Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
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NZ_CP018805 | Histophilus somni strain USDA-ARS-USMARC-63369 chromosome, complete genome | 0 crisprs | cas14j,cas3,DEDDh,DinG | 0 | 0 | 5 | 0 |
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
365162 : 419194
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP018805|365162:419194|DBSCAN-SWA 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57 | Mannheimia_phage(35.48%) | capsid,protease,transposase,terminase,integrase | attL 369311:369328|attR 399145:399162 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
463806 : 520764
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP018805|463806:520764|DBSCAN-SWA 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58 | Escherichia_phage(16.67%) | protease,transposase,integrase | attL 489249:489265|attR 507795:507811 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
741813 : 770752
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP018805|741813:770752|DBSCAN-SWA 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31 | Burkholderia_phage(18.18%) | transposase,terminase,integrase | attL 760523:760552|attR 771231:771260 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
1652918 : 1660189
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018805|1652918:1660189|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018805|1652918:1660189|1659217_1660189_-|WP_075294045.1|DBSCAN-SWA MSLNEQWQPSASIQNLLARAKIIADIRRFFTERGLLEVETPVLSEFGVTDVHLSTFSTAFTSPFMEKSKTLWLTTSPEYHMKRLLAAGSGAIFQLCKVFRNEESGKKHNPEFTMLEWYRPHFDMHRLINEVDDLLQQTLDCEPAEMASYQFVFQEHVGIDPLSAPINELIEKARECHLDGAENEDRDTLLQFLFSTLVEPNIGQNKPIVVYHFPATQAALAQISSEDHRVAERFEFYYKGIELANGFNELTDAQEQEHRFNQDNRLREQLGLPQHEIDHRFLGALQAGLPNTAGVALGVDRLIMLALGAENISEVISFNIDCA >NZ_CP018805|1652918:1660189|1658686_1659103_+|WP_075319814.1|transposase|DBSCAN-SWA MKKETEIRRGRHVVFNLHVHLVFVTKYRREVFTKFILDDLKAIFESVCSDFEAKLVEFDGEDDHVHLLVEYPPKVAISNLVNSLKGVSSRMIRKKNYPSIRKKLWGNQLWSPSYFAGSCGGAPISIIRQYIEQQQTPE >NZ_CP018805|1652918:1660189|1652918_1654871_+|WP_075294159.1|DBSCAN-SWA MFRQGLAERLAQGGARFKALSMASKIALMFIMLIALIAIFAPWVSPYDPLQTLRPVQAPNSDYWFGTDRLGRDIFSRLVFGARTSLFIGLGAVGFAIIFGSILGATAATASKFGNEVIMRLMDILMAFPGIALAAVLLATFGNSVPIIILTIAVVYTPQLARVVRANVVSQWEEDYIRAERVIGGSRSYILLKHVVRNTAAPVLVFATVMVADAIVLEASLSFLGAGVQPPYPSWGNVLSEGRNLVLSGFWWATTFAGLMILLTVLSLNILSEGLTDALVNPKLKRNPNNKGDVSKPLATDVQEAMAESLALKRYLLKLNQKESERTDRMQLNSAMKPILQVKNLSIRFPNRYGDIPLVDNISFTVHEGETMGLVGESGCGKSISAFSIMGLLPKTAKITGEILFTDRAGNQHDLLKTDKLNDLRGHEISMIYQDALSALNPSMRIKDQMAQLIQRGGKKSAETLLRWVKLEPEKTLNRYPHELSGGQRQRVLIAMALAREPKLLIADEPTTALDVTVQAEVIKLLNELREKLGFAMVFVSHDLALVAQIAHHITVMYAGQVVEVAPTSSLLMNPMHEYTRGLLGSVLSTECRAERLYQIPGSVPSPFDFAEGDRFASRSLRPNANPNQHLKLVQAEDNPKHLWASHLEN >NZ_CP018805|1652918:1660189|1657503_1658640_-|WP_075319813.1|transposase|DBSCAN-SWA MLLRKAFKFEIRPNGEQIRKIKQFCGCSRFVFNRALAWQNEQYEQDNNQKFSYSKLTSLLPQWKKELGWLKECHSQVLQQSLKDLESAFKNFFQKHSSFPKFKKKGVKESFRFPQGCKIQPQNDRLYLPKIGWVRYRNNREIVGEVKNVTVSQKCGRFFVSIQTEFEQERPTHKGGEIGIDMGVARFATLSNGEFFEPLNAFKTYKGKLAKLQKRLKNKVKFSKNRQKLKEKIGKLHHKIANCRKDFLHKISTQISKNHAMIYVEDLQVANMSKSAKGTAEEHGKNVKQKSGLNRAILDQSWFEFRRQLGYKTQWLGGFLVAVPARDTSRACPCCNHTAKENRQTQANFECVECGYTENADVVGAMNVLTRGQAIVQA >NZ_CP018805|1652918:1660189|1654874_1655681_+|WP_012341601.1|DBSCAN-SWA MSMKVLKKQPIIELQDIVVQFPSRDGSIFNPKKFTAIDGISLNIQAGETLGLVGQSGCGKSTLANVMIGLQKPSSGTVKFNGLKMKYGSAEARKQFGRQVSVIFQDPATALNPRMRVIDILKDPMNIHNVLHPHEREKRVYELLFRVGLPRSAALVEPTRLSGGQKQRVAIARALALNPKLIVADEPTSALDVSVRAQVLNLLADLKKELNLAMVFISHDLQTVRQVSDRIVVMNGGLIVEQGDAMDVFDNPQQEYTKILLNAAPSLL >NZ_CP018805|1652918:1660189|1655761_1657348_+|WP_075294158.1|DBSCAN-SWA MTNIKFHHQIETELLIVGAGIAGLACCVEAKAKGLNPILISKSIIGGGASFFPLKATLGIQITGDSDDKILFQQEIERVACGVNNPKIVRAYVEESPQAIELLSKIGFTPWLRQDNRPACFAYYTRPIYLINNWKQSAKRAKQILIQHQIEFYENSVLLHIVTEQNQIKGAIFAQQKSGEIRYIFCYTNNIILATGGISGLYQDNLYPADIIGSTHYVAYQAGAKLTNLEFIQFIPAFVKPKYKVLFGEHTLKYLIKVTDSKGKNLFSHLSPQQFQKMIQQRSSYAPFSVDFQSVEFDLVIMKHLIENPTEKGVYLHYSPELYHDKTEFYQVYLTWLEKEMDIHLLRDQVIIRPFAHSCNGGIEINEYAQTAVQGLFAVGEVSACIEGANRLGGNSVGGSLVFAKRAIQKVVENVPHFSTQNKEHYVLKGIRYLQHLANQEKKSAHSSSEILRQVRSLMNQFANVYRTKKNLQCLITQLQHLEKNCPIDLKKIHSIEIYHAIKTAQLVVHAMINRKQSLGSHQISLKE |
6 | Planktothrix_phage(16.67%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
1858033 : 1906457
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP018805|1858033:1906457|DBSCAN-SWA 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54 | Haemophilus_phage(39.47%) | plate,head,holin,transposase,tail | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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