Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
---|---|---|---|---|---|---|---|
NZ_CP051639 | Avibacterium paragallinarum strain ADL-AP10 chromosome, complete genome | 1 crisprs | PD-DExK,cas3,DinG,DEDDh,cas2,WYL,cas14j | 0 | 1 | 4 | 0 |
CRISPR_ID | CRISPR_location | CRISPR_type | Repeat_type | Spacer_info | Cas_protein_info | CRISPR-Cas_info | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NZ_CP051639_1 | 624058-624184 | Orphan |
NA
Consensus repeat of NZ_CP051639_1
|
1 spacers
spacers of NZ_CP051639_1
>1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder TATCTTATCTCTTGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACAACCTTGCCATGGTT |
DEDDh |
CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP051639_1
The CRISPR arrays of NZ_CP051639_1 >merge|NZ_CP051639|1|624058-624184|CRISPRCasFinder GGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAATATCTTATCTCTTGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACAACCTTGCCATGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAA >NZ_CP051639|1|1|624058-624184|CRISPRCasFinder GGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAA TATCTTATCTCTTGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACAACCTTGCCATGGTT GGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAA
>NZ_CP051639.1|WP_035684723.1|623328_623877_+|oligoribonuclease MQLDKQNLIWIDLEMTGLDPEKERIIEIATIVTDKDLNILAEGPVLAIHQPDSLLAKMSDWCKKTHRENGLIERVKQSKLNERAAELQTLDFLKKWVPKGASPICGNSVAQDKRFLFKYMPDLAEYFHYRYLDVSTLKELASRWSPEILNNFSKKNTHLALDDIRESIAELAYYREHFIKAP >NZ_CP051639.1|WP_035684717.1|622198_623257_-|small-ribosomal-subunit-biogenesis-GTPase-RsgA MSKQKLTHNQQRRIKSNNVRALQRHKLKMKKEIEWQDEMLGPTQEGTVVTRYSVHSDVEDEQGQIYRCNLRRTLSNLVVGDKVIWRKGNEQLQGVSGVIEAIHPRKNEITRPDYYDGLKVIAANIDRIIIVSAVVPELSLNIIDRYLVVCENANIPAVILLNKVDLLSEEQRQQVETQLKIYQDIGYQTMMISAKTGKHMQDLTALLSSGTSIFVGQSGVGKSSLINAILPEVNAQVGEVSELSGLGKHTTTSSRLYHLPQGGDLIDSPGIRELGLWHLNANQITKGYREFQYFLGTCKFRDCKHLNDPGCALKEAVEKGKIHPIRFNNYHNLIESLSNIKGNRRFVIQDNG >NZ_CP051639.1|WP_017807274.1|621718_621976_-|phosphocarrier-protein-Hpr MYSKDVEITAPNGLHTRPAAQFVKEAKAFASDITVTSGGKSASAKSLFKLQTLGLTQGTVITISAEGEDEQKAVDHLVALIPTLE >NZ_CP051639.1|WP_035684716.1|619893_621621_-|phosphoenolpyruvate-protein-phosphotransferase-PtsI MISGIPASPGIVFGKALVLKEEKIVLDTQKIQDDQIEAEVERFYAGRNAAVEQLTAIKDRAYASLGEEKAAIFEGHLMILEDEELEEEIIDYLRSNKVNAGVAASTIIAQQVAMLSEIDDEYLKERAGDIQDIGNRLIKNILGMKIVDLGEINEEAILVAYDLTPSETAQLNLDKVLGFITDIGGRTSHTSIMARSLELPAIVGTNTVTQQVNTGDFLILDAVNNQVYINPTQEEIDRLRKLEQQLKEEKEELAKLKDLPALTLDGHRVDVVANIGTIRDIDGAERNGAEGVGLYRTEFLFMDRDQLPTEEEQFIAYKEVVEAMNGRLVVLRTMDIGGDKELPYLNLPKEMNPFLGWRAIRIALDRKEILHAQLRAVLRASAFGKLAVMFPMIISVEEIRALKAEIALLKEQLRNEGKAFDENIQIGVMVETPSAAVNAKFLAKEVDFFSIGTNDLTQYTLAVDRGNELISHLYNPMTPSVLNLIKQVIDASHAEGKWTGMCGELAGDEKATLLLLGMGLDEFSMSAISVPRIKKLIRNVNYQDAKVLADAALEQPTAADIERLVTDFLVEKALN >NZ_CP051639.1|WP_017807272.1|619330_619831_-|PTS-glucose-transporter-subunit-IIA MGFFDKLFGSKNSKTVEVEIYAPLSGEIVNIEDVPDVVFSEKIVGDGVAIRPTGNKLVAPVDGVVGKIFETNHAFSMESEDGVELFVHFGIDTVELKGEGFIRVADEGQKVKRGDTIIELDLEVLESKAKSVLTPVVISNMDEISHIEKKTGEVIAGESIILILKK >NZ_CP051639.1|WP_035684715.1|616342_619006_-|pyruvate-dehydrogenase-(acetyl-transferring),-homodimeric-type MSEMLTNDVDPIETNDWLLAIDSVIREEGVERAQFIIEQLMQHARANSVSLPTGVTTDYINTIPTSEEPNYPGNLDLERRIRGAIRWNAIMMVLRASKKDLELGGHMSSFQSSATIYEVCFNHFFKARTEKNGGDLVFFQGHISPGIYARAFLEGRLTEEQLDNFRQEVHGKGLSSYPHPKLMPEFWQFPTVSMGLGPLNAIYQARFLKYLHHRGLKDTADQTVYAFLGDGEMDEVESRGGLAFAAREKLDNLVFVINCNLQRLDGPVTGNGKIIQELEAQFNGCGWEVIKVIWGRRWDRLLQRDTSGKLLQLMMEVVDGDYQTFKSKDGAYVRKHFFGRYPETEALVAEMTDDEIWALNRGGHDPLKVFAAFNKAKQVKDKPVVLLVKTVKGYGMGESAEGKNIAHQVKKMDMSGVKHVRDRFNIAVSDEDIEKLPYIKFEEGSEEYKYLHERRQALNGYVPTRSPRFSQALEVPALEEFAQLFEAQSRPISTTMAFVRSLNVLLKNKSVGKHIVPILADEARTFGMEGLFRQIGIYNPHGQNYTPQDREQVAYYREAIDGQVLQEGINEQGATASWIAAATSYSTNDVPMIPFFVYYSMFGFQRVGDLMWLAGDQRARGFMIGGTSGRTTLNGEGLQHEDGHSHIQSAVIPNCISYDPAFAFEVPVIIQDGIRRMYGPEQEDVYYYITTLNETYDQPAMPKGAEEGIRKGIYKFETVTGQGKGKVQLLGSGAILRHVREAAQLLANDFGVTSDVYSVPSFTEVARNGADVERWNLLHPEAEARTPYIAQVMNDAPAVAATDYIRLYAEQVRAYVPAQSYRVLGTDGFGRSDSRENLREHFEVNAHYVVVAALAELVKQGIFDKKVVADAIAKYGIDADKINPLYA >NZ_CP051639.1|WP_035684713.1|614392_616291_-|pyruvate-dehydrogenase-complex-dihydrolipoyllysine-residue-acetyltransferase MAKEIQIPDIGGDEVTVTEVMVKAGDTVEVDQSVINVEGDKASMEVPSPEAGVIKEVLVKVGDKVSTGTPMFILESADSAPASAPAVEEKAAPASTAPTQSAVSSVIEIHVPDIGGDEVNVTEILVNVGDSVAEEQSILNVEGDKASMEVPAPVAGVVKEILIKVGDKVSTGSLVMKFETTAATPAAQPAAEAPAAPAAVSGSVQDVHVPDIGGDEVNVTEIMVAVGDSVSEEQSLITVEGDKASMEVPAPFAGVVKEILVKSGDKVSTGSLIMRFEVAGSAPAAAPAAQPAATPAQTQAAAPVQSAQPANQAEVTASASFAHATPVVRRLAREFGVNLDKVKGTGRKGRILKEDVQAYVKAAVKAVESDSVSATASTGAANGAGLGLLPWPKVDFSKFGEVEQVELGRIQKISGANLHRNWVMIPHVTQWDKADITDLEQFRKEQNVLAEKQKLDVKITPLVFIMKAVAKALEAYPRFNSSLSEDAQSLILKKYINIGVAVDTPNGLVVPVFKDVNKKGIIELSRELAEISKKARAGKLTASDMQGGCFTISSLGGIGGTQFTPIVNAPEVAILGVSKSEMTPVWNGKEFTPRLMLPLSLSYDHRVIDGADGARFITFINGVLSDLRRLVM >NZ_CP051639.1|WP_035684710.1|612881_614306_-|dihydrolipoyl-dehydrogenase MNKEIKTQVVVLGAGPAGYSAAFRCADLGLDTVIVERYSTLGGVCLNVGCIPSKALLHVAKVIEEAKSLAEHGIVFGEPQTDIDKIRGWKEKVINQLTGGLAGMAKMRKVQVVNGYGKFSGPNTIIVAGDEGETTIHFDNAIIAAGSRPIQLPFIPHEDPRIWDSTDALKLKEVPKNLLIMGGGIIGLEMGTVYHALGSNIDVVEMFDQVIPAADKDIVQIYTKRIEKKFNLLLETKVTAVEAKEDGIYVSMEGKAANETRRYDAVLVAIGRTPNGKLIDANVAGVEVDDRGFIHTDKQMRTNVPHIFAIGDIVGQPMLAHKGVHEGHVAAEVIAGQKHYFDPKVIPSIAYTEPEVAWVGKTEKECKAEGINYEVAKFPWAASGRAIASDCADGLTKLIFDKDTHRIIGGAIVGTNGGELLGEIGLAIEMGCDAEDLALTIHAHPTLHESVGLAAEVFEGSITDLPNPKAKKKK >NZ_CP051639.1|WP_035684708.1|610814_612584_-|autotransporter-outer-membrane-beta-barrel-domain-containing-protein MKTFNLNLVSISLGIAFTVTSINSFAAAANPLYAVNSTGSHSSSLNGSVNGGTSAFLYDNGDKSFNKLMIVDKLQQGAESQDRKDFETTYGIQFEWFEHDGSLTEEGKKHIYQAENGTFKSEVHLTKEEKVKFSAQKGSTADSQPTSNNSEATVHPKESSSIISNNSQPEAEGKSGEIIPTPSEKIETKERVEDASSHTELPKMGSATVIPATPTLKMTEARDTTEKAKPVMEIKAEQNLASATSAFSGTLSDLSQTTRAMATSFFNNTAVVQDQSAMVRNNAQYFVSYRHYFVEPIGIDKSDLRRQPSEMNVTTPNVNTYVDYAYHHYTLKNKNFHSKIHRNDITLGGYAQINGYNLGLAMISMKGNSTTLNNYTLASKVKMRTNGLLATFGWAFDKSYLNLGAYAVFSKVNTSRSPFGNSEQHASFNTQQYALDIVYGRSLYQTENSSILLNGGLTNVYYHQDSFNEQTDSQNATPYSLQVDSSAYFNSFAHLGMQASYQTYISSFTTRSDIALRVEQALTANRFDLKLQDGTTITGSKNDKFTVRLSVGQTFIFDKVSIRVGAEFIEGNRTNARLDTVSATLSYRF >NZ_CP051639.1|WP_035684706.1|609356_610730_+|TolC-family-protein MLKQSKLSLAIGLSVLLAGCANLDDSYKTSQQDFQQYEELTKQYNIQENWWTLYHDPQLNQLVQQALENNKDLAKAAIAVNTALYNANLIGANLVPSFSGSLSSSASKNINTGGNSTISHGGSLNVSYTLDLWRRLADASSAAEWRHAASEQDLEAARISLINSVILTYYQLGYLNDAISTVNKTINYYSEINRIMQNKFRQGVADRASSDQAQQAVLTAHNTLINYQTQKKTAEATLRNLLNLKPNDSLPATYPHILNVKNVGINLNVPLSAIANRPDVKGYQYRLNSAFKDAKAMQKSWFPSITLGGSLGSSGNKIDNAFNTPIAGGTVGISLPFLNWNAVKWNVKISESAYDLALVNFEQSITKALNDIDTNYFIYNQANQSFENLKQTYDYNKRITQYYKNRYDAGISELREWLNAASTERNSELSILNAKYNLIQSENAVYSAMGGYYSVEQ >NZ_CP051639.1|WP_035684725.1|624297_625380_-|peptide-chain-release-factor-1 MKPSIISKLDSLNERHEELEALLGDASVISDQEKFRAYSKEYAQLEDVVKCFARWKQLNSNMEEAQLLLDDPSMREMAQEEVEECKAEIEQVEAQLQILLLPKDPNDEYNCYLEIRAGTGGDEAGIFAGDLFRMYSRYAESKRWRVEMLSANESEQGGYKEVIVKISGENVYGQLKFESGGHRVQRVPKTESQGRIHTSACTVAVMPELPESELPEINPADLRIDTYRSSGAGGQHVNTTDSAVRITHIPTGIVVECQEERSQHKNKAKAMSVLASRIVQAEQEKLAAEQADTRRNLLGSGDRSDKIRTYNYPQGRVTDHRINLTIYRLDEVMNGKMDELIQPIITEYQADQLAALSDQG >NZ_CP051639.1|WP_035684727.1|625583_626873_-|serine--tRNA-ligase MIDPNLLRNNLAEVAEKLKIRRGFELDEARISELEDQRKALQVKTETLQAERNTRSKAIGAAKARGEDIAPLLAEVDNMGIELSMAKSQLDDVQAELQEIALSIPNIPADEVPLGNDENDNVEISRWGEPRTFDFEVKDHVTLGEHLQGLDFAAGVKLSGARFVVMKGQIAKMHRALAQFMLDLHTEQHGYSETYVPYLVNHATLYGTGQLPKFGEDLFHTKPLEGEQPYALIPTAEVPVTNLVRDEILEQAELPIKMTAHTPCFRSEAGSYGRDTRGLIRMHQFDKVEMVQIVEPEKSMEALEELTGHAEKVLQLLNLPYRKVLLCTGDMGFGSAKTYDLEVWVPAQNTYREISSCSNMWDFQARRMQARYRVKGEKKPRLVHTLNGSGLAVGRTLVAVLENYQNADGSITVPEVLRPYMGGLEVIGK >NZ_CP051639.1|WP_035684730.1|626946_628296_-|replication-associated-recombination-protein-A MSNFAFDFAENDFRPLAARMRPTNLEEYYGQRHLIGVGKPLRKAIEAGHIHSMILWGPPGTGKTTLAEIIAQRINAEVERISAVTGGVKEIREAIERAKQNRLTGQRTILFVDEVHRFNKSQQDAFLPYIEDGTVTFIGATTENPSFELNNALLSRAKVYILKPLTPQDIEQVLQRAIQDKEKGLGNEHFVLEDNVLQLLAEYVNGDARLALNSLELMADMAEEGKNGKILHRTLLTEVLGERQARFDKQGDRFYDLISALHKSVRGSSPDAALYWYARILTAGGDPLYVARRLLAIASEDVGNADPRGMQVALAAWDCFTRVGAAEGERAIAQAIVYLAVAPKSNAVYQAFNAAKKMAVESPDYDVPEHLRNAPTKLMKELGYGAEYRYAHNEENAYAAGENYFPEALKETKFYFPTQRGMEIQIGEKLEKLRQLDEKSQIQRYKLVK >NZ_CP051639.1|WP_017806586.1|628483_628843_+|type-II-toxin-antitoxin-system-RelE/ParE-family-toxin MVVKKKWEVIATARFKIWLKEQDEATRISVFNALNNLRFYGPQLSRPYVDTIKGSQYPNMKELRIQHKSKPLRAFFAFDPLRQAIVLCAGNKSNNKQFYKQMITIADAEFTDYLATLEK >NZ_CP051639.1|WP_017806585.1|628844_629153_+|helix-turn-helix-transcriptional-regulator MTQYTTLDELIAQESPETQQCIKEMSEELILETGLAMIREQLALSQKELAQAIGVSQSAIAQIEQRGNDVKLSTLKRYIEKMGGELSLTVKMPTGYSQIFPL >NZ_CP051639.1|WP_035684733.1|629204_629825_-|outer-membrane-lipoprotein-chaperone-LolA MKKMAVKMTALLCLGLSPLAWADAVSELQARLNKVEALSADYVQKVSDPKGKEIQQGKGKIQIKRPNLFRMDNQAPQESQVISDGKTLWFYDPFVQQVTANWVADAVNNTPFVLLTSNDTQYWKQYNVEQNADTFTLKPKSAKSQIKQFDIRIDGEGVLKNFSTTEKDGQTNLYLLRNITNQPLADSLFKFSVPKGVELDDQRKKK >NZ_CP051639.1|WP_035684736.1|629906_632759_-|DNA-translocase-FtsK MIKRITTNLTPKQYMGELCLGIISLFGLYLIVAWSSYSPFDNTWAVSSSQPETINKAGALGAWLIGLFFTLFGHIGNVIPFILCFVPIYLFKTKKFTQLTAIKAAIRTLGGVILFAGLTTLATLLLSNTSAYLAGGVLGGSLVVSLYPILGKAGLILSALLFTVAGFVLCSGKVLIQLFVRFYYWLTMNEHKTPTMATPEEPQEQSEPVPLEEIIIHKVEPRPEPQQAENTEQSEEAESPKSNQPFIQISGLKELTQPVASDNAPSSAENTENNATLFDPRKMELFSRYDVGQDDSLPNVSLPQSTSAVAPVVQVELVSPQISPPITPQKPELHAISQPANTQSAVSFSEEFLPYEAPNEPELKVSIPDYSVEAYQVTEDFAEPSDEMDDLARQFAAQEQQRLAEMQQRAKEINEEDTLEHILAEQEPASNQPSYKPYGDSLIHPALQKQVSIKEKPTTPLPSLDLLEKRQVEVQEITREEILDTSQRIEQQLRNFNVKATVKDVLVGPVVTRYELELQPGVKASKVTSIDTDLARALMFRSIRVAEVIPGKPYIGIETPNLHRQMVPLRDVLDSPEFRESKSLLSMALGKDISGNPIVVDLAKMPHLLVAGSTGSGKSVGVNTMILSLLFRVKPEEVKFIMIDPKVVELSIYDGIPHLLTEVVTDMKKAANALRWCVDEMERRYQLLSALRVRNIEGYNEKIEEYNAMGMPIPNPIWRPGDTMDAMPPALEKLSYIVVIVDEFADLMMVAGKQIEELIARLAQKARAIGIHLILATQRPSVDVITGLIKANIPSRIAFTVASKIDSRTILDQGGAETLLGRGDMLYSGQGSSDLIRVHGAFMSDDEVARVADDWRARGKPNYIEGILDSAEEEDSDTPRTGDDGELDDLFDEVMNFVIETGTTSASSIQRKFRVGFNRAARIMDQLEEQGIVSPLQNGKREILARRSDY >NZ_CP051639.1|WP_017806582.1|632760_633240_-|leucine-responsive-transcriptional-regulator-Lrp MEKKLPKALDAIDIKILNELQRNGKISNIDLSKKVGLSPTPCLERVKRLEKQGVIMGYRALLNPELLDSPLLVIVEITLVRGKPDVFEEFNDAVQQLDEIQECHLVSGDFDYLLKTRVADMAAYRKLLGTTLLRLPGVNDTRTYVVMEEVKQTNFLQLK >NZ_CP051639.1|WP_035684738.1|633386_634739_-|deoxyguanosinetriphosphate-triphosphohydrolase-family-protein MKNSINPLWLERFINDNPREKDHRPPFRRDRGRILHSAAFRCLQAKTQIHAVGENDFYRTRLTHSLEVAQIGSSLVSQLKFSEAFTHLAQQLNIENAQLQKQLKPLLPSNDLIESLCFAHDIGHPPFGHGGEVALNYMMQSHGGFEGNAQTFRVLTKLEPYTLNAGMNLTRRTLLGVVKYPAILDEVSPQYAELAMPNHSNPFSIKLTDWIPGKGLFREDKAMFDWLLAPLSEADRHLFQTLSSLRETSQQTLKTRYKSLDCSIMELADDIAYGVHDLEDAIVVGVIHLQQWQEALAQLKNSSSPWIREHIDALSEKLFSAHHYERKNAIGALVNYFITNVRWKITADFTEPLLRYNAELPEDVLAVLKVFKDFVLKYVICDVTTQRIEYKGQRMLTEMFQIFESDPERLLPRNTANRWKMASAEQKKRIICDYIAGMSDAYAIKVYQQL >NZ_CP051639.1|WP_035684739.1|634740_635427_-|CidB/LrgB-family-autolysis-modulator MIYAYTLLTIVVFALALQISKRLKSLVFNSFILTVAMLITIVLIFHLPYEDYYQGNAPLNHLLGVSVVALALPLYEQFRQIQAYWKTILFITALSSFFSMCVGAILALLLGAEPEIVATILPKSVTTPIAMEIADNLGGIPSVAAVAVLLAGLQGSMFGYVILKTIRIKHSQAIGLSVGAVSHVLGTVSCMETDPKAGNFSSISLVLCGILSSIFAPFVFKFIYLMVA |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NZ_CP051639_1 | 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder | 624094-624148 | 55 | NZ_CP010410 | Xanthomonas sacchari strain R1 plasmid unnamed, complete sequence | 454272-454326 | 10 | 0.818 |
NZ_CP051639_1 | 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder | 624094-624148 | 55 | NZ_CP048065 | Piscirickettsia salmonis strain Ps-8942B plasmid Ps8942B-p9, complete sequence | 33562-33616 | 11 | 0.8 |
NZ_CP051639_1 | 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder | 624094-624148 | 55 | CP022016 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar India str. SA20085604 plasmid unnamed1, complete sequence | 202572-202626 | 12 | 0.782 |
NZ_CP051639_1 | 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder | 624094-624148 | 55 | NC_022111 | Prevotella sp. oral taxon 299 str. F0039 plasmid, complete sequence | 683766-683820 | 18 | 0.673 |
1. spacer 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP010410 (Xanthomonas sacchari strain R1 plasmid unnamed, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.818
tatcttatctcttgcgggaatagctcagttggtagagcacaaccttgccatggtt CRISPR spacer gcactgctcccaagcgggaatagctcagttggtagagcgcaaccttgccaaggtt Protospacer ** **.* *************************.*********** ****
2. spacer 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP048065 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-8942B plasmid Ps8942B-p9, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.8
tatcttatctcttgcgggaatagctcagttggtagagcacaaccttgccatggtt CRISPR spacer cctttccagttgcgcgggaatagctcagttggtagagcacaaccttgccaaggtt Protospacer . *.*. *. .************************************* ****
3. spacer 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder matches to CP022016 (Salmonella enterica subsp. enterica serovar India str. SA20085604 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 12, identity: 0.782
tatcttatctcttgcgggaatagctcagttggtagagcacaaccttgccatggtt CRISPR spacer gttgcttgatactgcgggaatagctcagttggtagagcacgaccttgccaaggtc Protospacer * .* * .****************************.********* ***.
4. spacer 1.1|624094|55|NZ_CP051639|CRISPRCasFinder matches to NC_022111 (Prevotella sp. oral taxon 299 str. F0039 plasmid, complete sequence) position: , mismatch: 18, identity: 0.673
tatcttatctctt-----------gcgggaatagctcagttggtagagcacaaccttgcc CRISPR spacer -----------ttagaagtaaaaagcggaaatagctcagttggtagagcacaaccttgcc Protospacer ** ****.*******************************
Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
265995 : 279004
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP051639|265995:279004|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP051639|265995:279004|270776_271583_+|WP_035689420.1|DBSCAN-SWA MSMLLMVKAMQCKVGNPTRKLVLLKLADNANDEGICFPSYQNIADQCEITRRSAISHIEALIETGFVEKKTRKTPEGNTSNLYVLHLDRDGENSALPSENDSLRVVKNLHHPSENISPTPSENISPRTSHSINQSINHTSSSEKISDGSVGKKSRFKFSDDDMTAAQWIFGLILKLNPNTKTPSFENWANEIRLMRERDKRTHREICGLFQWANQDLFWKTNILSPAKLREKWDQLTVKKNNSKPQRKTASELNAIEWNTEEGWRGML >NZ_CP051639|265995:279004|273617_273968_+|WP_035689370.1|DBSCAN-SWA MSELILTLPYPPTVNHYWKHTKSGLHYVTTQGKAYQQAVKILSQNAPHFAGKVAVNISIYPPDNRRRDIDNIFKALLDALVKAEVIQDDSLIVKLVAEKLKPVKGGKVEVHIEGVK >NZ_CP051639|265995:279004|269492_269900_-|WP_168939907.1|DBSCAN-SWA MDMSSIFTSVKTTLDLLSGLESNAVLNERVALLKDQIEILRYAHETAQKELSEYKEKCAALENEIASYRQAEQFIFEQGAAFKKTSSGYIEAVYCPNCLTVAGGSFSAFPFQCGKCKWRSMFKVSEFKGIFKSLP >NZ_CP051639|265995:279004|274574_275579_+|WP_035689374.1|DBSCAN-SWA 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21 | Mannheimia_phage(33.33%) | integrase | attL 266255:266268|attR 280365:280378 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
285873 : 292353
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP051639|285873:292353|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP051639|285873:292353|285873_286374_+|WP_035688053.1|DBSCAN-SWA MKLYEIAESYNNVAELLANPEFAENADIITALDAIEDEFNNKAINTIKAIKRVEGDIDLLDAEIKRLTAMKKARQNRIEEVKNYLKYNMQKTGIFKIESPLFKIAYSERKQSAVEIDDNLFLANNLDENLVSVKITPNKTAIKEALKRGDDVIGARLVDSQVLSIK >NZ_CP051639|285873:292353|288387_288570_-|WP_035688065.1|DBSCAN-SWA MALSRTEINARSEAKRGIVTKSFKIPQSVSDEIDRLAVELGISKGKILEQAILLLKQAHS >NZ_CP051639|285873:292353|290509_291106_+|WP_051128099.1|DBSCAN-SWA MEKLIKSQTRVRAFGEVYTPQKLVQKMTALLPEESFEPEKKILEPSCGTGNFLYDILNRKLCKILVGPKRPYYKVLNMYQALASVYGVDIQLDNVIECQQRLKSLFCERLAMLHVKPFDYFVDHVLINNIRRGNALEDAFTFIDVEIVFKDRDIGIKVEKDSFLLSEYECHLQQNTSQLQAVRLLAFEDEIGITRNAT >NZ_CP051639|285873:292353|286384_287272_+|WP_035688055.1|DBSCAN-SWA MQFQKAERKKSKLRLALTGPSGSGKTYGALLVAKGLGGRIAVIDTEKGSASLYSHLVDFDVLDLEAPYTPERYRQAVRLAVENGYDVVIIDSITHEWSGAGGCLELNDEIAKAKFKGNTWSAWSETKARHRALIDDLLASPTHIIVTMRSKTETAQAEINGRKQVQKLGMKAEQNDGIEYEFTTVLDLIHDGNFAQPSKDRTGLFPPNGNPFKLSAEIGKQLVEWLESGVDLTFKRAEVHRDKMLQKITTAETLELLGEMSKYVTDKFKDYPILLTELEQAILARKASLDNQGGE >NZ_CP051639|285873:292353|288050_288365_+|WP_035688062.1|DBSCAN-SWA MNTNELLNEREKTHGDFISGAETFYHLMKPIIDSQLFERNKVKAYAATMIAAKLTRICNGDETFPDHWDDIIGYAQLATGKQFEPQQAVSVPVVDYMKKPNSNC >NZ_CP051639|285873:292353|288879_289089_-|WP_035688068.1|DBSCAN-SWA MSRGRPKSGLTRQEQQEKSDKKRGVRLQSYKLHEETIALLAQLSSQTGLSKTQIVSEGIKLFAETNKVA >NZ_CP051639|285873:292353|287759_288008_+|WP_035688059.1|DBSCAN-SWA MDKLKFADVTLVNGGRAWINFHEIECIKDCYYRFDEETDDIIEGDKWEFKATKVIMKSGRIYYVDFTLDSFDDKFNLDQFRL >NZ_CP051639|285873:292353|291333_292353_+|WP_035688073.1|integrase|DBSCAN-SWA MSRQIISLKKRGEIWHYSYTSPTGERVRRSSRTTDKTQAMQLASKEYNECWRVFKLGERPEYSWQEAVMQWLEEKPKRKQDRNMIYGLRWLDQYLGNKKLNEIDRNLIKFIQSEKAKEGVKNRTINAILQQIRVILRAAVEWDWLDKCPAIKLLPEPKRRIRWLTESEEMRLMQELPEHLKAIVQFAILTGLRMSNITQLKWSQIDLPKKLAWINSDESKTGNSIGIPLNDKAIEVIVAQFGKHKENVFTYKGKPVRIANTKAFRNALSRAGIKNFRFHDLRHTWATRHIMSGTPLYVLQELGGWSKTDTVRKYAHLSVEHLHSHVNNVQLFGTKLAQH >NZ_CP051639|285873:292353|289603_290266_+|WP_035688071.1|DBSCAN-SWA MSNLQILNNSIRTLDNLYSLNDLHLASGNDPKHRPSLFVRNEQTKELVKEIESENTRSTKTIFALKTIRGGKDISVQGTWACEELVLSYAMWISPKFHLVVLRAFLAMHKGEVKQQQLALPEPEKKYTFEFTEYELEQLAWLWFSHKRMNTLLADLYEPLNALGSTFSGTVYSHAHEYRHHYEHTQATMQRLIEPFKHSTKLNWQRVIPRISPTQKQLGF >NZ_CP051639|285873:292353|287271_287751_+|WP_035688057.1|DBSCAN-SWA MAGINKAIIVGNLGNDPEIRTMQNGDQVATISVATSESWTDKQTGERRELTEWHRIVFYRRQAEIAGQYLHKGSKVYVEGRIRTRKWQDQQGIERYTTEIQGDVLQMLDSRQDGQGAQTNAPPRQTQSTKSNAYANAKNGNYTPPVQGGNDGLDDDIPF |
10 | Mannheimia_phage(25.0%) | integrase | attL 280842:280857|attR 293350:293365 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
1464441 : 1478854
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP051639|1464441:1478854|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP051639|1464441:1478854|1470770_1471364_-|WP_035689193.1|DBSCAN-SWA MTEQQFDKDTWRTPRYFFDWLLQRFNWFDIDGCADHKNALAYRYIGKPAPEDDDDAEGFNKTCIATDFLGEDLFDRLLDEVAETCHFPLRIFVNPPYSNVTPYLKRAKELRDAGYLVVMLLNNDKSTQWYQNHIHNVANEVIDIVGGRINFIHPITGEEIKGNTKGQMVVVFDPAMEDFVQRSVTLDFVKKCGGYNP >NZ_CP051639|1464441:1478854|1468036_1468699_-|WP_017807426.1|DBSCAN-SWA MATRKEAATTAKTKVKRKAKVSAAISKRELKLEEGQWETKRGRPYKFDPDLAIEKMEAAINDYVEGKLKYYELIQKDSEGKKMDILGVAFPTITRMALLCGVDEQTFTDNCTAKNEDGSIKNKQLFGAYKRFKDLGKTMLVEGGLVGMYDSRLVQFLGNVNYDLVPKQQVESTVEVKSMDKVYEELDAILASGQEETRLMQERAEMEERKALLDAENEEA >NZ_CP051639|1464441:1478854|1468688_1469330_-|WP_017807425.1|DBSCAN-SWA MTKKISNFKLNPDLIRARCLSARLLARKSPERAAAEMGYTNTSMISKMERKTSKTAINHNFLARASLCYGVSMDYLLGMSNYPERDPRSVEQLAIYSSVQHYANQLLEGLTETIVKGASAQVLSMHLSMLCDESAELVDAVNRMRELNPNFDEDIKAGSLVMKQVDKINQRISSTRRRLSKESYDDNILRQFKSVLSDGSEKQLDLVGYRYGD >NZ_CP051639|1464441:1478854|1476331_1476772_+|WP_035689467.1|DBSCAN-SWA 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21 | Mannheimia_phage(41.67%) | NA | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
1678481 : 1765309
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP051639|1678481:1765309|DBSCAN-SWA 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104 | Haemophilus_phage(23.94%) | terminase,tail,tRNA,transposase,holin,plate,capsid | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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