CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP046311	Lactobacillus crispatus strain FDAARGOS_743 chromosome, complete genome	3 crisprs	c2c9_V-U4,DEDDh,cas14j,csa3,cas2,cas3,RT,csn2,cas1,cas9,cas14k	1	10	25	0
NZ_CP046312	Lactobacillus crispatus strain FDAARGOS_743 plasmid unnamed1, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0

1. NZ_CP046311

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP046311_1

• CRISPR_ID: NZ_CP046311_1
• CRISPR_location: 609194-609258
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP046311_1

Consensus_repeat	Method
TTTACTTTATAAAGGAAATAATATG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP046311_1

>1.1|609219|15|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
AGATTTTTGCTATAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP046311_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP046311_1

>merge|NZ_CP046311|1|609194-609258|CRISPRCasFinder
TTTACTTTATAAAGGAAATAATATGAGATTTTTGCTATAATTTACTTTATAAAGGAAATAATATG

>NZ_CP046311|1|1|609194-609258|CRISPRCasFinder
TTTACTTTATAAAGGAAATAATATG	AGATTTTTGCTATAA
TTTACTTTATAAAGGAAATAATATG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP046311.1|WP_005726647.1|601388_602699_+|NCS2-family-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|225161
NZ_CP046311.1|WP_005726648.1|608789_609167_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|197666
NZ_CP046311.1|WP_005720736.1|616854_617664_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|376540
NZ_CP046311.1|WP_005723637.1|620197_620575_+|cupredoxin-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379208
NZ_CP046311.1|WP_005720726.1|608189_608786_+|AraC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|378890
NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|604905_605763_-|IS982-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NZ_CP046311.1|WP_005728236.1|614272_615001_+|DUF4097-family-beta-strand-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372574
NZ_CP046311.1|WP_005720724.1|607788_607983_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|223377
NZ_CP046311.1|WP_005720721.1|604096_604429_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP046311.1|WP_005720719.1|603840_604107_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|274102
NZ_CP046311.1|WP_005720731.1|611473_612784_+|NCS2-family-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|225161
NZ_CP046311.1|WP_005723638.1|619163_620009_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|238045
NZ_CP046311.1|WP_005720735.1|615184_616753_-|ABC-transporter-ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224055
NZ_CP046311.1|WP_005723639.1|618602_619016_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP046311.1|WP_005720723.1|607382_607826_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|223377
NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|602758_603616_-|IS982-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NZ_CP046311.1|WP_005728237.1|613025_614204_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP046311.1|WP_005720716.1|600479_601208_-|MerR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|133381
NZ_CP046311.1|WP_005724722.1|620587_620875_+|cupredoxin-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379208
NZ_CP046311.1|WP_005720729.1|610546_611320_-|Cof-type-HAD-IIB-family-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|319819

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP046311.1|WP_005726647.1|601388_602699_+|NCS2-family-permease	gnl|CDD|225161	COG2252, COG2252, Xanthine/uracil/vitamin C permease [Nucleotide transport and metabolism].	1.38667e-146
NZ_CP046311.1|WP_005726648.1|608789_609167_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|197666	smart00342, HTH_ARAC, helix_turn_helix, arabinose operon control protein.	9.16858e-17
NZ_CP046311.1|WP_005720736.1|616854_617664_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|376540	pfam01381, HTH_3, Helix-turn-helix. This large family of DNA binding helix-turn helix proteins includes Cro and CI. Within Neisseria gonorrhoeae NGO_0477, the full protein fold incorporates a helix-turn-helix motif, but the function of this member is unlikely to be that of a DNA-binding regulator, the function of most other members, so is not necessarily characteristic of the whole family.	1.74738e-08
NZ_CP046311.1|WP_005723637.1|620197_620575_+|cupredoxin-domain-containing-protein	gnl|CDD|379208	pfam13473, Cupredoxin_1, Cupredoxin-like domain. The cupredoxin-like fold consists of a beta-sandwich with 7 strands in 2 beta-sheets, which is arranged in a Greek-key beta-barrel.	1.24837e-30
NZ_CP046311.1|WP_005720726.1|608189_608786_+|AraC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|378890	pfam12625, Arabinose_bd, Arabinose-binding domain of AraC transcription regulator, N-term. AraC is a bacterial transcriptional regulatory protein with a DNA-binding domain at the C-terminus, HTH_AraC, pfam00165, and this dimerization domain which harbours the arabinose-binding pocket at the N-terminus. AraC positively and negatively regulates expression of the proteins required for the uptake and catabolism of the sugar L-arabinose 1,2,3].	7.63359e-10
NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|604905_605763_-|IS982-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.00625e-23
NZ_CP046311.1|WP_005728236.1|614272_615001_+|DUF4097-family-beta-strand-repeat-protein	gnl|CDD|372574	pfam13349, DUF4097, Putative adhesin. This has a putative all-beta structure with a twenty-residue repeat with a highly conserved repeating GD, gly-asp, motif. It may form part of a bacterial adhesin.	2.2022e-16
NZ_CP046311.1|WP_005720724.1|607788_607983_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|223377	COG0300, DltE, Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities [General function prediction only].	6.96563e-17
NZ_CP046311.1|WP_005720719.1|603840_604107_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin	gnl|CDD|274102	TIGR02384, Putative_antitoxin_RelB, addiction module antitoxin, RelB/DinJ family. Plasmids may be maintained stably in bacterial populations through the action of addiction modules, in which a toxin and antidote are encoded in a cassette on the plasmid. In any daughter cell that lacks the plasmid, the toxin persists and is lethal after the antidote protein is depleted. Toxin/antitoxin pairs are also found on main chromosomes, and likely represent selfish DNA. Sequences in the seed for this alignment all were found adjacent to toxin genes. The resulting model appears to describe a narrower set of proteins than pfam04221, although many in the scope of this model are not obviously paired with toxin proteins. Several toxin/antitoxin pairs may occur in a single species. [Cellular processes, Toxin production and resistance, Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	5.57912e-13
NZ_CP046311.1|WP_005720731.1|611473_612784_+|NCS2-family-permease	gnl|CDD|225161	COG2252, COG2252, Xanthine/uracil/vitamin C permease [Nucleotide transport and metabolism].	5.21549e-150
NZ_CP046311.1|WP_005723638.1|619163_620009_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|238045	cd00093, HTH_XRE, Helix-turn-helix XRE-family like proteins. Prokaryotic DNA binding proteins belonging to the xenobiotic response element family of transcriptional regulators.	5.51996e-06
NZ_CP046311.1|WP_005720735.1|615184_616753_-|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|224055	COG1132, MdlB, ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease components [Defense mechanisms].	2.31546e-66
NZ_CP046311.1|WP_005720723.1|607382_607826_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|223377	COG0300, DltE, Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities [General function prediction only].	6.10428e-43
NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|602758_603616_-|IS982-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.00625e-23
NZ_CP046311.1|WP_005728237.1|613025_614204_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	6.64032e-111
NZ_CP046311.1|WP_005720716.1|600479_601208_-|MerR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|133381	cd01106, HTH_TipAL-Mta, Helix-Turn-Helix DNA binding domain of the transcription regulators TipAL, Mta, and SkgA. Helix-turn-helix (HTH) TipAL, Mta, and SkgA transcription regulators, and related proteins, N-terminal domain. TipAL regulates resistance to and activation by numerous cyclic thiopeptide antibiotics, such as thiostrepton. Mta is a global transcriptional regulator; the N-terminal DNA-binding domain of Mta interacts directly with the promoters of mta, bmr, blt, and ydfK, and induces transcription of these multidrug-efflux transport genes. SkgA has been shown to control stationary-phase expression of catalase-peroxidase in Caulobacter crescentus. These proteins are comprised of distinct domains that harbor an N-terminal active (DNA-binding) site and a regulatory (effector-binding) site. The conserved N-terminal domain of these transcription regulators contains winged HTH motifs that mediate DNA binding. These proteins share the N-terminal DNA binding domain with other transcription regulators of the MerR superfamily that promote transcription by reconfiguring the spacer between the -35 and -10 promoter elements. Unique to this family, is a TipAL-like, lineage specific Bacilli subgroup, which has five conserved cysteines in the C-terminus of the protein.	4.31426e-39
NZ_CP046311.1|WP_005724722.1|620587_620875_+|cupredoxin-domain-containing-protein	gnl|CDD|379208	pfam13473, Cupredoxin_1, Cupredoxin-like domain. The cupredoxin-like fold consists of a beta-sandwich with 7 strands in 2 beta-sheets, which is arranged in a Greek-key beta-barrel.	1.41363e-19
NZ_CP046311.1|WP_005720729.1|610546_611320_-|Cof-type-HAD-IIB-family-hydrolase	gnl|CDD|319819	cd07517, HAD_HPP, phosphatase, similar to Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 BT4131 hexose phosphate phosphatase; belongs to the haloacid dehalogenase-like superfamily. Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 BT4131 is a phosphatase with preference for hexose phosphates. In addition this family includes uncharacterized Bacillus subtilis YkrA, a putative phosphatase and uncharacterized Streptococcus pyogenes MGAS10394 a putative bifunctional phosphatase/peptidyl-prolyl cis-trans isomerase. Members of this family belong to the haloacid dehalogenase-like (HAD) hydrolases, a large superfamily of diverse enzymes that catalyze carbon or phosphoryl group transfer reactions on a range of substrates, using an active site aspartate in nucleophilic catalysis. Members of this superfamily include 2-L-haloalkanoic acid dehalogenase, azetidine hydrolase, phosphonoacetaldehyde hydrolase, phosphoserine phosphatase, phosphomannomutase, P-type ATPases and many others. HAD hydrolases are found in all three kingdoms of life, and most genomes are predicted to contain multiple HAD-like proteins. Members possess a highly conserved alpha/beta core domain, and many also possess a small cap domain, the fold and function of which is variable. HAD hydrolases are sometimes referred to as belonging to the DDDD superfamily of phosphohydrolases.	3.88491e-55

Protein sequences

>NZ_CP046311.1|WP_005726648.1|608789_609167_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MWDYFKPELTKRLSELSVDDSTSARVRSILTELLPNGEFTIDDVAKKLGYSKQTLQRKLSSENTTFQKQLNSTREVLALNYLQNTDMTTSDIAYLLGYQEFNSFLRAFSIWKGISISEYREKMNK
>NZ_CP046311.1|WP_005720726.1|608189_608786_+|AraC-family-transcriptional-regulator
MNHFILDGRYEDLLSFNVEEALKKANIPEDCFKKLHPSMSEQQYYNFMAAIGDQISDPFTPIEIATTNPIESFSPPIFAAYSSRNGDIFIKRLAKYKKLIGPLSFKIDEDSKQLSITLTPSNQQYSLPSFLVLSEFAFLVGLLRKTTKEAISPLKITMTSPVNDEQVINFFGCKIESGKRNTITFAKKDLQVNFISYN
>NZ_CP046311.1|WP_005720724.1|607788_607983_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase
MPGPLQAVYYATKAYVTSWSNALWREVQGTGVTVSCLMPSAMQTGFISRGDLSSTQLFAHAVSP
>NZ_CP046311.1|WP_005720723.1|607382_607826_+|SDR-family-NAD(P)-dependent-oxidoreductase
MTTQEGKTALITGSYGGLGTQFVNIHASHGGDLILVGRNAKKLADQQKEARRKYNVTAHIIDVDLSQPDAAQKIYDTCKKNGWTIDYLINNAGFGGQGEFIKRSMEQDMSMIAVNIETPTRLTKLFLPDFVKRGRYAWPTSSRLLRY
>NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|604905_605763_-|IS982-family-transposase
MNCLKLKRFSHHLQVSFKDLVIICRHWYRLYAPAEFTHRRNIDQIKTTDSLILALLIWQAKTGIESQRRFCECFNCLSHSRFNRRSRQLLQLIYQIRQEMNKKVDLNGQFLIIDSFPVPVCQPIRNYRAKIFRGYANIGYKATKKIYFYGFKVHAIVSDDGYILDYVVTKASVHDARETVELIENTHPSNYYLLGDEGYLGKELHQQLKQMGYELWTPYRKNMTGAKKHNDHQLMAIRRTIESDFSLLTYYNAENNRARSLIGFQSRLEIAILAYNLAYCLERFN
>NZ_CP046311.1|WP_005720721.1|604096_604429_+|hypothetical-protein
MRTNDIVDIYVAYIDKPGGKNRPVLIIKLLNSKAWLLKITSKYKEKSENIRKHYFPIFDWKKYNLDKPSYIDTKNYLIVTISDLNIEKYRGHFSIADLRKLKDFIDENSN
>NZ_CP046311.1|WP_005720719.1|603840_604107_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelB/DinJ-family-antitoxin
MKSYKKIQANVDSSLALQAEGIFQDIGLNTTTAINVFLKKVVATGGIPFELKETPEQKASRELIQSISKIPHKEAKTKKEIEDWLDED
>NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|602758_603616_-|IS982-family-transposase
MNCLKLKRFSHHLQVSFKDLVIICRHWYRLYAPAEFTHRRNIDQIKTTDSLILALLIWQAKTGIESQRRFCECFNCLSHSRFNRRSRQLLQLIYQIRQEMNKKVDLNGQFLIIDSFPVPVCQPIRNYRAKIFRGYANIGYKATKKIYFYGFKVHAIVSDDGYILDYVVTKASVHDARETVELIENTHPSNYYLLGDEGYLGKELHQQLKQMGYELWTPYRKNMTGAKKHNDHQLMAIRRTIESDFSLLTYYNAENNRARSLIGFQSRLEIAILAYNLAYCLERFN
>NZ_CP046311.1|WP_005726647.1|601388_602699_+|NCS2-family-permease
MNAISNFFHLKENNTSFKTELLAGLTTFVSMSYILFVNPNVLGASGMDKGALFTVTALSAAFTCIVMGLIANYPIASAPTLGLNAFFTYTVCLGMKVKWQTALAAVFVASILFILLTVFKVREMIIDAIPADIKYAISAGIGLFIAFIGLQGGKLIQNSDSTLVTIGSLNNPTVWITIFGLIITIFLMIARVPGAIFIGMIAAAVFGIVTGQIPMPKGVISSVPSIAPTFGQAVFHIGDINTVQMWIVVFTFLLVTFFDTTGTLIGLVQQAGLMKDNKMPRAGEALAADSSGMLVGSVLGTSPVGAFVESSAGIAVGGRTGLTAVWVGIFFLISTIFSPILSVFTTQVTAPALIIVGVLMAENLAHVHWTNLEIAIPCFLIALGMPLTYSISDGLGWGLIVYPVSMIAAKRFKEITPMMWILFIVFVIYFVVLNVK
>NZ_CP046311.1|WP_005720716.1|600479_601208_-|MerR-family-transcriptional-regulator
MSEYTIGDLAKKLNITTRTIRYYDQKGLVKPSRVSESGYRLYSDEQVKQLKLIIFLKELGFSLKDIQKILEDKNGDKLIDLLLEDQLKRNKAETQKLEEQNKKIIQLQKVLSKPNNIAEVTDITKIMNNETRYKEVTRSMWKLSAVEITVELVGMAFIAYCIINKMNTAAYISVAILVVSLIAMSFVLLKNYYQKVAYICPNCDYKFVPELKSFMFAAHTPHTRKLRCPNCHKKSYCLETVR
>NZ_CP046311.1|WP_005720729.1|610546_611320_-|Cof-type-HAD-IIB-family-hydrolase
MSKPKIIFFDIDGTLIEKKKSITPKMLETLHALQDNGIMICIASGRPPVQLPKLGVDFDAYLTFNGSYCYNDQDIVFDNPLRQGDVLHMIQNAQKINRPLAVATKTRIAANGVDEDLKEYFAIGGTDLRVAPDFDVVVDQDTVYQIMVGCREKDYDGLVANTQNAKVTAWWDRAADIIPATGSKGVAIEKVLDYYQIPVSEAIAFGDGGNDIEMLKTVGHGVAMGNATDDVKEIADDICGSVQDDGIFTYCKKHNLI
>NZ_CP046311.1|WP_005720731.1|611473_612784_+|NCS2-family-permease
MQTLEKVFHLQDAHTTVKRELIAALTTFVSLSYILFVNPNILHAAGIPKGAAFTVTALATAVGCFLMGFIANYPIALAPTLGSGAFFAYNVCVGMHISWETALAAVLVASVLFILITVFKLRELVVNAIPQDMKYAISAGIGLFIAFIGLKNGQLIVNSDSTLVTLGKFSTPAVWITLFGLILTVVLMALNVPGSIFIGMIVTAIFGMIIGQIPLPHNIVSGAPSIAPTFGQAVFHIKDINTAQLWMVVLTFLLVTFFDTAGTLIGMTEQAGMVDKDGKIPRIGRAFLADSTAMVEGAVFGTAPLGTSVESSAGIAMGGRTGLTAIFVGIFFIISMIFSPLLQVIPTTVTAPALIIVGVLMASNLKKIDWEKFEIAFPAFLTVVGMPLTYSISDGLALGLIAYPITMIASKRYKEVSPMMYILFVVFIIFFLVTNL
>NZ_CP046311.1|WP_005728237.1|613025_614204_+|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFDQDKVNDFLRKEIQTAVNQLLKVELTAFLGYDPYARNGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGPIEVQVPRDRNGQFHQHTLPDYKQHSDILESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMLPKVEAYHKRKLSDKFFCVYLDATYLPLRRETFEREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYCIAPSENIEVWTDMLQNMKARGLKQVELFLSDGVVGMKTALARTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDREKIMNEFKQVHQQTNKEEATAVLHDFYTKWGKVYSHVIRSLKDIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPNEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP046311.1|WP_005728236.1|614272_615001_+|DUF4097-family-beta-strand-repeat-protein
MKIKKVLLTTSLLTISLITLSGCSFHLFTNKNSGPTIKRTLSSKKFNSLKVASDITDVELHASNQYKVIYHGLKRFKPSVNVKNGQLKITQTSNGVSYNIKEGNTVAIYLPAKELQNININLSDGDIDADGKVQAKNVKLHSDDGDVNFDDLRISSGKITSDDGDISVSNLLTRKGATVESDDGDIRIRKSNASGYRLTSDDGDVTFKGDTSDNDDGGSYYKNTKSSNLLSAHSDDGDVNVN
>NZ_CP046311.1|WP_005720735.1|615184_616753_-|ABC-transporter-ATP-binding-protein
MKKFIDLKWFSLSIILSCLSGLSLSFSTWSYSEIFALITGKSIPNTVRMIIVITVLQILLVIVEYLNNRVINRNVALFNQEVREYLMQTDFVKTGEKEISNRISFINNDLNLIEEKYFRQLFSLVSTVVKIVGIVTIALINSVVLTLVFVAFASLSSLIPSLFSKKTANQSSNWSKSTGSYVTFMSDLLKNINTVLNYNVLSLFVKKGSKVIKNSVENKRERDDTIAKSDFYVDLLAYSLDFLPIGIGIIMVIQGHIALASFVAVQYSSAWIVNSFFSINSIRNQIAATKPMTAKLLSFKPLTTKQDEAPVKFKQLNMYNVTFGYQADSPVLNNVSLCVNKGDKILLTGKSGEGKSTLLKVLMGKLSPQKGRVLVNDQAVETQIFSEVQQSSQIFNVTLRFNLTLGKQFDQKQIVAAAQQAGLTNYLQKHGLDTVIEENGHNLSGGERKRIELARAFLFQREILVVDEGTASLDPQTAEQIHNVFLNSPLTVIEIDHHISSTTMKKFTHHFDLENGKLVNIF
>NZ_CP046311.1|WP_005720736.1|616854_617664_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MEINTALKKARQSRGLTQEQFVAGILSPAHYSKIERGLHEISAKDLMAILQKNKISFDEFFKQNSVAQADDENNLGDQLQTAYYNQDFNQVRKLVTEIQQLPHHDLLKIKAKLILTLLEGKRKFDVKDKNIVLQRLFAGDNWLQDKFSLDLLANFGTSIFTHDDFAFFFQKIFTTYNDKMSEQTEKMQTTIATICVNYLYTCAENKFVKDNKEPIYLLGQLSQTPSLVLYKIIGHFYQCYFAGDTEQVLAIKKLIKASNLENILSILPE
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MKRNKKILTLTAKAALALSLVSVSTSALVQSNHVQAATQSTESKGFVEHIWYQRQYYHDQGTYVYYTVRRGNEVFRGYLEKMYTVPMGHNPTGIMYGGYLYNTKLKSYPIPTLASKKKMMTNFVVNDNEQLGNENKQ
>NZ_CP046311.1|WP_005723638.1|619163_620009_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MTIGEALKQTRKSMKLSQTEMAGDVLSTSYYSKIERGLNDIQTQDLIDLLKQHGLQASIFLERIENEDSENDLAHKNLIWQKQLEDAYYHQQIERLEDLKIEIGKYKNQSQNIFNLYALVVFSIASLKKQIDQISENIKRQVRQIVFDSDEWSESTLQIFAMTMMIYAPEDMDFLINSIFRTYRHNVSNLSGQLQEIMSAIAINYLANVYVQRRKIDLNLIYDFISKLPEIPRNAFAKIVANYYHYCFDGKNEEVDQIIEFMKSNGMSHLIKNFIVENCHL
>NZ_CP046311.1|WP_005723637.1|620197_620575_+|cupredoxin-domain-containing-protein
MDVTKIIILVVAIALIGFILWWFFGKHDEAIGKASVNQGTQEANIVVNGGYSPSTIVLKQGVPAKVNFDMQDSTACLSHVVFEQLGVDKDLTKQKVTTVDIPTDKKGTYNFACGMDMFHGKVIVK
>NZ_CP046311.1|WP_005724722.1|620587_620875_+|cupredoxin-domain-containing-protein
MSIFSKNQTKKVVVNAENHGYKPNTVTFKQGKPAQLKFIPSDNMGCMNEVVSKDLNFDQKLDGKKEVTIDIPTDKPGTYTYACGMDMFRGKVVVK

Crispr_ID: NZ_CP046311_2

• CRISPR_ID: NZ_CP046311_2
• CRISPR_location: 1787858-1788344
• CRISPR_type: TypeII
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 7 spacers
• Cas_protein_info: csn2,cas2,cas1,cas9

Consensus repeat of NZ_CP046311_2

Consensus_repeat	Method
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC	CRISPRCasFinder
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAA	CRT
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC	PILER-CR

spacers of NZ_CP046311_2

>2.1|1787894|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
AGAAAACAGGTATTCCAGGCGCGATAGTGG
>2.2|1787960|85|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
TACCTCACACCTCTATTATTTATTTCTTTAGATCTAAACCTCATTGATCTAAAACCGTACGTTGGTACCGCCGCAAAAGCTAATA
>2.3|1788081|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
GTCTTACGCATGTAAACGCCGTTTTCACGG
>2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
CCGCGTTAATGTTGATTTTTCTAAATTCGA
>2.5|1788213|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
GTTCCTAGCAGGGACAAGATTCAAGTGCTT
>2.6|1788279|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
ACGTAAGCACCTTTTGAATTGGAGACTACT
>2.7|1787883|41|NZ_CP046311|CRT
TCATCTAAAACAGAAAACAGGTATTCCAGGCGCGATAGTGG
>2.8|1787949|41|NZ_CP046311|CRT
TCATCTAAAACTACCTCACACCTCTATTATTTATTTCTTTA
>2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT
CGTACGTTGGTACCGCCGCAAAAGCTAATA
>2.10|1788070|41|NZ_CP046311|CRT
CCATCTAAAACGTCTTACGCATGTAAACGCCGTTTTCACGG
>2.11|1788136|41|NZ_CP046311|CRT
TCATCTAAAACCCGCGTTAATGTTGATTTTTCTAAATTCGA
>2.12|1788202|41|NZ_CP046311|CRT
TCATCTAAAACGTTCCTAGCAGGGACAAGATTCAAGTGCTT
>2.13|1788268|41|NZ_CP046311|CRT
TCATCTAAAACACGTAAGCACCTTTTGAATTGGAGACTACT
>2.14|1787960|30|NZ_CP046311|PILER-CR
TACCTCACACCTCTATTATTTATTTCTTTA
>2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR
AACCGTACGTTGGTACCGCCGCAAAAGCTAATA
>2.16|1788095|30|NZ_CP046311|PILER-CR
GTCTTACGCATGTAAACGCCGTTTTCACGG
>2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR
CCGCGTTAATGTTGATTTTTCTAAATTCGA
>2.18|1788227|30|NZ_CP046311|PILER-CR
GTTCCTAGCAGGGACAAGATTCAAGTGCTT
>2.19|1788293|30|NZ_CP046311|PILER-CR
ACGTAAGCACCTTTTGAATTGGAGACTACT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP046311_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP046311_2

>merge|NZ_CP046311|2|1787858-1788344|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TGTTCTGACTCCCATGATCTAACAATCATCTAAAACAGAAAACAGGTATTCCAGGCGCGATAGTGGGATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAACTACCTCACACCTCTATTATTTATTTCTTTAGATCTAAACCTCATTGATCTAAAACCGTACGTTGGTACCGCCGCAAAAGCTAATAGATCTAAACCTCATTGATCTAACAACCATCTAAAACGTCTTACGCATGTAAACGCCGTTTTCACGGGATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAACCCGCGTTAATGTTGATTTTTCTAAATTCGAGATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAACGTTCCTAGCAGGGACAAGATTCAAGTGCTTGATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAACACGTAAGCACCTTTTGAATTGGAGACTACTGATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC

>NZ_CP046311|2|2|1787858-1788344|CRISPRCasFinder
TGTTCTGACTCCCATGATCTAACAATCATCTAAAAC	AGAAAACAGGTATTCCAGGCGCGATAGTGG
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC	TACCTCACACCTCTATTATTTATTTCTTTAGATCTAAACCTCATTGATCTAAAACCGTACGTTGGTACCGCCGCAAAAGCTAATA
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAACCATCTAAAAC	GTCTTACGCATGTAAACGCCGTTTTCACGG
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC	CCGCGTTAATGTTGATTTTTCTAAATTCGA
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC	GTTCCTAGCAGGGACAAGATTCAAGTGCTT
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC	ACGTAAGCACCTTTTGAATTGGAGACTACT
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC

>NZ_CP046311|2|1|1787858-1788333|CRT
TGTTCTGACTCCCATGATCTAACAA	TCATCTAAAACAGAAAACAGGTATTCCAGGCGCGATAGTGG
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAA	TCATCTAAAACTACCTCACACCTCTATTATTTATTTCTTTA
GATCTAAACCTCATTGATCTAAAAC	CGTACGTTGGTACCGCCGCAAAAGCTAATA
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAA	CCATCTAAAACGTCTTACGCATGTAAACGCCGTTTTCACGG
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAA	TCATCTAAAACCCGCGTTAATGTTGATTTTTCTAAATTCGA
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAA	TCATCTAAAACGTTCCTAGCAGGGACAAGATTCAAGTGCTT
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAA	TCATCTAAAACACGTAAGCACCTTTTGAATTGGAGACTACT
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAA

>NZ_CP046311|2|1|1787924-1788344|PILER-CR
GATCTAAACCTCATTGATCTAACAATCATCTAAAAC	TACCTCACACCTCTATTATTTATTTCTTTA
GATCTAAACCTCATTGATCTAAAACCGTACGTTGGT	ACCGCCGCAAAAGCTAATAGATCTAAACCTCAT
TGATCTAACAACCATCTAAAACGTCTTACGCATGTA	AACGCCGTTTTCACGGGATCTAAACCTCAT
TGATCTAACAATCATCTAAAACCCGCGTTAATGTTG	ATTTTTCTAAATTCGAGATCTAAACCTCAT
TGATCTAACAATCATCTAAAACGTTCCTAGCAGGGA	CAAGATTCAAGTGCTTGATCTAAACCTCAT
TGATCTAACAATCATCTAAAACACGTAAGCACCTTT	TGAATTGGAGACTACTGATCTAAACCTCAT
TGATCTAACAATCATCTAAAAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP046311.1|WP_005719731.1|1785913_1786357_-|GatB/YqeY-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|370480
NZ_CP046311.1|WP_005728075.1|1797930_1799109_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP046311.1|WP_002880182.1|1786517_1786694_-|30S-ribosomal-protein-S21	unknown	unknown	gnl|CDD|234707
NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	mkCas0206_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III	gnl|CDD|226043
NZ_CP046311.1|WP_005723097.1|1784928_1785888_-|PhoH-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376820
NZ_CP046311.1|WP_005719719.1|1779141_1781205_-|glycine--tRNA-ligase-subunit-beta	unknown	unknown	gnl|CDD|234925
NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	csn2	cd12218_csn2_CAS-II-A	gnl|CDD|213411
NZ_CP046311.1|WP_005719759.1|1786921_1787758_+|kinase/pyrophosphorylase	unknown	unknown	gnl|CDD|377080
NZ_CP046311.1|WP_005719725.1|1783499_1784402_-|GTPase-Era	unknown	unknown	gnl|CDD|234624
NZ_CP046311.1|WP_101885619.1|1788687_1789866_-|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP046311.1|WP_005719718.1|1777291_1779112_-|DNA-primase	unknown	unknown	gnl|CDD|235551
NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09720_cas1_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|187851
NZ_CP046311.1|WP_005719727.1|1784401_1784926_-|rRNA-maturation-RNase-YbeY	unknown	unknown	gnl|CDD|376735
NZ_CP046311.1|WP_005719721.1|1781197_1782115_-|glycine--tRNA-ligase-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|236473
NZ_CP046311.1|WP_005728076.1|1799451_1800075_+|M23-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|366703
NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|374655
NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|374653
NZ_CP046311.1|WP_155872514.1|1793569_1795261_+|IS1182-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|226192
NZ_CP046311.1|WP_005724791.1|1788376_1788625_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	csn2	cd12218_csn2_CAS-II-A	gnl|CDD|213411
NZ_CP046311.1|WP_060785087.1|1782374_1783130_-|DNA-repair-protein-RecO	unknown	unknown	gnl|CDD|273175

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	mkCas0206_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III	1.6e-55	180.3	1.7
NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	1.7e-103	342.2	10.0
NZ_CP046311.1|WP_005724791.1|1788376_1788625_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	csn2	cd12218_csn2_CAS-II-A	1.9e-28	94.3	1.4
NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	0	1152.0	48.2
NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	csn2	cd12218_csn2_CAS-II-A	8.6e-35	115.1	4.8
NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09720_cas1_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	1.2e-89	294.8	7.8

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP046311.1|WP_005719731.1|1785913_1786357_-|GatB/YqeY-domain-containing-protein	gnl|CDD|370480	pfam09424, YqeY, Yqey-like protein. The function of this domain found in the YqeY protein is uncertain.	4.93125e-55
NZ_CP046311.1|WP_005728075.1|1797930_1799109_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	2.03085e-109
NZ_CP046311.1|WP_002880182.1|1786517_1786694_-|30S-ribosomal-protein-S21	gnl|CDD|234707	PRK00270, rpsU, 30S ribosomal protein S21; Reviewed.	8.84619e-15
NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|226043	COG3512, COG3512, CRISPR-associated protein, Cas2 homolog [Defense mechanisms].	1.88405e-28
NZ_CP046311.1|WP_005723097.1|1784928_1785888_-|PhoH-family-protein	gnl|CDD|376820	pfam02562, PhoH, PhoH-like protein. PhoH is a cytoplasmic protein and predicted ATPase that is induced by phosphate starvation.	6.30441e-136
NZ_CP046311.1|WP_005719719.1|1779141_1781205_-|glycine--tRNA-ligase-subunit-beta	gnl|CDD|234925	PRK01233, glyS, glycyl-tRNA synthetase subunit beta; Validated.	0
NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	gnl|CDD|213411	cd12218, Csn2, CRISPR/Cas system-associated protein Csn2. Csn2 is a Nmeni subtype-specific Cas protein, which may function in the adaptation process which mediates the incorporation of foreign nucleic acids into the microbial host genome. Csn 2 may interact directly with double-stranded DNA. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA. Csn2 has been predicted to be a functional analog of Cas4 based on anti-correlated phyletic patterns; also known as SPy1049 family.	1.8324e-30
NZ_CP046311.1|WP_005719759.1|1786921_1787758_+|kinase/pyrophosphorylase	gnl|CDD|377080	pfam03618, Kinase-PPPase, Kinase/pyrophosphorylase. This family of regulatory proteins has ADP-dependent kinase and inorganic phosphate-dependent pyrophosphorylase activity.	3.75569e-136
NZ_CP046311.1|WP_005719725.1|1783499_1784402_-|GTPase-Era	gnl|CDD|234624	PRK00089, era, GTPase Era; Reviewed.	7.42691e-173
NZ_CP046311.1|WP_101885619.1|1788687_1789866_-|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	1.00429e-110
NZ_CP046311.1|WP_005719718.1|1777291_1779112_-|DNA-primase	gnl|CDD|235551	PRK05667, dnaG, DNA primase; Validated.	0
NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|187851	cd09720, Cas1_II, CRISPR/Cas system-associated protein Cas1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas1 is the most universal CRISPR system protein thought to be involved in spacer intergration. Cas1 is metal-dependent deoxyribonuclease, also binds RNA; Shown to possess a unique fold consisting of a N-terminal beta-strand domain and a C-terminal alpha-helical domain.	1.87154e-101
NZ_CP046311.1|WP_005719727.1|1784401_1784926_-|rRNA-maturation-RNase-YbeY	gnl|CDD|376735	pfam02130, UPF0054, Uncharacterized protein family UPF0054.	7.92136e-49
NZ_CP046311.1|WP_005719721.1|1781197_1782115_-|glycine--tRNA-ligase-subunit-alpha	gnl|CDD|236473	PRK09348, glyQ, glycyl-tRNA synthetase subunit alpha; Validated.	0
NZ_CP046311.1|WP_005728076.1|1799451_1800075_+|M23-family-metallopeptidase	gnl|CDD|366703	pfam01551, Peptidase_M23, Peptidase family M23. Members of this family are zinc metallopeptidases with a range of specificities. The peptidase family M23 is included in this family, these are Gly-Gly endopeptidases. Peptidase family M23 are also endopeptidases. This family also includes some bacterial lipoproteins for which no proteolytic activity has been demonstrated. This family also includes leukocyte cell-derived chemotaxin 2 (LECT2) proteins. LECT2 is a liver-specific protein which is thought to be linked to hepatocyte growth although the exact function of this protein is unknown.	1.285e-10
NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|374655	pfam16595, Cas9_PI, PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9. Cas9_PI is a family found at the C-terminal of bacterial type II CRISPR system Cas9 endonuclease. This domain adopts a novel protein fold that is unique to the Cas9 family. It is positioned in the structure-DNA-complex to recognize the PAM sequence on the non-complementary DNA strand of the crRNA. PAM sequence is protospacer-adjacent motifs on DNA. See family CRISPR-DR2, Rfam:RF01315. Cas9 carries two nuclease domains, HNH and RuvC, which cleave the DNA strands that are complementary and non-complementary to the 20 nucleotide guide sequence in crRNAs, respectively.	4.48608e-36
NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	gnl|CDD|374653	pfam16592, Cas9_REC, REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9. The REC lobe of Cas9 - the CRISPR-associated endonuclease Cas9 - includes the REC1 and REC2 domains. REC1 forms an elongated, alpha-helical structure consisting of 25 alpha helices and two beta-sheets, whereas REC2 inserted within REC1 adopts a six-helix bundle structure. The REC lobe and the NUC lobe of Cas9 fold to present a positively charged groove at their interface which accommodates the negatively charged sgRNA:target DNA heteroduplex. CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)-Cas system occurs naturally in bacteria as a defense against invasion by phages or other mobile genetic elements. Cas9 is targeted to specific genomic locations by sgRNAs or single guide RNAs, in order to complex with invading DNA in order to cleave it and render it inactive.	7.2774e-131
NZ_CP046311.1|WP_155872514.1|1793569_1795261_+|IS1182-family-transposase	gnl|CDD|226192	COG3666, COG3666, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	6.13723e-22
NZ_CP046311.1|WP_005724791.1|1788376_1788625_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	gnl|CDD|213411	cd12218, Csn2, CRISPR/Cas system-associated protein Csn2. Csn2 is a Nmeni subtype-specific Cas protein, which may function in the adaptation process which mediates the incorporation of foreign nucleic acids into the microbial host genome. Csn 2 may interact directly with double-stranded DNA. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA. Csn2 has been predicted to be a functional analog of Cas4 based on anti-correlated phyletic patterns; also known as SPy1049 family.	2.00597e-25
NZ_CP046311.1|WP_060785087.1|1782374_1783130_-|DNA-repair-protein-RecO	gnl|CDD|273175	TIGR00613, DNA_repair_protein_RecO, DNA repair protein RecO. All proteins in this family for which functions are known are DNA binding proteins that are involved in the initiation of recombination or recombinational repair. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	3.74011e-47

Protein sequences

>NZ_CP046311.1|WP_005719759.1|1786921_1787758_+|kinase/pyrophosphorylase
MVETKDQNELNIIIISDAAGDTAFSNATAAAAEFPNCNINYRRYPFITNQKKLDEVLTEIEKYPNLVIIYSLVKDEMQMPVIKFAREHNVECVDIFSPVVEAIQQTTHMTPDQKIGAQHSLNQKYFDRISAMEFAVMYDDGKDPKGFLEADVVLLGVSRTSKTPLSLFLANKNLKVANLPLVPETHIPKEIYEIDPKKIIGLTNDPSVLNEIRRQRMIAYGLNPDTTYSNMDSINKELESAQALYKKLGCYVINVAHRSIEETAALILEHLGIDDYAK
>NZ_CP046311.1|WP_002880182.1|1786517_1786694_-|30S-ribosomal-protein-S21
MAKTIVHENESIDDALRRFKRSVSRSGTLQEYRKREFYEKPSVRRKLKSEAARKRRHY
>NZ_CP046311.1|WP_005719731.1|1785913_1786357_-|GatB/YqeY-domain-containing-protein
MSLSDQIMADMKSAMKNHDKTTLNTVRMIKSALMNEKIKAGHDLTPDEELTVLNREKKQREESIDEFIKANRDDLAEETKKELAVVEKYMPKQMNQDELRAAVKETIDEVGAKGKSDFGKVMKALMPKIKGRADGKAASQSVRDQLN
>NZ_CP046311.1|WP_005723097.1|1784928_1785888_-|PhoH-family-protein
MAQTTFTPQRPENIQKLVGVNDGNLKLLSEGYDLSVSDVGNEIVIAGDDEEKIKKVVAVLKALDSVVNTGVNIGAPDTVSAMKMADKGTTEYFADLYKKVLIRDAKGRPIRVKNMGQKRYVEAIDKSDVVFGIGPAGTGKTFLAVVCAIAAFKKGEVSRIILTRPAVEAGESLGFLPGDLKEKVDPYLRPIYDSLYAILGTNTTDRLMERGVIEVAPLAYMRGRTLDDAFVILDEAQNTTDAQMKMFLTRLGFNSKMVVNGDMTQVDLPGRQHSGLIDARHILKNIDQIKFINFSANDVVRHPVVAKIITAYEKEDIKH
>NZ_CP046311.1|WP_005719727.1|1784401_1784926_-|rRNA-maturation-RNase-YbeY
MDPIDITYNDEVGFLDDEKRNWQDWIMKLLLLAKKEIGKDNNLEMSINFVDEDRSHEINLKYRDKDRPTDVISFAIEDGEDSIDLAAFADDPDFQEDIGDLFMCPSVIKRHSKEYGTGFDREFGYTIVHGFLHLNGYDHIKPDEAKEMFGIQGKVLEDYGLPLYPDQLDEGRGK
>NZ_CP046311.1|WP_005719725.1|1783499_1784402_-|GTPase-Era
MEEKEFKSGFVALVGRPNVGKSTLMNYLVGQKVAITSNKPQTTRNRISGIYTSDEMQVVFVDTPGIFKPHSKLDDYMDKASVSSLNDVDLVLFMVEPEEMGKGDQYIANLLKEVKVPVLLVINKVDEIHPNKLLPIMDSYHKLEGFKEILPISATQGIGIEDLLKTIKEYLPVGPQYYGADQITDRPEYFVVAELIREQILRLTSQEVPHATAVAVDHMNTHQNGKLLIEATIYVEKDGQKGIIIGKGGKMLKQIGINSRQEIERLLGEKVNLRLWVKVQHNWRSDPNFLKRIGYDKKEL
>NZ_CP046311.1|WP_060785087.1|1782374_1783130_-|DNA-repair-protein-RecO
MARELKEVQGIIFKRQKYKEADLLAKIMTKQDGIMTLIVKGALRPKSRLSAATLNFSIGTYVIYTSEKGLSNLRTYKGARQFDGLYNDLTKNAYISFIFDLIDHAFVEYQPIGKYYDLALFALKKIDSGVDAEMITQIVQMKILAAYGVEPQLKHCVICGKEKGVFDYLIKMGGVICSDHFSTVTSRMHLKPKETAVIRTIGLLPIERLGDIKINEETKRATRKAIDRIYHETIGLNLKTKKFLDELKLFS
>NZ_CP046311.1|WP_005719721.1|1781197_1782115_-|glycine--tRNA-ligase-subunit-alpha
MADKKLNIQNMIFKLEQFWSSKGCMIMPSYDVEKGAGTMSPYTFLRAVGPEPWAACYVEPSRRPADGRYGENPNRLFQHHQFQVVIKPAPKDIQQYYLDSLKVLGIDPLEHDIRFVEDNWANPSMGCAGVGWEVWLDGMEVSQFTYFQVVGELDVKPTMSEITYGVERLASYIQDVNSVFDLEWGNGILYRDIFKQPEYEHSKYAFEESNQEQLLQFFDIYEATAKRLLDKNLVHPAYDYILKCSHTFNLLDARGAVSVTERAGYLSRIRNLAHEVAVKFVEEREKRGFPLLKSAEDKKAGVENG
>NZ_CP046311.1|WP_005719719.1|1779141_1781205_-|glycine--tRNA-ligase-subunit-beta
MAKDYLFEIGTEEMPAHVVPRSVKQLADRTRKFLKENGLKFKDIKTFSTPRRLTILVEDLAEKQDDIDEVKKGPAKKIAQDQDGNWTKAAQGFARGQGMTTDDIYFEELKGTEYAYVHVQKEGKKASDILLGMSDIIKAMTFPTKMRWDSNDFEFVRPIHWLVSLFGSDVIPVKILDITAGRKTQGHRFLGDSVVLANADDYEDALKDQFVIADADERKDMIVRQMNELVKKNNWQVKPDRDLLEEVTYLVEYPTVFAGSFDEKYLKIPDEVLITSMKDNQRYFEVYDETGKLINHFIAVRNGNKDYLDNVISGNEKVLVARLDDAQFFYDEDRKYPLSHFVDRLKNVSFHDKIGSMAEKMQRVRMIGDYLAKRWDLPENVVKDFDRASELYKFDLVTQMVGEFAELQGVMGMHYARLAGEDEEVSVAIKEHYMPATAEGPLPETTVGSLLSIADKIDTIVTFFGAGMIPTSSNDPYALRRYAYGIVRILLNEKWSLPFNEVLPEIISMLNGVTPAKLPKSDADQEIADFIRDRVKQYLQKNDFKYDIIDAVLASSQQDPSQILAAATVLQLHHDDEEFKPVVESLTRIDNILKKAKFKSNTAVDESLFDDNSEKELYAGVQNLQDIESLADLYQGFVQLQPVIDQYFETNMIMAKDEKVKNNRLAQLYAVNELADRLGDLSKLVIK
>NZ_CP046311.1|WP_005719718.1|1777291_1779112_-|DNA-primase
MAGRIPEDFISEVRSNVNIVDVISQYVSLEKKGKDYIGLCPFHQEKTPSFTVNADKQFFKCFGCGKGGNVFKFLMYKDDLTFPESVERVAEFAHIAMPNGYGHNSGTKLNPLMQMHQDAVDFYHRVLLTTKAGERGMQYAQKRELDQEILDHFKIGYAPKADNVLITYLRSKGYQDDDLAQSGLFVQARDGQLYDRFRDRLMFPLDNENGRTIGFSGRRISDDKTEAKYMNSPETGIFTKSKVLFHFAEAKKAARGEGHLVLYEGYMDVIAAYKAGVKSGIASMGTSLTDDQIYLLRRITPNIIINYDGDDPGVHAEERAARMFNKDGNFNLGIVVLPEKLDPDEYVKKYGAEKYLEEVKGALTPTDFFLKRLEQKYNLDNDREKIAYLGEAVKEIAQVRNPVEQDMYTEKLAKSSGVSIASLKANLAKERRRNNRARNHVRNSQRNSPDYPIDVPLPGDEDVPTEQSVVEKNPSQTRLLYLFIHSTDAQKYMLEGQFHFPNQDFETLAQDWLKYAETHENPQIDGFLDFIPEQLQGIIVDAEMAQMPKDSTIQEVDALVLALKRRNIYSRLNELQAQLQDAKRKNDAQGIIAITQEIIGLKRILG
>NZ_CP046311.1|WP_005724791.1|1788376_1788625_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2
MLTPYAIIETVLKIHQEYNLDSIPVFCNVAHYLDETQLKELSKIVRQLKLKIILIEFTDKKYGVAVKDAQVAYIDRDLVDWY
>NZ_CP046311.1|WP_101885619.1|1788687_1789866_-|IS256-family-transposase
MNDFTKNIAQALFNPDKINDLLRKELQQAVNNLLEAELTAFLGYDPYARNGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGPIEVQVPRDRNGQFHQHTLPDYKQHSDVLESTIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMLPKVEAYHKRKLSDKFFCVYLDATYLPLRRETFEREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYCIAPSENIEVWTEMLQNMKSRGLKQVELFLSDGVVGMKAALTRTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDREKIMNEFKQVHQQTNKEEATAVLHDFYTKWGKVYSHVIRSLKDIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDAFIGIQAMSYNDRYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2
MIVSYLSHKKICLKDGINVICTQSPIAYKDLVLGFQALNDLIVCSDDEYNNKSISKSFDFVGAPLLNDNIMAKYMNVIIKNFISNLDEVNRNRILKSFYSLETVLNDSLLLEDLPLEIDFSEDIKKLLKMVNIHLDAQLMLTRL
>NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2
MRLMIMFDLPTDTAAERKEYRQFRKALINEGFLMIQFSVYERVCVTRQTANFLEKRIRKFMPSKGVVQSLMVTEKQYSDMHFLVGDAVKDIRNTSDRTVIL
>NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1
MGWRNVIITQHAKLTYSMNMLIVQTKDGINQIPIEDINLVLISTSQAVITSALISKLAKNQCKVIFVDDKYQPVTETVNYYPGARDIKKLKMQFEWNERRKENLWTKIVAAKLKNQISVLKNYRIDETEVEQELYKLEVNDLSNREAAAARKYFMKLFGKDFIRRNSGVINAALDYGYSILLSSFDREIAMNGYLTYLGIHHHSVENQFNLACDLMEPFRSIVDYWVKAHENITSFTPDIKYGLVELLSLQIKFNGRNTILTNAISVYVRSCLRYLSGETDDIRIEMSLCNEVPNDAINDNV
>NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein
MVNLKSLVLILKKENEILKKTKNFDFVAKLLGSKAPNEIRSQQGKVLFEKNKIRLQLNKAYNYKYMLVSRDTTTKNQEMFGMTIYPRAERDIAKSRKLIEKRKGFSTDIYGGYTGTAAAYMAIVRINKTKSSQYKVIAVPMTKRAILNKAEKEGNYEKILKQILSPSILYNDKGKRKAGVISFDIIKGKVPYNQVVQDGNKKFLLKSAIYLCNAKQLVLSEEAMRVITGHWLDSDKQDQELLDVYDEILEKIDRYLPLFDIRDFRNKLHKGREKFLKLNAEDKFKAIIQILKGLHDNSDTGELKDIGITVPFGQLQNNSGITLSSDTILVYQSPTGLFEKRVKISSL
>NZ_CP046311.1|WP_155872514.1|1793569_1795261_+|IS1182-family-transposase
MYKNYITGQTALTLNLDFAIPANHLANVISWFVDSIPEDVLVGKTAKTGRPAYHPAMMLKILLFAYSRRVFSGRKIELMLEENLPMMILADQQKISYHTINNFRSSSHANELIKKSFIYFTNLLEDEGLINEGAAFIDGTKIEADANRYTFVWRKAVEKYHEKLKGQAVELYDELITKEVVKEMEKEKVQTSQGLKELAQETEAEINKLTKEIEQENKAIPGGSPRKAKRRGLKKILHRLRKDYVPRMQKYEEAEEIFAGRNSYSKTDHDATFMHMKEDHMKNGQLKPGYNIQAVTTDQYVVDYAIFPNPTDFKTLEPVLDQMTVLDKFDKIVADAGYSSEYNYSMLEEKYPDKKYFIPYTMYEKEQTKKYKNDPTKLINWYYNEKDDYYIDHHGVRFNFKYYSQRKDRSTGQVRDFKVYEADEFQLTPELEQLAKTASGRQRQVRYNPNWQYLKEKAKEVLQSEEGRHIYGMRKYDVEPVFGHLKNVFGMRRTHLRGKEKVETDIGIAFMMMNLNKYCQRRWLKGRFLLLKILKRTKKRSRFLKKEILIVFIHLEASFFPDT
>NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9
MTKLNNEYMVGLDIGTNSCGWVATDFDNNILKMHGKRALGSHLFDEGVSAADRRAFRTTRRRIKRRKWRLKLLEEIFDEEMAKVDPNFFARLKESGLSPLDTRKNVSSIVFPTKKMDKQFYKKFPTIYHLRNALMKQDKKFDLRAIYIAIHHIVKYRGNFLSNSSISNFSASKIEIDRFVNELNDLYSIFLPESGVIFDAGNASKVEDIIRNEQMFKLDKIKEIADVLPDTENKSGLKLSKKISKEISKAILGYKAKFEIILQVNVDKTDSSIWNFKLNDENADVNLSEITSDLTDTQLQILDLVRNLFSAISLLNIVDEGSTLSESMIRKYNDHAQDLKLLKTVIKNHSDRKKAHNLQLAYDKYVNNRHFVDVETKKAFPNKHLYRKSDFYEIVKKNLDASKEAVQIRKEIALDKFMPKQRSDENGVIPFQLNQIELDKIIENQGKYYPFLKEINPIKAHRMQAPYKLDELIRFRVPYYVGPMIEPTNSSYPQTRQNQSFAWMVRKAKGRITPWNFDEKVDRQKSANNFIKRLTTKDTYLFGEDVLPANSLLYQKYTVLDELNKISVNGKKLSVSVKQELYEDLFKKNNTVSAKQLKNWLIENQKLPYIKIKGLADQTKFNSSLSTYIKLKKSGLFVDKLDSNEFRDDFEKIIEWSTIFEDKQIYIQKLQTIDWLTAKQIQFLQNIRLQGWGRLSKKLLTAIVDSNGQNIIEQLWNSQQIFMSIVNKADIKGTITDANQDLMHSNSMEDILSEAYTSPANKKMIRQVVKVVHDIQKAASGQAPKQIAIEFARESRRNSKLSQTRGHKLQDIYQKISGDIVNKNLKDKLAEYIKNNQLSVWEKTSFQMNKNDQDFLF
>NZ_CP046311.1|WP_005728075.1|1797930_1799109_+|IS256-family-transposase
MNDFTKDFAQALFNPDKINDLLRKELQQAVNNLLEAELTAFLGYDPYARNGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGPIEVQVPRDRNGQFHQHTLPDYKQHSDVLESTIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMLPKIEAYHKRKLSDKFFCVYLDATYLPLRRETFEREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYCIAPSENIEVWTDMLQNMKSRGLKQVELFLSDGVVGMKTALARTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDREKIMNEFKQVHQQTNKEEATAVLHDFYTKWGKVYSHVIRSLKDIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDAFIGIQAMSYNDRYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP046311.1|WP_005728076.1|1799451_1800075_+|M23-family-metallopeptidase
MKFRKLIISLLGTALLTSSVGLSTTTASADTLDDSQNTTEVQPKNLKWAYPFKANKKNGVRPMYNAQTFGITNYMRSTTPPSYFHDGWDFGFSEVGHSNVYAIHQGTVKKVAYGNGLGWFIWVISPDNYVEVYQEGFNKKKDIYVKTGQKIKLDQKIGKLTGSHLHLGVTQTNKDYINKYGFPCKNWNVNNGTWLNPIEVIKSNLKK

Crispr_ID: NZ_CP046311_3

• CRISPR_ID: NZ_CP046311_3
• CRISPR_location: 1801575-1801842
• CRISPR_type: TypeII
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 4 spacers
• Cas_protein_info: cas9,cas1,cas2,csn2

Consensus repeat of NZ_CP046311_3

Consensus_repeat	Method
CCTCCACATGTGTGGAGAATACT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP046311_3

>3.1|1801598|38|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
TAAGCCTCATCTTTTGGCTGATGTAACGACTTGGATCA
>3.2|1801659|38|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
AAACGGCTGTGGCGTTGACACAGCTCAAAGTAGGATCA
>3.3|1801720|39|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
CTAACTGGATACCAGTCATCACCGTTAACAGTAGGATCA
>3.4|1801782|38|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder
CTGCCTTGTCTCCCGTGCCCTTCAAGATGATAGGATCA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP046311_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP046311_3

>merge|NZ_CP046311|3|1801575-1801842|CRISPRCasFinder
CCTCCACATGTGTGGAGAATACTTAAGCCTCATCTTTTGGCTGATGTAACGACTTGGATCACCTCCACATGTGTGGAGAATACTAAACGGCTGTGGCGTTGACACAGCTCAAAGTAGGATCACCTCCACACACGTGGAGAATACGCTAACTGGATACCAGTCATCACCGTTAACAGTAGGATCACCTCCACATGTGTGGAGAATACTCTGCCTTGTCTCCCGTGCCCTTCAAGATGATAGGATCACCTCCACACTCGTGGAGAATACA

>NZ_CP046311|3|3|1801575-1801842|CRISPRCasFinder
CCTCCACATGTGTGGAGAATACT	TAAGCCTCATCTTTTGGCTGATGTAACGACTTGGATCA
CCTCCACATGTGTGGAGAATACT	AAACGGCTGTGGCGTTGACACAGCTCAAAGTAGGATCA
CCTCCACACACGTGGAGAATACG	CTAACTGGATACCAGTCATCACCGTTAACAGTAGGATCA
CCTCCACATGTGTGGAGAATACT	CTGCCTTGTCTCCCGTGCCCTTCAAGATGATAGGATCA
CCTCCACACTCGTGGAGAATACA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP046311.1|WP_005728075.1|1797930_1799109_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP046311.1|WP_005719215.1|1807515_1808883_+|aspartate-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|236364
NZ_CP046311.1|WP_005719211.1|1804658_1805894_-|homoserine-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|235783
NZ_CP046311.1|WP_005719205.1|1802059_1802938_-|YitT-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224203
NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|1809425_1810283_+|IS982-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NZ_CP046311.1|WP_005726248.1|1800145_1800712_-|peptide-methionine-(S)-S-oxide-reductase-MsrA	unknown	unknown	gnl|CDD|376578
NZ_CP046311.1|WP_005719209.1|1803781_1804645_-|homoserine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234920
NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	csn2	cd12218_csn2_CAS-II-A	gnl|CDD|213411
NZ_CP046311.1|WP_005728076.1|1799451_1800075_+|M23-family-metallopeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|366703
NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09720_cas1_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|187851
NZ_CP046311.1|WP_101885619.1|1788687_1789866_-|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	mkCas0206_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III	gnl|CDD|226043
NZ_CP046311.1|WP_005729620.1|1803108_1803756_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|374655
NZ_CP046311.1|WP_155872517.1|1810660_1811839_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP046311.1|WP_005719218.1|1812054_1814370_+|phospholipase	unknown	unknown	gnl|CDD|197216
NZ_CP046311.1|WP_005719221.1|1814427_1814799_-|nuclear-transport-factor-2-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378915
NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	gnl|CDD|374653
NZ_CP046311.1|WP_155872514.1|1793569_1795261_+|IS1182-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|226192
NZ_CP046311.1|WP_005719213.1|1806005_1807496_+|threonine-synthase	unknown	unknown	gnl|CDD|236418

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	csn2	cd12218_csn2_CAS-II-A	8.6e-35	115.1	4.8
NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	mkCas0206_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III	1.6e-55	180.3	1.7
NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	0	1152.0	48.2
NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein	cas9	mkCas0193_cas9_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	1.7e-103	342.2	10.0
NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09720_cas1_CAS-II-A:CAS-II-B:CAS-II-C	1.2e-89	294.8	7.8

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP046311.1|WP_005728075.1|1797930_1799109_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	2.03085e-109
NZ_CP046311.1|WP_005719215.1|1807515_1808883_+|aspartate-kinase	gnl|CDD|236364	PRK09034, PRK09034, aspartate kinase; Reviewed.	0
NZ_CP046311.1|WP_005719211.1|1804658_1805894_-|homoserine-dehydrogenase	gnl|CDD|235783	PRK06349, PRK06349, homoserine dehydrogenase; Provisional.	1.86546e-164
NZ_CP046311.1|WP_005719205.1|1802059_1802938_-|YitT-family-protein	gnl|CDD|224203	COG1284, COG1284, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	8.16586e-63
NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|1809425_1810283_+|IS982-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.00625e-23
NZ_CP046311.1|WP_005726248.1|1800145_1800712_-|peptide-methionine-(S)-S-oxide-reductase-MsrA	gnl|CDD|376578	pfam01625, PMSR, Peptide methionine sulfoxide reductase. This enzyme repairs damaged proteins. Methionine sulfoxide in proteins is reduced to methionine.	2.55716e-99
NZ_CP046311.1|WP_005719209.1|1803781_1804645_-|homoserine-kinase	gnl|CDD|234920	PRK01212, PRK01212, homoserine kinase; Provisional.	3.48647e-108
NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2	gnl|CDD|213411	cd12218, Csn2, CRISPR/Cas system-associated protein Csn2. Csn2 is a Nmeni subtype-specific Cas protein, which may function in the adaptation process which mediates the incorporation of foreign nucleic acids into the microbial host genome. Csn 2 may interact directly with double-stranded DNA. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA. Csn2 has been predicted to be a functional analog of Cas4 based on anti-correlated phyletic patterns; also known as SPy1049 family.	1.8324e-30
NZ_CP046311.1|WP_005728076.1|1799451_1800075_+|M23-family-metallopeptidase	gnl|CDD|366703	pfam01551, Peptidase_M23, Peptidase family M23. Members of this family are zinc metallopeptidases with a range of specificities. The peptidase family M23 is included in this family, these are Gly-Gly endopeptidases. Peptidase family M23 are also endopeptidases. This family also includes some bacterial lipoproteins for which no proteolytic activity has been demonstrated. This family also includes leukocyte cell-derived chemotaxin 2 (LECT2) proteins. LECT2 is a liver-specific protein which is thought to be linked to hepatocyte growth although the exact function of this protein is unknown.	1.285e-10
NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|187851	cd09720, Cas1_II, CRISPR/Cas system-associated protein Cas1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas1 is the most universal CRISPR system protein thought to be involved in spacer intergration. Cas1 is metal-dependent deoxyribonuclease, also binds RNA; Shown to possess a unique fold consisting of a N-terminal beta-strand domain and a C-terminal alpha-helical domain.	1.87154e-101
NZ_CP046311.1|WP_101885619.1|1788687_1789866_-|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	1.00429e-110
NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|226043	COG3512, COG3512, CRISPR-associated protein, Cas2 homolog [Defense mechanisms].	1.88405e-28
NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|374655	pfam16595, Cas9_PI, PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9. Cas9_PI is a family found at the C-terminal of bacterial type II CRISPR system Cas9 endonuclease. This domain adopts a novel protein fold that is unique to the Cas9 family. It is positioned in the structure-DNA-complex to recognize the PAM sequence on the non-complementary DNA strand of the crRNA. PAM sequence is protospacer-adjacent motifs on DNA. See family CRISPR-DR2, Rfam:RF01315. Cas9 carries two nuclease domains, HNH and RuvC, which cleave the DNA strands that are complementary and non-complementary to the 20 nucleotide guide sequence in crRNAs, respectively.	4.48608e-36
NZ_CP046311.1|WP_155872517.1|1810660_1811839_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	2.38197e-106
NZ_CP046311.1|WP_005719218.1|1812054_1814370_+|phospholipase	gnl|CDD|197216	cd09117, PLDc_Bfil_DEXD_like, Catalytic domain of type II restriction endonucleases BfiI and NgoFVII, and uncharacterized proteins with a DEAD domain. Catalytic domain of type II restriction endonucleases BfiI and NgoFVII, uncharacterized type III restriction endonuclease Res subunit, and uncharacterized DNA/RNA helicase superfamily II members. Proteins in this family are found mainly in prokaryotes. They contain one copy of the conserved HKD motif (H-x-K-x(4)-D, where x represents any amino acid residue) in a single polypeptide chain, and have been classified as members of the phospholipase D (PLD, EC 3.1.4.4) superfamily. BfiI consists of two discrete domains with distinct functions: an N-terminal catalytic domain with non-specific nuclease activity and dimerization function that is more closely related to Nuc, an EDTA-resistant nuclease from the phospholipase D (PLD) superfamily; and a C-terminal domain that specifically recognizes its target sequences, 5'-ACTGGG-3'. BfiI forms a functionally active homodimer which has two DNA-binding surfaces located at the C-terminal domains but only one active site, located at the dimer interface between the two N-terminal catalytic domains that contain the two HKD motifs from both subunits. BfiI utilizes a single active site to cut both DNA strands, which represents a novel mechanism for the scission of double-stranded DNA. It uses a histidine residue from the HKD motif in one subunit as the nucleophile for the cleavage of the target phosphodiester bond in both of the anti-parallel DNA strands, while the symmetrically-related histidine residue from the HKD motif of the opposite subunit acts as the proton donor/acceptor during both strand-scission events.	1.07276e-06
NZ_CP046311.1|WP_005719221.1|1814427_1814799_-|nuclear-transport-factor-2-family-protein	gnl|CDD|378915	pfam12680, SnoaL_2, SnoaL-like domain. This family contains a large number of proteins that share the SnoaL fold.	6.09415e-11
NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9	gnl|CDD|374653	pfam16592, Cas9_REC, REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9. The REC lobe of Cas9 - the CRISPR-associated endonuclease Cas9 - includes the REC1 and REC2 domains. REC1 forms an elongated, alpha-helical structure consisting of 25 alpha helices and two beta-sheets, whereas REC2 inserted within REC1 adopts a six-helix bundle structure. The REC lobe and the NUC lobe of Cas9 fold to present a positively charged groove at their interface which accommodates the negatively charged sgRNA:target DNA heteroduplex. CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat)-Cas system occurs naturally in bacteria as a defense against invasion by phages or other mobile genetic elements. Cas9 is targeted to specific genomic locations by sgRNAs or single guide RNAs, in order to complex with invading DNA in order to cleave it and render it inactive.	7.2774e-131
NZ_CP046311.1|WP_155872514.1|1793569_1795261_+|IS1182-family-transposase	gnl|CDD|226192	COG3666, COG3666, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	6.13723e-22
NZ_CP046311.1|WP_005719213.1|1806005_1807496_+|threonine-synthase	gnl|CDD|236418	PRK09225, PRK09225, threonine synthase; Validated.	0

Protein sequences

>NZ_CP046311.1|WP_005726248.1|1800145_1800712_-|peptide-methionine-(S)-S-oxide-reductase-MsrA
MTENNKQAKTTDTKAKPNNDTAIFAGGCFWCMVEPFDTVDGVEKVVSGYTGGHVANPTYEQVCSGTTGHTEAVEITFDPAKISYDQLLNYYWQVTDPTDAMGQFQDRGDNYRPVIFYNSPAQKEAAEKSKQRLQASGKFDKPIVTKIEPAKPFYPAEEYHQDFYKKDPLRYAMEEAGGRAKFIKEHWD
>NZ_CP046311.1|WP_005728076.1|1799451_1800075_+|M23-family-metallopeptidase
MKFRKLIISLLGTALLTSSVGLSTTTASADTLDDSQNTTEVQPKNLKWAYPFKANKKNGVRPMYNAQTFGITNYMRSTTPPSYFHDGWDFGFSEVGHSNVYAIHQGTVKKVAYGNGLGWFIWVISPDNYVEVYQEGFNKKKDIYVKTGQKIKLDQKIGKLTGSHLHLGVTQTNKDYINKYGFPCKNWNVNNGTWLNPIEVIKSNLKK
>NZ_CP046311.1|WP_005728075.1|1797930_1799109_+|IS256-family-transposase
MNDFTKDFAQALFNPDKINDLLRKELQQAVNNLLEAELTAFLGYDPYARNGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGPIEVQVPRDRNGQFHQHTLPDYKQHSDVLESTIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMLPKIEAYHKRKLSDKFFCVYLDATYLPLRRETFEREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYCIAPSENIEVWTDMLQNMKSRGLKQVELFLSDGVVGMKTALARTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDREKIMNEFKQVHQQTNKEEATAVLHDFYTKWGKVYSHVIRSLKDIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDAFIGIQAMSYNDRYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP046311.1|WP_005728738.1|1795198_1797772_-|type-II-CRISPR-RNA-guided-endonuclease-Cas9
MTKLNNEYMVGLDIGTNSCGWVATDFDNNILKMHGKRALGSHLFDEGVSAADRRAFRTTRRRIKRRKWRLKLLEEIFDEEMAKVDPNFFARLKESGLSPLDTRKNVSSIVFPTKKMDKQFYKKFPTIYHLRNALMKQDKKFDLRAIYIAIHHIVKYRGNFLSNSSISNFSASKIEIDRFVNELNDLYSIFLPESGVIFDAGNASKVEDIIRNEQMFKLDKIKEIADVLPDTENKSGLKLSKKISKEISKAILGYKAKFEIILQVNVDKTDSSIWNFKLNDENADVNLSEITSDLTDTQLQILDLVRNLFSAISLLNIVDEGSTLSESMIRKYNDHAQDLKLLKTVIKNHSDRKKAHNLQLAYDKYVNNRHFVDVETKKAFPNKHLYRKSDFYEIVKKNLDASKEAVQIRKEIALDKFMPKQRSDENGVIPFQLNQIELDKIIENQGKYYPFLKEINPIKAHRMQAPYKLDELIRFRVPYYVGPMIEPTNSSYPQTRQNQSFAWMVRKAKGRITPWNFDEKVDRQKSANNFIKRLTTKDTYLFGEDVLPANSLLYQKYTVLDELNKISVNGKKLSVSVKQELYEDLFKKNNTVSAKQLKNWLIENQKLPYIKIKGLADQTKFNSSLSTYIKLKKSGLFVDKLDSNEFRDDFEKIIEWSTIFEDKQIYIQKLQTIDWLTAKQIQFLQNIRLQGWGRLSKKLLTAIVDSNGQNIIEQLWNSQQIFMSIVNKADIKGTITDANQDLMHSNSMEDILSEAYTSPANKKMIRQVVKVVHDIQKAASGQAPKQIAIEFARESRRNSKLSQTRGHKLQDIYQKISGDIVNKNLKDKLAEYIKNNQLSVWEKTSFQMNKNDQDFLF
>NZ_CP046311.1|WP_155872514.1|1793569_1795261_+|IS1182-family-transposase
MYKNYITGQTALTLNLDFAIPANHLANVISWFVDSIPEDVLVGKTAKTGRPAYHPAMMLKILLFAYSRRVFSGRKIELMLEENLPMMILADQQKISYHTINNFRSSSHANELIKKSFIYFTNLLEDEGLINEGAAFIDGTKIEADANRYTFVWRKAVEKYHEKLKGQAVELYDELITKEVVKEMEKEKVQTSQGLKELAQETEAEINKLTKEIEQENKAIPGGSPRKAKRRGLKKILHRLRKDYVPRMQKYEEAEEIFAGRNSYSKTDHDATFMHMKEDHMKNGQLKPGYNIQAVTTDQYVVDYAIFPNPTDFKTLEPVLDQMTVLDKFDKIVADAGYSSEYNYSMLEEKYPDKKYFIPYTMYEKEQTKKYKNDPTKLINWYYNEKDDYYIDHHGVRFNFKYYSQRKDRSTGQVRDFKVYEADEFQLTPELEQLAKTASGRQRQVRYNPNWQYLKEKAKEVLQSEEGRHIYGMRKYDVEPVFGHLKNVFGMRRTHLRGKEKVETDIGIAFMMMNLNKYCQRRWLKGRFLLLKILKRTKKRSRFLKKEILIVFIHLEASFFPDT
>NZ_CP046311.1|WP_005728740.1|1791813_1792857_-|hypothetical-protein
MVNLKSLVLILKKENEILKKTKNFDFVAKLLGSKAPNEIRSQQGKVLFEKNKIRLQLNKAYNYKYMLVSRDTTTKNQEMFGMTIYPRAERDIAKSRKLIEKRKGFSTDIYGGYTGTAAAYMAIVRINKTKSSQYKVIAVPMTKRAILNKAEKEGNYEKILKQILSPSILYNDKGKRKAGVISFDIIKGKVPYNQVVQDGNKKFLLKSAIYLCNAKQLVLSEEAMRVITGHWLDSDKQDQELLDVYDEILEKIDRYLPLFDIRDFRNKLHKGREKFLKLNAEDKFKAIIQILKGLHDNSDTGELKDIGITVPFGQLQNNSGITLSSDTILVYQSPTGLFEKRVKISSL
>NZ_CP046311.1|WP_005722367.1|1790701_1791610_-|type-II-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1
MGWRNVIITQHAKLTYSMNMLIVQTKDGINQIPIEDINLVLISTSQAVITSALISKLAKNQCKVIFVDDKYQPVTETVNYYPGARDIKKLKMQFEWNERRKENLWTKIVAAKLKNQISVLKNYRIDETEVEQELYKLEVNDLSNREAAAARKYFMKLFGKDFIRRNSGVINAALDYGYSILLSSFDREIAMNGYLTYLGIHHHSVENQFNLACDLMEPFRSIVDYWVKAHENITSFTPDIKYGLVELLSLQIKFNGRNTILTNAISVYVRSCLRYLSGETDDIRIEMSLCNEVPNDAINDNV
>NZ_CP046311.1|WP_005728741.1|1790418_1790724_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2
MRLMIMFDLPTDTAAERKEYRQFRKALINEGFLMIQFSVYERVCVTRQTANFLEKRIRKFMPSKGVVQSLMVTEKQYSDMHFLVGDAVKDIRNTSDRTVIL
>NZ_CP046311.1|WP_005724793.1|1789987_1790422_-|type-II-A-CRISPR-associated-protein-Csn2
MIVSYLSHKKICLKDGINVICTQSPIAYKDLVLGFQALNDLIVCSDDEYNNKSISKSFDFVGAPLLNDNIMAKYMNVIIKNFISNLDEVNRNRILKSFYSLETVLNDSLLLEDLPLEIDFSEDIKKLLKMVNIHLDAQLMLTRL
>NZ_CP046311.1|WP_101885619.1|1788687_1789866_-|IS256-family-transposase
MNDFTKNIAQALFNPDKINDLLRKELQQAVNNLLEAELTAFLGYDPYARNGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGPIEVQVPRDRNGQFHQHTLPDYKQHSDVLESTIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMLPKVEAYHKRKLSDKFFCVYLDATYLPLRRETFEREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYCIAPSENIEVWTEMLQNMKSRGLKQVELFLSDGVVGMKAALTRTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDREKIMNEFKQVHQQTNKEEATAVLHDFYTKWGKVYSHVIRSLKDIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDAFIGIQAMSYNDRYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP046311.1|WP_005719205.1|1802059_1802938_-|YitT-family-protein
MDQLDKFNRRYNFLSKLSAAFFYSIAVAVALNFFWTPGHMYSSGITGFAQLINTVSERYLPFTLSTSMMYFLLNFPLFILAWFKIGHKFTFFTIVAVVLGSIMMHAIQPWQMHLDPLVCAIFGASINGIGTGMALKNGISTGGLDIIGIVIRQKTGISYGKFNIFINLIIIAAAGYMFGWPRALYSALTIFINGRVIDAVYTQHQKMQVMIVTQHPQHIIDGIQNRMHRGITILHDAEGAYSHIEKTVLITIIDRYDMYDIRQIVQGADPYAFMSVSEVEKVYGRFKEQEIV
>NZ_CP046311.1|WP_005729620.1|1803108_1803756_+|hypothetical-protein
MSSYYELMWRDDELTSYTTDKLNFIYNAIDHPLSVRYRQLYPNRLDWQKAVNRHNAAIQKVKDLLIERKDSHNIREAWFKLDPNARTKANNGFTVEQLANKFPYMAKQLGAFMEIENIEIKYFDGEFKPRYDLDDFSDIFSANYPTSGFKQSGITQEALLKLYPNISAKNLDQILKMADCELEQENGTEVIPYWYAVNAKRMLIDGDSFAATFDD
>NZ_CP046311.1|WP_005719209.1|1803781_1804645_-|homoserine-kinase
MIIKAPASTANLGPGFDSLGMAVSLYLEVEVLSLADRFQVDHVMKGIPHDEKNLIVKTALTVYPGLPPLHLRVKSNIPLAHGLGSSSSAIAAGIELANQIGKLGLSDEEKVQLGAKIEGHPDNIAPTILGGLVVGAEVNHHFDAVEAPLPPYALVAYVPDYNLETKTARAVLPKELAFGVATHGSAVANTLIASLFAQDYPKAGELMEQDVFHEVYREKLVPELVKVREVAHSKHALATYLSGAGSTIMTWIEDKHVAGFLSGLRKHDLKDETLILHPDEHGVQIIQ
>NZ_CP046311.1|WP_005719211.1|1804658_1805894_-|homoserine-dehydrogenase
MAIKIALLGLGTVGSGVLKIIKNNKKKIRQTSGEEIIIEKALVRNPEKHRNLANEVMLTTDFDSILQDPEIKIIVELIGGLHPAKEYITAAINAGKNVVTANKDLMATFGSELINLAASKKCDLMYDASVAGGIPILRTLATSYSSDIISEIQGIINGTTNYILSQMGEKGLSYEEALKNAQELGFAEADPTNDVTGKDAAYKIVILSKFAFGTKISIDDFTIQGINNLKDFDIKQAQKLGYVIKLIGIAKNINGKLFVEVAPCLLPENAIMAHIKNELNALQIKSQSLGTAVFTGPGAGSSATANSVMSDVITEIKNVVKKTTGQPFSNFSHVMQLTSSEDVKYSYYLSFEAEETLFDLSKLLSDLEIPVREIKQVQSRIVVVTENISRQQLQDLAIQDQYLKASYKILQ
>NZ_CP046311.1|WP_005719213.1|1806005_1807496_+|threonine-synthase
MQYRSTRGSKENTLTAPQAIIQGLAQDGGLYVPVAFPQANFKLEDLSKLSYKQIAAMVISLFFDDFTKEQITTAVQSAYSEQWDDRSIVPIEKHDNHFYMELFHGPTLAFKDIALQMLPQLMTRAVQIEKIDKDIIILTATSGDTGTASMRGFANQKGTDVIVFYPEGGVSPVQLKQMLSQRGNNLRAIAIKGNFDDAQTEVKKIFNNDSFKNRLNANGYQFSSANSMNIGRLVPQISYYLYTYGQLVRRQEIKLGDEVNFAVPTGNFGDILAGYYAKKLGLPIKKLICASNENNVLTDFFNNGVYDKRRKFHLTNAPAMDILVSSNLERLLFDLYGENNYEVASLMNQLTQRGHYQVSGEVFTKLQKNFAAGFATEEEVKSEIKRVYNYDRYVIDPHTAVGSFVANQYQKKTGDQTPMVIVSTASPYKFPETVYEAITGGPSMQTGVGAIKELHDELGGQLSIGVRALFDREPKTEKIIEPNDMEKEISSILDLK
>NZ_CP046311.1|WP_005719215.1|1807515_1808883_+|aspartate-kinase
MKVVKFGGSSLASGNSVDKALSIINADPERQVVVVSAPGKRTEDDIKVTDLMITYAYMSLRSNNYQDIATRIFKRYELIAQYFELPEAELEDINQLLLTLPKLSYPNNDYRMATFKAHGERLNAILIAKILNHQGIKARFLEPKDVGLIVTGTSNNAEVNPETYVNLKRIKAAKDEKIIFPGFYGITPSGHIATFSRGGSDITGAILARGLNADLYENFTDVDAIFSANPHIVDQPKPIKRMTYQEMRELSYAGFSVFHDEALIPAIQGEIPVNVKNTNAPEKPGTMIVPEDGFIPKHTITGIAGGKNFAALYLRKYMLNKGAGFTLKLMEILQKHHVSYEHMPSGIDDITIIFKKDVLTDQLIDVICNEIQTSLNPDQMQWIDDYAITMVVGEGMKDKLTLCASLLYPLGKKNISIQMINQGASQISIMIGTRRQDEEVVIKTIYDNFIAQDKI
>NZ_CP046311.1|WP_005727342.1|1809425_1810283_+|IS982-family-transposase
MNCLKLKRFSHHLQVSFKDLVIICRHWYRLYAPAEFTHRRNIDQIKTTDSLILALLIWQAKTGIESQRRFCECFNCLSHSRFNRRSRQLLQLIYQIRQEMNKKVDLNGQFLIIDSFPVPVCQPIRNYRAKIFRGYANIGYKATKKIYFYGFKVHAIVSDDGYILDYVVTKASVHDARETVELIENTHPSNYYLLGDEGYLGKELHQQLKQMGYELWTPYRKNMTGAKKHNDHQLMAIRRTIESDFSLLTYYNAENNRARSLIGFQSRLEIAILAYNLAYCLERFN
>NZ_CP046311.1|WP_155872517.1|1810660_1811839_+|IS256-family-transposase
MNDFTKDFAQALFNPDKINDLLRKELQQAVNNLLEAELTAFLGYDPYARNGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGPIEVQVPRDRNGQFHQHTLPDYKQHSDVLESTIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHKRKLSDKFFCVYLDATYLPLRRETFEREAVYIAIDIKPNGHKEVIDYCIAPSENIEVWTDMLQNMKSRGLKQVELFLSDGVVGMKTALARTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDREKIMNEFKQIHQQTSKKEAAAVLHKFYARWNKAYSNVIKGLKEIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDAFIGIQAMSYNDRYFNRIHKGFGQVQDTLESYFE
>NZ_CP046311.1|WP_005719218.1|1812054_1814370_+|phospholipase
MGLEILNHTDQKLISNADFWQLVDFQRESNKFSEFKGVSFVSNIKFIEQNLIPRFDQITLILGLTDNGSNSIGKRIDQILNKRRDLIEYSYEHQDSPFTKRILDGSLQLFFTKQNLIHTKLYLMENQSKYSAFSGSMNLTDTAVNKNMEQLVWDYGNTSDPLFNCYQQMFQDNLNQATTYINAKKLSGYLEDKNKDDLRIHVMQDSSLEIKNSPNSTGKDIIILPAEEIKKYRDHYSKDDELKKLSENEKLVASQTVTLFGEGGNKRRKLDTIGQDLYSLTQHIIRQDKKAKADTSQIEKEEDLFPVPVQFYNNGQLFQASKIGDNIPSEVITSDLTEGQLKNALQLFCDITHEYNTYKEVGEGWQACDFMLFLYESPWLWKIRNLYELSGSNVSREDVPIATALIGQGRTGKSTLGKRLAAKLIGAHNFLDSGMMDPKNYALGKSNINMTITNTLSDYVYTNGPVSPLMIDDVSPELTTRTYFERFIKEVTNNRNLTHPSPAFIFTMNRQESSIKSQFSLKPEIMRRLWYLSFESTFSGESDQRNAALTSLFSRANDDLFKYCQVELAKFFTNVSVEDAQKIERDFLYPIKHVLKTALDKFDMYNQVSKYFEENYDYSLFVGRNDWGMLINQAKIGSDILFIKQDDRLKAQINKELFNKISDQTAKNSGSTMLDRYFKYLPRKYHIASQQTSTGFIIDVENFDKWLDDDTLMNKYQNSSSFRDKQQRDNQAQLTQTVDMLAKAMLEDREQRRKEEAKKKRSWLGNFFHRN
>NZ_CP046311.1|WP_005719221.1|1814427_1814799_-|nuclear-transport-factor-2-family-protein
MDKEQIIRNYFRAWLSPNLEVVQNTFDENAIYSECYGPVYRNKKEIISWFENWNKQGKVIAWPIERLIINGDTSIAEWHFKCNYQGKISEFDGVSIIEFNDQNKIISVKEYQSKSKHYYPYSK

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP046311_2	2.1|1787894|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1787894-1787923	30	NZ_CP046311.1	1635581-1635610	1	0.967

1. spacer 2.1|1787894|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to position: 1635581-1635610, mismatch: 1, identity: 0.967

agaaaacaggtattccaggcgcgatagtgg	CRISPR spacer
agaaaacaggtattccaggcgcggtagtgg	Protospacer
***********************.******

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP046311_2	2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT	1788015-1788044	30	MT856905	Enterococcus phage vB_EfaM_A2, complete genome	144972-145001	6	0.8
NZ_CP046311_2	2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT	1788015-1788044	30	MW004544	Enterococcus phage EFGrKN, complete genome	144224-144253	6	0.8
NZ_CP046311_2	2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT	1788015-1788044	30	NC_029009	Enterococcus phage EFDG1, complete genome	144333-144362	6	0.8
NZ_CP046311_2	2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT	1788015-1788044	30	MN241318	Enterococcus phage PEf771, complete genome	127689-127718	6	0.8
NZ_CP046311_2	2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT	1788015-1788044	30	MN027503	Enterococcus phage vB_OCPT_Ben, complete genome	6344-6373	6	0.8
NZ_CP046311_2	2.14|1787960|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1787960-1787989	30	NC_013940	Deferribacter desulfuricans SSM1 megaplasmid pDF308, complete sequence	68217-68246	6	0.8
NZ_CP046311_2	2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT	1788015-1788044	30	MH880817	Enterococcus phage EfV12-phi1, complete genome	147967-147996	7	0.767
NZ_CP046311_2	2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR	1788026-1788058	33	MN241318	Enterococcus phage PEf771, complete genome	127689-127721	7	0.788
NZ_CP046311_2	2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR	1788026-1788058	33	MN027503	Enterococcus phage vB_OCPT_Ben, complete genome	6344-6376	7	0.788
NZ_CP046311_2	2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR	1788026-1788058	33	MT856905	Enterococcus phage vB_EfaM_A2, complete genome	144969-145001	7	0.788
NZ_CP046311_2	2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR	1788026-1788058	33	MW004544	Enterococcus phage EFGrKN, complete genome	144221-144253	7	0.788
NZ_CP046311_2	2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR	1788026-1788058	33	NC_029009	Enterococcus phage EFDG1, complete genome	144330-144362	7	0.788
NZ_CP046311_2	2.3|1788081|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788081-1788110	30	MT075871	Klebsiella phage vB_KleS-HSE3, complete genome	26997-27026	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.3|1788081|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788081-1788110	30	MH363700	Vibrio phage VP-1, complete genome	49935-49964	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.3|1788081|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788081-1788110	30	NC_048765	Vibrio phage VAP7, complete genome	73696-73725	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	MH102284	Salmonella phage vB_SenS_PHB07, complete genome	5861-5890	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.6|1788279|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788279-1788308	30	NZ_KP688397	Vibrio parahaemolyticus strain V36 plasmid pVPH1, complete sequence	177468-177497	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT	1788015-1788044	30	AP014119	Uncultured Mediterranean phage uvMED isolate uvMED-GF-C36-MedDCM-OCT-S41-C69, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***	13062-13091	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR	1788026-1788058	33	MH880817	Enterococcus phage EfV12-phi1, complete genome	147964-147996	8	0.758
NZ_CP046311_2	2.16|1788095|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788095-1788124	30	MT075871	Klebsiella phage vB_KleS-HSE3, complete genome	26997-27026	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.16|1788095|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788095-1788124	30	MH363700	Vibrio phage VP-1, complete genome	49935-49964	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.16|1788095|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788095-1788124	30	NC_048765	Vibrio phage VAP7, complete genome	73696-73725	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	MH102284	Salmonella phage vB_SenS_PHB07, complete genome	5861-5890	8	0.733
NZ_CP046311_2	2.19|1788293|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788293-1788322	30	NZ_KP688397	Vibrio parahaemolyticus strain V36 plasmid pVPH1, complete sequence	177468-177497	8	0.733
NZ_CP046311_3	3.3|1801720|39|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1801720-1801758	39	MN855989	Bacteriophage sp. isolate 357, complete genome	3292-3330	8	0.795
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	MN694034	Marine virus AFVG_250M807, complete genome	23905-23934	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	KT264834	Gokushovirus WZ-2015a isolate 86Rcn01, complete genome	3659-3688	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	MH729819	Citrobacter phage Sazh, complete genome	41305-41334	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	NC_047823	Citrobacter phage CF1 DK-2017, complete genome	23055-23084	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	MT478992	Escherichia phage vB_EcoS_011D2, complete genome	9563-9592	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	NC_047898	Salmonella phage YSP2, complete genome	8797-8826	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	KU726251	Enterobacteria phage SEGD1, complete genome	71479-71508	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	KY657202	Salmonella phage GJL01, complete genome	42988-43017	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder	1788147-1788176	30	LR535912	XXX	167568-167597	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	MN694034	Marine virus AFVG_250M807, complete genome	23905-23934	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	KT264834	Gokushovirus WZ-2015a isolate 86Rcn01, complete genome	3659-3688	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	MH729819	Citrobacter phage Sazh, complete genome	41305-41334	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	NC_047823	Citrobacter phage CF1 DK-2017, complete genome	23055-23084	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	MT478992	Escherichia phage vB_EcoS_011D2, complete genome	9563-9592	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	NC_047898	Salmonella phage YSP2, complete genome	8797-8826	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	KU726251	Enterobacteria phage SEGD1, complete genome	71479-71508	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	KY657202	Salmonella phage GJL01, complete genome	42988-43017	9	0.7
NZ_CP046311_2	2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR	1788161-1788190	30	LR535912	XXX	167568-167597	9	0.7

1. spacer 2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT matches to MT856905 (Enterococcus phage vB_EfaM_A2, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

cgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
cccacgttggtaccttcgcaaaagctattg	Protospacer
* .*********** .*********** *.

2. spacer 2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT matches to MW004544 (Enterococcus phage EFGrKN, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

cgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
cccacgttggtaccttcgcaaaagctactg	Protospacer
* .*********** .*********** *.

3. spacer 2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT matches to NC_029009 (Enterococcus phage EFDG1, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

cgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
cccacgttggtaccttcgcaaaagctattg	Protospacer
* .*********** .*********** *.

4. spacer 2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT matches to MN241318 (Enterococcus phage PEf771, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

cgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
cccacgttggtaccttcgcaaaagctattg	Protospacer
* .*********** .*********** *.

5. spacer 2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT matches to MN027503 (Enterococcus phage vB_OCPT_Ben, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

cgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
cccacgttggtaccttcgcaaaagctactg	Protospacer
* .*********** .*********** *.

6. spacer 2.14|1787960|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to NC_013940 (Deferribacter desulfuricans SSM1 megaplasmid pDF308, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.8

tacctcacacctctattatttatttcttta	CRISPR spacer
aaattaacacctctattatttttttctgta	Protospacer
 * .* *************** ***** **

7. spacer 2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT matches to MH880817 (Enterococcus phage EfV12-phi1, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.767

cgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
tccacgttggtaccttcgcaaaagctactg	Protospacer
. .*********** .*********** *.

8. spacer 2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MN241318 (Enterococcus phage PEf771, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.788

aaccgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
aaacccacgttggtaccttcgcaaaagctattg	Protospacer
** * .*********** .*********** *.

9. spacer 2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MN027503 (Enterococcus phage vB_OCPT_Ben, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.788

aaccgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
aaacccacgttggtaccttcgcaaaagctactg	Protospacer
** * .*********** .*********** *.

10. spacer 2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MT856905 (Enterococcus phage vB_EfaM_A2, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.788

aaccgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
aaacccacgttggtaccttcgcaaaagctattg	Protospacer
** * .*********** .*********** *.

11. spacer 2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MW004544 (Enterococcus phage EFGrKN, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.788

aaccgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
aaacccacgttggtaccttcgcaaaagctactg	Protospacer
** * .*********** .*********** *.

12. spacer 2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR matches to NC_029009 (Enterococcus phage EFDG1, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.788

aaccgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
aaacccacgttggtaccttcgcaaaagctattg	Protospacer
** * .*********** .*********** *.

13. spacer 2.3|1788081|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to MT075871 (Klebsiella phage vB_KleS-HSE3, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

gtcttacgcatgtaaacgccgttttcacgg------	CRISPR spacer
gtcttacgcaagtaaacgccg------cagaacgcg	Protospacer
********** **********      *.*      

14. spacer 2.3|1788081|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to MH363700 (Vibrio phage VP-1, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

gtcttacgcatgtaaacgccgttttcacgg	CRISPR spacer
accttacgcatgtaatcgccgttatgaata	Protospacer
..************* ******* * *  .

15. spacer 2.3|1788081|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to NC_048765 (Vibrio phage VAP7, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

gtcttacgcatgtaaacgccgttttcacgg	CRISPR spacer
accttacgcatgtaatcgccgttatgaata	Protospacer
..************* ******* * *  .

16. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to MH102284 (Salmonella phage vB_SenS_PHB07, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
acgcgttaatgttgatgtttctccgcgcgt	Protospacer
 *************** *****  .. ** 

17. spacer 2.6|1788279|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to NZ_KP688397 (Vibrio parahaemolyticus strain V36 plasmid pVPH1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

acgtaagcaccttttgaattggagactact	CRISPR spacer
gcaattgggcctttttaattggagactact	Protospacer
.*.   * .****** **************

18. spacer 2.9|1788015|30|NZ_CP046311|CRT matches to AP014119 (Uncultured Mediterranean phage uvMED isolate uvMED-GF-C36-MedDCM-OCT-S41-C69, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

cgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
tttctgtaggtactgccgcaaaagctaaat	Protospacer
. * .** *****.**************  

19. spacer 2.15|1788026|33|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MH880817 (Enterococcus phage EfV12-phi1, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.758

aaccgtacgttggtaccgccgcaaaagctaata	CRISPR spacer
aaatccacgttggtaccttcgcaaaagctactg	Protospacer
** . .*********** .*********** *.

20. spacer 2.16|1788095|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MT075871 (Klebsiella phage vB_KleS-HSE3, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

gtcttacgcatgtaaacgccgttttcacgg------	CRISPR spacer
gtcttacgcaagtaaacgccg------cagaacgcg	Protospacer
********** **********      *.*      

21. spacer 2.16|1788095|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MH363700 (Vibrio phage VP-1, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

gtcttacgcatgtaaacgccgttttcacgg	CRISPR spacer
accttacgcatgtaatcgccgttatgaata	Protospacer
..************* ******* * *  .

22. spacer 2.16|1788095|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to NC_048765 (Vibrio phage VAP7, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

gtcttacgcatgtaaacgccgttttcacgg	CRISPR spacer
accttacgcatgtaatcgccgttatgaata	Protospacer
..************* ******* * *  .

23. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MH102284 (Salmonella phage vB_SenS_PHB07, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
acgcgttaatgttgatgtttctccgcgcgt	Protospacer
 *************** *****  .. ** 

24. spacer 2.19|1788293|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to NZ_KP688397 (Vibrio parahaemolyticus strain V36 plasmid pVPH1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

acgtaagcaccttttgaattggagactact	CRISPR spacer
gcaattgggcctttttaattggagactact	Protospacer
.*.   * .****** **************

25. spacer 3.3|1801720|39|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to MN855989 (Bacteriophage sp. isolate 357, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.795

ctaactggataccagtcatcaccgttaacagtaggatca	CRISPR spacer
ttaatcggataccagtcatcaccgttaacagtattaatc	Protospacer
.***..***************************  * . 

26. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to MN694034 (Marine virus AFVG_250M807, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
gacagttaatgttgatttgtctaaagctta	Protospacer
    ************** ****** .. *

27. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to KT264834 (Gokushovirus WZ-2015a isolate 86Rcn01, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
tgtaggtaatgttgattattctaaattaat	Protospacer
.   * *********** ********* . 

28. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to MH729819 (Citrobacter phage Sazh, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
acgcgttaatgttgatgtttctccgcgtgt	Protospacer
 *************** *****  .. .* 

29. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to NC_047823 (Citrobacter phage CF1 DK-2017, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
acgcgttaatgttgatgtttctccgcgtgt	Protospacer
 *************** *****  .. .* 

30. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to MT478992 (Escherichia phage vB_EcoS_011D2, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
acgcgttaatgttgatgtttctccgcgtgt	Protospacer
 *************** *****  .. .* 

31. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to NC_047898 (Salmonella phage YSP2, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
acgcgttaatgttgatgtttctccgcgtgt	Protospacer
 *************** *****  .. .* 

32. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to KU726251 (Enterobacteria phage SEGD1, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
cgcaactaatcttgatttttctaaattgat	Protospacer
*   ..**** **************** . 

33. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to KY657202 (Salmonella phage GJL01, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

ccgcgttaatgttgatttttctaaattcga	CRISPR spacer
acgcgttaatgttgatgtttctccgcgtgt	Protospacer
 *************** *****  .. .* 

34. spacer 2.4|1788147|30|NZ_CP046311|CRISPRCasFinder matches to LR535912 (XXX) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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*   ..**** **************** . 

35. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MN694034 (Marine virus AFVG_250M807, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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    ************** ****** .. *

36. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to KT264834 (Gokushovirus WZ-2015a isolate 86Rcn01, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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.   * *********** ********* . 

37. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MH729819 (Citrobacter phage Sazh, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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 *************** *****  .. .* 

38. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to NC_047823 (Citrobacter phage CF1 DK-2017, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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 *************** *****  .. .* 

39. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to MT478992 (Escherichia phage vB_EcoS_011D2, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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 *************** *****  .. .* 

40. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to NC_047898 (Salmonella phage YSP2, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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 *************** *****  .. .* 

41. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to KU726251 (Enterobacteria phage SEGD1, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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*   ..**** **************** . 

42. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to KY657202 (Salmonella phage GJL01, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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 *************** *****  .. .* 

43. spacer 2.17|1788161|30|NZ_CP046311|PILER-CR matches to LR535912 (XXX) position: , mismatch: 9, identity: 0.7

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*   ..**** **************** . 

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	3363 : 55367	45	Streptococcus_phage(25.0%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_2	73401 : 141688	56	unidentified_phage(14.29%)	transposase,tRNA,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_3	154882 : 212556	52	Bacillus_virus(16.67%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	231356 : 278323	44	Streptococcus_phage(30.77%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_5	290254 : 361266	56	Streptococcus_phage(26.67%)	transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_6	377718 : 406461	31	Corynebacterium_phage(50.0%)	transposase,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_7	423340 : 530471	109	unidentified_phage(10.71%)	transposase,holin,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_8	546274 : 605763	53	Planktothrix_phage(12.5%)	transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_9	624742 : 679524	52	Streptococcus_phage(21.43%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_10	759542 : 812876	52	Planktothrix_phage(25.0%)	transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_11	822339 : 893466	60	Enterococcus_phage(12.5%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_12	899485 : 1013161	113	Corynebacterium_phage(12.0%)	transposase,protease,tRNA,integrase	attL 979730:979744|attR 1010196:1010210
DBSCAN-SWA_13	1033900 : 1079083	53	Streptococcus_phage(30.77%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_14	1149442 : 1154280	9	Lactobacillus_phage(37.5%)	integrase	attL 1140318:1140334|attR 1156620:1156636
DBSCAN-SWA_15	1158373 : 1280902	107	Corynebacterium_phage(17.86%)	transposase,protease,tRNA,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_16	1299285 : 1351248	53	Corynebacterium_phage(26.67%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_17	1362560 : 1556138	170	Corynebacterium_phage(21.28%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_18	1575672 : 1628125	47	Corynebacterium_phage(16.67%)	transposase,protease,tRNA,integrase	attL 1619376:1619390|attR 1629479:1629493
DBSCAN-SWA_19	1639405 : 1684008	37	Corynebacterium_phage(25.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_20	1704835 : 1714745	8	Lactobacillus_phage(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_21	1747579 : 1887569	117	Corynebacterium_phage(19.35%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_22	1959362 : 2064615	85	Corynebacterium_phage(35.29%)	transposase,protease,integrase	attL 1959263:1959300|attR 2008380:2008417
DBSCAN-SWA_23	2133809 : 2243735	113	Lactobacillus_phage(28.95%)	terminase,protease,transposase,tRNA,plate,tail	NA
DBSCAN-SWA_24	2249129 : 2259039	14	Lactobacillus_phage(62.5%)	integrase,transposase	attL 2242371:2242386|attR 2258656:2258671
DBSCAN-SWA_25	2277892 : 2349551	71	Lactobacillus_phage(19.05%)	integrase,tRNA,transposase	attL 2276620:2276636|attR 2339009:2339025

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP046311|3363:55367|DBSCAN-SWA
ATTATTTATTCTCCCCTAGATTACGTTCATATCTTTCAGGACGATCATAGTCATCTTTTAACTTGTCATTTTCATAATGATGGGTTGTTTCCATATTAGGAAAACCTTGCTGGCGTAAAGCTTCTAGCAAAACCATTGCTACAGAATTAGACAAGTTATAACACCGAATGTTATCAGACATTGGGATACGTAAATTACGGTCATAGTATTCACGCATAAAAGTTTCTGGCAAACCAGTTGTTTCTTTACCAAAAACAAAGTAATAATTCTTGTTAGGATCAGTATAATCGACTTGTGCATAATTTTTTGATGAGAATTTAGAAATTAAATACATCTCATCATTAGGCCCTAAAGTCTTCAAAAAGGCATTCAAGTCATCATGTCTGCGTACATCGACCTTATCCCAATAATCAAGACCTGCTCGCTTCATTTTTTTATTATCGATTTGAAAACCAAGTGGTTCAATCAAATCAAGGACAGTGTTAGTCCCCGCACAAGTACGAGCAATATTGCCAGTATTAGCTGGCATCAATGGTTCATACAAAACTACATGATTAGTCATTCAAAAAACTCCTTATCAAAAAAAGCGTAGCTTTTAAGCCACGCTTTAAAACTATCTAGTATTTATTCGCTTTCGTCATGATCTGCATCCCCCGTGGTCGAAGAAACAGCATTCTCTTCAAAGAGTTTAGACTCTCTTCGATAATAATTGTACACGCGAGACACAATAATCTTCAAGATCGCATAAATTGGAATACCGAAAACTACACCCCATAAGCCCCAGACGGCACTAGCACCAATCAAGAGTAAAATTGTTGTAATTGGGTGCATTTCCATTTTATTCACCATTACCCATGGGCTAAGAATTCTTGATTCAATTGTTTGTTCAATAGCAAAAACAATTAAGACCTTAATTAACATTGAACCTGAAGTCATAATTGAAATTACAATTACAGGAATCATTGCTAATGGTGTACCAAAGTATGGGATTAAGTTCATAAACCCAGCTAAAATTGCCAAAGCCACGCCATATGGTAAACCAATTAGAATGTAACCCAATGAGAACATCACACCTACCCAAAAGGCAACAGTAATTTGACCACGGACATATGAAGCAACAGCATAGTTAATATCATATAATAATTTGCTAAAACTAGGTTGCCATTTTTCAGGTGCAAACTTGGTAATATATGGCCGCAGTTGATGACCATCTTTTAACATGAAGAATAAAATAAACGGTGCAGTTAACAAAGTCATAGCCACCATTGTAATAATGCTGACGGCAGATGAAATATTGCCGATAGTTGCATTGATGGTACTTTGTCCAGACTTAAATAAGGTCTTCTGCGTATTATCAATCATGCCTTTGATACTGCCTTTAAATGAATGTAAACGCGGATCTTGCAACGCATTTTGTGTTGCATTAACCGCATCATTCCAAATATGAGGCCAGTTCTTTATCAATGAATTAATCTGATTCTGTGCAATTGGAACCAAGATATTAATAATCCAAATTAATGCGACAACTACTAGTAAGAATAAAACTATAATTGTCACCACTCGCGGAATCTTAAATTTTCTTTCACACCAATCAACAACCGGATTCATGATATAGTACTGAATTACCGCTAATAATAATGGCGGTAAAATTGCACTAAAGAAGATCCAGGCAGGATTCAATACAAAAGATACTTTATTAAAGACCCAAATAATTAAAAAGAATAGCAGGACGTTTAATAAAACAATACTAAAACGATTATCTAAGAACCATTTTTTAAAAACAGTTCCACCCCTATGTTGGTTATTTTCCATCTATTCATCCTAATTTTTAAATGTGTTCATAAACAATATCATCATCAACCTTAAAATTAGGTAATGGTTGATCAATATCCGGATCAAAGTAGATCGCATTAGCAAGTGGCGTCTTAGAAACGGGACGGTTAAAGAACAAGGTTGCGTGTCCCAATGCCTTCATGTTGCTCTCTACCATCGGACCAACATAGTTTGCAACATAGGTTTGACCATCAACAGTGATTGTATCGCCTTTTTTAAAAACAAAACCACTAACTGGCGTCTCAGTACTGAATTTTTGAATGACAGAAACGTCTTCCAAATCCTTATTAGCACCCTCGCCAAATAAAATTACCATGCCATCTTTATTATCGACGGCCTTTTTACCAATTTTTTTAATATTTGCAATCCATTTCATAATATAATCTCTCCTTAAAAATAATTTTAGCATAAGAAAAGCTGCTTAAAAACTTAAGCAGCCCAAAATCGGCGATTATTTTTTGCTCAACAGGAAATCGTGTTTTTAAGCGTCTAATCCGCTTTCATGCTATACTTTATTTTAGACTTATTTTTATTTAGAGATGGAGGCCCACACATATGAAGGTTTTAATCGGAGGTTACACCAAAAAAACTTCCAAAGGGATTTATGAATTACCTATTACCAGTGCAGCAAATGATGCCCGTTTAGGCAAAGCTGAGAATATTATTAGCGTTGGTGGTCCAACTTATTTCCGAAAAGATGGTAATTTAATTTTTACTGTTAATAACGCTGGCGATAAAGGTGGAATCAGCGTCTTTCAATTAAGTGATCAAGGCGCAAACGAAGTTGACCACTATTTAACTCCAGGCTCTTCGCCAGCTTATGTAGGAATTAACCGCACCAAAAAGTTGATTTACACTGCTAACTATCATACTGCTGTCTTGTCCGTTTTCCGCTACAACGACAGTGGCAAGCTCGATCTAGTTGATACTGTAACTCACAAAGCTGAAACGTTGGGTCCGCGTCCTGAACAAGTTGACGGTCCTCACCCTCACTTCTTTGATGAAACCCCAGCTGGTAACTTGGTTAGTTGTGATCTAGGCAATGATACCGTTGATTTTTATAGATTAGAAAATGATCAATTAAAACACATTGCTCAATATAAGTGCGAAACTGGCTTTGGTACACGTCATATCGTCTTCAGTAAAGATGGCAATTACTTCTACGTTGTCGGTGAACTTTCTAGTCAAATCAATGTCGTTAAATTTAACGAAGACACTTGGGACTTTGAAAATATTGCTACTTATAAGACAATTCCCGCTGATTTTACTGACCATAACGGAGCTGCTGCCTTATATATTAGTCAAGATGGCAAATATGTTTACACTTCCAACAGGGGACATAATTCAATTGCTGTCTTCAAAGTTAACGACGATCATACTTTGAGCCTGGTTCAACGTGTATCCACTTTTGGTGACTTCCCTCGTGATTTTAATTGGGATAAAGATCAGCGCTACGTCGTTGTCGCTAATCAAAATACAGATAATGCTACTCTTTACACAAGAAACGCTGGTACTGGTAGCCTAACTCCTATTCAAAAAGAAATTTCCGTACCAGAAGGCACTCGCGTTCTTTTCACCAAATAGTAATTAGCATTAGTACCAAAGTCATGGCGCAATAGAACGTCATGGCTTTTTTATTCCTACAACTTAAAGTAAAATAGAAATAAATGAAACAAAATATAAGTCATGTGGTAATAAGTCAAATGAAAGGCGATGATATTTGTTCTTTTTGATCATAAATTTGAGTATATGAAACTAAGCCTTGGTAAAGGTTGATTTTTTTAATGTTAAACTTTTGTTTACTTTTAAATTTAGACCAATTTTTGAAATTAAGACCTCGGTGTCCTGTACAGTTTGTCATCTTTGAGCAATTTAAAGATAACTCGTACTAATTTTCTTGCAGTTAATGTGCAAGCACGTTTATGCGGCGAGTAGACAGCTTCATCATACTTCTTTTGGTAATATTTTTTGAAAACAGGATCATGTAATCTTGCTAGATTGGCAGCTTCAATCAAGTAATATCTTAGATATCTGTTTCCAGTCCTGGCCATTGGAGTATGTTCGTTGCTGTGATCTCCCGATTGATATTGATTCCAGGTTAGGCCGGCATACTTAGCCAGCTGTTCTTCTTTATCAAAGCGATCGATACTTCCGATCTCAGCGATAATACCAGCTGTATAGGTTTTGCCAATACCGGGAATTGATTCCAGAATTTTGCTTTCTGGTAATGCATCAACGATACGATCAATTGCTTTTTCTAGATCTTTAATAGATTCATTAAAGCTTTGAATCATGTTGTAATGAACAGAAAGCACTGCATCAATTGAATCAGTCATTACTTTGCCTAAGCGATATGAACCTCTAACAGCTTTCTTAATTGCTTTAGCCAAGGTATCTGGATCGGAAAAGCGTCCTCTGCCTTTAACCTGTAAGTAAGAAATTAAGTCTTCGGTAGGCATATCCGCGATCTCATCCAGAGTTTTACTATCGGTTACAATAGACATCATTGTAGCACCGAAAAGAGGAGTATTAATCTTATCTTTATCGACAGTGATTAGTTTATTAACCCGATAATATAAAGCTTCAATGAAGTGCTGTTTGGTACGAGTCAGTTCTTGAACTAATTCATATCTGGTACGCGTTAAACGCTCTAAAGCAAGATAGTTGTCTTGTCTGGCAATGCTTACTCGATAATGTCCAAAGCTTAGATACAAAGCAATGTAATAAGCATCGAGAGGATCAGTTTTACTTTCTTCAAAGACTTTATGAAACCTGCTGGTTTCTTTGGGGTTAATTACATCAGTCTCTACATTGAGCTTTTGTAAATCTTCGTCATTTTGGAAAAAGTAAGCAGGATGAAAACTGTAAATAGATGTAGCTTCCATGCCAATAATGATTTGATCATAGTGTTTATTTTGAGCTAGATCTAAAATTTGTTTTTTCAGTTCACTAGCACCATAAAGATCATTGACAAAGCTATCGTTAATTAAGCGTTTGTTTTGATCTTCTGAATCAAGTGCAACGACCTGTAAATCTTTAGAACTAACATCAATACCGACAAATAATTTCATTGGAAATGGCCTCCTTTCTTTCAAATTTCTGATCATAGATTTTGATCTTCACATGTTAACCCCTAATTACAGTTCTTAAGTTCAATCTCGCCAGTA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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005721518.1|5190_5571_-	PTS glucitol/sorbitol transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
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WP_060785160.1|10345_12121_-	oleate hydratase	NA	NA	NA	NA
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WP_005727342.1|18252_19110_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_005721176.1|22034_23273_+|transposase	IS110 family transposase	M1NSC9	Streptococcus_phage	5.0e-84	46.2
WP_005718604.1|23578_25771_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	H6X3M6	Enterobacteria_phage	3.0e-124	40.9
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WP_005722698.1|26261_27833_-	peptide chain release factor 3	A0A2K9L2P9	Tupanvirus	1.7e-12	28.3
WP_005727867.1|27832_28699_-	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005727868.1|28801_29263_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722693.1|29263_29746_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722691.1|29754_30567_-	recombination regulator RecX	NA	NA	NA	NA
WP_035163382.1|30691_32080_+	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	D0R096	Streptococcus_phage	8.7e-61	31.7
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WP_005722686.1|35213_35498_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727873.1|35636_37409_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	7.4e-89	38.1
WP_005727874.1|37328_39692_-	hydroxymethylglutaryl-CoA synthase	NA	NA	NA	NA
WP_005725311.1|39688_40852_-	thiolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727875.1|40969_41872_-	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	1.1e-75	49.2
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WP_005725306.1|42864_43692_-	type I methionyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_005718584.1|43904_44351_+	flavodoxin	NA	NA	NA	NA
WP_005725304.1|44343_44871_+	GtrA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727876.1|44995_46366_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005724265.1|46563_47706_-	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)	A0A0N9R0B2	Chrysochromulina_ericina_virus	1.2e-26	29.9
WP_005724266.1|47811_48000_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_060785119.1|48192_49521_-	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_005718576.1|49517_50753_-	DEAD/DEAH box helicase	A0A1V0SBR7	Catovirus	3.9e-28	28.7
WP_155872453.1|51654_52815_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	1.1e-37	29.7
WP_005725298.1|52948_54250_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_043884464.1|54332_55367_-|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	6.3e-40	33.3

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP046311|73401:141688|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005727876.1|82873_84244_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_060785081.1|97457_97874_-	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_005720831.1|99060_99879_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005720833.1|100750_102082_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_005725270.1|103625_104429_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_005720837.1|105531_107154_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	2.6e-48	25.4
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WP_005725263.1|110375_112136_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	7.3e-89	38.1
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WP_005725260.1|113821_114349_+	bifunctional pyr operon transcriptional regulator/uracil phosphoribosyltransferase PyrR	NA	NA	NA	NA
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WP_005727426.1|116294_117473_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.0e-37	29.1
WP_005728396.1|118348_119206_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005728568.1|119946_120219_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005725256.1|120300_121137_-	aldo/keto reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	1.9e-47	37.5
WP_005720850.1|121300_121771_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005728128.1|121971_123150_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	6.7e-38	29.7
WP_005725254.1|123337_124522_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728570.1|124728_126501_-	oleate hydratase	NA	NA	NA	NA
WP_005725250.1|126606_127119_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005725248.1|127164_128628_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005720949.1|129115_129616_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005725246.1|129618_130968_-	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	F5CA72	Streptococcus_phi-m46.1-like_phage	4.4e-118	48.7
WP_005725245.1|131051_132086_-	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_043884464.1|132346_133381_+|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	6.3e-40	33.3
WP_005725243.1|133803_135177_+	Na+/H+ antiporter NhaC	NA	NA	NA	NA
WP_005725241.1|135261_136296_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005725239.1|136270_136618_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005725237.1|136780_137491_+	Bax inhibitor-1/YccA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005725235.1|137560_138481_-	diacylglycerol kinase family lipid kinase	A0A1V0SBJ0	Catovirus	1.2e-18	26.2
WP_005725233.1|138505_139936_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatB	NA	NA	NA	NA
WP_005725231.1|139940_141380_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatA	NA	NA	NA	NA
WP_005720935.1|141379_141688_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatC	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP046311|154882:212556|DBSCAN-SWA
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MTDKSHDPDNFDWLDSIINEETDKRVKNEGPQKKDQTSDDSDNHWFDSIIDAAVEKRTKENERILHKLKEKENQNK
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MTKTLYLVRHGQTYFNYYHKVQGRCDSPLNERGIRQVEMARDYFKKQGIHFDKAFSSTQERACDTLEIITDHQMPYTRLKDLREKCYGIFEGRDEFLLPWNYNNPNVDPTMEKDEDVVARMHRAVVEILSGLEDGQTALVVGHGDILAKFVRDATENKNFGGFGNASIVKLTVDGKKIHFDSYVWPAEGLK
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MRKNTRIVSMAAAALLAVAPVAASAVPVNAAISLGTVTNTTGTTSTTTATTAKPTDRSYFTYGNQVIDAASTTDKTANVVPTTISIKAKDTVASVTKAINDLGLVFFSTNNASGEKVNLKDSEVAAILKNAGVTLDKDNKNITAVPTSDFNLTLTGTGSTSTQTATVQIPVVVSGSSSTTDTTQNPVINWSLNGQSKGSVNGQIFQVAVGSQFNPTNFVNSNGEPVIISAVQNSNNNTAASLEATSNPVNTSEAGRYYNVTLTATGLTGKKTTATYTVLITSSHKQALYANGASSIATYHIYGINVRPASTTFKDGDTVYVADQTRTLNNVSYSQVSTKSKSDANSSNIWVKTSSLVKPAGDTNTKTLPVMVDSRAYDKNGNYLGHMYYAYNDIEIVPTVVTINGKTYYKVANKDEYVRVTNITGNQRTFKHNAYIYWSSYRRTPGTGKMYRGQTVTTYGGQMRFKNGKKYYRIEGCRNNNKRYIKAVNFY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_005725224.1|154882_156034_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	C1KFS0	Lactobacillus_virus	1.2e-79	42.4
WP_005720922.1|156393_157224_-	ammonia-dependent NAD(+) synthetase	G3MA24	Bacillus_virus	4.9e-67	50.7
WP_005722468.1|157220_158699_-	nicotinate phosphoribosyltransferase	G3MA18	Bacillus_virus	1.4e-109	45.2
WP_005725221.1|158785_159877_-	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728574.1|159887_160619_-	WecB/TagA/CpsF family glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005720918.1|160745_161132_+	glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase	A0A1V0SGE7	Hokovirus	1.9e-18	42.2
WP_005720917.1|161179_161881_-	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005725216.1|161968_163084_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101883408.1|163194_163452_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728577.1|163494_164811_-	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005725212.1|165304_166672_-	NAD(FAD)-dependent dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_005724327.1|166878_167127_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005724328.1|167123_167444_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005720909.1|167594_169070_-	surface layer protein HAP50	NA	NA	NA	NA
WP_005720908.1|169398_170232_-	MurR/RpiR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005720907.1|170384_171068_+	ribose-5-phosphate isomerase A	NA	NA	NA	NA
WP_005720906.1|171054_172044_+	Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_005720905.1|172098_173271_-	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_005720903.1|173343_173685_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720902.1|173684_176372_-	magnesium-translocating P-type ATPase	M1HLC0	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	9.9e-45	25.4
WP_005726627.1|177403_178090_-	glycerophosphoryl diester phosphodiesterase	M1HTS7	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.8e-14	31.5
WP_005720900.1|178136_178796_-	antibiotic biosynthesis monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_005720899.1|178864_179455_-	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720898.1|179461_180037_-	histidine phosphatase family protein	A0A1X9IGJ2	Lactococcus_phage	3.1e-20	35.5
WP_005720897.1|180112_181177_-	SEC10/PgrA surface exclusion domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720889.1|182165_182396_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720890.1|182442_182643_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720891.1|182785_183658_+	serine/threonine protein phosphatase	A8E2N0	Enterococcus_phage	7.0e-16	31.1
WP_005720892.1|183709_183826_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720894.1|184815_185367_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_005720896.1|185734_186406_+	hypothetical protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	1.8e-24	80.6
WP_005727398.1|186515_187373_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|187510_188368_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005720887.1|188523_188919_+	iron-sulfur cluster biosynthesis family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722486.1|188970_189573_-	sugar O-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005720884.1|189713_190121_+	phosphate-starvation-inducible protein PsiE	NA	NA	NA	NA
WP_005724368.1|190495_191254_-	NADPH-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_005722489.1|191305_192556_-	ammonium transporter	H8ZJB2	Ostreococcus_tauri_virus	1.3e-36	32.2
WP_005720881.1|192779_193157_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_060464054.1|193188_195420_-	DEAD/DEAH box helicase	NA	NA	NA	NA
WP_005725205.1|195431_196760_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|197670_198528_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005725199.1|199773_201432_+	phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)	NA	NA	NA	NA
WP_005720874.1|201522_203142_-	ABC transporter ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720873.1|203530_204385_+	Rgg/GadR/MutR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005722491.1|204530_204944_-	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720871.1|205095_205323_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720867.1|206299_207469_-	mannitol-1-phosphate 5-dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_005720866.1|207471_207924_-	PTS sugar transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_005720865.1|207939_209721_-	PTS mannitol transporter subunit IICBA	NA	NA	NA	NA
WP_035458603.1|210674_211949_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A2K9VD29	Lactobacillus_phage	1.7e-23	26.2
WP_005728427.1|211890_212556_-|transposase	IS607 family transposase	Q331V0	Clostridium_botulinum_C_phage	1.3e-57	52.3

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP046311|231356:278323|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005721179.1|232848_233556_+	helix-turn-helix domain-containing protein	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	4.8e-39	40.2
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WP_005727327.1|249517_250120_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_043884380.1|267088_267487_-	DUF3290 family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005723933.1|273147_273399_+	YSIRK-type signal peptide-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723932.1|273398_274112_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005729109.1|274086_275019_+	choice-of-anchor A family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728483.1|275117_276152_+|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	7.5e-41	33.6
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WP_005727398.1|277465_278323_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP046311|290254:361266|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005729103.1|307939_310591_+	cation-translocating P-type ATPase	M1HX51	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	1.5e-93	31.7
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WP_005722427.1|311091_311385_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005721666.1|319137_320508_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005726960.1|320658_321192_-	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	A0A218MMB5	uncultured_virus	6.4e-12	28.4
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WP_005725638.1|326665_327160_+	SIS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005718239.1|335868_336975_-	PTS fructose transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_005718237.1|337019_337343_-	PTS fructose transporter subunit IIB	NA	NA	NA	NA
WP_005723881.1|337339_337798_-	PTS sugar transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_005722622.1|338177_339419_+|transposase	IS110 family transposase	M1NSC9	Streptococcus_phage	3.4e-80	48.5
WP_005725540.1|339669_340953_-	glycoside hydrolase family 125 protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718227.1|341087_342050_-	mannose-6-phosphate isomerase, class I	NA	NA	NA	NA
WP_005727360.1|342376_343291_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.4e-21	31.0
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WP_005723872.1|347678_348665_-	Abi family protein	A0A0S2MYH0	Enterococcus_phage	1.9e-30	28.7
WP_005723870.1|348965_351959_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727393.1|352567_353746_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	4.4e-37	28.8
WP_080543679.1|354357_355587_+|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.4e-78	41.5
WP_005727395.1|355731_356244_-	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_043884411.1|356796_357831_+|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	1.1e-39	33.0
WP_005723850.1|358556_359447_-	glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_133472178.1|359452_360238_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727398.1|360408_361266_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP046311|377718:406461|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005718181.1|383412_384954_-	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	1.7e-44	27.9
WP_005718180.1|384967_385345_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005725467.1|386918_387608_-	DUF554 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005725465.1|389075_390872_+	oligoendopeptidase F	NA	NA	NA	NA
WP_005723825.1|391023_391239_+	AbrB/MazE/SpoVT family DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723824.1|391242_391650_+	type II toxin-antitoxin system death-on-curing family toxin	NA	NA	NA	NA
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WP_005723822.1|392042_392270_-	TIGR04139 family peptide modification target	NA	NA	NA	NA
WP_005725464.1|392434_392731_-|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727422.1|392746_393007_-	thiol reductase thioredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_005727388.1|393194_394373_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
WP_005727342.1|394995_395853_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005723819.1|396127_396403_-|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005723816.1|397763_398402_-	HlyD family efflux transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_155872463.1|399281_400460_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.3e-38	30.1
WP_005718162.1|401936_402761_-	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_005729075.1|402764_403673_-	GHKL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727426.1|403847_405026_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.0e-37	29.1
WP_005728089.1|405603_406461_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP046311|423340:530471|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005720097.1|469513_470311_-	DUF4931 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005726721.1|478027_478390_+	hypothetical protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	1.5e-20	67.1
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Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP046311|546274:605763|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_8

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005719974.1|565883_566180_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719973.1|566198_567335_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005724711.1|568521_570384_+	cadmium-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	3.4e-68	29.2
WP_005721869.1|570618_571788_+	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_005719967.1|571895_572204_+	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_005719965.1|572190_572460_+	Txe/YoeB family addiction module toxin	NA	NA	NA	NA
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WP_005719961.1|574148_575009_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719960.1|575086_575443_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005723664.1|577942_578596_-|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_005723663.1|578687_579791_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719955.1|579805_582145_+	ABC transporter ATP-binding protein/permease	G9BWD6	Planktothrix_phage	4.2e-31	38.5
WP_005723662.1|582251_584990_+	phosphoenolpyruvate carboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_005719951.1|585081_585687_-	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_005728248.1|585992_587087_+	BMP family ABC transporter substrate-binding protein	A0A0A7DN02	Lactobacillus_phage	4.1e-82	46.7
WP_005719949.1|587227_588208_+	BMP family ABC transporter substrate-binding protein	A0A0A7DN02	Lactobacillus_phage	7.7e-72	46.6
WP_005726929.1|588394_589933_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	1.6e-18	32.1
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Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

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MKFTINRNLFIENLNNVMRAISSRATIPILSGIKLDLTEDKLTLTGSDTDISIEIQIPVNDDLNVESTGSIVLPARFFSEIVKKLPGKDFSFEVKESFQTQIISENSEFTINGLDANNYPRLPEIPDAASFTISGKTFREIINETQFATSNDQTRAILTGVRFFFSPDKIKAVATDSHRLSQRTIALENGPQAETDLIIPGKSLQELARIIGEADPEVKVCPGDNQALFVIGNLSFYSRLLDGNYPDTDRLIPTEKTTSVEFDISELSSALERASLLTHAGRNNVVTLTLDIENQSAKLSGKSAEIGNVEEDVSFRNLEGNNLEISFNPDYMRDALRASVTDSVIMSFTKPLRPFIINPDKEDIEFVQLITPVRTY
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MDNIVSQQIPHDRDAERAVLGAIFIDPEAIADASAVVQPEDFYERANQIVFQAMLDLSDRGDAIDTLTLQDELNKRNQLEDIGGIGYVSELAMATPTAAHVTYYAKIVHRKALLRRLISASQKIISNAIDGSDDVTDILDDAESEIMNVSSENSTGGFRTIKEIVNSAINDINNIPDDGNMVTGLPTGFAELDKMTTGFHDDELIIVAARPGVGKTSFALNIAQNVGLHTEKSVAMFSLEMSGEQLVQRMLASEGLINSQHLRTGQLDEEEWRKLVVASGSLAGAQIFIDDTPGIKMSEIRAKSRRLAKEKGNLGLIVIDYLQLIEGPRSESRQQEVSAISRQLKKLAKELHVPVIALSQLSRSVEQRQDKRPVLSDIRESGSIEQDADIVSFLYRDDYYRDEPDDGESSGSQDEVGAEDDNGEVEVIIEKNRSGSRGTVKLMFSKPFNRFSNLDYAHDPNGN
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MNEKMILATLKNRKRNRLFLTFEGIYAIILLFSVLFYFPLFILELKIQFILISTFYLISWGVAKFHKRS
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MTANFSLTFILRIGIGLMIAVDYTVGNALLTEWLPKGEDSKRQSHLLIYWTIGFILSYLAGSFITGFDSYTWQIILATSAVPALVTAIFRSLFPLPASPGWLASKGKIKTANKVIRKHMGRKWRLPARFMKRNKKKTPRNISWAILFSKQYLRRTLVGGIFYACQAFSFFGISIFLPILLQSMNITSGNISGIIYNGGMFIGVLIGTWIFNKVSRRFYLISNFLISGLLIGILAIVPNLNSILKLGIFTLFAIILSAGLILDYPYPTELFDLKVRATGVGTCITISRIGAAAGTFLLPVLTNVGGASLAMLVCAIVLLFAFIVCLIWAPETSPQFMKK
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MLSWIWVLIVGAIIGLIAGFITGKGGSMGFLANLIAGLVGSTLGQAIFGSWGPQMAGMAIVPSILGAVILVLVVSFVLGMLRKTE
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MNKLVQITLKADQEKYNLDGDASITVVDANSYYIGRIITQHHGWITFESVDQGGNLGGIVFIKEDQVAKIEDDTPNLRYYMITQVKDSFNLEQLNKTVLAWDFTNLHDLLINVADTQPFTTFEVNTGATYTGLITQLDQQEVRILERNELTLEHYATVIPLDDIVCVDTNAIDNRLFTQYLRQSQKQEFTNDLDLVEIYFDYTFDDQYGSFAIGKVLKYDDDNLVFESINELGQVESIAVIARSHITHITEDSERLLFFNFLVQWQKNNGSFDPDRLERSVKLRDEIQSPAEIIDNWPEDQIVKISDSIYHYPDRLGLIEDRSDSGFDLKIVTEYGLGDTSVHDYSDLISVDLAGSEMIKMQQFIDNKG

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_080729516.1|626240_627257_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_005724726.1|627526_628636_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720752.1|628769_629909_-	surface layer protein	NA	NA	NA	NA
WP_005724728.1|630016_631168_-	surface layer protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723628.1|631286_632222_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723626.1|632251_632569_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721887.1|632883_633255_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	Q9T1J3	Lactobacillus_phage	6.9e-05	42.2
WP_005723624.1|633232_633658_+	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	Q6SEA2	Lactobacillus_prophage	8.1e-10	35.5
WP_005720758.1|633767_635327_-	ClC family H(+)/Cl(-) exchange transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005721666.1|635573_636944_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005723621.1|637109_638513_-	NADP-dependent phosphogluconate dehydrogenase	A0A0P0C6S9	Ostreococcus_lucimarinus_virus	8.3e-35	28.8
WP_005723620.1|638854_639097_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723618.1|639311_641120_-	pyruvate oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_005724731.1|641488_643387_-|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_005720764.1|643394_644780_-|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis GTPase MnmE	NA	NA	NA	NA
WP_005721891.1|644890_645766_-	membrane protein insertase YidC	NA	NA	NA	NA
WP_005720766.1|645767_646136_-	ribonuclease P protein component	NA	NA	NA	NA
WP_003549412.1|646186_646327_-	50S ribosomal protein L34	NA	NA	NA	NA
WP_060462680.1|646460_647495_-|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	1.5e-41	33.3
WP_005721034.1|647979_649347_+	chromosomal replication initiator protein DnaA	NA	NA	NA	NA
WP_005721892.1|649521_650652_+	DNA polymerase III subunit beta	B4UTW9	Rhizobium_phage	6.5e-22	25.6
WP_155640221.1|650868_651090_+	S4 domain-containing protein YaaA	NA	NA	NA	NA
WP_005724734.1|651098_652226_+	DNA replication/repair protein RecF	NA	NA	NA	NA
WP_005724736.1|652226_654191_+	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit B	G3M9Z3	Bacillus_virus	7.6e-143	45.6
WP_005721040.1|654200_656681_+	DNA gyrase subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	7.9e-113	33.9
WP_005723612.1|656897_657194_+	30S ribosomal protein S6	NA	NA	NA	NA
WP_005721894.1|657243_657762_+	single-stranded DNA-binding protein	W6LM61	Streptococcus_phage	4.6e-39	50.3
WP_003549366.1|657789_658026_+	30S ribosomal protein S18	NA	NA	NA	NA
WP_005721046.1|658189_660211_+	DHH family phosphoesterase	NA	NA	NA	NA
WP_005721048.1|660222_660678_+	50S ribosomal protein L9	NA	NA	NA	NA
WP_005721050.1|660697_662089_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	2.6e-121	51.0
WP_005721051.1|662256_663192_+	phosphate/phosphite/phosphonate ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723610.1|663301_664231_+	DegV family protein	NA	NA	NA	NA
WP_060785096.1|664328_665933_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A1V0SE00	Indivirus	2.2e-15	29.6
WP_005723607.1|666063_666942_+	ROK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723606.1|667089_667281_+	CsbD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721061.1|667331_667589_+	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_060785095.1|667648_668878_-	DUF2974 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721064.1|668975_669677_-	methyltransferase	G3MA03	Bacillus_virus	2.7e-18	42.6
WP_005723591.1|670359_671256_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721068.1|671277_672294_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005720655.1|674267_674477_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727514.1|674840_675677_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005723588.1|675767_676580_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005721915.1|676748_676922_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727426.1|677385_678564_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.0e-37	29.1
WP_155872465.1|678635_679220_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080543284.1|679131_679524_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP046311|759542:812876|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005721708.1|793138_793555_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP046311|822339:893466|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005718431.1|866231_866792_+	aldose 1-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_005724059.1|866897_867998_+	LytR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_005725398.1|876724_877081_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718442.1|877305_878619_+	C1 family peptidase	R4TV59	Phaeocystis_globosa_virus	1.4e-60	32.2
WP_005721672.1|878618_879272_+	HD domain-containing protein	S4W232	Pandoravirus	8.4e-06	27.1
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WP_005721668.1|881248_882877_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721666.1|883135_884506_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005718452.1|884729_885875_+	guanosine monophosphate reductase	A0A1V0SHK8	Klosneuvirus	1.1e-61	33.5
WP_005718454.1|886033_886963_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_005718456.1|886971_888003_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_005718457.1|888018_889077_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.8e-19	32.4
WP_005718459.1|889097_890042_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.7e-21	34.6
WP_005721665.1|890137_891454_-	aminopeptidase	R4TV59	Phaeocystis_globosa_virus	5.2e-63	35.0
WP_005718462.1|891595_892021_-	Hsp20/alpha crystallin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721664.1|892262_892724_+	transcription elongation factor GreA	NA	NA	NA	NA
WP_005721663.1|892803_893466_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP046311|899485:1013161|DBSCAN-SWA
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MQVTFGIDVSKSTSTVCELIGESKNELTITNNRPGFIQLLHELTAFSKHPQIIFEATGVYSRRLQAFLEDYGYEYVVINPLKAKKEMNMGLRYNKTDKTDAYHLALIQRLYRHPVNQSESQTYKQLNALSRFYDQLTSDLVIAKNRLHQALQSTFPEIENLFSSAKGKNYWQIVVRYPHCDLVRREDKKQLINWLMSLKGIAFKHALRTADKLIELAYQAYPVVSCSSIEVEQVQYYAHRLLNLSDQRENLIARMVKLAKSLPNHDLENLESIPGFAQTTAVRVLAELGDLRRFSNPNKINAFIGIDPGRYQSGEMDSNLSITKHGNAVARKLLYRAIGQIDNAAKTNPCHIADYYESKKLSSQTKGFKKIAIASIHKLIRTIYALIINDQLYDYNVATHNQKDFSCN
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MGQKINPNGFRLGVIRDWESKWYADKGYKETLNEDLQIRKFISEKLKDASVSTVEIERAANRINISIHTAKPGMVIGKGGSEVEALRKQLNALTGKQVHINIVEIKKPDLDAKLVADSIARQLEARIAFRRAMRQATQRAMRAGAKGIKVQTSGRLNGADMARREWHTEGRVPLQTLRADIDYAWVNAFTTYGEIGVQVWINRGEILPTRKNKPASKPAKGGNR

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_005718474.1|901461_902229_+	TatD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005718476.1|902215_902782_+	ribonuclease M5	NA	NA	NA	NA
WP_005718477.1|902771_903656_+	16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))- dimethyltransferase RsmA	NA	NA	NA	NA
WP_005718479.1|903717_903975_+	Veg-like protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718481.1|904010_904841_+	pur operon repressor	NA	NA	NA	NA
WP_005718483.1|904887_906273_+	bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU	A0A2K9L277	Tupanvirus	1.3e-27	32.7
WP_005727954.1|906461_907868_+|transposase	ISLre2-like element ISLcr2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005718484.1|908009_908762_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718485.1|908870_910640_+	cell division protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718487.1|910867_911842_+	ribose-phosphate diphosphokinase	A0A1V0SHF7	Hokovirus	6.1e-45	34.7
WP_005718488.1|912003_912924_+	ROK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721656.1|912984_913263_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718490.1|913294_914668_-	HD domain-containing protein	A0A1B1ISR1	uncultured_Mediterranean_phage	8.4e-32	33.5
WP_155872472.1|914763_915942_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.6e-37	28.8
WP_005721655.1|916161_916566_+	DUF1934 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_020993095.1|916612_917131_+	DNA-directed RNA polymerase subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_005718494.1|917247_918867_+	CTP synthase	A0A1J0FA14	Only_Syngen_Nebraska_virus	1.5e-136	47.7
WP_005718495.1|918998_920297_+	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005718496.1|920358_920877_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005718497.1|920873_921365_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721654.1|921419_922844_-	C69 family dipeptidase	NA	NA	NA	NA
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WP_005727236.1|926001_926604_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005718506.1|926826_928377_+	glutamine-hydrolyzing GMP synthase	A0A1V0SH76	Hokovirus	9.5e-24	34.1
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WP_005718509.1|930072_931284_+	LEA family epithelial adhesin	NA	NA	NA	NA
WP_005721650.1|931186_933388_+	LEA family epithelial adhesin	NA	NA	NA	NA
WP_005721649.1|934032_934944_-	prenyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005718512.1|935344_935860_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727505.1|936131_937310_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
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WP_005721084.1|940236_940512_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721085.1|940570_941806_+	serine hydroxymethyltransferase	A0A240F3L3	Aeromonas_phage	5.9e-101	53.7
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WP_005721090.1|946219_946465_+	type B 50S ribosomal protein L31	NA	NA	NA	NA
WP_005725357.1|946590_947958_+	UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_005725356.1|947971_949456_+	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	1.2e-71	39.5
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WP_005721640.1|949899_951030_+	alanine racemase	A0A0P0YM39	Yellowstone_lake_mimivirus	1.0e-27	28.6
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WP_005721100.1|951973_952945_-	L-lactate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_005721102.1|953081_953639_+|tRNA	aminoacyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005721104.1|953640_957135_+	transcription-repair coupling factor	NA	NA	NA	NA
WP_005721105.1|957150_957393_+	RNA-binding S4 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721106.1|957460_957838_+	septum formation initiator family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721108.1|957837_958200_+	S1 RNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721110.1|958238_959492_+|tRNA	tRNA lysidine(34) synthetase TilS	A0A0N7G7K4	Chrysochromulina_ericina_virus	5.3e-17	24.4
WP_005721112.1|959586_961755_+|protease	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH	M4QMW8	Micromonas_pusilla_virus	2.1e-109	48.4
WP_005721113.1|961807_962698_+	Hsp33 family molecular chaperone HslO	NA	NA	NA	NA
WP_005721639.1|962772_963801_+|tRNA	tRNA dihydrouridine synthase DusB	NA	NA	NA	NA
WP_005721117.1|963817_965368_+|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A2K9KZX5	Tupanvirus	1.1e-83	39.6
WP_118992448.1|965433_966678_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	1.4e-57	46.5
WP_021355350.1|967078_968305_+|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.1e-96	48.6
WP_005721185.1|968535_968991_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_043884476.1|969423_970458_+|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	3.3e-41	33.3
WP_005720322.1|971012_971468_+	GAF domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720323.1|971572_974053_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	H6X3M6	Enterobacteria_phage	3.3e-119	37.7
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979730:979744	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_003549037.1|992111_992297_+	type Z 30S ribosomal protein S14	NA	NA	NA	NA
WP_005720347.1|992321_992720_+	30S ribosomal protein S8	NA	NA	NA	NA
WP_005720348.1|992744_993275_+	50S ribosomal protein L6	NA	NA	NA	NA
WP_005720349.1|993301_993658_+	50S ribosomal protein L18	NA	NA	NA	NA
WP_005720350.1|993675_994182_+	30S ribosomal protein S5	NA	NA	NA	NA
WP_005720351.1|994199_994385_+	50S ribosomal protein L30	NA	NA	NA	NA
WP_005720352.1|994408_994849_+	50S ribosomal protein L15	NA	NA	NA	NA
WP_005720354.1|994848_996144_+	preprotein translocase subunit SecY	NA	NA	NA	NA
WP_005720355.1|996154_996811_+	adenylate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_002878178.1|996886_997108_+	translation initiation factor IF-1	NA	NA	NA	NA
WP_005721621.1|997124_997241_+	50S ribosomal protein L36	NA	NA	NA	NA
WP_060464009.1|997261_997612_+	30S ribosomal protein S13	NA	NA	NA	NA
WP_003625817.1|997636_998026_+	30S ribosomal protein S11	NA	NA	NA	NA
WP_005720363.1|998071_999010_+	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_005721620.1|999037_999421_+	50S ribosomal protein L17	NA	NA	NA	NA
WP_013085817.1|999605_1000457_+	energy-coupling factor transporter ATPase	G9BWD6	Planktothrix_phage	3.0e-19	31.6
WP_005720366.1|1000432_1001278_+	energy-coupling factor transporter ATPase	W8CYL7	Bacillus_phage	5.6e-10	27.2
WP_005720367.1|1001281_1002079_+	energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT	NA	NA	NA	NA
WP_005721618.1|1002083_1002872_+|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
WP_005720369.1|1002976_1003420_+	50S ribosomal protein L13	NA	NA	NA	NA
WP_005720370.1|1003431_1003827_+	30S ribosomal protein S9	NA	NA	NA	NA
WP_005727960.1|1003896_1004949_-|integrase	site-specific integrase	A8ATX2	Listeria_phage	9.3e-15	24.1
WP_005727959.1|1005021_1006200_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.9e-38	29.4
WP_060464100.1|1006404_1006593_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_060464099.1|1008018_1008777_-	DeoR/GlpR transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005727954.1|1008975_1010382_-|transposase	ISLre2-like element ISLcr2 family transposase	NA	NA	NA	NA
1010196:1010210	attR	NA	NA	NA	NA
WP_005720378.1|1010655_1011729_+	L-ascorbate 6-phosphate lactonase	NA	NA	NA	NA
WP_005720379.1|1011798_1012257_+	PTS sugar transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|1012303_1013161_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_CP046311|1033900:1079083|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP046311|1033900:1079083|1045976_1046993_+|WP_101886288.1|DBSCAN-SWA
MDKKDKLKEVVDQAIASQHVPHVKLKKMGPTSVDIDKLTKPSKETHQEYWGKGLTYLAIVLIIVLVVSIIGFVGYHGLATFVSDHVNVIHFLTSTDWDPGEGKNHVGAAVMIVTSFLVTLLAALVATPFAIAIALYMTEYSSKKGANFLQSVTELLVGIPSVVYGFLGLTIIVPVIRKLFGGTGFGILAATLVLFVMVLPTITSLTVDSLKAVPSHFRKASMALGSTHWQTIYHVVLRVATPRILTAVIFGMARAFGEALAVQMVIGNAVLMPYNLVSPSATLTSQLTSQMGNTVMGTLPNNALWSLALLLLIMSLVFNFLVKLIGKKGQKETVKSFV
>NZ_CP046311|1033900:1079083|1043103_1043661_+|WP_060464022.1|DBSCAN-SWA
MVETTQKKWYVLHTYSCYEDKVKSDLLSRAQSMGMQDYIFRVMVPEEEKVETVRGKKQEIEEKIFPGYVLVEMVMTDESWFIVRNTPNVTGFVGSHGGGSKPSPLLDEEVTRLLKNQGQPAKKPVVNFDIGESVTITEGAFNGMVGKITDIQPDKYKLYVSVDMFGRATTAELDYDQVKKLDENE
>NZ_CP046311|1033900:1079083|1042665_1042815_+|WP_005720427.1|DBSCAN-SWA
MAVKKAALACSVCGSRNYSITASKNRTQRLELQKFCKHCGKKTLHKETR
>NZ_CP046311|1033900:1079083|1066315_1066888_+|WP_013085858.1|DBSCAN-SWA
MLKKFNQFFHQQLNRIDMSFTPFIANVNGKRLQIMQATDDNIPDLLVLEEQVYSGRTPWNKFSFERELEKRHNCLYLVVYYESMLVAFIGARFTPEETHITNIAVAPAFQNMHIGRYLMQLIIDRARENDSDCVSLEVRVDNEIAQKLYRSLGFEGTFIRKNYYHDTHTDAMNMVLWLKPHQIKRKKFTF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_005726795.1|1033900_1035400_+|tRNA	glutamate--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_005724208.1|1035490_1036924_+|tRNA	cysteine--tRNA ligase	A0A0U2SJ70	Niemeyer_virus	4.8e-46	29.5
WP_005726794.1|1036916_1037360_+	mini-ribonuclease III	NA	NA	NA	NA
WP_005724210.1|1037346_1038102_+	23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB	NA	NA	NA	NA
WP_005724212.1|1038235_1038781_+	DNA-directed RNA polymerase subunit sigma	NA	NA	NA	NA
WP_005720420.1|1038844_1039063_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005725562.1|1039179_1040688_+	gluconokinase	NA	NA	NA	NA
WP_031267115.1|1040734_1042480_-	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_005720427.1|1042665_1042815_+	50S ribosomal protein L33	NA	NA	NA	NA
WP_005720429.1|1042824_1042995_+	preprotein translocase subunit SecE	NA	NA	NA	NA
WP_060464022.1|1043103_1043661_+	transcription termination/antitermination protein NusG	NA	NA	NA	NA
WP_004045505.1|1043791_1044217_+	50S ribosomal protein L11	NA	NA	NA	NA
WP_005720434.1|1044294_1044987_+	50S ribosomal protein L1	NA	NA	NA	NA
WP_005720435.1|1045106_1045973_+	phosphate ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_101886288.1|1045976_1046993_+	phosphate ABC transporter permease subunit PstC	NA	NA	NA	NA
WP_005727505.1|1047031_1048210_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
WP_060785172.1|1048353_1049241_+	phosphate ABC transporter permease PstA	NA	NA	NA	NA
WP_089142853.1|1049246_1050044_+	phosphate ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.6e-11	29.0
WP_005721590.1|1050045_1050801_+	phosphate ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.4e-15	29.6
WP_005720440.1|1050818_1051496_+	phosphate signaling complex protein PhoU	NA	NA	NA	NA
WP_005720443.1|1052271_1052550_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720444.1|1052753_1053266_+	50S ribosomal protein L10	NA	NA	NA	NA
WP_005720445.1|1053318_1053681_+	50S ribosomal protein L7/L12	NA	NA	NA	NA
WP_005724218.1|1053757_1054600_+	potassium channel protein	A0A1B0Y2S3	Lactobacillus_phage	8.5e-19	30.9
WP_155872474.1|1054605_1054965_+	methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|1055044_1055902_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005720449.1|1056325_1056508_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728621.1|1056582_1057083_+	nucleoside deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_005725987.1|1057288_1059094_+	DNA polymerase III subunit gamma/tau	A0A1U9WR94	Streptococcus_virus	8.1e-51	40.1
WP_005720597.1|1059100_1059691_+	DUF1792 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_118992204.1|1059579_1059930_+	DUF1792 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728618.1|1059945_1060281_+	YbaB/EbfC family nucleoid-associated protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728617.1|1060281_1060881_+	recombination protein RecR	NA	NA	NA	NA
WP_005720594.1|1060880_1061120_+	YaaL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728616.1|1061222_1061861_+	dTMP kinase	M1PSC7	Streptococcus_phage	1.1e-53	50.5
WP_005728615.1|1061873_1062194_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728614.1|1062193_1063051_+	DNA polymerase III subunit delta	M1NSC1	Streptococcus_phage	4.2e-21	29.4
WP_005721578.1|1063060_1063411_+	DNA replication initiation control protein YabA	NA	NA	NA	NA
WP_005728613.1|1063410_1064262_+	16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase	M1PLC5	Streptococcus_phage	2.8e-62	47.4
WP_005728612.1|1064264_1064999_+	acyl-ACP thioesterase	NA	NA	NA	NA
WP_005720585.1|1065049_1065568_+	folate family ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_021355804.1|1065597_1066332_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
WP_013085858.1|1066315_1066888_+	ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005728608.1|1066884_1067931_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD	A0A0R6PI74	Moraxella_phage	9.5e-52	35.8
WP_005718146.1|1068110_1069478_-|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	1.3e-40	29.4
WP_155872476.1|1069392_1069623_-|transposase	IS66 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005718145.1|1069687_1070035_-	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_005725995.1|1070287_1070554_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035163704.1|1071857_1073567_-	oxalyl-CoA decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_005727935.1|1073740_1075663_-	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	1.7e-59	30.2
WP_005720571.1|1075837_1076473_+	redox-sensing transcriptional repressor Rex	NA	NA	NA	NA
WP_080543679.1|1076740_1077970_+|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	1.4e-78	41.5
WP_005727342.1|1078225_1079083_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_CP046311|1149442:1154280|DBSCAN-SWA
TTTAAATCTCGTCCAGAATATTTACTATTTGTTTATCGGATTTTTGCTTTAATTCATCTAACATGTAAGCATAAGTATTAGCCGTGATGCTCATATTTGAGTGCCCAAGACGTTTACTTATTGAATATAGGTTAACACCTTTGAATAGCAACATAGCTACATGAGTGTGCCTTAGACTGTGAAAATGAAAATTCTCTTTGCTAATATTAAGCTTTTTTAATTGTTTTCGCAAGACCTTGTTTACAGCACTTGAGGTTGGAATTCTCCCATCAGGGTCAATAAAAAGGCGTTCATGATTGTTGGGTCTTAATTGACTGAGAATATCTAGTAAATACTGATCTACTTTAATAACACGAGTAGAAGAACGGTTTTTAGTTTCTTTATTAATTTCATCAGAGTCATAGTCAATTATTTTGTTATTATCATAATCCCATGATTTAGAAATATGAATAGTATGGTCTTCAAAGTTTAAGTCGTGCCATGTTAGAACTCTGATTTCGCCAGGACGCATGCCAGTGTAGAGGATAGTTAAGAGCATGTATCTGCTGATATATGATGGTTTAATTCCGTCTAAGAGTGAGTTTTTAAGTTGTTGTACCTGATTGAAGTTGAGATAATCAATTTTTCTAGTACGTTCATCATTCCAAGTCAAATTTATTCTTTCAGCAAAATTAGTTCTTATTAAGCCCTCAGCTAAGGCGTCTTTAATACTACTTTTGATGCTTCCATTTGTTTTGTAAACTGTACCTTTAACATGTTCTTTTCCATATTGGTTCATAAACTCTTGGTATTGATACCTGGTAACCTTTGAAAGCTTAGTTTTACCAAAATATTCAGTTAATAGTTTGTAAATTTGTTTGTATCTGTTTTTAGTGCCGTTAGTTGTACCAGGCGTTTTATAAGTTTCATACCAATCCTTGAAATATTCAGCAAAAATAGGGTCTTGATTAGATATTTGATTATCATCTTTTGCAACTTCCATTTCATTAGCCCATTTTCTAGCTGCTGATTTAGTTAAAAACCCTTGTTTAGTTTTAAATTGACGTTTACCTTGAGAGTTATACCAAGATACTTGTGCGCGCCACTTAGTACCTCTTTTTTCAAAATGTGCCATATTCATCACCTCATACACTTACGTTACTTATATATTATTTAAGTGTTACGTATAAATTGCTTATATGTAACTTGATATAAACTCACCCACCTACTTGTTTGAGCAGGTGGGTGTTTTAAATAATTTGAAATTGTTATAAGCATATGTTCACTCTTTAAATTTATATTTATTTAGTTCTTCTTGCACTTGAAAGTAGTCTTGTGTGCCGATGCTTTTAGCAAAGTCTAACCAATTAGCAGTTTGAAAATCGTTACCCAAAGCGAAATATTGTTTGACTCTTTCATGTATTAAAAAAGAATTTGCTCCGTGTTCACTGCAACTACGAGTACAATCATCTGTTTTGTAGTCGCCTTGAACATCTTTGTCGTATATCATATGTCCCAGTTCATGTAGGATTACGTTTTTAGCTTGTTCATCATCATAGCTTGAATTAACTATCATTACGTCAGGCTTGCCATCTTTGCCGTATACAAGTAGTCCTGGGCAATGTAGAGGAGCAAACTCCAATCTTATGTTTGATTCTTTGAGCAATTTTTTTAGTTCAGTGTCCATAATGCACACCTTTTTCTATTTCTCATTATAAATTCTTTTTAAGATGCCTCGAACTAGGTCTTTATCATGATCATCAATAGGTTTACCATCAAAGAATCTAGCATTTTCAATCATTTTGCTTAAGTCCGAGTCATTTACAGAATCAGATGTTTTTCTTCCGAGTAATTCATCAGTGCTTACTTGAAAGTAGTCAGCTAATATGTTTAGTGTATCAGATCCAGGAATTGCTCTACCTGTTTCCCAAGACCCAATGGTTTGTTGAGAAACATGTAAAATTTTACCTAATTCTGCTTGATTTAAATTTTTTTGTTTTCTGAGTGTTTTGATGTTATTTGCTAATATTGCTCTATCATAATCTTTCATTTCCTAGACTCCTTAACTAATAATTTATACTTATATTACTACTAATACTAATAAAATTAGTTAAATACTAATAAAATTAGTCAAAATTTAGTTATCGCCTTGATTTACTAATTAAATTAGTATAATATATAAATGTAGTTAAAGGGAGGTAGCAAATGTTAACTAAACTAAAAATTTTAAGAGTAAAAAAAGGTATGAGTCAATCGGATCTTGCACAAGCTTTAGGTACAACACAAGTGACAGTATCAGCATGGGAAACAGGCAGATCTACTCCAAGACCGCCTATGATGCAGAAAATTGCTGATTATTTTGGAGTTAGCAAAGACGATATTTTTTTTAGTGCTTTTAACTATTTAAAATAGTAAAACACTAAATAAATTGAATCATATAACTAATCAAAATGGTTAAGAGGAAACTGAATGGAAAATGAATTTAAAGGTGTTAGAGCTTTTTTAATGATTCCACCATCAATTTCACGAGATGAGGATTTACTAAAAAAACCTAAATCAATACTTTTAATGGGTGAGATTATCTCAATGCTTAATGTTACTGGAGAGTTTTTCATGAGTAACAGAAAAATAGCAGAGCATTTAAGAGTATCTATTCGCCAAGTGAATAGATATTTAGACTTGCTTGAAAAGAAAAAATTAATTGAGCGTGAAAAAGTTGTTAGTGATAAAAATGGTGCAGTCTTAGGAAGAAAAATTCATGCTGGATCAGCCCTCATGACACATATGTCACTAGGGTGGGGAACTGAGTGTCATGAGGGTAATGACATTGATGACATGCCCCTAGTGTCACCAGCGTCACATAAATATAGCAGTATTAATAGATCATCTAATAGAACAGTTAATAAATCTTCTTCTAGTTCCTCCTTAGAGAATCATGGCAACAGTATCAAAAATCAAAAATCCGAAGAAGATCCAAAAAAAGAAAAAGTCTATAAACAATTGTTTCAAATTGCAAGAATGAACGATCAATGGAAAGGTACGCGTACCATACCGACTCTAGATCAGATAAGACAACTGCGAACGTTGTTGTATCAATGTGATTACACTTCACTTGATGCGATTTTGCAAATCTTTTCAGAAAAGATGCAAGCAGATCAATTATTTGAACCATGGAAATATGTCTTGAAGCTTATGCGAGACAAAATAGCAATGCAACAAAATTATGAAAGCTGGGGATAGCAATGACTCGAAAACAAATAACGCTCCGCATGTCTAATGACCTGTATGAAGGTCTTAGACGATTAGCAGAGCGTAAACAAATTAGCATTAATAATTTAATTGTTAATGTGCTATGGAAACAAATTAAGCATTAATTTTTCCATTTTTCTTTTCAAATTGCTGAACGTGTTTGATGATTAATTGCTCAATTTCTTTATTAGCAGAACGTCCGTTGTATGAAGCTATATATTTAAGCTTTTTCATCAATGCTGGGTCTACTCTCAAACCAAACATAGGTAATTTAGAAGCCAATTTATGCACCTCCAATAGTGTTATCAATTTGATTACATTTTAACATCAAAGAAACATATAAAGTGTCCATTGACAACAAAGTGATAACACTTTAATATAATTTAAAGAGGCGATAACACTATGACAACACCAAAGAAAACGACAGGCGTAAGAGTGCCTATTTATTTGGACGAAGAATTAACCAAGTTAGCTTCTTATCGTGGCATAACGAAAAATAGTTTGATCGTGACCGCATTATGGGAGTACTTAAAGAAAGAAAAAGGCAATAACAATGACTAAGAAAAGAAAGACTAGTGAAGCAAATCATAAATTTAAAGGTGTTTGGATACCTGCTGAGTATTGGCTAGATGAAGATCTAACTATCATGGAGGTTGCCTTGATTACTGAAATTGACAGTCTTGATGGAGAAAATGGATGTTTTGCTAGTAATAAGCTTTTTGCTGATTTCTTGGGAATTACACCAGGACGTGTATCACAATTAGTCAAAAGCTTAAAAGAAAAAGGCTACATCACCACTATGTATTCAACAAAGAATAACGTTACGCAACGAACTATAAGGGTAGTTAGTAAATTAAATACCCCCGTTAAAAAACTAAATAGGGGTATTAAGAATACTAAAGGGGTATTTAATAAATTATCAACTAGTAATATATCTAGTAATACATTTAATAGTAATACAGTTAGTAATTCTTCTTCTGCGAAGAAAGAAGAAGATCCAGAAAGAGAAAAAATCTACAAAGAGTTTTTTACCATTGCAAGGATGAACGATAAGCTAAAAAATCATTCTACCAATCCAACACTTGATGAGCTTAAACAGTTACGGGGGCTGTTATATCAATGCAACGTAGATACTTTGCAAGCAGTTAAGGATAAATTCAAGGAAAGAATGTCATGGGACATGGTAGGCAAACCATATAGCTATTTGTTAAAGATGCTGAGAGATGGCTTAGCAAATGATAGAAATTATGAAAGCTGGGGATAGCAATGCAAGAAGATATGTCTGACACATTAATCAACCTTCCAAGCCTTACGAATCTAATTAAAAGTATTGTAAAAGAATCTGTTAGTGCAGATAAGCAAGACTTAACTGGCAAGACTTGGAATATCGATGAGTTTAGAAAATACTGTTGTCGTGGCAAAGGTGATAACTGGGTAAGAACTTTTATTTTCGATGAATTTCCAGAAGTTGATTATAAAAATGGTGGATTCGTAGTAAACCCCAGAAAAACGCCAGCTGGTAAAACTACAATTATTTTTGCTAAAGAAGCTTGTGAGTGGATGCAAAAACATCAACACGAGATTGACTGGAATGCAAAAATTACCAGCTAA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_CP046311|1149442:1154280|1153222_1153933_+|WP_060785187.1|DBSCAN-SWA
MTKKRKTSEANHKFKGVWIPAEYWLDEDLTIMEVALITEIDSLDGENGCFASNKLFADFLGITPGRVSQLVKSLKEKGYITTMYSTKNNVTQRTIRVVSKLNTPVKKLNRGIKNTKGVFNKLSTSNISSNTFNSNTVSNSSSAKKEEDPEREKIYKEFFTIARMNDKLKNHSTNPTLDELKQLRGLLYQCNVDTLQAVKDKFKERMSWDMVGKPYSYLLKMLRDGLANDRNYESWG
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1152783_1152960_-|WP_005721465.1|DBSCAN-SWA
MHKLASKLPMFGLRVDPALMKKLKYIASYNGRSANKEIEQLIIKHVQQFEKKNGKINA
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1152662_1152794_+|WP_005729368.1|DBSCAN-SWA
MTRKQITLRMSNDLYEGLRRLAERKQISINNLIVNVLWKQIKH
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1150702_1151107_-|WP_155872480.1|DBSCAN-SWA
MDTELKKLLKESNIRLEFAPLHCPGLLVYGKDGKPDVMIVNSSYDDEQAKNVILHELGHMIYDKDVQGDYKTDDCTRSCSEHGANSFLIHERVKQYFALGNDFQTANWLDFAKSIGTQDYFQVQEELNKYKFKE
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1149442_1150555_-|WP_155872478.1|integrase|DBSCAN-SWA
MAHFEKRGTKWRAQVSWYNSQGKRQFKTKQGFLTKSAARKWANEMEVAKDDNQISNQDPIFAEYFKDWYETYKTPGTTNGTKNRYKQIYKLLTEYFGKTKLSKVTRYQYQEFMNQYGKEHVKGTVYKTNGSIKSSIKDALAEGLIRTNFAERINLTWNDERTRKIDYLNFNQVQQLKNSLLDGIKPSYISRYMLLTILYTGMRPGEIRVLTWHDLNFEDHTIHISKSWDYDNNKIIDYDSDEINKETKNRSSTRVIKVDQYLLDILSQLRPNNHERLFIDPDGRIPTSSAVNKVLRKQLKKLNISKENFHFHSLRHTHVAMLLFKGVNLYSISKRLGHSNMSITANTYAYMLDELKQKSDKQIVNILDEI
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1153935_1154280_+|WP_005726376.1|DBSCAN-SWA
MQEDMSDTLINLPSLTNLIKSIVKESVSADKQDLTGKTWNIDEFRKYCCRGKGDNWVRTFIFDEFPEVDYKNGGFVVNPRKTPAGKTTIIFAKEACEWMQKHQHEIDWNAKITS
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1151122_1151470_-|WP_057726492.1|DBSCAN-SWA
MKDYDRAILANNIKTLRKQKNLNQAELGKILHVSQQTIGSWETGRAIPGSDTLNILADYFQVSTDELLGRKTSDSVNDSDLSKMIENARFFDGKPIDDHDKDLVRGILKRIYNEK
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1151625_1151832_+|WP_057726494.1|DBSCAN-SWA
MLTKLKILRVKKGMSQSDLAQALGTTQVTVSAWETGRSTPRPPMMQKIADYFGVSKDDIFFSAFNYLK
>NZ_CP046311|1149442:1154280|1151889_1152660_+|WP_060785186.1|DBSCAN-SWA
MENEFKGVRAFLMIPPSISRDEDLLKKPKSILLMGEIISMLNVTGEFFMSNRKIAEHLRVSIRQVNRYLDLLEKKKLIEREKVVSDKNGAVLGRKIHAGSALMTHMSLGWGTECHEGNDIDDMPLVSPASHKYSSINRSSNRTVNKSSSSSSLENHGNSIKNQKSEEDPKKEKVYKQLFQIARMNDQWKGTRTIPTLDQIRQLRTLLYQCDYTSLDAILQIFSEKMQADQLFEPWKYVLKLMRDKIAMQQNYESWG

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
1140318:1140334	attL	NA	NA	NA	NA
WP_155872478.1|1149442_1150555_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	E9LUK6	Lactobacillus_phage	1.0e-72	41.2
WP_155872480.1|1150702_1151107_-	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	O48433	Lactobacillus_phage	4.8e-20	41.1
WP_057726492.1|1151122_1151470_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A097QQ00	Enterococcus_phage	7.1e-12	37.0
WP_057726494.1|1151625_1151832_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A0A8WJE4	Clostridium_phage	1.3e-05	46.3
WP_060785186.1|1151889_1152660_+	hypothetical protein	X2CYF1	Lactobacillus_phage	6.8e-15	33.2
WP_005729368.1|1152662_1152794_+	toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_005721465.1|1152783_1152960_-	Arc family DNA-binding protein	A0A0A8WG21	Clostridium_phage	2.3e-11	64.8
WP_060785187.1|1153222_1153933_+	helix-turn-helix domain-containing protein	A0A2D1GQ66	Lysinibacillus_phage	6.1e-18	54.0
WP_005726376.1|1153935_1154280_+	DUF771 domain-containing protein	Q37943	Lactococcus_phage	8.5e-26	51.0
1156620:1156636	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NZ_CP046311|1158373:1280902|DBSCAN-SWA
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MSSRIVYQSEKTKLKKSNHRLKLVALVLFLLSAAQLMATVYFNRDNPDSESQRQIRDQQEQITELKQELNDSKNYRVHSDDN
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005728282.1|1279026_1279593_+	histidine phosphatase family protein	A0A1X9IGJ2	Lactococcus_phage	1.4e-20	35.4
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Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

>NZ_CP046311|1299285:1351248|DBSCAN-SWA
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MTALLTVDKLSKTYQATNKKAVKDISFTVDHSDIVAFLGLNGAGKTTTLKMILNLVSPDHGKVYFEGKEMTNSNLLLLKNTGVLLEGSRNMFWSLSPIENFIYWGGQRGLSRKEAEHNGLQLLKKFGLWDKKDTTITSLSRGMQQIVGICCAMIAQPKLLILDEPTLGLDLKSAQIVINILKELSADGVGVLITTHQLGFAQKVAQKILLINQGELVFSDNMKESLVRLNKWTILEFTLSQSLTAKEKEKISTYCNLTKKQADRYQLEVKCQNDLPKVLQLLGELPISQVQTKKRNLEDIFEYYTGEE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_005728267.1|1308566_1308875_+	type II toxin-antitoxin system RelB/DinJ family antitoxin	NA	NA	NA	NA
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WP_005728925.1|1309588_1309777_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005728265.1|1312655_1313483_+	bifunctional DNA-formamidopyrimidine glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	F8WPX6	Bacillus_phage	1.0e-24	30.0
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WP_005728264.1|1314087_1314555_+	transcriptional repressor NrdR	NA	NA	NA	NA
WP_005728263.1|1314557_1315892_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728262.1|1315911_1316820_+	primosomal protein DnaI	S5MU12	Brevibacillus_phage	4.6e-26	28.5
WP_005728261.1|1317106_1319041_+|tRNA	threonine--tRNA ligase	A0A2K9L297	Tupanvirus	1.2e-95	33.4
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WP_005727426.1|1324596_1325775_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.0e-37	29.1
WP_043884502.1|1325911_1326439_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728256.1|1326746_1327178_+	DUF3021 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_043884464.1|1328977_1330012_+|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	6.3e-40	33.3
WP_005728252.1|1330198_1331548_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080729502.1|1332366_1332900_+	translation initiation factor IF-3	A0A2L0UZ54	Agrobacterium_phage	3.6e-15	40.0
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WP_005719897.1|1333166_1333523_+	50S ribosomal protein L20	NA	NA	NA	NA
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WP_020992959.1|1334853_1336005_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	C1KFS0	Lactobacillus_virus	3.1e-80	42.2
WP_005719892.1|1336195_1336720_+	YqeG family HAD IIIA-type phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_005719890.1|1336712_1337822_+	ribosome biogenesis GTPase YqeH	NA	NA	NA	NA
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WP_005719882.1|1339428_1340580_+	nucleotidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005719880.1|1340582_1341146_+	DUF177 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719878.1|1341314_1342031_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	1.5e-24	29.6
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WP_005719874.1|1343758_1344040_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005719871.1|1344986_1346168_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723412.1|1346375_1346864_-|tRNA	aminoacyl-tRNA deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_005723411.1|1346910_1347876_-	membrane protein insertase YidC	NA	NA	NA	NA
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WP_005719866.1|1349166_1349517_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

>NZ_CP046311|1362560:1556138|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005727388.1|1362560_1363739_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
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WP_080549914.1|1371996_1372536_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035163222.1|1372620_1373415_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723385.1|1373594_1374188_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723383.1|1374303_1374903_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719839.1|1374902_1375622_+	cell surface protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719838.1|1375618_1376500_+	heme ABC transporter substrate-binding protein IsdE	NA	NA	NA	NA
WP_005722222.1|1376505_1377432_+	iron ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_005719834.1|1377424_1378198_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A1V0SD74	Indivirus	1.1e-12	29.0
WP_005719832.1|1378242_1378527_-	HU family DNA-binding protein	A7KV42	Bacillus_phage	8.3e-19	53.9
WP_005719829.1|1379274_1379568_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719828.1|1379570_1379819_-	type II toxin-antitoxin system RelB/DinJ family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_005719826.1|1380086_1381010_-	N-acetylglucosamine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005727174.1|1381072_1383712_-	YfhO family protein	NA	NA	NA	NA
WP_060785125.1|1383799_1385908_+	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_003548272.1|1385983_1386133_+	50S ribosomal protein L33	NA	NA	NA	NA
WP_005728452.1|1386187_1386751_+	5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase	NA	NA	NA	NA
WP_005719818.1|1386785_1387472_+|protease	rhomboid family intramembrane serine protease	NA	NA	NA	NA
WP_005719816.1|1387471_1387711_+	YqgQ family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719815.1|1387769_1388171_+	rhodanese-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_035163288.1|1388248_1389169_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-dimethylallyltransferase MiaA	NA	NA	NA	NA
WP_060785124.1|1389161_1390406_+	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_005719812.1|1390541_1391879_+	type I glutamate--ammonia ligase	NA	NA	NA	NA
WP_005719811.1|1392168_1393083_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727009.1|1393227_1394217_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155872503.1|1394388_1394814_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727505.1|1394852_1396031_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
WP_005729025.1|1396216_1396426_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722205.1|1396409_1396601_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722204.1|1396638_1396914_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005725423.1|1398254_1398386_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722199.1|1398922_1400557_+	peptide ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719798.1|1400838_1401678_-	MurR/RpiR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_005719095.1|1469953_1470748_+	Fe-S cluster assembly ATPase SufC	A0A285PWH2	Cedratvirus	4.0e-10	27.3
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WP_005719097.1|1471952_1473191_+	cysteine desulfurase	Q2XUY6	environmental_halophage	1.2e-101	43.9
WP_060785101.1|1473177_1473639_+	SUF system NifU family Fe-S cluster assembly protein	A0A2H4N7M4	Lake_Baikal_phage	1.7e-05	27.9
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WP_005729473.1|1475034_1475358_+	metal-sulfur cluster assembly factor	NA	NA	NA	NA
WP_005719101.1|1475369_1476878_+	divalent metal cation transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_005722846.1|1479776_1480241_-	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase	A0A2H4PQS3	Staphylococcus_phage	2.0e-25	41.7
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WP_005727565.1|1481435_1482032_-	riboflavin synthase	A0A2H4PQS5	Staphylococcus_phage	3.3e-33	39.3
WP_035163922.1|1482024_1483083_-	bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase RibD	A0A1V0SE20	Indivirus	1.5e-41	35.6
WP_005727388.1|1484738_1485917_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
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WP_060785176.1|1488727_1490104_+	branched-chain amino acid transport system II carrier protein	NA	NA	NA	NA
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WP_080729508.1|1497983_1498850_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_005729560.1|1502164_1503760_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A076FI99	Aureococcus_anophage	1.2e-13	21.2
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WP_060785157.1|1509917_1512320_+	HAD-IC family P-type ATPase	M1HBF8	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	5.0e-40	26.3
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WP_005727594.1|1513721_1514576_+	MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722902.1|1514588_1515653_+	methionine ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	9.7e-28	35.2
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WP_005720301.1|1518866_1520243_+	flavocytochrome c	A0A2P0ZL82	Lactobacillus_phage	2.1e-54	32.8
WP_005720302.1|1520439_1521369_+	L-lactate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
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WP_005726913.1|1535387_1537097_-	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2R8FG22	Brazilian_cedratvirus	1.7e-18	28.3
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WP_005720133.1|1548131_1548569_+|tRNA	D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_005727614.1|1548864_1550151_+|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A1V0S921	Catovirus	1.2e-24	26.3
WP_005727615.1|1550156_1552010_+|tRNA	aspartate--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_005727617.1|1552075_1553260_-	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_005727618.1|1553417_1554596_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	1.7e-36	28.8
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WP_043884411.1|1555103_1556138_-|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	1.1e-39	33.0

Sequences of DBSCAN-SWA_18

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_18

>NZ_CP046311|1575672:1628125|DBSCAN-SWA
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MNDFTKDFAQALFNPDKINDLLRKELQQAVNNLLEAELTAFLGYDPYARNGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGPIEVQVPRDRNGQFHQHTLPDYKQHSDILESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHKRKLSDKFFCVYLDATYLPLRRETFEREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYCIAPSENIEVWTDMLQNMKSRGLKQVELFLSDGVVGMKTALARTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDREKIMNEFKQVHQQTNKEEATAVLHDFYTKWGKVYSYVIRSLKDIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDAFIGIQAMSYNDRYFNRIHKCFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP046311|1575672:1628125|1582874_1583465_+|WP_005720170.1|DBSCAN-SWA
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MAYRESFYRYLMTQRDADSADDVAQFANNAQHDLTFPKQEQDYEKLSDYLELNASYLPSMSIFDRAYRMYEDKMMY
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MEKINLKDQIDDYLRYSQVERGLSDNTINAYRQDLEEFQTFVENEGMASWPTEASDVDAFLARQRDLNKATSSISRLISSMRKFYQWLARQNIQKLNPMLEIDLPKKERRLPTALSQAEMNRLLEQPNTKRKLGIRDRAILETLYATGMRVSELINLELQDLHDDLGLVRVLGKGEKERLIPISPVALDWIKKYENEVRDPLILQVGKSDEHIFLNNRGKKITRQAIWQMIKKYCQMAAITKDVTPHTLRHTFATHLLENGADLRVVQEILGHSDISTTQIYTNLSQKQILNVYQKTHPRL
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MPTKAKSKTTKKRKKTLVIVESPAKAKTIEKYLGRNYHVIASKGHIRDLPKSQMGIDFEDDYKPKYISIRGKGDTIKELKSEAKKAKDVYLASDPDREGEAIAWHVAHALNLDEKAKNRVTFNEVTKDAVKESFKHPRTIDMDTVDAQQARRVLDRIVGYSLSPILWAKVKKGLSAGRVQSVALKLVIDREKEIKNFKPKEYWSIDAEFAKGKETFKSAFYGVDGKKKELPNIDSVKDVLAKIDKKKDFVVDKVVARQRRRQPAAPFTTSTMQQEANKRLGYRTRRTMSIAQQLYEGISLGKQGTVGLITYMRTDSKRTSPVAQQEASKFLHENYGAEFAAKSQRHFKNQEDAQDAHEAIRPTSVYRTPESLKSVLTTEQYRLYKLIWSRFLASEMTPAVYDTVRADIVQNGVIFRTTGSKLKFAGFTKVYDNQQEKNVDLPDLEEGDKVKMTKSDNKQHFTLPPARYTEASLVHALEENGVGRPSTYAPTIDTIQRRYYVKLDGRSIVPTELGEIVDGLIESFFPDITDVDYTARLENELDEVEDGKKDWVHVVDEYYQPFKKELNKADSEIEKVQIKDEPAGFNCDICGAPMVIKMGRYGKFYACSRFPDCRNTKPIIKEIGVVCPKCGKGQVVEKKSRRNRKFYGCSRYPECDFVSWDKPIGRNCPNDGHFLVEKHSKKGPVILCPNGDYREDSENEKNN
>NZ_CP046311|1575672:1628125|1613623_1614472_+|WP_005720233.1|DBSCAN-SWA
MKKTEFLLKLKLQKGIGYVKLLTIANQVTDETEIEFEELEQIELTEELMDACYRAFQDDQLDRMVQQIEQQCDVISFFDEAYPEKLRQIYRPPMVLFTRGDISLLQKEIITIVGSRYPTKYSQDVINRLVPNIVQSGQVVASGLAKGVDALAHKAALFNQGKTIAVIGNGLNFSYPMQNFALQEEIVQKGLLISEYLPDTPPRPYRFPERNRILAGLSQSIIVTEAKEKSGSLITANLALQENRDIYAVPGPITNALSAGPNQLIEAGATPIVDFKFNKIKI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_005727624.1|1575672_1576851_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	7.4e-37	28.8
WP_005720158.1|1577109_1578072_+	6-phosphofructokinase	NA	NA	NA	NA
WP_005720160.1|1578105_1579875_+	pyruvate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005720162.1|1580001_1580895_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720164.1|1580881_1581787_+	site-specific tyrosine recombinase XerD	A0A0K2CP59	Brevibacillus_phage	1.7e-36	31.6
WP_005727626.1|1581795_1582158_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720168.1|1582144_1582885_+	segregation and condensation protein A	NA	NA	NA	NA
WP_005720170.1|1582874_1583465_+	SMC-Scp complex subunit ScpB	A0A1B1IVT7	uncultured_Mediterranean_phage	5.1e-18	33.5
WP_005720172.1|1583468_1584185_+	rRNA pseudouridine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_005720173.1|1584402_1585092_+	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_005725874.1|1585193_1585655_+	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005729574.1|1585706_1586378_+	(d)CMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005720179.1|1586450_1587659_+	30S ribosomal protein S1	NA	NA	NA	NA
WP_005720181.1|1587729_1589037_+	ribosome biogenesis GTPase Der	NA	NA	NA	NA
WP_005720183.1|1589196_1589472_+	HU family DNA-binding protein	A0A0H3UZA0	Geobacillus_virus	7.1e-23	64.0
WP_081079901.1|1590840_1592124_-	cardiolipin synthase	NA	NA	NA	NA
WP_005727388.1|1592906_1594085_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
WP_005729577.1|1594151_1594673_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005727631.1|1594712_1595522_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005727632.1|1595560_1596739_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005720194.1|1597361_1598051_+	F420-0--gamma-glutamyl ligase	NA	NA	NA	NA
WP_005722336.1|1598110_1598611_+	kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005720198.1|1598613_1599066_+	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|1599181_1600039_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005722335.1|1600051_1600813_+	nucleoside phosphorylase	F5CA76	Streptococcus_phi-m46.1-like_phage	3.7e-37	47.2
WP_005720202.1|1600844_1601609_+	nucleoside phosphorylase	F5CA76	Streptococcus_phi-m46.1-like_phage	6.7e-39	47.5
WP_005720204.1|1601650_1602466_-	AAC(3) family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005727388.1|1602865_1604044_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8
WP_005720210.1|1605692_1606193_+	lactocepin s-layer protein	NA	NA	NA	NA
WP_005726217.1|1606236_1607121_-	YitT family protein	M1Q1P6	Streptococcus_phage	3.1e-51	38.2
WP_005720213.1|1607209_1608409_+|tRNA	CCA tRNA nucleotidyltransferase	G3MAR3	Bacillus_virus	1.8e-38	41.5
WP_005720215.1|1608445_1609111_-	hemolysin III family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722333.1|1609224_1610076_+	DegV family protein	A0A0N9SI50	Staphylococcus_phage	7.3e-18	40.3
WP_005722332.1|1610078_1610309_+	YozE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005720229.1|1611972_1612812_+	ribosome biogenesis GTPase YlqF	NA	NA	NA	NA
WP_005720231.1|1612808_1613561_+	ribonuclease HII	D2TEQ2	Emiliania_huxleyi_virus	1.3e-23	36.0
WP_005720233.1|1613623_1614472_+	DNA-protecting protein DprA	NA	NA	NA	NA
WP_005720234.1|1614541_1616653_+	type I DNA topoisomerase	E3T4K4	Cafeteria_roenbergensis_virus	4.7e-98	37.1
WP_005720236.1|1616675_1617992_+|tRNA	methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil(54)- C(5))-methyltransferase (FADH(2)-oxidizing) TrmFO	NA	NA	NA	NA
WP_005729587.1|1617991_1618900_+	tyrosine recombinase XerC	A0A1B1IQT7	uncultured_Mediterranean_phage	6.4e-20	36.2
WP_005720240.1|1618908_1619433_+	HslU--HslV peptidase proteolytic subunit	NA	NA	NA	NA
1619376:1619390	attL	NA	NA	NA	NA
WP_005722328.1|1619444_1620842_+|protease	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU	A0A1B2IB03	Erwinia_phage	5.2e-29	26.2
WP_005720244.1|1621001_1621898_+	aldose 1-epimerase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727726.1|1623852_1624890_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0C5AC89	Paenibacillus_phage	1.5e-33	39.6
WP_005721179.1|1624856_1625564_-	helix-turn-helix domain-containing protein	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	4.8e-39	40.2
WP_005728108.1|1625829_1627056_+|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	2.3e-97	49.4
WP_005722326.1|1627309_1628125_-|integrase	integrase	NA	NA	NA	NA
1629479:1629493	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_19

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_19

>NZ_CP046311|1639405:1684008|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_19

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MKNDTVEQITPRSASKSVLPATGRQDSDLSWLGLLLSGLSLSGLWTRKKKTK
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MGRIRNKTKSNPIIGILCEGESEKQYFTMLKQKYRLANIKVKIVAADLSGKSLVEKAVKFGKYNHLDKTYVVFDRDEHSKDELRKCAKLARKNDITIMFSSIDFEIWILMHFESVTRSYTRKELVQKLSRSAYFNQDYSRFKGNSYREYIFDKVQDAVDHANKLYRKKSDWINDDPFTNIQIYLPEIFKRDNF
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MQIFRENKNSLQALVLTGLFAAIIYIGIWVLRIPVPAMVGRPFIHFGNTLTAVAILYLGYRNGMIAGIIGLGGFDLLNGYAATSWLTMLEVVVVASVLTAVYRGMHYQDSKRNIIILGIIAGVTKIFTTYCVSIVEALMVGTSFKVALVGAFVSLPATVINSISTAICTPILYFALRDASRLIIKKVR
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MCIGLPIFLILAFSIMAHASWVTGFDNFFEGLVHSIPNLQSIMHVITFLADTKVDLVWMLLIAVILWLKKQRPLSASIVISLVTADAFGWIVKHIIQRARPTAHLAADDGFSFPSGHTLGMAIIVFWLILILIPALVKNKTAKIWLTVLLAIWLVLVMISRVYLYAHWPSDVCGSVAMGLMWIGLVDAIWDKVTPQTDKNNF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_005727735.1|1639405_1640263_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005728252.1|1640459_1641809_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005719566.1|1641982_1642435_+	Trp operon repressor	NA	NA	NA	NA
WP_126708831.1|1642846_1644025_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	8.8e-38	29.7
WP_005722315.1|1644225_1646739_+	excinuclease ABC subunit UvrA	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	1.9e-138	31.1
WP_005719570.1|1646889_1647879_+	homocysteine S-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005719573.1|1647875_1648103_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_060785166.1|1648134_1648743_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|1648758_1649616_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005729593.1|1649926_1650976_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	6.8e-50	35.2
WP_005719578.1|1651037_1651487_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005719579.1|1651503_1652118_+	sugar O-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_031266958.1|1652263_1653370_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005722309.1|1653435_1654266_+	pyridoxamine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005719583.1|1654268_1654835_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719584.1|1654909_1656115_+	L,D-transpeptidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719585.1|1656560_1657016_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005719587.1|1657029_1658313_+	peptidase T	NA	NA	NA	NA
WP_005727739.1|1658665_1659928_-	replication-associated recombination protein A	A0A127AWE7	Bacillus_phage	7.9e-69	38.4
WP_005727741.1|1660068_1660470_+	Spx/MgsR family RNA polymerase-binding regulatory protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727743.1|1660534_1662469_-	PTS trehalose transporter subunit IIBC	NA	NA	NA	NA
WP_005729597.1|1662663_1663389_+	trehalose operon repressor	NA	NA	NA	NA
WP_005722304.1|1663398_1665066_+	alpha,alpha-phosphotrehalase	NA	NA	NA	NA
WP_005721176.1|1665383_1666622_-|transposase	IS110 family transposase	M1NSC9	Streptococcus_phage	5.0e-84	46.2
WP_005722676.1|1666985_1667423_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719600.1|1667705_1668983_-	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722407.1|1669343_1669709_+	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719603.1|1669812_1671039_+	serine/threonine protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_005719604.1|1671073_1671232_+	LPXTG cell wall anchor domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719605.1|1671376_1673470_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719606.1|1673607_1676826_+	type I restriction-modification system endonuclease	A0A1D8EYF5	Mycobacterium_phage	4.0e-08	22.6
WP_005719607.1|1676920_1678222_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719608.1|1678202_1678784_+	RloB domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005719609.1|1678798_1680250_+	type I restriction-modification system subunit M	A0A220A2U4	Liberibacter_phage	2.5e-26	27.1
WP_005727746.1|1680239_1681682_+	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|1681695_1682553_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005727505.1|1682829_1684008_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	3.3e-37	28.8

Sequences of DBSCAN-SWA_20

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_20

>NZ_CP046311|1704835:1714745|DBSCAN-SWA
ATTGAAAAATATCAACAATAATCAAAACTTAAACTTTACTCAAGTTAAAGATATCTTAGCTCAACAGGCAATTACTATTGCTGCCAAAGAACAATTAAGTTCCGTCCAACCAAGTAGCAATTTACATAAAGTAGAACAACTGCTTAATGAAACAGAAGAAGCCGTGAAGATTTTGAAATTACGGCAGCACATTCCTTTTGCCAGTTCTGAGGATATCGAGCATTTAATTACTAAAGCTGAAAAAGGACTAATCTTAACTCCTGATGATCTAGAAAAAGTAGCAGAATTTTTACGAGTAAATCGCCTACTACAACGCTTTTTAGCCAGACATGAGCAGCTAGCACCATTACTCAATGCATATGTCCAAGACATGACGCTATTGCCAGACATTGAAGATGCTATTTATACTACTATTGAACATGGTCAAGTACGCGATGAGGCAGATCGTGAACTAGCAAAAATGTGCCGCGACTTAAAGAAATCTGTTACTGAACTCAAAACTGCATTAAATCATTTTTTGACTAGTAAACCTAATCAAAAAATGATTAGAGACGCAATGATCGTTGAAAAAGAGGGCTACGCTACCATTCCAATTAAAGCAAACTACAAAAATCAATTGTCAGGGACTATTGTGGCTGTTTCTAATGGTGGACAAACCGTCTACTTTCAACCTGCTAAGGTTGTTCGTCTAAATCAGCAAATAACCAATTTAAAGGCACAAATACGTAATCTAGAACTAGCAATCTTAGGTGCTTTAACTGCAAAAATATACGACGTGAAGGATGATATTAAGCGTAACATTGAACTAATCACTTTACTAGATATGATTTTTGCTAGGGGAAAGTTTGCACAAAAATATAATTGTATTAGGCCTAAAATTAATCGTGAAAATTCTCTTGTTTTACGTGCAGTGCGGCATCCCTTGATCATTAATCCTGTTCCGTTAACCTTAGAATTAACCCAAGAAAATAGTGTTCTAATGATTACAGGACCAAATGCTGGTGGTAAAACCGTCGCGCTTAAAACTACTGGCTTGATGATTTTAATGACCGAACTAGGTCTGTTTTTACCAAGCGATAAACCATGTGATATTCCATTAATGGATGACGTTTTTACTTTAATAGGTGATCACCAGGACCTAGATAATTCTCTGAGTACTTTTTCAGCCGAAATGAAAGATATTGCCATGATTACCAAATATGCTCAATTCCATAGTTTAGTATTATTAGATGAATTAGGGACAGGGACAGATCCAAATGAAGGAAGCGCACTCGCTATTGGTATTCTACAAGAGTTGTATTTACGTGGCTGTTTAATCATGGCCACAACACACTACAGCTCTATTAAGGATTTTGCTAAGCAGCATGATGGTTTTATCACAGCTGCAATGGATTTTGACTTAAAAAATCTGCAACCTACTTATAAGTTAAAGATAGGAAGTATTGGTAATAGTCGAGCACTATGGATCGCCAAAAAATCAGGTATTCCAGAAAATGTTTTGCATCAAGCAGAAGCCATATTAGCGGGCAATAATTTACCTTTATCTTTAAAAAAACGTTTCGTTCACCAGCGGAAAAACAAAAGCAACCTGGTTGTTAAAAAAGAATTTCATAAAGGTGATATTGTATATGCTACCAATTTAAAAGAAGAAGGAATCTTTTATAAATATCTTCCTACCCAAAATGCAGCAAAGATATTTGTGACAAAAGAATTTGTAGAAGTACCACTCAGACGTTTACAATTAAGACGACTAGCTAAAGACTTGTACCCAAAAGGATATAACTTAGATTTACTCTTTGTTAAAGACTGGCAAGATTATAAGTTTAATCGTGATCTAGATCGTGGCTCCAAAAAAGCTTACAAGAAATTGAAACATTAATAAAAAACGAGTTTGGAATTGAATAGCCAAACTCGTTTTTGCATTTAATTTGATTAATCGTGATTTTTTTTTGAGATCTCATTGAGAGCCGCACGCTGTTTTTTCTGATCAACATGAGTATATAGATCGGTGGCTGAAGTGCCTTTTTGACCTAGCTGTTGTGCTACAAGCACTTGATCTTTAGTTACTTCATAGAGCTCAGAAGCAACCGTATGACGTAACTTATGTGGGGTAAGGGGATGACCAAAAGCTGCAGAATACTTATTGATCATTTTTTCAATTGCATTAGTTGTAATTCGCCGCGTTTGACCATGCCATTGAGTTAAAAAGAATGCCACTTGCTTACTATCTGCATGATAGCGTTCATTACGAATACCTTTATATCGCTTGATATAAGGAAGTGTCCATTCTGCAATTGGTACACTATCTTTTTGTCCGCCTTTTCTAGTTACATCTAGTACAGCATCCTTAAGGTTTAAATCACTCAAATCAACGCCAGCACATTCAGACACCCGAATGCCGGTACCTAAGATTAATGCAGCAATTGCCATGTCACGTTCTTTGTTTTGCTTAAAACCAATCTTTGCTTGCTTATTACAATGGTTAATATAGTCCTGATCAATAAAAGTCAAAAATTCAAATTTTAACTTACCAGTGTACATGTGGCTTTCAAGTACATGAGCCCGATAATTAAGTGTTTGCGTATCATTTAAAGAATTAATTTTAAGCATTACATTCCGTTCAAAATATGGCTCACCATGATTATTGTCGGCAGTAATGGTTAAAAACTTAAATAGGGAGCGTAAAGCATTAATTGAGCGATTAATCGTAGTGGGGGAGTTTAGTCGGCCTTGCTTATTACGGGTATGTCCTAAATAATCAATATACAGCATTATGTCATTGCGACGTAAGTTGGCTAATGTATCCGTAGTAACATGAGCATTATCTGAAGCAGAAGAGATATTTTCTTGACGTAGCCAATCGAAGAAGCGTCGAATTTCAGTTAAGTACTGGTAAGTAGTAGTTAATGAATGATTAGTACCAAGATTAAATTGCTTAACAAAATCAGGCAATTTATTTACTTCAATTTGGATCAATTCTAGGTATTTAGCAGTTTCCATATCTACTCCTTTTGCGAACTAATGTTTATATTATATCATACAAATACGTTAATCATAAAAAAATCACCTATTCTCAGGAATAGGTGATAAAAAACAGTCTAATTTAAAATTACTGCGCTCATTCGAACGTGAATATCTATAGTACTAACGTAGAAAAATGATTGCAACTAAATTTAACTTAGATAATCATGTCACTATAACTAGAATACCAGCAACGCTTATAGAAAACTCTTAGCATTCTAATTATAGCAACAGTGATTGCTCGTCAGTAAGTAAGGGCAAATTACATTTAGTAATTCAAACATTACTTACAAACATATGTTGTTTGTATGGTACAACACTTTTCAATCGTTTATTTTATGCTCTTTATTGCTAATGTTCAAGTAAAATATAACATTTTTTATAAAGAATCGAAAAAAGCTTATTTTCCTTGTTTAGTCGTATTTTTTGGCTAAAAATTGTACAATAGATGAAAATACATTATGTGAGATGAGGAAAAAGTATGACAGAAGAAATTAGTGTAAACTTCCAAGCTAAAAACCCTAGTGGTATCAAATTACTGAATCGTCTATATGATGGTCACTTAGTGTTAAACGACATTGGCGTTCGTTTAGATGAACAACTTAATAATGAAGATGAAGAATTGACTGTACCAACTCAAGCAGATGTAGATAACTTGAGTGAGACTTTTGGTAAAACTGTCACAGTTTTCAGTGATATTGCCGATGCATATGGGGATGTAAATAATTTTGCGAAAAACTTTGGTGGTACCACTAAGATTTTTGCTCAAAAGTTAATTACTGAACTAGTAGATTTCAATAATGGTATTGCGGACATTGGAGATTCCGAAGGCGGTTTAGAAAACTACGATAACGATAAGCTTAATGACTGGATTAATCAAGTAATGAGCGACATCGTTGAAACTAATGAAGCATTTAATGCATTAATTGATGATAAATAATAAAAAGTGTCAGTCCTTAAAATGAGGATTGACACTTTTTATAGTTAATTGCTTTTTAAACTGGACATTGGATAAACTGTGTAATCAGCACGGTAAACAAATAGACGATGACCATCAATCACAAATTGAGTTGCATTCTTCATATCACTCTTATGAATTGAGACGTGATTTCCAATAAAGACAGCAATCGGCATTCCTAATTGGCTTCTAATCATTACTACTCTTGAGCTACCATTCCAATCGTTTTTAAAATTCTGATACATTGTATTTAACAGAGGAACAGAACGATTTTGATCGTCGATCTTAACTTTTTTGTTAAATGCATCCTCGTAGTTTTTCAGTCCTTCATAGGCAATCATAGTAGAACCAACGTGAATCATTCGATTATTGCCATAGTCAACATCAATTACGCTAGAATGTTCAGTGCCATTACTACTTTTCTGTGACATCTTTTTATCAGTATGAATATTAACTGACTTAGCTTTGATCTGGTCGATCTTTTGTCCATTAGAATCATACGTTGATACTGTTAAGGGCAATGCCCCAATCTTAGAGCGCATAGATAATTCCCAGTTTTGAAAATCACTACAACCAGTCAGAGAAAGCAATAATACTCCCAGACCTAAGAATAAAGCTAACTTCTTTTTAAATTTCATCCTTATCTTATCCTCGTTTCTATATAATGCCTTAATTTTAACATGGATAAAAAAGGGATGCAGATAAATAAATTGGAAATGATTTGTCAGTTCATTTACGTTTTAGGGATGCATCAAAAAAGCAGCAAATATTTGCTGCTAAAAATAAATTAGAACTTGTCTGCTTTGACGTAAGCATTTTTACCAATTCGATAGTAAGCTTCATTATTGATGTAATGTTTAGGGCCATAAGTCTTGATCGGTGAACCGGATTTTTTAGTAGACCATTTTGTATTAATGGTGCCATCATTTTTATACACTTTAGCATCAGCTTTAAAGACGCGTGAATTGCCTAGTACGTTACTTGCCATCACATACTTGTCTTCACCGACACGAATCATTGA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_20

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005727307.1|1712495_1712756_+	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_21

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_21

>NZ_CP046311|1747579:1887569|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_005722377.1|1762399_1763416_+	type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_005719694.1|1763468_1764260_-	Cof-type HAD-IIB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_005722374.1|1767412_1767976_+	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
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WP_005719707.1|1769952_1770783_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005723095.1|1770782_1771490_-	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	1.3e-15	27.5
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WP_005719731.1|1785913_1786357_-	GatB/YqeY domain-containing protein	A0A292GL36	Xanthomonas_phage	1.9e-14	32.9
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WP_005719759.1|1786921_1787758_+	kinase/pyrophosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_005724791.1|1788376_1788625_-	type II-A CRISPR-associated protein Csn2	NA	NA	NA	NA
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WP_005719284.1|1864457_1865015_-	ribosome recycling factor	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_22

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_22

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_23

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_23

>NZ_CP046311|2133809:2243735|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005722794.1|2134945_2136163_-|tRNA	tRNA 4-thiouridine(8) synthase ThiI	NA	NA	NA	NA
WP_005724543.1|2136162_2137323_-	cysteine desulfurase	NA	NA	NA	NA
WP_005718795.1|2137410_2139123_-	septation ring formation regulator EzrA	NA	NA	NA	NA
WP_005721374.1|2139407_2140019_+	30S ribosomal protein S4	NA	NA	NA	NA
WP_005718792.1|2140110_2140578_+	YueI family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718790.1|2140578_2141886_+	replication-associated recombination protein A	A0A127AWE7	Bacillus_phage	4.3e-102	51.2
WP_005718786.1|2142196_2142478_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718784.1|2142538_2143003_+	universal stress protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721375.1|2143083_2144277_-	rod shape-determining protein RodA	NA	NA	NA	NA
WP_005718781.1|2144298_2144526_-	DUF2969 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721376.1|2144534_2144828_-	membrane protein insertion efficiency factor YidD	A0A2H4PQM5	Staphylococcus_phage	1.4e-16	55.1
WP_005718778.1|2144841_2145831_-	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718777.1|2145914_2146145_-	DUF1146 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005718775.1|2146663_2148103_-	F0F1 ATP synthase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_005718774.1|2148125_2149088_-	F0F1 ATP synthase subunit gamma	NA	NA	NA	NA
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WP_005722786.1|2150624_2151173_-	F0F1 ATP synthase subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_005718771.1|2151172_2151679_-	F0F1 ATP synthase subunit B	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_24

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_24

>NZ_CP046311|2249129:2259039|DBSCAN-SWA
ATTAGCCCTCCAATCCTTGATATTCAATACCGTTGTCCTTTAGGAAACTTTGTAGCTGCTTCATTTGCCATGGAGTACCCTTGACTTCCAACTTAAGTGAGATCACCTTGTCTTTGATCTCACCAGTTTCAGGATCAACGTACTTATCTCCTTGCTTTTTAAGGTTGTTAAGTTCATTCAACTTGGTTTTCTTTTGAGCTTCAGAGACGGCATCTAGGTCTTCCTTGTATTCGGACATTGCATTAAGTACGAATGACAAAGGATTATTATCTAGTGCTTTGATCCAGTGATCAGCGGGCAAACCTAAGCTTTCAGCTTTTTCACTGATGATCTTGATGTTGTCAGCAAGTTGAGCTTGTTCTTGCTGAATCAAAGCAATTTGTTGATCGACTTCAGTTTCAAACTTAGTTTTGCTGTAGGATTTGTTGTCCCAGCTTGATTGATATTTAATTTTTGTAGGATCAATTTCAGCAAATTCACACATCGTCTTAATGTGCTCTAAATTATTTTCGTGTCTTTCGGCTTTTGCCTTATCTTCATATACTTTGATACCAGCACTAATTTTTGCGCTTGAATCGTCAATTTTAGCCACTAACGATTCCACTTTATCGTTAAAATCTTTAACTGGCGCTTCAGCTTTCTTTTTAATTTCAACTTTGCGTGCCTTAATTGCTTTTGTAAGCTTATTTAGCTTTGCGCGGGTAGACTTAGCGTCTTTTAGGTTGTCTTGCGTTACATCATAGTTTTCAAGACTTTCATGTAACTGATCAATTTGATCTTTCATTTGGTTATATCCACTGAAGTCAATTTGTGCAGGTGCAAAGTTGACTGGGAATGCTACAGCCTTTTCATCTAATTTAATTAATTGATTTTCGTTCATGATTAGTACTCCTCCATACCTAAATAACTGGTTAATTTTTGGCAATTATAAGAATCTTCGATAAACTTCAAAAGATCATCACCGTAGTTGCTAAGATCTAAAATAAAATCAAAATGGTTAGGTGAAACATCGTTGTAGTCCATTTCATCTGCTAACTTGTTTAAATCTCCGTTGTAATGATTTAAACGTCCTTTAAGAAATTGAGCTGCAGATTTATAGCCGTTTACGAAGTCGTCAGCAGATTTGCCAATTAAAGCCTCACGGCCTTCAGGCAACTGAACAACTAATGTGTCAGGGTCATTTTCTGCTTGTATTTCAAGCTCTTCTAATTCCTTCTTGCGATTAATTTGTTCTTGTGAGTAAAGCATTGTGGTATAATCTCCTTAGTTACTTTTTGGTTTAAAGATATTTTTCTTTGTCCCTTTAGCTCTGCAAAGCTAAAGGGCTTTTTTTATGCCTAAAAAACTCTTGATGTAGGCTGGAAGTTCAGAAAAGCTCCCGCTAGCAACATGCAAACAATTGCTATTAGCAAGGCAATTTTGTTGGACAGCGCTAAGGAAATGGGCTTGTCTACGAGATACAAAGTATTTAAAAATCTGTTCCATAATTTCATGTTTCCTCCTATTTCTTGTTGTGCTTAATGACTAATGCACCAATTACAATTACTAAAGCCGTTACGATTGATAATGCTGGCAAAACTACGTCTGGATGGTTCTCGCCATACAGTACGGTCTGCTGAACCACTAGAAGTGGTACGAAGATGATTGATAGAAACTCAAGGATCTTCTCGAATGCCATGCAGAAGTAACTCAGTGCGTGATCCAGCTTTGTTTTTCCATACTTTCTTTCAATTTCCTTTTTAGTCATTTTTCTATAAGTAACCTTTCACTCCACGAGTTTTCCAAAATTTATCTAAATCCGACTTTTTCCATCGTGTGATCCCTTCAATTGTCCGAGACGGAATTTTGTACTTTTTACGCCAGCTTCTGAAAGTTGTATCGCTAACTCCAAGGTACTTTGCTGACTCACCAACATTGAGCCACTCACGTGAGGACAGCTCGATTATCTTTTTCACGTCTTTTTTATCTAGATTTGATTTAAGTTCTGGTTTCATCGAGATCACAATGGATCTCACAAACTTAGTTAAATTTTCTTCGTCTAGAAGCTGCATCGTTTATCACCTTCAATCTGCTACAATTAAATCAGCCTTCAATAAGGAAGTGATTTAATATAAAATTTGATGCCGATACTATAACTGCCGTGATTGCTATTGCTGCTATAATTTCTCCCGTCATAGTAACTATCGTTAACAATGTGCATAGTAATAAGTTGAGAGAATTAGAAATTAAAACTAAACATTTTCAAAATTCACAAGATAAAATTTCCACTTTGAATGATTTAGTTACAAATTTCGTTGCAGCTGCTAACGTTCTTAATACATATGAGCAAACGGGTGGCTGGCAATTAAAAGCCAACGCCAGAAATCAATTTGTAAAAAGCGGTTCTAAGTTGCTACCATATCTTTCACCCGATTATCAAAAACTAATGCAAGACTGGTTAAAGCTTTCGCAAATTGATGATAAAAGCGCCTGGTTTTCGATCACCAAACACATTAATAATGAATCTGTTAATCTTTTAAATGATGTAAAAAAGAACGCATACAGTAAGATCAATTAACAAAACGTACAAATAATATGGCCAGCTTAATGCAAAACCTGTTTGCTTTTTGATCACTTTTCGATCAAGCACTATAGCAATAGCACTTATTGTTAAAATCAAAATAAAATATAAATTTTTCATTGCTGACCTTCTTAATAGATCGTGGTATCAGAGCCAAATTCGGCTCCCATCTTTTCAATTTCTTTTTTAGTAATCTCGGCAACTTTTGAAGCTGATATGCTTTGCATGTTGGCTTTTTTTATTTCTTCTCTAACAATCTTTCTGACTTCTTCACGTTGCTCTGGACTAAACTTTTCCATTTAGATCACGCTCCTGTCTCGAATTGATTCGATTCCGTAAATTTCTTCGTAATACTTATCAGTTCTGTATTCCATGAACTTGTCCCACAATTCTAGGCGGTAATACAATCTTCGTGCTCCGTCATGAATAACTGCTTTTTTGTAGGGACTATGTTCACAATCTCTTGTACGTCTCATCAATGTCGACCGGCTGATTTTCAGCTTTGCCATCATTTCTTGCTTGTCAGTAAATCCATGATTTACACCCCTAACTAAGTAATTCACCACGACGCTTCAATTCAGCATCGATCTTGTTGGTTTGCTCTGTTAACTTTTCCCATTCTTCCTTAGTGATATCGAGTGCCATTCTTTGAATAAGCAAGTCGCATAACTTCGACCACAATTCTTTAGTGGACATAGCTGCTAGAATTGTCATTTTTTATTACCTCCTAGACAGATGTCACTCATTCCAAGTTGATCACAGATGCTTGCGATAATTTCACTGTTGAGATCTTGAAGATCTTTGATAGTTGCTGGACGTGTAACACCACCGTTGCCATCGAACTCTTTAACCATTCCAAACTCTGTTTTTGAATTATTAAGTTCATTGAGTGCTTCAAGTTCTTCGCGTATGTTTTTGTAGCAATTCATTTCAATCACCTCCTATGCAATGTCGTCACGTTCAATCAGTGGCAAAATGTCGTTATCTTTTAGAACGTCGTAGATAAGTTTTCTACCTGCTTGCGTCCAATAAGTTGTCGTTCTGCTTCGATCTCTGCCACGATGATCTTGAAAAGTGAATGCCTTACTTGCTACGTAACCTTTACCCATGTATGCCTTGTAAAGGATCCATTGACCGTTGACCTTATGCTGAATACCAACAGATTTCAGAAGCTTGTTAAATGCCATTGCACTGTATCCGTAATCTGCTGCGATTTGAGTAGTTGCTAGTAGATCAGGAGTGCCAAGGATCACATCGAGATAACTGGCCTTTTTGTTACTTTCTTCGAGTTGGATACTCAAGTTTTTGTTTTCTAATTTGAGTTGTTTGATTCGAGCATTTGAAAATTCCAATGCTCTATGCATAACCATTTCTGGGCTGTTCCATTTACGCTCTAGGTCTAGGAAATATTCTCTATAAAGCTTTGACTTTTCTGTTCTTGCCATCATTGCTAATTGCTTAGCCATTTCAATGGTTAATAAATAATCATCTAACTCACGAACAGCGCCGTTGTTAACAACCGTACTTGATGTACACTTGTAAAAATCCTCATTTTCAGTGAATAGTTCTGAATTAGTTTTGAACCATCTGCTAAATCTTCCTTTTAGTCCAAGACCTTTATGTAAGTCTCTTGCACTAACAAGTTGACGATCGTTTTTGACTTGAACTTTCATTAGTTCTTCCATTTTTGCACTCCTTTTCTTCTCAAAACGGGTAACTTTATTTCAAAAAAATATCTGGTGAGATACCTAATGCTTTGGAAAAAGCTACCGCAAAGTCAGCATCAAACTTATATCTTCCATTAAGTCTTCCGCTTAGTGTAGGCTCACTGATTCTCAATTTATCAGCAAGCCAGCTCTGCTTAATGCCATGATCACGCAAGTATTGCTTAGCCAATGCTCTTGCGTTGTCTTTCAAGACACTTGCCATCCGACCATTTCCTTTCTTCTCATTTCGTGTAACTCGATTACAGTTATATATTACTACCCATTTTGAGAAGAGTCAACATTTTTCTTTACTTTTTGACAAGAAATATTTTCAAATAGTAAATAAGAATTTACAATATACTCAGAGAGAGAAGAAAACAAAGAGGTGCAGTTATGAGTGTATTCGGTAATCGACTAAAGACAATGCGAGAAAATGCAGGCTGGACTAAAACATACGTTGCTAACAGACTGTATCTTCCATTAACTACTTATGCAAATTATGAATATGGTAAAAGAGAGCCAGATATAAACACTATTGGCGCTATTTCTACTTTATTTAATACAACAAATGATTACTTAATGGGCAAGACTGACGACCCAGAGCCTAATCCATCCAATTTATCCTCTGATGACTTGGCTGAAATGCTTAACAACGTCCGCAGTTATAACGGCAAGCCATTCGATGAACATGACAAGGAACTTCTCACAACTTTCTTAAAAGGACTATACGCTGA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_24

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Homologous phage analysis in the prophage region

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2258656:2258671	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_25

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_25

>NZ_CP046311|2277892:2349551|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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2276620:2276636	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_060785141.1|2278239_2279010_-	HTH domain-containing protein	X2CYF1	Lactobacillus_phage	2.6e-14	41.6
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WP_060785142.1|2279434_2279788_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	Q9T1J3	Lactobacillus_phage	6.1e-11	39.0
WP_155872580.1|2279803_2280208_+	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	O48433	Lactobacillus_phage	1.7e-20	41.9
WP_060463835.1|2280355_2281468_+|integrase	site-specific integrase	E9LUK6	Lactobacillus_phage	9.7e-79	44.5
WP_005722775.1|2281960_2283145_-	acetate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005727832.1|2283189_2284191_-	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005727833.1|2284385_2284913_-	ComGF family competence protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728527.1|2284866_2285136_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005727835.1|2285132_2285558_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721477.1|2285532_2285874_-	prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718741.1|2285934_2286936_-	type II secretion system protein F	NA	NA	NA	NA
WP_005718739.1|2286904_2287879_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_005718738.1|2288078_2288807_-	YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005727836.1|2288891_2289413_-	VanZ family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722770.1|2289483_2290125_-	NAD(P)H-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722769.1|2290137_2290323_-	type Z 30S ribosomal protein S14	NA	NA	NA	NA
WP_005727838.1|2290604_2291651_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0C5AEA5	Paenibacillus_phage	1.2e-41	43.0
WP_100068034.1|2291611_2292352_-	helix-turn-helix domain-containing protein	A0A0C5AJ29	Paenibacillus_phage	1.5e-35	41.0
WP_005724515.1|2292559_2294185_+	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_005727426.1|2294400_2295579_-|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.0e-37	29.1
WP_005722767.1|2295746_2296496_+	Firmicu-CTERM sorting domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722765.1|2296482_2298012_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722764.1|2298014_2299121_+	GGDEF domain-containing protein	A0A127AWB9	Bacillus_phage	2.9e-06	27.6
WP_005722762.1|2299140_2299728_+	exosortase family protein XrtG	NA	NA	NA	NA
WP_005727840.1|2299740_2301024_+	putative glycosyltransferase, exosortase G system-associated	NA	NA	NA	NA
WP_005722758.1|2301013_2301382_+	6-pyruvoyltetrahydropterin synthase	NA	NA	NA	NA
WP_005722756.1|2301396_2302113_+	EAL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722755.1|2302153_2303101_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005724509.1|2303229_2304705_-	family 1 glycosylhydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005722753.1|2304746_2306768_-	PTS beta-glucoside transporter subunit EIIBCA	NA	NA	NA	NA
WP_005718724.1|2306895_2307729_-	PRD domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005722750.1|2307938_2309084_+	glycerate kinase	W6LM47	Streptococcus_phage	1.7e-41	38.6
WP_005718721.1|2309108_2309564_-	low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_005718719.1|2309563_2310280_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718717.1|2310294_2310735_-	CopY/TcrY family copper transport repressor	NA	NA	NA	NA
WP_005718714.1|2311681_2313034_-	phosphoglucosamine mutase	NA	NA	NA	NA
WP_005718713.1|2313056_2314016_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718712.1|2314012_2314855_-	TIGR00159 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718711.1|2314893_2315967_-	ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718710.1|2315963_2316779_-	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_005721486.1|2316775_2317588_-	ABC transporter permease	Q6GZ02	Mycoplasma_phage	3.6e-14	29.6
WP_005727342.1|2318543_2319401_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005718707.1|2319714_2320611_-	UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_005718706.1|2320706_2321240_+	exonuclease	M1PFD8	Streptococcus_phage	1.7e-20	35.3
WP_005718705.1|2321277_2321757_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE	NA	NA	NA	NA
WP_005718704.1|2321756_2322746_-	phosphate acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005718702.1|2322756_2323455_-	uracil-DNA glycosylase	A0A0Y0A6W9	Macropodid_alphaherpesvirus	7.3e-40	40.1
WP_005718700.1|2323522_2324398_+	Cof-type HAD-IIB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005721490.1|2324417_2324933_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721492.1|2325285_2326335_-|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	3.2e-47	32.9
WP_005718695.1|2326619_2327378_-	triose-phosphate isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_005721494.1|2327402_2328614_-	phosphoglycerate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005718691.1|2328728_2329745_-	type I glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_005721496.1|2329797_2330829_-	central glycolytic genes regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005728534.1|2331243_2332776_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718685.1|2332944_2334378_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_005718683.1|2334444_2335230_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718681.1|2335313_2335751_-	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005721500.1|2335911_2337384_+	multidrug efflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005727342.1|2337789_2338647_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005718668.1|2339164_2339923_-	iron export ABC transporter permease subunit FetB	NA	NA	NA	NA
2339009:2339025	attR	NA	NA	NA	NA
WP_005718667.1|2339919_2340558_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	2.5e-18	33.2
WP_005718665.1|2340666_2342295_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005718663.1|2342489_2343074_+	ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP	A0A223W000	Agrobacterium_phage	1.1e-52	54.4
WP_005722729.1|2343138_2344074_-	DNA-binding protein WhiA	Q7AWZ3	Streptococcus_phage	1.4e-46	34.9
WP_005718658.1|2344066_2345110_-	YvcK family protein	A1IMD5	Streptococcus_phage	2.6e-86	49.2
WP_005718656.1|2345120_2346002_-	RNase adapter RapZ	A0A0R8VB27	Thermobifida_phage	2.4e-08	30.3
WP_005718654.1|2346095_2346638_-	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_005721504.1|2346710_2349551_-	excinuclease ABC subunit UvrA	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	7.0e-307	56.1

2. NZ_CP046312

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	3312 : 12380	8	Streptococcus_phage(16.67%)	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP046312|3312:12380|DBSCAN-SWA
TTTAGTCCCAAGCGCGCTCGCCATCAAGATTCTGTTCTTCGGGGTGTTTGGCCGCATATTCTCTAGCTGCTTGTCGGTTCCACCAAACACCAAATAGGTTTTGCATGGTGCCGTACAGGTAGTTCTCAACATTCTTGATATGCTTCTCGTCGCTTCTTAGAGCATTAAAATAGCGTCTTAATGTTTTGGTCATCATTTTTTTTAAATCAGGATCGTCTAATAGAATCCATACGCCTAAATCCTTATGCTCTTTTTCAACAGCATATTTGGCGTTTAAGATAATGCCAATAAAGCGCCGCATTTGTTGTGGGGTACGGCACCAAAAGCTAAGTAGTTGAACTGCTTCTGGTTCTAAGAAGACCGGCAACCCATTATCTTCGTCAGTTAAGAACTCATCAGCATGTTTTACTAGATCTCGATTTTGGGCTTCAATTTCAGCTGGTGAAAAATTAGTTGTGGAAAAGTCCAACTTTTGAGTATCTATATCGTATCTATTAGTATCTATATTATTTTTATAGTCTTTATATAGATTGCTTTCGATTTTCGAAATTCCGCTCGTAGCAAGGGTTTGAGGGTTGTCGTCAACGAAGTCATGCGGACTTTCGATTTTCGAAATTCCGCTCGTAGCAAGGGATTCAACGAAGTCATGCGGACTTTCGATTTTCGAAATTCCGCTCGTAGTAAGGGATTCCGGCTTTTTTTGCCCATATTCGCCCCTTAAATAGACATCAGTAGCTTTCACATCGAGTTTAGAAAGGTATAGACGATTTGGTTCATTCTTTTTAGTTTTAGGATTAAATCCCATTTGAATTTGTTTTAATAGATTGGCTGTTTGCAATTCTTTTTTGATTTTAACGGCTTTTTCAGTAGCGCAGTTAAATAAATCTTGTAATTCTTTAACGGTAAAAATAAAGTAGACGTGCCCTTGCTCATCAACCCAGTTGTTGCGTAAAGAATACTCGAGCCGGTCTTTCAGTACCATATAAGCCAATTTAGCATCACTGCTTAAATGTTTATATTGCTCGCCATACATTAATACCTTAGGAAACTGGAAAAATAAGGCTCCATATACGTTATCGGCTTCATAGTAATTGAAATTTGTTGATTTTGTCATAATAAAAACTCCCTTTCTTGACTGACACACGCTGTCTCAAAAGAGAGTTGCTAAAACATCTGACTTGCTTTAAAATACAAATCTGATATGCTTTAATAGAATTACAAAGCGGATATTGGTCGTGATCGGCTTTGTAGTTTCACCAGCATGTGTCTATTCTGGGTTGCCCAGTCGGCAACTTTTTTAATTTTTAAGAACTAAAAATGGACTAAGTAGTTATTAGAAGCTACTTAGTCCATTGGTCTTGTCTTCGTTTTAATTAGTTTACCTTTGCTTGCCCTTTAAGGTTTGCTTGCGGTATAATTAGCACGTAAACAAGATTACAATTTGTTCAAGCAATTTTAACTCGGCGGTGAAAATTGCTTGGACTAGGTAGCTGCAAGATAGCTACTTGTCAATACTGCAAAAATCCCAATCCCGAGTGTATTGGGATTTTTTGTTTATGAACAAAGCATATCATTCTGCAAAGGTTAAGTAAATATTTTCATGGATATGATTTATGATTAATCATAAATCATATAAAATTTGCGATTAATCATAAATCATGGTAAAATGTTTATGTAAAGGTAGGTGCTACTATGAATGGGAAAACACTATTAAACTTCAACTTTAAAGGTGGCGTTGGTAAGACCACCTTGACTGTAATGGAAACCTATTTATTGGGTCAAGAGGGGAAAAAAGTACTACTGATAGATTTCGATCCCCAGGGAAATGCAACTGAAATTATGAAGGAGACTTATAAAGCCGATTTAAAGCCGGAACTTTCATTATATGAGGGCCTTCTTGGAGGGAATTTGTCTAAATCTATTGTGTCTGTTACAAACCAAATTGATATGATTCCTACAGATTGGACATTGTCTTTATGGATTGGTGCTGTAGAAAAAGTTAGTCGGGTTAAACGTAATATTCTATTACCACAAATGCTTTCAAAATTAAAACAAAATTACGATTATATTTTTATTGACGTACCACCAACAATAAATGTCTTTACTAATAACGCAATCATGGCTTCAGATTTCATCTCAATTGTCTTACAAACTCAAAAGCAGTCATATACAAGTTCTTTAAAAACAGCTACGCATTTAGGTGAACTACGTGAACAATACAATGGAAGTTTTCAGTTAGTTGGTGTCATATTGTACTTAATGAAGCCACGTGCAAAAGTTGATACTGAAATTTCTGCACAAGCAAAAGACTTTTTTGGCGAAGGGGTCTTTTCAAACTCAATTAGAACTCAAGAACGGGTTAAAACGTTTGCTAATGAAGGAATACGGAATAAAGACCATTGGGATAAAAGAGCAATCCAAATGTACCAAATGGTTCTTAATGAACAACTACTTAGAATTCAACAGTTAGAGGAGTAATTTATCATGGCAGAAGATTTTTTAAACAAAGTTAGTAAAAAGGCATCTGAACAACTTAAAAATCTAAAAAGTCCATACCAATTCGAAACAGAAAGAACTAAAACCGTTCAACTTCGCATGAGCACATATAAAGAAGTTAAACGCATCGCTTTTGAGAATGACAAAAAAATTGTTGATGTCTTAGAAAAAATTATTCGTGAAGGCCTTGCCAAACGTAAATAAGATTGAGCTTAACTTATGTATTACTGATTGTGTGATTTATGATAAAAGATTAATCTTTTATCATAAATCACACAATCAATAAACTTCACTGTACAAGGTATATTTAAAATAAATTTGATTTAAACATACGTGGTAGATCGCAAATTTAGGGGTCTAGAATTTTTGGTGTTGGAAAGTATTTCCATTCCAAAAGTACTAGGCCCTTTTTGATAACAAAAAAAGGCATCTAAGCCTCCCTAGTGCTATGCTTTAAGCGACGAAACTCAAGATAAGCGGGGGTAGGAATAGATGTCTCAACTAGATAATACACTTAAATTACTGGGAGTTACAGACACAAACATTCGGGTGTTCGGTACTCGTGAGGAATTTCATGGTCGGGGCTCGGGTCGCAAAAAGTATTTGGTCATCCAGGCAGAGCTTACCTACACACTCAGGCGCTGTCCCAGCTGTGGATACAATATGTTGCACCCTAACGGACACAAGCTCACTCATGTCCACATTGCAGGATCCATGGACCGGCCCGTAATTCTAGAGCTAAACAAGCAACGCTGGCGTTGTAGTAACTGCCATAGCACTTGTACGGCCACCACTCCAGTGGTATCAACCAACCACGCCATCGGTCACGGACTAGCGACTCATGTGCTGAAGCTAGCCAGTAAATCACTCCCGGCTAAGACTATCGCCAGTCTCACCGGTATTTCGACAAACTCAGTTCAGCGTATTTTGACGTTATTAGCTAATGCGTTATTTTCCAAAGCCAACCATGCCTTTCATTATTTGTTTCTTTAGTTGAAAGTCTTGAATACAAAAGTAGAATCTTCTAAGATAGGGCATAAGCCATATTCATAACTTGTATTCATAATTGAAAGGAAATATATGACAAATACCATTTATGGCTATGCTCGTGTTTCAACTACTCAGCAGGACTATGCAACTCAAGTTGAAGACCTAAAACAGGCAGGAGCGACCAAAATCTTTAAGGATAAATACACAGGCACCACAGCAAATCGACCAGAATTCGATAAATTGATGGCTCAAATTGGTAGTGGTGATACCCTAATTGTCACCAAATTAGATCGACTAGCACGTAATACTCAGGACGCATTGAACATTGTTAAACAATTAAATGCTGAGGGAATCATTCTACGCGTCTTAAATATTGGTACGATTGATAATTCACCAAGTGGCCGTCTAATCTTCACTGTATTCAGTGCATTTGCAGAATTTGAACGTGATCTTATCGTGAACCGAACCCAGGAAGGCAAGGCATGGGCAAAAGCCAATAATCCTAACTTCCATGATGGTATGCCTCGAAAGTACACCTCAGAACAAATTGATTTTGCGTGGAAGCTCCATACTCAAGACCACATGAGCTATTCTGAAATCAGTCGGAAATTAGGTATGTCAAAAGCAACTATCTACCGGCGTTTTAGAGAGTTAAGAGACAAAAAAGCCGCCCCGAAGGACGACTTTTTGCACTAGTGCTTTAATAGCTGGTTTAGTTCGTGAAGGACTAAATGTAATTCATTCAAAAGTGCGATTGTTAGGATTAGTGTTACAACATCTGACATGATACAGCTCCTTTCTAGCCTTTTACAGCAGTGTAGGGGCACAAAAGCATGCCATAACTATTTTATCATGTTATAATGATTAAAGGATTAGTGTTATGCTGTCGACATGAACGAGGCATGCAAAACGTGGGCGGTCGTTTGACCGCTTTTTTTATTTAGCATATTTCTAAAATTTGACCAAAAAAATAAAAAAGCGTTGATCTGTCGCACTTTTTCATCTTGGGAAAACAAGGCATGAGCGAAAGCTAATAATACCAACCTCCATGATGGTATGCTTCGAAAGTACACTCCAGAACAAATTGATTTTGCCTGGAGGTTGCATACAGGAGCTATTCTGAAATCAGCAAGAAATTAGGGATCTCCAAAACACCAATTTATCGACGCTTTAGAGAATTAAAGAATGCAAAATAAAAAAGTCACCGACTATACAACTGCCGATGACTCTGGTCGCGTCTACTAATGATGACTACTTATCAAGTAGATTATTTAGTTCCCGAAGAACTAAATGGAGCTCATGTAGCAGAACGCAAATTAGGAAAATTGTCATGTCGTCCAACGTCTCTCACCTCCTATAGGGTGGTTGATTGAGCCAACCCTAGAATGTGCATGAATGACATGCATTTTTATTTTAGCATGTTATAATACATGTAGGAAAATTGTCGCGTCCAATGATCATGGATGCATGCGCAGCAAGACGATAACTTGCGAACGCGCGGTGGCTCTGCATAATAGCAGGGCTTTTTTGTTTTGAAAATCATTATTCAAAGCTAATTTCTGACTTAATGCTATTTTGTCTACTCCTTTTTTTAATTATTTATTGGTCATCTCCATCACGATCATCGGAATATTCAAAATTTGTTTCCGCATTATCACCTTGCTGATCCTGATCCTGATCGTTATCGGTATTAATTCTATTTGAAATTTCAGCGCTATCAGCAGAAGAACTCTTCAAGCAGTATATCTCTTCATAGCCTAACTGTTGCACTTAATTTGACAATTCAGGGAGATTTTTTTGTCAAAAAAGCAAAAAACAACACCTACATTATTTTTGGAAGATAAAATAAATTTGAAAATAATTTTGTATTATCAAAACGGCTTAGCCACAATATATTGATTATAAATAGCCAAAAATCCACATGTTGTATTATTGAGCAGAAGATGCTATATTATGTTCACACAAATATTAGATAAAACAATAAATAATGATAGGAGCAAATACAAATATGAGTTATTATGATCATTCACAGTCACCAGTTGAATTTGCTTACAATAACAACGGCAAAAATATGCGAGCTATTAACTGGAATGACATTAAAGATGATAAGGATCTTGAGGTTTGGAACAGAGTTACTCAAAACTTTTGGTTACCTGAAAAAATCCCAGTTTCGAATGATATAAGTTCTTGGAATCAATTATCTGATGACTGGCAACAGCTTATAACTCGCACTTTCACTGGATTGACTTTATTAGATACAACTCAATCAAGTGTGGGTGATGTAGCCCAAATTAAAAATTCACAAACTGATATAGAGCAAGCTATCTATGCAAATTTTGCTTTTATGGTTGCTGTCCATGCAAGATCATATGGAACTATTTTTTCTACTTTATGTACTAGTGAACAAATTGAAGAAGCGCATGAATGGGTAGTTAATAATGATGCTTTACAAGCAAGAGCTAAAGCGGTAATTCCGTATTATACAGGCAATGATCCGCTTAAATCAAAGGTTGCCGCAGCAATTATGCCAGGGTTCCTGCTTTATGGTGGTTTTTATTTACCATTTTATTTAGCTGCAAGAGGTAAATTGCCTAATACTGCTGATATTATTAGATTGATCTTAAGAGATAAGGTTATTCACAATTATTATAGTGGTTACAAATATCAATTGGCCGTAAAGAAATTAGCTCCAGCTAAACAAGCAGAAATGAAAAAATTCGTTTTTGATTTCTTAGATAAACTAATTGATTTGGAAAAGAAATATTTGCACGAGCTTTATGATGATTTTGATTTGGTTGATGATGCAATTCATTTCAGTTTGTATAATGCAGGTAAATTTTTACAAAATTTAGGCTATGATACTCCTTTTACCGCAGAAGAAACTTATATTTCCCCAGAAGTATTCGCTCAATTATCAGCTCAAGCTGATGAAAACCATGATTTCTTTTCTGGTAATGGTTCTTCATATGTAATGGGAACAGGAGAGGAGACTAAAGATGATGACTGGGATTTCTAAAAAGCCATTAGTTGTCTATTATTCTTCCACTTCAAATAATACAGCACGCTTTGTAGAAAAGTTAGATTGTAATTCTATTAGGATTCCTATTAAACTCAGTAAAGAAATTTCAGTTTCTGAAGAATATATTTTAATTACGCCAACTTATTCTGGTGGCCATGGGACTACAGGTGCTGTGCCTGAGCAAGTTATCCACTTTTTGAACAAATTGGCTAATCGGCAAAAATGTATTGGTGTTATTGCTAGTGGAAATACCAATTTTGGTAATTCTTTTGCCTTGGCAGGGGATGTAATTTCTAAGAAATTACATGTTCCTTATCTATATAAATTTGAGTTACTGGGAACAACTGAAGATGTAAATAATGTTAATAAAATAATTGCTGATGCAGGTGAGGACAATGACTGATCATCTTAATAATGATTCATATATTTCTTTAAATGCACTTGCTAAATTTAAAGATGAAAAAGGAAATTATAATTTTAAAGCTGACAAGGAAGCTACTAAGCAATATCTTGAAAATCATATTGAACCAAGAATGAAAAAGTTTGCTTCTTTAGAAGAAAAATTAGCTTATTTAGTTGATAATAATTACTATGATAAAAAAGTTCTAGATTTATATACAGCTAAATTTATTAAAGAAATTTTCAAATTAGCTTATGCGCAAAATTTTAGCTTTTTGAACTTTATGGGTGCAGCTAAATTCTATAAAGCATATGCCTTAAAAACAAACGATAATAAACAATTTTTAGAACGTTTTGAAGATCGGGCTGTTATGAATGCTTTATTTTTAGCTGATGGCAATGAAGAACTGGCCTTGAATTTAGTTAAAGATATTATTAGTAATCGTTTCCAGCCAGCAACTCCGACTTTCTTGAATGCAGGTAAAAAGAGACGCGGTGAATATGTTTCATGTTATTTGCTCAGAGTTGAAGACAATATGGAATCAATTTCACGAGCAATAAGCACAAGTCTGCAATTATCTAAACGTGGTGGTGGTGTTGCTCTATGCTTAACTAATTTGCGTGAATTAGGTGCACCTATTAAAAAAATGAAGAATTTATCTAGTGGGATAATTCCTGTAATGAAATTACTAGAAGATTCATTTTCTTATGCCAATCAATTAGGGCAAAGACAAGGTGCCGGTGCAGTTTATTTAAGTGCCCATCATCCCCAGATTCTGCAATTTTTAGATACTAAACGAGAAAACGCTGACGAAAAGGTAAGAATTAAATCTTTATCACTTGGCGTAGTGATTCCAGATATTACTTTTGAACTAGCCAAAGAAAATAAAAAGATGGCTTTGTTTTCACCATATGATATTAAACGTGAATATGGTAAACCAATGTCAGATATTTCAATTACTAAAGAATACCAAAATCTCCTTAATAATCCATGTATTAAAAAGACATTTATCAGTGCTAGAAAATTCTTCCAAACTATTGCTGAAGTTCAATTTGAATCAGGGTATCCCTATATTATGTATGAAGATACTGTCAATCGAAGAAACCCACAAAAGAAATTGGGGCGGATCGTGATGTCTAATTTATGTTCAGAAATTGCTCAGGTTAATACGCCAAGTACCTATAATGAAGACTTAAGTTTTAATAAGACGGGCTACGATGTTTGTTGTAATTTAGGATCACTTAATATTGCAGCAGCAATGAATAGCGCTGACAAGTTAGGTGGTTTGGTTTCTGATAGTGTTCAAGCGCTTAATCGTGTTGCCAGGTCTTCAGATTTAGATTGTGCTCCTTCAATTGAAAAGGGAAATAAAGCTAATCGAGCAATCGGTCTAGGAGCAATGAATTTACATGGCTTTTTAGCAACTAATCATATTTATTATGATTCACCAGAAGCAGTTGAATTTACAGGAATTTTCTTTTATACAATTGCATACCATGCATTTAAAGAATCAAATAAATTAGCTGAAAAGTATGGTGCTTTTAAAGGATTCAAAGATTCATCATATGCTAGTGGTGATTATTTCAAAAAATTTATTGATGAGGAAGTCTCACCGAAAACAGACAAGATTAAAGAAATTGTAGCTAAATATAAATTAGTTATTCCAACTAAAGAAGATTGGGAAGAATTGATTACTAAAATTAAAAAGACAGGTATAGCTAATGCTAACTTGTTAGCAGTTGCACCTACTGGATCAATTAGTTATTTATCTTCATGTACACCAAGTTTGCAGCCAGTAGTAGCTCCTGTTGAAACACGCAAAGAGGCTGATTTGGGTCGAATTTATGTACCAGCTTATAAGATTAATAAAGACAATTATGAGTATTACGAAAAGGGTGCATATGAAGTAGGACCTAATGCTATTATTGATATTACAGCTGCTGCACAAAAGTATGTTGATCAATCAATTTCGTTAACTTTATTTGTTGAAGATAATGCAACAACAAGAGATTTAAATAAGGCTTATATTTATGCCTTTAAAAAGCGCTGCAACTCAATTTATTATGTTAGAATAAGAGAAAAAGTTTTAGCTGGTAGTGAGAACTTGACTGCAGACGAATGTTTAATTCAAAATGGTGCAGAATGCCAGAAATGTATGATTTAG

Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP046312|3312:12380|6887_7493_+|WP_005728417.1|DBSCAN-SWA
MTNTIYGYARVSTTQQDYATQVEDLKQAGATKIFKDKYTGTTANRPEFDKLMAQIGSGDTLIVTKLDRLARNTQDALNIVKQLNAEGIILRVLNIGTIDNSPSGRLIFTVFSAFAEFERDLIVNRTQEGKAWAKANNPNFHDGMPRKYTSEQIDFAWKLHTQDHMSYSEISRKLGMSKATIYRRFRELRDKKAAPKDDFLH
>NZ_CP046312|3312:12380|5003_5789_+|WP_005728422.1|DBSCAN-SWA
MNGKTLLNFNFKGGVGKTTLTVMETYLLGQEGKKVLLIDFDPQGNATEIMKETYKADLKPELSLYEGLLGGNLSKSIVSVTNQIDMIPTDWTLSLWIGAVEKVSRVKRNILLPQMLSKLKQNYDYIFIDVPPTINVFTNNAIMASDFISIVLQTQKQSYTSSLKTATHLGELREQYNGSFQLVGVILYLMKPRAKVDTEISAQAKDFFGEGVFSNSIRTQERVKTFANEGIRNKDHWDKRAIQMYQMVLNEQLLRIQQLEE
>NZ_CP046312|3312:12380|5795_6011_+|WP_005728419.1|DBSCAN-SWA
MAEDFLNKVSKKASEQLKNLKSPYQFETERTKTVQLRMSTYKEVKRIAFENDKKIVDVLEKIIREGLAKRK
>NZ_CP046312|3312:12380|9796_10219_+|WP_020807717.1|DBSCAN-SWA
MTGISKKPLVVYYSSTSNNTARFVEKLDCNSIRIPIKLSKEISVSEEYILITPTYSGGHGTTGAVPEQVIHFLNKLANRQKCIGVIASGNTNFGNSFALAGDVISKKLHVPYLYKFELLGTTEDVNNVNKIIADAGEDND
>NZ_CP046312|3312:12380|3312_4425_-|WP_005728424.1|DBSCAN-SWA
MTKSTNFNYYEADNVYGALFFQFPKVLMYGEQYKHLSSDAKLAYMVLKDRLEYSLRNNWVDEQGHVYFIFTVKELQDLFNCATEKAVKIKKELQTANLLKQIQMGFNPKTKKNEPNRLYLSKLDVKATDVYLRGEYGQKKPESLTTSGISKIESPHDFVESLATSGISKIESPHDFVDDNPQTLATSGISKIESNLYKDYKNNIDTNRYDIDTQKLDFSTTNFSPAEIEAQNRDLVKHADEFLTDEDNGLPVFLEPEAVQLLSFWCRTPQQMRRFIGIILNAKYAVEKEHKDLGVWILLDDPDLKKMMTKTLRRYFNALRSDEKHIKNVENYLYGTMQNLFGVWWNRQAAREYAAKHPEEQNLDGERAWD
>NZ_CP046312|3312:12380|8805_9813_+|WP_005728415.1|DBSCAN-SWA
MSYYDHSQSPVEFAYNNNGKNMRAINWNDIKDDKDLEVWNRVTQNFWLPEKIPVSNDISSWNQLSDDWQQLITRTFTGLTLLDTTQSSVGDVAQIKNSQTDIEQAIYANFAFMVAVHARSYGTIFSTLCTSEQIEEAHEWVVNNDALQARAKAVIPYYTGNDPLKSKVAAAIMPGFLLYGGFYLPFYLAARGKLPNTADIIRLILRDKVIHNYYSGYKYQLAVKKLAPAKQAEMKKFVFDFLDKLIDLEKKYLHELYDDFDLVDDAIHFSLYNAGKFLQNLGYDTPFTAEETYISPEVFAQLSAQADENHDFFSGNGSSYVMGTGEETKDDDWDF
>NZ_CP046312|3312:12380|8396_8534_-|WP_021355456.1|DBSCAN-SWA
MKSSSADSAEISNRINTDNDQDQDQQGDNAETNFEYSDDRDGDDQ
>NZ_CP046312|3312:12380|10211_12380_+|WP_005729300.1|DBSCAN-SWA
MTDHLNNDSYISLNALAKFKDEKGNYNFKADKEATKQYLENHIEPRMKKFASLEEKLAYLVDNNYYDKKVLDLYTAKFIKEIFKLAYAQNFSFLNFMGAAKFYKAYALKTNDNKQFLERFEDRAVMNALFLADGNEELALNLVKDIISNRFQPATPTFLNAGKKRRGEYVSCYLLRVEDNMESISRAISTSLQLSKRGGGVALCLTNLRELGAPIKKMKNLSSGIIPVMKLLEDSFSYANQLGQRQGAGAVYLSAHHPQILQFLDTKRENADEKVRIKSLSLGVVIPDITFELAKENKKMALFSPYDIKREYGKPMSDISITKEYQNLLNNPCIKKTFISARKFFQTIAEVQFESGYPYIMYEDTVNRRNPQKKLGRIVMSNLCSEIAQVNTPSTYNEDLSFNKTGYDVCCNLGSLNIAAAMNSADKLGGLVSDSVQALNRVARSSDLDCAPSIEKGNKANRAIGLGAMNLHGFLATNHIYYDSPEAVEFTGIFFYTIAYHAFKESNKLAEKYGAFKGFKDSSYASGDYFKKFIDEEVSPKTDKIKEIVAKYKLVIPTKEDWEELITKIKKTGIANANLLAVAPTGSISYLSSCTPSLQPVVAPVETRKEADLGRIYVPAYKINKDNYEYYEKGAYEVGPNAIIDITAAAQKYVDQSISLTLFVEDNATTRDLNKAYIYAFKKRCNSIYYVRIREKVLAGSENLTADECLIQNGAECQKCMI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_005728424.1|3312_4425_-	replication initiator protein A	M1PFC4	Streptococcus_phage	7.1e-13	39.4
WP_005728422.1|5003_5789_+	AAA family ATPase	F0PIG8	Enterococcus_phage	1.2e-30	35.6
WP_005728419.1|5795_6011_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005728417.1|6887_7493_+	recombinase family protein	A0A1J1J8Z4	Escherichia_phage	2.2e-32	40.8
WP_021355456.1|8396_8534_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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