CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP023772	Lactiplantibacillus plantarum strain PC520 chromosome, complete genome	1 crisprs	WYL,csa3,DinG,cas3,DEDDh	0	0	6	0
NZ_CP023774	Lactiplantibacillus plantarum strain PC520 plasmid p2, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0
NZ_CP023773	Lactiplantibacillus plantarum strain PC520 plasmid p1, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0

1. NZ_CP023772

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP023772_1

• CRISPR_ID: NZ_CP023772_1
• CRISPR_location: 3183798-3183883
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP023772_1

Consensus_repeat	Method
TAAGAAACTTAAAGTGTCTTATT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP023772_1

>1.1|3183821|40|NZ_CP023772|CRISPRCasFinder
CGCATAACTGGTATAATACGCTATATAAAGAAAAAGTCAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP023772_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP023772_1

>merge|NZ_CP023772|1|3183798-3183883|CRISPRCasFinder
TAAGAAACTTAAAGTGTCTTATTCGCATAACTGGTATAATACGCTATATAAAGAAAAAGTCAATAAGAAACTTAAAGTATCTTATT

>NZ_CP023772|1|1|3183798-3183883|CRISPRCasFinder
TAAGAAACTTAAAGTGTCTTATT	CGCATAACTGGTATAATACGCTATATAAAGAAAAAGTCAA
TAAGAAACTTAAAGTATCTTATT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP023772.1|WP_013355933.1|3182304_3183783_-|DHA2-family-efflux-MFS-transporter-permease-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|129794
NZ_CP023772.1|WP_003643398.1|3183900_3184500_+|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224228
NZ_CP023772.1|WP_013355080.1|3175253_3176177_-|IS30-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
NZ_CP023772.1|WP_003643401.1|3188812_3189325_+|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|274100
NZ_CP023772.1|WP_050577158.1|3184620_3185502_-|ABC-transporter-substrate-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238558
NZ_CP023772.1|WP_013355936.1|3189305_3190199_-|SDR-family-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|187572
NZ_CP023772.1|WP_003642342.1|3176280_3177009_+|SDR-family-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|226674
NZ_CP023772.1|WP_013355932.1|3181735_3181975_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP023772.1|WP_003642357.1|3192020_3192857_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|212492
NZ_CP023772.1|WP_003642350.1|3185786_3186581_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224045
NZ_CP023772.1|WP_011102039.1|3174724_3175090_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224647
NZ_CP023772.1|WP_003643403.1|3191255_3191762_-|acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|100047
NZ_CP023772.1|WP_003642345.1|3179046_3179613_-|DUF1211-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226078
NZ_CP023772.1|WP_011102040.1|3177167_3177734_-|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224228
NZ_CP023772.1|WP_003642351.1|3186577_3187576_+|iron-ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|376439
NZ_CP023772.1|WP_003642355.1|3190492_3191239_-|SDR-family-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|226674
NZ_CP023772.1|WP_013355935.1|3187572_3188568_+|iron-ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|376439
NZ_CP023772.1|WP_013355931.1|3181297_3181489_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP023772.1|WP_003642344.1|3177860_3178898_+|aldehyde-reductase	unknown	unknown	gnl|CDD|187538
NZ_CP023772.1|WP_003642346.1|3179832_3180786_-|aldo/keto-reductase	unknown	unknown	gnl|CDD|381318

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP023772.1|WP_013355933.1|3182304_3183783_-|DHA2-family-efflux-MFS-transporter-permease-subunit	gnl|CDD|129794	TIGR00711, Uncharacterized_MFS-type_transporter_YhcA, drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily. This subfamily of drug efflux proteins, a part of the major faciliator family, is predicted to have 14 potential membrane-spanning regions. Members with known activities include EmrB (multiple drug resistance efflux pump) in E. coli, FarB (antibacterial fatty acid resistance) in Neisseria gonorrhoeae, TcmA (tetracenomycin C resistance) in Streptomyces glaucescens, etc. In most cases, the efflux pump is described as having a second component encoded in the same operon, such as EmrA of E. coli. [Cellular processes, Toxin production and resistance, Transport and binding proteins, Other].	1.13969e-71
NZ_CP023772.1|WP_003643398.1|3183900_3184500_+|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224228	COG1309, AcrR, Transcriptional regulator [Transcription].	4.95133e-09
NZ_CP023772.1|WP_013355080.1|3175253_3176177_-|IS30-family-transposase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	7.33234e-76
NZ_CP023772.1|WP_003643401.1|3188812_3189325_+|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|274100	TIGR02366, conserved_hypothetical_protein, probable dihydroxyacetone kinase regulator. The seed alignment for this family was built from a set of closely related uncharacterized proteins associated with operons for the type of bacterial dihydroxyacetone kinase that transfers PEP-derived phosphate from a phosphoprotein, as in phosphotransferase system transport, rather than from ATP. Members have a TetR transcriptional regulator domain (pfam00440) at the N-terminus and sequence homology throughout.	3.33884e-08
NZ_CP023772.1|WP_050577158.1|3184620_3185502_-|ABC-transporter-substrate-binding-protein	gnl|CDD|238558	cd01138, FeuA, Periplasmic binding protein FeuA. These proteins have predicted to function as initial receptors in ABC transport of metal ions in some eubacterial species. They belong to the TroA superfamily of periplasmic metal binding proteins that share a distinct fold and ligand binding mechanism. A typical TroA protein is comprised of two globular subdomains connected by a single helix and can bind their ligands in the cleft between these domains.	3.71721e-55
NZ_CP023772.1|WP_013355936.1|3189305_3190199_-|SDR-family-oxidoreductase	gnl|CDD|187572	cd05262, SDR_a7, atypical (a) SDRs, subgroup 7. This subgroup contains atypical SDRs of unknown function. Members of this subgroup have a glycine-rich NAD(P)-binding motif consensus that matches the extended SDRs, TGXXGXXG, but lacks the characteristic active site residues of the SDRs. This subgroup has basic residues (HXXXR) in place of the active site motif YXXXK, these may have a catalytic role. Atypical SDRs generally lack the catalytic residues characteristic of the SDRs, and their glycine-rich NAD(P)-binding motif is often different from the forms normally seen in classical or extended SDRs. Atypical SDRs include biliverdin IX beta reductase (BVR-B,aka flavin reductase), NMRa (a negative transcriptional regulator of various fungi), progesterone 5-beta-reductase like proteins, phenylcoumaran benzylic ether and pinoresinol-lariciresinol reductases, phenylpropene synthases, eugenol synthase, triphenylmethane reductase, isoflavone reductases, and others. SDRs are a functionally diverse family of oxidoreductases that have a single domain with a structurally conserved Rossmann fold, an NAD(P)(H)-binding region, and a structurally diverse C-terminal region. Sequence identity between different SDR enzymes is typically in the 15-30% range; they catalyze a wide range of activities including the metabolism of steroids, cofactors, carbohydrates, lipids, aromatic compounds, and amino acids, and act in redox sensing. Classical SDRs have an TGXXX[AG]XG cofactor binding motif and a YXXXK active site motif, with the Tyr residue of the active site motif serving as a critical catalytic residue (Tyr-151, human 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase numbering). In addition to the Tyr and Lys, there is often an upstream Ser and/or an Asn, contributing to the active site; while substrate binding is in the C-terminal region, which determines specificity. The standard reaction mechanism is a 4-pro-S hydride transfer and proton relay involving the conserved Tyr and Lys, a water molecule stabilized by Asn, and nicotinamide. In addition to the Rossmann fold core region typical of all SDRs, extended SDRs have a less conserved C-terminal extension of approximately 100 amino acids, and typically have a TGXXGXXG cofactor binding motif. Complex (multidomain) SDRs such as ketoreductase domains of fatty acid synthase have a GGXGXXG NAD(P)-binding motif and an altered active site motif (YXXXN). Fungal type ketoacyl reductases have a TGXXXGX(1-2)G NAD(P)-binding motif.	3.70513e-130
NZ_CP023772.1|WP_003642342.1|3176280_3177009_+|SDR-family-oxidoreductase	gnl|CDD|226674	COG4221, COG4221, Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity [General function prediction only].	1.6523e-89
NZ_CP023772.1|WP_003642357.1|3192020_3192857_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|212492	cd05327, retinol-DH_like_SDR_c_like, retinol dehydrogenase (retinol-DH), Light dependent Protochlorophyllide (Pchlide) OxidoReductase (LPOR) and related proteins, classical (c) SDRs. Classical SDR subgroup containing retinol-DHs, LPORs, and related proteins. Retinol is processed by a medium chain alcohol dehydrogenase followed by retinol-DHs. Pchlide reductases act in chlorophyll biosynthesis. There are distinct enzymes that catalyze Pchlide reduction in light or dark conditions. Light-dependent reduction is via an NADP-dependent SDR, LPOR. Proteins in this subfamily share the glycine-rich NAD-binding motif of the classical SDRs, have a partial match to the canonical active site tetrad, but lack the typical active site Ser. This subgroup includes the human proteins: retinol dehydrogenase -12, -13 ,and -14, dehydrogenase/reductase SDR family member (DHRS)-12 , -13 and -X (a DHRS on chromosome X), and WWOX (WW domain-containing oxidoreductase), as well as a Neurospora crassa SDR encoded by the blue light inducible bli-4 gene. SDRs are a functionally diverse family of oxidoreductases that have a single domain with a structurally conserved Rossmann fold (alpha/beta folding pattern with a central beta-sheet), an NAD(P)(H)-binding region, and a structurally diverse C-terminal region. Classical SDRs are typically about 250 residues long, while extended SDRs are approximately 350 residues. Sequence identity between different SDR enzymes are typically in the 15-30% range, but the enzymes share the Rossmann fold NAD-binding motif and characteristic NAD-binding and catalytic sequence patterns. These enzymes catalyze a wide range of activities including the metabolism of steroids, cofactors, carbohydrates, lipids, aromatic compounds, and amino acids, and act in redox sensing. Classical SDRs have an TGXXX[AG]XG cofactor binding motif and a YXXXK active site motif, with the Tyr residue of the active site motif serving as a critical catalytic residue (Tyr-151, human 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH) numbering). In addition to the Tyr and Lys, there is often an upstream Ser (Ser-138, 15-PGDH numbering) and/or an Asn (Asn-107, 15-PGDH numbering) contributing to the active site; while substrate binding is in the C-terminal region, which determines specificity. The standard reaction mechanism is a 4-pro-S hydride transfer and proton relay involving the conserved Tyr and Lys, a water molecule stabilized by Asn, and nicotinamide. Extended SDRs have additional elements in the C-terminal region, and typically have a TGXXGXXG cofactor binding motif. Complex (multidomain) SDRs such as ketoreductase domains of fatty acid synthase have a GGXGXXG NAD(P)-binding motif and an altered active site motif (YXXXN). Fungal type ketoacyl reductases have a TGXXXGX(1-2)G NAD(P)-binding motif. Some atypical SDRs have lost catalytic activity and/or have an unusual NAD(P)-binding motif and missing or unusual active site residues. Reactions catalyzed within the SDR family include isomerization, decarboxylation, epimerization, C=N bond reduction, dehydratase activity, dehalogenation, Enoyl-CoA reduction, and carbonyl-alcohol oxidoreduction.	4.07613e-56
NZ_CP023772.1|WP_003642350.1|3185786_3186581_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|224045	COG1120, FepC, ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, ATPase components [Inorganic ion transport and metabolism / Coenzyme metabolism].	5.60764e-114
NZ_CP023772.1|WP_003643403.1|3191255_3191762_-|acetyltransferase	gnl|CDD|100047	cd03357, LbH_MAT_GAT, Maltose O-acetyltransferase (MAT) and Galactoside O-acetyltransferase (GAT): MAT and GAT catalyze the CoA-dependent acetylation of the 6-hydroxyl group of their respective sugar substrates. MAT acetylates maltose and glucose exclusively at the C6 position of the nonreducing end glucosyl moiety. GAT specifically acetylates galactopyranosides. Furthermore, MAT shows higher affinity toward artificial substrates containing an alkyl or hydrophobic chain as well as a glucosyl unit. Active MAT and GAT are homotrimers, with each subunit consisting of an N-terminal alpha-helical region and a C-terminal left-handed parallel alpha-helix (LbH) subdomain with 6 turns, each containing three imperfect tandem repeats of a hexapeptide repeat motif (X-[STAV]-X-[LIV]-[GAED]-X).	1.58107e-53
NZ_CP023772.1|WP_003642345.1|3179046_3179613_-|DUF1211-domain-containing-protein	gnl|CDD|226078	COG3548, COG3548, Predicted integral membrane protein [Function unknown].	5.75015e-29
NZ_CP023772.1|WP_011102040.1|3177167_3177734_-|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224228	COG1309, AcrR, Transcriptional regulator [Transcription].	7.31502e-05
NZ_CP023772.1|WP_003642351.1|3186577_3187576_+|iron-ABC-transporter-permease	gnl|CDD|376439	pfam01032, FecCD, FecCD transport family. This is a sub-family of bacterial binding protein-dependent transport systems family. This Pfam entry contains the inner components of this multicomponent transport system.	6.03952e-81
NZ_CP023772.1|WP_003642355.1|3190492_3191239_-|SDR-family-oxidoreductase	gnl|CDD|226674	COG4221, COG4221, Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity [General function prediction only].	2.40011e-91
NZ_CP023772.1|WP_013355935.1|3187572_3188568_+|iron-ABC-transporter-permease	gnl|CDD|376439	pfam01032, FecCD, FecCD transport family. This is a sub-family of bacterial binding protein-dependent transport systems family. This Pfam entry contains the inner components of this multicomponent transport system.	1.35687e-78
NZ_CP023772.1|WP_011102039.1|3174724_3175090_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224647	COG1733, COG1733, Predicted transcriptional regulators [Transcription].	1.16334e-31
NZ_CP023772.1|WP_003642344.1|3177860_3178898_+|aldehyde-reductase	gnl|CDD|187538	cd05227, AR_SDR_e, aldehyde reductase, extended (e) SDRs. This subgroup contains aldehyde reductase of the extended SDR-type and related proteins. Aldehyde reductase I (aka carbonyl reductase) is an NADP-binding SDR; it has an NADP-binding motif consensus that is slightly different from the canonical SDR form and lacks the Asn of the extended SDR active site tetrad. Aldehyde reductase I catalyzes the NADP-dependent reduction of ethyl 4-chloro-3-oxobutanoate to ethyl (R)-4-chloro-3-hydroxybutanoate. Extended SDRs are distinct from classical SDRs. In addition to the Rossmann fold (alpha/beta folding pattern with a central beta-sheet) core region typical of all SDRs, extended SDRs have a less conserved C-terminal extension of approximately 100 amino acids. Extended SDRs are a diverse collection of proteins, and include isomerases, epimerases, oxidoreductases, and lyases; they typically have a TGXXGXXG cofactor binding motif. SDRs are a functionally diverse family of oxidoreductases that have a single domain with a structurally conserved Rossmann fold, an NAD(P)(H)-binding region, and a structurally diverse C-terminal region. Sequence identity between different SDR enzymes is typically in the 15-30% range; they catalyze a wide range of activities including the metabolism of steroids, cofactors, carbohydrates, lipids, aromatic compounds, and amino acids, and act in redox sensing. Classical SDRs have an TGXXX[AG]XG cofactor binding motif and a YXXXK active site motif, with the Tyr residue of the active site motif serving as a critical catalytic residue (Tyr-151, human 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase numbering). In addition to the Tyr and Lys, there is often an upstream Ser and/or an Asn, contributing to the active site; while substrate binding is in the C-terminal region, which determines specificity. The standard reaction mechanism is a 4-pro-S hydride transfer and proton relay involving the conserved Tyr and Lys, a water molecule stabilized by Asn, and nicotinamide. Atypical SDRs generally lack the catalytic residues characteristic of the SDRs, and their glycine-rich NAD(P)-binding motif is often different from the forms normally seen in classical or extended SDRs. Complex (multidomain) SDRs such as ketoreductase domains of fatty acid synthase have a GGXGXXG NAD(P)-binding motif and an altered active site motif (YXXXN). Fungal type ketoacyl reductases have a TGXXXGX(1-2)G NAD(P)-binding motif.	7.62333e-95
NZ_CP023772.1|WP_003642346.1|3179832_3180786_-|aldo/keto-reductase	gnl|CDD|381318	cd19092, AKR_BsYcsN_EcYdhF-like, Bacillus subtilis YcsN, Escherichia coli YdhF and similar proteins. Bacillus subtilis YcsN and Escherichia coli YdhF are prototypes of this family. They are uncharacterized aldo/keto reductase family oxidoreductases.	5.65843e-131

Protein sequences

>NZ_CP023772.1|WP_013355933.1|3182304_3183783_-|DHA2-family-efflux-MFS-transporter-permease-subunit
MQAKAKISKATMTIAWVVVFGAMAPLLDSTMINIAINNLVTSFHSSVTTVQWAVTGYLLATGVAVPFSSWLLNRFDGKAVFVAGEILFGLGSIFAAVVPNIQLLIIARLVQGFAGGLIMPLLTTLLVQTAGAAVMGQMMATVGLPMILGPLIGPVIGGIIIKFASWHWIFWINVPVVLISIALILWKMPNYPAQNRTAKMDFIGILLLIVSSSAIIYSLVNAAHTDRFNNATSIEMLILGAIALISYVVWAAWQKERAVVPLHLFKFASFDGAGLGLFIAGTVLNGAMLLLPLYFQNVRGMSVINAALALLPQGAGMLVSRTLTGRLTDQIGAKYVVLGSVVITFVGTLPFYWFGQQTSYWILALILFVRGIGAGGILMPLMADAYTGMQPGQVPAATIGTRIIQNIGSAFGSALITTIVTAYSTHQVNVFERHLKAGTYHVDAAHLQVFTTSHLQAIRLAAFQQGFLVIAIAAIVIILPTLLLTNKLKAAK
>NZ_CP023772.1|WP_013355932.1|3181735_3181975_-|hypothetical-protein
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>NZ_CP023772.1|WP_013355931.1|3181297_3181489_+|hypothetical-protein
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>NZ_CP023772.1|WP_003642346.1|3179832_3180786_-|aldo/keto-reductase
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>NZ_CP023772.1|WP_003642345.1|3179046_3179613_-|DUF1211-domain-containing-protein
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>NZ_CP023772.1|WP_003642344.1|3177860_3178898_+|aldehyde-reductase
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>NZ_CP023772.1|WP_011102040.1|3177167_3177734_-|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator
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>NZ_CP023772.1|WP_003642342.1|3176280_3177009_+|SDR-family-oxidoreductase
MKPLVVITGASSGFGAEIAKLFAADNYPLLLLGRRQAKLAALSANFENAMIDTVDVTNYHQFETAVRKAEAKYGKTDLLVNNAGLMLLGNVQNQDPQEWQTMLNTNVMGVLNGTQIVLNDMRDREHGTILNMSSLAGKKTFVNHAAYVASKFGVHGLSETLREENAPKNVRVMLVAPGAAETELLTHVTSKSALSDYEAWKASMGGLTLDPKHVAATVKFMYDMPQNVNIREVDIAATAQDA
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>NZ_CP023772.1|WP_011102039.1|3174724_3175090_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
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>NZ_CP023772.1|WP_003642350.1|3185786_3186581_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein
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>NZ_CP023772.1|WP_003642351.1|3186577_3187576_+|iron-ABC-transporter-permease
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>NZ_CP023772.1|WP_013355935.1|3187572_3188568_+|iron-ABC-transporter-permease
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>NZ_CP023772.1|WP_003643401.1|3188812_3189325_+|TetR/AcrR-family-transcriptional-regulator
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>NZ_CP023772.1|WP_003643403.1|3191255_3191762_-|acetyltransferase
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>NZ_CP023772.1|WP_003642357.1|3192020_3192857_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase
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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
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DBSCAN-SWA_2	904724 : 955973	69	Lactobacillus_phage(59.38%)	terminase,portal,tRNA,integrase,holin,capsid,tail	attL 913566:913583|attR 953108:953125
DBSCAN-SWA_3	1181318 : 1227842	40	Staphylococcus_virus(23.08%)	integrase,protease,transposase	attL 1182985:1183001|attR 1206607:1206623
DBSCAN-SWA_4	1602125 : 1688950	89	Lactobacillus_phage(88.06%)	terminase,head,portal,protease,integrase,capsid,tail	attL 1610757:1610811|attR 1650604:1650658
DBSCAN-SWA_5	1737366 : 1750144	11	Lactobacillus_phage(70.0%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_6	2585427 : 2624350	50	Lactobacillus_phage(36.36%)	terminase,head,protease,portal,holin,capsid,tail	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP023772|655544:757842|DBSCAN-SWA
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MDEIISFEFSNGSKILDSNIYEYKVGKESVTKIDLPDSNGFVAVHKDNNKTEYIKALYMKFCTDSHV
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MSDITAAQTTLQQAQHIVFMTGAGVSTPSGIPDYRSKNGLYTEHHNAEYYLSHAFLAEHPLEFYQYLQSNLYYPDAQPNVIHQKMAALTRQGRASVITQNIDNLYGVAKTAQLVEFHGNLYQVYCTKCGQHVDWHEYLKSPYHQTDHGYLRPNVVLYDEGIASANIERAVQYLQQADLVVICGTSFRVYPFAGLIDYRNPKAQVLAINAEPLQLPFAFTMVQQDAVDFFEGVQV

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_003641985.1|725664_725835_-|bacteriocin	two-peptide bacteriocin plantaricin EF subunit PlnE	NA	NA	NA	NA
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WP_003642010.1|751955_752915_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003643823.1|755790_757842_+|tRNA	methionine--tRNA ligase	A0A1V0SHR2	Klosneuvirus	2.7e-90	35.8

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP023772|904724:955973|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_065980391.1|924308_925208_+	recombinase RecT	E9LUM3	Lactobacillus_phage	1.3e-62	47.7
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WP_065980397.1|928880_929192_+	hypothetical protein	A0A2P0ZLB4	Lactobacillus_phage	3.0e-46	88.3
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WP_164915002.1|929382_929523_+	hypothetical protein	E9LUN8	Lactobacillus_phage	1.5e-05	96.3
WP_003642805.1|929600_930062_+	transcriptional regulator	D6PSV8	Lactobacillus_phage	1.1e-39	57.0
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WP_072533559.1|931288_931465_+	hypothetical protein	E9LUP6	Lactobacillus_phage	9.1e-08	57.4
WP_064522742.1|931433_931691_+	hypothetical protein	A0A0N9SKC5	Staphylococcus_phage	1.3e-15	47.6
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WP_050339419.1|948396_949524_+|tail	phage tail protein	O03938	Lactobacillus_phage	1.1e-72	42.6
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WP_176714641.1|950025_952185_+	hypothetical protein	M4ZSB3	Bacillus_phage	8.6e-39	33.7
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WP_015380465.1|953768_953981_+	hypothetical protein	A0A0A1ENR9	Lactobacillus_phage	2.0e-17	80.3
WP_065980415.1|953992_955165_+	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	E9LUR8	Lactobacillus_phage	4.6e-196	87.4
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WP_065980417.1|955439_955973_+|holin	holin	E9LUS0	Lactobacillus_phage	8.0e-39	95.7

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP023772|1181318:1227842|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_013355290.1|1181318_1182875_+	glutamine-hydrolyzing GMP synthase	A0A1V0SH76	Hokovirus	6.6e-17	29.8
WP_013355291.1|1182940_1184632_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	1.1e-92	41.5
1182985:1183001	attL	NA	NA	NA	NA
WP_013355292.1|1184813_1185989_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A1X9I5C3	Streptococcus_phage	2.6e-37	30.5
WP_033098994.1|1185994_1186180_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355293.1|1186294_1187161_-	KilA-N domain-containing protein	Q4ZC41	Staphylococcus_virus	8.1e-81	57.5
WP_049787978.1|1187419_1188349_-	DUF4428 domain-containing protein	O48432	Lactobacillus_phage	3.1e-22	31.2
WP_049787979.1|1188385_1189522_-	DUF4428 domain-containing protein	O48432	Lactobacillus_phage	4.1e-16	26.3
WP_154813574.1|1189567_1189708_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355295.1|1189970_1190312_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A059T669	Listeria_phage	6.9e-20	53.9
WP_114403795.1|1190476_1190692_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_157771631.1|1190642_1191890_-|transposase	ISL3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_013355297.1|1192128_1192722_+	type IV toxin-antitoxin system AbiEi family antitoxin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003641164.1|1193198_1193567_-	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_003641165.1|1193800_1194169_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	E9LUL4	Lactobacillus_phage	5.9e-17	42.7
WP_013355298.1|1194706_1197670_+	DNA2/NAM7 family helicase	NA	NA	NA	NA
WP_011101204.1|1197971_1198664_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_013355299.1|1198883_1199228_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011101206.1|1199359_1200658_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_013355300.1|1200931_1203436_+	LPXTG cell wall anchor domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_021355861.1|1203567_1203882_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A2H4J6F9	uncultured_Caudovirales_phage	3.3e-08	36.0
WP_013355302.1|1204044_1206618_+	SEC10/PgrA surface exclusion domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_082225633.1|1206758_1208534_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	2.5e-92	41.3
1206607:1206623	attR	NA	NA	NA	NA
WP_033098993.1|1208568_1209159_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_033098992.1|1209158_1210226_+	DUF4767 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355305.1|1210292_1210649_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011101208.1|1211243_1211627_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003641171.1|1211616_1213464_+	acetyltransferase	A0A1R3Y5Q6	Salmonella_virus	4.5e-20	23.3
WP_003641172.1|1213704_1213959_+	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_003641173.1|1213970_1214516_+	alkaline shock response membrane anchor protein AmaP	NA	NA	NA	NA
WP_003641174.1|1214528_1214711_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003644046.1|1214725_1215148_+	Asp23/Gls24 family envelope stress response protein	NA	NA	NA	NA
WP_003641176.1|1215208_1215649_+	Asp23/Gls24 family envelope stress response protein	NA	NA	NA	NA
WP_016511031.1|1215852_1216653_+	fumarylacetoacetate hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355308.1|1216784_1217795_+	DUF4767 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003644049.1|1218156_1218489_+	PTS lactose/cellobiose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_003641180.1|1218594_1219167_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355309.1|1219348_1221883_+	M1 family metallopeptidase	A0A0P0IY26	Acinetobacter_phage	9.3e-69	27.3
WP_013355310.1|1222105_1224979_+	type I restriction endonuclease subunit R	NA	NA	NA	NA
WP_033098990.1|1226575_1226830_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355080.1|1226918_1227842_+|transposase	IS30 family transposase	H7BVY4	unidentified_phage	1.1e-32	31.9

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP023772|1602125:1688950|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_141686194.1|1619552_1619720_+	hypothetical protein	A0A2P0ZLB5	Lactobacillus_phage	2.1e-14	83.6
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WP_062689645.1|1620341_1620692_+	hypothetical protein	A0A142F1A4	Bacillus_phage	1.3e-13	45.7
WP_072535789.1|1620684_1620852_+	hypothetical protein	E9LUP4	Lactobacillus_phage	8.1e-14	89.4
WP_033608385.1|1621033_1621459_+	transcriptional regulator	E9LUP5	Lactobacillus_phage	2.1e-66	86.5
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WP_098817304.1|1623749_1624220_+	HNH endonuclease	E9LUP7	Lactobacillus_phage	2.7e-62	72.5
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WP_080453350.1|1679922_1681632_+|tail	phage tail family protein	A0A2P0ZLH2	Lactobacillus_phage	1.1e-291	92.3
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WP_171030852.1|1686608_1686770_+	hypothetical protein	E9LUR6	Lactobacillus_phage	2.8e-19	98.1
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP023772|1737366:1750144|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_013355469.1|1744285_1744846_+	hypothetical protein	A0A2P0ZL75	Lactobacillus_phage	6.5e-100	98.4
WP_013355470.1|1744916_1745357_-	nucleoside 2-deoxyribosyltransferase	A0A2P0ZL88	Lactobacillus_phage	1.2e-75	97.9
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WP_021356352.1|1747107_1747800_-	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	5.3e-35	37.6
WP_013355473.1|1748509_1749175_+	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355474.1|1749199_1750144_+	glycosyltransferase family 2 protein	V5USA4	Oenococcus_phage	2.0e-72	45.5

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP023772|2585427:2624350|DBSCAN-SWA
AATGGCTAAATATGACTTTACAATTCATTATGACGGTGAAGGATTGAAGAATAATAGAATACCCATTGAAGATTTAGCACCCTCTTTGCTTGCAGTATCAAAAGCATTTCAAGAAATACAGAAGCTTAATAATCCGCTTGATGATCCAGTTTCTTTGGATATTAAGGCAAGCGAGCCAGGCTCATTTATTGTTGATTTAGTGTTGGCTAATGGTGGAGACATCATTCAAAGAGCCGTCTCTTTACTAAACAATGCTGATTCAAATGCTCTATTAAATCTAAAAGACTATGTTGAAATTTTCAGTGGTTTGATAATCTTTATTATTGGAATTGCAGATCATAAGCTGAAACATAAGAAAGAGAATGACGATGGTACAGTAGAAATAACACTAGATGATAATACTAAAATTACAATTTCAAAAAAAGTGTTGGACGCTTATCAGAATGTCGAAATCCGAAAAAGCATTAATGATTCTGTAAAGCCTTTATCAAAAGATGGTATTGAATCCATTGACTTTTCTCACGGTAGTCACAACAAAGTTACTGTGAAAAAAGCTGATTATCGTGCTTTTGAAGTACCTGATGCTACTGAAAAAGAAATTAATGTTAGTGAAGAAGACACTTTTTTACAAATTATCAGCGTAGCGTTTGAACATGGAAAATGGCAGTTTTCCTCTGGCGGTAATCGTTTCTTTGCAAAAATTGAAGATGAAAGTTTCTTGAAAGATGTTGAGAAAAATGTTCAACAGTTTGGTTCAACCGATGTTTTAAAAGTGCACTTGCTGACACGCCAATACATTGATAAAGCTGGTTTGCTTAAGAGTGAATACACGGTTTTAAAAGTATTAGATCACCAGCGGGGCGGCCAACAAATTGAATTGAATTTTACAGATCCGGAAAATTAACAAAAGAATCCCCACACCAGCCATTAGAGCCAATGCGGTGATCCCGTTTAGTTAAGTTGCAATTTTGTACCCGGATAGATACTCTTACAGTTTTGCGCTGCCAACGCGTAGACGCTTAAGCCATTGCGTTGAGCAATCGACCACCATGAGTCACCTGAAACGACCGTGTAATACGTATGAGAAGCACCCGTTTTGACAAATACCAGTTATTAATAATGTCAGTTTCACAGTAATGAGTATTAAAGTTGCACGATTTCTCATATATTCCTATGATAATAATGGAATCTAGTAATAATCTGGTTTTCTCTTTCGCTGAGATACTTTCTCTTATGTATTAGCCATCTGCCTTTACAGCAGGCGGCTTTTTACGCAAAAAATCCCCCACGTCGAAGCGCAGGGGAATTAATCAAGTTATAACTATCATCTAGAAACTACACTAGAGACAATTAATATTATACTTATTACTTGCTATTCTGTAAAGTCTTGTAGTTATCTAATTAGCTATATTGACAGCTAATAATGCTAAATCTAAACTCTCACTAACAAAATATACAGGCAAGCAACACAAAAAAATCTTCCACTCATCAAGCAGAAGATTATCCTCATCACTTCCGGCACCACTAACCGACAATCTTGGAGGGATTTGAAAGCTGTGATACTAATAACAGGACAAGGGACATAATAACACTTGTCGGTTTATATCACAATACCGAAAGTAATCTATAGAAAAATATTAATAAGTCCTTGTTATATTAATCAGGTTTAATGTATAATAACTGTGTTCTTTATTATCTTAGGAGAAACAGAACACCCATTTTATTTATTTAAACATTGGGCCAGTCTTGACTGGCTCTTTTTTATATATTTTGTTAACAAAAAATCCCCCACGCCGAAGCATGGGGGACTAGAACAGTTCACGATTATTATACTACTTTTTCTCCTGATTGTGAGGCGGATTCTGACGCCATTTCAGTGTCAGATGATGCAGAACTATTCATTACAGCAACTGTGGACGTTGGTGTTTGCGCTTCGTCAGCAACTTTATTAGCCGTCGCTTCAACTTGGCTTTCCTCGTCACTTTTAACTGTTGGTACTGTCACTGTTTGAACGTCAGTAATAACGCCCAGCATACCGAGGATCGTTAATACGGTATTCAATACTGCGATAATCGCTGACCAATCACCAGTAAACTTAACACCAAACATGGCAAAGACTTGTTGAATCAAAACGATCAGTAACGAAATAATCCCAGCAATCAACTTACCATTTAAGCTTCCATCGGCATTCTTAAAACTAATTTTTTTCATTTACTCTGGCTTCCTTTTCATATAGATGTTTAAATTCAATATCATGACCATCTAACCGGCCTTCTACCTTAATAACCCGATTTTCAATCGCGTTCATTGTGTCGGCGTTTTGCTGTCGTACTTTTAAGCTTTCATTGGTAAATCGGCTAAGCCGCTTTCCTAAATCGTTAAGTGGAATGCGGACCGTTTTATTTAAAATCCAGTTAGCTAACACACAAACACTAGTGACAATGGCAACAATGGATCCCCATTCATCCCAACCTAATCCTAATAGTGTATGCAATTACCGCACCACCAATCGCTGGCCAGGATAGATAGTGGTGTAAATCGTCTTGCCGTTCTGACTAGCTAATGTAGTCATACTTAGGCCGTTTCGCTGAGCGATTGACCACCAGCTGTCGCCGGACTTGACTGTGTAGTACATGTGAGTGGCACCACTATTTACGTATTCCAGCGTATTGCTTGCTGGGCCTGTTGCTAGATAACCATAACCATTAAATCGTGGCTGACGAGCCCAACGATAACCACCTTGAATAATAGCTTGATCAGTTCTTACCGTAGTGCCTGCTGGTAAGGTAGTGATAACACTTGATGAAGTCGAGGCGCCAATGCGTAGCTTAACCGCAGTCTTGAGCGTGTAGATTTTTGACTCCTTGACCCACTTGGCTGACGTAGACGGCTTAGAAGTGTTTTTGTTGGCTTCCTGGTTGTTGGCCTTAACCGCATCCTTATCGGTCGGTTTGACCGTTGATTTTTGACCAGCTGTGTAGTAATCAGTATAAAGCTGACTGACGTCAAAGCCACCGTAACTAATCCGAAAACGAGCTGACCCGGACCATTGCCAGGCATTATTATTCGTATACCATTTCTGACCAGACATGACATAGGGGTAACCAGCAACCCAACCTGTTTTGCCCTTGATGGTCATCTTGTTGTTAGCCCATGATCCAGACGTATAAATGTCGGCCCGATAACCAAACTTCTGAATCTCTCGCATGAAGGCGGCATTGTTGCGGTCATTGGTCGCTTGGGATAAGATTCCTTGTTCTTCAGCCGATTCTACGTCCGTTGCCAATACTGCGCCCACTGGTAGTCTGGCCACTTTGGCTGCCTGACCAGCAAAGTCAGCTTCGGCAATTGCTTGAGCCTTAGTTTTATAATGGGCAAAGTGATAGCCGTTGACGTATAAGCCAGCTGCTTGACCATTAGCGATATTGCTAGCAGCATAGCCATCTTTGAAGGTTGTGCCTTCACTAATCTTTACGGTAAGGGCCTTAACACCGAACTCGTTACGCATGGATGTGTACTCAGCGGTGCTCATGTAGCCGTTGTTATTCGACACATCGACCATGTCCATGCGAGCAGCCTGACTGGTAACATTGACCATTAAAAAGGCCATAAAAATGGCGCCCACCGTTAAGATGAGTGCCTTTAACTTGTGCTTATTCAATTGTCTACCTCCTATTTGTCATTCCTGATTGAACGGTCAAAAGCGTCCTAAAATACACTGGCCTAGTCGTTTTAACTTATTAATTTTCAATTCACCATCTCTTCAAAGTTCATCTTTCACTTAATACTTATGATGTTGGCAATTCATTCTTAAGAATGGATTGCAGCACGCTCTGCGCCTCCGACATTGTAACATCGTCTAACTTCTTATCTGAAAAATCTGATTCAGTGGCAGTAACATTCGCATTCACATATGTGCCAGTTTCAGACTGATTAAATTGAGTGGATACAGATGAAATCCTGCCAGCAGTAAAACTCCACCCACCATTAACTGCAATTAGAGAGTCAATTATTGATGGAATCTTATTCATCGCACGTTTGGATAATTCTTTTTTTGTTAGATCATCGAAAGTTTCATCTTTAGCTAAGTCTGTCGGATAAATAGTGACATTTGCCGTAATAGTTACTCGACCTTCTACTTCGCCACGAAGACCTGCAATTACAGAACTCGTATTTCCAGTTCCATCGATATTATAAGAGATGCTAGTGTTTAATAGTTCCATTTTTATTCCCCTTTTCCATATGCTTTATCAAACTGTTCAAATACTAATGCGTATACTAAAGCTGTTTGCCCTTCCAGCTCATACGGGTAATCCTCAAGTGCATTAAATAAAGCTTTCATTCGTGCAGAATATGAGCTAATTTCAATACTTACTGGTTCTTCTACTAATTGGTCAAACTCTTTTTGAGCTTCTTCCATAGTATATCCATCTTTAAGAATAAGCGTCTTTTTGTCTTCCTTATAGACAAATTCCCCATCTTCATCGGTTTTAAAAAAGTTCTTTTGCGTTGCTAATTGGTCAGCATTAAACTGCTTGTTCAGGTCCTCAAGTCGATTAATTAACCATGTCCGCCCAAGAGAAGCTCGACCTTTAAGCTTAAACTCTGCCATAGTGTTTCCAATTGATACTAGTTGCCCATTTTTGAATGTTAATACTTCTTTTCTTGCTGTCATAATTGACTATACCTCTTTCGTTTGTTTGATTTTGTTTTCCAATACAGTTATGCGATCTCGATAGTTACGAATTAATGGAATAAGAGCCAATGCTACCCGGTCATACTGAATACCATTGACCTCCCCTTTATCATCGTACTCAACAAGTTCATTCAGACCAGCATCATCCAGATCATCAGCAATCATTCCGAAATAAGTTTCTGGATCTTTAGCATTAGAATCACGAGTTTTGGCTAATACTTCTTCTTTGTCTTTCCAATGCGCAACTGGAACTTCTAGGAGTTTGTCCCCCATTTCAGTTTCAAACGATCGAACGATGTCTGTT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>NZ_CP023772|2585427:2624350|2603782_2604130_-|WP_003642822.1|DBSCAN-SWA
MRLRPTDLTTVYLRQQQSGHDDEGNVITAGWSNPIAVRMNIQAAGGSVNAQIWGKDLKYIKSGKYQGNQINEGQQENWGVCVNVTKDSEPDYVINSIQTFSTHKNITLEQRKRGE
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MAISELYTPKQVQVLKTLRRTDWRLLINYGAVRSGKTVVDNDAFLMELRRVRQVADKLGVKEPMYILAGYSSKSLQNNVLQELTNKYDINFQFDKHNSFTLFGVKIVQTFTGSIAGLGAIRGMTSFGAYINEASLANEEVFNEILNRCSAQGARIICDTNPDVPTHYLKASYIDNDDPKAGIVSFHFTIDDNTFLPPQYVEHQKAGTPSGVFYDRAILGLWVSGEGMVYKDFNKDEMIIPRAQLPADLTYYAGVDWGYEHKGTIVVMADDRVGNTYLIEEHTRQFEEIDYWVEIAKDIQHRYGRNVKFWADSARPEHVARFQREGLKAFNAKKSVLSGIESVAKCMKQGHFFVIKEAIDAFLDEIYQYVWDEATGLPVKLNDDVMDALRYAVYNTHERLKARTIKKPKGLRG
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MSDTILIRHEAPKGFQFISEEEYERFQAWKQAQRGIRTWKLKDLAKYKYGTKSTERASRYLIKHRHDLDVEQGGFIDYVNTHNGWQIPAAEMMDYLLNHPD
>NZ_CP023772|2585427:2624350|2604662_2605685_-|WP_003642819.1|capsid|DBSCAN-SWA
MAQISDLFTQHDLIDFSLNRQYPAMQGDELFPAIKVNSLTVDILKRQNRIPVIASYAAFDSEAEIGSRSASGAAIELALIKRKMQIKEKDLYAMLNPRTPAEASYLQQHVYNDFDVLNQGVLARIEKTAMDVLATGKTILPDESGKLAVQLDYQVPTEHQEALTGAATWDNGDADILGDITRWCDKMDITPTRALTSRKIYRLITTNTKVLQAVYGNSTRALGQADFDTFMQAQGLPIFRTYDQKYTQVGKDGKITKSRYFPENRLVLMNDDPIGNKVFGPTPEELAQFSGPAQINAVGNVYDMIYTETNDPIGTWEKASAVALPAFAAADEVFQAQVLA
>NZ_CP023772|2585427:2624350|2616041_2616560_-|WP_013355744.1|DBSCAN-SWA
MTETQVLVINADLPDIDHPLAIGPEPEMFKLAQHNYKSGEWPFPVRLVKPGTKVRSDAAYLASMLPDTQAEEREQIRDIRRAHRDGNHTIRALTDETGYISQRVSYLVHKYSLPLRNGYWRAEKYDNPNEIITGQTVDLLGDKIGAPARSIRQASYSNGIVCGYYISRVPKV
>NZ_CP023772|2585427:2624350|2602379_2602856_-|WP_080477005.1|tail|DBSCAN-SWA
MKLKKNLTVFDLQRSAADASAGLAGTGTKLEMSVDGTKFDEIGGIKTVPDMGSDPENIDVTDLSDTKKKSVPGIENTSTLAFTFVYKGSNFATALTHNGDNKQYKWKVTYPDGMTASFTGSYTVKMGNVAVNGALEYTISIIVSDGPDFATASSSAGA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_013355720.1|2585427_2586330_+	hypothetical protein	A0A0B5CYL8	Listeria_phage	3.2e-80	51.4
WP_080009510.1|2586377_2586536_-	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	A0A0P0HRN9	Lactobacillus_phage	2.4e-07	61.7
WP_013355721.1|2587253_2587637_-|holin	holin	A0A2P0ZLG6	Lactobacillus_phage	7.1e-13	58.8
WP_013355722.1|2587623_2587920_-	hypothetical protein	A0A2K9VCD4	Lactobacillus_phage	4.9e-38	75.5
WP_013355723.1|2587920_2589036_-	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	O03950	Lactobacillus_phage	1.7e-46	64.2
WP_003642832.1|2589214_2589649_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003642831.1|2589651_2590101_-	DUF1617 family protein	A0A2P0ZLE0	Lactobacillus_phage	6.1e-24	40.5
WP_013355724.1|2590107_2595273_-	hypothetical protein	Q6SE68	Lactobacillus_prophage	2.1e-144	59.4
WP_099739626.1|2595287_2595620_-	hypothetical protein	V5UQS8	Oenococcus_phage	2.2e-42	73.4
WP_013355726.1|2595663_2601495_-|tail	tail protein	V5URV5	Oenococcus_phage	5.0e-227	40.9
WP_031275283.1|2601510_2601774_-	hypothetical protein	V9QKH3	Oenococcus_phage	2.3e-23	65.4
WP_003642826.1|2601881_2602280_-	hypothetical protein	V9QJA0	Oenococcus_phage	3.0e-46	74.8
WP_080477005.1|2602379_2602856_-|tail	phage tail protein	Q6SE73	Lactobacillus_prophage	1.5e-44	58.7
WP_013355729.1|2602864_2603230_-	hypothetical protein	V5UQS4	Oenococcus_phage	3.0e-29	53.4
WP_013355730.1|2603229_2603781_-	HK97 gp10 family phage protein	V5URV0	Oenococcus_phage	2.0e-64	62.3
WP_003642822.1|2603782_2604130_-	hypothetical protein	V5US85	Oenococcus_phage	3.2e-36	62.3
WP_013355731.1|2604129_2604462_-|head,tail	phage head-tail connector protein	V9QJ97	Oenococcus_phage	1.8e-12	45.3
WP_003642820.1|2604473_2604650_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003642819.1|2604662_2605685_-|capsid	major capsid protein	V5US24	Oenococcus_phage	3.7e-117	62.5
WP_013355732.1|2605704_2606052_-	hypothetical protein	V5UTH9	Oenococcus_phage	4.4e-30	63.8
WP_013355733.1|2606066_2606744_-	DUF4355 domain-containing protein	Q6SE80	Lactobacillus_prophage	6.0e-15	32.1
WP_013355734.1|2606916_2607123_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003642815.1|2607174_2607453_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355736.1|2607427_2609113_-|capsid	minor capsid protein	V5US81	Oenococcus_phage	6.5e-119	58.0
WP_024971552.1|2609259_2609556_-|protease	ribosomal-processing cysteine protease Prp	D2J003	Enterococcus_phage	1.1e-10	40.2
WP_013355738.1|2609485_2610994_-|portal	phage portal protein	V5US18	Oenococcus_phage	1.8e-136	52.0
WP_033098955.1|2611005_2612244_-|terminase	PBSX family phage terminase large subunit	M1PG09	Streptococcus_phage	1.9e-139	61.3
WP_013355739.1|2612233_2612761_-|terminase	terminase small subunit	O03926	Lactobacillus_phage	4.5e-58	75.7
WP_013355740.1|2612994_2613201_-	hypothetical protein	E9LUP6	Lactobacillus_phage	7.6e-06	56.5
WP_013355741.1|2613328_2614105_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_033098953.1|2614395_2614605_+	KTSC domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355742.1|2614601_2614769_-	BC1881 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003642805.1|2614992_2615454_-	transcriptional regulator	D6PSV8	Lactobacillus_phage	1.1e-39	57.0
WP_013355743.1|2615664_2616045_-	endodeoxyribonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_013355744.1|2616041_2616560_-	hypothetical protein	O03915	Lactobacillus_phage	4.5e-55	69.1
WP_011101096.1|2616556_2617087_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355745.1|2617083_2617371_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_033098952.1|2617367_2618276_-	DnaD domain protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355747.1|2618354_2619107_-	PD-(D/E)XK nuclease-like domain-containing protein	A0A0P0IZH9	Lactobacillus_phage	2.3e-71	50.6
WP_013355748.1|2619138_2620038_-	recombinase RecT	E9LUM3	Lactobacillus_phage	6.0e-63	47.7
WP_080009504.1|2620034_2620421_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_013355751.1|2620791_2621304_-	transcriptional regulator	D6PST4	Lactobacillus_phage	1.4e-27	43.5
WP_013355752.1|2621371_2621677_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003642792.1|2621688_2621859_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011101086.1|2622017_2622218_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011101085.1|2622364_2622601_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0K2CNE2	Brevibacillus_phage	8.5e-09	30.7
WP_013355753.1|2622638_2622953_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_033099030.1|2623009_2623264_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_013355754.1|2623409_2623913_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	S6C481	Thermus_phage	1.7e-22	42.6
WP_013355755.1|2623927_2624350_+	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	A0A0S2SXM3	Bacillus_phage	3.0e-12	35.1

2. NZ_CP023774

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	10515 : 18219	7	Enterococcus_phage(28.57%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP023774|10515:18219|DBSCAN-SWA
ACTACTTAAGTAAGATGCAAATTGAGGCAATGTAGACCGTAGCCAGATAAACATGAGCGATCTTATCATAACGCGTTGCAATCCTACGAAAGTTCTTCAACTGATTGAAGAAGTTCTCAATCAAATGGCGCTCACAATAAACGTGGTAATCACAGGTCCACTTGTCTTTGGTATTTTCCTTTGGCGGAATGGTATAGACGCCTGCTTTATCTTCAATATACTGGCGAAGTTTCGCGGTGCCATAGGCTTTATCCGCGATAATATTTGATTGAGAAATATCGAAGCCTTCCAGCAACTCACTGGCAACTTGGCTATCATGTACTTGACCACCTGTTAGGCGAAAACCCAAGGGATTCCCTAATCCGTCAACGAGTGCGTGAATCTTGGTCGTTCGGCCACCTCGACTTAATCCAATAGCTTGATTTTCGACCATACATTCGGCATTTTTTTTGCCCCAGTGGCCTTTTGATGCGCTCGAACGATCGTTGAATCTAAGCTCAAGTTTTCCATGTCGGGATCGTCAATCAATTCGAGAAAAACCTGTTCGAACAAGCCTGAACTTACCCAGGCTCGGAAGCGACTATACACCGTTTTCCAAGAGCCATAGCGTTCAGGTAGATCACGCCAAGGAGCCCCGCTGCGCATGAGCCAGAGGATAGCGTTGAGGGCGGTACGGTTGTCTAGGCTTGATGGACGGCCAGTCCGGTATGGCGGGAAGTATCCTTTGATTCGGTCCCACTGAGCATCTTCCAGTTCGTATCGTTTAGGTGTTGTCATCGGAATGCCTCGATTCGTTTTTCCTCAGATTATACCTGAATTTTTAGTTTTCAGACAGTCCCTAGTAGATTATAGCCGTTTTTTCATATTAAAACGTCTATTAATTTTTATTCTTTACTGTGCTGCCAATTAACATGGTATCTTTTGCGTTGATAACTAAAGCCCTCTCCAATCACTTCATGGGCATCCAGTACCGTCACAAATGCCCGTTCATCAATCGCTTTAATTAATTGCTTCAATTGTGGAATTTCCCGCGGTTGAACCACCAAATAAATCACTTGCTTTTGATCATGCTGATAACCACCTTCAGCTTGCAAATATGTCAATCCTCTATTTAAAGAAACATCAATTAATTGGGAAATCTTTTGGCTTTTATCTGATACAATGAATAATACCTTAGCACGATTGGGCCCTTCTTGGACCATATCAATTACTTTAGATAATACGAAACTAACAATTAGCGAGTACGCGATGTGATACAGATCTAAGTATGATAGTGATAGCCCTAATACTACGTAGTCAATAATCAAAATTCCTTTTCCCGAAGAAAATCCAAAACTTCTCTGGCCAACCCGAGCAATAATATCACTACCACCAGTAGTTCCGTTATAACGAAAAACCAGACCAATTCCCAACCCTGATAATACCCCTGCAACCAGTGATGACAATAATAAATCATTTCTCAATGGTAGTGGTTGGATCAGAGGCTGCTGTGACCATATTATTAGAAATAGTGATAAACAAATGGTGCCATAAATAGTGTAAGCCATCATGCGCTTGCCTAAGTAGCGCAACCCAATTAGTATCAATGGAATATTCAGAAATAAAGTACTAATTCCCAAGTTAATATGAAAGAAATGACGAATAATCAGAGTTATTCCGCTCAGACCGCCGTCTGCCAAGCCACTTGGAATAGAGACTAAATCTAGACTGAACGCATAAATGCTACATCCCAACGTAATCATAATTAATTCGAAACTATTGTATTTTGTCCAATCTTTAAAAAACATAGTTCATCTCCAAAATGTTTTATCAATGTAAGTGCTTTATTATTTGACCGATGGTCCCTAAAAAACACTAACTTGTCCTGTAGTCCCTAGCTATTCACTTCTCTTTTGGGAGTGCCTAAGTCTCCAATTTTTAAAGCATATTCTTTAATACGATAAATTTGTCGTCGTTGTACGCCAGTACTCCTTGCAATTTGTGCAATATTCGTTCCATCCCTGAGCATTTGAACTACCCTTTTATATAGGTGGCGTTTTGATCCATGTGGACTATATTGCCGCCTTCTTCCTTTATACTCCCCGCGCTCCTTAGCTAATTGGATTCCCTGATTCTGCCTAGCATGAATTTTGTTGCGCTCTTCTTCAGCTGTATATTTGTATATTTCAAAAACCAAATTGGTTAATAAACCACGTAAGTTAACATCTTGTATATCAGTGAAACTCGGTAAACTTAAAACATCTAGTGTGGCTTCCTTTTGTTGAATCAAGTTAATGGTGTCAGTAATGTCCTGAGCATTTCTACCAAGTCGATCTAAATCCAAAACAGTGACAATATCTTTTTCACGAATGAACTCTAACATTTTTTGCAATTCAGGGCGATTTTGAACTGATTTTCCGGAAACTTTTTCCTGAAATATTTTCTCTACACCAGACTTTTTTAGAGCTTCAATCTGCCGAGCTAAATTCTGATTTTCAGACGACACCCTAGCATAACCAATTTTCATATATTTGCCTTCTTATCATATTAATTCTGACGTCAGTTTCTGGGCAACTACTCAACTAGTTGATCTGATTAAGATTTAAAAGTTACTGTGTCACACTCTAATGTCTCACACGTTTGATCTATTATACCACAGCTCAGGAAGGAGACATTAGGGTACATCGTAACGTAACGGATTGGGGGATTCGAGATAACTTCTTAACTGGACGGGTTCAATATTGGTATAACCAGCATCATCAAGGTATTGGTAGTACCAAAATATTATCTAATCTCAGAAAAGACCCGGCCGTCACCGAACAGGTGACGTTAAAGCAAGTTAAGCGGATTATGAGCAAGCTAGGCATTCGTTGCCAGGTTCGTCAGAAAAAGCATTCACGAATCAAACAACAGGAGCAATACTTACAAGATAATGTTTTAAATCAGCGTTTTAGCGTTAACCAACCAAACCAGGTTTGGTTAGCTGATTCAACGGAATTGACCTATGGTGTTAACGGTCAGTATAAAGTGCGTTTGAGCGGCGCGCTGGATCTTTACGGTCGCCATCTAATTGCCCATAAATTAAGTGAACCTGAAACTTCGAAGGCAAAAGTTCAGGTTTTTCAACGGGCCTTTAATTTTGCGGGTGACGTCCACCCTGTAGTGCATACTGACCGAGGTTCGGCATGCACATCAGGAACATTCAATAACTTTTTGGCGCAACATGAAGTCACCCGTAGTATGTCACGACCAGGAATGCCGTATGATAACGCACCAATGGAACGTTGGTGGAACGAGTTCAAATTGCGCTGGATTGATCGACACGCTAAACCAGTTACCTATAAAGAATTAGTGGCCTTGGTCGAAGAAGTCATCAACTATTTTAATCAACTAGATTGTTCACCAGCAAGAAACGACCTCACACCAGCTGAATACTGGAATGAGGCCGTTTAAGCAAAGCAAAACTTATATTATTTCAAATGACAACTTGACAGGGACTAGTACAACTCAGGGGCTTTACTTTAATATTTCCTGTAGATATTAGCCTTTTTTAAATTTTAATTATGCCTAGAAGCCTATGTTAGAAGTCATAGTCGCCGCTACTCATAGCTTCAGCATTACCCATTAGATAGCCAGCACCAACTTGTGAGAAGAAATCATGATTGGCCGTTTCGGTTGAAATTCCGTTCATTACGATTGGGTTGATATCTTTAATCTCAGCATTGGGGAAGCGGGATTCCAAGCCCATATTTTGGAGCGCCTTGTTGGCGTTGTAGTGAACGAATTGTTTAACATCTTCCGCTAACCCAATCGGCGCGTAAACTTCTTCGGTGAACGCAAACTCGTTCTCAAGGAGATCGTCGAGCAACTCATCCATCCACTTTTTGAATGTTTTTTGTTCAGTCGCCGATAGCTCGTTATATCCCAATTGAAATTTGTAGCCGAGGTAAGTACCATGAACAGATTCATCGCGGATCACCAGTTTGATGACTTCAGAAAGATTTGCCAGCTTATTGTTACCACGGTACCAAAGTGGGGTAAAAAAGTTGGTGTAGTACAAAATTCCTTCAAGAAAGACGCTTGCAACTTTCTTTTCAAGGTTGTTTCCCGTTTGATAAATATCATTGATCCGTTTGGCTTTGTATTGCATTCTGGGATTATTGTTCATCCATTTGAATACTTCGTCAACAGTGGCTTGATCGTTCAAAGATGTCAAAATAGTGCCGTAGCTTTTGGCATGAATTGACTCCATCATCAAAAAGTCATTGAGGACTGCTGCTTCTTTTCGTGTCCGAACGTCTGGCCGCATCACATCGACTCCTTCTTCAGATTGGAGTGTGTCCAGCAAGGCTAATCCACCCACAACCCGATTGATAACCGATTTTTCGGTGCCAGAGAGTGTCCGCCAGTCCCGTAAATCATTAGAAACAGGTACTCGCGTATCCAGCCAGTATTGTGCCGTTGCTTTATCCCATACATATTCGTCAAGTTCGTCTTCGATGATGTCCCAATTAATTGTTTTATAGCTCATTAGTTGAACACTCCTTAAAAGTCGTAGTCGTCATCGGTCATTTTTTCAGTGTCCGATTCATTGTTTGCAGCCGTTACCTGTTGCAAAAATTGATTTTGGTCAATCATCAGTTCTTTGAGTTGCGCCACTAGTGAAGACGGTTGAACTTCGTAGACAGCGTTAAAGCCAAGTGACATTAATGCATGATTGGCACCATAGGAGGCCAGATTGATGGCTTCGGTGGCATCGTCAAGGTTAGCTTCTAAGAAGTCTTTTTCAGTTTGCATGAGTTGATCAAACTGTGTATTAATCCAATACTGCAGTTCGGTTTGATCACTTACAGTGAGTTCTTCAAATCTGAGGCGAAATTTGTAACCAATATAAGCACTAAAAAGGGCGCTACCGCGGAGAATATTAGCCAACATTTGGTAAGTATTGACGAGAGCCTGTGTTTGAAGTATTGTCCAGTATTTACCAAACGAGAGCCCAGTTTCAGTCAGAATAAAAAGGGCTTTTTTCTGTAAGGCCATATCGCTAGTGCTCATTTGGGCTAGTTGGTCAATTTCAGCTTGCAGATTGGCATTGTCATCTGCCCAAGTAAAACTTTCACCGCCGTTACCCGGAATCAGAGCCCGGAAAATGGTCGTACAGCTTTTGGCATGGACTGATTTCATAAAGGTAATGGTGTTTAATACGGATTCTTCTTGTTGAGTTCGCCGATCGTGGCGAATAGCAGGGGCGCCAACTTCTGATTGGTAGACGGCTAACATTGATGTACCTGCCAACATACGAGTAATGGCCTGTTGTTGAGTATCTGATAGCTGTTGCCAAGCCGTTTGATCATTCGTGATGGGAATCCGAATGTCCAACCAAAAGTTAGTGGTGAGTCGTTCCCACATGTATTTATCGAAATTATCTTTAATATCATCCCAGTTAATTGCTTTGTAGTATAAGTAGTCCATCGTTATTTGTTCGTCTCCTTAATTAGGATTCATGGGTATATGGGTCTTGTGACCCAATAACGTATGCCGGTGTGTTAAACGGACGGTAAGACCCCAAGTGAATTTCCTAGATCATGCATGATTCACATTCATTTGCCGTTTTAATTTCATCGTCTTCTGTAAACGTTCGAATGTAATAAAGTGACTTAATGCCTTTTGTCCAGGCGTAATTCCGTAATCGGTTAAGGTCTCGGGTTGTCATCTTTAAATTGTTATTATCCTTCCACTCGTAAAGGTCAGGTTTCAAAACTGAACGCATAAATAGTGTCAGACTCATGCCTTGATCAATGTGCTTTTGAGCTACGGCATAGGTGTCAATAATTTTTCGTTGATCAATATCATATGCGGGTGTGTAGTAAGGCAAAGTTTCGTTAGACAGGTAAGGTGCTGGATAGAAGATTGAGCCTACCTTATTTTCCTGACGTTGTTCTACTAATTGTGTGATTGGATGAAGTGATGCACTTGTTTCATTGACGTACGAAATTGACCCGTTCGGTGCCACAGCGAGTCTATTACGATGATAAAGGCCGCCAGTAATCACAGCTTGCTTGAGTGCCTTCCAATCTGTAACAGATGGTAATTTAATATTTTTGAAGATTTTTGCAACTTTGGTACTCTTAAATTTAAAGTCTGCGTTCAAGTATTGATCGAAGTAACTGCCATCAGCGTACTTTGATTGGTCAAATTTAGCGAAGGTTTCGTGGCGTTCACGGGCAATTCGATTGCTCGTAACGAGTGAATAGTAGTTTAAAGCTAGGAAGTAGGCATCAGTAAATTCAAGGGCCTCTGGTGAGCCATACTCAATTTGGTGGCGTGCAAGGGCAGTATGCAGACCCATAGCCCCTAATCCAATCGTGTGGTAAAGTTCGTTACCATGTTTAACAGTCGGTACTTCCTTAACGTCGGTTGTGTCAGTTACGAGGGTGAGCGCACGAACAGCAACCTCAACTGAGTGACCGAAGTCCGGCGAGTCAATCATATTCATGATATTAGTTGATCCGAGATTACATGAAATATCGGTGCCAATTGTCTTGTACGATAGGTCATCATCAAGTTTTGACGGTTCTTGAGGCTGTAAGATCTCACTACAAAGGTTACTCATAATAATTTTGCCATCGACAGGGTTAGTTTGGTTGGCCGTATCAATGTTCAAGATGTAAGGATAACCAGATTCTTGTTGGAGTTGAGAAATCTTTTGTTCTAGTTTCCGCGCGTTAAAAACTGACTTCTTAATATTGGGGTTAGCGGCCATGTTGTTATATTCTTTGGTGATATCGATGTAAGCAAATGGCGTACGATATTCACGTTCGACATCATAGGGACTAAAAAGATACATTGGTTCGTTAGTCTTGAGTAATTCATAATACTTATCAGGAACAATCAAACCGAGGGACAAGGTCTTCACCCGAATTTTTTCGTCCGCATTTTCCTTTTTGGTATCCAGAAAATGTAAGATGTCAGGATGGAAGACGTTGAGATAAACCACTCCGGCGCCGTTCCGTTGCCCGAGTTGGTTACTGTAGCTAAATGAGTCTTCAAGTAACTTCATCACTGGTACAACGCCAGACGAGGCGTTGGAAATCTGCTTAATAGGATCACCTGAGGCGCGCAAGTTTGACAGGTTAACGCCGACGCCCCCACCGATTCGAGATAGTTGAAGGGCAGAATTAACGCCGCGTCCAATTGAGAGCATGGAGTCGGCCACATCGATTAAAAAACATGATACCATTTCACCGCGCCGTTTTTTACCCGCGTTGAGAAACGTGGGGGTGGCAGGCTGATAACGTTGTGAAATCAATTCATCGGCAATGTCATTGGCAAGTTGTTCATCACCATTAGCGAGATAGAGGGCATTGAAGACGACGCGATCGACAAAGTCTTCCAAAAATTGCTGGCCATCATTAGTTTTCATGGCATATTGTGTGTAGAACTTGTAGGCACCGAGAAAGCTGCGAAAACGAAAGTGATGGTCTCTCATTTGGTCGAACAAGGACTGCACAAACTTGTGAGAGTATTGTTCCAGGATACTTGGATCGATATAATCTTCGTCAACCAAGTAATTTAACTTGGCATTTAACGAATCAAATTGCTTGGTCTTCGGTTTAACTGTCTCTTCGAAATAAGCCTTTAGGGCTTCTTGATCATAATGTAGCGGAATTTCTCCGTTGCTTGGGATATTTACGAGGTTATTTAAGTAAAAATAGGTATTTTCCAT

Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP023774|10515:18219|11398_12301_-|WP_013356283.1|DBSCAN-SWA
MFFKDWTKYNSFELIMITLGCSIYAFSLDLVSIPSGLADGGLSGITLIIRHFFHINLGISTLFLNIPLILIGLRYLGKRMMAYTIYGTICLSLFLIIWSQQPLIQPLPLRNDLLLSSLVAGVLSGLGIGLVFRYNGTTGGSDIIARVGQRSFGFSSGKGILIIDYVVLGLSLSYLDLYHIAYSLIVSFVLSKVIDMVQEGPNRAKVLFIVSDKSQKISQLIDVSLNRGLTYLQAEGGYQHDQKQVIYLVVQPREIPQLKQLIKAIDERAFVTVLDAHEVIGEGFSYQRKRYHVNWQHSKE
>NZ_CP023774|10515:18219|14073_15024_-|WP_033098914.1|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP023774|10515:18219|16071_18219_-|WP_033098919.1|DBSCAN-SWA
MENTYFYLNNLVNIPSNGEIPLHYDQEALKAYFEETVKPKTKQFDSLNAKLNYLVDEDYIDPSILEQYSHKFVQSLFDQMRDHHFRFRSFLGAYKFYTQYAMKTNDGQQFLEDFVDRVVFNALYLANGDEQLANDIADELISQRYQPATPTFLNAGKKRRGEMVSCFLIDVADSMLSIGRGVNSALQLSRIGGGVGVNLSNLRASGDPIKQISNASSGVVPVMKLLEDSFSYSNQLGQRNGAGVVYLNVFHPDILHFLDTKKENADEKIRVKTLSLGLIVPDKYYELLKTNEPMYLFSPYDVEREYRTPFAYIDITKEYNNMAANPNIKKSVFNARKLEQKISQLQQESGYPYILNIDTANQTNPVDGKIIMSNLCSEILQPQEPSKLDDDLSYKTIGTDISCNLGSTNIMNMIDSPDFGHSVEVAVRALTLVTDTTDVKEVPTVKHGNELYHTIGLGAMGLHTALARHQIEYGSPEALEFTDAYFLALNYYSLVTSNRIARERHETFAKFDQSKYADGSYFDQYLNADFKFKSTKVAKIFKNIKLPSVTDWKALKQAVITGGLYHRNRLAVAPNGSISYVNETSASLHPITQLVEQRQENKVGSIFYPAPYLSNETLPYYTPAYDIDQRKIIDTYAVAQKHIDQGMSLTLFMRSVLKPDLYEWKDNNNLKMTTRDLNRLRNYAWTKGIKSLYYIRTFTEDDEIKTANECESCMI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_087613290.1|10515_11291_-|transposase	IS5-like element ISLpl3 family transposase	A0A0N9SHJ4	Paenibacillus_phage	2.1e-27	53.2
WP_013356283.1|11398_12301_-	YitT family protein	M1Q1P6	Streptococcus_phage	6.3e-52	40.3
WP_013356284.1|12387_13020_-	recombinase family protein	A0A286S1P7	Klebsiella_phage	4.7e-14	33.2
WP_114602643.1|13133_13946_+|transposase	IS3 family transposase	Q716C2	Shigella_phage	2.5e-15	29.0
WP_033098914.1|14073_15024_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta	A0A096XT60	Enterococcus_phage	5.5e-99	54.6
WP_013356287.1|15038_15965_-	ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta	A0A2H4P8A9	Corynebacterium_phage	2.0e-37	32.4
WP_033098919.1|16071_18219_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A8E2R1	Enterococcus_phage	2.1e-255	60.5

3. NZ_CP023773

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	5016 : 30252	27	Staphylococcus_phage(23.08%)	transposase,integrase	attL 399:413|attR 37826:37840

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP023773|5016:30252|DBSCAN-SWA
TATGCAACAAATTGTCTTACCCATCAAAGATTCAAATGTTCTCAAAGAAGTGCAAGATACGTTACTCCATAATTTCAAAGCTGGTTGGCGTAACTATACCGTTTTTCAAGTGGGTAAAGCGACTCTGTTGCGAGTGAGCGACGTTATGAAGCTTCGTTGGACAGATGTCTTTAACGAAAACGGCACCGTGCGTCAGAATGCGTTTATACACGACCAAAAGACCGGTAAAGCTAACCTGCTCTACTTAAAACCCGTGCAAACTGATTTATTAGCCTATCAAGCTTGGTTGCAAGAAAACCATTTGGTTTCTGACTGGTTGTTTCCCTCGATTCAGCACCCAGAACGACATATCACGGAAAAACAGTTCTACAAAATCATGAGCAAGGTTGGCGATCTGTTAGGAATTAATTATCTAGGGACCCATACGATGCGTAAAACCGGGGCTTATCGCGTTTACACGCAATCAAATTATAATATTGGCTTAGTCATGAATTTACTAAATCATTCCAGTGAAGCAATGACTTTAGCTTATTTAGGCTTAGACCAGGCTAGTACTGAAACGATGCTGGATAAAATTGATTTTGGTTAGGAGGCTGGCTTTATGGATTTAGATTTTAAATCAAACAAGTATGATCTTTTTGATGATTGGCATCAAAACAAGACTAAACAAGAGTTTACACAAAAGTTGCAACAACAAGCTCAAATTGAAAAAACACAGCTGCCACAATTATTGTCGCGTGAAGATTTAAAAATTCGTTGGCAGATGAATTCTCGTCAAAGTGTTCATCAGGTTGCTAGTAAGCCCGATTTTCCGCAACCCGTTTTTGCTTTTAATCATGGTAAGACGCCACTTTACTTAGCAACTGAAATTCAAATTTTCGAAATTAATCACCCTTGGGTGATAACTCCTGGTGCTCGTCTTGCTTATAGTTATTGAATTCTTTGTCGTAACGAGTTGGCATGTAAAAATTCCTTCCTTTTGAGAGATGATTTATTCATTATACCCTCTCTTAAAAGTTGTCTCAGGAATCAGCTTACATCCATTGGCAAGGGAAGATCATCAAAATATGTTTTGAACAATTTTGAACAATTAAGATGTTTAGCGCTAATTAGTTCTTTATATTATAAGTGAAGAGAACAATTTCTCCATTCTTAGTTACAGAAAGAAGTCTTTTTGTGACTCATAATGTAGTATCACGATGATTAGTTATAGAAAATGGATTTGATTTGAAATCTAAGTTTAAAGATTACAGTAGCAACAAAAATGATATGCTTTAAAGAATAAATACGTTGATATAGGAGATTTTAATGAAAAGTATTTGGGAGATGGACGCACCAATAGGCTTGGCTTTTTTCTTTGGGCCAGCTTTAATTATTGGAATTATGATGTTAATAAGTGATTTTAACACCGTTTCAGCCATTATGGTCTTAGTGTTAGTTTTGTGTGGGCTTAAATACATGCATACTTCAATAATTGGTAAGTATAGAATAATGAAATCTATTGTTAACAGTATTCATTTAAAAAAAGACAGTAAGATATTAGACGCTGGCTGTGGTCACGGTGCCAAATATGTCAGTTAATAGGTTCACGGACGTTAACGTCTCAATCGACTAGAGAAAATTCTAACAATATTCAATGATACTGAAGGTTCGTCAAATTAAAAACGATATGCCATATAAATTATCAGAAACCAGTCTTACAGTTCCATATCAAAGTGACTGTTTACTAATAACCAACGACTATTTCATCAAAGGCTGAGTACTCCATGTCCGCCTTTCGAATAGGATCCCGGCTGGAAGGTATTCTGGGCAAGGCCCAGTGGTGATATTCCACTTAGCAAGTGTTGTGTGCTTGGTTAGTGGAAGACCAGTATTTAAGACGTGGTTTATCGGCTTAAATCTGTGTCCACCACGTCCTGGCCATTGCACAGAATGCCTGGAAGCCAGTGTAGGACGTCGCCACAACAGCAGGTTTACGCAAACTCGCACTATTTCCAGCGGTCCTAAGCTGGCTGATTTTAAACTTAAGACTCCTCATTAACGCAAGAAAACACCAAGCACAACGGTAAATCTGATTTATTTTGATAAATTGACCAAAACTTGATGGCTATCAAGTTGCCATCAAGAATCAGCGGCTATACTAGGGTCATCAAATCAAATAAGGAGTTGCAAATTATGAAAATTCAGGGGTTTCTAACTAAACATACGAATCAAATCACATTAATCACTGGTATTCTGATCGTGCTCGGCATGCTCAGCAAATACTTGTTCCAATTCACACTGGGCTACCAAGTCATTCTGGCTGTCGCATCCGTGATTGCGGTTATTCCGATCGCGGTTCGGGCTTGGAGCGCGCTGCGCAACAAGGTCTTCAGTATTGAACTGTTAGTCAGCATTGCCGTTATCGGGGCCTTCATCATTGGCGAATTCAATGAATCAGCCATCGTGACGTTCCTATTCTTGTTCGGGTCCTACCTCGAAAGCAAAACGTTACAAAAGACGCGGACGGCCATCAAAGGTTTGACTGACATGTCACCGACGACCGCGACCCTCGTAACCGCTGATGGTACGGAAGAAGTCGACGTCGATGATGTTGACGAAGGCGATGTTGTCTTAGTCAAGACGGGGAGCCAAGTCCCTGTCGACGGGGTCGTCGTTGAAGGTAATGGTTACCTCAACGAAGCTTCTATCACCGGTGAAGCCCGTCAGATCAACAAACAACTCAATGATTCCGTTTATTCTGGTACGATGGTCGAAAACGGCTATCTTAAAATCAAAGCGACTCAAGTGGGTGATGACACGACGTTTGCTAAAATCATCGAACTCGTCGAAGAAGCCCAAGACACGAAGTCCAAAGCTGAAAAGTTCATCGATCGCTTTGCTCAATATTATACGCCTGCCGTTCTCGTTTTAGCAGTCTTAGTCTTCGCCTTCTCACGTGACTTCCGATTAGCGATCACCGTCTTAGTTCTAGGATGCCCAGGGGCCCTCGTTATCGGTGCACCCGTCTCAAACGTTGCCGGAATCGGTAATGGTGCCAAACGTGGCATCTTAATCAAGGGTGGCGAAGTCGTCGATACCTTTGCCAAAGCCGATACGTTGGTCTTCGATAAAACGGGGACTTTGACGGAAGGTAATACTGCCGTTACCACGATGCACACTTACACGACTAACGCCGACAATCAACTCGCTTTAGCCGCTGCCATCGAAGGTGTTTCTGACCATCCACTCGGTCAAGCTATCGTGACCTACGCAGCCCAAAAGTCCGCTGGTGTCGCACCCGTCCTCGATGATACTGAAACCGTCAAAGGCCAAGGCATCTGCGCTAAAGTCGGTGACCAAACCGTCGTCATTGGGAACCAAAAGATGTTAACCGCGCATCAAATCGAACTTAACCCAGCTCAACTCAAAGACCTGAACGATTTACAAGCCGGTGGTCAATCCACAGTCATCATGGCCGTTGATGGCCAAGTTCAGCTGATCTTCGGGATTGCCGATACCATCCGCCCAGGCGTCAAGGATTCACTCGCCGCACTCAAAGCTCAGGGTATCAAGAAATTAGTCATGTTGACTGGTGACAATCAGTTAACCGCCCAAGCAGTCGCAGATGAACTGAACTTAGACGAAGTTCACGCCAACTTATTGCCAGAAGAAAAGGTCGAATACGTTAAAAAGCTCAAAGCTGATGGGAACACAGTCGCCTTTATCGGTGATGGAATCAATGACAGTCCGTCCATCGCTAACGCGGATATCGGTATTGCCATGGGTAGCGGGACCGATGTCGCTATCGACACCTCCGACGTTGTCCTGATGCAATCCAGCTTCCCAGCACTGGTCCACGCCCATGGCCTCGCTAAGAAGACGGTGCTCAACACGCGGGAAAACATCTTCATCGCCATCGCGACGGTAGCCTTCCTCCTGATTGGCTTAGTCTTCGGTTACATTTACATGGCCAGTGGGATGTTCGTCCACGAAGCCAGCATCCTAGTCGTTATTTTCAACGCGATGCGCCTGATTAACTTCCAGACCAAGTTCGACAAACAACAACCTGCCAAAACGATCCAAGCCGCAACGGCCTAACCACGCTACGGATATCCACCCCCAGCCCATAAAAAATGGCACCCAGACTAGTCTTCCCCAACTAGTCTGGGTGCCATTTTTTGACTAACAATAACTAAAATGATAACGCCATAATAATTTCATAAGTACGCTAGGTTGATTAATTGCAATTATAAACTAAAAAAGATCTTGTAAAGCCAAATCCCAATCACGGCGCCAACAATTGGTGCCACGACCGGAACCCAGCTGTATTCCCAATGTGAAGACCCCTTATTGGGAACCGGTAATAGTGCGTGAACGAGCCGCGGCCCTAAATCCCGGGCAGGGTTCAGAGCTGGCCCAGTCGGCCCACCTAGCGAGATGACCATTGCCGCAATCAGTAATCCAACCCCGATATTGGCAATATCGATATTTTGATGGAAGAACATCCCGCGATACAGTCCCATCGCCCCAAAAATTAGGACGGCGGTCCCGACCATTTCGGTAATGAACCCGTTCAGCTGACTGTGAGCGGCGTCACTAGTGGCAAACGTCCCTAATACTGCGCCAGCATCAGTCGTTTGTCGGTAGTGTGGCCAGTATAGTGCGAGAATCAAGCATTGTCCTACGATGGCACCGAGAAATTGCCAGATTAAGTACTGCGCAACGTGTGACCAGGGGAAGAGACCAACCGTTGCTTGACCAATCGTAATCGCAGGGTTCAAGTGGTTTCCAGAGATTGACCCGAACATCATTGCTGGCAGCATAACCCCCAGCCCGTACCCCGACGCCACCAGTAACCAACCCCCGTTGGCGAGTCCTGGATCGTCGTTTCCGGTCGTGTTCTTTAGGAATGCATTAGCGACAGCACCGTTGCCTAGTAGCACTAGGATCAGGGTGCCAAAGAATTCTGTAGCGTAGCGTGCTTCCCATGAACCTGTCATCTTGTATCCTCCTCGTAT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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_046811125.1|17303_17891_-	recombinase family protein	M4QQC6	Vibrio_phage	5.9e-19	42.4
WP_056988651.1|18093_18480_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065980486.1|18530_21296_-	class I SAM-dependent DNA methyltransferase	Q6NE04	Leptospira_phage	4.8e-159	37.5
WP_046811122.1|21416_21695_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_052748126.1|22449_22668_-	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase	A0A2H4PQS3	Staphylococcus_phage	3.3e-07	47.5
WP_012881110.1|22671_23853_-	bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II	A0A2H4PQS2	Staphylococcus_phage	2.5e-101	48.9
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WP_046811121.1|26099_26960_-	Sir2 silent information regulator family NAD-dependent deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_098817306.1|27105_28020_+|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	3.4e-29	31.2
WP_046811120.1|28183_28759_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_157771640.1|29793_30252_+|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	A0A2I6AZV9	Macacine_betaherpesvirus	1.5e-22	42.8
37826:37840	attR	NA	NA	NA	NA