Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
---|---|---|---|---|---|---|---|
NZ_CP016931 | Yersinia enterocolitica strain YE165 chromosome, complete genome | 0 crisprs | DEDDh,DinG,cas3 | 0 | 0 | 11 | 0 |
NZ_CP016933 | Yersinia enterocolitica strain YE165 plasmid unnamed2, complete sequence | 0 crisprs | csa3 | 0 | 0 | 1 | 0 |
NZ_CP016932 | Yersinia enterocolitica strain YE165 plasmid unnamed1, complete sequence | 0 crisprs | NA | 0 | 0 | 1 | 0 |
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
254978 : 336097
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP016931|254978:336097|DBSCAN-SWA 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54 | Planktothrix_phage(66.67%) | protease,bacteriocin,transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
615304 : 725679
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP016931|615304:725679|DBSCAN-SWA 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92 | Cronobacter_phage(50.0%) | protease,terminase,tail,tRNA,head,holin,capsid,integrase,transposase | attL 604160:604177|attR 696535:696552 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
1093178 : 1177227
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP016931|1093178:1177227|DBSCAN-SWA 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60 | Escherichia_phage(23.53%) | transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
1195523 : 1277659
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP016931|1195523:1277659|DBSCAN-SWA 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93 | Salmonella_phage(17.65%) | plate,terminase,tail,head,holin,capsid,integrase,portal,transposase | attL 1188011:1188025|attR 1205939:1205953 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
1449015 : 1494377
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP016931|1449015:1494377|DBSCAN-SWA 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66 | Escherichia_phage(30.23%) | protease,plate,terminase,lysis,integrase | attL 1446429:1446443|attR 1457642:1457656 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_6 |
1655289 : 1696215
Sequences of DBSCAN-SWA_6
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6 >NZ_CP016931|1655289:1696215|DBSCAN-SWA 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61 | uncultured_Caudovirales_phage(30.77%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_7 |
2040211 : 2052875
Sequences of DBSCAN-SWA_7
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7 >NZ_CP016931|2040211:2052875|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7 >NZ_CP016931|2040211:2052875|2047836_2048208_-|WP_005177865.1|DBSCAN-SWA MAAATIQGLIQRLTQNTGYSARLSLARTANILIDSPYQPDDINLKTSSATTEDYQLQPEMTYWGPALRLRAPLSFNNPMVLGACRLSSWQRYCAVASINRHLTGAGSIAPEKTVQVIDVITEM >NZ_CP016931|2040211:2052875|2050172_2052875_+|WP_057618704.1|DBSCAN-SWA MTKFQKTGTARSNNNKKPFTIALEAKNSLDQTLSKLNANLNGLTEEDARERLELYGLNEVAHEKAPAALIQLLAAFNNPFIVVLMILAAISFVTDYWLPLQRGEETDLVGVSIIVTMVLISGLLRFWQEYRTNKAAEALKSMVRTTATVLRRSSHSAQPAKQEIAIKQLVPGDIILLSAGDMIPADLRLIKSRDLFISQAILTGEAIPIEKYDAMGAIAPKSVEADASSESELLELSNICLMGTNVASGTAMAVVVATGGHTYFGSLAKSIVGNRAQTAFDRGVNSVSWLLIRFMLVMVPIVLLINGFTKGDWGEAALFALAVAVGLTPEMLPMIVSSNLAKGAIAMSRRKVLVKRLNAIQNFGAMDVLCTDKTGTLTQDRIILEHHLDARGSNDGRILQLAWLNSFHQSGMRNLMDQAVIKFSRGKPEIDALRSFNKVDELPFDFIRRRLSIVVKDEQQHQTLICKGAVEEMLSICTHVREGDAIYPLDETRRTSLLALATQYNEDGFRVLLLATRELGTQLSELPLNIDDERELVVQGLLTFLDPPKESAKAAIAALRENGVAVKVLTGDNPIITAKICRDVGLEPGEPLSGLDIENMDDVTLAREVELRTVFTKLTPLQKSRVLKVLQSNGHTVGFLGDGINDAPALRDADVGVSVDTGTDIAKESADIILLEKNLMVLEEGVIKGRETFGNIIKYLNMTASSNFGNVFSVLVASAFIPFLPMLAIHLLLQNLMYDISQLSLPWDKMDKEFLRKPRKWDAKNIGRFMLWIGPTSSIFDITTFALMWFVFAANSVEHQALFQSGWFIEGLLSQTLVVHMLRTQKIPFIQSTAALPVLLTTGVIMAIGIYIPFSPLGTLVGLQPLPWKYFPWLAGTLISYCVVAQLMKQFYIRRFGKWF >NZ_CP016931|2040211:2052875|2045849_2047589_-|WP_013649692.1|DBSCAN-SWA MKRGSTHKPLDIKITPEHNKDTKVFFVNNMRLVTLFIAILAGILLLFAAAIGTSGYFLKQSNQSLEEATQELDIRLGLSNSSNHLRTARLILIQAASSARIGDATGYQQGLKNAENRISQSQQMFDLYYNRPIKSETDTALDGPLKKAYEQYRDDGMKLMLEATKEGHFEEVISLEAEKLNQLDDAYNEPLLKAVKYRTERANEINQSAQQEARLGYMLMGGAFILAILLTLIAFLVISKVIIKPINRLVERIQRIAQGDLTQHPAPFGRNEIGVLGNNIQQMQDSLSSTVEAVRSSAESIYQGSSEIALGNTDLSARTEQQAASLEQTAASMEQLTATVKQNAENAHHASQLAANASGKAAQGGDIVNDVVSTMDKISLSSMKIAEITNVINSIAFQTNILALNAAVEAARAGEQGRGFAVVASEVRNLAQRSADAAKEIESLIEVSVDLIGDGSILVSDAGKAMNEIVTAVTHVTDIMGEIASASDEQSRGISQVAQAVSEMDNVTQQNASLVQEASAAAASLEQQAEILTQAVAVFHLNGRNPAPALKTPAPTSIGQNKTGGNKKPTDDSLNWETF >NZ_CP016931|2040211:2052875|2043542_2044577_-|WP_005164513.1|DBSCAN-SWA MKPKSATLDDVARQAGVSYQTVSRVLNQAPHVSLKTRHKVELAMVELNYVPNRVAQQLAGKHSLTLGLATTDLSLHAPSQIAAAVKRKARELGYNVVIAMADDHSEHACQLAINELLAQRVDGILVNVPLKPKRSQKITEQCADTPVLFLDVDPQSAAFSVLFDPKIGAIQGANHLIALGHQQIVLIGGPQDAISAQLRHQGWLQALNNASLTPQAVYYGEWSALSGYQATQKLIASNTPFSAILVANDQMALGVLRALHEINVDIPREVSVIGYDDTADSAYFQPPLTTIRQNFRLLGEECVSRLIVRLHHTIEPPSHSLSLATELIIRQTTAPVNPSWHKNE >NZ_CP016931|2040211:2052875|2045479_2045716_+|WP_071530598.1|DBSCAN-SWA MLYYTSSIDLIEGNVMKVNDRVTVKTDGGPRREGVVLEVEQFSEGVMYLVSLEDYPAGVWFFNEIDSHDGTFVEPLHK >NZ_CP016931|2040211:2052875|2048454_2048694_-|WP_005177868.1|DBSCAN-SWA MKISQTATMIHQLWSSLGYAYLPDTSLLFTGEGQLPSVFPVTSLACASIATAGLAVAALIEAKHGLYPQVTVDQRLASL >NZ_CP016931|2040211:2052875|2049245_2049956_+|WP_072087318.1|DBSCAN-SWA MERIMALTPFVVNLLLAMCLGSLIGAERQWRQRMAGLRTNALVATGAAVFILSSYATSPDSPGRIAAQVVSGIGFLGAGVIMREGMNIRGLNTAATLWCSAGVGVLCGLGLYWNAVVATAVILCANILLREAAQRINMQPQQQAVDLEVRYRIQVTCGAEDEVLVRTLILQALNGVALRLQSLCSADIAKPGQLEVCAEIMATPAAQKEIESIVCRVSLERSVSAIHWRIASELPV >NZ_CP016931|2040211:2052875|2040211_2043364_-|WP_049526354.1|DBSCAN-SWA MTAQQEVKPQATPALSQILFRRDWENPQITQYNRLEAHPPFYSWRHLDAAQNDTLSPQRQLLNGQWSFSYFTQPESVPDEWVDHDLPEAVSMPVPSNWQLHGYDIPIYTNVQYPIPVDPPRVPQNNPTGCYSYNFTLEPDWLLSGQTRIIFDGVNSAFYLWCNGRWVGYSQDSRLPAEFDLTPYLKAGNNRIAVLVLRWSDGSYLEDQDMWRMSGIFRDVSLLHKPDIHLRDIHISTHISPEFSSAHLEVMAAVNIPPLDINNSQVTRAYQIQVQLWLADSLVASLRQPLGTQPIDERGHYTDRTHLSLRVEHPLLWSAEQPALYRAVVSLLDSQQKLIEAEAYDVGFRQVAIHQGLLKINGKAVLIRGVNRHEHHPQTGQAIDEESMLQDIILMKQHNFNAVRCSHYPNHPLWYRLCDRYGLYVVDEANIETHGMQPMGRLADDPQWFSAFSERVTRMVQRDRNYPCIIIWSLGNESGHGATHDALYRWIKTNDPTRPVQYEGGGANTQATDIVCPMYARVDEDQPFPAVPKWAIKKWIGLPNESRPFILCEYAHAMGNSFGGFARYWQAFRQYPRLQGGFVWDWVDQSLTRNDENGQPYWAYGGDFGDSPNDRQFCMNGLVFPDRTPHPSLYEAQCAQQFFQFSLVSTSPLIINVTSEYLFRNSENEHLYWRIELAGKSVLEGSFPLDLLPESTQQFSLAERLPTISGPGDLWLNVEVRQVEETPWSPSNHRCAWFQWRLPHSLAVLSRGLSDSATSNNLKFHQDTQHITVTHQQQHWQFNRQTGLLEQWCVGGENRLLTPLRDQFVRAPLDNDIGISETTRIDPNAWVERWKKAGMYQLEQRCLSLHADTLSQAIQISAEYIYEFAQEQLLHTHWLYRFDQQGRMTIDVRVQVATSLPSLARVGMCCQLSDVYENVEWLGLGPHENYPDRHLSAQHSHWSQPLDQMHTPYIFPSENGLRCNTSMLSYGNWQLTGQFHFGISRYSTQQLMAASHQHLLRSEAGTWLNIDGFHMGVGGDDSWSPSVHADNLLTNEIYQYQVCWQYKDSI >NZ_CP016931|2040211:2052875|2045058_2045271_+|WP_002210893.1|DBSCAN-SWA MSNMMKGQVKWFNESKGFGFITPADGSKDVFVHFSAIQDQGFKTLAEGQNVQFSIENGAKGPSAANVTAI |
9 | Vaccinia_virus(16.67%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_8 |
2101941 : 2198052
Sequences of DBSCAN-SWA_8
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8 >NZ_CP016931|2101941:2198052|DBSCAN-SWA 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98 | Salmonella_phage(40.0%) | plate,tail,head,holin,lysis,capsid,integrase,portal,transposase | attL 2156247:2156306|attR 2189227:2189349 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_9 |
2337253 : 2355764
Sequences of DBSCAN-SWA_9
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9 >NZ_CP016931|2337253:2355764|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_9 >NZ_CP016931|2337253:2355764|2349703_2350033_+|WP_050294075.1|DBSCAN-SWA MKDYSAMSDFEINKAVGELTGEATSTEPTFEMVIRNANGRRFNPCKSIDDAWKIIAENRINVEWHEMKDDTFKPYALSNETMIGYYDDSALRAAMIVFLMMKDRESSHG >NZ_CP016931|2337253:2355764|2346385_2347240_+|WP_069018077.1|DBSCAN-SWA MIMLSYVEEIAKLETSLENIKKPAAVIEGTVFEYRQAICDTHGEFQQLVRSMKSLGSLQTKTSCPSCLMEKLQSLKEKQAGEDARVKQANIKRLMVDLQLPDRFASATLENYHPQNDEAARCLHVCKAYASKWKERLKQGGGMVMTGKPGTGKNHLALAIAKYVITEHQSSALFTTALRVARKFKSSWGKNAEVTEQEVIEAYTNPDLLIIDEVGVQFGSESEKLILFEIINTRYEKMRPTILISNLPKDELSAFIGERVIDRMNDGGGCTLAFTWDSYRSRAA >NZ_CP016931|2337253:2355764|2351139_2351775_+|WP_050156987.1|DBSCAN-SWA MITKLPNHRNCKVCKTRFKPDRVETWWCCPEHKEEYCILLYRKDRERRQKKKSVADKQLAKTQKDELKARREKLKTKPQRMAEAQAAFNKYVRLKYLGVPCISCGRYPEQKYGGTMECGHYRSRGAAPHLRFNLHNTGSQCVYCNRHLSGNVAGFRIGLIERDGLDKVQEVDSNHETRKFDIPYLIRIKTIFTKKAKMLEKRRSHFQEVAA >NZ_CP016931|2337253:2355764|2344326_2344521_+|WP_042562436.1|DBSCAN-SWA MNKMTLADYAEIHGQAKAASDFGVIQCAISKAIRAGRHIVVTVMPDGTVKGEEVRPFPSNKKAA 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33 | Enterobacteria_phage(33.33%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_10 |
2563699 : 2623153
Sequences of DBSCAN-SWA_10
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10 >NZ_CP016931|2563699:2623153|DBSCAN-SWA 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54 | Bacillus_phage(28.57%) | coat,protease,transposase,tRNA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_11 |
2745294 : 2805477
Sequences of DBSCAN-SWA_11
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11 >NZ_CP016931|2745294:2805477|DBSCAN-SWA 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44 | Escherichia_phage(26.67%) | integrase,tail,transposase,tRNA | attL 2732529:2732543|attR 2805996:2806010 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
DBSCAN-SWA_1 |
25926 : 33708
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP016933|25926:33708|DBSCAN-SWA 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9 | uncultured_Caudovirales_phage(57.14%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_1 |
34336 : 84784
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP016932|34336:84784|DBSCAN-SWA 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40 | Macacine_betaherpesvirus(20.0%) | transposase,integrase | attL 29720:29735|attR 101144:101159 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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