CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP040242	Campylobacter coli strain S9 plasmid pCcS9_3, complete sequence	1 crisprs	NA	0	1	0	0
NZ_CP040241	Campylobacter coli strain S9 plasmid pCcS9_2, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP040239	Campylobacter coli strain S9 chromosome, complete genome	0 crisprs	DEDDh,cas14j,csa3	0	0	2	0
NZ_CP040240	Campylobacter coli strain S9 plasmid pCcS9_1, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NZ_CP040242

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP040242_1

• CRISPR_ID: NZ_CP040242_1
• CRISPR_location: 11770-11878
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP040242_1

Consensus_repeat	Method
TATTTTGTATCAAGAAAATGAAAAAAA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP040242_1

>1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder
TAAACATTCAAATGTTAAAAATGTATCATATTTTGAGACAAAAGCAAAAAATCTA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP040242_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP040242_1

>merge|NZ_CP040242|1|11770-11878|CRISPRCasFinder
TATTTTGTATCAAGAAAATGAAAAAAATAAACATTCAAATGTTAAAAATGTATCATATTTTGAGACAAAAGCAAAAAATCTATATTTTGTCTCAAGAAAATGAAAAAAA

>NZ_CP040242|1|1|11770-11878|CRISPRCasFinder
TATTTTGTATCAAGAAAATGAAAAAAA	TAAACATTCAAATGTTAAAAATGTATCATATTTTGAGACAAAAGCAAAAAATCTA
TATTTTGTCTCAAGAAAATGAAAAAAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP040242.1|WP_002791556.1|6157_6358_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP040242.1|WP_002784998.1|13161_13458_+|conjugal-transfer-protein-TrbC	unknown	unknown	gnl|CDD|184376
NZ_CP040242.1|WP_052778226.1|10450_11296_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP040242.1|WP_004294083.1|4752_5148_+|conjugal-transfer-protein-TraM	unknown	unknown	gnl|CDD|184378
NZ_CP040242.1|WP_052778221.1|8512_8896_-|DNA-transfer-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|184361
NZ_CP040242.1|WP_002838514.1|6393_8550_-|relaxase/mobilization-nuclease-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|237539
NZ_CP040242.1|WP_052778222.1|9094_9418_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP040242.1|WP_002779815.1|16210_16882_+|TrbM-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369359
NZ_CP040242.1|WP_052778229.1|13748_16214_+|conjugal-transfer-protein-TrbE	unknown	unknown	gnl|CDD|184375
NZ_CP040242.1|WP_052778228.1|13457_13745_+|conjugal-transfer-protein-TrbD	unknown	unknown	gnl|CDD|184348
NZ_CP040242.1|WP_052778231.1|16893_17472_+|Rha-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|378235
NZ_CP040242.1|WP_052778232.1|17468_18266_+|P-type-conjugative-transfer-protein-TrbJ	unknown	unknown	gnl|CDD|131827
NZ_CP040242.1|WP_023361549.1|12213_13152_+|P-type-conjugative-transfer-ATPase-TrbB	unknown	unknown	gnl|CDD|274297
NZ_CP040242.1|WP_052778216.1|18564_19752_+|P-type-conjugative-transfer-protein-TrbL	unknown	unknown	gnl|CDD|131830
NZ_CP040242.1|WP_002790743.1|19771_20467_+|conjugal-transfer-protein-TrbF	unknown	unknown	gnl|CDD|237544
NZ_CP040242.1|WP_002907869.1|9412_9748_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP040242.1|WP_052778227.1|11292_11706_+|type-II-toxin-antitoxin-system-VapC-family-toxin	unknown	unknown	gnl|CDD|350205
NZ_CP040242.1|WP_002790621.1|5928_6153_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP040242.1|WP_002791558.1|5239_5926_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|222854
NZ_CP040242.1|WP_002788254.1|18356_18578_+|EexN-family-lipoprotein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP040242.1|WP_002784998.1|13161_13458_+|conjugal-transfer-protein-TrbC	gnl|CDD|184376	PRK13892, PRK13892, conjugal transfer protein TrbC; Provisional.	1.64851e-18
NZ_CP040242.1|WP_004294083.1|4752_5148_+|conjugal-transfer-protein-TraM	gnl|CDD|184378	PRK13895, PRK13895, conjugal transfer protein TraM; Provisional.	0.00167213
NZ_CP040242.1|WP_052778221.1|8512_8896_-|DNA-transfer-protein	gnl|CDD|184361	PRK13877, PRK13877, conjugal transfer transcriptional regulator TraJ.	1.99557e-13
NZ_CP040242.1|WP_052778231.1|16893_17472_+|Rha-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|378235	pfam09669, Phage_pRha, Phage regulatory protein Rha (Phage_pRha). Members of this protein family are found in temperate phage and bacterial prophage regions. Members include the product of the rha gene of the lambdoid phage phi-80, a late operon gene. The presence of this gene interferes with infection of bacterial strains that lack integration host factor (IHF), which regulates the rha gene. It is suggested that Rha is a phage regulatory protein.	2.35615e-27
NZ_CP040242.1|WP_002779815.1|16210_16882_+|TrbM-protein	gnl|CDD|369359	pfam07424, TrbM, TrbM. This family contains the bacterial protein TrbM (approximately 180 residues long). In Comamonas testosteroni T-2, TrbM is derived from the IncP1beta plasmid pTSA, which encodes the widespread genes for p-toluenesulfonate (TSA) degradation.	1.74964e-46
NZ_CP040242.1|WP_052778229.1|13748_16214_+|conjugal-transfer-protein-TrbE	gnl|CDD|184375	PRK13891, PRK13891, conjugal transfer protein TrbE; Provisional.	0
NZ_CP040242.1|WP_052778228.1|13457_13745_+|conjugal-transfer-protein-TrbD	gnl|CDD|184348	PRK13823, PRK13823, conjugal transfer protein TrbD; Provisional.	8.69798e-35
NZ_CP040242.1|WP_052778232.1|17468_18266_+|P-type-conjugative-transfer-protein-TrbJ	gnl|CDD|131827	TIGR02780, TrbJ_protein, P-type conjugative transfer protein TrbJ. The TrbJ protein is found in the trb locus of Agrobacterium Ti plasmids where it is involved in the type IV secretion system for plasmid conjugative transfer. TrbJ is a homolog of the F-type TraE protein (which is believed to be an inner membrane pore-forming protein, TIGR02761) as well as the vir system VirB5 protein.	5.96399e-25
NZ_CP040242.1|WP_023361549.1|12213_13152_+|P-type-conjugative-transfer-ATPase-TrbB	gnl|CDD|274297	TIGR02782, conjugal_transfer_protein, P-type conjugative transfer ATPase TrbB. The TrbB protein is found in the trb locus of Agrobacterium Ti plasmids where it is involved in the type IV secretion system for plasmid conjugative transfer. TrbB is a homolog of the vir system VirB11 ATPase, and the Flp pilus sytem ATPase TadA. [Cellular processes, Conjugation].	5.96503e-147
NZ_CP040242.1|WP_002790743.1|19771_20467_+|conjugal-transfer-protein-TrbF	gnl|CDD|237544	PRK13887, PRK13887, conjugal transfer protein TrbF; Provisional.	7.59425e-54
NZ_CP040242.1|WP_052778227.1|11292_11706_+|type-II-toxin-antitoxin-system-VapC-family-toxin	gnl|CDD|350205	cd09854, PIN_VapC-like, VapC-like PIN domains of VapC and Smg6 ribonucleases, ribosome assembly factor NOB1, rRNA-processing protein Fcf1, Archaeoglobus fulgidus AF0591 protein, and homologs. PIN (PilT N terminus) domains of such ribonucleases as the toxins of prokaryotic toxin/antitoxin operons FitAB and VapBC, as well as, eukaryotic ribonucleases such as Smg6, ribosome assembly factor NOB1, exosome subunit Rrp44 endoribonuclease and rRNA-processing protein Fcf1, are included in VapC-like this family. Also included are the PIN domains of the Pyrobaculum aerophilum Pea0151 and Archaeoglobus fulgidus AF0591 proteins and other similar archaeal homologs. The PIN domain belongs to a large nuclease superfamily. The structural properties of the PIN domain indicate its active center, consisting of three highly conserved catalytic residues which coordinate metal ions; in some members, additional metal coordinating residues can be found while some others lack several of these key catalytic residues. The PIN active site is geometrically similar in the active center of structure-specific 5' nucleases, PIN-domain ribonucleases of eukaryotic rRNA editing proteins, and bacterial toxins of toxin-antitoxin (TA) operons.	3.60628e-10
NZ_CP040242.1|WP_002791558.1|5239_5926_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|222854	PHA02518, PHA02518, ParA-like protein; Provisional.	6.30987e-37
NZ_CP040242.1|WP_002838514.1|6393_8550_-|relaxase/mobilization-nuclease-domain-containing-protein	gnl|CDD|237539	PRK13878, PRK13878, conjugal transfer relaxase TraI; Provisional.	2.89901e-83
NZ_CP040242.1|WP_052778216.1|18564_19752_+|P-type-conjugative-transfer-protein-TrbL	gnl|CDD|131830	TIGR02783, probable_conjugal_transfer_protein_TrbL, P-type conjugative transfer protein TrbL. The TrbL protein is found in the trb locus of Agrobacterium Ti plasmids where it is involved in the type IV secretion system for plasmid conjugative transfer. TrbL is a homolog of the F-type TraG protein (which is believed to be a mating pair stabilization pore-forming protein, pfam07916) as well as the vir system VirB6 protein. [Cellular processes, Conjugation].	1.26522e-36

Protein sequences

>NZ_CP040242.1|WP_052778227.1|11292_11706_+|type-II-toxin-antitoxin-system-VapC-family-toxin
MKKVYLDTNIFLDYFNTERTYHNEAKQLMYYLLTNNIQIVFSEDMISTIAYLIKKENLNNFTHFLKDISLEKNFNITSFGVSVINMACDCYEKYQGDFEDYLQYFCAEKENCCAIYTMDKKFPNLKIPVKRYGEIDI
>NZ_CP040242.1|WP_052778226.1|10450_11296_+|hypothetical-protein
MKEIVDLENKPVTRLYSKVEEKVDNITGEVTTIVSSFLQKEKTKDDFIKLFVENINYLTDNLSNSALRVVLMMFKNLNYQNIFHYNSDFVSYFTNKKILGKSSVYRAIKELEDKNVIFKITKEQQEEYDIISPNSYIMNPQIIGKGSFKDLKKLRQTTIKEFDFEKLEMIQKVEVESEYEGLDEVKENPENYYIEDIKQIAYPNTIENQIIISKKEAEADNQTLIANDTQPSLFDENQKEQEARLFIEKYAGILTGAYDSTKSAKEMKRELLDKDLEEGRI
>NZ_CP040242.1|WP_002907869.1|9412_9748_-|hypothetical-protein
MEKSKKERIEKLSEKTKNLNLDNELYIFVNNIKWGKKANILINCVDLGTNIEFYFSVFFSNKYFSRSGDFNFREYMENSFENNRILAVKFKRSKTGYLNCFNARIAEVSDL
>NZ_CP040242.1|WP_052778222.1|9094_9418_+|hypothetical-protein
MKRGFAKIEFFANLEYLKQEYNKGYVVSKILYEKAKQDKNISMVYSQFNKYFNEVFKNKIEKREITQENNQSLALENKEPIKVKIDTKSKKVFDAKFGKDIKEDDLL
>NZ_CP040242.1|WP_052778221.1|8512_8896_-|DNA-transfer-protein
MKKTKQVNIRLTLEEYNLLTVKAQSHGLTLSRYLRDLSMNYPITCIVDQKVAHDVLNIAGDIGRLGGLFKHWLVRNEDNKVNFSNKRTYNDIDEIVDQILDLQILLKEQAKRIIQNDNQKDSKQKAE
>NZ_CP040242.1|WP_002838514.1|6393_8550_-|relaxase/mobilization-nuclease-domain-containing-protein
MIIKKIPSKKQNKSSFKNLSNYILDKDNNNAKVLVDYMLDKNNEMDKVEGYHFTNCSFDNDEDNINEIINTQKLNTTTKQDKTLHLVVSFQEDENPTLEILQAIEEEIAKSLGMEDHQRLSVVHSNTNNLHIHIAINKVNPHTLKVINPYNDVRILQETAMKLEKKYNLKLDNHISQKDKQSNKYNIHTMNCNFETWVKEKLSKQVDLMLKDEKTTFKDIKQFLAEYDLEFRERRKGFVIASKSEKLFCKASSIHRGLSKQALEKRFKELDLKQEKENTQNIKEEKHEIKEQYQRPNKETSKTLWEKYLRIENEKKAELDKELRMLKLRRNEFKTSIPSMKFNKNTFAHVKNQRMIFKNKQKELYQKYKRVSYRDFLISESLSGNEEATRALRRTKTKINENENTLSSTQEKPKIFENVDYITKEGYAVYKSGFNKAIDKGEMLKVSLINDKDDKEFLLNSLLMAIDRFGNHLNITGDDKFKRNILEVANDYNLNVSFSDQRMQKIQEENNNKRQEMKTRKVLKNIIELKIKLTEQDKDIDENIKEKELKALKFSLKKISNSTPSIFKGELKKLGFSYKEIDSMDTESVCIEIDGFIVNSANKEGLIAMNEEIKQTLIDDEEIKRFEKFEHLFLNTNKITDIAKGFYTNRKIDADEYIKRFSMQESKINKVANAISMLSDKNIDIMEKYAKKLEKDLKYQYLKKVEVIENNDINLNNF
>NZ_CP040242.1|WP_002791556.1|6157_6358_+|hypothetical-protein
MFLDIISKIFIFVAIHAMIIFIIKSHIAVIKTSLKYFDFRFIITYNSIFIIAECFAFFAYSKYILN
>NZ_CP040242.1|WP_002790621.1|5928_6153_+|hypothetical-protein
MGFKKLSSEAPKNENDFVNSARGETGNAKTGNAKRNKKLMINFTEEEYQILNQEAHSMGLSLNSYVRFKIFRKE
>NZ_CP040242.1|WP_002791558.1|5239_5926_+|AAA-family-ATPase
MIISIVNEKGGSGKTTLAVNLSARLAEDGDNVLLIDADPQKSTEVFSDMRSQSNLEPLFSNVSKTGISLGDEIKRMKNAFDSIIVDTGGRDSKEMRKAILSSNIIIIPTIPSQYDVNVLDHMLEIYNEVIEINPNLLALVLVNRVSPNPFLAKELENLKEYINEAKKEKGLDRVIMLESVIYERQAYRKAVIEGKSMKEFCDKNDKALNDFENFYQELLKIANEKLGV
>NZ_CP040242.1|WP_004294083.1|4752_5148_+|conjugal-transfer-protein-TraM
MNKKELIEEIAKKHHIILDENDPILAVVSANEIIFDDFLKKIDLLFIKHKTDLESYKFNILNEIREYSKNNQETLKDILIQAQTNQNTIKASQEKTEDTKEKKNTNINFWIIAIASQIIFLLVGLIIGIII
>NZ_CP040242.1|WP_023361549.1|12213_13152_+|P-type-conjugative-transfer-ATPase-TrbB
MSNIEFQARINEKIKREFGDILFYLEDRETIELMLNSDGKLWLEKLGQDMICLGEFSEAKAKSIITAVSTLLDTTTNAENPILECELPLDGSRFEALLPPIVAKPTFTIRKKAVKIFTLDDYVESKILTPKQKEVLINAIKERQNILVVGGTGSGKTTFSNAIIDGISKITPEHRIVIIEDTAELQCASENKVILRATDKVDMLRLLKATMRLRPDRIIVGETRGKEALDLLKAWNTGHPGGIATIHANSANGGLTRMEQLISEATNAKMSKLIAEAVNLIVFISKSKEGRKVKEIIKVIGYENDKYITQAI
>NZ_CP040242.1|WP_002784998.1|13161_13458_+|conjugal-transfer-protein-TrbC
MKKFLILFLALGLGYALASTTGAGLPWEGPLEQIKASLSGPVAFIMSILAIIGAGAGLIWGNEFSGFIKTLFYIVIVIALIVGANSFMSLFSTSGALI
>NZ_CP040242.1|WP_052778228.1|13457_13745_+|conjugal-transfer-protein-TrbD
MEELQKIDIYSALNKPNLIFGADRELILMVGVISFALIFTGATLLTSIIGIFLFFFCNMLLRLMAKSDPLMRQIFLRQIKYKKFYYAQSTPFSKD
>NZ_CP040242.1|WP_052778229.1|13748_16214_+|conjugal-transfer-protein-TrbE
MLALKEFRSKAKAFPDILNYASFIDEGILLNKDGSLTAGFYYRAGDISSMTINERNTLSARINSVLKTLGNGWAVHIDCSRIKTENYIDGDTFYKSNIAQILENERKHYFDNVEHFENLFTMIFTYLPPHKSINKITDLMIIDETKNKNQGDKILEYFKNTLQKLEDSLSNYIKIERMLPRIAIDEYNNEYILDDMLEYINFCICGERQKIILPNAPMFLDCLLGGRHFETGMHPRIDSQYIGIIAIEGFPSESYPNILNALTELNFDYRFNTRFIFLDDFEAQNSLNKYRKKWQQKTKGWLDQLLDRPARKQDDHAVLMVQELDSALSESKSGMIGYGYYTANIVVFDRDYESLEYKLKDIRKVLENLGFLSRIETINSVEAYLGTLPGFVYPNLRRPILNTLNLTHLIPLASIWAGDKYNSSERFPPNSPPLMQVVTSGNTPFRLNLHVSDLGHTLIFGPPGSGKSTLLANIFLAWQKYPNAKIYAFDKGQSLLAPTLATGGIHYDVAGDHSSLAFAPLANIKTDAEIAWAEFWIETCLKLQNVNITPKQKKLIHEALISHINTNSTSLTEFVSALQDSDLRDALNYYTISGTGGFLFDSEEDKLSLSSITTFEIEELMNLGDQYIIPALLYIFNRIEKGLDGSPTLLIIDEAWIALKHPAFKDKIVNWLKVLRKANVAVIMATQSLSDSAKSGILDILQEYCPTKIFLPNPEAYKKGSENVLAPYDFYKIFGLNDVQISIINNAIQKREYYYTSPLGTRLFNLALGKTNLAFTTISDKVSVKKVRQLYEKHKENWAYKWLEEKEINYKRFDNSQKEQI
>NZ_CP040242.1|WP_002779815.1|16210_16882_+|TrbM-protein
MKNFIFGVKKITLALSATLLISSNAFADDILTGDTKLACEAILCLSSGTRPSECSSSLARYFSIKFKKPWKTINARRAFLNLCPIQNDANIEDLVLNNLVDDVLPVSDPRQCTPNYLNTQVETKRSYSTFGIMSYRINPNMPNFCHALINHAYTDYKTPKYKCTGEFYNSLEWKLSAKLQLITQQAYESLSDDQRYMISRTCGDRNCYDYYQKIPFTKECWTY
>NZ_CP040242.1|WP_052778231.1|16893_17472_+|Rha-family-transcriptional-regulator
MSNTSIININNQEVIFENKDEQVFCTSLDVAKVFGKQHKHILELIGEKFNNNEIKNFCEPNFRLSFKTRKIEGFRGRERKYPYYQLTKDGFSFIAMGLTGRKADKFKIAFINAFNEMERIIKNQYTPKLKNYNKYKIPNTPYKENIIKAIMQTEQNRNCEFEELIAYEIKEIYKDNKSHIEQKINFKVKGLI
>NZ_CP040242.1|WP_052778232.1|17468_18266_+|P-type-conjugative-transfer-protein-TrbJ
MKHFIFGVNQKSKKLSLALISSLIIGNNAFAGGIPVIDVSAIANQVKDYAMQLQQYEQMYSQLQQQIQMVQMQKQNLERLTKEDWDNLGTVLYQTRNVMNKVNGISYDIGNVSRKFEDTYKNFEGYSNDLENATNESERNKIYSDRYKQIAETNQNTFNGTLQQLELRYQDLESEDVLIAKLKQNSQNSNGNLQAVQATNDLLAYQIDEIRKLRSVIMDQSNMLTNYLASQNNKQILEQAKMEKLFQRNKNNNFYQSNSDAFKWK
>NZ_CP040242.1|WP_002788254.1|18356_18578_+|EexN-family-lipoprotein
MAFLAGCGDEAKTSDYYKAHLDEAKARVAECKKMEKMNETQQRDCSNANEAVLFQRDKNNKFYQSSPEAFEWK
>NZ_CP040242.1|WP_052778216.1|18564_19752_+|P-type-conjugative-transfer-protein-TrbL
MNGSKLALVLFLCFLIPNLAFGAESPEGALTLIKNGLLSWTPLIKTACLWVFWTLVAIDLIWTFGLKALSGFEFGEFLTTLIKKIIYIGIFLFLFNTDQWLQIIFNSFSQLATNVNNGIDVKPNNIISTAIDVVITILQSASIFSPVQSFFIAISGIIILISFLLMAIDLLIVYLKFFLMNVIVFFALALGGLNHFKQIGLNPIMTAIKVGVELFMIQGLMGICFTMIGAIANEINQNITIENILIALVTPVIFCIITKMIPGIIEAVFNGSIGESAGAAAGFRAVATMAAGAATGAAVGAVGVTRAMNAAKALHLAEGGAGGMDLVKGVAKNLASAGGEHLRDNLTRGRMPNQMANRLQEKLRDIQGKASEGGISAGTPKEESYQSGINPNITK
>NZ_CP040242.1|WP_002790743.1|19771_20467_+|conjugal-transfer-protein-TrbF
MNIFRQKQKIEKNEFDTSSNPYLNAKTEWLERYGDYITRAKNWQMVAIISLAMCFVCVLFIGYIGSQNKLIPYVIEVDKLGNTAKVGMVQNIDLKNPNVIKYSLNTFIYSWRSVWGNAETQRKFIFDAYAYVEPRSKAFNYLNSEFQKNNPFTRSTKENVRVKIKNIVPQNIDTWQVEWEETTTNLNEDILSKETYRGLIRIKQIIPNTEEQILKNPLGIFITDINFAKIL

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP040242_1	1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder	11797-11851	55	NZ_CP017876	Campylobacter coli strain ZV1224 plasmid pCCDM224S, complete sequence	10967-11021	0	1.0
NZ_CP040242_1	1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder	11797-11851	55	NZ_CP040242	Campylobacter coli strain S9 plasmid pCcS9_3, complete sequence	11797-11851	0	1.0
NZ_CP040242_1	1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder	11797-11851	55	NC_022656	Campylobacter coli 15-537360 plasmid pCC42yr, complete sequence	2581-2635	0	1.0
NZ_CP040242_1	1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder	11797-11851	55	NZ_CP011016	Campylobacter coli strain FB1 plasmid pCC42, complete sequence	12284-12338	1	0.982
NZ_CP040242_1	1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder	11797-11851	55	CP013736	Campylobacter coli strain OR12 plasmid pOR12CC42, complete sequence	18107-18161	1	0.982

1. spacer 1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP017876 (Campylobacter coli strain ZV1224 plasmid pCCDM224S, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

taaacattcaaatgttaaaaatgtatcatattttgagacaaaagcaaaaaatcta	CRISPR spacer
taaacattcaaatgttaaaaatgtatcatattttgagacaaaagcaaaaaatcta	Protospacer
*******************************************************

2. spacer 1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP040242 (Campylobacter coli strain S9 plasmid pCcS9_3, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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3. spacer 1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder matches to NC_022656 (Campylobacter coli 15-537360 plasmid pCC42yr, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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4. spacer 1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP011016 (Campylobacter coli strain FB1 plasmid pCC42, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.982

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5. spacer 1.1|11797|55|NZ_CP040242|CRISPRCasFinder matches to CP013736 (Campylobacter coli strain OR12 plasmid pOR12CC42, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.982

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2. NZ_CP040239

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	68371 : 121261	73	Campylobacter_phage(53.33%)	tRNA,terminase,integrase,transposase,plate,tail	attL 63511:63527|attR 124561:124577
DBSCAN-SWA_2	1137154 : 1150985	13	Synechococcus_phage(22.22%)	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP040239|68371:121261|DBSCAN-SWA
CTTATTCTATAAACCCGCTTGCAATGACTTTATCACCATCGTAAAATACTGCCATTTGCCCACTTGCTAAACCATAAACACTCTCTTTTAAAGAAATGCTTGCGCTTTTATCATCACTTATAATGACTTTACACGGGGTGGATTTTGATCTATAGCGGATTTTTACTTCGCAATCAAGCTCTTTTGCATCGATGAAAAGATTGATATTTTTGAGTTTAAATTCATTGATTTTTAATTCTTCTTTGGTGCCAACGATGATTTGATTTTGTTTAGGATTGATCTTTAAAACAAAATGCGGTTTGTGAGCCCCGCGTACTTCAAAACCGCGTCTTTTGCCTATGGTATAGTGCATATAGCCTTCGTGTTTTCCTACAACCTTACCGCTACTATCTAGCACTTCTCCTGGAATTTTAGTATCCATAAATTGATCTAAAACTTGCACATAAGTATCTTCAACAAAGCAAATTTCAGAACTTTCTTTTTGGGTTGCAAATGATTTTAAAACTTCTATGGTAGAAGCAAATTTTTTCACATCTTCTTTTTTCATTTCGCCCAATGGAAAGATGAGGTATTTTAAAGCTTCTTTGTCGGCACTGGCTAAAAAATAGCTTTGATCCTTGCTTTCATCAACAGCTGTACGAATGAGATTGTTTTCAAGTCTTGCATAATGCCCTGTAGCAAGTTTTTCACAACCTAAACTTTTAGCAAATTCTAAAAGTTTTCCAAGTTTGATAAAACGGTTACATAAAGCGCAAGGATTTGGTGTTTTACCCTCTTTATAAGTATCCACAAAAGGCATGTAAACTTTGTTTTTAAAATCTTCTTGTAAGTCTAAAATATGATAAGGAATTTGCAAAAAGTTTGCAACTTTTTCTACTTTTTTGATATTTTCTTCGTGATAATTGGGTTTGCCATGAAGTTTCATATAACAACCTATAACTTCATGACCTAAATTTTTAAGTTTATAAGCAGTGACTGTGCTATCGACCCCACCGCTCATAGCGACTAGAATTTTCATTAGAGTTCCTTTAAAGTATTGATTATATAATCTAAATCGTCAGTGATTTCATACTTTAACTCGTCTCCTTTGGAAATGACTTCAAGTTTTAGCAAAGAATTTCTGACGAACTCATCAAAGCCTTGCCAAAATTCACTCCCAAGCAAGATAATAGGAACATTGCTTTTAAATCCAAGTTGTTTTAGTGTAAGTACTTCACACAATTCATCAAGTGTTCCAAAGCCGCCTGGGAAAATCACAAAAGCTAGACTCTTTTCAATAAGAGCCATTTTGCGTATGGCTAAGCTCTCAAAAGTTATGTTATATTCTACAAAATCGTTTAATTTTTGCTCAAAAGGCAAAAGTATATTAAAACCTACCGATTTTATAAAATTTGCATCGTTTTTACATTTAGCAGCGCCTGCATTAGCTGCACGCATAATGCCTCCACCTCCGCCGCTAACGACACAAAAGCCATTTTCTACACATAAACTAGCTAATTTTTTGGCTTCTTGATAATAAAAACTATCTTCTTTTAATCTTGCAGAACCAAAAAAAGTTACGGCATTTTTTAGGTTTGGTATGTTAGCAAATTTTTCTAAATCTTGGCTTATTTTTTCATTCATTTTTCAACCTTTAGTTAAAATAAATTCCATTCTAGCTAAAAATTTATAATAAGTTCTTTATTATATAAGTTTTAATAGGTTTATTTTATTAAGATTAGGAATTTAAAAGACTTTTAAATCCTTAAGCTTTAATATCTATACTTTTTGGTGTAGAATTTAAAGAAAGGATTTTATTAAATTCTCCTGCATCATCATCACTAAATTTCATACCAAAAAGAAGTTCTAATTCTTTACTAGTGCTAAATTTACCTTCTAATAGTTTTTTTACAAGTTCGTTTCTTGTGCTATCATCTTTGTAAGTTTCTTTGTTTTTACTTTCGCCTTGAATGGCTTTGAAGGGTTTTTCACTTTGTTGAGTGATAATTTCATCATCACTAGAAAGCAACATTTTATCACCCATAGCCATTTCGTATTCTTTCACAAATTCATCGTGTCTTTGCTTAAAATCTATGTATTTAGTTTTAAACTCATTTAAGCTTAAATCTTTACTTATAAGTGCGTCAAATTCTTTATAAAATTCATCGGCTTTTTTGATGATGTCGTAGCCCAAATGAAACATCTTAGAATAAGAAACAAAAAAACCTAACATCATTTTCTCAGTAGTTGGGTCCCATTTTGTATAAGCAGGATTAAAATCTTTTAAAGGGGATTTTTCTATTTTATTGGGGTCTTTTAAAGCATTTGACTTCATAAAGTTGTTAAATTCTTGCATATCTTTTTTGCTAATACTTTCATCAAGTCCGAATATTTTAGGATTATACTCAAATTTTTTTCCACGATAAGGCAAAGCACCTTCTCCTGTTATAACGGCTACTCCGTGTTTGTTGATTTTAAAATCAATATTTTTATCTTGTTTAAAATTTGAAGTGTTATAATCATAGTTTAAATTTGAGTTTAGACTATTTATCATTAGTTTTTCCTCTTTACTTGATAGAATACCCACCAAGATATCTTTCTAAAAAGTCTTTATAGTTTGAACTGATTTCCTTAACTACTCTGTAATTATTCAAAACAGGACTTGATTTTACTCTATACCAAGAACCTGATTGTTCGTTGATTACAGCCACTCCATAAGAAAAATACACAAATCTTTTCCCTAAATTAGAAATACCAATATTTCTTTTCACAGTATATCCAAGAAAGTTACGATAAGGGTCATCGCCCACTATACTCATAGTTTCCCAAAGTCTTTGTTGATTTGTGTATGTATGTTTTCCATTAACTAAGCAATTTGTGGTATCTATACCGCACATTCCACCAAATCGAACAAGTCCTTCTCTATTCCAATAATATTGATCTCCGTTACTATCTTGAAATAAAGTTAATTCCAAATTCCAATCAGGTTTGGCAAAGGCTATAACTTCATTATCACTAAGTCGTTTTAAATAGGTTATATACCCACCCTTTACTTCTTTCATCTTTTCAAGGCTGAGTTCTTTGACACCCGGGCTTGTATCACTTAAAGCACCTTTTGTGAGTTTAGCTAAAAAATCCTCAGCAAAAACAGAACTAGTCAGTAAAGAAGTTAAAGCTAATAAAGCAAAAATCTTTTTTATTGAAAATCCTTTCATAAATTCTTTTTGTAAGTTCTTTAAAACTACTATCGACTTATTCTAGCAAAAGTTTAATCTTGCTTTGAAAGTTAAGTGAATTTTCTTTAAATACTTAAAATTTTATTCTCGGTTTGTTTGCTTTTGTAATAAATTTTCATTTTTATCTTAAATTATATTAAGAAAGTAAAAATATTTAAAGATTTTAAAATACTTTATTTAGAATAATAAACTTTTCAATATCAAGGATTAAATTTTAAAATTAACTTGAGCTGATTATTTAAAATATAAGGATTGACAATGAAAAAAATTTTCTTAACATTTATGGTTTTAGTTAATTGTGTTTTTGCTAGTGATGAACTAAATATAGACAGTTTATTTAAAAAGCAAATAGGCTTAAGAAGCATTACAAGCTTTTCTTTACTTAGCACAGGAAATGCAAACTCGTATTCTCTTTATCCTAATATAACAAATGGAAAAATAATAGGATTTAGAGTTAGAAAATTTAAGGATATAAATTCCTTGCAAAAACTCAAAGACAATGCCGAAGAGCTTTTCTACTTGGATAAACAAAGAGTTTTAAAGGCTAAAGAAGCCCAAAGTTATAAAAATCTTTTTATTTGATTGTATTTTAAATCAAAGTTTTTAATGTTTCAAGCCTTAATATCTATACTTTTTGGTGCAGAATTTGAAGAAAGAAATTTATTAAATTCTCCTGCATCATCATCACTAAATTTCACACCAAAAAGAAGTTCCAATTCTTCACTTTTACCAAATTTATTTTCTAGCAGTTTTTTTACAAGTTCATTCATTTTACTATCATCTTTGTAAGTTTCTTTGTTTTGACTTTCGCTTTGTATGGGAGTGCGAGGTTTTTGCTCCTCTTTAGCCTTAAGATCTTCTCTTACAATTTGCTCTATGGTTTTATTGCTTGGCTCTAAATTTATTGTTAAATTTAGCCATTTTTGTTTAAATTCTTCTATGCTTAAATTGCTACTAAACAAATCGAGTGCTTCCATAAGTTTTTCCATTGAGCCGTTAGCTATAAAAGAATTATTTTTTATAAAGTCATTTAAATCTTGGATTTGATTTTTATCCATATTTTTATCAAATCCCATTAACTTACCGCTTATATTGCTTTGTCCTTCAATAAGATAACCGCCACCAAATTGATTAAAAACTACATTTGCAAAATTCATAAAAGATTTATCCTTTGAGTTTAAATCTTTCAAATTTATGACCACTTTGCTTCCTTTATAAGAATTATTTTCATTTAAAAAATTATTTTCTAAATCTTGTGCCTTGTCATAAATTTTTAAAATTTCAAAACTATTTTTATCCATTTCAAAACCTAGCGGAAGTTCATTTTTAGAAAATTGCATTAAATTAGAAAACACTTTATAGGCGTTTTCTAGCGTTTTGGTAAAATCGATAGTGTCGAAATGTTTATTTTGAGAAAGATTTTTAACTAGTGTTTGCATTTGTGTCGCATCAATTTTATAATTTTTTGAAATTCCCAAGCTTTGCGTTGTTGCTTGAGATATATCTTTTAATTTTTGAGTAGAATAACCACCTTTATGATGGTTATTTATATAAGCTGTGTTTATCATACTCTCACTCCTTGCTGATTTATCTTAATTTAAATCGGCTTTATGGTTTTTACCTTGATAATCCGCCTAATTGCCTATCAAATTGATTTTTATATCTATAACTAAGCTCCCTAACAATTCCATTATTATTTAATACTTGACTGCTTTGTTTATACATTGTCCCAGAAGCTCTATCGAAAATGATGGCAGAGTATGTAAGAAAACTATAAGGTTTTCC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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_072228096.1|105746_106244_+|plate	phage baseplate assembly protein V	V5YUM9	Pseudomonas_phage	1.5e-10	35.8
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WP_002791383.1|106452_106743_+|plate	baseplate assembly protein	Q8H9N4	Vibrio_phage	4.7e-09	39.0
WP_019108983.1|106739_107906_+|plate	baseplate assembly protein	A0A1X9SH02	Bradyrhizobium_phage	1.7e-12	25.5
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WP_002827111.1|108522_109557_+|tail	phage tail protein	A7YGA7	Campylobacter_phage	2.6e-78	88.8
WP_002784668.1|109566_110202_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_002784666.1|110201_111959_+	radical SAM protein	NA	NA	NA	NA
WP_002789987.1|111951_112338_+	DUF1353 domain-containing protein	A7YGM3	Campylobacter_phage	9.2e-61	88.4
WP_002794203.1|112334_113348_+	hypothetical protein	A7YGY4	Campylobacter_phage	1.2e-184	95.8
WP_002794204.1|113358_114552_+|tail	phage tail sheath family protein	A7YGY2	Campylobacter_phage	1.4e-200	98.7
WP_002794205.1|114575_115085_+|tail	tail protein	A7YGZ4	Campylobacter_phage	5.6e-90	99.4
WP_002791367.1|115188_115428_+|tail	phage tail assembly protein	A7YG75	Campylobacter_phage	1.5e-08	89.9
WP_002791365.1|115539_115845_-	hypothetical protein	A7YG88	Campylobacter_phage	1.9e-32	90.1
WP_002791362.1|115886_118220_+|tail	phage tail tape measure protein	A7YGE8	Campylobacter_phage	0.0e+00	89.8
WP_002791360.1|118223_118712_+	virion morphogenesis protein	A7YGZ0	Campylobacter_phage	8.6e-80	90.7
WP_002803388.1|118816_119632_+	DNA adenine methylase	A7YGG5	Campylobacter_phage	7.4e-145	94.8
WP_002784651.1|119659_119947_-	hypothetical protein	A7YGG4	Campylobacter_phage	1.6e-46	97.9
WP_002784648.1|120026_120221_-	hypothetical protein	A7YG72	Campylobacter_phage	1.1e-27	96.9
WP_002784647.1|120230_120551_-	hypothetical protein	A7YG71	Campylobacter_phage	1.6e-50	97.2
WP_002784646.1|120631_121261_-	S24 family peptidase	A7YG70	Campylobacter_phage	4.8e-59	98.2
124561:124577	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP040239|1137154:1150985|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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>NZ_CP040239|1137154:1150985|1145292_1146432_-|WP_002844800.1|DBSCAN-SWA
MKKVALITGVTGQDGAYLSEFLLNKGYEVHGIKRRSSLFNTDRIDHLFEGHHNKKNDFYLHYGDMTDSMNLTRIIAEIKPDEIYNLAAMSHVHVSFETPEYTANADGIGTLRILDAVRFLNLTQKTKIYQASTSELFGKVQEIPQNEKTPFYPRSPYAVAKMYAYWITVNYREAYDMFACNGILFNHESPVRGETFVTRKITRATAKIALNLDDMLYLGNLDAKRDWGHAKDYVRMMWMILQHEKADDWVIATGKTTTVRDFVKLAFEYCGIKLNFKGVGVDEEGFIEDLDQQRAKELSLSFNHLQKGQVVVKVNPRYFRPTEVDLLLGDPSKAEKELGWNREYDLKNLVDDMMENDLKLMTKDVYLKQGGYKIMRYYE
>NZ_CP040239|1137154:1150985|1143199_1144369_-|WP_002844803.1|DBSCAN-SWA
MHNDYLLASSTWDEKELQAIQDVIKSDMFTMGKKVAEFEKDFAKFVGSKYAVMTSSGSTANLIATAALFYTKNPKLKRGDEVIVPAVSWSTTYYPLYQYGLKLKFVDIDLETLNYDLDALSSAISDKTKMIMVVNLLGNPNDFDAINDLIKGKDIILLEDNCESMGAEYKGKQAGTFGIMGTFSTFFSHHMATMEGGFVVTDDEELYHILLCLRAHGWTRNLPKENLVANKSDDWFSESFRFVLPGYNVRPVEMSGAIGIEQLKKLPMFLKHRRENAKLFCEYFQNHPDFIMQKEIGSSSWFGFSLVIRPNSKLQRKDIIKKLEENNIEYRPIATGDFTQNEVMKYFDYEIFGELQNAKIVHKNGFFVGNHQFDIGEQIDLFSKVMNKL
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MKIFIHLPTWLGDAVMASPALYGVYHHFKNAEFILYGSFVSTALFKEFPNAKIIVENKKSRYKQTLSLRKKLGKIDLALSFRSALSSKIILHILKAKKRYFFNKYNFKEEHQVLKYLYFIENSLDIKAHSKDLKLPFRLKFQNPIVLKNGKKILGLNPGASFGSAKRWDASYFAQVALNFSKTHEILIFGAGKAEQELCDEIFHILKEKNVKVKNLCNKTTIKMLCQNIIFCDIFITNDSGPMHIAAAYKTKTIAIFGPTKFTQTSPWQNQNAKLVHLNLACMPCMQKTCPLKHHQCMKDLKPEKILEAIRNFT

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_002844812.1|1137154_1138912_-	thiamine pyrophosphate-binding protein	A0A0P0CDR3	Ostreococcus_lucimarinus_virus	5.3e-79	33.6
WP_002844810.1|1138928_1140002_-	CDP-glucose 4,6-dehydratase	A0A0P0YMS6	Yellowstone_lake_phycodnavirus	3.2e-10	22.8
WP_002844809.1|1140005_1140821_-	glucose-1-phosphate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_002844807.1|1140817_1141789_-	alpha-1,2-fucosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_002844805.1|1141802_1142822_-	hypothetical protein	A0A0N9QXU8	Chrysochromulina_ericina_virus	5.1e-18	29.7
WP_002844803.1|1143199_1144369_-	DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase	E5ES46	Bathycoccus_sp._RCC1105_virus	1.4e-48	35.0
WP_002844801.1|1144361_1145300_-	NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein	M4R1H4	Synechococcus_phage	2.1e-58	37.5
WP_002844800.1|1145292_1146432_-	GDP-mannose 4,6-dehydratase	M4QRT5	Synechococcus_phage	8.3e-118	58.7
WP_002844799.1|1146432_1147800_-	mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase	A0A1V0SH58	Hokovirus	1.1e-55	31.5
WP_002844798.1|1147842_1148664_-	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_002844797.1|1148723_1149668_+	lipopolysaccharide heptosyltransferase II	NA	NA	NA	NA
WP_052777778.1|1149660_1150425_-	lipooligosaccharide biosynthesis glycosyltransferase	M1PHE5	Moumouvirus	6.8e-15	32.2
WP_052777779.1|1150424_1150985_-	D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase	A0A067XQR2	Caulobacter_phage	6.9e-17	36.1