CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_LR698986	Lactobacillus helveticus isolate MGYG-HGUT-02384 chromosome 1	5 crisprs	cas14j,Cas14u_CAS-V,DinG,DEDDh,cas14k,cas2,cas1,cas4,cas3,cas5,cas7,cas8b2,cas6,csa3	4	7	16	1

1. NZ_LR698986

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_LR698986_1

• CRISPR_ID: NZ_LR698986_1
• CRISPR_location: 739692-739903
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-B,III-A,III-B
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NZ_LR698986_1

Consensus_repeat	Method
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CRISPRCasFinder
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CRT
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	PILER-CR

spacers of NZ_LR698986_1

>1.1|739720|33|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder,CRT
AGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAA
>1.2|739781|33|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
>1.3|739842|33|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LR698986_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LR698986_1

>merge|NZ_LR698986|1|739692-739903|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTGGTTGCTCCACATACGTGGAGAATACAGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACTAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACCTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATGGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACT

>NZ_LR698986|1|1|739692-739903|CRISPRCasFinder
TTGGTTGCTCCACATACGTGGAGAATAC	AGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACT

>NZ_LR698986|1|1|739692-739902|CRT
TTGGTTGCTCCACATACGTGGAGAATAC	AGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

>NZ_LR698986|1|1|739753-739902|PILER-CR
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LR698986.1|WP_065866514.1|732892_735514_+|cation-translocating-P-type-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|319781
NZ_LR698986.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|C39-family-peptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|227323
NZ_LR698986.1|WP_003629414.1|751687_752095_-|OsmC-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376823
NZ_LR698986.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340913
NZ_LR698986.1|WP_060471342.1|744805_745225_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_065866520.1|749737_749998_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_052747907.1|740018_740558_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_046814366.1|740569_740932_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_065866521.1|750114_750900_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_065866516.1|736940_737237_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379084
NZ_LR698986.1|WP_023192717.1|737384_737678_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|381297
NZ_LR698986.1|WP_023190998.1|730592_730787_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	unknown	unknown	gnl|CDD|225062
NZ_LR698986.1|WP_012212067.1|748357_748864_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase	unknown	unknown	gnl|CDD|129802
NZ_LR698986.1|WP_003627631.1|728195_728819_+|orotate-phosphoribosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|234771
NZ_LR698986.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|129801
NZ_LR698986.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|226962

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LR698986.1|WP_065866514.1|732892_735514_+|cation-translocating-P-type-ATPase	gnl|CDD|319781	cd02089, P-type_ATPase_Ca_prok, prokaryotic P-type Ca(2+)-ATPase similar to Synechococcus elongatus sp. strain PCC 7942 PacL and Listeria monocytogenes LMCA1. Ca(2+) transport ATPase is a plasma membrane protein which pumps Ca(2+) ion out of the cytoplasm. This prokaryotic subfamily includes the Ca(2+)-ATPase Synechococcus elongatus PacL, Listeria monocytogenes Ca(2+)-ATPase 1 (LMCA1) which has a low Ca(2+) affinity and a high pH optimum (pH about 9) and may remove Ca(2+) from the microorganism in environmental conditions when e.g. stressed by high Ca(2+) and alkaline pH, and the Bacillus subtilis putative P-type Ca(2+)-transport ATPase encoded by the yloB gene, which is expressed during sporulation. This subfamily belongs to the P-type ATPases, a large family of integral membrane transporters that are of critical importance in all kingdoms of life. They generate and maintain (electro-) chemical gradients across cellular membranes, by translocating cations, heavy metals and lipids, and are distinguished from other main classes of transport ATPases (F- , V- , and ABC- type) by the formation of a phosphorylated (P-) intermediate state in the catalytic cycle.	0
NZ_LR698986.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	gnl|CDD|379084	pfam13240, zinc_ribbon_2, zinc-ribbon domain. This family consists of a single zinc ribbon domain, ie half of a pair as in family DZR. pfam12773.	9.51112e-06
NZ_LR698986.1|WP_003629414.1|751687_752095_-|OsmC-family-protein	gnl|CDD|376823	pfam02566, OsmC, OsmC-like protein. Osmotically inducible protein C (OsmC) is a stress -induced protein found in E. Coli. This family also contains a organic hydroperoxide detoxification protein that has a novel pattern of oxidative stress regulation.	8.47142e-18
NZ_LR698986.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter	gnl|CDD|340913	cd17355, MFS_YcxA_like, MFS-type transporter YcxA and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This group is composed of uncharacterized bacterial MFS-type transporters including Bacillus subtilis YcxA and YbfB. YcxA has been shown to facilitate the export of surfactin in B. subtilis. The YcxA-like group belongs to the Monocarboxylate transporter -like (MCT-like) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.97242e-46
NZ_LR698986.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|C39-family-peptidase	gnl|CDD|227323	COG4990, COG4990, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	9.08732e-29
NZ_LR698986.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase	gnl|CDD|381297	cd19071, AKR_AKR1-5-like, AKR1/2/3/4/5 family of aldo-keto reductase (AKR) and similar proteins. Aldo-keto reductases (AKRs) are a superfamily of soluble NAD(P)(H) oxidoreductases whose chief purpose is to reduce aldehydes and ketones to primary and secondary alcohols. The family includes AKR1A/B/C/D/E/G/I, AKR2A/B/C/D/E, AKR3A/B/C/D/E/G, AKR4A/B/C, AKR5A/B/C/D/E/F/G/H, and similar proteins.	3.51578e-14
NZ_LR698986.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	gnl|CDD|225062	COG2151, PaaD, Predicted metal-sulfur cluster biosynthetic enzyme [General function prediction only].	1.5073e-33
NZ_LR698986.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase	gnl|CDD|129802	TIGR00719, Probable_L-serine_dehydratase_beta_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit. This enzyme is also called serine deaminase. This model describes the beta chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, as in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of beta chains from the homologous region of single chain forms such as found in E. coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	7.68833e-43
NZ_LR698986.1|WP_003627631.1|728195_728819_+|orotate-phosphoribosyltransferase	gnl|CDD|234771	PRK00455, pyrE, orotate phosphoribosyltransferase; Validated.	4.1514e-71
NZ_LR698986.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	gnl|CDD|129801	TIGR00718, Probable_L-serine_dehydratase_alpha_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit. This enzyme is also called serine deaminase. L-serine dehydratase converts serine into pyruvate in the gluconeogenesis pathway from serine. This model describes the alpha chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, found in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of alpha chains from the homologous region of single chain forms such as found in Escherichia coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	1.14891e-105
NZ_LR698986.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|226962	COG4603, COG4603, ABC-type uncharacterized transport system, permease component [General function prediction only].	6.87985e-21

Protein sequences

>NZ_LR698986.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor
MRDGETIKNDIINQLATVIDPELNVDVVNLGLIYEIDLDKDGICLINVTLTTPTCPLTGYLIDSITQAVKKVLEVKNVDVEFVWYPVWTPDRMSDAAKKYFNIDEKQD
>NZ_LR698986.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha
MYNHIKEIVADSEKQQKPISELIIEQECKLSGLPRQKVWNRMKHNLATMRAAVERGKSGAGIFSKTGLTGGEAVKIKKYRQTHHTLSGDTIIAAVQNAVATNEVNASMGVICATPTAGSSGTLPGVLFLLEKRMDLSEEQMIRSLFTAGGFGLVIANNAEIAGATGGCQAEVGSASAMGAAAAVEAAGGSAEQSAQAMSIAMSNLLGLVCDPIAGLVEVPCVKRNAIGAGNALISADIALAGCTSVIPADECIDAMKKVGHQMPASLRETGIGGLAGTPTGQAIKAKIFGKDA
>NZ_LR698986.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase
MTNRYKSVFDIIGPVMVGPSSSHTAGAVAIGRAGNKLFGGVPRKLTVHYYGSFAQTHRGHGTDYAIAAGILGFDTDDLRVPNAPEIAKKRGIDIRFVEEDGPSPIDHPNTAILDMSSGTKKAQISGCSIGGGSIEIRHLVIHDTEITPTGSLPIIIWLDYEKEILNEQNLTSLLQEKAPFSKKRIFHTKDCNIYEYDVENYLKPALVKELKEKFENIICL
>NZ_LR698986.1|WP_023192717.1|737384_737678_-|hypothetical-protein
MNKEKDELKRNLEKVAEEQGGQQAVSYQDLFNPRFMQKNTHFTTIDVFVRELGAKSFPDIEQLGQKVVDNFVKKETNFNSWEEMQQRAVSEYMSSLF
>NZ_LR698986.1|WP_065866516.1|736940_737237_-|hypothetical-protein
MTDKEILQKIEQSVKDSENWEVYHHLTDSLGSPALILRKTNTNADRLGVNIDVFKGYAYLFLDNGTPAEPYQAILSMHSNYLTFEQKMAYLVKPYIKR
>NZ_LR698986.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter
MTHKKSFFSWWIFIVCCFISMIGFGLLVNTIGLFFGPISQEFNVGRANVALMTTFQNAAAAIALLFAGKIMEKVNLRWLLTACFALITVSMLSLTFANSLVHFYLAWTIIGICQPIAITLSIPVLLSKWFNQKLGTVMGISLGLSALGGTIFNPIIAEVIKQFGWRGGFVGEAMLIGLILVPLAISIKPEPTTQYPAYGKAMRSSKKVALTGLSLKQALKMPVFYAVAFAMLALQFVSGSVQHISGHITNIGISPITAATVVSGVMIGAAIGKISIGYFLDKFNAKLVLAVYSLFGVIGWGGQAMLRESNLLILAAVILGLGQGVCLVALPYLIRQIFGEKDYSNILSVINMIGAFAMSASVYLIGLFFDQTGSYNLGWMINVSAFALSFIVIMITLGKKESANSDLERVE
>NZ_LR698986.1|WP_065866514.1|732892_735514_+|cation-translocating-P-type-ATPase
MKQYYLQTKAKVLEELKTSSGGLSSQQAKDNLAKYGKNALIEGKKKTTLQVFLEQFKDLMVIILIIAAVISAFTGELESTLVIIAVLILNAILGTVQHIKAEKSLESLKSLSSPSAKVWRDGKKIEIDSKDVVPGDIMLLEAGDMVTADGRILDNFSLQVNESSLTGESTNIDKADVEFDHEMPLGDRINMVYSSSLVTYGRANVVVTATGMNTEIGKIASLMNETKERRTPLQISLDKFSSKLATAILIICAIVLGLQIWRGQPIMDALLFAVALAVAAIPEALSSIVTIVQAMGTQKMAKENAIIKNLAAVESLGSVSVICSDKTGTLTQNKMTVQDIYIGGKTLKPNQLNLDNQLHRYLLYDAVLNNDSSLVDGKGIGDPTEYALLEMYRQVPGIDLGDKGLGISEEDLRGLLTRKQEVPFDSDRKLMSTKHLIHTVPTIFVKGAIDVLLDRCVNIRLDDEVRPITEEDKKQILAQNQHFSENGLRVLTFAYKESDEDLTPETENGFTFIGLVSEMDPPREESIEAVARAKKAGIRTVMITGDHKVTAVAIAKKIGIFNDGDMAVTGLELDKMSDEELEQKIEKIAVYARVSPENKIRIVNAWQKKDHIVSMTGDGVNDAPALKKADIGVAMGITGTEVSKDAASMILADDNFATIIKAVANGRTVFENIKNAIMYLLSGNLSAIITVLFASIGGFSVPFVAVQLLFINLVTDSLPALAIGVEPGAPDILDRKPRDPKVGILNKSLVTEVGLQGLIIAVGVITAFMIGRQTSPAVACTMAFSTLTFARLLHGFNCRSQHSIFKIGFKKNWYSLAAFAVGTLLLALILFVPALHGLFAVTPLTGNQLLWIIGLAVIPTVIIQIVKVVNENR
>NZ_LR698986.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease
MLLSGGFAGIGGVVQGLGTYQNYFTQTSSINIGWDGLSVALLGNSTAIGILIAYLLFSILKIGGLGMQTVAGVPYEIVSIVIAAIIFFIAIKYVFDLLFAVKKGTEIGPNNGVDGPNIKLQKEGPVL
>NZ_LR698986.1|WP_023190998.1|730592_730787_+|hypothetical-protein
MKKLSKLTAQAAVVVSPLVAFAGAFLASIIFPNQFSLNKSTWIGLGIFTFCYWIVTLFSYLKHH
>NZ_LR698986.1|WP_003627631.1|728195_728819_+|orotate-phosphoribosyltransferase
MHQDQIISQLIQEKIISISPDKPFTYASGMLSPIYTDLRLMVSYPDLRDMIASDLANLIAKEFPEATIIGGVATAGIPHAALVAEKLHLPMIYVRPKPKDHGKGRQIEGRFSSSDKIVLIDDLITTGGSVLNAVKATEKDGGNVIGVSSIFTYYLPDAKENFAKANVKYAPLLSYPELLKKENESGHITREQYQTLKTWHEDPWAWK
>NZ_LR698986.1|WP_052747907.1|740018_740558_-|hypothetical-protein
MNKIIKKLALVGACSMLMSSVVATVPSQTVDAVSSKTFSKYSKKFNRVIVTDPIWVYKIYPRYPMYKTKYVKAYKLKPGDTPIVRHRGVDWGWTVGKSYRYCILKDSFSWFDGYSKYKWVDQGLLDGSMKDEHFAYKFTWKQYCQLIKAGIYTTVHPKKLWNSKIKKMIERWKPETDNS
>NZ_LR698986.1|WP_046814366.1|740569_740932_-|hypothetical-protein
MSHLFRRRSITKSITARTSAKYKRQIKKKILPGYGKKGAGVIKDPKKSMYNAIYNRTTIDTRKIGKSKQAKNDESDNKLGCGCATTLIFFGAIVGQMIGGNIGGTIGVILMLIIAIFGMI
>NZ_LR698986.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|C39-family-peptidase
MKGKILFISIISCFLLTGFSTTVKADETDQSQTSQINSQTGSYTQQDNTQINKSDSTQDSGNKQNQTNQNSNNTPVKNNNGWKTVNGNTYYLKNGSATKGFKKINGYWYLFNKNGIMLKDVRKIPHTKHYSYFDQLGRRRMKNTSTKKAYYWINKKGQITGIKNNAKVICQRPQMPTGCEITAVTMMLNFAGKKVSKYQAAKVMPRSSNPNKGFVGSPYKKFPLGFWVAPGGVKPVVQHYLGKSKIMTNCSINAIKQKLLRSHLVVVWVGMFDGISNHAITLTGYHGNTLYYNDPWTGTKRKISVAKFKIHWALDGHRAISY
>NZ_LR698986.1|WP_060471342.1|744805_745225_+|hypothetical-protein
MWIILIINTIITISAIIVSFKNRSEVFSLFNAGIIFIIWSIIFLLGAISIYRNFDTSSLMMFIAGILLILGIIMLMFSFINKKVKKIRLQDIAITMMVASVALVGLMQGLNLNFLNLIVPEVSLIIGLICFVVNTINNR
>NZ_LR698986.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein
MKKICPNCGKEVDPEEKYCPFCHFNLVNNDETMVTVNIGLLGLKNNESTKKDEEKIQSEKKESDAKPEKKKQPEKAVSKSNEDKKQKIEKNEIIPSPLPPKKKPTPLPKSKKKKFHFKWSILIEIVVAVIAILVMVGMNYYSCKAQIGRIETGLKNGEVNNVVTNGKVPLTAKNLTPLKEYYKNNPAAYKKLKKSLMGKNNLPIKLIKQGHYFLFFPRYVVQLPTYELNVVNDYHHSTVTVNGMKFVKKQKVFPGAYNIEAKSSYLGQTAKFKKTVNVWKDQTAEVNLNAKTIKVQGMPNGKLYLNNHNIGKLDKKGNLVLEDVPLTKPFSMYVAKKQKGKLVKTKQVRDVPAVIKGSKNVAVLKLDWQQSKNVGKLLEDNFNYPNSKDFVGGSKNKSYVELRTLVSNWRNSPNITKYHANITVNNKSLNDIRYSVEFNFAFNKNGKRYKRVQVMKFRSASARSTSKGLKIKTIGGGRIVSSK
>NZ_LR698986.1|WP_012212067.1|748357_748864_+|hypothetical-protein
MKNYTIDHDIYLMNHKNGDVLKVTVNKEDSVKILQLYRQDGLGNYYLDKNSRLKKQDNLTTKEDIVKASKKIGGHNTHHIDKWHHQVVPIYNAQHQITGFKPKLALEHHTRIQNAKRYLRHLDHHHAIYLSTTSRNTLLKPINHLKDAIYADRNKEMVLAHKIHKLSR
>NZ_LR698986.1|WP_065866520.1|749737_749998_-|hypothetical-protein
MKKLKIFIIISLMMLFWVWPKSVSAKSFSSFQTKMINGNSNYRIYQGMTHRGPVGSVGLARTFKYGNFQASAVKKSGKVEILFRLD
>NZ_LR698986.1|WP_065866521.1|750114_750900_-|hypothetical-protein
MKTKKLFTSIAAAVMLSTSLAGSGAVLSQTAHAANTTQTTTKNSNDKKGTVSVKRRSVTVTINSDKPTLLAVGEDGKSVKPVASTYTKGQTIQVYYSVAFTATAQGSEGQQLPAYYVENKAIDGKESMIFIPAGVVTAATAVPSQADWVKQAESDAKAIQEAYQNRDLKYIVVTPKSKKGAKIYYAYKKTRKSKKVYFKATKKKIKKGKKYKSSMIVKHGKTRYVYIGKKRYVKLSALKMVSAKYAPVKLSDDLKSLIIEN
>NZ_LR698986.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase
MELLDEAVVLNDGSLMPKTGIIVKNDDDVTKATKLGYRLLDCAVDDNLKIKDVNPQLYVEVRISKLAKGKELHDNLKSIRANLIADQPDLCLLNLSDDNERNNQIWQKLEQLKITGWVKTLGIETDEADALEALLKNIKFKPNVLRLKCEDTDLLTIAKNNKLQVEIPVKGDIAALAEIADKYHTFPMELVLCYFNQKGIIPLVEASEMIENPQVNFNIKSADMATISQLFVKD
>NZ_LR698986.1|WP_003629414.1|751687_752095_-|OsmC-family-protein
MGDYLVKTKLENTEWQIANQARDHVFICDADKRSKEDAGPNPVEYLCGSINSCITMSAGMITKVHRLDVKNFHVENYAKTENLGHGKSVVTGMKIKVSFDSSMNREEKEKFIAHALHVSTVYQTLKEAIKIYVEF

Crispr_ID: NZ_LR698986_2

• CRISPR_ID: NZ_LR698986_2
• CRISPR_location: 741040-741128
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-B,III-A,III-B
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_LR698986_2

Consensus_repeat	Method
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LR698986_2

>2.1|741068|33|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder
TTTACTTTAGTTTTATCTGTAACTCCTGTGTAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LR698986_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LR698986_2

>merge|NZ_LR698986|2|741040-741128|CRISPRCasFinder
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACTTTACTTTAGTTTTATCTGTAACTCCTGTGTAAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

>NZ_LR698986|2|2|741040-741128|CRISPRCasFinder
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TTTACTTTAGTTTTATCTGTAACTCCTGTGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LR698986.1|WP_065866514.1|732892_735514_+|cation-translocating-P-type-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|319781
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NZ_LR698986.1|WP_025283748.1|752113_753286_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|341042
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NZ_LR698986.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379084
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rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LR698986.1|WP_065866514.1|732892_735514_+|cation-translocating-P-type-ATPase	gnl|CDD|319781	cd02089, P-type_ATPase_Ca_prok, prokaryotic P-type Ca(2+)-ATPase similar to Synechococcus elongatus sp. strain PCC 7942 PacL and Listeria monocytogenes LMCA1. Ca(2+) transport ATPase is a plasma membrane protein which pumps Ca(2+) ion out of the cytoplasm. This prokaryotic subfamily includes the Ca(2+)-ATPase Synechococcus elongatus PacL, Listeria monocytogenes Ca(2+)-ATPase 1 (LMCA1) which has a low Ca(2+) affinity and a high pH optimum (pH about 9) and may remove Ca(2+) from the microorganism in environmental conditions when e.g. stressed by high Ca(2+) and alkaline pH, and the Bacillus subtilis putative P-type Ca(2+)-transport ATPase encoded by the yloB gene, which is expressed during sporulation. This subfamily belongs to the P-type ATPases, a large family of integral membrane transporters that are of critical importance in all kingdoms of life. They generate and maintain (electro-) chemical gradients across cellular membranes, by translocating cations, heavy metals and lipids, and are distinguished from other main classes of transport ATPases (F- , V- , and ABC- type) by the formation of a phosphorylated (P-) intermediate state in the catalytic cycle.	0
NZ_LR698986.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter	gnl|CDD|340913	cd17355, MFS_YcxA_like, MFS-type transporter YcxA and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This group is composed of uncharacterized bacterial MFS-type transporters including Bacillus subtilis YcxA and YbfB. YcxA has been shown to facilitate the export of surfactin in B. subtilis. The YcxA-like group belongs to the Monocarboxylate transporter -like (MCT-like) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.97242e-46
NZ_LR698986.1|WP_025283748.1|752113_753286_-|MFS-transporter	gnl|CDD|341042	cd17489, MFS_YfcJ_like, Escherichia coli YfcJ, YhhS, and similar transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of Escherichia coli membrane proteins, YfcJ and YhhS, Bacillus subtilis uncharacterized MFS-type transporter YwoG, and similar proteins. YfcJ and YhhS are putative arabinose efflux transporters. YhhS has been implicated glyphosate resistance. YfcJ-like arabinose efflux transporters belong to the bacterial MdtG-like and eukaryotic solute carrier 18 (SLC18) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	7.4339e-62
NZ_LR698986.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	gnl|CDD|225062	COG2151, PaaD, Predicted metal-sulfur cluster biosynthetic enzyme [General function prediction only].	1.5073e-33
NZ_LR698986.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	gnl|CDD|379084	pfam13240, zinc_ribbon_2, zinc-ribbon domain. This family consists of a single zinc ribbon domain, ie half of a pair as in family DZR. pfam12773.	9.51112e-06
NZ_LR698986.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase	gnl|CDD|381297	cd19071, AKR_AKR1-5-like, AKR1/2/3/4/5 family of aldo-keto reductase (AKR) and similar proteins. Aldo-keto reductases (AKRs) are a superfamily of soluble NAD(P)(H) oxidoreductases whose chief purpose is to reduce aldehydes and ketones to primary and secondary alcohols. The family includes AKR1A/B/C/D/E/G/I, AKR2A/B/C/D/E, AKR3A/B/C/D/E/G, AKR4A/B/C, AKR5A/B/C/D/E/F/G/H, and similar proteins.	3.51578e-14
NZ_LR698986.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|C39-family-peptidase	gnl|CDD|227323	COG4990, COG4990, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	9.08732e-29
NZ_LR698986.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase	gnl|CDD|129802	TIGR00719, Probable_L-serine_dehydratase_beta_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit. This enzyme is also called serine deaminase. This model describes the beta chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, as in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of beta chains from the homologous region of single chain forms such as found in E. coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	7.68833e-43
NZ_LR698986.1|WP_003629414.1|751687_752095_-|OsmC-family-protein	gnl|CDD|376823	pfam02566, OsmC, OsmC-like protein. Osmotically inducible protein C (OsmC) is a stress -induced protein found in E. Coli. This family also contains a organic hydroperoxide detoxification protein that has a novel pattern of oxidative stress regulation.	8.47142e-18
NZ_LR698986.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	gnl|CDD|129801	TIGR00718, Probable_L-serine_dehydratase_alpha_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit. This enzyme is also called serine deaminase. L-serine dehydratase converts serine into pyruvate in the gluconeogenesis pathway from serine. This model describes the alpha chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, found in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of alpha chains from the homologous region of single chain forms such as found in Escherichia coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	1.14891e-105
NZ_LR698986.1|WP_079227814.1|755159_755987_-|IS982-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.91633e-23
NZ_LR698986.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|226962	COG4603, COG4603, ABC-type uncharacterized transport system, permease component [General function prediction only].	6.87985e-21

Protein sequences

>NZ_LR698986.1|WP_046814366.1|740569_740932_-|hypothetical-protein
MSHLFRRRSITKSITARTSAKYKRQIKKKILPGYGKKGAGVIKDPKKSMYNAIYNRTTIDTRKIGKSKQAKNDESDNKLGCGCATTLIFFGAIVGQMIGGNIGGTIGVILMLIIAIFGMI
>NZ_LR698986.1|WP_052747907.1|740018_740558_-|hypothetical-protein
MNKIIKKLALVGACSMLMSSVVATVPSQTVDAVSSKTFSKYSKKFNRVIVTDPIWVYKIYPRYPMYKTKYVKAYKLKPGDTPIVRHRGVDWGWTVGKSYRYCILKDSFSWFDGYSKYKWVDQGLLDGSMKDEHFAYKFTWKQYCQLIKAGIYTTVHPKKLWNSKIKKMIERWKPETDNS
>NZ_LR698986.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor
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>NZ_LR698986.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha
MYNHIKEIVADSEKQQKPISELIIEQECKLSGLPRQKVWNRMKHNLATMRAAVERGKSGAGIFSKTGLTGGEAVKIKKYRQTHHTLSGDTIIAAVQNAVATNEVNASMGVICATPTAGSSGTLPGVLFLLEKRMDLSEEQMIRSLFTAGGFGLVIANNAEIAGATGGCQAEVGSASAMGAAAAVEAAGGSAEQSAQAMSIAMSNLLGLVCDPIAGLVEVPCVKRNAIGAGNALISADIALAGCTSVIPADECIDAMKKVGHQMPASLRETGIGGLAGTPTGQAIKAKIFGKDA
>NZ_LR698986.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase
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>NZ_LR698986.1|WP_023192717.1|737384_737678_-|hypothetical-protein
MNKEKDELKRNLEKVAEEQGGQQAVSYQDLFNPRFMQKNTHFTTIDVFVRELGAKSFPDIEQLGQKVVDNFVKKETNFNSWEEMQQRAVSEYMSSLF
>NZ_LR698986.1|WP_065866516.1|736940_737237_-|hypothetical-protein
MTDKEILQKIEQSVKDSENWEVYHHLTDSLGSPALILRKTNTNADRLGVNIDVFKGYAYLFLDNGTPAEPYQAILSMHSNYLTFEQKMAYLVKPYIKR
>NZ_LR698986.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter
MTHKKSFFSWWIFIVCCFISMIGFGLLVNTIGLFFGPISQEFNVGRANVALMTTFQNAAAAIALLFAGKIMEKVNLRWLLTACFALITVSMLSLTFANSLVHFYLAWTIIGICQPIAITLSIPVLLSKWFNQKLGTVMGISLGLSALGGTIFNPIIAEVIKQFGWRGGFVGEAMLIGLILVPLAISIKPEPTTQYPAYGKAMRSSKKVALTGLSLKQALKMPVFYAVAFAMLALQFVSGSVQHISGHITNIGISPITAATVVSGVMIGAAIGKISIGYFLDKFNAKLVLAVYSLFGVIGWGGQAMLRESNLLILAAVILGLGQGVCLVALPYLIRQIFGEKDYSNILSVINMIGAFAMSASVYLIGLFFDQTGSYNLGWMINVSAFALSFIVIMITLGKKESANSDLERVE
>NZ_LR698986.1|WP_065866514.1|732892_735514_+|cation-translocating-P-type-ATPase
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>NZ_LR698986.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease
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>NZ_LR698986.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|C39-family-peptidase
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>NZ_LR698986.1|WP_060471342.1|744805_745225_+|hypothetical-protein
MWIILIINTIITISAIIVSFKNRSEVFSLFNAGIIFIIWSIIFLLGAISIYRNFDTSSLMMFIAGILLILGIIMLMFSFINKKVKKIRLQDIAITMMVASVALVGLMQGLNLNFLNLIVPEVSLIIGLICFVVNTINNR
>NZ_LR698986.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein
MKKICPNCGKEVDPEEKYCPFCHFNLVNNDETMVTVNIGLLGLKNNESTKKDEEKIQSEKKESDAKPEKKKQPEKAVSKSNEDKKQKIEKNEIIPSPLPPKKKPTPLPKSKKKKFHFKWSILIEIVVAVIAILVMVGMNYYSCKAQIGRIETGLKNGEVNNVVTNGKVPLTAKNLTPLKEYYKNNPAAYKKLKKSLMGKNNLPIKLIKQGHYFLFFPRYVVQLPTYELNVVNDYHHSTVTVNGMKFVKKQKVFPGAYNIEAKSSYLGQTAKFKKTVNVWKDQTAEVNLNAKTIKVQGMPNGKLYLNNHNIGKLDKKGNLVLEDVPLTKPFSMYVAKKQKGKLVKTKQVRDVPAVIKGSKNVAVLKLDWQQSKNVGKLLEDNFNYPNSKDFVGGSKNKSYVELRTLVSNWRNSPNITKYHANITVNNKSLNDIRYSVEFNFAFNKNGKRYKRVQVMKFRSASARSTSKGLKIKTIGGGRIVSSK
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>NZ_LR698986.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase
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>NZ_LR698986.1|WP_079227814.1|755159_755987_-|IS982-family-transposase
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Crispr_ID: NZ_LR698986_3

• CRISPR_ID: NZ_LR698986_3
• CRISPR_location: 869436-870060
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• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 9 spacers
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Consensus repeat of NZ_LR698986_3

Consensus_repeat	Method
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRISPRCasFinder
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	PILER-CR

spacers of NZ_LR698986_3

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TTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTA
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>3.15|869928|37|NZ_LR698986|PILER-CR
TAAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAA
>3.16|869995|36|NZ_LR698986|PILER-CR
TTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LR698986_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LR698986_3

>merge|NZ_LR698986|3|869436-870060|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AATTATTTTCATCTTAAGTTAGATAAAATCAGCATATTTAGTAAAGTTGGTGTAAAATTCGGCTTTATTTACATTTCCCTTAGATTAAATAAAGACCTACCAACTACTAAAACTTTTAGATTAAACTTTCAAAAATTCACATTTCTCTTAAATTAAATAAAAACTCACTCAAAAAGAGGTACTATAGATCATTCAAGTTTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCAATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAATGAAAAGGTGGCGCAAGATATGAGTTTTTACGATCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTAGTAAGCGTAAGGTTTAAAGTTAGTAAGAATTAACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAAGTTTAAAGCTGGCACGTTAATAATTGCTTGTGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTAAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACA

>NZ_LR698986|3|3|869436-870060|CRISPRCasFinder
AATTATTTTCATCTTAAGTTAGATAAAATC	AGCATATTTAGTAAAGTTGGTGTAAAATTCGGCTTT
ATTTACATTTCCCTTAGATTAAATAAAGAC	CTACCAACTACTAAAACTTTTAGATTAAACTTTCAAAA
ATTCACATTTCTCTTAAATTAAATAAAAAC	TCACTCAAAAAGAGGTACTATAGATCATTCAAGTTT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AATGAAAAGGTGGCGCAAGATATGAGTTTTTACGAT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TAGTAAGCGTAAGGTTTAAAGTTAGTAAGAATTAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGTTTAAAGCTGGCACGTTAATAATTGCTTGTGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TAAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACA

>NZ_LR698986|3|2|869502-870059|CRT
ATTTACATTTCCCTTAGATTAAATAAAGAC	CTACCAACTACTAAAACTTTTAGATTAAACTTTCAAAA
ATTCACATTTCTCTTAAATTAAATAAAAAC	TCACTCAAAAAGAGGTACTATAGATCATTCAAGTTT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AATGAAAAGGTGGCGCAAGATATGAGTTTTTACGAT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TAGTAAGCGTAAGGTTTAAAGTTAGTAAGAATTAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGTTTAAAGCTGGCACGTTAATAATTGCTTGTGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TAAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_LR698986|3|2|869571-870059|PILER-CR
TTCACATTTCTCTTAAATTAAATAAAAACT	CACTCAAAAAGAGGTACTATAGATCATTCAAGTTTC
TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACC	AATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTAC
TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACA	ATGAAAAGGTGGCGCAAGATATGAGTTTTTACGATC
TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACT	AGTAAGCGTAAGGTTTAAAGTTAGTAAGAATTAAC
TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACA	AGTTTAAAGCTGGCACGTTAATAATTGCTTGTGTC
TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACT	AAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAAC
TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACT	TAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTAC
TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LR698986.1|WP_065866558.1|858846_859377_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|180850
NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	gnl|CDD|273848
NZ_LR698986.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|273707
NZ_LR698986.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	gnl|CDD|366863
NZ_LR698986.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234899
NZ_LR698986.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	gnl|CDD|187853
NZ_LR698986.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|DnaD-domain-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226138
NZ_LR698986.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234752
NZ_LR698986.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234620
NZ_LR698986.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	unknown	unknown	gnl|CDD|235591
NZ_LR698986.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|366488
NZ_LR698986.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI	unknown	unknown	gnl|CDD|236353
NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	gnl|CDD|274215
NZ_LR698986.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226131
NZ_LR698986.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377221
NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	gnl|CDD|187884
NZ_LR698986.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR	unknown	unknown	gnl|CDD|234774
NZ_LR698986.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09658_cas5_CAS-I-B	gnl|CDD|273860
NZ_LR698986.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	gnl|CDD|187856

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_LR698986.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	1.4e-26	87.2	0.9
NZ_LR698986.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	7.6e-73	240.6	6.4
NZ_LR698986.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	1.7e-51	169.3	1.8
NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	1.1e-24	82.3	3.4
NZ_LR698986.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	2.4e-127	419.3	7.9
NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	1.1e-21	71.6	0.3
NZ_LR698986.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09658_cas5_CAS-I-B	3.2e-32	106.8	0.4
NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	3e-63	208.5	4.7

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LR698986.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein	gnl|CDD|366488	pfam01145, Band_7, SPFH domain / Band 7 family. This family has been called SPFH, Band 7 or PHB domain. Recent phylogenetic analysis has shown this domain to be a slipin or Stomatin-like integral membrane domain conserved from protozoa to mammals.	2.55444e-35
NZ_LR698986.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	gnl|CDD|180850	PRK07116, PRK07116, flavodoxin; Provisional.	3.6142e-19
NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	gnl|CDD|273848	TIGR01877, CRISPR-associated_endoribonuclease_Cas6_1, CRISPR-associated endoribonuclease Cas6. CRISPR is a term for Clustered, Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins. This broadly distributed, highly divergent Cas family is now characterized as an endoribonuclease that generates guide RNAs for host defense against phage and other invaders. The family contains a C-terminal motif GXGXXXXXGXG, where the each X between two Gly is hydrophobic and the spacer XXXXX contains (usually) one Arg or Lys. The seed alignment for the current version of this model has gappy columns removed. Members of this protein family are found associated with several different CRISPR/cas system subtypes, and consequently we designate this family Cas6.	1.48576e-17
NZ_LR698986.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|273707	TIGR01587, CRISPR-associated_endonuclease/helicase_Cas3, CRISPR-associated helicase Cas3. This model represents the highly conserved core region of an alignment of Cas3, a protein found in association with CRISPR repeat elements in a broad range of bacteria and archaea. Cas3 appears to be a helicase, with regions found by pfam00270 (DEAD/DEAH box helicase) and pfam00271 (Helicase conserved C-terminal domain). Some but not all members have an N-terminal HD domain region (pfam01966) that is not included within this model.	1.2037e-58
NZ_LR698986.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	gnl|CDD|366863	pfam01930, Cas_Cas4, Domain of unknown function DUF83. This domain has no known function. The domain contains three conserved cysteines at its C-terminus.	4.69956e-59
NZ_LR698986.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	gnl|CDD|234899	PRK01103, PRK01103, bifunctional DNA-formamidopyrimidine glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase.	2.51e-156
NZ_LR698986.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR	gnl|CDD|234774	PRK00464, nrdR, transcriptional repressor NrdR.	6.49925e-87
NZ_LR698986.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|DnaD-domain-protein	gnl|CDD|226138	COG3611, DnaB, Replication initiation/membrane attachment protein [DNA replication, recombination, and repair].	2.84965e-34
NZ_LR698986.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234752	PRK00413, thrS, threonyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NZ_LR698986.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	gnl|CDD|234620	PRK00081, coaE, dephospho-CoA kinase; Reviewed.	3.07943e-83
NZ_LR698986.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	gnl|CDD|235591	PRK05755, PRK05755, DNA polymerase I; Provisional.	0
NZ_LR698986.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI	gnl|CDD|236353	PRK08939, PRK08939, primosomal protein DnaI; Reviewed.	8.40514e-153
NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	gnl|CDD|274215	TIGR02585, conserved_protein, CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This clade is a member of the DevR family (TIGR01875) and includes the DevR protein of Myxococcus xanthus, a protein whose expression appears to be regulated through a number of means, including both location and autorepression; DevR mutants are incapable of fruiting body development.	2.4456e-58
NZ_LR698986.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein	gnl|CDD|226131	COG3603, COG3603, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	4.27857e-33
NZ_LR698986.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	gnl|CDD|377221	pfam04087, DUF389, Domain of unknown function (DUF389). Family of hypothetical bacterial proteins with an undetermined function.	3.70686e-51
NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	gnl|CDD|187884	cd09754, Cas8a1_I-A, CRISPR/Cas system-associated protein Cas8a1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Large proteins, some contain Zn-finger domain; signature gene for I-A subtype; also known as CXXC_CXXC family.	1.16178e-18
NZ_LR698986.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|187853	cd09722, Cas1_I-B, CRISPR/Cas system-associated protein Cas1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas1 is the most universal CRISPR system protein thought to be involved in spacer integration; Cas1 is metal-dependent deoxyribonuclease, also binds RNA; Shown to possess a unique fold consisting of a N-terminal beta-strand domain and a C-terminal alpha-helical domain.	1.31726e-152
NZ_LR698986.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273860	TIGR01895, conserved_hypothetical_protein, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This family is represented by TM1800 from Thermotoga maritima. It is related to TIGR01868 (CRISPR-associated protein, CT1976 family).	1.47744e-27
NZ_LR698986.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|187856	cd09725, Cas2_I_II_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas2. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas2 is present in majority of CRISPR/Cas systems along with Cas1; RNAse specific to U-rich regions; Possesses an RRM/ferredoxin fold.	2.736e-27

Protein sequences

>NZ_LR698986.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I
MADEKLLLIDGNSVAFRAFYALYRQLESFKSPDGLHTNAIYAFKNMLDVLLKDVDPTHVLVAFDAGKVTFRTKMYGEYKGGRAKTPEELLEQMPYIQEMLHDLGIKTYELKNYEADDIIGTFAAKGEKAGFTTTIVTGDRDLTQLASDKTTVEVTKSGVSQLEAYTPEHMKEVNGVTPTEFIDMKALMGDNSDNYPGVEGIGPKTASNLIQEYGSVENLYDHIDEMKKSKRKERLIRDKDKAFLAKKLATIDRDSPVTIDIDDVKREPVDYEKLRQFYEKMNFRKFLAELNASGAGQDGAEVEKVEYTVLNDDNVKDVKATEKDTVEFYLEMLGANYHLADFVGFSLKINDKIYVSRDVDLLEEDNIKHILEDEKIKKNVFDLKRSMVGAHRLGIHTHGLDYDMLLASYLVNNENNSNDLGEIAHLYGDYSVKTDLEVYGKGKSEHIPDDDDELFNHLASKVNAIESLKKTLLEKLKDHEQDALFDTIEIPTARVLARMEMNGMRVETSTLIQLQNEFAVKLKKLEDKIYGQAGEKFNLNSPKQLGHILFEKLGLPVIKKTKTGYSTSVEVLDQLKTQSPIVSKILDYRQIAKIQSTYVKGLLDVIQPDGRVHTRYLQTLTATGRLSSVDPNLQNIPTRTEEGKQIRKAFVPSEPDGYIFSCDYSQVELRVLAHVSGDQNMQEAFKTGYDIHSHTAMKIFHLESPDEVTPLMRRHAKAVNFGIVYGISDYGLSKNLGISRKRAQEFIDNYFEQYPQIKDYMNKAVQEARDKGYAETIMHRRRYLPDIHAKKYTVRAFAERTAINSPIQGSAADIIKIAMINMQKKLDELHLKTKMVVQVHDELIFDVPKDELETIKKIVPEVMQSAVKLDVPLIADSGWGHNWYDAK
>NZ_LR698986.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase
MPEMPEVETVRRTLIPLIKGKTIEKVILWYPKIVATDHEKFLSELPGKKIIDIDRYAKYLLIRLSDNLTIVSHLRMEGKYHLTTSDAPKDKHDHVEFIFTDGTALRYNDVRKFGRMQLILTGTERQTTGIGKLGYEPNSSEFTSEYLVNGLKRKKKNIKNTLLDQSVVAGLGNIYVDEVLWRTKIHPLSQANKIPAEKVMELHDQINQIITEAIKLQGTTVHSFLNANGQVGGFQSKLQVYGHVGEPCPVCGTKFEKIKVNGRGTTFCPHCQVIYK
>NZ_LR698986.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase
MSYVLALTGGIATGKSTADDFFRKKNIPIIDCDQIARELMEPGNASWQAIKDHFGMEYLNSDQTINRKKLGQLVFSNKQALSELNQVTHPLIFDKTVAKIKEYRDFALVILDAPVYFEAGLDNKHVANGVLVITLPEQLQIERLKKRNNLTDQEAINRINSQMPLVEKEKMADFVVANTGTIKELENKLKQVLIKIREEE
>NZ_LR698986.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR
MECPNCHQNASRVIDSRPSDENRAIRRRRECENCGFRFTTFERIETAPLLVIKNDGTREPFNRKKILHGVMAAGQKRPISSDQFEQLVDHVENKVRKQGISEISSKKIGQYVMDELADLDDVAYIRFASIYREFKDMSSFMKTMEDMMAKKGKGN
>NZ_LR698986.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|DnaD-domain-protein
MFETADPKHLYYVANRIRLFPEDEKVLIKLYQPLVGAVAVALYQTLIQNYDPYGIISDSKGIYSLQEQLDCSLKQLFNSLHKLEAVGLVQTFLSDNVFNNVLVFKLLQVPAADKFFATPLLASLLKEKVGVPTFHDLSHAFAQEAKLKEKPIKNAKDVSANFFDVFRLPGDEAITPSSDVVQAAQENKVHEVETAKVNDHDSIDWDFIKQEYSRYQIPASEIDLNKEQIRGLIQTYGLSEKEFVDESLPCLHGSYSLNMRDISNTLAENYKRTNTRENVQTQLNEGRKKALATIKDMDDNDKKLLKAANESSPAEFLYKLKTQKGGITSANEKQIINNLHTQYGLPEDLINILTYTCLTYDTVVSSNLAYKIANDWLQHGVATAVQALQYVKKRRNSFGKKRPVRTYQKRVEKGTDWSKKKADRDAGISTEQLKNLFKDLNNK
>NZ_LR698986.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI
MEPIDKVIKKIVKERNLGDAQSLISQALHDPDVQAFLTANANKIDQKMVQNSMSNLYEYYSQKHTANKVMAGYAPQLFLNGKVIDIRYVPTKAKLAQDRKQAAERRLQLIDVPTRLHDVSLSEIDVNDDRKQVLTLIYDFLRKYKQDPHVQGLYLSGDYGVGKTYILAGLANYVVTNMNKNVVFLHVPTFIAGLASHFDDNSLQSEIRRLSECDLLILDDIGAESLSQWSRDDVLGVILQARMDNVLPTFFSSNLDMEALESHFEETRNATDPVKARRLMQRVRFLAKEVVVSGPDRRNSLH
>NZ_LR698986.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase
MSFSITLPDGSKKDFEESLTIADLAQNIATSLGKAAVAGKVNGELKPLDYKLDSDSEVAIITNKDEEGLDVLRATAAFVFEAVAKCEYPELRLGEHVADEGGFYVDTDKDDQIKVGELPKLEKAMQKVIKNGEKIEHVQIAKSELEDLYKNDKFKSELLAKVEGDTVDAYKLGDFVDFGFDALLPNTGKIKQFKLLSVAGAYWLGKSSNPMLQRIFGTAFFKEADLKADLKRRQEIKERDHRTIGRDLDLFFVDPKVGAGLPYWMPKGATIRRAVERYIIDREVADGYQHVYTPVLMNLDAYKTSGHWAHYRDDMFPPMDMGDGEMLELRPMNCPSHIQIFKHHIRSYRDLPLRVAELGMMHRYEKSGALSGLQRVREMTLNDGHTFVALDQVQTEFAKILKLIMEVYKDFDITDYYFRLSYRDPKNTDKYFANDEMWEKSQKMLKGAMDDLGLDYVEAEGEAAFYGPKLDIQTKTALGNDETMSTIQLDFMLPDRFGLTYVGKDGEEHRPVMIHRGIVGTMERFIAYLTEIYKGAFPTWLAPVQAEIIPVNNEAHGEYAEKVRAELAKRGFRVEVDDRNEKMGYKIRESQTQKVPYTLVLGDEEMKSGKVNLRRYGTDEEISKSLDDFINEIDADVKSYSREN
>NZ_LR698986.1|WP_065866558.1|858846_859377_-|hypothetical-protein
MKKKLLLFLGAILLILGFAKLSSVNADAATIKATDWGAKKVFTTPKKTRGVWYYKEGKKVKKFKITAHTIDGVKLYKELNGKTSDRWVNKLIKADKKSVYKLADKVGESAWACHTIKYHKIIGFNADGWLAGSGDGFYYVPVKKNVKGKKVNALRVGEGAGNYLSYYAYKSRKLVK
>NZ_LR698986.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein
MYYCNLRKNDFYFFAKTDEELSLVCETKNAPSKTINREDGWRAFKIEGQLDFSLIGILAKIAQLLANNGISIFAVSTFNTDYILVKDNNFDSAIKILSENNYEIK
>NZ_LR698986.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein
MSRKNYLSPQFLTKISEDGTLNIESLIILTCAIFIASIGLNVNSTATIIGAMLISPLMGPLLAIGTGLALYNTNILRKGAISLLAEIVISLVASTIYFHFSPLTYASQEIIARTSPTIWDVMIAFFGGSAGIIGARKKDANNIVPGVAIATALMPPLCTVGYSIAAGNLKYFLGSGYLFLINCVFITLTAFLGVKIMKWLSHSAGQPGLSFFRKPTLKETGIVLVVIILIIPSILSAGHMVNKTLVDQNVQNLVAHELGDVDLIKENVDLQEKTINLTVSGKKINTKKIQAAKANLAEYNLKGYSLNIVQVAQVNPNAENQLDRQVNNILNQRQREQEQANEERQQEQEKHNQEIEKLSPAISSVTAVSDNKNKQITLIELKKNISAKKKKALVKQIKEKYPNINLVEFVQESEKE
>NZ_LR698986.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2
MYVILVYDIVMDKQGAKVSRHVFKICKKYLTHVQNSVFEGELTKSQLESLKNELDRWIRQNVDSVIIFKNRNKDWLDKEFMGQDLTDLTSDIF
>NZ_LR698986.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1
MEDYYLFSSGELERKDNTVRLTRSDGKYKDLKIEVTRDIYLFGEVSTNTKCLNYLAQMKIPVHFFNYYGFYTGSFYPKEQNVSGTLLIQQVQAYTDPKRRLYYAKKFVLGAAKNLLRNLKYYQRRGRNLDDSIKEITSLIRQIDQVHDVEELMGVEGTIHRRYYASWQSVFIPDVDFSKRVRRPPDNMVNTLISFLNGLMYTTCLSEIYVTQLNPAISYLHSPMDRRFSLCLDISEIFKPMIVDRLIFSLINKNMISEEDFNKESNYCYLSEKSKRIIVSEYDKYMKQKVRYKTLHRDVSYRHLIRLECYKLVRSLVEGETYEPYVMGW
>NZ_LR698986.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4
MRVTGNMVNYFFVCKRKLWLFQHQIGFEQTSERVQLGSLLDRTSYQGHGTHHLMIDNLINIDMVENWQLIHEVKRSDAIEPAAIWQLKYYIYYLRKKGVNISKGLLDYPRLKKCVKVDYTDEDEKQMEKYISEIEQICEQVTPPKPQFKPICKSCAFYEYCFS
>NZ_LR698986.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3
MNEYLAKSLDQSEGNHCETIVEHTNNLLKQYSLLKQAYPDIFQNFWLSQDRFNDMTKQVDIRSKDDWRLLEIACSYHDLGKMNLRFQKKVKAGQSFCKGEIPHALLSITMLPIDELQKHYTKDQIIALIFAIKWHHERNFSEIYEKHYEDEIEALKKEFASFDYSKSSFPIPPQEPAKVDSKYLTGNLSHRLSPNYEPKIYDEFVILKGLLNRIDYAASGHYEIESKSRVCLSQNILQEWHKKNPVADWNELQKYTYDHRNESIVVVGQTGLGKTESALRWLDNSKSFFVLPLKSAINSIYDRISGIVFQNKSHENLALLHSDMMAKALSEKFDDEDNFEEFVNEERSWSKQLSVATLDQIFNFVYHYKNYEPKLATLAYAKVVIDEIQMYSPDLLGYLIYGLGEIQKFGGKFEIMTATLPPFLIDLLESNGLEFKQAPHPFLDPKVNHRHKVKVLHKQINSDDIINLDRHQKTLVVCNTVKSATELYSELKQKGVSDVHLIHSRFIRKDRNEREKEILEFGQKENHSSGIWIGTQVVEASLDIDFDMLITELSELCGLFQRMGRCYRKRNYEGKEPNVYVFDGGDKLTSGIHESKQEYDDKRYHSVVDYHLFEISKRALAQVDGYLTESDKLKLIDENYTTDKLLDENCQLIDKVNDCIDYLNDLTFLDNLKTKEEVVNTFRNINTIDIIPEQVFLENKDKLEAAAKALNNYIRREDFLDQTEYKKQHQILVKEKIKAREVINNYLVGIPLYIISKVSKQDRWIKDKALNEVGYNILPADFNYDSMTGLSYNDSKNKNAEIDDDDNIF
>NZ_LR698986.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5
MKVIRVKLHQETANYRVPASHGFRESYPLPPISTVIGMVHYLCDFHEYHPMKVSVQGSYVSTTSDFFTRYEFKNGLKFDPGRHQLNAEGYGISRGIGHVQLLYDVNLILHIKPDDENELEDIYNALKYPREFPNLGRREDLVNFEEVKIVDVEKKDEDLTVNRGAYIPVEMSENIGLENEGIGYKGTHYYLNKDYKLVTIKKGQTQRRWNKVEVIYASGFTVYKSYVDEDNNVVFLV
>NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR
MTQDKMGLTATIVFQASSANYGESLGNVASLKKLTRGDGQQYSYISRQAIRYDIVQQLGEKETNLEAEGSGDKKVIQFAKDASIKDFPEIDFFGYMKTEKGNNSSIRSAKVRLSNAISQEPYEGDTDFLTNMSLAQRIRKATGDNKIRNSIAQSEIQQSYYVYTLTVDLDQIGVDDNDGTNLNANEKNRRVAKLLDTIQYLYRDIRGRREDLKPLFAIGGVYDIKNPIFENAVKVRNSNIDIESIQSILDDPRVKENTSVGFVDGAFNNSQEIKDKLDAVTVAKFMTDLKKKVADYYEGN
>NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1
MTIDFRINSWLENAGIVGLTRILKANPRYRGSYKEKENTLEVDPKVFDNFSDLYFNFFIKNYGQATRYWRIVSEENFLKSLKENGFKDFDNKKLKELTDWFDNVLKYSVNSASYKKVIKFINSDYDIKAEVKDCNKKIRTLNKKNFLTESPEEAKEILQELINQLLKAIEYFSTDQARKYFPAKTLSYTVINKAWNGVSFLNPQAKNLDFYDDYQNYFVAPVQKYLQEDHSKDKYICSTCGRPIKRLEYSYGFLNDMGYDLNRKTSNAWNFKNDLYICPVCQFLYSLVPAGFTYNMASQGIFINENSSIRNLQGKNDATFNSMMRDIRSNTQTSPYRAFSAAFRDAEASGQNAVLANIQLITYNNDHYNFQIIPIVASKVLIKAVEKKYTVKQTGEVKSYLANLYNAGISNFRGAGYYSILDNVLNCLFNNTNLFSIIQELELLKVGNTAGCYYNTFQIMTVIRMNGWFLNELHKYRRSENPMKVEEDKLTKARGCGMHVRMGYDNENKAKTLAYKMLEAIRANSTDRFMELLLNAYLYLDKTVPKIFIETQSNTEVFKEYAFAFIAGLIGSSNAEQDK
>NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6
MRFGIPIHLLPKNSEEKEIKINIDYDAYILSLIKTGLSTENPALFKELFGKPTQKNYSTSVFFPNATFTKDNIVLDKNGEMKLYFSTANTNLAINFYNSFVYLDHLDAEKLPFGHSYLADVKKLYTIELPKITKDRVIFKTMSTIVIRNDEGRFISCPNDSTEEGLAEFNDALRRNTFNKLRDNESLASTVKGLKFKPIKMRKTVRKSFGLNIECTKGIFELEGNPTLLNFIQESGLGEKTGTFSGMISLA
>NZ_LR698986.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin
MFGRTYSDLGPVVGQINGEDIRANQLERRGYDWENGYGTPSDGQDTNRDGQPVRKLTKDAKSIIIFWSCSGSTKLLASKIARETGADILEITLRNPYPANYRKTLNRANCERIQNDPPELEMLSQYDTIYLGYQTWAMTLSQPMRAFLLEYGGEFSNKKIAPFLSEGGYGSGDSTELIREFIARDGGKNNTYTSALVVDGNRVDESDVEVKRWLKTI
>NZ_LR698986.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein
MMARIIIGIIVVLVIVYVCCGFKIVPQNNEGLVETLGKYSKTVKAGFIFVWPLFQRIRKVPLALQPLEISKYSIITKDNAEISTSLTLNYLVTDSYRYFYNNTDSVESMVQLIRGHLRDIIGRMDLNAALGSTKEINDQLFTATGDLTDIYGIKVVRVNVDELLPSAEIQHAMDKQLTADREKTAAIAKAEGEARTIGMTTKAKNDALVATAKANAEAVKTQADADAYRVQKMQEALSKAGEGYFRNQSLDSFNQLAQGPNNLIVVGKDEMTDLGKVPTLRKVWDASDDKKDK

Crispr_ID: NZ_LR698986_4

• CRISPR_ID: NZ_LR698986_4
• CRISPR_location: 870872-872284
• CRISPR_type: Unclear
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 21 spacers
• Cas_protein_info: cas2,cas1,cas4,cas3,cas5,cas7,cas8b2,cas6

Consensus repeat of NZ_LR698986_4

Consensus_repeat	Method
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	PILER-CR
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LR698986_4

>4.1|870902|36|NZ_LR698986|CRT
TCAAATCTAATTATTGATGATATTGAAAATAGAAGA
>4.2|870968|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
>4.3|871034|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
>4.4|871099|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
>4.5|871164|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
>4.6|871230|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
>4.7|871296|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
>4.8|871363|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
>4.9|871428|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTG
>4.10|871494|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGT
>4.11|871560|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTG
>4.12|871627|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATAC
>4.13|871693|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGT
>4.14|871759|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTC
>4.15|871824|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGA
>4.16|871889|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTC
>4.17|871956|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAA
>4.18|872023|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
>4.19|872088|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
>4.20|872155|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
>4.21|872220|35|NZ_LR698986|CRT,CRISPRCasFinder
CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LR698986_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LR698986_4

>merge|NZ_LR698986|4|870872-872284|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGCACCACGCGTATTAAGTTAAATAAAAACTCAAATCTAATTATTGATGATATTGAAAATAGAAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTCCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATGCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTGCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTGCTTTACATTTCTCTTCAGTTAAATAAAAACTACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATACCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTCCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTCCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_LR698986|4|3|870872-872284|CRT
AGCACCACGCGTATTAAGTTAAATAAAAAC	TCAAATCTAATTATTGATGATATTGAAAATAGAAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTG
CTTTACATTTCTCTTCAGTTAAATAAAAAC	TACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATAC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_LR698986|4|3|870938-872219|PILER-CR
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTG
CTTTACATTTCTCTTCAGTTAAATAAAAAC	TACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATAC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_LR698986|4|4|870938-872284|CRISPRCasFinder
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTG
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CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LR698986.1|WP_065866558.1|858846_859377_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|180850
NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	gnl|CDD|273848
NZ_LR698986.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|273707
NZ_LR698986.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	gnl|CDD|366863
NZ_LR698986.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234899
NZ_LR698986.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	gnl|CDD|187853
NZ_LR698986.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|DnaD-domain-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226138
NZ_LR698986.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234752
NZ_LR698986.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234620
NZ_LR698986.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	unknown	unknown	gnl|CDD|235591
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NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	gnl|CDD|274215
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NZ_LR698986.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377221
NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	gnl|CDD|187884
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HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_LR698986.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	1.4e-26	87.2	0.9
NZ_LR698986.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	7.6e-73	240.6	6.4
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NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	1.1e-24	82.3	3.4
NZ_LR698986.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	2.4e-127	419.3	7.9
NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	1.1e-21	71.6	0.3
NZ_LR698986.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09658_cas5_CAS-I-B	3.2e-32	106.8	0.4
NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	3e-63	208.5	4.7

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LR698986.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein	gnl|CDD|366488	pfam01145, Band_7, SPFH domain / Band 7 family. This family has been called SPFH, Band 7 or PHB domain. Recent phylogenetic analysis has shown this domain to be a slipin or Stomatin-like integral membrane domain conserved from protozoa to mammals.	2.55444e-35
NZ_LR698986.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	gnl|CDD|180850	PRK07116, PRK07116, flavodoxin; Provisional.	3.6142e-19
NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	gnl|CDD|273848	TIGR01877, CRISPR-associated_endoribonuclease_Cas6_1, CRISPR-associated endoribonuclease Cas6. CRISPR is a term for Clustered, Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins. This broadly distributed, highly divergent Cas family is now characterized as an endoribonuclease that generates guide RNAs for host defense against phage and other invaders. The family contains a C-terminal motif GXGXXXXXGXG, where the each X between two Gly is hydrophobic and the spacer XXXXX contains (usually) one Arg or Lys. The seed alignment for the current version of this model has gappy columns removed. Members of this protein family are found associated with several different CRISPR/cas system subtypes, and consequently we designate this family Cas6.	1.48576e-17
NZ_LR698986.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|273707	TIGR01587, CRISPR-associated_endonuclease/helicase_Cas3, CRISPR-associated helicase Cas3. This model represents the highly conserved core region of an alignment of Cas3, a protein found in association with CRISPR repeat elements in a broad range of bacteria and archaea. Cas3 appears to be a helicase, with regions found by pfam00270 (DEAD/DEAH box helicase) and pfam00271 (Helicase conserved C-terminal domain). Some but not all members have an N-terminal HD domain region (pfam01966) that is not included within this model.	1.2037e-58
NZ_LR698986.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	gnl|CDD|366863	pfam01930, Cas_Cas4, Domain of unknown function DUF83. This domain has no known function. The domain contains three conserved cysteines at its C-terminus.	4.69956e-59
NZ_LR698986.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	gnl|CDD|234899	PRK01103, PRK01103, bifunctional DNA-formamidopyrimidine glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase.	2.51e-156
NZ_LR698986.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR	gnl|CDD|234774	PRK00464, nrdR, transcriptional repressor NrdR.	6.49925e-87
NZ_LR698986.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|DnaD-domain-protein	gnl|CDD|226138	COG3611, DnaB, Replication initiation/membrane attachment protein [DNA replication, recombination, and repair].	2.84965e-34
NZ_LR698986.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234752	PRK00413, thrS, threonyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NZ_LR698986.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	gnl|CDD|234620	PRK00081, coaE, dephospho-CoA kinase; Reviewed.	3.07943e-83
NZ_LR698986.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	gnl|CDD|235591	PRK05755, PRK05755, DNA polymerase I; Provisional.	0
NZ_LR698986.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI	gnl|CDD|236353	PRK08939, PRK08939, primosomal protein DnaI; Reviewed.	8.40514e-153
NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	gnl|CDD|274215	TIGR02585, conserved_protein, CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This clade is a member of the DevR family (TIGR01875) and includes the DevR protein of Myxococcus xanthus, a protein whose expression appears to be regulated through a number of means, including both location and autorepression; DevR mutants are incapable of fruiting body development.	2.4456e-58
NZ_LR698986.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein	gnl|CDD|226131	COG3603, COG3603, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	4.27857e-33
NZ_LR698986.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	gnl|CDD|377221	pfam04087, DUF389, Domain of unknown function (DUF389). Family of hypothetical bacterial proteins with an undetermined function.	3.70686e-51
NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	gnl|CDD|187884	cd09754, Cas8a1_I-A, CRISPR/Cas system-associated protein Cas8a1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Large proteins, some contain Zn-finger domain; signature gene for I-A subtype; also known as CXXC_CXXC family.	1.16178e-18
NZ_LR698986.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|187853	cd09722, Cas1_I-B, CRISPR/Cas system-associated protein Cas1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas1 is the most universal CRISPR system protein thought to be involved in spacer integration; Cas1 is metal-dependent deoxyribonuclease, also binds RNA; Shown to possess a unique fold consisting of a N-terminal beta-strand domain and a C-terminal alpha-helical domain.	1.31726e-152
NZ_LR698986.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273860	TIGR01895, conserved_hypothetical_protein, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This family is represented by TM1800 from Thermotoga maritima. It is related to TIGR01868 (CRISPR-associated protein, CT1976 family).	1.47744e-27
NZ_LR698986.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|187856	cd09725, Cas2_I_II_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas2. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas2 is present in majority of CRISPR/Cas systems along with Cas1; RNAse specific to U-rich regions; Possesses an RRM/ferredoxin fold.	2.736e-27

Protein sequences

>NZ_LR698986.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I
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>NZ_LR698986.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase
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>NZ_LR698986.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase
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>NZ_LR698986.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR
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>NZ_LR698986.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|DnaD-domain-protein
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>NZ_LR698986.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR
MTQDKMGLTATIVFQASSANYGESLGNVASLKKLTRGDGQQYSYISRQAIRYDIVQQLGEKETNLEAEGSGDKKVIQFAKDASIKDFPEIDFFGYMKTEKGNNSSIRSAKVRLSNAISQEPYEGDTDFLTNMSLAQRIRKATGDNKIRNSIAQSEIQQSYYVYTLTVDLDQIGVDDNDGTNLNANEKNRRVAKLLDTIQYLYRDIRGRREDLKPLFAIGGVYDIKNPIFENAVKVRNSNIDIESIQSILDDPRVKENTSVGFVDGAFNNSQEIKDKLDAVTVAKFMTDLKKKVADYYEGN
>NZ_LR698986.1|WP_172619752.1|878454_880194_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1
MTIDFRINSWLENAGIVGLTRILKANPRYRGSYKEKENTLEVDPKVFDNFSDLYFNFFIKNYGQATRYWRIVSEENFLKSLKENGFKDFDNKKLKELTDWFDNVLKYSVNSASYKKVIKFINSDYDIKAEVKDCNKKIRTLNKKNFLTESPEEAKEILQELINQLLKAIEYFSTDQARKYFPAKTLSYTVINKAWNGVSFLNPQAKNLDFYDDYQNYFVAPVQKYLQEDHSKDKYICSTCGRPIKRLEYSYGFLNDMGYDLNRKTSNAWNFKNDLYICPVCQFLYSLVPAGFTYNMASQGIFINENSSIRNLQGKNDATFNSMMRDIRSNTQTSPYRAFSAAFRDAEASGQNAVLANIQLITYNNDHYNFQIIPIVASKVLIKAVEKKYTVKQTGEVKSYLANLYNAGISNFRGAGYYSILDNVLNCLFNNTNLFSIIQELELLKVGNTAGCYYNTFQIMTVIRMNGWFLNELHKYRRSENPMKVEEDKLTKARGCGMHVRMGYDNENKAKTLAYKMLEAIRANSTDRFMELLLNAYLYLDKTVPKIFIETQSNTEVFKEYAFAFIAGLIGSSNAEQDK
>NZ_LR698986.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6
MRFGIPIHLLPKNSEEKEIKINIDYDAYILSLIKTGLSTENPALFKELFGKPTQKNYSTSVFFPNATFTKDNIVLDKNGEMKLYFSTANTNLAINFYNSFVYLDHLDAEKLPFGHSYLADVKKLYTIELPKITKDRVIFKTMSTIVIRNDEGRFISCPNDSTEEGLAEFNDALRRNTFNKLRDNESLASTVKGLKFKPIKMRKTVRKSFGLNIECTKGIFELEGNPTLLNFIQESGLGEKTGTFSGMISLA
>NZ_LR698986.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin
MFGRTYSDLGPVVGQINGEDIRANQLERRGYDWENGYGTPSDGQDTNRDGQPVRKLTKDAKSIIIFWSCSGSTKLLASKIARETGADILEITLRNPYPANYRKTLNRANCERIQNDPPELEMLSQYDTIYLGYQTWAMTLSQPMRAFLLEYGGEFSNKKIAPFLSEGGYGSGDSTELIREFIARDGGKNNTYTSALVVDGNRVDESDVEVKRWLKTI
>NZ_LR698986.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein
MMARIIIGIIVVLVIVYVCCGFKIVPQNNEGLVETLGKYSKTVKAGFIFVWPLFQRIRKVPLALQPLEISKYSIITKDNAEISTSLTLNYLVTDSYRYFYNNTDSVESMVQLIRGHLRDIIGRMDLNAALGSTKEINDQLFTATGDLTDIYGIKVVRVNVDELLPSAEIQHAMDKQLTADREKTAAIAKAEGEARTIGMTTKAKNDALVATAKANAEAVKTQADADAYRVQKMQEALSKAGEGYFRNQSLDSFNQLAQGPNNLIVVGKDEMTDLGKVPTLRKVWDASDDKKDK

Crispr_ID: NZ_LR698986_5

• CRISPR_ID: NZ_LR698986_5
• CRISPR_location: 1892529-1892711
• CRISPR_type: TypeV
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers
• Cas_protein_info: cas14k

Consensus repeat of NZ_LR698986_5

Consensus_repeat	Method
CACGCGTGGGTTCAAATCCCACAT	PILER-CR

spacers of NZ_LR698986_5

>5.1|1892553|60|NZ_LR698986|PILER-CR
CCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGAT
>5.2|1892637|55|NZ_LR698986|PILER-CR
GGACCGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LR698986_5

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LR698986_5

>merge|NZ_LR698986|5|1892529-1892711|PILER-CR
CGCGCGTGGGTTCAAATCCCACATCCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCGTGGGTTCAAATCCCACATGGACCGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAGCATGCGTGGGTTCGAATCCCACAT

>NZ_LR698986|5|4|1892529-1892711|PILER-CR
CGCGCGTGGGTTCAAATCCCACAT	CCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGAT
CGTGGGTTCAAATCCCACATGGAC	CGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAGCATG
CGTGGGTTCGAATCCCACAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LR698986.1|WP_003627960.1|1890166_1890775_+|IS607-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|239738
NZ_LR698986.1|WP_060471716.1|1896621_1896858_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_003626890.1|1879476_1880829_+|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD	unknown	unknown	gnl|CDD|225174
NZ_LR698986.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB	cas14k	-	gnl|CDD|223747
NZ_LR698986.1|WP_065866862.1|1907785_1909114_-|uracil-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|236744
NZ_LR698986.1|WP_079227754.1|1897023_1897560_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|366181
NZ_LR698986.1|WP_065866858.1|1889563_1890064_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|366181
NZ_LR698986.1|WP_012211358.1|1901064_1902243_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_LR698986.1|WP_065866863.1|1909942_1911412_+|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|341045
NZ_LR698986.1|WP_172619762.1|1902312_1902792_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|375122
NZ_LR698986.1|WP_020829065.1|1909126_1909657_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	unknown	unknown	gnl|CDD|235365
NZ_LR698986.1|WP_023190958.1|1887808_1888198_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LR698986.1|WP_012211526.1|1887345_1887546_-|cold-shock-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224197
NZ_LR698986.1|WP_065866856.1|1882315_1883278_-|ketopantoate-reductase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|235821
NZ_LR698986.1|WP_012211430.1|1897748_1899026_+|ISL3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225995
NZ_LR698986.1|WP_046813923.1|1877735_1879112_-|Na+/H+-antiporter-NhaC	unknown	unknown	gnl|CDD|188097
NZ_LR698986.1|WP_065866857.1|1883296_1884475_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|181219
NZ_LR698986.1|WP_065866930.1|1884495_1885281_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|143607
NZ_LR698986.1|WP_065866861.1|1902885_1903962_+|SLAP-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367400
NZ_LR698986.1|WP_012211358.1|1904200_1905379_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_LR698986.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB	cas14k	-	1.2e-26	87.9	8.5

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LR698986.1|WP_003627960.1|1890166_1890775_+|IS607-family-transposase	gnl|CDD|239738	cd03769, SR_IS607_transposase_like, Serine Recombinase (SR) family, IS607-like transposase subfamily, catalytic domain; members contain a DNA binding domain with homology to MerR/SoxR located N-terminal to the catalytic domain. Serine recombinases catalyze site-specific recombination of DNA molecules by a concerted, four-strand cleavage and rejoining mechanism which involves a transient phosphoserine linkage between DNA and the enzyme. They are functionally versatile and include resolvases, invertases, integrases, and transposases. This subfamily is composed of proteins that catalyze the transposition of insertion sequence (IS) elements such as IS607 from Helicobacter and IS1535 from Mycobacterium, and similar proteins from other bacteria and several archaeal species. IS elements are DNA segments that move to new sites in prokaryotic and eukaryotic genomes causing insertion mutations and gene rearrangements.	5.78857e-48
NZ_LR698986.1|WP_065866858.1|1889563_1890064_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	gnl|CDD|366181	pfam00583, Acetyltransf_1, Acetyltransferase (GNAT) family. This family contains proteins with N-acetyltransferase functions such as Elp3-related proteins.	4.60647e-13
NZ_LR698986.1|WP_003626890.1|1879476_1880829_+|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD	gnl|CDD|225174	COG2265, TrmA, SAM-dependent methyltransferases related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase [Translation, ribosomal structure and biogenesis].	1.42181e-157
NZ_LR698986.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB	gnl|CDD|223747	COG0675, COG0675, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	8.57868e-19
NZ_LR698986.1|WP_065866862.1|1907785_1909114_-|uracil-permease	gnl|CDD|236744	PRK10720, PRK10720, uracil transporter; Provisional.	1.34763e-144
NZ_LR698986.1|WP_079227754.1|1897023_1897560_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	gnl|CDD|366181	pfam00583, Acetyltransf_1, Acetyltransferase (GNAT) family. This family contains proteins with N-acetyltransferase functions such as Elp3-related proteins.	5.97496e-08
NZ_LR698986.1|WP_046813923.1|1877735_1879112_-|Na+/H+-antiporter-NhaC	gnl|CDD|188097	TIGR00931, Uncharacterized_Na+/H+_antiporter_HI_1107, Na+/H+ antiporter NhaC. A single member of the NhaC family, a protein from Bacillus firmus, has been functionally characterized.It is involved in pH homeostasis and sodium extrusion. Members of the NhaC family are found in both Gram-negative bacteria and Gram-positive bacteria. Intriguingly, archaeal homolog ArcD (just outside boundaries of family) has been identified as an arginine/ornithine antiporter. [Transport and binding proteins, Cations and iron carrying compounds].	3.65739e-108
NZ_LR698986.1|WP_012211358.1|1901064_1902243_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	7.377e-112
NZ_LR698986.1|WP_065866863.1|1909942_1911412_+|MFS-transporter	gnl|CDD|341045	cd17502, MFS_Azr1_MDR_like, Saccharomyces cerevisiae Azole resistance protein 1 (Azr1p), and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of multidrug resistance (MDR) transporters including various Saccharomyces cerevisiae proteins such as azole resistance protein 1 (Azr1p), vacuolar basic amino acid transporter 1 (Vba1p), vacuolar basic amino acid transporter 5 (Vba5p), and Sge1p (also known as Nor1p, 10-N-nonyl acridine orange resistance protein, and crystal violet resistance protein). MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. This subfamily belongs to the Methylenomycin A resistance protein (also called MMR peptide) and similar multidrug resistance (MDR) transporters (MMR-like MDR transporter) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	3.29446e-46
NZ_LR698986.1|WP_172619762.1|1902312_1902792_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|375122	pfam17312, Helveticin_J, Bacteriocin helveticin-J. Bacteriocins are biologically active proteins or protein complexes that display a bactericidal mode of action towards closely related species. Bacteriocins produced by lactic acid bacteria are grouped into different classes. Class III of bacteriocins includes large heat liable proteins. Lactobacillus helveticus 481 produces a 37-kDa bacteriocin called helveticin J which is a representative for Clas III bacteriocins.	1.91552e-43
NZ_LR698986.1|WP_012211526.1|1887345_1887546_-|cold-shock-protein	gnl|CDD|224197	COG1278, CspC, Cold shock proteins [Transcription].	3.71751e-34
NZ_LR698986.1|WP_065866856.1|1882315_1883278_-|ketopantoate-reductase-family-protein	gnl|CDD|235821	PRK06522, PRK06522, 2-dehydropantoate 2-reductase; Reviewed.	5.96589e-66
NZ_LR698986.1|WP_020829065.1|1909126_1909657_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	gnl|CDD|235365	PRK05205, PRK05205, bifunctional pyr operon transcriptional regulator/uracil phosphoribosyltransferase PyrR.	2.39737e-98
NZ_LR698986.1|WP_012211430.1|1897748_1899026_+|ISL3-family-transposase	gnl|CDD|225995	COG3464, COG3464, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	6.79993e-46
NZ_LR698986.1|WP_065866857.1|1883296_1884475_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase	gnl|CDD|181219	PRK08068, PRK08068, transaminase; Reviewed.	0
NZ_LR698986.1|WP_065866930.1|1884495_1885281_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase	gnl|CDD|143607	cd07583, nitrilase_5, Uncharacterized subgroup of the nitrilase superfamily (putative class 13 nitrilases). The nitrilase superfamily is comprised of nitrile- or amide-hydrolyzing enzymes and amide-condensing enzymes, which depend on a Glu-Lys-Cys catalytic triad. This superfamily has been classified in the literature based on global and structure based sequence analysis into thirteen different enzyme classes (referred to as 1-13). Class 13 represents proteins that at the time were difficult to place in a distinct similarity group; this subgroup represents either a new class or one that was included previously in class 13. Members of this superfamily generally form homomeric complexes, the basic building block of which is a homodimer.	3.25914e-143
NZ_LR698986.1|WP_065866861.1|1902885_1903962_+|SLAP-domain-containing-protein	gnl|CDD|367400	pfam03217, SLAP, SLAP domain. This short domain is found in a variety of bacterial cell surface proteins. The domain is about 60 residues in length (although previously defined as 2 copies of this domain). It usually occurs in tandem pairs. It may be distantly related to the SH3 domain.	1.48901e-07
NZ_LR698986.1|WP_012211358.1|1904200_1905379_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	7.377e-112

Protein sequences

>NZ_LR698986.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB
MRKKIVPRNKAKYEHLASEYLVAGNSKLDQCSHASHDLYNRALYDLRQGFFKRNYVKGYCDLDQRFKKRYSARESMLYHSLFYVQSAQQTLKEVNTIWSAWLKALKAYQANPGKFTGRPRMPKYLAKGQRHVFFVTNQNAKVKDDYLIIPKLGFKLKITPQVKAIQRVAFKPVYGGYKAIVQYKTNRDIDYLPDNGRYMGIDPGVDNAFACVANIQKAPLLVNGRAIKSVNQYYNKERSRLKALQARYHQLESIVDTQQGKKPVYRETKAMRRITAWRNRKIRQFAHKASKRIVDYALSCGANTIVIGNNKSWKRSSDMGRKNNQNFIGIPHKVMIDMIQYKANLAGISVIRTNESYTSQTSALDHEKPCWENGSQSRKRQGKTPINRRIHRGLFQSNNGRLVNADINGALQIIRKVFPKFSSDEGIEDAVLHPVKWSPLI
>NZ_LR698986.1|WP_003627960.1|1890166_1890775_+|IS607-family-transposase
MKAGKVMDLLQISRSTLKRYREKGILEAKKLPTGQYDFDDDSVFLLKNKHSKRLTVLYGRVSTYKQKADLANQMQELSDFAQSKGFQANDSFQDIASGISFKNRKQFFKMLDLILAGKVKRVIITRKDRLSRVGFELFEYLFQNYGTEIDVISDEMNPKTDEQELFEEIISLLHCFSMREYSHRRAERKLFEATLNQKEKTK
>NZ_LR698986.1|WP_065866858.1|1889563_1890064_+|GNAT-family-N-acetyltransferase
MIIKPLISEDEAKETSRLFQKCWQNTYKDILPDVFLDNIPENAWGKRLNESGRHNLIFIDDDNKIRAAVSYGRPRDTRMLGCGELMALYVEPDFQGFNIGKTLLNAAENELKKMGYGKIYLWCIDGDENARQFFEHFGWVNNATEKFVEIAGKEYKYLLYSHKLLV
>NZ_LR698986.1|WP_023190958.1|1887808_1888198_+|hypothetical-protein
MLTVNYRSVIENDLVNYTQGIESYFRNERLTLRDKINKFIEELPESYRELLSEHVGNTDDWIGKLVSTRVFLTHGDRENMAVSNPYKLVQMTKIFGFMVRIFILQKLGITIDKPKILNKFKNVLTTHYY
>NZ_LR698986.1|WP_012211526.1|1887345_1887546_-|cold-shock-protein
MQTGTVKWFNADKGFGFITGSDNKDVFVHFSAIKTDGFKSLEEGQKVSYDVEQGSRGPQATNVVPQ
>NZ_LR698986.1|WP_065866930.1|1884495_1885281_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase
MKIKVALAQFNIQFADPDKNQQRVAELTSIAAKAGADVIVFPEMWNIGYALNQLDRLADDGGRTTTKLFYRLARQYQISIVGGSVAVKEGGQFYNRTLIVDPLGQVVGKYDKVHLFRLMNEHRYLTAGNQENYFRLAGVPSASFICYDLRFPEWIRTVARHGSAVLYFPAEWPAVRIPQWTTMLKARAIENQAFVVAVNRVGDDPDNHYNGHSLAIDPLGNVIADAGENDGITYAELDLTQLATVRGAIPVFVDRRPDLYK
>NZ_LR698986.1|WP_065866857.1|1883296_1884475_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase
MEFQQSKLLGRLPKQFFASLVAKVNHKIESGVDVINLGQGNPDKPTPEYIVKATQKWVADPATHKYSPFQGLPEFKQAAADFYAEKYGAHFDPEKEVAILGGSKIGLVELPWALMNPGDTYLLPDPGYPDYFSGAALGGVKFETVPLLAKNNFLPDLKAIPEAVAQRAKFFYLNYPNNPTGAVATKKFYEELVSWAKKYHVGIISDFAYGALGFDGQAPRSFMQTPGAKDVGIEFYTFSKTFNMAGWRIAFAVGNQDIIGALNLIQDHLFVSLFPALQRAAIDALQGSQRDAEIAKIVGRYEERRNAFVDAAEKIGWHAFVPKGTFYAWMPVPAGYTSESFADLLLDKAGVAVAPGNGFGKHGEGYVRIGLLIEQARLKEAVARIAKLHLFD
>NZ_LR698986.1|WP_065866856.1|1882315_1883278_-|ketopantoate-reductase-family-protein
MTLKYTVLGAGAMGLRFGVLLQELAGAKVDFVDNWAPEVKTIQQQGGVYVSRDHEDRHLVPIKIYSPEDYQGDPDVFIVFAKQMTLADLLKRSAHFFHPDHQYVFSGMNGMGHIEKINQYFPKEHVVAGTCLIGTVLNKAGDVDFIGKSGAGSINMAAQAEKADDRVKQIVADFTAANINPHLNNNFLGTLLTKVVFNSVINTICTLFEIQMGQFIDYDGSEKLGKQLINEAYDVAERAGIQLLSTREEEWQTIKYVSSVTNPLHYPSMYQDMSKDRPTEVDYINGYIYQLGKKYNYEASTHDFLRNLVHLAENTRKFRK
>NZ_LR698986.1|WP_003626890.1|1879476_1880829_+|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD
MEKNQIIDLEITDLSYEAMGVAHYNGMTVFVTNALPGEVVSAKILKVKKNFAFAKIEKIKKESPDRVNVKLNQGVQSGLASLAHIKYDKQLDFKRNQVVNLLKKAHLENIEVGETLASPEEVGYRNKAQVPVREVNGQLEIGFFRRHSHDLMPLTHFFTTDPEIDRVLVAVRDILRKYKVPAYDEINNNGEVRYLEVRRSKSTGEMMVILVCLHKDFMQLPNVAAEVSQIPGVSGLILNHNPKKTNVILGPKDYLVFGNDQITDQIGDLKFRISPQSFFQINSLQTPRLYNLAIKQADLKPDDVVIDAYSGIGTIGLSVAKHVKAVRGIEVVRDAIKDAKDNAKLNDITNAKYYLGKAEEIMPRWAKSGLKTDVVFVDPPRKGLTPEFINAAVKTGPKKIVYISCNPATLVRDLQLFQEKSYEFNRIDPVDMFPQTPHVESVTVLERTEK
>NZ_LR698986.1|WP_046813923.1|1877735_1879112_-|Na+/H+-antiporter-NhaC
MKKEKVSFTESIIILIALLAILGISVIKFGLSPEVPVLFTVLLLTFWARFRGFTWKDVQDGIKEGIGVAIIPIFIFILIGALIGLWIKAGIIPSIMVLGFHLISGSFFVPSVFIACAIVGVAIGSGFTTISTVGIALFGIGASMNANLALVAGAIISGAVFGDKMSPLSDSTNLSSAVAESELFAHIKNMMWSTIPSFIVSLILFWILGNSGHMDPTKIERTSHVLQTNFSISWWAVVPIVFMLLCAWRKVPAIPTLFINIAATVIMIFVQNPHESVQSLNNLIMNGFVAKTSDASVNALLTRGGISSMMATVALIISTLSLGGMLMKFNVVQSAMEPLVKHLRKPGRLITVTILSGICINLFVGEQYLSVILPGRAFKPAFDKIKLSPLALSRVLEDGGSVINYLIPWGVAGSFAATTLGVPVLQFLPFVFFSLLSPVFSIISGFTGIGLKWAKDKK
>NZ_LR698986.1|WP_060471716.1|1896621_1896858_-|hypothetical-protein
MENIEPMDILREPTPEEETLATILRWVKDSHDNKENKTTTIVFKKNTPQKILKSFQRNTDLFVAITDYTINKQYEIEN
>NZ_LR698986.1|WP_079227754.1|1897023_1897560_+|GNAT-family-N-acetyltransferase
MILDSKPARWGTKAYRDAKDLYMKAFPAWERFSMFSLLAMSLHRNVKFHAIYNEDQFCGITYYAENDKTVYLTYLAINEELRGQGYGSKILTMLEDRFPDKQIVIDIEPVTSKAKNYKQRVSRLKFYERNGFHRTDQKLKDPDGKFEALTTGKKLDKESFMDTLRQMSFGFYQAKVEK
>NZ_LR698986.1|WP_012211430.1|1897748_1899026_+|ISL3-family-transposase
MSSLNHCIKFELDVKDENIVFKDYFYKSIKLQKHKIYEAELIQPACPFCGSLDLLHNGHLITNIHYPTANASLPVIIRLAKQRVKCRDCERWSMAQSELVNKYCSISNASKLKVLSALTEDRSMTSIARENNVSINTVQRVLGNCSHRFIDSCEYLPAHLAFDEFKGVDRQLHFICLDGDSHQVVQILRTRYKKNLLKYFGRFSPQARANVRTVTMDLNFYYQDIVRACFPNAQIVIDRFHMIQMLTRSFNSLRVKVMKTFDKRSRQYQLLKSPWKLYLKKFDELEKVHPRYNWHYKDCLTQAQVVTEGINANTALENSYNLMQDFIQAIETGNTQKLKSLINCKDQIGTLMHKTLLTFKYNLTAVLNGAELPYSNGCLEGFNRKIKQIERTAFGYSSFTNLLTRIRLEENLYKEKEPNSLLMVA
>NZ_LR698986.1|WP_012211358.1|1901064_1902243_+|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_LR698986.1|WP_172619762.1|1902312_1902792_+|hypothetical-protein
MIASIDNDNRGYFSIYYLSDINAALDNAGTNDVNIQNINCVKAFVIPNLISDIGSIQGYDIDNGANYIYISSQYSPVSNDSRQTRKIVKIPWGDTNSNDWDFVNLDSNATIDNFSGNYQTEFESMQVIDNNNVWLTVAYHDMNQSNHLTVMNRIYRVSW
>NZ_LR698986.1|WP_065866861.1|1902885_1903962_+|SLAP-domain-containing-protein
MKKRVISLTAITLLAVSPIIATAIPVLAVDVTSQITTNTIASSESPVLTYNGKTFDHDQDITDIMANTKFSQVIPADNIKFTQNLKSAFSAVASSKDSTKVNVSVYTGGINWNIAGKYPVEVSATNKAGKMTKLTFTVIVGNQGKDAQYAVAQPQIKGNVTLYTIRDNKVVHDSYGAFVLHGGTTVATFGTVEINGISYTRLNGPDSDLFIETKSVDGTYPESATNEDGQAKTVTKTLMHTAIAYNSDGHSTGKKYYAYRQLTLSAVKKNIKGSMYYNVQGTGDYIKVGNIDGTMRTLTRNSYIYATSKRRADRTLLRKGDTITTYGGSYKFKNGKRYYRIEGATSTNKRYVKVVNFE
>NZ_LR698986.1|WP_012211358.1|1904200_1905379_+|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_LR698986.1|WP_065866862.1|1907785_1909114_-|uracil-permease
MSKKENFRNPDAILDVYEKPEFGQGVLLSLQHTFAMFGSTVLVPILIGINPSIALLSSGIGTLVHMILTHFKIPAYLGSSFAFIATMQALMKADGYPAVAQGAIASGLVYVMVALIIAKVGSGWVNKVLPPIVVGPIIIVIGLSLATTAANDAMMNNQKYDLTYFGVAIFTLVMTLVFQMCFKGFTSLVSIMLGIICGYVLACFLGIVDFSGVEKAAWFSIPSLDVMGISYHFKWYPAAILAMAPIAFVTMTEHMGHIMVLNSLTKRNFFKNPGLHRTMMGDGISTIIAGFIGGPPTTSYGENIGVLAMTKVHSVWVLAGAAVCAIIFSFVGKLAALIESIPMPVIGGISFLLFGTIASNGLKILVDDNVDFGEKRNMLIASVILVIGIGGAYLQLGNFQLTSVALSTIIGMILNWVLPKKAASEKALEEKNKQKQDGKIYQ
>NZ_LR698986.1|WP_020829065.1|1909126_1909657_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR
MAKEIIDAIGMKRALMRMTYEIVERNKGTENLVLVGIKTRGLYLAQRIAANLKKLEDVEISVGAIDVLQYRDDLPESKKEKMIHNQQLDFDITDKNVVLVDDVLFTGRTIRAALDALMDQGRPAKINLAVLVDRGHRELPIRPDFIGKNIPTAMNEEVKVSMTEVDDKDSIELINK
>NZ_LR698986.1|WP_065866863.1|1909942_1911412_+|MFS-transporter
MNKKQLFMVTLALLLANIMSGLDATIINTAIPAIVSDLHGIQYMGWIVACFLLGMSVSVPIWGKLGERMGNKFAFELSLALFILGSLLEGIALDIYFFLIARILMGVGAGGMGSLPYVIVGYIYPNIKRRTVILGYIAASFSAASIAGPLVGGWIVDTLSWHWVFYINVPLGLIAIILSFVYYKGIRKPNKNTQFDKLGAFTLIAGLTSFLIGIQLLGMVSLPVVLGFIILSILLLVVFIRAERKAKSPVVPLSVFTNKALVGDFLIFALAWGSSIAVNTYLPMWAQTILGASALVGGMTLIPNSIVDIVGSQTASYFLRHVNNYRLLIANLTIMAITAVGLILAPISTPYQILALIAAFSGFGVGSIFVILQIKVQVDASEKDMAPATSLSFLIRILALTIMAAIYGVIMNLALGRGIAGHPGITMTMMNKLIDAESAKSLPVQLLPTMRKIFYGGIREIMIVSLVLLVAAYVVNYLYNRHEEKIMAE

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_LR698986_3	3.5|869731|36|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder,CRT	869731-869766	36	NZ_LR698986.1	363485-363520	0	1.0
NZ_LR698986_3	3.12|869732|36|NZ_LR698986|PILER-CR	869732-869767	36	NZ_LR698986.1	363485-363520	0	1.0
NZ_LR698986_4	4.20|872155|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	872155-872189	35	NZ_LR698986.1	1041141-1041175	0	1.0
NZ_LR698986_4	4.21|872220|35|NZ_LR698986|CRT,CRISPRCasFinder	872220-872254	35	NZ_LR698986.1	1041141-1041175	0	1.0

1. spacer 3.5|869731|36|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder,CRT matches to position: 363485-363520, mismatch: 0, identity: 1.0

aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	CRISPR spacer
aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	Protospacer
************************************

2. spacer 3.12|869732|36|NZ_LR698986|PILER-CR matches to position: 363485-363520, mismatch: 0, identity: 1.0

aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	CRISPR spacer
aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	Protospacer
************************************

3. spacer 4.20|872155|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to position: 1041141-1041175, mismatch: 0, identity: 1.0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************

4. spacer 4.21|872220|35|NZ_LR698986|CRT,CRISPRCasFinder matches to position: 1041141-1041175, mismatch: 0, identity: 1.0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_LR698986_4	4.7|871296|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871296-871332	37	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	9068-9104	0	1.0
NZ_LR698986_4	4.4|871099|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871099-871133	35	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	6158-6192	1	0.971
NZ_LR698986_4	4.12|871627|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871627-871662	36	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	10650-10685	1	0.972
NZ_LR698986_4	4.12|871627|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871627-871662	36	NC_024206	Lactobacillus phage phi jlb1, complete genome	25770-25805	2	0.944
NZ_LR698986_4	4.12|871627|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871627-871662	36	DQ320509	Lactobacillus phage KC5a, complete genome	25750-25785	2	0.944
NZ_LR698986_4	4.18|872023|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	872023-872057	35	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	33793-33827	4	0.886
NZ_LR698986_2	2.1|741068|33|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder	741068-741100	33	MN694486	Marine virus AFVG_250M318, complete genome	22099-22131	7	0.788
NZ_LR698986_4	4.1|870902|36|NZ_LR698986|CRT	870902-870937	36	NZ_AP019369	Silvanigrellales bacterium RF1110005 plasmid 79K, complete sequence	37934-37969	9	0.75
NZ_LR698986_4	4.11|871560|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871560-871596	37	NC_022882	Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence	34904-34940	11	0.703

1. spacer 4.7|871296|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

gcgatcactggactaagcacaaaaccacttcagttga	CRISPR spacer
gcgatcactggactaagcacaaaaccacttcagttga	Protospacer
*************************************

2. spacer 4.4|871099|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

ggtgagagtgctgctaacatccaatcactaaatga	CRISPR spacer
agtgagagtgctgctaacatccaatcactaaatga	Protospacer
.**********************************

3. spacer 4.12|871627|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 1, identity: 0.972

tactttcacccattgttttagcaacggcagaaatac	CRISPR spacer
tactttcacccattgttttagcaactgcagaaatac	Protospacer
************************* **********

4. spacer 4.12|871627|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_024206 (Lactobacillus phage phi jlb1, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.944

tactttcacccattgttttagcaacggcagaaatac	CRISPR spacer
tacttacacccattgtcttagcaacggcagaaatac	Protospacer
***** **********.*******************

5. spacer 4.12|871627|36|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to DQ320509 (Lactobacillus phage KC5a, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.944

tactttcacccattgttttagcaacggcagaaatac	CRISPR spacer
tacttacacccattgtcttagcaacggcagaaatac	Protospacer
***** **********.*******************

6. spacer 4.18|872023|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.886

cagaagttgttgttgaagacttttcatttttaggt	CRISPR spacer
ctgaagttgttgttgaaaacttttcatttttatct	Protospacer
* ***************.**************  *

7. spacer 2.1|741068|33|NZ_LR698986|CRISPRCasFinder matches to MN694486 (Marine virus AFVG_250M318, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.788

tttactttagttttatctgtaactcctgtgtaa	CRISPR spacer
tttacttttgttttatctttaactgttttttta	Protospacer
******** ********* ***** .* * * *

8. spacer 4.1|870902|36|NZ_LR698986|CRT matches to NZ_AP019369 (Silvanigrellales bacterium RF1110005 plasmid 79K, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

tcaaatctaattattgatgatattgaaaatagaaga	CRISPR spacer
tttcctataaatattaatgatattgaaaatagaatt	Protospacer
*.   * *** ****.******************  

9. spacer 4.11|871560|37|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_022882 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.703

ttatcggcttactggctggcgtagatttgattctgtg	CRISPR spacer
ctcccattttactagcttgcgtagatttgattctaat	Protospacer
.* .*. .*****.*** ****************.  

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	149531 : 221117	55	Bacillus_virus(23.53%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	235042 : 245716	11	Clostridium_phage(14.29%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	327056 : 392257	57	Staphylococcus_phage(13.33%)	tRNA,protease,integrase,transposase	attL 324243:324261|attR 351251:351269
DBSCAN-SWA_4	421614 : 490701	42	Listeria_phage(11.11%)	integrase,transposase	attL 463383:463408|attR 496176:496201
DBSCAN-SWA_5	574529 : 644600	54	Lactobacillus_virus(10.53%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	703604 : 845513	111	Streptococcus_phage(11.11%)	tRNA,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	860209 : 929304	54	Bacillus_phage(23.08%)	tRNA,bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_8	971200 : 1056485	60	Staphylococcus_phage(14.81%)	tRNA,holin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	1142857 : 1184421	31	Lactobacillus_virus(30.0%)	tRNA,protease,bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_10	1435204 : 1511365	58	Moraxella_phage(20.0%)	tRNA,holin,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_11	1515418 : 1594391	54	unidentified_phage(11.76%)	bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_12	1618487 : 1676585	52	Bacillus_phage(20.0%)	bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_13	1689604 : 1743244	45	Bacillus_phage(20.0%)	bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_14	1751995 : 1825729	53	Lactobacillus_virus(23.08%)	tRNA,holin,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_15	1830742 : 1905379	53	Lactococcus_phage(14.29%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_16	1925250 : 1990171	53	Bacillus_phage(23.08%)	bacteriocin,transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_LR698986|149531:221117|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_023190853.1|154132_155290_+	cysteine desulfurase	H7BUW1	unidentified_phage	1.8e-27	35.6
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WP_012211711.1|157566_158211_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
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WP_041810698.1|161604_163284_-	ribonuclease J	NA	NA	NA	NA
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WP_003628073.1|164669_166514_+	translational GTPase TypA	A0A2K5B2A5	Erysipelothrix_phage	3.6e-22	41.5
WP_023190858.1|166609_167791_+	cell division protein FtsW	NA	NA	NA	NA
WP_012211716.1|167787_168132_+	YlbG family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211717.1|168128_168677_+	16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase RsmD	NA	NA	NA	NA
WP_003627939.1|168679_169174_+	pantetheine-phosphate adenylyltransferase	A0A1B1IVQ3	uncultured_Mediterranean_phage	9.7e-23	36.2
WP_012211718.1|169157_170192_+	PDZ domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211719.1|170269_170965_+	helix-hairpin-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190860.1|170933_173222_+	DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2	Q332C0	Clostridium_botulinum_C_phage	8.2e-24	31.0
WP_003627943.1|173218_174205_+	DNA polymerase III subunit delta	NA	NA	NA	NA
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WP_023190861.1|175147_176920_+	ribonuclease J	NA	NA	NA	NA
WP_012211722.1|176922_177756_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211723.1|177945_179136_+	elongation factor Tu	A0A076FFS6	Aureococcus_anophage	2.3e-30	27.3
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WP_065866338.1|180775_182050_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	8.7e-132	55.4
WP_012211726.1|182039_182630_+	YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866339.1|182594_184331_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.7e-88	36.9
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WP_065866341.1|187109_188483_-	aspartate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_065866342.1|188954_190271_+	diaminopimelate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_003626729.1|190290_191001_+	2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866343.1|191003_192158_+	N-acetyldiaminopimelate deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_065866344.1|192159_193095_+	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_065866345.1|193087_193867_+	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase	NA	NA	NA	NA
WP_003626723.1|193887_195054_+	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_012211734.1|195065_196124_+	aspartate-semialdehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_147628221.1|196227_197328_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_079227764.1|197384_197960_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211736.1|198004_199615_-	DUF2974 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866346.1|199899_200757_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014564905.1|203398_204421_-	adenosine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_172619764.1|204625_205933_+	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	2.0e-51	34.7
WP_014564907.1|205952_207734_+	adenine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_065866348.1|208120_209905_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.8e-88	36.9
WP_012211741.1|212571_213126_-	cysteine hydrolase	G3MA16	Bacillus_virus	2.1e-34	42.4
WP_065866349.1|213122_214577_-	nicotinate phosphoribosyltransferase	G3MA18	Bacillus_virus	1.1e-95	41.2
WP_065866350.1|214699_216403_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.6e-88	36.9
WP_012211745.1|216727_217432_+	NUDIX hydrolase	G3MA14	Bacillus_virus	2.2e-07	25.5
WP_012211746.1|218427_219150_-	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211430.1|219839_221117_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_LR698986|235042:245716|DBSCAN-SWA
ATTAGAAACCCGTAAGTGTTGAACCTACGGGCTTTTTGCATGCTAAGTTTGATAGATGAGAAGGGATTGTTAAAGTTTTTTTGACAAGTTTGTTTTCTTCTTTTTCACGTTCGAGTTGAAGGTCAACTTGAACAGGTACTAAAAAGTTTGGCTCTTTTAGTTTAAATTTTTCAGGATCATCTGTTGGAGTAGGTACCTCTTCATGAAAATCTTCTTCAGTTAATAAATATCCAGTCAGTGAATCATGTGCACTTTGGATAGCTTCTTCTAAGGTATCTCCATATGTAGCAGCATATGGTTCTAGATCAGGAAAAGACACTTCATATTGATTGTCTGAGTTTTTATGAAACTTTTCAAAATATAAAACCATAATATAACTCCTTTACAAAAATTATTTCCAACCAGCTTGTTTAAAAATACTGTTGACTGTACCTTTAGGTAAATCCTTATTAGGATGTGGAATTGTTACTGTCCCTTTTTTGGTAGGTCAAGCCGTGTTCTCGTAGATTATCTAAGAATTGATCATAAGTTTTAAATTTAATTTTTTCTCCATAACGAAAAACACCTCATGGAAAACTTACCATGAGGTGTTTTAACGACCCGCGTACCCTGCAGGCATTTCAACTAATACCTTAATGATAAGTTGTTTTGCTCTAAAAGTCAATCTTTACCTTTCGCACGTTTGTTCTTTCTGTTAAGTATAGCAAACATTTGTTTAAGTTGAAAAGGGGAATAAGCAAGAAACTAAATGAAAGTGGTTAGAGCAAACACGAGATTTGTGTTTTTCTCTTGACAATCGCCAAGAGTAAAATTAAATTTATCTAAGAATATTTTAATAGGATAGAACTGATTTTTTGGAGTTGTTATATGAGTAAAAAGAATAACGCACCTCAATTAAGTCGTACCATGTCCGCTGGTCAGATGGAGATGATTTCTCTTGGTGGAGCAATTGGTGTCGGCTTATTTATGGGGTCAACATCAACTATTAAATGGACCGGTCCGTCTGTATTGTTAGCCTACATGTTTGTCGGGTTAATCTTGTACATTGTCATGAGAGCTCTAGGGGAAATGCTCTATGTCAATCCAGGTACTGGTTCTTTTGCTGATTATGCAACGGAATACGTGCATCCCTTAGCTGGATATCTTGCCGAATGGGCGAATGTCTTTGAATATATTGTGGTAGGGATGTCTGAGGTGGTTGCCGCAACTGAATATTTAAAATATTGGTGGCCGAACATCAGCGTTCTGTGGTCAGGGATAATCATTATCGCTTTTCTTTTGCTAGCAAACCTCGCGAGTGCTAAAGCATATGCGTCTTTGGAATTTTGGTTTGCCATGATCAAAGTTATTACCATTATTTTAATGATCATTTTAGGCTTTATCGTTATCTTCTTTGGCGTGGGTAACGGTGGTAAACCTACTGGCTTTAGCAATTTATGGGCACACGGCGGTTTCTTTACCGGCGGTTTTAAAGGCTTCTTTTTCTCAATGTCAATTATTGTAGGTTCTTATGAAGGAATCGAGCTTCTAGGAATTTCGGCTGGGGAAGTAGCCAACCCACAAGAAGCAATTGTCAAAAGCGTTAAATCTGTTTTATTTAGAATCTTGATTTTCTATGTAGGTGCGATCTTTGTAATTGTCACTATTTATCCATGGAATCAATTGAGTAGTCTTGGTTCTCCATTTGTAACTACTTTTGCTAAAGTAGGAATTACCGCAGCTGCTTCAATCATTAACTTTGTTGTATTAACAGCTGCGCTTTCTGGAGCTAACTCAGGTATTTATTCTTCAAGTCGAATGCTGTTTAAGTTGTCGCATGACAAAGAAGCTCCTGGAATCTTTAAGCATATTTCTAAGCGAATTGTTCCAGATCGTGCAATTATGGGAATTTCTGGTGGTATTTTCATCGGTTTTGTATTAAACGTAATTGCTTCGCGATTTAACCATTCAGCTTCTGACTTGTTCGTCGTAGTCTTCAGTTCATCAGTTTTGCCAGGGATGATTCCATGGTTCGTAATTTTGCTGGCCGAACTTAGATTTAGAAGATATAATAAGGATATGATGGCAAAGCATCCATTTAAATTGCCACTATATCCATTTTCAAATTATTTTGCCTTTTTAATGCTCTTAGTCATTGTTGTCTTTATGTTCATTAACCCCGATACTAGAATTTCAGTTATCGTTGGTGCCTTGGTATTGATTGTGGCAACAATTGTATACTTGGTAAGACATAAGGGTCAATTTAAGAAAAATTAAGCAATAGATCCCAAATTAAGTTTTGGGATCTATTCTTTTGCCTAATTCATGCAAACTACTAAATATAGTAACCTTGAATTATCAAAACTACTACATATATGGTATGATAATAAAAAATGATTTCTTGAAAGGTGAAGAAAAATGGCGATTCTTGAACAACCATATTTAGATCTATTGCAAAAAATTATGTCAGAAGGGCATGGTAAAGATGATCGGACCGGGACGGGAACCAGAAGTTACTTCGGTGCTCAGATGCGTTTTGATCTTTCGCAAGGTTTTCCATTGTTAACTACTAAGAAGGTGCCATTCGGCTTAATTAAAAGCGAATTGCTTTGGTTTTTGAGGGGAGATACCAATATCCGTTTTTTGCTTGAACATAATAACCATATCTGGGATGAATGGGCTTTTAAGAACTGGGTAAATAGCAGCGAATATCAAGGCCCTGATATGACGGATTTTGGCTTGCGCAGTCAAAGCGACCCAGAATTTAACAAGATTTATCAGGCAGAGATGAAAAAGTTTGATCAGCGGATTTTGGATGACGAAGATTTTGCTAAAAAATATGGCAATCTAGGTGATGTCTATGGTGCGCAATGGCGACATTGGGAAAAGCGCGAAGGCGGATTTATTGATCAGATTGCTGACGTGATTAAGCAAATTAAGGAAACGCCAGATTCTCGGCGCATGATTGTTACGGCATGGAATCCTGAAGATGTGCCAACTAGTGCACTTCCACCTTGTCATGTCATGTTTCAATTTTATGTGGTAGATGGCAAAATCAGCGTGCAGCTTTATCAAAGATCTGGCGATATGTTCTTGGGCGTGCCGTTTAACATTGCATCTTATTCGCTTTTGCTTAATTTGATTGCCCGAGAAACTGGTTTGCAAGTTGGTGAGTTTATCCATACTTTGGGGGATGCTCATATTTATCGCAACCACCTTAAGCAAGTTGAAGAATTGCTTAGCCGTAAGCCATATGATTCACCACAATTATGGCTTAATCCTGAAAAGAAAAATATTGCAGATTTTGAGATGAAGGATATTAAGGTAGTCGATTATCAGCATCATGGTACGATTAAAGCACCTGTTGCAGTTTAGGAATGAGATGGAAAATGATTGAATTTGTTTGGGCAGAAGATCAAAAACATCAGATAGGTTTAGATGGACATTTGCCGTGGCGATTGCCTGCAGATATGGCTCATTTTAAGGAGAAAACGATTGGTCATCCAATTATCATGGGAAGAAAAACTTTCATGAGTTTGCCAAGGTTATTGCCTCAGAGAAAGCATATCGTTTTAACCCATGATCAAGATTTGAAAAAGAAGTACCAAGATAATGATCAAGTAACAATTATTAATTCGATAGCAGAACTAGGTGATTATATTCAAAATCATCAGGGTGAAAAGCTTTGTACGGTTGGTGGGGTGTCAATTTTTAAGGCATTGCTTGATCAAGTGGATGTTTTAGAAAAAACGGAGATCGACGCTACTTTTGAAGCGGATACGGTGATGCCGGAGATAGATTATGATCAGTTTAAATTGGTGAAGAAAGAACATCATGAAGCTGATGAAAAGAATAAATATCCGTACACTTTTTTTACTTATCAGAGAAAAATTAAATCCATTAAATAAAGAGGCGCGTTACTACGATGGTTAGTAACGTGTTTTTACATCTAAAAGTTTAGAACTAATGCTTTACTATGAATTCATAGTGAAATCCTATATAATTTGGTTATATTAAGGAGAATGCTATGACTACTTCAATTAAGAACTATACCAACACTTTCAATATTAGAGGCAAAGAAATCGAAATAACTGCGCCTGCACGATTTGATGATGCTACTCAAAAAGCTGTTCCAGATATGAAACTTGATAATGCAGCTGTGAAGATGGCTCAACAAAAATATCGTGAAATGTTCGATTTTATTAAACCTGAAGAAATTAAAGCATTATGACAAAAGTGGAATTTGACACAAAAGCAATTTGCAAAGGTGATAGGGTGGAGCCCATCTACTGTAGCTTTATATGAAGTAGGTGAAATTCCTACTAAAAGTAATAATTGGTTACTAAAAGTGATGATCAAAGATTCAAACGTAATGAAAGAATTCATTGCTGAAAGCAAGGCCGATAGTGATTTAGAAGAACTGTAAAGAAAAAATTAAATCCATTAAAAAAGGCTCTTTGTCAAATCCTGTTGATAATGAGTAAATGAAGAGAATCAAGCAACCATTAAAAGGCTGTTTGGTTCTTTTTCTTTGTACAGATTTTCTTCCAAACGAATTCTGGTTAAGAGATTGGTAAAACTAGAATAGCCAAAGGCAGTTCGTTCAATTTGTTTAATTTTGCGGTTGAAGCCTTCAAGACAACCATTAGAATAAGGCAATTCTGCTCCATTGAGCACTGCTGTTAGATTGTATTTAAAAGTTAGCAGCGTCTTATGCATTAGAGTTCCAATTTGATCTTTGCAGTTGATTAATGACTTAAGCTTTTGAGTATTACCCGTTTCAATGGCTTGAATAAAGTCCTGCATTAGGTTATATGAATTCTCTAAAGCAGTATTGGCATTGATGCCTTCTGTGACTACTTGGGCTTGAGTTAAGCAGTCTTTATAATGCCAGTTGTAGCGAGGATGAACTTTTTCAAGCTCATCAAACTTCTTCAAGTATAATTTCCAGGGAGATTTGAGCAGCTGATACTGTCTGGATCTTTTATCAAAGGTCTTCATGACTTTAACTCTGAGCGAGTTAAAAGAACGAGTAAGCATTTGAATCATGTGAAAGCGATCGATGACAATCTGAGCATTAGGGAAACAGGCTCTGACAATGTCCTGATAGTAAAAGTTGAGATCCATCGTAACGGTTCTAACGTTGGCTCTGGCTTGAGGCGAAAAACGTCCAAAATACTTAAGCAGATTCTTCTTATAACGCGTTCTAAGAATCTGCACGACTTGATGACTATCGCCGTCTAAGCAGATAAAGTGCAGCTGACGATCAACGCCTTTGAATTCATCAAAAGCCAAATGAGCTGGCAAATATTCGCAGCTGTCAATAAATCGGTGTGAACAGTTGCCCAGCACTCTTTGAACGGTATTGATCGAAACATTGTTTTCTCTGGCAATGCTGGTCATAGATCGATCTTCAGTTAAAGCTGATAATACTTTGAGCTTAGAAGCGTTAGAAATAGAACAGTATTTGTTTACTAGTTCAGATTGAGCCATGGACCAGCGCTCACAATCACGACATTTAACTCGCTGCTTAGCCAATCTGATAATGACAGGCAAACTGGCATTAGCTGTCGGATAGTGAATATTGGTAATCAAGTGGCCATTGTGCAAGAGATCCAGGGAGCCGCAAAAAGGACAAGCAGGTTGAATCAGTTCAGCTTCATAGATTTTATGCTTTTGCAGTTTGATCGATTTATAAAAATAATCTTTAAAAACAATATTTTCGTCTTTAACATCAAGCTCGAATTTAATACAATGATTAAGAGAGGACATAGAAATCACCTTTATTTATAAGAATTTGTGTGGAAACGATTTTTATTAAAGAGGACTATGTCCTCCTTTTTTATGCAATAAAAAAACTGTTAACAGCTTATCATATTGATAAGTCATCAACAGGAAAAATTATAGAGCCTTAAAAAAGAGCTCGCAAGTTGCGGGCCCTTTTGTTTCTTCGGTATAATGGTATATAAAAAATATTTACTTAGGAAAAGAAAATGAACGAAGAAAAGACAAATTTAGAAACAGGATTAACTACAGCTGAAGTTGAACAAAAAATTGCAGCTGGTGAAGTCAACAAAGCAGTTGACGATCAATTTAAAACAAATAAACAAATTATTCGTGAAAATGTTTTTACCTACTTTAACTTGATTTTCTTAGTTCTATCTATTTTGCTGGTAGTGGTTGGAGCTTATAAGGACTTGACCTTTTTGCCAGTAATTATCCTGAACACCGTTATCGGGATTGTTCAGGAAATCCGGGCCAAGAAAATTTTAAGTAAGTTAAATGTGATGAATGCCACGGATATTGGAGCTTTGCGGAACGGAAAAGAGGAGCAGGTTCCAATTGAAAAACTGGTTAAGGGCGATATCGTCTTATTAAAAACCGGTGATCAGATTCCTGCAGATGGTCAGGTCATTAAAGGAAATATCCGCGTTAATGAATCACTCTTGACAGGTGAATCAGATGAAATTACTAAAGAAGTGGGCGACGAATTAATGTCCGGTTCTTTCGTGGTTTCGGGCAACGCCTACATGCAGCTAGAAAAGGTTGGTAAAGAAAGCTATATTTCCAAGTTGACTATTAAAGCTAAGGCAATGGGAAATAGTGAACAATCTGAAATGGTTCGCTCGATCAATAAGTTGATTAAATGGGTTGGGATCATCATTATTCCCCTGGGAATAGCTCTTTTTTCGATGAGCTTTTTCGTTAATAAAATGTCGCTTTACCGCAGTATTGTTTCCATGGAAGCAGCCATTATCGGTATGATTCCGGAAGGCTTGTATCTTTTGACAACGATTGCGTTGGCTCTTTCTGCCGTAAGATTGGCACGCAAACAGGTAATGCTGCACGACATGAAGAGTGTTGAAACCCTAGCCCGCGTTAACGTATTATGCGTTGATAAAACCGGTACGATTACCGAGCCTAAGATGAGTGTAGAAAAGGCAGTACCTTCCAAGAATTATCAGGGTGATTTGGACAAAGTAATTGGTGATTTTGCTCAAAATATGCCAGCTGATAATGCCACAATGAAGGCTGTTCATAGCTTCTTTACTCAAAATACCGGGCAAAAAGCCAGCAGCATTTTGCCATTTACTTCAGTTAATAAATATAGTGGTGTCGTTTTTAATGATCATACTTTGTTAATTGGAGCACCAGAAATGGTATTAAGAGACCAATTTGACGAATGTCAAGCCGAATTTGAGAAGTATGCCAAAACCGGTTATCGTGTCTTAATTGTTGCCGATTATCCAGGAGTTTTAACCGAAGATGATTCTAAGCTAACTAAGCCAGTTGAGGTTTATGGCTACATTCTTTTGACTAATCCGATTAGAAAAGAAGCCAAGGCAACCTTTGAATACTTTGCTAAGCAAGGGGTAGCCATTAAGGTGATCTCCGGTGATAATCCTGTCACCGTTTCGCGAGTAGCTCAACAAGCTGGTATTCAAAATTCAGATGCATATATCGATGCTTCAGAAATTCCAGAAAATGGCTATGAAGAAGCCGTTCAAAAATATAGCGTCTTTGGCAGAGTGAAGCCGGAACAAAAACGTAAATTTGTTAAAGCTTTGCAAAAGCAGGGCAACACCGTAGCTATGACAGGCGATGGTGTTAATGATATTTTAGCTATGAAAAAGGCTGACTGTTCAATTGCGATGGCTTCGGGAAATAGTGCGGCAGTCCAGGCTTCCCAAGTTGTATTGCTGGACTCAAACTTTGCTAGAATGCCGATGGTAGTTAACGAAGGTCGACGCGTTGTTAATAATATTCAACGGTCTGCCAGTTTATTCTTAGTGAAAAATATCTTTTCATTCTTGATGGCTATCTTCTCATTGGTAATGGTAATCAATTATCCTTTGCAGCCGTCACAGATCACATTGATCTCGGCATTTACGATTGGTTTGCCATCATTCTTGCTTGCACTAGAAAGCAACCACAACCGAATCCGCGGACAATTTATTCCAAATATTTTATCCCGTGCGATCCCTGGTGGGCTAACCGACATGCTAGCAGTAAGTATTCTGGTAGTGGCAGGTGGTTATATTGCCCTAGATCATAATGATGTGGGGACTACTGCCACATTATTGTTAGTAGCAGTGGGGATGATGGTGCTTTACCACATTTCGGCACCGCTTAATCGTTTCCGCTTGCTGGTTATGCTGGGTTCGTTTTTAGGATTAATTTTGGCGATTATCTTCTTGCATGATTTATTCTCACTTAAGATGATCTCAGATAAGGCGATCTTTATCTTAGTAGTGCTATTCTGTGCGGCTACTACTATTTTCCGTTGGTTATCTAGAATTTTAGATGGTATTCGTGAAGTACTAGTGATCTTTGATCAAAAGGGCAAGAACATGACCTTCGGCGAATTTAAAGAGGCATATCGTCGCGGCCGAGAAAATAAAATTGAATAAAAATTAAAAAATATGTTGACTAGATTAAAATAGGATGATAGCTTATTTATAACAATTATTAAACAAACATCTTGAAGAACTGAGTAACTAGAGCTTCTATCTATAAAGAGAGCTGACGTGGTGGTGAAAGTCAGCAGATAGAAACTAGTGAATATGGGTTTGGAATGATGACTGATGGTGATATTTAGCTATCAGCGGGTTTGCATCCGTTAACAGTGCAGGCTATTTTTTGATAGTCGCTGAGGCTTAACTGCGTAAGCAGTGAGTGAATTAAAGGTGGTAACGCGAGCATTCGTCCTTTTAGGGATAGATGCTCTTTTTATTTTCATGAAAAATGAGGGGTTGATATAATGAGAAAACGTAGACGCAGAAATACAATTATTTGGTCAATCATTGGAGTATTGATCATTATTGCTGGCTGGTTCAGCTTTGGACCAGGATTGAATTTTAATAATCAAGCACAAAATGAAGTTGTGACAGTTGGTGTTGTTGGTCAAAGTAAGCAGGACGCAGCCATCTGGAAAAGCGTAGCTAAGACTGCTAAAGAAAAATATGGCATTACGATTAAAATTAAGAACTTTACTGACTATAACCAACCAAATAAGGCTTTGAAGTCAGGGGATGTAGATTTAAATGCATTTCAACACTATGCCTTCTTAGATGCTTGGAATAAGTCAAATGGCGGTGGCGTTGTCCCAATTGGTAAGACTTACATTGCGCCAATTCGTTTGTACTCTAAGAAGTATCACAAGCTTGCAGATTTGCCAGACGGTGCAACCATTGCTATTCCAAATGATGCTACTAATGAATCAAGAGCATTGTTTGTTTTGAAAAATGCTGGCTTGATTGATTTAAGAAAGGGCAAGACACTTGTTACTGTTGCCGATATCACTAAGAATCCGCATAACCTTAAATTAAAGGAAATTAGTGCTGAGCAAACCGGTCGAGTAATTAATTCAGTTGATGCATCTGTAGTTAACAATGACTATGCTGGTCCTGCTGGTTTGGGCGATAAGCAAACCATCTATATCGAACCAGTTAACAAGGATTCTAAGCAATGGATCAACATTATCTGTGCCAGAAAAGGCGAAGAAAATAATAAGCTTTACAAGGATGTAGTTAAGGCATTCCAAACTAAGAAAACTAAGCAATTAACTAAGCACTTCTACGGTAATTCTCAAATTACTGCTTGGGATATCAAGATTAAATAGGGAGGAAAAAGTATGAGCATTATTCAATTAGATCATATCGATGTAGATTTTCCGCAGAAGAAAGGTAAAGTAGTCAAGGCTGTTCAAGATGTCACTTTACATGTTGAAAAAGGCGATATCTATGGTGTAGTTGGCTTCTCCGGTGCCGGAAAATCAACTTTAGTTAGAACAATCAACTTATTACAATATCCTTCTGCCGGTGATATTCAAGTAAATGGCGTTGATTTTGTCAAAGATGGCAAGCAGGTCATTTCTAATAAAAAATTGCAATTAGAACGTAGAAAGATCGGCATGATCTTCCAAGGGTTTAATCTTTTGAATGAAACTACGGTGTTAGAAAATGTGGCTTTTGCATTGAAGCATTCTAAGCTTTCTGATGAAGAACTTGAAAAGCGTTCTTTGGAATTACTCGACTTGGTTGACTTGAAGGATAAGGCTAACTTTTATCCGATTGAATTATCAGGTGGTCAACAACAAAGAGTAGCGATCGCTCGCGCTTTGGCCAACCATCCAGATATCTTGATCTCTGATGAAGCAACTAGTGCCCTCGATCCGCAAAATACGCAACAGATTTTGGATTTATTAAAGAGATTGAATAAGGAATTAGGCTTAACCGTTGTGTTGATTACGCACGAGATGGATGCGGTTAAGAAGATTTGTAACAAGGTTGCCGTAATGGAGCATGGTAAGATGATTGAAAATGGCAACTTGCGTGAGATCTTCTTGCACCCTAAGAAGGAATTAACCAAGAGATTCGTTGGTGGTAGTTTGGAGGCTATTCAAACTCTTGATTCTTTGAACTTAGGTAAGCTTAGTGAAAACGAAGAAGTTTACCAATTGGTTTACAGCATTGCCAACGTGACTAAGTCAATTATTATTGAACTTTACCGTCAGATTGGTGTAGAAGTTTCAATGCTTTATGGTAATGTGGAGCTCCTAAATGGCGAGGCAATCGGTACTTTGGCTGTACTTGTTAAAGGTGATAGTGAAAAACAAAAGCAAGCTAGAGAATTCTTGGAGAAACAAAACGTTACATTGACGAGATTGGATGAAAAGGGGGATTTAAATGATTAG

Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_LR698986|235042:245716|243781_244642_+|WP_065866356.1|DBSCAN-SWA
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>NZ_LR698986|235042:245716|235432_235504_-|WP_079227905.1|DBSCAN-SWA
MPHPNKDLPKGTVNSIFKQAGWK
>NZ_LR698986|235042:245716|241013_243431_+|WP_012211756.1|DBSCAN-SWA
MNEEKTNLETGLTTAEVEQKIAAGEVNKAVDDQFKTNKQIIRENVFTYFNLIFLVLSILLVVVGAYKDLTFLPVIILNTVIGIVQEIRAKKILSKLNVMNATDIGALRNGKEEQVPIEKLVKGDIVLLKTGDQIPADGQVIKGNIRVNESLLTGESDEITKEVGDELMSGSFVVSGNAYMQLEKVGKESYISKLTIKAKAMGNSEQSEMVRSINKLIKWVGIIIIPLGIALFSMSFFVNKMSLYRSIVSMEAAIIGMIPEGLYLLTTIALALSAVRLARKQVMLHDMKSVETLARVNVLCVDKTGTITEPKMSVEKAVPSKNYQGDLDKVIGDFAQNMPADNATMKAVHSFFTQNTGQKASSILPFTSVNKYSGVVFNDHTLLIGAPEMVLRDQFDECQAEFEKYAKTGYRVLIVADYPGVLTEDDSKLTKPVEVYGYILLTNPIRKEAKATFEYFAKQGVAIKVISGDNPVTVSRVAQQAGIQNSDAYIDASEIPENGYEEAVQKYSVFGRVKPEQKRKFVKALQKQGNTVAMTGDGVNDILAMKKADCSIAMASGNSAAVQASQVVLLDSNFARMPMVVNEGRRVVNNIQRSASLFLVKNIFSFLMAIFSLVMVINYPLQPSQITLISAFTIGLPSFLLALESNHNRIRGQFIPNILSRAIPGGLTDMLAVSILVVAGGYIALDHNDVGTTATLLLVAVGMMVLYHISAPLNRFRLLVMLGSFLGLILAIIFLHDLFSLKMISDKAIFILVVLFCAATTIFRWLSRILDGIREVLVIFDQKGKNMTFGEFKEAYRRGRENKIE
>NZ_LR698986|235042:245716|235042_235411_-|WP_012211753.1|DBSCAN-SWA
MVLYFEKFHKNSDNQYEVSFPDLEPYAATYGDTLEEAIQSAHDSLTGYLLTEEDFHEEVPTPTDDPEKFKLKEPNFLVPVQVDLQLEREKEENKLVKKTLTIPSHLSNLACKKPVGSTLTGF
>NZ_LR698986|235042:245716|239514_240792_-|WP_012211430.1|transposase|DBSCAN-SWA
MSSLNHCIKFELDVKDENIVFKDYFYKSIKLQKHKIYEAELIQPACPFCGSLDLLHNGHLITNIHYPTANASLPVIIRLAKQRVKCRDCERWSMAQSELVNKYCSISNASKLKVLSALTEDRSMTSIARENNVSINTVQRVLGNCSHRFIDSCEYLPAHLAFDEFKGVDRQLHFICLDGDSHQVVQILRTRYKKNLLKYFGRFSPQARANVRTVTMDLNFYYQDIVRACFPNAQIVIDRFHMIQMLTRSFNSLRVKVMKTFDKRSRQYQLLKSPWKLYLKKFDELEKVHPRYNWHYKDCLTQAQVVTEGINANTALENSYNLMQDFIQAIETGNTQKLKSLINCKDQIGTLMHKTLLTFKYNLTAVLNGAELPYSNGCLEGFNRKIKQIERTAFGYSSFTNLLTRIRLEENLYKEKEPNSLLMVA
>NZ_LR698986|235042:245716|238409_238928_+|WP_012211755.1|DBSCAN-SWA
MIEFVWAEDQKHQIGLDGHLPWRLPADMAHFKEKTIGHPIIMGRKTFMSLPRLLPQRKHIVLTHDQDLKKKYQDNDQVTIINSIAELGDYIQNHQGEKLCTVGGVSIFKALLDQVDVLEKTEIDATFEADTVMPEIDYDQFKLVKKEHHEADEKNKYPYTFFTYQRKIKSIK
>NZ_LR698986|235042:245716|239047_239251_+|WP_023190625.1|DBSCAN-SWA
MTTSIKNYTNTFNIRGKEIEITAPARFDDATQKAVPDMKLDNAAVKMAQQKYREMFDFIKPEEIKAL
>NZ_LR698986|235042:245716|235908_237297_+|WP_012211754.1|DBSCAN-SWA
MSKKNNAPQLSRTMSAGQMEMISLGGAIGVGLFMGSTSTIKWTGPSVLLAYMFVGLILYIVMRALGEMLYVNPGTGSFADYATEYVHPLAGYLAEWANVFEYIVVGMSEVVAATEYLKYWWPNISVLWSGIIIIAFLLLANLASAKAYASLEFWFAMIKVITIILMIILGFIVIFFGVGNGGKPTGFSNLWAHGGFFTGGFKGFFFSMSIIVGSYEGIELLGISAGEVANPQEAIVKSVKSVLFRILIFYVGAIFVIVTIYPWNQLSSLGSPFVTTFAKVGITAAASIINFVVLTAALSGANSGIYSSSRMLFKLSHDKEAPGIFKHISKRIVPDRAIMGISGGIFIGFVLNVIASRFNHSASDLFVVVFSSSVLPGMIPWFVILLAELRFRRYNKDMMAKHPFKLPLYPFSNYFAFLMLLVIVVFMFINPDTRISVIVGALVLIVATIVYLVRHKGQFKKN
>NZ_LR698986|235042:245716|239263_239446_+|WP_023190626.1|DBSCAN-SWA
MTQKQFAKVIGWSPSTVALYEVGEIPTKSNNWLLKVMIKDSNVMKEFIAESKADSDLEEL
>NZ_LR698986|235042:245716|244654_245716_+|WP_012211758.1|DBSCAN-SWA
MSIIQLDHIDVDFPQKKGKVVKAVQDVTLHVEKGDIYGVVGFSGAGKSTLVRTINLLQYPSAGDIQVNGVDFVKDGKQVISNKKLQLERRKIGMIFQGFNLLNETTVLENVAFALKHSKLSDEELEKRSLELLDLVDLKDKANFYPIELSGGQQQRVAIARALANHPDILISDEATSALDPQNTQQILDLLKRLNKELGLTVVLITHEMDAVKKICNKVAVMEHGKMIENGNLREIFLHPKKELTKRFVGGSLEAIQTLDSLNLGKLSENEEVYQLVYSIANVTKSIIIELYRQIGVEVSMLYGNVELLNGEAIGTLAVLVKGDSEKQKQAREFLEKQNVTLTRLDEKGDLND
>NZ_LR698986|235042:245716|237438_238395_+|WP_003626673.1|DBSCAN-SWA
MAILEQPYLDLLQKIMSEGHGKDDRTGTGTRSYFGAQMRFDLSQGFPLLTTKKVPFGLIKSELLWFLRGDTNIRFLLEHNNHIWDEWAFKNWVNSSEYQGPDMTDFGLRSQSDPEFNKIYQAEMKKFDQRILDDEDFAKKYGNLGDVYGAQWRHWEKREGGFIDQIADVIKQIKETPDSRRMIVTAWNPEDVPTSALPPCHVMFQFYVVDGKISVQLYQRSGDMFLGVPFNIASYSLLLNLIARETGLQVGEFIHTLGDAHIYRNHLKQVEELLSRKPYDSPQLWLNPEKKNIADFEMKDIKVVDYQHHGTIKAPVAV

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211753.1|235042_235411_-	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	A0A0A7S1E5	Clostridium_phage	9.2e-10	38.9
WP_079227905.1|235432_235504_-	type II toxin-antitoxin system HicA family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_012211754.1|235908_237297_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_003626673.1|237438_238395_+	thymidylate synthase	A0A0N9SH48	Staphylococcus_phage	3.6e-114	60.5
WP_012211755.1|238409_238928_+	dihydrofolate reductase	G3MBI7	Bacillus_virus	2.2e-25	39.5
WP_023190625.1|239047_239251_+	hypothetical protein	Q9AZG0	Lactococcus_phage	5.6e-09	50.0
WP_023190626.1|239263_239446_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211430.1|239514_240792_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
WP_012211756.1|241013_243431_+	HAD-IC family P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-17	20.2
WP_065866356.1|243781_244642_+	MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211758.1|244654_245716_+	methionine ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.1e-30	35.6

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_LR698986|327056:392257|DBSCAN-SWA
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MDFLKIAFGNGVNLNKIKNWKTVPIDQVKNSAEIAAIVIQNKDPNAQKQAQALRNQSGFSIPIIEVDQQVSTTDQEKIADLAKNYEQKMVPGFLTDLINFAQAKPISFTTPGHHNGQYYDKHPAGVVFNKFFGKNLMFADTSDTVPQLGDTMTHAGTPLDAEKLAAKTYHADKVYFCTNGTTSANSICASALLSEGDLVLFDRNNHKSLYNSALVMSGAKPVYIPTDRNALGLIGEMDPDFLTEDKIRAEVAKVDPKKAKAKRPFRLAIVQAETYDGVFYDAKWIVDRIGKLCDYILFDCAWGGFEEFVPIMRHLSPLLLSLGPDDPGILVTQSLHKQQAGMAQASQILKKDSHIKGQKRYVDHKHFNHAYLKFVTSSYAYPLYASLTVNSYVTAGEGNKKWWAETLRMGIEWRKKLLKQSKLFKPLVPDNFAEIPTANLMDDAKYWSMSKNDDWHGFRKIGNGEAMIDPLKITVRTPGIDVKNAKYEKTGIPGAVVAEFLMENHIIRAKNDLNSLLFLLTPGDSQEELDTLLNAFLKFEQYYYEDALVKDVLPVLYQAYPERYHGYTLKQLCQEMHEYYKENKTFVLQQKLFVKPNMQNYQMTPAEADQLFKKDQTELVDLEDVVGRTAAEGALPYPPGVFIVAPGEKWGEIDQKYFEVLAHAIEKFPGFVPEIQGVYLEPQKDGNIKVQVEVVKDR
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MTEKQDELTHFISYLQNERHYSELTISSYQTDLLEAKKFWQENGGFDGWKNVQERDIQIYLQNLADRKLVRSSQARQMSSLHSFFRFLTRRKFIKIDPTQGITLRRGEKKLPEFFFGNELKQVFDSLKGNKPLTMRNLALFELFYATGMRVSEVSNLTLRQIDLNLQTILVHGKGNKDRYVAFDDHTKKSLVRYLEDARPNLLKDETEQHVFLSNLGNPLSKRGIEYVMQKTFNQAGISGKVHPHELRHTFATAMLNNGADLRSVQELLGHSSLSATQIYTHVTMAHLKSDYEKYFPRNKES
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MAKKTLILYYSWSGNTKKLAEKIHDQIEDSDLKAVEVADGTFDDDPYKTYDIALDQIQANSFPDIKLDNVDFNKYDLILIGSPVWSGYPVTPIKTLLDQMQGYNGEVASFYTSAGANRKAYVNHFKEWANDLNVVDVAENDSKIDEWVK
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MSKLVFRPRATFNADMRRLGKLDPTIIDDVRAAIEELLETGTLSEEYRDHPLKRRLAGYREFHVRDTPKGEQLNDINDVLVIWYIEHNNLVVVGVRVGSHQRLFPGLNKSRKFRK
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MSFSWKENLPQELSDKVTKVEKMIQPRIDEIDEQVLYNQQRVLDLFRKHHVGEEDLVPSTGYGYDDIGRDKIEDIYADYFKTDDALVRPQFGSGTHAITVGLFSMLRPSDTLYYLTGTPYDTIQEVIGLAGNKPGNMKEWGINFKTTELKNGEVDYENAKKDLQDKSIKVVAIQRSLGYATRKTFTMDKIKKMLKFIKEVRPDVNIFIDNCYGEFSECEEPTFYGADMMAGSLYKNAGAGLVKGGAFLVGRQDLIDGAGSRLTVPGAGKGEGATWGYLRDIYQGFFMAPHTTGEAQKGMVFTAALLEDMGMQVSPKWSDPRSDIVQTVTFGKPDPMVKFCAAIQHYSPMNSFVDPIPYHQDGYEDEVVMASGSFVEGSTIELSSDGPLRDPYMLYIQGGLSYAHDKIAITHAVEETFYK
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MEDKDLLIEWAKRLQSLAQAGLTYGNDDFDLERYQEIRDISAEMMTYKSDLPLQKVKDLFCNEIGYQTPKLGTRAAIFKDNKILLVQENDGSWSLPGGWCEVNMSVKENCIKEAKEESGLDIEVERVIGIYDQNKHSEAIYPYNVVHVFFLCKPLGGEFNKNIETTTRKYFAYDQLPENLSTDRNSLDEIEACFKAYKDPGFQVECD
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MPTKAKSKSKTKKRKKTLVIVESPAKAKTIEKYLGRNYHVIASKGHIRDLPKSQMGIDFEDNYKPKYISIRGKGDTIKELKSEAKKAKEVYLASDPDREGEAIAWHIAHALNLDENAKNRVTFNEVTKDAVKESFKHPRTIDMDTVDAQQARRVLDRIVGYSLSPILWAKVKKGLSAGRVQSVALKLVIDREKEIKNFKPKEYWTIDAEFAKDKEKFKSAFYGVDGKKKELPNIDAVKDVLAKIDKKKNFTVEKVVSRQRRRQPAAPFTTSTMQQEANKRLGYRTRRTMSIAQQLYEGISLGKQGTVGLITYMRTDSKRTSPVAQQEASKFLHENYGAEFAAKNQRHFKNQEDAQDAHEAIRPTSVYRTPESLKDVLTKEQYRLYKLIWSRFLASEMTPAVYDTVRADIVQNGVIFRTTGSKMKFAGFTKVYDNQQEKNVELPDLQEGDQVKMTKSDNKQHFTLPPARYTEASLVHALEKNGVGRPSTYVPTIDTIQRRYYVKLDGRSIVPTELGEIVDTLVEEFFPDIANVDYTAHLENELDEVEDGKKQWVNVVDEYYQPFKKELNKADSEIQKVQIKDEPAGFNCDICGAPMVIKMGRYGKFYACSRFPDCRNTKPIVKKIGVVCPKCGKGEVVEKKSRRNRKFYGCSRYPECDFVSWDKPIGRNCPNDGHFLVEKHSKKGPVTLCPNGDYREEPQENEDK
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MKIKNRGVKLKINKIIEPKNIGKLVGEMDEDLNKKEYIQAALIGASLVIPLIGFGIALWFWVKNNRALAKKYFWCSLLGVVITGLLYFVKNGFSLHNLLMDLSLHGFKSAYIGGGFIVAFLVFEFVEDISVKRMAIISFITSLAFVAISALRIESLTNFLAAVPQTAVLILTYVILQKRMKKWLAFALGLIISFVWVLILFSIVGVLFNI
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MAYRESFYRYLMTQRDADSSDEIAQFANNAQHDLTFPKQEQDYEKLSDYLELNASYLPSMYIFDRAYRMYEDKMMY
>NZ_LR698986|327056:392257|345648_346026_+|WP_003628346.1|DBSCAN-SWA
MNILLAGLGASIGAMIRYAITNYGKKHWERIGKQFSNLPTPTLFINLTGALILGFIFGFGSNVFFYSLIGTGVLGGYTTFSTMNTELVELYKSKNYRGLILYALTSYLGGVILVFLGFWLGQLFK
>NZ_LR698986|327056:392257|372152_372590_-|WP_065866393.1|DBSCAN-SWA
MRKIIKLVQLLLIALTLLVGLFCAATAWMAFNNGDQKVMCIALICALICFVGSIAYLKMVLNPVKEETESAEDHQIKVAAAYQTLSILDHMTIGISIVAMIISTYLKNSNSANSQTALTISLTLFAVWLLGNIINIICLLIFSEK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
324243:324261	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012211821.1|327056_328256_+|tRNA	CCA tRNA nucleotidyltransferase	H7BUW3	unidentified_phage	8.6e-49	34.1
WP_003628329.1|328294_328987_-	hemolysin III family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626512.1|329103_329934_+	DegV family protein	A0A0N9SI50	Staphylococcus_phage	5.3e-21	45.9
WP_003626511.1|329936_330167_+	YozE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866383.1|330214_331807_+	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211824.1|331830_332682_+	ribosome biogenesis GTPase YlqF	NA	NA	NA	NA
WP_012211825.1|332671_333424_+	ribonuclease HII	G4YAY0	Emiliania_huxleyi_virus	1.3e-26	38.6
WP_003628334.1|333484_334333_+	DNA-protecting protein DprA	S6BFL3	Thermus_phage	4.9e-30	36.8
WP_012211826.1|334404_336519_+	type I DNA topoisomerase	E3T4K4	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.5e-96	37.2
WP_023191156.1|336552_337869_+|tRNA	methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil(54)- C(5))-methyltransferase (FADH(2)-oxidizing) TrmFO	NA	NA	NA	NA
WP_003626495.1|337868_338777_+	tyrosine recombinase	A0A1P8DJJ6	Virus_Rctr41k	2.3e-14	25.1
WP_003628338.1|338785_339310_+	HslU--HslV peptidase proteolytic subunit	NA	NA	NA	NA
WP_065866384.1|339320_340724_+|protease	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU	A0A1B2IB03	Erwinia_phage	2.6e-28	25.1
WP_065866385.1|340885_341785_+	aldose 1-epimerase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211833.1|342767_343583_-|integrase	site-specific integrase	NA	NA	NA	NA
WP_003628344.1|345263_345647_+	CrcB family protein	A0A2H4PQR0	Staphylococcus_phage	3.1e-08	36.5
WP_003628346.1|345648_346026_+	fluoride efflux transporter CrcB	NA	NA	NA	NA
WP_065866386.1|347859_349956_+	putative ornithine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_012211842.1|349972_351232_+	methionine gamma-lyase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866387.1|351396_353127_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	3.0e-87	36.7
351251:351269	attR	NA	NA	NA	NA
WP_023190807.1|354095_355868_+	DNA helicase RecQ	A0A1V0SBK0	Catovirus	2.9e-77	38.6
WP_003628456.1|355976_356426_+	Trp operon repressor	NA	NA	NA	NA
WP_065866388.1|356654_357287_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211845.1|357387_358002_+	sugar O-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211846.1|358126_359224_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_065866904.1|359290_360118_+	pyridoxamine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_012211848.1|360117_360675_+	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_012211849.1|360757_361963_+	L,D-transpeptidase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866389.1|362011_363346_-	MATE family efflux transporter	NA	NA	NA	NA
WP_023191009.1|363505_364792_+	peptidase T	NA	NA	NA	NA
WP_023191010.1|364797_365010_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628488.1|365551_365902_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866390.1|365993_366626_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014563664.1|366538_367084_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052541195.1|368053_368635_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211857.1|369970_370681_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866392.1|370791_371970_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	5.4e-120	57.0
WP_065866393.1|372152_372590_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866394.1|372678_373155_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003628508.1|373419_373839_+	cytidine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_020829165.1|373854_374616_+	nucleoside phosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_003626474.1|374618_375242_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_014563645.1|375632_375992_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191285.1|376101_376593_+	DUF5067 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866395.1|377097_378333_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	1.6e-53	46.1
WP_065866396.1|378611_378890_+	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_065866397.1|378889_379237_+	type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_065866398.1|379621_380125_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866399.1|380628_380928_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866400.1|380957_381593_+	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866402.1|382389_384894_+	excinuclease ABC subunit UvrA	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	1.2e-137	32.0
WP_065866403.1|385482_386100_+	non-canonical purine NTP pyrophosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_003628533.1|386254_386689_+	LytTR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003626445.1|386685_387114_+	DUF3021 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866404.1|387437_388952_+	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A1B0RXA0	Streptococcus_phage	1.1e-24	24.6
WP_065866406.1|390488_390737_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866407.1|391054_392257_+|transposase	IS110 family transposase	A0A1X9I619	Streptococcus_phage	6.9e-38	30.2

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_LR698986|421614:490701|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_023191117.1|430144_430636_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003626333.1|482874_483549_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_065866907.1|483558_484299_+	amino acid ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.0e-32	34.8
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WP_012211358.1|488582_489761_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003626321.1|490080_490701_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	E2ELN7	Clostridium_phage	4.3e-20	36.4
496176:496201	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_LR698986|574529:644600|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012211976.1|578509_579415_-	GTPase Era	NA	NA	NA	NA
WP_012211977.1|579414_579939_-	rRNA maturation RNase YbeY	NA	NA	NA	NA
WP_012211978.1|579941_580901_-	PhoH family protein	W8D063	Erwinia_phage	1.3e-47	46.5
WP_012211979.1|580926_581370_-	GatB/YqeY domain-containing protein	A0A292GL36	Xanthomonas_phage	2.0e-11	32.9
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WP_035513591.1|583119_583575_+	M23 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
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WP_003627475.1|587013_587175_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_065866469.1|594720_596994_+	HAD-IC family P-type ATPase	A7IUR5	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	7.1e-44	25.5
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WP_012211992.1|600127_601057_+	cysteine synthase A	A0A1X9I5K7	Streptococcus_phage	2.2e-100	59.5
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WP_012211993.1|601832_604106_-	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	3.7e-77	35.9
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WP_065866471.1|604918_606757_-	elongation factor 4	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	4.0e-21	24.1
WP_012211995.1|607231_608386_-	molecular chaperone DnaJ	A0A167RAM8	Powai_lake_megavirus	1.4e-19	29.0
WP_065866472.1|608467_610294_-	molecular chaperone DnaK	A0A0N9QXN8	Chrysochromulina_ericina_virus	9.2e-143	49.3
WP_023190314.1|610311_610911_-	nucleotide exchange factor GrpE	NA	NA	NA	NA
WP_065866473.1|610926_611976_-	heat-inducible transcriptional repressor HrcA	NA	NA	NA	NA
WP_065866474.1|612145_613108_-	riboflavin biosynthesis protein RibF	A0A1V0SD03	Indivirus	6.1e-05	30.1
WP_065866475.1|613113_614007_-|tRNA	tRNA pseudouridine(55) synthase TruB	NA	NA	NA	NA
WP_012211999.1|614058_614424_-	ribosome-binding factor A	NA	NA	NA	NA
WP_065866476.1|614443_617056_-	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	9.7e-21	24.5
WP_065866477.1|617060_617372_-	ribosomal L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212001.1|617374_617671_-	YlxR family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212002.1|617679_618861_-	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_065866478.1|618880_619357_-	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_065866479.1|619466_623777_-	PolC-type DNA polymerase III	A0A0A7RWA3	Clostridium_phage	1.2e-18	34.1
WP_065866480.1|623782_625480_-|tRNA	proline--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_020829285.1|625522_626779_-|protease	RIP metalloprotease RseP	NA	NA	NA	NA
WP_003629019.1|626789_627605_-	phosphatidate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_014918626.1|627606_628341_-	isoprenyl transferase	R9W0U9	Flavobacterium_phage	5.0e-23	39.7
WP_023190307.1|628343_628901_-	ribosome recycling factor	NA	NA	NA	NA
WP_014563421.1|628900_629626_-	UMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_065866481.1|629764_630790_-	elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_023190305.1|630823_631597_-	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
WP_023190304.1|631758_632790_-	GIY-YIG nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627532.1|632855_633470_+	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212008.1|633529_634711_+	class I SAM-dependent methyltransferase	A0A2K9L4K8	Tupanvirus	4.7e-47	36.1
WP_023190303.1|634768_636712_-	M13 family metallopeptidase	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	3.6e-60	28.2
WP_065866482.1|636806_638591_-	ABC transporter ATP-binding protein	A0A076FI99	Aureococcus_anophage	3.1e-18	23.0
WP_172619749.1|639651_640905_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.0e-112	55.1
WP_065866448.1|642100_643279_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866483.1|643355_644600_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.3e-10	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_LR698986|703604:845513|DBSCAN-SWA
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WP_003548272.1|828698_828848_-	50S ribosomal protein L33	NA	NA	NA	NA
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WP_065866546.1|831124_833716_+	YfhO family protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_LR698986|860209:929304|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_065866577.1|909124_909772_-|tRNA	DUF4479 and tRNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_014918422.1|912784_913120_-	HigA family addiction module antidote protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212153.1|913615_914053_+	HIT family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003627200.1|917830_918808_-	HD domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003627202.1|921282_922503_-	exonuclease SbcCD subunit D	NA	NA	NA	NA
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WP_012212158.1|925028_925886_+	RluA family pseudouridine synthase	NA	NA	NA	NA
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WP_012212159.1|927128_927881_+	aquaporin family protein	M1H4F4	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	1.4e-25	30.7
WP_012211430.1|928026_929304_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_LR698986|971200:1056485|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_8

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_065866594.1|1005345_1005996_+	VTT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_065866601.1|1021526_1021898_+	large-conductance mechanosensitive channel protein MscL	NA	NA	NA	NA
WP_003627748.1|1021942_1022254_-	thioredoxin	A0A1J0GW78	Streptomyces_phage	1.3e-17	43.8
WP_065866602.1|1022354_1024712_-	endonuclease MutS2	Q94M10	Lactobacillus_phage	9.7e-20	48.7
WP_003627751.1|1024775_1025087_-	DUF1292 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014563089.1|1025088_1025517_-	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_003627753.1|1025516_1025774_-	IreB family regulatory phosphoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_065866603.1|1025834_1028474_-|tRNA	alanine--tRNA ligase	A0A1V0SK38	Klosneuvirus	6.1e-63	33.0
WP_065866604.1|1028743_1029229_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211447.1|1029816_1031178_-	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	4.4e-49	32.2
WP_065866605.1|1031170_1032127_-	bifunctional oligoribonuclease/PAP phosphatase NrnA	NA	NA	NA	NA
WP_003631554.1|1032186_1033308_-	DNA polymerase IV	A0A1P8CWP4	Bacillus_phage	2.4e-16	24.5
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WP_003631553.1|1034887_1035313_-	preprotein translocase subunit YajC	NA	NA	NA	NA
WP_003627765.1|1035383_1036400_-	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	B3GAM6	uncultured_virus	7.4e-09	32.5
WP_003627766.1|1036448_1037039_-	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_025283302.1|1037039_1038950_-	DNA mismatch repair endonuclease MutL	A0A1B2LRQ5	Wolbachia_phage	4.4e-55	29.7
WP_065866607.1|1038949_1041547_-	DNA mismatch repair protein MutS	F2QAF7	Pyramimonas_orientalis_virus	1.6e-39	25.2
WP_012211438.1|1041706_1043329_-	chaperonin GroEL	A0A240F766	uncultured_virus	4.4e-157	54.0
WP_003627770.1|1043382_1043667_-	co-chaperone GroES	A0A221S304	uncultured_virus	1.2e-12	40.7
WP_065866608.1|1043882_1044413_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023061469.1|1044710_1044803_+|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
WP_079227838.1|1044946_1045240_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812609.1|1047195_1047726_-	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_065866609.1|1049256_1050990_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.7e-88	36.9
WP_012211434.1|1050954_1051701_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866610.1|1051697_1052156_-	LytTR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003625963.1|1052295_1052943_-	redox-sensing transcriptional repressor Rex	NA	NA	NA	NA
WP_003625961.1|1053117_1055031_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L0W2	Tupanvirus	3.5e-60	30.7
WP_065866611.1|1055207_1056485_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	4.0e-12	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_LR698986|1142857:1184421|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_023190458.1|1147058_1148609_-|tRNA	lysine--tRNA ligase	A0A2K9L3L6	Tupanvirus	1.5e-82	35.6
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WP_065866631.1|1149727_1150618_-	Hsp33 family molecular chaperone HslO	NA	NA	NA	NA
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WP_003625754.1|1154228_1154591_-	S1 RNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003625749.1|1155033_1155276_-	RNA-binding S4 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866633.1|1155287_1158785_-	transcription-repair coupling factor	NA	NA	NA	NA
WP_012211364.1|1158786_1159344_-|tRNA	aminoacyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_023190465.1|1162128_1163259_-	alanine racemase	A0A0P0YM39	Yellowstone_lake_mimivirus	7.2e-29	27.7
WP_003625735.1|1163261_1163618_-	holo-ACP synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012211361.1|1163700_1165212_-	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	3.8e-70	39.1
WP_003625729.1|1165224_1166592_-	UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_003625728.1|1166717_1166963_-	type B 50S ribosomal protein L31	NA	NA	NA	NA
WP_065866634.1|1167147_1167978_+	HAD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

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MNAINQFFHLKENNTSFKTELLAGLTTFVSMSYILFVNPNVLGASGMDKGALFTVTALSAAFTCVVMGLVANYPIASAPTLGLNAFFTYTVCLGMKVKWQTALAAVLVASILFIILTVFKVREMIIDAIPADIKYAISAGIGLFIAFIGLQGGHLIQNSDSTLVTIGSLNNPTVWITIFGLIITIFLMIARVPGAIFIGMILAAIFGVAIGQIPMPKGIVSSIPSIAPTFAQAIFHIGEINTVQMWVVVFTFLLVTFFDTTGTLIGLVQQAGLMKNNKMPRAGEALVADSSGMLVGSVLGTSPVGAFVESSAGIAVGGKTGLTAVWVGIFFLISTIFSPILSVFTTQVTASALIIVGVLMAENLAHVHWTDLEIAIPCFLIALGMPLTYSISDGLGWGIVVYPISMIAAKKFKKITPMMWILFVVFVIYFFVLNFK
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MKHQWKFIVVLIAGVISLIFEFGLHASTLFVTPILKLQMNPQAIIIDILGIWISVLLLMEIFNDWKSGRYGVDILAVIAIVSTILINNYWAEWMILVMSTGGETLADYATGQASKELRSLLNNTPRIANKLVNGKISEVNVEDLKIGDIVLIKPGQQVPVDGEIVKGDSSFDQSSLTGESVPVAKKPGDELMSGSVNGDAAVQMKVTKAAKDSEYQSIVALVKSAQAQPAKFVKMADRYAVPFTIISLIIGGVAWAVSGDATRFAEVMVVASPCPLLIAAPVALVSGMSSMSAHHIIVKSGPTLEKLARAKTFAFDKTGTLTENQLVIDQIIPEGDGLSKEELQSLAASVEQQSSHVIASSLVKATDSSLIKPVTNLKETTAQGVEGDVDGKHVKVGKLSFVAPDHEKIAVTSTAVFVSVDGKFAGYITMMDEIRPETAETIAKLKRQGAEDIMMLTGDHMQVAEKVGKKAGITDIRANLLPAEKIKAIKEVPKDLRPVVMTGDGVNDAPSLTAADVGIAMGAKGATAASESADAVIMVNDLSKVNDAVAISKHTMKVANIDVLTAIGVVIIIELIAFTGVIPAFWGAILQEVVDMITISLGLLAKTKPSNKQFGLEE
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MRREETRRMTITAVFAAILIIQTFLQNIGYMRIIPALPAITTIPMTIAIYGTLMGTKAGLGFGLFWGITRLIVAYTQPGNMVSLMLFQNPVISIVPSVLAGFFPSLITKAMGKTNYAKLGYIFSGAVTALTNTIMVILLTSIFFMHDPASLVHYLGNYSSSTPLILILITALGANGVIEAIFTALVVPVIVIPLNLVLKRA
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MSRKTFNLIIKIVLTLLALASGILAFALQMPGRYLVLASIYGILYFIAAISFWFEDKKSWIQIVMIASLVITLLLTIAQSIAGIPLGVFQGSGILFSWMMVLFVSPGVLGLIYFNLNMYHDNWDLLNVFMKIILSFEVGIVAFMLIFMLEVSGGMIWSLPRWGQYLFVYGIMLLAILDIIYAIINWLNFYHGKIAWITTALFVIEVVACLPFFGMPTVPVIVFVIIMLAIVIFTAYLNNRIKAKNNCTKSKKAL
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MDFEKLSGLGIGTWGIGEDPKKKKDEIAAIRYGLDNGLNIIDTAEMYGDGKSEKLIGEAIRDYDRDQLFLISKFYPYHATPELERKSLEASLERLGTDYLDLYLLHWRGNHRLSDTIRGLQALQKEGLIRHWGVSNFDTSDMKELFGVPGGTECFANEDLYNIKERGTEFDLQDWQKDHGVSFIGYSPFNSGAGDTIRITQNLKIVARDHGVTPHQIMLAWTLRNGNVLAIPKSSSIKHMKENIAAQEIKLTDDELRLINSDFPIPTEKTPLAVI
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MNEKPKLKRGLKSRNVTMIAIGGAIGTGLFLGSGSAIRSAGPSIILSYLIVGIITFFMMRALGELILADPESHSFLESIKKYLGKRAEFIAGWIYWACWLSLAMADLTATGIYLRYWFPWLPQWVGPLVIVVLLMLINMVNVGLFGELESWFSMIKVIAIIALIITGAIMILLQTHVKGSIVSLTNLVSHGGFFPTGPWGFLLSFQMVVFAFVGVEIVGQTASETANPQEDIPKAINTLPVRIGLFYVGSTIAIMSVYPWNEITTTSSPFVQVFTGIGVTAAAGVLNFVVLTAAMSATNSAIFSTSRSMYSLARNGHAPEKLGKLTKKAIPMNALTTSSIILFVVVILNYVMPAKIFDVVSTVSTICFVIVWIMIMFAHIVYRKKNKNNLGKFRMPGYPLTSWLTIVFYFAVLILLFFIPSTQLALIISILFVVVLAISYNFVPKMRKIINIS
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MNFIKNYFQLDKYKTSIKVEFIAGLTTFISMSYILFVNPSVLGASGMNTGAVFTATALAAALGTAIMGIVANYPIGEAPALGINAFFSYTVCIGMHVKWQTALASVFVASILFILITLFKLREKIIDSIPADLKFAISSGIGLFIAFLGLQNGKLIVANKSTLVGLGSLHDPLVWITIFGLLVTVILMILNVPGAIFIGMVLTAVFGICTGQIALPHKIISTAPSLAPTFGQAVLHVKNINTVQMWIVVLTFLIVTFFDTAGTLIGLAQQAGFMKNNKMPRVGKALAADSSAMAVGSILGTSPVGAFVESSAGIAVGGRTGLTAVFVAIFFLISMIFSPLLGVFTVQVTAPALIIVGVLMAQNTAHIHWNKLEIAVPAFLIILGMPLTYSISDGLSWGMITYPICMIAAKRGKEVTPMMWLLFVIFLIFLWVLNF
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MKVIVTENKIQGGAKAFEIFKNEIKNGAKVLGLATGSTPETLYQNFINSDLNCSNLISINLDEYVGLTPDNPQSYHYFMRKHLFDKKPFKKSYIPDGMTKDIAATCKEYDQIIKDNPIDVQLLGIGRNGHIAFNEPGTPFDIGTHEVKLTENTIKANSRFFDNEDEVPKSAICMGTANIMDAKKVVLMAFGEKKAQAIKEMIEGPVTEQVPASILQKHPDVTVIVDKAAAQELDDKYKN
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MQQFGVIGLSVMGKNLALNVRNHGFSVSGFSIDKPEVDAFAKYEDDKLKPCYTWEEFVNSLEKPRKILIQIMAGDPVDQTLQKLLPLLDKGDILIDGGNSNYHDTNRRYHEMEKHGIHFIGMGVSGGEEGALNGPALMPGGDEAAYEKVAPILEAIAANNKEGKPCVSYMGPEGAGHYVKMVHNGIEYGIMQEFSEVYNLLRDVAHKSDDEMSAIFDKWNHGKVEAYLSEITSKVLAQKDDLTPDHVIDHILNVASYKGTGNWMLEDGVALGTPATVVAEAVMARFMSKQAYLAVKSGIKPTKFEYKGEIPDNLVDEFEKTLQLAQAVAYAQGFQQLTMAAEAYNWDLRYKSIAQDWEAGCIIRSAMLKDIENAYSKGNKLMNLFQDDYFRKLMEENLPALRKSVEFATKAGVPTPTLSAALNYLESIINPDLPANLIQGKRDYFGAHTYQRNDREGTFHTEWYEEK
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MDTKQGVLDILNDLTGEDLSDQMDENIFDNGLMDSMASVQMLLSLQEKFDIDVPVSEFNRAEWDTPNKIVAKVESLENE
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MDKKTKIDSRGKRVGMFVLKTIIYFGILMALIYLYEYSGLTSVHFIYNEF
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MNMKKAKNLLKNPNLKWIALVLLIVMVFAIPGYKWMKKDNQARAQRMKSALSPVIMVPGSSATTERFNQLVKLLNQNTPTKHSVLKINVSTDGNSSYSGSINKNDNEPFIIIGFKNNKDGYSNIKKQAGWLNEAFAAISQDYKFNNFKAFGHSNGGLIWTYWLEHYYSDYSDEITMKRLMTVGTPYNFSEKNINHKTQMLEDFIKCKNRLPKSLVVYSVSGGKNYESDGIVPEASAAAGKYIFQKQVKSYTAMTITGDKADHSDLPQNQQVVQVIQQYLLEPIKNKNNQEITRQGKKQDNDKNGQNNQN
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MNELDQTIKERIHYHNHKTVLKKHTPIEYRNMLIKTIYPQFLVHIIISKM
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MKLSKKALWIIGTLITSAIAGIFFYLNIHNSSATTFAVILAGVALYFLFETGQLYKKIWIKILVYLIDAVWIAFVLLIISLFIH

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012212407.1|1435204_1436590_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis GTPase MnmE	NA	NA	NA	NA
WP_003630694.1|1436598_1438584_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_003624927.1|1438723_1440127_+	NADP-dependent phosphogluconate dehydrogenase	A0A0P0C6S9	Ostreococcus_lucimarinus_virus	7.5e-36	27.6
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WP_023190340.1|1441880_1442984_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003624933.1|1443048_1443201_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212404.1|1444704_1446627_-	copper-translocating P-type ATPase	A0A218MNH6	uncultured_virus	4.0e-96	37.6
WP_003624940.1|1446626_1446914_-	cupredoxin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866722.1|1446913_1447291_-	cupredoxin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866723.1|1447303_1447750_-	CopY/TcrY family copper transport repressor	NA	NA	NA	NA
WP_003630691.1|1447850_1448105_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_147628244.1|1448205_1449510_-	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	8.5e-50	32.1
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WP_012212400.1|1453863_1455174_-	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	1.7e-42	30.7
WP_003624955.1|1455351_1456086_+	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866727.1|1458833_1460141_-	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	6.3e-37	29.0
WP_012212398.1|1460377_1461178_+	Cof-type HAD-IIB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012212397.1|1461225_1461912_-	deoxynucleoside kinase	Q5ULP7	Lactobacillus_virus	5.4e-56	50.6
WP_003624967.1|1461936_1462584_-	deoxynucleoside kinase	Q5ULP7	Lactobacillus_virus	1.1e-47	47.9
WP_103659039.1|1462754_1463174_+	MurR/RpiR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_004561128.1|1465088_1465808_-	glucosamine-6-phosphate deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_004561127.1|1465925_1466753_+	aldo/keto reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	9.6e-23	28.8
WP_065866728.1|1466860_1467466_+	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_065866729.1|1469833_1470937_-	YdcF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003624988.1|1471025_1471682_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_101871943.1|1472524_1472620_-|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
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WP_012212392.1|1473051_1473909_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866730.1|1474000_1474630_+	DUF4097 family beta strand repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866731.1|1474634_1476203_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2R8FG22	Brazilian_cedratvirus	3.2e-11	31.1
WP_004561119.1|1476240_1476510_-	Txe/YoeB family addiction module toxin	NA	NA	NA	NA
WP_041810776.1|1476496_1476805_-	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
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WP_065866733.1|1478256_1480113_-	cadmium-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-68	30.6
WP_147628247.1|1480533_1481757_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.0e-121	58.3
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WP_003630632.1|1483739_1484036_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630630.1|1484213_1484366_+	teichoic acid D-Ala incorporation-associated protein DltX	NA	NA	NA	NA
WP_065866735.1|1484381_1485896_+	D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit DltA	A0A2K9KZV5	Tupanvirus	4.4e-34	28.4
WP_023190737.1|1485895_1487134_+	D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltB	A0A125RNP0	Pseudomonas_phage	2.0e-24	27.4
WP_003625019.1|1487192_1487432_+	D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit DltC	NA	NA	NA	NA
WP_003630624.1|1487424_1488711_+	D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltD	NA	NA	NA	NA
WP_003625023.1|1488710_1489655_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003630622.1|1489866_1490067_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_023190734.1|1490115_1490823_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_023190733.1|1490837_1491227_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035513724.1|1491231_1491639_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_079227701.1|1494417_1496034_+	polysaccharide biosynthesis protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212381.1|1496072_1496309_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866737.1|1499652_1500978_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_065866738.1|1500946_1501876_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_065866739.1|1502160_1504284_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	3.8e-116	40.4
WP_003625047.1|1504390_1505032_+	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_012212375.1|1505125_1505890_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630598.1|1505980_1507342_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_065866740.1|1507377_1508751_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_012212372.1|1509800_1511192_+	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_079227714.1|1511212_1511365_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_LR698986|1515418:1594391|DBSCAN-SWA
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MKKAMFIGAIGCGKTSFIQKLNELQMTYNKTQTIEFYNNVIDTPGEYVEHRAMYSNLMTTAIEADVIVLMQSATDPRIVLPTGFSTMFTKETIGVVTKTDIATNQQIEMVT
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MGEFKEITKNYVDWFNNRRISQKTKGMTPCEYREHALAV
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MVKYSSELKAEVVSEYLQGDISISLLSKKRNLPRIQVGRWIQNFREAQTLLNEEELSLWRTAFNQYGIEALKPHPKGRKTKVKHNKKKLRKLVNKNEILKKSMTLFGTSKDERKHK
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MSNYFSMEAFDYDNIQLVPNKGIINSRRDADTSVKFGNRTFKIPVVPANMESVINDDLAIWLAENGYYYVMHRFQPEKRILFIKMMHEKGLFASISVGIKDSEYKFIDELVEQNLKPEYITIDVAHGHSIYVIKMIKYIKQKLPESFLTAGNIATPEAVRELENAGADATKVGVGPGRACITKLKTGFGTGGWQLAALRMCSKAASKPMIADGGIRHNGDIAKSVRFGATMVMIGSLFAGHEESPGNVIKINGKTYKQYWGSASTVQKGAYKNVEGKQMLVPYRGSIKDTLREMKEDLQSSISYAGGRDLNSIKLVDYVIVKDNIFDGDR

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_079227878.1|1516693_1517308_+	McbB family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_023190667.1|1522116_1523172_+	DUF871 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012212367.1|1526106_1527405_+	adenylosuccinate lyase	A0A1B3B081	Gordonia_phage	1.7e-18	33.5
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WP_012211358.1|1528685_1529864_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_065866743.1|1535633_1536446_-	bifunctional hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase	NA	NA	NA	NA
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WP_065866922.1|1540630_1541356_+	DUF1211 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_052540350.1|1548959_1549310_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_111194059.1|1550954_1551074_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_023191696.1|1551477_1551576_+|bacteriocin	bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_172619758.1|1553071_1553467_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_172619745.1|1553911_1554328_-|transposase	IS30 family transposase	H7BVY4	unidentified_phage	4.1e-06	30.2
WP_025283989.1|1554688_1555699_+	ADP-ribosylglycohydrolase family protein	A0A2K9L0L0	Tupanvirus	2.4e-07	23.4
WP_065866747.1|1555704_1557063_+	cytosine permease	NA	NA	NA	NA
WP_046814534.1|1557063_1557954_+	ribokinase	NA	NA	NA	NA
WP_065866748.1|1560227_1561388_+	MFS transporter	A0A2H4UVM2	Bodo_saltans_virus	5.7e-05	22.1
WP_065866749.1|1561411_1562251_+	carboxylating nicotinate-nucleotide diphosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_035514399.1|1563841_1564054_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212335.1|1564423_1565773_+	FAD-dependent oxidoreductase	A0A2K5B2C5	Erysipelothrix_phage	7.0e-124	50.3
WP_065866751.1|1565914_1567192_-|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	2.9e-10	23.4
WP_023191339.1|1567655_1567991_-	EutP/PduV family microcompartment system protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630445.1|1569098_1569809_-	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_023191341.1|1569816_1571481_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	2.4e-20	31.0
WP_035515559.1|1571468_1572365_-	energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT	NA	NA	NA	NA
WP_025283980.1|1573198_1574593_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866752.1|1575056_1577495_+	DUF4430 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191344.1|1577582_1578629_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630431.1|1579057_1579807_+	DUF4430 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191345.1|1580063_1580387_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212329.1|1580444_1581671_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	1.8e-38	29.3
WP_012212328.1|1582014_1582533_+	N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866753.1|1582997_1585265_+	cadmium-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-59	30.1
WP_025283976.1|1587595_1588483_-	EamA family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_079227719.1|1590135_1590549_-	recombinase family protein	A0A0A8WIK3	Clostridium_phage	7.6e-21	42.5
WP_012212126.1|1591013_1591622_+|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	4.0e-34	43.2
WP_012211358.1|1593212_1594391_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_LR698986|1618487:1676585|DBSCAN-SWA
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MSLFSFMHHDEEIPKNKQIQDLKLDKIVPNQYQPRRQFSDDSIKELADTLDQDGLLQPIVVREDGDDHYEIIAGERRYRAAKSLGWETIPAIVKNMNDDQAASLALIENLQREDLNPIDEAKAYTNLMKLNDLTQTALAKDMGKSQSYVANKLRLLKLDDDVQTALVEGKITARHGRALLNLDAADQKRVLAEVEAKGLNVKQTEEIAKDVDAYFNPQPKKKEKAEQKRVVNRIPKDLKVQINTIKKAVKLAKNSGIKVKIKEDKNPDDYKITIELKRK
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MNPEKFILELSKHNFVLTDKQKEQFKLYFKFLIEVNEHVNLTRITEENEVYLKHFYDSITPLFVFGDVFKDGATLCDVGAGAGFPSIPLKILKPSLKVTIVDSLAKRLTFLKDLIAKLGLDNVELVHGRAEDVGQNKLYREKFDIVTARAVAKMSVLSEYCLPLVKKDGYFVALKGPKAEDELDEGKKALAVLGGKLIKDEELTLPGTTEERTLVLVKKVKETSKKYPRQAGTPRRKPIC
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MTKDIAYNLADTVQMKKPHACQVNDWEILRMGADIKLKCMGCGHMVMMPRSKFNRKLKKVLTKANDPVNAKKEQYVPKDRIVRPNFR
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MAGYEASALQSAYSVSKFGIRGLTQAAAKELAVDKITVNAYNPGIVRTKMRDAIDKKIAKIKHETITQQQANCLKEIALGREAKPSYVAEVVAWFASSGAGYVTGQSLQVDGGMRFH
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MAEGPENKSIELTTDYADQTINMKFSDNLTDDRERGYILSAAFFSFCAAQGLDKQAVIEMVSSHYDQFTGDNGSSLFKRL
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MVNVISVANQKGGVGKTTTTINLAASIADRGYRVLIVDIDPQGNATSGLGIEKSEIDQDIYNVLIDEIPIQDTIHHTSTAKLDMVPATINLSGAETELISMMARETRLKSSLDAISDQYDFVFMDCPPSLGQLSINAFTASDSILIPVQSEYYAMEGLSQLLNTIRLVQKHFNKDLGVEGVLLTMLDARTNLGAEVVKEVQSYFSKKVYKTIIPRITKLAEAPSYGQPITEYAPRSRGAKVYDDLAKEVLKAHGKRLQK
>NZ_LR698986|1618487:1676585|1676261_1676585_+|WP_025283944.1|bacteriocin|DBSCAN-SWA
MYQEDKNDLKIWLLNNITDLLVDKNTKPEERKVLLNAKHQLETGESANYVCNLIRVGLDPLSWQSKLSKGVTKFHYEIANGARPVSHQAGALGGAALGLAFSDIGRR
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MKKVVLIFKVLLGLIPFLPLLVDAIFKTNIRTSIMNITMQWSLWLKIPFLIMCILAYMYFWYALFKEIKDSL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_065866762.1|1618487_1619666_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_035514011.1|1620072_1620291_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212307.1|1621566_1622478_+	cysteine synthase family protein	A0A1W6JIM2	Lactococcus_phage	2.8e-60	41.7
WP_003627923.1|1622499_1623684_+	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_065866763.1|1623649_1624207_+	serine acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_079227888.1|1624514_1624868_+	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_023190550.1|1625131_1626139_+	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta	A0A160DHK0	Gordonia_phage	2.7e-96	53.7
WP_003627927.1|1626119_1626545_+	class Ib ribonucleoside-diphosphate reductase assembly flavoprotein NrdI	J9PTY0	Bacillus_phage	1.1e-11	38.3
WP_052541598.1|1626537_1628706_+	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A0A0D3MSW9	Lactococcus_phage	1.1e-171	47.5
WP_065866764.1|1628707_1630411_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.6e-88	36.9
WP_065866765.1|1630577_1631750_-	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866766.1|1631868_1632831_-|bacteriocin	bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_065866767.1|1632860_1633175_-	helveticin	NA	NA	NA	NA
WP_023061231.1|1633491_1633845_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A1B0Y3N1	Lactobacillus_phage	2.9e-13	39.8
WP_023192344.1|1633828_1634263_+	phage repressor	F8J1D9	Lactobacillus_phage	5.6e-14	33.3
WP_065866768.1|1635869_1637138_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_025284014.1|1637237_1638098_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_023190700.1|1639729_1640977_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_020828954.1|1641127_1642108_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627391.1|1642171_1642531_-	hypothetical protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	1.5e-20	67.1
WP_065866769.1|1642756_1645291_+	M1 family metallopeptidase	A0A0P0IY26	Acinetobacter_phage	5.8e-71	26.3
WP_023190694.1|1647066_1647711_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191578.1|1647769_1648531_+	peroxide stress protein YaaA	NA	NA	NA	NA
WP_025283955.1|1648527_1649283_-	alpha/beta fold hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_020828959.1|1649426_1650026_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630236.1|1650136_1650664_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_046814510.1|1650664_1651726_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_003630234.1|1651727_1652402_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.7e-33	39.4
WP_012212290.1|1652446_1653859_-	C69 family dipeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_003630233.1|1653960_1654203_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866771.1|1654380_1654989_+|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	2.0e-33	43.2
WP_012212288.1|1655018_1656344_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	2.1e-56	36.3
WP_023190785.1|1656628_1657252_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_023190786.1|1657334_1657874_+	NAD(P)H-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_003627370.1|1657887_1658436_+	NAD(P)H-dependent oxidoreductase	A0A2P0ZL82	Lactobacillus_phage	1.1e-27	38.8
WP_012212286.1|1658528_1659320_+	tyrosine-protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_003627368.1|1659328_1660258_+	FAD:protein FMN transferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212285.1|1660299_1660836_-	CvpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212284.1|1660997_1661720_+	16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase RsmG	NA	NA	NA	NA
WP_012212283.1|1661734_1662574_+	nucleoid occlusion protein	S5VSZ7	Leptospira_phage	2.7e-17	44.0
WP_003627364.1|1662589_1663369_+	ParA family protein	Q8JL10	Natrialba_phage	4.3e-25	31.5
WP_065866772.1|1663346_1664231_+	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	I3NLC2	Bifidobacterium_phage	1.4e-16	31.7
WP_003627362.1|1664223_1664487_+	DUF951 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627361.1|1664536_1665637_+	redox-regulated ATPase YchF	NA	NA	NA	NA
WP_012212281.1|1665645_1666428_+	DUF1129 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190789.1|1666541_1668266_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	7.6e-38	26.9
WP_065866924.1|1668275_1670135_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	9.6e-47	26.4
WP_012212277.1|1670313_1671000_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	9.6e-37	37.6
WP_012212276.1|1671003_1672152_+	HAMP domain-containing histidine kinase	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.0e-18	31.7
WP_003627351.1|1672202_1673774_+	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212275.1|1673782_1674532_+	aspartate/glutamate racemase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_025283944.1|1676261_1676585_+|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_LR698986|1689604:1743244|DBSCAN-SWA
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MKKADVKVGAIVGARSEEELKKPFQGKVEKIYENSALLTITSYDPVDATAISDLNNKIVVNFKNLKAVRAAKNSKTVSTNEVKVEKIAKTKKADKDSKK
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_065866811.1|1742698_1743244_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_LR698986|1751995:1825729|DBSCAN-SWA
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MKLEHSAGAVIYRRREDGQLEFLIVQSVINDNWGFPKGHLENDEDANIAAQRELAEETGLKPEFDFNFVHKTRYALAAGKEKTVTYFLAKYVAGQEVVTQEEIKGDKWVTLAEAKEYLTVHDKMKVLEAAEDYIKKNN
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MKKIRWGTLIAYIVLAIFAIITVFPFIYMILGGLMSFRETTTIPPTIIPKHFEWANYTKVFAQAPFGRYFLNTFITASVTTIVSLFNALLGAFAMVNLKFKGKGVVQIVLLSLLMVPGEAIIFTNYNTIAQMGLLNTYIGLVLPFLTSIFYMYYLQSYFGSISQTIYKTAMINGASDWEYIWRILVPMSKGGLFTVALLSFISGWNSFLWPLLVTNEDSMRLLNNGLTSFASDAGSETQLQLAAATLTVLPILILYFIFRKQIIRGVVRNDLKG
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MRTFFRFIRNIFLLALLAFAVWTYKNDPNMRMATQDSLTTLNYRIQQLLKTGTATPPKLGDKDISTKTDKTKDDDTSDNRIWSKPEANVYVDIKKNMQLRSAAIDAMNAWNRTGAFTFHQIANKKKAQIVINIVDNSDTNAAGETATTYNPATGHLLKAEVHINRYYLQNEWYGYSNNRIINTAEHELGHAIGLNHTNSVSVMYPKGSIYTIQPQDIKNVRKLYHENN
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MSIYVKNGILHVDGAQDKLRQKGQEKPDFLSNYTMLDVETTGLSPFRDRITELGGVKVRNGQIVDQYTNLVKFPKNNKVPAFITKLNGITEEQLTNEGIPAEQAIKEFREFIGDDTIIGYNVNFDLNFLYDLSQKYNLPVLNNDYVDVLRLARVYYPRQHNRLIDCMQRAGIAQVEQHHGLADSLDTIKVYNDFNQHFTEDLLEQAIGKIKNVDLTGDEVDYYQLGFRNPVQDKNIVLSGNLHMDQRDAGKMINNMGGQLDQNVENTTNYLIMGDHDFFRKNNEDLNRARLLIKDGAKIKRLSESFFLSMLDDWARS
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MCGIVGVVGKPAREIILSGLTNLEYRGYDSAGIYLNDLNGNEYLTKAVGRILNLKEKLTPDEQGLVGIGHTRWATHGKPTVDNAHPHFDETKRFYLVHNGVIENFAELKEKYLQGVHFHSDTDTEVVVQLIGKIARDKNLDGFSAFKEALKLVKGSYAFLLVDNTEPDHVFIAKNKSPMMLGIGDGFNIIASDAISVMDQTKTFVDLHDGDVGDITKDSYTIETVDGKKVDREPHVLNIDPNAASKGAYEFYMLKEIDEQPGVMRHMSQNYLDDNGEPKVDQDILDAISKADRLYIFAAGTSYHAGLVGKTIFEHYTGIPTEVGLASEAGYHFPMMSKHPFFIFLTQSGETADSRVVLKEVNKRSIPSLTMTNVEGSTLSREATYTMLLGAGPEIAVASTKAYTAQIALQAVLAKALGEKLGKQEAKDWNLRQDFAMAAEGIQQIVDGKEKLKKLADYYLIKSRNAFYIGRGIDYAVALEAALKLKEVSYIQTEGFAAAELKHGTISLIEKGTPVVALINDPVTADLTRGNIQEVVSRGASVITIVGKDFAREGDDIVLPEINYYMSALLTVVPAQLLAYYASKDKGLDVDKPRNLAKSVTVE
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MNAIQMILVVFVAFLAGMEGILDEWQFHQPLVACTLIGLVTGHLDLGVILGGQLQMIALGWANIGAAVAPDAALASVASAIILVEGGQGTKGIGTATGIAIPLAVAGLFLTMIVRTISTAIVHIMDAEAKKGSWRMINVWQWIAVCLQGLRIAIPAALLLAIPSGTVRGWLAMMPQWLSDGMTIGGGMVVAVGYAMVINMMASKEVWPFFAIGFALAAIKDLTLIALGAIGLSMALMYLALEAKGGNGGGSNNSDDAGTGDPLGDIIDDY
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MLVSPFFLKRMFDIISKRKEGTNVLKGIKLRLYPNRTQQNQLEQMFGNDRFVWNQMLAMMNERYQNNKALPFLGKFKLNYLLKPLKKEYPFLKNSDSSSLQVVNEFLTQSWKNFFQDKTGQIGKPRFHSRKYLKKSYTGKSIIKTAGKRYLKIPKLGYVKTSKTGVLQNTKIKRYTVLLEPTRKYYLSLQVEISEPEKYSLTGKRVGIDVGVADLAILSNGLKYPSFNSSYFEKKAKIWQRKYARRRHLAKLLVLQDRNKKVLCPRSLESFTNWQKAQKSKAKYQAKAANQRRDYLHKLTTHLVKQYDVIAIEDLKTKNLQKNHHLAKSIANASWRMFRQMLEYKCKWYGKKLIAVDPKNTSRICSKCGYNSGAKPLEIREWTCSKCQTKHDRDINAAINILHKATPTGQGLAMVTS
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MKKIILFGDSIFNGFRNGQDTDLATNLFQKGLKDYAQVENISKSGATTVEALDYLHLIPQKRDLVVVEYGNNDAATGWGIRPERYEQNLNEILTKIGKAIVVGLCYPDPTNSEINQFYGDKRLDLFNDIAKRVAAKHSAQFVDILPAFRKLTDISTYYQKDGQHLTDKGNEFLVNQILPAIKKELD
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MKLTDEELDERFVTEISMIIEREIAKEKKISLAKAKEDFESSKTYSYLCSDDPFIEEGPEYFLDLYRNELKYGKMISSDTLYFKQKYPEEYQEAGIK
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MTLKDKTTVTFYNGLTTIGGPMIEVAYNKSHVLFDLGEVYRPELKLPDESYQTLIKNELIGDVPNFYDPKITGKAIDTDRWEHAAAYISHLHLDHSKAMNLLAPEIPLYAGSITAHLLPALNEKGDFLLPAAGHDKSYTRPIIAAEYKKPIQVGDITLEIYPSDHDAYGATGLIVRTPDKQIAYTGDIRLHGYHSDWVREFMKASKGSDMLIIEGTGVSWPEEKHDENSEEFTGPKNEVELTEEIVRLQNENPERQITFNTYPTNVERMLRIIADSPRKVVLHAERAHLIKESLDEDYPYYYLPQDKKYSDLNPELEVSYDELLKDNHKYLWQVVTDYDKLREGGLYIHSNAEPLGDFDPAYKPFVEQFAKNNIEFKALRCSGHADEKELKEIIAGIQPAILVPVHTLHPELEENPFGERILPKRGQTVTL
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MKREHENYFVWLFNQLKGWPVQNYCLWFFAFGFQLALLIQAKVTSVTLITFIGTLLGTLCVLAINATKAINGWLGLVSAACFIYAGWSAKNYLSIFEQIAYIATLDLPVILSVKSWNDDTKNHLRKFGPKEWLIAIVGTLLVYVISGYLIGKFTNDPRPWVDAISFAISLTAGIMCFMRYNNQYFWWTASGIFQLILWSITYAQGDANLAMAINSLIYVVNDILAFTVSPWFNMGRRHAGLKEISK
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MRTTNLGIYSGVVDKSEAWFEREVKAAGYNGINYVFLGECVDGQLRLNGYSK
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MADKKIKLTKHDRLNVMWHSQLLQGSWNYERMQNGGWAYSMIPALRKLYPNKKDLSAALQRNLVFFNTHPYLASPVIGVTLALEEDKANGTPVTDDAIQGVKVGMMGPLAGVGDPVFWYTVRPIVGALGASMAISGNVMGPILFFVIWNIIRLVFLWYTQEFGYKAGSAITNDMSGGMLQKVTRGASMMGMFVLGALIERWVNVKFTPIVSKTPVQKSGYIEWDKLPAGGKGIQQALIEWNMGNGKALSSTKVTTLQDNLNQLIPGLAGLLLTFLCMWLLKKKVSPIWIIIGIFVIGVLFHVWGIL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_079227738.1|1751995_1753255_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.0e-125	58.7
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WP_020829017.1|1754058_1754745_-|protease	matrixin family metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_065866816.1|1754894_1757201_+	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_012212220.1|1758740_1759301_-	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_023192120.1|1759359_1760274_+	type I pantothenate kinase	A0A1B1ISL9	uncultured_Mediterranean_phage	9.5e-32	33.6
WP_003629975.1|1760308_1760881_+	elongation factor P	NA	NA	NA	NA
WP_065866817.1|1760933_1762235_-	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_172619746.1|1762919_1763087_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627831.1|1763237_1763741_-	nucleoside 2-deoxyribosyltransferase	C1KFI2	Lactobacillus_virus	5.4e-13	31.2
WP_065866818.1|1763788_1764790_-	adenosine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_003627833.1|1764879_1765794_-	prolyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_065866819.1|1765914_1767519_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	3.8e-15	23.0
WP_065866820.1|1767922_1768663_+	nicotinamide mononucleotide transporter	A0A0A7NTY4	Lactobacillus_phage	2.3e-121	83.1
WP_154021784.1|1770589_1770748_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866821.1|1770762_1771584_+	Sir2 family NAD-dependent protein deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_052541527.1|1771592_1772546_+	ribonuclease H-like domain-containing protein	A0A0K2SUJ2	Clostridium_phage	1.5e-11	33.1
WP_003627841.1|1772636_1773491_+	DNA/RNA non-specific endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_003629948.1|1773532_1774960_+	C69 family dipeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_065866822.1|1775213_1776299_+	ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	3.2e-26	33.2
WP_003627844.1|1776298_1777165_+	sugar ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_003629944.1|1777168_1777993_+	carbohydrate ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_052541525.1|1777976_1779272_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_025283877.1|1779323_1780625_+	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212201.1|1780763_1781681_+	magnesium transporter CorA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866823.1|1781693_1782644_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_052541520.1|1782779_1783352_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866824.1|1783356_1786725_+	MMPL family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012212197.1|1786883_1787918_+	zinc ribbon domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866825.1|1787963_1789346_-	NAD-dependent succinate-semialdehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_012212194.1|1791212_1791821_+	TVP38/TMEM64 family protein	M1Q152	Streptococcus_phage	4.7e-35	38.5
WP_065866826.1|1791820_1792372_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866827.1|1792594_1793902_+|tRNA	serine--tRNA ligase	A0A1B1IVT2	uncultured_Mediterranean_phage	1.8e-92	43.8
WP_012211477.1|1800458_1800860_+	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_065866828.1|1803054_1804065_+	PTS mannose transporter subunit IIAB	NA	NA	NA	NA
WP_065866829.1|1804083_1804896_+	PTS mannose/fructose/sorbose transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_065866830.1|1804924_1805845_+	PTS mannose/fructose/sorbose transporter family subunit IID	NA	NA	NA	NA
WP_012211481.1|1805848_1806217_+	DUF956 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866831.1|1807245_1807761_+	acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866832.1|1807798_1809172_-	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_065866833.1|1809485_1812110_+	bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_065866834.1|1812304_1814116_+	glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)	Q76DQ7	Chlorella_virus	1.4e-90	37.2
WP_003626988.1|1814189_1814483_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866835.1|1814841_1816167_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	4.3e-57	36.5
WP_003627960.1|1816196_1816805_-|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	1.5e-33	43.2
WP_023190978.1|1816965_1817079_-|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
WP_065866836.1|1817876_1818344_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866837.1|1818297_1818855_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866926.1|1818938_1819418_+	LPXTG cell wall anchor domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866838.1|1819749_1820934_+	acetate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_003632732.1|1821855_1822083_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866927.1|1822228_1822645_+	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_079227746.1|1824475_1825729_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	3.2e-123	58.8

Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

>NZ_LR698986|1830742:1905379|DBSCAN-SWA
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>NZ_LR698986|1830742:1905379|1879476_1880829_+|WP_003626890.1|DBSCAN-SWA
MEKNQIIDLEITDLSYEAMGVAHYNGMTVFVTNALPGEVVSAKILKVKKNFAFAKIEKIKKESPDRVNVKLNQGVQSGLASLAHIKYDKQLDFKRNQVVNLLKKAHLENIEVGETLASPEEVGYRNKAQVPVREVNGQLEIGFFRRHSHDLMPLTHFFTTDPEIDRVLVAVRDILRKYKVPAYDEINNNGEVRYLEVRRSKSTGEMMVILVCLHKDFMQLPNVAAEVSQIPGVSGLILNHNPKKTNVILGPKDYLVFGNDQITDQIGDLKFRISPQSFFQINSLQTPRLYNLAIKQADLKPDDVVIDAYSGIGTIGLSVAKHVKAVRGIEVVRDAIKDAKDNAKLNDITNAKYYLGKAEEIMPRWAKSGLKTDVVFVDPPRKGLTPEFINAAVKTGPKKIVYISCNPATLVRDLQLFQEKSYEFNRIDPVDMFPQTPHVESVTVLERTEK
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MTETIIFAHRGLPVKFAENSLEGFRYAATHGAEGVEFDVHLTKDKVPVVMHDEEIDRTTDGSGYIKDYTLSEIRKFHLKNGEPVPMLRELFEILQDKDLYINLEFKTNKVHDKGIETIVLALAKEYHFVHPIIFSSFNYQTLKNCQRVDPHQQYCFLTKVPILFPQRLVRKNHFAAIHPHWYLPSKITQRIWTVDNPKLAKRYFKRGVAGIFTNNFELMNRVKRKMFVNTK
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MRKKIVPRNKAKYEHLASEYLVAGNSKLDQCSHASHDLYNRALYDLRQGFFKRNYVKGYCDLDQRFKKRYSARESMLYHSLFYVQSAQQTLKEVNTIWSAWLKALKAYQANPGKFTGRPRMPKYLAKGQRHVFFVTNQNAKVKDDYLIIPKLGFKLKITPQVKAIQRVAFKPVYGGYKAIVQYKTNRDIDYLPDNGRYMGIDPGVDNAFACVANIQKAPLLVNGRAIKSVNQYYNKERSRLKALQARYHQLESIVDTQQGKKPVYRETKAMRRITAWRNRKIRQFAHKASKRIVDYALSCGANTIVIGNNKSWKRSSDMGRKNNQNFIGIPHKVMIDMIQYKANLAGISVIRTNESYTSQTSALDHEKPCWENGSQSRKRQGKTPINRRIHRGLFQSNNGRLVNADINGALQIIRKVFPKFSSDEGIEDAVLHPVKWSPLI
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MKKVITYGTFDLLHYGHVRLLKRAKELGDYLIVGLSTDEFNEFKKHKEAYNTYPERKYILEAIRYVDEVIPEKDWDQKIDDIKKYDVDTFVMGSDWEGKFDFLKPYCKVVYLPRTPGISTTKIKEDLK
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MEITKDTIKHVATLSRLAFNEEELGKFTDQMGSIINMADQLSEVDTEGVEETVQVVDRDTVFREDKPEHWQGQNRETLMANVPEKANGYIKVPVIINKDEDE
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MLKITFTDRALDYLKRREIADKTLILITDDGGGKYSIKGGGCSIGSHFSIIWVDEKDPDYPVQLDNDQGLKIYTSKYDMTLMGPNMVMDYDAGSLNLRSDEGILDGGVEIGNGAALIKANKNVKMTGVEWRC
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MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_LR698986|1830742:1905379|1838174_1838567_+|WP_012211496.1|DBSCAN-SWA
MQLCQLFIDKNKSEFMLMKMPDEVTPDNYQGWVSQKESESTIQAFEFPQKLLDQIAMEYLDENQTDAPYEAKYVLMKAPDEEALFISSLELSRNDDEKLDVVRNGLLIVFDENELQHFSDVLQKAWSKIN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_065866843.1|1832583_1833738_+	N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_065866844.1|1834012_1835254_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	2.8e-119	57.5
WP_065866845.1|1835460_1837212_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	2.3e-90	37.7
WP_003632976.1|1837365_1837764_-	iron-sulfur cluster biosynthesis family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626960.1|1837862_1838063_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211496.1|1838174_1838567_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211497.1|1840251_1840947_+	SLAP domain-containing protein	A0A249XZV3	Enterococcus_phage	3.2e-11	50.0
WP_065866928.1|1841084_1842143_+	SEC10/PgrA surface exclusion domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190837.1|1842212_1842791_+	histidine phosphatase family protein	A0A1X9IGJ2	Lactococcus_phage	2.5e-22	37.1
WP_079227751.1|1842791_1844009_+	histidine phosphatase family protein	A0A1X9IGJ2	Lactococcus_phage	8.3e-15	37.9
WP_065866846.1|1844059_1844755_+	glycerophosphodiester phosphodiesterase	A0A1J0F961	Only_Syngen_Nebraska_virus	1.5e-13	31.5
WP_012211503.1|1848114_1848666_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866847.1|1849056_1850172_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633005.1|1850260_1850962_+	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003633007.1|1851025_1851412_-	glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase	A0A0F7LBI5	uncultured_marine_virus	7.1e-13	47.2
WP_020829039.1|1852749_1853478_+	WecB/TagA/CpsF family glycosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866848.1|1853485_1854586_+	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866849.1|1854673_1856152_+	nicotinate phosphoribosyltransferase	G3MA18	Bacillus_virus	7.7e-116	47.0
WP_012211508.1|1856148_1856979_+	ammonia-dependent NAD(+) synthetase	G3MA24	Bacillus_virus	5.7e-68	51.4
WP_065866850.1|1857177_1858419_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	1.5e-117	57.3
WP_065866851.1|1861354_1862509_+	CDP-glycerol glycerophosphotransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866852.1|1862513_1863944_+	polysaccharide biosynthesis protein	NA	NA	NA	NA
WP_046813920.1|1863946_1864645_+	glycosyl transferase	L7RBS6	Acanthamoeba_polyphaga_moumouvirus	2.1e-07	27.6
WP_003626912.1|1864632_1865103_+	SprT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633047.1|1865340_1865988_+	glycoside hydrolase family 73 protein	S5M633	Brevibacillus_phage	1.0e-27	47.7
WP_065866853.1|1866073_1868320_+	DNA helicase PcrA	A7KV33	Bacillus_phage	5.3e-132	41.3
WP_065866854.1|1868360_1870367_+	NAD-dependent DNA ligase LigA	A0A0K2QQN8	Ralstonia_phage	3.2e-104	35.9
WP_020829042.1|1870379_1871528_+	CamS family sex pheromone protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633051.1|1871541_1871850_+|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatC	NA	NA	NA	NA
WP_003626902.1|1871849_1873289_+|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatA	NA	NA	NA	NA
WP_012211519.1|1873293_1874724_+|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatB	NA	NA	NA	NA
WP_065866855.1|1874748_1875669_+	diacylglycerol kinase family lipid kinase	A0A1V0SBJ0	Catovirus	9.3e-19	25.8
WP_003626897.1|1875735_1876428_+	DUF1211 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_046813922.1|1876471_1877176_-	Bax inhibitor-1/YccA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626893.1|1877357_1877699_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_046813923.1|1877735_1879112_-	Na+/H+ antiporter NhaC	NA	NA	NA	NA
WP_003626890.1|1879476_1880829_+	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	F5CA72	Streptococcus_phi-m46.1-like_phage	1.9e-116	48.2
WP_065866856.1|1882315_1883278_-	ketopantoate reductase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866857.1|1883296_1884475_-	pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866930.1|1884495_1885281_-	carbon-nitrogen family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211526.1|1887345_1887546_-	cold-shock protein	Q9AZD3	Lactococcus_phage	1.4e-20	71.4
WP_023190958.1|1887808_1888198_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866858.1|1889563_1890064_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003627960.1|1890166_1890775_+|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	1.5e-33	43.2
WP_065866835.1|1890804_1892130_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	4.3e-57	36.5
WP_060471716.1|1896621_1896858_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_079227754.1|1897023_1897560_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211430.1|1897748_1899026_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
WP_012211358.1|1901064_1902243_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_172619762.1|1902312_1902792_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866861.1|1902885_1903962_+	SLAP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1904200_1905379_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

>NZ_LR698986|1925250:1990171|DBSCAN-SWA
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MKAVITVIGHDQIGIVAKVSQRLATLKVNITDISQTLMHGDFTMMLMGEWNDDDVQFEVVKQGLQDLANETGLSINIQRQELFDAIQKL
>NZ_LR698986|1925250:1990171|1927985_1928804_+|WP_012211543.1|DBSCAN-SWA
MKKAKRFLLIPLLFFLCFALTACGKRNNQNVYQKVKESKHIIWGVRADTRLFGLTNVKTGKIEGFEIDLAHALTKQMLGKDATASFVTTTANTRIPLLKNGNIDAVLATMTITPERAKQVDFSKPYFPAGSSLLVPDNSKIKNVKDLNGETVLAVKGTTAVNDVHKFEPKARVLQYDDYGQAMSALKANQGVALTTDNGLLAGIAQENPGYKLVGGVYNNAPYGIAVNKGQKDMVDHINKALDQLKKNGMYDRLIKKWFAGIPGFSLKGVLK
>NZ_LR698986|1925250:1990171|1953198_1953963_-|WP_065866871.1|DBSCAN-SWA
MTQEERLIQIKKLLKEKHQLSTRKLAEHFQISFDTARRDVIHLTSTGQAIRIHGGLMEIDQNSVPDFLARNQIQSPIKLKMAKMAKRFVHPGQCDFIGSSTILKQLCPLLNGMDLQVVTNSIDNALSMLTSEIPSVRLLGGLINKSQRYIYSEAALETIRKIHFNAAFIGASKIRADGVYAPRMEDAEIVRTAIARANQVVLVAEKFKFTNISSSPYMSAMLNKVDVLITDTSLAEEQRSLFDSKTQIIPILKE
>NZ_LR698986|1925250:1990171|1949335_1950574_+|WP_012211560.1|DBSCAN-SWA
MDKNIKQIRDNFPILKRKINDSPLIYLDNAATAQIPVSVSKKMMDFDETYRANVHRGVHTLGMWATKYYESVREKVKDFIHAKSEREIVFTSGCTDSLNLVANTYGEQNIQAGDEIVVSIMEHHSNLLPWQQLAMRKHAKLKFIELDQEQKLDLADAKKKITPKTKIIAVAQVSNVLGCINPIKELAQLAHQNNAVIVVDGAQAIGHFDVNVQELEADFYAFSGHKMFGPDGIGVLYGRKKLLEKMPPYRLGGEMIANVTREGATWAPVPQKFEAGTPNIEGAIGLEGAIDFIEHVGLDKLRQYEQDLIDYVFPKIQKIAGLTFYGPQNISERSSVISFNMQGIHPHDLATALDLEGIEVRAGHHCAQPLMETLGVESTVRASFAIYNTQEEADKFLSALVVIKEFFQNELR
>NZ_LR698986|1925250:1990171|1952827_1953193_-|WP_012211564.1|bacteriocin|DBSCAN-SWA
MFSLFTHNKHAASDNKKVYQELKKFYNSFSSDIYNEMNIGRYRPIRDAIGLVMNKFDNNDHPMEYTSKLVMYIEATVALNHLHLTPEQEDLMRKLTELTKYVNLSYVYLSPIDSEKKFANI
>NZ_LR698986|1925250:1990171|1951014_1952418_+|WP_012211562.1|DBSCAN-SWA
MTKVEDIVKDEDYQYGFHDNVKPKFSTGRGLNEEVVRKISAEKHEPQWMLDYRLKSFKIYQKMAMPNFGPDLSGLDLKDMLYYQKMTDKKYRDWKDVPEDIKETFERLGVPQAERKYLAGSAAQYESEMVYHNMKKQFDKLGIVFMDTDSALQQYPELFKKYFGKLVKPTSNKFAALNGAVWSGGTFIYVPKGVKVPTPVQAYFRLNAENSGQFERTLIIVDKGAHLDYVEGCTAPQYSSGSLHAAVVEVNVLNDAYCRYTTIQNWSDNVYSLETKRAVAGAHATMEWVDGNLGAKVTMKYPSVYLNGEGARGTMLSIAVAHHGIHQDSGAGMFHNAPNTSSSIVSKSIAKGGGSTDYRGSVKFAKNSDGSKAHVECDTIIMDDQSSSDTIPTNEINNAHVAMEHEATVSKVSDEELYYLESRGIPERKATEMIIMGFVEPFTKQLSMEYAVELNRLISFQMEGAIG
>NZ_LR698986|1925250:1990171|1952417_1952741_+|WP_012211563.1|DBSCAN-SWA
MDVSKLNEKEKAVYDALAKVIDPELGVSLIDLGLIYKIDVDDQGVCKINWTLTTMGCPITDVLTGSIYEAAMSIDGIKKCETKLVYYPQWTPDKMSREARMLLGIHL
>NZ_LR698986|1925250:1990171|1948083_1949361_+|WP_012211559.1|DBSCAN-SWA
MDEKAQLIKLSEENHEPSWLTKRREKAQEQISQLTMPKMEHFHPGDVDFANKSETICTNDASSENVTEDFETNLIQFGTDTIQTNLSPEMANKGVVLVDLFEAFRDLPDFMRKYFMTEVIKGDENKLNAEHLAYLNSGILLYIPKNVVLDDPIEVKLIQDSTKKLNWYQHLLIVADSNSSCRFLQHLTTVGEESNIANMMVEIIAKPGSHVEFSSVEELSKKTTFYFDRHAKIEKDAHVEWAVGLMNSCDTLGEIDSELVGEGSYANSQLVSVTSDKQKYFINNRVTNRGPHSTGLINQRGVLLDQSKLIFNGIGQIVHGAHGSKADQQNRVLMMSPDARGDANPLLLIDENDVIAAHAASVGPVDPVQMNYLMSRGIPYDQAQRLVIRGFLGAVLDAVPDKDVRQKMIDILERKLINGQKYQAN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_065866866.1|1925250_1926480_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A286QMQ9	Streptococcus_phage	1.4e-49	36.6
WP_012211542.1|1927234_1927975_+	amino acid ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	7.2e-38	41.4
WP_012211543.1|1927985_1928804_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211544.1|1928803_1929445_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_012211545.1|1929459_1930113_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_065866867.1|1932118_1933420_-	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626829.1|1933569_1934913_-	PFL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919426.1|1934925_1935195_-	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866868.1|1935349_1936756_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866869.1|1936976_1937780_+	DUF4931 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211551.1|1937893_1938820_+	ribokinase	A0A2H4N7X4	Lake_Baikal_phage	6.3e-07	37.5
WP_012211552.1|1938819_1939512_+	ribose-5-phosphate isomerase RpiA	NA	NA	NA	NA
WP_012211553.1|1939572_1941588_+	KUP/HAK/KT family potassium transporter	M1HZV6	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	1.3e-65	35.4
WP_012211554.1|1941705_1942632_+	nucleoside hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_023190338.1|1943430_1943625_+	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_079227756.1|1943650_1944904_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.5e-115	56.0
WP_012211556.1|1945023_1945317_+	AAC(3) family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211557.1|1945406_1946225_-	HAD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003626810.1|1947277_1948072_+	Fe-S cluster assembly ATPase SufC	A0A1M7XV31	Cedratvirus	7.3e-12	27.6
WP_012211559.1|1948083_1949361_+	Fe-S cluster assembly protein SufD	NA	NA	NA	NA
WP_012211560.1|1949335_1950574_+	SufS family cysteine desulfurase	Q2XUY6	environmental_halophage	4.7e-98	41.8
WP_012211561.1|1950560_1951022_+	SUF system NifU family Fe-S cluster assembly protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211562.1|1951014_1952418_+	Fe-S cluster assembly protein SufB	NA	NA	NA	NA
WP_012211563.1|1952417_1952741_+	metal-sulfur cluster assembly factor	NA	NA	NA	NA
WP_012211564.1|1952827_1953193_-|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866871.1|1953198_1953963_-	DeoR/GlpR transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866872.1|1954259_1956659_+	phosphoketolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211567.1|1956732_1957581_+	patatin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866873.1|1962273_1962759_+	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_079227881.1|1962851_1964117_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
WP_012211571.1|1964297_1965659_-	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211570.1|1966501_1966774_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190478.1|1968406_1968976_+	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	A0A2K9L634	Tupanvirus	4.9e-10	27.6
WP_012211573.1|1970309_1971014_+	lysozyme	NA	NA	NA	NA
WP_065866874.1|1971013_1972246_+	DEAD/DEAH box helicase	A0A1B1IS59	uncultured_Mediterranean_phage	2.1e-34	28.5
WP_023190482.1|1972242_1973571_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_014919182.1|1973738_1973927_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211575.1|1974034_1975177_+	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)	A0A0N9R0B2	Chrysochromulina_ericina_virus	4.2e-29	30.6
WP_012211576.1|1975200_1975740_-	GtrA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626773.1|1975732_1976179_-	flavodoxin	NA	NA	NA	NA
WP_065866875.1|1976322_1977150_+	type I methionyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_065866876.1|1977158_1978082_+	YihY/virulence factor BrkB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626768.1|1978143_1979043_+	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	6.4e-73	48.1
WP_079227881.1|1979240_1980506_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
WP_065866877.1|1982009_1983170_+	thiolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866878.1|1983169_1984381_+	hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative	NA	NA	NA	NA
WP_023190743.1|1984380_1985544_+	hydroxymethylglutaryl-CoA synthase	NA	NA	NA	NA
WP_065866879.1|1985582_1985867_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190745.1|1985948_1986173_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866880.1|1987267_1987609_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035513324.1|1987640_1987865_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866881.1|1987879_1988152_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866883.1|1988764_1990171_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_LR698986.1|WP_012211463.1|1013592_1013964_-|hypothetical-protein	1013592_1013964_-	123 aa aa	NA	NA	NA	971200-1056485	yes

Protein sequences of NZ_LR698986.1|WP_012211463.1|1013592_1013964_-|hypothetical-protein

>NZ_LR698986.1|WP_012211463.1|1013592_1013964_-|hypothetical-protein
MKKFASFVLGAVAGCAAGFIAGSLLVSDEQVDDVKNKIKDNDKLQDLKKKYDNGTEIVKNQLASFPKNVEDDSELKDFDDIVIDDSNKDNDVADGDNAEKSVDDLNNAENDDTASTPDNSSEE

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_LR698986_4	Unclear	4.20|872155|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	872155-872189	35	1041141-1041175	0
NZ_LR698986_4	Unclear	4.21|872220|35|NZ_LR698986|CRT,CRISPRCasFinder	872220-872254	35	1041141-1041175	0

1. spacer 4.20|872155|35|NZ_LR698986|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_LR698986 position: 1041141-1041175, mismatch: 0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************

2. spacer 4.21|872220|35|NZ_LR698986|CRT,CRISPRCasFinder matches to NZ_LR698986 position: 1041141-1041175, mismatch: 0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************