CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP039110	Piscirickettsia salmonis strain Psal-134 plasmid unnamed3, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP039107	Piscirickettsia salmonis strain Psal-134 chromosome, complete genome	2 crisprs	DinG,cas3,DEDDh	0	0	37	0
NZ_CP039109	Piscirickettsia salmonis strain Psal-134 plasmid unnamed2, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP039111	Piscirickettsia salmonis strain Psal-134 plasmid unnamed4, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0
NZ_CP039108	Piscirickettsia salmonis strain Psal-134 plasmid unnamed1, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	2	0

1. NZ_CP039107

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP039107_1

• CRISPR_ID: NZ_CP039107_1
• CRISPR_location: 1537413-1537523
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP039107_1

Consensus_repeat	Method
AGGATGATTGGGAGCAACTTAAAGATA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP039107_1

>1.1|1537440|57|NZ_CP039107|CRISPRCasFinder
GCTCTATCCTTCAAACAGCCATTATCGCCCTTTATCGTTCCGATATCAAATTAGCTC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP039107_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP039107_1

>merge|NZ_CP039107|1|1537413-1537523|CRISPRCasFinder
AGGATGATTGGGAGCAACTTAAAGATAGCTCTATCCTTCAAACAGCCATTATCGCCCTTTATCGTTCCGATATCAAATTAGCTCGAGGAGATTGGGAGCAACTTAAAGATA

>NZ_CP039107|1|1|1537413-1537523|CRISPRCasFinder
AGGATGATTGGGAGCAACTTAAAGATA	GCTCTATCCTTCAAACAGCCATTATCGCCCTTTATCGTTCCGATATCAAATTAGCTC
GAGGAGATTGGGAGCAACTTAAAGATA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP039107.1|WP_027243097.1|1531749_1531935_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_027243095.1|1527974_1530260_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_017375696.1|1545018_1545402_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_144420681.1|1542360_1542546_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_036774017.1|1542891_1543767_-|IS982-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NZ_CP039107.1|WP_027242578.1|1539490_1540027_-|DUF2062-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378263
NZ_CP039107.1|WP_017376785.1|1538122_1539028_+|LysR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|182768
NZ_CP039107.1|WP_155046588.1|1535810_1536020_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_144420679.1|1545728_1546685_+|IS3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|222853
NZ_CP039107.1|WP_027243096.1|1531081_1531714_+|MarC-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225006
NZ_CP039107.1|WP_048876008.1|1541342_1542317_-|IS30-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
NZ_CP039107.1|WP_144420682.1|1536554_1536716_-|phosphatase	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_017376797.1|1527341_1527701_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_144420680.1|1544082_1545003_+|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2	unknown	unknown	gnl|CDD|225212
NZ_CP039107.1|WP_144420683.1|1530248_1530905_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_017376798.1|1526424_1527060_-|LysE-family-translocator	unknown	unknown	gnl|CDD|224199
NZ_CP039107.1|WP_027243098.1|1532000_1533146_-|carboxypeptidase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|349453
NZ_CP039107.1|WP_027242577.1|1540044_1541346_+|ComEC/Rec2-family-competence-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|273036
NZ_CP039107.1|WP_155046590.1|1542725_1542890_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_027243099.1|1533381_1534695_+|DEAD/DEAH-box-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|236722

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP039107.1|WP_144420679.1|1545728_1546685_+|IS3-family-transposase	gnl|CDD|222853	PHA02517, PHA02517, putative transposase OrfB; Reviewed.	3.13996e-66
NZ_CP039107.1|WP_027242578.1|1539490_1540027_-|DUF2062-domain-containing-protein	gnl|CDD|378263	pfam09835, DUF2062, Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2062). This domain, found in various prokaryotic proteins, has no known function.	2.12897e-42
NZ_CP039107.1|WP_036774017.1|1542891_1543767_-|IS982-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	3.54754e-84
NZ_CP039107.1|WP_017376798.1|1526424_1527060_-|LysE-family-translocator	gnl|CDD|224199	COG1280, RhtB, Putative threonine efflux protein [Amino acid transport and metabolism].	2.53606e-35
NZ_CP039107.1|WP_144420680.1|1544082_1545003_+|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2	gnl|CDD|225212	COG2333, ComEC, Predicted hydrolase (metallo-beta-lactamase superfamily) [General function prediction only].	1.00534e-72
NZ_CP039107.1|WP_027243096.1|1531081_1531714_+|MarC-family-protein	gnl|CDD|225006	COG2095, MarC, Multiple antibiotic transporter [Intracellular trafficking and secretion].	1.76545e-45
NZ_CP039107.1|WP_027243098.1|1532000_1533146_-|carboxypeptidase-family-protein	gnl|CDD|349453	cd06234, M14_PaCCP-like, Peptidase M14-like domain of ATP/GTP binding proteins and cytosolic carboxypeptidases similar to Pseudomonas aerugnosa CCP (PaCCP). A bacterial subgroup of the Peptidase M14-like domain of Nna-1 (Nervous system Nuclear protein induced by Axotomy), also known as ATP/GTP binding protein (AGTPBP-1) and cytosolic carboxypeptidase (CCP)-like proteins. This subgroup includes PaCCP from Pseudomonas aeruginosa, a carboxypeptidase homologous to M14D subfamily of human CCPs. Structural complexes with well-known inhibitors of metallocarboxypeptidases indicate that PaCCP might only possess C-terminal hydrolase activity against cellular substrates of particular specificity. The Peptidase M14 family of metallocarboxypeptidases are zinc-binding carboxypeptidases (CPs) which hydrolyze single, C-terminal amino acids from polypeptide chains, and have a recognition site for the free C-terminal carboxyl group, which is a key determinant of specificity. Nna1-like proteins are active metallopeptidases that are thought to act on cytosolic proteins (such as alpha-tubulin in eukaryotes) to remove a C-terminal tyrosine. Nna1-like proteins from the different phyla are highly diverse, but they all contain a unique N-terminal conserved domain right before the CP domain. It has been suggested that this N-terminal domain might act as a folding domain.	9.10914e-164
NZ_CP039107.1|WP_027242577.1|1540044_1541346_+|ComEC/Rec2-family-competence-protein	gnl|CDD|273036	TIGR00361, Recombination_protein_2, DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2. Apparant orthologs are found in 5 species so far (Haemophilus influenzae, Escherichia coli, Bacillus subtilis, Neisseria gonorrhoeae, Streptococcus pneumoniae), of which all but E. coli are model systems for the study of competence for natural transformation. This protein is a predicted multiple membrane-spanning protein likely to be involved in DNA internalization. In a large number of bacterial species not known to exhibit competence, this protein is replaced by a half-length N-terminal homolog of unknown function, modelled by the related model ComEC_N-term. The role for this protein in species that are not naturally transformable is unknown. [Cellular processes, DNA transformation].	2.99327e-41
NZ_CP039107.1|WP_048876008.1|1541342_1542317_-|IS30-family-transposase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	1.65717e-79
NZ_CP039107.1|WP_017376785.1|1538122_1539028_+|LysR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|182768	PRK10837, PRK10837, putative DNA-binding transcriptional regulator; Provisional.	3.43302e-86
NZ_CP039107.1|WP_027243099.1|1533381_1534695_+|DEAD/DEAH-box-helicase	gnl|CDD|236722	PRK10590, PRK10590, ATP-dependent RNA helicase RhlE; Provisional.	0

Protein sequences

>NZ_CP039107.1|WP_144420682.1|1536554_1536716_-|phosphatase
MYHFQIDNQINQFLNRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP039107.1|WP_155046588.1|1535810_1536020_+|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYEINNILILFSYLFGAILKLTFPSYYNFLAKLRSHTICQELYGIQKSKEP
>NZ_CP039107.1|WP_027243099.1|1533381_1534695_+|DEAD/DEAH-box-helicase
MSFSSLGLSAPLLDAITEQNYKEPSAIQAQAIPAVLSGRDVMAAAQTGTGKTASFTLPLLERLSKGEQVRANQARALVLTPTRELAIQVAESVAVYGKNMPLRSTAVFGGVKINPQMMRLRRGVDILVATPGRLLDLYSQNAIKFKQLEVLVLDEADRMLDMGFIHDLRKIMALLPKQRQNLLFSATFSKEIRALAKTFVHQPLEISVTPRNTTAKTVKQWICPVDKKQKSALLMHLISHHQWQQALVFSKTKHGANRLARYLDDQGVTAAAIHGNKSQGARTKALADFKQGEVRILVATDIAARGLDIDQLPQVVNFDLPNVPEDYVHRIGRTGRAGACGQAVSLVSADEIKQLSDIEHLIGQLLARKLVDGFEPVHDVPVSSLDRRSKAPKKPEIEHQGGQRLGGSMQGKRREDHRNSQQQPGRKRRRPQLCRSK
>NZ_CP039107.1|WP_027243098.1|1532000_1533146_-|carboxypeptidase-family-protein
MRISSQFDAGNIEVISAEAVNNIQLKIRKDNQSDFLQWFHFRLHGAKNQACTLKILNASACSYPQGWQNYNIVASYDKEHWFRIPSHYDGKTLIVEHTPEANSIYYAYFTPYSYERHQELIGHAQQHSQCEVSLLGQTVDGRDLDLLTLGQLDQSNSDHHHKKKIWLIARQHPGETMAEWFIEGFLGALLDESNALARVLLSKAVFYVVPNMNPDGSVRGNLRTNAAGANLNREWQTPSMTKSPEVYYVKEKMQNTGVDLFLDIHGDEALPYNFVVGTEGNPLYSARIHSLEKQFKDAFKQTNPDFQDQYGYDKDQPGQANLTVACNNIGQTFDCLAFTIEMPFKDNADLPCKEFGWSAERSEQLGASVLQPIYNVIDQLR
>NZ_CP039107.1|WP_027243097.1|1531749_1531935_-|hypothetical-protein
MFDMSELSRPENKWDIFKNSKGQWQWSCSDPNGRFLGASTETFDNEESCVANAREQGYSSE
>NZ_CP039107.1|WP_027243096.1|1531081_1531714_+|MarC-family-protein
MHELITFFITLLALTNPFGNLAIFIGLVEGRDVKEQRGIAFKAGIAVAIILMIVTLFGQNILDFFGISIGAFEVAGGLVILLLGLSMLNMKTEHQPHTKSEHTLAEEKPAIAVVPLAMPIIAGPGALAAVIIHTQSHVADRLFAKLPYVGVDIVIAVVVTAVLLFAPFFHKLLGVAGLKIVERIMGLILMAMAVTMMASGVHSLFPVPAA
>NZ_CP039107.1|WP_144420683.1|1530248_1530905_-|hypothetical-protein
MLKACSVPTMQLHADYDTETKKSHYSPLGDLRIQRFFDGRPNIQKTALKRYFKKKLPSGIFSGKTQPELSTYLQTTMRTIGQENGSNAPHSTQHYVITGIIQSIQVSKKPGVAKELMNPNAQYTPYIGASHYHAQVKFKAELRQAGLIILTVPVSINLFEITASHLTVQQDSDKMAYLLKKAINQAIKTMYKKLHQQLPQQSTMTSIKKLSQINRLHP
>NZ_CP039107.1|WP_027243095.1|1527974_1530260_+|hypothetical-protein
MPYTVELEEIYQGKRFESERKRYQECFNAADALADSVYLSESMLGYFEDVSGDELDFNNDATYSSSLSLFVLLGIFGVFKARAHFDKNENIDKYYKKLRTALSGLKNGRHALVNISSLVSILSHHAVASSVVSPVGALGFAIGILLAANNLYKLKLEEKRNSNLKAIEQYFLNFDRPEFDQDFKRIVPPNVKSNRKLIYTNIIDGFTDGLYLVGNAFMLLGLCGATSMVPTVAIGLCVAYGVYTLGSIINKYFKEKEEQLKEEFIYLKFLENLENQGKLVEYHDQFKSDPNYKKYIGDLSESDGAEEIRNKLGVALKIKEKELNAKKETLQSNTFYKVYKMISKSFSTVRSYVNTIKNSLATVTGIDILASQHPLAQAAVSLGCIITGCAVAVPFLVYKTYCSFRPTYQLRCRQGLDYPDLLYFFNEYAKSGFLKKHNHKGLIDRLTDDYQDYRENYLHILCTVNEYIADHYRNMNQKGELFLRYQAAKDYILCKHKYFSSMIKQLYKEYHYYSSLNINSDSDDIFIKNTRCLLKLYPATTKKEVVESLAIFSWDRQIAIITALPEFIDDHQVIMDLKGFLSAIKKPLREKNNFWLDKAHKKAQQDFFNAMLQNYLDNGVVNRSECAALVMNINKLLNSELLYPMPVKTINFYLHKAAVNYLAASASKILKNENLSIQQKIALYQSQHDELLRLLPNMMKSYAQRDSHDSLKVDESQFEEFLARAKNHRSNSNSCFTNMMFYHGQVDTMEPASSHRLVLGV
>NZ_CP039107.1|WP_017376797.1|1527341_1527701_+|hypothetical-protein
MFTRQKKSLAKFAAESAGTVEAVEAFHREPVCELVFSVCDQEISQCIDLLYDAGHNIHNLKKYAPIEFRNYIYEEFLMRLESPAADVQRELAREVFMDYLETRLKFDMDIAREIIKMPG
>NZ_CP039107.1|WP_017376798.1|1526424_1527060_-|LysE-family-translocator
MTFGIWLSLFAVCILGAMSPGPSLAIVTKHSLTNGRWHGIATSWSHALGVGLYATLTLLGLAVLLKRSPILFAIISYAGAGYLIYLGINALRSKGGIDSKLNLGQPAPLKDSCREGFMISLLNPKLALFFLALFSQFISVGHQLSSQVIIVATPTLVDGLWYTLIAFILSNPKVLSILKNKAQLIDRLSGIVLLLLASVFIISTISHSIFN
>NZ_CP039107.1|WP_017376785.1|1538122_1539028_+|LysR-family-transcriptional-regulator
MSVKITLRQLEIFVAISQHGHVTQAANSLYLSQSAVSMALAELERQLGKTLFDRAHKNLQLTNEGRLLLDKAVSLMQQAREVEQLFESDVQGELVVGASSTVGNYMLAGLMSEYLQKYPQLRLRLEISNTRRSQEKLLDYQFDCAFVEGEVTHADIKRQLWCMDEMLLIVAPTHPLAYKGLVEASDLSKAVWVLREQGSGTREFFNRRVLPELTYAQVCLELSDSTAIVQSVETGVGVSCLSRHVVECALREKRLAKLPYERKLERAFYLLIHKKKHIPALVHHFIDFCYQYIGKNNNYSL
>NZ_CP039107.1|WP_027242578.1|1539490_1540027_-|DUF2062-domain-containing-protein
MFNWFKKKIPTRESLQDHKILAKLYHLLHYHYLWHFNRHSVSKAIAIGSFFAFIPVPFQMIPAALCALVFRANVGISIATVWISNPITIPPMIYAAYKLGSWMIGHPGFIISLEQPHDIIHLLSQSWPPFLLGCITLSITFSLVNYIIARLFYRLWIIHKWHKNREKHKQANTTKKER
>NZ_CP039107.1|WP_027242577.1|1540044_1541346_+|ComEC/Rec2-family-competence-protein
MLGFIFVIGFLTLFFLGWQGAVLLSLSIGGLCYFIKSKHKAKLLCCLGLGGLWAIIIIFWQDYLHLDDFVLNQVVVITGNVVSIPEHDTRKVCFLFLIESINHQPLWPARQVRLNWYRFKQKKQQVLKAGESWQFQVKLRAPFGLENFIGFNYRRWLYQHSIQATGLVIDRYGKKGINRKLSSSHVFNLQQYRQKIAWFLERIDLHNTALIKALVLGERAEVKRSVRNLLQQTGTAHLLAVSGLHIGLIVTFTFFLIRGVLLWAPGMSRKYKSSGYALFIAAIVSLLVALCYSALAGFSVATLRACLMTVCVLLAFLCRRVVPIWALYQYALVGVVILFPLSVLSIGFWLSFLSVGVLIFVCAGRLTQTKLQKYLKPQWALLIALAPLSLAYFFNMPLIGLLANLVAIPWVGFLVLPLLLFALRHLKCNTTLY
>NZ_CP039107.1|WP_048876008.1|1541342_1542317_-|IS30-family-transposase
MVYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEEKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKSITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
>NZ_CP039107.1|WP_144420681.1|1542360_1542546_+|hypothetical-protein
MNMNSLLSVALQMTEGVLGLIFIPLSNELSWVLFHCADLQITWLINRCEPWSAKHGVSRPR
>NZ_CP039107.1|WP_155046590.1|1542725_1542890_+|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYGITLFRPLAALYTTLLWCANINFIGFFFFNVSSI
>NZ_CP039107.1|WP_036774017.1|1542891_1543767_-|IS982-family-transposase
MDLTLISLFCVIDDFCQELLPQWNAILLEDTNKKRNKPSQMSTSEIMTIMIYFHKSNYRNFKMYYLHVIKGSMVKYFPNSVSYNRFVELMPSILLPLCFFIAAQGKTATGIYFVDSTILRVCHEKRASQNRAFKGLAKKSKSTMRWYYGFKLHIIVNDMGELMAFKMSKATTDDRVVLPKMAENLTGKIIGDKGYISQKLFDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLRKRGIIESVFDQLKNISQIEHSRHRSADNFMVNIVAGLAAYCLQEKKPSLGIKYNLLNG
>NZ_CP039107.1|WP_144420680.1|1544082_1545003_+|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2
MCKIPTEVATLTYFLCRTHVFLGTLILLMPRGFPGRLFGLVTMLVPWVYALRPVTPDHAFVRVLDVGQGLAVIVKTHHHNLVYDVGNKTKSGFDLGQMVVVPNLYALGIQHIDKLVISHIDSDHSAGLASVLAAYPKTPIVSSSPLLPYTKIQACVAGDRWLWDGVTFEFLSPAYPFPYGRNNQSCVLKVSINEEGSSMLLTGDIEKRQEKKLLLQAPLSLKSDILFAPHHGSNSSSTSPFIKAVSPHTVIISAGRYNAYRLPHVKVLHRYQSQHIAILNTGQVGAIDFQLSGNKEPLFTFAGAGV
>NZ_CP039107.1|WP_017375696.1|1545018_1545402_-|hypothetical-protein
MTINKRDFFDAINYADTAVKIHEYLLNTLEKQQKDFAESCNNDNSSEKSKALASISDVELRFAQLDMLSAIYRKVLLNTLNEIEGCNDQELKTIKNGLLHMVATTLEACVNDFTIEAKITIDIKEEQ
>NZ_CP039107.1|WP_144420679.1|1545728_1546685_+|IS3-family-transposase
MPAKESKATADGERNFKKGECLLRERNEVKFNFIRKNKVLYPINLTCKVMKVSRSAFYAWDKRPAKVISIEELQLYRRCKELFKESRGSLGSRMMAYKLQEEGFQVGRYRARSLMQKLGLKVLQRKAYKVTTKRKHHHAVADNVLNQQFNPVIANHSWAGDITYLRTAEGWLYLAVVIDLYSRKVIGWAMNKRMSENLVCRAMDMAIHLRQPTEHLLFHSDRGSQYTSKKYRKLLKKHKITASMSSVGACVDNAVVERFFGSLKHEWLLNVIHLTRDTMKEDVEAYIRYYNHDRLHTANGNLSPINFEKSQLKVSNMT

Crispr_ID: NZ_CP039107_2

• CRISPR_ID: NZ_CP039107_2
• CRISPR_location: 2096724-2096819
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP039107_2

Consensus_repeat	Method
CTCAAGGGGCTTCAGGGCACTCTG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP039107_2

>2.1|2096748|48|NZ_CP039107|CRISPRCasFinder
GACAAGAAGAAGAAATTTTTGGTACTGTAGGTGGTTTTCAATCCCAAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP039107_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP039107_2

>merge|NZ_CP039107|2|2096724-2096819|CRISPRCasFinder
CTCAAGGGGCTTCAGGGCACTCTGGACAAGAAGAAGAAATTTTTGGTACTGTAGGTGGTTTTCAATCCCAATCTCAAGGGGCTTCAGGACACTCTG

>NZ_CP039107|2|2|2096724-2096819|CRISPRCasFinder
CTCAAGGGGCTTCAGGGCACTCTG	GACAAGAAGAAGAAATTTTTGGTACTGTAGGTGGTTTTCAATCCCAAT
CTCAAGGGGCTTCAGGACACTCTG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP039107.1|WP_017376708.1|2103968_2104370_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|376573
NZ_CP039107.1|WP_048875964.1|2102624_2103404_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376573
NZ_CP039107.1|WP_017378007.1|2093721_2095665_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226654
NZ_CP039107.1|WP_036773793.1|2104514_2104892_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_155046604.1|2102416_2102557_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP039107.1|WP_053093668.1|2101281_2101881_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379252
NZ_CP039107.1|WP_048875965.1|2079199_2080120_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
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rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP039107.1|WP_017376708.1|2103968_2104370_+|transposase	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	0.00109659
NZ_CP039107.1|WP_048875964.1|2102624_2103404_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	0.00345182
NZ_CP039107.1|WP_017378007.1|2093721_2095665_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|226654	COG4191, COG4191, Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system [Signal transduction mechanisms].	6.24409e-47
NZ_CP039107.1|WP_053093668.1|2101281_2101881_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|379252	pfam13546, DDE_5, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	0.000376208
NZ_CP039107.1|WP_048875961.1|2092172_2093576_+|IS4-family-transposase	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	1.76184e-13
NZ_CP039107.1|WP_017377998.1|2082277_2082808_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|284031	pfam06508, QueC, Queuosine biosynthesis protein QueC. This family of proteins participate in the biosynthesis of 7-carboxy-7-deazaguanine. They catalyze the conversion of 7-deaza-7-carboxyguanine to preQ0.	1.95217e-24
NZ_CP039107.1|WP_017378004.1|2086812_2090352_-|chromosome-segregation-protein-SMC	gnl|CDD|274008	TIGR02168, Chromosome_partition_protein_Smc, chromosome segregation protein SMC, common bacterial type. SMC (structural maintenance of chromosomes) proteins bind DNA and act in organizing and segregating chromosomes for partition. SMC proteins are found in bacteria, archaea, and eukaryotes. This family represents the SMC protein of most bacteria. The smc gene is often associated with scpB (TIGR00281) and scpA genes, where scp stands for segregation and condensation protein. SMC was shown (in Caulobacter crescentus) to be induced early in S phase but present and bound to DNA throughout the cell cycle. [Cellular processes, Cell division, DNA metabolism, Chromosome-associated proteins].	0
NZ_CP039107.1|WP_017378003.1|2085915_2086746_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|367907	pfam04354, ZipA_C, ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain. This family represents the ZipA C-terminal domain. ZipA is involved in septum formation in bacterial cell division. Its C-terminal domain binds FtsZ, a major component of the bacterial septal ring. The structure of this domain is an alpha-beta fold with three alpha helices and a beta sheet of six antiparallel beta strands. The major loops protruding from the beta sheet surface are thought to form a binding site for FtsZ.	1.17377e-13
NZ_CP039107.1|WP_017378009.1|2097478_2099224_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|223021	PHA03247, PHA03247, large tegument protein UL36; Provisional.	0.000214736
NZ_CP039107.1|WP_036773465.1|2083889_2085929_-|NAD-dependent-DNA-ligase-LigA	gnl|CDD|236137	PRK07956, ligA, NAD-dependent DNA ligase LigA; Validated.	0
NZ_CP039107.1|WP_017378006.1|2091423_2092053_+|response-regulator	gnl|CDD|381113	cd17569, REC_HupR-like, phosphoacceptor receiver (REC) domain of hydrogen uptake protein regulator (HupR) and similar domains. This family is composed of mostly uncharacterized response regulators with similarity to the REC domains of response regulator components of two-component systems that regulates hydrogenase activity, including HupR and HoxA. HupR is part of the HupT/HupR system that controls the synthesis of the membrane-bound [NiFe]hydrogenase, HupSL, of the photosynthetic bacterium Rhodobacter capsulatus. It contains an N-terminal REC domain, a central sigma-54 interaction domain that lacks ATPase activity, and a C-terminal DNA-binding domain. Members of this family contain a REC domain and various output domains including the cyclase homology domain (CHD) and the c-di-GMP phosphodiesterase domains, HD-GYP and EAL. REC domains function as phosphorylation-mediated switches within response regulators, but some also transfer phosphoryl groups in multistep phosphorelays.	1.63665e-55
NZ_CP039107.1|WP_017378005.1|2090465_2091185_+|sulfate-transporter-CysZ	gnl|CDD|179898	PRK04949, PRK04949, putative sulfate transport protein CysZ; Validated.	2.22151e-69
NZ_CP039107.1|WP_144420648.1|2099626_2101099_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|223021	PHA03247, PHA03247, large tegument protein UL36; Provisional.	9.17808e-06
NZ_CP039107.1|WP_027243145.1|2082818_2083874_-|protease-SohB	gnl|CDD|236978	PRK11778, PRK11778, putative inner membrane peptidase; Provisional.	0

Protein sequences

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>NZ_CP039107.1|WP_048875961.1|2092172_2093576_+|IS4-family-transposase
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>NZ_CP039107.1|WP_017378005.1|2090465_2091185_+|sulfate-transporter-CysZ
MSGFHYFLNGLNFILTPKMRRYLYLPILLNIILLLVLSYLGVHGIEVITNHVSTSLPHGLHFLRPIATIILSLALITLLVFSFTTLASIIGAPFYSLLCEAVLQKKDHQLPQDNITALIKDMPRLIGRELIKLRYFIIRVMILMILLFIPGINLIVSLLWFIFNCWMQAIQYIDYPMDVLKHPFKQTLKATRQTPLTAMSFGLVCFVCTLIPLLNLIAIPAAVAGGTLLWSERIQPLLK
>NZ_CP039107.1|WP_017378004.1|2086812_2090352_-|chromosome-segregation-protein-SMC
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MKFIYPGINAPLDTEKSLYAETTQGYFSHKESGKALDFNFIKKQESYFSQWDKRTAFTCEEYKALTHQQRLQLYRLHTTRWNYTLSLLLKDPGAGPDSPLYAEKQFLQNLNENEEMRKLYAGWFIDYVESREGETSKAVEALFKKEMQLKPECDLSKEKQIAVKVRGFRDEITELQAWLMNGSSAERIAIEKYDTKAVNQFIKYQLGQVSKSEFNKTFERAQSKCNKVLKNALHLTTSAASILTEKKIDLNSSVEWERLKNSQHLQKAVLILHKSNINLADSWDTLKDNSHLQKAVLTLHHESSINLTEHWDKVKNNSPLQKALAASYDYLNAERSSWSKMHHNHGIRQTHKFIRHLMASENQTLSGIQAEMQQWLHGYGHFSRASGSASNSRMSFALQSGLCPQADTPPTLLFNTSLQATEVEQEVTNQVTLSS
>NZ_CP039107.1|WP_146619530.1|2107407_2107665_-|hypothetical-protein
MFRQKCSHSYRYYAVAMPKINMLTDFTDGDFERIHKAHWNIERFHRATKQLCSIEKFQVRTTECIKNHIFRCEPWSAKHGVSRPR

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
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DBSCAN-SWA_2	123076 : 241144	106	Staphylococcus_phage(12.5%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_3	314947 : 357306	54	Chrysochromulina_ericina_virus(20.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	363786 : 421642	60	uncultured_Caudovirales_phage(20.0%)	transposase,tRNA,protease	NA
DBSCAN-SWA_5	451079 : 499218	42	Staphylococcus_phage(100.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	504022 : 558705	52	Streptococcus_phage(22.22%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	590496 : 723888	110	Acinetobacter_phage(14.29%)	plate,transposase,tRNA	NA
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DBSCAN-SWA_9	786991 : 841302	49	Prochlorococcus_phage(33.33%)	tRNA,transposase,protease	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP039107|31805:91594|DBSCAN-SWA
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MARSEGIWSLYWHGLAGSIIAYISELLLFSWLYNRLFNKSFWLSSIASICTTLAIHNAICDYQMFAGSPDRLDLILSNYGVNLIVIITYTTFISVLRKKFNSSASNQLS
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MKALKLIKSALPKHTAIIYMIISAVCIASAGFFAKIAMQYTSVQITLLARFGVPLLLLILFFSFYQRWSQLKFTYAKTHFIRAFFLTLAQFLLFISIIHLSLAEATVLYSTGPIFIAIFSFFKNKKINLQSLIAVLLGAVGVALMMHIENGIINPYVIVGLLSGFCLSASQLLLHSATKKEKNSHVMLFVYLFSTLLSLIYFGLINIEEELKTLTPMLSFSIPIIGILILVGLASLGNQFFRGKAYQQVKDPASIAPLIYISILVAGLYDIFFYNHLPNIEVIIGAILIVTSALFSKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017378440.1|39025_40153_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378439.1|40225_40981_-	enoyl-ACP reductase FabI	NA	NA	NA	NA
WP_027242743.1|41017_43711_-	DNA polymerase I	A0A2H4J6W7	uncultured_Caudovirales_phage	9.9e-69	30.7
WP_036771562.1|43742_44294_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_048875841.1|47958_48711_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378433.1|49022_50549_+	2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
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WP_027242742.1|51800_53108_+	S41 family peptidase	A0A0R6PIZ1	Moraxella_phage	1.2e-24	28.4
WP_017378429.1|53082_54252_+	glycoside hydrolase family 3 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242741.1|54306_55032_+	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027242740.1|55497_57603_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_144420739.1|58301_58811_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420738.1|59195_60137_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_053856772.1|60418_61870_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036773655.1|62336_62741_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_036771330.1|65977_66952_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_036773242.1|66991_67546_-	DUF4823 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378416.1|67726_68626_-	oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_080963576.1|68630_69257_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242705.1|69201_71523_-	type I DNA topoisomerase	A0A1V0SCS0	Indivirus	7.9e-99	35.9
WP_016210342.1|71669_72149_-	DUF494 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378414.1|72145_73297_-	DNA-protecting protein DprA	NA	NA	NA	NA
WP_017378413.1|73431_73935_+	peptide deformylase	E3SLL2	Synechococcus_phage	5.4e-13	37.1
WP_026063734.1|74028_75003_+|tRNA	methionyl-tRNA formyltransferase	E3SNR5	Prochlorococcus_phage	1.3e-10	35.9
WP_036773239.1|74992_76306_+	16S rRNA (cytosine(967)-C(5))-methyltransferase RsmB	NA	NA	NA	NA
WP_017378410.1|76346_77726_+	Trk system potassium transporter TrkA	NA	NA	NA	NA
WP_080963575.1|77732_79184_+	potassium transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016210352.1|79209_79578_+	diacylglycerol kinase	NA	NA	NA	NA
WP_017378407.1|79596_80664_-	4-oxalomesaconate tautomerase	NA	NA	NA	NA
WP_027242707.1|80696_81593_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_047927132.1|81589_82426_-	sterol desaturase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378404.1|82561_83014_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378403.1|83152_83899_-	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017378402.1|83879_84443_-	D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017378401.1|84451_84967_-	acyl-CoA thioesterase	NA	NA	NA	NA
WP_017378400.1|85108_87187_-|tRNA	glycine--tRNA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
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WP_075275373.1|89628_89958_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875844.1|90574_91594_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP039107|123076:241144|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377563.1|149432_150389_+	type IV pilus secretin PilQ	G4WZN6	Enterobacteria_phage	1.0e-12	24.5
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WP_048875849.1|162547_163519_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_017377537.1|167920_168745_+	mechanosensitive ion channel	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP039107|314947:357306|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP039107|363786:421642|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017376924.1|413066_415865_-	ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A0A2H4P767	Pseudomonas_phage	1.1e-179	45.1
WP_017376923.1|416170_417337_+	aspartate aminotransferase family protein	A0A1V0SKB7	Klosneuvirus	1.3e-25	26.7
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP039107|451079:499218|DBSCAN-SWA
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MKRDTQYHYISNKGKILFLDMETTSLIKSLFKGAGSTITGSSPLDVFKFPLGSRKVAQDIMSIKLGKKSIVRSYGLLFSKDLFFMATMIREPLNDSGKIIGVVHKVDVGINQFPKNECFLNVGSICYNNERFSATDLRILFLLAQFENIKAKEISEIIDVKMRTAYMYKYDLLNKLRDTFVYDDNVNYNDCLNKLFHVKVCSDGRATILPAEELEQHYQRLSKRRMRKDILHCENNFDLEGHDSDVSIFNKIISNN

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_144420726.1|469854_470094_+	type IV secretion protein IcmT	NA	NA	NA	NA
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WP_087910671.1|495684_496149_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_087910670.1|496242_496428_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875857.1|498243_499218_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	2.8e-29	33.2

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP039107|504022:558705|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP039107|590496:723888|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_027242612.1|611297_611540_+	sulfurtransferase TusA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242611.1|611842_612934_+	AI-2E family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377060.1|612914_613868_-	chemotaxis protein CheV	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	2.9e-31	27.9
WP_017377059.1|614091_615576_+	MFS transporter	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	8.5e-46	28.0
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WP_026063550.1|665027_666182_+	DegT/DnrJ/EryC1/StrS family aminotransferase	A0A2K9L0G1	Tupanvirus	3.9e-38	33.0
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WP_075275355.1|688138_689113_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	4.3e-30	33.2
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WP_017376334.1|714143_714719_+	aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component II	A0A0P0IKJ1	Acinetobacter_phage	3.2e-57	50.0
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Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP039107|732530:778831|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377690.1|775982_777017_-	phosphate regulon sensor histidine kinase PhoR	W8CYF6	Bacillus_phage	1.3e-32	34.2
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Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP039107|786991:841302|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_9

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MELNKLIVQLEEKMKTMRVNDVQPYDATKLMRIANLFISAVVVKHANEINAREWIQKFSVEFEASLTQSVDRCFKCEYYHVNMVN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017377937.1|789673_790525_+	4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_048876070.1|790566_793473_+	bifunctional [glutamate--ammonia ligase]-adenylyl-L-tyrosine phosphorylase/[glutamate--ammonia-ligase] adenylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_016209904.1|793533_793731_+	zinc-finger domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377935.1|793737_794748_+	lipopolysaccharide heptosyltransferase II	NA	NA	NA	NA
WP_017377934.1|794744_795803_+	lipopolysaccharide heptosyltransferase I	NA	NA	NA	NA
WP_087910662.1|795817_796597_+	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243055.1|796599_797412_+	glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017377933.1|797423_798371_+	ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase	R9S880	Prochlorococcus_phage	3.5e-37	37.6
WP_144420809.1|798381_799674_+	3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase	NA	NA	NA	NA
WP_017377931.1|799852_800956_+	glycine cleavage system aminomethyltransferase GcvT	NA	NA	NA	NA
WP_017377930.1|800952_801345_+	glycine cleavage system protein GcvH	NA	NA	NA	NA
WP_027243054.1|801357_802734_+	aminomethyl-transferring glycine dehydrogenase subunit GcvPA	E3SN07	Prochlorococcus_phage	4.2e-47	34.6
WP_017377929.1|802727_804197_+	glycine dehydrogenase subunit 2	M4QFZ1	Prochlorococcus_phage	2.7e-84	41.7
WP_053856762.1|804390_804825_+	hypothetical protein	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	7.7e-16	38.0
WP_087910651.1|805120_805297_-|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	5.5e-05	46.2
WP_027243053.1|806331_807357_+	hypothetical protein	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	4.5e-30	30.5
WP_017377925.1|807858_808251_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036774583.1|809643_810294_-	LexA family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_155046574.1|810992_811787_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876067.1|811966_812611_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771639.1|812785_813760_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
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WP_017377914.1|817924_818638_-	5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase	NA	NA	NA	NA
WP_017377913.1|818727_819819_-	redox-regulated ATPase YchF	NA	NA	NA	NA
WP_017377912.1|819890_820472_-|tRNA	aminoacyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_017377911.1|820477_821104_-	50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc	NA	NA	NA	NA
WP_026063691.1|821200_822148_-	ribose-phosphate pyrophosphokinase	A0A1V0SHF7	Hokovirus	3.4e-40	34.3
WP_065653730.1|822494_823157_-	outer membrane lipoprotein LolB	NA	NA	NA	NA
WP_017377908.1|823327_823987_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377907.1|824155_825415_+|tRNA	glutamyl-tRNA reductase	NA	NA	NA	NA
WP_017377906.1|825411_826497_+	peptide chain release factor 1	W8EDB3	Pseudomonas_phage	4.3e-07	41.2
WP_017377905.1|826489_827371_+	peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027243154.1|827359_828610_-	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_016212534.1|830574_830841_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_144420718.1|832535_832757_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017375695.1|837097_837373_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_144420716.1|840093_841302_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP039107|884981:947501|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017375707.1|907679_908735_-	glutamine-hydrolyzing carbamoyl-phosphate synthase small subunit	R4TGJ8	Halovirus	1.5e-49	34.7
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WP_017375705.1|909610_910273_+	PAS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027242981.1|915575_916031_+	glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase	NA	NA	NA	NA
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WP_017377755.1|917044_917761_-	bifunctional 2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase/3-demethylubiquinol 3-O-methyltransferase UbiG	NA	NA	NA	NA
WP_017377754.1|917764_919084_-	TRZ/ATZ family hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_027243172.1|935241_936123_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376527.1|936234_937914_-	energy-dependent translational throttle protein EttA	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	3.0e-39	26.6
WP_017376526.1|938040_939291_+	serine hydroxymethyltransferase	A0A219Y950	Aeromonas_phage	2.4e-102	54.4
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WP_017376522.1|941649_942306_+	3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase	A0A2H4PQS2	Staphylococcus_phage	6.8e-40	44.2
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WP_017376520.1|942906_943329_+	transcription antitermination factor NusB	NA	NA	NA	NA
WP_047927196.1|943315_944335_+	thiamine-phosphate kinase	NA	NA	NA	NA
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WP_027243174.1|944892_945174_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875904.1|946625_947501_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP039107|951403:1018366|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_048876031.1|954046_955450_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046579.1|955446_955608_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|955923_956898_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
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WP_017376506.1|958488_959412_-	GGDEF domain-containing protein	A0A127AWB9	Bacillus_phage	4.3e-24	40.4
WP_017376509.1|961607_963752_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.0e-12	37.1
WP_016210310.1|963773_963980_-	DNA-directed RNA polymerase subunit omega	NA	NA	NA	NA
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WP_017376511.1|964701_965595_-	YicC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210308.1|965680_966406_+	ribonuclease PH	NA	NA	NA	NA
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WP_017376516.1|971921_973259_+	N-succinylarginine dihydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_047927029.1|973326_974817_-	nuclease	NA	NA	NA	NA
WP_017376518.1|975045_975417_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243113.1|975567_976395_-	class II glutamine amidotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027243112.1|976697_977354_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927028.1|977301_978225_-	PAS and helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036774751.1|978238_979162_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_027243109.1|979436_980093_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377787.1|981792_982020_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
WP_017376989.1|982344_982893_-	DUF2147 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376990.1|982973_983249_-	oxidative damage protection protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242882.1|983248_984298_-	A/G-specific adenine glycosylase	NA	NA	NA	NA
WP_017376991.1|984410_986348_-	AsmA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_080963631.1|986495_988208_+	ABC transporter ATP-binding protein/permease	NA	NA	NA	NA
WP_017376994.1|988276_988996_+	TIGR00266 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376995.1|988992_989595_+	HAD family phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017376996.1|989709_990597_-	ROK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016210463.1|990787_991135_+	cupin domain-containing protein	A0A1V0SH58	Hokovirus	9.2e-20	42.1
WP_017376997.1|991185_992025_+	NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF	I6XGV6	Vibriophage	1.0e-32	35.3
WP_017376998.1|992120_992867_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063589.1|993063_993690_+	porin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377000.1|994005_994575_+	outer membrane beta-barrel protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377001.1|994718_995417_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
WP_017377003.1|996123_996747_-|protease	site-2 protease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_052106204.1|996856_997750_+	thiol:disulfide interchange protein DsbG	NA	NA	NA	NA
WP_017377006.1|997856_999467_-	SpoVR family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242880.1|999463_1000759_-	YeaH/YhbH family protein	A0A219UQP6	Bacillus_phage	1.2e-06	32.8
WP_027242879.1|1000780_1002703_-	PrkA family serine protein kinase	NA	NA	NA	NA
WP_017377007.1|1002813_1003116_+	DUF2835 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377008.1|1003210_1008097_+	NAD-glutamate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_047927528.1|1008144_1009467_-	Na+/H+ antiporter NhaA	A0A2H4J5W3	uncultured_Caudovirales_phage	7.3e-65	39.9
WP_036771855.1|1009591_1010686_+	fusaric acid resistance family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242877.1|1010737_1011676_+	signal peptide peptidase SppA	A0A2I6UGK8	Salinibacter_virus	4.9e-15	30.1
WP_026063591.1|1011756_1012341_-	septum formation inhibitor Maf	NA	NA	NA	NA
WP_027242876.1|1012725_1013616_-	Rossmann-like and DUF2520 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377014.1|1013818_1014310_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242875.1|1014449_1014941_-	Spy/CpxP family protein refolding chaperone	NA	NA	NA	NA
WP_016209885.1|1015109_1015823_+	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_065653747.1|1015885_1017226_+	HAMP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875904.1|1017490_1018366_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP039107|1023979:1086506|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_CP039107|1095206:1144774|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

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MKQHFNHDITIIGSGAAGISLALRLAGHARVALLTKGSLTESSTLYAQGGVAAVLDEGDSLSAHIQDTLSAGAGLCNEEAVRFTIENARECIHWLIEHGVQFTRGDDNEYHLTLEGGHSHRRVIHAADATGHALETTLADRVRTHQNITIFEYHTAIDLIKSPESGRCNGFYAYNAATHSVDAFSAKCTVLATGGANKVYLYSSNPDVSSGDGIAMAWRAGCKVANLEFNQFHPTCLYHPKTRSFLISEALRGEGAHLLLPDGSRFMPEFDERAELAPRDIVARAIDHEMKRLGIPCVYLDISHKDPEFIINHFPTIYARCLDLGINITKEPIPVVPAAHYTCGGVMIDHHAQTDVPGLYACGEVSYTGLHGANRLASNSLLECFVYAAAASQHILAHLATMPTPATPAPWDESQVIDSDEQVMIMHNWDEVRRFMWDYVGIVRSNKRLARAQRRIALLQHEINDYYSHFKVSNDLLELRNLTLVAELIIESALNRHESRGLHYTLDYPQQEENPKATVLIPPH
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MLLDSKRLRWACRRGMLELDLVLQPYVEKAYDGSSDRHKELFCKLLAEADQDLFIWFTQRETPKDSELADIVKVVLEYTQL
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MVSWLYLLGAVVFEVLGTTCMKLSYGFSRLWPVMGVFAFYSVCFVLMSLAMKRLDMGIVYAVWCGLGLVLIYVLDYYMFSARLGLSQWLAIGLIMSGIMILKWS
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MTIELCQSLGYIIQQRPYKNTSVLLDILTRDHGKICCVASGGRANLTRWQGVLQPFSLLQLTWQKRIGLGTLKEVSSCERQLLWRGLPFVMAMYLNELTIHLLPQGQGDEAFFFIYRQLLGVLSRTHSVKAKVELELESQLRRFEYQLLKTIGYELVLDQDVKGRAVLAQQNYWLRVEHLPEHWPVNRPASIGLVCQGASLLALKAGKFDTELEKMDAKRIMRMYLQFYLRNRILKSRELFKQFKGV

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017375975.1|1170869_1171193_+	YqcC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771316.1|1171281_1173300_-	DEAD/DEAH box helicase	NA	NA	NA	NA
WP_017375977.1|1173322_1174276_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_080963649.1|1188330_1189368_-	folate-binding protein YgfZ	NA	NA	NA	NA
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WP_087910649.1|1194508_1195450_+	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
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WP_027242761.1|1195861_1196536_+	ribonuclease III	E5EQH1	Micromonas_sp._RCC1109_virus	2.2e-25	33.2
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WP_027242754.1|1202245_1202599_-	ArsC family reductase	NA	NA	NA	NA
WP_027242753.1|1202879_1203422_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927692.1|1204066_1204255_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|1204274_1205249_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
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WP_080963648.1|1207448_1207610_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017375762.1|1208260_1209601_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377787.1|1210652_1210880_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
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WP_144420701.1|1213978_1214335_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017375893.1|1219035_1220106_+	FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017375892.1|1220163_1220370_+	sulfur carrier protein ThiS	NA	NA	NA	NA
WP_017375891.1|1220376_1221852_+	thiamine phosphate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017375890.1|1221987_1222551_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|1222720_1224124_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027242999.1|1225090_1226185_+|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NZ_CP039107|1242427:1290152|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_15

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_087910645.1|1315171_1316324_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	8.9e-59	44.2
WP_048876022.1|1316737_1317589_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420700.1|1317726_1317876_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017377952.1|1318500_1320867_+	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase/enoyl-CoA hydratase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377953.1|1320914_1322111_+	acetyl-CoA C-acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_027242965.1|1322679_1325112_+	acyl-CoA dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_036773041.1|1325433_1326933_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242964.1|1327041_1327614_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242963.1|1327928_1329398_+	type VI secretion system tip protein VgrG	NA	NA	NA	NA
WP_017377960.1|1329470_1330220_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876021.1|1330223_1330997_-	enoyl-CoA hydratase	NA	NA	NA	NA
WP_027242961.1|1331095_1332046_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377963.1|1332185_1333628_+	PLP-dependent aminotransferase family protein	A0A1X9I5H2	Streptococcus_phage	3.5e-20	24.2
WP_027242960.1|1333843_1335028_+	NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017377966.1|1335151_1335838_+	7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC	A0A2H4J8Q7	uncultured_Caudovirales_phage	2.8e-28	36.0
WP_026063694.1|1335973_1336558_+	superoxide dismutase	NA	NA	NA	NA
WP_144420699.1|1336647_1336977_-	ribosome-associated translation inhibitor RaiA	NA	NA	NA	NA
WP_017377969.1|1337312_1337552_+	membrane protein insertion efficiency factor YidD	NA	NA	NA	NA
WP_017377970.1|1337600_1337792_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275334.1|1338566_1338860_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420698.1|1339008_1339170_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017378162.1|1339684_1340224_-	porin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378161.1|1340562_1341207_-	porin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378160.1|1341540_1342191_-	porin family protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

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MPANEYPQSRLISVGVSGSRITGDISRSLSRLEACLQGLNMLDNHSRLFIAHCESLSRYLFSNARYHDFYYSYRRNPALEALHFLRDHVAHLVVKLAPLRGLEAREEFQVALNGVFADFNNKLDETIITNLTKEKETRNVCHKLRDASLSIIFSQSQTHDSAGAGAKVQRMITKIEQMAKSEGGQGFKFGWWGTFRSIKIDGKSYDVPGRIASLYKVLTDDRITNADKLRAAYTLSAYKEKSKFLFFRQPQEETNEMIQSFKKELCADF
>NZ_CP039107|1386404:1440138|1390683_1392507_-|WP_017376668.1|DBSCAN-SWA
MYQRPCFAHLCLLIHNALLLLLFLCLICINNSFANPVTTSTSSNYLVKISGITGAPLKNIQHALSVFRYKSYISKQAKLRLPLYFQQGKQEIIDSLQPYGYFNSQVTAAIHWNMKPILITYMINPGPQTTVSKITLNISGEGKNLHQFKHWQKRFPLQVGRPMISIDYENAKARLLAWANELGFFNALLTSHQVTINSKTHQATITLAMNTGPRAYFSSVSFNQGNQNNSAPYANSYLKRFIPFKANTPYQESTLVQLQSNLIASNLFDEVIVSREKTQTSTPPKVPLTVTLIPKKAKHYKFGLGYGTDTGIRGTFGFDWRRVTASGQNLSSQIQLSQIATHYSLAYIIPGQNPLTDATTLSAADYYDHPDSYTSTTQQIGLGYTSTYGTWTYQANLKHQWVQYNINNGLNQNTNLTIPELSLSRIVPTQQGFWHNGYQITANLQAGIPALSPINFTRLTLNARLAHKLTRKTRMLLGGAFGLIETNDFDELPPNLRFFAGGSNSIRGYGYKSLSTTSPDGQQIGGRYLLTGTLAYEIQLPHQFGLSAFYDLGNAFYNKPKSLELMQGAGLQLAWYSPIGPVKLAVAKALSLSGTPWHIHFSIGFFI
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MYKAFLQASSVRYSGLALSEVSPKPFSHDSVSRWLQSQQYRPRDIWHIVKDLINTEEPCLLVVDDTVLDKHRSKQIDLVHHQYSGNAHDVIAGIGLVNLVWYGLERQHSIPIDYRVYDKDTDGKTKNDHFRDMLKLGKNRGMTPSAVVFDAWYSSLNNLKAARDLHWNWVAGLKKNRKVNRNDTLEMLDFPDEGLKLHLRGYGWITVFRFVAKNGRTDYIGTNIEEPSRDQVEVIVKARWSIEVYHRELKQTCGIERCQARTGRAQRNHISLSIAAWVDKYKRKLNEKISLYQQDWDVIKVGISCSIQKILAAT
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MRRLAIILLTYTLSFLLLLCSLTSFASALKAKPTKLIVDTARIVHQKQTNTLEVYMNLTNHSLKYPVTIIGVFSPASKRAKLNRFSFHQGSYIKRHTQKITIHPNSHSDFRPGSVHIELQEPIKNFALGEMIPVHLILANGQSVKVNAIVEKAA
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MTTVTIYHNPRCSKSRAALAILEEKGHTANIVEYLKQGINEQEIQQLLNQLDLSIADILRHNEDYYKTHKLNTIIDEKILINHLVQAPKLLQRPIVTYNNKAIIARPPERVLEIL
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MTTPDYQALFISDLHLSPEQPKLITLFLDYLSKTAIHSQALYILGDFFEFWIGDDDPEPLYQEIQQALQQASQTTNIYFMPGNRDFLLGSTWCQSAGMTLLADPSVIMINDHAILLSHGDLYCTEDISYQRYRYWVRKPWLQRCFLFLPLTWRLKIASNIHQVGRQKQETYLKPIDIHEETIKHYSQKYQSNRLIHGHTHRLGWHNHNYCQRWVLGDWRDKATDLCVYPSGKWQLRDHQPT
>NZ_CP039107|1386404:1440138|1439405_1439591_+|WP_144420687.1|DBSCAN-SWA
MRKSWVTGDCWYSSIENLKFIRKYNLGMLFAIENNRIISSERGSYCQVQAIDCWDESGVQV

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_027242912.1|1387384_1390687_-	DUF490 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376668.1|1390683_1392507_-	BamA/TamA family outer membrane protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027242911.1|1393053_1394070_-|tRNA	tRNA dihydrouridine(20/20a) synthase DusA	NA	NA	NA	NA
WP_027242910.1|1394504_1395959_+	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017376672.1|1396040_1399097_+	efflux RND transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_081329473.1|1400487_1400907_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376676.1|1401279_1401744_-	copper chaperone PCu(A)C	NA	NA	NA	NA
WP_075275332.1|1401816_1402818_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771585.1|1405710_1406043_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420693.1|1406404_1406548_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_048876152.1|1406535_1407480_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_075275328.1|1407691_1408030_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376273.1|1408404_1409004_-	NAD(P)H:quinone oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017376274.1|1409003_1409351_-	arsenate reductase (glutaredoxin)	NA	NA	NA	NA
WP_026063520.1|1409501_1410485_+	chemotaxis protein CheV	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	1.3e-34	32.7
WP_017376276.1|1411394_1411709_+|transposase	transposase	A0A1P8CWP5	Bacillus_phage	6.9e-06	36.5
WP_144420691.1|1411857_1412016_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_144420690.1|1411987_1412917_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.2e-60	44.9
WP_026063521.1|1413831_1414248_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929528.1|1415376_1416093_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376099.1|1416841_1417000_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420689.1|1417048_1417624_-	nitronate monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_075275424.1|1417768_1418047_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376100.1|1418111_1418987_-	ParA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876018.1|1419152_1423019_+	ATP-dependent RNA helicase HrpA	A0A1V0SBU4	Catovirus	1.6e-51	26.5
WP_017376103.1|1423174_1423984_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376104.1|1424033_1424855_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_017376105.1|1425054_1426287_-	chemotaxis protein CheV	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	8.9e-33	27.2
WP_017376106.1|1426457_1427183_-	UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017376107.1|1427225_1428764_+|tRNA	glutamate--tRNA ligase	A0A2K9L594	Tupanvirus	2.6e-05	22.4
WP_017376108.1|1428770_1430156_+|tRNA	cysteine--tRNA ligase	A0A2K9L6B7	Tupanvirus	3.4e-49	29.7
WP_048876011.1|1430469_1431519_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_051929549.1|1432078_1432456_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420688.1|1432647_1433523_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017377787.1|1434504_1434732_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
WP_048876149.1|1434784_1435303_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_146619432.1|1435558_1435750_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420793.1|1436158_1436932_+	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017376772.1|1437998_1438970_-	ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420687.1|1439405_1439591_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875984.1|1439601_1440138_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_18

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_18

>NZ_CP039107|1459072:1518982|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_19

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_19

>NZ_CP039107|1541342:1576783|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017378517.1|1553442_1553865_+	biopolymer transporter ExbD	NA	NA	NA	NA
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WP_016211143.1|1558450_1559020_+|protease	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit	A0A223W000	Agrobacterium_phage	7.3e-30	39.5
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WP_036771639.1|1560652_1561627_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
WP_144420677.1|1562213_1562615_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
1562683:1562742	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_069971648.1|1569868_1570843_-|transposase	IS30 family transposase	H7BVY4	unidentified_phage	4.7e-29	31.6
WP_047927336.1|1571205_1571451_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065653736.1|1571814_1572843_+|integrase	site-specific integrase	NA	NA	NA	NA
WP_017375591.1|1572973_1573177_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420676.1|1573461_1574418_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.8e-49	39.5
1573144:1573434	attR	NA	NA	NA	NA
WP_047927838.1|1574710_1574956_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212018.1|1574952_1575252_+	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_036774927.1|1575474_1575945_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_082300723.1|1576555_1576783_-|transposase	IS3 family transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0

Sequences of DBSCAN-SWA_20

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_20

>NZ_CP039107|1582235:1625166|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_21

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_21

>NZ_CP039107|1683501:1773816|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017377182.1|1684766_1685105_-	cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV	NA	NA	NA	NA
WP_026063604.1|1685101_1685698_-	cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III	NA	NA	NA	NA
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WP_017377185.1|1687758_1688697_-	ubiquinol oxidase subunit II	NA	NA	NA	NA
WP_036771332.1|1689045_1690020_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	7.3e-30	33.2
WP_080999986.1|1690223_1690421_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081000007.1|1690582_1690987_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036816928.1|1692570_1693011_+	universal stress protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_22

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_22

>NZ_CP039107|1784515:1835000|DBSCAN-SWA
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MHYVINKLKSQIEKQKATLLDDEESLSIESLLSSDKFQSIINNCRSFRSRFYTPFVTLILFIRQVLSPDKSCKNTVATFLASVSTEDNNNIPSSNTGPYCKARQKLPIETLESLVKLSGDSLSKSSNARWKIYNREVKLIDGTSLTMADSEENQSRYPQHDAQKAGAGFPIMRLVAIMSLTTGGIIDYAVGAYKGKGTGEHALLRQIKDSIHKDDIVMGDQYFPCFFVMGDLQSIGADGIFKAHSQRKYDFRKGRKLGSKNHLVIWKKPHKPDWMTQETYDSYPDQMTVREFKIKGEVYVTTFQDHKKYNKVALANHYKQRWHIEINFNSLKTIMSMDHLRSKTPDMVHKEIAVHFLAYNLIRTLIAEACRNTERLPIQVSFKGVIQLFNSFVSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017376458.1|1789384_1790425_-	recombinase RecA	A0A0S2MVG1	Bacillus_phage	5.8e-118	66.3
WP_017376457.1|1790599_1791085_-	CinA family protein	B5TK85	Pseudomonas_phage	8.0e-38	56.9
WP_017376456.1|1791192_1793763_+	DNA mismatch repair protein MutS	A0A1V0SJ67	Klosneuvirus	3.5e-31	23.0
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WP_036773947.1|1794594_1795470_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_026063532.1|1802833_1803622_-|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
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WP_017376444.1|1805393_1806569_-	formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_017376442.1|1807546_1809487_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	1.8e-72	33.0
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WP_036771639.1|1814923_1815898_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
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WP_048875984.1|1816691_1817228_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_048875983.1|1817537_1818143_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	6.3e-48	49.5
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WP_144420662.1|1818917_1819121_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017378214.1|1820114_1821587_-	catalase	A0A2K9L572	Tupanvirus	3.3e-98	46.5
WP_016211840.1|1822025_1822490_-	DNA starvation/stationary phase protection protein	A0A0A7RTZ1	Clostridium_phage	4.7e-19	32.9
WP_144420785.1|1823178_1824429_-	AMIN domain-containing protein	A0A067ZJB6	Vibrio_phage	1.7e-15	27.4
WP_017378219.1|1824538_1825009_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE	NA	NA	NA	NA
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WP_027242798.1|1825762_1826812_+	small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA	NA	NA	NA	NA
WP_017378221.1|1826835_1827759_+	phosphatidylserine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_016211418.1|1827775_1828237_+	YaiI/YqxD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378223.1|1828344_1829163_+	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046600.1|1829772_1829916_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378228.1|1834079_1835000_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-dimethylallyltransferase MiaA	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_23

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_23

>NZ_CP039107|1897290:1912606|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP039107|1897290:1912606|1904074_1904281_+|WP_017378292.1|DBSCAN-SWA
MDSKNFNGISEQFKELSKLSQLNCHSLTTDLRLILLQLERRINEKNITLTEAYTLINQAEYIIEASLR

Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_24

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_24

>NZ_CP039107|1941279:1983036|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_144420655.1|1948191_1948617_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017376424.1|1950957_1951773_+	septum site-determining protein MinC	NA	NA	NA	NA
WP_017376425.1|1951873_1952692_+	septum site-determining protein MinD	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_25

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_25

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MIYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEAKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
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MGLSVSGVGSGLDIQNLISQLVQAEAAPREFLLAKRKNAVDIEISALGELKNTASGFASASAALKDSTNFVSYKATSADKTVFTATASEGAVAASYEVEVSALATAVSKKSSNAFSPALNLQDSGTATLTIQLESSSFDISIDAANSTLSDIRDAINNADDNVGVTATVINGVSGSDLVLTANATGNKTLTISESGGTANLTAFVNNIEADAATPGADASIQVDGIIATSSTNTFANVIDNVSITAVKANVGETEKLTISTSNSGISTVINDFVKQYNALNAKIKDLTFYNTEKRESGALFGDSIVRSLTGSLMRNMFNDISVNTKITNITQLGISMDSSGDLSFDSSKLESELANHADEVISFLTDKGNGFGQRIDTVISSYTSATGTFQSQLDGLDDSLKRIGTETAQLTAYIIGYQERVTKEFTALDTLLGQLSSTSASLESSLKNLPGFVKQSSSNS
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MQLATVVSHSDLFIIGGGINGTGIAADAAGRGLTVTLCEQADLASATSSASSKLIHGGLRYLEHYEFSLVRKALAEREILLRKAPHIIRPLQFILPHQKHLRPAWLIRIGLFLYDHLAKRKFLPRSRAYNLNTTLFGKNLKSKLKRGFSYYDCHVDDSRLVVLNALSAKEQGATILTRSKCIFAKRHNNMLWYVKVQDQQTQIIKEYTAKALINASGPWASTILPNLTHAPTQYHLSLVKGSHIVIPKLYEGEHAYILQNTDNRIVFTIPYEQNFTLIGTTDLNYEDDPAQVKINNEEIDYLINLVNNYFEPGMQKADILWNYSGVRPLLNDESDTPSAITRDYKIIVDDQHGLPLVNIFGGKITTYRTLAEQTLEKLQPYFPAMTAPWTANDYLPGGDLGTKTFDKFYQRLQDQYPWLPKQLTLRLARSYGARIHCILRKCTSTTDLGQHFGNTLYEKEVKYLIEHEWAKTADDILWRRSKLGLHLTAEQQKQLSAWLSHYLNQQENNLK
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MDKTYQPELIEKKHYQSWEKNGYFPPKGTGIPYAITLPPPNVTGTLHMGHGFQHTLMDALIRYHRMQGDQTLWQPGTDHAGIATQMVVERQLSAENISRHDLGREAFTKRVWQWKEQSGGTITQQMRRMGTSPDWSRERFTMDKGPSDAVQKAFIDLYNEDLIYRGKRLVNWDPNLLTAISDLEVISTEEQGSLWHLRYPLADGSDYLIVATTRPETMLGDTAVAVHPEDGRYQHLIGKTLKLPLTDREIPIIADDYVDKDFGSGCVKITPAHDFNDYEMGQRHQLEMINILTPNAYINDNAPEKYQGLERFAARKQIVSDFETADLLEKIEPHTLKIPRSERGNTIVEPYLTDQWYVKTTPLAKPAIDAVKNGEIRFVPENWSKTYYQWMDNIQDWCISRQLWWGHRIPAWYDDHGKIYVGESEQAVRQTHQLADSLTLTQDTDVLDTWFSSALWPFSTLGWPEKTLELDKFLPTSTLVTGFDIIFFWVARMIMMSLKFTGKVPFKEVYVTGLIRDHEGQKMSKSKGNTLDPIDLIDGISLEKLLDKRTYGMMLPKLKTKIEKATKKQFPEGIPAFGTDALRFTFCALATNGRDINFDLKRVEGYRNFCNKLWNAGRYVLMNTEDQSLELDLNKLEFSLADRWIYSRLQETIAEVHKQFNQYRFDLATQALYEFTWNEYCDWYLELSKPVLWSDSATPAHKQATLYTLVTVLEQLTRLLHPIIPFITEEIWQAITPLLDKATGANSIMTTSFPHINQAMIDPQAEQDINWIKAIVIGIRTIRAEMNLSPNKALPVIFHQGSAKDQQRLKENKAFLTALAKLESIQWLSSDQEPPPSATAPVGNMVIHIPMAGLIDKTAELARLAKEEAKLQKELERFSKKLANESYINKAPAAVIAKEREKEAEVKQRFDHLNSQITKIKTL

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017376395.1|1996080_1998807_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771332.1|1999694_2000669_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	7.3e-30	33.2
WP_051929562.1|2000919_2001624_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017377436.1|2002863_2003382_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017377424.1|2013955_2014939_-	UDP-glucose 4-epimerase GalE	A0A2K9L5H6	Tupanvirus	6.2e-53	38.4
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WP_017377423.1|2016401_2018084_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	2.1e-24	32.0
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WP_017377419.1|2021211_2022471_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027242888.1|2030412_2032608_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772819.1|2032701_2034135_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927084.1|2034177_2034693_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_036772822.1|2034692_2035640_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242892.1|2035623_2036289_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242893.1|2036285_2037014_-	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_047927085.1|2037003_2037750_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080963566.1|2037733_2038798_-	DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377789.1|2039002_2040190_+	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377788.1|2040246_2041365_-	hypothetical protein	A0A1V0SIK8	Klosneuvirus	1.0e-11	29.3
WP_047927086.1|2041812_2042070_-|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	4.1e-09	47.8
WP_144420652.1|2042349_2043027_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.6e-34	38.8
WP_017375591.1|2043245_2043449_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_26

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_26

>NZ_CP039107|2063149:2112684|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_26

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MLNLINFMIKKTFIFIVFCLSIMQPPLVIANSPLVENFSIQLSKQLEENIHRQCQQWTKDLAKAEMQDSLGPMNQLRFKKIYDNNYPLCMVETIKRVKNYFASINTKPDRKDFNIIFKK

Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_27

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_27

>NZ_CP039107|2127253:2254090|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377896.1|2134381_2135338_+	23S rRNA pseudouridine(955/2504/2580) synthase RluC	NA	NA	NA	NA
WP_017377897.1|2135390_2135810_+	response regulator	W8CYM9	Bacillus_phage	1.2e-05	29.4
WP_048875958.1|2135836_2136700_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377899.1|2136689_2137481_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771957.1|2137785_2138757_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017375746.1|2139105_2139414_-|transposase	IS30 family transposase	H7BVY4	unidentified_phage	1.7e-09	41.4
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WP_017376030.1|2211822_2212839_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD	A0A0R6PI74	Moraxella_phage	1.8e-100	54.2
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WP_017376029.1|2213353_2213803_+	GatB/YqeY domain-containing protein	A0A292GL36	Xanthomonas_phage	1.4e-20	44.9
WP_027243175.1|2213882_2215628_+	DNA primase	A0A1S5RGL3	Helicobacter_phage	7.6e-46	36.7
WP_017376026.1|2215719_2217591_+	RNA polymerase sigma factor RpoD	A0A2I7SAT0	Vibrio_phage	1.4e-34	28.4
WP_053093667.1|2218035_2218752_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_017377787.1|2221015_2221243_-|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
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WP_075275287.1|2232414_2233458_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_28

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_28

>NZ_CP039107|2266939:2327907|DBSCAN-SWA
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METLESLVKLSGDSLSKSSNARWKIYNREVKLIDGTSLTMADSEENQSRYPQHDAQKAGAGFPIMRLVAIMSLTTGGIIDYAVGAYKGKGTGEQALLRQIKDSIHKDDIVMGDRYFPCFFVMGDLQSIGADGIFKAHSQRKYDFRKGRKLGSKNHLVIWKKPHKPDWMTQETYDSYPDQMTVREFKIKGEVYVTTFQDHKKYNKVALANHYKQRWHIEINFNSLKTIMSMDHLRSKTPDMVHKEIAVHFLAYNLIRTLIAEACRNTERLPIQVSFKGVIQLFNSFVSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP
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MFKVIFLLVLFAMLMPVHAISVSLSVYLDENIPTKIILSQVKEYDKGLEKKFQRKYHLYL
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Homologous phage analysis in the prophage region

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2325213:2325973	attR	NA	NA	NA	NA
WP_048875933.1|2326962_2327907_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_29

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_29

>NZ_CP039107|2348749:2376401|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377303.1|2352755_2353631_+	bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD	A0A249XZQ2	Enterococcus_phage	9.8e-34	39.7
WP_075275279.1|2353746_2354418_-	M48 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_017377301.1|2354597_2355953_-	O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase/cysteine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017377300.1|2356073_2356811_-	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_144420629.1|2356889_2357606_-	aldolase	NA	NA	NA	NA
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WP_017377295.1|2360179_2361145_-	aldo/keto reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	1.8e-44	38.1
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WP_155074356.1|2366352_2367066_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	7.9e-34	38.5
WP_080963567.1|2367062_2367317_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	5.3e-09	47.8
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WP_036771330.1|2375426_2376401_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9

Sequences of DBSCAN-SWA_30

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_30

>NZ_CP039107|2415645:2486568|DBSCAN-SWA
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MPLNYTLLLYDHSISIATARGDYPDPQDIAQWQEKDFLQSLNEHKEIRKLYAGWFLNQVESACGAITPKVESLFKKEMELAADDDLSKEKAIAKKVDQFRAHITQLEALAVNQTDAIKVALNNYNLAAVKFFILSQLNQIDTPSFEEELKQAKRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
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MKIIASLEELGLHEKASIVQQVLDDPYLFEKIYQSLDGEDLNYSKSYIEEAFASPELFKKAYQYVKEFGLNQAKYIKLLLNDFGEFKQSCEYLDECQLGQSVSYIKEIIVNSALFTQAYELMALP
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MTAKTSQALKYRRVLLKLSGESLMGTNASGISPKTIERFAHEIKQVMALGVQVGLVIGGGNFLRGVTLSEAGLSRVTGDHMGMLATVINALAMRDVLERIDVPARIMSAIPMSGLVDHYDRRKAMHHLSEGRAVIFAAGTGNPLVTTDSAASLRGIEVDVDLLLKATRVDGVYTADPEKDPTAERYSFLSYEEALKKELGVMDLAAFCQCRDHHLPIRVFNIFKEKSLLRVILGEDEGTLVSGGE

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_026063514.1|2473536_2474283_-	isoprenyl transferase	R9W0U9	Flavobacterium_phage	6.6e-23	44.0
WP_017376216.1|2474290_2474848_-	ribosome recycling factor	NA	NA	NA	NA
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WP_017376218.1|2475592_2476471_-	elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_017376219.1|2476635_2477403_-	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
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WP_017376224.1|2483348_2484233_+	DUF2608 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|2484545_2485520_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.6e-29	32.9
WP_048875923.1|2485572_2486568_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_31

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_31

>NZ_CP039107|2498316:2543108|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_31

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377715.1|2513340_2514393_-	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein	M4QRZ2	Synechococcus_phage	3.1e-10	41.1
WP_017377716.1|2514395_2515859_-	4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_017377787.1|2515993_2516221_-|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
WP_017377718.1|2517637_2518102_-	DUF4402 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773913.1|2518358_2519174_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017377722.1|2521731_2522259_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377723.1|2522950_2524228_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377724.1|2524238_2524490_-	YfhL family 4Fe-4S dicluster ferredoxin	A0A1B1IWY9	uncultured_Mediterranean_phage	3.9e-20	57.6
WP_017377725.1|2524523_2525045_-	pantetheine-phosphate adenylyltransferase	A0A1B1IVQ3	uncultured_Mediterranean_phage	1.8e-27	43.8
WP_017377726.1|2525214_2526201_-	transaldolase	V5UTB0	Synechococcus_phage	1.3e-13	33.5
WP_017377727.1|2526291_2527107_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017377787.1|2527903_2528131_-|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	8.1e-09	47.0
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Sequences of DBSCAN-SWA_32

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_32

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MLSTPWLAAWDNAVSESFFHTLKTELVHHMNFKNRQEAKSAVFEYIEVFYNRKRIHSANDYLSPEEYEHNQKIS

Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_33

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_33

>NZ_CP039107|2613537:2731997|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017375999.1|2669738_2670269_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875904.1|2671928_2672804_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_048875903.1|2673853_2674828_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	6.2e-29	32.6
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Sequences of DBSCAN-SWA_34

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_34

>NZ_CP039107|2769775:2822804|DBSCAN-SWA
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MVSLIQFTLKHLFQTGRAWWRYYVANRDNIPRSVVEAVVKMLSCRTKFAGHDEYSCSNSGCKHTKVVTYTCKSRLCSSCGKKPLSNGLLHRISYSQSANTST
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MKFKVYRYNPDVDKAPYMQEYNLDIPKGSDMMVLDALECLKEEDQTIAIRRSCREGVCGSDGMNINGKNRLACVTHLSELKGPIVIRPLPGLPVIRDLVVDMTPFYKQYERVKPYLTPAGEVPAKERLQSPKEREKLDGLYECILCACCSTSCPSFWWNPDKFVGPAGLLQAYRFLIDSREGHVDERLAGLEDQFSLFRCRGIMNCVDVCPKGLNPTKAIGHIRSMMLKKAV
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MLKQRVVIVSQCQVSANELKLLFEFMGENVAVCLNNDDWTMLLHDNDPLLLCVAHDALSHVFALYHELKHQNKIACECRFVVVAEPERIKRHYSAKELKNVCGYLVKPYRYAQLEQVLDNVQTAQTANEERLAAGRSEVQDELNQLLVGKSRAIRRVRQLIRQVAKSEVNVLILGCSGTGKEVVSQAIHRASVRAQQAFVPVNCGAIPADLLESELFGHEKGAFTGAIASRQGRFELAQKGTLFLDEIGDMPLNMQVKLLRVLQERTFERVGSNKALECDVRVIAATHRNLEELIEEGLFREDLFYRLNVFPIEMPSLAERSEDIPLLIKELVSRIQREGRGRIRFTAEALARLKNYHWPGNVRELANLVERLTVSYANRWVDVPQLPPKFLTAEDIEACNALDESDGPLYEETAPIDPIDIEANMVGPSTVHLPGEGVDLKSYLTTIEANLIQAALDQSNGVVAHAAKRLSIRRTTLVEKIRKLNLAGNQSEELSKA
>NZ_CP039107|2769775:2822804|2800421_2801423_+|WP_017378319.1|DBSCAN-SWA
MRLLSGDIGGTKTWLQLAEFDSGKLTVLAHQKYVSNAYNNAAIMVKEFLSETGHQETHIDGACFAVAGPIIQGLVQLTNLPWDVDEAAVAEELGIRCVTLINDFQAIGYGTDALAEKDLYTLQAGSPRPQATRALIGAGTGLGVALMSNDGEKYTVMPTEGGHVDFGPTNDIQMELLAYLRRKLHRVSVERVLSGQGLINIYKFICDNPLYGEIESRKLQFAMHKEDPAAAISRFAIEEKDPLACRALDIFVDLYGAQAGNLALMSLPYGGIYIVGGIAPKILSQLNDGRFMKAYGDKGRMSRMLDNFPIHIVLDTKIGLKGAALYAARACAQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_016210208.1|2773938_2775099_-	ADP-forming succinate--CoA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
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WP_017378336.1|2782099_2782474_-	succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit	NA	NA	NA	NA
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WP_027242732.1|2787898_2788420_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420607.1|2788431_2789811_-	flagellar hook-length control protein FliK	NA	NA	NA	NA
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WP_017378320.1|2798629_2800126_-	sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_144420755.1|2802260_2802638_-	DUF1425 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242736.1|2802688_2804095_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017378314.1|2805262_2806864_-	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_027242737.1|2807112_2808030_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242738.1|2808098_2809793_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	5.3e-20	29.3
WP_017378310.1|2810027_2810957_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|2810987_2812391_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_036774478.1|2814059_2814941_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242739.1|2815111_2817781_+	aminopeptidase N	A0A0P0IY26	Acinetobacter_phage	5.5e-19	24.5
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WP_036771744.1|2819195_2820167_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|2820220_2821195_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_036772729.1|2821314_2821536_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420754.1|2821599_2821908_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772743.1|2821832_2822804_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_35

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_35

>NZ_CP039107|2837370:2891631|DBSCAN-SWA
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MSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP
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MANTTQDWLTLTWEKHSDSYRIHLEEDLFGQWWLTRVKTINGKKEIKKDACENYQAGIKRIGHIKYHYEKLGFALA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_027243038.1|2877022_2878513_-	sodium:solute symporter	A0A219Y9P9	Aeromonas_phage	8.0e-20	23.8
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WP_017376548.1|2879414_2880137_-	putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_017376547.1|2880836_2881628_-	3-hydroxybutyrate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_016210862.1|2881814_2882060_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_047927468.1|2883276_2883582_-	pilus assembly protein PilZ	NA	NA	NA	NA
WP_144420752.1|2883578_2884472_-	DNA polymerase III subunit delta'	S5WKH4	Pseudomonas_phage	2.3e-14	33.8
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WP_017376538.1|2888728_2889910_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080999962.1|2890203_2891631_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_36

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_36

>NZ_CP039107|2899217:2948918|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_027243085.1|2937804_2938365_-	YbfB/YjiJ family MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017376236.1|2938522_2939089_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243087.1|2941909_2942605_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376234.1|2942645_2942858_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376229.1|2944430_2945540_+	S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase/class III alcohol dehydrogenase	E3SJ82	Synechococcus_phage	1.7e-35	29.8
WP_017376228.1|2945595_2947077_-	MFS transporter	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	5.3e-48	28.8
WP_048876031.1|2947514_2948918_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_37

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_37

>NZ_CP039107|3076600:3141849|DBSCAN-SWA
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MQQVVLASSNLGKIREIKPLLSDLPLQIIPQSHFNLTDAIEDATTFVENALIKARHACQHTRLPAIADDSGLAIAALNGAPGIITARYAGAARSDKANIDKVLAKLADESKRQAEFHSVMVYMEHAEDPCPIICHGRWSGSILYQRQGTGGFGYDPIFWVPTHQCSAAELPAEIKQKISHRGHALTDLVNALKKKYSNN
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MRIITKPTTAKCNIQAYIRYLLSEPVRTSCTGLSDILLNISHDSVNRFLLRENYRPEDLWTEVSEKIDLNNGVLSVDDMVQDLRIDRHVRMRMFIT
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MKLNYQQLSDLSEHLNKINNDENIEYSVDSNPLGITKKSHELQFTMEESLSKDDLKEHWEKCCRKYNLSFDESLFIETPSSSPKLVQVQPEMKQQIFMEENNFYTTGFTIEEVEFEREDSYDDKKILNMTNFSQSQNQVDLNGQLNRYSVLNTPFLNTHHHNNEEESECCCIIQ
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MNESQALVGVIMGSSSDWETMQHTVQILQKLGVRHEYRIVSAHRTPDLLFDYASTAKKRGLHVIIAGAGGAAHLPGMVAAKTSLPVLGVPVQSKALNGMDSLLSIAQMPAGIPVGTLAIGKAGAINAALLAASILANHDEKIADALTAFRHQQTANVLADSLPQEV
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MILVDHFLVAMPHVEDPNFSQSVIYICEHSEKGAMGIMINKPIGLTLGELLNYVDISCKSPKDSQLEVVAGGPIQQESGFILHPTEEVWQTTLHINEHVAVTSSRDILEAIALGQGPQHILPALGYCSWGAGELEQGIFDNLWLCVPAVTQLIFDSPFQERWQAAASLIGVNLYQISSDVGRA
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MRNNALFGCFTDEKTGKIYIKTSIKGKALLTMPQLNKGTAFTEEERKEFGLCGKLPQRVETLDEQVERCYLQFQRFSSPLEKSIYLRNLHEISETLFYKLVSQHMHSMLPVIYTPTVGDAVEEYSREFRRPRGLFISYEDRHRIEEILDNRTNPEVDLVVVSDAEGILGIGDQGIGGIEIPVAKLMVYTLCGGFHPSRGVPVYLDCGTNNRALLDDPFYLGWRHERLTRKQYDEFIDLFVKAVRKKFPQAFLHWEDFGRDNARRNLERYRQQICTFNDDMQGTGVVTLAALLAAIKASGADFIDHRVVIFGAGTAGVGIADQICDAMCHYGLSREEAYQRFWLIDRTGLLLKDSEGLQDFQAPYARTDQDVKDWQGKDSPAGIGLAEVISNVKPTILIGSSTVGRAFSKEIIEDMASHVDRPIIFPLSNPTARAEADPRDLLEWTEGKALVATGSPFSRVHFNDKLVRIAQCNNAFVFPGIGMGVIAAGASKLTDGMLWAATEVLSELAPVHEDPEAALLPELREARAVSREIAIAVIKVAQQEGVAAHTGDPAKLYDSLVWEPQYLPYRYSGQA
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MDAIMARESEYEPVDWLGIETFSRKGGRSKASVADCLKSVELHAQQGQILLGELSLLPLLEHYIEDAKDRLGRKLSQSALVLLRGKVIYPSQSIDTQHFDVNAWSEQTLNFLQHEYQESLRLVLLVGEALYFYGFPDCDEQRSFSLADCHRGLRAQELVDRSLTDYRKQQRHLMRVAMAELNQEYVKAVLSSYSIMQEGNLDASHGLVYSRQSLIEQVSQIEGRLQKLNDEQRRLTSALAVICVDVKRYQHTLLAYEHLLEQKKKIEGEVQIVSNRVKSITKEDRSFWGTLSYFLAVLAGNSHTIKEERSLLAELFRELNAVDETLHNSEEQLKKVLHDQHQAIIWAKTQQELDKDPALEGVYNRFRQLQYYQAKLKRDERQCQQRANQLQRALQVLSQQMNKQNESNGLGEVG
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MKQLLVTGGAGFIGCNFVRYMLKTYNHVNIINVDKLTYAGSLNNLKNLPDESRHIFVQGDICDRLFIDQLLREHNIDTIVHFAAESHVDNSIKNPKLFIETNINGTFTLLEAARQFWLEEKQWLNKGDCRFHHVSTDEVYGTLSKGAPAFTETTAYAPNSPYSASKAGSDHLVRAYFHTYGLPVTISNCSNNYGPYQHREKLIPTVIHLCLAEKKIPIYGNGSNIRDWLYVEDHCSVIDKILHNGRLGEVYNIGANNEVDNLTLVKQVCQILDKKQPRKNGSSYQELITFVTDRAGHDWRYAIDNRKIKNELNWQPVYSLQGALDLLINEKIQDI
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MIKNILYMLISNFVKLASTAVIFFILARVWGVEAFGQFTYCFAMIAIVQVILDYGFNLQVVKDISEDKKKAIDIIQKSLTVKHIITFTVYIFSWLMLVFYNKSSSFNFLYLLLLISVTLNSYANYFLYPSQAEEEFKVVSLVMLAYNISFVVIIGLALLFGYRTLTDIAAVFALARLVPFLICVCLIKKHYPAVQLLALRTKGSWQYFKKSLSYGILVFFGMAYFQMDTLFINHFLGAREVGLYQAGVRILVASAFIVDVFNSVYLPKTISLKNNINKLIEYQSKTTHYFSLISLAVVSVCVLFPKIITMILYGKEYIELANYLPLFSLLITLRYIGSSYGLLVTVFDAQRLRCLLVGGALLVNVLLSIILIPRCFLYGGLLAALMTLIFLNFGYFMFSLYRVKSIYLKADTLLVLTALMASVFAFYFGLGGWLVALSLFLGWVAAIRKKDILFISRRLSLI
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>NZ_CP039107|3076600:3141849|3087698_3088706_-|WP_027242700.1|DBSCAN-SWA
MILFDSRWVGHHGIGRFAKEVFSRLDMECDSRQLSGSPTSPFDPAYLSYVIARRKSELFFSPGFNPPLMTKQPFIFTVHDLMHLKIKGEAGLLKKQYYEKIVKPAIHRAKRVLTVSDHAKADILEWAALHDGSKVIVVGNGVDSSFSSEGECFQANTDYLLYIGNRKVHKNIDVLLEGFARSKAYPNTKLLLSGKKDTEITDKILRLNIAEHVDFLGFIEEEKLPSIYRGAKALIIPSLYEGFGLPALEAMACGTPVISSNSASLPEVVGDAGLLFDPSSSSELSQHIDNLMASEFLYNQCIQRGLERAKLFTWENVAFKVNYILQEILKSRCSE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017376170.1|3076600_3077701_-|protease	trypsin-like serine protease	A0A1B1IT49	uncultured_Mediterranean_phage	1.4e-21	28.3
WP_017376171.1|3078058_3079033_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_036771588.1|3079169_3080048_+	RNA polymerase sigma factor RpoH	A0A248SJA5	Salicola_phage	2.0e-39	40.9
WP_016209597.1|3080055_3080286_+	cold-shock protein	A0A2H4N7Y6	Lake_Baikal_phage	1.0e-06	40.7
WP_036771607.1|3080339_3081344_-	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771589.1|3081562_3082390_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420747.1|3082471_3083860_-	undecaprenyl-phosphate glucose phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017376176.1|3084147_3085548_+	mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase	A0A1V0SH58	Hokovirus	4.0e-53	31.1
WP_017376177.1|3085642_3086569_-	NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein	A0A2K9L4U8	Tupanvirus	3.0e-57	44.2
WP_027242699.1|3086565_3087702_-	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242700.1|3087698_3088706_-	glycosyltransferase family 4 protein	B6EFC4	Stygiolobus_rod-shaped_virus	3.4e-06	35.1
WP_027242701.1|3088702_3089866_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376183.1|3089875_3090727_-	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242702.1|3090758_3091931_-	glycerophosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065653741.1|3091927_3093316_-	oligosaccharide flippase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376186.1|3093344_3093752_-	adenylyltransferase/cytidyltransferase family protein	A0A1V0SGE7	Hokovirus	1.3e-28	50.4
WP_017376187.1|3093771_3094779_-	dTDP-glucose 4,6-dehydratase	A0A1D7XFE8	Escherichia_phage	3.0e-79	49.7
WP_017376188.1|3094775_3095648_-	glucose-1-phosphate thymidylyltransferase RfbA	A0A291LA53	Escherichia_phage	1.6e-92	58.7
WP_036771610.1|3095644_3096505_-	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	1.3e-67	51.1
WP_065653742.1|3096506_3098777_-	polysaccharide biosynthesis tyrosine autokinase	NA	NA	NA	NA
WP_017376192.1|3098778_3099924_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376193.1|3099970_3100456_-	low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_027242703.1|3100495_3101119_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376237.1|3106798_3107551_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_027243062.1|3108882_3109506_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243063.1|3109610_3110399_-	hydroxyacylglutathione hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_027243064.1|3110398_3111130_-	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_017376241.1|3111163_3112891_-	NAD-dependent malic enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_017376242.1|3112904_3113966_-	uroporphyrinogen decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_017376243.1|3114280_3115495_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376244.1|3115627_3116152_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063518.1|3116769_3117618_-	pyrroline-5-carboxylate reductase	A0A1X9I6T5	Streptococcus_phage	4.3e-26	35.5
WP_017376247.1|3117604_3118303_-	YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_017376248.1|3118357_3119119_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376249.1|3119111_3119534_-	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_017376250.1|3119663_3120215_-	YqgE/AlgH family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376251.1|3120270_3121233_-	TonB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420746.1|3121233_3121449_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376253.1|3121635_3122445_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376254.1|3122424_3123267_-	shikimate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_017376255.1|3123263_3124508_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376256.1|3124646_3125735_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017376257.1|3125752_3126253_-	5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase	A0A2P0VNU7	Tetraselmis_virus	1.2e-20	42.5
WP_017376258.1|3126440_3127040_+	RdgB/HAM1 family non-canonical purine NTP pyrophosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017376259.1|3127045_3128209_+	radical SAM family heme chaperone HemW	NA	NA	NA	NA
WP_017376260.1|3128241_3129195_+	glutathione synthase	NA	NA	NA	NA
WP_017376261.1|3129558_3130623_+	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_027243065.1|3130619_3133682_+	efflux RND transporter permease subunit	S5VTK5	Leptospira_phage	1.0e-61	22.3
WP_144420745.1|3133834_3134287_-|transposase	IS630 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027243066.1|3134318_3134675_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772645.1|3135093_3135867_+	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017376269.1|3138490_3138781_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772663.1|3139005_3139881_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876179.1|3139877_3140435_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|3140445_3141849_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

2. NZ_CP039108

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	0 : 52409	58	Streptococcus_phage(47.37%)	portal,terminase,transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	57501 : 183431	121	Streptococcus_phage(32.2%)	head,capsid,transposase,tail,portal,integrase	attL 52513:52572|attR 122272:122560

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP039108|0:52409|DBSCAN-SWA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP039108|0:52409|38220_39696_-|WP_048876207.1|DBSCAN-SWA
MNILHVEDDIDWCKRTVHPALKAKGLVNIFHAESYAKSIVALGANQIDYVVLDLSIPHNDLTEASDITHGLNLAQHIRTNFPGMPILILTGQSTDEAVEKFEDDNDFTIFWDGVERPLFKVRKKRKLPDVIKLLEKSASDLDKIDGIELNLFDGLQLDCIQKRIIKLFCKDSHALAAKVYPLHAGLSSSRVVSVVLINNQDREFHFALAKIDTYQKVDVDCSNFRSHIQKLPVGSFPTLLNQYFAGCGETKGVFYQFANKYKSDYFTCLLASDGKALNILKIVKTFFRNWFQTSVIEQSTVGNIRRLLCSDDKLSKFDGFLSHLDIGGFEKKCLPVRFSTQHGDLHGKNILVSEDCIPIIIDYGDVKKAPSALDSVTLELSPFFHPSIRNINDVSLDIAENWFDDDVYFNLSMFPQSSAFLRQWGKENAFMNRDYVTVVYTYAIRQLTYKDSSRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP039108|0:52409|49969_50404_+|WP_047927581.1|DBSCAN-SWA
MCKIPTEVATLTYIKDDIYQLNKEFDVKEITYDPWNATQLANDLLEEGANMVEFRQDFKSMTPALKELERLVISTKLHHNNNPVLNWMASNLVVVEDDAGNMKPSKRKSTEKIDGMVAIAMAVGRLIAGEDHNSIYNERELLIL
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MPRRAKQICCYAGCHNTTYARYCEYHEQHGNRYHAPRKTTAQRGYGGRWQRERKIFLQDHPLCKQCLQDDKLIPVTEVDHIKPHDGDHDLMWNQRNWQALCKPCHSRKTVNDDGGFGRKRSPQGRGI
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MSSTFEDLTKKLMDEHIVTKAEMIQAIHENNSDLKEQFVAYQKEARVNTRWLIGIGITLIIGVAALIIKTHF
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MPGSKQRKAKPWYDGRALPASGKFIVHRFIPTNPAHHGFFEVNFSKNKAVRVHLAEKVMFPNGPFGAAKLCLSPGFYPLQQYRFVHPNASDELANPKTDCQSEEESSYEGTPEPGYLSDEETLEPVVLSARKDDAHGVESSMGIGRIFRNIKYVQSYEEWQRFHQQRVAGKFESVESSKYPFVYSVNKIAKEYSQNKAFCNFRPGQEDEAREAIFGNYSDVSFEIPADAVNCNTFTQDVTDDLQAQSENFKKSITICGELGFDLSRIGKLLENNPQLQEVFLEFEINPPLRDAFVTAEKAGILSENWSEIKESEDPLWFVQKKLMELAIDAVIDNTGSSNKKAIGRFLKYKLQDNHGDLISIYNNLVRMASHVRKGVFGKRSRLKDDNLPKGFDKAKDQIELVRNALKVRQEDHDKIITERPKYANNPQYQTYDFFCDQMKRREIPVDTPLVPDVHSHCF
>NZ_CP039108|0:52409|5437_5800_-|WP_082304501.1|DBSCAN-SWA
MSRKRRYLGRYFDHWMCKIPTEVATLTEDFQKGSKIIHIACEKDLYTKVMDDNQELKSMLGDHIKVYPELFPAEIHNDYSLYGKGRCSKKLDNLQFKRIKIKTTGEIFCTVAKNLDLSRV
>NZ_CP039108|0:52409|11426_11693_-|WP_036771293.1|transposase|DBSCAN-SWA
MKRSKLTESQIVAMLNEGQAGVKVEDICRQYGIAKSSYYKLRSKYQGMGVSDLQRLKEFEDENRRLKQMYADISLEHKVLKDIVEKKL
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MKRLELVYVEQVPEHILSLDSEVEYLNQKQAAKKLNVSVDSLRKRLRENEVKSFTIKGYCFIPMNQFNESVTFIGE
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MSEIIESVLDDIERMHKAGVINTVTVQKFKKLANVPEPKHLSQKKIQAIRKKTHLSQAMFARFLNVTVSTVQKWEQGVNEPAGPALVLLNLVDKQGIKAVAL
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MAKSRIFKSGNSQAVRLPKEMRLDGEEVVIHRFGNSLLIQPVYETWMDVYNHMPDVSDDFMEDRQDIQAQERDWF
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>NZ_CP039108|0:52409|35050_35419_+|WP_027242938.1|DBSCAN-SWA
MWRLKNNSVNKWAKKERITDSDLIAACKEIENGLFDADLGGGLIKKRVAIQGQGKSSGSRTLVAYKKGKHILFLYGFKKNQRSNITDKEERLLKEVAKEFFKRTEKELEYLITCEVYFNLEM
>NZ_CP039108|0:52409|42797_42950_-|WP_146619517.1|DBSCAN-SWA
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MPYKYPKGKGWDIPKQKYGVTNWAKYTDSLRNRGRIDVWISEKAIEGWYKKDRVYDGTGTPFLYSDLAIITCHEIRKVFKQPLRQTQGLIDSFFESQGLPIKCPDYTVLSKRLAELDIKVPRYRKTDKPDDDIAGIAIDSTGLKRFGRDEWHQEKYKISAKRSWRKLHVAVDDDHYIQAALITDRYEADEEVVDELLEQIDEPFDRFTADGAYDSHDVYDSVLNHSPNADVVIPPPKNAVFDENNHAIRNINFNEIKDHGRMHWQKTRQYGKRNYSELAIQRYKRILGNTMQSREISRQKNEGLIGAGILNKMTSLGMPDSFRRS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017377655.1|1412_1658_+	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_017377656.1|1654_2041_+	type II toxin-antitoxin system VapC family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_036772434.1|2128_2857_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	9.3e-38	42.2
WP_080963659.1|2835_3456_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_017377658.1|3801_4488_+	Fic family protein	NA	NA	NA	NA
WP_082304501.1|5437_5800_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016212146.1|5802_7542_-	PLD-like domain protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046629.1|7943_8096_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929558.1|8123_8807_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	5.1e-22	33.3
WP_036771347.1|8888_9866_+|transposase	IS5 family transposase	A0A1B0VFY5	Salmonella_phage	3.9e-47	35.9
WP_081000019.1|9941_10112_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048876210.1|10152_10881_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	4.6e-37	42.2
WP_036771293.1|11426_11693_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036772437.1|11988_13887_-	DUF1561 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377694.1|14308_15037_+|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	7.1e-38	42.2
WP_082884401.1|15134_15257_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046630.1|15673_15838_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375754.1|15858_17145_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771359.1|17327_18056_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	3.5e-37	41.7
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Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP039108|57501:183431|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_048876188.1|88068_88842_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.9e-10	31.6
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WP_051929623.1|91962_95304_+	DEAD/DEAH box helicase	C3VNU0	Bombyx_mandarina_nucleopolyhedrovirus	2.6e-50	28.7
90900:91559	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_144420834.1|96483_96879_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	4.9e-09	46.2
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WP_036772541.1|98143_98872_+|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.4e-38	42.2
WP_027243197.1|99042_99612_-	recombinase family protein	A0A0A7NPV4	Enterobacteria_phage	2.2e-26	38.1
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WP_036772541.1|100451_101180_-|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.4e-38	42.2
WP_080963627.1|101198_101417_-	nucleotidyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_047927488.1|103966_104713_+	AAA family ATPase	A0A222YXS3	Escherichia_phage	4.9e-18	29.9
WP_027243200.1|104713_105118_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_048876182.1|109748_111644_+	DUF1561 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375632.1|112343_112679_+|transposase	transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.3e-23	51.5
WP_017375836.1|112873_113077_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243203.1|113170_113965_+	DNA/RNA non-specific endonuclease	A0A2H4N7Z3	Lake_Baikal_phage	2.5e-36	35.9
WP_080999971.1|118015_119419_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081000017.1|119683_119935_-|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	NA	NA	NA	NA
WP_048875857.1|120335_121310_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	2.2e-26	31.5
WP_048876221.1|122297_122753_-|portal	phage portal protein	Q8W629	Enterobacteria_phage	4.3e-17	34.8
WP_016212398.1|122847_123309_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773695.1|125369_127442_+	S9 family peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_017377509.1|127471_128200_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	3.2e-38	42.2
WP_144420837.1|128341_129274_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377511.1|129303_130032_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_017377512.1|130034_130307_-	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377511.1|131157_131886_-|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_017375558.1|131998_132562_+	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375910.1|133710_134439_-|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_155074361.1|135129_135819_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_017377666.1|136803_137061_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036815609.1|138961_139417_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036816769.1|139660_140059_-	putative toxin-antitoxin system toxin component, PIN family	NA	NA	NA	NA
WP_047927763.1|140055_140319_-	AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876259.1|140810_141827_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027243195.1|142152_143199_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|143564_144539_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	3.7e-26	31.2
WP_017375692.1|144682_144916_+	hypothetical protein	Q7Y5W4	Haemophilus_phage	1.3e-06	42.6
WP_017375691.1|144939_145641_+	AAA family ATPase	A0A222YXS3	Escherichia_phage	9.6e-32	37.6
WP_036773107.1|145624_145942_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|146229_147204_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_027242588.1|147542_147896_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771953.1|147912_150192_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771639.1|150654_151629_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	4.9e-26	30.9
WP_075275454.1|151678_152218_+|capsid	phage major capsid protein	A0A2I4R671	Erysipelothrix_phage	9.3e-35	44.2
WP_027242598.1|152231_152816_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375778.1|153200_153512_+|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	Q8SBH7	Shigella_phage	5.6e-08	30.8
WP_017375779.1|153508_153934_+|head	phage head closure protein	A0A1W6JP44	Morganella_phage	3.9e-12	37.9
WP_017375780.1|154112_154508_+	HK97 gp10 family phage protein	Q6UAX1	Klebsiella_phage	4.3e-05	39.6
WP_017375781.1|154504_154855_+	DUF3168 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375782.1|154854_155277_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375783.1|155278_155602_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375784.1|155658_155925_+	DUF4035 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771950.1|155928_158007_+|tail	phage tail tape measure protein	A0A1J0GWA6	Alteromonas_phage	1.6e-50	31.2
WP_017375786.1|157999_158341_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375787.1|158337_159009_+|tail	phage minor tail protein L	W6EC15	Rhizobium_phage	1.4e-27	33.6
WP_144420832.1|158938_159724_+	hypothetical protein	A0A0R6PHF9	Moraxella_phage	5.1e-42	41.1
WP_017375789.1|159713_160271_+|tail	tail assembly protein	K7PM97	Enterobacterial_phage	2.7e-21	35.6
WP_027242568.1|160267_162958_+	host specificity protein J	A0A0R6PIC9	Moraxella_phage	6.1e-111	32.9
WP_017375652.1|163016_163445_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771347.1|163472_164450_-|transposase	IS5 family transposase	A0A1B0VFY5	Salmonella_phage	3.9e-47	35.9
WP_017377525.1|164833_165631_+	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275471.1|166171_167146_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.3e-26	31.2
WP_155046640.1|167781_167949_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876214.1|167917_168646_-|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.1e-38	42.6
WP_017377521.1|169154_169508_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375910.1|170435_171164_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_027243190.1|171746_175091_+	autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876213.1|175399_176290_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_075275473.1|177528_177705_+	carbon storage regulator	A0A2I7RT00	Vibrio_phage	1.7e-06	46.0
WP_027243191.1|177821_178529_+	AAA family ATPase	A0A222YXS3	Escherichia_phage	1.2e-34	40.0
WP_048876212.1|178482_179361_+	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420840.1|179391_179823_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876211.1|180205_180910_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	7.9e-10	31.7
WP_036772541.1|180921_181650_-|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.4e-38	42.2
WP_051929563.1|181679_182069_-	recombinase family protein	A0A219Y912	Aeromonas_phage	1.1e-10	40.0
WP_017375910.1|182091_182820_+|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_036815979.1|182822_183431_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	8.9e-10	34.6

3. NZ_CP039111

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	3315 : 19337	21	unidentified_phage(35.71%)	integrase,tail,capsid,transposase,terminase,head	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP039111|3315:19337|DBSCAN-SWA
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MNNKHRKTLRDIFHNPIKASIVWADIEKLLLALGAEVIERDGSRVAVILNQVKTTFHRPHPEKTTDKGAVKSIRLFLKNAGVDKNA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_036771330.1|3315_4290_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_016212329.1|4825_5416_-|integrase	site-specific integrase	K4K6A1	Caulobacter_phage	3.2e-20	35.3
WP_027242955.1|5646_5907_+	type II toxin-antitoxin system HicA family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_016211078.1|5899_6253_+	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	K7PJX6	Enterobacterial_phage	6.5e-13	34.8
WP_069971681.1|6429_7404_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.2
WP_027242954.1|7936_8302_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242953.1|8446_8701_+	addiction module toxin, HicA family	NA	NA	NA	NA
WP_080963620.1|8684_9041_+	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	K7PJX6	Enterobacterial_phage	1.7e-16	36.4
WP_036771330.1|9138_10113_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_027242951.1|10738_11605_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242950.1|11817_12201_+	HNH endonuclease	A0A2D1GNP5	Pseudomonas_phage	4.3e-26	46.3
WP_027242949.1|12287_12770_+|terminase	P27 family phage terminase small subunit	Q9B019	Phage_GMSE-1	3.6e-14	34.0
WP_027242948.1|12772_12958_+	hypothetical protein	A0A1J0GUY5	Halomonas_phage	9.0e-06	47.3
WP_036771330.1|12977_13952_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_075275490.1|14048_14441_+|capsid	phage major capsid protein	A0A2I4R671	Erysipelothrix_phage	7.0e-24	45.0
WP_027242946.1|14476_15058_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|15438_16413_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_144420855.1|16486_16702_+|head,tail	phage head-tail connector protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242945.1|17505_18021_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242944.1|18366_18924_+|tail	tail assembly protein	K7PGY0	Enterobacteria_phage	7.9e-21	36.2
WP_027242943.1|18920_19337_+	hypothetical protein	A0A2R3UA88	Siphoviridae_environmental_samples	2.2e-20	41.7