Overview of predicted results
Overview of the results
| Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NZ_CP053842 | Campylobacter corcagiensis strain LMG 27932 chromosome, complete genome | 0 crisprs | WYL,DEDDh | 0 | 0 | 1 | 0 |
| NZ_CP053843 | Campylobacter corcagiensis strain LMG 27932 plasmid pCCORG, complete sequence | 0 crisprs | NA | 0 | 0 | 0 | 1 |
1. NZ_CP053842
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0
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| DBSCAN-SWA_1 |
665612 : 716339
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP053842|665612:716339|DBSCAN-SWA CTTAAGCCCCACTTGATTTATAAGCTAACTGCCAAAGCGCATACCCAGCATTCATAAAGCTTTTACACCCAAATAGTGCTGCATCTTTCATAAAGTGGTGATCATTACTTGCTTCAAAAACACCGTCCTTTGCAACCTGTAAAACAAAAGGTTTAACTGGCTTACTAAGATCCATCAAATACCAGCTACTATCAGTTATCTCAGGCATCACTAAAAGCTCATATCTTTTATAAGTTGGATTTGTCTCTCCACCTACTAAAAGATCTTTTTCAATTGTTTTTATGGCATTTGCTAGGTTTTTTGGACCACAAACTAAGTGCGATGGCATTACGCCTAAACTTTGCCCACTATCGCCTTTTATACTCATCATAAAGGCTTGCGCAGCTATTAAGTTTTCACTATTTAAAACACCTGTGCCTAAATTTGCATAAGTATCATTTCCTATTTTGTGTGCATCATTAAAAAAAGATAGTCCATCATAGCACTTACTACTCTCTCCAGTTAGTAAAATATCAGCTACCAGTTTTGCTCCAAATTTTTTAGCATTAAATGCCATCTGTTCAATGGCTGGTTTATATAGACCAACTTTATCATACTCTAAATGATTATTTGGAACTGTTACAGTTGCTTCAAATGGCTGGTTTTCTAAGGTATATCCATAGTCTTTAAACTTTTTGATATCTCTATCGCCAACCCACTCTTTCATCATCGGAAAGTTTCCAAGCCAAACATACTTTTCACTTAAGTTATTGCTATTAACTCTCATAGCTAAGGTATCAGCTTCGCTTTTTACATCATTAAATGTTTTTTGAAATATAGCTTTAAAGCCAATTGCTGTCTCTTCAAAATGTGCCATTATTTTGCTCCTTTGTATTCATCATCACTTAGCCCTAGCATCAAGGCTATTTTTCTCTCTTCATCGCTAAGGGTTTGTTTTTCATTTTTTTCAAGATCTTTTTTGCCAAAAATAGAACTCATCGCATCTAAGCTTTTTTCTATCTTTTCAAGCCTAGAATTAAGCTCTAATTTATCATCTTCATCTTTATTTTCATCAGCCTTACTGCTTTGTTTTAACTCATCAAGCTCTTTTTTAAAAGCTTCATTTAAAGCTTTTACCTCATTTAGCTCTTTTTCTAAAGCCTTATACTCATTGCTATCTTTAATATCCACTTTTTCTCCTTTATGATTTAATGCATTATTTAATAAATTTGGTCTATTAACTAACCCAACGCTATCAAGGGCTACCACACTGCCTCCACTTACATCATATACAGGGCTTAAATACTTATAAACTCTATTTTCAATAAGCTCTTTGCCTTTTTTATTTAGTTCTAGCTTTGCATAAATTCCATCACTTTTTAATTCAAAGCTATTTTTATCAAACCAACCAACCGCACCTCCAAAGCTATGATTTTCATCTAAAACTATATCAAGGGCATTTTTTTGGATATTTTCAACTAAGCTTTCACCGCTGATTTTAAATTTTCTACCATCAAGCCCAACAACCTCTCCAATAGGACTTACTTTTATAAGTTCGTTTTCTTTGAAATTTAGACTTAAAGGTTTTTGAATAACACTCTTTTGCAAAACTAATCCTTTCCTAAACTTTTAAAACTCTGCCATTTTATAGATTTTTTAAAATAACTTCACTCTAAGTGTCTATATTTAGCAAATGTAAGCATTTGGAGTGAAAAATCTCATTTTTTACTCTAAAATGTGAAAAATTAAAAATTTTAGCTTTTAAAAGCAATTTATCTTAAAAGCGACCATTGAGTTAAGTTAAAAGTTTTAAACGATTTTAAACAGCTTAAAAGTGTTTTAAAAGGGTATTGCAAAGAACGGATTATGCAAAGTAATAACTTAGGATAAAGTAGGCGTCTAGGCAAAAGGTTTTTAGTAAAAATAATAGATTTTCAAAAATAGGCGTAGTTATTAAAAACTCGTAAAATCCACAAGGAGCATACTTCCTGTATGTGACGCAGTGGATTTTTAAGAGTTTTGAATAAATCCGTCAAGATTTTAAATCTTTAAAAAAAGGAGATATTTTGAGTTCTACAAAGGAGCTAGCTAGGGAGCTTTACTTAAAAGGCTTTAACATTTCAAAAATAGCCCAAATCTTACATAAAAGCCCTAAAACTATCCAAAACTATAAAAGCCGTGATGGTAACTGGGATATGATAAAAGCAACAGATGCTATCTTAAATGCTAAAAATAGTGGTGAAACTATCTATAATAGCTTCATAGACCAGATGTATCAAGCCATAAAAGATATAACCGATGATGATAAGCTCTCGTCTATAGAAAAAGCAAACGCTTTATCAAAAGTAGGCGATAGCTTTGCAAAGATGAAGTATATTGCTAAGCTTGAAGATCCAGCATCATATAAACTTAGCATTGTAAAAGAGGTTATTAAGCTTATAGTAGAGCACTTTAAAAGCAGTGGGGATGATAAGAGCTTACAAAACTTAGTTTTACTTTTAGATAGTGCTGAGTTTAACAAAAAAATAGAGAATTTAAATGCTATTTAATAAAGACGAACTAAATGGCTTTTTAAATGATGTTAAATTAACTAATCAAAACAGCTCTAATTTACAAAAAATAGCCAAATTTGAGTTTAAAGAGTGGCTAGATGGCTTAAGCTCTGATCTTAAAAAAGCCTTGCAAAGTGGCTTAGACCCTACAAAAAAAGATGAAAGAGTAAAAAAGGCAAAGAGCAGTTTTAAAGATATGGTTAGTATCTATTTTGGCCACCATGTAAAATTTCCAGAAACTTCTAAATTTAGAAACTTTTTTTATAAACACAACTCCACTCTAACTAAAAACAACCATCATATGGTTTTTAAAGCCTACAGGGGTGCGGCTAAAACTACTCTTATAAGTAGACTTTATGTTTTGTTTATAAAAGTAGTTAAAAAAGAAAAAAGAAACACCATCATAGTCTCAGCCACACTTGATCTAAGCAAAAAAACGCTTGATTTTATAAAAGACGAACTAGAGACAAATTCTCTTTTTATAGATGATTTTAACATCACAAAAGGAGAGATTTGGAGTAGTGAAGAGATTGTGTTTTATGTTGGTAAAAAGCCTTTTAAGATAAGTGTATATGGAGCTGGCAAAAAGATAAGGGGCGAAAACTGGAGAGGCTTTAGACCTGATTTGATAATATGCGATGACTTAGAAAATGATGAAAATGTTAAAACAAAAAGTCAAAGAGATAAAATTTACAACTGGTTTGAAAAAGCCATTATGAAGCTACCAGCAAGAGATGATGAAAACTACAACATCTTTGTTATAGGCACAACCTTGCATTATGACTGCTTACTTAACCGCCTTGAAAAAAGAGTGGATTTTAAAAGCTTTACATTTCCTTTGGTTTTAAGCTTTCCTTTTGATTTAGAGACTTTTGCATTAGATGAGTTTATCTTAGATGATATCTCTTTAAATAAAGAGAGATTTTTTCTAGAGTATAAAGCAAGTAAGGGGGCTTTTTTAAGTGAGTATCAACAAGAGCCATTAAGTAGTGATGAGCTTAGCTTTAGCTCTTATCAAACATTTGATGAGATGCCACTATGTGATGCTTACTATATGGGAATAGACCCAAGTTTGGGCAAGTCAAAAGGGGATTATTTTAGTATAGCTATTTTAGGGCTATTAGATAATAAATTTTATGCAAAAGTTAAGATGACAAAATTAAAGCCTGAGGTGATGGCTGAGAGAATTATCAGCGAAGCAGCTAGTATCTTAAGTCTAAACAGGCCTTTAAAAATAGCCATTGAAACTGTGCAGTTTCAAGAGTTTTTTAAAGACTATTTAGAAAAAAGGTCTTGTGAGTTAGGAATTTATTTGCCGATTATTTCGCTTAAAAATACAGTGGCTAAAGAGTTAAGGATAGATAGTTTAACCCCACCAATTAACAATGGAGTTATCTTAATAGACAAGCACTCTCATACTTTTATAGATGAACTTGATACTTACCCAAAATCAGCTCACGATGATGGGCTTGATAGTTTAGAGTTTGCATGGCGTATAGCAAAAGTGCCAAATTTTGATTATGAAAAGGCAAATAAATTTATGAGTGAAATTAGACAAAAGAAAAGCTTTTTAAAAAGGATATTTAGATGAAAGAGTTTCTAAAACCAAAAAGAGAATTTATCAAAACAGATTTAAGCTACTACACAGAACTAACAGCTAGTAGGGTAAGAGCAGCTCTTCTAACCAAAAACCAGCAAGAACTATTTCCTCTTTTTAATCTCTTAGTTGATAAAGATACCAGTTTAGGTAGTGAGTGCGAAAAAAGATTAAATTCTACTTTAAATAAGTTTTTTACCCACGATTTAGGAGAGAGTGAAGATGAAAATATTGAAGAGATAATTAAAGCTAGTGTTGAGGCAAGGTTGTATGGATTTTCACTGCTTGAGCTATATTTAGAAAATAATTTTATAAAAGTTAGTTTGGTAGATAGAAGTTATATTGAGTTTAGAGAAAATTTGCCAACTTTAAGGATAGGTAAAAACCGCTTTATTGCCAAAGAGCCATTTTTTATAACTATTACTTCAAACCCTGCTATGTTAAAAACTCTTTGGATAGCTTATGCAAAACACTATGTTTTAAGCCTTTATCTGAAATTTGCTGAGTTTTTAGGCGTTCCACCGCTAATTGGTGGAGCTACTAGTAGTGATGAAAAAACACTTAAACAGATGAGTGAAGCATTTGAAAACCTAAGAAGTGGAAGTTATGCTATATTTGGCGTAAATGATACGATTAAGATACTTGAAGGGCGTGGAAGCCAAGAGGACTTTATGGAGTTTATCCGCTACTGTGATGCTGAGATAGCAAAGTGTATAAATGGCTCAGTTCTTAGTTCAAACACGGCAACTACTGGAAGTTACGCACAAGGCAAGATCCACGAAAATAACCGCTTTGAGATAATTGATGCTGATATTAAATTTGCCTCGCGTCAAGTAAAGAACTTTTACTCTCGTTTTAACAAAAAGGCTAAT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>NZ_CP053842|665612:716339|688854_689151_-|WP_025803598.1|DBSCAN-SWA MKKAEFIAAVAEKAGLTKKDTESVVDAALEVTKECLVNGDSISFIGFGSFDVATRAAREGKVPGTDKTYKSPATNVVKFKVGKQLKDAVAASKKIKKK >NZ_CP053842|665612:716339|704034_704862_+|WP_172658549.1|DBSCAN-SWA MLLSNISKKLTLALVLSLSASSLCASVCDRRAFNISVTDSVTINDILIQLSDTCKFSIVAKDAVAAGELNKEIVGVSIKDMSLREVFNVLISQNNMEYKYINNVLQVSALQTKTFRLDYIKAVREGTANLKASTDSSPYEFDDERNNETMEDNAIRASEKFSFWETLSDEITLIMNNGTENYVAVAPIINENAGLVTVTATKSQLNRVQNYIDGMQSRLKQQVILDVSIIAVDMSNSYSKGIDWSQFKLGFDTYLDYSKNHLSVMGTDENKKFIM >NZ_CP053842|665612:716339|675154_675568_-|WP_025803609.1|DBSCAN-SWA MLVKIGKNEVKNSDKALIRAVEDFCDLKLAIDELNEKLKPLRELIGEFAKEMLKSKNAATINFILDSDSGVKVSLGYDVKISDESNLRLILGERFDDLVKTTTLFKPEKKLQELALNDDGIKGCLDIREKTPYISLI >NZ_CP053842|665612:716339|689330_690062_-|WP_025803597.1|DBSCAN-SWA 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52 | Mannheimia_phage(14.29%) | integrase,transposase,tRNA,capsid,terminase,protease,head | attL 691987:692003|attR 717017:717033 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
|
| Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
|---|
2. NZ_CP053843
Click the left colored region to show detailed information
0
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
|---|
| Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation |
|---|
Click the colored protein region to show detailed information
| Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NZ_CP053843.1|WP_081755100.1|4077_4500_+|hypothetical-protein |
4077_4500_+
Protein sequences of NZ_CP053843.1|WP_081755100.1|4077_4500_+|hypothetical-protein>NZ_CP053843.1|WP_081755100.1|4077_4500_+|hypothetical-protein MLKTCKLKILNKPDYISGWEALNIPSKNGLIADWHPLHYFNKKQDIKKYSFNEILGNSGIKKRYVKMLDKEEYVANYPRAIADLVYHNKIKGLKNCVNDFLDDDEEKELFKYLKLINNNEVVDNFMKFELTKLYFKDKKC |
140 aa aa |
86
gnl|BL_ORD_ID|86 information
|
NA | NA | No | NA |