CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP038900	Piscirickettsia salmonis strain Psal-006b plasmid unnamed2, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	2	0
NZ_CP038901	Piscirickettsia salmonis strain Psal-006b plasmid unnamed3, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP038902	Piscirickettsia salmonis strain Psal-006b plasmid unnamed4, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0
NZ_CP038898	Piscirickettsia salmonis strain Psal-006b chromosome, complete genome	2 crisprs	DinG,cas3,DEDDh	0	0	35	0
NZ_CP038903	Piscirickettsia salmonis strain Psal-006b plasmid unnamed5, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0
NZ_CP038899	Piscirickettsia salmonis strain Psal-006b plasmid unnamed1, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	2	0

1. NZ_CP038898

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP038898_1

• CRISPR_ID: NZ_CP038898_1
• CRISPR_location: 1540457-1540567
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP038898_1

Consensus_repeat	Method
AGGATGATTGGGAGCAACTTAAAGATA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP038898_1

>1.1|1540484|57|NZ_CP038898|CRISPRCasFinder
GCTCTATCCTTCAAACAGCCATTATCGCCCTTTATCGTTCCGATATCAAATTAGCTC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP038898_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP038898_1

>merge|NZ_CP038898|1|1540457-1540567|CRISPRCasFinder
AGGATGATTGGGAGCAACTTAAAGATAGCTCTATCCTTCAAACAGCCATTATCGCCCTTTATCGTTCCGATATCAAATTAGCTCGAGGAGATTGGGAGCAACTTAAAGATA

>NZ_CP038898|1|1|1540457-1540567|CRISPRCasFinder
AGGATGATTGGGAGCAACTTAAAGATA	GCTCTATCCTTCAAACAGCCATTATCGCCCTTTATCGTTCCGATATCAAATTAGCTC
GAGGAGATTGGGAGCAACTTAAAGATA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP038898.1|WP_155046588.1|1538854_1539064_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_048876008.1|1544386_1545361_-|IS30-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
NZ_CP038898.1|WP_017375696.1|1548062_1548446_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_027242578.1|1542534_1543071_-|DUF2062-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378263
NZ_CP038898.1|WP_027243097.1|1534793_1534979_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_036774017.1|1545935_1546811_-|IS982-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NZ_CP038898.1|WP_027243098.1|1535044_1536190_-|carboxypeptidase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|349453
NZ_CP038898.1|WP_027243095.1|1531018_1533304_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_017376798.1|1529468_1530104_-|LysE-family-translocator	unknown	unknown	gnl|CDD|224199
NZ_CP038898.1|WP_144420683.1|1533292_1533949_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_027242577.1|1543088_1544390_+|ComEC/Rec2-family-competence-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|273036
NZ_CP038898.1|WP_027243096.1|1534125_1534758_+|MarC-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225006
NZ_CP038898.1|WP_155046589.1|1545440_1545590_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_017376785.1|1541166_1542072_+|LysR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|182768
NZ_CP038898.1|WP_144420680.1|1547126_1548047_+|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2	unknown	unknown	gnl|CDD|225212
NZ_CP038898.1|WP_027243099.1|1536425_1537739_+|DEAD/DEAH-box-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|236722
NZ_CP038898.1|WP_017376784.1|1542312_1542498_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_017376797.1|1530385_1530745_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_155046590.1|1545769_1545934_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_144420682.1|1539598_1539760_-|phosphatase	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP038898.1|WP_027242577.1|1543088_1544390_+|ComEC/Rec2-family-competence-protein	gnl|CDD|273036	TIGR00361, Recombination_protein_2, DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2. Apparant orthologs are found in 5 species so far (Haemophilus influenzae, Escherichia coli, Bacillus subtilis, Neisseria gonorrhoeae, Streptococcus pneumoniae), of which all but E. coli are model systems for the study of competence for natural transformation. This protein is a predicted multiple membrane-spanning protein likely to be involved in DNA internalization. In a large number of bacterial species not known to exhibit competence, this protein is replaced by a half-length N-terminal homolog of unknown function, modelled by the related model ComEC_N-term. The role for this protein in species that are not naturally transformable is unknown. [Cellular processes, DNA transformation].	2.99327e-41
NZ_CP038898.1|WP_036774017.1|1545935_1546811_-|IS982-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	3.54754e-84
NZ_CP038898.1|WP_027243096.1|1534125_1534758_+|MarC-family-protein	gnl|CDD|225006	COG2095, MarC, Multiple antibiotic transporter [Intracellular trafficking and secretion].	1.76545e-45
NZ_CP038898.1|WP_017376785.1|1541166_1542072_+|LysR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|182768	PRK10837, PRK10837, putative DNA-binding transcriptional regulator; Provisional.	3.43302e-86
NZ_CP038898.1|WP_144420680.1|1547126_1548047_+|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2	gnl|CDD|225212	COG2333, ComEC, Predicted hydrolase (metallo-beta-lactamase superfamily) [General function prediction only].	1.00534e-72
NZ_CP038898.1|WP_027242578.1|1542534_1543071_-|DUF2062-domain-containing-protein	gnl|CDD|378263	pfam09835, DUF2062, Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2062). This domain, found in various prokaryotic proteins, has no known function.	2.12897e-42
NZ_CP038898.1|WP_027243099.1|1536425_1537739_+|DEAD/DEAH-box-helicase	gnl|CDD|236722	PRK10590, PRK10590, ATP-dependent RNA helicase RhlE; Provisional.	0
NZ_CP038898.1|WP_027243098.1|1535044_1536190_-|carboxypeptidase-family-protein	gnl|CDD|349453	cd06234, M14_PaCCP-like, Peptidase M14-like domain of ATP/GTP binding proteins and cytosolic carboxypeptidases similar to Pseudomonas aerugnosa CCP (PaCCP). A bacterial subgroup of the Peptidase M14-like domain of Nna-1 (Nervous system Nuclear protein induced by Axotomy), also known as ATP/GTP binding protein (AGTPBP-1) and cytosolic carboxypeptidase (CCP)-like proteins. This subgroup includes PaCCP from Pseudomonas aeruginosa, a carboxypeptidase homologous to M14D subfamily of human CCPs. Structural complexes with well-known inhibitors of metallocarboxypeptidases indicate that PaCCP might only possess C-terminal hydrolase activity against cellular substrates of particular specificity. The Peptidase M14 family of metallocarboxypeptidases are zinc-binding carboxypeptidases (CPs) which hydrolyze single, C-terminal amino acids from polypeptide chains, and have a recognition site for the free C-terminal carboxyl group, which is a key determinant of specificity. Nna1-like proteins are active metallopeptidases that are thought to act on cytosolic proteins (such as alpha-tubulin in eukaryotes) to remove a C-terminal tyrosine. Nna1-like proteins from the different phyla are highly diverse, but they all contain a unique N-terminal conserved domain right before the CP domain. It has been suggested that this N-terminal domain might act as a folding domain.	9.10914e-164
NZ_CP038898.1|WP_017376798.1|1529468_1530104_-|LysE-family-translocator	gnl|CDD|224199	COG1280, RhtB, Putative threonine efflux protein [Amino acid transport and metabolism].	2.53606e-35
NZ_CP038898.1|WP_048876008.1|1544386_1545361_-|IS30-family-transposase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	1.65717e-79

Protein sequences

>NZ_CP038898.1|WP_144420682.1|1539598_1539760_-|phosphatase
MYHFQIDNQINQFLNRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP038898.1|WP_155046588.1|1538854_1539064_+|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYEINNILILFSYLFGAILKLTFPSYYNFLAKLRSHTICQELYGIQKSKEP
>NZ_CP038898.1|WP_027243099.1|1536425_1537739_+|DEAD/DEAH-box-helicase
MSFSSLGLSAPLLDAITEQNYKEPSAIQAQAIPAVLSGRDVMAAAQTGTGKTASFTLPLLERLSKGEQVRANQARALVLTPTRELAIQVAESVAVYGKNMPLRSTAVFGGVKINPQMMRLRRGVDILVATPGRLLDLYSQNAIKFKQLEVLVLDEADRMLDMGFIHDLRKIMALLPKQRQNLLFSATFSKEIRALAKTFVHQPLEISVTPRNTTAKTVKQWICPVDKKQKSALLMHLISHHQWQQALVFSKTKHGANRLARYLDDQGVTAAAIHGNKSQGARTKALADFKQGEVRILVATDIAARGLDIDQLPQVVNFDLPNVPEDYVHRIGRTGRAGACGQAVSLVSADEIKQLSDIEHLIGQLLARKLVDGFEPVHDVPVSSLDRRSKAPKKPEIEHQGGQRLGGSMQGKRREDHRNSQQQPGRKRRRPQLCRSK
>NZ_CP038898.1|WP_027243098.1|1535044_1536190_-|carboxypeptidase-family-protein
MRISSQFDAGNIEVISAEAVNNIQLKIRKDNQSDFLQWFHFRLHGAKNQACTLKILNASACSYPQGWQNYNIVASYDKEHWFRIPSHYDGKTLIVEHTPEANSIYYAYFTPYSYERHQELIGHAQQHSQCEVSLLGQTVDGRDLDLLTLGQLDQSNSDHHHKKKIWLIARQHPGETMAEWFIEGFLGALLDESNALARVLLSKAVFYVVPNMNPDGSVRGNLRTNAAGANLNREWQTPSMTKSPEVYYVKEKMQNTGVDLFLDIHGDEALPYNFVVGTEGNPLYSARIHSLEKQFKDAFKQTNPDFQDQYGYDKDQPGQANLTVACNNIGQTFDCLAFTIEMPFKDNADLPCKEFGWSAERSEQLGASVLQPIYNVIDQLR
>NZ_CP038898.1|WP_027243097.1|1534793_1534979_-|hypothetical-protein
MFDMSELSRPENKWDIFKNSKGQWQWSCSDPNGRFLGASTETFDNEESCVANAREQGYSSE
>NZ_CP038898.1|WP_027243096.1|1534125_1534758_+|MarC-family-protein
MHELITFFITLLALTNPFGNLAIFIGLVEGRDVKEQRGIAFKAGIAVAIILMIVTLFGQNILDFFGISIGAFEVAGGLVILLLGLSMLNMKTEHQPHTKSEHTLAEEKPAIAVVPLAMPIIAGPGALAAVIIHTQSHVADRLFAKLPYVGVDIVIAVVVTAVLLFAPFFHKLLGVAGLKIVERIMGLILMAMAVTMMASGVHSLFPVPAA
>NZ_CP038898.1|WP_144420683.1|1533292_1533949_-|hypothetical-protein
MLKACSVPTMQLHADYDTETKKSHYSPLGDLRIQRFFDGRPNIQKTALKRYFKKKLPSGIFSGKTQPELSTYLQTTMRTIGQENGSNAPHSTQHYVITGIIQSIQVSKKPGVAKELMNPNAQYTPYIGASHYHAQVKFKAELRQAGLIILTVPVSINLFEITASHLTVQQDSDKMAYLLKKAINQAIKTMYKKLHQQLPQQSTMTSIKKLSQINRLHP
>NZ_CP038898.1|WP_027243095.1|1531018_1533304_+|hypothetical-protein
MPYTVELEEIYQGKRFESERKRYQECFNAADALADSVYLSESMLGYFEDVSGDELDFNNDATYSSSLSLFVLLGIFGVFKARAHFDKNENIDKYYKKLRTALSGLKNGRHALVNISSLVSILSHHAVASSVVSPVGALGFAIGILLAANNLYKLKLEEKRNSNLKAIEQYFLNFDRPEFDQDFKRIVPPNVKSNRKLIYTNIIDGFTDGLYLVGNAFMLLGLCGATSMVPTVAIGLCVAYGVYTLGSIINKYFKEKEEQLKEEFIYLKFLENLENQGKLVEYHDQFKSDPNYKKYIGDLSESDGAEEIRNKLGVALKIKEKELNAKKETLQSNTFYKVYKMISKSFSTVRSYVNTIKNSLATVTGIDILASQHPLAQAAVSLGCIITGCAVAVPFLVYKTYCSFRPTYQLRCRQGLDYPDLLYFFNEYAKSGFLKKHNHKGLIDRLTDDYQDYRENYLHILCTVNEYIADHYRNMNQKGELFLRYQAAKDYILCKHKYFSSMIKQLYKEYHYYSSLNINSDSDDIFIKNTRCLLKLYPATTKKEVVESLAIFSWDRQIAIITALPEFIDDHQVIMDLKGFLSAIKKPLREKNNFWLDKAHKKAQQDFFNAMLQNYLDNGVVNRSECAALVMNINKLLNSELLYPMPVKTINFYLHKAAVNYLAASASKILKNENLSIQQKIALYQSQHDELLRLLPNMMKSYAQRDSHDSLKVDESQFEEFLARAKNHRSNSNSCFTNMMFYHGQVDTMEPASSHRLVLGV
>NZ_CP038898.1|WP_017376797.1|1530385_1530745_+|hypothetical-protein
MFTRQKKSLAKFAAESAGTVEAVEAFHREPVCELVFSVCDQEISQCIDLLYDAGHNIHNLKKYAPIEFRNYIYEEFLMRLESPAADVQRELAREVFMDYLETRLKFDMDIAREIIKMPG
>NZ_CP038898.1|WP_017376798.1|1529468_1530104_-|LysE-family-translocator
MTFGIWLSLFAVCILGAMSPGPSLAIVTKHSLTNGRWHGIATSWSHALGVGLYATLTLLGLAVLLKRSPILFAIISYAGAGYLIYLGINALRSKGGIDSKLNLGQPAPLKDSCREGFMISLLNPKLALFFLALFSQFISVGHQLSSQVIIVATPTLVDGLWYTLIAFILSNPKVLSILKNKAQLIDRLSGIVLLLLASVFIISTISHSIFN
>NZ_CP038898.1|WP_017376785.1|1541166_1542072_+|LysR-family-transcriptional-regulator
MSVKITLRQLEIFVAISQHGHVTQAANSLYLSQSAVSMALAELERQLGKTLFDRAHKNLQLTNEGRLLLDKAVSLMQQAREVEQLFESDVQGELVVGASSTVGNYMLAGLMSEYLQKYPQLRLRLEISNTRRSQEKLLDYQFDCAFVEGEVTHADIKRQLWCMDEMLLIVAPTHPLAYKGLVEASDLSKAVWVLREQGSGTREFFNRRVLPELTYAQVCLELSDSTAIVQSVETGVGVSCLSRHVVECALREKRLAKLPYERKLERAFYLLIHKKKHIPALVHHFIDFCYQYIGKNNNYSL
>NZ_CP038898.1|WP_017376784.1|1542312_1542498_+|hypothetical-protein
MEKIERVYARDHGISGNFKDIQFEKYCRDWLEPMRRKVNESTKLDDYVNPRVKSRLGGYLG
>NZ_CP038898.1|WP_027242578.1|1542534_1543071_-|DUF2062-domain-containing-protein
MFNWFKKKIPTRESLQDHKILAKLYHLLHYHYLWHFNRHSVSKAIAIGSFFAFIPVPFQMIPAALCALVFRANVGISIATVWISNPITIPPMIYAAYKLGSWMIGHPGFIISLEQPHDIIHLLSQSWPPFLLGCITLSITFSLVNYIIARLFYRLWIIHKWHKNREKHKQANTTKKER
>NZ_CP038898.1|WP_027242577.1|1543088_1544390_+|ComEC/Rec2-family-competence-protein
MLGFIFVIGFLTLFFLGWQGAVLLSLSIGGLCYFIKSKHKAKLLCCLGLGGLWAIIIIFWQDYLHLDDFVLNQVVVITGNVVSIPEHDTRKVCFLFLIESINHQPLWPARQVRLNWYRFKQKKQQVLKAGESWQFQVKLRAPFGLENFIGFNYRRWLYQHSIQATGLVIDRYGKKGINRKLSSSHVFNLQQYRQKIAWFLERIDLHNTALIKALVLGERAEVKRSVRNLLQQTGTAHLLAVSGLHIGLIVTFTFFLIRGVLLWAPGMSRKYKSSGYALFIAAIVSLLVALCYSALAGFSVATLRACLMTVCVLLAFLCRRVVPIWALYQYALVGVVILFPLSVLSIGFWLSFLSVGVLIFVCAGRLTQTKLQKYLKPQWALLIALAPLSLAYFFNMPLIGLLANLVAIPWVGFLVLPLLLFALRHLKCNTTLY
>NZ_CP038898.1|WP_048876008.1|1544386_1545361_-|IS30-family-transposase
MVYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEEKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKSITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
>NZ_CP038898.1|WP_155046589.1|1545440_1545590_+|hypothetical-protein
MTEGVLGLIFIPLSNELSWVLFHCADLQITWLINRCEPWSAKHGVSRPR
>NZ_CP038898.1|WP_155046590.1|1545769_1545934_+|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYGITLFRPLAALYTTLLWCANINFIGFFFFNVSSI
>NZ_CP038898.1|WP_036774017.1|1545935_1546811_-|IS982-family-transposase
MDLTLISLFCVIDDFCQELLPQWNAILLEDTNKKRNKPSQMSTSEIMTIMIYFHKSNYRNFKMYYLHVIKGSMVKYFPNSVSYNRFVELMPSILLPLCFFIAAQGKTATGIYFVDSTILRVCHEKRASQNRAFKGLAKKSKSTMRWYYGFKLHIIVNDMGELMAFKMSKATTDDRVVLPKMAENLTGKIIGDKGYISQKLFDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLRKRGIIESVFDQLKNISQIEHSRHRSADNFMVNIVAGLAAYCLQEKKPSLGIKYNLLNG
>NZ_CP038898.1|WP_144420680.1|1547126_1548047_+|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2
MCKIPTEVATLTYFLCRTHVFLGTLILLMPRGFPGRLFGLVTMLVPWVYALRPVTPDHAFVRVLDVGQGLAVIVKTHHHNLVYDVGNKTKSGFDLGQMVVVPNLYALGIQHIDKLVISHIDSDHSAGLASVLAAYPKTPIVSSSPLLPYTKIQACVAGDRWLWDGVTFEFLSPAYPFPYGRNNQSCVLKVSINEEGSSMLLTGDIEKRQEKKLLLQAPLSLKSDILFAPHHGSNSSSTSPFIKAVSPHTVIISAGRYNAYRLPHVKVLHRYQSQHIAILNTGQVGAIDFQLSGNKEPLFTFAGAGV
>NZ_CP038898.1|WP_017375696.1|1548062_1548446_-|hypothetical-protein
MTINKRDFFDAINYADTAVKIHEYLLNTLEKQQKDFAESCNNDNSSEKSKALASISDVELRFAQLDMLSAIYRKVLLNTLNEIEGCNDQELKTIKNGLLHMVATTLEACVNDFTIEAKITIDIKEEQ

Crispr_ID: NZ_CP038898_2

• CRISPR_ID: NZ_CP038898_2
• CRISPR_location: 2099769-2099864
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP038898_2

Consensus_repeat	Method
CTCAAGGGGCTTCAGGGCACTCTG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP038898_2

>2.1|2099793|48|NZ_CP038898|CRISPRCasFinder
GACAAGAAGAAGAAATTTTTGGTACTGTAGGTGGTTTTCAATCCCAAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP038898_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP038898_2

>merge|NZ_CP038898|2|2099769-2099864|CRISPRCasFinder
CTCAAGGGGCTTCAGGGCACTCTGGACAAGAAGAAGAAATTTTTGGTACTGTAGGTGGTTTTCAATCCCAATCTCAAGGGGCTTCAGGACACTCTG

>NZ_CP038898|2|2|2099769-2099864|CRISPRCasFinder
CTCAAGGGGCTTCAGGGCACTCTG	GACAAGAAGAAGAAATTTTTGGTACTGTAGGTGGTTTTCAATCCCAAT
CTCAAGGGGCTTCAGGACACTCTG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP038898.1|WP_036773793.1|2107559_2107937_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_053093668.1|2104326_2104926_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379252
NZ_CP038898.1|WP_146619530.1|2110452_2110710_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_017378005.1|2093510_2094230_+|sulfate-transporter-CysZ	unknown	unknown	gnl|CDD|179898
NZ_CP038898.1|WP_155046604.1|2105461_2105602_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP038898.1|WP_017378003.1|2088960_2089791_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367907
NZ_CP038898.1|WP_048875964.1|2105669_2106449_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376573
NZ_CP038898.1|WP_017377998.1|2085322_2085853_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|284031
NZ_CP038898.1|WP_017378009.1|2100523_2102269_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223021
NZ_CP038898.1|WP_144420647.1|2105063_2105261_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
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rpsblast for functional proteins

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NZ_CP038898.1|WP_053093668.1|2104326_2104926_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|379252	pfam13546, DDE_5, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	0.000376208
NZ_CP038898.1|WP_017378005.1|2093510_2094230_+|sulfate-transporter-CysZ	gnl|CDD|179898	PRK04949, PRK04949, putative sulfate transport protein CysZ; Validated.	2.22151e-69
NZ_CP038898.1|WP_048875964.1|2105669_2106449_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	0.00345182
NZ_CP038898.1|WP_017378003.1|2088960_2089791_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|367907	pfam04354, ZipA_C, ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain. This family represents the ZipA C-terminal domain. ZipA is involved in septum formation in bacterial cell division. Its C-terminal domain binds FtsZ, a major component of the bacterial septal ring. The structure of this domain is an alpha-beta fold with three alpha helices and a beta sheet of six antiparallel beta strands. The major loops protruding from the beta sheet surface are thought to form a binding site for FtsZ.	1.17377e-13
NZ_CP038898.1|WP_017378009.1|2100523_2102269_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|223021	PHA03247, PHA03247, large tegument protein UL36; Provisional.	0.000214736
NZ_CP038898.1|WP_017378007.1|2096766_2098710_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|226654	COG4191, COG4191, Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system [Signal transduction mechanisms].	6.24409e-47
NZ_CP038898.1|WP_027243145.1|2085863_2086919_-|protease-SohB	gnl|CDD|236978	PRK11778, PRK11778, putative inner membrane peptidase; Provisional.	0
NZ_CP038898.1|WP_017376708.1|2107013_2107415_+|transposase	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	0.00109659
NZ_CP038898.1|WP_144420648.1|2102671_2104144_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|223021	PHA03247, PHA03247, large tegument protein UL36; Provisional.	9.17808e-06
NZ_CP038898.1|WP_036773465.1|2086934_2088974_-|NAD-dependent-DNA-ligase-LigA	gnl|CDD|236137	PRK07956, ligA, NAD-dependent DNA ligase LigA; Validated.	0
NZ_CP038898.1|WP_017378006.1|2094468_2095098_+|response-regulator	gnl|CDD|381113	cd17569, REC_HupR-like, phosphoacceptor receiver (REC) domain of hydrogen uptake protein regulator (HupR) and similar domains. This family is composed of mostly uncharacterized response regulators with similarity to the REC domains of response regulator components of two-component systems that regulates hydrogenase activity, including HupR and HoxA. HupR is part of the HupT/HupR system that controls the synthesis of the membrane-bound [NiFe]hydrogenase, HupSL, of the photosynthetic bacterium Rhodobacter capsulatus. It contains an N-terminal REC domain, a central sigma-54 interaction domain that lacks ATPase activity, and a C-terminal DNA-binding domain. Members of this family contain a REC domain and various output domains including the cyclase homology domain (CHD) and the c-di-GMP phosphodiesterase domains, HD-GYP and EAL. REC domains function as phosphorylation-mediated switches within response regulators, but some also transfer phosphoryl groups in multistep phosphorelays.	1.63665e-55
NZ_CP038898.1|WP_017378004.1|2089857_2093397_-|chromosome-segregation-protein-SMC	gnl|CDD|274008	TIGR02168, Chromosome_partition_protein_Smc, chromosome segregation protein SMC, common bacterial type. SMC (structural maintenance of chromosomes) proteins bind DNA and act in organizing and segregating chromosomes for partition. SMC proteins are found in bacteria, archaea, and eukaryotes. This family represents the SMC protein of most bacteria. The smc gene is often associated with scpB (TIGR00281) and scpA genes, where scp stands for segregation and condensation protein. SMC was shown (in Caulobacter crescentus) to be induced early in S phase but present and bound to DNA throughout the cell cycle. [Cellular processes, Cell division, DNA metabolism, Chromosome-associated proteins].	0
NZ_CP038898.1|WP_048875961.1|2095217_2096621_+|IS4-family-transposase	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	1.76184e-13
NZ_CP038898.1|WP_017377998.1|2085322_2085853_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|284031	pfam06508, QueC, Queuosine biosynthesis protein QueC. This family of proteins participate in the biosynthesis of 7-carboxy-7-deazaguanine. They catalyze the conversion of 7-deaza-7-carboxyguanine to preQ0.	1.95217e-24

Protein sequences

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>NZ_CP038898.1|WP_017378005.1|2093510_2094230_+|sulfate-transporter-CysZ
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>NZ_CP038898.1|WP_017378004.1|2089857_2093397_-|chromosome-segregation-protein-SMC
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MKFIYPGINAPLDTEKSLYAETTQGYFSHKESGKALDFNFIKKQESYFSQWDKRTAFTCEEYKALTHQQRLQLYRLHTTRWNYTLSLLLKDPGAGPDSPLYAEKQFLQNLNENEEMRKLYAGWFIDYVESREGETSKAVEALFKKEMQLKPECDLSKEKQIAVKVRGFRDEITELQAWLMNGSSAERIAIEKYDTKAVNQFIKYQLGQVSKSEFNKTFERAQSKCNKVLKNALHLTTSAASILTEKKIDLNSSVEWERLKNSQHLQKAVLILHKSNINLADSWDTLKDNSHLQKAVLTLHHESSINLTEHWDKVKNNSPLQKALAASYDYLNAERSSWSKMHHNHGIRQTHKFIRHLMASENQTLSGIQAEMQQWLHGYGHFSRASGSASNSRMSFALQSGLCPQADTPPTLLFNTSLQATEVEQEVTNQVTLSS
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MFRQKCSHSYRYYAVAMPKINMLTDFTDGDFERIHKAHWNIERFHRATKQLCSIEKFQVRTTECIKNHIFRCEPWSAKHGVSRPR

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
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DBSCAN-SWA_2	123077 : 241721	106	Staphylococcus_phage(12.5%)	transposase,tRNA,protease	NA
DBSCAN-SWA_3	315524 : 357883	54	Chrysochromulina_ericina_virus(20.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	367306 : 422219	60	uncultured_Caudovirales_phage(20.0%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_5	451656 : 499795	42	Staphylococcus_phage(100.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	504599 : 559282	52	Streptococcus_phage(22.22%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	591073 : 724467	111	Staphylococcus_phage(13.64%)	transposase,tRNA,plate	NA
DBSCAN-SWA_8	733109 : 779426	51	Staphylococcus_phage(21.43%)	transposase,plate	NA
DBSCAN-SWA_9	787586 : 841897	49	Prochlorococcus_phage(33.33%)	transposase,protease,tRNA	NA
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DBSCAN-SWA_11	952287 : 1019250	56	Bacillus_phage(20.0%)	transposase,tRNA,protease	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

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MGQATESFLFEIGTEELPPKSLENLAISLKNSFETALKNAKLNYGDIELFAAPRRIGLLIQQLDAIQPDQIIERRGPAVHAAFNQDGKPTPAALGFARSCNVSLEQIERLETAKGQWLFYKLLEKGAKATDLLPSIAEQAVKKLPIAKAMRWGTNKTQFVRPVHWITMLYGTDVITAKILELSADRITYGHRFHSTGAISLAHANDYAKTLKTTSYVIASFHERRNLIKNQLENIGTKVNGQVHINNDLLNEVTALVEWPMALLANFDKEFLNVPQEALISSMQMHQKCFAVLEPQTSKMLPHFVTISNIDSKNPATVISGNEKVMRARLADAAFFYQTDKKHTLESHLERLKTVTFQAKLGSVYERAERLASISGFIATHLAADIHLAKRAGLLAKTDLMSEMVMEFPELQGIMGRYYAHHDGEANDVALALEEQYLPRFAGDKLPQSMIGAAIALADKIDTLVGIFGIGQKPSGDKDPFALRRAALGLLRIIIENKLALNLTDLIQHSITLYSNKLNNKNTEQDVLQFINERLPAYYAEQSISPDTLEAVTGLQLSYPLDIDQRIQAVHRFRQLEVATALAAANKRVKNILDKQQPATSTISAGLLIEKAEKELYQAICAKHAEVQPLLTEHAYDQALESLASLRHPVDHFFDHVMVMAEDAGLQANRLALLAELRQLFLKVADISYLQN
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MSSWKKFIQYRRLYQHSKQALSFELWFRRLLFWSGAIAVGLVAVGFAIVAEKANEVSNDWFQQFPYLPLALCPLGFMLIIWLKNKFFQGSEGSGIPQVMAALSVKQAASRKHLVSLRIAVGKFLLTVLGFLCGGSIGREGPTIQLSAAVMNSLGRWGSFHRHDVERGLLLAGGAAGISAAFNTPLAGIVFAIEELSGSFEKGISGTIVTTVILGGIISHYILGNYSYFGTSTAILDITAGGWYPIIICAILGGLLGGIFSTLLLSLTWLLRNFARVHPLILAGIMGLLLAIIGVLTHGSIFGSGYQEAKALVTGTGSVSDYYGPLKMLANLVTYLSGIPGGIFAPSLSAGAGFGQLLSLALPDHFHQAVIILGMVAFFSGVVQSPITCFVIVLEMTNSVSGNMILPIMLTSVMATAFSRITCRQPLYHSLAIRYLRKPEIKAGLGLKPSSS
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MKALKLIKSALPKHTAIIYMIISAVCIASAGFFAKIAMQYTSVQITLLARFGVPLLLLILFFSFYQRWSQLKFTYAKTHFIRAFFLTLAQFLLFISIIHLSLAEATVLYSTGPIFIAIFSFFKNKKINLQSLIAVLLGAVGVALMMHIENGIINPYVIVGLLSGFCLSASQLLLHSATKKEKNSHVMLFVYLFSTLLSLIYFGLINIEEELKTLTPMLSFSIPIIGILILVGLASLGNQFFRGKAYQQVKDPASIAPLIYISILVAGLYDIFFYNHLPNIEVIIGAILIVTSALFSKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_036772169.1|31806_32682_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017378444.1|33040_34396_+	chloride channel protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378443.1|34487_34994_-	GrpB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378442.1|34990_35359_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378441.1|36761_38546_+	peptidase M4 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378440.1|39026_40154_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378439.1|40226_40982_-	enoyl-ACP reductase FabI	NA	NA	NA	NA
WP_027242743.1|41018_43712_-	DNA polymerase I	A0A2H4J6W7	uncultured_Caudovirales_phage	9.9e-69	30.7
WP_036771562.1|43743_44295_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063736.1|44402_45416_+	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
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WP_144420740.1|47020_47815_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048875841.1|47959_48712_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378433.1|49023_50550_+	2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_065653750.1|50688_51762_+	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242742.1|51801_53109_+	S41 family peptidase	A0A0R6PIZ1	Moraxella_phage	1.2e-24	28.4
WP_017378429.1|53083_54253_+	glycoside hydrolase family 3 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242741.1|54307_55033_+	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027242740.1|55498_57604_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378426.1|57818_58283_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420739.1|58302_58812_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420738.1|59196_60138_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_053856772.1|60419_61871_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036773655.1|62337_62742_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_036771330.1|65978_66953_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_036773242.1|66992_67547_-	DUF4823 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378416.1|67727_68627_-	oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_080963576.1|68631_69258_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242705.1|69202_71524_-	type I DNA topoisomerase	A0A1V0SCS0	Indivirus	7.9e-99	35.9
WP_016210342.1|71670_72150_-	DUF494 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378414.1|72146_73298_-	DNA-protecting protein DprA	NA	NA	NA	NA
WP_017378413.1|73432_73936_+	peptide deformylase	E3SLL2	Synechococcus_phage	5.4e-13	37.1
WP_026063734.1|74029_75004_+|tRNA	methionyl-tRNA formyltransferase	E3SNR5	Prochlorococcus_phage	1.3e-10	35.9
WP_036773239.1|74993_76307_+	16S rRNA (cytosine(967)-C(5))-methyltransferase RsmB	NA	NA	NA	NA
WP_017378410.1|76347_77727_+	Trk system potassium transporter TrkA	NA	NA	NA	NA
WP_080963575.1|77733_79185_+	potassium transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016210352.1|79210_79579_+	diacylglycerol kinase	NA	NA	NA	NA
WP_017378407.1|79597_80665_-	4-oxalomesaconate tautomerase	NA	NA	NA	NA
WP_027242707.1|80697_81594_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_047927132.1|81590_82427_-	sterol desaturase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378404.1|82562_83015_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378403.1|83153_83900_-	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017378402.1|83880_84444_-	D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017378401.1|84452_84968_-	acyl-CoA thioesterase	NA	NA	NA	NA
WP_017378400.1|85109_87188_-|tRNA	glycine--tRNA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_017378399.1|87187_88138_-|tRNA	glycine--tRNA ligase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_017378398.1|89005_89404_+	DUF3135 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275373.1|89629_89959_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875844.1|90575_91595_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP038898|123077:241721|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017377402.1|130400_130730_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017377568.1|143932_146263_-	penicillin-binding protein 1A	NA	NA	NA	NA
WP_144420823.1|146438_147269_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773453.1|147385_147781_+	PilN domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242719.1|147777_148311_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242720.1|148307_148709_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875848.1|149103_149424_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377563.1|149433_150390_+	type IV pilus secretin PilQ	G4WZN6	Enterobacteria_phage	1.0e-12	24.5
WP_017377562.1|150899_151424_+	shikimate kinase AroK	NA	NA	NA	NA
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WP_080963593.1|153581_154868_+	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_155062804.1|155375_155558_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377557.1|155615_156932_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377556.1|157045_157216_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017377551.1|158336_158597_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377550.1|158864_159155_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_048875849.1|162836_163808_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017377543.1|163930_164779_-	pantoate--beta-alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_017377542.1|164930_165218_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210044.1|165528_165900_+	isochorismatase	NA	NA	NA	NA
WP_017377540.1|166951_167185_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046561.1|167322_167460_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377539.1|167473_167686_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017377536.1|169172_170306_+	cation transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_017378141.1|226911_227964_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP038898|315524:357883|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP038898|367306:422219|DBSCAN-SWA
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MKLFFENGLSLEVEEISREDHVAYLTDLSDVDFAVHCLSISDFYKLKNCPFTRENQCFILSYDALVSLQDLLFEVKQQAVTSSSNDSDKTGILVKVLTKTVLPILTKSHAVKLHYFPSYKEEQLAQRERVRQEQLTVLQSRVREEQYQSAQKVRELERDITAIQQKISEETLRSSRITVGLQKDVSKLQDRITKEARDEKQPSGAVKNLQCQADSLQKQLSEGAPLKSPEEIASLQSHLETLQEGVLKELEKAGQVSYPVWSIRNLQRQIRQEKARLPYKIAELQSQMTGLHRQIGQEVRQSADKIAGLQRRIVDLQGQVRAHDQRRPQQLPTVQIGNNRVLRLDGRTVNPHQSGANNIMINQGQVFINGQSPRLFESTNHLRDNNDPSYSHSPQPQSRH
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MLSTPWLAATASSPSKNSLCSNSALVKGSLFSNSNNSQIKLIIKFLL
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MKKKPEILKRETVAQSRFFSIEQIDLRFSNNELRQYERIPRAKHHNGAVLIVPVLDKDHFLLVREYAAGVDDYTLAFPKGLVDMGETAEQAANRELKEEVGYGAKTLTGLKTMTLAPGYFGHSIQVFVAEDLYVEKLVGDEPEELEIVSWPFENYEKLLMQEDFHEARSVAALYMVKDFLSR
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MKYWLMKSEPDAFSIDDLQALPKQTDSWDGIRNYQARNMMRDKMNVGDLIFFYHSNCKTPGIVGIMKVASPPYPDHTQFDPESKYYDPKATTDKPRWIMVDVTFAEKFSHTISLNTLKHAPELSEMAVVRKGNRLSITPVTTHQWEFILSLHK
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MDELKLAALTRDISKIIELCEQLKKENFALKTQKNALIKERSQLLDKNQVAKTRIESMLLRLEELEKANAKAST
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MASVNRNRLCIDGFKRESDHMIPCVDTDTRHVALFGGTFDPIHSGHLRIAYELYQTCFFDEFAFIPCYQPVHKAENQGVPVQVRLAMLESALEATPFVIEHAEIERAGPSYAVDTLENLKKMHVKRHYYFIMGADSLLSFHKWQRFERLFELVHLVVVGRPGYVVNERSAIMAYLQGRLVDSLEQLQSEEAGLVYISPWMMLDISSTMVRERLKKNESIRYLVPEPVEQMILQLNCYK
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MALGSIKGLKLSANEFYAKLKQGQLSSCYWLHGDELLLVQEAATCLREVIVKLRPDCEKLIFYADLPGFDWQHFLMAASNHSLFAEQRILEVRLFEQKLTVQILSYLQQFLTQNNPDDILIISSQKLEARLQKHKSFIQLSKQCIDVAFWPLQGRNLQQWLSQRARALKLRLTSSALDYLALQTTGNLLAAAQELEKLALLYQGEAVDEQIMHEHIAQGARFQVFQLMDDVLARQVEAALRALTGLELQGESEVLVLWGMLRDIRLLLKVKVGASEAELRRENIWPRRLRLLQHAARGLSVSTLEELILSCKQAELVIKGVQPGSAWQVLTEIACVLMGLKGKVTI
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MPKIDLADKKILVVDDFKSMRTVLKSMLQKVGASNIDQAVDGYEAIAQAKVTQYDIILCDYNMGDGPNGMDVLGELRDGGDLKYSAVFMMVTAVANPGMVMGALEHLPDAYMIKPFNVAEFIDRLTMILERRESMSAINDALDAADHDQVLRLCQIRIAQAESRDIVHECERIQADTLFRLNKFPEASQAFMAILEKREALWARIGLGKIYYLSEKYEESATQFKYILAEHKEHLVARDWLAKALIKQGEIKRAQSVLEKAVAISPNSLARQRKLADIAEQNEDVEVAEAARRNVLRLSKFSPQKDPDDILRLANQLQKQNQKTADGLDDMRPCKEALHLLEGMEETYSEREDLMIRLHLLKGAIFNHLKEKGKAQDHLRKAVDLYDKNHPSMKPMDQVSVARDFFYSELGHKGELMIRILLCRHRNEADVTDKIREFYYGPEITPDEANHLAVEMFKSQQYAEAVELFELAATELPDNIAISLNAAQALITFMSQGGKRTKILFQRCGRYLDQAKDIKTADAKRLARYKELLKLYSDLLRAGVN
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MFEYGSRCGIWRLLRLFDDKNIPVTLFPTGLALELNPLLCDYLKDSIHEIAGHGYRWLNYRYFIKAGEKIHFQKTLDIIQTKTKKNVSGWYTGRRSPFTRELIIEHGLKYDSESYNDDLPYWLKFKESSPNQYCHLIIPYTLMALP
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MKVRVWTRFWRIGWALVRYRIDEVVLAIPFLRPLQFLMYLNPWGWKKETRTRAERLRLCLESLGPVFIKFGQILSTRRDLLPDDIALELARLQDQVPPFPAAQARAVLEKSYKQPLSAIFAEFADEPMASASIAQVHAARLPSGQEVVVKVLRPHLKRVLRKDIDLMYMLARLFERYWAASRRLRPIEVVAELERNLMDELDLMREAANTSQLRRNFKGEQTLKVPEIYWEYTRSNVIVMERIFGVPVADIEALKAHNVDLKRLSERGVEIFFTQVFRDCFFHADMHPGNIFVDCQHPADPGYIAVDCGIVGTLSRDDQHYLAGNFLAFFKRDYRRVAELHVESGWVPAQTRVDEFESAIRTVCEPIFERPLKDISFGQTLLRLFQTARRFDMQVQPQLLLLQKTLLNIEGLGRQLNPELDLWSTAKPFLEKWMKEQVGIKGFTQRLLHNFPSWSEQFPEFPALAHQWFINQHEYHLKLKKAAESKEVHLWQLKHAKRSSAGLVIGIALLLLGGLFLEVPHWRHVLEWLDQHAWAFVSVGAVAVLWSCYYLRRN
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MENLTKGLQIKIYSALTVILTVILVVSGGYNYNQTKYLLESQLTQEASLASSRLASSAAEPLWNADQDQLSALLKSEMLSKSISAIAVSTSDDPVFGFYRTESNKLKALIKPFVMTSQNEVIKQPITYDSDGSSNQLGELHIYTNDGFIRSELATLLTSTIIQIIVLNVVLISVLAFLLKLMVLKPVTRISDAINDIAAGGGDLTQRIDTGKSQDEISDLGNGFNRFATKIHDIIGHVSSTSKSIAAGAQQISGINGSLADHMDTQTNQISAVGDSVAGIEKSISHVARLAAEAAEKASDSATTAKAGGDIVKYNIESMRDISTSVHASASSIETLGKLGEDINGVIETINTIASQTNLLALNAAIEAARAGEQGRGFAVVADEVRKLAIRTAEATNEVAPVIKAIQDEVQNAVEKMNEGVEKVQAGVDEVTKAGEMLDKIQDSAGEVTKATDDIARAVSEQTEATKSVTGYMEKTLDEVESLKNSTHEAFDSAQVLAEDAAQLMGLVNQFTIDEKKINKHSKKLVDSSVAS
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MRMIDFNRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017376974.1|367868_369236_+|protease	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU	A0A173GFL6	Erwinia_phage	1.6e-43	29.9
WP_017376973.1|369386_369623_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376972.1|369681_370425_+	bifunctional demethylmenaquinone methyltransferase/2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase UbiE	NA	NA	NA	NA
WP_027242667.1|370424_371066_+	lipoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_017376970.1|371065_372730_+	ubiquinone biosynthesis regulatory protein kinase UbiB	E5ERK4	Ostreococcus_lucimarinus_virus	6.4e-34	28.8
WP_017376969.1|372758_373094_+	histidine triad nucleotide-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242666.1|373258_374857_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	7.1e-06	30.1
WP_017376966.1|374916_375207_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772765.1|375407_375839_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376964.1|375901_378382_+|tRNA	leucine--tRNA ligase	A0A2H4PQS0	Staphylococcus_phage	3.8e-192	43.8
WP_017376963.1|378468_378948_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772771.1|378920_379961_+	DNA polymerase III subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_080963574.1|379897_380614_+	nicotinate-nucleotide adenylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016210374.1|380626_380962_+	ribosome silencing factor	NA	NA	NA	NA
WP_016210381.1|380998_381469_+	23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH	NA	NA	NA	NA
WP_017376959.1|381511_383347_+	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_036818645.1|383391_384480_+	rod shape-determining protein RodA	NA	NA	NA	NA
WP_017376957.1|384501_385563_+	lytic murein transglycosylase B	NA	NA	NA	NA
WP_017376956.1|385640_386156_+	SPOR domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376955.1|386196_387474_+	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase	B6DZZ7	Stx2-converting_phage	2.8e-66	39.0
WP_017376954.1|387488_388340_+	D-amino acid aminotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017376953.1|388368_389016_+	lipoyl(octanoyl) transferase LipB	NA	NA	NA	NA
WP_026063584.1|389012_389972_+	lipoyl synthase	NA	NA	NA	NA
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WP_048875862.1|391507_391762_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_053856769.1|391906_392473_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275367.1|392578_393019_-	polysaccharide deacetylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242664.1|393530_394733_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_069971662.1|395016_395991_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	9.5e-30	33.2
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WP_155046563.1|396460_396598_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_087910653.1|396614_396830_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046564.1|397034_397646_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376943.1|397642_397900_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376942.1|398150_398543_-	ribosome-associated heat shock protein Hsp15	NA	NA	NA	NA
WP_016210000.1|398672_399221_+	ADP compounds hydrolase NudE	NA	NA	NA	NA
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WP_017376940.1|400097_401783_-	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	2.9e-26	29.6
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WP_026063582.1|402358_402922_-	5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase	NA	NA	NA	NA
WP_016209991.1|403148_403478_-	cell division protein ZapA	NA	NA	NA	NA
WP_017376937.1|403458_403683_-	TIGR02449 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376936.1|403827_404418_+	UPF0149 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376935.1|404442_405714_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063581.1|405731_406985_+	UbiH/UbiF/VisC/COQ6 family ubiquinone biosynthesis hydroxylase	NA	NA	NA	NA
WP_017376933.1|406981_407626_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376932.1|407698_408748_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376931.1|408849_410487_+	response regulator	NA	NA	NA	NA
WP_017376930.1|410521_410851_-	integration host factor subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_017376929.1|411007_411295_-	4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_155046565.1|411821_412115_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376925.1|412364_413585_-	ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta	A0A1V0EEL7	Caulobacter_phage	4.2e-35	28.7
WP_017376924.1|413643_416442_-	ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A0A2H4P767	Pseudomonas_phage	1.1e-179	45.1
WP_017376923.1|416747_417914_+	aspartate aminotransferase family protein	A0A1V0SKB7	Klosneuvirus	1.3e-25	26.7
WP_036772950.1|418012_418549_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376921.1|418610_418943_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875863.1|419200_420103_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP038898|451656:499795|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_087910671.1|496261_496726_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_087910670.1|496819_497005_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875857.1|498820_499795_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	2.8e-29	33.2

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP038898|504599:559282|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP038898|591073:724467|DBSCAN-SWA
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MPTLNNDNKTSGEETKTSMAENGAEGEVQASDETDGGMTENGAEGGAQASDVK

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_026063546.1|662741_663416_-|tRNA	tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase TrmH	NA	NA	NA	NA
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WP_026063550.1|665604_666759_+	DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase	A0A2K9L0G1	Tupanvirus	3.9e-38	33.0
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WP_017376623.1|667772_668789_+	bifunctional UDP-4-keto-pentose/UDP-xylose synthase	D5GW02	Campylobacter_virus	1.9e-12	28.7
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WP_144420813.1|678435_679407_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	3.0e-15	29.3
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WP_075275355.1|688716_689691_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	4.3e-30	33.2
WP_027242570.1|689904_691044_-	hypothetical protein	A0A0F6YPT7	Sinorhizobium_phage	9.3e-61	41.7
WP_017376020.1|691252_692623_+|tRNA	tRNA (N6-isopentenyl adenosine(37)-C2)-methylthiotransferase MiaB	NA	NA	NA	NA
WP_017376019.1|693001_693994_+	PhoH family protein	A0A0S0MVD6	Pseudomonas_phage	9.3e-49	45.1
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WP_036771330.1|701272_702247_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_036774104.1|702305_702734_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376321.1|702921_703728_-	symmetrical bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017376322.1|703802_704195_-	Co2+/Mg2+ efflux protein ApaG	NA	NA	NA	NA
WP_017376323.1|704239_705061_-	16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))- dimethyltransferase RsmA	NA	NA	NA	NA
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WP_027242862.1|713968_714640_+	ribulose-phosphate 3-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_017376334.1|714722_715298_+	aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component II	A0A0P0IKJ1	Acinetobacter_phage	3.2e-57	50.0
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WP_017376336.1|716338_717196_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242861.1|718058_719195_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP038898|733109:779426|DBSCAN-SWA
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MAVQQNRKTRSKRDMRRSHDALTAPTLTIDATTGETHRRHHVSPNGFYRGRKVIDVE

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017376373.1|749817_750069_+	BolA/IbaG family iron-sulfur metabolism protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209518.1|750146_751415_+	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027242847.1|751417_752176_+	Nif3-like dinuclear metal center hexameric protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376376.1|752237_753128_+	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209511.1|753178_753862_+	uracil-DNA glycosylase	A0A0R5YU95	Harp_seal_herpesvirus	2.3e-46	49.5
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WP_155062809.1|754488_756612_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376379.1|756603_757476_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376380.1|757643_759473_+	class I poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017376381.1|759640_760282_-	BON domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017376388.1|767578_768631_+	endolytic transglycosylase MltG	NA	NA	NA	NA
WP_017376389.1|768767_769388_+	dTMP kinase	A0A1L2BX49	Bacteriophage	2.7e-38	43.7
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WP_069971647.1|773896_774493_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876071.1|774461_775622_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	3.8e-25	32.0
WP_017377691.1|776132_776474_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377690.1|776577_777612_-	phosphate regulon sensor histidine kinase PhoR	W8CYF6	Bacillus_phage	1.3e-32	34.2
WP_016209908.1|777608_778319_-	response regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	2.2e-31	34.8
WP_036771330.1|778451_779426_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP038898|787586:841897|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_9

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>NZ_CP038898|787586:841897|798018_798966_+|WP_017377933.1|DBSCAN-SWA
MIIVTGGAGFIGSNLIKQLNEQGHREILVVDDLSDGKKFVNLADCDILDYLDKNQFIEKIKNNDDFSDYVKVVFHQGACSKTTEWDGRYMMDNNYEYSKQLLHYCMARGIAFIYASSAAVYGGSETFKESRQFEKPLNVYGYSKWQFDQYVRQCALSAHSQVVGLRYFNVYGPGEQHKGSMASVAYHLNNQMHETGKINLFAGCDGYEDGEQRRDFVYVGDVVKANLWFLEHADVSGIFNIGTGASQSFNDVARAVIDWHGRGELNYIPFPDHLKGAYQSFTEADIHDLRHVGFDERFLTVEEGVKLYLDWLQAR
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MINQQPNGLYLLCFTELWERFGFYTVQTILILYMSKGLLFSDHRAYLLYGTFSALLYLTPVLGGFVADRYIGFQRSIILGGLLFVLSYLLCALPGQAAFFWGLTFLIIGNGFLKPNVSSIVGELYEKDVLVKSYWTLLIETFQN
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MINSEQAKGKLKIMANLKKIIAEYPEEYCLLLEEAYGAGMMSEGGHEAVEIMFQYTDLPGKKALDIGFGLGGVAFYLAERYQTKVTGIEINPWLAEEATRRCPQSLKDLVHFTAYQQPVFLPCEDDFFDVVYSKGVLTHLNDKLPLFKEIHRVLKPGGELVIDDWLSPVKGQWGERLQQMCDMENLTLFAETEKNYHDLLAAAGFSEIQTRDENKNYARYNQKIVDSLSRLEDKVGFDQRFGESALQETIDSYQLITDSITNNELLIRWFRSKV
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MAKEYSRVQEGSRVQEESGYEIDDVKAPAIQRLEGETIAGFDSGGVEDDFEPGPAFEIIDDNFILDSGPSIDIDSRSYNPEEVAAFLSNNNDNKTDESNMQLEVRGRERSGVSADVTGGLSGASEPRKRASARADIAGGLSGVSGVRGRASARADSVGGLSGVVSARERSRAHVDITGSPNFANNDSGHVGSYATTGIFLAGSMAEEGASSSHVLSISGVELDYD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_027243057.1|788682_789543_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_144420810.1|789640_790186_+	chorismate lyase	NA	NA	NA	NA
WP_017377937.1|790268_791120_+	4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_048876070.1|791161_794068_+	bifunctional [glutamate--ammonia ligase]-adenylyl-L-tyrosine phosphorylase/[glutamate--ammonia-ligase] adenylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016209904.1|794128_794326_+	zinc-finger domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377935.1|794332_795343_+	lipopolysaccharide heptosyltransferase II	NA	NA	NA	NA
WP_017377934.1|795339_796398_+	lipopolysaccharide heptosyltransferase I	NA	NA	NA	NA
WP_087910662.1|796412_797192_+	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243055.1|797194_798007_+	glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017377933.1|798018_798966_+	ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase	R9S880	Prochlorococcus_phage	3.5e-37	37.6
WP_144420809.1|798976_800269_+	3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase	NA	NA	NA	NA
WP_017377931.1|800447_801551_+	glycine cleavage system aminomethyltransferase GcvT	NA	NA	NA	NA
WP_017377930.1|801547_801940_+	glycine cleavage system protein GcvH	NA	NA	NA	NA
WP_027243054.1|801952_803329_+	aminomethyl-transferring glycine dehydrogenase subunit GcvPA	E3SN07	Prochlorococcus_phage	4.2e-47	34.6
WP_017377929.1|803322_804792_+	glycine dehydrogenase subunit 2	M4QFZ1	Prochlorococcus_phage	2.7e-84	41.7
WP_053856762.1|804985_805420_+	hypothetical protein	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	7.7e-16	38.0
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WP_027243053.1|806926_807952_+	hypothetical protein	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	4.5e-30	30.5
WP_017377925.1|808453_808846_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036774583.1|810238_810889_-	LexA family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_155046574.1|811587_812382_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876067.1|812561_813206_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771639.1|813380_814355_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
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WP_144420808.1|816690_817368_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243155.1|817601_818426_+	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377914.1|818519_819233_-	5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase	NA	NA	NA	NA
WP_017377913.1|819322_820414_-	redox-regulated ATPase YchF	NA	NA	NA	NA
WP_017377912.1|820485_821067_-|tRNA	aminoacyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_017377911.1|821072_821699_-	50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc	NA	NA	NA	NA
WP_026063691.1|821795_822743_-	ribose-phosphate pyrophosphokinase	A0A1V0SHF7	Hokovirus	3.4e-40	34.3
WP_065653730.1|823089_823752_-	outer membrane lipoprotein LolB	NA	NA	NA	NA
WP_017377908.1|823922_824582_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377907.1|824750_826010_+|tRNA	glutamyl-tRNA reductase	NA	NA	NA	NA
WP_017377906.1|826006_827092_+	peptide chain release factor 1	W8EDB3	Pseudomonas_phage	4.3e-07	41.2
WP_017377905.1|827084_827966_+	peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027243154.1|827954_829205_-	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_144420719.1|830590_830911_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212534.1|831169_831436_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275437.1|831926_832145_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420718.1|833130_833352_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420717.1|833348_834431_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_036773050.1|834809_834989_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375695.1|837692_837968_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065653755.1|838803_840261_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420716.1|840688_841897_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP038898|885577:948385|DBSCAN-SWA
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MISSVWALSNSSESVAAQVCFTPNEQCGSLIVSAINQAKTSVDVQADDFTSTSIANALRAAQKRGVKVQVLLDKSNVNSRNSVVAEFTKSKIPFLIDYKPAVAANKVILIDKKMVITGNFSFSEKNNNQSSGNVLVMRNAEITGIYLSNFEKRQKESEQLAAYCQGSTKCQFESVANKAVDATSKAADSAWNSTKSFWNKHTS
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MQPVKKVLLLGSGGLRISQAGEFDYSGSQAIKALKEENIEVILVNPNIATVQTDQHMADRVYLQPLNEATVTKIIEKEKPDAILLGFGGQTALNLGLRLEESGVLAEHHVTVLGSSVDTIRNAEDRDLFKNKLNEIGVKTAKSIAVTNAEDALNAAESIGYPIMMRAGFSLGGLGSGVVHSKKELEKRVSEVFSVAHQILIEENLIGWSEFEYEIVRDSAANALTICNMENFDPMGIHTGESIVVSPSQSLNNQEYHFLREIAIKVAHHFNIIGECNIQYAFNLETGEYRVIEINPRLSRSSALASKATGYPLAFIAAKLALGYKLYELKNSITKKTCAFFEPALDYIVVKIPRWDTHKLKKAERRIGTEMKSVGEVMAIGRSFPEALQKSIGMLNIGASCLSDYPHLIDQLENEIEYATDRRIFALYRYLLQGGTVEKANTLSNIDPWFLHHLHAMAQTELTIKNQQLTPELLLKAKRQGFSDKAIANLTNHDETTIRQQRISLNITPVVKQIDTLAGEFNAKTNYLYLTYHGDRHDIRPSQTPATLILGSGPYSIGSSVEFDWCGVTTAKTLKQLDERPIIINSNPETVSTDYDESDRLYFEQLTFERVQDIADFENHRGIIVAMGGQVANNLVNPLDKAGYSLLGTPAQSINQAENRELFSSLLNELTIDQPAWHAATSLNGAKAFAEDVGYPVLIRPSFVLSGAAMNVVFSEDEMEKYLKEASTVSPDHPVVLSQFIQEGKELEMDGVAMNGEIIIEAISEHIENAGVHSGDATIVLPPQKLYLETIRRTKKITRKIVKALNITGPFNIQFIAKNNQIQVIECNLRASRSFPFVSKVTNHNFIEIATKAIMGIRESGPFNTLDLDYVGVKSPQFSYSRLKGANPVPHVEMASTGEVACLGEDLNDAFFQSWQATEMSVPEKKIFLSIGGSRKPRLLEEITELHKLGWELYTTAGTHEFLLQNNIPSHCINKVSEGGEPNATTLIKKRKISLIINLPQGTRSSTSSQVTDGFRLRRLAIDHNIPLVTNLQGAQLILQCLAELHDKEVYAKSWQEFMNN
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MHASEFTFQQDDGLINGDWVRLVQPSLPLGTQINSLALTQAGDTLYINTQSVGSFLCQGDICNQLKHTLPQFNHSSHINFIAMLQKSNLIKIIKELPTDVSIFSARVIHSTKKIFVGTRAHSAYLYDKGAWQHLSASTKSPSLPKNSWVYTIASSHNGDKVLIGTMNHGAYLWRNNHWKHLTIATEHPLTKYSWIYKSSISKDGSTIVIATHSNGVFLYQNKHWQHLDNPNQSGLQKNTLVNSISMSDNGKTILLGTLLGAYLYQQGQWSRIHKHHHNLKLKTITATYVSPNGKTMLIGTQLGAIYIRQLELFN
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MFSDNRTELRQQFFDAWQKQENNKILSPLEATICQVIAEHPEYHFIFNHIDRYLDQDYLPELGETNPFLHLSMHLGIREQVATNRPKGIRQIHQSLRTKLNSELEAEHLMMDALAETLWQAQRDNKAPDENLYLKRLKKTLKQYK
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MLVKLLCLKKKEKIIVFLLGLLFIASSKNSFSDQLVKLSIPLQSQAKNKDNSESNTAVALSATSAIKKAPDLPVIPSLSIDHHRAMAASCDVKNYNVWGKCKLWLKPHQYMRVRSYNFGVPYNVANIELQLASQGTDAVVFTKVVNSAELDAGQVVMLSAVGRGGGVGRIFTSVSPIDRSQPVTIYLQNNGPSLVFIRVL
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MNYLEHAEHTENKVAKKLLTLMAEKQTNLSLSADVTSAAQLIQLADSIGPEICLLKTHIDIIEDFTPELTKTLKELANQHQFLIFEDRKFADIGNTVHKQFTAGIYKISSWADIINAHMLPGPGIIDGLKKDIDLEKTGLLLLAQMSSAGNLLHSDYTQATVNIAKTHNNFVMGFISREKLSDDPGMIHMTPGVQLQEGQDALGQCYLTPEHVIDHLGNDIIIVGRGIYNDNQPLKMAQSYRQAGWQAYLKRL
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MIKSAVAKIYSIVNISGEILFLNDAYIAFANLDRDQVIGRKAMDLLSITPKLFALAQASKDRRDIINGKKELIRREAIIASEKRFAIVTNDKLPLIDSGNIIGVINETDTGIEQLVQNRCFLNLKPMHYRGEVFGVSDMRLLCMLAQFEGIKPSDISSALKLKMNTVYMYRHNLLNKINNVFSGEKYNMADIAKDMFFETQVIAGQKILCIAGKKIVPKI
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MKKRNCPIITIDGPSGSGKGTIAQRLAEHFGWHLLDSGALYRAVAVAAELAETALDDEAALGLLAEHLDIRFTADPLGGVAVVLNGVDQTASVRADETSKKASEVSKLATVRQGLFECQRAFAKAPGLVADGRDMGTVVFPEADVKFYLTASANVRAERRYKQLQQRGIHANLDRLREEISARDQRDMSRPIAPLRPAADARVIDATELGIAEVLEIVLAEISTRLC
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MLGDFASLDVQNTYRGSDAYVTRFVTENEKGAEVSGAVADVDGKGVTVDLGEGVEGFIRTADVTEELKAGDAVSAYFVAVDRKNRNISLSMTSAEQPADKVVAVKAPRKEKVEAPVNATLGDLFKAAQAKDEE

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_144420805.1|898979_899591_+	DUF1669 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242976.1|900018_902607_+	ATP-dependent chaperone ClpB	K4FB40	Cronobacter_phage	4.3e-122	37.1
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WP_027242978.1|905086_908272_-	carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) large subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017375707.1|908275_909331_-	glutamine-hydrolyzing carbamoyl-phosphate synthase small subunit	R4TGJ8	Halovirus	1.5e-49	34.7
WP_027242979.1|909560_910163_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375705.1|910206_910869_+	PAS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375704.1|910903_911251_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046576.1|911719_912664_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|913213_914617_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027242980.1|915735_916080_+	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_027242981.1|916171_916627_+	glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_144420715.1|916875_917010_-	VOC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377756.1|917002_917644_-	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_017377755.1|917640_918357_-	bifunctional 2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase/3-demethylubiquinol 3-O-methyltransferase UbiG	NA	NA	NA	NA
WP_017377754.1|918360_919680_-	TRZ/ATZ family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_155046577.1|920361_920523_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773644.1|921484_924121_+	DNA gyrase subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	1.5e-98	32.6
WP_036773645.1|924162_925248_+	3-phosphoserine/phosphohydroxythreonine transaminase	M1Q1P2	Streptococcus_phage	9.8e-76	43.3
WP_017377749.1|925247_925931_+	(d)CMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_065653732.1|927539_927941_+	S1 RNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377747.1|928093_928348_+	LapA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377746.1|928426_928744_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377745.1|928896_929295_+	VOC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242983.1|929376_930015_+	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|930171_931146_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_144420804.1|931518_931794_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017375618.1|932343_932628_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036772261.1|934444_935038_+	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243172.1|936125_937007_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376527.1|937118_938798_-	energy-dependent translational throttle protein EttA	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	3.0e-39	26.6
WP_017376526.1|938924_940175_+	serine hydroxymethyltransferase	A0A219Y950	Aeromonas_phage	2.4e-102	54.4
WP_017376525.1|940250_940712_+	transcriptional regulator NrdR	NA	NA	NA	NA
WP_017376524.1|940708_941857_+	bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase RibD	A0A1V0SE20	Indivirus	4.7e-44	34.8
WP_017376523.1|941862_942537_+	riboflavin synthase	A0A2H4PQS5	Staphylococcus_phage	6.0e-31	37.7
WP_017376522.1|942533_943190_+	3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase	A0A2H4PQS2	Staphylococcus_phage	6.8e-40	44.2
WP_017376521.1|943315_943789_+	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase	A0A2H4PQS3	Staphylococcus_phage	2.4e-26	43.4
WP_017376520.1|943790_944213_+	transcription antitermination factor NusB	NA	NA	NA	NA
WP_047927196.1|944199_945219_+	thiamine-phosphate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_155046578.1|945378_945558_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243174.1|945776_946058_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875904.1|947509_948385_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP038898|952287:1019250|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_155046579.1|956330_956492_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|956807_957782_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
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WP_027243112.1|977581_978238_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017376997.1|992069_992909_+	NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF	I6XGV6	Vibriophage	1.0e-32	35.3
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WP_026063589.1|993947_994574_+	porin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377000.1|994889_995459_+	outer membrane beta-barrel protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377001.1|995602_996301_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
WP_017377003.1|997007_997631_-|protease	site-2 protease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_052106204.1|997740_998634_+	thiol:disulfide interchange protein DsbG	NA	NA	NA	NA
WP_017377006.1|998740_1000351_-	SpoVR family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027242879.1|1001664_1003587_-	PrkA family serine protein kinase	NA	NA	NA	NA
WP_017377007.1|1003697_1004000_+	DUF2835 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377008.1|1004094_1008981_+	NAD-glutamate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_047927528.1|1009028_1010351_-	Na+/H+ antiporter NhaA	A0A2H4J5W3	uncultured_Caudovirales_phage	7.3e-65	39.9
WP_036771855.1|1010475_1011570_+	fusaric acid resistance family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242877.1|1011621_1012560_+	signal peptide peptidase SppA	A0A2I6UGK8	Salinibacter_virus	4.9e-15	30.1
WP_026063591.1|1012640_1013225_-	septum formation inhibitor Maf	NA	NA	NA	NA
WP_027242876.1|1013609_1014500_-	Rossmann-like and DUF2520 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377014.1|1014702_1015194_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242875.1|1015333_1015825_-	Spy/CpxP family protein refolding chaperone	NA	NA	NA	NA
WP_016209885.1|1015993_1016707_+	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
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WP_048875904.1|1018374_1019250_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP038898|1024863:1087678|DBSCAN-SWA
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MFTSTPHIEPAKGTTSHIADLLQLTQQARRLPIRLAHFAKSPTSGPHPSIFRGRGMEFEEVRHYQPGDDVRAIDWRVTARTGQLHTKIFRQEHERPFHFIVDHSHSMQFGTRVCFKSVMADYSCAALAWLAFHHGHRIGGAIVHEQPIWLKSQAGKKGLFSLLNKMTTTHAPHQSQQLSNTLEQFIHHSRGGEILIIFSDFFDFSEHTQSLLKQLSYHYDIACIHIQDPLEQRLNQQGNYHFSNGKQTVNITIRSQKDKKYYSDYMSKLHEEKQHFFIKNGIAYCTISTDQDPIVALEQAITDQPLLRRQL
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MLNKSSFFILLLINVIFFGLRRQMIKHIDVLNDHVLVSNNSFFSADCALRIRELHLTPLLTQGHKVNLDFEGIESINDEILSSLFKGLANETRLTEKELRGQLMNLNLDLFTSITARQYMMKEA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_036772457.1|1070952_1071261_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_CP038898|1096378:1147525|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377787.1|1213413_1213641_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
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WP_017375890.1|1224748_1225312_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|1225481_1226885_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027242999.1|1227851_1228946_+|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NZ_CP038898|1245188:1292913|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

>NZ_CP038898|1317020:1358230|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP038898|1317020:1358230|1336886_1338071_+|WP_027242960.1|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_087910645.1|1318214_1319367_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	8.9e-59	44.2
WP_048876022.1|1319780_1320632_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420700.1|1320769_1320919_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017377952.1|1321543_1323910_+	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/enoyl-CoA hydratase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377953.1|1323957_1325154_+	acetyl-CoA C-acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027242965.1|1325722_1328155_+	acyl-CoA dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_036773041.1|1328476_1329976_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242964.1|1330084_1330657_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242963.1|1330971_1332441_+	type VI secretion system tip protein VgrG	NA	NA	NA	NA
WP_017377960.1|1332513_1333263_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876021.1|1333266_1334040_-	enoyl-CoA hydratase	NA	NA	NA	NA
WP_027242961.1|1334138_1335089_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377963.1|1335228_1336671_+	PLP-dependent aminotransferase family protein	A0A1X9I5H2	Streptococcus_phage	3.5e-20	24.2
WP_027242960.1|1336886_1338071_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017377966.1|1338194_1338881_+	7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC	A0A2H4J8Q7	uncultured_Caudovirales_phage	2.8e-28	36.0
WP_026063694.1|1339016_1339601_+	superoxide dismutase	NA	NA	NA	NA
WP_144420699.1|1339690_1340020_-	ribosome-associated translation inhibitor RaiA	NA	NA	NA	NA
WP_017377969.1|1340355_1340595_+	membrane protein insertion efficiency factor YidD	NA	NA	NA	NA
WP_017377970.1|1340643_1340835_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275334.1|1341609_1341903_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420698.1|1342051_1342213_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017378162.1|1342727_1343267_-	porin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378161.1|1343605_1344250_-	porin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378160.1|1344583_1345234_-	porin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378159.1|1345757_1346810_+	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017378158.1|1346827_1349908_+	efflux RND transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

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MTTPDYQALFISDLHLSPEQPKLITLFLDYLSKTAIHSQALYILGDFFEFWIGDDDPEPLYQEIQQALQQASQTTNIYFMPGNRDFLLGSTWCQSAGMTLLADPSVIMINDHAILLSHGDLYCTEDISYQRYRYWVRKPWLQRCFLFLPLTWRLKIASNIHQVGRQKQETYLKPIDIHEETIKHYSQKYQSNRLIHGHTHRLGWHNHNYCQRWVLGDWRDKATDLCVYPSGKWQLRDHQPT

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_027242911.1|1396096_1397113_-|tRNA	tRNA dihydrouridine(20/20a) synthase DusA	NA	NA	NA	NA
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WP_017376672.1|1399083_1402140_+	efflux RND transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
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WP_144420690.1|1415030_1415960_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.2e-60	44.9
WP_026063521.1|1416874_1417291_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929528.1|1418419_1419136_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376099.1|1419884_1420043_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_075275424.1|1420811_1421090_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376100.1|1421154_1422030_-	ParA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876018.1|1422195_1426062_+	ATP-dependent RNA helicase HrpA	A0A1V0SBU4	Catovirus	1.6e-51	26.5
WP_017376103.1|1426217_1427027_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376104.1|1427076_1427898_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_017376105.1|1428097_1429330_-	chemotaxis protein CheV	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	8.9e-33	27.2
WP_017376106.1|1429500_1430226_-	UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017376107.1|1430268_1431807_+|tRNA	glutamate--tRNA ligase	A0A2K9L594	Tupanvirus	2.6e-05	22.4
WP_017376108.1|1431813_1433199_+|tRNA	cysteine--tRNA ligase	A0A2K9L6B7	Tupanvirus	3.4e-49	29.7
WP_048876011.1|1433512_1434562_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_051929549.1|1435121_1435499_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420688.1|1435690_1436566_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017377787.1|1437547_1437775_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
WP_048876149.1|1437827_1438346_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_18

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_18

>NZ_CP038898|1442644:1628210|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_19

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_19

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_20

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_20

>NZ_CP038898|1787559:1838044|DBSCAN-SWA
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MEQWTLSAWLSWAEQQHTDEMCFGLERVRTVASHLGLLAVEPIVITVGGTNGKGSCVAFLEQIYTAAGFQVGSFTSPHFLHYNERIRLHGEEVSDEWLCQAFSTIAQAITATNTALTFFEINLLNALWVFKQHALDMILLEVGLGGRLDAVNIIDADLALISSIALDHEAWLGTDRESIAKEKAGILRAQGLAVCGDDQPPHSLIDYARELGASLSLQGNDFGFEIHGDSWGWWNAETELHELPIPKLALDNASSVLQVVSVLQDRLPVKRDAIAHGLKHAKLTGRFQVIHNGTLLTILDVAHNPAAAKYLATQLSKEACSGKTWGLFAIMADKDITGVVQQLFRSIDQWVVADLSIARAAPAVAVQEMLYQQGCRVESQCFTDVGDAYDAILAQAQPEDRVLVFGSFFTVADWLSYAAL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017376461.1|1788807_1789071_-	carbon storage regulator CsrA	A0A2I7RT00	Vibrio_phage	4.1e-12	68.6
WP_017376460.1|1789377_1791972_-|tRNA	alanine--tRNA ligase	A0A1V0SK38	Klosneuvirus	2.4e-88	41.3
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WP_017376458.1|1792428_1793469_-	recombinase RecA	A0A0S2MVG1	Bacillus_phage	5.8e-118	66.3
WP_017376457.1|1793643_1794129_-	CinA family protein	B5TK85	Pseudomonas_phage	8.0e-38	56.9
WP_017376456.1|1794236_1796807_+	DNA mismatch repair protein MutS	A0A1V0SJ67	Klosneuvirus	3.5e-31	23.0
WP_017376455.1|1796840_1797302_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773947.1|1797638_1798514_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_017376450.1|1801323_1802829_-	amidophosphoribosyltransferase	A0A0M3SGR2	Mollivirus	7.7e-87	40.4
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WP_017376447.1|1804903_1805776_-	acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_026063532.1|1805877_1806666_-|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
WP_017376445.1|1806758_1808084_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376444.1|1808437_1809613_-	formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017376443.1|1809781_1810435_-	glutaredoxin 2	NA	NA	NA	NA
WP_017376442.1|1810590_1812531_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	1.8e-72	33.0
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WP_036773116.1|1813315_1814290_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.6e-29	32.9
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WP_053856767.1|1815178_1816582_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_048875986.1|1817473_1817971_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771639.1|1817967_1818942_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
WP_155046598.1|1819021_1819591_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875984.1|1819735_1820272_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017375549.1|1820276_1820573_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875983.1|1820581_1821187_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	6.3e-48	49.5
WP_017378212.1|1821372_1821771_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420662.1|1821961_1822165_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046599.1|1822309_1822465_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017378214.1|1823158_1824631_-	catalase	A0A2K9L572	Tupanvirus	3.3e-98	46.5
WP_016211840.1|1825069_1825534_-	DNA starvation/stationary phase protection protein	A0A0A7RTZ1	Clostridium_phage	4.7e-19	32.9
WP_144420785.1|1826222_1827473_-	AMIN domain-containing protein	A0A067ZJB6	Vibrio_phage	1.7e-15	27.4
WP_017378219.1|1827582_1828053_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE	NA	NA	NA	NA
WP_047927040.1|1828075_1828669_-	oligoribonuclease	A0A1B3B0T8	Gordonia_phage	1.2e-14	29.6
WP_027242798.1|1828806_1829856_+	small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA	NA	NA	NA	NA
WP_017378221.1|1829879_1830803_+	phosphatidylserine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_016211418.1|1830819_1831281_+	YaiI/YqxD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378223.1|1831388_1832207_+	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046600.1|1832816_1832960_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378228.1|1837123_1838044_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-dimethylallyltransferase MiaA	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_21

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_21

>NZ_CP038898|1900335:1915651|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_22

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_22

>NZ_CP038898|1944324:1993196|DBSCAN-SWA
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MKDKKQYKRYSTAFKEEAVALVTEQGYSAQQAADAVGVRTNMIYRWKDQHDKEANSTLTPDEKAELQSLRKKVKQLQMEKEILKKASAFFAKEMK
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MNTALHETDIAKTTAPVTTCQLKGSLFTLTVLLIYNSDINQLEKELQEKVKYAPHFFQHTPTVLDISQFKPAEVPDFFSIQACCRRLGLIPVAVRGGNQTQHMGAQHAGFAILPAAKEEPAVKKTVTIASKQQRQEPSARSPSAQSQSVTADKAPSVTETTSKAKNKIITKPVRSGQQIYNGEGDLIILSSVSPGAELIADGNIHVYGTLKGRALAGVNGNQHARIFCGRLEAELISIAGQYKINEEIQCYSQDNHLQIYLEHNQLLIRPL
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MSLSGDSLSKSSNARWKIYNREVKLIDGTSLTMADSEENQSRYPQHDAQKAGAGFPIMRLVAIMSLTTGGIIDYAVGAYKGKGTGEHALLRQIKDSIHKDDIVMGDRYFPCFFVMGDLQSIGADGIFKAHSQRKYDFRKGRKLGSKNHLVIWKKPHKPDWMTQETYDSYPDQMTVREFKIKGEVYVTTFQDHKKYNKVALANHYKQRWHIEINFNSLKTIMSMDHLRSKTPDMVHKEIAVHFLAYNLIRTLIAEACRNTERLPIQVSFKGVIQLFNSFVSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP
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MPLLPQWNAILLEDTNKKRNKPSQMSTSEIMTIMIYFHKSNYRNFKMYYLHVIKGRMVKYFPNSVSYNRFVELMPSILLPLCFFIAAQGKTATGIYFVDSTILRVCHEKRASQNRVFKGLAKKSKSTMGWYYGFKLHIIVNDMGELMAFKMSKATTDDRVVLPKMAENLTGKIIGDKGYISQKLFDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLRKRGIIESVFDQLKNISQIEHSRHRSADNFMVNIVAGLAAYCLQEKKPSLGIKYNLLNG
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MKFSLTQTAAHTIKSDCLVVAIFEGKELSETATAIDQATDGLISRFIARGDINGKSGQSLLIPEVSAITAERILLIGAGKKDKLTDLHFKTLHTKAMTKLKELTLNQVTFSTLELAICNNNAADKLSLAMQAIDASYYRVDGLKSQPKEQHIPDEFSFIGHASEADLSNANALLAGIHLTKDLANAPGNICTPSHFAKTAQELAQQYTRITTQIIDEEEGRDIGLNSFLAVGQGSEEPSKFIIMQYQGADNKDEAPIGFIGKGISFDSGGISIKPGEGMEGMKYDMCGAASVFGVFKAAAQMNLKKNLVGIIVAAENMPDGKALKPGDILTSYSGQTIEVINTDAEGRLALCDGLSYIEKFKPHAVIDIATLTGACVVALGEHNTGLMSNDDTFAKTLLQAGKEAADKAWQLPLDEEYQEQIDSPFADMANIGGRAAGTITAACFLSRFAKNYTWAHLDIAGSAGGVFDKKKGATARPVPLLMRYLSALT
>NZ_CP038898|1944324:1993196|1973516_1974434_-|WP_017376415.1|DBSCAN-SWA
MDVVIIGATGLIGSALIFKLYRQHEITAVGRDVRVVRQQFPFCKSLALQDLGLEDLAACDVVINLAGENIGQGRWREARRAKIINSRISVTQQVVTLCRKLGQEAPRVFNASAIGVYGLQETTASISPQLTEESPLPSPPTDFLSEVAIDWENVLKLLDPEKVLQLRFAVVLASNGGALPKLALPFYFGCGGKIASGQQMVSWVALKDVVAAIVFLLERPLLWGAFNIVAPECVHQYQFAAVLADVLKRPNLMWTPGFLLQLVYGQMAKELILKGQYVVPKRLLDVGFQFQYGDLARALQDIYSE
>NZ_CP038898|1944324:1993196|1948609_1949425_+|WP_017376420.1|DBSCAN-SWA
MKVVSFNTNGIRARLHQLEALIHTHQPDIIGIQETKVIDENFPIQAIEKLGYHAYFYGQKSHYGVALLSKHPLNHITKGLPQESEEAQRRMIAGQISLPNNKTLTILNGYFPQGESCHHDTKFPYKRQFYKNLIDHLHQHFSPHDLLIVMGDFNICPNDIDIGIGEQNAKRWLKTGACSFLPEEREWYQTIQTWGLDDSYRKHYHDSTEFYSWFDYRSRGFEREPRRGLRIDHILATSPALEYCVDAGIDYAIRSMEKPSDHCPIWAEFNF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_144420657.1|1944324_1945386_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420656.1|1946097_1946259_+	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017376418.1|1947175_1947715_+	DUF2975 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376419.1|1948097_1948514_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376420.1|1948609_1949425_+	exodeoxyribonuclease III	NA	NA	NA	NA
WP_017376421.1|1949557_1951051_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420655.1|1951236_1951662_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376423.1|1951658_1953719_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376424.1|1954002_1954818_+	septum site-determining protein MinC	NA	NA	NA	NA
WP_017376425.1|1954918_1955737_+	septum site-determining protein MinD	NA	NA	NA	NA
WP_027242802.1|1955733_1956102_+	cell division topological specificity factor MinE	NA	NA	NA	NA
WP_075275409.1|1956283_1957111_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017375910.1|1957174_1957903_+|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.1e-43	41.8
WP_017375910.1|1958305_1959034_-|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.1e-43	41.8
WP_017376428.1|1959423_1960149_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875975.1|1960183_1964056_-	tandem-95 repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376430.1|1964256_1965390_+	patatin-like phospholipase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063530.1|1965403_1965592_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376433.1|1965815_1967174_+	MFS transporter	Q6JIH2	Burkholderia_virus	3.9e-37	26.0
WP_036773947.1|1968780_1969656_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048875973.1|1970167_1970803_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080999981.1|1970815_1971289_-|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	2.9e-32	48.0
WP_155046603.1|1971216_1971369_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929627.1|1971562_1971913_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376231.1|1971972_1972260_-|transposase	IS3 family transposase	A9YX41	Burkholderia_phage	2.2e-06	37.2
WP_144420654.1|1972312_1973092_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376415.1|1973516_1974434_-	TIGR01777 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376414.1|1974485_1975241_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242801.1|1975308_1976583_-|tRNA	serine--tRNA ligase	A0A1B1IVT2	uncultured_Mediterranean_phage	1.7e-90	50.9
WP_017376412.1|1976703_1977381_-	M15 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_017376411.1|1977581_1979006_+	aminodeoxychorismate synthase component I	A0A0B5J984	Pandoravirus	3.9e-40	33.4
WP_016209938.1|1978980_1979619_+	transglycosylase SLT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376410.1|1979981_1980260_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376409.1|1980493_1981438_-	protein translocase subunit SecF	A0A1B1IVP7	uncultured_Mediterranean_phage	2.4e-38	35.2
WP_017376408.1|1981459_1983328_-	protein translocase subunit SecD	NA	NA	NA	NA
WP_017376407.1|1983348_1983702_-	preprotein translocase subunit YajC	A0A1B1IVR5	uncultured_Mediterranean_phage	1.1e-07	46.5
WP_026063528.1|1983740_1984856_-|tRNA	tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt	A0A1B1IVQ4	uncultured_Mediterranean_phage	2.2e-94	49.2
WP_017376405.1|1985040_1986081_-|tRNA	tRNA preQ1(34) S-adenosylmethionine ribosyltransferase-isomerase QueA	NA	NA	NA	NA
WP_027242800.1|1986083_1987118_-	LPS export ABC transporter permease LptG	NA	NA	NA	NA
WP_017376402.1|1987114_1988176_-	LPS export ABC transporter permease LptF	NA	NA	NA	NA
WP_017376401.1|1988287_1989760_+	leucyl aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	1.8e-43	30.2
WP_017376400.1|1989912_1990356_+	DNA polymerase III subunit chi	NA	NA	NA	NA
WP_017376399.1|1990424_1993196_+|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A1V0SK04	Klosneuvirus	6.9e-150	39.4

Sequences of DBSCAN-SWA_23

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_23

>NZ_CP038898|1997627:2046494|DBSCAN-SWA
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MIYQHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFRQISEEAKMLIHQRLKTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEVISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHILNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
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MKPAELERYARHFVLPGVGVAGQEKLKQARVLCIGAGGVGSPVLTYLAAAGVGHLAVMDADCVDSSNLQRQILFTEDDLGRPKALAAQQRLQAQNSMIQVQGINENLTIENALEVMRFFDLVIDGSDNFTARFLVNDACVQLNKPFISASVFQFSAQLALLQPKDHSCYRCLFPEKPKPDELPNCNEAGVFGAVTGMVGTMACSLALNYLLGEVIAPALHQIDARALSVRSVKLQRNEDCPACRQKVDFPQLLLEEEQKHQQTCEATCLESALERAPECSVDELESRLNQGAVLLDVRELWERALIAIPGHTVHMPLGQLEMSSLDANQHYIVYCKVGARSAHAVKLLSQVGFDVENLAGGIMAWQSQNTLV
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MRLLIIITMLLPVFQVKAHTQVTFQGMPATGRSFKFTGMGFYHIKDGKIIEFWLENDMSDFMAALEGSQSL
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MLKKHKITASMSSVGACVDNAVVERFFGSLKHEWLLNVIHLTRDTMKEDVEAYIRYYNHDRLHTANGNLSPINFEKSQLKVSNMT

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_087910639.1|2012986_2014186_+	PLD-like domain protein	NA	NA	NA	NA
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WP_144420782.1|2029862_2031374_-	B-type flagellin	NA	NA	NA	NA
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WP_036772822.1|2037737_2038685_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027242893.1|2039330_2040059_-	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_047927085.1|2040048_2040795_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080963566.1|2040778_2041843_-	DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377789.1|2042047_2043235_+	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377788.1|2043291_2044410_-	hypothetical protein	A0A1V0SIK8	Klosneuvirus	1.0e-11	29.3
WP_047927086.1|2044857_2045115_-|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	4.1e-09	47.8
WP_155062818.1|2045056_2045257_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420652.1|2045394_2046072_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.6e-34	38.8
WP_017375591.1|2046290_2046494_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_24

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_24

>NZ_CP038898|2066194:2115729|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_24

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MRIITKPTTAKCNIQAYIRYLLSEPVRTSCTGLSDVLLNISHDSVNRFLLRENYRPEDLWTEVSEKIDLNNGVLSVDDMVIDKPYSNAEKTDLIGFFYSGKHHCVVKGVNVITLYYTDQHDVSVPINFRIIDPDEGKTKNEHFREMLQQVLSWGLQPSWVTRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP

Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_25

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_25

>NZ_CP038898|2130298:2189851|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_25

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MTGFSNTSYVELTLNIEVIIEQLLDQVHGDSWLSEQSVDQLTAYIIEEAYELVTAVSTKNSLFIKDELADVLYQVLLQAHHQGISLGEVIGHLEKKLK

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_026063687.1|2131809_2133408_-	glutamate--cysteine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_017377894.1|2133564_2134191_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242839.1|2134271_2136944_-	Rne/Rng family ribonuclease	NA	NA	NA	NA
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WP_048875958.1|2138881_2139745_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377899.1|2139734_2140526_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771957.1|2140830_2141802_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017375746.1|2142150_2142459_-|transposase	IS30 family transposase	H7BVY4	unidentified_phage	1.7e-09	41.4
WP_048875957.1|2142455_2143112_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	9.6e-10	31.9
WP_017375749.1|2143245_2143731_-	DUF2802 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375750.1|2143808_2144330_-	chemotaxis protein CheW	NA	NA	NA	NA
WP_017375751.1|2144375_2145269_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242840.1|2145265_2146087_-	ParA family protein	H7BUL8	unidentified_phage	3.9e-16	33.0
WP_155046605.1|2146281_2146431_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275292.1|2146658_2147489_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046606.1|2148894_2149065_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242841.1|2149217_2150621_-	ribosome biogenesis GTPase Der	NA	NA	NA	NA
WP_048875956.1|2150730_2151972_-	outer membrane protein assembly factor BamB	NA	NA	NA	NA
WP_080963644.1|2151958_2152690_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376088.1|2152701_2153979_-|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A2I2L577	Orpheovirus	3.6e-21	24.8
WP_017376087.1|2154078_2154453_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376086.1|2154537_2155425_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376085.1|2155482_2156211_-	type IV pilus biogenesis/stability protein PilW	NA	NA	NA	NA
WP_036771725.1|2156207_2157317_-	23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase RlmN	NA	NA	NA	NA
WP_017376083.1|2157468_2157897_-	nucleoside-diphosphate kinase	A0A167REB2	Powai_lake_megavirus	1.8e-17	39.4
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WP_017376081.1|2158340_2159552_-	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_26

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_26

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ACTAAGCCGCCATCAAATACTCTAAAAAAACATGATTAGGTGAGCGATAATTCAAACTCGCTCTTCTTCTGGTGTTCAATGTATGCTCTATTTTTGCTATTTCTTTGTCACTAACTTCATTAAAATCCGTCCCTTTAGGTAGAAAACGCCTTATCAAACCATTTGTGTGCTCATTTAGACCTCTATCACAAGAACGATAAGGTCTAGCAAAGTAAAAGTCTGCTTCAGTGATCTTTGAAATGGCCTCATGACCGGCAAACTCTGTTCCGTTGTCAGAAGTGATGGTTTTAAAATCAAAGAAAGTTGAGCCAACCACATTCATGAATGTATTGATAACAGTCTTGGCTTGTTTGTTAGGCATTTTCCTTATACAACACATTTTATTCGCCTTATCGACCAGTGTTAATAAATAAGATTGGTGGTCACGACCCACAACCGTATCAATTTCAAAATGACCAAACTCTGTCTTTTCATCAGCAATAGCAGGCCGTTGTTCAATACCAACGCGATTAGGTATTTTTGTTTGATCACCACGACTCACCTTCTTCTTATAAGGTTTTCCTGAATGAGGCAGGTTTTTGTAAAGCTCTCCGCCCTGCTCTCTATCATCATAAATATAACGGTAAATCGTGCTCTCACTCACCTGAATATTATGCTCACGTATAAGTTCTTGACTGATAACATCGGGGGATGTATGAGTCTTTAACCGCTGATGAATTAACATTTTTGCCTCTTCTGAAATTTGTTGAAAAGCTTGTCCTTGCTTAGCCTTAGCTCGTTTTTCTTGTGCGCAGCGAGAAGTAAGCCGGTGACAATAAAGACCTTTAAAATCGATTGGGGTGTGCCGTTTAATCTCACGGCTAATCGTGCTAGGAGAAAAGCCAAGTGCTCTAGCAATTGATCTGAGCGAGTCTCCCTCTGATAACCGTTGTTCGATATAAAAACGATCTTTTTCATTTAAGTGCCGATAAATCATCTCTACCCTCTAAGTCAAAAGGAGAACTAGAGAGTTTATCTGTATGAATATGAACTCTCTACTGAGTGTTGCACTTCAGATGACGGAGGGCGAAATTAAGGACAGCATTCATAAGGATGATATTGTGATGGGTGATCGGTATTTCCCTTGTTTTTTCGTGATGGGTGATTTGCAGTCAATAGGTGCTGATGGTATTTTTAAAGCACATTCACAGAGGAAGTATGACTTTCGTAAAGGAAGGAAGTTGGGTTCAAAAAATCACCTTGTCATTTGGAAAAAGCCTCACAAACCTGACTGGATGACACAAGAAATATACGATAGTTATCCTGATCAAATGACGGTAAGAGAGTTCAAAATCAAAGGGGAGGTTTATGTAACAACTTTTCAAGATCATAAAAAATACAATAAAGTTGCATTGGCTAATCATTACAAACAAAGGTGGCACATTGAAATCAATTTCAACAGCTTAAAAACCATTATGTCAATGGATCATTTAAGAAGTAAGACACCTGACATGGTACATAAAGAAATTGCAGTACACTTTTTAGCATACAACTTAATTAGAACGCTTATTGCAGAAGCTTGTCGTAATACTGAACGCCTTCCTATACAGGTTAGTTTCAAGGGTGTAATACAGTTATTTAATAGCTTTGTGTCATTACTCAGTTTCTCGGCAGACTGTAATAAAGCCCATGCAATATTGTTGCATGCAATCATAAAAAACAAGGTTGGGAATAGGCCTGGACGGATTGAACCTCGGGCTGTTAAAAAACGTCCCAAAGCATTCAGGCGACTGAATAAAAGCAGGGAATTGGAAAAGGCAGAAATAACTAAAAGAATGAAGAAAAATAGCAATAAAAAATGTTCATCCGCTCCTTAAGGTAGTGCCATTATTCTATAAACTAATGGCACTACCTTAAGAGCTAGATCTGAACAAAAACGCACTTTAGCGCAATAATCACTTGAAGTCAGCAACCGTATAAGGTTGTATATTTTCGTCTAACAACTCAGACGGAAACTGACAGATGCATTATGTAATTAATAAACTAAAATCACAAATTGAAAAACAAAAAGCAACCCTTTTAGATGATGAAGGAAGTCTAAGCATTGAAAGCCTTCTGTCCTCCGATAAGTTTCAAAGCATCATCAACAATTGCCGAAGCTTTAGATCGCGTTTTTATACGCCATTTGTAACACTCATACTATTTATACGGCAAGTACTCTCTCCAGATAAATCATGCAAAAATACGGTTGCTACTTTCCTTGCATCAGTGTCGACAGAGGATAATAATAACATCCCATCAAGCAATACAGGACCTTACTGTAAAGCACGTCAAAAGTTACCAATAGAAACGCTTGAATCACTCGTTAAACTCAGTGGAGATAGTTTATCTAAAAGCAGTAATGCACGCGCTGCGAGCCATGGAGTGCTAAGCACGGGGTGAGTAGGCCGAGGTAGGTTCGGGTTTTTAGCAGAGCGGAGTTGCGAAAGGCCGTTAGGTCTGTAGCAAGTGTAACGAGTGTCTAAAAATCTATACGAACCGTAGAGTCATGTGAGAGCACAGTAGTGGAGTGTGCCGCTTCAAGGCACGTAACGCTGTGTGACGCGGACAGCCGAGGGTTTATAGTCGTCGCGTTTTGCTCGGCGATTTTGCATCATTGGATGTGCAAAATACCTACCGAGGTAGCGACGCTTACGTTGGAAGATTTATAATCGAGAGGTGAAGCTTATTGATGGGACAAGCCTTACGATGGCAGATAGCGAGGAAAATCAATCACGTTATCCTCAACATGATGCTCAAAAGGCAGGCGCAGGCTTCCCTATTATGCGACTTGTTGCCATTATGTCACTTACAACGGGAGGCATTATTGATTATGCAGTTGGCGCTTATAAAGGTAAAGGAACGGGTGAACACGCGCTGTTAAGACAAATTAAGGACAGCATTCATAAGGATGATATTGTGATGGGTGATCGGTATTTCCCTTGTTTTTTCGTGATGGGTGATTTGCAGTCAATAGGTGCTGATGGTATTTTTAAAGCACATTCACAGAGGAAGTATGACTTTCGTAAAGGAAGGAAGTTGGGTTCAAAAAATCACCTTGTCATTTGGAAAAAGCCTCACAAACCTGACTGGATGACACAAGAAACATACGATAGTTATCCTGATCAAATGACGGTAAGAGAGTTCAAAATCAAAGGGGAGGTTTATGTAACAACTTTTCAAGATCATAAAAAATACAATAAAGTTGCATTGGCTAATCATTACAAACAAAGGTGGCACATTGAAATCAATTTCAACAGCTTAAAAACCATTATGTCAATGGATCATTTAAGAAGTAAGACACCTGACATGCTACATAAAGAAATTGCAGTACACTTTATTAGCATACAACTTAATTAGAACGCTTATTGCAGAAGCTTGTCGTAATACTGAACGCCTTCCTATACAGGTTAGTTTCAAGGGTGTAATACAGTTATTTAATAGCTTTGTGTCATTACTCAGTTTCTCGGCAGACTGTAATAAAGCCCATGCAATATTGTTGCATGCAATCATAAAAAACAAGGTTGGGAATAGGCCTGGACGGATTGAACCTCGGGCTGTTAAAAAACGTCCCAAAGCATTCAGGCGACTGAATAAAAGCAGGGAATTGGAAAAGGCAGAAATAACTAAAAGAATGAAGAAAAATAGCAATAAAAAATGTTCATCCGCTCCTTAAGGTAGTGCCATTATTCTATAAACTCCATAGAGCTATAAACTATGAAAAAGATCCCGTGTTGCAAAACCTTTTATCTGCCCAGTATAATTTTTTGCCAAGCCCATCACTTTAAACATCTCCCCCATTTCTGTTGGTAATGTTAACTGCTTAACTTGCTGAGTTAGTTTTAATTGTTTCAACGAATCTTGCTCTTTTTGTAGCTTTTCTTCAATGCAATTTAATAAGCCTGCATTTAATAAAAAGTTAGCCTGGGTATTAAAGCCGACAAGACTAAACCCTGCTTGATCAGCTGCGTTAGCCACTTCAGTAAAATTAACATGGCTGGTAATATCTTGCAGCCCTGAATAAGCAAATACCTCTTGATGGACACGGTGGCGATAAAAAGCACGCAAGGTACCATCTATACGCTCTGGATGAAAAACCTCGCAAGCACTACCACCATAGTCAATCAATAGTACCACCCCCGCAGCCATCGCATGATATAGCCCAGAAAGCCAAGGTTTCAATGCCACATTTAACTCAGCCTTTGTGCCATCAACTAACTTATAATTCATAATGCATTGATCAAGCTCAGTTTGGACAACAGATTGTTCACGCCCCATTGCTTGCCAACAAAATTGGTTCTTATCTAAGCCAACCCCTAACTCAACCGCCCGCTGATTAATTACTTCAAATACATGGACCGGCATTGCATCCAGTACCTCATTGGCAATCACAACACCACTAAAATGCTCTGGCCAGGTACTTAACCATTCAACCCGCGATACAATAGTTTCACCTAATTGAGCAATACATTCACGCTGGCGCTCTATTAAGTCAGGACTGAGCTCTAAAATAAGGTACTTTTCAGGCAATTGATTAAGCTCTGCAAGCTTACTTAACAATCCACAAGCAAGTGCACCACTGCCAGCACCAATTTCTAATAAGGTACGCTCTTTTTGCTCAAATACACTTAAAATTTCCAGCGCTTGCAAAGCCAAGGTCTCAGAAAATAAAGAAGATAGTTCAGGTGCGGTAATAAAATCCCCCTCAGCACCAAACTTACGGCTTCCTGCCATGTAATAACCCAAATTAGGCGCATATAAAACATGCTCCATAAAACGCTTAAACGACAGAATATGATCAGGCTGGAGATTAATCTCATGCTGCAATAATTGTACAAGCTTTTGGCTATGAGCTACCTGTTCTGCACTTGGCTTGGGTAATTTAGCCAACTCTTTTACTAGTTCTTCACCTGATTGCATACGCACCGCCTCTCACATTCATTCAACAATTACCCTCAACAACAATATCATTCACTCACTGT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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_27

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_27

>NZ_CP038898|2270273:2331241|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_28

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_28

>NZ_CP038898|2352083:2379736|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017377303.1|2356089_2356965_+	bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD	A0A249XZQ2	Enterococcus_phage	9.8e-34	39.7
WP_075275279.1|2357080_2357752_-	M48 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_017377301.1|2357931_2359287_-	O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase/cysteine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017377300.1|2359407_2360145_-	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_144420629.1|2360223_2360940_-	aldolase	NA	NA	NA	NA
WP_036771756.1|2361588_2362863_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016209646.1|2362893_2363469_+	VOC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377295.1|2363513_2364479_-	aldo/keto reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	1.8e-44	38.1
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WP_017377293.1|2366634_2367063_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875930.1|2367048_2367993_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046611.1|2368197_2368350_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_087910637.1|2368378_2369113_-|transposase	IS3 family transposase	Q6H9S3	Enterobacteria_phage	2.0e-24	31.3
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WP_053093666.1|2375547_2376225_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.4e-48	47.4
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Sequences of DBSCAN-SWA_29

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_29

>NZ_CP038898|2418980:2546732|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_30

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_30

>NZ_CP038898|2556453:2607867|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_31

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_31

>NZ_CP038898|2617161:2735621|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377815.1|2638338_2639877_-|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	3.5e-87	36.5
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WP_027243005.1|2642596_2643223_+	ribonuclease T	NA	NA	NA	NA
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WP_017377798.1|2655452_2656103_+	isoprenoid biosynthesis glyoxalase ElbB	NA	NA	NA	NA
WP_075275388.1|2656250_2656940_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_146619442.1|2659105_2659768_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771639.1|2659901_2660876_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
WP_017376009.1|2662230_2662521_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376008.1|2662842_2663880_-	fructose-bisphosphate aldolase class II	NA	NA	NA	NA
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WP_017376003.1|2670163_2671324_+	methionine adenosyltransferase	A0A2H4PQS6	Staphylococcus_phage	2.8e-121	58.7
WP_017376001.1|2671560_2672676_+	DSD1 family PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_017376000.1|2672838_2673363_+	inorganic diphosphatase	A0A2H4J8U1	uncultured_Caudovirales_phage	1.5e-50	58.4
WP_017375999.1|2673362_2673893_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_32

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_32

>NZ_CP038898|2773399:2826470|DBSCAN-SWA
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MSSVEIKTPVFPESVTDGTIVAWHKQPGEAVEQEETIVEIETDKVVLEVPAPADGVLEAIAANEGDTVVAEQLLGTIKEGAVAKEQSAVAAPATESQPQPAAQVAPAAKSTALAAKAPEVEGHLSPSLRRKVGEGVDVSSILGVAPEAAGRLEKRVPMSRLRARVAERLLEAQHNNALLTTFNEVNMKPVMDLRKQYKDKFEKDHDARLGFMSFFLKACVVALKEFPEVNASVDGTDILYHNYYDIGVAISSPRGLVVPVLRNVDQLSFAGVESGIIDYAYQARDGKLAMEDMMGGTFTVTNGGTFGSMMSTPIINPPQSAILGMHNIVERAVVEKGEIVIRPMMYIALSYDHRIIDGASSVRFLVRVKEMLEDPARMLLNV
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MSQVKEKFLKDYMPPNYWIHTTDLTIDLYEDHALVTTTLGLERNSAHPAPNNTLVLNGEHLELISLRLNQTVLQPNDYTLTDIDLTLHNLPERSELEIITKTKPQENTALEGLYRSGSMFCTQCEAEGFRRISYYLDRPDVMAKFTTRITADQKKYPVLLSNGNKIDSGPLDNGRHFAVWQDPFKKPSYLFALVAGDLDCLRDQFITRSGRKVALEIYTEHGKINECQHALESLKKSMRWDEERFNLEYDLDIYMIVAVSDFNMGAMENKGLNIFNTKYVLAQAETATDSDFLAVESVIGHEYFHNWTGNRVTCRDWFQLSLKEGLTVFRDQEFSSDLNTRAVKRIQDVNIIRSAQFAEDASPMAHPIRPESYIEMNNFYTVTVYDKGAEIIRMLHTLLGEQGFQAGIQLYFKRHDGQAVTCDDFVSAMEDANQRSLDQFKLWYSQAGTPTLHITDDYDERTQRYTLRIKQNCPPTPGQAQKQPMHIPVKVGLLDAEGDALELTLSKECNNEYNPQQPNHRPLKELILNLQESEQEFHFDHISTKPIPSLLRDFSAPVKVHYPYSEDELCFLFKHDNNAFNRWDAGQTLFKRFILNAVDQLRANQTVIVSDKLIQAFADILTSATLDAAFITEAVRIPTVQALAEEMPTIWVDELLEARKILVHTLAERLKPEFLAIYTQCHRIKAYSLSQKDIARRALQNICLSYLLELDDHPDHIRLAVDQFNQANNMTNQCAALAALSHTNQPERQQVLAAFYQQWQHHELVVNKWLMIQARSSAESTLTDVKALTQHAAFDIKTPNNVYALLIGFAANMQHFHAKDGSGYHFIEEKVQELSAINPQVAARLVRSLMNWRRYDEQRSKLMKASLESIANTPALCKDVYEIVSKALN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_016210208.1|2777562_2778723_-	ADP-forming succinate--CoA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_017378340.1|2778837_2779986_-	dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017378339.1|2779996_2782798_-	2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component	NA	NA	NA	NA
WP_017378338.1|2782904_2783603_-	succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017378337.1|2783615_2785379_-	succinate dehydrogenase flavoprotein subunit	NA	NA	NA	NA
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WP_017378336.1|2785723_2786098_-	succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017378335.1|2787087_2788371_+	citrate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017378334.1|2788780_2790076_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_155046622.1|2791570_2792086_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420607.1|2792097_2793477_-	flagellar hook-length control protein FliK	NA	NA	NA	NA
WP_017378329.1|2793712_2794147_-	flagellar export protein FliJ	NA	NA	NA	NA
WP_017378328.1|2794143_2795496_-	flagellar protein export ATPase FliI	NA	NA	NA	NA
WP_027242734.1|2795495_2796611_-	flagellar assembly protein FliH	NA	NA	NA	NA
WP_017378326.1|2796611_2797628_-	flagellar motor switch protein FliG	NA	NA	NA	NA
WP_017378325.1|2797617_2799288_-	flagellar basal body M-ring protein FliF	NA	NA	NA	NA
WP_017378324.1|2799307_2799643_-	flagellar hook-basal body complex protein FliE	NA	NA	NA	NA
WP_036772382.1|2799670_2801110_-	sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_047927447.1|2801106_2802153_-	PAS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378320.1|2802295_2803792_-	sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_017378319.1|2804087_2805089_+	glucokinase	NA	NA	NA	NA
WP_080963617.1|2805194_2805806_-	penicillin-binding protein activator LpoB	NA	NA	NA	NA
WP_144420755.1|2805926_2806304_-	DUF1425 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242736.1|2806354_2807761_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378315.1|2807754_2808822_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378314.1|2808928_2810530_-	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_027242737.1|2810778_2811696_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242738.1|2811764_2813459_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	5.3e-20	29.3
WP_017378310.1|2813693_2814623_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|2814653_2816057_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017378308.1|2816287_2816992_+	CoA transferase subunit A	NA	NA	NA	NA
WP_017378307.1|2817058_2817715_+	CoA transferase subunit B	NA	NA	NA	NA
WP_036774478.1|2817725_2818607_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242739.1|2818777_2821447_+	aminopeptidase N	A0A0P0IY26	Acinetobacter_phage	5.5e-19	24.5
WP_036771639.1|2821807_2822782_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
WP_036771744.1|2822861_2823833_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|2823886_2824861_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_036772729.1|2824980_2825202_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420754.1|2825265_2825574_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772743.1|2825498_2826470_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_33

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_33

>NZ_CP038898|2841036:2895297|DBSCAN-SWA
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MVIYQVNLNIDANIFNEYKAWLIPHMQEMLSFPGFLQADLCDDIETDININNEIALRHLKCNTQ
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MDLTLISLFCVIDDFCQELLPQWNAILLEDTNKKPNKPSQMSTSEIMTIMIYFHKSNYRNFKMYYLHVIKGSMVKYFPNSVSYNRFVELMPSILLPLCFFIAAQGKTATGIYFVDSTILRVCHEKRASQNRAFKGLAKKSKSTMGWYYGFKLHIIVNDMGELMAFKMSKATTDDRVVLPKMAENLTGKIIGDKGYISQKLFDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLRKRGIIESVFDQLKNISQIEHSQHRSADNFMVNIVAGLAAYCLQEKKPSLGIKYNLLNG
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MLSTPWLAANVAKLENLPLEKIKESTPQVNSITQSIKQSLLSIIYQKTKPPKEMYKLMALP
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MNHIISCPFCGVSTEHEMSYGLQSYVCEACHNLIAAGMDDCCLFFSHDLACLCQRENEKKMERERVEEEEEQALLCPSLRKWSS
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MTTFIHADLFKATFINAIATLLIALLIPIIAKAGDRYDIQKVLYVGLGLLIITALPLFWLMSQQSLIMIILGQLSFAVILSPYLGLNAVFMASLYPTHIRITVFSFVYNLDVAIFGSSIPLVAIYLHEKVHFKFASGIYFMAMCLMSLIALILLGKYKSTTNKHLSSQAAHPASRSQLA
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MLPEWVNGLGYIMSLGAMAGAYLVARRIPMWAFLLWSVTNLYEFWVAAFYYHNIWMSVQFGFFFLNSIYGIYSWKKHPVKT
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MKNQLSCLLLATTLITPVLAAPVPNPTKNNDEIIKFSIKEENHVQVHSAKVSVLANITSTDNKHSFDEILAPILKAEKKARIEQVMQTKSDSGLPQYKVLIVQRAAMKNINKLTSRYQSYEKPGMSFKVVDISYSPTSNQFEKKWAKMRLKLYKEIQQEITSYNKLTNKQFKIKSVQYWHNNNVPRMQPIMLKSFVMSSANNEQRDISNNSNNVTTKVEMTANVELMSKI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_027243038.1|2880688_2882179_-	sodium:solute symporter	A0A219Y9P9	Aeromonas_phage	8.0e-20	23.8
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WP_017376548.1|2883080_2883803_-	putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_017376547.1|2884502_2885294_-	3-hydroxybutyrate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_016210862.1|2885480_2885726_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_047927468.1|2886942_2887248_-	pilus assembly protein PilZ	NA	NA	NA	NA
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WP_017376538.1|2892394_2893576_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_34

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_34

>NZ_CP038898|2902883:2952488|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_34

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MLGDFASLDVQNTYRGSDAYVKTTQINIKEVPAAMAKRFEIKSLDYTFDNL
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MTVNKYSSIAYACVAGLCLFVIAMGINRFSYGPIIPFLINEHWVTSSQAGYIGSLNFLGYFIGAYIAHKLTYFIQLNKIILYMLAFSVLASTLCTFNFGYIWLGLCRFILGIVSGTIMVLTPTIILHRIAHEKKGLVSGIMFAGIGLGISGTSILIPVFNHLDGVHSIWINLSLLTVILALMSSIQ

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017376850.1|2922617_2924195_-	peptide chain release factor 3	A0A2K9L6L3	Tupanvirus	3.6e-10	31.4
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WP_144420595.1|2932313_2932793_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027243085.1|2941470_2942031_-	YbfB/YjiJ family MFS transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_155062829.1|2942957_2945216_+	signal recognition particle-docking protein FtsY	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_35

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_35

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_35

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MRIITKPTTAKCNIQAYIRYLLSEPVRTSCTGLSDILLNISHDSVNRFLLRENYRPEDLWTEVSEKIDLNNGVLSVDDMVQDLRIDRHVRMRMFIT
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MKMRSGLGTLQVAMIALMVFNLMLPKAGIYMGKVPLTVGYLIIPIALLILFPFVCMQRHLVIDRRKLVIFFLLCSFFLFTVTSLTFSQTSIQNIFIWAASSFIVPLSTLVLLSYLVRVNENIFEKILIYSFYFVCLFGIIQFVLLNAVHLNIQIPYLTVTGADPGIIFDKDNNRGFIVKFMSSYSNGNIFGIAVLMWFPLVAFSLIGSRKSIWLYRVCVFLSFSRTAWFMMFIVETLLMIKRKKGIYLVIFFFIMFIILLIVFSYGFGDFVFNYQLGGRLDQITSLSFSDIFSFGNDFSLREMVYPGMLKTFGIFGLLLFVVVYLYPVISTWSQVLTDRAWFARIGIISYIFAMFIDGAYILMPIQFIYWLMVAALFHYSKKPELVK
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MRPVMPKVYLVAVYQVVCAAFLFCMLFSVYAARTAQEISKSVSRHSISLNAYDHIAVFPNVLSPLAPTAVGAQWGDVYFGFAAVNNSSGEDNINGVLIVGFGIGDPDHVIGLDVSMAVTSINPANGGFAKDRHIDLKLHRRLPYQSVIAVGVENLLASGLDRDFSKTYYLVLTKDFQVTERQLSISLGIGNGRFRSQEDINIDKSSVGVFADVSIGITDWLDIFADWTGHAISAGVSVQPVKKLPLTLTVAALDIGKSTVNTVPIAVGLGFTHRF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017376170.1|3080170_3081271_-|protease	trypsin-like serine protease	A0A1B1IT49	uncultured_Mediterranean_phage	1.4e-21	28.3
WP_017376171.1|3081628_3082603_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_036771588.1|3082739_3083618_+	RNA polymerase sigma factor RpoH	A0A248SJA5	Salicola_phage	2.0e-39	40.9
WP_016209597.1|3083625_3083856_+	cold-shock protein	A0A2H4N7Y6	Lake_Baikal_phage	1.0e-06	40.7
WP_036771607.1|3083909_3084914_-	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771589.1|3085132_3085960_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420747.1|3086041_3087430_-	undecaprenyl-phosphate glucose phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017376176.1|3087717_3089118_+	mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase	A0A1V0SH58	Hokovirus	4.0e-53	31.1
WP_017376177.1|3089212_3090139_-	NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein	A0A2K9L4U8	Tupanvirus	3.0e-57	44.2
WP_027242699.1|3090135_3091272_-	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242700.1|3091268_3092276_-	glycosyltransferase family 4 protein	B6EFC4	Stygiolobus_rod-shaped_virus	3.4e-06	35.1
WP_027242701.1|3092272_3093436_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376183.1|3093445_3094297_-	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242702.1|3094328_3095501_-	glycerophosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065653741.1|3095497_3096886_-	oligosaccharide flippase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376186.1|3096914_3097322_-	adenylyltransferase/cytidyltransferase family protein	A0A1V0SGE7	Hokovirus	1.3e-28	50.4
WP_017376187.1|3097341_3098349_-	dTDP-glucose 4,6-dehydratase	A0A1D7XFE8	Escherichia_phage	3.0e-79	49.7
WP_017376188.1|3098345_3099218_-	glucose-1-phosphate thymidylyltransferase RfbA	A0A291LA53	Escherichia_phage	1.6e-92	58.7
WP_036771610.1|3099214_3100075_-	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	1.3e-67	51.1
WP_065653742.1|3100076_3102347_-	polysaccharide biosynthesis tyrosine autokinase	NA	NA	NA	NA
WP_017376192.1|3102348_3103494_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376193.1|3103540_3104026_-	low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_027242703.1|3104065_3104689_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376237.1|3110368_3111121_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_155046626.1|3111723_3111891_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243062.1|3112452_3113076_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243063.1|3113180_3113969_-	hydroxyacylglutathione hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_027243064.1|3113968_3114700_-	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_017376241.1|3114733_3116461_-	NAD-dependent malic enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_017376242.1|3116474_3117536_-	uroporphyrinogen decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_017376243.1|3117850_3119065_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376244.1|3119197_3119722_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063518.1|3120339_3121188_-	pyrroline-5-carboxylate reductase	A0A1X9I6T5	Streptococcus_phage	4.3e-26	35.5
WP_017376247.1|3121174_3121873_-	YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_017376248.1|3121927_3122689_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376249.1|3122681_3123104_-	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_017376250.1|3123233_3123785_-	YqgE/AlgH family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376251.1|3123840_3124803_-	TonB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420746.1|3124803_3125019_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376253.1|3125205_3126015_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376254.1|3125994_3126837_-	shikimate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_017376255.1|3126833_3128078_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376256.1|3128216_3129305_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017376257.1|3129322_3129823_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase	A0A2P0VNU7	Tetraselmis_virus	1.2e-20	42.5
WP_017376258.1|3130010_3130610_+	RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017376259.1|3130615_3131779_+	radical SAM family heme chaperone HemW	NA	NA	NA	NA
WP_017376260.1|3131811_3132765_+	glutathione synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017376261.1|3133128_3134193_+	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_027243065.1|3134189_3137252_+	efflux RND transporter permease subunit	S5VTK5	Leptospira_phage	1.0e-61	22.3
WP_144420745.1|3137404_3137857_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027243066.1|3137888_3138245_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772645.1|3138663_3139437_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017376269.1|3142060_3142351_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772663.1|3142575_3143451_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876179.1|3143447_3144005_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|3144015_3145419_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

2. NZ_CP038900

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	0 : 59634	57	Bacillus_phage(25.0%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_2	75148 : 75376	1	Burkholderia_virus(100.0%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP038900|0:59634|1062_1722_-|WP_053093673.1|transposase|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP038900|0:59634|44848_45532_+|WP_027242992.1|DBSCAN-SWA
MAEINSTDSVANLYKNLGLTSSDATLEKKELGQDDFLKLLTTQLKHQDPMQPQENGEFLAQMAQFSTVDGINSINDAVGSLVAELKSTTALQASALVGRSVLAESDKGLLIEGEEFKADIEVPKNAKEVKVNIFTDGGSLVRQVEIGDLADGNYSFVWDGKDENGNVMPAGRYQFAAEARVEGETQQLPLAVYANIDSVILGKNGEETQVSLSGIGQVGISGIKQLG
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>NZ_CP038900|0:59634|20450_21326_+|WP_144420702.1|transposase|DBSCAN-SWA
MNMNSLLSVALQMTEGDIDSAVAEFKDEIKTKEKEVNELHRQLGKRTAELEWAAKKLKSLDYETRKCLIESEPKNIPVTRQCELINFNRSNCYYKSVRCTKDKMELLRAIDRIYTETPFYGYRKVHQQLIEGGYSVGLNRVRNYMNELGLKVIYPTKKVCTTLAHPEHKKYPYLLRDLEVYKPNQVWSTDITYIRLDGGFVYLAAVIDWHSKAILSHKISTTMDSSLVINVLKQALERYGTPEIFNTDQGSQYTSHDHTQLLIDRGIKISMDGKGRATDNIAIERFWRSAK
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MISFDKVVGVHENALYLRNQRLKTLSDNLANSDTPHYKAKDFNFNQALKNATAPVDRDIHLSRTNARHIKLSVAFSGIDLKYRNPFQPALDGNTVELEVEQAKFAENAMRYQATLSFLGKKFSGIKNAFKDE
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>NZ_CP038900|0:59634|37878_39282_-|WP_048876031.1|transposase|DBSCAN-SWA
MHYVINKLKSQIEKQKATLLDDEGSLSIESLLSSDKFQSIINNCRSFRSRFYTPFVTLILFIRQVLSPDKSCKNTVATFLASVSTEDNNNIPSSNTGPYCKARQKLPIETLESLVKLSGDSLSKSSNARWKIYNREVKLIDGTSLTMADSEENQSRYPQHDAQKAGAGFPIMRLVAIMSLTTGGIIDYAVGAYKGKGTGEHALLRQIKDSIHKDDIVMGDRYFPCFFVMGDLQSIGADGIFKAHSQRKYDFRKGRKLGSKNHLVIWKKPHKPDWMTQETYDSYPDQMTVREFKIKGEVYVTTFQDHKKYNKVALANHYKQRWHIEINFNSLKTIMSMDHLRSKTPDMVHKEIAVHFLAYNLIRTLIAEACRNTERLPIQVSFKGVIQLFNSFVSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP
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MQLTDRNGEVFGKWLHTIKELTADEKVSFFIGKPHPVDTYPETSTRGCLERRCKEVGINSFDVTIMNMVHVTYIEASNCGMKLTGMDGKTIEHSVAKYQSLRV
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MAKQLPDQDLILAVKGGQDWAFGLLVRRYEQRIGKLIGRYISDPHEVLDISQEAFLKAYRALGEFRGESAFYTWLYRIAVNTAKNYLVAQSRRPPAQDIDSYDAEQYGRLREFGTPEHLAMRDEIEARIVYAVEILPEELRQAILLREIEGYSYEDIAKIMSCPVGTVRSRIFRAREAIDQQIKPLLLQ
>NZ_CP038900|0:59634|12612_13356_+|WP_027242759.1|DBSCAN-SWA
MTIELCQSLGYIIQQRPYKNTSVLLDILTRDHGKICCVASGGRANLTRWQGVLQPFSLLQLTWQKRIGLGTLKEVSSCERQLLWRGLPFVMAMYLNELTIHLLPQGQGDEAFFFIYRQLLGVLSRTHSVKAKVELELESQLRRFEYQLLKTIGYELVLDQDVKGRAVLAQQNYWLRVEHLPEHWPVNRPASIGLVCQGASLLALKAGKFDTELEKMDAKRIMRMYLQFYLRNRILKSRELFKQFKGV
>NZ_CP038900|0:59634|22606_22768_+|WP_080963648.1|transposase|DBSCAN-SWA
MYLSEYTNIKELKAGVTEYIEFYNNKRFHQTLDYKKPMDVYCNLQPQLLLEAA
>NZ_CP038900|0:59634|13358_14090_+|WP_027242758.1|DBSCAN-SWA
MVRPVLLGVNIDHVATLRNARGSIYPEPVQAALIAEEAGADGITVHLREDRRHIKDRDVTLLKEVLQTKMNLEMAVTDEMIAIAESVQPECVCLVPERREEVTTEGGLDVRGNLRSVQFACERLTAVHSEVSLFIDPDLNQIDAAIDCGAPVVELHTGAYAEAHGQKQQHELMRLHEAAQYAHKKGLIVNAGHGLHYHNTLAIAAIAEVNELNIGHSIIARAVFSGLAIAVREMRALLTQARL
>NZ_CP038900|0:59634|2448_2859_+|WP_027242770.1|DBSCAN-SWA
MSYNFKGYLEELSKRCYQVIADPDADADLVDENKALLIKITDAEEAYDGFLSLNEANVTKTLTVNEDPNEALYSTFAVWLLTEQKKRGHSNLTEDHENIASLLAGIQPIELKQTHFLDNAFEMVYMFERELLQLEN
>NZ_CP038900|0:59634|42878_43586_-|WP_027242995.1|DBSCAN-SWA
MRIHIITYIYATLLLIFSISNHAKKNTQDYTVLKKIAYHYLYGQVRLHAKQFQLDIHKPTSRVKLKACKTEQLTPFLPAHQKLLSTRSIGIRCPEHDWVTYLPVKLTVYAQVIVAREQIPRNTLIRRDQLELKTISYRELRSNYYQKFDYLIGRNTKYPIKSGSIISEYSLKKEYMVQRGEHVQIRAQINNIKATSLGVALQNALRGQQVEVKNIQSQKIIKGKATDKGVVDVIY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_053093673.1|1062_1722_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027242771.1|1988_2306_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242770.1|2448_2859_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242769.1|3015_3342_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080963649.1|3488_4526_-	folate-binding protein YgfZ	NA	NA	NA	NA
WP_027242767.1|4567_4813_+	succinate dehydrogenase assembly factor 2	NA	NA	NA	NA
WP_129556541.1|4937_5252_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242765.1|5259_6834_-	L-aspartate oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_027242764.1|6988_7558_+	RNA polymerase sigma factor RpoE	NA	NA	NA	NA
WP_027242763.1|7867_9670_+	elongation factor 4	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	5.1e-21	25.1
WP_087910649.1|9666_10608_+	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_027242761.1|11019_11694_+	ribonuclease III	E5EQH1	Micromonas_sp._RCC1109_virus	2.2e-25	33.2
WP_144420798.1|11699_12599_+	GTPase Era	NA	NA	NA	NA
WP_027242759.1|12612_13356_+	DNA repair protein RecO	NA	NA	NA	NA
WP_027242758.1|13358_14090_+	pyridoxine 5'-phosphate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_027242757.1|14086_14470_+	holo-ACP synthase	NA	NA	NA	NA
WP_027242756.1|14607_15855_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242755.1|16265_17411_-	succinyl-diaminopimelate desuccinylase	NA	NA	NA	NA
WP_027242754.1|17403_17757_-	ArsC family reductase	NA	NA	NA	NA
WP_027242753.1|18037_18580_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927692.1|19224_19413_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|19432_20407_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_144420702.1|20450_21326_+|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	1.8e-19	34.1
WP_036815628.1|21679_22507_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080963648.1|22606_22768_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017375762.1|23418_24759_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377787.1|25810_26038_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
WP_027243003.1|26179_27541_-	two-component sensor histidine kinase	W8CYF6	Bacillus_phage	2.9e-16	26.2
WP_027243002.1|27636_28296_-	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	3.2e-29	35.5
WP_017375760.1|29038_29191_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375759.1|29181_29493_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375757.1|30089_31649_-	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_017375893.1|34193_35264_+	FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017375892.1|35321_35528_+	sulfur carrier protein ThiS	NA	NA	NA	NA
WP_017375891.1|35534_37010_+	thiamine phosphate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017375890.1|37145_37709_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|37878_39282_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027242999.1|40248_41343_+|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_027242998.1|41424_41946_+	peptidylprolyl isomerase	A0A1V0SCU1	Indivirus	3.8e-25	53.4
WP_027242997.1|41999_42476_-	flagellar protein FlgN	NA	NA	NA	NA
WP_027242996.1|42517_42814_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242995.1|42878_43586_-	flagellar basal body P-ring formation protein FlgA	NA	NA	NA	NA
WP_027242994.1|43962_44361_+	flagellar basal body rod protein FlgB	NA	NA	NA	NA
WP_027242993.1|44406_44838_+	flagellar basal body rod protein FlgC	NA	NA	NA	NA
WP_027242992.1|44848_45532_+	flagellar hook assembly protein FlgD	NA	NA	NA	NA
WP_016210285.1|45606_47802_+	flagellar hook-basal body complex protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242991.1|47906_48644_+	flagellar basal body rod protein FlgF	NA	NA	NA	NA
WP_027242990.1|48671_49457_+	flagellar basal-body rod protein FlgG	NA	NA	NA	NA
WP_027242989.1|49502_50207_+	flagellar basal body L-ring protein FlgH	NA	NA	NA	NA
WP_087910648.1|50194_51382_+	flagellar basal body P-ring protein FlgI	NA	NA	NA	NA
WP_027242987.1|51436_52270_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242986.1|52339_55327_+	flagellar hook-associated protein FlgK	NA	NA	NA	NA
WP_027242985.1|55368_56760_+	flagellar hook-associated protein 3	NA	NA	NA	NA
WP_080963581.1|56773_57235_-	murein L,D-transpeptidase catalytic domain family protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927184.1|57244_57589_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772169.1|57585_58461_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876030.1|58530_59634_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP038900|75148:75376|DBSCAN-SWA
TATGAGCAGTGTCGGTGCTTGCGTTGACAATGCGGTTGTCGAGCGTTTTTTTGGCAGCCTAAAGCACGAATGGCTGTTGAATGTGATTCACTTAACCCGTGATACTATGAAGGAGGATGTTGAGGCCTATATTCGATATTACAATCATGATCGGTTGCATACAGCCAATGGTAACCTATCGCCTATTAATTTTGAAAAGTCTCAATTAAAAGTGTCCAATATGACTTGA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP038900|75148:75376|75148_75376_+|WP_017377787.1|transposase|DBSCAN-SWA
MSSVGACVDNAVVERFFGSLKHEWLLNVIHLTRDTMKEDVEAYIRYYNHDRLHTANGNLSPINFEKSQLKVSNMT

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017377787.1|75148_75376_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0

3. NZ_CP038902

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	2917 : 16712	18	Moraxella_phage(18.18%)	transposase,capsid,tail,head	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

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MKKTIHGAGGGGGKGGGSTHTPTEAPNTLSTNAVVTLVDLLGEGEIEGLVNGAQSVYFDDTPLQNPDGSYNFEGVTLKSNHGTPSQDYLPGFAESASEEAFNVKVTHEQPVIRTVGRQETNELRVKIGLDALTEYATNGDINGSSVHIRLYLNNVLVVNHEITGKTTSKLEQTFIIKVSPGYYIADIETSDVVLDNLDEYFSWKRAGAHAITNNYYKPTHFAYPYTLKVERVTEDTDSSRVQNSIYLTSITDVIDTKLSYPNSAVVGLEFSAAQFGNQLPKRSYLIRGLKIQIPTNYDPSTRIYSGIWDGSFKTEYSNNPAWVFYDLLINERYGAGHYLVDADVDKWELYSIAQYCDELVPDGRGGKQPRFCCNLAINNQNQALNMITQLTSIFRGMAYDAAGTIQFSQDRPREPSMLITQTDVVNGQFDYQTSSIKELHSVCVVAFRNPDLNYAIDQEVVEDASRLARLGERRLEITAVGCTSRSQAMRQGLWALQSEAQSEMISYKATQDHIHSLPSDIVKIFDPDMDQEQGVAGVITAVADHVITLDREVSLSSQNTLMIFSTEQGIEEYTVIGAPGSRRLEVDRTIIADVGARWVVYHSTPPKQWRITAITEEDDGTYTVNAIAHDPDKYQKIDEERALGVSKENTPIPSLKAPSNYRVEQSLSYHGGMVEAVLIVAFDGDPNAAYYEYQVRSNDGNYSDVKTTHLNHIELNSTGATYTFRVRAMGWFGQRSGYSTYRCSASLEQQIPDNVSRFVSSYSDKIAVLEWAKNPELYVKHYEIRQGTAWENSILIAELNSTTLHLTHARPGFYLIKAVSQWGIKSAEASALELTDLTPLNIIQEYDYAANDWPGEFHHTAVNNNNHIRLFSYYSWGGMTQSWEDYALRHLKCNTQ
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MIEDIYFALLGTGWPVFPMVLPKNQILPAVTYQVIGGDRRYSLDAQAHLQKKTIQISCIAKTYQECKLMQDNITEQLNGYHNENIQLITFESELDQYEQDTKTYRTNLTFHLTGVV
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MALRNALFNLAFKTAPVTLGELELQVKELSIAEQQYYQQQHADLSETEASLLLICLSLCDLQGAKVFDVSEYKKLAELPLGIIKQITDAIVEVNGFNESAAHDLKKN
>NZ_CP038902|2917:16712|13433_13859_-|WP_017375779.1|head|DBSCAN-SWA
MRAGLLRHRVTLQNNLIGANNYGEALDYWQDITTVWARVSPNAGRELFSAQQFYHEVSQTVTLRYRPNVTPSLRLVFDGRYLEILSVINPDERNRELILACRERKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP038902|2917:16712|7096_7654_-|WP_017375789.1|tail|DBSCAN-SWA
MKTKIYLHGRLGRICGSFFELKINHAREAIYALSTQLPEFKKIIQSGEWAIFRKRKSLNLEQLELNCAGGELHIVPKPKGAKNSGFVQVLIGAALITAGYFSVGTALAPIAGGLSAAGTGLVISGALTMLSPQPSYDNDYSTTDPNASTLFSGVDNVAAPGAPVPLVYGEHLVGSSVVSSQYKTL
>NZ_CP038902|2917:16712|7643_8429_-|WP_144420832.1|DBSCAN-SWA
MAWRASATDTLCPLKDSRALNLFKAYALEQYPKEAVGLILPADHFMPCPNLSTTPEENFCIDPTQLIDTPSGTLLIHSHPDGTVEPSLADMVGQRDTGLLWGIVALNQHAITDVIVFGEQLFTQQLLERPFLHGIFDCYSLIRDFYAVEKKIFLPDFPRQRSWWEIEKYNLYERYFTDASFIEVDKASPLHRGDVLLMRVGRTTCINHGAIYLGEDCRLKEDRNAVSLPGMILHHVCDNLSRREMLSEWQKRIAKVVRYEN
>NZ_CP038902|2917:16712|15148_15688_-|WP_075275454.1|capsid|DBSCAN-SWA
MAYSFGRSFGEAQEKAFLTGDGTGKPNGLLNVAPTGVTATAPTSITLDNILDLRSSVKAAYRRKASYLMHDSTYGSLLKMKDGNGQYIIQPDFKSGEGDLLRGKRVNTSDFMDTLAAGKCAALFGDFSNFIIADRGGISLRRLNELYAETGEVGYLMWLRVDALLLETDAIKQLKTAAS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_036771347.1|2917_3895_+|transposase	IS5 family transposase	A0A1B0VFY5	Salmonella_phage	3.9e-47	35.9
WP_017375652.1|3922_4351_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027242568.1|4409_7100_-	host specificity protein J	A0A0R6PIC9	Moraxella_phage	6.1e-111	32.9
WP_017375789.1|7096_7654_-|tail	tail assembly protein	K7PM97	Enterobacterial_phage	2.7e-21	35.6
WP_144420832.1|7643_8429_-	hypothetical protein	A0A0R6PHF9	Moraxella_phage	5.1e-42	41.1
WP_017375787.1|8358_9030_-|tail	phage minor tail protein L	W6EC15	Rhizobium_phage	1.4e-27	33.6
WP_017375786.1|9026_9368_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771950.1|9360_11439_-|tail	phage tail tape measure protein	A0A1J0GWA6	Alteromonas_phage	1.6e-50	31.2
WP_017375784.1|11442_11709_-	DUF4035 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375783.1|11765_12089_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375782.1|12090_12513_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375781.1|12512_12863_-	DUF3168 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375780.1|12859_13255_-	HK97 gp10 family phage protein	Q6UAX1	Klebsiella_phage	4.3e-05	39.6
WP_017375779.1|13433_13859_-|head	phage head closure protein	A0A1W6JP44	Morganella_phage	3.9e-12	37.9
WP_017375778.1|13855_14167_-|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	Q8SBH7	Shigella_phage	5.6e-08	30.8
WP_155062855.1|14551_14935_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275454.1|15148_15688_-|capsid	phage major capsid protein	A0A2I4R671	Erysipelothrix_phage	9.3e-35	44.2
WP_036771639.1|15737_16712_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	4.9e-26	30.9

4. NZ_CP038899

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	0 : 43153	49	Streptococcus_phage(47.06%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	55994 : 172999	112	Streptococcus_phage(31.58%)	terminase,tail,capsid,portal,transposase,head,integrase	attL 62365:62424|attR 180168:183715

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP038899|0:43153|DBSCAN-SWA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP038899|0:43153|31033_31294_+|WP_032126795.1|DBSCAN-SWA
MLRDNINATAARDNFKSTCDTVCENNAPVLVKRKGAEDVVIISASDFGGMEETIHLLSSRIMATRLMRSMKQLDEGKGVQRDIIEE
>NZ_CP038899|0:43153|36460_36931_-|WP_036771289.1|DBSCAN-SWA
MREELIALIEAADRDRDIHKSHELYTQVLGTELLETHLSLREIANVYYNRSLNHTRLYQHFISSERKESQPTRALTHMEEAIADMERAMLGYTSEVDIDACRNCLDEYQSKLTFAMNALENRAAVIPPLQSGLFQAQLQDQAGAASLPSTSRDPHH
>NZ_CP038899|0:43153|41264_41993_+|WP_036771279.1|transposase|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP038899|0:43153|5001_5610_-|WP_036815979.1|transposase|DBSCAN-SWA
MIYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEEKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGTVAKNYSELQKGYFLVLSA
>NZ_CP038899|0:43153|6550_6955_-|WP_052133264.1|DBSCAN-SWA
MEAEIVSKGPEYTLPAKLSDSWLEFLLDAPVTQNYRSNQDNVICSFVVVIFGAQLREPATTEEELNRVLLQGATDYLRELMCEYDYRKGHIYYDKATLNSILRGRDIKLIQLKGRSRYHSNYEKLDSVQLEYSH
>NZ_CP038899|0:43153|22536_23265_+|WP_017377694.1|transposase|DBSCAN-SWA
MARRKRFKKNQPFKWKHYSGEIILWLVRWYGRYALSYRDLKEMTGERGLELERSTICRWVHEYGPEIAKRLRPHFRQTCASWRLDETLVKIKGRWYYLYRAIDKYGHTLDWMLSRQQNAKAALRFFKKAIAQPYVKSPRVVNVDKHASFPPAHQKAKDEGVFSRRCKLRRVKYLNNCIENDHKAIKRKSRFRQWYQSLSTARSTIDVMEAMRMVQKGQLRYIKKQDICAQNQLIDKLFGLAA
>NZ_CP038899|0:43153|9882_10269_+|WP_017377656.1|DBSCAN-SWA
MKYILDTHVLLWTASDSPKLSSEVRLLLNERGNELFFSAASLWEIAIKNSLGRKDFKVEPHLLRRGLLDNGYSELVITSEHAVGVSGLPSIHKDPFDRILIAQAISEGFTLLTADELVAQYPGPIMKT
>NZ_CP038899|0:43153|1570_2113_-|WP_027243193.1|DBSCAN-SWA
MRIYTESSGWTSWNRIDNTPDSIQSETLSRKQNADGSLQIELLIDQLYPVGKIELTFDENYIPPFQGKGATWKKITDIDADHAGRLLTVAGSSNFTIDAGAKAGSTRTNDHTLSIDEMPEHNHGIPNESAIQRGGADVGVVTPTTTNKSNDYTFNTGGGKPHSHDLDPARSGVIVWERTA
>NZ_CP038899|0:43153|40127_40904_-|WP_017375850.1|DBSCAN-SWA
MNINYNFSRSKSYNERARFLILHYTAGNFEISLKELTTNVSSHYLVPLNKKDDPSYPLNEVQIMNIVDEKNRAWHAGVSAFQDRVNLNDSSIGIEIVNLTKTIENFLPYPDYQINLIIELCQNILARHQDIIPQRVLGHSDIAFDRKSDPGPLFPWKRLYDSGIGAWFDDDTVLQYKQALQKGLVTLDTAYEKIQEYGYCVDRHNTYCKKINKNKLVRAFQMHFRSSKYDGILDEETASIMLALWTKYTASGRFAFDM
>NZ_CP038899|0:43153|5790_5955_+|WP_155046641.1|DBSCAN-SWA
MRWLKEEEEAIGITPYLPYQEISAKFNHLEQENNSCCKKMAKHLKKVINALVIG
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>NZ_CP038899|0:43153|0_708_+|WP_027243191.1|DBSCAN-SWA
MPIVQIANSKGGVGKSTIACNLATALVHAGFSVVIADCDPQFSSSSWADERQDNGKLLNVDIVQKTGKIIPALRQLTKKYDFVVVDTAGHDSVEMRAALTVSDLTIVPFKPSQLDIDVLGAMQELIENAQDAGNDKMQVAWIINMAAPNPRSKKLKETQDALNDAEGFNLLKSVLHNRDAYVESMSEGCGVVELKDKKAKTEIEALVKEVLKLTGKKAVRHGIKAKKTVKAKKSA
>NZ_CP038899|0:43153|13665_14028_-|WP_082304501.1|DBSCAN-SWA
MSRKRRYLGRYFDHWMCKIPTEVATLTEDFQKGSKIIHIACEKDLYTKVMDDNQELKSMLGDHIKVYPELFPAEIHNDYSLYGKGRCSKKLDNLQFKRIKIKTTGEIFCTVAKNLDLSRV
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MNVIHLTRDTMKEDVEAYIRYYNHDRLHTANGNLSPINFEKSQLKVSNMT
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MARRKRFKKNQPFKWKHYSGEIILWLVRWYGRYALSYRDLKEMTGERGLELERSTICRWVHEYGPEIAKRLRPHFRQTCASWRLDETLVKIKGRWYYLYRAIDKYGHTLDWILSRQQNAKAALRFFKKAIAQPYVKSPRVVNVDKHASFPPAHQKAKDEGVFSRRCKLRRVKYLNNCIENDHKAIKRKSRFRQWYQSLSTSRSTIDIMEAMRMVQKGQLRYIKKQDICAQNQLIDKLFGLAA
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MSYATKPKDGNVDLVTPESFIGRRLMLFLSKLRGDSGKSIYCCIDFINELMFGRGNVPFNTSPQSNWTNLSMTENDDKKVIIRQNFNDVTTYNKDNIVFFVDDNNIFCHAALKIKHDIYLSLFGNSGGLMFSNRQEMLKAFSATKSFIAKKNQEADKEHIDISYLPAKIIKLINSYLDGESKLSFQQTSPFIFLKLNEGKNCLISNTESHEVQSTR

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_048876212.1|661_1540_+	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243193.1|1570_2113_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876211.1|2384_3089_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	7.9e-10	31.7
WP_036772541.1|3100_3829_-|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.4e-38	42.2
WP_051929563.1|3858_4248_-	recombinase family protein	A0A219Y912	Aeromonas_phage	1.1e-10	40.0
WP_017375910.1|4270_4999_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_036815979.1|5001_5610_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	8.9e-10	34.6
WP_155046641.1|5790_5955_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420841.1|5981_6206_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243184.1|6198_6537_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052133264.1|6550_6955_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375840.1|6999_7218_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275474.1|8186_9299_+	replication initiation protein	A0A218MNI2	uncultured_virus	2.1e-25	29.8
WP_017377655.1|9640_9886_+	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_017377656.1|9882_10269_+	type II toxin-antitoxin system VapC family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_036772434.1|10356_11085_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	9.3e-38	42.2
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WP_017377658.1|12029_12716_+	Fic family protein	NA	NA	NA	NA
WP_082304501.1|13665_14028_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212146.1|14030_15770_-	PLD-like domain protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046629.1|16171_16324_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929558.1|16351_17035_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	5.1e-22	33.3
WP_036771347.1|17116_18094_+|transposase	IS5 family transposase	A0A1B0VFY5	Salmonella_phage	3.9e-47	35.9
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WP_036771293.1|19654_19921_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420835.1|20216_22130_-	DUF1561 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377694.1|22536_23265_+|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	7.1e-38	42.2
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WP_155046630.1|23901_24066_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375754.1|24086_25373_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771359.1|25555_26284_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	3.5e-37	41.7
WP_155062845.1|26411_26882_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155062847.1|27026_27677_-|transposase	IS5 family transposase	A0A1B0VFY5	Salmonella_phage	8.9e-32	41.3
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WP_155046632.1|30411_30561_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_032126795.1|31033_31294_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772441.1|31297_31570_+	Txe/YoeB family addiction module toxin	NA	NA	NA	NA
WP_017375910.1|31645_32374_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_048876229.1|32943_33915_-|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876208.1|34779_35607_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.2e-17	32.1
WP_036771289.1|36460_36931_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046633.1|37824_37968_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242940.1|39174_39774_-	DUF1353 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_155046634.1|42062_42263_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876229.1|42181_43153_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP038899|55994:172999|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_036773695.1|133888_135961_+	S9 family peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_017377509.1|135990_136719_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	3.2e-38	42.2
WP_144420837.1|136860_137793_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377511.1|137822_138551_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_017377512.1|138553_138826_-	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377511.1|139676_140405_-|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_144420838.1|140460_141081_+	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375910.1|142229_142958_-|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_155062849.1|143672_144368_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_036815609.1|147510_147966_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036816769.1|148209_148608_-	putative toxin-antitoxin system toxin component, PIN family	NA	NA	NA	NA
WP_047927763.1|148604_148868_-	AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876259.1|149359_150376_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027243195.1|150701_151748_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|152113_153088_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	3.7e-26	31.2
WP_017375692.1|153231_153465_+	hypothetical protein	Q7Y5W4	Haemophilus_phage	1.3e-06	42.6
WP_017375691.1|153488_154190_+	AAA family ATPase	A0A222YXS3	Escherichia_phage	9.6e-32	37.6
WP_036773107.1|154173_154491_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|154778_155753_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
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WP_036771953.1|156461_158741_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771639.1|159203_160178_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	4.9e-26	30.9
WP_075275454.1|160227_160767_+|capsid	phage major capsid protein	A0A2I4R671	Erysipelothrix_phage	9.3e-35	44.2
WP_027242598.1|160780_161365_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375778.1|161749_162061_+|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	Q8SBH7	Shigella_phage	5.6e-08	30.8
WP_017375779.1|162057_162483_+|head	phage head closure protein	A0A1W6JP44	Morganella_phage	3.9e-12	37.9
WP_017375780.1|162661_163057_+	HK97 gp10 family phage protein	Q6UAX1	Klebsiella_phage	4.3e-05	39.6
WP_017375781.1|163053_163404_+	DUF3168 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375782.1|163403_163826_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375783.1|163827_164151_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375784.1|164207_164474_+	DUF4035 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771950.1|164477_166556_+|tail	phage tail tape measure protein	A0A1J0GWA6	Alteromonas_phage	1.6e-50	31.2
WP_017375786.1|166548_166890_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375787.1|166886_167558_+|tail	phage minor tail protein L	W6EC15	Rhizobium_phage	1.4e-27	33.6
WP_144420832.1|167487_168273_+	hypothetical protein	A0A0R6PHF9	Moraxella_phage	5.1e-42	41.1
WP_017375789.1|168262_168820_+|tail	tail assembly protein	K7PM97	Enterobacterial_phage	2.7e-21	35.6
WP_027242568.1|168816_171507_+	host specificity protein J	A0A0R6PIC9	Moraxella_phage	6.1e-111	32.9
WP_017375652.1|171565_171994_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771347.1|172021_172999_-|transposase	IS5 family transposase	A0A1B0VFY5	Salmonella_phage	3.9e-47	35.9
180168:183715	attR	NA	NA	NA	NA

5. NZ_CP038903

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	3114 : 19136	21	unidentified_phage(35.71%)	transposase,tail,capsid,terminase,head,integrase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP038903|3114:19136|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016212329.1|4624_5215_-|integrase	site-specific integrase	K4K6A1	Caulobacter_phage	3.2e-20	35.3
WP_027242955.1|5445_5706_+	type II toxin-antitoxin system HicA family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_016211078.1|5698_6052_+	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	K7PJX6	Enterobacterial_phage	6.5e-13	34.8
WP_069971681.1|6228_7203_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.2
WP_027242954.1|7735_8101_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242953.1|8245_8500_+	addiction module toxin, HicA family	NA	NA	NA	NA
WP_080963620.1|8483_8840_+	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	K7PJX6	Enterobacterial_phage	1.7e-16	36.4
WP_036771330.1|8937_9912_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_027242951.1|10537_11404_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242950.1|11616_12000_+	HNH endonuclease	A0A2D1GNP5	Pseudomonas_phage	4.3e-26	46.3
WP_027242949.1|12086_12569_+|terminase	P27 family phage terminase small subunit	Q9B019	Phage_GMSE-1	3.6e-14	34.0
WP_027242948.1|12571_12757_+	hypothetical protein	A0A1J0GUY5	Halomonas_phage	9.0e-06	47.3
WP_036771330.1|12776_13751_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_075275490.1|13847_14240_+|capsid	phage major capsid protein	A0A2I4R671	Erysipelothrix_phage	7.0e-24	45.0
WP_027242946.1|14275_14857_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|15237_16212_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_144420855.1|16285_16501_+|head,tail	phage head-tail connector protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242945.1|17304_17820_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242944.1|18165_18723_+|tail	tail assembly protein	K7PGY0	Enterobacteria_phage	7.9e-21	36.2
WP_027242943.1|18719_19136_+	hypothetical protein	A0A2R3UA88	Siphoviridae_environmental_samples	2.2e-20	41.7