CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP049888	Weissella sp. HDW19 chromosome, complete genome	1 crisprs	csa3,DEDDh,cas3,DinG	0	0	6	0

1. NZ_CP049888

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP049888_1

• CRISPR_ID: NZ_CP049888_1
• CRISPR_location: 460329-460452
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP049888_1

Consensus_repeat	Method
AATTAAATGCACAAGTACCACAATTGATGTCTGGTGTTAG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP049888_1

>1.1|460369|44|NZ_CP049888|CRISPRCasFinder
CCAACTAGCTAATGGTTCACAACAATTAGCTACTGGAACGAGTC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP049888_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP049888_1

>merge|NZ_CP049888|1|460329-460452|CRISPRCasFinder
AATTAAATGCACAAGTACCACAATTGATGTCTGGTGTTAGCCAACTAGCTAATGGTTCACAACAATTAGCTACTGGAACGAGTCAATTAAATGCACAAGTACCACAATTGACGTCTGGTGTTAG

>NZ_CP049888|1|1|460329-460452|CRISPRCasFinder
AATTAAATGCACAAGTACCACAATTGATGTCTGGTGTTAG	CCAACTAGCTAATGGTTCACAACAATTAGCTACTGGAACGAGTC
AATTAAATGCACAAGTACCACAATTGACGTCTGGTGTTAG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP049888.1|WP_166009743.1|466464_467529_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226359
NZ_CP049888.1|WP_166009731.1|456100_456787_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236776
NZ_CP049888.1|WP_166009753.1|472050_473418_-|UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D--alanine-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|223841
NZ_CP049888.1|WP_166009721.1|449193_449697_+|HD-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224336
NZ_CP049888.1|WP_166009719.1|448332_449100_+|RNA-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|223640
NZ_CP049888.1|WP_166009723.1|449736_450063_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|224647
NZ_CP049888.1|WP_166009179.1|457029_458099_+|IS3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|222853
NZ_CP049888.1|WP_166009737.1|462474_463275_+|bifunctional-hydroxymethylpyrimidine-kinase/phosphomethylpyrimidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|369938
NZ_CP049888.1|WP_166009749.1|469440_470724_+|ABC-transporter-substrate-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|270451
NZ_CP049888.1|WP_166009739.1|463907_464537_+|transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|381691
NZ_CP049888.1|WP_166009741.1|464836_466411_+|bifunctional-metallophosphatase/5'-nucleotidase	unknown	unknown	gnl|CDD|223808
NZ_CP049888.1|WP_166009729.1|452261_452981_+|2,3-diphosphoglycerate-dependent-phosphoglycerate-mutase	unknown	unknown	gnl|CDD|184516
NZ_CP049888.1|WP_166009735.1|461698_462478_+|hydroxyethylthiazole-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|236477
NZ_CP049888.1|WP_166011668.1|445922_447038_+|peptide-chain-release-factor-2	unknown	unknown	gnl|CDD|234799
NZ_CP049888.1|WP_166009727.1|451153_452176_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|223566
NZ_CP049888.1|WP_166009745.1|467521_468418_+|sugar-ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|224096
NZ_CP049888.1|WP_166009717.1|447091_448105_-|aminoacyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|225224
NZ_CP049888.1|WP_166009751.1|470724_471930_+|hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|293818
NZ_CP049888.1|WP_166009725.1|450308_451133_+|SseB-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377787
NZ_CP049888.1|WP_166009747.1|468427_469249_+|carbohydrate-ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|223472

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP049888.1|WP_166009743.1|466464_467529_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|226359	COG3839, MalK, ABC-type sugar transport systems, ATPase components [Carbohydrate transport and metabolism].	1.35211e-114
NZ_CP049888.1|WP_166009731.1|456100_456787_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|236776	PRK10856, PRK10856, cytoskeleton protein RodZ.	0.00415896
NZ_CP049888.1|WP_166009753.1|472050_473418_-|UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D--alanine-ligase	gnl|CDD|223841	COG0770, MurF, UDP-N-acetylmuramyl pentapeptide synthase [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	2.26221e-144
NZ_CP049888.1|WP_166009721.1|449193_449697_+|HD-domain-containing-protein	gnl|CDD|224336	COG1418, COG1418, Predicted HD superfamily hydrolase [General function prediction only].	2.08785e-08
NZ_CP049888.1|WP_166009719.1|448332_449100_+|RNA-methyltransferase	gnl|CDD|223640	COG0566, SpoU, rRNA methylases [Translation, ribosomal structure and biogenesis].	4.30572e-70
NZ_CP049888.1|WP_166009723.1|449736_450063_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|224647	COG1733, COG1733, Predicted transcriptional regulators [Transcription].	4.45553e-24
NZ_CP049888.1|WP_166009179.1|457029_458099_+|IS3-family-transposase	gnl|CDD|222853	PHA02517, PHA02517, putative transposase OrfB; Reviewed.	1.0375e-35
NZ_CP049888.1|WP_166009737.1|462474_463275_+|bifunctional-hydroxymethylpyrimidine-kinase/phosphomethylpyrimidine-kinase	gnl|CDD|369938	pfam08543, Phos_pyr_kin, Phosphomethylpyrimidine kinase. This enzyme EC:2.7.4.7 is part of the Thiamine pyrophosphate (TPP) synthesis pathway, TPP is an essential cofactor for many enzymes.	1.79432e-104
NZ_CP049888.1|WP_166009749.1|469440_470724_+|ABC-transporter-substrate-binding-protein	gnl|CDD|270451	cd14748, PBP2_UgpB, The periplasmic-binding component of ABC transport system specific for sn-glycerol-3-phosphate; possesses type 2 periplasmic binding fold. This group includes the periplasmic component of an ABC transport system specific for sn-glycerol-3-phosphate (G3P) and closely related proteins from archaea and bacteria. Under phophate starvation conditions, Escherichia coli can utilize G3P as phosphate source when exclusively imported by an ATP-binding cassette (ABC) transporter composed of the periplasmic binding protein, UgpB, the transmembrane subunits, UgpA and UgpE, and a homodimer of the nucleotide binding subunit, UgpC. Members of this group belong to the type 2 periplasmic-binding fold superfamily. PBP2 proteins are comprised of two globular subdomains connected by a flexible hinge and bind their ligand in the cleft between these domains in a manner resembling a Venus flytrap. The majority of PBP2 proteins function in the uptake of small soluble substrates in eubacteria and archaea. After binding their specific ligand with high affinity, they can interact with a cognate membrane transport complex comprised of two integral membrane domains and two cytoplasmically located ATPase domains. This interaction triggers the ligand translocation across the cytoplasmic membrane energized by ATP hydrolysis.	2.99692e-82
NZ_CP049888.1|WP_166009739.1|463907_464537_+|transcriptional-regulator	gnl|CDD|381691	cd16099, TenA_PqqC-like, TenA-like proteins including TenA_C and TenA_E proteins, as well as pyrroloquinoline quinone (PQQ) synthesis protein C. TenA proteins participate in thiamin metabolism and can be classified into two classes: TenA_C which has an active site Cys, and TenA_E which does not; TenA_E proteins often have a pair of structurally conserved Glu residues in the active site. TenA_C proteins (EC 3.5.99.2) catalyze the hydrolysis of the thiamin breakdown product amino-HMP (4-amino-5-amino-methyl-2-methylpyrimidine) to 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine (HMP) in a thiamin salvage pathway; the role of TenA_E proteins is less clear. Arabidopsis thaliana TenA_E hydrolyzes amino-HMP to AMP, and the N-formyl derivative of amino-HMP to amino-HMP, but does not hydrolyze thiamin. Bacillus subtilis TenA_C can hydrolyze amino-HMP to AMP and can catalyze the hydrolysis of thiamin. Saccharomyces cerevisiae THI20 includes a C-terminal tetrameric TenA-like domain fused to an N-terminal ThiD domain, and participates in thiamin biosynthesis, degradation and salvage; the TenA-like domain catalyzes the production of HMP from thiamin degradation products (salvage). Bacillus halodurans TenA_C participates in a salvage pathway where the thiamine degradation product 2-methyl-4-formylamino-5-aminomethylpyrimidine (formylamino-HMP) is hydrolyzed first to amino-HMP by the YlmB protein, and the amino-HMP is then hydrolyzed by TenA to produce HMP. Helicobacter pylori TenA_C is also thought to catalyze a salvage reaction but the pyrimidine substrate has not yet been identified. It has also been suggested that TenA proteins act as transcriptional regulators based on changes in gene-expression patterns when TenA is overexpressed in Bacillus subtilis, however this effect may be indirect; Pyrococcus furiosus TenA_E lacks appropriate surface charges for DNA interactions. This family also includes bacterial coenzyme pyrroloquinoline quinone (PQQ) synthesis protein C (PQQC), an oxidase involved in the final step of PQQ biosynthesis, and CADD, a Chlamydia protein that interacts with death receptors.	6.66526e-41
NZ_CP049888.1|WP_166009741.1|464836_466411_+|bifunctional-metallophosphatase/5'-nucleotidase	gnl|CDD|223808	COG0737, UshA, 5'-nucleotidase/2',3'-cyclic phosphodiesterase and related esterases [Nucleotide transport and metabolism].	2.22571e-83
NZ_CP049888.1|WP_166009729.1|452261_452981_+|2,3-diphosphoglycerate-dependent-phosphoglycerate-mutase	gnl|CDD|184516	PRK14115, gpmA, 2,3-diphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase.	5.66307e-136
NZ_CP049888.1|WP_166009735.1|461698_462478_+|hydroxyethylthiazole-kinase	gnl|CDD|236477	PRK09355, PRK09355, hydroxyethylthiazole kinase; Validated.	3.41065e-90
NZ_CP049888.1|WP_166011668.1|445922_447038_+|peptide-chain-release-factor-2	gnl|CDD|234799	PRK00578, prfB, peptide chain release factor 2; Validated.	0
NZ_CP049888.1|WP_166009727.1|451153_452176_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|223566	COG0492, TrxB, Thioredoxin reductase [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	1.34297e-63
NZ_CP049888.1|WP_166009745.1|467521_468418_+|sugar-ABC-transporter-permease	gnl|CDD|224096	COG1175, UgpA, ABC-type sugar transport systems, permease components [Carbohydrate transport and metabolism].	3.18621e-81
NZ_CP049888.1|WP_166009717.1|447091_448105_-|aminoacyltransferase	gnl|CDD|225224	COG2348, COG2348, Peptidoglycan interpeptide bridge formation enzyme [Cell wall/membrane/envelope biogenesis].	4.19745e-28
NZ_CP049888.1|WP_166009751.1|470724_471930_+|hydrolase	gnl|CDD|293818	cd07732, metallo-hydrolase-like_MBL-fold, uncharacterized subgroup of the MBL-fold_metallo-hydrolase superfamily; MBL-fold metallo hydrolase domain. Includes functionally uncharacterized Enterococcus faecalis EF2904. Members of the MBL-fold metallohydrolase superfamily are mainly hydrolytic enzymes which carry out a variety of biological functions. The class B metal beta-lactamases (MBLs) for which this fold was named perform only a small fraction of the activities included in this superfamily.Activities carried out by superfamily members include class B beta-lactamases, hydroxyacylglutathione hydrolases, AHL (acyl homoserine lactone) lactonases, persulfide dioxygenases, flavodiiron proteins, cleavage and polyadenylation specificity factors such as the Int9 and Int11 subunits of Integrator, Sdsa1-like and AtsA-like arylsulfatases, 5'-exonucleases human SNM1A and yeast Pso2p, ribonuclease J and ribonuclease Z, cyclic nucleotide phosphodiesterases, insecticide hydrolases, and proteins required for natural transformation competence. Classical members of the superfamily are di-, or less commonly mono-, zinc-ion-dependent hydrolases, however the diversity of biological roles is reflected in variations in the active site metallo-chemistry.	1.60275e-43
NZ_CP049888.1|WP_166009725.1|450308_451133_+|SseB-family-protein	gnl|CDD|377787	pfam07179, SseB, SseB protein N-terminal domain. This family consists of several SseB proteins which appear to be found exclusively in Enterobacteria. SseB is known to enhance serine-sensitivity in Escherichia coli and is part of the Salmonella pathogenicity island 2 (SPI-2) translocon. This entry contains the presumed N-terminal domain of SseB.	9.67513e-13
NZ_CP049888.1|WP_166009747.1|468427_469249_+|carbohydrate-ABC-transporter-permease	gnl|CDD|223472	COG0395, UgpE, ABC-type sugar transport system, permease component [Carbohydrate transport and metabolism].	1.32129e-75

Protein sequences

>NZ_CP049888.1|WP_166009179.1|457029_458099_+|IS3-family-transposase
MVIKYSNDFKESIVSLHKVGRSANSLAKEYNVSVSTVSKWVNQADPNNTKVLSANERALIKENKQLKEELDIFKTSSGAYGEKLIIKGRIPTLKIINDNLQVGHRITKILNVLRIPRSTYYGYIHWKPGKTLLRRNFIKQKVLDAWLKYPMYGYPRLTILLNRQLKIKISQRMVYKQMYALKIRSRMTKRINKPKTHTEYDQRPNLIKGLPDQSNILLTDITYIPVKNTWVYLASVYNPVTRRVISYKVGSHMTKELATDVINQVAVKSVKPSIIHSDMGSQYTSDLFESTLTRFGIKHSYSRKGQPGDNARIESFHSILKREYINFQEFKTINEAIAGIDSYIRWYNSDRISLVA
>NZ_CP049888.1|WP_166009731.1|456100_456787_-|hypothetical-protein
MTDEQFQQLKRYKELLDVGVLAPSEYEKLKDRFLQVEMIALDLEQAQKPQPITESRNKTQARQKKGLPWLKWLLYLLLLLLLLLGGYAYLQWHQDNGKRLIQKNEQNAVAQTQTSTKKTTKVASSTKKESADTSSASSTTADSTSETTAVDATSAQSALTQNDTTGVAWTYQSDTGNGFVFVGPTNEDGSYSKALVTDRADGQNVEIRTGTVDPENGWTVSDDVTVPW
>NZ_CP049888.1|WP_166009729.1|452261_452981_+|2,3-diphosphoglycerate-dependent-phosphoglycerate-mutase
MAKLVLIRHGQSEWNALNLFNGWVDTKLSDKGIAQAKAAGEMLAKEGIEFDQAYTSVLTRAITTLHYALEEAGQMFIPETKSWRLNERHYGALQGLNKADAAAKYGDEQVHQWRRSYDVLPPLLTEQTKTVEVLGKTYPAFDRRYADVPEGQLPFGENLKVTLERVLPFWETNISKDLAAGKNVVIAAHGNSLRALVKHIENISDDDILGVEIANGQPLVYDFDQDLKVLSKDVLTSEN
>NZ_CP049888.1|WP_166009727.1|451153_452176_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase
MVKTKEVDLVIIGAGPVGLFATFYARLRELNVVLIESLDITGGQPQNLYPQKQILDVPGWLGLDGTNLTSQLQAQMEQLQPEVYLGTTVTNVSNLTEAVLVKTDRQIDFKAAAVLVATGKGAFEPRRLTSDLEQNFENHGLYYFVQDLQQFKNQRVTVLGGGDSAVDLANQLSTIAKDVTIVHRRNNFRALEHALVTLAENKVHKMTPYTIQRIARQADQSFKLDLQTTRGHEERQLTTDAIIVSYGFQSENKIVEGWSIDPVMARQKMVVDQNMRTSVERVFAIGDAAEFEHKAELIVTGFGDAPVAINTIIDQYLQTHQGVLHSSSIKIKDGQLHIEK
>NZ_CP049888.1|WP_166009725.1|450308_451133_+|SseB-family-protein
MTVINLDNTELKTAFANFKTVQTPELQTQFELALLNAHFLVPVQAPENLVPDAEGNLNLAAGQQLAFVSLIDPNEENFLPIFTDNENYQKNPDHWEQNIMVVEFPFTQFIEMFKKDATLQNLVMNPFISQETLQISRDNIEYLMQNYEYHQGEPQPIQNMMENSEPGTDQAIEIRVPDEVPTKLQANLMGLADDAKGIVDKMYLLWMQGAGGRQGRFLLLLDGPDLGQVKDQIPNFKDVFPKTLGEKITGEVVLTQEIAGLDLSEFQAFYQYQM
>NZ_CP049888.1|WP_166009723.1|449736_450063_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MASAETKTAASICPKFIATFEILGRKWNGLIVEVLLIDGPKRFKDLAVAIETCSDRVLVERLKELEEAQIIERIPVSESTRHAYQLTERGEAMRPMMSAIHTWADQYN
>NZ_CP049888.1|WP_166009721.1|449193_449697_+|HD-domain-containing-protein
MQKDAWQSDRAYRDIVDDLLQQPAVQELANYTQHHHSDRLTHSIMVSYWSYRLGLRLGLNATALARAGILHDLFYYDWRETKFELGTHAFIHPRVSLRNAEKITPLSNMEKDIILKHMWGSTWAMPHYWESLLLNLVDDETAVMDFFNPVVDRFKALKTLHWIKREL
>NZ_CP049888.1|WP_166009719.1|448332_449100_+|RNA-methyltransferase
MEKINSNQNARVKAWAKLQTKKGRQASQTYLLDGWHLVQEAIHADGKIRAIIATESQYELHQEELPLGVPVFVIYDDIAKKLSDLVTPQGIFAEVSLPNFNRAPKYIHEGAWLFLDAIQDPGNVGTMIRTADAAGFTGVVFGQGSVDPYSPKAVRAMQGSQFHLQLANGDLHEWIPEFVRNDFQVYGTQLNPEAANIFETIPAQNFALVMGNEGQGMADDLADMTSKNLYIPLSGHAESLNVGVAAGVAMFTLKH
>NZ_CP049888.1|WP_166009717.1|447091_448105_-|aminoacyltransferase
MPVLDLNDSVAVEKYQNFIQNSEFGRITQDLRWSHVKNNWEPRYVYLTDATGAITAAMSMLLSTVSNGKKFAYASKGPVVDINNTEMLLELVEEAKKALKNDNVYLLRFDPEVDFSQELNDTLQVHGFVTRNRNVDALGMHGTIQPRRNMVIDLTEWPDAKETFDLYPSKVKSKLKRPIRDGVTVRFGNTDSELDAFFTSYSEMAKRHGISYRPKSYFERLLASFGDSDVMRIYLAEREGELLSTGIGFNYGNRIWYMYAGSVDGNTYYAPYAVQTAMIQWALDEHLAAYDMGGIGEADNSDGLYAFKHNFVKAEPREYIGEIDVVFDEATYHEMGY
>NZ_CP049888.1|WP_166011668.1|445922_447038_+|peptide-chain-release-factor-2
MELVEIRHELEVIKIEVTNLGENLDLDALNDQIAANEDLMGQPDFWNDNVAAQALIDENNDVKQRRDNYLQLQNGIESVETSLELLSEVADPEMETELEVEFQALQSQLEQYRLEQLLNEPYDANNAILEIHPGSGGTESADWGANLQRMYTRWAEKHRFHVEILDYHPGDVAGIDSVTLKISGHNAFGYLRSERGVHRFVRISPFDSAGRRHTSFVSVDIMPELDESIEIDINPADVKMDVYRASGAGGQHINKTSSAVRLTHLPTGIVVASQQQRSQFQNKDTAYGMLKAKLYQLEMDKKEAERAEISGDHLDNGWGSQIRSYVFQPYRMVKDHRTNYENGNPQGVMDGNLDGFMNAYLQWKLGLLNPE
>NZ_CP049888.1|WP_166009735.1|461698_462478_+|hydroxyethylthiazole-kinase
MLLEAVKQQKPLILNYANTVTQQHVADGISMIGASPLMTQEVLEVPELVEIAQAVVINIGTLQEKDLPMVILMGQMANRAGKPVILDPVAVAMPYRSSFIQRLRVAVKFDIIRGNAAEIAWFAESKGQGQGIDADTQASLQINIPQRAAQLTGAVIIQTGVVDVITDGEKTWLVENDNPLLAVNVGAGDLLSGLVGCFAAVTQDYVQAGLTATMLMATAGTLASDQVEHQPGQLMPVLMDQLYKMTWTKMQQISEVKQG
>NZ_CP049888.1|WP_166009737.1|462474_463275_+|bifunctional-hydroxymethylpyrimidine-kinase/phosphomethylpyrimidine-kinase
MIEIPQVVTIAGIDSSGGAGINADLKTFHNQRVYAATVVTGITAQNTQGVQAIEPTQADIILAQFKSIFTDLDITAAKTGALFDQIRVQAVIDGLHQFPVKHLVVDPVMVAKGGVPLLETAAIELVKYELIPLAEVITPNLAEAEVLLEREIKSDQEMERAAKDLQNLGAQNVLVKGGHQAGTLVRDLMLFADGTMTWYEAPRIATNRTHGTGDTLAAFIVAGLARDEDLAVIMPRAKMFMNQAIQETIRVGHGHGPLNHWVTGEK
>NZ_CP049888.1|WP_166009739.1|463907_464537_+|transcriptional-regulator
MKFNQYLLSKSKAKRQTIAGTAFVQALINGTLSQNARNYYVAQDHFYVDKFDAFFQTVTQKLPQTLQAQQPHGNGLEAEAHQALKPDEDLSNISVGDHNLTYLKHIEVAVSQSDPVAGILALLPCTESYHLLAREFSEQAALPFQDWFNYYTSQDYMATTHWLWQTLNTLVPDIGVLSVEQLAAWTKIYQQAYEDEINFWQAVPMTKDN
>NZ_CP049888.1|WP_166009741.1|464836_466411_+|bifunctional-metallophosphatase/5'-nucleotidase
MQVKILSTSDIHGYFNADDFRRPLKNHGFGLTRAVEAMQKEADQLGINDLIIRIDNGDFIQGSPLTNYLEKKEPQFLPLYDDLAKLARYDVRIIGNHEFNYGRDYLERALQANNVLNANIIDQATQKPFIGQPYQIFSKGKVKVGVIGLTTKFIPNWEPLKNIQGLIFEDPVLIAQKYIKIVQPQVDLLILAYHGGFERDLETGEALGHVTGENQGYELSQLSGVDALVTGHQHRLIAQQINGLVATQPGYRGEAIGVMDFTLNAGQLQTSRARLIATKSFPEEPRILTQIQPLQSKINQWLDQPIGRVGLNMKIINHHLARIESHPFVAFVNQVQMKFGKTQIANTAIFNNEVRGLPNCVTRRDIMTNYLYPNIVVVESLTGQEIVDAIEVSARYFQLNRALELGVNHHFMRPKVQHYNYDLWSGIEYTIDMRQPMNQRVKDVFFQGRPLQLERHYEVALNSYRANGAGNFKMYQANKIVREVPVEITDLMADYLEAYPDLEINPPHNIKVIGYQKLSSKPDG
>NZ_CP049888.1|WP_166009743.1|466464_467529_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein
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>NZ_CP049888.1|WP_166009745.1|467521_468418_+|sugar-ABC-transporter-permease
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>NZ_CP049888.1|WP_166009747.1|468427_469249_+|carbohydrate-ABC-transporter-permease
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>NZ_CP049888.1|WP_166009749.1|469440_470724_+|ABC-transporter-substrate-binding-protein
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>NZ_CP049888.1|WP_166009751.1|470724_471930_+|hydrolase
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>NZ_CP049888.1|WP_166009753.1|472050_473418_-|UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D--alanine-ligase
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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	660 : 40039	60	Lactococcus_phage(48.15%)	capsid,holin,protease,integrase,tail,tRNA,plate,portal,terminase,head	attL 2966:2980|attR 40167:40181
DBSCAN-SWA_2	127932 : 187261	43	Bacillus_virus(27.27%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	216169 : 288471	85	Lactobacillus_phage(23.53%)	capsid,integrase,terminase,plate,portal,transposase	attL 241268:241297|attR 288705:288734
DBSCAN-SWA_4	698159 : 711567	13	Lactobacillus_phage(28.57%)	integrase,transposase	attL 700123:700136|attR 711340:711353
DBSCAN-SWA_5	725637 : 770053	46	Lactobacillus_phage(40.0%)	protease,terminase,tRNA,portal,transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	1560502 : 1569597	11	Streptococcus_phage(50.0%)	tRNA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP049888|660:40039|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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MIKFIKKNVCNILFLIGVISYLITLITDKHWYDLFMTVLLYIIIFEQIYYQNQSAKIYEEYIELLEKIIREN
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MARPKKYVEPSTTAQNEANKAWQEKNKEHNKYLNYRTRARTFIRTMATNDDIDELLELIDERKETLKTGE
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MKILNKIPWSFVLLVAGFVFLAIGSFFIAPVITWFVIAIELIVLSYLVVPNGGNHELK
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MKKIDFALMLLVVTTAVLNMFINTDWLMLVAYSLVFIWGVWRYKTDGHRAYFWVSILALVTVILAILGITGIF
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MILEESDAHKIVYAAGKLIDCGYVVKDIGTRQRDPMSGFVYRVTLEKEE
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MMKYKDLLARYPDDPALLYAVGVLEGRVIAGEKIKQASKRHISDLRRIEDDDNFQYIYDVEEAQKINKFATLLKDVSSGEPFKPSPYQQFILSMIQGWRNPDTKGMRFKNIFISMARTNGKTQVLSAYSLYNFLFGQPNMNRQLAVSSIDISHTKPLYEYMKGNWIKLKDGVFKKIGKDWQIEYNRNEMRINSQSTSMKRLSAQSSDSDGDHYTTGIVDEYHLFGQGQRDFISAMTSGMVQNPLAQMFYISTAGLDPNTPMFEDYKRYSKYIENENWNEIDKDLVLIWEQDDKDETFDPETWQKSNPLMELPLKRKQLIEGMVTEREAKASQGLLSEFIVKNMNMWQNAKENAFLPLDLIQASIIDDFKMFGRDVFIGFDFSQTNDDTSVAFVFPYLDAQGNQKYHLYQHSWIPLSKAGSIEAKEQRDNINYRDVQAKGFATITRDRFGLIDEDEVFNWMLNFIEMNELNVKGILYDQWGTGGFIRRLDEVKEEYLIIPVRQGIKSLNEPTKFLQNMFIKHNITMFDDQAMQQALVNAVIVSDNNGIKIDKNTNTQKIDVADAIVNALFEGQFYYTDFTNVEEKATKSPFGNMSNDEINDYFLNGFSF
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MTDLTQQQKFERIKKISRDKGMSLSQLNKKANMKDNVIYSWKSKEPSATAIKKVADVLGVSVDYLLGNADEMLPNKEGTTNEPVDNSIEGIKARLVSYDGSPVTDHDAKLIKQYLDTLFEGRE
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MNDIINNLMKADVNVIQLYSALKQAALIDEVPPAIKKPVISEYDEKAHLNLGNAFLLLKNKINDLLKVLYKYDLVDMYGNGVVGIEYWLINALDFKTLKSTYNNQLSVCNKTITKIQEIVILNGLMERK
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MNKRQSKKQELSSQVDDLQNISSLNMEMNSDTNVRIDNIVDRTNTNFKFVAKEIAETDSNINLMLDAQKKETSEVRNNRFAILDMQNHIKSLWKISIIQSLAIIALSIALVWKG
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MTANIIPSDPLKLQRQAKLIASLRDENRNLKVGISERDERIAELETKLDKMIIDRGYC

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_166008886.1|1417_1765_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008888.1|1783_3412_-|plate	BppU family phage baseplate upper protein	NA	NA	NA	NA
2966:2980	attL	NA	NA	NA	NA
WP_166008890.1|3414_3804_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008892.1|3805_4624_-	lysozyme	Q8LTJ6	Lactococcus_phage	2.0e-52	49.5
WP_166008894.1|4626_5703_-	hypothetical protein	A0A0M7RDS2	Lactobacillus_phage	4.1e-34	29.6
WP_166008896.1|5702_6527_-|tail	phage tail family protein	E9LUJ3	Lactobacillus_phage	7.3e-31	32.5
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WP_166008901.1|11190_11844_-|tail	phage tail protein	Q9AZS2	Lactococcus_phage	1.2e-44	51.1
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WP_166008914.1|16517_18344_-|terminase	terminase large subunit	Q9AZM6	Lactococcus_phage	9.8e-270	74.3
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WP_166008920.1|21699_22956_-	Fic family protein	Q9AZ49	Lactococcus_phage	2.2e-50	33.3
WP_166008922.1|23071_23536_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008924.1|23622_23907_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_166008930.1|24598_25039_-	hypothetical protein	A0A1I9KKG9	Lactobacillus_phage	7.3e-22	38.7
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WP_166008936.1|25688_25865_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166011634.1|25895_26345_-	adenine methyltransferase	A0A2P0ZL79	Lactobacillus_phage	1.6e-48	61.9
WP_166008938.1|26356_27112_-	site-specific DNA-methyltransferase	R9TS71	Vibrio_phage	8.9e-68	51.8
WP_166008940.1|27290_27656_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	X2CXD8	Lactobacillus_phage	2.1e-06	30.0
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WP_166008944.1|28066_28204_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008946.1|28233_28413_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008948.1|28417_28624_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008950.1|28633_29032_-	RusA family crossover junction endodeoxyribonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_166008952.1|29291_30674_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008954.1|30676_31576_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_166008958.1|32166_32841_-	AAA family ATPase	O03911	Lactobacillus_phage	9.4e-69	59.4
WP_166008960.1|32848_33253_-	hypothetical protein	Q0GXW8	Lactococcus_phage	5.3e-11	39.4
WP_166008962.1|33262_33466_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008964.1|33546_33891_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008966.1|33871_34264_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008968.1|34390_34642_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008970.1|34669_35023_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008972.1|35035_35239_-	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_166008974.1|35497_35869_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	E3W8B9	Leuconostoc_phage	2.0e-12	34.5
WP_166008976.1|35869_36262_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008978.1|36329_37064_+	hypothetical protein	A0A097BY93	Leuconostoc_phage	4.7e-05	87.5
WP_166008980.1|37239_38379_+|integrase	site-specific integrase	P97010	Streptococcus_pyogenes_phage	2.5e-45	37.5
WP_166008982.1|38554_40039_-|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A2K9L3L6	Tupanvirus	6.2e-89	37.4
40167:40181	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP049888|127932:187261|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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MIEHTAKFYKARKNDPKWAAEYKKFRQKRVDTFASRLLVFLLVLDVILIIISVFK
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MKKSGINLVVGANRITRKKLYKSKKVWMASLMVGAIIGSSGVGPINDIFGVDNNISHSVAASVVHGEIFSDIQTLNNSGTTAQNGLDPLQTNNVNFAISGGSAVDVSLLGDNQKYAVLGIPTDLQGKVVANGSAQVTTNVTVPLDKFVLLKTNLDLIHAFVTEANRLQGLNPTLHIDLAGVNDALDAVETVLGSTKGSYNSPINDNGTYLSADIGTGSSEIIANNLVTALNQLETAVNNTEFTGFGAGPVNTLLGVPKKLATDALEVSKTGLQAGGNLFNQIADISLFGATTVIMPTTINPAGNLNNGKINSEKFVGTMANPNFITVDLFTNSSGSSNVFIGKEQVDDLAAEKQAAIDEINGLKNLDAGAKQGYIDQVNEAKTTGEINQVVDAAKAADQKALDDAKASAKTEITGMANLDDATKQGYVERVENATTVAEVEQILAEAQAANQAADDLAAEKQAAIDEINGLKNLDAGAKQGYIDQVNEAKTTGEINQVVDAAKAADQKALDDAKASAKTEITGMANLDDATKQGYVERVENATTVAEVEQILAEAQAANQAADDLAAEKQAAIDEINDLKNLDAGAKQGYIDQVNEAKTTGEINQVVDAAKAADQKALDDAKASAKTEITGMANLDDATKQGYVDRVENATTVAEVEQILAEAQAANQAADDLAAEKQAAIDEINDLKNLDAGAKQGYIDQVNEAKTTGEINQVVDAAKAADQKALDDAKASAKTEITGMANLDDATKQGYVDRVENATTVAEVEQILAEAQAANQAADDLAAEKQAAIDQINDLKNLDKDQKQDYIDQVNNAKTADEITKIVDAAKVADQKAGADKLAEEKKNAIDQINDLKNLDKDQKQDYIDQVNNAKTTDEITKIVDAAKAADQKAGADKLAEEKKNAIDQINDLKNLDKDQKQDYIDQVNNAKIADEITKIVDAAKVADQKAGADKLAEEKKNAIDQINDLKNLDKDQKQDYIDQVNNAKTADEITKIVDAAKVADQKAGADKLAEEKKTAIDEINDLKNLDKDQKQDYIDQVNNAKTADEITKIVDAAKAADQKAGADKLAEEKKNAIDEINDLKNLDKDQKQDYIDQVNNAKTADEITKIVDAAKAADQKAGADKLAEEKKTAIDQINTAKTLNDKQKQDYINQIRNAETSSDLGKIMQQTKLPQTDAKNQLTIGALISIALVSVFSLSYVLGKKHK
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MELDFIIKLLLAVILGIFIGLERQTRFKSAGVRTHALVSLGGALVMIISKYGFMNILNLNNIALDPSRIAAQVVSGIGFLGAGLIIVKGDKFLSVSGLTTAAGVWVTSGIGMAVGADMYSLAIGGTIIIIIMQLILYKFKDFNLHTIYHIRMTSPIEDAQVNDYLNQIRSNKFSPVIDAIKLEHNQISTELTVVLSNSDDLIDLKQSMPTSTFIEISGE
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MAETYAVVGLGRFGSSLLESLINDGQEVLAIDNNTEMIQNYMELATHAVIADAQDEESLRELDLASFDHVIVAIGHNQQASILATIILKDIGCKHVIAKAENNLHARVLDKVGADEVVRPEHEMAQQVANRLVSPNLLNYISLSDDYSIGEIKITNFSFINQSLADLDIRSKYGLNVIAVKAHELFLVSPDADYVLNIGDVLTVIGTSADVQKFDRLVSGIKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_166009137.1|127932_129945_-|tRNA	methionine--tRNA ligase	A0A1V0SHR2	Klosneuvirus	6.2e-92	37.5
WP_166009139.1|135752_136709_-	IpaB/EvcA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009141.1|136705_137965_-	hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative	NA	NA	NA	NA
WP_166009143.1|137967_138438_-	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_166011640.1|138694_140869_-	LTA synthase family protein	W6LM83	Streptococcus_phage	3.2e-158	45.9
WP_166009145.1|141218_143777_-	DNA gyrase subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	2.1e-105	36.2
WP_166011642.1|143813_145763_-	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit B	G3M9Z3	Bacillus_virus	2.9e-147	47.7
WP_166009147.1|145823_146987_-	DNA replication/repair protein RecF	NA	NA	NA	NA
WP_166009149.1|146986_147226_-	S4 domain-containing protein YaaA	NA	NA	NA	NA
WP_166009151.1|147433_148564_-	DNA polymerase III subunit beta	R9TRR6	Rhizobium_phage	3.9e-19	24.0
WP_166009153.1|148767_150147_-	chromosomal replication initiator protein DnaA	NA	NA	NA	NA
WP_002828338.1|150772_150907_+	50S ribosomal protein L34	NA	NA	NA	NA
WP_166009155.1|151076_151481_+	ribonuclease P protein component	NA	NA	NA	NA
WP_166009157.1|151461_152313_+	membrane protein insertase YidC	NA	NA	NA	NA
WP_166009159.1|152370_152997_-	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_166009161.1|153137_154487_-	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_166009163.1|154831_155503_-	TrkA family potassium uptake protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009165.1|155737_156376_+	NAD(P)H-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009167.1|156439_157264_-	glycosyltransferase family 8 protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009169.1|157495_157663_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009171.1|158263_159085_-	GIY-YIG nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009173.1|161361_164976_+	KxYKxGKxW signal peptide domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009175.1|166836_167496_-	magnesium transporter	G3MA03	Bacillus_virus	4.8e-17	44.0
WP_166009177.1|167776_167986_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009179.1|168573_169642_+|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X2	Lactobacillus_phage	1.0e-24	34.5
WP_166009181.1|170340_170820_-	23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH	NA	NA	NA	NA
WP_166009183.1|171515_172859_+	Trk family potassium uptake protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009185.1|173273_175532_+	BspA family leucine-rich repeat surface protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009179.1|175509_176578_+|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X2	Lactobacillus_phage	1.0e-24	34.5
WP_166009187.1|176688_177420_-	agmatine deiminase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009189.1|177995_178694_+	ribonuclease HI	C1KFJ1	Lactobacillus_virus	4.7e-23	32.0
WP_166009191.1|178737_179406_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009193.1|179500_180154_+	DedA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009195.1|180255_181257_-	L-glyceraldehyde 3-phosphate reductase	NA	NA	NA	NA
WP_166009197.1|182256_182772_+	methylated-DNA--[protein]-cysteine S-methyltransferase	M1PFU9	Streptococcus_phage	1.2e-31	42.3
WP_166009199.1|182834_183155_+	DUF1801 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009201.1|183360_184137_+	threonine/serine exporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009203.1|184141_184585_+	threonine/serine exporter	NA	NA	NA	NA
WP_166009205.1|184678_185884_+	ArgE/DapE family deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_166011644.1|185938_186055_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_166009207.1|186041_186239_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0N9SIX5	Staphylococcus_phage	4.7e-05	48.4
WP_166009209.1|186365_186530_-|transposase	transposase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009211.1|186970_187261_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP049888|216169:288471|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

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MAFYLDMDSLIQMFGVPLTVLDDDKESGEWVDGVWKEAPTKSIELNEPFLTFEISGSILAGLLESNNQGDDMSDKAAWFSEHDYSVGTKVIHNGTTWKVTRKQSYLDYSNVVQYELTREGGLDGTDF
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MFSYTFMQNAWIVGTLIAIISAMMGVFVVAKRMAFFGHVLSEIGFAGASFGLFMSWSPLWGMLLFTAFSAISIGQLGLSEQRSESIISAVSAVAIGLGVAFLSLSEKSASSATGILFGSIFSISTENVWQVVLLAFVILGLLLVLYRPLRHFAFDYETAKYSLQHETGLEITFLLMIAVTVAISAQVVGSLLIFILLVLPASSAMRWGRTVWQMLSMAIVFALIGVWGGLIFAYWTNLPVSFYIALIEAGIYFSSVFKAH

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_166009266.1|216169_217239_-|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X2	Lactobacillus_phage	1.3e-24	34.5
WP_166009268.1|217661_217979_-	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_166011650.1|218080_218647_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009270.1|218695_219220_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_166009272.1|220059_220521_+	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_166009274.1|220527_221445_+	zinc ABC transporter solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009276.1|222110_222893_+	metal ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_166009278.1|223076_224708_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	2.6e-40	24.7
WP_166009280.1|225174_226362_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009282.1|226380_229503_+	Cna B-type domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009284.1|229596_230640_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009286.1|230825_232808_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009288.1|233083_234139_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009290.1|234156_234858_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009292.1|234882_236265_+	multidrug efflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_166009294.1|236354_237086_+	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_166009298.1|238841_241295_+	phosphoketolase family protein	NA	NA	NA	NA
241268:241297	attL	NA	NA	NA	NA
WP_166009300.1|241426_242566_-|integrase	site-specific integrase	P97010	Streptococcus_pyogenes_phage	8.5e-46	36.8
WP_166009302.1|242732_243557_-	KilA-N domain-containing protein	Q4ZC41	Staphylococcus_virus	2.5e-71	53.2
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WP_166009314.1|247808_249059_-	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_166009316.1|249039_249405_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A1S7FZ25	Listeria_phage	1.5e-07	31.4
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WP_166009320.1|249867_250644_+	phage antirepressor	A0A1Q1PVU2	Staphylococcus_phage	2.2e-82	58.3
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WP_166009330.1|252276_252771_+	siphovirus Gp157 family protein	A0A1J0MFN6	Staphylococcus_phage	3.0e-32	48.5
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WP_166011654.1|265732_266962_+|terminase	PBSX family phage terminase large subunit	A0A182BQ98	Lactococcus_phage	1.9e-120	51.9
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WP_166009386.1|271164_272178_+|capsid	major capsid protein	C9E2J5	Enterococcus_phage	3.1e-68	43.2
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WP_166009389.1|272652_272991_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009391.1|273001_273439_+	hypothetical protein	L7TME2	Rhizobium_phage	4.9e-10	38.2
WP_166009393.1|273441_273825_+	hypothetical protein	A8ATH0	Listeria_phage	2.8e-09	36.0
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WP_166009397.1|274329_275454_+	DUF3383 domain-containing protein	A8ATH2	Listeria_phage	4.0e-40	34.4
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WP_166009401.1|276019_276385_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166008872.1|276365_276623_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009403.1|276579_280716_+	hypothetical protein	D7RWK0	Brochothrix_phage	4.8e-14	43.0
WP_166009405.1|280731_281292_+	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein	A0A2H4JD33	uncultured_Caudovirales_phage	5.5e-22	37.0
WP_166009407.1|281291_281633_+	hypothetical protein	D6PSZ5	Lactobacillus_phage	2.5e-22	49.5
WP_166009409.1|281632_282502_+	hypothetical protein	E5DV61	Deep-sea_thermophilic_phage	7.4e-34	32.0
WP_166009411.1|282502_282859_+	ABC transporter substrate-binding protein	D6PSZ7	Lactobacillus_phage	1.2e-09	35.1
WP_166009413.1|282870_283236_+	DUF2634 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009415.1|283225_284383_+|plate	baseplate J/gp47 family protein	A8ATI2	Listeria_phage	3.7e-73	40.2
WP_166009417.1|284372_285023_+	hypothetical protein	D6PT00	Lactobacillus_phage	4.0e-16	38.5
WP_166009419.1|284977_287047_+	hypothetical protein	A0A219MHL0	Dickeya_phage	3.0e-09	37.0
WP_166011656.1|287064_287562_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009421.1|287574_288471_+	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	A0A0D3MK08	Leuconostoc_phage	1.5e-58	41.5
288705:288734	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP049888|698159:711567|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_166010141.1|703168_703552_+	helix-turn-helix domain-containing protein	Q9MBM9	Staphylococcus_prophage	2.7e-12	39.7
WP_166010143.1|703529_703946_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.9e-32	51.9
WP_166010145.1|705846_706176_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166009362.1|706285_707355_-|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X2	Lactobacillus_phage	1.3e-24	34.5
WP_166010147.1|707371_708892_+	MucBP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166011690.1|709270_709465_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	V9QKF1	Oenococcus_phage	8.2e-10	52.7
WP_166010149.1|710433_710652_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010151.1|710823_711567_-|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	8.0e-29	36.9
711340:711353	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP049888|725637:770053|DBSCAN-SWA
CGTGACTCAAAATAAACAAACATGGAAATTAACGGGATTGGGAATAATTTTCATTTTATTTGGATTAGTGTGTGATATTATCATTCAAAATTTTGGCATATTGACACTACACTTATCAGCTAAATTTTTAAATCTAAATGAAAATACATGGGCTCCTATTCTGCTAATGTTGATGATGATAGGTGGATTACTCTATATAACATTGACATATATGAAAAAATTCATTCAATTAGTGGCACCGGATAATAAAATGGAACCATTTAAACGAAAAGAAACGGGTTGGATTTTTAAGGGCTATGGATTAATTATTTTAGCGGGGATGTTAGTCACTGTTATTAAAATGATCACGGTCGGTCATAATGTTGAGCCGGCTAACCAGTTAGCATTGGTTCAAATGACTAAATTAGGAATAGCATATAAAATATATTTAATTTGCTTATCAGTAATCTTAGCTCCTCTATTGGAAGAAGCAATTTTTAGGGGGGTATTGATGAATTATTTCTTTAAGAACTTATCTTGGTGGATAAATGTTCTACTTTCGGGAATCGCATTTGGATTATTCCACGTTATTGCACAACCATTTCAATTGATGGCGTTAATTCAATATTCATTAACTGGGGTTGTTCTAGCCATTGTGTATAAAAAAACGCAAAGACTACAGTATTCAATGGCTGCTCATTGTCTTAATAACTCGATAGCAATATTAATTTTATTAACTTGATAAAGATTAATTTTAGAGGTAGATGGGGGATTATATTATGGAAAAAGAATACTTGTATACAACTTTCGGTACTAAAGAGGTTCTGCAAACCATTCAACAACAACATCCTGACCGTCCGATCTATTTAACTTTTGACCGAGATGATCATGAGCGTTTTCAATTGATTGAGTATTCAAAAAATGCTAATAGTCCGTTTAATTCTGGTATAAAGTATGAGATATTATTATCACAGAAAAAAATCATCGATTTAAGAGGAATGATGGCTTGGAGTTATCTAACGTTAAATGATGAAGAACGTGAGTATTTTATTCTGCGTACTAAAGCTTGGATGGATGGATTAAATAGTTTGAATGGATTGATAAATATTTGTTTGGTTCAAGTGGCATCTGGATTTGATTATGCAATTTTGATGACCTGGAAAACAGAGAAAGATTTTCAAAAATTTCAGCCAAAACGAGATGATTTTTTTAAATCTTTTCAGTACAATTCTGGGGTGCATTTGCGATCAAAAGAATTTCAATTTGCTAAATTAATAAACTAACATTTAATAGGTCATTATGTCAGGAATTTTGAAAAAAATTTCTGACTTTTTATTTAAAAACATTTAAAATACCGTTAATTTAGGATAAATGCATAGACTTAAGTTAATTAACTGTAAAATAAAAAAGATTCACTAAAAATCTTCTGTGGTAAATAAAATAAGTGGAATTTTAGCTGAATAATATTGTTATAAATATATATTAATTTTGATGTTTAATAAGGAAACTAGCACCCAATATTAATGTTTAAAACATGGGATAGACATCATTATAAAATACAGATAAATAATATTTTAATTTCAAAAAGATGGGAAGTTCAGCAATGGAAGCGTTTGCAATGGTTAATTTATTATGTTAGGCTATATATACTACTTAATGCATGAGTAATTCACTACATATAGAAGGAGGAGCATAATTATGGCTTTAGACGACAAATTAGACGGAATGAAGGATCAGGCAACAGGTAAGGTTAAAGAGGTATCTGGTAAAGTATCCGGTGATACTAAGACTGAAGTTGAAGGTAAGGCAGAAGGTTTAGTGGGAAAAGCTAAAGGTGCTTTCGGAGATGCCAAAGATGCAGCTGCGGATATGGTAGATGATGTAAAAGAAAAATTTAATAAGTGATTTTTAGAATAGGGGGGGCTTTTATGAGTTTACTTTGGACTTTAATAATTGGTGCAATTATTGGTACAATTGGTGGTGCTATCACTAAAACTTCAATGGGCTGGATAGCTAATATCATTGCTGGATTAGTCGGTTCTTGGCTTGGTGAGACATTATTAGGGTCATGGGGACCGCATTTGGCTGGAATGGCATTAGTACCATCGATTATTGGGGCAGTTATCGTGGTAGTAATAGTATCATGGTTCTTTGGACGGAATAAAAACTAATTATTCGAAGGAATAGCCAGAAATGGTTGTTCCTTTTTTTGAAAGAATAGAGACGCAGATTTTAAAGAACGAATAGTAAAATTATATTTAGAAGGCCATCGATCGATGGCCTCTTTATCTCGTGAATATGGTGTAACGACTTGGTCTATTTCGAAATGGGTTAAATCAATTGAACCCATCAAGTTATCAAACGGGAAACAAACTAATCTGACTGAAATTAAAGACCTAATTAAAGAAAATAAAAGATTAAAAGAGGAAAATGAAATTTTAAAATTAGCGGCGGGATTACTCGAAAAGAGATAAAACTTAAAAATGGGTTAGTGCTTATAGAAAAGTTATGTCAACGAGGATACCGCTTAACAATGATTTTAAATAAATTAAGAATTCCACGACAAACTTATTATAATTGGATAAATCATCATCCTTCACGACGTGAACAAGATGATCAACGTATTGGTAAAATAATGCTAAATATATGGCGTGATAATTATAAAGTCTATGGACGTCCATGTTTACAAATGGCCTTACGGTCATTTGTGATTAGAATTGGTACGTCTCGTATAATTCGTTTAATGCATCAATTTAATATTCGTTCTCTTATGTGTCGCCGATTTAAAAAAACTGGAACGCATGTTGATTATGATCAGCGACCAAATTTAATAAAAAATTGTGATAAAAAAGTTTCAATCTGGAGAACTTATATTACTTATATAGAGGAATATCCAGGTCATTGGGTTTATTTAAGTAGTATTTATAGTGAAAGTAACCACAAAATTATTGCCTATAAAGTAGCAAATCAGATGACTAGTAATTTAGTAACAGATACATTGAAAATGGCATTATCACATCATAAAAGGCCGCAATTTATTCATTCTGATATGGGAAGTCAATATACCAGTAACCAATTTGAACAATTACTCAAAAAAGTTAAAATACAACACTCGTATTCTCTCAAAGGTCATCCTTATGACAATGGACCAATTGAGGCCTTTCATTCAATTTTCAAACGTGAGTTTGTTTACCTAACTAAAGGCTCCTATGTCAATAATTCGGACATAAAAATACGAATAAATTTTGAAAAACGTTTTAATTATTTAACGTACTGGTAAAGTATGTGATTTATCTAAAAAAGTGCATCCTTTAATGTTTCCATGCCATTCTAAACAACCCGTCTATACTTATCGTTTTAAACGGGATATTAATATGATTTATTTGTAGCTACGCTACAAGGGAAATTCGATCACTGTTATACCAGCGAATATAGCTATCAATGCCAGCTATTGCTTCATGAATTGTCTTAAATTCTTGAAAATTAATGTATTCACGCTTCAAAATTGAGTGAAAGCTCTCAATTCTTGCGTTATCACCAGGTTGTCCTTTACGAGAATAAGAATGCTTAATCCCAAAACGAGTTAAAGTACTTTCAAATAAATCGCTTGTATACTGACTCCCCATATCGCTATGAATAATGCTTGGTTTAACAGACTTTACTGCGACTTGATTAATGACGTCGGTTGCTAATTCCTTAGTCATATGACTTCCAACTTTATAAGAAATAACCCGCCGGGTTACGGGATTGTACATACTAGCTAGATAAACCCAAGTATTTTTAACGGGAATATACGTAATATCTGTTAAAAGAATATTGGATTGATCAGGTAATCCTTTAATTAGATTTGGTCGTTGATCATATTCAGTATGTGTTTTAGGCTTATTAATTCGTTTAGTCATCCTAGACCTAATTTTTAAAGCGTACATCTGTTTATAAACCATACGCTGGCTAATTTTAATTTTTAACTGACGATTTAATAAAATTGTTAATCGCGGGTATCCATACATAGGATATTTTAACCATGCATCTAATACCTTTTGCTTAATGAAATTGCGACGAAGAAGGGTGTTACCAGGCTTCCAATGTATATAGCCATAATAAGTCGATCGTGGAATTCTGAGGACGTTCAAAATTTTAGTAATGCGGTGCCCAACCTGTAGATTGTCATTAATAATTTTTAAGGTAGGAATACGTCCTTTGATGATCAATTTTTCGCCATAAGCACCGCTGCTCGTTTTAAAATATTAAGTTCTTCTTTTAGTTGTTTATTTTCTTTAATCAATGCCCTTTCATTTGCTGACAATACTTTCGTATTGTTAGGATCGGCTTGATTAACCCATTTAGAAACCGTTGAAGCACTAACGTTGTATTCTTTTGCTAATGAATTAGCTGAACGACCAACTTTATGCAAGCTTACGATCGATTCTTTAAAGTCATTTGAATATTTGATAACCATAATAAAAAGCTCCTTTATGATGTATTATATCGAACAATTTGTCCGTAATTCCATCATAGGAGCCACTTTCTTTTTCTGGGGCGAATGGACATGATTTATCATTCTCTGGATATAGCATTGAAGAATTAAATTAATATTATAAATCACAGCGTCTACCATTTGTTGGGCGTTTTTTTGTAGGAGGAATTAATATGCTTAGGTTTAAATAGATAAACGTGTTATGCTTACGCCAACGTCGGATGAGGTGTTTTATCGCAAGTATGGCATATCGAAATAATTCATCTGGCGTGGCCATTATAATTGTTCTAGACACAAGTGATAACTTCGGTTATCGCTTTTTGTTTGTAAAATAATTAGGTTTAAATGATTATTAATGTTATGCTTGCCCCAACGTCAGATGTTATTATCCATCGAGAATCAACCTCGCAAAATAGCATCTGGCGTGGCCATTGAATTATCGTCCGGCACAAAAGTGATAACTTCGGTTGTCACTTTTTTGTTTATTGGATAATTAGGTTTATGTAAGTATAAGTGTTATGCTTGCGGTGACGTCGGATAGCAT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Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

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MFSFGTRNVGIDLGTANTLVYIEGKGIVLREPTVVARNEKTNKVVAVGSAAKDMLGRTPGSIRAIRPMRDGVIADYDTTVEMLKHYLGSALSGYGSKPYVTVGVPSGVTAVEKRAVIDAARVAGARDAYVIEEPFAAAVGAGLPVSEPTGSMVVDMGGGTTDVATISLGGIVSSRSIRLAGDRLDESISSYIRQKYSVLIGEQTAERLKMEIGSADIEAAKEMPSSSARGRDLVTGLPKTIEITAVDIATAMRDVISEIIVAIKETLEETSPEIAADIIDHGIVLTGGGALLKNIDEAISEQTKVPVFIANDPLEAVAIGTGEALKSIDAMKNN
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MYELKKNADWKFWILMPIIGFLIPFAIKNLSGNIKILGIITTLFIINIIFSIFVGIYLRRHGSFWYLLIMWPLIFWVGVLLSLFPSTYGYYFGLVYLIIELFAYTMGQESEVDIDAQIPIDGGIKGVK
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MKVVFSGGGTGGHIYPALATIDEWSKQDPQVDFLYIGGERGLEKEIVSGAGIKFQAVKIKGFVRSISFENLKTIYLFLTAVRKAKKILKAFQPDVVVGTGGYVAGPVLYAAQLLKIPTVIHEQNSVIGVTNKFLKRRVSKVGIAFPTAEHFFKTSKIVGNPRAQQVVSGSLKSNFDLSDLSLLNDLPTVLVFGGSQGAPKLNKAMVEALPTFNQQEYQIIFATGKNRFQQVQDQIEAAQLKVNSNIKIMPYIANMQDLMPRVDLVIGRSGATSLAEQTALGKPMILIPSPYVTNDHQTKNAQSMVDAGAALMIREVDLTGSVLATQVNALMLDQKRRLQMAQQAKKLGVTDSADQFINLIKSAL
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MKIKKSITINATSTTEDGKTIATFYASISGDGAGTNTSMNVADQELYEVNKSIVREDKAAFDKFVYEVEDDNN
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MTKQVLIIGFARSGAAAAKLLRREGAEVLVSDPNLDLKDQRVQQLQAQGVKFTTQQNLELLGEIDLIVKNPGIPHSVPILKAANERGIKIEVEVAEAQKYIQGNWIAVTGSNGKTTTTEMIAAVMRAMPKATGHVLIAGNIGIPVSEVTPDSNKEDVIVTELSSFQLTDTPMVKPHFAVITNIFSSHLDWHKKRANYVAAKQNITRNQTSDDFLIINWDNPEWQAIAKTTNAQVIPFSRNNLSQDGAYLKDGWLYFKTEKVMQADQIGVPGEHNIENALAAIAIGRLNHIPVDVITKTLQTFSGVKHRLQLIGEFQDRTIYNDSKATDIEATQKALSGFKQPVVLLAGGLDRGDDLSRLRSDLKSHVKAMVTFGQTGPQLAKIARELAIPVVETVSVKSSFEPAFNFSEENDVILFSPAAASWDQFDNFEIRGDVFIASMQKFIQQKEQM

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_166010175.1|725637_726357_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_166010177.1|726394_726898_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010179.1|727313_727520_+	CsbD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010181.1|727543_727786_+	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_166011691.1|727858_728894_+|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X2	Lactobacillus_phage	4.3e-28	34.2
WP_166010183.1|729004_730074_-|transposase	IS3 family transposase	Q6J1X2	Lactobacillus_phage	3.8e-24	34.1
WP_166010185.1|731199_731928_+	class I SAM-dependent methyltransferase	A0A1X9I6N4	Streptococcus_phage	1.1e-67	49.8
WP_166011694.1|732223_732625_+	HNH endonuclease	A0A2H4J2V8	uncultured_Caudovirales_phage	1.2e-07	36.7
WP_166010187.1|732907_734908_+	N-6 DNA methylase	A0A2H4JBT5	uncultured_Caudovirales_phage	1.3e-214	58.9
WP_166010189.1|734909_736028_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010191.1|736065_736494_+|terminase	phage terminase small subunit P27 family	NA	NA	NA	NA
WP_166010193.1|736490_738272_+|terminase	terminase large subunit	F8J1B1	Lactobacillus_phage	1.8e-159	49.7
WP_166010195.1|738287_739811_+|portal	phage portal protein	A0A0K2CZB0	Paenibacillus_phage	1.6e-55	38.4
WP_166010197.1|739835_740219_+	hypothetical protein	A0A0A1ELH9	Lactobacillus_phage	2.9e-14	40.3
WP_166010199.1|740211_740403_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010201.1|740405_740810_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166011696.1|740805_741027_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010203.1|741043_741454_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010205.1|741458_742310_+	peptidoglycan hydrolase	B3GW20	Streptococcus_phage	3.5e-52	42.1
WP_166010207.1|742399_743629_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_166010212.1|744116_744689_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010214.1|745082_745547_+	JAB domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010216.1|745829_746834_+	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010218.1|746887_747736_+	rod shape-determining protein MreC	NA	NA	NA	NA
WP_166010220.1|747821_748661_+	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010222.1|748660_749020_+	DUF1634 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010224.1|749373_750843_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_166010227.1|751075_752032_+	50S ribosomal protein L11 methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_166010229.1|752033_752783_+	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_166010231.1|752795_753182_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010233.1|753484_753925_+	division/cell wall cluster transcriptional repressor MraZ	NA	NA	NA	NA
WP_166010235.1|753948_754893_+	16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase RsmH	NA	NA	NA	NA
WP_166010237.1|754917_755283_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010239.1|755297_757427_+	penicillin-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010241.1|757476_758466_+	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase	NA	NA	NA	NA
WP_166010243.1|758511_759864_+	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine--D-glutamate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_166010245.1|759863_760958_+	undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_166010247.1|760979_761822_+	FtsQ-type POTRA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010249.1|761963_763316_+	cell division protein FtsA	NA	NA	NA	NA
WP_166010251.1|763346_764594_+	cell division protein FtsZ	NA	NA	NA	NA
WP_166010253.1|764607_765099_+	cell division protein SepF	NA	NA	NA	NA
WP_166010255.1|765111_765372_+	YggT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166010257.1|765400_766192_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
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WP_166010261.1|767257_770053_+|tRNA	isoleucine--tRNA ligase	A0A2I2L3Y0	Orpheovirus	1.3e-92	28.5

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP049888|1560502:1569597|DBSCAN-SWA
ATTATCCCTCATTCTGTTCTTGATAAGCCAAATATAGTGTTTGACGGTCTAATTGGCGTTTTTTAGCAATTTCTTTTACCGCAGCGGTAGTTTTCAAGCCTTGCTTCACCAATGCATCTACGGCCTCTAAGTTCGATAAATCAGCTAGTGGATCTTGAAGCTCCGCAGCTAACTCAACCTCTAAGCCCCCTTCAATCACGATCACAAACTCGCCTCGCACTTGATTATCCTGAGACCATCGTACTAATTCTTCGGCAGTTCCCCGCAAAAACTCCTCATACCGTTTAGTTAATTCCCGGGCCAGGACCACCCGGCGATCAGGCCCCAAAATCTTAGCAATATTAGCCAATGTCTTCGCCAGCCGGTGAGGGGCCTCATAAAAAATCATTGTTTCAGAATGCCGAGCCAATGCTACCAGTTCGGCTTGTTGTTCTTTCGGCTTACGTTGCAAGAAACCATAAAACAAAAATGGTTGCGGAGCTAACCCAGATGCGATCAAAGCCGTAATTCCTGCAGATGCACCGGGAATTGGTACAACTGGAATATCAGCATCTAAGGCTGCTAACACCAATTCATGCCCAGGATCTGAAATTGATGGCATCCCAGCATCAGAAACCTGAGCGAGATCCAGACCTTGTTGCAAACGATCGATTAATTCTGGAATTCGTGTTTCTTTATTATGTTCATGAAATGAAATTTGTTTAGTTGTAATAGCAAATTGATTTAATAATTGTGCTGTGTGTCTGGTATCTTCAGCGGCAATTAAATTCACTGTTTTCAATGTTTCAATGGCACGTTGTGTCATATCACCTAAGTTACCAATGGGGGTGGGAACTAAAAAAAGGGTCCCAGTCATTTGCTTAATAAAACTTTTTTGTACTTGCATCCCTGACTCCAATTCTACGGCTAAAGTATTGCATTAATCATTTGCTAAAATAAACTGACTTTTTAAAACTAACGTCTCTACGACCGTTTGAAAACTTATATTACTATTTAGCCACTGCGGAGCCTTCAAGCACAGCTCTTGCACCATTAATAACTTATTAAACCCAAATGGTTCAGCGAGCGCCAGCCAGCTTGTAGCATCTTCAATTCGCGGTGTATATATCGCTCCATCCATCATCAATAATACGTCACGCCACGCTGCTGCTAATAAGTTTAATAATACCATTTGCCGATTTTTATCTTGAGCGAGCGGCATTAATTGAATTTGAACTTGAGTAAATGCTTGCGGATCTAGGCGCAGAATTCGTTGTACCAAATCACCCAGCACCTGGTAGCTTTGCTTGAACCAATCGTCCTCCAACCATTCTCCTGCCGTCTCTAAACTATTCGTTAGGGTCGCAATAAGTTCTACCTGCGTTCGCGGATAACCTAACTCTACTAATCCCTTTTGATAAACGTGAGGTTCGATCGCGTGAAAATCAATCACTTGGGTTCGTGAGATAATGGTTGGCAACACTTGTTGTCGATTTTCAACCATCAAAATGGCCGTTTGTTGACCCACCGGCTCTTCGATAAATTTCAAGAGCCCGTTGGCAGCATTATCGGTCATCGTATCGGCCGCACTAATAATAAAGACTTTTTGTCGTCCTTCGACCGCTGTCTTATTAAATTCATCTTGTAGATACCGAATTTGATCAATTTTAATAGACCGGCCATCTGGCTGAATCTCAATCACATCTGGATGCTCGTGTGCAGCAATTCTTTGACAATGTGAACAAACTAAATCAGGATCACCATTCGGCGTTGGATGCTCACACATCAACCGCATCGCTAACCAAGTGGCAACATCCGCTTGGCCTTGGCCTTTTGGACCAGCAAATAAAAAAGCATGTGCTAATTGCTGACTCTCAATCGCCAACTTTAATCGCTCCACGAGCGCTGATTGCTGTAAATAAGCGCGTTTCACAATTTCTTGAGCTTCCATGCTTTTCTCCTTAATCTTATCTAATCTTAGAAACGATGGAATTGTTCAATATCTTGAACAAAGACCGTCGCCCCACCAACTTGCACTTCCATCGGCATAGCGGTTGTGGCCTCAAATGATAAATCTAAACTAGCTGAAGGGGCCATAAATTGTTTACGTGCCTTAGCATTATTTTTAATAATTTCCAAAACATCTTCAACGCGATCATTTTCAATCCCAATCATAAAGGTTGTATTTCCGGACCGCAGAAAGCCACCTGACGTGGCCGTTCGCGTTGCTCGAATATTATTTTTAATAAATTCGGTTCCTAATTTATTTGCATCTTTATCTTGTACCACGGCGATAATCATTTTCATGGTTTATTCCTCCATTTTCAAAACGCGGTTAACAGCTTGCCAAGCATCCTCAATCACTTGTTCCAACGGTTGCTCCGCATCAATCACAACAATTCGTTTGGGATCTTGTTGAGCTAATTGGTGATATCCCGCACTGACGCGCTGATGAAATTCAATCGAATCCAGATCGAGCCGATTGATTTCGTTCTGTCGATGAGCTTGAATCCGTTCCAAACCAATTTCTGGTCGGATATTAAAATATACCGTACAATCCGGCAAGAATCCTTCCAAAGCAAAATCATTCAGTGCCCTAACGTTATCCATGCCCAGCTCTCGCCCTGCACCTTGGTAGGCGATCGAACTATCCACAAACCGATCAGATAAAACGATTTTGTTCGCGGCTAATGCCGGTTTAATTGTTTTTTGAACGTGCTCACGTCGTGAAGCGGCATATAAAAGCGCCTCAGTTCTAATATCCATCGTTGGATAGGCCGGACTTAAGACTACGTCGCGAATGGCCTCAGCTACTGGATTATCAGTTCCACCAGGTTCGCGAGTAATTAACAACTGTGAACCATATTGTTTTTGTAAGCGTGGCATCAAAACTTTCAAGACACTCGTTTTGCCAGCACCTTCTGGACCTTCAAAACTAATAAATTTACCAACCATTGCAACCCCCTAGTCTAATTGCTCTGAACGAATAATTGATCGTTGCCACTGCCCTTTCATTTTTCGGGTGCGCGCAGCTCGTAATAAGAAAAAATATTTTTGTTTGGCAAATGCCGTTTGAGCTTTAATCCAACGTGGATCAATTTCACTTTCAAAGAGGGCTATCTCAGAAGCTTTGGCTTTCTCATAATCATATTTAGCGTCATCAATTGCATCTAATAATTCTGCATCATAAATTTCTGGCTTTAATTTCAACTTTTTTAATCCAAACATTACATCTGAGTCCTCCCCTCTACGGACTTAATCAAAGTAATTTCATCCGCGTAATCGATATCACTCCCTACCGCCAAACCGGTTGCTAAGCGCGATACATGAATACCCGCTGGCTTTAAGAGCCGACTCAGGTACATCGCAGTTGCTTCACCTTCAGCGTTCGCATTTGTACCCACAATCACTTCTTGAATTTCTTCATTTTTTTGGAGTCGTTTCACGAGCGAATCAATATTAATATCATCCGGTCCTTTTCCCGCGAGTGGCGATAAAACACCATGTAGGACATGGTAACGACCTCTAAACTCATTTGTATTTTCTAAAGCCATTAAATCTTTAACTTCTTCAACAACTAAAATCACAGTGGGATCTCGGGTTTCATCTTGACAAATTGAACAAGGATCTTCTTCAGTTAAATTCCCACAAATACTACAAAATTTTAAATCTCGCTTAGCTGATATCAGGGATTGAGCGAAATGCGTGACATCATCTTCTTGCATATCAATCGTATAAAATGCTAACCGTGTCGCTGTTTTAATTCCAATTCCTGGTAATTTTGTATAGCTATCAATTAATTTTGCAATTGGTTCTGGATACTGCATCAAAACTCCCCCACTCCTTATATAAATATTCGTTAATCAGCTTTAACTTCAACTAAATCATCCCCAAATAAATCTTTAGCCGCTTGAACAATCTCATGCGTCTGTGTTGATTCTCCGTCATTTTCAATCGCATCTGGTAAATCAGTCGCGGTCATTTCTACTTCCGTACTAGCAGCTGCACGTTCAGGAACCGTTTGATTTTGACGATGTTGTTGAATCCATTGTTTTCTTAAAATAGGCCATTCATCATTGGTAACTAAGCCCAGCTCTCGTTCATTTTCTGCACCGGTTAACTTACGAATCTGTTCATTTAATGTATCCACTAGCGTTTGATCTTTTTTCGTTTTATCACGGAAAATTTCAAAATCAAAGCCCAAAAGAACCCCATTAGCCGAGGCTGCTAATGGTTTAGCGGTACTTAAAATGGCTTTTTGGGAGACATTTAATTGTGCCACGACATCAGCCCACACTCCTTGCAAGCGATTCAAATCGCCACGGGTTGCTTCGCCCAAAATAGCAAAAACATGACTTTGTTCAGTGCTGGCTTTATGTGCCATTTTAATCGGTTTAGTGACAGGTGTCACAGTAGAAGTTGTCGATTGTGTAGTTTCCGCTTGTGGCGACGTTAAAATTGGTTTATCCCTGACAGGTGCTGGATTAGGCTGACTCACCAATTCTTTGGTTTGTACCGGTTGTTTGATTTGCGACACTTCTTGATTTAGACGACTTAACTTAACCGTTAAAACTTCTAAATAGATACTAGGCCGGTTTGTAAAACGTAATTGTTGTTGTGTTTCATTGAGCAAGTCAATCATTTGATACCAAATATCGGCTGCCTGATTCTTCGCTAATTGTTTAAAATTATCATCCGGAACCAACGCAATTAAATCAGGCGCTTCCGTATTTAACAACAAGTCACGGGCATAACTAATGAGATCTTCAATAAAACGGCCTGCATCTTTTCCCGCAATTAAGACTTCAGAAAGCTTTGCTAAGGCACGTTTTGAATCATGATCGACTAATGCCATCACGTATTCGCCTAATAAGGTCTGAGTGACCGATCCCGTCACCAGCAGGGCGTTTTCTAACGTCACATGTCCATTTCCAAATGATAAAGCTTGATCTAGAATACTTAAGGCATCACGCATTCCACCATCAGCCGCATTGGCGATCACTTTCACCGCCGTCTCATCA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP049888|1560502:1569597|1563707_1564307_-|WP_166011577.1|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP049888|1560502:1569597|1567128_1567932_-|WP_166011583.1|DBSCAN-SWA
MFSKILIGRYLPGNSLIHRLDPRVKLVLSIAFIFMIFLATNWPGYLLATAMTLLVVNLTRLGLGVFIRGVRPLIFLMLFTTLLQVLFVTTGHVWWAWGWLKITTDGLVNGGAIFIRFMLIIMFSTVLTLTTPPLDIADALETLLRPLQKVKVPVAELALMVSIALRFVPTLLDEAEMIINAQRARGVLFNEGNLIKRAKAFIPVLIPLFINAIKRAIELGDAMEVRGYRGDVERSKYRLQTWQRIDTWAVLVFIIFAILLFNFYFVF
>NZ_CP049888|1560502:1569597|1564339_1566094_-|WP_166011579.1|DBSCAN-SWA
MAYQALYRTWRPQKFADMVGQEVVTKTLRNALMTEQISHAYLFTGPRGTGKTSAAKIFAKAVNCLHPVDGEADGTCEICQAIDQGTLGDIIELDAASNNGVDEIREIREDVNYAPTLAQYKVYIIDEVHMLSTGAFNALLKTLEEPPANVIFILATTEPQKIPATIISRTQRFDFKRIDATAAYDRMIYILNQRGNTYDETAVKVIANAADGGMRDALSILDQALSFGNGHVTLENALLVTGSVTQTLLGEYVMALVDHDSKRALAKLSEVLIAGKDAGRFIEDLISYARDLLLNTEAPDLIALVPDDNFKQLAKNQAADIWYQMIDLLNETQQQLRFTNRPSIYLEVLTVKLSRLNQEVSQIKQPVQTKELVSQPNPAPVRDKPILTSPQAETTQSTTSTVTPVTKPIKMAHKASTEQSHVFAILGEATRGDLNRLQGVWADVVAQLNVSQKAILSTAKPLAASANGVLLGFDFEIFRDKTKKDQTLVDTLNEQIRKLTGAENERELGLVTNDEWPILRKQWIQQHRQNQTVPERAAASTEVEMTATDLPDAIENDGESTQTHEIVQAAKDLFGDDLVEVKAD
>NZ_CP049888|1560502:1569597|1562790_1563435_-|WP_166011573.1|DBSCAN-SWA
MVGKFISFEGPEGAGKTSVLKVLMPRLQKQYGSQLLITREPGGTDNPVAEAIRDVVLSPAYPTMDIRTEALLYAASRREHVQKTIKPALAANKIVLSDRFVDSSIAYQGAGRELGMDNVRALNDFALEGFLPDCTVYFNIRPEIGLERIQAHRQNEINRLDLDSIEFHQRVSAGYHQLAQQDPKRIVVIDAEQPLEQVIEDAWQAVNRVLKMEE
>NZ_CP049888|1560502:1569597|1561420_1562431_-|WP_166011569.1|DBSCAN-SWA
MEAQEIVKRAYLQQSALVERLKLAIESQQLAHAFLFAGPKGQGQADVATWLAMRLMCEHPTPNGDPDLVCSHCQRIAAHEHPDVIEIQPDGRSIKIDQIRYLQDEFNKTAVEGRQKVFIISAADTMTDNAANGLLKFIEEPVGQQTAILMVENRQQVLPTIISRTQVIDFHAIEPHVYQKGLVELGYPRTQVELIATLTNSLETAGEWLEDDWFKQSYQVLGDLVQRILRLDPQAFTQVQIQLMPLAQDKNRQMVLLNLLAAAWRDVLLMMDGAIYTPRIEDATSWLALAEPFGFNKLLMVQELCLKAPQWLNSNISFQTVVETLVLKSQFILAND
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MFGLKKLKLKPEIYDAELLDAIDDAKYDYEKAKASEIALFESEIDPRWIKAQTAFAKQKYFFLLRAARTRKMKGQWQRSIIRSEQLD
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MAINFQAVGFTYQFESPFAVTGVHDVNFSILKNQFTAVIGHTGSGKSTMLQLLDGLILPQTGRINILDQTVTPTTKLAATNEIRRHVGMVFQFPEAQLFEETVLADVMFGPKNFGHSIKEAEILARKALRLVGMPEKFDQQSPFDLSGGQMRRVAIAGVLALEPEILVLDEPTAGLDPQGQQELMLLFRQLQKEYGMTIVLVTHQMEFVAQYAQKILVFEHGTVVKAGTPEEIFSDPEWLMAKQLDVPMAKAFADKLAQKGIVLEQILDIDALADQLAYKIREANDV
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MKMIIAVVQDKDANKLGTEFIKNNIRATRTATSGGFLRSGNTTFMIGIENDRVEDVLEIIKNNAKARKQFMAPSASLDLSFEATTAMPMEVQVGGATVFVQDIEQFHRF
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MIDIQNLTYTYPNRAEPALNQLTFKIEKGEWVAVIGHNGSGKSTLAKLLTGLLTTETGQIKINDLIINEENIFEIRNLVGMVFQNPDNQFVGATVEDDVAFGLENRQIERPEMKTRVKEALGRVGMLEFAKREPAHLSGGQKQRVALASALVIEPQVLILDEATAMLDPKGRREMIDLVRALKIELGAELTVISITHDIDEAAHADRVIVINDGQLIEKGQPAQVFNNAAKLIELGLNVPFAEQLKAKLAQRGVKVPQTYETTDGMVNWLWQSISKQ
>NZ_CP049888|1560502:1569597|1566347_1567097_-|WP_166011581.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MPRYRAIVAYDGTDFSGWQVQPNKRTVQGELEKAVNRMAKNPIQPIRVQGSGRTDAGVHALGQVAHFDLPFDIPVIGVQKGLATMLPFDIEIKTVEKVDSDFHAQYNAHTKTYLYRLSNRSFRDPFKRNYTGYWPRYLEPSKMEQAINDYLGEHDWQSFAAAGFQAKTTVRTVTAVKFSNDVEQQELIFEFTGTGFLYNQIRIMVGVLLEIGGGSRPVDDIPRLLAQKDRQQARLTAPASGLYLKSVDY
>NZ_CP049888|1560502:1569597|1560502_1561387_-|WP_166011567.1|DBSCAN-SWA
MQVQKSFIKQMTGTLFLVPTPIGNLGDMTQRAIETLKTVNLIAAEDTRHTAQLLNQFAITTKQISFHEHNKETRIPELIDRLQQGLDLAQVSDAGMPSISDPGHELVLAALDADIPVVPIPGASAGITALIASGLAPQPFLFYGFLQRKPKEQQAELVALARHSETMIFYEAPHRLAKTLANIAKILGPDRRVVLARELTKRYEEFLRGTAEELVRWSQDNQVRGEFVIVIEGGLEVELAAELQDPLADLSNLEAVDALVKQGLKTTAAVKEIAKKRQLDRQTLYLAYQEQNEG

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_166011567.1|1560502_1561387_-	16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase	M1PLC5	Streptococcus_phage	4.0e-75	55.2
WP_166011569.1|1561420_1562431_-	DNA polymerase III subunit delta'	M1NSC1	Streptococcus_phage	9.6e-25	35.9
WP_166011571.1|1562457_1562787_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_166011573.1|1562790_1563435_-	dTMP kinase	M1PSC7	Streptococcus_phage	6.5e-51	49.0
WP_166011575.1|1563444_1563708_-	YaaL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_166011577.1|1563707_1564307_-	recombination protein RecR	NA	NA	NA	NA
WP_166011579.1|1564339_1566094_-	DNA polymerase III subunit gamma/tau	A0A1U9WR94	Streptococcus_virus	5.9e-54	42.4
WP_166011581.1|1566347_1567097_-|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
WP_166011583.1|1567128_1567932_-	energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT	NA	NA	NA	NA
WP_166011585.1|1567924_1568788_-	energy-coupling factor transporter ATPase	W6JKT0	Anomala_cuprea_entomopoxvirus	2.9e-14	25.2
WP_166011587.1|1568763_1569597_-	energy-coupling factor ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.6e-20	33.2