CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP031973	Acinetobacter haemolyticus strain AN59 plasmid pAhaemAN59c, complete sequence	0 crisprs	WYL,PD-DExK	0	0	1	0
NZ_CP031972	Acinetobacter haemolyticus strain AN59 chromosome, complete genome	1 crisprs	TnsE_C,csa3,cas3,DEDDh,WYL,PrimPol	0	2	10	0
NZ_CP031974	Acinetobacter haemolyticus strain AN59 plasmid pAhaemAN59b, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP031975	Acinetobacter haemolyticus strain AN59 plasmid pAhaemAN59a, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NZ_CP031972

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP031972_1

• CRISPR_ID: NZ_CP031972_1
• CRISPR_location: 2037487-2037694
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-F
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NZ_CP031972_1

Consensus_repeat	Method
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CRISPRCasFinder
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CRT

spacers of NZ_CP031972_1

>1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT
CAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATT
>1.2|2037575|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT
AGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGG
>1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT
TAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP031972_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP031972_1

>merge|NZ_CP031972|1|2037487-2037694|CRISPRCasFinder,CRT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAACAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATTGTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAAAGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGGGTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAATAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTGGTTCACTGACGCATAGGCAGCTCATAAT

>NZ_CP031972|1|1|2037487-2037694|CRISPRCasFinder
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	AGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGG
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	TAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTG
GTTCACTGACGCATAGGCAGCTCATAAT

>NZ_CP031972|1|1|2037487-2037694|CRT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	AGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGG
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	TAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTG
GTTCACTGACGCATAGGCAGCTCATAAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP031972.1|WP_005081120.1|2028771_2031477_-|outer-membrane-protein-assembly-factor	unknown	unknown	gnl|CDD|223801
NZ_CP031972.1|WP_004638625.1|2046405_2047494_-|peptide-chain-release-factor-1	unknown	unknown	gnl|CDD|234801
NZ_CP031972.1|WP_005081125.1|2035111_2036410_-|AarF/ABC1/UbiB-kinase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223733
NZ_CP031972.1|WP_004638645.1|2023663_2024050_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP031972.1|WP_005081141.1|2044955_2045588_+|FMN-binding-negative-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|225366
NZ_CP031972.1|WP_004638641.1|2032966_2033602_+|2-polyprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone-monooxygenase	unknown	unknown	gnl|CDD|153101
NZ_CP031972.1|WP_005081133.1|2039764_2040784_-|triacylglycerol-lipase	unknown	unknown	gnl|CDD|224001
NZ_CP031972.1|WP_004638638.1|2034625_2035006_-|dihydroneopterin-aldolase	unknown	unknown	gnl|CDD|376737
NZ_CP031972.1|WP_004638639.1|2034234_2034669_-|2-amino-4-hydroxy-6--hydroxymethyldihydropteridine-diphosphokinase	unknown	unknown	gnl|CDD|376515
NZ_CP031972.1|WP_005081130.1|2038650_2039685_-|lipase-secretion-chaperone	unknown	unknown	gnl|CDD|234937
NZ_CP031972.1|WP_005090915.1|2042149_2042833_-|superoxide-dismutase	unknown	unknown	gnl|CDD|223678
NZ_CP031972.1|WP_004638640.1|2033643_2034195_-|DUF2799-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378521
NZ_CP031972.1|WP_005090917.1|2042967_2043738_-|3-hydroxyacyl-CoA-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|187629
NZ_CP031972.1|WP_005081129.1|2037796_2038567_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238487
NZ_CP031972.1|WP_005081145.1|2045584_2046406_-|peptide-chain-release-factor-N(5)-glutamine-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|236467
NZ_CP031972.1|WP_005081122.1|2031640_2032963_+|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|235865
NZ_CP031972.1|WP_026057242.1|2036455_2037241_-|HesA/MoeB/ThiF-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238386
NZ_CP031972.1|WP_005090919.1|2043880_2044939_+|AraC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|378890
NZ_CP031972.1|WP_035375190.1|2041061_2042081_+|AraC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|197666
NZ_CP031972.1|WP_005081118.1|2024216_2028725_-|translocation/assembly-module-TamB-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225463

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP031972.1|WP_005081120.1|2028771_2031477_-|outer-membrane-protein-assembly-factor	gnl|CDD|223801	COG0729, COG0729, Outer membrane protein [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	1.99622e-63
NZ_CP031972.1|WP_004638641.1|2032966_2033602_+|2-polyprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone-monooxygenase	gnl|CDD|153101	cd01042, DMQH, Demethoxyubiquinone hydroxylase, ferritin-like diiron-binding domain. Demethoxyubiquinone hydroxylases (DMQH) are members of the ferritin-like, diiron-carboxylate family which are present in eukaryotes (the CLK-1/CAT5 family) and prokaryotes (the Coq7 family). DMQH participates in one of the last steps of ubiquinone biosysnthesis and is responsible for DMQ hydroxylation, resulting in the formation of hydroxyubiquinone, a precursor of ubiquinone. CLK-1 is a mitochondrial inner membrane protein and Coq7 is a proposed interfacial integral membrane protein. Mutations in the Caenorhabditis elegans gene clk-1 affect biological timing and extend longevity. The conserved residues of a diiron center are present in this domain.	1.0496e-74
NZ_CP031972.1|WP_005081125.1|2035111_2036410_-|AarF/ABC1/UbiB-kinase-family-protein	gnl|CDD|223733	COG0661, AarF, Predicted unusual protein kinase [General function prediction only].	8.80366e-91
NZ_CP031972.1|WP_004638625.1|2046405_2047494_-|peptide-chain-release-factor-1	gnl|CDD|234801	PRK00591, prfA, peptide chain release factor 1; Validated.	0
NZ_CP031972.1|WP_005090915.1|2042149_2042833_-|superoxide-dismutase	gnl|CDD|223678	COG0605, SodA, Superoxide dismutase [Inorganic ion transport and metabolism].	5.42674e-103
NZ_CP031972.1|WP_005081133.1|2039764_2040784_-|triacylglycerol-lipase	gnl|CDD|224001	COG1075, LipA, Predicted acetyltransferases and hydrolases with the alpha/beta hydrolase fold [General function prediction only].	8.25434e-44
NZ_CP031972.1|WP_004638638.1|2034625_2035006_-|dihydroneopterin-aldolase	gnl|CDD|376737	pfam02152, FolB, Dihydroneopterin aldolase. This enzyme EC:4.1.2.25 catalyzes the conversion of 7,8-dihydroneopterin to 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin in the biosynthetic pathway of tetrahydrofolate.	2.14425e-34
NZ_CP031972.1|WP_004638639.1|2034234_2034669_-|2-amino-4-hydroxy-6--hydroxymethyldihydropteridine-diphosphokinase	gnl|CDD|376515	pfam01288, HPPK, 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK).	1.67007e-12
NZ_CP031972.1|WP_005081130.1|2038650_2039685_-|lipase-secretion-chaperone	gnl|CDD|234937	PRK01294, PRK01294, lipase secretion chaperone.	1.33208e-66
NZ_CP031972.1|WP_005081141.1|2044955_2045588_+|FMN-binding-negative-transcriptional-regulator	gnl|CDD|225366	COG2808, PaiB, Transcriptional regulator [Transcription].	5.34499e-77
NZ_CP031972.1|WP_004638640.1|2033643_2034195_-|DUF2799-domain-containing-protein	gnl|CDD|378521	pfam10973, DUF2799, Protein of unknown function (DUF2799). Some members in this family of proteins are annotated as yfiL which has no known function.	4.63083e-21
NZ_CP031972.1|WP_005090917.1|2042967_2043738_-|3-hydroxyacyl-CoA-dehydrogenase	gnl|CDD|187629	cd05371, HSD10-like_SDR_c, 17hydroxysteroid dehydrogenase type 10 (HSD10)-like, classical (c) SDRs. HSD10, also known as amyloid-peptide-binding alcohol dehydrogenase (ABAD), was previously identified as a L-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, HADH2. In fatty acid metabolism, HADH2 catalyzes the third step of beta-oxidation, the conversion of a hydroxyl to a keto group in the NAD-dependent oxidation of L-3-hydroxyacyl CoA. In addition to alcohol dehydrogenase and HADH2 activites, HSD10 has steroid dehydrogenase activity. Although the mechanism is unclear, HSD10 is implicated in the formation of amyloid beta-petide in the brain (which is linked to the development of Alzheimer's disease). Although HSD10 is normally concentrated in the mitochondria, in the presence of amyloid beta-peptide it translocates into the plasma membrane, where it's action may generate cytotoxic aldehydes and may lower estrogen levels through its use of 17-beta-estradiol as a substrate. HSD10 is a member of the SRD family, but differs from other SDRs by the presence of two insertions of unknown function. SDRs are a functionally diverse family of oxidoreductases that have a single domain with a structurally conserved Rossmann fold (alpha/beta folding pattern with a central beta-sheet), an NAD(P)(H)-binding region, and a structurally diverse C-terminal region. Classical SDRs are typically about 250 residues long, while extended SDRs are approximately 350 residues. Sequence identity between different SDR enzymes are typically in the 15-30% range, but the enzymes share the Rossmann fold NAD-binding motif and characteristic NAD-binding and catalytic sequence patterns. These enzymes catalyze a wide range of activities including the metabolism of steroids, cofactors, carbohydrates, lipids, aromatic compounds, and amino acids, and act in redox sensing. Classical SDRs have an TGXXX[AG]XG cofactor binding motif and a YXXXK active site motif, with the Tyr residue of the active site motif serving as a critical catalytic residue (Tyr-151, human 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH) numbering). In addition to the Tyr and Lys, there is often an upstream Ser (Ser-138, 15-PGDH numbering) and/or an Asn (Asn-107, 15-PGDH numbering) contributing to the active site; while substrate binding is in the C-terminal region, which determines specificity. The standard reaction mechanism is a 4-pro-S hydride transfer and proton relay involving the conserved Tyr and Lys, a water molecule stabilized by Asn, and nicotinamide. Extended SDRs have additional elements in the C-terminal region, and typically have a TGXXGXXG cofactor binding motif. Complex (multidomain) SDRs such as ketoreductase domains of fatty acid synthase have a GGXGXXG NAD(P)-binding motif and an altered active site motif (YXXXN). Fungal type ketoacyl reductases have a TGXXXGX(1-2)G NAD(P)-binding motif. Some atypical SDRs have lost catalytic activity and/or have an unusual NAD(P)-binding motif and missing or unusual active site residues. Reactions catalyzed within the SDR family include isomerization, decarboxylation, epimerization, C=N bond reduction, dehydratase activity, dehalogenation, Enoyl-CoA reduction, and carbonyl-alcohol oxidoreduction.	9.03412e-126
NZ_CP031972.1|WP_005081129.1|2037796_2038567_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|238487	cd00987, PDZ_serine_protease, PDZ domain of trypsin-like serine proteases, such as DegP/HtrA, which are oligomeric proteins involved in heat-shock response, chaperone function, and apoptosis. May be responsible for substrate recognition and/or binding, as most PDZ domains bind C-terminal polypeptides, though binding to internal (non-C-terminal) polypeptides and even to lipids has been demonstrated. In this subfamily of protease-associated PDZ domains a C-terminal beta-strand forms the peptide-binding groove base, a circular permutation with respect to PDZ domains found in Eumetazoan signaling proteins.	1.66182e-06
NZ_CP031972.1|WP_005081145.1|2045584_2046406_-|peptide-chain-release-factor-N(5)-glutamine-methyltransferase	gnl|CDD|236467	PRK09328, PRK09328, N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase; Provisional.	9.53773e-119
NZ_CP031972.1|WP_005081122.1|2031640_2032963_+|MFS-transporter	gnl|CDD|235865	PRK06814, PRK06814, acyl-[ACP]--phospholipid O-acyltransferase.	6.35634e-138
NZ_CP031972.1|WP_026057242.1|2036455_2037241_-|HesA/MoeB/ThiF-family-protein	gnl|CDD|238386	cd00757, ThiF_MoeB_HesA_family, ThiF_MoeB_HesA. Family of E1-like enzymes involved in molybdopterin and thiamine biosynthesis family. The common reaction mechanism catalyzed by MoeB and ThiF, like other E1 enzymes, begins with a nucleophilic attack of the C-terminal carboxylate of MoaD and ThiS, respectively, on the alpha-phosphate of an ATP molecule bound at the active site of the activating enzymes, leading to the formation of a high-energy acyladenylate intermediate and subsequently to the formation of a thiocarboxylate at the C termini of MoaD and ThiS. MoeB, as the MPT synthase (MoaE/MoaD complex) sulfurase, is involved in the biosynthesis of the molybdenum cofactor, a derivative of the tricyclic pterin, molybdopterin (MPT). ThiF catalyzes the adenylation of ThiS, as part of the biosynthesis pathway of thiamin pyrophosphate (vitamin B1). .	2.25895e-97
NZ_CP031972.1|WP_005090919.1|2043880_2044939_+|AraC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|378890	pfam12625, Arabinose_bd, Arabinose-binding domain of AraC transcription regulator, N-term. AraC is a bacterial transcriptional regulatory protein with a DNA-binding domain at the C-terminus, HTH_AraC, pfam00165, and this dimerization domain which harbours the arabinose-binding pocket at the N-terminus. AraC positively and negatively regulates expression of the proteins required for the uptake and catabolism of the sugar L-arabinose 1,2,3].	1.51332e-29
NZ_CP031972.1|WP_035375190.1|2041061_2042081_+|AraC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|197666	smart00342, HTH_ARAC, helix_turn_helix, arabinose operon control protein.	4.5603e-15
NZ_CP031972.1|WP_005081118.1|2024216_2028725_-|translocation/assembly-module-TamB-domain-containing-protein	gnl|CDD|225463	COG2911, COG2911, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	2.46938e-114

Protein sequences

>NZ_CP031972.1|WP_026057242.1|2036455_2037241_-|HesA/MoeB/ThiF-family-protein
MSDHLEHTFELTDDEMHLYSRQILLDGWDIEAQEKLKLANVLIVGAGGIGCTSAELLARAGVGKITIVDADTIEVSNLQRQIAFTSNDLGQYKAETLAKHLQEINPHIQVSYQNKRFDETNADELVQHQDVVLDGCDNFTTRYLVNAVCKTHQVPLISASAIGFEGQMFMVESDSACYECLFPKENQTNEGLRCAESGVLATTPVMVASLQAHHTLLFLGLGLTPLKQKLLLWNGLNLTQRILQFEKDVNCPVCQASASVN
>NZ_CP031972.1|WP_005081125.1|2035111_2036410_-|AarF/ABC1/UbiB-kinase-family-protein
MKRNILVDGLRSVARIGETVIVAAQAGVKYATEKPSNAKLMRETFESLGSTYIKLGQFIASTPSLFPREYVQEFQGCLDQTPTLPFSYIQQVLAEEFEGKDLNSIFSFIDENPLASASIAQVHAAKLVTGEDVVLKVQKPGVETILYTDLNVVHWATKLLEKAVPKIKFASLSEIVDEIKTRMVREVDFIEEAQNLDDFVQYLNISGNQAATAPKVYHQFSTRRVLTMQRLYGVPLTDFDVVKQYAKDPTQVLITAMNTWFGSLMLCKSFHADLHAGNLMLLEDGRVGFIDFGIVGQLNPEVWTACMAFMDALQHTNYIAMAENMLKMGMTNQKIDTQVLAADLERLFSGVLLADPQEILSSNPADLNDIMMDMVAVGERHGIKFPRDFALLFKQMLYFDRFMRVLAPYTDIYADQRLKMVHNIEPASLLKH
>NZ_CP031972.1|WP_004638638.1|2034625_2035006_-|dihydroneopterin-aldolase
MDAIIIEGLKVDTVIGCFNWERQIIQPLMLDLTIHNDLSQAARSDELEDTLNYAQICEIAAQVIQDAKPKLIEHAAQLVLEVLFNTFPSIDSISITIRKPAIIAQANAVGIRLDRNRNDFCARAGE
>NZ_CP031972.1|WP_004638639.1|2034234_2034669_-|2-amino-4-hydroxy-6--hydroxymethyldihydropteridine-diphosphokinase
MIATETIFALALASNVQQLENFNFAYAQIMSLGTVEFSSIYEIPCRDGVGADYWNSACLLKSHLSVDEIVDILKKLEQQSGRVRPSHHISLDIDVIAWGESLDQMQFNPKKLPLALDVKIPLYELWPNQILQYDQNRKYPIITL
>NZ_CP031972.1|WP_004638640.1|2033643_2034195_-|DUF2799-domain-containing-protein
MKTLVSISIMAVLLSGCAAMSVEQCKTANWLSVGEKDGSAGYESRLDKYYSSCQKANVVPNQALYEKGYQKGLGYYCRPESIFNEALEGRGDYRVCSIEKRETLRPYYQVAHEYYQANSEFNRSQSDVSHYLRELERKDLSAKDRDEYKKRLSDLRSNRNRVQFRYQDAVRNLERFKAEHGLP
>NZ_CP031972.1|WP_004638641.1|2032966_2033602_+|2-polyprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone-monooxygenase
MRHYTGLDQLINSFDQALRSLVPGATTSQRSNPANDEASQLCVSDARHVAGLMRVNHSGEVCAQALYHGQALTAKLPHVREEMQQAAVEEQDHLAWCEDRLKELDSHTSVLNPIWYGLSYGMGAIAGIAGDKYSLGFVAETERQVSQHLQEHLQQLPEQDQRSRKILEQMNEDELHHRDTALKAGGVDLPVPVRITMTAISKLMTKTSYYI
>NZ_CP031972.1|WP_005081122.1|2031640_2032963_+|MFS-transporter
MMKQDEQLMTSRRFAPMFFTQFFGALNDNVYKQALLLVITYGWIQQQSAAVSTLNNLAALLFILPYFFFSATAGQVADKYERSQLVRFLKLLEIVIMMIGTAGFLLGNLWLLLFALFLMGTHSTCFGPIKYAILPEILKPQELMSGNALFQSGTSIAILFGMILGGAVIASSAGNLLWISITVLIIACLGYLASRFILPQKVAAPDLKIDWNFFRTSFQTIKYAKSIPIVFTVLLGNSWYWFYGATYLTQIPQLTQQNLHASENVVSLLLTFFSVGIGIGSLLCRRIGGSEINIKMVPYGAIGLTVFAFYLAASLTFVPERTGELLSLGDVFSEGAVYYHVMLAVTLLGISGGFYIVPLYAMMQAYSPRSHRARVVAANNILNAVFMVSSAIFSILILSILKIDIKILFSITAVLSAIFSFWLLTRLKPLLKNAPTTLED
>NZ_CP031972.1|WP_005081120.1|2028771_2031477_-|outer-membrane-protein-assembly-factor
MPSKSKFKQSTLVHSMHLIFKMQSFPKLICSGFLISYCISVAYADEEAVVVAENSTIERMKDQVKSIPSPEIPYETFNLSSEYYNPAQDSVAALKQQEEAPSQIDTLKPIQLDENLEHLPVIAVDQNMANEIFQIAEEAKNDALAYRENVAKNPELVVNEATQSELTEISNPPVNIDRLMQEIQADSQIIVEANESGRTLADLQSKTEQVEEKAGFFKRIVNRFRPENLLGAERVPRISADVSGAPPALATNIKAKLSSFTQEAFEDFNVALPQLRSLTNQAAQAVGYYDARFSFEKLSDSRVKVTVEPNEPVKIDKQNIEFTGEGENAPQFQVIRLIPEQDEGDIFNHGKYEATKTKITNAASDNGYFDAYWRLHDVKISQPEKTAEINLKYDTGERYKLKAVEYKMSDPSKPLPLTQKVLDSLAPWKDGDDYAFWRVNVLANNLTNTRYFNYTLVDTIKPDAIQPPLDLPPDLQALVDQQRVEQSQLFSAQQKADIARQQVVSAEEVTQDVVDESQFSGSEPTPAYSLARSMPNIQNDETERQALEEQARLEKKIPVVVTLNADRLNTIETGVGYGTDTGARIRSQYRRAFVNKHGHSFDANIEVSEIRQSIDGRYSIPYKHPLNDYFNLVGGYERETRDNIGPNVELLVESAVVGGERVIKNPLGDWQHTFGLRYRLDRLTGKGDVDVSELPDAFRAAGTNSEQESLLLGYEISKTNSNTRLNPTKGFKQTYKVELGTESILSDANMAILTAGWRFIYSLGENDNHQFVGRGDASYIFTDDFDKVPYNLRFFTGGDQSLRGFDYKSLSPEEDGYKIGGQALGVGSLEYNYQFKDGWRAAVFSDFGNAFDKQFSNPTEYSVGVGIRWRSPIGPIRLDVASGISNDNRPIRLHFFIGPQL
>NZ_CP031972.1|WP_005081118.1|2024216_2028725_-|translocation/assembly-module-TamB-domain-containing-protein
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MGE targeting detection<

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NZ_CP031972_1	1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT	2037635-2037666	32	NC_021529	Vibrio phage nt-1, complete genome	193447-193478	9	0.719
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NZ_CP031972_1	1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT	2037635-2037666	32	MN693388	Marine virus AFVG_25M277, complete genome	3618-3649	10	0.688
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NZ_CP031972_1	1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT	2037635-2037666	32	MN693389	Marine virus AFVG_25M278, complete genome	31527-31558	10	0.688

1. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_019526 (Enterobacteria phage vB_KleM-RaK2, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 **   *****. ***************** .

2. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MT708547 (Klebsiella phage Muenster, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
aaaataatacttttcaagaattacttttaaac	Protospacer
 **   *****. ***************** .

3. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to AB897757 (Klebsiella phage K64-1 DNA, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
aaaataatacttttcaagaattacttttaaac	Protospacer
 **   *****. ***************** .

4. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP023514 (Enterococcus sp. FDAARGOS_375 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

caacacatactcatcaagaattacttttaatt--	CRISPR spacer
ttacacctactcatcaagaatt--tctgaaataa	Protospacer
. **** ***************  *.* ** *  

5. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693967 (Marine virus AFVG_250M992, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

caacacatactcatcaagaattacttttaatt-----	CRISPR spacer
caacacatactcatccaggatta-----aatacttgg	Protospacer
*************** **.****     ***      

6. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP033935 (Chryseobacterium balustinum strain KC_1863 plasmid unnamed, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
gtggtcatactcatcaagaattttttttgttt	Protospacer
  .  ***************** .****. **

7. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_048015 (Cyanophage S-TIM4, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
gttttcatactcatcatgatttacttttcttt	Protospacer
   . *********** ** ********  **

8. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MH512890 (Cyanophage S-TIM4) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
gttttcatactcatcatgatttacttttcttt	Protospacer
   . *********** ** ********  **

9. spacer 1.1|2037515|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_015283 (Prochlorococcus phage P-RSM4, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
gttttcatactcatcatgatttacttttcttt	Protospacer
   . *********** ** ********  **

10. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP028268 (Pediococcus pentosaceus strain SRCM102739 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
tccaattgtagctgtatcagtagccactgaaa	Protospacer
*    ************* *******.**  .

11. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_021529 (Vibrio phage nt-1, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
aatctttgtagatgtatttgtagccaaattca	Protospacer
 * ******** *****.********   *..

12. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349253 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate Np_33_0912, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

13. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349251 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate Np_24_1112, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

14. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349268 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate RW_30_0905, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

15. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349230 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate LIS_02_1013, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

16. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MF042360 (Pseudomonas phage Phabio, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
aaactttgaagctgtatttgtagctaccccta	Protospacer
 ******* ********.******.*.. .*.

17. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693397 (Marine virus AFVG_25M279, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
gccacttgtacctgtaactgtagccattttat	Protospacer
    .***** ***** *********** *  

18. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693087 (Marine virus AFVG_25M280, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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19. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693388 (Marine virus AFVG_25M277, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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20. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693389 (Marine virus AFVG_25M278, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
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    .***** ***** *********** *  

21. spacer 1.3|2037635|32|NZ_CP031972|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693389 (Marine virus AFVG_25M278, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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    .***** ***** *********** *  

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	82123 : 125648	37	Escherichia_phage(20.0%)	integrase,transposase	attL 73340:73357|attR 110816:110833
DBSCAN-SWA_2	267056 : 384839	104	Shigella_phage(11.11%)	integrase,transposase,tRNA	attL 256571:256586|attR 354557:355796
DBSCAN-SWA_3	924776 : 986374	48	Enterobacteria_phage(25.0%)	transposase,protease,tRNA,plate	NA
DBSCAN-SWA_4	1140003 : 1203451	60	uncultured_Caudovirales_phage(15.79%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_5	1259368 : 1331698	54	Escherichia_phage(20.0%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_6	1453092 : 1514155	56	uncultured_virus(18.18%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	1653897 : 1716519	60	Enterobacteria_phage(18.18%)	transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_8	2347305 : 2449073	85	uncultured_virus(17.39%)	integrase,protease,transposase	attL 2335822:2335838|attR 2384453:2384469
DBSCAN-SWA_9	3201697 : 3268715	55	Enterobacteria_phage(16.67%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_10	3373175 : 3440439	55	Enterobacteria_phage(21.43%)	integrase,transposase,tRNA	attL 3396339:3396359|attR 3446366:3446386

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP031972|82123:125648|DBSCAN-SWA
GATGACAAAATTAAAATATACCCCTGAAATCAGAGAAAGAGCGGTTCAATTATTGATTGAATCTGAAAAAGATTATCCATCGAATTGGGCTGCGATCACCGCTATTGCTCCTAAAATCGGTTGTACTCCTGAAACACTACGTGTTTGGTATCAAAAATATTTAGATAAACAAAATCCAGTTAAAGTACAGCAGCTTTCAGACCAAGAACGTATCAAACAACTCGAACGCGAAAATAAAGAACTGCAACGCGCCAATGAGATTCTACGTAAAGCAGCCGCTTTTTTCGCCCAGGCGGAGCTCGACCGCCCACACAAATAATGGTGGATTTTATCCATAACAATAAAGATCGATATGGTGTTGAAGCGATTTGTAGAATTTTACCGATAGCAGCTTCGACCTATTATCGGGCTTTAGATCTCGTTGATAACCCAGAACATCGAGCGAAACGTGCTCTGCATGATTTACATCATGCAGAGCAAATCAAACGTATTTGGAAAGAAAGTTTAGGTCGATATGGTGTACGTAAAGTTTGGCAAAAATTGAAACGTGAAGGCTATGTTATTGCACGTTGTACAGTTGCTCGATTGATGCAAAAGCTAGATATACAAGGTGTTTGGCGTGGTAAGAACAAACAAACTACCCGCAGCCGAGATGATCAAAAACGAGCAGATGATTTAGTGAAACGGAATTTTAGTGCTGATCGACCTGACCAATTATGGGTCAGTGACTTTACGTATATTCAAACCAATTCTGGCTGGGTCTACACCGCATTTATTATTGATGTGTTCTCACGAGCAATTGTTGGATGGAAAGTATCTACACGGATGAATACAGATATGGTGCTCGATGCATTGGAGCAAGCATTGCACGATCGAGGCATGCCAAAGAATGTAATTCATCATTCAGATAGAGGTGTTCAATATCTTTCTATTCGCTATACCAATCGTTTAGAAGCAGCAAATTTACGAGCATCAGTCGGTACAACGGGTGATTCATACGATAATGCTTTGGCTGAAACGGTGAATGGCTTATACAAAACAGAGGTGATTGAATATTTAAAAGCAGATTGGCAAGGTTTAGCAGATGTACAACTTGCGACATTAAATTGGGTAGATTGGTTCAACAAAAAGCGTGTACACAGTGCACTGGGTTATGTATCGCCTTTTGAGTTTGAAGCAATGTACTATGATAAGATTAATCCGTTAGGTCAGGTGGCCTAACTTAAATAAAAAAGTCTCCGATAAACCCGGTACGGTTCAGTCAATACTTTTGGTTCAAATAATGTATCAATATCAGAACTATCGACTTCTTGGTGTAAAAAGCGCTCTTCACGGCCTACATCTTCTTTGCTCATACCAGCTTCAAGAATGGTATCTTTAAATGGGAAACTTAGGACTACATCATTATTGTTATTCAAGAAACCAATTTGGTCTTGGCTTGTTGAATAAAGTCCAATTTTATTGCTATAGCGAGTATATCTACCTTTCTTGAGTGAATTATCAGACATGAATAAATCCTGTTGTACCGTTAAGTGGAAGCTAAAGTAGCGTTGCTTTATAACCAAGCGTTTTAAGTCTTTTAAGCATAACGATTGCTCAAAGTACCACGATCGATTTTATTGCTAATGCTTGAATTACGGTTGTTGCCTTGTTGAAGTAACTTTACCAATGATAACGTATTAATTCTTATTAGGTTAAATCTGATTAATATAACAATAGGGAGATAACTTTTAACCTACATTCTCCTGAAACATATTTTATTGAGTTAAGTTGTTGGATTAAAGGCTATTCTGATCGGTTTGCTTAAATTTGAAATAAATTTTCCCCCATTCCTCTGATATGGCTTTATCTACCTGAAGTGAGGTTTGACTTCAAAAGGGCTTTGTTGCACAAAGATTTGAAATGCAAAGCGCCCCTAATTGAGCCAAATTTAAGGCGTAACTTGGGTAAGTGGTCGACCTAATTCCGTAAATCTGTTAAGGACTGCTACACGTGCATGGATCTCATTCACTTGGCTATCAAAACTCCTTGCACTGAGTTTATCTCCTAATAATTTGATGCAATGCATCTTAGTTTCAACCAAACTTCGACGATGATAGCCTGACCATTTTTTCCATAGTGTCCTGCCTAAACGTTTAATTGTTCGAAGTAATTCATTTCGCTCTAGCGAGCTACTCTTTGTATCTTTCCATGGTTTCGCATTTTTTCTAGGTGGAATCACCGCATGCGCTTGCCGATCTGCAATGACCTGACGGCATTGCTTGGTGTCATAAGCTCCATCGGTATAAACAGAGTTAATCTGCTCATCTTGTGGAATCTGATTAAGTAAATCACCAAGCACCTGTGAATCACTGACATTATTGGTTGTAAGCTGAACTGCTCGTATTTGTAGGGTTTTAGCATCTATACCAATATGAAGTTTACGCCATTGGCGACGATATTCAGGTCCATGTTTCTTGCATTTCCATTCGCCCTCACCTAGAAACTTCATGCCTGTAGAGTCCATGAGTAGATGCAGCCCATCGCTACTTTTTTGGTAGCTGATTACAATATCAATATGCTTTTGTCTTCTACAAAGCGTGGTGTAATCTGGAGCTATCCAATTTAATCCGCAAAGTTTAATCAGACTTTGCACAAAGCCAGTGACCATACGTAAAGACAGACGGAATAAGGATTTAATCATTAAGCAGCATTGGATGGCTGCGTCGGAGTAGGTTTGATTTCGCCCTTGTTTGCCTTTTGATGGCGCATACCATTGCGTAGCAGGATCAAACCAAATGGCAATATTTCCGCGACTCATGAGTGCTCGGTTATATGCGGGCCAATTGGTTGTGCGGTAGATTTTGTGTGTAGGCTTCTTCATTTGAAAATTATATCGCTGAAAAACCCTTTACAGATAGGTTTGTGCAACAAAGCCCCAAATACATCATCAAACAAATCATTTGGCCATGACAGTGATTTTGCGACTAGATGAGTCTTAATTTTATCTAAATAAATCTTCCAATCATCGGTTGTCAGGTAGATTAACTTAGTTGATATACTTTTTACCCCATCTGATGTATCTAATTCAATGAGAAGAAAGTCATCACTTCTATAGCAAAGGTGAACAAACTTAATGGTTCGTAGTTTATCTTTACTGATTCTATGACACTCGGAACGCCCAACTTTCGTAAGCTCATGGGTAAGTGATTCATATAGCACACATTGATGTGTAGATTGAAGCACTTGTATCATCGAGTTGAAATCATGATAGCGTTGGGCATATTTCTGATCATAATTTGTGTAGTCCTTTTTCCCTCCTACATCTGCCGCAGGTAAATCGCCTGCACTATTTGCCTCGTCTGTACTCGCTAAATGACCAGAAGCCGATTCATCATTTTCAGCATCCGTGCTTTTCTGTCCTGTTATTTTGGTTTTCCCTTTCTTGTTGATGGTCAATGGTTTTTTGAAACTCACCCATGACTCATTACCATCCAAAATACGAATTCCGTGCTCTATGGACGCTGTCGTACCATCTTCAATTGTAGGGTCAAGCGTACTACTATATTCGGGTTTGTAGCCTTGTTCCGATTGTTGTCCTTCCGTCTTGATTTGAGTGAAAGATGGGTGATCAAAACTAATGTCAGTAGGAATATCAGTATCGATTTCTATGCCAACAATTTCTTCAACAAGAAAAGCATCTTGTGACCTATTATATCTTCCTCGAAAATGGAGTGTCCAACCGTCCATTGAGGGTGGATCAAATTGAAAAATCCATTTCTTCCATCCATCCTTATCAATCAGTTGAGTATTAAAATAACGACAAATGCTTTCAAATGACTGTTTGGCATTAGGATCAAGTAGTAACCAGGCTAATAGACATTGGGTTCCCTTTTGATTTACAAGTTTTAAAGGCATTGTATTTTCTAAAAAGACAATTACTGTTTCCTCATTATCTTGGCATATTGCAAATTCATTTTGAATGGTCGTTGTACTGAGGCTTGCCCGACAAAAATAAGAGTTAATGAGAAAAAGTGTTCTTGCAAGCTCAAACTGTGGTAGATGAATAGTGACCTGATTGGGTCCTTCTATAATGAAACTAGTTTGTATTCCCTCAAAATATGTAAGATTTGAATCCGTTGATAATTCATCAAAATCTTTTAAAAGAGAGGGGGTTAGAAAATTCTGATCAGACAAAGTAATCACTAGATTCGGTTTAGATAATTGTCTTTCGCTACAGTTTAGTTTTTTGCCACGAATTAACATGGCTGCATTGCTAAAGTTAGTAAATTTCTTTTCTTGTTTTGGTGAGCATTGTAGGTTAATACTCCAGATTTTTGATTTTGAACCTTTGAATAGGCCGCCAATATGTGTAACTGTTACATTATGATCAAAATGATTAATTTTTACCGTCATGAGTATTGAAAAATCCAGATAGTTTTAGAATTCTTGCTGCATCAGGGGTGATTCTTTCTTTGCTAAGTCCTGCCAAGCGGAAAACTCGCCATAAGTGCAACGGTTGAAAATCTGAAGATAAGATTTTAACAGCTACACAGACTCTGCGTAGCTGGTATTCAGTAATACTTTCAACATACTTTACCAAAAAGCATCTAACCAATGGGAGCTTAGAGAGGTTATGCTCTATGCTTGAATGTTGTGGTAATTGCATAAGATACCAGTTTCTAGAACGTCTAGGTGTAGGACTCAGATCATCTTTGAATTGGTGAGCAAGTCGCAATAGTACTTTTGCATATTCTCGATCACGATTATGCCAGTCTACACGAGTGTTAAGAGGCGAACGTACTACTTGATGTTTGGAATTATATTGTTGAAGCCATTTATAATCATGGCGATATAACCACGCATAGATGGCACCTCCATTGCTTATGGAGCGACTCACCTTAATACCATTCTTTCTAACAAGCTGCTGCCACTTTTTACGGTATTCTGCACACTTTACAATATCTAAGTCATTTTCAATAGTTGTTGTTTTTACTATGAAAACTGGCTGAATATGTTGA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Homologous phage analysis in the prophage region

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110816:110833	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_004910175.1|112606_113524_+	nucleotide-binding protein	NA	NA	NA	NA
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WP_151781178.1|116277_116466_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_151781176.1|116735_117401_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126403.1|117569_119573_+	N-6 DNA methylase	NA	NA	NA	NA
WP_160126404.1|119575_120892_+	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_160126405.1|121001_124286_+	DEAD/DEAH box helicase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126406.1|124298_125648_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.5e-62	34.8

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP031972|267056:384839|DBSCAN-SWA
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MPISVHAYSSLENLGIRTQLERLYDTSPEFGDGQDAMEQLEQNLQQYTTVYTAEFNSKIIGAIWVTGQGESRVLEYVVVHPANRGRGVAERLVEEVCRIEEEQGVKLFEPGCGAIHRCLSHIGKI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_118901380.1|267056_268215_+|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	1.5e-50	39.1
256571:256586	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_005083376.1|270291_270675_+	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080771.1|270671_271016_+	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_005088614.1|271090_272716_+|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	2.8e-143	54.0
WP_005088612.1|273058_273496_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088610.1|273492_275355_-	DEAD/DEAH box helicase family protein	A0A0K1LKN7	Rhodobacter_phage	2.5e-10	22.8
WP_160124150.1|275458_275944_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088605.1|276211_277411_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	B7SYF8	Stenotrophomonas_phage	2.8e-79	42.7
WP_004641452.1|277805_279686_+	potassium transporter Kup	A7J6G4	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	4.6e-73	30.2
WP_005088603.1|279845_280919_+	DNA/RNA non-specific endonuclease	H6X497	Enterobacteria_phage	7.5e-28	37.2
WP_005088601.1|280990_281233_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088597.1|281768_282776_-	AraC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005088596.1|282890_283538_+	sterol desaturase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088590.1|285307_286066_-	imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF	NA	NA	NA	NA
WP_005088588.1|286178_287129_+	homoserine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005088587.1|287138_287756_+	DUF1294 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004641431.1|287792_288185_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088585.1|288343_288742_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005088580.1|289706_291161_-	SulP family inorganic anion transporter	A0A2H4J153	uncultured_Caudovirales_phage	3.1e-186	71.8
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300530:300545	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_008941148.1|384428_384839_+|tRNA	tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP031972|924776:986374|DBSCAN-SWA
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MTQQKKLTQQQAIVVERDLAKFANTMDSLVRIPFTKQGVGADAALSTIPFAGDIAGFILTLYAFKKAREVGVPQHKLNGVVKLAILDMLVGFVPIVGTIFDVFIRPSRKTLDIVHDHIREEYQVRSDIHVVHPFLHEALEQKQKTSAFWRNPIVSWIWLRIPDLLGIAILILLVVAVWAGFSFLWQWYQSFH
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MSRSNIERSCLLSALEIIAVIISVIGVTLTIQRNMWCWWFNILACSLYAYLFFTYKLYGETILQFFFIVFNFYGFYYWLKGQRQDHEIRIEPINRTSALAQICLAATGGLIFGMVLKYCTDASLPMLDSQLAAFSLLATYWTSQKHIATWLLWIIIDIVYVGMFLYKELLLTAGLYAAFVGLATYGWWQWQQVRQKQLTH
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MDHITELFCILDDFCKKFNESLEKALISNQKTKLKKSALSLSEAMTIVILFHQSGFRFFKYFYCQMIVPFWKSAFPKLLSYNRFIEIMPRCLQALSSFFHQVKGKDTGISIIDSTKLVVCHNLRIKRHRVFKGLAGRGKSSTGWFYGFKLHLVINNLGEIINLKLTSGNVHDVAILESLTQELKGILLGDKGYLSKAKAEALAARGLKILTPSRRNMKNKPIQTEEEKQLLCRRGLIETVNDQLKNLHQLEHSRHRSVNNFMVNIMAAVVAYCLNPNKPTFQNMLKG
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MNIKINTRTEKDLLGLKEIPDHCYYGVQTLRAIENFNLSSSKLSQFPHFIKALAIVKSACAHSNFKLNKIDDNKNNAIQYACQQIMNNQYHDQFMVDMIQGGAGTSTNMNINEVVANVGLEYLGRSKGEYQYLHPNNDVNMSQSTNDVYPTAIKLGLISAIEQLNTPFNNLIASFNAKSNEFADILKMGRTQLQDAVPMTLGQEFGAFAATLQSDLDKLNRIMPDALSVVNLGGTAIGTGINTEVQYREYAIQALSEITQRKISSAPDLIEATSDMGDFVLLSSFLKRTATKLSKIANDLRLLSSGPRAGLSEIYLEPRQPGSSIMPGKVNPVIPEAMNLVCYQVIANDLAITLAAEAGQLQLNAMEPLIAFKLFESIELLGKAMQMFQQKCIDTIRANAELCQSQVENSIGIVTALNPYLGYETTTRIAKQANETGQSVLALIKAENLISDQVLADILAVKNMVHPKQSA

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_160126491.1|926919_927810_+	neutral zinc metallopeptidase	A0A1I9SA48	Rhodococcus_phage	2.9e-33	37.3
WP_035374992.1|928315_929248_+|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9
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WP_160126493.1|935923_939154_+	CapA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_035374992.1|939121_940054_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9
WP_160126494.1|940159_941611_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126495.1|941603_942341_-|protease	metalloprotease	NA	NA	NA	NA
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WP_004640299.1|944272_944488_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_004640293.1|948405_949545_-	glutamine-hydrolyzing carbamoyl-phosphate synthase small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_005089452.1|949905_950415_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004640289.1|950463_951000_-	DOMON-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004640287.1|951005_951332_-	ribosome assembly RNA-binding protein YhbY	NA	NA	NA	NA
WP_008941571.1|951596_952247_+	23S rRNA (uridine(2552)-2'-O)-methyltransferase RlmE	NA	NA	NA	NA
WP_004640283.1|952384_954280_+	ATP-dependent metallopeptidase FtsH/Yme1/Tma family protein	M4QMW8	Micromonas_pusilla_virus	2.6e-108	46.8
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WP_017394876.1|955389_956148_+	SIMPL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_008941568.1|956266_957877_+	VWA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_171055808.1|958010_958301_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_008941567.1|958331_959930_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_134251668.1|960084_961032_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_026070343.1|961480_962083_+	nicotinamide mononucleotide transporter	A0A0S1S1B4	Klebsiella_phage	5.7e-09	26.9
WP_017395172.1|962132_963272_-	glycerophosphodiester phosphodiesterase	NA	NA	NA	NA
WP_002122622.1|963399_964263_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017395173.1|964463_966077_-	phosphoethanolamine transferase	NA	NA	NA	NA
WP_008941561.1|966418_969520_+	multidrug efflux RND transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_160126497.1|969799_971137_+	magnesium transporter	NA	NA	NA	NA
WP_134251676.1|971213_971792_+	DUF4112 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004640254.1|971855_972761_-|protease	protease HtpX	NA	NA	NA	NA
WP_134251678.1|972978_973842_-	lytic transglycosylase domain-containing protein	A0A0H3V0Q1	Geobacillus_virus	2.3e-35	56.2
WP_004640251.1|974338_975244_+|tRNA	tRNA 2-thiocytidine(32) synthetase TtcA	A0A0U2S5Z2	Escherichia_phage	3.1e-91	64.2
WP_004640249.1|975440_975824_+	SCP2 sterol-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005084391.1|975870_976980_-	transglycosylase SLT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089478.1|977354_977831_+	transcription elongation factor GreB	NA	NA	NA	NA
WP_160126498.1|978482_979787_+	cation:dicarboxylase symporter family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_160126499.1|979946_980837_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_113996884.1|980972_982388_+	aspartate ammonia-lyase	NA	NA	NA	NA
WP_100833903.1|982619_983576_-	M15 family metallopeptidase	U5PVY5	Bacillus_phage	7.0e-09	34.1
WP_160126500.1|983579_984179_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_160126502.1|985009_986374_-|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssK	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP031972|1140003:1203451|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017396263.1|1142149_1142824_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075315206.1|1142939_1144160_+	Obg family GTPase CgtA	NA	NA	NA	NA
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WP_005084625.1|1157239_1157677_+	SRPBCC domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639969.1|1157837_1159364_+|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	2.9e-89	39.4
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WP_005089693.1|1160564_1162016_+	capsule assembly Wzi family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089695.1|1162342_1163251_+	sulfate adenylyltransferase subunit CysD	NA	NA	NA	NA
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WP_005089700.1|1164991_1165327_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639959.1|1165493_1166009_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089702.1|1166057_1166321_+	ribosomal protein L7/L12	NA	NA	NA	NA
WP_004639956.1|1166360_1167689_-	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
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WP_026057263.1|1169323_1170925_+	isocitrate lyase	NA	NA	NA	NA
WP_004639952.1|1171012_1171480_-	copper resistance protein NlpE N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089708.1|1171846_1173268_-|tRNA	cysteine--tRNA ligase	M1PG92	Moumouvirus	8.1e-54	31.5
WP_005089710.1|1173544_1174522_+	KpsF/GutQ family sugar-phosphate isomerase	A0A2P0VNK5	Tetraselmis_virus	2.0e-35	31.7
WP_004639946.1|1174525_1175065_+	HAD-IIIA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005084648.1|1175109_1175658_+	LPS export ABC transporter periplasmic protein LptC	NA	NA	NA	NA
WP_005084650.1|1175641_1176190_+	lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA	NA	NA	NA	NA
WP_005089712.1|1176189_1176936_+	LPS export ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	2.1e-21	26.9
WP_005089714.1|1177126_1178662_+	TolC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005084655.1|1178658_1180782_+	type I secretion system permease/ATPase	W8CYL7	Bacillus_phage	2.7e-29	24.5
WP_004639933.1|1180794_1181985_+	HlyD family type I secretion periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_005089717.1|1182078_1182678_+	YigZ family protein	A0A1X9I5T8	Streptococcus_phage	8.5e-21	39.7
WP_004639929.1|1182670_1183285_+	acyltransferase	M1HKK6	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	8.1e-11	50.8
WP_004639928.1|1183401_1184244_+	universal stress protein	A0A2H4J154	uncultured_Caudovirales_phage	4.5e-36	33.9
WP_005084663.1|1184363_1185032_-	O-methyltransferase	S5YRC3	Mycobacterium_phage	1.3e-25	36.7
WP_171057129.1|1185166_1185823_-	peptidase M15	NA	NA	NA	NA
WP_004639922.1|1185998_1186328_-	ferredoxin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089721.1|1186576_1187116_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005089723.1|1187225_1189865_-	DNA mismatch repair protein MutS	A0A1V0SJ67	Klosneuvirus	5.6e-32	24.4
WP_005084671.1|1190480_1190699_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126723.1|1190831_1191599_-	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639911.1|1192072_1193002_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005089728.1|1193681_1194725_+	tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_125316793.1|1194956_1196175_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	1.5e-77	52.6
WP_160126558.1|1196224_1196539_+	tripartite tricarboxylate transporter TctB family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_035374992.1|1197835_1198768_+|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

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MKDSVFATEVTNSALDPNKRKYKKLKIKVTKDDHQIELE
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MSKKHKTYTTEFKAEAIKLIEANQGNVSETARQLSISMQTLSNWNTKAKAGTLAGTKQYSPDLNALLEENKKLKQQLKIAEMEREFFKKGSSVLCQRKSVRYAYMKQKRYSFPITLMARLLHVSVSCFYDWLKRGVSKRTIQRNQQTILVKIAHEETRQSYGYIRLTKYLQAQGIKMSMYAVRQIKALNHLYCKRHKRFKRTTNSDHNRAIYENLLEQQFSMTRPNQAWSSDITYIWTVEGWLYLAAVKDLYTKQVVGYSLNERMTTQLVCNALNMAIHNQKPTKELIVHSDRGSQYCSHEYRNILEQYGFQGSMSKRGDCYDNAPIESFWGILKNELVHHYNYQTREEAKADIIKYIELFYNHRRIQKGLGFKTPNQMAEDFYKLAA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_085940844.1|1259368_1260533_+|transposase	IS3-like element ISAba22 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.6e-164	99.6
WP_005084804.1|1261581_1262970_-	adenylosuccinate lyase	A0A2H4UUU6	Bodo_saltans_virus	6.8e-98	44.6
WP_004639780.1|1263024_1263756_-	high frequency lysogenization protein HflD	NA	NA	NA	NA
WP_005089827.1|1263774_1264908_-|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_017396771.1|1264912_1265401_-	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005084811.1|1265501_1265960_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017396770.1|1265975_1266515_-	gamma carbonic anhydrase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089835.1|1266612_1267761_-	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase PBP5/6	B6DZZ7	Stx2-converting_phage	2.8e-65	38.1
WP_005084819.1|1267913_1268309_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089839.1|1268488_1268851_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639766.1|1268990_1269362_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089841.1|1269514_1270288_+	5'/3'-nucleotidase SurE	A0A1B1ITZ2	uncultured_Mediterranean_phage	3.4e-54	45.3
WP_005089843.1|1270398_1271229_+	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein	A0A292GJG6	Xanthomonas_phage	2.6e-12	45.7
WP_005084828.1|1271376_1272306_+	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005089845.1|1272370_1275010_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089847.1|1275197_1277375_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_004639634.1|1277377_1277779_+	lactoylglutathione lyase	NA	NA	NA	NA
WP_005084835.1|1277918_1278887_+	bile acid:sodium symporter	NA	NA	NA	NA
WP_004639630.1|1279086_1279311_+	50S ribosomal protein L31	NA	NA	NA	NA
WP_005089850.1|1279421_1281515_-	EAL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_008941999.1|1281496_1283251_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089852.1|1283264_1284281_-	EF-P beta-lysylation protein EpmB	NA	NA	NA	NA
WP_004639622.1|1284367_1284937_+	elongation factor P	NA	NA	NA	NA
WP_148334528.1|1285776_1286905_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_008941998.1|1288511_1288814_+	YbdD/YjiX family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089856.1|1288895_1289855_+	MoxR family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_005089857.1|1289869_1290787_+	DUF58 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089860.1|1290791_1292783_+	DUF3488 domain-containing transglutaminase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089862.1|1293357_1293534_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639604.1|1293872_1294082_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_161403048.1|1294571_1294691_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089864.1|1295466_1296150_-	pirin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639599.1|1296342_1297686_-	argininosuccinate synthase	A0A140XAJ5	Dickeya_phage	7.6e-54	79.4
WP_005089866.1|1297916_1298306_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089869.1|1298475_1300506_+	NADPH-dependent 2,4-dienoyl-CoA reductase	NA	NA	NA	NA
WP_005089872.1|1300937_1301828_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005082450.1|1301982_1303044_+	cupin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639590.1|1303040_1303676_+	maleylacetoacetate isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_004639588.1|1303712_1304414_+	fumarylacetoacetate hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089875.1|1304522_1305860_+	aromatic acid/H+ symport family MFS transporter	S4TR35	Salmonella_phage	7.7e-06	27.2
WP_035375084.1|1305944_1307201_+	outer membrane porin, OprD family	NA	NA	NA	NA
WP_125316793.1|1307401_1308621_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	1.5e-77	52.6
WP_125316793.1|1310616_1311836_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	1.5e-77	52.6
WP_005089881.1|1312534_1313206_-	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_005089883.1|1313315_1315202_+	protein-disulfide reductase DsbD	NA	NA	NA	NA
WP_005089886.1|1315198_1316023_+	TlpA family protein disulfide reductase	NA	NA	NA	NA
WP_080591915.1|1316337_1317366_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005089892.1|1318763_1319447_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005089900.1|1319461_1321117_+	TIGR01244 family phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_005082473.1|1321222_1322017_+	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089901.1|1322164_1322977_+	metal-dependent hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005089902.1|1323442_1325785_+	TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor	NA	NA	NA	NA
WP_160126562.1|1325998_1329202_+	type VI secretion system tip protein VgrG	A0A2H4JCD4	uncultured_Caudovirales_phage	3.0e-290	53.8
WP_148334528.1|1330569_1331698_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP031972|1453092:1514155|DBSCAN-SWA
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MNINQEQLIMFQTVIETGSFSAAARKLGKVPSAVSMSIANLEIDLNLNLFERVGREPTPTAEAMVLYEKTQQLLIEMNQWKQHAHALSTGLESTLNIVVVSELLHTNWTDYITLLEQNFPSLAINIVSAPQEDALHMLLDQSAQLALMFEREQLDSREQFVELKREALVPVISNIHPLAQLEQVSFEQMVQTRQIVVASRDNRIKPELLFAKDYWRTDNHHSACMMIVRNLGWGVLPLEMFNENPELKKKLKILKLYDFTPKFEYFVDLVWSRESELGAAARFLIEYIRDQRQKNKP
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MTKPNYTPEIRERAVQLLIESEKDYPSTWAAITAIAPKIGCTPETLRVWYLKHLDQLNPAKVQQISDQEKMKQMEREIKELKRANEILRKAAGFFRPGGARPPTQIMVDFIHNNKDRYGVEAICRILPIAPSTYYRTLDLTDNPEHRAKRDLHDEYHAEQIKRIWKESSGRYGVRKVWQKLKREGYVIARCTVARLMQKLGIQGVWRGKNKQTTRNRDDQKRADDLVKRNFNADHPNQLWVGDFTYIQTHSGWVYTAFVIDVFSRAIVGWKVSTRMNTDMVLDALEQALHDRGMPKNVIHHSDRGVQYLSIRYTNRLEAANLRASVGTTGDSYDNALAETVNGLYKTEVIEYLKADWQGLADVQLATLNWVDWFNKKRVHSALGYVSPFDFEAMYYDKINPLGQVA

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_148334528.1|1454485_1455615_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_171055798.1|1460023_1461118_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_004639454.1|1462640_1462898_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_008941320.1|1468901_1471034_+	TonB-dependent receptor	NA	NA	NA	NA
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WP_005090068.1|1473376_1473799_+	RDD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_026056330.1|1474180_1474900_+	MgtC/SapB family protein	G3MA03	Bacillus_virus	2.1e-13	38.5
WP_101494812.1|1475119_1476194_+|transposase	IS3 family transposase	S5WIU1	Leptospira_phage	6.8e-45	39.6
WP_160126725.1|1476216_1478037_+	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_005090070.1|1478083_1479256_-	benzoate/H(+) symporter BenE family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005090071.1|1479428_1480076_-	leucine efflux protein LeuE	NA	NA	NA	NA
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WP_004639441.1|1482230_1482659_+	chlorhexidine efflux PACE transporter AceI	NA	NA	NA	NA
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WP_160126726.1|1483279_1483783_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005090082.1|1487549_1487984_+	HIT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005082689.1|1488033_1489473_+	adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein	A0A218MLZ2	uncultured_virus	7.2e-26	37.4
WP_004639436.1|1489536_1489875_-	ISC system 2Fe-2S type ferredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_005090084.1|1489892_1491752_-	Fe-S protein assembly chaperone HscA	F2Y2E1	Organic_Lake_phycodnavirus	2.7e-102	39.3
WP_005090085.1|1491790_1492309_-	Fe-S protein assembly co-chaperone HscB	NA	NA	NA	NA
WP_005082695.1|1492458_1492779_-	iron-sulfur cluster assembly protein IscA	A0A2H4N7N5	Lake_Baikal_phage	3.3e-24	52.3
WP_004639432.1|1492808_1493195_-	Fe-S cluster assembly scaffold IscU	A0A2H4N7M4	Lake_Baikal_phage	1.6e-52	79.8
WP_005090087.1|1493274_1494492_-	IscS subfamily cysteine desulfurase	A0A0H3TPH2	Faustovirus	2.5e-27	28.0
WP_004639430.1|1494493_1494967_-	Rrf2 family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005090089.1|1495075_1495723_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639427.1|1495936_1496392_+	phasin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639426.1|1496561_1496834_+	HU family DNA-binding protein	Q6QIE5	Burkholderia_phage	2.2e-24	65.2
WP_004639425.1|1496973_1498845_+	SurA N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639424.1|1498915_1499725_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126574.1|1500160_1500643_-	RecX family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005090091.1|1500754_1501798_-	recombinase RecA	A0A2D1GPX2	Mycobacterium_phage	8.7e-114	62.5
WP_004639420.1|1501969_1502398_-	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639419.1|1502381_1503083_-	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005090093.1|1503094_1503952_+	3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ	NA	NA	NA	NA
WP_004639417.1|1504005_1504740_+	phosphoglycerate mutase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090094.1|1504907_1507598_+	ricin-type beta-trefoil lectin domain protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090096.1|1507761_1509036_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639414.1|1509128_1509395_-	30S ribosomal protein S20	NA	NA	NA	NA
WP_005090099.1|1509608_1510274_+	NAD(P)H-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639412.1|1510286_1510799_+	ribonuclease E activity regulator RraA	NA	NA	NA	NA
WP_005090100.1|1510811_1511600_+	glutathione S-transferase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639410.1|1511710_1512064_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126443.1|1512936_1514155_+|transposase	IS3-like element ISAba19 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	4.0e-78	51.2

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP031972|1653897:1716519|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_115736466.1|1653897_1655119_+|transposase	IS3 family transposase	Q6H9S3	Enterobacteria_phage	1.7e-20	32.5
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WP_005090422.1|1669397_1669907_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639248.1|1669920_1671258_-	potassium transporter TrkH	NA	NA	NA	NA
WP_004639247.1|1671259_1671910_-	TrkA family potassium uptake protein	NA	NA	NA	NA
WP_008942527.1|1672061_1673606_-	threonine ammonia-lyase, biosynthetic	NA	NA	NA	NA
WP_004639245.1|1673704_1674376_+	ribose-5-phosphate isomerase RpiA	NA	NA	NA	NA
WP_005090425.1|1674375_1675068_+	M48 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_026070435.1|1675087_1675699_-	CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090430.1|1675827_1677318_-	alkaline phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_005090431.1|1677500_1679030_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639240.1|1679325_1680375_+	N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase	NA	NA	NA	NA
WP_004639239.1|1680450_1681206_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080553.1|1681228_1681642_+|protease	ATP-dependent Clp protease adapter ClpS	A0A1B1IT64	uncultured_Mediterranean_phage	9.0e-14	47.1
WP_004639236.1|1682121_1684407_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	1.5e-163	43.2
WP_004639235.1|1684406_1684769_+	YnfA family protein	A0A218MNG8	uncultured_virus	4.0e-26	59.4
WP_160126582.1|1685160_1686204_+	3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase	A0A1Z1LZD8	Serratia_phage	1.4e-82	45.7
WP_005090437.1|1686262_1687183_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_004639232.1|1687182_1687743_-	PadR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_004639231.1|1687818_1689891_+	NADPH-dependent 2,4-dienoyl-CoA reductase	NA	NA	NA	NA
WP_005080566.1|1689963_1690380_+	nuclear transport factor 2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080569.1|1690410_1691127_+	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090439.1|1691148_1692237_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005080572.1|1692308_1692773_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639226.1|1693141_1694779_+	CTP synthase	A0A1J0FA14	Only_Syngen_Nebraska_virus	2.2e-151	51.8
WP_004639225.1|1694809_1695667_+	3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase	E3T537	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.1e-50	42.4
WP_004639224.1|1695758_1697048_+	phosphopyruvate hydratase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	1.1e-137	60.5
WP_004639223.1|1697177_1697543_+	cell division protein FtsB	NA	NA	NA	NA
WP_004639222.1|1697532_1698240_+	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005090442.1|1698366_1698843_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639220.1|1698901_1699666_-	RES family NAD+ phosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_004639219.1|1699662_1700034_-	DUF2384 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080585.1|1700249_1700663_+	YeeE/YedE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090445.1|1700664_1701078_+	YeeE/YedE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080588.1|1701092_1701965_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005080590.1|1702133_1702832_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080592.1|1702971_1703232_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090449.1|1703358_1703943_+	uracil-DNA glycosylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_171057921.1|1703957_1705514_-	phospholipase D family protein	NA	NA	NA	NA
WP_080591915.1|1705639_1706668_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_035375121.1|1706805_1707081_+	metal/formaldehyde-sensitive transcriptional repressor	NA	NA	NA	NA
WP_026056359.1|1707101_1708211_+	S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase/class III alcohol dehydrogenase	A0A0K0KVL7	Prochlorococcus_phage	8.9e-32	27.6
WP_005090465.1|1708470_1710297_+	allophanate hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_004639207.1|1713929_1714625_+	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

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Homologous phage analysis in the prophage region

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2384453:2384469	attR	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP031972|3201697:3268715|DBSCAN-SWA
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MKKMLMALSLSGALLGGSTVVWAEEAASTPVTEQTVVVTETNTIPAAVEAEAPVEVVAEPEAEATLDTGDTAWILVSTALVLLMTIPGLALFYGGMVRKKNVLSTMAHSFVAAAVVSIAWIVIGYTLAFGEGNAFIGGLDKLMLSGIGTDALSGSIPEILFVVFQMTFAIITVAIISGSIAERMKFGAFVAFIAIWVVVVYAPITHWVWGGGWLGNDGALDFAGGTVVHINSGVAGLVAAYMLGKRMGLGRESMAPHNLALTVVGASLLWVGWFGFNGGSALGANGSASYAIVVTQVAAAAAALSWLVAEKVVRGKASVLGAASGAVAGLVVITPAAGFVTVGGALIMGLIGGVVCFWGITALKRTLKADDSLDAFGLHGVGGIVGAILTAVFASEFIMGDDAPANMLTQLWVQVEGVLATIAYSAVMTFIILKVIDLAIGIRVSNDDERMGLDLSQHGERVE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_005087921.1|3202692_3203886_-	putative lipid II flippase FtsW	NA	NA	NA	NA
WP_005087920.1|3203896_3205255_-	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine--D-glutamate ligase	NA	NA	NA	NA
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WP_017394530.1|3207540_3207801_-	ferrous iron transport protein A	NA	NA	NA	NA
WP_008942252.1|3207951_3208872_+	site-specific tyrosine recombinase XerD	A0A0K2CP59	Brevibacillus_phage	2.3e-33	31.4
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WP_026056262.1|3209951_3211253_+	homoserine dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
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WP_005087910.1|3214441_3216007_+	two-component sensor histidine kinase	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.8e-07	23.6
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WP_008942248.1|3218677_3220222_-	2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_004637591.1|3220346_3221417_-	LPS export ABC transporter permease LptG	NA	NA	NA	NA
WP_004637590.1|3221416_3222517_-	LPS export ABC transporter permease LptF	NA	NA	NA	NA
WP_026056263.1|3222672_3224121_+	leucyl aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	4.5e-52	37.0
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WP_008942245.1|3224567_3225194_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_008942244.1|3226055_3226895_-	aquaporin	NA	NA	NA	NA
WP_004637583.1|3227293_3228586_-	DNA adenine methylase	A0A0P0BWH0	Ostreococcus_mediterraneus_virus	1.6e-37	32.8
WP_005087893.1|3228582_3229683_-	bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase RibD	A0A2H4PQS8	Staphylococcus_phage	6.7e-48	37.1
WP_004637581.1|3229695_3230160_-	transcriptional repressor NrdR	NA	NA	NA	NA
WP_005087891.1|3230295_3231687_-	ammonium transporter	H8ZJB2	Ostreococcus_tauri_virus	1.3e-35	33.0
WP_000780326.1|3231755_3232094_-	P-II family nitrogen regulator	NA	NA	NA	NA
WP_004637578.1|3232366_3232594_+	accessory factor UbiK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_125317027.1|3232663_3233620_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_023187979.1|3236043_3237126_+	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	A0A0U4JD08	Gordonia_phage	2.4e-37	36.4
WP_125316793.1|3237765_3238985_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	1.5e-77	52.6
WP_023187981.1|3239950_3241663_+	ThiF family adenylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005314752.1|3241668_3242130_+	Mov34/MPN/PAD-1 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023187982.1|3242132_3243527_+	SAVED domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126441.1|3244364_3245529_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.3e-139	84.9
WP_170830422.1|3246953_3247865_-	cation diffusion facilitator family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_008942233.1|3248061_3248631_-	ester cyclase	NA	NA	NA	NA
WP_008942232.1|3248611_3248995_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_170830421.1|3249071_3250505_-	efflux transporter outer membrane subunit	NA	NA	NA	NA
WP_008942230.1|3250549_3253714_-	efflux RND transporter permease subunit	S5VL66	Leptospira_phage	1.6e-22	19.4
WP_023187985.1|3253717_3254899_-	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_023187986.1|3255349_3256354_+	cation diffusion facilitator family transporter	A0A1V0SED0	Indivirus	7.5e-22	27.1
WP_023187987.1|3256394_3258083_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035374992.1|3258275_3259208_+|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9
WP_023187988.1|3259355_3259670_-	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_118902013.1|3259790_3262277_+	copper-translocating P-type ATPase	A0A218MNH6	uncultured_virus	1.0e-91	34.4
WP_023187990.1|3262287_3262746_+	Cu(I)-responsive transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_160126678.1|3262879_3263077_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005080771.1|3264804_3265149_-	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_005083376.1|3265145_3265529_-	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126679.1|3265630_3266368_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005274609.1|3266390_3267320_+|transposase	IS5-like element ISAba10 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	8.4e-52	38.3
WP_020846310.1|3267782_3268715_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	1.8e-57	40.9

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP031972|3373175:3440439|DBSCAN-SWA
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MFNPNVVVKNIVTQTGVENIVTLIARILMAYIFIVAGWGKLTAYSATAGYMEAMGVPAALLPLTILVEFGGGLALLFGFQARFAAFGLGVFSILTAFLFHGADDQAQQINFMKNLAMAGGLFYLMLYGAGRLSLDHKIEN

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016164861.1|3410758_3411958_-	class I SAM-dependent methyltransferase	A0A2H4J5G6	uncultured_Caudovirales_phage	5.1e-33	79.3
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WP_016164865.1|3430376_3431297_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_000693745.1|3436685_3438641_-	MBL fold metallo-hydrolase	A0A2P0VMX1	Tetraselmis_virus	2.1e-129	41.1
WP_080591915.1|3439410_3440439_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
3446366:3446386	attR	NA	NA	NA	NA

2. NZ_CP031973

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	11555 : 67799	49	uncultured_virus(25.0%)	protease,integrase,transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP031973|11555:67799|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_002010699.1|49992_50568_+	DUF1788 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_160126739.1|57895_60520_+	BREX-1 system phosphatase PglZ type A	NA	NA	NA	NA
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WP_160126443.1|66579_67799_-|transposase	IS3-like element ISAba19 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	4.0e-78	51.2