CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP049329	Flavobacterium sp. Sr18 chromosome, complete genome	1 crisprs	DEDDh,RT,cas3	0	0	2	0

1. NZ_CP049329

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP049329_1

• CRISPR_ID: NZ_CP049329_1
• CRISPR_location: 287445-287571
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP049329_1

Consensus_repeat	Method
AAAAAAACTCTTCAATTTCTTGAAGAGTTTTAGTGGGGAGAGCAG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP049329_1

>1.1|287490|37|NZ_CP049329|CRISPRCasFinder
TCCCGAAGCTTCGGGAGAACCTGCTAAATTGTTTGCA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP049329_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP049329_1

>merge|NZ_CP049329|1|287445-287571|CRISPRCasFinder
AAAAAAACTCTTCAATTTCTTGAAGAGTTTTAGTGGGGAGAGCAGTCCCGAAGCTTCGGGAGAACCTGCTAAATTGTTTGCAAAAAAAACTCTTCAATTGCTTGAAGAGTTTTAGTGGGGAGAGCAG

>NZ_CP049329|1|1|287445-287571|CRISPRCasFinder
AAAAAAACTCTTCAATTTCTTGAAGAGTTTTAGTGGGGAGAGCAG	TCCCGAAGCTTCGGGAGAACCTGCTAAATTGTTTGCA
AAAAAAACTCTTCAATTGCTTGAAGAGTTTTAGTGGGGAGAGCAG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP049329.1|WP_165151126.1|277448_278114_-|succinate-dehydrogenase-cytochrome-b-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|239578
NZ_CP049329.1|WP_165151131.1|283362_284850_+|aminotransferase-class-V-fold-PLP-dependent-enzyme	unknown	unknown	gnl|CDD|223594
NZ_CP049329.1|WP_165151138.1|295327_295708_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|380015
NZ_CP049329.1|WP_165151135.1|291699_294543_-|PAS-domain-S-box-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|182070
NZ_CP049329.1|WP_165151136.1|294898_295048_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP049329.1|WP_165151134.1|290713_291259_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP049329.1|WP_165151130.1|282770_283190_-|DM13-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378440
NZ_CP049329.1|WP_165151132.1|284974_285844_-|lysophospholipid-acyltransferase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|153246
NZ_CP049329.1|WP_113665867.1|288219_288981_-|DUF4369-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379543
NZ_CP049329.1|WP_165153579.1|285949_286597_+|rhomboid-family-intramembrane-serine-protease	unknown	unknown	gnl|CDD|366759
NZ_CP049329.1|WP_165151127.1|278157_279588_-|anion-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|279307
NZ_CP049329.1|WP_165151128.1|279599_280799_-|porin	unknown	unknown	gnl|CDD|369347
NZ_CP049329.1|WP_113665862.1|291307_291703_-|response-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|381108
NZ_CP049329.1|WP_165151137.1|295064_295307_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP049329.1|WP_165151129.1|281863_282760_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP049329.1|WP_113665865.1|289764_290205_-|KTSC-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379296
NZ_CP049329.1|WP_113665864.1|290377_290623_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP049329.1|WP_165153580.1|287814_288180_-|TlpA-family-protein-disulfide-reductase	unknown	unknown	gnl|CDD|239264
NZ_CP049329.1|WP_165151133.1|286647_287337_+|SIMPL-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225516
NZ_CP049329.1|WP_165151125.1|275530_277447_-|fumarate-reductase/succinate-dehydrogenase-flavoprotein-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|236054

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP049329.1|WP_165151126.1|277448_278114_-|succinate-dehydrogenase-cytochrome-b-subunit	gnl|CDD|239578	cd03498, SQR_TypeB_2_TM, Succinate:quinone oxidoreductase (SQR)-like Type B subfamily 2, transmembrane subunit; composed of proteins with similarity to the SQRs of Geobacter metallireducens and Corynebacterium glutamicum. SQR catalyzes the oxidation of succinate to fumarate coupled to the reduction of quinone to quinol. C. glutamicum SQR reduces low potential quinones such as menaquinone. SQR is also called succinate dehydrogenase (Sdh) or Complex II and is part of the citric acid cycle and the aerobic respiratory chain. SQR is composed of a flavoprotein catalytic subunit, an iron-sulfur protein and one or two hydrophobic transmembrane subunits. Members of this subfamily are classified as Type B as they contain one transmembrane subunit and two heme groups. The heme and quinone binding sites reside in the transmembrane subunit. The transmembrane subunit of members of this subfamily is also called Sdh cytochrome b558 subunit based on the Bacillus subtilis protein. The structural arrangement allows efficient electron transfer between the catalytic subunit, through iron-sulfur centers, and the transmembrane subunit containing the electron acceptor (quinone). The reversible reduction of quinone is an essential feature of respiration, allowing transfer of electrons between respiratory complexes. Proteins in this subfamily from G. metallireducens and G. sulfurreducens are bifunctional enzymes with SQR and QFR activities.	1.02081e-52
NZ_CP049329.1|WP_165151131.1|283362_284850_+|aminotransferase-class-V-fold-PLP-dependent-enzyme	gnl|CDD|223594	COG0520, csdA, Selenocysteine lyase/Cysteine desulfurase [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	2.0125e-77
NZ_CP049329.1|WP_165151138.1|295327_295708_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|380015	pfam17775, UPF0225, UPF0225 domain. This entry represents an NTF2-like domain found in bacterial proteins.	5.48811e-38
NZ_CP049329.1|WP_165151135.1|291699_294543_-|PAS-domain-S-box-protein	gnl|CDD|182070	PRK09776, PRK09776, putative diguanylate cyclase; Provisional.	3.03609e-30
NZ_CP049329.1|WP_165151130.1|282770_283190_-|DM13-domain-containing-protein	gnl|CDD|378440	pfam10517, DM13, Electron transfer DM13. The DM13 domain is a component of a novel electron-transfer system potentially involved in oxidative modification of animal cell-surface proteins. It contains a nearly absolutely conserved cysteine, which could be involved in a redox reaction, either as a naked thiol group or through binding a prosthetic group like heme.	5.46193e-08
NZ_CP049329.1|WP_165151132.1|284974_285844_-|lysophospholipid-acyltransferase-family-protein	gnl|CDD|153246	cd07984, LPLAT_LABLAT-like, Lysophospholipid Acyltransferases (LPLATs) of Glycerophospholipid Biosynthesis: LABLAT-like. Lysophospholipid acyltransferase (LPLAT) superfamily member: acyltransferases of de novo and remodeling pathways of glycerophospholipid biosynthesis which catalyze the incorporation of an acyl group from either acylCoAs or acyl-acyl carrier proteins (acylACPs) into acceptors such as glycerol 3-phosphate, dihydroxyacetone phosphate or lyso-phosphatidic acid. Included in this subgroup are such LPLATs as lipid A biosynthesis lauroyl/myristoyl (LABLAT, HtrB) acyltransferases and similar proteins.	3.82143e-47
NZ_CP049329.1|WP_113665867.1|288219_288981_-|DUF4369-domain-containing-protein	gnl|CDD|379543	pfam14289, DUF4369, Domain of unknown function (DUF4369). This domain family is found in bacteria, and is approximately 110 amino acids in length. The family is found in association with pfam00578.	3.60842e-21
NZ_CP049329.1|WP_165153579.1|285949_286597_+|rhomboid-family-intramembrane-serine-protease	gnl|CDD|366759	pfam01694, Rhomboid, Rhomboid family. This family contains integral membrane proteins that are related to Drosophila rhomboid protein. Members of this family are found in bacteria and eukaryotes. Rhomboid promotes the cleavage of the membrane-anchored TGF-alpha-like growth factor Spitz, allowing it to activate the Drosophila EGF receptor. Analysis has shown that Rhomboid-1 is an intramembrane serine protease (EC:3.4.21.105). Parasite-encoded rhomboid enzymes are also important for invasion of host cells by Toxoplasma and the malaria parasite.	6.33573e-17
NZ_CP049329.1|WP_165151127.1|278157_279588_-|anion-permease	gnl|CDD|279307	pfam00939, Na_sulph_symp, Sodium:sulfate symporter transmembrane region. There are also some members in this family that do not match the Prosite motif, and belong to the subfamily SODIT1.	1.2885e-153
NZ_CP049329.1|WP_165151128.1|279599_280799_-|porin	gnl|CDD|369347	pfam07396, Porin_O_P, Phosphate-selective porin O and P. This family represents a conserved region approximately 400 residues long within the bacterial phosphate-selective porins O and P. These are anion-specific porins, the binding site of which has a higher affinity for phosphate than chloride ions. Porin O has a higher affinity for polyphosphates, while porin P has a higher affinity for orthophosphate. In P. aeruginosa, porin O was found to be expressed only under phosphate-starvation conditions during the stationary growth phase.	4.03371e-08
NZ_CP049329.1|WP_113665862.1|291307_291703_-|response-regulator	gnl|CDD|381108	cd17557, REC_Rcp-like, phosphoacceptor receiver (REC) domain of cyanobacterial phytochrome response regulator Rcp and similar domains. This family is composed of response regulators (RRs) that are members of phytochrome-associated, light-sensing two-component signal transduction pathways such as Synechocystis sp. Rcp1, Tolypothrix sp. RcpA, and Agrobacterium tumefaciens bacteriophytochrome response regulator AtBRR. They are stand-alone RRs containing only a REC domain with no output/effector domain. The REC domain itself functions as an effector domain. Also included in this family us Methanosaeta harundinacea methanogenesis regulatory protein FilR2, also a stand-alone RR. REC domains function as phosphorylation-mediated switches within response regulators, but some also transfer phosphoryl groups in multistep phosphorelays.	1.73001e-16
NZ_CP049329.1|WP_113665865.1|289764_290205_-|KTSC-domain-containing-protein	gnl|CDD|379296	pfam13619, KTSC, KTSC domain. This short domain is named after Lysine tRNA synthetase C-terminal domain. It is found at the C-terminus of some Lysyl tRNA synthetases as well as a single domain in bacterial proteins. The domain is about 60 amino acids in length and contains a reasonably conserved YXY motif in the centre of the sequence. The function of this domain is unknown but it could be an RNA binding domain.	3.83196e-12
NZ_CP049329.1|WP_165153580.1|287814_288180_-|TlpA-family-protein-disulfide-reductase	gnl|CDD|239264	cd02966, TlpA_like_family, TlpA-like family; composed of TlpA, ResA, DsbE and similar proteins. TlpA, ResA and DsbE are bacterial protein disulfide reductases with important roles in cytochrome maturation. They are membrane-anchored proteins with a soluble TRX domain containing a CXXC motif located in the periplasm. The TRX domains of this family contain an insert, approximately 25 residues in length, which correspond to an extra alpha helix and a beta strand when compared with TRX. TlpA catalyzes an essential reaction in the biogenesis of cytochrome aa3, while ResA and DsbE are essential proteins in cytochrome c maturation. Also included in this family are proteins containing a TlpA-like TRX domain with domain architectures similar to E. coli DipZ protein, and the N-terminal TRX domain of PilB protein from Neisseria which acts as a disulfide reductase that can recylce methionine sulfoxide reductases.	1.4788e-31
NZ_CP049329.1|WP_165151133.1|286647_287337_+|SIMPL-domain-containing-protein	gnl|CDD|225516	COG2968, COG2968, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	1.28313e-47
NZ_CP049329.1|WP_165151125.1|275530_277447_-|fumarate-reductase/succinate-dehydrogenase-flavoprotein-subunit	gnl|CDD|236054	PRK07573, sdhA, fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein subunit.	0

Protein sequences

>NZ_CP049329.1|WP_165151133.1|286647_287337_+|SIMPL-domain-containing-protein
MKKALLILSILFVSMSYGQEVKQIPQINVNGEGKVKVVPDQATIAVTVETKGNNAKDVKKQNDEKIEAVIKFIKKMNLAPADYKTQRVALNPQYDYEKKKHSYNATQTIEILLRDLSKYDELMEGLVNEGINRIDAVTFQSSKLAQYQSEARKLAMKEAKLKAEDYVSVLGQKVGRAMTISDNSQTYYPQPMYAAMKTMERSDASEPRETLAVGEINITANVTVSFILE
>NZ_CP049329.1|WP_165153579.1|285949_286597_+|rhomboid-family-intramembrane-serine-protease
MYFMNTVLIAIIVVNVLISYKGFNDLSFFRKYEFHIGSIRSGEQIRMLSSGFLHADMTHLIFNMLTLWFFAPVVISYLGDFSFLLVYFGSLIFGSLLTMVFHKNDYGYRAVGASGAVTGVLYSAILLQPDMMLGIFFIIPMPAYIFGILYLLYSIYGMKAKNDNIGHTAHFGGAVGGYLITLLKEPTLLVDHTLMVILLAIPIVILFVMEKMGKL
>NZ_CP049329.1|WP_165151132.1|284974_285844_-|lysophospholipid-acyltransferase-family-protein
MQFLIFIIAYPFLWIVSILPFRVFYGLSDGVYFLVYHIIGYRKKIVRANLALALPHLKDEERLIIEKKSYHHLCDMFMEMIKTMTISSEEMNKRFTITNLEVIKEYEEKGKSIMLIASHYASWEWLITLNQKISFRGVAVYKKLANKYFDKLVRDIRSKYNTELVPTSKTIPLISDNQKNGIHCVYGLASDQSPKADRIFHWESFMGVEVPVHTGPEMLAKKYDMTVVFAQVKKVKRGYYELTIIPISDNPNSIPNFGITSAYIKEVEKQIREAPEYYFWTHKRWKHRR
>NZ_CP049329.1|WP_165151131.1|283362_284850_+|aminotransferase-class-V-fold-PLP-dependent-enzyme
MITKEAPTQLEQYFQQFRDNIIGIDQGFESPYGRKQIIYTDWTASGRLYRPIEEKLMNQFGPFVANTHTETTVSGTAMTKAYHQARHIIKHHVNASTDDVLITDGTGMTGVVNKFQRILGLKVPENLKNFITIPAEKKPIVFISHMEHHSNQTSWLETIADVEVIPSTEDGLFSIENLELLLEKYKERPFKIASITSCSNVTGIRTPYHKVAKIMHQHNGLCFVDFACSGPYVKIDMHPEDAESYLDAIFFSPHKFLGGPGTCGVLVFNKKLYQNLVPDNPGGGTVSWTNPWGEHKYIDNIEDREDGGTPGFLQVIKTALAIQLKEQMGIENILKREHEIVDYIFSELGNVSNIKILAGQHHDRLGVISFFVEDLHFNLGVKLLNDKFGIQTRGGCSCAGTYGHFLLHVDQETSHKLIDEITLGDLIRKPGWIRMSIHPTTTNAEIEFVCNGIKTLAENHKTWALDYNYNSATNEFVNKNAQPLEDELVKNWFSL
>NZ_CP049329.1|WP_165151130.1|282770_283190_-|DM13-domain-containing-protein
MKRIIFILPLLLLLISCEVEGDLTRDVELTSPIPENTPPLATGNFTPTSGIKVTGSAKIYLNGNQSEVRLEDFSVSSGPDLKVYLSKNDTPLEFVNLGNLTSSTVYSIPTQVNVSDYKYVLIHCQQYSHLFAVAQLSQN
>NZ_CP049329.1|WP_165151129.1|281863_282760_-|hypothetical-protein
MKKLLLIIAIGMFSNSFAQGCSDAGICSIGNSFQTTDKESKNGIEAGAIFGTGEADVTYISPYLTYTRTINERLSLSSKITYSVASGSFGQRGAFGDAFLIGNYNWKPKSHTQWSSLLGFKIPFTSSNLKINEFSLPLDYQSSLGTFDLIAGLNLNYKKWDFNTAIQIPVFNNNKNSYFREFSNTDDFPSTNLFERKSDALFRATYTFQTATKKFIFKPNVLFIYHLGEDSFENAFGQRETIKNSDGLTINGNIIGAYAINTKNSIELSLATPFLVREVRPDGLTRGFTAGIIYKVSF
>NZ_CP049329.1|WP_165151128.1|279599_280799_-|porin
MFNKILSCPISAQRNTIILLTFLSLFIILPMKAQQKDRTSSTDTIKNYSAYKRKLSFAGVLQTRYVFSLNKDSDVNGKNFDPEATNGITNTFMLKRARVMLKADINDHFSANVLANFAEFNDNPSNKVLENAYIKYTVSKYFSLQAGQFRPFFGIEDAVPVDIIRTLDFSNQYYAFGKNGWQSFQVGLSIFGKIVPDGSLRYYAGAYNGNNKNQKTDDNNSKNTYLRLETDFNKSLTLGANVSRGSFGESGIGNAYGADLTGKFDFSDKWQLLIMAEGKIGTNFLAYSASKADENQIVKPALDQFKMHGFYLLPTLRYNCQNRRLRAIEFSSRYEYFDENYKLDSNIRQTIIPNLSLIFADDFYAALQMGVSLDIYNKDIPLTTTNTHSLSYVQLQVRF
>NZ_CP049329.1|WP_165151127.1|278157_279588_-|anion-permease
MKEINFKSGLITCVIGLAIWFIPAPEGVQPNAWHLLAIFVATIVGIISKAASMGTMAIIGITLCAVTQVLAPGDPTKSIVNALSGFGNSTIWLIGLAFFIARGFIITGLGTRIAYNFIKIFGKSPLGLAYGLNTADLILAPAIPSNTARAGGVIYPIMKSIATNMGSYAEKPETHRKIGAFLTLSSYNANMITSVLFLTATASNPMAQKFAADLGVEITWGSWALAASVPGLICFLLIPLFLYKSYPPELKETKEAPAIAAKQLKEMGPVSLKEWLMVATFIILLVLWIFGNLFAIDATTAALIGLCILLLSGVLTWEDVKSEKGAWDTIVWFSSLVMMGSYLNSLGLIGWFGKLVGDELSQLSWKVAFPLIIIVYSYCHYMFASATAQVAAMYSVFLAVGIAVGIPGTMLAIFLGACASLMGSLTHYGHGPAPIFFGSTYVDLKDWWKQGFFMSILFLLVWFVAGGLWWKAIGLW
>NZ_CP049329.1|WP_165151126.1|277448_278114_-|succinate-dehydrogenase-cytochrome-b-subunit
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>NZ_CP049329.1|WP_165151125.1|275530_277447_-|fumarate-reductase/succinate-dehydrogenase-flavoprotein-subunit
MKKIDSKIPDGPLADKWNNYKAKAKLVNPANRNKLSVIVVGTGLAGSSCAASLAEQGYNIKSFCFQDSPRRAHSVAAQGGVNASKNYKNDGDSTFRMFYDTIKGGDFRSREANVYRLAECSASLIDHAVAQGVPFAREYGGYLNNRSFGGVQVSRTFYARGQTGQQLLLGAYQSLLRQVNTGKVTMHTRHEMVELVVIDGKAKGIIARNLETGTLERHEADAVVLATGGYGKVYYLSTLAMGCNGSAIWRAHKKGAYMAGVSWIQFHPTCLPQHGENQSKLTLMSESLRNDGRIWVSKKVGDDRLPNSIPEEERDYYLERRYPAFGNLAPRDISSRAAKERIDAGFGAGAMKNAVYLDFSKAIIAQGVEKIKAKYSNLFSMYEKINGIDAYKEPMLISPAAHFTMGGLWVDYELMTTIPGLFALGEANFSDHGANRLGANSLLQACVDGYFIAPYTIPNYLSGELKTDKITTDHPAFAEAETAAQRQLDRFLNTKGKLSADYFHKKTGKLLYEKCGLSRSKENLEEAIVSLKLLKESFEKDLLITGDDTLNSELEKAGRVADYIELAELMCHDALQREESCGAHFREEYQTTEGEAVRNDSDFCYVSAWEWKGEKLPPELHKEPLTFESVELAVRSYK
>NZ_CP049329.1|WP_165153580.1|287814_288180_-|TlpA-family-protein-disulfide-reductase
MSLKESLGKVTIVDFWASWCGPCRQENPNVVALYKELHGKGLNIIGVSLDKDAKAWKDAIAKDKLTWNQVSNLKFWDEPIAAQYKVESIPATFILDASGNVVAKDLRGEALRAKILELLAK
>NZ_CP049329.1|WP_113665867.1|288219_288981_-|DUF4369-domain-containing-protein
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>NZ_CP049329.1|WP_113665865.1|289764_290205_-|KTSC-domain-containing-protein
MKKIVEYRKLLNVDKTAELKDLKTIYRNAMKESHPDKFSGDEDGLKAAEENSKKIIEAYHFLVSINPETIKANLPEYTETISTSTITDYKFVEGRLIINFSNGSVYEYISVPKATYVKMVNADSPGRFAKRHILNSFTWRKTINQD
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MTKASEERMLQKGVFTGIMEKDENNNFFCGEYLLDYKMAQKHAIGDWITIKSIIENPSDISYNKYPKKSKNFDKANNKPQQ
>NZ_CP049329.1|WP_165151134.1|290713_291259_+|hypothetical-protein
MEKFFRPNPNSFKNTFCVFDEVAIESINGLKIQYDSKSGSKYYYTKTGMYRLSNHWGRLANSKWRLEPLEPETISKIKLGYASWENFYPDNAVEELYYLEANYQNRTVNYQHKNNPNYDKRAILRTSFETTKRIKQIRNLFSLTSWAKYFEYEDIDDLRKKIIQELIFTTKTLEEIKKEFI
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Prophage detection

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_165151609.1|3374950_3375772_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_165151468.1|3375789_3376068_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_165153049.1|3376609_3380905_+	T9SS type B sorting domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153051.1|3381715_3382042_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153053.1|3382075_3391393_+	T9SS type B sorting domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153055.1|3391453_3392383_+	type IX secretion system membrane protein PorP/SprF	NA	NA	NA	NA
WP_165153057.1|3392394_3394338_+	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153059.1|3394935_3395721_-	class I SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_165153061.1|3395766_3396843_-	undecaprenyl/decaprenyl-phosphate alpha-N-acetylglucosaminyl 1-phosphate transferase	NA	NA	NA	NA
WP_165153063.1|3396839_3398057_-	glycosyltransferase family 1 protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153065.1|3398176_3399244_-	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

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MKTSIFKVLLISFLFVGWANVSAQMIKTPAPKRAKGQTDVLRLATAPIPTVRIAFIGLGMRGPGAVERMTHIPGVEIIALCDMLETNTKSANEILTKAGLPKAKEFFGDENAWRKVTALPNVDLVYVATDWKNHAKIGVQAMKDGKNVAIEVPGAMTMEEIWDLINTSEKTRKHCMQLENCVYDFFELTTLNMAQQGLFGEIMHAEGAYIHGLQPFWGEYWNNWRMDYNRKHRGDIYATHGMGPACQALNIHRGDKMNFLVSMDTKAVGNPAYIKEKSGIEVTDFRNGDHTMTMIRTEKGKTIQIQHDVTSPRPYSRMYQLSGTKGFANKYPVEGYALDSKVVGSDVAPNHEKLNAHSYVPADVKKALMEKYKHPIVAGIEEKAKKVGGHGGMDFIMDYRLIYCLQNGLPLDMDVYDLAEWSCLGPLTEKSLDNNSAPVEIPDFTRGGWQKLKGLEFSK
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MDTKIVRKTNKNKYLLIVLPIILLLGYFVFTSVTKKRSLNVKKVEITIKTVENNFFEDFMSFQAKAVPLNSMLVNIIEGGAVQEIFVENGDMVVKGQPLVRLYNPNAELAYMQQETAIIEQINNLNKAKLDLRNQELNLEKDLIGIEHDYLDAKNLFELNHKLFDKEILSKNEWEKTQENYRFQKERMNIIKKSVKKEKLANQVQIGQLNQSIGFMNKSLDILRMNKKNFLITAPISGRLSSFEPILGKTYVQNTSIGSIDDRKGYKLMADIDEFYLDKVAEQQKGTVDFENKSIEVQITKVIPEIKNGRFQVELDFVSSEKLDLKQGLSFGVKLNLSEKTKTVVLSKGSFNEETSGKWIFVVNGNKAERKAIKLGRENPLYYEVLSGLKAGEKVITSSYKDYKEVEILNLE
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MITEFSLPLGGNAFSSIPFGEVETITKNGVEYWTNSEEYFTAYFRIAEPGVFQFSIDKASLVVLGKSTLEFTINNESKRVEFNDTKKDSYQIGRWEITEPGYVALKIKGISKNKSNFPSISSVTINSSIAKDKIAFVQNDEGSFYHWGRRGPSVHLNYQVSTDATIEWYYNEVTVPTGQDIIGSYYMANGFAEGYFGIQVNSDTERRVLFSVWSPFVTDDPATIPDSKKIKLLKKGAGVTTGEFGNEGSGGQSYLKYNWIAGSTYKFLLRGIPQNDNSTTYTAYFFAPELNHWQLIASFNRPETNTYLKRFHSFLENFSPEQGNKSREVLFGNQWYCDANGNWTEINSAKFTTDNTGTIGYRMDYSGGLLNNESFYLKNGGFFNNFTKAQSVFTRPLHQKSPDIDFNALP
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MKEYEVHLIENKQLTVSGNGDDIAWENAQILTDFCSPWNNKKGTEITFKALWDRENLFFNFTVLDTEIHIEKKDDSFESIGNSDRVELFFRTDDALNPYYCLEIDNTGRIMDFIAYPNKNFDFDWNWPKNDLVVKSSVNTGSFIVEGSISIESLKSFNLVKNNRIETGVFRAKYVKTKNEFFEPNWITWINPNTETPNFHLASSFGVFVLKE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_165151421.1|3597845_3599393_+|transposase	IS21 family transposase	K4I413	Acidithiobacillus_phage	8.5e-81	35.1
WP_113667236.1|3599410_3600148_+	ATP-binding protein	A0A2L1IVB6	Escherichia_phage	4.7e-21	26.7
WP_165153340.1|3600335_3601469_+	Fic family protein	A0A1V0E025	Clostridioides_phage	5.3e-24	28.5
3600996:3601013	attL	NA	NA	NA	NA
WP_165153342.1|3601509_3604347_+	type I restriction endonuclease subunit R	NA	NA	NA	NA
WP_165153344.1|3604500_3605643_-|integrase	site-specific integrase	H7BUI8	unidentified_phage	1.8e-11	28.7
WP_113638026.1|3605639_3606227_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153346.1|3606879_3609045_-	TonB-dependent receptor	NA	NA	NA	NA
WP_165153348.1|3609705_3610788_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153350.1|3611077_3612130_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153352.1|3612134_3613307_+	alpha/beta fold hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_165153354.1|3613342_3614059_+	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_165153356.1|3614612_3615947_-	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_165153358.1|3615948_3617292_-	sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_165153360.1|3617473_3618712_+	HlyD family efflux transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_165153362.1|3618803_3619505_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.6e-39	41.6
WP_165153364.1|3619625_3622055_+	FtsX-like permease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153366.1|3622057_3624475_+	FtsX-like permease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153368.1|3624467_3625769_+	TolC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153370.1|3626816_3627122_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153372.1|3627137_3629066_-	glucosamine-6-phosphate deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_165153815.1|3629108_3630437_-	sugar MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_165153374.1|3630509_3631385_-	NTP transferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153376.1|3631387_3632488_-	galactokinase	NA	NA	NA	NA
WP_165153378.1|3632800_3633841_+	LacI family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_165153817.1|3633848_3634487_-	endoxylanase	NA	NA	NA	NA
WP_165153380.1|3635188_3638251_+	TonB-dependent receptor	NA	NA	NA	NA
WP_165153382.1|3638262_3639960_+	RagB/SusD family nutrient uptake outer membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153819.1|3640169_3641402_+	DUF3472 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153384.1|3641501_3642881_+	Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
3641475:3641492	attR	NA	NA	NA	NA
WP_165153386.1|3643485_3644256_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153388.1|3644249_3645242_-	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_165153390.1|3645342_3646101_-	metallophosphoesterase	K4FB14	Cronobacter_phage	1.5e-22	29.1
WP_165153392.1|3646916_3647522_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_113666609.1|3647707_3647917_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_113666608.1|3647898_3648105_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153394.1|3648279_3649212_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153396.1|3649376_3649709_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165153398.1|3649761_3651015_-	ETX/MTX2 family pore-forming toxin	NA	NA	NA	NA
WP_165153400.1|3651209_3651629_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165151468.1|3651896_3652175_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_165151469.1|3652192_3653014_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_113666603.1|3653342_3654101_+	response regulator transcription factor	NA	NA	NA	NA
WP_165153402.1|3654097_3654544_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165151468.1|3654647_3654926_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_165151609.1|3654943_3655765_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA