CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP031976	Acinetobacter haemolyticus strain AN43 chromosome, complete genome	1 crisprs	TnsE_C,csa3,cas3,DEDDh,WYL,PrimPol	0	2	9	0
NZ_CP031977	Acinetobacter haemolyticus strain AN43 plasmid pAhaemAN43b, complete sequence	0 crisprs	WYL,PD-DExK	0	0	1	0
NZ_CP031978	Acinetobacter haemolyticus strain AN43 plasmid pAhaemAN43a	0 crisprs	NA	0	0	0	0

1. NZ_CP031976

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP031976_1

• CRISPR_ID: NZ_CP031976_1
• CRISPR_location: 2030928-2031135
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-F
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NZ_CP031976_1

Consensus_repeat	Method
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CRISPRCasFinder
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CRT

spacers of NZ_CP031976_1

>1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT
CAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATT
>1.2|2031016|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT
AGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGG
>1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT
TAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP031976_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP031976_1

>merge|NZ_CP031976|1|2030928-2031135|CRISPRCasFinder,CRT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAACAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATTGTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAAAGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGGGTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAATAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTGGTTCACTGACGCATAGGCAGCTCATAAT

>NZ_CP031976|1|1|2030928-2031135|CRISPRCasFinder
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	AGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGG
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	TAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTG
GTTCACTGACGCATAGGCAGCTCATAAT

>NZ_CP031976|1|1|2030928-2031135|CRT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	CAACACATACTCATCAAGAATTACTTTTAATT
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	AGTACCCGAACAACACACGATCACATTATCGG
GTTCACTGCCGCATAGGCAGCTTAGAAA	TAACTTTGTAGCTGTATCTGTAGCCATTGTTG
GTTCACTGACGCATAGGCAGCTCATAAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP031976.1|WP_005081130.1|2032091_2033126_-|lipase-secretion-chaperone	unknown	unknown	gnl|CDD|234937
NZ_CP031976.1|WP_005081129.1|2031237_2032008_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238487
NZ_CP031976.1|WP_026057242.1|2029896_2030682_-|HesA/MoeB/ThiF-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238386
NZ_CP031976.1|WP_005090919.1|2037321_2038380_+|AraC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|378890
NZ_CP031976.1|WP_005081133.1|2033205_2034225_-|triacylglycerol-lipase	unknown	unknown	gnl|CDD|224001
NZ_CP031976.1|WP_005081122.1|2025081_2026404_+|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|235865
NZ_CP031976.1|WP_004638625.1|2039846_2040935_-|peptide-chain-release-factor-1	unknown	unknown	gnl|CDD|234801
NZ_CP031976.1|WP_004638640.1|2027084_2027636_-|DUF2799-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378521
NZ_CP031976.1|WP_005081118.1|2017657_2022166_-|translocation/assembly-module-TamB-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225463
NZ_CP031976.1|WP_005090915.1|2035590_2036274_-|superoxide-dismutase	unknown	unknown	gnl|CDD|223678
NZ_CP031976.1|WP_005081141.1|2038396_2039029_+|FMN-binding-negative-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|225366
NZ_CP031976.1|WP_005081125.1|2028552_2029851_-|AarF/ABC1/UbiB-kinase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223733
NZ_CP031976.1|WP_004638638.1|2028066_2028447_-|dihydroneopterin-aldolase	unknown	unknown	gnl|CDD|376737
NZ_CP031976.1|WP_035375190.1|2034502_2035522_+|AraC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|197666
NZ_CP031976.1|WP_160140304.1|2022212_2024918_-|BamA/TamA-family-outer-membrane-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223801
NZ_CP031976.1|WP_005081145.1|2039025_2039847_-|peptide-chain-release-factor-N(5)-glutamine-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|236467
NZ_CP031976.1|WP_005090917.1|2036408_2037179_-|3-hydroxyacyl-CoA-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|187629
NZ_CP031976.1|WP_004638645.1|2017104_2017491_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP031976.1|WP_004638641.1|2026407_2027043_+|2-polyprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone-monooxygenase	unknown	unknown	gnl|CDD|153101
NZ_CP031976.1|WP_004638639.1|2027675_2028110_-|2-amino-4-hydroxy-6--hydroxymethyldihydropteridine-diphosphokinase	unknown	unknown	gnl|CDD|376515

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP031976.1|WP_005081130.1|2032091_2033126_-|lipase-secretion-chaperone	gnl|CDD|234937	PRK01294, PRK01294, lipase secretion chaperone.	1.33208e-66
NZ_CP031976.1|WP_005081129.1|2031237_2032008_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|238487	cd00987, PDZ_serine_protease, PDZ domain of trypsin-like serine proteases, such as DegP/HtrA, which are oligomeric proteins involved in heat-shock response, chaperone function, and apoptosis. May be responsible for substrate recognition and/or binding, as most PDZ domains bind C-terminal polypeptides, though binding to internal (non-C-terminal) polypeptides and even to lipids has been demonstrated. In this subfamily of protease-associated PDZ domains a C-terminal beta-strand forms the peptide-binding groove base, a circular permutation with respect to PDZ domains found in Eumetazoan signaling proteins.	1.66182e-06
NZ_CP031976.1|WP_026057242.1|2029896_2030682_-|HesA/MoeB/ThiF-family-protein	gnl|CDD|238386	cd00757, ThiF_MoeB_HesA_family, ThiF_MoeB_HesA. Family of E1-like enzymes involved in molybdopterin and thiamine biosynthesis family. The common reaction mechanism catalyzed by MoeB and ThiF, like other E1 enzymes, begins with a nucleophilic attack of the C-terminal carboxylate of MoaD and ThiS, respectively, on the alpha-phosphate of an ATP molecule bound at the active site of the activating enzymes, leading to the formation of a high-energy acyladenylate intermediate and subsequently to the formation of a thiocarboxylate at the C termini of MoaD and ThiS. MoeB, as the MPT synthase (MoaE/MoaD complex) sulfurase, is involved in the biosynthesis of the molybdenum cofactor, a derivative of the tricyclic pterin, molybdopterin (MPT). ThiF catalyzes the adenylation of ThiS, as part of the biosynthesis pathway of thiamin pyrophosphate (vitamin B1). .	2.25895e-97
NZ_CP031976.1|WP_005090919.1|2037321_2038380_+|AraC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|378890	pfam12625, Arabinose_bd, Arabinose-binding domain of AraC transcription regulator, N-term. AraC is a bacterial transcriptional regulatory protein with a DNA-binding domain at the C-terminus, HTH_AraC, pfam00165, and this dimerization domain which harbours the arabinose-binding pocket at the N-terminus. AraC positively and negatively regulates expression of the proteins required for the uptake and catabolism of the sugar L-arabinose 1,2,3].	1.51332e-29
NZ_CP031976.1|WP_005081133.1|2033205_2034225_-|triacylglycerol-lipase	gnl|CDD|224001	COG1075, LipA, Predicted acetyltransferases and hydrolases with the alpha/beta hydrolase fold [General function prediction only].	8.25434e-44
NZ_CP031976.1|WP_005081122.1|2025081_2026404_+|MFS-transporter	gnl|CDD|235865	PRK06814, PRK06814, acyl-[ACP]--phospholipid O-acyltransferase.	6.35634e-138
NZ_CP031976.1|WP_004638625.1|2039846_2040935_-|peptide-chain-release-factor-1	gnl|CDD|234801	PRK00591, prfA, peptide chain release factor 1; Validated.	0
NZ_CP031976.1|WP_004638640.1|2027084_2027636_-|DUF2799-domain-containing-protein	gnl|CDD|378521	pfam10973, DUF2799, Protein of unknown function (DUF2799). Some members in this family of proteins are annotated as yfiL which has no known function.	4.63083e-21
NZ_CP031976.1|WP_005081118.1|2017657_2022166_-|translocation/assembly-module-TamB-domain-containing-protein	gnl|CDD|225463	COG2911, COG2911, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	2.46938e-114
NZ_CP031976.1|WP_005090915.1|2035590_2036274_-|superoxide-dismutase	gnl|CDD|223678	COG0605, SodA, Superoxide dismutase [Inorganic ion transport and metabolism].	5.42674e-103
NZ_CP031976.1|WP_005081141.1|2038396_2039029_+|FMN-binding-negative-transcriptional-regulator	gnl|CDD|225366	COG2808, PaiB, Transcriptional regulator [Transcription].	5.34499e-77
NZ_CP031976.1|WP_005081125.1|2028552_2029851_-|AarF/ABC1/UbiB-kinase-family-protein	gnl|CDD|223733	COG0661, AarF, Predicted unusual protein kinase [General function prediction only].	8.80366e-91
NZ_CP031976.1|WP_004638638.1|2028066_2028447_-|dihydroneopterin-aldolase	gnl|CDD|376737	pfam02152, FolB, Dihydroneopterin aldolase. This enzyme EC:4.1.2.25 catalyzes the conversion of 7,8-dihydroneopterin to 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin in the biosynthetic pathway of tetrahydrofolate.	2.14425e-34
NZ_CP031976.1|WP_035375190.1|2034502_2035522_+|AraC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|197666	smart00342, HTH_ARAC, helix_turn_helix, arabinose operon control protein.	4.5603e-15
NZ_CP031976.1|WP_160140304.1|2022212_2024918_-|BamA/TamA-family-outer-membrane-protein	gnl|CDD|223801	COG0729, COG0729, Outer membrane protein [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	3.27841e-63
NZ_CP031976.1|WP_005081145.1|2039025_2039847_-|peptide-chain-release-factor-N(5)-glutamine-methyltransferase	gnl|CDD|236467	PRK09328, PRK09328, N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase; Provisional.	9.53773e-119
NZ_CP031976.1|WP_005090917.1|2036408_2037179_-|3-hydroxyacyl-CoA-dehydrogenase	gnl|CDD|187629	cd05371, HSD10-like_SDR_c, 17hydroxysteroid dehydrogenase type 10 (HSD10)-like, classical (c) SDRs. HSD10, also known as amyloid-peptide-binding alcohol dehydrogenase (ABAD), was previously identified as a L-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, HADH2. In fatty acid metabolism, HADH2 catalyzes the third step of beta-oxidation, the conversion of a hydroxyl to a keto group in the NAD-dependent oxidation of L-3-hydroxyacyl CoA. In addition to alcohol dehydrogenase and HADH2 activites, HSD10 has steroid dehydrogenase activity. Although the mechanism is unclear, HSD10 is implicated in the formation of amyloid beta-petide in the brain (which is linked to the development of Alzheimer's disease). Although HSD10 is normally concentrated in the mitochondria, in the presence of amyloid beta-peptide it translocates into the plasma membrane, where it's action may generate cytotoxic aldehydes and may lower estrogen levels through its use of 17-beta-estradiol as a substrate. HSD10 is a member of the SRD family, but differs from other SDRs by the presence of two insertions of unknown function. SDRs are a functionally diverse family of oxidoreductases that have a single domain with a structurally conserved Rossmann fold (alpha/beta folding pattern with a central beta-sheet), an NAD(P)(H)-binding region, and a structurally diverse C-terminal region. Classical SDRs are typically about 250 residues long, while extended SDRs are approximately 350 residues. Sequence identity between different SDR enzymes are typically in the 15-30% range, but the enzymes share the Rossmann fold NAD-binding motif and characteristic NAD-binding and catalytic sequence patterns. These enzymes catalyze a wide range of activities including the metabolism of steroids, cofactors, carbohydrates, lipids, aromatic compounds, and amino acids, and act in redox sensing. Classical SDRs have an TGXXX[AG]XG cofactor binding motif and a YXXXK active site motif, with the Tyr residue of the active site motif serving as a critical catalytic residue (Tyr-151, human 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH) numbering). In addition to the Tyr and Lys, there is often an upstream Ser (Ser-138, 15-PGDH numbering) and/or an Asn (Asn-107, 15-PGDH numbering) contributing to the active site; while substrate binding is in the C-terminal region, which determines specificity. The standard reaction mechanism is a 4-pro-S hydride transfer and proton relay involving the conserved Tyr and Lys, a water molecule stabilized by Asn, and nicotinamide. Extended SDRs have additional elements in the C-terminal region, and typically have a TGXXGXXG cofactor binding motif. Complex (multidomain) SDRs such as ketoreductase domains of fatty acid synthase have a GGXGXXG NAD(P)-binding motif and an altered active site motif (YXXXN). Fungal type ketoacyl reductases have a TGXXXGX(1-2)G NAD(P)-binding motif. Some atypical SDRs have lost catalytic activity and/or have an unusual NAD(P)-binding motif and missing or unusual active site residues. Reactions catalyzed within the SDR family include isomerization, decarboxylation, epimerization, C=N bond reduction, dehydratase activity, dehalogenation, Enoyl-CoA reduction, and carbonyl-alcohol oxidoreduction.	9.03412e-126
NZ_CP031976.1|WP_004638641.1|2026407_2027043_+|2-polyprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone-monooxygenase	gnl|CDD|153101	cd01042, DMQH, Demethoxyubiquinone hydroxylase, ferritin-like diiron-binding domain. Demethoxyubiquinone hydroxylases (DMQH) are members of the ferritin-like, diiron-carboxylate family which are present in eukaryotes (the CLK-1/CAT5 family) and prokaryotes (the Coq7 family). DMQH participates in one of the last steps of ubiquinone biosysnthesis and is responsible for DMQ hydroxylation, resulting in the formation of hydroxyubiquinone, a precursor of ubiquinone. CLK-1 is a mitochondrial inner membrane protein and Coq7 is a proposed interfacial integral membrane protein. Mutations in the Caenorhabditis elegans gene clk-1 affect biological timing and extend longevity. The conserved residues of a diiron center are present in this domain.	1.0496e-74
NZ_CP031976.1|WP_004638639.1|2027675_2028110_-|2-amino-4-hydroxy-6--hydroxymethyldihydropteridine-diphosphokinase	gnl|CDD|376515	pfam01288, HPPK, 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK).	1.67007e-12

Protein sequences

>NZ_CP031976.1|WP_026057242.1|2029896_2030682_-|HesA/MoeB/ThiF-family-protein
MSDHLEHTFELTDDEMHLYSRQILLDGWDIEAQEKLKLANVLIVGAGGIGCTSAELLARAGVGKITIVDADTIEVSNLQRQIAFTSNDLGQYKAETLAKHLQEINPHIQVSYQNKRFDETNADELVQHQDVVLDGCDNFTTRYLVNAVCKTHQVPLISASAIGFEGQMFMVESDSACYECLFPKENQTNEGLRCAESGVLATTPVMVASLQAHHTLLFLGLGLTPLKQKLLLWNGLNLTQRILQFEKDVNCPVCQASASVN
>NZ_CP031976.1|WP_005081125.1|2028552_2029851_-|AarF/ABC1/UbiB-kinase-family-protein
MKRNILVDGLRSVARIGETVIVAAQAGVKYATEKPSNAKLMRETFESLGSTYIKLGQFIASTPSLFPREYVQEFQGCLDQTPTLPFSYIQQVLAEEFEGKDLNSIFSFIDENPLASASIAQVHAAKLVTGEDVVLKVQKPGVETILYTDLNVVHWATKLLEKAVPKIKFASLSEIVDEIKTRMVREVDFIEEAQNLDDFVQYLNISGNQAATAPKVYHQFSTRRVLTMQRLYGVPLTDFDVVKQYAKDPTQVLITAMNTWFGSLMLCKSFHADLHAGNLMLLEDGRVGFIDFGIVGQLNPEVWTACMAFMDALQHTNYIAMAENMLKMGMTNQKIDTQVLAADLERLFSGVLLADPQEILSSNPADLNDIMMDMVAVGERHGIKFPRDFALLFKQMLYFDRFMRVLAPYTDIYADQRLKMVHNIEPASLLKH
>NZ_CP031976.1|WP_004638638.1|2028066_2028447_-|dihydroneopterin-aldolase
MDAIIIEGLKVDTVIGCFNWERQIIQPLMLDLTIHNDLSQAARSDELEDTLNYAQICEIAAQVIQDAKPKLIEHAAQLVLEVLFNTFPSIDSISITIRKPAIIAQANAVGIRLDRNRNDFCARAGE
>NZ_CP031976.1|WP_004638639.1|2027675_2028110_-|2-amino-4-hydroxy-6--hydroxymethyldihydropteridine-diphosphokinase
MIATETIFALALASNVQQLENFNFAYAQIMSLGTVEFSSIYEIPCRDGVGADYWNSACLLKSHLSVDEIVDILKKLEQQSGRVRPSHHISLDIDVIAWGESLDQMQFNPKKLPLALDVKIPLYELWPNQILQYDQNRKYPIITL
>NZ_CP031976.1|WP_004638640.1|2027084_2027636_-|DUF2799-domain-containing-protein
MKTLVSISIMAVLLSGCAAMSVEQCKTANWLSVGEKDGSAGYESRLDKYYSSCQKANVVPNQALYEKGYQKGLGYYCRPESIFNEALEGRGDYRVCSIEKRETLRPYYQVAHEYYQANSEFNRSQSDVSHYLRELERKDLSAKDRDEYKKRLSDLRSNRNRVQFRYQDAVRNLERFKAEHGLP
>NZ_CP031976.1|WP_004638641.1|2026407_2027043_+|2-polyprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone-monooxygenase
MRHYTGLDQLINSFDQALRSLVPGATTSQRSNPANDEASQLCVSDARHVAGLMRVNHSGEVCAQALYHGQALTAKLPHVREEMQQAAVEEQDHLAWCEDRLKELDSHTSVLNPIWYGLSYGMGAIAGIAGDKYSLGFVAETERQVSQHLQEHLQQLPEQDQRSRKILEQMNEDELHHRDTALKAGGVDLPVPVRITMTAISKLMTKTSYYI
>NZ_CP031976.1|WP_005081122.1|2025081_2026404_+|MFS-transporter
MMKQDEQLMTSRRFAPMFFTQFFGALNDNVYKQALLLVITYGWIQQQSAAVSTLNNLAALLFILPYFFFSATAGQVADKYERSQLVRFLKLLEIVIMMIGTAGFLLGNLWLLLFALFLMGTHSTCFGPIKYAILPEILKPQELMSGNALFQSGTSIAILFGMILGGAVIASSAGNLLWISITVLIIACLGYLASRFILPQKVAAPDLKIDWNFFRTSFQTIKYAKSIPIVFTVLLGNSWYWFYGATYLTQIPQLTQQNLHASENVVSLLLTFFSVGIGIGSLLCRRIGGSEINIKMVPYGAIGLTVFAFYLAASLTFVPERTGELLSLGDVFSEGAVYYHVMLAVTLLGISGGFYIVPLYAMMQAYSPRSHRARVVAANNILNAVFMVSSAIFSILILSILKIDIKILFSITAVLSAIFSFWLLTRLKPLLKNAPTTLED
>NZ_CP031976.1|WP_160140304.1|2022212_2024918_-|BamA/TamA-family-outer-membrane-protein
MPSKSKFKQSTLVHSMHLIFKMQSFPKLICSGFLISYCISVAYADEEAVVVAENSTIERMKDQVKSIPSPEIPYETFNLSSEYYNPAQDSVAALKQQEEAPSQIDTLKPIQLDENLEHLPVIAVDQNMANEIFQIAEEAKNDALAYRENVAKNPELVVNEATQSELTEISNPPVNIDRLMQEIQADSQIIVEANESGRTLADLQSKTEQVEEKAGFFKRIVNRFRPENLLGAERVPRISADVSGAPPALATNIKAKLSSFTQEAFEDFNVALPQLRSLTNQAAQAVGYYDARFSFEKLSDSRVKVTVEPNEPVKIDKQNIEFTGEGENAPQFQVIRLIPEQDEGDIFNHGKYEATKTKITNAASDNGYFDAYWRLHDVKISQPEKTAEINLKYDTGERYKLKAVEYKMSDPSKPLPLTQKVLDSLAPWKDGDDYAFWRVNVLANNLTNTRYFNYTLVDTIKPDAIQPPLDLPPDLQALVDQQRVEQSQLFSAQQKADIARQQVVSAEEVTQDVVDESQFSGSEPTPAYSLARSMPNIQNDETERQALEEQARLEKKIPVVVTLNADRLNTIETGVGYGTDTGARIRSQYRRAFVNKHGHSFDANIEVSEIRQSIDGRYSIPYKHPLNDYFNLVGGYERETRDNIGPNVELLVESAVVGGERVIKNPLGDWQHTFGLRYRLDRLTGKGDVDVSELPDAFRAAGTNSEQESLLLGYEISKTNSNTRLNPTKGFKQTYKVELGTESILSDANMAILTAGWRFIYSLGENDNHQFVGRGDASYIFTDDFDKVPYNLRFFTGGDQSLRGFDYKSLSPEEDGYKIGGQALGVGSLEYNYQFKDGWRAAVFSDFGNAFDKQFSNPTEYSVGVGIRWRSPIGPIRLDVASGISNDNRPIRLHFFIGPQI
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MGE targeting detection<

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NZ_CP031976_1	1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT	2031076-2031107	32	MN693388	Marine virus AFVG_25M277, complete genome	3618-3649	10	0.688
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NZ_CP031976_1	1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT	2031076-2031107	32	MN693389	Marine virus AFVG_25M278, complete genome	31527-31558	10	0.688

1. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_019526 (Enterobacteria phage vB_KleM-RaK2, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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 **   *****. ***************** .

2. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MT708547 (Klebsiella phage Muenster, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
aaaataatacttttcaagaattacttttaaac	Protospacer
 **   *****. ***************** .

3. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to AB897757 (Klebsiella phage K64-1 DNA, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
aaaataatacttttcaagaattacttttaaac	Protospacer
 **   *****. ***************** .

4. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP023514 (Enterococcus sp. FDAARGOS_375 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

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. **** ***************  *.* ** *  

5. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693967 (Marine virus AFVG_250M992, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.75

caacacatactcatcaagaattacttttaatt-----	CRISPR spacer
caacacatactcatccaggatta-----aatacttgg	Protospacer
*************** **.****     ***      

6. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP033935 (Chryseobacterium balustinum strain KC_1863 plasmid unnamed, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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gtggtcatactcatcaagaattttttttgttt	Protospacer
  .  ***************** .****. **

7. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_048015 (Cyanophage S-TIM4, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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gttttcatactcatcatgatttacttttcttt	Protospacer
   . *********** ** ********  **

8. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MH512890 (Cyanophage S-TIM4) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
gttttcatactcatcatgatttacttttcttt	Protospacer
   . *********** ** ********  **

9. spacer 1.1|2030956|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_015283 (Prochlorococcus phage P-RSM4, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

caacacatactcatcaagaattacttttaatt	CRISPR spacer
gttttcatactcatcatgatttacttttcttt	Protospacer
   . *********** ** ********  **

10. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to NZ_CP028268 (Pediococcus pentosaceus strain SRCM102739 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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tccaattgtagctgtatcagtagccactgaaa	Protospacer
*    ************* *******.**  .

11. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to NC_021529 (Vibrio phage nt-1, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
aatctttgtagatgtatttgtagccaaattca	Protospacer
 * ******** *****.********   *..

12. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349253 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate Np_33_0912, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

13. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349251 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate Np_24_1112, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

14. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349268 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate RW_30_0905, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

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caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

15. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to KX349230 (Synechococcus phage S-RIM2 isolate LIS_02_1013, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
caagtttgtagatgtatctgtagcgtgaactg	Protospacer
.** ******* ************    ..**

16. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MF042360 (Pseudomonas phage Phabio, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
aaactttgaagctgtatttgtagctaccccta	Protospacer
 ******* ********.******.*.. .*.

17. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693397 (Marine virus AFVG_25M279, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
gccacttgtacctgtaactgtagccattttat	Protospacer
    .***** ***** *********** *  

18. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693087 (Marine virus AFVG_25M280, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

taactttgtagctgtatctgtagccattgttg	CRISPR spacer
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19. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693388 (Marine virus AFVG_25M277, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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20. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693389 (Marine virus AFVG_25M278, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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21. spacer 1.3|2031076|32|NZ_CP031976|CRISPRCasFinder,CRT matches to MN693389 (Marine virus AFVG_25M278, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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    .***** ***** *********** *  

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	82115 : 125640	37	Escherichia_phage(20.0%)	integrase,transposase	attL 73340:73357|attR 110808:110825
DBSCAN-SWA_2	267048 : 383725	103	Shigella_phage(11.11%)	tRNA,integrase,transposase	attL 256563:256578|attR 353443:354682
DBSCAN-SWA_3	918856 : 980742	48	Enterobacteria_phage(25.0%)	plate,tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	1134560 : 1194672	55	Enterobacteria_phage(16.67%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_5	1445286 : 1506126	56	uncultured_virus(27.27%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	1645886 : 1699934	53	Acinetobacter_phage(20.0%)	protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	2339583 : 2440065	86	Acinetobacter_phage(20.83%)	transposase,protease,integrase	attL 2328100:2328116|attR 2375445:2375461
DBSCAN-SWA_8	3187853 : 3254862	55	Enterobacteria_phage(16.67%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	3358030 : 3424130	56	Enterobacteria_phage(20.0%)	tRNA,transposase,integrase	attL 3381315:3381335|attR 3430057:3430077

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP031976|82115:125640|DBSCAN-SWA
GATGACAAAATTAAAATATACCCCTGAAATCAGAGAAAGAGCGGTTCAATTATTGATTGAATCTGAAAAAGATTATCCATCGAATTGGGCTGCGATCACCGCTATTGCTCCTAAAATCGGTTGTACTCCTGAAACACTACGTGTTTGGTATCAAAAATATTTAGATAAACAAAATCCAGTTAAAGTACAGCAGCTTTCAGACCAAGAACGTATCAAACAACTCGAACGCGAAAATAAAGAACTGCAACGCGCCAATGAGATTCTACGTAAAGCAGCCGCTTTTTTCGCCCAGGCGGAGCTCGACCGCCCACACAAATAATGGTGGATTTTATCCATAACAATAAAGATCGATATGGTGTTGAAGCGATTTGTAGAATTTTACCGATAGCAGCTTCGACCTATTATCGGGCTTTAGATCTCGTTGATAACCCAGAACATCGAGCGAAACGTGCTCTGCATGATTTACATCATGCAGAGCAAATCAAACGTATTTGGAAAGAAAGTTTAGGTCGATATGGTGTACGTAAAGTTTGGCAAAAATTGAAACGTGAAGGCTATGTTATTGCACGTTGTACAGTTGCTCGATTGATGCAAAAGCTAGATATACAAGGTGTTTGGCGTGGTAAGAACAAACAAACTACCCGCAGCCGAGATGATCAAAAACGAGCAGATGATTTAGTGAAACGGAATTTTAGTGCTGATCGACCTGACCAATTATGGGTCAGTGACTTTACGTATATTCAAACCAATTCTGGCTGGGTCTACACCGCATTTATTATTGATGTGTTCTCACGAGCAATTGTTGGATGGAAAGTATCTACACGGATGAATACAGATATGGTGCTCGATGCATTGGAGCAAGCATTGCACGATCGAGGCATGCCAAAGAATGTAATTCATCATTCAGATAGAGGTGTTCAATATCTTTCTATTCGCTATACCAATCGTTTAGAAGCAGCAAATTTACGAGCATCAGTCGGTACAACGGGTGATTCATACGATAATGCTTTGGCTGAAACGGTGAATGGCTTATACAAAACAGAGGTGATTGAATATTTAAAAGCAGATTGGCAAGGTTTAGCAGATGTACAACTTGCGACATTAAATTGGGTAGATTGGTTCAACAAAAAGCGTGTACACAGTGCACTGGGTTATGTATCGCCTTTTGAGTTTGAAGCAATGTACTATGATAAGATTAATCCGTTAGGTCAGGTGGCCTAACTTAAATAAAAAAGTCTCCGATAAACCCGGTACGGTTCAGTCAATACTTTTGGTTCAAATAATGTATCAATATCAGAACTATCGACTTCTTGGTGTAAAAAGCGCTCTTCACGGCCTACATCTTCTTTGCTCATACCAGCTTCAAGAATGGTATCTTTAAATGGGAAACTTAGGACTACATCATTATTGTTATTCAAGAAACCAATTTGGTCTTGGCTTGTTGAATAAAGTCCAATTTTATTGCTATAGCGAGTATATCTACCTTTCTTGAGTGAATTATCAGACATGAATAAATCCTGTTGTACCGTTAAGTGGAAGCTAAAGTAGCGTTGCTTTATAACCAAGCGTTTTAAGTCTTTTAAGCATAACGATTGCTCAAAGTACCACGATCGATTTTATTGCTAATGCTTGAATTACGGTTGTTGCCTTGTTGAAGTAACTTTACCAATGATAACGTATTAATTCTTATTAGGTTAAATCTGATTAATATAACAATAGGGAGATAACTTTTAACCTACATTCTCCTGAAACATATTTTATTGAGTTAAGTTGTTGGATTAAAGGCTATTCTGATCGGTTTGCTTAAATTTGAAATAAATTTTCCCCCATTCCTCTGATATGGCTTTATCTACCTGAAGTGAGGTTTGACTTCAAAAGGGCTTTGTTGCACAAAGATTTGAAATGCAAAGCGCCCCTAATTGAGCCAAATTTAAGGCGTAACTTGGGTAAGTGGTCGACCTAATTCCGTAAATCTGTTAAGGACTGCTACACGTGCATGGATCTCATTCACTTGGCTATCAAAACTCCTTGCACTGAGTTTATCTCCTAATAATTTGATGCAATGCATCTTAGTTTCAACCAAACTTCGACGATGATAGCCTGACCATTTTTTCCATAGTGTCCTGCCTAAACGTTTAATTGTTCGAAGTAATTCATTTCGCTCTAGCGAGCTACTCTTTGTATCTTTCCATGGTTTCGCATTTTTTCTAGGTGGAATCACCGCATGCGCTTGCCGATCTGCAATGACCTGACGGCATTGCTTGGTGTCATAAGCTCCATCGGTATAAACAGAGTTAATCTGCTCATCTTGTGGAATCTGATTAAGTAAATCACCAAGCACCTGTGAATCACTGACATTATTGGTTGTAAGCTGAACTGCTCGTATTTGTAGGGTTTTAGCATCTATACCAATATGAAGTTTACGCCATTGGCGACGATATTCAGGTCCATGTTTCTTGCATTTCCATTCGCCCTCACCTAGAAACTTCATGCCTGTAGAGTCCATGAGTAGATGCAGCCCATCGCTACTTTTTTGGTAGCTGATTACAATATCAATATGCTTTTGTCTTCTACAAAGCGTGGTGTAATCTGGAGCTATCCAATTTAATCCGCAAAGTTTAATCAGACTTTGCACAAAGCCAGTGACCATACGTAAAGACAGACGGAATAAGGATTTAATCATTAAGCAGCATTGGATGGCTGCGTCGGAGTAGGTTTGATTTCGCCCTTGTTTGCCTTTTGATGGCGCATACCATTGCGTAGCAGGATCAAACCAAATGGCAATATTTCCGCGACTCATGAGTGCTCGGTTATATGCGGGCCAATTGGTTGTGCGGTAGATTTTGTGTGTAGGCTTCTTCATTTGAAAATTATATCGCTGAAAAACCCTTTACAGATAGGTTTGTGCAACAAAGCCCCAAATACATCATCAAACAAATCATTTGGCCATGACAGTGATTTTGCGACTAGATGAGTCTTAATTTTATCTAAATAAATCTTCCAATCATCGGTTGTCAGGTAGATTAACTTAGTTGATATACTTTTTACCCCATCTGATGTATCTAATTCAATGAGAAGAAAGTCATCACTTCTATAGCAAAGGTGAACAAACTTAATGGTTCGTAGTTTATCTTTACTGATTCTATGACACTCGGAACGCCCAACTTTCGTAAGCTCATGGGTAAGTGATTCATATAGCACACATTGATGTGTAGATTGAAGCACTTGTATCATCGAGTTGAAATCATGATAGCGTTGGGCATATTTCTGATCATAATTTGTGTAGTCCTTTTTCCCTCCTACATCTGCCGCAGGTAAATCGCCTGCACTATTTGCCTCGTCTGTACTCGCTAAATGACCAGAAGCCGATTCATCATTTTCAGCATCCGTGCTTTTCTGTCCTGTTATTTTGGTTTTCCCTTTCTTGTTGATGGTCAATGGTTTTTTGAAACTCACCCATGACTCATTACCATCCAAAATACGAATTCCGTGCTCTATGGACGCTGTCGTACCATCTTCAATTGTAGGGTCAAGCGTACTACTATATTCGGGTTTGTAGCCTTGTTCCGATTGTTGTCCTTCCGTCTTGATTTGAGTGAAAGATGGGTGATCAAAACTAATGTCAGTAGGAATATCAGTATCGATTTCTATGCCAACAATTTCTTCAACAAGAAAAGCATCTTGTGACCTATTATATCTTCCTCGAAAATGGAGTGTCCAACCGTCCATTGAGGGTGGATCAAATTGAAAAATCCATTTCTTCCATCCATCCTTATCAATCAGTTGAGTATTAAAATAACGACAAATGCTTTCAAATGACTGTTTGGCATTAGGATCAAGTAGTAACCAGGCTAATAGACATTGGGTTCCCTTTTGATTTACAAGTTTTAAAGGCATTGTATTTTCTAAAAAGACAATTACTGTTTCCTCATTATCTTGGCATATTGCAAATTCATTTTGAATGGTCGTTGTACTGAGGCTTGCCCGACAAAAATAAGAGTTAATGAGAAAAAGTGTTCTTGCAAGCTCAAACTGTGGTAGATGAATAGTGACCTGATTGGGTCCTTCTATAATGAAACTAGTTTGTATTCCCTCAAAATATGTAAGATTTGAATCCGTTGATAATTCATCAAAATCTTTTAAAAGAGAGGGGGTTAGAAAATTCTGATCAGACAAAGTAATCACTAGATTCGGTTTAGATAATTGTCTTTCGCTACAGTTTAGTTTTTTGCCACGAATTAACATGGCTGCATTGCTAAAGTTAGTAAATTTCTTTTCTTGTTTTGGTGAGCATTGTAGGTTAATACTCCAGATTTTTGATTTTGAACCTTTGAATAGGCCGCCAATATGTGTAACTGTTACATTATGATCAAAATGATTAATTTTTACCGTCATGAGTATTGAAAAATCCAGATAGTTTTAGAATTCTTGCTGCATCAGGGGTGATTCTTTCTTTGCTAAGTCCTGCCAAGCGGAAAACTCGCCATAAGTGCAACGGTTGAAAATCTGAAGATAAGATTTTAACAGCTACACAGACTCTGCGTAGCTGGTATTCAGTAATACTTTCAACATACTTTACCAAAAAGCATCTAACCAATGGGAGCTTAGAGAGGTTATGCTCTATGCTTGAATGTTGTGGTAATTGCATAAGATACCAGTTTCTAGAACGTCTAGGTGTAGGACTCAGATCATCTTTGAATTGGTGAGCAAGTCGCAATAGTACTTTTGCATATTCTCGATCACGATTATGCCAGTCTACACGAGTGTTAAGAGGCGAACGTACTACTTGATGTTTGGAATTATATTGTTGAAGCCATTTATAATCATGGCGATATAACCACGCATAGATGGCACCTCCATTGCTTATGGAGCGACTCACCTTAATACCATTCTTTCTAACAAGCTGCTGCCACTTTTTACGGTATTCTGCACACTTTACAATATCTAAGTCATTTTCAATAGTTGTTGTTTTTACTATGAAAACTGGCTGAATATGTTGA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MSGQYSSFQRHSNDLLPPIMAGLISVIVNYGGTFILIFQAAQMAGLSPELTASWVWSISIGVGITGILLSWYTREPIITAWSTPAAAFLITALVTVPYAEAIGAYLLSALAFVILGITGYFEKLIRLIPIGIASGLLAGILLQFGIAAFTNMTIDPFLAISLFFVYLITKRFSARYAIVSVLVFGFIFLMLQSRIDFAGFELKLASPIFTAPEFSINSILSIALPLFLITLTGQYMPGLFVLKNDGFKTSAKPILAVTGLGSFVMAFFGSHAFNLAAITAAICTGKESHEDPSKRWVAGIAAGIFYILVGIFGVTLAAVFAAFPTAFISTLAGLALLGTIAGSLANAMSDVDSREAALITFVATAANISLFGIGGAFWGLVLGLISYLVLNGKFKFSS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
73340:73357	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_035374992.1|84044_84977_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9
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WP_005088763.1|88137_89445_-	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
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WP_005088760.1|90161_91349_-	aspartate aminotransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088758.1|91345_91606_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005087320.1|91609_92350_-	YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_005087319.1|92469_92925_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005087317.1|93007_93892_-	dihydrodipicolinate synthase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005087316.1|93897_94680_-	aldolase	NA	NA	NA	NA
WP_005088756.1|94785_96225_+	PLP-dependent aminotransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126400.1|96410_97169_+	DUF4145 domain-containing protein	A0A1S6L018	Salmonella_phage	1.9e-25	32.3
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WP_005080771.1|97594_97939_+	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_005088614.1|98013_99639_+|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	2.8e-143	54.0
WP_005087311.1|99790_100246_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005087308.1|100389_100692_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005087304.1|100839_101076_+	thioredoxin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126401.1|101125_102331_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005088748.1|102398_103595_-	benzoate/H(+) symporter BenE family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005088746.1|103700_105176_+	PLP-dependent aminotransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088744.1|105221_106880_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_005088742.1|106886_108959_-|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	NA	NA	NA	NA
WP_005088741.1|108945_109764_-|transposase	heteromeric transposase endonuclease subunit TnsA	NA	NA	NA	NA
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110808:110825	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_004910175.1|112598_113516_+	nucleotide-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126402.1|113572_115168_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_151781178.1|116269_116458_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_151781176.1|116727_117393_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126403.1|117561_119565_+	N-6 DNA methylase	NA	NA	NA	NA
WP_160126404.1|119567_120884_+	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_160126405.1|120993_124278_+	DEAD/DEAH box helicase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126406.1|124290_125640_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.5e-62	34.8

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP031976|267048:383725|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_005083376.1|270283_270667_+	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080771.1|270663_271008_+	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_005088614.1|271082_272708_+|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	2.8e-143	54.0
WP_005088612.1|273050_273488_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088610.1|273484_275347_-	DEAD/DEAH box helicase family protein	A0A0K1LKN7	Rhodobacter_phage	2.5e-10	22.8
WP_160124150.1|275450_275936_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088605.1|276203_277403_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	B7SYF8	Stenotrophomonas_phage	2.8e-79	42.7
WP_004641452.1|277797_279678_+	potassium transporter Kup	A7J6G4	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	4.6e-73	30.2
WP_005088603.1|279837_280911_+	DNA/RNA non-specific endonuclease	H6X497	Enterobacteria_phage	7.5e-28	37.2
WP_005088601.1|280982_281225_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088597.1|281760_282768_-	AraC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005088596.1|282882_283530_+	sterol desaturase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088590.1|285299_286058_-	imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF	NA	NA	NA	NA
WP_005088588.1|286170_287121_+	homoserine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_005088587.1|287130_287748_+	DUF1294 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004641431.1|287784_288177_+	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088585.1|288335_288734_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088582.1|288827_289712_-	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_005088580.1|289698_291153_-	SulP family inorganic anion transporter	A0A2H4J153	uncultured_Caudovirales_phage	3.1e-186	71.8
WP_005087083.1|291388_292120_-	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5- phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4- carboxamide isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_005088577.1|292287_292827_-	DUF805 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004641424.1|292976_293594_-	imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH	NA	NA	NA	NA
WP_002116767.1|293593_294187_-	imidazoleglycerol-phosphate dehydratase HisB	NA	NA	NA	NA
WP_004641423.1|294291_294669_+	acetyl-CoA sensor PanZ family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088572.1|295319_295751_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088570.1|295817_296537_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088569.1|296672_298187_-	acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004641411.1|298308_299763_-	HAMP domain-containing protein	W8CYF6	Bacillus_phage	1.3e-14	25.3
WP_004641409.1|299781_300546_-	two-component system response regulator OmpR	W8CYM9	Bacillus_phage	1.7e-29	35.2
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WP_160126427.1|300934_303289_+	helix-hairpin-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
300522:300537	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_005087066.1|311004_312282_-	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	A0A0B5JD48	Pandoravirus	1.3e-13	26.3
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WP_115736305.1|342883_343924_+|transposase	IS481 family transposase	A0A077SLK2	Escherichia_phage	2.3e-175	83.8
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WP_160126453.1|345632_346859_-|integrase	integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein	B7SYF8	Stenotrophomonas_phage	5.7e-56	34.7
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WP_017395591.1|350899_351202_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_148334528.1|352302_353431_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_005087045.1|354085_355009_+	16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase RsmH	NA	NA	NA	NA
WP_004641340.1|355008_355347_+	cell division protein FtsL	NA	NA	NA	NA
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WP_125502223.1|357194_358694_+	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_125502221.1|358716_360114_+	UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_005087040.1|360114_361233_+	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase	NA	NA	NA	NA
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WP_026070395.1|362142_364734_-	penicillin-binding protein PBP1a	NA	NA	NA	NA
WP_026056300.1|364933_365956_+	type IV pilus assembly protein PilM	NA	NA	NA	NA
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WP_005088515.1|366596_367307_+	type 4a pilus biogenesis protein PilO	NA	NA	NA	NA
WP_005088514.1|367306_367834_+	pilus assembly protein PilP	NA	NA	NA	NA
WP_171265847.1|367895_370028_+	type IV pilus secretin PilQ family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005087029.1|370066_370609_+	shikimate kinase AroK	NA	NA	NA	NA
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WP_125502215.1|371730_372603_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_005087020.1|377614_379036_+	FAD-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_017395601.1|379110_379323_+	addiction module protein	NA	NA	NA	NA
WP_125502211.1|379319_379598_+	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_017395603.1|379736_380627_+	metal-dependent hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_004641306.1|380800_381391_+	LemA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_125502209.1|381416_382478_+	TPM domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075314563.1|382471_383032_+	TPM domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_008941148.1|383314_383725_+|tRNA	tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP031976|918856:980742|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

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MAIRITNQKLSKSSRAWMREHLDDPFVKKAQKEGYRARAAYKLLEIQEKYKMIKPGMTVVDLGAAPGSWSQIAGKLVGSNGLVIASDILEMDALPDVTFLQGDFREEDVFEKLLNILNGRQVDVVISDMAPNTSGNRAVDQPRQIYLCELALDFAQKVLGPNGQFVVKVFQGSGFDEFRKQVVDSFDVLKTAKPAASRARSKEVFLIGQGRKKALR

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_160126491.1|920999_921890_+	neutral zinc metallopeptidase	A0A1I9SA48	Rhodococcus_phage	2.9e-33	37.3
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WP_125502886.1|928624_930280_+	poly alpha-glucosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_160126493.1|930291_933522_+	CapA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_035374992.1|933489_934422_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9
WP_160126494.1|934527_935979_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126495.1|935971_936709_-|protease	metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_005084354.1|936791_937106_+	MGMT family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_004640293.1|942773_943913_-	glutamine-hydrolyzing carbamoyl-phosphate synthase small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_005089452.1|944273_944783_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004640289.1|944831_945368_-	DOMON-like domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004640287.1|945373_945700_-	ribosome assembly RNA-binding protein YhbY	NA	NA	NA	NA
WP_008941571.1|945964_946615_+	23S rRNA (uridine(2552)-2'-O)-methyltransferase RlmE	NA	NA	NA	NA
WP_004640283.1|946752_948648_+	ATP-dependent metallopeptidase FtsH/Yme1/Tma family protein	M4QMW8	Micromonas_pusilla_virus	2.6e-108	46.8
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WP_017394876.1|949757_950516_+	SIMPL domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_008941568.1|950634_952245_+	VWA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_171055808.1|952378_952669_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_008941567.1|952699_954298_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_026070343.1|955848_956451_+	nicotinamide mononucleotide transporter	A0A0S1S1B4	Klebsiella_phage	5.7e-09	26.9
WP_017395172.1|956500_957640_-	glycerophosphodiester phosphodiesterase	NA	NA	NA	NA
WP_002122622.1|957767_958631_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017395173.1|958831_960445_-	phosphoethanolamine transferase	NA	NA	NA	NA
WP_008941561.1|960786_963888_+	multidrug efflux RND transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_160126497.1|964167_965505_+	magnesium transporter	NA	NA	NA	NA
WP_134251676.1|965581_966160_+	DUF4112 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004640254.1|966223_967129_-|protease	protease HtpX	NA	NA	NA	NA
WP_134251678.1|967346_968210_-	lytic transglycosylase domain-containing protein	A0A0H3V0Q1	Geobacillus_virus	2.3e-35	56.2
WP_004640251.1|968706_969612_+|tRNA	tRNA 2-thiocytidine(32) synthetase TtcA	A0A0U2S5Z2	Escherichia_phage	3.1e-91	64.2
WP_004640249.1|969808_970192_+	SCP2 sterol-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005084391.1|970238_971348_-	transglycosylase SLT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089478.1|971722_972199_+	transcription elongation factor GreB	NA	NA	NA	NA
WP_160126498.1|972850_974155_+	cation:dicarboxylase symporter family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_160126499.1|974314_975205_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_113996884.1|975340_976756_+	aspartate ammonia-lyase	NA	NA	NA	NA
WP_100833903.1|976987_977944_-	M15 family metallopeptidase	U5PVY5	Bacillus_phage	7.0e-09	34.1
WP_160126500.1|977947_978547_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_160126502.1|979377_980742_-|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssK	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP031976|1134560:1194672|DBSCAN-SWA
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MYIGSYQLSNNLIVAPMAGVTDRPFRTLCKYFGAGHAVSEMMTADKTLRMSKKSLYRANFDGELAPISAQIAGSDPEQLAEAARYQVANGAQIVDINMGCPAKKVCNKLAGSALLQDEDLVARILDTVVAAVDVPVTLKTRLGFLNGQENILRVAKRAEEAGIAALALHGRTREDMYLNHARYELIKQVKQLISIPVIANGDIDSPEKAKYVLDYTGADAIMIGRAAQGRPWIFREIGHYLKTGEHLATPDIAEVKTVLLGHLSELYQFYGEYSGCRIARKHIAWYTKGLRSSNEFRQNMYKVESTADQAKVVEAYFDQLLDLGQRMSDVQVEQVNLLEIK
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017396263.1|1136706_1137381_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_004639980.1|1145889_1146915_+|tRNA	tRNA dihydrouridine synthase DusB	NA	NA	NA	NA
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WP_171055803.1|1147883_1148783_-	alpha/beta fold hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_080591915.1|1150181_1151210_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_005084625.1|1151796_1152234_+	SRPBCC domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639969.1|1152394_1153921_+|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	2.9e-89	39.4
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WP_005089695.1|1156899_1157808_+	sulfate adenylyltransferase subunit CysD	NA	NA	NA	NA
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WP_004639952.1|1165569_1166037_-	copper resistance protein NlpE N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_005089708.1|1166403_1167825_-|tRNA	cysteine--tRNA ligase	M1PG92	Moumouvirus	8.1e-54	31.5
WP_005089710.1|1168101_1169079_+	KpsF/GutQ family sugar-phosphate isomerase	A0A2P0VNK5	Tetraselmis_virus	2.0e-35	31.7
WP_004639946.1|1169082_1169622_+	HAD-IIIA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005084648.1|1169666_1170215_+	LPS export ABC transporter periplasmic protein LptC	NA	NA	NA	NA
WP_005084650.1|1170198_1170747_+	lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA	NA	NA	NA	NA
WP_005089712.1|1170746_1171493_+	LPS export ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	2.1e-21	26.9
WP_005089714.1|1171683_1173219_+	TolC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005084655.1|1173215_1175339_+	type I secretion system permease/ATPase	W8CYL7	Bacillus_phage	2.7e-29	24.5
WP_004639933.1|1175351_1176542_+	HlyD family type I secretion periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_005089717.1|1176635_1177235_+	YigZ family protein	A0A1X9I5T8	Streptococcus_phage	8.5e-21	39.7
WP_004639929.1|1177227_1177842_+	acyltransferase	M1HKK6	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	8.1e-11	50.8
WP_004639928.1|1177958_1178801_+	universal stress protein	A0A2H4J154	uncultured_Caudovirales_phage	4.5e-36	33.9
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WP_171057129.1|1179723_1180380_-	peptidase M15	NA	NA	NA	NA
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WP_005089721.1|1181133_1181673_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005089723.1|1181782_1184422_-	DNA mismatch repair protein MutS	A0A1V0SJ67	Klosneuvirus	5.6e-32	24.4
WP_005084671.1|1185040_1185259_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126723.1|1185391_1186159_-	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_005064486.1|1186503_1187436_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	5.0e-60	41.9
WP_004639911.1|1187976_1188906_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005089728.1|1189585_1190629_+	tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_125316793.1|1190860_1192079_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	1.5e-77	52.6
WP_160126558.1|1192128_1192443_+	tripartite tricarboxylate transporter TctB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126559.1|1192456_1193743_+	tripartite tricarboxylate transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_035374992.1|1193739_1194672_+|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP031976|1445286:1506126|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_004639441.1|1474424_1474853_+	chlorhexidine efflux PACE transporter AceI	NA	NA	NA	NA
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WP_005082689.1|1480227_1481667_+	adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein	A0A218MLZ2	uncultured_virus	7.2e-26	37.4
WP_004639436.1|1481730_1482069_-	ISC system 2Fe-2S type ferredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_005090084.1|1482086_1483946_-	Fe-S protein assembly chaperone HscA	F2Y2E1	Organic_Lake_phycodnavirus	2.7e-102	39.3
WP_005090085.1|1483984_1484503_-	Fe-S protein assembly co-chaperone HscB	NA	NA	NA	NA
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WP_004639432.1|1485002_1485389_-	Fe-S cluster assembly scaffold IscU	A0A2H4N7M4	Lake_Baikal_phage	1.6e-52	79.8
WP_005090087.1|1485468_1486686_-	IscS subfamily cysteine desulfurase	A0A0H3TPH2	Faustovirus	2.5e-27	28.0
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WP_005090089.1|1487269_1487917_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639427.1|1488130_1488586_+	phasin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639426.1|1488755_1489028_+	HU family DNA-binding protein	Q6QIE5	Burkholderia_phage	2.2e-24	65.2
WP_004639425.1|1489167_1491039_+	SurA N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639424.1|1491109_1491919_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126574.1|1492354_1492837_-	RecX family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_005090091.1|1492948_1493992_-	recombinase RecA	A0A2D1GPX2	Mycobacterium_phage	8.7e-114	62.5
WP_004639420.1|1494163_1494592_-	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639419.1|1494575_1495277_-	HAD-IA family hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_004639417.1|1496199_1496934_+	phosphoglycerate mutase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090094.1|1497101_1499792_+	ricin-type beta-trefoil lectin domain protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090096.1|1499955_1501230_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639414.1|1501322_1501589_-	30S ribosomal protein S20	NA	NA	NA	NA
WP_005090099.1|1501802_1502468_+	NAD(P)H-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639412.1|1502480_1502993_+	ribonuclease E activity regulator RraA	NA	NA	NA	NA
WP_005090100.1|1503005_1503794_+	glutathione S-transferase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639410.1|1503904_1504258_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088614.1|1504500_1506126_-|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	2.8e-143	54.0

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP031976|1645886:1699934|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_6

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MTIDTTKRALEKWHQMINTGDLANLNDLLAEDVVFRSPVAYKPYEGKQVVFFILTNVIQVFENFTYHREFYTEDGANVVLEFSADVSGKSLKGIDMIRFNAQGKIIDFEVMIRPMSGLAVLAEQMGARFAQYQSNSSK

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_085940844.1|1655812_1656978_-|transposase	IS3-like element ISAba22 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.6e-164	99.6
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WP_005090422.1|1661386_1661896_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639248.1|1661909_1663247_-	potassium transporter TrkH	NA	NA	NA	NA
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WP_004639245.1|1665693_1666365_+	ribose-5-phosphate isomerase RpiA	NA	NA	NA	NA
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WP_004639239.1|1672439_1673195_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080553.1|1673217_1673631_+|protease	ATP-dependent Clp protease adapter ClpS	A0A1B1IT64	uncultured_Mediterranean_phage	9.0e-14	47.1
WP_004639236.1|1674110_1676396_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	1.5e-163	43.2
WP_004639235.1|1676395_1676758_+	YnfA family protein	A0A218MNG8	uncultured_virus	4.0e-26	59.4
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WP_004639232.1|1679171_1679732_-	PadR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_005080566.1|1681952_1682369_+	nuclear transport factor 2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080569.1|1682399_1683116_+	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090439.1|1683137_1684226_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005080572.1|1684297_1684762_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639226.1|1685130_1686768_+	CTP synthase	A0A1J0FA14	Only_Syngen_Nebraska_virus	2.2e-151	51.8
WP_004639225.1|1686798_1687656_+	3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase	E3T537	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.1e-50	42.4
WP_004639224.1|1687747_1689037_+	phosphopyruvate hydratase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	1.1e-137	60.5
WP_004639223.1|1689166_1689532_+	cell division protein FtsB	NA	NA	NA	NA
WP_004639222.1|1689521_1690229_+	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005090442.1|1690355_1690832_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004639220.1|1690890_1691655_-	RES family NAD+ phosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_004639219.1|1691651_1692023_-	DUF2384 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126441.1|1692585_1693750_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.3e-139	84.9
WP_005090445.1|1693930_1694344_+	YeeE/YedE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080588.1|1694358_1695231_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_005080590.1|1695399_1696098_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_005080592.1|1696237_1696498_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005090449.1|1696624_1697209_+	uracil-DNA glycosylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_171057921.1|1697223_1698780_-	phospholipase D family protein	NA	NA	NA	NA
WP_080591915.1|1698905_1699934_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP031976|2339583:2440065|DBSCAN-SWA
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MSIVLNAFPLKVPESKVEVCEIPYSKETLDELRISHRKTHTFHHKGALLHKAF
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MNSASTATFLAEAVLNTADLLGLSQTQLATVMGLDLASMNQIELSAVLEPASAQGETGLLLIRLYQSLSTLTGGDSEWIDYFMNAFNTATDGVPIQQIQIIKGLEKVLTVVEALNNH

Homologous phage analysis in the prophage region

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2375445:2375461	attR	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP031976|3187853:3254862|DBSCAN-SWA
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MIRINEIWLSTQPMDMRAGMDTVMAQVVRAFGYIKPHCAYLFCNKRGHRMKVLVHDGLGIWLCARRLEQGKFHWAQVHQVHQGETVALSPEQLQALIQGLPWQRIGLQQVVNML
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_005087922.1|3187853_3188786_+|tRNA	tRNA glutamyl-Q(34) synthetase GluQRS	NA	NA	NA	NA
WP_005087921.1|3188848_3190042_-	putative lipid II flippase FtsW	NA	NA	NA	NA
WP_005087920.1|3190052_3191411_-	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine--D-glutamate ligase	NA	NA	NA	NA
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WP_151800469.1|3191846_3193700_-	50S ribosome-binding GTPase	NA	NA	NA	NA
WP_017394530.1|3193696_3193957_-	ferrous iron transport protein A	NA	NA	NA	NA
WP_008942252.1|3194107_3195028_+	site-specific tyrosine recombinase XerD	A0A0K2CP59	Brevibacillus_phage	2.3e-33	31.4
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WP_026056262.1|3196107_3197409_+	homoserine dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_004637599.1|3197467_3198607_+	threonine synthase	NA	NA	NA	NA
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WP_005087910.1|3200597_3202163_+	two-component sensor histidine kinase	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.8e-07	23.6
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WP_008942249.1|3203657_3204824_-	peptidase S41	A0A0R6PIZ1	Moraxella_phage	1.7e-12	30.0
WP_008942248.1|3204833_3206378_-	2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase	NA	NA	NA	NA
WP_004637591.1|3206502_3207573_-	LPS export ABC transporter permease LptG	NA	NA	NA	NA
WP_004637590.1|3207572_3208673_-	LPS export ABC transporter permease LptF	NA	NA	NA	NA
WP_026056263.1|3208828_3210277_+	leucyl aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	4.5e-52	37.0
WP_008942246.1|3210280_3210688_+	DNA polymerase III subunit chi	NA	NA	NA	NA
WP_008942245.1|3210723_3211350_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005083982.1|3211396_3212056_-	riboflavin synthase	A0A2H4PQS5	Staphylococcus_phage	1.5e-34	39.1
WP_008942244.1|3212211_3213051_-	aquaporin	NA	NA	NA	NA
WP_004637583.1|3213449_3214742_-	DNA adenine methylase	A0A0P0BWH0	Ostreococcus_mediterraneus_virus	1.6e-37	32.8
WP_005087893.1|3214738_3215839_-	bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase RibD	A0A2H4PQS8	Staphylococcus_phage	6.7e-48	37.1
WP_004637581.1|3215851_3216316_-	transcriptional repressor NrdR	NA	NA	NA	NA
WP_005087891.1|3216451_3217843_-	ammonium transporter	H8ZJB2	Ostreococcus_tauri_virus	1.3e-35	33.0
WP_000780326.1|3217911_3218250_-	P-II family nitrogen regulator	NA	NA	NA	NA
WP_004637578.1|3218522_3218750_+	accessory factor UbiK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_125317027.1|3218819_3219776_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_023187979.1|3222199_3223282_+	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	A0A0U4JD08	Gordonia_phage	2.4e-37	36.4
WP_125316793.1|3223921_3225141_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0N7C1X7	Escherichia_phage	1.5e-77	52.6
WP_023187981.1|3226106_3227819_+	ThiF family adenylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_005314752.1|3227824_3228286_+	Mov34/MPN/PAD-1 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023187982.1|3228288_3229683_+	SAVED domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126441.1|3230520_3231685_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.3e-139	84.9
WP_170830422.1|3233100_3234012_-	cation diffusion facilitator family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_008942233.1|3234208_3234778_-	ester cyclase	NA	NA	NA	NA
WP_008942232.1|3234758_3235142_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_170830421.1|3235218_3236652_-	efflux transporter outer membrane subunit	NA	NA	NA	NA
WP_008942230.1|3236696_3239861_-	efflux RND transporter permease subunit	S5VL66	Leptospira_phage	1.6e-22	19.4
WP_023187985.1|3239864_3241046_-	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_023187986.1|3241496_3242501_+	cation diffusion facilitator family transporter	A0A1V0SED0	Indivirus	7.5e-22	27.1
WP_023187987.1|3242541_3244230_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035374992.1|3244422_3245355_+|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	9.3e-59	40.9
WP_023187988.1|3245502_3245817_-	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_118902013.1|3245937_3248424_+	copper-translocating P-type ATPase	A0A218MNH6	uncultured_virus	1.0e-91	34.4
WP_023187990.1|3248434_3248893_+	Cu(I)-responsive transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_160126678.1|3249026_3249224_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005088614.1|3249251_3250877_-|transposase	IS66 family transposase	A0A218MNE7	uncultured_virus	2.8e-143	54.0
WP_005080771.1|3250951_3251296_-	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_005083376.1|3251292_3251676_-	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160126679.1|3251777_3252515_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_005274609.1|3252537_3253467_+|transposase	IS5-like element ISAba10 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	8.4e-52	38.3
WP_020846310.1|3253929_3254862_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	1.8e-57	40.9

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP031976|3358030:3424130|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016164865.1|3414067_3414988_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_160132045.1|3415010_3415943_-|transposase	IS5 family transposase	Q1MVF0	Enterobacteria_phage	5.0e-60	41.9
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WP_002159601.1|3417763_3418372_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000693745.1|3420376_3422332_-	MBL fold metallo-hydrolase	A0A2P0VMX1	Tetraselmis_virus	2.1e-129	41.1
WP_080591915.1|3423101_3424130_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
3430057:3430077	attR	NA	NA	NA	NA

2. NZ_CP031977

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	11555 : 69084	49	uncultured_virus(25.0%)	transposase,integrase,protease	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP031977|11555:69084|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_002010699.1|49992_50568_+	DUF1788 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_087537462.1|61834_63874_+|protease	protease Lon-related BREX system protein BrxL	NA	NA	NA	NA
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