSFVFMRGATVDIKLLNHDDLLKGKISTIEEYYCVLDVEGNGALYQVTVNFSEVKYIRHEEFPTVEERSPKFSEGKKKTSFVFEIGELIGCVFKDGKGIKGTLLSEDAYYLYVKTEKENYYTIMKGALSYVTHVKHDPLLMTNDFYTKEMKLADYKKPTEYVFSVEDTITVYFPSGKNVSGVVLDESKYWVLLQTEKRQLTIFKGSYSYFKHEPYETKAYLYVGNRSLRKGYRQHFGKKPR
>NZ_CP013059|13430:39320|22399_24040_+|WP_016097335.1|DBSCAN-SWA
MLKKVMPIMAAVLGASFLLTACSSEKKENTANANDKDSKTQSIHLPYMAEIPTMDVSKATDGDSMNVMKNVFEGLYTLGEGNTAIPAVAKSYDVSEDKKTYTFHLRDSKWSNGTPVTAEDFVFSWKRAVNPDTAAEYAFLFFDIKNAKKINSKELPIDQLGVKAIDDKTLEIQLEQPVPYFIDLTTFATFLPINEKYFESKGKQYGLEADQLVYNGAFTLDNWKHEQGFQLKKNPNYWDAKTVKLDEINFDIVKDKSTEINLYESGQIDRVGLTGEFVDKYRKNPDFKERSEVTVQFLRMNQKNEVLKNKNARLAISQAMNKKAFVDTVLNNGSLPADGFIPVNFAKGTDGQDFRKENGTLVKDDVKAAEENWKKAKQELGKEQVTLELLTSDNDLAKKNAEYLKGELEKNLEGLTVNVKPQPRKQQIQLLLNSDYELGVDVWSPDIPDPITFLDLFTTDSTYNFDKYSNKQYDDLIHEVKTNLAGNEKARWEAMKQAEKILIEDGAVAPFYQLGRSYLQRSSVKGIVTNDFGGEFNYKWVELDNK
>NZ_CP013059|13430:39320|25978_26905_-|WP_016097340.1|DBSCAN-SWA
MKKGHVIINAQQKGGVGKTTDSCMESLVASLVFNKKVLFIDTDLQGNGTTFLAKSFKIEEMQKTLMKCLEDGNLSDGIIKLHENLDMIPCGYDMRKYTDFLIENFKTTKDRTFYFAKLLDKIKYDYDYIFIDIPPSTDLKVDNAMVASDFVIVVQETQQFSYEGSQRLIFDYLQTLVDDFGHLVKMNVVGILPVLLQKKRSLHNEIVKNTIDTFGEENVFSTIINNHARLEWYPRIGFQFEDHHDKRMLALFCDIFCELEERIHLFETKGDIVDYKYTPKYFVDNKLTKLGKGIDIGEFTKERATQRS
>NZ_CP013059|13430:39320|13430_13877_+|WP_016097323.1|protease|DBSCAN-SWA
MNVKRLVEKGKWVLMTTGLAIVSTLFFSYIKSYFGIDTGNAEQVNAKVELNIFYLIVPLLIAPVIEEWIFRKILPFGIEKLFERINRTTAILIANGIFAAVHFDWFFFPYFVNGCLYAWSYEKTRDIKVPIVAHILFNSFVFLATSLY
>NZ_CP013059|13430:39320|27775_29317_+|WP_016097341.1|DBSCAN-SWA
MNTVQSAIELILHKGLRKYKSKNSKAGLVSIATQEKFESKVLNGKKNKKGSVFITRKKEDLSAKFGTRGVVLSSEEAVLDHVGQASHWTPNVYNFGTYGENGLRTIVGHTEKNLQQINCFVIDIDSKSFPMTAINDVALNAGFGVPTMILETTKGYQVYYVLDKAVYVSNNKNFIAIKSAKRISQNLREMFAESLSNVDLTCNHFGFFRMPSVQNVVMFFEENVYTFKELQEWSKRQDDNKGNEQFHNVIESPFAKNAPVEQPKQMDELWFKQVISCTNVSPKQTKAGRNNAIFTLSLACFQSQYVIKDTMDLMDQFNSNLEQPLDHTEVRGIVMSAYSGKYQAAHKDYIERLLQTYGVGGQASAFRAPSVLWKKHKKQRKDRVRSHWHEWEADIITFLSMNSNNKPVLYFTQSELCEALNIPRSTLNTVLKRSTKIYKTVEGKGKTAKTGLSTQGMLIAFALKENGKRRESYLNYLQGLFPQMGNVLGQAKTSNAMAEEETLYGILEGLPAG
>NZ_CP013059|13430:39320|17175_17421_+|WP_016097328.1|DBSCAN-SWA
MEKILLFSIYFLSIFIGTGLIFLWDIVTSPLGYAGIYVAILLINSFAYLFLKNRVNRKQNMQISVIAFLIAVVPIVLLYNY
>NZ_CP013059|13430:39320|33304_34141_-|WP_044157348.1|integrase|DBSCAN-SWA
MGKNTQQENKTENTVQGYTSGIRQYIKWFEGSYDRKLTKLYRQNILEYISYLKNVKMLNAKSINHKISSLAKFNEFLIQKGSQQDQVILKTDMIKVQTVYASPTQIVELDVKKFLQSVLEDNNKRNYAIATLLAYTGVRISEALSIKMNDFNLQTGECIIRSGKGGKQRIVLLNSKVLSAIKDYLIDRKTYSTAHESPYLFISKKREKLDRTVVNRIFKSYSNVITPHQLRHFFCTNAIEKGFSIHEVANQAGHSNIHTTLLYTNPNQLQLKNKMELL
>NZ_CP013059|13430:39320|19661_20297_+|WP_016097332.1|DBSCAN-SWA
MSEAEIVYTSNEVYSRLEVSSSTLRKYSDVLEREGYDVRKNSRGRREYTEFDVVVIEQLVELSKQEGMTLEKAAKMIAKQFGIDNKKEESQGADPVPYQMQYQFQQQYSAMIKEINKVQQANLLEMENRLGNRIDQRNKLIAEDIKGRNKLLREDMKDRKEREERIEKRLEIRDDNLMKMVREIQDAKRTIVLAREEIAAVKKKSWWMFWK
>NZ_CP013059|13430:39320|34476_34728_-|WP_002133690.1|DBSCAN-SWA
MPLKQFKEILEKGAIPIGQSDILGKSLRQFDEIQYENETYLIIWHPIYKEFVGSHESGNWISHTDLHKAVWIRNLKEAFVTKK
>NZ_CP013059|13430:39320|16514_17099_-|WP_016097327.1|DBSCAN-SWA
MRKNKICLSVCATALTLVSTLSIFSENKVAADTIENTTIQQTQESNDLNQIKIPINDINDLDLEALGFTPSQINDFKNSTSPNSLAPLAAAKTQYVYWNKAKLQGVLCRSLSSLPTGKPLGDWILSQGIALLGPALSKSVGLSLAFINTALKKRVSFLQNALTQVRFGQATGIRIAIEPNPGGYPAAYVTMSIY
>NZ_CP013059|13430:39320|24989_25319_-|WP_016097337.1|DBSCAN-SWA
MNALKENKKQVSFFETFFKNHPIKNDVFVIEANEKYFFFEYDTVISMINNFSQKEQDYIRRQLQLYNYLRQDLSICLMQIATDYVRRLIGEHKKTECRILPLHSIYNHS
>NZ_CP013059|13430:39320|18827_19202_-|WP_016097331.1|DBSCAN-SWA
MQGNQLKKNTAGVVIHNDIKKYPFLNIPMIINEEDGMVYEVLNAGFYTNDAVAMITTDDFTTTRVNAPIITVKNNDGSIQAYRLPLELEHWVLSCMRAASVEKNPFPCKVAFGIIDTKFYVEFK
>NZ_CP013059|13430:39320|25334_25568_-|WP_016097338.1|DBSCAN-SWA
MRTLTIIALVVICLVFFNVISIHTIGTLAAIIGVIIAIILGAYFLYRFALGFLALFTTFIGVILVICLITYAATHLI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_016097323.1|13430_13877_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_016097325.1|14266_15265_-|integrase	site-specific integrase	A0A1B1P793	Bacillus_phage	3.1e-36	35.1
WP_016097326.1|15236_15854_-	recombinase family protein	A0A1V0E035	Clostridioides_phage	2.7e-14	32.0
WP_016097327.1|16514_17099_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016097328.1|17175_17421_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_090782881.1|17516_18676_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	1.5e-37	41.6
WP_016097331.1|18827_19202_-	hypothetical protein	D2XQ01	Bacillus_virus	1.5e-28	51.3
WP_016097332.1|19661_20297_+	DUF3967 domain-containing protein	A0A1Z1LZN4	Bacillus_phage	8.7e-08	28.4
WP_016097333.1|20439_21555_+	transcriptional regulator	A0A2H4J8G3	uncultured_Caudovirales_phage	1.2e-92	52.2
WP_016097335.1|22399_24040_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_016097336.1|24106_24832_+	hypothetical protein	A0A0A7AR45	Bacillus_phage	7.8e-61	54.9
WP_016097337.1|24989_25319_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016097338.1|25334_25568_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016097339.1|25692_26016_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016097340.1|25978_26905_-	AAA family ATPase	F0PIG8	Enterococcus_phage	1.1e-30	35.4
WP_016097341.1|27775_29317_+	replication initiation protein RepS	NA	NA	NA	NA
WP_016097342.1|29519_30293_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
30257:30294	attL	NA	NA	NA	NA
WP_000538375.1|30322_33286_-|transposase	Tn3 family transposase	A0A1B0V7H9	Salmonella_phage	4.1e-201	39.2
WP_044157348.1|33304_34141_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	S5M9V8	Brevibacillus_phage	3.7e-22	27.0
WP_002133690.1|34476_34728_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_001224533.1|35374_35998_-	recombinase family protein	Q1MVP4	Enterobacteria_phage	4.4e-12	33.7
WP_001025593.1|36248_39320_+|transposase	Tn3 family transposase	Q1MVP5	Enterobacteria_phage	4.3e-44	22.3
39618:39655	attR	NA	NA	NA	NA

4. NZ_CP013056

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP013056_1

• CRISPR_ID: NZ_CP013056_1
• CRISPR_location: 16703-17071
• CRISPR_type: TypeI
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 5 spacers
• Cas_protein_info: RT,cas7,cas8c,cas5,cas3

Consensus repeat of NZ_CP013056_1

Consensus_repeat	Method
ATTATATTTCAATCCACGCACCTA	CRISPRCasFinder
ATTTCAATCCACGCACCTANANNAGGTGCGACNT	CRT

spacers of NZ_CP013056_1

>1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder
TATAAGGTGCGACTTGTTTTTCACAAAGCATTAATACCAGC
>1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder
TATAAGGTGCGACTTCTTTTGATCCGTAAGAACGTTCCATT
>1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder
TATAAGGTGCGACGTCCCTTCCATCGGCGGCAGCTCATATTCA
>1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder
TATAAGGTGCGACTCGATTCCACTTGTTCAGGCTCTTTGAAT
>1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder
CTAGAGGTGCGACATCCATTTGTTGTTACTTATGAACTACCGC
>1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT
GTTTTTCACAAAGCATTAATACCAGCTACAT
>1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT
CTTTTGATCCGTAAGAACGTTCCATTTCCAT
>1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT
CCCTTCCATCGGCGGCAGCTCATATTCAATTAT
>1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT
GATTCCACTTGTTCAGGCTCTTTGAATATCAT
>1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT
CCATTTGTTGTTACTTATGAACTACCGCCAATG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP013056_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP013056_1

>merge|NZ_CP013056|1|16703-17071|CRISPRCasFinder,CRT
ATTTAATTTCAATCCATGCACCTATATAAGGTGCGACTTGTTTTTCACAAAGCATTAATACCAGCTACATATTTCAATCCACGCACCCATATAAGGTGCGACTTCTTTTGATCCGTAAGAACGTTCCATTTCCATATTTCAATCTACACACCTATATAAGGTGCGACGTCCCTTCCATCGGCGGCAGCTCATATTCAATTATATTTCAATCCACGCACCTATATAAGGTGCGACTCGATTCCACTTGTTCAGGCTCTTTGAATATCATATTTCAATCCACGCACCTACTAGAGGTGCGACATCCATTTGTTGTTACTTATGAACTACCGCCAATGATTTCAATCCACGTACCTACAAGAGGTACGACTT

>NZ_CP013056|1|1|16703-17056|CRISPRCasFinder
ATTTAATTTCAATCCATGCACCTA	TATAAGGTGCGACTTGTTTTTCACAAAGCATTAATACCAGC
TACATATTTCAATCCACGCACCCA	TATAAGGTGCGACTTCTTTTGATCCGTAAGAACGTTCCATT
TCCATATTTCAATCTACACACCTA	TATAAGGTGCGACGTCCCTTCCATCGGCGGCAGCTCATATTCA
ATTATATTTCAATCCACGCACCTA	TATAAGGTGCGACTCGATTCCACTTGTTCAGGCTCTTTGAAT
ATCATATTTCAATCCACGCACCTA	CTAGAGGTGCGACATCCATTTGTTGTTACTTATGAACTACCGC
CAATGATTTCAATCCACGTACCTA

>NZ_CP013056|1|1|16708-17071|CRT
ATTTCAATCCATGCACCTATATAAGGTGCGACTT	GTTTTTCACAAAGCATTAATACCAGCTACAT
ATTTCAATCCACGCACCCATATAAGGTGCGACTT	CTTTTGATCCGTAAGAACGTTCCATTTCCAT
ATTTCAATCTACACACCTATATAAGGTGCGACGT	CCCTTCCATCGGCGGCAGCTCATATTCAATTAT
ATTTCAATCCACGCACCTATATAAGGTGCGACTC	GATTCCACTTGTTCAGGCTCTTTGAATATCAT
ATTTCAATCCACGCACCTACTAGAGGTGCGACAT	CCATTTGTTGTTACTTATGAACTACCGCCAATG
ATTTCAATCCACGTACCTACAAGAGGTACGACTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP013056.1|WP_000114815.1|12658_12886_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_001024816.1|4690_5320_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	gnl|CDD|273847
NZ_CP013056.1|WP_000459233.1|31261_32071_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000817905.1|4055_4691_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	pfam09709_cas8c_CAS-I-C	gnl|CDD|187887
NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|224124
NZ_CP013056.1|WP_000372481.1|32452_34177_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000610947.1|28196_28979_-|ImmA/IrrE-family-metallo-endopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|368753
NZ_CP013056.1|WP_000710696.1|14256_14682_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000710813.1|14097_14235_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000377402.1|3390_4005_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000373088.1|27264_28182_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000494364.1|5656_6370_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_103653709.1|6386_8789_-|DEAD/DEAH-box-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|223627
NZ_CP013056.1|WP_000335059.1|25052_26855_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|276809
NZ_CP013056.1|WP_001219637.1|12901_13993_-|methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|274377
NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	COG3649_cas7_CAS-I-C	gnl|CDD|226175
NZ_CP013056.1|WP_000724860.1|29071_29464_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000654328.1|9066_10932_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|275209

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	pfam09709_cas8c_CAS-I-C	1.5e-162	536.7	2.5
NZ_CP013056.1|WP_000654328.1|9066_10932_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	2e-52	172.6	0.1
NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	COG3649_cas7_CAS-I-C	3.4e-128	421.6	1.3
NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	5.9e-89	293.9	22.0
NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	8.9e-61	199.9	0.0

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP013056.1|WP_000610947.1|28196_28979_-|ImmA/IrrE-family-metallo-endopeptidase	gnl|CDD|368753	pfam06114, Peptidase_M78, IrrE N-terminal-like domain. This entry includes the catalytic domain of the protein ImmA, which is a metallopeptidase containing an HEXXH zinc-binding motif from peptidase family M78. ImmA is encoded on a conjugative transposon. Conjugating bacteria are able to transfer conjugative transposons that can, for example, confer resistance to antibiotics. The transposon is integrated into the chromosome, but during conjugation excises itself and then moves to the recipient bacterium and re-integrate into its chromosome. Typically a conjugative tranposon encodes only the proteins required for this activity and the proteins that regulate it. During exponential growth, the ICEBs1 transposon of Bacillus subtilis is inactivated by the immunity repressor protein ImmR, which is encoded by the transposon and represses the genes for excision and transfer. Cleavage of ImmR relaxes repression and allows transfer of the transposon. ImmA has been shown to be essential for the cleavage of ImmR. This domain is also found in in metalloprotease IrrE, a central regulator of DNA damage repair in Deinococcaceae, HTH-type transcriptional regulators RamB and PrpC.	6.33521e-07
NZ_CP013056.1|WP_000335059.1|25052_26855_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|276809	sd00006, TPR, Tetratricopeptide repeat. The Tetratricopeptide repeat (TPR) typically contains 34 amino acids and is found in a variety of organisms including bacteria, cyanobacteria, yeast, fungi, plants, and humans. It is present in a variety of proteins including those involved in chaperone, cell-cycle, transcription, and protein transport complexes. The number of TPR motifs varies among proteins. Those containing 5-6 tandem repeats generate a right-handed helical structure with an amphipathic channel that is thought to accommodate an alpha-helix of a target protein. It has been proposed that TPR proteins preferentially interact with WD-40 repeat proteins, but in many instances several TPR-proteins seem to aggregate to multi-protein complexes.	7.64325e-11
NZ_CP013056.1|WP_103653709.1|6386_8789_-|DEAD/DEAH-box-helicase	gnl|CDD|223627	COG0553, HepA, Superfamily II DNA/RNA helicases, SNF2 family [Transcription / DNA replication, recombination, and repair].	1.89065e-07
NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	gnl|CDD|187887	cd09757, Cas8c_I-C, CRISPR/Cas system-associated protein Cas8c. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Zn-finger domain containing protein, distant homologs of Cas8 proteins; signature gene for I-C subtype; also known as Csd1 family.	4.95792e-169
NZ_CP013056.1|WP_001219637.1|12901_13993_-|methyltransferase	gnl|CDD|274377	TIGR02987, m6_adenine_and_m5_cytosine_DNA_methyltransferase, type II restriction m6 adenine DNA methyltransferase, Alw26I/Eco31I/Esp3I family. Members of this family are the m6-adenine DNA methyltransferase protein, or domain of a fusion protein that also carries m5 cytosine methyltransferase activity, of type II restriction systems of the Alw26I/Eco31I/Esp3I family. A methyltransferase of this family is alway accompanied by a type II restriction endonuclease from the Alw26I/Eco31I/Esp3I family (TIGR02986) and by an adenine-specific modification methyltransferase. Members of this family are unusual in that regions of similarity to homologs outside this family are circularly permuted. [DNA metabolism, Restriction/modification].	0.00066001
NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	gnl|CDD|226175	COG3649, COG3649, CRISPR system related protein [Defense mechanisms].	1.09266e-135
NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|224124	COG1203, COG1203, CRISPR-associated helicase Cas3 [Defense mechanisms].	2.06683e-76
NZ_CP013056.1|WP_000654328.1|9066_10932_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	gnl|CDD|275209	TIGR04416, hypothetical_protein, group II intron reverse transcriptase/maturase. Members of this protein family are multifunctional proteins encoded in most examples of bacterial group II introns. These group II introns are mobile selfish genetic elements, often with multiple highly identical copies per genome. Member proteins have an N-terminal reverse transcriptase (RNA-directed DNA polymerase) domain (pfam00078) followed by an RNA-binding maturase domain (pfam08388). Some members of this family may have an additional C-terminal DNA endonuclease domain that this model does not cover. A region of the group II intron ribozyme structure should be detectable nearby on the genome by Rfam model RF00029. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	4.217e-121
NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273847	TIGR01876, cas_Cas5d, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-C/DVULG. CRISPR is a term for Clustered, Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins. This small Cas family is represented by CT1134 of Chlorobium tepidum. This family belongs to a set of several Cas protein families, one each for a number of different CRISPR/Cas subtypes, that share a region of N-terminal sequence similarity modeled by TIGR02593. This family represents the Dvulg subtype of CRISPR/Cas locus.	1.61876e-96

Protein sequences

>NZ_CP013056.1|WP_000710696.1|14256_14682_-|hypothetical-protein
MKKDCRHLRLVPTVEEHKTRIEANETYQQKSYATSTMSSETRGRLNQMRGCFEAEIILPVGKFQYFKPHAMNEKEAIQEIALFIEGIQEMNIGYVILWRFVGQQSFYSGTKIVAEPKFRKIMRKLKDYLFDYEELIYETEK
>NZ_CP013056.1|WP_000710813.1|14097_14235_-|hypothetical-protein
MKKDKIWTVLDDPKEQETKEQSQEPDDIFAGMEELSEITDDELPF
>NZ_CP013056.1|WP_001219637.1|12901_13993_-|methyltransferase
MRIGNDLAAGYYPTPLLEGKHLIQLLQMEPERVYACFDPCCGEGTILRSFADEVRQVSIQIDTYGVEVDANRYGKAKEQLDEVVCSDFESMMISHDYFPLIFLNPPYNTELRTENTKSEKMEFNFLKRAHLYLQDGGIMVYVIPYDKFARDDISYFIAKHYEEIGLMRFGDENEEFEQFKQCVFIGRKRAATKNDTYFNDRFANFCENMSDLSFVKKHVNTLAEMVNRKDWAIPELRHQNKLIFTSRVDYKSAYEGVGKSEGISSFKKRLNRGNGYSLQGEKTAAERAKMPIASGQLGLLLITGVADGLLGEGDTLHAVRGSENVYYETSFEPLQKTTKEVVLQKRRAKFIIATPTGEVKELV
>NZ_CP013056.1|WP_000114815.1|12658_12886_-|hypothetical-protein
MSVLLGIGALFIVWEFSNRMFRIAIVLTVICLCASQLGAGTYLEVLEQFSAFQGAGNMLHAAEQSLPEWKQFIDF
>NZ_CP013056.1|WP_000654328.1|9066_10932_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase
MKDNKQFPQNEKELKLALDSMYRIAKESSKPFYNLIELMKNEQTILTAIHNIKGNKGSKTAGTDGKTMDYYLQMGRDKLMSLIRRNINNYQPSPVRRKYIPKSNGKQRPLGIPNMIDRIIQEIAKIVIEPIAEAKFYHYSFGFRPMRSAEQAIAETLERIRRSKTYWVIEGDIKGYFDNINHNKLIEIMWKIGIRDKRVLMMIKKMLKAGIMEEGKVRDNVSGSPQGGIISPLLANIYLNYFDWEIARMFQEHPARYKVKDVSRNGLQRVRQRHEDTFLIRYADDWVILCKSEGNAKRILKKVEKYFNHQLKLELSKEKTLITDVRTNRVNFLGFWIFAEEHRLRKGNIQGKAIPNMDKAKLKIKEINKNIKTLYDHRGNKSKQVAIIESINSKIVGIANYYKIANVSTIFQGFDKRIHYAQWRTWLFMNNRRGRYYQLTTPADTLLNRRDRHKEQKSKVFFIEEHGAKVGITKFAFTPKRNAMKVNLLMSPYTDNGRSIYKRTTGKREALERPNFFQEEIPFYQLNNRYPIYNFEFYLNREYAFNRDRGKCNCCKVQLNEWNLNTHHKNPKLPLNKVNKVINLVSLCKTCHKLVHNENPVTNTKGGKKIEQLRKLLKEVK
>NZ_CP013056.1|WP_103653709.1|6386_8789_-|DEAD/DEAH-box-helicase
MTAAVDGYFHLKGKKGYRTCVFVPPTLTEKWAKEEIRHLLPDAEIHLIKRTEDLIRIHQAWIQAGRPKPQKPTFFVISFTTMRGDSIKMMPLSYKQTPLSKKSEEEVQRYYKNGYYCSDCGAKLRKKTSSIMVQQANGEQKEVCQYKDFTASDLDTKTNKNSVCADCNSNIWSPKVKTKYASFKEWTKYEEQLVQAIKEGNKPLQKQLELENRVKPYDAKHSGRAYRKVAAVEYIRRKMKHFFDVLIADEIHELKSESAQGTALGSLAKVCKKVVAGTGTLFGGRASDVFYTLWRLFPQKMVKSGFEYSSFMEWNETYGNIERTYYHDGEVTSNIASRGAQGTLDKTKVVPGISPYVFTQFLMDTTINVRLKDVWPNPVELVNVPTILVDMSEEQKQAYEHMKESFEKAIEAAKGTPDAGKLWLSYIRTGNAYPDNMIHYPNYYLDDAGKELVWSNDKFKFDEDCIQPKERELQSILRTEISEGRPTIVYVCDTGSTVKERDVQPRLQKVVEQISGAKVAILRTNTVTPPKRSEWLKDQVNSGVNVIICSLELVKVGLDLLATPTLIFYQLPFSLFALNQAARRHCRIGQTKQCRTFYLGYRETFQQQMAQLIAQKNKAAEAMNGEVTSDGLNAMLGDTGDLQTLLIQNIKSGNQLKGSTEEWTKAASDESKRVLANIGNVITPVFESIEIQFTNWVGKLPGTMDVAFMKEVQFVQRAVECIKKEQVPGVRVKKNVLEIAGEIEDVIRALTTLNTDKRMLVQKQDITFWDSVIVEVDSSKKKGKRKNKVIDGQFEFDLFG
>NZ_CP013056.1|WP_000494364.1|5656_6370_-|hypothetical-protein
MFTKIFIGLFCYVFLVVRNSKKKFLMEEAKKKEMENKPVERPVYWCPRENKPIGREQERVTVPTKEITLEKDVASIYDLVATSVHKNLGEEESDRLKHEDIEEVEYAEDFHHTPTPEAVYDIPFPSDEDIPVELLEYEDMYPQQEYVSIPPETEHVFSVQQGVADVEDMDFVRWTAKVIEQEQGLTRVINMSNKKRYWIHTEGEILPKNQLLYMKLEVNSPYSYTLVEWSNRQLGNI
>NZ_CP013056.1|WP_001024816.1|4690_5320_-|hypothetical-protein
MNINSISNNVVEKLEQTVRYEKKQVQVLRVSKSSSNIHAYMIFPEFSEVKISNTELDEYIENLSTSVKYVIDRKLSQQEIEKQNHSFIMTCEVEEDGVIDDETIHFNTTYVKPPTIANKVFKLVCGLGNRLDSLKELHITVLNNNINRIEIEFYNENETYVAVEKEEIANAIMGAYTKANIYYAADLYYAAEGNEIKLKSIKPKLAGDV
>NZ_CP013056.1|WP_000817905.1|4055_4691_-|hypothetical-protein
MKREKGMIGVLCTLVLMILLLVPLEAAQASVKVDFNELKGNDVSSSFKDGLNNRMKTTEKEDSFGSSIIQKIEGLYAPAFKVGVNIFSISFVLGVIVMVMALITKNGQWMKWATGSMIFSFISMMSMRLSVYFLFSSDVFSFMNIFTDFLDLFKATALIFTPFMLIAGIRLRRIHESTKQPEYYRWANRVITGSCLLCMLAVLAPWLFANM
>NZ_CP013056.1|WP_000377402.1|3390_4005_+|hypothetical-protein
MDSITNRIYKKRMLEHTILFSLVQLVPLIVSTGIIYILLELTDTEWKTWFSYEGIFVIIFLITRFQVFQNKKSIISLNQHEKWFSKLNIFLISIFLVLFASIPTLLKIAFILQMTVILFLLEYLCLYINRLPTHNLYRVKEIICDKKQLKIERIIPNNEEHGTHTIKTNDGQYFLYTAVYLSGILSPISEEVFEEYERKNLMGR
>NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2
MKTLDHKIDFAVVLSVTKANPNGDPLNGNRPRQNYDGHGEISDVAIKRKIRNRLQDMEESIFVQSNDRKVDQFNSLRERAETNVDLVKALKSKDNPHEQFAAIACKEWIDVRSFGQVFAFKGGAGKGVSVGVRGPVSIHTATSVDPIDITSMQITKSVNSEPGKDKGSDTMGMKHRVDFGVYVFYGSINTQLAEKTGFTNEDAEKIKNALVTLFENDASAARPEGSIEVHKVCWWDHNSKLGQYSSAKVHRLLEVKRNIDEPKTIDDYTVLVHELDDLKVEIINGM
>NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1
MSWLLNLYETYQSNLDRVGKIEKKYNGQEYTLLPISHTTQSANIEVLITEEGEFHSATVIDKSDANTLIPCTEDSASRSGTGAYKVPHPLHDKLTYVAGDFGEYGGSKKEEESFGYYIEHLRNWVESPYSTDKLKSIYKYLRKKQLVKDLVETKILWLDENQKLIGKWDKKVEVFLGNKPEIFTVLPAGQEAAFVRFTVYSPNKMLSKVWQDKEIHNSFINFYDGLLDNEDYCYVTGEIKPSTDKHAKKIRNASDQAKLISSNDLRGFTFRGRFTTSNEVANISYDVSQKAHNALKWLINKQGKIIDQRVFLVWGNDAEDVPDIVEDSYSIFSMDIRGTKKREIKSYTHEQFANEVAKAIDGYKNNLSSSENVNILLLDSATTGRLAVLYYRNMDKNLYLNRLKNWHSTCVWEHGYRKNADNEFVKFYGTPSTRDIAFAAYGPKANEKVVKSLMERMLPCIIDERKIPFDIVRSAFQRASNPLSMEKWEWEKTLSITCALINKMEGYQLVLDKENNNRDYLFGRLLAVADVLERKALNNGDQRATNARRYMNSFSQHPERTWRTIQGALQPYQARLGEKVWYYNKLIDEIGSMIKIEDFNNKPLSGKYLLGFYSQRHELYQKKEKNVSLNDVVNIGEEN
>NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5
MRNSIEFEVFGDYALFTDPLMKMGGEKLTYQVPTYQAIKGIVESIYWKPTLLMIVDKIRIMNAIKMESKGIRPIEYGGGNTLANYTYLKNVRYQVQAHFIFNHHRPDLAFDRNEYKHHNILKRSLKVGGRRDIFLGTRECQGYVEPCVFGEGEGFYDNYGGDIHLGTMVHGLNYPDETGRNELEVRLWNPVMRDGIIQFIRPEECTKIRKISKMDPKIFDSSNVESVDELIKQLEEGGE
>NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3
MTYIAHIRESDSQVQTVEEHLLRVKELAETYGEKIGIKHLAGLAGMLHDMGKYTNEFKEYILEAVNNPNSPPKKGSVDHSTAGGKLLYQLFHTENMIPYKGIISEIVGNAIISHHGYLQDFLNPDLESPYLNRVRDKQLRGFDVTQQFFFKHVMKEKDFHEYVDKATVELESFLLKESPENAEKQLMFLTKFIFSTLIDADRTNTRLFEEEKSVESVINVDELFEKYYERLMTKINSFKKQQNANTPINMLRADMSDQCDQFAERPSGIYTLSIPTGGGKTLASLRYALKHANTHNKKRIIYVVPFTTIIEQNAEEVRRILEDEENILEHHSNIVEEVNEHDENEDGVVSIQQKLKLAKDNWDSPIIFTTMVQFLNVFYAKGNRNTRRLHNLSEAIIIFDEVQKVPVSCVSLFNQALNFLKIYTRSSIVLCTATQPALDFVEQKLDINTDAEMINNLDHVIEAFKRVKIIDQATNEIFNKDKLKTFIHTKIEEVQSILIVLNTKSVVRDLYTQLQSQGLNIPIYHLSTTMCAAHRHKILEEVRECLKEGRKIICISTQLIEAGVDVSFECVVRSLSGLDYIAQAAGRCNRHGEKGIQNVYVIDYEEENLSHLKEIKIGKKITKKILMDLKHNDKIHGGHILSREAMKRYFKEYYREFESDLDYFIPKLKKNMTELLSVPRIENSYRRAYIHKHDKKDIPLFIINSYQTAAKHFNVIDDITTSVIVPYEEGKDIIAELNSNNSIEDLTRLLRKAQQYTVNVFNYEKEKLIINDGLVYYLDGKILALKESA
>NZ_CP013056.1|WP_000335059.1|25052_26855_-|hypothetical-protein
MCKCRVCETNNNDFHCNIAGDNICRNCCNDFQLRNFKDSWSGLVKLVKDEMEIYNISECCLKCKGLMRNQRVELTGDGSIINYGYNGKYVFNDMVDSYSYKFFNKKKIVLLESMNSLDITGVYDLAEGYYLLEEYEKAIDLLENLEGKDTDSKVLLLLGKVYFHANNLQAAIDCLLNSIKIHGDNSETYRILGEVYQADNNLINSAYYFNQAIKYFKIDAYDRPNDYFPQYSYLGLAVVYSKLNQHNEVIKSAEKFLESQYSWDTLVEMLYEQRSGEKNYIGFGGFFACATIYELMALSYLEKENLMLAEKYIDRAQELNPENTNIATTKGIIIGRKHNDGKISEYREQISSLRQNIELRASSINKLKTLRPEEQVKLFTGNEEESVWGFLVGKIFDNLKTIENLSPIVTPSQNKAAEEDRYTDLFKSHMDSNLVDTFGWITHTQSRGGYTRKEMGDRGGIGERDIVIRSHQNKDLLMGEALILKGKDTASIKTHTKKIFGYDIGNCNFHIIINWGFSEKPDSVWKDYRKLVISRQEGIYAVIENGETENLYPGINKQGIRTFYTKHSTDVENEVATAIHVYVDVLKQMKREGAELARKK
>NZ_CP013056.1|WP_000373088.1|27264_28182_-|hypothetical-protein
MDQVTNTPETNQDSKCNGIEPYLQDGRKNDRVTHYYILDNNVLSDLAKLAREEQSSFKELMTCYKGTVFIVPEMVMEEAIRNLPGQQWVDEKYLNFYQVMSELHIPIYLESVEHNYQIFAEGYGSKEEAFLQYKEIALNSISNIAIQGELREAKSCKDIEKAYSQSLKDAGERFIFLYAHAMLQDKVNKISILSNEIKGVYNVWKANMRKGELLELVRVTSHEEYCEKLRPVSYNCILVNSLKKNPTLTSEQKKSLLQIMRDSKIIGRNVYYSQKSCNLVDTRADMNNEEFINFIEKHDDYKLAF
>NZ_CP013056.1|WP_000610947.1|28196_28979_-|ImmA/IrrE-family-metallo-endopeptidase
MINSTNIREVIEQNQKILPSILVNVESTIEKGIHFKYKTIESIRNYLMQKTEVLLFPSKSLSYGGMVLYRNGSFYININTLQPKTYENFVWAHEYYHFEFEKDRIKNADDVTFVNNPVLNENERRANLFAAELLINDDVLKTLFQEIKLNYVNDSLEKNVIRLIPAFELPYKTMVIKLAQENLISMEDAERIIDHDYRHNLPQDFDLSILEPTKAIKIDGLNKLLESESVQENMLESDFESIQNLANQHFKQLEAIRMEI
>NZ_CP013056.1|WP_000724860.1|29071_29464_-|hypothetical-protein
MKKIVGENIRIYLEATGRTHQWVMDKGGIPKATFYKLLKGEGDLTKGIEKINELFGIKDDFYFYNSEFKPPLKLEDKLKRSDIRNFAAANYVAVEGEETEFKNTLDTLDDFIRMIELLKPYNNLNRNDFI
>NZ_CP013056.1|WP_000459233.1|31261_32071_+|hypothetical-protein
MFDFELELFNFYSKKLSKWNLVYKYVLKNIIFLVATFISIAALVIISLNIFVEHDIEFDSFYIYMIFFFVYMILFLVCMHYVVVKPAILISVNKYNISFKSKQWQVFICLIVQSYLFKKELLNNDPKFNEESLQFLIQVLKEKKEETEKLNVLKLLSSYGSLFFLFTIPVWSAFNSWVYNHEIKTSAEAIQYLLMLGFLIFMSVFLIWMPFKKNFLEELFSKESSKISDLIKALENINFSLKNFCHLKSEKSGVIKQSTIDSIIKENTN
>NZ_CP013056.1|WP_000372481.1|32452_34177_-|hypothetical-protein
MDQLKQLFQSTLLVAYPLFQNIENNERIFNKWRGLCTLINSDVSYLEDPMYTSVSFKKFANWISYKESQGVGIMEIVAQIEGYRPEVFELLANDIEKEFEILLVKQKQEKKHTEEQQSFIEHSSAGFMYHLTDTIAKNNFTEDKELNAHIAELPDKSNSLVVVSSRFNDGDMKLRGAGELNRWNTLVDSTFVDRVMDDLTADCLDIVTEIWVKSASTESSPVHIGYEEILEMCSMKQVRNGKSYYRKEDRLKIMERLAALASIFIYVNEDNEIVILNDDENPNESLAYKKQRVRRLFVMDEIVFAKDIDTDEMLGIESMNVAPGTFLSKYLYGSEKLTGLLSKKALEYNSKQQRYHKRLTRYLSWRWRIQQAYQHLVHPYSIGGPKGLISVMGVSMNQNPARIRSVFEKTLDDLMRDEVIKEWQYQTPIDEGKCSGRNWLENYWLNLKVTVTPTDELVSLQQELLQKKKITPKNKLMETVVKDPVIEVQDMEIEEIQTSQLEQQQVNRDINWYQQKILQYKEENKCSLRDMAKEIEISPSNLSKLLIGKRKRLSEETHNKLDKWIERQEVVNLL

Crispr_ID: NZ_CP013056_2

• CRISPR_ID: NZ_CP013056_2
• CRISPR_location: 24043-24729
• CRISPR_type: TypeI
• Repeat_type: I-C
• Spacer_info: 10 spacers
• Cas_protein_info: cas3,cas5,cas8c,cas7,RT

Consensus repeat of NZ_CP013056_2

Consensus_repeat	Method
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	CRISPRCasFinder
ATTTCAATCCACGCACCTATATNAGGTGCGAC	CRT
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	PILER-CR

spacers of NZ_CP013056_2

>2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT
CATGACTGAATTTTGTCAAAATTGTGATATTAT
>2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT
TATGAGCGTTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTA
>2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT
TGAAAACGGAAAAACAATTGAGCTAGTTGCAAA
>2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT
TATGGGCATTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTA
>2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT
TGGTCTAACATCTAAAGCCATTAATAACTCCTA
>2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT
TGCAAAGACGATCATAACGACTGGAGCAACAAA
>2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT
ATACACTTTTTTTGATTTCTTCTACTATCTTC
>2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTTAAAACGTGCATAACCTAACACTTTCCCATTGT
>2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTTTTTACTCGGATACTCTAAAGGTGTAACAATA
>2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
ATGTGGGTGACGTCATTAAATTCTCGTATCTTGT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP013056_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP013056_2

>merge|NZ_CP013056|2|24043-24729|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
ATTTCAATCCAAGCACCTATATGAGGTGCAATCATGACTGAATTTTGTCAAAATTGTGATATTATATTTCAATCCACACACCTATTTAAGGTGCGACTATGAGCGTTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTAATTTCAATCCATGCACCTATATGAGGTGCGACTGAAAACGGAAAAACAATTGAGCTAGTTGCAAAATTTCAATCCACGCACCTATATAGGGTGCGACTATGGGCATTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTAATTTCAATCCTCACACCTATATAAGGTGCGACTGGTCTAACATCTAAAGCCATTAATAACTCCTAATTTCAATCCACGCACCTATATAAAGTGCGACTGCAAAGACGATCATAACGACTGGAGCAACAAAATTTCAATTCACACACCTATTTAAGGTGCGACATACACTTTTTTTGATTTCTTCTACTATCTTCATTTCAATTCACGCACCTATATGAGGTGCGACTTTAAAACGTGCATAACCTAACACTTTCCCATTGTATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGACTTTTTTACTCGGATACTCTAAAGGTGTAACAATAATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGACATGTGGGTGACGTCATTAAATTCTCGTATCTTGTATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC

>NZ_CP013056|2|2|24043-24729|CRISPRCasFinder
ATTTCAATCCAAGCACCTATATGAGGTGCAAT	CATGACTGAATTTTGTCAAAATTGTGATATTAT
ATTTCAATCCACACACCTATTTAAGGTGCGAC	TATGAGCGTTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTA
ATTTCAATCCATGCACCTATATGAGGTGCGAC	TGAAAACGGAAAAACAATTGAGCTAGTTGCAAA
ATTTCAATCCACGCACCTATATAGGGTGCGAC	TATGGGCATTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTA
ATTTCAATCCTCACACCTATATAAGGTGCGAC	TGGTCTAACATCTAAAGCCATTAATAACTCCTA
ATTTCAATCCACGCACCTATATAAAGTGCGAC	TGCAAAGACGATCATAACGACTGGAGCAACAAA
ATTTCAATTCACACACCTATTTAAGGTGCGAC	ATACACTTTTTTTGATTTCTTCTACTATCTTC
ATTTCAATTCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	TTTAAAACGTGCATAACCTAACACTTTCCCATTGT
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	TTTTTTACTCGGATACTCTAAAGGTGTAACAATA
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	ATGTGGGTGACGTCATTAAATTCTCGTATCTTGT
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC

>NZ_CP013056|2|2|24043-24729|CRT
ATTTCAATCCAAGCACCTATATGAGGTGCAAT	CATGACTGAATTTTGTCAAAATTGTGATATTAT
ATTTCAATCCACACACCTATTTAAGGTGCGAC	TATGAGCGTTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTA
ATTTCAATCCATGCACCTATATGAGGTGCGAC	TGAAAACGGAAAAACAATTGAGCTAGTTGCAAA
ATTTCAATCCACGCACCTATATAGGGTGCGAC	TATGGGCATTCCAGATAAATATAAACCCGAGGTA
ATTTCAATCCTCACACCTATATAAGGTGCGAC	TGGTCTAACATCTAAAGCCATTAATAACTCCTA
ATTTCAATCCACGCACCTATATAAAGTGCGAC	TGCAAAGACGATCATAACGACTGGAGCAACAAA
ATTTCAATTCACACACCTATTTAAGGTGCGAC	ATACACTTTTTTTGATTTCTTCTACTATCTTC
ATTTCAATTCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	TTTAAAACGTGCATAACCTAACACTTTCCCATTGT
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	TTTTTTACTCGGATACTCTAAAGGTGTAACAATA
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	ATGTGGGTGACGTCATTAAATTCTCGTATCTTGT
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC

>NZ_CP013056|2|1|24499-24729|PILER-CR
ATTTCAATTCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	TTTAAAACGTGCATAACCTAACACTTTCCCATTGT
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	TTTTTTACTCGGATACTCTAAAGGTGTAACAATA
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC	ATGTGGGTGACGTCATTAAATTCTCGTATCTTGT
ATTTCAATCCACGCACCTATATGAGGTGCGAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP013056.1|WP_000114815.1|12658_12886_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000217299.1|39020_39164_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	gnl|CDD|273847
NZ_CP013056.1|WP_000459233.1|31261_32071_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000372481.1|32452_34177_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	pfam09709_cas8c_CAS-I-C	gnl|CDD|187887
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NZ_CP013056.1|WP_000610947.1|28196_28979_-|ImmA/IrrE-family-metallo-endopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|368753
NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|224124
NZ_CP013056.1|WP_000710813.1|14097_14235_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000372779.1|34212_35682_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
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NZ_CP013056.1|WP_000335059.1|25052_26855_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|276809
NZ_CP013056.1|WP_103653709.1|6386_8789_-|DEAD/DEAH-box-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|223627
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NZ_CP013056.1|WP_001219637.1|12901_13993_-|methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|274377
NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	COG3649_cas7_CAS-I-C	gnl|CDD|226175
NZ_CP013056.1|WP_000724860.1|29071_29464_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013056.1|WP_000654328.1|9066_10932_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|275209
NZ_CP013056.1|WP_000041871.1|39304_40252_+|site-specific-integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|271175

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	cas8c	pfam09709_cas8c_CAS-I-C	1.5e-162	536.7	2.5
NZ_CP013056.1|WP_000654328.1|9066_10932_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	2e-52	172.6	0.1
NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	cas7	COG3649_cas7_CAS-I-C	3.4e-128	421.6	1.3
NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	5.9e-89	293.9	22.0
NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09752_cas5_CAS-I-C	8.9e-61	199.9	0.0

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP013056.1|WP_000610947.1|28196_28979_-|ImmA/IrrE-family-metallo-endopeptidase	gnl|CDD|368753	pfam06114, Peptidase_M78, IrrE N-terminal-like domain. This entry includes the catalytic domain of the protein ImmA, which is a metallopeptidase containing an HEXXH zinc-binding motif from peptidase family M78. ImmA is encoded on a conjugative transposon. Conjugating bacteria are able to transfer conjugative transposons that can, for example, confer resistance to antibiotics. The transposon is integrated into the chromosome, but during conjugation excises itself and then moves to the recipient bacterium and re-integrate into its chromosome. Typically a conjugative tranposon encodes only the proteins required for this activity and the proteins that regulate it. During exponential growth, the ICEBs1 transposon of Bacillus subtilis is inactivated by the immunity repressor protein ImmR, which is encoded by the transposon and represses the genes for excision and transfer. Cleavage of ImmR relaxes repression and allows transfer of the transposon. ImmA has been shown to be essential for the cleavage of ImmR. This domain is also found in in metalloprotease IrrE, a central regulator of DNA damage repair in Deinococcaceae, HTH-type transcriptional regulators RamB and PrpC.	6.33521e-07
NZ_CP013056.1|WP_000335059.1|25052_26855_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|276809	sd00006, TPR, Tetratricopeptide repeat. The Tetratricopeptide repeat (TPR) typically contains 34 amino acids and is found in a variety of organisms including bacteria, cyanobacteria, yeast, fungi, plants, and humans. It is present in a variety of proteins including those involved in chaperone, cell-cycle, transcription, and protein transport complexes. The number of TPR motifs varies among proteins. Those containing 5-6 tandem repeats generate a right-handed helical structure with an amphipathic channel that is thought to accommodate an alpha-helix of a target protein. It has been proposed that TPR proteins preferentially interact with WD-40 repeat proteins, but in many instances several TPR-proteins seem to aggregate to multi-protein complexes.	7.64325e-11
NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273847	TIGR01876, cas_Cas5d, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-C/DVULG. CRISPR is a term for Clustered, Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins. This small Cas family is represented by CT1134 of Chlorobium tepidum. This family belongs to a set of several Cas protein families, one each for a number of different CRISPR/Cas subtypes, that share a region of N-terminal sequence similarity modeled by TIGR02593. This family represents the Dvulg subtype of CRISPR/Cas locus.	1.61876e-96
NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1	gnl|CDD|187887	cd09757, Cas8c_I-C, CRISPR/Cas system-associated protein Cas8c. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Zn-finger domain containing protein, distant homologs of Cas8 proteins; signature gene for I-C subtype; also known as Csd1 family.	4.95792e-169
NZ_CP013056.1|WP_000041871.1|39304_40252_+|site-specific-integrase	gnl|CDD|271175	cd00397, DNA_BRE_C, DNA breaking-rejoining enzymes, C-terminal catalytic domain. The DNA breaking-rejoining enzyme superfamily includes type IB topoisomerases and tyrosine based site-specific recombinases (integrases) that share the same fold in their catalytic domain containing conserved active site residues. The best-studied members of this diverse superfamily include Human topoisomerase I, the bacteriophage lambda integrase, the bacteriophage P1 Cre recombinase, the yeast Flp recombinase, and the bacterial XerD/C recombinases. Their overall reaction mechanism is essentially identical and involves cleavage of a single strand of a DNA duplex by nucleophilic attack of a conserved tyrosine to give a 3' phosphotyrosyl protein-DNA adduct. In the second rejoining step, a terminal 5' hydroxyl attacks the covalent adduct to release the enzyme and generate duplex DNA. The enzymes differ in that topoisomerases cleave and then rejoin the same 5' and 3' termini, whereas a site-specific recombinase transfers a 5' hydroxyl generated by recombinase cleavage to a new 3' phosphate partner located in a different duplex region. Many DNA breaking-rejoining enzymes also have N-terminal domains, which show little sequence or structure similarity.	1.04048e-15
NZ_CP013056.1|WP_001219637.1|12901_13993_-|methyltransferase	gnl|CDD|274377	TIGR02987, m6_adenine_and_m5_cytosine_DNA_methyltransferase, type II restriction m6 adenine DNA methyltransferase, Alw26I/Eco31I/Esp3I family. Members of this family are the m6-adenine DNA methyltransferase protein, or domain of a fusion protein that also carries m5 cytosine methyltransferase activity, of type II restriction systems of the Alw26I/Eco31I/Esp3I family. A methyltransferase of this family is alway accompanied by a type II restriction endonuclease from the Alw26I/Eco31I/Esp3I family (TIGR02986) and by an adenine-specific modification methyltransferase. Members of this family are unusual in that regions of similarity to homologs outside this family are circularly permuted. [DNA metabolism, Restriction/modification].	0.00066001
NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2	gnl|CDD|226175	COG3649, COG3649, CRISPR system related protein [Defense mechanisms].	1.09266e-135
NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|224124	COG1203, COG1203, CRISPR-associated helicase Cas3 [Defense mechanisms].	2.06683e-76
NZ_CP013056.1|WP_000654328.1|9066_10932_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	gnl|CDD|275209	TIGR04416, hypothetical_protein, group II intron reverse transcriptase/maturase. Members of this protein family are multifunctional proteins encoded in most examples of bacterial group II introns. These group II introns are mobile selfish genetic elements, often with multiple highly identical copies per genome. Member proteins have an N-terminal reverse transcriptase (RNA-directed DNA polymerase) domain (pfam00078) followed by an RNA-binding maturase domain (pfam08388). Some members of this family may have an additional C-terminal DNA endonuclease domain that this model does not cover. A region of the group II intron ribozyme structure should be detectable nearby on the genome by Rfam model RF00029. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	4.217e-121
NZ_CP013056.1|WP_103653709.1|6386_8789_-|DEAD/DEAH-box-helicase	gnl|CDD|223627	COG0553, HepA, Superfamily II DNA/RNA helicases, SNF2 family [Transcription / DNA replication, recombination, and repair].	1.89065e-07

Protein sequences

>NZ_CP013056.1|WP_014481878.1|21589_23959_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3
MTYIAHIRESDSQVQTVEEHLLRVKELAETYGEKIGIKHLAGLAGMLHDMGKYTNEFKEYILEAVNNPNSPPKKGSVDHSTAGGKLLYQLFHTENMIPYKGIISEIVGNAIISHHGYLQDFLNPDLESPYLNRVRDKQLRGFDVTQQFFFKHVMKEKDFHEYVDKATVELESFLLKESPENAEKQLMFLTKFIFSTLIDADRTNTRLFEEEKSVESVINVDELFEKYYERLMTKINSFKKQQNANTPINMLRADMSDQCDQFAERPSGIYTLSIPTGGGKTLASLRYALKHANTHNKKRIIYVVPFTTIIEQNAEEVRRILEDEENILEHHSNIVEEVNEHDENEDGVVSIQQKLKLAKDNWDSPIIFTTMVQFLNVFYAKGNRNTRRLHNLSEAIIIFDEVQKVPVSCVSLFNQALNFLKIYTRSSIVLCTATQPALDFVEQKLDINTDAEMINNLDHVIEAFKRVKIIDQATNEIFNKDKLKTFIHTKIEEVQSILIVLNTKSVVRDLYTQLQSQGLNIPIYHLSTTMCAAHRHKILEEVRECLKEGRKIICISTQLIEAGVDVSFECVVRSLSGLDYIAQAAGRCNRHGEKGIQNVYVIDYEEENLSHLKEIKIGKKITKKILMDLKHNDKIHGGHILSREAMKRYFKEYYREFESDLDYFIPKLKKNMTELLSVPRIENSYRRAYIHKHDKKDIPLFIINSYQTAAKHFNVIDDITTSVIVPYEEGKDIIAELNSNNSIEDLTRLLRKAQQYTVNVFNYEKEKLIINDGLVYYLDGKILALKESA
>NZ_CP013056.1|WP_003319726.1|20664_21384_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas5
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>NZ_CP013056.1|WP_000118651.1|18744_20664_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas8c/Csd1
MSWLLNLYETYQSNLDRVGKIEKKYNGQEYTLLPISHTTQSANIEVLITEEGEFHSATVIDKSDANTLIPCTEDSASRSGTGAYKVPHPLHDKLTYVAGDFGEYGGSKKEEESFGYYIEHLRNWVESPYSTDKLKSIYKYLRKKQLVKDLVETKILWLDENQKLIGKWDKKVEVFLGNKPEIFTVLPAGQEAAFVRFTVYSPNKMLSKVWQDKEIHNSFINFYDGLLDNEDYCYVTGEIKPSTDKHAKKIRNASDQAKLISSNDLRGFTFRGRFTTSNEVANISYDVSQKAHNALKWLINKQGKIIDQRVFLVWGNDAEDVPDIVEDSYSIFSMDIRGTKKREIKSYTHEQFANEVAKAIDGYKNNLSSSENVNILLLDSATTGRLAVLYYRNMDKNLYLNRLKNWHSTCVWEHGYRKNADNEFVKFYGTPSTRDIAFAAYGPKANEKVVKSLMERMLPCIIDERKIPFDIVRSAFQRASNPLSMEKWEWEKTLSITCALINKMEGYQLVLDKENNNRDYLFGRLLAVADVLERKALNNGDQRATNARRYMNSFSQHPERTWRTIQGALQPYQARLGEKVWYYNKLIDEIGSMIKIEDFNNKPLSGKYLLGFYSQRHELYQKKEKNVSLNDVVNIGEEN
>NZ_CP013056.1|WP_000853368.1|17881_18742_-|type-I-C-CRISPR-associated-protein-Cas7/Csd2
MKTLDHKIDFAVVLSVTKANPNGDPLNGNRPRQNYDGHGEISDVAIKRKIRNRLQDMEESIFVQSNDRKVDQFNSLRERAETNVDLVKALKSKDNPHEQFAAIACKEWIDVRSFGQVFAFKGGAGKGVSVGVRGPVSIHTATSVDPIDITSMQITKSVNSEPGKDKGSDTMGMKHRVDFGVYVFYGSINTQLAEKTGFTNEDAEKIKNALVTLFENDASAARPEGSIEVHKVCWWDHNSKLGQYSSAKVHRLLEVKRNIDEPKTIDDYTVLVHELDDLKVEIINGM
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>NZ_CP013056.1|WP_001219637.1|12901_13993_-|methyltransferase
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Self-targeting detection

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MGE targeting detection<

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NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	NC_025424	Bacillus phage Waukesha92, complete genome	11483-11514	0	1.0
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NZ_CP013056_2	2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24531-24565	35	NZ_CP010091	Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence	135464-135498	0	1.0
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NZ_CP013056_2	2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24598-24631	34	NZ_CP004861	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence	140666-140699	0	1.0
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NZ_CP013056_2	2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24598-24631	34	NZ_CP011350	Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence	705060-705093	0	1.0
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NZ_CP013056_2	2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24664-24697	34	NZ_CP013056	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence	24664-24697	0	1.0
NZ_CP013056_2	2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24664-24697	34	NZ_CP004861	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence	140600-140633	0	1.0
NZ_CP013056_2	2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24664-24697	34	NZ_AP014866	Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence	6956-6989	0	1.0
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NZ_CP013056_1	1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT	16807-16837	31	NC_020383	Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-85, complete sequence	57458-57488	1	0.968
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NZ_CP013056_1	1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT	16807-16837	31	NC_022877	Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0232, complete sequence	97767-97797	2	0.935
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NZ_CP013056_1	1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT	17005-17037	33	CP020757	Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid pLDW-18, complete sequence	73882-73914	2	0.939
NZ_CP013056_1	1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT	17005-17037	33	NZ_CP021064	Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid poh3, complete sequence	21545-21577	2	0.939
NZ_CP013056_1	1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT	17005-17037	33	NZ_CP021064	Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid poh3, complete sequence	81225-81257	2	0.939
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NZ_CP013056_2	2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24140-24173	34	NZ_CP013056	Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence	24271-24304	2	0.941
NZ_CP013056_2	2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24140-24173	34	NZ_AP014866	Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence	6626-6659	2	0.941
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NZ_CP013056_2	2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24271-24304	34	NC_020384	Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence	180184-180217	2	0.941
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NZ_CP013056_2	2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24271-24304	34	NZ_CP010091	Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence	135856-135889	2	0.941
NZ_CP013056_2	2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24271-24304	34	NZ_KX258624	Bacillus thuringiensis strain INTA Fr7-4 plasmid pFR260, complete sequence	50231-50264	2	0.941
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NZ_CP013056_1	1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT	16939-16970	32	MH598512	Bacillus phage Wes44, complete genome	12678-12709	3	0.906
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NZ_CP013056_2	2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24664-24697	34	NZ_CP004882	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMBLin15, complete sequence	12814-12847	4	0.882
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NZ_CP013056_2	2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	24664-24697	34	AY701338	Bacillus thuringiensis phage GIL16c, complete genome	12805-12838	4	0.882
NZ_CP013056_2	2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24140-24173	34	NZ_CP014284	Bacillus thuringiensis strain Bt185 plasmid pBT1850294, complete sequence	151419-151452	5	0.853
NZ_CP013056_2	2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24140-24173	34	NZ_CP032609	Bacillus thuringiensis strain QZL38 plasmid p.2, complete sequence	243320-243353	5	0.853
NZ_CP013056_2	2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24337-24369	33	NZ_CP004882	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMBLin15, complete sequence	10906-10938	5	0.848
NZ_CP013056_2	2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24337-24369	33	NZ_CP011355	Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC10, complete sequence	7802-7834	5	0.848
NZ_CP013056_2	2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24337-24369	33	NC_006945	Bacillus phage GIL16c, complete genome	10897-10929	5	0.848
NZ_CP013056_2	2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24337-24369	33	AY701338	Bacillus thuringiensis phage GIL16c, complete genome	10897-10929	5	0.848
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	MN692959	Marine virus AFVG_117M52, complete genome	47041-47072	7	0.781
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	MN855765	Myoviridae sp. isolate 14, complete genome	5886-5917	7	0.781
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NZ_CP013056_1	1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder	16792-16832	41	NZ_CP029456	Bacillus cereus strain FORC087 plasmid pFORC087.2, complete sequence	42959-42999	8	0.805
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NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	NZ_CP019487	Sinorhizobium meliloti strain B399 plasmid pSym, complete sequence	1226034-1226065	8	0.75
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	NC_020560	Sinorhizobium meliloti 2011 plasmid pSymB, complete sequence	1331293-1331324	8	0.75
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	AJ748296	Sulfolobus islandicus rudivirus 1 variant XX, complete genome	8874-8905	8	0.75
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	L35061	Bacteriophage phi-41 orfs L1-12, complete cds's, orf 13, 5' end	1064-1095	8	0.75
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NZ_CP013056_1	1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder	16792-16832	41	NC_017206	Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT83, complete sequence	76580-76620	9	0.78
NZ_CP013056_1	1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder	16792-16832	41	NC_020383	Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-85, complete sequence	57443-57483	9	0.78
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NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	AP013487	Uncultured Mediterranean phage uvMED DNA, complete genome, group G19, isolate: uvMED-CGR-C30A-MedDCM-OCT-S33-C83	14788-14819	9	0.719
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	NC_021794	Cellulophaga phage phi18:3, complete genome	54281-54312	9	0.719
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NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	MK448992	Streptococcus phage Javan6, complete genome	14110-14141	9	0.719
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	MT774388	CrAssphage cr112_1, complete genome	69862-69893	9	0.719
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NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	KY065481	Streptococcus phage IPP41, complete genome	11172-11203	9	0.719
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NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	MK448863	Streptococcus phage Javan18, complete genome	12322-12353	9	0.719
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	NC_027396	Streptococcus phage SpSL1, complete genome	32940-32971	9	0.719
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	KY065449	Streptococcus phage IPP5, complete genome	12549-12580	9	0.719
NZ_CP013056_1	1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder	16792-16832	41	NC_022877	Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0232, complete sequence	97772-97812	10	0.756
NZ_CP013056_1	1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder	16792-16832	41	NC_022882	Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence	134329-134369	10	0.756
NZ_CP013056_1	1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder	16792-16832	41	NC_022782	Bacillus toyonensis BCT-7112 plasmid pBCT77, complete sequence	43122-43162	10	0.756
NZ_CP013056_2	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	AP014291	Uncultured Mediterranean phage uvMED isolate uvMED-GF-U-MedDCM-OCT-S25-C40, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***	18771-18802	10	0.688

1. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

tataaggtgcgacttgtttttcacaaagcattaataccagc	CRISPR spacer
tataaggtgcgacttgtttttcacaaagcattaataccagc	Protospacer
*****************************************

2. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

tataaggtgcgacttgtttttcacaaagcattaataccagc	CRISPR spacer
tataaggtgcgacttgtttttcacaaagcattaataccagc	Protospacer
*****************************************

3. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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4. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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5. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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6. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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7. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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8. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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9. spacer 1.1|16727|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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10. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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11. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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12. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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13. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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14. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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15. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010111 (Bacillus thuringiensis serovar indiana strain HD521 plasmid pBTHD521-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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16. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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17. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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18. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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19. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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20. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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21. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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22. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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23. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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24. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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25. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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26. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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27. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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28. spacer 1.3|16857|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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29. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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30. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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31. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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32. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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33. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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34. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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35. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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36. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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37. spacer 1.4|16924|42|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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38. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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39. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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40. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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41. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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42. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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43. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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44. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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45. spacer 1.5|16990|43|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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46. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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47. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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48. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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49. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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50. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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51. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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52. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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53. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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54. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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55. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP047087 (Bacillus paranthracis strain BC307 plasmid pCE2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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56. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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57. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_018510 (Bacillus thuringiensis HD-789 plasmid pBTHD789-3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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58. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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59. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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60. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to CP041751 (Bacillus paranthracis strain NCCP 14796 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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61. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP017573 (Bacillus thuringiensis strain SCG04-02 plasmid PSCG61, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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62. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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63. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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64. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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65. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP029456 (Bacillus cereus strain FORC087 plasmid pFORC087.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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66. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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67. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP013280 (Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain AM65-52 plasmid pAM65-52-5-100K, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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68. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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69. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP010111 (Bacillus thuringiensis serovar indiana strain HD521 plasmid pBTHD521-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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70. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_011656 (Bacillus cereus AH187 plasmid pAH187_45, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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71. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP039726 (Bacillus thuringiensis strain BT-59 plasmid p5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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72. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_018685 (Bacillus thuringiensis MC28 plasmid pMC95, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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73. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP009350 (Bacillus thuringiensis HD1002 plasmid 4, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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74. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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75. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP033793 (Bacillus sp. FDAARGOS_527 plasmid unnamed6, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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76. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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77. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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78. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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79. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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80. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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81. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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82. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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83. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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84. spacer 1.8|16872|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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85. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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86. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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87. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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88. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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89. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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90. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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91. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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92. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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93. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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94. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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95. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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96. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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97. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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98. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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99. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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100. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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101. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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102. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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103. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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104. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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105. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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106. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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107. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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108. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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109. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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110. spacer 2.1|24075|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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111. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_KX258624 (Bacillus thuringiensis strain INTA Fr7-4 plasmid pFR260, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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112. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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113. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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114. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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115. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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116. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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117. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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118. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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119. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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120. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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121. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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122. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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123. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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124. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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125. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to CP041751 (Bacillus paranthracis strain NCCP 14796 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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126. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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127. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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128. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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129. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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130. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to CP024689 (Bacillus wiedmannii bv. thuringiensis strain FCC41 plasmid pFCC41-5-125K, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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131. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_018685 (Bacillus thuringiensis MC28 plasmid pMC95, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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132. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP033793 (Bacillus sp. FDAARGOS_527 plasmid unnamed6, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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133. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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134. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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135. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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136. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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137. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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138. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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139. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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140. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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141. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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142. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP014284 (Bacillus thuringiensis strain Bt185 plasmid pBT1850294, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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143. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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144. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP053974 (Bacillus thuringiensis strain FDAARGOS_796 plasmid unnamed5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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145. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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146. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP032609 (Bacillus thuringiensis strain QZL38 plasmid p.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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147. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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148. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP009346 (Bacillus thuringiensis HD1002 plasmid 5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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149. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP045027 (Bacillus thuringiensis strain JW-1 plasmid p5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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150. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to CP013282 (Bacillus phage pGIL02, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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151. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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152. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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153. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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154. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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155. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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156. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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157. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_005258 (Bacillus phage Bam35c, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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158. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to AY257527 (Bacillus thuringiensis bacteriophage Bam35c, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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159. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to AJ536073 (Bacillus phage pGIL01, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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160. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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161. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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162. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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163. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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164. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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165. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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166. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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167. spacer 2.6|24402|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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168. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004871 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB46, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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169. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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170. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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171. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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172. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_023074 (Bacillus thuringiensis serovar tenebrionis str. YBT-1765 plasmid pBMB165, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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173. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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174. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011352 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC4, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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175. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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176. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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177. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013060 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-5, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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178. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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179. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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180. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010095 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB47, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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181. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MK843319 (Bacillus phage vB_BthS-TP21T, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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182. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KT970646 (Bacillus phage phiS58, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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183. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KJ024807 (Bacillus phage vB_BtS_BMBtp3, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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184. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_025424 (Bacillus phage Waukesha92, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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185. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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186. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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187. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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188. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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189. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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190. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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191. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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192. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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193. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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194. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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195. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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196. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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197. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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198. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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199. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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200. spacer 2.9|24598|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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201. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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**********************************

202. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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**********************************

203. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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**********************************

204. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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**********************************

205. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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206. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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**********************************

207. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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**********************************

208. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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**********************************

209. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_017206 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT83, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.968

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**************.****************

210. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_020383 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-85, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.968

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**************.****************

211. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to CP024689 (Bacillus wiedmannii bv. thuringiensis strain FCC41 plasmid pFCC41-5-125K, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.968

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**********.********************

212. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP032610 (Bacillus thuringiensis strain QZL38 plasmid p.3, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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 ********************************

213. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP014286 (Bacillus thuringiensis strain Bt185 plasmid pBT1850054, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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 ********************************

214. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP020748 (Bacillus mycoides strain Gnyt1 plasmid unnamed5, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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*********.************************

215. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011157 (Bacillus cereus strain HN001 plasmid pRML02, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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*********.************************

216. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017206 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT83, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

217. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP047087 (Bacillus paranthracis strain BC307 plasmid pCE2, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

218. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_018510 (Bacillus thuringiensis HD-789 plasmid pBTHD789-3, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

219. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_022882 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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******.**************************

220. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020383 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-85, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

221. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013280 (Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain AM65-52 plasmid pAM65-52-5-100K, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

222. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP039726 (Bacillus thuringiensis strain BT-59 plasmid p5, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

223. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP009350 (Bacillus thuringiensis HD1002 plasmid 4, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

224. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_022877 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0232, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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tgaaaatggaaaaacaattgagctagttgcaaa	Protospacer
******.**************************

225. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to CP016198 (Bacillus thuringiensis serovar coreanensis strain ST7 plasmid pST7-4, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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*********.***********************

226. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010096 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMBLin15, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.97

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******************************** 

227. spacer 2.8|24531|35|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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************************ ********** 

228. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP010096 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMBLin15, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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******************************* **

229. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_022882 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.935

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**********.***** **************

230. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_022782 (Bacillus toyonensis BCT-7112 plasmid pBCT77, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.935

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**********.***** **************

231. spacer 1.7|16807|31|NZ_CP013056|CRT matches to NC_022877 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0232, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.935

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**********.***** **************

232. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NC_017204 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT51, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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 ********************.***********

233. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to CP020757 (Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid pLDW-18, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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acatttgttgttacttatgaattaccgccaatg	Protospacer
 ********************.***********

234. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to CP020757 (Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid pLDW-18, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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acatttgttgttacttatgaattaccgccaatg	Protospacer
 ********************.***********

235. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP021064 (Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid poh3, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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acatttgttgttacttatgaattaccgccaatg	Protospacer
 ********************.***********

236. spacer 1.10|17005|33|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP021064 (Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 plasmid poh3, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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acatttgttgttacttatgaattaccgccaatg	Protospacer
 ********************.***********

237. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

238. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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239. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

240. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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241. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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242. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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243. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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244. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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245. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

tatgagcgttccagataaatataaacccgaggta	CRISPR spacer
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246. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_022782 (Bacillus toyonensis BCT-7112 plasmid pBCT77, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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247. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP017573 (Bacillus thuringiensis strain SCG04-02 plasmid PSCG61, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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*********.****.******************

248. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP029456 (Bacillus cereus strain FORC087 plasmid pFORC087.2, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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*********.****.******************

249. spacer 2.3|24206|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_011656 (Bacillus cereus AH187 plasmid pAH187_45, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.939

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*********.**************.********

250. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011350 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC1, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

251. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013056 (Bacillus thuringiensis strain YWC2-8 plasmid pYWC2-8-1, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

252. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014866 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK2, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

253. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004876 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMB299, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

254. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017203 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

255. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020384 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-285, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

256. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP015152 (Bacillus thuringiensis strain Bc601 plasmid pBTBC2, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

257. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004861 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 plasmid pBMB293, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

258. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP010091 (Bacillus thuringiensis serovar galleriae strain 4G5 plasmid pBMB267, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

259. spacer 2.4|24271|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_KX258624 (Bacillus thuringiensis strain INTA Fr7-4 plasmid pFR260, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.941

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****.**.**************************

260. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP011157 (Bacillus cereus strain HN001 plasmid pRML02, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.903

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*.***.*******.*****************

261. spacer 1.6|16742|31|NZ_CP013056|CRT matches to NZ_CP014851 (Bacillus thuringiensis strain HD12 plasmid pHD120112, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.903

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*.***.**************.**********

262. spacer 1.9|16939|32|NZ_CP013056|CRT matches to MH598512 (Bacillus phage Wes44, complete genome) position: , mismatch: 3, identity: 0.906

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******************** *******.**.

263. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_AP014870 (Bacillus thuringiensis serovar tolworthi strain Pasteur Institute Standard strain plasmid pKK6) position: , mismatch: 3, identity: 0.909

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.**************************** * *

264. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP004882 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMBLin15, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.882

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****.***********************..* **

265. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP011355 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC10, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.882

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****.***********************..* **

266. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_006945 (Bacillus phage GIL16c, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.882

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****.***********************..* **

267. spacer 2.10|24664|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to AY701338 (Bacillus thuringiensis phage GIL16c, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.882

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****.***********************..* **

268. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP014284 (Bacillus thuringiensis strain Bt185 plasmid pBT1850294, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.853

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   ******* ***************.*******

269. spacer 2.2|24140|34|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP032609 (Bacillus thuringiensis strain QZL38 plasmid p.2, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.853

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   ******* ***************.*******

270. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP004882 (Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 plasmid pBMBLin15, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.848

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**************.****    **********    

271. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP011355 (Bacillus thuringiensis strain YC-10 plasmid pYC10, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.848

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**************.****    **********    

272. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_006945 (Bacillus phage GIL16c, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.848

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**************.****    **********    

273. spacer 2.5|24337|33|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to AY701338 (Bacillus thuringiensis phage GIL16c, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.848

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**************.****    **********    

274. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN692959 (Marine virus AFVG_117M52, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.781

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* *.*.*************** ** *****..

275. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN855765 (Myoviridae sp. isolate 14, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.781

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******* *********** ***  *. **.*  

276. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017573 (Bacillus thuringiensis strain SCG04-02 plasmid PSCG61, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

277. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP029456 (Bacillus cereus strain FORC087 plasmid pFORC087.2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

278. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013280 (Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain AM65-52 plasmid pAM65-52-5-100K, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

279. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_011656 (Bacillus cereus AH187 plasmid pAH187_45, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

280. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039726 (Bacillus thuringiensis strain BT-59 plasmid p5, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

281. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_018685 (Bacillus thuringiensis MC28 plasmid pMC95, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

282. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP009350 (Bacillus thuringiensis HD1002 plasmid 4, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

283. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033793 (Bacillus sp. FDAARGOS_527 plasmid unnamed6, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

284. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047087 (Bacillus paranthracis strain BC307 plasmid pCE2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

285. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_018510 (Bacillus thuringiensis HD-789 plasmid pBTHD789-3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

286. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to CP041751 (Bacillus paranthracis strain NCCP 14796 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.805

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* *    *.  ******************************

287. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KF114879 (Leptospira phage LbrZ_5399, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*    .******************* ***. *

288. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KF114880 (Leptospira phage LinZ_10, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*    .******************* ***. *

289. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX656785 (UNVERIFIED: Leptospira phage Lin_34, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*    .******************* ***. *

290. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693414 (Marine virus AFVG_25M246, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 **  ..**************** ****.**.

291. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693468 (Marine virus AFVG_25M247, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 **  ..**************** ****.**.

292. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693065 (Marine virus AFVG_25M245, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 **  ..**************** ****.**.

293. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693042 (Marine virus AFVG_25M244, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 **  ..**************** ****.**.

294. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_019849 (Sinorhizobium meliloti GR4 plasmid pRmeGR4d, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

295. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_003078 (Sinorhizobium meliloti 1021 plasmid pSymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

296. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to CP013001 (Bacillus thuringiensis strain XL6 plasmid, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 *..*.* **************** * **** 

297. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017326 (Sinorhizobium meliloti SM11 plasmid pSmeSM11d, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

298. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021799 (Sinorhizobium meliloti strain USDA1106 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

299. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_017323 (Sinorhizobium meliloti BL225C plasmid pSINMEB02, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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300. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP053834 (Arcobacter cloacae strain LMG 26153 plasmid pACLO, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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** * ..*** ************ ******  

301. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013276 (Bacillus thuringiensis serovar israelensis strain AM65-52 plasmid pAM65-52-1-360K, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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302. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_018701 (Sinorhizobium meliloti Rm41 plasmid pSYMB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

303. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP039722 (Bacillus thuringiensis strain BT-59 plasmid p1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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.*..*.* **************** * **** 

304. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021820 (Sinorhizobium meliloti strain M162 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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305. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021831 (Sinorhizobium meliloti strain HM006 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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306. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021823 (Sinorhizobium meliloti strain KH46 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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307. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021814 (Sinorhizobium meliloti strain M270 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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308. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021795 (Sinorhizobium meliloti strain USDA1157 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

309. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021810 (Sinorhizobium meliloti strain Rm41 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

310. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021806 (Sinorhizobium meliloti strain T073 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

311. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP009349 (Bacillus thuringiensis HD1002 plasmid 1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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312. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021218 (Sinorhizobium meliloti RU11/001 plasmid pSymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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313. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP026527 (Sinorhizobium meliloti strain AK21 plasmid pSymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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314. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP019484 (Sinorhizobium meliloti strain B401 plasmid pSymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

315. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP045023 (Bacillus thuringiensis strain JW-1 plasmid p1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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.*..*.* **************** * **** 

316. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP019487 (Sinorhizobium meliloti strain B399 plasmid pSym, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

317. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_020560 (Sinorhizobium meliloti 2011 plasmid pSymB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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*. ****.******** *********  **..

318. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to AJ748296 (Sulfolobus islandicus rudivirus 1 variant XX, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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319. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to L35061 (Bacteriophage phi-41 orfs L1-12, complete cds's, orf 13, 5' end) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 * * .*  **** ********* ********

320. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to CP024689 (Bacillus wiedmannii bv. thuringiensis strain FCC41 plasmid pFCC41-5-125K, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.78

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* *    *.  **************.***************

321. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_017206 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT83, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.78

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* *    *.  ******************.***********

322. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_020383 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-85, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.78

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* *    *.  ******************.***********

323. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to AP013489 (Uncultured Mediterranean phage uvMED DNA, complete genome, group G19, isolate: uvMED-CGR-C30A-MedDCM-OCT-S45-C81) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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   . ***************** **.****. 

324. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN698245 (Pelagibacter phage HTVC111P, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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   . ***************** **.****. 

325. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to AP013487 (Uncultured Mediterranean phage uvMED DNA, complete genome, group G19, isolate: uvMED-CGR-C30A-MedDCM-OCT-S33-C83) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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   . ***************** **.****. 

326. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_021794 (Cellulophaga phage phi18:3, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 *   . *** ***************** **.

327. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP021802 (Sinorhizobium meliloti strain USDA1021 plasmid psymB, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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*. ****.******** *********  * ..

328. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693376 (Marine virus AFVG_25M306, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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* *. . *** ***.***************..

329. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KY065482 (Streptococcus phage IPP42, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

330. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KY065483 (Streptococcus phage IPP43, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

331. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MH853357 (Streptococcus phage LF3, partial genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

332. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KY363359 (Streptococcus phage Str03, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

333. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MK448731 (Streptococcus phage Javan33, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

334. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KY065489 (Streptococcus phage IPP51, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

335. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KY065484 (Streptococcus phage IPP44, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

336. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MK448992 (Streptococcus phage Javan6, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

337. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MT774388 (CrAssphage cr112_1, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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.**.   ..**************.***.****

338. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_030946 (Streptococcus phage phiARI0923, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

339. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MK448734 (Streptococcus phage Javan347, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

340. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693062 (Marine virus AFVG_25M389, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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* *.   *** ***.***************..

341. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KY065481 (Streptococcus phage IPP41, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

342. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MK448888 (Streptococcus phage Javan26, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

343. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to MK448863 (Streptococcus phage Javan18, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

344. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_027396 (Streptococcus phage SpSL1, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

345. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to KY065449 (Streptococcus phage IPP5, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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 **   ************.*** ******. .

346. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_022877 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0232, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.756

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* *    *.  **************.***** *********

347. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_022882 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.756

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* *    *.  **************.***** *********

348. spacer 1.2|16792|41|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder matches to NC_022782 (Bacillus toyonensis BCT-7112 plasmid pBCT77, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.756

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* *    *.  **************.***** *********

349. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to AP014291 (Uncultured Mediterranean phage uvMED isolate uvMED-GF-U-MedDCM-OCT-S25-C40, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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 *** *** ***************.    * .

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	102197 : 154061	46	Bacillus_phage(40.0%)	protease,transposase,integrase	attL 135081:135140|attR 154129:155783
DBSCAN-SWA_2	161476 : 222992	50	Bacillus_phage(23.53%)	integrase,transposase	attL 152624:152683|attR 166287:167855

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP013056|102197:154061|DBSCAN-SWA
TATGAATACATCTATGAAAAAAAAACTAGTGAATTTACGAGTTGATTTTGCTTTCAAGCGCTTGTTTGGAGTAGAAGGAAATGAAGATATATTAATAGGGTTTCTGAATGCGGTACTACAATCATCTATTGATGAAGAAATTACATCTTTGCACTTAGATGATCCGCATCTTCCAAGAGAGCAGAAGGGTGATAAATTATCTATTTTAGATTTGCGAGCTACTCTGAATAATGGTATAAAATTAAATATAGAGATTCAAGTTCGAGACAAAAAAGATATGATAGAGCGCTCTTTGTTCTATTGGTCAGGCATGTATTATTCCCAAATGACTCAAGGGATGAAGTACACGGAATTAAGACCAACCATTTGTATTAATATAGTAGATTTCATACTATTTCCAGAAGAGCAAGAGTTTCATAATGTTAATACAGTGATGAACAAAAAATCTAAGCGTATCATTACAGAAAATATGCAGTTGCATTTTCTTGAAATTCCAAAAGTAATTCAAGAATGGCAAGGAGAACGAATGAATCCATGGGAAGACTCTTTAGCGCGTTGGTTATTATTATTTCCTGCGCATGAGGATGAGAGATTAACAACAATCCTGGAGGCGATAGCAATGGAAAAAGATCCAGTTTTGAAAAAGGCAATAGAGGATTGGGAGCGTTTAAGTAGCGATAAGGATTTTTTACGCTTATATGAGGCTAGAGAAAAAGCAATAAAAGATAGAATATCAGAAATAGAAACGGCAGAAGAAAAAGCTGCGAAAAAGGCCGCAGAAATAGCTACCAAAAAAGCCACAGAAGAGACTAGAATTGCAACTAAGATAGAGATGATTCACAATTTAATTAATGTCGGTATACCTATTGAGAAAGTAGCGGAAGCCACTGAATTAAGTGTGGAAGAGGTTAATGAAATTTTAAAAAATAAAGAGTAAATATAAATAATATTAAATAGGTAATTGTGATTACAAACAATTACCTATTTTTTTATTATTTTTGATTGATGCCCATTTTGTGATTACAACTATATTTTTTCTTGCTTTAGGATTCCCTCTAATTCATAACGAAATTCATTAGTCTTCTTAACATCCTTTAAGATTGCCTCAAGATCCTCTTTTTTAACAAATTCTCTAATGGAATGGTTAAATAACATTAATCTACCGTATCTTTGTTCAATCTCTTTAAACCACGTTTCATTTTTCAATAACTTAAAGTTTTTACGAATCATTTTTTCTTTTTTTGAAGGAATGGACATAAGGATTCCCCCAAATATATCGCCAATTAAGTCACCCATGAATAAGCCTCCTTTTTCTACATTGTACCATTCAGAAAAAACGATGTGGGATCAAAAATTCAATACGCTATAATGAAATTAAGAGAATATATACGAGGGAAGAGGAAATAAATATGAAGGTAACCAGGGATATGCTACATGAAATGATAGACAAGGTAAATGAAAGTGAAATACATAAAATATACGATGTGTTGCAATCTATTTTAAATAGTAATGAAATTATAATTACCCCTAGAGAGGCAGCGTTAAGAAAAGCGAAAAAAATAAAAGTTGTTTCGTTAGATGCATTAGATTCATTTTTTGAAGAGAAAGAATAATTATATACTTAATATGTAATTTTTATATATTTAAGGACGTTAAGAGGTATGTTATTATGCAAAATAAAAAAGAAGGTTATTATGTACATGTGTATACACTTAGAGACAAAAGTACAAAATCTATAAAAATAGAACCATCGTGCTCATTGAATGAAGAAATGAAAGTTTTAGGTCTTACGGACAGTGATATTTTTCAAATTCAAATGGTATGGTACGATCCTAACAAAGAGCATAAAAAGTAATAAAGGTGTAAATAAGGGGTTGTATTTTTAAAATCGTATTGCTATAATATAAACGTAATAAGATTTTACAATAAAATATAAAATTAATCAGTTCGCATATAAGAGAAGACCTCAATATGCGCCATGTCCTTAGGGGACGTGTGCGTGTATTGGGGTCTTTTTGCGTTTTGCGAGCAAAAACATCCGGAGGTGCAGGAATTATGTTGAATTGGTTGTCTGCAAAACTTATGACAACATCAGTAGGAGATTTCTTACTGGCAAAAAGTAGCTTTACGAAAGGTCTTGGTGGTAGTGGCAGTGGTGCCAATGCTGAAACTGTCCAAAAAAGCATGAACACATTAGTGAAAACTTTAATTGGTTTTGGGGGAATTTGGGTGGCAGCTTGCGTTGTATTCGCAGCTATTAAACTATCTGGTGCACAAGGAAAGAACCCTGAAAACCGTACACAAGCTATGATTGGTTTAGCTTGCGCGGCAATTGGAGGCTTTGTCATGATCAAAGCGTACGACATTGCTGCTTGGGTTACAACAATCTAATAAAAGAGTTTGTACAAGCTCTCCTCCATTTGGGGAGAGCTTCTCTTATACAAGGGAGGAAACAAAATGAGAAAAGTAACTGTTCCTGTTGATATGACTTCGGAACAAAAAACGCTGTTAGGTGTATTAAGTAAGCGCCAATTGATTTATTTATTAGGTGGCGGGGCGGCCCTTTATTTATATGTACCATTTTTATGGCAGTTGTTTGCACCTATTGATGCGGTAGTAGCGTTTTTTATTTGCCTAATTTTAGCACTACCAACGGTAGTAGGTGTAATAGCGTTTGGTTTTATTTATAAAGAAAAACAACACATGTATCTTGATAGATTTTTACTTATCAAAATGCGTAGCCGCTCCGAAAAAGGAAAGTGGAGAAAAGGGTACGAGCCAACTACATGGGCAAAGGAGAATTTATAAATGTTGGAAATGATATATTTTGCGGCGATAGCCATTGTAGGGTTTTTCTTTTATCGGAAAATGAATGGAAAACCGCTGTTTGGTTCTAAGAAAAAGGGGAAAAAGCAAGGTGGAGTAGAGAAACATACTGCTGAAAAATCTGGAAAGAAAAACAAAAAGAATACACCTGCTGAATCGGAAATTGATGAGGATAATGTTGATTTCTTTCGGGATTTTGTAGAAGACATTAAGGAAATTGATAATCACATGATTCGATATCATGATGACACATTTGTCCTAATTGCGGAAGCACATCCGGTTAACTATTACTTACTTTCCAATATGGAACAAGAAGCGATTGATATCAAAATTGAATCATGGTTAACCACATTAGAGTTTAATACGAAAGTATATATTCAAAGTAAGTTCGTAGATTTAACAGATCCTGTACGAAAAATGACAGAAACGATGAAAGGTGCGAAGGACCTTACACCAGAGACGGTTCTATATGGACAAGAAGTTATCGATAACTTAGAGTACTGGCAGCGTTCACAACCTCGATATGAACAAAAACGTTATTTAATTTATCCATATAAGGTTGATATTAGTACGATTACGGCTGATACAGAGGACGAATTAGAAGAAAAGATTGTAGATAAGGCATTTAACGAACTATATCGTCGTTATAATGCATCCCGAAATCTACTATCGAAAGCAAAAATTAATGTAGAAATGTTAACGAAAGATAAATTAATAGAACTTTTATACGTAGCATTTAACCGTCGGAAAGCCGTAAAAGCTCGTTTCCAGGATTTAATTGAAAACGAGAATTTCTCGCTCTATTCAACAGGGGAAACAAATGAAAGAAAACTAGAGTTAATGAAGAAAGTGCTAGCAGAAGAAAAAGCAGAAAAATCAAATAATGGGGTGGCGTAAATATGAAGTTATTCGGAAAAAAGAAAAAGGAAAAGAAAAAAGAAAAGAAAAAAGTAGAAGCCGAAGAGAAGGATGAATTGGAGCTAGAGGAGGAAGAGCTGGAAGAAGAAGTACCGACGCAATTAGACAATCAAACAACAGTGTTTGATGTTATTGCTCCAGAAGGTATGAAAATTGATGCAGAAGATTATGGAGTTATTAAACAATCTTTAGGAAGCAATACGTTCTTCCGTCCGTTTTATATTCCACGTGATGGGTACCCACGTATGATGCAAACCAATTGGCTCAACATGTTAACTTCGGCTGGAGAAGTGGATGTCATGATCGATATTCATAAAGAGCCAAAAGCTAAAGCAATGCGATCATTAGATATGCAGCTGACAATGTTACGTTCCAATCTTTCTTTCCAACGTACACGAGGAAACATTGACCAAGAAAAAGACTTAGATGCAAAAATTCAAGATACAAACAATTTAATGGATGAAATCCAGTTCAATGAAAACGACTCTTATATGGTGAGTACGATGGCTGTTGCGTATGCAGAATCAAAGAAAGAATTAGACGTTTTATGTGAATATCTTGAAGATGAAATGCAAGCATCTCACTTTAAGATAGCGAGTACTTGGAACCGTGTGAAAAGTGGTTTGAAAGCGGTTATGCCATTAGGTGCACCAAATACGCTGCAAGATACTTATCGAAATATCGATAGACGTGCTCTATGTACATTTGCACCCTTTGTATCAGGATCCGGAAGATTTAACGGTGGGATACCAATAGGAAAGAACAAAATTACTGGCCAAGTAGAATTTTTAAATTCATTCGGGAATGCAGATTATCGTCCACCAAACTATAACATTGGTGTGACAGGAATTTCAGGTTCCGGGAAAAGTTTACTTTTAAAAATGAAGCTAGCTCGTGAAACGTCACTTGCAGATACACATGCAATGATTATCGATCCAGAAGGTGAATTCGTAAAAATTACAAAACGTTTAGGTGGTATTAATTTAAACATTTCACCAGAAAGTAATATCATTATTAACCCTTGTGCAATCGCTGTAACAGAACTGCAAATTACAGATAAAGATGAAGAACTAGAAGCGCTGGAACAATACGATAAGAAAGAACTCGTAGAGCGTGATGGCGTGAAGTATGTAAGATTTGTACCGATTCTAGAGAAAATCAATGAAATACTCGGATTCTTTGACATTATTATACGCGGACAAGATTTTGATCAACCAGGATTAAATGTATTCCAACGTACAATGCTAGAAGATGCA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP013056|161476:222992|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP013056|161476:222992|215603_216200_+|WP_016090232.1|DBSCAN-SWA
MNFIWQSLILILAGILLLRIAGRKSISQMTLAQTVVMISIGTIIVQPIVEKSTIKAVTSAFIFVVTVILLEYFQLKSNTFEKFITGKSKVVIEDGRLNIENLTKLRLTVDQLEMRLRNQGISKIADVKTATLEPNGQLGYELKDEAKPLTVRDFHKIMQSYNQSLDDVHNEQRESNNIFQEVKNTSKNKNNHSHKELK
>NZ_CP013056|161476:222992|206379_206823_-|WP_016090469.1|transposase|DBSCAN-SWA
MKLDNINYSVFLLYYRLVLVVKYRRNVFNDDISDYAKDMFVRLSENYNITLVEWNHNVDHAHILFKAHPNTEMTKFINAYKSASSRLIKRDFPQVKTKLWKEMFWSRSFCLFTTGGSPIDVVKKYIENGCFCPSPRKGGIRKNRMFL
>NZ_CP013056|161476:222992|213133_214063_-|WP_140159901.1|DBSCAN-SWA
MLLIYKEGQAGSSRVLIDDVALQYVTALPIGVTGITGATGPTGPTGLTGPTGITGPTGVTGPTGDTGPTGDTGPTGDTGPIGDTGPIGDTGPTGVTGPTGDTGPTGLTGVTGPTGVTGPTGVTGPTGVTGPTGDTGPIGDTGPTGVTGLTGVTGPTGLTGATGPTGDTSSRTANYLYVYDTTNQLISVGSAVIFNTTGPKTGSALTHVAGTDNIVINMAGTYVAEFNLTAVQANQFSFALNGTPIPGGRYGTSINRIQTTGNVAFTVTTVPSTLTLVNNTSTTGTVTLLNNGGGALTAVSASISIFEIG
>NZ_CP013056|161476:222992|172278_173109_+|WP_033679476.1|DBSCAN-SWA
MEYRKNMDWLIQTIKRDLIFEYEDLYNPTRNDECPCGSGLKYKKCHMNSQIKWRKVDGMFHDGKTLYENIELKKGLLNTMLDIVLYLKENIRISEEKGLELIGDLFKSLDEVFKQLQKNAPCRKGCIACCFQPINLATIEESKIRNKLTKDIEKNINKNHQETKKRRKIPMSQINKNSSRAKYAEPCPMLDVENKKCTVYDDRPFTCRTYFVANSPDLCNMYDGKVTIYKNQGYQELVEIVISLIDETVFGCFELKTLHETFYKKKTFFNKLKLIF
>NZ_CP013056|161476:222992|217907_218294_-|WP_016090229.1|DBSCAN-SWA
MKSKALETVDSKYIQQHLANERTYLAWLRTAIAIAGLGFLVANFHLAVRKELSSLNNKIAIGIGIGSVIAGISIIIATLQYLIKRQNIPSTYHINCMVITLSYCSYFSYFILFFTNYIIKYYQLRFKS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
152624:152683	attL	NA	NA	NA	NA
WP_001021539.1|161476_162520_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A0E3T6D9	Bacillus_phage	1.2e-09	23.1
WP_000149389.1|162751_163102_+	zinc-finger domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_000121085.1|163123_163636_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_000346798.1|164214_164379_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_001053969.1|164908_166345_-|transposase	IS4-like element IS231C family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_000532004.1|166510_167815_+	WXG100 family type VII secretion target	NA	NA	NA	NA
WP_000128275.1|167837_168056_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
166287:167855	attR	NA	NA	NA	NA
WP_000790837.1|168129_168522_-	DUF4878 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_001236345.1|168877_170107_+|transposase	IS110 family transposase	M1NSC9	Streptococcus_phage	4.5e-85	49.4
WP_000997955.1|170837_171587_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000065268.1|171874_172099_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_033679476.1|172278_173109_+	SEC-C motif-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014481861.1|173192_173357_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000737575.1|173480_173618_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_001103226.1|173614_174709_-	tetratricopeptide repeat protein	A0A2H4J8G3	uncultured_Caudovirales_phage	1.5e-92	48.8
WP_000844156.1|175053_175302_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000845491.1|175438_175648_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_001032039.1|176200_176500_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_016099974.1|177066_178083_+	exosporium leader peptide-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_000520933.1|180215_181088_+	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_000169371.1|182081_183389_-	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	1.3e-26	31.0
WP_001100112.1|183562_183742_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014481860.1|185327_185639_-	mono-ADP-ribosyltransferase C3 (Exoenzyme C3)	NA	NA	NA	NA
WP_014481859.1|185598_186135_-	ADP-ribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016090368.1|186751_186913_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000954716.1|187667_188510_+	N-hydroxyarylamine O-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_001255046.1|188799_189147_+	DUF4064 domain-containing protein	A0A0S2MVJ2	Bacillus_phage	2.5e-25	54.1
WP_003319651.1|189339_189702_-|transposase	IS3 family transposase	A0A2I6AZV9	Macacine_betaherpesvirus	6.0e-14	45.7
WP_001025593.1|190498_193570_-|transposase	Tn3 family transposase	Q1MVP5	Enterobacteria_phage	4.3e-44	22.3
WP_001224533.1|193820_194444_+	recombinase family protein	Q1MVP4	Enterobacteria_phage	4.4e-12	33.7
WP_002133690.1|195090_195342_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090366.1|195965_199499_-	pesticidal crystal protein cry1Ac	NA	NA	NA	NA
WP_000215667.1|199788_200745_-	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	A0A0S2MV84	Bacillus_phage	6.9e-49	39.5
WP_001053956.1|202536_203973_+|transposase	IS4-like element IS231B family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_000275580.1|204180_205476_+|transposase	IS21-like element IS232 family transposase	A0A059NT83	Lactococcus_phage	1.0e-42	31.0
WP_000798699.1|205465_206218_+	ATP-binding protein	A0A059NT77	Lactococcus_phage	7.0e-57	47.3
WP_016090469.1|206379_206823_-|transposase	IS200/IS605 family transposase	A0A286QN76	Streptococcus_phage	9.6e-46	65.6
WP_016099948.1|207221_208217_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	S6AND0	Bacillus_phage	1.1e-137	79.7
WP_016097421.1|208392_208935_-	recombinase family protein	A0A219YA40	Aeromonas_phage	3.4e-13	31.5
WP_016097422.1|209115_210579_+	SulP family inorganic anion transporter	A0A2H4J153	uncultured_Caudovirales_phage	8.1e-142	57.2
WP_016090463.1|210601_211021_+	universal stress protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090464.1|211107_212775_+	ribonuclease J	NA	NA	NA	NA
WP_140159901.1|213133_214063_-	collagen-like protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090232.1|215603_216200_+	DUF421 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090231.1|216478_216889_-	Lrp/AsnC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_016090230.1|217018_217780_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_016090229.1|217907_218294_-	DUF202 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_016090228.1|218326_219139_-	prolipoprotein diacylglyceryl transferase	NA	NA	NA	NA
WP_016090227.1|219455_220001_+	recombinase family protein	M9Q1K0	Clostridium_phage	1.1e-30	41.0
WP_016090226.1|220043_222992_+|transposase	Tn3 family transposase	A0A1B0V7H9	Salmonella_phage	6.1e-80	26.6

5. NZ_CP013060

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	45 : 46397	68	Bacillus_phage(100.0%)	holin,terminase,portal,head,tail,integrase	attL 9387:9402|attR 42453:42468

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP013060|45:46397|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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>NZ_CP013060|45:46397|30285_30714_+|WP_016049858.1|DBSCAN-SWA
MTIAIQEKEYKVRQIHGGDLFSVVRILKKSKFKVDINLLKDLMTGVRNKEGATQADVLAAQETFGYDIIMKFIFGLEEAEQEFFEFVAGLLVHEDENDKKTSPDWETIRTLNLEELVKLFTAIKDSEVGLVKLFSNAVNLMK
>NZ_CP013060|45:46397|13135_13618_+|WP_016090379.1|DBSCAN-SWA
MKSSYEYYVTPEDYEVAAKHGVSRKLLEHRIRNLGWDKDFAMTESPRKASEWSKVKEIALKNNIGRTTFKGRRKRGWSLIDSITKPPLSREETLKRANECNRVLTDEQIQKAKENGLRYSTVYDRIKKLKWNIEEALTTPALSTKERMRRLKENSCWIRL
>NZ_CP013060|45:46397|45073_45406_-|WP_016090403.1|DBSCAN-SWA
MSLTNLQKKKLQIELNPNNDKVLYNFVTRLEEQGKGQKGYVNKQIKKRLEMYQVLAEVAGEEDPLQLVKKLLININTHGIQNDAGVDEKPSEEVVDNAMDLLANLDKSFM
>NZ_CP013060|45:46397|33977_35456_+|WP_016049861.1|tail|DBSCAN-SWA
MTGISFFSFNGKRNSNVIPLQGKKRPAWAPLERTFLEVPHYPGGRLIRTQTKMRKIIIPVALFYESMEEAEKLKEEIANWLITDQPQELIFDDEKDRTYLALIDESFDPQQLVNLGEGVLTFVCEMPYKLGPTKTVEFEMDGRGLIANVQNKGTVHSNPIIEIEITKPNTFLDVWFGGVSLSDRDYFRIGMPLKTVEKPVERNQRLIWDEMATTVGWSKVSSMEDGEPVGEMKSDKYQFYCSDFGTGKGWHGAAVKKSIPGGPVEDFIMQAYVTCKSKKINEMGRVEIAILDENSKVLSKIAMNDLYWQAEQNFGTMVIGYDNKPGKTGLIYESGDYPNTWNQYYGRLWIARTGNVWEAYISKFLPGTEKDGSERFARWTDKDNKHMEKAAQIQISIMQWQDVPPVEAMTVSDLKFWKVNLNNQNTPPYIFDVGDKVVIDTENTHVSIEGKNAINIKEFFSNFPVINKGANIIEIMPSDIGTAKVTYRERFR
>NZ_CP013060|45:46397|12532_13114_+|WP_016090380.1|DBSCAN-SWA
MRHTTNLHIITKEETSQTFDISELMEMQKELDRRIGYKGNDKLDMLFRALLVEIGEAWNETRAFKMWSVGFGTPKEGLLVELVDGFHFLMNIVIELDRHTLKRRIAAMFREQYIMKKNILSVNMLFEWYMQDILTAKRAWCQYRDLNVTLTHLHKAFGIFFRLCYLYGYKFEDIVQAYKDKNKENFERQASGY
>NZ_CP013060|45:46397|41518_41749_+|WP_016090408.1|holin|DBSCAN-SWA
MRNFDAASISRYVVLVIAVINSVLNLVGYQTIDDKMTNDLVAVITGAFTLYMAWKNNYLSNKGLQQKNVLEKNDLH
>NZ_CP013060|45:46397|16351_16534_+|WP_016090449.1|DBSCAN-SWA
MTEKAEPKMVPMASYGWNREKQCVEFQLLINEEIYVMPIYEKDVRGMETWFQLKKHNLIK
>NZ_CP013060|45:46397|18669_18846_+|WP_016049868.1|DBSCAN-SWA
MSNKENVEITIIANNELLEKQLRNSTLSDGAAVKELRTVTIPLSNNKIISIPYLKSEL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_016090401.1|45_708_-	hypothetical protein	A0A0S2MVD6	Bacillus_phage	5.3e-125	100.0
WP_016090400.1|731_1835_-	hypothetical protein	A0A0S2MVK1	Bacillus_phage	1.5e-172	100.0
WP_016090399.1|2434_2779_-	DUF4064 domain-containing protein	A0A0S2MVJ2	Bacillus_phage	5.3e-52	100.0
WP_016090398.1|2798_3326_-	DUF4352 domain-containing protein	A0A0S2MVG4	Bacillus_phage	2.0e-90	100.0
WP_016090397.1|3936_4254_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0S2MVM8	Bacillus_phage	5.8e-53	100.0
WP_016090396.1|4818_6006_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0S2MVK2	Bacillus_phage	4.6e-220	100.0
WP_016090395.1|6052_6199_+	hypothetical protein	A0A0S2MVH0	Bacillus_phage	2.3e-20	100.0
WP_016090394.1|6350_6488_+	hypothetical protein	A0A0S2MVE3	Bacillus_phage	3.2e-16	100.0
WP_016090393.1|6493_6844_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0S2MVD3	Bacillus_phage	4.7e-56	100.0
WP_016090392.1|7057_7255_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0S2MVJ7	Bacillus_phage	1.4e-28	100.0
WP_016090391.1|7321_8050_+	rha family phage regulatory protein	A0A0S2MVD8	Bacillus_phage	2.6e-133	100.0
WP_016090390.1|8061_8436_+	hypothetical protein	A0A0S2MVH3	Bacillus_phage	5.6e-63	100.0
WP_016090389.1|8459_9167_+	hypothetical protein	A0A0S2MVI5	Bacillus_phage	1.0e-129	100.0
WP_016090388.1|9166_9346_+	hypothetical protein	A0A0S2MVI7	Bacillus_phage	5.4e-24	100.0
WP_016090387.1|9335_9665_+	hypothetical protein	A0A0S2MVM3	Bacillus_phage	8.1e-50	100.0
9387:9402	attL	NA	NA	NA	NA
WP_016090386.1|9810_10314_+	hypothetical protein	A0A0S2MVD2	Bacillus_phage	8.5e-91	100.0
WP_016090385.1|10282_10666_+	hypothetical protein	A0A0S2MVI0	Bacillus_phage	1.1e-69	100.0
WP_016090384.1|10685_11042_+	hypothetical protein	A0A0S2MVL2	Bacillus_phage	5.1e-66	100.0
WP_016090383.1|11065_11533_+	hypothetical protein	A0A0S2MVF1	Bacillus_phage	1.3e-85	100.0
WP_016090382.1|11646_12084_+	hypothetical protein	A0A0S2MVD9	Bacillus_phage	1.0e-76	100.0
WP_016090381.1|12083_12536_+	hypothetical protein	A0A0S2MVJ1	Bacillus_phage	7.9e-88	100.0
WP_016090380.1|12532_13114_+	hypothetical protein	A0A0S2MVD0	Bacillus_phage	3.0e-108	100.0
WP_016090379.1|13135_13618_+	hypothetical protein	A0A0S2MVE6	Bacillus_phage	2.5e-87	100.0
WP_016090378.1|13751_14051_+	hypothetical protein	A0A0S2MVI8	Bacillus_phage	1.1e-50	100.0
WP_016090376.1|14279_14687_+	hypothetical protein	A0A0S2MVF6	Bacillus_phage	6.9e-75	100.0
WP_016090479.1|15288_15534_+	hypothetical protein	A0A0S2MVC7	Bacillus_phage	8.4e-36	100.0
WP_016090480.1|15583_15808_+	hypothetical protein	A0A0S2MVG0	Bacillus_phage	4.5e-36	100.0
WP_016090481.1|15849_16227_+	hypothetical protein	A0A0S2MVH4	Bacillus_phage	1.1e-50	100.0
WP_016090449.1|16351_16534_+	hypothetical protein	A0A0S2MVH2	Bacillus_phage	4.3e-29	100.0
WP_016049864.1|16564_17095_+	Holliday junction resolvase RecU	A0A0S2MVB5	Bacillus_phage	1.2e-98	100.0
WP_016090448.1|17114_17438_+	hypothetical protein	A0A0S2MV86	Bacillus_phage	3.3e-56	100.0
WP_016090447.1|17582_18083_+	sigma-70 family RNA polymerase sigma factor	A0A0S2MVE1	Bacillus_phage	1.2e-89	100.0
WP_016049868.1|18669_18846_+	hypothetical protein	A0A0S2MVD4	Bacillus_phage	1.0e-22	100.0
WP_016049869.1|18975_19218_+	hypothetical protein	A0A0S2MVA9	Bacillus_phage	2.9e-36	100.0
WP_016049870.1|19210_19477_+	hypothetical protein	A0A0S2MVC8	Bacillus_phage	2.3e-39	100.0
WP_016049871.1|19615_19858_+	DUF2829 domain-containing protein	A0A0S2MV73	Bacillus_phage	8.6e-41	100.0
WP_016049872.1|19857_20121_+	DUF2829 domain-containing protein	A0A0S2MVC6	Bacillus_phage	9.0e-44	100.0
WP_016049873.1|20380_20701_+	hypothetical protein	A0A0S2MVH6	Bacillus_phage	4.8e-55	100.0
WP_016049874.1|20728_21112_+	hypothetical protein	I7J6Y9	Bacillus_phage	2.2e-67	100.0
WP_016049845.1|21144_21474_+	hypothetical protein	A0A0S2MVB8	Bacillus_phage	1.7e-52	100.0
WP_000762692.1|21460_21673_+	hypothetical protein	A0A0S2MV92	Bacillus_phage	7.1e-31	100.0
WP_016049846.1|21823_22738_+|terminase	phage terminase small subunit	A0A0S2MVB6	Bacillus_phage	2.5e-141	100.0
WP_016049847.1|22727_24002_+|terminase	PBSX family phage terminase large subunit	A0A0S2MVC1	Bacillus_phage	2.4e-254	100.0
WP_016049848.1|24014_25448_+|portal	phage portal protein	A0A0S2MVB2	Bacillus_phage	8.5e-277	100.0
WP_016090413.1|25521_26289_+	hypothetical protein	A0A0S2MVF0	Bacillus_phage	1.1e-142	100.0
WP_016049850.1|26288_26561_+	DUF2829 domain-containing protein	A0A0S2MV93	Bacillus_phage	2.5e-49	100.0
WP_016049851.1|26640_27321_+	DUF4355 domain-containing protein	A0A0S2MVA2	Bacillus_phage	9.7e-106	100.0
WP_016049852.1|27338_28181_+	hypothetical protein	A0A0S2MVF8	Bacillus_phage	2.2e-155	100.0
WP_016049853.1|28231_28540_+	phage related protein gp15	A0A0S2MVF2	Bacillus_phage	3.1e-51	100.0
WP_016049854.1|28536_28881_+|head,tail	head-tail adaptor protein	A0A0S2MVD7	Bacillus_phage	6.7e-63	100.0
WP_016049855.1|28855_29263_+	HK97 gp10 family phage protein	A0A0S2MVE4	Bacillus_phage	1.4e-67	100.0
WP_016049856.1|29268_29631_+	hypothetical protein	A0A0S2MV90	Bacillus_phage	1.1e-63	100.0
WP_016049857.1|29645_30239_+	hypothetical protein	A0A0S2MV81	Bacillus_phage	1.6e-109	100.0
WP_016049858.1|30285_30714_+	hypothetical protein	A0A0S2MV94	Bacillus_phage	1.5e-72	100.0
WP_044129691.1|30818_31025_+	hypothetical protein	A0A0S2MV68	Bacillus_phage	5.6e-33	100.0
WP_016049860.1|31025_33965_+|tail	phage tail tape measure protein	A0A0S2MVC9	Bacillus_phage	0.0e+00	100.0
WP_016049861.1|33977_35456_+|tail	phage tail fiber protein	A0A0S2MVB9	Bacillus_phage	9.9e-297	100.0
WP_016090411.1|35452_40162_+	phage minor structural protein	A0A0S2MVH9	Bacillus_phage	0.0e+00	100.0
WP_016090410.1|40261_41221_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A068EP13	Bacillus_phage	4.8e-183	100.0
WP_016090409.1|41236_41476_+	hypothetical protein	A0A0S2MVH5	Bacillus_phage	4.8e-36	100.0
WP_016090408.1|41518_41749_+|holin	phage holin	A0A0S2MVE8	Bacillus_phage	1.1e-34	100.0
WP_016090407.1|41765_42701_+	L-alanyl-D-glutamate peptidase	A0A0S2MVR5	Bacillus_phage	5.7e-189	100.0
42453:42468	attR	NA	NA	NA	NA
WP_016090406.1|42995_43280_-	hypothetical protein	A0A0S2MVK9	Bacillus_phage	2.7e-49	100.0
WP_000539769.1|43714_43948_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0S2MVM0	Bacillus_phage	7.3e-37	100.0
WP_016090405.1|44033_44564_-	hypothetical protein	A0A0S2MVP2	Bacillus_phage	7.1e-96	100.0
WP_031303572.1|44575_44956_-	hypothetical protein	A0A0S2MVE7	Bacillus_phage	2.8e-62	100.0
WP_016090403.1|45073_45406_-	hypothetical protein	A0A0S2MVL6	Bacillus_phage	4.6e-53	99.1
WP_016090402.1|45365_46397_-	ParM/StbA family protein	A0A0S2MVG2	Bacillus_phage	1.1e-196	100.0

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_CP013060.1|WP_016090395.1|6052_6199_+|hypothetical-protein	6052_6199_+	48 aa aa	NA	HTH_3,HTH_XRE	NA	45-46397	yes
NZ_CP013060.1|WP_016090394.1|6350_6488_+|hypothetical-protein	6350_6488_+	45 aa aa	NA	HTH_3,HTH_XRE	NA	45-46397	yes
NZ_CP013060.1|WP_016090399.1|2434_2779_-|DUF4064-domain-containing-protein	2434_2779_-	114 aa aa	NA	HTH_3,HTH_XRE	NA	45-46397	yes
NZ_CP013060.1|WP_016090405.1|44033_44564_-|hypothetical-protein	44033_44564_-	176 aa aa	NA	HTH_XRE	NA	45-46397	yes
NZ_CP013060.1|WP_031303572.1|44575_44956_-|hypothetical-protein	44575_44956_-	126 aa aa	NA	HTH_XRE	NA	45-46397	yes
NZ_CP013060.1|WP_016090403.1|45073_45406_-|hypothetical-protein	45073_45406_-	110 aa aa	NA	HTH_XRE	NA	45-46397	yes

Protein sequences of NZ_CP013060.1|WP_016090395.1|6052_6199_+|hypothetical-protein

>NZ_CP013060.1|WP_016090395.1|6052_6199_+|hypothetical-protein
MKKYLMILPILAFVGMITFNINYKIDQKEYTMSEPKVAMMSEPGGGGW

HTH_3,HTH_XRE HTH domain information

• Identity: 0.46551724137931033
• Hit_domain_coverage: 0.9827586206896551

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP013056_2	TypeI	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	9663-9632	0

1. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013060 position: 9663-9632, mismatch: 0

atacactttttttgatttcttctactatcttc	CRISPR spacer
atacactttttttgatttcttctactatcttc	Protospacer
********************************

Protein sequences of NZ_CP013060.1|WP_016090394.1|6350_6488_+|hypothetical-protein

>NZ_CP013060.1|WP_016090394.1|6350_6488_+|hypothetical-protein
MEKLENKTVVDKFGDVLKEVMNSAEKGDSVSFDILAEIKKAVGSN

HTH_3,HTH_XRE HTH domain information

• Identity: 0.46551724137931033
• Hit_domain_coverage: 0.9827586206896551

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP013056_2	TypeI	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	9663-9632	0

1. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013060 position: 9663-9632, mismatch: 0

atacactttttttgatttcttctactatcttc	CRISPR spacer
atacactttttttgatttcttctactatcttc	Protospacer
********************************

Protein sequences of NZ_CP013060.1|WP_016090399.1|2434_2779_-|DUF4064-domain-containing-protein

>NZ_CP013060.1|WP_016090399.1|2434_2779_-|DUF4064-domain-containing-protein
MKRTTEFVLGLIGGIFGVLGAVLALMIGGMGAAFEAEGADSIIGLGWAAVGLSILGIVGSIVVRNKAKAGGIMMTIAAIGGFICIFVFYILPGILLLIGGLMGIFRKDKASASA

HTH_3,HTH_XRE HTH domain information

• Identity: 0.425
• Hit_domain_coverage: 0.7272727272727273

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP013056_2	TypeI	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	9663-9632	0

1. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013060 position: 9663-9632, mismatch: 0

atacactttttttgatttcttctactatcttc	CRISPR spacer
atacactttttttgatttcttctactatcttc	Protospacer
********************************

Protein sequences of NZ_CP013060.1|WP_016090405.1|44033_44564_-|hypothetical-protein

>NZ_CP013060.1|WP_016090405.1|44033_44564_-|hypothetical-protein
MYSKYDVMTKEIQLMSASNWWERTKIEWKLKEKYRFEVKMLKIYLFRMNIIIEDMEEEDYECNASDLAEILVEDFLEHIRSKNSMEQLYQILESKKHYTDFNLEFNENDDRYGTISVKIDRRILRRIEVFFSDMAHSFPMHGFTAEKLINILMCDYMRFYAEEPGKKLSLLKRRFS

HTH_XRE HTH domain information

• Identity: 0.43137254901960786
• Hit_domain_coverage: 0.8620689655172413

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP013056_2	TypeI	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	9663-9632	0

1. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013060 position: 9663-9632, mismatch: 0

atacactttttttgatttcttctactatcttc	CRISPR spacer
atacactttttttgatttcttctactatcttc	Protospacer
********************************

Protein sequences of NZ_CP013060.1|WP_031303572.1|44575_44956_-|hypothetical-protein

>NZ_CP013060.1|WP_031303572.1|44575_44956_-|hypothetical-protein
MSNVNPMFSFSRKSTTITNQQPRKTRSDKKKDVKIPVNEIQRQLIRSSAFQQNITTTQYMSKLITEHLGIDYISEIHAYEYKDTKKYIHAKLEQGAHSKLVQLAIEWGVSQRAAATRILCFALRTM

HTH_XRE HTH domain information

• Identity: 0.43137254901960786
• Hit_domain_coverage: 0.8620689655172413

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP013056_2	TypeI	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	9663-9632	0

1. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013060 position: 9663-9632, mismatch: 0

atacactttttttgatttcttctactatcttc	CRISPR spacer
atacactttttttgatttcttctactatcttc	Protospacer
********************************

Protein sequences of NZ_CP013060.1|WP_016090403.1|45073_45406_-|hypothetical-protein

>NZ_CP013060.1|WP_016090403.1|45073_45406_-|hypothetical-protein
MSLTNLQKKKLQIELNPNNDKVLYNFVTRLEEQGKGQKGYVNKQIKKRLEMYQVLAEVAGEEDPLQLVKKLLININTHGIQNDAGVDEKPSEEVVDNAMDLLANLDKSFM

HTH_XRE HTH domain information

• Identity: 0.43137254901960786
• Hit_domain_coverage: 0.8620689655172413

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP013056_2	TypeI	2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT	24467-24498	32	9663-9632	0

1. spacer 2.7|24467|32|NZ_CP013056|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP013060 position: 9663-9632, mismatch: 0

atacactttttttgatttcttctactatcttc	CRISPR spacer
atacactttttttgatttcttctactatcttc	Protospacer
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