CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP013615	Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838A, complete sequence	1 crisprs	cas3,cas6,cas8a2,cas7,cas5,cas14j,casR,DEDDh	0	22	0	0
NZ_CP013040	Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838C, complete sequence	0 crisprs	RT	0	0	0	0
NZ_CP010994	Clostridium perfringens strain JP838 chromosome, complete genome	1 crisprs	cas14j,DEDDh,cas2,csa3,cas3,DinG,RT	0	0	7	0
NZ_CP013039	Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838D, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP013038	Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838E, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NZ_CP013615

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP013615_1

• CRISPR_ID: NZ_CP013615_1
• CRISPR_location: 148462-149075
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 9 spacers

Consensus repeat of NZ_CP013615_1

Consensus_repeat	Method
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	CRT
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	CRISPRCasFinder
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	PILER-CR

spacers of NZ_CP013615_1

>1.1|148492|33|NZ_CP013615|CRT
TTTTCTTTACACCTAAGTGGGTGTTTTGCATAT
>1.2|148555|31|NZ_CP013615|CRT
AGAGCTTAAAGCTTCTGAAACGCTCTTATCT
>1.3|148616|36|NZ_CP013615|CRT
TGGAGTTAAGGCTAAATACATAAACCAGTATTTAGA
>1.4|148682|36|NZ_CP013615|CRT
TTCATCTTCTATTACTTCTAAATTAATATTGCAATA
>1.5|148748|35|NZ_CP013615|CRT
ACAATATTAACGTACTTTTTGAAAGAAGTATCTAA
>1.6|148813|35|NZ_CP013615|CRT
ACTCTTCATAATAAACATCTTTTTTTATTTTATAT
>1.7|148878|36|NZ_CP013615|CRT
TTTTTTTCATATGCTTTATATAAAAATTAGGAGTAT
>1.8|148944|36|NZ_CP013615|CRT
CTATATATGAATAACAACTCTTCCCTTATACCTTTT
>1.9|149010|36|NZ_CP013615|CRT
TGAATTTAATAGTAGGAAATATAAGAGTTTTCCGAC
>1.10|148492|34|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
TTTTCTTTACACCTAAGTGGGTGTTTTGCATATA
>1.11|148555|32|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
AGAGCTTAAAGCTTCTGAAACGCTCTTATCTA
>1.12|148616|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
TGGAGTTAAGGCTAAATACATAAACCAGTATTTAGAA
>1.13|148682|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
TTCATCTTCTATTACTTCTAAATTAATATTGCAATAA
>1.14|148748|36|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
ACAATATTAACGTACTTTTTGAAAGAAGTATCTAAG
>1.15|148813|36|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
ACTCTTCATAATAAACATCTTTTTTTATTTTATATA
>1.16|148878|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
TTTTTTTCATATGCTTTATATAAAAATTAGGAGTATA
>1.17|148944|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
CTATATATGAATAACAACTCTTCCCTTATACCTTTTA
>1.18|149010|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder
TGAATTTAATAGTAGGAAATATAAGAGTTTTCCGACA
>1.19|148814|35|NZ_CP013615|PILER-CR
ACTCTTCATAATAAACATCTTTTTTTATTTTATAT
>1.20|148879|36|NZ_CP013615|PILER-CR
TTTTTTTCATATGCTTTATATAAAAATTAGGAGTAT
>1.21|148945|36|NZ_CP013615|PILER-CR
CTATATATGAATAACAACTCTTCCCTTATACCTTTT
>1.22|149011|36|NZ_CP013615|PILER-CR
TGAATTTAATAGTAGGAAATATAAGAGTTTTCCGAC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP013615_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP013615_1

>merge|NZ_CP013615|1|148462-149075|CRT,CRISPRCasFinder,PILER-CR
TAATTAATACAACTATTGTTAAAGTTAAATTTTTCTTTACACCTAAGTGGGTGTTTTGCATATATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTGAATAGAGCTTAAAGCTTCTGAAACGCTCTTATCTATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATTGGAGTTAAGGCTAAATACATAAACCAGTATTTAGAATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATTTCATCTTCTATTACTTCTAAATTAATATTGCAATAATTTCAATACAGCTATTGCTAAAGTTAAATACAATATTAACGTACTTTTTGAAAGAAGTATCTAAGTTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATACTCTTCATAATAAACATCTTTTTTTATTTTATATATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATTTTTTTTCATATGCTTTATATAAAAATTAGGAGTATATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATCTATATATGAATAACAACTCTTCCCTTATACCTTTTATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATTGAATTTAATAGTAGGAAATATAAGAGTTTTCCGACATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT

>NZ_CP013615|1|1|148462-149075|CRT
TAATTAATACAACTATTGTTAAAGTTAAAT	TTTTCTTTACACCTAAGTGGGTGTTTTGCATAT
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTGAAT	AGAGCTTAAAGCTTCTGAAACGCTCTTATCT
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TGGAGTTAAGGCTAAATACATAAACCAGTATTTAGA
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TTCATCTTCTATTACTTCTAAATTAATATTGCAATA
ATTTCAATACAGCTATTGCTAAAGTTAAAT	ACAATATTAACGTACTTTTTGAAAGAAGTATCTAA
GTTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	ACTCTTCATAATAAACATCTTTTTTTATTTTATAT
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TTTTTTTCATATGCTTTATATAAAAATTAGGAGTAT
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	CTATATATGAATAACAACTCTTCCCTTATACCTTTT
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TGAATTTAATAGTAGGAAATATAAGAGTTTTCCGAC
ATTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT

>NZ_CP013615|1|1|148463-149075|CRISPRCasFinder
AATTAATACAACTATTGTTAAAGTTAAAT	TTTTCTTTACACCTAAGTGGGTGTTTTGCATATA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTGAAT	AGAGCTTAAAGCTTCTGAAACGCTCTTATCTA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TGGAGTTAAGGCTAAATACATAAACCAGTATTTAGAA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TTCATCTTCTATTACTTCTAAATTAATATTGCAATAA
TTTCAATACAGCTATTGCTAAAGTTAAAT	ACAATATTAACGTACTTTTTGAAAGAAGTATCTAAG
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	ACTCTTCATAATAAACATCTTTTTTTATTTTATATA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TTTTTTTCATATGCTTTATATAAAAATTAGGAGTATA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	CTATATATGAATAACAACTCTTCCCTTATACCTTTTA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT	TGAATTTAATAGTAGGAAATATAAGAGTTTTCCGACA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT

>NZ_CP013615|1|1|148784-149075|PILER-CR
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATA	CTCTTCATAATAAACATCTTTTTTTATTTTATATA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATT	TTTTTTCATATGCTTTATATAAAAATTAGGAGTATA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATC	TATATATGAATAACAACTCTTCCCTTATACCTTTTA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAATT	GAATTTAATAGTAGGAAATATAAGAGTTTTCCGACA
TTTCAATACAACACTTGTTAAAGTTAAAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP013615.1|WP_061429695.1|153458_153641_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429686.1|146279_147092_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429692.1|152064_152316_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429696.1|154108_154834_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|183177
NZ_CP013615.1|WP_061429681.1|142710_143529_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429691.1|151587_151926_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429680.1|141625_142672_-|CinA-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|334938
NZ_CP013615.1|WP_061429693.1|152336_152753_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429694.1|152769_153081_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429689.1|150272_150800_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429678.1|140303_141137_+|NAD(+)-synthase	unknown	unknown	gnl|CDD|238309
NZ_CP013615.1|WP_061429685.1|145416_146283_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429679.1|141227_141605_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429697.1|155016_156405_+|leucine-rich-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372554
NZ_CP013615.1|WP_061429684.1|145200_145404_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429688.1|149587_150121_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429682.1|143548_144094_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429690.1|150930_151575_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP013615.1|WP_061429687.1|147129_148176_-|leucine-rich-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372554
NZ_CP013615.1|WP_061429683.1|144227_145115_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP013615.1|WP_061429680.1|141625_142672_-|CinA-family-protein	gnl|CDD|334938	pfam02464, CinA, Competence-damaged protein. CinA is the first gene in the competence-inducible (cin) operon, and is thought to be specifically required at some stage in the process of transformation. This Pfam family consists of putative competence-damaged proteins from the cin operon. Some members of this family have nicotinamide mononucleotide (NMN) deamidase activity.	1.3007e-34
NZ_CP013615.1|WP_061429678.1|140303_141137_+|NAD(+)-synthase	gnl|CDD|238309	cd00553, NAD_synthase, NAD+ synthase is a homodimer, which catalyzes the final step in de novo nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) biosynthesis, an amide transfer from either ammonia or glutamine to nicotinic acid adenine dinucleotide (NaAD). The conversion of NaAD to NAD+ occurs via an NAD-adenylate intermediate and requires ATP and Mg2+. The intemediate is subsequently cleaved into NAD+ and AMP. In many prokaryotes, such as E. coli , NAD synthetase consists of a single domain and is strictly ammonia dependent. In contrast, eukaryotes and other prokaryotes have an additional N-terminal amidohydrolase domain that prefer glutamine, Interestingly, NAD+ synthases in these prokaryotes, can also utilize ammonia as an amide source .	2.39742e-79
NZ_CP013615.1|WP_061429687.1|147129_148176_-|leucine-rich-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|372554	pfam13306, LRR_5, Leucine rich repeats (6 copies). This family includes a number of leucine rich repeats. This family contains a large number of BSPA-like surface antigens from Trichomonas vaginalis.	5.54315e-30
NZ_CP013615.1|WP_061429697.1|155016_156405_+|leucine-rich-repeat-protein	gnl|CDD|372554	pfam13306, LRR_5, Leucine rich repeats (6 copies). This family includes a number of leucine rich repeats. This family contains a large number of BSPA-like surface antigens from Trichomonas vaginalis.	1.73797e-08
NZ_CP013615.1|WP_061429696.1|154108_154834_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|183177	PRK11524, PRK11524, adenine-specific DNA-methyltransferase.	5.56474e-95

Protein sequences

>NZ_CP013615.1|WP_061429687.1|147129_148176_-|leucine-rich-repeat-domain-containing-protein
MINAGKVIDNTSFSNNTSENSIAKIQSPIKEESTHNIENTSDLADYNYAIIDDKLIEEQIKIRNSLIDSGDWTEIRGGTTDKSSYGSWEADFRKRMTPLKGQIVVTGYKGNKDDITIPSCVNDKKVVAIGVGAFFNNKLKKVNIPNSVVFLCSHSMPKTLESMEIPANVKIIDDYCFKSTSLKSITIPKTVEEVGYYAFDLGQLQSVTIESGSTKIGAGAFEYNHISTLNLPNDIKTIPDWTFANNSLETLKLPDSVTEIGESAFENSGLTSVSIGKKVSKIGVEAFTSNHLTEITIPNNVDEIGEYAFSDNNFTSVTMPKKFSDEKDTYFNDEEDSTDLSDVKFNLI
>NZ_CP013615.1|WP_061429686.1|146279_147092_+|hypothetical-protein
MINKINELLNNVKIKENELKEAKKELEEFVPNNIDELSKCDLKQLVGAYNNLKYMLDNDVRNKLNDIIDVKEKELFPELTKAYYYPELNKLKDKMNLSFDVIRKIDEGLKDKDISLGVKKAKIGEVDLLTLSEDVNASKKIFNFLVEENIVERYFSFKICNCFECRSKILKEEEYKKYIEMFEILDKINNNKASDEEINRYYEEEAKDLPNYTYFSVSCLSEYRDDDLFEVMCMEDLNKLLEKYPKKTFYNIKKTPDLSLNDKIFKYLNS
>NZ_CP013615.1|WP_061429685.1|145416_146283_+|hypothetical-protein
MKYNLDKNINKDFIKSYIVDIKNDEYEISEKTKKLNQKKEEFKKICSSIELFKDFSLKELVELQPFMEKSEIGFEYSELIGIKMVEKFPLMNKAHYYPELNELNELEGVSFEEICDIDTLINSMYKIKHIPDNHYTYIGIPKYDYDNGNKIIDFLIKRGILERYYKFKCCNCLCCGTSKSEEEFKKYLEMFKINSKVRKRLPLSIEESNKYYKSDTAFIDVSENTKYFRFDVWCDECSVDSEEGYVVVTSLEDLEKLNKSEWYKIIKKPDLSLDNEIDKYLYGNKEDI
>NZ_CP013615.1|WP_061429684.1|145200_145404_+|hypothetical-protein
MNCNELKSLIKKNQSVYFEGHEVKIIELFEFFNIAEIEFEDKNKIIVDVSLLSNKKIKNKENSINIF
>NZ_CP013615.1|WP_061429683.1|144227_145115_+|hypothetical-protein
MNDKFEDKKNFACLVIDGLENRSLKDKRIKELQDEIAFINNQIRDIPKDELFKLFEKLDYPTAKYLFHELTYSVMHDKNSIDELTKLLNEKELEAFPELRVAHYFPMINTLDYLSDEEKRELDKFLFGQSVNRALMPQNSFDGVVRSEYYNRVYEDICRLGICEKRFDLIHADEIKKYEYDEYNDYFVETVGEAELKNIIKSFEVADRIEKGIATKEDKVIASRENYSPYLYLPTEEVCGEITSLAEFNEKVIKKEKYAKRKMSGDMLTINTINSFIKIDEKEFFIRLKKQLSEK
>NZ_CP013615.1|WP_061429682.1|143548_144094_-|hypothetical-protein
MLIGDTKYTKKELELAFLLCMDESLSLKNCKLYDKEGNSACYEYSTGRCDECMITQYINRVKSGELPNLLTLKRCKTKYFVENIPTGTQISISDKIKITGELNIEGQPNTLDLPREKSLIYFSDSTILAIHNDCDSKVSIEIINEGHRFLKVDNQNILFAKGLYWIAFNHDYKLNNILFMK
>NZ_CP013615.1|WP_061429681.1|142710_143529_-|hypothetical-protein
MAKYYMLRKEIEVLIKIRNWSLNTRIDYKEKFSGSDQLKIICSCGRPQTLGVKSLKKFICPFCNNKYKNSLFHSKKNINIKNNYKRNEKKPLEYKKWEGKIPPYILNAMLKYPTKELLTLSGNKSNPTIHYICKSCGREQMCKFRNLKKGHNCIANKSSGEILVEKFLREKNIKIRTQFNTLKCFNPITKRQLPYDIEIVGEKILIEIQGIQHLKFIKHFHTTIENFKYQKRKDDYKKRWAESKGYKILYIYYDEFDNEYYKKKILNALKFN
>NZ_CP013615.1|WP_061429680.1|141625_142672_-|CinA-family-protein
MDFKDILKFSDNDKNEIFNRLRVNDSLYYIDHIFNNYDKKPFINDKFISNTKVTIVEKTNEGYFKLSNGEILKRESPLLNHYFPDLEYSKNLIKDRIVYFLYKEYCNKTKNKFILKTYEDVKNDIYNLIYPYIQLLIPSSLFSYYKANKYFKETYNKELPPPTFRNLINYSIISMAEIIELDFIIIKSDINEKNIKLLNELNLTLATMESCTGGLLISKLTDVPGASNVINGGYITYTNDQKIKCGVSEKIINEKGVYSAECSESMAFSSAKNSNSNIGIGITGTFSNLDENNVDSKRGIVYYTIVLNDKVLLSKMLELDEELLNNNRLKQKEYVVSIILNDLHEKLK
>NZ_CP013615.1|WP_061429679.1|141227_141605_-|hypothetical-protein
MQRNLLITLDKLKKSSTFKKEKSINLSMSMYELGVIITGLKISNAIDNVLCKKLDNEKKILIKRLSELREISILNKDKTINLNLNINEITMIIVGLKISKVFDDVIDEELEIKYNRGKKNKANIC
>NZ_CP013615.1|WP_061429678.1|140303_141137_+|NAD(+)-synthase
MKNFDLFDLKDLTKDNVKEYISLITNWIKEQMTKANAKGVVLGMSGGIDCSVVGRLFQEAGYDVVLVLMPNGNSMDYAGDSNDAMDYIEKFHFKWLKAPIGNIYDTILDTIVDDKSSMTAHTIEDAPYGDSIRKEAISISNIAKANINPRIRMTILYTLAQSKGYLVAGTGNLSERIMGYFTKWGDGAFDICPIGNFTKEQVRILAKELRVPQHIIDKAPSANLWEGQTDEEEMGVTYEQIDDYIHNRNLEKNREAFKKIEAQYRKSVHKLRPAPIF
>NZ_CP013615.1|WP_061429688.1|149587_150121_+|hypothetical-protein
MNEEILREIHKYIKIPKSINIGDKLYYEQYSDNKDIVNSLTYQKDLSNNNWIGFIKLLEIRSQAEFNGQLLCEEINNDMKIFMAEDEEYLQVISNDDEEKIPLQKKQVNIGVDSCSYNMKVDDIELTVDTSINGLIGFVREYFSNEGILRGIAVTIACNDNFDIAKTQIDKLFTSVA
>NZ_CP013615.1|WP_061429689.1|150272_150800_+|hypothetical-protein
MKQEEVLKKVVYGVKMPKRFKIGDEWYFEEYANDKKELDRLTYVRGVRGKSDWQCKIVLEEKQCEDFQYVSVHGIFAEDEAYLKLLEMNKMYKGDKVIKDFILGVDTASYLFEIDNNYSKVRTGADGYFGYIREFSSNKNKLRAIELDLDFGDDFERARSILEGVFEIKEIKEIK
>NZ_CP013615.1|WP_061429690.1|150930_151575_+|hypothetical-protein
MKNIERILEMLKLFEGRDFYGVNFYRGDYFKSSIGATKKLSKEEAKRIIEENIKCDVRQKECFFNEWSTNTLPAFKKSVDNINNKINVKKIELEALISEIAFLETELNDRVEKITKYEEEDVKTIICISEHKKVSNYGEYALYISLKNVTSKSNFDIEILEREKLSFNQRVTYRNQKILDWIKTNNVQEIHTNIDLSNFIIKNKLTNLKVYSDL
>NZ_CP013615.1|WP_061429691.1|151587_151926_+|hypothetical-protein
MREIYVSIYQKNDDCYCDIKDICYSLEEIEKNFFKIKEFFEEEGLEFNLNFDDYLKRYKKLIFKSKRKLTKDIILNELVNLDIIKRISSGSFMGDYFKVNDFSKIYKGYYIF
>NZ_CP013615.1|WP_061429692.1|152064_152316_+|hypothetical-protein
MQETDKVFFVEEANVKLKLDENGKKICSVELNEETNKYNIFVYSEENLMFVVSKGIKEIEFDNKEEALLWIELFSEDYSLIES
>NZ_CP013615.1|WP_061429693.1|152336_152753_+|hypothetical-protein
MNFSKLANKINVGDRVWICDYRLNSKDVLNTPIRNVEPQEVVAVSNDELSPLRRIWGADIHFRPIKKNGELGKKIIPPFDNSGFPKGVNVFYNKKECVEFYQMQIIEAICTLKESQKLIDSKFENFISSLEGKCKTIK
>NZ_CP013615.1|WP_061429694.1|152769_153081_+|hypothetical-protein
MPSKRKSCPVKRRLILDDGCFDVYDKETYHKYGTEVVRGLNKFDRKWFRENAVAVIRTGKTSLGRTFVVPYKDVDGVRYWLLNHKLKEHNQNILDKYGCNAQI
>NZ_CP013615.1|WP_061429695.1|153458_153641_+|hypothetical-protein
MSGVKLSDIIVTLEEIKGIDGDKEVCNLTITNNDSKDSLFVDFMDYTSRTVDIKSCNNCK
>NZ_CP013615.1|WP_061429696.1|154108_154834_+|hypothetical-protein
MKTLPKECIDLIIADFPYNIGKDYGNDSDKQSHEVHLDNLRKWISEFYRILKPNGSIFLYSGKQYYPYCYIYTNELFNIKNQIIWNYDSSSVQTKTKYGSLYEPIIWAVKRSRGYTFNREFAMVEAKTGAKRKLIDYRKNPPRPYNTQKVDGDVWSYSRVRYRMPEYTSHPTQKPLSICNRIIQVHSNPGDLVYIPFAGSGAEIESCLINGRNYIATELNNKYIEDIIKPRISEYKKTIEV
>NZ_CP013615.1|WP_061429697.1|155016_156405_+|leucine-rich-repeat-protein
MKKYKIENILHSKGYVSIETLIVAGLVIATGAFLISKLVWKGKDIAMSNDNNMATVGKTMDDNLFNGNDVNKTNESSTNLVEKSKEVDCSLIENPSNLNEFKYKDISIDGVQGISITGYTGDSSDVVIPSCINGKPVIEIGPCAFVGRNATNSGDKATIKKPLTSVIIPDTVLSIQSGAFFNNDIKTIKLPKNLRYVEYRAFQSAGIKGELELPKELRELAYEAFKDNDINKVVINNLGTVYASYQLSASGYVGDVFLGNSIEDVVINDKIPDKLFQEMNYDKTIFSAIIPNEKPYGTAKDLFAHIGCKQKLLDYFKNIKFVSVNSIIKECDGYKYFVVDDNVINSMPRDVRPSEGINYYDNILKTLKANKGSAVIIGYDGKEENIRIPKIVDGKRVVCILSLDSRIDIKSIEIPDSVECIDDNAFFNLISTIEKVSMPKKFENDKKRLFEYKADKIQFKII

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP013615_1	1.1|148492|33|NZ_CP013615|CRT	148492-148524	33	NZ_CP013615	Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838A, complete sequence	148492-148524	0	1.0
NZ_CP013615_1	1.2|148555|31|NZ_CP013615|CRT	148555-148585	31	NZ_CP013615	Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838A, complete sequence	148555-148585	0	1.0
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NZ_CP013615_1	1.20|148879|36|NZ_CP013615|PILER-CR	148879-148914	36	MN694027	Marine virus AFVG_250M455, complete genome	46121-46156	10	0.722

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18. spacer 1.18|149010|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013615 (Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838A, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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22. spacer 1.22|149011|36|NZ_CP013615|PILER-CR matches to NZ_CP013615 (Clostridium perfringens strain JP838 plasmid pJFP838A, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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*.*.***********  ************* *  *

24. spacer 1.19|148814|35|NZ_CP013615|PILER-CR matches to NZ_CP013717 (Staphylococcus equorum strain C2014 plasmid pC2014-3, complete sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.8

actcttcataataaacatctttttttattttatat	CRISPR spacer
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*.*.***********  ************* *  *

25. spacer 1.7|148878|36|NZ_CP013615|CRT matches to NC_013717 (Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

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*********** ** ***********    ***. *    

26. spacer 1.15|148813|36|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013717 (Staphylococcus equorum strain C2014 plasmid pC2014-3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

actcttcataataaacatctttttttattttatata	CRISPR spacer
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*.*.***********  ************* *  * 

27. spacer 1.16|148878|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder matches to NC_013717 (Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

tttttttcatatgctttatataaaaattag-gagtata	CRISPR spacer
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*********** ** *********** .**  *..** 

28. spacer 1.16|148878|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder matches to MN694088 (Marine virus AFVG_250M454, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

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* ***************** **.*****  .*** .* 

29. spacer 1.16|148878|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder matches to MN694007 (Marine virus AFVG_250M456, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtata-	CRISPR spacer
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* ***************** **.*****  .*** .* 

30. spacer 1.16|148878|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder matches to MN694027 (Marine virus AFVG_250M455, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtata-	CRISPR spacer
tatttttcatatgctttatctagaaatt-taagttcat	Protospacer
* ***************** **.*****  .*** .* 

31. spacer 1.20|148879|36|NZ_CP013615|PILER-CR matches to NC_013717 (Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

tttttttcatatgctttatataaaaa----ttaggagtat	CRISPR spacer
tttttttcataagcgttatataaaaaacagttaaca----	Protospacer
*********** ** ***********    ***. *    

32. spacer 1.7|148878|36|NZ_CP013615|CRT matches to NZ_CP012100 (Bacillus thuringiensis strain HS18-1 plasmid pHS18-1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
ttttttcaatatgctttatataaaaaactacaacat	Protospacer
******. ****************** . . *..**

33. spacer 1.16|148878|37|NZ_CP013615|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012100 (Bacillus thuringiensis strain HS18-1 plasmid pHS18-1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtata	CRISPR spacer
ttttttcaatatgctttatataaaaaactacaacata	Protospacer
******. ****************** . . *..***

34. spacer 1.20|148879|36|NZ_CP013615|PILER-CR matches to NZ_CP012100 (Bacillus thuringiensis strain HS18-1 plasmid pHS18-1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
ttttttcaatatgctttatataaaaaactacaacat	Protospacer
******. ****************** . . *..**

35. spacer 1.7|148878|36|NZ_CP013615|CRT matches to MN694088 (Marine virus AFVG_250M454, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
tatttttcatatgctttatctagaaatttaagttca	Protospacer
* ***************** **.***** ... *  

36. spacer 1.7|148878|36|NZ_CP013615|CRT matches to MN694007 (Marine virus AFVG_250M456, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
tatttttcatatgctttatctagaaatttaagttca	Protospacer
* ***************** **.***** ... *  

37. spacer 1.7|148878|36|NZ_CP013615|CRT matches to MN694027 (Marine virus AFVG_250M455, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
tatttttcatatgctttatctagaaatttaagttca	Protospacer
* ***************** **.***** ... *  

38. spacer 1.20|148879|36|NZ_CP013615|PILER-CR matches to MN694088 (Marine virus AFVG_250M454, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
tatttttcatatgctttatctagaaatttaagttca	Protospacer
* ***************** **.***** ... *  

39. spacer 1.20|148879|36|NZ_CP013615|PILER-CR matches to MN694007 (Marine virus AFVG_250M456, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
tatttttcatatgctttatctagaaatttaagttca	Protospacer
* ***************** **.***** ... *  

40. spacer 1.20|148879|36|NZ_CP013615|PILER-CR matches to MN694027 (Marine virus AFVG_250M455, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

tttttttcatatgctttatataaaaattaggagtat	CRISPR spacer
tatttttcatatgctttatctagaaatttaagttca	Protospacer
* ***************** **.***** ... *  

2. NZ_CP010994

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP010994_1

• CRISPR_ID: NZ_CP010994_1
• CRISPR_location: 2579894-2580006
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP010994_1

Consensus_repeat	Method
TTCTATTTAAATCTATTACTTTACATAA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP010994_1

>1.1|2579922|57|NZ_CP010994|CRISPRCasFinder
GAAATTATTCTAATTATTTTTAAAATAATAAATCTTTTTTGGAGATCTCTTCTTCTC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP010994_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP010994_1

>merge|NZ_CP010994|1|2579894-2580006|CRISPRCasFinder
TTCTATTTAAATCTATTACTTTACATAAGAAATTATTCTAATTATTTTTAAAATAATAAATCTTTTTTGGAGATCTCTTCTTCTCTTCTATTTAAATTTATTACTTTACATAA

>NZ_CP010994|1|1|2579894-2580006|CRISPRCasFinder
TTCTATTTAAATCTATTACTTTACATAA	GAAATTATTCTAATTATTTTTAAAATAATAAATCTTTTTTGGAGATCTCTTCTTCTC
TTCTATTTAAATTTATTACTTTACATAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP010994.1|WP_061428861.1|2583431_2583944_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP010994.1|WP_003451536.1|2574694_2575192_-|SpoIIIAH-like-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378918
NZ_CP010994.1|WP_003451516.1|2578993_2579878_-|stage-III-sporulation-protein-AA	unknown	unknown	gnl|CDD|274324
NZ_CP010994.1|WP_061428863.1|2584384_2585404_-|type-II-secretion-system-F-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224376
NZ_CP010994.1|WP_061428858.1|2581279_2581627_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP010994.1|WP_003451410.1|2574220_2574610_-|Asp23/Gls24-family-envelope-stress-response-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377129
NZ_CP010994.1|WP_003451464.1|2580075_2580438_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP010994.1|WP_061428859.1|2581623_2582064_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP010994.1|WP_061428856.1|2577585_2577972_-|stage-III-sporulation-protein-AD	unknown	unknown	gnl|CDD|131896
NZ_CP010994.1|WP_061429454.1|2583006_2583297_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP010994.1|WP_061428862.1|2583963_2584392_-|prepilin-type-N-terminal-cleavage/methylation-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236714
NZ_CP010994.1|WP_061428854.1|2575837_2576395_-|stage-III-sporulation-protein-AF	unknown	unknown	gnl|CDD|131942
NZ_CP010994.1|WP_061428855.1|2576402_2577575_-|stage-III-sporulation-protein-AE	unknown	unknown	gnl|CDD|213743
NZ_CP010994.1|WP_061428857.1|2578332_2578848_-|stage-III-sporulation-protein-SpoAB	unknown	unknown	gnl|CDD|131880
NZ_CP010994.1|WP_003451649.1|2580551_2581109_-|elongation-factor-P	unknown	unknown	gnl|CDD|234788
NZ_CP010994.1|WP_057257478.1|2573694_2574102_-|transcription-antitermination-factor-NusB	unknown	unknown	gnl|CDD|234686
NZ_CP010994.1|WP_114651178.1|2575217_2575823_-|stage-III-sporulation-protein-AG	unknown	unknown	gnl|CDD|274319
NZ_CP010994.1|WP_061428860.1|2582023_2582635_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP010994.1|WP_061429453.1|2582609_2582960_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP010994.1|WP_011592695.1|2578059_2578257_-|stage-III-sporulation-protein-AC	unknown	unknown	gnl|CDD|131895

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP010994.1|WP_003451536.1|2574694_2575192_-|SpoIIIAH-like-family-protein	gnl|CDD|378918	pfam12685, SpoIIIAH, SpoIIIAH-like protein. Stage III sporulation protein AH (SpoIIIAH) is a protein that is involved in forespore engulfment. It forms a channel with SpoIIIAH that is open on the forespore end and closed (or gated) on the mother cell end. This allows sigma-E-directed gene expression in the mother-cell compartment of the sporangium to trigger the activation of sigma-G forespore-specific gene expression by a pathway of intercellular signaling. This family of proteins is found in bacteria, archaea and eukaryotes and so must have a wider function that in sporulation. Proteins in this family are typically between 174 and 223 amino acids in length.	3.45938e-23
NZ_CP010994.1|WP_003451516.1|2578993_2579878_-|stage-III-sporulation-protein-AA	gnl|CDD|274324	TIGR02858, Stage_III_sporulation_protein_AA, stage III sporulation protein AA. Members of this protein are the stage III sporulation protein AA, encoded by one of several genes in the spoIIIA locus. It seems that this protein is found in a species if and only if that species is capable of endospore formation. [Cellular processes, Sporulation and germination].	1.56037e-161
NZ_CP010994.1|WP_061428863.1|2584384_2585404_-|type-II-secretion-system-F-family-protein	gnl|CDD|224376	COG1459, PulF, Type II secretory pathway, component PulF [Cell motility and secretion / Intracellular trafficking and secretion].	4.03742e-49
NZ_CP010994.1|WP_003451410.1|2574220_2574610_-|Asp23/Gls24-family-envelope-stress-response-protein	gnl|CDD|377129	pfam03780, Asp23, Asp23 family, cell envelope-related function. The alkaline shock protein Asp23 was identified as an alkaline shock protein that was expressed in a sigmaB-dependent manner in Staphylococcus aureus. Following an alkaline shock Asp23 accumulates in the soluble protein fraction of the S. aureus cell. Asp23 is one of the most abundant proteins in the cytosolic protein fraction of stationary S. aureus cells, with a copy-number of >25000 per cell. A second Asp23-family protein, AmaP, which is encoded within the asp23-operon, is required to localize Asp23 to the cell membrane. The overall function for the family is thus a cell envelope-related one in Gram-positive bacteria.	5.69298e-30
NZ_CP010994.1|WP_061428856.1|2577585_2577972_-|stage-III-sporulation-protein-AD	gnl|CDD|131896	TIGR02849, Stage_III_sporulation_protein_AD, stage III sporulation protein AD. Members of this family are the uncharacterized protein SpoIIIAD, part of the spoIIIA operon that acts at sporulation stage III as part of a cascade of events leading to endospore formation. Note that the start sites of members of this family as annotated tend to be variable; quite a few members have apparent homologous protein-coding regions continuing upstream of the first available start codon. The length of the alignment and the scoring cutoff thresholds for the model have been set to try to detect all valid members of the family, even if annotation of the start site begins too far downstream. [Cellular processes, Sporulation and germination].	2.13047e-32
NZ_CP010994.1|WP_061428854.1|2575837_2576395_-|stage-III-sporulation-protein-AF	gnl|CDD|131942	TIGR02896, Stage_III_sporulation_protein_AF, stage III sporulation protein AF. This family represents the stage III sporulation protein AF of the bacterial endospore formation program, which exists in some but not all members of the Firmicutes (formerly called low-GC Gram-positives). The C-terminal region of this protein is poorly conserved, so only the N-terminal region, which includes two predicted transmembrane domains, is included in the seed alignment. [Cellular processes, Sporulation and germination].	1.50899e-24
NZ_CP010994.1|WP_061428855.1|2576402_2577575_-|stage-III-sporulation-protein-AE	gnl|CDD|213743	TIGR02829, Stage_III_sporulation_protein_AE, stage III sporulation protein AE. A comparative genome analysis of all sequenced genomes of shows a number of proteins conserved strictly among the endospore-forming subset of the Firmicutes. This protein, a member of this panel, is found in a spore formation operon and is designated stage III sporulation protein AE. [Cellular processes, Sporulation and germination].	8.22915e-150
NZ_CP010994.1|WP_061428857.1|2578332_2578848_-|stage-III-sporulation-protein-SpoAB	gnl|CDD|131880	TIGR02833, Stage_III_sporulation_protein_AB, stage III sporulation protein AB. A comparative genome analysis of all sequenced genomes of shows a number of proteins conserved strictly among the endospore-forming subset of the Firmicutes. This protein, a member of this panel, is designated stage III sporulation protein AB. [Cellular processes, Sporulation and germination].	1.93284e-75
NZ_CP010994.1|WP_003451649.1|2580551_2581109_-|elongation-factor-P	gnl|CDD|234788	PRK00529, PRK00529, elongation factor P; Validated.	2.22205e-107
NZ_CP010994.1|WP_057257478.1|2573694_2574102_-|transcription-antitermination-factor-NusB	gnl|CDD|234686	PRK00202, nusB, transcription antitermination factor NusB.	1.11004e-50
NZ_CP010994.1|WP_114651178.1|2575217_2575823_-|stage-III-sporulation-protein-AG	gnl|CDD|274319	TIGR02830, Stage_III_sporulation_protein_AG, stage III sporulation protein AG. CC A comparative genome analysis of all sequenced genomes of shows a number of proteins conserved strictly among the endospore-forming subset of the Firmicutes. This protein, a member of this panel, is found in a spore formation operon and is designated stage III sporulation protein AG. [Cellular processes, Sporulation and germination].	1.41546e-69
NZ_CP010994.1|WP_061428862.1|2583963_2584392_-|prepilin-type-N-terminal-cleavage/methylation-domain-containing-protein	gnl|CDD|236714	PRK10557, PRK10557, prepilin peptidase-dependent protein.	0.00251259
NZ_CP010994.1|WP_011592695.1|2578059_2578257_-|stage-III-sporulation-protein-AC	gnl|CDD|131895	TIGR02848, Stage_III_sporulation_protein_AC, stage III sporulation protein AC. Members of this protein family are designated SpoIIIAC, part of the spoIIIA operon of sporulation genes whose mutant phenotype is linked to sporulation stage III. Members of this family are encoded by the genome of a species if and only if that species is capable of endospore formation, as in Bacillus subtilis. The molecular function of this small, probable integral membrane protein is unknown. [Cellular processes, Sporulation and germination].	3.35334e-14

Protein sequences

>NZ_CP010994.1|WP_003451516.1|2578993_2579878_-|stage-III-sporulation-protein-AA
MKEIFDVLPDKINSCLKDKSNLNKLQEIRVKVGKPLNIVLDNTETIFNYVIRREDVKAIIQKISNYSLYAFEEDIRQGYITIQGGHRVGLAGQCVIEDNSIKTIRNITSLNIRVCREIVGCSNSLMNSLVENNRVNNTLIISPPKCGKTTLLRDITRNISNGISQIGFKGKRTVVIDERSEIAACYNGIPQMNVGMRTDVYDNCIKSEGMMMAVRGLSPEVIICDEIGTYKDMEGLMMAYNSGVSIIATLHGRNVEELYRRPVFREIVENNIINKVVVLSGKKGIGTIEGIYNV
>NZ_CP010994.1|WP_061428857.1|2578332_2578848_-|stage-III-sporulation-protein-SpoAB
MKVFFLLIIVLLSSLIGYLYGEGFRNRLSQLRELKRALIDFENDIVYTYTPLPESIESIALKAKSPIKELFNEISFKLKNNEVEYVYMAFKESINEHKKEMNLRNKDFEILLDLSKSLGETNVEGQIKIFNLAKEKLDIELEIAEDECNKNTKVYRYLGVAVGAMIAIFLV
>NZ_CP010994.1|WP_011592695.1|2578059_2578257_-|stage-III-sporulation-protein-AC
MSDLSLIFQIAGVGIVLVILDKVLEQSGKKEYATLANIVGVVIILTMMIQLISRLFSSVKSMFLF
>NZ_CP010994.1|WP_061428856.1|2577585_2577972_-|stage-III-sporulation-protein-AD
MDVVIQVISFVLISLFLYLVLKDNKSTFAVFLLLGAGIVIFLFVMPYVNEIIAFMQDIAKESGMDSSYIAIVMKIIAIAYLSTFCSYICNDAGVTVLGKKVEFTGKIMILLLAIPIMANILNSILSIM
>NZ_CP010994.1|WP_061428855.1|2576402_2577575_-|stage-III-sporulation-protein-AE
MKKLINIILLSLIFVFCFNLKVLANDNLESSKEKIDNDSRIERFYDYINNLETEEDILGNMSAKEYIMNYLESGEDPITLKKIGASILSYMFRELNIVLKFIASILVIALLSALLKNLQDAFNIEEGVTQIAFFACYALLIMLLTKSFFISLNLGKEVLTSIIDFMNVIVPVIVMLIATSGGVTSAVTIDPIVLGAVSITPRIYTYFLFPLILAYFTLQFVNNLSSEFKIDRMCKFIKQIVMISQGFILTIFVGILTLRGMTADTLDAVAVKTVKFAVDNFVPIVGKAFSDAITTVAGYSLAMKSVITSLGVIVLVVIVIYPIIKIGLMAICFKLTSAVIEPVVDSKISSSVETVGEALFMIMSCIISVSIMFFIMASMMATAGNFIVGG
>NZ_CP010994.1|WP_061428854.1|2575837_2576395_-|stage-III-sporulation-protein-AF
MELLKNWISTLCVVIVIISIAHIILPNSSIKKHVKFAFSLIILSVMLSPIIGLLTMNKDIDETVFQEKISDVTRSDEEKKSLYDEEAILKSVEKNLEKSLKDEFYENEFEVNLIGKIDFDEVKFNIEKAEIIVLDEKKVKKVDKVVVGKEKVNKEEKKDSFLGKIEKFVEKELEISHENIIVSYA
>NZ_CP010994.1|WP_114651178.1|2575217_2575823_-|stage-III-sporulation-protein-AG
MQGFKDKMSKILKQKNITNLIILLLLVIMFYLVVSYFTGVNNITKSEKTNLEKVSKEDMNSNSQKDSEVLSYQEKQEKDLERILGKINGVGSVDVVINFQSSEVKVPAVDNSSQKSTTEETDSEGGTRVNSQETDGDKIVMSNSSNGSEPVILKTEKPEVLGVMVVAEGAEDSKIKYEITKAISSLYNISVDKVNVLAMKK
>NZ_CP010994.1|WP_003451536.1|2574694_2575192_-|SpoIIIAH-like-family-protein
MNRKQAGIILTLLALIVCTGVLATRVNNQIKESMGEVPTAFGENDDNATETSSNYFYESRNLREQKDSKTIDNLKAIVEDKNTSAEQKEEAEKELTEKTMARDYETRIELSIKSKGYEDVICFIDGDNAKVVVKTNEELTQEKMVEIQDIVMNVSKVYDVDIEKK
>NZ_CP010994.1|WP_003451410.1|2574220_2574610_-|Asp23/Gls24-family-envelope-stress-response-protein
MNEMNRDEANLGIVNISDEVIGVVAGIAASEIDGILEINHNNSTGIGHKFSKKSLGKGIKVNVENGEAVIEIGVTVQYGIKIPDVVSQVQENVRRTVEAITGLKVALVNIYVQNIIILKEEDKNEILKK
>NZ_CP010994.1|WP_057257478.1|2573694_2574102_-|transcription-antitermination-factor-NusB
MNRVKSREYLLQLAYQMEITSETALETFNSFMENEDISKDDLDLAYIKSGLLGIEENKEKLDSLIESQLVKWKLNRISKVNLSILRISTYEMLFAEDVPGKVSINEAIELCKKYSDNKSVSFINGVLDKVYKNMQ
>NZ_CP010994.1|WP_003451464.1|2580075_2580438_-|hypothetical-protein
MKDIKNNISNLLKAMDKNTELDKEFKDSLLNVISSLVDKVEELQVNVETLDENVNLLNDDLSGVQDELFEELTLEELEEYDDEYCEVVCDKCHKPIYIEKDILNRSESIPCPYCGNEFEV
>NZ_CP010994.1|WP_003451649.1|2580551_2581109_-|elongation-factor-P
MISGSDLRKGTTFELDGQVYTVIDFLHVKPGKGAAFVRTKLRNVIMGGVTDRTFNPTDKLQEAIIERKEMQYLYSDGELYYFMDQETFEQIPLNHEKVEDAIKFLKENMNAVIKFYKGEAFSVEAPNFVELLITECEPSVKGNTATTAMKTAVVETGATVMVPMFVEEGNTIRIDTRTGEYMERV
>NZ_CP010994.1|WP_061428858.1|2581279_2581627_-|hypothetical-protein
MKKLKLDVTLATIFIVILLAQGIELFQLRNYEIPVLTNSIVEMDLNTVLKNIENKDCTVLQLEYKEGWIGKVLFTGSLEDLSNYVNLLKNNNINIKNYKIEKSEELRCFLELKVV
>NZ_CP010994.1|WP_061428859.1|2581623_2582064_-|hypothetical-protein
MRLEVRRIYIKKYKNFLPIEYVEEYNRKIKKKLNIYILFLLLFNLFFYGKIKTENNKIKNYLSEIKGVNRERSLDKEFLEDINKLKEIIKDENILNLNLERKSFEVEVNSIYKNSLINYIKKINGRVYDISLNESNNTYRLKGELR
>NZ_CP010994.1|WP_061428860.1|2582023_2582635_-|hypothetical-protein
MLIKTLVINDTNDISKLKELKDKRVKIILLNEKIFIETLRVNKKCNIEEKIEQLIKDRFFNYTPLVHYEVLKYNKSLFLIVYFIGCDERFKSLLYERKDFSLSFPELKNKNISVFNKATFEFKNFKISIYIKGKLVLLKSLKDFNIIEVIEESIKSIEKDFRVSVKDFTFKIQKEYLTEELREWFKGLKLNEIRGEENLYQKI
>NZ_CP010994.1|WP_061429453.1|2582609_2582960_-|hypothetical-protein
MIVTILMDNSFQRRKELDRSFKIIGSNIDKNNSEEQFLKYMLKENILNKDTFQELKFSLNNMKAEYSKKARILNIKNKDKISGLSRDTYYEIKVINDDIILSKRGNYEFVNKDLSN
>NZ_CP010994.1|WP_061429454.1|2583006_2583297_-|hypothetical-protein
MYLNHRFWDNMVEDIKINKDEDYIGVKFWRKGIVEENKIEKKEDKLHVYYISSGENRNHILIENVEEFDVVEKKNLFYIKLKVKNQEERIYCYEKA
>NZ_CP010994.1|WP_061428861.1|2583431_2583944_-|hypothetical-protein
MEDKIYIKKGYLLVDMVLALALISILFLGIGKSYSTYINNNYYIKEKIKVAEIISSLAMELKHNISFEDLRSINSGKYKLSSLRVNDLINNDIKEFLGKNLILHNKKSDDLGWTINISHIDQYESIINIIYKNEKPYIRENKEVKIYKFLEKYHQKLENPPQKEEEKHIY
>NZ_CP010994.1|WP_061428862.1|2583963_2584392_-|prepilin-type-N-terminal-cleavage/methylation-domain-containing-protein
MYRKRKGFTLSEVIIYLAITSLILAIPTSFMIIKDRGYELKVEGEISKIHDFLMEAKQLSKKDNLYGEIIFDILDNKLIYVNALRTTSLRLNAVKVSFNRDNLITIKETGMISIAGTITIIDKNNKQREITIVPGIWKINVK
>NZ_CP010994.1|WP_061428863.1|2584384_2585404_-|type-II-secretion-system-F-family-protein
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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
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DBSCAN-SWA_2	1176335 : 1189334	23	Clostridium_phage(64.29%)	integrase	attL 1178497:1178512|attR 1184174:1184189
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DBSCAN-SWA_4	1516900 : 1580599	75	Clostridium_phage(70.0%)	tRNA,head,portal,terminase,capsid,holin,plate,protease,tail	NA
DBSCAN-SWA_5	1600963 : 1621559	23	Clostridium_phage(66.67%)	tRNA,head,portal,terminase,capsid,protease,bacteriocin,tail	NA
DBSCAN-SWA_6	1798707 : 1850213	48	Clostridium_phage(25.0%)	terminase,portal,capsid,protease,tail	NA
DBSCAN-SWA_7	2204063 : 2217315	12	Clostridium_phage(22.22%)	tRNA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP010994|896319:908909|DBSCAN-SWA
TATGGCTGGAGAACAAAGAGTGAGAGATGTATATATTCAATACGATAAAAATGGAGAAACACCTAAATATGAAACACCCTTAGCCGCAGGAGCAGACCTTTTTGCAGCAGAGGATATGGTTATAAGACCCTTTGAAAAGGTTGCAATTCCACTAGGATTAAAGTTTGCAATTCCTGATAACATGGAGCTTCAAATTAGGGCTAGAAGTGGACTTTCTTTAAGAACAAACTTGAAAATTTCAAACTCAATAGGAACTATTGATGCTGATTCAGTTAGTGATATATCAGTAATTTTAGAAAATAATTATAATATAGCCAATCTTCCTTATGAAATAGCTAATGATATAAGTATATTAGATGATTTAAAAAATAATTATACTGAAGTAAGATTAAAAGATTACTTAGAATCTAAAGGACATGATATAAGTTCTTATGAGGATGAAGGAAAAAAAGCTTATAAAAAGTTATTAAAGACATATATTTATTTAGATAAGAACGGAAATCCATATGGAACTATATACATAAAAAAAGGAAATAGAATTGCTCAGATGGTTTTAGCAAAATATTATAAAGCTAATTTTATAAAAACAGATGACGTTTCTAAACTTAAAAGTGTAAATAGAGGTGGTGGATTTGGTCATACAGGCTTTTAAAATTCCATTGTTTTGTAGAGAAAACTTAAATTATAATATATAAATCGGAATAGTTAGGAAAGTTTTAGAATGAGATAGGAACTTATTCTAAAGCTTTTTTAATTTCTACTTGCATTTTTCTTGGGTTTAATTAGTATATCTTTTTTAGATTTAACGTAAATAATTATTAAGTATATTATTACTTATTTTTATAAATTTACTTGAAATTGAAAAAAATTGATAGTATAATTTAAAAAAAGTGAATATTTAATCGTAAGTGCTAGGGGTGCATTTTATATGCTGAGAGGATAATATCTATCTAACCCTTAAAACCTGATGTAGTTAGTACTACCGTAGGGAAGCATAAACTGTTGTTTATTTATATTTATGCTTTAAAAAGGTATAAATGTATCTATATAAGTGTTTATTAAGCTTGCCTTATGGCAAGCTTTTATTTTTTATAAAAAAATAGGATCCTATATTAATTTAACTGCGCAGTTAAAAAATTAAAATAAGGAGAACTAATATGAATTATACAACTCAAATGGATGCTGCTAAAAAAGGAATAATAACAAAGGAAATGCAAGTAGTTGCAGAAAAAGAAGGAATTAATATTGAAACTTTAATGAATTTAATGGCTGAAGGAAAAATTGTAATACCAGCTAATAAAAATCATAAAAGTATAAGTGCAGAAGGTGTTGGACAAGGGTTAAGAACTAAAATAAATGTTAACCTAGGAATTTCAAAGGACTGTGCCAATATAGAATTAGAGTTAGAAAAAGTTAAAAAAGCAATAGATATGAATGCAGAATCTATAATGGATTTAAGTAATTATGGTAAAACTTATGATTTTAGAAAAAGACTTGTAGAAGTTTCTACGGCTATGATAGGAACTGTACCAATGTATGATGTAGTAGGTTTCTATGATAAAGAACTTAAAGATATAACTGTTGATGAATTTTTTGAAGTTGTAGAAAAACATGCAAAGGATGGAGTTGATTTTGTTACTATACATGCTGGATTAAATAGAGAAACAATTGAAACTTTTAGAAGAAATAAAAGACTTACTAATATAGTTTCTAGAGGAGGATCTCTTCTTTTTGCATGGATGGAATTAAATAATAGAGAAAATCCTTTCTATGAATATTTTGATAGATTATTAGATATATGTGAAAAGTATGATTTAACTTTAAGCTTAGGGGATGCTTGTAGACCAGGTTCAATAGCTGATGCAACTGATGCTGTACAAATCAAAGAATTAATTACTCTTGGAGAACTAACAAAAAGAGCTTGGGAAAGAAATGTACAAGTAATAATAGAGGGTCCAGGGCATATGGCAATGAATGAAATAGAAGCTAATGTTTTATTAGAGAAAAAATTATGCCATGGAGCACCATTTTATGTTTTAGGACCAATAGTAACTGATATTGCACCAGGATATGATCATATAACAAGTGCTATAGGAGGGGCTATGGCAGCTTCTTATGGAGCAGATTTTCTTTGTTATGTAACACCAGCAGAACATTTAAGACTTCCTAATTTAGAGGATGTAAGGGAAGGAATAGTTGCCACAAAGATAGCAGCTCATGCAGCTGACATAGCAAAAGGAATTTCAGGGGCAAGAGATATAGATAATAAAATGAGTGATGCTAGGAAAAGATTAGATTGGGACGAGATGTTTTCTTTAGCAATAGATAGTGAAAAAGCTATTAGATACAGAAAAGAATCTACTCCTGAACATAAAGATAGTTGTACAATGTGTGGAAAAATGTGCTCTATAAGAAATATGAATAAGATTCTAGAAGGAAAGGATATAAATCTTTTAAGAGAAGACTAAATATATTGGAGATATATTAAAAAATATTATTCAAGACTTTTAATATATCTCTATTTTTGTTCTTAAATACGAACTTTGTTTAATAAAAATAATATAAATACGTCTAAAATTGCCTAAAAAACGAATGTTTAAATAATTTTAAATATTGACAATACGTATTTAAGGTGGTAATGTTTAATTAACGAATGATTAATTTTTAATCATTAATAATGTTCGTGTTTTGAATGGGGGATTAAAATGTCTGGTATTAGAATGGTATTTGTAGAAAAAAAAGCTGGTTTTAATGTGGAAAGTCAGATATTACTTAAGGATTTTAAAGATAATTTAGGGATTGAAGCTTTGGAGGATGTAAGAGTTTTAAATAAATACATATTAGGAGATATGGAAGAAGAACAGTATGTAAGAACTGTAAATACTATTTTGTCAGAAGCTCCAGTAGATAGAGTATATGAGGAAAATTTTGAAATAGGACAAGATGAAATTGCTTTTGGTGTTGAATATTTACCAGGACAGTATGATCAAAGAGCTGATTCAGCTTCAGAGTGTATAATGCTTCTTACTGAGGAGGAAAAAATTCCTGTTAAATCATCAAAAGTAATTATTTTAAAAGGGAATTTAAATGAGGAAGAGATAAAGAAAATAAAATATTATTACATTAATCCTGTTGATTCAAGGGAAGTTAGTCCACTTGCAAAAGTCTTAGAAGAAAACTTAGAGGAACCTAATGAGGTTAAGGTTTTAGATGGCTTTTTAGATTTAAATGAAGAGGGACTTAAAAATTTCCATAGAGAAAAATCTTTAGCTATGAGTTTAGAAGATTTAAAACTAATAAGAGATTATTTTAAATCAGAGGATAGAAATCCAACAATAACTGAGATTAAGGTTATTGATACTTATTGGTCAGATCATTGTAGACACACAACTTTTGAAACAATAATAAAAGATGTTTATATAGAAGAGGGCAAGTATTCAGAACCTATTAAAAAGGCTTATGAAGATTATAAAAATTCAAGAGCCTATGTTTATGGGGAGAACTTAAATACTAAAGAAGTTAAGTTAATGGATTTAGCCACAATAGCCATGAAGGAGCTAAGAAAAAGAGGAAAACTTGATGATTTAGATGTTTCAGAAGAAATAAATGCTTGTTCTATAAATATAGAAATAGAAACAGATAAGGGAACTGAAGAATATCTTTTAATGTTTAAAAATGAGACACATAATCACCCAACAGAAATAGAGCCTTTTGGAGGGGCAGCCACTTGTTTAGGGGGAGCTATTAGGGATCCCCTTTCAGGAAGAAGTTATGTTTACCAAGCTATGAGAGTTACAGGTTCAGCAGATCCAACAGTTGAAATTTGTGAAACTTTAAAGGGCAAATTACCTCAAAGAAAAATAACTTTAGGAGCTGCTCATGGATATAGCTCATATGGAAATCAAATAGGCCTTGCAACTGGACAAGTATCAGAAATTTATCATCCAAATTATGCGGCTAAGAGAATGGAAGTAGGAGCAGTTATAGCTGCCACGCCAAAGGAAAATGTAATAAGACTGGAACCTTCAAAGGGAGATATTGTAATACTTCTTGGAGGAAGAACTGGAAGAGATGGTATTGGTGGGGCTACAGGTTCTTCAAAGGAACACACAGAAGAATCAATAAATCAATGTGGAGCAGAAGTTCAAAAAGGAAATGCTCCAACAGAGAGAAAAATTCAAAGACTTTTTAGAAACAAAGAAGTAGCTCAAATGATAAAAAGATGTAATGACTTTGGAGCTGGTGGAGTATCAGTAGCAATTGGAGAATTATGCAGAGGAATTGATATAGATTTAAATAAGGTTCCTAAAAAATATGAGGGATTAGATGGAACTGAACTTGCTATATCAGAATCTCAAGAAAGAATGGCTGTTGTTATTTCCTCTGAAAATGCAGATAGATTTATAAAACTTTCAGAAGAAGAGAATTTAGAAGCTACAATTGTGGCTGAAGTTACAGATACTGATAGGTTAAGAATGAATTGGAAGGATAAAACTATAGTTGATATAAAGAGAAGTTTCTTAGATACAAATGGGGCAAAACAAGAAATTTCTTTAAAAGTAAAATCACCAAGTGTTTATCCATATGAAATTAAAAACTGTGACGTTAAAGAGGAATGGCTAAAATCTTTAAGAAATTTAAATGTTTGTAGTCAAAAAGGATTAATTGAGAGATTTGATTCAACTATAGGTGGAGGAACAGTTCTTATGCCTTTAGGCGGGAAATATCAATTAACACCAGCAGAGGGCATGGCTGCTAAAATTCCTGTACTAGGAGGAGAAAGTAAAGATGCTTCTTTAATGACATATGGATTTAATCCATATTTAGGAGTATGGAGTCCATTCCACATGGCATTTTATTCAGTTATTGAATCAGTAACTAAAATAGCTGCTATGGGAGGAGATTATAAAAAAGTTAGATTAACTTTCCAAGAATATTTTGAAAAATTATTAAGAGATGAAGAAAAATGGGGCAAGCCTTTTTCAGCATTACTAGGAGCT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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_061426585.1|899023_902824_+	phosphoribosylformylglycinamidine synthase	A6N228	Microbacterium_phage	1.1e-33	25.0
WP_061426587.1|903133_903613_+	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase	A0A2P0VNU7	Tetraselmis_virus	2.6e-28	48.1
WP_061426589.1|903612_904320_+	phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase	M4SM18	Cyanophage	9.6e-48	44.3
WP_011009969.1|904341_905787_+	amidophosphoribosyltransferase	A0A1B1ISH6	uncultured_Mediterranean_phage	1.4e-56	33.0
WP_003453132.1|905787_906789_+	phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	A0A0E3FGG1	Synechococcus_phage	6.7e-71	49.0
WP_061426594.1|906776_907391_+	phosphoribosylglycinamide formyltransferase	M4QRX9	Synechococcus_phage	8.4e-24	35.6
WP_061426596.1|907403_908909_+	bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase	Q58MG4	Prochlorococcus_phage	6.8e-67	47.5

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP010994|1176335:1189334|DBSCAN-SWA
GATGTATAATGTCAGTATAAATAAAAGGGATGTAAAAAAGGATGTGAAAAATATGTTATCTAGTAAGAAAATAATAGATGATTATATTAAAAAAATAGATTGGAGAGTCAATGAAAATTCCAATTCACCATATAGTTTTGGTAGTCTCAATAAACATATAATAGCTGAGGTTTCTAAAGATTACTGGCTTAATGAAGTTTATAAGGATAAAAGAATAATAGATGCTTATAAAAATGGAGATATGCATATTCATGATCTAGGAGGATTAACACTTTATTGTTGTGGATATTCCTTAAGAAACATAATTTTAATGGGAGTACAGGGAATTCCTAATATTCCAACTAGTAGTCCTGCAAAACATTTTGATGCTATATTAAATCAAATAGCTAATTTGGTTACAATATATCAAAATGAGATTATGGGTGCTGTTGCTTTTAACTCATTTGATACATTATTAGCACCTTATATAAAGAATGATAATTTAACATATGAAGAGGTTAAACAAAACCTACAAAACTTTATATTTAGTATAAATAGTAATAGTAGGGCAGGGGCTGAACCAGCTTTCACTAATATTACCTTTGATCTTTTTCCACCAAAAGACTTAGAAAATGACCCTGCTTTAATTGGAGATAAAATTCAAGAGTTCACATATAAAGAATGTCAAAAAGAAATGGACATGTTAAATAAGGCATTTTATGAACTTATGAATGAGGGAGATTATAATGGAAGACCATTTTCTTATCCAATACCAACTTATAATATAAACAGTAATTTTGATTTTGATAACCCTAATAATGATATGTTATTTGAGATGACAGGGAAGTTTGGGTATCCTTACTTTGCAAACTTTGTTAATTCAGATATGGATCAAAGTGATGTAAGATCAATGTGTTGTAGATTAAATCTTGATTTAAGAGAGCTTAGAAAGAGAAATGGTGGTCTTTTTGGTAGTGGAGATAGTACAGGAAGTATAGGTGTTGTTACAATAAACTTACCAAGATTGGCATATAAACACAAAAATAATGAAAAAGAGTTTTTTAATGCTTTAAAAGAAATATTGATTATAGCAAAAGATAGCTTGGAAAAGAAGAGAAAATGGTTAAATGACAATATTATAAATAAAGATATGTTGCCGGCATTTTCAACTTATGTAGGGACTTTAAAAAATCATTTTAGTACTATAGGAATAGTTGGATTAAATGAGATGTGTGAAAACTTTAATGGAAATAATATATTAACTGAAGAAGGAATGGAGTTTTCAATAAAGGTTTGTAATTTCATAAGAGAAGAATTAATAAATTTTCAAGAAGAAACAGGAAATCTTTATAATTTTGAGGCTACTCCAGCTGAATCAACTTGTTATAGGTTAGCTAAAAAGGATGTAGAGGACTTTGAGGATATTATAGTTAGAGGGGGAAGAGAATATCCATACTATACAAACTCATGTCATATGCCACCTAATGAAGTTAAAAACTTAAAGCAATTATTTGATCACCAAGAGAAGCTTCAAGTGTTATTCACAGGAGGAACTGTGGTGCATATTTATTGCGATGGAGCTATAAGTGGAGAAAAGGCAAAACACATAGTAAAGACAGTTTGTAAGGAATATAGAACACCTTATGTAAGTATTTCTCCTTTAAATAGATATTGTGAAGAGCATGGATATGTAAAGGAAAGGGTAGAAGAGTGTCCTATATGTGGCAAAAAGCTAGATTTATATCAAAGAATAACAGGCTACTTAAGAAAAGTTGAATTCTTTAATGATGGTAAAAAATCAGAGTTTAAGGATAGAAATCAGCTAAGCCTATGATTATAAAAACAAAGGGCATTGTTCATGAGAGAGTAGAGGATGCGCCTTTTATGGGAGCATTAATAAGTGCAGTAGATTGTAATTTAAACTGTAAAGGATGCTTTAATCAACATTTAAAGGATTTACCAAACATAGAGATGGATTCAGAAGATATATTAGATGAAGTGACAAATGATCCTTTTAATGAAGGAATTATACTTGCAGGACTTGAATGGTCACTCCAACCTAAGGAGTTAAGGGAAATGGTTAATTCGGCAAGGAAGAGAAAACTTAAGGTTATAGTTTATTCAGGACTAAGTGAAGAAGATTTTAAGAAAAAATTCCCTGATATATATGGTTTAAAAGGAGAGATGTACTTTAAGTTTGGAAAGTATGATGAAAAATTAAAGGTGAATAATAATATTCAATATGATGTTAAGTTAGCCACATCAAATCAAAAGATATTAAAGAAATAAAGATAAAGAACTGTACTAAGTATTATATAGGTTTTGTATACTTTGGTATAGTTCTTTTATTTTGTAAAAATTATTTGGAATAATATTGTTAATTTACGTATTATAATACTAAAAAGTAATAAATAAAATACAACTATGGTTAAGGAAAGGGTGAGAATAAGTGAAAAAATATTTTTTAGTATTTACAGTGATTTTAATATGTATAATCATAGTAGGATGTAGTAATAATAAAGTAACTAAAATGGTTTATCAGGGAGAAAGTTTAAATTGGGAATCAACAATGAAATTTGTTAGCGATGATAAGTTTATGGTAAATATCAAGTATATAGGGGAAGAAGAGTTGCCTTTATATGTTACTTTCAATATTGAATACTTAGGGGATAATACTAGTGGAGGAGTTATGGAGTATGGTGAGTTAACTGAAAAAATAGGTGGATTTACTTTAGAAGAGAATTATGATAAAGAGGTACATGGTGATATATCAAAATATAAAAATAGAGATAAGTTAAATATAGTAATGAAATGGAATGACAAAGAAGAAACTATTGAGTTAAAGAAATTTTTAGATTAGATAATTATTTTAATATTATAAAAACTCAGCTATTACTGAGTTTTTTGTATTTTATAAAGAAATCTTTTAGTAGGTTTCTATAATATTATATCAATATAAATTTTTTAATTATCTTTATTTCTAGTTTTTCCTTTGATGAAATTTATTAAGCTAGATATAACTAATACTAAAAATAAAAAATACATTGTTAGGTAATTAAAGGATAATAGATCACCATTTCTATCAAAACCGAATCGGTATAATAAAAATGATATTGTTACTAATATGATAAAAATTAAATTAACTTTATTTTGGTATTTTATATTAATCTTTTCGTCTTTCATATAAAAGCTCCTTTTTTTAAGATTATTAAATATATTCTTGCATTAATTTTTAAAATTTTCAATTACATGTGTAAAACTGGCAATATTTTATGAATAATTGGGCAAATATAGAGTTTTATAGTGATTAAAAGTATGACATTGCTTACAACATATCTTTCAAATATGTAAGAATGATATTTCGCTATAAATGGCTAGAAATAAAGGATTTATATTGAATCGTCAAAAGTTTCGTCAAAAATAAATTTAAAAAATATTTTCTATAATAGAATGTGCTTTATTAAACATATCATTATTGACATGAGAGTATACTTTCATAGTTTGTTCTACTGAATGACCTAATATTTTTGCAGCAGTTTTAAAATCAACTCCATTAGCAATTAATTTAGTAGCGTATGTGTGTCTTAATTCATGAAGAGAAATGTTGAAACCATATTCTTTTAAAAGTATGTTTACTCTTGAAAGAATAGTGTTTTTACTTTTAAAATTGAAAACTCTATTATCTATATTTATTATAGTTTTATATTTTAATAGTTCTTCAGAAACTGAATTAGAAATGGGAATAATTCTAATTGAATTTTTACTTTTAACACTACCTAATCCCCATGAATTATCTTTTAGTATTTTCCATTGTTTATTAACACTTATTAGACAGTTATTAAAATCTATATCATTCCATGTTAGACCTAGAATTTCACCGATTCTCATACCTGTATTAACAGCTAAATATACTACTAGATAATATTTATTATTTTTAAATTTTAATAATAAATCGTTAATTTCATCATCATTCAGTGCCTTTTTCTTAGTTGGTATTGGTTTACCTATTTTTATATATTTACTTGGAACTTCATCTAGTATATTGTATTTAAATTTTGCACATAAAAATATGCTATTTAATATTTTTAAATAATATCTTATTGTATTATTATTAAGATGTTCCTTAGTCATATTATCTATTAATTTTTGTATATCTAAGTTAGTTATTTTGCAAAGTTCTTTGTCATTTAAATCTTGAAACCTATGAAGTACTGTTACTAAGCCGTCTATTGTCTTAGGTTCTTTATATAGCTTTTCGTGCTCTAGGTACATATCTGAAAAAGCTTTAAAAGTTATTTTCCCAAAACTATTATTGCTTGTTTTTATATTTTTCTTTAAATCTTGTAGCATCTTTTCAGCAATAGGTTTAGCTTCTTTTTTTGTCTTAAATCCTTGTTTAGATTTTTGCCTCCATTTTCCATTGTAATCCTTATAGCTTATTATAAATTGCCATCCTTTATCTTTTTGCCTATAAGTTACGTTATACTCCATATCTAACACCTCTTTAAAATTAAAATAAAATTTTTGAATGCGAATATATGTTCTATAAAATCTATAAAATAAACAGTTGAAAATCAACTGGTTAAAACATTTTACATATTCCTAATGATGGAATAAAGTATATTATGTAATTATCAATTTTATACATAACGCCATATTTAGCTCTGTAATAATCAATTGCTTCATCAAAGTATTCTTTAGTTACACCTAAAAAATCAGCTATTTCAAAAGCAGTTCTACAATTATTTTCAAAAGCGTTAATTAATCCAACTAAACCAACAGCTTTATCAAACCCCCAGCGCCTGGCAACTAATTCTTGTTTTTTATTACATATTTCAGTTTGATCAGTAATATCACCTAAATTTTTAATATAGTGTCCAAGTTCTTCAGCTAAAATACATGTTTTTTCTTTGGTATTTATATTACTATTAATAACTATTATATTATCAACACATTTTCCACAAGGTTTATCTGTGCCAAGATCAATTTCAATGACCTTAGCACCATGACATTCGGCTTCATACATTAATCTTTCGTATTTAGTCATATAAACCCACCTAACTTATTTGAGATTTTTTAAAGCTTCATTTATTTTTTCATTCATTAAAGCTTTTTCTTCATCAGTTAAATTGTCATCATGACAAGCTACTAAATAAGGAGTTTTTTGATTTTCTATTAGAGTAGCAGCAAATTCAGTATCTAAAGAATACTTAGGCATTTCTAATAAATCTTTAGTATATGAAAAAACTTTATCTTTTCCTAAATCATTAAGTTTTCTTAAGTCTTCTATATGTTGTTTTTCCTCTGTTGATAAATTAATTTCTGATGAATTAATTGAGTTTTCAGTTCTCTCTAGAGGAACATCATATCCCATTAACCAAGCTTCATTTACATTTAATGCTTTTGCTATCTTATATATATTTCTTTGTTTAGGTTCATATGTTCCAGATATATATGAACTTAAAGCTCCTTTAGATATTCCACTTATATTTACTAAATCAGCTTGCTTCATTTCTCTTAAAGCTAAACCTTCTTTGATTCTTTCTGATATTTTTTTCATATAAAAAACCTCCTTGTTTAAATATAATATATCAATTTTGTTCAGATAACGCAACAAAATAATTGAAATTTAATACAAAAAGTTTAGAAAACTAAAAAAGAGTATTGACAATAATTTCTGGTGAAGTTAAAATTGAGTTAAGAAAACTGAACAAAGGGGGTGAACAGATATGGCTTTTGATTATAGTAAGCTTAAAGGTAAAATAAAAGAAGTGTTTAATACTCAAGATAAGTTTGCAAATGCTTTAGGTATTGGAAGAGTGTCTTTAAGCCAACGTTTAAATAATTACTTAGATTTTTCACAGGCAGAAATATACAAATCTTGTGAAATATTAGGTATAGAGGAGAATAAAATTCCTGAATATTTTTTTACATTAAAAGTTCAGAAAACTAAACAAAATTAGTGGGGAGGTTAATAAATGAATAATTTAATGATTTTTGAAAACAAAGAAATAGAATGTGTGAAACTTTCTAATCAAAATGGACAAGTTGTTGTAAGCAGTAGACTTATAGCCAAAGATTTTGAAAAACAGCATAAACATGTGCTGGACTCAATAGAAGAAATTAAAAAAGGGCTAGCCGAAAAATCGGCAGACCTGTTTATAGAAAGTCAATACCAACATCCACAAAATAAACAGTGGTATAAAGAGTACTTAATGACTAGAGATGGATTTACATTATTAGCAATGGGTTTCAATGGAACTAAAGCTCTTCAATGGAAATTAAAATATATTGAAGCTTTTAATAAAATGGAACAAGCATTAAAAGAACAAAGTAAACCAACAAGTGCAGTTGATTTATTTGAAGCACAAGTACAAGCTTTCAAGGAAGTTAGAGGAGAAGTTCAAGAGGTTAAAAATGAACTTAAAGAATTTCAAGATGATTTACCTTTAATAGGTGCTGAACCAGAGGAGCTTCAAAAAGTAGTAAAAAAAGTAGGAACAAATGCTTTAGGTGGATATGGTAGTCCAGCATATAAAGATAAATCAATTTCCAATAAAGTTTATAAGAATGTGTGGAAGTTTGTAAAAGACCAGTTTAATGTTAGTACTTACAAAGCTATAAAAAGAAAGCATTTAAGCAAAGCTAAAGAGATAGCCGAGAATTATAAAGCACCATTTTATTTACAAGAAAAAATAGACATGCTTAACAATCAAAGTCAATTAAATATTTAGATATATTAGTAAGATTAACAAAATGGAAGGAGAGATTAGAATGGATAAATTAAATTGCCCAAGATGTAAGAATGAAGAGTTAAGGGGAAATGAAAATTATTGTCCTATATGTGGTTTGAATTTAAAAGAAGGAACTGCTCGAGAAGCATCAGTTCAAGAGCAGTTAATAAGTTTAATTGAAGGAATGTCTTTATATAAATGGGAGCAGTTAAAAAGCTGTATAGATAGAGAATTTAAAAGTCAAGCTAATAAAACTGCTTTCAAAAAAAGCAATACCTTCAAGAAAACTTTAGATTTGGAATTTACTCACTAACAACTTGAATTAATGATGGATGAATTCTGTAGTTTTTGTTATCATATTGTACATTTATGTAATCATATTCAAACATATCTTGAATTTCTTCATTAATATAAGTTAAGGGATTACGGTTGTGAAGTAAACCTTCATTAGTGATATCAATCCAATTTCCAAGTAAACATGCATATACACGTTTCATAAAACCACCACCTTTCATAATCTATTTCGACTTGGCAGAGCCGATACTTAAATTATAAAGGTTGGAAATATATAGGACAAGTATCAGTAAATAACACATCTTTCTGATACTAAGGGAATGAATAGTACAAGCTTTAATTAAAATCTCATTAAAGCTAAGGGTAAATAGTTTAAGGAGGAAATAGATATGGCACAACTATTAACACAAAAAGACTTAGCAGAACGTTGGCAAATGAGTGTTAAGTCTATTGAGGAATATAGAAAAGCAGGAATTATCCCTACTGTAGAAGGGATTCCTGCAATAAGATTTAATTTACAAACTATTTTGGAGCTAGAAGGAACTAAATTAGAAAGATTTAGTCCATTAGAACGTAGACGTATGGAAATGGAGTTAGATGAAGTAAAAGAAGAGAACCAAAAGTTAAAAGATATCTTAAGTAATGTACTAAGTAATTTAGCTCCAGTAATAAGTCTTGGAAAGGAGGTTTGATATGTTCACACCAGGAGGAAAAATAGTCTTTGGAATAATAACAACAGCAACAACTTTATTTTTAAGTGTTTATTTTTTAGATAAATCTATAAATGAGAAAGAGCCTAAAAAAAGTTTTAAGTATTTAATGTTATTTGTTGGATGTACTTTAAGTTTTATCTTTTCAATAAATGTATGTTAGGGGTGAGATTGTGAACTTTAAAGATATACAGAGTTTAAAGGCTAGACATAGTAAAGAAGAGTTTGAAAATATCTTATTAGCTGTAGAGCAGGATTTAAAATTTAATAATCTTAGATTTAAGAAACGTATATCAAAGAAAAAGTTTTTAGAGGTTCTTAACATAACAGAAAGTTTGTTTAGGAGGATTATATGAAGAAAGTAAATATAGGATGTTTAGTAACTGTAATAGGTTTAGTTATTATATGGTGTTTCTTTTACTATTTATCTTATAAGGTTTGGTGTTGGTTATGGACTTAGTAAAAGTATCAAAGAACATAGCTGATAGAGTACAAGAAAGGTTTAGCGATTTAAAAGTAGACAAGCCTTTAAGTAATTTAATAGAGGAAGAAATAAAAAGAGAGTGCATTGGCACCGACCAAAGTAACCAATGTACTCATAAAAAATAAATTTCAAAGAAAGTTTAACATAATAAATTTAAGGAGGCAAGTTATGATTAATATACCAGATTATTGTTATGAATACGGAAATGATGAAAAAGAGCCAAAAGTAGCTTTTGAGTGTAGTTGGTGTGGTGAGTGTATATATGTTGGAGATGATTATTACGATATAGGGGATATAAAAATGTGCTGTGAATGTAATGATGAATGTAAGTCAGTAGCAGAGGAGGGATTCTAATGGAAGAGAGATTAGAGTGGCTTAGAGAAAGACAGAAAGGAATAGGAGGCTCCGATATAGGAGCTATACTAGGATTAAATAAATATAAAACAGCTTTTGAAGTTTATTTAGAAAAAACAGAACCTATTTTAGAAGTAGGAGAGCAATCAGAATCAGCCTATTGGGGAGATCAATTTGAAGAAGTAGTTGCTAAAGAATTTGAAAAGAGAACTGGTAAGAAAGTAAGAAGAGATAGAAGGCACTTTCAAAATAAAGATTATCCATTTATGGTTGCTAACATAGATAGAAGAATTGTAGGAGAAAATTCAATTTTAGAATGTAAAACAGCTAATCAGTATTTAGCTAAGGAATGGGAAGAGGAAGAGGTACCTGCTAGTTATTTAGTACAAGTTCAACACTACTTAGCAGTTACAGGAGCAACTAAAGGATATATAGCAGTTTTGATTGGTGGACAAAAGTTTATTTGGAAAGAAGTTGAGCGTGATGATGAACTTATAGAATACATTATTGAAGCTGAAAAAGATTTTTGGAAAATGGTCAAAGACAAAACACCACCTGCATTAGATGGTTCAAGCGCTGCTGAGAAATGGGTTAATGAAAGATATAAAAAAGTTAATGAAGGTGAAGTTATAAACCTAGATTCATCATGGAAAGAGTTACTTAATAAAAGAAAAGAACTCAAAGAATATAAAGATAATGTAGAGCAAGAAATTAAAGAGATAGAGAACCAATTAAAGCAAAATATAGGACATGCAGAGTATGCTAATGCTCCTGGATATAGTATTAGTTTAAAACAATCCGTAAGAAAAAATTTAGATAGTTTAAAAATTAAAGAATTACTTAAGGATGATTATGAAAAATATTTAAAAGAAAGTATAAGCAGAAGATTAGTAATTAAGGAGGAAAAATAATATGGCAACAGCATCAAGTTTAAAAAATCAATTAGCAAAGAAGGGAACTGGTAATAGTTTATCAGTTGGAAATACAGTTAAAGGATTAATGGATAGTCCAACTATAAAGAAAAGGTTTGAAGAGGTATTAAATGAAAAGGCACCTCAATATATGAGTTCAATAGTTAACTTAGTTAATTCAGATACTAACTTACAAAAATGTGAAGGAATGAGTGTAATAGCAAGTTGTATGGTAGCAGCTACAATGGATTTACCTGTAGACAAGAATTTAGGATATGCATGGGTAGTTCCATATGGGAATAGAGCACAATTTCAAATGGGATATAAAGGGTATATTCAATTAGCATTAAGAACAGGTCAATATAAGTCTATAAATGTAGTTGAAATAAGAGAAGGTGAGTTGGTCTCATGGAATCCATTAACAGAAGAAATTGAGGTTGACTTTAGCAAACGTGAGAGCGATGCAGTAATTGGATATGCAGGATATTTTAAATTAATAAATGGATTTGAAAAGACAGTATTCTGGACCAAAGA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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MYNVSINKRDVKKDVKNMLSSKKIIDDYIKKIDWRVNENSNSPYSFGSLNKHIIAEVSKDYWLNEVYKDKRIIDAYKNGDMHIHDLGGLTLYCCGYSLRNIILMGVQGIPNIPTSSPAKHFDAILNQIANLVTIYQNEIMGAVAFNSFDTLLAPYIKNDNLTYEEVKQNLQNFIFSINSNSRAGAEPAFTNITFDLFPPKDLENDPALIGDKIQEFTYKECQKEMDMLNKAFYELMNEGDYNGRPFSYPIPTYNINSNFDFDNPNNDMLFEMTGKFGYPYFANFVNSDMDQSDVRSMCCRLNLDLRELRKRNGGLFGSGDSTGSIGVVTINLPRLAYKHKNNEKEFFNALKEILIIAKDSLEKKRKWLNDNIINKDMLPAFSTYVGTLKNHFSTIGIVGLNEMCENFNGNNILTEEGMEFSIKVCNFIREELINFQEETGNLYNFEATPAESTCYRLAKKDVEDFEDIIVRGGREYPYYTNSCHMPPNEVKNLKQLFDHQEKLQVLFTGGTVVHIYCDGAISGEKAKHIVKTVCKEYRTPYVSISPLNRYCEEHGYVKERVEECPICGKKLDLYQRITGYLRKVEFFNDGKKSEFKDRNQLSL

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_004458684.1|1178143_1178602_+	4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein	D9ZNH1	Clostridium_phage	2.2e-29	48.6
1178497:1178512	attL	NA	NA	NA	NA
WP_061426964.1|1178762_1179173_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003477284.1|1179739_1180804_-|integrase	site-specific integrase	B3GVW7	Streptococcus_phage	1.6e-33	33.1
WP_061426967.1|1180895_1181360_-	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	A0A0A7RVV2	Clostridium_phage	5.3e-39	52.0
WP_061426969.1|1181375_1181873_-	helix-turn-helix domain-containing protein	A0A2H4J4X9	uncultured_Caudovirales_phage	4.3e-18	57.0
WP_003477290.1|1182042_1182276_+	DUF739 family protein	A0A2H4JCQ4	uncultured_Caudovirales_phage	1.5e-13	54.3
WP_061426971.1|1182291_1183047_+	ORF6C domain-containing protein	D2IYT0	Enterococcus_phage	6.7e-31	37.7
WP_061426973.1|1183087_1183360_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003477294.1|1183349_1183544_-	hypothetical protein	A1BTY8	Staphylococcus_virus	1.7e-10	45.6
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1184174:1184189	attR	NA	NA	NA	NA
WP_061426979.1|1184224_1184407_+	hypothetical protein	I2E8Z1	Clostridium_phage	1.2e-07	48.3
WP_162467388.1|1184501_1184660_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061426980.1|1184703_1184889_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061426981.1|1184888_1185800_+	YqaJ viral recombinase family protein	A0A0A7RWR9	Clostridium_phage	7.1e-104	63.6
WP_061426982.1|1185801_1186671_+	recombinase RecT	A0A0A7RUP3	Clostridium_phage	1.3e-99	67.5
WP_075808075.1|1186688_1187399_+	GntR family transcriptional regulator	A0A0A7RTY6	Clostridium_phage	1.5e-32	60.0
WP_164790466.1|1187399_1187573_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061426984.1|1187888_1188374_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061426986.1|1188476_1188665_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_061426990.1|1188860_1189334_+	DUF722 domain-containing protein	Q0SPJ6	Clostridium_phage	1.0e-21	37.0

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP010994|1192549:1244086|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_061427004.1|1196808_1198011_+|capsid	capsid protein	M9Q2F2	Clostridium_phage	2.9e-206	89.2
WP_061427006.1|1198060_1198327_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427008.1|1198540_1199149_+	hypothetical protein	M9Q248	Clostridium_phage	2.5e-60	69.8
WP_061427010.1|1199172_1200078_+	hypothetical protein	M9Q2F4	Clostridium_phage	5.7e-170	99.0
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WP_003460286.1|1206663_1206930_+	hypothetical protein	M9Q1I4	Clostridium_phage	1.0e-39	97.7
WP_061427026.1|1206995_1207376_+	DUF1617 family protein	M9Q2L1	Clostridium_phage	2.9e-59	93.7
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WP_061427032.1|1213084_1213501_+	hypothetical protein	M9Q2G0	Clostridium_phage	2.7e-58	89.9
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WP_061427036.1|1214957_1215596_+	PH domain-containing protein	M9Q2L2	Clostridium_phage	7.0e-98	85.4
WP_061427038.1|1215765_1216197_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_061427040.1|1217226_1218225_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427042.1|1218260_1218731_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427044.1|1219537_1220323_-	phosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_061427046.1|1220679_1221777_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427048.1|1221974_1222493_+	ClbS/DfsB family four-helix bundle protein	NA	NA	NA	NA
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WP_061427052.1|1223893_1224631_-	sugar phosphate isomerase/epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_061427054.1|1224675_1225404_-	carbon-nitrogen hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427056.1|1225443_1226589_-	exo-alpha-sialidase	Q9III6	Frog_adenovirus	3.1e-19	29.4
WP_061427058.1|1227380_1228751_+	flagellin lysine-N-methylase	NA	NA	NA	NA
WP_061427060.1|1228868_1229162_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427062.1|1229440_1230061_-|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_003454100.1|1231157_1231550_+	DUF4440 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427064.1|1231878_1233033_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003474413.1|1233179_1233491_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427066.1|1233685_1235449_+	AAA family ATPase	K4I1H4	Acidithiobacillus_phage	8.5e-45	36.5
WP_061427068.1|1235452_1236766_+	McrC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004457141.1|1237014_1237398_+	SdpI family protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427070.1|1237488_1238046_-	flavin reductase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427072.1|1238781_1239564_+	DUF1311 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427074.1|1239581_1241255_-	DNA mismatch repair protein MutS	R4TVC0	Phaeocystis_globosa_virus	8.2e-13	24.5
WP_061427076.1|1241425_1241728_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427078.1|1242116_1243064_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427080.1|1243282_1244086_-|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP010994|1516900:1580599|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_061427526.1|1519260_1519605_+	hypothetical protein	Q8SBM3	Clostridium_phage	6.3e-21	45.9
WP_061427528.1|1519619_1519808_+	hypothetical protein	I2E8Z1	Clostridium_phage	2.0e-08	54.4
WP_061427530.1|1519899_1520640_+	hypothetical protein	Q0SPI3	Clostridium_phage	1.3e-42	43.8
WP_061427533.1|1520654_1521044_+	hypothetical protein	I2E8X6	Clostridium_phage	4.2e-45	65.1
WP_061427535.1|1521040_1521385_+	hypothetical protein	Q0SPI5	Clostridium_phage	2.6e-35	71.1
WP_061427537.1|1521393_1521765_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427539.1|1521862_1522267_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427541.1|1522437_1523175_+	hypothetical protein	Q0SPI6	Clostridium_phage	1.7e-63	52.6
WP_061427543.1|1523227_1523500_+	MarR family transcriptional regulator	I2E8X8	Clostridium_phage	1.7e-21	54.3
WP_061427545.1|1523512_1523695_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427547.1|1523709_1523958_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158024734.1|1523938_1524100_+	hypothetical protein	I2E8X9	Clostridium_phage	5.4e-15	68.8
WP_061429431.1|1524125_1524341_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427549.1|1524391_1524619_+	hypothetical protein	Q8SBL6	Clostridium_phage	8.1e-25	80.6
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WP_061427553.1|1524969_1525275_+	hypothetical protein	I2E8Y1	Clostridium_phage	3.9e-06	42.3
WP_061427555.1|1525267_1525456_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427557.1|1525467_1525794_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427559.1|1525798_1526074_+	hypothetical protein	Q0SPJ2	Clostridium_phage	5.4e-39	78.9
WP_061427561.1|1526108_1526591_+	hypothetical protein	I2E8Y5	Clostridium_phage	6.3e-51	60.6
WP_061427563.1|1527088_1527391_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427568.1|1527411_1528218_+|terminase	terminase small subunit	E5DV49	Deep-sea_thermophilic_phage	4.2e-47	41.9
WP_158024735.1|1528217_1528391_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427570.1|1528390_1529092_+	HNH endonuclease	B3TJN8	Lactococcus_virus	3.1e-06	40.8
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WP_081109976.1|1529641_1531288_+|terminase	terminase large subunit	A0A290GJW3	Caldibacillus_phage	1.2e-77	33.8
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WP_061427581.1|1532520_1533144_+|head,protease	HK97 family phage prohead protease	A0A0F7L115	uncultured_marine_virus	6.5e-24	47.4
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WP_061427585.1|1534521_1534803_+|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	A0A2H4J6E5	uncultured_Caudovirales_phage	5.5e-07	39.6
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WP_061427597.1|1537023_1540590_+|tail	phage tail tape measure protein	E2ELJ5	Clostridium_phage	1.1e-54	37.5
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WP_081109940.1|1541292_1544289_+|tail	phage tail protein	B6CXF5	Clostridium_phage	7.4e-174	58.7
WP_061427601.1|1544281_1545193_+	hypothetical protein	M9Q2I5	Clostridium_phage	9.8e-53	56.0
WP_061427603.1|1545200_1547516_+|plate	BppU family phage baseplate upper protein	I2E8W5	Clostridium_phage	5.3e-71	34.7
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WP_170869544.1|1547769_1547943_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081109942.1|1547942_1548383_+|holin	phage holin family protein	Q8SBN5	Clostridium_phage	4.6e-48	83.6
WP_061429434.1|1548490_1549243_+	DNA adenine methylase	Q0SPG6	Clostridium_phage	4.2e-110	76.1
WP_061427607.1|1549334_1550474_+	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	M9Q1I7	Clostridium_phage	4.2e-170	74.9
WP_061427609.1|1550748_1551210_+	hypothetical protein	I2E8X1	Clostridium_phage	4.3e-33	61.4
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WP_061427617.1|1553692_1554940_+	Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_061427619.1|1555197_1556193_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427621.1|1556486_1558397_+	FUSC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_057257757.1|1558699_1560154_-	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
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WP_003448694.1|1561800_1561971_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427623.1|1562284_1563304_-	lactonase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427625.1|1563504_1565445_+	TetM/TetW/TetO/TetS family tetracycline resistance ribosomal protection protein	A0A1S5SF82	Streptococcus_phage	7.4e-66	29.8
WP_003456301.1|1565607_1565961_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427627.1|1566067_1568065_-	KUP/HAK/KT family potassium transporter	M1IAJ4	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	4.2e-64	34.8
WP_003448431.1|1568385_1568898_-	ferritin	NA	NA	NA	NA
WP_061427629.1|1569047_1569866_-	AraC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_061427631.1|1570026_1571859_+	family 20 glycosylhydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003448417.1|1571976_1572444_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427633.1|1572564_1573347_-	Tim44 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427636.1|1573463_1574885_-	spore germination protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427638.1|1575108_1576617_-	YfcC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427640.1|1577018_1578890_+	PAS domain-containing sensor histidine kinase	A0A2K9L5I4	Tupanvirus	3.5e-12	22.1
WP_081109943.1|1578923_1579658_-	hypothetical protein	A0A0U2S5Z2	Escherichia_phage	2.5e-35	38.0
WP_061427642.1|1579852_1580599_+|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP010994|1600963:1621559|DBSCAN-SWA
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MLENIQKLKCALYVRTSTTEQKDSLELQARYKNNNFKIDKIYSEEVSGRDILKRPEQIKLLNDCGIEVTSVQKQAIFTLNDKPPLYDCIIVSNTSRWGRNVVQVKQIVEALHKKNVKLWFDDLSKFSDSKDLSLTLDMLFVLDENYSQTISQKVKSAMDKRKKEGYILTNGRLIGYDKSKEGTLVKNKDSDMVKSIFEDYVYENLAIRKLAEKYNLSTSTITTLLKNIKYAGFMAYGIKEYGWDFSKLEIVKTDKIEPIITEELFWKVQDIRRSRSRIVEGSKNTRNKIGVNNKTHSLSSKILCTNCGKNFHYKDRGYWICGTHSKYPKKCDMPTMRENKIINYLKSPYGLKAIKNGLEVRLEGELNKLQLENTEPIKRNLKEFKEKSSKLLDLYMDSLIDKNTFEKRNNILKNKIDKLENELKRYNDKENYRIKLLELKKEAKRFLDEYEEILDSNKPEKIFDRVFKIEVDKIIDIKKGKEVSYVKNIRFKDFKVLEDYQLFNQFTNIEDVLEYRK
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MLDLTRTKSYLQVDFEDDDDFINLLVNASYIYLQNCTGKDFSQINNSLADLFCLALIKECYDNRDLTVAKAGDKLRHVMQSILIQLTYN
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MIDEKKIAILDYKNKEGKIEKVELTTDFKAFKKLNKITGNAFDIMTKFIYNENGERLEVLPILIQAMANKDLTIEEIEDQWLGMSWDRVTTTCNIILALMNSEMIKEQIDNIEIKNMETPVE
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MDKQKEIRKIIANDLETRTEENSNEKIISGYINKFNTRSQYMGFYEEVSEGAFNRTLADGHNIYAMYNHDSNMILGSTRSGSLKLNVDNIGLHFELRINPNISYANDLYELVKNGDIEGCSFGFYVLDDVWSYTEDKIDLRTIKEVELIECTITPFPAYLDSEASCRSFELHSKKIDELLRQKELKRKLELELELI
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MIKTDKNVVTGLESIYISEDLGDSYGELIKLSGSREFNLTINRVTEQITMGKNISKTIKDKIVDASINLDFVNIPIEIAAKLEGSTLDENGGYATKVNSNKHNFAIMLVRTDNKNLREVLILYNCRIHTNNISGSTKNKEINFKTVQMDATAIAKENGLFKYTIKENLNNKVFIDSMLNKLYIPK
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MRDLVFILNNIDNDKKVTLNINSYNSLLLYLEQLNDKKVKEKYNYITIIGIEEIYKYCRKTLENSYNDNVENEIVNNMADNIINIIDNLGYEITYHNLEKGC
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MNFKAKLRKDLLDDRILKFISKEKVYWLQSPSPSDLWIVYQIYNEKESFYVDNSNNARVYYIQVDIYTKDDYTDLEEIIRTVLKEKGYNLGTCADLYEKETGLYHKAMRFVYTDIL
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MKRIKEFLITNIAEILVFFSLFIFIICNLFINVLFGLYSLAIILFLVGLLLAKLKASNINGR
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MGIIFKKPQGGSGRVNVSIDKGQFLATENQTSFVIQNTISTNNLLMIHVNNLYLEKDINYSISEDSISGTTTITLPNLKLNDAISWILIKVGDTPIKPEVKQAICGTFKCGTMVCGQGLGANTVNELDDIFISKSSLSEEFLKQFG
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MSYENLANLIFPNIDKTPEYYFEKYPKRDLKEGAKVLRYAPSPTGFQHIGGVFASLINERLAHQSGGIFYLRIEDTDQKREVEGAIDDTIKTMHNFGMDFDEGITGENSEKGAYAPYKQSQRADIYRAFVKDLLRKGLAYPCFMTSEELEALREKQIAEKLTPGCYGEFAKYRDLSPEEAIKRIEVGESYVIRMKSPGNPEKRVVAHDMIKGEVSFPENLQDVVIIKGDGLPTYHFAHAIDDTLMRTTHVIRGEEWLSSLPIHLQMFEVLGVEAPKYAHIPTIMKMDGSSKRKLSKRKDPESAVSYYSEKGYPSQSVIEYLLNIINSAFEEWRAENPDADYHDYKVELDKMSKSGALFDLVKLNDVSKDVICKMKPEVVYDLYTNWAKEYDKEMYDLVTSKEAMMKEVFNIDKEGPKPRKDFAKWDEVREKIFYFFDELFDKETANDVELPKTLELEEAKRIIEAYEKAYNFNTDKDTWFSDLKEVAVELGYATDRKKYKKNPEEYKGMVSDVAGAVRAALTHRANTPDLYTIMQIMGEEAVRERFKKFLAL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_081109944.1|1601602_1602106_+|terminase	phage terminase small subunit P27 family	A6M947	Geobacillus_virus	3.2e-29	42.7
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WP_061427693.1|1604092_1605277_+|portal	phage portal protein	D6R3Y6	Bacillus_phage	9.7e-61	36.8
WP_061427695.1|1605254_1605845_+|head,protease	HK97 family phage prohead protease	Q8SBP9	Clostridium_phage	1.6e-35	46.7
WP_061427697.1|1605899_1607015_+|capsid	phage major capsid protein	Q2I8F7	Bacillus_phage	1.4e-29	28.9
WP_061427699.1|1607061_1607331_+|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	A0A0A7RWM0	Clostridium_phage	5.9e-14	44.9
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WP_061427704.1|1607669_1608023_+	HK97 gp10 family phage protein	A0A0A7RUF1	Clostridium_phage	1.1e-15	41.4
WP_061427706.1|1608022_1608373_+	hypothetical protein	A0A0A7S158	Clostridium_phage	4.3e-17	39.3
WP_061427708.1|1608418_1609006_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427710.1|1609089_1609458_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_057232758.1|1609541_1609730_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427712.1|1609746_1613082_+|tail	phage tail tape measure protein	A0A0A7RVT5	Clostridium_phage	4.4e-66	42.5
WP_061427713.1|1613140_1613698_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427715.1|1613712_1614153_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427717.1|1614213_1614441_+|bacteriocin	bacteriocin	A0A249XXC7	Clostridium_phage	4.2e-13	59.6
WP_061427719.1|1614521_1614830_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427721.1|1614884_1616438_+	recombinase family protein	Q2XVV3	Bacillus_phage	2.6e-13	22.9
WP_061427723.1|1616874_1617546_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427725.1|1617561_1619241_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061427726.1|1619900_1621559_+|tRNA	glutamate--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP010994|1798707:1850213|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_6

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MGFFIWNIYNKMSLTLDEVTKTNSELVLTNSSLIKNMDNKIDKLEEKVDKVVDNIGK
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_061427998.1|1817196_1817952_-	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2K9L0W2	Tupanvirus	4.8e-13	26.8
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WP_003452107.1|1820897_1821620_-	precorrin-3B C(17)-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_061428004.1|1821774_1822773_-	cobalt-precorrin 5A hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_061428006.1|1822775_1823531_-	precorrin-4 C(11)-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003452129.1|1823581_1824244_-	cobalt-factor II C(20)-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_061429441.1|1824243_1824837_-	precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (decarboxylating) subunit CbiT	NA	NA	NA	NA
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WP_061428010.1|1825495_1826593_-	cobalamin biosynthesis protein CbiD	NA	NA	NA	NA
WP_003452122.1|1826610_1827240_-	precorrin-8X methylmutase	NA	NA	NA	NA
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WP_061428034.1|1841941_1842295_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_061428036.1|1842288_1842714_-	HK97 gp10 family phage protein	A0A0A7AQU9	Bacillus_phage	3.6e-10	37.4
WP_061428038.1|1842716_1843016_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

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MFKKILAIISTVTVLSFAGCGAQKNNISKSSAESEYSGMSVTYLNVGQGDSELIQVNGINMLIDAGTNAGANDLVKDLKNRGIKTIDIAIATHPHEDHIGGMDEVLENFDVKSFYAPKVAHTTKTYENMLKAVKNEGLKIKQIKEGTKIDLGKDTEVQVYSPVKSQYEELNNYSPVMKISYGQNSFMFTGDAESLVEKEILSENKDLKADVLKLGHHGSHSSTSEEFLKAVDPSIAIVSCAKDNKYGHPHKETMSNLKKAGITVYETFRDGDITISSNGKKLDVKLHSENK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_003457168.1|2204063_2205101_-|tRNA	tRNA 2-thiocytidine(32) synthetase TtcA	A0A0U2S5Z2	Escherichia_phage	5.4e-31	36.0
WP_003457144.1|2205299_2205569_+	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_061428543.1|2205585_2206938_+	PFL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_061428544.1|2207149_2207653_-	QueT transporter family protein	E7DN70	Pneumococcus_phage	3.2e-13	36.5
WP_061428546.1|2207977_2208853_-	MBL fold metallo-hydrolase	Q332C0	Clostridium_botulinum_C_phage	4.8e-65	50.2
WP_061428548.1|2209021_2210344_-	sensor histidine kinase	X5JAC0	Clostridium_phage	2.8e-72	38.0
WP_061428550.1|2210337_2211048_-	response regulator transcription factor	A0A2R2ZGH8	Clostridioides_phage	1.5e-32	32.2
WP_061428552.1|2211186_2212200_-	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	Q8SBN4	Clostridium_phage	3.5e-120	64.4
WP_061428553.1|2212297_2212585_-	thiamine-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_061428555.1|2212808_2213822_-	DUF348 domain-containing protein	A0A143FMI2	Bacillus_phage	3.5e-19	52.0
WP_061428557.1|2214246_2215545_-	uracil permease	Q9KX94	Enterobacteria_phage	1.1e-68	39.0
WP_061428559.1|2215731_2217315_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A1V0SGN0	Hokovirus	2.1e-42	25.2