Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
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NZ_CP018803 | Histophilus somni strain USDA-ARS-USMARC-63255 chromosome, complete genome | 0 crisprs | cas14j,cas3,DEDDh,DinG | 0 | 0 | 5 | 0 |
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
364520 : 418552
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP018803|364520:418552|DBSCAN-SWA 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57 | Mannheimia_phage(35.48%) | terminase,protease,capsid,integrase,transposase | attL 368669:368686|attR 398503:398520 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
463164 : 520123
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP018803|463164:520123|DBSCAN-SWA 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57 | Escherichia_phage(16.67%) | protease,integrase,transposase | attL 488608:488624|attR 507154:507170 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
741149 : 770088
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP018803|741149:770088|DBSCAN-SWA 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31 | Burkholderia_phage(18.18%) | terminase,integrase,transposase | attL 759859:759888|attR 770567:770596 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
1652253 : 1659524
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018803|1652253:1659524|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018803|1652253:1659524|1654209_1655016_+|WP_012341601.1|DBSCAN-SWA MSMKVLKKQPIIELQDIVVQFPSRDGSIFNPKKFTAIDGISLNIQAGETLGLVGQSGCGKSTLANVMIGLQKPSSGTVKFNGLKMKYGSAEARKQFGRQVSVIFQDPATALNPRMRVIDILKDPMNIHNVLHPHEREKRVYELLFRVGLPRSAALVEPTRLSGGQKQRVAIARALALNPKLIVADEPTSALDVSVRAQVLNLLADLKKELNLAMVFISHDLQTVRQVSDRIVVMNGGLIVEQGDAMDVFDNPQQEYTKILLNAAPSLL >NZ_CP018803|1652253:1659524|1658021_1658438_+|WP_075319814.1|transposase|DBSCAN-SWA MKKETEIRRGRHVVFNLHVHLVFVTKYRREVFTKFILDDLKAIFESVCSDFEAKLVEFDGEDDHVHLLVEYPPKVAISNLVNSLKGVSSRMIRKKNYPSIRKKLWGNQLWSPSYFAGSCGGAPISIIRQYIEQQQTPE >NZ_CP018803|1652253:1659524|1658552_1659524_-|WP_075294045.1|DBSCAN-SWA MSLNEQWQPSASIQNLLARAKIIADIRRFFTERGLLEVETPVLSEFGVTDVHLSTFSTAFTSPFMEKSKTLWLTTSPEYHMKRLLAAGSGAIFQLCKVFRNEESGKKHNPEFTMLEWYRPHFDMHRLINEVDDLLQQTLDCEPAEMASYQFVFQEHVGIDPLSAPINELIEKARECHLDGAENEDRDTLLQFLFSTLVEPNIGQNKPIVVYHFPATQAALAQISSEDHRVAERFEFYYKGIELANGFNELTDAQEQEHRFNQDNRLREQLGLPQHEIDHRFLGALQAGLPNTAGVALGVDRLIMLALGAENISEVISFNIDCA >NZ_CP018803|1652253:1659524|1655096_1656683_+|WP_075294158.1|DBSCAN-SWA MTNIKFHHQIETELLIVGAGIAGLACCVEAKAKGLNPILISKSIIGGGASFFPLKATLGIQITGDSDDKILFQQEIERVACGVNNPKIVRAYVEESPQAIELLSKIGFTPWLRQDNRPACFAYYTRPIYLINNWKQSAKRAKQILIQHQIEFYENSVLLHIVTEQNQIKGAIFAQQKSGEIRYIFCYTNNIILATGGISGLYQDNLYPADIIGSTHYVAYQAGAKLTNLEFIQFIPAFVKPKYKVLFGEHTLKYLIKVTDSKGKNLFSHLSPQQFQKMIQQRSSYAPFSVDFQSVEFDLVIMKHLIENPTEKGVYLHYSPELYHDKTEFYQVYLTWLEKEMDIHLLRDQVIIRPFAHSCNGGIEINEYAQTAVQGLFAVGEVSACIEGANRLGGNSVGGSLVFAKRAIQKVVENVPHFSTQNKEHYVLKGIRYLQHLANQEKKSAHSSSEILRQVRSLMNQFANVYRTKKNLQCLITQLQHLEKNCPIDLKKIHSIEIYHAIKTAQLVVHAMINRKQSLGSHQISLKE >NZ_CP018803|1652253:1659524|1656838_1657975_-|WP_075319813.1|transposase|DBSCAN-SWA MLLRKAFKFEIRPNGEQIRKIKQFCGCSRFVFNRALAWQNEQYEQDNNQKFSYSKLTSLLPQWKKELGWLKECHSQVLQQSLKDLESAFKNFFQKHSSFPKFKKKGVKESFRFPQGCKIQPQNDRLYLPKIGWVRYRNNREIVGEVKNVTVSQKCGRFFVSIQTEFEQERPTHKGGEIGIDMGVARFATLSNGEFFEPLNAFKTYKGKLAKLQKRLKNKVKFSKNRQKLKEKIGKLHHKIANCRKDFLHKISTQISKNHAMIYVEDLQVANMSKSAKGTAEEHGKNVKQKSGLNRAILDQSWFEFRRQLGYKTQWLGGFLVAVPARDTSRACPCCNHTAKENRQTQANFECVECGYTENADVVGAMNVLTRGQAIVQA >NZ_CP018803|1652253:1659524|1652253_1654206_+|WP_075294159.1|DBSCAN-SWA MFRQGLAERLAQGGARFKALSMASKIALMFIMLIALIAIFAPWVSPYDPLQTLRPVQAPNSDYWFGTDRLGRDIFSRLVFGARTSLFIGLGAVGFAIIFGSILGATAATASKFGNEVIMRLMDILMAFPGIALAAVLLATFGNSVPIIILTIAVVYTPQLARVVRANVVSQWEEDYIRAERVIGGSRSYILLKHVVRNTAAPVLVFATVMVADAIVLEASLSFLGAGVQPPYPSWGNVLSEGRNLVLSGFWWATTFAGLMILLTVLSLNILSEGLTDALVNPKLKRNPNNKGDVSKPLATDVQEAMAESLALKRYLLKLNQKESERTDRMQLNSAMKPILQVKNLSIRFPNRYGDIPLVDNISFTVHEGETMGLVGESGCGKSISAFSIMGLLPKTAKITGEILFTDRAGNQHDLLKTDKLNDLRGHEISMIYQDALSALNPSMRIKDQMAQLIQRGGKKSAETLLRWVKLEPEKTLNRYPHELSGGQRQRVLIAMALAREPKLLIADEPTTALDVTVQAEVIKLLNELREKLGFAMVFVSHDLALVAQIAHHITVMYAGQVVEVAPTSSLLMNPMHEYTRGLLGSVLSTECRAERLYQIPGSVPSPFDFAEGDRFASRSLRPNANPNQHLKLVQAEDNPKHLWASHLEN |
6 | Planktothrix_phage(16.67%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
1857349 : 1905773
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP018803|1857349:1905773|DBSCAN-SWA 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54 | Haemophilus_phage(39.47%) | holin,plate,head,tail,transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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