CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP053899	Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence	1 crisprs	NA	0	8	1	0
NZ_CP053900	Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-2, complete sequence	1 crisprs	NA	0	2	0	0
NZ_CP053901	Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-3, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP053898	Proteus mirabilis strain YPM35 chromosome, complete genome	2 crisprs	DEDDh,WYL,c2c9_V-U4,cas3,DinG,c2c10_CAS-V-U3,csa3,RT	0	0	14	0

1. NZ_CP053899

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP053899_1

• CRISPR_ID: NZ_CP053899_1
• CRISPR_location: 60633-61178
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 8 spacers

Consensus repeat of NZ_CP053899_1

Consensus_repeat	Method
ATACTGCATCAACGACGACCTTT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP053899_1

>1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
CGTTAACATACTGATAAACAGTAAGTTAATGAAGTCCACCATACTACTCT
>1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
TACCTTAAACAGAAAAATAACTTTTTTTTATGATC
>1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
AGCATAACCGATTGATATATAAGGATTATATATACATGCTTACACCATTCT
>1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
AGCCACCAGCAGAAAAATACCTTTTTTTTATGACC
>1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
AGTGTAACAATATGATATATAAGGATTTATTTTAAGCATTTACACCGTTAT
>1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
AGCCTTTAATAGAAAAGTACCTTTTTTTATGACT
>1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
TGCATAACGTGTTGATATATATGGATTAAATTATGATAGAAGTATATATTT
>1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder
AGCCACCAGCAGAAAAATACCTTTTTATTGAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP053899_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP053899_1

>merge|NZ_CP053899|1|60633-61178|CRISPRCasFinder
AAACTGCATATGTCGCGACCTTTCGTTAACATACTGATAAACAGTAAGTTAATGAAGTCCACCATACTACTCTATACTGCATCAACGACGACCTTTTACCTTAAACAGAAAAATAACTTTTTTTTATGATCATACTGCACCAACGACGACCTTTAGCATAACCGATTGATATATAAGGATTATATATACATGCTTACACCATTCTATACTGCATTAGCGACGACCTTTAGCCACCAGCAGAAAAATACCTTTTTTTTATGACCGTACTGCATCAACGGCGACCTTTAGTGTAACAATATGATATATAAGGATTTATTTTAAGCATTTACACCGTTATATACTGCACAAGTGGCGACCTTTAGCCTTTAATAGAAAAGTACCTTTTTTTATGACTATACTGCACCAACGGCGACCTTTTGCATAACGTGTTGATATATATGGATTAAATTATGATAGAAGTATATATTTATACTGCATCAGCGGCGACCTTTAGCCACCAGCAGAAAAATACCTTTTTATTGATTAACTGCATCAACGGCGACCTTT

>NZ_CP053899|1|1|60633-61178|CRISPRCasFinder
AAACTGCATATGTCGCGACCTTT	CGTTAACATACTGATAAACAGTAAGTTAATGAAGTCCACCATACTACTCT
ATACTGCATCAACGACGACCTTT	TACCTTAAACAGAAAAATAACTTTTTTTTATGATC
ATACTGCACCAACGACGACCTTT	AGCATAACCGATTGATATATAAGGATTATATATACATGCTTACACCATTCT
ATACTGCATTAGCGACGACCTTT	AGCCACCAGCAGAAAAATACCTTTTTTTTATGACC
GTACTGCATCAACGGCGACCTTT	AGTGTAACAATATGATATATAAGGATTTATTTTAAGCATTTACACCGTTAT
ATACTGCACAAGTGGCGACCTTT	AGCCTTTAATAGAAAAGTACCTTTTTTTATGACT
ATACTGCACCAACGGCGACCTTT	TGCATAACGTGTTGATATATATGGATTAAATTATGATAGAAGTATATATTT
ATACTGCATCAGCGGCGACCTTT	AGCCACCAGCAGAAAAATACCTTTTTATTGAT
TAACTGCATCAACGGCGACCTTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP053899.1|WP_072070758.1|62246_62627_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|119304
NZ_CP053899.1|WP_072070759.1|63887_64700_-|DUF4942-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372683
NZ_CP053899.1|WP_072070749.1|52643_53690_-|ParB/RepB/Spo0J-family-partition-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224392
NZ_CP053899.1|WP_072070753.1|57159_57516_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_141395927.1|58247_59084_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|235090
NZ_CP053899.1|WP_071547973.1|59342_59570_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_072070755.1|57954_58248_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_023159981.1|66723_67272_+|transglycosylase-SLT-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|381603
NZ_CP053899.1|WP_023159982.1|67811_68372_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_023159983.1|68371_69211_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_072070754.1|57532_57958_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_172767821.1|67261_67855_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_072070752.1|55943_56996_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_072070757.1|59572_60409_-|replication-initiation-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376444
NZ_CP053899.1|WP_071547977.1|62631_63591_-|recombinase	unknown	unknown	gnl|CDD|310773
NZ_CP053899.1|WP_023159979.1|65023_65443_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_023159980.1|65778_66237_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053899.1|WP_072070751.1|55303_55720_-|translesion-error-prone-DNA-polymerase-V-autoproteolytic-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|182350
NZ_CP053899.1|WP_072070750.1|54041_55304_-|translesion-error-prone-DNA-polymerase-V-subunit-UmuC	unknown	unknown	gnl|CDD|179607
NZ_CP053899.1|WP_023159976.1|61744_62236_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP053899.1|WP_072070758.1|62246_62627_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|119304	pfam10784, Plasmid_stab_B, Plasmid stability protein. This family is conserved in the Enterobacteriales. It is a putative plasmid stability protein in that it is expressed from the operon involved in stability, but its actual function has not yet been characterized.	1.62912e-10
NZ_CP053899.1|WP_072070759.1|63887_64700_-|DUF4942-domain-containing-protein	gnl|CDD|372683	pfam13708, DUF4942, Domain of unknown function (DUF4942). The function of this family is not known.	6.58284e-40
NZ_CP053899.1|WP_072070757.1|59572_60409_-|replication-initiation-protein	gnl|CDD|376444	pfam01051, Rep_3, Initiator Replication protein. This protein is an initiator of plasmid replication. RepB possesses nicking-closing (topoisomerase I) like activity. It is also able to perform a strand transfer reaction on ssDNA that contains its target. This family also includes RepA which is an E.coli protein involved in plasmid replication. The RepA protein binds to DNA repeats that flank the repA gene.	5.12816e-14
NZ_CP053899.1|WP_072070749.1|52643_53690_-|ParB/RepB/Spo0J-family-partition-protein	gnl|CDD|224392	COG1475, Spo0J, Stage 0 sporulation protein J (antagonist of Soj) containing ParB-like nuclease domain [Transcription].	0.000509332
NZ_CP053899.1|WP_071547977.1|62631_63591_-|recombinase	gnl|CDD|310773	pfam06406, StbA, StbA protein. This family consists of several bacterial StbA plasmid stability proteins.	5.70258e-139
NZ_CP053899.1|WP_141395927.1|58247_59084_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|235090	PRK02951, PRK02951, DNA replication terminus site-binding protein; Provisional.	1.64369e-25
NZ_CP053899.1|WP_072070751.1|55303_55720_-|translesion-error-prone-DNA-polymerase-V-autoproteolytic-subunit	gnl|CDD|182350	PRK10276, PRK10276, translesion error-prone DNA polymerase V autoproteolytic subunit.	4.27104e-67
NZ_CP053899.1|WP_072070750.1|54041_55304_-|translesion-error-prone-DNA-polymerase-V-subunit-UmuC	gnl|CDD|179607	PRK03609, umuC, translesion error-prone DNA polymerase V subunit UmuC.	0
NZ_CP053899.1|WP_023159981.1|66723_67272_+|transglycosylase-SLT-domain-containing-protein	gnl|CDD|381603	cd13400, LT_IagB-like, Escherichia coli invasion protein IagB and similar proteins. Lytic transglycosylase-like protein, similar to Escherichia coli invasion protein IagB. IagB is encoded within a pathogenicity island in Salmonella enterica and has been shown to degrade polymeric peptidoglycan. IagB-like invasion proteins are implicated in the invasion of eukaryotic host cells by bacteria. Lytic transglycosylase (LT) catalyzes the cleavage of the beta-1,4-glycosidic bond between N-acetylmuramic acid (MurNAc) and N-acetyl-D-glucosamine (GlcNAc), as do "goose-type" lysozymes. However, in addition to this, they also make a new glycosidic bond with the C6 hydroxyl group of the same muramic acid residue. Members of this family resemble the soluble and insoluble membrane-bound LTs in bacteria and the LTs in bacteriophage lambda.	1.50606e-09

Protein sequences

>NZ_CP053899.1|WP_072070757.1|59572_60409_-|replication-initiation-protein
MKKKQISNLTLYTNVRHSDDFNLSLASLPIPAKRVLFLILAQISDPRESVDEDEICFEVKAKEYAEICDVDLSTAYKSLPLAVDTLLSSHIYEDLSEEGFKRASKTNITTSATYYFDEGYCKIFFNRRVFPYFFELSKKFTTQNLFYVARLSDASLANLYQLIMKRYSKRNTIAEYKTSFTIGVDELKDEMWLFNIDKKGNKEYLYQSYKYFGQFLKRLAVSLGEQTNIKDVSIAIESRKGRKASVLRISYVIHNEKVGGSMPTDKELDELEKQIGLL
>NZ_CP053899.1|WP_071547973.1|59342_59570_-|hypothetical-protein
MMYKNKRLQEKITQFSLQNPNYKKNAMLNHIQDDLFEMKSSGMSWNAIMDALPAYGLMVSDSSFKKFLKKSREQE
>NZ_CP053899.1|WP_141395927.1|58247_59084_-|hypothetical-protein
MMLDSYIGSLLKYLHQLDSLFRDTKVISALTCVIPPVENGCDDIGKCIEPVVNWGPHAYTSVISCWQDLYISPLYSQKFARRTAGYVQLSTAAMELADHLIKINTVKNNIRSSVVALPKSERFRILRKHLSNVMTLHLYRNIPVFNSDDVITHASYTWGLKGLMQKTDPVKLYQLIADIAKGNAELQDLMDKIQECPANRLRIKRSVTPQPICNLTFASGKKRCINAPVPFLIVQDQDFKVSPLPLFTAEADRQERSDKHKTTLLGVFRGQQIIKLEK
>NZ_CP053899.1|WP_072070755.1|57954_58248_-|hypothetical-protein
MKKKTQREFSTARFYFCASVAMFSLMGCVSLEERERVAFELVTNEPNQENIQSYLKLAEELQRKQVDEARQAADAATYERDKELNEYFKQYGRTYKK
>NZ_CP053899.1|WP_072070754.1|57532_57958_-|hypothetical-protein
MMNNTALLQHIASEFIAHSGVPAKPAFDKISAGDETFINELSPSDLLELLENPLPIIINTLTGEPHSAIHSHSDDILPDCTNYAYGIGYESATALFVLVEGIESYYLALKAKAYLKNQNYLPFLIKFNGLDKHPDSQNLYY
>NZ_CP053899.1|WP_072070753.1|57159_57516_-|hypothetical-protein
MKLAYPRTKENYTLKVLRLYALTEIFVTPPVVTGDIYTVDLALLHIMTPNNHFKDESKIASLKHSYTHGEKVSPLLVSVVIVDGLPKLAVMDGFQRYCALMEIVAEGGQIEGVDVKEA
>NZ_CP053899.1|WP_072070752.1|55943_56996_-|hypothetical-protein
MSKLLVFIEPKLINNTTSYWAMFYAAIFKALSYQTNMQHPLGEQSPQSHRGNLSTPSNYLAGISDHLRNHAFEYLMMDLLRSEYGDITRDILVTRLLSLYGITDFEYKYLNIYKMGKDSIHHKLQLKNSFDIKVITPKNPNLLACSKTNYQAFTFPIHTAFENFPYSDLLLIVSDGKNHTYGFLGEIEGKNGQQLFRNSYWSKGKGDYATFAIGISSKNTLKIGAEKHQLSHNTVIFSDEMNRQILNYSNFSAFAVDYVKAVNNMELFFNGQTKHLSIEDKGHAYITDIIMKNWDKPSGYIIELLNQHVIYAYSHASTLYNLLDPETNKLSFKPNMLALENSYCLHQVKE
>NZ_CP053899.1|WP_072070751.1|55303_55720_-|translesion-error-prone-DNA-polymerase-V-autoproteolytic-subunit
MKLTLCNVEKTLPLPLFADQVQAGFPSPASDYLEDRIDLNSLLIKHPSGTYFLRVSGTSMMDAQILDGDIVIVDSSIDAKHGDIVIASLDGEFTIKRLQTSPVTALIPMNSSYSPIYISDGEELSIFGTVTYIIHKAR
>NZ_CP053899.1|WP_072070750.1|54041_55304_-|translesion-error-prone-DNA-polymerase-V-subunit-UmuC
MFALVDVNSFYASCERIFRPDIANKPVIVLSNNDGCVIARSKEVKLLGIKMGALYFEIQSLIKKHDIQVFSSNYALYADISNRVMDTLSDFAPRVETYSIDEQYLDMTGMSRNFPLEDYGRKIQQRILQIAHVPVGVGFAQTKTLAKLANHAAKTWTKTGGVVDLSATSRQKRLMSLVPVNEVWGVGRKISNRLNAMGIVTALDLARAETTMIRKTFGVVVERTVRELNGESCIELEEVAKTKEQIICSRSFGKKIELYEHMHQAICEYSERAAEKLRAEKRVCSFVSVFIQTSHYASGPQYYNHRSERLEYPSADTRDIINAAVRLLKTIWKSGVKYHKAGIMLTDFSDPSVTQLNLFSDSKPYKGSEQLMKTLDQINNRGVSKIWFAGKGMDTNWRMKREMLSPAYTTRISDLPVVKI
>NZ_CP053899.1|WP_072070749.1|52643_53690_-|ParB/RepB/Spo0J-family-partition-protein
MNTNAAISTNSSQQNSNMSKVLLNDLPYPTLKKNTEAHNISTLRKMSDAFEEKVCSRGDIYRVNVELLYVQEGFNLREIDTEHAGRIKNSYVSGVYVPPIVVKVITVDNLPRLQIIDGHHRYCALRMAMEEGCTIKGVYVTEFSGSQQLEIVNMLTSSEGKPLAPLEKADGFHRLLSMGWEKKEIARYTNTSVVTINRLLRLFRADYRITDLVRKNLITSDLAIEILLECEETNQEAYDVIIAGLQKATDSGKNKVTRKFVPSAKKVPFSKKEIHSVFSQLSEIRTTIHDKVADIQENDETVTVEMPVTIVTLLNDVLQKFANDESAASNDDENEPSKTESNTEAIQA
>NZ_CP053899.1|WP_023159976.1|61744_62236_-|hypothetical-protein
MSEQVYGETLKFFADWQKHEKKRSCLNFQKVVSRSGVPTLNIEIAPLEKDGTARWEQKMTIQLSLKELTQLTALVLLSKKYIDNLDARYHGGHRNKGLSVFDNGKSGMIFLISEAGQTLEHGIDQYQRLELAVFIVQQLSAALKISYACTVVTLKSLYLNDTH
>NZ_CP053899.1|WP_072070758.1|62246_62627_-|hypothetical-protein
MKQERKKIILYLRPELSEADKFAIKKIEESPVQTEAVRTALLAGIALGEIDDRLPSLLASILSDRTKADTFKVMLDSFLTVDSDGTHAHNKVNLSQAKRALLTDKVKIEKEPPSQAAQNLKGSLPD
>NZ_CP053899.1|WP_071547977.1|62631_63591_-|recombinase
MRIYIDDGSTNIKMLWEQDQEGEVIKISPNSFKRGWGTAFGTGKPFNYTVDNEKYSFDIIDPDNLPTNNVAWQYSPLNAVAVQHALQISGLPPQEVEIVVTLPLAEFYDQDAQYRMDNIQRKKDNLMREVQVSRNEPFKIKKVTVRPESIPAGISLCDELRPNHSVLIIDIGGTTTDISMVSGQMTSVSRIFGDPTLGVSLVTNEVKRALANASTETSSYNADQLIINRHDENYLLDNINSVDDIQMVKDAMNSSIERLNTRVLDAVSTFKGYTHVMVIGGGAALSADAIRKKIAIQPERFYVAEEPQFALVRGLKLLG
>NZ_CP053899.1|WP_072070759.1|63887_64700_-|DUF4942-domain-containing-protein
MNLNTNTNIIESIEIDRVIAIREHAISLYKESLSKAAEAIEILKTIPNTNNHFPHQCIEDDLIDLQYPRNTNDDDNRTRFELWLDRKIWKMFIDKSGIKTIMSNKQIEKLHYDLYDMKSPIFNFENALSTFTSLSANKADSFKNGLMDALQSVSWDYKSNNPRYLGKKIIMDNAVSVRKYSTRFNKTDTVNDLVRIFCILQKKPIHEFQNSVGLYISDNVRTNNKNFETEFFIVKWYKKGTMHLLFKSESLINNTNDLIAKLFPSALPPL
>NZ_CP053899.1|WP_023159979.1|65023_65443_+|hypothetical-protein
MNTYNVSYKVNLNNNNYALASFDVQAKSEKEARRIISKSNIGVEEYTVTEKDFFSVTWCAEDIHASIVSGWDSETELDEFNKTDLDVFYFNLSDNDKKNFCLDVLEALKNNHDCNYGINWDVIKISADSSMDIWKRLIN
>NZ_CP053899.1|WP_023159980.1|65778_66237_-|hypothetical-protein
MSVSYEDALLLKLEAILADCEEAITVCADNAVNLIQQFMQEINNKQLFSPYLPVIHNDRGSVRIRWGMVVMNKATKKVGSMRNAPTTGNGDFDIRYFSIRSDEVRQLIQKYEDKFKIIRADIKQTKNITKSLKMRITHLKKGTRKTVIGVTR
>NZ_CP053899.1|WP_023159981.1|66723_67272_+|transglycosylase-SLT-domain-containing-protein
MKRFLLFLSIFNAAICEAAVVDLTNTSWEKHAKQCNLDPLLLYAIALKESSHRTGDKSFVAPHRYALNNPIMGSYYPVNRDDAVRKVREYVSVSALTDIGITQINWRWNGSNYVSDPAELLDVDKNIEVSAKVLCRAIELSPNDIAQAIGNYHTPNPALKNKAKEYGESVLLIWKRLKENEQ
>NZ_CP053899.1|WP_172767821.1|67261_67855_+|hypothetical-protein
MNNKINCYNTEMTDVLFSLLSNSERVDNNPFVIVNSDKTCFVEDFSIMRDFFSGLKVPAYILSYKEDSQSLYTKKDPNFKKSLLDVSFLRLTMLIESAIINSMSGTDTNHFFWFNDCQSYNTINKFSFKEILFSLYSKQINISPIYRPSIISTRLVDSDGYHKKYDDVLFYLKSRARLCGRCLNEINYCARRLSISN
>NZ_CP053899.1|WP_023159982.1|67811_68372_+|hypothetical-protein
MKLTIAPEDYQLAIDMIKLGFRKNVILSEIPAISPRMYGCLRNDSGIDNEDNDFTLGRLRKISTILANQHDKRSATDFLHVYLMTAQDPENRLQIEELVGAYKAYRHLFNVHCGFFDDPLKKHIIDPNLAWQIATNYRNGIIGLTGCFECRQKYIYLTHESEDSCNMKCPYCSESKENEFINNKGE
>NZ_CP053899.1|WP_023159983.1|68371_69211_+|hypothetical-protein
MKSCKMITGILFSLVLSGCANNENSNWIYNNEASKPVVENGSEALKIAKSIGLNNLDDDADNYTIFAVLVPSQKGNSLKKIKEPIVVSDTKGMDQLREIISQSKNAVNVVDLTLAATVNPVFGLLAFDTSTPEERAPMMEGRLLVTEWGSTPLSFSDQLLKTKRINSVFDKYLSNAIKAEVAGNVLACNAAKFVSVTENRNISDQNLYVNVHQAPFTNLKYSYNYTDHECVHYLHDTGRYEEEFKKISVELGPETVLFLPSNLKSEPKIIRNGQVYKFR

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NZ_KX832929	Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence	82148-82197	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	MG516912	Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence	1036-1085	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	MG516911	Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence	1084-1133	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NZ_CP047346	Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence	113618-113667	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NC_022589	Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence	104724-104773	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NZ_CP047114	Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence	129242-129291	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NZ_CP053899	Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence	60656-60705	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NZ_CP047640	Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence	25668-25717	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NZ_KX774387	Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence	93115-93164	0	1.0
NZ_CP053899_1	1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60656-60705	50	NZ_CP053895	Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence	26356-26405	0	1.0
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NZ_CP053899_1	1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60861-60895	35	NC_022589	Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence	105191-105225	5	0.857
NZ_CP053899_1	1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60861-60895	35	NZ_KX774387	Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence	92662-92696	6	0.829
NZ_CP053899_1	1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60861-60895	35	NZ_MH491967	Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence	144934-144968	6	0.829
NZ_CP053899_1	1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	60993-61026	34	NZ_CP024183	Moraxella osloensis strain KSH plasmid p3, complete sequence	56822-56855	10	0.706
NZ_CP053899_1	1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	61124-61155	32	NC_010683	Ralstonia pickettii 12J plasmid pRPIC01, complete sequence	49774-49805	10	0.688
NZ_CP053899_1	1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	61124-61155	32	NZ_CP012607	Ralstonia insidiosa strain FC1138 plasmid unnamed, complete sequence	41977-42008	10	0.688
NZ_CP053899_1	1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	61124-61155	32	NC_012851	Ralstonia pickettii 12D plasmid pRp12D03, complete sequence	14856-14887	10	0.688
NZ_CP053899_1	1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder	61124-61155	32	NZ_CP016025	Ralstonia insidiosa strain ATCC 49129 plasmid pRI-2, complete sequence	41980-42011	10	0.688

1. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832929 (Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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2. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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3. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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4. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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5. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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6. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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7. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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8. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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9. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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10. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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11. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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12. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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13. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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14. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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15. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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16. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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17. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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18. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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19. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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20. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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21. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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22. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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23. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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24. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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25. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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26. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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27. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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28. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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29. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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30. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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31. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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32. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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33. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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34. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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35. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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36. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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37. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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38. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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39. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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40. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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41. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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42. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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43. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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44. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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45. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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46. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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47. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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48. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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49. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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50. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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51. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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52. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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53. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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54. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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55. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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56. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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57. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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58. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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59. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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60. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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61. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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62. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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63. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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64. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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65. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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66. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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67. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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68. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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69. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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70. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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71. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832929 (Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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72. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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73. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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74. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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75. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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76. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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77. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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78. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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79. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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80. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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81. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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82. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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83. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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84. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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85. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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86. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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87. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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88. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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89. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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90. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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91. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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92. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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93. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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94. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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95. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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96. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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97. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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98. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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99. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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100. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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101. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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102. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

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103. spacer 1.1|60656|50|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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104. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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105. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832929 (Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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106. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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107. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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108. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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109. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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110. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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111. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832929 (Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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112. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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113. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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114. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832929 (Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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115. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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116. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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117. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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********************* ************* 

118. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

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********************* ************* 

119. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832929 (Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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***********.***************************************

120. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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121. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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********.******************************************

122. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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********.******************************************

123. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.98

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********.******************************************

124. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.969

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********************.***********

125. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 1, identity: 0.969

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********************.***********

126. spacer 1.2|60729|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.943

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****************.*****************.

127. spacer 1.3|60787|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.961

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******** ************************.*****************

128. spacer 1.5|60919|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.961

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* .************************************************

129. spacer 1.7|61050|51|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.961

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**.*****.******************************************

130. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.938

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************************** * *** 

131. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.938

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************************** * *** 

132. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.938

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************************** * *** 

133. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.938

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************************** * *** 

134. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.938

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************************** * *** 

135. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832929 (Providencia rettgeri strain 06-1619 plasmid p06-1619-1, complete sequence) position: , mismatch: 2, identity: 0.938

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************************** * *** 

136. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

137. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

138. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

139. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

140. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

141. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

142. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

143. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

144. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

145. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

146. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 4, identity: 0.875

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************************** **.  

147. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053895 (Proteus mirabilis strain JPM24 plasmid pJPM24, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

148. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047288 (Proteus cibarius strain G11 plasmid p152, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

149. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053372 (Proteus cibarius strain G32 plasmid pG32-177, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

150. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053043 (Proteus cibarius strain HNCF44W plasmid pHNCF44W_NDM-1, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

151. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053897 (Providencia rettgeri strain YPR31 plasmid pYPR31, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

152. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516911 (Proteus mirabilis plasmid pPm60, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

153. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047114 (Proteus mirabilis strain SCBX1.1 plasmid plas1.1.2, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

154. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP053899 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-1, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

155. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047640 (Proteus sp. ZN5 plasmid pZN5-103kb, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

156. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045540 (Proteus mirabilis strain CRE14IB plasmid pIB_NDM_1, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

157. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX832927 (Providencia rettgeri strain 16pre36 plasmid p16Pre36-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

158. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to MG516912 (Proteus penneri plasmid pPp47, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

159. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP047346 (Proteus vulgaris strain ZN3 plasmid pZN3-cfr-121kb, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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************************** *  ***..  

160. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_022589 (Providencia rettgeri strain 09ACRGNY2001 plasmid pPrY2001, complete sequence) position: , mismatch: 5, identity: 0.857

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161. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_KX774387 (Providencia rettgeri strain 30905 plasmid pC131, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.829

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********************.***** *  ***..  

162. spacer 1.4|60861|35|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_MH491967 (Proteus mirabilis strain HFK418 plasmid pHFK418-NDM, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.829

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********************.***** *  ***..  

163. spacer 1.6|60993|34|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP024183 (Moraxella osloensis strain KSH plasmid p3, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.706

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 *  . . ************** ** ****** *

164. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_010683 (Ralstonia pickettii 12J plasmid pRPIC01, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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 ..********.********** ***..*   

165. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP012607 (Ralstonia insidiosa strain FC1138 plasmid unnamed, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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 ..********.********** ***..*   

166. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NC_012851 (Ralstonia pickettii 12D plasmid pRp12D03, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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 ..********.********** ***..*   

167. spacer 1.8|61124|32|NZ_CP053899|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP016025 (Ralstonia insidiosa strain ATCC 49129 plasmid pRI-2, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.688

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 ..********.********** ***..*   

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	1655 : 44704	36	Escherichia_phage(46.67%)	integrase,transposase	attL 36893:36906|attR 48270:48283

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP053899|1655:44704|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_172767591.1|2358_2601_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_001447541.1|6006_6891_-	DUF3363 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_001067784.1|7815_8520_+|transposase	IS6-like element IS1006 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.9e-120	85.8
WP_046788546.1|8604_9006_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000147567.1|11941_12502_-	recombinase family protein	A0A1B0V7I5	Salmonella_phage	4.0e-49	86.2
WP_000454193.1|12627_12978_-	DUF3330 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_000845054.1|13179_14193_-|integrase	class 1 integron integrase IntI1	A0A1P8DJJ6	Virus_Rctr41k	6.1e-72	45.5
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WP_000679427.1|15810_16158_+	quaternary ammonium compound efflux SMR transporter QacE delta 1	NA	NA	NA	NA
WP_000050481.1|17394_18936_+|transposase	IS91 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_004236386.1|19748_20888_-	class C beta-lactamase DHA-1	NA	NA	NA	NA
WP_004193231.1|20998_21874_+	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_025999322.1|21877_22243_-	hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA	NA	NA	NA	NA
WP_052238321.1|22135_22471_+	ethidium bromide resistance protein	NA	NA	NA	NA
WP_000376623.1|23430_23931_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_000983249.1|24465_25251_-	ATP-binding protein	A0A2L1IVB6	Escherichia_phage	3.3e-33	35.0
WP_001324342.1|25237_26761_-|transposase	IS21-like element IS1326 family transposase	A0A2L1IVA1	Escherichia_phage	1.2e-15	24.2
WP_000287615.1|26883_28428_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	1.0e-38	34.6
WP_000344784.1|28478_29339_-	TniB family NTP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_001067855.1|29829_30534_-|transposase	IS6-like element IS26 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.8e-139	100.0
WP_000018329.1|30684_31500_+	aminoglycoside O-phosphotransferase APH(3')-Ia	A0A193DTG4	Autographa_californica_nuclear_polyhedrosis_virus	6.1e-163	100.0
WP_001067855.1|31689_32394_-|transposase	IS6-like element IS26 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.8e-139	100.0
WP_140173007.1|32429_32741_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_000155092.1|32930_33815_-	Mph(E) family macrolide 2'-phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_000052512.1|33870_35346_-	ABC-F type ribosomal protection protein Msr(E)	A0A1B0RXA0	Streptococcus_phage	2.3e-160	59.0
WP_001067855.1|35795_36500_-|transposase	IS6-like element IS26 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.8e-139	100.0
WP_071538080.1|36524_38099_+	PAS domain-containing methyl-accepting chemotaxis protein	A0A1B0V854	Salmonella_phage	2.8e-87	99.4
36893:36906	attL	NA	NA	NA	NA
WP_001276994.1|38901_40569_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_000267723.1|40565_42674_-|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	NA	NA	NA	NA
WP_001029679.1|42660_43482_-	TnsA endonuclease N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_048821757.1|43750_44704_-|integrase	site-specific integrase	A0A1P8DJ76	Virus_Rctr85	9.6e-27	29.2
48270:48283	attR	NA	NA	NA	NA

2. NZ_CP053900

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP053900_1

• CRISPR_ID: NZ_CP053900_1
• CRISPR_location: 21725-21867
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NZ_CP053900_1

Consensus_repeat	Method
CCTAGTTCCCAACTATTTTGTC	PILER-CR

spacers of NZ_CP053900_1

>1.1|21747|34|NZ_CP053900|PILER-CR
ATTTTCTATTTTCGCATTAATTTACTACGTCACA
>1.2|21803|43|NZ_CP053900|PILER-CR
ACTTCTCCCCAAATAACCCTCAAAATCCCCCATTTCCATCCCT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP053900_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP053900_1

>merge|NZ_CP053900|1|21725-21867|PILER-CR
CCTAGTTCCCAACTATTTTGTCATTTTCTATTTTCGCATTAATTTACTACGTCACACCTAGTTCCCATCTATTTTGTCACTTCTCCCCAAATAACCCTCAAAATCCCCCATTTCCATCCCTCCCAGTTCCCAACTATTTTGTC

>NZ_CP053900|1|1|21725-21867|PILER-CR
CCTAGTTCCCAACTATTTTGTC	ATTTTCTATTTTCGCATTAATTTACTACGTCACA
CCTAGTTCCCATCTATTTTGTC	ACTTCTCCCCAAATAACCCTCAAAATCCCCCATTTCCATCCCT
CCCAGTTCCCAACTATTTTGTC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP053900.1|WP_001067858.1|11624_12329_+|IS6-like-element-IS26-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225853
NZ_CP053900.1|WP_015639704.1|12563_13181_-|recombinase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|239737
NZ_CP053900.1|WP_159290281.1|21922_22495_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|238867
NZ_CP053900.1|WP_159290278.1|23386_24385_-|plasmid-stabilization-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|310773
NZ_CP053900.1|WP_172767835.1|19037_20198_+|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236729
NZ_CP053900.1|WP_172767833.1|17347_18103_-|IS5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|379129
NZ_CP053900.1|WP_172767843.1|28000_28270_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053900.1|WP_172767839.1|25330_25750_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053900.1|WP_172767831.1|13905_14955_-|Cfr-family-23S-rRNA-(adenine(2503)-C(8))-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|184685
NZ_CP053900.1|WP_172767834.1|18252_19092_+|ABC-F-family-ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223562
NZ_CP053900.1|WP_172767832.1|15303_15519_-|DUF536-domain-containing-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053900.1|WP_172767840.1|25770_26064_+|CcgAII-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053900.1|WP_159290280.1|22498_23008_+|DUF2726-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|371282
NZ_CP053900.1|WP_001067858.1|15577_16282_+|IS6-like-element-IS26-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225853
NZ_CP053900.1|WP_172767838.1|24621_24981_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053900.1|WP_172767836.1|20525_21281_-|IS5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|379129
NZ_CP053900.1|WP_159290279.1|23033_23387_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|119304
NZ_CP053900.1|WP_172767841.1|26796_27321_+|DnaJ-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236757
NZ_CP053900.1|WP_172767837.1|21339_21525_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053900.1|WP_172767842.1|27423_27975_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP053900.1|WP_001067858.1|11624_12329_+|IS6-like-element-IS26-family-transposase	gnl|CDD|225853	COG3316, COG3316, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	2.07441e-69
NZ_CP053900.1|WP_015639704.1|12563_13181_-|recombinase-family-protein	gnl|CDD|239737	cd03768, SR_ResInv, Serine Recombinase (SR) family, Resolvase and Invertase subfamily, catalytic domain; members contain a C-terminal DNA binding domain. Serine recombinases catalyze site-specific recombination of DNA molecules by a concerted, four-strand cleavage and rejoining mechanism which involves a transient phosphoserine linkage between DNA and the enzyme. They are functionally versatile and include resolvases, invertases, integrases, and transposases. Resolvases and invertases affect resolution or inversion and comprise a major phylogenic group. Resolvases (e.g. Tn3, gamma-delta, and Tn5044) normally recombine two sites in direct repeat causing deletion of the DNA between the sites. Invertases (e.g. Gin and Hin) recombine sites in inverted repeat to invert the DNA between the sites. Cointegrate resolution with gamma-delta resolvase requires the formation of a synaptosome of three resolvase dimers bound to each of two res sites on the DNA. Also included in this subfamily are some putative integrases including a sequence from bacteriophage phi-FC1.	2.85632e-36
NZ_CP053900.1|WP_159290281.1|21922_22495_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|238867	cd01829, SGNH_hydrolase_peri2, SGNH_peri2; putative periplasmic member of the SGNH-family of hydrolases, a diverse family of lipases and esterases. The tertiary fold of the enzyme is substantially different from that of the alpha/beta hydrolase family and unique among all known hydrolases; its active site closely resembles the Ser-His-Asp(Glu) triad found in other serine hydrolases.	9.00978e-09
NZ_CP053900.1|WP_159290278.1|23386_24385_-|plasmid-stabilization-protein	gnl|CDD|310773	pfam06406, StbA, StbA protein. This family consists of several bacterial StbA plasmid stability proteins.	4.53355e-94
NZ_CP053900.1|WP_159290280.1|22498_23008_+|DUF2726-domain-containing-protein	gnl|CDD|371282	pfam10881, DUF2726, Protein of unknown function (DUF2726). This bacterial family of proteins has no known function.	7.36709e-14
NZ_CP053900.1|WP_172767833.1|17347_18103_-|IS5-family-transposase	gnl|CDD|379129	pfam13340, DUF4096, Putative transposase of IS4/5 family (DUF4096).	7.87204e-23
NZ_CP053900.1|WP_172767831.1|13905_14955_-|Cfr-family-23S-rRNA-(adenine(2503)-C(8))-methyltransferase	gnl|CDD|184685	PRK14453, PRK14453, chloramphenicol/florfenicol resistance protein; Provisional.	0
NZ_CP053900.1|WP_172767834.1|18252_19092_+|ABC-F-family-ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	gnl|CDD|223562	COG0488, Uup, ATPase components of ABC transporters with duplicated ATPase domains [General function prediction only].	3.93441e-95
NZ_CP053900.1|WP_172767835.1|19037_20198_+|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	gnl|CDD|236729	PRK10636, PRK10636, putative ABC transporter ATP-binding protein; Provisional.	1.04055e-115
NZ_CP053900.1|WP_001067858.1|15577_16282_+|IS6-like-element-IS26-family-transposase	gnl|CDD|225853	COG3316, COG3316, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	2.07441e-69
NZ_CP053900.1|WP_172767841.1|26796_27321_+|DnaJ-domain-containing-protein	gnl|CDD|236757	PRK10767, PRK10767, chaperone protein DnaJ; Provisional.	5.88093e-13
NZ_CP053900.1|WP_172767836.1|20525_21281_-|IS5-family-transposase	gnl|CDD|379129	pfam13340, DUF4096, Putative transposase of IS4/5 family (DUF4096).	8.14433e-23
NZ_CP053900.1|WP_159290279.1|23033_23387_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|119304	pfam10784, Plasmid_stab_B, Plasmid stability protein. This family is conserved in the Enterobacteriales. It is a putative plasmid stability protein in that it is expressed from the operon involved in stability, but its actual function has not yet been characterized.	1.09871e-13

Protein sequences

>NZ_CP053900.1|WP_172767837.1|21339_21525_-|hypothetical-protein
MSQYFNRVSSNHGAVEILTGWDQALGYFFLVIGVDLDEPYYSNLYEPDGLNLTLGSVEHLK
>NZ_CP053900.1|WP_172767836.1|20525_21281_-|IS5-family-transposase
MLQTLLNDKLWLKLKPILLDLNIYDKPNLRNIFTGILYRLKTGCPWRYLPECFGKYNTVFKTFRRWTKLDKFTKIFKQLIKDPDMEWLSIDGTHIRAHQSSAGIGNPKSEAIAKSAGGNSTKIHMIVDAHGNPLDFLVSDGATHDVKVAPELIKKVELKETKILNADRGYISEDFKMSLLKNEVHPNIPNRKNSLKDNRHMDWHIYKARHVVENMFATLKHFRGLATRYDKLKSSYSSNVALACAYVWLKL
>NZ_CP053900.1|WP_172767835.1|19037_20198_+|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein
MDRFSAKATKAKQAQSRVKELEKLEDIAPVLAENEFTFNFQEPDRLPDPLIRLDDVSFSYDGKRNIIENLDLTITPETRMGVLGRNGEGKSTLIKMIAGENKPTAGSIIASEHLRVGYFSQHQVEYLTLDETPIWHLVQLDKNLTMQGARNFLGSFGFHGDKVIESIGPFSGGEKARLALAMIVYQKPNLLLLDEPTNHLDIEMREAIAMALQEFTGGVLMVSHDASLLELCCDQFVLVANKGFTEFKGDLEDYRNYLIEQNRLANRTEKAGDGKSKAEKKAEKKAEKKQRTEISRDERKELQAELRRLTKDSEQAEKRIGKLHEKIDAIDAVLGDPETYEKKSPEELLKIDTDKSALEAELSTLEESWLTDSERVEELTALLETE
>NZ_CP053900.1|WP_172767834.1|18252_19092_+|ABC-F-family-ATP-binding-cassette-domain-containing-protein
MIEFQGLTVRMNANVLIEGFSFSVAPRMRIGLVGKNGTGKTTLFNTILGRLDPDKGDIHIPKNAVMAEVAQEISNTELTAFEYILSGDEELAQLRIDEEAALLEGDATKICDIYTRLEEIDGYRADSRAYQLLDGLGFKAEDYHKQVKEFSGGWRMRLNIGKALMCRSDILLLDEPTNHLDFETVVRVEDWLKQYRGILIVISHDRDFLDNICTHIIHLYQQKATPYTGNYTDFLRLKAEKLALQQAQYEKNEKTRAHLQSLWIALVQRQQKLNRLKVA
>NZ_CP053900.1|WP_172767833.1|17347_18103_-|IS5-family-transposase
MLQTLLNDKLWLKLKPILLDLNIYDKPNLRNIFTGILYRLKTGCPWRYLPECFGKYNTVFKTFRRWTKLDKFTKIFKQLIKDPDMEWLSIDGTHIRAYQSSAGIGNPKSEAIAKSAGGNSTKIHMIVDAHGNPLDFLVSDGATHDVKVAPELIKKVELKETKILNADRGYISEDFKMSLLKNEVHPNIPNRKNSLKDNRHMDWHIYKARHVVENMFATLKHFRGLATRYDKLKSSYSSNVALACAYVWLKL
>NZ_CP053900.1|WP_001067858.1|15577_16282_+|IS6-like-element-IS26-family-transposase
MNPFKGRHFQRDIILWAVRWYCKYGISYRELQEMLAERGVNVDHSTIYRWVQRYAPEMEKRLRWYWRNPSDLCPWHMDETYVKVNGRWAYLYRAVDSRGRTVDFYLSSRRNSKAAYRFLGKILNNVKKWQIPRFINTDKAPAYGRALALLKREGRCPSDVEHRQIKYRNNVIECDHGKLKRIINATLGFKSMKTAYATIKGIEVMRALRKGQASAFYYGDPLGEMRLVSRVFEM
>NZ_CP053900.1|WP_172767832.1|15303_15519_-|DUF536-domain-containing-protein
MPDKLIKVLEEQLEEANKSRANLEKLLDQQQQLTLISNRGLANISEILYAKQFWIEKFHVLYTLRHYQKRL
>NZ_CP053900.1|WP_172767831.1|13905_14955_-|Cfr-family-23S-rRNA-(adenine(2503)-C(8))-methyltransferase
MNFNNKTKYGKIQEFLRSNNEPDYRIKQITNAIFKQRISRFEDMKVLPKLLREDLINNFGETVLNIKLLAEQNSEQVTKVLFEVSKNERVETVNMKYKAGWESFCISSQCGCNFGCKFCATGDIGLKKNLTVDEITDQVLYFHLLGHQIDSISFMGMGEALANRKVFDALDSFTDPNLFALSPRRLSISTIGIIPSIKKITQEYPQVNLTFSLHSPYSEERSKLMPINDRYPIDEVMNILDEHIRLTSRKVYIAYIMLPGVNDSLEHANEVVSLLKSRYKSGKLYHVNLIRYNPTISTPEMYGEANEGQVEAFYKVLKSAGIHVTIRSQFGIDIDAACGQLYGNYQNSQ
>NZ_CP053900.1|WP_015639704.1|12563_13181_-|recombinase-family-protein
MENRKFGYIRVSSKDQNEGRQLEAMRKIGITERDIYLDKQSGKNFERANYQLLKRIIRKGDILYIHSLDRFGRNKEEILQEWNDLTKNIEADIVVLDMPLLDTTQYKDSMGTFIADLVLQILSWMAEEERERIRKRQREGIDLALQNGIQFGRSPVVVSDEFKEVYRKWKAKELTAVEAMQEAGVKKTSFYKLVKAHENSIKVNS
>NZ_CP053900.1|WP_001067858.1|11624_12329_+|IS6-like-element-IS26-family-transposase
MNPFKGRHFQRDIILWAVRWYCKYGISYRELQEMLAERGVNVDHSTIYRWVQRYAPEMEKRLRWYWRNPSDLCPWHMDETYVKVNGRWAYLYRAVDSRGRTVDFYLSSRRNSKAAYRFLGKILNNVKKWQIPRFINTDKAPAYGRALALLKREGRCPSDVEHRQIKYRNNVIECDHGKLKRIINATLGFKSMKTAYATIKGIEVMRALRKGQASAFYYGDPLGEMRLVSRVFEM
>NZ_CP053900.1|WP_159290281.1|21922_22495_+|hypothetical-protein
MRVLFFIALFLTSIAVNAKTLFFGDSLTYVIGHEYKNRFPDTDIVFNVGFSFRVNHEFMFNTIDNTNLTQYDSIYIVFGTNDFINKSDIDNYSILTAIFINRILSNNSNINIVWILPPTLKNSKHNYLVSNTRESIKRSLTALGVKFFNVNDIFGNEFNYKLNNKQIRTNDGIHITNYGAGLIIDYLIKE
>NZ_CP053900.1|WP_159290280.1|22498_23008_+|DUF2726-domain-containing-protein
MGILMFNIIAVLIIGFVIYRFLIKDKLNNKIINRNVDYDYVANKPMTKSELVIYNDIKSIIANSDILLSQVRLVELVGVDTKKHKYKSSGWYKRFNKLSRKHIDFVILDSDGNVKKVIELNDFTHRNDNRINRDIEVKNIFKSIGVELITIDFNDRIKLKDIILKDEKK
>NZ_CP053900.1|WP_159290279.1|23033_23387_-|hypothetical-protein
MSDDRKKVITHIHPNDSVEDKYADELISSQSRNKGDFLRKCLLSGLALHKADPRLPNMISCLLDDNFDIKQLSNILSLIDNDTLQKVSKPIEEKNTKKDKEIKNNDLDNAKSNFLIS
>NZ_CP053900.1|WP_159290278.1|23386_24385_-|plasmid-stabilization-protein
MTMKIFCDDGSTSTKLAYFQNNELVKVISDTSFNAGNWNFAYGKNIFNYEIEGKKYSFNDAISDTSETTNIDYQYSDENLAAVHHALLQTGLKPCEIELFVTLPLCEFFDENRQKNNKNIERKKTNLLREIKYHNGESFIDTFKIKNVNVSPESLTALYDVFDKDKVSDFETSLIIDLGGTTLDCGVVSGNFKQLVNVIAEPTLGTSFVANRAKKVVKFETNLGLSYATANNLVVSIFNGNDDLIDSITSGDNNKKEKIKNEINSALEELSNRVSSKIKNIDEFQRIYLIGGGAYFIHEKIKSEFRQLGNKIFLVPESQTALVESIAKMVGE
>NZ_CP053900.1|WP_172767838.1|24621_24981_-|hypothetical-protein
MEKEIIPCNSSLNIIQFSNPLGLSGVTYYRGIDTLANLTTYITELKHNKVISNLDTNTMTTDGKLLKAWYSESILIHAVIDFQEKSVILDLLHIHQPSDYECIEMSDLVHLIRTHRKYK
>NZ_CP053900.1|WP_172767839.1|25330_25750_+|hypothetical-protein
MEREQISNKVNTFFDSIFVNCYGVISLRKENNSSFSYEIEINDIETIKKIALNSNSVESLYCKKNKGDDFDTQYLFSRINKNEYLVQFIDFKGDFDFAELHLLSGVDKLNNPLEDIIYYYFDLLSARDYEKYGSDIFLM
>NZ_CP053900.1|WP_172767840.1|25770_26064_+|CcgAII-protein
MLDIEYYRNLFNELSVSEKSRCGLVYELYQRRLSNEIDRYLNKLNPTDKDKVLELAKTEFDYLSQKEIDMAVDNDYMAGLCSHGLDPDCCPLGCGDL
>NZ_CP053900.1|WP_172767841.1|26796_27321_+|DnaJ-domain-containing-protein
MNIQQALNIFGLSGELSEKDIKSAYKKASLKFHPDRNQGDQVAAEMMKAVNCAYDFLMQNLDKINAFQSEEATARYNYGEELENVLKALHALSGVIFEVTGNWIWISGETKKHKESLKSMGCKWANQKKMWFYRPEEYKATNNRKSHSMDEIRAMYGTTGEYKAKGSRQLESRL
>NZ_CP053900.1|WP_172767842.1|27423_27975_+|hypothetical-protein
MDKKASFFEKYQPIFVVVCGYLGQGWKVNLLDDCKYRIKLTSPNFKGFNIFINIEKKRFKIDGCVSSRFYRGEYFTCTLSLDRKIDDIARTIETKILSHAKEEIIKARNALEAHQKAQEEDKIIKGMLSRLVTLSNHHNAFTGFNTDNNLSGNITRNYAGYGVEVKGLTIDQMIKLTCFINSL
>NZ_CP053900.1|WP_172767843.1|28000_28270_+|hypothetical-protein
MITKVIGKGNFSYYLNFYEDTKLYKFDVYVKIRSKKKKEALGKTRALILTITSISIEEIALKLNSLQHLQKLHELNEQVLNERNITRSN

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP053900_1	1.1|21747|34|NZ_CP053900|PILER-CR	21747-21780	34	NZ_CP053900	Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-2, complete sequence	21747-21780	0	1.0
NZ_CP053900_1	1.2|21803|43|NZ_CP053900|PILER-CR	21803-21845	43	NZ_CP053900	Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-2, complete sequence	21803-21845	0	1.0

1. spacer 1.1|21747|34|NZ_CP053900|PILER-CR matches to NZ_CP053900 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

attttctattttcgcattaatttactacgtcaca	CRISPR spacer
attttctattttcgcattaatttactacgtcaca	Protospacer
**********************************

2. spacer 1.2|21803|43|NZ_CP053900|PILER-CR matches to NZ_CP053900 (Proteus mirabilis strain YPM35 plasmid pJPM35-2, complete sequence) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

acttctccccaaataaccctcaaaatcccccatttccatccct	CRISPR spacer
acttctccccaaataaccctcaaaatcccccatttccatccct	Protospacer
*******************************************

3. NZ_CP053898

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP053898_1

• CRISPR_ID: NZ_CP053898_1
• CRISPR_location: 184642-184737
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP053898_1

Consensus_repeat	Method
ATAGCTTAGAAAAATAAGTACTAA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP053898_1

>1.1|184666|48|NZ_CP053898|CRISPRCasFinder
TATATTTTAAAAGATAAAACAGAATATAAGTTTATTATCTTGAAATAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP053898_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP053898_1

>merge|NZ_CP053898|1|184642-184737|CRISPRCasFinder
ATAGCTTAGAAAAATAAGTACTAATATATTTTAAAAGATAAAACAGAATATAAGTTTATTATCTTGAAATAGATAGCTTAGAAAAATAAGTGCTAA

>NZ_CP053898|1|1|184642-184737|CRISPRCasFinder
ATAGCTTAGAAAAATAAGTACTAA	TATATTTTAAAAGATAAAACAGAATATAAGTTTATTATCTTGAAATAG
ATAGCTTAGAAAAATAAGTGCTAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP053898.1|WP_004246367.1|175646_177296_+|acetolactate-synthase-2-catalytic-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|181601
NZ_CP053898.1|WP_004246356.1|189087_190386_-|ATP-dependent-RNA-helicase-RhlB	unknown	unknown	gnl|CDD|235314
NZ_CP053898.1|WP_004249676.1|178580_180431_+|dihydroxy-acid-dehydratase	unknown	unknown	gnl|CDD|237104
NZ_CP053898.1|WP_004246355.1|190505_190832_+|thioredoxin-TrxA	unknown	unknown	gnl|CDD|181812
NZ_CP053898.1|WP_004246357.1|187575_189084_-|guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate-diphosphatase	unknown	unknown	gnl|CDD|236826
NZ_CP053898.1|WP_004246354.1|191393_192653_+|transcription-termination-factor-Rho	unknown	unknown	gnl|CDD|236490
NZ_CP053898.1|WP_004246370.1|173051_173390_+|DUF413-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236825
NZ_CP053898.1|WP_149127278.1|180434_182009_+|threonine-ammonia-lyase,-biosynthetic	unknown	unknown	gnl|CDD|236417
NZ_CP053898.1|WP_004246365.1|177581_178508_+|branched-chain-amino-acid-transaminase	unknown	unknown	gnl|CDD|235841
NZ_CP053898.1|WP_004246349.1|195350_196481_+|UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase-(non-hydrolyzing)	unknown	unknown	gnl|CDD|223458
NZ_CP053898.1|WP_004249673.1|185479_187501_+|DNA-helicase-Rep	unknown	unknown	gnl|CDD|182838
NZ_CP053898.1|WP_004249670.1|194162_195221_+|ECA-polysaccharide-chain-length-modulation-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236943
NZ_CP053898.1|WP_036920151.1|173437_174970_-|YifB-family-Mg-chelatase-like-AAA-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|182120
NZ_CP053898.1|WP_004246366.1|177292_177571_+|acetolactate-synthase-2-small-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|236862
NZ_CP053898.1|WP_004253075.1|185058_185307_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053898.1|WP_012368696.1|183054_184530_+|ketol-acid-reductoisomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|235368
NZ_CP053898.1|WP_017827031.1|175415_175517_+|ilv-operon-leader-peptide	unknown	unknown	gnl|CDD|170429
NZ_CP053898.1|WP_004246360.1|184788_185058_-|type-II-toxin-antitoxin-system-mRNA-interferase-toxin,-RelE/StbE-family	unknown	unknown	gnl|CDD|379750
NZ_CP053898.1|WP_004246352.1|193047_194139_+|UDP-N-acetylglucosamine--undecaprenyl-phosphate-N-acetylglucosaminephosphotransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|237913
NZ_CP053898.1|WP_004246362.1|181994_182882_-|HTH-type-transcriptional-activator-IlvY	unknown	unknown	gnl|CDD|236961

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP053898.1|WP_004246367.1|175646_177296_+|acetolactate-synthase-2-catalytic-subunit	gnl|CDD|181601	PRK08978, PRK08978, acetolactate synthase 2 catalytic subunit; Reviewed.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246356.1|189087_190386_-|ATP-dependent-RNA-helicase-RhlB	gnl|CDD|235314	PRK04837, PRK04837, ATP-dependent RNA helicase RhlB; Provisional.	0
NZ_CP053898.1|WP_004249676.1|178580_180431_+|dihydroxy-acid-dehydratase	gnl|CDD|237104	PRK12448, PRK12448, dihydroxy-acid dehydratase; Provisional.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246355.1|190505_190832_+|thioredoxin-TrxA	gnl|CDD|181812	PRK09381, trxA, thioredoxin TrxA.	1.85797e-62
NZ_CP053898.1|WP_004246357.1|187575_189084_-|guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate-diphosphatase	gnl|CDD|236826	PRK11031, PRK11031, guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate diphosphatase.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246354.1|191393_192653_+|transcription-termination-factor-Rho	gnl|CDD|236490	PRK09376, rho, transcription termination factor Rho; Provisional.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246370.1|173051_173390_+|DUF413-domain-containing-protein	gnl|CDD|236825	PRK11027, PRK11027, hypothetical protein; Provisional.	1.02914e-69
NZ_CP053898.1|WP_149127278.1|180434_182009_+|threonine-ammonia-lyase,-biosynthetic	gnl|CDD|236417	PRK09224, PRK09224, threonine ammonia-lyase IlvA.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246365.1|177581_178508_+|branched-chain-amino-acid-transaminase	gnl|CDD|235841	PRK06606, PRK06606, branched-chain amino acid transaminase.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246349.1|195350_196481_+|UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase-(non-hydrolyzing)	gnl|CDD|223458	COG0381, WecB, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	0
NZ_CP053898.1|WP_004249673.1|185479_187501_+|DNA-helicase-Rep	gnl|CDD|182838	PRK10919, PRK10919, ATP-dependent DNA helicase Rep; Provisional.	0
NZ_CP053898.1|WP_004249670.1|194162_195221_+|ECA-polysaccharide-chain-length-modulation-protein	gnl|CDD|236943	PRK11638, PRK11638, ECA polysaccharide chain length modulation protein.	0
NZ_CP053898.1|WP_036920151.1|173437_174970_-|YifB-family-Mg-chelatase-like-AAA-ATPase	gnl|CDD|182120	PRK09862, PRK09862, ATP-dependent protease.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246366.1|177292_177571_+|acetolactate-synthase-2-small-subunit	gnl|CDD|236862	PRK11152, ilvM, acetolactate synthase 2 small subunit.	3.08752e-35
NZ_CP053898.1|WP_012368696.1|183054_184530_+|ketol-acid-reductoisomerase	gnl|CDD|235368	PRK05225, PRK05225, ketol-acid reductoisomerase; Validated.	0
NZ_CP053898.1|WP_017827031.1|175415_175517_+|ilv-operon-leader-peptide	gnl|CDD|170429	PRK10424, PRK10424, ilv operon leader peptide.	0.00197669
NZ_CP053898.1|WP_004246360.1|184788_185058_-|type-II-toxin-antitoxin-system-mRNA-interferase-toxin,-RelE/StbE-family	gnl|CDD|379750	pfam15738, YafQ_toxin, Bacterial toxin of type II toxin-antitoxin system, YafQ. YafQ is a family of bacterial toxin ribonucleases of type II toxin-antitoxin systems. The E.coli gene is expressed from the dinB operon. The cognate antitoxin for the E. coli protein is DinJ, in family RelB_antitoxin, pfam02604.	1.15858e-41
NZ_CP053898.1|WP_004246352.1|193047_194139_+|UDP-N-acetylglucosamine--undecaprenyl-phosphate-N-acetylglucosaminephosphotransferase	gnl|CDD|237913	PRK15119, PRK15119, UDP-N-acetylglucosamine--undecaprenyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase.	0
NZ_CP053898.1|WP_004246362.1|181994_182882_-|HTH-type-transcriptional-activator-IlvY	gnl|CDD|236961	PRK11716, PRK11716, HTH-type transcriptional activator IlvY.	0

Protein sequences

>NZ_CP053898.1|WP_012368696.1|183054_184530_+|ketol-acid-reductoisomerase
MANYFNTLNLRQQLSQLGKCRFMSRDEFADEANYLKGKKVVIVGCGAQGLNQGLNMRDSGLDIAYALRQEAIDEKRASWRRATENGFEVGTYEALIPQADLVVNLTPDKQHSAVVQAVQPLMKSGAALGYSHGFNIVEVGEKIRDDITVVMVAPKCPGTEVREEYKRGFGVPTLIAVHPENDAKGEGMAIAKAWAAATGGHRAGVLESSFVAEVKSDLMGEQTILCGMLQAGSLLCYDKMVAEGVEPGYAGKLIQFGWETITEALKQGGITLMMDRLSNPAKMRAYALSEQLKEIMAPLFAKHMDDIISGKFSETMMADWANDDKNLLTWREETGASAFENYPEYEGKISEQEYFDHGVLMVAMVKAGVELAFDTMIEAGIIAESAYYESLHELPLIANTIARKRLYEMNVVISDTAEYGNYLFSFAAVPMLKEFMTTLQSGDLAKHVPDSGTDNAQLRDINEAIRQHPIEIVGKKLRGYMTDMKKIAVAN
>NZ_CP053898.1|WP_004246362.1|181994_182882_-|HTH-type-transcriptional-activator-IlvY
MDIRDLKLFLHLAESCHFTKTAQAMHVSPSTLSRQIQRLEEQLGHPLFLRDNRQVTLTDAGEQLKRYAQHTLLQYKQLKHTLNQNSPSLSGELRLFCSVTAAYSHLPPILDRFRAENPLVEIKLTTGDAADAVDKVISDEADLGIAGKPEKLPENICFEKIGEIPLVLIAPALPGNVRHLATQEKPDWLNIPFIIPEHGPSRQRIALWFKRHRIQNPLIYATVSGHEAIVSMVALGCGIALIPQVVVDNCPEPVRNRISLLDNISLVEPFELGVCGLHKRLQEPVISAFWRLLHH
>NZ_CP053898.1|WP_149127278.1|180434_182009_+|threonine-ammonia-lyase,-biosynthetic
MAAFRPLTSAPSSAEYLKAALSAPVYEAAVVTPLQEMAKISQRLENTILVKREDRQPVHSFKLRGAYNMIAGLTPEQKAKGVVTASAGNHAQGVALSANRMGVKALIVMPIATADIKVDAVRQFGGEALLYGANFDEAKAKAIALAKEMGYTFVPPFDHPAVIAGQATLAMELLQQEVHLDRIFVPVGGGGLIAGVAVLIKQLMPEIKIIGVEAEDAACLKAALEAGHPVELPRVGLFAEGVAVKRIGDETFRLCQKYVDDVITVDSDAICAAVKDLFEDVRAIAEPSGALALAGLKKYVEEHQIKGERLAHVLSGANVNFHGLRYVSERCELGEKREALFAVTIPEQKGSFLRFCQILGQRVVTEFNYRYSDADPENARIFVGVRLSQGLQERKEIVQQLTEAGYQVSDLSDDEMAKLHVRYMVGGRPNQPLKERLFSFEFPEAPGALMKFLKTLGTYWNITLFHYRSHGTDYGRVLVAFELPETEGRFERHLDALGYEYHDETGNPSFQLFLSPQTASLVVE
>NZ_CP053898.1|WP_004249676.1|178580_180431_+|dihydroxy-acid-dehydratase
MPKYRSATTTHGRNMAGARALWRATGMTDADFGKPIIAVVNSFTQFVPGHVHLRDLGKLVAEQIEAAGGVAKEFNTIAVDDGIAMGHGGMLYSLPSRELIADSVEYMVNAHCADAMVCISNCDKITPGMLMASLRLNIPVIFVSGGPMEAGKTKLSDQLIKLDLVDAMIQGANPNVSDADSEQIERSACPTCGSCSGMFTANSMNCLTEALGLSQPGNGSLLATHADRKTLFINAGKRIVELTKRYYEQDDLSALPRNIAKKEAFENAMILDIAMGGSTNTVLHLLAAAQEGDVDFKMEDIDRLSRQVPHLCKVAPSTQKYHMEDVHRAGGVMGILGELDRAGLLNRNVNNILGLSLPETLAQYDVMLSQDEQVKSMYQAGPAGIRTTKAFSQDCRWPTLDTDREQGCIRSKAHAYSQDGGLAVLSGNLAQDGCIVKTAGVDEDNLVFSGPAKVYESQDDAVEAILGGKVVAGDVVIIRYEGPKGGPGMQEMLYPTSYLKSMGLGKACALITDGRFSGGTSGLSIGHVSPEAANGGIIGLVEEGDIVDINIPNREINLRVDEKTLAARREAQLARGDKAWTPKDRQRQVSFALRAYASLATSADKGAVRDKSKLGG
>NZ_CP053898.1|WP_004246365.1|177581_178508_+|branched-chain-amino-acid-transaminase
MTKQADYIWFNGEMVPWAEAKVHVMSHALHYGTSVFEGVRCYDSHKGPVVFRHREHMQRLHDSAKIYRMPVAQSVDELMEACRETLRKNQLVSAYIRPLVFIGDVGMGVNPPEGYKTDIIIAAFPWGAYLGEEALDKGIDAMVSSWHRAAPNTIPTAAKAGGNYLSSLLVGSEARRHGYQEGIALDVHGYLSEGAGENLFEVKDGVIFTPPFTSSALPGITRDAIIKLAKDLGYEIREQVLSRESLYLADEVFMSGTAAEITPVRSVDGIQVGIGRCGPVTKAIQKAFFGLFTGETEDKYGWLDPVNP
>NZ_CP053898.1|WP_004246366.1|177292_177571_+|acetolactate-synthase-2-small-subunit
MNQHNITIEARFCPEILERILRVIRHRGFHICSMNMNITESNYINLALTVSSQRPVDLLCSQLTKLADVAGIQVLHQQQKEKLQFISALSAM
>NZ_CP053898.1|WP_004246367.1|175646_177296_+|acetolactate-synthase-2-catalytic-subunit
MNGAQWLVQALRKQRVETVFGYPGGAIMPVYDALYDGGVEHVLCRHEQGAAIAAIGFARSTGTTGVCIATSGPGATNVITGLADALLDSVPVVAITGQVASNLIGTDAFQEVDVLGLSLACTKHSFLVSDVNELPRVVSEAFSIAKQGRPGPVLIDITKDVQLADASHLADYPLPQEQEFPYPEHEIAQALQMLAQAKKPILYVGGGVAMSQGVEALRSFVKQTQIPVVSTLKGLGCANAFDANYLGMLGMHGTKAANYAVQRSDLLIAVGARFDDRVTGRLNTFAPNAKVIHIDIDYAELNKLKQAHIALLGDAKVLLPKLSQPLAIEAWQEEVQQLIAEYAWRYDHPGEAIYAPLLLKQLSDAKPENSIVTTDVGQHQMWSAQHMTFDAPENFITSSGLGTMGFGIPAAIGAQIARPDACVICVSGDGSFMMNVQELGTIKRKQLPIKLVLLDNQRLGMVRQWQELFFEQRYSETILTDNPDFVALAKAFDIPGQRITEKAQVAEAIKCLLTSDGPYLLQVSIDDAENVWPLVPPGASNDEMMEKSK
>NZ_CP053898.1|WP_017827031.1|175415_175517_+|ilv-operon-leader-peptide
MNTIVLVISLIIVSVVVIINPLCGAALGRRKAN
>NZ_CP053898.1|WP_036920151.1|173437_174970_-|YifB-family-Mg-chelatase-like-AAA-ATPase
MALAVIYTRASLGISAPLITIEAHISQGLPGLTLVGLPETVVKEAKDRVRSALINSGYSYPAKRITINLSPADLPKEGARYDLPIALAILIASEQLISDKLNSYEFIGELALSGKLQKVNAVIPSILSANKDNRISIISIEHQSEVSLLPNKSALLASHLLDICHHLENNTPLIEAKNNINHKTIENQNNKDISDIIGQNNAKRAAEITAAGNHNILFLGPPGTGKTMLAQRINTLLPPLTAKEALDVLIISSLSNTIHHDGKWPLRPFRAPHHTASAVALTGGGSIPKPGEITLAHHGILFLDELPEFDRRVLDALREPLDARKITISRAKAKISYPANVLLVGALNPSPTGHYQGTHNRTPVKQVLRYLSKVSGPFLDRFDLSVEMPLLPQGALLQSTHTNESSSIIRARVLQARERQFQRSGKLNTYLSSKEIEHFCQLHTEDALFLEETLNKLGLSIRAWHKILRVSRTIADLENEQKIQRNHLIEALSFRAMDRLMIYLQKQLEG
>NZ_CP053898.1|WP_004246370.1|173051_173390_+|DUF413-domain-containing-protein
MAESFITTNRFFDNKHYPRGFSRHGDFTIKEAQILERHGQAFNELDLGKREPATEAEKLFVAMCRGEREAATVEEKIWKKYTSRISRPKRFHTLSGGKPQLDPSDDYTDSDD
>NZ_CP053898.1|WP_004246360.1|184788_185058_-|type-II-toxin-antitoxin-system-mRNA-interferase-toxin,-RelE/StbE-family
MRKVSYSGQFKKDLKLAEKRGKDINKLKEIILLLVQGKRLPAQLKDHPLTGNWKPRRDLHIEPDWLLIYKIDNDTVHFDRTGSHSDLFK
>NZ_CP053898.1|WP_004253075.1|185058_185307_-|hypothetical-protein
MSIKSELIATKVDIELKEAFVAIARNKHRPASQILRDLIRVYVESNQTQPNEKTLNTFAKTDKGDDVFYAEDAHDLFKKLDI
>NZ_CP053898.1|WP_004249673.1|185479_187501_+|DNA-helicase-Rep
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>NZ_CP053898.1|WP_004246357.1|187575_189084_-|guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate-diphosphatase
MLKSSSLYAAIDLGSNSFHMLVVREIAGSIQVLSRVKRKVRLAAGLNKENELSEQAMERGWQCLRLFSEYLRDIPAEQIRVVATATLRIAKNADIFVAKASEILGNTVHVISGEEEARLIYRGVAHTTGGAEQRLVVDIGGGSTELVTGTGAKTTQLMSLSMGCVTWLERYFSDRSLTEENFAQAQQAAKAILAPVAEKLIQQGWQVCVGASGTVQALQEIMIAQGMDELITLPKLERLKQKAIECGKLEELEIEGLTFERALVFPSGLAILIAIFETLHIENMILAGGALREGLVYGMLHLPIEQDIRQRTLRNIQRRFQIDIEQAHRVQQLAEHFFIQVSKSWQLDNRCRELLSSACALHEIGLSVDFRQAPSHASYLVSHLDLPGYTPAQRRLIASFLRNQKGIIDLAPLNQQNALPINQAYRLVRLLRLAIIFASRRRDDTLPALRLRTEDEKLIITLPHQWIAEHPLRAENLHEEIQLQSYVHWPLMLEEQNNSRIG
>NZ_CP053898.1|WP_004246356.1|189087_190386_-|ATP-dependent-RNA-helicase-RhlB
MSKTYLTEKKFSDFALHPKVIEALEKKGFSNCTQIQALTLPITVKGHDIAGQAQTGTGKTLAFLTSTFHYLLTHPAKEGHEKNQPRALIMAPTRELAVQIYTDAQPLAQSTGVKMGLAYGGDGYDEQLKVLNNGVDIVIGTTGRLIDYVKQGHINLNAIQVVVLDEADRMYDLGFIKDIRWLFRRMPNAAERMNMLFSATLSYRVRELAFEQMNNPEYVEVEPEQKTGFSIKEELFYPSNEEKMRLLQTLIEEEWPERCIIFANTKHRCDDIWAHLAADGHRVGLLTGDVPQKKRLRILEDFTQGNIDILVATDVAARGLHIPSVTHVFNYDLPDDCEDYVHRIGRTGRAGKSGNSISLACEEYALNLPAIETYIQHAIPVSKYNSDALLTDLPEPKRRHRPRQGQPRRNNSAPRRGNNTQRNNRNKRPSHS
>NZ_CP053898.1|WP_004246355.1|190505_190832_+|thioredoxin-TrxA
MSDKILHLSDNTFDVDVLQATGPVLVDFWAEWCGPCKMIAPILDEVATEYAGKLTVAKLNIDENPATAPKYGIRGIPTLILFKNGAVAATKVGALSKTQLKEFLDENI
>NZ_CP053898.1|WP_004246354.1|191393_192653_+|transcription-termination-factor-Rho
MNLTELKNTPVSELIALGENMGLENLARMRKQDIIFSILKQHAKSGEDIFGDGVLEILQDGFGFLRSSDSSYLAGPDDIYVSPSQIRRFNLRTGDTIAGKIRPPKEGERYFALLKVNEVNFDKPENARSKILFENLTPLHANNRLRMERGNGSTEDLTARVLDLAAPIGRGQRGLIVAPPKAGKTMLLQNIAANIAHNYPDCVLMVLLIDERPEEVTEMQRLVKGEVIASTFDEPASRHVQVAEMVIEKAKRLVEHKKDVIILLDSITRLARAYNTVVPSSGKVLTGGVDANALHRPKRFFGAARNVEEGGSLTIIATALVDTGSKMDEVIYEEFKGTGNMELHLSRKIAEKRVFPAIDYNRSGTRKEELLTSQDELQKMWILRKIIHPMGEIDAMEFLINKLAMTKTNEEFFDFMKRS
>NZ_CP053898.1|WP_004246352.1|193047_194139_+|UDP-N-acetylglucosamine--undecaprenyl-phosphate-N-acetylglucosaminephosphotransferase
MDILKMSTNVFYVFLFSFAFLFVARKVAKKIGLVDKPNYRKRHHGLIPLVGGISVYFGIVFAFYVSDIYIPHKELYLICAGILVFIGALDDRYDISVKIRATIQALVGIAMMVFGGLKLESLGHAFGPWDMHLGPFGYIVTLFAVWAAINAFNMVDGIDGLLGGLSCVSFGALGILLYQSGSSALAFWCFSFIAAILPYIMLNLGVCGKKFKVFMGDAGSTLIGFTIIWLLISSTQVDPHPINAVTALWIIAIPLMDMVAIMYRRLRKGMSPFSPDRQHIHHLIMRAGFTPRQAFVLITLAAAVLAAIGIIGENLSFVPEWVMLALFLLAFVMYGYCIKRAWRVARFIKRYKRRLRKATQLKH
>NZ_CP053898.1|WP_004249670.1|194162_195221_+|ECA-polysaccharide-chain-length-modulation-protein
MNSENNVSRQGFSPDNELDIRGLCCALWSGKRWIIGFALLFALIALGASYLMQPKWSAIAMTERPTVNNLGSYYSQSQFLRNLDTQINPSVTVSQLSIPDEAYQEFVTQISAFDTRREFWLQTDYYKQRKENDAQADAALLDELINNIQFTPADEKKLVNDQLKLIAETANDSSQLLNEYIAFANKRAAEHLNEEVIAAWATRTQSMKALVKRQEMAAQAAYQRQINLLKQSIKVAEKQGISQKQTSIAIDELPDSKLFLLGVPLLQSQLETLMATGPDFDSDYDQNTAMLSTLAVGAKLQDNFQTYRFLRTPEDPVKRDSPRRAFMMVLWGAIGVLVGAGVALVRRSSLKK
>NZ_CP053898.1|WP_004246349.1|195350_196481_+|UDP-N-acetylglucosamine-2-epimerase-(non-hydrolyzing)
MKVLTVFGTRPEAIKMAPLVHALANDDSFEAKVCVTAQHREMLDQVLNLFEIKPDYDLNIMKPGQDLTDITCRILEGLKPVLASFQPDVVLVHGDTTTTMAASLAAFYQQIPVGHVEAGLRTGNLYSPWPEEANRTIAGHLAMYHFAPTETAKLNLVREAVADKNIFVTGNTVIDALFWVSERVMGNQTLLDELAVQYPFIQPERKMILVTGHRRESFGGGFERICQALAEIALAHPDVEVVYPVHLNPNVSEPVKRILHGINNIKLIQPQDYLPFVYLMNHAYLILTDSGGIQEEAPSLGKPVLVMRDTTERPEAVEAGSVRLVGTDTKRIVSEVTSLLTDENAYHQMSKATNPYGDGHACQRILEALKNNQVTL

Crispr_ID: NZ_CP053898_2

• CRISPR_ID: NZ_CP053898_2
• CRISPR_location: 2889239-2889381
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers

Consensus repeat of NZ_CP053898_2

Consensus_repeat	Method
GGTGATATCAATTTCACAGGTGG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP053898_2

>2.1|2889262|37|NZ_CP053898|CRISPRCasFinder
TGGCGCTGGTAATGTCATTAAATCTGATGTTACACAA
>2.2|2889322|37|NZ_CP053898|CRISPRCasFinder
CGGCATAGCAAATGTAATAAAACATAACTCTAATTAT

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP053898_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP053898_2

>merge|NZ_CP053898|2|2889239-2889381|CRISPRCasFinder
GGTGATATCAATTTCACAGGTGGTGGCGCTGGTAATGTCATTAAATCTGATGTTACACAAGGTGATATCAATTTTACAGGTGGCGGCATAGCAAATGTAATAAAACATAACTCTAATTATGGTAATACCAACTTTACTGGTGG

>NZ_CP053898|2|2|2889239-2889381|CRISPRCasFinder
GGTGATATCAATTTCACAGGTGG	TGGCGCTGGTAATGTCATTAAATCTGATGTTACACAA
GGTGATATCAATTTTACAGGTGG	CGGCATAGCAAATGTAATAAAACATAACTCTAATTAT
GGTAATACCAACTTTACTGGTGG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP053898.1|WP_046334656.1|2909268_2909811_-|1,6-anhydro-N-acetylmuramyl-L-alanine-amidase-AmpD	unknown	unknown	gnl|CDD|236984
NZ_CP053898.1|WP_020946015.1|2910563_2911667_+|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA	unknown	unknown	gnl|CDD|236694
NZ_CP053898.1|WP_004244081.1|2908171_2908957_-|pyruvate-dehydrogenase-complex-transcriptional-repressor-PdhR	unknown	unknown	gnl|CDD|181879
NZ_CP053898.1|WP_104836637.1|2913140_2913755_+|dephospho-CoA-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234620
NZ_CP053898.1|WP_052715529.1|2878880_2879855_-|nucleotidyl-transferase-AbiEii/AbiGii-toxin-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378065
NZ_CP053898.1|WP_004248538.1|2880794_2881529_-|oxidative-stress-defense-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236840
NZ_CP053898.1|WP_004244077.1|2901828_2903256_-|dihydrolipoyl-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|180579
NZ_CP053898.1|WP_004244080.1|2905341_2908008_-|pyruvate-dehydrogenase-(acetyl-transferring),-homodimeric-type	unknown	unknown	gnl|CDD|236500
NZ_CP053898.1|WP_162837617.1|2887176_2887323_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053898.1|WP_017827184.1|2903457_2905329_-|pyruvate-dehydrogenase-complex-dihydrolipoyllysine-residue-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|236999
NZ_CP053898.1|WP_036971246.1|2910021_2910465_+|prepilin-peptidase-dependent-pilin	unknown	unknown	gnl|CDD|236718
NZ_CP053898.1|WP_004244066.1|2883363_2883735_-|YacL-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|235372
NZ_CP053898.1|WP_004244059.1|2877779_2878679_+|LysR-family-transcriptional-regulator-ArgP	unknown	unknown	gnl|CDD|235144
NZ_CP053898.1|WP_004244089.1|2913757_2914510_+|cell-division-protein-ZapD	unknown	unknown	gnl|CDD|235389
NZ_CP053898.1|WP_012368224.1|2882411_2883272_-|small-conductance-mechanosensitive-channel-MscS	unknown	unknown	gnl|CDD|182386
NZ_CP053898.1|WP_104836635.1|2879851_2880571_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053898.1|WP_004244063.1|2881619_2882243_-|arginine-exporter-ArgO	unknown	unknown	gnl|CDD|236463
NZ_CP053898.1|WP_046334654.1|2887323_2887551_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP053898.1|WP_104836636.1|2911663_2912863_+|type-II-secretion-system-F-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|182559
NZ_CP053898.1|WP_004244067.1|2883905_2886503_-|bifunctional-aconitate-hydratase-2/2-methylisocitrate-dehydratase	unknown	unknown	gnl|CDD|236424

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP053898.1|WP_020946015.1|2910563_2911667_+|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA	gnl|CDD|236694	PRK10436, PRK10436, hypothetical protein; Provisional.	1.37631e-179
NZ_CP053898.1|WP_004244081.1|2908171_2908957_-|pyruvate-dehydrogenase-complex-transcriptional-repressor-PdhR	gnl|CDD|181879	PRK09464, pdhR, pyruvate dehydrogenase complex transcriptional repressor PdhR.	9.32797e-169
NZ_CP053898.1|WP_104836637.1|2913140_2913755_+|dephospho-CoA-kinase	gnl|CDD|234620	PRK00081, coaE, dephospho-CoA kinase; Reviewed.	3.16412e-89
NZ_CP053898.1|WP_052715529.1|2878880_2879855_-|nucleotidyl-transferase-AbiEii/AbiGii-toxin-family-protein	gnl|CDD|378065	pfam08843, AbiEii, Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system. This family was recently identified as belonging to the nucleotidyltransferase superfamily. AbiEii is the cognate toxin of the type IV toxin-antitoxin 'innate immunity' bacterial abortive infection (Abi) system that protects bacteria from the spread of a phage infection. The Abi system is activated upon infection with phage to abort the cell thus preventing the spread of phage through viral replication. There are some 20 or more Abis, and they are predominantly plasmid-encoded lactococcal systems. TA, toxin-antitoxin, systems on plasmids function by killing cells that lose the plasmid upon division. AbiE phage resistance systems function as novel Type IV TAs and are widespread in bacteria and archaea. The cognate antitoxin is pfam13338.	8.30543e-25
NZ_CP053898.1|WP_004248538.1|2880794_2881529_-|oxidative-stress-defense-protein	gnl|CDD|236840	PRK11087, PRK11087, oxidative stress defense protein; Provisional.	6.92322e-114
NZ_CP053898.1|WP_004244077.1|2901828_2903256_-|dihydrolipoyl-dehydrogenase	gnl|CDD|180579	PRK06467, PRK06467, dihydrolipoamide dehydrogenase; Reviewed.	0
NZ_CP053898.1|WP_004244080.1|2905341_2908008_-|pyruvate-dehydrogenase-(acetyl-transferring),-homodimeric-type	gnl|CDD|236500	PRK09405, aceE, pyruvate dehydrogenase subunit E1; Reviewed.	0
NZ_CP053898.1|WP_046334656.1|2909268_2909811_-|1,6-anhydro-N-acetylmuramyl-L-alanine-amidase-AmpD	gnl|CDD|236984	PRK11789, PRK11789, 1,6-anhydro-N-acetylmuramyl-L-alanine amidase AmpD.	4.66599e-131
NZ_CP053898.1|WP_036971246.1|2910021_2910465_+|prepilin-peptidase-dependent-pilin	gnl|CDD|236718	PRK10574, PRK10574, putative major pilin subunit; Provisional.	5.06138e-55
NZ_CP053898.1|WP_004244066.1|2883363_2883735_-|YacL-family-protein	gnl|CDD|235372	PRK05248, PRK05248, hypothetical protein; Provisional.	9.00597e-61
NZ_CP053898.1|WP_004244059.1|2877779_2878679_+|LysR-family-transcriptional-regulator-ArgP	gnl|CDD|235144	PRK03635, PRK03635, ArgP/LysG family DNA-binding transcriptional regulator.	1.29397e-161
NZ_CP053898.1|WP_004244089.1|2913757_2914510_+|cell-division-protein-ZapD	gnl|CDD|235389	PRK05287, PRK05287, cell division protein ZapD.	9.25043e-119
NZ_CP053898.1|WP_012368224.1|2882411_2883272_-|small-conductance-mechanosensitive-channel-MscS	gnl|CDD|182386	PRK10334, PRK10334, small-conductance mechanosensitive channel MscS.	3.21493e-120
NZ_CP053898.1|WP_017827184.1|2903457_2905329_-|pyruvate-dehydrogenase-complex-dihydrolipoyllysine-residue-acetyltransferase	gnl|CDD|236999	PRK11854, aceF, pyruvate dehydrogenase dihydrolipoyltransacetylase; Validated.	0
NZ_CP053898.1|WP_004244063.1|2881619_2882243_-|arginine-exporter-ArgO	gnl|CDD|236463	PRK09304, PRK09304, arginine exporter ArgO.	1.63858e-119
NZ_CP053898.1|WP_104836636.1|2911663_2912863_+|type-II-secretion-system-F-family-protein	gnl|CDD|182559	PRK10573, PRK10573, protein transport protein HofC.	1.04938e-108
NZ_CP053898.1|WP_004244067.1|2883905_2886503_-|bifunctional-aconitate-hydratase-2/2-methylisocitrate-dehydratase	gnl|CDD|236424	PRK09238, PRK09238, bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase; Validated.	0

Protein sequences

>NZ_CP053898.1|WP_046334654.1|2887323_2887551_+|hypothetical-protein
MNHIPASGFIYMASIIKSMLENPCINKEFEKLIAADLLPILQNKTNMTENFTALHLIKKTSNRRIILKKNLFIIN
>NZ_CP053898.1|WP_162837617.1|2887176_2887323_+|hypothetical-protein
MAINEKFVQKTSSINYNNGIFSLYFVGQDPHKIAQGIMPEKDEELALK
>NZ_CP053898.1|WP_004244067.1|2883905_2886503_-|bifunctional-aconitate-hydratase-2/2-methylisocitrate-dehydratase
MLEEYRKHVAERAAEGVVPKPLDATQTAALVELLKSPPKGEEEFLLDLIVNRVPPGVDEAAYVKAGFLTALAKGETTSPLITPEKAVELLGTMQGGYNIHALIEALDNDKLAPIAAKALSHTLLMFDSFYDVEEKAKAGNVYAKQIMQSWADGEWFTERPELAEKITVTVFKVTGETNTDDLSPAPDAWSRPDIPLHALAMLKNAREGIEPDQPGSVGPIKQIEALNKKGFPLAYVGDVVGTGSSRKSATNSVLWFMGDDIPYVPNKRGGGVVLGGKIAPIFFNTMEDAGALPIEVDVSKLNMGDVIDIYPYKGEIRNHETNELLETFALKTEVLIDEVRAGGRIPLIIGRGLTSKARSALGLPPSTLFRHAKAVEQSDRGFSLAQKMVGRACGRDGIRPGEYCEPKMTSVGSQDTTGPMTRDELKDLACLGFSADLVMQSFCHTAAYPKPVDVTTHHTLPDFIMNRGGVSLRPGDGIIHSWLNRMLLPDTVGTGGDSHTRFPIGISFPAGSGLVAFAAATGVMPLDMPESVLVRFKGKMQPGVTLRDLVHAIPLYAIKEGLLTVEKKGKKNIFSGRILEIEGLPELKVEQAFELADASAERSAAGCTIKLDKAPIIEYLQSNIVLLKWMIAEGYGDRRTLERRITAMENWLADPQLLEADADAEYAAVIEIDLNEIKEPILCAPNDPDDARLLSEVANSKIDEVFIGSCMTNIGHFRAAGKLLDQHKGQLPTRLWVAPPTKMDAAQLTEEGYYSVFGKSGARIEVPGCSLCMGNQARVADGATVVSTSTRNFPNRLGTGANVYLASAELAAVASLLGRLPEPQEYLDFINKVDETAEDTYRYLNFDQLEQYTDKATQVIFQTTV
>NZ_CP053898.1|WP_004244066.1|2883363_2883735_-|YacL-family-protein
MDYEFQRDLTGGILARFSMDHEAIGYWLNDEIQGDISLIDQILTEMDEVKGSEKQWQLIGKEYSLSIDDEEIMVRANTLHFETDDLEEGMSYYDNESIAFCGLDDFATMLQKYRLFILENRRS
>NZ_CP053898.1|WP_012368224.1|2882411_2883272_-|small-conductance-mechanosensitive-channel-MscS
MNELPASLDEATGWFVANQELFIQYAVNIVAAFLILFIGLFVAKMVSKGVARILTLRHIDATVVTFLSVLVRYTVIAFTLIAVLGRLGVQTASVIAVLGAAGLAVGLALQGSLSNFAAGVLIVIFRPIRAGEYVMIGAVEGTVRDVQIFSTTLRSADDRIIVIPNSKIISSEVINLSREPNRRTQIIVGVAYDADIDKVKQVLGDVVAQDKRIQHNQGVTIRLHEMAPSSLNFVVRVWTTNDDAWPVYWDLMENFKRALDANNIGIPFPQMDVYMHQAQNTVMKAE
>NZ_CP053898.1|WP_004244063.1|2881619_2882243_-|arginine-exporter-ArgO
MLTTFFQGFLLSAAMILPIGAQNAFVLQQGSKKQYHLMSAFLCALSDVILISGGVFGGSALLSQSEYLLLLITWGGVAFLLWYGWNAFKTAFTKEIELSQHKNQVKSRWRVIVTLVAVTWLNPHVYLDTFVVLGSIGGQLSAELRPWFTFGAVFASISWFFALSLLAAWFSPILSQVTAQRIINLFVGCVMWFIALQLAAQGWKNLF
>NZ_CP053898.1|WP_004248538.1|2880794_2881529_-|oxidative-stress-defense-protein
MKVKAMVLASMLALGAPSIALAGAVPEGPHITTSGNATIKATPDMATLNIQVSEKAKDAAQAKKQVDERVAKYFAFLKENGVTKEDIDAANIRTQPNYEYDKKAERSVINGYTATRTVDVKIKKLDQLNTLLDGALAAGLNEINNVEFGVNDPEQYKAKAREVAIKNAIQQASSVAKGFGADLGAVYSVSYRAPEATPYPIARMKMDAMALSAPSPEAVKETYQQQSIEFKDYVDVVFELKTAK
>NZ_CP053898.1|WP_104836635.1|2879851_2880571_-|hypothetical-protein
MKIKPLVEKEINRFEFGKIFTYRDLTPYLSNPETTVKAVSRLVKNGDIKRFAKGQFYRPKKGIFGEMQLSDAEKLKTFMYQNGKRKGYITGMGLYNRLGLTTQIPKTITIASDKSPQHKDFGTVEVKLVKAKVPVSESNREYLEILDVLSNIKKIPDSNPSEVMKVIAKKLKNIKKDGLYELINLASFYSPVTRALLGLLIENININLALELKKQLNPTTHYRIGLDSYWDNAEEWNIE
>NZ_CP053898.1|WP_052715529.1|2878880_2879855_-|nucleotidyl-transferase-AbiEii/AbiGii-toxin-family-protein
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>NZ_CP053898.1|WP_004244077.1|2901828_2903256_-|dihydrolipoyl-dehydrogenase
MSTEIKAQVVVLGAGPAGYSAAFRCADLGLDTVLVERHSTLGGVCLNVGCIPSKALLHVAKVIEEAKALSEHGVVFDAPKTDIDKIRIWKDKVISQLTGGLAGMAKGRKVNVVNGEARFTGSHTLSVEGSEGTTTITFENAIVAAGSRPIELPFIPHEDPRVWDSTDALQLKTVPERLLVMGGGIIGLEMGTVYHALGSQIDVVEMFDQVIPAADKDVVKVFTKRISKKFNLMLETKVTAVEAKEDGIYVTMEGKKAPAEPQRYDAVLVAIGRVPNGKLLDAGKAGIEVDDRGFIHVDKQMRTNVPHIFAIGDIVGQPMLAHKGVHEGHVAAEVISGKKHYFDPKVIPSIAYTEPEVAWVGMTEKEAKEKGVSYEVATFPWAASGRAIASDCADGMTKLIFDKETNRVIGGAIVGSNGGELLGEIGLAIEMGCDAEDIALTIHAHPTLYESIGMAAEVFEGSITDLPNPKAKKKK
>NZ_CP053898.1|WP_017827184.1|2903457_2905329_-|pyruvate-dehydrogenase-complex-dihydrolipoyllysine-residue-acetyltransferase
MSIEIKVPDIGADEVEVTEVMVKVGDRIEEEQSLITVEGDKASMEVPSPQAGIVKEIKIAVGDKVETGSLIMIFDTEEGAQAPAQEAAPAPSAAAPAASELKEVHVPDIGGDEVEVTEVMVNVGDTISEEQSLITVEGDKASMEVPAPFAGVVKEIKIAVGDKVSTGSLIMVFEVAGSAPAPSASAPAPAASAPAASAIKDVNVPDIGGDEVEVTEVMVKVGDTIAEEQSLITVEGDKASMEVPAPFAGVVKEIKIAVGDKVKTGSLIMTFEVAGAAPAAQAPAAPAASTSAAPAPSAPAKAPASAPAAKEEFVENEAYVHATPVIRRLAREFGVNLAKVKGTGRKGRILREDVQSYVKELIKRAESAPANAGGGLPGMLPWPKVDFSKFGEIEEVELSRIQKISGANLSRNWVMIPHVNLFDEADITEVEEFRKQQNKEAEKKKLDVKITPLVFVMKAAAKALADMPRFNSSISEDGQKLILKKYINIGIAVDTPNGLVVPVFKDVNKKGILELSYELAEVSKKARAGKLTASDMQGGCFTISSLGGIGTTGFAPIVNAPEVAIMGLSRSSMKPVWNGKEFVPRLMLPMSLSFDHRVIDGADGARFITLINQYMSDLRRLVM
>NZ_CP053898.1|WP_004244080.1|2905341_2908008_-|pyruvate-dehydrogenase-(acetyl-transferring),-homodimeric-type
MSDMLKNDVDPIETRDWLQAIDSVIREEGVERAQFLIDQVLKQARNGGLDIALGGSVHSDYINTIPVEDEPAYPGNLELERRIRSAIRWNAVMMVLRASKKDLELGGHMASYQSSATLYEVCFNHFFRAHNDNDGGDLVYFQGHISPGIYARAFLEGRLTEEQLNNFRQEIGGKGLSSYPHPKLMPEFWQFPTVSMGLGPLSAIYQAKFLKYLDHRGLKDTTKQRVYAFLGDGEMDEPESKGAITIAVREKLDNLCFVVNCNLQRLDGPVTGNGKIVNELEGIFAGAGWNVIKVMWGDRWDALLRKDTSGKLIQLMNETLDGDYQTFKSRDGAYVREHFFNRYPETAALVKDMTDDEIWALNRGGHDPKKVFAAFQKAKETKDKPTVILAQTIKGYGMGETAEGKNIAHQVKKMNMDGVKHFRDRFNIPVSDEKVAELPYITFDKDSEEYKYLHARRQELEGYLPARRTRFDEKLEIPTLEDFSQLLEEQSKEISTTIAFVRALNVMLKNKSIKDRLVPIIADEARTFGMEGLFRQIGIYSPNGQQYTPQDREQVAYYKEDVKGQILQEGINELGAGASWLAAATSYSTNNLPMIPFYIYYSMFGFQRIGDLCWAAGDQQARGFLIGGTSGRTTLNGEGLQHEDGHSHIQSLTIPNCISYDPAFAYEVAVIMQDGLERMYGDKQENVYYYITTLNENYHMPAMPAGAEEGIRKGIYKLESLEGAKGKVQLLGSGSILRHVREAAQILSTEYGIGSDVYSVTSFTELARDGQDCERWNMLHPSEEPRVPYIAQIMNDAPAVASTDYMKLFAEQVRTYVPADDYRVLGTDGFGRSDSRENLRHHFEVDTSYVIVAALGELAKRGEIDVKVVEEAIKKYNINPEKVNPRLA
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MASSNMAYTKIRQPKLSDVIEQQLEHLILEGTLRPGEKLLPERELAKQFDVSRPSLREAIQKLEAKGFLLRRQGGGTFVQDNLWQSFSDPLAQLLSGHPESQFDLLETRHALEGIAAYYAALRGTDDDLERIKASHARIIDAHDKGDIAAESDAVLQYQLIVTEAAHNVVLLHLLRCMVPMLEQNIRQNFEFLYTRKEMLTAVSEHRTQIYQAIINREPEAAREASHRHLAFIEDVLLDMSREHTRRERSLRRLQQHPDLF
>NZ_CP053898.1|WP_046334656.1|2909268_2909811_-|1,6-anhydro-N-acetylmuramyl-L-alanine-amidase-AmpD
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Prophage detection

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DBSCAN-SWA_2	1132296 : 1143650	12	Mycobacterium_phage(25.0%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_3	1292630 : 1397615	109	Morganella_phage(12.73%)	protease,tail,portal,capsid,head,tRNA,transposase,terminase,integrase,lysis	attL 1296970:1296985|attR 1349661:1349676
DBSCAN-SWA_4	1473436 : 1521203	74	Salmonella_phage(20.75%)	tail,capsid,terminase,integrase,holin	attL 1473255:1473307|attR 1521412:1521464
DBSCAN-SWA_5	1541214 : 1598323	69	Burkholderia_phage(19.51%)	head,plate,transposase,terminase,integrase,lysis	attL 1539584:1539643|attR 1581053:1581147
DBSCAN-SWA_6	1657445 : 1702103	51	Morganella_phage(23.53%)	protease,tail,portal,capsid,head,tRNA,transposase,terminase,integrase,lysis	attL 1648822:1648835|attR 1667019:1667032
DBSCAN-SWA_7	1956597 : 1966589	8	Escherichia_phage(66.67%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_8	2301407 : 2342019	48	Salmonella_phage(17.65%)	tail,holin,terminase,integrase	attL 2318141:2318155|attR 2343415:2343429
DBSCAN-SWA_9	2528591 : 2547480	21	Escherichia_phage(21.43%)	holin,plate,lysis	NA
DBSCAN-SWA_10	2757510 : 2857978	100	Salmonella_phage(23.91%)	protease,tail,portal,capsid,holin,head,plate,transposase,tRNA,terminase,integrase,lysis	attL 2845978:2845993|attR 2852586:2852601
DBSCAN-SWA_11	3033887 : 3085224	81	Acinetobacter_phage(17.86%)	tail,head,plate,terminase,integrase,holin	attL 3036947:3037002|attR 3084074:3084129
DBSCAN-SWA_12	3348601 : 3357451	9	Caulobacter_phage(50.0%)	NA	NA
DBSCAN-SWA_13	3879608 : 3923271	43	Enterobacteria_phage(18.18%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_14	3929885 : 3984521	51	Escherichia_phage(38.89%)	transposase,integrase	attL 3936847:3936861|attR 3984811:3984825

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP053898|493587:586961|DBSCAN-SWA
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MFKKFRGMFSNDLSIDLGTANTLIYVKGQGIVLDEPSVVAIRQDRAGTSKSVAAVGHEAKQMLGRTPGNIAAIRPMKDGVIADFYVTEKMLQHFIKQVHNNSFMRPSPRVLVCVPVGATQVERRAIRESALSAGAREVFLIEEPMSAAIGAGLPVSEATGSMVVDIGGGTTEVAVISLNGVVYSSSVRIGGDRFDEAIINYVRRNYGSLIGEATAERIKHDIGSAYPSDELNEIEVRGRNLAEGVPRSFTLNSNEILEALQEPLTGIVSAVMVALEQCPPELASDISERGMVLTGGGALLRNLDRLLMEETGIPVIVAEDPLTCVARGGGKALEMIDMHGGDLFSED
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MKKTELEIRTATLSASDKKLIGYVIKWGLRSHVLWDEFVEQFAQNAFSNSLSKGSDVRALYEHDYTNLLGRTTSGTLQLTEDETGLRFELTPPDTQLGRDVLTLVERGDIDGMSFGFRAIKDQWDIGQEPYVRTVLEAELHEITITSLPAYPDSGVEIAKRSLTLSKPQAVKDFDRWLQLVEVE
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MTNIELIREVKRNAVNHWSGILPACGVDVPERGKHGACPVCGGTDRFHFIDDHHNGNWFCRQCDEPNHGDGLDLIAKVKGISIYEAAKEVSQALSMPLPEPARKEAPKSETQPIVEKVQKLVAQTTVGKSAYLTQKGHECPVKLLADGSMLLIIQRGSEVTGAQVIKPNGDKRLISGTKKKGSFIALSELPETTETVLIAEGYATALTVSQLHSGLVLAAIDEGNLLPVAEWARKHYPKAKIIIAADNDIKIGQPNVGKISAEKAAKTVNGWVTLPPTEDKADWDDYRQQFGIEKAKQAFNEGMYQMDNLATVTVIHADKKGANTNLSQMAASQRGALLAERYGKLAIIPDSEMVYHYVDGVWNKVSDSDLQRAMVAIFDEYETPYSPTGVKNAIGALKLQIPVLGEQKRELIGFSNGVYDLSTQQFKPHAPENWLLNHNGIAFTAPEPNENLKQHAPSFYKWLSHSAGNDEEKMNRINAGLFMILANRYDWQLFIEVTGEGGSGKSVFTSIATLLAGAHNTASGNMKALDEARGRYQFVGKSLITLPDQVKYVGEGAGIKAITGGDLIEVDGKYEKQFSTIIKAVVLATNNEPMSFTERNGGIARRRVIFSFNTPVKESDKDPLLPEKISKELPVIIRHLLKLFTCQDKAKLLLQEQRDSGEALAVKSNSDPLYSFCAYLVSLGEELGMKMGNKNIYPRAPRIYLYHAYLSFMEAYGFDRPLTLTKFGDSLPKVMQEYKKDYRKFKTKRGYYYNVDLTDEANEWLPAVPELRKS
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MKNNELALLLDSPIMDICKLESLLTIWLEAEDNQDVANMISISLDYTKNVRDALSHVVGSENNV
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MVERRPLFHTFCHLILIVGILSIAFPVWIAVVATTHQNTEFATGSPLWFGQEGIEVFKTLFSSAGTTQNSAITINGMLLNSLVMALVITIGKLVISIASAYAVVFFRFPGRMLAFWTIFFTLMLPVEVRIMPTFEVVTNLNMLNSYAGLTIPLIASATATFLFRQFFLTITPELIEAAKIDGAGPIKFFFTILLPLSRTNIAALFVITFIYGWNQYLWPMLITTDTQYYTIVMGIKQMVAVSDGVIEWNKIMATTLIAMLPPVFIVILMQRAFVKGFVDTEK
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MDKRFVQAHKEALLALVLTFIYLLGWLLTAYLPDNSVGLTGLPVWFELSCLFLPVLFFLLCYLMVRYFFKDMPLGDEHDNAN
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MVNLLARLGARSLSIFATFGRAGIMLFRALIGKPEFRKQWPLLMKQLYSVGVQSLLIIMVSGLFIGMVLGLQGYLVLTTFSAEASLGMMVALSLLRELGPVVTALLFAGRAGSALTAEIGLMKATEQISSLEMMAVDPLRRVVAPRFWAGFISMPLLSLIFVAVGIWGGAIVGVDWKGIDEGFFWASMQGAVEWQKDLVNCFIKSVVFAITVTWIALFNGYDAIPTSEGISRATTRTVVHSSLAVLGLDFVLTALMFGN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_104836204.1|494026_495235_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A1B0VCD8	Salmonella_phage	2.8e-188	81.3
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WP_104836206.1|497143_500278_+	efflux RND transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017628206.1|500364_502755_-	zinc/cadmium/mercury/lead-transporting ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	2.8e-131	39.7
WP_071233660.1|502925_503552_-	lysoplasmalogenase	A0A140XAH6	Dickeya_phage	1.1e-15	43.4
WP_020945126.1|503698_504103_+	DUF2500 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004248877.1|504166_504460_-	DUF1145 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_104836207.1|504477_505062_-	16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_104836208.1|505289_507188_+	signal recognition particle-docking protein FtsY	NA	NA	NA	NA
WP_004245385.1|507193_507859_+	cell division ATP-binding protein FtsE	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	9.4e-13	24.4
WP_004248880.1|507851_508829_+	cell division protein FtsX	NA	NA	NA	NA
WP_004245383.1|509170_510025_+	RNA polymerase sigma factor RpoH	A0A248SJA5	Salicola_phage	2.5e-42	39.4
WP_046335251.1|510118_511267_+	glycerate kinase	W6LM47	Streptococcus_phage	1.0e-43	39.5
WP_049196403.1|511242_511659_-	aspartate 1-decarboxylase autocleavage activator PanM	NA	NA	NA	NA
WP_020945132.1|511670_512858_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_064506226.1|512972_513449_+	MarR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_004245378.1|513488_514241_-	M48 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_046335253.1|514730_515825_-	sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter ATP-binding protein UgpC	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.6e-20	30.6
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WP_104836210.1|516674_517559_-	sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter permease UgpA	NA	NA	NA	NA
WP_104836211.1|517626_518931_-	sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB	NA	NA	NA	NA
WP_049221530.1|519106_519823_+	glycerophosphoryl diester phosphodiesterase	NA	NA	NA	NA
WP_104836212.1|519885_521082_-	cyanate transporter	NA	NA	NA	NA
WP_041700912.1|521369_522335_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004248892.1|522365_522782_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017827057.1|522820_523147_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004248896.1|523233_523668_+	DUF1240 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
523852:523872	attL	NA	NA	NA	NA
WP_172767651.1|523980_525204_+|integrase	site-specific integrase	A0A2H4JB45	uncultured_Caudovirales_phage	7.5e-149	60.2
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WP_172767653.1|526077_526359_+	AlpA family phage regulatory protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767654.1|526487_527177_+	Rha family transcriptional regulator	A0A0S2SYC0	Pseudomonas_phage	7.7e-10	39.0
WP_172767655.1|527645_527825_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109406124.1|528015_528192_+	host cell division inhibitor Icd-like protein	A0A222YWG3	Escherichia_phage	1.2e-07	56.8
WP_151253057.1|528184_528373_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_049194573.1|528369_528564_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_161769011.1|528556_528877_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767656.1|528869_531197_+	toprim domain-containing protein	Q7M2A8	Enterobacteria_phage	6.6e-154	40.7
WP_094960346.1|531426_531615_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767657.1|531843_532998_+|capsid	phage major capsid protein	A0A2H4JED2	uncultured_Caudovirales_phage	1.9e-154	71.9
WP_094960327.1|533051_533606_+|head,protease	HK97 family phage prohead protease	A0A2H4JB68	uncultured_Caudovirales_phage	2.6e-64	66.7
WP_064718846.1|533605_534826_+|portal	phage portal protein	A0A2H4JFJ9	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-189	76.9
WP_172767658.1|534822_535161_+|head	phage head closure protein	A0A1W6JP44	Morganella_phage	8.1e-21	48.6
WP_100159952.1|535153_535450_+|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	A0A2H4JD08	uncultured_Caudovirales_phage	2.1e-33	69.1
WP_172767659.1|535450_535897_+	HNH endonuclease	A0A2H4JAS8	uncultured_Caudovirales_phage	1.9e-46	62.2
WP_004245345.1|536170_536524_+|terminase	phage terminase small subunit P27 family	A0A2H4JHS3	uncultured_Caudovirales_phage	1.1e-49	82.1
WP_172767660.1|536520_538182_+|terminase	terminase large subunit	A0A2H4JB64	uncultured_Caudovirales_phage	9.2e-275	80.3
WP_004245342.1|538902_539199_-	DNA-binding transcriptional regulator Fis	NA	NA	NA	NA
538813:538833	attR	NA	NA	NA	NA
WP_004248899.1|539215_540187_-|tRNA	tRNA dihydrouridine synthase DusB	NA	NA	NA	NA
WP_004245340.1|540508_541390_-	50S ribosomal protein L11 methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_004245338.1|541414_542860_-	sodium/pantothenate symporter	NA	NA	NA	NA
WP_004252713.1|542849_543098_-	YhdT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004245336.1|543328_544678_-	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit	NA	NA	NA	NA
WP_004245333.1|544690_545161_-	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_004245332.1|545193_545637_-	type II 3-dehydroquinate dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_012368829.1|546070_547045_-	oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_004245330.1|547731_548775_+	rod shape-determining protein MreB	F2Y0P3	Organic_Lake_phycodnavirus	5.1e-05	21.8
WP_004248904.1|548876_549923_+	rod shape-determining protein MreC	NA	NA	NA	NA
WP_026164602.1|549928_550417_+	rod shape-determining protein MreD	NA	NA	NA	NA
WP_004248907.1|550468_551056_+	septum formation inhibitor Maf	NA	NA	NA	NA
WP_004245326.1|551052_552522_+	ribonuclease G	NA	NA	NA	NA
WP_104836213.1|552566_556370_+	AsmA2 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004245324.1|556366_557227_+	carbon-nitrogen hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004245322.1|557223_558669_+|protease	metalloprotease TldD	NA	NA	NA	NA
WP_036932390.1|558762_559269_+	ribonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_104836214.1|559268_559556_+	barstar family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004248913.1|559640_560201_-	ribosome-associated protein	NA	NA	NA	NA
WP_004248914.1|560387_561716_+|protease	metalloprotease PmbA	NA	NA	NA	NA
WP_004245312.1|561821_562232_-	nucleoside diphosphate kinase regulator	NA	NA	NA	NA
WP_004245309.1|562406_562679_-	PTS phosphocarrier protein NPr	NA	NA	NA	NA
WP_004245308.1|562675_563530_-	RNase adapter RapZ	A0A0R8VB27	Thermobifida_phage	1.1e-05	29.3
WP_004245307.1|563614_564082_-	PTS IIA-like nitrogen regulatory protein PtsN	NA	NA	NA	NA
WP_004248916.1|564237_564525_-	ribosome hibernation promoting factor	NA	NA	NA	NA
WP_004248917.1|564548_566024_-	RNA polymerase factor sigma-54	NA	NA	NA	NA
WP_004245304.1|566083_566809_-	LPS export ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	3.2e-22	28.4
WP_004245303.1|566815_567349_-	lipopolysaccharide ABC transporter substrate-binding protein LptA	NA	NA	NA	NA
WP_004245302.1|567329_567908_-	LPS export ABC transporter periplasmic protein LptC	NA	NA	NA	NA
WP_004245301.1|567925_568483_-	3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase KdsC	A0A140XBD6	Dickeya_phage	1.1e-51	76.1
WP_017628220.1|568510_569485_-	arabinose-5-phosphate isomerase KdsD	A0A2P0VNK5	Tetraselmis_virus	5.6e-38	31.2
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WP_104836215.1|576946_577858_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036971299.1|578186_579236_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_020945150.1|580538_581930_-	Do family serine endopeptidase	A0A1B1IT49	uncultured_Mediterranean_phage	3.2e-23	29.8
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WP_020945151.1|582764_583883_+	cell division protein ZapE	NA	NA	NA	NA
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WP_004245284.1|584776_585169_+	30S ribosomal protein S9	NA	NA	NA	NA
WP_004245282.1|585803_586445_+	stringent starvation protein A	NA	NA	NA	NA
WP_012368841.1|586451_586961_+|protease	ClpXP protease specificity-enhancing factor	A0A1S5R3H3	Pseudomonas_phage	2.0e-23	49.2

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP053898|1132296:1143650|DBSCAN-SWA
CTTACTCATTTGGTGTCTCCTTATCCAGTGCTTGTAACAACATTCCTTTCGAAATTAAACCGATATAACGGTTTTTTTCATCAATAACAGGGATCGCACAGGGAGATTGCGCAACAGTAGAAATCAGTTCATTTAATGGTGTATCACCATTAATCGCACAAGGTTCAGTTAAAATAGCGGATCCAATAGGTTGCTTCGCTTTTAATGCTTCTTCAAGAGAAGTGACAGAAACAATACCTGCAAATTTCCGCCCTCGCTCAATTAAATAACCAAAGTTTCTATCTTCATCTTCCAGTACTTTTAATGCTGAACGGGGGCCAAAACCTGGCGCAATATGCAGCAGTGTTTCTGGGCGACGTTTAGCAATATCTTTAGCGCTAAATACATGACTGATATCAACGCCACGGAAGAAGGTACGTACATAATCATTGGCTGGGTTATTAAGAATTTCATCAGGGGTACCGATTTGTACCACCACACCACCTTGCATAATCGCGATACGATCGCCAATACGCATGGCTTCATCCAGATCATGAGAAATAAACACAATGGTGCGTTGTTTATCACCTTGTAAGCTCAATAACTCATCTTGCATTTCTGTTCGGATTAATGGGTCAAGTGCGGAGAATGCCTCATCCATTAATAAGATATCAGGATCATTGGCCAGTGCACGAGCAAGCCCAATACGTTGTCGCATCCCACCGGATAACTCATCCGGCCAAGATTGAGCATGAGAGCTTAAGTTAACTTGCTCTAATGCTGCCATGGCTTTTTCATAGCGCTCTTCTTTGCTAATGCCTGCAAGCTCCATACCAAATGCTGTATTATCGAGTACATTCATATGAGGCATTAAAGCGAATGATTGAAACACCATACTGATTTTTTTACGTCGAACTTGTCGTAAATCTTTATCAGACATGGTGGTGATGTTTTCACCATCAATAAGGACTTCGCCTTTAGTGGGATCTATCAGACGATTGAGAAGGCGCACTAATGTAGATTTACCAGAGCCTGATAATCCCATGATGACAAATATTTCGCCTTCTTCAATGGCCAGATTGGCATTTTGCACACCAACGGTTAACCCTGTTTTATCAAAGATTTGGTCTTTGTTCATACCAGATCCTAATAATTCAAAGGCACGTTTAGGGTGCTCACCAAATATTTTATATAGGTTTTTTACTTCGAGTTTAATTGCCATGCAATATCTATTTTCCTATTTAAATATGAAAGGAATAAATTAAATGTTAATAAATTAGTTTGTTGTTTTTCCTAAATTGAGATTTTTAGTAGGGGAATTACCCTATCATAATGAACAAGCCTGACAACCCTATGTTAATTATAATTAAACAAATAATTTTGTGATTTTTTTAGGTTTTTTTTGATAATTAATAATTAAATAAAGTAAAATTATAGAAAAGAAAGAAGTCAAAAAAAACATACTAACTGTATGAAATAACATTATTTTTATTCAGATGTTAATTTTAATTATCATCACAATAGAAATAACAACAAAATAAAAAAATGTAAAAAGATACTAATAAAATAAAAATAGAAAAAAATGCATTAACATTAAAAAAATCTTATGTTTTTTAAGGGGTGATCTTAAGTTATCGATAACTAGTCATAAAAATCATTCGTAAAAAATTGATAATTCTGGTTAATGGGACGGTAAAAATTACACAATCAGGTTGTTTTTCAAGCAAATAAAAAGGCACTAAAAAATAAGTTTTATTTTTCAGTGCATTATATTAATTGATTAATTCATAATTAATATGAATGTATTCTGTTTTTTGCTGTAGAGGATTAGCTAGAAATCCCAGTCATCATCTTCGGTATTGATCGTTTTACCAATAACATAAGAAGAGCCTGAGCCAGAAAAGAAATCATGATTTTCATTTGCATCTGGCGATAGTGATGAAAGTATTGCTGGACTAACATTAGTTATTTCATCTGGAAATAGTGCTTCATAACCTAAATTCATCAGCGCTTTATTCGCATTATAATGAAGGAATTTTTTTACATCTTCTGTCCAACCGACAGAGTCGTAGAGATCTTCTGTATATTTAACTTCATTATCATATAAATCTAATAATAATGAGAAAGCAAAGTCTTTAATATCTTGTTTCTCTAATGATGATTTATTTAATAACTGATTTTGGAATTTATAGCCAATATAATAACCATGAACGGCTTCGTCACGAATAATTAAACGAATTAAGTCGGCTGTATTGGTTAATTTCCCTCGACTTGACCAATACATCGGTAAATAAAATCCAGAATAGAATAAAAAAGACTCTAAAAATACACTGGCAATTTTTTTCTTTAATGGATCACTATCTTGATAATAACGCAAAATAATATCTGATTTCTTTTGCAAATAGGTATTTTCTTCACTCCAACGATAAGCATCATCAACATCTGTTGTTAAGCAGAGTGTCGAAAATATCGAGCTATAAGAGCGAGCATGTACCGCTTCCATAAAACAGATATTCGATAATACCGCCTCTTCATGAGGAGTCTGAGCATCAGGCATTAAGGTTGGTGCCCCGACCGTATTTTGTATCGTATCGAGCAGTGTAAGCCCTGTAAATACACGGATAGTCAACTGTTTTTCAGCTTGGGTTAAGGTATTCCATGAAGGTATATCATTAGAAAGTGGAATTTTTTCGGGTAACCAAAAATTCATGGTTAAACGGTTCCAAACTTCTAAATCTTTTTCGTCTTCAATACGATTCCAATTTATCGCATTAACACGACTTAAATAAGATGCAGACATAGTAACACTTTCCTTATCATTATTATTAAAGGGCGCATGAAACACAGCCTTTTATTTCTGTGCCGGCTAATGCTGTTTGTCTAATACGAATGTAATACAAGGTCTTTATACCTTTACGCCATGCATAAATTTGTGCTTTATTAACATCCCTTGTGGTTGCTTCATCAGAAAAGAATAATGTTAGCGATAATCCTTGGTCGATATGTTGTGATGCTTGGGCATAGGTATCGATAATTTTTTCTGCGCCAATTTCATAAGCATCTTGATAAAAATGACGGTTTTCATTGGTCATAAAAGGGGCGGGGTAATAAACCCGACCGATTTTACCTTCTTTTCTTATTTCAATCGGTGCCACAATGGGGTGAATACTCGATGTAGAGTGATTGATATAAGAGATTGATCCTGTTGGTGGTATTGCTTGTAAGTTTTGATTATAAATACCGTGAGTCATAATCGAGAGCTTAAGTTTTTGCCAATCTTCTTGGGTTGGAATATGAATATTGGATTGGTTAAATAGCTGGTGGACTTTTTGGGTTTTAGGTAACCACTGTTTTGATAAATATTTATCAAAATACTCCCCAGTGGCATATTTTGACTGTTCAAATCCTTTAAAGCGCTGTTTAGTCTCTATCGCTAATTGGTTAGAGGCTAAAAGGGCATAGTATGTTACGGTATAGAAATAGATATTGGTAAAATCAAGCCCTTCTTCTGAACCGTAATAAATCCCTTCACGGGCTAAATAACCATGTAAGTTCATTTGCCCTAAACCAATGGCATGAGATGCTTGGTTGCCTTTTTCAATAGAAGGTACTGATTCTATTTTAGTCATTTGTGCCACACTCGTCAGTGCTCTGATGGCAACATTTACGGTATGCGCAAAATCTGGTGAGTCCATCGCCATAGCGATATTCATTGATCCGAGATTACAGCTAATATCATGACCAATTTGTCGATAACTTAAATCAGGATTGTATTCACTGGCACTATTTACTTGTAAGATTTCTGAGCATAAATTGCTCATATTAATTCGGCCCGCAATCGGATTTGCGCGATTGACGGTATCTTCAAACATAATATAGGGATAACCTGATTCAAATTGAATTTCAGCTAAAGTTTGAAAAAATGCCCGTGCTTTAATTTTTTTCTTACGTATCTCTGCATTGTTGACCATTTCAGTATATTTTTCGCTAATACTGATTTCTGACATAGGAACGCCATATACTCGTTCTACATCATAAGGTGAAAATAGATACATATCTTCGTTGCGTTTAGCTAATTCAAAGGTAATGTCGGGAATAACGACACCTAATGAAAGCGTCTTAATACGTATTTTTTCATCAGCATTTTCTCGTTTTGTATCTAGAAAATGATAGATATCAGGATGATGAGCATGGAGATAAACCGCTCCAGCACCTTGTCTTGCGCCTAATTGATTGGCATATGAGAAGGCATCTTCAAGCATTTTCATTACCGGTACTACGCCAGACGATTGGTTTTCAATGCGTTTTATGGGGGCTCCTGCTTCTCGTAAATTAGTCAGTAAGAAAGCAACACCTCCGCCACGTTTCGACAATTGCAACGCAGAATTGACTGCTCGGCCAATGGACTCCATGTTGTCTTCGATACGTAATAAAAAACAAGAGACCAATTCGCCACGCTGTTTTTTTCCACAATTTAAGAAAGTAGGGGTTGCAGGCTGGAAACGGCCACTAATTATCTCATCGACAAGGTGAGTGGCGAGTTTGGTATTCCCCTGTGCTAGGGTTAAGGCAACCATACAAACACGATCTTCATAGCGTTCGAGATAACGCTCACCATCAAAGGTTTTTAAGGTGTAACTGGTGTAGTATTTAAATGCACCTAGGAACGATTGAAAGCGAAATTTTTTGCTATAGGCATGCTTAAAAAGCTGTTTGATAAACGGGAAATCATACTGCTCTAATACTTGTGCTTCGTAGTAGTGTTGTTGCACCAGAAAATCGAGCTTTTCTTTTAGATCATGAAAAAACACCGTATTTTGATTAACGTGTTGACGAAAAAAATGGTGGGTGGCTAATTTGTCTTTATCAAACTGGATATTGCCTTGCTCATCATAGAGATTGAGCATGGCATTTAAGGCGTGATAATCGAGTTGTTCTATAGAGTGGGTCATATTTTTTATCTCATTCACTTTTTAGTCATTATTTGCTAGCTGACCAAAATGTGCTTAATCCGGTTTTTA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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>NZ_CP053898|1132296:1143650|1137670_1137895_-|WP_004246071.1|DBSCAN-SWA
MSVILYTKPNCVQCSATERALQQQKIPFTAVDLTQDTQALAKIVSMGYRQVPVVVNGDEHWSGFCPDKIRQIAR

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_004246075.1|1132296_1133496_-	glycine betaine/L-proline ABC transporter ATP-binding protein ProV	G3M9Y6	Bacillus_virus	3.8e-28	37.6
WP_004247427.1|1134105_1135074_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta	R4TBI6	Mycobacterium_phage	3.5e-133	71.0
WP_075206322.1|1135099_1137226_-	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	V9VI16	Lactococcus_phage	1.2e-205	51.3
WP_104836297.1|1137254_1137659_-	class Ib ribonucleoside-diphosphate reductase assembly flavoprotein NrdI	R4JF54	Bacillus_phage	6.3e-12	38.5
WP_004246071.1|1137670_1137895_-	glutaredoxin-like protein NrdH	V5UN81	Mycobacterium_phage	1.4e-13	47.9
WP_017827772.1|1138176_1138650_+	methylated-DNA--[protein]-cysteine S-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_004246068.1|1138847_1139057_+	transcription antiterminator/RNA stability regulator CspE	A0A1W6JNX5	Morganella_phage	5.9e-22	74.2
WP_004246058.1|1139513_1139888_-	fluoride efflux transporter CrcB	A0A2H4J148	uncultured_Caudovirales_phage	2.7e-25	52.0
WP_004246057.1|1139903_1140869_-	lipoyl synthase	NA	NA	NA	NA
WP_004246056.1|1140970_1141615_-	lipoyl(octanoyl) transferase LipB	NA	NA	NA	NA
WP_026090527.1|1141976_1142240_-	YbeD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004246054.1|1142438_1143650_-	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA	B6DZZ7	Stx2-converting_phage	8.6e-105	49.1

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP053898|1292630:1397615|DBSCAN-SWA
ATTAGCTAAAAAGGTGCAAAATAAAAGGAAAAATAAAGGGTGCAGTAAGTGAAGTAATAATACCGCAAGTCATTAATGCTAATGAACTATATGCCCCTTCAATATAATCGATTTCAGCAGCTCTAGCTGTACCCACTGCGTGAGAGACTGTTCCCATCGCTAAACCACGAGAAGCGTGAGTTGGAATACGTAATATTTTAAATAGCGTATGACCAAAAATGGCACCTAAAATACCTACTGCAATAACACATGCAGCACTGATTGCAGGAATACCACCTATGGAATCCGCAACAGCCATTGCGATAGGGGTTGTTACCGATTTAGGCAAAATGGAGGCAGCAATTTCAGGAGTCGCGCCAGCCCATAATGCAATCGCTGTACCACTAGCCATGGCGGCGATACTACCAATAAAGCAGATACTAATTAACGATTTCCATTGTGCGCGTATTTGGTGTAATTGTTGATATAAAGGGATAGCTAAAGCAACCACAGCAGGTTGCAACAAGTCGTTAAGGATACGACTTCCGGCAAAATAATCCTCATAGGCGGTGTGTGTCACTAATAAAATAGGAATAATAACAACAATAGCAATCAATAACGGATTTAAAATAGGCCATTTAAATCGAGCCGCTAGTTTACGTGCTAAGTAGAAAATAATAAGTGTTAGCGGTAATGACCACCAAATATTCATTAATATTAACATTTTTTCTTCTCACTTAACGCTCTGTCGTCGTCTTGTTGTTCTGCTAATTCTACATCCTCTACTTTATCGGGTTTAGCACCGATAATAGGACGTTCACGATGCACGTAATGTGAGCAGTAAGCGACTAGCGCCATCACCGCAAAGGTACTGACAACACAGGCCAGAACAATAGGAAAGAGTTGTTGGCTTAATAAATTATAATAGTTCATTACACCCACCCCGATAGGAATAAAGAGCAATGACATATTTTTCAGTAAAATATTACCACCGGGTTTTACCCAACGTAATGGAATAAGCTGGAAGGCAAGTAAACCAAATAGAATAAGTAGTCCAACAATACTGCCCGGCACCGCGAAAGGTAATAAGGCTGAAATAAGATTACCGGCAAAAAGACAAAGATAAAGTATAAAAAATGATCGTATATAGTGCCAGATTGTGATCTGCACCCGCTTAGATTTCATAGATATGTGTCCTAAATCAACTGACGTATTTATCATACACCAATTTTCAAAGTGTGCTATGGATCACAATAAAAAAAGAGCGGGGCTCTTTATAGAACCCCGCTTTGTATTTGCATTTTGAATAAAGGTCAGTTTTTATTTCACTTGGTGACCCGGTTTAGCCCCACTATCTGGGCTAAGTAAGAAAATATCTTCACCACCAGGGCCTGCGGCCATCACCATACCTTCTGAAATTCCAAAACGCATTTTGCGAGGTGCTAGGTTTGCAACCATAACCGTTAAGCGACCTTCTAATACTTTCGGATCAGGGTATGCAGAACGAATGCCGGAGAATACTTGGCGTGTTTCTCCCCCTAAGTCCAGTATTAATTTTAGCAACTTATCTGAGCCGTCAACGAAATCAGCCTGTTTAATTTCAGCAATGCGCATATCAATTTTGGCAAAATCATCAAATTTAATGGTTTCTTGAATAGGCGCGTCTGCTAATGGACCCGTGATTTCTTTGACTGGCGCAATGGTACTTTTTGAAGCTTCTACCATTGCATTGGCTTTATCCATTTCAATACGATTAAACAATGCTTTAAATTTAGTAATTTCATGGTTTAACAGCGGTTGCGACAGAGCATTCCAAGTTAATTCAGTTTGTAAGAAGGCTTCTGAACGTTCTGTTAAAGAAGGTAGAATTGGTTTTAAATAAGTCATCAGTACACGGAATAAGTTAATTCCCATAGTACAAATAGCTTGCAACTCAGCCTCTTTACCTTCTTGTTTAGCAACCACCCAAGGCGCTTTTTCATCAATATAGCGGTTAGCTTCGTCTGCTAATGCCATAATTTCACGAATAGCTTTACCAAATTCACGGTTTTCAAAACATTGTGCGATGCTTTCTTGCATATCGACGAAATGTTGATATAACTTCGCATCATCAAGGTTTGCCGCTAATCTGCCATCAAAGCGTTTACTGATAAAACCCGCAGTACGGGACGCGAGGTTAACCACCTTGTTGACGATATCGCTGTTTACACGCTGTACAAAGTCTTCTAAGTTTAGGTCAATATCATCAATACGTGATGAAAGTTTTGCCGCATAGTAATAGCGTAGGCAATCAGCATCAAAGTGATCAAGATAGGCACGTGCCGTAATAAAGGTACCGCGAGATTTTGACATCTTCGCACCATTGACGGTGACATAGCCATGCACAAATAGGTTGGTTGGTTTACGGTATTCACTACCTTCTAACACTGCCGGCCAGAATAAGCTGTGGAAATAAACGATATCTTTACCGATAAAATGGTATAAGTCAGTTTTGCTCTCTTTGTTCCAGAACTCATCAAAGCTTAAATCACCACGCTTTTCACATAGGTTTAAGAATGAGCCCATATAACCAATAGGGGCGTCTAACCAAACATAGAAATATTTACCCGGGGCATCAGGGATTTCAAAACCGAAATAAGGGGCGTCACGGGTGATATCCCACTGTTGCAGACCGCTGTCAAACCACTCTTGCATCTTATTGGCTACTTGCTCTTGCAATGCACCGGAGCGGATCCACTCTTGCAACATATTGCTAAAGGCTGGGAGATCAAAGAAATAGTGTTCAGTTTCACGCATTACCGGCGTTGAACCCGATACCACAGAGCGAGGATTAATTAATTCTGTCGGGCTATAAGTTGACCCACATACTTCACAGTTATCACCATATTGATCGGGCGCTTTACACTTAGGGCAAGTCCCTTTAACAAAACGATCAGGCAAGAACATGCCTTTTTCTTCATCATAAAGTTGAGAAATCGTTTTACTTTTAATATGACCATTTTTTTTCAGGGCTAGATAAATTTTCGTCGATAATTGACGATTTTCTTCACTGTGTGTGGAGTGATAATTATCGTAGCTGATATTAAAACCGGCAAAATCCTGTTGATGCTCTTTGCTCATCTCTTCAATCATGGCTTCTGGGGTAATACCCAATTGTTGAGCTTTCAGCATAATAGGCGTGCCGTGAGCATCATCAGCGCAGATGAAATGAACTTCTTTGCCGCGCATTCGTTGGTAACGGACCCAGATATCAGCCTGAATGTGTTCAAGGATATGACCGAGATGAATTGAACCGTTAGCATAAGGTAACGCGCAGGTTACCAATAATTTATTCGCGACGTGAGACATAGTAAGGATCTTACTTCCATTAAATTAAAAAAAGGGTCTTTGATGTTAACCTATCCGTCATGATGTCGCTAGGGCAATCATAGAGTTTTTGCAAGAGAAATTTCGCTTGGCAAATTGAGGTAAGGCATTATCGTAGTCATTGACTATCTGATATGATAGGTGCACTCAGATATTTAATGAATAACGAAAATGAGAGGAGCCGGGATGAGTGATAAATCCCCCGAGCAGACCACCCCTGAGATTCTGAAAGAAAAAGTTTCAGGTGTCTTGTCTACTTTTGAACACCCGACATTGAAACGTAATCTGCTTTCCCTAAAAGCATTACATCAGTGTGCGATGATTGATGATGTCCTTCATATCGAATTAGTAATGCCGTTTGTGTGGAAAAAACCTTTCCAACAACTGATTGAAGAAAAAACGGCAGAGCTGCGTAATATGACGGGAGCCAAAGCTGTTGAGTGGAAGCTAAAACACAATATTGCCACACTACGTCGTGCAAACGATCTACCAGGTATTAATGGCGTACGTAATATTCTGGCGGTGAGTTCAGGTAAAGGCGGGGTGGGTAAATCCAGTACCGCGGTAAACCTTGCTTTAGCGCTTGCACAAGAAGGGGCTAAAGTAGGTATTCTGGATGCGGATATTTATGGTCCATCCATTCCTAATATGTTAGGTACAACCATGGAGCGCCCAACTTCACCAGATGGGCAACATATGGCACCTATTATGGCGTATGGTCTAGCATCTAACTCTATCGGTTATTTAGTCACAGACGATAATGCCATGGTATGGCGTGGTCCAATGGCAAGCAAAGCGTTGATGCAAATGCTGCAAGATACATTATGGCCTGATTTAGACTACCTTGTGATCGATATGCCACCAGGAACGGGTGATATTCAATTGACCTTATCACAAAATATTCCGGTGACTGGCGCCGTTGTTGTTACAACACCACAAGATATTGCGCTGGTGGATGCGATGAAAGGCATTGTCATGTTCAAAAAAGTCAATGTACCCGTATTAGGTATTATTGAGAATATGAGTGCGCATATTTGTAGCAATTGTGGTCATCTTGAGCCTATTTTTGGTACAGGTGGTGCTGAGAAATTAGCCGAAAAATATCATTGCCAATTATTGGGTCAAATTCCACTGCATATCTCTTTACGTGAAGATTTAGATCGCGGACAACCGACGGTGATGCGTGATCCTGAAGGTGAGTTCGCTGATATCTATCGTGAAATTGCTTCAACTGTTTCTGCGCAAATGTATTGGGATGGGGATGCTATTCCAACGGAAATTTCTTTCCGCGCGGTATAAGCGGTGAAACAATAATCTATTGATTATTATGGGAAGTCTTTTAGGCTTCCTTTTTTTTATCCGCTGAGATCCGACTATTTTTGATAAAAAACAAAGAGATTTTTGGTTTTACGCTGGAACCAGAAGGATTTCAAAACTATAATCTGCGCGAGCGTAATATTTACATATTATTACGTTATTCCTCTTTTTTATTTCAAACCAGGTTTTTTATTATGGCTGACACAGCACATCAGTGCACAATTGTAGGTATCGCTGGAGCCTCTGCTTCAGGTAAAAGTCTTATTGCCAGTACACTTTACCGTGAATTAAGAGCGCAAGTAGGTGATCATAATATCGGTGTGATACCAGAAGATTGC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MFVVIFGRPGCPYCVRAKQLAETLSEKRDDFDFRYVDIQAEGITKADLSKTVGKPVETVPQIFIDEKHIGGCTDFEAYAKEHLGIYN
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_004247590.1|1296160_1297273_+	iron-sulfur cluster carrier protein ApbC	NA	NA	NA	NA
1296970:1296985	attL	NA	NA	NA	NA
WP_004247591.1|1297485_1298127_+	uridine kinase	A0A1V0SAA3	Catovirus	2.0e-36	38.7
WP_004244515.1|1298203_1298785_+	dCTP deaminase	I4AZP2	Saccharomonospora_phage	1.5e-30	41.6
WP_049218427.1|1298830_1300762_+	outer membrane assembly protein AsmA	NA	NA	NA	NA
WP_104836319.1|1301218_1302580_+	anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC	NA	NA	NA	NA
WP_104836320.1|1302741_1304322_-	TerC family protein	A0A0R6PEZ3	Moraxella_phage	2.6e-37	46.3
WP_004247595.1|1304566_1305973_+	NADP-dependent phosphogluconate dehydrogenase	A0A1D7RI04	Synechococcus_phage	8.6e-32	29.7
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WP_080047930.1|1307235_1307457_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080047929.1|1307453_1308047_-	hypothetical protein	A0A088C4R7	Shewanella_sp._phage	4.3e-09	28.5
WP_172767668.1|1308046_1308745_-	Rha family transcriptional regulator	A0A286S260	Klebsiella_phage	1.3e-57	54.0
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WP_172767670.1|1311655_1312168_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767671.1|1312168_1313317_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_165122624.1|1313628_1314297_-	helix-turn-helix domain-containing protein	K7P850	Enterobacteria_phage	1.7e-62	54.5
WP_172767672.1|1314402_1314621_+	hypothetical protein	Q8W647	Enterobacteria_phage	5.2e-21	75.0
WP_172767812.1|1314613_1314862_+	hypothetical protein	A0A286S2B5	Klebsiella_phage	1.4e-17	56.0
WP_172767673.1|1315123_1316689_+	DEAD/DEAH box helicase family protein	A0A286N2P9	Klebsiella_phage	1.1e-218	69.1
WP_172767674.1|1316685_1317660_+	toprim domain-containing protein	A0A286N2Q0	Klebsiella_phage	1.5e-104	55.4
WP_017827437.1|1317659_1318043_+	antitermination protein Q	A0A088CD47	Shigella_phage	5.5e-50	72.2
WP_004247148.1|1318339_1318861_+	DUF1440 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_152964260.1|1318941_1319121_+	Rrf2 family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_129623577.1|1319100_1319364_-	DUF1883 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004250558.1|1319727_1319997_+	hypothetical protein	A0A2H4FNF0	Salmonella_phage	3.3e-17	47.8
WP_104836572.1|1319996_1320467_+	lysozyme	A0A1W6JNW4	Morganella_phage	2.9e-48	57.5
WP_167767280.1|1320448_1320607_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767675.1|1320609_1321071_+|lysis	lysis protein	A0A1P8DTG0	Proteus_phage	6.5e-45	78.0
WP_036976897.1|1321070_1321436_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_104836570.1|1322069_1322447_+	hypothetical protein	A0A1P8DTD7	Proteus_phage	2.5e-39	72.4
WP_104836569.1|1322506_1322857_+	HNH endonuclease	A0A1P8DTD1	Proteus_phage	2.4e-60	93.0
WP_049218006.1|1322853_1323051_+	hypothetical protein	A0A1P8DTB8	Proteus_phage	6.4e-26	87.7
WP_104836568.1|1323198_1323672_+|terminase	phage terminase small subunit P27 family	A0A1P8DTK5	Proteus_phage	9.2e-55	66.9
WP_071425264.1|1323675_1325409_+|terminase	terminase large subunit	A0A1P8DTK0	Proteus_phage	0.0e+00	98.2
WP_017827276.1|1325405_1325567_+	hypothetical protein	A0A1W6JP78	Morganella_phage	1.6e-11	62.3
WP_036905261.1|1325556_1326786_+|portal	phage portal protein	A0A1W6JP33	Morganella_phage	4.8e-212	87.8
WP_036905264.1|1326775_1327381_+|head,protease	HK97 family phage prohead protease	Q8SBH9	Shigella_phage	5.3e-87	81.0
WP_064506418.1|1327396_1328626_+|capsid	phage major capsid protein	A0A1W6JP20	Morganella_phage	2.9e-185	82.0
WP_026164628.1|1328711_1329014_+|head,tail	phage gp6-like head-tail connector protein	A0A1W6JNZ5	Morganella_phage	6.8e-35	70.0
WP_080749322.1|1329020_1329347_+|head	phage head closure protein	Q7Y406	Yersinia_phage	2.6e-16	44.5
WP_017827270.1|1329333_1329723_+	hypothetical protein	Q7Y405	Yersinia_phage	1.0e-30	50.0
WP_026164627.1|1329731_1330124_+	HK97 gp10 family phage protein	Q7Y404	Yersinia_phage	1.2e-31	57.9
WP_060961287.1|1330146_1330623_+|tail	phage tail protein	Q7Y403	Yersinia_phage	1.2e-57	75.5
WP_017827267.1|1330622_1330973_+|tail	phage tail protein	Q6UAW8	Klebsiella_phage	6.2e-16	40.5
WP_172767676.1|1331229_1334535_+|tail	phage tail tape measure protein	Q6UAW7	Klebsiella_phage	2.7e-193	43.5
WP_036901058.1|1334535_1335135_+	hypothetical protein	S4TSP7	Salmonella_phage	4.0e-55	55.4
WP_017827264.1|1335131_1335713_+	hypothetical protein	Q7Y3Z7	Yersinia_phage	1.1e-49	50.0
WP_172767677.1|1335754_1336399_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_049210594.1|1336464_1336863_+	hypothetical protein	A0A2H4IYI8	uncultured_Caudovirales_phage	4.1e-32	47.7
WP_172767678.1|1336863_1339785_+	DUF1983 domain-containing protein	Q7Y3Z3	Yersinia_phage	5.1e-188	49.1
WP_172767679.1|1339787_1340828_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080047907.1|1343241_1343616_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080047906.1|1343693_1344776_-|integrase	site-specific integrase	A0A1W6JP34	Morganella_phage	4.8e-131	62.5
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WP_049197219.1|1347181_1347799_-	bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE	A0A2H4UVM0	Bodo_saltans_virus	1.2e-14	30.1
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WP_004244524.1|1348553_1349291_-	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5- phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4- carboxamide isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_094959759.1|1349297_1349888_-	imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisH	NA	NA	NA	NA
1349661:1349676	attR	NA	NA	NA	NA
WP_104836322.1|1349887_1350955_-	bifunctional histidinol-phosphatase/imidazoleglycerol-phosphate dehydratase HisB	NA	NA	NA	NA
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WP_004252067.1|1352088_1353405_-	histidinol dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_004244529.1|1353411_1354311_-	ATP phosphoribosyltransferase	A0A0F7Q4B0	Cellulophaga_phage	2.5e-08	84.2
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WP_004247605.1|1356413_1357616_+	serine hydrolase	B6DZZ7	Stx2-converting_phage	4.0e-102	50.1
WP_161769285.1|1357705_1359376_-	formate--tetrahydrofolate ligase	NA	NA	NA	NA
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WP_004244537.1|1361202_1362531_-	HAAAP family serine/threonine permease	NA	NA	NA	NA
WP_041701073.1|1363460_1364072_-	undecaprenyl-diphosphate phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_104836325.1|1364929_1366138_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A1B0VCD8	Salmonella_phage	2.5e-189	81.5
WP_004244541.1|1366516_1366780_-	GrxA family glutaredoxin	A0A2I7SAE2	Vibrio_phage	6.5e-26	70.5
WP_004247610.1|1366950_1367253_+	YbjC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012367695.1|1367422_1367926_+	YbjN domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_049221460.1|1367954_1369088_+	23S rRNA (uracil(747)-C(5))-methyltransferase RlmC	A0A1X9I6F4	Streptococcus_phage	4.5e-23	25.5
WP_004244548.1|1369230_1369899_-	arginine ABC transporter permease ArtM	NA	NA	NA	NA
WP_004244549.1|1369898_1370603_-	arginine ABC transporter permease ArtQ	NA	NA	NA	NA
WP_004244550.1|1370633_1371368_-	arginine ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012367698.1|1371382_1372111_-	arginine ABC transporter ATP-binding protein ArtP	G9BWD6	Planktothrix_phage	8.4e-31	36.7
WP_036971351.1|1372217_1373681_-	DUF2867 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004244553.1|1373732_1374635_-	lysine exporter LysO family protein	NA	NA	NA	NA
WP_020945404.1|1374980_1376654_+	DUF2813 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004244555.1|1376795_1377905_+	macrolide transporter subunit MacA	NA	NA	NA	NA
WP_004247615.1|1377904_1379848_+	macrolide ABC transporter ATP-binding protein/permease MacB	G9BWD6	Planktothrix_phage	6.5e-38	41.3
WP_020945405.1|1380010_1380220_-	cold shock domain-containing protein CspD	A0A2H4N7Y6	Lake_Baikal_phage	3.7e-16	59.7
WP_004244558.1|1380509_1380824_+|protease	ATP-dependent Clp protease adapter ClpS	A0A1B1IT64	uncultured_Mediterranean_phage	1.5e-13	44.1
WP_004244559.1|1380854_1383149_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	1.3e-170	42.9
WP_004244560.1|1383268_1383487_-	translation initiation factor IF-1	NA	NA	NA	NA
WP_004247616.1|1383806_1384499_-|tRNA	leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase	NA	NA	NA	NA
WP_104836326.1|1384500_1386252_-	cysteine/glutathione ABC transporter ATP-binding protein/permease CydC	W8CYL7	Bacillus_phage	6.8e-18	22.8
WP_104836327.1|1386254_1388024_-	cysteine/glutathione ABC transporter permease/ATP-binding protein CydD	W8CYL7	Bacillus_phage	3.0e-21	23.5
WP_004247618.1|1388165_1389125_-	thioredoxin-disulfide reductase	A0A2I2L5E1	Orpheovirus	1.2e-64	45.8
WP_004244566.1|1389667_1390162_+	leucine-responsive transcriptional regulator Lrp	NA	NA	NA	NA
WP_172767680.1|1390289_1394114_+	DNA translocase FtsK 4TM domain-containing protein	A0A218M9A2	Mycobacterium_phage	1.7e-90	49.3
WP_004244569.1|1394226_1394832_+	outer membrane lipoprotein chaperone LolA	NA	NA	NA	NA
WP_012367706.1|1394842_1396192_+	replication-associated recombination protein A	G3MBE0	Bacillus_virus	1.8e-79	40.6
WP_004244571.1|1396325_1397615_+|tRNA	serine--tRNA ligase	A0A1B1IVT2	uncultured_Mediterranean_phage	4.1e-97	46.2

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP053898|1473436:1521203|DBSCAN-SWA
TATGAAACTAACAGTTAAGCAAGTTGATAGCAGTAAGCCAAAAGAAAAGGACTATAAACTATTCGATGGAGGAGGTTTATATCTATTAGTTACAAAATCAGGAAGTAAATATTGGAGATTAAAATACCGTATAGATGGCAAAGAAAAAGTTCTAGCTATCGGTGTCTACCCAACCATAACTCTCGCGGAAGCAAGAAAGAAAAGGGATGACGCAAAACGGCAGTTATCTGATGGCGTTGATCCTAACAAGATAAAGAAAGATAAGAAAAGGGATTCAAAGTTTGATGGAAGCAATACATTTAAAAGCATTGCTCTAGAGTGGTATGAGGGAAGAAAAGACCGGTGGTCTGAAGGTTATCGTGATGACATGATGGAAGCATTTGAAAATGATGTTTTCCCATATATTGGAGATCGCCCAATAGCAGAGATTAAACCTCTCGAATTGCTTGAAGTGCTTTCGATAATGGAAAAGCGTGGTGTTACAGAGAAATTAAAAAAAGTTCGTCAGCGCTGTGGCGAGGTTTGGAAATACGCCATTATCACTGGGCGAGCTGAATACAATCCTGCTCCTGACTTAGCTAGCGCATTTATTCCGCATCAGCGAGAAAATTACCCGTACTTATTAGCTGATGAATTGCCTGAATTTTTGTCCTCAGTAGATAAGTACCAAGGGAGTCAGATAGTAAGGACCGCTTTAAACATTTTAATGCTTACCGGTTTAAGACCAGGAGAGTTACGAAAATCAGAATGGTCATTTATCGACTTTGAAAGTAGAACATGGAAACTACCAGAAAAAATAATGAAGATGGGGAGGGTTCATGTTGTACCAATGTCAGATCAGGTGATTTCTTTACTGCGTCAAATACAGCCAATAAGTGGCGATTACCAGTATATTTTTCCTAGCCGAACTAACCATAAAAAACATCTGTCCGAAATGGCAATAAATACAATGATTGGAAGAATGGGTTATAGAGGCAGAGCTACTGGTCACGGTTTTAGACACACCATGAGCACAATATTGCATGAGAAAGGATTTAATACAGCGTGGATAGAGTTACAACTTGCTCATGTTGATAAAAACTCTATCCGTGGTACTTATAACCATGCGCTGTATTTGGAGGGGAGAAGAGAGATGATGCAGTGGTATGCTGATTATATAGATGAGCTGAGAAGTAAAAAGAAATAAAATTCAATTGAGGGTGTTTTCAGGGCAACGAGAATTATTAATTCGTTGCTCTATCCATTCGTCTATCTCACTTTCAATAAAACCAACTGCCCGAGAACCTATTTTAACTTGCTTCGGGAATTCTCCTTTACCAATTAATTTATAAGTCCAAGATTTGCTATATCCTGTTCTATCTAAAACCTGATCCATTCTTAATATTTTATATTCCATTTTACCCTCCTATCCATTCTTCCTTTTATACTGTTCATGATCATCACCACAATCTTTACTGCAGTATGCGCTATTAGGTGCGACCGGTTCTTCGTGACACCAGATACACATCCCGCTATATGATTTAATTGCTACCTTGCGATTTGATAATGACACTTGAATATATAATTCGTTTGTTTCATTTGCTGAGTCGATAATGTCCATAATTACGCTTGCCCTGTTTCAATTAAATAAATTACTAAACATAGTGCTATTAACCCTGAAAATTCAGTAAATGTCATAATTCACCTATGCTATTTTCCATTCATTTAATATTTTATTGCCGATATTAATTAATTCATCTCTATTTACAGTATTGATTATTCTGCGAGGAGTAACATAAGGTCGCCATATTAAAAACATAGAACCTTTATTATTTCCGCTAACTGGCTTTTTTGTTTCTGCATTAATAAAAGATATTCGACCTCCCGTAATTAATCTTACTTCATCAACTGTTTCTAATGCTGATTCATACCAACCCACAGAAGTATCAGAAGGAACTAACATAACAACAGGCTGTAATTGCTTTTTACATTGCTCAGCGGCTTTATTTACCCATGGCTGAATATCTGAATAGGGCGGATTCACCCAAATAGCCCCGTAACTTTCCCAGTCTCAATTCAACGAGTCGTATTTTTCAGTGAGATAATGAGAACAGAGAGCATTATTTTTATCGGCAGCGGCATCTAAATAGAAACCAAATTCAGCGTCCAATGCTGTGAATAAAGGTAAGGGAGTTTGCCATCTGTCACGCAGTTCCTTTGGTGTATGACTACCTCCATAATCAGCTTTCATTCTCCGCATCCTTCATCATTAAGAATAATTCCATAGCTGCGCGATATGGGCTATCGTTTATAACTTGCGCTTTTTCTATAAACTCAATACCAGATGGACAAGGAAGTATATTCCACTCTCCATATCTAGCACACCAGAAATTACTGTCACCAGCAAGTAAGCTGATTTTATTCTCAATAATAATAGGCATGGCATCGGCTGGGTTATTGCATGGGTTAAATTCAATCCAGTTAGCACCATCGCCATAGAAAACTTTATTGCTATGTAAGTCTGTATCTTCATGTTCTATTTTCGCAGCAACAAAGACGCGCTTGTTAATCTCTAAATCAGATAGTTCGGTGTATTTATTCATTATCATCTCCTAGTATTTCATTAATAGTATTTCTGATGTCAATTAAGTCTTGTTTTGTCACATCCATATTCCAAGATGGAGTATTTAAAATAAAACAATCTTTTGTTGTAGGTTCAATCTCAATACAATCTTTGTAATTTTCCAAGCCAGCATAATATTTATCTTTCATTCCATACCTCCCCACAAACTATTTCAACATTCCTCACTGACATTAAATATTCAGCACGTTTATTGCATTCCGATTGCGTGTATATATCTTCCGTTACAGGCACAGCAGAACCCTGTATTAGCATGAGTAATACATATCCGATTATTTGCATGGTTATTTATTTTGAATGTTTAATTAGAGTTTCTTTAATCCAGCTCTCAGCTTCATCATTGCATGACAAAACACTATCCATCATTAATTCAATATCTATTGATTCATTTGCAACGAGAGATAATGTATTCATAAACATTGCGAACTGGCATTCGTCACATTCAATAAAGTTTGCTTTATATGAGCTAATTAAATGATTGCGAGCATATAGAACGCCTAATTTCATTTGTTCTCTGTTAAACTCATTATTCATTTTTTATTTTCACTCCATTGCTGATTAAGCTGTTTCTTATGGATGCTTCTAACGCTGAACGTAAGCATTGACACCCTTGATATTTAATTTCCGTATCTCTCGCAGTATTAACGAGCTCTCTTAGTTGATGATGTTTAATTTCTGGCTCAGCACTTTCGCGCGATGCTTGCCATACATCGAATAGATTTATCGTTGATGATTTATTCTTACTGCGCCACTCTTCAAATTGCTGCCTTGATTTATCCATCACTCCACCTTTTTAAATAAACTGTTAATGACTTTAATTAGAAAATAAATAATTATCAGTTGAATAAATACCATATTCATTCCTCTTCACTGCATCCCTGCGAGTTAAATTAATCTTCCGTTAAATCAATAACATCATCAATAACACTTTGCTTTACTGCGTAATAGCCATCTTCGCCATTGAGTGTTATTTCTTCCGTGTTTGTGTAAATGCTGATAATCGCCTGTTTCAACTTCGCATTTTCTTCTTGTAACTGTTCAATAGTCATATCTATCTCCTGTTTGCATCCTTGCAAATATATCCTTTGGTTAAATCACATAAATAGCGTGGCGTGGGTAGGGGAGTCCAATAGGGGCAAAGGGGATGTCGTCATCGAAATCCATCGGAGGTTCACTTTGTGGTGTTTGTTGTTTAGGTTGTTGTTGCGGTGCTTGCGGTGCTTGCGGTGCTTGCGGTTGCTGAGGTTGTCCCCATCCTTGATTCTGCTGAGGCTTCTGGCTTCCTGCCTGATTACCACTATTACCACCTAGCATCTGCATTGTTCCACCGATATTCACAACAACTTCCGTTGTGTATCGGTCTTGTCCGCTTTGGTCTTGCCATTTACGAGTTTGAAGAGAACCCTCGATATACACTTGTGAACCTTTACGCAGATATTCACCTGCAATTTCTGCTAATTTGCCGAAGATGCACACTCGATGCCACTCAGTTTTTTCTTTCATCTCACCAGTTTGTTTATCACGCCACGATTCCGATGTGGCCAATGTGAGATTTGCAATAGCGCCACCTGATGGCATGTATCGAATTTCAGGGTCTTGCCCCAAGTGACCAATAAGAATACATTTATTCACGCCTTTACTTGCCATATACACTCCATTGATTGCCAAATTGAATGCCTAACTTGTTTAACCCCTGATCCATTACTTCGATGAACTCAGGCACTAACTCGTCGAATTCTTTCATCATTTTTTCGTCACGCTCAACAAGGAAATATGCGATTTCTTTCCCTGCCGGCATGCGTGGGTCAAAATTTGCAAAGTGCCAGATATCCTTACCTGTAACCCACATGGAATATTGAACTTGAGCCACATATTCCTTTTTCATTGCATCGATTCCATTCAATGCTAAGTCTATAAATACGTCCGTGTTATTAGGACATTTAAGCTCCAATCCAGAGCCATCACTGCAAATGCCGTCTGGTGAGCAAGCTATCCGTAGTTGCTCATCTTTAAATATTATTGGCACTTCCTTTGCCGTTAATCCGGTGTAAAACTCGAATGTCATCCTTGCTTCTAATTCGTAGTTTTTACCCCATTCCAGCGTCCTTGCTGATACTTCCTTGTAAACTCCTGTACAGACTTCACCAATAAGGGTGTTTAAATATGTTTTCTTTGTGTCTGTCCATTTTTTCCCTGACTTTGGCTTAGAGATAACCTTCCATGCCTCAGAGGCAGTTACTACACCGAGCCTGATAGACATCCATTCTTCGCTTCCTTGCTCTACTTTGGTTAAATCGATGCCTGTTTTGCTTAGAATGATGTCATTACTAATCATTTTCCTTCTGCCTTTTTCCTTAGCATGTCGATAATGGTATTGGCT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MKKETTKQKLLRTPESLLWKIKEAAARSKRTENQEMLLRLEMSFDDRVEKVMKECL
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MFYTAETLATNSRLQRQWDSLWATRNIYNTQHNLMINQYRNVMDGETLAANQSGGFSKDFWKEVDNNIIQLRDQETGMEIVNDLMGLQTVLPIGKTAKLYNVVGDIADDVSISIDGQAPYSHDHTDYGSDGDPIPVFTAGFGVNWRHAAGLSTVGIDLVLDSQTAKMRQFNKKVVNYFLNGDASISVEGYKGQGLKNHRNTAKIDLGASGANIDLTTADLPALLAFFGFGGAFGQTAFNNKVDAYDVMWVSYEAWGNLIKPVVVSVGAGAGNSVVNGRIIDTLLPYAGVKEIRPTYALKGSEFIAYQRRKDVVTPLVGMATGVVPKPRFMPQENYNFQIMSAAGLQITRDGDGKSGVVYGAKLS
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MNEAIKTAIDIVGTQKKLGEACGITQQAVFKWLHNKAKVSPEHIPLIVKATNGQVKGKDIRPDLPHLWDLGNKYW
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MNELTLASHETNVTMSSREIAELTGKKHADICRDIRVMLVEMYEGNEKDYIRNADLLYLTNHGVSCFHYDKSNPNAWEYLLDRYHSEILVTGYDVKRRAAVIKRWYDLESGKATPIVALNDPEFLRSALLNYTEKVLALESSNKELANKVECMSNLFKEGMTPTQFCKMLNGVNTQQVQMWLAERNWLYNESKSGKNIRWRVASYARDKYMTENQSEINPHGHEPFIKYQPVLLKKGAKRLYDLYLAGELPMKKNWDGLFTHDKEFKEVA
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MSFANWAYTSWATLWRPNGKDKYGKVTFSEPVHFLCGYGSELKSGKLDIGSEITIKLVFWTEYADAKKGDFIAIGKHTGDPLSAGADEIKFIGRDEDLFEHIADDYTLITAV
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MTIEQLQEENAKLKQAIISIYTNTEEITLNGEDGYYAVKQSVIDDVIDLTED
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MMESSLARMIKQQVFDANVARLVKLNDEQWDFILNDQDKCAWAGGHYYGHDYHEWDILMAHDIKYVQTGLREALI

Homologous phage analysis in the prophage region

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1473255:1473307	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_012367596.1|1476009_1476186_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767683.1|1476343_1476589_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_105881171.1|1476945_1477104_-	hook protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767685.1|1477144_1477702_-	single-stranded DNA-binding protein	C6ZR36	Salmonella_phage	3.1e-57	60.0
WP_159287667.1|1477691_1478390_-	YqaJ viral recombinase family protein	A0A2R2Z325	Escherichia_phage	1.2e-74	57.3
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WP_172767687.1|1479267_1479519_-	hypothetical protein	A0A1P8DTG3	Proteus_phage	2.7e-37	92.8
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WP_036905381.1|1479986_1480247_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_161747556.1|1480264_1481206_-	cell envelope biogenesis protein TolA	A0A2I7QK72	Vibrio_phage	2.3e-20	46.6
WP_162557014.1|1481270_1481435_-	hypothetical protein	A0A1W6JP47	Morganella_phage	6.1e-14	59.3
WP_112842868.1|1481469_1482060_-	DUF5420 family protein	A0A2I7QRH1	Vibrio_phage	1.5e-14	30.8
WP_172767688.1|1482117_1482291_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767594.1|1482293_1482608_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_063073726.1|1485424_1485757_+	transcriptional regulator	A0A1P8DTF0	Proteus_phage	3.5e-53	99.1
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WP_172767689.1|1488223_1489135_+	recombination-associated protein RdgC	S4TWL4	Salmonella_phage	3.2e-96	60.5
WP_036976922.1|1489155_1489359_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_124743776.1|1491332_1491953_+	recombination protein NinG	A0A2I7RAC0	Vibrio_phage	3.0e-45	53.6
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WP_081355096.1|1492140_1492779_+	hypothetical protein	Q8HA89	Salmonella_phage	7.9e-33	37.3
WP_004916901.1|1493281_1493671_+	membrane protein	S4TRS4	Salmonella_phage	4.2e-13	35.0
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WP_172767696.1|1494348_1494729_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_172767698.1|1494878_1495067_+	hypothetical protein	A0A2I7RUD6	Vibrio_phage	5.3e-22	85.2
WP_172767699.1|1495523_1496306_+	KilA-N domain-containing protein	K7PH51	Enterobacterial_phage	8.4e-53	43.7
WP_172767595.1|1496322_1496592_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_161682837.1|1496660_1496846_+	hypothetical protein	A0A1W6JNV6	Morganella_phage	1.7e-20	72.1
WP_161682835.1|1496993_1497434_+	ubiquitin carboxyl-hydrolase	Q716H4	Shigella_phage	1.7e-42	65.5
WP_172767700.1|1497414_1498659_+|terminase	PBSX family phage terminase large subunit	A0A1V0E5Q3	Salmonella_phage	3.5e-186	73.5
WP_172767701.1|1498658_1500014_+	DUF1073 domain-containing protein	H6WRT0	Salmonella_phage	3.2e-161	63.6
WP_172767702.1|1499964_1500894_+|capsid	minor capsid protein	A0A1V0E5Q2	Salmonella_phage	2.3e-89	54.4
WP_172767703.1|1500897_1502175_+	hypothetical protein	A0A1V0E5Q9	Salmonella_phage	6.4e-167	69.1
WP_172767704.1|1502174_1502621_+	hypothetical protein	I6S1Q2	Salmonella_phage	1.6e-45	67.8
WP_004247762.1|1502636_1503731_+	hypothetical protein	G0ZND9	Cronobacter_phage	2.0e-145	68.9
WP_004247764.1|1503740_1503914_+	hypothetical protein	I6R9A3	Salmonella_phage	1.4e-08	51.8
WP_172767705.1|1503970_1504369_+	hypothetical protein	I6S619	Salmonella_phage	1.3e-54	78.8
WP_172767706.1|1504368_1504707_+	hypothetical protein	A0A1W6JNW7	Morganella_phage	4.2e-25	53.4
WP_172767707.1|1504708_1505080_+	HK97 gp10 family phage protein	G0ZNE3	Cronobacter_phage	5.6e-39	64.2
WP_094960235.1|1505076_1505445_+	hypothetical protein	F1C5E4	Cronobacter_phage	2.0e-09	28.7
WP_121909259.1|1505509_1506265_+	Ig-like domain-containing protein	A0A1W6JNT1	Morganella_phage	2.0e-107	79.7
WP_060556627.1|1506314_1507007_+	hypothetical protein	A0A1W6JNX2	Morganella_phage	1.2e-90	71.9
WP_172767708.1|1507079_1507403_-	Arc family DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_155195934.1|1507500_1507671_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767709.1|1508387_1509200_+	Rha family transcriptional regulator	A0A2I7RX10	Vibrio_phage	3.0e-45	41.4
WP_063693349.1|1509322_1509730_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767710.1|1509801_1512966_+	hypothetical protein	A0A1W6JNU2	Morganella_phage	5.7e-108	44.3
WP_172767711.1|1512981_1513239_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767712.1|1513241_1513457_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_063109161.1|1513601_1513931_+|tail	phage tail protein	A0A1W6JNT2	Morganella_phage	7.3e-43	72.5
WP_049199072.1|1513927_1514626_+|tail	phage minor tail protein L	A0A1W6JNT8	Morganella_phage	1.8e-115	83.6
WP_161668639.1|1514629_1515349_+	C40 family peptidase	A0A1W6JNU8	Morganella_phage	1.3e-111	74.9
WP_172767713.1|1515285_1515852_+|tail	tail assembly protein	A0A1W6JP03	Morganella_phage	9.7e-35	63.9
WP_172767714.1|1515851_1519526_+	host specificity protein J	A0A1W6JNW2	Morganella_phage	0.0e+00	66.0
WP_172767715.1|1519543_1520968_+	hypothetical protein	A0A1P8DTJ0	Proteus_phage	9.7e-116	54.7
WP_172767716.1|1520972_1521203_-	DNA polymerase III subunit theta	A0A1P8DTI0	Proteus_phage	4.1e-32	94.7
1521412:1521464	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP053898|1541214:1598323|DBSCAN-SWA
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MIKSKTKEERQWLSDVAELGCICCRNMGLGASRAEIHHVRTGQGMAQRASHTDVLPLCPPHHRACYETGFHASPKSWQEIHGSEAELLEQTKIEVMELRACRV
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MKAQPESLTVTLYIHAQKQFDGSYQYNAYAFKADPNAGLGFVIAEHTVDVPFKEPTQTDLIHAEIDFLRNEQEKILADAQVKTSLLEDQIQMLLCLEGKAIAKEDEEIPY

Homologous phage analysis in the prophage region

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1539584:1539643	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_104836353.1|1543440_1543941_-	siphovirus Gp157 family protein	H9C156	Pectobacterium_phage	1.2e-39	55.2
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WP_074561911.1|1546967_1547348_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_172767717.1|1549307_1549532_+	hypothetical protein	H9C163	Pectobacterium_phage	9.5e-18	55.4
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WP_172767718.1|1550963_1552337_+	replicative DNA helicase	A0A192Y673	Salmonella_phage	2.5e-100	45.4
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WP_163784796.1|1553907_1554501_+	DUF1367 family protein	K7PKS6	Enterobacteria_phage	2.5e-57	54.7
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WP_020945472.1|1555534_1555855_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041701088.1|1555969_1556338_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004250558.1|1556418_1556688_+	hypothetical protein	A0A2H4FNF0	Salmonella_phage	3.3e-17	47.8
WP_004250560.1|1556687_1557158_+	lysozyme	A0A1W6JNW4	Morganella_phage	1.1e-47	57.5
WP_004250562.1|1557139_1557298_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004250565.1|1557300_1557762_+|lysis	lysis protein	A0A2H4JHL8	uncultured_Caudovirales_phage	8.5e-13	34.0
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WP_080047798.1|1566232_1566574_+	hypothetical protein	Q6IWU7	Burkholderia_phage	1.6e-08	35.5
WP_115353730.1|1566576_1567008_+	DUF4054 domain-containing protein	Q6IWU8	Burkholderia_phage	5.7e-11	31.7
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WP_165708651.1|1567465_1567837_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_172767726.1|1570880_1573232_+	hypothetical protein	A0A2H5BG44	Pseudoalteromonas_phage	1.5e-17	25.8
WP_004250592.1|1573228_1573756_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004250595.1|1573755_1574073_+	hypothetical protein	Q6IWP9	Burkholderia_phage	7.4e-08	32.3
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WP_004250600.1|1575545_1575890_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004250602.1|1575882_1577070_+|plate	baseplate J/gp47 family protein	Q6IWQ3	Burkholderia_phage	1.1e-69	40.6
WP_004250603.1|1577066_1577723_+	DUF2612 domain-containing protein	Q6IWQ4	Burkholderia_phage	7.5e-39	40.3
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WP_063108968.1|1581303_1583037_-	DUF3413 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
1581053:1581147	attR	NA	NA	NA	NA
WP_004247042.1|1583060_1583288_-	YejL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_104836373.1|1583451_1584456_+	nucleoid-associated protein YejK	A0A1V0E8C0	Vibrio_phage	4.3e-86	47.9
WP_004247799.1|1584539_1584824_-	50S ribosomal protein L25	NA	NA	NA	NA
WP_104836861.1|1584964_1586728_-	DEAD/DEAH box helicase	M4Q3N1	Vibrio_phage	1.1e-95	41.2
WP_049197359.1|1586922_1587627_+	16S rRNA pseudouridine(516) synthase RsuA	NA	NA	NA	NA
WP_004247802.1|1587662_1588847_+	Bcr/CflA family multidrug efflux MFS transporter	S4TR35	Salmonella_phage	3.6e-23	23.9
WP_004247049.1|1589362_1589710_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004247050.1|1589895_1590510_-	bifunctional murein DD-endopeptidase/murein LD-carboxypeptidase	A0A0A8WIF2	Clostridium_phage	2.0e-09	33.9
WP_004247803.1|1590858_1591581_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004247052.1|1591927_1592239_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004247806.1|1592503_1592830_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004247807.1|1592964_1593537_-	elongation factor P-like protein YeiP	NA	NA	NA	NA
WP_064505934.1|1593671_1594913_-	tryptophan permease	NA	NA	NA	NA
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WP_104836374.1|1595711_1596557_-	deoxyribonuclease IV	A0A1V0SBL9	Catovirus	1.2e-25	33.7
WP_172767727.1|1596675_1597884_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A1B0VCD8	Salmonella_phage	2.8e-188	81.3
WP_012368599.1|1597906_1598323_+|transposase	IS200/IS605 family transposase	A0A1S5RHE3	Helicobacter_phage	1.5e-45	62.8

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP053898|1657445:1702103|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_004247118.1|1658654_1659107_-	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_104836381.1|1659099_1659729_-	23S rRNA pseudouridine(2457) synthase RluE	NA	NA	NA	NA
WP_004251822.1|1659867_1661121_+	NADP-dependent isocitrate dehydrogenase	Q77Z09	Phage_21	1.8e-20	90.7
WP_110706675.1|1661229_1662363_-|integrase	phage integrase Arm DNA-binding domain-containing protein	Q77Z04	Phage_21	2.9e-155	72.2
WP_017628380.1|1662337_1662589_-	excisionase	NA	NA	NA	NA
WP_110706674.1|1662674_1663199_-	HD family hydrolase	A0A1W6JP41	Morganella_phage	6.0e-55	61.6
WP_017628378.1|1663483_1664116_-	LexA family transcriptional regulator	K7PLZ5	Enterobacterial_phage	1.5e-39	44.4
WP_006537203.1|1664216_1664423_+	cell division protein	H9C161	Pectobacterium_phage	8.5e-05	40.7
WP_110706673.1|1664460_1664937_+	hypothetical protein	A0A1W6JP72	Morganella_phage	3.0e-45	60.4
WP_036908081.1|1665198_1665378_+	DUF4222 domain-containing protein	A0A1W6JP38	Morganella_phage	2.6e-10	55.2
WP_110706931.1|1665935_1666451_+	hypothetical protein	U5P0A0	Shigella_phage	2.0e-23	44.2
WP_110706671.1|1666472_1667279_+	KilA-N domain-containing protein	A0A1W6JP13	Morganella_phage	3.0e-90	62.1
1667019:1667032	attR	NA	NA	NA	NA
WP_110706670.1|1667275_1668301_+	DUF968 domain-containing protein	A0A1W6JP62	Morganella_phage	1.3e-85	46.8
WP_110706669.1|1668328_1668727_+	antitermination protein	Q8W638	Enterobacteria_phage	1.6e-31	54.3
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WP_110706668.1|1670388_1671933_-	RNA-directed DNA polymerase	Q2P9X0	Enterobacteria_phage	6.8e-232	76.3
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WP_110706666.1|1673743_1674166_+	hypothetical protein	J9Q7I1	Salmonella_phage	2.6e-08	31.7
WP_063691653.1|1674231_1674501_+	hypothetical protein	A0A2H4FNF0	Salmonella_phage	5.5e-20	54.4
WP_110706665.1|1674500_1674971_+	lysozyme	A0A1W6JNW4	Morganella_phage	1.4e-50	62.5
WP_165718961.1|1674952_1675111_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_121910091.1|1675113_1675575_+|lysis	lysis protein	A0A1P8DTG0	Proteus_phage	2.4e-23	45.6
WP_121910092.1|1676868_1677276_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767728.1|1677272_1677611_+	HNH endonuclease	F1C587	Cronobacter_phage	1.7e-39	66.1
WP_060556835.1|1677613_1677826_+	hypothetical protein	A0A1W6JP16	Morganella_phage	6.4e-08	46.3
WP_017628364.1|1677950_1678418_+|terminase	phage terminase small subunit P27 family	Q9B019	Phage_GMSE-1	1.6e-43	59.7
WP_017628363.1|1678371_1680105_+|terminase	terminase large subunit	A0A0U2C138	Paracoccus_phage	3.1e-148	46.6
WP_161779728.1|1680104_1681373_+|portal	phage portal protein	Q77W97	Enterobacteria_phage	3.9e-201	80.2
WP_004242476.1|1681390_1682059_+|head,protease	HK97 family phage prohead protease	K7PM91	Enterobacterial_phage	6.6e-83	65.8
WP_017628361.1|1682062_1683229_+|capsid	phage major capsid protein	F1C582	Cronobacter_phage	1.6e-169	79.5
WP_017628360.1|1683267_1683567_+|head,tail	phage head-tail connector protein	K7PKV5	Enterobacterial_phage	5.7e-34	65.3
WP_017628359.1|1683566_1683896_+|head	phage head closure protein	NA	NA	NA	NA
WP_017628358.1|1683885_1684359_+	HK97 gp10 family phage protein	A0A0R6PHU8	Moraxella_phage	8.2e-11	30.2
WP_017628357.1|1684364_1684706_+	DUF3168 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017628356.1|1684715_1685381_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017628354.1|1685858_1686137_+	DUF4035 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004242485.1|1686161_1686353_-	YqaE/Pmp3 family membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767729.1|1686479_1689755_+|tail	phage tail tape measure protein	B7SE05	Pseudomonas_virus	2.9e-54	46.7
WP_017628352.1|1689755_1690352_+	hypothetical protein	S4TSP7	Salmonella_phage	1.6e-51	52.3
WP_017628351.1|1690351_1690933_+	hypothetical protein	Q7Y3Z7	Yersinia_phage	8.1e-53	50.5
WP_049219722.1|1690949_1691285_+	hypothetical protein	Q775B6	Bordetella_phage	3.7e-10	35.3
WP_049219720.1|1691363_1691762_+	hypothetical protein	A0A059VK01	Pseudomonas_phage	7.1e-32	46.2
WP_049219718.1|1696168_1696507_-	BON domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_060555884.1|1696952_1699259_-	YadA-like family protein	A0A2L1IV32	Escherichia_phage	2.2e-16	60.3
WP_017827607.1|1699869_1700022_+	isocitrate dehydrogenase	Q77Z09	Phage_21	6.8e-20	92.0
WP_020945527.1|1700190_1700349_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_158660324.1|1701860_1702103_+|transposase	transposase	A0A1B0VCD8	Salmonella_phage	2.6e-21	81.7

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP053898|1956597:1966589|DBSCAN-SWA
CTTAAAGCCCAATAATAGCTAAAATCATATCGATGAGTTTAATGCCTAAAAAAGGAACAATTAACCCACTTATTCCGTATAAAGAGAGATTACGGCGTAATAATGAATGAGCAGAAACAGGACGATAATGCACACCTTTCAACGCTAAAGGGATCAAAAAGACGATGATCAAAGCATTAAAAATAACGGCTGATAACATCGCGGATGCTGGGGAGTGTAATCCCATAATATTGAGCATATTCAATTGTGGATATGTCACCGCAAAAGCTGCGGGAATAATGGCAAAATATTTTGCGATATCATTGGCAATACTAAAGGTGGTTAGGGCGCCACGGGTCATAAGCATTTGTTTACCAATATGAACGACTTCAATTAATTTGGTGGGATTTGAGTCCAAATCAACCATATTGCCTGCTTCTTTAGCGGCTTGCGTTCCTGAATTCATGGCCACAGCAACATCGGCTTGCGCTAAAGCCGGCGCATCATTAGTACCATCTCCGGTCATAGCGACAAGTCGGCCTTCTGATTGATATTGACGGATCAACGCCAATTTAGCCTCTGGAGTGGCTTGCGCAAGAAAATCATCTACACCGGACTCGGCAGCAATGGCCGCCGCAGTAAGATGGTTATCACCAGTGATCATCACGGTTTTAATACCCATTTGGCGAAGTTGAGCAAAGCGCTCTTTGATACCCCCTTTGACGATATCTTTAAGTTCAACTACACCAAGGATATTTTGATTTTCAACGACGACTAATGGCGTAGCACCAGCTCTTGCGACTTGCTCGACTATGGTGTTGACTTCATCGGGAAAATGACTATGACTAACTTCGATATGGCGACGAATAGCATCAACCGAGCCTTTACGTATAATACGCTCGCCAATATTTACGCCACTCATTCTGGTCATCGCTGAGAATGGAACAAAAGAGGCTCCCATCGAAGTTAAATCTCGTTCACGTAAATTAAAGCGCTGTTTGGCTAATATAACGATGCTACGACCCTCAGGTGTTTCATCTGCTAAAGAGCTTAATTGCGCCGCATCTGCCAATTGTTTTTCAGTTATTCCTGATAGAGGAATAAAACGAGAAGCTTGGCGATTACCTAAAGTAATTGTCCCTGTTTTATCGAGTAATAAAACATCAACGTCTCCTGCGGCTTCTACTGCACGCCCACTAGTCGCAATCACATTAGCGTCTAACATCCGGCTCATACCTGCCACACCAATAGAAGAGAGTAGTCCGCCGATGGTTGTAGGGATCAGACAAACTAATAATGCGATTAACGTTACAACAGAAATAACCTCACCATGATGTTGGAATTGCACGGCGAACACACTAAAAGGATAGAGTGTGGTACAAGCGAATAAAAAGATCAGCGTTAGGGCCGTTAATAAAATAGTTAATGCAATTTCATTCGGCGTTTTTCTGCGTTTAGCCCCTTCCACCATACCAATCATACGATCGAGGAAAGAGTTACCCGCTTCAGCACTACAACGAATAATCAACCAGTCAGATAACACACGAGTCCCTCCAGTAACAGAAGAAAAATCGCCACCTGACTCACGAATAACGGGAGCTGATTCGCCGGTGATCGCACTTTCATCAACAGAAGCGCCGCCTTCAATCACTTCACCATCACAAGGAATTACCTCGCCAGCATTGACCAAAACAATATCGCCTTTATGTAATAAAAGTGAATCAATGATTTCTTGGGGAGCGTGAAGATCAGCATGCTGTAAGCGCACCGCTTTAGATTGTTGTTTCGCACCTCGTAAGCTTGCCGCCTGTGCTTTACTACGACTTTCTGCTAAAGATTCAGCAAAATTGGCAAATAGTAGGGTTATCCATAACCAAAGCATGACTTGAAAAGTAAAATGATTATCTGGTGGTAGATACCCCAGTAAAACGGCAAACCAAATACCCGTAGTGAGTAGTGCACCAACATAAACAATAAACATCACCGGATTATGCCATTGCGCTTGAGGGGTGCATTTTTTGATAGCATCCAAGAAAGCTGACATCATTGTTTTTCTATTAAAAAGAGGTGTTTTTTTCATGATCAGTTTCCTTATTTAGCCCATAACAACTGTAAATGCTCAGCAATAGGGCCTAGTGCTAATGCCGGAACAAAGGTGAGTGCACCAATCATTATTACTGTGAGGAACAATAGAAAAATAAATAGCGGTGAAGTAGTGGACAATGTGGCTAAACTTTCAGCTTGGCGTTTTTTTATTGCCAAACTACCGGCGATAGCTAAGACAGGCAACATGACACCAAAACGTCCGACAAGCATAGTGATACCTAATAACAGATTATAAAAAACAGAATTAGCATTCAGTCCGGCGAAAGCACTGCCATTGTTATTGGCGGCTGAAGTAAAAGCGTATAAAACTTCACTAAAACCATGAGGACCAGGATTTAAAATCGCTTCGCGACCTACTTCGCTAAAGAGGGCAAGTGTTGTACCTAATAAGGTGATTGCTGGTGATATTAAAATAGCGACAGCAACCCATTTCATTTCTGCTACACCAATTTTTTTGCCGAGATATTCAGGTGCTCGACCCACCATTAATCCAGCGATAAAAACAGCTAACAAAACATACAAGATCATGCCATAAAAACCAGAACCAACACCGCCGAAGATGACTTCTCCAGTTTGCATTAACCACATAGGAACCATACCTCCTAATGCAGTTAATGAATCATGCATGGCATTTACTGCACCACAAGAAGCGGCTGTAGTGACGGCAACAAATAACGCACTGCCTATTAAACCAAAGCGACTCTCTTTACCTTCCATATTTAATGAACTATCCGCACCCATTAAAGTAAATTGTGGATTACCTCGCCATTCAGCCCAAACAATCACGCTAACCGCAACAATAAAAATCAATGTCATTACCCAAAGTAAGGTATAGCCTTGCCGTTGTGTGCCACTCAGTCGGCCAAAGGCGAAGCATAGCGCGGTAGGTAACAGGAATATGGCAAGTATTTGCAAAAAGTTACTGAAAGAGGTTGGGTTTTCATAAGGATGAGCAGAGTTTGCTGCAAAATAGCCTCCTCCATTGGTTCCTAACAGTTTAATCGCCTCTTGAGAAGCAACGGGGCCCATTGGTAACCATTGCTGATTTTCAAGTCCTTGGCTTAATAGCGCGGGATGGAAATTTTGGATCACGCCTTGGCTAACAAATAACAGTGACCAAATAATGGCTAAAGGTAGTAACAGATATAGGGTAATACGACCAATATCTACCCAAGCATTACCAATGGAATGGCAAGAAGATTGTGTTAATGCTCTGATCAATACAAAGGCAACAGCGATCCCCGTTGTTGCTGATAAGAAATTTTGTACTGTAAGCCCCATCATTTGGCTTAAATAGCTAACGGCTGTTTCACCGCTATAGGCCTGCCAATTGGTATTAGTAATAAAACTAATGGTGGTATTTAATGCTAAATCCCAACTCATATTAGGTGCAAACTGTGGATTTAAAGGTAAATAACCTTGATTAAGTAAAATTACCAATAATAAAAGTGCTCCCATTGAGTTAAAAATTAACAGGGCGAACATATAGTGATACCAACTCATAGACTGAATCGCTTTGCCGGCAGGTTTAAAACCACAGCTACGCCAAATAACCTGTTCTGTTTTTGTTACCCAATGAGGTAAATCACCTTCTATGAGACGAGCAAGATAATTGCCAATCACTTTTCCCATAATCAGTAAGACGGTGAGAAAAACGGCAATATAGATCAACGTTGTTGTTGCCATTTTTAAAATGCCTCTGCATGAAACAACACATAAATAAGATAAGCAGTGAGCACAATCACTAATGCCACAGCACCGAATATCAACATTTGAACTATCCTTTTGCGATTTAGATTGAGTAAAGCTACTGAAAGAGGTGTAAAGATGTTGATAAAAGCGCTATGGCGGATGTAAAAAAAGTATAAAAATGCTGACCAAACCTAAATCAAGGCTTAATGGTGGAATATTTTATTCCTCAATAGGTTGAAATAATGCCATCCCTTTGTTAGATGTAATAAATGGTCGAATAATCTGCTGATTAAGCAGGCTGAAAATACCCCTTCACGAGGAGAGATTGAATGAATGCTATCTATTTAAAGACCAAGTGGTTTTTCTACTTCTTAGGCCTATTAATGGTTTCATCTATCTTTATGGTAAAAGCAATGGCAAATTCTGATAAAGCAGATCTAGTAACACTGGCACAAGAGGGAAACTTGCCAGAATTAAAGCGCCAGATAGCGCAAGGAGAGAATATTGAACAACGAGATATCAAATTGCGTACACCGCTAATGGCGGCTACTCATGCGAATCAAATTGAGGTGGCAAAATACCTGATTGAACAAGGGGCTAACGTCAATGCCCGCGATGCTATCTATGATTCACCTTATCTTTATGCTGGAGCGAGAGGATTGCAGGAAATTTTAGCTTTAACCTTAGCCCATGGCGCAGATCTGAATAGCATCAACCGTTATGGTGGTACGGCATTGATTCCTGCGGCGGAGCGCGGCCATGTTGCCACAGTAAAAACCTTGATTGATGCCGGTGTGGATGTCAATCATGTTAATCGCCTTGGTTGGACTGCGTTAATTGAAGCCATTATTTTAGGTGATGGAAGTCAAAAATATGCAGATATCGTGACGTTGCTGATCGATGGTGGGGCGGATGTTAATTTAGCTGATGGATCTGGACGTACACCATTAACCTTAGCGAAAGATAAAGGCTATACCAATATCATCAATATTCTTCAACAAGCAGGGGCAAAATAATGTCAGATAAGCAATTTATACAGCAAGCCATTTCGCTTGCCACAGAGAATGTGAAAGTTGGTGGGCGTCCCTTTGGCGCGGTGATCGTGAAAAATGGCCAAGTGATTGCTCATGCTGTTAATCAAATTACAGCGACAAATGATCCAACTGCACATGCAGAATTATTAGCATTACGAGAAGCTGGAAAAGTGTTAGGACGAGCAAAAT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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP053898|1956597:1966589|1961902_1962514_-|WP_104836433.1|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP053898|1956597:1966589|1958666_1960367_-|WP_004248043.1|DBSCAN-SWA
MATTTLIYIAVFLTVLLIMGKVIGNYLARLIEGDLPHWVTKTEQVIWRSCGFKPAGKAIQSMSWYHYMFALLIFNSMGALLLLVILLNQGYLPLNPQFAPNMSWDLALNTTISFITNTNWQAYSGETAVSYLSQMMGLTVQNFLSATTGIAVAFVLIRALTQSSCHSIGNAWVDIGRITLYLLLPLAIIWSLLFVSQGVIQNFHPALLSQGLENQQWLPMGPVASQEAIKLLGTNGGGYFAANSAHPYENPTSFSNFLQILAIFLLPTALCFAFGRLSGTQRQGYTLLWVMTLIFIVAVSVIVWAEWRGNPQFTLMGADSSLNMEGKESRFGLIGSALFVAVTTAASCGAVNAMHDSLTALGGMVPMWLMQTGEVIFGGVGSGFYGMILYVLLAVFIAGLMVGRAPEYLGKKIGVAEMKWVAVAILISPAITLLGTTLALFSEVGREAILNPGPHGFSEVLYAFTSAANNNGSAFAGLNANSVFYNLLLGITMLVGRFGVMLPVLAIAGSLAIKKRQAESLATLSTTSPLFIFLLFLTVIMIGALTFVPALALGPIAEHLQLLWAK
>NZ_CP053898|1956597:1966589|1961388_1961850_+|WP_004242888.1|DBSCAN-SWA
MSDKQFIQQAISLATENVKVGGRPFGAVIVKNGQVIAHAVNQITATNDPTAHAELLALREAGKVLGRAKLDDCVVYASGQPCPMCLAAMRMAGISQIFYAYSNDDAQPYGLSTANIAKALRVAPEQQEGLQFVQIKPEDEKQPALYQLWSQQS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017628120.1|1956597_1958655_-	potassium-transporting ATPase subunit KdpB	E4ZFI9	Streptococcus_phage	2.2e-31	26.1
WP_004248043.1|1958666_1960367_-	potassium-transporting ATPase subunit KdpA	NA	NA	NA	NA
WP_004242887.1|1960702_1961389_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_004242888.1|1961388_1961850_+	nucleoside deaminase	S4VYZ2	Pandoravirus	7.0e-15	34.6
WP_104836433.1|1961902_1962514_-	Tat proofreading chaperone DmsD	A0A077SLS7	Escherichia_phage	5.6e-28	39.1
WP_004242891.1|1962653_1963514_-	dimethyl sulfoxide reductase anchor subunit family protein	A0A077SK59	Escherichia_phage	3.7e-25	35.5
WP_004242892.1|1963515_1964133_-	dimethylsulfoxide reductase subunit B	A0A077SL61	Escherichia_phage	2.2e-72	58.6
WP_017628118.1|1964144_1966589_-	molybdopterin-dependent oxidoreductase	A0A077SK27	Escherichia_phage	5.6e-220	50.4

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP053898|2301407:2342019|DBSCAN-SWA
ATTATTGATATAATTCTTTACGAATATTCACTAATACTTGTTTAATTAATTCGGGATTGATTTTTTCTGGTAATTGACTTTGTTGAAAAGCTTGCTCAATTTTTTCTATTAATATTTTGCTTCGCTCAAATAATGTTTCATAACTTAAAGCACCAGATTTAATTTCTAACAATTCATCCCTGTTATCACACCAAACTTTGACTTTTTTTTCAGTGGCAATTCCTAATGCAATATAAAGCAACCTAAAAGTGTGCATCATATTTTTACTATCGTAACTTCGTCCATGTTCAATATTTTGCTGATAGCGGGCTTCATTACGCTCTTCAACCCATTGCCAATAAGCATGATACTGCTTGCAATAGGTACTGTAGCCGTCTTTATTAAAACTAAGATAGGCTTGTAATATGGCTGTTTCAGAGACACTGCTTAGTAAAACATCGGTAGCATTATCTTTTTTTATTACGCCTTGATAATCACTATTTGGATCATAAAAAACTGCATAAAGATTTTGTACATGATTGATTTTAACCAACCCAATATTTTGCTGCTCCCAACAACGTTTTTTAAGCCAATTATTCAGTAATAGGCTTTTTCCATCTTCAATGATATAACAGAAATCAAGGATTGTTTTTAACTCTTTATCTATAGGATCCATGATCTTCTTATTTAACCCTTGCGCTTTTTTTATTTGCCCTTGAGCATAATGCACAAAAGTCTGTACGCATTCCTTTGATAAAAACCATTCTGGGTTAAGTTGCATAAATAATGGATGACGATAAATAACAACATGCTCTGGTGCATTTAATAATTCTAAAATATTAGGATTAGACGCACACAGTAATTCAACAAATCGCCCTAATTCATAATAAACGATATCATTAGTTTTATTACTTACTTGTGGCACATAATCAGAGCAATAAAACATCTCTTTAGGTAGATAAAAAACACCTTTAATATCAGTATCTGAACTATCTGTTGCCAAATTTTGTGAACGACTACCTGAAATTGTTTCAAATAAAAGGTAAGGCTTTATATTGTCAATGGTCAGTTTCATCAAGTATTTTCCTAAACCAATTATTTAATATTTCACTATCTGGTACGGTGCGTTTCGCTAATTGAGTTGCTGTTTCTTGCCATAAAAAAGTGATCAGTTTTTGCATATTATCGGTTGGTAGCCAAGTAAAGTGTTCATCTTTGTCTGCTTTAAAGCTCACTAACTCTCGAATAATTATTTGCTCATCTGTGGTTAATATATTTATTAGCTGATTAAGCTCCATCGGTGGGATATTCCCCGTTTTTACTGTCCAATAAGCAGCTAAAAGTGAACGTAATAGATAGAAATATTTTTTTAATTTTATGGGTTCATCTATCGCTTTACTTGCATGACTCTCTTCAAAATGATGTCTACTAACGGCTTTTGCGATCCCTCTATAATGATGAACAATGATTTGGGGTTGATAATATAATTGTGCCAACTCAAATAATTCTTTTTGGATACCAGCATATTGTTGATAAACAATAGGTGATTGTAACCACTCAAATAAGATAGCATTTGACTTACGTAATAGATGCAATGCTTTCGTAATATCCCAAGCTCCTACATCAAACCAATTATTTTCTATCCACTCAAATGTTTCTTTAGGTTTATCAATTGAAAGATATGCATTGCGAGGCCGTATAAAAATACCTCGTACATCATAGTCACTATCCGTTGATGCGAAGCCCCAAGCACGGCTTCCACTTTCAGCGACATAAAGTAGTTTTATTTGATGCGTTTGCTCTATTTGTGGCAGTTTTTTTAATATCTGATTATGCATGATGATGTTACTCGGTATTTCCTTACAACTCTTAAATTTAATAATGTTGCCAATTATGATGATGACTAGAGCTAACAATAGCAACATAACTACTTTAGTATCTTAATTTTATAATTTATTTTTTGACACCGTCACATATACCGTCATTTTTTTCGGTTCTTGTCAACCATTACTAACCATAGAAAACAAAAAAGCCACCAGTAACATACTGATGGCTATTGGTTTTTTAACCTTTATCAACTATTGCTGATAAACGTTATTTTATTCCCACTCAATTATATTCTAGTAATTTAACTCACTGATAAATATAAATTATAGTTAAATTAGATATCACTAACACCGTCACCGATACCGTCATTATGAAATCTGTCTACTTTTTCATCGGTAAGAATTGAGGAGTTTTTCCTTTGCTTCCAGCTCTGAAATGCAAAGGTTAAGTGTTCTGGTATTTTCATCTGCACGCTGAGCTTCACGCCCATATCGTTCAAGTGTTTCTCGTAGTTGTCGAGAAAGTTCACTGGCTTTAGCTTTCTCAATTCGGCAGGTATTGGTGTTATCGGTACTTGCAACTTCTGTTTTCGTGGTACCGGTTGAGAGCTGCACCCTGTCAAAGTGATTAAGAACACGATCAAGCAAAGCATCTGTGCGTATCGTATCATGCTGTTGTGCGTCATGATATATCTCCAACCTATTCTGCTGTTCATTGTCTGCTTGTTTACGCAGATCAATATTTGTGGCCACATCCTTTTCATCTAATTGATTACCTGCAATCTGTCTATTCATTGCTTGGTTATCAAAATAAATACCGCCAGCAACAAAGCCAGCGGTAAAGGAAACAGCCAAAGCAATTAGCGCTATGACGGTTTTATTCATTAACGAACCCCATTGTGTTCTAATGAAAAATGATTGCCGTCAGGACGAGTTTTAAAACGCCCACCCCAACTTCCACCTAATGACTCCCAATACTCACCCAGTTCTTTATAGTCGCTGGTGGCTGTAAGGTATTTTCCGTTAGCATCAAATAGGTTGAAATCAACTGCTAAACGTTGAGTATGCAGACTGTTACTAATACCCGATCCTTTCTTTGCATTTAATTTAGCTTGTTCTTCGGTACGATAAGCCTCACCAAACGTTAGTTTATATCCCTTCTGCTGAGCAAAGGTGATCAGCTTTGCAACCATACCTGTAAACGTATTCTGTTTATCGACTAATGACATATTCACCCCTTTATAAACTTGATGACATTGCCTTTACTGACCATCAACGTTGTGCAGATCAAGATATTGGCAAAGATGTTGTAGATATCAGCGTGATAATTAGGATCGAAGTAAGCGCGAATAGGTACGCTTGAAGAGTAAGCAAGAATGAGGAAAGCTAACCATCCACCTTTTTTACAGTGTTGTCTGCCGTCACGTTTAAAATAGAACACACGTAGAAATATGACAGTACAGATGATGGCATTAACAATAGTGAGCAATGTTTCGCATTTCATTGTTGCCCTCCTTGTTTCGGTATATCAGCCCTTCCGTATGCTTTTACGCTTAACTTAACCACAAGCAAAGCGGAAACAAAAGCACCTACGGCATCGATATGTTCGATTTCGTATTGCTCCGGTTTAACACCGAAAAGGCCAGTAACAGAAATAAATATAGTTGCTGCGGGGCTAAAGAATATAAGACCACAAACGAAGCTTAAAAAGGCTAATACCGATCTACGTTTAAAGCTATATTCAGTAGCAGCAGTGGTAAAGAAGATGGCTCCCAACAGTGAACCCATAACAACTTCTGCTGGAAGCCCTGCGAAGTAGCCAAGAAAAGCAGTAGTGCCGATCCCAGCTTTTGTGTAGACATCTTCTTGCATGAGTGTAGTACCAGTGATTAATGAGTAATCATGATACTACATAACCAATGAGATAAACAAAAAACCATAAAAGGAAAAATAAATCACATGGAGAACATACCTATATTTAAAGTGAGTCTCATTTATTATCATGTTCCTGTTAGTGAGTTGTCATTTATATTCTAAATATATCTTAAAGTAACTACTGGATGAAATGACGCCACCGTATCACCTGTAAACGATGTTACTTTTACGCTCGTTAAGTCAGGCTTAACACATTTAAAAACCACCTTAGCATCAATTCGTTGATTATGGTTAGTTAATCCAATATATGCAGAATCCCAACCCGTTCCTTTTGCAAAAGACACTAAAGATTTATTTTCGTCAGTTATAAACAGTGCACCATTATCTAATGAGCTTTTAAATACACCTGAAATAGACACCTCAACCAAAGCACCTATACGGAATCCTATATCATCAAAAGATACAATAATATTACCTTGTATTGCGGATTGAGCCTTTTTAAATGATATTACCTGCCCACCGTTATACTTGCCTCCTTCTATCGCCTTTCCTCCCATGGAGTTGGATATATATGTAGGAGTAGGTGTATAAAATGGATCTTCTACGTAAGTATCACACCAAATATCAGATATCTCACAACCAAAACTAGTATTAGAGTTCAACTGTATCAATCCAGAATGAGCACCTTTAAATGTTAGGTTTTTAAAATGACATCGTTGATTATCACCTGATCCTGAAATCCCAACAATTGAATTGGAACTTGTATTCTGAAATACCCAATCAGACATTACAATATCGTGCCATGAACGACCAATTACTAATGTTTGGCTTGTAAGATATATTTCATCTGACATTTGAATAAATGCTTGAGTTGGAGGGGATGAATGTGAAGTAAACTCAATTTTTCCACCAAAGTAGGTGTTGTGATTAAAATGCAACCCAGACATAAAGTTGCCAGAATCTCTTTCAAATACTAAACAATATTTTGTTCTATCAATTGAAGCGCCTAGCCAGTTATCTGTTACTGACAAGTCTAAAACTTCATGAATTGACAACGCTCGACCAAAATTATCTATTGTACAGTTATGAATTTTTATACCTTCAGGATACCTACCTTCATTAGCATACGATAATCTTTCGCCTATTGATATTCCTCGGGTTTCTGAAGATGTCGGATTAGTTCCAAAAATAATGCTATTCGTGATGTTACATTCAACATTTTTATGCTGCAAACGTAATCCATTTCTACCATAAAAGAAACTGTTATCTATATTCCACGATCTTCCCCAGTCTGACTGTAAAAACCAATTAAAATTATAC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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012368028.1|2302443_2303223_-	nucleotidyltransferase domain-containing protein	A0A2D1GQQ2	Pseudomonas_phage	1.1e-31	39.3
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WP_020945794.1|2304095_2304440_-	M15 family metallopeptidase	F1BUL3	Cronobacter_phage	7.7e-43	84.3
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WP_172767815.1|2305244_2307527_-	hypothetical protein	A0A193GYU1	Enterobacter_phage	1.5e-49	44.9
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WP_109391136.1|2322505_2322820_-	hypothetical protein	Q2A090	Sodalis_phage	1.2e-13	45.5
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WP_143475677.1|2328504_2328900_-	RusA family crossover junction endodeoxyribonuclease	G8C7V6	Escherichia_phage	1.2e-34	60.9
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WP_036976826.1|2330280_2331123_-	hypothetical protein	A0A0D4DBT2	Acinetobacter_phage	3.8e-51	59.7
WP_004243371.1|2331133_2331319_-	hypothetical protein	A0A0F6TJB7	Escherichia_coli_O157_typing_phage	6.0e-10	50.8
WP_064505757.1|2331457_2331736_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004243373.1|2331813_2332422_+	hypothetical protein	A0A0F6R8L7	Escherichia_coli_O157_typing_phage	1.5e-28	35.4
WP_004243375.1|2332670_2332832_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767745.1|2332818_2334543_+	PD-(D/E)XK nuclease-like domain-containing protein	A0A0U2I1R6	Escherichia_phage	9.3e-113	47.5
WP_172767746.1|2334588_2335671_+	recombinase RecT	H6WRX0	Salmonella_phage	1.2e-105	54.4
WP_004250862.1|2335715_2335973_+	AlpA family phage regulatory protein	NA	NA	NA	NA
WP_109418857.1|2336039_2336918_+	DNA cytosine methyltransferase	A0A120HUM8	Bacillus_phage	4.6e-23	25.8
WP_172767747.1|2336924_2337626_+	hypothetical protein	R9VWB9	Serratia_phage	6.3e-60	51.2
WP_109418919.1|2337798_2339253_+	phosphoethanolamine transferase	NA	NA	NA	NA
WP_172767748.1|2339315_2339789_+	class I SAM-dependent methyltransferase	A0A1W6JP48	Morganella_phage	9.2e-71	78.7
WP_172767749.1|2339785_2340427_+	DNA methyltransferase	I6PDF5	Cronobacter_phage	5.1e-72	60.6
WP_163754225.1|2340429_2340627_+	hypothetical protein	A0A1P8DTH3	Proteus_phage	2.4e-17	63.5
WP_020945830.1|2340626_2340815_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767750.1|2340822_2342019_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	T1S9J3	Salmonella_phage	2.8e-140	61.7
2343415:2343429	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP053898|2528591:2547480|DBSCAN-SWA
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MDLRRIRLGIEVGERLQWYEGLRISASGTKYANPLQNECNVTISGLNAQTRDYLLTETSPYNNNKQTRRLYLEVGRVNTGLLSLFIGDIVSAEIDSPPDVTLTLSAKTSHQSAGKIISSSGGTMRRLSEIALAIADDCGVKLDFQATDKNIANWYYCGSALHQIERLQEAGDVKAFIDDDTLFVKDDDKALKSRLRILNMNSGMIGIPKATESGLTVSYLIDSTSELGGMLRLESKLNPSLNGDYIIEQLAFSVASHEADFNYTAICKRA
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MSLLPVFSQVLTLDAEVSDNALNNIRKSTNEILEEMKKIEQGASAGINRFFAFVQEIAASFNELSLEPEINLSVDNQEIIQASETVENSIQQIVKTALSSTQEFDTFLQNILTGLTSLSLDEPINIEINSGETQEKIHSITSSIDALKDAMSVLNYTRNLLSNDVDSDASHLANLNAEYQAMEDQLASLNNELTLLTEAEKKNKENKLVIDEVIKNLGADYDQFISTMQTQGIKAAIEEAQAQRRLSSSVDETGKSYQQTVDKMKDFILNAIGATDIMGTLQKVFSASLERSQEIESLDKLSKKMGVAAIDIDAFSGAMAAIGGTKEAAQADLAAMANAFDDTQDPIEQLLQVADNVKNMSFDDAQKELEKLGVVDDKTIELMMKGRQELERTMGVQKQFSGINDDSIESAIQLNATIHKFSQLAAQFKNNFLDMIIPTLAKGMEWFDKLVDFCVKNKDIVISFFSAIGAAVAIYYLPVMISAAASTLAMALPIIAIATVIGLLGVAFKLVYDDIMNFINGNDSMIGRILEKYPVLKSVIMTIWQAWQSFFEYLKEAVTVVADFVIAAWDLISNSFNQFIQTLEIGINNLIAWGQSIIDIFIFVSDSVVSLFEWMWGCVEKILDFVDEKINLIQDIWQSAKSFFGMDDEEKEIRVVQKVERRLTNEGELDYILPQSQTATRYYSPMQEVKSLNNGLAISSNNSLNPMTSQMISNQSSIKNESNVQIGEIKIETQATNGAEVVKEIKKSYTEQEAKNISQNHSSGWRV
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MRTFAINQHNDLVIDAKGDLQICDNDEAVKNLCQHFIKAVRGEMLHKKDKGIPYWSATFSRQVDIPLFEMAFRQRLAEIEEVVAISHFNAFLDNGVLKYQADIRTIYGGFTLHG
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MHELPLVFFTVLGSSAAGLFLIAYISKKLGQIDEQQLRNANILALILMLVGLGIGGLHVGQPLRFFNMLLGVGRSPMSNEAFLSGVFTGFAFATVALTIMKKWRGLREICNLFTVIFGLAFVWSIPQVYHIPTIANWNTDYTTLQFWMTLLIGGGVLAMVSGARRLGALSFIIGAIITFAARSGYVSFLSFNGPELSAEQSLFWGFQLAVLALGIVVVGFSALKAQTSKVTLATCAAAVVIAELSGRIAFYNLWHITM
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MLIKPKEITVIDSDRQQHTFIISRLPATIGREILAKYPLSNAPKIGDYEVSKEAMLKMMAYVAVEKEGQEIYLKTSTLIDNHVPDGEALIRLELEMLKYNTSFFGNGGSQNFLQYLLGKLSGSLPSIIKTLMASLPSSSQPASPLSQNSKQP
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MSVIATIGIGYLIGAVLSFIITFFLTKDPSLAMRLLSAFLIAITWPLSFPMAIIFSIFG
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MSKPNNDIASVGSLAGAFSSAFRHLMMNTDDMLPATVIDYDEKSNRAVIKPLVMMLTTDNQTISRAPVANIPVFRFGGGGFFIRAPIKAGDFGWLKANDRDISLIFQRGGLEDRPNTTRLHTFSDAMFFPDTLKGWVIDGKNIDALVIQSMDGSVCFSLHNDKVVLETPKYEINAPETIFTGNVTVNGNYAVNGNSDSQGGVMRHNGKDIGSTHRHSGVQAGKDNTGSPI
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MSIKQTRYVDIASAVIGVSTAPMRKLTARIFSTNPKIPAGKVLEFTSGQVDAFLGADSPEAQFARQYFSYVSPAPVSKPKELQIASYEPMGRAPTLFGGPVATLDKLKLIEEGELTLVIGDVTKKISKLSLQDVTSYSDIASLIQAKLNAESEPQFASCYVTFNAMDSAFLISGGVQEKAQISVNNSPLADALGLSQGQTSEGNASQTALEAFMAAEAISDSFGSATFLTELSIEQSVELAEYVAGENVKYQLYLSVPDQQAEMYSKALMNTASTGLNLKTEENFFVQALPMAIMAATDFERTNATTNYMYRQFGITFPSQVTTDMAADRLDKLRVNYYGETAVSGSEISFYQRGFLCGNGANPVDMSVHANEQWLKAYIAQQWLSLLLSTRGIPANKDGEARAMMIIAGAVTKALNNGTIQTGKALTEVQKIAITDAAGDDLAWHDVQNKGYWYNAEIVEQTGPGNLPEYTMKYVLIYGKGDWVRKVEGSHNLV

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_004243609.1|2531041_2531659_+	dimethylsulfoxide reductase subunit B	A0A077SL61	Escherichia_phage	1.3e-88	67.8
WP_004243611.1|2531662_2532439_+	dimethyl sulfoxide reductase anchor subunit	A0A077SK59	Escherichia_phage	5.1e-42	39.8
WP_104836535.1|2532554_2533097_-	DUF924 domain-containing protein	A0A1V0SIY0	Klosneuvirus	2.7e-18	34.2
WP_017628013.1|2533665_2533845_+	GhoT/OrtT family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_004243615.1|2535244_2535901_-	DUF2612 domain-containing protein	Q6IWQ4	Burkholderia_phage	2.3e-35	39.9
WP_104836536.1|2535897_2537085_-|plate	baseplate J/gp47 family protein	A0A2H5BG53	Pseudoalteromonas_phage	1.3e-73	37.9
WP_004243617.1|2537077_2537422_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012368086.1|2537418_2538111_-	hypothetical protein	A1Z003	Burkholderia_virus	1.6e-34	37.1
WP_004243622.1|2538113_2538926_-	hypothetical protein	Q6IWQ0	Burkholderia_phage	9.0e-42	39.2
WP_004243623.1|2538894_2539215_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004243624.1|2539227_2539716_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_004250717.1|2539718_2542022_-	hypothetical protein	A0A2H5BG44	Pseudoalteromonas_phage	1.1e-15	23.3
WP_004243627.1|2542104_2542563_-	hypothetical protein	Q6IWV4	Burkholderia_phage	1.9e-25	48.5
WP_004243628.1|2542622_2543075_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012368089.1|2543085_2544573_-	DUF3383 domain-containing protein	A0A088C3U1	Shewanella_sp._phage	4.2e-77	35.7
WP_012368090.1|2544581_2545094_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012368091.1|2545130_2545580_-|lysis	lysis protein	NA	NA	NA	NA
WP_004243635.1|2545576_2545981_-	hypothetical protein	A0A0E3JJ20	Enterobacteria_phage	3.8e-25	45.8
WP_004248367.1|2545983_2546283_-|holin	phage holin, lambda family	A0A1P8DTE4	Proteus_phage	1.9e-21	51.0
WP_104836537.1|2546664_2547480_-	antitermination protein	M9NZB0	Enterobacteria_phage	3.5e-54	43.4

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP053898|2757510:2857978|DBSCAN-SWA
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MKRNVLLIIVAGVMGLLLIFKFDALLTENSQLKGDNLALKKSVISHQDAIEHYQEELARLSELDKQHTKALTDAKNDISRLNDELRNNTKRVYIKADCPNPDNHTTATAGMGNATSARLTETAQQDYLRLLEMMAENKAQTEYLIDYTNRLLQYINELNHEKACKPA

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_104836601.1|2768452_2769157_+	fimbrial protein	NA	NA	NA	NA
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WP_004248507.1|2802471_2803488_-	UDP-glucose 4-epimerase GalE	A0A2K9L5H6	Tupanvirus	5.7e-86	48.9
WP_004248508.1|2803919_2804879_+	glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrB	M1I636	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	1.1e-17	25.9
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WP_004243990.1|2806912_2807404_-|protease	serine protease inhibitor ecotin	NA	NA	NA	NA
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WP_004244007.1|2818461_2818671_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012368178.1|2819944_2820163_-	ogr/Delta-like zinc finger family protein	Q53ZE7	Salmonella_virus	1.7e-19	70.3
WP_172767753.1|2820215_2821313_-	phage late control D family protein	E5G6Q3	Salmonella_phage	1.9e-111	56.5
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WP_104836609.1|2821776_2824611_-|tail	phage tail tape measure protein	A0A2H4JE61	uncultured_Caudovirales_phage	5.8e-112	41.6
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WP_104836611.1|2825104_2825620_-|tail	phage major tail tube protein	E5G6P8	Salmonella_phage	1.6e-55	58.5
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WP_104836613.1|2826895_2828527_-|tail	phage tail protein	A0A2I8TVA9	Erwinia_phage	1.8e-57	72.4
WP_104836614.1|2828516_2829128_-|tail	phage tail protein I	F1BUP2	Erwinia_phage	3.2e-76	69.4
WP_104836615.1|2829120_2830029_-|plate	baseplate assembly protein	A0A218M4K5	Erwinia_phage	1.3e-108	66.6
WP_104836616.1|2830030_2830369_-	GPW/gp25 family protein	F1BUP4	Erwinia_phage	1.4e-25	49.5
WP_104836617.1|2830365_2830992_-|plate	phage baseplate assembly protein V	Q6K1H6	Salmonella_virus	9.0e-58	59.8
WP_104836618.1|2831057_2831693_-	phage virion morphogenesis protein	A0A0M4RCU1	Salmonella_phage	1.5e-28	35.8
WP_104836619.1|2831682_2832120_-|tail	phage tail protein	E5G6N3	Salmonella_phage	1.2e-32	48.6
WP_087726277.1|2832094_2832598_-|lysis	lysis protein	M1FJ79	Enterobacteria_phage	1.4e-05	30.1
WP_087726278.1|2832594_2832999_-	M15 family metallopeptidase	K4F776	Cronobacter_phage	4.6e-39	57.4
WP_012368194.1|2832991_2833306_-|holin	phage holin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_104836620.1|2833325_2833532_-|tail	tail protein X	K4PAW7	Burkholderia_phage	8.1e-16	51.5
WP_104836621.1|2833531_2833987_-|head	head completion/stabilization protein	E5E3S2	Burkholderia_phage	2.4e-28	45.3
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WP_102086891.1|2834732_2835878_-|capsid	phage major capsid protein, P2 family	A0A1S6KZZ3	Salmonella_phage	6.8e-128	67.7
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WP_104836623.1|2836875_2838630_+|terminase	terminase ATPase subunit family protein	A0A1S6KZW3	Salmonella_phage	2.3e-260	73.2
WP_104836624.1|2838629_2839658_+|portal	phage portal protein	A0A1S6KZW5	Salmonella_phage	4.0e-135	67.5
WP_087726286.1|2840137_2840533_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_104836625.1|2840603_2841284_-	hypothetical protein	V9IQL5	Stenotrophomonas_phage	1.9e-16	27.2
WP_104836626.1|2841490_2843869_-	replication endonuclease	Q7Y4B8	Escherichia_virus	1.1e-164	47.3
WP_104836627.1|2843868_2844192_-	DUF5405 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_104836628.1|2844191_2845019_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	F1BUN1	Cronobacter_phage	3.0e-61	47.8
WP_087726417.1|2845018_2845327_-	DUF3850 domain-containing protein	A0A218M496	Shigella_phage	6.5e-09	41.1
WP_012368208.1|2845328_2845550_-	TraR/DksA family transcriptional regulator	F1BUS2	Erwinia_phage	2.6e-12	52.1
WP_104836629.1|2845542_2845800_-	DUF2732 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_049220105.1|2845817_2846213_-	DUF5347 family protein	NA	NA	NA	NA
2845978:2845993	attL	NA	NA	NA	NA
WP_036908537.1|2846262_2846538_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_152964418.1|2846547_2846700_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012368213.1|2846899_2847175_-	hypothetical protein	Q1JS60	Enterobacteria_phage	3.7e-16	47.0
WP_012368214.1|2847277_2847577_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	Q1JS29	Enterobacteria_phage	4.8e-33	70.7
WP_087726416.1|2847643_2848627_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	Q83VS6	Escherichia_phage	8.2e-98	56.2
WP_004244024.1|2848795_2850310_-|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A2K9L3L6	Tupanvirus	4.1e-88	38.0
WP_096043105.1|2850318_2851417_-	peptide chain release factor 2	A0A0S4KWG0	Pseudomonas_phage	4.1e-05	37.3
WP_046334647.1|2851588_2853322_-	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	4.7e-64	29.1
2852586:2852601	attR	NA	NA	NA	NA
WP_046334648.1|2853331_2854039_-	bifunctional protein-disulfide isomerase/oxidoreductase DsbC	NA	NA	NA	NA
WP_004244032.1|2854072_2855014_-	site-specific tyrosine recombinase XerD	A0A0K2CP59	Brevibacillus_phage	4.1e-30	30.7
WP_004244033.1|2855121_2855640_+	flavodoxin FldB	NA	NA	NA	NA
WP_004244035.1|2855740_2856148_-	protein YgfX	NA	NA	NA	NA
WP_026090407.1|2856455_2856731_-	FAD assembly factor SdhE	NA	NA	NA	NA
WP_004248524.1|2856991_2857978_+|tRNA	tRNA-modifying protein YgfZ	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP053898|3033887:3085224|DBSCAN-SWA
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MNKYKAELINGKPVILLNGNMIEKGFISYSDAEKRANNLNSKFKVAHTYKIK
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MRQIKINSGSWQKDLEMVVAVIDEDKFKKSCEQINKFYSGDEYRADIHGSHEKAGFAMFCAECFQQIAFNNFKDEEWLTEQFDWSKDKGIDGYPSLDDMGIRIDEIEPWFIDSDDIEITGW
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MSKSKKTQQPVGKQPFRIKDIDLEKASASGEEKKYAHFERYEPLPGVIPESKKEAVFAMDATPYDMLNTMSIGDEYSGFRGYPQLAAMSQQVEYSNMHSVFADEMTRNWIEVKSRKEGDPDIELMENALVKYDVKRLIHDAVKQDSQYGVAHVYIDTGAKTDDELEKPLFLDPRKIPKGSLKGLRVVDPTWIYPAMYNTQWPLADDFYKPSAWFVMGKTVHESRFMDIVSRPVPDILKPSYNFGGLSLTQLMEDYVVDWRDAKKNVIKILRTLRMRALKTDMDARLQMPGEFDKRIKMFTQYQDNFGVWVIDTGEDLIHMQTSLSELSNLLSNYQDQLCIPSRITNLKLLGNAPAGLNASGESELSTWHETVSGYQDGNLRRPLENIFKIIQLSEFGEIKEDIYFEFRPLDEISEKERAEITKIRVDAVAVAADSMLVNSEEARDALKGIEGAGFENLDGDYEPEDNETEAY
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MSVTAKDFLDLAKSNLSENSSEMEHRNCISRAYYSLYHATCSSLIYCPPTTHQGVINYLFSPAERKKEPFDQKILISVGAVLKQQIIKRHMADYELNKQVFKSEAESSVMAIEKTIKKLED
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MFTDLIAAIEEARYLKSKFKFDYSVVQKSSGLMKVETNHRAELYPQIGVMFSTKNDTKHTVLPEVR
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MPMFKVACKWNGEPWEKDIEAEDEGDCAEHIYLWAVIGAKANITELDIKEIPQQ
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MNAYYEYVIKAQELSRQQSLGRMYALALRLEEIMDDLHERAEVMRRDLAIKRGVE
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MANLRKEARGRECQIRIPGVCNGNSETVVLAHYRMSGICGTGIKPNDIFGAWACSACHDESDRRTHYVDAEYAKQCHLEGVIRTQDILIKEGKIKV
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MTISMFWIYVNFFSCLFAVIRLVNYERNGAKYKFFPSLIAWVLIVMLGSIPLRILTNDYAHADPFEVGINITLCALIILSRGNVMQIFRGVSKNDTR
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MGMGHNERTITSANSVMMIRCKGIYDDWVRIQGFQADNAWEFGDANIGETRMGVDGKQSIGYTPHETPWTLYLEANSASIEVMETIRKDFNSNMEVRPIEIIIEMPSIAKRYTGKGGLTTMKGGPSGKKMLDGTTYNFNMVTEGAEEI
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MAFQSSVRLYSGVGQEGQPASNSPIIAAAGGSGAFKAGDDGLNMCRFAWRDAKDPKKLNNKGTGKPVGFVYNNANATIDYLQSNSLLIPKGREASPIVGGDFWAKSATQAIVGQKVFAVLADGTIKTGDAGATVDGAIETEWYVASAAAVGDLFVISTWSKA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_046334688.1|3033887_3034514_+	GrpB family protein	A0A2K5B2B6	Erysipelothrix_phage	1.7e-11	31.6
WP_172767757.1|3034704_3035361_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_104836659.1|3035777_3036470_+	type 1 fimbrial protein	NA	NA	NA	NA
3036947:3037002	attL	NA	NA	NA	NA
WP_172767758.1|3037176_3037407_+	DNA polymerase III subunit theta	A0A1P8DTI0	Proteus_phage	1.3e-33	97.4
WP_172767759.1|3037407_3038028_-|tail	tail fiber assembly protein	A0A0M4RTP2	Salmonella_phage	2.2e-16	30.2
WP_172767760.1|3038027_3039719_-|tail	tail fiber protein	M1TAS6	Escherichia_phage	1.9e-25	48.9
WP_172767761.1|3039726_3040359_-	DUF2612 domain-containing protein	K4HYS2	Acinetobacter_phage	3.3e-47	49.0
WP_172767762.1|3040358_3041549_-|plate	baseplate J/gp47 family protein	E2GM17	Acinetobacter_phage	8.2e-76	40.4
WP_049206563.1|3041545_3041899_-	hypothetical protein	I2GUF7	Acinetobacter_phage	9.4e-28	52.1
WP_172767763.1|3041900_3042593_-|plate	phage baseplate protein	A0A2R3UAK1	Myoviridae_environmental_samples	1.5e-29	42.0
WP_172767764.1|3042573_3043464_-	hypothetical protein	E2GM20	Acinetobacter_phage	6.8e-59	41.4
WP_156733210.1|3043450_3043726_-	hypothetical protein	A0A1X9SFF3	Acinetobacter_phage	2.9e-16	46.7
WP_172767765.1|3043726_3044434_-	hypothetical protein	A0A1V0DZ59	Acinetobacter_phage	4.8e-47	55.0
WP_161706779.1|3044509_3045334_-	DUF3800 domain-containing protein	A5X9G9	Aeromonas_virus	3.8e-56	43.8
WP_172767766.1|3045687_3046683_-	DUF4431 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_161748304.1|3046679_3046895_-	hypothetical protein	A0A1W6JPG4	Morganella_phage	4.1e-18	69.7
WP_172767767.1|3046963_3049357_-	hypothetical protein	A0A1W6JPF2	Morganella_phage	1.2e-179	47.6
WP_172767768.1|3049610_3050021_-	hypothetical protein	A0A068CGG2	Acinetobacter_phage	1.4e-19	40.7
WP_129037599.1|3050020_3050467_-	hypothetical protein	A0A1V0DZ74	Acinetobacter_phage	9.7e-38	51.0
WP_172767769.1|3050479_3051937_-	DUF3383 domain-containing protein	H9C0W5	Aeromonas_phage	1.3e-67	34.3
WP_156733202.1|3051948_3052434_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767770.1|3052421_3052802_-	hypothetical protein	K4I3A0	Acinetobacter_phage	2.6e-23	42.6
WP_161769605.1|3052788_3053247_-	hypothetical protein	A0A077KC03	Edwardsiella_phage	2.7e-35	57.6
WP_161769604.1|3053239_3053644_-	DUF4054 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767771.1|3053646_3053973_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767772.1|3053974_3055000_-	hypothetical protein	A0A077KC85	Edwardsiella_phage	3.1e-63	37.5
WP_172767773.1|3054999_3055488_-	hypothetical protein	A0A077KAW3	Edwardsiella_phage	2.2e-35	47.8
WP_129037614.1|3055490_3056651_-	DUF2213 domain-containing protein	A0A219YBB9	Aeromonas_phage	7.5e-58	36.2
WP_172767818.1|3056700_3057414_-|head	phage head morphogenesis protein	A0A2R3UAK2	Myoviridae_environmental_samples	3.9e-41	40.8
WP_172767774.1|3057472_3058891_-	DUF1073 domain-containing protein	A0A077KC81	Edwardsiella_phage	6.8e-77	37.8
WP_172767775.1|3058887_3060231_-|terminase	PBSX family phage terminase large subunit	A0A191ZDJ9	Acinetobacter_phage	3.0e-167	65.1
WP_172767776.1|3060223_3060622_-|terminase	terminase small subunit	E5AGA2	Erwinia_phage	3.4e-34	68.4
WP_172767777.1|3060632_3060770_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036935861.1|3060854_3061394_-	Rha family transcriptional regulator	A0A088CBJ5	Shigella_phage	2.7e-74	73.0
WP_172767778.1|3061720_3061990_-	peptidase	Q8SBD8	Shigella_phage	2.5e-12	47.6
WP_172767779.1|3061877_3062255_-	hypothetical protein	A0A1W6JP00	Morganella_phage	2.4e-05	30.8
WP_036976899.1|3062256_3062589_-	M15 family metallopeptidase	F1BUL3	Cronobacter_phage	4.4e-35	70.3
WP_004918415.1|3062575_3062869_-|holin	phage holin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004916901.1|3062865_3063255_-	membrane protein	S4TRS4	Salmonella_phage	4.2e-13	35.0
WP_161728928.1|3063917_3064532_-	hypothetical protein	A0A2H4JCH5	uncultured_Caudovirales_phage	2.8e-43	48.1
WP_172767780.1|3064528_3064729_-	hypothetical protein	A0A1P8DTD3	Proteus_phage	3.3e-06	50.0
WP_161728930.1|3064718_3065084_-	RusA family crossover junction endodeoxyribonuclease	E5AGG1	Erwinia_phage	1.0e-37	64.1
WP_063108505.1|3065080_3065371_-	DUF1364 domain-containing protein	K7P6U2	Enterobacteria_phage	4.3e-39	80.0
WP_104731782.1|3065482_3066145_-	metallophosphoesterase	A0A2D1GLI5	Escherichia_phage	4.1e-69	60.0
WP_172767781.1|3066141_3066285_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767782.1|3066277_3066508_-	DUF3310 domain-containing protein	A0A0A6Z5B6	Enterobacter_phage	2.8e-25	75.4
WP_163773687.1|3066513_3066957_-	recombination protein NinB	A0A1W6JNZ4	Morganella_phage	4.4e-43	62.4
WP_063108501.1|3067124_3067334_-	hypothetical protein	A0A1P8DTG8	Proteus_phage	5.0e-29	90.3
WP_049216821.1|3067326_3067581_-	Lar family restriction alleviation protein	A0A1P8DTF4	Proteus_phage	1.2e-45	98.8
WP_049257594.1|3067791_3068040_-	DUF551 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_063693402.1|3068026_3068248_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767783.1|3068247_3068415_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767784.1|3068434_3069811_-	replicative DNA helicase	E5AGF0	Erwinia_phage	2.1e-155	57.9
WP_159262679.1|3069810_3070896_-	replication protein	E5AGE9	Erwinia_phage	1.4e-82	50.7
WP_168725563.1|3070888_3071113_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_168725711.1|3071161_3071497_-	transcriptional regulator	A0A1P8DTF0	Proteus_phage	2.0e-51	96.3
WP_036895075.1|3071632_3071818_-	hypothetical protein	A4KWW0	Enterobacteria_phage	2.3e-09	58.3
WP_168725712.1|3071913_3072624_+	helix-turn-helix domain-containing protein	A4KWV9	Enterobacteria_phage	3.3e-80	62.1
WP_036908283.1|3072658_3073438_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036908285.1|3073434_3073800_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767785.1|3074190_3074460_+	hypothetical protein	A0A1P8DTK1	Proteus_phage	2.4e-23	71.4
WP_049220845.1|3074474_3074711_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_049220847.1|3074682_3074964_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_112842868.1|3075130_3075721_+	DUF5420 family protein	A0A2I7QRH1	Vibrio_phage	1.5e-14	30.8
WP_162557014.1|3075755_3075920_+	hypothetical protein	A0A1W6JP47	Morganella_phage	6.1e-14	59.3
WP_161747556.1|3075984_3076926_+	cell envelope biogenesis protein TolA	A0A2I7QK72	Vibrio_phage	2.3e-20	46.6
WP_017827449.1|3076943_3077204_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_170110775.1|3077257_3077413_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767786.1|3077420_3077675_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_049199148.1|3077671_3077893_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_063073718.1|3077889_3078816_+	recombinase RecT	F1C5B8	Cronobacter_phage	1.2e-109	66.6
WP_172767685.1|3079499_3080057_+	single-stranded DNA-binding protein	C6ZR36	Salmonella_phage	3.1e-57	60.0
WP_105881171.1|3080097_3080256_+	hook protein	NA	NA	NA	NA
WP_099660651.1|3080365_3080659_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_158660332.1|3080658_3080817_+	hypothetical protein	A0A1P8DTH4	Proteus_phage	1.1e-09	79.5
WP_172767787.1|3080971_3081337_+	DUF2528 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767788.1|3081340_3081658_+	DUF2591 family protein	A0A1P8DTH6	Proteus_phage	8.2e-15	43.0
WP_134736555.1|3081654_3081882_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767789.1|3081868_3082471_+	DNA methyltransferase	G8C7S6	Escherichia_phage	4.2e-60	58.1
WP_049206334.1|3082905_3084063_+|integrase	site-specific integrase	A0A0M4R586	Salmonella_phage	1.4e-176	75.1
WP_060554830.1|3084351_3085224_+	bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD	A0A249XZQ2	Enterococcus_phage	5.7e-34	36.8
3084074:3084129	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP053898|3348601:3357451|DBSCAN-SWA
TTTATTCTTGTTCATTGATTAACTCTTGTTTCTGCTCTGGCTCTTTTTCGAGATCGTCAATATTAAAGACTGCAACATTATCCATCAGTACTTGTGCTTTATCGTTTAACATCATGGTAGAAGAGGCGGCGAGATCGACCAAAGAGGCATTTTGTTGTACTACCGTATCCATTTGATTAATTGCTACTGCAATTTGTTCGACACCAAGACGTTGCTCTTCAGACGCTAAACTAATCCCTTGCATGATTTTGTTTACTTTTGAAATGGAAGAGACAATCTCTTGCATGCACTCACCGCTTTTATTCACTAAATTTGTACCATAGGTAACATCATTGATAGATGCTTTAAGAACTTGGCTAATCTCTTTTGCTGCTTCAGCACTTTTTGCGGCTAAGTTCCGTACCTCAGCGGCCACAACGGTAAACCCACGCCCTTGTTCGCCAGCTCTTGCTGCTTCTACGGCGGCATTTAAGGCCAAAATATTAGTTTGATTGGCTAATTTATTAATAACATCATTAATTTCCCCAACTTTCACTGCACCTTGTTCTATTTTCTTCATCGATAACACGGCTTCTTTCATGACATTAGCGCCATCCATAACAATGTCAGTAGATTGATTAATAATATTATTTGCTTCAATTGTGTTATCGGTATTGTTAGCAACGGCTATTTTGATCTGCTCCATACTGGCAGCGGTTTGTTGTAACGCACTGGATTGTTCTTCTGTACGAGATGAAAGCTCTTGATTACCAGAAGCAATTTTAAATGCGCCCCCTTTTATATCCATAGCCTCTTTTTTGACAGAAAAGATTGTCGAGGTTAATGCTTTTTGCATATCACTGACACGGGAAAAAAGTTTACCAAACTCATCATTTTTTACTTGTGGTACAGAAAAAACCAAGTCAGCATTACCTACTTTATTTAATATTTCAGACAATGTATTAAGATTAGAGACAAAAGTTTTATTGATCCACTGAAGCACAAAGTACAAAACAATTAATAAAATAATTAATGATATAATTGTTGAGTAGATAGAAAACTCAACCATTGAATCTTGTTTATGAGTAAGATAGATACTATTTTTATTTCTAGTCTGAATATACCTTTCAAATAATTGATCAAGATGTTCAAAATCTTGATCAAACTGATTAGATTTTATATCTATTGTCGATAATTTATTGGGTGCCAAAACTAATCTATCTATAAGACTATAAAATAACGTCGAAATATCATCAGCATCTTTTTGTGCAGCAACAGTCATTTTCTTCTCTTTAACCCATGTTTCCATGGTGTTTTTAGCCATAATAGCTAGCTTTTTATTTTGCTGAATAAGTTTATTACGATCTGCGACACGACTATCTTTGTCTTGTAATAAATAATTGACATTAGAACGCATAATAGCCAGTTGATAACGAGCCATCAAAACATCATCATAACGTGCAGATAAAACATCAACTTGAGTAAAATTGTTTTGCATTTTATAAATAAAAAATGAAGATAAGGCAGACGATAGAATAAAAATCAATAACAGTAAAGAAGAGCCTAATTTTACGGTTCGTTTAATACTCATGATAAAAATACCTATATGCGCATATCGATAAGATTTATTTTTTATCGACATAATGATATTTTTATTTAATTATTAGAGATAGCACTAGGTCATTGATTTTTATTTTAAATAAATTTTTATATCATAAACAAAATAAGTTATTTTTAATAACTACTATAATTATTGATATATTATAAAATAAAACAAACCAATTCTTTTAAAACACAACCCGTTATCAATTAGCACATTCTTCTTTATACTCAATATCGATTTTCATTTTATATGACTAATATCATCAACGATTAAAAATAAAAACCTTATTTTTTCAATAAGATACTAATGATACTATCTCATTTTGAGAACAATGATATAATAGGCGCTTTACCTCATAAACTCTGATGATTTACGGAGCTCAATATTTATGCAACCACAATTTGAAAACGCAAAAAACACCGTAAAAACATTATCAGTGTTTGATTTTGATGGTACTTTAACCTATCACGATAGCTTTATCCCTTTTCTAAAGTTTGCCTTTGGGCGTCGTAAATTTGCTCGTCGTATTATCAAAATGGTATTCCCCACATTACGTTGTTTTAGACGTAAACTGACTCGTGATGAATTAAAAGAAGTGCTGATTAAAACTTTTTTAACCGATATCAAAGAAGAATGGCTCAAAGAAAAAGCCGAAGCCTTTTGTAAAGCCTACTGGAGTAAGTTAATGCGTCCTGCAGGTTTATTAGCCGTTGCTGAAGAGATTAACCGTCATGCTGAAGTGACCATTTGTTCAGCTTCTCCAGCTATGGTGTTGCAACCTTTTGCGGATCGACTCGGTATAAAGTTAATAGGAACAACACTTGAAGTGGTTGATGGTGTGCTGACAGGAAAAATCATTGGCAATAACTGTCGTTGTGGCGAAAAAATCAAACGATTAGAGCGTGTCTATGGCGATCTTACTCAATACCACTTAAGGGCGTGGGGCGATTCACGTGGTGATCATGAATTACTCTATGCGGCACAAGATCCACATTGGCGCTATTTCCACACAGGAAGTAATAAGTCAAAAAAATCACCTATTAAAATAACGCTTAAAAAAGACTCATAAGTGATTATATAAAAATAAAGCGGGAAACGTATTTTCCCGCTTTATCCATAAACTAACTATTTATCTAGTCATCTTGGCGCTTTTATTAGCGAAAGATTAAATATTGACGCCATGTTGTGCGGCTAGTGCGCCTAAACCACCCGCAAAACCTTGGCCTACTGCTTTAAATTTCCAATCTGAACCATGACGATAGAGTTCACCAAAGATCATCGCCGTCTCCGTAGAGGCATCTTCAGAAAGATCAAAACGTGCAATTTCAGTGTTATTGTCGTTATTATAAACGCGCATAAAACTGTTGCTCACCATACCAAAGTTTTGTTTGCGGTTTTCAGCATCGTAAATAGTGACAGCAAAAACCAGTTTTTTCACTTCAGCAGGAACTTTGGATAAAGTGATTTTGACTTGTTCATCATCACCTTCGCCTTCTCCAGTACGATTATCGCCTTGGTGTTCAACACTACCACATTGGCTCACTTTATTATTAAAGAAGATAAAACTTGCATCTGAAAGCACTTTTCCATCTTCACCGACCATGAATACTGACGCATCTAAATCAAATTCAGCGCCATCTGTCACGCGGGCATCCCATCCTAAACCAACCATAGCCACCGTCATGGTTGGTGCTTCTTTAGTTAGCGAAACATTACCACCTTTAACAAGGGAAACAGCCATATCAAAGCTCCTACTGTGTTGAATAAACTGACAATTAGGAATAACTGCCAGTAATTTGTGTTTTCATAACATACGATTAAGAGGCGTTAATACCATATTGCGCACATACTGAGCCTAAGCCCCCTGCATATCCTTGGCCTACAGCACGGAATTTCCACTCACCGTTATGACGATATAACTCACCAAATAACATCGCCGTTTCCGTTGATGCATCTTCCGTTAAATCATAACGAGCAACTTCAATTTGGTTGTCATCATTAACTAAACGAATAAACGCACCAGATACCTGACCAAAGCTTTGACGACGCGCTTGCGCTTCATGGATAGTCACAACAAAAATAATTTTTTCGACATCACTGGGGATGGTATCTAGTTTGATTTTTAGTGCTTCATCATCACCATCACCTTCACCTGTTCGGTTATCACCAGTGTGAACAACAGAGCCGTCGGCAGATCTTAAGTTGTTATAAAAAATGAAATCGGCATCGCTACGTACTTTTCCATTAGCGGCTAACAGAAATGCAGATGCATCTAAGTCAAAATATTGACCATCTGTAGAACGGGCATCCCAACCAAGTCCGACTAGGACGTTTTTCATCGTTGGGGCTGCTTTGCTTAAAGAAACATTACCACCTTTAGAAAGAGAAACGCTCATCTTCAACCTCTTCAATTTATGTTGCGATATTCTAATTTCCCAAGAATATCGGTTATCATTATTTACCTTATTTATTCTTTTTTTCTGGGAATACAAAACTTGCCAGAATACCCAGAGCAAGAACGCCAAGCACTACGAATAGGCTGGTTGTCGCGGAAATGCTATATCCATGCTGCCAAATATGATCTGTTGCATTAAGCCCCAGCTTTACAGCAATAAAGAACAGCAATGCAATAACCGCTTTTTCAAGGTGAATCAGATACTGTTTTAATGCCTCTAACACAAAGTAGAGAGTACGTAAGCCCAAAATAGCGAACATCATTGCACTATAAACAATCAGTGGCTCACGGCTAACGGCAATGATTGCAGGCACCGAATCGAAAGCAAACATCACATCAGAAAGCTCTACTACCGCCACACACAACATAAGCGGTGTCGCATATAACGCAGCTTTTGTACCTCGACCGATAGTTATGTCTTTGTTTTCCGGTTTTGCTAACTCTACATCAACCTCTTTTTGTGTTAATAAGAAGGCATGCCCAGTAATTTTTGGCCATATAGGGAAAAATCGTTTTACTAGGCGATAAGCAAGGTGCTGTGAATAGTCTTCAATTTCTTCATTATCATTCCCACTTCTCAGCATCATTACGGCTGTCCAAGCAACAATCAGAGCAAAGACTATCTCAACGTAAGGCCCTAAACTTAATAAGCCGGTACCAATAGCAACAAAGATCGCACGGAATACAATGGCACCAATGATCCCCCAATACAGAATGCGGTGACGGAAACGATCAGGAACCGCAAACCAAGAGAAAATCGCCATCATGACAAATAGGTTATCGACAGACAGTACTTTCTCTAATGCATAACCCGTCACGAATAAGCTTGCAACTTCTGCACCATGGTGGACGTATAAAAAACCCGCGAATGCCATGGCAACGACTACCCAGAATATTGACCAAAAAACAGCATTCTTTAACGTTATCGGCTTATCTGCACGATGCATAAATAAATCGATAAAAATAGCGCCTATCGCAAGTACAACAAAAACAATGACAGTTTCTGTCGGAAAACCAATATGTGTGGATACCATAATTATTCCTAAACGGTTCCCTATATAAAATTAATTACAAATCAAACTCTGCGGGCTCAAAGCCTAATGCAACGGCAATAGCACGCACCGCTTCTTTTTCGTCATTGTCAAAATCACCATCACTTTTCGCAACAGCAATACCGACACGGATCGCTAATTGTGCAGCTTCTGGCTGATCTTTCATTGCCAGAATATACTTCATCGTTTCACCTTTACCGACTTCAGTATCAAATTCAAAACTGCTAATTAGCTTATTAAAGAATTCGATCACCTCGGAGGTATCAAAGACTTTAAGCTCTTCTGATGCTTTTAAAAAACCGAGCATCTTCTGCTTTTCTTCAGAACTCACACCATCGCTAGCAATAGCGATACGAGCACAAACTGCGACCGTACCTTGCATAAATTTTTTGTTTTTAAAACGACTGACTTGCTTAGTTAACTCCGCTCTCCCGGAATTAAAACCTTCTTTTAATTTATTGAAAAAACTCATTTTTATTCTCCTTATTTCGTGTATTCACTTAGATCCAGCAGTCCAGCGAAATCCCCATCCGTAGGCATTATCCATATCGCGATGGCCTTTAAAAAATTCATTGAGACGTTCAACTTTGATTGATCCGTTTTCATTAATAAGTCGTGCGATGGCACACATAGCTCGACCATTATTACCATCCGTTAAACGTGTTTCGATAGGTGGTTGCTCGGGAACATGAATAGTGACCACACCATCTGTTTTACTCCAGTTAGGAACCCCTTCATAAATAAAAGTAAAAATAAGCACTTGCTTGATATTTTTCCATTCACGTCCATTGATAAAAATCCACTCGCCACCCGCTACATCACCAGTGCGATCATCACCTTGTAACTCAACATAAGGCATACGATTAAAATCACCGAATCCATTTCCTAAGGCTTGGATCACTGACTTATAACCATCTTGTAGTTCAACAAAGGCGCCAATATCTAAATCAATACCTTTGTTACCACCAAATAATCCACCTAATAACCCGGAACCACCGTTTTTACTTTCTCGATGCCAATCGAGGTTAATGCGAATTTTGCCGAAATCATCCTTTTTAGTTAAGCTAATTGCAGGTTTCTCTTTAGTTAGCGAAACCTTACTTAAGTTCACTGAGCTCAGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGATCAGCAATATCAACACCAAAATATTCCGCCAATGGTTTTAATCCACCGTTAAATCCTTGTGCAATAAACCGAAATTTCCAACTTCCATTGCGACGGTATAGCTCACCTAAAATTAATGCCGCTTCAGTGCGTCCATCGATATCAACATGGCCGTTCGCAACGACATTATTGTTAGCATCAACTTGAATAGACAAATGTTGTAGATGAGCAATGGTTTGTTGCCCTTCACAAGTTGCAGTAAAAGCAATTCTATCGACATCCGGTCGTAAGCGAGTTAAGTCAACCGTAAACGACGTGCTATTACCTGCTGTTGCATAAATAATAGTACGATCATCATTAGTGGTTTGACCATAAAACACCATATCAGCATCACCGTTCACTTTTCCTGAGGCATAAAGCCTAAATGCAGATACATCAACAGGTGAGCCTGAGTGAATACGCACCATTAACGTTTGATCAGGTACGGATATATTTCCGCCAGGTGTTAGAGTCATTTATCGCACCACCGTCGCCAAAATATCTGGCATCATCTCGTCAATGACAAGCCCTTTACAAGGTGAGCCAAAAGCCGTGAAATCCCATTGTCCTTGATTACGTTGTAAAGCGGCAATCACGATCCCTGTATGAGCGCCTTGTTCCGTTAATTTGTAATGAGCAAGCTCTTTATTGGTTGTTTTATCGACAACTCGACAAAACGCATTTTCAACTTCATTAAAAGTCTGCCCACGGAAACTATTGACAGTGAAAACCAAATATTCAACCAATGAAGGAAGACGATTTAAATCAACAAAAATAGTTTCATCATCACCATCACCCTCTCCTGTTAAGTTATCTCCTGAGTGAATAACGGACTGACAAGTTGATTTTAGTTTACGAAACCAAATAGTATCGATTTGTTTACCATTTACATCGAGTAATACACAACTTGCATCTAAATCTATCGAATTATTACCACCAAAGAGTCCACCGAGAAATCCTTTTTTCTTAATAGGATCCCAGCCTAAACCAAACATTAGGTGACTCAGTGCAGGGGCTTGTTTACTGAGAGAGACTGTCTGATCCTTGCGTAATGAAACCATAATTAACTCCCTTCAAAGGTAGAATGAAACAACAATATCACTTGCATATAAATACAAATTATAAATCATCATATCATGATGAAGTAGTTCGGCAAGTCTATTTTTATAAACTTACTTCAAGAGATTGTAAACATATTGAAATAAAAGAAATTTTTATAGATAAATACAATTAAAACTTAAGTTAAAAACAAAAAATACCGCATTAACCTAATTATTTTAAATTAAAGTAAAATAGATCACATTATGATTGACATGATTAAATAGAAACTTCATGATGAGGAAACAGGTTTTAGCTTAAACATTCACAGTATGTGACGTTATGTTCAACACGGCTTAGCTTATACCCAGATAAATGCACTTAAAAAACTAATTAGTACGGATAATAAAGAATAATGAATAGTTTGATTGGCTCTTCTGTTTATCGTCGCCAACTCACTTGCGGCACATTAAGCGTAACGCCAAATTGCTCATTAGAACATCTTGATGAACTTTTTGATATTGCGGAAAGACGCAACCCTAAGCGCGCTTTTTTGTTTGTCAGTAAAGTATTAGGGCGCCATATTCCTGTTTCACCTAAGAAAATGCGTGAAACTTATCAACAAATGGCCAAACAATTTCCTCAATCACTCGAAGGCCCTATTCTTTTTATTGGTATGGCAGAAACTGCGGTCGGTTTAGGTGCGGGAATTTTTGATGAAGTAAGAGATCGCTATCCTCAAGCCCTCTACCTTACTTCAACGCGCCATCCTATTGCTGATGGTGAATTATTCTGTAAATTTAAAGAAAATCACAGCCATGCAACTGATCACCTACTTTATTTGCCTCATAACCTAGAACAACGCCAATGGATCCAGCAAGCGAAAACCATTGTGTTAATTGATGATGAAGCAACCACAGGTAATACCTTTCTTAACTTGCTATCTGCATTACGTGAAGAAGGTAAGTTAACACAAATTAAGCAGATTATTGCTGTCACATTAACCGATTGGAGTGGTGATGCTCTGCAAAAGCGTTCACCATTACCCATAACAACCTTCTCTTTAGTGCAGGGAAAATGGCAATGGCAAGCCAATCCCGATGCACCATTACCTGTTATGCCAAATGTCAATATTACTGCTTCAGGACAGGTTGCTATCACAGGAAAACAAAGCTGGGGACGCTTAGGCATGACAACCCCTGCTAATGATCTTGGCCTATTTATTCATGTTTCTGAGGGTGAAAAAATATTGGTTTTAGGCTCTGGTGAATTTGTCTGGGAACCCTTTTTATTAGCAGAACGCTTAGAAAAACAAGGGGCTATTGTAAAATATAGCTCGACGACTCGCTCACCTATTGCCACTAATTTTGCTATCCAATCAGCAATAACTTTTACTGACAATTACGGATTAGGCATTCCTAACTTTGTCTATAACGTGGCTCATCAGCAATTTGATCGCATTCTGCTTTGTTGTGAAACCCCAGCCGAAAGTATTGATAGTCAACTTATTGAGGCTCTCTATAAAGTTGCCCCTATTGTTGAAGTAATTAGCTATGACTAA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP053898|3348601:3357451|3351347_3351923_-|WP_004245603.1|DBSCAN-SWA
MAVSLVKGGNVSLTKEAPTMTVAMVGLGWDARVTDGAEFDLDASVFMVGEDGKVLSDASFIFFNNKVSQCGSVEHQGDNRTGEGEGDDEQVKITLSKVPAEVKKLVFAVTIYDAENRKQNFGMVSNSFMRVYNNDNNTEIARFDLSEDASTETAMIFGELYRHGSDWKFKAVGQGFAGGLGALAAQHGVNI
>NZ_CP053898|3348601:3357451|3353705_3354161_-|WP_004245607.1|DBSCAN-SWA
MSFFNKLKEGFNSGRAELTKQVSRFKNKKFMQGTVAVCARIAIASDGVSSEEKQKMLGFLKASEELKVFDTSEVIEFFNKLISSFEFDTEVGKGETMKYILAMKDQPEAAQLAIRVGIAVAKSDGDFDNDEKEAVRAIAVALGFEPAEFDL
>NZ_CP053898|3348601:3357451|3350570_3351251_+|WP_012368337.1|DBSCAN-SWA
MQPQFENAKNTVKTLSVFDFDGTLTYHDSFIPFLKFAFGRRKFARRIIKMVFPTLRCFRRKLTRDELKEVLIKTFLTDIKEEWLKEKAEAFCKAYWSKLMRPAGLLAVAEEINRHAEVTICSASPAMVLQPFADRLGIKLIGTTLEVVDGVLTGKIIGNNCRCGEKIKRLERVYGDLTQYHLRAWGDSRGDHELLYAAQDPHWRYFHTGSNKSKKSPIKITLKKDS
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MVSTHIGFPTETVIVFVVLAIGAIFIDLFMHRADKPITLKNAVFWSIFWVVVAMAFAGFLYVHHGAEVASLFVTGYALEKVLSVDNLFVMMAIFSWFAVPDRFRHRILYWGIIGAIVFRAIFVAIGTGLLSLGPYVEIVFALIVAWTAVMMLRSGNDNEEIEDYSQHLAYRLVKRFFPIWPKITGHAFLLTQKEVDVELAKPENKDITIGRGTKAALYATPLMLCVAVVELSDVMFAFDSVPAIIAVSREPLIVYSAMMFAILGLRTLYFVLEALKQYLIHLEKAVIALLFFIAVKLGLNATDHIWQHGYSISATTSLFVVLGVLALGILASFVFPEKKNK
>NZ_CP053898|3348601:3357451|3354185_3355328_-|WP_172767796.1|DBSCAN-SWA
MTLTPGGNISVPDQTLMVRIHSGSPVDVSAFRLYASGKVNGDADMVFYGQTTNDDRTIIYATAGNSTSFTVDLTRLRPDVDRIAFTATCEGQQTIAHLQHLSIQVDANNNVVANGHVDIDGRTEAALILGELYRRNGSWKFRFIAQGFNGGLKPLAEYFGVDIADPAPAPAPALSSVNLSKVSLTKEKPAISLTKKDDFGKIRINLDWHRESKNGGSGLLGGLFGGNKGIDLDIGAFVELQDGYKSVIQALGNGFGDFNRMPYVELQGDDRTGDVAGGEWIFINGREWKNIKQVLIFTFIYEGVPNWSKTDGVVTIHVPEQPPIETRLTDGNNGRAMCAIARLINENGSIKVERLNEFFKGHRDMDNAYGWGFRWTAGSK
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MSVSLSKGGNVSLSKAAPTMKNVLVGLGWDARSTDGQYFDLDASAFLLAANGKVRSDADFIFYNNLRSADGSVVHTGDNRTGEGDGDDEALKIKLDTIPSDVEKIIFVVTIHEAQARRQSFGQVSGAFIRLVNDDNQIEVARYDLTEDASTETAMLFGELYRHNGEWKFRAVGQGYAGGLGSVCAQYGINAS
>NZ_CP053898|3348601:3357451|3348601_3350170_-|WP_046334925.1|DBSCAN-SWA
MSIKRTVKLGSSLLLLIFILSSALSSFFIYKMQNNFTQVDVLSARYDDVLMARYQLAIMRSNVNYLLQDKDSRVADRNKLIQQNKKLAIMAKNTMETWVKEKKMTVAAQKDADDISTLFYSLIDRLVLAPNKLSTIDIKSNQFDQDFEHLDQLFERYIQTRNKNSIYLTHKQDSMVEFSIYSTIISLIILLIVLYFVLQWINKTFVSNLNTLSEILNKVGNADLVFSVPQVKNDEFGKLFSRVSDMQKALTSTIFSVKKEAMDIKGGAFKIASGNQELSSRTEEQSSALQQTAASMEQIKIAVANNTDNTIEANNIINQSTDIVMDGANVMKEAVLSMKKIEQGAVKVGEINDVINKLANQTNILALNAAVEAARAGEQGRGFTVVAAEVRNLAAKSAEAAKEISQVLKASINDVTYGTNLVNKSGECMQEIVSSISKVNKIMQGISLASEEQRLGVEQIAVAINQMDTVVQQNASLVDLAASSTMMLNDKAQVLMDNVAVFNIDDLEKEPEQKQELINEQE
>NZ_CP053898|3348601:3357451|3355328_3355913_-|WP_004250201.1|DBSCAN-SWA
MVSLRKDQTVSLSKQAPALSHLMFGLGWDPIKKKGFLGGLFGGNNSIDLDASCVLLDVNGKQIDTIWFRKLKSTCQSVIHSGDNLTGEGDGDDETIFVDLNRLPSLVEYLVFTVNSFRGQTFNEVENAFCRVVDKTTNKELAHYKLTEQGAHTGIVIAALQRNQGQWDFTAFGSPCKGLVIDEMMPDILATVVR
>NZ_CP053898|3348601:3357451|3356305_3357451_+|WP_017827550.1|DBSCAN-SWA
MNSLIGSSVYRRQLTCGTLSVTPNCSLEHLDELFDIAERRNPKRAFLFVSKVLGRHIPVSPKKMRETYQQMAKQFPQSLEGPILFIGMAETAVGLGAGIFDEVRDRYPQALYLTSTRHPIADGELFCKFKENHSHATDHLLYLPHNLEQRQWIQQAKTIVLIDDEATTGNTFLNLLSALREEGKLTQIKQIIAVTLTDWSGDALQKRSPLPITTFSLVQGKWQWQANPDAPLPVMPNVNITASGQVAITGKQSWGRLGMTTPANDLGLFIHVSEGEKILVLGSGEFVWEPFLLAERLEKQGAIVKYSSTTRSPIATNFAIQSAITFTDNYGLGIPNFVYNVAHQQFDRILLCCETPAESIDSQLIEALYKVAPIVEVISYD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_046334925.1|3348601_3350170_-	chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	7.2e-11	33.7
WP_012368337.1|3350570_3351251_+	HAD-IB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_004245603.1|3351347_3351923_-	TerD family protein	K4JRX3	Caulobacter_phage	1.2e-27	40.3
WP_104836740.1|3351999_3352578_-	TerD family protein	K4JRX3	Caulobacter_phage	3.2e-33	43.1
WP_049196995.1|3352645_3353671_-	TerC/Alx family metal homeostasis membrane protein	K7QKE8	Escherichia_phage	1.0e-74	47.9
WP_004245607.1|3353705_3354161_-	tellurite resistance TerB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_172767796.1|3354185_3355328_-	TerD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_004250201.1|3355328_3355913_-	tellurium resistance-associated protein TerZ	K4JRX3	Caulobacter_phage	4.2e-17	30.2
WP_017827550.1|3356305_3357451_+	phosphoribosyltransferase domain-containing protein	A0A172Q0Y1	Acinetobacter_phage	1.2e-31	27.2

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_CP053898|3879608:3923271|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP053898|3879608:3923271|3889273_3890200_+|WP_104836821.1|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_032181455.1|3918991_3919417_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_000080195.1|3919896_3921510_-|transposase	IS66-like element ISEc23 family transposase	A0A0P0ZEB3	Stx2-converting_phage	3.0e-182	63.6
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WP_000981822.1|3921887_3922292_-|transposase	transposase	Q6H9S5	Enterobacteria_phage	1.4e-30	84.3
WP_096043063.1|3922254_3923271_+|transposase	IS5-like element IS5 family transposase	Q38213	Escherichia_phage	7.0e-185	99.1

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_CP053898|3929885:3984521|DBSCAN-SWA
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MNAPDKLPPETRQPVSGYLWGALAVLTCPCHLPILAAVLAGTTAGAFLGEHWGVAALALTGLFVLAVTRLLRAFRGGS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_000845048.1|3929885_3930899_-|integrase	class 1 integron integrase IntI1	A0A1P8DJJ6	Virus_Rctr41k	1.0e-71	45.5
WP_001456218.1|3931065_3931908_+	alpha/beta fold putative hydrolase EstX	W8EKH7	Mycobacterium_phage	3.0e-08	26.1
WP_000050382.1|3932003_3932612_+	HAD-IB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_001261740.1|3932669_3933461_+	ANT(3'')-Ia family aminoglycoside nucleotidyltransferase AadA2	NA	NA	NA	NA
WP_000095725.1|3933722_3934982_+	chloramphenicol efflux MFS transporter CmlA1	S4TR35	Salmonella_phage	4.8e-26	31.7
WP_001206316.1|3935074_3935866_+	ANT(3'')-Ia family aminoglycoside nucleotidyltransferase AadA1	NA	NA	NA	NA
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