CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP016710	Lactococcus lactis subsp. cremoris strain UC109 plasmid pUC109D, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP016712	Lactococcus lactis subsp. cremoris strain UC109 plasmid pUC109F, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP016707	Lactococcus lactis subsp. cremoris strain UC109 plasmid pUC109A, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0
NZ_CP016708	Lactococcus lactis subsp. cremoris strain UC109 plasmid pUC109B, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0
NZ_CP015907	Lactococcus lactis subsp. cremoris strain UC109 chromosome, complete genome	1 crisprs	cas3,DEDDh,WYL,csa3,DinG	0	0	11	0
NZ_CP016709	Lactococcus lactis subsp. cremoris strain UC109 plasmid pUC109C, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP016711	Lactococcus lactis subsp. cremoris strain UC109 plasmid pUC109E, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NZ_CP015907

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP015907_1

• CRISPR_ID: NZ_CP015907_1
• CRISPR_location: 2101731-2101826
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP015907_1

Consensus_repeat	Method
TCTTCCTCAATCTTCCCAATTCTT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP015907_1

>1.1|2101755|48|NZ_CP015907|CRISPRCasFinder
CCCAATTCTTTTAAAATAAACATTTACGCAAGTTATACTTAGTAATAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP015907_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP015907_1

>merge|NZ_CP015907|1|2101731-2101826|CRISPRCasFinder
TTTGCCAGAATCTTCCTCAATCTTCCCAATTCTTTTAAAATAAACATTTACGCAAGTTATACTTAGTAATATTCTTCCTCAATTTTCCCAATTCTT

>NZ_CP015907|1|1|2101731-2101826|CRISPRCasFinder
TTTGCCAGAATCTTCCTCAATCTT	CCCAATTCTTTTAAAATAAACATTTACGCAAGTTATACTTAGTAATAT
TCTTCCTCAATTTTCCCAATTCTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP015907.1|WP_015082897.1|2098555_2101660_-|DNA/RNA-helicase-SWF/SNF-family	unknown	unknown	gnl|CDD|350770
NZ_CP015907.1|WP_041931833.1|2097739_2098339_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015907.1|WP_015082892.1|2090058_2091123_-|ornithine-carbamoyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|179366
NZ_CP015907.1|WP_015082894.1|2095589_2096048_+|arginine-repressor	unknown	unknown	gnl|CDD|130592
NZ_CP015907.1|WP_041931764.1|2102619_2102880_+|IS3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225511
NZ_CP015907.1|WP_015082890.1|2087384_2088329_-|carbamate-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|237071
NZ_CP015907.1|WP_011677121.1|2106813_2107596_+|CPBP-family-intramembrane-metalloprotease	unknown	unknown	gnl|CDD|376806
NZ_CP015907.1|WP_011677119.1|2105573_2105903_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|227933
NZ_CP015907.1|WP_015082893.1|2091288_2092521_-|arginine-deiminase	unknown	unknown	gnl|CDD|234949
NZ_CP015907.1|WP_081172509.1|2096207_2097539_-|UDP-N-acetylmuramate--L-alanine-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234757
NZ_CP015907.1|WP_011677109.1|2093827_2095522_-|arginine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|183534
NZ_CP015907.1|WP_011677124.1|2111825_2112668_+|amino-acid-ABC-transporter-substrate-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|270428
NZ_CP015907.1|WP_015082899.1|2104332_2105112_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|373100
NZ_CP015907.1|WP_015082903.1|2112756_2114079_-|pyridine-nucleotide-disulfide-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|180907
NZ_CP015907.1|WP_015082902.1|2110965_2111676_+|gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|224982
NZ_CP015907.1|WP_015082901.1|2108672_2110964_+|Xaa-Pro-dipeptidyl-peptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|235435
NZ_CP015907.1|WP_015082889.1|2084307_2085801_-|amino-acid-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|163522
NZ_CP015907.1|WP_011677102.1|2083740_2084232_-|prolyl-tRNA-editing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226283
NZ_CP015907.1|WP_081172510.1|2107631_2108501_-|aquaporin-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223653
NZ_CP015907.1|WP_015082898.1|2103303_2104260_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|365903

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP015907.1|WP_015082897.1|2098555_2101660_-|DNA/RNA-helicase-SWF/SNF-family	gnl|CDD|350770	cd18012, DEXQc_arch_SWI2_SNF2, DEAQ-box helicase domain of archaeal and bacterial SNF2-related proteins. Proteins belonging to SNF2 family of DNA dependent ATPases are important members of the chromatin remodeling complexes that are implicated in epigenetic control of gene expression. The Snf2 family comprises a large group of ATP-hydrolyzing proteins that are ubiquitous in eukaryotes, but also present in eubacteria and archaea. Archaeal SWI2 and SNF2 are members of the DEAD-like helicase superfamily, a diverse family of proteins involved in ATP-dependent RNA or DNA unwinding. This domain contains the ATP-binding region.	6.35985e-94
NZ_CP015907.1|WP_015082892.1|2090058_2091123_-|ornithine-carbamoyltransferase	gnl|CDD|179366	PRK02102, PRK02102, ornithine carbamoyltransferase; Validated.	0
NZ_CP015907.1|WP_015082894.1|2095589_2096048_+|arginine-repressor	gnl|CDD|130592	TIGR01529, Arginine_repressor., arginine repressor. This model includes most members of the arginine-responsive transcriptional regulator family ArgR. This hexameric protein binds DNA at its amino end to repress arginine biosyntheis or activate arginine catabolism. Some species have several ArgR paralogs. In a neighbor-joining tree, some of these paralogous sequences show long branches and differ significantly in an otherwise well-conserved C-terminal region motif GT[VIL][AC]GDDT. These paralogs are excluded from the seed and score in the gray zone of this model, between trusted and noise cutoffs. [Amino acid biosynthesis, Glutamate family, Regulatory functions, DNA interactions].	8.41328e-60
NZ_CP015907.1|WP_041931764.1|2102619_2102880_+|IS3-family-transposase	gnl|CDD|225511	COG2963, COG2963, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	4.37688e-08
NZ_CP015907.1|WP_015082890.1|2087384_2088329_-|carbamate-kinase	gnl|CDD|237071	PRK12353, PRK12353, putative amino acid kinase; Reviewed.	7.27953e-178
NZ_CP015907.1|WP_011677121.1|2106813_2107596_+|CPBP-family-intramembrane-metalloprotease	gnl|CDD|376806	pfam02517, Abi, CAAX protease self-immunity. Members of this family are probably proteases (after a isoprenyl group is attached to the Cys residue in the C-terminal CAAX motif of a protein to attach it to the membrane, the AAX tripeptide being removed by one of the CAAX prenyl proteases). The family contains the CAAX prenyl protease. The proteins contain a highly conserved Glu-Glu motif at the amino end of the alignment. The alignment also contains two histidine residues that may be involved in zinc binding. While they are involved in membrane anchoring of proteins in eukaryotes, little is known about their function in prokaryotes. In some known bacteriocin loci, Abi genes have been found downstream of bacteriocin structural genes where they are probably involved in self-immunity. Investigation of the bacteriocin-like loci in the Gram positive bacteria locus from Lactobacillus sakei 23K confirmed that the bacteriocin-like genes (sak23Kalphabeta) exhibited antimicrobial activity when expressed in a heterologous host and that the associated Abi gene (sak23Ki) conferred immunity against the cognate bacteriocin. Interestingly, the immunity genes from three similar systems conferred a high degree of cross-immunity against each other's bacteriocins, suggesting the recognition of a common receptor. Site-directed mutagenesis demonstrated that the conserved motifs constituting the putative proteolytic active site of the Abi proteins are essential for the immunity function of Sak23Ki - thus a new concept in self-immunity.	3.89843e-08
NZ_CP015907.1|WP_011677119.1|2105573_2105903_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|227933	COG5646, COG5646, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	1.81818e-27
NZ_CP015907.1|WP_015082893.1|2091288_2092521_-|arginine-deiminase	gnl|CDD|234949	PRK01388, PRK01388, arginine deiminase; Provisional.	0
NZ_CP015907.1|WP_081172509.1|2096207_2097539_-|UDP-N-acetylmuramate--L-alanine-ligase	gnl|CDD|234757	PRK00421, murC, UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase; Provisional.	0
NZ_CP015907.1|WP_011677109.1|2093827_2095522_-|arginine--tRNA-ligase	gnl|CDD|183534	PRK12451, PRK12451, arginyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NZ_CP015907.1|WP_011677124.1|2111825_2112668_+|amino-acid-ABC-transporter-substrate-binding-protein	gnl|CDD|270428	cd13710, PBP2_TcyK, Substrate binding domain of an ABC transporter TcyJKLMN; the type 2 periplasmic binding protein fold. This group contains periplasmic cystine-binding domain (TcyK) of an ATP-binding cassette transporter from Bacillus subtilus and its closely related proteins. Cystine is an oxidized dimeric form of cysteine that is required for optimal bacterial growth. In Bacillus subtilis, three ABC transporters, TcyJKLMN (YtmJKLMN), TcyABC (YckKJI), and YxeMNO are involved in uptake of cystine. Likewise, three uptake systems were identified in Salmonella enterica serovar Typhimurium, while in Escherichia coli, two transport systems seem to be involved in cystine uptake. Moreover, L-cystine limitation was shown to prevent virulence of Neisseria gonorrhoeae; thus, its L-cystine solute receptor (Ngo0372) may be suited as target for an antimicrobial vaccine. The cystine receptor belongs to the type 2 periplasmic binding fold protein superfamily (PBP2). The PBP2 proteins are typically comprised of two globular subdomains connected by a flexible hinge and bind their ligand in the cleft between these domains in a manner resembling a Venus flytrap. After binding their specific ligand with high affinity, they can interact with a cognate membrane transport complex comprised of two integral membrane domains and two receptor cytoplasmically-located ATPase domains. This interaction triggers the ligand translocation across the cytoplasmic membrane energized by ATP hydrolysis.	6.80736e-84
NZ_CP015907.1|WP_015082899.1|2104332_2105112_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|373100	pfam14507, CppA_C, CppA C-terminal. This is the C-terminal domain of the CppA protein found in species of Streptococcus. CppA is a putative C3-glycoprotein degrading proteinase, involved in pathogenicity. It is often found associated with pfam14506.	1.10613e-24
NZ_CP015907.1|WP_015082903.1|2112756_2114079_-|pyridine-nucleotide-disulfide-oxidoreductase	gnl|CDD|180907	PRK07251, PRK07251, FAD-containing oxidoreductase.	1.09567e-150
NZ_CP015907.1|WP_015082902.1|2110965_2111676_+|gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate-hydrolase	gnl|CDD|224982	COG2071, COG2071, Predicted glutamine amidotransferases [General function prediction only].	1.98467e-101
NZ_CP015907.1|WP_015082901.1|2108672_2110964_+|Xaa-Pro-dipeptidyl-peptidase	gnl|CDD|235435	PRK05371, PRK05371, x-prolyl-dipeptidyl aminopeptidase; Provisional.	0
NZ_CP015907.1|WP_015082889.1|2084307_2085801_-|amino-acid-permease	gnl|CDD|163522	TIGR03810, arginine-ornithine_antiporter, arginine-ornithine antiporter. Members of this protein family are the arginine/ornithine antiporter, ArcD. This exchanger of ornithine for arginine occurs in a system with arginine deiminase, ornithine carbamoyltransferase, and carbamate kinase, with together turn arginine to ornithine with the generation of ATP and release of CO2. [Transport and binding proteins, Amino acids, peptides and amines].	3.59578e-152
NZ_CP015907.1|WP_011677102.1|2083740_2084232_-|prolyl-tRNA-editing-protein	gnl|CDD|226283	COG3760, COG3760, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	1.74136e-74
NZ_CP015907.1|WP_081172510.1|2107631_2108501_-|aquaporin-family-protein	gnl|CDD|223653	COG0580, GlpF, Glycerol uptake facilitator and related permeases (Major Intrinsic Protein Family) [Carbohydrate transport and metabolism].	2.51202e-67
NZ_CP015907.1|WP_015082898.1|2103303_2104260_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|365903	pfam00144, Beta-lactamase, Beta-lactamase. This family appears to be distantly related to pfam00905 and PF00768 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase.	3.4174e-51

Protein sequences

>NZ_CP015907.1|WP_015082897.1|2098555_2101660_-|DNA/RNA-helicase-SWF/SNF-family
MSRMMPARVRSEGIALYAKGFLNDPIETDLKLTAEIDGEEVSYDLDGAQDSCTCSIFQQNHRYCKHIAAIEEYLKNQDKGSLETKDKETKGAERGLYNENIAFLDAVNGETQLNFSTDQYSIEVQIEDNSQLYDYFSMDYFLYFDLKLKSKNLGRSYVIKDIPYFLRALKNYSQYSLGSLHYIDLFFDNFDEASQEFLSFLLKIDGKSDEALTKSLYIKNGRYLNIPFLFLEEAMDLVSALEVYQLKIIGRTVNYFTFIPLDNDSEIFKFKVESQQDYIELSLFSEDYHNFYDYSLLYDNNVFYKLSQEQRRLLLVLDKQFAQKSKIKFSYSEKDKLAQALQQLSTLGKIEAPEHFVVKPFDAKFTFDLLDEKTLSLAMKFDYGTFSIDSFHDLETLEFSRDLRKEQKIFALMERLQFAKAFNSTLEITEHLSENFFLKILPSFQKLGQIELSPTLRNMRMDEVPEIHIDSQGGLLDISFNIPHVEDGEFANVIAKLQENAEFYISESGKFYHFNEKFDRLKAALHELDDQFVIQGSSLHVNINRSFQISKIFEKISGASFSEKFKSLYQHLTHPEEFPYEKPEHIKASLRSYQETGVRWMSMLSHYNLGGILADDMGLGKTVQAITFILSNLKKDESVLITAPASLTYNWASEFEKFTDEIDFVVIDGNKADRTKEIQENHQIYITSYGSFLKDFEDYQDKKLNYLLLDEAQVVKNYSSKTNKSLSALNVEHTFALSGTPLENRIEEIWAIFQVVMPGFLPKREKFNKMEPSVISRLIQPFIMRRKKEDVLEELPEKMEITVYNQLADDQKVIYLAQLELMQKQVLEMDNAALSRSRIEILAGITRLRQICNTPALFMDDYKGSSGKLERLRELLAQIKDSGHRPLIFSQFTKVFPHIEKLMEEQEMTAYKLTGSTPIKDRLSMVQAFNAGSRDAFLVSLKAGGVGLNLTSADVVILVDLWWNPAVEEQAIARAHRMGQKNTVEVIRLITQGTIEEKIMEIQERKKDLIANVLEGDTVDKVLSEAEIREILGV
>NZ_CP015907.1|WP_041931833.1|2097739_2098339_-|hypothetical-protein
MVERRVVFPVIGDDEVLQKDTRVIFTNQQLLTRNPSLQDEASIETSKSKTDAKRPESFKPYKAKTSFSTQHRPLNSNHAGVSSYDKMPKKTSVDESKERAKRAAATLPKPPKQYVSPLERDKEDLTVRRSTSAILNKRPSTNDNPIRVMKKQGMNVSDAVAKNGSGMKKATPHGGAANDTQKGSYFENKRKNIFDRGIV
>NZ_CP015907.1|WP_081172509.1|2096207_2097539_-|UDP-N-acetylmuramate--L-alanine-ligase
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>NZ_CP015907.1|WP_015082894.1|2095589_2096048_+|arginine-repressor
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>NZ_CP015907.1|WP_011677109.1|2093827_2095522_-|arginine--tRNA-ligase
MDEKQLVSQALSAAIDGVLGVEQIAAIIEKPKSSDLGDLAFPAFQLAKTLRKSPQIIAGEIAEKIDTKGFEKVIAVGPYVNFFLDKNATASEVIREVLTEGEHYGDANIGEGGNVPIDMSAPNIAKPFSIGHLRSTVIGDSIAKIYEKLGYQPIKINHLGDWGKQFGLLITAYKKYGDEATITANPIDELLKLYVKINAEAKEDPEVDEEGRQWFLKMEQGDEEALRIWKWFSDVSLIEFNRIYGKLGVTFDHFMGESFYSDKMDAIVEDLENKNLLHESKGALIVDLEKYNLNPALIKKTDGATLYITRDLATAAYRKKTFNFVKSLYVVGGEQTNHFKQLKAVLKEAGYDWSDDMVHVPFGMVTQGGKKFSTRKGHVVKLEMALDEAVDRAEKQIEAKNPNLENKEEVAKQVGVGAVKFYDLKTDRNNGYDFDLDEMVSFEGETGPYVQYAHARIQSILRKANRKVNIDNISLVVSDAEAWEIVKALKEFPNIVKRAADNYEPSIIAKYAISLAQAFNKYYAHVRILEDDAQLDGRLALISATSIVLKEALRLLGVAAPENM
>NZ_CP015907.1|WP_015082893.1|2091288_2092521_-|arginine-deiminase
MNNGINVNSEIGKLKSVLLHRPGAEVENITSDTMKQLLFDDIPYLKIAQKEHDFFAQTLRDNGAETVYIENLATEVFEKSSETKEEFLSHLLHEAGYRPGRTYDGLTEYLTSMPTKDMVEKVYAGVRKNELDIKRTALSDMAGSDAENYFYLNPLPNAYFTRDPQASMGVGMTINKMTFPARQPESLITEYVMANHPRFKDTPIWRDRNHTTRIEGGDELILNKTTVAIGVSERTSSKTIQNLAKELFANPLSTFDTVLAVEIPHNHAMMHLDTVFTMINHDQFTVFPGIMDGAGNINVFILRPGQDGEVEIEHLTDLKAALKKVLNLSELDLIECGAGDPIAAPREQWNDGSNTLAIAPGEIVTYDRNYVTVELLKEHGIKVHEILSSELGRGRGGARCMSQPLWREDL
>NZ_CP015907.1|WP_015082892.1|2090058_2091123_-|ornithine-carbamoyltransferase
MTSPLITKAEVNSVFQGRSLLAEKDFTPDEINYLVDFGLHLKALKQQNIPHHYLEGKNIALLFAKTSTRTRAAFTTAAIDLGAHPEYLGANDIQLGIKESTEDTARVLGSMFDAIERRGFSQKEVEDLAKYSGVPVWNGLTDDWHPTQMIADFMTVKENFGYLKGLTLVYVGDGRNNMANSLIVTGSMLGVNVHIVAPDSLHPSKEVMDIANKFAEKSGAKPLATSNIEEGVKGANIIYSDVWVSMGESNWEERVKLLTPYRITMDMLKMTGNADNGKLIFMHCLPSFHDTETEYGKEIKEKYGLTEMEVTDEVFRSKYARQFEEAENRMHSIKAIMAATLGNLFIPAVPEDFK
>NZ_CP015907.1|WP_015082890.1|2087384_2088329_-|carbamate-kinase
MVSRIVVALGGNAILTKDPSAAAQKKALEVTAEQLMPLIKDNDRQMVVTHGNGPQVGNLLLQQLGSDSEKNPAMPLDTVGAMTQGEIGFWTVQAFTRAMANNGLERYPVISAVTQTLVDENDPAFKNASKPIGPFYTEEQLPEIKKQFPDWELMEDAGRGYRRVVPSPKPLEIIEAKAFGPILESGSLLIASGGGGIPVIKDGNGYKGVEAVIDKDFSAAKLAEMVGADELLILTAVDNVFVNFNKPNQKKLETVTMAEMKAYIKEGQFAAGSMLPKVEAAMEFVTRTGRPATITSLENLEDFLNNDSGTKIIP
>NZ_CP015907.1|WP_015082889.1|2084307_2085801_-|amino-acid-permease
MENKKTKGISLFALLAIIISGAIGGGVFNLANDLARGSTPGGVVISWLFIGFGILMLVLSFNRLITIKPDLSGVSDYARAGFGDFVGFLSGWGYWISAWTGTIGFAVLMMTSADYFFPGKFANSNGSLTILSVIIVSIISWILMLLVDRGVETAAAVNAIVMIAKLIPLVVFSITGIILFKANIFTQHFWQTFTTNFAADGSVKDFVWHAMTASGLLSQIKGSLLVMVWVFVGIEGAAMMGNRAKKKSDTAKATVIGLAVLLVIYVLLSLLPYGYMDQASLANVKAPGLVYILNEMVGGWGGSLMAVGLMISLLGAWLSWTMLPVEATQQLAEQKLLPSWFGKLNKYHAPSNSLLITQLMIQIFIIITYFVANAYNVFIYMATAVIMICYALVGAYLFKIGLKEASVKNILIGFFTFAFQALALYLSGWQYVWLAMILYTIGFLLFIGAKKESHQSISVKEWLGMIVVTVLGVLAIVVLICGAKAGTGFDLRGLLGF
>NZ_CP015907.1|WP_011677102.1|2083740_2084232_-|prolyl-tRNA-editing-protein
MRTFAEVEKLLTELSIPYKIVEHPASHSTEESDNYIKDYEGCRSKTLILANKKSTQFYMIIMDDAKQVDMNRLSEILEVKRLHFISEDRLEEMLGLNSGIVSLFGLVGTNYENMNIYFDQQMLDDYQIQTFHPNDNTKTIFFKMEACFTILKSQGYDYQIIDL
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MKNQQEFLAMIEDYLERDVFPGVNFAILEGEEVSEYLFGKAALIPEPIALTPGKKWDLASLTKVIGTGTAVIDLVLAGKLELDAPLQKYYAKFTDSTVSLRQLLTHTSGIDPYIPNRDKLGFFELTEAINQIRVTDDKSFKYTDINFILLGFLLEEYYDESLDYIFNKNIFKNWEMKQTSFGSVENAVPTSQNIPLGTVHDPKAQVLKNHCGSAGLFSTLSDMILFSQAYFREEKYLELLKNYADGAKERSLAWDLPAENNDWLLHTGYTGTFILINPRIKKAVVFLSNRVHLKDNREKWIEERDRLIKFLINHLSLD
>NZ_CP015907.1|WP_015082899.1|2104332_2105112_-|hypothetical-protein
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>NZ_CP015907.1|WP_011677119.1|2105573_2105903_-|hypothetical-protein
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>NZ_CP015907.1|WP_011677121.1|2106813_2107596_+|CPBP-family-intramembrane-metalloprotease
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>NZ_CP015907.1|WP_081172510.1|2107631_2108501_-|aquaporin-family-protein
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>NZ_CP015907.1|WP_015082901.1|2108672_2110964_+|Xaa-Pro-dipeptidyl-peptidase
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>NZ_CP015907.1|WP_015082902.1|2110965_2111676_+|gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate-hydrolase
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>NZ_CP015907.1|WP_011677124.1|2111825_2112668_+|amino-acid-ABC-transporter-substrate-binding-protein
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>NZ_CP015907.1|WP_015082903.1|2112756_2114079_-|pyridine-nucleotide-disulfide-oxidoreductase
METRHFKNIIIGFGKAGRALAKSLSKNGEEALIIERDQAMYGGTCPNVGCAPSKTLIVAGQKNMNFSEAMTTKYKVREILHNAAYHGAADEALVYVMDGLARFINSKTVEVVNGENVTQVIGERIFINTGATPIIPEIEGIHEAKNVVTSEGAMELSELPKKLVIIGAGYIGLEFAGMFNKFGSEVTILEPHATFLPKEDEDISNEIYKDLVAAGVEIQLGVEIERITDSEVFAGGKIYPADKILIATGRRPNIKDLDLEKADVELSENGYIKVDDDLKTTAQNIWALGDVRGGGQFYYLSTDDFRIVNNQLFGDHSRKLSDRKLVPYSVFISPTLSRIGLDEKQAKEAGVNYRLFKMAAAPIVKAKVVQDTRGLLKALVDPNTDEILGATLYHEDSHEVINLVSLAMKMHTPYQVLRDQIFTHPTMGEGLNDLFQNEVK

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
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DBSCAN-SWA_2	312804 : 355048	48	Lactococcus_phage(76.0%)	tRNA,bacteriocin,integrase,capsid,transposase	attL 312772:312788|attR 339823:339839
DBSCAN-SWA_3	414537 : 426694	15	uncultured_virus(30.0%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_4	584998 : 647898	49	Bacillus_phage(18.75%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_5	771560 : 897527	107	Bacillus_phage(18.52%)	transposase,integrase,tRNA	attL 878171:878187|attR 903168:903184
DBSCAN-SWA_6	994480 : 1018178	23	Bacillus_phage(18.75%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	1133306 : 1198490	60	Lactococcus_phage(23.08%)	transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_8	1216415 : 1279461	56	Bacillus_phage(40.0%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_9	1499948 : 1566415	55	Lactococcus_phage(25.0%)	transposase,bacteriocin,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_10	1832694 : 1842991	13	Lactococcus_phage(62.5%)	integrase,transposase	attL 1832291:1832313|attR 1843011:1843033
DBSCAN-SWA_11	2044439 : 2102880	58	Bacillus_phage(35.71%)	transposase,protease,tRNA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP015907|71076:124924|DBSCAN-SWA
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MKIVIQRVKSASVSIDGKIKEKINQGFLLFVGVEDADSNFDLDYAVRKIAQMRIFSDEADKMNLSVQDIQGEILSISQFTLYAETKKGNRPSFSAAGKPYFAKAMYEKFNDSLAQIVPVKAGVFGADMQVELINDGPVTIILDTKEARKNA
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MTIYKFQADLEIIGINPFVALPIDILQHIFIDSGRKKSPIAICGQVNGKDYKQNLMFFKGDWRLYVNTTMLKNSPKRIGELVDFTIAYDSEPRMVKQPQVLSEALAKNLEAKEVFEQLTASKQLEINRYIARLKTDEAIERNVARAIGFLLGKNRFVGRDKP
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MNYDDFMKSKHIAERWGEFQEKFKNMDKSSELKAYHELLTEFYEYIQYLETHFFAADKTSVDKNLLTDWSVNSQASTASAQIPMTLSPSQEHLTGEEDPWFGFNDE
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MKTFKIGELEASQIILGCMRINEEGKDPVAVIETSVEEGINFFDHGDIYGGGACESIFADALNKSSVKREDIILQSKCDIVPGKMFDFSKEHILESVEGSLSRLKTDYLDTLLLHRPDTLVEPEEVAEAFYELEKAGKVRYFGVSNQNPGQVELLKTAVKEPLLFNQLQFGLKHTGMIDAGIHVNMSDDASFVHDNGILEYSRINKMTIQAWSPFQYGFFEGVFVGNEKFPDLNKKLEYYAEKYNSTPTGIAIAWINRHPANIQTIIGTMTLSRIKEIAAAADIVLEREEWYDLYMAAGNVLP
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MTFTGHTILITDGTSGIGLGFAKKFAELGNKVIITARNEDRLNQILSENPTFSGFVSDVADENSLSQLVNFINENSPKLDLLMNCAGIMRAINLFEQADNSLGALTEEININLLGTIAVTQAFLEVLVANNGMVINVSSGLSNLADGAHPIYNLTKASVHFYSDALREQAKYFDKSLKVVELVPPLVAETNLESHTNTDAPNNMALSDLINETLAGLENGLERIDAGFSKQLHQMGKVNSDENTKLLSNQMLSNYFPKNKE
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MNNWNSITIKISREAEEAISALLIEAGSAGVEINDSADYLNHEDQFGEVLPEIEQSELVDITAYYPENMPIVELKAEIEHKIANLADYFSLTGLSVTTNNLSETNWAEAWKKYFEPARITHDLTIVPSWTKDYLATGSEKLIRLDPGMAFGTGTHPTTKMSLYALEQVLRGGETLLDVGTGSGVLSVAATYLGAAEIFAYDIDEVAVRVALENIELNPGHEKIHVSANNLLEGIDKKADVIVANILADILVLMTDDAFRLVKEEGYLIMSGIIADKADMVIASAENAGFFLETRLIQGEWNCLIFKKTENREGVIGG
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MPNIIRKLVENDKKELKKLNKMALQVESFADEMEHLTDEQLKAKTPELKERIAKGESLDDLLYEAFAVCREAARRVLGLYPFHVQIMGGIVLHNGDVPEMRTGEGKTLTATMPVYLNALSGKGVHVVTVNEYLATRDMTEMGELYSWLGLTVGLNLNSKSPEEKREAYNCDITYSTSAELGFDYLRDNMVTRAEDMVQKPLNYALVDEVDSILVDEARTPLIISGQAESSSALYYRADQFTKTLKGQNLNVATSDYEEGDDYKIDLQSKTISLTEEGIDKAEKFFQIENLYDMENVALTHFVDNALRANFIMLHDIDYMVDENQEVLIIDQFTGRTMPGRRYSDGLHQAIEAKEAVPIQDESKTMASITIQNYFRMYKKLSGMTGTAKTEEEEFREIYNIQITPIPTNRPVQRLDHPDLLYPTLEAKFKAVIDDIKRRHAEGQPILIGTVAVETSELISKKLVEAKIPHEVLNAKNHFREAQIIMNAGQQGAVTIATNMAGRGTDIKLGPGVIDHADPEFRGLAVIGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGVSQFYLSLEDELMKRFGSERVSAFLDRMRISGEDAVIKSGLITRQIESSQKRVEGNNYDSRKQVLQYDDVIREQREVIYAQRQEVILTKEDMTPVLMGMFKRTIDRQVDGHELAGNLKDEETVKDLLQTVQNTMLPEEAIELSELTGLSGQAMKDLIFDKVKSRYASQMEKLADPERQLEFQRAVILRVVDNNWSEHIDALDQMRQSVGLRGYAQNNPIVEYQEESYKMYNNMIGAIEFEVTRLMMKAQIQPQTAIRQEAPRMTTTASQENITNVGPDTSVSEEISFENVGRNDPCPCDSGKKFKNCHGRTHIA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_015081863.1|71076_71967_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011675148.1|72170_72638_+	DUF3013 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675149.1|72667_74221_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2K9L0W2	Tupanvirus	1.2e-45	27.9
WP_015081864.1|74295_74580_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015081865.1|74613_75354_+	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_015081866.1|75340_75829_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675153.1|75841_76795_+	50S ribosomal protein L11 methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_015081867.1|76914_77667_+	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_015081868.1|77696_78653_+	polysaccharide deacetylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675156.1|78853_81076_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	U5J9N6	Bacillus_phage	2.2e-13	28.3
WP_011675157.1|82281_82737_+|tRNA	D-aminoacyl-tRNA deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_011675159.1|83740_84364_+	HAD family phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_011675160.1|84497_85895_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_015081870.1|86064_86706_+	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011675162.1|86736_87246_-	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_041931726.1|87412_88057_-	FMN-dependent NADH-azoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_015081872.1|88230_90828_+	preprotein translocase subunit SecA	NA	NA	NA	NA
WP_015081873.1|90957_91995_+	3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase	S4W5F1	Pandoravirus	4.1e-47	36.1
WP_011834224.1|92243_92510_+	phosphocarrier protein HPr	NA	NA	NA	NA
WP_011675166.1|92512_94240_+	phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011675167.1|94414_94723_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675168.1|94812_95112_-	YbaB/EbfC family nucleoid-associated protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675169.1|95216_95504_+	serine hydroxymethyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_015081874.1|95783_96719_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_011675171.1|96859_97318_+	hypothetical protein	A0A1P8BMN5	Lactococcus_phage	4.1e-15	63.4
WP_014571854.1|97486_98269_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080513934.1|98421_98775_+	QacE family quaternary ammonium compound efflux SMR transporter	NA	NA	NA	NA
WP_015081875.1|98897_100061_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003137511.1|100443_100704_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	8.4e-10	37.6
WP_080562003.1|100715_101555_+	DDE domain-containing protein	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	1.6e-49	41.4
WP_041931727.1|101999_102368_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082454.1|103648_104407_+|transposase	transposase	A0A059NT77	Lactococcus_phage	4.5e-136	99.6
WP_081172352.1|104502_105594_+	permease	NA	NA	NA	NA
WP_015081876.1|106542_107736_+	argininosuccinate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_015081877.1|107764_109144_+	argininosuccinate lyase	NA	NA	NA	NA
WP_015081878.1|109160_110357_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_011675184.1|110549_111125_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015081879.1|111281_111635_+	ribonuclease P protein component	NA	NA	NA	NA
WP_015081880.1|111631_112441_+	protein translocase component YidC	NA	NA	NA	NA
WP_011834239.1|112528_113443_+	protein jag	NA	NA	NA	NA
WP_003131818.1|113574_113709_+	50S ribosomal protein L34	NA	NA	NA	NA
WP_015081881.1|113885_114797_+	aryl-alcohol dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011675189.1|114866_115181_+	XRE family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015081882.1|115243_115924_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_003131820.1|116218_116485_+	IreB family regulatory phosphoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_011675192.1|116484_116916_+	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_003131822.1|117016_117340_+	DUF1292 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015081883.1|117369_117921_-	DUF1211 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015081884.1|118010_118751_-	KR domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675196.1|118770_119082_-	DUF2316 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015081885.1|119091_119877_-	KR domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675198.1|119995_120541_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015081886.1|120606_122550_-	1,4-alpha-glucan-branching protein	NA	NA	NA	NA
WP_014571867.1|122669_122990_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003137511.1|123812_124073_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	8.4e-10	37.6
WP_010905103.1|124084_124924_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	9.3e-50	41.4

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP015907|312804:355048|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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MRFVPRYCLKDLRELNHLTLKQVARKVKLNRERIAELEQDSSFITIDEMFRFSKFYDISIKYIFIGEQVDFDRKLNEYLGGTS

Homologous phage analysis in the prophage region

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Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

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MIATYNTNVGDVLMLITANDRGENVNFERKGKVARIFIEETGATVAWNIFEAKSLLTDLSGNGQVKLSSDDVEILNKELGKSGFSDVLVHDSQPKFVVAEIVEMQDHPDSDHLHICKVNVGFADPVQIVCGAPNASLGLKTVAALPGAMMPNGALIFPGALRGVQSYGMLCSARELELPDAPDVRGIIELSSALAAGTAFDSETMWQA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_011675460.1|414537_414855_+	thioredoxin	A0A0K2FIM3	Achromobacter_phage	9.0e-06	31.9
WP_015082041.1|414960_415587_+	DUF4479 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082042.1|415748_417089_+	NADH oxidase (H(2)O-forming)	NA	NA	NA	NA
WP_015082043.1|417179_417569_+	single-stranded DNA-binding protein	A0A218MNB4	uncultured_virus	1.3e-22	48.6
WP_011675464.1|417687_417972_+	co-chaperone GroES	A0A221S386	uncultured_virus	2.3e-13	43.0
WP_011675465.1|418058_419687_+	molecular chaperone GroEL	A0A219YK78	uncultured_virus	2.2e-156	56.8
WP_011675466.1|419738_420551_-	MBL fold metallo-hydrolase	A0A0C5AJ83	Bacteriophage	1.5e-33	38.1
WP_021165900.1|420519_420729_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675468.1|420740_422168_-	cell wall metabolism sensor histidine kinase WalK	W8CYF6	Bacillus_phage	3.9e-32	32.9
WP_003131580.1|422160_422862_-	DNA-binding response regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	1.2e-42	39.7
WP_015082045.1|423039_423675_+	dTMP kinase	M1PSC7	Streptococcus_phage	1.6e-73	66.0
WP_011675470.1|423807_424668_+	DNA polymerase III subunit delta'	M1NSC1	Streptococcus_phage	3.1e-64	44.8
WP_015082046.1|424717_425500_+	phosphorelay inhibitor	NA	NA	NA	NA
WP_011675472.1|425492_425819_+	DNA replication initiation control protein YabA	NA	NA	NA	NA
WP_041931741.1|425818_426694_+	16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase	M1PLC5	Streptococcus_phage	5.4e-101	66.3

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP015907|584998:647898|DBSCAN-SWA
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MKAILKMDNITKSFGSGHNKIQALKGINLEVNQGEFVSIIGPSGSGKSTFLTIAGGLQSPTSGNITINGLNFTPLSEKKRSKLRFKEIGFILQSSNLIPYLTLEEQFLLIDKINHEKLASKKGLELLDSLDILDLKNKYPSDLSGGERQRAAIARALFNEPNLILADEPTASLDTEHAYQVVELLRQEAHLKNKATIMVTHDQRMIKNSDSVYQIEDGLLSKI
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MKFENVKYTPTLDRIFEKAAEDAHQYQYGTIESAHLLAAMATTSGSIAYSILAGMNVDSSDLLIDLEDLSSHVKVKRSELRFSPRAEEVVTVASFLAVHNNAEVVGTEHLLYALLQVEDGFGIQLLKLQKINIVSLRKEIEKRTGLKVPENKKAVTPISKRKMAKGVAENSSTPTLDSVSSDLTEAARSGKLDPMIGREAEVDRLIHILSRRTKNNPVLVGEPGVGKSAIIEGLAQRIVNGQVPIGLMNSRIMALNMATVVAGTKFRGEFEDRLTAIVEEVSADPDVIIFIDELHTIIGAGGGMDSVNDAANILKPALARGDFQMVGATTYHEYQKYIEKDEALERRLARINVDEPSPDEAIAILQGLREKFEDYHQVKFTDQAIKSAVTLSVRYMTSRKLPDKAIDLLDEAAAAVKISVKNQETKRLELEKDLVKAQEELAEAVIKLDVKASRIKEKAVEKISDKIYKFSIKEEKRQEVTDQAVIAVASTLTGVPITQMTKSESDRLINLEKELHKRVVGQEEAISAVSRAIRRARSGVADSRRPMGSFMFLGPTGVGKTELAKALADSVFGSEDNMIRVDMSEFMEKHSTSRLIGAPPGYVGYDEGGQLTERVRNKPYSVVLLDEVEKAHPDVFNIMLQILDDGFVTDTKGRKVDFRNTIIIMTSNLGATALRDDKTVGFGAKNITADYSAMQSRILEELKRHYRPEFLNRIDENIVFHSLESQEIEQIVKIMSKSLIKRLAEQDIHVKLTPSAIKLIAEVGFDPEYGARPLRKALQKEVEDLLSEQLLSGEIKAGNHISIGASNKKIKIAQIV
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MQKRYSKEFKETLIAFYHSGQSVTQLSKEYDVAPATIYKWIDLYSKSNESSISKADFLELKRQLAKVKEERDILKKY
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MTYNSTLPKVFVYLLTTIETLYQTSVPLEVQNRKNVHLATSDCLVIACYLWGVLHFSETIKAKHQLAQSLFPNFLEYSRFVRRCNALLPSIQVIRQALVFKEVEGISVSIIASFPIPLCQPIRNFRSKVLGDYANVGYNATKGQYFYGCKCHALVSESGYVIDYTITPASMADSSMTEEVLSQFGTPTVLGDMGYLGQSLHDRLGLKGIDLMTPVRKNMKQKKILFPNFSKRRKVIERVFSFLTNLGAERCKSRSPQGFQLKLEMILLAYSLLLKSAKSLEPETLRYSIGYQVMAK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_015082139.1|588376_589162_+	prolipoprotein diacylglyceryl transferase	NA	NA	NA	NA
WP_011675759.1|589328_589748_+	DUF948 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082140.1|589777_590338_+	YtxH domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082141.1|590471_591890_+	phosphogluconate dehydrogenase (NADP(+)-dependent, decarboxylating)	E3SJC4	Synechococcus_phage	8.4e-35	33.0
WP_041931750.1|592071_594093_+	potassium transporter Kup	A7K9V6	Acanthocystis_turfacea_chlorella_virus	4.2e-64	33.9
WP_015082143.1|594307_596323_+	potassium transporter Kup	M1IBC2	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	3.8e-57	31.6
WP_080600823.1|596375_596546_-	DUF3042 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675765.1|596740_597406_+	YitT family protein	M1Q1P6	Streptococcus_phage	2.3e-19	29.8
WP_011675766.1|597537_598422_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-dimethylallyltransferase MiaA	NA	NA	NA	NA
WP_015082144.1|598567_599236_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075070707.1|599406_600303_+	SPFH domain-containing protein	A0A1V0SL90	Klosneuvirus	1.8e-35	35.2
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WP_015082146.1|601675_602023_-	XRE family transcriptional regulator	A0A182BQC8	Lactococcus_phage	2.0e-43	74.6
WP_015082147.1|602787_603711_+	ribonuclease Z	NA	NA	NA	NA
WP_011675772.1|603703_604405_+	oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_015082148.1|604577_606806_+	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	6.7e-79	30.9
WP_011834623.1|606929_607442_+	adenine phosphoribosyltransferase	A0A1V0SKE5	Klosneuvirus	5.3e-32	44.0
WP_015082149.1|607657_608221_+	DNA-directed RNA polymerase subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_015082150.1|608356_609997_+	endolytic transglycosylase MltG	NA	NA	NA	NA
WP_014573028.1|610057_610528_+	transcription elongation factor GreA	NA	NA	NA	NA
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WP_015082155.1|621052_622576_-	long-chain acyl-CoA synthetase	NA	NA	NA	NA
WP_080600855.1|622823_623687_+	magnesium transporter CorA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082157.1|623946_626310_+	formate C-acetyltransferase	A0A2P0VNR5	Tetraselmis_virus	3.6e-107	31.8
WP_011675632.1|626438_627098_+	dephospho-CoA kinase	NA	NA	NA	NA
WP_021036849.1|627100_628318_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003129585.1|628314_628461_+	50S ribosomal protein L33	NA	NA	NA	NA
WP_041931753.1|628838_630101_+	FtsW/RodA/SpoVE family cell cycle protein	NA	NA	NA	NA
WP_014573002.1|630205_633619_+	pyruvate carboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_015082159.1|635084_637631_+	aconitate hydratase AcnA	NA	NA	NA	NA
WP_015082160.1|637650_638889_+	NADP-dependent isocitrate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011834647.1|638928_639528_-|protease	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	A0A223W000	Agrobacterium_phage	7.1e-52	52.6
WP_075070705.1|639746_640253_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003129597.1|640422_640821_+	arsenate reductase	NA	NA	NA	NA
WP_080513983.1|641202_642171_-	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_015082163.1|645431_645665_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	2.1e-07	35.1
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WP_081172393.1|647007_647898_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP015907|771560:897527|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_011675928.1|775535_776045_+	queuosine transporter QueT	E7DN70	Pneumococcus_phage	2.0e-10	33.1
WP_004234939.1|776888_777179_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_010905146.1|777274_778036_+|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	5.3e-44	42.6
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WP_015082230.1|781936_783124_+	bifunctional glutamate N-acetyltransferase/amino-acid acetyltransferase ArgJ	NA	NA	NA	NA
WP_015082231.1|783141_784275_+	acetylornithine transaminase	A0A1V0SKB7	Klosneuvirus	3.1e-24	28.0
WP_081172399.1|784271_785123_+	acetylglutamate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_081172400.1|785161_786163_+	ornithine carbamoyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011675937.1|786186_786759_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082234.1|786937_787633_+	ribonuclease 3	M4QMG4	Micromonas_pusilla_virus	3.4e-21	32.6
WP_015082235.1|787622_791147_+	chromosome segregation protein SMC	NA	NA	NA	NA
WP_041931762.1|791389_793558_+	LTA synthase family protein	W6LM83	Streptococcus_phage	1.0e-140	43.2
WP_041931763.1|793652_794063_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051013164.1|794155_795274_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082239.1|795270_796032_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041931876.1|796949_797759_+	Cof-type HAD-IIB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_011675947.1|797768_798320_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082242.1|798381_799776_+	signal recognition particle-docking protein FtsY	D6PHS7	uncultured_phage	1.9e-15	36.3
WP_014572881.1|799956_800931_+	ribose-phosphate pyrophosphokinase 1	A0A2K9L2G2	Tupanvirus	2.2e-42	36.6
WP_015082243.1|801054_801726_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675950.1|801796_804286_+|tRNA	leucine--tRNA ligase	A0A2H4PQS0	Staphylococcus_phage	0.0e+00	65.1
WP_015082244.1|805683_807102_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_081172401.1|807213_808578_+	glycoside hydrolase family 1 protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675953.1|808724_809528_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_015082247.1|809664_810027_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004234939.1|810141_810432_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_010905146.1|810527_811289_+|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	5.3e-44	42.6
WP_011675781.1|811449_812709_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_015082248.1|812849_814856_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_081172402.1|814968_815640_+	L-serine ammonia-lyase, iron-sulfur-dependent, subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_011675784.1|815659_816523_+	L-serine ammonia-lyase, iron-sulfur-dependent, subunit alpha	NA	NA	NA	NA
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WP_031286465.1|823690_824821_+|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
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WP_011675815.1|859389_860277_+	bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase	A0A249XZQ2	Enterococcus_phage	2.1e-39	39.0
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WP_011675819.1|863118_864264_+	glycerate kinase	W6LM47	Streptococcus_phage	4.5e-47	38.8
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WP_081172405.1|873565_875863_+	PASTA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082277.1|875937_876927_+	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase	NA	NA	NA	NA
WP_011675833.1|877125_877410_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
878171:878187	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_015082279.1|881353_882244_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_011675838.1|883164_883509_+	50S ribosomal protein L19	NA	NA	NA	NA
WP_081172406.1|884438_884900_-	N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_081172525.1|885422_885665_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082281.1|885657_886986_+	glycosyltransferase family 2 cellulose synthase (CESA) superfamily	NA	NA	NA	NA
WP_011835479.1|887216_887774_+	HdeD family acid-resistance protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082283.1|887836_888082_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041931768.1|888354_889080_+	nicotinamide mononucleotide transporter	A0A2P0ZKW0	Lactobacillus_phage	1.1e-14	28.7
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WP_015082285.1|890225_890588_+	HU family DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_011675849.1|890649_891183_-	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_080600829.1|891341_891854_+	DUF3533 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082286.1|891854_892745_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_041931770.1|892879_894751_+	YhgE/Pip domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003131392.1|894939_895272_+	metal-sulfur cluster assembly factor	NA	NA	NA	NA
WP_015082287.1|895407_896382_+|integrase	integrase	A0A142F1N9	Bacillus_phage	1.9e-30	28.3
WP_041931880.1|896569_896908_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003137511.1|897266_897527_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	8.4e-10	37.6
903168:903184	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP015907|994480:1018178|DBSCAN-SWA
TATGAGTATTATAAAACTAAGCAACGTTTCCAAGAAATATTCTAATGGAACAACGGCTTTGCGTAATATCTCGCTCGAAATTGAAGCGGGAGAATTTACCTATATCGTTGGACCATCAGGAGCTGGGAAATCGACCTTTATCAAACTACTTTATCGTGAATTAAAGATTGACAGTGGTTCTGGAACAGTTGCGCAATATGATTTATCTAAATTAAGACGTCGAGACGTTCCGTTGTTACGTCGTTCTGTAGGTGTGGTTTTCCAAGACTATAAACTCTTATCAAAGAAAACAGTTTATGAAAACATTGCCTATGCCATGGAAGTTATTGGTAAAAGTCCGCGCGAAATCAAAAAACGGGTCAATGAAGTGCTTGACCTCGTTGGATTGAAACACAAGATTCGTTCATTTCCAAATGAACTTTCAGGTGGGGAACAGCAACGTGTGGCAATCGCCCGCTCGATTGCTAATGCACCAAAAGTATTGATTGCCGATGAACCGACAGGGAACTTGGACCCTGAAAATTCTTGGGAAATCATGAATTTGCTTGAAAAAATTAATCTTCAAGGGACGACTATTTTGATGGCGACCCATAATAGCCAAATTGTTAACACCTTAAAACATCGTGTTATCGCTATTGAAAACGGACGAATTGTCCGCGACCAAGAGGAAGGAGTTTACGGCTACGATGATTAGAAATTTCTTCAAACATATTTTGGAATCGCTCAAAAACTTAAAACGTAATGGTTGGATGACAGTTGCTGCTGTTTCATCAGTAACAATTACCTTGGTTTTAGTTGGACTTTTCCTTTCAATTATCCTGAACACTCAAAGATTGACTAAGGGAATTGAAAACAATGTCCGGATTGTTGCCTATATGAAATTAGACGTCCATGACCAGGAAGCGAAGATTCAAGATCCAAAAAACAATAAAAAAATAATTAATAATCCTGACCATCTTAAGATTTATGATTCAATCAAAGAAATTCCTAATGTAAAAACAGTAACTTTTTCAAGTAAAGAAGCTCAATTACAAGAATTGACTAAGGCCTTAGGAAATAACTGGAACCTTTTTAAAGGGGATGCAAATCCACTTTACGATGCTTATATCGTTGAAGCTGACAAGCCAATTAATGTAAAAGCAGTTACTTCTAAAATTTCCAAACTTTCAGGAATTGAAAAAGCAACTTATGGTGGTGCCAATACCGCAAAACTTTTCCAAATTGCACGAGGAGTTCAAACTTGGGGAACTGCAGCAGCGATTTTATTAATCTTTGTCGCGGTCTTCTTGATCTCTAACACCATTCGAATCACTATCCTATCAAGACAACGTGAGATTCAAATCATGCGTCTGGTTGGGGCTAAAAATGGTTATATTCGTTGGCCATTCTTCTTAGAGGGAGCTTGGGTTGGACTTTTAGGTTCAATTATTCCAAGTCTTATCGTTGCTTGGGCTTATCGTCTTGCTTTTGTTAGTCTGACACCAAGTCTTCAATCACAAAAACTTTCGATGTATGAGACTAGCGAGTTCATTCCAGCCATTGTTGGATTGATGGCTATAATTGGTATTTTGATTGGTTCATTCGGGTCCCTCTTATCAATGCGTCGTTTCCTTAAAATTTAATAATAACAATGAAAGAGAAGATTTATCTTCTCTTTTTTTGTTCAAATAAAAAGTCTGTCAGTAATTAAGTTATAAACTTAATTACTGACAGACTTTAAAATTTATTTAATTAAATGTCATAATCTTCGTCAGACATTGCTTCCACTTCACCAAGGAGGTAAGAATTACCAACTTGTGAGAAGAAGTCATGGTTTGATGAAGAAGTTGAAATTCCGTTCATGACAACAGGATTGACATCAGCTGCAGTATCAGGGAAAAGTGGGTCTTGTCCGAGATTCATTAAGGCCTTATTAGCATTATAGCGTAAGAAAGTTAAGACTTCATCAGTCCAACCCACTTTATCATAAAGTAAATGAGAGTAGTTTTCTTCATTTTCGTAGAGTTTGTAGAGGAGCTCATACATCCAATCACGGAATTCACTTTGCTCATCTTCAGATAATTCATTAAAACCAAGCTGGAATTTATAACCAATATAAGTACCGTGTACAGATTCATCACGAATAATCAACTTGATAATTTCTGCTGAGTTAATCATCTTATTATTTCCAAGATAAAGTAAAGGTGTATAGAATCCTGAATAGAAGAGGCAAGTTTCAAGAAATACAGAAGCCACTTTCTTTTGAAGAGCGGTGCCAGATTCATAAATCTTATTGATGATTTCAGCCTTTGTCTGCATATAGACATTGGTATCCACCCAGTTAAAGAGTTCTTCAATTTCCTTTTTAGTATTTAAAGTTGAGAAAATTGTAGAATAAGATTTAGCATGGACTGACTCCATAAATTGGATATTATTGAAACAAGCAATTTCTTGAGGAGTTCTCGCATCATGTTTGAGGACTTCAGCCCCATCTACTGATTGTAAAGTATCAAGGAGAGTCAATCCAGCGAAGGCTTTAGCAAAAGTATCACGCTCAAGCTGTGGCAATTTACGCCAATCGTCCAAGTCATTAGAGACAGGAACACGTGTATCCAACCAGAATTGGCTAGTTAATTTCTCCCAAGTGTATTTATCGATTGAATCTTCAATAGAATTCCAGTCAATCGCACTATAATAAGTGGGGACAGTAAGATTTTCAGTTTCAGACATATTATTTCTCTCTTTTTAGCTACCGACAATTACTGTCAGTAAATTTTTTATCACTGACAATGTCGTCAGTAAAAATAGCTAGCTCATGACACCAAAAACTTTCGATAATTTATCAAAAGTTTGGCGTCAGTAAATTATTTTAGACCCTAGGTCATGTTGATAGTTATACGTCGCACTTTGACCGACGATTTTTCGGAAAAATGAAACAAGTAAGAAAGTAGAAAGTCCGCTCTAGCGGCCTTCGTATAAACACTAGATTCTTTAGCATTATTGTTTATCTTGTTTACGTCGTTTCCATTCATTGACGATACTTCAATGAATGAAAACAAGTAAGAAAATAGAAAGTTCGCTCTAGCGGCTTTCGCATCATTGTTTATGTTTTATTAAATGACACAACTTTCACATTGGTTAGCACCGACTTCCTCTTGGTCATCAGTAAATGTACGAATGTAATAAATTGTTTTAATTCCTTTTTTGTAAGCATAGTTACGCAAAATAGACAAATCACGTGTGGTCATTTTATTATTTGCAACTTTCCATTCATACAAACCTTCTGGTAAAGTTGAACGCATAAATAATGTGAGTGACAATCCTTGGTCAACGTGTTCTGTAGCAGCCGCATAAACATCAATGACCGAGCGCATATCAGTATCATAAGCTGATTTGTAGTAAGGAATTGTTTCAGTGGCAAGTCCAGCAGCTGGATAATAAATTTTCCCAACTTTCTTTTCTTGACGTTCTTCAATCCGATTGACGATTGGGTGGATAGAAGAAGAGCAGTCATTGATATAAGAAATAGAACCATTTGGAGCTACAGCCATACGATAAGAATTATAAAGACCAGAAGTTTTTACAGTATCGCGTAATTCAGTCCAATCAGCGATTGTTGGAACGGCAATTCCTTTGAAAAGTTCTTGAACTTTAGGAGAAACAGCTGCAAAATAATCATGAGTCAAGTATTTATCAAAATAAGAACCATCAGCATAGGCCGATTTTTCAAAATTCTTGAAGCTAGCCCCTTTTTCAACAGCCAATTTATTTGAAGCCACCAAAGTGTAGTAATTCAACAACATGAAATAGACACTTGTGAATTCAACGGCTTCTTTACTATCATAATGAATTTGATTTTGAGCTAAGAAAGAATGCAAGCCCATTGCTCCAAGCCCAATGGCATGCATTTCATCGTTTCCTTTACGAACAGTTGGAACAGTATCCAAGTTTGAAGTTTCAGAAATGAAAGTTAAAGCACGAACCATTGATTCAACAGAAGTTCCAAATTCATCACTAGAAGTCATCATATTTAAGACATTAGTTGAACCTAAGTTACAAGCAACGTCAGTTCCAACGACTTTATAAGTTTGGTCATCATTCAAAACAGAAGGTGTTTGAACTTGAAGGATTTCAGAACAAAGGTTTGACATTGAAATCACCCCATCAACAGGATTAGCTTGATTGACCGTATCGACATTCACGATATAAGGATAACCAGATTCTTGTTGAAGTTTTGAAAGTTCTTGTTCAAGCTCACGGGCATTAATTGGTGTTTTACGAATTTCTGGGTTAGCCACCATCTTGTCGTATTCAGCTGTAATATCGACTTCGGCAAAAGGTTTACCATAATATTTTTCAACGAAGTAAGGTTCAAAAAGATACATTGTTTCGCCTTTTTTAACCAATTCGTAGAATTTATCAGGAACAGTAACACCAAGTGAGAGTGTTTTAACACGGATTTTTTCGTCCGCATTTTCTTTTTTAGTTGATAAAAATTCCATGATATCTGGATGGAAAAGTGATAAATAAACTACACCAGCACCTTGTCGTTGCCCCAATTGATTGGCATAAGAAAAAGCATCTTCAAAAAGTTTCATGACAGGCACAACACCAGCGGCAACTCCATCATATCCTTTGATTGGTGCACCAGCAGCACGCAGATTAGTCAAATTAAGACCAACACCACCACCATTTTTAGAAAGTTGTAAGGCAGAATTAATCGTCCGTCCAATTGAATTCATATCATCAGTCAATTGTAAAAGAAAACAAGAAACGAATTCACCACGACGTTTACGTCCAGCATTTAAGAAAGTTGGAGTAGCCGGTTGATAACGACGATTAATCATTGCAAAAGCAAGATTATTAGCTAATTTTTCATCACCGTCAGCCATGTATAAAGCATTCATTAACACACGGTCTTCAAAATCTTCAAGATAGAGTGAACCGTCATTGTTTTTCATGGCATATTGATTATAAAATTTATAAGCAGCCATAAATGAATCAAAATGAAATTCAAATTT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MENDEHFMNLAILLARKGGGNVNPNPQVGAIIVNDGQIIGQGYHEKYGEAHAEINAFKSCIESPEGSTIYVTLEPCAHQGKQPPCFEAIIKNKVKRVVIGSLDPNPLVAGKGIEAMKKAGIDVSLKVLEKECKDLNKIFFHYVTQRTPYVMMKYAMTLDGKIATYKGQSKWITGEKARQKVHEDRSRFMAIMIGVETLLKDDPQLTARIKNGINPIRIICDTQLRTPLTSKIVSTAFEIPTIIATSNENIQKHQAFIEAGCEILLVSSISEHLDLKDLITKLGEREIDSLILEGGARLNASALKAGIVQKVQAYIAPKIFCGKEAPSPVEGQGVEHPNQAYLLDRPKVVYLGEDILLESELI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_015082336.1|994480_995173_+	cell division ATP-binding protein FtsE	G9BWD6	Planktothrix_phage	4.2e-32	35.3
WP_015082337.1|995165_996101_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_011675984.1|996210_997188_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta	A0A096XT60	Enterococcus_phage	6.0e-117	65.7
WP_011675985.1|997571_999740_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A8E2R1	Enterococcus_phage	3.3e-256	60.7
WP_015082339.1|999876_1000299_-	protein NrdI	A0A142F1R4	Bacillus_phage	1.7e-12	36.4
WP_011675987.1|1000300_1000519_-	NrdH-redoxin	C3U2K9	Lactococcus_phage	5.8e-12	47.6
WP_011675988.1|1000692_1001334_-	glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_081172410.1|1001612_1003547_+	DNA topoisomerase IV subunit B	G3M9Z3	Bacillus_virus	5.4e-125	43.2
WP_015082341.1|1003653_1004190_+	cysteine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_015082342.1|1004182_1005016_+	3'-5' exonuclease	A0A0K2SUJ2	Clostridium_phage	1.5e-20	38.7
WP_041931779.1|1005613_1008088_+	DNA topoisomerase IV subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	1.0e-96	31.9
WP_010890648.1|1008905_1009586_+|transposase	IS6-like element ISS1S family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	8.5e-110	84.5
WP_041931780.1|1009598_1009835_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082345.1|1010326_1011415_+	bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase RibD	A0A1V0SE20	Indivirus	8.4e-51	37.8
WP_011675996.1|1011414_1012062_+	riboflavin synthase	A0A2H4PQS5	Staphylococcus_phage	5.5e-42	44.7
WP_015082346.1|1012073_1013270_+	bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II	A0A2H4PQS2	Staphylococcus_phage	7.4e-109	50.3
WP_014572751.1|1013296_1013761_+	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase	A0A2H4PQS3	Staphylococcus_phage	1.4e-39	55.3
WP_011669038.1|1013942_1014203_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	1.1e-09	36.5
WP_081172527.1|1014214_1015054_+	DDE domain-containing protein	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	6.0e-49	41.1
WP_080600831.1|1015086_1016022_-	YafY family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_014572493.1|1016087_1016468_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011676002.1|1016757_1017210_+	signal peptidase II	NA	NA	NA	NA
WP_015082348.1|1017272_1018178_+	RluA family pseudouridine synthase	A0A2H4UV25	Bodo_saltans_virus	3.5e-10	27.8

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP015907|1133306:1198490|DBSCAN-SWA
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MNIEEFHEKLQNTLKDAKVYDSSSSPEAQVLFIDKKDGYYLKIASKKSLEREAEMTDYFKKKNLGLGYISYLSDQSQDFLLKEKIQGDNYLAKQYLKNPKQLCDSLAENLRFLHEQNFEDCPILDHSERYLKKVENNARLKKSNLDFVTNYNIHTPEEAYDYIQNNKLLLKDDTLLHGDYCLPNIILDNWQFKGFIDLDCAGVGDRHIDLFWGAWTLNFNIGTDQYRDRFFDAYGRDKIDIDRLKLIGCCEVFGYF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_011676271.1|1133306_1134542_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	2.4e-134	58.6
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WP_011676273.1|1135179_1135530_+	dihydroneopterin aldolase	NA	NA	NA	NA
WP_011676274.1|1135609_1136659_+	GTP cyclohydrolase I FolE	A0A088F7Y4	Vibrio_phage	8.7e-37	45.1
WP_015082415.1|1136655_1137729_+	dihydropteroate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_014572580.1|1137731_1138232_+	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082416.1|1138247_1139531_+	bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_081172421.1|1139659_1140298_+	deoxynucleoside kinase	Q5ULP7	Lactobacillus_virus	5.4e-50	47.9
WP_015082417.1|1140477_1141764_+	homoserine dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011676280.1|1141768_1142659_+	homoserine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_015082418.1|1142912_1143512_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082419.1|1143554_1144454_+	UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_015082420.1|1144913_1146194_+	spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA	Q6GZ03	Mycoplasma_phage	6.0e-32	38.4
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WP_021212202.1|1146980_1147781_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_015082423.1|1147828_1148896_+	spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_041931789.1|1148911_1149097_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082424.1|1150104_1151298_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_015082425.1|1151594_1152776_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082426.1|1152808_1154470_+	glycoside hydrolase family 43 protein	NA	NA	NA	NA
WP_081172425.1|1155071_1155305_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082427.1|1155411_1155756_+	XRE family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015082428.1|1155984_1156743_+	BspA family leucine-rich repeat surface protein	NA	NA	NA	NA
WP_081172427.1|1156832_1157723_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_021037225.1|1157935_1158250_+	XRE family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015082430.1|1159007_1159424_+	transcriptional regulator Spx	NA	NA	NA	NA
WP_011676176.1|1159788_1160199_-	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015082431.1|1160370_1161228_+	aldo/keto reductase	A0A1V0SKP9	Klosneuvirus	2.4e-29	30.4
WP_015082432.1|1161265_1162156_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080600859.1|1162573_1163413_-	DDE domain-containing protein	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	1.8e-48	41.1
WP_015082433.1|1163424_1163685_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	2.5e-09	36.5
WP_015082434.1|1164028_1164733_-	putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_011676170.1|1165754_1167125_+	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	E4ZFI6	Streptococcus_phage	3.8e-141	56.0
WP_021165386.1|1167169_1168777_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_015082436.1|1168778_1169399_+	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_080600858.1|1169572_1170637_+	AI-2E family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_015082438.1|1170664_1171921_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082439.1|1172075_1173740_+	acetolactate synthase AlsS	NA	NA	NA	NA
WP_015082440.1|1173846_1174992_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_014572641.1|1175099_1175498_+	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015082441.1|1175814_1176705_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_011676161.1|1177285_1177618_+	XRE family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015082442.1|1177822_1179826_+	ribonuclease R	Q0GXV6	Lactococcus_phage	3.2e-80	39.6
WP_011676158.1|1180144_1180624_+	tryptophan-rich sensory protein	NA	NA	NA	NA
WP_021165370.1|1183882_1184107_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082445.1|1184218_1185289_+	histidinol-phosphate transaminase	NA	NA	NA	NA
WP_015082446.1|1185288_1186245_+	ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit	NA	NA	NA	NA
WP_015082447.1|1187024_1188332_+	histidinol dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_015082448.1|1188332_1188941_+	imidazoleglycerol-phosphate dehydratase HisB	NA	NA	NA	NA
WP_041931790.1|1188952_1189723_+	aminoglycoside 3'-phosphotransferase	A0A193CJY5	Infectious_laryngotracheitis_virus	5.6e-09	26.1
WP_015082449.1|1189767_1190376_+	imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH	NA	NA	NA	NA
WP_015082450.1|1190375_1191116_+	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5- phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4- carboxamide isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_015082451.1|1191084_1191864_+	imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF	NA	NA	NA	NA
WP_011676145.1|1191860_1192499_+	bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE	NA	NA	NA	NA
WP_015082452.1|1192499_1193285_+	PHP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011835164.1|1193317_1194277_-	rhodanese domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082453.1|1194699_1196241_+	2-isopropylmalate synthase	E5EQ69	Micromonas_sp._RCC1109_virus	8.9e-06	36.5
WP_041931791.1|1196276_1196456_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003331414.1|1196496_1197255_-	ATPase AAA	A0A059NT77	Lactococcus_phage	5.3e-137	100.0
WP_003331415.1|1197266_1198490_-|transposase	IS21 family transposase IS712	A0A059NT83	Lactococcus_phage	4.9e-233	100.0

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP015907|1216415:1279461|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_014572600.1|1216415_1217762_+|tRNA	FADH(2)-oxidizing methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil(54)-C(5))- methyltransferase TrmFO	NA	NA	NA	NA
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WP_080600835.1|1223376_1223718_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041931793.1|1223753_1224017_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	2.7e-08	36.0
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WP_014572659.1|1229167_1229821_-	metal-dependent transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015082472.1|1229913_1232646_-	magnesium-translocating P-type ATPase	A0A1J0FA34	Only_Syngen_Nebraska_virus	1.9e-43	23.3
WP_015082473.1|1233120_1234407_-	D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltD	NA	NA	NA	NA
WP_011676184.1|1234396_1234636_-	D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 2	NA	NA	NA	NA
WP_041931794.1|1234671_1235895_-	D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltB	A0A125RNP0	Pseudomonas_phage	2.4e-22	30.8
WP_015082475.1|1235894_1237394_-	D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1	A0A2K9L3I8	Tupanvirus	1.8e-40	30.0
WP_021212171.1|1237418_1237550_-	teichoic acid D-Ala incorporation-associated protein DltX	NA	NA	NA	NA
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WP_015082477.1|1238381_1239182_-	bifunctional hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_015082478.1|1239194_1239947_-	hydroxyethylthiazole kinase	NA	NA	NA	NA
WP_081172431.1|1241286_1242177_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081172432.1|1242233_1242974_-	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)	A0A1V0SAG5	Catovirus	4.0e-20	29.5
WP_015082481.1|1243484_1244321_-	DUF4811 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011676192.1|1244317_1245877_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_010905103.1|1246286_1247126_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	9.3e-50	41.4
WP_015082482.1|1247936_1248302_-	50S ribosomal protein L7/L12	NA	NA	NA	NA
WP_011676195.1|1248371_1248887_-	50S ribosomal protein L10	NA	NA	NA	NA
WP_015082483.1|1249140_1249566_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011676197.1|1249813_1250002_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011676198.1|1250015_1250774_-	XRE family transcriptional regulator	R9TNM0	Vibrio_phage	3.7e-05	26.6
WP_015082484.1|1250892_1252677_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	2.5e-44	28.0
WP_015082485.1|1252660_1254478_-	multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease	W8CYL7	Bacillus_phage	1.1e-44	27.4
WP_015082486.1|1254615_1255866_-	glycoside hydrolase family 25	A0A2H4PQN5	Staphylococcus_phage	2.1e-05	26.3
WP_015082487.1|1255879_1256470_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082488.1|1256523_1257111_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011835093.1|1257421_1258042_-	riboflavin transporter RibU	NA	NA	NA	NA
WP_011676202.1|1258390_1259110_-	rRNA pseudouridine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_011676203.1|1259096_1259663_-	segregation/condensation protein B	A0A1B1IVT7	uncultured_Mediterranean_phage	9.5e-14	34.4
WP_015082490.1|1259655_1260384_-	segregation/condensation protein A	A0A1B1IVW1	uncultured_Mediterranean_phage	4.5e-08	35.5
WP_015082491.1|1260414_1261131_-	XerD-like tyrosine recombinase	NA	NA	NA	NA
WP_011676206.1|1261108_1261570_-	CBS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082492.1|1261600_1262104_-	metallophosphoesterase	NA	NA	NA	NA
WP_014572683.1|1262142_1262748_-	nucleoside-triphosphate diphosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_015082493.1|1262748_1263564_-	glutamate racemase	NA	NA	NA	NA
WP_003130191.1|1263739_1263979_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082494.1|1264129_1265389_-	diaminopimelate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_014572686.1|1265503_1266943_-	glutamate synthase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_015082495.1|1266942_1271412_-	glutamate synthase large subunit	NA	NA	NA	NA
WP_015082496.1|1271580_1272192_+	sugar O-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_015082497.1|1272224_1273247_-	branched-chain amino acid aminotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011676215.1|1273406_1274162_+	potassium transporter KefA	NA	NA	NA	NA
WP_015082498.1|1275647_1277159_-	glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_041931795.1|1277201_1278092_-	XRE family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_015082500.1|1278570_1279461_-|transposase	IS982-like element IS982B family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP015907|1499948:1566415|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_9

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_10

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_080600863.1|1840387_1840954_+	helix-turn-helix domain-containing protein	A5GYQ3	Lactococcus_phage	5.1e-60	72.2
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WP_014573177.1|1841407_1841743_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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1843011:1843033	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP015907|2044439:2102880|DBSCAN-SWA
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MKTLYDVQEMLKKYGYINLFPDRLDAIAFMQIELGKMLESGIFQKSDHDYLTARLILSREERIEKKKSTTNKK
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MEKTLAVNAGSSSLKWQLYEMPEETVIAKGIFERIGLSGSISTTKFNNEEHVRKQEIVDHRQAVLLLMDELIHFQLIHEFREITGIGHRVVSGGEFFNDSTIITPEVLAEIKNLSTLAPLHNPANVLGIEAFQRLLPDALAVAVFDTAFHSTLPEKAYRYPIPTKYYEDYSIRKYGAHGTSHMYVAQEAAKVLGKPLEELKMITAHIGNGASITAIEGGKSVDTSMGFTPLAGVMMGTRAGEMDASVIPYMLESDPSLRNAQDVIDILNKESGVLGVSELSSDMRDLSEAVAKGNPKAILAYEMYVDRLKKFIAQYFGVLNGADALIFTAGVGENDTAVRTDVVNGLSWFGMEIDESKNVRGAFGIISKPESKVKVLVVPTNEELVIARDVEAAK
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MLKVTNLTGGYLGYPVLKELNFEIKEGELVGLIGLNGAGKSTTIQEIIGLLTPYSGQIELDGLTLQQDLEGYRRKIGFIPETPSLYEELTLREHIEVTALAYGISVDLAFKRAEKLLETFRLSDKLDWFPVNFSKGMKQKVMIICAFLVEPSLYIVDEPFMGLDPLAIQDLIDLMMEMKKTGSSILMSTHILATAEKFCDKFIVLHEGQVVAFGTVEELRSQFNQPKASLDEIYLALTKGNIPNSKEVVEAGKTHE
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MNEKNIFKMEFYRNFRDKSWLIVIGVMAILALIDSILIINLIGQTVSGYSHNSAGTAVLAALTIFFTLALGLGIWAFQIIYQFHLLSVDYSNKALGLMIASGVNRMTYYFIKLISTILSTLLALFTILIIPFFLILGVYARQLSEFLSMVSRSLSLSSVWMVLLNSFAGALASIVVLFFVVIMTRGKFWGVFVYLGIEMGVGIVLTIFTSSINVVSIDSQNMMSNNSLIGIIFSVVEIVAFGLLGLSLIRKQDL
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MRIKKIKIWQMLLMFIIWLGTMFLPATVNQNKLNTNFDYKKSRENFFYFLFHQFPLYSFILGLLLLISFFLIYYKKTKFSVYFSFASLIFYISFLIIAFPSMIIFNHSLSGDTFGAQLSIFLTCYGSGYIIAVLLGLFAFLLLFLYALKMRNFQKEG
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MEILFLFIIGTIFGSFFGLLVDRIPAGESIIFRRSHCDSCNHILSFRDLIPLFSQLSSASLCRYCKNKIPLMNFILEFSVGLLFCLVWLNYLSLPQFLMSILSVILSAFDYRHHSFPFIIWLIFALSFIILFPSSLIFYSWLVLALLTEIFDFKIGSSDFLWFFTASFSISFFDEMKLLQIACLLGIIYYLNPNC
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MIKLTKLREDIRNVAIIAHVDHGKTTLVDELLKQSQTLDARKELAERAMDSNALEQERGITILAKNTAVEYNGTRINILDTPGHADFGGEVERIMKMVDGVVLVVDAYEGTMPQTRFVLKKALEQNLTPIVVVNKIDKPSARPAEVVDEVLELFIELGADDEQLDFPVVYASAINGSSSMSDNPADQEHTMANIFDTIIDHIPGPVDNSDEPLQFQVSLLDYNDYVGRIGIGRVFRGTIKVGDSVTLSKLDGTTKNFRVTKLFGFFGLDRQEIQEAKAGDLIALSGMEDIFVGETVTPSDHVEPLPILHIDEPTLQMTFLANNSPFAGREGKWVTSRKVEERLVSELQTDVSLRVENTESPDKWVVSGRGELHLSILIETMRREGYELQVSRPEVIIKEVDGVACEPFERVQIDTPEEYQGSIIQALSERKGDMLDMQVTGNGQARLIFLVPARGLIGFTTEFMSMTRGYGIMNHTFDQYLPAVKGEIGGRHRGSLISMDSGQVTPYAMGYVQERGQLFVDAGTEVYGGMIVGEHSRDNDLTVNITKMKQQTNVRSSNKDSTSVLNTPKILSLEESLEFLGDDDYLEVTPESIRLRKQILDKAMREKSTKKKK
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MDEKQLVSQALSAAIDGVLGVEQIAAIIEKPKSSDLGDLAFPAFQLAKTLRKSPQIIAGEIAEKIDTKGFEKVIAVGPYVNFFLDKNATASEVIREVLTEGEHYGDANIGEGGNVPIDMSAPNIAKPFSIGHLRSTVIGDSIAKIYEKLGYQPIKINHLGDWGKQFGLLITAYKKYGDEATITANPIDELLKLYVKINAEAKEDPEVDEEGRQWFLKMEQGDEEALRIWKWFSDVSLIEFNRIYGKLGVTFDHFMGESFYSDKMDAIVEDLENKNLLHESKGALIVDLEKYNLNPALIKKTDGATLYITRDLATAAYRKKTFNFVKSLYVVGGEQTNHFKQLKAVLKEAGYDWSDDMVHVPFGMVTQGGKKFSTRKGHVVKLEMALDEAVDRAEKQIEAKNPNLENKEEVAKQVGVGAVKFYDLKTDRNNGYDFDLDEMVSFEGETGPYVQYAHARIQSILRKANRKVNIDNISLVVSDAEAWEIVKALKEFPNIVKRAADNYEPSIIAKYAISLAQAFNKYYAHVRILEDDAQLDGRLALISATSIVLKEALRLLGVAAPENM
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MIIRELCLENFTKVPQALQAGIERIELCDNLAVGGTTPSYGVIQEAAEYVAESKTTLAVMIRPRGGNFVYNSHELKIIETDTLKAVEAGAQNIVFGALTTDNKIDSDALETVSIAAQGLPITFHMAFDEITDQKEAIDQLVEFGIDKILMHGGPLDQPLDTDKIKSLIDYAQGKINIIIGGGVNAENFEELAQLTGTNYVHGTKIINL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_015082870.1|2051603_2051885_+	DUF3270 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011677066.1|2052854_2053481_+	copper homeostasis protein CutC	NA	NA	NA	NA
WP_015082871.1|2053513_2054533_-	ABC transporter ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
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WP_051013186.1|2055314_2056205_-	hypothetical protein	A0A076G4Q2	Staphylococcus_phage	6.5e-09	26.6
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WP_011669038.1|2057569_2057830_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	1.1e-09	36.5
WP_011677070.1|2058098_2058497_+	HIT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011677071.1|2058511_2058733_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011677073.1|2059166_2059856_-	50S ribosomal protein L1	NA	NA	NA	NA
WP_011677074.1|2060242_2060668_-	50S ribosomal protein L11	NA	NA	NA	NA
WP_015082873.1|2060803_2061568_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082874.1|2061567_2062446_-	bacitracin transport ATP-binding protein	A0A2K9L0W2	Tupanvirus	1.9e-05	26.4
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WP_011677078.1|2062755_2063277_-	peptide-methionine (S)-S-oxide reductase	NA	NA	NA	NA
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WP_011677081.1|2064896_2065454_-	ribosome-recycling factor	NA	NA	NA	NA
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WP_081172507.1|2069717_2070656_-	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011677086.1|2070743_2070995_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011677087.1|2071095_2072937_-	translational GTPase TypA	A0A1S5SF82	Streptococcus_phage	1.2e-17	35.4
WP_015082879.1|2073104_2073578_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080600868.1|2073700_2074540_-	DDE domain-containing protein	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	4.6e-49	41.4
WP_003137511.1|2074551_2074812_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	8.4e-10	37.6
WP_041931832.1|2074848_2075223_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082881.1|2075305_2076196_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_015082882.1|2076256_2076715_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082883.1|2076729_2077344_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082884.1|2077683_2078412_-	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011677095.1|2078604_2078826_+	DUF910 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_011677096.1|2078859_2079831_+	glucokinase	NA	NA	NA	NA
WP_011677097.1|2079833_2080220_+	rhodanese-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082885.1|2080335_2080782_-	DNA starvation/stationary phase protection protein	A0A0A7RTZ1	Clostridium_phage	1.6e-16	32.6
WP_015082886.1|2080947_2081535_+	prepilin peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_011677101.1|2082570_2083665_-	DNA polymerase IV	NA	NA	NA	NA
WP_011677102.1|2083740_2084232_-|tRNA	prolyl-tRNA editing protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082889.1|2084307_2085801_-	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_015082890.1|2087384_2088329_-	carbamate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_015082892.1|2090058_2091123_-	ornithine carbamoyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_015082893.1|2091288_2092521_-	arginine deiminase	NA	NA	NA	NA
WP_011677109.1|2093827_2095522_-|tRNA	arginine--tRNA ligase	A0A2I2L3K1	Orpheovirus	7.8e-80	34.2
WP_015082894.1|2095589_2096048_+	arginine repressor	NA	NA	NA	NA
WP_081172509.1|2096207_2097539_-	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_041931833.1|2097739_2098339_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015082897.1|2098555_2101660_-	DNA/RNA helicase SWF/SNF family	A0A2L1IWL4	Gordonia_phage	2.4e-42	30.1
WP_041931764.1|2102619_2102880_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	6.5e-10	40.0

2. NZ_CP016707

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	12579 : 62452	56	Lactococcus_phage(37.5%)	transposase,bacteriocin,integrase	attL 28209:28226|attR 42794:42811

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP016707|12579:62452|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_081172573.1|20375_20672_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081172574.1|20695_21283_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081172575.1|21416_22097_+	DDE domain-containing protein	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.0e-110	84.1
WP_021215324.1|22481_23210_-	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_058213251.1|23206_23956_-	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_081042780.1|23961_24873_-	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	4.4e-45	45.7
WP_081172577.1|25060_25951_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_002892257.1|26102_26801_+	DNA-binding response regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	3.9e-33	37.0
WP_021213220.1|26797_28168_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
28209:28226	attL	NA	NA	NA	NA
WP_081172578.1|28281_28962_+	DDE domain-containing protein	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	2.0e-111	85.4
WP_081172579.1|29252_29597_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011834703.1|29649_30204_-	recombinase family protein	A0A286S1P7	Klebsiella_phage	1.8e-41	49.7
WP_003331415.1|30863_32087_+|transposase	IS21 family transposase IS712	A0A059NT83	Lactococcus_phage	4.9e-233	100.0
WP_003331414.1|32098_32857_+	ATPase AAA	A0A059NT77	Lactococcus_phage	5.3e-137	100.0
WP_080600874.1|32905_33502_-|transposase	transposase	A0A1P8CWQ3	Bacillus_phage	9.3e-28	39.5
WP_003137511.1|33513_33774_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_015081775.1|34425_35262_+	AraC family transcriptional regulator	D0R0F8	Streptococcus_phage	1.9e-74	50.5
WP_081172581.1|35741_36902_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_021214628.1|37231_37654_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080600873.1|37650_38142_-|integrase	site-specific integrase	A0A0A8WF08	Clostridium_phage	9.7e-15	35.9
WP_021166320.1|38421_38832_-	N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011669047.1|39264_41190_-	aminodeoxychorismate synthase, component I	S4VT78	Pandoravirus	5.7e-34	36.6
WP_015081772.1|41194_41776_-	aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component II	A0A0P0IKJ1	Acinetobacter_phage	1.4e-36	41.4
WP_080600872.1|41876_42077_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041931732.1|42076_42757_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	8.5e-110	84.1
WP_012898583.1|42908_43109_+	cold-shock protein	Q9AZD3	Lactococcus_phage	6.9e-28	92.4
42794:42811	attR	NA	NA	NA	NA
WP_081172582.1|43403_44294_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_002355386.1|48128_48752_-	cysteine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_011669074.1|49017_49593_-	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011669075.1|49737_50007_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011669076.1|50193_50556_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014573523.1|50565_50853_-|bacteriocin	ComC/BlpC family peptide pheromone/bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_041931947.1|50965_51646_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	4.4e-106	81.9
WP_014573656.1|51837_52176_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_021164873.1|52865_53096_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011669083.1|53145_53442_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004234939.1|55013_55304_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_010905146.1|55399_56161_+|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	5.3e-44	42.6
WP_011669084.1|56608_56809_-	cold-shock protein	Q9AZD3	Lactococcus_phage	9.6e-30	97.0
WP_003132324.1|57085_57286_-	cold shock domain-containing protein	A0A1X9IGI9	Lactococcus_phage	1.6e-13	54.7
WP_014573531.1|57416_57617_-	hypothetical protein	Q9AZK6	Lactococcus_phage	2.8e-05	51.9
WP_041931947.1|58595_59276_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	4.4e-106	81.9
WP_041931939.1|59673_60006_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080600870.1|60195_60384_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080562023.1|60338_60530_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081172584.1|60645_62112_+	DNA polymerase	Q6DMX4	Streptococcus_phage	7.7e-124	51.3
WP_080514012.1|62071_62452_+	hypothetical protein	A0A182BQ76	Lactococcus_phage	3.3e-10	75.6

3. NZ_CP016708

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	41110 : 47681	10	Streptococcus_phage(50.0%)	bacteriocin,transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP016708|41110:47681|DBSCAN-SWA
AATGCTAGAGAATGAATATTTTGTATTTACTGGCACCCTTACAACGATGACAAGAAAACAAGCACAATCAATCATTATAGGTTTAAAAGGGCATAATCAGAACGCTGTGACTAAAAAAACGACTAGACTAGTCACAGGCAATTTTCCGATTGATTTAATAAAAGGCTATCATCATTCGCATAAAATATCAGAGGCTAAGCAATCTAAACGAAAAGGACAACGAATAATGATAATGACTGAAAAAGAATTTATCGAATTTTTAGCTCAAACTTTTCAACTTCTCTCAAAAGGGTTATAATTATGCTTGTTATATTATTGATAGAGGAGGAATTATGAAAACTTTAGGAAAAGCTATTGCTAATAAAATTGCTTTAGTTTTGTCCCAATACTTCCAACTTCCACCAGGATATCTGATGGGAGTTATCCCCAATCATGTCCCCAATGACCCACGAGCTTACTTCGAGCAATTGAATGAAGAACAAAAAGTAGAATTGTTAAAAGTATGCCACAAATGGTCGGAAAAACGAGTTGAAAATATGCAATACTTAAACTGAAAACGTAAAAAGTTTATCATAATGATAAGCTTTTTGTATCTTGCTTAACTTATTGACCTTGGAGAGAATTCATATTCGTTTCGCCCAAGATTCACTGAAAGCAACCTATTGCAAAGTTGGTTCAGTTCGTTGTCCAAGACAGTACTCAATATGTAATTGCAGAAAATTGGGAAAATCAACCAGCGTTAGATTTACATAACAAAAAGGAACGCTTGAAATCTTTTGTTAGAAATATCAGTCAATATCTTATCGAAGATTGTAAAATTAGTATGAGTTACTAATTATACCAAAGTAAAAAAATTAAACCAGCTTGCACCTTAATAGTTGTGAGCTGGTTTTTTAGTTTATTCTAAAACTTATTAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTGCTCCGAAAATTTCTCAGGTCTTCCTCCAAGTCGTCCTCTTGCACGTGCAGCTTCTCTACCAGCGGCAGAACGCTCCAAAATAAGATTTCGCTCAAATTCCGCAAAAGCCGCAAACAAATGAAACATCAATTGTCCAGTCGAACTTGATTTATCCATTGTAATATTTTCTTGCAAGCTATGGAAGCTTACTCCTTTATCATTAAGTGAATTAACTATGCTAATTAAGTCCTCCATATTTCTTCCTAATCGATCTAACCGCCAAACAACAATTGTATCTCCAGAACGAGAAAATTCGATGGCGGATTTTAAACCAGGTCGATCTTTTTTACTTCCTGACAGATGGTCAGTAAATATTTTCTCACAATCATATTTTTTAAGACTATCTTTTTGTAAATCCAAATTTTGAAGTCCAGTTGAAACTCGTGCATATCCGATATTCATTTTATTCTCCTTTGTTCTAATTTATTGTATCATAACTTAAAAAAATATATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACGAGAAATGTAAATGATTTTGAGAGTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCAGAAAATGACCATTTTCTGAACATCTGATAAAAAAGGAAAAACGATTAGAACGCTTTTCTTTTTTATGTCTATTTATTTGATAATAGTCCAATCTAGGAGCTGAGCGTTGTAAAAGTCGTTCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTATAAATTACATTTTATTAAAACTAATAGTTTCTCTCTGAATAAGAGTAAAATTATAGAAACTTGTCTTCTATGTTAGACAAAATTATTGAAATAAGTGCTGGTCAAAATTTTCATCCTCATCAGGAAATTCTTGTTCAATTTGGGTAATTTTGCCAAGTTCAATCGCAAGATTTTCAGTGATGAAATTTTGGACATGAGCCGTAAATGTTTTATCCTCACTGACAAAATGTAAATGAAAACCAATTCCGAAAAGGTCAGTCAGATGTTTGGGTGCCCAAACACCAAGCATCGTACCAGAGATATTTTCTTTTGTAAAATAAGGTTGGTCAGCCATAATTTCATCATAAGGACGAGTGTTATTGGCGGGCTTGCTACTGACGGTCACTTCTTTAAATTGACCGGTCATGACAATCGTATAAGCAGTATTTGCCGTTGGAAAACGCTTAGTCAGCGCTGACAGAAAATCTTCTGAGTTACTGACAGAGTTGTCAGTAAATTTAACGATGGGTTGATGTTCAACCATTGCCACATAAGGCATCGTTTCATTTTCTTCAACTAATCTGACTTGATTTTCTGAGTCACCGTGATAGGCGATGCCATCAATGATTGTCACCTCGCCATTTGCCGTATCAAGCGTACCGATACCGACTTTGCCGTGTGTTAGTGCTTCTTTGAGGGTAATTGTACCTTTGTAAAAGCCGATAGAGAGTGTCGTAAATGTATTGTGTTGGAATATTCTGCTATTCATAATGATATTATTTTATCACTTTTTTTTGTTAGTAGTATCAAATATGTTTTATACCCGAATTGCTAGTTGATTATTTAGCCATGACTTGATACGGTTCTGTTGTAAAGTTTTAAATCTACTATCAAATAAGGTAGAATAATAGAAAAAGATAGCAGGAGGAATGACGATGAATCATTTTAAAGGAAAGCAATTTCAGCAGGATGTGATTATTGTAGCCGTGGGCTACTATCTTCGTTATAACCTTAGCTATCGTGAAGTTCAAGAAATCTTATATGATCGTGGCATTAACGTTTCTCATACGACGATTTATCGTTGGGTGCAAGAATATGGCAAACTACTCTATCAAATTTGGAAAAAGAAAAATAAAAAATCCTTTTATTCATGGAAAATGGATGAAACGTACATCAAAATTAAAGGAAAATGGCATTATTTGTATCGAGCCATCGATGCAGATGGTTTAACCTTGGATATTTGGTTACGTAAAAAACGGGACACACAAGCAGCCTATGCTTTTCTTAAGCGGTTAGTGAAGCAGTTTGATGAACCGAAGGTTGTAGTCACAGATAAAGCCCCCTCTATTACAAGTGCCTTTAAGAAACTAAAAGAATACGGCTTTTATCAAGGGACAGAACATCGTACCATTAAATACCTGAATAATTTGATTGAACAAGACCATCGTCCAGTAAAGAGACGCAATAAATTCTATCGAAGTTTACGCACTGCCTCACCCACGATTAAAGGCATGGAAGCCATCCGAGGATTATATAAGAAAACCCGAAAAGAAGGCACTCTCTTCGGGTTTTCGGTCTGTACTGAAATCAAGGTATTATTGGGAATCCCAGCTTAAATCATAGATACCGTAAGGGATTTTATTCTTTATTTAAAACTTTGCAACAGAACCAGAATTTTAATAATCTACATTTTTATTGTTTACTAATTGGTACCCAAAGCTCCATTTCATAATTGGGATCATGAATATCATTTTCGGTATATACTTCAAAATCTGGTAACCCTGAATGTTTGTAGCCATTTTCTGGGAAAAATTCTTCAAGCAGATATTTCCATGCCTGATGAATGGAATCAGGGACTGATCCTTTAACTGGAACTACTGCATACTCAGTTTCTTTAACTTCTAAGATATCAAGTCCTAAATTTCTAGCTTTAGCGTCATCCAAGACGTTATATCCCGCCATATAATTAATCTTATCATTTCCCTCATTCTCATAACAAACACCTAATGACTGACCATTTCCAAAACTTTCTAATTGATCAAAACTATATTTACTATATAATTCATCCCATGTACTTGGACATTGATTAGATTCAATGTTTTCTTTTAATATGCCAGCTACTTTGAATGATGGCTTTGTTTCGATTTTAATATTCATTTGACTTCCTCCTATTACTTTTAAAGCTAATTTCATTTTAGGAAATAACTTATAGTTTTTCCCTTTTCGAACTTCTGAGGGTGAATTCCCATGAAACTTTTTGAAAGCAAAACTAAAAGCATCAGCTGAATCATAATTATATTTCAAAGCAATATCAATTACTTTTTGATCAGTATTCAACAGATCATCTATAGCTAGTGTAAGTTTTCTATTTCTCAAGTATTCTGCCAATGTAATCTCTGAGAGAATTGAAAAAATTCTACTAAATAGAGGATATGAATAACCTGATATGTTTTGAAATTTTTTAAAATCAACTTCCGATGTAAATGTACTTTCTAAATAGTCAATGGTTTTGTTAAATTGATGCATCATTTTTATCACCTCTCACATAGGAGTTTATCAGATAAAGAGACTCAAAACCCAATAATTTTAGTACAAATAATAACTGTCAGCTGAATACTTCTTTTTTGAATTAAGACTTCCTTATAACTATTTACCTTTTTTGTCTTTTATCAAGTCTATTATACCCGAATTGCTAGTTAATTTCATTGGAAAATAACTAGCAATTCGGGTATATATATAGAAATAGGTATATAATGAAATACATTCATAGGGAATGAAAACTAAACTATTGATGATAGTTAATAAAGGAGATTAAAATGTTTAGTGAAAAAAAGGTTGAATTGACAGAAGGGGAAAAACTCTTCTTGGATAGTATTTATGATTTAATATTAAATCCTGAAATTACTGAAGAGGAAAGAGGCGTTTTGATATCAGCTAAAACAGATTTAGAAAAAACGGGATTTTTGCCCAGAGTAATGAACCAACTCATGCTTGCTTTTAGAGGAAATGCTATTAATAGAACACTAACAAAACCTGTTTCAAACTTTTATGTTAATTTGTACAAGACCACAAGTCTTATGGAGAATATTAGTGGAGCAGCCACCTTATCCGCTGCTATGATTCCAATTTGGTCGGTTGGAGGTAATAATTGAATTGAGAATACTATTTAACAATTAATATCAGAAAGTAAAAGAAGTACCTGTAACTTTTGATTACTCAGGTACTTTTTATATATATCAATTTAAAAACAGGACACCAGGGTATACTCTATTGAACTATTTTTAGTTAGTGGTATAATAGGTATTGCAGGTGTTCAATAGACTTGTTCAAAAAAAGAGGTGGAAAATTGTTAGAAAATGAATATTTCGTGTTCACTGGAACACTCACCACAATGACGAGAAAACAGGCACAAGCTATTATTTCAGGGCTAGAAGGTCATAATCAAAGTAGTGTCACGAAAAAAACCACACAGCTGGTGACAGGCTATTTCCCCTTTGATTTAATCAAGGGCTATTCCCCTTCTCGAAAACTGACAGAAGCAGAACAAGCGATTGAATTAGGACAGCCTTTGATTATCATGAGTGAAAAAGAGTTTGTGGACTTTTTAGCACAATTTTTCCAATAACTATCAAAAGGATTGTAAACAATCATAAAAGAAAGAGAGAAACTATAAATGAAAAAAATAATCGCATTTAGTAGTATTGTTCTTCTAGCTATTTTTGGACTTGTAGCATGTGGTACGAACTCCAAAAAATTATCGAAAGAGAATATTGACCGTATTCATTTTACCATTACCAATGGGAGTAACTATCAATTTCAAGAAACGGATATGAATATCAAGGAAAAAGAAATGGTTTCATCAATTGTCGATTATCTTGATGAGTTGGATTTATCCAAAAAAAATGAGGTCAAAGATACTGGCGGTTTAGTCGGTGCTGATACGTATACACTAGATTTGAACCGTGGAACAAAATTTGTCAGAAGATACATGATTTATGGCGATTACATCACCATTGGTAAGGATAAAAAACAGCAAGTGATTTATAAAGTGAAACACGATAAACTATCTGATTTACTTAAAACGTTGGACAATTTGGCAGAAGCCAATAATGATAAAGAGGAGGAATAGAAAATGGCAAAAATAGGTTATGCTCGTGTTTCAAGCAAAGAACAGAACCTAGACCGCCAGTTAGAAGTCTTACAGGACGTTTCTAAGGTGTTTTCAGATAAGGCAAGCGGACAATCTACTGAACGTCCTCAATTACAAGCCATGCTGACTTATTTACGTGAGGGTGATATTGTCGTGGTGACAGAATTAGACCGCTTAGGACGAAATAACAAAGAATTAACCGAACTGATGAACCAAATTCAACAAAAAGGCGCAACGCTGGAAGTCTTAAACTTGCCATCCATGACAGGGATTGAAGACGATAATTTAAGGCGTTTAATCAATAACTTAATGATTGAATTGTACAAATACCAAGCAGAAAGTGAACGAAAACGGATTAGAGAACGGCAAGCCCAAGGTATAGCCATTGCCAAACAACGGGGACGATTTAAAGGACGAAAAAAGAAATATTCTTTTGAAGATGAGGGCTTGCAACATGCCTTTGACTTATACCAACAAGGATTAACAGAAAAAGAAATCGAGCGTAAAACTGGAATTAATCGAACGACTTTTCGACGTTATCGTCAAAAATATAACGTGATAAGAGAAGACAGAAAAGAATAA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP016708|41110:47681|43884_44565_+|WP_013646119.1|transposase|DBSCAN-SWA
MNHFKGKQFQQDVIIVAVGYYLRYNLSYREVQEILYDRGINVSHTTIYRWVQEYGKLLYQIWKKKNKKSFYSWKMDETYIKIKGKWHYLYRAIDADGLTLDIWLRKKRDTQAAYAFLKRLVKQFDEPKVVVTDKAPSITSAFKKLKEYGFYQGTEHRTIKYLNNLIEQDHRPVKRRNKFYRSLRTASPTIKGMEAIRGLYKKTRKEGTLFGFSVCTEIKVLLGIPA
>NZ_CP016708|41110:47681|46622_47078_+|WP_011869582.1|DBSCAN-SWA
MKKIIAFSSIVLLAIFGLVACGTNSKKLSKENIDRIHFTITNGSNYQFQETDMNIKEKEMVSSIVDYLDELDLSKKNEVKDTGGLVGADTYTLDLNRGTKFVRRYMIYGDYITIGKDKKQQVIYKVKHDKLSDLLKTLDNLAEANNDKEEE
>NZ_CP016708|41110:47681|42012_42567_-|WP_003132846.1|DBSCAN-SWA
MNIGYARVSTGLQNLDLQKDSLKKYDCEKIFTDHLSGSKKDRPGLKSAIEFSRSGDTIVVWRLDRLGRNMEDLISIVNSLNDKGVSFHSLQENITMDKSSSTGQLMFHLFAAFAEFERNLILERSAAGREAARARGRLGGRPEKFSEQDVKLLKTLVESGTPIKSIADSWGVSRTTIYRYINKF
>NZ_CP016708|41110:47681|41441_41663_+|WP_003132844.1|DBSCAN-SWA
MKTLGKAIANKIALVLSQYFQLPPGYLMGVIPNHVPNDPRAYFEQLNEEQKVELLKVCHKWSEKRVENMQYLN
>NZ_CP016708|41110:47681|44641_45478_-|WP_023349284.1|DBSCAN-SWA
MMHQFNKTIDYLESTFTSEVDFKKFQNISGYSYPLFSRIFSILSEITLAEYLRNRKLTLAIDDLLNTDQKVIDIALKYNYDSADAFSFAFKKFHGNSPSEVRKGKNYKLFPKMKLALKVIGGSQMNIKIETKPSFKVAGILKENIESNQCPSTWDELYSKYSFDQLESFGNGQSLGVCYENEGNDKINYMAGYNVLDDAKARNLGLDILEVKETEYAVVPVKGSVPDSIHQAWKYLLEEFFPENGYKHSGLPDFEVYTENDIHDPNYEMELWVPISKQ
>NZ_CP016708|41110:47681|46295_46574_+|WP_041931931.1|DBSCAN-SWA
MLENEYFVFTGTLTTMTRKQAQAIISGLEGHNQSSVTKKTTQLVTGYFPFDLIKGYSPSRKLTEAEQAIELGQPLIIMSEKEFVDFLAQFFQ
>NZ_CP016708|41110:47681|47081_47681_+|WP_015081768.1|DBSCAN-SWA
MAKIGYARVSSKEQNLDRQLEVLQDVSKVFSDKASGQSTERPQLQAMLTYLREGDIVVVTELDRLGRNNKELTELMNQIQQKGATLEVLNLPSMTGIEDDNLRRLINNLMIELYKYQAESERKRIRERQAQGIAIAKQRGRFKGRKKKYSFEDEGLQHAFDLYQQGLTEKEIERKTGINRTTFRRYRQKYNVIREDRKE
>NZ_CP016708|41110:47681|43052_43718_-|WP_011676114.1|DBSCAN-SWA
MNSRIFQHNTFTTLSIGFYKGTITLKEALTHGKVGIGTLDTANGEVTIIDGIAYHGDSENQVRLVEENETMPYVAMVEHQPIVKFTDNSVSNSEDFLSALTKRFPTANTAYTIVMTGQFKEVTVSSKPANNTRPYDEIMADQPYFTKENISGTMLGVWAPKHLTDLFGIGFHLHFVSEDKTFTAHVQNFITENLAIELGKITQIEQEFPDEDENFDQHLFQ
>NZ_CP016708|41110:47681|41110_41407_+|WP_003132842.1|DBSCAN-SWA
MLENEYFVFTGTLTTMTRKQAQSIIIGLKGHNQNAVTKKTTRLVTGNFPIDLIKGYHHSHKISEAKQSKRKGQRIMIMTEKEFIEFLAQTFQLLSKGL
>NZ_CP016708|41110:47681|45765_46101_+|WP_011915238.1|bacteriocin|DBSCAN-SWA
MFSEKKVELTEGEKLFLDSIYDLILNPEITEEERGVLISAKTDLEKTGFLPRVMNQLMLAFRGNAINRTLTKPVSNFYVNLYKTTSLMENISGAATLSAAMIPIWSVGGNN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_003132842.1|41110_41407_+	hypothetical protein	A0A1S5SEW3	Streptococcus_phage	4.2e-05	39.3
WP_003132844.1|41441_41663_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003132846.1|42012_42567_-	recombinase family protein	A0A0A7NPV4	Enterobacteria_phage	3.6e-42	50.6
WP_011676114.1|43052_43718_-	alpha-acetolactate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_013646119.1|43884_44565_+|transposase	IS6-like element IS1216 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.8e-127	99.1
WP_023349284.1|44641_45478_-	AraC family transcriptional regulator	D0R0F8	Streptococcus_phage	4.1e-74	50.5
WP_011915238.1|45765_46101_+|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
WP_041931931.1|46295_46574_+	DNA polymerase	X2KQX9	Campylobacter_phage	7.2e-07	46.0
WP_011869582.1|46622_47078_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_015081768.1|47081_47681_+	recombinase family protein	G8I4U3	Mycobacterium_phage	2.5e-12	41.0