CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP015498	Lactobacillus helveticus strain FAM22155 chromosome, complete genome	4 crisprs	cas14j,cas3,csa3,cas2,cas14k,DEDDh,DinG,WYL,RT,Cas14u_CAS-V	1	2	21	1
NZ_CP015499	Lactobacillus helveticus strain FAM22155 plasmid pFAM22155, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NZ_CP015498

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP015498_1

• CRISPR_ID: NZ_CP015498_1
• CRISPR_location: 746541-746631
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-B,III-A,III-B
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP015498_1

Consensus_repeat	Method
GTATTCTCCACGTATGTGGAGGTGATCCTA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP015498_1

>1.1|746571|31|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder
AGATAACTCAGGTTACAATGAGAGTAATTAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP015498_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP015498_1

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GTATTCTCCACGTATGTGGAGGTGATCCTAAGATAACTCAGGTTACAATGAGAGTAATTAAGTATTCTCCACGTATGTGGAGGTGATCCTA

>NZ_CP015498|1|1|746541-746631|CRISPRCasFinder
GTATTCTCCACGTATGTGGAGGTGATCCTA	AGATAACTCAGGTTACAATGAGAGTAATTAA
GTATTCTCCACGTATGTGGAGGTGATCCTA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP015498.1|WP_003629414.1|729590_729998_+|OsmC-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376823
NZ_CP015498.1|WP_012212067.1|734248_734755_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_012212070.1|730017_730722_+|oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|381297
NZ_CP015498.1|WP_096001377.1|752606_753776_+|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340913
NZ_CP015498.1|WP_012212056.1|748821_749706_-|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|129801
NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|739916_741095_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP015498.1|WP_003627890.1|754312_754660_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367400
NZ_CP015498.1|WP_003627889.1|754699_755209_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|737865_739044_-|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP015498.1|WP_023191368.1|750915_751212_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_101812632.1|744801_745209_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_060471342.1|739266_739686_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_035514433.1|748493_748820_-|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	unknown	unknown	gnl|CDD|225062
NZ_CP015498.1|WP_023191206.1|741133_741343_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_012212055.1|749720_750383_-|serine-dehydratase	unknown	unknown	gnl|CDD|129802
NZ_CP015498.1|WP_146211640.1|754024_754240_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|377551
NZ_CP015498.1|WP_101812631.1|731695_732973_+|ISL3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225995
NZ_CP015498.1|WP_101812633.1|751352_752402_-|IS30-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
NZ_CP015498.1|WP_012212066.1|734935_736387_+|zinc-ribbon-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379084
NZ_CP015498.1|WP_014918530.1|755557_757303_+|oligopeptide-ABC-transporter-substrate-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|173875

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP015498.1|WP_003629414.1|729590_729998_+|OsmC-family-protein	gnl|CDD|376823	pfam02566, OsmC, OsmC-like protein. Osmotically inducible protein C (OsmC) is a stress -induced protein found in E. Coli. This family also contains a organic hydroperoxide detoxification protein that has a novel pattern of oxidative stress regulation.	8.47142e-18
NZ_CP015498.1|WP_012212070.1|730017_730722_+|oxidoreductase	gnl|CDD|381297	cd19071, AKR_AKR1-5-like, AKR1/2/3/4/5 family of aldo-keto reductase (AKR) and similar proteins. Aldo-keto reductases (AKRs) are a superfamily of soluble NAD(P)(H) oxidoreductases whose chief purpose is to reduce aldehydes and ketones to primary and secondary alcohols. The family includes AKR1A/B/C/D/E/G/I, AKR2A/B/C/D/E, AKR3A/B/C/D/E/G, AKR4A/B/C, AKR5A/B/C/D/E/F/G/H, and similar proteins.	3.42693e-14
NZ_CP015498.1|WP_012212056.1|748821_749706_-|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	gnl|CDD|129801	TIGR00718, Probable_L-serine_dehydratase_alpha_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit. This enzyme is also called serine deaminase. L-serine dehydratase converts serine into pyruvate in the gluconeogenesis pathway from serine. This model describes the alpha chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, found in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of alpha chains from the homologous region of single chain forms such as found in Escherichia coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	5.68583e-106
NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|739916_741095_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	7.377e-112
NZ_CP015498.1|WP_003627890.1|754312_754660_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|367400	pfam03217, SLAP, SLAP domain. This short domain is found in a variety of bacterial cell surface proteins. The domain is about 60 residues in length (although previously defined as 2 copies of this domain). It usually occurs in tandem pairs. It may be distantly related to the SH3 domain.	8.04155e-06
NZ_CP015498.1|WP_096001377.1|752606_753776_+|MFS-transporter	gnl|CDD|340913	cd17355, MFS_YcxA_like, MFS-type transporter YcxA and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This group is composed of uncharacterized bacterial MFS-type transporters including Bacillus subtilis YcxA and YbfB. YcxA has been shown to facilitate the export of surfactin in B. subtilis. The YcxA-like group belongs to the Monocarboxylate transporter -like (MCT-like) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	3.85554e-43
NZ_CP015498.1|WP_101812633.1|751352_752402_-|IS30-family-transposase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	6.54093e-77
NZ_CP015498.1|WP_035514433.1|748493_748820_-|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	gnl|CDD|225062	COG2151, PaaD, Predicted metal-sulfur cluster biosynthetic enzyme [General function prediction only].	1.69042e-34
NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|737865_739044_-|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	7.377e-112
NZ_CP015498.1|WP_012212055.1|749720_750383_-|serine-dehydratase	gnl|CDD|129802	TIGR00719, Probable_L-serine_dehydratase_beta_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit. This enzyme is also called serine deaminase. This model describes the beta chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, as in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of beta chains from the homologous region of single chain forms such as found in E. coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	7.68833e-43
NZ_CP015498.1|WP_146211640.1|754024_754240_+|transposase	gnl|CDD|377551	pfam05717, TnpB_IS66, IS66 Orf2 like protein. This protein is found in insertion sequences related to IS66. The function of these proteins is uncertain, but they are probably essential for transposition.	3.56985e-20
NZ_CP015498.1|WP_101812631.1|731695_732973_+|ISL3-family-transposase	gnl|CDD|225995	COG3464, COG3464, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	1.32433e-48
NZ_CP015498.1|WP_014918530.1|755557_757303_+|oligopeptide-ABC-transporter-substrate-binding-protein	gnl|CDD|173875	cd08510, PBP2_Lactococcal_OppA_like, The substrate binding component of an ABC-type lactococcal OppA-like transport system contains. This family represents the substrate binding domain of an ATP-binding cassette (ABC)-type oligopeptide import system from Lactococcus lactis and other gram-positive bacteria, as well as its closet homologs from gram-negative bacteria. Oligopeptide-binding protein (OppA) from Lactococcus lactis can bind peptides of length from 4 to at least 35 residues without sequence preference. The oligopeptide import system OppABCDEF is consisting of five subunits: two homologous integral membrane proteins OppB and OppF that form the translocation pore; two homologous nucleotide-binding domains OppD and OppF that drive the transport process through binding and hydrolysis of ATP; and the substrate-binding protein or receptor OppA that determines the substrate specificity of the transport system. The dipeptide (DppA) and oligopeptide (OppA) binding proteins differ in several ways. The DppA binds dipeptides and some tripeptides and also is involved in chemotaxis toward dipeptides, whereas the OppA binds peptides of a wide range of lengths (2-35 residues) and plays a role in recycling of cell wall peptides, which precludes any involvement in chemotaxis. Most of other periplasmic binding proteins are comprised of only two globular subdomains corresponding to domains I and III of the dipeptide/oligopeptide binding proteins. The structural topology of these domains is most similar to that of the type 2 periplasmic binding proteins (PBP2), which are responsible for the uptake of a variety of substrates such as phosphate, sulfate, polysaccharides, lysine/arginine/ornithine, and histidine. The PBP2 bind their ligand in the cleft between these domains in a manner resembling a Venus flytrap. After binding their specific ligand with high affinity, they can interact with a cognate membrane transport complex comprised of two integral membrane domains and two cytoplasmically located ATPase domains. This interaction triggers the ligand translocation across the cytoplasmic membrane energized by ATP hydrolysis. Besides transport proteins, the PBP2 superfamily includes the ligand-binding domains from ionotropic glutamate receptors, LysR-type transcriptional regulators, and unorthodox sensor proteins involved in signal transduction.	0
NZ_CP015498.1|WP_012212066.1|734935_736387_+|zinc-ribbon-domain-containing-protein	gnl|CDD|379084	pfam13240, zinc_ribbon_2, zinc-ribbon domain. This family consists of a single zinc ribbon domain, ie half of a pair as in family DZR. pfam12773.	9.78308e-06

Protein sequences

>NZ_CP015498.1|WP_101812632.1|744801_745209_-|hypothetical-protein
MKGKILFISIISCFLLTGFSTTVKADETDQSQTSKINSQTGSYTQQDNTQINKSDSTQDSGNKQNQTNQNSNNTPVKNNNGWKTVNGNTYYLKNGSATKGLKKLMVTGTFLTKMTSCLKMCVKFLTPSITATLIN
>NZ_CP015498.1|WP_023191206.1|741133_741343_-|hypothetical-protein
MKYLSRNQAEQWLNQHTLYGKRRKMFTNKFMNRLSKTCRLVPDKNTLFGKKYSLLELLVRYNETVKFFV
>NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|739916_741095_+|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP015498.1|WP_060471342.1|739266_739686_-|hypothetical-protein
MWIILIINTIITISAIIVSFKNRSEVFSLFNAGIIFIIWSIIFLLGAISIYRNFDTSSLMMFIAGILLILGIIMLMFSFINKKVKKIRLQDIAITMMVASVALVGLMQGLNLNFLNLIVPEVSLIIGLICFVVNTINNR
>NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|737865_739044_-|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP015498.1|WP_012212066.1|734935_736387_+|zinc-ribbon-domain-containing-protein
MKKICPNCGKEVDPEEKYCPFCHFNLVNNDETMVTVNIGLLGLKNNESTKKDEEKIQSEKKESDAKPEKKKQPEKAVSKSNEDKKQKIEKNEIIPSPLPPKKKPTPLPKSKKKKFHFKWSILIEIVVAVIAILVMVGTNYYSCKAQIGRIETGLKNGEVNNVVTNGKVPLTAKNLTPLKEYYKNNPAAYKKLKKSLMGKNNLPIKLIKQGHYFLFFPRYVVQLPTYELNVVNDYHHSTVTVNGMKFVKKQKVFPGAYNIEAKSSYLGQTAKFKKTVNVWKDQTAEVNLNAKTIKVQGMPNGKLYLNNHNIGKLDKKGNLVLEDVPLTKPFSMYVAKKQKGKLVKTKQVRDVPAVIKGSKNVAVLKLDWQQSKNVGKLLEDNFNYPNSKDFVGGSKNKSYVELRTLVSNWRNSPNLTKYHANITVNNKSLNDIRYSVEFNFAFNKNGKRYKRVQVMKFRSASARSTSKGLKIKTIGGGRIVSSK
>NZ_CP015498.1|WP_012212067.1|734248_734755_-|hypothetical-protein
MKNYTIDHDIYLMNHKNGDVLKVTVNKEDSVKILQLYRQDGLGNYYLDKNSRLKKQDNLTTKEDIVKASKKIGGHNTHHIDKWHHQVVPIYNAQHQITGFKPKLALEHHTRIQNAKRYLRHLDHHHAIYLSTTSRNTLLKPINHLKDAIYADRNKEMVLAHKIHKLSR
>NZ_CP015498.1|WP_101812631.1|731695_732973_+|ISL3-family-transposase
MSSFNKSIKFDLDIKEKNIVFKDYFYKMVQMKKHKIYEAELIQPACPYCGSLAFLHNGHLITNIRYLTANASLPVIIRLAKQRVKCRDCDHWSMAQSELVNKYCSISNASKLKVLSALTEDRSMTSIARENNVSINTVQRVLGNCSHRFIDSYEYLPAHLAFDEFKGVDRQLHFICLDGDSHQVVQILRTRYKKTLLKYFGRFSPQARANVKTVTMDLNFYYQDIVRACFPNAQIVIDRFHMIQMLTRSFNSLRVQVMKTFDKRSRQYQLLKSPWKLYLKKYDELEKIHPRYNWHYKDCLTQAQVVTEGINTSTTLENSYNLMQSFIQAVETGNTHELKSLINCQDQIGTLMHKTLLTFKHNLTAVLNGAALPYSNGCLEGFNRKIKQIERTAFGYSNFTNLLTRIRLEEDLYKEKEPNSLLMTA
>NZ_CP015498.1|WP_012212070.1|730017_730722_+|oxidoreductase
MALLDEAVVLNDGSLMPKTGIIVKNDDDVTKATKLGYRLLDCAVDDNLKIKDVNPQLYVEVRISKLAKGKELHDNLKSIRANLIADQPDLCLLNLSDDNERNNQIWQKLEQLKITGWVKTLGIETDEADALEALLKNIKFKPNVLRLKCEDTDLLTIAKNNKLQVEIPVKGDIAALAEIADKYHTFPMELVLCYFNQKGIIPLVEASEMIENPQVNFNIKSADMATISQLFVKD
>NZ_CP015498.1|WP_003629414.1|729590_729998_+|OsmC-family-protein
MGDYLVKTKLENTEWQIANQARDHVFICDADKRSKEDAGPNPVEYLCGSINSCITMSAGMITKVHRLDVKNFHVENYAKTENLGHGKSVVTGMKIKVSFDSSMNREEKEKFIAHALHVSTVYQTLKEAIKIYVEF
>NZ_CP015498.1|WP_035514433.1|748493_748820_-|metal-sulfur-cluster-assembly-factor
MRDGETIKNDIINQLATVIDPELNVDVVNLGLIYEIDLDKDEICLINMTLTTPACPLTGYLIDSITQAVKKVPEVKNVDVEFVWYPVWTPNRMSDVAKKYFNIDEKQD
>NZ_CP015498.1|WP_012212056.1|748821_749706_-|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha
MYNHIKEIVADSEKQQKPISELIIEQECKLSGLPRQKVWNRMKHNLATMRAAVERGKSGAGIFSKTGLTGGEAVKIKKYRQTHHTLSGDTIIAAVQNAVATNEVNASMGVICATPTAGSSGTLPGVLFLLEKRMDLSEEQMIRSLFTAGGFGLVIANNAEIAGATGGCQAEVGSASAMGAAAAVEAAGGSAEQSAQAMSIAMSNLLGLVCDPIAGLVEVPCVKRNAIGAGNALISADIALAGCTSVIPADECIDAMKKVGHQMPASLRETGIGGLAGTPTGQAIKAKIFGKDAG
>NZ_CP015498.1|WP_012212055.1|749720_750383_-|serine-dehydratase
MTNRYKSVFDIIGPVMVGPSSSHTAGAVAIGRAGNKLFGGVPRKLTVHYYGSFAQTHRGHGTDYAIAAGILGFDTDDLRVPNAPEIAKKRGIDIRFVEEDGPSPIDHPNTAILDMSSGTKKAQISGCSIGGGSIEIRHLVIHDTEITPTGSLPIIIWLDYEKEILNEQNLTSLLQEKAPFSKKRIFHTKDCNIYEYDVENYLKPALVKELKEKFENIICL
>NZ_CP015498.1|WP_023191368.1|750915_751212_+|hypothetical-protein
MTDKEILQKIEQKVKDSENWSVYHHLTDNLGSPAIMLREANTNADRLGVNIDVFKGYAYLFLDNGTPAEPGKPFSVQTLSSLNALTELLDIVKPYIKR
>NZ_CP015498.1|WP_101812633.1|751352_752402_-|IS30-family-transposase
MDSLYSTMNQHIKGKHLSFEERVIIQLRLKDGYSLRAIARELNCSPSTISYEVKRGTVELYHGKVKRYKATQGHDAYQAHRKNCGRKSDFLRKTQFMRYVHKHFFKDGWSLDVCSNHATAVGTFSSRDVVCTKTLYKYVDQGLLDIHNYDLPEKLKRNTKLHRIRKNKKKLGRNIEERPKEINKRNEFGHWECDLVLGHKSKDDEVLLTLSERMSREFLILRIPDKTSVSVMQAFKELQRQYSEHWNDIFKTITTDNGSEFADFSNLEKASNTLVYYAHPYTSCDKGTVERHNGLIRRFIPKGEAIANYSLQDIINIETWCNSLPRKILAYHTPDEIFERELDLIYQAA
>NZ_CP015498.1|WP_096001377.1|752606_753776_+|MFS-transporter
MIGFGLLVNTIGLFFGPISQEFNVGRANVALMMTFQNAAAAIALLFAGKIMEKVNLRWLLTACFALIAVSMLSLTFANSLVHFYLAWTIIGICQPIAITLSIPVLLSKWFNQKLGTVMGISLAFSALGGTIFNPIIAEVIKQFGWRGGFVREAMLIGLILVPLAISINPEPTTQYPAYGKAMRSSKKVALTGLSLKQALKMPVFYAVAFAMLALQFVSGSIYHISGHITNIGISPITAATVVSGVMIGSAIGKISIGYFLDKFNAKLVLAVYSLFGVIGWGGQAMLRESNLLILAAVILGSGQAVCVVALPYLIRQIFGEKDYSNILSVINMIGAFAMSASVYLIGLFFDQTGSYNLGWMINVSAVALSFIVIMITLGKKESANSDFRK
>NZ_CP015498.1|WP_146211640.1|754024_754240_+|transposase
MMINLYDLGQVYIVCGRTDMRRGIDGLAAIVKDEFDLDPFSGRVFIFCGGKATVTRNQKIKYAGKLTETSR
>NZ_CP015498.1|WP_003627890.1|754312_754660_+|hypothetical-protein
MFLKTNTYVYNKKCQRIKKQGTLRQGTLVTYSGSVKAASSSDDFFFYPSESSNKDPQALKQYKIKGKVYYALGGGRYVKAVNVSKINGQYVFTKQPTYVIPRADMYVLNKDLKET
>NZ_CP015498.1|WP_003627889.1|754699_755209_+|hypothetical-protein
MIDTDYTDPQLYVRIAGTKDQFLYWTDAGDYPDEDEGNFSFRFFMDDNHNFAESTQSLVTFKQGLEKTTPLYNDQGQLVDLGGKYLEKAARGNFLPENNYQVDYARYIWVPSEKKAELFYHLIGTTFSMRDPHSKYQYTWVKQNVGSVYVKASDVIFKGLKVKTQNTAE
>NZ_CP015498.1|WP_014918530.1|755557_757303_+|oligopeptide-ABC-transporter-substrate-binding-protein
MKAIKFISTTGLLIGAALSLAACGQNNKNAAKTAKKFPEQTPQKTAKQGGTLTYAIETDTPFKGIFDSQLSVDQVDSDVMQFGNEALFDTDNQYKITNKGPATFKLDKKAKTVTITVKKGVKWSDGKQVIAKDLEYPYEMTTNKATNSLLYSDSLANIVGMKAYHNGKAKTISGITYPDGENGRTIVIHFLAMKPGMLQSGNDYFIETAAPYHHLKDVPFSKLVSSDQIRKDPLFFGPYKVSKVVRGQSVTWVPNKYYWRGKPKLNKIVAQVVSTKTASQAIKSHKFDIADVVNSDWQAVKTAKDVKFIEKIPLAYSYLGFKVGKWENGKNVMDKNAKMNNKSLRQAIAYAMNINQVEKRYTQGLTFRVPTLIPAQFGDYFDKNAKGFPYNLKKANQLLDKAGYKKKGKWRVQPNGKPLSIHLAAMTGSAVQEPIIQNYIQQWHKIGLHVSLTGGRLIEFNSFYDKLDHDDKNVDMFMAAWSLSSEPSPRGIYSETNPMNDSRFATKENNKLLNEIDSTKAFNHKYRVAAFHRWQQYMNDEAYIVPMTNSYSIQAVNNKIVNYSLKPAAANSVWYKVGYAK

Crispr_ID: NZ_CP015498_2

• CRISPR_ID: NZ_CP015498_2
• CRISPR_location: 866027-866147
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP015498_2

Consensus_repeat	Method
AGAATCAGGCAGTCATTAAAAGGCTGTTTGGTTCTTTTTCT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP015498_2

>2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder
GGCTCTTTGTCAAATCCTGTTGATAGAGAGTAAATGAAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP015498_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP015498_2

>merge|NZ_CP015498|2|866027-866147|CRISPRCasFinder
AGAATCAGGCAGTCATTAAAAGGCTGTTTGGTTCTTTTTCTGGCTCTTTGTCAAATCCTGTTGATAGAGAGTAAATGAATAGAATCAAGCAGTCATTAAAAGGCTGTTTGGTTCTTTTTCT

>NZ_CP015498|2|2|866027-866147|CRISPRCasFinder
AGAATCAGGCAGTCATTAAAAGGCTGTTTGGTTCTTTTTCT	GGCTCTTTGTCAAATCCTGTTGATAGAGAGTAAATGAAT
AGAATCAAGCAGTCATTAAAAGGCTGTTTGGTTCTTTTTCT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP015498.1|WP_012212008.1|869663_870845_-|class-I-SAM-dependent-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|225139
NZ_CP015498.1|WP_003629019.1|876769_877585_+|phosphatidate-cytidylyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|366491
NZ_CP015498.1|WP_003629071.1|862426_862774_+|50S-ribosomal-protein-L19	unknown	unknown	gnl|CDD|235418
NZ_CP015498.1|WP_003627541.1|865405_865669_+|DUF896-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|368690
NZ_CP015498.1|WP_023190305.1|872777_873551_+|30S-ribosomal-protein-S2	unknown	unknown	gnl|CDD|235396
NZ_CP015498.1|WP_003629074.1|861089_861605_+|ribosome-maturation-factor-RimM	unknown	unknown	gnl|CDD|234650
NZ_CP015498.1|WP_012212011.1|865731_865950_+|YneF-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367606
NZ_CP015498.1|WP_014563421.1|874748_875474_+|UMP-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234735
NZ_CP015498.1|WP_012212015.1|863162_863822_+|uracil-DNA-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|381680
NZ_CP015498.1|WP_023190306.1|873584_874610_+|elongation-factor-Ts	unknown	unknown	gnl|CDD|236491
NZ_CP015498.1|WP_003627532.1|870904_871519_-|1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate-acyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|223282
NZ_CP015498.1|WP_023190307.1|875473_876031_+|ribosome-recycling-factor	unknown	unknown	gnl|CDD|178850
NZ_CP015498.1|WP_012212014.1|863814_864600_+|SGNH/GDSL-hydrolase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238141
NZ_CP015498.1|WP_003627547.1|861594_862314_+|tRNA-(guanosine(37)-N1)-methyltransferase-TrmD	unknown	unknown	gnl|CDD|234581
NZ_CP015498.1|WP_023190304.1|871584_872616_+|GIY-YIG-nuclease-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226608
NZ_CP015498.1|WP_003627550.1|859226_860657_+|signal-recognition-particle-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236780
NZ_CP015498.1|WP_023190308.1|876033_876768_+|isoprenyl-transferase	unknown	unknown	gnl|CDD|184840
NZ_CP015498.1|WP_023190303.1|867662_869606_+|M13-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|341056
NZ_CP015498.1|WP_003627549.1|860748_861021_+|30S-ribosomal-protein-S16	unknown	unknown	gnl|CDD|234588
NZ_CP015498.1|WP_012212013.1|864628_865255_-|transcriptional-repressor-LexA	unknown	unknown	gnl|CDD|234688

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP015498.1|WP_012212008.1|869663_870845_-|class-I-SAM-dependent-methyltransferase	gnl|CDD|225139	COG2230, Cfa, Cyclopropane fatty acid synthase and related methyltransferases [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	2.09573e-122
NZ_CP015498.1|WP_003629019.1|876769_877585_+|phosphatidate-cytidylyltransferase	gnl|CDD|366491	pfam01148, CTP_transf_1, Cytidylyltransferase family. The members of this family are integral membrane protein cytidylyltransferases. The family includes phosphatidate cytidylyltransferase EC:2.7.7.41 as well as Sec59 from yeast. Sec59 is a dolichol kinase EC:2.7.1.108.	4.84971e-62
NZ_CP015498.1|WP_003629071.1|862426_862774_+|50S-ribosomal-protein-L19	gnl|CDD|235418	PRK05338, rplS, 50S ribosomal protein L19; Provisional.	8.62762e-64
NZ_CP015498.1|WP_003627541.1|865405_865669_+|DUF896-domain-containing-protein	gnl|CDD|368690	pfam05979, DUF896, Bacterial protein of unknown function (DUF896). In B. subtilis, one small SOS response operon under the control of LexA, the yneA operon, is comprised of three genes: yneA, yneB, and ynzC. This family consists of several short, hypothetical bacterial proteins of unknown function. These proteins are mainly found in gram-positive firmicutes. Structures show that the N-terminus is composed of two alpha helices forming a helix-loop-helix motif. The structure of ynzC from B. subtilis forms a trimeric complex. Structural modelling suggests this domain may bind nucleic acids. This family is also known as UPF0291.	4.33152e-19
NZ_CP015498.1|WP_023190305.1|872777_873551_+|30S-ribosomal-protein-S2	gnl|CDD|235396	PRK05299, rpsB, 30S ribosomal protein S2; Provisional.	1.44121e-173
NZ_CP015498.1|WP_003629074.1|861089_861605_+|ribosome-maturation-factor-RimM	gnl|CDD|234650	PRK00122, rimM, 16S rRNA-processing protein RimM; Provisional.	1.89151e-62
NZ_CP015498.1|WP_012212011.1|865731_865950_+|YneF-family-protein	gnl|CDD|367606	pfam03672, UPF0154, Uncharacterized protein family (UPF0154). This family contains a set of short bacterial proteins of unknown function.	1.01974e-23
NZ_CP015498.1|WP_014563421.1|874748_875474_+|UMP-kinase	gnl|CDD|234735	PRK00358, pyrH, uridylate kinase; Provisional.	3.97656e-142
NZ_CP015498.1|WP_012212015.1|863162_863822_+|uracil-DNA-glycosylase	gnl|CDD|381680	cd10030, UDG-F4_TTUDGA_SPO1dp_like, Uracil DNA glycosylase family 4, includes Thermotoga maritima TTUDGA, Bacillus phage SPO1 DNA polymerase, and similar proteins. Uracil DNA glycosylase family 4 includes Thermotoga maritima TTUDGA, a robust uracil DNA glycosylase that shares narrow substrate specificity and high catalytic efficiency with family 1, acting on double-stranded and single-stranded uracil-containing DNA. Members of this family possess four conserved cysteine residues required to coordinate the [4Fe-4S] iron-sulfur cluster. This family also includes the N-terminal domain of Bacillus phage SPO1 DNA polymerase. Bacteriophage SPO1 is one of a group of large, lytic, tailed bacteriophages of Bacillus subtilis, and contains hydroxymethyluracil (hmUra) in place of thymine in their DNA. It has been speculated that this UDG domain may help discriminate between hmUra containing SPO1 DNA and thymine-containing host DNA. Uracil-DNA glycosylases (UDGs) initiate repair of uracils in DNA. Uracil in DNA can arise as a result of mis-incorporation of dUMP residues by DNA polymerase or via deamination of cytosine. Uracil in DNA mispaired with guanine is one of the major pro-mutagenic events, causing G:C->A:T mutations. Thus, UDG is an essential enzyme for maintaining the integrity of genetic information. UDGs have been classified into various families on the basis of their substrate specificity, conserved motifs, and structural similarities. Although these families demonstrate different substrate specificities, often the function of one enzyme can be complemented by the other.	5.12429e-58
NZ_CP015498.1|WP_023190306.1|873584_874610_+|elongation-factor-Ts	gnl|CDD|236491	PRK09377, tsf, elongation factor Ts; Provisional.	1.63886e-136
NZ_CP015498.1|WP_003627532.1|870904_871519_-|1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate-acyltransferase	gnl|CDD|223282	COG0204, PlsC, 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase [Lipid metabolism].	5.07762e-31
NZ_CP015498.1|WP_023190307.1|875473_876031_+|ribosome-recycling-factor	gnl|CDD|178850	PRK00083, frr, ribosome recycling factor; Reviewed.	8.30543e-96
NZ_CP015498.1|WP_012212014.1|863814_864600_+|SGNH/GDSL-hydrolase-family-protein	gnl|CDD|238141	cd00229, SGNH_hydrolase, SGNH_hydrolase, or GDSL_hydrolase, is a diverse family of lipases and esterases. The tertiary fold of the enzyme is substantially different from that of the alpha/beta hydrolase family and unique among all known hydrolases; its active site closely resembles the typical Ser-His-Asp(Glu) triad from other serine hydrolases, but may lack the carboxlic acid.	9.4609e-14
NZ_CP015498.1|WP_003627547.1|861594_862314_+|tRNA-(guanosine(37)-N1)-methyltransferase-TrmD	gnl|CDD|234581	PRK00026, trmD, tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase; Reviewed.	8.15189e-156
NZ_CP015498.1|WP_023190304.1|871584_872616_+|GIY-YIG-nuclease-family-protein	gnl|CDD|226608	COG4123, COG4123, Predicted O-methyltransferase [General function prediction only].	4.49185e-60
NZ_CP015498.1|WP_003627550.1|859226_860657_+|signal-recognition-particle-protein	gnl|CDD|236780	PRK10867, PRK10867, signal recognition particle protein; Provisional.	0
NZ_CP015498.1|WP_023190308.1|876033_876768_+|isoprenyl-transferase	gnl|CDD|184840	PRK14830, PRK14830, undecaprenyl pyrophosphate synthase; Provisional.	2.9808e-158
NZ_CP015498.1|WP_023190303.1|867662_869606_+|M13-family-metallopeptidase	gnl|CDD|341056	cd08662, M13, Peptidase family M13 includes neprilysin and endothelin-converting enzyme I. The M13 family of metallopeptidases includes neprilysin (neutral endopeptidase, NEP, enkephalinase, CD10, CALLA, EC 3.4.24.11), endothelin-converting enzyme I (ECE-1, EC 3.4.24.71), erythrocyte surface antigen KELL (ECE-3), phosphate-regulating gene on the X chromosome (PHEX), soluble secreted endopeptidase (SEP), and damage-induced neuronal endopeptidase (DINE)/X-converting enzyme (XCE). Proteins in this family fulfill a broad range of physiological roles due to the greater variation in the active site's S2' subsite allowing substrate specificity. NEP is expressed in a variety of tissues including kidney and brain, and is involved in many physiological and pathological processes, including blood pressure and inflammatory response. It degrades a wide array of substrates such as substance P, enkephalins, cholecystokinin, neurotensin and somatostatin. It is an important enzyme in the regulation of amyloid-beta (Abeta) protein that forms amyloid plaques that are associated with Alzeimers disease (AD). ECE-1 catalyzes the final rate-limiting step in the biosynthesis of endothelins via post-translational conversion of the biologically inactive big endothelins. Like NEP, it also hydrolyzes bradykinin, substance P, neurotensin, and Abeta. Endothelin-1 overproduction has been implicated in various diseases including stroke, asthma, hypertension, and cardiac and renal failure. Kell is a homolog of NEP and constitutes a major antigen on human erythrocytes; it preferentially cleaves big endothelin-3 to produce bioactive endothelin-3, but is also known to cleave substance P and neurokinin A. PHEX forms a complex interaction with fibroblast growth factor 23 (FGF23) and matrix extracellular phosphoglycoprotein, causing bone mineralization. A loss-of-function mutation in PHEX disrupts this interaction leading to hypophosphatemic rickets; X-linked hypophosphatemic (XLH) rickets is the most common form of metabolic rickets. ECEL1 is a brain metalloprotease which plays a critical role in the nervous regulation of the respiratory system, while DINE is abundantly expressed in the hypothalamus and its expression responds to nerve injury. A majority of these M13 proteases are prime therapeutic targets for selective inhibition.	0
NZ_CP015498.1|WP_003627549.1|860748_861021_+|30S-ribosomal-protein-S16	gnl|CDD|234588	PRK00040, rpsP, 30S ribosomal protein S16; Reviewed.	3.24901e-45
NZ_CP015498.1|WP_012212013.1|864628_865255_-|transcriptional-repressor-LexA	gnl|CDD|234688	PRK00215, PRK00215, transcriptional repressor LexA.	1.80734e-106

Protein sequences

>NZ_CP015498.1|WP_012212011.1|865731_865950_+|YneF-family-protein
MNLGLAIFLIIIALLVGAVAGFYGARAYMKKYFKENPPISEDMIVAMMSQMGQKPSNKKVHQVMNMMKHQQK
>NZ_CP015498.1|WP_003627541.1|865405_865669_+|DUF896-domain-containing-protein
MNKDAMSKEEEKKVTDRINELYHKKEKEGLTPEEEQERKELHKKFLANFRATFKQDVENMVIIDKNGKEVTSERAKRAQRKKGLRKD
>NZ_CP015498.1|WP_012212013.1|864628_865255_-|transcriptional-repressor-LexA
MSKKNSDTKQLEILRYIYDTVDHRGFPPTVREICAAVKLSSTSTVHGHLARLERKGLLIKDATKPRALEITDEGKKELGIKPKRIPVIGVVAAGHPILAVQDIDEYFPLPPDLENDAGELFMLKIHGESMINAGILNGDNVIVKKQNTANNGEIVVAMTDENEATVKRFYKEKDHYRLQPENDTMAPIILPEVTILGKVVGLYRNNID
>NZ_CP015498.1|WP_012212014.1|863814_864600_+|SGNH/GDSL-hydrolase-family-protein
MSNETFLIPIRQNNDLSDIALNELRMDLDEHPLHQRAYTELAYLTGNSRKYSLNNVKTIDSPLRNKKILFLGSSVTFGFGALGESFVDYLWKKDGIAAIKDAENGTTLVDQETSYHGDSCVARFKENLKTPIDMLLLQLSTNDARTNQKLGKVSDDDHFDTQTIIGAMEYIISQAQATWHCPIMIYTNPYFENKLYEQMVKAAHQLAQKWNIEVLDLYNNPDFKDQLALYMADEIHPTRAGYLEKWLPVFEDELTKILAKK
>NZ_CP015498.1|WP_012212015.1|863162_863822_+|uracil-DNA-glycosylase
MDYPKKLLEEVKERSKGMRLEGINSGSGPKHPLLMIVGEAPGRNEIVNNIPFSGDAGKELDKSLKQIGLSRDQVYITSAVRSRPFSVKKVFSKRENKEVIKRPNRKPTKKEVLAHAPFLDYEISYTDPQIIVALGNTGLERLLGPGHKISAEHGKVIDNTPILELNTAKDGYVWSKKKYTVIPEYHPAAVFYNRKLSDDIVKDWEVIKPYIDKERESNE
>NZ_CP015498.1|WP_003629071.1|862426_862774_+|50S-ribosomal-protein-L19
MDPLIQELTKEQIRDDIPAFRAGDTVTVHVRVVEGTHERIQLFEGVVIKKKGTGIGATYTVRKIASGVGVERTFPVNDPRVAKVEVKRHGRVRRAKLYYLRERHGKSARIAEARR
>NZ_CP015498.1|WP_003627547.1|861594_862314_+|tRNA-(guanosine(37)-N1)-methyltransferase-TrmD
MKINVLTLFPDMFTPLQVSMLGRGLEDGKWDLNLVNFRDFTTDVHHHVDDTPYGGGAGMVLQIMPIKKALDSLPSTGKVIITAPQGKTFNEQMAQDWAKEDELTFICGHYEGFDQRVYDLADETVSIGDYVLTGGELPTMSMIDATVRLLPGILGNAASPVEESFSHGLLEYPQYTRPADFEGQKVPEVLTSGNHQKIAEWRHKEALKATYLHRPDMLEDRQLTNEEKKMLEEIKSELD
>NZ_CP015498.1|WP_003629074.1|861089_861605_+|ribosome-maturation-factor-RimM
MEYFDVARILTTHGLNGEVKVNVITDFPEERFAEGMHLSLRSDTNRTLTVEKSRPFKQFWLIQFKEITDIDQAEKLRGQILVVSEEDRGELPDGVYYYKDIFDCDVIDEETGKRIGKIVDIQSPGANDIWLVREDDGKEYWIPNIADVVKKVDVAAKKVYVELMEGLRDED
>NZ_CP015498.1|WP_003627549.1|860748_861021_+|30S-ribosomal-protein-S16
MSVKIRMHRAGAKRKPFYRIVVADSRMPRDGRFIEQVGYYNPVSQPKELKLDEDKIFDWLQKGAQPSDTVRSLLSGAGLMTKLHDAKYNK
>NZ_CP015498.1|WP_003627550.1|859226_860657_+|signal-recognition-particle-protein
MAFENLSERIQKALKNLTGKGKVSEEDINKASREIRLALLEADVNFKVVKDFIKTIKKEALGKEVQESLNPGQQVIKIVNEELTKMMGEEAVPLNKSKHIPTIIMMVGLQGTGKTTTVGKLAYHLQKTQKARPLLIAGDIYRPAAVDQLKQIGEQLKVPVFSEDGEKDVAKIVQDGLAEADKNKNDYVLIDTAGRLEIDEPLMEELERVKKVAQPDNILLVVDAMTGQAATDVAKGFDERLDVTGVILTKLDGDTRGGAALSIRAVTGKPILFTGQGEKLSDLDIFHPDRMASRILGMGDMLSLIEKAQQDYDAKEAEKVAEKMRENTFDFNDFVDQMKQVQKMGPLDQIMKMIPGMANNPQLKNLNVDQKQIDHTIAIVYSMTEAEREDPDLLNPSRRRRIAAGSGRPVVEVNRMIKQFKQMRDMMSKMTKGNMKGLSNLPGMDSPMAKMAMRRLNKNFKKNKKKRMRKIKRFHS
>NZ_CP015498.1|WP_023190303.1|867662_869606_+|M13-family-metallopeptidase
MRRYLAVRGGAGDVAEPDLNAKPQDNLYLAVNSEWLSKAEIPADQTSAGVNTELDIKIEKRMMKDFADIASGKEKMPDIRDFDKAIALYKIAKNFDKRDAEKANPIQNDLQKILDLTNFDKFKDNATELFMGPYALPFVFDIDADMKNTDVNVLHFGGPSTFLPDTTTYKTPEAKKLLDILEKQSINLLEMAGIGKEEARVYVQNALAFDQKLSKVVKSTEEWSDYAAIYNPVSLTEFLAKFKSFDMADFLKTILPEKVERVIVMEPRFLDHADELINPANFDEIKGWMLVKYINSVAKYLSQDFRAAAFPFNQAISGTPELPSQIKQAYRLANGAFDEVVGIFYGKKYFGEEAKHDVEDMIHNMLKVYEQRINDNNWLSEDTKKKAIIKLRALVLKIGYPEKIEKIYDLLQIDPERSLYENEAQMATVRTKYMLDKLTQPVDRSVWLMPGNLNNACYDPQRNDLTFPAGILQAPFYDIHQSRGANYGGIGATIGHEVSHAFDNSGAKFDEHGNMNNWWTDEDFAEFNKRVGQMIDIFDGLQYGPAKINGKQVVGENIADLAGLACAVQAGKNDNVDLKDLFENYARSWMQKQRPEAIKTEVQVDVHAPQPTRVNIPVQCQDDFYTAFDVKPDDGMWLDPEDRITIW
>NZ_CP015498.1|WP_012212008.1|869663_870845_-|class-I-SAM-dependent-methyltransferase
MLEKAFYKMMLSKSFPFPIKVTYWDGKSEVYGNGTPEIEIVFNEKIPMGDITRNASLALGEAYMDKKIEIHGSIQKLIDGVYESADSFMRSSKFRKFLPKTKHTEKQSEEDVQSHYDIGNDFYEQWLDPTLTYSCAYFTDDNKDDLEQAQIAKVHHILNKLHPQKGKTLLDIGCGWGTLMLTAAKEYGLKVTGVTLSEEQYKLVQKKIYAENLQDVAEVKLADYRKLGDQQWDYVTSVGMFEHVGSENLGEYFNDVAKYLKTDGVALIHGITRQQGGATNAWINKYIFPGGYIPGLVEIISRIEEAHLQISDVEMLRRHYQRTLEIWDKNFNNARPEIEKKMGERFCRMWDMYLQACAASFESGNIDVVQYLLTKGLSGKNLPMTRDYMLNNK
>NZ_CP015498.1|WP_003627532.1|870904_871519_-|1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate-acyltransferase
MFYKIIRPIARFIVWVLNGHLHIHHKNRLPKGSYILVAPHRTWWEPILFALGASPMEFMSMAKIELFKNPVLRFILDHVHAFPVDRKKPGPSALKIPVKGLRKGELSLIIFPSGTRHSAELKGGALLISKMSQKPMVPVVYQGPLSFKGLLKRKGLEVNFGDPITIDRKTKLTHENEKIIYQQLEDAWKKLDDELDPNFHYVAK
>NZ_CP015498.1|WP_023190304.1|871584_872616_+|GIY-YIG-nuclease-family-protein
MVELKDNERIDYMYSDDLRIIQDKTAFSFSMDTLLLAYWAKNQISDRDKVADLCAGNCAATIYMAYFNRAHYDAIEIQDEIYSQAKRSIELNRMENRIAVHKDNVLNAAKFLRKDSYDVVTVNPPYFKVPEGHEVNPDRKKAIARHELLINLEQIIEVASGLLKMKGKMFMVHRPERLGEICYYCMKHDLSVKLVQPFVSHRGDDANLIIVEAVKHTGTDGTELMDAIEVHYKNDEFKPLIQRIVRETPEDKAKHDAYGKYYFYVLLCNDGSFYGGFTNDLDHRLKMHNSGKGAKYTKSRRPVRMIYHEQFDDKRLALKREYWFKYHSRSWKEKFLREHNIDF
>NZ_CP015498.1|WP_023190305.1|872777_873551_+|30S-ribosomal-protein-S2
MADVVTMKQLLEAGVHFGHQTRRWNPKMAPYIFTQRNGIYIIDLQKTIKMLDDAYNFMKTVAEDGGVFLFVGTKKQAQDSIAEEATRAGQYYVNQRWLGGTLTNWTTIQSRVKRLKQLKEMSQDGTFDVLPKKEVALLTKEMDKLERFLGGIEDMPRIPDVLFVVDPKKEKIAVHEANILGIPVVAMVDTNTDPDPIDVVIPSNDDAIRAIRLIAGAMADAIVEGKQGQDDESVEADFKKNADGSEEIVSAEENPED
>NZ_CP015498.1|WP_023190306.1|873584_874610_+|elongation-factor-Ts
MAQITAKLVKELRERTGAGVMDAKKALVEVDGDMDKAIQYLRDKGMAKAAKKADRVAAEGLTGVYVNGNVAAITEVNSETDFVSSNDKFVNLVKDATKTIAEGQPADMEVAKKLKMDDGSTLDQAFVNATATIGEKIVLRRFALEKKNDDQEFGAYQHNGGQIGVITVLEGADAATAKHLAMHIAAMKPKVISPEELDDQFITDQLAVMNHKIDQDNESRALVHKKPLPHLVYGSEKQLTDDVLAKAKEDIKAELKEEGKPEKIWDRIIPGKMQRFIDDNTQVDKHFAVLSQDYIMDDSKTVGEFLKEKGAKLVAFQRFEVGEGIEKKQEDFAAEVREQMK
>NZ_CP015498.1|WP_014563421.1|874748_875474_+|UMP-kinase
MSQVKYKRIILKISGEALAGDKGNGINPTVIGHLAKEIKSVYDLGVEIGIVCGGGNMWRGETGAKLGMERAQADYMGMLATIMNGLALQDGLEKVGVPTRMQTSIEMRQIAEPYIRRRALRHLEKGRVVIFGGGTGNPYFSTDTTAALRAAEIGADVILMAKNGVDGVYSADPKTDPTATKFTELTQLDLISKNLKVMDRTASSLSMDTEIPLIVFNVNTPGNIKKVVMGENIGTVIRGDK
>NZ_CP015498.1|WP_023190307.1|875473_876031_+|ribosome-recycling-factor
MNNETIKKAQDNMDKSIKVYQKRLASIRAGVANAALLDNVQVEYYGAPTPLTQISSITIPEPRVLLITPYDQNSLDDIEHALLASNLGLTPANDGKVIRLVIPQLTGERREEIAKEVGKYAEDAKIAVRNVRREAMDALKKEQKDGNITEDEQRNLEKQVQKITDDSTKKIDQLADEKRKEITQG
>NZ_CP015498.1|WP_023190308.1|876033_876768_+|isoprenyl-transferase
MSKTDNELNHLAIIMDGNGRWAKKRHKPRFVGHREGMDNVERITLAADKLGIKVLTLYAFSTENWARPKEEVAYLMNLPVRFFDKYMPTLMENNVKVNIMGYLDELPEKTYQIVQRAMSETANNTGLILNFAFNYGSRREITTAMQELGGMIEADALKSEDITEKMISQHLMTKNFGKYQDPDLLIRTSGEQRISNFLLWQLAYSELAFSDKNWPDFDEDDLRKFVDDYKHRNRRFGKVDESDS
>NZ_CP015498.1|WP_003629019.1|876769_877585_+|phosphatidate-cytidylyltransferase
MKQRVITAVIALILFIPIVLAGGLWMDWLTVLFAAVGISEIFLMKKQILVSFDFLLALLATLTWTVPDSFFKAFPPNITKFGVFFGIIMLFLTWTVLSKNKTTFDDVGVYILASLYIGIGFHYMAAIRAYPQNGLALLGYVFVVVWSTDIGAYMIGRKIGKHKLWPVISPNKTWEGSIGAVICALICSAIYLAILSHFNIVFGVSELTMVILAFFLSIVGQMGDLVESAYKRFYGVKDSGKILPGHGGILDRFDSMLFVLPVVAAILGIVH

Crispr_ID: NZ_CP015498_3

• CRISPR_ID: NZ_CP015498_3
• CRISPR_location: 1681342-1681521
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NZ_CP015498_3

Consensus_repeat	Method
ATGTGGGATTTGAACCCACGC	PILER-CR

spacers of NZ_CP015498_3

>3.1|1681363|58|NZ_CP015498|PILER-CR
ATGCTGGATCCACAAACCAGTGTGTTAACCCCTTCACCAATTCCGCCATAAACGGTCC
>3.2|1681442|59|NZ_CP015498|PILER-CR
TCTCCTCCGTGACAGGGAGGCGAGATAAACCACTGCTCCAATGGACCAATCAGAGGAGG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP015498_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP015498_3

>merge|NZ_CP015498|3|1681342-1681521|PILER-CR
ATGTGGGATTCGAACCCACGCATGCTGGATCCACAAACCAGTGTGTTAACCCCTTCACCAATTCCGCCATAAACGGTCCATGTGGGATTTGAACCCACGATCTCCTCCGTGACAGGGAGGCGAGATAAACCACTGCTCCAATGGACCAATCAGAGGAGGATGTGGGATTTGAACCCACGC

>NZ_CP015498|3|1|1681342-1681521|PILER-CR
ATGTGGGATTCGAACCCACGC	ATGCTGGATCCACAAACCAGTGTGTTAACCCCTTCACCAATTCCGCCATAAACGGTCC
ATGTGGGATTTGAACCCACGA	TCTCCTCCGTGACAGGGAGGCGAGATAAACCACTGCTCCAATGGACCAATCAGAGGAGG
ATGTGGGATTTGAACCCACGC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP015498.1|WP_012211536.1|1667568_1668030_-|MarR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|378956
NZ_CP015498.1|WP_041806186.1|1684192_1685599_+|ISLre2-like-element-ISLhe10-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|284250
NZ_CP015498.1|WP_003626890.1|1689087_1690440_-|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD	unknown	unknown	gnl|CDD|225174
NZ_CP015498.1|WP_101812748.1|1668174_1668993_+|transporter-substrate-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|270407
NZ_CP015498.1|WP_101812751.1|1676590_1677121_+|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	unknown	unknown	gnl|CDD|235365
NZ_CP015498.1|WP_023190958.1|1683557_1683947_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_079227892.1|1669716_1670388_-|XRE-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_101812750.1|1674829_1676299_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|341045
NZ_CP015498.1|WP_012211526.1|1685816_1686017_+|cold-shock-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224197
NZ_CP015498.1|WP_012211532.1|1670664_1672287_-|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|237894
NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|1692779_1693958_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP015498.1|WP_012211521.1|1694869_1695562_-|DUF1211-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377696
NZ_CP015498.1|WP_012211531.1|1673600_1674806_+|multidrug-efflux-MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340949
NZ_CP015498.1|WP_101812749.1|1669035_1669704_-|type-1-glutamine-amidotransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|153212
NZ_CP015498.1|WP_012211522.1|1690804_1692181_+|Na+/H+-antiporter-NhaC	unknown	unknown	gnl|CDD|188097
NZ_CP015498.1|WP_101812752.1|1677133_1678462_+|uracil-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|236744
NZ_CP015498.1|WP_003633113.1|1672391_1673474_-|M42-family-peptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|349906
NZ_CP015498.1|WP_023190960.1|1681690_1682191_-|GNAT-family-N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|366181
NZ_CP015498.1|WP_003626896.1|1694121_1694826_+|Bax-inhibitor-1/YccA-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|198414
NZ_CP015498.1|WP_101812704.1|1687192_1688599_+|ISLre2-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|284250

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP015498.1|WP_012211536.1|1667568_1668030_-|MarR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|378956	pfam12802, MarR_2, MarR family. The Mar proteins are involved in the multiple antibiotic resistance, a non-specific resistance system. The expression of the mar operon is controlled by a repressor, MarR. A large number of compounds induce transcription of the mar operon. This is thought to be due to the compound binding to MarR, and the resulting complex stops MarR binding to the DNA. With the MarR repression lost, transcription of the operon proceeds. The structure of MarR is known and shows MarR as a dimer with each subunit containing a winged-helix DNA binding motif.	7.51419e-07
NZ_CP015498.1|WP_012211526.1|1685816_1686017_+|cold-shock-protein	gnl|CDD|224197	COG1278, CspC, Cold shock proteins [Transcription].	3.71751e-34
NZ_CP015498.1|WP_003626890.1|1689087_1690440_-|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD	gnl|CDD|225174	COG2265, TrmA, SAM-dependent methyltransferases related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase [Translation, ribosomal structure and biogenesis].	1.42181e-157
NZ_CP015498.1|WP_101812748.1|1668174_1668993_+|transporter-substrate-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|270407	cd13689, PBP2_BsGlnH, Substrate binding domain of ABC glutamine transporter from Bacillus subtilis; the type 2 periplasmic-bindig protein fold. This group includes periplasmic glutamine-binding domain GlnP from Bacillus subtilis and its related proteins. The GlnP domain belongs to the type 2 periplasmic binding protein fold superfamily (PBP2), whose many members are involved in chemotaxis and uptake of nutrients and other small molecules from the extracellular space as a primary receptor. The PBP2 proteins are typically comprised of two globular subdomains connected by a flexible hinge and bind their ligand in the cleft between these domains in a manner resembling a Venus flytrap. After binding their specific ligand with high affinity, they can interact with a cognate membrane transport complex comprised of two integral membrane domains and two receptor cytoplasmically-located ATPase domains. This interaction triggers the ligand translocation across the cytoplasmic membrane energized by ATP hydrolysis.	9.777e-77
NZ_CP015498.1|WP_101812751.1|1676590_1677121_+|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	gnl|CDD|235365	PRK05205, PRK05205, bifunctional pyr operon transcriptional regulator/uracil phosphoribosyltransferase PyrR.	7.1535e-100
NZ_CP015498.1|WP_101812750.1|1674829_1676299_-|MFS-transporter	gnl|CDD|341045	cd17502, MFS_Azr1_MDR_like, Saccharomyces cerevisiae Azole resistance protein 1 (Azr1p), and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of multidrug resistance (MDR) transporters including various Saccharomyces cerevisiae proteins such as azole resistance protein 1 (Azr1p), vacuolar basic amino acid transporter 1 (Vba1p), vacuolar basic amino acid transporter 5 (Vba5p), and Sge1p (also known as Nor1p, 10-N-nonyl acridine orange resistance protein, and crystal violet resistance protein). MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. This subfamily belongs to the Methylenomycin A resistance protein (also called MMR peptide) and similar multidrug resistance (MDR) transporters (MMR-like MDR transporter) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.98255e-46
NZ_CP015498.1|WP_023190960.1|1681690_1682191_-|GNAT-family-N-acetyltransferase	gnl|CDD|366181	pfam00583, Acetyltransf_1, Acetyltransferase (GNAT) family. This family contains proteins with N-acetyltransferase functions such as Elp3-related proteins.	3.79666e-13
NZ_CP015498.1|WP_012211532.1|1670664_1672287_-|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	gnl|CDD|237894	PRK15064, PRK15064, ABC transporter ATP-binding protein; Provisional.	0
NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|1692779_1693958_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	7.377e-112
NZ_CP015498.1|WP_012211521.1|1694869_1695562_-|DUF1211-domain-containing-protein	gnl|CDD|377696	pfam06736, DUF1211, Protein of unknown function (DUF1211). This family represents a conserved region within a number of hypothetical proteins of unknown function found in eukaryotes, bacteria and archaea. These may possibly be integral membrane proteins.	9.37768e-15
NZ_CP015498.1|WP_012211531.1|1673600_1674806_+|multidrug-efflux-MFS-transporter	gnl|CDD|340949	cd17391, MFS_MdtG_MDR_like, Multidrug resistance protein MdtG and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of Escherichia coli multidrug resistance protein MdtG, Streptococcus pneumoniae multidrug resistance efflux pump PmrA, and similar multidrug resistance (MDR) transporters from bacteria. MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. MdtG confers resistance to fosfomycin and deoxycholate. PmrA serves as an efflux pump for various substrates and is associated with fluoroquinolone resistance. MdtG-like MDR transporters belong to the bacterial MdtG-like and eukaryotic solute carrier 18 (SLC18) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.05065e-155
NZ_CP015498.1|WP_101812749.1|1669035_1669704_-|type-1-glutamine-amidotransferase	gnl|CDD|153212	cd01741, GATase1_1, Subgroup of proteins having the Type 1 glutamine amidotransferase (GATase1) domain. This group contains a subgroup of proteins having the Type 1 glutamine amidotransferase (GATase1) domain. GATase activity catalyses the transfer of ammonia from the amide side chain of glutamine to an acceptor substrate. Glutamine amidotransferases (GATase) includes the triad family of amidotransferases which have a conserved Cys-His-Glu catalytic triad in the glutaminase active site. In this subgroup this triad is conserved. GATase activity can be found in a range of biosynthetic enzymes, including: glutamine amidotransferase, formylglycinamide ribonucleotide, GMP synthetase , anthranilate synthase component II, glutamine-dependent carbamoyl phosphate synthase, cytidine triphosphate synthetase, gamma-glutamyl hydrolase, imidazole glycerol phosphate synthase and, cobyric acid synthase. Glutamine amidotransferase (GATase) domains can occur either as single polypeptides, as in glutamine amidotransferases, or as domains in a much larger multifunctional synthase protein, such as CPSase.	1.26269e-55
NZ_CP015498.1|WP_012211522.1|1690804_1692181_+|Na+/H+-antiporter-NhaC	gnl|CDD|188097	TIGR00931, Uncharacterized_Na+/H+_antiporter_HI_1107, Na+/H+ antiporter NhaC. A single member of the NhaC family, a protein from Bacillus firmus, has been functionally characterized.It is involved in pH homeostasis and sodium extrusion. Members of the NhaC family are found in both Gram-negative bacteria and Gram-positive bacteria. Intriguingly, archaeal homolog ArcD (just outside boundaries of family) has been identified as an arginine/ornithine antiporter. [Transport and binding proteins, Cations and iron carrying compounds].	8.95604e-108
NZ_CP015498.1|WP_101812752.1|1677133_1678462_+|uracil-permease	gnl|CDD|236744	PRK10720, PRK10720, uracil transporter; Provisional.	1.09337e-144
NZ_CP015498.1|WP_003633113.1|1672391_1673474_-|M42-family-peptidase	gnl|CDD|349906	cd05656, M42_Frv, M42 Peptidase, endoglucanases. Peptidase M42 family, Frv (Frv Operon Protein; Endo-1 4-Beta-Glucanase; Cellulase Protein; Endoglucanase; Endo-1 4-Beta-Glucanase Homolog; Glucanase; EC. 3.2.1.4) subfamily. Frv is a co-catalytic metallopeptidase, found in archaea and bacteria, including Pyrococcus horikoshii tetrahedral shaped phTET1 (DAPPh1; FrvX; PhDAP aminopeptidase; PhTET aminopeptidase; deblocking aminopeptidase), phTET2 (DAPPh2) and phTET3 (DAPPh3), Haloarcula marismortui TET (HmTET) as well as Bacillus subtilis YsdC. All of these exhibit aminopeptidase and deblocking activities. The HmTET is a broad substrate aminopeptidase capable of degrading large peptides. PhTET2, which shares 24% identity with HmTET, is a cobalt-activated peptidase and possibly a deblocking aminopeptidase, assembled as a 12-subunit tetrahedral dodecamer, while PhTET1 can be alternatively assembled as a tetrahedral dodecamer or as an octahedral tetracosameric structure. The active site in such a self-compartmentalized complex is located on the inside such that substrate sizes are limited, indicating function as possible peptide scavengers. PhTET2 cleaves polypeptides by a nonprocessive mechanism, preferring N-terminal hydrophobic or uncharged polar amino acids. Streptococcus pneumoniae PepA (SpPepA) also forms dodecamer with tetrahedral architecture, and exhibits selective substrate specificity to acidic amino acids with the preference to glutamic acid, with the substrate binding S1 pocket containing an Arg allows electrostatic interactions with the N-terminal acidic residue in the substrate. The YsdC gene is conserved in a number of thermophiles, archaea and pathogenic bacterial species; the closest structural homolog is Thermotoga maritima FrwX (34% identity), which is annotated as either a cellulase or an endoglucanase, and is possibly involved in polysaccharide biosynthesis or degradation.	2.57949e-100
NZ_CP015498.1|WP_041806186.1|1684192_1685599_+|ISLre2-like-element-ISLhe10-family-transposase	gnl|CDD|284250	pfam06782, UPF0236, Uncharacterized protein family (UPF0236).	1.66924e-26
NZ_CP015498.1|WP_003626896.1|1694121_1694826_+|Bax-inhibitor-1/YccA-family-protein	gnl|CDD|198414	cd10432, BI-1-like_bacterial, Bacterial BAX inhibitor (BI)-1/YccA-like proteins. This family is comprised of bacterial relatives of the mammalian members of the BAX inhibitor (BI)-1 like family of small transmembrane proteins, which have been shown to have an antiapoptotic effect either by stimulating the antiapoptotic function of Bcl-2, a well-characterized oncogene, or by inhibiting the proapoptotic effect of Bax, another member of the Bcl-2 family. In plants, BI-1 like proteins play a role in pathogen resistance. A characterized prokaryotic member, Escherichia coli YccA, has been shown to interact with ATP-dependent protease FtsH, which degrades abnormal membrane proteins as part of a quality control mechanism to keep the integrity of biological membranes.	2.56806e-49
NZ_CP015498.1|WP_101812704.1|1687192_1688599_+|ISLre2-family-transposase	gnl|CDD|284250	pfam06782, UPF0236, Uncharacterized protein family (UPF0236).	9.13692e-23

Protein sequences

>NZ_CP015498.1|WP_101812752.1|1677133_1678462_+|uracil-permease
MSKKENFRNPDAILDVYEKPELGQGVLLSLQHMFAMFGSTVLVPILIGINPSIALLSSGIGTLVHMILTHFKIPAYLGSSFAFVATMQALMKADGYPAVAQGAIASGLVYVIVALIIAKVGSGWVNKVLPPIVVGPIIIVIGLSLATTAANDAMMNNQKYDLTYFGVAIFTLVMTLVFQMCFKGFTSLVSIMLGIICGYVLACFLGIVDFSGVEKAAWFSIPSLDVMGISYHFKWYPAAILAMAPIAFVTMTEHMGHIMVLNSLTKRNFFKNPGLHKTMMGDGISTIIAGFIGGPPTTSYGENIGVLAMTKVHSVWVLAGAAVCAIIFSFVGKLAALIESIPMPVIGGISFLLFGTIASNGLKILVDDKVDFGEKRNMLIASVILVIGIGGAYLQLGNFQLTSVALSTIIGMILNWVLPKKAASEKALEEKNKQKQDGKIYQ
>NZ_CP015498.1|WP_101812751.1|1676590_1677121_+|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR
MAKEIIDAIGMKRALMRMTYEIVERNKGTENLVLVGIKTRGLYLAQRIAANLKKLEDVEISVGAIDVSQYRDDLPESKKEKMIHNQQLDFDITDKNVVLVDDVLFTGRTIRAALDALMDQGRPAKINLAVLVDRGHRELPIRPDFIGKNIPTAMNEEVKVSMTEVDDKDSIELINK
>NZ_CP015498.1|WP_101812750.1|1674829_1676299_-|MFS-transporter
MNKKQLFMVTLALLLANIMSGLDATIINTAIPAIVSDLHGIQYMGWIVACFLLGMSVSVPIWGKLGERMGNKFAFELSLALFILGSLLEGIAPDIYFFLIARILMGVGAGGMGSLPYVIVGYIYPNIKRRTVILGYILASFSAASIAGPLVGGWIVDTLSWHWVFYINVPLGLIAIILSFVYYKGIRKPNKNTQFDKLGAFTLIAGLTSFLIGIQLLGMVSLPVVLGFIILGILLLVVFIRAERKAKSPVVPLSVFTNKALVGDFLIFALAWGSYIAVNTYLPMWAQAILGASALVGGMTLIPNSIVEIVGSQTAPYFLRHVNNYRLLIANLTIMAITAVGLIFAPISTPYQILALIAAFSGFSVGSIFVILQIKVQVDASEKDMAPATSLSFLIRILAQTIMAAIYGVIMNLALGRGIAGHPGITMTMMNKLSDAESAKSLPVQLLPTMRKIFYGGIREIMIVSLVLLVAAYVVNYLYNRHEAKIMAE
>NZ_CP015498.1|WP_012211531.1|1673600_1674806_+|multidrug-efflux-MFS-transporter
MKEKPIWKKNLFVLSIAVFIAGIAFSEVMPFLPLYIDTLGKFSHQQLNFWSGFIYSGTYLVSALISPCWGKLADKKGRKPMTLRASLGMAIVIGCMGLVTNVYQLFILRMLQGVFAGFVSNSNALIATETPKEKSGQALGTMASSFTAGNLLGPFIGGALASIFSYRVTFFITGGLLLISFFLSLFFVHETDFKPVTEKKLDKASGIIKELRSPQLIFGLLLTTLIIQAANNSINPIVSLYVKQLMANHGNVVFISGVIAALPGIATFLAASRFGALGDRIGTHKIIVGGFIGATILFFLTAFVQNTVELGILRFLVGFTDACLFPQVQTLLTKNTPAKITGRIFSWNQSAMYVGNIFGPLLGSTISGLTSYSMVFIVTAIIVVFNLILFKFNVINNLRQK
>NZ_CP015498.1|WP_003633113.1|1672391_1673474_-|M42-family-peptidase
MQKEQEIQMLKEFSDANSTSGFEEEFVKLFTSYAEKTANIEVDGMLNVYASKKENKGDRPVIQLDAHSDAVGFITQAVRPNGLIKFVPLGGWVKYNIPALKVKVRNRDGEYIPGVVATKPPHFMTAAERNNVPDVVDMSIDVGSSSREETIKDYKIDTGCPIFVDVKCEYHEKSGLFFGKDFDDRFGAGAMIDVLDNLKGEETNFDVVAALSSQEEVGLRGAYVTARKVKPDLCLVLESCPADDTFTPDWLSQTGLKRGPMLRDMDTTFLPNPKFQQYACDLADKNNIPYTRSVRTGGGQDGAAIYYENGAPTIVIGIPVRYEHSPYCFSSYKDFKASVDLATAIIRDITQEKLDSFKKF
>NZ_CP015498.1|WP_012211532.1|1670664_1672287_-|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein
MITVSDLSLKFGGRTLYEDVNLKFTPGNCYGVIGANGAGKSTFLKLLEGKLEPTTGSISIDPNERMSSLNQDHFAFEDFTVMDTVIQGHKELYQVMKEKDALYAKPDFGDEDGVKAAELESKFAELDGWNAEANASKLLQSLDIPESEHQMLMKELPESEKVKVLLAQALFGNPDILLLDEPTNGLDVHTVEWLENFLADYPNIVIVVSHDRHFLNQVCTEMCDVDRGKIQLYVGNYDFWYESSKLANELVANKNDKKEEKIKQLQEFIARFSANASKSRQATSRKKQLDKITLDDIKPSSRKYPFVKFEMHRDLGNDLVKVENVSYSVDGEKILDNVSFIVRPGDKVAFLSRNALAATALLDIIAGKIKPDTGTVTWGQTTAFNYMSRDLNANFNNDDLTILDWLRQYATKEQDDNTFLRGFLGRMLFSGEEIEKKIKVLSGGEKVRCQLSRMMLEPANVLIMDDPTNHLDLESITALNDALVAYPGSILFTSHDHEFIQTIANHIIEVGPKGIVSRQDTTYDEFLDKESIQDQVEKIY
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>NZ_CP015498.1|WP_101812749.1|1669035_1669704_-|type-1-glutamine-amidotransferase
MRVNVLQHAPNEGPGSIQDWCHEHNHEMFVYHPTDFGILPTIDETDLLVILGSPNSPNDKLDWIKNERVLIKQMLKANKPILGICFGSQQIAKTLGYEVLDAPAKEVGWAPVYLQDHTIENIPKKLTALHWHQQMSEIPEDTKLLFSSDLVKNQGYLLGNNVIGLQFHFEPKEDNVREIAINDGAYALENNDLHQTPQEIIAHGVPKENKDVMFVLLDYITK
>NZ_CP015498.1|WP_101812748.1|1668174_1668993_+|transporter-substrate-binding-domain-containing-protein
MKKRFFLPTLLIGIALFTLSACSQNKKQIVYQTVKSTKTINWGVKADTPLFGSMNIKTGKINGFEIDLAKALTKEMLGNNAKANFVTTTANTKIQLLKNRNVDAVIAAMTITPEREKQVDFSKPYFPAGQSIMVAKNSKIKNVKDLNNKKVLVVKGTTAADAVKKFAPKAEILQFDDYGQAFAALKAGQGDAFVTDNGILVGILRDSSGYKLVGGNFTNQPYGIAVNKGQTEMDKQINLALTKLEKDGTYNRLLKKWFGNIPGFNVKIAEKY
>NZ_CP015498.1|WP_012211536.1|1667568_1668030_-|MarR-family-transcriptional-regulator
MKISESEKLNMAIVHGNRAYQQWDQDHELSDYLSVILYELLLRKKLTQKQLVGLTDLPKQSINKGIKILHDSGYLAMSVDPHDKRVRFCELTAAGNKYAKQKMQSLFRLEEQTAQKLGSEKMQLLTDLLTEWSNTFWDFLNEERSKECKHSKS
>NZ_CP015498.1|WP_023190960.1|1681690_1682191_-|GNAT-family-N-acetyltransferase
MIIKPLISEDEAKETSRLFQKCWQNTYKDILPDVFLDNIPENAWGKRLNESGRHNLIFIDDDNKIRAAVSYGRPRDTRMLGCGELMALYVEPDFQGFNIGKTLLNAAENELKKMGYGKIYLWCIDGDENARQFFEHFGWVNNATEKFVEIAGKEYKYLLYQKNLHD
>NZ_CP015498.1|WP_023190958.1|1683557_1683947_-|hypothetical-protein
MLTVNYRSVIENDLVNYTQGIESYFRNERLTLRDKINKFIEELPESYRELLSEHVGNTDDWIGKLVSTRVFLTHGDRENMAVSNPYKLVQMTKIFGFMVRIFILQKLGITIDKPKILNKFKNVLTTHYY
>NZ_CP015498.1|WP_041806186.1|1684192_1685599_+|ISLre2-like-element-ISLhe10-family-transposase
MESIIADIVKIIKSENNVIAREKALMCYFFDLIRELMTAALEEVDAGLVEETKKQGYQIEKKNKRSVVTAFGEISYWRRRYVCPGKKAQYPLDKLMGYDKYKRYSVLAVKDVLQVSAVATYRNTALAVNTLSCFKISHSQVGKLIVQAGKQIKAQQQSEERYDGITQKKKAPVLYLEGDGVVIKGTKKRLEFHRYQVCEDIINLSKTRRKRVQAKEFVSLSRLDALQEIKAYLANAYDLSDTLIISNADGGAGYAKKDFDEIVGYCRQHEHFLDVFHLNKKIKDRLGFMPAMQSKLISAVEFKYDRHLTDVILDTIESNLVDELNTPENHENLRRLRSYLHRRWVDIKPFKMRHLSVIKAIGCCESNHRKYTYRVKGQGKYWSEDGAEGILRVLTCIKNNELEYWLSSEFAGGQLDIGDQEDLKGAVRASLRKTHGVHLGIHHGAIESLTAGHSYLDDFSRKINQINI
>NZ_CP015498.1|WP_012211526.1|1685816_1686017_+|cold-shock-protein
MQTGTVKWFNADKGFGFITGSDNKDVFVHFSAIKTDGFKSLEEGQKVSYDVEQGSRGPQATNVVPQ
>NZ_CP015498.1|WP_101812704.1|1687192_1688599_+|ISLre2-family-transposase
MESIITDIVKIIKSENNVLAREKALMCYFFDLMGELMKLALEEVDVGLVDETKKQGYQIEKKNKRSVVTVFGEISYWRRRYVCPGKKAKYPLDQLMGYDKYKRYSVLAVKNILQVSAVSTYRNTALAVNTLSSFNISHSQVGKLIVQAGKQIKAQQQSEERYDGITQKKKVPVLYLEGDGVVIKGTKKRLEFHRYQVCEDIINVSKTRRKRVQAKEFVSLSRLNALQEIKAYLANTYDLSDTLIISNADGGAGYAKKDFDEIVGRCKQHEHFLDVFHLNKKIKDRLGFMPAMQGKLISAVEFKYDRRLTDVILDTIESNLIDELNTPENHENLRRLRGYLHRHWADIEPFKMRNLPVIKAIGCCESNHRKYTYRVKGQGKYWSEDGAEGILRVLTCIKNNELEYWLSSEFAGSEINAITEQELKAAARDSLKKRHESHLGIQRGALTTQTAGSSYLSKFNRMLNHINY
>NZ_CP015498.1|WP_003626890.1|1689087_1690440_-|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD
MEKNQIIDLEITDLSYEAMGVAHYNGMTVFVTNALPGEVVSAKILKVKKNFAFAKIEKIKKESPDRVNVKLNQGVQSGLASLAHIKYDKQLDFKRNQVVNLLKKAHLENIEVGETLASPEEVGYRNKAQVPVREVNGQLEIGFFRRHSHDLMPLTHFFTTDPEIDRVLVAVRDILRKYKVPAYDEINNNGEVRYLEVRRSKSTGEMMVILVCLHKDFMQLPNVAAEVSQIPGVSGLILNHNPKKTNVILGPKDYLVFGNDQITDQIGDLKFRISPQSFFQINSLQTPRLYNLAIKQADLKPDDVVIDAYSGIGTIGLSVAKHVKAVRGIEVVRDAIKDAKDNAKLNDITNAKYYLGKAEEIMPRWAKSGLKTDVVFVDPPRKGLTPEFINAAVKTGPKKIVYISCNPATLVRDLQLFQEKSYEFNRIDPVDMFPQTPHVESVTVLERTEK
>NZ_CP015498.1|WP_012211522.1|1690804_1692181_+|Na+/H+-antiporter-NhaC
MKKEKVSFTESIIILIALLAILGISVIKFGLSPEVPVLFTVLLLTFWARFRGFTWKDVQDGIKEGIGVAIIPIFIFILIGALIGLWIKAGIIPSIMVLGFHLISGSFFVPSVFIACAIVGVAIGSGFTTISTVGIALFGIGASMNANLALVAGAIISGAVFGDKMSPLSDSTNLSSAVAESELFAHIKNMMWSTIPSFIVSLILFWILGNSGHMDPTKIERTSHVLQTNFSISWWAVVPIVFMLLCAWRKVPAIPTLFINIAATVIMIFIQNPHESVQSLNNLIMNGFVAKTSDASVNALLTRGGISSMMATVALIISTLSIGGMLMKFNVVQSAMEPLVKHLRKPGRLITVTILSGICINLLVGEQYLSVILPGRAFKPAFDKIKLSPLALSRVLEDGGSVINYLIPWGVAGSFAATTLGVPVLQFLPFAFFSLLSPVFSIISGFTGIGLKWAKDKK
>NZ_CP015498.1|WP_012211358.1|1692779_1693958_+|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP015498.1|WP_003626896.1|1694121_1694826_+|Bax-inhibitor-1/YccA-family-protein
MDNFSNPGRREVHDVSEVNGFLSKMYGYMGLSVLVSALAAFLTMTVFRSAVMQMPPAMMWIILFVPIGLSLGINFKATRNPVAGFVMLMILAVIYGFEFALLAGFYTQAQIGTAFVSSAAVFGAMAVFGTFTKKNLNNMGSYLSAALIGLLVAMVVNIFLRNSVASFVFSIIGVVIFTGLTAYDAQKMKAIYNNYGSQVSTNGLAVLGALQLYLDFVNIFLFLLQIFGMGGDRD
>NZ_CP015498.1|WP_012211521.1|1694869_1695562_-|DUF1211-domain-containing-protein
MFKLHKVFDSRHYRRLSSVQKEELKEARDKVHQAQQKEPKRLREHLETFNDAVIAIIITIIVLQIQPAFKASQYLEFLGNIVIFIIAFFIIADFWYELHLAFSYFIFKPDKITAICDFCLLATLSLLPVMTKWIMMRDSAFAVTNFGIVYFIAQILKVFVQYFGAKPLMRSSQVMNIMMVKTSVHRIILVFLLTLFLILLSLVVPKVAMFLYILIPFISFLMPNNSRGFR

Crispr_ID: NZ_CP015498_4

• CRISPR_ID: NZ_CP015498_4
• CRISPR_location: 1885711-1885866
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP015498_4

Consensus_repeat	Method
AAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGAC	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP015498_4

>4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder
CTTCGCGGGAGACCGTTGAAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGACCTTCGCGAAAGTCCGTTGATGACACCCCGC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP015498_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP015498_4

>merge|NZ_CP015498|4|1885711-1885866|CRISPRCasFinder
AAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGACCTTCGCGGGAGACCGTTGAAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGACCTTCGCGAAAGTCCGTTGATGACACCCCGCAAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGAC

>NZ_CP015498|4|3|1885711-1885866|CRISPRCasFinder
AAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGAC	CTTCGCGGGAGACCGTTGAAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGACCTTCGCGAAAGTCCGTTGATGACACCCCGC
AAACCCTTGCTACGAGCGAAAGTCTAAAAAATAGAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP015498.1|WP_101812861.1|1876068_1876719_-|sugar-transferase	unknown	unknown	gnl|CDD|376775
NZ_CP015498.1|WP_101812796.1|1886799_1887081_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|274102
NZ_CP015498.1|WP_101812791.1|1878413_1879298_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|130079
NZ_CP015498.1|WP_101812794.1|1883353_1884286_-|hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|366353
NZ_CP015498.1|WP_101812798.1|1888170_1890231_+|MobA/MobL-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367473
NZ_CP015498.1|WP_101812788.1|1875603_1876053_-|UDP-N-acetylglucosamine--LPS-N-acetylglucosamine-transferase	unknown	unknown	gnl|CDD|370045
NZ_CP015498.1|WP_101812803.1|1895960_1898507_-|DNA-methylase	unknown	unknown	gnl|CDD|224657
NZ_CP015498.1|WP_101812799.1|1890360_1890936_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|128978
NZ_CP015498.1|WP_023190764.1|1879309_1880371_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|181811
NZ_CP015498.1|WP_101812801.1|1891771_1893247_-|PglZ-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|380291
NZ_CP015498.1|WP_101812790.1|1877608_1878403_-|CpsD/CapB-family-tyrosine-protein-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|349772
NZ_CP015498.1|WP_002819869.1|1887690_1887900_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_101812787.1|1875106_1875604_-|glycosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|227350
NZ_CP015498.1|WP_101812800.1|1891065_1891779_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_010620892.1|1887127_1887313_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP015498.1|WP_101812789.1|1876838_1877609_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226870
NZ_CP015498.1|WP_101812802.1|1893249_1895925_-|DEAD/DEAH-box-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|350769
NZ_CP015498.1|WP_101812792.1|1880845_1882111_+|GTPase-HflX	unknown	unknown	gnl|CDD|274455
NZ_CP015498.1|WP_101812793.1|1882132_1883143_+|CAP-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|349398
NZ_CP015498.1|WP_101812797.1|1887389_1887668_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP015498.1|WP_101812861.1|1876068_1876719_-|sugar-transferase	gnl|CDD|376775	pfam02397, Bac_transf, Bacterial sugar transferase. This Pfam family represents a conserved region from a number of different bacterial sugar transferases, involved in diverse biosynthesis pathways.	1.39296e-94
NZ_CP015498.1|WP_101812796.1|1886799_1887081_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	gnl|CDD|274102	TIGR02384, Putative_antitoxin_RelB, addiction module antitoxin, RelB/DinJ family. Plasmids may be maintained stably in bacterial populations through the action of addiction modules, in which a toxin and antidote are encoded in a cassette on the plasmid. In any daughter cell that lacks the plasmid, the toxin persists and is lethal after the antidote protein is depleted. Toxin/antitoxin pairs are also found on main chromosomes, and likely represent selfish DNA. Sequences in the seed for this alignment all were found adjacent to toxin genes. The resulting model appears to describe a narrower set of proteins than pfam04221, although many in the scope of this model are not obviously paired with toxin proteins. Several toxin/antitoxin pairs may occur in a single species. [Cellular processes, Toxin production and resistance, Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	3.03079e-12
NZ_CP015498.1|WP_101812791.1|1878413_1879298_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein	gnl|CDD|130079	TIGR01006, Capsular_polysaccharide_biosynthesis_protein_CapA, polysaccharide export protein, MPA1 family, Gram-positive type. This family contains members from Low GC Gram-positive bacteria; they are proposed to have a function in the export of complex polysaccharides. [Transport and binding proteins, Carbohydrates, organic alcohols, and acids].	4.42224e-39
NZ_CP015498.1|WP_101812794.1|1883353_1884286_-|hydrolase	gnl|CDD|366353	pfam00877, NLPC_P60, NlpC/P60 family. The function of this domain is unknown. It is found in several lipoproteins.	8.26767e-30
NZ_CP015498.1|WP_101812798.1|1888170_1890231_+|MobA/MobL-family-protein	gnl|CDD|367473	pfam03389, MobA_MobL, MobA/MobL family. This family includes of the MobA protein from the E. coli plasmid RSF1010, and the MobL protein from the Thiobacillus ferrooxidans plasmid PTF1. These sequences are mobilisation proteins, which are essential for specific plasmid transfer.	6.52498e-107
NZ_CP015498.1|WP_101812788.1|1875603_1876053_-|UDP-N-acetylglucosamine--LPS-N-acetylglucosamine-transferase	gnl|CDD|370045	pfam08660, Alg14, Oligosaccharide biosynthesis protein Alg14 like. Alg14 is involved dolichol-linked oligosaccharide biosynthesis and anchors the catalytic subunit Alg13 to the ER membrane.	3.43701e-23
NZ_CP015498.1|WP_101812803.1|1895960_1898507_-|DNA-methylase	gnl|CDD|224657	COG1743, COG1743, Adenine-specific DNA methylase containing a Zn-ribbon [DNA replication, recombination, and repair].	0.000140465
NZ_CP015498.1|WP_101812799.1|1890360_1890936_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|128978	smart00739, KOW, KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. Motif in ribosomal proteins, NusG, Spt5p, KIN17 and T54.	0.000415595
NZ_CP015498.1|WP_023190764.1|1879309_1880371_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein	gnl|CDD|181811	PRK09379, PRK09379, LytR family transcriptional regulator.	5.06074e-68
NZ_CP015498.1|WP_101812801.1|1891771_1893247_-|PglZ-domain-containing-protein	gnl|CDD|380291	NF033449, BREX_PglZ_3, BREX-3 system phosphatase PglZ. BREX is a phage defense system (BacteRiophage EXclusion), with a number of described subtypes. The first described, PGL (phage growth limitation), is not called BREX-2. This model describes one of the two core proteins universal across the first six defined BREX subtypes, the phosphatase-like PglZ domain protein, as found in BREX-3 systems.	1.71236e-62
NZ_CP015498.1|WP_101812790.1|1877608_1878403_-|CpsD/CapB-family-tyrosine-protein-kinase	gnl|CDD|349772	cd05387, BY-kinase, bacterial tyrosine-kinase. Bacterial tyrosine (BY)-kinases catalyze the autophosphorylation on a C-terminal tyrosine cluster and also phosphorylate endogenous protein substrates by using ATP as phosphoryl donor. Besides their capacity to function as tyrosine kinase, most of these proteins are also involved in the production and transport of exopolysaccharides. BY-kinases are involved in a number of physiological processes ranging from stress resistance to pathogenicity.	1.07294e-82
NZ_CP015498.1|WP_101812787.1|1875106_1875604_-|glycosyltransferase	gnl|CDD|227350	COG5017, COG5017, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	5.50005e-26
NZ_CP015498.1|WP_101812789.1|1876838_1877609_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein	gnl|CDD|226870	COG4464, CapC, Capsular polysaccharide biosynthesis protein [Carbohydrate transport and metabolism / Cell envelope biogenesis, outer membrane].	1.45225e-78
NZ_CP015498.1|WP_101812802.1|1893249_1895925_-|DEAD/DEAH-box-helicase	gnl|CDD|350769	cd18011, DEXDc_RapA, DEXH-box helicase domain of RapA. In bacteria, RapA is an RNA polymerase (RNAP)-associated SWI2/SNF2 (switch/sucrose non-fermentable) protein that mediates RNAP recycling during transcription. The ATPase activity of RapA is stimulated by its interaction with RNAP and inhibited by its N-terminal domain. The conformational changes of RapA and its interaction with RNAP are essential for RNAP recycling. RapA is part of the DEAD-like helicase superfamily, a diverse family of proteins involved in ATP-dependent RNA or DNA unwinding. This domain contains the ATP-binding region.	6.04051e-66
NZ_CP015498.1|WP_101812792.1|1880845_1882111_+|GTPase-HflX	gnl|CDD|274455	TIGR03156, GTP_HflX, GTP-binding protein HflX. This protein family is one of a number of homologous small, well-conserved GTP-binding proteins with pleiotropic effects. Bacterial members are designated HflX, following the naming convention in Escherichia coli where HflX is encoded immediately downstream of the RNA chaperone Hfq, and immediately upstream of HflKC, a membrane-associated protease pair with an important housekeeping function. Over large numbers of other bacterial genomes, the pairing with hfq is more significant than with hflK and hlfC. The gene from Homo sapiens in this family has been named PGPL (pseudoautosomal GTP-binding protein-like). [Unknown function, General].	7.12125e-170
NZ_CP015498.1|WP_101812793.1|1882132_1883143_+|CAP-domain-containing-protein	gnl|CDD|349398	cd05379, CAP_bacterial, Bacterial CAP (cysteine-rich secretory proteins, antigen 5, and pathogenesis-related 1 proteins) domain proteins. Little is known about bacterial and archaeal members of the CAP (cysteine-rich secretory proteins, antigen 5, and pathogenesis-related 1 proteins) domain family. The wider family of CAP domain containing proteins includes plant pathogenesis-related protein 1 (PR-1), cysteine-rich secretory proteins (CRISPs), and allergen 5 from vespid venom, among others. Studies of eukaryotic proteins show that CAP domains have several functions, including the binding of cholesterol, lipids and heparan sulfate. This group includes Borrelia burgdorferi outer surface protein BB0689, which does not bind to cholesterol, lipids, or heparan sulfate, and whose function is unknown.	3.90113e-06

Protein sequences

>NZ_CP015498.1|WP_101812794.1|1883353_1884286_-|hydrolase
MTKHKLFKLGAAAALTVTGVSAITSLKTARAANFTVIKRVKINYLPGKGLNIWTNYNKGKFMGYRAKDGTIWNVAETAVDKKGNLWYKVGTREWIEARYTVDVGMDTPASTNAKTKKSTAKNGVNNVISLGTVTKKSTKKSKATKAKAAKVKKAKQIVDAAVKKTSKKSTTKKVASTQASSKAGAIVALAKQQVGKPYAWGANGPDSFDCSSLVQYVVKNAAGMNLPRTTYDQVKVGQTVYQKSQANGQPVSANNLQVGDLLFWGSESAPYHVAIYIGNNQYVNAATPEQGTILQTMTSYFAPTIVKRVL
>NZ_CP015498.1|WP_101812793.1|1882132_1883143_+|CAP-domain-containing-protein
MKIKHKLLVAATAIIAAFSINTTTVHAAKYSKTEAKQVRQFQRQYYSLSKIKYTKQNIYQQQPNFGLPFSAGVLNPYIPDTMDYVNYYRSLAGLPTELNHADDNTHAQIGAAALAAVNATKDLKVHGLLGYTRPFYFNEDDWNTAENSTLGNVNFLESNNGATAGDIVTDLIREDNNIAGKGNIGHRALILSARATRMGIGAAYGDGVSNNVLYSVQNGWFADDILRDPVVDTMVYPSRRVFPYELVGKKTPWSFSTTKKITGTPKIYITDMTTKKRYRATQVRNFGTTFYGDGYTTTITYQPGKTKLVTTHKYKVKIGKYYTYTFRFFRQKGHLK
>NZ_CP015498.1|WP_101812792.1|1880845_1882111_+|GTPase-HflX
MIDNQPKKIKAYIAGVNLNDPNFDYYMTELANLTEANNMEVVGQSYQNAESIVAGTYFGLGKINEIKAMAHGLKAKVLVLNDELTPVQIRNLEKLTKLRVIDRTELILEIFASRARTKQAKLQVQLARLQYELPRLHPSENNLDQQRGGGYSNRGAGESKLELNRRTIGKQISAIKKELKAVASQEEIKSARRNQSRIPKVALVGYTNAGKSTTMNGLLKEFSAEGTNKEVFVKNMLFATLDTSVRRIDLKDNSSFILSDTVGFISKLPHNLVESFKATLQETKDADLLIDVVDASDPNMVQMIRTTQNVLDEIGVKGIPMITAYNKADKTDRNYPQIEGNDIFYSAIDPKSIKMLADLITKRVFSNYEEFSLLLPLSAGKELAYLHENAQVLSEDYEDDGVHIKANIATDDQGRFKQYLV
>NZ_CP015498.1|WP_023190764.1|1879309_1880371_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein
MADNNDQSQKPMHHHHRHHHHRHHHRKFWRGFWIVIGVIIVIGLFVCGYIYKNLRDTTQNMYTPVAKQTKSNKGRNLDTLLNEKKPINILLLGTDTGAMGRHWKGRTDTMMMMTINPKKNSTTIISIPRDSNAIFPDFPQYGVTKMNSAYTLGGVAETIKTLDKYYSVPIDGYIMINMGGLKKAIDQVGGIDVTSPLTFNNMGYHFEEGKTYHMNGKKALAFAQLRHGDPRQDYGRQDRDRRVIMALVKKSVSPTTLLNSKFLNSISDEMQTDLTMNQMYKIGMDYRKATDNLSQDHAQGVSKQTMNPKFGLMEIEVVSKEERQRVSDKIRDALELPKTKVAANKASYVMNHN
>NZ_CP015498.1|WP_101812791.1|1878413_1879298_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein
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>NZ_CP015498.1|WP_101812790.1|1877608_1878403_-|CpsD/CapB-family-tyrosine-protein-kinase
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>NZ_CP015498.1|WP_101812789.1|1876838_1877609_-|exopolysaccharide-biosynthesis-protein
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>NZ_CP015498.1|WP_101812861.1|1876068_1876719_-|sugar-transferase
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>NZ_CP015498.1|WP_101812787.1|1875106_1875604_-|glycosyltransferase
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>NZ_CP015498.1|WP_010620892.1|1887127_1887313_+|hypothetical-protein
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>NZ_CP015498.1|WP_101812797.1|1887389_1887668_-|hypothetical-protein
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>NZ_CP015498.1|WP_101812799.1|1890360_1890936_-|hypothetical-protein
MNALACRLLRKAEKAQISFTYAQVAELATFISDENLLNTLTKNASGSCTQADLEELNNNGINDELIAEIAKRCSLQDPNEGAIWQPGVLQKRLDDMAESAGQLADNLNRINKNLEKQKRRKKSGLFAFLGMLGGSNRTEPSSGFRVGDHVRVKYRGQEGTIIDINGSLIMVSLDDGKHVDSYNASQLEKAW
>NZ_CP015498.1|WP_101812800.1|1891065_1891779_-|hypothetical-protein
MGKMVGLSRNLKMTWLNKAVELLSENLTEQEYKDKLNEYLSFEIKSPTNLRKTREILMNLWYYENPETESLRTQARTLIEKDPDNSLAAHWCIILATYPIFVDVSRIIGKLSEFEEKFTLQQLKQKIFDEWGERATLFHSIDKIIATMKAIGALKAEKPGRYTIVKHEVRDDKVNALLASAGMTVEDKGNFTLQDLREMSYMFPFKYQIEREMLMMNDTFTITNIGGEMMVSLTASL
>NZ_CP015498.1|WP_101812801.1|1891771_1893247_-|PglZ-domain-containing-protein
MFGQYAYEKTYASNTSRMLLIDEDGLEEKTHYADEFAHRGFQIIHYKDDLSFRIEWEDKFKIGQDKYLILARPKVYIPYDILRACGSYRFQISLMTLFPRLQTQCIREKTDLNFDLLCTAYKSLYDDCRTYEKTKDFIDEVVYGKDNVREYVNQRIKDVSFLAEKAQNYKDWIKVAELKSEIDVFCASYEIDSNAEFVQEPFLRFILESFGKLSGKITSDRETPVLVKGAMDYMHNHSDKFVIIVMDGMSEFDWTILSRSFGNIKYERSAAFAMIPTITSLSRQSLVSGKYPLHLLSPWSTSKEGKEFTDCAMSFGLRKEQVEYHRGYDADFGPMIRCGCVIINDIDDMVHGQQQGRSGMYRDVEYLSNTGKLATLVLNLLSKNFDVYISADHGNTPCVGQGKLMKLGVETETKSHRMLVLEKFADKEKMKEQYDMIEYPKYFLDKQYDYLICNIGKSFDAKGDKVMTHGGITVDEVIVPFIKIKAVDNNG
>NZ_CP015498.1|WP_101812802.1|1893249_1895925_-|DEAD/DEAH-box-helicase
MLKAGEFAFDKDTGKSVQVLERLEVWGYVSYRVFDPSTGTVYKVMADNLSDSSGSNTYDENYLRYVTLLSKIKNETAGGLLTSLASGVIPLPHQLHVLNRVMSNNNIRYILADEVGLGKTIEAGMVIKELKARGLVRRTLVVCPTGLVTQWSAEMQEKFHEKFQVILPSDYDTIRRLTDNDDVYGQYDQVISPMDSIKPLEKHAGWTEERVEQYNQERIYSIINSGWDLIIIDEAHRVAGSSGEVARYKLGYLLSQASPYLLLLTATPHNGKTEPFLRLVRLLDKDAFPNAKSVVKEQVAPFLIRTEKREAIDNNGNLLFKNRVTHLVELTWDERHTYQRKLYEIVTSYVSKTYNKALRNRKKNMCLIFLLIIMQRMVTSSTAAIRQSLERRLEILKTQNTKLGSLTEEDLAELDIEDGVEDALQAMSLDMEEEINELENIIAVAKQAEFQHPDVKVEMLENTIDALLNADRNQKIIIFTEFVATQEYLQRLLASMGYTVTELNGRMSIEERNGALREFRDNTNIFISTDAGGEGLNLQFSNTIINYDLPWNPMKIEQRCGRVDRIGQTRDVQIFNFIVTDTIENRVREVLEEKLSVILKEMGVDKYSDVLDSEVAEVDFTGVYMRSISRPHRKSDENLYPVESELRQELKNAQKYKSLLHEDKDLTKLVGKESNFDVDSALRQMLTYYDAWQGLDPRLIMDISINDESITRHLNADVIQDRFSSILSVSIQDFPNEEGYFMLWDLSVTDEEMDQRILPVFVNKDFVLRPMAGQRIMEVFLDGTSRLSVRSVPNLTGEEYQQLEKLSTEFAYDSFLELKGQQLKRNKESYDKYLYALKLRTEATEHVGIDNIRKSRLQRLEKEKETVEERYRKGQEVYPEFRLCLLVRLEA
>NZ_CP015498.1|WP_101812803.1|1895960_1898507_-|DNA-methylase
MEKRKLTKEDLDKVRDIEGFPIGSDEDIIALSDAPYYTAYPNPFIKEFIEENGTPYDEETDDYHCEPYAADVSEGKNDAIYNAHTYHTKVPYKAIMRYILHYTKPKDLVFDGFCGTGMTGVAANMCAHPESQFQAVLNAEDPDIEWGARIPILQDLSPIATCIAHNYNADIDIQKFTSEAERILSESYKECKWMYATEPDPSAAASTFIRQKGKINYTVWSDVFVCPHCGSEVVFYDAAADPTTGKVSDSFACPKCNAQLKKKECNNSFESFYDSALKQPHQIVKQKPVLINYQYGSKRYFKRPDAEDIATIKKIEEMDIPYWYPTLRMREGRESRRNDKIGLTHVHHYFYKRTLYALSKLYDLIQKSECKDLLQIWFTSQIINISKMNRFRPQVSFPYNPLSGTLYVSSMVSEANPFNAYEGKIRKFTEALSNNKGNTYCISTASTTKLDVQENSIDYIFTDPPFGANLNYAELSFLWESWLKVVTNSKYEAIVNPTMGKALPEYQMLMTSCFQECYRILKPNRWMTVEFHNSKNAVWNAIQEALQRAGFIIADVRTLDKQSGSFKQVNNTSAVKQDLVISAYKPKNDLTRTLHESAGQSETAWAFVRQHLANLPVVVDADHDGKIDIISERQAYLLFDRMVAYHIMNGIPVPIDATDFYKGLDEKFLKRDDMYFLPDQVNEYDTARIKMDVEPIQFELFVSNEKSAIAWLYQQLDTPQTYAELQPKFMQEVKPVDRYEDMPELSVMLDENFIQDDKGRWYIPDRTKEGDVAKLREKNLWKEFESYMNSKGKLKLFRSEAIRVGFSRLWKDKNYQAIVDMAERLPEQIIQEDDKLLMYYDISLSRVQ

Self-targeting detection

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NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	396215-396253	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	458440-458478	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	573897-573935	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	635071-635109	0	1.0
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NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	732978-733016	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	736432-736470	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	765848-765886	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	770931-770969	0	1.0
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NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	1272263-1272301	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	1652757-1652795	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	2030408-2030446	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP015498.1	2049942-2049980	0	1.0

1. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 13027-13065, mismatch: 0, identity: 1.0

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2. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 28210-28248, mismatch: 0, identity: 1.0

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3. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 396215-396253, mismatch: 0, identity: 1.0

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4. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 458440-458478, mismatch: 0, identity: 1.0

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5. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 573897-573935, mismatch: 0, identity: 1.0

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6. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 635071-635109, mismatch: 0, identity: 1.0

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7. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 637106-637144, mismatch: 0, identity: 1.0

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8. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 732978-733016, mismatch: 0, identity: 1.0

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9. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 736432-736470, mismatch: 0, identity: 1.0

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10. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 765848-765886, mismatch: 0, identity: 1.0

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11. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 770931-770969, mismatch: 0, identity: 1.0

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12. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 1161513-1161551, mismatch: 0, identity: 1.0

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13. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 1166591-1166629, mismatch: 0, identity: 1.0

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***************************************

14. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 1272263-1272301, mismatch: 0, identity: 1.0

ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	CRISPR spacer
ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	Protospacer
***************************************

15. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 1652757-1652795, mismatch: 0, identity: 1.0

ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	CRISPR spacer
ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	Protospacer
***************************************

16. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 2030408-2030446, mismatch: 0, identity: 1.0

ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	CRISPR spacer
ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	Protospacer
***************************************

17. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to position: 2049942-2049980, mismatch: 0, identity: 1.0

ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	CRISPR spacer
ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	Protospacer
***************************************

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NC_015598	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence	35281-35319	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NC_015598	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence	184269-184307	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NC_015598	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence	20549-20587	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP035016	Lactobacillus plantarum strain 12_3 plasmid pldD, complete sequence	20990-21028	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP027191	Lactobacillus sp. CBA3605 plasmid pCBA3605-1, complete sequence	22928-22966	0	1.0
NZ_CP015498_2	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	NZ_CP014934	Pediococcus claussenii strain TMW 2.53 plasmid pL253-1, complete sequence	35278-35316	0	1.0
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NZ_CP015498_4	4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	1885747-1885830	84	MK994179	Lactobacillus plantarum strain PC518 plasmid plp75TA, complete sequence	4831-4914	25	0.702

1. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NC_015598 (Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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3. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NC_015598 (Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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4. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035016 (Lactobacillus plantarum strain 12_3 plasmid pldD, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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5. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP027191 (Lactobacillus sp. CBA3605 plasmid pCBA3605-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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6. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014934 (Pediococcus claussenii strain TMW 2.53 plasmid pL253-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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7. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032465 (Lactobacillus plantarum strain ATG-K6 plasmid pK6, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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8. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032465 (Lactobacillus plantarum strain ATG-K6 plasmid pK6, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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9. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP019723 (Lactobacillus plantarum strain CLP0611 plasmid pUnnamed, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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10. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014937 (Pediococcus claussenii strain TMW 2.54 plasmid pL254-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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11. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053913 (Lactobacillus plantarum subsp. plantarum strain G1 plasmid p1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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12. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014891 (Lactobacillus backii strain TMW 1.1992 plasmid pL11992-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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13. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014891 (Lactobacillus backii strain TMW 1.1992 plasmid pL11992-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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14. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012291 (Pediococcus damnosus strain TMW 2.1535 plasmid pL21535-3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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15. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP031319 (Lactobacillus plantarum strain DR7 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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16. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP029350 (Lactobacillus plantarum strain HAC01 plasmid pLP-HAC01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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17. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014932 (Lactobacillus paracollinoides strain TMW 1.1995 plasmid pL11995-8, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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18. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035021 (Lactobacillus plantarum strain 13_3 plasmid plsm_LP12_3_pA) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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***************************************

19. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035021 (Lactobacillus plantarum strain 13_3 plasmid plsm_LP12_3_pA) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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***************************************

20. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035021 (Lactobacillus plantarum strain 13_3 plasmid plsm_LP12_3_pA) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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21. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012657 (Lactobacillus plantarum strain HFC8 isolate Lactobacillus plantarum plasmid pMK01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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22. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012657 (Lactobacillus plantarum strain HFC8 isolate Lactobacillus plantarum plasmid pMK01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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23. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012657 (Lactobacillus plantarum strain HFC8 isolate Lactobacillus plantarum plasmid pMK01, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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***************************************

24. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032467 (Lactobacillus plantarum strain ATG-K8 plasmid pK8, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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***************************************

25. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP046661 (Lactobacillus plantarum strain 83-18 plasmid p83-18.1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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***************************************

26. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NC_015598 (Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 plasmid pWW1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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27. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NC_002102 (Lactobacillus helveticus DSM 20075 plasmid pLH1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.974

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************************************** 

28. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP018612 (Lactobacillus delbrueckii subsp. indicus strain JCM 15610 plasmid pLD01, complete sequence) position: , mismatch: 3, identity: 0.923

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************************..*********** *

29. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012291 (Pediococcus damnosus strain TMW 2.1535 plasmid pL21535-3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

30. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP037431 (Lactobacillus plantarum strain EM plasmid pEM2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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*************************** **.   *. * 

31. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP021933 (Lactobacillus plantarum strain TMW 1.1478 plasmid pL11478-1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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*************************** **.   *. * 

32. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP018212 (Lactobacillus plantarum strain BLS41 plasmid pLPBLS41_3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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*************************** **.   *. * 

33. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035145 (Lactobacillus plantarum strain SRCM103357 plasmid unnamed2) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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*************************** **.   *. * 

34. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP028242 (Lactobacillus plantarum strain SRCM101518 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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*************************** **.   *. * 

35. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP035574 (Lactobacillus plantarum strain SRCM103303 plasmid unnamed3) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

36. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032634 (Lactobacillus sakei strain ZFM220 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

37. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012278 (Pediococcus damnosus strain TMW 2.1533 plasmid pL21533-3, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

38. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014626 (Lactobacillus backii strain TMW 1.1988 plasmid L11988-2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

39. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_LT960789 (Lactobacillus sakei strain MFPB16A1401 plasmid 2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

40. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032636 (Lactobacillus sakei strain ZFM225 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

41. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_LT960782 (Lactobacillus sakei strain J64 plasmid 2, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

42. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032653 (Lactobacillus sakei strain LZ217 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

43. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP022710 (Lactobacillus sakei strain WiKim0063 plasmid pLBS01, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagt-----aaatgaat	CRISPR spacer
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******.******************** ***     *.*     

44. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP025137 (Lactobacillus sakei strain WiKim0072 plasmid pLSW72_1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

45. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032641 (Lactobacillus sakei strain ZFM229 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

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******.******************** ***     *.*     

46. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014913 (Lactobacillus paracollinoides strain TMW 1.1979 plasmid pL11979-1, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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47. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017358 (Lactobacillus plantarum strain TMW 1.25 plasmid pL125-4, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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************************************************************

48. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017368 (Lactobacillus plantarum strain TMW 1.277 plasmid pL1277-5, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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49. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017265 (Lactobacillus paracasei strain FAM18149 plasmid pFAM18149.24, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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50. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017960 (Lactobacillus plantarum strain C410L1 plasmid unnamed6, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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51. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017960 (Lactobacillus plantarum strain C410L1 plasmid unnamed6, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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52. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014934 (Pediococcus claussenii strain TMW 2.53 plasmid pL253-1, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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53. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP014937 (Pediococcus claussenii strain TMW 2.54 plasmid pL254-1, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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54. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NC_014386 (Lactobacillus helveticus R0052 plasmid pIR52-1, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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55. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP019583 (Lactobacillus helveticus strain LH5 plasmid pCBTLH5_2, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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56. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NC_006529 (Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pSF118-20, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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57. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033891 (Lactobacillus plantarum strain LMT1-48 plasmid p_3, complete sequence) position: , mismatch: 24, identity: 0.714

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58. spacer 4.1|1885747|84|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to MK994179 (Lactobacillus plantarum strain PC518 plasmid plp75TA, complete sequence) position: , mismatch: 25, identity: 0.702

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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	10486 : 78851	51	Streptococcus_phage(30.77%)	integrase,transposase	attL 13274:13291|attR 91691:91708
DBSCAN-SWA_2	109110 : 141520	26	Bacillus_phage(25.0%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	199342 : 315445	97	Lactobacillus_virus(13.33%)	holin,tRNA,transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_4	417206 : 466970	45	uncultured_virus(15.79%)	holin,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_5	521251 : 567714	46	Orpheovirus(20.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	573939 : 732973	117	Bacillus_phage(17.65%)	integrase,tRNA,transposase,protease	attL 635070:635114|attR 637105:637149
DBSCAN-SWA_7	737865 : 773917	28	Bacillus_virus(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_8	857809 : 921517	54	Streptococcus_phage(11.11%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	982445 : 1045481	53	Bacillus_virus(14.29%)	integrase,transposase	attL 993006:993022|attR 1059404:1059420
DBSCAN-SWA_10	1072863 : 1131831	54	Streptococcus_phage(30.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_11	1146477 : 1187006	37	Anomala_cuprea_entomopoxvirus(11.11%)	integrase,tRNA,transposase,protease	attL 1138497:1138513|attR 1182323:1182339
DBSCAN-SWA_12	1224053 : 1285424	52	Lactobacillus_phage(16.67%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_13	1298381 : 1348596	34	Bacillus_virus(40.0%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_14	1393584 : 1448358	53	Lactobacillus_virus(18.18%)	integrase,tRNA,transposase	attL 1439558:1439580|attR 1445828:1445850
DBSCAN-SWA_15	1454601 : 1591782	113	Streptococcus_phage(31.03%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_16	1596006 : 1654672	45	Lactobacillus_virus(23.08%)	protease,bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_17	1684192 : 1754188	55	Lactococcus_phage(17.65%)	holin,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_18	1798676 : 1853812	41	Enterobacteria_phage(25.0%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_19	1858124 : 1921976	54	Streptococcus_phage(15.38%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_20	1926606 : 1975585	49	Lactobacillus_phage(18.75%)	bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_21	1987756 : 2064318	54	Lactococcus_phage(15.38%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP015498|10486:78851|DBSCAN-SWA
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MKKRKTDRRTLYTLGLIKDALLKLVDEESYSKVNIARICREAGITRSTFHVHYSSVTDVLNDVLNDALLLTETNPVPFFAGNGKSLDYLKSNESLVPACQRIGDAGKYQKLLMDPDLSEYIIGRIVVNERDTVLPAVIEKTHLPREDAETLFRYVIHGSFAVNRAHNFVKDEKWPHDVQMLNEFAEAGYERLSRK
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MRVLLTGDSIIARYEGKTEPHINWNLKQILPEIQIENTAVSGINSGAFFARLNELVLSVKKCDNLVILLGTNDLATHKQVPLEQFKRNMQLIASAVICQYYPPHVLLISPPAVDEKKQHVRSNKLVEKYAGVVKKVADEYHFRYTNLCQAMIDADDLSMISRGIKNDGLHFGDKGYEILGNLISSELKKM
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MSSLNHCIKFELDIKDENIVFKDYFYKSIKLQKHKIYEAELIQPACPFCGSLDLLHNGHLITNIHYPTANASLPVIIRLAKQRVKCRDCSRWSMAQSELASKYCSISNASKLKVLSALTEDRSMTSIARENNVSINTVQRVLGNCSHRFIDSYEYLPAHLAFDEFKGVDRQLHFICLDGDSHQVVQILRTRYKKNLLKYFGRFSPQARANVKTVTMDLNFYYQDIVRACFPNAQIVIDRFHMIQMLTRSFNSLRVQVMKTFDKRSRQYQLLKSPWKLYLKKFDELEKAHPRYNWHYKDCLTQAQAVTEGINTSTTLENSYNLMQSFIQAVETGNTHELKSLINCQDQIGTLMHKTLLTFKHNLTAVLNGAELPYSNGCLEGFNRKIKQIERTAFGYSNFTNLLTRIRLEEDLCKEKEPNSLLMTA
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MAIFGKDGTDMTIHDVLETVKEKEHEIKDNILANSGQSWSCTSSCKAPTVFD
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MKDFLRKLELPEFIKDSRLTASVVIILVLSLVGSIIAMIMSPLFGLAMVLIFILSVAFAIYGTYILAGKATNFAVNLSYRIKRSEQEAMIKMPLGILLYDSDHQIQWVNPYLQLYLKDTDLVGHTIEAVDPDLNKLLNEAIEAKTSENHIVNWDGHRFEMVVQDDLGVIYLLDITRYAKIEDKYEAERLAIGQVFIDNYDELSETMHDQELTSMSSYVQNTLSNYAKKFKAYLKRIDEDHFLLLVHMQDLAEMEKDKFSVLDKVRQETSRNNTPLTLSVGIAFGSDSLSEIANQAQSNLDLALGRGGDQVVLRQPGKDARFYGGKSNPMEKRTRVRARMVSQAISELFKDADRVFVVGHQRPDMDSVGSGIGVVKLARLHGVKANFVLDTNKTNYDVGRLVIRMQQKNQDKDIFISPEEALAEVTDKSMLVMVDHSKYSITYSQPLYDRLKNRIIVIDHHRRGEEFPENPMLTYVEPYASSACELVTEMIEYQQPAQGKRVLTDLEATAMLAGIVVDSKEFSLRTGTRTFDAASYLRSIGADSAVVSSLLKEDIDSFLERTHLVATLKMVKPHIAVLCGPDDKIIDPIITAQAADTALDLENVGASFAITRRTPDTIGISARSMGKINVQIIMEKLGGGGHLSNAATQIKGVTIEEARAKLLQAIDEYEKENE
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MIKENRNHIRKQPNPDKFYFPAILFCVALVVTSASFVSFFMFKKSITNLTIANILIVSIWLVTLVFQLKNRRFLSYLKSLSATREVHNILVIPKEVSSFNGKTKVNNVHTLYNHALWSTYVEYRGNKLIINLKIPQNLEAATLLEDKRSKLREAMSSMNTDYSFSPFERIGQYYVSVGTK
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MAAIDDLINQIPDVSLRERIKQEANRLQKNKKFGLVYEEHLPEYTELYDAPIIKGSKVALKGQNKSDIYIVTKIINKVATCKLIGERKIENYQLSDLTAIAEFGDPIYPYLQQIDNICNNSQSQLWHQLIEADNYHALQLLEYIYSGKIDCIYIDPPYNTGAKDWKYNNDYVDSNDEYRHSKWLSFMEKRLKLAKKLLNPKDSTLIITIDEKEYIHLGALLEQIFPEAKMQMITTVINPKGVSRIGEFSRVDEYIYVLMFGDSKPIQTSDSMLTLETDIKKTKSKSGTIWLPLKRSGSSSLRTDRPNLFYPIYVDKVSGKVKKVGSPVPENINSNDVEKIDGCDTILPIKQNGTEGRWQLQRSTVLTELKEGTVRVTKKKNGEYILQHLNAGAKKEIENGSLKVVNKDQNGALIIERVDNKLVTAKSVWNKASHDATTYGTNLLKKFLNDRSFPYPKSLYAVKDILNLFIGNKKDSIVLDFFAGSGTTLHAVNLLNKEDGGNRQCILVTNNEVSDSEASKLRRKGYQPGDNAWESKGIAQYVTWPRTVCSIIGKDIKGNTVKDEYLDGVSMSDGFATNVVYFKLGFLEKNSVALGMQLRKLLSILWMKAGAKGKCPIIRDINLKGFYIFKENKFAILVNEKNYAEFMTTVNEDDNISTVYIITDSEAGYQRL
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MNHVREYRKQKKISQMELAKRIGVARQTISLIENDKYNPSLELCLSLAHVLGTDLNSLFWDGDEQQ
>NZ_CP015498|10486:78851|59131_59905_+|WP_012211216.1|DBSCAN-SWA
MPYSISEIIVLFFTYSFIGWLWETCYCSINDHHYDYRGFLFGPYCPVYGFAIMTILICTKDVQDNLFLLFVVGFIVATVFEYFASLFLEKVFHMKLWDYSHLWGNIQGRVAPVISLFWGIGVVLLVKFVQPFIQDIINIEEKDTHGWLAVGITVVMGIDTVLTMISVERFHTTTKMWDDHINQFIERVRIKVESRMPEKGKLKVGDWHHSVMQHYNELQPYKLSWNHKRFLKSFPKLKVLDAPKFMEIKKDILKKEN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211358.1|10486_11665_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
13274:13291	attL	NA	NA	NA	NA
WP_101812846.1|16120_16807_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|17782_18961_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_041806158.1|19426_20284_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_020828862.1|21086_21245_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003631389.1|23056_25078_+	DHH family phosphoesterase	NA	NA	NA	NA
WP_003624877.1|25089_25545_+	50S ribosomal protein L9	NA	NA	NA	NA
WP_003624875.1|25575_26970_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	3.7e-120	50.6
WP_012211204.1|27206_28136_+	phosphate/phosphite/phosphonate ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211205.1|28252_29530_-|transposase	ISL3-like element ISLhe2 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.4e-12	21.7
WP_003624871.1|29696_30626_+	DegV family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812549.1|30744_31623_+	ROK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003631748.1|31774_31945_+	CsbD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191122.1|31995_32256_+	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211208.1|32316_33546_-	DUF2974 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211209.1|33629_34334_-	methyltransferase	G3MA03	Bacillus_virus	2.1e-18	43.6
WP_101812550.1|34819_36838_+	site-specific DNA-methyltransferase	Q1MVP0	Enterobacteria_phage	8.0e-31	30.2
WP_012211358.1|36959_38138_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101812551.1|38299_41077_+	DEAD/DEAH box helicase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812552.1|41345_42314_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812553.1|42439_42751_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812554.1|42747_43830_+	cell division protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812555.1|43826_44369_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812556.1|44538_45636_+	replication initiation protein	A0A1W5PX59	unidentified_circular_ssDNA_virus	7.5e-07	20.5
WP_023061685.1|45695_45890_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812557.1|45960_47160_+|integrase	site-specific integrase	Q9ZXG6	Leuconostoc_phage	8.4e-12	23.2
WP_101812558.1|47578_48865_-	phosphopyruvate hydratase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	1.7e-106	51.3
WP_014562792.1|49122_49476_-	DUF3278 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_072749171.1|49472_49673_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866708.1|49840_50479_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	F2Y302	Organic_Lake_phycodnavirus	7.6e-20	31.8
WP_014562795.1|50503_51262_+	iron export ABC transporter permease subunit FetB	NA	NA	NA	NA
WP_101812559.1|53973_54561_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003633344.1|54665_55967_+	restriction endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_012211215.1|57634_59035_+	LPXTG cell wall anchor domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211216.1|59131_59905_+	putative ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_003624806.1|59943_60504_-	cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211217.1|60504_61029_-	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_003628011.1|61030_61441_-	DUF4430 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211218.1|61461_63696_-	ribonucleoside-triphosphate reductase, adenosylcobalamin-dependent	A0A222ZQ84	Mycobacterium_phage	2.5e-89	33.2
WP_012211219.1|63950_64985_+	AI-2E family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211220.1|64981_65554_+	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211221.1|66973_67603_-	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211222.1|68005_69127_+	3-phosphoserine/phosphohydroxythreonine transaminase	M1Q1P2	Streptococcus_phage	2.0e-92	46.8
WP_012211223.1|69104_70271_+	phosphoglycerate dehydrogenase	M1NSB9	Streptococcus_phage	2.6e-98	46.9
WP_012211224.1|70438_70753_+	multidrug efflux SMR transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003624787.1|73320_74082_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	6.5e-18	28.6
WP_012211225.1|74078_74975_-	branched-chain amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_101812560.1|74971_75964_-	ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628105.1|76311_77019_+	noncanonical pyrimidine nucleotidase, YjjG family	NA	NA	NA	NA
WP_158648828.1|77275_77530_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812561.1|77660_78851_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	8.4e-129	59.7
91691:91708	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP015498|109110:141520|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012211246.1|119484_120201_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	3.0e-41	39.2
WP_101812847.1|120267_122124_+	cell wall metabolism sensor histidine kinase WalK	W8CYF6	Bacillus_phage	5.1e-32	32.0
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WP_012211250.1|124305_125103_+	MBL fold metallo-hydrolase	A0A2I7SDH3	Paenibacillus_phage	1.2e-30	34.1
WP_012211251.1|125189_126431_+	PDZ domain-containing protein	A0A1B1IT49	uncultured_Mediterranean_phage	1.1e-17	29.4
WP_003628556.1|126895_127375_+	23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH	NA	NA	NA	NA
WP_079227915.1|127485_127755_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211252.1|127883_128768_-	proline-specific peptidase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211254.1|129433_130783_-	ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	3.3e-12	28.1
WP_012211255.1|130940_131882_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812567.1|132970_133459_-|transposase	transposase	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	4.9e-11	33.8
WP_012211256.1|133550_134447_-|protease	zinc metalloprotease HtpX	NA	NA	NA	NA
WP_003625378.1|134461_135022_-	LemA family protein	A0A1X9IGG1	Lactococcus_phage	1.2e-13	33.7
WP_012211257.1|135088_136195_-	cation transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003625382.1|136383_136788_+	iron-sulfur cluster biosynthesis family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|137663_138842_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003548644.1|139969_140110_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812568.1|140242_141520_-|transposase	ISL3-like element ISLhe2 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	8.1e-13	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP015498|199342:315445|DBSCAN-SWA
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MKQGIHPDFQKVVFMDSATGAKFLAGSTLKPEETVDYEGETYPLVRVEVSSDSHPFYTGKQKFAQADGRIEKFNKKYGLKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_101812581.1|203230_204502_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.4e-65	39.1
WP_056941122.1|204534_204945_-|transposase	IS200/IS605 family transposase	A0A0P0IQC6	Lactobacillus_phage	1.1e-19	36.4
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WP_012211305.1|206463_207555_+	amidase	A0A2H4JAS1	uncultured_Caudovirales_phage	1.3e-19	26.9
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WP_012211306.1|209611_210346_+	DUF4065 domain-containing protein	Q9AZG0	Lactococcus_phage	6.5e-31	31.6
WP_003630533.1|210691_211657_-	Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_101812583.1|211666_212458_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_079227881.1|212545_213811_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
WP_012211308.1|214903_215596_+	2,3-diphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_101812584.1|215818_216430_+	pyroglutamyl-peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_012212050.1|216555_217962_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003625545.1|218091_218652_+	aldose 1-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_101812585.1|218753_219863_+	LytR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003630675.1|219862_220480_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812586.1|220515_223506_+	LTA synthase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630678.1|223591_224986_+	fibronectin type III domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812587.1|225239_226502_+|tRNA	tyrosine--tRNA ligase	K4F5T3	Cronobacter_phage	6.7e-84	41.9
WP_003630682.1|226923_227280_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211317.1|227584_228898_+	C1 family peptidase	R4TV59	Phaeocystis_globosa_virus	2.6e-62	33.0
WP_012211318.1|228897_229551_+	HD domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630770.1|229719_231342_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630771.1|231416_233048_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003625557.1|233204_234347_+	guanosine monophosphate reductase	A0A1V0SHK8	Klosneuvirus	1.2e-63	34.1
WP_003625558.1|234521_235451_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_003625559.1|235459_236491_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_012211321.1|236506_237565_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	3.7e-19	32.0
WP_003625561.1|237585_238530_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	4.6e-21	33.3
WP_003625562.1|238611_239928_-	aminopeptidase E	R4TV59	Phaeocystis_globosa_virus	1.0e-63	36.1
WP_003625563.1|240068_240515_-	Hsp20/alpha crystallin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_143441508.1|241322_241673_+	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_003627958.1|241712_241943_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003627959.1|241917_243255_+|transposase	IS66 family transposase	S5VTD3	Leptospira_phage	7.4e-49	34.4
WP_020829427.1|243558_244221_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_003630784.1|244381_244981_-	DUF159 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_041806186.1|245136_246543_+|transposase	ISLre2-like element ISLhe10 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003625567.1|246712_247735_+|tRNA	tryptophan--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_003625568.1|247759_248239_+	hypothetical protein	A7KUY9	Bacillus_phage	5.2e-37	59.0
WP_035509874.1|248219_248837_+	TPM domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812588.1|249135_251799_+	magnesium-translocating P-type ATPase	M1HXH2	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	9.9e-37	24.4
WP_101812589.1|251891_253868_+|tRNA	methionine--tRNA ligase	A0A1V0SHR2	Klosneuvirus	5.2e-99	39.2
WP_003625572.1|253867_254635_+	TatD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003625573.1|254621_255188_+	ribonuclease M5	NA	NA	NA	NA
WP_020829424.1|255177_256053_+	16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))- dimethyltransferase RsmA	NA	NA	NA	NA
WP_003625575.1|256133_256391_+	Veg protein	NA	NA	NA	NA
WP_003625576.1|256491_257322_+	pur operon repressor	NA	NA	NA	NA
WP_012211335.1|257368_258754_+	bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU	A0A0G2Y8M0	Acanthamoeba_polyphaga_mimivirus	1.0e-29	34.0
WP_023191386.1|259542_259974_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041806237.1|260068_261025_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	5.9e-93	49.2
WP_020829421.1|261342_262359_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630871.1|262494_263889_+	cell division protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003625729.1|299512_300880_+	UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase	NA	NA	NA	NA
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WP_023190461.1|311525_311888_+	S1 RNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211368.1|313279_315445_+|protease	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH	E5EQU5	Bathycoccus_sp._RCC1105_virus	3.0e-108	47.8

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP015498|417206:466970|DBSCAN-SWA
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MSSFNKSIKFDLDIKEKNIVFKDYFYKMVQMKKHKIYEAELIQPACPYCGSLAFLHNGHLITNIRYLTANASHPATIRLAKQRVKCRDCSRWSMAQSELASKYCSISNASKLKILSALTEDRSMTSIARENNVSINTVQRVLGNCSHRFIDSYEYLPAHLAFDEFKGVDRQLHFICLDGDSHQVVQILRTRYKKNLLKYFGRFSPQARANVKTVTMDLNFYYQDIVRACFPNAQIVIDRFHMIQMLTRSFNSLRVQVMKTFDKRSRQYQLLKSPWKLYLKKFDELEKAHPRYNWHYKDCLTQAQVVMEGINTSTTLENSYNLMQSFIQAVETGNTHELKSLINCQDQIGTLMHKTLLTFKYNLKAVLNGAALPYSNGCLEGFNRKIKQIERTAFGYSNFINLLTRIRLEENQYKENILT
>NZ_CP015498|417206:466970|430464_430749_+|WP_003627770.1|DBSCAN-SWA
MLQPIGDRVIVKVKDEEEKTVGGIVLASNAKKKPTEGEVVAVGEGAYASNGEKIPMSVKKGDVVLYDRYSGTNVEYEGEKYLVLHEKDILAIAK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211427.1|417206_417941_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
WP_012211428.1|417924_418497_+	ribosomal protein S18-alanine N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_023061461.1|418547_419597_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD	A0A0R6PI74	Moraxella_phage	1.1e-50	35.2
WP_012211709.1|419665_420943_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.8e-12	21.7
WP_012211431.1|421120_423034_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	6.0e-60	31.4
WP_003625963.1|423207_423855_+	redox-sensing transcriptional repressor Rex	NA	NA	NA	NA
WP_012211433.1|423994_424453_+	LytTR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211434.1|424449_425196_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812609.1|426610_427141_+	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_101812565.1|427370_428777_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211436.1|428891_429185_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023061469.1|429328_429421_-|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
WP_012211437.1|429718_430249_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627770.1|430464_430749_+	co-chaperone GroES	A0A221S304	uncultured_virus	1.2e-12	40.7
WP_012211438.1|430802_432425_+	chaperonin GroEL	A0A240F766	uncultured_virus	4.4e-157	54.0
WP_012211439.1|432605_435182_+	DNA mismatch repair protein MutS	F2QAF7	Pyramimonas_orientalis_virus	4.6e-39	25.2
WP_012211440.1|435181_437092_+	DNA mismatch repair endonuclease MutL	A0A1B2LRQ5	Wolbachia_phage	5.8e-55	29.7
WP_012211441.1|437092_437683_+	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_003627765.1|437731_438748_+	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	B3GAM6	uncultured_virus	7.4e-09	32.5
WP_101812610.1|438797_439232_+	preprotein translocase subunit YajC	NA	NA	NA	NA
WP_012211444.1|439367_440819_+	glucose-6-phosphate dehydrogenase	M4SIY3	Cyanophage	3.3e-63	32.4
WP_023190286.1|440811_441933_+	DNA polymerase IV	A0A1P8CWP4	Bacillus_phage	3.1e-16	24.5
WP_012211446.1|441992_442949_+	bifunctional oligoribonuclease/PAP phosphatase NrnA	NA	NA	NA	NA
WP_012211447.1|442941_444303_+	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	4.4e-49	32.2
WP_012211358.1|445110_446289_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211450.1|447015_449655_+|tRNA	alanine--tRNA ligase	A0A1V0SK38	Klosneuvirus	6.1e-63	33.0
WP_003627753.1|449715_449973_+	IreB family regulatory phosphoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_012211451.1|449972_450401_+	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_012211452.1|450402_450714_+	DUF1292 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211453.1|450777_453135_+	endonuclease MutS2	Q94M10	Lactobacillus_phage	9.7e-20	48.7
WP_012211455.1|453235_453547_+	thioredoxin	A0A1J0GW78	Streptomyces_phage	3.8e-17	42.7
WP_012211456.1|453586_453964_-	large-conductance mechanosensitive channel protein MscL	NA	NA	NA	NA
WP_012211457.1|454034_454892_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101812850.1|454960_456226_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	4.0e-52	43.0
WP_012211458.1|456507_456921_-	YslB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627745.1|456997_457801_+	glutamate racemase	NA	NA	NA	NA
WP_003631882.1|457800_458421_+	XTP/dITP diphosphatase	A0A2P1DNP2	Cassava_brown_streak_virus	8.8e-13	34.0
WP_012211459.1|458699_459929_-|transposase	IS110-like element ISLhe4 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.2e-64	37.9
WP_012211460.1|460166_461426_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	2.9e-10	21.1
WP_012211461.1|461593_462445_-	mechanosensitive ion channel family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211462.1|462578_463004_+	DUF948 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211463.1|463021_463393_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211464.1|463458_464565_-	aminopeptidase P family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211465.1|464711_465713_+	substrate-binding domain-containing protein	C6ZCU4	Enterobacteria_phage	1.1e-20	26.3
WP_012211358.1|465791_466970_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP015498|521251:567714|DBSCAN-SWA
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MYDVIFYENRKGKREVEDYLYLISESNQITDKQVSKKFVIKLLGIGIKMPQAKYLKGLKVPLWGLRPLAERVF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012212176.1|525177_525696_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003629878.1|525698_525968_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003629876.1|526115_526388_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212175.1|526377_526989_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_080516437.1|529931_530477_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_041810731.1|577500_578133_-	hypothetical protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	4.1e-18	62.2
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WP_101812620.1|591941_595418_+	restriction endonuclease	A0A1B1IUC6	uncultured_Mediterranean_phage	4.6e-26	23.3
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WP_101812622.1|620351_621677_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	8.1e-56	36.0
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WP_080543081.1|626386_626920_+	translation initiation factor IF-3	A0A2L0UZ54	Agrobacterium_phage	5.2e-14	37.8
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WP_003627118.1|627185_627542_+	50S ribosomal protein L20	NA	NA	NA	NA
WP_003627115.1|627687_628212_+	YqeG family HAD IIIA-type phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_003627114.1|628204_629314_+	ribosome biogenesis GTPase YqeH	NA	NA	NA	NA
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WP_003627105.1|632799_633516_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	1.8e-25	30.1
WP_072748850.1|633502_635062_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
635070:635114	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_014563242.1|636622_637000_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	H0USV4	Bacillus_phage	2.9e-11	42.2
WP_101812851.1|637148_638459_-|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	8.6e-10	23.5
637105:637149	attR	NA	NA	NA	NA
WP_101812624.1|638541_639720_+|transposase	IS256-like element IS1201 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_072748852.1|639981_640470_-|tRNA	aminoacyl-tRNA deacylase	NA	NA	NA	NA
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WP_012212112.1|642781_643132_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012212111.1|643416_644466_+|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit alpha	A0A2K9L3A8	Tupanvirus	5.3e-34	37.3
WP_101812625.1|644469_646884_+|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_012212109.1|646960_647437_+	transcription elongation factor GreA	NA	NA	NA	NA
WP_012212108.1|647499_648414_+	L-lactate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_035513757.1|648601_648943_+	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_003627088.1|648911_649208_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_012212106.1|651776_654368_-	YfhO family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190296.1|654458_656567_+	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_003548272.1|656643_656793_+	50S ribosomal protein L33	NA	NA	NA	NA
WP_003627079.1|656841_657402_+	5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212104.1|657422_658103_+|protease	rhomboid family intramembrane serine protease	NA	NA	NA	NA
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WP_003627023.1|692982_694032_+	phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	A0A0E3F0L1	Synechococcus_phage	9.2e-63	43.9
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WP_012212079.1|704773_706318_-	ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	5.2e-14	26.9
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WP_101812628.1|708306_709896_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.5e-11	29.7
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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP015498|737865:773917|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP015498|737865:773917|760419_761280_+|WP_003627897.1|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_003627889.1|754699_755209_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014918530.1|755557_757303_+	oligopeptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003627894.1|758342_759002_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_014563318.1|758982_759657_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
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WP_003627897.1|760419_761280_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_035509557.1|761326_761623_-	metal-sulfur cluster assembly factor	NA	NA	NA	NA
WP_158648829.1|762520_765802_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627960.1|767347_767956_+|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	1.5e-33	43.2
WP_101812622.1|767985_769311_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	8.1e-56	36.0
WP_023192018.1|769682_770915_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_101812635.1|771190_772420_-|transposase	IS110-like element ISLhe4 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.2e-64	38.1
WP_101812636.1|772657_773917_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	2.4e-09	21.1

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP015498|857809:921517|DBSCAN-SWA
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MKHRIGRVEGEILRELTKILQKNIRDPRLSEVTITAVECMNDLSYATVYYSLLTEDANKEKEVQEGLEKAKGMMRHLLGQTLTVYKVPELIFKRDNSVKYGSKIDRLIAEVKKQDAERASK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_080516431.1|857809_858766_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	8.2e-26	32.0
WP_003627552.1|858880_859222_+	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003627550.1|859226_860657_+	signal recognition particle protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003627547.1|861594_862314_+|tRNA	tRNA (guanosine(37)-N1)-methyltransferase TrmD	NA	NA	NA	NA
WP_003629071.1|862426_862774_+	50S ribosomal protein L19	NA	NA	NA	NA
WP_012212015.1|863162_863822_+	uracil-DNA glycosylase	A0A218MKQ4	uncultured_virus	2.8e-09	30.9
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WP_012212013.1|864628_865255_-	transcriptional repressor LexA	A0A1B2APZ1	Phage_Wrath	8.9e-13	53.6
WP_003627541.1|865405_865669_+	DUF896 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212011.1|865731_865950_+	YneF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212010.1|866110_867388_-|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	4.5e-11	23.7
WP_023190303.1|867662_869606_+	M13 family metallopeptidase	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	3.6e-60	28.2
WP_012212008.1|869663_870845_-	class I SAM-dependent methyltransferase	A0A2K9L4K8	Tupanvirus	4.7e-47	36.1
WP_003627532.1|870904_871519_-	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_023190304.1|871584_872616_+	GIY-YIG nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190305.1|872777_873551_+	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
WP_023190306.1|873584_874610_+	elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_014563421.1|874748_875474_+	UMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_023190307.1|875473_876031_+	ribosome recycling factor	NA	NA	NA	NA
WP_023190308.1|876033_876768_+	isoprenyl transferase	R9W0U9	Flavobacterium_phage	5.0e-23	39.7
WP_003629019.1|876769_877585_+	phosphatidate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212006.1|877595_878852_+|protease	RIP metalloprotease RseP	NA	NA	NA	NA
WP_012212005.1|878894_880592_+|tRNA	proline--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212004.1|880597_884914_+	PolC-type DNA polymerase III	A0A0A7RWA3	Clostridium_phage	1.2e-18	34.1
WP_012212003.1|885023_885500_+	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_012212002.1|885519_886701_+	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_012212001.1|886709_887006_+	YlxR family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627514.1|887008_887320_+	50S ribosomal protein L7ae	NA	NA	NA	NA
WP_012212000.1|887324_889937_+	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	9.7e-21	24.5
WP_012211999.1|889956_890322_+	ribosome-binding factor A	NA	NA	NA	NA
WP_012211998.1|890373_891267_+|tRNA	tRNA pseudouridine(55) synthase TruB	NA	NA	NA	NA
WP_023190312.1|891287_892235_+	riboflavin biosynthesis protein RibF	A0A1V0SD03	Indivirus	6.0e-05	30.1
WP_101812657.1|892404_893454_+	heat-inducible transcriptional repressor HrcA	NA	NA	NA	NA
WP_023190314.1|893469_894069_+	nucleotide exchange factor GrpE	NA	NA	NA	NA
WP_012211996.1|894086_895913_+	molecular chaperone DnaK	A0A0N9QXN8	Chrysochromulina_ericina_virus	1.8e-143	49.5
WP_012211995.1|895994_897149_+	molecular chaperone DnaJ	A0A167RAM8	Powai_lake_megavirus	1.4e-19	29.0
WP_158298622.1|898022_898199_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211994.1|898592_900431_+	elongation factor 4	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	4.0e-21	24.1
WP_003627502.1|900433_901123_+	class A sortase	NA	NA	NA	NA
WP_012211993.1|901243_903517_+	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	3.7e-77	35.9
WP_003628968.1|903621_904149_+	adenine phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211992.1|904292_905222_-	cysteine synthase A	A0A1X9I5K7	Streptococcus_phage	2.2e-100	59.5
WP_012211991.1|905237_906032_-	homoserine O-succinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211989.1|907785_908286_+	putative lactocepin s-layer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211988.1|908353_910627_-	HAD-IC family P-type ATPase	A7IUR5	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.6e-43	25.3
WP_012211987.1|910755_911610_+	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_158648813.1|912684_913875_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.3e-124	58.2
WP_014918653.1|916334_916871_+	citrate lyase holo-[acyl-carrier protein] synthase	NA	NA	NA	NA
WP_101812659.1|917120_918299_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211984.1|918370_919537_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003627474.1|919716_920322_+	LysR family transcriptional regulator substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628928.1|920488_921517_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	4.1e-47	34.6

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP015498|982445:1045481|DBSCAN-SWA
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MESTKYLSLIKTELDNMPDFVKQYNLGTNHSLTTTYQYLTEIRRFFDWLRQEGISSAQDNQHILPDTLANLRRNDIMLYIDNLGHTKNKQGHLNSPTTINRSINALRSLFKFLTITADNNNGKSYFERNVMLKIESLNDTKTLNYRAHVLESHMYTGNLKFEFLKFIAHDYENKCNKQAKPGFKKNKERDMAIIALILGTGIRVSECAGVDMQDLNIKDAILDVTRKGGQKDSVPIAEWTLDYIKKYKKIRAERYMADPKQTAFFLTRWHNQTKRMTTNAIEKMVNKYSASFGHPLTPHKLRHTLASELYAVTKDQVLVAQQLGQKGTTATDLYTHVDQKKQRAALNIISNEQQNANESK
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MNWSIIQQALPLFAHAFGLTIWLSLIGIIGSIIVGIIASLTQFFKIPVISQIMTAYVELARNTPLLIQLFFLYYAFPVIGIKMSAEVCGIIGLIFLGGAYMAEGFTGGFNGISTSQINSGKALGMSRFQLARYVVFPQGFALSLPALTANIIFLIKETSIFSVIAIPELTNTALDLIGMYYRSNEYLLMLVIAYAIILIPVILLLEFLRN
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MYQTPPSSWEINRRRDQFYQPYHQQLQKLLSIKKDTFRNLFSIF
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MYTIRVQNMQFHGHIGVLPEEKKVGQTLQVDLEAVINAVPVADQLASTVSYGDFYPIVEKIIDENHVNLVETLAQKILTAIKQLDSRIQTVTVRIRKLNLPVDGVFNNVEIEMKQS
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MKAILTISGEDKIGIIAQISKILAEEEIDILNISQNLMDNNFPTTIMIKITDGKDLKKIDKRFDNLGNQWAPKSTMIVN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_101812565.1|982445_983852_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003627403.1|983993_984410_+	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211936.1|984485_985367_+	DegV family protein	A0A0N9SI50	Staphylococcus_phage	4.4e-10	35.9
WP_023190414.1|985569_986652_-	tyrosine recombinase XerS	NA	NA	NA	NA
WP_012211934.1|987166_987622_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211933.1|987628_988120_+	adenylate kinase	A0A097BYE2	Leuconostoc_phage	5.0e-19	36.1
WP_099046778.1|988165_988783_-	DUF5052 family protein	A0A2K9VCV0	Lactobacillus_phage	1.9e-39	44.2
WP_012211358.1|989102_990281_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_023190406.1|992453_992807_+	XRE family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211926.1|992837_993422_-	peptidylprolyl isomerase	A0A1V0S9I2	Catovirus	8.2e-29	44.6
993006:993022	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012211925.1|993506_994442_-	manganese-dependent inorganic pyrophosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_023190405.1|994496_995459_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003626277.1|995609_998066_-	DNA topoisomerase IV subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	3.0e-96	31.3
WP_023190404.1|998082_1000029_-	DNA topoisomerase IV subunit B	G3M9Z3	Bacillus_virus	2.7e-116	41.0
WP_003626280.1|1000125_1000752_+	glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase PlsY	NA	NA	NA	NA
WP_003626288.1|1002402_1002870_-	DNA starvation/stationary phase protection protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190402.1|1002958_1003477_-	acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_023190401.1|1003690_1004551_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190398.1|1005287_1005878_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190395.1|1006547_1006787_-	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211920.1|1006942_1007701_-	NADPH-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_049751273.1|1009190_1009658_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_023190390.1|1009721_1011062_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_023190388.1|1011359_1011638_+	Na+/H+ antiporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211917.1|1011894_1012515_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	E2ELN7	Clostridium_phage	7.4e-20	36.4
WP_012211916.1|1012630_1013269_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626323.1|1013580_1014081_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	1.6e-33	45.4
WP_023190387.1|1014192_1015224_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0C5AC89	Paenibacillus_phage	1.8e-34	39.2
WP_003613446.1|1016043_1016904_-	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628728.1|1016915_1017656_-	amino acid ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	4.1e-33	35.2
WP_003626333.1|1017665_1018340_-	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_101812665.1|1019207_1019840_-	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_012211914.1|1020214_1020583_+	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_158298621.1|1020780_1020915_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211913.1|1021171_1021708_-	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211912.1|1021719_1022811_-	dihydropteroate synthase	A0A0B5J4J5	Pandoravirus	1.4e-05	23.1
WP_023190383.1|1022800_1024138_-	tetrahydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012211910.1|1024121_1025195_-	GTP cyclohydrolase I FolE	A0A0P0HSD2	Acinetobacter_phage	4.7e-38	42.3
WP_003614991.1|1025191_1025542_-	dihydroneopterin aldolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211909.1|1026843_1027497_+	endonuclease III	NA	NA	NA	NA
WP_012211908.1|1027668_1029381_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	3.0e-87	36.7
WP_003628700.1|1029366_1029642_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211907.1|1029819_1030257_+	LytTR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_035513345.1|1030258_1030672_+	DUF3021 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211905.1|1030707_1031205_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_035513343.1|1032758_1032971_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211903.1|1033006_1035745_-	phosphoenolpyruvate carboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_101812666.1|1036727_1037639_-	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_023190346.1|1037938_1039342_+	dipeptidase PepV	NA	NA	NA	NA
WP_101812667.1|1040697_1042077_-	branched-chain amino acid transport system II carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190890.1|1042459_1042795_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211898.1|1043823_1044063_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158648814.1|1044251_1045481_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.2e-125	58.7
1059404:1059420	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP015498|1072863:1131831|DBSCAN-SWA
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MFNVKERRILKKHIKNLKSASLYKTYRKIHNELETDPLIRTHHFELLAKRGVKPPVYSKRISQDNRIVYSVDLKSKEVIIFSAWWHYSSGNQSLIHNKI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_003628521.1|1121928_1122207_-	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
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WP_023191272.1|1130035_1130473_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP015498|1146477:1187006|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP015498|1224053:1285424|DBSCAN-SWA
GCTAGTTAAATCCTTCTAGACAATAAGCCAAATTATAAGCTAAAATTGCAATTTCTAACCGGCTTTGAAAGCCTATCAGACTACATGCTCGATTGTTCTCGGCATTGTAATAGGTCAGAAGCGAAAAGTCGCTTTCAATTGTTCTGCGAATAGCCATCAATTGATGATCATTGTGCTTTTTAGCTCCTGTCATATTTTTACGATATGGTGTCCAAAGTTCATAACCCATTTGTTTTAGCTGTTGATGCAGTTCTTTGCCTAAATAGCCTTCGTCGCCAAGAAGATAGTAATTAGATGGATGGGTATTTTCCATCAATTCAACTGTCTCCCTGGCATCATGAACTGATGCTTTTGTTACGACATAATCAAGAATGTAACCGTCATCGCTAACAATGGCATGAACTTTGAAACCATAAAAGTAAATTTTCTTGGTGGCCTTATAACCAATGTTGGCATAACCGCCAAAAATTTTAGCACGATAGTTGCGAATTGGTTGGCAAACAGGTGCCGGAAAGCTGTCAATGATCAAGAACTTTCCATTCAGGTCAACCTTTTTATTCATTTCTTGCCGTATCTGATAAATCAATTGCAATAGCTGACGTGAACGTCGATTAAAATGTGAGTGTGATAAACAATTGAAACATTCACAGAATCTTCTTTGTGATTCAATTCCTGTCTTAGCTTGCCAGATAAGTAAAGCCAAAATCAGACTGTCCGTAGTTTTAATTTGATCAATATTTCGCCGATGAGTAAACTCAGCCGGTGCATACAAACGATACCAGTGCCGACAAATTATCACTAAATCTTTAAAACTAACTTATAAATGGTGGCTAAAACGCTTAAGCTTAAGGCAGTTCAATCAGATCAGACTCTTTTCTTTTTGATACTACAACTTGAGTCTAGTCCGATTGGACTTTTTTATTAACTAAAACGATTTAACTAGCACCACGCGTGTCAGAATATACTTCTTCTTTTCTTTGGACTAACTCCTTAGTTGATTCTTCTTTGGTAGCAAACAATAGTTCCAGATCAATCTCTTCGCTAATACACCAACCATCTGTAATAATTGCATTAACTGATGGTGCAATTTGCTGAAGATTTGTATTTTTAAGATTAATATCAATTATCTCATCAAGTAAATTCTTAACGACAACCTGACTGTTTTTAGTTTTATTTATGGTGTTTCTTACCGTTGAATTTAAGTTCTTTAAATATTTAGACCAATAAATTTCGGATTGTTGAATGGCACCACGTGCGACAGTATTCATTTTGAATTTTGGAAATTTGGGGTATTTCATACCCAGAGATGCTTTAGGGGGCTAGTCCTTCTTTCCCAAATTTTTTTAATGCCAGACCGACTGTACCTATTTTTCTTCTATTTCCATATCTTTCGATATTTCTAGCTAACGTATTATTTGCTAACGTACCTTTGATAATATATCTGCTCATCTCTAAATTTTGTCTGGGAATCTTCCCTATTGCATTACTTACTGACTTACTTGTACTAAATATCCGTTTATGAAACCAATTACTATTTAATGCACCTTTAGATATATTTGCACTAGCATATGCAAGATATGAATTACTAATCTTTTCCAATCCTGCAAATGTGATCTCATATCTTCCTCTTTTTACTTGCTTAACCCAGCCATATTTTTTTAGTATAGTCATGGCTTGATACACATGATTAGAAAAAATTAAATAATGTGTTGCTGTATCACTTCGTAAATGTCTTATTTCTTGAGATAAATTTATTTTATTTGCTAATTGCTCAATCACTTCACTCGTTTTCCATAGTTTATTATTTCTCATGATCAGTAATATAGGCCGCACTAACGATTTTGCTATTGGAATTCCATTTTTATCATAAGCTAGTTCCCTATAATTTATCATTTCTTTCACCTATCTTTTCTCCCAGTACATTCATCAGAACATATTTAAAAGTGTCTGGGAAATAACCAACCCTTAGATACTGAAAAACGATCAATTCAACTCTTAATTTGAGTTTGATTGGTCGTTTTTTCTCTCTATTTTTATTTTTGAACAAAGAAAATTGGTCTTTTGACCATCTTCTGTTCCAATATTTGCTTAAATTCATCATCATGAAGGCTATGCCAACATCAGTTTCAACCTTCTTTTTGCCTCTTAAATGAGTTCGACGCATGCCAAAAACGTTCTTCAAATGTCCAAAAATTGGCTCCACATCATACTTTCTCATGCTGTAGATGTGCCTGCCTTCAGGACTCTGAAGAACTTCTTTGGCTTTTTCCTTTAAATACTGCCAGTTAGGATTATAGCGTACTTGGCGTTGACGACCACTTTTGGTTTTGGCTAGGCGTTCTAATTCTGGCGTTAGTTGGAATTCATCTGCTTCATAGACCTTAAAATCACGAACCTGACCAGTCGAGTGGTCTTTACGCTGACTATAATACTTAAAGTTGAACCTGACGCCATTTTGATCAAGATAGTAATCATCTTTTTCATCATAGAACCAGTTAGCCAGCTTAGTCGGATCGTTGCGATATTTTCTGGTCTTTTCCTTTTCATACATAGTGTAGGGAATATAGTACTTCTTGTCTGGATATTCTTTCTCCAGCATAGAATAGTTGTACTCGCTGCCATAACCAGCATCGGCGACAATCTTATCGAACTTATCTAATATTGGCATCTGCTTTAAAAATGGTTCTAATGTCTTAAAGTCAGTTGGGTTAGGGTACAAGGCAAAGCCGACTACATATTGATCCGTTGTAGCGGCTTGAATATTGTAGCCTGGCTTCAGCTGACCATTCTTCATATGGTCTTCCTTCATATGCATAAAAGTCGCATCATGATCAGTCTTGGAATAGCTGTTGCGTCCAGCAAAGATTTCTTCTGCTTCTTCATATTTCTTCATGCGAGGAACATAGTCTTTTTTTAGCCTATGAAGCAGCTTTTTAAGACCACGTCTTCTTGCTTTTCTAAGCGAGCCGCCAGGAATTGCCTTAGGTTCTTGCTCAATTTCTTTAGTCAGCTTTTCAATCTCATCTTCTGTTTCTTGCGCTAGTTCTTCTAAGCCTTGACTGGTTTGTACCTTTTCTTGAGCCATTGCTTTGACTACTTCTTTGGCAATCAGTTCATCATAAAGTTCAACTGCTTGGCCTTTGAGCTTTTCATGGAACTTTTCAGCTGCCTTGCGCCAAACAAAAGTATAGCGATTAGCGTCAGCTTCAATCTTGGTACCATCAATAAAGATGGCGCCCTCATTGATTAGACCTTCTGCTTCTAACAAATTGGTAAAGTAGAGGAAGCTTTTCTTAACCAGTTCATTGGCGTGATCACTAGACCTAAAGTTATTGATGGTATGATATGAAATCTTTTGGTGCTCTGCCAATACCATCATAGGCAGGTTTTCTTCCAGCATTAATTCAATCTTTCTGCCTGAAAATACTCTTCTGGAATATGCAAAAAGCAAAATCTTAAGCATCATGGCTGGATGATAAGCAGGCCGTCCAGTTTTAGCGGTATCACCCAGCAAAACATCTTCCGGAATAGAATCAACGAAGCAGCTGATTGTGTTGGCTAAATGATTGTTAGGGATAGTAAAGTCCAGATTAAGTGTTAAAGCAGTTTGGCCTGTGGTATAATTTTGATACATTGAGATTGCCTTCTTTCATTTTTGTTTTGTGGTGATTCAATAATATCAAGGAAGGCACTTAAAGTATAGAAAAAGAACGATGAAATCCGATAGGAAATCATCGTTCTTTTTTCATGTCCGAGAATTAGTTATTTCCCAGACACTTATTTTATTACTTCAAGATTTCCGCTATCGATTAAAAGCTTTTTTCATTTTGACAAAACTAACCAAACTAGTTACCTAATAAGCTTTTAAAGCCGGTTAAAAATGATGACACTAACCTGTAATCCATTTACTAATTAAAAAATTAATATCTATCACATGGCCAAACTCCTAGACTTATAAGCATAAAACATTACCCAGTTTCCTGCGCCACCGCCGAATCTTAAAGCTTTTACCTTTTTACCATAGCGATACTTATTAACCGGTACACAATAAACACCATCGCCTGCTCCAGCTAGCCAACCATTTGTATTAAATGATGTAATACCGTGAAATTTAAAAGTATATGCCTGCCATTGAGTATTATCTAAATGATTAGTTGCTTTAATACTCTTCTTGGTAGAAAGATGCATTAACTTATTCCACCATCTATCGTATTCCTTCTCAGGTAAGACCTTATATAACTTTCGGCCATCTGAAGTATGAGCGGTTATTCTCCACTTCTTAATTTTATGTCCTTCCTTGTAATACCATGTTCCTCTAGTTGCTTTAGGAGTTGTAAATACTTCTTTGGCTCCCCATGCAGCTGCTTCAGTTTTTTTAGAATTTGCCGTTCCAAAAGTCAAAATCAGTAACCCTAACATTAATCCCATTAAAAATTTCTTCTTCATTCTTGTTTCTCCCTAATTTTTTAATTGCTTATTTAGTTAAATGCTTATAAATATCTTCCCACTTCACGGGAATGTATTTCTTAGTCTTAGGCTCTTCTGGTTCAGTATCAAAATCAGCAAATAAATCTAGTTGTTCACTATGCTCTTGGACAGTACCAGTAGGGCCACTATCTTCTACAATACTATCAAAGGTATATTCTGTCCGCTGAACTTTGGTCTTACCAATTGGCTTCCATTCACTAAAAATAATTGAATTACCAGTTGCAGTTTTATGAGTCAACGCATTCCCTTGAGCCATATTAGCGGAGATAGTAACTTGCGCGCTTTTCAATACTTTTTGGTTCTGCTCTTCTGGTTTGAATATCTTGAAGTATACATCCCTAAAAGTATTGTTCATATTCATAACAAGCATTTCTACATTATCTTCCATTAATTCTATACCTTATAAGGTTGATAAAACTTGCAGGAACTTATTTTGTAGATCTTGATTGTCGCTGGCTTGTGTTTTAGCATAAGCTAATTTGCGTCTAAGTATTTCAACTAAAAAAGCTCCC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MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
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MKFAKTLTLNNGVEIPQIQLGTWLINNDDVRKVVCQAIGVGYRSFDTAKDYGNEKGVGKGIWNSDIERSDIFLTTKLPTAVKDYEGTKEAIDDALDRFSLEYIDLLLIHSPQPWIEVNRTDDRHFEGNLENWRAMEEAVKAGKVRAIGVSNFLQEDVANIVDNGTIKPAVNQIEVHIDKVPMDLMNYCKSLGIQIEAYSPLAHGRLLKDPKINEYANKYNVSPAQLMLAFDLQLGCIVLPKSDNIAEMKEKLHIDFRINDEDMEKLIKLKERDQNVAV
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MKYPKFPKFKMNTVARGAIQQSEIYWSKYLKNLNSTVRNTINKTKNSQVVVKNLLDEIIDINLKNTNLQQIAPSVNAIITDGWCISEEIDLELLFATKEESTKELVQRKEEVYSDTRGAS
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MSKYIEMTHDQVIDTCKKYMNDDQVAFVEKAYEFANKAHAGQKRASGQPYIIHPTQVAGTLATLGLDPDTIVAGFLHDTVEDTPVTNDELKEKFGEDVAFIVDGVTKLNKYEYKSHQEFLAENHRKMLIAMAKDLRVIMVKLADRLHNMHTLQHLRPDKQRWIASETMDIYAPLADRLGIGTIKWELEDMSFHYLNPEAYYRIVNLMDVKRSQREKYIADTIKTLKKTLDELGIKYEIYGRPKHIYSIYKKMVNKHKDFDEIYDLLAVRVIVKNVRDCYAVLGAVHTEWKPMPGRFKDYIAMPKVNGYQSLHTTIIGPGGRPLEIQIRTEQMHEVAEYGVAAHWAYKRGNFTGVQESSSGEKLDMVREILELKDETKDAGEFMKSVKSDIFSDRVYVFTPKGEVYELPKGSVTLDFAYAIHTQVGNHAVGAKVNNKLVPLDYKLRNGDVIEIMTQASAAPSRDWADMVKTSRARNKIRRYFRSQDREESIERGEQMIANMIREEALAPKDFMDKDHIEKILDHFNYHTAEELYAAVGFGDLSAQAVVNRLTVDLRREDEKQKQKELEERILNSGQQSIQDEQPKKNSNSTMKVKHKNGVMIQGVSDLMLHLAKCCNPVPGDKIIGYVTKGRGVTIHRTDCRNITKEAEEQGRLIDVEWENVEENSVQSFNANIEVFGYNRSNLLSDVINKLNSLTKNINNISGKVNEDNIAHIYVTVAVKNSQQLDEILSKLRDIPDVYETKRSDN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_101812702.1|1225363_1225954_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812703.1|1225931_1227686_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	1.8e-87	36.7
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WP_012211798.1|1229208_1230144_-	restriction endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_023191213.1|1231339_1231936_+	DedA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211795.1|1232042_1233428_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_023191208.1|1235376_1236213_-	aldo/keto reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	1.5e-36	36.3
WP_012211793.1|1236384_1237578_-	bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase CoaBC	Q9HH70	Methanothermobacter_phage	1.7e-41	32.4
WP_101812704.1|1238082_1239489_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211791.1|1239617_1240802_+	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_012211790.1|1240890_1242744_-|tRNA	aspartate--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	2.2e-11	24.4
WP_012211789.1|1242749_1244036_-|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A2K9L0H9	Tupanvirus	1.8e-20	25.3
WP_101812705.1|1244343_1244781_-|tRNA	D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_101812706.1|1244780_1247021_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.3e-10	38.0
WP_079227775.1|1247035_1247485_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211786.1|1247453_1248401_-	50S ribosomal protein L11 methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211785.1|1248461_1248971_+|tRNA	aminoacyl-tRNA deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_003628193.1|1250668_1251175_-	YbhB/YbcL family Raf kinase inhibitor-like protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211784.1|1251277_1252624_-	threonine/serine exporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211783.1|1252793_1253747_+	DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211782.1|1253748_1254081_+	hypothetical protein	A0A0P0I7G8	Lactobacillus_phage	4.4e-19	43.6
WP_012211781.1|1254335_1254716_-	DUF1828 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211780.1|1254847_1255405_+	ECF-type riboflavin transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211779.1|1255417_1257127_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.3e-18	32.6
WP_012211778.1|1257119_1257953_+	energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT	NA	NA	NA	NA
WP_023191034.1|1258163_1258619_-	DUF441 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190293.1|1260003_1260822_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211775.1|1262757_1263672_-	citrate lyase	NA	NA	NA	NA
WP_003628158.1|1263672_1263966_-	citrate lyase acyl carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211774.1|1263955_1265008_-	[citrate (pro-3S)-lyase] ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012211772.1|1265098_1265890_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211771.1|1265969_1267436_-	DASS family sodium-coupled anion symporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211770.1|1267754_1269068_-	C1 family peptidase	R4TV59	Phaeocystis_globosa_virus	1.5e-57	32.3
WP_101812707.1|1269293_1270553_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	4.0e-12	21.8
WP_080516421.1|1270811_1272041_+|transposase	IS110-like element ISLhe4 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.7e-63	37.6
WP_012211767.1|1272320_1272854_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812708.1|1272876_1273587_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_023190708.1|1277222_1277870_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190709.1|1277939_1278254_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211763.1|1278564_1279401_-	YSIRK-type signal peptide-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003628125.1|1279650_1279953_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812709.1|1279939_1280632_-	mucus-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190712.1|1280622_1280943_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628121.1|1281237_1282614_-	flavocytochrome c	A0A2P0ZL82	Lactobacillus_phage	5.8e-57	32.3
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WP_012211358.1|1284245_1285424_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_CP015498|1298381:1348596|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_13

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012211752.1|1300835_1301411_+	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812710.1|1301555_1303292_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	2.1e-88	36.9
WP_012211750.1|1304332_1305619_+	phosphopyruvate hydratase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	2.3e-108	51.7
WP_012211749.1|1306450_1306939_-	nitroreductase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812711.1|1308100_1309483_+	glycoside hydrolase family 1 protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191145.1|1309482_1310424_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_012211747.1|1310582_1311824_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	9.7e-120	57.5
WP_012211746.1|1312574_1313297_+	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211745.1|1314292_1314997_-	NUDIX hydrolase	G3MA14	Bacillus_virus	2.2e-07	25.5
WP_065866350.1|1315321_1317025_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.6e-88	36.9
WP_012211742.1|1317147_1318587_+	nicotinate phosphoribosyltransferase	G3MA18	Bacillus_virus	1.5e-95	41.4
WP_012211741.1|1318583_1319138_+	cysteine hydrolase	G3MA16	Bacillus_virus	2.1e-34	42.4
WP_041810699.1|1320726_1320939_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812712.1|1320935_1322213_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	3.1e-12	21.7
WP_012211739.1|1322940_1323576_+	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211738.1|1326260_1327190_+	nucleoside hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211737.1|1327252_1327768_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1328270_1329449_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211736.1|1329755_1331366_+	DUF2974 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_079227764.1|1331410_1331986_-	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003628084.1|1332042_1333143_-	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211734.1|1333246_1334305_-	aspartate-semialdehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_003626723.1|1334316_1335483_-	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
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WP_012211732.1|1336275_1337211_-	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

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>NZ_CP015498|1393584:1448358|1419877_1421191_+|WP_012211678.1|DBSCAN-SWA
MKPLAYRMRPQNLDQVVGQQHLIGPGKIIRRMVEARLLSSMILYGPPGIGKTSIASAIAGSTKYAFRKLNAATDGKKQLQQVAAEGKMSGTVILLLDEIHRLDKTKQDFLLPLLESGQIILIGATTENPYISISPAIRSRCQIFELKPLSAQDASSAIDRALTDKENGLGNYPVELTDDARSLLIEKGNGDLRSTLNSLELAVLSTKQELKDNHQDTDSIVITQQEMADSIQMKVQNFDSSGDGHYDLVSAFQKSIRGSDTDAALHYLAKLIESGDLISICRRLSVIAYEDIGLANPSAAEHAILAIQAAQTLGFPEARIPLANAVIELALSPKSNSAITAIDRAIYDVKNKNIGSIPVNLKDAHYSGAKKLGHGVNYIYPHDFENDWVAQQYLPDNLLNASYFTPKGNSKVEERYKLIYQKLKKMQHENLNKHSNS
>NZ_CP015498|1393584:1448358|1440949_1441537_-|WP_101812722.1|DBSCAN-SWA
MNRIKELREKRSLSQRQFVTDFNKYISTNEEQYKNKRGVKEITFGTASRWENSLNKPTEYMWQALANFFNVSVDYLKGYGYSKDYIYKQLDDAYKEDYLLTFELEPPFTSPFISARDEIKNYCKQNKINIPQDTDLDFWKTNFNFIFNDKSVNRLLTTKDSYNDDDIKEIIINAIYWYGLNPHTRELVNKLSHNS
>NZ_CP015498|1393584:1448358|1399430_1400705_-|WP_012211692.1|DBSCAN-SWA
MKFTNTEEVIHYLYSLPHVHPKNDLSFIKKLLQQLGNPQDQVKTIHITGTNGKGSTSYYLANLVKKAGQRTGLFVSPYVYRFNERIQLNNQDISDEDLVNVANTVQAAYEKLKQEDEQFSLVTFEYEVAMAFVYFEQKQCDYAVIEVGIGGEHDKTNVIIPEVSIITTIGLDHEKIIGPTIQDIAQEKSGIIKQNRPVVLGNVPDSVLSILVKKADKMHAPLLQLKHDFTIETQNGRLKYSDAKRSLSFAYRPQVEGYDIAVAVKAFLLLKLNLNDQEIEDAINQTQIPGRYHILQKEPLIILDGAHNIQAMSNLLEVVHAEAKKRHSHVYALVTMMKDKDLEQVFSLFNKDDQVLLTTLDYPRVAKENDFPIDIQRRYSYEGDYRQGFTKLKEKMDASDILLVTGSFYLVSAILNWKGKGNAG
>NZ_CP015498|1393584:1448358|1432062_1432572_-|WP_012211669.1|DBSCAN-SWA
MTIQTLFAASHHIYLGNALWYLICFAILLLLIKHFAWGPVSDMMEKRRQKVINDLDSAASDRKKAETLANEREAALKNSRQEATQILSDAKANAQKTGKEIVASANEDAAAIRKKANEEAAKAKSDALDSARDQVADISLAIAEKVIAKNLSAEDQKDLVDQFIKELDD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211358.1|1393584_1394763_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003628051.1|1394963_1395296_-	DUF3397 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627675.1|1395390_1395525_+	DUF4044 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211696.1|1395565_1396105_-	rod shape-determining protein MreD	NA	NA	NA	NA
WP_012211695.1|1396104_1396956_-	rod shape-determining protein MreC	NA	NA	NA	NA
WP_012211694.1|1397001_1398006_-	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627679.1|1398101_1398725_-	JAB domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812719.1|1398763_1399441_-	HAD family phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_012211692.1|1399430_1400705_-	bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012211691.1|1400705_1403345_-|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A1V0S951	Catovirus	4.8e-161	43.4
WP_023190380.1|1405766_1407083_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.5e-65	38.9
WP_012211688.1|1407353_1408280_-	glycosyltransferase family 2 protein	V5USA4	Oenococcus_phage	1.7e-76	49.3
WP_012211687.1|1408276_1408693_-	GtrA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812855.1|1411888_1412380_+	DUF3232 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628028.1|1412560_1412734_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211681.1|1412868_1414086_-|tRNA	tRNA 4-thiouridine(8) synthase ThiI	NA	NA	NA	NA
WP_012211680.1|1414085_1415246_-	cysteine desulfurase	A0A1X6WFP1	Pacmanvirus	1.7e-38	31.7
WP_012211679.1|1415337_1417047_-	septation ring formation regulator EzrA	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1417169_1418348_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003628026.1|1418709_1419321_+	30S ribosomal protein S4	NA	NA	NA	NA
WP_003626181.1|1419410_1419878_+	YueI family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211678.1|1419877_1421191_+	replication-associated recombination protein A	A0A127AWE7	Bacillus_phage	6.2e-101	49.3
WP_101812565.1|1421329_1422736_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003626176.1|1423097_1423379_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626174.1|1423446_1423911_+	universal stress protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211677.1|1423976_1425170_-	rod shape-determining protein RodA	NA	NA	NA	NA
WP_003626171.1|1425191_1425419_-	DUF2969 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211676.1|1425427_1425721_-	membrane protein insertion efficiency factor YidD	NA	NA	NA	NA
WP_012211675.1|1425734_1426724_-	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211674.1|1426807_1427038_-	DUF1146 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211673.1|1427101_1427542_-	F0F1 ATP synthase subunit epsilon	NA	NA	NA	NA
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WP_012211672.1|1429015_1429978_-	F0F1 ATP synthase subunit gamma	NA	NA	NA	NA
WP_012211671.1|1429988_1431500_-	F0F1 ATP synthase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_012211670.1|1431514_1432063_-	F0F1 ATP synthase subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_012211669.1|1432062_1432572_-	F0F1 ATP synthase subunit B	NA	NA	NA	NA
WP_012211668.1|1432623_1432857_-	F0F1 ATP synthase subunit C	NA	NA	NA	NA
WP_012211667.1|1432876_1433590_-	F0F1 ATP synthase subunit A	NA	NA	NA	NA
WP_101812721.1|1433713_1434343_-	uracil phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003628018.1|1434426_1435428_-	threonylcarbamoyl-AMP synthase	S4VW33	Pandoravirus	1.2e-48	38.1
WP_023190612.1|1435433_1436276_-	peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003626148.1|1436268_1437357_-	peptide chain release factor 1	W8EDB3	Pseudomonas_phage	1.4e-05	44.6
WP_003626146.1|1437373_1437973_-	thymidine kinase	C1KFH3	Lactobacillus_virus	2.4e-47	50.8
WP_023190613.1|1438123_1439476_+	Mur ligase family protein	NA	NA	NA	NA
1439558:1439580	attL	NA	NA	NA	NA
WP_020829096.1|1439653_1440811_-|integrase	site-specific integrase	P97010	Streptococcus_pyogenes_phage	4.9e-57	38.2
WP_101812722.1|1440949_1441537_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101812723.1|1441685_1441886_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812724.1|1441888_1442113_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812725.1|1442115_1442391_+	DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812856.1|1442895_1444032_+	hypothetical protein	U3PCP1	Lactobacillus_phage	1.2e-87	46.0
WP_101511660.1|1445132_1445504_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211663.1|1446065_1447079_+	serine hydrolase	A0A1D8EXR7	Mycobacterium_phage	1.2e-06	26.1
1445828:1445850	attR	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1447179_1448358_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NZ_CP015498|1454601:1591782|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_15

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_158648817.1|1469843_1471028_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.8e-123	59.1
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WP_012211638.1|1490040_1491138_-	ABC transporter ATP-binding protein	Q6GZ03	Mycoplasma_phage	2.5e-34	41.1
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WP_012211636.1|1492197_1492731_+	exonuclease	M1PFD8	Streptococcus_phage	6.8e-22	36.6
WP_012211635.1|1492737_1493238_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE	NA	NA	NA	NA
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WP_012211633.1|1494238_1494937_-	uracil-DNA glycosylase	A0A0B5IW78	Pandoravirus	2.7e-42	43.0
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WP_012211631.1|1495893_1496415_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211630.1|1496745_1497504_-	triose-phosphate isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_023190577.1|1497529_1498741_-	phosphoglycerate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_101812729.1|1498853_1499870_-	type I glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012211627.1|1499925_1500957_-	central glycolytic genes regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866300.1|1505769_1506585_+	HAD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211626.1|1506639_1508265_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211625.1|1508451_1509036_+	ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP	A0A223W000	Agrobacterium_phage	3.7e-53	54.9
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WP_003627787.1|1572496_1574068_-	peptide chain release factor 3	A0A1S5SF82	Streptococcus_phage	5.5e-35	26.2
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WP_003627789.1|1575047_1575509_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627790.1|1575510_1575993_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_020829071.1|1576003_1576819_-	recombination regulator RecX	NA	NA	NA	NA
WP_003627793.1|1576940_1578323_+	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	A0A2K5B251	Erysipelothrix_phage	3.9e-69	33.2
WP_003627794.1|1579034_1579619_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211582.1|1579667_1580123_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_101812740.1|1580749_1581838_+|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I5Z0	Streptococcus_phage	4.9e-51	38.5
WP_143441508.1|1582072_1582423_+	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_003627958.1|1582462_1582693_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003627959.1|1582667_1584005_+|transposase	IS66 family transposase	S5VTD3	Leptospira_phage	7.4e-49	34.4
WP_003626750.1|1584597_1587462_-	AMP-binding protein	A0A2K9L3I8	Tupanvirus	1.9e-33	27.0
WP_012211245.1|1587878_1589057_+|transposase	IS256-like element IS1201 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1590603_1591782_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

>NZ_CP015498|1596006:1654672|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP015498|1596006:1654672|1625318_1627718_-|WP_003633240.1|DBSCAN-SWA
MPVDYDSKDYLKSVDAYWRAANYLSVGQLFLMKNPLLRHKLVAEDVKPKPIGHWGTIAPQNFIYAHLNRVLKKYDLNMFYIEGSGHGGQVMVSNSYLDGSYTERYPEITQDEKGMAKLFKRFSFPGGVASHAAPETPGSIHEGGELGYALSHGVGAILDNPDVIATVEIGDGEAETGPLAASWFSDKFINPIKDGAVLPILQINGFKISNPTIVSRMSDQELTEYFRGMGWDPHFVSVFKGSRFDGEKDPMQVHEEMAKTMDEVIEEIKAIQKHARENNDATLPHWPLIIFQCPKGWTGPKKDLDGNPIENSFRAHQIPIPVSQSDMKHADMLVDWLESYKPDELFNEDGSPKEIVLENTAKGDHRMAMNPITNGGIDPKRLNLPDYRDFALKFDKPGSVEAQDMVEWAKYLNEVAKLNPTTFRGFGPDESKSNRLFKLLDDQKRQWETEIHEPNDENLAPSGRVIDSQLSEHQDEGFLEGYVLTGRHGFFATYEAFGRVVDSMLTQHMKWLRKAKEQYWRHDYPSLNFVATSTVFQQDHNGYTHQDPGILTHLFEKNRPDLVHEYLPSDTNTLLAVGNKALQDRECINVLVTSKQPRPQWFSIEEAQKLVDHGLGYVDWASTDKGAKPDVVFASTETEPTMETLAAIDILHDKFPDLKIRYINVVDVMKLMSPKDNKNAFSDEEFDRLFPKDVPVIFAWHGYKTMMESIWFARNRHNVHIHCYEENGDITTPFDMRVLNHLDRFDLAKDAVESVEKLKGKHADFISHMDDLLEKHHQYIRDYGKDMPEVTEWKWKGLK
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MTKNKKEVTAVDQAQIRQLGQKLLKRHRNLWVYMIFGFVAALINTLVFMVLHSWWHSVMVISNTIAFIVSNLASFYFNQKAVFINNVDHDHSTWHKLIVFFTYRVISLIPDTLIMLVGLSWLHLNALLVKIIDQVLVGVFNYLTTRSVFQNQEHTMIERAKMRIQEQKNKQENKKSSKN
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MKAVITVIGHDQIGIVAKVSQRLATLKVNITDISQTLMHGDFTMMLMGEWNDDDVQFEVVKQGLQDLANETGLSINIQLQELFDAIQKL
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MKVRKAVIPAAGLGTRFLPATKALPKEMLPIVDKPTIQFIVEEAKKSGIEDILIVIGKNKRPIEDHFDSNPELEQDLEEKSKSKLLKLTQGITNLGVNLYYTRQPHPAGLGDAIYRARSFVGDEPFVVMLGDDLMDDQVPLTKQLINRYDKTHASTIAVMPVPHEEVSKYGVIEPENEIMPGLINVKSFVEKPDVDKAPSDYAIIGRYLLTPEIFDILAHQKPGRGGEIQLTDAIDTMNKTQRVFAHVFKGERHDVGNKEGYLETSIEYGLKHPEIKDQLRAYIKKLSKQFEAEDKNNK
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MNKLNEGSELSIKYSFECEKEIAVLPKNVKLFDLVQIIEIVFDNAIEESEQLEKDQAEIKVMFYQEKAGELEFKILHRCK
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MDLSKGNEVKMMQGKNDLALDEFIEFDNDKIRRQASWKMLVSFVVLAIVYTWRPFVLEIWHVKNAWAKNFLVIILLIVLAVLLLYFCRTTKVLQKRLHFNKAQKIWSGILIVFMLPYLIFLVMQLVDTVRQPINKIFAAFMMAIMAAVVEELLFRGLLFNSMLSFFYRQRYILLIASIISSSLFGLIHLINASHQPLKSTIGQILVTFTMGLLFIYLRLLSNGIIWCIIFHFVIDFKPAILSSNTGTHGAPLLQVFLVLLPIIIVGLICIWLFNRQYLKMNE
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>NZ_CP015498|1596006:1654672|1599292_1600120_-|WP_003633294.1|DBSCAN-SWA
MITIKSIRELKGMQASGHLLATMFEGLRDVIKPGISTWEIEEFCQDFVKSRGGRLSEQGFEGYKYGTCISVNDEIAHQTPRKDRILKEGDIVKVDVTCNLNGYESDSCTTYPVGEISEADKKLIEVTKKAMYLGIDQAVLGNRIGDIGAAIQHWVEDENHYGDVRELIGHGIQPSIHEDPEVPHWGKAGHGIRLREGMTITCEPMVEAGGDWHIDQRTVDDPNDDWVYYATPDGSNAAQFEHTFAITKDGPKILTLQKPYDGLEKYIPHFDEMDD
>NZ_CP015498|1596006:1654672|1645628_1646432_-|WP_003626825.1|DBSCAN-SWA
MDKNPLVYKYSIGKRKPYDYDYGNRQGNQNAGCPFCDVAHLTNIYEKDGDKIWLKNKYPTLQDTDQTILIESSDHQGDISTYTREDNQELMKFGLKCFQKMNNSGRYESVLWYKNFGPKSDGSLTHPHMQIVGLYHKDGYRDIGLDNFKGFEVGRSGSVEMNLSAYPVQGYQEVNILTQDNTNLETWADLIQKGAQYMRSVLSHGVDSYNLFFYPINDCKGTCCKIIPRFYASPYFVGYKISQVDDSDTLKWEAERLKGFVNGGILH

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_023192390.1|1596006_1597335_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A286QMQ9	Streptococcus_phage	2.7e-59	41.3
WP_003626768.1|1597399_1598299_-	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	6.4e-73	48.1
WP_012211577.1|1598360_1599284_-	YihY/virulence factor BrkB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633294.1|1599292_1600120_-	type I methionyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_003626773.1|1600263_1600710_+	flavodoxin	NA	NA	NA	NA
WP_003626776.1|1600702_1601242_+	GtrA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633292.1|1601265_1602408_-	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)	A0A0N9R0B2	Chrysochromulina_ericina_virus	5.5e-29	30.3
WP_023192258.1|1602515_1602704_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633289.1|1602871_1604200_-	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_003633288.1|1604196_1605429_-	DEAD/DEAH box helicase	A0A1B1IS59	uncultured_Mediterranean_phage	1.2e-34	28.5
WP_020829052.1|1605428_1606133_-	lysozyme	NA	NA	NA	NA
WP_023190478.1|1607473_1608043_-	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	A0A2K9L634	Tupanvirus	4.9e-10	27.6
WP_012211571.1|1608149_1609511_-	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003633284.1|1610325_1610583_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812624.1|1610777_1611956_+|transposase	IS256-like element IS1201 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101812741.1|1613451_1614117_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101511644.1|1614389_1615688_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_041806183.1|1617476_1618667_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	5.6e-125	58.2
WP_023192373.1|1619402_1619957_+	HAD-IIB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003631137.1|1619997_1620846_-|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_158648818.1|1623157_1623400_-	GHKL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023192377.1|1623451_1624240_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812742.1|1624402_1625251_-	patatin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633240.1|1625318_1627718_-	phosphoketolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_020829049.1|1628784_1629150_+|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626804.1|1629236_1629560_-	metal-sulfur cluster assembly factor	NA	NA	NA	NA
WP_003626806.1|1629559_1630963_-	Fe-S cluster assembly protein SufB	NA	NA	NA	NA
WP_003626807.1|1630955_1631417_-	SUF system NifU family Fe-S cluster assembly protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626808.1|1631403_1632642_-	SufS family cysteine desulfurase	Q2XUY6	environmental_halophage	1.0e-97	41.8
WP_003626809.1|1632616_1633894_-	Fe-S cluster assembly protein SufD	NA	NA	NA	NA
WP_003626810.1|1633905_1634700_-	Fe-S cluster assembly ATPase SufC	A0A1M7XV31	Cedratvirus	7.3e-12	27.6
WP_003633232.1|1635821_1636640_+	HAD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003633228.1|1636704_1637028_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158648819.1|1637147_1638338_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	4.2e-120	56.7
WP_003626821.1|1639429_1640356_-	nucleoside hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_101812744.1|1640472_1642488_-	potassium transporter Kup	M1HZV6	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	5.0e-65	34.6
WP_012211245.1|1642597_1643776_-|transposase	IS256-like element IS1201 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_095662215.1|1643926_1644619_-	ribose-5-phosphate isomerase RpiA	NA	NA	NA	NA
WP_003633198.1|1644618_1645545_-	ribokinase	A0A2H4N7X4	Lake_Baikal_phage	6.3e-07	37.5
WP_003626825.1|1645628_1646432_-	DUF4931 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633177.1|1648194_1648464_+	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626829.1|1648482_1649826_+	PFL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211547.1|1649974_1651276_+	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812745.1|1651474_1652752_+|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	3.4e-11	22.9
WP_158648621.1|1653448_1654672_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	3.0e-121	58.3

Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

>NZ_CP015498|1684192:1754188|DBSCAN-SWA
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MIMEHSAGAVIYKKRADGQLEYLIVQSVINHNWGFPKGHLEASEDAQEAAKREVFEEVGLKPKFDFNFVRKTHYALTDTKFKTVTFFLAKYVPGQEVVAQKEEILADKWVTFDAAKEYLTEYGKMGVLTAARDYIEK
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MESIIADIVKIIKSENNVIAREKALMCYFFDLIRELMTAALEEVDAGLVEETKKQGYQIEKKNKRSVVTAFGEISYWRRRYVCPGKKAQYPLDKLMGYDKYKRYSVLAVKDVLQVSAVATYRNTALAVNTLSCFKISHSQVGKLIVQAGKQIKAQQQSEERYDGITQKKKAPVLYLEGDGVVIKGTKKRLEFHRYQVCEDIINLSKTRRKRVQAKEFVSLSRLDALQEIKAYLANAYDLSDTLIISNADGGAGYAKKDFDEIVGYCRQHEHFLDVFHLNKKIKDRLGFMPAMQSKLISAVEFKYDRHLTDVILDTIESNLVDELNTPENHENLRRLRSYLHRRWVDIKPFKMRHLSVIKAIGCCESNHRKYTYRVKGQGKYWSEDGAEGILRVLTCIKNNELEYWLSSEFAGGQLDIGDQEDLKGAVRASLRKTHGVHLGIHHGAIESLTAGHSYLDDFSRKINQINI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_101812704.1|1687192_1688599_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_012211522.1|1690804_1692181_+	Na+/H+ antiporter NhaC	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1692779_1693958_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003626896.1|1694121_1694826_+	Bax inhibitor-1/YccA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211521.1|1694869_1695562_-	DUF1211 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211520.1|1695628_1696549_-	diacylglycerol kinase family lipid kinase	A0A1V0SBJ0	Catovirus	2.1e-18	25.8
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WP_012211516.1|1700930_1702937_-	NAD-dependent DNA ligase LigA	A0A0K2QQN8	Ralstonia_phage	7.1e-104	36.1
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WP_012211513.1|1706194_1706665_-	SprT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211512.1|1706652_1707351_-	glycosyl transferase	L7RBS6	Acanthamoeba_polyphaga_moumouvirus	9.6e-08	26.5
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WP_012211510.1|1708788_1709943_-	CDP-glycerol--glycerophosphate glycerophosphotransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_101812756.1|1715219_1716698_-	nicotinate phosphoribosyltransferase	G3MA18	Bacillus_virus	1.1e-114	46.9
WP_023191091.1|1716785_1717886_-	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812757.1|1717893_1718622_-	WecB/TagA/CpsF family glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003633007.1|1719946_1720333_+	glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase	A0A0F7LBI5	uncultured_marine_virus	7.1e-13	47.2
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WP_012211504.1|1721186_1722302_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211503.1|1722691_1723243_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191336.1|1723361_1723517_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211501.1|1726590_1727286_-	glycerophosphoryl diester phosphodiesterase	M1ICP4	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.8e-14	25.8
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WP_012211499.1|1728555_1729134_-	histidine phosphatase family protein	A0A1X9IGJ2	Lactococcus_phage	3.3e-22	37.1
WP_041810784.1|1729203_1730262_-	SEC10/PgrA surface exclusion domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211497.1|1730399_1731095_-	hypothetical protein	A0A249XZV3	Enterococcus_phage	3.2e-11	50.0
WP_003632978.1|1731477_1731594_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211496.1|1732794_1733187_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014564083.1|1733288_1733498_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003632976.1|1733596_1733995_+	iron-sulfur cluster biosynthesis family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812760.1|1734148_1735900_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	1.8e-87	36.7
WP_012211494.1|1736106_1737348_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	9.7e-120	57.5
WP_012211493.1|1737622_1738777_-	N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_003626963.1|1738793_1739507_-	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012212050.1|1740519_1741926_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211491.1|1742107_1742965_+|transposase	IS982-like element ISLhe7 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_023191358.1|1744001_1744751_+	TIGR02452 family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_080516411.1|1754074_1754188_+|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_18

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_18

>NZ_CP015498|1798676:1853812|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012212212.1|1800593_1801334_-	nicotinamide mononucleotide transporter	A0A0A7NTY4	Lactobacillus_phage	6.8e-121	83.1
WP_012212213.1|1802183_1803788_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	1.3e-15	23.3
WP_101812565.1|1803959_1805366_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012212214.1|1805515_1806430_+	prolyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_012212215.1|1806519_1807521_+	adenosine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_012212216.1|1807568_1808072_+	nucleoside deoxyribosyltransferase	C1KFI2	Lactobacillus_virus	1.2e-12	31.2
WP_080516438.1|1808471_1808891_+	PepSY domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212217.1|1809074_1810376_+	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212218.1|1810428_1811001_-	elongation factor P	NA	NA	NA	NA
WP_012212219.1|1811035_1811950_-	type I pantothenate kinase	A0A1B1ISL9	uncultured_Mediterranean_phage	3.6e-31	33.2
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WP_012212221.1|1814115_1816422_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_023191160.1|1816571_1817258_+|protease	matrixin family metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_003627817.1|1817319_1817970_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012212224.1|1819998_1820748_-	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	3.7e-34	39.5
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WP_012212226.1|1822254_1822926_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212227.1|1823349_1824354_-	asparaginase	NA	NA	NA	NA
WP_023191135.1|1825235_1825604_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012212228.1|1826417_1826924_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812858.1|1826940_1827336_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_023190817.1|1828116_1828992_-	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	1.2e-76	50.3
WP_097550426.1|1829156_1831262_-	putative ornithine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_012212233.1|1831486_1832938_+	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_023061007.1|1834895_1836194_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1839406_1840585_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_101812768.1|1842056_1842665_-	dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase	I7HJC4	Enterobacteria_phage	2.5e-44	50.3
WP_101812769.1|1842686_1843571_-	glucose-1-phosphate thymidylyltransferase RfbA	I7I009	Enterobacteria_phage	4.7e-92	57.5
WP_101812770.1|1843575_1844613_-	dTDP-glucose 4,6-dehydratase	A0A291LAD7	Escherichia_phage	3.4e-86	47.1
WP_101812771.1|1845124_1846297_-	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812772.1|1846324_1847458_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812773.1|1847687_1849241_-	hypothetical protein	A0A1S5SA14	Streptococcus_phage	3.4e-29	27.4
WP_012211358.1|1849669_1850848_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_158648820.1|1850969_1851209_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812774.1|1851646_1852387_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812734.1|1852633_1853812_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_19

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_19

>NZ_CP015498|1858124:1921976|DBSCAN-SWA
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MNIKSNFVKVTAAAALTLTGVATVSAVKPDSTTANVQAATTKVKINYVPGYGINIWDNYNHGHFTGQHAPHGTTWNVINQATDKKGRTWYQVGEGQWIMAQYTVPANSKKAKKVVKTTKTTTNATATTTKKAKKSVQATGDASAVITLASAQLGKAYVWGGNGGNGFDCSGLTSYVYSKAAGVNLGRTTYDQVKQGSTVSMDNLQPGDLLFWGSASAPYHVGIYVGNNQYIHAATPGQGVIKQTLSSYFYPSVAKRVL

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_101812780.1|1862960_1863926_-	glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_158648822.1|1871367_1871940_-	hypothetical protein	A0A1V0SD50	Indivirus	6.6e-07	35.3
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WP_101812788.1|1875603_1876053_-	UDP-N-acetylglucosamine--LPS N-acetylglucosamine transferase	NA	NA	NA	NA
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WP_101812790.1|1877608_1878403_-	CpsD/CapB family tyrosine-protein kinase	NA	NA	NA	NA
WP_101812791.1|1878413_1879298_-	exopolysaccharide biosynthesis protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190764.1|1879309_1880371_-	exopolysaccharide biosynthesis protein	A0A1X9I5X1	Streptococcus_phage	1.1e-15	31.1
WP_101812792.1|1880845_1882111_+	GTPase HflX	NA	NA	NA	NA
WP_101812793.1|1882132_1883143_+	CAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812794.1|1883353_1884286_-	hydrolase	M9MUG9	Rhodococcus_phage	5.9e-13	36.9
WP_101812795.1|1885289_1886396_+	replication initiator protein A	NA	NA	NA	NA
WP_101812796.1|1886799_1887081_+	type II toxin-antitoxin system RelB/DinJ family antitoxin	NA	NA	NA	NA
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WP_002819869.1|1887690_1887900_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812798.1|1888170_1890231_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812799.1|1890360_1890936_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_101812801.1|1891771_1893247_-	PglZ domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812802.1|1893249_1895925_-	DEAD/DEAH box helicase	A0A2H4J643	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-40	26.0
WP_101812803.1|1895960_1898507_-	DNA methylase	NA	NA	NA	NA
WP_101812862.1|1898511_1901337_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812804.1|1902216_1902636_-	BREX-3 system P-loop-containing protein BrxF	NA	NA	NA	NA
WP_101812805.1|1902767_1903555_-|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_057138772.1|1903986_1904481_-	HXXEE domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812806.1|1904813_1905131_+	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101812807.1|1905409_1906294_+	FRG domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_063487919.1|1906459_1907017_+	recombinase family protein	A0A1J1J8Z4	Escherichia_phage	6.9e-33	45.1
WP_087510982.1|1907210_1907912_-	DUF975 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_158648823.1|1908090_1908933_-|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X2	Lactobacillus_phage	1.1e-154	98.2
WP_002816285.1|1908986_1909238_-|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X3	Lactobacillus_phage	9.2e-38	96.4
WP_010010267.1|1909698_1910505_+	ParA family protein	A0A1V0DZZ0	Clostridioides_phage	2.3e-21	30.1
WP_002825834.1|1910518_1910767_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919425.1|1913492_1914836_-	PFL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919426.1|1914848_1915118_-	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919428.1|1916155_1916932_-	C40 family peptidase	A0A1V0DZX6	Clostridioides_phage	1.3e-18	47.2
WP_035509074.1|1917149_1917512_-	ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_051356298.1|1917848_1919432_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_014919431.1|1919364_1920015_-|transposase	IS607 family transposase	A0A7Q0	Microcystis_virus	5.2e-40	45.2
WP_128888834.1|1920080_1920386_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158648824.1|1920448_1920601_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158648825.1|1920752_1921976_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	9.2e-123	58.8

Sequences of DBSCAN-SWA_20

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_20

>NZ_CP015498|1926606:1975585|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_20

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MVRDSKSKETRKKGGLGRGIEALFEDEPQIEETEEVQELNLSEIRPNPYQPRKRFDDKSLKELSDSIKENGVFQPIVVRKSVNGYEIIAGERRYRASKLAKKKTIPAIIRKFDESQMMEVAVLENLQREDLTPLEEAQAYEMLQKNLGLTQEEVSKRMGKSRPYIANYLRLLTLPSKTKRLLQHGELSMGQARTLLALKDKDKIDGLAKKVAQEGIPVRKVEALVNEMNAKKPQNKAIKKSAFIRASENQLSNKFGASVNISETKKGKGHLSIDFTSAEELNRILDMLGVDLDD
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MYQEDKNDLKIWLLNNITDLLVDENTKPEERKVLLNAKHQLETGESVNYVCNLIRVGLDPLSWQSKLSKGVTKFHYEIANGARPVSHQAGALGGAALGLAFSDIGRR
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MVNVISVANQKGGVGKTTTTINLAASIADRGYRVLIVDIDPQGNATSGLGIEKSEIDQDIYNVLIDEIPIQDTIHHTSTAKLDMVPATINLSGAETELISMMARETRLKSSLDAISDQYDFVFMDCPPSLGQLSINAFTASDSILIPVQSEYYAMEGLSQLLNTIRLVQKHFNKDLGVEGVLLTMLDARTNLGAEVVKEVQSYFSKKVYKTIIPRITKLAEAPSYGQPITEYAPRSRGAKVYDDLAKEVLKAHGKRLQK
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MILDVNDLSMRFDTKTVFQDINFHLEKGSMTALLGPNGTGKTTLIKILMGMLTPTDGSYNFSSDVKLGYVPQFRNIDSEYPLSIRAFVGLNAPLFKTKKVKDQIDHKLVETHLDPIKDTRMGEASGGQKQRAYLAQALLDNPNMIILDEATASLDPVAKEELMGLIKHLNQEHKITVLFVTHDIPLAKKYMTDYLYLNKGSIRQGKMNEFKEDFE
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MARKKEISKDKILDTAYKMAIKGGIEGLTARSIAKAGHFSTQPLYLEFDNMGDLRNQVLKRISSDLRTHTLHQKFTGEPLIDLDLSYIDFAQKHVNLFRAMFVDGKFGSKIIADTLMDLGIEKFNEQYPDTGYDKDKINNIVIANWISTTGMAALIVNEIASFNQNQIINVLNAQIHDAMLNDRLSETEENPMFAADDEASLKDNLA
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MAEETKKEQTASNIDSEKQAKLKRQTEADNQDEEIKQMDPKELRNKLSNKNQDYVFRLEKELQLQGSISRAEAVEMTDKLLGEIIMAQRHGQPANGLYLASPKIKAEQMLHPDKKPVATPFWQLAIDGALMYLAIFVGLFGSVALFETKKQPANSQMGILTLASVGIVMGIGMVKYNDWIMPKNGKRQSWAKIILGMIAVVVVLFVWIWLLSLPALKPINPVLPGEVDIIIAAIAFGARYLFRRYYKITGSPFAPNVRRK
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MKKETINIQLDKDIVNTAKAILKENNLAIDDAVKMLYSQFVLTGQLPFKIGKGKN
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MLKGIKLRLYPNRTQQNQLEQMFGNDRFVWNQMLAMMNERYQNNKALPFLGKFKLNYLLKPLKKEYPFLKTSNSSSLQVVNEFLTQSWKNFFQDKTGQVGKPRFHSRKYLKKSYTGKSIIKTAGKRYLKIPKLGYVKTSKTGVLQNTKIKRYTVLLEPTGKYYLSLQAEIPEPEKYSLTGKRVGIDVGVADLAILSNGLKYPSFNSSYFEKKAKIWQKKYSRRRHLVKLLVLQDRNKRVLCPRSLESFTNWQKAQKSKAKYQAKAANQRRDYLHKLTTHLVKQYDVIAIEDLKTKNLQKNHHLAKSIANASWRMFRQMLEYKCEWYGKKLIAVDPKNTSRICSKCGYNSGAKPLEIREWTCSKCQTEHDRDINAAVNILHKGSTKPTGQGLAMVTS
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MIEVTVDFMLLKRKMKSKDLAKAIGITPANLSILKTGKAHGVRFDTLSKICEALDCQPGDLLKYVPDDEGEKDEK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_158648826.1|1926606_1927797_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.8e-124	58.7
WP_012212257.1|1928112_1928460_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812811.1|1928572_1929109_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812812.1|1929348_1930590_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	8.2e-119	57.0
WP_101812813.1|1930736_1931453_+	C39 family peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_020828971.1|1931658_1932144_-	threonine/serine exporter	NA	NA	NA	NA
WP_003630150.1|1932146_1932917_-	threonine/serine exporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212262.1|1932927_1934469_-	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2H4UUX5	Bodo_saltans_virus	3.7e-44	28.0
WP_023190894.1|1934477_1934855_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812814.1|1935019_1935544_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_101812815.1|1935703_1936945_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	1.4e-118	57.2
WP_101812816.1|1936959_1937676_-	DUF554 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812817.1|1937744_1938986_-	LytR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101812818.1|1939157_1940954_+	oligoendopeptidase F	NA	NA	NA	NA
WP_080516441.1|1941241_1941535_+	Fic family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190802.1|1942452_1943829_-	cation:dicarboxylase symporter family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_101812819.1|1944266_1945061_-	metal ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_101812820.1|1945060_1945708_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	9.8e-15	29.3
WP_065866776.1|1945739_1946717_-	zinc ABC transporter solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630183.1|1946979_1947252_-	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012212270.1|1949474_1950389_-	1-phosphofructokinase	NA	NA	NA	NA
WP_041810005.1|1950388_1951144_-	DeoR/GlpR transcriptional regulator	A0A077SK06	Escherichia_phage	5.0e-18	27.8
WP_003630190.1|1951503_1951671_-	toxin-antitoxin system protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212272.1|1951651_1951960_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919460.1|1952230_1952422_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630196.1|1952721_1952943_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919462.1|1952932_1953160_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_041810756.1|1953307_1953631_-|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212275.1|1955362_1956112_-	aspartate/glutamate racemase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812821.1|1956120_1957692_-	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_101812822.1|1957742_1958891_-	HAMP domain-containing histidine kinase	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.0e-18	31.7
WP_101812823.1|1958894_1959581_-	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	1.3e-36	37.6
WP_012212278.1|1959760_1961620_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	4.8e-46	26.2
WP_101812824.1|1961629_1963354_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	2.2e-37	26.7
WP_012212281.1|1963467_1964250_-	DUF1129 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627361.1|1964258_1965359_-	redox-regulated ATPase YchF	NA	NA	NA	NA
WP_003627362.1|1965417_1965681_-	DUF951 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212282.1|1965673_1966558_-	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	I3NLC2	Bifidobacterium_phage	1.9e-16	31.7
WP_003627364.1|1966535_1967315_-	ParA family protein	Q8JL10	Natrialba_phage	4.3e-25	31.5
WP_012212283.1|1967330_1968170_-	nucleoid occlusion protein	S5VSZ7	Leptospira_phage	2.7e-17	44.0
WP_012212284.1|1968184_1968907_-	16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase RsmG	NA	NA	NA	NA
WP_012212285.1|1969068_1969605_+	CvpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627368.1|1969646_1970576_-	FAD:protein FMN transferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212286.1|1970584_1971376_-	tyrosine-protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_003627370.1|1971468_1972017_-	NAD(P)H-dependent oxidoreductase	A0A2P0ZL82	Lactobacillus_phage	1.1e-27	38.8
WP_023190786.1|1972030_1972570_-	NAD(P)H-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_023190785.1|1972712_1973336_-	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012212288.1|1973620_1974946_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	2.1e-56	36.3
WP_101812825.1|1974979_1975585_-|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	1.5e-33	43.2

Sequences of DBSCAN-SWA_21

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_21

>NZ_CP015498|1987756:2064318|DBSCAN-SWA
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MNEKEIERLLEKFDQSSLKDFELTQDDFKLKLSKREQNDQVVVQQPTGSKTPVSEVPKSTSANSQPAGEPQQSVKDNVAEIKAPFVGVVYFAPSPDKPVYKKQGDHVEKGEVVCVIEAMKMINEVKSNVTGTISNILVEDGSMVEYDQPIFQVTKG
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MTKEEVFNKIKDIIVDQLDVDADKVKENTNFKNDLDLDSLDIFEVIDKIEDLYDIEIDTDESMETVGELVDYVLKQKTDK
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MSKQVKSIFVKLVAALALAFACVAVAQTFANNSTSQTVQAAKKMSNKEKAAKRWIAMRESGGSYTARNGSCYGKYQLSIGYLHGDLSPKNQERTADRYVYGRYGSWVNAMRFWLAHNWY
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MFKKVLVANRGEIAVQIIRALHDMGITAVAVYSSADKDSLFVHLADEAICIGGPQPSESYLNMAQIISAANLTGCEAIHPGYGFLSENAEFAELCETCHIKFIGPSHELISLMGDKANAREAMKKAGVPVIPGSQGVVKTASQAETVAEKIGFPVLLKAAAGGGGKGIREVDRPEDLHSAFEQTQQEARVSFNNDDIYVEKLIRNAKHVEMQVIADEFNHVVYLPERDCSLQRNHQKVIEESPCVQISPTERKKLGEIVANATLKLGYTNTGTYEFLMTEDHHFYFMEMNTRLQVEHTITEEVTGIELVKAQLKVADGQELPFTQADVAVKGHALECRLNAEDPSHNFAPRPGRINNLFFPAGSLGVRIDSGVAQGSFISPFYDSMIAKVIVHLNDRNTVIAKMNRILGELKINGVVTNQTFLKYLINTAEFNSGQYSTNFIENQVLTNKEGFHVAESV
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MQGVLLALVPIFAWGSIGVVANKFGGDADQQTLGMALGAFVFALIVFLFRMPTLTWQIFLIGFIGGLLWVIGQFGQFNSMKYMGVSVASPLSSGSQLVIGGLLGVFAFHEWTKQIQFILGFIAMAVLVVGFYFSAKRDPENTVVEEGRNYTRGFTALTYSTLGYVSYVILFNNLAVLWFNVHFNTLTIILPMSVGMILGALVMGHFKIKMEKCVYQNMIDGAMFGVGNIFMLMAASAAGNAIAFSFSQLGVIIATIGGILFLGEKKTKKELVYIGIGIVLFVTGAILLAIVKSKG
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MIKFDYAKQAELPKIVAIYNETIPSRLATADLEPVSVASRQPWFESFNPDSRPLWVIKDDDKIAGWVGLESFYGRPAYHKTAEISIYIDKDFRHQGIGQQAIAYVISQLPRLGLDALVAFIFSHNQPSQHLFKQNQFETWGHLPDVAIMDGQRRSLDILGRRFQKVSGAKRS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211358.1|1987756_1988935_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003627391.1|1989122_1989482_+	hypothetical protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	1.5e-20	67.1
WP_012212298.1|1989545_1990526_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212299.1|1990675_1991923_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_158648827.1|1992054_1993236_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.1e-112	54.6
WP_013853819.1|1995788_1997303_+	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2I4R674	Erysipelothrix_phage	3.5e-23	24.2
WP_101812828.1|1998275_1999703_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|2000543_2001722_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012212301.1|2001956_2003534_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A1V0SE00	Indivirus	8.8e-25	34.0
WP_012212302.1|2005092_2006802_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	3.9e-87	36.6
WP_101812829.1|2006798_2008967_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A0A0D3MSW9	Lactococcus_phage	1.1e-171	47.6
WP_012211358.1|2009030_2010209_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101812830.1|2010330_2010762_-	class Ib ribonucleoside-diphosphate reductase assembly flavoprotein NrdI	J9PTY0	Bacillus_phage	8.8e-12	38.3
WP_023190550.1|2010745_2011753_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta	A0A160DHK0	Gordonia_phage	2.7e-96	53.7
WP_041806223.1|2012096_2013275_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101812864.1|2013395_2013749_-	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_003630326.1|2014056_2014614_-	serine acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003627923.1|2014579_2015764_-	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_012212307.1|2015785_2016697_-	cysteine synthase family protein	A0A1W6JIM2	Lactococcus_phage	2.8e-60	41.7
WP_035514011.1|2017972_2018191_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|2019010_2020189_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080516448.1|2020734_2021037_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812653.1|2021217_2022624_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012212313.1|2023129_2023603_+	S-ribosylhomocysteine lyase	NA	NA	NA	NA
WP_003625266.1|2023756_2026042_+	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_080668919.1|2026019_2026925_+	methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]	NA	NA	NA	NA
WP_101812865.1|2027297_2028374_+	guanine permease	NA	NA	NA	NA
WP_014564291.1|2028376_2028934_+	adenine phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003625260.1|2030495_2031038_-	biotin transporter BioY	NA	NA	NA	NA
WP_012212316.1|2031111_2032101_-	biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212317.1|2032148_2032907_-	enoyl-ACP reductase FabI	NA	NA	NA	NA
WP_012212318.1|2032966_2033737_-	acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_003630373.1|2033729_2034572_-	acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_012212319.1|2034552_2035932_-	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit	NA	NA	NA	NA
WP_003625250.1|2035945_2036362_-	beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_012212320.1|2036366_2036837_-	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212321.1|2036840_2038070_-	beta-ketoacyl-ACP synthase II	NA	NA	NA	NA
WP_012212322.1|2038091_2038823_-	3-oxoacyl-ACP reductase FabG	Q06VL0	Trichoplusia_ni_ascovirus	2.1e-13	30.0
WP_012212323.1|2038822_2039740_-	ACP S-malonyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003625239.1|2039749_2039992_-	acyl carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812831.1|2040050_2041034_-	ketoacyl-ACP synthase III	NA	NA	NA	NA
WP_003625235.1|2041030_2041498_-	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003625233.1|2041527_2041974_-	3-hydroxyacyl-ACP dehydratase FabZ	NA	NA	NA	NA
WP_002831196.1|2043697_2043946_-	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212126.1|2045871_2046480_-|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	4.0e-34	43.2
WP_020828941.1|2049044_2049932_+	EamA family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_003625209.1|2052215_2054483_-	copper-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	2.4e-60	30.1
WP_012212328.1|2054947_2055466_-	N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212329.1|2055809_2057036_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	1.8e-38	29.3
WP_023191345.1|2057093_2057417_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630431.1|2057673_2058423_-	DUF4430 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630433.1|2058851_2059898_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812833.1|2059985_2062460_-	DUF4430 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812834.1|2062923_2064318_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_CP015498.1|WP_158648818.1|1623157_1623400_-|GHKL-domain-containing-protein	1623157_1623400_-	80 aa aa	NA	NA	NA	1596006-1654672	yes

Protein sequences of NZ_CP015498.1|WP_158648818.1|1623157_1623400_-|GHKL-domain-containing-protein

>NZ_CP015498.1|WP_158648818.1|1623157_1623400_-|GHKL-domain-containing-protein
MNKLNEGSELSIKYSFECEKEIAVLPKNVKLFDLVQIIEIVFDNAIEESEQLEKDQAEIKVMFYQEKAGELEFKILHRCK

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP015498_2	Orphan	2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder	866068-866106	39	1652795-1652757	0

1. spacer 2.1|866068|39|NZ_CP015498|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP015498 position: 1652795-1652757, mismatch: 0

ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	CRISPR spacer
ggctctttgtcaaatcctgttgatagagagtaaatgaat	Protospacer
***************************************