CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP020583	Acinetobacter baumannii strain JBA13 plasmid pJBA13_2, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP020582	Acinetobacter baumannii strain JBA13 plasmid pJBA13_1, complete sequence	0 crisprs	TnsE_C	0	0	0	0
NZ_CP020584	Acinetobacter baumannii strain JBA13 chromosome, complete genome	1 crisprs	WYL,cas3,csa3,RT,DEDDh	0	0	6	0

1. NZ_CP020584

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP020584_1

• CRISPR_ID: NZ_CP020584_1
• CRISPR_location: 1888230-1888315
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP020584_1

Consensus_repeat	Method
CCAGCTTCACGAGCCTCTTCTGA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP020584_1

>1.1|1888253|40|NZ_CP020584|CRISPRCasFinder
GGTAAATTCATGTGCGTTACCACTGGCATGTGCAGCACGG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP020584_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP020584_1

>merge|NZ_CP020584|1|1888230-1888315|CRISPRCasFinder
CCAGCTTCACGAGCCTCTTCTGAGGTAAATTCATGTGCGTTACCACTGGCATGTGCAGCACGGCCAGCTTCACGAGCTTCTTCTGA

>NZ_CP020584|1|1|1888230-1888315|CRISPRCasFinder
CCAGCTTCACGAGCCTCTTCTGA	GGTAAATTCATGTGCGTTACCACTGGCATGTGCAGCACGG
CCAGCTTCACGAGCTTCTTCTGA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP020584.1|WP_000983628.1|1888946_1889360_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP020584.1|WP_000107128.1|1878513_1879473_-|DNA-binding-response-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|381147
NZ_CP020584.1|WP_001136759.1|1896162_1896591_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP020584.1|WP_000108365.1|1895124_1895346_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|237171
NZ_CP020584.1|WP_001984002.1|1897973_1898264_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP020584.1|WP_001145693.1|1892635_1894045_-|iron-containing-redox-enzyme-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379634
NZ_CP020584.1|WP_000795915.1|1886992_1887229_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP020584.1|WP_000498477.1|1895853_1896075_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP020584.1|WP_001104463.1|1877138_1877798_-|amino-acid-ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|223836
NZ_CP020584.1|WP_000432330.1|1889501_1890380_+|NAD(P)-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|187613
NZ_CP020584.1|WP_000418064.1|1876483_1877149_-|amino-acid-ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|223836
NZ_CP020584.1|WP_000376215.1|1884804_1885260_-|Lrp/AsnC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224439
NZ_CP020584.1|WP_000482091.1|1894360_1894840_+|damage-inducible-protein-CinA	unknown	unknown	gnl|CDD|224463
NZ_CP020584.1|WP_000885229.1|1885416_1886028_+|LysE-family-translocator	unknown	unknown	gnl|CDD|224199
NZ_CP020584.1|WP_000132044.1|1895451_1895769_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP020584.1|WP_000999434.1|1890436_1892575_-|catalase-HPII	unknown	unknown	gnl|CDD|236886
NZ_CP020584.1|WP_001025680.1|1878085_1878370_-|N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|379642
NZ_CP020584.1|WP_024432549.1|1879469_1882943_-|hybrid-sensor-histidine-kinase/response-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|274362
NZ_CP020584.1|WP_000116422.1|1883129_1884746_+|allantoin-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|224374
NZ_CP020584.1|WP_001124846.1|1886098_1886710_-|DNA-polymerase-V	unknown	unknown	gnl|CDD|182350

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP020584.1|WP_000107128.1|1878513_1879473_-|DNA-binding-response-regulator	gnl|CDD|381147	cd19920, REC_PA4781-like, phosphoacceptor receiver (REC) domain of cyclic di-GMP phosphodiesterase PA4781 and similar domains. Pseudomonas aeruginosa cyclic di-GMP phosphodiesterase PA4781 contains an N-terminal REC domain and a C-terminal catalytic HD-GYP domain, characteristics of RpfG family response regulators. PA4781 is involved in cyclic di-3',5'-GMP (c-di-GMP) hydrolysis/degradation in a two-step reaction via the linear intermediate pGpG to produce GMP. Its unphosphorylated REC domain prevents accessibility of c-di-GMP to the active site. REC domains function as phosphorylation-mediated switches within response regulators, but some also transfer phosphoryl groups in multistep phosphorelays.	6.21476e-55
NZ_CP020584.1|WP_001145693.1|1892635_1894045_-|iron-containing-redox-enzyme-family-protein	gnl|CDD|379634	pfam14518, Haem_oxygenas_2, Iron-containing redox enzyme. The CADD, Chlamydia protein associating with death domains, crystal structure reveals a dimer of seven-helical bundles. Each bundle contains a di-iron centre adjacent to an internal cavity that forms an active site similar to that of methane mono-oxygenase hydrolase.	1.51279e-18
NZ_CP020584.1|WP_024432549.1|1879469_1882943_-|hybrid-sensor-histidine-kinase/response-regulator	gnl|CDD|274362	TIGR02956, sensor_protein_TorS, TMAO reductase sytem sensor TorS. This protein, TorS, is part of a regulatory system for the torCAD operon that encodes the pterin molybdenum cofactor-containing enzyme trimethylamine-N-oxide (TMAO) reductase (TorA), a cognate chaperone (TorD), and a penta-haem cytochrome (TorC). TorS works together with the inducer-binding protein TorT and the response regulator TorR. TorS contains histidine kinase ATPase (pfam02518), HAMP (pfam00672), phosphoacceptor (pfam00512), and phosphotransfer (pfam01627) domains and a response regulator receiver domain (pfam00072). [Signal transduction, Two-component systems].	3.78428e-57
NZ_CP020584.1|WP_001104463.1|1877138_1877798_-|amino-acid-ABC-transporter-permease	gnl|CDD|223836	COG0765, HisM, ABC-type amino acid transport system, permease component [Amino acid transport and metabolism].	5.48761e-65
NZ_CP020584.1|WP_000432330.1|1889501_1890380_+|NAD(P)-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|187613	cd05355, SDR_c1, classical (c) SDR, subgroup 1. These proteins are members of the classical SDR family, with a canonical active site tetrad and a typical Gly-rich NAD-binding motif. SDRs are a functionally diverse family of oxidoreductases that have a single domain with a structurally conserved Rossmann fold (alpha/beta folding pattern with a central beta-sheet), an NAD(P)(H)-binding region, and a structurally diverse C-terminal region. Classical SDRs are typically about 250 residues long, while extended SDRs are approximately 350 residues. Sequence identity between different SDR enzymes are typically in the 15-30% range, but the enzymes share the Rossmann fold NAD-binding motif and characteristic NAD-binding and catalytic sequence patterns. These enzymes catalyze a wide range of activities including the metabolism of steroids, cofactors, carbohydrates, lipids, aromatic compounds, and amino acids, and act in redox sensing. Classical SDRs have an TGXXX[AG]XG cofactor binding motif and a YXXXK active site motif, with the Tyr residue of the active site motif serving as a critical catalytic residue (Tyr-151, human 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH) numbering). In addition to the Tyr and Lys, there is often an upstream Ser (Ser-138, 15-PGDH numbering) and/or an Asn (Asn-107, 15-PGDH numbering) contributing to the active site; while substrate binding is in the C-terminal region, which determines specificity. The standard reaction mechanism is a 4-pro-S hydride transfer and proton relay involving the conserved Tyr and Lys, a water molecule stabilized by Asn, and nicotinamide. Extended SDRs have additional elements in the C-terminal region, and typically have a TGXXGXXG cofactor binding motif. Complex (multidomain) SDRs such as ketoreductase domains of fatty acid synthase have a GGXGXXG NAD(P)-binding motif and an altered active site motif (YXXXN). Fungal type ketoacyl reductases have a TGXXXGX(1-2)G NAD(P)-binding motif. Some atypical SDRs have lost catalytic activity and/or have an unusual NAD(P)-binding motif and missing or unusual active site residues. Reactions catalyzed within the SDR family include isomerization, decarboxylation, epimerization, C=N bond reduction, dehydratase activity, dehalogenation, Enoyl-CoA reduction, and carbonyl-alcohol oxidoreduction.	1.69173e-160
NZ_CP020584.1|WP_000418064.1|1876483_1877149_-|amino-acid-ABC-transporter-permease	gnl|CDD|223836	COG0765, HisM, ABC-type amino acid transport system, permease component [Amino acid transport and metabolism].	2.80628e-57
NZ_CP020584.1|WP_000376215.1|1884804_1885260_-|Lrp/AsnC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224439	COG1522, Lrp, Transcriptional regulators [Transcription].	8.76675e-40
NZ_CP020584.1|WP_000482091.1|1894360_1894840_+|damage-inducible-protein-CinA	gnl|CDD|224463	COG1546, CinA, Uncharacterized protein (competence- and mitomycin-induced) [General function prediction only].	5.88094e-21
NZ_CP020584.1|WP_000885229.1|1885416_1886028_+|LysE-family-translocator	gnl|CDD|224199	COG1280, RhtB, Putative threonine efflux protein [Amino acid transport and metabolism].	2.70108e-23
NZ_CP020584.1|WP_000108365.1|1895124_1895346_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|237171	PRK12678, PRK12678, transcription termination factor Rho; Provisional.	5.30417e-06
NZ_CP020584.1|WP_001025680.1|1878085_1878370_-|N-acetyltransferase	gnl|CDD|379642	pfam14542, Acetyltransf_CG, GCN5-related N-acetyl-transferase. This family of GCN5-related N-acetyl-transferases bind both CoA and acetyl-CoA. They are characterized by highly conserved glycine, a cysteine residue in the acetyl-CoA binding site near the acetyl group, their small size compared with other GNATs and a lack of of an obvious substrate-binding site. It is proposed that they transfer an acetyl group from acetyl-CoA to one or more unidentified aliphatic amines via an acetyl (cysteine) enzyme intermediate. The substrate might be another macromolecule.	1.0722e-24
NZ_CP020584.1|WP_000999434.1|1890436_1892575_-|catalase-HPII	gnl|CDD|236886	PRK11249, katE, hydroperoxidase II; Provisional.	0
NZ_CP020584.1|WP_000116422.1|1883129_1884746_+|allantoin-permease	gnl|CDD|224374	COG1457, CodB, Purine-cytosine permease and related proteins [Nucleotide transport and metabolism].	2.74183e-22
NZ_CP020584.1|WP_001124846.1|1886098_1886710_-|DNA-polymerase-V	gnl|CDD|182350	PRK10276, PRK10276, translesion error-prone DNA polymerase V autoproteolytic subunit.	2.36027e-39

Protein sequences

>NZ_CP020584.1|WP_000795915.1|1886992_1887229_+|hypothetical-protein
MKNQRDAVLGYADEQHAYYIRLIENDAVLGESYGIFCENPESEAAESIMTTLFLKKSFWLNGSEFTDIVKGLHPLTHS
>NZ_CP020584.1|WP_001124846.1|1886098_1886710_-|DNA-polymerase-V
MPKKKEFEHGGARENAGRKAQFNEPTKVIRVPESQVNFIKNWLLNNVKTNNQTDFTSKLKIQQVHPNNDKIYHIPLATERVAAGFPSPAQDDIEQALDLNEYLIRNENATFIVKANSLSMLDAGIDIDDPLIVDRSIPAKSGDIVIALIDNDFTVKRLMIDTQFHPPKVWLKAENPDYQNIYIEEGQELVIWGVVTYNLKRMR
>NZ_CP020584.1|WP_000885229.1|1885416_1886028_+|LysE-family-translocator
MAFNIFIAFWSVSILFIITPGADWAYAISAGIKGKVVVPAVAGMLFGHFITILLVAAGVGLLVANNPTALMILTVAGSAYLLWMGINLLLTPPTPNESGSEKAQSWLRWATKGVYVSGLNPKVFLLFLALLPQFIDTTASWSVTTQILAFGVVHIISCAIIYLMVGYGSEAILKTRPQAAQLVGRFSGGLMVVIATCLLIGQI
>NZ_CP020584.1|WP_000376215.1|1884804_1885260_-|Lrp/AsnC-family-transcriptional-regulator
MDRTDKKILAELQLNGRLSITELAEKVGLSISPCHRRVKALEESGAIKGYRAELDPNLVGFEFSAIVFITLKEGDKQAVEKFENAVIEIPQIIQAQRLFGEPDYLLHVVARDLPAFQRLYDEKLSAIPSVQRLISTIVMKDVVPERLFPIG
>NZ_CP020584.1|WP_000116422.1|1883129_1884746_+|allantoin-permease
MSVSEHPNLDTVQGADSQKAVNETLEDYTLRYAPHSFRRWSPKVVAITALGGIAYLADFSIGASIGMSYGTTNAVFSILFAAIIIFLTGIPLAYYAARYNIDLDLITRGAGFGYIGSVLTSIIFASFTFIFFALEGSIMAQGLLLGLGIPLWAGYLISTVMVIPLVIYGMKALSKLQVWTTPLWLVLMIGPVAYLIYQEPTLVSQFATFTGHEGFAPVDMAAIMLGAGICLSLIMQIGEQIDYLRFMPAKTKENSKAWWAAVISAGPGWVILGAIKQIIGAFLGFYLLTKIPGVNSTEPVQQFNAAFHDMLPGWAALTLAVILVVISQIKINVTNAYSGSLAWTSAYTRISKHYPGRIVFVIVNLAIALALMEGNMFAVLGKILGFYSNFAIAWVVVVATDISINKYVLKLSPKEPEYRRDMLYNVNPVGMVAFLVSAGLSIAAFFGLLGSFLAPYSPIIALVLAFVLTPIMGLLTKGKYYIKSHDDGVKEPRYDAEGTPVATVYHCRVCEQGYERPDIMFSHKHNGTICSLCKTLDA
>NZ_CP020584.1|WP_024432549.1|1879469_1882943_-|hybrid-sensor-histidine-kinase/response-regulator
MQNMSVMPDTSRPQQAPQRVIKTRREYNIWVADESIEDYALRYAPTSVRKWSPWTVTNTAISTVSFLAMEAIGATMLWQYGFSNALWAAIVVCTIIFLTSWPISYYAAKYNVDVDLLTRGAGFGYIGSTITSLIYASFTFILLAFEAAIMAMALELALGIPQVIGYLISALVILPLVVKGIGFINKVQAVTQPIWLLLLLLPWFFVLWKQPQILSSSLHFVGAVSNSTDFNLYYFGAACTLIFSFVIQIGEQADYLRFLPQKEKNRTAWRFAVFLGGPSWIIFGFLKVLMGMLLMVLAFQLFIPVSELDNPTYLYWVAYQQFIPNPQLALILTLALVCLAQIKINMTNAYAGSLAWSNFFARLTHSHPGRIVWLLFNVFIAIVLMEMGISHAVERILGLYSNIALAWIGAVVADLIICKPLGLSPKGIEFRRAYLYDINPVGVGALLIASVLSMLSYLGFFGLMAKGLASFIALGSAVLCVPVIAYLTTGKYYIARQPEKIQATLVANCVVCERDYELADMAGCPAYNGTICSLCCSLEARCHDLCKPDARWSVQLKKAIWHYLPERWASRLNSRVSLYLLLTLGLSIVLAVSLSLVYIQEKTYLETINAAAVPQLFTLFVKIYTILFLLMSVAAWWLVLNDESRRNAEIETHQQTALLIDEIAAHEVTSKDLQDARIAAERANDAKSRYVIGISHELRTPLNSILGYSQLLQKQEQLSEQGKMALGVISRSGQHLTSLIDGLLDLARIETGKISLNVVDVHFPNFIEQIIQMFQPQFEQKNLQFVYEIGENLPHYVRTDKKRLEQVLINLLGNALKFTTSGTITLKVEYRFQTAYFEIRDTGCGIAEADLERIFNPFERGSNVVQGGFTGIGLGLPIVKLLVDLLGGQLSVTSQLNQGSQFKIKFYLPSKEVVHPISNVYSNQITGYQGERKRILVVDNEAVDRGLVANFLKPLGFMIEEAESGIDCLRRVPIFQPNLILMDLNMPLMGGWETARLLRQNNITNVPILIISANAGEREVNPQDAVLSEDFMLKPIDLNLLLSKIGDKLGLVWIDSKSETLLENNEVQALDLNIYKQEQVAVHTLIQQPENNELLDFPQSLQQLNDLIGQGYIRGIQQTLTQCRQNFPKHNELWEQLEQAIQKFDLKHAQRLIQDKQ
>NZ_CP020584.1|WP_000107128.1|1878513_1879473_-|DNA-binding-response-regulator
MSTQHVSFQQASPNEQAVILIVDDVPENLGLLHESLDQAGYRVLVTTDGLSAIEIAHRCLPDMILLDGNMPHMDGFESCIQLKASPITQFIPVIFMTGLSETEHIVRGFQVGGVDYVTKPLNIEEVLARVKTHLAHAKLLQQQKQVIDATETAILALDVHGKIVWKTQKASDLLNQYLPELEGFEAGLKAWFSDLEHEKDPKKLTSCSYSTPSQQLQLLLLTPWETEPSVAKNYLIQIKTSTPALEMADILKYCPQLTQREAEVMHWLLLGKTNKDIAEILELSPRTVNKHLEHVFEKLCVENRTAAVAHINSLVQEFH
>NZ_CP020584.1|WP_001025680.1|1878085_1878370_-|N-acetyltransferase
MNIQQKDDTKHGSFSLLDGETVAGEMTYTWAGESMLIIDATDVNENYRGQGVGRQLLDALVAFVREKDVKVIPLCPYAKSVFDKDPSIGDVLRK
>NZ_CP020584.1|WP_001104463.1|1877138_1877798_-|amino-acid-ABC-transporter-permease
MNWQYIHSVLPQFFSATLTTLKISIISIILAIIVGLICSILITYHVRVLNRIAQFYIELSRNTPLLIQLFFLYYGLPKLGIKIDGFACGVIGLTFLGGSYMAEAFRAGLQSVAKGQIDSAKSIGLKPTQIFRYVIFPQALAISIPAIGANCLFLIKESSVVSAIAVVELLFVTKDLIGMDYKTTEALFLLIMAYLIILLPVSILTSYLEHRSRKVSHGT
>NZ_CP020584.1|WP_000418064.1|1876483_1877149_-|amino-acid-ABC-transporter-permease
MELDYLFQASHLERLMWGLWATAKIAFISVFFSAIFGTVFGVIMTSKNIVVKALCRLYLEAIRIIPILVLLFVFYFGFATWFNWQFSAMWVCIVVFVLWGTAEMGDLVRAAITSIDQHQRDSAYALGLTHVQALIYVIFPQSLKRVTPGAINLFTRMVKTSSLAVLIGVVEVIKVGQQIIENSLLTVPSASLWIYGFIFILYFLICYPLSRLAAHLEKVWE
>NZ_CP020584.1|WP_000983628.1|1888946_1889360_+|hypothetical-protein
MMQPTHTHSTLQYIHISVPEILLSNIQIKNSWQDYNQEWSYRLDPPHASHPFQRDLYIIKSKNIETEDIKKILDNIVVKNSKNKDDLKNIVEAETVIKEILDLSNYIPIENWLNDTGNRSIVESMIDKNKVKLLDII
>NZ_CP020584.1|WP_000432330.1|1889501_1890380_+|NAD(P)-dependent-oxidoreductase
MENTTNQYPSEVPAQVQPHQPGDQEKMHPEPEIIKASHKGSEKLKGKVAVISGGDSGIGRSVAVLFAREGADIAVLYLKEDQDAEITKQLIEKEGQQCLLLKGDISDPDLAKQNIDKVLQHFGKINILVNNAGVQYQQKEIESISNEQLEKTFKTNIFTMFYLTKEAIPYMEEGDSIINTTSITSYQGHDELIDYASTKGAITSFTRSLSNNLMKQKKGIRVNGVAPGPIWTPLIPSSFDAETVEKFGKDTPMGRMGQPSEVAPAYLFLASDDASYITGQVIHVNGGQIVNG
>NZ_CP020584.1|WP_000999434.1|1890436_1892575_-|catalase-HPII
MNDNTKSTNKTSEMAGADAANKANTTQKTEQLDTVRDDATNEALTTNQGVKIADNQNSLRAGIRGSTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGVGAHGYFQAYEGNERLTKAGFLTDPTIQTPIFVRFSTVQGPRGSADTVRDIRGFAIKFYTQEGNFDLVGNNAPVFFVQDGIKFPDFVHAVKPEPDTEIPTGATAHDTFWDFVSLVPESAHAVIWAMSDRAIPRNLRSIQGFGVHTFRLINAEGKSHFVKFHWTPKQGLSALVWDEAQKLAGKDPDFHRRDLYEAIEHGFYPEWELGVQIVEEEDEMNFDFDLLDPTKIIPEELVPVTPIGRFVLNRNVDNFFAETEQVAFCPGHVVPGIDFTDDPLLQARLFSYTDTQLSRLGGPNFHQIPINKPVCPFHNNQRDGIHQHTIHKGQAAYQPNSIDGNWPVETPPAASNGGFESYPEKISGHKLRQRSETFSDYFSQPRLYYKSLAPHEQKHVVDAYTFELSKVQRKHIRERQVQQILANIDLDLARQVGANLGIEVPDLTLSYKKTAVEKSAKLSFLAFPPEDIQGRKVAVLIHNMVKSDALEAIKNWAIKEGVILHLLAPSLAPVKDHKDNVIVADGMQMSEPSIAYDAVIIPDGDNLNTVMQDGVARHYLLEAYKHLKPIVFLGNKSDLLEPLGLVADEGTLIEDEFQHVAEKFKNLIKAHRVWSREQIAAHVPA
>NZ_CP020584.1|WP_001145693.1|1892635_1894045_-|iron-containing-redox-enzyme-family-protein
MPVVVKKRLLDLLQDNQQNYYELFVFFLDPDVSSFEKEKKARDFLVKEIDKLEMKEIDFPSDINLIKAWCENDNKKNCQEFQAYLNRRQSGQDREYFKNVAQAFEFLIKVSPTKKVDGAWLYSSVHYWNDPIFHELIITYLEELGLGEPKANHVCIYDDLLRSLGLDSFDLLLEDEYYHQAVVQLALGYAPPEFIPEIVGFNLGYEQLPLHLLISNYELAELGIDSKYFNLHITIDNIDNGHAYKAIKVIEDIYNQYRDKELFLTKLKRGFALNNHGVSSSNIIKNLNTEDFVHRIFKRKALVGQLIHNETRQFGCKTINQWLSNPDDIAGLITHLTEHKWIKFNTDPEQSVFWRMINEENGKMFGVFNPVERQIIHDWIAGSDHSSSFLAYSRELKNSQRIQDYLFSYISDGELDALQERVQQSSDLAIKICKLTPFLAPDSHHKSIGLWSTRKYVELLFPYLGTFKN
>NZ_CP020584.1|WP_000482091.1|1894360_1894840_+|damage-inducible-protein-CinA
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MTDQNTDHAQLVAGDHNYSDSRWRESYLTRPYYQEAQLTTPDLDYDRDFSAAYELGHRARSESKEGTQFEDMEGSLQQKWEELKAESRLKWEHAKQAIKDAWDDI
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MFVYFTDGTCINDSEIYGVKAKYEQNKYVVEVTIKPTHVLATTPSVQFKKEVFDDPNLANQYLSHNFNMPPFF
>NZ_CP020584.1|WP_001136759.1|1896162_1896591_-|hypothetical-protein
MPQYLKIAEKIYQNVKEKKGFTDDPMEDLNNLMIELRQEIKGTKLKLLYNYIDFAEILIKPLQESKIKLDLSLIPKSKNTQEFVLWLAGFIERITTGGQEKLPPIRAKITLPAYAYEETYPSQKKPVNNGEEIIEYFKKNQS
>NZ_CP020584.1|WP_001984002.1|1897973_1898264_+|hypothetical-protein
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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	334435 : 375750	45	Pseudomonas_phage(19.23%)	transposase,tRNA,protease,tail,head	NA
DBSCAN-SWA_2	671444 : 788976	156	Acinetobacter_phage(95.62%)	tail,head,transposase,terminase	NA
DBSCAN-SWA_3	949324 : 970511	21	Escherichia_phage(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	2218708 : 2247382	38	Acinetobacter_phage(93.75%)	tail,head,terminase	NA
DBSCAN-SWA_5	2251340 : 2263688	24	Acinetobacter_phage(95.65%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_6	2481670 : 2494454	18	Acinetobacter_phage(50.0%)	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP020584|334435:375750|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_001984613.1|338552_339665_-	ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_000841361.1|340037_340532_+	transcription elongation factor GreB	NA	NA	NA	NA
WP_000270080.1|340790_341345_-	DUF4440 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_001071463.1|341928_345927_+	peptide synthetase	A0A2K9KZV5	Tupanvirus	3.0e-69	33.3
WP_001090811.1|346387_347473_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_002018186.1|348034_348715_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005074137.1|349394_349844_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_060853588.1|349963_350401_-	regulatory protein GemA	Q6QIE7	Burkholderia_phage	5.0e-23	43.9
WP_001004234.1|350402_350627_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_060853589.1|350623_351337_-	DUF2786 domain-containing protein	A0A2H4JCP9	uncultured_Caudovirales_phage	5.0e-28	39.2
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WP_060853591.1|351655_351928_-	HU family DNA-binding protein	A7KV42	Bacillus_phage	2.2e-21	62.9
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Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP020584|671444:788976|DBSCAN-SWA
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MDGKDYFWLTRKKEPKTKSKSRPLPKATQKYLEAEEEFTQALDNLEIKYEKKFQFKSTKHWRFDFHLIEYRILVEIAGGPWSGGRKGKLSTKAWSMDRYDVAEEMGYTVVRLEAAPRFKINESGPLQIQAHFASQWLKNLKRQIFNGADQTISTD

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_001076817.1|673756_676132_+	xanthine dehydrogenase molybdopterin binding subunit	A0A0P0I429	Acinetobacter_phage	0.0e+00	100.0
WP_001164226.1|676138_677122_+	xanthine dehydrogenase accessory protein XdhC	A0A0P0IKN7	Acinetobacter_phage	2.0e-189	100.0
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WP_001982145.1|678653_679703_-	anthranilate phosphoribosyltransferase	A0A0N7IRD9	Acinetobacter_phage	9.8e-190	100.0
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WP_000960548.1|682870_685570_+	M1 family peptidase	A0A0P0IY26	Acinetobacter_phage	0.0e+00	100.0
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WP_038405739.1|687358_687766_-	hypothetical protein	A0A0P0I8H3	Acinetobacter_phage	1.3e-12	97.0
WP_000654847.1|687769_688015_-	hypothetical protein	A0A0P0IVN4	Acinetobacter_phage	1.5e-40	100.0
WP_070423394.1|688016_689093_-	hypothetical protein	A0A0D4DBR8	Acinetobacter_phage	5.1e-141	75.1
WP_070423393.1|689089_690211_-	AAA family ATPase	A0A0D4DBX7	Acinetobacter_phage	9.1e-210	98.9
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WP_041172434.1|690811_691252_-	hypothetical protein	A0A0D4DBH9	Acinetobacter_phage	1.3e-74	97.9
WP_001129671.1|691460_691964_-	hypothetical protein	A0A0P0I896	Acinetobacter_phage	1.2e-65	82.6
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WP_001093662.1|693248_694013_-	phage repressor protein	A0A0P0J076	Acinetobacter_phage	1.6e-144	98.8
WP_000996060.1|694121_694373_+	hypothetical protein	A0A0N7IRE1	Acinetobacter_phage	2.4e-38	95.2
WP_000048916.1|694383_694704_+	hypothetical protein	A0A0P0HSE9	Acinetobacter_phage	1.2e-42	87.7
WP_002055029.1|694763_695054_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_000544506.1|697036_697786_+	hypothetical protein	A0A0N7IRF0	Acinetobacter_phage	1.2e-136	98.4
WP_000648413.1|697903_698326_+	hypothetical protein	A0A0P0I8A5	Acinetobacter_phage	1.0e-76	100.0
WP_001143183.1|698315_698738_+	hypothetical protein	A0A0N7IRE2	Acinetobacter_phage	2.7e-82	99.3
WP_070423389.1|698809_699856_+	site-specific DNA-methyltransferase	A0A1B0VM49	Pseudomonas_phage	8.5e-109	57.6
WP_083028175.1|699852_700803_+	DUF1376 domain-containing protein	A0A0P0I481	Acinetobacter_phage	1.1e-99	63.6
WP_070423388.1|700795_701545_+	hypothetical protein	A0A0N7IRF0	Acinetobacter_phage	1.4e-134	97.2
WP_000017854.1|701541_701949_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_070423387.1|701945_702344_+	HNH endonuclease	K7P7B7	Enterobacteria_phage	8.9e-27	49.2
WP_001039747.1|702340_702523_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_001293626.1|702509_702911_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_057691425.1|702907_703312_+	DUF1064 domain-containing protein	A0A0R6PIZ9	Moraxella_phage	2.6e-21	50.0
WP_070423386.1|703314_703728_+	antitermination protein	NA	NA	NA	NA
WP_057691588.1|703874_704072_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032009908.1|704143_704362_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_057061369.1|704712_704988_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_057061370.1|705091_705319_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_070423385.1|705360_705552_+	hypothetical protein	J7I0V8	Acinetobacter_phage	1.2e-24	87.1
WP_070423384.1|705564_706032_+	hypothetical protein	A0A0P0IRI6	Acinetobacter_phage	7.0e-63	79.5
WP_070423383.1|706000_706642_+	hypothetical protein	A0A0D4DBV4	Acinetobacter_phage	1.6e-126	99.5
WP_070423382.1|706700_707171_+	DUF2280 domain-containing protein	A0A0D4DC15	Acinetobacter_phage	6.3e-72	87.2
WP_069370825.1|707160_708588_+|terminase	terminase	A0A0D4DCE6	Acinetobacter_phage	1.2e-270	99.6
WP_070423381.1|708584_710036_+	DUF4055 domain-containing protein	A0A0D4DCP1	Acinetobacter_phage	4.4e-281	97.9
WP_070423380.1|710037_711141_+|head	phage head morphogenesis protein	A0A0D4DBL9	Acinetobacter_phage	1.2e-201	97.3
WP_070423379.1|711150_711579_+	hypothetical protein	A0A0D4DBV9	Acinetobacter_phage	1.2e-72	99.3
WP_070423378.1|711677_711914_+	hypothetical protein	A0A0D4DC19	Acinetobacter_phage	4.8e-36	93.6
WP_000589036.1|712139_712454_+	hypothetical protein	A0A0S3UFT8	Pseudomonas_phage	4.0e-14	50.5
WP_057046533.1|712568_713336_+	hypothetical protein	A0A0D4DCP5	Acinetobacter_phage	8.1e-117	100.0
WP_000214189.1|713363_714320_+	hypothetical protein	A0A0D4DBM4	Acinetobacter_phage	2.1e-178	100.0
WP_000692546.1|714386_715052_+	stress-responsive nuclear envelope protein	A0A0D4DBW4	Acinetobacter_phage	1.9e-114	100.0
WP_000008494.1|715056_715446_+	hypothetical protein	A0A0D4DC24	Acinetobacter_phage	6.6e-67	100.0
WP_070423377.1|715447_715816_+	glutamate 5-kinase	A0A0P0I456	Acinetobacter_phage	3.0e-61	95.1
WP_070423376.1|715853_716495_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_070423375.1|716547_716958_+	hypothetical protein	A0A0P0IKR8	Acinetobacter_phage	2.0e-50	73.3
WP_070423374.1|716929_717298_+	hypothetical protein	A0A0D4DBN1	Acinetobacter_phage	6.9e-50	77.9
WP_079862769.1|717254_717698_+	hypothetical protein	A0A0D4DBX3	Acinetobacter_phage	7.8e-80	100.0
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Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP020584|949324:970511|DBSCAN-SWA
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MFPNQLTFYFNYRISGDTSGGLQLFGLIGLIYGPIIFALTMVLLRLYTIEFKDFLERQDNS
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MKMFLDVPQVYLHKQPVDFRKSINGLSLLVEQEMQLSPFSGALFVFCNQQRTRLKVLYWDSTGFCLWYKRLEKDKFRWPRQMPGKILSISEQQWHWLLQGVDIQKITAHQPLHYQSVG

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_000946492.1|950546_951179_+	AacA4 family aminoglycoside N(6')-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_002075262.1|951271_951904_+	type B-3 chloramphenicol O-acetyltransferase CatB8	A0A2R8FE91	Brazilian_cedratvirus	3.5e-25	40.1
WP_001206316.1|951961_952753_+	ANT(3'')-Ia family aminoglycoside nucleotidyltransferase AadA1	NA	NA	NA	NA
WP_000679427.1|952916_953264_+	quaternary ammonium compound efflux SMR transporter QacE delta 1	NA	NA	NA	NA
WP_000259031.1|953257_954097_+	sulfonamide-resistant dihydropteroate synthase Sul1	NA	NA	NA	NA
WP_000050481.1|954501_956043_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_000359986.1|957441_958215_+	ArmA family 16S rRNA (guanine(1405)-N(7))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_077252464.1|958195_958477_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_002026779.1|958696_958882_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_002001451.1|958930_960115_+|transposase	IS4 family transposase ISEc29	A0A0F7LAS3	uncultured_marine_virus	4.5e-50	35.4
WP_000052512.1|960513_961989_+	ABC-F type ribosomal protection protein Msr(E)	A0A1B0RXA0	Streptococcus_phage	2.3e-160	59.0
WP_000155092.1|962044_962929_+	Mph(E) family macrolide 2'-phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_001189351.1|963287_963509_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000753551.1|963572_965132_-|transposase	IS66 family transposase ISAba24	S5VTD3	Leptospira_phage	4.0e-70	34.2
WP_000781558.1|965224_965581_-	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	S5VXZ8	Leptospira_phage	1.6e-22	45.9
WP_000555098.1|965583_965868_-	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000534216.1|966325_967153_-	RepB family plasmid replication initiator protein	A0A218MNI2	uncultured_virus	3.9e-48	42.5
WP_001067858.1|967143_967848_+|transposase	IS6 family transposase IS15DI	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.2e-138	99.6
WP_001151708.1|968744_969311_-	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_001067858.1|969806_970511_-|transposase	IS6 family transposase IS15DI	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.2e-138	99.6

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP020584|2218708:2247382|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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MCLTLTEAKQKLRAFARDTSKIKLTAHAKERMKERCISMKQIICCFEHGDITEGPYPNTRGDCQLNVSVRTAGEYITTAVAIKQSENGEFSVVVTTFRE
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_000433907.1|2219295_2219685_-	hypothetical protein	A0A0P0I8L9	Acinetobacter_phage	3.3e-66	99.2
WP_000598554.1|2219752_2223178_-	hypothetical protein	A0A0P0HSH9	Acinetobacter_phage	0.0e+00	94.2
WP_000835160.1|2223170_2223533_-	hypothetical protein	A0A0P0J0A2	Acinetobacter_phage	8.1e-51	79.2
WP_000368388.1|2223529_2224036_-	DUF1833 domain-containing protein	J7HXQ5	Acinetobacter_phage	1.5e-90	97.0
WP_000277448.1|2224035_2224434_-	hypothetical protein	J7I0X8	Acinetobacter_phage	4.1e-72	97.7
WP_000721057.1|2224526_2225114_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000046573.1|2225204_2229515_-|tail	phage tail tape measure protein	A0A0D4DC37	Acinetobacter_phage	0.0e+00	98.3
WP_001275792.1|2229642_2229906_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000721572.1|2229907_2230588_-	hypothetical protein	A0A0R6PJY5	Moraxella_phage	2.5e-53	49.3
WP_000274931.1|2230692_2231151_-	transcriptional regulator	A0A0P0IRJ4	Acinetobacter_phage	1.1e-84	100.0
WP_000335868.1|2231159_2231459_-	DUF4258 domain-containing protein	A0A0P0IE58	Acinetobacter_phage	7.4e-50	100.0
WP_000424822.1|2231704_2232034_-	hypothetical protein	A0A1B1P9F7	Acinetobacter_phage	4.5e-24	55.1
WP_001185585.1|2231961_2232477_-	hypothetical protein	A0A0N7IRG3	Acinetobacter_phage	2.5e-77	96.6
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WP_000002408.1|2233516_2234695_-	hypothetical protein	A0A0D4DCQ4	Acinetobacter_phage	1.2e-103	66.3
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

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MSKVLNELPASASNNESLILQALNASNQRQVAEMINVDASILSRMKTEKKSNGWTEIEFISFLLTAIGLKVVQESDVYCSPEIAEATRVYLAHAFTSPEYMRILFK
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP020584|2481670:2494454|DBSCAN-SWA
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MTSEKKVWPLGTNHTDSEGTPWKRDEQNNWWFWQENFGWSRYVGPVNQAFLDLRFEVGTEQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_001136753.1|2481670_2482126_-	hypothetical protein	A0A0P0HSF5	Acinetobacter_phage	2.2e-53	68.9
WP_000990950.1|2482581_2483115_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000994866.1|2483111_2483876_-	DNA replication protein	A0A0D4DBZ2	Acinetobacter_phage	6.7e-63	48.8
WP_031944289.1|2483872_2484916_-	hypothetical protein	A0A2H4J580	uncultured_Caudovirales_phage	4.3e-28	52.8
WP_002052057.1|2484992_2486063_-	site-specific DNA-methyltransferase	A0A1B0VM49	Pseudomonas_phage	4.6e-110	59.6
WP_001143183.1|2486134_2486557_-	hypothetical protein	A0A0N7IRE2	Acinetobacter_phage	2.7e-82	99.3
WP_000648413.1|2486546_2486969_-	hypothetical protein	A0A0P0I8A5	Acinetobacter_phage	1.0e-76	100.0
WP_000544506.1|2487086_2487836_-	hypothetical protein	A0A0N7IRF0	Acinetobacter_phage	1.2e-136	98.4
WP_001110396.1|2487828_2488779_-	DUF1376 domain-containing protein	A0A0P0I481	Acinetobacter_phage	2.9e-100	64.2
WP_020752534.1|2488775_2489822_-	site-specific DNA-methyltransferase	A0A1B0VM49	Pseudomonas_phage	4.5e-110	57.9
WP_001092750.1|2489818_2491489_-	hypothetical protein	Q5QF27	Pseudomonas_virus	2.4e-153	46.2
WP_001205618.1|2491494_2492133_-	hypothetical protein	Q1MVG0	Enterobacteria_phage	1.1e-47	46.2
WP_000575725.1|2492129_2492585_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000200037.1|2492581_2492767_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000290738.1|2492763_2492964_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000818521.1|2492997_2493372_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000335919.1|2493404_2493638_-	XRE family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_000550612.1|2493764_2494454_+	helix-turn-helix domain-containing protein	A0A0R6PCY1	Moraxella_phage	5.0e-25	37.1